Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168237.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_47, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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File 1 of 2
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20 TTATTCGGAT
* *** * * * *
30 TAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TCGGTAATTAATAAGTAA-AAAATTGAAAAAATAAATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATA
* * ** *** * * **
93 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGTGCAATTATTTACTTT-AGATTGTTATG
65 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATG
* * * * ** * *
157 ACTTTTTGTTTTATCAT-AAATAATTGTTTCT-GTTCATACATGTTT-GCTCATAT
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTTGA-AA
* * * * * *
210 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAGTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT
* * *
275 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTGATTCCAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
66 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
340 CTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAG
131 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGAAA
* * * * * *
393 TAAAATAATACTAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAA-GAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * *
457 GTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAGTTATCTATTTTAAAACATTATGAC
66 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
522 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GCTCATGCAAGCTTATTTTGGAA
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTA-TTTGAAA
* *
574 TAAAATAAT-GTAAATTTATTAATATTC-AAAAA--ATTAA-T--GAG--------AAA-AAA-A
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATA
* * * * * * * *
622 TGTTTTCTGAATATGTGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTCAT
65 TGTTTACCGAACA--AGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
686 GACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATAGTTTCTA-TTCATTA-AAGATTA-TCGCGAA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCA-TACAAGTTTATTTG-AAA
* * * * *
741 TAAAAATAATACTAATTTATTAAAATACTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--TAAAATAAATC
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATA
* * *** * * * *
804 TATTTAAC-AGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-A
65 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * **
867 TTCTTTATGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTACTATCATACAAGTTTATTCAAAA
130 -CCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGTTTATTTGAAA
*
921 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-ATGGAGATTT-AAAAAATAAATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAAATAAATA
* * *
984 T-ATTACCAAACAAGTTCAAAATAGTCA-GTCC-ATTGTG-ATACCGTATTATCTATTTCAAATC
65 TGTTTACCGAACAAGTTC-AAATAGTTATG-CCTATT-TGAATA----ATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * ** * * *
1045 ACCATATAACATTTTGTTTTTGTCATAAATCAACTATTTTA-CTCATACAAAAATTA-GTCAGA
123 A--TTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC-AAGTTTATTTGAAA
* *
1107 TAACAA-AATTACCTAATGTATT-ATATT-TCAAAAATTAATAAGT--G-CATTTAAACAAAAT-
1 TAA-AATAA-TA-CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAAATA
* * * * **
1165 -CTA--TTTACCAAACCAAATTGTTTAAAAATAGTTATGACTAGCTTCAAATAAATTATCTAATC
61 AATATGTTTACCGAA-C-AA--G-TT-CAAATAGTTATGCCTA--TTTGAAT-AATTATCT-AT-
* *
1227 TTC-AATCAATATGA--TTTTG-TTT-TCATAAAATAA-T-TTTTATGTTCACTA-AAGTTTCA-
115 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCA-TACAAGTTT-AT
* *
1283 TTCAGAG
177 TTGA-AA
* * ** * *
1290 TAAAATATTTGCTAAACTAAATTAA-AATCTAAAAATTACATAAGTAAGAGATCTTAAAAATAT-
1 TAAAATA-ATACT-AA-TTTATTAATATTCTAAAAATTA-ATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAAATA
* * * * * * *
1353 AATGTGTTTGCC-AACTAG-TCTAATAGTAGTTAAGACTCTTATAGAACGAATTATCTATTTCCA
61 AATATGTTTACCGAACAAGTTC-AA-A-TAGTTATGCCTATT-T-GAA-TAATTATCTATTT-CA
** * *** * * *
1416 AATTGTTTTGGACCTTTTG-TTTGTCATAAAA-AAAAATTTTAGTTCATACAAGGCCTAATTTCA
119 AATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA-G-TTTATTTGA
1479 AA
181 AA
** * * *
1481 TTCAATAATA-TAATTTATTAACATTC-AAAAAGTTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAT-AAAT
* ** * * *
1544 CTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG
64 ATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
1609 ACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAAAAAAGCTTATCTGAAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGAAA
* * *
1663 TAAAATAATAATACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTTGAA-A-ATTTAAAAAAATAAA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-T-AAGAGATTTAAAAAAATAAA
** * *
1725 TCA-GTTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
63 T-ATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** *** ** **
1787 TATAAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGACTATTCAAAA
125 TAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGAAA
* * *
1846 TAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATT-AAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT
* ** * * * * * *
1909 GCTTATTGAACTAA-TTTAAATAGTTAT-CACTATTTGAATAATTATATATTTTAGATCCTTATA
66 GTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGC-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * *
1972 ACCTTTTATTTTGTTGTGAAACAATTATTTATA-TTC-TTCTAAGTTTATTTGAAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAC-AAGTTTATTTGAAA
* * * * * *
2026 -AAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT
* * * * * * * *
2089 ATTTGCTGAACTAA-TTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATGTATTTCAAAT-AGTTATG
66 GTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* *
2152 ACCTTTTTGTTATGTCATAAAACAAATGTTT
129 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
2183 CAAATAGTTA
Statistics
Matches: 1525, Mismatches: 304, Indels: 287
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
166 13 0.01
167 41 0.03
168 66 0.04
169 7 0.00
171 4 0.00
172 1 0.00
174 2 0.00
175 3 0.00
177 1 0.00
178 6 0.00
179 116 0.08
180 232 0.15
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183 209 0.14
184 79 0.05
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186 76 0.05
187 71 0.05
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191 22 0.01
192 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT
GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGAAA
Found at i:938 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 638--961 Score: 442
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
628 CTGAATATGT
*
638 GTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGTCATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 GTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTCATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * **
703 TAAACCAATAGTTTCTATTCATTAAAGATTATCGCGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATA
66 TAAAACAATAGTTACTATTCATTAAAGATTATCGAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATA
768 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATCTATTTAACAGTGA
131 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATCTATTTAACAGTGA
* * * *
817 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-ATTCTTTATGTTTTG
1 GTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTCATGA-CCTTT-TGTTTTG
* * *
881 TCATAAAATAATTGTTACTA-TCA-TACAAGTTTATTC-AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
63 TCATAAAACAATAGTTACTATTCATTA-AAGATTA-TCGAAAATAAAAATAATACTAATTTATTA
* *
942 ATATTCTAAAAATTAATAAG
126 AAATACTAAAAATTAATAAG
962 ATGGAGATTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 14, Indels: 10
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 81 0.64
180 20 0.16
181 25 0.20
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTCATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATAGTTACTATTCATTAAAGATTATCGAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATA
CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATCTATTTAACAGTGA
Found at i:1900 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1484--1906 Score: 453
Period size: 183 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
1474 TTTCAAATTC
** * *
1484 AATAATATAATTTATTAACATTCAAAAAGTTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAAATCTGTT
1 AATAATATAATTTATTAATTTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAAT-AAATCAGTT
* * * * *
1549 TACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCAT
64 TACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCAT
** *
1614 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAAAAAAGCTTATCTGAAATAA
129 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTACATCAAAAAAGCTTATCTAAAATAA
* * *
1666 AATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGT-TGAAAATTTAAAAAAATAAATCAGT
1 AATAAT-ATAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AAATTTAAAAAAATAAATCAGT
* * * * *
1730 TTATTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAT
63 TTACT-AAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-AAC
** * * * *
1794 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGAC-TAT-TCAAAATAA
126 CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTACATCAAAAAAG-CTTATCT-AAAATAA
* *
1849 AATAATACTAATTTATTAATTTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAA-TT-AAAAAATAAAT
1 AATAATA-TAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAAATAAAT
1907 ATGCTTATTG
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 30, Indels: 21
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
181 11 0.05
182 83 0.41
183 98 0.49
184 9 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AATAATATAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCAGTTTA
CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTT
GTTTTATCATAAAACAATTGTTTTACATCAAAAAAGCTTATCTAAAATAA
Found at i:2197 original size:78 final size:77
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Indices: 2103--2259 Score: 269
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 77
2093 GCTGAACTAA
* * *
2103 TTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATGTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTTGTTATGTC
1 TTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGA-CATTTTGTTATATC
2168 ATAAAACAAATGT
65 ATAAAACAAATGT
*
2181 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTATATCA
1 TTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTATATCA
2246 TAAAACAAATGT
66 TAAAACAAATGT
2258 TT
1 TT
2260 TTGTTCATAT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 4, Indels: 1
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
77 27 0.36
78 48 0.64
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (77 bp):
TTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTATATCA
TAAAACAAATGT
Found at i:2728 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 2284--3087 Score: 571
Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 176
2274 CTGTTCTGAA
* * * *
2284 TAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATGTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * * * *
2344 GTTTACCAAACCAA--TCAAATGGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
65 ATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAGC-TTATGA
* * * * ** * * * * **
2407 CCATTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTGATACATTCTTAGTCGGAA-
128 CCTTTTGTATTCTTATAAAATAATT-TTTATGTTCATACA-AGTTA-TC--AAT
* * * * * **
2460 TAAAGTAATGCTAATTTAATGATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTA
1 TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
** * * * * ** *
2525 -TTAGCCTCACCAGTACAAATAGTTATAATTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGAC
66 TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAGC-TTATGAC
* * *
2589 CTTTTGTATTCTTACAAAATAATTGTTTATGTTCGTACAAGTTGACTCGAAA
129 CTTTTGTATTCTTATAAAATAATT-TTTATGTTCATACAAGTT-A-TC-AAT
* *
2641 TAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
1 TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * * *
2706 TTTATCAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTTTAACAATTATTTAATTTCAAATTGC-TATA
66 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTAAACAATTATTT-ATTTCAAA--GCTTATG
* * * * *
2770 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATATTTTTGTATTCATACAAGCTTATTTCAAT
127 ACCTTTTGTATTCTTATAAAATA-ATTTTTATGTTCATACAAG-TTA--TCAAT
* * * * *
2824 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAT-ACAACTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCT
1 TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTC-TCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * *
2887 ATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-
65 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAGC-TTATGAC
* * * *
2951 CTTTT-TGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAT
129 CTTTTGTATTCT-T-ATAAAATAATT-TTTATGTTCATACAAG-TTA-TCA-AT
* *
3004 TAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT-AAAC
1 TAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTCAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATC
* *
3066 ATGTTTATCAAACAAGTTCAAA
64 -TATTTACCAAACAAGTTCAAA
3088 CAGTCATATC
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 97, Indels: 55
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 34 0.07
178 6 0.01
179 17 0.03
180 107 0.21
181 184 0.37
182 54 0.11
183 90 0.18
184 7 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAGCTTATGACCT
TTTGTATTCTTATAAAATAATTTTTATGTTCATACAAGTTATCAAT
Found at i:2983 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2653--5929 Score: 673
Period size: 181 Copynumber: 18.2 Consensus size: 179
2643 ACATAATTCT
* *
2653 AATTTATTAATATTCCCAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCAAACA
1 AATTTATTAATATT--CAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * *
2717 AGTTGAAATAGTTATGACTATTTTTAACAATTATTTAATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCT
* *
2782 GTCATAAAATATATTTTTGTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACA
128 ATCATAAAAAATATTTTTG--TTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACA
* * *
2836 AATTTATTAATATTCATACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAG
1 AATTTATTAATATTCA-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * *
2901 TTCAAATAGTTATGACTA-TTTAAATAATTATTT-ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTAT
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTAT
* **
2964 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATT
130 CATAAAA-AA-TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* *
3016 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA-CATGTTTATCAAACA
1 AATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATC-TATTTACCAAACA
* * * * * * * * **
3080 AGTTCAAACAGTCAT-ATCTA-CTTGAATAATTATAT-ATTTTAAAT---TATAAAACAATTG--
63 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTAT-AACCTTTTGTT
** * *** * * * * *
3137 -TATCAGT-TCATATAGGCTTATTCA-A-AA---TA---AAATTATACTAAT--T
126 CTATCA-TAAAAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* * * * * ** * * *
3180 TA-TTAAT-AT-TCCAAAAATTAATGAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAG
1 AATTTATTAATATTCAACAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * ** * *
3242 GTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-ATTTGTTT-ATTTCAAAAT-ATTATAA-CTTTCTATTTT
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTC-AAATCGCTATAACCTTT-TGTTCT
* * * * ** **
3303 GTCATTAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTCATTCGGATT-AAATAATATT
128 ATCA-TAAA-AAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* * * * *
3356 AATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAG-AAATATATTTTCAAAATAAATATGTTTACCAAAC
1 AATTTATTAATA--TTCAACAATTAATAAGTAAA-AGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * * * * *
3419 AAGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGC-AT-ATCTATTTAAA
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCT-TTT--G
** * *
3480 TAAT-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTGTATTAGTTCATA
124 T--TCTATC-A--T-AAA---AAAT-A--TTTT-TGT--TCAT---ACAA--G-CTTA--T--T-
* **
3544 TAGGCTTATTTGAAATAAAAAAATTTA
163 TA-G---A--T----TAAAATAATACA
* * * *
3571 AATTTATTAATATTC--CAA-AAATTAA-TGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTC-
1 AATTTATTAATATTCAACAATTAA-TAAGT-A-AAAGA-TTTAAAAATA--AATCTATTTAC-CA
* * * * * * *
3631 AACAAGTTCAAATGGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGATATGACTTTTTG
59 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTG
* * * * * * *
3694 CTT-TGTCATAAAATATTTGTTTATGTTCACACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATA
124 -TTCTATCATAAAAAATAT-TTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* * * * * * * *
3752 AATTTGTTAACATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAA-TTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAC
1 AATTTATTAATATT-CAACAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-
* * * * * *
3816 A-TTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCT
* * * * * * * * **
3878 GTCATAAACCAATCGTTTCTATTCACACAAG-TGTA-TTCGAAATAAAATAATATT
128 ATCATAAA-AAAT-ATTTTTGTTCATACAAGCT-TATTTAG-ATTAAAATAATACA
* * * * *
3932 ATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATTTATTTACGAAGCA
1 AATTTATTAATATT-CAACAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * * * * *
3996 AGTTCATATCGTTATAACTA-TTTGAACAATTATTT-ATTTCAAATAGTTATGATCC-TTCGTTT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTAT-AACCTTTTGTTC
* * * * * * * * * *
4058 TGTCATAACACAATTATTTCTCTTCATACAAGTTTAGTCATAATAAAATAATACT
127 TATCATAA-A-AAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* * * * * * * *
4113 ATTTTAGTAATATTCTAAAAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAA
1 AATTTATTAATATTC-AACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * ** * * * * * * *
4178 GTTCAAATAGTTATGTCCA-TTTAAACAATTA-TCCATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTA
** * * * ** * * *
4241 TCATAAAGTAAATGCTTCTATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATACT
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* ** * * * *
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1 AATTTATTAATA--TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACC-AAAC
* * * * * *
4354 -AGTTCAAATAGTTATGACTA-CTTGAACAATTATTT-ATCTCAAATCGTTATGA--TATTTATT
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCT-TTTGTT
* * * * *
4414 TTGTCATAAAACAAT-TGTTTCT-TATCATGCAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACT
126 CTATCATAAAA-AATAT-TTT-TGT-TCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* * * * * * * ** * *
4470 AATTCAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAGAAAATACATGTGCTTGCCGAACTA
1 AATTTATTAATATT-CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATCTATTTACCAAAC-A
* * * * * * * *
4535 A-TTCAAATAGTTAAGACTA--TTAGAATAGTTATTT-ATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTATT-
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTTA-AACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTC
* * * * * *
4595 TAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATA
127 TA-TCATAAAA-AA-TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* * ** * *
4651 AATTTATTAATATTCCAAAAATGAATTGGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
1 AATTTATTAATATT-CAACAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * * * *
4716 AGTTCAAATA-TATTTCAC-AATTTGAACAATTATCT-ATTT-AACGTTGGTA-AGACCTTTTGT
63 AGTTCAAATAGT-TATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAA-ATCGCTATA-ACCTTTTGT
* * * ** * * * *
4776 TTTGTTATAAAACAAT-TGGTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAATAATAC-
125 TCTATCATAAAA-AATAT--TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* * * * *
4832 TATTTGTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAACT-AATGCTATTTTCCAAAC
1 AATTT-ATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAAT-CTATTTACCAAAC
* * * * ** * * **
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* ** ** * ** * *
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* * * * * * ** *
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* ** * * * * ** * *
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** * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * ** * * *
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63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCT
* * * ** **
5311 GTCATAAAACAAT-TGTTTTAGTTCATAAAATCTTATCCA-AAGAAAATAATACA
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* * *
5364 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-AAA--TAGTTTACTAAATC
1 AATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTA-TTTACCAAA-C
* * * * * ** * * *
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* ** * *** * * * * *
5488 TGTCATCAAACAGTTGTTTTTCAACATACGAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
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* * *
5543 AATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAATTAAATCTATTCGT-CGAACC
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* * * * * *
5603 GA-TTCAAAT-GTTATGACTA-TTTGAATAATTATTT-ATTTAAAATC-ATCATGACCTTTTGTT
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* * * * ** * * *
5663 TTGAT-ATAAAACAAT-TGTTTTAGTTTATAAAAACTTATCGAAAATAAAATAATACT
126 CT-ATCATAAAA-AATAT-TTTT-GTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
* * * * * * * **
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1 AATTTATTAATA--TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * * * * ** * * *
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62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTC
* *
5845 TATCATAAAATAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT
127 TATCATAAAA-AATAT-TTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAG-ATTAAAATAATACA
*
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5930 GATTTAAAAA
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TCAAATAGTTATGACTATTTTAAACAATTATTTAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTATC
ATAAAAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACA
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2814 TTATTTCAAT
* *
2824 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTAT
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* * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * * **
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* * *
3228 GTTTACCAAATAAGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-ATTTGTTTATTTCAAAAT-ATTATA
64 ATTTACCAAATAAGGTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATTTATTTC-AAATCATTATA
* * * * * *
3291 ACTTTCTATTTTGTCATTAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTCATTCGGATT-AAATAATAT
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* * * *
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* * *
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TTACCAAATAAGGTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTT
TCTATTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTCATTCAGATTAAAATAATATTAAT
TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAACATGTTTACCAAACAAGTT
CAAACAGTCATAACTACTTGAATAATTATATATTTCAAATTATAAAACAATTGTATCAGTTCATA
TAGGCTTATTCAAAA
Found at i:3458 original size:16 final size:16
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Period size: 16 Copynumber: 3.6 Consensus size: 16
3427 ATAGTCATAA
*
3437 CTATTTGAATAATTAT
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*
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CTATTTAAATAATTAT
Found at i:3473 original size:18 final size:19
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3437 CTATTTGAAT
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*
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1 AATTATCTATTTCAAATTG
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Statistics
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AATTATCTATTTCAAATTG
Found at i:3482 original size:34 final size:35
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3412 ACCAAACAAG
* *
3422 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
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*
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Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 2
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TTCAAATTGTCATAACTATTTAAATAATTATCTAT
Found at i:3503 original size:17 final size:17
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3439 ATTTGAATAA
3449 TTATCTATTTCAAATTG
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* **
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1 TTAT
3504 GACCTTTTGT
Statistics
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TTATCTATTTCAAATTG
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Alignment explanation
Indices: 3125--3858 Score: 969
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3115 ATTTTAAATT
* **
3125 ATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATTATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAACTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATT
* * *
3190 CCAAAAATTAATGAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGGTCAAATAGTTAT
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* * * *
3255 GACTATTTGAAAATTTGTTTATTTCAAAATATTATAACTTTCTATTTTGTCATTAAATAATTGTT
131 GACTATTTGAAAATTTATCTATTTCAAAATATTATAACTTTCTACTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * * * * ***
3320 TTTGTTCATACAAGCTCATTCGGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
196 TATGTTCACACAAGCTCATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG
* *
3385 AAATATATTTTCAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAT
261 AAATATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAT
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3515 TCATC
391 TCATC
* ** *
3520 ATAAAACAACTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAAAAAT-TTAAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAACTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAAAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *
3584 TCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTC-AACAAGTTCAAATGGTT
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* * * * *
3648 ATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATTGA-TATGACTTTTTGCTTTGTCATAAAATATT
129 ATGACTATTTGAA-AATTTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACTTTCTACTTTGTCATAAAATAAT
* * *
3711 TGTTTATGTTCACACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTGTTAACATTCCAAAAATTA
192 TGTTTATGTTCACACAAGCTCA-TTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTA
* * * * *
3776 ATAAGTTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTT
256 ATAAG-AAATATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCATAACTATTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (395 bp):
ATAAAACAACTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATT
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TATGTTCACACAAGCTCATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG
AAATATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATTGCATATCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
TCATC
Found at i:3885 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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3461 AATTGCATAT
* * * ** *
3471 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTGTATT
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* * * * * *
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* * * * *
3598 AGTAAGAGA-TTTAAAATATGAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATGGTTATGA
128 AGTAA-A-ATTTTAAAA-ATAAATATGTTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
3652 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGATATGACTTTTTGCTTTGTCATAAAATATTTGTTTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* ** * *
3717 TGTTCACACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAACATTCCAAAAATTAATAAG
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*
3781 TTAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACATTCAAATAGTTATGA
130 -TAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACA-ATTCAAATAGTTATGA
* * *
3832 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATCGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * * *
3897 TATTCACACAAG-TGTATTC-GAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
66 TGTTCATACAAGCT-TATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
3960 GTAAAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACGAAGCAAGTTCATATCGTTATAA
129 GT-AAAATTTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * *
4013 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCC-TTCGTTTTGTCATAACACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
4077 CTCTTCATACAAGTTTAGTCATAATAAAATAATACTATTTTAGTAATATTCTAAAAATTAATACG
65 ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* ** * *
4142 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGT
130 T-AAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * * * * ** * * *
4194 CCATTTAAACAATTATCCATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGTAAATGCTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * ** * ** ***
4259 TATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTTTGAAAATTAATAAG-
66 TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
4323 -AGA-TTTAAAAACCAAATTTATTTGCCGAAACAGTTCAAATAGTTATGA
131 AAAATTTTAAAAA-TAAATATGTTT-ACTAAACAATTCAAATAGTTATGA
* * * * *
4371 CTACTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
4434 CT-TATCATGCAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAGTAA
65 ATGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * ** *
4498 GTAAGAGA-TTTAGAAAATACATGTGCTTGCCGAACTAATTCAAATAGTTAAGA
129 GTAA-A-ATTTTA-AAAATAAATATGTTTACTAAAC-AATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * * *
4551 CTATTAGAATAGTTATTTATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTT-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * * **
4615 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATTG
66 T-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * *
4679 GTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-TATTTCA
129 GTAA-A-ATTT-TAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA-TTCAAATAGT-TATGA
* * * * * *
4733 CAATTTGAACAATTATCTATTT-AACGTTGGTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * * *
4797 CA-GTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAATAATACT-ATTTGTTTAATATTTCAAAAATTAATA
64 TATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * *
4860 AGTAAGAA-TTTAAAAACTAATGCTAT-TTT-CCAAACCAGTTTAAATAG-T-TGA
128 AGTAA-AATTTTAAAAA-TAA--ATATGTTTACTAAA-CAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
4911 CTATTTGAACAAATAACAATCTCAAATCA-TTAAGATC-TTTGTTTTCG-CATAAAACAACTATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTT
* ** * * * * *
4973 TTTGACCATATAAGCTTATCCAG-ATAAAAATAATACTAATATAATAATAGTCCAAAAATTAATA
64 TATGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * *
5037 AG--AGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGA
128 AGTAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-AAAC-AATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
5087 CTATTGGAATAATTATCTATTTTAAGTCA-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCA-AACAATAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTT
* * * *
5150 TCA-ATTCAAACAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
64 T-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
5212 AGCATGAGATTTGACAAAATAAATCTATTTACCT-AACAAGTTTAAATAGGTATAA
128 AG--TAAAATTTTA-AAAATAAATATGTTTA-CTAAACAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * *
5267 CTATTTGAAAAATTATCTATCTAAAATCA-TTATGA-C-ATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
5329 -TAGTTCATAAAATCTTATCCA-AAGAAAATAATAC-AACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 AT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* *
5391 AGTAAAAGATTTTAAAAA-AAATA-GTTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATGA
128 AGT-AAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
5443 CCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCATTTGTTTTGTCATCAAACAGTTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *** * * * *
5507 TTCAACATACGAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG
65 ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
5572 --AAA-TTTAAAAATTAAATCTATTCGT-CGAACCGATTCAAAT-GTTATGA
130 TAAAATTTTAAAAA-TAAATATGTT--TACTAAACAATTCAAATAGTTATGA
* * * *
5619 CTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCA-TCATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTT
* * * * * * ***
5682 T-TAGTTTATAAAAACTTA-TCGAAAATAAAATAATACTAATTTCTCAATATTTTGAAAATTAAT
64 TAT-GTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * * *
5745 AAGCAAAAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACAAATTCAAATAGTTACGT
127 AAGTAAAA-TTT-TAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-AATTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
5800 CTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
5864 CTGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
65 ATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * *
5928 GT--GA-TTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAATTATTG-
129 GTAAAATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACT-AAACAATTCAAATAGTTA-TGA
* * * * *** * * *
5977 CCATTTCAATACA-TATCTATTTCAAATCATTGTTCATGTAACAAGTGTTTT-TTATCATACAA-
1 CTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAAT-A--GTT-ATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * * *
6039 -GCTTA--TTCA-A-AA---TA-AAATAATACAAA-ATTATTAATCTT-TTAA-A----AACTAA
60 TGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA-AAATAATACTAAT-TTATTAATATTCCAA-AAA
* * ** * * * *
6088 -TAAGTAAG-AGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTAATGAATCAATTTAAATAGTTATGA
122 TTAA-TAAGTAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAATTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * *
6144 CTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTATTTTGTTATAAA
1 CTATTTGAACAA-T-TAT-C-T-ATTTCAAATAGTT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * *
6209 ATAATTAATTATGTTCATACAACCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAA
55 ACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
** * * * * * *
6273 AAATTAATAACCAAGAGA-TTTAAAAATTAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATTGTTAAGA
119 AAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACTAAAC-AATTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
6336 CTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *** * * * * *
6400 CA-ATCCATACTTTCTTATT-TGAAATAAAATAA-AATGAATTTCTTGATATTTCAAAAATTAAT
65 -ATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * *
6462 AAGTAAGAGA-TTTAAAATATAATTCTATTTACCTAACCAATTCTAATAATTATGA
127 AAGTAA-A-ATTTTAAAA-ATAAATATGTTTA-CTAAACAATTCAAATAGTTATGA
* * * * **
6517 CAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATAATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * * * * * * *
6581 T-TTTTCATATAAGTTTCCTT-AGAATACAA-AATACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 TATGTTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
6643 AG
128 AG
6645 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 2308, Mismatches: 513, Indels: 345
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 8 0.00
167 42 0.02
168 2 0.00
169 8 0.00
170 2 0.00
171 17 0.01
172 15 0.01
173 13 0.01
174 33 0.01
175 53 0.02
176 281 0.12
177 219 0.09
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180 339 0.15
181 778 0.34
182 164 0.07
183 12 0.01
184 14 0.01
185 1 0.00
187 7 0.00
188 6 0.00
189 7 0.00
190 7 0.00
191 6 0.00
192 33 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTCAAATAGTTATGA
Found at i:5386 original size:354 final size:352
Alignment explanation
Indices: 3471--5939 Score: 1452
Period size: 357 Copynumber: 6.9 Consensus size: 352
3461 AATTGCATAT
* * ** ** * * *
3471 CTATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTGTAT
1 CTATTTGAAA-AATTATCTATCTAAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * ** * * *
3535 TAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAAAAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA
64 TAGTTCATAAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
3599 GTAAGAGATTT-AAAATATGAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACA
127 G--A-AGATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
3663 ATTATCTATTTCAAATTGA-TATGACTTTTTGCTTT-GTCATAAAATATTTGTTT-ATGTTCACA
188 ATTATCTATTTTAAA-TCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCAAA
** * * * *
3725 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAACATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAATT
250 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAA-T
* * * * * * *
3789 TTAAAAA-TAAATATGTTTTCTAAACACATTCAAATAGTTATGA
310 TTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACA-GTTTAAATAGGTATGA
* * * * **
3832 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATCGTTT
1 CTATTTGAAAAATTATCTATCTAAAATCA-TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * *
3896 CTA-TTCACACAAG-TGTATTCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
64 -TAGTTCATAAAAGCT-TA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
3959 AGTAAAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACGAAGCAAGTTCATATCGTTATAACTATTTGAACA
126 AG--AAGATTTAAAAAAATAAA-TTGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * ** *
4024 ATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCC-TTCGTTTTGTCATAACACAATTATTTCTCTTCATAC
188 ATTATCTATTTTAAATCA-TTATGA-CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAAC
* * * * * *
4087 AAGTTTAGTCATAATAAAATAATACTATTTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATACGTAAAAGATT
251 AAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--AGA-ATT
* * * * * * * *
4151 TAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGT
311 TAAAAACTAAATCTATTTACCAAAC-AGTTTAAATAGGTATGA
* * * ** * **
4194 CCATTT-AAACAATTATCCATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGTA-AATGCT
1 CTATTTGAAA-AATTATCTATCTAAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAA--ACAATTAT
* * * ** ***
4257 TCTA-TTCATGCAAAA--TTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTTTGAAAATTAA
62 TTTAGTTCAT--AAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * *
4319 TAAG-AGATTTAAAAACCA-AATTTATTTGCCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAAC
124 TAAGAAGATTTAAAAA-AATAAATTGTTTG-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * **
4381 AATTATTTATCTCAAATCGTTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTATCATG
187 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACCT-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCAAA
** * * * * *
4443 CAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATT
250 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-ATT
* * ** * * * * * *
4508 TAGAAAA-TACATGTGCTTGCCGAACTAATTCAAATAGTTAAGA
311 TA-AAAACTAAATCTATTTACCAAAC-AGTTTAAATAGGTATGA
* * * * * * * * * *
4551 CTATTAGAATAGTTATTTATTTCAAATCGTTCTGATCTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTATTT
1 CTATTTGAAAAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTATTT
* * *
4615 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATTG
64 TAGTTCATAAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAA---
* * * * *
4679 GTAAG-AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-TATTTCACAATTTGAA
124 -TAAGAAGATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAA
* *** * * * * * *
4742 CAATTATCTA-TTTAACGTTGGTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCAGTTCATA
186 CAATTATCTATTTTAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCA-A
* *
4806 A-AAACTTATTCAGAATAAAATAATACT-ATTTGTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAT
249 ACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAAT
*
4869 TTAAAAACT-AATGCTATTTTCCAAACCAGTTTAAATA-GT-TGA
310 TTAAAAACTAAAT-CTATTTACCAAA-CAGTTTAAATAGGTATGA
* * * * * *
4911 CTATTTGAACAAA-TAACAATCTCAAATCATTAAGATCTTTGTTTTCG-CATAAAACAACTATTT
1 CTATTTGAA-AAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTT
* ** * * * * * *
4974 TTGACCATATAAGCTTATCCAGATAAAAATAATACTAATATAATAATAGTCCAAAAATTAATAAG
64 TAGTTCATAAAAGCTTATCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * *
5039 -AGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTG-TCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGGAATAATT
128 AAGATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTGCT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* *
5101 ATCTATTTTAAGTCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCA-AACAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGC
191 ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAA-AATAATTGTTTCAATTCAAACAAGC
*
5165 TTATTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGACA
255 TTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-A-GA-ATTT-A-A
* *
5228 AAA-TAAATCTATTTACCTAACAAGTTTAAATAGGTATAA
314 AAACTAAATCTATTTACCAAAC-AGTTTAAATAGGTATGA
* *
5267 CTATTTGAAAAATTATCTATCTAAAATCATTATGA-CATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
1 CTATTTGAAAAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA
* * * *
5331 GTTCATAAAATCTTATCCAAAGAAAATAATAC-AACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
66 GTTCATAAAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--
* * * * * *
5395 AAAGATTT-TAAAAA-AAATAGTTTACTAAATC-AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAACT
128 -AAGATTTAAAAAAATAAATTGTTTGCTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
5457 ATCTATTTCAAATCATTATTACCATTTGTTTTGTCATCAAACAGTTGTTTTTCAA--CATACGAG
191 ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG--TTTCAATTCAAACAAG
* *
5520 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGA-AATTTAAAAAT
254 CTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAATTTAAAAAC
*** * * * *
5584 TAAATCTATTCGTCGAACCGATTCAAAT-GTTATGA
318 TAAATCTATTTACCAAACAG-TTTAAATAGGTATGA
* * * * *
5619 CTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAAAAATTATCTATCTAAAATCATTATGACC-TTTGTTTTG-TCATAAAACAATTATTT
* * * * ***
5683 TAGTTTATAAAAACTTATCGAAAATAAAATAATACTAATTTCTCAATATTTTGAAAATTAATAAG
64 TAGTTCATAAAAGCTTATC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
5748 CAAAAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACAAATTCAAATAGTTACGTCTATTTGAATAAT
128 -AAGA-TTTAAAAAAATAAA-TTGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
5813 TATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAG
190 TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAG
* * *
5877 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTG-ATTTAAAAA
254 CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAATTTAAAAA
5940 GTGAATTTGT
Statistics
Matches: 1679, Mismatches: 318, Indels: 226
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 4 0.00
352 71 0.04
353 43 0.03
354 194 0.12
355 119 0.07
356 132 0.08
357 316 0.19
358 120 0.07
359 75 0.04
360 51 0.03
361 278 0.17
362 192 0.11
363 79 0.05
364 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (352 bp):
CTATTTGAAAAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA
GTTCATAAAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAG
ATTTAAAAAAATAAATTGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTC
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAATTTAAAAACTAAATCTA
TTTACCAAACAGTTTAAATAGGTATGA
Found at i:7319 original size:352 final size:352
Alignment explanation
Indices: 6675--7717 Score: 979
Period size: 352 Copynumber: 2.9 Consensus size: 352
6665 TTTTTAATTT
* * * *
6675 TTTTGTTATCAAAA-AATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTATTAAGTT
1 TTTTGTTAT-AAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTT
* * * *
6738 ATTAATATTCCAAAAATTAGTAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAACTA--TTTACCAAACAAGTT
63 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACTAAACAA-TT
* * * ** *
6801 T-AAATAATTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTGGAATCACTAT-AACCTTTTATTTTGTCA
125 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACTATGAA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *
6864 TAAAAGGATT-TCATCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
189 TAAAAGAATTGT-TTC-AGTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATCT-AATTTATTAATATT
* * *
6928 --AAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATCA-T
251 CCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGT
* * *
6990 TATGACTATTTGAAC-A-A-CAAAATGTTATAACTTTTTC
313 TATGACTATTTGAACAATATCAAAATATTATAACCTTTTA
*
7027 TTTTGTTATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTAT
1 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATATTAATTTAT
* *
7092 TAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAA
65 TAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAA
* * *
7157 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAAG
130 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAG
* *
7222 AATTGTTTCAGTCAATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATCTAATTTATTAGTATTCCAAAAAT
195 AATTGTTTCAGTC-ATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * ** * * * *
7287 TAGTGAGTAAGAGAACTAAAATAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATC
259 TAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* *
7352 TAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTA
323 TGAAC-A--A--TA--TCAAAATATTATAACCTTTTA
* * * * *
7389 TTTTGTCAAAAAATAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAT
1 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * * * *
7454 CAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAAAA-A-TTGAAAAATAAATTTGGTTT-TTGAAC-GTGTTC
65 TAATATTCCAAAAATTAATAA-ATAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACAAT-TTC
** * * * ** *
7515 AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTAGTATGACCAATTGCTTTGTCATAA
127 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * * *
7580 ACCAATCGTTTCTGTTCAT-TCAAGCTTATTTGAAATGAAATTATACTAATTTATTAAAATTCCA
192 AAGAATTGTTTCAG-TCATAT-AAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCC-
* * *
7644 AAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATG
253 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
7709 ACTATTTGA
317 ACTATTTGA
7718 TAATTATTTA
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 92, Indels: 53
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 47 0.08
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353 6 0.01
356 1 0.00
359 1 0.00
360 2 0.00
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362 109 0.19
363 50 0.09
364 22 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (352 bp):
TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATT
AATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAGA
ATTGTTTCAGTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATATCAAAATATTATAACCTTTTA
Found at i:7563 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7022--7922 Score: 820
Period size: 180 Copynumber: 5.0 Consensus size: 180
7012 TGTTATAACT
* * *
7022 TTTTCTTTTGTTATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATA-TA
* * * ** *
7086 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAT
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC-GT
* * * *
7151 -TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * * *
7203 TTTTGTTTTGTGATAAAAGAATTGTTTC-AGTCAATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAA
* * * * ** *
7267 TTTATTAGTATTCCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAACTAAAATAATAAATCTGTTTACCGAAC-TA
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACCGAACGT-
* * * *
7331 GTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * *
7384 TTTTATTTTGTCAAAAAATAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-AA
* * * **
7449 TTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAAAA-A-TTGAAAAATAAATTTGGTTT-TTGAACGT
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCGAACGT
* *
7511 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTAGTATGACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
** * ** * * * * * *
7564 AATTGCTTTGTCATAAACCAATCGTTTCTGTTCATTCAAGCTTATTTGAAATGAAATTATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAA
*
7629 TTTATTAAAATTCCAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAGCG
65 TTTATTAATATTCC--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CG
* * * ** *
7693 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATC
127 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * ** * **
7746 TTTTGTTTTATGATAAAGCAATT-TTT-TATTCATA-AATGTTTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTCAAATAAAATAATA-TA
** * * * * ***
7808 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAG
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACGTG
* * * * * * **
7873 TTCAAATAG-CATGTCCATTTGAACTATCATCTATTTGAAATCGTTATGAC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
7923 ATTATGAATA
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 115, Indels: 43
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 9 0.02
178 72 0.12
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183 42 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAT
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACGTGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
Found at i:7732 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 6700--7914 Score: 918
Period size: 352 Copynumber: 3.4 Consensus size: 360
6690 ATTATTTCAG
* * * * * * * *
6700 TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTATTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAATTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAATAA
* * * * * * *
6765 GAGATTTAAAAAATGAAACTA--TTTACCAAACAAGTTT-AAATAATTATAATTATTTGAATAAT
66 AAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACTAAACAA-TTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAAT
** * ** ** ** *
6827 TATCTATTTGGAATCACTAT-AACCTTTTATTTTGTCATAAAAGGAT--TTCATCTA-TTCATAC
128 TATCTATTTCAAATCAGTATGAA-CAATTGCTTTGTCATAAAACAATCGTT--TC-AGTTCATTC
* * * *
6888 AAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT--AAGACAACTAATTAGTAAAAG
189 AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAAAATTAATAAGTAAAAG
* *
6949 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATCA-TTATGACTATTTG-AA-CA--A--
252 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAATTATTATT
* * * * ** *
7007 -CAAAATGTTATAACTTTTTCTTTTGTTATTAAATAATTGTTTCTA
315 TCAAAATATTATAACCTTTTATTTTGTCAAAAAATAATTGGTTCTA
* * * *
7052 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAATAA
*
7117 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
66 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * *
7182 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAAGAATTGTTTCAG-TCAATAT-AAGCT
131 CTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGCTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAGTTC-AT-TCAAGCT
* * * * * * **
7245 TATTTAAAATAAAAAAAT-CTAATTTATTAGTATTCC--AAAAATTAGTGAGTAAGAGAACTAAA
194 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * **
7307 ATAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAA
259 A-AATAAATCTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGA-AATTAT-TATTTCAA
*
7372 AATATTATGACCTTTTATTTTGTCAAAAAATAATTGGTTCTA
319 AATATTATAACCTTTTATTTTGTCAAAAAATAATTGGTTCTA
* *
7414 TTCATCCAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGCT
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAA-AT
* * * * * * *
7478 AAAA-A-TTGAAAAATAAATTTGGTTT-TTGAAC-GTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAA
64 AAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACAAT-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAA
* * * *
7539 TTATCTATTTCAAATTAGTATGACCAATTGCTTTGTCATAAACCAATCGTTTCTGTTCATTCAAG
127 TTATCTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGCTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATTCAAG
* * *
7604 CTTATTTGAAATGAAATTATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
192 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* *
7669 AAAAATAAATATGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATAATTATTTATTTC-A
257 AAAAATAAATCTGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-AATTA-TTATTTCAA
* * * * * * * ** *
7733 AATCGTTATGATCTTTTGTTTTATGATAAAGCAATT--TTTTA
319 AAT-ATTATAACCTTTTATTTTGTCAAAAAATAATTGGTTCTA
* ** * ** **
7774 TTCATA-AATGTTTATTTGGAA-TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATG
1 TTCATACAA-GCTTA-TTCAAATTAAAATAATA-TAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAA
* * * ** * * * * *
7836 TTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAG-CATGTCCATTTGAACTAT
63 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAAT
* *
7900 CATCTATTTGAAATC
128 TATCTATTTCAAATC
7915 GTTATGACAT
Statistics
Matches: 696, Mismatches: 124, Indels: 78
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 45 0.06
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353 3 0.00
354 2 0.00
355 2 0.00
356 1 0.00
359 6 0.01
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364 22 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (360 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAATAA
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGCTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATTCAAGCTTA
TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAATTATTATTTCAAAATATTA
TAACCTTTTATTTTGTCAAAAAATAATTGGTTCTA
Found at i:7853 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 7041--7914 Score: 856
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 359
7031 GTTATTAAAT
*
7041 AATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAC
1 AATTG-TTCTATTCATCA-AAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAA
* *
7104 AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTA
62 AATTAATAAGT-TAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTA
* * ** * * * *
7169 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAAGAATTGTTTCAGT
126 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGCTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAGT
** * * *
7234 CAATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATCTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAGTGAGTAAGA
191 CAATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * *
7299 GAACTAAAATAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATC
256 GAACTAAAATAATAAATATGTTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATC
* *
7364 TATTTCAAAATATTATGACCTTTTATTTTGTCAAAAAAT
321 TATTTCAAAATATTATGACCTTTTATTTTATCAAAAAAC
* * *
7403 AATTGGTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAA
1 AATT-GTTCTATTCATCAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
7468 TTAATAAGCTAAAAATTGAAAAATAAATTTGGTTT-TTGAAC-GTGTTCAAATAGTTATGACTAT
64 TTAATAAGTTAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACAAT-TTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * *
7531 TTGAGCAATTATCTATTTCAAATTAGTATGACCAATTGCTTTGTCATAAACCAATCGTTTCTGTT
127 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGCTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAG-T
* * **
7596 C-AT-TCAAGCTTATTTGAAATGAAATTATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAAATTAATAAGT
191 CAATAT-AAGCTTATTTAAAATAAAAAAAT-CTAATTTATTAAAATTCC--AAAAATTAATAAGT
** ** *
7659 AAAAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGATAA
252 AAAAGAACTAAAATAATAAATATGTTTACCGAA-CGAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAA
* * * * * * *
7721 TTATTTATTTC-AAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATGATAAAGC
316 TTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTATTTTATCAAAAAAC
* * ** *
7765 AATT-TTTTATTCAT-AAATGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
1 AATTGTTCTATTCATCAAA-GCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * ** * * * *
7828 TTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAG-CATGTCCATT
64 TTAATAAGTTA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATT
* * *
7892 TGAACTATCATCTATTTGAAATC
128 TGAACAATTATCTATTTCAAATC
7915 GTTATGACAT
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 81, Indels: 38
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.00
360 86 0.21
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362 118 0.29
363 43 0.10
364 22 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
AATTGTTCTATTCATCAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGTTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGCTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAGTCAATA
TAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAACT
AAAATAATAAATATGTTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTT
CAAAATATTATGACCTTTTATTTTATCAAAAAAC
Found at i:7947 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7923--7968 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
7913 TCGTTATGAC
7923 ATTATGAATAAAATAATACCA
1 ATTAT-AATAAAATAATACCA
**
7944 ATTATTCTAAAATAATACCA
1 ATTATAATAAAATAATACCA
*
7964 TTTAT
1 ATTAT
7969 TCAGAATAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 17 0.77
21 5 0.23
ACGTcount: A:0.50, C:0.11, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATTATAATAAAATAATACCA
Found at i:7978 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7931--7970 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
7921 ACATTATGAA
7931 TAAAATAATACCAATTATTC
1 TAAAATAATACCAATTATTC
*
7951 TAAAATAATACCATTTATTC
1 TAAAATAATACCAATTATTC
7971 AGAATAATTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.15, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TAAAATAATACCAATTATTC
Found at i:8669 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 8358--9134 Score: 607
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 179
8348 TAATATTACA
* * * * * * *
8358 TATTAATATTTAAAAAATTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAATATAAA-TCAGTTTA-TCAAATCAG
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATTTA-TTTACT-GAACCAG
* * * *
8420 TTTAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCGTTATGAACTTTTTTTT-CAT
63 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTTTTGC--
* *
8483 CATAAAATAATTGTTTTTCATCATACAA-TCCTATTGGACATAAAATAATGA-TAATT
125 CATAAAATAATTGTTTTTCATCATACAAGT-TTATTAGA-ATAAAATAAT-ACTAATT
* ** * * * *
8539 TACTAATATTTCAAATTTTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAAATATATTTACTGAACCAATTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTC
* *
8604 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTTATTTGCCATAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTT-TTTGCCATAA
* * * **
8668 AAAAATTATTTTTGC-TCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAGG
130 AATAATTGTTTTT-CATCATACAAGTTTATT-AGAATAAAATAATACTAATT
* ** * * *
8719 TAATAACCTTAT-AAAAATTAATAACTAAAAGATTTGAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACCAGT
1 TATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACT-GAACCAGT
** * * * *
8782 TCAAATAGTTAACACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACACTTTTTGTTTTGTC
64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-AC-TTTT-TTTTGCC
* * * * * * *
8847 GTAAAATAA-T-TTCTTCAATTCTTAGTAA-CTTACTTAGAATAAAATAAAACAAATT
126 ATAAAATAATTGTTTTTC-A-TCATA-CAAGTTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * *
8902 TATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATATTTTTATTTGCCGAACTAGTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTC
* * * * *
8967 AAATAATTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTT-TTTTGCCATAA
* * ** * * *
9032 AACAATTGCTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATT
130 AATAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTAG-AATAAAATAATACTAATT
** * *
9083 TATTAATATTTTGAAAATT-A-AAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACT
9135 AAACATTTAT
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 97, Indels: 57
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 17 0.04
179 11 0.02
180 145 0.31
181 148 0.31
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTTTTGCCATAAA
ATAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTAGAATAAAATAATACTAATT
Found at i:9515 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 9143--11861 Score: 1963
Period size: 181 Copynumber: 15.1 Consensus size: 177
9133 CTAAACATTT
* * * *
9143 ATAAAACAATTGTATT-AGTTGATAGAGGCTTA-TTGAAATAAAATAATATCAA-TTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAT-AATTTATTAATAT
* ** * * * * ** ** *
9205 TCCAAAAATTAATGGGTAAGAGATTTAAAATATGAATATGTTTACTGATTAAGTTCAAATGGTTA
63 TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
9270 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* * *
9322 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT
** * * ****
9387 TTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTACAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
9451 GACTATTTGAAAAATTATCTCTTTCAAATAGATCTGACATTTTCTTTTATC
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * * * *
9502 TTAAACCAATTGTTTCTGTTCATGCAAGCATATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTGTTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATT
* * * * *
9567 CCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAGCAAGTTCATATTGTTAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
9632 GACTATTTGAATAATTACTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTTTC
128 GACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * * *
9684 ATAAAACAATTATGTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATCAAATAATACTAATTTATTAATA-T
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * ** * * * * * *
9748 TCTGAAAATTAATAGGTAGGAGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAATTTAAATAGTC
64 TC-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
9813 ATGTCCATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTCATGACTTTATGTTTTTTC
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTT-TGTTTTGTC
* ** ** * *
9866 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAGTAAAATAATACTGATCTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
** ** * ** * *
9931 TTGAAAATTAATAAG---AAATTTAAAAAGCAAATTTGTAGACTAAA-ATAGTTCAAATACTTAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTAT
* *
9992 GACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGA-TCTTTATTTTGTC
128 GACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTC
* * ** *
10042 ATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * * * * ** * **
10107 CCAAGAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAA-TGGTTTCAAATAGTTA
64 TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTA
* * * * * * *
10171 AGATTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTT
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
10223 GTAAAACAAATGTTTTTCTTCATAAAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * *
10288 TCAAAAATTAGTAAG---ATATTTAATAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAATTAGTTAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
10349 AACAATTTGAACAATTAGTTTTATTTCAAGTTGTTATGACTATTTGTTTTGTC
128 GACTATTTGAACAATTA--TCTATTTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * *
10402 ATCAAACATTTGTTTCTATTAAAACAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTCATTAATA-T
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATT
* * ** * * **
10466 TCTAAAATTTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAA-AGAATCTGTTGGCCTAACCAGTAAAAATAGTT
64 TC-AAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
10530 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTGAC
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
10583 ACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAGCTGATTTTG-ATGAACATAATTCTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAT-AAAATAA-TATAATTTATTAATAT
** * * * *
10647 TTCAAAAATTAATAAACATGAGATTTAAAAACAGT--ATCTGTTTAGCAAACAAGTTCAAACAGT
63 TTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAA-A-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * ** * * * * * *
10710 TATAACGATTTGGTCAACTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATC
125 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* ** * ** * *
10764 -TTAAACTAATAT-TTTCAATCCATGTAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
1 ATAAAAC-AAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * * * *
10827 -TTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATATATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGT
62 TTTCA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * *
10891 TATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
125 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * *
10945 ATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* ** ** * * ** *
11010 TTAGCAATTAATAAGTAATAAATTTTCAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
11075 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTCGTC
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
11126 ATAAAACAATTGTATT-AGTTTATATAGGCTTATTCGAA-ATAAACAATATTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATA-AAATAATA-TAATTTATTAATAT
* * * * * * * *** **
11189 TCCAAAAATTCATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTGGACAAGTTCAAACGGTTA
63 TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
11254 TTACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTATGTTTTGTC
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTT-TGTTTTGTC
* * *
11306 ATAAAACAATTGTTTATGTTCGTACAAGATTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-T
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT
* * * *
11370 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAAATAAATATATTT-TCAAACACGTTCAAATAGTT
64 TC-AAAAATTAATAAGTAAAAA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
*
11434 AT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT-TTTTGTC
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
11484 ATAAACCAATT-TTTCTGTTCACACCAGCGTATTCGAATAAAATAATACTATTTTATTAA-ATTT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT
* * ** ** **
11547 CAAAAATTAAGAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGTAAGTTCGTATCA-TTAT
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTAT
* * * * * *
11611 GACTGTTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTA-GA-TCTTGTTCTATC
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTC
* * * *** * *
11659 ATAAAA-AATTATTTCTCTTCATACAAGTTTAGTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAAAATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
** * * * * **
11723 TTGAAAATTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGACAT
64 TCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
11788 GTCCATTTGAACAATTATCCATTTGAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* *
11839 ATAAAATAATTGTTTTTG-TCATA
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
11862 AAATATAATT
Statistics
Matches: 1997, Mismatches: 445, Indels: 195
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 21 0.01
175 62 0.03
176 158 0.08
177 193 0.10
178 34 0.02
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180 431 0.22
181 652 0.33
182 225 0.11
183 95 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTC
Found at i:10675 original size:721 final size:714
Alignment explanation
Indices: 9255--11849 Score: 1792
Period size: 721 Copynumber: 3.6 Consensus size: 714
9245 TTTACTGATT
* *
9255 AAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
9320 TCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATACATGCTTATTTTGAA-TAAAATAATA-TAAATTTATTA
66 TCATAAAACAATTATTTCTT-TTCATACAAGCTTA-TTTCAATTAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * * * *
9382 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTACAAAATAAATCTATTTTTTGAACACATTCAAATAG
128 ATA--TTCAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA-GTTCAAATAG
* * * * * *
9447 TTATGACTATTTGAAAAATTATCTCTTTCAAATAGATCTGACATTTTCTTTTATCTTAAACCAAT
190 TTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGT-TTAAAACAAT
* * * ** * *
9512 TGTTTCTGTTCATGCAAGCATATTT-GAAATAAAATAATGCTAATTTGTTAATATTCCAAAAATT
254 TGTTTTTGTTCATACAAGC-TTTTTAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
9576 AATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAGCAAGTTCATATTGTTATGACTATTTG
317 AATAAG--AAAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAACCAAGTTCATATTGTTATAACAATTTG
* * * *
9641 AATAATTACTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATGTCTATTCA
380 AACAATTACTTTATTTCAAATAGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTCTATTAA
* * * * *
9706 TACAAGTTTATTTAGAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGG
445 AACAAGTTTATTCAGAATCAAATAATACTAATTCATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAGAAGG
* * * ** **
9771 TTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAATTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTAACTA
510 TTTAAAAAAATAAATCTATTGACCAAACAAATAAAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTAACTA
* * ** * * * * * *
9836 TTTCAAATCGTCATGACTTTATGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTC
575 TTTCAAATAGTCATGACTTTATATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAAATGATTC
* **
9901 AAAGTAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAGCA-AAT-T
640 AAAGTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAA-CAGAATCT
9964 -TGTAGACTAAA-
704 GTGTAG-C-AAAC
* * * *
9975 ATAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTATTT
1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
*
10038 TGTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATA
64 TGTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
10102 ATATTCCAAGAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAATGGTTTCAAATA
128 ATATT-CAA-AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAG-TTCAAATA
* * * * * * *
10167 GTTAAGATTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAA
189 GTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTT-TAAAACAA
* * * *
10232 ATGTTTTTCTTCATAAAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
253 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
10297 AGTAAG-ATA-TTTAATAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCA-ATTAGTTATAACAATTTG
317 AATAAGAAAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACC-AACCAAGTTCATATT-GTTATAACAATTTG
* * * * * * *
10358 AACAATTAGTTTTATTTCAAGTTGTTATGACTATTTGTTTTGTCATCAAACATTTGTTTCTATTA
380 AACAATTA-CTTTATTTCAAATAGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTCTATTA
* *
10423 AAACAA-TCTTATTCGGAAT-AAAGTAATGCTAATTCATTAATATTCT-AAAATTTAATAAGTA-
444 AAACAAGT-TTATTCAGAATCAAA-TAATACTAATTCATTAATATTCTGAAAA-TTAATAAGTAG
* * * * * * * *
10484 AAGGATTTAAAAAAA-GAATCTGTTGGCCTAACCAGTAAAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
506 AAGG-TTTAAAAAAATAAATCTATTGACCAAACAAATAAAAATAGTCATAACCATTTGAACAATT
* * **
10548 ATCTATTTCAAATAGTTATGACATTT-TATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAGC
570 AACTATTTCAAATAGTCATGAC-TTTATATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAAA
*** * * * *
10612 TGATTTTGA-TGAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACATGAGATTTAAA
634 TGATTCAAAGT-AAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A-A-GAAATTTAAA
* *
10676 AACAGTATCTGTTTAGCAAAC
694 AACAGAATCTGTGTAGCAAAC
* * * ** * * * * *
10697 AAGTTCAAACAGTTATAACGATTTGGTCAACTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * ** *
10762 TC-TTAAACTAA-TATTTTCAATCCATGTAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAA
66 TCATAAAAC-AATTA-TTTCTTTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
10825 TATTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATATATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAG
129 TATTCA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT-AGTTCAAATAG
* * * * * *
10890 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
190 TTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGT-TTAAAACAAT
* * * **
10955 TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAGCAATTA
254 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTTTTAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* *** * * * * *
11020 ATAAGTAATAAATTTT-CAAAATAAATATATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTT
318 ATAAG--A-AAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTAC-CAACCAAGTTCATATTGTTATAACAATTT
* * * * * *
11083 GAATAATTA-TCTATTTCAAATCA-TTTTGACCT-TTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTAT-TAG
379 GAACAATTACTTTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTCTA-
* * * * * * * * ** * *
11144 TTTATATAGGCTTATTC-GAAAT-AAACAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTCATGAGTA
441 TTAAAACAAGTTTATTCAG-AATCAAATAATACTAATTCATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTA
* * * * *** * ** ** * * * *
11207 -AGAGATTT-AAAATATGAATCTATTTACTGGACAAGTTCAAACGGTTATTACTATTTAAACAAT
505 GA-AGGTTTAAAAAAATAAATCTATTGACCAAACAAATAAAAATAGTCATAACCATTTGAACAAT
* * * * * * * * * * *
11270 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCGTACAAG
569 TAACTATTTCAAAT-AGTCATGACTTTATATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAA
* ** *
11334 ATTATTTTGAA-TAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT
633 ATGA-TTCAAAGTAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AAA-TTT
* * * * **
11396 AAAAAAATAAATATAT-TTTCAAAC
691 AAAAACA-GAATCTGTGTAGCAAAC
* *
11420 ACGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTT-TTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
11482 TCATAAACCAATT-TTTCTGTTCACACCAGCGTA-TTCGAA-TAAAATAATACTATTTTATTAA-
66 TCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
11543 ATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAGTAAGTTCGTATCA
130 A-TTC-AAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAT-AGTTCAAAT-A
* * * * * * * *
11607 -TTATGACTGTTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTA-G--ATCTTGTTCTATCATAAAA-AA
189 GTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGT-TTAAAACAA
* * * * * * * * **
11667 TTATTTCTCTTCATACAAG-TTTAGTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAAAATTTTGAAAAT
253 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTT--TTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * ** ** *
11731 TAATAAGCAGGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGACATGTCCAT
316 TAATAAG-A--AAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACC-AACCAAGTTCATATTGTTATAACAAT
** * * * *
11794 TTGAACAATTA-TCCATTTGAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
377 TTGAACAATTACTTTATTTCAAATAGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATT
11850 GTTTTTGTCA
Statistics
Matches: 1492, Mismatches: 302, Indels: 169
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
712 8 0.01
713 137 0.09
714 19 0.01
716 10 0.01
717 244 0.16
718 142 0.10
719 21 0.01
720 85 0.06
721 265 0.18
722 252 0.17
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724 70 0.05
725 5 0.00
726 41 0.03
727 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (714 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTTTAAAACAATTGTTTTT
GTTCATACAAGCTTTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAA
ATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAACCAAGTTCATATTGTTATAACAATTTGAACAATTACTT
TATTTCAAATAGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTCTATTAAAACAAGTTTAT
TCAGAATCAAATAATACTAATTCATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAGAAGGTTTAAAAAAAT
AAATCTATTGACCAAACAAATAAAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTAACTATTTCAAATAGT
CATGACTTTATATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAAATGATTCAAAGTAAAATA
ATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACAGAATCTGTGTAGCAAAC
Found at i:11469 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11423--11469 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
11413 TTCAAACACG
11423 TTCAAATAGTTATACTAT
1 TTCAAATAGTTATACTAT
*
11441 TTGAACA-A-TTAT-CTAT
1 TTCAA-ATAGTTATACTAT
11457 TTCAAATAGTTAT
1 TTCAAATAGTTAT
11470 GACCTTTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 7
0.73 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.04
16 9 0.38
17 8 0.33
18 5 0.21
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAGTTATACTAT
Found at i:11803 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 11343--11825 Score: 408
Period size: 177 Copynumber: 2.7 Consensus size: 176
11333 GATTATTTTG
* * *
11343 AATAAAATAATA-TAAATTTATT-AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAAATAA
1 AATAAAATAATACT-ATTTTATTAAAT-TTC-AAAAATTAAGAAGCAAAAATTTT-AAAAAATAA
* * * * * ** *
11406 ATATATTT-TCAAACACGTTCAAAT-AGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTT
62 ATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCA-ACATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
11468 ATGACCTTTTTTTGTCATAAACCAATTTTTCTGTTCACACCAGCGTATTCG
126 ATGACCTTGTTCTATCATAAACAAATTTTTCTCTTCACACAAGCGTAGTCA
* *
11519 AATAAAATAATACTATTTTATTAAATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATACTATTTTATTAAATTTCAAAAATTAAGAAGCAAAAATTTTAAAAAATAAATCT
* ** ** ** ** * * *
11584 GTTTACTGAGTAAGTTCGTATCATTATGACTGTTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTA-GAT
66 GTTTACCGAACAAGTTCAAATCAACATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC
* **
11648 CTTGTTCTATCATAAA-AAATTATTTCTCTTCATACAAGTTTAGTCAA
131 CTTGTTCTATCATAAACAAATT-TTTCTCTTCACACAAGCGTAGTC-A
** * * *
11695 AATAAAATAATACTATTTTATTAAAATTTTGAAAATTAATAAGCAGGAGA-TTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTATTTTATT-AAATTTCAAAAATTAAGAAGCA-AAAATTTTAAAAAATAAAT
* * * *
11759 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGACATGTCCATTTGAACAATTATCCATTTGAAATCGTTAT
64 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCA-ACATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
11823 GAC
128 GAC
11826 TTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 50, Indels: 20
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 19 0.08
175 66 0.27
176 76 0.31
177 81 0.33
178 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AATAAAATAATACTATTTTATTAAATTTCAAAAATTAAGAAGCAAAAATTTTAAAAAATAAATCT
GTTTACCGAACAAGTTCAAATCAACATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC
CTTGTTCTATCATAAACAAATTTTTCTCTTCACACAAGCGTAGTCA
Found at i:11924 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11892--11924 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11882 AACCAATTCT
11892 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
11910 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
11925 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:11970 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11940--11997 Score: 107
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
11930 CATTATAACC
*
11940 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAA
1 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAATAA
11965 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAATAA
1 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAATAA
11990 TTTTGTTC
1 TTTTGTTC
11998 ATATAAGTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 32 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (25 bp):
TTTTGTTCTGTCATAAAACAAATAA
Found at i:12385 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12083--13333 Score: 999
Period size: 180 Copynumber: 7.0 Consensus size: 178
12073 CTGTTTTTAA
* * ** * *
12083 TTTTTTTGTCATCAAAA-AATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTATTAA
1 TTTTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
12146 GTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAA-CTGTTTACCAAACAAG
63 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACCAAACAAG
* * * * ** * *
12210 TTTAAATAATTATGATTATGTGAACAATTATCTATTTGGAATCACTATAACCT
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
** * * *
12263 TTTTTTTGTCATAAAAGGATT-TCATCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAAT
1 TTTTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACTAAT
* * * *
12327 TTATTAATATT-AAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAAT
64 TTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT
* *
12391 TCAAATCA-TTATGACTATTTGAAC-A--A-C-A----AAAT-GTTATGACTT
127 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * ** *
12433 TTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATCAAAATAATATTAAT
1 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAT-AAAATAATACTAAT
* * * *
12498 TTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTT
64 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTT
* * * *
12562 CAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGAACT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
12613 TTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTC-AGTCAATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
1 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAA
* ** * * ** * * *
12677 TTTATTAGTATTCCAAAAATTGGTGAGTAAGAGAACTAAAATAATAAATCTGTTTACCGAACTAG
63 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACCAAACAAG
*
12742 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCT
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCT
* * * * * * *
12795 TTATTTTGTCAGAAAATAAATGGTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAGATAAAATAATA-TAAAT
1 TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-ATAAAATAATACT-AAT
* * * * *** **
12859 TTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGCCAAAA-A-TTGAAAAATAAATTTGGTTT-TTGAACGTG
64 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACAAG
* * *
12921 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAGTATGACCAA
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-T
* * * * *
12975 TTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATTCAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAATT
1 TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATT
* * *
13040 TATTAAAATTCCAAAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCGAGT
65 TATTAATATT-C-AAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT
* * * * *
13105 TTAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCT
127 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
13156 TTTGTTTTATGATAAAGCAATTGTCTT-TATTCATA-AATGTTTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAA-GCTTATTT-GAATAAAATAATACTA
* ** * * * * ** *
13219 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATCTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAG
62 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
** * * * * * *
13284 TTCAAATA-ACATGTCCATTTGAACTATCATCTACTTCAAATCGTTATGAC
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
13334 ATTATCAATA
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 160, Indels: 100
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 58 0.07
171 74 0.09
172 3 0.00
173 3 0.00
174 1 0.00
175 2 0.00
176 1 0.00
177 1 0.00
178 6 0.01
179 86 0.10
180 325 0.38
181 92 0.11
182 161 0.19
183 47 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
Found at i:12862 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 12111--13143 Score: 898
Period size: 361 Copynumber: 2.9 Consensus size: 362
12101 ATTATTTCAG
* * * * * * *
12111 TTCATATAAGCTTATTCAAAAT-AAAATATTATTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAATTA
1 TTCATACAAGCTTATTC-AAATCAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAA-GA
* * * * * * * * * * *
12175 -AGAGATTTAAAAAATGAAA-CT-GTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGATTATGTGAACAA
64 CA-AAAATTGAAAAAT-AAATATGGTTT-CTAAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAA
** * ** * ** * * *
12237 TTATCTATTTGGAATCACTAT-AACCTTTTTTTTGTCATAAAAGGATT-TCATCTGTTCATACAA
126 TTATCTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATTCAA
** * * * * * * **
12300 GCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAACTAATTAGTAAAAGATTT
190 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGAATTAATAAGTAAAAGAACT
* * * * * *
12363 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATCA-TTATGACTATTTG---A--A-C-A--AC
255 AAAAAATAAATATGTTTACCAAGCGAGTTCAAAT-AGTTATGACTATCTGACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
12418 AAAATGTTATGACTTTTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA
319 AAAATATTATGACTCTTTATTTTGTCAGAAAATAAATGGTTCTA
* * * * *
12462 TTCATACAAGCTTATTCAAATCAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA-ATA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAATCAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGACA
* *
12526 AAAGATTTAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACAAT-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT
66 AAA-ATTGAAAAATAAATATGGTTT-CTAAAC-ATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATT
* * ** *
12589 ATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCAG-TCAATAT-AAG
128 ATCTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC-AT-TCAAG
** ** * *
12652 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCC-AAA-AATTGGTGAGTAAGAGAACTA
191 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGAATTAATAAGTAAAAGAACTA
* *
12715 AAATAATAAATCTGTTTACCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
256 AAA-AATAAATATGTTTACC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATCTG-ACAATTATCTATTT
12779 CAAAATATTATGAC-CTTTATTTTGTCAGAAAATAAATGGTTCTA
318 CAAAATATTATGACTCTTTATTTTGTCAGAAAATAAATGGTTCTA
* * *
12823 TTCATCCAAGCTTATTTCAGAT-AAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGCC
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATCAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGAC
* * * * *
12887 AAAAATTGAAAAATAAATTTGGTTTTTGAACGTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
65 AAAAATTGAAAAATAAATATGGTTTCTAAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
12952 CTATTTCAAATTAGTATGACCAATTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATTCAAGCTTA
130 CTATTTCAAATCAGTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATTCAAGCTTA
* * **
13017 TTTGAAATGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
195 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAA
* * * *
13082 ATAAATATGTTTACCAAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATAATTATTTATTTCAAA
260 ATAAATATGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGACAATTATCTATTTCAAA
13144 TCGTTATGAT
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 94, Indels: 56
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 6 0.01
350 64 0.12
351 131 0.24
352 39 0.07
353 2 0.00
356 1 0.00
358 1 0.00
359 1 0.00
360 3 0.01
361 219 0.39
362 70 0.13
363 18 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (362 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAATCAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGACA
AAAATTGAAAAATAAATATGGTTTCTAAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCAGTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATTCAAGCTTAT
TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAA
TAAATATGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGACAATTATCTATTTCAAAATAT
TATGACTCTTTATTTTGTCAGAAAATAAATGGTTCTA
Found at i:13389 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13342--13381 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
13332 ACATTATCAA
*
13342 TAAAACAATACCAATTATTC
1 TAAAATAATACCAATTATTC
*
13362 TAAAATAATACCATTTATTC
1 TAAAATAATACCAATTATTC
13382 AGAATAATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.17, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
TAAAATAATACCAATTATTC
Found at i:15323 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14589--16513 Score: 1306
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 180
14579 GGCTTATTTG
* ** * *
14589 AAATAAAATAATA-TCAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATGGGTAAGAGATTTAAAATATGAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
14652 TATGTTTA-CTGATTAAGTTCAAATGGTTATGAGTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
65 TCTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * *
14716 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATACTTATTTT
129 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTA-TTC
* * * * *
14769 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTACAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
14832 TCTATTCTCTGAACA-CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTCTTTCAAATAGAT
65 TCTGTT-TATCAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * *
14895 ATGACCTTTTCTTTTATCTTAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTG
128 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTA-TTC
* * *
14949 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAACAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
** * ** * * * * * *
15012 ATCCATTTACCAAGCAAGTTCATATTGTTATGACTTTTTGAATAATTACTTTATTTCAAATAGTT
64 ATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTT
* * * * * ** *
15077 ATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAAATATGTCTATTCATACAAGTTTATTT
128 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC
* * * *
15130 AGAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGGTTTAAAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
15195 TCTGTTTATCAAATAAATTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTCAT
65 TCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * *
15260 GACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTGTTC
130 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC
** * * * **
15311 AAAGTAAAATAATACCGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAGCAAA
1 AAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * *
15372 TTTGTAGACTAAAAT-AGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTT
65 TCTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTT
* * * * *
15435 ATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTC
128 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC
* * * * *
15487 AAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAGAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
15552 TGTGTTTGTCGAAT-GGTTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTT
65 TCTGTTTATCAAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* ** * * * * * * *
15616 TGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTCTTCATA-TAAGTGTGTTT
129 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACT-TATTC
* * * *
15668 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAATT--T-AGTAAGATATTTAATAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * *
15729 TCTGTTTACCAAACCATTTCAATTAGTTATAAC-ATTTGAACAATTAGTTTTATTTCAAGTTGTT
65 TCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA--TCTATTTCAAATTGTT
* * * * *
15793 ATGA-TTATTTGTTTTGTCATCAAACATTTGTTTCTATTAATACAATCTTATTC
128 ATGACTT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC
* * * * *
15846 GGAATAAAGTAATGCTAATTCATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAA-AG
1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATA-
*** * ** ** * * *
15909 AATCTGTTGGCCTAACCAGTAAAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT
63 AATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * * *
15974 ATGACCTTTTATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATAC-AAGTTGATTT
128 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTT-ATTC
** * * **
16027 TGATGAACATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAACAGT
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-A-T
* * * * * ** * ***
16091 --ATCTGTTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACGATTTGATCAGCTACCTATTTCAAATCAC
62 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * **** ** *
16154 TATAACCTTTTGTTTTGTC-TTAAACTAATAT-TTTCAACCCATGTAAGCTTATTTC
127 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTCTGTTCATACAAACTTA-TTC
* * ** * * * * *
16209 AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCGGACAACTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATATAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
16274 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
66 CTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * *
16339 GCTTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTGG
131 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATT-C
* * * ** * * **
16390 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAGCAATTAATAAGTAATAAATTTTCAAAATAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * * * *
16455 TATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
65 TCTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
16514 CTCATAACCA
Statistics
Matches: 1350, Mismatches: 337, Indels: 114
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 84 0.06
177 98 0.07
178 81 0.06
179 18 0.01
180 240 0.18
181 566 0.42
182 249 0.18
183 14 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC
Found at i:16053 original size:716 final size:719
Alignment explanation
Indices: 14667--16513 Score: 1496
Period size: 716 Copynumber: 2.6 Consensus size: 719
14657 TTACTGATTA
** * *
14667 AGTTCAAATGGTTATGAGTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATACTTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* * ** *
14732 CATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATACATACTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAATAATAT
** * * *
14797 TTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTACAAAATAAATCTATTCTCTGAACACATTCAAATAGTTAT
131 TTCCAAAATTAATAACTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTCTCTGAACACATTCAAATAGTTAA
* * * *
14862 GACTATTTGAAAAATTATCTCTTTCAAATAGATATGACCTTTTCTTTTATCTTAAACCAATTGTT
196 GACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATAGATATGACCTTTTCTTTTATCTTAAAACAAATGTT
* *
14927 TCTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
261 TCTCTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA
* * * *
14992 GTAAAAATTTTAAAAAACAAATCCATTTACCAAGCAAGTTCATATTGTTATGACTTTTTGAATAA
325 GTAAAAATTTTAAAAAACAAATCCATTTACCAAACAAGTTCATATTGTTATAACTATTTGAACAA
* *
15057 TTACTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAAATATGTCTATTCATACAA
390 TTACTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATGTCTATTAATACAA
* * * *
15122 GTTTATTTAGAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGGTTTAA
455 GTTTATTCAGAATCAAATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGGTTTAA
* * * ** **
15187 AAAATAAATCTGTTTATCAAATAAATTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
520 AAAATAAATCTGTTGACCAAACAAATAAAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * ** * * * * *
15252 ATCGTCATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTGTTCAAAGTA
585 ATAGTCATGACCTTTTATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAAATTGTTCAAAGTA
* **
15317 AAATAATACCGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAGCAAATTTGTAGACT
650 AAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAGCAAATTTGTAGACT
15382 AAAAT
715 AAAAT
* ** *
15387 AGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTATTTTG
1 AGTTCAAATACTTATGACTATTGGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG
15450 TCATAAAACAATTATTTCTT-TTCATACA-AGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACT-AATTTAAT
65 TCATAAAACAATTATTT-TTGTTCATACATA-CTTATTTCAAA-TAAAATAATA-TAAATTTAAT
* * * * * ****
15511 AATA-TTCCAAGAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT-TGTCGAATGGTTTCAA
126 AATATTTCCAA-AATTAATAACTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTCTCT-GAACACATTCAA
* * * * * * *
15574 ATAGTTAAGATTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGT-TGTAAA
188 ATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATAGATATGACCTTTTCTTTTATCT-TAAA
* * ** * *
15638 ACAAATGTTTTTCTTCATATAAGTGTGTTT-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-A
252 ACAAATGTTTCTCTTCATACAAGCATATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * *
15701 AAATT-T-AGT-AAGATATTTAATAAATAAATCTGTTTACCAAACCATTTCA-ATTAGTTATAAC
316 AAATTATAAGTAAAAAT-TTTAAAAAACAAATCCATTTACCAAACAAGTTCATATT-GTTATAAC
* * * * ** * *
15762 -ATTTGAACAATTAGTTTTATTTCAAGTTGTTATGA-TTATTTGTTTTGTCATCAAACATTTGTT
379 TATTTGAACAATTA-CTTTATTTCAAATAGTTATGACTT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATATG
* * *
15825 TCTATTAATACAA-TCTTATTCGGAAT-AAAGTAATGCTAATTCATTAATATTCTAAAATTTAAT
442 TCTATTAATACAAGT-TTATTCAGAATCAAA-TAATACTAATTCATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * *
15888 AAGTA-AAGGATTTAAAAAA-AGAATCTGTTGGCCTAACCAGTAAAAATAGTTATAACTATTTGA
505 AAGTAGAAGG-TTTAAAAAATA-AATCTGTTGACCAAACAAATAAAAATAGTCATAACCATTTGA
* *
15951 ATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATA
568 ACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATA
* *** * * * * *
16016 C-AAGTTGATTTTGA-TGAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGA
633 CAAAATTG-TTCAAAGT-AAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAAA
* *
16079 TTTAAAAA-CAGTATCTGTTTAG-C-AAACA-
692 TTTAAAAAGCA-AAT-T-TGTAGACTAAA-AT
* * * * * ** * * * *
16107 AGTTCAAATAGTTATAACGATTTGATCAGCTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATACTTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* **** ** * * *
16172 C-TTAAACTAA-TATTTTCAACCCATGTA-AGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAA
66 CATAAAAC-AATTATTTT-TGTTCATACATA-CTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAATAA
* * * * * * * **
16234 TA-TTCGGACAACTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATATATCTGTT-TACCAAACA-AGTTCAAA
128 TATTTC-CAAAATTAATAACTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTCT-CTGAACACA-TTCAAA
* * * * * * * * * ** * *
16296 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGCTTTTTGTTTCGTCATAAAAT
189 TAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATAGATATGACCTTTTCTTTTATCTTAAAAC
* * * * * * * * * **
16361 AATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTGGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAGCAA
254 AAATGTTTCTCTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* *** ** * * *
16426 TTAATAAGTAATAAATTTTCAAAATA-AAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTA
319 TT-ATAAGTAA-AAATTTT-AAAAAACAAATCCATTTACCAAACAAGTTCATATTGTTATAACTA
* *
16490 TTTGAATAATTA-TCTATTTCAAAT
381 TTTGAACAATTACTTTATTTCAAAT
16514 CTCATAACCA
Statistics
Matches: 890, Mismatches: 187, Indels: 95
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
715 34 0.04
716 254 0.29
717 1 0.00
718 9 0.01
719 82 0.09
720 243 0.27
721 187 0.21
722 15 0.02
724 1 0.00
725 13 0.01
726 30 0.03
727 21 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (719 bp):
AGTTCAAATACTTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
CATAAAACAATTATTTTTGTTCATACATACTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAATAATAT
TTCCAAAATTAATAACTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTCTCTGAACACATTCAAATAGTTAA
GACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATAGATATGACCTTTTCTTTTATCTTAAAACAAATGTT
TCTCTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAG
TAAAAATTTTAAAAAACAAATCCATTTACCAAACAAGTTCATATTGTTATAACTATTTGAACAAT
TACTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATGTCTATTAATACAAG
TTTATTCAGAATCAAATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGGTTTAAA
AAATAAATCTGTTGACCAAACAAATAAAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TAGTCATGACCTTTTATTTTGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAAATTGTTCAAAGTAA
AATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAGCAAATTTGTAGACTA
AAAT
Found at i:16521 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 16472--16548 Score: 127
Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34
16462 ACTGAACAAG
* *
16472 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTCAAAT-CTCATAACCATTTGAATAATTATCTAT
16507 TTCAAATCTCATAACCATTTGAATAATTATCTAT
1 TTCAAATCTCATAACCATTTGAATAATTATCTAT
16541 TTCAAATC
1 TTCAAATC
16549 ATTTTGACCT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 33 0.82
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (34 bp):
TTCAAATCTCATAACCATTTGAATAATTATCTAT
Found at i:16708 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 16307--16730 Score: 519
Period size: 216 Copynumber: 2.0 Consensus size: 216
16297 AGTTATGACT
* * * * * * *
16307 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGCTTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTTTG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTATATTAG
* * * ** **
16372 TTCATACAAGCTTATTGGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAGCAATTAATAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
16437 TAAATTTTCAAAATAAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTA
131 GAAATTTTCAAAATAAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAACAGTCATAACTATTTAAACAATTA
16502 TCTATTTCAAATCTCATAACC
196 TCTATTTCAAATCTCATAACC
* *
16523 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTATTAG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTATATTAG
* * * * *
16588 TTTATATAGGCTTATTCGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTTATGAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
16653 GAGA-TTT-AAAATATGAATCTATTTACTGGACAAGTTCAAACGGTTTATTACTATTTAAACAAT
131 GAAATTTTCAAAATA-AAATATATTTACTGAACAAGTTCAAACAG-TCATAACTATTTAAACAAT
16716 TATCTATTTCAAATC
194 TATCTATTTCAAATC
16731 ATTATGACTT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 33, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
214 6 0.03
215 26 0.15
216 141 0.82
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (216 bp):
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTATATTAG
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
GAAATTTTCAAAATAAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAACAGTCATAACTATTTAAACAATTA
TCTATTTCAAATCTCATAACC
Found at i:16976 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 16523--17317 Score: 736
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 182
16513 TCTCATAACC
* * * * *
16523 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTATTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * * *
16587 GTTTATATAGGCTTATTCGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTC-CAAAAATTTATGAGT
65 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * **
16651 AAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTGGACAAGTTCAAACGGTTTATTA-CT
130 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTA-TAGCT
* *
16705 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
16768 TGTTCGTACAAGATTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AAATATTAATA
64 TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTCAAAAATTAATA
* * * * * *
16830 AGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATATATTTTCCAAACACGTTCAAATAGTTATAGTT
127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAGCT
* *
16886 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * *
16951 TTCACACCAGCGTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTA
66 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** ** *
17015 AAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGTAAGTTCGTATCA-TTATAACT
131 AAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATAGCT
* * * * * * * * * * * * * *
17067 GTTTGAATAATTTTTTATTTTAAATAGTTAAGATCTTTCGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * **
17132 TTCATACAAGTTTAGTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT-TTGAAAATTAATAAGTA
66 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAAATTAATAAGTA
* ** *
17196 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGACAT-GTCC
131 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CT
* * * * *
17248 ATTTGAACAATTATCCATTTGAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
17313 -TCATA
66 TTCATA
17318 AAATATAATT
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 105, Indels: 32
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 14 0.03
181 336 0.68
182 139 0.28
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAGCT
Found at i:17424 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 17396--17453 Score: 98
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
17386 CATTATAACC
* *
17396 TTTTGTTTTGTCATAAAATAAATAA
1 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAATAA
17421 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAATAA
1 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAATAA
17446 TTTTGTTC
1 TTTTGTTC
17454 ATATAAGTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 31 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
TTTTGTTCTGTCATAAAACAAATAA
Found at i:18468 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 18155--19939 Score: 898
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 178
18145 TTAATACTTA
* * * * * * * **
18155 TTACCAAACAAGTTCAAATACTTATTACTATTTAATCAACTACCTATTTAAAATCATTATAGCCT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-GATT
* * * ** *
18220 TTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTT-T-AGTTAGTACATGCTTAGAC-AGAATAAACTAATACT
65 TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCA-TA-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* *
18282 AATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGC
125 AATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
18336 TTACCAAATTAGCTAAAATAATTATAACCATTTAAACAATTAGCTATTTGAAATCATTATGATAT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAT-T
* * * * *
18401 TTTATTGTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACCATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
65 TTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
18466 TTATTAATATTT-CAAAATTTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATCTGT
128 TTATTAATATTTCCAAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
18516 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTTTCAATTTAACATC-TT-TG----
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATTT
* **
18575 -T-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAACTAA-ACTAATT
66 TTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATACTAATT
* * * * *
18636 TAATAATATTT-C-AAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGC
129 TATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * **
18682 TTACGAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACCA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATA
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACCATTTA-AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAT-
* * * * * *
18746 TTTTGTTTGGTCATAAAA-TATT-TAT-T--TCAT--A---T-CT-GAAATAAACTAATCCAAAT
64 TTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
18799 TTATTAACA-CTCGAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTTAAAAAATAAATCTAT
128 TTATTAATATTTC-CAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
18851 TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACTT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-TT
* * * * * * * * *
18916 TTTGTTCTGAT-ATAAAAGAATGGCTTCAGTTTC-TAAAAGCTTGTCCAAAATAAAAATAATATT
65 TTTGTT-TG-TCATAAAACAATTGTTTCTG-ATCAT-AAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACT
* ** * * * * *
18979 AATTTCTTAATATTTTGAAAATTACTATGCAAG-AGTTTAAAAAATAAATTTGT
125 AATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * ** *
19032 TTACCGAA-TAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCGTCTATGTAAAATCATTATGACT
1 TTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-T
* * * * * *
19096 TTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
64 TTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
19161 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT--G--ATTTAAAAAATGAATCTAT
127 TTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
* * ** * * ** * * *
19209 TTACCGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTTACC
1 TTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-T
* * * * * *
19273 TTTTGTTTAGTCACATAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAAAATACTAA
64 TTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
19338 TTTATTAATCTTTCGAAAGGTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTGT
127 TTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA-AAAAATAAATCTGT
*** * * * * * * * * *
19391 TTAGTGAA-TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTA
1 TTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATC-ATTA--T-
* * * * * * * *
19455 CAAATTAAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCGTATTCGAAATAA
61 --GA-T-----TTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATA-AAGCTTATTCGAAATAA
* * * * * * * *
19520 AATAATACAAATCTAATAATATGTT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGT
116 AATAATACTAATTTATTAATAT-TTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * **
19583 TTGCCAAACTAGTTCAAATTGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACT-AC
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTA-TGA-
* * * * * *
19646 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTC-AATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AAT
63 TTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
19708 GAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGT
125 -AATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * ** *
19763 TTACCTAACTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-TT
** * * * ** *
19828 TTTGTTTTGTCATAAATTAAATGTTT-TTATTCATATAAGTTTGCTC-AGAATAAAAT-A-ACAA
65 TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATA-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTA
* *
19889 AATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATTAAAT-TGT
126 ATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA-TAAATCTGT
19938 TT
1 TT
19940 TTAATTTTGT
Statistics
Matches: 1242, Mismatches: 277, Indels: 176
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.00
164 16 0.01
165 12 0.01
166 60 0.05
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Consensus pattern (178 bp):
TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATTT
TTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
Found at i:19806 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 6.3 Consensus size: 179
18785 AAACTAATCC
* * * * * * *
18795 AAATTTATTAACA-CTCGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
1 AAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
* * * * * * ** * *
18859 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTCT
64 CTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * ***
18924 GAT-ATAAAA-GAATGGCTTCAGTTTC-TAAAAGCTTGTCCAAAATAAAAATAATA
129 G-TCATAAAACAAAT-GTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTTGAAAT-AAAATAA-A
* * ** * * * *
18977 TTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTACTATGCAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-
1 -AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
* * * ** * * ** * *
19040 TAAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATCGTCTATGTAAAATCATTATGACTTTTTATTT
65 T-AGTTCAAATAATTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * *
19104 TGCCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AGGCTTATTTGAAATAAAATAATA
128 TGTCATAAAACAAATGTTTCAATTCATACTA-GCTTATTTGAAATAAAATAA-A
* * * * * *
19157 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT----GATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAA-
1 -AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
* * * * * * * * *
19217 TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTTACCTTTTGTTTA
65 T-AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * * *
19282 GTCACATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAA-AAA
129 GTCATAAAACAAATGTTTCAAT-TCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAA
* * ** * ***
19332 TACTAATTTATTAATCTTTCGAAAGGTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTGTTTAGTG
1 -A--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * * * * * *
19397 AA-TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAATT
62 AACT-AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC--A--AATT-GTT----A-T
* * * * * * * * * * * *
19461 AAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTT-ATGTTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAA
116 -GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA
19525 TA
179 -A
* * * * * *
19527 CAAATCTAATAATATGTT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCCAAA
1 -AAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
** *
19591 CTAGTTCAAATTGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTT
64 CTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TGACCTTTTGTTT
19655 TGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAA
128 TGTCATAAAACAAATGTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAA
* *
19706 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAA
1 A--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
* * * *
19771 CTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
64 CTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
** ** * *
19836 GTCATAAATTAAATGTTTTTATTCATA-TAAG-TT-TGCTCAGAATAAAATAACA
129 GTCATAAAACAAATGTTTCAATTCATACT-AGCTTAT-TTGA-AATAAAATAA-A
19888 AAA-TTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATTAAA-TTGTTT
1 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTT
19940 TTAATTTTGT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT
AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAAATGTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAA
Found at i:19811 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19779--19811 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
19769 AACTAGTTCT
19779 AATAATTATGACTATTTG
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19797 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
19812 CAAATTGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:20181 original size:297 final size:298
Alignment explanation
Indices: 19647--20200 Score: 727
Period size: 297 Copynumber: 1.9 Consensus size: 298
19637 TGTTACTACC
** *
19647 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATGAAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAAG
* ***
19712 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACCTAACTAGTT
* * * *
19777 CTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
131 CTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
19842 AATTAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGCTCAGAATAAAAT-A-ACAAAATTATTAATATTTCA
196 AA-TAAATGTTTCTATTCATACAAGTTTGCTCAGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTTCA
19905 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATTGTTTTTAA
260 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATTGTTTTTAA
* *
19944 TTTTG-TTTGTCATAAAA-AAATTATTTCAATTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-T-TTTCAATTCATACT-AGCTTATTCAAAATAAAATAAAATG
* *
20006 AAGTTATTAATATTT-AAAAAGTTAGTAATTAAAAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACCTAA-T
63 AAGTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACCTAACT
**
20069 AAG-TCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGTTTT
127 -AGTTCT-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTT
* *
20133 GTCATAAA-AAGAT-TTCATCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-GAATAAAATAATACAAATTTAT
190 GTCATAAATAA-ATGTT--TCTATTCATACAAG-TT-TGCTCAGAATAAAATAATACAAAATTAT
20194 TAATATT
250 TAATATT
20201 ATGACAATTA
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 21, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (298 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAAG
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACCTAACTAGTT
CTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
AATAAATGTTTCTATTCATACAAGTTTGCTCAGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATTGTTTTTAA
Found at i:20267 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19944--27463 Score: 4308
Period size: 181 Copynumber: 42.1 Consensus size: 180
19934 TTGTTTTTAA
* * * * * *
19944 TTTTG-TTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTA
* * * * * *
20007 AGTTATTAATATTTAAAAAGTTAGTAATTAAAAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACCTAATAAG
65 ATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* ** * *
20072 -TCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGGAATCGCTATAACC
129 TTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* *
20124 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TCATCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACT
* * * * *
20187 AATTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATATCTGTTCACCAAACAA
64 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* ** *** *
20252 GTTCAAATCA-TTATGACTA--T-AACTATT-TGAACAACAAA-CTGTTATGACT
128 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACC
* * * * * * * * * *
20301 TTTTCTTTGGTTATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
20366 TTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATATGTTTACTGAACAAAT
66 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * * * * * *
20431 TCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTGTGACAT
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-C
* * * *
20483 TTTTGTTTTGTAATAAGACAATTGTTTC-ACTTAATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACT
* * * * * ** *
20546 AATTTATTAATATTCCAGAAATTAGTGAGTAAGAGAACTAAAATAATAAATCTGTTTATCGAACA
64 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * *
20611 AGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
20665 TTTTTATTTTATCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTAATTTCAAATAAAATAATA-TA
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACT-
* * * * * * *
20729 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACAC
64 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* * *
20793 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGGTATGACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
** * * * * * * **
20846 AGTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAACGAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAA
* * * *
20911 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTTA--GAGCGAG
66 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACAAG
* * * * * *
20974 TTCAAATAGTTTTGACTATTCG-ATAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGATC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
21025 TTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGGTTTTTTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTCGAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
21089 ATTTATTAATATTCTAAAATTTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCGAATAAG
65 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * * * * *
21154 TTCAAAGAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTG-TATGACA
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * ** *
21205 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTTAG
1 TTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--ATT----GT--TT-CTATTCATACAAGCTTATTTCG
* * * *
21270 AATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG-----GATTT-AAAAATAAATG
50 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * ** * * * * * *
21329 TGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAATAGTTATTTATTTCAAATTGTTCTAA
114 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
21394 CC
179 CC
* * * *
21396 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTA-TTCGAAATAAAATAGTACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACT
* * * * ***
21459 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-A-TTAAAAAA-AAATCCGTTTATTAAACA
64 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
21521 AGTTCAACA-A-TTAT--CTATTT----AA--A---A--T----T-GTTATGACC
127 AGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * *
21556 TTTAT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATGCATAAAAACTTATCTT-AAATAAAATAATA-T
1 TTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTCGAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
21618 TACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-
64 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CA
* * * * * *
21682 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTGTGAAC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
21736 TTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTTTCA-TCATACAACCCTA-TTC-ATTATAAAATAATAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCGA--ATAAAATAATAC
* ** * * * *
21798 TAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACC
63 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * *
21863 AGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * * * *
21917 TTTTGTTATATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAG-TATATTTGGAATAAAAGAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTCGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * * *
21981 ATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGACTTGAAAAATAAATTTATTTGCCGAACTAG
65 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * * * *
22046 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* ** * * * * **
22098 TTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTCCTTCAATTCTTAGTAA-CTTA----GAATAAAATAAAAAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTA
* * * * * ** *
22158 ATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCGAACCAG
65 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * * *
22223 TTTACATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CC
* * * * * * * *
22276 TTTTGCTTTGTCATAAAACAATTACTTT-TGTTCATATAAGTTTAATTGGAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTA
* * * *** *
22340 ATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAATAAACCAG
65 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * * * *** *
22401 TTTAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAAGATGGCC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * **
22453 ATATGTTTTGTCATAAAAGC-ATTGTTTCTATTCCTA-TAGTCTTA-TTCGGAATAAAGTAATGT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTC-GAATAAAATAATAC
* ** * * *
22515 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATCAGTAACGGATTAAAAAAATGAATTTG-TTAGCCTG-A
63 TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-GAA
** * **
22578 CGCGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTGAATCGTTATGACC
125 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * ** * * * *
22634 TTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTA-TCCAAAATAACATAATTCTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTA
* ** * *
22698 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----GGATTTAAAAAATGCATTTGTTTACCAAACAAG
65 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * *** *
22759 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACCATAACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * *
22811 TTTTATTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAGT-ATACAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAA-TAATACTA
* * * *
22875 ATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAATAAG
65 ATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * * *
22940 TGT-AAATAGGTATCACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACT
129 T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
22992 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAA
* * *
23057 TTTATTAATAGTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATATGTTTACCGAACAAGT
66 TTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * ** * *
23121 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATGTCC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* ** * * * *
23172 TTCTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACT
* * * * * **
23235 ATTTTATTAATATTTTAAAGATTAATGAGTAAAAGTTTTAAAAAATGAAA-CTATTTACTAAACA
64 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAACA
* * *
23299 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
23353 TTTCGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACT-A
* * *
23417 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAGT-T-TTT--TGAACACA
65 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA-A
* * * *
23477 -TTGAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
23529 TTTTGTTTTGTCATAAACCTATTGTTGCTGTTCATACAAGCATA-TTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTA
* * * *
23593 GTTTATTAATATTTAAAAAATTGATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
65 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * *
23658 TTTAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGCTATGACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
23710 TTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTA
* * * * * *
23774 ATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAG
65 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * *
23839 ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
23891 TTTTG-TTCGATAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC---TTTCGAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACT
* * * * ** * *
23952 AATTTAGTAATATTTTAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTGGCAAACC
64 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACCGAACA
* * * ** * * * *
24017 ACTTCAAACAATTAAAACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
24071 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATACATGCTTA--TC-------------CTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTA
* * * * *
24120 CTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAA-AT
65 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACA-
* * * * * * * *
24183 TGTTTAAATAATTAATG-CCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATTGTTATTA-C
127 AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
24236 TTTT-TGTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACT
* * * * *
24298 AATTTATTAATATTTAAAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAAGTTAATCTATTTACCAAACCA
64 AATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* * * *
24359 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATAACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * * *
24412 TTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAGGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAA
* * * *
24477 TTTAGTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCTAAAAGATTTAAAAAA-AAA-CTGTTTGCCAAACCAG
66 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * ** * * **
24539 TTTAAATAATTAAGACTAGATAAACAATTAGT-TGTTTCAAATTATTATGACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
24591 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATAGAAGCTTATTTAGAATAGAAT-AT--T-
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTA
* ** * * * ** ***
24651 ATTTA-GAATA-GAATAAAACTAAT--TTATTATTATTTCAAAAAATTATAGGTAAGAGATTTAG
65 ATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTA-AAAGATTT-AAAAAA-TA-A---ATCTG-TTT--
*** * * * * *** * * *
24712 AAAATAATTATATTTACTGAATTAGTTCAAATGATTATAACTATTTAAATAATTATCAATTTCAA
119 -ACCGAA-CA-AGTT-C--AAATAGTT---ATGACTAT-TTGAA-----CAATTATCTATTTCAA
* *
24777 ATCATTATTA-C
169 ATCGTTATGACC
* * * * * * *
24788 TTTTAATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGA-TT-GAAATGAAATAATAC
1 TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTCG-AATAAAATAATAC
* * * * * *
24851 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA-CTATTTACCAAACC
63 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * *
24915 ATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTGTCTACTTCAAATTC-TTATAACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACC
* * * * *
24969 TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TGTTCATAC-TGTTTTATTT-GAAATAAAATAATAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTCG-AATAAAATAATAC
* * * ** * * * * ** ** *
25031 TAATTTAATAATATTTCAAAATTTAACAACCAAAAAAATTCAAAAATAAATTTAATTACTAAAAA
63 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * *** **
25096 AATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTCAAATTATTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * **
25150 TTTTGTTTTG-CATTAAAACAATTGTTT-T-GTCATA-AAACAATTGTTTTG--T----TTGTAC
1 TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC--TTATTTCGAATAAAATAATAC
* ** * * * * ** ** ** *
25205 -AAGCTTATGT-GGA-TTAAAATAATACTAACTGATTG-TTTACTAAATCAGTTCAAATGGTTA-
63 TAA-TTTAT-TAATATTTAAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATC---TGTTTAC
* * * *
25265 AG-ACTA-TT-AGAACAATTAT--CTATTT---CAA--AT-TATT---------T-TGACC
121 CGAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
25305 TTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACTAGCTTATTTAGAATCAATTAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTA
* * * * *
25369 ATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACA
65 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * * * * * * * **
25433 AGTT-GAACA-CT-TGTCTATTAAGAATC-GTTATAACCT-TTT-GATTTGTCATAAAA
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAA-CAATTAT---CTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
25486 TAATTGTTTTAG--ATAATACAA--GCTTATTTTGAATA-AA----A--T--AATACAAAT-TTA
1 T-TTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATTTCGAATA-AAATAATA
* *** * * *
25537 ATAA--TATT-A-A---GGCAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATATGATTACCGAACA
62 CTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * *
25595 AGTCCAAATCA-TTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACA
127 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * **
25649 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATGCAAACTTATTTGGATTAAAATAATTTTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTA
* * * * * *
25713 ATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAACAAG
65 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * * *
25778 TTCAAATAGTCATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * ** * * **
25830 TTTTCTTTTGTAATAAAATGATTGTTTC-AGTACATATAAGCTTATTT-GGTTAAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAT-AAAATAATACT
* ** * * * *
25893 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCA
64 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
** * * * * * *
25958 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTGACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * * * * * *
26011 TTTTGTTTAGTCAAAAAATATTTGTTGCATATCCA-ACAATCTTATTTGGAATTAAATAATCCAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTA
* * * ** *
26075 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATCCATTTATCGAACAA
65 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* * * * *
26140 GTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGA-T
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
26192 TTTTGTTTTGAT-GTAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATAC
1 TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATAC
* * * ** * * * *
26254 TAATTTCTTAATGTTTTGAAAATTAATAAGCCAAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACA
63 TAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * *
26319 AATTCAAATAGTTATGACCGT-TTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGA-C-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
26374 TTTTGTTTTATCATAAAACAGTTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACT
* * * ** * * * ** **
26437 AATTTATTAATATTCCAATAATTAATAAATAACTGATTTAAAAAGTGAATGTGTTTGTCGAAGTA
64 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* * ** *
26502 GTTCAAATTA-TTATGGCCATTTCCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACC
128 GTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
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1 TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATAC
* *
26617 TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTATCGAAC
63 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * * * * *
26678 TAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTGTGC-ACTTCAAATCATTATAACC
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* * * * * *
26733 TTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTA
* * ** * * * ** * * * * *
26797 GTATAAAAATATTTTGAAAATAAATAACTATCATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAG
65 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * ** * *
26862 TTCAAATATTTAAGACTACATGAATAGTTATCTATTTCAAA---TTAT----
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * ** * *
26907 TTTTGGTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATATTAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA-AATG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACT-
* * * * * * *
26970 AATTTATTCATATTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA
64 AATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAA
* *
27035 -TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AGCC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CC
* * * * * * * * * *
27087 TTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATATGTTTGTTTGGAATAAAATAATACCAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
27152 TCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAA-ACTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACCAGT
66 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * * * *
27213 TCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACT
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * * * *
27264 TTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTCATTTGGATTAAAATGATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
27329 TTTATTAATATTTCAATAATTGATAAGTAAAAAAATT-AAAAATAAATATGATTACCAAACTAGA
66 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * * *
27393 TCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
27444 TTTTTGTTTTGTCATGAAAA
1 -TTTTGTTTTGTCAT-AAAA
27464 AATCATTTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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156 9 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
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TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
Found at i:21093 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 20293--21527 Score: 856
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20283 CAACAAACTG
* * * * * * * *
20293 TTATGA-CTTTTTCTTTGGTTATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * *
20357 TAATATTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATATG-TTTA
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTA
* * * * *
20421 CTGAACAAATTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCA
131 --GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
20474 TTGTGACATTTTTGTTTTGTAATAAGACAATTGTTTC-ACTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAA
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* * * * * **
20538 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAGAAATTAGTGAGTAAGAGAACTAAAATAATAAATCTGTTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTT
* * * *
20603 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA
129 -TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
20657 TTATGACCTTTTTATTTTATCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTAATTTCAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * *
20722 TAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTTGAAAAATAAATTTGTTTT
66 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTT
* * *
20785 CTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCG
130 -AGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * **
20838 GTATGACC-AGTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAACGAAA
1 TTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* *
20902 TAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTTA
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTA
* * * ** * * *
20967 GAGCGAGTTCAAATAGTTTTGACTA-TTCGATAGTTATTTATTTCAAATCG
131 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
21017 TTATGATC-TTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGGTTTTTTTGGAATAAA
1 TTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTGGAATAAA
* * * * *
21080 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
21143 TACCGAATAAGTTCAAAGAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAAT--
129 TA--GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
21196 TGTATGACATTTTGT-TTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATACAA
1 T-TATGACCTTTT-TATTT-T-GT--AATAA-AAC-A--ATT----GT--TT-CTATTCATACAA
** * * * **
21260 AATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG-----GATTT-A
49 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * *
21319 AAAATAAATGTGTTTGCTA-AACAAGTTCAAATAGTTAAGCCTA-TGAGAATAGTTATTTATTTC
114 AAAATAAATCTGTTT--TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTC
**
21382 AAATTG
176 AAATCA
* * * * * * * * *
21388 TTCTAACC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAA
* * * *
21451 ATAGTACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-A-TTAAAAAA-AAATCCGTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTG-T
21512 TATTA-AACAAGTTCAA
127 T-TTAGAACAAGTTCAA
21528 CAATTATCTA
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 177, Indels: 112
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Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
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176 2 0.00
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184 4 0.00
185 6 0.01
186 6 0.01
187 1 0.00
188 2 0.00
189 7 0.01
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192 1 0.00
193 3 0.00
195 2 0.00
196 48 0.06
197 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTA
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:22243 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 21526--25056 Score: 2334
Period size: 358 Copynumber: 9.8 Consensus size: 356
21516 AAACAAGTTC
* * * *** *
21526 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATGCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
* * * * * * * *
21590 TAAAAACTTATCTT-AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGA
65 TACAAGCTTAT-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
21652 GATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAAAAATTAT
128 GATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
21715 CTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTT-TCA-TCATACAACCC
191 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTCT-ATTCATACAA-GC
** * * *
21778 TATTCATTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAA
252 --TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * *
21843 ATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATCATGACTATTTG
314 AT-AATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * *
21887 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATATCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* * * * *
21952 ATAAG-TATATTTGGAATAAAAGAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGA
66 ACAAGCT-TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
22016 CTTGAAAAATAAATTTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTAT
130 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
22081 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTCCTTCAATTCTTAGTAA-CTTAGAA
195 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATA-CAAGCTTAGAA
* ** * * *
22145 TAAAATAAAAAAAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG
258 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTG
** * *
22210 TTTGTCGAACCAGTTTACATAATTATGACTATTTG
322 TTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * *
22245 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
* * * * * *
22310 TATAAGTTTAATTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAAG-AAGAGA
65 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *** * * * * *
22371 TTTAAAAAATAAATCTATTTAATAAACCAGTTTAATTAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTA
130 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * *
22435 TTTCAAATCAAGATGGCCATATGTTTTGTCATAAAAGC-ATTGTTTCTATTCCTA-TAGTCTTAT
194 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATT-TTTCTATTCATACAAG-CTTA-
* ** * *
22498 TCGGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATCAGTAACG-GATTAAAAAAA
255 ---GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA
* * *
22561 TGAATTTG-TTAGCCTG-ACGC-GTGCAAATAGTTATGACTATTTG
315 T-AATCTGTTTA-CC-GAAC-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
** * * * * **
22604 AACAATTATCTATTTTGAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTTGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
**** * *
22669 ACAAGCTTATCCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG---G-GA
66 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * * *
22729 TTTAAAAAATGCATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTAT
130 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
22794 TTCAAATCACCATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
195 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTCTATTCATACAAGCTTA----
* * *
22859 AAATAAAAGT-ATACAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
255 GAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** ** *
22922 TTTTGTTTACCGAATAAGTGT-AAATAGGTATCACTATTTG
318 -TCTGTTTACCGAACCAGT-TCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * *
22962 AACAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* * * * * *
23027 ACAATCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAGTT-TGACAATTAATAAGTAAAAGA
66 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * **
23091 TTTAAAAAA-AAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAGTAATTATCTA
130 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * * *
23154 TTTAAAATCGTTATGTCCTTCTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAGGCTTATT
194 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGC---TT
* * * * * * *
23218 CAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTAAAGATTAATGAGTAAAAGTTTTAAAAAATGA
254 -AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-A
* * ** * * *
23283 AACTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTG
317 ATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * * *
23323 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
** * *
23388 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAA
66 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
23451 TTTAAAAAATAAGTTT-TTT---GAAC-ACATTGAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTA
130 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
23511 TTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCTATTGTTGCTGTTCATACAAGCATATT
194 TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGC---TT
* * * * * *
23575 CGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTAAAAAATTGATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAA
254 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-A
* * * * *
23640 ATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGATTGTTTG
317 ATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * *
23680 AACAATTATTTATTTAAAATAGCTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT-TTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT-TGTTCA
* * * * * * *
23744 TAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGGTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
23809 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
130 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * * *
23873 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTCGATAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTTCG
194 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGC-TTAG
* * * *
23937 AAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
256 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT
** * * * ** * *
24002 CTGTTTTGGCAAACCACTTCAAACAATTAAAACTATATA
319 CTG-TTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * *
24041 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* * * *
24106 ---A-C--A--T-G-CT----T-ATCCTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAGAGA
66 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * *
24155 TGTAAAAAATAAA-TTAGTTTATCGAAATTGTTTAAATAATTAATG-CCATTTGAACAACTACCT
130 TTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAA-GACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * *
24218 ATTTCAAATTGTTATTA-CTTTT-TGTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTAT
193 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCT-ATTCATACAAGCTTA-
*
24280 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGT
255 --G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-A
* * * *
24340 TAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATTACTATTTG
315 TAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * *
24382 AACAATTATCCATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* * * *
24447 ACAGGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCTAAAAGA
66 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGA
* * * * * * * ** * *
24511 TTTAAAAAA-AAA-CTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAATTAAGACTAGATAAACAATTAGT-TG
130 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA-TCTA
* * *
24573 TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATAGAAGCTTATT
194 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGC-----
* *
24637 TAGAATAGAATATTATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTATTATTTCAAAAAATT-ATAGGT
252 T----TAG-A-A-TA---A-AAT--AAT---ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * *
24701 AAGAGATTTAGAAAATAATTATATTTACTGAATTAGTTCAAATGATTATAACTATTTA
300 AAGAGATTTAAAAAATAA-TCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * * *
24759 AATAATTATCAATTTCAAATCATTATTA-CTTTTAATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
* * * * *
24823 TATAAGTTTGA-TTGAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATCAGTAAGA
65 TACAAGCTT-ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * ** * *
24886 GATTTAAAAAGTAAA-CTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTGTCT
128 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
24950 ACTTCAAATTC-TTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TGTTCATAC-TGTTTT
193 ATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--TTTCTATTCATACAAG-CTT
* *
25012 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAA
254 A---G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
25057 CAACCAAAAA
Statistics
Matches: 2521, Mismatches: 494, Indels: 310
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 83 0.03
342 20 0.01
343 6 0.00
344 26 0.01
345 15 0.01
346 125 0.05
347 4 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 2 0.00
353 2 0.00
354 46 0.02
355 113 0.04
356 75 0.03
357 277 0.11
358 466 0.18
359 186 0.07
360 103 0.04
361 445 0.18
362 218 0.09
363 8 0.00
364 7 0.00
365 3 0.00
366 3 0.00
367 2 0.00
368 3 0.00
369 2 0.00
370 5 0.00
371 1 0.00
372 3 0.00
373 18 0.01
374 2 0.00
375 4 0.00
376 11 0.00
377 151 0.06
378 80 0.03
379 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTAGAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTGTTTA
CCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
Found at i:23376 original size:719 final size:712
Alignment explanation
Indices: 19972--27445 Score: 2797
Period size: 718 Copynumber: 10.5 Consensus size: 712
19962 AATTATTTCA
* * * ** * * * *
19972 ATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTAAAAAGTTAGTAATTA
1 ATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGTA
*** * * *
20037 AAAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACCTAATAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * * *
20102 TCTATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTCATCTATTCATACAAGCT
130 TTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTT-TTTTATTCATAAAAGTT
* ** *
20166 TATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
193 TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * ** ***
20231 ATATATCTGTTCACCAAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTA--T-AACT-ATT-TGAACAACAAA
256 ATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAA-TAATTATTTATTTCAAA
* * * ** * * * * * * * * *
20290 -CTGTTATGACTTTTTCTTTGGTTATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTA
319 TC-GTTATGACCTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATA
* * * * * * * *
20354 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATATGTT
383 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAAAGATTAAAAAAATGAATATG-T
* * * * * * * * *
20419 TA-CTGAACAAATTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTGTGACAT
447 TACCT-AACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC-C
* * * * * * * **
20483 TTTTGTTTTGTAATAAGACAATTGTTTC-ACTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-
510 TTTCGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TA
* * * * *
20546 AATTTATTAATATTCCAGAAATTAGTGAGTAAGAGAA-CTAAAATAATAAATCTGTTTATCGAAC
573 AATTTATTAATATTCCAAAAATTA---A-TAAGAAAATTTAAAA-AATAAGT-T-TTT-T-AAAC
* * * * ** *
20610 A-AGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTTATT
629 ACA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCCATAACC-TTTTATT
*
20673 TTATCAGAAAACA-ATTGGTT-CT
691 TTATCA-TAAACATATT-GTTGCT
* *
20695 ATTCATCCAAGC-TAATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
1 ATTCATACAAGCAT-A-TTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * *
20758 CAAAA-ATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
63 TAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * * * * * *
20822 TATCTATTTCAAATCGGTATGACCAGTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
128 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATAAAAGT
** * * * *
20887 TTATTTGGAACGAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
192 TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--GAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
20952 AATAAATCTCTTT--TAGAGCGAGTTCAAATAGTTTTGACTATTCG-ATAGTTATTTATTTCAAA
255 AATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA
* * ** * * * * * *
21014 TCGTTATGATCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAGGTTTTTTTGGAATA
319 TCGTTATGACCTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATA
* * * * * * * *
21078 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAAT-ATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTTT
383 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCA-GTAAAAGATTAAAAAAATGAA-TATG
* * * * * * * * * *
21142 TTACCGAATAAGTTCAAAGAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT--TGTATGACA
446 TTACCTAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT-TATGACC
* * * * * ** *
21205 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTATT-TA
510 TTTCG-TTT-T-ATCACA-AA-A-C-A--ATT----GT--TT-CTATTCATACAAGCTTATTCCA
** * *** *
21269 GAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG--GATTT-AAAAATAAATGTG
559 -AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAAT-AA-GT-
* * ** * * * * *
21331 TTTGCTAAACA-AGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAATAGTTATTTATTTCAAATTGTTC-TAA
620 TTT-TTAAACACA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG-CCATAA
* *
21394 CCTTTT-GTTTAGTCATAAA-ATAATTGTT-TT
682 CCTTTTATTTTA-TCATAAACAT-ATTGTTGCT
* * * * * *
21424 AGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC
1 A-TTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * *
21489 AAGAA-A-TTAAAAAA-AA--------ATC---C--G-TT---T-ATTA-AACAAGTTCAACAAT
64 AA-AAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * ** * *
21532 TATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATGCATAAAAA
128 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATAAAAG
* * * * * *
21596 CTTATCTT-AAATAAAATAATATT-ACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAA
191 TTTAT-TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-GAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * *
21659 AAAATAAATC-AGTTTA-TCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAAAAATTATCTATTT
253 AAAATAAATCTA-TTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTT
* * * * ** * * *** * ** *
21721 CAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTTTCATCATACAACCCTATTC-AT
315 CAAATCGTTATGACCTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATTCGA-
* * * * ** *
21785 TATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATGT-AAAAAATAAAT
379 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAAAGAT-TAAAAAAATGAAT
* * * * * * **
21849 ATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT
443 ATG-TTACCT-AACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * * * * * * * *** *
21913 AACCTTTTGTTATATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAG-TATATTTGGAATAAAAGAAT
506 GACCTTTCGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCCAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
21977 ACT-AATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGACTTGAAAAATAAATTTATTTGCCGA
570 A-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAA-A-ATTTAAAAAATAAGTTT-TTT---AA
* * * * * ** * *
22041 ACTA-GTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGT
627 AC-ACATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCCATAACCTTTTAT
* * * *
22104 TTTGTCGTAAAACA-ATTCCTT-CA
690 TTTATCAT-AAACATATT-GTTGCT
* * * * * * *
22127 ATTC-T--TAGTA-ACTTAG-AATAAAATAAAAAAAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAAT
1 ATTCATACAAGCATA-TTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT
* ** * *
22187 AAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCGAACCAGTTTACATAATTATGACTATTTGAACAATT
64 AAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
22252 ATCTATTTCAAATCGTTGTTACCCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATATAAGT
129 ATTTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATAAAAGT
* *
22317 TTAATTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAA--ATTAAG-AAGAGATTTAAAAA
192 TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
22379 ATAAATCTATTTAATAAACCAGTTTAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC
256 ATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC
*** * * ** * * *
22444 AAGATGGCCATATGTTTTGTCATAAAAGC-ATTGTTTCTA-TTCCTATAGTCTTATTCGGAATAA
321 GTTATGACCTTATGTTTCATCATAAAA-CAATTGTTT-TAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAA
* ** * ** *
22507 AGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATCAGTAACGGATTAAAAAAATGAATTTGTTA
384 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAAAGATTAAAAAAATGAATATGTTA
* ** ** *
22572 GCCTGACGCGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTGAATCGTTATGACCTTT
449 -CCTAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
* ** * *
22637 TGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTA-TCCAAAATAACATAAT-TCTAAT
513 CGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCC-AAATAAAATAATAT-AAAT
* ** *
22700 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-GGATTTAAAAAATGCA-TTTGTTTACCAA-ACAAGTTC
576 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAAT-AAGTTT-TTTA--AACAC-A-TTC
*
22762 AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-CCATAACCTTTTATTTTATCATA
635 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCCATAACCTTTTATTTTATCATA
* *
22826 AA-ATAATTTTTTCT
699 AACAT-ATTGTTGCT
*
22840 ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAGT-ATACAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAG
1 ATTCATACAAGCATA-TTCGAAATAAAA-TAATACAAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAG
* * ** * *
22903 TAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAATAAGTGTAAATAGGTATCACTATTTGAACAAA
63 TAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
22968 TATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAA-T
128 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATAAAAGT
* *
23032 CTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAGTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
192 -TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTGA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
23097 AAA-AAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAA
254 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA
* * * *
23161 TCGTTATGTCCTTCTGTTTCATCATAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAA
319 TCGTTATGACCTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAA
* * * * *
23226 AATAATACTATTTTATTAATATTTTAAAGATTAATGAGTAAAAGTTTTAAAAAATGAAACTAT-T
384 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAAAGATTAAAAAAATG-AA-TATGT
* *
23290 TA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
447 TACCT-AACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * *
23354 TTCGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAAT
511 TTCGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAAT
* *
23419 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAGTTTTTTGAACACATTGAAAT
576 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAAATTTAAAAAATAAGTTTTTTAAACACATTCAAAT
* ** * * *
23484 AGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCT
639 AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTTTATTTTATCATAAACAT
23549 ATTGTTGCT
704 ATTGTTGCT
* * * * * *
23558 GTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTAAAAAATTGATAAGCA
1 ATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
23623 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
23688 TTTATTTAAAATAGCTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGTTT
130 TTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-TATTCATAAAAGTTT
* * * *
23753 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAA
194 ATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
23818 TAAATCTATTTACTGAATAAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
257 TAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCG
* * * * * *
23883 TTATAACCTTTTG-TTCGATAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC-T-TTCGAAATAAAA
322 TTATGACCTTATGTTTC-ATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * * * *
23945 TAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTG
386 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAAAGATTAAAAAAATGAATATG--TTA
* * * * * * * ** * * * * ** *
24010 GCAAACCACTTCAAACAATTAAAACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
449 CCTAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTC
* * * * * *
24075 GTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATACATGCTTA-TCC-------------T-ACTTT
514 GTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTT
* * * * *** *
24124 ATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAAA-TTGTTT
578 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATAAGTT--TTT-T--AAACACATTC
* * * * * ** * * * *
24188 AAATAATTAATG-CCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTT-TGTTGTCTTA
635 AAATAGTTAA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTTTATTTTATCAT-
**
24250 AAACA-ATTGTTTTT
698 AAACATATTGTTGCT
* * * *
24264 CA-ACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAGAATTAATAAG-
1 -ATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGT
* * * * * * * *
24327 ---AGATTTAAAAAGTTAA-TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAT
64 AAAAGATTTAAAAA-ATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
** * * * * * * * * *
24388 TATCCATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAGGC
128 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATAAAAGT
* * * * *
24453 TTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCTAAAAGATTTAAA
192 TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T-GAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAA
* * ** * * * ** * * * *
24517 AAA-AAA-CTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAATTA-AGACTAGATAAACAATTAGTTGTTTCAA
254 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA
** * ** * * * * * *
24579 ATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATAGAAGCTTATTTAGAATA
318 ATCGTTATGACCTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTA--T----TC
* * *
24644 GAATATTATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTATTATTTCAAAAAATT-AT-AGGTAAGAGA
377 GAA-A-TA---A-AAT--AAT---ACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATCA-GTAAAAGA
* ** * * * *
24707 TTTAGAAAATAAT-TATAT-TTA-CTGAATTAGTTCAAAT-GATTATAACTATTTAAATAATTAT
429 -TTA-AAAA-AATGAATATGTTACCT-AACAAGTGCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * ** * * * * * * *
24768 CAATTTCAAATCATTATTACTTTTAATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTG
489 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-
* * ** *
24833 ATT-GAAATGAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAA
553 ATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAA
* ** * ** * * *
24896 GTAAACTATTTACCAA-ACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTGTCTACTTCAAAT-
614 ATAAGTTTTTTA--AACA-CA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA
* * * *
24959 TCTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACA-ATTGGTT-TT
675 GC-CATAACCTTTTATTTTATCAT-AAACATATT-GTTGCT
* * ** * * * * * **
24998 GTTCATAC-TGTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAACAACC
1 ATTCATACAAG-CATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** ** * * * * * * ***
25062 AAAAAAATTCAAAAATAAATTTAATTACTAAAAAAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTT
64 AAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * **
25127 ATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG-CATTAAAACAATTGTTTT-GTCATAAAACAA
129 ATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTTTTTTATTCATAAAA-GT
* * ** * ** * * ** *
25190 TTGTTTTG--T----TTGTA-CAA---GCT--TATGTG-GATTAA-AA-T---A-A--TACTAAC
192 TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
25234 T-GAT-TGTTTACTAAATC-AGTTCAAATGGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
257 TAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
** * * ** * *
25295 TATTTTGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACTA-GCTTATT-TAGAATC
320 CGTTATGACCTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-TAGGCTTATTCGA-AATA
* * ** *
25358 AATTAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAAT-AA-AT-
383 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAA-AGA-TTAAAAAAATGAATATG
** * * * * *
25419 TTGTCT-AC-----CAAACA---A-G-----TTGAACACTTGTCTA-TTAAGAATCGTTATAACC
446 TTACCTAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA-AATCATTATGACC
* * * * * * * *** *
25468 TTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATAATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAA
510 TTTCGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAA
* * * **
25532 ATTTAATAATATT--AAGGCAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATATGATTACCGAACA
574 ATTTATTAATATTCCAA--AAATTAATAAG-AAA--ATTTAAAAAATAAGT-TTTTTA---AACA
* * * * * ** * * *
25595 -AGTCCAAATCA-TTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACATTTTGTTT
630 CA-TTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTTTATTT
* **
25657 TGTCATAAAACA-ATTGTTTTT
692 TATCAT-AAACATATTGTTGCT
* * * * * * *** ** *
25678 GA-TCATGCAAACTTATTTGGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
1 -ATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * *
25742 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTACTTGAATAATT
64 AAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * ** * * * * *
25807 ATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAATGATTGTTTCAGTACATATAAGCT
129 ATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATAAAAGTT
* * * * *
25872 TATTTGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
193 TATTTGGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTT--GAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** * * * * *
25936 AATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAAT
255 AATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * * * * * ** * *
26001 CATTCTGACCTTTTGTTT-AGTCAAAAAATATTTGTTGCATA-TCCA-ACAATCTTATTTGGAAT
320 CGTTATGACCTTATGTTTCA-TCATAAAACAATTGTT--TTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAAT
* * * * ** * * * *
26063 TAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATCCA
382 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAAAGA-TTAAAAAAATGAAT--A
* * * * *
26128 T-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGA-
444 TGTTACCTAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * ** *
26191 TTTTTGTTTTGAT-GTAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATA
509 CTTTCGTTTT-ATCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCC-AAATAAAATAATA
* * *** * *
26253 CT-AATTTCTTAATGTTTTGAAAATTAATAAGCCAAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA
571 -TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAA-ATTTAAAAAAT-AAGTT-TTT-T-AAA
* * * * * ** * *
26317 CAAATTCAAATAGTTATGACCGT-TTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTT
628 CACATTCAAATAGTTAAGA-C-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTTTATT
* *
26381 TTATCATAAAACA-GTTGTT-TT
691 TTATCAT-AAACATATTGTTGCT
* * * * *
26402 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAATAATTAATAAAT
1 A-TTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT
** * * ** ** * * * * **
26467 AACTGATTTAAAAAGTGAA-TGTGTTTGTCGAAGTAGTTCAAATTATTATGGCCATTTCCACAAT
64 AAAAGATTTAAAAAAT-AATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
26531 TATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTG-TTTGATCATATAACGATTGCTTTCTATT-ATACAA
128 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATT--TTTTTATTCATAAAA
** * * *
26594 GTTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAA--AATTAA-TAAGAGATTTAAA
190 GTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * ** *
26656 AAATAAAATCTGTTTA-TCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTGTGCACTTCA
254 AAAT-AAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCA
* * * * * * *
26720 AATCATTATAACCTT-T-TATTCTATCATAAAAAAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAA
317 AATCGTTATGACCTTATGT-TTC-ATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAGGCTTATTCGA
* * ** * * * * ** * * * *
26782 AATAAAATAATACTAGTATAAAAATATTTTGAAAATAAATAACTATCATATTTAAAAAATAAATT
379 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAAAGATTAAAAAAATGAATA
* * * * * * ** * * *
26847 TGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTACATGAATAGTTATCTATTT-CAA--ATTAT--
444 TG-TTACCTAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * * * * ** * * *
26907 --TTTTGGTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATATTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATG
508 CCTTTCGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATA
* * * *
26970 AATTTATTCATATT-AAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAAC-C
573 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGAA-A-ATTTAAAAAATAAGTTT-TTTA---AACAC
* * * * * * *
27033 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAGCCTTTTGTTTTGT
631 -ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTTTATTTTAT
* * **
27098 TATAAAACA-AATGTTTTT
695 CAT-AAACATATTGTTGCT
* * * ** * * * * *
27116 GTTCATATATGTTTGTTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A
1 ATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
27178 AAA-ACTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * * * *
27242 TTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTC
130 TTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TTTTTTATTCATAAAAGTTT
* * * * * * * *
27307 ATTTGGATTAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTGATAAGTAAAAAAATT-AAAAA
194 ATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-GA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * ** *
27371 TAAATATGA-TTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
257 TAAATCT-ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC
*
27435 ATTATGACCTT
321 GTTATGACCTT
27446 TTTGTTTTGT
Statistics
Matches: 5187, Mismatches: 1164, Indels: 812
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
677 2 0.00
678 8 0.00
679 108 0.02
680 200 0.04
681 11 0.00
682 8 0.00
685 1 0.00
687 3 0.00
688 6 0.00
691 1 0.00
693 5 0.00
694 4 0.00
695 7 0.00
696 66 0.01
697 30 0.01
698 38 0.01
699 20 0.00
700 87 0.02
701 14 0.00
702 219 0.04
703 48 0.01
704 22 0.00
705 10 0.00
706 202 0.04
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708 66 0.01
709 162 0.03
710 116 0.02
711 224 0.04
712 34 0.01
713 196 0.04
714 146 0.03
715 66 0.01
716 98 0.02
717 450 0.09
718 463 0.09
719 432 0.08
720 87 0.02
721 122 0.02
722 307 0.06
723 70 0.01
724 256 0.05
725 252 0.05
726 14 0.00
727 6 0.00
728 3 0.00
729 19 0.00
730 73 0.01
731 61 0.01
732 44 0.01
733 54 0.01
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735 11 0.00
736 6 0.00
737 18 0.00
738 123 0.02
739 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (712 bp):
ATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATAAAAGTTTAT
TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
GACCTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAAAGATTAAAAAAATGAATATGTTACCTAACA
AGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTAT
CACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT
TCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAGTTTTTTAAACACATTCAAATAGTTAAGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTTTATTTTATCATAAACATATTGTTGCT
Found at i:24611 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 24218--24617 Score: 425
Period size: 179 Copynumber: 2.3 Consensus size: 176
24208 ACAACTACCT
* * * *
24218 ATTTCAAATTGTTATTA-CTTTT-TGTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATT
* * * *
24281 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTTAATCT
66 CGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAGAATTAATAAAAGATTTAAAAAG-AAAACT
* ** ** *
24346 ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCC
130 ATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTAGATAAACAATTATCC
* * * *** *
24393 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAGGCTTATT
1 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTA-T
*
24458 TTG-AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAA-AATTAATAGCTAAAAGATTTAAAAA-A
65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-TAAAGAATT-A-A--TAAAAGATTTAAAAAGA
* * * *
24520 AAACTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAATTAAGACTAGATAAACAATTAGT-T
125 AAACTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTAGATAAACAATTA-TCC
* * *
24572 GTTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
24618 CAGCTCATAG
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 32, Indels: 14
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 16 0.09
176 5 0.03
177 60 0.33
178 8 0.04
179 80 0.43
180 1 0.01
181 14 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATT
CGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAGAATTAATAAAAGATTTAAAAAGAAAACTA
TTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTAGATAAACAATTATCC
Found at i:24646 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
24614 ATTTCAGCTC
*
24624 ATAGAAGCTTATTTAGA
1 ATAGAAGATTATTTAGA
*
24641 ATAGAATATTATTTAGA
1 ATAGAAGATTATTTAGA
24658 ATAGAA
1 ATAGAA
24664 TAAAACTAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 21 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
ATAGAAGATTATTTAGA
Found at i:24664 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 24632--24665 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
24622 TCATAGAAGC
24632 TTATTTAGAATAGAATA
1 TTATTTAGAATAGAATA
24649 TTATTTAGAATAGAATA
1 TTATTTAGAATAGAATA
24666 AAACTAATTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
TTATTTAGAATAGAATA
Found at i:25176 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 25152--25198 Score: 78
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
25142 TTATGACCTT
25152 TTGTTTTG-CATTAAAACAA
1 TTGTTTTGTCA-TAAAACAA
25171 TTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAA
25190 TTGTTTTGT
1 TTGTTTTGT
25199 TTGTACAAGC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 25 0.93
20 2 0.07
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.13, T:0.49
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTGTCATAAAACAA
Found at i:25483 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 25302--25597 Score: 391
Period size: 163 Copynumber: 1.8 Consensus size: 162
25292 AATTATTTTG
* * * * *
25302 ACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACTAGCTTATTTAGAATCAATTAATAC
1 ACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGATAATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * *
25367 TAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTG-TCTACCAA
66 AAATTTAATAACATTAAAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATATGAT-TACCAA
25430 ACAAGTTGAACACTTGTCTATTAAGAATCGTTATA
128 ACAAGTTGAACACTTGTCTATTAAGAATCGTTATA
* *
25465 ACCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGATAATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTG-TTTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGATAATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* *** * *
25529 CAAATTTAATAATATTAAGGCAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATATGATTACCGAAC
65 CAAATTTAATAACATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGATTACCAAAC
25594 AAGT
130 AAGT
25598 CCAAATCATT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 16, Indels: 7
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 24 0.21
163 84 0.74
164 6 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (162 bp):
ACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGATAATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
AAATTTAATAACATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGATTACCAAACA
AGTTGAACACTTGTCTATTAAGAATCGTTATA
Found at i:26558 original size:544 final size:541
Alignment explanation
Indices: 25455--27447 Score: 1203
Period size: 544 Copynumber: 3.7 Consensus size: 541
25445 GTCTATTAAG
* ** *
25455 AATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATAATACAAGCTTATTTTGAAT
1 AATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCAAAAAATAATTGTTGCAGATAATACAAGCTTATTTGGAAT
* ** * *
25520 AAAATAATACAAATTTAATAATATTAAGGCAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATATGA
65 AAAATAATACAAATTTAATAACATTAAGAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-A
* * * **
25585 TTACCGAACAAGTCCAAATCATTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACAT
129 TTACCGAACAAGTCCAAATCATGATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATGACAT
** * **** * **
25650 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATGCAAACTTATTTGGATTAAAATAATTTTAAT
194 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATGAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
25715 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAACAAGTT
259 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAATT
* * *
25780 CAAATAGTCATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATA
324 CAAATAGTCATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTCTTTTATAATA
* * **** *
25845 AAATGATTGTTTCAGTACATATAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
389 AAAAGATTGTTTCAGTACATACAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
* *
25910 AAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAAC
454 AAAATTAATAAATAACTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAAC
* * * *
25975 TATTAGAATAATTATATATTTTA
519 CATTACAACAATTATATATTTCA
* * * * * * *
25998 AATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATATTTGTTGCATATCCA-ACAATCTTATTTGGAA
1 AATCGTTATAACCTTTTGTTT-GTCAAAAAATAATTGTTGCAGAT-AATACAAGCTTATTTGGAA
* * *
26062 TTAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAA-AAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATC
64 TAAAATAATACAAATTTAATAACATT-AAGAAAATTAATAAGGAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-
* *
26126 CAT-TTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTGATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTAAAATCATTA
126 -ATATTACCGAACAAGTCCAAATCA-TGATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTAAAATCATTA
* * *
26188 TGA-TTTTTGTTTTGAT-GTAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
188 TGACATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGATCATGAAAA-CTTATCCAAAATAAAATA
* * * * * * *
26250 ATACTAATTTCTTAATGTTTTGAAAATTAATAAGCCAAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA
251 ATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCA
* * * * * *
26315 AACAAATTCAAATAGTTATGACCGT-TTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTG
316 AACAAATTCAAATAGTCATGA-C-TACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTC
* * *
26379 TTTTATCATAAAACAG-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTT
379 TTTTATAATAAAA-AGATTGTTTCAGTACATACAAGCTTATT-AAAATAAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * **
26442 ATTAATATTCCAATAATTAATAAATAACTGATTTAAAAAGTGAATGTGTTTGTCGAAGTAGTTCA
442 AATAATATTCCAAAAATTAATAAATAACTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCA
*** * * *
26507 AATTA-TTATGGCCATTTCCACAATTATCTATTTCA
507 AA-TAGTTAAAACCATTACAACAATTATATATTTCA
* * * ** * * * * **
26542 AATCGTTATTACCTTTTGTTTGATCATATAACGATTGCTTTC-TATTATACAAGTTTATTCAGAA
1 AATCGTTATAACCTTTTGTTTG-TCAAAAAATAATTG-TTGCAGATAATACAAGCTTATTTGGAA
** * * * *
26606 TAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCA-AAAATTAATAA-G---AGATTTAAAAAATAAAATC
64 TAAAATAATACAAATTTAATAA-CATTAAGAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAAT-AAATA
* * * ** * * ** * ** * * *
26666 TGTTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTGTGCACTTCAAATCATTATAA
127 T-ATTACCGAACAAGTCCAAATCATGATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATGA
* * * * * * * * *
26731 CCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
191 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGATCATGA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATA
* * ** * ** * * * *
26794 CTAGTATAAAAATATTTTGAAAATAAATAA-CTATCATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA
254 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA
* * * * * * * * * **
26858 CTAGTTCAAATATTTAAGACTACATGAATAGTTATCTATTT-CAA--ATTAT----TTTTGGTTT
318 CAAATTCAAATAGTCATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTCTTTT
* * * * * ** * *
26916 GTCATAAAACA-ATTTTTTCAATTCATATTAGCTTATTCAAAAT-AAAATAA-AATGAATTTATT
383 ATAATAAAA-AGATTGTTTCAGTACATACAAGCTTATT-AAAATAAAAATAATACT-AATTTAAT
* * ** * * * * *
26978 CATATT-AAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTCAAAT
445 AATATTCCAAAAATTAATAAATAACTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAAT
* ** * ** *
27042 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
510 AGTTAAAACCATTACAACAATTATATATTTCA
* * * * * * *** * * * * * *
27074 AATCGCTATAGCCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATATGTTTGTTTGGAAT
1 AATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCAAAAAATAATTGTTGCAGATAATACAAGCTTATTTGGAAT
* * * * * * * *
27139 AAAATAATACCAATCTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-A--AAAA-ACTTAAAAAATAATTCTG
65 AAAATAATACAAATTTAATAACA-TTAAGAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-
* * * * * * * * ** *
27199 TTTATCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAC
128 ATTACCGAACAAGTCCAAATCA-TGATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * **** * *
27263 TTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTCATTTGGATTAAAATGATAC
192 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGATCATGA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
27326 TAATTTATTAATA-TTTCAATAATTGATAAGTAAAAAAATT-AAAAATAAATATGA-TTACCAAA
255 TAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAAA
* * * * * *
27388 CTAGA-TCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
318 C-AAATTCAAATAGTCATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTT
27448 TGTTTTGTCA
Statistics
Matches: 1144, Mismatches: 255, Indels: 108
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
530 54 0.05
531 136 0.12
532 152 0.13
533 74 0.06
537 8 0.01
538 1 0.00
539 12 0.01
540 74 0.06
541 110 0.10
542 9 0.01
543 205 0.18
544 294 0.26
545 13 0.01
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (541 bp):
AATCGTTATAACCTTTTGTTTGTCAAAAAATAATTGTTGCAGATAATACAAGCTTATTTGGAATA
AAATAATACAAATTTAATAACATTAAGAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATATATT
ACCGAACAAGTCCAAATCATGATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATGAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAATTCA
AATAGTCATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTCTTTTATAATAAA
AAGATTGTTTCAGTACATACAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
AATTAATAAATAACTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACCA
TTACAACAATTATATATTTCA
Found at i:26895 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 26241--27050 Score: 765
Period size: 359 Copynumber: 2.3 Consensus size: 360
26231 GCTTATCCAA
* * ** * *
26241 AATAAAATAATACTAATTTCTTAATGTTTTGAAAATTAATAAGCCAAAGTTTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
26306 TGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCGTTTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATG
63 TGTTTATCAAACAAATTCAAATAATTATGACCGTTTTAAACAATTGTCTACTTAAAATCATTATA
* * * * *
26371 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAGTTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
128 ACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* ** * * * * * *
26436 TAATTTATTAATATTCCAATAATTAATAAATAACTGATTTAAAAAGTGAATGTGTTTGTCGAAGT
193 TAATATAAAAATATTCCAATAATAAATAAATAACTGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* * ** *
26501 AGTTCAAATTATTATGGCCATTTCCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGAT
258 AGTTCAAATTATTAAGACCACATCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGAT
26566 CATATAACGATTGCTTTCTATTATACAAGTTTATTCAG
323 CATATAACGATTGCTTTCTATTATACAAGTTTATTCAG
*
26604 AATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAAATCTG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAT-AAATCTG
* * * * * *
26668 TTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGA-C-TATTTAAATAATTGTGC-ACTTCAAATCATTATA
65 TTTATCAAACAAATTCAAATAATTATGACCGT-TTTAAACAATTGT-CTACTTAAAATCATTATA
26730 ACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
128 ACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * * *
26794 CTAGTATAAAAATATTTTGAA-AATAAATAACTATCAT-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAA
192 CTAATATAAAAATA-TTCCAATAATAAATAAATAAC-TGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAA
* * * * *
26857 ACTAGTTCAAA-TATTTAAGACTACATGAATAGTTATCTATTTCAAA---TTATT---TTTGGTT
255 ACTAGTTCAAATTA-TTAAGACCACATCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTT
* * * * ** * *
26915 TG-TCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATATTAGCTTATTCAA
319 TGATCATATAACGATTGCTTTCTATT-ATACAAGTTTATTCAG
* * * * * *
26956 AATAAAATAA-AATGAATTTATTCAT-ATTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-AA-GA-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
27019 TTGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGAC
62 CTGTTTATCAAACAAATTCAAATAATTATGAC
27051 TATTTGAACA
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 68, Indels: 36
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 21 0.06
352 45 0.12
353 8 0.02
354 28 0.08
355 13 0.04
356 5 0.01
358 3 0.01
359 167 0.46
360 37 0.10
363 38 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTATCAAACAAATTCAAATAATTATGACCGTTTTAAACAATTGTCTACTTAAAATCATTATAACC
TTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TATAAAAATATTCCAATAATAAATAAATAACTGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGT
TCAAATTATTAAGACCACATCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGATCAT
ATAACGATTGCTTTCTATTATACAAGTTTATTCAG
Found at i:27726 original size:275 final size:274
Alignment explanation
Indices: 27210--27737 Score: 616
Period size: 275 Copynumber: 1.9 Consensus size: 274
27200 TTATCAAACC
* * * *
27210 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
* * *
27275 TATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTCATTTGGATTAAAATGATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTCATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
27340 TTCAATAATTGATAAGTAAAAAAATTAAAAATAAATATGATTACCAAACTAGATCAAATAGTCAT
131 TTAAACAATTGATAAATAAAAAAATTAAAAATAAATATGATTACCAAACAAGATCAAATAGTCAT
* *
27405 GGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATGAAAAAATCAT
196 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATCAT
27470 TTTGGTTAATGAACA
260 TTTGGTTAATGAACA
* * * * * * *
27485 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTATCTGTTTGAAATT-TCTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT-TATAACCTTTTGTTCTA
* ** * * *
27549 TCATAAAATGATCTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
65 TCATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTCATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
** * ** * *
27613 A-TTAAGACAATTGATAAATACAAAATTTTAAAAATAAATCT-ATTTACTGAACAAGTTCAAATC
129 ATTTAA-ACAATTGATAAATA-AAAAAATTAAAAATAAATATGA-TTACCAAACAAGATCAAATA
* * * * **
27676 TTTATGACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
191 GTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA
27738 CAATTGTTTC
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 39, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
274 9 0.04
275 132 0.63
276 68 0.33
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (274 bp):
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
CATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTCATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTAAACAATTGATAAATAAAAAAATTAAAAATAAATATGATTACCAAACAAGATCAAATAGTCAT
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAAAATCATT
TTGGTTAATGAACA
Found at i:27789 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 27479--28521 Score: 962
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
27469 TTTTGGTTAA
* * * * * * * *
27479 TGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTATCTGTTTGAAAT-TTCTATAACCTTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTT
** * **
27543 GTTTTGTCATAAAATGATCT-TTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATT
65 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATT
* * * * *
27606 TATTAATATTAAGACAATTGATAAATACAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTAC
128 TATTAATATTAAGA-AATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
** * * **
27660 TGAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* *
27725 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAT
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * *
27790 TAATATTTTGACAAATATTAAATAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTA-
131 TAATATTAAGA-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* *
27840 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
27905 GTTTTGTAATAAAGCAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * *
27969 ATTATTATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAGATTAATCTGTTTAT
129 ATTAATATTAAG-AAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * * * * *
28022 TGAATACA-TTCAAATAATTCTAACTATGTAAATAATTATTTATTTCAAAACATTATGACCTTAT
1 TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * **
28086 GTTTTGTCATTAAACAATTAG-TTCTATTCATGCAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATT
65 GTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATT
* **
28149 TATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
128 TATTAATA-TT-AAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * **
28202 TGAACACGTTCTAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC--TTT
* * * *
28267 TGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTATTGAGAATAAAATAATACTAATT
64 TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * *
28331 TATTAAAATTCCAA-AAATTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
128 TATTAATATT--AAGAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* ** * * * *
28385 -CAAGTGAGTTCAAATAGTTATGA-TGCTTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** * *
28448 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCACACAATTTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
28513 ATTAATATT
129 ATTAATATT
28522 CTAAAACAAG
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 118, Indels: 56
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.00
180 72 0.10
181 482 0.67
182 93 0.13
183 67 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTAAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
Found at i:27907 original size:456 final size:452
Alignment explanation
Indices: 27038--27911 Score: 1087
Period size: 456 Copynumber: 1.9 Consensus size: 452
27028 TAACCAATTC
* *
27038 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAGCCTTTTGTTTTGTTATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
27103 AACAAATGTTTTTGTTCATATATGTTTGTTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAA
66 AACAAATCTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCAA
* * *
27168 AAATTAATAAAAAACTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
131 AAATTAATAAAAAACTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
27233 GAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCA
196 GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCA
** * * * *
27298 TACAAGCTCATTTGGATTAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTGATAAGTAAAAAA
261 TACAAGCTCATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAATGATAAATAAAAAA
*
27363 ATTAAAAATAAATATGATTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATT
326 ATTAAAAATAAATATGATTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATT
27428 TCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATGAAAAAATCATTTTGGTTAATGAACAAGTTT
391 TCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATGAAAAAATCATTTTGGTTAATGAACAAGTTT
* * * * **
27490 AAATAATTATGACTATTTGAATAGTTATCTGTTTGAAATTTCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * *
27555 AA-TGATCTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TT-A
66 AACAAATCTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCA
* * * * **
27617 AGACAATTGATAAATACAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATCTTTAT
130 A-A-AA-T--T-AATAAAAAACTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
27681 GACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
188 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTT
* * **
27746 TCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAAT-ATTA
253 TCTATTCATACAAGCTCATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAATGA-TA
* * * * * * *
27810 AATAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAG-TATTTGAAT
317 AATAAAAAAATT-AAAAATAAATATGATTACCAAACAAGATCAAATAGTCATG-GCTATTTGAAT
27874 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGT
380 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGT
27912 AATAAAGCAA
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 57, Indels: 18
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
450 2 0.01
451 9 0.03
452 98 0.28
453 1 0.00
455 3 0.01
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458 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (452 bp):
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAAATCTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAAAAACTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCA
TACAAGCTCATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAATGATAAATAAAAAA
ATTAAAAATAAATATGATTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATGAAAAAATCATTTTGGTTAATGAACAAGTTT
Found at i:29475 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29246--30296 Score: 578
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 171
29236 AATTATGGCC
* * *
29246 ATTTGAATAATTATCTATTTCT-AATTGTTACGAA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTT-TAAATTGTTACTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTT
* * *
29309 TCATCATAGAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
65 TCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACT
* * *
29374 AGGAGATCTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAATTGA-T
130 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAATTGACT
* * *
29415 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTA-TAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTT
** ** ** * * * *
29479 GTTCATATGAGCTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGACAACAA
66 CATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA
* *
29544 AAAGATTTAAAAAATATACCAATTT-TTCGCAGCAATTC-AAACAATTAAGACT
131 AGAGATTT-AAAAA-ATA--AATTTGTT------TA-TCGAAACAATT--GACT
* * *** * * * * *
29596 ATATGAATAATTATCTA-TTTACCAAAAATTA-TGACCTTTTGTTTGGTAATATAATAATT-TTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTTA--AATTGTTACTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * * *
29658 TTCATCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
64 TTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC
*
29723 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAACTATTTCAAATATATGACT
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAA--A---C--A-AT-TGACT
* ** * * * * * * *
29775 ATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTAAGT-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTT
** * * *
29839 GTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA
66 CATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA
* * * * *
29904 AGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCAATTTAAAT
131 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA-TTGACT
* ** * * *
29946 ATTTAAAAATTGTATCAGCAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTCTCATAAAA
1 A--T-----TTG-A--A-CAATTATCTATTTTAAATTGTTACTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA
* * * * ** * * *
30010 TAGTT-TTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAACTAA-AATGAATTTATTAATATTTCA
55 CAATTGTTTTT-CA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCA
* * * * * * *
30073 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTCTATTTACTTAATTGGTTCAAATAATTATGAT
117 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA----ATTT-GTTTA-TCG---AAACAA-T-TGAC
30138 T
171 T
* * * * * *
30139 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCGTTA-TGAA-GTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACT-AACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTT
** * * * * * * * *
30202 TGTTCATATATGTTTATTTAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--
65 TCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACT
* *
30264 AA-AGATTTAAAAAAATAAATATATTTATC-AAAC
130 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAAAC
30297 GTGCTCGAAT
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 137, Indels: 129
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 111 0.16
170 6 0.01
171 8 0.01
172 8 0.01
173 8 0.01
174 5 0.01
177 12 0.02
178 49 0.07
179 111 0.16
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186 3 0.00
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189 2 0.00
191 1 0.00
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193 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTT
CATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA
AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAATTGACT
Found at i:29989 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 29254--30597 Score: 1052
Period size: 360 Copynumber: 3.8 Consensus size: 356
29244 CCATTTGAAT
* ** * * * * * *
29254 AATTATCTATTTCTAATTGTTACGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTCATCATAGA
1 AATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATT-TTTTTCATCATACA
* *
29319 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATCTA
65 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
29384 AAAAATAAATGTGTTTA-TCGAA-A--C--A-AT-TGATATTTGAACAATTATCTATTTTAAATT
130 AAAAATAAATTTATTTACT-GAATATTCAAATATATGATATTTGAACAATTATCAATTTCAAATT
* * * * * * * *
29441 GTTATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATTTGGAACAAAA
194 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTAGAATAAAA
* * * * * *
29506 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGACAACAAAAAGATTTAAAAAATATACCAATTTTT
259 TAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACAAAAAGAATTAAAAAATAAACCAATTTGT
* * * * *
29571 CGCAGCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAAT
324 CGAACCAATTCAAACAATTAAAACTATATCAAC
* * *
29604 AATTATCTATTTACCAAA-AATTATGACCTTTTGTTTGGTAATATAATAATTTTTTTCATCATTC
1 AATTATCTATTT--CAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTTTTTTCATCATAC
*
29668 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
64 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
29733 AAAAAATAAATTTATTTACTGAACTATTTCAAATATATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAA
129 AAAAAATAAATTTATTTACTGAA-TA-TTCAAATATATGA-TATTTGAACAATTATCAATTTCAA
* * * * * *
29798 ATTGTAAGT-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
191 ATTGTTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTAGAAT
* * ****
29862 AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
255 AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACAAAAAGAATTAAAAAATAAACCAAT
* * * * * *
29927 TTGTCGAACCAATTTAAATATTTAAAAATTGTATCAGC
320 TTGTCGAACCAATTCAAACAATT-AAAACTATATCAAC
* * * * *
29965 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAGTTTTTTTGAATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTTTTTT-CA-TCATAC
* ** * *
30030 TAGCTTATTTGGAATAAACTAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
64 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
30094 TAAAAAA-CAATTCTATTTACTTAATTGGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCCATT
128 TAAAAAATAAATT-TATTTACTGAA-T-ATTCAAAT-A-TATGA-TATTTGAACAATTATCAATT
* * * *
30158 TCAAATCGTTATGAA-GTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATATGTTTATTTA
187 TCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTA
* * * *
30222 GAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAAAGATTTAAAAAAATAAA
251 GAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACAAAAAGAATT-AAAAAATAAA
* * * **** * * * ** * * * *
30283 -TATATTTATCAAACGTGCTCGAATAGTTATGATTATTTGAGC
315 CCA-ATTTGTCGAACCAATTCAAACAATTAAAACTATATCAAC
* * * * * * * * * * ** *
30325 AATTATTTATTTCAAATAGTTATTACTTTTTATTCTATTATAAAAAAATTGTTTATGTTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATT-TTTTTCATCATACA
* ** ** * * * * *
30390 AGCTTATTTAGGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAAATTCA
65 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** * * * *
30455 AAAAGTAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCA
130 AAAAATAAATTTATTTACTGAA-TA-TTCAAATA-T-ATGA-TATTTGAACAATTATCAATTTCA
* * * * *** **
30520 AATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAACCTTATTCTA-AA
190 AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATT-TAGAA
*
30584 TAAGATAATACTAA
254 TAAAATAATACTAA
30598 GTTATTAGTA
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 169, Indels: 59
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
350 103 0.13
351 26 0.03
352 4 0.01
355 1 0.00
357 1 0.00
358 5 0.01
359 164 0.21
360 233 0.29
361 57 0.07
362 85 0.11
363 2 0.00
364 109 0.14
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTTTTTTCATCATACAA
GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTATTTACTGAATATTCAAATATATGATATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTGT
TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTAGAATAAAATA
ATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACAAAAAGAATTAAAAAATAAACCAATTTGTCG
AACCAATTCAAACAATTAAAACTATATCAAC
Found at i:30162 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29418--30751 Score: 796
Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 180
29408 AATTGATATT
* ** * * * *
29418 TGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTC
** ** * * * * * ** *
29483 ATATGAGCTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGACAACAAAAAG
65 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
29548 ATTTAAAAAATATACCAATT-TTT-C-GCAGC-AATTCAAACAATTAAGACTATA
130 ATTTAAAAAATA-A--ATTTATTTACTG-AACTAATTCAAATAATTAAGACTATA
* * * * * **
29599 TGAATAATTATCTATTTACCAAA-AATTATGACCTTTTGTTTGGTAATATAATAATTTTTTTCAT
1 TGAACAATTATCTATTT--CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTT
* * *
29663 CATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
64 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
29728 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTATTTCAAAT-A-TATGACTATT
129 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTAATTCAAATAATTAAGACTATA
* ** * * * *
29778 TGAACAATTGTAAACTTCAAAT--TGTAAGTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGT
* * * *
29841 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
63 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * *
29906 AGAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GTCGAACCAATTTAAATATTTAAAAATTGTA
128 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-GAACTAATTCAAATAATT-AAGACTATA
* * * *
29960 TCAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAGTTTTTTTGAATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTG--TT
* ** * * *
30025 CATACTAGCTTATTTGGAATAAACTAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
64 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * *
30089 AGATTTAAAAAA-CAATTCTATTTACTTAATTGGTTCAAATAATTATGATTATT
128 AGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACTGAACTAATTCAAATAATTAAGACTATA
* * ** * *
30142 TGAACAATTATCCATTTCAAATCGTTATGAAGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTTGTTC
* * * * * *
30207 ATATATGTTTATTTAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AG
65 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * * * * *
30268 ATTTAAAAAAATAAATATATTTA-TCAAACGT-GCTCGAATAGTTATGATTATT
130 ATTT-AAAAAATAAATTTATTTACT-GAAC-TAATTCAAATAATTAAGACTATA
* * * * * * * * * *
30320 TGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATTACTTTTTATTCTATTATAAAAAAATTGTTTATGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTT
* * ** * ** * * *
30384 CATGCAAGCTTATTTAGGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAA
64 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * ** * * *
30449 AATTCAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTAT-
129 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTA-ATTCAAATAATTAAGACTATA
* ** * * ***
30500 TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATT
1 T-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTT
* * * * * * *
30565 CATATAACCTTATTCTA-AATAAGATAATACTAAGT-TATTAGTATTAT-GAAAATTATTAAATA
64 CATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAA-TCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
* * * * ** *
30627 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-TCGAAC-AAGTTTAAATAATTTTGACTATTT
126 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-GAACTAA-TTCAAATAATTAAGACTA-TA
* ** ** * * * *
30683 TG-ATAATTATCTATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAATGATTTTTTGTTTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT-TGTTC
30747 ATACA
65 ATACA
30752 TGTTAGCCTT
Statistics
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0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 18 0.02
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCA
TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTAATTCAAATAATTAAGACTATA
Found at i:30289 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30245--30290 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
30235 CTAATCTATT
30245 AATAT-TTTAAAAATTAATA
1 AATATATTTAAAAA-TAATA
*
30264 AA-AGATTTAAAAA-AATA
1 AATATATTTAAAAATAATA
30281 AATATATTTA
1 AATATATTTA
30291 TCAAACGTGC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 5
0.77 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.26
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ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
AATATATTTAAAAATAATA
Found at i:33016 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 32457--33523 Score: 824
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 179
32447 AAAGCTAGCA
*
32457 ATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA
1 ATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
32519 AAG-ATTGAAAAAATAAAATACATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATCTTTATGAGTATTTGAAA
63 GAGAATT-AAAAAAT---A-A-ATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * ** * *
32583 AATTATTTATTTCAAATTGTTGTGACT-TTTTACTTAGTCATAAAGCAATTGTTT-T-TGTC
122 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAA--AATTATTTCTAT-TC
* * * * **** *
32642 ATACATGCTTATGTCG-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGGCACTTAATAAGT-AGA
1 ATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-
* * * ** * * * * * *
32705 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAACAAGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAATAATTATC
64 AGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
32770 TATTTCAAATCATCATGACCTTTTTTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTC
129 TATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCAT-AAA-AATTATTTCTATTC
* * *
32823 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAT
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* *
32888 AATTAAAAAATAAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAACAATTATCT
66 AATTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
32953 ATTTCAAAACATTATCAAATTTTGTTTTCTCATAAAAATTTTGTTCTATTC
130 ATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAATTAT-TTCTATTC
* * * * *
33004 ATGCATGCTTATTTCG-ATTAAAATAATA-TAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA-
1 ATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
33066 A-AATTTAAAAATAAA-CATATTTTCTAAACACT-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
64 AGAATTAAAAAATAAATC-TATTTACCAAACA-TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * *
33128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCTGTTC
127 TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAA--AAATTATTTCTATTC
* ** *
33183 ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * ** *
33247 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAGGGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
65 GAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-ACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
33311 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATCATTTCTATTC
129 TATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCAT-AAA-AATTATTTCTATTC
* * **
33364 ATACAAGTTTA-TTCACAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGG
1 ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * * *
33427 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAATAAGCTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTAT
64 AGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTAT
33491 CTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTC
128 CTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTC
33524 TTAGAATAAA
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 136, Indels: 72
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 73 0.10
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180 94 0.13
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182 75 0.11
184 2 0.00
185 54 0.08
186 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
AATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAATTATTTCTATTC
Found at i:33560 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 32473--33532 Score: 985
Period size: 360 Copynumber: 2.9 Consensus size: 354
32463 GCTTATTTTG
* * *
32473 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAA
* ** * * **
32537 TACATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATCTTTATGAGTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTG
64 T---T-TATTTATC-AAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
* * * * *
32602 TTGTGACTTTTTACTTAGTCATAAAGCAATTGTTT-T-TGTCATACATGCTTATGTCGATTAAAA
124 TTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACATGCTTAT-TCGATTAAAA
*** * * *
32665 TAATATTAATTTATTAATATTTTGGCACTTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
186 TAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTC
* * * *
32730 CGAACAAGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTT
249 CAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* *
32795 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AATTCATATAAGCTTATTT-GA
313 TTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTAATT-ATAT-AGC-TATTTCAA
* * * *
32839 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAATAAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT
* * * * * * *
32904 CTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATC
65 TTATTTATCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-
* * * * * *
32969 AAATTTTGTTTTCTCAT-AAA-AATTTTGTTCTATTCATGCATGCTTATTTCGATTAAAATAATA
128 GACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT-TTCTATTCATACATGCTTA-TTCGATTAAAATAATA
* * * * * * *
33032 TAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAAAATTT-AAAAATAAACATATTTTCTAAAC
191 T-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAAC
** * * *
33095 ACTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTG
254 AAGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * *
33160 TCATAAGCCAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCT-TATTCAA
318 TCATAA-ATAATTGTTTCTAATT-AT-ATAGCTAT-TTCAA
33199 AATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATT-AATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT
* **
33263 TTGTTTATCAAGGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
65 TTATTTATCAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
33328 ATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATCATTTCTATTCATACAAGTTTATTCACAATAAAATAATAC
129 A-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACATGCTTATTC-GATTAAAATAATA-
* * ** *
33393 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAATA
191 TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACA
* * **
33458 AGCTCAAATAGTCATATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTG
255 AGTTCAAATAGTCATA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
*
33522 TCTTAGAATAA
318 TCATA-AATAA
33533 AATAATACTA
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 108, Indels: 60
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
358 2 0.00
359 77 0.14
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363 5 0.01
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368 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATT
TATTTATCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACATGCTTATTCGATTAAAATAATATAATT
TATTAATATTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTCA
AATAGTCATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAT
AATTGTTTCTAATTATATAGCTATTTCAA
Found at i:33978 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 33528--37579 Score: 2363
Period size: 181 Copynumber: 22.8 Consensus size: 179
33518 TTTGTCTTAG
* * *
33528 AATAAAATAATACTAATTTA-TAGTATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * * *
33588 TATATGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAATTTTTTA-AACAATTATCTATCTCAAATCGTTATG
65 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
33652 ATC-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * * *
33702 AGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAA--AATAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAATGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
33764 GTTTGTTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGTATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGAC
66 GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
33829 ATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTACTTTATACATGCTTATTTGA
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * *
33879 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGAGAAAATTAATGAA-TAACAAATTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * *
33943 TTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC----T---AT--TTA-G
64 TTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** *
33998 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTCCAGTTCATAAAAGCTTATTTGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * * *
34050 AATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAAAATTGATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
* *** * ** *
34115 AGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTACG
65 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
34179 AACTTTTGTTTTTTCATAAAA-CATGTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-T-TTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGA
* * ** * *
34231 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTGGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
34296 TATTTACCAAACCAGTTC--------CT-A-T-TTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
65 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** * * *
34349 CCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCGATTTATATAAGCTTA-TTCA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * *
34399 GAATAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCCAAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* ** * * ** ** * **
34464 TTCTTTGCCGAAA-TAGTTCAAACAACTAAAACTA-TATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA
64 TTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
34527 TGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTCGA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* *
34580 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAGA-GAAG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-ATAAAT
* * * * * * *
34640 TTGTTTATCAAATAACTTCAAATTA-TTATGGCTGTGT-CAACAACTATATATTTC-AA--A-T-
64 TTGTTTATCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
34698 TG---TTAT-TTTTGTCATATAACAATTGTATTTGA-ACATTA-AAGCTTATTTGG
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-T-TTTTATTCA-TACAAGCTTATTTGA
* * * *
34748 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
* * * * * ** * *
34813 TGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAA
65 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
34878 CCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTACTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * * *
34929 AATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTAAATATTAATAACTAA-AAGAATTAAAAACTAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
34993 TTGTTTATCAAACCAA-TTCAAATATTTAAGACCA-TATGAATAATTGTCTATTTCAAAT-AGTT
64 TTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * * *
35055 ATGCCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTATTTGAATTTATACTAGCTTATTTGA
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
35112 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATTCAAAAAAT-AAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
35175 TCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
64 T-TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
35240 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAA-ATT-TGTTCA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TTGA
* * ** * * *
35292 GAATAAAGTAATACTAATCTATTTGTATTTC--AAA-T-ATCAGTAAGAGATTTAAAAAATTAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * * *
35353 ATATTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTAG-GTAATTATTTATTTTAAATCGTTAT
64 TTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * *
35417 GACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTAGTTGG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * *
35470 ATTAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-
** * * * * * * ** * * * ** *
35535 TT-TTTGCCGAATAAGTTCTAATTGTTATAACTATTTGTGCAATTATTTATTTTAGATTGTTGTG
64 TTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
35599 ACTTTTTGTTTTATCAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACATGTTTA-TTCA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * ** *
35649 TATTAAAATAACATTAATGTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AATATTTAAAAAAATAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
35713 ATATGTTTATCGACCAAGTTCAAATAGTGAT-TCTAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
62 ATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *
35777 ATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGA
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * *
35832 AGTAAAATAATACTAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAA-AGAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATA-AA
* * * * * * * *
35895 TCTGTTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCA-AACAGTTATCTATTTTAAAAACATTA
63 TTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTA
* * *
35959 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTA-TTTGA
* *
36013 AATAAAATAAT-GTAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT--G--AG------AAAAAAT---G
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
36064 TT-TTT-T-GAATATGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATG
64 TTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * * * ** *
36125 ACCTTTT-TTTTCATCATAAACCAATAGTTTCTATTCATAAAAGATTATGCGG
129 ACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAAT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* *
36177 AATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATGCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAATAAA
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
36240 TCTATTTAAT-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
63 TTTGTTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** * **
36304 T-ATTCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTACTATTCAT-CAAGTTTATTCAA
127 TGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* *
36357 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGGT-GGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA-GTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
36421 ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATA
64 TTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** * *
36486 ACATTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTA-GTCA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
36537 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----AATTTAAAAACA-AAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-ATAAA
* * * * * *
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* * * *
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126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATT-TGA
* ** * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
* * * * * ** *
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** * **
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128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
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1 AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAA
* * * * ** *
36957 TATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTGA
63 TTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** * * * **
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* * * **
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1 AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
** * * * * *
37139 CAGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATGT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
64 TTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** * * **
37202 TAAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCA-TCATACAAGAC-TATTCAA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTTTATTCATACAAG-CTTATTTGA
* * * *
37256 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAA-TTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
37320 TGCTTATTGAACCAA-TTTAAATAGTTA-GTACTATTCA-AATAATTATATATTTTAAATCCTTA
65 TGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATT-AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
37382 TAACCTTTTGTTTTGTTATGAAACAATTATTTATATTCTTATAAGTTTATTTGA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * *
37436 AATAAAATAATACAAATCTAATAATATT-----ATGAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
37495 ATTT-GCTGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATA-AATAATTATATATTTCAAAT-AGTTA
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*
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33820 CATTCTGACA
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* * *
33895 TTTATTAATA-TTGAGAAAATT-A-ATGAATAACAAATTAAAAAAATAAATTTA-TTTATCAAAT
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* *
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* *
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* * * * * **
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34167 CAAATTGTTA
Statistics
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** *
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* * * *
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**
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*
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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120 ATTAATAA
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CATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC
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* ** *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * ** *
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128 AT-ACTCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTACTATTCAT-CAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * * * ****
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* * * * * * * * *
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* * * * *** ** *
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* * * * * **
33898 ATTAATA-TTGAGAAAATTAATGAA-TAACAAATTAAAAAAATAAATTTATTTATCAAATAAGTT
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* * *
33961 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC----T---AT--TTA-GACCTTTTGTTTTATCATA
444 CAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * * *
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509 AAACAATTGTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTA-ATTAATAATA-TTCT
* * * * * * **** * *
34080 AAAAATTGATATGTTAGAGATTTAAAAA-ATAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATG
571 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAATA-AAATCTGTTTATCAAACCAATT-AAATAGTTAAG
* * * * * * *
34144 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGAACTTTTGTTTTTTCATAAAACATGTGTTT
634 ACTA--TGAA-AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-AT-TTT
* * * *
34209 TTCA-TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
694 TTGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAAAA-TAATAA
* * ** * * *
34273 GTGGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC---CA----AACCAG-T-T-CCTATTTAAACAATT
756 GT-AGAGA-TTAAAAAAT-AAT-TTTTTACTAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * * *
34328 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCGATTTATATAAGCT
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*
34393 TATTC
881 TATGC
* * * * * * * *
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1 AGAATAAAAATAATACTAATCTATTAA-AATCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
* * *** * * * ** * * *
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64 ATATATTT-AATAAACGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTT
* * * *
34526 ATGACT-TTTAT-TT-TGTCATAAAACAATTGTT-TTAGTTCATAGAAGCTTATTCGAAATAAAA
128 AT-ACTCTTT-TGTTCTATCATAAAACAATTGTTACTA-TTCAT-CAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
34587 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GT---GATTTAAAAAGAGAAGT-TGTTTA
189 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGGTAAAAATTTAAAAA-ATAAATATATTTA
* * * * * ** ** * * * * **
34647 TCAAATAACTTCAAATTA-TTATGGCTGTGTCAACAACTATATATTTCAAATTGTTAT----TTT
253 CCGAACAAGTTCAAA-TAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTT
* * * ** * **
34707 TG--TCAT-A-T-AACAATTGTATTT-GA-ACATTA-AAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAA
317 TGTTTTATCATTAAACAA-T-TATTTCTATTCA-TACAAAATTAGTCAGATTAAAATAATACTAA
* * * * *
34764 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAATATAAATTTGTTTATCGAACTAG
379 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGACCAAG
* * ** * * *
34828 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCC
442 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
34893 TAAAACAATTACTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAAAACTAATCTAATAATATT
507 TAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAAT-TAATAATATT
* * * *
34957 CTAAATATTAATAACTAAAAGAATTAAAAACTAAAAT-TGTTTATCAAACCAATTCAAATATTTA
569 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAA-TAAAATCTGTTTATCAAACCAATT-AAATAGTTA
* *
35021 AGACCATATGAATAATTGTCTATTTCAAATAGTTATGCCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTT
632 AGA-C-TATGAA-AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTT
* * *
35086 ATTTGAATTTATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
693 -TTTG-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATA-TTCAAAAA-TAA
* * *
35151 TAAGTACGAGATTCAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAA
753 TAAGTA-GAGATT-AAAAAATAATT-T-TTTA-CTAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
35216 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATAT
812 TAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTCTATTCATAA
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* *** ** * * *
35291 AGAAT-AAAGTAATACTAATCTATTTGTAT-TTCAAA-T-ATCAGTAAGAGATTTAAAAAATTAA
1 AGAATAAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
* * ** *
35352 TATATTT-ATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTT-AGGTAATTATTTATTTTAAATCGTT
65 TATATTTAAT-AAACGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA-ACAATTATTTATTTCAAATCGTT
* * * ** *
35415 ATGACT-TTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTAGTT-GGATTAAAAT
128 AT-ACTCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTACTATTCAT-CAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
* * * * *
35478 AATGCTAATTTATTAATATT-TCGACAATTAATAA-GTAAAAAATTTAAAAAATAAATATTTTTG
190 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * * * ** * * * ** * * *
35541 CCGAATAAGTTCTAATTGTTATAACTATTTGTGCAATTATTTATTTTAGATTGTTGTGACTTTTT
253 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTT
* * *** * * * * *
35606 GTTTTATCA-TAAATAATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTCATATTAAAATAACATTAATGTA
318 GTTTTATCATTAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTAGTCAGATTAAAATAATACTAATTTA
** *
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383 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGACCAAGTTCA
* * * *
35735 AATAGTGAT-TCTAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAA
446 AATAGTTATAACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
35799 AACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATGTATTAATATTCCAA
510 AACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAAT-TAATAATATTCTAA
* * * *
35864 AAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAA-AAGAATCTGTTTATCGAA-TAAGTTTAAATAGTTATGA
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* * * *
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* * *
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* * * *
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*
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36174 C
885 C
* *
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1 AGAATAAAAATAATACTAATCTATTAAAAT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA
* * *
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* * * *
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130 ACTCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTACTATTCATCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** *
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** * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
36690 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGAAAAATGTTGCTAAATTAATAAAATTCTAAAAATTAATA
519 TT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACT-AATTAATAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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60 ATAAAT-ATATTTAAT-AAACGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * *
37196 TCATTATAAAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT-TTCA-TCATACAAGAC-TATTCAAA
123 TCGTTAT-ACTCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTG-TTACT-ATTCAT-CAAG-CTTATTCAAA
* *
37257 ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTAAAAATTAATAA-GTAGGAGAA-TTAAAAAATAAAT
183 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGGTA--AAAATTTAAAAAATAAAT
** ** * * * ** * * * *
37319 ATGCTTATTGAACCAA-TTTAAATAGTTAGT-ACTATTCAAATAATTATATATTTTAAATCCTTA
246 ATATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCA-TAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
37382 TAACCTTTTGTTTTGTTATGAAACAATTATTTATATTC
309 TAACATTTTGTTTTATCATTAAACAATTATTTCTATTC
37420 TTATAAGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (885 bp):
AGAATAAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT
ATATTTAATAAACGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATA
CTCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTACTATTCATCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAA
GTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATC
ATTAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTAGTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGACCAAGTTCAAATAGTTATA
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
TGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
AGAGAATTAAAAATAAAATCTGTTTATCAAACCAATTAAATAGTTAAGACTATGAAAATTATCTA
TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTGATTCATACAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCAAAAATAATAAGTAGAGATTAAAAAATAATTTTTTA
CTAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAAATGTTTCTATTCATAAAAGATTATGC
Found at i:37100 original size:537 final size:537
Alignment explanation
Indices: 33566--37318 Score: 1359
Period size: 541 Copynumber: 7.0 Consensus size: 537
33556 CAAAAATTAA
* * ** * * * *
33566 TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATATGTCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ATTTTTTA-AACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCCAGTTCAAATAGTTA-AGA-CTATTAGAACA
* * * * *
33629 ATTATCTATCTCAAATCGTTATGAT-C-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTATTCATATA
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* ** * * * * * * *
33691 AGCTTATTCGGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAG--AG--ATTCA
126 AGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGCAAGAAATTTA
* * *** * * * * * * * *
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191 AAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACT-ATTATCTATTTA
** * * * * * **** **
33816 AAATCATTCTGACATTTTG-TTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTACTTTATACATGCTTA-TTTG
255 AAATCATGATAACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTAGTTTCA-TTCATACAAAAATAGTCAG
* * ** *
33878 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTGAGAAAATTAATGAA-TAACAAATTAAAAAAATAA
318 -AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA-GAAGT--TGAATTTAAAAAATAA
* * * *
33941 ATTTA-TTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT----T-AG
378 A-TCAGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCAG
** * * * * *
33998 -A--CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTG-TTCCAGTTCATAAAAGCTTATT-TGAAATAAAAT
440 TATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAAA-AAAAT
* ** * * * *
34058 AATATTACTTTATTAATACTTC-AAAAATTGATATG
503 AATACTAAATTAATAA-AATTCTAAAAATTAATAAG
* * * **** * *
34093 TTAGAGATTTAAAAAATAAGTC-AGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAACAAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACA
* * * * * *
34156 ATTATCTATTTCAAATTGTTACGA-ACTTTTGTTTTTTCAT-AAAACATGTGTT-TTTCATCATA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTA-TATCCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAT-TGTTATAT--TCAT-
* * * * *** *
34218 CAAGCCT-ATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTGGGAGA
124 CAAG-CTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAACTAATAAGCAAGAAA
* * * *
34281 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC-------C-T----ATTTAAACAATTATCTAT
187 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTATTATCTAT
* * * * * * * * *** *
34334 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-GTTTCGATTTATATAAGCTTATTC
252 TTAAAATCATGATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAGTTTC-ATTCATACAAAAATAGTC
* * * * * * * *
34398 AGAATAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCCAAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
316 AGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGT-TGA-ATTTAAAAAATAAA
*** * * * * ** ** * * *
34463 TTTCTTTGCCGAAA-TAGTTCAAACAACTAAAACTATATGAACAATTATATATTTCAAAT-TGTT
379 TCAGTTTACC-AAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCAG-T
* * *
34526 ATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAGAAGCTTATTC-GAAATAAAATA
441 ATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAAA-AAAATA
* * * *
34589 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
504 ATACTAAATTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *** * * * * *
34623 T----GATTTAAAAAGAGAAGT-TGTTTATCAAATAACTTCAAATTA-TTATGGCTGTGT-CAAC
1 TAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTAACAAGCCAGTTCAAA-TAGTTAAGACTAT-TAGAAC
* * * * *
34681 AACTATATATTTCAAATTG-T-TAT--TTTTG-----TCATATAACAATTG-TAT-TTGAACATT
63 AATTATCTATTTCAAATCGTTATATCCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTATATT---CA-T
* * *** * * * * *
34735 AAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
124 CAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTCTAAAAACTAATAAGCAAGAAAT
* * * * * * * * * * * ** *
34799 TTAAAATATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACT
188 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTATTATCTATT
* * * * * * ** *** * **
34864 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTACTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGG
253 TAAAATCATGATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAGTTTCATTCATACAAAAATAGTCAG
* * * * * * *
34929 AATAAAATAA-AACTAATCTAATAATA-TTCTAAATATTAATAACTAAAAGAA-TTAAAAACTAA
318 AATAAAATAATAA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAGAAGT---TGAATTTAAAAAAT-A
* * * * * *
34991 AAT-TGTTTATCAAACCAATTCAAATATTTAAGACCATATGAATAATTGTCTATTTCAAAT-AGT
377 AATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCAG-
** * * ** * * *
35054 TATGCCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTATTTGAATTTATACTAGCTTATT-TGAAATAAA
440 TATG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAAA-AAA
* * * *
35118 ATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
501 ATAATACT-AAATTAATAAAATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * *
35155 TACGAGATTCAAAAAATAATTCTATTTACCTAA-CCAGTTCAAATAATTATA-ATTATTTGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC-AAGCCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACA
* * * *
35218 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTTTATTCATAT
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-ATCCTTTTGTTTTATCATAAAA-AAATTG-TTATATTCAT-C
** ** * * * *** * * * *
35281 AAATTTGTTCAGAATAAAGTAATACTAATCTATTTGTATT-T-CAAA-T-ATCAGTAAGAGATTT
125 AAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGCAAGAAATTT
* * * * * * * ** *
35342 AAAAAATTAATATATTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTT-AGGTAATTATTTATTT
190 AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACT-ATTATCTATTT
* * * * * * * **** **
35406 TAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACATGCTTAGTTGG
254 AAAATCATGATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAGTTTC-ATTCATACAAAAATAGTCAG
* ** * * * **
35470 ATTAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT-
318 AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGT--TGAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *** * * * * *
35534 ATTTTTGCCGAA-TAAGTTCTAATTGTTATAACTATTTGTGCAATTATTTATTTTAGAT-TGTTG
381 A-GTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCAG-TA
* * * * ** ** *
35597 TGACTTTTTGTTTTATCAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTCATATTAAAATAAC
442 TGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAAAAAAATAAT
* * * * * *
35661 A-TTAATGTATTAATATTTTGACAATTAATAAG
506 ACTAAAT-TAATAAAATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * ** * *
35693 TAAAATATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGA-CCAAGTTCAAATAG-TGATTCTAATTTGAAT
1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAACAAGCC-AGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTAGAAC
* * * * * * *
35756 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
63 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-ATCCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTATA-TTCAT-C
* * ** * * * * * * *
35820 AAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-T
125 AAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGCAAGA-AATT
* * * * * * * * **
35884 TAAAAAA-AGAATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TCAAAC-AGTTATCTAT
189 TAAAAAATA-AATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTA-TTATCTA-
* * * * * * * ** * *** * *
35946 TTTAAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTT
251 TTTAAAATCATGATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAGTTTCATTCATACAAAAATAGTC
* * * *
36011 TGAATAAAATAAT-GTAAATTTATTAATA-TTC---AA--AA-AA-TT-AA--TGAGAAA-AAAT
316 AGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGAATTTAAAAAATAAAT
**** * * *
36063 --GTTTTTTGAA-TATGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT--GTTA
380 CAGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCAG-TA
** * * * * *
36123 TGACCTTTTT-TTTCATCATAAACCAATAGTTTCTATTCATAAAAGATTATGCGGAATAAAAATA
442 TGA--TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAA-AAAAATA
* * *
36187 ATACTAATTTATTAAAATGCTAAAAATTAATAAG
504 ATACTAAATTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
36221 TAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTAATAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAT
* * * *
36285 TATTTATTTCAAATCGTTATATTCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTACTATTCATCAAGTT
66 TATCTATTTCAAATCGTTATATCCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTA-TATTCATCAAGCT
* * * *** *
36350 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGGTGGAGATTTAAAAA
130 AATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGCAAGAAATTTAAAAA
* * *
36415 ATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATC
195 ATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTATTATCTATTTAAAATC
* * * * * *
36480 ATTATAACATTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTAGTCAGAATAAAA
260 ATGATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAGTTTCATTCATACAAAAATAGTCAGAATAAAA
* * *
36545 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AATTTAAAAACA-AAATCTGTTTACC
325 TAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGAATTTAAAAA-ATAAATCAGTTTACC
* *
36607 AAACCAATTTAAATAGTTATGACTAGTTCAATAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATTTTTGTT
389 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATTTTTGTT
* * * ** *
36672 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGAAAAATGTTGCTAAATTAATA
453 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAAAAAAATAATACTAAATTAATA
36737 AAATTCTAAAAATTAATAAG
518 AAATTCTAAAAATTAATAAG
* * ** *
36757 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAA-CCAGTT-ATAGTAGTTAAGACT-TGTAGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCCAGTTCA-AATAGTTAAGACTAT-TAGAACA
* * *
36819 ATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATT-TT-TAGTTCATAC
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-ATCCTTTTGTTTTATCAT-AAAAAAATTGTTATA-TTCAT-C
*
36881 AAGCTAATTCAAAATACAATAATA-TAATTTTATTAACATTC-AAAAAGCTAATAAGCAAGAAAT
125 AAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAACATTCTAAAAA-CTAATAAGCAAGAAAT
* * * *
36944 TTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTA
188 TT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACT-ATTATCTA
** * *
37008 TTTAAAATTGTGATGACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCGTTCA-A-AAAAGCATA
251 TTTAAAATCATGAT-AACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAGTTTCATTCATACAAAA--ATA
* *
37069 -TCCGAAATAAAATAATAATACTTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAAATTTAAAAA
313 GTCAG-AATAAAATAATAATA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTT-G-AATTTAAAAA
*** * * * * *
37133 ATAAATCAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATGTGAACAATTATCTATTTCAAATC
374 ATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * *
37198 ATTATAAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TCA-TCATACAAGAC-TATTC-AAAAT
438 AGTAT-GATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAG-CTTATTCGGAAA-
* * * *
37259 AAAATAATACT-AATTTATTAATTTTTAAAAATTAATAAG
498 AAAATAATACTAAATTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAG
* *
37298 TAGGAGAATTAAAAAATAAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
37319 ATGCTTATTG
Statistics
Matches: 2510, Mismatches: 525, Indels: 368
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
514 1 0.00
516 4 0.00
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520 7 0.00
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Consensus pattern (537 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAT
TATCTATTTCAAATCGTTATATCCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTATATTCATCAAGCTA
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
TAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTATTATCTATTTAAAATCA
TGATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTAGTTTCATTCATACAAAAATAGTCAGAATAAAAT
AATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA
ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAAAAAAATAATACTAAATTAATAAAA
TTCTAAAAATTAATAAG
Found at i:37603 original size:78 final size:77
Alignment explanation
Indices: 37509--37662 Score: 240
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 77
37499 GCTGAACTAA
*
37509 TTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTTGTTATGT
1 TTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGA--TATTTTGTTAT-A
37573 CAT-AAAACAAATGT
63 CATAAAAACAAATGT
* *
37587 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAATATTTATGATATTTTGTTATACAT
1 TTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTATACAT
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66 AAAAACAAATG
37663 CTTTTGTTCA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 3, Indels: 5
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
76 4 0.06
77 19 0.27
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (77 bp):
TTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTATACAT
AAAAACAAATGT
Found at i:37975 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 37587--38682 Score: 859
Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180
37577 AAACAAATGT
* * * * ** * *
37587 TTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAATAT-TTATGATATTTTGTTAT-A
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
37649 CATAAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAG-TCTATTCTG-AATAAAATAATATTAATTTATTA
64 CAT-AAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCT-TATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
37711 ATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATGTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAA-
125 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTG-TTACCGAAC-AAG
* * ** * *
37764 TTCAAATGGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
37829 TAAAACAATTGTTTCTATTGATAC-AGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTAATGATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** *
37893 CTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTGTTAGCCTG-ACCAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTA-CC-GAACAAG
* * * * * *
37945 TACAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAGTGTTATGACCTTTTGTATTGTTA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
38010 CAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TTGACTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * *
38074 CCCAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCAAACAAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTG-TTACCGAACAAG
* * * * * *
38126 TTGAAATAGTTATGACTATTTTTAACAATTATTTAATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTAT
1 TTCAAATAGTTATAACTA-TTTGAACAATTATTT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
38191 CATAAAATATATT-TTTGTATTCATACAAGCTTATTAC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAAT
64 CATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
38254 ATTC-ATACAACTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGAATAAG
127 ATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCT-GTTACCGAACAAG
** * * * * *
38308 TTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
38373 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
38437 -TCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT-AAACATGTTTATCGAACAAG
130 CT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATC-TG-TTACCGAACAAG
* * * * * * * * ***
38489 TTCAAATAGTCATATCTACTTGAATAATTATATATTTTAAATTATTATGACATTTTGTTCCATCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
38554 TAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATTATGCTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** ** ** *
38618 CTAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAATTATGAATCTGTTTACTAAACAAT
130 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTG-TTACCGAACAAG
38670 TTCAAATAGTTAT
1 TTCAAATAGTTAT
38683 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 149, Indels: 70
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.01
177 102 0.14
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184 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTACCGAACAAG
Found at i:38784 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 38765--38797 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
38755 ATTAATATTC
*
38765 TAAAAA-TTAATAAA
1 TAAAAATTTAAAAAA
38779 TAAAAATTTAAAAAA
1 TAAAAATTTAAAAAA
38794 TAAA
1 TAAA
38798 TATGTTTTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.35
15 11 0.65
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
TAAAAATTTAAAAAA
Found at i:38986 original size:325 final size:327
Alignment explanation
Indices: 38341--39009 Score: 773
Period size: 325 Copynumber: 2.1 Consensus size: 327
38331 ATAATTATTT
* * * * * *
38341 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
38406 TAGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAA
66 TAGAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
* * *
38471 ACATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATATCTACTTGAATAATTATATATTTTAAATTATTA
131 ACATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAGATCTACTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTA
* * ** *
38536 TGACATTTTGTTCCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATTAT
196 TGACATTTTATTCCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAACATATTCAAAATAAAATTAT
* * * ** * * * *
38601 GCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAATTATGAATCTGTTTACTAAA
261 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAATAATAAATCTGTTTACCAAA
38666 CA
326 CA
* *
38668 ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAATATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
*
38733 TCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAAT
66 T-AGAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
38795 AAATATGTTTTAT-GAACACA-TTCAAATATTTAGA-CTACTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T
129 AAACATG-TTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTCAGATCTACTTGAACAATTATATATTTCAAATT
* * *** * * * *
38856 AGTTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAACATATTCCAAATAAA
192 A-TTATGACATTTTATTCCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAACATATTCAAAATAAA
*
38921 A-TAGTACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAA-AAGTAAATTTGTT
256 ATTA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAATAA-TAAATCTGTT
* *
38984 TACCGAGCA
319 TACCAAACA
38993 AGTTT-AAATAGTTATGA
1 A-TTTCAAATAGTTATGA
39010 TTGTTTGAAT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 47, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
324 5 0.02
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328 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (327 bp):
ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
TAGAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
ACATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAGATCTACTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTA
TGACATTTTATTCCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAACATATTCAAAATAAAATTAT
ACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAATAATAAATCTGTTTACCAAA
CA
Found at i:39083 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 38668--40436 Score: 1306
Period size: 181 Copynumber: 9.9 Consensus size: 180
38658 TTACTAAACA
* * * * * * *
38668 ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAATATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
*
38733 TCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAATA
66 T-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * *
38796 AATATGTTTTA-TGAACACA-TTCAAATATTTA-GACTACTTGAACAATTATCT
129 AATCTG-TTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
38847 ATTTCAAATAGTTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAACATATT
1 ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
* * * * *
38912 CCAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAA
66 -TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** *
38977 ATTTGTTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGATTGTTTGAATTATTATTT
130 ATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* **
39028 ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATT
1 ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
* * * * **
39093 CAGAATAAAA-ATATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATA
66 TA-AATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
39157 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCAATTTGAACAACTATCT
129 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
39209 ATTTCATATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATGCAAAATTATT
1 ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
* ** ** * *
39274 TAGAATAAAATAATACTGATCAATTAATATT-TTGAAA--ACTAA-TAAAAGATTTAAAAACTAA
66 TA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * *
39335 ATCTATTTACCGAA-ACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTT
130 ATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
39386 ATCTT-AAATTGTTATTATCCTTT-TTTTGTTATAAAACAATT-TTT-T-TTTATA-AAAGCTTA
1 AT-TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTA
* * * * * *
39445 TTTAGAGTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAGTATGTAAGAGATTTTAAAAA
64 TTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * *
39509 -AAATGTGTTTGCCAAACCAA-CTCAAATCGTTA-GACTATTAGAACAATTATCT
127 TAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
39561 ATTTCAAGTCGTTTTGA-CTTTTTGTTTAGTCGTAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTA
1 ATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTA
* * * *
39624 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAA
64 TT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAA
** * * * * *
39689 TAAATCTCCTTATCAAACAACTACAAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCT
127 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** * * * * *
39743 ATTTGAAGTCGTTATGAAATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTGC-AGTTCATAAAAATTTAT
1 ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTAT
* * * *
39807 CTTAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAACT
65 -TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
** * *** * * * * *
39871 AAAAATATTTTTTGAATGAA-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAAATAT-T
128 AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
39923 AATCTCAAATCGTTATGATC-TTTCTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTAATCATACAAGCTTAT
1 -ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTAT
* * *
39987 TTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGGTTTAAAAAATA
65 TTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * * * *
40048 AGTGTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAGTTATCT
129 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
40100 ATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTCTGTTCATAAAAATTTAT
1 ATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTAT
* ** * **
40164 CTTAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGGGAGAGATTTAAAATCT
65 -TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
40228 AAA-CTATTTTTCTGAACTAA-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAAATATCA
128 AAATCT-GTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * *
40281 ATCTCGAATCA-TTATGATC-TTTGTTTCCTCATAAAAACAATTATTTCTAATT-ATATAAGCTT
1 ATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTT
* * * *
40343 ATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAATTACTAAG----AGTTTTAAAAAA
63 ATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * *
40403 TAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAT
127 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
40437 CTATTTTAAA
Statistics
Matches: 1266, Mismatches: 264, Indels: 123
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 37 0.03
174 7 0.01
175 36 0.03
176 153 0.12
177 161 0.13
178 11 0.01
179 165 0.13
180 149 0.12
181 415 0.33
182 128 0.10
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
Found at i:39114 original size:506 final size:507
Alignment explanation
Indices: 38160--39185 Score: 1225
Period size: 506 Copynumber: 2.0 Consensus size: 507
38150 ACAATTATTT
* * * *
38160 AATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATATATTTTTGTATTCATACAAGCTTAT
1 AATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATATATTTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
38225 TACAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAA
66 TACAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAATAA
* * * * * *
38290 ATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTA
131 ATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTACGACTACTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
38355 TGACTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAAT
196 TGACCTTTTATTCTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACATATTCAGAATAAAATAAT
* * * * *
38420 ATTAATTGATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAACATGTTTATCGAA
261 ACTAATTGATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGAATTTAAAAATAAACATGTTTACCGAA
*
38485 CAAGTTCAAATAGTCATATCTACTTGAATAATTATATATTTTAAATTATTATGACATTTTGTTCC
326 CAAGTTCAAATAGTCATATCTACTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTCC
* * * *
38550 ATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATTATGCTAATTTATTAAT
391 ATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAATATACTAATTTATTAAT
** * * *
38615 ATTCTAAAAATTAAT-GAGTAGGAGATTTAAATTATGAATCTGTTTACTAAAC
456 ATTCTAAAAATTAATAG-GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* *
38667 AATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAATATA-ATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
1 AATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATATATT-TTTCTATTCATACAAGCTTA
* * *
38731 TTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAA
65 TTACAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAT-AAAACTAATAAATAAAAGATTT-AAAAA
* * * *
38794 TAAATATGTTTTA-TGAACACA-TTCAAATATTTA-GACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
128 TAAATAT-ATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTACGACTACTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* * *
38856 AGTTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAACATATTCCA-AATAA
191 AGTTATGACCTTTTATTCTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACATATT-CAGAATAA
* * **
38920 AATAGTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAAGTAAATTTGT
255 AATAATACTAATTGATTAATATTTC-AAAAACTAATAAGTAAAAGAATTTAAAAA-TAAACATGT
* * * ** * *
38983 TTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGAT-TGTTTGAATTATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGAT
318 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTACTTGAATAATTATATATTTCAAATTA-TTATGA-
*** * * * *
39046 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAAATATAC
380 CATTTTGTTCCATCATAAAACAATTG-TATCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAATATAC
* *
39109 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
444 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
*
39173 AAGTTCAAATAGT
1 AATTTCAAATAGT
39186 CATGTCAATT
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 68, Indels: 27
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
505 14 0.03
506 286 0.65
507 133 0.30
508 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (507 bp):
AATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATATATTTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TACAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAATAA
ATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTACGACTACTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA
TGACCTTTTATTCTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACATATTCAGAATAAAATAAT
ACTAATTGATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGAATTTAAAAATAAACATGTTTACCGAA
CAAGTTCAAATAGTCATATCTACTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTCC
ATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAATATACTAATTTATTAAT
ATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
Found at i:39121 original size:687 final size:690
Alignment explanation
Indices: 37978--39252 Score: 1594
Period size: 687 Copynumber: 1.9 Consensus size: 690
37968 ACAATTATCT
* * * *
37978 ATTTCAAAGTGTTATGACCTTTTGTATTGTTACAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTGACT
1 ATTTCAAAGTGTTATGACCTTTTGTATTATCACAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTGACT
* * * * * *
38043 CGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAACTGA
66 CGAAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
38108 ATCTGTTTATCAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTTTAACAATTATTTAATTTCAAATTGC
131 ATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTTGAACAATTATCTAATTTCAAATAGC
* * * * * *
38173 TATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATATATTTTTGTATTCATACAAGCTTATTACAATTAAAATA
196 TATAACCTTTTATTTTATCATAAAACATATTTTTCTATTCATACAAACATATTACAAATAAAATA
* *
38238 ATACAAATTTATTAATATTCATACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGA
261 ATACAAATTTATTAATATTCATAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTACCGA
* *
38303 ATAAGTTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTC
326 ACAAGTTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTC
* * * *
38368 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTGATTAA
391 TGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTGATTAA
* * * *
38433 TA-TTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA-CATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
456 TATTTTCAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * * * *
38496 AGTCATATCTACTTGAATAATTATATATTTTAAATTATTATGACATTTTGTTCCATCATAAAACA
519 AGTCATATCAACTTGAACAACTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCCATCATAAAACA
38561 ATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATTATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
584 ATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATTATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
38626 TAATGAGTAGGAGATTTAAATTATGAATCTGTTTACTAAACA
649 TAATGAGTAGGAGATTTAAATTATGAATCTGTTTACTAAACA
* *
38668 ATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGT-TCTATCATAATATAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-
1 ATTTCAAAGT-GTTATGACCTTTTGTAT-TATCACAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTG
* *
38730 ATTTC-AAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAA
63 A-CTCGAAATAAAATAAT-TCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAA
* *
38792 AATAAATATGTTTTAT-GAACACA-TTCAAATATTTA-GACTA-CTTGAACAATTATCT-ATTTC
126 AATAAATATG-TTTATCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATCTTGAACAATTATCTAATTTC
* * * * * * *
38852 AAATAGTTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAACCA-ATTGTTTCTGTTCATACAAACATATTCCAA
189 AAATAGCTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACATATT-TTTCTATTCATACAAACATATTACAA
* * *
38916 ATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTC-TAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATT
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* * * * * * * *
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* *
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* * * **
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* * * * * * ***
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TATTTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * **
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*
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* *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * *
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* *** ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* ** * * * ** * *
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1 AT
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT
* * *
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1 T
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*
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TTTTAT
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*
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TTTTTATTTTTATTTTACTT
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*
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*
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* *
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* *
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* * * * * * **
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*
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*
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*
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* *
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*
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53943 TTTTATA
1 TTTTATA
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1 TTTTATA
53956 TATTTATA
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1 TTTTATA
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1 TTTTATA
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1 T
53985 ATATATATAT
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TTTTATA
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*
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*
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1 T
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* *
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1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT T--TAT TTAT T--TAT TTAT TTAT
* * *
54069 TTAT TTAT TTA- TTAT TACTAT TTAT TAATAT ATAT TCAT TTAT TTTT
1 TTAT TTAT TTAT TTAT T--TAT TTAT T--TAT TTAT TTAT TTAT TTAT
* * * * * *
54116 TTAT GTTAAT ATAT ATAT TTACT ATTAC TTAG CTAT TTAT ATA- TTAT
1 TTAT -TT-AT TTAT TTAT TTA-T -TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT
* * * *
54163 TATAT ATAT GTAT TTA- TTA- TTAT TTAT CTAT TTAT ATAT TATAAT TTAT
1 T-TAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT T-T-AT TTAT
* *
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TTAT
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*
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*
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*
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* *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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TATTATTTATATAT
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*
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* * *
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** *
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*
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* * *
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**
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*
55091 TTA TTG TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TA TTA TTA TTA TTA TTA -TA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
** * * *
55137 TTA TTA TTA -TA TTA TTA -TA TTA GAA TTGT TTA ATA TTC TT- TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT-A TTA TTA TTA TTA TTA
* * *
55180 TTT TTA TTT TTA TTT TTA TT- TTA TT- TTA TTA TT- TTA TT
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
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TTA
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55081 CCCAGGTTTT
*
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**
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* * *
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* *
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*
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*
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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65 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * **
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130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAACCAG
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * ** ** *
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* * * * * * **
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* *** * * * * ** **
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* * ** * * *
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65 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
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* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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65 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **** *
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* * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * *** * * *
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* * * ** *
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129 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAACCAG
* * * * * *
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** * * * * * *
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65 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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65 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATT
* * * * **
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* * * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
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* * * **
58154 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATTAG
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CTAAACCAG
* *
58567 TT-AACATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTC
* * * * * * ** **
58631 ATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAACCTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * ** *
58696 TTGAAAATTAATAAG--AGA-A-TTGAAAAATATATCTA-TTTA-TCAAATTAA
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACT-AAACCAG
* * * * * *
58744 TTCAAATAGTTATGACTACTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTC
* * * * *
58807 ATAAAACAATAGTTTTTGTTCACACAAGCTTATTCAAATTAAAATATTACTAATTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
58872 TTGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAGAAAATAAA-TATGTTTA-TCGAACTAG
129 TCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACT-AAACCAG
* * * * * *
58925 ATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTATTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
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65 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT
* * * * * **
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129 T-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACT-AAACCAG
* * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCA
** * ** *
59170 TAAAATGATT-TATTTTGTTTGTACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
65 TAAAACAATTGT-TTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
59232 TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAGACAATAAA-TATGTTT-CTTGAACAAG
128 TTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTAC-TAAACCAG
* * * * ** * ** *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA-ACT-TTTGTTTTGTC
** * * ** **
59344 ---AAA-AATT-AATAAG-T-A-A-AAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTTATT
64 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-AT-AATACT----AATTTATT
* * * *
59399 AATA-TTCTAAAAATTAA-AGAGCAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAG
123 AATATTTC-AAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAACCAG
* * * *
59458 TTCAAACAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATTACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTA-TAACTTTTGTTTTGTC
* * ** * **
59522 ATAAAGCAATTTGTTCT-GTTCATACAAGCTTAATT-TGAATAAAATATTAAAAATTTATTAATA
64 ATAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
59585 -TTCTAAAAATAAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTCA-TTTA-TAGAA-CATG
127 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-AGTTTACTA-AACCA-G
* * * * * * *
59638 TTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
59703 TAAACCAATTGTTTCTA-TTCAAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTA-TAACA-T
65 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
59765 TCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAGCAAA
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAACCAG
* * * * * *
59817 TTTAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTCTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCA
* * ** *
59881 TAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-T
65 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
59944 TCTAAAAATTAATAAGT-TGAGGATTTAAAAAATTAATCTA-TTTA-TCAAACAAG
129 TC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACT-AAACCAG
** * * * * * * * **
59997 TTCATCTAGTCATGTCCATTTGAACTATTATATATTTCAAATTGTTATTACATTTTGTTTTGTTG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCA
** * * * *
60062 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAACTTATTACTATT
65 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * ** * ** *
60126 TTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAATAGCTAAATCT-CTTTACCGAACTAG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAACCAG
* * * * * * *
60174 TTTAACTAGTTATAACTATTTGAACACTTA--TATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACT-TTTGTTTTGTCA
* * * * *** * * * *
60236 TAAGACATTTGTTTCTA-TTCATGCAACCTTATTTGGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATA-T
65 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * *
60299 TCTAAAA-T--TAA-T-A-AGATTTAAAAAACAAATGT-GTTTACCGAACTAA
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAACCAG
* * * *** * * *
60345 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC-ATTATCTATTTCAAATCATCCCGACCGTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT-TATAACTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
60409 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
65 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
60474 -AGAAAATTAATCGAA--AAGAAATTAGAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAG
130 CA-AAAATTAAT--AAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAACCAG
* * * * * * *
60526 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCA
* *
60591 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT
65 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT
60621 GAACAATTAT
Statistics
Matches: 3561, Mismatches: 799, Indels: 410
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 7 0.00
166 7 0.00
167 4 0.00
169 1 0.00
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189 1 0.00
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Alignment explanation
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* * * * *
55875 TTCAAATAGTTAT--CTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCTTTCTAACCTTTTGTTTTGTCA
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * **
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*
56195 AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTAAATTAG
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* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT--TTGTTTTGT
* *** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * **
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* *** * * * ** *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTTGTC
* * * * ** * * *
56661 GTAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTAATCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
56726 CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATGGTTAAG
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATG
* * * * * *
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195 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
56852 TAGTTCATACAAACTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTATATG
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* * *
56916 AATGAGATTTAAAAAAAGAAATCTATTTATCGAA-TAGG
323 AATGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATTA-G
* * * * * * *
56954 TTCAAATACTTATTATTATTTGAACATTTGTCTATTT-AAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
57018 TAAAACAATTGTTTTATTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTT-TTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * ** * * * *
57083 CCTAAATTAATAAGTGAGAAATTTAAAAAATAGATATGTTTGCCAAATCAATTAAAAAAATTATG
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATG
* * * * * *
57148 GCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
195 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
57213 TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTCAAAAATTA-ATAA
260 TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATATAA
* * * * * *
57277 GTTACATATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAGACTAA
325 --T-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAG
* * * * * * * * *
57315 TTTAAATAGTTATCACTAATTGAACAAATATCAATCTCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
57379 TAAAATAATTG--TTTTTCATATAACCTTATTT-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT
66 TAAAACAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
57440 CTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTTAAATAGTTAA
130 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * *
57505 AACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-CGAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGT
194 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
57569 TTCAT-ATCTTACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTA-
258 TT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAT
* * * * * **
57630 ATAAGTAAAAGATTT--AAAACAAATTTGTTTACCGAACAAG
321 ATAA-T--GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAG
* * * * * *
57670 TTCAAATAGTTATGACTATTCGAATAATTATTTATTT-ACAATCGTTATGA-CTTTTTTTTTGAC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
*** * * ** * * * *
57733 AT-AAACAA--GTTCCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACAAACTTCTTAATATT
65 ATAAAACAATTGTT-TTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * * * *
57795 TCAAAAATTAGTAAGTAGGAG-TTTCAACAGTAAATTTATTTACCGACTAAATTTAGATAGTTAT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTAT
* * * *
57859 GACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATC-GTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
194 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** * * *
57923 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAATAT-ATACTAATTTAATT-ATATTCCAAAAATTA-AT
259 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTATAT
* * *
57985 AAGTAGGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCAAATTAG
323 AA-T--GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAG
* * * * * * *
58025 TACAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
58089 ATATAACAATTATTTTTTATCATACTAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATCTT
65 ATAAAACAATTGTTTTTT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
58154 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATTAGTTCAAATAGTAAT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
58219 GTCTATTTTAACAATTGTATATTTCAAATCGTTATAACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
194 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
58284 TATGTTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAACTA-ATA
259 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATATA
* * * * ** *
58348 ACTAAGACATTTAAAAAAT-AATTTGTTTCCCAAACCAA
324 A-T--GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAG
* * * * *
58386 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
** ** *
58451 TAAAACAATT-TTCTTAAATCATATTAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTT-TT-TTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * * * * *
58514 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCAGTT-AACATAAT
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCGAATCAATTCAA-ATAGT
* * * *
58577 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAT
191 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** **
58642 GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTGAAAATTA-
256 GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAT
* * * * *
58706 ATAA-GAGAATTGAAAAATATATCTATTTATCAAATTAA
321 ATAATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAG
* * * * * * *
58744 TTCAAATAGTTATGACTACTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
58807 ATAAAACAATAGTTTTTGTTCACACAAGCTTATTCA-AATTAAAATATTACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
58871 TTTGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAGAAAATAAATATGTTTATCGAA-CTAGA-TCAAATAG
128 TTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATC-A-ATTCAAATAG
* * * *
58934 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTATTGTCATAAAA-AAT
190 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * *
58998 TATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TTATGTTATTAATATTTCCAAAATT
255 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
59062 TTATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAATTTGTTTATCAAATAAG
319 ATATAA-T--GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAG
* * * * *
59105 TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
** ** *
59170 TAAAATGATT-TATTTTGTTTGTACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
66 TAAAACAATTGT-TTTT-TTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * * *
59232 TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAGACAATAAATATGTTTCTTGAA-CAAGTTGAACTCG
128 TTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAG
* * ** ** *
59295 TTATGACTATTTGAACAATTA-ATAAGT--AAT-ATTAAT-A--TATTAATATT-TC---AAA-A
190 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACA
** ** * *** **
59348 ATT-AATAAG-T-A-A-AAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTTATTAATA-TTC
253 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA-AT-AATACT----AATTTATTAATATTTC
* * * * * * * **
59406 TAAAAATTAAAGAGCAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAG
312 -AAAAATTATATA--ATGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAG
* * * *
59458 TTCAAACAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATTACCTTTTGTTTTGTC
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* * * * **
59522 ATAAAGCAATTTGTTCTGTTCATACAAGCTTAATTT-GAATAAAATATTAAAAATTTATTAATA-
65 ATAAAACAA-TTGTTTTTTTCATACAAGCTT-ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * * *
59585 TTCTAAAAATAAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTCATTTATAGAA-CATGTTTAAATAGT
128 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCA-ATTCAAATAGT
* * * * * *
59648 TATTACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAATT
191 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
59713 GTTTCTATTCAAACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATGCTAATTTA-TAACA-TTCCAAAATTA
256 GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * *** *
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GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAG
Found at i:59141 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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1 AATAATTATACTATTTG
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1 AA
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Statistics
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Done.