Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168223.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_457, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:378 original size:172 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1--395 Score: 429
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 179
* *
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATA
* ***
66 AATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGGACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATAT
66 AATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATAT
* *
131 TTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
131 TTTA-TTATTAATTGTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
181 AGTAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAC-AAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAGATCATAACAATTTGAAA
* * **
245 TAGATAATTA-TTCAATAGTCA-AA-TATTTGAACGT-GTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTT-AA
64 TAAATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TCACTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
304 -A-TTT-TTGTTAATTGTTGG-ATTATTAGTCAGTTTATATTATTTTA-TTCG
128 TATTTTATTATTAATTGTTGGAATT-TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
352 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
396 TTGTTGCTGT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 29, Indels: 22
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
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175 1 0.01
176 2 0.01
177 5 0.03
178 21 0.12
179 7 0.04
180 40 0.22
181 28 0.16
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATA
AATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATAT
TTTATTATTAATTGTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
Found at i:908 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 389--2020 Score: 955
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 178
379 TGTTTTATAC
* * * * *
389 AAAACAATTGTTGCTGTTCGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAAT-TCTAATTTATTAATATTC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATAT-TAATTTATTAAAATTC
* * * * *
453 CAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTATA
64 CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACACGTTCAAATAATTAT-
* *
518 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AGCCTTTGTTTTGTTAT
127 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
570 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAACTGACTAATAA-TC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-AATTC
* * * * * *
634 CAACAA-T--TAA-CAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTTTTGAACACGTTCAAATATTTCTGA
64 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACACGTTCAAATAATTATGA
*
694 CTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TAGTTTGTCAT
129 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGT--TTTGTCAT
* * * * **
744 AAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTCCTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCC
* * *
809 AAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATGA-GTCCAAATAATTATG
65 AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CACGTTCAAATAATTATG
* * *
873 ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCGTTTGTTTTGTCAT
128 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
925 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAGACTAATTTATTAATATT-A
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCC
* ** * * * * *
989 AAAAATTAGT---TGGAAGTTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATCATGTC
65 AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACACGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * ** * *
1050 CATTTGAACTATTTACCAATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGT
130 TATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCAT
** * * * *
1101 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCC
* ** * * *
1166 AAAAATTAATAAG------CTTAAAAACCAAATCTATTTA-CTGGAC-CGGTTTAAATAATTATA
65 AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAC-GTTCAAATAATTATG
* * * * * *
1223 ATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGCTTTGTTTTATCAT
128 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * ** ** * * *
1274 GAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAATATTCT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCC
* * * * * *
1338 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGA-CGAACTA-GTTTAAATAGTTAA
65 AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCGAAC-ACGTTCAAATAATTAT
* * * * *
1400 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTAT
127 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
1453 AAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TC
1 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTC
* * * * * * *
1516 CAAGAAATTAATAAGCAAGGAA-TT-AAAAA-AAATCTA--CAGCCAAACAAGTTCAAATAGTTA
64 CAA-AAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACACGTTCAAATAATTA
* * * * *
1576 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG-CCTTT-TGCTTATCAT
126 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGT-TTTGTCAT
* * * * * * * *
1628 AAAACAATT-ATTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTC
* * ** * *
1691 C-AAAATTTAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAAC--TCAAATAGTT
64 CAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-C-ACGTTCAAATAATT
** * * * ** *
1752 ATGGTTGTTTGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
125 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACCTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** ** * * *
1807 CAAACAATTGTTTTTCA-TCAAACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACCAATTCATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTC
* * * * *
1871 CAAAAATTACTAAGTAGGAGA--T------T--ATCTATTTA-CTGAAC-CAGTTTAAATAGTTA
64 CAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAC-GTTCAAATAATTA
* * * * ** *
1924 TAACTATTTGAACAGTTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTGTTTTGTCAT
126 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCAT
* ** * *
1977 AAAACAATTATTGATGTTCATACCAGCTTATTCAGAATAAAATA
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATA
2021 TTGTTGAACC
Statistics
Matches: 1126, Mismatches: 250, Indels: 161
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 2 0.00
170 47 0.04
171 48 0.04
172 35 0.03
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174 132 0.12
175 137 0.12
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177 107 0.10
178 71 0.06
179 78 0.07
180 114 0.10
181 153 0.14
182 10 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCA
AAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACACGTTCAAATAATTATGACT
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCAT
Found at i:1826 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1795--1831 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
1785 TTATGAACTT
1795 TTGTTTTGTCATCAAACAA
1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
1814 TTGTTTT-TCATCAAACAA
1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
1832 GCCTATTTGG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTGTCATCAAACAA
Found at i:2552 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2026--3606 Score: 1163
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 181
2016 AAATATTGTT
* * ** *
2026 GAACCAGTTCAAATAGTTAAGGGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAC-TTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG
** * * * * * * *
2090 TTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTGAAACAATCTTATTTGGAA-TAAAGTAATGCTAATTTA
65 TTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-CAATTAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * * * *
2154 TTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAACGGTTTTAAAAACTGAATCTGTTGTCTT
129 TTAATATTC-AGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TATC
* * * * * * *
2208 GACCAA-TACAAATTA-TTATTACTGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATTATTATGAACTTTT
1 GAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
** * * * * *
2270 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-TTCGTATAAGCTTA-TTCAGAATAATATAACT-CTAATT
64 GTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAA-TACTAATT
* ** * * *
2332 TATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTATTTATC
127 TATTAATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* ** ** * * *
2387 AAACAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTCGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
2452 TTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATT
66 TTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACTAATTTATT
** * * *
2517 AATATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATT
131 AATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * *
2568 GAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTA
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
2632 TTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTATTTATACAAGCTTA-TTCGGATTAAAATAATATTAATTTA
65 TTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACTAATTTA
** * * * * **
2696 TTAATATTTTGACAATTAATAAACAAAAGATTT-TAAAATAAATATGCTTATC
129 TTAATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* *** * * * * *
2748 AAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGAGCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
** * * * * * * * * *
2813 TTCATAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCTTA-TTCAAAGTAAAATAATACTAATTTAT
66 TTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
2877 TAATATT-ATGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTTTC
130 TAATATTCA-GAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * *
2929 GATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGTCCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-
* * * * *
2994 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAA-TAAAATAATA-TAAATTT
65 TTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTCAATTAAAATAATACT-AATTT
* * * * * *
3057 ATTAATATTCTA-TAAATTAATAAGTCAAA-ATTTAAAAAAGAAATCTATTTTTT
128 ATTAATATTC-AGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
3110 GAACACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTT
1 GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTT
* * * * *
3172 TGTTTTGTC-GT-AATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAGTAATACTAAT
63 TGTTTTGTCATTAAAT--AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACTAAT
* *
3235 TTATTAATATTCCA-AAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C
126 TTATTAATATT-CAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
** ** * * * * * * **
3290 TGAGTAAGTTCAAATAGTTAACACTGTTCGAACAATTATTTGTTTCAAAT-AGTTATTATATTTT
1 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * * * *
3354 GTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTGATTT
64 GTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACTAATTT
** ** ** * * *
3418 ATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATTAATATATTT-GC
128 ATTAATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * **
3470 TGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTCCT
1 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * ** * *
3534 ATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCT
64 GTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACTAATTT
3598 ATTAATATT
128 ATTAATATT
3607 TTGAAGATTC
Statistics
Matches: 1108, Mismatches: 247, Indels: 90
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.00
179 20 0.02
180 457 0.41
181 538 0.49
182 82 0.07
183 5 0.00
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACTAATTTATT
AATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
Found at i:2749 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 2031--3606 Score: 1351
Period size: 361 Copynumber: 4.4 Consensus size: 361
2021 TTGTTGAACC
* ** *
2031 AGTTCAAATAGTTAAGGGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAC-TTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTG
** * * * * * ** * *
2095 TTGTAAAATAATTGTTTCTATTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
65 TCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * ** *
2160 TTCTA-AAAATTAATAAGTAACGGTTTTAAAAACTGAATCTGTTGTCTTGACCAA-TACAAATTA
130 TTC-AGAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TATTGAATAAGTTCAAA-TA
* * *
2223 -TTATTACTGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATTATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCACAAAAC
191 GTTATGACTATTTGAACA-ATTATTTATTTCAAATTATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ***
2285 AATTGTTTCT-TTCGTATAAGCTTATTCAGAATAATATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAA
255 AATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTTGAAA
* ** * *
2348 ATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTATTTATCAAACA
319 ATTAATAAACAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATCAAACA
** * * *
2392 AGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTCGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
2457 CATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATAT
66 CATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
2522 TCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGCTA
131 TCAGA-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTA
* * *
2587 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATG-ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTG
195 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
2651 TTTTTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
260 TTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
* * **
2716 AAACAAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACA
325 AAACAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
*** * * * * * **
2753 AGTTCAAATAGGCGTAACTATTTAAATAATTATCC-ATTTCAAATCATTGTGAGCTTTTGTTTCA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
2817 TAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCTTA-TTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 TCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
2881 ATT-ATGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTT-TTCG-ATCAAGTTCAAAT
129 ATTCA-GAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT-GAAT-AAGTTCAAAT
* * * *
2943 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG-TCCTTTTGTTTTTATCATAAAA
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGAACTTTTTG-TTTTGTCATAAAA
* * * * *
3007 TAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AT
254 CAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGA-
* * * **
3070 AAATTAATAAGTC-AAA-ATTTAAAAAAGAAATCTATTTTTTGAACA
317 AAATTAATAA-ACAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACA
* *
3115 CA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
3178 GTC-GT-AATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAGTAATACTAATTTATTA
64 GTCATTAAAT--AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
3241 ATATTCCA-AAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAGTTCAAAT
127 ATATT-CAGAAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAAT
** * * * * *
3305 AGTTAACACTGTTCGAACAATTATTTGTTTCAAA-TAGTTAT-TA-TATTTTGTTTTGTTATAAA
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTATGAACT-TTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
3367 ATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAA
253 ACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
*** ** * * * *
3432 AATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTAATATATTT-GCTGAACA
318 AATTAATAAACAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATC-AAACA
* * * * * ** *
3476 AGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTCCTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
3540 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAA-AATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAA
65 TCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
3603 TATT
128 TATT
3607 TTGAAGATTC
Statistics
Matches: 972, Mismatches: 198, Indels: 90
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
360 29 0.03
361 600 0.62
362 331 0.34
363 11 0.01
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCAGAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
AACAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
Found at i:3092 original size:542 final size:541
Alignment explanation
Indices: 2247--3245 Score: 1233
Period size: 542 Copynumber: 1.8 Consensus size: 541
2237 AACATTATTT
* ** * * *
2247 ATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTTTCGTATAAGCTTATTC
1 ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTCATAACAAAACAATTGTATCTTTCATATAAGCTTATTC
* * *
2312 AGAATAATATAACTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAA
66 AGAATAAAATAACTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGAGAGTTAAAAAATGAA
** * * *
2377 TCTATTTATCAAACAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATCGTTAT
131 TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
2442 AACCTTTCGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATA
196 AACCTTTCGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTATCTCAATTAAAATAATA
* * * *
2507 CAAATTTATTAATATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAT
261 CAAATTTATTAATATTCAGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTATTGAAC
* * *
2572 A-AGTTCAAATAGCTATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTATTT
326 ACA-TTCAAATAGCTATGA-TAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTTTTATTT
* * * * * * *
2635 TGTCATAAAACAGTTGTTTTTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAA
389 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
2700 TATTTTGACAATTAATAAACAAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGG
454 TATTTTGACAATTAATAAACAAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGG
2765 CGTAACTATTTAAATAATTATCC
519 CGTAACTATTTAAATAATTATCC
* * * *
2788 ATTTCAAATCATTGTGAGCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAATTT-ATATAGGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTCATAACAAAACAATTGTATC--TTTCATATAAGCTTAT
* * * *
2852 TCA-AAGTAAAATAA-TACTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAA
64 TCAGAA-TAAAATAACT-CTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAATAAGAGAGTTAAAAA
* * * * * *
2914 ATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
126 ATGAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATC
** * * *
2979 ATTATGTCCTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAA-TAA
191 ATTATAACCTTTCG-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTA-TCTCAATTAA
* * * * *
3043 AATAATATAAATTTATTAATATTC-TATAAATTAATAAGTCAAA-ATTTAAAAAAGAAATCTATT
254 AATAATACAAATTTATTAATATTCAGAT-AACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTATT
* * * *
3106 TTTTGAACACATTCAAATAGTTATGATAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT
318 TATTGAACACATTCAAATAGCTATGATAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTT
* * ** * *
3171 TTGTTTTGTCGTAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAGTAATACTAATT
383 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATT
3236 TATTAATATT
448 TATTAATATT
3246 CCAAAAATAA
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 68, Indels: 19
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
541 44 0.12
542 258 0.68
543 74 0.19
544 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (541 bp):
ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTCATAACAAAACAATTGTATCTTTCATATAAGCTTATTC
AGAATAAAATAACTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGAGAGTTAAAAAATGAA
TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTAT
AACCTTTCGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTATCTCAATTAAAATAATA
CAAATTTATTAATATTCAGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTATTGAAC
ACATTCAAATAGCTATGATAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTTTTATTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTTGACAATTAATAAACAAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGGCG
TAACTATTTAAATAATTATCC
Found at i:3164 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3117--3166 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
3107 TTTGAACACA
3117 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
3136 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
3152 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
3167 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.39
18 8 0.35
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:4573 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4200--5054 Score: 739
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 179
4190 TATAATGATT
* * * * * * *
4200 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTTTTTTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA--TCTTTTGTTTGTCATAAAAT-ATTGTTTCTGTTCATACAA
* * *
4265 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTAA
63 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAAAATTTA
* *
4329 AAAAATAAATCTATTTGCCT--AGCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
127 AAAAATAAATCTATTT--CTGAACCAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
* *
4382 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAGCATA-TGTTTCTGTTCATACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTGTCATAAA--ATATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * *
4446 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGATGAAAATTTAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAAAATTTAAA
* * * * ** *
4511 AAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTTAAATAATCATGTCCATTGGAACTA
129 AAATAAATCTATTT-CTGAACCAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
** * * * **
4562 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAAGTTTTG--T-T--TACAA-ATTGTTTTTATTCATACAAAAT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAATATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
** *
4621 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG-AG---ATTTAAAAA
66 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAAAATTTAAAAA
* * * *
4682 CTAAATCTACTTCTTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
131 ATAAATCTATTTC-TGAACCAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
* * * * *
4731 TTATTTATCTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTCGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTT-GTCAT-AAAATATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * ** * * * *
4795 CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAG-AGATTTAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAGAAAATTTAA
* * * * * * * *
4859 AAAATAAATATGTTTGTAGAA-CTAGTTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAA
128 AAAATAAATCTATTTCT-GAACCAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
* * ** *
4911 TTTTCTATTTCAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA-TA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTT-GTCATAAAAT-ATTGTTTCT-GTTCATACAA
* * * *
4974 GACTTATTTAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
63 G-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-AAGAAAATT
5038 TAAAAAA-AAATCTATTT
125 TAAAAAATAAATCTATTT
5055 ATTGAACATT
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 108, Indels: 59
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 62 0.12
170 3 0.01
172 3 0.01
173 63 0.12
174 1 0.00
175 6 0.01
176 55 0.10
177 1 0.00
178 3 0.01
179 6 0.01
180 219 0.41
181 76 0.14
182 32 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAATATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAAAATTTAAAAA
ATAAATCTATTTCTGAACCAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
Found at i:4920 original size:349 final size:350
Alignment explanation
Indices: 4275--5027 Score: 799
Period size: 349 Copynumber: 2.1 Consensus size: 350
4265 GCTTATTTGG
4275 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG---AAAATTAAAAAAATAAATC
* * * *
4340 TATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
63 TACTTGCCTACCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGA
** *
4405 TCTCTTGTTTGTCATAAAGCATATGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
128 TCTCTTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
** * * * *
4470 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGATGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAG
193 AAATAATAATATTCCAAAAATTAATAACAAGAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAG
* *
4535 TTTAAATAATCATGTCCATTGGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAGTTTTGTTTACAAA
258 TTTAAATAATCAAGTCCATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAGTTTTGTTTACAAA
4600 TTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAA
323 TTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAA
* * * * *
4628 AATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTAC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAC
* * *
4692 TT-CTTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGAT
66 TTGCCT--ACCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGAT
* * * * * *
4755 -TTTTGTTTCGTCATAAAAAA-ATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCT
129 CTCTTGTTT-GTCATAAAAAATA-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
** * * *
4818 AAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTAGAAC
192 AAAATAATAATATTCCAAAAATTAATAA-CAAGAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAA-
* * * * * * ***
4881 T-AGTTTAAATAGTTAAGAT-TATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTATGGCCTTTTGTTT
254 TAAGTTTAAATAATCAAG-TCCATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAGTTTTGTTT
* * * *
4944 AGTCATAAAATAAT-TGTTTTAGTTCATATAGACTTATTTAA
318 A--C---AAAT--TGT-TTTTA-TTCATACAAAATTATTCAA
* *
4985 AATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAG
5028 CAAGAAATTT
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 50, Indels: 32
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
348 11 0.03
349 206 0.62
350 8 0.02
351 1 0.00
353 41 0.12
354 4 0.01
355 1 0.00
356 9 0.03
357 51 0.15
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (350 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAC
TTGCCTACCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCT
CTTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAA
TAATAATATTCCAAAAATTAATAACAAGAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTT
AAATAATCAAGTCCATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAGTTTTGTTTACAAATTG
TTTTTATTCATACAAAATTATTCAA
Found at i:7636 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 7114--7873 Score: 602
Period size: 179 Copynumber: 4.3 Consensus size: 178
7104 AACTGCCATG
* * * *
7114 TGAACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTC
* * ** *
7179 ATATAAGTTTATTTATAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTGATAA-T--TAA-TAAGA
65 ATA-AAGTTGA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * *
7239 GATTTAAAAAATAAATCTG--TATAAAATTAGTTCAATTAGTTATAACAATT
127 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * *
7289 TGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTATT
* * * * * *
7352 GATAAAATCCT-ATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAA
64 CATAAAGT--TGA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * ** * ** * *
7415 TG-GATTTAAAAAATGAATCT-ATTGGCATGACCGGTACAAATAGTTATAATTATT
125 -GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * *
7469 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTGTTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCA
* **
7534 TACAA-TTGATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
66 TA-AAGTTGATTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
7598 TTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATT
129 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * ** * * * * *
7648 TAAATAGTTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATATTTTTTTTGTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTT-TATT
* * * * * *
7713 CATAAATGCTTGTTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATAATTT-GACAACTAATAAGTAA
64 CATAAA-G-TTGATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
7776 -ATGATTTAAAATATGAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATT
125 GA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* *
7830 TGAACAATTATATAATTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
7874 AATAGTCATA
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 90, Indels: 54
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
174 39 0.08
175 47 0.10
176 3 0.01
177 3 0.01
178 24 0.05
179 126 0.27
180 85 0.18
181 24 0.05
182 99 0.21
183 9 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCA
TAAAGTTGATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
Found at i:7664 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7628--7669 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
7618 ATCAAACAAA
7628 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTAT
7647 TT-AAATAGTTAT-CTAT
1 TTCAAATAGTTATACTAT
7663 TTCAAAT
1 TTCAAAT
7670 CACTATAACC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
17 4 0.18
18 10 0.45
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAGTTATACTAT
Found at i:8192 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7871--8675 Score: 836
Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 179
7861 TTTTGTTTTG
* * * * *
7871 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * * * * * *
7936 TAATATTTGGAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGTTTATATGAACAGAAATA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAT-GAATAAGTTGATATGAACAAAAACA
* * * * *
8001 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
*
8052 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTA
* *
8115 GTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATATG-AATAAG-TTGATATGAACAAAA
* * * * * *
8178 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGT
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * *
8232 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTAAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * * *** *
8297 TAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TATGAATAAGTTGATATGAACAAAAACA
* * * *
8362 ATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCGTAACGATTTGAAATAAATAATTAC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * * * *
8413 TCAAATAGTTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA--TTTAAAATTTTTTTCTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTAT
* * *
8476 TAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTG-TATGAACAAAAAC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATATGAATAAG-TTGATATGAACAAAAAC
* * * *
8540 AATTGTTATATGAGAAAACTAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTAT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * *
8592 T-AAATAATCATAACTGTTTAAACTTATTCGATAAATAGATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
8656 TAATTGTTT-AAATATTAATA
65 TAATT-TTTGAAATATTAATA
8676 GGCTAAAACA
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 92, Indels: 37
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 30 0.06
179 110 0.21
180 186 0.36
181 182 0.35
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATGAATAAGTTGATATGAACAAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
Found at i:20555 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 20400--20568 Score: 214
Period size: 91 Copynumber: 1.9 Consensus size: 91
20390 CAAGTAACTA
* * ** *
20400 CCCGCACCAAGGCCCAGCATGTACCGATGGTGTTCAAGGCAACCGCCTATACCAGGGGCCATCTT
1 CCCGCACCAACGCCCAGCACGTACCGATGGTGTTCAACACAACCGCCTACACCAGGGGCCATCTT
*
20465 CTATCGATGGTGGATCGCGGCAACCG
66 CTACCGATGGTGGATCGCGGCAACCG
** * * *
20491 CCCGCACCAACGCCCAGCACGTGTCGATGGTGTTCAACATAACTGTCC-ACACCAGGGGCTATCT
1 CCCGCACCAACGCCCAGCACGTACCGATGGTGTTCAACACAACCG-CCTACACCAGGGGCCATCT
*
20555 TTTACCGATGGTGG
65 TCTACCGATGGTGG
20569 TCAAGGAAAG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 12, Indels: 2
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
91 63 0.97
92 2 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (91 bp):
CCCGCACCAACGCCCAGCACGTACCGATGGTGTTCAACACAACCGCCTACACCAGGGGCCATCTT
CTACCGATGGTGGATCGCGGCAACCG
Found at i:20711 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 20662--20851 Score: 159
Period size: 45 Copynumber: 4.2 Consensus size: 45
20652 ATGCTATTCA
* *
20662 AGGCAACCACCCGCACCAAGGCCTAGCATGTCCCAATGGTGTTTG
1 AGGCAACCGCCCGCACCAAGGCCTAGCATGTGCCAATGGTGTTTG
* * * * * * *
20707 AGGCAACCGTCCGCACCAGGGGCC-ATCTTCTGCCGATGGTGGTTG
1 AGGCAACCGCCCGCACCA-AGGCCTAGCATGTGCCAATGGTGTTTG
** * * * * * * *
20752 AGGCAAGTGCCCGCACCAAGG-GTCAACTTGTACCGATGGTGCTCG
1 AGGCAACCGCCCGCACCAAGGCCT-AGCATGTGCCAATGGTGTTTG
* * *
20797 AGGTAACCTCTCGCACCAAGGCCTAGCATGTGCCAATGGTGTTTG
1 AGGCAACCGCCCGCACCAAGGCCTAGCATGTGCCAATGGTGTTTG
20842 AGGCAACCGC
1 AGGCAACCGC
20852 ATGGACCAGG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 33, Indels: 8
0.72 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.02
45 101 0.94
46 5 0.05
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.29, T:0.19
Consensus pattern (45 bp):
AGGCAACCGCCCGCACCAAGGCCTAGCATGTGCCAATGGTGTTTG
Found at i:20741 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 20602--20850 Score: 327
Period size: 135 Copynumber: 1.8 Consensus size: 135
20592 GGCCGACTTG
* * * * *
20602 TGCCGATGGTGGTCGGGGCATGTGTCAGCACCAAGGCCCAGCACGCACCGATGCTATTCAAGGCA
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCAGCACCAAGGCCCAACACGCACCGATGCTACTCAAGGCA
20667 ACCACCCGCACCAAGGCCTAGCATGTCCCAATGGTGTTTGAGGCAACCGTCCGCACCAGGGGCCA
66 ACCACCCGCACCAAGGCCTAGCATGTCCCAATGGTGTTTGAGGCAACCGTCCGCACCAGGGGCCA
20732 TCTTC
131 TCTTC
* * ** ** * * * * *
20737 TGCCGATGGTGGTTGAGGCAAGTGCCCGCACCAAGGGTCAACTTGTACCGATGGTGCTCGAGGTA
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCAGCACCAAGGCCCAACACGCACCGATGCTACTCAAGGCA
* * *
20802 ACCTCTCGCACCAAGGCCTAGCATGTGCCAATGGTGTTTGAGGCAACCG
66 ACCACCCGCACCAAGGCCTAGCATGTCCCAATGGTGTTTGAGGCAACCG
20851 CATGGACCAG
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 19, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
135 95 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.30, T:0.19
Consensus pattern (135 bp):
TGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCAGCACCAAGGCCCAACACGCACCGATGCTACTCAAGGCA
ACCACCCGCACCAAGGCCTAGCATGTCCCAATGGTGTTTGAGGCAACCGTCCGCACCAGGGGCCA
TCTTC
Found at i:22042 original size:150 final size:148
Alignment explanation
Indices: 21736--22069 Score: 377
Period size: 150 Copynumber: 2.2 Consensus size: 148
21726 GGAACCATTG
* *** * * *
21736 TATGAATTTACAAGCCATAAAAATTACATTGGCATGGCAGATATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
1 TATGAATTCACAAGCCATAAAAATGGTATTGGCATGGCAAAAATATGAAGATGTGCCCAAACCCA
* * * * ** *
21801 CCTACCACCCGATTGTGGCATGCATGGTGCTCGGCTCGGGCTCAGGACACCCACGTGTGGTGTGC
66 CCTACCACCCAATCGTGG-ATGCATGGTGCTCGCCTCAGGCTCAGGACACCCACACGTGGTGCGC
*
21866 GGGCACTGGGGAGTGCTCA
130 GGGCACTGGGGAGGGCTCA
* *
21885 TGTGAATTCACATGCCATAAAAATGGTATTGGCATGGCAAAAATATGAAGATGTGCCCAAACCCA
1 TATGAATTCACAAGCCATAAAAATGGTATTGGCATGGCAAAAATATGAAGATGTGCCCAAACCCA
* *
21950 CCTACCACTCAATCGTGG-TGCGTATTGGTGCTCGACCT-AGGCTCAGGACACCCGCACGTGGTG
66 CCTACCACCCAATCGTGGATGC--A-TGGTGCTCG-CCTCAGGCTCAGGACACCCACACGTGGTG
* *
22013 CGTGGGCATTGGGGAGGGCTCA
127 CGCGGGCACTGGGGAGGGCTCA
***
22035 TATGAATTCATGGGCCATAAAAATGGCT-TTGGCAT
1 TATGAATTCACAAGCCATAAAAATGG-TATTGGCAT
22070 ATGGAGTTCT
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 25, Indels: 9
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
147 3 0.02
149 72 0.46
150 77 0.50
151 3 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.27, T:0.23
Consensus pattern (148 bp):
TATGAATTCACAAGCCATAAAAATGGTATTGGCATGGCAAAAATATGAAGATGTGCCCAAACCCA
CCTACCACCCAATCGTGGATGCATGGTGCTCGCCTCAGGCTCAGGACACCCACACGTGGTGCGCG
GGCACTGGGGAGGGCTCA
Found at i:22441 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22417--22453 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
22407 GCATACGGAG
*
22417 TTCATTCCTAGTCTAAGCA
1 TTCATTCCCAGTCTAAGCA
22436 TTCATTCCCAGTCTAAGC
1 TTCATTCCCAGTCTAAGC
22454 TCGGATCAGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
TTCATTCCCAGTCTAAGCA
Found at i:22739 original size:157 final size:158
Alignment explanation
Indices: 22490--22915 Score: 473
Period size: 158 Copynumber: 2.7 Consensus size: 158
22480 CAAAACCTAC
* * * *
22490 AGCACGCAGAGGGGGATCGGGTCGATCCTCGGCTTACGCA-TCTACCTCTTTGGCCTGCTCAGTG
1 AGCACGCAGAGGGGGATCGGGTCGATCCTTGGCTTACGCATTTTGCCTCTTTGGCCAGCTCAGTG
* * * * *
22554 TCCACACGCTCGTTTCGTGTGTTAACTTAGGCATATGGAGTT-ATTCTCAATCTAAGCACCAGTC
66 TCCGCATGCTCGTTTCATGGGTTGACTTAGGCATATGGAGTTCATTCTCAATCTAAGCACCAGTC
* *
22618 AGACCGAGGGACCCACAGTAGGATCGGT
131 AGACCGAGAGACCCACAGCAGGATCGGT
* * * *
22646 AGCACGCAGAGGGGGATCGGGTCGATCCTTGGCTTGCTCATTTTGCCTCTCTGGCCAGTTCAGTG
1 AGCACGCAGAGGGGGATCGGGTCGATCCTTGGCTTACGCATTTTGCCTCTTTGGCCAGCTCAGTG
* * * * *
22711 TCCGCATGCTCATTTCATGGGTTGACTTAGGGATATGGAGTTCATTCTTAGTCTAAGCCCCAGTC
66 TCCGCATGCTCGTTTCATGGGTTGACTTAGGCATATGGAGTTCATTCTCAATCTAAGCACCAGTC
* * * *
22776 GGATCGAGAGACCTACAGCAGGATCTGT
131 AGACCGAGAGACCCACAGCAGGATCGGT
* * * * * * * *
22804 AGCCCACTGAGGGGGA-CTGGGTCGATCCCTAGCTTACGAATTCTAG-CTCTTTGGCCGGCTCAG
1 AGCACGCAGAGGGGGATC-GGGTCGATCCTTGGCTTACGCATT-TTGCCTCTTTGGCCAGCTCAG
** * * *
22867 TACCCGCATGCTTGTTTCATGGGTTGACTTAGGCATATGTAGTGCATTC
64 TGTCCGCATGCTCGTTTCATGGGTTGACTTAGGCATATGGAGTTCATTC
22916 CCAGTCTTGA
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 43, Indels: 6
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
156 37 0.17
157 55 0.25
158 129 0.58
159 2 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.25, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (158 bp):
AGCACGCAGAGGGGGATCGGGTCGATCCTTGGCTTACGCATTTTGCCTCTTTGGCCAGCTCAGTG
TCCGCATGCTCGTTTCATGGGTTGACTTAGGCATATGGAGTTCATTCTCAATCTAAGCACCAGTC
AGACCGAGAGACCCACAGCAGGATCGGT
Done.