Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168226.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_46, whole genome shotgun sequence
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* *
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* *
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* * *
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*
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* ** * *
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*
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* *
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GAATCTTTGAAATTTTAGATGT
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** *
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* *
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*
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*
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* * *
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*
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* * * *
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** *
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* *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* *
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*
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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*** * * * * *** *
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* * ** * * * * * * *
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1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * *
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** * * * * *
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1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* *** *
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** ***
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* ** * * * * * **
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* * * ***
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* *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** * ** *
119926 TAGAAAAAATAATTCTGTGACAAAACAAAAGGAT-ATAGTGATTTAAAATAGGTAACTGTTCAAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
** * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
120286 -AAAACATTTGTTTTACGATAAAATAAGAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATA
1 TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * * * *
120349 GCCTTAACTATTTGAAC-TGCTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTT
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* * * * * *
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* * * * *
120464 CATAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * **
120529 AATTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** * *
120584 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATG-A
130 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * **
120634 TGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC-AAAGTTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTAAAAA
1 T--AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
** * ** ** ** *** * *
120698 TAGCCTTAACTATTTGAACTAATTTAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATT
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** * * * * * * * *
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129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
120815 CTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAAT
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* * * *
120880 AATCATAAATATTTGAACTTGTTCTATAAACAGA-TTA----TTAAAT-TTCTTGCTTATTAATT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATT
* * ** ** * *
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* * * * * * * * *
120991 CTGAAACAATTAATTTATGACTAAACAGAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
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* * * *** * *** *
121056 AA--ATCAATTGTTT-TA--TGATAAAATAAAAAGTCATAATGATATTAAAAATATAAT-TGTTC
65 AATCAT-AACTATTTGAACTTG-TTCGAT--AAA--CA-AAT-TTATT--TTTTA-AATCT-TTT
** * * ** *
121115 AAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTCGATAAACAAAT-TTATTTTTTCAAATTTCTTGCATA
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** *
121178 TTAATTTTTGAATGTTAA
167 -TAA-GCTTGTATG--AA
* **** * * ** * ** * * * *
121196 TAAATTAGTATTATTTTAT--TTTGA-ATAAGCTTGT-ATGAACT-AAAAAAATTATTATAT-GA
1 TAAAATA--ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT-TCAA
* * *** ** * * * *
121255 CTAAACA-AAAGGTCAGAA--TGATTTGAATTAGA-TAA-TTA--TTTTAATAGTC-TTAAC-TA
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* * * ** * * * *
121311 TTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATATTTTA-AATCTCTCTTCAATTTTTGAA-ATA--TTA
123 -TT-AA-T-TTTC---AAA-ATATTAATAAATTAGTAT-TAT-TT-TA-TTTTGAATA-AGCTTG
*
121372 T-TAAA
175 TATGAA
* * * * * ** * * * ** * *
121377 T-TAGT-ATTATTTT-T-ATC-TAA-ATAAGCTTGT-ATGATTAGAAA-CAATTGTTTTATGAAA
1 TAAAATAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT-T---C
* *
121434 AAAGTAAGATCATAA-TAATTTGAGA-TTGGTATTTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAGCTA
61 AAA-T-A-ATCATAACT-ATTTGA-ACTT-G--TTCGAT--AA-A--CA-AATTTATTT----T-
* ** *
121496 GTTCGGAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAG
107 -TT------A-AA---T--CTTTT--A-------CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG
* * *
121561 TATTATTTTATTTCTG-ATAAGGTTTTATAAA
150 TATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * *
121592 TTGAATTTTTTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCAAATAAC--TTT-AAATAGATAATTGTTCA
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTC--ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * *
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62 AATAATCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTAT
** * * * *
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* * * * ** * * * *
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1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
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65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** * * * * *
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130 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
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1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * *
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65 AATCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * ** *
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129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
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1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* ** * * * * * ** ** *
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64 T-AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *** *
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128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
** * * ** * *
122310 TATAAACCATT-TCTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAAATATTT-AAATAACT-A-T-TTGAAC
1 TA-AAATAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA-
* ** * * * * *
122370 TTGCTCATATACAGATTT--A-TT-TT---TAAATC--TTTTACTTATT-AAT-TTTTGGA-ATA
63 ATAATCATA-AC-TATTTGAACTTGTTCGATAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTT--ACTTA
*** * * * * * * * ***
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123 TTAATTTTCAAAATATTA-ATAAATT-AGTAT-TATTT-TATTTTGA-ATAAGC-TT--G--TAT
122484 GACA
178 GA-A
* ** * * * * **
122488 -AAACA-AATGGTCATAACTTTATGA-AATAGATAATCGTTCA-AA-TAGTCAT-AACTATTTGA
1 TAAA-ATAAT--T-AT---TTTATGACAA-A-ACAAAAGGTCATAACGA-T-TTGAAATAAAT-A
* * * * * * * * * ** **
122547 ACGTGTTTAGAA-AAT-A-GACTTAGTTTTAAAATTTTTAGTTATTA-ATTTTTGAAATATTAAT
54 A-TTGTTCA-AATAATCATAAC-TA--TTTGAACTTGTTCGATA-AACAAATTT---AT-TTTTT
* * * * * **
122608 AAAT-TTATA-TTATT--TTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAACAATTGTT-TTTTGAC
109 AAATCTTTTACTTATTAATT-TTCAAAAT-A--TT-AATAAATTAG-TATTATT-TTATTTTGA-
* *
122667 A-AAAC----A-AAA
166 ATAAGCTTGTATGAA
*** * * ** **
122676 TGTCATAATGATTTGAAATAGA-AAATTATTCAAATA-GTCATAATTATTTGAAAT---TGTTTG
1 TAAAATAATTATTT--TAT-GACAAA--A--CAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTG
* * * ** ** * *
122736 GT-AAATATATTCAT---T-TTTAAATCTCT-TACTC-AT-TA-ATTTTTAAAATATTAATATAT
58 TTCAAATA-A-TCATAACTATTTGAA-CT-TGT--TCGATAAACAAATTT-ATTTTTTAA-ATCT
** * *** ** ** ** *
122792 TAGTGTTGTT-TT-ATTTTGAATAAGCCT-ATAGAACTGATACAATTGCTTTATGATGAA-ACAA
115 T--T-TACTTATTAATTTTCAA-AATATTAATA-AA-T--TAGTATTATTTTATTTTGAATA-AG
**
122853 AATGTCAT-AA
171 CTTGT-ATGAA
* * * *** * * ** ***
122863 TAATTTGGAATAAATA-ATTAT-TCAAATA-GTTACGAC-TATTTGAATTTGTTCGGTAAACTAT
1 TAA-----AATAATTATTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATA-ACG-ATTTG--AAATAAA-TA-
* * * * * * * ** * * *
122924 TTATTTTTAAAATATTTTACTTATTACTTGTCAAAATATT-AATAAATTAATATTATTTTAATCA
54 --ATTGTTCAAATA-ATCA-TAACTA-TT-TGAACTTGTTCGATAAA--CA-A--A-TTT-AT--
** * * *
122988 AAATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-TGAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-ATT
104 ---T-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
*
123051 GAAATAAACTTGTATGAA
164 G-AATAAGCTTGTATGAA
* * * * **
123069 TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAAT
1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * ** *
123134 AGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATATCCTACTTCTTAATTT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * *
123199 TTAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
130 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
123250 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * *
123315 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-
** * * * * *
123380 TT-TGAATATTAATAAATTTGTTTTATCTGA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAA
129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAA
* * ** ** *
123431 TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAAT
1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
123496 AGTGATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTCAGTTTTTAAATATTTTACTTCTTAATTT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * *
123561 TTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
130 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
123612 CAGAAACAATTATTTTCTAACAAAACAAAAGGTCATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAAC
1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
123677 AATCATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCAAACATATTCATTTTTTAAATCTGTTA-TGTATTAAT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAAT
* * * * *** ** *
123740 TTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAGTGTATCAA
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *** *
123793 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATTTTTTGAAATAAATAATGGTTCAAAT
1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
123858 TATTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * *
123919 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTTGAACAAACTTATATGAA
130 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * *
123969 CAAAA-ACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTC---
1 TAAAATA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * ** * *
124030 --AT-ATAGC--TTT-AACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
64 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* ** * * * *
124089 TTCATAATATTGTTAGATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAA
129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
124141 CCT-AAATAATTATTTTTTGAGAAAAAAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAA
1 --TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * ** * * * ** *
124205 CAATCATAACTATTTCAACAGGTTCGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCGTACTCATTAATT
64 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * ** ** *
124269 TTTGAAATAATAA-AAATTAGAATTATTTTATTTCAAATGGGCTTATATG-A
129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * **
124319 TGCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTGAA
1 T--AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
*** * ** * * *** * *
124384 TGGCCA-AATTATTTGAACTAATTTGATAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAAT
64 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAAT
* * * *
124448 TTT-GAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTCG-ATAAG-TGTTTATGAA
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCT-TGTATGAA
* ** * * * * * * *
124500 TTGAAGCAATTGTTTTATTATAAAATAAACA-GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * *** **
124564 TAGTCTTAAGTATTTGAATTTGTTCGGTAAATTGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAA
64 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA
*** * * * * *
124628 TTTTTTGAATGTTAATAGA-TAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGCAC
127 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AA
* * * * * * * * *
124682 TAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGAT-AGAACAATTTGATAGAGATAATTATTCTAAT
1 TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
124746 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATT
* ** * * *
124810 TT-AAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAA
129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
124861 CAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAATGGTTTGAGATAGATAATTATTCAAAT
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
** * * * * * * * *
124925 TGTCATAACTATTTGAA-GTGGTCTGGTCAATAGATTCAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * **
124985 TTTAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA
129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * *
125037 TAAAA-ACATTTATTTTACAATAAAAGAAAATATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTGA
1 TAAAATA-A-TTATTTTATGACAAAA-CAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * *
125101 AATAGTTATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAG
62 AATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
** * *** *
125166 TTTTTGAAATATTTATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA
127 TTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
125220 -AAGAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATATATTATTGTTTAGA
1 TAA-AA-TAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * *
125284 TAGTCATAACTATTTGCACTTATCTGGA-AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
64 TAATCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* ** ** * *
125348 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACATCAAATAAGTTTATATGAA
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *** * * * * * *
125401 CTGAAACAATTGTTTTATTTTAAAAGAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATT-TCTCAAA
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAA
* * * * * *
125465 TAGTCATGAA-TATTTGAATTTGTT-TAGTAAACATATTTATTTTTTAAGTCTTTTTCTTATTAA
64 TAATCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * *** * *
125528 TTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAGTCCAAATAAGCTTTTATAAA
127 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
125582 CAAAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
125647 AGTCATAACAAGTTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAA
65 AATCATAACTATTTG----AACT---TGTTC-GATA--AACAA--ATTT--A-TT-TTT--TAAA
** * * ** *
125712 TAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATTAGTTGTCTTAATACTAATGAATATGTATTATTTTA
112 T-CTTTTA-CTTATT-AA--TTTTC--A--A--AATATTAATA--AAT---TA-GTATTATTTTA
*** *
125777 TTCAAAATAAACTTGTATGAA
160 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** * * *
125798 TAGAGTAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATCTCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 TAAAAT-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
125863 AGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
*** * * * * *
125928 TTGGAATGTTAAT-AAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAA
130 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * *
125978 TTGAAATAATT-TTTTATGACAAAGTAAATA-GTTATAACAATTTGAAGTAAATAATTATTCAAA
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
126041 TAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAAGC-TATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA
64 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-CAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA
* * ** *
126104 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCT-AATAAGCTTTTATGAA
127 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
126158 CAGAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGCCATAATGATTTGAAATAAAGACTTCTTCAAAT
1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
126223 ATTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTAATAAATAGATTTATTTTGTAAATC---T-CTTATTAATT
65 AATCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * * * * * *
126283 TTTGAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATG-A
129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * **
126334 TCAAAA-ACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAA
1 T-AAAATA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * *
126397 A-AATCATAATTATTTGAAC-TGGTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
63 ATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *** *
126460 TTTCAAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * *
126513 TTCAAAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTC
1 -T----AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* ** * * ** * * * * * * *
126578 ATATAATTTTAAATATTTAAACAGGTTTGACAAACAAATCTATTTTTTAATTCTCTTAGTAATTA
61 AAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * *
126643 ATTTTCAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
126 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * ** * *
126698 CAAAAATAATTGTTATATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAAT
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * ** * *
126763 AGTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** * * *
126826 TTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA--TT-TTTT-AATAAGCTTGAATG-T
130 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
126872 TCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACA
1 T--AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
*** * ** * * * **
126937 GGTTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCACTTACTTA-T--TT
64 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * *
126999 TT-AGAATATTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATTAGCTTGTATGAA
129 TTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * **
127051 CTAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATGT
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * * * *
127116 AGTCTTAACTGTTTGAACTACTTCAACAAATAGACTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * *
127181 TCAAAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA
130 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * *
127232 CTAAAACAATTATTTTACAACAAAAAAAAAAAGGTTATAACAATTTG----AAAT-A--GGT-AA
1 -TAAAATAATTATTTTATGAC--AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
127289 TTACTCA-AA-TA--AGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
63 ATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
** * * * * *
127350 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAACAGGCTTGTATG-A
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * * *
127402 T-GAA-AA-GGTTTT-TCACAAAAACAAAAGTTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 TAAAATAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
*** * * * * * * *** *
127463 GCCCATAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAATAGATTCCCTTTTTAAATCACTTT-CTTATTAAT
65 AATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTATTAAT
** * * *
127526 TTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAA
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * ** * * * *
127579 CTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTTAATATACAATTATTAAAAT
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
127644 AGTTGTAACTATTTGAATTTGTTTAGA-AAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTT-TGTAA
65 AATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTAT-TAA
** * * * *
127706 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAA
127 TTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * **
127760 CTTAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAGCAATTGTTCAAAT
1 -TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
127825 AGTCATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATT
65 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT
** * * * *
127890 TT-TGAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATT
129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-A
* * * * * ** * * * *
127942 TGAAACAAATA-TTT-TGACTAAA-AAAAGGTTAGCATGATTT-AAAAAAATAATTATTCTAATA
1 TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
128003 GTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACACATTT-TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTT
66 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** * * *** * *
128063 TGAAATATTATTAAATTACTATTATTTTCA--ACCAAGTAAGCTTTTAAG-A
131 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * ** *
128112 TCAGAAACAATTCTTTTATTAGAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATAAGTGTTCAAA
1 T-A-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
** * * * *
128176 TAATCATAACTATTCAAACTAGTTTGATAAA-AGGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
64 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
** ** * *
128240 TTTTGAAATATTAATATGTTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTT-TAATG-A
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAA
* * * * *
128292 TCAAAAGCAACTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
1 T-AAAA-TAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
*** * * * * * *
128357 TGGCCACAATTATTTTAAC-AGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
64 TAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * ** *
128421 TTT-GAAATATTATTAAATTTGTATTCTTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAA
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** ** *
128473 TAAAA-AATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATA
1 TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * **
128537 TTCTTAACTATTTGACCTGGTTC-AGTAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGT
66 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-T
** * ** **
128600 TTT-GGAATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAATAAAATAATATGAA
128 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * * * * *
128651 TAGAAGCAATTGTTTGATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAAT
1 TA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
128716 AGTCAAAACTATTTGAA-ATGATTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATT
65 AATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * **
128780 TTTTAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATGTTGAATAATTTTGTATGAA
129 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * *
128832 TAAAAATAATTATTTTATGAC--AACAAAATTTCATAGCAATTTCAAATAAATAATAGTTCAAAT
1 T-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * *
128895 GGAT-ATGACTATTTGAAAATGTTCAATAAATAACTTTATTCTTTAAATCT
65 -AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
128945 CCAACTCATT
Statistics
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TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
Found at i:119865 original size:361 final size:361
Alignment explanation
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118488 ACAATTGTTC
* * * * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * ** *
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* * ** * * * *
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192 CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATA-AATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTA-
* * * * *** *
118750 TTCAACAAACACATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAG
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* * * *** * * * *
118815 TGTTATTTGAATCCAAATAAGCTTGTTTGAAAAGAAAAAATCGT-TT
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* * * * * * * * * * * *
118861 TATGATAAAA-TAAAGATTATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTG
* *** * * * *
118925 AAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTCAAAATATTAAT
66 AACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAGAATATTAAT
* * * * ** * * *
118986 AGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATTAA-AAGAAATAATTATTTTATGACAAAAT
129 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAATAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
119050 AGAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGACATAATTATTTGAACTTGTTCG
193 AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCG
** * *
119114 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-CTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTGGTATT
257 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTC-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
119178 ATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAATAGAAATAATTAGAT
321 ATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTA-TT
* * * * *
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1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTG
* *** *
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66 AACTTGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-ATTTTGAGAATATTAAT
* * ** * *
119346 AAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGGAACAATTATTTTATGATAAAA-A
129 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
* * *
119410 TGAAATGTCATGACTATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTTATTCG
194 --AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCG
* * *
119474 ATAAATAAATTTATTTTGTAAATTTTTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
257 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
119539 TTTTATTTTGAATAAGCCTATGTGAACTA-ATAGAATTATT
322 TTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAA-TAGAAAAAATTATT
** * * **
119579 TATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAATTATGCCTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTG
* * * * **
119644 AACTTGTTCAATAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTAATTGCTTGTTGA-AATATTAATA
66 AACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAGAATATTAATA
* * *
119708 AATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTTATGACAAAACA
130 AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTA-TTTTATGACAAAACA
*
119773 AAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCGAT
194 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCGAT
* * * * * * **
119838 AAATAGATTT-TTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTTTTATTATT
259 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
119902 TTA-ATTGAAATAAGCCTGTATGAATAGAAAAAATAATT
324 TTATTTTG-AATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATT
* *** * * *
119940 CTGTGACAAAACAAAAGGAT-ATAGTGATTTAAAATAGGTAACTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 -TATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACTATT
* * * * * * * * * *
120004 TCAACTTGTTCGATAAACAAATTTAGTTCTTACATCTCTTATTTATAAATTTTTAGAATGTTAAT
64 TGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAAT
** * * * * * * *
120069 AAATTAGCATTACTTTATTTTAAATAAGATTGTATCAATAGAAAA-AATTATTTTACGACAAAAT
129 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAAC
** * * * * * *
120133 AAATTGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATGGAACTGGT-TTA
193 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACT--TATTC
* * * **
120197 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAAAATT
256 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * *
120257 ATTTTATTCTGAACAAACATATATCAGCA-AAAACATTTGTTT
321 ATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAA-AATT-ATT
* * * * * * * ** *
120299 TACGATAAAATAAGAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGCCTTAACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTG
* * * * *
120363 AAC-TGCTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTATAATATTATTA
66 AACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATA
* * * *
120427 GATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTTTTTTATGACAAAACAA
130 AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * ** * *
120492 AAGGTTATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTGGTTTGGT
195 AAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCGAT
** * **
120556 AAAC-AA---A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
259 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
120611 TTATTCTGAATAGGCTTGTATG-AT-GAAAAACAATTGTTT
324 TTATTTTGAATAAGCCTATATGAATAG-AAAA-AATT-ATT
* * * * * ** ** *
120650 TAAGACAAAAC-AAAGTTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTAAAAATAGCCTTAACTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACTATTT
** * ** *** * * *
120713 GAACTAATTTAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGA-AATACTAAT
65 GAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAGAATATTAAT
* * * * ** * * ** * * *
120777 AAAGTAATAGTATTTAATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
129 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
120842 AAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTA
194 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCGA
* * * * * **
120906 TAAACAGA-TTA----TTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAAAAAGTATTA
258 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * *
120965 TTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACT-GAAACAATTAATT
322 TTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAA-TAGAAAAAATT-ATT
* * * ** *
121006 TATGACTAAACAGAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAA
121046 TTGTTCTAAT
Statistics
Matches: 1745, Mismatches: 369, Indels: 148
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
347 4 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
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352 6 0.00
353 1 0.00
354 1 0.00
355 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTG
AACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAA
ATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCGATAA
ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATT
Found at i:121256 original size:244 final size:239
Alignment explanation
Indices: 120821--121300 Score: 631
Period size: 244 Copynumber: 2.0 Consensus size: 239
120811 TGAACTGAAA
* * * *
120821 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAATCAT
1 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATATTAAAAAGATAATTATTCAAATAATCAT
* * * * *
120886 AAATATTTGAACTTGTTCTATAAACAGATTATTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTA
66 AAATATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTATTAAATTTCTTGCATATTAATTTTCTAAATGTTA
* *
120951 ATAAAAAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAACAATTAATTTATGACTAAA
131 ATAAAAAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAAAAATTAATTTATGACTAAA
* *
121016 CAGAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAAAT
196 CAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAAT
* * * *
121060 CAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGATATTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATATTAAAAAGATAATTATTCAAATAATCAT
* *
121125 AACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCATATTAATTTT-TGA
66 AAATATTTAAACTAGTTCGATAAACAAA-TTA----TT-AAATTTCTTGCATATTAATTTTCTAA
** ** * *
121189 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATT-ATTATAT
125 ATGTTAATAAAAAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAAAAATTAATT-TAT
* * *
121253 GACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAATTAGATAATTATTTTAATA
189 GACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
121301 GTCTTAACTA
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 28, Indels: 9
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
239 80 0.39
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ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (239 bp):
CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATATTAAAAAGATAATTATTCAAATAATCAT
AAATATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTATTAAATTTCTTGCATATTAATTTTCTAAATGTTA
ATAAAAAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAAAAATTAATTTATGACTAAA
CAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAAT
Found at i:121643 original size:601 final size:600
Alignment explanation
Indices: 120575--121657 Score: 1251
Period size: 601 Copynumber: 1.8 Consensus size: 600
120565 ATCTCCTACT
*
120575 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATGAAAA
* * * * *
120640 ACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGTTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTAAAAATAGCCTT
66 ACAATTATTATAAGACAAAACAAAGGTCAGAAAGATTTGAAATAGATAATTATAAAAATAGCCTT
* ** *
120705 AACTATTTGAACTAATTTAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAA
131 AACTATTTGAACTAATTCAATAAACACATTTATATTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAA
** *
120770 TACTAATAAAGTAATAGTATTTAATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
196 TACTAATAAAGTAATAGTATTT-ATTTTAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
120835 TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAAATATTTGAACTT
260 TAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAATATTTGAACTA
* * *
120900 GTTCTATAAACAGATTATTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAAAAAGTATTA
325 GTTCGATAAACAGATTATTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAAAAGTATTA
* * *
120965 TTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAACAATTAATTTATGACTAAACAGAAGGTCAAAAT
390 TTTTATTTCAAATAAGCATATATAAACTGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAT
* *
121030 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAAATCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGA
455 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAATCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGA
121095 TATTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTT
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121160 TTTCAAATTTCTTGCA
585 TTTCAAATTTCTTGCA
* *
121176 TATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-A-TGAA
* * * * *** *
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** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
121490 GAGCTAGTTCGGA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAA
319 GAACTAGTTC-GATAAACAGA--TTA----TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATATTAA
** ** ** * * **** ** *
121553 TAAAGTAGTATTATTTTATTTCTGATAAGGTTTTATAAATTGAATTTTTTGTTTTATGGCAAAAC
377 TAAAAAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATAAACTGAAACAATTAATTTATGACAAAAC
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442 -AAAAGGTCAAAATAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
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AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAATATTTGAACTAG
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TTCAAATTTCTTGCA
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122983 AATCAAAATA
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* * * * * *
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* * *
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** * * * **
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* *** * * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * ** * * *
124733 TAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATT
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* * ** * *
124786 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTT-GAATA
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* * * *
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65 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * *
124913 AATTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTCTGGTCAATAGATTCAAT
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* *
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* * * * *
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129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATT
* * * * * *
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAAT
* * * *
125207 AAGCTTGCATGAA-AAGAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAT
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* * * * * * * *
125271 ATTATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGCACTTATCTGGA-AAATAGATTCATT
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* * * ** *
125325 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACATCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * ** *** * * * *
125390 GTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTTTAAAAGAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATA
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* *
125455 ATT-TCTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAATTTGTTT-AGTAAACATATTTATT
131 ATTGT-TCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATT
* * * * * * * * *
125506 TTTTAAGTCTTTTTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAGTCCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * ** * *
125571 GCTTTTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATA
66 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *** *
125636 ATTGCTCAAATAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATAACGATTTGAACT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT---TGTTTGAT--AA-A--C---A-GATTT--A-T
125701 T
181 T
* * * ** *
125702 GTTTGGTAAATAGAT-TTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATTAGTTGTCTTAATACTAATGAATAT
1 -TTT--TAAAT--CTCTTA-CTTATT-AA---TTT-TTA--A--AATATTAATA--AAT---TA-
* * * ** ** *
125766 GTATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAGTA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAG
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* * * * * * **
125829 GTTAT-CTCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAA
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* *
125893 TAGATTCATT
172 CAGATTTATT
* ** * * *
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * *** * ** * * ** * *
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66 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
126031 ATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAAGC-TATTTATT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-CAGATTTATT
* * * * * * *
126082 TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATA
1 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * * * * *
126146 AGCTTTTATGAACAGAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGCCATAATGATTTGAAATAAAG
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* * * * *
126211 ACTTCTTCAAATATTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTAATAAATAGATTTATT
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* * * * * *
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
* * * *
126323 AACTTATATGATCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC--AAAGCTCATAATGATTTGAAATAGA
65 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGA
** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
126502 GCTAGTATGAATTCAAAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAAT
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* * ** * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * ** * *
126752 ATTATTCAAATAGTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATT
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* *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * *
127390 AGGCTTGTATG---ATGAA-AA-GGTTTT-TCACAAAA-ACAAAAGTTCATAATGACTTGAAATA
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* * * * * ***
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* * * * *
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* * * * ** * *
127568 ACTTGTTTGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTTTAATATAC
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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**** * * * * * ** * *
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* * * * *
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* ** * *
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * *
128282 GCTT-TAATGATCAAAAGCAACTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAT
66 GCTTGT-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
128346 AATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTTAAC-AGATTTGGTAAACAAATTTATT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAGATTTATT
* * * * * * *
128398 TTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTCTTTTAATTCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * *
128462 GCTTATATGAA-TAAAA-AATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATA
66 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
** * * * * * * **
128525 ATCATTCATATATTCTTAACTATTTG-ACCTGGTTCAGTAATTAGATTTATT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATT
* * ** * ** * *
128576 TTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
** ** * * * * * * * *
128640 AATAATATGAATAGAAGCAATTGTTTGATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATT
66 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
128705 ATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGATTTGGTAAATAGATTTACT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAGATTTATT
* * *
128756 TTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATGTT-GAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATA
** * * *
128820 ATTTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAA
65 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
128855 CAAAATTTCA
Statistics
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GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATT
Found at i:125698 original size:35 final size:35
Alignment explanation
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Period size: 35 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
125597 TATGACACAA
* *
125607 CAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCT
1 CAAATAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAACTGCT
125642 CAAATAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAACTGCT
1 CAAATAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAACTGCT
125677 CAAATAGTCATAAC
1 CAAATAGTCATAAC
125691 GATTTGAACT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (35 bp):
CAAATAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAACTGCT
Found at i:125817 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 125443--125870 Score: 486
Period size: 216 Copynumber: 2.0 Consensus size: 216
125433 TTAGAATGAT
* * * * * *
125443 TTGAAATAGATAATTTCTCAAATAGTCATGAATATTTGAATTTGTTTAGTAAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATGAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTT
* * * *
125508 TTAAGTCTTTTTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAGTCCAAATAAGC
66 TTAAATCTTTTTCTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAGTCAAAATAAAC
* * * *
125573 TTTTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAAT
131 TTGTATAAACAAAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTCAAATAAATAAT
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196 TGCTCAAATAGTCATAACAAG
* *
125659 TTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCAT-AACGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT
1 TTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATGAA-GATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TT
* * ** * * *
125723 TTTTAAATC-TTTTCTTATTAGTTGTCTTAATACTAATGAA-TATGTATTATTTTATTCAAAATA
64 TTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTA-ATATTATTTTAGTCAAAATA
* * ** * * ** * *
125786 AACTTGTATGAATAGAGTA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATCTCAATTTCAAATAGA
128 AACTTGTATAAACA-AAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTCAAATAAA
*
125850 TAATTGTTCAAATAGTCATAA
192 TAATTGCTCAAATAGTCATAA
125871 TTATTTAAAC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 34, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
215 4 0.02
216 158 0.91
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
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TTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATGAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTT
TTAAATCTTTTTCTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAGTCAAAATAAAC
TTGTATAAACAAAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTCAAATAAATAAT
TGCTCAAATAGTCATAACAAG
Found at i:127157 original size:719 final size:715
Alignment explanation
Indices: 125709--127300 Score: 1591
Period size: 719 Copynumber: 2.2 Consensus size: 715
125699 CTTGTTTGGT
* * * ** * *
125709 AAATAGATTTATTTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAGTTGTCTTAATACTAATGAATATGTATTAT
1 AAATAGA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTTGTATTAT
* * ** * ** **
125773 TTTATTCAAAATAAACTTGTATGAAT-AGAGTAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATCTC
64 TTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATCAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * ** * * *
125837 AATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCAT
129 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACAGGTTCAACAAACAAATTCAT
* ** *
125902 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
194 TTTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTCAGAATATTAATAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
*** * * *
125967 ACTTATATAAATTGAAATAATTTTTTATGACAAAGTAAATAGTTATAACAATTTGAAGTAAATAA
259 ACTTATATAAACAAAAATAATTTTATATGACAAAATAAATAGTTATAACAATTTGAAGTAAACAA
* * * * * *
126032 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAAGCTATTTATTTTTTAAAATTTTTAC
324 TTATTCAAATAGTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAAGCAATTTATTTTTTAAAATTCTTAC
* ** *
126097 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAGCTTTTATGAACAGA
389 TTATTAATTGTCAAAAGATTAATAAATTAATATTATTTT-AT-CTAATAAGCTTGAATGAACAAA
* * * * * * *
126162 AATAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGCCATAATGATTTGAAATAAAGACTTCTTCAAATATTC
452 AACAATTATTATATAACAGAACAAAAAGCAAAAATGATTTGAAATAAAGAATTCTTCAAAGATTC
* ** * * * *
126227 ATAACTATTTGAATTGGTTTAATAAATAGATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
517 ATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACAGATTCATTTTGTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * *
126292 TTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGATCAAAAACATTTGTTTTATGACA
582 TTAATAAATTAGTATCATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACA
* *
126357 AAACAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAAAATCATAATTATTTGAACTGGTAG
647 AAACAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAAAATCATAACTATTTGAAC--GTAC
126422 GTAAAC
710 GTAAAC
*
126428 -AA-A-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTTGTTTTATTT
1 AAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTTGTATTATTT
* * *
126490 TATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TC--AAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAA
* * ** **
126555 CTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATTTTAAATATTTAAACAGGTTTGACAAACAAA-TCT
128 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACAGGTTCAACAAACAAATTC-
* * * *
126619 ATTTTTTAATTCTCTTAGTAATTAATTTTCAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAA
192 ATTTTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTCAGAATATTAATA-AGTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * ** *
126684 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTATATGACAAAATAAA-AGGTTATAATGATTTGAAGTT
256 TAAACTTATATAAACAAAAATAATT-TTATATGACAAAATAAATA-GTTATAACAATTTGAAGTA
*
126748 TACAATTATTCAAATAGTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAA-CAAATTTATTTTTT-AAA-
319 AACAATTATTCAAATAGTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAAGC-AATTTATTTTTTAAAAT
* ** * **
126810 TCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT-T-TAATAAGCTTGAATGTT
383 TCTTACTTATTAATTGTCAAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATCTAATAAGCTTGAATGAA
* * * * * * * * *
126873 CAAAAACAATTGTTATATGACCA-AACAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACA
448 CAAAAACAATTATTATAT-AACAGAACAAAAAGCAAAAATGATTTGAAATAAAGAATTCTTCAAA
* * ** * *
126937 GGTTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCACTTACTT-ATTTTT
512 GATTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACAGATTCATTTTGTAAATCACTTA-TTAATTTTT
* * ** * * **
127001 -AGAATATTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATTAGCTTGTATGAACTAAAATGA-TTGT
576 GA-AATATTAAT-AAATTAGTATCATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAAC-AAAAACATTTGT
* ** ** * * *
127064 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTGTT
638 TTTATGACAAAAC-AAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCA-AAAATCATAACTATT
* *
127129 TGAAC-TACTTCAAC
701 TGAACGTACGTAAAC
* * * **
127143 AAATAGACTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTACTATTATT
1 AAATAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTTGTATTATT
*** * * * *
127208 TTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA-CTAAAACAATTATTTTACAACAAAAAAAAAAAGGTTATAA
65 TTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATCAAAAAAAATTATTTTACAAC--AAAACAAAAGGTTATAA
* **
127272 CAATTTGAAATAGGTAATTACTCAAATAA
128 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
127301 GAACTGGTTT
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 144, Indels: 48
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
714 13 0.02
715 194 0.27
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718 19 0.03
719 219 0.31
720 45 0.06
721 81 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
AAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTTGTATTATTT
TATTCAAAATAAGCTTGTATGAATCAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACAGGTTCAACAAACAAATTCATTT
TTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTCAGAATATTAATAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
TTATATAAACAAAAATAATTTTATATGACAAAATAAATAGTTATAACAATTTGAAGTAAACAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAAGCAATTTATTTTTTAAAATTCTTACTT
ATTAATTGTCAAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATCTAATAAGCTTGAATGAACAAAAACA
ATTATTATATAACAGAACAAAAAGCAAAAATGATTTGAAATAAAGAATTCTTCAAAGATTCATAA
CTATTTGAACTAATTCAATAAACAGATTCATTTTGTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTAGTATCATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC
AAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAAAATCATAACTATTTGAACGTACGTAAAC
Found at i:127691 original size:528 final size:529
Alignment explanation
Indices: 125843--127918 Score: 1295
Period size: 540 Copynumber: 3.9 Consensus size: 529
125833 TCTCAATTTC
* * * ** ** * *
125843 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAA-GGCCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTT
* * * * * *
125907 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATGTTAAT--AAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
65 AAATCACTT-A--CTT-ATTTTTAGAATATTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * * ** * ** * * *
125970 TATATAAATTGAAATAATT-TTTTATGACAAAGTAAATAG-TTATAACAATTTGAAGTAAATAAT
126 TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAATGATTTGAAATAGACAAT
* * * * * **** *** * *
126033 TATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAAGCTATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAC
190 TATTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTCAACAAAAAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG
* * **
126097 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCT-AATAAGCTTT-TATGAAC-
254 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATT-ATATTATTTT-ATTTTGAATAAG-TTTGTATGAACT
* * * * ** ** * * **
126159 AGAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAA-GCCATAATGATTTGAAATAAAGACTTCTTCAAAT
316 A-AAACAATTATTTTACAACA-AAAAAAAAGGTTATAACAATTT--AGTACA-A-TTAGTCAAAT
* * * ** ** * * *
126223 ATTCATAACTATTTGAATTGGTTTAATAAATAGATTTATTTTGTAAATC-T-CTTATTAATTTTT
375 ACTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
126286 GAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTT-ATATGATCAAAAACATTTGTTT
440 GAAAGATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TT-T-AATAAGCTTGA-ATGATCAAAAACAATTGTTA
* * * * *
126350 TATGACAAAAC-AAAGCTCATAATGATTTG
500 TATCACAAAACAAAAGGTAAAAATGACTTG
** *** ** * * *
126379 AAATAGATAATTACTCAAA-AATCATAATTATTTGAACT-GGTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAAGGCCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAAC-AGATTCACTTTTT
* * * * * * *** *
126441 AAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAAT-AAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCT
65 AAATCACTTACTTA-T--TTTT-AGAATATTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * ** *
126505 AGTATGAATTCAAAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGA
126 TGTATGAA--C--TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * * ** * * *
126569 TAATTGTTCATATAATTTTAAATATTTAAAC-AGGTTTGACAAACAAATCTATTTTTTAATTCTC
186 CAATTATTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTA-CTTCAACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
126633 TTAGTAATTAATTTTCAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
250 TTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA
* * * * ** * ** *
126698 CAAAAATAATTGTTATATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAAT
314 CTAAAACAATTATTTTACAACAAAAAAAAAGGTTATAACAATTT--AG--TACAATTAGTCAAAT
*
126763 AGTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
375 ACTCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
* *
126828 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTTTAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATATGA
440 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTTTAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATCA
* *
126893 CCAAACAAAAGGTAAAAATGATTTG
505 CAAAACAAAAGGTAAAAATGACTTG
* * ** * *
126918 AAATAGATAATTGTTGACAGGTTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTCATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAAGGCCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTA
* *
126983 AATCACTTACTTATTTTTAGAATATTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATTAGCTTGTAT
66 AATCACTTACTTATTTTTAGAATATTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT
** * * * *
127048 GAACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
131 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTAA
** * * * *
127113 TGTAGTCTTAACTGTTTGAACTACTTCAACAAATAGACTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
196 AATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTCAACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
127178 TTTTCAAAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATT
261 TTTTCAAAATATTATTAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATT
*
127243 ATTTTACAACAAAAAAAAAAAGGTTATAACAATTT-G-A-AA-TAGGT-AATTACTCA-AA-TA-
325 ATTTTACAAC--AAAAAAAAAGGTTATAACAATTTAGTACAATTA-GTCAAATACTCATAACTAT
** * * *
127300 A-GAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
387 ATGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
* * * *
127364 TAAATTAGTATTAATTTATTCTAA-ACAGGCTTGTATGAT---GAA-AA-GGTT-TTTCACAAAA
450 TAAATTAGTATT-ATTT-TT-TAATA-A-GCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATCAC-AAA
* * *
127422 ACAAAAGTTCATAATGACTTG
509 ACAAAAGGTAAAAATGACTTG
* * * * * * *
127443 AAATAGATAATTGTTCAAATGCCCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATAGATTCCCTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAAGGCCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTA
* * * *
127508 AATCACTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
66 AATCACTTACTTA-T--TTTTAG-AATATTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAACTT
* * ** *
127572 GTTTGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTTAATATACAATTA
127 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGACAATTA
* ** * **
127637 TTAAAATAGT-TGTAACTATTTGAATTTGTTTAGA-AAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCT
192 TTAAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTACTTCA-ACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
** * * * *
127700 T-TGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTTGGATAAGATTT-TATGAACTT
255 TAT-TAATTTTCAAAATATTATTAAA-TTATATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATGAACTA
* ** * * * * *
127763 AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAGCAATT-GTTCAAATAG
317 AAACAATTATTTTACAACAAAAAAAAAGGTTATAAC-AATTT-AGT-A-CAATTAG-TCAAATAC
* * ** * *
127827 TCATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
377 TCATAACTATATGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA--TCTTACTTATTAATTTT
* * *
127892 TGAATG-TTAATATATTAGGATTATTTT
439 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
127919 ATTTTGAATA
Statistics
Matches: 1233, Mismatches: 237, Indels: 140
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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AATCACTTACTTATTTTTAGAATATTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT
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AATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTCAACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
TTTTCAAAATATTATTAAATTATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTA
TTTTACAACAAAAAAAAAGGTTATAACAATTTAGTACAATTAGTCAAATACTCATAACTATATGA
ACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
AGTATTATTTTTTAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATCACAAAACAAAAGGTAAA
AATGACTTG
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* * * * ** * * *
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* * ** * *** * * * ** * ** *
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128 AATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATATTCTTAACTATTTGACCTGGTTCAGTAATTAGATT
*** * * * * *
127499 CCCTTTTTAAATCACTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGA
193 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGA
** * * * * * * * * * **
127564 ATAAACTTGT-TTGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTTAA
258 A-AAAGATATAATGATC-AAAAGCAACTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
* * * **** **
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321 TAAATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAA-CAGA
* * * * * *
127665 TTTAGAAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCT-TTGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
1 TTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGAT-TAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTA
* * *** * * * * *
127729 -TTTTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACTTAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGT
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* * * * ** * * * * * ** **
127793 CATAACGATTTTAAA-TAAGCAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACA
125 CATAATGATTTGAAATTGA-TAATCATTCATATATTCTTAACTATTTGACCTGGTTCAGTAATTA
* * * * * *
127857 TATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTATTTTAT
189 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * * * * * ** *
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253 TTAGAAAAAGATAT-AATGA-TCAAAAGCAACTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATT
* * ****
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316 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAC-AGA
** * * * *
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1 TTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
128083 ATTATTTTCAA-CCAAGTAAGCTTTTAAG-ATCAGAAACAATTCTTTTATTAGAAA-ATAAAGAT
65 ATTATTTT-AATTCAAATAAGCTTATATGAAT-A-AAA-AATTATTTTATAACAAACA-AAAGGT
** * * * * * ** * * * *
128145 CATAACAATTTGAGATTGATAAGT-GTTCAAATAATCATAACTATTCAAACTAGTT-TGATAA-A
125 CATAATGATTTGAAATTGATAA-TCATTCATATATTCTTAACTATTTGACCTGGTTCAG-TAATT
* **
128207 AGGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATGTTAGTATTATTTTA
188 A-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
128272 TTTAGAAAAAGCTTTAATGATCAAAAGCAACTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTT
252 TTTAGAAAAAGATATAATGATCAAAAGCAACTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTT
* * * * *
128337 GAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTTAACAGA
317 GAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAACAGA
* * * * *
128379 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTTGTA
1 TTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* *
128444 TTCTTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAAATTATTTTATAAC-AAACAAAAGGTCATAA
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130 TGATTTGAAATTGATAATCATTCATATATTCTTAACTATTTGACCTGGTTCAGTAATTAGATTTA
* * ** * * *
128574 TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAAT
195 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAA-
* * * * * * *
128638 AAA-ATA-ATATGAAT-AGAAGCAATTGTTTGATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTGAAAT
259 AAAGATATA-ATG-ATCAAAAGCAACTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAT
* * *
128700 AGATTATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGA
322 AAATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAACA-GA
* * * *
128737 TTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAATTATTAATAAATTAGT
1 TTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** ** * *
128802 ATTATTTT-ATGTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGAC-AACAAAA
65 ATTATTTTAAT-TCAAATAAGCTTATATGAAT-AAAA-AATTATTTTATAACAAACAAAA
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TTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAAATTATTTTATAACAAACAAAAGGTCATAAT
GATTTGAAATTGATAATCATTCATATATTCTTAACTATTTGACCTGGTTCAGTAATTAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAA
AGATATAATGATCAAAAGCAACTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAT
AATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAACAGA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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66 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-ACTTAAAAAATAAAT
* * * *
129081 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTCATTTTTTGAGTA-AATAAA-TTAGT
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** *
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1 ATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTG-CATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGT
* *
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64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTA-CTT-AAAAAAT
*
129256 AAATTTATTTTTTAATTTTTAATTTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAT
126 AAATTTATTTTTTAATTTTTAATTCTTAATTTTTAGAATA-TAATAAATTTAT
* *
129309 ATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * ** *
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66 TAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TACTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
129438 TTCT-TTTTTTCATTCTTTTACTCATTAATTCTCATAATATTAA-AAAACTAGT
129 TT-TATTTTTTAATT-TTTAATTC-TTAATTTTTAGAATA-TAATAAATTTA-T
* ** * * ** * *
129490 ATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTGTTTTATTTCAAAAGAAAATGT
1 ATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGCATGAA-TAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGT
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TATTTTTTAATTTTTAATTCTTAATTTTTAGAATATAATAAATTTAT
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*
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1 TTTA
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129568 TAGTTATGAT
* * * * * * * *
129578 TATTTGAAATGGTTTGATAAATAGAATTATTTTCTAGATCTCTT-TTAAATTTTTTAAATGTTAA
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT-AATTTTTCAAATATTAA
* * * ** * * * *
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* * * * *
129707 AAAAGGTCATAACT-CTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCT-TAATTATTTGAAC-TGGTT
130 AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
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193 AG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * * *
129833 ATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGCACAGAAACAATTATTTTGTTATAGAACAAAAGGTT
255 ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*
129897 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
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* * * *
129937 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAGATATCTTACTAATTCTTCAAATATTAAT
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAAT
* ** * * * * *
130002 AAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGCACTAAAACGATTATTTTATGACAAAACA
66 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** *
130067 AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
131 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * *
130132 AAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATTAT
196 AAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
130197 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAGTTCA-AAC
260 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT
* * * *
130261 GATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
324 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
130296 AATTTGAACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTGATTAATTTTTTAAAATATT-A
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTCAAATATTAA
** * * * *
130360 TAAAATTAGTATTATTTTCA-TCCCAATATGCTTGTATG-ATTAGAAACTATTGTTTTATGAGAA
65 T-AAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
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* ** * ** * * * * * *
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192 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
130551 TTATTTTATT-TCATATAAG-TTTTATGAACTAAAACAACTATTTTGTGACAATAA-AAAAGGTC
256 TTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGGTC
* * *
130613 ATAATGACTTT-ATATCGATAATTGTTCAAATAGT-AAAATC
319 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-C
* * * * * *
130653 TATTGGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCAAATG
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTCAAATA
* * * * *
130718 TT-ATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAATATTTGTTTTATGACT
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
130781 AAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAAAAGGA-AATTGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTTAACTG
126 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTT
* ** * *
130844 GTTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTA
189 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * ** ** * *
130908 GTATTATGTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGGTAAAA-TAAAGAT
253 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
130972 CATAA-CATTTTAAGATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAAC
318 CATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* **** * *
131013 TATTTGAACTGGTTAAAAAAAATA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
1 TATTTGAACTAGTT-TGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTCAAAT
* * * * * *
131077 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCATATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTGTGA
60 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
131141 CAAAAC-AAAGGTCATAATGACTTT-ATATATATAATTGTTCAAATAG-TAAAATCTATTTAAAC
124 CAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAAC
* * * * * * * * * * *
131203 TTATTTGGAAAATAGATTTATTTTTTTAAATCGCTTGCTCATTAATTTTTCGAATGTTACTAAAT
187 TTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
* * ** * * * * * *
131268 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGGTTGTACAAATTGAAATAATTGTTGTATCACTAAAC-AAAT
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* ** * * * *
131332 GTCAGAGCGATTTGCAATAGAAAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
316 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *** * * *
131375 TATTTCAACTGGTTTGGTAGGCACATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTCAAATAT
* * *
131440 TAGTAAATTAGTATTATTTTAATTC-ACATAAGCTTATATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGAC
62 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
131503 AAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTA
125 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-
* * * * * *
131566 TTTTAGTAACCAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA--TTTTGAAAAATTAATAGATTA
189 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * * ** * * **
131625 GTATTATTTCATTTTGAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAGGAGG
253 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
131689 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATGGACATGAC
317 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
131731 TATTTAAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTCCTTATTAGTTTTT-AGAATA
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTCA-AATA
* * * *
131795 TTTATAAATTAGAATTATCTTATTCTAAATAAACTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGAC
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
131859 AAAACAAAAGATAATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATGATAACTATTTGAACTT
125 AAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
** ** * * *
131923 ACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
189 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * **
131988 TATAATTTTATT-TCAAATATGCTTGTATGAAC-AAAGATCAATTGTATTATG-----ACTGAAG
254 TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAA-A-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
*
132046 GTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
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* * * * *
132089 TATTTGAACGT-GTTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
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*
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * *
132449 T-TTTGAACT-GTTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAAT
1 TATTTGAACTAG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTC-AAAT
* *
132511 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATG-AATAAAAACAATTGTTTTATGA
60 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAT-AAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
132575 CAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTTTATGAAAAAAATAATTATTTAAAT
124 CAAAACAAAAGGTCAT---AA--TG---------A-----TT-TGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
132640 AGTCATAACTATTTAAACTT-ATTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTACTTACTAA
169 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAA
*** * *
132703 TTGCCTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTAAT-GAAATAAGGCTTG-ATGGAA-TAAGAA
231 TTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAA-GCTTGTAT-GAACT--GAA
* * * ** *
132764 AAAATAT-TTTTATGACCAAAACCAAAAGGTTATAGTGATTTGAAAT-GGGAATTATTCAAATAG
290 ACAAT-TGTTTTATGA-CAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
132827 TCATAACC
352 TCATAA-C
* * * * * **
132835 TATTTCAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTTGAATAT
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTCAAATAT
* * * * * * *
132900 TAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAAA-AAGCTTATA-CAAACAGAAACAATTATTTTGTGAC
62 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * ** *
132963 AAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATAATAACTATTTTCACTGG
125 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
** ** * * * **
133028 TCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAG
190 TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * ** * * *
133092 CATTACTTTATTCCGAATAAGATTGTATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAATA-G
254 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGG
* * *
133155 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAAC
317 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
133197 TAATTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTCAAAATATTAA
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTC-AAATATTAA
** * * * * * * **
133261 TAAATTAAAATTTTTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAAAAAAAAACATTTGTTTTACAACAAA
65 TAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-AAATAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
133325 ATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCT-TAACTATTTGAA-TTAGT
128 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTT-GT
* * * * * *
133388 TTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAT-AATATTATTACAA-TAG
191 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TTGAATATTAATA-AATTAG
* * * * *
133451 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATAAACAT-AAATAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
254 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
133515 TATAATGATATGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAAA
318 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * ** *
133556 TATTTGAATTAGCTTT-GTAAACAGA-TAATCTCCT--A---CTTATTAATTTTTTAAATATTAA
1 TATTTGAACTAG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAA
* * * * ** * *
133614 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTCTTTGTTGA-AAAACAATTGCTTGATGACAAAA
65 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-AAATAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA
* * ** * * * ** *
133678 AAAAAAGTTCATAATGATACGAATTAGATAAATGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAGC-TGATT
128 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TT
* ** * * *
133742 T-GATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAA-TTTTTGAAATATTAAT-AATGTAA
192 TAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAAT-TAG
* * ** * * * * *
133804 TATTATTTAATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAGCAAAAGGCC
254 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* *
133868 ATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
319 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** **
133908 TATTTGAACTTA-TTTGGTAAGCAGATTT-TTTTAAGAAATTCCTTACTTATTAA-TTTTCTAAA
1 TATTTGAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTT-TTAAA-T-C-T-CTTATTAATTTTTC-AAA
* * * * * * * *
133970 TGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGA
59 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGA
*** * * * * * **
134035 TTGAACAAAAAGTTAGAATGATTTGAAACAAATAATTGTTGTAATAGTCT-TAACTATTTGAA-T
124 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACT
** * * * * **
134098 TGGTTCGGTAAATAAATTT-TCTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTT
188 T-GTTTAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
* * * * * *
134159 TAGCACTA-TTTACTCCAAATAAGTTTGTCTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA
251 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
134221 GATCATACTGATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAT
315 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
134265 TA-TT--ACCAGTCTAGTAAAAAGATATAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAAT
* * ** *
134327 AAATTAGCATTATTTTATTCTAAACAATTTTGTAT-AAAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
66 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
134391 AAAATGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGATATGACTATTTGAACTTCTTT-G
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* * * * *
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195 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
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* *
134578 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
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* * * *
134615 TATTTGAACTCA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTATTAACTTTTT-GAAT
1 TATTTGAACT-AGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTTCAAAT
* ** * * * * * * *
134678 TTTAATAAATTAGGGTTGTTTTATTTTGACTAAGCTTTTATGAACA-GAAACAATTAG-TTTACG
60 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-ATAAAACAATT-GTTTTATG
* * * *
134741 ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAA-T
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* * * * * * * *
134805 GTGTTTAGAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTAGAATACTAATCAATT
188 -TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAAT-AAAT
* *
134868 TA-TATTATTTTATTC-ATGATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAAT-ACAAAACAA
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* * *
134929 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAAC
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* * * * **
134975 TATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTCGGATA
1 TATTTGAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTCAAATA
* * * * * * * **
135039 TTAAT--A--AG--TTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATG
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
135098 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACCATTTGAACTTGT
126 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT
* * * * ** *
135163 TTGGTAAACATATATT-TTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAA-TTGATGAAATATTAATAAATTAA
191 TTAGTAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * ** ** *
135226 TATTATTTAAATTC-AAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAACGT
254 TATTATTT-TATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
135290 TATAACGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATACTCATAAT
318 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
135331 TATTTGAA
1 TATTTGAA
135339 GTTATTCAAT
Statistics
Matches: 4286, Mismatches: 858, Indels: 519
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Matches are distributed among these distances:
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TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
Found at i:131067 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 129578--135338 Score: 3501
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129568 TAGTTATGAT
* * * * * * *
129578 TATTTGAAATGGTTTGATAAATAGAATTATTTTCTAGATCTCTT--TTA--AATTTTTTAAATGT
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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129 AAA-AAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
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1 TATTTGAACTGGTTT-G-AAAAATAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAA
* * * *
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* * * * *
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* ** * * *
130296 AATTTGAACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTGA-TTA--ATTTTTTAAAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGAAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
** * * * *
130358 T-ATAAAATTAGTATTATTTTCA-TCCCAATATGCTTGTATGATTAGAAACTATTGTTTTATGAG
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* * * * * *
130421 AAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATCAC
128 AAAAAAAAGATCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGAAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
130538 TAATAAAGTAGAATTATTTTATT-TCATATAAG-TTTTATGAACTA-AAACAACTATTTTGTGAC
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
130600 AATAAAAAAGGTCATAATGACTTT-ATATCGATAATTGTTCAAATAGT-AAAATC
128 AA-AAAAAAGATCATAA-CA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-C
* * * * * *
130653 TATTGGAACTTGTTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCAAAT
1 TATTTGAACTGGTT-TG-AAAAATAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
130717 GTT-ATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATATTTGTTTTATGA
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
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* * *
130833 TATTTTAACTGG-TTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
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* * * * **
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* * *
130962 AAATAAAGATCATAACATTTTAAGATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAAC
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** * *
131013 TATTTGAACTGGTTAAAAAAAATAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA
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* * * * *
131078 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCATATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTGTGAC
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* * * * * *
131142 AAAACAAAGGTCATAATGACTTT-ATATATATAATTGTTCAAATAGT-AAAATC
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* ** * * * *
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* * * * ** * * * *
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128 -AAAAAAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** *** *
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1 TATTTGAACTGGTTTGAAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
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* * * *
131504 AAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
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** * * ** * *
131555 TATTTG-ACTTATTTTAGTAACCAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTGAAAAA
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* * * * ** *
131614 TTAATAGATTAGTATTATTTCATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-A
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* * * * * * * *
131678 AAAACAGGAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATGGACATGAC
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* * * * * *
131731 TATTTAAACTTGTTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCCTCCTTATTAGTTTTT-AGAAT
1 TATTTGAACTGGTTT-G-AAAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * *
131794 ATTTATAAATTAGAATTATCTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
131859 AAAACAAAAGATAATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATGATAAC
128 AAAA-AAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*** * ** *
131912 TATTTGAACTTACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATA
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* * * *
131976 TTAATAAATTAGTATAATTTTATT-TCAAATATGCTTGTATGAACA-AAGATCAATTGTATTATG
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** * *
132039 AC----TGAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
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* *
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*
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* * * *
132214 GACTAAAAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
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* * * * * * **
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* * * * * *
132331 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATATGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTATGA
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* * * * * * * * * **
132395 TGAAACAAAGGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAATTATGCC
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* ** * * * **
132449 T-TTTGAACTGTTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
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* * *
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* * *
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* * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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** * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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*** * * * * *
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** * * ** * * * *
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** * ** ** * ** *
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** * * * ** * * *
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* * * * * * *
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** * *** * * * * * *
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* * * ** * * *
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**** * * * * * *
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* *** * * * *
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126 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-GATAAAC
* * * *
138152 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACACACGTTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
190 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-ATAC---TAATTTTTGAA------A--TATTAA----T--A
* * * * *
138217 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATCAACTT-GTAT--GCTTAGAAACAATTATTTT
237 A-ATTAGT---TT--TATT-TTATTA-C-AAAT-AAGTTAGTATGAGC-T-GAAA-AATTGTTTT
** * * * * * * *
138279 ATGACAAAATAAAAATC-ATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTTA-AATAGTCATAACTATTTG
289 ATGACAAAATAAAAGGCAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCATAAT--CCTTAACTATTTG
138342 AAGTGG
352 AAGTGG
**** * * * ** *
138348 TTCAAAAAAAAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATTAAGTAGT
* * * ** * ** * ** * * *
138409 ATTATTTTATTTCGGATTAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGCTTTATTACAAAACAAAAGGTCA
65 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTA
* * ** * * * *
138474 TAGCAATTTTAAATAGACCATTGTTCAAGTAGTCAT-ATATATTTGAACTTGTTTAGTAAACTA-
130 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTGGTTGA-TAAAC-AG
* * * * * *
138537 ATTTATTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
192 AATTA-TTTTTTAAATCTCTTA-ATACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTAT
* * * * * * ** * * *
138601 TCCTAATAAACTTA-TATGAACTAAAATAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTC-ATAATGATT
254 TACAAAT-AAGTTAGTATGAGCTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG-CAATAACGATT
* * * *
138664 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCC-TAACTATTTGAACTGA
316 TGAAATAGATAATTCTTC--ATAATCCTTAACTATTTGAAGTGG
* * * * * *
138707 TTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTTTTAAATTAGT
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATT-AAGTAGT
* * *** ** * * * * * * * *
138772 CTTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATAAAAAGAAACAATTATTTTATGGCATAA-TAAAGATTA
65 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTA
* * * * * * * *
138836 TAACGATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGTTTGATAAATAGAT
130 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GGTTGATAAACAGAA
* * ** * * * *
138901 TTAGTTTTTAAATCTCTT-AT--TTATTTTCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTTC-
194 TTATTTTTTAAATCTCTTAATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-TTACA
* * * * * * * *
138962 AATAATTCTA-TGTGAACAT-AAACAATTTTTTTATAACAAAACAATAGGTC-ATAACAATTTGA
258 AATAAGT-TAGTATGAGC-TGAAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG-CAATAACGATTTGA
* * * * * * **
139024 AATAGATAATTGTTCA-AGTGGACATGACTATTTGAACTTA
319 AATAGATAATTCTTCATAAT--CCTTAACTATTTGAAGTGG
* ** * *
139064 TTTGGTC-AATAGATTTATTTTTTAAATCTAC-TACCTATTAATTTAT-AAAATATTAATAAATT
1 TTTGG-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTAGTTATTAATTT-TCAAAATATT-ATTAAGT
* *** * * * * *
139126 AGTATGATTTTATTCAAAAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATA-AA-AAAGAG
62 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAA-AG
* * * * * * * *
139189 G--ACAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGATAAAT
126 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTGATAAAC
* * * * * * * *
139252 AGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTACTGTTATTTTAT
190 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-ATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTAT
* * * * * *
139317 TTCGAATAAGCTT-GTATGA-ATGGAAACAATGGGTTTATGACAAAATAAAAGGTC-ATAACTAT
254 TACAAATAAG-TTAGTATGAGCT-GAAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG-CAATAACGAT
* * * *
139379 TTGAAATAGATAATTATTTA-AATAGTCATAACTATTTGAACG-GG
315 TTGAAATAGATAATTCTTCATAAT--CCTTAACTATTTGAA-GTGG
** * * * * * * * * * * *
139423 TTCAGAAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TTA
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAGTAGT-
*** * * * * * * * *
139486 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTT
65 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAA-CAAAAGGTT
* * * * * *
139551 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTAAACTTGTTCAGTAAACAG-
129 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAGA
* ** * * *
139615 ATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT
193 ATT-A-TTTTTTAAATCTCTTA-ATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-T
* * * * * * ** * * *** * *
139680 TA-GAACAAGTCTA-TATGA-ATAAATACAATTATTTTATAATGAAACAAAAAGTTGTAATGGTT
254 TACAAATAAGT-TAGTATGAGCTGAA-A-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGCAATAACGATT
* * * ** * *
139742 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTTATTAACTATTTGAACTTG
316 TGAAATAGATAATTCTTC--ATAATCCTTAACTATTTGAAGTGG
** * * * ** * * * *
139786 TTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACCTATTTATTGTCAAAATATTAATAAATTCA-
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATTAAGT-AG
* * * * * * * * * * * *
139849 TATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTC
64 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTT
** * * * ** * *
139914 ATAATGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGA
129 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAGA
* * * * * * * ** * *
139979 TTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGCATAATTTTATTT
193 ATTATTTTTTAAATCTCTTA-ATACTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTA
* * * ** **
140043 GAAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAAAAATTGTTTTATGA-ACTAATAAAAGGTTATAGTGATTT
256 CAAATAAG-TTAGTATGAGCT-G-AAAAATTGTTTTATGACA-AAATAAAAGGCAATAACGATTT
* * * * * *
140105 GAAATAGATAATTATTTA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG
317 GAAATAGATAATTCTTCATAAT--CCTTAACTATTTGAAGTGG
* * *** * * *
140147 TTTGG-TAACTAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGCAGTATTAATAAATTAG
1 TTTGGCAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATTAAGTAG
* * ** * * *** * * * * * *
140210 AATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTCCAAATAGAAACAATTGTTTTGTGATA-AACAAAAGGTC
64 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTT
** ** * * * ** *
140274 ATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGCACTAGTCAGGCAAATAG-
129 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGT-TGATAAACAGA
* * ** ** *
140337 ATTCATTTTTTAAATC-GTTACTTTTTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT
193 ATT-ATTTTTTAAATCTCTTA-ATACTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT
* * * * *
140400 -CTGAATAAGATT-GTATGA-ATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTC-ATAACAAT
255 AC-AAATAAG-TTAGTATGAGCT-GAAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG-CAATAACGAT
* * * ** * * *
140461 TTGAAATAAATAGTTATTCA-AATAGTTATAACCAATTGAACTGG
315 TTGAAATAGATAATTCTTCATAAT-CCT-TAACTATTTGAAGTGG
* * * * * * * * *
140505 TTTAG-TAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATATTTATAAATTAAT
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATA-TTATTAAGTAGT
* *** * * * * * * *
140569 CTTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
65 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTA
* * ** *
140634 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTGAACTATTTCGACAAACTA-A
130 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-GATAAAC-AGA
* * * * * *
140698 ATTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTAATTTTAAT-C
193 ATTATTTTTTAAATCTCTTA-ATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTAC
* * * * * * * * *
140761 TGAACAAGTTACTAAT-AACTGAAAAAATTGTTCTATGATAAAACAAAAGTTC-ATAACTATTTG
257 -AAATAAGTTAGT-ATGAGCTG-AAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG-GCAATAACGATTTG
* * * * * *
140824 AAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTAG
318 AAATAGATAATTCTTCATA-ATCCTTAACTATTTGAAGTGG
* * * * *
140865 TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGT
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTA-AGTAGT
* * * * *
140930 ATTACTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-AGATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTT
65 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA-ACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTT
* * * * *
140994 ATAATAATTTGAAATATATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACA-A
129 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGG-TTGATAAACAGA
* * * * * *
141058 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTT
193 A-TTATTTTTTAAATCTCTTA-ATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTA
* * * * * * **
141123 CGAATAAGCTT-GAATGATC-AAAAACATT-TTTCATATGACCAAACAAAAGTTAATAACGATTT
256 CAAATAAG-TTAGTATGAGCTGAAAA-ATTGTTT--TATGACAAAATAAAAGGCAATAACGATTT
* * * * * *
141185 GAAATAGATAATTGTTGA-AATGGCCATAATTATTTGAAATGA
317 GAAATAGATAATTCTTCATAAT--CCTTAACTATTTGAAGTGG
** * * * * *
141227 TTAAGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAA---T----A-A--ATT---T-GTA
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAGTAGTA
* * * ** * * * *
141274 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAATGATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAA
66 TTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTAT
** * ** * * * * * * * * * *
141339 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTAATCTTAACTGTTTAAACTGTTTCAGCAAACATATT
131 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAGAAT
* * * * * * *
141404 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATAAGTATTATTTTATTTCGA
195 TATTTTTTAAATCTCTTA-ATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTACAA
* * * * * **
141469 ATAAGCTT-GTATGAGCTGAAAAAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
259 ATAAG-TTAGTATGAGCTG-AAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGCAATAACGATTTGAAAT
* *
141533 AGGTAA---TT-AT--T-C--AA--A--T--AG-GA
322 AGATAATTCTTCATAATCCTTAACTATTTGAAGTGG
** * * * * ** * *
141553 TTTGG--TTC-GGTTTACTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATTAAGTAGT
** *** * * ** * * * * *
141615 GCTATTTTATTCCAAATAAGCTTACATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-CTTC
65 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTT-
*** * * * * * *
141679 ATATTGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGGCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAG-
129 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAGA
* * * ** *
141743 ATTCACTTTTTAAATCACTT-AT--TAATTTTAGGGATATTAATAAATTATTATTATTATTTTAT
193 ATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA--GTT-TTATTTTAT
* * * * ** *
141805 TTCAAATAAGCTT-GTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACGAAAGGTC-ATAATGATT
254 TACAAATAAG-TTAGTATGAGCTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG-CAATAACGATT
* * * * * * * * * *
141868 TTAAATATAAAATTATTTAAAAAGT-CATAACTATTTAAATTTG
316 TGAAATAGATAATT-CTTCATAA-TCCTTAACTATTTGAAGTGG
* * * * * ** * *
141911 TTTAG-AAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATTAAGTAG
* * * * * * * * *
141975 TGTTATTTTATTTTGGATAAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGT
64 TATTATTTTATTTTGAATAAA-CTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGT
* * * * * ** *
142040 CATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAGCTTATTCGGTAAACA
128 TATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-GATAAACA
* ** * * * ***
142104 -AATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATATATTACAATT-TTTT-
191 GAA-TTATTTTTT-AAATCTCTT-AATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA
* * ** * * *
142165 TT-CATA-AACTT-GTATGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAA-AAAA-TC-A-AACGATT
253 TTACAAATAAGTTAGTATGAGCTGAAA-AATTGTTTTATGAC-AAAATAAAAGGCAATAACGATT
* ** * *
142223 TGAAATAGATAATTATTC-TAATAGTTTTAACTATTTGAACTAG
316 TGAAATAGATAATTCTTCATAAT--CCTTAACTATTTGAAGTGG
* * * * ** * *
142266 TTCGACAAACACATTTATCTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATTAAGTAGT
* * * * * * * * *
142327 ATTTTTTTA-TTTCAAGTAAGCTTGTTTGATA-AAAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGT
65 ATTATTTTATTTTGAA-TAAACTTATATGA-ACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGT
* * * * ** *
142390 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTAGTAAACA-
128 TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAG
** * * * * *
142454 AATTTATTTTTTCCATCTCTT-AT--TAATTTTAGAAATATTAATAAATGAGTATTATCTTATTC
192 AA-TTATTTTTTAAATCTCTTAATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTA
* * * * * * ** * *
142516 CATATAACCTT-GTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTTA
256 CAAATAA-GTTAGTATGAGCTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGCAATAACGATTTGA
* ** * * *
142580 AATAGATAATTGTTCA-AATAGTAATAACTATTTAAACCT-A
319 AATAGATAATTCTTCATAATCCT--TAACTATTTGAA-GTGG
* * * * * * *
142620 TTCGGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAAATTTT--AAATTTTAATAAATTA
1 TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT--AATTTTCAAAATATT-ATTAAGTA
* * * * ** * * **
142681 GTATTAATTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTA-AGGAAAAGG
63 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGAC-AGAACAAAAGG
* * ** * * * * ** * * *
142745 TCAGAATGATTTGAAATAGATCATTGTTCTAATAGTCAAAACCATATGAACTGGTTTGGTAAATA
127 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGG-TTGATAAACA
* * * * *
142810 -AATTTATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA
191 GAA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTAA-TACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA
142874 ATCTGAATAA
Statistics
Matches: 5187, Mismatches: 1138, Indels: 726
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
323 13 0.00
325 2 0.00
326 5 0.00
327 10 0.00
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331 1 0.00
333 2 0.00
334 1 0.00
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373 4 0.00
375 1 0.00
376 1 0.00
377 2 0.00
378 4 0.00
381 5 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
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TTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTAT
AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTGATAAACAGAATT
ATTTTTTAAATCTCTTAATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTACAAAT
AAGTTAGTATGAGCTGAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGCAATAACGATTTGAAATAGAT
AATTCTTCATAATCCTTAACTATTTGAAGTGG
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Alignment explanation
Indices: 135356--142889 Score: 2134
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135346 AATAAATAGA
* * * * * *
135356 TTTGAAATCAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTT
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* * * * * * * *
135421 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAGTATTTGAATTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTT
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* * ** * * *
135486 AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTAT
129 AAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * * * * ** **
135538 TTTGAATAAGCTCGTACAAATAGAAACAATTGTATTGTGACA-ACACAAAAGGTCGTAATGATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGA-ACAAAAGGTTATAACAATTT
* * * * * * * ***
135602 GAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAAC-AGTTTGCACTGG-TCAAGCT-AACAGATACCTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA-TTTGAACTGGTTC--GGTAAATAGATTTATTT
* * * * * * *
135664 TCTAAATC-CTTGACTTATTAATTTTCAAGAGATTAATAAATTAGCATTACTTTAT
126 TTTAAATCTCTT-AGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
135719 TCCGAATAAGA-GTGTATGAACAAAAAAAAAATGTTTTTATGACAAAACGAATGGTCATAATAAT
1 TTTGAATAA-ACTTGTATGAAC--AGAAATAAT-TTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAAT
* * * ** *
135783 TTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTTATAACTAATTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTT
62 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTT
* *
135848 TTAAATCTCTTA-TTAATT--TTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
127 TTAAATCTCTTAGTT-ATTAATTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * * * **
135898 TCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * * ** * *
135963 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGACAAACAGAATTATTTTTTA
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * ** * *
136028 AATCTCTTAATAACTAATTTTTGAAATATTAATAATTTTA-TTTTATTTTAT
130 AATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATTATTAA--TTAGTATTATTTTAT
** * * * * ** * * * ** *
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1 TTTGAATAAACTT-GTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
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64 GAAATAGATAATTATTCA-A-ATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTT
* * *
136205 TTAAATCTTTTAGTTATTAATTGTCAAAATCTTATTAGATCAGTATTATTTTAT
127 TTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TCAAAATATTATTA-ATTAGTATTATTTTAT
* * *
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1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * * *
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65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
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130 AATCTCTTAGTTATT--AATTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** *
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1 T-TTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTT-TTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATT
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63 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTT
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127 TTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATTATTAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * *
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1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * *
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65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
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130 AATCTCTTAGTTATTAATT-TCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * * * * * ** * *
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1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * ** * * * * *
136861 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAGTGATTTGATAAACT-GATTTATTTTTT
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTT
* * * * * *
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129 AAATCTCTTAGTTATT-AATTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *** * * *** *
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1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTTTTTATGATAGA-ACAAAAGGTTATAACAA-T-T
* * * * * ** **
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63 TGAAATAG--ATAATTA-TTCAA-ATAGTT-A-T-AAC-TATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGAT
** * * * * * *
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120 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCAA-AATATTATTAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * **
137140 TCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAGGGTTAGAATGATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
** ** * * *
137204 GAAATAGATAATTATTCTCATAGTCTA-AACTATTCAAATTGATTCGGTAAATATATTTATTTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
** *
137268 TAAATCTCTTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTGGTATTAATTTTA-
128 TAAATCTCTTAGT-TATTAA-TTTCAAAATATTATT-AATTAGTATT-ATTTTAT
*** * * * * * * **
137321 TCCAAATCAACTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATGACA-AA-ATAAAGATCATAATGATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACA-AAAGGTTATAACAATTT
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64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT
* * ** * *
137449 AAATCGCTT-GTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
129 AAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * * *
137500 TTCGGAT-AACTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
1 TTTGAATAAAC-TTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
* * * * * * *
137564 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTCGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTT
* * ** * * *
137629 TAAAATTTCTTACTTATTAACTTTTTGAAA-GTTAGTAAATTAGTATTATTTTTTTT
128 T-AAATCTCTTAGTTATTAA--TTTCAAAATATTA-TTAATTAGTATTA--TTTTAT
* * * * * *
137685 TTATGAACAAGCTTGTATGAACTGCAATAATTTTTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAGAACGATT
1 TT-TGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAA-TTTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATT
* * ** * * ** *
137749 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAA-ATATTTA-TTTT
63 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * *
137812 TAGAT-TATTA---ATT--TTT-AGAATATTATTAAATAAGTATTATTTTAA
128 TAAATCTCTTAGTTATTAATTTCAAAATATTATT-AATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
137857 TTTGAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAA-TTATTCTG-TGGCAAAATAAAGATCACAACAATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTTTTTATGATAG-AACA-AAAGGTTATAACAATTT
* * * **
137920 GAGATAGATAATTATTCAAATAG-T-CAACTATTTGAACCT-ATTCAATAAATAGATTTATTCTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTGGTTCGGTAAATAGATTTATT-TT
* * * * *
137982 TCAAACCTCTT-GCTTATTAATTTTTCAAAAGT-TAATAAATTAGTATTATTTTCT
127 TTAAATCTCTTAG-TTATTAA--TTTCAAAA-TATTATTAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * **
138036 TCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTAGTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAAAATGATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
* * * * *
138100 GAAATAAATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
*** ** * * * * *
138164 TAAATCTCTTACACACGTTTAATTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATT-TTTAAAAT
128 TAAATCTCTTAGTTA---TTAATTTCAAAATATTATTAATTAGT-ATTATTT--TAT
* * * * * * * * **
138219 ATT-ATTAAA-TTAGTATTATTTTTATCTG-AATCAA-CTTGTATGCTTAGAAACAATTATTTTA
1 TTTGAATAAACTT-GTATGA-----A-CAGAAAT-AATTTTTTATG-ATAG-AACAA-AAGGTTA
* ** * * * * * * * **
138280 TGACAAAAT-AAAAATCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTT-TAAATAGTCAT-AACTATTTG
55 TAACAATTTGAAATA-GAT-A--A-TT---ATTCA-AATAGTTATAACTA-T-TTGAACTGGTT-
* * * * * * * * *
138342 AAGTGGTTCAAAAAAAAGCTT-TAGTTTTTAAATCTCTTAATAATT--TTT-GAAATATTAATAA
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*
138403 AGTAGTATTATTTTAT
163 ATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * ** * * * * * * * *
138419 TTCGGATTAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGCTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
** * * * * **
138484 AAATAGACCATTGTTCAAGTAGTCATATA-TATTTGAACTTGTTTAGTAAACTA-ATTTATTTTT
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-TAGATTTA-TTTT
* * * * * *
138547 TTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAAAGT-TAATAAATTAGTATTATTTTAT
127 TTAAATCTCTTAGTTATTAA---TTTCAAAATATTATTAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * **
138601 TCCT-AATAAACTTATATGAACTA-AAATAATTATTTTACAACTA-AACAAAAGGTCATAATGAT
1 T-TTGAATAAACTTGTATGAAC-AGAAATAATT-TTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAAT
* * ** * * * * *
138663 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACATATTTATTTT
62 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTT
* * * * * *
138728 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTTTTAAATTAGTCTTATTTTAA
127 TTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATTATT-AATTAGTATTATTTTAT
*** ** * * * ** * * * *
138782 TCCAAATATGCTTGTATAAAAAGAAACAATTATTTTATGGCATAA-TAAAGATTATAACGATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * * * * * *
138846 ATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTA
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * *
138911 AATCTCTTA--T-TTATTTTCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAT
130 AATCTCTTAGTTATTAATTTCAAAATATTA-TTAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
138958 TTTCAAT-AA-TTCTATGTGAACATAAACAATTTTTTTATAACAAAACAATAGGTCATAACAATT
1 TTTGAATAAACTTGTA--TGAACAGAAATAA-TTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATT
* * * ** * ** * *
139021 TGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTCAATAGATTTATTTTT
63 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
** * * *
139086 TAAATCTAC-TACCTATTAATTTATAAAATATTAATAAATTAGTATGATTTTAT
128 TAAATCT-CTTAGTTATTAATTT-CAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * *
139139 TCAAAAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATA-AA-AAAGAGG--ACAACTATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAA-AGGTTATAACAATTT
* * * * * *
139200 GAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GATAAATAGATTTATTTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
* * * *** * * *
139264 TAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTACTGTTATTTTAT
128 TAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * ** * * * * *
139317 TTCGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATGGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAAT-TTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * * * * *
139382 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGGGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTT
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * *
139447 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT--TAATTATTTTAT
130 AATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGT-ATTATTTTAT
*** * * * * * * * *
139496 TCAAAATAAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTTATAACGATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAA-CAAAAGGTTATAACAATTT
* * * * * * *
139561 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTT
* * *** * *
139626 TAAATCTCTTACTTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAT
128 TAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * ***
139679 TTAGAA-CAAGTCTATATGAATA-AATACAATTATTTTATAAT-GAAACAAAAAGTTGTAATGGT
1 TTTGAATAAACT-TGTATGAACAGAA-ATAATT-TTTTATGATAG-AACAAAAGGTTATAACAAT
* * * * *
139741 TTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTTATTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TT
62 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTT
* ** * * *
139805 TTTAAATCTTTTACCTATTTATTGTCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAA
126 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TCAAAATATT-ATTAATT-AGTATTATTTTAT
* * * * * * * * **
139860 TATGAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * ** *
139925 AAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * ** * * * *
139990 AATATTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGCATAATTTTA-
130 AATCTCTTAGTTATTAATT-TCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * ***
140040 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA-ACTAATAAAAGGTTATAGTGATT
1 TTTG-AATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATA-GAACAAAAGGTTATAACAATT
* * * * *
140104 TGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAACTAGATTT-TTTTT
63 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
* *** * * * *
140168 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGCAGTATTAATAAATTAGAATTATGTTAT
128 TAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
** * *** * * * * **
140221 TTCAAATAAGCTTGTCCAAATAGAAACAATTGTTTTGTGATA-AACAAAAGGTCATAATGATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
** * * * * *
140285 AAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGCACTAG-TCAGGCAAATAGATTCATTTTTT
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTC-GGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * * *
140348 AAATC-GTTACTTTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAT
129 AAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * * *
140399 TCTGAATAAGA-TTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTT
1 TTTGAATAA-ACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
* * * * **
140463 GAAATAAATAGTTATTCAAATAGTTATAACCAATTGAACTGGTTTAGTAACAT--ATTTATTTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA-ATAGATTTATTTTT
* * * * * *
140526 TAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATATTTATAAATTAATCTTATTTTAT
128 TAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATA-TTATTAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * * * *
140579 TCCAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * * ** ** *
140644 AAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTGAACTATTTCGACAAACTA-AATTATTTTTT
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTT
* * ** * * *
140708 AACTCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTAATTTTAA
129 AAATCTCTTAGTTATTAATTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATT-ATTTTAT
* * * * * * * * *
140759 TCTGAA-CAAGTTACTAAT-AACTGAAAAAATTGTTCTATGATAAAACAAAA-GTTCATAACTAT
1 TTTGAATAAACTT-GT-ATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAACAAT
* * * * * * * * * * *
140821 TTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCT-TAACTATTTGAATTAGTTTGGCAAACAAATTTATTT
62 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTT
* * * *
140885 TTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTACTTTAT
126 TTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATTATTA-ATTAGTATTATTTTAT
* * * *
140940 TTTGAATAAACTTGTAT-AGATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGA-ACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
* * * * * * * *
141004 GAAATATATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT
* * ** *
141069 AAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAT
129 AAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATTA-TTAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
141121 TTCGAATAAGCTTGAATGATCA-AAA-ACATTTTTCATATGACCA-AACAAAA-GTTAATAACGA
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATA-ATTTTT--TATGA-TAGAACAAAAGGTT-ATAACAA
* * * ** * * * ** * *
141182 TTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTAAGTAAATAGATTCACTT
61 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTT
*
141247 TTTAAA--TC--ACTTATTAA--T----A-A--A-T--TT-GTATTATTTTAT
126 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCAAAATATTATTAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * **
141283 TTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAATGATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAATGATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* ** * * * * * * * *
141348 AAATAGATAATTGTTCATGTAATCT-TAACTGTTTAAACTGTTTCAGCAAACATATTTATTTTTT
65 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT
** *
141412 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATAAGTATTATTTTAT
129 AAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATTATT-AATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
141464 TTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAAAAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* ** ** * * * *
141529 AAATAGGTAATTATTCAAATAGGATT-TGGTTCGGTTT--ACT--TT--TTAAAT--CTCGTACT
65 AAATAGATAATTATTCAAATA-G-TTAT--AACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGAT-TTATT
* * ** * * * * **
141585 TATT-AAT-TTTTGAAATATTAA--T-AAATTAGTGCTATTTTATTCCA-AATAAGCTTACAT
125 TTTTAAATCTCTT-AGTTATTAATTTCAAAATA-T--TA-TTAATT--AGTATTA--TTTTAT
** * * * ***
141642 GATGAA-AAACAATTGT-T----------------TTATGACAAAACAAAA-CTTCATATTGATT
1 TTTGAATAAAC--TTGTATGAACAGAAATAATTTTTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAACAATT
* * * ** * * * * * *
141688 TGAAATAGATAATTGTTGAAATGGGCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTCACTTTT
63 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
* * ** * *
141753 TAAA--TC--ACTTATTAATTTTAGGGATATTAATAAATTATTATTATTATTTTAT
128 TAAATCTCTTAGTTATTAATTTCA-AAATATT-AT---TAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * **
141805 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAATGATTT
1 TTTGAATAAACTTGTATGAAC-AGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
* * * * * * * * * ** * *
141869 TAAATATAAAATTATTTAAAAAGTCATAACTATTTAAATTTGTTTAG-AAACATATTTATTTTTT
64 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * ** * *
141933 AAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAT
129 -AAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
141986 TTTGGATAAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAACAATTT
1 TTTGAATAAA-CTTGTATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
* * ** * * ** * *
142051 TAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTT
64 GAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
* *** * * *
142115 TCAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTGAATGTTAATATATTA-CA--ATTTT-T
128 T-AAATCTCTTAG-TTATTAATTTCAAAATATTATTA-ATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
142164 TTT-CATAAACTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTA-AA-AAAA-ATCA-AACGATT
1 TTTGAATAAACTTGTATGA-ACAGAAA-TAATTTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATT
* * * ** * * *
142223 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATCTTT
63 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT
* * *
142288 TAAATCTCTTA-TTAATT--TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTA-
128 TAAATCTCTTAGTT-ATTAATTTCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
142336 TTTCAAGTAAGCTTGTTTGATA-AAAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATT
1 TTTGAA-TAAACTTGTATGA-ACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATT
* ** * * ** ** * *
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** * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * **
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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* *
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*
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* *
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* * * *
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** * * * *
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65 CAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * **
140943 GAATAAACTTGTATAGATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAA
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* * * * * * *
141008 TATATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAAA
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* * *
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1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
141123 CGAATAAGCTTGAAT-GATCAAAAAC-ATT-TTTCATATGACCAAACAAAAGTTAATAACGATTT
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* * * * * ** *
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* * *
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*
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Statistics
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GTCATAACTATTTGAAATA
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* * * ***
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* * * * ** *
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* * * ** * * *
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* * * *** * * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * * * * **
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* * * *
135829 TGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATA
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* * * *
135889 TTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA-
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* * * * * *
135920 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
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* * * * * * * * *
135985 TCATAATTATTTAAACTGGTT-TGACAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAACTAATTTT
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* * * * *
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** * * * * * * *
136110 TTTTACAACAAAATAAAAGGCCATAACTATTTGAAATAGATAATTCTTCATACA-TCCTTAACTA
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* * ** * * * * *** *
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* * ** * * * **
136239 TTAGATCAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGGTAGA
317 ATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACA-A
* * * * * * * * *
136303 ACAAAAGGTTATAACAACTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGACCTGGTTC
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* * * * *
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* * * * **
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* ** * * * *
136462 GAAATAATT-TCTTTATGACTAAACAAAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTTATATA
1 AAAATAATTAT-TTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** *** * **
136526 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATGGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTACAAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
136590 CAAAATATTATTAATTTTGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTATATGAACAT-AAATAATTGT
128 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATG-A-ATGAAACAATTGT
* * *
136653 TTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
136718 TGAAC-TGGTCGGTAAACAGATTTATTTTTTGAATC---T-CATACTAGTTCTTGAAATATTAAT
255 TGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* * * * *
136778 AAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTAGTATG-TTCA-AAAACATTTGTTTTATGACAAA-
319 AAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAC
* * * * *
136840 ATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-GTGATT
382 A--AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * * * ** *
136904 TGATAAACT-GATT-TATTTTTTACATATCTTACTTATTGATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGT
444 CGGT-AACTAGATTAT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGT
136967 ATTATTTTA--T----T----TTG--G--AT
506 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGAAAT
* * * * * * * *
136984 AAACT-TTTA-TTAACTG--AAATAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAG
1 AAAATAATTATTTTA-TGATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
137045 TCATAAATATTTGAACCTA-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAA-CTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTT-AAATC-CTTACTTATTAATTT
* * *
137109 TTCA-AA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
127 TT-AGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * * * ** **
137172 TTTTATGACTAAACAAAGGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTCATAGTC-TAAACTA
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTA
* * * * *
137236 -TTCAAATTGATTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TGTATTAATTTTTGAAATAT
253 TTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTG-AATAT
* * ** * *
137299 TATTAAATTGGTATTAATTTTA-TCCAAATCAA-CTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGA
315 TAATAAATTTGTATT-ATTTTATTTGAAAT-AAGCTTGTATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * * **
137361 CAAA-ATAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCA
377 CAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*** * * * * * * *
137425 GTTCAAAAAATAGCTT-TAGTTTTTAAATCGCTT-GTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
441 GTTCGGTAACTAGATTAT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA
** * *
137488 GTATTATTTTATTTCGGATAA-CTTTTTATGAATT
504 GTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTA-GAAAT
* * * * * *
137522 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAATAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
137587 TCATATCTATTTGAACTCGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAACTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTA-TTTTTT-AAA-TCCTTACTTATTAA-TT
* * * * * *
137652 TTT-GAA-AGTTAGTAAATTAGTATTATTTTTTTTTTATGAACAAGCTTGTATGAACTGCAATAA
126 TTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTA---TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAA
* * * * * * * *
137715 TTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCCTAAC
186 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *
137780 TATTTGAACTAGTT-TG-ACAA-A-A--TA---TTT--AT-TTTTAGATTATTAATTTTTAGAAT
251 TATTTGAACTTGTTCAGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTT-GAAT
* ** * * * * * * *
137833 ATTATTAAATAAGTATTATTTTAATTTG-AATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTCTGTGG
313 ATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * *
137897 CAAA-ATAAAGATCACAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTGAACCT
377 CAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * * * * *
137959 ATTCAATAAATAGATTTATTCTTTCAAACCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTA
441 GTTCGGTAACTAGA-TTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTA
* * * *
138024 GTATTATTTTCTTCCAAATAAACTTGTATGAACT
504 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-GAAAT
* * * * * * * *
138058 GAAACAATTAGTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAG
1 AAAATAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
138123 TCTTAACTATTTGAACT-GATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACACACGTTTAAT
65 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCAG-CAA-AC----A-----T--A--T-TT----A----T--T
* *
138187 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATC
103 TTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAAT-
** * * * * * *
138251 AA-CTTGTATGCTTAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACGATTTGAGATTGA
165 AAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * ** * * *
138314 TATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAAAAGCTTTAGTTTTTAAATC---
229 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * * *
138376 T-CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG-GATTAGTTTTTATGAA
294 TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * ** *
138439 TTGAAACAATTGCTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAGACCATTGTTCAAGT
357 TAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** *
138504 AGTCATATA-TATTTGAACTTGTTTAGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA
421 AGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGGT-AACTAGA-TTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
138567 TTTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAACTTATATGAACT
483 -TTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-GAAAT
** *
138623 AAAATAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
1 AAAATAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* **
138688 TCCTAACTATTTGAACT-GATTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTT
** * * ** * * * *
138752 TAGAATATTTTTAAATTAGTCTTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATAAAAAGAAACAATTATTT
128 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-GAATGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
138817 TATGGCATAA-TAAAGATTATAACGATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
192 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * ** *
138881 AAATAGTT-TGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTTATTTTCAAAATATTAGTA
257 AACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATA
** ** * * * * * *
138941 AATTAATATTATTTTATTTTCAATAA--TTCTATGTGAACATAAACAATTTTTTTATAACAAAAC
320 AATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA--TGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAAC
* * * * * * * *
139004 AATAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGACATGACTATTTGAACTTATTTGG
382 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* **
139069 TCAA-TAGATT-TATTTTTTAAATCTAC-TACCTATTAATTTATAAAATATTAATAAATTAGTAT
447 T-AACTAGATTAT-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
139131 GATTTTA-TTCAAAAAAAACTTGTATG-AAT
508 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA-GAAAT
* * * * *
139160 AGAAACAATTATTTTATGATAAA-AAAGAGGACA-ACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
1 A-AAATAATTATTTTATGATAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
139222 GTCATAACTATTTGAACTTGCTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAAT-CCTTACTTATTAATTT
* * * * *
139286 TTGGAATATTAATAAATTACTGTTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATGGG
127 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGT
* * *
139350 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
** * * *
139415 TGAACGGGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
255 TGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* ** * * * *
139479 AAATTT-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
319 AAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAA-C
* * * * * *
139543 AAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTAAACTTGTTCAG
382 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
*
139608 TAAAC-AGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
447 T-AACTAGATT-ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
139672 ACTTTATTT-AGAACAAG-TCTATATG-AAT
509 ATTTTATTTCA-AATAAGCT-TGTA-GAAAT
* * * ** * * *
139700 AAATACAATTATTTTATAATGAAACAAAAAGTTGTAATGGTTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA
1 AAA-ATAATTATTTTATGAT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
139765 GTTATTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACCTATTTATTG
64 GTCA-TAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTT
* * * *
139829 TCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAA-GAAAAACAATTG
127 TTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTG
* * ** * *
139892 TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTAT
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
139957 TTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAA
254 TTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAA
* * * *
140022 TAAATTTGCATAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAACTAAT
318 TAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATG-ACAAAC
* ** * * *
140087 AAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
382 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* *
140152 TAACTAGATT-TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGCAGTATTAATAAATTAGAATTAT
447 TAACTAGATTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* **
140216 GTTATTTCAAATAAGCTTGTCCAAAT
511 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAGAAAT
* * * *
140242 AGAAACAATTGTTTTGTGATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAG
1 A-AAATAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
140307 TCATAA-TATTTGCACTAG-TCAGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCGTTACTTTTTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GCAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTT
* * *
140370 AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAATGGAAACAATTGTTTT
129 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTT
* * * * * *
140435 ATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAGTTATTCAAATAGTTATAACCAATTGA
193 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
140500 ACTGGTTTAGTAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATATTTATAA
258 ACTTGTTCAGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
** * ** * * * * *
140563 ATTAATCTTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAATA-AAAACATTTATTTTATGACAAAACAA
321 ATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGAC-AAACAA
* * * *
140627 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTGAACTAT-TTCGAC
384 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCG-G
* * * *
140691 AAACTAAATTA-TTTTTTAACTCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTAA
447 TAACTAGATTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT-A
* * * *
140753 TTTTA-ATCTGAACAAG-TTACTA-ATAACT
510 TTTTATTTC-AAATAAGCTT-GTAGA-AA-T
* * * * * *
140781 GAAAA-AATTGTTCTATGATAAAACAAAAGTTCATAACT-ATTTGAAATAAAGAATTGTTCATAT
1 -AAAATAATTATTTTATGAT-AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * *
140844 AGCCTTAACTATTTGAATTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTT
63 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAA-TCCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
140909 TTAGAATATTATTACATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-AGATAGAAATAATTGT
127 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-AT-GAAACAATTGT
* * * * *
140973 TTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTATTCATATAGTCATAACTATT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * **
141038 TGAA-TTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
255 TGAACTT-GTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTA
* * * *
141101 GTAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGAATG-ATCA-AAAACATT-TTTCATATGAC
317 ATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAAAATTGTTT--TATGA-
* * * * * * *
141162 CAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-ATG
377 CAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * *
141226 ATTAAGTAAATAGATTCA-CTTTTTAAA--TC--AC---TT-A---TT-AATA--AAT---TT-G
442 -TTCGGTAACTAGATT-ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
** *
141272 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATT
505 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGAAA-T
* * * * * ** *
141305 GAAATGATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTAA
1 AAAATAATTATTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
141370 TCTTAACTGTTTAAACT-GTTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTT
* * * * *
141434 T-GAAATATTATTAAATAAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAAAAATTAT
128 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGT
* * * * * * *
141497 TTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG-------GATT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* **
141555 TG-----GTTC-G------G-TTTACTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
255 TGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* ** ** **
141607 AAATTAGTGCTATTTTATTCCAAATAAGCTTACATG-AT-GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
319 AAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTGTTTTATGAC-AAA
** ** * * * *
141670 CAAAACTTCATATTGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGGCATAATTATTTGAAC-TGATTC
381 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC
* * * *
141734 AGTAAAC-AGATTCA-CTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTAGGGATATTAATAAATTATTA
445 GGT-AACTAGATT-ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT-AA--ATTA
* *
141793 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
504 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-GAAAT
* * * * * * * *
141827 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAATGATTTTAAATATAAAATTATTTAAAAAG
1 AAAATAATTATTTTATGAT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * **
141892 TCATAACTATTTAAATTTGTTTAG-AAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTT-AAA-TCCTTACTTATTAATTTT
* * * *
141956 T-GAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGGATAAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGT
128 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGT
* * * * * *
142020 TTTATGAGAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGCCATAATTAT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
142084 TTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAATGTTAA
254 TTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAA
* ** ** * *
142149 T--ATAT-TACAATTTT-TTT-TCATAAACTTGTATG-ATATGAAACAAA-TATTTTATGACTAA
318 TAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAA-AAATTGTTTTATGAC-AA
* * * ** *
142207 A-AAAA-ATCA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTC
380 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
** * *
142269 GACAAAC-ACATT-TATCTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
445 G-GTAACTAGATTAT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * *
142328 TTTTTTTATTTCAAGTAAGCTTGTTTGATAA-
507 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TAGA-AAT
* * * ** * *
142359 AAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
1 AAAATAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * **
142424 CCATAATTATTTTAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCCAT-C-T-CTTATTAA-TTTTA
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
142485 GAAATATTAATAAATGAGTATTATCTTATTC-CATATAACCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTT
130 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTT
* * * *
142549 TATGACAAAACAAAAGGTTATAA-AGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
192 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
142613 AAACCTATTCGGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAAATTTTAAATTTTAATA
256 GAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATA
* * * * * * **
142676 AATTAGTATTAATTTGTTCTG-AATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAGGA
320 AATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACA
* * * * * * * * *
142740 AAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATCATTGTTCTAATAGTCAAAACCATATGAACTGGTTTGGT
383 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * * * *
142805 AAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTAT
448 AACTAGA-TTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
142870 TTTA-ATCTGAATAAGCTTGT-GCAAAC
511 TTTATTTC-AAATAAGCTTGTAG-AAAT
* * * * * *
142896 AAAAAAAAT-TTTTATGACAGAAAAAAAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACGAA
1 AAAATAATTATTTTATG--A-TAAACAAAA---G-GTCA---TAAT--G----A--TT-T--G-A
* * * * ** * * * *
142960 CAAAAGGTCATAA-AGATTTCAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTT
44 -AATA-G--ATAATTG--TTCAAATAG-TCAT--AAC-TAT--T-TGAACTAGTT-CA---G--C
* * * * * *
143024 AGTAA-TTATATATTTTTTTAATTAT-CTTAGTTGTTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
90 A--AACATATTTA-TTTTTTAA--ATCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* ** ** * * * * *
143087 TATTTCATTCCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTTAT-
150 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** *
143151 AC-ATTTGAAATAGATAATTATTATAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATT
214 ACAATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * * * * * * *
143215 TACTTTTAAAATATCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTTTGA
278 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGA
* * * * * *
143280 ACA-AA-CTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAA-ATAAAAGTAATAATGATTTGAA
341 A-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
143341 ATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTAGAACTA-TTTTTTAA
403 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAACTAG-ATTATTTTTTTAA
* * * * * * *
143405 ATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTATTTTTATTTTA-TTCTGAATAAACTTG
467 ATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
**
143469 TATGAGCT
530 TA-GAAAT
* * * * * * *
143477 GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
1 AAAATAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *** * *
143542 TCTTAACTGTTTGAACTGGTTCAGTAAATGGATTTATTTTTTAAGTAT-CTTAGTTATGAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAA--ATCCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
143606 CAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATAGAAATAATTGTTT
128 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
143671 TATAATAGAATAAAAGATTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
192 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * ** *
143736 AACTAGTTC-GATAAATAGATTTAATTTTTAAATC----AATTGCTAATTCTTGAGATATTAATA
257 AACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATA
* * * * *
143796 AATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATG--TTGAAAAATAATTGTTTTATGA
320 AATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTGTTTTATGA
143853 TAAAATGAAA
Statistics
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0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
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511 1 0.00
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584 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
AAAATAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTG
TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCA
TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAACTAGAT
TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTAGAAAT
Found at i:141674 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 141402--141701 Score: 379
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
141392 AGCAAACATA
* * * * * *
141402 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATAAGTATTATTTTATTTC
1 TTTACTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTACTATTTTATTCC
* ** * * *
141467 GAATAAGCTTGTATGAGCTGAAAAAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAA
66 AAATAAGCTTACATGA-CTGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAA-CTTCATAACGATTTGAA
*
141531 ATAGGTAATTATTCAAATAGGATTTGGTTCGG
129 ATAGATAATTATTCAAATAGGATTTGGTTCGG
* *
141563 TTTACTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTCC
1 TTTACTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTACTATTTTATTCC
* * **
141628 AAATAAGCTTACATGA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACTTCATATTGATTTGAA
66 AAATAAGCTTACATGACTG-AAAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAACTTCATAACGATTTGAA
141692 ATAGATAATT
129 ATAGATAATT
141702 GTTGAAATGG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 19, Indels: 6
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.02
160 6 0.05
161 109 0.93
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (160 bp):
TTTACTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTACTATTTTATTCC
AAATAAGCTTACATGACTGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAACTTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGGATTTGGTTCGG
Found at i:142474 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 141583--142889 Score: 931
Period size: 177 Copynumber: 7.3 Consensus size: 176
141573 AAATCTCGTA
** * ** ***
141583 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTCCAAATAAGCTTACATGATGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACTA
** *** * * * *
141648 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACTTCATATTGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * *
141713 CATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCA
130 CATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* ** *
141760 CTTATTAATTTTAGGGATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * * * * *
141825 CTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAATGATTTTAAATATAAAATTATTTAAAA
62 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
141890 AGTCATAACTATTTAAATTTGTTTAG-AAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTT
127 AGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA---TCT
* ** *
141943 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGGATAAAGCTTTTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAT-AAGCTTGTATGAAC
* * * * *
142008 TGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAAT
63 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAAT
* **
142072 AGCCATAATTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTT
127 AGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC---T
* * * * *
142126 GCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATATATTA-CA--ATTTTTTTTC-ATAAACTTGTATGATA-T
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * *
142185 GAAACAAATATTTTATGACTAAAA-AAAA--TCA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
64 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
*** * * * * * *
142246 GTTTTAACTATTTGAAC-TAGTTCGACAAACACATTTATCTTTTAAATCT
128 GCCATAATTATTTGAACTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * *
142295 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAGTAAGCTTGTTTGATA-A
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-TAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * *
142359 AAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
64 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * **
142424 CCATAATTATTTTAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCCATCT
129 CCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
142472 CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATGAGTATTATCTTATTCCATATAACCTTGTATTAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAACTA
* * *
142537 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-AGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * ** * *
142601 TAATAACTATTTAAACCTATTCGGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCT
129 CCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
142647 CTTACTT-ATTAAAATTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCTGAATAAACTTGTATG
1 CTTA-TTAATT----TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATG
* * * ** * ** * * *
142711 AATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAGGAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATCATTGTTCTA
60 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * ** * ** * *
142776 ATAGTCAAAACCATATGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCT
125 ATAGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * * *
142829 CTTAATTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGT
1 C----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAGCTTGT
142890 GCAAACAAAA
Statistics
Matches: 891, Mismatches: 190, Indels: 93
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.02
169 14 0.02
170 1 0.00
172 17 0.02
173 56 0.06
174 36 0.04
175 17 0.02
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177 214 0.24
178 10 0.01
179 135 0.15
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181 16 0.02
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185 2 0.00
186 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACTAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCC
ATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
Found at i:143557 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 142958--143768 Score: 685
Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 180
142948 AGCTTGTACG
* * * * * *
142958 AACAAAAGGTCATAAAGATTTCAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTT
1 AACAAAAGGTTATAAA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
* * * * * * *
143023 TAGTAATTA-TA-TATTTTTTTAATTATCTTAGTTGTTAAGTTTT-AGAATATTATTAAATTAGT
65 TAGTAAATAGAATTA-TTTTTTAAATATCTTACTT-ATAAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGT
** * * * * *
143085 ATTATTTCATTCCAAATAAAATAGTATG-AATAGAACCAATTATTTGATGACAA
127 ATTATTTCATTCTGAATAAACTTGTATGAAATAGAAACAATTATTTTATAACAA
* * ** *
143138 AACAAAAGGTTAT-ACATTTGAAATAGATAATTATT-ATAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGT
1 AACAAAAGGTTATAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAT--ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT
* * * * * * *
143201 TTGGTAAACAGATTTACTTTTAAAATATCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA
64 TTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATAAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
143266 TTATTTCATTTTGAACAAACTTATATGAACA-A-AAACAATTATTTTATGACAA
128 TTATTTCATTCTGAATAAACTTGTATGAA-ATAGAAACAATTATTTTATAACAA
* * * * * *
143318 AATAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTGGT
1 AACAAAAGGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGT
* * * * * * * *
143381 TTGGTAAGTAGAACTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTATTT
64 TTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTAT-AAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTA
* ** * *
143446 TTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAGCT-GAAATAATTGTTTTATAACAA
128 TTATTTCATTCTGAATAAACTTGTATGAAATAGAAACAATTATTTTATAACAA
*
143498 AACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTT
1 AACAAAAGGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
* * * * * * *
143563 CAGTAAATGGATTTATTTTTTAAGTATCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTAT
65 TAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATAAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
143628 TATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATAATAG
129 TATTTCATTCTGAATAAACTTGTATGAAATAGAAACAATTATTTTATAACAA
* * * * * * *
143679 AATAAAAGATTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-T
1 AACAAAAGGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
* * *
143743 TCGATAAATAGATTTAATTTTTAAAT
65 TAG-TAAATAGAATTATTTTTTAAAT
143769 CAATTGCTAA
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 106, Indels: 39
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.00
178 16 0.03
179 38 0.08
180 209 0.41
181 237 0.47
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AACAAAAGGTTATAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT
AGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTCATTCTGAATAAACTTGTATGAAATAGAAACAATTATTTTATAACAA
Found at i:143882 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 143806--143937 Score: 201
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
143796 AATTAGAATT
* * * * * *
143806 ATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
143871 TG
66 TG
*
143873 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAGAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
143938 CGAATTGAAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 7, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 58 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (67 bp):
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
TG
Found at i:144260 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 143998--144678 Score: 596
Period size: 182 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
143988 TAGTAAACTG
*
143998 ATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
144061 TGGATAAGATTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACAATTTTAA
66 CGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAA
* *
144126 ATAAATAATTTTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTCGATAAA-AA
131 ATAGATAATTTTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTCGA-AAATAA
* * * * *
144175 ATTTATTTTTTCAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTAT
* * * ** * *
144239 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACTATTATTTTATGACCAAACAAAAAGTT-AGAATGATTT
64 TTCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTCATAATAATTT
* * * ** * * *
144303 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATTCAACAAATAC
128 TAAATAGATAATTTTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG--TCGA-AAATAA
* ** *
144357 ATTTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTAT-T
* * * * ** * * *
144421 CCAAATAAGCTTATAT-AACCATAAGTAATTTTTTTTATGGA-AAAA-AAAAATATCATAATGA-
65 TCGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAA-TTGTTTTAT-GATAAAACAAAAGT-TCATAATAAT
* * * * * **
144482 TTTAAGATTGAT-ATTTGTTCAAATGGTTATAGCTATTTGAACTAAT-TTGAAAAGTGG
126 TTTAA-ATAGATAATTT-TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT--TGTCGAAAA-TAA
* * * * *
144539 TTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGCATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTT
* * * *
144604 CGGATAAGTTTTTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAA
66 CGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAA
144669 ATAGATAATT
131 ATAGATAATT
144679 GTTCGATAAA
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 81, Indels: 49
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 11 0.03
178 3 0.01
179 3 0.01
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAA
ATAGATAATTTTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTCGAAAATAA
Found at i:144791 original size:155 final size:154
Alignment explanation
Indices: 144545--144833 Score: 352
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
144535 GTGGTTTTAG
*
144545 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGCATTATTTTATTTCGGATA
1 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGCATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * *
144610 AGTTTTTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGA
66 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACT-AAACAAAAAGTCAGAATAATTTGAAATAGA
144674 TAATTGTTCGATAAATATATTTATT
130 TAATTGTTCGATAAATATATTTATT
* * * * *
144699 TTTTTAACTCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AAT-TTTAATAAGTTAGTATTATTTT-TATTCTG
1 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAA-TTTTTGAAATATTAAAAAAG-TAGCATTATTTTAT-TTC-G
* ** *
144761 AATAAGCTTGTATGAACTGAAGTAATTGTTTTACGACTAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAAT
62 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACTAAACAAAAAGTCAGAATAATTTGAAAT
144826 AGATAATT
127 AGATAATT
144834 ATTCTAATAG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 17, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (154 bp):
TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGCATTATTTTATTTCGAATA
AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACTAAACAAAAAGTCAGAATAATTTGAAATAGAT
AATTGTTCGATAAATATATTTATT
Found at i:145312 original size:181 final size:181
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Indices: 145001--145530 Score: 471
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181
144991 CAAACAATAC
* * * * * * *
145001 AAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACAAATTTATTAAGA-GTAAGAAAATTAACAAGTAAAAGAC
1 AAGCTTATTCA-AAGTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGAA
* * * * * * * * * *
145064 TGAAAAAATAAAGCTA--TTTACTGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTA
64 T-TAAAAA-AAAGATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAACAATGATCTA
* ** * * * * *
145127 TTTCAACTTGTTATGACTTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATAT
127 TTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTATTTCA-GTTCATAT
* ** ** * *
145182 AAGCTTATTCAAATTAAAATAATTTTAATTTATTAAAATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATT
* *
145247 AAAAAATAAG-TATGTTT-GTCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATGATCTATT
66 AAAAAA-AAGATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAACAATGATCTATT
*
145310 TCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTATTTCAGTTCATAT
129 TCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCATAT
** * * *
145363 AAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT
1 AAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATT
* * * * * * *
145428 AAAAAAAAGTATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTAAACAATTATTTATTT
66 AAAAAAAAG-ATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAACAATGATCTATTT
* * * * *
145493 CAAAACATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATT
130 CAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATT
145531 GGTTTTGTTT
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 58, Indels: 19
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 14 0.05
181 186 0.66
182 77 0.27
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATT
AAAAAAAAGATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAACAATGATCTATTTC
AAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCATAT
Found at i:145538 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 145508--145565 Score: 116
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
145498 CATTATGACC
145508 TTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGG
1 TTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGG
145533 TTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGG
1 TTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGG
145558 TTTTGTTT
1 TTTTGTTT
145566 GTACAAGAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGG
Found at i:145679 original size:70 final size:71
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Period size: 71 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
145585 TATATTTATT
* *
145595 AATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAA-AATTTAAAAAATAAAGATGTTTTCTTAACACATTCAAA
1 AATATTCCAAAAATTAATAGA-TAAACAATTTAAAAAATAAACATGTTTTCTTAACACATTCAAA
145658 TAGTTTC
65 TAGTTTC
* *
145665 AATATTCCAAAAATTAATAGATAAACATTTTAAAAAATAAACATGTTTTCTTAACACGTTCAA
1 AATATTCCAAAAATTAATAGATAAACAATTTAAAAAATAAACATGTTTTCTTAACACATTCAA
145728 GCAGTTATGA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (71 bp):
AATATTCCAAAAATTAATAGATAAACAATTTAAAAAATAAACATGTTTTCTTAACACATTCAAAT
AGTTTC
Found at i:146064 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 145874--146221 Score: 389
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
145864 AGTAAGAGAT
* * * * * *
145874 TTAAAAAAAAAAATGTGTTT-GTCGAACTAGTTCAAATAGATAAGACCATTACAACTATTATTTA
1 TTAAAAAAAAAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGATAAGACCATTACAACAATTATCTA
* * * * * * *
145938 TTTCAAACT-ATTCTAACCTTTTG-CTTAGTCATAAAATAATTTTTTTCAATTCATACATGCTTA
65 TTT-AAAATAAATATAACCTTTTGTCTTA-TCAT-AAACAATTGTTTTCAATTCATAAAAGCTTA
*** *
146001 TTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAAA
127 TGAAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAACAAGAAA
* * * * **
146056 TTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 TTAAAAAAAAAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATAAGACCATTACAACAATTATCTAT
* *
146121 TTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAACAATTGTTTTCAGTTCATAAAAGCTTATGAA
66 TTAAAATAAATATAACCTTTTGTCTTATCATAAACAATTGTTTTCAATTCATAAAAGCTTATGAA
* *
146186 AAATAAAATAACATTACTTTATTAATATTTCAAAAA
131 AAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
146222 TTGATAAGTT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 27, Indels: 8
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 54 0.40
182 77 0.57
183 4 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.06, T:0.38
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TTAAAAAAAAAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATAAGACCATTACAACAATTATCTAT
TTAAAATAAATATAACCTTTTGTCTTATCATAAACAATTGTTTTCAATTCATAAAAGCTTATGAA
AAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAACAAGAAA
Found at i:146272 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 145665--147674 Score: 1324
Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 182
145655 AAATAGTTTC
* * *
145665 AATATTCCAAAAATTAAT-AGATAA-ACATTTTAAAAAATAAA-CATGTTT-TCTTAA-CACGTT
1 AATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCA-GTTTATC-GAATCA-GTT
** * * * * * *
145725 CAAGCAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCACTATGATC-TTTGTTTTTTCATA
61 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * * * *
145789 AAATAATTG-TTTCTATTTATAGAAGCTTATTCGAAGTGAAATATTACTAAATTAAT
126 AAACAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** *
145845 AGTATAGT-AAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAAATGTGTTTGTCGAA-CTAGTTCA
1 AATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCA
* * * ** * * * *
145908 AATAGATAAGACCATTACAACTATTATTTATTTCAAA-CTATTCTAACCTTTTG-CTTAGTCATA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACCTTTTGTTTTA-TCATA
* * * *
145971 AAATAATTTTTTTCAATTCATACATGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATT
126 AAACAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * *
146028 AATA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTAAAAAAATAAATCTA-TTTA-CTGAA-CAAGTTC
1 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATC-GAATC-AGTTC
* * *
146089 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCAT-A
62 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAA
* * ** * * *
146153 AACAATTGTTTTCAGTTCATAAAAGCTTATGAAAAATAAAATAACATTACTTTATT
127 AACAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
146209 AATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCGAATCGGTTCAAAT
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAAT
* * * *
146274 AATTATGGCCAATTGAACAATTA-CTA-TTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAAC
66 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * *
146336 AATTGTTTT--TTGTCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
130 AATTGTTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
146388 GATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACCAGTTC--C
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATCAGTTCAAA
* * * * * *
146450 TA-TT-T---TA-CT----AATTATCTATTCCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAAT
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * *** * *
146505 AATTG-TTTCAATTCATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTATTTTAAT
130 AATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * * *
146557 AATATTTTAAAAATTAATACCTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTA-TTTGTCAAAGT-AGTTTAA
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAA-TCAGTTCAA
* * * * * * * * * *
146620 AAAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATTAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * *
146685 CAATTG-TCTCAATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
129 CAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** * *
146738 AATA-TTCCAAAATTAACAAGGAAGTA-ATTTAAAAAGTAAATTTGTTTA-CTGAATTAGTTTAA
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATCAGTTCAA
* * * * * * * * * ** *
146800 ATAATTGTGGCCATGTCAACAGTTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAA
** * *
146865 CAATTGTTTTTGGA--CATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
129 CAATTG-TTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
146918 GATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTA-CTGAA-CTGTTCAA
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATC-GAATCAGTTCAA
** * ** * * *
146976 ATAGTTATGACTATTTGAATTATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * *
147041 CAATT-ATTTCTATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAAT
129 CAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
147094 AATATTTCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTGTTGAATTAGTTCAAA
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCGAATCAGTTCAAA
* * * * * *
147158 TAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * *
147223 AATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTTTTGAGAATAAAATAA-AATGAATTTATT
130 AATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* ** * * * *
147275 AATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAAAAA-AAATTTGTTTACCTAACCGGTTCAAA
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAA
* * * * * * * *
147339 CAATTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * * *
147404 AATAT-TTTT--TTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTAATCTATT
130 AAT-TGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
147455 AATTTTTCAAAAAGTAATAA-T-A-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACTAGTTCAAA
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAA
* * * * * ** * ** * * * *
147515 TAGTTATGACTATTTGAGCAACTCTTTACTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTCTGTTATAAAAT
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* *** * *
147580 AATAG-TTT-ATATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTGATTTATT
130 AATTGTTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * *
147632 AAAATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAATTTTAAAAATAAAT
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAAT
147675 TTGTTTATTG
Statistics
Matches: 1428, Mismatches: 323, Indels: 156
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 8 0.01
169 114 0.08
170 2 0.00
171 2 0.00
172 3 0.00
174 4 0.00
175 13 0.01
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178 6 0.00
179 113 0.08
180 251 0.18
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182 122 0.09
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
ATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
Found at i:146587 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 146292--146600 Score: 424
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
146282 CCAATTGAAC
* **
146292 AATTACTATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTTGTCATACAAG
1 AATTACTATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTAATGTCATACAAG
* * * *
146357 CCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAA
66 CCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
146422 AAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCCTATTTTACT
131 AAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCCTATTTTACT
* *
146459 AATTATCTATTCCAAATCATTAT-AACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATA
1 AATTA-CTATT-CAAATCATTATGAAC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTT-AATGTCATA
* * * * * *
146522 TAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTATTTTAATAATATTTTAAAAATTAATACCTAAGAGATT
62 CAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATT
*
146587 TTAAAAATAAATCT
127 TAAAAAATAAATCT
146601 ATTTGTCAAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 16, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.04
168 8 0.07
169 108 0.89
170 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
AATTACTATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTAATGTCATACAAG
CCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCCTATTTTACT
Found at i:147165 original size:537 final size:530
Alignment explanation
Indices: 145966--147531 Score: 1643
Period size: 537 Copynumber: 2.9 Consensus size: 530
145956 TTTTGCTTAG
* * *
145966 TCATAAAATAATTTTTTTCAATTCATAC-ATGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TCATAAAATAA-TTATTTCAATTCATACTA-GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * ** *
146030 TA-TTCAAAAAATTAATAAAC-AAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT
64 TATTTC-AAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAACTAGTTCAAAT
* * * * * *
146093 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCA-TAAACA
127 AGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACA
* * * * * *
146157 ATTGTTTTCAGTTCATAAAAGCTTATGAAAAATAAAATAACATTACTTTATTAATATTTCAAAAA
192 ATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * **
146222 TTGATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTA-TCGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCAA
254 TTAATAAGTAAGTAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACT-GAATCGGTTCAAATAATTATGGCC-A
* *
146286 TTGAACAATTA-CTA-TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTTGT
316 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTGT
* * *
146349 CATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGA
380 CATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GA
* * *
146414 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTC--CTA-TT-T---TA-CT-AATTATCTATT
441 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTATCTATT
* *
146470 CCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTA
505 CCAAATCATTATAACCTTTTATTCTA
* * * * * *
146496 TTATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-TAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTATTTTAATAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACT-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * ** * * *
146560 ATTTTAAAAATTAATACCTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTGTCAAAGTAGTTTAAAAAGT
65 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGT
* * ** *
146625 TAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATTAAACAATT
130 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATT
* * * * * *
146690 GTCTCAATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAAC
195 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
* ** * * *
146755 AAGGAAGTAATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTGAATTAGTTTAAATAATTGTGGCCATGTCAAC
259 AAGTAAGTAATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCAT-TGAAC
* * * * * *
146820 AGTTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGGACATTCA
322 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-GTCATTCA
* *
146885 AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
386 AGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * *
146949 AATAAATATATTTACTGAACTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTATTGTAAACTT-CAAAT
450 AATAAATCTGTTTACTGAACTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTA-TCT--A-TTCCAAAT
147013 CATTATAACCTTTTATTCTA
511 CATTATAACCTTTTATTCTA
* * *
147033 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
1 TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
147098 TTTCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAATTAGTTCAAATAGTT
66 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTT
* * * *
147163 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
131 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTG
* *
147228 TTTCAATTCATACTAGCTT-TTTGAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATATCAAAAATTAA
196 TTTCAATTCATACAAGCTTATTAGA-AATAAAATAAAAT-AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAA
* * * * *
147292 TAAGTAAG-AGATTTCAAAAAAAAATTTGTTTACCT-AACCGGTTCAAACAATTATGACTATTTG
258 TAAGTAAGTA-ATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-CTGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCA-TTG
* * * * *
147355 AATAATTGTCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAT-TTTTTTTCAT
319 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTGTCAT
* * * * * * * *
147419 AT-AAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTCAAAAAGTAATAATAAATTTA
383 -TCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
*
147483 AAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
447 AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
147532 GCAACTCTTT
Statistics
Matches: 853, Mismatches: 145, Indels: 68
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
525 5 0.01
526 28 0.03
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532 2 0.00
533 1 0.00
534 5 0.01
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539 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTT
AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTG
TTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
GTAAGTAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCATTGAACAATT
ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTCATTCAAGCTT
ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
TCTGTTTACTGAACTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTATCTATTCCAAATCATTATAACC
TTTTATTCTA
Found at i:147550 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 145693--147682 Score: 1371
Period size: 357 Copynumber: 5.6 Consensus size: 357
145683 AGATAAACAT
* * ** *
145693 TTTAAAAAATAAA-CATGTTTTCTTAAC-ACGTTCAAGCAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATC-TGTTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
145756 ATCTCAAATCACTATGA-TCTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTATTTATAGAAGCTTATT
64 ATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTT-TT
* * * * * * * * *
145820 CGA-AGTGAAATATTACTAAATTAATAGTATAGT-AAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA
128 TGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAA
* * * * * * ** * *
145883 AAAATGTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGA-TAAGACCATTACAACT-ATTATTTATTTCAAA-
190 AAAATCTGTTTATCTAAC-GGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAA-TAATTGTCTATTTCAAAT
* * * * * **
145945 CTATTCTAACCTTTTG-CTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTCAATTCATACATGCTTATTCCAAA
252 C-ATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAAAAATTGTTTTT---TTCATACAAGCTTATTAGAAA
* **
146008 TAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAA
312 TAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTC-AAAAATTAAT-AAGTAG-AA
* * *
146056 TTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
146121 TTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGTTTTCAGTTCATAAAAGC-TTATG
66 TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTTTTG
* * * * * * *
146184 AAAAATAAAATAACATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAA
130 -AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AA
* * * * * * * *
146249 GTCAGTTTATCGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCAATTGAACAATT-ACTA-TTCAAATCATTA
193 ATCTGTTTATCTAA-CGGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTA
* * *
146312 TGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTTGTCATACAAGCCTATTTAG-AATAAAATAA
257 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTTTT-TCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAA
*
146376 TACTAATTTATTGATATTTT-AAAAATTAATAAGTAGGAGA
320 TACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTA-GA-A
* * *
146416 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTC--CTA-TT-T---TA-CT----AATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
146469 TCCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTTTTTG
66 TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGC-TTTTTG
* * * ** *
146534 -GAATAAAATAATACTATTTTAATAATATTTTAAAAATTAATACCTAAGAGATTTTAAAAATAAA
130 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAAA
* * * * * * * * *
146598 TCTATTTGTC-AAAGTAGTTTAAA-AAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATCGTT
194 TCTGTTTATCTAACG--GTTCAAATAA-TTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATT
* * * * ** *
146661 ATGACCCTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTCTCAATTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
256 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGT-T-TTTTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATA
* * * *
146725 ATACTAATTTATTAA-TATTCCAAAATTAACAAGGAAGTAA
319 ATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAA-GTAG-AA
* * * * * * * * * * * *
146765 TTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTGAATTAGTTTAAATAATTGTGGCCATGTCAACAGTTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** *
146830 TTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGGA--CATTCAAGCTTATT
66 TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTCAATTCATACAAGCTT-TT
* * *
146893 CGA-AATAAAATAATACTAATTTATTGATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
128 TGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-A
* * * * * ** *
146953 AATATATTTA-CTGAACTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTATTGTAAACTTCAAATCATT
192 AATCTGTTTATCT-AACGGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
147017 ATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAA
256 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAA
* * * *
147082 TACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTGAGAGA
320 TACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGT-AGA-A
* * ** * * *
147122 TTTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
147187 TTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTTTTGA
66 TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTTTTGA
* *
147252 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAAAAAAAA
131 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAAAA
* * * *
147316 TTTGTTTACCTAACCGGTTCAAACAATTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAGTCATTAT
194 TCTGTTTATCTAA-CGGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
147381 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAT-TTTTTTTCATATAAGTTTGTTTAG-AATAAAATAAT
258 GACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAT-TGTTTTTTTCATACAAGCTT-ATTAGAAATAAAATAAT
* *
147444 ACTAATCTATTAATTTTTCAAAAAGTAATAA-TA-AA
321 ACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAGAA
* * * * *
147479 TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAACTCTTTA
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * * **
147543 CTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATAGTTT-ATATTCATACAAGCTTATT
65 TTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATACAAGCTT-TT
* * * ** * * *
147607 TG-GATTAAAATAATACTGATTTATTAAAATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAATTTTAAAAAT
128 TGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-A-TTTAAAAAA
*
147671 AAATTTGTTTAT
191 AAATCTGTTTAT
147683 TGAACTAAAT
Statistics
Matches: 1282, Mismatches: 266, Indels: 163
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
346 1 0.00
347 4 0.00
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349 60 0.05
350 77 0.06
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352 5 0.00
353 3 0.00
355 9 0.01
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363 113 0.09
364 67 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTTTTGA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATC
TGTTTATCTAACGGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAGAA
Found at i:148138 original size:507 final size:502
Alignment explanation
Indices: 147188--148180 Score: 1171
Period size: 507 Copynumber: 2.0 Consensus size: 502
147178 ATTATCTATT
* * * * *
147188 TCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTTTTGAG
1 TCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAG
*
147253 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAAAAAAAATT
66 AATAAAATAAAATGAATTTATCAATATATCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTCAAAAAAAAATT
* * * ** * * * * * *
147318 TGTTTACCTAACCGGTTCAAACAATTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAGTCATTATGA
130 CGTCTACATAACAAGTTCAAACAAATATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
** * * * *
147383 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATATTTTTTTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTA
195 AATTTTGTATTGTCATAAAAAAATATTTTTTTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAA
** * * * * *
147448 ATCTATTAATTTTTCAAAAAGTAATAATAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCA
260 ATCTATTAATTTGACAAAAAGTAATAATAAATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAATTCA
* * **
147513 AATAGTTATGACTATTTGAGCAACTCTTTACTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTCTGTTATAAA
325 AATAGTTATGACTATTTGAGCAACTATTTACTTCAAATTGTTATGAGTTTTTGTTCTGCCATAAA
* * *
147578 ATAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTGATTTATTAAAATTTTGAC
390 ATAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCGAC
*
147643 AATTAATAAGTAAAAGAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAAA
455 AATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAAA
* *
147692 TCAAATTGTTATGAGC-TTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTC
1 TCAAATTATTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACT-AGCTTATTC
* *
147755 ATAATAAAATAATACT-AATTTATCAATA-ATCCAAAAATTAATAA-AAGAGATTT-AAAAAATA
64 AGAATAAAATAA-AATGAATTTATCAATATAT-CAAAAATTAATAAGAAGAGATTTCAAAAAA-A
* * * *
147816 AA-TCGATCTA-ATGAACAAGTTTAAATAAATATGACTGTTTAAATAATTATCTATTTGAAATCA
126 AATTCG-TCTACAT-AACAAGTTCAAACAAATATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
147879 CTATAAAATTTTGTATTGTCATAAAATAAT-TTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAACA
189 CTATAAAATTTTGTATTGTCATAAAAAAATATTTTT-T-TTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAA
* *
147943 TAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAG-AAGTAA-AAGATTTAAAAAACAAATCTATTT
252 TAATACAAATCTATTAAT-TT--GACAA-AAAGTAA-TAATAA-ATTTAAAAAACAAATCTATTT
* * * * * *
148006 ACCGAACAAATTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAACTTGTTATGAGTTTT
311 ACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAACTATTTACTTCAAATTGTTATGAGTTTT
* * * * **
148071 TGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATTTTAATTT
376 TGTTCTGCCATAAAATAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTT
* *
148136 ATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
441 ATTAAAATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
148181 ATCTTTGCTA
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 65, Indels: 28
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
501 14 0.03
502 80 0.20
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505 3 0.01
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507 161 0.39
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (502 bp):
TCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAG
AATAAAATAAAATGAATTTATCAATATATCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTCAAAAAAAAATTC
GTCTACATAACAAGTTCAAACAAATATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCACTATAAA
ATTTTGTATTGTCATAAAAAAATATTTTTTTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAA
TCTATTAATTTGACAAAAAGTAATAATAAATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAATTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAGCAACTATTTACTTCAAATTGTTATGAGTTTTTGTTCTGCCATAAAA
TAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCGACA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAAA
Found at i:148765 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 147700--152105 Score: 3199
Period size: 181 Copynumber: 24.7 Consensus size: 179
147690 AATCAAATTG
* * * *
147700 TTATGAGCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCATAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAA
* * * * *
147764 TAATACTAATTTATCAATAATCCAAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAA-TCGATCTA
64 TAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTA
* * ** * * * *
147826 ATGAACAAGTTTAAATAAATATGACTGTTTAAATAATTATCTATTTGAAATCA
127 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * * ** *
147879 CTATAAAATTTTGTATTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAACAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
* * * * *
147944 AATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTATTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * **
148008 CGAACAAATTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAACTTG
128 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * *
148060 TTATGAGTTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT
** * * * * *
148125 AATTTTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTGCT
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * *
148190 AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
148241 TTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGCTTTAGCT-TT--TATAAGCTTATTTGAAGTAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT--CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAA
* * * * * *
148303 AATAATACTAATCTATTAACAATT-AAAAA--AATAA-TAAGAGAATTAAAAAA-AAATCTATTT
62 AATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * *
148363 ACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-A
126 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * *
148417 TTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCGTGCAAG--------AATAAAATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATA
* * *
148474 ATA-TACATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTTCT
66 ATACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * * * **
148537 TAGCATGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATTG
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
148588 TTGTGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAAGTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAAT
* * * * * * *
148653 AGTACTAATTCATTAAAATTCCAAAAATTACTAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACT
65 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * **
148718 GAGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TATTTATTTCAAATTG
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
148768 TTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATCCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
* * ** ** * *
148833 AATACTAATTTATTATTATT-ATAAAATTAATGAGTTGAAGACATAAAAAATTAATCTGTTTACT
65 AATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * *
148897 AAACAAGTTCAAATAGTCAT-ACATCCAATTAAACTATTATCTATTTCAAATCA
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-T--ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** *
148950 TTATGACATTTTGTTTTGTCGTGAAACAATTGTTTTTATCCATGA-AAAATTATTTAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCA-AATAAAA
* *
149014 TAACT-CTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA
64 TAA-TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * *
149074 CT-AGACCAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCG
127 CTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
149127 TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATTCAAAGAAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAAT
* ** * * * * * * * * **
149191 ATTACTAAGCTAATAATATTCTAAAATTAATAAATAAGAGACTTAAAAGATAAATGTGTTTGCCA
65 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG
* * * * *
149256 AACTAGTTTAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCT-TTTCCAAATCA
130 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCA
* * * * * * * * *
149306 TTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACATGTTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT
* * * * * *
149371 AATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATAAATAAG-AAATG--TAAAAAAATAAATCTGTTTACT
65 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * *
149433 AAACAAATTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCG
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
149484 TTATGACGTTTTGTTTTATAACAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT
** *** *
149549 AATA-TAACTTTATTAATATATCAAAAATTACGAAGTTGTAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-
65 AATACTAA-TTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * *
149612 TCGAATCAA-TTCAAATAATTATGTCCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCA
128 T-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * *
149665 TTATGAATTTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA-CCATATAAGCCTATTGGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAA
* *
149729 TAATACTAATTTATTAATAGTTC-AAAATTAATAAGTAGAAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * *
149793 -TAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATATAGTTCAAATCA
127 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * * * * * *
149846 TTTTAACCTTTCATTTTGTCATAAAACACTTATTTATGTTCATTCAAGTTTATTTAGAATAAATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAT
* * * * *
149911 AATACTAATCTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC
65 AATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
** * * * * *
149975 CAAACTAGTTCAAATAG-TAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
150026 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCAAATAAG-TGTGTTCGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTC-AAATAAAA
* * *
150090 TAAT-CTTAATTTTTTAATTTTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
64 TAATAC-TAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
** * * * * * * * *
150150 CCAAACTAGTTCAATTATTTATAACAATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCC
127 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
150203 TTATAATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGAT-----CTTATTTAGAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAT
* * * * ** * * *
150263 AATGCTAATTTGTTAATATTTTAAAAATGAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTATTTGCC
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-AC
* * * ** * * *
150328 T-TACCAGTTCAAATAGTTACGTTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
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* * * ** **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
* * ** * * * *
150443 AATGCTAGTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTATT
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
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* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAAT
** * * * *
150622 AATAAAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACT
65 AATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* *
150687 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCATAAT-A
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* * * * * * ****
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAA
* ** * **
150796 TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATGTT-AAAAATAAACATGTTTA
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* * * * * *
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** * * *
150913 TTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAA
* * * * * * * *
150977 TAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAT
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* * * *
151042 TGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTTTCTATTTCAAATCT
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* * * * * *
151093 TTATGACATTTTATTTTATCATAAAA-ATTTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAAT
* * * * *
151157 AATA-TAAATTTATTAATATCCCAAAAATTAATAAGTCAAA-ATTCAAAAAATAAACTTGTTTTC
65 AATACT-AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
*
151220 TGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-A
128 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
151271 GTCATGAACTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATATAAGCATATTCGAAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAA
* * * * *
151335 ATAACACTAGTTTATTAATATTAAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
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* * * *
151400 -CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTAT-TTTTTCAAATACA
128 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CA
* * * *
151452 --AT---CTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTATTTCTATTCATATAAGTTTATT-AGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA--AATAAAA
* *** * * *
151511 TAATACTAATTTATTAAAATTTGGAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
64 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * * *
151576 GAATAAGTTCAAATAATCA-CATCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** *
151627 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAGACTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAT
* * ** ** * * *
151692 AATATTGATCAATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATT
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* ** **
151753 GAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCGCAAATTG
129 G-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * * *
151804 TTATGATC-ATTATTTTGTCAAAAAAAAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTTTTTTAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAATAAAAT
* * * * ** * * * * *
151868 AATACTAATATATTCATATTTAGAAAATTAATCAGTAGGAGATTTAAACAGTAAATCTATTTACC
65 AATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * * * *
151933 AAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCG
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** *
151984 TTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTT-TGTTCATACTATTTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAA
* * * ** * * *
152048 TAATACTAAATTAATAATATTTCGAAACCTAATAACTAAGAAAATTAAAAAAATAAAT
64 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT
152106 CTAATAGCCA
Statistics
Matches: 3333, Mismatches: 722, Indels: 341
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Consensus pattern (179 bp):
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ATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:150838 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 148465--152107 Score: 1972
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148455 TTCGTGCAAG
** *
148465 AATAAAATAATA-TACATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
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65 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA----TAT-
* * * * * *
148593 ACCATTTGTTTTGTCATAAACCA-AGTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-A
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1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
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65 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA----TATA
* * * * * *
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* * * ** ** *
148825 AATAAAATAATACTAATTTATTATTATTAT-AAAATTAATGAGTTGAAGACATAAAAAATTAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
148889 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ACATCCAATTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTA
66 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-T--ATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-A-TA
* * ** *
148953 TGACATTTTGTTTTGTCGTGAAACA-ATTGTTTT-TATCCATGA-AAAATTATT-TA
126 --AC-TTTTGTTTTGTCAT-AAA-ATATT-TTTTCTATTCAT-ATAAGCTTATTCGA
* * *
149006 GAATAAAATAACT-CTAATTTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAA
1 -AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
149066 TCTGTTTACT-AGACCAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTA
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* * * ** *
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* * ** * * * * * *
149182 AAGAAAAATATTACTAAGCTAATAATATTCT-AAAATTAATAAATAAGAGACTTAAAAGATAAAT
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * *
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65 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAAT-A---T
* * * * * * *
149310 AACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACATGTTTATTCAA
125 AAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * *** * * *
149363 AATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATAAATAAG-AAATG--TAAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
149425 TGTTTACTAAACAAATTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
66 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA----TATAA
* * * * * * *
149490 CGTTTTGTTTTATAACAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAA
127 C-TTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
* ** ** ***
149541 AATAAAATAATA-TAACTTTATTAATATATCAAAAATTACGAAGTTGTAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * **
149605 -TAGTTTA-TCGAATCAA-TTCAAATAATTATGTCCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATT
65 CT-GTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AA--A-T
* * * * * *
149667 ATGAATTTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTGTTTT-TCA-CCATATAAGCCTATTGGA
123 AT-AACTTTTGTTTTGTCAT-AAAATATT-TTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTCGA
* * * *
149722 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-GTTCAAAATTAATAAGTAGAAGATTCAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAAT
* * * * *
149786 TTGTTTA-TAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATATAGTTCAAATCATTTT
65 CTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-A---T
** * * * * * *
149850 AACCTTTCATTTTGTCATAAAACACTTATTTATGTTCAT-TCAAGTTTATT-TA
125 AA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATA-TTTTTTCTATTCATAT-AAGCTTATTCGA
* * * * * *
149902 GAATAAATTAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * *
149967 TTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAG-TAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
65 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-A-TA--
* * * *
150031 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-TATTCAAATAAG-TGTGTTCGA
126 A-CTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ATATTTTTTCTATTCATATAAGCT-TATTCGA
* * *
150083 AATAAAATAAT-CTTAATTTTTTAATTTTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
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* ** * * * * * *
150143 TTGTTTACCAAACTAGTTCAATTATTTATAACAATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCCTTATA
65 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA----TATA
* * * * * *
150208 ATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT--GAT---CTTATT-TA
126 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * * * * ** *
150254 GAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATTTTAAAAATGAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * *
150319 TTATTTGCCT-TACCAGTTCAAATAGTTACGTTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGT
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* * * ** * * *
150383 GACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTGG
125 -AACTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * * *
150436 AAT-AAATAATGCTAGTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-T
* *
150500 -TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAATCACTAAA
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* * *
150564 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCA
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* ** * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* *
150679 TGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCATAATA-AATTT
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* * * *
150742 TTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTTC-ATTCAAATAAGCTTATTTGG
130 TTGTTTTGTCATAAAATA-TT-TTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
** * *
150789 TTTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATGTT-AAAAATAAA-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAAT
* * * * * *
150852 CATGTTTAGC-AAACAACTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTA
65 C-TGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TA-TA
** * * * * *
150916 TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAA
126 --A-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTTTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
150970 AATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
151035 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATT-TTCTATTTCAAATCTTTATG
66 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAA----TATA
* * * * *
151098 ACATTTTATTTTATCATAAAA-ATTTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCA
126 AC-TTTTGTTTTGTCATAAAATATTT-TTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
**** * *
151149 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATCCCAAAAATTAATAAGTCAAA-ATTCAAAAAATAAA-
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
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* * * * *
151276 GAACTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATATAAGCATATTCGA
125 -AACTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * ** *
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* * * *
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* * * * *
151456 TTTGTTTTGTCATAAAACACTTATTTCTATTCATATAAGTTTATTAGG
129 TTTGTTTTGTCATAAAATA-TTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * * *
151504 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTGGAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
151568 TGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATCA-CATCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
66 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-A-TA--
* * ** **
151632 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTC-A
126 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * * ** *
151683 GACTAAAATAATATTGATCAATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * **
151744 CTGTTTATTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCGCAAATTGTTAT
65 CTGTTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA----TAT
* * * * * * * * * **
151808 GA-TCATTATTTTGTCAAAAAAAAATTGTTTT-TGTTAATATAAGTTTTTTTTA
125 AACT-TTTGTTTTGTC-ATAAAATATT-TTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * * * ** * *
151860 AATAAAATAATACTAATATATTCATATTTAGAAAATTAATCAGTAGGAGATTTAAACAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * *
151925 TATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATAA
66 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA----TATAA
* * * * ** *
151990 CCTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTT-TGTTCATACT-ATTTTATTTGA
127 -CTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATT-TTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTCGA
* * * ** * * *
152041 AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCGAAACCTAATAACTAAGAAAATTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT
152106 CT
65 CT
152108 AATAGCCAAA
Statistics
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171 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATAACTTT
TGTTTTGTCATAAAATATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA
Found at i:151090 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 151050--151090 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
151040 ATTGAACAAG
*
151050 TTCAAATAGTTTGACTAT
1 TTCAAATAATTTGACTAT
*
151068 TT-AAATAATTT-TCTAT
1 TTCAAATAATTTGACTAT
151084 TTCAAAT
1 TTCAAAT
151091 CTTTATGACA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTTGACTAT
Found at i:151189 original size:714 final size:708
Alignment explanation
Indices: 147707--152139 Score: 2825
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147697 TTGTTATGAG
* * * * * *
147707 CTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATT-CATAATAAAATAATACT
1 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATACT
* * * *
147771 AATTTATCAATAATCCA-AAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATC-GATCTA-ATGAA
65 AATTTATTAAT-AT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACA--AA
* ** * * * * * *
147831 C-AAGTTTAAATAAATATGACTGTTTAAATAATTATCTATTTGAAATCACTATAAAATTTTGTAT
125 CTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA-TT-CAA--A-TAT-AATTTTTGTTT
* * ** * **
147895 TGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAACATAATACAAATTTATTA
184 TGTCATAAAACAATTGTTTTC-ATTCAAATAAG-TTATTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTA
** * * * ** * *
147959 ATATTAAGACAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATC
247 ATATTTTGA-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * ** ** ** *
148024 GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAACTTGTTATGAGTTTTTGTTTTGCCATAAAATAA
310 GTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
** * ** * ** * *
148089 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATT-TCGATAAT
375 TTG-TTTCATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT
* * * * ** * *
148153 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT
438 T-ATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
148218 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGCTTTAGCT-T
501 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAA-AATTG-TTT--CTGT
* * * *
148282 T--TATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATCTATTAACAATT-AAAAA--AATAA-TAAG
562 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * * * *
148341 AGAATTAAAAAA-AAATCTATTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATC
626 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
* **
148405 TATTTCAAAAT-ATTTTGAC
690 TATTTC-AAATCATCTAAAC
* * ** * * *
148424 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCGTGCAAG---------AATAAAATAATA-TA
1 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTA
* * * * *
148479 CATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAGC-
66 -ATTTATTAATA-TT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACT
* * * * **
148541 ATGTTTAAATAGTTTTGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAAT-TGTTGTGACCATTTGTTT
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATTTA-TTCAAATATAAT-T-----TTTGTTT
* * * * * * * *
148604 TGTCATAAACCAAGTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA--AAGTAAAATAGTACTAATTCAT
184 TGTCATAAAACAATTGTTTTC-ATTCAAATAAG-TTATT-AGGAA-TAAAATAATATTAATTTAT
* *** * * * * * * * *
148666 TAAAATTCCAAAAATTACTAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCGAGTTCAAA
245 TAATATT-TTGAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAA
* * * * ** * * *
148731 TAATTATGACTATTTGAACAA-TATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
308 TAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * ** * *
148795 AGTTGTTTCTATCCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTAT-AAAA
373 AATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * * * *
148859 TTAATGAGTTGAAGACA--TAAAAAATTAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ACAT
437 TT-ATGAG-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTATGAC-T
* * * * *
148921 CCAATTAAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTGAAACAATTGTTT
497 --ATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCAT-AAAAAATTGTTT
* * * **
148985 TTATCCATGA-AAAATTATTT-AGAATAAAATAACT-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
558 CTGTTCAT-ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* * * * *
149047 -A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACT-AGACCAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAA
619 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
149107 TAATTATCTATCTCAAATCGT-TATGAT
682 CAATTATATATTTCAAATCATCTA-AAC
* * * * * * * *
149134 C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATT-CAAAGAAAAATATTACT
1 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAA-TAAAATAATACT
** * ** * * * * * *
149197 AAGCTAATAATATTCTAAAATTAATAAATAAGAGACTTAAAAGATAAATGTGTTTGCCAAACT-A
65 AATTTATTAATATTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACTAA
* * * * * * *
149261 GTTTAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTT-TTCCAAATCATTCTAACATTTTGTTTAGT
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TTATT-CAAAT-A---TAA-TTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
149325 CATAAAATAATT-ATTTCAATTCATACATGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTATTTTATTAAC
187 CATAAAACAATTGTTTTC-ATTCAAATAAG-TTATT-AGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * * *
149388 A--TTCAAA-AAATAAATAAGAAATGTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAATTCAACTAGT
249 ATTTTGAAATTAATAAGTAA-AGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
149450 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACGTTTTGTTTTATAACAAAATAATT
312 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* *
149515 GTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATATATC-AAAAATT
377 GTTTC-ATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATAT-TCTAAAAATT
* * * * * *
149578 ACGAAGT-TGTAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGTCCATT
439 ATG-AGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * **
149641 TGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGA-ATTTT-TGTTCTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA
500 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTAT-TT-TGTCAT-AAAAAATTGTTTCTGT
* * * *
149704 CCATATAAGCCTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTC-AAAATTAATAAGT-AG
562 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
149767 AAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTATAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTA
626 -AGATT-TAAAAAATAAA-TTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
149832 TATAGTTCAAATCATTTTAAC
688 TATATTTCAAATCATCTAAAC
* * * * * * * *
149853 CTTTCATTTTGTCATAAAACACTTATTTATGTTCATTCAAGTTTATT-TAGAATAAATTAATACT
1 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATACT
* * * * * *
149917 AATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACT-
65 AATTTATTAATATTA-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACTA
* * * * *
149981 AGTTCAAATAG-TAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA-TTCAAAT-A-TA--A-TTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
150045 CATAAAACAAATGTTTTTATTCAAATAAGTGTGTTCGAAATAAAATAATCTTAATTTTTTAATTT
187 CATAAAACAATTGTTTTCATTCAAATAAGT-TATTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
150110 TTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTATTTAT
251 TTT-GAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
150172 AACAATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCCTTATAATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
315 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
150237 TC--T-AT-TGATCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATTTTAAAAATGAATAAG
380 TCATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT-TATGAG
* * * * * * ** *
150298 TAACG-GATTTAAAAAATGAATTTATTTGCCTT-ACCAGTTCAAATAGTTACGTTTGTTTGAATA
444 TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTT--ATTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * **
150361 ATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTTGTACAA
506 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * **
150426 GCTTATTTGGAAT-AAATAATGCTAGTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
570 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
*
150490 AAACTAAAGTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACT-TATTTCA
634 AAAATAAA-TTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TATATTTCA
150554 AATCA-CTAAAC
697 AATCATCTAAAC
* * * **
150565 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAATTAAAATAATAAAA
1 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTA
* * *
150629 ATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAA
66 ATTTATTAATA-TTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACTAA
* *
150693 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCATAATA-AATTTTTGTTTTGTTATAAA
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTCA-AATATAATTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * **
150757 ATAGTTGTTTTCATTCAAATAAGCTTATTTGGTTTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
193 ACAATTGTTTTCATTCAAATAAG-TTATTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA-
*
150822 AATTAATAAGTAAAAGATGTT-AAAAATAAA-CATGTTTAGC-AAACAACTTCAAATAGTCATAA
256 AATTAATAAGT-AAAGAT-TTAAAAAATAAATC-TGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
150884 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC
317 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* *
150949 AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTATTGAGT
382 A-TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA-TGAGT
* *
151014 AAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATT
445 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * *
151078 TTCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTATTTTATCATAAAAATTTATTTCTGTTCATACAAGCTT
509 ATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
** * *
151143 ATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATCCCAAAAATTAATAAGTCAA-A-ATTCAAAA
574 ATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAA
* *
151205 AATAAACTTGTTT-TCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
636 AATAAA-TTGTTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
*
151269 T-AGTCATGAA-
699 TCA-TC-TAAAC
* * * * * *
151279 CTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATATAAGCATATTCGAAATAAAATAACACTA
1 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTA
* * * *
151344 GTTTATTAATATTAAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGC-AAG
66 ATTTATTAATATTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACTAAG
* * *
151408 TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTTTTCAAATACAATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTCAAATATAAT-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
151473 CACTT-ATTTCTATTCATATAAGTTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTGGAA
194 CAATTGTTTTC-ATTCAAATAAG-TTATTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAA
* * * * * * *
151537 ATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATCACATCCAT
257 ATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
151602 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTCTGTT
321 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATT
** ** * * * * ** * *
151667 CATGCAAAATTATTCAGACTAAAATAATATTGATCAATTAATATTTTGAAAATTA--A-TAAGAG
385 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATGAGTAAGAG
* *
151729 ATTTAAAAATTAAATCTGTTTATTGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
450 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
** ** * * * * * *
151794 TCGCAAATTGTTATGATCA--TTATTTTGTCAAAAAAAAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTTTT
514 TTTCAAATCATTATGA-CATTTTATTTTGTC-ATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * *
151857 TTAAATAAAATAATACTAATATATTCATATTTAGAAAATTAATCAGTAGGAGATTTAAACAGTAA
577 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *** * * * * * *
151922 ATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGT-T
641 AT-TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATCT
151986 ATAAC
705 A-AAC
* * * ** **
151991 CTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTT-TGTTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACT
1 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACT
* * * ** * * * **
152055 AAATTAATAATATTTCGAAACCTAATAACTAAGAAAATTAAAAAAATAAATCT-AATAGCCAAAC
65 AATTTATTAATA-TTAGAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA--CAAAC
*
152119 TAA-TTCAAATAGTTAAGACTA
126 TAAGTTCAAATAGTTATGACTA
152140 AATCTATGAT
Statistics
Matches: 2952, Mismatches: 579, Indels: 373
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
704 2 0.00
705 2 0.00
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724 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (708 bp):
CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAACTAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTCAAATATAATTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTTCATTCAAATAAGTTATTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTA
ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTCATATA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATGAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTATTTATTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATT
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATCTAAAC
Found at i:152256 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 152235--152273 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 3.3 Consensus size: 12
152225 AATTATCCAT
152235 TTTTAT-TTTTA
1 TTTTATATTTTA
152246 TTTTATATTTTA
1 TTTTATATTTTA
152258 TTTTACTA-TTTA
1 TTTTA-TATTTTA
152270 TTTT
1 TTTT
152274 TTTAGTTTTA
Statistics
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TTTTATATTTTA
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* *
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Statistics
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AGAGAAAAAAGGAAAAA
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*
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GTTTTGAACACTTTAAACATGT
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*
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*
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*
158117 GAGAAATGAAAAAAT
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*
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* *
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*
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GAAAAATGAAAAAAT
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1 AAAAATGAGAAATGAA
* *
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* *
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AAAAATGAGAAATGAA
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*
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* *
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* * *
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*
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158188 ATAAGAAAGA
Statistics
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*
158068 AAAAATGAGAAAATG-AA-AAAAATGAAAATTAAAGA-AAAATGAAAAAAATGAGAAATGA
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*
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Statistics
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158783 GCCGACATAA
* *
158793 CCTGTGAATTGTGATCAAATGATGGAAATAACGTGGATTAGTTGATGAAATTTGTTCTAAAATTG
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* * *
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* * *
158872 CTTGTGAATTGTGATCAAATGATAGAAATAATATGGATCAGTTGATGAAATTTGTTCTAAAATTG
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66 CTAGTGCTAAAAAG
* * *
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Statistics
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CTAGTGCTAAAAAG
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159368 GCTTGATATT
** *
159378 TGCATAGCATGCACTGCATTTCTGAATGTTTAG
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* *
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1 TGCAT
159449 GAATTTAGGA
Statistics
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TGCATAGCATGCACTGCATTTAAGAATGTCTAG
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Indices: 159708--160008 Score: 361
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159698 ATCCATAATC
* * *
159708 CCTCTGTTTAAAGGAGCTTTATTTATTTTTCAGAAGTCGTTGAG
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*
159752 CCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTATTTTCCAAAAGTCATTGAG
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* * * * * **
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1 CCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTATTTTTC-AAAAGTCATTGAG
* * * * *
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* **
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* * *
159928 CCTCTGTTTAAAGAAGCTTTATTTATTTATCAAAAGTCATTGAG
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* * *
159972 CCTTTGTTTAGAGGAGCCTTATATATTTTTCAAAAGT
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160009 TGTGTGCCTC
Statistics
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CCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTATTTTTCAAAAGTCATTGAG
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Indices: 159721--160008 Score: 400
Period size: 132 Copynumber: 2.2 Consensus size: 132
159711 CTGTTTAAAG
* * *
159721 GAGCTTTATTTATTTTTCAGAAGTCGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTATTTTCCAAA
1 GAGCTTTATTTATTTTTCAGAAGTCATTGAGCCTCTGTTTAGAGGAACTTTATTTATTTACCAAA
* *
159786 AGTCATTGAGCCTTTGTTTAAAAGAGCCTTATTTATTTTCTAGAAGTCATCAAGCCTCTATTTAG
66 AGTCATTGAGCCTCTGTTTAAAAGAGCCTTATTTATTTTCTAAAAGTCATCAAGCCTCTATTTAG
159851 AT
131 AT
* *
159853 GAGCTTTTTTTATTTTTTAGAAGTCATTGAGCCTCTGTTTAGAGGAACTTTATTTATTTACCAAA
1 GAGCTTTATTTATTTTTCAGAAGTCATTGAGCCTCTGTTTAGAGGAACTTTATTTATTTACCAAA
* ** * *
159918 AGTCATTGAGCCTCTGTTT-AAAGAAGCTTTATTTATTTATC-AAAAGTCATTGAGCCTTTGTTT
66 AGTCATTGAGCCTCTGTTTAAAAG-AGCCTTATTTATTT-TCTAAAAGTCATCAAGCCTCTATTT
*
159981 AGAG
129 AGAT
* * *
159985 GAGCCTTATATATTTTTCAAAAGT
1 GAGCTTTATTTATTTTTCAGAAGT
160009 TGTGTGCCTC
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 18, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
131 4 0.03
132 130 0.96
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GAGCTTTATTTATTTTTCAGAAGTCATTGAGCCTCTGTTTAGAGGAACTTTATTTATTTACCAAA
AGTCATTGAGCCTCTGTTTAAAAGAGCCTTATTTATTTTCTAAAAGTCATCAAGCCTCTATTTAG
AT
Found at i:160136 original size:141 final size:141
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Indices: 159976--160260 Score: 414
Period size: 141 Copynumber: 2.0 Consensus size: 141
159966 ATTGAGCCTT
* * * *
159976 TGTTTAGAGGAGCCTTATATATTTT-TCAAAAGTTGTGTGCCTCTGCTTATCA-GTGTTTTTATG
1 TGTTTAGAGGAGCCTTATATATTTTCT-AAAAGTTATGTGCCTCTACTTAT-AGGAGTTTTAATG
*
160039 TTATTAAAGAAATCT-AAGTATGCTAAAAAAAAAAAAAGAATGGTGAATAATTTGTACTCGGATG
64 TTATTAAAGAAATCTGAAG-ATGCTAAAAAAAAAAAAAGAATGGTGAATAATTTGGACTCGGATG
160103 TGATAGGTTATCTA
128 TGATAGGTTATCTA
160117 TGTTTAGAGGAGCCTTATATATTTTCTAAAAGTTATGTGCCTCTACTTATAGGAGTTTTAATGTT
1 TGTTTAGAGGAGCCTTATATATTTTCTAAAAGTTATGTGCCTCTACTTATAGGAGTTTTAATGTT
* * * ** *
160182 ATTCAAGAAATTTGAAGATGCTTAAAAAAATGAGAGAATGGTGAATAATTTGGACTCGGATGTGA
66 ATTAAAGAAATCTGAAGATGCTAAAAAAAAAAAAAGAATGGTGAATAATTTGGACTCGGATGTGA
*
160247 TAGGTTGTCTA
131 TAGGTTATCTA
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1 TGT
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Statistics
Matches: 129, Mismatches: 12, Indels: 6
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
140 1 0.01
141 124 0.96
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TGTTTAGAGGAGCCTTATATATTTTCTAAAAGTTATGTGCCTCTACTTATAGGAGTTTTAATGTT
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TAGGTTATCTA
Found at i:163676 original size:181 final size:179
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Indices: 162496--164038 Score: 1133
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162486 ATGTTATGAT
* * * * * * *
162496 ATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGGTCATACAA
1 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
* *
162560 GCTTATTCAAATTAAAATAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATT
66 GCTTATTGAAA-TAAAATAAT---ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * ** ** *
162621 T-AAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATGGTTAAAACTATTAAAATA
127 TAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * * * * * *
162674 ATTTATCTATTTCTAATTGTTCTAACCTTTTG-TCTAGTTATAAAACAATTATTTTAGTTCATAC
1 A-TTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* * * *
162738 AAGCTTATTCAGAATAAATTAATAC-AGATTTATTAACATTT-GAAAATTAATAAG----AGATT
64 AAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
162797 TAAAAAAATAAATTTCTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATTATTATTTGAATA
127 T-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
162852 A-TAGTCTATTTAAAATCATTATAATCTTTGTGATTTGTCATAAATA-AA-TGTTTTAGTTAATA
1 ATTA-TCTATTTAAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTATCATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * * * ** *
162914 TAAGCTTAGATGGAATAAAATAATAGTGATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATT
63 CAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
** * ** * * * * * * **
162979 TTAAAAAATAAACCTATTTATTGAATCAATTTAAATAATTATGGCCATTCGAATG
126 TTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ** *
163034 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAA
1 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
*
163099 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAACAA-ATTT-
66 GCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTA
* * * **
163162 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACTATTTAAATAGTTATGACTATTTGGGCA
129 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
163213 ATTATCAATTGTTAAA-----AT---C-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAGA
1 ATTATCTATT-TAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * *
163269 AGCTTATTCG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
65 AGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * ** * *
163333 AAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAATA
129 AAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * **
163385 ATTATTTATTTCAAATCGTTCTGACC-TTTG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTT-AATATCTTGT
1 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAC
* * * *
163447 AAGCTTATTCGTAATAAAATAATCCAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
64 AAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * *
163511 TAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
127 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
163565 ATTCTTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTCTTTCAGTTCATTA-A
1 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACA
* * * *
163629 AGCTTATTGAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAG-TTTA
65 AGCTTATTG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-
* *
163693 AAAAAATAAAATTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACA
128 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
163746 A-TAGTTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTTATAAATCAATTGTTTCAGCTCATACA
1 ATTA-TCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* *
163810 AGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTA
65 AGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * *
163871 AAAAGTGAATGTGTTTAACAAATCAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACA
129 AAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA
* * * * * * ** *
163923 ATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTT-TTTTGTTTATGTAAATTATT-TTTTA--TCATAC
1 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCAT-AAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
*
163983 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT
64 AAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
164039 GATTAAATAG
Statistics
Matches: 1100, Mismatches: 204, Indels: 126
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 49 0.04
171 65 0.06
172 29 0.03
174 56 0.05
175 8 0.01
176 36 0.03
177 142 0.13
178 71 0.06
179 112 0.10
180 157 0.14
181 230 0.21
182 132 0.12
183 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
GCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATTTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
Found at i:163958 original size:361 final size:351
Alignment explanation
Indices: 162496--164038 Score: 959
Period size: 361 Copynumber: 4.3 Consensus size: 351
162486 ATGTTATGAT
* * * * * **
162496 ATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGGTCATACAAG
1 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-GTTT-ACAT-AAACAA-T-TTTTCATCATACAAG
* *
162561 CTTA-TTCAAATTAAAATAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
61 CTTATTTGAAA-TAAAATAAT---ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
162621 T-AAAAATAAATTTGTTTACTGAATC-AATTCAAATG-GTTAAAACTATTAAAATAATTTATCTA
122 TAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAACAAATTCAAA-GAGTTAAAACTATTAGAACAA-TTATTTA
** * * * * * * * * *
162683 TTTCTAATTGTTCTAACCTTTTGTCTAGTTATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
184 TTTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTA-TCATAAAATAATTGTTTAAGATCATACAAGCTTATTC
* * * **
162748 -AGAATAAATTAAT-ACAGATTTATTAACATT-TGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAAATAAA
247 GA-AATAAAATAATCA-AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * * *
162809 TTTCTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATTATTATTTGAATA
309 TGTATTTAACAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACA
* * * * * *
162852 A-TAGTCTATTTAAAATCATTATAATCTTTGTGATTTGTCATAAATAAATGTTTT-AGTTAATAT
1 ATTA-TCTATTTAAAATCATTATGACCTTT-TG-TTT-ACATAAA-CAAT-TTTTCA--TCATAC
** * * * ** * *
162915 AAGCTTAGATGGAATAAAATAATAGTGATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTT
58 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
** * ** * * * * *** * * ** *
162980 TAAAAAATAAACCTATTTATTGAATC-AATTTAAATAATTATGGCCATTCGAATGATTATCTATT
122 TAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAACAAATTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAACAATTATTTATT
* * ** *
163044 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGA
186 TAAAATCGTTATGACC-TTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTAAGATCATACAAGCTTATTCGA
* * *
163109 AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAACAAATTT-AAAAATAAA
249 AATAAAATAATCA-AAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAAT-AA-GA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * ***
163171 TTTGTTTACCGAACTA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGGGCA
309 TGTATTTAACAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACA
* * * *
163213 ATTATCAATTGTTAAAATC-TT-TG----TTT-TCT-CATAAAATAATTGTTTCTGATCATAGAA
1 ATTATCTA-T-TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTACAT-AAACAATT-TTTC--ATCATACAA
* * *
163270 GCTTATTCG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
60 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
163334 AAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAA
125 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAACAATTATTTATTTAAA
* * * * ** *
163399 ATCGTTCTGACCTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTAATATCTTGTAAGCTTATTCGTAATAA
190 ATCGTTATGACCTTTGTTTA-TCATAAAATAATTGTTTAAGATCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* *
163464 AATAATCCAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
254 AATAATCAAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATGTATTT
* * * *
163529 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
316 AACAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACA
* *
163565 ATTCTTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTCTTTCAGTTCATTA-A
1 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-TTT-ACAT-AAACAATT-TTTCA--TCA-TACA
* * *
163629 AGCTTA-TTGAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAG-TTT
59 AGCTTATTTG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** *
163692 AAAAAAATAAA-ATTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAA-TAGTTTAT
123 -AAAAAATAAATA-TGTTTACCAAACAAATTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAACAATTA-TTTAT
* * * *
163755 TTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TCTTATAAATCAATTGTTTCAGCTCATACAAGCTTATTC
185 TTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTATCATA-AAAT-AATTGTTTAAGATCATACAAGCTTATTC
* * * *
163819 GAAATAAAATAAT-AATAATTTATTTATATTTC-AAAAATTAATAAG-TGATTTAAAAAGTGAAT
247 GAAATAAAATAATCAA-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAAT
* *
163881 GTGTTTAACAAATC-AGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACA
310 GTATTTAACAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTCAACA
* * * ** ** *
163923 ATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTTTTGTTTATGTAAATTATTTTTTATCATACAAGCT
1 ATTATCTATTTAAAATCATTATGAC---CTTTTGTTTACATAAACAATTTTTCATCATACAAGCT
*
163988 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT
63 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
164039 GATTAAATAG
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 171, Indels: 141
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
349 8 0.01
350 83 0.09
351 88 0.09
352 81 0.09
353 15 0.02
354 23 0.02
355 55 0.06
356 38 0.04
357 41 0.04
358 83 0.09
359 87 0.09
360 89 0.09
361 148 0.16
362 91 0.10
363 11 0.01
364 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (351 bp):
ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTACATAAACAATTTTTCATCATACAAGCTTAT
TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATATGTTTACCAAACAAATTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAACAATTATTTATTTAAAATCGTT
ATGACCTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTAAGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATC
AAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTAACAAACAAG
TTCAAATAATTATGACTATTTCAACA
Found at i:164440 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 164043--165089 Score: 810
Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 178
164033 ATAAGTGATT
* * * *
164043 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * *
164107 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTCTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTTCA
65 AAACAATT-TTTTCGTTCATATAACT-TATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCA
* *
164172 AAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATT-TGTTT-GCTGAA-TCAGTTC
127 AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCT-AACT-AGTTC
* * * * * * * *
164225 AAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
** *
164290 AACAATTTTTTCAATCATACTAACTTATTCGAAATAAAATAAAATGACTTTATTAATATTTCAAA
66 AACAATTTTTTCGTTCATA-TAACTTATTCGAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAA
164355 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAGTTC
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAGTTC
* ** * *
164405 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
164470 AACAAATGTTTTT-GTTCATATAAATTTGTTC-AGAATAAAATAATATTATTCTATTAATATTTC
66 AAC-AAT-TTTTTCGTTCATAT-AACTTATTCGA-AATAAAATAAAATAATT-TATTAATATTTC
* * * * *
164533 -AAAACT--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAATTCTATTTACCTAACCAGTTT
126 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAGTTC
* * *
164582 AAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * ** *
164646 AAACAAATGTTTTT-GGTCATATAATTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTTGTATTTG
65 AAAC-AAT-TTTTTCGTTCATATAA-CTTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC
* * * *
164710 GAAAATTAAGAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-CTAAACTAGTTC
126 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCT-AACTAGTTC
*** * * * * *
164762 GCTTAGTTATAACTATTTTAACAATTATTTATTTTAAA-CTATTAGGACCTTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * ** * * * *
164826 AAAAAATTATTTCTGTTCATCCAGTCTTACTT-GGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTAT
65 AAACAATTTTTTC-GTTCATATA-ACTTA-TTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-T
* *
164890 -GAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATATGTTCGTTTGACC-AA-T-G--C
125 CAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAT-T-CT-GTTT-ACCTAACTAGTTC
* * * * *
164943 AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTTTTTATCACAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
165008 AACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTC-----AAAAT--AA-CA--TATTAATATTCCAAA
66 AACAATTTTTTC-GTTCATATAA-CTTATTCGAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAA
165063 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
165090 GAATCTATTT
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 114, Indels: 92
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 37 0.05
172 1 0.00
173 1 0.00
176 6 0.01
177 140 0.20
178 18 0.03
179 10 0.01
180 222 0.31
181 196 0.28
182 68 0.10
183 2 0.00
184 2 0.00
185 5 0.01
186 1 0.00
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
AACAATTTTTTCGTTCATATAACTTATTCGAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAGTTC
Found at i:164865 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 164043--165099 Score: 896
Period size: 357 Copynumber: 3.0 Consensus size: 356
164033 ATAAGTGATT
* * * *
164043 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
164108 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTTCA
65 AAAAATTA-TTTTGTTCATACAAGTCTTATTCAGAATAAAATAATATTATTCTATTAATATTTC-
* * * *
164172 AAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAATCAGTTCAAATAGCTAAGA
128 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTCCTGAACCAGTTCAAATAACTAAGA
* *
164237 CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATTTTTTC
189 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* *
164302 AATCATACTAACTTATTCGAAATAAAATAAAATGACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
254 AATCATACTAACTTATTCGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTA
* *
164367 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAGTTC
319 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACTAGTTC
* * * * * *
164405 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * *
164470 AACAAATGT-TTTTGTTCATATAAAT-TTGTTCAGAATAAAATAATATTATTCTATTAATATTTC
65 AA-AAAT-TATTTTGTTCATACAAGTCTTATTCAGAATAAAATAATATTATTCTATTAATATTTC
* * *
164533 AAAACTTAATAAGAGA-TTT-AAAAATTAATTCTATTTACCT-AACCAGTTTAAATAATTAAGAC
128 AAAA-TTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATT-TATTT-CCTGAACCAGTTCAAATAACTAAGAC
* * *
164595 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
190 TATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTT
** * * * * * * ** **
164659 T-GGTCATA-TAATTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTTGTATTTGGAAAATTAAGAA
252 TCAATCATACTAA-CTTATTCGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAA
164722 GTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-CTAAACTAGTTC
316 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACTAGTTC
*** * * * *
164762 GCTTAGTTATAACTATTTTAACAATTATTTATTTTAAACTATTAGGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
164827 AAAAATTATTTCTGTTCAT-CCAGTCTTACTT-GGAATAAAGTAATACTAATT-TATTAATATTA
65 AAAAATTATTT-TGTTCATACAAGTCTTA-TTCAGAATAAAATAATA-TTATTCTATTAATATT-
* * * * * **
164889 TGAAAATTAATAAGTA-ATGGATTTAAAAAATGAA--TATGTTCGTTTG-ACCAATGCAAATAGT
126 TCAAAATTAATAAG-AGAT---TTTAAAAAATAAATTTAT-TTC--CTGAACCAGTTCAAATAAC
* * * * * * * * *
164950 TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTTTTTATCACAAAACAATT
184 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
165015 GTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTC-----AAAAT--AA--CA--TATTAATATTCCAAAAATTA
249 TTTTC-AATCATACTAA-CTTATTCGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* *
165068 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTT
312 AGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
165100 TTTAAACCTT
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 98, Indels: 73
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 29 0.05
351 15 0.03
352 1 0.00
354 1 0.00
355 1 0.00
356 26 0.05
357 192 0.34
358 82 0.14
359 16 0.03
360 8 0.01
361 82 0.14
362 108 0.19
363 4 0.01
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
AAAATTATTTTGTTCATACAAGTCTTATTCAGAATAAAATAATATTATTCTATTAATATTTCAAA
ATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTCCTGAACCAGTTCAAATAACTAAGACTATATG
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATCATA
CTAACTTATTCGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACCTAACTAGTTC
Found at i:164970 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 164943--164990 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
164933 TGACCAATGC
*
164943 AAATAGTTATGACTA-TTT
1 AAATAATTATGACTATTTT
164961 AAATAATTAT--CTATTTT
1 AAATAATTATGACTATTTT
*
164978 AAATCATTATGAC
1 AAATAATTATGAC
164991 CTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 5
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.12
17 12 0.48
18 9 0.36
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
AAATAATTATGACTATTTT
Found at i:165822 original size:358 final size:359
Alignment explanation
Indices: 165105--167300 Score: 1584
Period size: 358 Copynumber: 6.2 Consensus size: 359
165095 TATTTTTTAA
** * * * * *
165105 ACCTTTTATTTTGTCATATAATAATTTTTTCTA-TTCATACAA-ACTTATTTCAAATAAAATTAT
1 ACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAGACTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * *
165168 ACAAATTTATTAAT-TTTCAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
64 ACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA
* * * * *
165232 AAAAGTTCAAACAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTTGTT
128 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATTTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTT
* * ** * *
165296 TTGTCAT--AAT--TT-TTTTT--TCA-ATAAGCTTATTGGGATTAAAATAATATTAATTTATTA
191 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCATATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*** * * * * * *
165353 ATATTTTGACAATTACTAAGCAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGGACAAGTTCAAATA
255 ATATTCAAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATTGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
165417 GTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
319 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
165458 ACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTGTATCAGTTCATATAGATTTTTTTGAAATAGAATAATAA
1 ACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAGACTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * *
165523 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
66 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
* * *
165588 AGTTCAAATAGTTCTGACTATCTGAAC-A-ATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTC
131 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTC
* * * * *
165651 AAAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCATATTCTAAATAAAATAATA-TAAATTTCTTAATAT
196 ATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCATATT-TAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* *
165715 TCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTTA-TGAACACA-TCCAAATAGTT
259 TCAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTATTGAACA-AGTTCAAATAGTT
* *
165778 ATGAGTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATAGTTATG
322 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * *
165816 ACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-CTTGTTTGAAACAAAATAAT
1 ACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAGACTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * *
165879 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAG
64 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA-
* * * *
165944 A-AAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTAT-ATCTTTTGTTT
128 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTT
* * * * *
166007 TGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAA-AATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTA
192 TGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCA-TATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
*** ** * * ** ** *
166071 ATATTTTGAATGTTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGCTTACCGAA-ATAGTGCAAATA
255 ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATTGAACA-AGTTCAAATA
* *
166132 GTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCA-TTATG
319 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
* ** * *** * * * *
166173 ATCTTTAT--TTCATCATAGAACAATTGTTTTTTTTTTCATACAAG-CATATTTGGATTAGAATA
1 ACCTTT-TGGTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATA-AAGACTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
166235 ATACTAATATAATAATATTCCATAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
62 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
* * * * * * *
166296 AACCAA-TTCAATTAGTTAAGATTATTAGAACAACTATTTATTTCAAATTGTCT-TGACCTTTTT
127 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATTTATTTCAAATCGT-TATGAACTTTTG
* * * *
166359 TTTTAGTCATAAAACAATTG--TTTGAATTCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATT
189 TTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTTG-A-TCATACAAGCATATTT-AAATAAAATAATACTAATT
* * *
166422 TACTAACATTCAAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TTGTTTATTGAACAAGT
250 TATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAAATAAATATT-TTTATTGAACAAGT
* * ** *
166486 TCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATA
312 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * *
166534 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAGACTTATTTGAAATAAAATAATAC
* ** * * *
166599 TACTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAGAAACTAAAGCTAT-TTT-CTGAA
66 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAA
* ** * *** *
166662 CCAGTTCAAATAGTTACAACAATTTGAACAAATACCAATCTT-AAATCGTTATGATC-TTTGTTT
129 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATATTTAT-TTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTT
* * * * * * * ** *
166725 TGTTATAAAATAATTATTTCTGGTCATAGAAGTAGATTTTGATAAACATAATACTAATTTAATAA
192 TGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCATATTTAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
166790 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAATTGATTTAAAAGATAAATGTATTTGTTGAATC-AGTACAAAT
256 TA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATTTTTATTGAA-CAAGTTCAAAT
* * * *
166853 AGTTCA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTG
318 AGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * *
166895 ACC-TTTGGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAG-CTTATTTGGAAGAAAATAAT
1 ACCTTTTGGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAGACTTATTTGAAATAAAATAAT
** * * *
166958 ACTAATTTATTAACT-TTGGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-TC
64 ACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACT-
* *
167021 AAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAAC-A-A-TTA-TT---A-C----T-AACTTTTGTT
126 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTT
* * ** * * ** ** *
167073 TTGTCATAAAACACTTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATT
191 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAG-CATAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * ** *
167138 AATATTTTAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAATC-AGTTTAAA
254 AATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTATTGAA-CAAGTTCAAA
* * * *
167198 TAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATT
317 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
*** * * *
167241 ACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATATAGGCTTATTTGAAATAAAAT
1 ACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATAAAGACTTATTTGAAATAAAAT
167301 CGATATTACC
Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
ACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAGACTTATTTGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTC
ATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCATATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
AAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
Found at i:165845 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 165105--167300 Score: 1549
Period size: 180 Copynumber: 12.3 Consensus size: 179
165095 TATTTTTTAA
* * * * * * *
165105 ACCTTTTATTTTGTCATATAATAATT-TTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATTATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TA-TCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * ** *
165169 CAAATTTATTAATTTTCAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA
64 CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC
* * * * *
165234 AAGTTCAAACAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
165286 ACTTTTTGTTTTGTCAT-----AATT-TTTTTTTCA-ATAAGCTTATTGGGATTAAAATAATATT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACT
*** * * * * *
165344 AATTTATTAATATTTTGACAATTACTAAGCAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGGACAA
66 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAA
* * * * *
165408 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
165458 ACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTG-TATCAGTTCATA-TAG-ATTTTTTTGAAATAGAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCA--TATTTGAAATAAAATAA
* * *
165520 TAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGA
62 TACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGA
* * *
165585 ACAAGTTCAAATAGTTCTGACTATCTGAAC-A--ATCTATTTCAAATCGTTATG
126 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * *
165636 AACTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCATATTCT-AAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCATATT-TGAAATAAAATAATA
* * *
165700 -TAAATTTCTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTT-TATGAA
64 CT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-TGAA
* * *
165763 CACA-TCCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATAGTTATG
127 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
165816 ACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTGTTTGAAACAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATAC
* * *
165881 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGA-
65 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGA-AC
* * *
165945 AAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTAT-
128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * *
165996 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGT-TCATGCAA-AATTATTT-AGAATAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TATCATACAAGCA-TATTTGA-AATAAAATAA
* *** ** * * * **
166058 TACTAATCTATTAATATTTTGAATGTTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGCTTACCGAA
62 TACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA
* * *
166120 -ATAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCA-TTATG
127 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
* * ** * * * * *
166173 ATC-TTTATTTCATCATAGAACAATTGTTTTTTTTTTCATACAAGCATATTTGGATTAGAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---TTTTTATCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAAT
* * * * **
166237 ACTAATATAATAATATTCCATAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAC
63 ACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-
* * * * * * *
166299 CAA-TTCAATTAGTTAAGATTATTAGAACAACTATTTATTTCAAATTGTCT-TG
127 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGT-TATG
* ** * * *
166351 ACCTTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
166416 CTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA
64 CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATTGAA
* * ** *
166481 CAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATA
127 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * *
166534 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
166598 CTACTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAGAAACTAAAGCTAT-TTT-CTGA
64 CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTATTGA
* ** * * * * *
166661 ACCAGTTCAAATAGTTACAACAATTTGAACAAATACCAATCTT-AAATCGTTATG
126 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * *
166715 ATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCTGGTCATAGAAGTAGATTTTG--ATAAACATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAAGCATA-TTTGAAATAAA-ATAAT
* * * * * *
166777 ACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAATTGATTTAAAAGATAAATGTATTTGTTGA
63 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGA
* * * * *
166841 ATC-AGTACAAATAGTTCA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTG
126 A-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
166895 ACCTTTGGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCATT-TCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTATCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATA
** * * * **
166959 CTAATTTATTAACT-TTGGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
64 CTAATTTATTAA-TATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATTGA
*
167023 ACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTAT-TA---C-------TA--
126 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * ** ***
167064 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTG-TTTCAGTTCATAAAAGTTTTATCCAAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAG-CATATTTGAAATAAAATAAT
* ** **
167127 ACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAA
63 ACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATTGAA
* * * * *
167188 TC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATT
127 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
** * * * *
167241 ACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATATAGGCTTATTTGAAATAAAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCATATTTGAAATAAAAT
167301 CGATATTACC
Statistics
Matches: 1593, Mismatches: 314, Indels: 220
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 49 0.03
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168 31 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
Found at i:167327 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 167237--167367 Score: 208
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
167227 TTCAAATCAT
* * * *
167237 TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATATAGGCTTATTTGAAATAAAATC
1 TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATC
167302 GA
66 GA
**
167304 TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
167368 AATTCTAATT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
67 58 1.00
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Consensus pattern (67 bp):
TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATC
GA
Found at i:167864 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 167449--168857 Score: 1131
Period size: 182 Copynumber: 7.8 Consensus size: 179
167439 TTGCCTAACT
* * * * *
167449 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTG--TTGT
1 AGTTCAAATAG-TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * *
167512 CATAAAACAATT-TTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TAAATTTAATAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * **
167575 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACC
129 -TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCAAATA
* * * * * * * *
167627 AGTTCATATGGTTAAGACTATTAGAACAAATATCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGT
1 AGTTCAAATAG-TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
167692 CATAAGACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAATAA
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
167757 TCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATA
130 TC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTATTTATCAAATA
* *
167809 AGTTCAAATAGTAATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTAA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
167874 CATAAAGCAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * * * * * *
167939 TTCTAAAATTGATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC
129 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCAAATA
* * * * * * * * * * *
167990 TGTTAAAATAATTATG-GTCATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTG
1 AGTTCAAAT-AGTAAGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* ** *** * * * *
168054 TTATAAAATGATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAATGATATTAATTTAGTAA
64 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
168119 TATTTCAAAAATTAATAAGTCTA-AGATTTAAAAAAATAAATGTATTTGTCAAATC
127 TA-TTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTATTTATCAAATA
* * * * ** * * *
168174 AGTTC-AATAGTTAAAACTATTAGAATAA-TATCTATTTCAAATTGTAAAGACCTTTT-TTTAGT
1 AGTTCAAATAG-TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
168236 CATAAAATATTTCTTTCA-TATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT-CTTGATATATTAAC
65 CATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAAT
* * *
168299 ATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATA
128 ATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTATTTATCAAATA
* * * *
168353 AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAG-TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * *
168418 TCATAAAACAATGGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA
64 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
168482 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACA
129 -TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTATTTATC-AAATA
* * * * ** *
168535 AATTTAAATAGTTACA-ACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATTGTAATGACCTTTTGTTTT-
1 AGTTCAAATAG-TA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
168598 TCCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTA-TAGTTTATTAA
64 T-CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAA
** * * * *
168662 TATTCCAAAAATTAAT----AAGTTATTTAAAAAGTTAATATGTTTA-CTAAATCA
127 TATT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATC-AAAT-A
* * * * * * * * *
168713 A-TTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAAT-AGTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
168777 CATAAAATAATTATTTTTCA--TCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATGCTAATTTATTAA
65 CATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
168839 TATTTCAAATATTAATAAG
127 TA-TTCAAAAATTAATAAG
168858 TAATGTTTAC
Statistics
Matches: 988, Mismatches: 198, Indels: 88
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Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
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183 105 0.11
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AGTTCAAATAGTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCAAATA
Found at i:168070 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 167832--168857 Score: 1038
Period size: 363 Copynumber: 2.8 Consensus size: 360
167822 ATTACTATTT
* * * *
167832 GAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCAGTTAA
1 GAACAATTATCTATTTAAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * *
167897 TACAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCTAAAATTGATAAGTAATAGA
66 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
167962 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCTGTTAAAATAATTATGGTCATTTAAATAATTATTTAT
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGACATTTAAATAATTATCTAT
* ** **
168027 TTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTGTTATAAAATGATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTC
195 TTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAT-TCATACAAGCTTATTC
* * * *
168092 AAAATAAAAATGATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTCTA-AGATTTAAAAAAAT
258 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGATTTAAAAAAAT
* * *
168156 AAATGTATTTGTCAAATCAGTTC-AATAGTTAAAACTATTA
321 AAATATATTT-TCAAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTT
* * ** * * * * *
168196 GAATAA-TATCTATTTCAAATTGTAAAGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATATTTCTTTCA-TATC
1 GAACAATTATCTATTTAAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TC
* * * * * * *
168258 ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATCTTGATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGA
65 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
168322 GATTTGAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATAAGCTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTAT
128 GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGAC-ATTTAAATAATTAT
* * * * *
168386 TTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGGTTTCAATTCATAAAAGCTT
191 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTT
* * *
168451 ATCCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAA
254 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
168515 ATAAATATGTTTTCTAAACAAATTTAAATAGTTACAACTATTT
319 ATAAATATATTTTC-AAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTT
* * **
168558 GAACAATTGTATATTTAAAATTGTAATGACCTTTTGTTTT-TCCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
1 GAACAATTATCTATTTAAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* * * *
168622 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTATAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----T
65 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
168683 ATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAGTTATCTA
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGACATTTAAATAATTATCTA
* * *
168748 TTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCTTAT
194 TTTCAAATCATTATGACA-TTTTTTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCATTCATACAAGCTTAT
* * *
168811 TCAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAG
256 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
168858 TAATGTTTAC
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 102, Indels: 47
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
358 44 0.08
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364 86 0.16
365 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
GAACAATTATCTATTTAAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGACATTTAAATAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATA
TATTTTCAAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTT
Found at i:168362 original size:544 final size:541
Alignment explanation
Indices: 167484--168526 Score: 1346
Period size: 544 Copynumber: 1.9 Consensus size: 541
167474 ACGATTATCA
***
167484 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGG
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTAAA
* * *
167549 ATTAAAATAATATAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
66 ATAAAAATAATATAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATG
* * * * ***
167614 TATTTATCGAACCAGTTCATATGGTTAAGACTATTAGAACAAATATCTATTTTAAATCATTCTGA
130 TATTTATCAAACCAGTTCATATAGTTAAAACTATTAGAACAAATATCTATTTCAAATCATAAAGA
* * * *
167679 CCTTTTATTTAGTCATAAGACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAATTAATACT
195 CCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTCTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
167744 AATTTATTAATAATCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATA
260 AATATATTAACAATCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA
* * *
167809 AGTTCAAATAGTAATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTG
325 AGCTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTG
* * * * *
167873 TCATAAAGCAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATA
390 TCATAAAACAATGGTTTCAATTAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA
* * * * *
167938 TTTCTAAAATTGATAAGTAATAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCTGTTAAAATAAT
454 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCTGTTAAAATAAT
168002 TATGGTCATTTAAATAATTATTT
519 TATGGTCATTTAAATAATTATTT
* * * ** * *
168025 ATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTGTTATAAAATGATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGAC--CTTTTGTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGT-TCATAAAAGCTTAT
* * *
168090 TCAAAATAAAAATGATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTCTAAG-ATTTAAAAAA
62 T-AAAATAAAAATAATATAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--TAAGAATTT-AAAAA
* * * *
168154 ATAAATGTATTTGTCAAATCAGTTCA-ATAGTTAAAACTATTAGAA-TAATATCTATTTCAAATT
123 ATAAATGTATTTATCAAACCAGTTCATATAGTTAAAACTATTAGAACAAATATCTATTTCAAATC
* * * * *
168217 GTAAAGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATATTTCTTTCA-TATCATACAAGTTTATTCGAAATAAA
188 ATAAAGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTCTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
168280 ATAAT-CTTGATATATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATGTGTT
252 ATAATAC-TAATATATTAACAATCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATT
* * *
168344 TACCAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTT
316 TACCAAATAAGCTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTT
* *
168409 TTTGTTTTGTCATAAAACAATGGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTAAT
381 TTTGTTTTGTCATAAAACAATGGTTTCAATTAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAAT
168474 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTT
446 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTT
168527 TCTAAACAAA
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 64, Indels: 20
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
541 18 0.04
543 19 0.04
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545 113 0.27
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548 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (541 bp):
ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTAAA
ATAAAAATAATATAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATGT
ATTTATCAAACCAGTTCATATAGTTAAAACTATTAGAACAAATATCTATTTCAAATCATAAAGAC
CTTTTATTTAGTCATAAAACAATTCTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATATATTAACAATCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAA
GCTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATGGTTTCAATTAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCTGTTAAAATAATTA
TGGTCATTTAAATAATTATTT
Found at i:168933 original size:151 final size:150
Alignment explanation
Indices: 168731--169007 Score: 326
Period size: 151 Copynumber: 1.8 Consensus size: 150
168721 AATTATGGCC
* * *** * *
168731 ATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTC
1 ATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTCCATCATAAAAT-ATT-TGTCTC
* ** * *
168796 A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TCAAATATTAATAAGT
64 AGTCATAAAAGAATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATCAAA-ATTAATAAGT
168859 AATGTTTACTAAAACCAGTTCTT
128 AATGTTTACTAAAACCAGTTCTT
* * *
168882 ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTCCATTATAAAATATTTGTCTCA
1 ATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTCCATCATAAAATATTTGTCTCA
* * *
168946 GTTCATAAAAGAATATTTAGAATTAAATAATACTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAA
65 G-TCATAAAAGAATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATCAAAATTAATAA
169008 CTAAGAGATT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 18, Indels: 8
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 5 0.05
150 5 0.05
151 90 0.87
152 4 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (150 bp):
ATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTCCATCATAAAATATTTGTCTCAG
TCATAAAAGAATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATCAAAATTAATAAGTAAT
GTTTACTAAAACCAGTTCTT
Found at i:169329 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 169068--169538 Score: 444
Period size: 182 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
169058 AAACTACATG
* * ** * * * **
169068 AACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTCATTTTGTCATAAAAC-ACT-CGTTTTAGTTC
1 AACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATATTTTTTA--TC
* ** *
169131 ATACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-TA-T
64 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTACTAATATATCAAAAATTAATAAGTATATT
* * * *
169194 TT-AAAAAGTGAATTTGTTTACTAAA-AATTTCAAATAATTATGACCATTTC
129 TTCAAAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAA-TTAAAATAAATATGACCATTTC
* * *
169244 AGCAATTATGTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATATTTTTTATCAT
1 AACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATATTTTTTATCAT
* *
169309 TCAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGATA
66 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACAAATTTACTAATATATCAAAAATTAATAAGT---ATA
* *
169373 TTTTCAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTAAAATAAATATGGCCATTTG
127 TTTTCAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAATTAAAATAAATATGACCATTTC
* * * *
169426 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG-C-TAT-A-AAATGGTTGTTTTTGA
1 AACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAAT--AT-TTTTT-A
** * * *
169487 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTACTAACAT-TCAAAAA
62 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTACTAATATATCAAAAA
169539 AATTAATGAG
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 35, Indels: 27
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 94 0.39
177 2 0.01
178 9 0.04
179 1 0.00
180 6 0.02
181 31 0.13
182 97 0.40
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATATTTTTTATCAT
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTACTAATATATCAAAAATTAATAAGTATATTTT
CAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAATTAAAATAAATATGACCATTTC
Found at i:169498 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 168882--169648 Score: 516
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 177
168872 ACCAGTTCTT
* * * * **** * **
168882 ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCCATTATAAAATATTTGTCTCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCTAT-AAA-ATTTGTTTTTG
* * ** * * *
168947 TTCATAAAAGAATATTTAGAATTAAATAATACTAATTTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTA
64 ATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCA--AAAATTAATAAGTA
* * * * * * * ** ** *
169011 AGAGA-TTTAAAACATAAATCTATTTGCCGAAATAGTTCAAACAGTTAAAACT
127 AGATATTTTAAAA-ATAAATTTGTTTACC-AAACAATTCAAATAAATATGACC
** * ** * * *
169063 ACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTCATTTTG-TCATAAAACACTCGTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCT-AT-AAA-ATTTGTTTTT
* * * **
169127 GTTCATACAAGCTTGTTT-GAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
63 GATCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTACTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * *
169191 ----TA-TTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTAAA-AATTTCAAATAATTATGACC
126 AAGATATTTTAAAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAAATATGACC
* * * * * * *
169239 ATTTCAGCAATTATGTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATAT-TTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-C-TAT-A-AAATTTGTTTT
*
169303 T-ATCATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATATCAAAAATTAATAAGT
62 TGATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATAT-TCAAAAATTAATAAGT
* *
169367 AAGATATTTTCAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTAAAATAAATATGGCC
126 AAGATATTTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAAATATGACC
* *
169421 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGCTATAAAATGGTTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCTATAAAAT--TTGTTTTTG
* * * * * *
169486 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTACTAACATTCAAAAAAATTAATGAGCA
64 ATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTC--AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
169551 AGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGATTTTACT
127 AGATATTT-TAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAAATATGACC
* * *
169604 ATTTGAACAATTATCTATAT-AAAGTCGTTATGACTTTTTGTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG
169649 TCAGAAAACA
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 93, Indels: 56
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 103 0.22
177 22 0.05
178 9 0.02
179 4 0.01
180 8 0.02
181 119 0.26
182 104 0.22
183 93 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCTATAAAATTTGTTTTTGAT
CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAT
ATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAATTCAAATAAATATGACC
Found at i:169637 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 168970--169648 Score: 443
Period size: 182 Copynumber: 3.8 Consensus size: 182
168960 ATTTAGAATT
* * * *
168970 AAATAATACTAATTTAATAATATTAT-GAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAACATAAATCT
1 AAATAATACTAATTTACTAACA-TATCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCT
* * *
169032 ATTTGCCGAAAT-AGTTCAAACAGTTAAA-ACT-A-CA--TGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
64 ATTTACC-AAATCAATT-AAA-A--TAAATA-TGACCATTTGAACAATTATCTATATCAAATCAT
* * ** *** * * * * **
169091 TTTGACCTTTCATTTTG-TCATAAAACACTCGTTTTAGTTCATACAAGCTTGTTTGAAATA
123 TATGACTTTTTGTTTTGCT-ATAAAATGGTTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATA
* ** * * ** * * * *
169151 AAATAATACAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGTTATTT-AAAAAGTGAATTTGT
1 AAATAATACTAATTTACTAACATATCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * * *
169211 TTACTAAA--AATTTCAAATAATTATGACCATTTCAGCAATTATGTATTTCAAATCGTTATTACC
66 TTACCAAATCAA-TTAAAATAAATATGACCATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACT
* * * * *
169274 TTTTGTTTGGTCATATAACAAAT--AT-TTTTT-ATCATTCAAGCTTATTTAGAATA
130 TTTTGTTTTG-C-TAT-A-AAATGGTTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * ** * *
169327 AAATAATACTAATTTACTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTTCAAAAATAAATTTGT
1 AAATAATACTAATTTACTAACATATCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
* * *
169392 TTACCAAATCAATTAAAATAAATATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT
66 TTACCAAATCAATTAAAATAAATATGACCATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACTT
169457 TTTGTTTTGCTATAAAATGGTTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATA
131 TTTGTTTTGCTATAAAATGGTTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATA
* *
169509 AAATAATGCTAATTTACTAACAT-TCAAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT
1 AAATAATACTAATTTACTAACATATC--AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
169573 ATTTACCGAA-CAAATTCAAATAGATTTTACTATTTGAACAATTATCTATAT-AAAGTCGTTATG
64 ATTTACCAAATC-AATTAAAATAAATATGACCATTTGAACAATTATCTATATCAAA-TCATTATG
169636 ACTTTTTGTTTTG
127 ACTTTTTGTTTTG
169649 TCAGAAAACA
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 77, Indels: 52
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.01
173 2 0.01
174 3 0.01
175 3 0.01
176 88 0.22
177 24 0.06
178 6 0.02
179 3 0.01
180 17 0.04
181 55 0.14
182 97 0.25
183 92 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
AAATAATACTAATTTACTAACATATCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
TTACCAAATCAATTAAAATAAATATGACCATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACTT
TTTGTTTTGCTATAAAATGGTTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATA
Found at i:171302 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 171012--172480 Score: 1045
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 180
171002 TAACAACTTA
* * * * *
171012 AACAATTATTTATTTCAAGT-AGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * *
171076 TACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTAATGA-
65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAG
* ** * * * * *
171140 ATTTAAAAAATGAATCGATTGGCCTGACCAGTACAAATAGTTATAACTGTTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * **
171193 AACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCCATTTGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
171258 ACAAGCTGATT-AGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATCAATAAGTAAGAGA
66 ACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
171322 TTTAAAAACTGAATCTG-TTTATCAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTG
129 TTTAAAAAATAAATC-GATTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
171374 AACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
171439 ACAA-CTTTATTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAGTATTCAGACAACTAA-AAGGTAAAAG
66 ACAAGC-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAA-GTAAGAG
* *
171501 ATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACC-GAGTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATC-GATTTACCAGA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
171554 AATAATTATTTATTTCAAATCATTAGGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *
171619 ACAAGCTTATT-TGAATTAAAATAATATTAATTTATTAAAAGTTCAACAATTAATAAGTAAAAGA
66 ACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
171683 TTTTAAAAATAAATATG-TTTA-TAGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
129 TTTAAAAAATAAAT-CGATTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * **
171735 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTATT-GGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCA
* * * *
171799 TATAGGCTTATTCA-AGATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAG
65 TACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
171863 ATTTAAAATATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATGGTTATGATTATTTA
128 ATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
171916 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * *
171981 ACAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTGCAAAATTTAATAAATAA-AA
66 ACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * ** *
172043 ATTTGCAAAATAAATTTG-TTTTTC-G--AA---C--A-CG-T-T--C-A----
128 ATTTAAAAAATAAA-TCGATTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
172078 AACAATTATCTTTGTCAAATAGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAACCAATTGTTTCTATTTA
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * *
172142 TACAAG-TGTATT-TGAAATAAAATACTACTAATTTATTAATATGCCAAAAATTAATAAGTAAAA
65 TACAAGCT-TATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGA
** * * * * * *
172205 TTTTTAAAAAATAAATATG-TTTA-CTGAGCAACTTCATTATCAATAACTGACTATTTGG
127 GATTTAAAAAATAAAT-CGATTTACCAGA-CAAGTTCA-AAT-AGTTA-TGACTATTT-G
* * * ** * *
172263 GACAATTTATTTATTTCAAAT-AGTATGATATTTTGTTTTGCCATAAAA-AATTATTTCTATTCA
1 AACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * *
172326 TAAGAAGTTTATTTAGAAT-AAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCTAGGA
65 T-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAAGA
* * * * * *
172388 GATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCAAACGAAGTTTCAAATAGTCATGTCCATTTG
127 GATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAGAC-AAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
172443 AACAA-TACCTAGTTTGAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
1 AACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
172481 AATTTTTCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCGATTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:171677 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 171043--172079 Score: 984
Period size: 361 Copynumber: 2.9 Consensus size: 356
171033 GTTATGACCA
* * * *
171043 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTAATACAA-TCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAA
1 TTTG-TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACT-TTATTCA-AATAAAATAATACTAA
* * ** *
171107 TTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAA-GT-AATGAATTTAAAAAATGAATC-GATTGGCCTGACC
63 TTTATTAGTATTC-AAAAA-TAA-AAGGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACC-GACA
* * * * * *
171169 AGTACAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
122 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGGA-CTTTTGTTTTGT
* *** ** * * * *
171234 CACAAAACAATTGTTTCCATTTGTACAAGCTGATTAGGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATA
186 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTATGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAAAA
* * * *
171298 TTCTAAAAATCAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTGAATCTGTTTATCA-AATAAGTTCAAATAC
250 TTCTAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTAT-AGAACAAGTTCAAATAC
* * *
171361 TTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCT
313 TCATAACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACAT
* *
171405 TTTGCTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACTTTATTCAATTAAAATAATACAAATT
1 TTTG-TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACTTTATTCAAATAAAATAATACTAATT
* *
171470 TATTAGTATTCAGACAACTAAAAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTAAGTTC
65 TATTAGTATTCA-A-AAATAAAAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-CAAGTTC
* * *
171535 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAGGACTTTTTGTTTTGTCATAA
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGGAC-TTTTGTTTTGTCATAA
171600 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATTAAAATAATATTAATTTATTAAAAGTTC-
191 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTATGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAAAA-TTCT
* * * *
171663 AACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATAGAACAAGTTTAAATAGTCATAA
254 AAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATAGAACAAGTTCAAATACTCATAA
* * ** *
171728 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAT
319 CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACAT
* * * ** * *
171766 TTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTATT-GGTTCATATAGGC-TTATTCAAGATAAAATAATACTA
1 TTTGTTT-GTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACA-ACTTTATTCAA-ATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
171829 GTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTACCAAACAAG
62 ATTTATTAGTATT-CAAAAATAAAAG-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-GACAAG
* * * * *
171894 TTCAAATGGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGCCA
124 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-GGACTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
171959 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTG
188 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTATGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATT-
* * * ** * * * *
172024 C-AAAATTTAATAAATAAAA-ATTTGCAAAATAAATTTGTTTTTCGAACACGTTCAAA
252 CTAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATAGAACAAGTTCAAA
172080 CAATTATCTT
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 90, Indels: 47
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
360 13 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TTTGTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAGTATTCAAAAATAAAAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTATGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCTAAAAATC
AATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATAGAACAAGTTCAAATACTCATAACTATTTG
AACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACAT
Found at i:173128 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 172490--176857 Score: 1308
Period size: 181 Copynumber: 24.2 Consensus size: 178
172480 TAATTTTTCA
* * *
172490 AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAACTAAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAA-AAAATT
* * * * * * * * * *
172552 TGTTTA-CCGAAACAATTCGACTAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATA
64 TG-TTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
172616 ATC-TTT-ATTCTGTCATAAAACAACTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTG
128 ACCATTTGGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * * *
172666 AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAGAATTAGTAAGTAAGAGCTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-AATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAA-AAAT
* * * * * * *
172731 GTGTTTG-CTAAACCATTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTT
63 TTGTTAGCCT-AACCAATACAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
172794 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-TTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTG
126 TGACCATTTGGTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * *
172846 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-GATTTAATAAATAAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGGATTTAA-AAAAAAATT
* * * ** * * *
172908 TGTTTA-CCAAACCAATCCAATTAGTTATAAAAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTATTATG
64 TG-TTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** *
172972 ACCATTTGGTTTGTCATCAAACAATTGTTTCTATAAATACAATTTTATTTG
128 ACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
*
173023 AAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAATGGATTTAAAAAAAGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATAAGTAA-GGATTTAAAAAAA-AAT
* * * * *
173088 TTGTTAGCCTAACCAATAAAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTACCTATTTCAAATAATTATA
63 TTGTTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** ** * * * * ** * * * **
173153 ACTTTTTATTTTGTCACAAAATAACTCTTTCTATTTGTAAAAGTTGACTCC
128 ACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* ** * * **
173204 AAATAACATAATTTTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAACTGAATC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAA-AAAAT-
* * ** * * * **
173266 TAT-TTA-TCGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTTAAATCGCTA
63 T-TGTTAGCCTAACCAA-TACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
173328 TAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
126 TGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * * *
173381 AATTAAAATAATACAAATATATTAATATT-TAGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-A-AATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAA-AAA
* * * ** * * *
173445 TCTGTTTA--CTGAA-TATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAT
62 TTTG-TTAGCCT-AACCA-ATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** ** * * *
173507 TATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
124 TATGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * * * *
173562 AATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAA-AAAT
* * ** * * *
173627 ATGTTTA---TAGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TC
63 TTG-TTAGCCTA-ACCAA-TACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * ** * *
173688 ATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAATACAATTG
125 ATGACCATTT-GGT--TTGTC-A--T-AAA--A-CA--A----TTGTTTC-T-AT--T-C-A---
**
173753 TATTAGTTCATATAGGCTTCTTCG
165 TACAAG-T--T-TA----T-TT-G
* * **
173777 AAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAA-AAAAAT
* * * * * * *
173842 CTGTTTAG--TGGA-CAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCATATCATT
63 TTG-TTAGCCT-AACCAA-TACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
** * * * * * *
173904 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTCG
125 ATGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-G
* * * * ** **** *
173959 -AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTCTAAAA-TTAATAAGTAAGGAT-TTAAAAAAAAA
* ** * * * * * * ** * * *
174021 --CGTT---C-AAATAGTTATAACTA-TT-TGAAC-AATT-ATCTATT-TC-AAAT--AGTTATG
62 TTTGTTAGCCTAACCA-ATACAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *** *
174072 AT---CTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCACACAAACGTATTCG
125 ATGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * **
174123 AAA-AAAATAATACT-GTTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGGA-TTT-AAAAA-AAAA
* * * * * * * * * *
174186 CTAT-TTA-CC-AAGCAAGTTCATATCGTAATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATCGTT
62 -TTTGTTAGCCTAACCAA-TACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * ** * * * *
174248 TTGATCTTTTGTTTTGTCATAACTCAATTATTTCTCTTAATACAAGTTTAGTT-
125 ATGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* *
174301 AGAATAAAATAATACTATTTTATTAATTTTCTAAAAATTAATAAGT-AGGATATTTTAAAAAATA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGG--A-TTTAAAAAA-A
* * * * * ** *
174365 AATCTAT-TTA--TTGAGCAAATTCAAATAGTCATGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATC
60 AAT-T-TGTTAGCCT-AACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * * * * ** *
174426 GTTATGACTTTTTGATTTGTAATAAAACAATTGTTTATGTTCATGCAAAATTATTCG
122 ATTATGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
** * * *
174483 AAATAAAATAATACTAATCCATCAATATTTTAAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAACTAAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAA-AAAATT
* * * * * *
174545 TATTTA--CTGAAACAGCT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTA
64 T-GTTAGCCT-AACCA-ATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** * ** *
174607 TGAAC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATATG
126 TGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * * * * *
174659 GATTAAAATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAA--AAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATACATG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAA-AAATT
* * * * * * * * *
174721 TGTTTGTCGAACTAATTCAAATAG-T-T-A--A---G-ACTATTATCTATTTCAAAAT-GTTTTA
64 TGTTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATG
* * * **
174776 ACC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCA
128 ACCATTTGGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTG
* *
174827 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATAAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--AAAATTAATAAGTAAG-GA-TTTAAAAAA-AA
* ** * * *
174891 ATTTGTTTA--TTGAA-CAAGTTTAAATAAATT-TGACAATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGT
61 ATTTG-TTAGCCT-AACCAA-TACAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T
** * * * * * ** *
174951 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-TGTT-TAGTTTAGGA-AAACTTATCTG
121 CATTATGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTA-TTCA-TACAAGTTTATTTG
* * * * * * * * * *
175009 GAATAAAATAATGCTTATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAATTTAAAAACTAAAG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAA-AAAAT
** * * * * * * * * *
175074 TTGTTTTCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTAAG
63 TTGTTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** * * *
175139 A-TATTTGCTTTCTTGTAAAACAATTGTTTTTGA-TCATATAAGCTTATTCT-
128 ACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATT-TG
* *
175189 -AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAAT
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAA-AAAT
* * * * ** ** * * *
175250 GTGTTTA-TCGAACCAGTTTAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGC-TT
63 TTG-TTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATT
* * * *
175313 -TGACC-TTTTGTTTAGTCATACAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTG
125 ATGACCATTTGGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTG
* * * * * * * *
175366 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAACAATCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTCGCAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTAAG-GATT--TAAAAAAAAA
* * * *
175431 -TCGATTTA-CCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
62 TTTG--TTAGCCTAACCAA-TACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
175493 TATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATA-AAATCTTATCCT-
124 TATGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGT-TTAT-TTG
* *
175547 -AATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA-TTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAA-AAA
* ** * * * ** * * *
175610 TCAAT-TTA--CTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGT
62 T--TTGTTAGCCT-AACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * **
175672 TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCA
124 TATGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTG
* *
175727 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT-TCAATAATTAATAAG-AA--ATTAAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA-AATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAA-AAAT
* * * ** * * * * *
175788 TTATTTA-CCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAACCATTAT
63 TT-GTTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * * * * ***
175852 GACTTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTATCCA
127 GACCATTTGGTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTG
* * **
175904 AAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTTAAAATTAATAAGCGA-GAGTTTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGGA-TTT-AAAAAA-AAA
* * ** * * *
175968 TTTGTTTA-TCGAAAAAAT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTA
62 TTTG-TTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** * * *
176031 TGACC-TTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTG
126 TGACCATTTGGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTG
* * * ** *
176084 AAATAAAGTAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAAGTGAATC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAA-AAAATT
* * * * * * * * * * * * *
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* * * * **
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128 ACCATTTGGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGTTTATTTG
* * * * *
176261 GAATAAAATAATACTAAATTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAA-AAAT
* * * * * *
176326 TTGTTTA--CTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTT-AAATCAAT
63 TTG-TTAGCCT-AACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC-AT
* * * * * * * * *
176388 TATTTACAAAATAAACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTG
124 TA-TGAC--------CATTTGGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * *
176453 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAA-AAAAT
** ** ** * * * * * * *
176518 TTGTT-GGTTGAACCGGTTTAAATTGCTA-AGAC-AGTATGAGCAATTGTCTATTTGAAATTATT
63 TTGTTAGCCT-AACCAATACAAATAGTTATA-ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * ** * **
176580 ACT-ACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTCAATTCATATTAGCTTATTCA
125 A-TGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * * *
176634 AAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAA-AAA
* * * * * * * *
176698 TTTGTTTA-CCTAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
62 TTTG-TTAGCCTAACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** * * * * * * *
176762 TGACC-TTTTATTTGTTATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTTTG
126 TGACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT-ATTTG
* * *
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172480 TAATTTTTCA
* * * ***
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* *
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* * * * * * * * *
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* * ** ** *
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*
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* * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** **
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
173755 TTAGTTCATATAGGCTTCTTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
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* * ** * * *
173820 GTAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTAG-TGGA-CAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAAC
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* * * ** * * *
173883 AATTATCTGTTTCATATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTATGTTCATACA
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* ** *
173948 AGCTTATTTC
344 AGTTTGCTCC
* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
174138 TTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAACTATTTA-C-CAAGCAA
192 ATTATTAATATTCTAACAATTAATAAGTAAGGA-TTTAAAAAATAAATCT-GTTAGCTAAACCAA
* * * * * * * * * *
174201 GTTCATATCGTAATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTTTGA-TCTTTTGTTTTGT
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* * * * * *
174265 CAT-AACTCAATTATTTCTCTTAATACAAGTTTAG-T-T
318 CATAAAAT-AAAT-TTTCTATTCATAAAAGTTT-GCTCC
* * ** * *
174301 AGAATAAAATAATACTATTTTATTAATTTTCTAAAAATTAATAAGTAGGATATTTTAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG-A-G--A-TTTAAAAACTAA
* * ** * * * *
174366 ATCTATTTATTGAGCAAATTCAAATAGTCATG--TCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTT
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGT
** * * *
174724 TTGTCGAACTAATTCAAATAG-T-T--A-A---G-ACTATTATCTATTTCAAAAT-GTTTTAACC
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* * ** *
174779 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
129 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTA
* * * * * *
174843 ATTTATTAATATT-TGAAAAATAAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TTGAA-
192 A-TTATTAATATTCT-AACAATTAATAAGTAAG-GA-TTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCTAAAC
* * * * ** * *
174905 CAAGTTTAAATAAATT-TGACAATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTT
252 CAA-TTAAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTATT
* * * * * * *
174968 TTGTAATAAAA-CAATTTGTTTAGTTTAGGAAAACTTAT-CT-G
314 TTGTCATAAAATAAATTT-TCTA-TTCA-TAAAAGTT-TGCTCC
* * * * *
175009 GAATAAAATAATGCTT-ATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAATTTAAAAACTAAA
1 AAATAAAATAAT-ATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG-A-G--ATTTAAAAACTAAA
* * * * * * * *
175073 GTTGTTTTCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTA-
61 TTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * * ** * * *
175137 AGATATTTGCTTTCTTGTAAAACAATTGTTTTTGA-TCATATAAGCTTATTCT-AATAAAAATAA
125 A-ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAATTAAAATAA
* * * * *
175200 TACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC-G
187 TACTAA-TTATTAATATTCT-AACAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCTA
* * ** * * * * *
175260 AACCAGTTTAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGC-TT-TGACCTTTTG
249 AACCAATTAAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTATGACTTTTTA
* * * * * ** **
175323 TTTAGTCATACAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTG
312 TTTTGTCATAAAATAAAT-TTTCTA-TTCATAAAAGTTTGCTCC
** * * *
175366 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAACAATCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTCGCAAAAA-TAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAAT-A--A-GAGATT--TAAAAACTAA
* * * *
175430 A-TCGATTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT
60 ATTTG-TTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *
175494 ATGACATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATAAAATCTTATCCT-AA-TAAAATA
123 ATAACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTGAATTAAAATA
* *
175556 ATACTACTTTATTAATATT-TCAA-AAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAAT-TTA
186 ATACTA-ATTATTAATATTCT-AACAA-TTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATC--TGTTA
* ** * * * ** * * * * *
175618 -CTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTT
245 GCTAAACCAATTAAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT
* * * * * * * ** *
175682 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCA
310 TATTTTGTCATAAAATAAAT-TTTCT-ATTCATAAAAGTTTGCTCC
* * * * * * * *
175727 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGAAATTAAAAAAATAAATTTAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGT
* * * * * * * * *
175792 TTACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAACCATTATGACTT
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* * *** *
175857 TTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
129 TTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTA
* * ** * * *
175920 ATTTTTTAATATTTTTAA-AATTAATAAGCGA-GAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAA-
192 A-TTATTAATA-TTCTAACAATTAATAAGTAAGGA-TTT-AAAAAATAAATCTG-TTAGCTAAAC
* * * * * * * * *
175982 -AAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTCTA
252 CAATTAAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTG
* * * * ** **
176046 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTG
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* * * * * * * * *
176084 AAATAAAGTAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGT
* * * * * ** * * * * * *
176149 TTATCGAATCAGTGCAAATAATTATTACCATTTCAATAATTATATATTTCAAATCATTGTTACAT
66 TTACCGAA-CAATTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-C
* * * * *
176214 TTTGTTTGGTCATATAACAAGTGTTT-TTTATCATACAAACTTATTTGGAA-TAAAATAATACTA
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAATACT-
* * * * *
176277 AATTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACC
191 AATTATTAATATTCT-AACAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCTAAACC
* * * * * * *
176340 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTT-AAATCAATTATTTACAAAATAAAC
253 AATTAAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC-ATTA-TGAC----T----
* * * * * * ** **
176404 TTTT-TGTTCTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTG
307 TTTTAT-TT-TGTCATAAAATAAAT-TTTCTATTCATAAAAGTTTGCTCC
* * * * *
176453 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA-TAAAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT-AAA
**** ** * * * * * * * *
176517 TTTGTTGGTTGAACCGGTTTAAATTGCTAAGACAGTA--TGAGCAATTGTCTATTTGAAATTATT
61 TTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTATGA-A-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * ** ** *
176580 ACT-ACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTCAATTCATATTAGCTTATTCAAAATAAAATA
123 A-TAACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATA
* * * * * * *
176644 A-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTAC
186 ATACT-AA-TTATTAATATTCT-AACAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAG
* ** * * * * * *
176707 CT-AACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
246 CTAAACCAATTAAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTT
* * * * **
176771 A-TTTGTTATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTTT
311 ATTTTGTCATAAAATAAAT-TTTCTATTCATAAAAGTTTGCTCC
* ** * * * *
176814 GAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAATTAAA-TTG
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAACTAAATTTG
176878 TTT
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176881 TTAATTTTTT
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393 1 0.00
394 2 0.00
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396 174 0.06
397 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
AAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGT
TTACCGAACAATTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTA
TTAATATTCTAACAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTAGCTAAACCAATTAAAA
TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAT
AAATTTTCTATTCATAAAAGTTTGCTCC
Found at i:173695 original size:34 final size:34
Alignment explanation
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Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
173642 GTTTAAATAG
*
173652 TCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
1 TCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATC
173686 TCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATC
1 TCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATC
173720 ATTATGACCT
Statistics
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0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 33 1.00
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TCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATC
Found at i:173718 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 17 Copynumber: 3.5 Consensus size: 17
173655 TAACTATTTG
173665 AATAATTATCTATTTCA
1 AATAATTATCTATTTCA
* *
173682 AAT-CTCATAACTATTT-A
1 AATAAT--TATCTATTTCA
173699 AATAATTATCTATTTCA
1 AATAATTATCTATTTCA
*
173716 AATCATTAT
1 AATAATTAT
173725 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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18 9 0.26
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.00, T:0.45
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AATAATTATCTATTTCA
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Indices: 173476--173896 Score: 547
Period size: 215 Copynumber: 2.0 Consensus size: 215
173466 AATAGTTATG
* * * ** *
173476 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT
* * * * * * * * *
173541 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCGACAATTAATAAG
66 TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* *
173606 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TAGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAA
131 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAGT-GAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAA
173670 TTATCTATTTCAAATCTCATA
195 TTATCTATTTCAAATCTCATA
* *
173691 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAATACAATTGTAT
1 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT
* * *
173756 TAGTTCATATAGGCTTCTTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
66 TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
173821 TAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTAGTGGACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAAT
131 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAGTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAT
*
173886 TATCTGTTTCA
196 TATCTATTTCA
173897 TATCATTATG
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 31, Indels: 2
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
215 173 0.99
216 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
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ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT
TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAGTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCTCATA
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Period size: 165 Copynumber: 4.8 Consensus size: 165
173802 TATTCCAAAA
* * * * * ** * *
173812 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTAGTGGACAAGTTCAAATGGTTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * *
173877 TTGAACAATTATCTGTTTCATATCA-TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTATG
66 TTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATG
* * * *
173940 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTT
129 TTCACACAAACGTA-TTCGAAAAAAATAATATAAATTT
* *
173978 ATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* *
174042 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTT
66 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTT
*
174107 CACACAAACGTATTCGAAAAAAATAATACTGTTTTTTAATATTCCAAAA
131 CACACAAACGTATTCGAAAAAAATAATA--------TAA-ATT-----T
* * * * * *
174156 ATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAA-ACTATTTACCAAGCAAGTTCATATCGTAATAACT
1 ATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATA-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * ** * * *
174219 ATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAACTCAATTATTTCTC
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATG
* * *** * *
174284 TTAATACAAGTTTAGTTAGAATAAAATAATACTATTTTATTAATTTTCT
129 TTCACACAAACGTA-TTCG-A-AAAA-AATA--A---TA-TAA-ATT-T
* * * * * * * * * *
174333 AAAAATTAATAAGTAGGATATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCAAATTCAAATAGTCATG
1 ----ATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATA
* * * * *
174398 TC-ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGA-CTTTTTGATTTGTAATAAAACAATTGTT
61 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** **
174461 TATGTTCATGCAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAATCCATCAATAT
125 TATGTTCACACAAACGTATTCGAAA-AAAATAATA-TAA---AT---T-T
* * * * * * *
174511 TTTAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACTGAAAC-AGCTCAAATAGTTATG
1 ATT---AA-TAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATA
* * * *
174574 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAAC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
61 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
174638 CTTTTCATACAAAC
126 ATGTTCACACAAAC
174652 TTATATGGAT
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 103, Indels: 86
0.73 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
164 16 0.03
165 105 0.20
166 13 0.02
172 3 0.01
173 8 0.02
174 2 0.00
175 1 0.00
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188 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (165 bp):
ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTT
CACACAAACGTATTCGAAAAAAATAATATAAATTT
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Alignment explanation
Indices: 173994--176880 Score: 1739
Period size: 357 Copynumber: 8.1 Consensus size: 356
173984 AAGTAAAAAT
* * * *
173994 TTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** * *
174059 TCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCACACAAA-CGTATTC
65 TAAAATCA-TTATGAT-ATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATTC
* * * * * *
174122 -GAAA-AAAATAATACT-GTTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAA
127 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGAGTTTAAAAAATAA
** * * * ** * ** * * *
174184 AACTATTTA-CCAAGCAAGTTCATATCGTAATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATCGTT
189 ATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAATTGTT
* * ** * ** * * ** *
174248 TTGATCTTTTGTTTTGTCATAACTCAATTATTTCTCTTAATACAAGTTTAGTT-AGAATAAAATA
252 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTGA-AATAAAATA
* * * * *
174312 ATACTATTTTATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAGGATATT
316 ATGCTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCATGA-A-A
* *** * * * *
174355 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCAAATTCAAATAGTCATGTC-ATTTGAACAATTATCTATT
1 TTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
174419 TGAAATCGTTATGACTTTTTGATTTGTAATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATGCAAAA--TTATT
65 TAAAATCATTATGA-TATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCA-GTTCAT--AAAAGCTTATT
* ** * * *
174481 C-GAAATAAAATAATACTAATCCATCAATATTTTAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAACTAAAT
126 CTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGTTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
174544 TTATTTA-CTGAA-ACAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTA
191 TTGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATTGTTA
* * ** * * * *
174607 TGAAC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATATGGATTAAAATAAT
253 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
174671 ACTAATTCAATAATATTCCAAAAAATAGTAAG-A-G-AT
318 GCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAA
* ** * *
174707 TTAAAAAATACATGTGTTTGTCGAACTAA-TTCAAATAG-T-T-A--A---G-ACTATTATCTAT
1 TTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
174762 TTCAAAAT-GTTTTAACCT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT
64 TT-AAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATT
* * *
174825 C-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATAAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAAT
126 CTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT---T-AATAAGAGAGTTTAAAAAAT
* * * *
174889 AAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAAATT-TGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTG
187 AAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AATTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TTG
* * * * *
174953 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTTGTTT-AGTTTAGGA-AAACTTATCTGGAATAAA
250 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCA-TATAAACTTATTTGAAATAAA
* *
175016 ATAATGCTTATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAA
313 ATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAA
* * * * *
175060 TTTAAAAACTAAAGTTGTTTTCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAT
1 -TTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ** * *
175125 CTCAAATCATTAAGATATTTGCTTTCTTGTAAAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTCTA
64 TTAAAATCATTATGATATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCTA
* * *
175190 ATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATGTG
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGTTTAAAAAATAAATTTG
* * * * *
175253 TTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGCTT-TGAC
194 TTTATCGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTG-TTATGAC
* * * * *
175317 CTTTTGTTTAGTCATACAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTA
257 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATGCTA
* * *
175382 ATTTATTAACA-ATCAAAAAATTAATAAGCATGAGA
322 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCATGAAA
* * *
175417 TTCGCAAAAATAAATCGATTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
1 TT--AAAAAATAAATTG-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
175482 TTTAAAATCATTATGACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATAAAATCTTATCCT
63 TTTAAAATCATTATGATATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCT
* * *
175547 --AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
128 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAG-TTTAAAAAATAAA
*** ** * * *
175610 TCAATTTA-CTGAATTAGTTCAAATAATTATGG-CCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTT
190 TTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAATTA-GGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTT
* * **
175673 ATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
252 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC-ATATA-AA-CTTATTTGAAATAAAA
*
175735 TAATAG-TAATTTATTAATATTTCAATAATTAAT-A--A-GAAA
314 TAAT-GCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAA
* * * * * *
175774 TTAAAAAAATAAATTTATTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
1 TT-AAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
175839 TTAAAACCATTATGACTTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTA-TCC
64 TTAAAATCATTATGA-TATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCT
* **
175903 AAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTTAAAATTAATAAGCGAGAGTTTAAAAAAATAAA
128 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GAGAGTTT-AAAAAATAAA
** * * * **
175968 TTTGTTTATCGAA-AAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTAT
190 TTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTAT
* * * * * *
176032 GACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATA
254 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATG
* *
176097 CTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--TG-AT
319 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAA
* * * * * * * * * * *
176132 TTAAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-AGTGCAAATAATTATTACCATTTCAATAATTATATAT
1 TTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * **
176196 TTCAAATCATTGTTACATTTTGTTTGGTCATATAACAAGTGTTT-TTTATCATACAAA-CTTATT
64 TTAAAATCATTATGATA-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATA-AAAGCTTATT
** * * *
176259 -TGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATA
126 CTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAG-TTTAAAAAATA
* * * *
176323 AATTTGTTTA-CTGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTTAAATCA
188 AATTTGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTA-TTT--A--A
* * * * * * * * *
176386 ATTATTTACAAAATAAACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTAT
246 ATT-GTT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATATAAACTTAT
* * * * *
176450 TTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGA
303 TTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-ATGAAA
* ***** ** * * * * * * *
176504 TTTAAAAATAAAATTTGTTGGTTGAACCGGTTTAAATTGCTAAGAC-AGTATGAGCAATTGTCTA
1 TTAAAAAAT-AAA-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTA
* * * ** * * **
176568 TTTGAAATTATTACT-ACCT-TTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTCAATTCATATTAGCTTAT
63 TTTAAAATCATTA-TGA--TATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTAT
* * *
176631 TC-AAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAA
125 TCTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAG-TTTAAAAAA
* * * * * * * * *
176694 TAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCG
186 TAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTG
* * * * ** ** *
176759 TTATGACCTTTT-ATTTGTTATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTTTG-AATAAAA
250 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTT-ATTTGAAATAAAA
* * * **
176822 TAATACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GATT
314 TAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAA
*
176863 TTAAAAATTAAATTGTTT
1 TTAAAAAATAAATTGTTT
176881 TTAATTTTTT
Statistics
Matches: 1998, Mismatches: 395, Indels: 270
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
342 3 0.00
344 85 0.04
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374 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
AAAATCATTATGATATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCTAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTT
TATCGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAAA
Found at i:176751 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 176719--176756 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
176709 AACCAGTTCT
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176737 AATAATTAT-CTATTTCA
1 AATAATTATACTATTTCA
176754 AAT
1 AAT
176757 CGTTATGACC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.32
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Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATACTATTTCA
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Alignment explanation
Indices: 177017--177050 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
177007 AACAAGTTTA
177017 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
177035 AATAATTAT-CTATTTG
1 AATAATTATACTATTTG
177051 GAATCGCTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.44
18 9 0.56
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:177702 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 177383--178007 Score: 552
Period size: 182 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
177373 TAGATAATTA
* * * *
177383 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACC-TTTATTTTGTAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * * * * *
177447 TAAAACAATTGTTTCAATTAATATAAGTTTA-TTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAGTATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * *
177511 CCTAAAATTAGTGAGTAAGGGAACTAAAACAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
129 CCAAAAATTAATAAGTAA--GAATTAAAACAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * *
177564 TTCAAATAGTTATGACTCTCTGAACAATTATTTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * * *
177628 AGAAAACAATTGGTTCTGTTCATCCAAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT
* * * *** *
177693 TCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTGAAAAC--TAAATTTGTTTTTTGAACACG
129 CCAAAAATTAATAAGTAAGAA-TT-AAAACAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * *** ** *
177744 TTCGAATAGTTATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGGTATGACCAATTCTTTTGT
1 TTCAAATAG-T-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* ** * * * *
177809 CATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATGAAATAATACCAACTTATTAAAAT
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* * *
177874 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACC-AAGCGAG
128 TCCAAAAATTAATAAGT--AAGAATTAAAACAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAG
* * * * * *
177927 TTCAAATAGTTATGACCATTTG--CTAATTATTTATTTCAAATCCTTATGATCTTTTGTTTTGTG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC
*
177990 AT-AAAGAATTGTTT-TATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATT
178008 TGGAATACAA
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 75, Indels: 35
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 11 0.03
180 58 0.16
181 59 0.17
182 192 0.54
183 26 0.07
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCC
AAAAATTAATAAGTAAGAATTAAAACAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
Found at i:178129 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 177852--178152 Score: 396
Period size: 164 Copynumber: 1.8 Consensus size: 164
177842 TTCAGAATGA
177852 AATAATACCAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
1 AATAATACCAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * *
177917 ACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGCTAATTATTTATTTCAAATCC-TTATGATC-TT
66 ACCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGCTAATCATTGATTTCAAA-CCATTATGA-CATT
177980 TTGTTTTGTGATAAAGAATTGTTTTATTTGGAATAC
129 TTGTTTTGTGATAAAGAATTGTTTTATTTGGAATAC
* * * * * * * *
178016 AATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATATGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTT
1 AATAATACCAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* *
178081 ACTGAA-CAAGTTCAAATAG-CATGTCCATTTGAACT-ATCATTGATTTCAAACCATTATGACAT
66 AC-CAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTG--CTAATCATTGATTTCAAACCATTATGACAT
178143 TTTGTTTTGT
128 TTTGTTTTGT
178153 TGTAAAATAA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 14, Indels: 10
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 13 0.11
164 101 0.86
165 4 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (164 bp):
AATAATACCAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
ACCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGCTAATCATTGATTTCAAACCATTATGACATTTT
GTTTTGTGATAAAGAATTGTTTTATTTGGAATAC
Found at i:179045 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 178522--179904 Score: 683
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 180
178512 TTATTCTGTC
* ** * ** * * * *
178522 TATTTAAAATCGTTATGGCCTTTTATTTTGTTATAAAGTAATTGTTTTAGTTAATACAAG-TT-T
1 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
* * * * * * ** *
178585 ACACGAAATAAAACAGTACTAATTTATTAATATTTCTAAAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA
66 TCA-G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGGATTTGAAAAA
* * * * * * *** * * *
178650 ATAAATTTGTTTA-CTAAATCAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATT
128 ATAAATCTATTTACCGAAA-CAGCT-CAATAGTTAAAACTATTTAAACAATTACT
* * ** * * * * * *
178704 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATGATTATTTT-TTATCTTACAAGCTTA
1 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTAGT-TCATAAAAGCTTA
*
178768 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACAA-GATTTGAAAAA
65 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--CAAGGATTTG-AAAA
* * *** * * *
178832 AATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAATAGTTAAAACTA-TTAGAATAATTA-T
127 AATAAATCTATTTACCGAAACAGCTCAATAGTTAAAACTATTTA-AACAATTACT
* * * ** * * *
178885 CTATTTCAAATTATTCTAACCTTTT-TTTAATCAT-AAATTTTTTTTTTCA-TATCATATAAGTT
1 -TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTT-AGT-TCATAAAAGCT
* * * *
178947 TATTCAGAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTGAAAA
63 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-GGATTTGAAAA
***
179012 AATAAATCTATTTACCGAATAC-GCTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTACT
127 AATAAATCTATTTACCGAA-ACAGCTC-AATAGTTAAAACTATTTAAACAATTACT
* **
179067 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
1 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
179132 TC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAA
66 TCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-GATTTGAAAAAA
* * * * * ** * ** * * *
179195 TAAATATGTTTTCTGAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATT-GT
129 TAAATCTATTTACCGAA-ACAGCTCAATAGTTAAAACTATTTAAACAATTACT
* * * *** * *
179247 ATATTTATAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTA
1 -TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA
* * * * * *
179312 TT-TGAAATAAAATAATAATAGTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGTAAGTGATTT-AAAAA
65 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-GATTTGAAAAA
* * ** * *** * * *
179375 GTGAATCTATTTACC-AAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTA-T
128 ATAAATCTATTTACCGAAA-CAGCTC-AATAGTTAAAACTATTTAAACAATTACT
* * * * * *** * *
179428 CTATTTTAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTATTATAAAACAATTTTTTTTCATCATACAAGCCT
1 -TATTTAAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT
* * ** *
179492 ATTCAAAATAGAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAATTAGGGGATTT-AAAA
64 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGCA-AGGATTTGAAAA
* * * * *
179555 AATAAATCTGTTTATCG--A-A--TC---AGTT----CTTATTTGAATAATTACC
127 AATAAATCTATTTACCGAAACAGCTCAATAGTTAAAAC-TATTTAAACAATTACT
* * * * *
179598 TATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-ATTATAAAATATTTGTCTTAGTTCATACAAGCTTA
1 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA
** * ** ** *
179662 TTTGGAATTAAATAATACTAATTTAAGAATATTTTGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAT
65 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAG-GATTTGAAAAA
* ** * * ** *
179725 ATTAATCTATTTGTC-AAAGCAGTTCAAACAGTT-AAACTACATGAACAATTA-T
128 ATAAATCTATTTACCGAAA-CAGCTC-AATAGTTAAAACTATTTAAACAATTACT
* * * * * ** * *
179777 CTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTCTT-ATCATAAAACACTCATTTCA-TATCATATAAGCT
1 -TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGT-TTAATCATAAAATAATTGTTTTAGT-TCATAAAAGCT
* * *
179840 TATTCAAAATAAAATAATAC-AACTTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AAA
63 TATTCAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-GATTTGAAA
179903 AA
126 AA
179905 GTGAATCAGT
Statistics
Matches: 951, Mismatches: 193, Indels: 116
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 121 0.13
170 3 0.00
172 4 0.00
174 2 0.00
176 2 0.00
178 5 0.01
179 7 0.01
180 146 0.15
181 410 0.43
182 206 0.22
183 36 0.04
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGGATTTGAAAAAATA
AATCTATTTACCGAAACAGCTCAATAGTTAAAACTATTTAAACAATTACT
Found at i:179305 original size:363 final size:358
Alignment explanation
Indices: 178522--179904 Score: 1155
Period size: 363 Copynumber: 3.9 Consensus size: 358
178512 TTATTCTGTC
* * * * *
178522 TATTTAAAATCGTTATGGCCTTTTATTTTGTTATAAAGTAATTGTTTTAGTTAATACAAGTTTA-
1 TATTT-AAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTAT
* * ** * * *
178586 -CACGAAATAAAACAGTACTAATTTATTAATATTTCTAAAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA
64 TCA-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAA
* * * * * *
178650 ATAAATTTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC
127 ATAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAATAATTA-TTATTTAAAATC
* * *
178715 ATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATGATTATTTTTTATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAA
191 ATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTTCT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
*
178780 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACA-AGATTTGAAAAAAATAAATGTGTT
255 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTT--AAAAAATAAATATGTT
* * * *
178844 TGTTGAACCAGTTCAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATC
317 TGTTGAACAAGTTAAATAGTTAAAACTATTAGAAGAATTATA
** * * ** ** *
178886 TATTTCAAATTATTCTAACCTTTTTTTAATCAT-AAATTTTTTTTTTCA-TATCATATAAGTTTA
1 TATTT-AAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-AGT-TCATATAAGTTTA
* * * * *
178949 TTCAG-AATAAAATAATCCTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTGAAAAA
63 TTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* * * * * *
179013 ATAAATCTATTTACCGAAT-ACGCTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTACTTATTTAAAAT
127 ATAAATCTATTTACCAAATCA-GTTCAAATAATTATGGCTATTTAAATAATTA-TTATTTAAAAT
* * * * *
179077 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAA
190 CATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTT-CTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
*
179142 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-
254 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG
* ** * *
179206 TCTGAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTA
319 T-TGAAC-AAGTTAAATAGTTAAAACTATTAGAAGAATTATA
* * *
179248 TATTTATAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTAT
1 TATTTA-AATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTAT
* * * * * *
179313 T-TGAAATAAAATAATAATAGTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGTAAGTGATTTAAAAAGT
64 TCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
179377 GAATCTATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCAT
129 AAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAATAATTAT-TATTTAAAATCAT
* * * * * * *
179442 TATGAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTTTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATA
193 TATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAA-TTATTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * *
179507 ATACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAATTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
257 ATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTT
* *
179571 GAATC-AG-T---T-CTT---A-T-TT-GAATAATTACCTA
321 GAA-CAAGTTAAATAGTTAAAACTATTAGAAGAATTA--TA
* * * * * * * * *
179600 T-TTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATATTTGTCTTAGTTCATACAAGCTTATT
1 TATTTAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATT
* * * ** ** * * *
179664 -TGGAATTAAATAATACTAATTTAAGAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATATT
65 CAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
** * * * ** ** * * *
179728 AATCTATTTGTCAAAGCAGTTCAAACAGTTA-AACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
130 AATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAATAATTAT-TATTTAAAATCATT
* * * * * * * *
179792 TTGACCTTTTGTCTTATCATAAAACACTCA-TTTCATATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
194 ATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTTC-T-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
179856 ATAC-AACTTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAA
257 ATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
179905 GTGAATCAGT
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 165, Indels: 69
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
347 4 0.00
348 3 0.00
349 111 0.13
350 132 0.16
351 6 0.01
352 4 0.00
353 1 0.00
356 2 0.00
357 1 0.00
360 2 0.00
361 25 0.03
362 219 0.26
363 285 0.34
364 30 0.04
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TATTTAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTC
AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAATAATTATTATTTAAAATCATTAT
GACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAACA
AGTTAAATAGTTAAAACTATTAGAAGAATTATA
Found at i:179704 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 179414--179732 Score: 396
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
179404 AATTATGGCC
* * * *
179414 ATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTTTTTTTC
1 ATTTCAATAATTACCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTCTATTATAAAACAATTTGTCTTC
** * *
179479 ATCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAATTAG
66 ATCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTAAGAAATTTTCAAAAATTAATAACTAA
*
179544 GGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCTT
131 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCTT
* *
179583 ATTTGAATAATTACCTATTTTAAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTATTATAAAA-TATTTGTCTT
1 ATTTCAATAATTACCTATTTTAAATCATTATGAA-CTTTTGTTCTATTATAAAACAATTTGTCTT
* ** * *
179646 -AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATTA-AATAATACTAATTTAAGAATATTTT-GAAAATTAATA
65 CA--TCATACAAGCCTA-TTCAAAATAGAATAATACTAATTTAAGAA-ATTTTCAAAAATTAATA
* *
179708 ACTAAGAGATTTAAAATATTAATCT
126 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
179733 ATTTGTCAAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 18, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.01
168 9 0.07
169 106 0.83
170 11 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
ATTTCAATAATTACCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTCTATTATAAAACAATTTGTCTTC
ATCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTAAGAAATTTTCAAAAATTAATAACTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCTT
Found at i:180029 original size:711 final size:717
Alignment explanation
Indices: 178589--180070 Score: 1590
Period size: 711 Copynumber: 2.1 Consensus size: 717
178579 AAGTTTACAC
* * * * ** * *** * *
178589 GAAATAAAACAGTACTAATTTATTAATATTTCTAAAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAA
1 GAAATAAAATAATAATAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGTGA-TTTAAAAAGTGA
* * * * * * *
178654 ATTTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTA
65 ATCTATTTACCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** * *
178719 TGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATGATTATTTTTTATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
130 TGAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAT
* * *
178784 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACAAGATTTGAAAAAAATAAATGTGTTTGTTG
195 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACAAGATTT-AAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * *
178849 AACCAGTTCAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTTTTA
259 AACCAGTTC---A-TT--AACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTA
* * * * * * **
178914 ATCATAAATTTTTTTTTTCATATCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCTAATATATTAAC
318 ATCATAAATATTTGTCTTCATATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAAGAAC
* *
178979 ATTTAAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATACGCTCAAATAG
383 ATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATACGCTCAAACAG
** ** * * *
179044 TTTTGACTATTTAAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
448 TTTAAACTACATAAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAAT
** * *
179109 TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
513 CATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
179174 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGA
578 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AATTTAAATAATTATGACCATTTCA
* * * * *
179239 AGAATTGTATATTTATAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA
642 ACAATTATATATTTATAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGCCATAAAACAAATGTTTTAGATCATA
179304 TAAGCTTATTT
707 TAAGCTTATTT
* * *
179315 GAAATAAAATAATAATAGTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAA
1 GAAATAAAATAATAATAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAA
* *
179380 TCTATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT
66 TCTATTTACCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
*
179445 GAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATT-TTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATAAT
131 GAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTTTT-ATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAT
* ***
179509 ACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAATTAGGGGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCG
195 ACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTACAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * *
179572 AATCAGTTC-TT-A-T-TT-GAATAATTACCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-ATTA
259 AACCAGTTCATTAACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TT-TAATCA
** * * *
179631 TAAAATATTTGTCTT-AGT-TCATACAAGCTTATTTGGAATTAAATAATACTAATTTAAGAATAT
322 T-AAATATTTGTCTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAAGAACAT
** * * ** *
179694 TTTGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAATATTAATCTATTTGTC-AA-AGCAGTTCAAACA
385 TTAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA-C-GCTCAAACA
* * *
179755 G-TTAAACTACATGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTCTTATCATAAAACA
447 GTTTAAACTACATAAACAATTACT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACA
* * *
179818 CTCATTTCA-TATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-AACTTTGTTAATATTTCAAAA
511 ATCATTTCAGT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
179881 ATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCA-GTTTACTAGATC-ATTTCAAATAATTATGGCC
574 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACT-GAACAATTT-AAATAATTATGACC
* * * * *
179944 ATTTCAACAGTTATGTATTTCA-AATTGTTACT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTT
636 ATTTCAACAATTATATATTT-ATAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTGGCCATAAAACAAATGTTTT
* *
180007 TGATCAT-TCAAGCTTTTTT
699 AGATCATAT-AAGCTTATTT
* *
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1 GAAATAAAATAATAATAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAG
180071 AGATTTAAAA
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TCTATTTACCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
GAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
CCAGTTCATTAACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTAATCATAAA
TATTTGTCTTCATATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAAGAACATTTAAAA
AATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATACGCTCAAACAGTTTAAACT
ACATAAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAATCATTTCAG
TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTTAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATA
TATTTATAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGCCATAAAACAAATGTTTTAGATCATATAAGCTTAT
TT
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Alignment explanation
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Period size: 504 Copynumber: 1.9 Consensus size: 503
179637 ATTTGTCTTA
* * * * * *
179647 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATTAAATAATACTAATTTAAGAATATTTTGAAAATTAATAACTA
1 GTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAAGAATATTATCAAAATTAATAACTA
* * *
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* * *
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131 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTCTTATCATAAAAAACTCATTTCATATCATATAAGCTTA
* ** ** * * *
179842 TTCAAAATAAAATAATACAACTTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGT
196 TTCAAAATAAAATAAAACAAAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAAT
* * * * * **
179907 GAATCAGTTTACTAGATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAGTTATGTATTTCAAATTGT
261 GAATCAGTTTACTAGACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
179972 TACTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTTTTTGAAATAAAATA
326 TACTACCTTCTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTTTTTAAAATAAAATA
* * * * *
180037 ATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAGTATGTTTACTGAACT
391 ATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACT
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456 AGTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTAT
*
180150 GTTCATAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATG-ATATTATCAAAATTAATAACT
1 GTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAA-GAATATTATCAAAATTAATAACT
* * * * * *
180214 AAGAGATTTTAAAA-ATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAA-ATGTTAACGCTATATGAATAG
65 AAGAGA-TTTAAAATATAAATCTATTTGCCAAACCAGTTCAAACA-GTTAA-ACTACATGAACAA
* * * * * * ** * * *
180277 TTCTTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTTTTTGTTGTAAAATAATTTA-TTCAGT-TCTTAGT
127 TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTCTTATCATAAAA-AACTCATTTCA-TATCATA-T
*
180340 AA-CTTATTCAAAATAAAATAAAATAAAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTC
189 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTC
* * * *
180404 AAAAAAT-AATTCTA-TTT-GTTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
254 AAAAAATGAA-TC-AGTTTACTAG-ACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTAT
* * * * *
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316 TTCAAATCATTACT-ACCTTCTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCAT-TCAAGCTTTTT
* * ** *
180529 TAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
379 TAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* *
180594 ATTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTA
444 ATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTA
180620 CAACTATTTT
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GTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAAGAATATTATCAAAATTAATAACTA
AGAGATTTAAAATATAAATCTATTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAACTACATGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTCTTATCATAAAAAACTCATTTCATATCATATAAGCTTA
TTCAAAATAAAATAAAACAAAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAAT
GAATCAGTTTACTAGACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TACTACCTTCTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTTTTTAAAATAAAATA
ATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACT
AGTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTAT
Found at i:181062 original size:180 final size:180
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Indices: 180104--184813 Score: 2893
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180094 ACTGAACTAG
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* * * * * * *
180168 AGAATAAAATAATACTAATGTAATGATATTATCAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAA
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
180233 TTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAA-ATGTTAACG-CTATATGAATAGTTCTTTAT
130 TCTATTT-ACTAACAAGTTCAAATA-GTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * *
180285 TTCAAATCGTTATGAACTTTTTTTTTGTTGTAAAATAATT-TATTC-AGTTCTTAGTAA-CTTAT
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTA-TTCATA-CAAGCTTAT
* * * * * *
180347 TCAAAATAAAATAA-AATAAAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAAT
63 TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * *
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127 AAATCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * **
180466 TTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTA
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * *
180531 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * *
180592 TTATTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTACAACTATTTTAACAATTATTTAT
131 CTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
180643 TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTGTTCATA-TAGTTTTATTC
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTC
* * *
180707 -AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGA-ATTTAAAAAATT
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* ** * * *
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* * * * * * *
180825 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGCTTCTGTTCGTACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* ** * * *
180890 AAATAACATAATTTTAATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
180955 CT-CTTACTAAGCAAGTTCAAATAATTTTGACTATTTAAACAATTATCTAT
131 CTATTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
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1 TTCAAATCTT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * ** * * * *
181069 TAAAAAAAATCATACAAATTTATTAATA-TTCGACAATTAAGAAGTAAAATATTT-AAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
181132 TCTATTTACTGAATAAGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
130 TCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * *
181184 TTCAAACCCATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAATTT-TCTTCATGCAAGCTTGTT-
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * * * *
181247 TAGATTAAAATAATATTAATTTCTCAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAATAA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
181311 ATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATAATAATTATCTAT
129 ATCTATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG---------AACAATTATCTAT
* * * * * * *
181373 TTCAAATCGTTATGACCTTGTATTTTGTCAT-AAA-AATTTTATGTCAATTTATAAAAGCTTATT
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T-TCTATTCATACAAGCTTATT
* * * *
181436 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAA-TAAGGGATTTAGAAAAA-
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTA-AAAAAT
* * * * * * *
181499 AGAATATGTTTATTGAACAAGGTCCAATAGTTATGACTATGTGAA-ATATTATTTAT
127 A-AATCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTAT
* * * * * *
181555 TTCAAAT-TGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTT
1 TTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT
* * * * *
181619 TG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAA-AAATTTTAAAAATA
64 CGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
181681 AATCTTTTTTCTGAACACGTTCAAATAGCTATGTCTATTTGAACAATTATCTACT
128 AATCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-T
** * *
181736 TT-AAA----TA-G-TTTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** *
181793 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
181857 ATCTATTTACCGAGCAAGGTT-AAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATTTAT
129 ATCTATTTA-CTAACAA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** ** * * * *
181910 TTCAAATAATTATGTTCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCA
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * *
181975 AAATAAAATTATACTAATTAATTAATATTCTACAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
182040 CCATCTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACATTTATCTAT
131 CTATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
182091 TTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AAATGTTTCCATACATAC-AGAATTATTC
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTC
* * * * * * *
182154 AAAATAAGATAATACTGATTTATTATTATTTTGAAAATTAAT-AG---GATATTTAAAAACTAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
182215 TCTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
130 TCTATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
182267 CTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCA-AGAACAATTGTTTCT-TTCCATACAAGCATATTC
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATTC
* * * *
182329 -AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATAA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
182392 ATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATAT
129 ATCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *** * *
182445 TTCAAAT-TGTTCTGACCTTTCCATTAGTCAT-AAACAATTATTTC-AGTTCATACCAA-CTTAT
1 TTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTAT
* * * ** * *
182506 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ACTTTAAAAATTAATAAACAAAATATTTTAAAAAAT
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * * * *
182570 AAATTTATTTGCTGAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATTTAT
127 AAATCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** *
182625 TTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAATTTATTT
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * *
182689 GAAATAAAA-AATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
* * * * ** *
182753 AT-TATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAAAATCAAT
129 ATCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
182805 CTGAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTGATT-
1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
182867 TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAA
65 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * * * *
182932 ATGTGTTTGCTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGGAATAATTATATAT
129 ATCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
182985 GTT-AAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCAT-AAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTC
1 -TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
183048 TAAA-AAATTAATGCTAATTTATT-ATCTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGTA
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* * * * *
183111 AATATATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATCTAC
128 AATCTATTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
* * * * * * * *
183165 ATAAAAT-TGTTATGA-ATTTT-TGTTGTCAT-AAACAATTGTTTC-AGTCAATAAAAACTTATC
1 TTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATT
* * * * *
183225 CAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAGATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAAATAA
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* * * * * *
183290 ATCAATTTACTAA-ATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAAATATCTAAT
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* * * * * * *
183344 TT-AAATCATTT-TTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATAGAAGTTTATT
1 TTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
183406 TGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTATGAGATTCAAAAAATAA
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
183467 ATTTGTTTACCAAATCAA-TTCACATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTAT
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* * * * * * * * *
183520 TTTAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTCTATCTTAAAATAATAT-TTTCTATTCAAATAAGTTTATT
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* * * * * ** * *
183583 CGAAATAAAATTATACCAAATTAATAATATTTTGAAAATTCTTAACTAAGACATTTAAAAAATAA
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
183648 AT-TCATTTGTCGAACCAGTTCTAATAGTTAAGACTATATGAAGAATTATCTAG
129 ATCT-ATTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
183701 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTC-AGCTCATCCAAGTTTATTC
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* * * * *
183765 TAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAAATTTAAAAAATAAT
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* * * * * *
183826 TCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTA-AACTATTTGAAAAATTATATAT
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * ** *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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1 TTCAAATCTTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT-AT
* * * *
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63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
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128 AATCTATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * *
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1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT
* * * * *
184456 -GAAATAAAGTAAT-GTAA-TTATTAATATTTTTAAAATTAA-AAGTAATG-GATTTAGAAAATG
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATA
* * ** * * *
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* * * * * * * *
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1 TTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ***
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *** *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *** * * * ** *
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* ** *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * *
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66 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * ** * * *
182754 T-TATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAAAATCAATCTGAAATCGTTAT
130 TCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
182818 GA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTGA-TTTAGATAAAAATAA
195 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTTA-AAAAAAATAA
* * *** * * *
182880 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTG
258 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAATATTT-AAAAATAAATCTATTTAACTG
** * * * * *
182944 AATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGGAATAATTATATAT
322 AACAAGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * ** *
182985 GTT-AAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCAT-AAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTC
1 -TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * ** * * *
183048 TAAA-AAATTAATGCTAATTTATT-ATCTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGTA
65 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TA
* * ** * * ** * *
183111 AATATATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAGCAATTATCTACATAAAATTGTT
128 AATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * **
183176 ATGA-ATTTT-TGTTGTCAT-AAACAATTGTTTC-AGTCAATAAAAACTTA-TCCAAAATAAAAT
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* * * * * *** *
183236 AATACTACTTTATTAATATTTTAAAGATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAAATAAATCAATTT-AC
256 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAATATTT-AAAAATAAATCTATTTAAC
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* * * * * * *** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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** * ** * * * *
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* * ** * * * *
184167 TTCTACTTGTTGAAA-TAGTTCAAATAATTATGAC-ATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCGTT
129 ATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * ** *
184230 ATTACCTTTTGGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTTCATATAAGTTTGTTTGGGAATAAAA
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184294 TAA-ATTAA-TTATTAATATTTTGAAAA-TAATAAG--AGAT-TTAAAAAATAAATCTATTT-AC
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** * * *
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* ** ** * *
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1 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATT
* * * * *
184456 -GAAATAAAGTAAT-GTAA-TTATTAATATTTTTAAAATTAA-AAGTAATG-GATTTAGAAAATG
64 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * * *
184516 TAT-T-TGTTAGCCT-CATTAGTTCAAATAGTTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATC
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
184707 CCGAACAAGATTAAATAGTTATTACTACTTGAACAATTATCAAGT
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*** * * * * *
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184814 TCAAATCTAT
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Consensus pattern (362 bp):
TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCG
AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAAAAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAATATTTAAAAATAAATCTATTTAACTGAACA
AGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
Found at i:181478 original size:189 final size:179
Alignment explanation
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180094 ACTGAACTAG
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
180168 AGAATAAAATAATACTAATGTAATGATATTATC-AAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAA
64 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTT-AAAATAA
* * * * * *
180232 ATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAA-ATGT--TAACGCTATATG-AATAGTTCTTTAT
127 ATATGTTTACCAAACAAGGTCAAATA-GTCATAA--CTATGTGAAATA-TTATTTAT
* * ** * * * *
180285 TTCAAATCGTTATGAA-CTTTTTTTTTGTTGTAAAATAATT-TATTCAGTTCTTAGTAA-CTTAT
1 TTCAAATCGTTAT-AACCTTGTATTTTGTCAT-AAACAATTGT-TACTGTTCATA-TAAGCTTAT
* * * * * * **
180347 TCAAAATAAAATAAAATAAAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATA
62 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATT-TTAAAATA
* * * **** * * * * * * *
180412 ATTCTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA-ATTATCTAT
126 AATATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAA-ATATTATTTAT
* * * * * * ** * * * *
180466 TTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTA
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTCA
** * *
180531 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--T-AAGAAAAGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
180592 TTATTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTACAACTATTTTAACA-ATTATTTAT
129 ATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAA-ATATTATTTAT
* * * ** *
180643 TTCAAATCATTATGACCATT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTGTTCATAT-AGTTTTATT
1 TTCAAATCGTTATAACC-TTGTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTACTGTTCATATAAG-CTTATT
* * ** * * *
180706 CAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-AATGAATTTAAAA-AA
63 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAATAA
* * * ** * * * * * *
180768 TTGAATCTATTGGCCTGACGAGTGT-AAATAGTTATGATTATTTGAACA-ATTATCTAT
127 AT--ATGT-TT-ACCAAACAAG-GTCAAATAGTCATAACTATGTGAA-ATATTATTTAT
* * * * * * * * *
180825 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGCTT-CTGTTCGTACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCA-TAAACAATTG-TTACTGTTCATATAAGCTTATTC
* * * * ** * * * *
180889 GAAATAACATAATTTTAATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA
64 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAATAAA
* * * * * * ** * * * *
180954 TCT-CTTACTAAGCAAGTTCAAATAATTTTGACTAT-TTAAACAATTATCTAT
128 TATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAAA-TATTATTTAT
* * * * * * * * *
181005 TTCAAAT-TTCTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGT-TATAACCTTGTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTA-TT
* * ** * * * * * *
181069 TAAAA-AAAATCATACAAATTTATTAATA-TTCGACAATTAAGAAGTAAAATATTTAAAAATAAA
63 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAATAAA
* * ** * * * *
181132 TCTATTTACTGAATAAGGTCAAATAGTTATGACTATTTG-AATAATTATTTAT
128 TATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAAAT-ATTATTTAT
* ** * * * * * * * * ** * *
181184 TTCAAACCCATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAATT-TTCTTCATGCAAGCTTGTTT
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCAT-AAACAATT-GTTACTGTTCATATAAGCTTATTC
* * * * ** *
181248 AGATTAAAATAATATTAATTTCTCAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAATAAAT
64 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAATAAAT
* * *
181313 ATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATAATAATTATCTAT
129 ATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTG-A-AA-TAT--T-A-T-T-TAT
*
181373 TTCAAATCGTTATGACCTTGTATTTTGTCATAAA-AATT-TTA-TG-TCAATTTATAAAAGCTTA
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCATAAACAATTGTTACTGTTC-A--TAT--AAGCTTA
* ** * *
181434 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAATAAGGGATTTAGAAAAA
61 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAAT
*** * * *
181499 AGAATATGTTTATTGAACAAGGTCCAATAGTTATGACTATGTGAAATATTATTTAT
125 A-AATATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAAATATTATTTAT
* * * * **
181555 TTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTTT
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCATAAA-CAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTCA
* * **
181620 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAA-ATTTTAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTT-AAAATAAAT
* * * ** * * ** * *
181684 CTTTTTTCTGAACACGTTCAAATAG-CTATGTCTATTTGAACA-ATTATCTACT
129 ATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTC-ATAACTATGTGAA-ATATTATTTA-T
* * * * * * * *
181736 TT-AAATAGTT-T----TT-TGTTTTGTCATAAACTAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCATAAAC-AATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTCA
* * * * * *
181794 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
181859 CTATTTACCGAGCAAGGTTAAATAGTTATGATTGTTTG-AATAATTATTTAT
129 ATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAAAT-ATTATTTAT
** *** * * * * * * *
181910 TTCAAATAATTATGTTCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTCA
* * * * ** ** *
181975 AAATAAAATTATACTAATTAATTAATA-TTCTACAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAATAAA
*** * * * ** * * *
182039 TCCATCTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAT-TTATCTAT
128 TATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAA-ATATTATTTAT
* * * * * * * * ** * * *
182091 TTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATGTTTCCATACATA-CAGAATTATTCA
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCATAAACAATTGTTACTGTTCATATAAG-CTTATTCA
* * * * ** * *
182155 AAATAAGATAATACTGATTTATTATTATTTTGAAAATTAATAGGAT-----ATTTAAAAACTAAA
65 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AATAAAAGATTTTAAAA-TAAA
* * * * * * * * * *
182215 TCTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTAT
128 TATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAA-ATATTATTTAT
* * * * * * *
182267 CTCAAATCATTATGATCTT-TATTTTGTCA-AGAACAATTGTTTCT-TTCCATACAAGCATATTC
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCATA-AACAATTGTTACTGTT-CATATAAGCTTATTC
* * * * * * * *
182329 AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAATAAAT
64 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAATAAAT
* * * * * *
182394 ATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTAT-T-AGAATAATTATATAT
129 ATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATA-ACTATGTGA-AAT-ATTATTTAT
* * * * * * * *
182445 TTCAAATTGTTCTGACCTT-TCCA-TTAGTCATAAACAATTATTTCAGTTCATACCAA-CTTATT
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGT--ATTTTGTCATAAACAATTGTTACTGTTCATA-TAAGCTTATT
*** * * *
182507 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ACTTT-AAAAATTAATAAACAAAATATTTTAAAAAAT
63 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTT--AAAAT
* * * ** * * * *
182570 AAATTTATTTGCTGAATAAGTTCAAATAGAT-ATGACTATTTGAACA-ATTATTTAT
125 AAATATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAG-TCATAACTATGTGAA-ATATTATTTAT
* * * * * * * * * ** **
182625 TTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTCA
* * * * * * *
182690 AAATAAAA-AATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAAA
65 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAA-T-AAA
* * * * * * ** **
182754 TTAT-TTT-CTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTAT-TTAAACAAAAATCAAT
128 -TATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAAA-TATTATTTAT
* * * * * * * * * * * *
182805 CTGAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATT-T
1 TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTCA
* * * * ** *
182868 AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAA
65 AAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAATAAA
* * ** ** * * * *
182933 TGTGTTTGCTGAATTAGTTCAAATAGTTA-AGACTAT-TGGAATAATTATATAT
128 TATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATA-ACTATGTGAAAT-ATTATTTAT
* * * * * * * ** *
182985 GTT-AAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCT
1 -TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCATAAACAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTCA
* ** * ** * *
183049 AAA-AAATTAATGCTAATTTATT-ATCTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGTAA
65 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAA-TAA
* * * * * * * * * *
183112 ATATATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAGCA-ATTATCTAC
127 ATATGTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAA--ATATTATTTAT
* * * * * * * *
183165 ATAAAATTGTTATGAA--TT-T-TTGTTGTCATAAACAATTGTTTCAG-TCAATAAAAACTTATC
1 TTCAAATCGTTAT-AACCTTGTATT-TTGTCATAAACAATTGTTACTGTTC-ATATAAGCTTATT
* * * *
183225 CAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAGATTAATAA
63 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
183270 GCAAGGGATT
Statistics
Matches: 2315, Mismatches: 514, Indels: 314
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 85 0.04
175 122 0.05
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Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATCGTTATAACCTTGTATTTTGTCATAAACAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAATAAATAT
GTTTACCAAACAAGGTCAAATAGTCATAACTATGTGAAATATTATTTAT
Found at i:183209 original size:718 final size:711
Alignment explanation
Indices: 180104--184819 Score: 2662
Period size: 718 Copynumber: 6.6 Consensus size: 711
180094 ACTGAACTAG
* * * * *
180104 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTG-TTATGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGTTTATT
1 TTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTA-GTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
180167 -TAGAATAAAATAATACTAATGTAATGATATTATC-AAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAT
63 CT--AATAAAATAAT-CTAAT-TTATTATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * * *
180230 AAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAA-ATGTTAACG-CTATATGAATAGTTCTTTATTTCAAATC
123 AAATAT-TTTGCCGAACAAGTTCAAATA-GTT-ATGACTATTTAAACAATTATCTACTTCAAATT
** * * * *
180293 GTTATGAACTTTTTTTTTGTTGTAAAATAATT-TATTC-AGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATA
185 GTTAT-AA---TTTTTTTGTCAT-AAACAATTAT-TTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCGAAATA
* * * * * * *
180355 AAATAA-AATAAAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAATTCTAT
242 AAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
** ** * *
180419 TTGTTGAACCAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
305 TTACTGAATAAGTTCAAATAGA-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACC
* * * ** * * * *
180483 TTCTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAAAATAAAATAATATTAA
369 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * *
180548 TTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTAT-TTACTAAACTAG
433 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTATCTTTCTAAACAAG
* * * * * ** * * *
180608 TTTAATTAGTTACAACTATTTTAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
497 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAAAAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * *
180673 TAAAACAATTGTTTGTGTTCATA-TAGTTTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-T
562 TAAAA-AATTGTTTCTGATCATACAAGACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
180736 TCTAAAAATTAATAAGTAATGAATTTAAAAAATTGAATCTATTGGCCTG-ACGAGTGT-AAATAG
625 TC-AAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTG-CTGAACAAGT-TCAAATAG
* *
180799 TTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
686 TTATGACTATTGGAACAATTATCTAT
* * * * *
180825 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA-TCACAAAACAATTGCTTCTGTTCGTACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTAGTCA-TAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * ** *
180889 GAAATAACATAATTTTAATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA
64 -TAATAAAATAA-TCTAATTTATTA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
180954 TCTCTT-ACTAAGCAAGTTCAAATAATTTTGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATT-TCTA
126 TATTTTGCCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTACTTCAAATTGT-TA
* * ** * *
181017 TAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAAAAAAATCAT
189 TAA---TTT-TTTTGTCAT-AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
181082 ACAAATTTATTAATATTCGACAATTAAGAAGTAAAATATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAAT
249 ACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAT
* * * ** *
181146 AAGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACCCA-TATGACATTTTGTTTT
314 AAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * * *
181210 ATCATAAAACAATTAATTTTC-TTCATGCAAGCTTGTTTAGATTAAAATAATATTAATTTCTCAA
378 GTCATAAAACAATT--GTTTCATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
181274 TATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTT-TAAAATAAA-TATGTTTACCAAACAAGTTTAAATA
441 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTATCTTT-CTAAACAAGTTCAAATA
* * *
181337 GTCATAACTATTTGAATAATTATAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTGTATTTTGTC
505 GTCATAACTA-TT---TAA--ACAA-AA--ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
181402 AT-AAAAATT-TTATGTCAATTTATAAAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
561 ATAAAAAATTGTT-TCT-GA-TCATACAAGACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * *
181464 ATTTCAAAAATTAATGAA-TAAGGGATTTAGAAAAA-AGAATATGTTTATTGAACAAGGTCCAAT
622 ATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGGGATTTA-AAAAATA-AATCTGTTTGCTGAACAAGTTCAAAT
*
181527 AGTTATGACTA-TGTGAA-ATATTATTTAT
684 AGTTATGACTATTG-GAACA-ATTATCTAT
** * * * * *
181555 TTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTTT
1 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCT
* * * *
181620 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT
65 -AATAAAATAATCT-AATTTATT-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
181684 CTTTTTTCTGAACACGTTCAAATAGCTATGTCTATTTGAACAATTATCTACTTTAAATAGTT-T-
127 -ATTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATA
*
181747 -TTTGTTTTGTCATAAACTAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
191 ATTT-TTTTGTCATAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** * **
181811 TTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGG
254 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAA-G
* * * * * * ** *
181876 TT-AAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGTTCTTTTCTTTTGTCA
317 TTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
181940 TAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATTATACTAATTAATTAATATTC
382 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * ** * *
182005 TACAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCCATCTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCAT
446 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATCTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTCAT
** * * *** * * *
182069 GTCCATTTGAACATTTATCTATTTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATGTTT
510 AACTATTTAAACAAAAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTT
* * * * * **
182134 C-CATACATAC-AGAATTATTCAAAATAAGATAATACTGATTTATTATTATTTTGAAAATTAAT-
575 CTGAT-CATACAAGACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * * * *
182196 AG---GATATTTAAAAACTAAATCTGTTT-ATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
638 AGTAAGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTGGAAC
182257 AATTATCTAT
702 AATTATCTAT
* * * *
182267 CTCAAATCATTATGATCTTTAT-TTT-GTCA-AGAACAATTGTTTCT-TTCCATACAAGCATATT
1 TTCAAATCATTATAACCTTT-TGTTTAGTCATA-AACAATTGTTTCTGTT-CATACAAGCTTATT
* *
182328 C-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATA
63 CTA-A-TAAAATAAT-CTAATTT-ATTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
** * * * * *
182391 AATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATATATTTCAAATTGT
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* * * * * *
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* * * * *
182518 AATACTAATTTATTAA-ACTTTAAAAATTAATAAACAAAATATTTTAAAAAATAAATTTATTTGC
246 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC
*
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** *
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* *
182968 TTGGAATAATTATATAT
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* * ** *
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* *
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65 AATAAAA-TAAT-CTAATTTATTATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAA
* * * *
183113 TATATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAGCAATTATCTACATAAAATTGTTAT
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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252 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAA
* * * * * * * *
183307 GTTTAAATA-ATTATGGCCATTTGAACAAATATCTAATTT-AAATCATTTTTACCTTTCGTTTTG
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * * * * **
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569 T-TGTTTCTGA-TCATACAAGACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
** * ** * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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1 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCT
* * *
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65 -AATAAAAT-AATCTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
183827 CTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTA-AACTATTTGAAA-AATTATATATTTCAAATCATTAT
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* * * * * *
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190 AA--TTTTTT-TGTCAT-AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATA
* * * ** * * * * * * * *
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250 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTT--AAA-AAATAAATCTATTTACT
* ** * * * ** * *
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** * * * * * * **
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375 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAC-AAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
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* * * * ** * *
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500 AAATAGTCATAACTATTTAAACAAAAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATA
* * * * * ** *
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** * * ** *
184313 TTGAAAA-TAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTC-AATAGTTAT
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* * *
184372 AACTATTTGAACAATTATTTAT
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* ** * *
184394 TTCAAATCATTATAACCATTT-TTT-GTCATAAAAACAATCATTTCTGTTCAGA-TAGTCTTATT
1 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCAT--AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATT
** * * ** * **
184456 GAAATAAAGTAATGTAA-TTATTAATATTTTTAAAATTAA-AAGTAATG-GATTTAGAAAATGTA
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** ** * * * * * * **
184518 T-TTGTTAGCCTCATTAGTTCAAATAGTTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTA
126 TATT-TT-GCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTACTTCAAATTGTTA
* * * * * * *
184582 TTACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTCGAAATAACATAAT
189 -TA--ATTT-TTTTGTCA-TAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
184647 TCTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATGAATCTGTTTACCGAA
249 ACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * ** * *
184712 CAAGATT-AAATAGTTATTACTACTTGAACAATTATCAAGTTTAAATTGC--TATAACCTTTTGT
313 TAAG-TTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTAAAAT-CATTATGACCTTTTGT
* * * *
184774 TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
375 TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGTTTATTTAAAAT
184820 CTATTTACCA
Statistics
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TGTTTCATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
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CAAAAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTGATCATACA
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AAGCAAGAGATTTA-AAAAATA
* ** * * * * * * * **
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* * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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65 TATATTTGCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TAACAATTATCTA-CTAAAATCATTAT
* *** * * * *
182458 GACCTTTCCATTAGTCATAAACAATTATTTCAGTTCATACCAACTTATTT
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** * * *
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* * * *
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182932 ATGTGTTTGCTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGGAATAATTATATATGTTAAATCATTC
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* * * *
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* **
183111 AATATATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAGCAATTATCTACATAAAATTGTT
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* *
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* * * * * * **
183532 T-AACCTTTTGTTCTATCTTAAAATAATAT-TTTCTA-TTCAAATAAGTTTATTC
127 TGAA-TTTTTGTT-TGTCAT-AAACAAT-TGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTC
* * * * * * ** *
183584 GAAATAAAATTATACCAAATTAATAATATTTTGAAAATTCTTAA-CTAAGACATTTAAAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * * * * *
183648 AT-TCATTTG-TCGAACCAGTTCTAATAGTTAAGACTATATGAAGAATTATCTAGTTCAAATCTT
64 ATAT-ATTTGCT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAACAATTATCTA-CTAAAATCAT
** * * * * **
183711 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCAGCTCATCCAAGTTTATTC
125 TATGAATTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTC
* * * *
183765 TAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
183826 TCTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAATTA-AACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATCATTA
65 TATATTTGCTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTA-CTAAAATCATTA
* * * ** * *
183889 T-AACTTTTT-TTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTGG
127 TGAA-TTTTTGTT-TGTCAT-AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATT-C
* * * * * * * * *
183941 GAAA-AAAATAGTACTAATCTAATAAGATTTTTACAACTAATTA-CTAAGAGATTT-AAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
184003 ATAAATTTGTTTGCCAA-ACCACTTAAAATAGTTAAGGCAATTTTA-AATTGT-TA-T--GA-C-
64 ATATATTTG-CTG--AATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAACAATTATCTACTAAAATCA
** * * * * *
184060 TT-TTTA-TTTTG-TTGT-A-AAACAAAT-TTTCAGCTCTTACTAACTTATTT
124 TTATGAATTTTTGTTTGTCATAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTC
* * ** *
184107 AGAATAAAATAAAAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
184168 TCTACTTGTTGAA-ATAGTTCAAATAATTATGAC-ATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTA
65 TATATTTGCTGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTA-CTAAAATCATTA
* * * * * * ** * *
184231 TTACCTTTTGGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTTCATATAAGTTTGTTTG
127 TGA-ATTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAACTT-ATTC
** * *
184285 GGAATAAAATAA-ATTAA-TTATTAATATTTTGAAAA-TAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * *
184343 TCTATTTACCAAACT-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
65 TATATTTGCTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTA-CTAAAATCATTA
** ** * * * **
184406 T-AACCATTT-TTTGTCATAAAAACAATCATTTCTGTTCAGATAGTCTTATT-
127 TGAA-TTTTTGTTTGTCAT--AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTC
* * * * * * **
184456 GAAATAAAGTAAT-GTAA-TTATTAATATTTTTAAAATTAA-AAGTAATG-GATTTAGAAAATGT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCAA-GAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
184517 ATTTGTTAGCCT-CATTAGTTCAAATAGTTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATT
64 ATATATTTG-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTA-CTAAAATCATT
* * * ** * *
184581 ATTACCTTTTAT-TTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTC
126 ATGA-ATTTT-TGTTTGTCA-TAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTC
* * * * * * * *
184634 GAAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATGAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
184699 TCTGTTTACCGAACAAGATT-AAATAGTTATTACTACTTGAACAATTATC
65 TATATTTGCTGAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTA-TTTAACAATTATC
184748 AAGTTTAAAT
Statistics
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0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
ATATTTGCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAACAATTATCTACTAAAATCATTATGAA
TTTTTGTTTGTCATAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTC
Found at i:184382 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 184109--184785 Score: 512
Period size: 175 Copynumber: 3.8 Consensus size: 176
184099 ACTTATTTAG
*** * *
184109 AATAAAATAAAAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTACT
1 AATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-T
** * * *
184174 TGT-TGAAA-TAGTTCAAATAATTATGAC-ATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATTACC
65 T-TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACC
* *
184236 TTTTGGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGTTTCATATAAGTTTGTTTGGG
129 TTTT-GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGTTTCATATAAGTTT-ATT-GA
*
184287 AATAAAATAAAT-TAA-TTATTAATATTTTGAAAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
1 AATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* ** *
184349 TACCAAACTAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACC-A
66 TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTT
* *
184412 TT-TTTTGTCATAAAAACAATCAT-TTCTG-TTCAGAT-AGTCTTATTGA
131 TTGTTTTGTCAT-AAAACAA--ATGTTTTGTTTCATATAAGT-TTATTGA
* * * * **
184458 AATAAAGT-AATGTAA-TTATTAATATTTTTAAAATTAA-AAGTAATGGATTTAGAAAATGTAT-
1 AATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATC
** * * * ** *
184519 T-TGTTAGCCTCATTAGTTCAAATAGTTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTAT
62 TAT-TTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
184583 TACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTCGA
125 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGT-TTCATATAAGTTTATT-GA
* * * ** * *
184636 AATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATGAATC
1 AATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ***
184701 TGTTTACCGAACAAGATT-AAATAGTTATTACTACTTGAACAATTATCAAGTTT-AAATTGCTAT
62 TATTTACCAAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAA-TTTCAAATCATTAT
184764 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
125 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
184786 TAATTTTTTC
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 64, Indels: 65
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGTTTCATATAAGTTTATTGA
Found at i:185158 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 184823--185158 Score: 408
Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
184813 TTCAAATCTA
* * * * *
184823 TTTACCAAATAACTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
1 TTTACCAAATAACTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * ** * * *
184888 TTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATAAT
66 TTTGGTTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAAC
* * *
184953 TTATTCATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
131 TTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* *
185003 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCATTA-GAAC
1 TTTACCAAATAACTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-AC
** * * *
185066 CTTTGGTTTCATCA-AAAACAATTGTATAAGTTCATGTAGGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
65 CTTTGGTTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TA
185130 ACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGT
129 ACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGT
185159 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 25, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
TTTACCAAATAACTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTGGTTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAAC
TTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
Found at i:185556 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 185343--185561 Score: 341
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
185333 TTTTCAACAC
**
185343 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGGTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCACTATAACCTTTTGGTTTGTC
185408 ATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAA
66 ATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAA
* * * * * * *
185463 GTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCACTATAACCTTTTGGTTTGTC
185528 ATAAAATAATTATTTT-TATTCATACAAGCTTATT
66 ATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
185562 CAGATTAAAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 9, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
120 85 0.96
121 4 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.09, T:0.46
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GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCACTATAACCTTTTGGTTTGTC
ATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAA
Found at i:186077 original size:627 final size:628
Alignment explanation
Indices: 184579--186700 Score: 3491
Period size: 628 Copynumber: 3.4 Consensus size: 628
184569 TTTAAAATCA
* * * * * * * * ** *
184579 TTATTACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTCGAAATAACAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCCTAATAAAAT
* * * ** * * * * *
184644 AAT-TCTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATGAATCTGTTTAC
66 AATAT-AAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAA-AGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTC
* * * * * *
184708 CGAACAAGATT-AAATAGTTATTACTACTTGAACAATTATCAAGTTTAAATTGCTATAACCTTTT
129 TGAACACG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTT
* * *
184772 GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTATTTACCAAATAACT
193 GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAAGT
184837 TCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
258 TCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
*
184902 GAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATAATTTATTCATATTTTG
323 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATAATTTATTCATATTTTG
*
184967 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTAATAAC
388 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAAC
*
185032 TATTTGAATAATTATCTATTCAAATCATTAGAACCTTTGGTTTCATCA-AAAACAATTGTATAAG
453 TATTTGAATAATTATCTATTCAAATCATTAGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATAAG
*
185096 TTCATGTAGGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTGA
518 TTCATGTAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTGA
185161 TTTAAAAAATGATTTTTTTTACCAAACAGTTATCTATTTCAAATTG
583 TTTAAAAAATGATTTTTTTTACCAAACAGTTATCTATTTCAAATTG
185207 TTATGACCTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCCTAATAAAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCCTAATAAAA
* *
185272 TAATATAAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTTTT
65 TAATATAAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTCT
* *
185337 CAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGG
130 GAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGT
185402 TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAAGTTC
195 TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAAGTTC
185467 AAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
260 AAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
185532 AATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATAATTTATTCATATTTTGAC
325 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATAATTTATTCATATTTTGAC
* *
185597 AATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGTTTAAATAGTAATAACTA
390 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
185661 TTTGAATAATTATCTATTCAAATCATTAGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTT
455 TTTGAATAATTATCTATTCAAATCATTAGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTT
185726 CATGTAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTGATT
520 CATGTAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTGATT
185791 TAAAAAATGATTTTTTTTACCAAACAGTTATCTATTTCAAATTG
585 TAAAAAATGATTTTTTTTACCAAACAGTTATCTATTTCAAATTG
* * *
185835 TTATGACCTTTGGTTGTGACATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTCCTAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCCTAATAAAAT
185900 AATATAAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTCTG
66 AATATAAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTCTG
* * * *
185965 AACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCCAGTTCAAATTGCTATAACTTTTTCTT
131 AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTT
* * *
186030 TTGTCCTAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCA
196 TTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCA
* *
186095 AATATTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAA
261 AATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
*
186160 ACAATTGTTTTTGTTCATCCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATAATTTATTCATATTTTGACA
326 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATAATTTATTCATATTTTGACA
*
186225 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAAATAT
391 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTAT
*
186290 TTGAATAATTATCTATTCAAATCATTAGAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTATAAGTTC
456 TTGAATAATTATCTATTCAAATCATTAGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTTC
186355 ATGTAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTGATTT
521 ATGTAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTGATTT
* * *
186420 AAAAAATGATTTTTTTTACTAAATAGTTATCTATTTTAAATTG
586 AAAAAATGATTTTTTTTACCAAACAGTTATCTATTTCAAATTG
* *
186463 TTATGAGCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCCTAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCCTAATAAAAT
*
186528 AATATAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTCTG
66 AATATAAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTCTG
* *** *
186593 AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
131 AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTT
* * * *
186658 TTATCATAAACTAATTGTTTCTATT-ATAAAAAGCTTA-TTCAAA
196 TTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTCAAA
186701 ATACAATAAT
Statistics
Matches: 1396, Mismatches: 92, Indels: 13
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
627 476 0.34
628 842 0.60
629 77 0.06
630 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (628 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCCTAATAAAAT
AATATAAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTCTG
AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTT
TTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCA
AATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATAATTTATTCATATTTTGACA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTAT
TTGAATAATTATCTATTCAAATCATTAGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTTC
ATGTAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGTGATTT
AAAAAATGATTTTTTTTACCAAACAGTTATCTATTTCAAATTG
Found at i:186120 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 185970--186188 Score: 285
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
185960 TTCTGAACAC
**
185970 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCCAGTTCAAATTGCTATAACTTTTTCTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCCAGTTCAAATCACTATAACTTTTTCTTTTGTC
* *
186035 CTAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTATCGAATAA
66 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTATCGAATAA
* * * ** * * * *
186090 GTTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCCAGTTCAAATCACTATAACTTTTTCTTTTGTC
* * * *
186155 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATCCAAGCTTATT
66 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
186189 CGGATTAAAA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 17, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 82 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (120 bp):
GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCCAGTTCAAATCACTATAACTTTTTCTTTTGTC
ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTATCGAATAA
Found at i:186855 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 186446--187099 Score: 685
Period size: 179 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
186436 TACTAAATAG
* * * * * *
186446 TTATCTATTTTAAATTGTTATGAGCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG
* ** * * *
186511 CATATTCCTAATAAAATAAT-ATAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAAGATTTAA
66 CTTATTCAAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * *
186574 AAAATAAATCTTTTTTCTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
130 AAAATAAATCTGTTTAC-CAAGCA-ATTCAAATA--TATGACTATTTGAACAA
* * * * *
186626 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTGTTTCTATT-ATAAAA
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCAT-AAA
*
186689 AGCTTATTCAAAATACAATAATAATAATTTATTAA-ATTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* *
186753 AAAAAATAAATATGTTTACCAAGCGAATTCAAATATATGACTATTTAAACAA
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAGC-AATTCAAATATATGACTATTTGAACAA
* * * *
186805 TTGTTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG
* * * ***
186870 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAA
66 CTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* ** * * * *
186935 AAGTAAATCTGTTTACTGAGTAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTA
131 AAATAAATCTGTTTACCAAGCAA-TTCAAAT-AT-ATGACTATTTGAACAA
* * * *
186986 TTATTCATTTCAAATCGTTATG-TCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCACACAA
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AA
* * * *
187050 A-ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
187100 TAGAGATTTA
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 58, Indels: 29
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 150 0.37
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182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG
CTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTACCAAGCAATTCAAATATATGACTATTTGAACAA
Found at i:187079 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 186452--187099 Score: 683
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
186442 ATAGTTATCT
* * * * *
186452 ATTTTAAATTGTTATGAGCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TAT
1 ATTTCAAATCGTTATG-TCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-AATTAT
** * * *
186516 TCCTAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG-CAAAGATTTAAAAAA
64 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
186578 TAAATCTTTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TC
128 TAAATCTGTTTACTGAGCAAGTTCAAATA-ATATGACTATTTGAACAATTATTC
* * * *
186631 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTGTTTCTATT-ATA-AAAAGCT
1 -ATTTCAAATCGTTATG-TCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAAA--T
* *
186693 TATTCAAAATACAATAATAATAATTTATTAA-ATTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
61 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* ** * * *
186757 AATAAATATGTTTACCAAGCGAA-TTCAAAT-ATATGACTATTTAAACAATTGTTT
126 AATAAATCTGTTTACTGAGC-AAGTTCAAATAATATGACTATTTGAACAATTATTC
* * **
186811 ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATG-TCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATT
* *** *
186876 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAGTA
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * *
186940 AATCTGTTTACTGAGTAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATTC
130 AATCTGTTTACTGAGCAAGTTCAAATAAT-ATGACTATTTGAACAATTATTC
* * *
186992 ATTTCAAATCGTTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCACACAAAATTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGTC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATT
* *
187057 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAAT
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAATTAAT
187100 TAGAGATTTA
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 60, Indels: 33
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 4 0.01
179 142 0.36
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181 147 0.38
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTTCAAATCGTTATGTCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCTGTTTACTGAGCAAGTTCAAATAATATGACTATTTGAACAATTATTC
Found at i:187451 original size:248 final size:248
Alignment explanation
Indices: 186992--187473 Score: 550
Period size: 248 Copynumber: 1.9 Consensus size: 248
186982 ACTATTATTC
* *
186992 ATTTCAAATCGTTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCACACAAAATTATT
1 ATTTCAAATCATTATGTCATTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCACACAAAATTATT
* *
187057 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATTAGAGATTTAAAAACAAAATTT
66 GAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACAAAATTT
* * * * *
187122 GTTTATAGGATCGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATATCAATTGATATGATC
131 GTTTACAGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATATCAATTGATATAACC
* * *
187187 ATTGTTTTCGCATAAAATAAGTGTTTTTGTTCATACAAAGTTAACAACTATCT
196 ATTGTTATCGCATAAAACAAGTGTTTCTGTTCATACAAAGTTAACAACTATCT
* * **
187240 ATTTCAAATCATTATTTCCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTG-TT-T-TTCGACGGACAAGCTT
1 ATTTCAAATCATTATGTCATTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC-AC--ACAAAATT
* * **
187302 ACTTGA-AATAAAATAATGCTAATTT-TTAATATTTTAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAA
63 A-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACAAA
* * * * * * *
187365 ATTTGTTTACCA-AA-CTAGTT-ACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTGTTTTGAATTGT
127 ATTTGTTTA-CAGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-ATATCAATTGA
* * *
187427 TATAACCTTTTGTTAT-GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATCCAAA
189 TATAACC-ATTGTTATCG-CATAAAACAAGTGTTTCTGTTCATACAAA
187474 CTTATTCAGA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 30, Indels: 18
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
245 3 0.02
246 31 0.16
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249 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (248 bp):
ATTTCAAATCATTATGTCATTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCACACAAAATTATT
GAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACAAAATTT
GTTTACAGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATATCAATTGATATAACC
ATTGTTATCGCATAAAACAAGTGTTTCTGTTCATACAAAGTTAACAACTATCT
Found at i:187861 original size:180 final size:181
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Indices: 187229--189752 Score: 1453
Period size: 180 Copynumber: 14.1 Consensus size: 181
187219 ATACAAAGTT
* * ** * * *** **
187229 AACAACTATCTATTTCAAATCATTATTTCCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCGACGG
1 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCAT
* * * * *
187294 ACAAGCTTACTT-GAAATAAAATAATGCTAATTT-TTAATATTTTAAGAA-T--TAA-TAAGAGA
66 ACAAGTTTA-TTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
187353 TTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAAACTAGTT-ACATAGTTATGACTATTTG
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * ** * * * *
187404 AACAATTATTTGTTTTGAAT-TGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCA
* ** * * * ** *
187468 TCCAAACTTATTC-AGAATAAAATTATATTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAG
65 TACAAGTTTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * * * * *
187532 ATTTACAATACAAATCTGTTTGCCAAAGCAATTCGAACAATTA-AGACTATATA
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTG
* * * * * * ****
187585 AACAATTATTTATTTTAAAT-TGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTAAGCTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCA
* * * * * * *
187649 TACAAGCTTATTCGAAATAGAACAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAATTAAGAGA
65 TACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * **
187714 TTTAGAAAAT-AATTTATTTACCAAACCAATTTAAATAACTATAACTATTTG
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * *
187765 AACAATTATCTATTCCAAATCTTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTAAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCAT
* * *
187830 ATAAGTTTGTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGA
66 ACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
187894 TTTAAAAAGTAAATTTGGTTACTAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * * ** * * *
187946 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTATCATCAAACAAAAGGTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCAT
* * * * ** **
188011 ACTATTTTATT-TGAAATAAAATAA-ATCTAATTCAATAATA-TTCTAAATCTTAATAACCAAGA
66 ACAAGTTTATTCT-AAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * **** * * * * * * *
188073 AAATTAAAAAATAAATCCAATTGCCTAACCAGTTCAAATGGCTA-AGACTATATA
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTG
* * * * * *
188127 AACGATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGT-AAAGAATTGTTTTGTTT-G
1 AACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCA
* * * * * * * *
188189 TATAAGTTTTTTATGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATA
65 TACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * * *
188254 GTTGAAAAAGAAATTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATGGCTA-AGATTATTAG
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTG
* * * * * * * * **
188306 AACAATTATCTATTTTAAATCATTCTGACTTTTTATTTAGTTATAAAGCAATTGTTTCAGTTT-A
1 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTTCA
* * *
188370 TACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTATT-A-A---C----A--AATAAGAAAGAG
65 TACAAGTTTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * *
188423 ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGTCAAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTG
129 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * *** *
188477 AGCAATTGTCTATTTAAAAT-TGTTATAACC-TTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCA
* * ** * * ** *
188540 TACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATGTTTCCTAAATTAATAA-TTAGAA
65 TACAAGTTTA-TTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-A
* * * * * * * * * *
188603 AATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATAGCCATTTA
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
** * * * *
188657 AAGGATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG--TTGTCATAAAAGAATTATTTTTTTATCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTT-TCA
** * * *
188720 TACAAGCTTT-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTGTTATTATTTCAAAAATT-AT---TAAGTG
65 TACAAG-TTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
188780 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTTC-AATAGTTATGATTATTTA
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * **
188833 AATAATTATCAATCTT-AAAT-TGTTAAGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGATC
1 AACAATTATCTAT-TTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTC
* * *
188895 ATAGAAGCTTATTCGGT-TA-AAAATAATACTAATTT-TATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
64 ATACAAGTTTATTC--TAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * * *
188957 GAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTGTCAAACTAGTTCAAAAAGTTAAAACTATTAG
126 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * ** *
189012 AATAATTATCTATTTCCAATCATTT-TGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-TATCTGTTTCATATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTTTTC
* * * * * *
189075 TTACAAGTTTATT-TGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAA
64 ATACAAGTTTATTCT-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** *** * *
189138 AAATTTGAAAAATTAAA-TCATTTATTGAA-CAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTG
127 AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * ***
189193 AATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACCTAAAACAATTGTTTCGGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCAT
* * * * * *
189258 --AAGATCTTATCCAAAATAAAATAATGCTAATTTCTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAG
66 ACAAG-T-TTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * **
189321 -TTAAAAAAATAAATTTGCTTACCAAACAAATTCAAATAATCATGGCTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * *
189373 AACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--TTTTC
* * * *
189438 A-A-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT----G
64 ATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * * * *
189497 ATTTAAAAAGTTAATCTATTTACCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTC
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * * * *
189550 AATAATTATCTATTTGAAAT-TGTTATTACCCTTTGTTTGGTCACATAATAGTTGTTTTTTTATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTT-TC
*
189614 ATACAAGTTTATT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
64 ATACAAGTTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *** * *
189678 GATTTAAAAAATATATTTGTTTATTGAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTG
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * *
189732 AATAATTGTATACTTCAAATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATC
189753 ATTTGGTGAA
Statistics
Matches: 1781, Mismatches: 469, Indels: 190
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 65 0.04
171 58 0.03
172 1 0.00
174 3 0.00
175 80 0.04
176 115 0.06
177 117 0.07
178 55 0.03
179 202 0.11
180 519 0.29
181 495 0.28
182 70 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCAT
ACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
Found at i:189564 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 189532--189564 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
189522 AATCAGTTCA
189532 AATAATTATGACTATTTC
1 AATAATTAT-ACTATTTC
189550 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
189565 GAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTC
Found at i:190886 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 190564--191568 Score: 914
Period size: 180 Copynumber: 5.6 Consensus size: 179
190554 ATTTACTGAG
* * * * * * * * *
190564 CAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAATAATCATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTATTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
190629 GTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTCATTTTGAATAAAATAATA-CAATTTTATTAA
66 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAA-TTTATTAA
* * * * *
190693 TATTAAGACAATTCATAGGTAAAATATTCAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
130 TATTATGACAATTAATAAGTAAAA-ATT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * * *
190745 CAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATAATTTATTTCAAA-CTATTATGACTTTTTGTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
190809 TATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAA
65 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * *
190874 TATTTTGACAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
130 TATTATGACAATTAATAAGTAAA-AATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * * *
190925 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * *** * *
190990 GTAATAAGACAATTGCTTC-AGTTCATATGTGCTTAGTT-GAAGTAAAATAATATTAATTTATTG
66 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * *
191053 ATATTATGAAAATTAATGAGTAAGGCAATTAAAAAA-AGAATTTGTTAACCAAA
129 ATATTATGACAATTAATAAGTAA--AAATTAAAAAATA-AATATGTTTACCAAA
* * * * *
191106 TAAGTTCAAATAGTT-TGGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAGCATTA-GACCTTTTGTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* ** * * * ** *
191169 TGTCATTAAACAATTCATTCTTTTCACACAAACTTATTTCAAATAAAATAAT-TTCAATGTATTA
65 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT-AATTTATTA
* * * *
191233 ATATTCTAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAA
129 ATATTATGACAATTAATAAGTAAAAA-TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * * *
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1 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** *
191349 TGTCATAAACCAATTGTTTCTATGCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * * * * * **
191414 AATTCA-AAAAATTAATAAATAAAAGATTTAGAAAACAAATCTGTTTACTATG
130 TATT-ATGACAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
** * * * * * *
191466 TGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTACTTCAAATCACTATTACCTTTTGTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* *
191531 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGGTTATTT
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Consensus pattern (179 bp):
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
ATTATGACAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
Found at i:190952 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 190523--191568 Score: 948
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190513 ATACTAATTT
* * * * * * * *
190523 ATTAATAA-TAAAGGGATTT-AAAAATGAATCTATTTACTGAGCAAGTTTAAATAATTATGACTG
1 ATTAATAAGTAAA--GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
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* * * *
190651 TCATACAAGCTCATTTTGAATAAAATAATA-CAATTTTATTAATATTAAGACA
129 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTATGACA
* * * ** *
190703 ATTCATAGGTAAA-ATATTCAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTA
1 ATTAATAAGTAAAGAT-TT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
190767 TTTGAACAATAATTTATTTCAAA-CTATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
190831 TTTATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACA
128 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATGACA
* *
190884 ATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
1 ATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
190949 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAGACAATTGCTTC-AGTT
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
*** * * *
191013 CATATGTGCTTAGTT-GAAGTAAAATAATATTAATTTATTGATATTATGAAA
130 CATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTATGACA
* * * * * * * *
191064 ATTAATGAGTAAGGCAATTAAAAAA-AGAATTTGTTAACCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGGATT
1 ATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAATA-AATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACT
* * * * ** *
191127 ATCTAAACAATTATCTATTTCAAAGCATTA-GACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTCATTCTT
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* * ** * * *
191191 TTCACACAAACTTATTTCAAATAAAATAAT-TTCAATGTATTAATATTCTAACA
128 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTATGACA
* * *
191244 ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTAATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
191308 TCGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTATTGTCATAAACCAATTGTTTCTATG
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** * * * *
191373 CATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA-AAAA
130 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-ATGACA
* * * * **** *
191424 ATTAATAAATAAAAGATTTAGAAAACAAATCTGTTTACTATGTGAGTTTAAATAGTTATGACTAT
1 ATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
191489 TTAAACAATTATTTACTTCAAATCACTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
*
191554 CATACAAGGTTATTT
130 CATACAAGCTTATTT
191569 CAAATCCATT
Statistics
Matches: 691, Mismatches: 151, Indels: 47
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 66 0.10
180 302 0.44
181 317 0.46
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATGACA
Found at i:191594 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 191564--191628 Score: 85
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
191554 CATACAAGGT
* * *
191564 TATTTCAAATCCATTCGAATTGTTATC
1 TATTTCAAATCCATTCAAACTATTATC
* *
191591 TATTTTAAATCCATTTAAACTATTATC
1 TATTTCAAATCCATTCAAACTATTATC
191618 TATTTCAAATC
1 TATTTCAAATC
191629 GTTATTACAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (27 bp):
TATTTCAAATCCATTCAAACTATTATC
Found at i:191905 original size:26 final size:24
Alignment explanation
Indices: 191865--191927 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
191855 TTATTCAGAG
* *
191865 TAAAATATTGATAAACTAATAATATTT
1 TAAAA-ATTAATAAA-TAA-AAGATTT
*
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*
191916 TAAAAATAAATA
1 TAAAAATTAATA
191928 TGTTACCTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
TAAAAATTAATAAATAAAAGATTT
Done.