Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168248.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_48, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 180737
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Found at i:306 original size:154 final size:162
Alignment explanation
Indices: 120--503 Score: 442
Period size: 154 Copynumber: 2.4 Consensus size: 162
110 AAATATTATG
*
120 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-A-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAATT-TTT
1 ACTA-TTGAA-AATTATCTATTTTAAATTGTTATTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTT
** * *
182 TCATATAAG-TTATT-TTATAAAATAATACAAAATT-AATATT-TAA-AAT-TATATGAGATTTA
64 TCATATAAGTTTATTCGAAT-AAATAATAC-AAATTAAATATTCTAACAATAAATAAGAGATTTA
*
241 AAAAATAAATCAGTTTCT-AACCAGTT-AAAAATT-A
127 AAAAAAAAATCA-TTTCTGAACCAGTTAAAAAATTAA
*
275 ACTATTGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTAATCTTTTG-TTT-TCATAAAAAATTATTTC
1 ACTATTGAA-AATTATCTATTTTAAATTGTTATTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTT-
338 AGTCATATAAGTTTATTCGAATAAATAATACAAATTAAAATATTCTAACAATAAATAAGAGATTT
64 --TCATATAAGTTTATTCGAATAAATAATACAAATT-AAATATTCTAACAATAAATAAGAGATTT
* *
403 AAAAAAAAAATTATTTGTGAACCAGTTCAAAAAATTAA
126 AAAAAAAAAATCATTTCTGAACCAGTT-AAAAAATTAA
*
441 ACTATTG-AAATTAATTATATTTTAAA-T-TTATTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTT
1 ACTATTGAAAATT-A-TCTATTTTAAATTGTTATTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTT
503 T
64 T
504 TTAGCTCATA
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 11, Indels: 34
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
154 40 0.20
155 11 0.06
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158 14 0.07
159 14 0.07
160 8 0.04
161 3 0.02
162 7 0.04
163 30 0.15
164 17 0.09
165 13 0.07
166 34 0.17
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (162 bp):
ACTATTGAAAATTATCTATTTTAAATTGTTATTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTTC
ATATAAGTTTATTCGAATAAATAATACAAATTAAATATTCTAACAATAAATAAGAGATTTAAAAA
AAAAATCATTTCTGAACCAGTTAAAAAATTAA
Found at i:1556 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 107--2784 Score: 1032
Period size: 179 Copynumber: 15.6 Consensus size: 179
97 TTACTAAACT
* * * *
107 TTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
170 TAAAA-AA---TTT-T-TTCATATAAG-TTATT-TTATAAAATAATA-CAA--AATTAAT-AT-T
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCC
* * * * * *
222 TAAAATT-AT-A-T-GAGATTTAAAAAATAAATC-AGTT-TCTAACCAG
131 AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* * * * * *
265 TT-AAA-A-AT-TAACTA-TTGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTAATCTTTTG-TTT-TC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
323 ATAAAA-AATTATTTCAG-TCATATAAGTTTATTCGAAT-AAATAATA-CAAATTA-AAATATTC
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATC
* * * * * * *
383 TAACAATAAATAAG---AGATTTAAAAAAAAAAT-TATTTGT-GAACCAG
130 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* * * * *
428 TTCAAAAAATTA-AACTA-TTG-A-AATTAATTATATTTTAAAT--TTATTAACCTTTTGTTTTG
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT-A-TCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTG
* * * *
487 TCATAAAA-AATTATTTTTTAGCTCAT--AA--TTATT-GTAA-AAAATAA-ACTAATTT-TTAA
63 TCATAAAACAATT-GTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * * * *
543 TATTTC-AAAATT--TAATTAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTT-T-GAAACCAC
125 TAATCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AACAAG
* * *
592 TTCAAATAGTTA-AA-TATTTGAACAATTATCTATTGCAAAT--TTATGGCCTTTTG-TTTGTCG
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
652 TAAAACAAATT-TTT-T-TTCATACAA--TTATTTGAAATAAAA-AATAACTAA-TAATT--TGA
66 TAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAAT-ATTAATTTATTAATAA
* * * *
708 --C---AATTAATTAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-T-TTT-T-GCAACCAC
128 TCCAAAAATTAA-TAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AACAAG
* * *
753 TTCAAATAGTTA-AGATTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCATTATTACCTTTTAGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGT
* * * * * * *
816 CATAAAACAAAT-TTTATGCTT-ATATAAG--T-TTGGAATAAAA-AA-A-AAATTTACTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAA
* * * * * * * *
873 TTCAAAAATTATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTGTCAAACCAG
128 TCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* * * *
924 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
989 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAAT
*** * ** ** * * *** *
1053 TTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTAACCAA-
129 CCAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAG
* * * * *
1105 TGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
1170 TAAAACAATTGTTTCTGTT-GTACAAGCTTATTCAGAATAATATAAT-TCTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATAAT
* * * *
1233 CCAAAAATTAATGAGTAAGATTTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAG
129 CCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
*
1284 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
1349 TAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAGCTTATTCTAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCC
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCC
* * *
1413 AACAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACACG
131 AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAG
* *
1462 TTCAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAG-TTTGTC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTC
* * * *
1525 ATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAA-AAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAA-
* ***
1589 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGTGAG
128 TCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* ** * * ** *** * * * * ** * *
1642 TCCAAATAGTTATTTCAAATTG--TTATTATCT-TTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTT-T-G
* * * * *
1703 TCAT---ACAA--G-TT-TATTC-GA-AA---TA---AAATAATACTAAT-TT-A-TTAAT-AT-
63 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATAA-AATAATATTAATTTATTAATA
* * ** * * * *
1748 -TCAAAAAATTAGT---TGGAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
127 ATCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* * ** * * * * * * *
1797 TTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * * *
1862 TAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATC
** * * **
1927 C-AAAATT--TAA-T--AAGCTTAAAAACTAAATCTATTTA-CTGGACCGG
130 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAG
* * * * *
1971 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTAG-TATGAGC-TTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * * * ** ** * *
2034 ACGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAAT
* * * * *
2098 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGA-CGAACTAG
129 CCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCGAACAAG
* * * * * * * * *
2149 TTTAAATAG-TAAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTAGTT
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
2213 ATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA-CAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATAAT
* * * ** * *
2277 CCAAAAATTTAATAAGCAAGGAA-TT-AAAAA-AAATGT-GCTACCAAACAAG
129 CCAAAAA-TTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* * * ** * * *
2326 TTCAAAAAGTTATGAA-TATTTGAACGATTATCTATTTAAAATTATTATGGCCTTTTG-CTTATC
1 TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
2389 ATAAAACAATT-ATTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATT-AATAA
* * * ** *
2453 TTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAA-
128 TCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-CAAG
* ** * * * * *
2506 CTCAAATAGTTATGGCTGTTTCAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * * * *
2571 TCAAACAATTGTTTTTCATCAAACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATC
* * * *
2636 CAAAAATTACTAAGTAGGAGA--T------T--ATCTATTTA-CTGAACCAG
130 CAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAG
* * * *
2677 TTTAAATAGTTATAAC--TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** *
2740 TAAAACAATTATTGATGTTCATACCAGCTTATTCAGAATAAAATA
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATA
2785 TTGTTGAACC
Statistics
Matches: 1945, Mismatches: 399, Indels: 341
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
154 36 0.02
155 50 0.03
156 15 0.01
157 13 0.01
158 24 0.01
159 37 0.02
160 6 0.00
161 45 0.02
162 53 0.03
163 77 0.04
164 92 0.05
165 72 0.04
166 52 0.03
167 12 0.01
168 29 0.01
169 82 0.04
170 11 0.01
171 89 0.05
172 52 0.03
173 56 0.03
174 67 0.03
175 48 0.02
176 40 0.02
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178 183 0.09
179 235 0.12
180 175 0.09
181 134 0.07
182 32 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCC
AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
Found at i:1875 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1851--1889 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1841 TTATGACATT
1851 TTGTTT-T-GTCATAAAAAAA
1 TTGTTTCTAGTCATAAAAAAA
*
1870 TTGTTTCTATTCATAAAAAA
1 TTGTTTCTAGTCATAAAAAA
1890 TTATTTAGAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
20 1 0.06
21 10 0.59
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
TTGTTTCTAGTCATAAAAAAA
Found at i:1929 original size:336 final size:335
Alignment explanation
Indices: 1316--1940 Score: 783
Period size: 336 Copynumber: 1.9 Consensus size: 335
1306 AACAATTATC
*
1316 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATT
1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
1381 CTAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAATAAAT
66 CAAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCAAAAAATTAATAAG-AAAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
1446 CTATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTCTGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
130 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGATCTGACCATTGAACAATTACCAATTTAAAATCATTATGA
* ** * * ** *
1511 CCTTTTAGTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTTAGAATAAAATAATATT
195 CATTTTAGTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTACTTAGAATAAAATAATACT
1576 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGTGA
260 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGTGA
1641 GTCCAAATAGT
325 GTCCAAATAGT
* * * * *
1652 TATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAT
1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
1717 TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAGT-TG-GAAGTTTAAAAAATAA
65 TC-AAATAAAATAATA-TAAACTGACTAATAATCAAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAA
* * * *
1779 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA-ATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTAAAATCATT
128 ATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGATC-TGACCA-TTGAACAATTACCAATTTAAAATCATT
*
1843 ATGACATTTT-GTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATTTAGAATAAAATA
191 ATGACATTTTAG-TTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTACTTAGAATAAAATA
* *
1907 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG
255 ATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG
1941 CTTAAAAACT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 41, Indels: 12
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
334 2 0.01
335 40 0.17
336 146 0.60
337 22 0.09
338 31 0.13
339 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (335 bp):
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATT
CAAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCAAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGATCTGACCATTGAACAATTACCAATTTAAAATCATTATGAC
ATTTTAGTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTACTTAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGTGAG
TCCAAATAGT
Found at i:2591 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2560--2596 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
2550 TTATGAACTT
2560 TTGTTTTGTCATCAAACAA
1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
2579 TTGTTTT-TCATCAAACAA
1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
2597 GCCTATTTGG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTGTCATCAAACAA
Found at i:3375 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2788--4366 Score: 1124
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 179
2778 TAAAATATTG
* * * ** * * **
2788 TTGAACCAGTTCAAGTAGTTAAGGGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACAATT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAGACCTTT
** * * * * * * *
2852 TG-TTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
** * * * **
2916 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAACTAAATTTGTTGGC
130 ATTAATATTC--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TA
* * * * * * *
2969 TTGACCAA-TACAAATTGTTATGACTGTTTGAA-ACATTAT-TTTATTCAAATTATTTTA-A-CT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTAT-TTCAAA-TGTTATAGACCT
* * ** * * * *
3029 TTTGTTTTGTCA-CAAACAATTGTTTCT-TTTGTATAAGCTTA-TTCAGAATAACATAACT-CTA
63 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGA-AATAAAATAA-TACTA
* * * * * *
3090 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAAT-AATGAGTT-AAAATTGAATCTGTTTA
126 ATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * * * * *
3144 TCGAACAAGTTGTAATAGTTATGACAATTTGAAATAATT-CCTATTTCAAATCGCTATAAACCTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAGACCTT
* * * * * * *
3208 TTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATT
64 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * *
3273 TATTAATATTCAAATGACTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA
129 TATTAATATTCAAA--ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
3325 TTGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTAT-GACTTTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATAGACCTTT
* * * * *
3389 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGT-TT-ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAAT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTC-TATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
3452 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTA
128 TTATTAATA--TTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** *** * * * * *
3506 TCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGT-GACCTTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAGACCTTT
** * * * * * * * **
3570 TGTTTCATAATAAAACAATTGTATC-AGTTTATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
3634 TATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTT-
129 TATTAATATTC--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* *
3686 TTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--TTATGATGTCCT
1 TT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTAT-A-GACCT
* * * *
3749 TTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCATAGTCTG-AATGAAATAATA-TA
63 TTTG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATA-TTTGAAATAAAATAATACT-
* *
3812 AATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAGAAATCTATTTT
125 AATTTATTAATATTC-A-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* *
3868 TTGAGCACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-GACCT
1 TTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAGACCT
***
3930 TTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAAT
63 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAAT
*
3995 TTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
128 TTATTAATATT-C-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
4049 CTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATA--TT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTA-TAGACCTT
* * ** * *
4112 TTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTT-AGAATAAAATAGTACTGAT
64 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * ** * * *
4176 TTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATTAATATATTTG
128 TTATTAATA--TTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * **
4229 CCGAACAAGTTCAAACAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTATTAT-GACCTCC
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATAGACCTTT
* * * * *
4293 TATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAA-AATTATTT-AGAATAAAATAATACTAAT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
*
4356 CTATTAATATT
128 TTATTAATATT
4367 TTGAAGATTC
Statistics
Matches: 1115, Mismatches: 219, Indels: 131
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
176 37 0.03
177 15 0.01
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179 39 0.03
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182 80 0.07
183 5 0.00
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTATAGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
Found at i:3817 original size:543 final size:538
Alignment explanation
Indices: 2814--4324 Score: 1367
Period size: 543 Copynumber: 2.8 Consensus size: 538
2804 AGTTAAGGGT
* ** ** *
2814 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACAATTTG-TTTGTTGTAAAATAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * * * *
2877 ATTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
65 ATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGCA
** * * * ** * * * * ** * *
2942 ACGGATTTAAAAACTAAATTTGTTGGCTTGACCAA-TACAAATTGTTATGACTGTTTGAA-ACAT
130 AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-TAAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAACA-AT
** * * ** * * * *
3005 TAT-TTTATTCAAATTA-TTTTAAC-TTTTGTTTTGTCA-CAAACAATTGTTTCTTTTGTATAAG
193 TATCCAT-TTCAAA-TAGTTATGACATTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTTCATTTATATAAG
* ** *
3066 CTTATTCAGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAATGAG--TTA
256 CTTATTCAGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAA-GAGATTTA
* * ** * * *
3128 AAATTGAATCTGTTTATCGAACAAGTTGTAATAGTTATGACAATTTGAAATAATT-CCTATTTCA
318 AAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
3192 AATCGCTATA-AACCTTTTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAA
382 AAT---TATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCATATCTCAA
*
3256 TTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-A-AATGACTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATAAAT
444 TTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAGAA--ACTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAAGAAAT
* *
3318 CTGTTTATTGAATA-AGTTCAAATAGCTATGACT-
506 CTATTTATTGAACACA-TTCAAATAGCTATGA-TA
* * *
3351 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC-
* * * * *** * *
3416 T-TT-ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGC
64 TATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGC
* * *
3479 AAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAAT
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAACAAT
* * * *
3543 TATCCATTTCAAATCA-TTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAGTTTATATAGG
193 TATCCATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTTCA-TTTATATAAG
*
3607 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
256 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AA
* * *
3672 AAATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
319 AAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
3737 TTATGATGTCCTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCATAGTCTGAA-T
384 TTAT-ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCATA-TCTCAATT
* * * *
3801 GAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAGAAATCTATT
446 AAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAGAAACTAATAAATAAAAATTTAAAAAAGAAATCTATT
* * *
3866 TTTTGAGCACATTCAAATAGTTATGATA
511 TATTGAACACATTCAAATAGCTATGATA
* * **
3894 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
*
3959 TTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAA
66 TTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGCAA
* * * ** * *
4024 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTAT
131 AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAACAATTAT
** * * ** * * * *
4089 TTATTTCAAATAGTTATTATATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA
196 CCATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTTC-ATTTATATAAGCTTA
* * * * * * *
4154 TTTAGAATAAAATAGTACTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATT
260 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAATG
* ** * * * *
4219 AATATATTTGCCGAACAAGTTCAAACAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTATT
324 AATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-T
** * *
4284 ATGACCTCCTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
388 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
4325 GCAAAATTAT
Statistics
Matches: 794, Mismatches: 147, Indels: 62
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
536 1 0.00
537 39 0.05
538 119 0.15
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540 20 0.03
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544 8 0.01
545 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGCAA
AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAACAATTAT
CCATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTTCATTTATATAAGCTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAATGAA
TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCATATCTCAATTAAAATAATAC
AAATTTATTAATATTCTAGAAACTAATAAATAAAAATTTAAAAAAGAAATCTATTTATTGAACAC
ATTCAAATAGCTATGATA
Found at i:3924 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3877--3926 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
3867 TTTGAGCACA
3877 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
3896 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
3912 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
3927 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.39
18 8 0.35
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:5778 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4960--5810 Score: 698
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 180
4950 TATAATGATT
* * *
4960 TTATCTATTTCAAATCGTTA-GTACCTTTTGTTTTA-TCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACATTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
** * * * *
5023 AGCTTATACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTA
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAAGAAATTTA
* * * * *
5087 AAAAATTAAATCTATTTGCCT-AGCAAGTTAAAATAGTTATGACAATTTAAACAA
128 AAAAA-TAAATCTATTT-ACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * *
5141 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATATCTTGTTT-GTCATAAAGCAT-A-TGTTTCTATTCATGCA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAA--ATAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
5203 AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGTTAA-AAATT
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--CAAGAAATT
* * * * ** *
5266 T-AAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATCATGTCCATTGGAACTA
126 TAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * *
5320 TTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTA--C-----A-AATTGTTTTTATTCATACAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
* ** * *
5377 ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAA
66 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAAATTTAAAA
* * ** * *
5439 ACTAAATTTGCTTATTGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
131 AATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * * * * * * *
5489 TTATTTATCTCAAATCATTATGA-GTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTACACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * ** * * *
5553 CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAA
66 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAAGAAATTTAAA
* * * * * * * *
5618 AAATAAATATGTTTGCAGAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAAA
130 AAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC-AA
* * *
5670 TT-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACA-
* *
5733 A-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTT-
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AACAAGAAATTTA
5795 AAAAA-AAATCTATTTA
128 AAAAATAAATCTATTTA
5811 TCAAACATTG
Statistics
Matches: 529, Mismatches: 109, Indels: 67
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 13 0.02
169 57 0.11
170 2 0.00
171 2 0.00
172 55 0.10
173 3 0.01
175 1 0.00
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179 70 0.13
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181 95 0.18
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAAATTTAAAA
AATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
Found at i:8382 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7853--8615 Score: 576
Period size: 179 Copynumber: 4.3 Consensus size: 179
7843 GATTTAATGG
* * * *
7853 CTATGTGAACAATTCTCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGTTC-TAAAACAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG-TT
* * * * ** *
7916 TTATTCATATAAGTTTATTTATAATAAAATGATA-TGAATTTATTAATATTTTGATAA-T--TAA
64 TTATTCATATAAGCTGA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
7977 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATC--TGTATAAAACTAGTTCAATTAGTTATAA
127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * *
8027 CAATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTT
* * * * * * *
8090 CTATTGATATAATCCT-ATTTGGATTAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
64 TTATTCATATAA-GCTGA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * ** * ** * *
8153 AATAATG-GATTTAAAAAATGAATCTA-TTGGCATGACCGGTACAGATAGTTATAA
126 AGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * *
8207 TTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * **
8272 GTTCATACAA-CTGATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
66 ATTCATATAAGCTGATTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *
8336 AGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * ** * * * *
8386 CTATTTGAACAGTTACCTATTTCAAATAGCTAAAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATATTTTTTTG
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * * ** * *
8451 TATTCATAAAAGCTTGTTTCA-ATTAAAATAATACAAAATTATTAATATTTTGACAACTAATAAG
65 TATTCATATAAGC-TGATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
8515 TAA-ATGATTTAAAAAATTAATTTGTTTA-CTAAATAAGTTTAAATAGTTATGA
128 TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* *
8567 CTATTTGAACAATTATATAATTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
8616 AACAGTCATA
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 103, Indels: 50
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 75 0.16
175 13 0.03
176 3 0.01
177 3 0.01
178 24 0.05
179 127 0.28
180 102 0.22
181 104 0.23
182 4 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
ATTCATATAAGCTGATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
Found at i:8863 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8613--9418 Score: 835
Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 180
8603 TTTTGTTTTG
* * * * * * * *
8613 TCAAACAGTCATAATTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTAAAATATT-TATTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTAT
* *
8677 TAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
*
8742 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAATAAATAATTGT
130 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGT
8793 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TATGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
* * *
8856 GTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTATATGAACAAAA
* *
8919 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
127 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * *
8973 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTCTACGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTAT
* * ** *** *
9038 TAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
** * * * * **
9103 ATTCTTTTATGGCAAAACAAAGGGTCATAACGACTTGAAATAAATAATTAC
130 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * *
9154 TCAAATAGTTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTA--TTTAAAATTTTTTTTCTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTCTACTTA
* * * * * *
9217 TTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTATATGAACAAAAA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTATATGAACAAAAA
* *
9281 CAATT-GTTATATGAGAAAACTAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGT
128 CAATTGGTT-TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * * *
9334 TAAAATAATCATAACTGTATAAACTTATTCGATAAATAGATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTAT
9399 TAATTGTTT-AAATATTAATA
65 TAATT-TTTGAAATATTAATA
9419 GGCTCAAGCA
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 91, Indels: 39
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 15 0.03
180 323 0.63
181 170 0.33
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAA
TTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
Found at i:9332 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 8621--9403 Score: 948
Period size: 361 Copynumber: 2.2 Consensus size: 358
8611 TGTCAAACAG
* * * * * * * *
8621 TCATAATTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTAAAATATTTATTTATTAATTTTTG
1 TCATAACTATTTGAACTT-CTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTGG
* *
8686 GAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTA
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTCGTTTA
* * * **
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* * *
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* * *
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259 AATATTATTTTATCTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
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324 TCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAA
* *
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** *** * *
9046 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACAATTCTTTT
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* * * *
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129 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGA
** * * * * *
9176 ACT-TGTTTGGTAAATATATTTA-TTTAAAATTTTTTTTCTTATTAATTGTCGAAATATTAATAA
194 A-TATGTTCAGAAAATAGATTTATTTTAAAA--TTTCTACTTAGTAATTGTCGAAATATTAATAA
*
9239 ATTAATATTATTTTAATCTG-AATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTATATGAGAAAACT
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9302 AAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAA
318 AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAA
* * * *
9342 TCATAACTGTATAAACTTATTCGATAAATAGA-TCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
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AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTCGTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
ATGTTCAGAAAATAGATTTATTTTAAAATTTCTACTTAGTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTATCTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAA
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* ** *
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* *
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* * * * *
10850 AGAGGGTAATGGCACGTTAAGCATAAAGGTGTTGCATGGTTCAACGAGCTAGGATCATAAAAGCC
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* * *
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* *
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*
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*
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CCTATACCAAGGGCCAGCATATGCTAATGGTGATCAAGGCAAGTGC
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12871 AGCATGTGTC
* * *
12881 AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGGGCCAGCTTATGCT
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* *
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** * * *
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AATGATGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGGGCCAACTTATACT
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1 TA
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TAATTAAAA
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17249 TATTTTATTA
17259 ATTAAAATA-
1 ATTAAAATAT
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1 ATTAAAATAT
17278 ATTAAAATAT
1 ATTAAAATAT
17288 A
1 A
17289 AAAGGTCAAT
Statistics
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ATTAAAATAT
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33346 AGCCATGTAC
* * * * * *
33356 TACCAATGTTGATCGAGGCATGTGCCCAAACCAAAGGCTAGCATA
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* * * *
33401 TGCCAATGGTGGTCAAGGCAAGTGCCCATACC-TAGTGCCAGCTTG
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* *
33446 TATCAATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCTAACTTG
1 TACCAATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCTAGCTTG
33491 T
1 T
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TACCAATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCTAGCTTG
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* *
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*
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TCCCTATATCAATGAAAACCCT
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59701 CTTACCATTA
* *
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CTACCTTTGCCCTTGTCTCC
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* *
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* * * * *
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1 GGGTGCAT
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GGGTGCATCAAAGAGTAGGAGCTACAAGCATACAGTTGGTATGATGGTCATATCCAAAA
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* *
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* *** * *
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*
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* * *
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* * *
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* * *
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1 AAGGGATAAAAAAGTGGCTGGG
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1 AAGG
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*
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* *
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* ** * * *
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* *
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* * **
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AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTGAAACTTTATTTTCG
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* *
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* * ** *
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* ** * * * **
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* * * * **
112820 ATAAAA ATAAAA GAAAAAA ATATATA A-AAAA ACAATA ATAGTA ATAAAA
1 ATAAAA ATAAAA -ATAAAA ATA-AAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA
* *
112869 ATAAAA AT-AAA ATAGAA AT-ATA ATAAAA AT-AAA AT-AAA AT-AAA
1 ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA
*
112912 ATGAAA ATAAA
1 ATAAAA ATAAA
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ATAAAA
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* *
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1 AATA
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Statistics
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AATAAAAAAAAAAATAT
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*
112866 AAAAT AAAAAT AAAAT AGAAAT ATAAT AAAAAT AAAAT AAAAT AAAAT
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*
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Statistics
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AAAAT
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* *
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* * *
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* * *
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* * * * * **
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* *
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* * *
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*
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* *
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126210 TATATAAAAC
126220 AATAATAATAAA
1 AATAA-AATAAA
126232 AATAAAA-ATAA
1 AATAAAATA-AA
126243 AATAGAAAT-AA
1 AATA-AAATAAA
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1 AATAAAATAAA
*
126265 AATAAAAATGAA
1 AAT-AAAATAAA
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1 AATAAAATAAA
126288 GAAAAAAAAA
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AATAAAATAAA
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126210 TATATAAAAC
* *
126220 AATAAT AATAAA AATAAA AAT-AA AATAGA AAT-AA AAT-AA AATAAA
1 AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA
*
126265 AATAAA AATGAA AAT-AA AATAAA
1 AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA
126288 GAAAAAAAAA
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AATAAA
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126205 ATATTTATAT
*
126215 AAAACAATAA
1 AAAAAAATAA
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1 -AA-AAAAATAA
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1 AAA-AAAATA-A
*
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1 AAAAAAATAA
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AAAAAAATAA
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128097 CCTCGTTGGC
* * *** *
128107 ACATCCTATGCCTAGTTATGGCCTTATATTTGGGTGGCTCATG
1 ACATCCTATGCCTAGTCATGGCCCTATACAAGGGTGACTCATG
* *
128150 ACATCCTATGCCTAGTCATGGCCCTCTACAAGGTTGACTCATG
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1 ACAT
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ACATCCTATGCCTAGTCATGGCCCTATACAAGGGTGACTCATG
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132135 TTGTAGGGCA
*
132145 ATGTCAAGAGCACAGTGATGAGGT
1 ATGTCAAGAGCACAGTGATGAGAT
132169 ATGTCAAGAGCACAGTGATGAGAT
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ATGTCAAGAGCACAGTGATGAGAT
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138151 ATTAGATGAT
138161 GAGGCATTTGGCTACATT-AAA
1 GAGGCATTTGGCTACATTCAAA
138182 GAGGCATTTGGCTACATTCAAA
1 GAGGCATTTGGCTACATTCAAA
138204 G
1 G
138205 GGTCATAGTT
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GAGGCATTTGGCTACATTCAAA
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150351 AATCCCAAAC
*
150361 CATGAAAAATTTTAAAATT
1 CATGAAAAATTATAAAATT
150380 CATGAAAAA-TATAAAAT
1 CATGAAAAATTATAAAAT
150397 GAGTCATCTT
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CATGAAAAATTATAAAATT
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156995 TATTTACGGA
* * * * *
157005 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAATGATCTTTAT-TTT-GTCATACAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** * *
157068 TCT-TTTCACATAAGCTTATT--ATTTTAAAATGATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
65 T-TAGTTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* *
157130 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGTTTAAATAGTTAG
128 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAA-TAATTTAAATAGTTAG
* * *
157183 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
157248 TAGTTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCGAAAAATTAATAAG
66 TAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
157313 CAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAATTTTAATTAGATATG
131 CAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTTC-GAATAA-TTTAAATAGTTA-G
* * * * *
157365 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTAACTTTTTGTCTT-GTGATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT-TTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
157429 TCAATT-A-ATAAA-TGTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTATTA
65 TTAGTTCATACAAACT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * ** * * *
157491 AACAAGCGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTAAAGTAATTCT-AATAGTTACA
129 AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAA-TAATT-TAAATAGTTA-G
* * * * * * *
157544 ACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
157607 TCT-GATCATAC-AAGTTAATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAA
65 T-TAGTTCATACAAACTT-ATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * * *
157669 T-A--AATA-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATCAATTCAAATAGTTAAG
127 TAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAAT-AATTTAAATAGTT-AG
* * * * * *
157720 A-TGATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTT
1 ACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
157784 TTAGTTCAAACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATA
65 TTAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
157848 AGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATA-
129 AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTTC-GAATAA-TTTAAAT-AGT-TAG
* * * * *
157902 ACTATTTAAATAATTACCTATTTAAAATCGATATGAA-CTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
157965 TTTAGTTCACA-AAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTATTATTTTAAAAATTAAT
64 TTTAGTTCATACAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * *
158029 AAG--A-A-ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAATCAATTTAAATAATTATGG
128 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTTC-GAAT-AATTTAAATAGTTA--G
* * * * * ** *
158080 A-TATTTAAATAATTATCTATTTCTAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
**** * *
158144 TTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
66 TAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAAT
158174 TGTTAGTACT
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 148, Indels: 107
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 72 0.09
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180 153 0.19
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
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ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
TAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
CAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAATAATTTAAATAGTTAG
Found at i:158027 original size:359 final size:349
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Period size: 359 Copynumber: 2.9 Consensus size: 349
157083 TTATTATTTT
* * * *
157093 AAAATGATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
157158 TTGTCGAACTAGTTTAAAT-AGT-TAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCT-AAC
66 TTCT-GAACAAGTTCAAATAACTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGATATGAA-
* * * *
157220 CTTTTG-TTTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCATACAAA-CTTATTCGGAATAAAATAATAC
128 CTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAGTTTATTC-AAATAAAATAATAC
* ** *
157283 TAATGTATTAATATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAT
190 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-A-ATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACTGAAT
* * * * * * ** *
157348 -AATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTAACTTTTTGTCTT
248 CAA-TTTAAATAGTTAAGA-TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTT-ACCTTTTGT-TT
* * *
157412 GTGATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAATGTATTCGAAAT
309 GTCATAAAACAATTGTTTTAATTAATAAATGTATTCGAAAG
* * * * * * * *
157453 AAAATAATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAACAAGCGATTTAAAAACTAAAGCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-G
* * * ** * * * * * *
157518 TTTCTAAAGTAA-TTCTAATAGTTACAACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATC-ATTATGAT
65 TTTCTGAA-CAAGTTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGA-TATGAA
* * * * *
157581 C-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GATCATACAAGTTAATTCAAATAAAAATAATACT
128 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAT-AAAATAATACT
* * ** *
157644 AATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAAATAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATCAATTC
191 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAA-AATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAATCAATTT
157709 AAATAGTTAAGATGATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
254 AAATAGTTAAGAT-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTT-ACCTTTTGTTT-GTCATAA
* *
157774 AATAATTGTTTTAGTTCAA-ACAA-GCTTATTCGAAAG
316 AACAATTGTTTTAATT-AATA-AATG--TATTCGAAAG
*
157810 AAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCT
1 AAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * *
157874 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATAACTATTTAAATAATTACCTATTTAAAATCGATATGAA
64 GTTT-CTGAACAAGTTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGATATGAA
* *
157939 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTA
128 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTA
* * *
158004 GTTTATTATTATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCAATTTA
192 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-AAATTTAAAAAATAAATT-GTTTACTGAATCAATTTA
* * *
158069 AATAATTATGGATATTTA-AATAATTATCTATTTCTAATCATTATTACCTTTCAT-TTTGTCATA
255 AATAGTTA-AGATA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTACCTTT--TGTTTGTCATA
158132 AAACAATTGTTTT
315 AAACAATTGTTTT
158145 TCAACATACA
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 106, Indels: 65
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.01
355 86 0.16
356 10 0.02
357 59 0.11
358 55 0.10
359 164 0.30
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362 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTCTGAACAAGTTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGATATGAACTT
TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAATCAATTTAAATAGT
TAAGATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTAATTAATAAATGTATTCGAAAG
Found at i:158171 original size:537 final size:537
Alignment explanation
Indices: 157004--158172 Score: 1312
Period size: 537 Copynumber: 2.2 Consensus size: 537
156994 CTATTTACGG
* * * * * * *
157004 AACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAATGATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTT
1 AACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * * ** * *
157069 CTTTTCACATAAGCTT-ATT-ATTTTAAAATGATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
66 CTCAACATACAAG-TTAATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
* * *
157132 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGTTTAAATAGTTAGACTATTTGAACAAT
130 G-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAATTCAAATAGTTAGACTATTAGAACAAT
* *
157197 TATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCATACAAAC
194 TATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCAAACAAAC
* * *
157262 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
259 TTATTCGAAAGAAAATAATACTAATGTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
157327 AAATAAATCTATTTACTGAATAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
324 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACAATTACCTATTTAAAA
* * * * * * *
157392 TTGTTTTAACTTTTTGTCTTGTGATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAATGTATTCGAAATAAAA
389 TCGTATGAACTTTTTGTCTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAATGTATCCAAAATAAAA
* * * *
157457 TAATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAACAAGCGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTC
454 TAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAACAA--GATTTAAAAAATAAAGCTATTTAC
*
157522 TAAAGTAATTCTAATAGTTAC
517 TAAAGTAATTCTAATAATTAC
** *
157543 AACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 AACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
157608 CTGATCATACAAGTTAATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAAT-A-
66 CTCAACATACAAGTTAATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * *
157671 AATA-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAA-TCAATTCAAATAGTTAAGA-TGATTAGAATAA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACT-AATTCAAATAGTT-AGACT-ATTAGAACAA
* * *
157733 TTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TAATTGTTTTAGTTCAAACAA
193 TTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACT-ATTATTTTAGTTCAAACAA
* * *
157797 GCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTG
257 ACTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATGTATTAA-TATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* *
157861 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA-ACTATAACTATTTAAATAATTACCTATTT
321 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGA-TATAACTATTTAAACAATTACCTATTT
* * * *
157925 AAAATCGATATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACA-AAAGTTTATCCA
385 AAAATCG-TATGAACTTTTTGTCTTATCATAAAACAATTGTTTCAATT-A-ATAAA-TGTATCCA
* * *
157988 AAATAAAATAATACTAGTTTATTATTATTTTAAAAATTAAT-AAGAA-ATTTAAAAAATAAA-TT
446 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAACAAGATTTAAAAAATAAAGCT
*
158050 AGTTTACTAAA-TCAATT-TAAATAATTATG
511 A-TTTACTAAAGT-AATTCT-AATAATTA-C
* * * * * * *
158079 GA-TATTTAAATAATTATCTATTTCTAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 AACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
158143 TTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
65 TCTCAACATACAAG-TTAATTCAAATAAAA
158173 TTGTTAGTAC
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 78, Indels: 38
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
534 4 0.01
535 63 0.12
536 73 0.14
537 226 0.42
538 16 0.03
539 116 0.22
540 36 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
AACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTCAACATACAAGTTAATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAATTCAAATAGTTAGACTATTAGAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCAAACAAACTT
ATTCGAAAGAAAATAATACTAATGTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
ATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACAATTACCTATTTAAAATC
GTATGAACTTTTTGTCTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAATGTATCCAAAATAAAATA
ATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAACAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTAAA
GTAATTCTAATAATTAC
Found at i:158624 original size:186 final size:184
Alignment explanation
Indices: 158190--158831 Score: 579
Period size: 176 Copynumber: 3.5 Consensus size: 184
158180 TACTTTTCAT
* * * * **
158190 TTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGA-ACATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * **
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * ** **** * *
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* *
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* * * * *
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* * ** * * * ** *
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** * * ** * *
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* * * * * *
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* **
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* * * ** ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *** * * * * **
164257 TAGGCTTATATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATG
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
** * * * * *
164311 ATTTGT-AATAGATAATAATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGCTAGGT-AACAAG---A-
1 ATTT-TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-T--TAGTTCGACAAGCACAT
* * * * * * ***
164370 TTCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCA
62 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATAAATTTGCATTATTTTA-TTCA
* * * * *** * * * **
164435 -AGTAAGCTTATATGAAC-TAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATG
125 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * * * * *
164491 ATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTATAACTAGTTGAACTT-GTTCAAAAAACATATTTAT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGCACATTTAT
* * * * *** * *
164555 TTTTTAAATAT-TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATCAAAA
66 TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATAAATTTGCATTATT-TTATTCAGAA
* * * * ** * * *
164618 TAAACATGTATG-AC-CAAAACAATTATTTTATGATAAAAGAAAA-AGTCATACCA
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACA
* * * * ** * * * ** *
164671 ATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATGGTCATAAAGATTTGATA-TT-GTTCAATAAATAGATTTA
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTAGTTCGACAAGCACATTTA
* * * *
164734 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT--TTTAGAATATT-ATAAATTTGCATTATTTTATTCAGA
** * * * ***
164797 ATAAGCTTGTATGAACAG-AAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGTG
127 ATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * *
164852 ATTTCAAATAGATAATTG-TCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTT-GTTCGACAAACAAATTTT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGCACA-TTT
* * * * * * *
164915 ATTTTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCA-A
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATAAATTTGCATTATTTTA-TTCAGA
** * *** * *
164979 ATAAGCTTGTATGAATTG-AAATAATTTTTTTATGA-AAAAGAAAATG-TCATAACC
127 ATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACA
* * * * * * * ** *
165033 ATTTGAAATAGATAATCAG-TCAAATAGCCATGACTATTTGATC-TAGTTTGGTAAGCATATTTA
1 ATTTTAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGCACATTTA
* * * * * * * *
165096 TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCG-A
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-ATAAATTTGCATTATTTTATTCAGAA
* ** *** * * *
165159 TAAGCTTATATGAACA-AAAACTATTGTCTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACA
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * ** * * * *
165212 ATTTGAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAA-TTTGTTCAGTA-AA-CAAATTT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTC-G-ACAAGCACATTT
* * * * *
165274 ATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TG
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATT-ATAAATTTGCATTATTTTATTCAG
* * * ** * * * *
165336 AAATAAGTTTGTATGAATAGGAAAAAATCATTGTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA
126 -AATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * * * *
165394 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTCATTTCTTA-AA-TAGA-TCA
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTC-GACAAGCACATTTA
* * * ** ***
165456 TTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTTGAATATTAATAGCTTAATATTATTTTATTTCA-AA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATAAATTTGCATTATTTTA-TTCAGAA
* ** *** *
165520 TAAGCTTATATGAATC--AAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACG
128 TAAGCTTGTATGAA-CAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACA
* * * * * ** *
165574 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTCGGTAAGCATATTTAT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGCACATTTAT
* * ** * * * *
165638 TGTTTAAAT-T-TT-TTTATT-ATTAAT-GAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATC-CAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATAAATTTGCATTATTTTATTCAGAATA
** *** * * *
165697 AGCTTGTATGAA-A-AAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAG-TCATAACA
130 AGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * ** * * * * * *
165747 ATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAA-TATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAGATTTAT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGCACATTTAT
* * * * * **
165810 TTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAGC
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-ATAAATTTGCATTATTTTATTCAGAAT
* * * *** * * * *
165870 AAACTTACT-TGAACA-AAAACATTTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCT
129 AAGCTT-GTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * ** ** * * *
165923 ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTAAAC-TAGTTAGGTAAATAGAATTAC
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGCACATTTAT
* *
165987 TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTAG--TATGAATAAA-TT-CATTTTATTTTATTTCCA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATAT-TATAAATTTGCA--TTATTTTA-TT-CA
* ** *** *
166048 -AATAAG-TTAGTGTGAATTG-AAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-A--AT---G
125 GAATAAGCTT-GTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* ** * * * * * *
166097 ATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTT-AAGCAAACAAATTT-
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGA-CAAGCACATTTA
* * * * * * **
166159 TTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTT-GAAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA-TTATAAATTTGCATTATTTTATTCAGAA
* * * *** * * * * *
166223 TAAGCTTGTATAAATAG-AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACC
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * * *
166277 ATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGGTTCAGTA-AA-TAAATTT
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* * *
166339 AATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAGATATTAATAAA-TTACTATTATTTTATTCTG
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* * *** * * * *
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126 AATAAGC-TTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * * * * *
166453 ATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTAGTA-AA-CTA-ATTT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCG-ACAAGC-ACATTT
* * * * **
166515 ACTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
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* ** * *** **
166579 ATAAGCTTTTATGAATTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACG-TCATAATG
127 ATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACA
* * * * ** *
166634 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAG-CATAACTATTTGAA-TTTGTTTGGTAAACTA-ATTT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGC-ACATTT
* * * * * * **
166696 AGTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTG
64 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-ATAAATTTGCATTATTTTATTCAG
* * * * * *** **
166759 GATAAGCTTTTATAAAC-TAAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATG-TCATAATG
126 AATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGA-CAAAACAAAA-GATCATAACA
* * * * * * **
166815 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATCACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACGGATTTAT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGCACATTTAT
* * * *
166879 TTTTTCAAA-CTTTTCCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTC-GA
66 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATAAATTTGCATTATTTTA-TTCAGA
* * * * * * * * * * * **
166941 ATAAGATTGTAAGATA-TG-AAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATG
127 ATAAGCTTGTATGA-ACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * ** * *
166996 A-TTTAAATTATATAGTTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAAC-TGGTTCAACAAAG-ACATTT
1 ATTTTAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGAC-AAGCACATTT
* * *
167058 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTA-TAAATTTGCATTATTTTAT-TC-A
*** ** * *
167117 -AATAAGCTT-TATGATA-A-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATGTTGACG
125 GAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
** * * * * * * * * *
167171 A-TTTGGATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATCTGAAC-TAATTCGATAAACAGATTTAT
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAGTTCGACAAGCACATTTAT
* * *
167234 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-TAA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-ATAAATTTGCATTATTTTA-TTCAGAA
* * *** * * **
167297 TAAGCTTGTATG-ATA-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* *
167350 ATTTGAAATAGATAATAGTTCA
1 ATTTTAAATAGATAATTGTTCA
167372 TATAATTTTA
Statistics
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TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATAAATTTGCATTATTTTATTCAGAATAA
GCTTGTATGAACAGAAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
Found at i:160267 original size:176 final size:179
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* * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * ** *** * *
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* ** * * * * **
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* * ** * * * * * *
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* * ** *
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* * * * ** * *
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* * **
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* * * *
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* * * * * * * **
160235 AATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATAGTTGAAATAGACATAACTATTTAAACTAGTTCAGCAAACAGATTTAGGTTTTAA
* * * *
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* ** *
160365 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGA
129 ATGAATAGAAACAATAGTTTTACAACAAAACAAAATACCATAATAATTTGA
* * *
160416 AATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATT
1 AATAGATAA-TAGTTGAAATAGACATAACTATT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATAGATAATAGTTGAAATAGACATAACTATTTAAACTAGTTCAGCAAACAGATTTAGGTTTTAA
ACTGTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTACTACTTGATTCTAAATAAACTTGTAT
GAATAGAAACAATAGTTTTACAACAAAACAAAATACCATAATAATTTGA
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*
160920 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
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Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:160938 original size:181 final size:181
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160616 ACATTTTTTT
* * *
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* * * ** * * * *
160689 -AAAACCAATTATTTTGTGGCAAAATGAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCATAT
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* * * ** ***
160753 AGTCATAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAATGGATTCT-TTTTTTCGTTCTCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
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* * * * * *
160872 AAACAATTGTCTTATTACAAAAGGAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
160936 TCATGACTATTTGAATTTATTTGGCAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
160989 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAACTTGTATGAAC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * ***
161052 AGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACACAAATA
65 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
161117 GTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
161170 CATTTTTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGA
1 C-TTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
161232 A-TAGGTAA-AATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGGT-ATAGCGATTTCAACTAGATAATTGTTC
62 ACTA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
161294 AAATAGTCATAATTATTTAAACTT-TATCAGTAAGCAGATTCATCTTTTCAAATTTCTTTA
124 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTC-TTA
* * *
161354 -TTATTAATTTTT-GAATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
161417 GAAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
161482 TCATGATTATTTGATCTAT-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTA
130 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * * * * * *
161532 CTTATCAACTGCTGAAAATATTAATACATTAGTATTAGTTTAGTCCAAATAAGCATGTATGAA-T
1 CTTATTAATTTTTG-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
161596 AGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGCTCCAATA
65 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
161661 GTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-
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* * * * * * *
161710 CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAAC-A
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* *
161774 AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
66 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
161839 TCATAATTATTTGAACTAGATAGGT-AACTAGAATTATTTTTTAAA--TCTT-
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
161888 -TTATTTATTTTTGAAATAGTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAGTAAGCTAT-TTTGAAT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAAC
* * * * * *
161950 TCAAAAAAACTTATTTTCTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCATA
64 T-AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * * *
162015 TAGTCTTAAATATTGGAAC-TGATTCGACAAATAAATTTATTTTGTAATTCTCTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
*** * * *
162070 GC-TATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T
1 -CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * ** * *
162133 AAAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTCTTCAAATA
65 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*** * * * *
162198 GTCATTGTTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAAATTGATTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * * ** * **
162251 CTTATTAATTTTTACAAGATTAATAAA-TAGTATTATTATATTCCAAATAAAATTGAATGTTC-A
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
162314 AATACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGAT-AACAT-
66 AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATA
* * * * ** *
162377 GATCATAATTATTTGAA-TCGATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATAACTCA
129 G-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * *
162431 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGCTTCTATGACCTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * *
162496 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * *
162561 CTTAACTGTTTGAGCTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
162612 GTTATTAATTTTGGGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
162677 GAAACAATTATTTTACGATAGAAA-AAAAGGTTACAACAATTTTAAAATAGATAATTGTTTAAAT
65 AAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
162741 AG---GAAC----TG-A--T-TT-AGTAAATAGATATATTTTTTAAATCTCCTT-
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTA
* * * * * * ***
162783 CCTATTAATTTTT-GAAAATTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGA
1 CTTATTAATTTTTGGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * ** * *
162847 AAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAATGTTTGTAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
162912 CCATAATTATTTGAACTAG-T---T---CA-ATGTATTTTTTAAATATC-TA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
162955 ATATATCAATTTTT-GAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATAAAT
1 CT-TATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *** *
163019 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
163084 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTATTG
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
* * ** ** *
163138 TTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * **
163203 AAA-ATACTATTTTATGA-GAAGCAAAAGGTCAAAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAATTT
66 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
163266 TCTTATCTATTTGAA-TTAGTTTGGCAAACA-CTTTATTTTTTAAA--TCTT-
130 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
163314 -TTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAACCTTGTGTGAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
** * * *
163377 AAAACAATTACTTTATGACAAAA-AAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** *
163439 ATCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAATATAA-AGATTTAGTTTTTAAA--TCTT-
129 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** **
163489 -TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* ** * * * * *
163552 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATAATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGG
66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * **
163617 ACATGACTATTT-AAGCTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATTTCCAA
130 TCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * *
163669 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * *
163733 GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
163798 TCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
163850 CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGCTTTTATGAAC-A
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * *
163914 GAAACAATTGGTTTT-TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
66 -AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** ** * * * *
163978 GTCATAACTATTTGAAAATGTTTAGAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * *
164029 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTCGAAATATGCTTGCATGAA-T
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * * ** * * * *
164092 AGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAATATCATAA-TATTTTAAATAGATAATTATTCAGATA
65 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
164156 GTCATAACTATTTGAACATGTTTGGT-AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
164209 CTCATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * ** * *
164274 AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGTAATAGATAATAATTTAGATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
164339 CATAACTATTTGAACATGCTAGGT-AACAAGA-TTCTTTTTTAATTCTCTTT
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
164389 CTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTATATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
164454 AAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *** * *
164519 TATAACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATAT-TCTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TA
* *** * * * *
164570 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTA-ATCAAAATAAACATGTATG-AC
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * * *
164632 CAAAACAATTATTTTATGATAAAAGAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATG
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** ** * *
164697 GTCATAAAGATTTGATA-TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
164750 CTTATTAATTGCCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAA
1 CTTATTAATT--TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * ** *
164812 C-AGAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTG-TCAAA
63 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA
* * * ** * *
164875 ATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAAATTTTATTTTTTTAATCTCTTA
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *** * * *
164932 ATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
164997 AAATAATTTTTTTATGA-AAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATCAG-TCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
165060 CCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * *
165112 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCCGATAAGCTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * **
165176 AAACTATTGTCTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCACAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
165240 CATAACGATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
165291 CTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGTATGAA-
1 CTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * * * * * *
165353 TAGGAAAAAATCATTGTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAA
64 TA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
165418 TAGTCATAATTATTTAAACTCAT-TTC-TTAAATAGA-TCATTTTTTAAATCTCCTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * *
165472 ATTATTAATTTTTTGAATATTAATAGCTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TC
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-
** * * *
165536 AAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
165601 TCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTGTTTAAAT-T-TT-
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * *
165650 TTTATT-ATTAAT-GAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCCAATAAGCTTGTATGAA-AA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * ** *
165711 AAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAAT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
165775 CATAA-TATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C---
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
165821 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAGCA-AA-CTTACT-TGAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA-AATAAGCTT-GTATGAA
* * * * * * *
165883 CAAAAACATTTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAAT
63 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
165948 TGTCATAATTATTTAAACTAGTTAGGTAAATAGAATTACTTTTTAAATCTCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
166002 CATATTAATTTTT-TAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCCAAATAAG-TTAGTGTGAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-CAAATAAGCTT-GTATGAA
* ** *
166064 TTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAAAGGTTCATA
63 CT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * *
166121 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTAAGCAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTCA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * ** *
166175 GTTATTAATTTTTGAAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAATA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * * *
166239 GAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACCATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAG
66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
166304 TCATAACTATTT-AAATTGGTTCAGTAAATAAATTTAATTTTTAAA--TC-T-
130 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
166352 CTTATTAATTTTT-GAGATATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTTGTAT-AA
1 CTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TTGTATGAA
* * * * * * *
166414 -TAAAAAAATTGTTTTATAACCAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT
63 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * *
166478 GGCCACAATTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACTA-ATTTACTTTTTAAATCGCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * * *
166532 CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
166597 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG
* * * *
166662 -CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTAGTTTTTTAAA-CTATTG
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * *** * *
166713 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
166778 AAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
166842 TAATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAACGGATTTATTTTTTCAAA-CTTTTC
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
** * * * * * *
166894 CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGATA-T
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * * * * * * * * * *
166958 GAAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT-AAATTATATAGTTATTCTAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
** * * *** * *
167022 GTTTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAAGACATTTATTTTTTAAA--TC-T-
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * **
167071 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTT-TATGATA-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-AC
* * * * * * *
167133 AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATGT--TGACGATTTG-GATTGATAATTGCTCAAAT
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** *
167195 AGTCATAATTATCTGAACTAATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
167249 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATG-A-TA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-
* * * * *
167312 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCATATAA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * *** * * *
167377 T-TTTACTATTTGAAATGGTTTAGCAATTTGATTTATTTTTTAATTTTCTTG
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ***** * * *** **
167428 GTTATTAAGTGCCAAAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGTATAAAATTGTATGAA-TA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * * *
167492 GAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGAATTGGAATAGATAATTATTCAAATAG
66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *** ** * * *
167557 TCAAAACTATTTGAAAGGGTTTAGTAAATAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
167609 CTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
1 CTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAA
167636 AGGTTAGAAT
Statistics
Matches: 5401, Mismatches: 1190, Indels: 476
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 28 0.01
170 64 0.01
171 40 0.01
172 51 0.01
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184 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
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Alignment explanation
Indices: 160627--167365 Score: 3355
Period size: 541 Copynumber: 12.5 Consensus size: 538
160617 CATTTTTTTC
* * **
160627 TTATTAATTTTTGGAATATGAATAAATTTAA-ATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AACTTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACT
* * * * ** * * * * * *
160689 AAAACCAATTATTTTGTGGCAAAATGAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCATATA
64 AAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** ** * *** ** * *
160754 GTCATAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAATGGATTCT-TTTTTT-CGTTCTCTTACTCATTAATT
128 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATT-TATTTTTTAAATT-TTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
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* * * * ** * * * * **
160882 CTTATTACAAAAGGAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATT
254 TTTATAATAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGATT
* * **** * *
160947 TGAATTTATTTGGCAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TGAAATATTA
318 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTA
* * * * **
161011 ATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAAA
381 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGATAAA
* * * ** * * * ** * * * *
161075 ATAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTT
445 ACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATG-CT
* * *
161140 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACA
509 CGT-AACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTA-A
* * * * * * *
161172 TTTTTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGAT-TTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAA-
1 TTATTAATT-T-TTGGAATATTAAT-AACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * * *
161233 TAGGTAA-AATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGGT-ATAGCGATTTCAACTAGATAATTGTTCAA
63 TA--AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * *
161296 ATAGTCATAATTATTTAAACT-TTATCAGTAAGCAGATTCATCTTTTCAAATTTCTTTA-TTATT
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCAGAAAACATATTTAT-TTTTTAAATTT-TTTACTTATT
* * * * * * * ** *
161359 AATTTTTGAATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAT
187 AATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAA
* * * * * * * * * *
161424 TTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGAT
250 TTGTTTTATAATAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAA
* * * * * * *
161489 TATTTGATCTAT-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATCAACTG-CTGAAAA
314 GATTTGAACT-TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT--TAA
* * * * * * * * *
161550 TATTAATACATTAGTATTAGTTTAGTCCAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAA
376 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGA
* * * * * * ** * * *
161615 CAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGCTCCAATAGTCAAAACTATTTGAAC-T
441 TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT
* * *
161679 AGTTTGATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTC----
506 -GCTCG-TAACA-A-ATTTCTTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * *
161711 TTATTAATATTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAAC-A
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATA-ACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA
* * * * *
161774 AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
65 AAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * * * *
161839 TCATAATTATTTGAACTAGAT-AGGTAACTAGAATTATTTTTTAAATCTTTTA--T-TT-ATTTT
129 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAAC-ATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGT
* ** * * * *
161899 TGAAATAGTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAGTAAGCTAT-TTTGAATTCAAAAA-AACTT
193 TGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAAT-CAAATAAGCT-TGTATGAA---AAAAACAA-TT
* * * * * ** * * ** * * *
161962 ATTTTCTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCATATAGTCTTAAATA
252 GTTTTATAATAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGA
* * * * * * * * * *
162027 TTGGAAC-TGATTCGACAAATAAATTTATTTTGTAATTCTCTTAGC-TATTAATTTTCATAATAT
316 TTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTGTCTTAATAT
* * * * * * *
162090 TATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAATAATTATTTTATTACA
379 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATCATTTTATGATA
* ** * * ** * * *** *
162154 AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTCTTCAAATAGTCATTGTTATTTGAAC-TAG
443 AAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-G
* * ** *
162218 TTCGGTAAATAAATTGATTTTTTAAATCTCTTAC
507 CTC-GT-AACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTAA
** * * * * * ** **
162252 TTATTAATTTTTACAAGATTAATAA-ATAGTATTATTATATTCCAAATAAAATTGA-ATGTTC-A
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACTA
* * * * *
162314 AATACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-T-AACAT
65 AA-ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAA-AT
* * * * *** *
162377 -GATCATAATTATTTGAA-TCGATTC-GATAAACAGATTCATTTTTTAAATAACTCACTTATTAA
127 AG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA
* * * ** * * ***
162439 TT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGCTTCTATGACCTGAAACAAT
189 TTGTTGA-AATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAAT
* ** ** * * ** * * *
162503 TGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
251 TGTTTTATAATAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAA-A
* ** ** * * * ***
162568 G-TTTGAGCTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAAATA
314 GATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-CTTAATA
* * * * ** * * *
162632 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGATA
378 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGATA
* * ** * * * *
162697 GAAA-AAAAGGTTACAACAATTTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAG---GAACTGATTT----A
443 -AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACA
* * * * * *
162754 -G-T--AAATAGATATATTTTTTAAATCTCCTT-C
505 TGCTCGTAACAAATTTCTTTTTTAAATCT-CTTAA
* * * * * * * ***
162784 CTATTAATTTTT-GAAAATTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAA
1 TTATTAATTTTTGGAATA-TTAATAACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA
* * * ** *
162848 AAACAATTATTTTATGAAAAAAC-AAATGTTTGTAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAG
65 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
162912 CCATAATTATTTGAACTAGTT-------CA-ATGTATTTTTTAAA-TATCTAATATATCAATTTT
129 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACT-TATTAATTGT
* * ** * * * *
162968 TGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTAT-AAATTGAAACAATTGTT
193 TGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAAA--AAAACAATTGTT
* * *** * * ** **
163032 TTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
255 TTATAATAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGATTT
** * ** * **
163097 GAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTATTGTTTATTAATT-TTTTGAATGCTA
319 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTGTCTT-AATATTA
** * * *
163160 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAC--TAAAAATACTATTTTATGA-GA
381 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAT-C-ATTTTATGATAA
* * * * * * * ** * * * *
163222 AGCAAAAGGTCAAAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAATTTTCTTATCTATTTGAA-TTAGT
444 AACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-G-
* * * * *
163286 TTGGCAA-ACACTTTATTTTTTAAA--TCTT--
507 CTCGTAACA-AATTTCTTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * * * * * *
163314 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAA-TTTATCAATATTTTACTCCAAATAACCTTGTGTGAACAA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAAT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA
* ** * * * * * *
163378 AAACAATTACTTTATGAC-AAA-AAAATATCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAT
65 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
163441 CATAATTATTTGAATTGGTTCA-ATATAA-AGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTT
130 CATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-A-AACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGT
* * ** ** * *
163500 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
193 TGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * **
163565 TATGACAAAACAAAATA-TAATAACAATTTGATATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATT
256 TATAATAAAA-AAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA-CTCAAATAGTCATAAAGATT
*** * * **
163628 T-AAGCTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCCAACTTATTAATT-T-TTAAAATAT
318 TGAA-CTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCTT--AATAT
* * * * **
163689 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAA
379 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGATAA
* * * * * * *
163754 AATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCT
444 AACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGCT
* * *
163819 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
509 CG-T-AACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * *
163851 TTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGCTTTTATGAAC-AG
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-
* * * *
163915 AAACAATTGGTTTT-TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
65 AAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
163979 TCATAACTATTTGAA-AATGTTTAGAAAATATATTTA-TTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTT
129 TCATAACTATTTGAACTA-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGT
** * * * * * *
164041 TGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCGAAATATGCTTGCATGAATAGAACCAAATGTTT
193 TGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATC-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTT
* * * * * * * **
164106 TATGAGAAAACAAAATA-TCATAA-TATTTTAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTT
256 TATAATAAAA-AAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGATTT
* *** * * *
164169 GAACATGTTTGGT-AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTT-CTCATTAATT-TCTAGAATATTA
319 GAACTTGTTCAATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTA
* * * ** *
164231 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTATAAA
381 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAAAATCATTTTATGATAAA
* ** * * * *
164295 ACAAAAGGTCACAATGATTTGTAATAGATAATAATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGCTA
445 ACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGCT-
* * **
164360 GGTAACAAGA-TTCTTTTTTAATTCTCTTTC
509 CGTAACAA-ATTTCTTTTTTAAATCTCTTAA
* * * *
164390 TCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTATATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAA
* * * * * *
164455 AATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTT
66 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * **
164520 ATAACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTGTCAA
131 ATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGA
** * * ** *
164585 AATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATCAAAATAAACATGTATGACCAAAACAATTATTTTAT
196 AATATTAATAAATTGGTATTATT-TTAATC-AAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTAT
* * ** *
164649 GATAAAAGAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATGGTCATAAAGATTTGATA
259 AATAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGATTTGA-A
* *
164714 -TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTTAATATTAATAAAT
322 CTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAT
*
164778 TTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAA
387 TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAA
* * * * * * * *
164842 GGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATT-GTCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAA
451 GGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACATGCTCG--TA
* *
164906 ACAAATTTTATTTTTTTAATCTCTTAA
513 ACAAA-TTTCTTTTTTAAATCTCTTAA
*** * * * *
164933 TTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAA
* * * * * *
164998 AATAATTTTTTTATGA-AAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATCAGTCAAATAGCC
66 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** * * *
165062 ATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGA
131 ATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGA
** * * *
165127 AATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCGATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTCTTATA
196 AATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATA
* * * * * *
165192 ACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAATTT
260 ATAAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTT
* * * * *
165257 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTG
325 GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAG
* * * * *
165322 TATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGTATGAATAGGAAAAAATCATTGTATGACAAAACAAAAGGT
390 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGT
* *** * * * *
165387 TATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTCAT-TTCTTAA-AT
454 CATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA--CATGCTCGTAACAA
** *
165450 AGATCATTTTTTAAATCTCCTAA
517 ATTTC-TTTTTTAAATCTCTTAA
* *
165473 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAGCTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TCA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-A
* *
165537 AAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
165602 CATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTGTTTAAATTTTTTTA-TTATTAA----T
130 CATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-TTTTTTACTTATTAATTGTT
* *
165662 G-AATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAATAAGCTTGTATGAAAAAAACTATTGTTTTAT
194 GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
165726 AATAGAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCAT-AATATTTGAACT
259 AATAAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT
* ** * *
165790 AGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----CCTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAGAT
324 TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAT
* * * * * * * *
165849 TAGTATTCTTTTATTCTGAGCA-AA-CTTACT-TGAACA-AAAACATTTATTTTATGACAGAACA
387 TAGTATTATTTTATT-TCA-AATAAGCTT-GTATGAACAGAAAA-AATCATTTTATGATAAAACA
* * * * * * * *
165910 AAAGGTCATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTAAAC-TAGTTAG
448 AAAGGTCATA-ATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GCT-C
* *
165973 GTAAATAGAATTAC-TTTTTAAATCTCTTACA
510 GT-AACA-AATTTCTTTTTTAAATCTCTTA-A
* * * * * * * *
166004 -TATTAATTTTT-TAGTATGAATAAATTCATTTTATTTTATTTCCAAATAAG-TTAGTGTGAATT
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTT-CAAATAAGCTTA-TATGAACT
*** *
166066 GAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATA
64 -AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * *
166123 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTAAGCAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGT
** * * * ** *
166187 TGAAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTT
193 TGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAAA-A-AAACAATTGTT
* * * * * * * * * **
166251 TTATGATAGAACAAAAGGTTATAACCATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
255 TTATAATA-AAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGATTT
* * * * *
166316 -AAATTGGTTCAGTAAATAAATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAGATATTA
319 GAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-A-ATATTA
* * * * ** * **
166374 ATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTTGTAT-AATA-AAAAAATTGTTTTATAACCA
381 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGATAA
* ** * * * * * * * *
166436 AACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAAC-TGAT
444 AACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATG--
* * * * *
166500 TTAGTAAACTAATTTAC-TTTTTAAATCGCTTAC
507 CTCGT-AACAAATTT-CTTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * ** * * *
166533 TTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAA
* * * * * *
166598 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAG-
66 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGT
* * ** * * * * *
166662 CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAC-TAATTTAGTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTT
130 CATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACAT-ATTTA-TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGT
* * * * *** *
166725 TGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAACTAAAACAATTGTT
193 TGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAAA--AAAACAATTGTT
* ** * ** * * **
166789 TTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATCACTATT
255 TTATAAT-AAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAAGATT
* * * *
166853 TGAACTTGTTCGATAAACGGATTTATTTTTTCAAA-CTTTTCCTTATTAATT-T-TTCAAATGTT
318 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATT
* * * * * * * *
166915 AATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGATA-TGAAACAAAT-ATTTTCTAACT
380 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAA-AAATCATTTTATGA-T
* * * * * **
166978 -AAACAAAAGGTTAGAATGATTT-AAATTATATAGTTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAAC-T
442 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT
* *
167040 GGT--TCAACAAAGACATTTATTTTTTAAATCTC----
506 GCTCGT-AAC--A-A-ATTTCTTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * ** *
167072 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTT-TATGATA-A
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGA-ACT
* * * * **
167134 AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATGT--TGACGATTTG-GATTGATAATTGCTCAAATA
64 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
167196 GTCATAATTATCTGAACTAATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
128 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTG
* * * *
167260 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTT
192 TTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTT
* * ** *
167325 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
256 TATAATAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
167366 AGTTCATATA
Statistics
Matches: 4938, Mismatches: 978, Indels: 566
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGCTCGTAACAAATTT
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * **
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506 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
* * * * * *
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* ** * * ** *
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*
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* * * ** * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTGGT-AACAAATTTAT
* * * * * * *
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65 TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATA
** * * * ** * * *
160178 ATTTTGTATG-ACTAAAACAATAGTTTTACAACAAAACAGAATGCCATAATGATTTGAAATAGAT
129 AGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * *
160242 AATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTC-AGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTGT
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATAT-T
* * * * *
160306 -AACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA
257 CTACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGA
* * ** * * *
160369 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
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* * *
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385 TAGTCATAACGATTTGAATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * * * * * * *
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450 TT--AATATTAATAAATTTGTATTATTT-TATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTAT
* *
160551 TTTATG-----ACAAAA---C--AA--A----AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
512 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATT
* *** *
160600 TGAA-TGTGTTC-AAA-AAA--CA-TTTTT--T-TC---TTATTAATTTTTGGAATATGAATAAA
577 TGAACT-TGTTCAAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTATTATTAATTTTCATAATATTAATAAA
* * ** * * **
160653 TTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAA-CAAAACCAATTATTTTGTGGCAAAATG
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*
160715 AAAGGTCATAAT
703 AAAGGTCATAAC
* * ** * * * ** *
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1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTGGTAACA--AATT-T
** * * * *
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* * * * *
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126 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * ** *
160918 AGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTTGGCAAACATATTTAGTTTTTTAAAT
190 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT
* * * *
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254 ATTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAT
* * * * * * ***
161048 GAACAGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACACA
319 GAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
161113 AATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTA
383 AATAGTCATAACGATTTGAA-TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTA
* ** * * **
161178 ATTGTCTTAATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGGTAAAA
446 ATTG--TTAATATTAATAAATTTGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAA
* * * * *
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508 TTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAA
* * * * * *
161306 TTATTTAAACTT-TATCAGTAAGCAGATTCATCTTTTCAAATTTCTTTATTATTAATTTT--TGA
572 TTATTTGAACTTGT-TCA--AAACAAATTTAT-TTTT-TAATCTC-TTATTATTAATTTTCAT-A
* * * * * *
161368 ATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTCTTTTAT
630 A-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTAT
*
161433 GATAAAACAAAAGGTCATAAC
694 GACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
161454 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTA-TTTCAGTAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTT-GGT-AACAAATTTA
* * ** * * *
161518 TTTTTTAAA--TTTTACTTATCAACTGCTGAAAATATTAATACATTAGTATTAGTTTAGTCCAAA
64 TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AA
* * * * * * * * * * *
161581 TAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAA
127 TAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
161646 ATAATTGCTCCAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AA-A-T
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATT
* * * *
161708 CT-CTTATTAATAT-TTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT-TCGAACAAACTTATATG
257 CTACTTATTAAT-TGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATG
* * *
161770 AACAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
320 AACAAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * * * *
161835 ATAATCATAATTATTTGAACTAG-ATAGGT-AACTAGAATTATTTTTTAAATCTTTTATTTATT-
384 ATAGTCATAACGATTTGAA-TTGTTTA-GTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * ** * * *
161897 TTTG-AAATAGTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAGTAAGCTAT-TTTGAATTCA-AAAAAA
446 ATTGTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAA--CAGAAAAAA
* * * * * *
161959 CTTATTTTCTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCATATAGTCTTAA
508 -TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAA
* * * *
162024 A-TATTGGAAC-TGATTCGACAAATAAATTTATTTTGTAATTCTCTTAGCTATTAATTTTCATAA
571 ATTATTTGAACTTG-TTC-A-AAACAAATTTATTTTTTAA-TCTCTTA-TTATTAATTTTCATAA
* * * ** * *
162087 TATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATTA
631 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGA
*
162152 CAAAACAAAAGGTTATAAC
696 CAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * * * * *
162171 AATTTGAAGTTTACAATTC-TTCAAATAGTCATTG-TTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAAATTG
1 GATTTGAAATAGATAA-TCATTCAAATAGTCA-TGACTATTTGAACTAGTTTGGT-AACAAATTT
* * * *
162234 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-ACAAGATTAATAAA-TAGTATTATTATATTCCAA
63 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-A
** ** * * * **
162297 ATAAAATTGA-ATGTTCAAATACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAAT
126 ATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
162361 AGATAATTGAT-AACAT-GATCATAATTATTTGAA-TCGATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAA
190 AGATAATTGTTCAA-ATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * *
162423 ATA-ACTCACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGCTT
252 ATATTCT-ACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTT
* * * * ** *
162486 CTATGACCTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTG
315 GTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * * *
162551 TTCATATAGTCTTAACTG-TTTGAGCTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
379 TTCAAATAGTCATAAC-GATTTGA-ATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * **
162615 ATTAATT-TTGGGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATTGA
442 ATTAATTGTT----AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * *
162679 AACAATTATTTTACGATAGAAA-AAAAGGTTACAACAATTTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAG
503 AAAAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGA-TTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
162743 --GAACTGATTT--A---G-T--AAATAGATATATTTTTTAAATCTCCTTCCTATTAATTTTTGA
566 TCAAAATTATTTGAACTTGTTCAAAACAAATTTATTTTTT-AATCT-CTTATTATTAA-TTTTCA
* * * * *
162798 AAAT-TTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTT
628 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTATTT
* * * **
162860 TATGAAAAAACAAATGTTTGTAAC
691 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
162884 GATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAG--T--T--C-AATGTATT
1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTGGTAACAAATTTATT
* * * * * * * *
162942 TTTTAAA-TATCTAATATATCAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATA
66 TTTTAAATTTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-ATA
* * *** * * * * *
163006 AGCTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGAT
129 AGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
*
163071 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-ATT-T
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTCT
* * ** * * * *
163134 ATTGTTTATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG
259 A---CTTATTAA-TTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATG
* * * * * * * *
163198 AACTAAAA-ATACTATTTTATGA-GAAGCAAAAGGTCAAAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCT
320 AAC-AAAACA-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * *
163261 AATTTTCTTATCTATTTGAATTAGTTTGGCAAACA-CTTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTAATT-
383 AATAGTCATAACGATTTGAATT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTA
* * * * * * *
163323 -TT-TAGAATATT-ATTAATTTATCAATATTTTACTCCAAATAACCTTGTGTGAACA-AAAACAA
446 ATTGT-TAATATTAATAAATTTGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AA
* * * * * * *
163384 TTACTTTATGACAAAA-AAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAATCATAA
508 TTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAA
* * *
163446 TTATTTGAA-TTGGTTCAATATA-AAGATTTAGTTTTTAA-ATCTT-TTATTAATTTTTGA-AAT
572 TTATTTGAACTT-GTTCAA-A-ACAA-ATTTATTTTTTAATCTCTTATTATTAA-TTTTCATAAT
** ** *
163506 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
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** *
163571 AAAACAAAATATAATAAC
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* * * * * *
163589 AATTTGATATAGATAAT-AGTTCAAATGGACATGACTATTT-AAGCTTGTTTTGTGAACAAATTT
1 GATTTGAAATAGATAATCA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-CTAGTTTGGT-AACAAATTT
*** * * *
163652 ATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
63 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAA
* * * * * * * *
163717 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
127 TAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* *
163782 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATT
* * * * * * *
163847 TTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTCATT-TCAAATAAGCTTTTATGA
257 CTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGA
* * *
163911 ACAGAAACAATTGGTTTT-TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
321 ACA-AAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
163975 ATAGTCATAACTATTTGAAAATGTTTAGAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
384 ATAGTCATAACGATTTG-AATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
164038 TTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCGAAATATGCTTGCATGAATAGAACCAAA-T
448 TGTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-AAAATT
* * ** * * * * * *
164102 GTTTTATGAGAAAACAAAATATCATAA-TATTTTAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTA
510 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTA
* *** *
164166 TTTGAACATGTTTGGTAACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTT-TCTCATTAA-TTTCTAGAATAT
575 TTTGAACTTG-TTCAAAACAA-ATTTATTTTTTAA-TCTCTTAT-T-ATTAATTTTC-ATAATAT
* * * * * * *
164229 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAA
634 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAA
* *
164294 AACAAAAGGTCACAAT
699 AACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
164310 GATTTGTAATAGATAATAATTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGCTAGGTAACAAGA-TTC
1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTA-GTTTGGTAACAA-ATTTA
* * * * *
164373 TTTTTT-AATTCTCTTT-CTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCAA
64 TTTTTTAAATT-T-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * *
164436 GTAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATA
127 -TAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
164501 GACAATTATTCAAATAGTTATAACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATAT
191 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
** * * * *
164566 TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATCAAAATAAACATGTATG
256 TCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTAAATAAACTTGTATG
* * * * * * *
164630 ACCAAAACAATTATTTTATGATAAAAGAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAA
320 AACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
164695 TGGTCATAAAGATTTGATATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
385 TAGTCATAACGATTTGA-ATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* *
164760 GCCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCAT
449 G--TTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTAT
* * **
164825 TTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTG-TCAAAATAGTCAAAATTAT
512 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCAAAATTAT
*
164889 TTAAACTTGTTCGACAAACAAATTTTATTTTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTA
576 TTGAACTTGTTC-A-AAACAAA-TTTA-TTTTTTAATCTCTT-ATTATTAATTTTCATAATATTA
* * *
164954 ATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTTTTTTATGA-AAAA
636 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* *
165018 GAAAATGTCATAAC
701 CAAAAGGTCATAAC
* * * * *
165032 CATTTGAAATAGATAATCAGTCAAATAGCCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTGGTAA-CAAATTTAT
* * * * *
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* * * ** *
165162 GCTTATATGAACAAAAACTATTGTCTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATA
130 GCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
** * * * * *
165226 ATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAATTTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTT
195 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATATTCT
* * **
165290 ACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGTTTGTATGAA
259 ACTTATTAATTGT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAA
* * ** * * * * * *
165353 TAGGAAAAAATCATTGTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAA
322 CA--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * ** ** * * ** *
165418 TAGTCATAATTATTTAAACTCATTTCTTAAATAGA-TCATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATT
385 TAGTCATAACGATTTGAA-TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T
* ** ** * * ** *
165482 TTTTGAATATTAATAGCTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATCA-AAATGATTT
448 TGTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAAAAATTA
* * * ** *
165546 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
511 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTAT
* * * * * * * *
165611 TTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTGTTTAA-AT-TT-TT-TT-ATTATTAATGAATATTAA
576 TTGAACTTGTTC--AAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTATTATTAATT-TTCAT-AATATTAA
* * * ** * * * * *
165671 TAAATTGGTATTATTTTA-ATCCAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACTATTGTTTTATAATAGAAC
637 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
165734 AAAA-GTCATAAC
702 AAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
165746 AATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCAT-AATATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTGGT-AACAAATTTAT
** * * * **
165810 TTTTTAAA----TCCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAGCA
65 TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATA
* * * * * *
165871 AACTTACT-TGAACAAAAACATTTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAAAAG
129 AGCTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
165934 ATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTAAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTACTTTTTAAAT-C
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATAT
* ** * * * * *
165997 TCTTACATATTAATT-TTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCCAAAT-AAGTTAGT
256 TC-TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTT-GT
* * * * **
166059 GTGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAAAGGT
317 ATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * *
166116 TCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTAAGCAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTCAGTTAT
380 TCAAATAGTCATAACGATTTGAA-TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** * * *** * * *
166180 TAATTTTTGAAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAATA
444 TAATTGTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAA
* * * * * * * * * * *
166245 ATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACCATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAA
507 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAA
* * * * * * *
166310 CTATTT-AAATTGGTTCAGTAAATAAATTTAATTTTTAAATCTCTTATTA--ATTTTTGA-GATA
572 TTATTTGAACTT-GTTCA--AAACAAATTT-ATTTTTTAATCTCTTATTATTAATTTTCATAATA
* * * * * * *
166371 TTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTTGTAT-AA-TAAAAAAATTGTTTTATAA
633 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGA
* *
166433 CCAAACAAAAGGTTATAAC
696 CAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * * * ** * * *
166452 AATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACT-GATTTAGTAAACTAATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAG-TTTGGT-AACAAATTTA
* *** * **
166516 CTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAT
* *** * *
166581 AAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGATTTTAAATAGA
128 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
166646 CAATTGTTCAAATAAG-CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACTAATTTAGTTTTTTAAACTA
193 TAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAA-TA
* * * * * ** * * *
166710 -T-TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATA
255 TTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATG
* ** * *
166773 AACTAAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCA
320 AAC-AAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
166837 AATAGTAATCACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACGGATTTATTTTTTCAAA-CTTTTCCTTATT
383 AATAGTCATAACGATTTGAA-TTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATT
* * * * * * * *
166900 AATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGATA-TGAAACA
445 AATTGTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAA-A
* * * * * * * * * * ***
166964 AA-TATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT-AAATTATATAGTTATTCTAATAGTTTT
506 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
* * * * *
167027 AACTATTTAAACTGGTTCAACAA-AGACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA--ATTTTTGA-AA
570 AATTATTTGAACTTGTTCAA-AACA-A-ATTTATTTTTT-AATCTCTTATTATTAATTTTCATAA
* ** ** * *
167088 TATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTT-TATG-ATAAAAAAAAATTGTTTTAT
631 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTATTTTAT
* *
167150 GACAAAACAAAGATGT--TGAC
694 GACAAAACAAA-AGGTCATAAC
* * *** * * * * * * *
167170 GATTTG-GATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATCTGAACTAATTCGATAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTGGT-AACAAATTTAT
* * *
167234 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATA
65 TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATA
* * *
167299 AGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
129 AGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * **** *
167363 AATAGTTCATATAAT-TTTACTATTTGAAATGGTT-TAGCAATTTGATTTATTTTTT-AATTTTC
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATATTC
** * *** * * * ** *
167425 TTGGTTATTAAGTGCCAAAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGTATAAAATTGTATGAA
258 -TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
167490 TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGAA-TTGGAATAGATAATTATTCAAA
322 CA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * * * *
167554 TAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTAGTAAATAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATT
385 TAGTCATAACGATTTG-AATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
*
167619 TTCTAAATATTAATAAA
449 GT-T-AATATTAATAAA
167636 AGGTTAGAAT
Statistics
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Consensus pattern (714 bp):
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TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAG
CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTCTAC
TTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAA
ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACGATTTGAATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAATA
TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTGT
TCAAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTATTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
Found at i:165417 original size:16 final size:17
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165386 TTATAGCAAT
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1 TT
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18 9 0.50
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TTCAAATAGCATAATTA
Found at i:167828 original size:473 final size:478
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167218 CGATAAACAG
* *
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* * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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320 TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTGA-TAAATAGATTTACTATATTTAAATCTCTTAC
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384 TAATTAATTTTCTAAATATTAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGT
167675 CTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATAC
449 CTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATAC
* *
167705 ATTTATTTTTTAAATCT-TT-C-ACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATT
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* *
167766 CGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTTTTTTATGAGAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAG
65 CGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAG
* * * *
167830 AATGATATTTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTAGTTCAAAAAATAACTTTAGTTTTAAAT
129 AATGATAATAGTTCAAATAATCATAACAATTTGAAATAGTTCAAAAAATAACTTTAGTTTTAAAT
* **** * * ** *
167895 CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTAT
194 CTCTTGCTTATTAAGTGCCAAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTAT
* * * *
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259 GAAATGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACAACTTGAAATAGATAATTATTCA
* *** * * *
168025 AATAGTCAAATCTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTATATTTAAATCTCTTGCTCATT
324 AATAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTGATAAATAGATTTACTATATTTAAATCTCTTACTAATT
* *
168090 AATTTTTTGAATATTAATAAA
389 AATTTTCTAAATATTAATAAA
168111 TTACAATTAT
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 59, Indels: 22
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Matches are distributed among these distances:
472 3 0.01
473 225 0.67
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476 2 0.01
477 17 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (478 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAGAA
TGATAATAGTTCAAATAATCATAACAATTTGAAATAGTTCAAAAAATAACTTTAGTTTTAAATCT
CTTGCTTATTAAGTGCCAAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGA
AATGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACAACTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTGATAAATAGATTTACTATATTTAAATCTCTTACTAATTAA
TTTTCTAAATATTAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACT
ATTTGAACTAGTTCGGCAAATAC
Found at i:168698 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 167646--169047 Score: 1160
Period size: 177 Copynumber: 7.8 Consensus size: 181
167636 AGGTTAGAAT
* ** * * * * * * *
167646 GATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATACATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * *
167711 TTTTTAAATCT-TT-C--ACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATTCGAAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTGAAT
* * *
167771 AAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTTTTTTATGAGAAAACAAAA-ATCATAAA
130 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAA
* * * *
167822 GATTTGAGAAT-GATATTTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTAGTTCA--AAAAATAACTT
1 GATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT-A-TT
* * * * * *
167884 TA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTTGA
63 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA
* * * *
167948 ATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
128 ATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-A
* * *
168003 -ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATT
1 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATT
* * * * *
168064 TATTATATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTACA-ATTATTCTATTC
63 TATT-T-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTT
* * * * *
168128 TGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAA-GATAAGAAT
125 TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAATG-TCATAAA
* * * * *
168185 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAATTAACACATTTA
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* * * * ** * *
168249 TTTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTAT-AA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTTGAA
* * * * *
168309 TAAGCTTGTATGAACA-AAAGCATTTGTTTTATTACAAAAAAAAATATCATAATA
129 TAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-A
* * * * * *
168363 -ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA-TCGGCTC-GATAAACAAATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAG-TAAACATATTT
* * * * *
168425 AATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTGAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
** ** *
168486 TAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAAA
129 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAA
* ** * * * *
168539 GATTTGACATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTATTCAGTAAGCATATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
** * * *
168604 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
** * * ** *
168668 AAATTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACTAAATACCA-ATAT
131 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA-AA
* * * * * * ** *
168718 GATTTGAAATAAATAATTACTT-GAATGGTCATAACTATTCGAACTCGCACAGTAAACAAATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA
* * * *
168782 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTTTTTTATTCTGAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
* ** * *
168847 AAGCTTTTATGAAT-GAAACAATTGGCTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACA
130 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-A
* **
168899 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTA-
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * * ***
168962 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
* *
169026 AGCTTGCATGAATAGAACCAAT
131 AGCTTGTATGAATAGAAACAAT
169048 ATTTTCATAC
Statistics
Matches: 982, Mismatches: 187, Indels: 111
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 11 0.01
176 52 0.05
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178 72 0.07
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180 214 0.22
181 19 0.02
182 13 0.01
183 140 0.14
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAA
Found at i:169436 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 169050--170122 Score: 786
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 181
169040 GAACCAATAT
* * * * *
169050 TTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAAT----A
1 TTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * * * *
169111 TGAGCTTTGAAAA-A-AAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAAT
66 AGAGATTTAAAAATATAAATGTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAAT
* * * *
169173 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTAGTTATAAAACAATTATTTCA
130 TATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * ** ** **
169227 GTTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGGGCA
1 TTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCA
* * *
169292 AGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGATTATTTGAACAA
66 AGAGATTT-AAAAATATAAATGTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAA
169356 TTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
129 TTATCTATTTAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * ** *
169410 TTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACA
1 TTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * * *
169475 AAAGATTTAAAACTA-AAGTTGT-TTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAAA
66 AGAGATTTAAAAATATAA-ATGTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
169538 TATCAATCTCAAATCATTACGATCTTTT-TTTTCTCATAAAA-AATCT-TTT--
130 TATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCA
*** * * * *
169587 TTGATCATACAAGCTTATT-TGGACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGT--G
1 TT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
169649 --AGAGATTTAAAAA-ATAAATGTATTT-GCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATA
64 CAAGAGATTTAAAAATATAAATGTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
169710 ATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTATAATAATAGTTTCA
128 ATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* *
169765 GTTT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGC
1 -TTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGC
** * * * * *
169829 AAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAATAAT
65 AAGAGATTTAAAAATATAAATGTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** *
169894 TATCAATTTAAAATCATTATGACCTTCGGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTA
130 TATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * ** ** *
169946 GTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATAC-AACTTTATTATTATTCTGAAAGTTAATAA-C
1 TTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGC
* * * * * * * *
170009 TAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT-CAGTTGA-CTAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCA-TTAAAC
65 -AAGAGATTTAAAAATATAAATGTA-TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
170070 AACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTT
127 AATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
170123 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 153, Indels: 76
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
174 65 0.09
175 9 0.01
176 18 0.03
177 86 0.12
178 41 0.06
179 62 0.09
180 49 0.07
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182 86 0.12
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184 61 0.09
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCA
AGAGATTTAAAAATATAAATGTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
Found at i:171347 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 170562--179288 Score: 5281
Period size: 181 Copynumber: 48.7 Consensus size: 181
170552 TAGTTATCTA
* * * * * * * *
170562 AATATTAATAAATTTGTATTCTTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * *
170626 TGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGT-AGTAACCATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGA
* * * *
170690 ACTT-GATC-GATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
129 A-TTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * *
170742 AAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATT-TCAAGTCAGCTTGTACGAATAGAAACAATTATTT
1 -AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
170805 TGTAATAAAACAAAAGGTTATAAC-ACTTTAAAATAGAT-ATTGTTCAAACAGTTATAACCATTT
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
170868 GTATTGG-TCAGTCCAATAGATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAG
127 GAATTGGTTCAGT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * * *
170923 GATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATCAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * ** * *
170987 TGACAGAACAAATGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGA
** *** * * * *
171051 ATTGGTTTGGTAAATGGACTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAA
129 ATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * ** * * * * *
171100 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAGCAAACTTATATGAATGA-AAACATTTTTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-CATAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
171164 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGGTTTGAAATAGATAAATATTCATATAGCCTTAACTATTTGTA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** *
171229 TTGGTTCAGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAT
130 TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
171281 AATATTATTAAATTAGTAATATTGTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
* *
171346 GACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TCATTTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
* * * * * *
171410 CTAGTTC-GATAAGCATATTTCTTTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-G
130 TTGGTTCAG-TAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
** * * ** *
171462 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAACAAGCTTCTATGATGA-AAACATTTGTTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTT
* ** * * * * *
171526 ATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTTAAAT-GGCAAAATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * * *
171590 ACTAATTC-GATAAACTAATTTTTTTTTTAAATCT-TCAACTTCTCAATTTTT-G
129 ATTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
171642 AAATATTAATAAACTAATATTATTTCATT-TTAGATAAGTTTTTATGAAC-TAAAACAATTGTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTT
* * * *
171705 TATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
171770 AACTT-GTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAA-CTTCTTGCTTATTAATTTTTTG
128 AA-TTGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAG
* ** * * *
171825 AATGTTAATAAAAGAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAC-TAAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
171888 TGACTAATCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAA-TGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
171952 CTAGTTTAATAAACACATTGATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTAA
130 TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* ** * * * * *
172000 AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
** * ** * * * * * *
172065 GACAAAA-TGAAGATCATAGTGATTTGAGATAGAAAATTGATCAAATAGTCATAACTAATTCAAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
** ** *
172129 TAATTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTTTT-G
131 TGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* ** * * *
172175 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * ** *
172240 TGATAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGATT--AATAGGACATGATTGCTTA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA-GTCATAACTATTTG
* ** * ** * *
172303 AACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATCAATTTTTAG
128 AA-TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
172357 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
172421 TGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
172486 CTCGCTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT-G
130 -TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * *
172537 AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGACTAAGCTTTTATGAACAAAAACAATGGGTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* *
172602 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * *
172667 -CGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGG
130 TTG-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* ** * *
172718 AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG-ATTGAACAGAATCAATTGTTTT
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA-TGAACATAAACAATTGTTTT
* * * * * * ** *
172781 ATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTAAATAAATAATTGTTTAGCTAGTCTTAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * ** *
172846 ACTT-ATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTATTTCTCTTACTCATTAATTTTTAG
129 A-TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
172899 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTT-TAAACAAACTTATAAGAAC-TAAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTT
* * *** * *
172962 ATTACAAAAGAAAAGGTCATTGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
173027 ACTT-GTTTAGTAAACATATTTATTTTTCAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA
129 A-TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
173081 AATATTAATAAATTAGTATTATTCTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
173146 TACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATT-TCATAAAATAGTCATAACGATATTT
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT--TCAAATAGTCATAAC--TATTT
* * ** * * * *
173210 --ATT--TT--TTAAATC--TTTTA-CCTATAAATTGTCTTA-ATATTAATAAATTTGTAT
127 GAATTGGTTCAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAAT---TTT-TAG
* * * * ** **** * * * * **
173261 TATTTTATTTGAAATGAGCT-TGTA-TGAATAGAAAAAAATTCTTTTAT-AGCA-AAACAAAAG-
1 AATATTA-AT-AAATTAG-TAT-TATTTTATTCTGAATAA-GCTTGTATGAACATAAACAATTGT
* ** ** ** *
173321 GTTAT-AGCAATTTC-AAA--T-ATATA--A-TTG---TTCA-AACAG-TC--ATA---ATTA--
61 TTTATGA-CAA-AACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * * * * *
173366 -TTTAAACTT-GTTTAGTAAATGATTCAT-TTTTTAAATCTCT-TTATT-ATTAATTTTTGG
123 ATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAAAT-TTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * ** * *
173423 ATTATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTATATGAAC-TGAAACAATTCTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTA
** * * * * * *
173487 TGTTAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATGT-AAATAATCATTATTATTTG-
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * *
173550 ATCTAGTTTTGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTATTTA-
129 AT-TGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAG
* * *
173604 AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTAGTT-TAAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
173668 TAACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCATATAATCATAACTATTTCAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
173733 CTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TATTAG
130 TTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * * *
173780 AAATATTAATAGATTAGTATTACTTTTTTTC-AAACAAACTTATATGAACA-AAAGCATTTATTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-CAATTGTTT
* * *
173843 TATGATAAAACAAATA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
63 TATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TT
* * *
173907 TGGACTGGTT-AGGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-G
126 TGAATTGGTTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** * * * *
173962 AAATATTAGTAAATTCA-TTTTATGTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTCA-AAAAAACTTAT
1 -AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA--CATAAACAA-TTGT
* * * ** *
174025 TTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATT
61 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
174090 TGAACTGGTTC-G-ACAGACAAATTTATTTTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTATT-G
126 TGAATTGGTTCAGTA-A-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
174145 AAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCGAAT-AGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
** * * * ** *
174209 TGACAGTACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
174274 CTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTT-G
130 TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** *
174325 AA-A--GATTAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCA-AATACAATTGTTATA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAA-ACAATTGTTTTA
* * * * * *** * * * * *
174386 TGACCAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGTTAATTATTGGCATGGCCACAATTATTTAAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
174451 CTT-ATT-AGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACTTACTTTTTACTTCTT-G
130 -TTGGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * *
174502 AATATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAC-TAAAACAATT-TCTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGT-TTT
* * * * * *
174565 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAACTGTTTCA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
174630 ACTGCTTCAGCAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGG
129 ATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
174683 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAAC-TAAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTA
* * * * * *
174747 TAACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATTGATAATTG------T--TCA-AA-TA---GAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
**
174799 TTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTT-G
130 TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * **
174847 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGGA-AAACAATTGTTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACATAAACAATTGTTTT
* * ** * * * * * *
174911 ATAACAAAACAAAAGTTTGTAATGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
**** *** ** * * *
174976 ACCAATTC-GATAAATTGACATATTATTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-G
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* * * * *
175028 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAGATAAGCTTTTATGAA-TTGAAACAATTGTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTT
* * *** * * *
175091 TATGATAAAAGAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTG
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
175156 AACTT-GTT-AGGCAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TGTAGTTTATTAATTTTTTG
128 AA-TTGGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCT-TA-CTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
175211 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAA-TTGAAAAAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
175275 TGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
175340 CTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
130 TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * *
175392 AATACT-ATCAAATTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGCATGAATATAAACAATTATTTTA
1 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
175456 TGACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * *
175520 CTGCCTC-GATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATCAATTTTCAA
130 TTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * ** * * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
175633 AACAAAATATAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAA
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** * * *
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130 -TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAG
* ** * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
175931 AATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGTTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
*
175996 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * * *
176060 CGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAA
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** * * * * *
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1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * *
176176 TGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAA
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* * * * * *
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130 -TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* *
176293 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAAC-TGAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTT
* * * * * **
176356 ATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAGGACTATTTGA
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** * * * * * *
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** * * *
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* * *
176538 TGACAAAACAAGAA-GTCATAA-GAATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-AATTTG
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* * * *
176600 AAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTAATTAATTTTCT-T
128 -AA-TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAG
* * ** * * * **
176655 TATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * **
176720 GACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAAAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTCAAAA
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* * * *
176785 CTT-GTTC-G-ACAAGC-CA--GATTCTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTT-G
130 -TTGGTTCAGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
176832 TAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAAC-TGAAATAATTTTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTT
* * * * *
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* * * * * * **
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* * * *** * *
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1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * *
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* ** * * *
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* *
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* ** * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * **** * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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** * *** * * *
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** ** * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * ** ** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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65 CCAAAAAAGCTTA-TATAAA--CAAAAACAA-TTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * * * * *
174054 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACT-GGTTCG-ACAGACAAATTTATT
126 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGTA-A-ACATATTTATT
* * * * * * *
174117 TTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCGAATA-
189 TTTAAATTC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAG
* * * * ** * * * * ** *
174181 GCTTATATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGACAGTACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTAC
252 GCTTGTATGAATGAAAAACAATT-TTATA-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
174245 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAATAG
315 AATTGTTCATATAGTCTTAAATGTTTGAACT-GCTTTGGCAAATAG
* ** * *
174290 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTT-GAA-A--GATTAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * *** * * ** *
174351 TGAATAAGCTTGA-ATGTTCAAATACAATTGTTATATGACCA-AACAAAAGGTAATAACT-ATTT
66 CAAAAAAGCTT-ATATAAACAAAAACAATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAGGTCATAA-TGATTT
** *** * * * * *
174413 GAAATAGTTAATTATTGGCATGGCCACAATTATTTAAACTTA--TTAGGTAAACATATTTATTTT
128 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTA-GTAAACATATTTA-TTT
* * * * * * ** * *
174476 TTAAATCACTTACTTTTTACTTCTTG-AATATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGT
190 TTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGC
* * **
174540 TTGTATGAACT--AAAACAATTTCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
254 TTGTATGAA-TGAAAAACAATTT-TATA-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * ** *
174603 ATTGGTCATATAGTCTTAACTGTTTCAACTGCTTCAGCAAACAG
316 ATTGTTCATATAGTCTTAAATGTTTGAACTGCTTTGGCAAATAG
* * *
174647 ATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * * * **
174712 TGAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAA
66 CAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
** * * *
174777 ATTGATAATTGTTCAAATAG-----A--A-TTG-----GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
131 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAA
* **
174829 -TC-T-CTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTA
195 TTCTTAC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTA
* ** *
174891 TG-ATGGAAAACAATTGTTTTATA-ACAAAAC-AAAAGTTTGTAATGAATTGAAATAGATAATTG
259 TGAATGAAAAACAA---TTTTATAGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * ** * *** * ** *
174953 TTCAAAT-GGCCAAAATTATTTGAACCAATTCGATAAATTG
320 TTCATATAGTCTTAAA-TGTTTGAACTGCTTTGGCAAATAG
** * * * * * * * *
174993 ACATATTATTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *** * * * * * *
175058 CAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATATTTATTTTAA
66 CAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
** * * * * *
175123 ATAGGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT-G-TTAGGCAAATAGATTTATTTTTTA
131 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTA-GTAAACATATTTA-TTTTT-
* * ** *
175186 AAATT-TGTAGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
192 AAATTCT-TA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGC
* * * *
175249 ATGTATGAATTGAAAAA-ATTATTTTAT-GACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATA
254 TTGTATGAA-TGAAAAACA--ATTTTATAGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
175312 ATTATTC-TAATAGTCTTAATTATTTGAACTAG-TTCGGCAAACAC
316 ATTGTTCAT-ATAGTCTTAAATGTTTGAACT-GCTTTGGCAAATAG
* * * * * *
175356 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATACT-ATCAAATTAGCAATATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
** * ** * * * * * * * * * **
175420 CTGAATAAGCTTGCATGAATATAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTGA
65 CCAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * ** * *
175484 GATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAACT-GCCTCGATAAACAAATTTAGTTTTTA
130 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAG-TAAACATATTTA-TTTTTA
* ** * ** ***
175548 AA-TC-T-CTTATCAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGT
193 AATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGT
* * * * * * * * * * * *
175610 GTGAAT-AGAAATAATTGTTTTACAACAAAATATAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAGC
258 ATGAATGAAAAACAATT-TTATA-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * ** * *
175674 TCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTG-TTTGGTGAACAA
321 TCATATAG-TCTTAAATGTTTGAAC-TGCTTTGGCAAATAG
* * * *
175713 ATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATAAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--
** * * * * * * * * * *
175777 TTGGAATAAAA--TTATATGAATAGAAACAATGGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAGTGATT
63 TTCCAA-AAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
175840 TG-GATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACATAGTTGAACTCGTTTAGTAAACATAGTTATTTT
127 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATTAGTTTAGTAAACATATTTA-TTT
* * * * * * *
175903 GTTAAATCTTTTACTTACTAATGTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAA
190 -TTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAG
* * * *
175967 GTTTTTATGAAT-AGAAACAATTGGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
252 GCTTGTATGAATGAAAAACAATT--TTATA-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
176030 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG-TTTAGAAAACAT
314 TAATTGTTCATATAGTCTTAAATGTTTGAAC-TGCTTTGGCAAATAG
* * * **
176076 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * * *
176139 T-CAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTT
64 TCCAAAA-AAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
176203 GAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAA-CATGTTCAGTAAACATATTCATTTTT
128 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-GTTTAGTAAACATATTTA-TTTT
* * * *
176267 TAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
191 TAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCT
* * * * * *
176332 TATATGAACTG--AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAA
255 TGTATGAA-TGAAAAACAATT-TTATA-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * *** * * **** * *
176395 TTATTCAAATAGTCAGGACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAACAT
317 TTGTTCATATAGTCTTAAATGTTTGAAC-TGCTTTGGCAAATAG
* * * * *** ** *
176438 ATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTGTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATT
** * * * * * * *
176503 -TGAATAACCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAA-GTCATAA-GAATTT
65 CCAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAA-AAGGTCATAATG-ATTT
* * * * *
176565 GAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-AATTTGAAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTT
128 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AA-TTAGTTTAGTAAACATATTTA-TTT
* * ** * *
176628 TTAAATGTTTTACTAATTAATTTTCT-TTATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAA
190 TTAAAT-TCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAG
* * *** * *
176691 GCTTGTATGAATAGAAAAA-ATCATTTTAT-GACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAAAGA
252 GCTTGTATGAAT-GAAAAACA--ATTTTATAGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * ** * * **
176754 TAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTCAAAACTTG-TTCGACAAGCCAG
314 TAATTGTTCATATAGTCTTAAATGTT-TGAAC-TGCTTTGGCAA-ATAG
* * * * *
176802 ----ATTCTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * * * * *
176862 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
66 CAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * *
176927 ATAAATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTG-ATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAC
131 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAA
* * ** * **
176991 TTTTTCTACTTATTAATTGGTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGGATAGGCTTG
194 ATTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAGGCTTG
* * * *
177055 TATGAATGGAAACAACTATTTTATA-ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAACTG
257 TATGAAT-GAAA-AACAATTTTATAGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * **
177119 CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CATTTGATAAATAG
320 TTCATATAGTCTTAAATGTTTGAACTGC-TTTGGCAAATAG
* *
177159 ATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTT-GAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* *
177219 CAAACAAA-CTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACA-AG-ACAAAAGGTCATAACGATTT
66 CAAA-AAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTAT-A-ATAGAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** * * * * * * *
177281 GAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-GGTTAGGTAAATAAAATTATTTTT
128 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTA-GTAAACATATTTATTTTT
* * *
177345 AAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TT
192 AAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTT
* * *
177405 AGTATGAATTGAAAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGATTTGAAATAGATA
256 -GTATGAA-TGAAAAACAA-TT-TTATA-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
177469 ATTGTTTATATAGTCTTAAATGTTTGAATTGGTTCGGCAAACAA
316 ATTGTTCATATAGTCTTAAATGTTTGAACTGCTTTGGCAAATAG
* * * *
177513 ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * * * *
177578 TGAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTGTGATCGAAGAAAAGGAT-ATAATGAATTGA
66 CAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGG-TCATAATGATTTGA
* ** * *
177642 AGTTTACAATTATTCAAATAGTTAT-A-TATTTGAATTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAA
130 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTT-AA
* * *
177705 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAA-CAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAGGCTTG-
194 AT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGT
* * * ** * *
177768 AAG-ATCAAAAACAATTGTTATACGACGAAACAAAAAGTCATAATTTTTTATAAACAGATAATTG
258 ATGAATGAAAAACAATT-TTATA-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTG
*
177832 TTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTGCTTTGGCAAATAG
320 TTCATATAGTCTTAAATGTTTGAACTGCTTTGGCAAATAG
* * *
177872 ATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * *
177937 CAAAAAAGCTTATATAAACTGATACAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGATTGGAA
66 CAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
178002 ATAGATAATTGTTC----A-T-ATAA--A----AACTGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
131 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAA
* * * * *
178055 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAATATTACTTTATTCCGAATAGGCTTGTA
195 T-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTA
* * * **
178120 TG-ATGAAAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTGT
259 TGAATGAAAAACAATT-TTATA-GACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
178183 TTAAAT-GGCAATAATTATTTGAA--GCGATT--CAATTAGTTG
321 TCATATAGTC-TTAAATGTTTGAACTGC-TTTGGCAA--A-TAG
* * * * * ** *
178222 ACTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTTTTTATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-AGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * *** * * * * * * **
178286 TTAGATATGCTTTTATGAATTGAAACAATCGTTTTATGATAAAACAAAGGGTTATACTTCTTAT-
65 CCAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATT-TG
* * * * *
178350 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTAGTAAATAAATTTATTTTTT
129 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTT
** * **
178414 AAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAC
192 -AAA-TTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGG
* * * * *
178477 CATGTATGAACTGAAAAA-ATTATTTTA-AGACTAAACGAAAAGTCAAAATGATTTAAAATAGAT
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* * * * **** * *
178540 AATTTTTC-TAATAGTCTTAACTATTTAAACCTG-TTCAATAAACAC
315 AATTGTTCAT-ATAGTCTTAAATGTTTGAA-CTGCTTTGGCAAATAG
* * * * * * *
178585 ATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTTGTAATATTTTAGTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * * * * * *
178650 -TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA-AA-ATAAAGATCATAACGATTTG
65 CCAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACA-AAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
178712 AGATAGATAATTATTGAAAACAGTCA-AACTATTTGAACTGGTTT-GATAAATAGATTTAGTTTT
129 AAATAAATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAG-TAAACATATTTA-TTTT
* * * * ***
178775 TAAA-TC-T-CTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTA-TTCTTAATAATTT
191 TAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAGGCT
* * * *
178836 TGTATAAAT-ATAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATA-TCATAACT-ATTTGAAATAGATA
255 TGTATGAATGAAAAACAATT-TTATA-GACAAAACAAAA-AGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
*** * * * * * * * ***
178898 ATAACTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTTGGTGCATAG
316 ATTGTTCATATAGTCTTAAATGTTTGAAC-TGCTTTGGCAAATAG
* * * *
178942 ATTTATTTTTTAAATCTC-TAATTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTCTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * * * * * *
179006 TCGAATAAAA--TTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGATCATAA-CATT
64 TCCAA-AAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGG-TCATAATGATT
* * * * * * * *
179068 TGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTCG-CTCGATAAATAGATTTATTTT
127 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAG-TAAACATATTTA--TT
* * * *
179132 TTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTAAAAGT-TTAATAAATAAGTATTATTTTATT
189 TTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
179188 CTGAATAAGC
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
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ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAAAAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAT
TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATG
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TAGTCTTAAATGTTTGAACTGCTTTGGCAAATAG
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Alignment explanation
Indices: 177866--178183 Score: 372
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
177856 CTGCTTTGGC
* * * * * * * *
177866 AAATAGATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
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* * * * * **
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*
178035 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAATATTACT
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* * * * * * *
178100 TTATTCCGAATAGGCTTGTAT-GA-TGAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCGTAA
66 TTATTCCAAAAAAGCTTATATAAACTG--AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTT-ATAA
*
178162 CAATTTGAAATAGATAATTGTT
128 CAATTGGAAATAGATAATTGTT
178184 TAAATGGCAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 24, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
167 2 0.02
168 4 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGAAATATCAATAAATTAATATTACT
TTATTCCAAAAAAGCTTATATAAACTGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAA
TTGGAAATAGATAATTGTTCATATAAAAACTGGTTCAGT
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Indices: 179309--180686 Score: 1159
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 179
179299 AAACAGAATT
* * * * *
179309 GTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA
1 GTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* *
179374 TAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
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* * *
179439 CGAACAAATTCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
179490 ATTGTAACCTTCTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 GTTATGACCTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** ** * * * * *
179555 TAATTCTAATTTATTAATATACCAAAAATTAACGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * *
179620 TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAAC
128 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
179672 GTTATGACCATTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAA
1 GTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAA
* * * * * * *
179736 TAATAATAAATGTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAGTCAAA-ATTAAAAAAATAAATATGTTT-
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * *
179799 TCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
128 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
179852 GTTATGACAATTTGTTTTG-CTATAAACCAATTGCTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAA
1 GTTATGAC-CTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* *
179916 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * *
179981 CCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATC
128 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
** * * * *
180033 GTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACTAGTTTATTTGGAATAAAA
1 GTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
180098 TAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAATTTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * ** *
180162 -CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCGTTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATT
128 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATC
** * * ** *
180214 GTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAA
1 GTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * *
180278 ATAATACCAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTT-AAAAATAAATGTGTTT-
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * *
180336 TCCAA-ATCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATT
128 TCGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * * * * ** *
180389 GTTTTGATCTTTTGTTTACTCAAAAAATAATTATTT-TAGTTCTTACATGCTTATTCAAAATATA
1 GTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
180453 ATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGT--ATGA---AATAAAA-AAATCTATT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAATAAATATGTT
* * ** * * *
180511 TACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGTTTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATC
126 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
180565 GTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAACTATTT-TAGTGCATAAAAGTTTATTTGAAATAAA
1 GTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
180629 ATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
180687 CAATTTATCA
Statistics
Matches: 969, Mismatches: 188, Indels: 80
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 7 0.01
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176 129 0.13
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179 2 0.00
180 118 0.12
181 462 0.48
182 110 0.11
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Consensus pattern (179 bp):
GTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
Found at i:180234 original size:543 final size:532
Alignment explanation
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Period size: 543 Copynumber: 2.6 Consensus size: 532
179295 TTGCAAACAG
* * * * *
179305 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATT
1 AATTGTTATGAC-TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGATTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
179370 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * *
179435 TTATCGAACAAATTCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCT
128 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
179500 TCTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAAT
193 TTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATAT-AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * ** * * * *
179565 TTATTAATATACCAAAAATTAACGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGT
257 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGT
* * * * *
179630 TTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCATTGTTTTGTCATC
321 TCAAATAGTCATGACCATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCATTATTTTGTCATA
* ** ** *
179695 AAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAATAAATGTATTAAAACTCC
386 AAACAATTGGTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAACAAAT-TATTAAAACTCC
** *
179760 AAAAATTAATAAGTCAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGA
450 AAAAATTAATAAG----AATT-AAAAAATAAATATGTTTTCCAAATCA-GTTCAAATAGTTAAGA
* *
179824 CTATTTGAACAATTATCTATTTCA
509 CTATTAGAACAATTATCTATTCCA
* * *
179848 AATTGTTATGACAATTTGTTTTGCT-ATAAACCAATTGCTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAA
1 AATTGTTATGAC-TTTTGTTTT-CTCATAAAACAATTGATTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAA
179912 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTG
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AATAAATCTG
* **
179977 TTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGATT
127 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
180042 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACTAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
192 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATA-TAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
180107 TTTATTATTATTCTAAAATTTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAG
256 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAG
* * * * ** *
180171 TTCAAATAGTCATGTCCGTTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-TATTTTATTTTGT
320 TTCAAATAGTCATGACCATCT-AAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCA--TTATTTTGT
* * * * ** *
180234 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAACTTATTACTAT
382 CATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAACAAATTATTAAAAC
* * * * *
180299 TTCAAAAATTAATAAGGATTTAAAAATAAATGTGTTTTCCAAATCAGTTTAAATAGTTAAGACTA
447 TCCAAAAATTAATAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
180364 TTAGAACAATTATCTATTCCA
512 TTAGAACAATTATCTATTCCA
* * * * * * *
180385 AATTGTTTTGATCTTTTGTTTACTCAAAAAATAATT-ATTTTAGTTCT-TACATGCTTATTCAAA
1 AATTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGATTCTA-TT-TATACAAGCTTATTCGAA
* * *
180448 ATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTATGAA-A--T-AAAA-AAATC
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAATAAATC
* * * * *
180507 TATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATG-TTTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATG
125 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTT-TTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
180571 ACCTTTTATTTTATCATAAAATAACTATTT-TAGTGCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
189 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTA-TTCAT-ATAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
180635 TTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAA
252 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
180699 TTAGTTCGAA
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 118, Indels: 51
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
531 5 0.01
532 160 0.22
533 4 0.01
534 2 0.00
535 1 0.00
536 9 0.01
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538 9 0.01
541 2 0.00
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544 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
AATTGTTATGACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGATTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA
CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
GTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATATAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAA
TAGTCATGACCATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCATTATTTTGTCATAAAACA
ATTGGTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAACAAATTATTAAAACTCCAAAAAT
TAATAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
TTATCTATTCCA
Done.