Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168226.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_46, whole genome shotgun sequence
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191717 CAAAATTAAT
* * * * *
191727 AAGAGATTT-AAAAACTAAATCTATTTAC-CACACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAAC-
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** * * * **
191788 ATGTATCTATCTT-AAATTGTTATGA-TTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATA
63 AT-TATCTAT-TTAAAATCATTATGACCTTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA
* * * ** *
191850 CAAGCTTATTC-AGAGTAAAATATTGA-TAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAAT
126 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAT-ATTAAACTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
* * *
191907 AAGAGATTT-TAAAAATAAA-TATGTTACCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
1 AAGAAATTTAAAAAAATAAACTAT-TTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
* * * * *
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*** * *
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129 GCTTATTCGAAATAAAATAATATTAAACTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
* * * *
192088 AAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAAT
1 AAGAAATTTAAAAAAATAAA-CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAT
* * * *
192153 TATCTATTTAAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-ATA
65 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA-A
* * * * ** *** * * * * * *
192216 TCTAATCCAAAATAAAATGCTATTATTTTATTAAAATTCCAAAAATTGA-GAAG
129 GCTTATTCGAAATAAAATAATATTAAACTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
** * *
192269 TTGAAGATTT-AAAAAATAAATCAATTTA-TCGAATCAA-TTC-AA-A--T---AC-ATTTGAAC
1 AAGAA-ATTTAAAAAAATAAA-CTATTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * * * * *
192323 AGTTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT--ATCATCAT
62 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT--TCAT
* * * * * ** **
192385 ATAAGCCTATTC-AGAATAAAGTAATACT-AATTTTTAACATTTC-AAAAATTAATAAGT
125 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAAACTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAAAC
* * * * * *
192442 AGGAGATTT-AAAAAATAAA-TATGCTTA-TCAA-ACCGTCCAAATAGTTATGACTATCT-GAAC
1 AAGAAATTTAAAAAAATAAACTAT--TTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAAC
* * * * * * * * * * *
192502 AATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTG-TTTTGTCATAAAACAACTATTT-ATGTTCACA
62 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATA
* * * ** * * * *
192565 CAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAGTCCAATAATATT-ATGATAATTAAT-AAC
126 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAAACTAATAACATTCA-AAAAATTAATAAAC
* * * *
192621 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATTCATTTGTCT-AACCAA-TTCAAATAGTGAAGACTA-TATGAA
1 -AAGAAATTTAAAAAAATAAACT-ATTT-ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAA
* * ** * * ** ** * * *** *
192682 TAATTAT-TAATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG-TTTTCTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCAC
61 CAATTATCT-ATTTAAAATCATTATGACCTTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAT
* * * ** * * ***
192745 ATAAGTTTGATTAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT----
125 ACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATATTAAACTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
* ** * *
192799 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAATTA-TTATA-ACAATCT-GAAC
1 AAGAAATTTAAAAAAATAAA-CTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-AGACTAT-TAGAAC
* * * * * * *
192859 AATTATTTATTTCAAATCTTTATGACCATT-TG-TTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTGATA
62 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA
* * * ** ** * * * **
192922 C-AGTGTTACTC-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
126 CAAG-CTTATTCGA-AATAAAATAATATTAAACTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
* * * * *
192979 AACAGAA-TTAAAAAAATGAATCTATTGGT-TTGACCAA-TACAAATAGTTATA-AC-AGCTT-G
1 AAGA-AATTTAAAAAAAT-AAACTATT--TACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTA--TTAG
* * * * * * *
193038 AATAATTATATATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTA-TCACAAAATAATTGTTTCTATTCA
59 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCA
* * * ** * * **
193101 TACAAGCTAATTCAAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
124 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TAAACTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAAAC
* * ** * * * *
193160 AACAAATTT-GAAACTTGAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
1 AAGAAATTTAAAAAAAT-AAACTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
* * *
193223 TTA-CT-TATT----TCA-TA--ACCATT-TG-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAC
64 TTATCTAT-TTAAAATCATTATGACC-TTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
* * * * * * * **
193277 AAGCTTATTTC-AATTAAAATAAT-TCAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGT
127 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAAA-CTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
* * * * * *
193333 AA-AATATTT-ACAAAATAAATCTACTTA-TCGTATAAGTTCAAATAGTTATGA-TGATTTGAAC
1 AAGAA-ATTTAAAAAAATAAA-CTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTAGAAC
* * * * * * * **** *
193394 AATTATTTATTTCAAACCATTATGACTTTTTG-TTCT-GTCATGAAACAATTGTTTTTGGTCATG
62 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTGATT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA
* * ** * * *** * **
193457 CAAGTTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
126 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAAACTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
* * * * * * *
193514 AAAAAATTTTAAAAATAA-AAA-TGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTGTTTGAAT
1 AAGAAA-TTTAAAAA-AATAAACTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAAC
* * * * *
193575 AATTATCTATTTCAATTCGTTATGACCTTTTG-TTTCA-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA
62 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTGATTT-AGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA
* * * * * * **
193638 TAAACTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGT
126 CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAAA-CTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
* * * * * *
193695 AA-AAATAT-AAAAACTAAA-TATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
1 AAGAAATTTAAAAAAATAAACTA--TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
* * * ** **
193757 TTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACA
64 TTATCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
* *
193820 AGCATATTCAAAATAAAATAATA
128 AGCTTATTCGAAATAAAATAATA
193843 CTAATTTATT
Statistics
Matches: 1517, Mismatches: 285, Indels: 268
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 2 0.00
171 6 0.00
172 53 0.03
173 194 0.13
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184 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
AAGAAATTTAAAAAAATAAACTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT
ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTGATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGC
TTATTCGAAATAAAATAATATTAAACTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAC
Found at i:193350 original size:891 final size:880
Alignment explanation
Indices: 191612--197262 Score: 2192
Period size: 891 Copynumber: 6.4 Consensus size: 880
191602 CATTTAAACT
* * * * *
191612 ATTATCTATTTCAAATCGTTATTACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTACTTTTATTCATACAA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGTTCATAC-A
* * * *
191677 AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAA--ATTAATAAGAGATTTAAAA
64 AGTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAATTAATAATAAGAGATTTAAAA
* * * * *
191740 ACTAAATCTATTTACCACACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CATGTATCTATCTT-AA
129 AATAAATC-ATTT-TCA-ACCAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAT-TATCTAT-TTCAA
* * *
191803 ATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTA
189 ATTGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT-AGAATA
* ** * *
191867 AAATATTGA-TAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAATAAA-TATG
253 AAATAAT-ATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-
* *
191930 TTACCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGAC
312 TTACC-GAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
191994 CTTCTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAGA-TGCTTATTC-GAAATAAAATAATAT
374 CTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGTG-TTATTCAG-AATAAAATAATAC
* * * * *
192057 TATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
436 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
* * * * * *
192122 AAGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTA
501 AAGTACAAATAGTTATAACTACTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * ** *
192187 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAATATCTAATCCAAAATAAAATGCTATTATTTTATTAAAA
566 TCACAAAACAATTGTTTCAATTCATAATAGCTAATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAA
* * * *
192252 TTCCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAATTCAAATACAT
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* * * *
192317 TTGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCAT
696 TTGAACAGTTAACAATTACAAAT-ATTATAAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCAT
* * * **
192382 CATATAAGCCTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAG
760 CATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
*
192447 ATTTAAAAAATAAATATGCTTATC-A-AACCGTCCAAATAGTTATGACT-ATCTGAACA
825 ATTTAAAAAATAAATATACTTATCGATAA--GTCCAAATAGTTATGA-TGATCTGAACA
* *
192503 ATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTATGTTCACACAA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAA
* ** * *
192568 GCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAGTCCAATAATATTATGATAATTAATAACTAAGAGATTTAA
65 G-TTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AATTAATAA-TAAGAGATTTAA
* *
192633 AAAATAAATTCATTTGTCTAACCAATTCAAATAGTGA-AGACTATATGAATAATTAT-TAATTTC
127 AAAATAAA-TCATTT-TC-AACCAATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCT-ATTTC
** * * * * *
192696 AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTCTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGATTAGAA
187 AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTT-ATTAGAA
*
192761 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
251 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTA
* * * * * *
192826 CCAAACCAATTCAATTA-TTATAACAATCTGAACAATTATTTATTTCAAATCTTTATGACCATTT
315 CCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT
* * * * *
192890 GTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTGATACAGTGTTACTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTA
378 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGTGTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* *
192955 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGAA-TTAAAAAAATGAATCTATTGGT-TTGACCAA-T
443 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACA-AATTTAAAAAAATAAATCTATT--TATTGAACAAGT
* *
193017 ACAAATAGTTATAAC-AGCTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTATCA
505 ACAAATAGTTATAACTA-CTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * *
193080 CAAAATAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTAATTCAAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATAT
569 CAAAACAATTGTTTCAATTCATA-ATAGCTAATCCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAAAAT
* * * ** * * *
193143 TTCAAAAATTAATAAG-TAACAAATTTGAAACTTGAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATA-G
632 TCCAAAAATTAAGAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAAACAA-TTCAAATACA
* ** * *
193205 TTATG-ACTATTTGAACAATTACTTAT-TTCATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT-
695 TT-TGAAC-AGTT-AACAATTACAAATATT-ATAAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * * * *
193266 TCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATTCAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAAT
756 TC-A-TCATACAAGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACAAATTT-TTAACATTTCA-AAAATTAAT
* * * * *
193329 AAGTAAAATATTTACAAAATAAATCTACTTATCGTATAAGTTCAAATAGTTATGATGATTTGAAC
816 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTATCG-ATAAGTCCAAATAGTTATGATGATCTGAAC
193394 A
880 A
* * * * * * * * *
193395 ATTATTTATTTCAAACCATTATGACTTTTTGTTCTGTCATGAAACAATTGTTTTTGGTCATGCAA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAA
* * * * *
193460 GTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTA
65 GTTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AATTAATAA-TAAGAGA-TTTA
* * * *
193525 AAAATAAAAAT-GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTC-
126 AAAA-ATAAATCATTT-TCAACCAA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * *
193588 AATTCGTTATGACCTTTTG-TTTCATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTTGA
188 AATT-GTTATGACTTTTTGTTTTC-TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA-TTAGA
* * ** * * * *
193652 ATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATATAAAAACTAAATATG
250 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAAT-TA
* * *
193717 TTTTCTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA
311 TTTACCGAACCA-GTTCAAATAGTTATAACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
** * ** *
193780 CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CATATTCAAAATAAAATAATAC
373 CC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC-AGTGTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * **
193844 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAAAATAAATGC-GTTTATCAA
436 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAAAT-CTATTTATTGA
* * * * *
193902 ATC-AGTTCAAATAG-T-T-A--A---G-AC---TAT-TA--GAACA-C-TCAT---C-----TA
499 A-CAAGTACAAATAGTTATAACTACTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
193941 TT-T--C---A-AATTG-TTCTATTCATACAT-GCTTATTCGAAAGAAAATAATAGTAATTTATT
563 TTATCACAAAACAATTGTTTCAATTCATA-ATAGCTAATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATT
* ** * ** * * * ** * *
193997 AACATTTAAAAAATTAATAAACATGAAATTTTAAAACATAAATCTGTTTA-CTGAAA-AGTTCCA
627 AAAATTCCAAAAATTAA-GAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATCAATTTATC-GAAACAATTCAA
* * * * * * *
194060 AT--AGTT---C---TAACTATT-----TA-TA-AAACTTTTTGTTTTATCACAAAACAACT-AT
690 ATACATTTGAACAGTTAACAATTACAAATATTATAAAC-ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * ** * * * *
194109 T-TCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGA
754 TATCA--TCATACAAGCCTATTCAG-AATAAAATAATACAAATTT-TTAACATTTCAAAAATTAA
** * * * ** * * *** * *
194172 TAAGT-TGAGATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATTGAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGG
815 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATACTTATCG-ATAAGTCCAAATAGTTATGATGATCTGA
194235 ACA
878 ACA
* ** * *
194238 ATTATCTATGGCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATGC
1 ATTATATATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGT--TCATAC
* * * * * ** * *
194301 AAGGATATTT-GAGATAAAATATTACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAATAGATT
63 AA-G-TTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TGAAATTAAT-AATAAGAGATT
* ** * * * * *
194365 TAAAAAATAAAT-ATGTTT------ATTGAACCAGT--T-CCAATTTAAACAATTATCGATTTCA
124 TAAAAAATAAATCAT-TTTCAACCAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * ** * *
194420 AATCGTTATAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCCTATTCAAAAT
188 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT-AGAAT
* * *
194485 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
252 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAT
** * * * * **
194550 TTGTCAAAGCAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
312 TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
194614 ATTTTTTTTGTTATAAAATAATTG-TTCTAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATATT
375 -TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAC-AGTGTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * **
194677 AATTTATTAATATTGC-AAAAACTAATAAGT----GATTT-AAAAAATGAATCTATTTACCGAAT
437 AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-
* * * * * * * * *
194736 C-AGTTCAAACAATTA-AGGCTA-TGTCAATAATTATCTATTTCAAAA-CATTATTACCCTTTGT
500 CAAGTACAAATAGTTATA-ACTACT-TGAACAATTATATATTT-AAAATCATTATGACCTTTTGT
** * * * ** * ** * *
194797 TTGGTCATATAACAATTGTTTTTGAA--CATTCAA-A-CTTTTTCAGGATAAAATAATACTATTT
562 TTTATCACAAAACAATTG--TTTCAATTCA-T-AATAGCTAATCCAAAATAAAATAATATTAATT
* ** * * * * ** *
194858 TTTTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGGTTATAGTTC-AAAT
623 TATTAAAATTCCAAAAATTAAGAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATC-AATT-TA--TCGAAAC
* * * * * * * * * *
194921 AGTT-ATGAT-TATTTGAACAATTGTAA-ACTT-CAAATTGTTGT-AACCTTTGGTTCTCTCATA
683 AATTCA-AATACATTTGAAC-AGT-TAACAATTACAAA-TATTATAAACATTT-GTTTTGTCATA
* * ** * * * * * * * ** *
194981 AAATAATTATTT-TGTTCCTGCAAACTTATTCATAATAAAAAAATACTAATCTCATAATA-TTCT
743 AAACAATTGTTTATCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACAAAT-TTTTAACATTTC-
* * * ** *
195044 AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT-TTGTT-TGCTGA-ACCAGTTCAAATA-TCT
806 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTAT-C-GATA--AGTCCAAATAGT-T
*
195105 A-GAACT-ATATGAACA
866 ATG-A-TGATCTGAACA
* * * * * *
195120 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGCTT-TTTTGAATTCATG
1 ATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTATTTTG--TTCATA
* ** * * * ***
195184 CTAACTTATTT-GGAACAAAATAA-AATGAATTTGTTAATACTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
62 C-AAGTT-TTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTTGAAATTAATAA-TAAGAGA
* * * * * ** * * * *
195247 TTGAAAAAGT-AATTATGTTTACAAGCAGTTCTTATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATT
122 TTTAAAAAATAAATCAT-TTT-CAACCAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATT
* ** * * *
195311 TAAAATCATTATGACCTAAAACAAAAGTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAAATGTTTTTGTTCATAT
185 TCAAATTGTTATG-------AC-----TTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAT
* * * ** * * *
195375 AAGTTTGTTTGAAATAAAAGTAATGCTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATCTAAA
238 AAGCTTATTAG-AATAAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* ** * * * * * * * *
195440 AGATAAATCTATTTGTCAAACAAATTCAAACAGTTATATCTATTTAAGCAATTATTTACTTCAAA
301 AAATAAAT-TATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTGAA-CAATTATCTATTTCAAA
* ** * * * * * *
195505 TCATTATGACTTTTTGTTCAGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAG-CTTATTTAGATTA
364 TCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC-AGTGTTATTCAGAATA
* * * * *
195569 AAATAATACTAATTTATTAATATATC-AACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAAATAAATATG
427 AAATAATACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * * * *
195632 TTAAATGAACTAG-ATTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
491 TTTATTGAACAAGTA-CAAATAGTTATAACTACTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGAC
* * * * * * *
195696 CTTTTGTTTTGTC-CTTAAAGAATTGTTT-AAGTTCAT-ATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATT
555 CTTTTGTTTTATCAC-AAAACAATTGTTTCAA-TTCATAAT-AGCTAATCCAAAATAAAATAATA
* * *
195758 TTAATTTATTAATAATAT--AAAAATTAATAA--TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-C
617 TTAATTTATTAA-AAT-TCCAAAAATTAAGAAGTTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATCAATTTATC
* * * * * *
195818 TG-AACAAGTTTATATA-ATTATG-ACTGTTTGAACAATTATCTTTTTGAAATCACTATAACCTT
678 -GAAACAA-TTCAAATACATT-TGAACAG-TT-AACAATTA-C------AAAT-ATTATAAACAT
* * * ** *
195880 TTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAAT
730 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACAAAT
* * * * ** *
195944 TTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTT--AAAA-AAATCTATTTATTAAACAAG
794 TT-TTAACATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTA-TCGATAAG
* * * *
196004 TTCAAATCGTTATGACT-ATTTGAATA
855 TCCAAATAGTTATGA-TGATCTGAACA
* * *** * * *
196030 ATTATTTATTTCAACTTGGTATAACTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATAAC-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACA
** * * * * *
196095 AGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTT
64 AGTTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AATTAATAA-TAAGAGATTTA
* * * *
196160 AAAAATAAAT-ATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAACAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTT
126 AAAAATAAATCAT-TTT-C--AACCAA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
196223 CAAATTATTATGACCTTCTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-GATTCATATAAACTTATTTGT
186 CAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTG-TTCATATAAGCTTATTAG-
* * * ** *
196287 AGTAAAAGAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AAATC
249 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* ** ** * * * ** *
196351 TTTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATGACAAA--A-CAT--
309 TATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
196411 --TTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTT-TGTTCATGTA-AG-CTTATTTCA-AATAAAATAAT
373 CCTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCA--TACAGTGTTA-TTCAGAATAAAATAAT
* * * * *
196470 -TTAAATTTGTTAATATT-TCAAAAATTAATAAATAA-AAATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-TC
434 ACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTAT-
* * * * * * * * ** *
196530 TAAACACGTTCACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-CATCCTTTT
496 TGAACAAGTACAAATAGTTATAACTACTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGA-CCTTTT
* * * ** * * *** * *
196594 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTGATTTA
560 GTTTTATCACAAAACAATTGTTTCAATTCATAATAGCTAATCCAAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * * *** *
196659 TTAAAATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAGAAATAAGTCTATTTACCTACTGAGTTCA
625 TTAAAATTCCAAAAATTAAGAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAAACAATTCA
* * * * * *
196723 AATA-GTTATG-ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
689 AATACATT-TGAAC-AGTT-AA-CA--A-TTA---CAAAT-ATTATAAACATTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * *
196786 AAA-TATAAGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
743 AAACAAT-TGTTTATCA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACAAATTT-TTAACATTT
* * * * * * * ** *
196848 CTAAAATTTAATAAGCTAGAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCA
805 C-AAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTATCG-ATAAGTCCAAATAGTTA
* * **
196912 TG-TCCATTTGAATT
867 TGAT-GATCTGAACA
* * * * * *
196926 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAAAATTTTGTTTTGTCGTAAAACAACTGT-TTTTATTCATGCA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTTGTTCATAC-
* * * * *
196990 AAATTATTCAAAATAAAATAACA-TCAATTTATTAATA-TTTCAAA--AATTAATAAGAGATTCA
63 AAGTTTTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAATTAA-TAATAAGAGATTTA
* * * * * * *
197051 AAAATTAAATC-TGCTTACTGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTT
126 AAAAATAAATCAT--TT--TCAACCAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT-TT
** * * * * * *
197115 -AAATCATAATGA---TTT-TTTTGTCATAAAAAAATTCTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCA-A
186 CAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT-AGA
* * ** ** * *
197174 GGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATA
250 -ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAAT-
*
197239 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAG
309 TATTTACCGAACCAGTTCAAATAG
197263 AACATTCATT
Statistics
Matches: 3672, Mismatches: 743, Indels: 693
0.72 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
830 2 0.00
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Consensus pattern (880 bp):
ATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAG
TTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCATTTTCAACCAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
TGACTTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTAGAATAAAATAATA
TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACCGAACCAGTT
CAAATAGTTATAACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
ATAATTGTTTCTATTCATACAGTGTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
AATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTACAAATAGTTATAACT
ACTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCAA
TTCATAATAGCTAATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAAGAAGTTA
AAAATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAAACAATTCAAATACATTTGAACAGTTAACAATTACA
AATATTATAAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCCTATTCAGAATA
AAATAATACAAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTT
ATCGATAAGTCCAAATAGTTATGATGATCTGAACA
Found at i:195785 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 194406--197262 Score: 1547
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194396 CAATTTAAAC
* * * * * * *** *
194406 AATTATCGATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATA
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* * * * * * *
194471 AGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATAT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * * * * * * * *
194535 AAAAAATAAATCTATTT-GTCAA-AGCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAAC
130 TAAAAATAAATATGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
194587 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTT-TTTTGTTATAAAATAATTGTTCTAGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
* * * ** * *
194651 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTGCAAAAACTAATAAGT----GATTT
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATATAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * * * * * * * * * *
194712 AAAAAATGAATCTATTTACCGAATC-AGTTCAAACAATTAAGGCTATGTCAAT
130 TAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * ** *
194764 AATTATCTATTTCAAAACATTATTACCCTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGAACATTCA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * * * * * * *
194829 AACTTTTTC-AGGATAAAATAATACTATTTTTTTAAT-CTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
66 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATAT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * *
194891 TTAAAAAGTAAATCTGGTTA-T-----AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
129 TTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * * * * * * * *
194939 AATTGTAAACTTCAAATTGTTGTAACCTTTGGTTCTCTCATAAAATAATT-ATTTTGTTCCTGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * * * * *
195003 AACTTATTC-ATAATAAAAAAATACTAATCTCA-TAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAA-
66 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATAATATAAAAATTAATAAGTAA-AAAAT
* * * * * *
195065 TTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATA-TCTA-GAACTATATGAAC
128 TTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT-TATG-ACTATTTGAAT
* * * * *
195119 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGCT-TTTTTGAATTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTG--TTCAT
* * * * * * * *
195183 GCTAA-CTTATTTGGAACAAAATAA-AATGAATTTGTTAATACT-TCAAAAATTAATAAGTAAGA
63 AC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATAT-AAAAATTAATAAGTAAAA
* * * ** * *
195245 GA-TTGAAAAAGTAATTATGTTTAC--AAGC-AGTTCTTATAATTATGACTATTTGAAG
125 AATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
195300 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTAAAACAAAAGTTTTTGTTTTGTCATAAATA-AA-TGT
1 AATTATCTATTTCAAATC-GT-T-A--T--AAC-----CTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGT
* * * * * * *
195363 TTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAGTAATGCTAATCTATTAAT-ATTTCAAAAATTAA
53 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATAATAT-AAAAATTAA
* * * * * * * *
195427 TAAG----AGA-TCTAAAAGATAAATCTATTT-GTCAAACAAATTCAAACAGTTAT-ATCTATTT
116 TAAGTAAAAAATTTTAAAA-ATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTT
*
195485 -AAGC
178 GAA-T
* * * * * ** * * * *
195489 AATTATTTACTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCAGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCACACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * *
195554 AGCTTATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATATCAACAATTAATAAGTAAAAAATT
66 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATAT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * * *
195617 TTAAAAATAAATATGTTAAATGAACTAGATT-AAATAATTATGACTATTTAAAT
129 TTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * ** *
195670 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCCTTAAAGAATTGTTTAAGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
** *
195735 AGCTTATTCGAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATAATATAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTT
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATATAAAAATTAATAAGTAAA-AAATTT
* * * * * * * * *
195799 AAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTATATAATTATGACTGTTTGAAC
130 TAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * ** * *
195851 AATTATCTTTTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* *
195916 AGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAAT-AT-TAAGACAATTAATAAGTAAAATA-
66 AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATATAA-A-AATTAATAAGTAAAAAAT
* * * * *
195977 TTT-AAAA-AAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAAT
128 TTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *
196029 AATTATTTATTTCAACTTGGTATAACTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
* * * * * * * * * *
196094 AAGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATATAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * * *
196159 TAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAACAATCATGATTATTTGAAT
130 TAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
** * * * * * *
196211 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTCTCTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCGATTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATAC
* * * * * * * * *
196275 AAACTTATTTGTAGTAAAAGAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATGAGTAAGAGAA--
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATATAAAAATTAATAAGTAA-AAAATT
* * * * * * * *
196338 TTAAAAAAAAATCTTTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAAC
129 TTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * **
196391 AATTATCTA--T--GA-C---AAAACATTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTTTGTTCATGTA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * *
196448 AGCTTATTTC-AAATAAAATAAT-TTAAATTTGTTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAAT-AAAAAT
66 AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATAT-AAAAATTAATAAGTAAAAAAT
* * * * * * *
196509 TTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTCACATAGTTATGACTATTTGAAC
128 TTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *
196563 AATTATCTATTTCAAATTGTTACATCCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * *
196628 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTGATTTATTAA-AAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATAT--AAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * * *
196690 TTAAGAAATAAGTCTATTTACCT--ACTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
129 TTAA-AAATAAATATGTTTA-CTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * *
196744 AATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATAAGTTTCTATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTGTTCATAC
* * * * * *
196808 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGCT-AGAAATT
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATATAAAAATTAATAAG-TAAAAAATT
* * * * * * *
196872 TTAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAAT
129 TTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * *
196925 TATTATCTATTTCAAATCGTTATAAAATTTTGTTTTGTCGTAAAACAACTGTTTTTATTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
** * * * *
196990 AAATTATTCAAAATAAAATAACA-TCAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-T
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATAT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * * *
197048 TCAAAAATTAAATCTGCTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
129 TTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* *** * *
197102 AATTATTTATCTT-AAATC---ATAATGATTT-TTTTGTCATAAAAAAATTCTTTCTT-TTCATA
1 AATTATCTAT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATA
* * * ** * * * * * * *
197161 CAAGCTTATTC-AAGGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAATTTAATAAGCAAGAGAT
64 CAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATATAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
* * *
197225 TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAG
128 TTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
197263 AACATTCATT
Statistics
Matches: 2073, Mismatches: 468, Indels: 274
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 3 0.00
172 120 0.06
173 65 0.03
174 74 0.04
175 65 0.03
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177 255 0.12
178 97 0.05
179 89 0.04
180 224 0.11
181 748 0.36
182 119 0.06
183 56 0.03
184 4 0.00
186 2 0.00
187 17 0.01
188 8 0.00
189 35 0.02
190 18 0.01
191 28 0.01
192 7 0.00
193 18 0.01
194 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATATAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTT
AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:196971 original size:714 final size:712
Alignment explanation
Indices: 195697--197040 Score: 1654
Period size: 714 Copynumber: 1.9 Consensus size: 712
195687 CGTTATGACC
* * *
195697 TTTTGTTTTGTCCTTAAAGAATTGTTTAAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTTTAA
1 TTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTAAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTTAAA
* *
195762 TTTATTAATAATATAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGT
66 TTTATTAATAATATAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * * * * *
195827 TTATATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTTTTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
131 TCACATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTACAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
195892 AAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAA
196 AAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTAA
* * *
195957 GACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTA
261 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATCTATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * *
196022 TTTGAATAATTATTTATTTCAACTTGGTATAACTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
325 TTTAAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATAACTCTTTTATTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
** * * * *
196087 TTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
390 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAA
* * *
196152 AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAACAATCATGATTATTTGAATAATTAT
455 AAGATTTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAACAATCATGATCATTTGAATAATTAT
* * ** * * *
196217 CTATTTCAAATTATTATGACCTTCTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCGATTCATATAAACTTA
520 CTATTTCAAATCATTATAAAATTCTCTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCGATTCATACAAAATTA
*** * *
196282 TTTGTAGTAAAAGAATA-CTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA
585 TTCAAAATAAAAGAACATC-AATTTATTAATATTACAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA
196346 AAATCTTTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATGACAAAACA
649 AAATCTTTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATGACAAAACA
* *
196410 TTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTT-TGTTCATGTAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATTTA
1 TTTTGTTTTGTCATTAAACAATT-GTTTAAGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATTTA
* * * * *
196473 AATTTGTTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAATAAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAAC
64 AATTTATTAATAATAT-AAAAATTAAT-AATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC
* * *** *
196535 ACGTTCACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACATCCTTTTGTTTTG
127 AAGTTCACATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTACAACCTTTTGTTTTG
* * **
196600 TCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTGATTTATTAAAA
192 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAA
*
196665 TTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAGTCTATTTACCT-ACTGAGTTCAAATA
257 TT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAA-AA-TCTATTTA-CTAAC-AAGTTCAAATA
* * * *
196727 GTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAA-T
315 GTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATAACTCTTTTATTTTGTCATAAAACA
*
196790 ATAAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA
380 AT-AGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCTGAAAA
* * * * *
196854 TTTAATAAGCTAGAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATG-TCC
444 -TTAATAAG-TAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAACAATCATGAT-C
* * * * ** **
196917 ATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTATAAAATTTTGTTTTGTCGTAAAACAACTGTTTTTA
506 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAATTCTCTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCGA
* * *
196982 TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAACATCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
571 TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAGAACATCAATTTATTAATATTACAAAAATTAAT
197041 AAGAGATTCA
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 87, Indels: 31
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
712 158 0.30
713 80 0.15
714 231 0.44
715 58 0.11
716 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (712 bp):
TTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTAAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTTAAA
TTTATTAATAATATAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
TCACATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTACAACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTAA
GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATCTATTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTAAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATAACTCTTTTATTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTAT
TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAACAATCATGATCATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATCATTATAAAATTCTCTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCGATTCATACAAAATTAT
TCAAAATAAAAGAACATCAATTTATTAATATTACAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAA
ATCTTTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATGACAAAACA
Found at i:197748 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 197365--198541 Score: 951
Period size: 180 Copynumber: 6.6 Consensus size: 178
197355 TTTGAACATG
* * * *
197365 TTCAAATAGTTATGACCTTTAT-TTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCGTACAAGCTTATTC
1 TTCAAATA-TTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
197429 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT
64 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTAAAAATAAAT
* * * * * * * *
197494 CTATTTACTGAGCAAGCTCAGATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
128 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
197545 TTCAAATACTTATGTTCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTTACACAAGTTTATTCA
1 TTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *** *
197610 AAATAAAATTATACTAATTTATTGATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTACAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTA-AAAATAAAT
* * * * * * *
197675 TTGTCTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACATTTATCTAT
128 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
197726 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAAAAATTGTTTTTGTGCATAC-AGAATTATTC
1 TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTC
**
197790 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAACTAAAT
64 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAA-TAAAT
* * * *
197852 TTGTTTACCGAACTAGGTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTAT
128 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
197903 CTCAAATTGTTATCATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAG-TGTATT
1 TTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCT-TATT
* * * *
197965 CAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAA
63 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAG-ATTTAAAAATAA
* * * * *
198030 ATATGTTTCCCGAACCAGTTCAAATAGTTGA-GACTATTAGAACTATTATCTAT
126 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * ** * **
198083 TTCAAATTGTTCTAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACTAGCTTATTTG
1 TTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
198148 GAAT-AAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTGAAAAAAATAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGAGATT--TAAAAATAA
* * * ** *
198211 ATGTGCTTGCTAAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTAT
126 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** ** * * * *
198264 TTGAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCG
1 TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
198328 AAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAG
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAA-TAAAT
* **** * ** * *
198393 CTGTTTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAAATATCAAT
128 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
198444 CTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTGTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTGATTGG
1 TTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-C
* * *
198508 GACA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
64 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 161, Indels: 62
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 73 0.09
177 69 0.09
178 2 0.00
179 15 0.02
180 349 0.43
181 291 0.36
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAATAAATTTG
TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:198081 original size:357 final size:359
Alignment explanation
Indices: 197423--198391 Score: 830
Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 359
197413 TCGTACAAGC
197423 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAGTAAAAATTTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAG--AAAATTTTAAAA
* * * * * * *
197488 ATAAATCTATTTACTGAGCAAGCTCAGATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATA
64 ATAAATCTATTTACCGAACAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATA
** * * * *
197553 CTTATGTTCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTTACACAAGTTTATTCAAAATAAAA
129 CTTATCATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCACACAAGTGTATTCAAAATAAAA
* * * *** * * * * * *
197618 TTATACTAATTTATTGATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTACAAAATAAATTTGTCTAT
194 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTCTAC
* * *
197683 CGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
259 CGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTAGAACATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
197748 TTTTATTATAAAAAAATTGTTTTTGTGCATACAGAA
324 TTTTATTATAAAAAAATTGTTTTTGTGCATACAGAA
*** * *
197784 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAAC
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAGAAAATTTTAAAAA-
* * * * * **
197847 TAAATTTGTTTACCGAACTAGGTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTG
65 TAAATCTATTTACCGAACAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAC
* * * *
197912 TTATCATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGTGTATTCAGATTAAAA
130 TTATCATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCACACAAGTGTATTCAAAATAAAA
* *
197975 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTCC
194 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTCTAC
* * * ** * * **
198040 CGAACCAGTTCAAATAGTTGA-GACTATTAGAAC-TATTATCTATTTCAAATTGTTCTAATATTT
259 CGAACAAGTTCAAATAG-TCATGACCATTAGAACAT-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * *** * *
198103 TG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACTAG-C
322 TGTTTTA-TTATAAAAAAATTGTTTTTGTGCATAC-AGAA
*** * * * **
198141 TTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTGAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAG-AA-A-ATT-TTAA
* ** * ** * * *
198205 AAATAAATGTGCTTGCTAAACAAGTTCAAATAGA-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAA
62 AAATAAATCTATTTACCGAACAAGCTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAA
* * ** ** * * * * *
198269 AT-CATTATGACCTTTT-TTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACT-TATCCGAAA
126 ATAC-TTATCATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA-CACAAGTGTATTCAAAA
* * * * * * *
198331 TAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA
189 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
198392 GCTGTTTTTT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 105, Indels: 34
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
356 40 0.08
357 179 0.37
358 66 0.14
360 1 0.00
361 187 0.38
362 13 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAGAAAATTTTAAAAAT
AAATCTATTTACCGAACAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATACT
TATCATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCACACAAGTGTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTCTACCG
AACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTAGAACATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTATTATAAAAAAATTGTTTTTGTGCATACAGAA
Found at i:198356 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 197869--198528 Score: 805
Period size: 361 Copynumber: 1.8 Consensus size: 361
197859 CCGAACTAGG
* ** *
197869 TCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATCATCTTTATTTTGTCATA
1 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATCACCTTTATTTTGTCATA
* ** * * * *
197934 GAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTGTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
66 AAACAATTGTTTCAATTCATAAAACTGTATCCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
* * *
197999 AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTCCCGAACCAGTTCAAATAGTTGA-GA
131 AAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAAATAAAGATGTTTCCCAAACCAGTTCAAATAGTT-ATGA
* * * * * *
198063 CTATT-AGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTCTAATATTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATT
195 CTATTCA-AACAAATATCAATCTCAAATTGTTATAAT-CTTTGTTGT-GTCATAAAACAATTATT
* * * *
198126 TC-AATTCATACTAGCTTATTTGGA-ATAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
257 TCTAA-TCATACAAGCTGATTGGGACAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
198189 AGCAAGAGATTGAAAAAAATAAATGTGCTTGCTAAACAAGT
321 AGCAAGAGATTGAAAAAAATAAATGTGCTTGCTAAACAAGT
* * * * **
198230 TCAAATAGA-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTTGT
1 TCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATCACCTTTATTTTGTCAT
* * *
198294 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACT-TATCC-GAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATT
65 AAAACAATTGTTTCAATTCAT-AAAACTGTATCCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * ***
198357 TCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTAT
128 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAAATAAAGATGTTTCCCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* *
198422 GACTATTCAAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATGATCTTTGTTGTGTCATAAAACAATTGTTT
193 GACTATTCAAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATAATCTTTGTTGTGTCATAAAACAATTATTT
*
198487 CTAATCATACAAGGTGATTGGGACAAAAATAATACTAATTTA
258 CTAATCATACAAGCTGATTGGGACAAAAATAATACTAATTTA
198529 ATAATATTTC
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 43, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 41 0.17
361 201 0.81
362 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (361 bp):
TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATCACCTTTATTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCAATTCATAAAACTGTATCCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
AAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAAATAAAGATGTTTCCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTCAAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATAATCTTTGTTGTGTCATAAAACAATTATTTCTA
ATCATACAAGCTGATTGGGACAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA
GAGATTGAAAAAAATAAATGTGCTTGCTAAACAAGT
Done.