Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168230.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_463, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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277 TTCATTGTTG
* * * * * *
287 AAATATTAATAAATTGGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * *
352 TAACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTA
66 TAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTA
417 TTGGTTTGAT
131 TTGGTTTGAT
* * ** *
427 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * ** * *
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543 TGTAATTATT
Statistics
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140 96 1.00
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TTGGTTTGAT
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277 TTCATTGTTG
* * * * * *
287 AAATATTAATAAATTGGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
352 TAACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTA
66 TAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTAA
*
417 TTGGTTT-GAT
131 CTGGTTTAG-T
* * ** *
427 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * ** * * **
492 TGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTGT-A-ATTATTTG
66 TAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATT-TTT-
555 AACTGGTTTAGT
129 AACTGGTTTAGT
567 AAATA
1 AAATA
572 GAATTATTTT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 24, Indels: 6
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
138 3 0.03
139 4 0.03
140 110 0.93
141 1 0.01
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TAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTAA
CTGGTTTAGT
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Indices: 107--725 Score: 730
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97 TTAATTTTCA
* * * * * ** *
107 AAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTCATTTGAACCAAAATGATTTTTTTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAACAAACTCATTTGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
172 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGATC
66 GACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
237 TAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTCATTGTTGAAATATTAATAAATT
131 TAGTTTAGTAAACAGAATTATTTTTAAAATCTCTTACTAATT-ATTGTTGAAATATTAATAAATT
* *
302 GGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAG
195 AGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG
*
367 TTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTATTGGTTTGAT
260 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTATTGGTTTGAT
*
427 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATT-AACAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAACAAACTCAT-TTGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * ** *
491 ATGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGA
* *
556 ACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCT-AAATCTCTTA-TAAATT-TT-TT-AAATATTAATAA
129 ACTAGTTTAGTAAACAGAATTATTTT-TAAAATCTCTTACT-AATTATTGTTGAAATATTAATAA
* * * * *** *
616 ATTAGTTTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAA
192 ATTAGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAAACAA
* * * * *
680 AAGGTCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAAC
256 AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAC
726 TGTTTGAATT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 45, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
316 1 0.00
317 104 0.42
318 2 0.01
319 2 0.01
320 27 0.11
321 110 0.44
322 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
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AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAACAAACTCATTTGAACAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAAC
TAGTTTAGTAAACAGAATTATTTTTAAAATCTCTTACTAATTATTGTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGT
CATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTATTGGTTTGAT
Found at i:739 original size:317 final size:319
Alignment explanation
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Period size: 317 Copynumber: 2.0 Consensus size: 319
97 TTAATTTTCA
* * * * * ** *
107 AAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTCATTTGAACCAAAATGATTTTTTTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAACAAACTCATTTGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
172 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGATC
66 GACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
237 TAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTCATTGTTGAAATATTAATAAATT
131 TAGTTTAGTAAACAGAATTATTTTTAAAATCTCTTACTAATT-ATTGTTGAAATATTAATAAATT
* *
302 GGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAG
195 AGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG
* **
367 TTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTATTGGTTTGAT
260 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTGAATTGGTTTGAT
*
427 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATT-AACAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAACAAACTCAT-TTGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * ** *
491 ATGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGA
* *
556 ACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCT-AAATCTCTTA-TAAATT-TT-TT-AAATATTAATAA
129 ACTAGTTTAGTAAACAGAATTATTTT-TAAAATCTCTTACT-AATTATTGTTGAAATATTAATAA
* * * * *** *
616 ATTAGTTTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAA
192 ATTAGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAAACAA
* * * * *
680 AAGGTCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAAC-TGTTTGAATTGGTT
256 AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACAT-TTTGAATTGGTT
740 CGGCAAATGA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 47, Indels: 15
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
316 2 0.01
317 114 0.44
318 2 0.01
319 2 0.01
320 27 0.10
321 110 0.42
322 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
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AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAACAAACTCATTTGAACAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAAC
TAGTTTAGTAAACAGAATTATTTTTAAAATCTCTTACTAATTATTGTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGT
CATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTGAATTGGTTTGAT
Found at i:846 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 427--3510 Score: 1578
Period size: 181 Copynumber: 17.2 Consensus size: 179
417 TTGGTTTGAT
** * * * * *
427 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * ** *
492 TGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
557 CTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA-TA--AATTTTTT
131 CTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * * * ** *
604 AAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
669 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
734 TTGGTTCGGCAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTT-
131 CTGGTTCAGTAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTG
* *
784 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
849 ATTATAGAACAAAATGTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
914 ACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTG
130 ACTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * * * * *
962 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATG-TTGAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
1026 ATGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATTGAAACAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** *
1091 ACTTATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
130 ACTGGTTCAGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * **** *
1143 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
** * *
1207 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
1271 AACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
129 AACTGGTTCAGTAAA-TAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * ** * * *
1325 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
1389 AGGACTAAA-AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
1453 ACTGGTTCGGCAAATACATATATTTTTTTAAATCTC--AC---TAATTTTTG
130 ACTGGTTCAGTAAATA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* *
1500 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TGTCCAAATAAGCTTTTATG-ATAAAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTT
* ** * * *
1562 TATGAGAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTA-TT
64 TATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * ** * ** * * * * *
1624 -AA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTCATAACTATCTAAATATT-ATGATTTG
128 GAACTGGTT-CAGTA--AATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAAT-TTTTG
* * * *
1677 AGATTCATCCTATAATAGATCTCAAATCATTATGATTTGAGATTCATACAAACAA--TATGCT-T
1 A-A---AT-AT-TAATAAAT-T--AGT-ATTAT--TTT---ATTC---CAAATAAGCT-TG-TAT
* * ** *** * * * * * *
1739 GTATGAATAGAAACAATTGGTT-T-ATGACAAA-ACAAAAGT-GTCATAATTATTTAAAATAGAT
46 GAAT-AAAAACAATTGTT--TTATGA-CA-AAACA-AAAGGTCATAACAA-T--TTGAAATAGAT
* * ** *
1800 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-GTGCTCAAAAAAT-ATTTA-TTTTAAAAT-T-TT
102 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTT
1860 ACTTATTAATTTTTG
166 AC-TATTAATTTTTG
* ** * * * *
1875 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACATAAGCAATTATTTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* ** * * * * *
1938 ATTACAAAACAAAATATCATAACGATTTGGAATAAGA-AATTGTTTATATAGTTTATAACTATTT
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
* * * * *
2002 AAACT--TCTCTGGTAAGTAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATGTTTG
128 GAACTGGT-TC-AGTAAAT-AATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTG
* * * * * * *
2057 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAGCT-GATATAA-TGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTT
** * * * * *
2120 ATGATGAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * **
2184 ACTTGG-TCAATAAACATATTTA--TTTTAAATTTGTTACTTATTAATTATCA
130 AC-TGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * *
2234 AAATGTTAATAAATTAATAGTATTTTAATT--GAATAAGC-TGTATGAACAAAAAAACAATTGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ATAAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
2296 TTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACGA-TTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCATAATTTTT
63 TTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** ** * * * * * *
2360 TGGATTTATTTGGTAAACATAGTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTCATTATCTG
127 TGAACTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATT-TTTG
* * * *
2416 -AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGGATAGAAAAC-ATCT-AT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAAT-TGTT
* *
2477 TTATTGACAAAA-AAAAGG-CTATAGCAATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAATCATAACTA
63 TTA-TGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
2539 TTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
125 TTTGAACTGGTTCAGTAAATA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* ** ***
2596 -AATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAA-AATTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAA-TTGTTTT
* ** * * *
2659 CA-GATTAAATA-AAAAGCGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTGT
65 -ATGA-CAAA-ACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
2722 TTGCATTGG-TCAGCCAACAT-ATTCATTTTTAAAATC-CATTACTTATTAGTTTTTA
126 TTGAACTGGTTCAG-TAA-ATAATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC-TATTAATTTTTG
* * * * * * * *
2777 AGAACATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAA-ATTGCATCAATAGAGACAATTGTTTC
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT-
* ** * * * * * * *
2841 TATAACAAAA-ATATTGGTTATAACGA-TTGAAATAAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAAT
64 TATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * *
2904 TGAACTGGTTTGGTAAA-CATATATATTTTAAATCTCTTA--A-TAA--TTTC
127 TGAACTGGTTCAGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * * * * * *
2951 AAATATTAATAATTTAATATTA-TTTATTCCGAACAAACTTATATGAA-ACCAAAACATTTG-TT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA--AAAACAATTGTTT
** * ** * * * * *
3013 TATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAGTCATTCATAT-GCCTTTACTACTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * *
3076 AATTGGTTTGGGCAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTC
129 AACTGG-TTCAGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTG
* * * * * * *
3128 ATAATATTATTAGA-TAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATT-ATTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * ** * *
3190 ATTATAAAACCAAAA-ATTATTACGATTTGAAGTATCTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTG
65 ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
3254 AACTAGTTC-GCTAAACAGATTTA-TTTTTAAA-CTCCTACTCATTAATTTTTG
129 AACTGGTTCAG-TAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTG
* * * * * **
3305 AAATACTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAGGCTT-AATG-ATGAAAGTAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
3368 TGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAAATAGATAATTATTTAGATGGCCACAATTATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
3433 ACTGATTC-GATAAATTGATTTATTTTTT-AATCT-TCAACT-TCTCAA-TTTTG
130 ACTGGTTCAG-TAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTAT-T-AATTTTTG
* *
3483 -AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
3511 TTTTATAACC
Statistics
Matches: 2222, Mismatches: 505, Indels: 360
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.01
171 30 0.01
172 56 0.03
173 36 0.02
174 85 0.04
175 56 0.03
176 88 0.04
177 481 0.22
178 125 0.06
179 88 0.04
180 162 0.07
181 546 0.25
182 249 0.11
183 71 0.03
184 1 0.00
186 5 0.00
187 3 0.00
188 6 0.00
189 1 0.00
190 4 0.00
192 7 0.00
193 4 0.00
194 4 0.00
195 3 0.00
196 17 0.01
197 8 0.00
198 20 0.01
199 9 0.00
200 3 0.00
201 32 0.01
202 2 0.00
203 5 0.00
204 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGGTTCAGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
Found at i:1113 original size:358 final size:354
Alignment explanation
Indices: 427--3557 Score: 1617
Period size: 358 Copynumber: 8.7 Consensus size: 354
417 TTGGTTTGAT
** * * * * *
427 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * * ** *
492 TGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
557 CTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGT
131 CTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
622 TTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
196 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT--GTTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAA
* * * *
687 TAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAA-TTGGTTCGGCAAATGAA
259 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTT-GTTCGGCAAAT-AA
751 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTT-
322 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTG
* * *
784 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * ** *
849 ATTATAGAACAAAATGTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
914 ACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAA
130 ACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
979 TATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTA
195 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTA
* * * * * * * * * *
1044 ATAACAAATTGAAACAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACTAA
258 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAA-TAA
*
1109 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
322 TTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * ****
1143 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* * *
1207 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTG
65 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
1271 AACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATA
129 AACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * *
1336 AATTAGTATTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATAGGACT-AAA-
189 AATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG--TTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAC
* * * * *
1398 AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGG
250 AAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTCGG
*
1463 CAAATACATATATTTTTTTAAATCTC--AC---TAATTTTTG
315 CAAATA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
*
1500 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TGTCCAAATAAGCTTTTATG-ATAAAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTTTATGAAT-AAAAACAATTGTTT
* * * * *
1562 TATGAGAAAAC-AAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTA-TT-
64 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * ** * ** ** *
1624 AA-TTTTTGAAATATTAATA-AAGTAGTTCATAACTATCTAAATATT-ATGATTTGAGATTCATC
129 AACTGGTT-CAGTA--AACAGATTTATTTTTTAA--ATCT-CTTATTAAT-TTTTGA-A---AT-
* * * * * *
1686 CTATAATAGATCTCAAATCATTATGATTTGAGATTCATACAAACAATATGCTTGTATGAATAGAA
182 AT-TAATAAAT-T--AGT-ATTAT--TTT---ATT--T-C---GAATAAGCTTGTATG--TTGAA
* * * ** *
1751 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGTGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-
229 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *** *
1815 TATAACTATTTGAACGTGCTCAAAAAAT-ATTTA-TTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTG
293 T-TAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* ** * * * * *
1875 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACATAAGCAATTATTTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
1938 ATTACAAAACAAAATATCATAACGATTTGGAATAAGA-AATTGTTTATATAGTTTATAACTATTT
65 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
* * ** * *
2002 AAACT--TCTCTGGTAAGTAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATGTTTGAAATATTA
128 GAACTGGT-TC-AGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CT--T-ATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
2065 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAGCTGATATAA-TGTTTTATGATGAAA
186 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT--GTTGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
* * * * * *
2129 C-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT-TATGACTATTTAAACTTGGTC
249 CAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTC
*** * * * * **
2192 AATAAACATATTTA--TTTTAAATTTGTTACTTATTAATTATCA
313 GGCAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * * *
2234 AAATGTTAATAAATTAATAGTATTTTAATT--GAATAAGC-TGTATGAACAAAAAAACAATTGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTTTATG-A-ATAAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
2296 TTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACGA-TTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCATAATTTTT
63 TTATGACAAAA-CAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** ** * * * * *
2360 TGGATTTATTTGGTAAACATAGTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTCATTATCTG-AATATTAA
127 TGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAA
* * * * *
2424 TAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGGATAGAAA-ACATCT-ATTTATTGACA
187 TAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTAT-G-TTGAAACA-AT-TGTTTTA-TGATA
* * * *
2486 AAA-AAAAGGCT-ATAGCAATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGTACTT
246 AAACAAAAGG-TAATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTT
***
2548 GTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
309 GTTCGGCAAATA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* ** *** *
2596 -AATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAA-AATTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAA-TTGTTTT
* * * * *
2659 CA-GATTAAATA-AAAAGCGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTGT
65 -ATGA-CAAA-ACAAAA-TGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * * * *
2722 TTGCATTGG-TCAGCCAACATATTCATTTTTAAAATCCATTACTTATTAGTTTTTAAGAACATTA
126 TTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-C--T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * * * * *
2786 ATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAA-ATTGCATCAATAGAGACAATTGTTTCTATAACAAA
186 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT--GTTGAAACAATTGTTT-TATGATAAA
** * * * * * * *
2850 A-ATATTGGTTATAACGA-TTGAAATAAAATAATTATTCAAATTGT-TATAACTAATTGAACTGG
248 ACA-AAAGGTAATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
2912 TTTGGTAAA-CATATATATTTTAAATCTCTTA--A-TAA--TTTC
310 TTCGGCAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * * * * * *
2951 AAATATTAATAATTTAATATTA-TTTATTCCGAACAAACTTATATGAA-ACCAAAACATTTG-TT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA--AAAACAATTGTTT
* ** * * * * *
3013 TATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAGTCATTCATAT-GCCTTTACTACTTG
64 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * *
3076 AATTGGTTTGGGCAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTA
129 AACTGG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGA-AATATTAATA
* * * * * *
3140 GA-TAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATT-ATTTATTATAAAACC
189 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG---TTGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-C
* * * * * ** * * * *
3201 AAAA-ATTATTACGATTTGAAGTATCTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTC-G
250 AAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTCGG
* *
3264 CTAAACAGATTTA-TTTTTAAA-CTCCTACTCATTAATTTTTG
315 C-AAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTG
* * * * * **
3305 AAATACTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAGGC-TTAATG-ATGAAAGTAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
** * * * * * * *
3368 TGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGAAAATAGATAATTATTTAGATGGCCACAATTATTTG
66 TGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * *
3432 AACTGATTC-GATAAATTGATTTATTTTTT-AATCTTCAACTTCTCAA-TTTTG-AATATTAATA
129 AACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *** * * * *
3493 AAGTAATATTATTTTATTTTTTATAACCTT-TATGTACTGAAATAATTTTTTTATTATAAAACAA
189 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGT--TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
3557 A
252 A
3558 GGTCATTATG
Statistics
Matches: 2135, Mismatches: 460, Indels: 361
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
347 1 0.00
348 57 0.03
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365 5 0.00
367 1 0.00
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379 12 0.01
380 9 0.00
381 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATA
ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAATAATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
Found at i:4889 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 4248--4890 Score: 507
Period size: 176 Copynumber: 3.7 Consensus size: 175
4238 AATATTAATA
* * ** * * *
4248 AACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTT-TTAACCTTTTATTTGTCACAAAACAATTGTT
1 AACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
4312 TCAGTT-A-AAAA-CTTAT---AATAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATCATTAAGG
65 TCAGTTCATAAAAGCTTATCGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGC
* * * * * *
4371 AAGAGATTTAAAACT-AAGCTATTT-TTAAAGAAATTCAGTAGTTAT
130 AAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAG-AATTCAATAGTTAT
* * * * * *
4416 GACTATTAGAACAAATATC-ATCTCAAATCATTATGATCTTAT-TTTGTCAT-AAACAATTGTTT
1 AACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * ** *
4478 CTA-ATCATATAAGCTGATTCGGGAA-AAATAAAACTAATTTAAAAATATTTTGAAAATTAATAA
66 C-AGTTCATAAAAGCTTA-TC-GAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * *
4541 GTAAGAGATTTAAAAATAAATGTG-TTACCGAATGAATTCAAATAGTTA-
128 GCAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-GAATTC-AATAGTTAT
* * * * * * *
4589 AATTATTAGAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTTTG-ACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTA
1 AACTATT--AGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTG
* * * **
4653 TTTCAGTTCATACAAGC-TATTTGAAAGAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAAT
63 TTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCGAAATAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTAAAAATTAAT
* * *
4716 AAGCAAGAGATTGAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAATAGCTAT
126 AAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAGAA-TTCAATAGTTAT
* *
4767 AACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 AACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
4831 CAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAA
66 CAGTTCATAAAAGCTTAT-CGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
4891 AAAGAAATTT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 76, Indels: 52
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 14 0.04
166 9 0.02
167 16 0.04
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169 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
AACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CAGTTCATAAAAGCTTATCGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCA
AGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAGAATTCAATAGTTAT
Found at i:5450 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5102--5427 Score: 401
Period size: 183 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
5092 GAATTAGTAC
**
5102 GAGATTCAAAAAATAAATTTTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAATAATTATCT
1 GAGATTCAAAAAATAAATTTTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGAATAATTATCT
* * * * * *
5167 ATTTTAAATTGTTATAACTTTTTTATTCTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAATTTAT
66 ATTTTAAATTGTTATAACCTTTGTATTCTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAATTTAT
* *
5232 TTGAAATAAGATAATACTAATTAATAACATTCAAAAAATTCATAACTAA
131 CTGAAATAAAATAATACTAATTAATAACATTCAAAAAATTCATAACTAA
*
5281 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAA-ATAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATT
1 GAGATTCAAAAAATAAATTT-TTTAC-TGAATA-AGTTCAAATAGTTAAAACTAT-TGAATAATT
* * *
5344 ATTTATTATTTCAAAATTGTTATAACCTTTGT-TT-TGTTATAAAACAATTATTTCAGCTCATCC
62 ATCTA-T-TTT--AAATTGTTATAACCTTTGTATTCTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATAC
* *
5407 AAGTTTA-CTGTAATAAAATAA
123 AAATTTATCTGAAATAAAATAA
5428 ATTATTTATT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 16, Indels: 13
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
179 21 0.17
180 26 0.21
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184 2 0.02
185 17 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
GAGATTCAAAAAATAAATTTTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGAATAATTATCT
ATTTTAAATTGTTATAACCTTTGTATTCTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAATTTAT
CTGAAATAAAATAATACTAATTAATAACATTCAAAAAATTCATAACTAA
Found at i:6434 original size:183 final size:185
Alignment explanation
Indices: 6129--6461 Score: 401
Period size: 184 Copynumber: 1.8 Consensus size: 185
6119 ATAAATAATG
* * *
6129 TTTTATGACAAACCCAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTTTCAAATAGTAATAACTAT
1 TTTTATAACAAACACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTTTCAAATAGTAATAACTAT
* * * * *
6194 TTAAACTAGTCCGATAACTATATTATTTTTTAATTCTCCTACTATATTAATTTTTG-AATA-TAA
66 TTAAACTAGTCAGATAACTATATTATTTTTTAAATCTCCAACTATATCAAATTTTGAAATAGTAA
* *
6257 TAAATTAGTAATTATTTTATTATGAATAAACTTGTGTAATGAGAAAAACAAATTGT
131 TAAAGTAAT-ATTATTTTATTATGAATAAACTTGTGTAATGAGAAAAACAAATTGT
* * * * *
6313 TTTTATAACAAA-ACAAAA-ATTGTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTA
1 TTTTATAACAAACACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTAATAACTA
* * * *
6376 TTTGAATTGATTCAAGA-AACTGAT-TTATTTTTTAAATCTCCAACT-TCTCAAATTTTGAAATA
65 TTTAAACT-AGTC-AGATAACT-ATATTATTTTTTAAATCTCCAACTATATCAAATTTTGAAATA
6438 GTAATAAAGTAATATTATTTTATT
127 GTAATAAAGTAATATTATTTTATT
6462 TTGGATAAGT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 19, Indels: 12
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
182 23 0.19
183 35 0.28
184 52 0.42
185 14 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (185 bp):
TTTTATAACAAACACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTTTCAAATAGTAATAACTAT
TTAAACTAGTCAGATAACTATATTATTTTTTAAATCTCCAACTATATCAAATTTTGAAATAGTAA
TAAAGTAATATTATTTTATTATGAATAAACTTGTGTAATGAGAAAAACAAATTGT
Found at i:6948 original size:175 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5768--7465 Score: 757
Period size: 180 Copynumber: 9.5 Consensus size: 171
5758 TGACTATATC
* * * * *
5768 AATAGAAACAATTGTTTTTGACAAAACTAATGGTCATAGTGATTTTGAAATAAATAATTATTCAA
1 AATAGAAAAAATT-TTTATGACAAAAC-AAAGATCATACT-A-TTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * ** * *
5833 ATTGTTATAACTACTTGAA-TGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTT
62 ATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAGCAAAAAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* * * *
5896 AAATATTAATAAA-T-ATA-TATTGTATTTAGAACAAACTTATATG
126 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * * * * ** * *
5939 AACA-AAAATATTTGTTTATTGACAACA-AAAGGTCATAACGGA-TCAAAATAGATAATT-CTCA
1 AATAGAAAA-AATT-TTTA-TGACAAAACAAAGATCAT-AC-TATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * *
6000 TATAGCCTTAACTA-TTGAA-TCGGTTCAACAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
61 AATAGTCATAACTATTTGAACTC-GTTCAGCAAA-AAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-TTA--
* * * * * ** *
6062 GATTTTCATGATATTATTTAGATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATG
120 -ATTTTTA-AATATTA-ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * * * * * *
6116 AACATAAATAATGTTTTATGACAAACCCAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATT-TTCAA
1 AATAGAAAAAAT-TTTTATGACAAA-AC-AAAGATCAT-ACTATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * ** *
6180 ATAGTAATAACTATTTAAACTAG-TCCG-ATAACTATATTATTTTTTAATTCTCCTACTATATTA
62 ATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAGCAAAAAGAT-TTA-TTTTTAA--AT-CT-CT-TATTA
* * * *
6243 ATTTTTGAATA-TAATAAATTAGTAATTATTTTATTATGAATAAACTTGTGT-
120 ATTTTTAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * ** * * *
6294 AATGAGAAAAACAAATTGTTTTTATAACAAAACAAAAATTGTAACGATTTGAAATAGATAATTGT
1 AAT-AG--AAA-AAA---TTTTTATGACAAAACAAAGATCAT-ACTATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * **
6359 TCAAATGGTTATAATTATTTGAA-TTGATTCAAG-AAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
58 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-TTC-AGCAAAAAGATTTA-TTTTTAAATCT----CTT
* * * * * * * *
6422 CTCAAATTTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT-AAGTTTTATTG
116 AT-TAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA-TG
* * * * * * *
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1 AA-TAGAAA-AAAT-TTTTATGACAAAAC--AAAGATCATACT-ATTTGAAATAAATAATTATTC
* * *
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* * ** * *
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117 TTAATTTT-TAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * * * * * * *
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1 AA-T--AGAAAAAATTTTTATGACAAAACAAAGATCATACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * *
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* ** * * * * *
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* * *
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1 AATAGAAA-AAAT-TTTTATGACAAAACAAAGATCATACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* ** * *
6902 AGTCATAACTATTTAAACTCGTTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTTGA
64 AGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAGCAAAAAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-A
** *
6967 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATA
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* ** * * * * *
7012 AATA-AAACAATTATTTTACAACAAAATAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATTA-TAGTTCA
1 AATAGAAA-AAAT-TTTTATGACAAAA-CAAAGATCATACT-ATTTGAAATAAATAATTA-TTCA
* * ** * * *
7075 AATGGACATGGCTATTTGAACTTGTTCAGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAA
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* * *
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1 AATAGAAAAAATT-TTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * ** *
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* * * ** *
7320 TTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTGATTCTGAATAAGTTTTTATG
124 TTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTTGAATAAACTTGTATG
** * * * * * *
7370 AGCA-AAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAATCTTA-TAATTTAAAATAGATAATTATTTA
1 AATAGAAAA-AATT--TTTATGACAAAAC-AAAGATCATACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCA
* *
7433 AATAGTCATAATTATTAGAACGT-GTTCAG-AAAA
61 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TCGTTCAGCAAAA
7466 TATTTTTTCT
Statistics
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TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** ** ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * ** ** * * *
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* * * *
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* ** ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* ** *
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** * * * ** * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * **
7028 TACAACAAAATAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATTATAGTTCAAATGGACATGGCTATTTG
193 TATAACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGTCATAACTATTTG
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258 AACTTGTTCAGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
*
7158 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
323 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* *
7192 AATAGAAA-CAAT-TATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
1 AATAGAAATAAATGT-TTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ACTATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * *
7255 AATAGTCATAAGTATTTGAACTTG-CTCATTAAACAGA-TT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
64 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAAAAGATTTATTTTTAAATC--TT-GTTATTAA
* * * * *
7317 TTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTGATTCTGAATAAGTTTT-TATGAGCAAAAACAA
125 TTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTTGAATAACTTTTGTATGA-AAAAAACAA
* * * * * *
7381 TTAGTTTATAACAAAACAAAAAATC-TTATAATTTAAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCATAA
187 TTATTTTATAACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGTCATAA
* * * *
7444 TTATTAGAACGTGTTCAGAAAATAT
251 CTATTTGAACTTGTTCAGCAAATAT
7469 TTTTTCTTAT
Statistics
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Consensus pattern (356 bp):
AATAGAAATAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
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AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAACTTTTGTATGAAAAAAACAATTATTTTAT
AACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCAGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
Found at i:7435 original size:16 final size:18
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7401 AAATCTTATA
7411 ATTTAAAATAG-ATAATT
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7428 ATTT-AAATAGTCATAATT
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7446 ATT
1 ATT
7449 AGAACGTGTT
Statistics
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ATTTAAAATAGCATAATT
Found at i:7595 original size:27 final size:27
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7619 TCA
1 TCA
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Statistics
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TCATAATATTTTAAAATAGATAATTGT
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5762 TATATCAATA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * **** * * * *
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64 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
6067 TCATGATATTATTTAGATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAT
128 TGA-AATATTA-ATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-T
* * * * ** *
6121 -AAATAA-TGTTTTATGACAAACCCAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATT-TTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAA--AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * **
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* *
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126 TTTGAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATT-TCGAATAAGC-T-TGT-ATGA-ACT
* * * ** * *
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1 GAAAC-AATTG-TTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** *** * *
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* * * * *
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* * * *
6483 GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
6548 GTCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAATT
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* * *
6612 TTCTG-AATGTTAATAAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGAACT
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* * * * * * *
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1 --GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
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64 GTCATAACTATT-TGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * ** * * *
6788 TTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTT-GAACAAGCTTGCATGAA-T
128 TGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
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1 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
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* ** *
6966 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT-AAAT
130 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** ** * * *
7015 AAAACAATTATTTTACAACAAAATAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATTA-TAGTTCAAATG
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* ** ** * * **
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* * *
7144 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T
129 GA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
7195 AGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *** *
7259 GTCATAAGTATTTGAACTTGCTCATTAAACAGA--T-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
7321 TAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTGA-TTCTGAATAAGTTTTTATGAGCA
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* * ** * * * *
7374 AAAACAATTAG-TTTATAACAAAACAAAAAATC-TTATAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATA
1 GAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * *
7437 GTCATAATTATTAGAACGTGTTCAG-AAA-ATATTT-TTTCTT--A----TTA---ATT--TCTA
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* *
7488 G-AATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTA-TTCAAAATAAGC-TGCATGAAC-
129 GAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
7536 AAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACAAA-GTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTCATAAT
1 GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCA-AAT
** * * * *
7599 A-TTTTAA--AATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAAC-TATTTGAACTTATTCGATAAATAAAT
63 AGTCATAACTATTTGA-ACTTGTT----TGGT-A-AACATATTT--A-TT-TT---T---TAAA-
* * * *
7660 TCTTTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAATTTTGCAATATTAATAAATTAATAATATTTTACTTCAA
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*
7725 ATAA-CTTATATGAACT
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* * *
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1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
7806 CATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTCGA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA
* *
7871 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATCT-GAATAAACTTGTATGAACAT
131 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-T
** * *
7920 -AAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAAGG-CATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCA-T-AAA
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* *
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62 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAA-
* * * *
8043 TGTT--AATATTAATAAATTGAT-TTA-TATATTT-GAAATAA-ATTGTATGAA-T
125 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACT
* * *** *
8092 -AAA-AATTCTTTTATGACAAAAAAAAAGT-ATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
8154 CATAATTATTTAAACTT-TTTCGTAAATAGA-TTA-TTTTTAAATTTCTTTA-TTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTT
* * * * ** * *
8215 GGATTACTAATAAATCAGCATTA-TTTATTTACAAATAAGCTTATATGAA-T
129 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-CGAATAAGCTTGTATGAACT
* * *
8265 GAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** **
8328 TCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTT-TTTTTTAAA--TTTTACTTATATTGTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-T-TATTAATTT
* * *
8390 TG--ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGC--ATAT--A-T
128 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * **
8435 GAAACAATTGTTTTAT-A-AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
8498 TCAAAACTATTTGATCTAGTTTGATAAATAAAATTTATTTTTTAAATCT
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8547 CTTATTAATA
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CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA
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TTCAAATAGCATAATTA
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*
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**
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AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGA
TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCAAAATATTAATGAACAAAAACATTTGTTTT
ATAGA
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9511 CTGCTTTGGC
* * * * * *
9521 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
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* *
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*
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* * ** * *
9754 TTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGCTTGTA
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* * * *
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* * * * ** * *
9858 GAACCAATTCGATGTATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAATTTGAAGTATTAATAAAGTAAT
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* * * * ** **
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TTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAAAACAAAAGCTTATAACGA
ATTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGGAACCGATTCAGT
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9678 AACCGATTCA
* * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * * ** * *
9863 --AATTC-GATGTATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAATTT-GAAGTATTAATAAAGTAATA
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* * * *
9923 TTATTTTA-TTCTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-G-CA
63 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** *
9985 TATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
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** * * ** **
10040 AAAAACAAATTTATTTTTTAAA-AT-TTGTTTATTAATTTTCTA-AATGCTAATAAATTAGTA--
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * *
10100 ATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCCAAAGGTCAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
10162 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATATTC-TGAACTATTTGAA-TTGGTTTG
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * * *
10216 GCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * *
10276 ATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA
* * * * * *
10339 ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTTG
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* * * * * *
10393 ATATACAGATTAAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTT-GAAATACTAATAAATTAGAATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** * *
10453 ATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATA
65 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
10517 ACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAGCTTGTTCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* **
10570 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
10635 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGATTATAAC
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
10700 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCA
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* * * * *
10751 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
10816 TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAC
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** *
10881 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCA
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * * **
10932 AAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTTTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
10994 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
11058 ATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * *
11111 AT-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTCTGGAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
11175 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * *
11239 ATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * * *
11292 GT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT
1 GTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
11356 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACGATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
11420 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * *
11473 GAAAACATATTTATTTTTTAAATAT-TCTAC-TATTAA-TTATCGAAATATTAAAAAATAAATAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
11535 T-TTGTGA-ATCGAAATAAACATGTATG-ACAGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCA
64 TATT-TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * ** * *
11597 TACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTTG
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
11652 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAGTT-GTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTA
* * ** *
11714 TTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
63 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** * * *
11777 TAGTAATTTCG-AATAGATAATTG-TCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCG
127 TAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * * * *
11832 ACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** * * * *
11897 TTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAAC
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
11961 GATTTGAAATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCA
131 GATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * *
12013 GTAAACATATCTACTTTTTAAAT-TAATTACTTATCAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
** * * * *
12076 TATTTTAACTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAAGTCAT
64 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
* * *
12141 AATTGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTT-G
128 AA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
12193 ATAAATAGATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAGATTAATATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
12253 ACTTTATTCCAAACACA-CTTATATGAACAAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
65 ATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-
* * * *
12317 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA-TATTTGAACTGGTTAG
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
12371 GTAAACAAAATT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTCA-T-TT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATT
* ** * *
12432 -TTTTAATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
65 ATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
12496 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCA
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * * * * * *
12551 ACAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
12616 TTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA
66 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
12680 CGATTTGAAGT-TACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCA
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
12729 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
12789 ATTTTATTTCAAATAAGCTGGAATG-ATAAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * **
12853 A-TTTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TTGTTTTA
129 ACGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * * * * * * * *
12907 GCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTAT
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
12971 TATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTAT
64 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*
13035 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC----T--A---GTTCA
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
13077 GTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * **
13141 GTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *** *
13205 AC-AGTTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAACCAATTTG
129 ACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * ** * *
13258 ATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTGGTTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATAT
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* * * *
13321 TATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTA-AGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
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*** * * * * * *
13385 ATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAAATTGTTCA
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* * ** * * *
13439 ATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTGTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * *
13504 ATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *
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129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * * * * *
13621 GTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTTC-T-TT--TTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
13682 TTTTA-CTCTGAATAAGTTTGTATCAACAGAAGCAGTTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAA
66 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
13745 CAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTGGTTCG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
13797 ATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** ** *
13857 ATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
65 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * *
13921 ATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* ** * *
13974 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** *
14039 TTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA----AT---
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * * *
14096 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCGCTCA
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
14147 GTAAATAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
14212 TTTTA-TTCTATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * **
14276 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTA
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
14328 GAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * *
14391 ATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
14455 ATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCT
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
14508 GTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
14573 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT--TAAAA-AAAAGGTCACAA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
14634 TGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTGTTCG
130 CGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * *
14686 ATAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* *
14749 -TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** *
14813 AAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* *
14865 GTAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTATT--AATATTAATAAATTTA-TA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTA
* * ** *
14926 TTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTA
63 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
14990 ATAGCGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCA
126 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
15046 TTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** *
15111 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
15175 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
15227 GTAAGCATATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAAAT-GATA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TA
* * * * * * * * *
15289 TTATTTTA-ATCGAATAAGCATGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAAA-AAAAAGTCA
63 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCA
* * * * *
15352 TAACAATTTGAAATAAAT-ATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTG
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * *
15406 ATGAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * * * *
15466 CTTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAG
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
15531 CTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * ** * * *
15583 GTAAATAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATT
* ** * * *
15647 AATTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC--AA-AAAA----AT
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * * * **
15703 ---GATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTA
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * ** *
15754 GCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * *
15819 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * **
15884 CTATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGTTTA
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
15935 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAGAGATTAATAAAATACTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
15999 ATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AG
65 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-
* * * * * * * *
16061 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAGC-TGATTTG
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* *
16116 GTAAAC-GATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * *
16180 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
16245 GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTCG
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* *
16296 GTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTA
1 GTAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA
*** * *
16358 TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTT
63 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC
* * * * *
16421 ATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCG
126 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
16477 ATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTTGGAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * *
16541 TATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAA
64 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * ** * *
16605 AATGATTTAAAATATAT-ATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTCG
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * *
16658 ACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * *
16723 TTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTA
66 TTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * *
16784 ATGATTTGAGATTGATAACTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
16837 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT-GATAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TAT
** * *
16900 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
64 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** ** * ***
16964 AATGATTTGAAATAGATAATCATTCATGTAGTC-TTACTATTTGAAAGGGTTCG
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** ** * * * * * * *
17017 ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * *
17082 TTTTA-TTCTGAATAAAATAGTACGAATAG-AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATA
66 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
17145 ACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
17198 GTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTA-AATATTAATAAAAGGTTAGA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAAT-AAA--TTAGT
* * ** * * *
17262 ATGATTTGAAAT-AGATAA--TTGT-TCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTA-G-CAAAT
62 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAATAG--A-AAC-AATTG---T--TTTATGACAAA-
* * * * * * * ***
17321 ACATTTATTTTTTAA-ATCTTACACTATTTTTTGGAAT--ATTATTAAATT--AATA-TTATTTT
116 ACA---A------AAGGTCATA-ACGA---TTTGAAATAGATAATT--GTTCAAATAGTCATAAC
17380 TATTCAAAT-AAGCTTGTAT-G
166 TATT----TGAA-CTTGT-TCG
* * * **** * * * **
17400 ATCATAAACA-A-TTATTTTATAAGAAAACAAAGATCATATTGA-TTTGAGATTGATATTTGTTC
1 ---GTAAACAGATTTATTTT-T--TAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAGA---ATA-TTAAT-
* * * * * * *** *
17462 ACA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTTTAGTTTTAA-ATGTCTTGCTTATT
54 AAATTAGT-AT---TATTT----TATTTC-AAATA-AGC-TT-GTATGAATA-G--AAAC-AATT
* ** * ** * ** * * * *
17525 AATTTT-TGA-AATATTAATAAAGT-AGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAAAT-GA
103 -GTTTTATGACAA-AACAA-AAGGTCA-TAACGATTTGAAATAG-ATAA--TTGT-TCAAATAGT
* * * * ****
17585 AATAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAG
160 CATAACTATTTGA--ACTTGTTC----G
* * * *
17612 GTCATGACA-ACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAATCTATTTGAACTTGTTT-G-AT
1 GT-A-AACAGA-TTT--AT---T--TT-TT-AAAT-CTCTTACT-TA-TT-AA-TT-TTTAGAAT
* * * * * ** * * *
17673 A--AATAGATTTA-TTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAAAGTTAATA-AATTACT
48 ATTAATA-AATTAGTATTATTT---T-ATTT-C-AAATAA--GCTTG-TA-TGAATAGAA--ACA
* * * * * ** * ** * ** * *
17734 ATTATTTTAT-TC-TAA-ATAAGCTTGT-ATGAACTAAAATA-ATTGTTTTATGACTAAACAAAA
100 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-T--C---A-AATA
* * *
17794 GGT-AGGAA-TAATTTGAAATTGATAATTG
158 -GTCA-TAACT-ATTTGAACTTG-T--TCG
* * * * * * ** * * *
17822 TTCTAATAG-TCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTAACGCATTTATTTTTCA-AAGCTCTTATT
1 GT-AAACAGAT-TT-ATT-TTTTAAAT--CTC--TT-ACTTATTAATTTTT-AGAA--TATTAAT
* * * * * * *
17885 AATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAA
54 AA-ATTAGTATTATT-TT-ATTT--C--------A-----AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
17950 TTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAG
101 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*
18014 TATTTGAA-TTGGTTTG
166 TATTTGAACTT-GTTCG
* * *
18030 ATAAACAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** ** * *
18090 ATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATGTCATA
65 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *** * *
18153 ATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCA
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** **
18206 GTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * *
18270 TTTTATTGCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAAT
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * ** * *
18335 GATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTT-A
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * *
18386 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * *
18450 ATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
18514 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCG
* * * *
18567 GAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATAAATAAATTTA-TAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * *
18629 TATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAACTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCAT
64 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
18693 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CATAACTATTTAAACATGTTTG
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
18746 GTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
18811 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAGGTCACAT
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
18875 TGATTTGAAATA-ATTATT-TACTCAAATTGTCATGACCATTTCAACTTGTTTG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGT--TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * ** ** * *
18927 ATAAATATTTTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATT-ATTTGCCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * **
18990 TTTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** *
19055 CAATTAGAAAT--A-AATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
19104 GTAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTAC---TT-A---TT--AATA--AAT---TT-GTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
19154 TTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTAT
66 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
19218 AGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAATTTATTCA
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * *
19272 TTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * ** * *
19337 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
19402 GATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTG
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * *
19452 ATAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTGTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * * *
19516 ATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGCTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
19581 CAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-T
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* ** ** * * **
19632 G-ATA-A-A--TA-TTAATAAAT-TAGTAC-TATT--TTATTTTGAACAACTTATATTAACAACA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAA-TA-TTA-A-TAA-ATTA
* * * * * ** * * * * * *
19687 ATATTGTTTTATTACAAAAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATTAATTGTT-T-A-AATAGAT
60 GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACA-ATT-GTT-TTATGACAA-A-AC
* * * * * * * * *
19749 ATAA--TTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATT-TTCTAAAT-CTCTTATAAAT-TTTCA
118 AAAAGGTCA--T-AACGA-TT-TG-AAAT-AGATAATTGTTC-AAATAGTC--ATAACTATTTGA
** * *
19809 AAATATT-A
173 ACTTGTTCG
* * * * * * * **
19817 ATAAATTAGTTTTACTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAGCTAAATAATTATTTATGACAAAACA
1 GTAAA-CAGATTTA-TTT-TTT---A-AATC-TCT-T-A-CTTATTAATT-TTTA-GA-ATATTA
* * * ** * ** * **** * * **
19882 A-AAGGTCAGAACAATTTAAGAT-AAATAA--TTGT-TTATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGT
52 ATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTT-TA-TGAC
***** * * **** * ** * * * *
19942 TCGGTAAATGGATTTATTTTTATATCTATTAGTTATTAATT-TTTAGAATA-TTACTAAATTAGT
113 AAAACAAAAGG--TCATAACGATTTGAAATAG--A-TAATTGTTCA-AATAGTCA-T-AACTA-T
** *
20005 ATT-ATTTTATTC-
169 -TTGAACTTGTTCG
* * *** * ** ** *** * *
20017 -TAAATAAGCTTGTA-TGGATAGAAACAATTGTTTTATT-ATAAAATAAAATGTT-ATAACAATT
1 GTAAA-CAGATT-TATTTTTTA-AATCTCTT-ACTTATTAAT-TTTTAGAATATTAAT-A-AATT
* * * ** * * * *
20078 TGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTT
59 AGTATTATTTTA-T-TTCAAATAAG-C-T---TGTATGAA-TA-----G-AAACA-A-TTGTTTT
* * ** * * * * * * *
20142 TTGA-AAAATAATTGCTTTATGATAGACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGGTCAA
108 ATGACAAAACAAAAG----GTCATA-AC----GAT-TTGA-AA--T-AGAT--A-A-TTGTTCAA
* * * * *
20206 ATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCA
155 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
20233 GTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-CTTTCGAAATAATAATAAAGTAGTAT
1 GTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
20296 TATTTTCTTGT-GAATAAGCTTTTCTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCT
64 TATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * *
20359 TAATAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCG
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * ** * * * *
20414 GTAAACACATTTATCCTTCCAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * *
20479 ATTTTATTCCGAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAGTTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
20544 CTATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * * * *
20596 ACAAATACATTTATTTTTTAAATC-CTT-C--ACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** *
20657 TTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAA-ATGATTGTTTTATGAGGAAAC-AAAGATCA
66 TTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * **
20718 TAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCCAATAGTCGTAACTATTTAAACTAGTTTA
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* ** * *
20773 GAAAACA-ACTTTA-TTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTGT
1 GTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * *
20835 TATTTTATTTCTTATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCAT
64 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
20899 AATGACTTT-AAATAGATAATTGTCCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACATATTTG
128 AACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * *
20953 ATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTAT
1 GTAAACAGA-TT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
21018 TATTTTA-TTCTGAATAAGATTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
64 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * ** * * * **
21081 TAACAATTTGAAGTAGATAATTATTGTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTA
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
21136 GCAAACACATTTATTTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
21197 TTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATAACAAAATAAATA--TGATAA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
* * * * * * * *
21260 TGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTT-AAGTTGTTTCA
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * *
21312 GTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** ** * * *
21373 TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGC
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
21438 GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGACATGATTATTTGAACTTGTTCA
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
21489 ATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
21554 TTTTA-TTCTAAATAAACTTGCATGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAGGATCATA
66 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATA
* * * * *
21617 ACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCTCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
21670 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * ** *
21735 -TTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAATTGTCATAAT
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
21799 TATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
21850 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAACAAAATAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * *
21914 ATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCATA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * **
21978 ACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTTAACTTGTTTA
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * * *
22031 ATAAACAAATTTATTTTTTATATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
22096 TTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
66 TTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
22160 CGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTTG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * ** * **
22212 GTAAA-TGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTTTTTATTAA-TTGTATGAATATTAATAAATTTTTAT
1 GTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
22275 TATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATA
64 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
22339 GCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCGTTCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
22392 ATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGAATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *
22452 ATACTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG-AACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
22516 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTGGCA-TTGCTCAA
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-G
** * * * *
22568 GCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
22632 ATTTTATTCCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
65 ATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
22696 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTA
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
22749 GTAAATATATTTATATTTTAAATCTCTTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
22778 ATGTTAGCAT
Statistics
Matches: 9962, Mismatches: 2238, Indels: 1424
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 27 0.00
164 2 0.00
165 37 0.00
167 5 0.00
168 58 0.01
169 113 0.01
170 13 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
Found at i:11052 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 8594--17253 Score: 6851
Period size: 541 Copynumber: 16.2 Consensus size: 538
8584 GTTTTATAGA
* * * *
8594 AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTG-TCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTT-TG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG
* * * * *
8657 ATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTGA-AATATTAATAGATTATTA-T-
65 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
8714 TTTTA-TTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
129 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
8778 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTAT
194 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTAT
* * * **
8843 TTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTCATTTTATTCCAAA
259 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATT-TGAA
*
8906 TAAGCTAT-TATG-A-A-AAA-AA-T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAA-A
320 TAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
8962 GATAATTGTTCATATAGTC-T--TTATTTGAA-TTG---G-CAAACAAATTTATTTTTT-AAT-T
384 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
9017 CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAA
449 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * *
9081 CAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAC
513 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
9106 AAAAGATTATAACAATTTGAAGT--TTAATTGTTC--ATAG------CTATTTGAACTGATCAGT
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGT
* *
9161 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTAT
66 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
9224 TTTA-TTCTGAATAAAATTGAATG-TTCA-AACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATA
130 TTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
9286 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAATAGATT
192 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACATATT
* * * **
9350 CACTTGTTAAATAACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
256 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* * * * * *
9414 ATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAG
319 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * **
9478 AGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGCTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAAT
383 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
9542 CTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAT
447 CT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
** ** * *
9607 GAACT-GAAACAATAATTTTACAATAGAAC
510 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
9636 AAAAGGTTATAAC-AATTGAAAATAGATAATTGTCCAAATAG---GAAC----CG-A---TTCAG
1 AAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAG
* * *
9689 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATTAATATT
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * **
9752 ATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGCTTGTA
128 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
9816 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCG--------ATGT
192 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTT
* * * * ** * * *
9873 ATTTTTTAAATCTCTAATATATCAAAATTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCT-AG
257 ATTTTTTAAATTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA-
* * * *** *
9937 ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-G-CATATTTATTTTAAATA
319 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * *
10000 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA-AT
384 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * ** ** * *
10064 TTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTA--ATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAA
449 TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * *
10127 CTA-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGC
513 -TAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * **
10152 CAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATATTC-TGAACTATTTGAATTGGTTTG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-GTTCA
* * * * *
10216 GCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAAT
64 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * *
10276 ATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATA
128 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA
* * * * * * * * * *
10339 ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTTTGATATACAGATT
192 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATT
* * * * *
10404 AAGTTTTTAAA-TCTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAA
256 TATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA
** * * *
10466 TAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAG
320 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * *
10531 ATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
385 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
**
10595 CCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
449 -TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
* *
10660 ATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAAC
512 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
10687 AAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAA
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG
* * * *
10752 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTAT
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
10817 TTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACG
130 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
10882 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGT-GTTCAAAAAATATATTTA-
195 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTCGATAAACATATTTAT
* **
10945 TTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTGAAATAA
259 TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAA
* * * * * *** *
11010 GCTTGCATGAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGAT
323 GCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * *
11074 AATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGAT-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCT
387 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-T
* * * * *
11138 TTCTCATTAATTTCTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
450 TACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-
*
11203 TA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAC
513 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * *
11228 AAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAG
** * * * * *
11293 T-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA
65 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
11357 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACGATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAA
129 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
11421 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTGGA-AAACATATTT
193 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACATATTT
* * * * * * * * *
11485 ATTTTTTAAATATTCTAC-TATTAATTATCGAAATATTAAAAAATAAATATT-TTGTGAATCGAA
257 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTG-A
* * * * * * * * *
11548 ATAAACATGTATG-ACAGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATA
319 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * ** * * *
11612 AATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
384 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-
11677 TTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAAGTT-GTATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGTA
448 TTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTA
* **
11739 TGAACAGAAA-AATCATTTTATGACAAAAC
509 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *** * * *
11768 AAAAGGTTATAGTAATTTCG-AATAGATAATTG-TCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTC
1 AAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC
* * * * * * *
11831 -GACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATAT
63 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
** * ** * * * *
11895 TATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATA
127 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
11959 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATAT
192 ACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATAT
* * * * * * * *
12023 CTACTTTTTAAATTAATTACTTATCAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTCG
255 TTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * **
12088 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAAGTCATAATTGATTTG-A
318 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-CAATTTGAA
* * *
12152 ATAAATAATTGCTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTT-GATAAATAGATTTA-TTTTTAAA
381 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
12214 TC--T-CTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAGATTAATATTACTTTATTCCAAACACACTTATA
446 TCTTTACTTATTAATTTTT--GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
* * * *
12276 TGAACAAAAAACATTTATTTTATGACAAAAC
509 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
12307 AAAAGGTCATTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA-TATTTGAACTGGTT-A
1 AAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA
* * *
12370 GGTAAACAAAATT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTCA-T-T
64 -GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTAT
* ** * *
12431 T-TTTTAATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
127 TATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
12495 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAACAAACAAA
190 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATA
* * * * * *
12560 TTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCT
254 TTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * * * * * *
12625 GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAG
317 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
12690 T-TACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
382 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
12751 TC--T-CTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTGGAAT
446 TCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
* * *
12813 G-ATAAAAAACAATTGTTATATGACTAAAC
510 GAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * * *
12842 AAAAGGCCATAA-TTTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGTTTT
1 AAAAGGTCATAACGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTC
* * * * * * * * * *
12906 AGCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTA
63 AGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
12970 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTA
126 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * *
13034 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AACTAGTT---C-A----G-TAAACAAAA
190 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATAT
* ** *
13087 TTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTG
255 TTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * ** *
13152 AATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAGTTTGAAA
318 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *** * * *
13216 TAGATAATTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGACTTATTTTTTAAA
382 TAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
** * * * * *
13280 TCTTTAACTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTA
446 TCTTT-ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
* *
13345 TGAACTA-AGACAATTGTTTTATGATAAAAC
509 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
*** * * * * *
13375 AAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAAATTGTTCA
1 AAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGTTCA
* * ** * * *
13439 ATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTGTT
64 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * *
13504 ATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGA
128 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
13568 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTT
192 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTT
* * * * * * *
13633 ACTTTTTAAATCTCTTT-CTT-TT--TTTTAG-AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGA
257 ATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGA
* * * * * * * * *
13693 ATAAGTTTGTATCAACAGAAGCAGTTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATA
319 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
13757 GATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAATTCTTAAATC-
384 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
**
13821 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGA
449 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGA
**
13883 ATAGAAACAATCATTTTATGACAAAAC
512 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * *
13910 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAG
* ** * *
13975 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** *
14040 TTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA----AT---G
130 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * * * *
14097 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCGCTC-AGTAAATAGATATAT
195 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATATTTAT
* *
14161 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATAT
259 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA-AT
* *
14225 AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
321 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
14290 TAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTT
386 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
14354 TACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAA
450 TACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * *
14418 CA-AAACCAATTTTTTTATGATAAAAC
513 TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
14444 AAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCTG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAG
* * * * *
14509 TAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
14574 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT--TAAAA-AAAAGGTCACAAT
130 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
14635 GATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA
194 GATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTA
** * ***
14699 -TTTTTAAATTTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAA
258 TTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAA
* *
14761 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAA
320 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
** * * *
14826 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTT
385 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T
**
14890 TTACTTATTAATTGTATT-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTAT
449 TTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTAT
* **
14952 GAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC
510 GAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
14982 AAAAGGTAATAGCGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAT
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAG
* * * * *
15047 TAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTAT
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** *
15112 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
130 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
15176 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTA-
194 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTAT
* * * *
15240 TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAAT-GATATTATTTTAATCGAAT
259 TTTTTAAA--TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTGAAT
* * * * * * * *
15304 AAGCATGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
321 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * *
15368 AT-ATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTGATGAACATATTTATTTTTTAAATC-
385 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
15430 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCCGAACAAACTTATATGAA
449 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * *
15493 CAAAAACATTTGTTTTATGATAAAAC
513 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
15519 GAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA-
* * * * ** * * *
15583 GTAAATAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTT
64 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATT
* ** * * *
15647 AATTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC--AA-AAAA----AT
128 ATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * * * * *
15703 ---GATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTT-TAGCAAACAAAT
191 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATAT
* * * * ** *
15764 TTATTTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTT
255 TTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * *
15829 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAG
317 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *
15894 TATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
382 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
15957 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGT
446 TCT-TTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGT
* * *
16021 AT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAAC
508 ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * **
16052 AAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAGCTGATTTG
1 AAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCA
* *
16116 GTAAAC-GATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
64 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * *
16180 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
129 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
16245 GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAC-TAATTTA
194 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAT-ATTTA
* * * * *
16309 TTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
258 -TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
* * ** *
16374 AAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATA
321 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * *
16437 AATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATC
384 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC
* * * * * * *
16502 TTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGA-TTGTAA
448 -TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTGTAT
* * * * * *
16566 G-ATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGAC
510 GAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * ** *
16595 AAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATAT-ATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTC-G
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG
* * * * *
16658 ACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTA
65 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * *
16723 TTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTA
129 TTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * * * *
16784 ATGATTTGAGATTGATAACTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT
192 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTT
*
16849 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGA
257 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA-TTTGA
* * **
16913 ATAAGCATGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
319 ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
** ** * *** * ** * *
16977 AGATAATCATTCATGTAGTC-TTACTATTTGAAAGGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTT
383 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
17041 TCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTAC
448 T-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTAT
* *
17105 GAATAG-AACTAATTGTTTGATGACAAAAT
510 GAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * **
17134 AAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG
* * *
17199 TAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTA-AATATTAATAAA
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAA
17254 AGGTTAGAAT
Statistics
Matches: 6569, Mismatches: 1219, Indels: 692
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
501 8 0.00
502 13 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGT
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTT
TTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCT
TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTA
TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAAC
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Alignment explanation
Indices: 17251--22777 Score: 2408
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17241 AAATATTAAT
* * * * * * *
17251 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * * * * *
17316 CAAATACATTTATTTTTTAAA--TCTTAC--ACTATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * *
17377 TTTTATTCAAATAAGCTTGTATG-ATCATAAACAATTATTTTATAAGAAAAC
130 TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
17428 -AAAGATCATATTGATTTGAGATTGATATTTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * *
17492 AAAACA-ACTTTA-GTTTTAAATGTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
66 TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
17555 TTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAA-ATGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
130 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
17607 AAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTT
1 AAAAGGTCATAATAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
17670 GATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTACT
64 AATAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
17734 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAAC
126 ATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
17790 AAAAGGT-AGGAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCA
1 AAAAGGTCA-TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * * * *
17854 ATTAAC-GCATTTATTTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAAT
65 ATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
17914 ATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC
129 ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * **
17967 -AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* *
18030 ATAAACAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** ** *
18091 TTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAAC
130 TTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *** * *
18142 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
** ** *
18207 TAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* **
18271 TTTATTGCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
131 TTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * ** *
18322 AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTT-A
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * *
18386 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTA
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
18451 TTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC
130 TTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
18503 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA
* * *
18567 GA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TAT
65 -ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * *
18629 TATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAACTATTTTATGACAAAAT
128 TATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * ***
18683 AAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CATAACTATTTAAACATGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * *
18747 TAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
18811 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAA
130 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * *
18863 AAAAGGTCACATTGATTTGAAATA-ATTATT-TACTCAAATTGTCATGACCATTTCAACTTGTTT
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGT--TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * ** *** *
18926 GATAAATATTTTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATT-ATTTGCCAAAATATTAATAAATTAATAT
64 AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * **
18989 TTTTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAAC
128 TATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** ***
19043 AAAAGGTCATAACAATTAGAAAT--A-AATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * *
19105 TAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTAC---TT-A---TT--AATA--AAT---TT-GTATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * **
19155 TTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC
131 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *** * * * *
19208 AAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAATTTATTCA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCA
* * * * * * *
19272 TTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATT
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * *
19336 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATGACAAAAT
129 ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * **
19389 AAAAGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * * * *
19453 TAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
19518 TTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGCTTTATAATAGAAC
131 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * **
19569 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
** ** * ** *
19634 T--A-A-A--TA-TTAATAAAT-TAGTAC-TATT-TTATTTTGAACA-ACTTATATTAACAACAA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAA-ATA-TTA-A-TAA-ATTAG
* * * * ** * * * * * *
19688 TATTGTTTTATTACAAAAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATTAATTGTT-T-A-AATAGAT
125 TATTATTTTATT-C-GAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACA-ATT-GTT-TTATGACAA-A-AC
* * * * * * * * *
19749 ATAA--TTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATT-TTCTAAAT-CTCTTATAAAT-TTTCA
1 AAAAGGTCA--T-AA-TAATT-TG-AAAT-AGATAATTGTTC-AAATAGTC--ATAACTATTTGA
** * * * * * *
19809 AAATATT-AATAAATTAGTTTTACTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAGCTAAATAATTATTTAT
56 ACTTGTTCAATAAA-CAGATTTA-TTT-TTT---A-AATC-TCT-T-A-CTTATTAA-T-TTT-T
** * * * ** * * * * **** *
19873 GACAA-AACAA-AAGGTCAGAACAATTTAAGAT-AAATAA--TTGT-TTATATAGTCTTAACTGT
107 GA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGT
* *******
19932 TTGAATTGGTTCGGT
168 TT-TA-TGACAAAAC
* * ** * * ** * * * *
19947 AAATGGATTTATTTTTATATCTATTAGTTATTAATT-TTTAGAATA-TTACTAAATTAGTATT-A
1 AAAAGG--TCATAATAATTTGAAATAG--A-TAATTGTTCA-AATAGTCA-T-AACTA-T-TTGA
** * * * *** * ** * *
20009 TTTTATTC--TAAATAAGCTTGTA-TGGATAGAAACAATT-GTT-TT-A-TTAT-AAA-A-TAA-
56 ACTTGTTCAATAAA-CAGATT-TATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * * * * ***
20063 AATGTTA-TAACAATTTGAAATAG-ATAA--TTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
118 AA-ATTAGT-ATTATTT-TATTCGAATAAGCTTGTAT-GAATAG--A-AAC-AATTGTTTTA--T
**
20123 CG-GTAAAC
173 -GACAAAAC
* ** ** * *** * *
20131 AGATTTATTTTTTGAAAAATAATTGCTTTATGAT-A--G-ACAAA-AGGTAATAA-TAATTTGAA
1 A-A--AAGGTCAT-AATAAT--TTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA-GTCATAACT-ATTTGAA
* *** * * * * ** * * * *
20190 ATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAA
57 CT---T-G-T--TC-AATAAACAGATTTATTT---TTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAA
* * * *** * * * * * *
20254 ATCTCT--T-AATTA-T-TAACTTTCGAAATAATAATAAAG-TAGTATTATTTTCTTGTGAATAA
110 ATAT-TAATAAATTAGTATTA-TTT---TATTCGAAT-AAGCTTGTATGA----ATAG-AAACAA
*
20313 --GCTTTTCTGAACTAAAAC
164 TTG-TTTTATG-AC-AAAAC
** * * * *
20331 AATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTAATAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AAAAG-GTCAT------A-ATAA--T-TTGA-AA---T--A--GATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * ** * * *
20396 ACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATCCTTCCAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTGGAA
47 ACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
20461 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAGTTATTATATGA
111 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
*
20526 CTAAAC
175 CAAAAC
* * * * * * * **
20532 AAAAGGTTAGAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTG
1 AAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * * *
20596 ACAAATACATTTATTTTTTAAATC-CTT-C--ACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* **
20657 TTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAA-ATGATTGTTTTATGAGGAAAC
130 TTTTAT-T-CGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA--ATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * *
20710 -AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCCAATAGTCGTAACTATTTAAACTAGTTTAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-
** * *
20774 A-AAACA-ACTTTA-TTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTT
65 ATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *
20836 ATTTTATTTCTTATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAACAAAAC
129 ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
20889 AAAAGATCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTCCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACATATTT
1 AAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
20952 GATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACT
64 AATAAACAGA-TT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
21016 ATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAAC
126 ATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * ** * * * * *
21072 AAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATTGTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * * *
21137 CAAACACATTTATTTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
21198 TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATAACAAAAT
131 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
21249 AAATA--TGATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTT-AAGTTGTTTC
1 AAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC
* * * * *
21311 AGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTATT
64 AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * *
21372 ATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
129 ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
*** * * * * *
21425 AAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGACATGATTATTTGAACTTGTTCAA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * *
21490 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
21554 TTTTATTCTAAATAAACTTGCATGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-
130 TTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
21605 TAAAGGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCT
1 AAAAGG-TCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
** * * * * * *
21668 CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAA
63 CAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
21733 TA-TTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAAC
128 TATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * ***
21786 AAATTGTCATAATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * * *
21851 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAACAAAATAGTATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
21916 TTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGTTTTATGATGAAAT
131 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * *
21967 AAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTTAACTTGTTTAA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * ** * *
22032 TAAACAAATTTATTTTTTATATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
22097 TTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
131 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * * ***
22148 AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTTGG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * ** * **
22213 TAAA-TGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTTTTTATTAATTGTATG-AATATTAATAAATTTTTATT
66 TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*
22276 ATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAAC
129 ATTTT-ATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * * * *
22328 AAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCGTTCGA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * *
22393 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
22454 ACTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG-AACAATTGTCTTGTGACAAAAC
131 TTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
22504 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTGGCA-TTGCTCAA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
** * * * *
22568 GCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTAGCAT
66 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
22631 TATTTTATTCCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
128 TATTTTATT-CGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * *
22685 AAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * *
22750 TAAATATATTTATATTTTAAATCTCTTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
22778 ATGTTAGCAT
Statistics
Matches: 4065, Mismatches: 955, Indels: 656
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 26 0.01
164 2 0.00
165 37 0.01
167 4 0.00
168 52 0.01
169 4 0.00
171 3 0.00
172 12 0.00
173 8 0.00
174 9 0.00
175 47 0.01
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182 86 0.02
183 285 0.07
184 40 0.01
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188 8 0.00
189 7 0.00
190 8 0.00
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203 19 0.00
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205 4 0.00
206 27 0.01
207 19 0.00
208 14 0.00
209 8 0.00
210 2 0.00
211 2 0.00
212 4 0.00
213 2 0.00
215 1 0.00
216 17 0.00
217 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
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* * * * * *
16809 AATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
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* **
16874 TTTTTGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATAAAAAACAATT
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* * * ** *
16939 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATGTAGTCTTACTAT
129 ATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCACATAGTCTAACTAT
* * * ** * * * * *
17004 TTGAAAGGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTAT
194 TTGAAAGAGTTCAAAAAACAGATTTATGTTTTAAATGTCTTAGTTATTAAGTGTTGAAATATTAA
* * *
17069 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAGAACTAATTGTTTGATGACAAAAT
259 TAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAGAAATAATTGTTTGATGACAAAAC
* *
17134 AAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
324 AAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGA
* *
17199 TAAATAGTTTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAAAGGTTAGA
389 TAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCTAAATATTAATAAAAGGTTAGA
17262 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
454 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
* * *
17287 AATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTAGCAAATACATTTATTTTTTAAA-TCTTAC-ACTATTT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAACTCTTACTACTAATT
* * * * *
17350 TTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATTCAAATAAGCTTGTATGATCATAAACAATTA
66 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTCAAATAAGCATGTATGATAAAAAACAATTA
* * * * * **
17414 TTTTATAAGAAAAC-AAAGATCATATTGATTTGAGATTGATATTTGTTCACATAGTCATAACTAT
130 TTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCACATAGTC-TAACTAT
** * *
17478 TTGAACTAGTTCAAAAAACA-ACTTTA-GTTTTAAATGTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATT
194 TTGAAAGAGTTCAAAAAACAGA-TTTATGTTTTAAATGTCTTAG-TTATTAAGTGTTGAAATATT
** ** * *
17540 AATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGTTTTTATGAA-ATGAAATAATTGTTTTATGACA
257 AATAAAGTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAAATAGTACGAATA-GAAATAATTGTTTGATGACA
* * * * * * *
17603 AAACAAAAGGTCATGACAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACTTGT
320 AAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGT
* *
17668 TTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTT
385 TTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
17714 TTGAAAGTTA
Statistics
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473 183 0.52
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ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (478 bp):
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TTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCACATAGTCTAACTATTT
GAAAGAGTTCAAAAAACAGATTTATGTTTTAAATGTCTTAGTTATTAAGTGTTGAAATATTAATA
AAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAGAAATAATTGTTTGATGACAAAACAA
AAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGATA
AATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCTAAATATTAATAAAAGGTTAGAAT
GATTTGAAATAGATAATTGTTCT
Found at i:18582 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 17261--22773 Score: 3197
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17251 AAAAGGTTAG
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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130 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
17577 TGAA-ATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
321 TGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** *
17617 GACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAG
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAG
* * * *
17679 ATTTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTACTATTATTTTA
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* * * * *
17743 TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-AGGAATAAT
125 TTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGAT
* * * * * * **
17806 TTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCA-ATTAACGCATTTATTT
188 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTTATTT
* * * * * * * * * *
17870 TTCAAAGCTCTTA-TTA--ATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGT
252 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGC
* * * *
17932 TTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCAT
316 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * *
17976 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTT-GATAAACAGA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG-TAAATAGA
* *
18039 TTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* ** ** * *
18100 TAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA
129 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
*** * * ** *
18164 TAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTTATTTTTTAAAT
194 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT
** **
18229 CTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTGTATG
259 CTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATG
* *
18294 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAA
323 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * ** * * * *
18332 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTTAGTAAACATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT
* *
18397 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * **
18462 ATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
131 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
*
18527 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-
196 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * *
18590 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCAT
260 TCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTAT
* * *
18654 GAATAGAACCAACTATTTTATGACAAAATAAAA-AGTCAT
322 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * *
18693 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT
* * * *
18757 AATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TC
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * * *
18820 AAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAGGTCACATTGATTTGAA
129 GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
18884 ATA-ATTATT-TACTCAAATTGTCATGACCATTTCAACTTGTT-TGATAAATATTTTTATTTTTT
193 ATAGATAATTGT--TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTT
* * * * * *
18946 AAATCT-TTACTTATT-ATTTGCCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCGAATAAGCT
255 AAATCTCTTACTTATTAATTT--TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCT
* * *
19009 TTTATGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
317 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * ** *
19053 AACAATTAGAAAT--A-AATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT
* * **
19115 TATTTGTTAGATCTTTTAC---TT-A---TT--AATA--AAT---TT-GTATTATTTTATTCAAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* ** * * ** *
19165 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAA
131 ATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * ** *
19230 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAATTTATTCATTAAACATATTCATTTTTTAAA
194 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * ** *
19294 TCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATA
258 TCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA
* ** * * *
19359 TGAATCGAAATGATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
321 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * ** *
19399 AACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTT-GATAAGCATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGAT
* * * * * *
19462 TTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCCG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * * **
19527 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGCTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
19592 AAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAA-ATA-TTA----ATAAAT-
195 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATC
** * * ** * * * *
19649 TAGTAC-TATTTTATTTT-GAACAACTTATATTAACAACAATATTGTTTTATTACAAAAAAAACT
260 TCTTACTTA-TTAATTTTAGAA-TA-TTA-A-TAA-ATTAGTATTATTTTATT-C-AAATAAGCT
** * * * * * ** *
19712 AATAATTATTTGAAATAGATTAATTGTT-T-A-AATAGATATAATTAT-TT
317 TGT-ATGAATAGAAACA-ATT-ATT-TTATGACAA-A-ACA-AAAGATCAT
* * * * ** * *
19759 GAACT-AGTTCAGTAAATA-A-AATTATTTTCTAAAT-CTCTTATAAAT-TTTCAAAAT-ATTAA
1 -AA-TGA-TT-TG-AAATAGATAATTA--TTC-AAATAGTC--ATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * * **
19818 TAAATTAGTTTTACTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAGCTAAATAATTATTTATGACAAAACAA
56 TAAA-TAGATTTA-TTT-TTT---A-AATCTT-T-T-A-CTTATTAA-T-TTT-TGA-AATA-TT
* * ** * * ***
19883 AAGGTCAGAACAATTTAAGATAAATAATTGTTTATAT-AGTCTTAA-C-TGTTTGAATTGGTTCG
105 AA--T----A-AA-TT-AG-T--ATTA-T-TTTAT-TCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-
* * *** * * ** * * *
19945 GTAAATGGATTTATTTTTATATCTATTA-GTTATTAAT-TTTTAGAATATTA-CTAAATTAGTAT
153 ---AATTGTTTTA-TGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATGATTT-GAA-A-TAGAT-AATT-GT-T
* ** * * * * * * *
20007 TATTTTATTC-TAAATAAGCTTGTA-TGGAT-AG-AAACA-ATTGT-TTTATTATAAAATAAAAT
206 CA-AATAGTCATAACT-A-TTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT-TATTT-TT-T-AAAT---CT
* ** ** * * * * *
20066 GTTA--TAACAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTAT-TTGAACT-AG-TTC
261 CTTACTTATTAATTT----TAGAAT-ATTAAT-AAATTAGT-ATTATTTTATTCAAATAAGCTT-
* * * * * * *
20124 GGTAAACAGATTTATTTTTTGAAA-AATAATTGCTTTATGA-TAGACAAAAGGTAAT
318 -GT--A-TGA---A-TA---GAAACAATTA-T--TTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * ** * * * * *
20179 AATAATTTGAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACTA-AT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAGAT
* * * * * * * *
20243 TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTGTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * *
20308 AATAAGCTTTTCTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTAATAATTTTAAA
130 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * **
20372 TCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATCCTTCCAAA
194 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTAT-TTTTTAAA
* * * * * *
20437 TCTGTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCGTGTA
258 TCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
20502 TGAATTGAAACAGTTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAG
321 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * *
20542 AACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTT-GACAAATACA
1 AA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGA
* * * * *
20605 TTTATTTTTTAAATC-CTT-C--ACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTC
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TC
** ** *
20665 CAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAA-ATGATTGTTTTATGAGGAAAC-AAAGATCATAATGATTT
128 TGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
20727 GAGATTGATATTTGTTCCAATAGTCGTAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACA-ACTTTA-TTTT
190 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATA-TTTATTTTT
** * * * ** *
20790 TAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCTTATAAGTT
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCT
* *
20855 TTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCAT
317 TGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * *
20899 AATGACTTT-AAATAGATAATTGTCCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACATATTT-GATAAATAG
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAG
* * * *
20961 ATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTA
63 A-TT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * **
21025 TTCTGAATAAGATTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATT
125 TTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * ** * * * * * *
21089 TGAAGTAGATAATTATTGTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTT
* * * * * *
21154 CAAAGCTCTTA-TTA--ATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTT
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTT
* * * * * *
21216 GTATGAAAAGAAATAATTATTTTATAACAAAA-TAAATATGAT
318 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * *
21258 AATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTT-AAGTTGTTTCAGTAAACAAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAATAGAT
* * * *
21322 TTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
** * * **
21383 AATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
21448 AGATAATTATTCATATAGACATGATTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAAATTCATTTTTTAAAT
195 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT
* * *
21512 CTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCAT
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* * * * *
21577 GGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAGGATCAT
322 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * ** * *
21616 AACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAA
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* * * * *
21679 TTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATA-TTTATTTT
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * ** * *
21743 GAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAATTGTCATAATTATTTGAGA
129 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * ** * * *
21808 TAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT
194 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
21873 CCCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAACAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATAT
259 CTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTAT
* * * ** *
21938 GAACT-GATATAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCAT
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** * * * * * * * *
21977 AACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTTAACTTGTTTAATAAACAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT
* * * ** * *
22042 TATTTTTTATATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TG
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTG
* * * *
22106 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * ** * ** *
22171 AAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATC
195 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATC
* ** * ** *
22236 TTTTTTTTATTAATTGTATGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATG
260 TCTTACTTATTAATTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATG
*
22301 AATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TTAT
323 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
*** * * * *
22338 AGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCG-TTCGATAAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGAT
* * * ** **
22402 TTAGTTTTTAAATC---T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATACTATTCCA
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * *
22463 AATAAACTTGTATGAATAG-AACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * ** * * *
22527 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTGGCA-TTGCTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT
195 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGAAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * *
22591 -TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAAAC-TAT
259 CTC-TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAAT-AAGCTTGT
* * * *
22654 ATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCAT
320 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * *
22695 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT
*
22760 TATATTTTAAATCT
66 TATTTTTTAAATCT
22774 CTTAATGTTA
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TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAAT
AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
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18962 TTTGCCAAAA
* ** * * *
18972 TATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTACTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCACTTTATGA
* * * *
19037 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTT
66 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTACAAATAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTATT
** * * * * *
19102 TGGTAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACT
131 CAGTAAACAGATTCATTTGTTAAATCTCTTAAT
** * *
19135 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTAT
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAAAAATCACTTTAT
* * * *
19200 GACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATA-ATTTAAA
64 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTACAAAT--A-AATTGTTCAAATAGTCATAA-AGATTTAAA
* * * *
19264 TTTATTCATTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAAT
125 CTTATTCAGTAAACAGATTCATTTGTTAAATCTCTTAAT
19303 TATTAAT
1 TATTAAT
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Statistics
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TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCACTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCATAACAATTACAAATAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTATT
CAGTAAACAGATTCATTTGTTAAATCTCTTAAT
Found at i:19753 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
19703 AAAAAAACTA
19713 ATAATTATTTGAAATAGAT
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*
19732 -TAATTGTTT-AAATAGAT
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1 ATAATTATTTGAA
19762 CTAGTTCAGT
Statistics
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ATAATTATTTGAAATAGAT
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21784 ACAAATTGTC
*
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1 ATAATTATTTCAGATAG
21827 TCATAACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTCAGATAG
Found at i:22049 original size:542 final size:535
Alignment explanation
Indices: 20211--22773 Score: 2294
Period size: 542 Copynumber: 4.8 Consensus size: 535
20201 GTCAAATGGC
* * * * * * *
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1 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
20275 GAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTGT-GAATAAGCTTTTCTGAACTAAAACAATTGTTT
65 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTT
* * * * * *
20339 TATGAAAAAACAAAAGGTCTTAATAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTG
128 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * ** * * *
20404 AACTTGTTCGGTAAACACATTTATCCTTCCAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATA
193 AACTTGTTCAATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATA
* * * * * * *
20469 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAGTTATTATATGACTAAACAA
257 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AA
* * * * * * *
20534 AAGGTTAGAACTATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTGACA
320 AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCA
* * * * *
20599 AATACATTTATTTTTTAAATCCTTC--ACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTT
385 AACACATTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* * * **
20662 GTCCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAAATGATTGTTTTATGAGGAAACAAA--GATCATAATGAT
450 -T-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA--ATTATTTTATGACAAAACAAATTG-TCATAATGAT
* * * * *
20725 TTGAGATTGATATTTGTTCCAATAGT
510 TTGAGATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * * * * **
20751 CGTAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAACTTTA-TTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTG
1 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * *
20815 AAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCTTATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTA
66 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
20880 TAACAAAACAAAAGATCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTCCAAATAGTCA-AATCTATTTG
130 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG
* * ** * * * * * *
20943 AACATATTTGATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAAT
193 AACTTGTTCAATAAACA-AATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAAT
* *
21008 AAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGA-TTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAA
256 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA
* * * ** * * * *
21071 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATTGTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTA
318 -AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * *
21136 GCAAACACATTTATTTTTCAAAGC--TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
382 GCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
21199 TTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATAACAAAATAAATATG--ATAATG
447 TT--TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAT-TGTCATAATG
*
21262 ATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAAT
508 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAAT
* * *
21290 AATAACTATTT-AAGTTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
1 CATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * *
21350 AAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTT
65 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
21415 ATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGACATGATTATTTGA
129 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
21480 ACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
194 ACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAA
* * *
21545 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAG
259 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAG
* * * * * * *
21610 GATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCTCGGTAA
323 G-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAA
* * * *
21674 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATATTTA
386 ACACATTTATTTTTTAAATC-TTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-
* * ** * *
21739 TTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAATTGTCATAATTATTT
448 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTT
* *
21804 GAGATAGATAATTATTCAGATAGT
512 GAGATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * *
21828 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTG
1 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
21893 AAATATTAACAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTA
66 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * * * *
21958 TGATGAAATAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTTAA
130 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
22023 CTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTATATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAAT
195 CTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAAT
* * * * *
22088 TAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
260 TAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAA
* * * * * * *
22152 AGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTTGGTAAA
322 GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAA
*** * * * **
22217 TGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTTTTTATTAATTGTAT-GAATATTAATAAATTTTTATTATTTT
387 CACATTTATTTTTTAAATC--TTTCTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ***
22281 AATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATT
449 --TTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATT
* *
22345 TGAAATAGGTAATTATTCAAATAAT
511 TGAGATAGATAATTATTCAAATAAT
* * *
22370 CATAACTATTTGAACTCG-TTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTT
1 CATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** * * * *
22430 GAAATATTAATAAATTAGAATTATACTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAACAATTGTCTT
65 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA-AACAATTGTTTT
* ** * * *
22494 GTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTGGC
129 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * *
22559 A-TTGCTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
194 ACTTGTTCAA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATA
* * ** * * *
22622 AACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
257 AATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-A
* * * * *
22686 AATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGT
320 AA-GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGC
* * *
22751 AAATATATTTATATTTTAAATCT
384 AAACACATTTATTTTTTAAATCT
22774 CTTAATGTTA
Statistics
Matches: 1645, Mismatches: 321, Indels: 119
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
532 1 0.00
533 11 0.01
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535 13 0.01
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544 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATT
AGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAGGTC
ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACACA
TTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTCGAAT
AAGCTTGTATGAACAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAGATAGAT
AATTATTCAAATAAT
Done.