Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168252.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_483, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25333
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Found at i:694 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 669--733 Score: 69
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
659 TCATAAAGTA
669 TAATAAATATTATAATATTAAT
1 TAAT-AATATTATAATATTAAT
*
691 TAATAATAATTATAATCTTTAA-
1 TAATAAT-ATTATAAT-ATTAAT
* *
713 AAATAATATTATAATAATAAT
1 TAATAATATTATAATATTAAT
734 ATTTTGATAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 7
0.77 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.08
21 11 0.31
22 18 0.50
23 4 0.11
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TAATAATATTATAATATTAAT
Found at i:743 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 668--736 Score: 59
Period size: 14 Copynumber: 4.8 Consensus size: 14
658 ATCATAAAGT
668 ATAATAAATATTATA
1 ATAAT-AATATTATA
* *
683 ATATTAAT-TAATA
1 ATAATAATATTATA
* *
696 ATAATTATAATCTTTA
1 ATAATAAT-AT-TATA
*
712 AAAATAATATTATA
1 ATAATAATATTATA
726 ATAATAATATT
1 ATAATAATATT
737 TTGATAAAAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 10, Indels: 7
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.24
14 16 0.39
15 7 0.17
16 8 0.20
ACGTcount: A:0.55, C:0.01, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (14 bp):
ATAATAATATTATA
Found at i:1257 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1242--1334 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 7.7 Consensus size: 12
1232 ACAATAATAT
1242 TTATATTATTAA
1 TTATATTATTAA
*
1254 TTAT-TAATTAA
1 TTATATTATTAA
*
1265 TTATAATATTAA
1 TTATATTATTAA
*
1277 CTA-A-TA-TAA
1 TTATATTATTAA
*
1286 ATATATTATTAAAATA
1 TTATATTATT---A-A
*
1302 TTGTCATTATTAA
1 TTAT-ATTATTAA
* *
1315 TTACATTAATAA
1 TTATATTATTAA
1327 TTATATTA
1 TTATATTA
1335 ATTTGATATA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 11, Indels: 18
0.68 0.12 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.08
10 3 0.05
11 13 0.21
12 26 0.43
13 3 0.05
14 1 0.02
15 1 0.02
16 3 0.05
17 6 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (12 bp):
TTATATTATTAA
Found at i:1841 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1815--1849 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1805 AATATATTAT
*
1815 AAATTATTATAATTATAA
1 AAATAATTATAATTATAA
*
1833 AAATAATTATTATTATA
1 AAATAATTATAATTATA
1850 TATTATTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
AAATAATTATAATTATAA
Found at i:2007 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1986--2063 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 4.2 Consensus size: 19
1976 TTATTAAATA
1986 ATAAT-TATTTACAATATT
1 ATAATATATTTACAATATT
*
2004 ATAA-ATA-TTAC-TTATAT
1 ATAATATATTTACAATAT-T
*
2021 ATAATATAGTTTATAA-A-T
1 ATAATATA-TTTACAATATT
2039 ATAATATATTTACATTATATT
1 ATAATATATTTACA--ATATT
2060 ATAA
1 ATAA
2064 GATAATAATT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 17
0.69 0.06 0.25
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.07
17 14 0.30
18 18 0.39
19 1 0.02
20 5 0.11
21 5 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
ATAATATATTTACAATATT
Found at i:2018 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1973--2027 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
1963 AGAAATTAAT
*
1973 ATATTATTAAATAATAATTATTTACA
1 ATATTATTAAATAATAATTATATACA
* * *
1999 ATATTA-TAAATATTACTTATATATA
1 ATATTATTAAATAATAATTATATACA
2024 ATAT
1 ATAT
2028 AGTTTATAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 19 0.76
26 6 0.24
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
ATATTATTAAATAATAATTATATACA
Found at i:2072 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1971--2072 Score: 95
Period size: 27 Copynumber: 3.7 Consensus size: 27
1961 TTAGAAATTA
1971 ATATATTATTAAATAATAAT-TATTTAC
1 ATATATTA-TAAATAATAATATATTTAC
* * *
1998 A-ATATTATAAATATTACTTATATATA-
1 ATATATTATAAATAATA-ATATATTTAC
2024 ATATAGTTTATAAAT-ATAATATATTTAC
1 ATATA--TTATAAATAATAATATATTTAC
2052 ATTATATTATAAGATAATAAT
1 A-TATATTATAA-ATAATAAT
2073 TCCATATTAT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 6, Indels: 16
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
25 8 0.13
26 8 0.13
27 22 0.37
28 5 0.08
29 17 0.28
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (27 bp):
ATATATTATAAATAATAATATATTTAC
Found at i:3621 original size:175 final size:174
Alignment explanation
Indices: 3243--8417 Score: 2258
Period size: 181 Copynumber: 28.7 Consensus size: 174
3233 AGTTTATTTC
* * * **
3243 AAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-T-TGTTCAAATCA
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATTG
* * * * * * *
3306 TTTTTA-CTTTT-TTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAATA
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTT-G---AAATA
* * *
3369 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
125 A-AATAATTTATTAATA--TT-CCAA-AAATTAA-T--AAGTAAAAGATTTAAAAAAT
** * * * * **
3426 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTCAT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * *
3491 TATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATTAGTTCAT-CTAGGCTTATTTGAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
3555 AATTTATTAATATTCCAAAACTTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
3601 GAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* *
3666 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-TTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAAT
* * * *
3730 AATATAAATTGACCAATATTCCAAAAATAAATAAGCAAAA-ATTTTAAAAAT
129 AAT-T-TATT----AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** *
3781 AAATATATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * *
3846 TATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTT-G----AAAT
* *
3910 AATACTAATTTATTAA-ATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
124 AA-AATAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
3962 AAATCTGTTTACCGAGCGAGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAATTG
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATTG
* * *
4027 TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAC
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT---A-
* * **
4092 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGT---TGGAA-ATTTAAAAAAT
125 AA-A-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
4140 AAATTTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTCATG-CCATTTGAACT-ATTACCAATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTG
* * ** * ** **
4203 TTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTTCATCTAAGC
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAA
* * * * * *
4268 TTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAA
128 TAATTT--ATT--AAT-ATTC-CA---A--AA-A-TT-AATAAGTAA-AAG------ATTTAAAA
4333 AAT
172 AAT
* ** * * *
4336 AAATATATTTACCAAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
1 AAATCTATTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* ** * * *
4400 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AA--AATTTAGTTGATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
*** *
4461 AATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAT
129 -A-A-T---TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * ***
4513 AAGT-T-TAT-C-GAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCAC
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * * *
4574 TATAAACTTTTGTTTTAAT-ATAAAATAATTTATTTTGA-ACACATAAGCTTATTTCAAATAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAA-TTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAAT---A
* * * *
4637 TAATATAAATTTACTAATATT--AAGACAACTAATAAATAAAATATTTAAAAAAT
125 -AA-AT-AATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
4690 AAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTG
1 AAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * * *
4754 TTATGACTTTTTGTTATATCATAAACCAATTGTTTCTATTTAGACAGGCTTATTCGGATTAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-T----TTGAAAT
* *** ** *
4819 AATATTAATTTATTAATATTTGGATGATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
124 AA-AATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** * *
4871 AAATATGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTTCAAATC
1 AAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATT
* * * * * *
4935 ATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAA
64 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAT---A
* ** *
5000 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAGTGAATTAAAAAAAAT
125 -AA-A-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATT-TAAAAAAT
* * * * * * * * * * * ***
5055 GAATATGTTTACTAAACAAATTAAAATAATTATGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAACAT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * *
5120 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTTG----AAATA
* *
5185 ATATAGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TT--AAAA-
125 AAATA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
5231 AAATATATTTTCTAAACACA-TTCAAATAATTATGACTATTAGAGTAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * ** *
5295 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATCAATT-TATTCTACTCAAACAAGCTCATGCAAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT-TT-TATTCATACAAGCT--T---ATTTGAAA
* * *
5359 TAACATTAATTTATTAATACTT--TAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
123 TAA-AATAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * **
5411 AAATATGTTTATTGAGCAAGTTCAAATTGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTCAT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * *
5476 TATGATCTTTTTTTTTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTTATAAAAGTTTATTCGGAATAAA
66 TATGA-C--CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT-----TGAA
* * ** *
5541 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGACTTAAAAAA-
122 ATAA-AATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
** * * * * *
5594 ATAATCTATTTACCAAACAAGTTCATATAATCATGTCTATTTGAACT-ATTATCTATTTTAAATA
1 A-AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAT-
* * ** * * * * **
5658 ATCGTTTTGGCCTTTTG-TTTAGTTTTGAAATAGTTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAAT
63 -T-GTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * *
5722 AAAATAATTCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAAT
124 --AA-AA---TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAT
* * * * * * * * **
5780 AAATATGTTT-TTCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCA
1 AAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* *** * * ***
5844 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGCTTCCGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT--AA-
** * * * *
5909 AATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTGATAAGTTATAGATTTAAAACAT
126 AATA--A-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
5961 AATTC-AGTTTATCAT-ATC-AGTTTAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAATAATCTATTTCAAA
1 AAATCTA-TTTA-C-TGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
6022 TCGTTATGAACTTTT-TTTT-TCATAAAATAATTTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTTGGAATAA
62 TTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTT-G----A
* ** * * **
6084 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAAT
121 AATAA-AATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
6139 AAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * * * *
6204 TATAACTTTTTGTTCTGTCATAAAGCAATTCTTTCTGTTCATACACGCTTA-TTCATAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * *
6268 AATACTAATGTAATAATAT-TATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
129 AAT--TTAT-TAAT-AT-TCCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * **
6320 AAATTTGTTTACTGAACGAA-TTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* ** * * * *
6384 TTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTGGAATAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAA
* * *
6448 ATAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAACT
127 AT-----AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAA-T
* ** * * * * *
6503 AATTCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGTACAATTATCTATTTCAAATCGT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * * *
6568 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTGGAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
*** *
6632 AATATTAATTCATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT--AAGAATTAAAAAAT
129 -A-A-T--TT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * ** * * * * *
6682 AAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAATTATTTACAAGTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGC
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * *
6747 TATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTT-TT-ATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTA
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAG-CTTATTTGAAAT-AA--A
** * *
6809 ATGCTAATTTATTAATATTATAAAAAGTAATAAGCAACAA-ATTTAAAAAAT
127 A---TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * * * *
6860 AAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATATTTATGA-TAGTTCAACAATTATCTGTTTTAAATAG
1 AAATCTATTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* *
6923 TTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATT-TTTTATGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAACA
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA--TTCATACAAGCTTATTTGAAAT-A-A
* * * * *
6986 TAATTCTAATTTGTTAAAATTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAT
126 -AA---TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
7039 GAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * *
7104 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAT-TTGCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGT
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT-TGTT-TTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AA--
* * *
7168 AATACAAATTCATTAATATT-AAAATAATTAATATGTAAAAGATTT-AAAAA-
126 AAT---AATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
7218 AAATTTATTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTG
1 AAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * *
7282 TTATGACTTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA--T---TTGAAAT
* * ** * *
7347 ACTATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAATAAAA-A-TTATAAAAAT
124 A-AAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAAAT
* * * * * * * *
7398 GAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATAATTAT-TGATTTCAAATCT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAAT-T
* * * * **
7462 -TTATGACCATTTGTTTAATCATAAAACAATTGTATTAGTTCATACAGGCTTATTCAAAATAAAA
64 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
*
7526 TAACACAAATTTATTAATATT-CAGAAAATTAATGAGTAAGAA-ATTTAAAAAAT
128 T------AATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
7579 GAATATATTT-GTCATACAAATTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTATTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * *
7643 TTTTGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTATATTTATACAAGCTTATTCT-AAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT-TGAAAT---A
* * * *
7707 TAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTATGTAGAA-ATTTTAAAAAT
125 -AA-AT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
7759 AAATATATATT-CT-AACATA-TTCAAATAATTGTAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATA
1 AAATCTAT-TTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* ** * * ** **
7821 GTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAAT
64 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
*
7886 AA--TACTAAT-TT------ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
7923 AAATTTGTTTATTGAGCAAGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATAGTTA-TGATTGTTTAAA
1 AAATCTATTTACTGAACAAG-T---T---CAAA--TA---GTT--AT-G--ACT-A---TTTGAA
* * * * ** * *
7987 TAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTTTTTTCCCATAAAAGAATTGTTTCTATTCTTAC
45 TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAC
* * ** * * *** **
8052 AAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAATTTAATAGGTGGGAGACCT
109 AAGCTTATTT-G----AAATAA-AATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
8117 AAAAAAT
168 AAAAAAT
* * ** * * * * * * * ***
8124 AAATCTGTTCACCAAATAGGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAAACAT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * ** *
8189 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCTTACAAAATTATTCAGGATAA-AAT
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATT--TGA-AATAA-
*** *
8253 AATACTTATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACT
126 AATA---ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
8301 AAATTTGTTTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTA
1 AAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * *
8365 TTATGATC-ATTATTTTGTTA-AAAACAATTGATTTT-TTCATAAAAGCTTATTTG
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTG
8418 GATTAGGATA
Statistics
Matches: 3852, Mismatches: 797, Indels: 697
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 13 0.00
164 18 0.00
165 3 0.00
166 1 0.00
169 3 0.00
170 6 0.00
171 5 0.00
172 9 0.00
173 61 0.02
174 26 0.01
175 182 0.05
176 217 0.06
177 243 0.06
178 233 0.06
179 405 0.11
180 457 0.12
181 734 0.19
182 305 0.08
183 311 0.08
184 228 0.06
185 136 0.04
186 60 0.02
187 11 0.00
188 5 0.00
189 4 0.00
191 6 0.00
192 15 0.00
193 14 0.00
194 14 0.00
195 5 0.00
196 44 0.01
197 44 0.01
198 2 0.00
200 1 0.00
201 31 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:4733 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4710--4759 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
4700 ATCGAACAAG
4710 TTTAAATTGTTATGATTA-
1 TTTAAATTGTTATGATTAT
***
4728 TTTAAACAATTAT--TTAT
1 TTTAAATTGTTATGATTAT
4745 TTTAAATTGTTATGA
1 TTTAAATTGTTATGA
4760 CTTTTTGTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.13
17 10 0.43
18 10 0.43
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.08, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
TTTAAATTGTTATGATTAT
Found at i:4819 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4264--13930 Score: 4468
Period size: 181 Copynumber: 53.7 Consensus size: 180
4254 ATTTTCATCT
* * * * * * * *
4264 AAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTA
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
4329 AAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * *
4393 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AA--AATT-TAGTTGATAT
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * *
4441 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *
4506 AAAAAAT--A-A-GTTTATCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTG
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * *
4567 AAATCACTATAAACTTTTGTTTTAAT-ATAAAATAATT-TATTTTGA-ACACAT
130 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATAC
* * * * *
4618 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTACTAATA-TTAAGACAACTAATAAATAAAATAT
1 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
4681 TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATT
63 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
4746 TTAAATTGTTATGACTTTTTGTTATATCATAAACCAATTGTTTCTATTTAGAC
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * ** *
4799 AGGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGGATGATTAATAACTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* ** * *
4864 AAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTT
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTT
* * * *
4929 CAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAT
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * **
4981 AGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAGTGAAT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA-AGTAAAAG-AT
* * * * * * * * * *
5045 TAAAAAAAATGAATATGTTTA-CTAAACAAATTAAAATAATTATGAGTATCTAAAAAATTATCTA
63 T-TAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
5109 TTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGC
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
*
5164 AAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-
1 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTA-ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * **
5225 TTAAAAAA-ATATAT-TTTCT-AAACACA-TTCAAATAATTATGACTATTAGAGTAATTATCTAT
63 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
5286 TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATCAATT-TATTCTACTCAAAC
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATAC
* * * * *
5340 AAGCTCATGCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATACTTT-AAAATTATTAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
5404 AAAAAATAAATATGTTTATTGAGCAAGTTCAAATTGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTC
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
5469 AAGTCATTATGATCTTTTTTTTTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTTATAA
130 AAATCGTTATGA-C--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * ** *
5523 AAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGACTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
5588 AAAAAA-ATAATCTATTTACCAAACAAGTTCATATAATCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTT
65 AAAAAATA-AATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT
* * * * ** * * *
5652 TAAATAATCGTTTTGGCCTTTTGTTTAGTTTTGAAATAGTTGTTT-TAGTTCATAC
128 T-CA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * *
5707 ATGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
* * * *
5771 TTAAAAAATAAATATGTTTTTCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
63 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * *
5836 TAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGCTTCCGTTTATAA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
5889 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTGATAAGTTATAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
5954 AAAACATAATTCA-GTTTATC-ATATC-AGTTTAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAATAATCTA
65 AAAAAATAAAT-ATGTTTATCGA-A-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
6015 TTTCAAATCGTTATGAACTTTT-TTTT-TCATAAAATAATT-TTTTTCA-TCATAT
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
* * * * * * **
6067 AAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATATGTAGGAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * *
6132 AAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTT
65 AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
6196 CAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTGTCATAAAGCAATTCTTTCTGTTCATAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
6248 ACGCTTATTC-ATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
6312 TAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACGAA-TTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTAT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATC-GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
6375 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTTTTTTCAATTCTTAC
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATAC
* * ** * *
6430 TAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATT
1 -AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * *
6493 TAAAAAAACTAATTCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGTACAATTATCTAT
64 T-AAAAAA-TAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
6558 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCAAAT
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
6612 AAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT--AAGAATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * ** * * *
6675 AAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACTAGTTCAATTATTTACAAGTATTTGAACAATTATTTTTTT
65 AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
6739 CAAATTGCTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT-T-TT-ATAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * ** * *
6788 -AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATAAAAAGTAATAAGCAACAA-AT
1 AAG-CTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAGAT
* ** * * * * * * *
6851 TTAAAAAATAAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATATTTATGA-TAGTTCAACAATTATCTGT
63 TTAAAAAATAAATATGTT-TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
6914 TTTAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTTTTTATGTTCATAC
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
6968 AAGCTTATT-GAAATAACATAAT-TCTAATTTGTTAAAATTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * *
7031 TAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
7096 TAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAT-TTGCTATTCATAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATAC
* ** * * *
7148 AAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATACAAATTCATTAATATTAAAATAATTAATATGTAAAAGATT
1 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
7212 T-AAAAA-AAATTTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
7275 TAAATTGTTATGACTTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
7327 AAGCTTATTTGGATTGAAATACTATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAATAAAA-A-TT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
7390 ATAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATAATTAT-TGATT
65 A-AAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATT
* * ** *
7454 TCAAATCTTTATGACCATTTGTTTAATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATAC
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * ** * *
7507 AGGCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATGAGTAAGAA-ATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGATT
* * * * * * *
7571 TAAAAAATGAATATATTTGTC-ATACAAATTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
7635 TCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTATATTTATAC
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
7688 AAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTATGTAGAA-ATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
7752 TAAAAATAAATATATAT-TCTAACATA-TTCAAATAATTGTAACTATTTAAACAATTATTTATTT
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * ** *
7815 CAAATAGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT-TATTCATAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * *
7866 AAATTTATTC-----AAAATAA-AATAA--TACT-A-ATTT----ATTAATAAGTAAAAGATTTA
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * *
7917 AAAAATAAATTTGTTTATTGAGCAAGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATAGTTA-TGATTG
66 AAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG-T---T---CAAA--TA---GTT--AT-G--ACT-A---
* * * * * * ** *
7981 TTTAAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTTTTTTCCCATAAAAGAATTGTTTCTAT
110 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
*
8046 TCTTAC
175 TCATAC
* * * * * * *** **
8052 AAGTTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAATTTAATAGGTGGGAGACC
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * * *
8116 TAAAAAATAAATCTGTTCACCAAATAGGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
8181 TAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCTTAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * *
8233 AAAATTATTC-AGGATAAAATAATACTT-ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGAT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA-TTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
8292 TTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATC
63 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * *
8357 TCAAATTATTATGATC-ATTATTTTGTTA-AAAACAATTGATTT-T-TTCATAA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATAC
* * * ** * * * **** *
8407 AAGCTTATTTGGATTAGGATAATACTAA--T-TTAATA-ATAAAAATGAA-ATA-TTTTTG-TTG
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTT
* ** * * * *
8465 AACTAGTTCAAAT-TG-TTA-AG-ACTA-TT-AGAATAATTAT--CTATTT---TAA--ATC-A-
65 AA-AAAAT-AAATATGTTTATCGAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
8515 -T----T--TTA--ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATAC
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
8560 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTT-ATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * *
8624 T-AAAAA-AATTCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTG
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
8687 AAAATCATTTTGACCGTTTT-TTTTGCCCTAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAA
129 CAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * * *
8739 AATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT-ATTATTCAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AAAAGATT
* * * * *
8803 TAAAAACTAAAGCTAT-TTT-TTGAACTAGTTCAAATAGTTACT-ACTATTTGAACAAATATCAA
64 TAAAAAATAAA--TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
8865 TCTT-AAATCATAACGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTAATCATAC
126 T-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
8918 AAGCTTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTTGAAAATTAATAAG----AGATT
1 AAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * ** * * * *
8978 TAAAAAATAAATGTGTTT-GCTGAATTAGTTCAAAT-GATTAAGACTATTAGAATAATTATGTAT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
9041 TTGAAATCATTGTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATAT-TTT-TAGTTCATAC
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * *
9095 AAGCTTATT-TAGA-AAAATAAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
9158 TGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTGAATAATTATCTACT
64 T-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * *
9223 TAAAATCGTTATGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
9276 AAGTTTA-TCAAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATT
* ** * * *
9340 TAAAAAAAATAAATCA-GTTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTA
64 T--AAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
9404 TTTC-AAT--TTGTTACCTTTCGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-ACACAC
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
** * * ** * * *
9456 AAGCTTATTCGAAATAAAATTGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTATTTTTTTAAAT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATATTAATTTAT-TAATAT--TTAAA-AATTA-----ATAAGT
* * ** * * **
9521 ACAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTTTAAGAA-TT-AGTAAGAGATTTAAAAA
56 AAAAG---ATTT-AAA-AAATA-AATA-T-GTTTA-TCGAACAAGTTCA--AATAG--TT-ATGA
* * *** * * * * * **
9583 ATAAATATG-TTTATTGAATC-AATTCAAATAGTTAT-AAC---T-ATTTG--A-ACAATTATCT
107 CT--ATTTGAACAATT--ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-T
* * ** *
9638 ATTTCAAATTGTTAT
167 GTTTC-TATTCATAC
* ** * * ** * * *
9653 AATCTTTTATTCTGCCATAAAAT-A-ATTAATTTTGTTCATA--T-AAGTTTATTCAG-AATAAC
1 AAGC--TTATTC-GAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-AAG
* ** * * * ** * * * * * *
9712 ATAATACTAATTTAATAATATTT-T-GAA-AA-TTC--ATAACTAAGA-GATCTAAAAAATAAAT
61 AT-TTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TAT
* * * * *** * ** * * * *
9770 TTGTTTACAAATC--AAT-TCAAATAGTTAAGATTATATGAACAA-T-TATCTATTTCAAATTGT
123 CTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATA-AAACAATTGTTTCTA-TTC--A-T-A
*
9830 T
180 C
* * ** * * * * *
9831 ATGCCCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCGGAATAGAATG
1 AAG--C---TTA-TTCGAAATAAAATAA-TA-TT-AATTTAT-TAA---TATT--TAA-A-AAT-
* * * * * * ** *
9896 AAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAGATA-ATTTTATTTACT
48 TAA-TAA-GTA-AAAGA-TTTAAAAA---ATAAAT-A-TG-TTTA-TCGA-ACA----AGTT-C-
* * * * * * * *
9960 AAACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGG
95 AAA-TAGTT---ATGACT---A-T-T-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
10025 TTTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTTATAT
150 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
10056 AAGTTTGTTC-AAA-ATAA-AATACTAAGTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * * * *
10118 AAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATAATCTATTAC
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
10183 AAATCATTAT-AACTATTTGTTTTCT-TTCAAACAATTGATTCTGTTCATAC
130 AAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * * * * * ** ** *
10233 AATTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCCAAAATTAATAACCAAGAA-AAT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAGATT
* ** ** * * * * ** *
10297 TAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCAATTT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
10362 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT-T-TT-GTAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
10410 AAGCTTCTTTGGATTAAAATAATA-CAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * ** ** * *
10470 AAAAAATAAATTTTTTTATCGAACCAA-TTCATATGGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATGT
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
10534 CAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * *
10586 AAGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGA-T
* * * * * * *
10649 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGTACAAGTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATT
63 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * *
10714 TAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TAGTTAATAC
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * **
10767 AAGCTTATACGAAAT-AAATAACACTAATTTATTAATATTTTTTTAAATTAATAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA--TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * ** * * * * * *
10831 T-AAAAATAAATTTGATTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCTATTCGAACAATAATCTAATT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
10895 CAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTTTTGA-TCACAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT-ATTCATAC
* * * * * * *
10947 AAACTTATTCAAAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGATATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * ** * * * *
11012 AAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTGGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-TAATCT
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTT
* * * ** * *
11076 CAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCTGATT-GTAG
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
* * ** * * * *
11127 AAGTTTATTAG-GTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TTAAAATTATTAATAAGTAAGAGAT
1 AAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAA--ATTAATAAGTAAAAGAT
* * ** * ** * *
11190 TTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCTGTAT-AATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTAT
63 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
11254 TTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATAT
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAC
* * ** * * * * * * *
11308 AAGCTTATTAGAAATAAAA-AGTCCTAATATATTAACATTAAAAAAATCAATAAGCAAGATATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * ** ** *
11372 GAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAACTCAAATTCTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTAT
65 --AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TAT
* * * *
11436 TTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAA-ATATTG-TTGTAGTTCATAA
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * * *
11489 AAGCTTATGCAAAATAAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
1 AAGCTTATTCGAAAT--AAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-
* * * * * *
11554 TTTAAAAAATAAATCTAT-TTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAT
62 TTTAAAAAATAAA--TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** *
11618 ATTT-AAAAAGATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC
125 ATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * ** **
11674 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATAATCCAAAAATTAACGAGT----GATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * * * *
11735 AAAAAGTGAATCTGTTTA-CTAA-ATTAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATATAAT
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
11798 TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTC-A-TCACAC
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATAC
* * * * * * **
11849 AAGCCTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAATTAATAAATAGGAGATTT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * ** * * *
11913 AAAAAATAACTCTATTTA-C---C-A----AACGAG-T-T-CCTATTTGAAGAATTACCTATTTC
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * *
11966 AAATCATTATAACCTTTTGTCCTGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAC
130 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* ** * *
12017 AAGCTTATT-AAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-TAAAGAGAT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGAT
* ** ** * * ** *
12080 TTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAAGTAGTTCAAACAGTTAAAGACTACATGAATAATTATCTAT
63 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * **
12145 TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAATAATCATTTC-AGTTCATAC
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * *
12198 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-CAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GACTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
12258 AAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAA-ACATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAATAATTAT-TAAT
65 AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT
* * * * * ** * * *
12320 TTCAAATCATTATTACATTTTGTTTAGTCATATAACAAACGTTTTTAATCATTC
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
12374 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTA-TAATCTTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
12434 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATAAAACAATTG
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-----TA-TC
* * * * * * * **
12499 TATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTATTTATGTTTGTAC
124 TAT--TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * ** * * * *
12558 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
12623 -AAAATTAAATTTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
65 AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
12686 CAAAT-ATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCAATTCATAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATAC
* * * ** * *
12737 TAGCTTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAGATTAATAAGTAAGCA-ATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATT
* * * * * *
12801 TGAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
64 T-AAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
12865 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
12919 AAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
12980 AAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAATAATGACTATTTG-GCAAATTATTTATGT
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTT
* * * * * * * *
13044 CAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCAATTCATAT
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
13096 AAGCTTATTTGGATTAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *** * *
13161 --AAAATAAATATGTTTATTGAACTAA-ATCAAATAACCATGACTATTCGAATAATTATCTATTT
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
13223 CAAATCAG-TATGACCTTTTGTTTGGTTAGAAAAGAATTGTTTCAATTCATAT
129 CAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** * * *
13275 AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
13340 AAAAAATGAATCTGTTTATCAAACAAGTTTC-AATAATTCTGACTATTTG-A-AATT-GC----T
65 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *
13397 ---A----TA--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAC
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* *
13440 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTAATTAATA-TTAAGACAATTAA-AAGTAAAAAGA
1 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGT-AAAAGA
* * *
13502 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACTATTATCTA
62 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
13566 TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** *
13621 AAAATTATTC-AGAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
13681 TAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACAATTATCTATCT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-T
* * * *
13746 T-AGATCATTATGATCC--TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
128 TCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** ** * * * *
13797 AAGCTTATTC-AAACTAAAATGTTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATA
1 AAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * *
13861 TAAAAAA-AAATGTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATT
64 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
13924 TCAAATC
128 TCAAATC
13931 TTTTTGTTCA
Statistics
Matches: 7231, Mismatches: 1683, Indels: 1150
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.00
151 11 0.00
152 11 0.00
153 28 0.00
154 2 0.00
155 1 0.00
156 8 0.00
157 1 0.00
158 13 0.00
159 4 0.00
160 6 0.00
161 12 0.00
162 1 0.00
163 23 0.00
164 26 0.00
165 119 0.02
166 67 0.01
167 7 0.00
168 66 0.01
169 59 0.01
170 9 0.00
171 18 0.00
172 101 0.01
173 82 0.01
174 58 0.01
175 181 0.03
176 487 0.07
177 634 0.09
178 297 0.04
179 820 0.11
180 851 0.12
181 1365 0.19
182 537 0.07
183 381 0.05
184 354 0.05
185 177 0.02
186 31 0.00
187 14 0.00
188 45 0.01
189 16 0.00
190 4 0.00
191 15 0.00
192 18 0.00
193 3 0.00
194 15 0.00
195 20 0.00
196 10 0.00
197 15 0.00
198 15 0.00
199 10 0.00
200 24 0.00
201 46 0.01
202 5 0.00
203 10 0.00
204 2 0.00
205 5 0.00
206 3 0.00
207 1 0.00
208 4 0.00
209 6 0.00
212 2 0.00
213 6 0.00
214 3 0.00
215 3 0.00
216 2 0.00
217 3 0.00
218 2 0.00
219 4 0.00
220 2 0.00
222 2 0.00
225 3 0.00
226 2 0.00
227 7 0.00
228 10 0.00
229 16 0.00
230 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
AAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
Found at i:4991 original size:909 final size:911
Alignment explanation
Indices: 3353--7874 Score: 2103
Period size: 909 Copynumber: 5.0 Consensus size: 911
3343 TCATACAAGT
* * **
3353 TTATTTGGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGTAAAAGATT
1 TTATTTGGATTAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGT--AAG-AAAAGATT
* * *
3418 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATTTATTT
63 AAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * *
3483 CAAGTCATTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATTAGTTCATCTAGGCTTATTTGAA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAA-TATATTAGTTCATATAAGCTTATTCGAA
* * *
3548 ATAAAATAATTTATTAATATTCCAAAACTTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAC
192 ATAAAATAATTTATTAATATTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATATAC
* *** * *
3613 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
257 TAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAAACTTTTG
* * * *
3678 TTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTGAC
322 TTTTATCATAAAACAATTGTTCCTATACACACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTGAC
* * * * *
3743 CAATATTCCAAAAATAAATAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTTTTGAACACGTTCAAAT
387 CAATATT-CAAAAATAAATAAACAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
3808 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACTA
451 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATATCATAAACCA
* * * * *
3873 ATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCTAAAAAT
516 ATTGTTTCTATTCAGAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCGAAAAAT
* * * * * **
3938 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCGAGTTCAAATTGTTATGACTATTT
581 TAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGCCATGACTATTT
** * * *
4003 AAATAATTATTTATTTCAAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTC
646 AAATAATTATTTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTAGTTTTATTC
*
4068 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAGTTGGAAATT
711 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAGTTGGAAATT
4132 TAAAAAATAAATTTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGCCATTTGAACTATTACCAATTTC
776 TAAAAAATAAATTTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGCCATTTGAACTATTACCAATTTC
4197 AAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTTCAT
841 AAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTTCAT
4262 CTAAGC
906 CTAAGC
4268 TTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGT-A-AAAA-ATTAA
1 TTATTTGGATT-AAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAGAAAAGATTAA
* * *
4330 AAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
65 AAAAATAAATATATTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* ** *
4394 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAA-AA-AT-TTAGTTGATATAAGCTTATTCGAAAT
129 AAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATATATTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
** *
4456 AAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAT-AAGT-T
194 AAAAT-A-A-T---TTATTAATA-TTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA-TCT
* * *
4518 -TAT-C-GAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAAA
251 ATATACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAAA
* ** *
4580 CTTTTGTTTTAAT-ATAAAATAATT-TATTTTGA-ACACATAAGCTTATT-TCAAATAAAATAAT
316 CTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGT-TCCT-ATACACACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAAT
* * * *
4641 ATAAATTTACTAATATT-AAGACAACT-AATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG
377 ATAAATTGACCAATATTCAA-A-AA-TAAATAAACAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTATCG
* * * * * * *
4704 AACAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTT
438 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * * * *
4769 ATATCATAAACCAATTGTTTCTATTTAGACAGGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTA
503 ATATCATAAACCAATTGTTTCTATTCAGAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * *
4834 ATATTT-GGATGATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAAT
568 A-ATTTCGAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
4898 AGCCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTTC-AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA
632 AGCCATGACTATTTAAATAATTAT-TTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAA
* * * *
4962 CAATT-GTTTTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AA
696 CAATTAGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * * * * *
5025 AAATTAAAGAGTAAGTG-AATTAAAAAAAATGAATATGTTTACTAAACAAATTAAAATAATTATG
760 AAATT----AGT-TG-GAAATT-TAAAAAATAAATTTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
** * * ** * * * * * * *
5089 AGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTT
818 -CCATTTGAACTATTACCAATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTT
* * *
5154 CTATTGATGC---A--A---GC-T-T-A--
882 CTATTCATACAAAATTATTTTCATCTAAGC
* * * *
5171 -T-TTTGAATAAAATAATA-TAGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AAAA-ATTAA
1 TTATTTGGATTAAATAATACTA-ATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAGAAAAGATTAA
* * * * * *
5229 AAAAAT--ATAT-TTT-CTAAACACA-TTCAAATAATTATGACTATTAGAGTAATTATCTATTTC
65 AAAAATAAATATATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* ** * * * * * * * * *
5289 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATCAATTTATTCTA-CTCAAACAAGCTCATGCAAA
129 AAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATATA-T-TAGTTCATATAAGCTTATTCGAA
* * * *
5353 ATAAAATAACATTAATTTATTAATACTT-TAAAA-TTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
192 AT---A-AA-A-TAATTTATTAATA-TTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * ** * * * * * *
5416 TGTTTATTGAGCAAGTTCAAATTGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTCATTATGA
250 TATATACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * * * ** * * * **
5481 TCTTTTTTTTTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTTATAAAAGTTTATTCGGAATAAAATAAT
315 AC---TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCTATACACACAAGCTTATTCTAAATAAAATAAT
* ** * *** * * * * *
5546 ACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGACTTAAAAAA-ATAATCTATTTACCA
377 A-TAAATTGACCAATATTC-AAAAATAAATAA-ACAAAAATTTAAAAAATA-AATATATTTATCG
* * * * * * * * **
5609 AACAAGTTCATATAATCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTTAAATAATCGTTTTGGCCTTTT
438 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT--T-GTTATAACCTTTT
** * * * * * * *
5674 GTT-TAGTTTTGAAA-TAGTTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAAT
500 GTTATA-TCAT-AAACCAATTGTTTCTA-TTCAGAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * ** *
5736 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGC-AAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTTCAAACAA
562 TTATTAA-ATTTCGAAAAATTAATAA-CTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
* ** * * *
5799 ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTATTTTAT
624 GTTCAAATAGCCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
* *** * * *** * * *
5863 CATAAAACAATT-GCTTCCGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
689 AATAAAACAATTAG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
5927 TTT-AAAAAATTGATAAGTTATAGATTTAAAACAT-AATTCAGTTTATCAT-ATC-AGTTTAAAT
753 TTTCAAAAAA-T--T-AGTTGGAAATTTAAAAAATAAATTTA-TTT-GC-TGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
5988 -GATTATGGCCATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTTTT-TTTT-TCATAAAA
811 AG-TCAT-GCCATTTGAACTATTACCAATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTATCGTAAAA
*
6049 TAA-T-TTT-T-TTCAT-C------A---T-A--TAAGC
873 CAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTTCATCTAAGC
* * * * * * * *
6071 CTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATATGT-AG--GAGATTTA
1 TTATTTGG-ATTAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAGAAAAGATTAA
* * ** * * * *
6133 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCA
65 AAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * * * * *
6198 AATTGTTATAACTTTTTG-TTCTGTCATAAAGCAAT-TCTTTCTGTTCATACACGCTTATTC-AT
130 AATCATTATGACCTTTTGTTTC-ATCAAAAAACAATAT-ATT-AGTTCATATAAGCTTATTCGA-
* * * * * *
6260 AATAAAATAATACTAATGTAATAATAT-TATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
191 AATAAAATAAT--TTAT-TAAT-AT-TCCA--AAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAT
* * * * * * * * * * * *
6324 TTGTTTACTGAACGAA-TTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTAT
249 CTATATACTAAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT
* * * ** * * * * * ** *
6388 GACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATT-TGGAATAAAATA
313 AAACTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTCCTATACACAC-AAGCTTATTCT-AAATAAAATA
* * ** * * ** * * * *
6451 A-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAACTAATTCTATTTTT
375 ATATAAATTGACCAATA-TTCAAAAATAAATAAACAA-AAATTT-AAAAAA-TAAATATATTTAT
* * * ** * * *
6515 TGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGTACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
436 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * ** * *
6580 TTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCA-AATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTC
501 TTATATCAT-AAACCAATTGTTTCTATTCAGAA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** *
6643 ATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGT--AAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTC
564 ATTAA-ATTTCGAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
* *** ** * * * * * * *
6705 AATTATTTACAAGTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGC--TATGACCATTTGTTTTATCAT
628 AAATAGCCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTATAAT
* * ** *
6768 AAAATAATTA-TTTT-TT-ATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTA
692 AAAACAATTAGTTTTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATT-
* * **** * * * * * * *
6829 TAAAAAGTAATAAGCAACAAATTTAAAAAATAAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATATTTAT
755 TCAAAA--AATTAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTGC-TGAACAAGTTCAAATAGTCAT
** * * * * ** * * * **
6893 GATAGTTCAACAATTATCTGTTTTAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATT-TT
817 GCCATTTGAACTATTACCAATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTT
6956 T-TATGT--T-C------A---T-A-C-AAGC
881 TCTAT-TCATACAAAATTATTTTCATCTAAGC
* * * ** * *
6972 TTA-TTGAAATAACATAATTCTAATTTGTTAA-AATTCTAA-AAGTTAATAAGT---AATAGATT
1 TTATTTGGATTAA-ATAATACTAATTTACTAATATTTC-AACAA-TTAATAAGTAAGAAAAGATT
* * * * *** * * *
7031 TAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
63 AAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * ** * * * *
7096 TAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTGCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATATAT--TAGTTCATATAAGCTTA-TTCG
* * * *
7159 AAATAAAGTAATACAAATTCATTAATATT-AAAATAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAA--AA
190 AAAT-AA--AAT---AATTTATTAATATTCCAAA-ACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA
* * * * * * ***
7221 TTTATTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTA
248 TCTATATACT-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTA
* * * * * ** * * * * * *
7285 T-GACTTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGGATTGAAATA
312 TAAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCTATACACACAAGCTTATTCT-AAATAAAATA
* * * ** * * * * * * *
7348 CTATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAATAAAAA-TTATAAAAATGAATATGTTTATTG
375 ATATAAATTGACCAATA-TTCAAAAATAAATAAACAAAAATTTA-AAAAATAAATATATTTATCG
* * * * * *
7412 AACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATAATTAT-TGATTTCAAATCT-TTATGACCATTTG
438 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-ATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * *
7475 TT-TAATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATACAGGCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTT
501 TTAT-ATCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCAGAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** *
7538 ATT-AATATTC-AGAAAATTAATGAGTAAGAA-ATTTAAAAAATGAATATATTTGTC-ATACAAA
564 ATTAAAT-TTCGA-AAAATTAATAACTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-ACAAG
* ** * * * ** * * *
7599 TTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTC
625 TTCAAATAGCCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATA
* * * *
7663 ATTAAATAATT-GTTTATATTTATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
690 ATAAAACAATTAGTTT-TATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAACAATACT-AATTTATTAAT
* * * *
7725 A-TTCCAAAAATTACTATGTAGAAATTTTAAAAATAAATATATATT-CT-AACATA-TTCAAATA
752 ATTTCAAAAAATTAGT-TG--GAAATTTAAAAAATAAATTTAT-TTGCTGAACA-AGTTCAAATA
* ** * * * * *** * * * * *
7786 ATTGTAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAACCA
812 GTCAT-GCCATTTGAACTATTACCAATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACA
*
7850 ATTGTTT-TATTCATACAAATTTATT
875 ATTGTTTCTATTCATACAAAATTATT
7875 CAAAATAAAA
Statistics
Matches: 2822, Mismatches: 573, Indels: 429
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
893 2 0.00
894 13 0.00
895 176 0.06
896 24 0.01
897 121 0.04
898 181 0.06
899 194 0.07
900 260 0.09
901 45 0.02
902 145 0.05
903 60 0.02
904 39 0.01
905 203 0.07
906 148 0.05
907 67 0.02
908 420 0.15
909 421 0.15
910 105 0.04
911 11 0.00
912 32 0.01
913 11 0.00
914 5 0.00
915 44 0.02
916 95 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (911 bp):
TTATTTGGATTAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAGAAAAGATTAAA
AAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATATATTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAA
AATAATTTATTAATATTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATATACTAAA
CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAAACTTTTGTTTT
ATCATAAAACAATTGTTCCTATACACACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTGACCAAT
ATTCAAAAATAAATAAACAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATATCATAAACCAATTGT
TTCTATTCAGAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCGAAAAATTAATA
ACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGCCATGACTATTTAAATA
ATTATTTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTAGTTTTATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAGTTGGAAATTTAAAA
AATAAATTTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGCCATTTGAACTATTACCAATTTCAAATC
ATTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTTCATCTAAG
C
Found at i:5402 original size:540 final size:530
Alignment explanation
Indices: 3250--13930 Score: 3796
Period size: 540 Copynumber: 19.8 Consensus size: 530
3240 TTCAAATCTA
* * * * * *
3250 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-T-TGTTCAAATCATTTTTA-
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * * * *
3312 CTTTT-TTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTG-GATTAAATAATATTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
** * * * * *
3375 ATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AAG----A-ATTAAAAAAAT-AATATGTTTACTA
* * * * * * *
3440 AACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTT
186 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
** * * * *
3505 TCATCAAAAAACAATTGTATTAGTTCAT-CTAGGCTTATTT-G----AAATAAAATAATTTATTA
251 TTGTCATAAAATAATTGT-TT--TTCATAC-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTATTA
* * * * * * * *
3564 ATATTCCAAAACTTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATA
312 ATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAAT--ATATGTTTACTGAACAA-TTCAAATA
* ** *
3629 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
372 GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* ** * * * ** *
3694 TTGT-TCCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTGACCAATATTCCAAAAAT
437 TT-TATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATT-TAAAAAT
* * * *
3758 AAATAAGCAAAA-ATTTTAAAAATAAATATA
500 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
3788 TTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* *
3853 TTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG-TTTTATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT
* * * ** * *
3916 AATTTATTAA-ATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCG
128 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTAAAAAAAT-AATATGTTTACTAAACA
** * * * * * *
3980 AGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTA
190 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
4045 TCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA
254 TCATAAAATAA-T-TGTTT-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
4110 TTCAAAAAATTAGT-TG-GAAATTTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
315 TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAA-ATATATGTTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
4173 G-CCATTTGAACTATTACCAATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGT-
377 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TA
** * * *
4236 TTCTATTCATACAAAATTATTTTCATCTAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTACTAAT
441 TTCTATTCATACAAGCTTA---T--TC-AA----A-----A-TAAAATAACATTAATTTATTAAT
* * * *
4301 ATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATA
490 ATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
4343 TTTACCAAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
1 TTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
** * *
4407 CTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AA--AATTTAGTTGATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* ** * * * * *
4468 AGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAT-A-A-GTTTA-TCGAATAAG
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTAAAAAAATAATATGTTTACT-AAACAAG
* ** * * *
4529 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAAACTTTTGTTTTAAT-
192 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTC
* * ** *
4593 ATAAAATAATT-TATTTTGAACACATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATA-
256 ATAAAATAATTGT-TTTT---CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATAT
* * * * * * *
4656 TTAAGACAACTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAATTGT
316 TTAA-A-AATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAA-ATATATGTTTACT-GAACAA-TTCAAATAGT
* * * ** * * *
4720 TATGATTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTATATCATAAACCAATT
374 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * ** * * * **
4785 GT-TTCTATTTAGACAGGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGGATGATTA
439 -TATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA
*
4849 ATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
502 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* ** * * *
4878 TTTATCGAATAAGTTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTTCAAATCATTGTGAC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGAC
* * *
4943 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
5008 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAGTGAATTAAAAAAAATGAATATGTTTACTAAAC
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAA--GAATT-AAAAAAAT-AATATGTTTACTAAAC
* * * * * * * *
5072 AAATTAAAATAATTATGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTG
189 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
5137 TCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAGATTTATTAATA
254 TCATAAAATAATT-GTT-T-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATA-ATTTATTAATA
* *
5202 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATATAT-TTT-CTAAACACATTCAAATAATTATG
315 TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATATATGTTTACTGAACA-ATTCAAATAGTTATG
** * * *
5265 ACTA-TTAGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATCAATTTAT
378 ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTAT
* * * * *
5329 TCTACTCAAACAAGCTCATGCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATACTTT-AAAATTATTAA
442 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
5393 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
506 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
5418 TTTATTGAGCAAGTTCAAATTGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTCATTATGATC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C
* * * * * * * * *
5483 TTTTTTTTTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTTATAAAAGTTTATTCGGAATAAAATAATAC
65 --CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * *
5548 TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGACTTAAAAAAATAATCTATTTACCAAAC
127 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-T-AAGAATTAAAAAAATAATATGTTTACTAAAC
* * * * * * *
5612 AAGTTCATATAATCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTTAAATAATCGTTTTGGCCTTTTGTT
189 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTT-CA-AATCGTTATGACCTTTTGTT
* ** * * * *** *
5677 TAGTTTTGAAATAGTTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTA
251 TTGTCATAAAATAATTG-TTT--TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA-TATAATTTATTA
* * * * * *
5742 ACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTT-TTCAAACAAATTCAAA
312 ATATT-TAAAAATTAATAAG-TAAAAA--TTAAAAAA-ATATATGTTTACT-GAAC-AATTCAAA
* *
5806 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAC
370 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
** ** * * * * *
5871 AATTGCTTCCGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAA
435 AATTTATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTT-AAAAA
* * * * *
5936 TTGATAAGTTATAGATTTAAAACATAATTCA-G
499 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATG
* * * * *
5968 TTTATC-ATATC-AGTTTAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATG
1 TTTATCGA-A-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
6030 AACTTTT-TTTT-TCATAAAATAATTTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATAC
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
6092 TAATTTATTAATATTTTAATAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACC
127 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTAAAAAAAT-AATATGTTTACTAAACA
* * * * * * *
6157 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTGT
190 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * *** * *
6222 CATAAAGCAATTCTTTCTGTTCATACACGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
255 CATAAAATAATT-GTT-T-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* * * * * *
6287 TATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACGAATTTAAATAGTTA
316 T-TAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAA-ATATATGTTTACTGAAC-AATTCAAATAGTTA
* * * * * * * ** *
6352 AGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTTT
376 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTT
* * * ***
6417 TTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAACA--AATTTATTAATATTTCAAAAATTA
440 ATTCTATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAAT-AACATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA
* * * * *
6479 ATCAGTAAGAGATTTAAAAAAACTAATTCTA
502 ATAAGTAAAAGATTT-AAAAAA-TAAATATG
* * * * * * *
6510 TTTTTTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGTACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * *
6575 TTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG-TTTTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* ** * *
6639 ATTCATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAATT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGT
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTAAAAAAAT-AATATGTTTACTAAACAAGT
* * ** * * * * * * *
6703 TCAATTATTTACAAGTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGCTATGACCATTTGTTTTATCAT
193 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
6768 AAAATAATTATTTTTTATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATAA
258 AAAATAATTGTTTTTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATT-TAA
* * * * ** * * *
6832 AAAGTAATAAGCAACAAATTTAAAAAATAAATCTGTTGGCTTGACCAATGCAAATATTTATGA-T
320 AAATTAATAAGTAA-AAA-TTAAAAAA-ATATATGTTTAC-TGAACAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
6896 AGTTCAACAATTATCTGTTTTAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTTTTTAT
381 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTATTCT
* * * * * * *
6960 GTTCATACAAGCTTATT-GAAATAACATAA-TTCTAATTTGTTAAAATTCTAAAAGTTAATAAGT
445 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAT-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * *
7023 AATAGATTTAAAAAATGAATCTG
508 AAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
7046 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * *
7111 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATAT-TTGCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT-TTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
7175 ATTCATTAATA-TTAAAATAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAA-AATTTATTTA-TCAAATAA
129 ATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGA-ATTAAAAAAATAATATGTTTACT-AAACAA
* * * * * *
7237 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGCTTTGTC
191 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
7302 ATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAATACTATTAATTTATTAATATT
256 ATAAAATAA-T-TGTTT-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-T
* * * * * * *
7367 TTAACAATTAATAAATAAAAATTATAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATA
316 TTAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAAT--ATATGTTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATG
* * * *
7432 ACTATTTAAATAATTAT-TGATTTCAAATCTTTATGACCATTTGTTTAATCATAAAACAATTGTA
378 ACTATTTAAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TA
* ** *
7496 -T-TAGTTCATACAGGCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAAT
441 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT
* * *
7559 GAGTAAGAA-ATTTAAAAAATGAATATA
504 AAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * *
7586 TTTGTC-ATACAAATTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAC
1 TTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * *
7650 CTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTATATTTATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATA-T
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACT
* * * ** *
7713 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTATGT-AGAAATTTTAAAAATAAATATATATT-CT-AAC
128 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AATTAAAAAAAT-AATATGT-TTACTAAAC
* * * * * * **
7775 ATA-TTCAAATAATTGTAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATATTTTGTTTT
189 A-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
** ** ***
7839 GTCATAAACCAATTGTTTTATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
253 GTCATAAAATAATTG-TTT-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
** ***** * * * * * * * *
7904 AGTAAAAGATTTAA-AA--AATAAATTTGTTTATTGAGCAAGCTCAATAAACAAATTTATTTTTT
315 TTTAAAA-A-TTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAAT-A-TATGTTTACTGAAC--A---A---TTC
* * * * * * **
7966 AAATAGTTATGATTGTTTAAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTTTTTTCCCATA
367 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * *
8030 AAAGAATTGT-TTCTATTCTTACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
431 AAACAATT-TATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATT-T
* * * *** ** *
8094 GAAATTTAATAGGTGGGAGACCTAAAAAATAAATCTG
494 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * * * * *
8131 TTCACCAAATAGGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * ** * * *
8196 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCTTACAAAATTA-TTCAGGATAAAATAATACTT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
** * * * * *
8260 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TCGAACTAG
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTAAAAAAAT-AATATGTTTACT-AAACAAG
* * * * ** * * * *
8321 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-ATTATTTTGTTA
192 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** *
8385 -AAAACAATTGATTTTTTCATAAAAGCTTATTTGG-AT----TAGGATAA--TACT-A-A--T--
257 TAAAATAATTG--TTTTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTAA
* ** * * *
8436 ---TTAATAA-TAAAAA-T---GAAATAT-T-TTTGTTGAACTAGTTCAAATTGTTAAGACTA-T
320 AAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATATATGTTTACTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
8490 TAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAA-TTATTTCAA
384 TA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTTA-TTCTA
*** * * * * *
8553 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTT-ATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGCA
446 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACA-TTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTA
* * * *
8617 AGAGATTT-AAAAA-AATTCTA
509 AAAGATTTAAAAAATAAATATG
* ** * *
8637 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTGAAAATCATTTTGACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * **
8702 GTTTT-TTTTGCCCTAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
66 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
8766 CTTTATTAATATTTCAAAAATT-ATTATTCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTT-TTGAAC
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGA-ATTAAAAAAAT-AA--TATGTTTACTAAAC
* * * * * * * *
8828 TAGTTCAAATAGTTACT-ACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATAACGATC-TTTGTTT
189 AAGTTCAAATAATTA-TGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* *
8890 TGTCATAAAA-AATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATA
252 TGTCATAAAATAATTGTTT-T--TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATA-TAATTTATTA
* * * * * * * * *
8953 AAATTTTGAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATTAGTTCAAAT-GA
312 ATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAA-ATATATGTTTACTGAA-CAATTCAAATAG-
* * * * * * * *
9015 TTAAGACTA-TTAGAATAATTATGTATTTGAAATCATTGTAACTTTTTG-TTTAGTCATAAAATA
373 TTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACA
* * *
9078 ATATT-TT-TAGTTCATACAAGCTTATT-TAGA-AAAATAA-ATACTAATTTATTAACATTTAAA
436 AT-TTATTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAT--TAATTTATTAATATTT-AA
* * *
9138 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTG
496 AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATG
* * * * * * **
9174 TTTATCGAATAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTGAATAATTATCTACTTAAAATCGTTATGAAT
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *** *
9239 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGTTTATCAAAAATAAAATAATACTAC
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * *
9304 TTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAA-ATCAGTTTATTGAAT
130 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGA-A-TT-AAAAAAATAATAT--GTTTACTAAAC
* * * * * *
9367 TAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTC-AAT--TTGTTACCTTTCGTTTTG
189 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * **
9429 TCATAAAATAATTGTTTTTCAACACACAAGCTTATTCGAAATAAAATTGTTATTATTTTTTGTTT
254 TCATAAAATAATTGTTTTT---CATACAAGCTTATTTGGAATAAAA-TAATA-TAATTTAT-TAA
* * * * * * *
9494 TGTCATTAAATAATTATTTTTTTAAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTTT
313 TAT--TTAAA-AATTA-----ATAAGTA-AA----AATT-AAA-AAAAT-ATA-T-GTTTA-CTG
* * * * * ** * *** *
9559 AAGAA-T----TAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATATGT-TTATTGAATCA--AT-TCAAATA
359 AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT---TATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * ** * * ***
9613 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTCTGCCATAAAAT-A
420 GTTTTATC-A-TAAAACAA-T-T-TA-TTC-TATTCATACAAGC--TTATTC-AAAATAAAATAA
* * ** * * * * ** * * *
9677 -ATTAATTTTGTTCATA--T-AAGTTTATTCAG-AATAACATAATACTAATTTAATAATA
475 CATTAA-TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGAT-TTAAAAAATAAAT-ATG
** * * * * * * * * * *
9732 TTT-T-GAA-AA-TTC--ATAACTAAGA-GATCTAAAAAATAAATTTGTTTACAAATC--AAT-T
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT-TATCTATTT-CAAATCGTTATGA
*** * ** * * * * * * **
9787 CAAATAGTTAAGATTATATGAACAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGCCCTTTTTATTTTGTCA
64 CCTTTTGTTTTG-TCATA-AAACAATTGTTTTA-TTC--A-T-ATAAG--C---TTA-TTTGAAA
* * * ** * ** * * *
9851 TAAAACAAT--T-ATTTCA--ACTCA-TAC-AAGCTTATTCGGAATAGAATGAAACTAATTTATT
116 TAAAATAATACTAATTT-ATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAATTAAA--AA---AAT
** * * * * * ** * * * * *
9909 AATAT-TTTAAAAATTTATAAG-T-AAGAGATTTA-GAAGATAATTTTATTTACTAAACCAGTTC
173 AATATGTTTACTAA---ACAAGTTCAA-ATAATTATG-A-CT-ATTTGA-ACAATTATCTATTTC
** * * * * *** * *** *
9970 AAATAATTAT-AACTATGTGAATAATTATCTATTTCA-AATTG-TTAT--TAC-TTTTTGGTTTG
230 AAATCGTTATGACCT-TTTG--T-TTTGTC-ATAAAATAATTGTTTTTCATACAAGCTT-ATTTG
** * ** * * * * *
10029 TTATAAAATAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATACTAAGTTATTAATATTT
289 GAATAAAATAA----TATAATTTAT-TAA-TAT-TT---AA-AAATTAATAAG-TA--AAAATTA
** * * * * * ** * * * *
10094 AAAAAAT-TAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGT-AAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTT
340 AAAAAATAT-AT--GT---TTACTGAACAATTCAAA--TAGTTA--TGACTATTT-AAACAATTA
* * * * * * * *
10157 TGACTATTTGAATAATAATCTATTACAAATCATTATAACTATTTGTTTTCTTTCAAACAATTGAT
394 T--CTATTT-CA-AATCAT-TATGAC----C-TT-T---T-GTT-TTATC-ATAAAACAATTTAT
* ** * * * * * **
10222 TCTGTTCATACAATTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCCAAAATTAATAA
442 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
** * * *
10287 CCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTA
506 GTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATG
* ** * * * * * * *
10312 ATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * *
10377 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTT-TT-GTACAAGCTTCTTTGGATTAAAATAATAC-AAT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
10438 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACCAA-TT
131 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTAAAAAAAT-AATATGTTTA-CTAAACAAGTT
* ** ** ** * * * * *
10499 CATATGGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATGTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATA
194 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * *
10564 AAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAA
259 AAATAATTG-TTT--TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAA
* * * * * * *
10629 AAATTAATAAG-AAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGTACAAGTCCAAATAGTTATTA
320 AAATTAATAAGTAAA-A-A--TTAAAAAA-ATATATGTTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
10693 CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGT-TT
379 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TATT
* * * * **
10757 -TAGTTAATACAAGCTTATACGAAAT-AAATAACACTAATTTATTAATATTTTTTTAAATTAATA
443 CTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATA--TTTAAAAATTAATA
*
10820 AGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTG
505 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * ** * * * * * * * *
10845 ATTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCTATTCGAACAATAATCTAATTCAAATCATTATGACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * ** *
10910 TTTTCTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTTT-TGATCACACAAACTTATTCAAAATAAAATTATACT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAT--TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * *
10973 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACT
128 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTAAAAAAAT-AATATGTTTACT-AAACA
* * * * * * * *
11037 GGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-TAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTG
190 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** ** * * * * * *
11100 TCATAAAAAAATCATTTCTGATTGTAGAAGTTTATTAGG-TTAAAAATAAAACTAATTTAATAAT
254 TCATAAAATAATTGTTT-T--TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * ** *
11164 A-TTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAAC-CTGT-ATAATT
314 ATTTAAAA--ATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATATATGT-TTACT-GAACAAT-TCA-AA-T
** * * ** * *
11226 AGTTAAAACTA-TTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAA
371 AGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
* * * * * * * *
11289 -TATTTGTT-TCATATCATATAAGCTTATT-AGAAATAAAA-AGTC-CTAATATATTAACATTAA
434 CAATTTATTCT-AT-TCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATA-ACATTAATTTATTAATATT-T
* * * * * *
11349 AAAAATCAATAAGCAAGATATTTGAAAAAAATAAATCTA
494 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAAATAAATATG
* * ** ** *
11388 TTTACCAAACAAACTCAAATTCTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTATTTAAAATCGTTATGAC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGAC
* * * *** *
11452 C-TTTGTTTTGTTATAAAA-ATATTGTTGTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAAAAAAATA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAAT--AAAATAATA
* * * * ** *
11515 CTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTAT-TTTTTTG
126 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-A-TTAAAAAAAT-AA--TATGTTTACTA
* * * * * ** *
11579 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATATTT-AAAAAGATTATGACCTTTTAT
186 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGT
* * *
11643 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTT
250 TTTGTCATAAAATAATTGTTT---TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-ATAATTTATT
** ** * * * * * * *
11708 AATAATCCAAAAATTAACGAGT---GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTAAATTAGTTCAAATA
311 AAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAAT--ATATGTTTACTGAA-CAATTCAAATA
* * * * * * * * *
11770 ATTGTGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
372 GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * * *
11835 TATT-TTC-A-TCACACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAATT
437 T-TTATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTAAAAATT
* ** * * *
11897 AATAAATAGGAGATTTAAAAAATAACTCTA
501 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * * *
11927 TTTA-C---C-A----AACGAG-T-T-CCTATTTGAAGAATTACCTATTTCAAATCATTATAACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
** * * * * * *
11980 TTTTGTCCTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAAGAATAAAATAATGCTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* ** * * * **
12044 ATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAAGTA
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGA-ATTAAAAAAAT-AATATGTTTACTAAACAA
* * * ** * * *
12108 GTTCAAACAGTTAAAGACTACATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-T
191 GTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * *** * *
12172 CATAAAATAATCATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTATTAATATT
255 CATAAAATAATTGTTT---TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
12237 CCAAAAATTAATAAGT--GACTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACATTTCAAATAATTATGG
317 -TAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAA-ATATATGTTTACTG-AACAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
12300 CCATTTTAATAATTAT-TAATTTCAAATCATTATTACATTTTG-TTTAGTCATATAACAAACGTT
379 CTATTTAAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAAC-AA-TTT
* * * * * *
12363 -TT-TAATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTA-TAATCTTTCAAAAATTAAT
440 ATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT
* *
12425 AAG----AGATTTAAAAAATAAATCTA
504 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * *
12448 TTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATAAAACAATTGTATACTTCAAATTG
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG---AAT-----AATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * ** * *
12513 TTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTATTTATGTTTGTACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
58 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
** * * ** * *
12578 AATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAATTA-AATTTGTTTGCT
122 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-A-AGAATTAAAAAAATAATATGTTTACT
* * * * * * * *
12642 GAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATCATTTGT
185 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
12706 TTTGTCATAAAACAATT-TTTGCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTAT
250 TTTGTCATAAAATAATTGTTT----TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTAT
* * * *
12770 TAATATTTCAAAGATTAATAAGTAAGCAATTTGAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAATTCA
310 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAA--AAATTAAAAAAAT-A-TATGTTTA-CTGAA-CAATTCA
* * * ** *
12834 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
368 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * *** * * * *
12899 ACAAATGTT-TT-TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCA
433 AC-AAT-TTATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTT-A
* *
12962 AAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATTTA
495 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * *
12994 TTTATCAAACCAGTTCAAATAATAATGACTATTTGGCA-AATTATTTATGTCAAATCATTATAAC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
13058 TTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
13123 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAATA-AATATGTTTATTGAACTAA-
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAATTAAAAAAATAATATGTTTACTAAAC-AAG
* ** * * * *
13186 ATCAAATAACCATGACTATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCAG-TATGACCTTTTGTTTGGTT
192 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
13250 AGAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAAATTATTAATATT
256 ATAAAATAATTGTTT---TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * * * *
13315 CTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-T---CAA---ACA-AGTT-TC
317 -TAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAAT--ATATGTTTACTGAACAATTCAAATAGTTATG
* * * * *** * * * *
13371 AATAATT---C--TGA-CTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT
378 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTATT
* * *
13430 CTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTAATTAATA-TTAAGACAATTAA-A
443 CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATA
* *
13492 AGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
505 AGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATATG
*
13519 TTTATCGAACAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 TTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * ** * *
13582 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATAT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * * * *
13646 TATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TCGAACT
127 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTAAAAAAAT-AATATGTTTACT-AAACA
* * *
13707 AGTTCAAATAGA-TATAACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AGATCATTATGATCC--TTGTTT
190 AGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTT
* * ** ** * * *
13768 TATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAACTAAAATGTTGCTAAATTAATA
252 TGTCATAAAATAATTG-TT-T-TTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAAT-ATAATTTATTA
* * * * *
13832 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAAAAATGTGTTT-GTCAAACCAATTCAAATA
312 ATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAAT-TAAAAAAATATATGTTTACT-GAA-CAATTCAAATA
* *
13896 GTTAAGACTA-TTAGAACAATTATTTATTTCAAATC
372 GTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATC
13931 TTTTTGTTCA
Statistics
Matches: 7682, Mismatches: 1795, Indels: 1333
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
505 6 0.00
506 114 0.01
507 18 0.00
508 113 0.01
509 3 0.00
510 76 0.01
511 28 0.00
512 2 0.00
514 1 0.00
515 5 0.00
516 3 0.00
517 3 0.00
518 1 0.00
519 9 0.00
520 11 0.00
521 121 0.02
522 90 0.01
523 156 0.02
524 98 0.01
525 237 0.03
526 51 0.01
527 39 0.01
528 46 0.01
529 15 0.00
530 12 0.00
531 6 0.00
532 10 0.00
533 120 0.02
534 89 0.01
535 210 0.03
536 324 0.04
537 340 0.04
538 491 0.06
539 420 0.05
540 747 0.10
541 575 0.07
542 383 0.05
543 385 0.05
544 202 0.03
545 449 0.06
546 327 0.04
547 129 0.02
548 21 0.00
549 125 0.02
550 126 0.02
551 163 0.02
552 42 0.01
553 17 0.00
554 73 0.01
555 95 0.01
556 30 0.00
557 38 0.00
558 44 0.01
559 30 0.00
560 22 0.00
561 28 0.00
562 35 0.00
563 12 0.00
564 19 0.00
565 34 0.00
566 10 0.00
567 13 0.00
568 35 0.00
569 16 0.00
570 11 0.00
571 8 0.00
573 16 0.00
574 7 0.00
575 6 0.00
576 4 0.00
577 15 0.00
578 12 0.00
579 6 0.00
580 12 0.00
581 12 0.00
582 11 0.00
583 6 0.00
584 6 0.00
585 14 0.00
586 24 0.00
587 13 0.00
588 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTAAAAAAATAATATGTTTACTAAACAAGTTCA
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ATAATTGTTTTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTAAAAATTA
ATAAGTAAAAATTAAAAAAATATATGTTTACTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTATTCTATTCATACAAG
CTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
AATAAATATG
Found at i:5502 original size:359 final size:349
Alignment explanation
Indices: 4278--9365 Score: 1719
Period size: 359 Copynumber: 14.2 Consensus size: 349
4268 TTATTTGGAT
* * * * *
4278 TAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AA-AATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
*** * * * * * * *
4343 TTTACCAAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
63 TTTATTGAACAAG-TTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
4407 CTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATT-TAGTT-GA--TAT--AAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
127 TTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT--TTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
* ** * * * *
4466 TAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATA-AGTTTATCGAATAAGT
190 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATATA-TTT-TCTAA-AAAT
* * * * * *
4530 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAAACTTTTGTTTTAATAT
252 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTAT
* *
4595 AAAAT-AATTTATTTTGAACACATAAGCTTATTTCAAA
316 -AAATCAATTTA-TTT-ATCAAATAAGCTTA-TTCAAA
* * * * * * * *
4632 TAAAATAATATAAATTTACTAATATTAAGACAACTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA-A-AA-TTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * **
4697 TTTATCGAACAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACT
63 TTTATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * *
4762 TTTTGTTATATCATAAACCAATTGTTTCTATTTA-GACAGGCTTATTCGGATTAAAATAATATTA
128 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATG-CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
** ** * * * *
4826 ATTTATTAATATTTGGATGATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAG
192 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT--AAAA-AAATATATTT-TCTAA-AAA
*** * *
4891 TTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTA
251 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
* * * *
4956 ATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAA
314 ATAAATCAATT-TATTTA--TCAAATAAGCTTA-TTCAAA
* ** * *
4995 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTAAGTGAATTAAAAAAAATGAATA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--AAAATTATA-AGTAAAAG-ATT-TAAAAAATAAATA
* * * ** * * * *
5060 TGTTTACTAAACAAATTAAAATAATTATGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAACATTATGA
61 TGTTTATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * * * **
5125 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-T
126 CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
5189 AGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATATATTTTCTAAACACATT
191 A-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATATATTTTCTAAA-A-ATT
* * *
5253 CAAATAATTATGACTATTAGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
253 CAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-ATA
* * *
5318 AATCAATTTATTCTACTCAAACAAGCTCATGCAAAA
317 AATCAATTTATT-TA-TCAAATAAGCTTATTC-AAA
*
5354 TAAAATAACATTAATTTATTAATACTTTAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAATTA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * *
5419 TTATTGAGCAAGTTCAAATTGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTCATTATGATCT
64 TTATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-C-
* * ** *
5484 TTTTTTTTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTTATAAAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACT
127 -TTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
** * *
5549 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGACTTAAAAAAATAATCTATTTACCAAACA
191 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAAT-A--TATTTTCTAAA-A
* * * * * * *
5613 AGTTCATATAATCATGTCTATTTGAACT-ATTATCTATTTTAAATAATCGTTTTGGCCTTTTGTT
250 A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAA-TAATTATCTA-TTT-CA-AATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
5677 TAGTTTTGAAAT-AGTTGT-TTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAA
310 TTG-TAT-AAATCAATT-TATTTA--TCAAATAAGCTTATTC-AAA
* * * *
5721 TAAAATAAT-TCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATA
1 TAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT--TAAAATT-ATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
5785 TGTTT-TTCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
61 TGTTTATT-GAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * ** ** * ** *
5849 ACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGCTTCCGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAT
125 ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
* * * * * *
5914 TACTTTATTAATATTTAAAAAATTGATAAGTTATAGATTTAAAACATAAT-TCAGTTTATCATAT
190 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAA-A-AATAT-A-TTT-TC-TAA
* * * * * * * * * *
5978 CAGTTTAAATGATTATGGCCATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTT-TTTT-
248 AAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * **
6041 TCATAAAAT-AATTTTTTTCATCATATAAGCCTATTTGGAA
313 T-AT-AAATCAATTTATTT-ATCAAATAAGCTTA-TTCAAA
* * ** *
6081 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAA-AATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * ** *
6146 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACT
63 TTTATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * * * * * **
6211 TTTTGTTCTGTCATAAAGCAATTCTTTCTGTTCATACACGCTTATTCATAATAAAATAATACTAA
128 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
6276 TGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACGAA
193 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAA-ATATAT-TTT-CT-AA-AAA
* * * * * * * * *
6340 TTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTG
251 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TA
* * * **
6405 TAAAAT-AATTTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTGGAA
315 T-AAATCAATTTATTT--A-TC-AAATAAGCTTA-TTCAAA
** * * * *
6444 TAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAACTAATTC
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--AAAATT-ATAAGTAAAAGATTT-AAAAAA-TAAATA
* * * * ** ** * * *
6508 TATTTTTTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGTACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
61 TGTTTATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *** * * * *
6573 CATTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATAT
126 CTTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
* ** * * *
6637 TAATTCATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGA-ATTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTA
190 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAA-ATATAT-TTT-CTAAA--A
* * * ** * * * * *** * *
6701 GTTCAATTATTTACAAGTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGCTATGACCATTTGTTTTATC
250 ATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
** **
6766 ATAAAAT-AA-TTATTT-T-TTATACAGTCTTATTTGGAA
314 AT-AAATCAATTTATTTATCAAATA-AG-CTTA-TTCAAA
* ** * * *
6802 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATAAAAAGTAATAAGCAACAA-ATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T-AAAA-TTATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATAT
** * ** * * * * * *
6866 GTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAT-TTATGA-TAGTTCAACAATTATCTGTTTTAAAT-AGTTAT
62 GTT-TATTGAACAAGTTAAAAT-TGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCA-TTAT
* * * * * *
6927 AACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATT-TTT-TATGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAACATAA
124 GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT-TT-ATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAA
* * * * * * * *
6989 TTCTAATTTGTTAA-AATTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTG
187 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAT--ATAT-TTT-CT-
* * * * * *
7053 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTT
246 AA-AAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
7118 TTGTCATAAAAT-AATATT-TGCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA
310 TTGT-AT-AAATCAAT-TTAT-TTA-TCAAATAAGCTTA-TTCAAA
* ** * * * * *
7162 TAAAGTAATACAAATTCATTAATATTAAAATAATTAATATGTAAAAGATTT-AAAAA-AAATTTA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAA-AATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * * * * **
7225 TTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACT
63 TTTATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * * * * * * * * * *
7290 TTTTGCTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAATACTATTAA
128 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
7355 TTTATTAATATTTTAACAATTAATAAATAAAA-ATTATAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGT
193 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAT--ATAT-TTT-CT-AA-AAAT
* * * * * **
7419 TCAAATAATCATAACTATTTAAATAATTAT-TGATTTCAAATCTTTATGACCATTTGTTTAATCA
252 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-A
* * * *
7483 TAAAACAATTGTA-TTAGTTCATACAGGCTTATTCAAAA
315 TAAATCAATT-TATTTA--TCAAATAAGCTTATTC-AAA
* ** * * *
7521 TAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATGAGTAAGAA-ATTTAAAAAATGAATAT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT--TAAAATT-ATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * * * ** *
7585 ATTT-GTCATACAAATTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA
62 GTTTATTGA-ACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * **
7649 CCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTATATTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-T
126 CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * * ** * *
7713 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTATGTAGAAATTTTAAAAATAAATATATATTCTAACATA
191 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATT-AAAA-AAATATATTTTCTAA-AAA
* * * * * * **
7778 TTCAAATAATTGTAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAATATTTTGTTTTGTC
251 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT-
* * * **
7842 ATAAACCAATTGT-TTTATTCATACAAATTTATTCAAAA
314 ATAAATCAATT-TATTTA-TCAAATAAGCTTATTC-AAA
* * * * * **** * * ** *
7880 TAAAATAATACTAATTTATTAATAAGTAAAAGATT-TAA-AAAATAAATTTGTTTATTGAGCAAG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTAAA-ATTATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * *
7943 CTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATAGTTATGATTGTTTAAATAATTATTTATTTCAAAT-AG
63 TTTATTGAAC-AAGTTA------AAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCA-
** * * * **
8007 TTATGATCTTTTT-TTTTCCCATAAAAGAATTGTTTCTATTCT-TACAAGTTTATTTAGAATAAA
120 TTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT-TATGCAAGCTTATTCGGAATAAA
* * * *** * *
8070 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAATTTAATAGGTGGGAGACCT-AAAAAATAAATCTGTT
183 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAATATAT-T-TT
* * * * * * *
8133 C-ACCAAATAGGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCT
244 CTA--AAA-A--TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * ** * ** *
8197 TTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTTTGTTCTTACAAAATTATTCAGGA
304 TTTGTTTTGT-AT-AAATCAATT-TATTT-ATCAAATAAGCTTATTCA-AA
* * *
8247 TAAAATAATACTT-ATTTATTAATATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTG
1 TAAAATAATA-TTAATTTATTAATA-TTT-AAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * * *
8308 TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-T
63 TTTATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
** * * * * ** * * **
8372 CATTATTTTGTTA-AAAACAATTGATTT-T-TTCATAAAAGCTTATTTGGATTAGGATAATACTA
128 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
* * * * * *
8434 A--T-TTAATA----ATAAA--AAT--G--AAATATT-------T-T-TGTT-GAACTAGTTCAA
192 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATATATTTTCTAA-AAATTCAA
** * * * * * *
8476 ATTGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
256 ATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AT-AAA
* * **
8541 T-AA-TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAA
319 TCAATTTATTT--A-TCAAATAAGCTTA-TTCAAA
* * * * * *
8574 TAAAATAATACTT-ATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTT-AAAAA-AATTCT
1 TAAAATAATA-TTAATTTATTAATATT--TAAAATTA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * ** *
8636 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTGAAAATCATTTTGAC
62 GTTTATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-
* ** * * ** * **
8701 CGTTTT-TTTTGCCCTAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATAC
126 CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
* * * * *
8764 TACTTTATTAATATTTCAAAAATT-ATTATTCAAGAGATTTAAAAACTAA-AGCTATTTTTTGAA
190 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAGA-TTAAAAA--AATA--TATTTTCT-AA
* * * * * * * * *
8827 CTAGTTCAAATAGTTACT-ACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATAACGATC-TTTGTT
248 -AAATTCAAATAATTA-TGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * **
8889 TTGTCATAAA-AAATTGT-TTCTAATCATACAAGCTTATTCGGA
310 TTGT-ATAAATCAATT-TATT-T-ATCAAATAAGCTTATTCAAA
* * * * *
8931 TAAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
1 T-AAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT-AAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** ** * * * * * * *
8993 TTTGCTGAATTAGTTCAAA-TGATTAAGACTA-TTAGAATAATTATGTATTTGAAATCATTGTAA
63 TTTATTGAACAAGTTAAAATTG-TTATGACTATTTA-AAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * * **
9056 CTTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATAT-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAG-A-AAAATAAA
126 CTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAT-TGTTTCTA-TTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAAT-AA
* * * * * *
9116 TACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTT-TATC
187 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAATATAT-T-TTCTA--
* ** * * * * **
9180 GAATAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTGAATAATTATCTACTTAAAATCGTTATGAATTTTTGT
247 -AA-AA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* *
9245 TTTGTCATAAAACAA-TTATTTCAATTCATAA-AAGTTTA-TCAAAAA
309 TTTGT-ATAAATCAATTTATTT--A-TCA-AATAAGCTTATTC--AAA
* * *
9290 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--AAAATT-ATAAGTAAAAGATTT--AAAAAATAAAT-
9355 A-GTTTATTGAA
60 ATGTTTATTGAA
9366 TTAGTTCAAA
Statistics
Matches: 3666, Mismatches: 785, Indels: 556
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
325 4 0.00
326 3 0.00
327 100 0.03
328 3 0.00
329 60 0.02
330 16 0.00
331 24 0.01
332 27 0.01
333 1 0.00
334 1 0.00
335 7 0.00
339 4 0.00
340 2 0.00
341 1 0.00
342 2 0.00
344 1 0.00
345 3 0.00
346 5 0.00
348 2 0.00
352 9 0.00
353 10 0.00
354 144 0.04
355 139 0.04
356 259 0.07
357 161 0.04
358 267 0.07
359 670 0.18
360 310 0.08
361 211 0.06
362 194 0.05
363 135 0.04
364 322 0.09
365 174 0.05
366 186 0.05
367 109 0.03
368 32 0.01
369 68 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (349 bp):
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
ATTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTT
TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATATATTTTCTAAAAATTCAAATAAT
TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTATAAATCAATTT
ATTTATCAAATAAGCTTATTCAAA
Found at i:7986 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7963--8013 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
7953 AAATTTATTT
*
7963 TTTAAATAGTTATGATTG
1 TTTAAATAGTTATGATTA
*
7981 TTTAAATAATTAT--TTA
1 TTTAAATAGTTATGATTA
7997 TTTCAAATAGTTATGAT
1 TTT-AAATAGTTATGAT
8014 CTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 5
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 9 0.33
18 12 0.44
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.10, T:0.51
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAATAGTTATGATTA
Found at i:8773 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 8464--9475 Score: 781
Period size: 179 Copynumber: 5.6 Consensus size: 178
8454 TATTTTTGTT
* * * * * *
8464 GAACTAGTTCAAATTGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTAAAATCATTATGACCTTTT-T
* * *** *
8529 TTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTTATTTATT
64 TTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
8594 AACATTCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAA-AATTCTATTTATC
129 AACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATC
* * *
8643 GAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTGAAAATCATTTTGACCGTTTTT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-AAAATCATTATGACC-TTTTT
* * * * * * *
8708 TTTGCCCTAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATT
64 TTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * ** * * *
8773 AATATTTCAAAAATTATTATTCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTT
129 AACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATC
* * * * * * * *
8824 GAACTAGTTCAAATAGTTACT-ACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATAACGATCTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTAT-TAAAATCATTATGACCTTTTT
* **
8888 TTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTAA-TCATACAAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTA
64 TTTGTCATAAAACAATTATTTC-AATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * ** * * *
8950 ATAAAATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GC
127 TTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * * *
8998 TGAATTAGTTCAAAT-GATTAAGACTATTAGAATAATTATGTATTTGAAATCATTGT-AACTTTT
1 -GAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTAAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
9061 TGTTTAGTCATAAAATAA-TATTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAGA-AAAATAAATACTAAT
63 T-TTT-GTCATAAAACAATTA-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAAT
*
9123 TTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATC
124 TTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAATAAATCTATTTATC
* * * * **
9180 GAA-TAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTGAATAATTATCTACTTAAAATCGTTATGAATTTTTG
1 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTAAAATCATTATGACCTTTT-
* * *
9244 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGTTTA-TCAAAAATAAAATAATACTACTTTA
63 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
9308 TTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATC-AGTTTATT
127 TTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT---AAAAATAAATCTA-TTTATC
* * * * * ** * * *
9363 GAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAT--TTGTTACCTTTCGTT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTAAAATCATTATGACCTTT-TTT
* * * *
9426 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAA--CACACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
65 TTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
9476 TGTTATTATT
Statistics
Matches: 666, Mismatches: 126, Indels: 81
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 64 0.10
176 45 0.07
177 22 0.03
178 4 0.01
179 186 0.28
180 70 0.11
181 142 0.21
182 70 0.11
183 55 0.08
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTAAAATCATTATGACCTTTTTTT
TGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
CATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATC
Found at i:11274 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 9569--13930 Score: 1400
Period size: 361 Copynumber: 12.2 Consensus size: 356
9559 AAGAATTAGT
* * * ** * *
9569 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
* ** * * * * * * * * * *
9633 TATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTCTGCCATAAAATAATTAATTTTGTTCATATAAGT
65 TAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA--ATTTTTATT-GTACAAGC
** * * * * * *
9698 TTATTCAGAAT-AACATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAA--ATTCATAACTAAGAGATCTA
125 TTATT-AGGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATA--TTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** * * * *
9760 AAAAATAAATTTGTTTA-CAAATCAATTCAAATAGTTAAGATTA-TATGAACAATTATCTATTTC
187 AAAAATAAATTTGTTTATCGAACCTGTT-AATTAGTTAAAACTATTA-GAATAATTATCTATTTC
* * ** * * * * ** **
9823 AAATTGTTATGCCCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAACTCATACAAGCTTATTCGG
250 AAATCGTTCTAACC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAA
* * * * * * **
9887 AATAGAATGAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGT
313 AATAAAATTATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC
* * * * * * * * *
9931 AAGAGATTTAGAAGATAATTTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAATAATT
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATT
* ** * * * * * ** *
9996 ATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGGTTTGTTATAAAATAATTGTTT-TTGTTTATA--TAA
66 AT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTATTGTACA-AGCTTA
* * * * * * *
10058 GTT-TGTTCAAAATAAAATACTAAGTTATTAATATTTAAAA-AATTAATCAGTAAAAGATTTAAA
128 -TTAGGTTAAAAAT-AAA-ACTAATTTAATAATA-TTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *** * * *
10121 AAGTAAATCTATTTACCAAACCAT-TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATAATCTATTACAA
189 AAATAAATTTGTTTATCGAACC-TGTT-AATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * ** *
10185 ATCATTATAA-CTATTTGTTT--TCTTTCAAACAATTGATTCTGTTCATACAATTTTGTTCAAAA
252 ATCGTTCTAACCT-TTTGTTTAGTC-ATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAA
* * ** * * *
10247 TAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCCAAAATTAATAACC
315 TAAAATTATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC
* * * * * * *
10289 AAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATGAT
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAAT
* * * * *
10353 TATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTACAAGCTTCT
65 TAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTATTGTACAAGCTTAT
* *
10418 TTGGATT-AAAATAATAC-AATTTAATAATATTTCAAAA--A-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
129 TAGG-TTAAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TT-AAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * *
10475 ATAAATTTTTTTATCGAACCAATTCATATGGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATGTCAAATC
191 ATAAATTTGTTTATCGAACCTGTTAAT-TAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * *
10540 GTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAA
255 GTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
10604 TTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGA-
320 TT-ATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA-AC
* ** * * *
10641 AAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGTACAAGTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAT
1 AAGATA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
* * * * *
10706 TGTCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAGTTAATACAAGC
65 TAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AAAAT-TTTTA-TT-GTACAAGC
* * * * *** *
10771 TTA-TACG-AAATAAATAACACTAATTTATTAATATT-TTTTTAAATTAATAAGTAAAAGATTT-
125 TTATTAGGTTAA-AAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAATT--ATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *** * * * *
10832 AAAAATAAATTTGATTACCGAA-TTAGTTAAAATAATTATGGCTATTCGAACAATAATCTAATTC
187 AAAAATAAATTTGTTTATCGAACCT-GTT-AATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
10896 AAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAACTAATTGTTTTTGATCACACAAACTTATTCAAAA
250 AAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAA
* *
10961 TAAAATTATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT
315 TAAAATTATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC
* * * ** *
11003 AAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTGGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAATAATT
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATT
* * ** * * *
11068 ATTAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCTGATTGTAGAAGTT
66 ATT-ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT--TTT-T-ATTGTACAAGCT
11132 TATTAGGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
126 TATTAGGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
11197 ATAAATGTGTTTGTCGAACCTGTATAATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATT
191 ATAAATTTGTTTATCGAACCTGT-TAATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * *
11262 GTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCATATAAGCTTATT-AGAAATAA
255 GTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTATTCA-AAATAA
* * ** * *
11325 AA--AGTCCTAATATATTAACATTAAAAAAATCAATAAGC
318 AATTA-TACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC
** ** *
11363 AAGATATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAACTCAAATTCTTATGACTATTTGAATAA
1 AAGATATTT--AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA
* * * * *
11428 TTACTTATTTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAAATATTGTTGTAGTTCATAAAAG
64 TTA-TTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TT-TA-TT-GTACAAG
* *** * *
11492 CTTATGCAAAATAAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTTAAAA--ATTAATAAGCAAGAGATT
124 CTTAT-TAGGTTAAAAATAAA-ACTAATTTAATAATA--TTAAAATTATTAATAAGTAAGAGA-T
* * *** * ** * * *
11555 TTAAAAAATAAATCTAT-TTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATA
184 TTAAAAAATAAAT-T-TGTTTATCGAACCTGTT-AATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTA
** * * * * * ** *
11619 TTT-AAAAAGATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
246 TTTCAAATCG-TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATT
** * * * * * *
11683 TGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATAATCCAAAAA-T--T-AAC
310 CAAAATAAAATTATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC
* * * * * ** * * ** * * *
11726 GAG-TGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAAT
1 AAGAT-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
* * * * *** *
11790 TATATAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCATCACACAAGCCT
65 TAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA-ATTTTTATTGTACAAGCTT
** * * * * * *
11855 ATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAA--ATTAATAAATAGGAGATTTAAAA
127 A-TTAGGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * *
11917 AATAACTCTATTTA-CCAAAC-G------AGTT---CCTATTTGAAGAATTACCTATTTCAAATC
190 AATAAATTTGTTTATCGAACCTGTTAATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** *
11971 ATTATAACCTTTTGTCCT-GTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AAGAATAA
255 GTTCTAACCTTTTGT-TTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAA-AATAA
* * * * **
12034 AATAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAATA-
318 AATTATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA-AC
* * ** ** * * **
12073 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAAGTAGTTCAAACAGTTAAAGACTACATGAATAAT
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAAT
* * * * *
12138 TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAATAATCATTTCAGTTCATACAAGT
65 TAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT--TTTTA-TT-GTACAAGC
*** * * * *
12202 TTATTCAAAAT-AAAATAATAC-AAATTATTAATATTCCAAAA--ATTAATAAGT----GACTTA
125 TTATT-AGGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATATT--AAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *** * **
12259 AAAAATAAATTTGTTTA-CTGAAACAT-TTCAAATAATTATGGCCATTTTAATAATTAT-TAATT
187 AAAAATAAATTTGTTTATC-G-AACCTGTT-AATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCT-ATT
* * * * * * ** * *
12321 TCAAATCATTATTACATTTTGTTTAGTCATATAACAAACGTTTTTAATCATTCAAGCTTATTCAA
248 TCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAA
* *
12386 AATAAAATAATACTAACTTA-TAATC-TTTCAAAAATTAAT----
313 AATAAAATTATACTAATTTATTAA-CATTTCAAAAATTAATAAAC
* * * **
12425 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATA
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG---AAT-
* * * ** * * * *
12490 AAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTATTTATGTTTG
62 ----AATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTA---TTG
* * * ** *
12555 TACAAGCTTATTTGG-AATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAA--ATTAATAACTAAG
118 TACAAGCTTATTAGGTTA-AAAATAAAACTAATTTAATAATA-TT-AAAATTATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
12617 AGAATT-AAAATTAAATTTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAATATTTAAGACTA-TATGAACAATTA
180 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACCTGTT-AATTAGTTAAAACTATTA-GAATAATTA
* * * * * * * *** *
12679 TCTATTTCAAAT-ATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCAATTCATACTAGCT
242 TCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCT
** * * * * * **
12742 TATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAGATTAATAAGT
306 TATTCAAAATAAAATTATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC
* * * * * *
12793 AAGCA-ATTTGAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
1 AAG-ATATTT-AAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA
* ** * * *
12856 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAA
63 ATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAA--TTTTTATT-GTACAA
* * * * * *
12921 GTTTGTTTGG--AATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAA--ATTAATAA-T---AGAT
123 GCTTATTAGGTTAA-AAA-TAAAACTAATTTAATAATA-TT-AAAATTATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * *
12978 TTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATA-ATAATGACTATTTGGCA-AATTATTTA
184 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCTGTT-AATTAGTTAA-AACTA-TTAGAATAATTATCTA
* * * * * * ** *
13041 TGTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTA-TTATAAAACAATTG-TTTCAATTCATATAAGCTTAT
246 TTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTAT
*** * * * **
13104 T-TGGATTAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT
309 TCAAAATAAAATT-ATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC
* * * * *** * *** * *
13152 AAAAAATTT--AAAATAAATATGTTTATTGAACTAA-ATCAAATAACCATGACTATTCGAATAAT
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
* * * * * * * * *
13214 TATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTGGTTAGAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGT
65 TAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTT--ATT-GTACAAGC
* ** * * * * *
13279 TTATT-TGAAATAAAATAATACCAAATTATTAATATTCTAAAA--ATTAATAATTAAGAGATTTA
125 TTATTAGGTTA-AAAATAAAACTAATTTAATAATA-T-TAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * ** * *
13341 AAAAATGAATCTGTTTATC-AAAC-----A--AGTT---TC-A--ATAATTCTGA-CTATTTGAA
187 AAAAATAAATTTGTTTATCGAACCTGTTAATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
* * * *
13391 ATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AA
252 ATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-TGA-TCATACAAGCTTA-TTCAAA
* * *
13453 ATAAAATAATA-TAAATTAATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAGTAAA-
314 ATAAAATTATACT-AATTTATTAACATTTCAA-A-AATT--AA-TAAAC
* * *
13498 AAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACT-A
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAA-TAA
* * * * *
13559 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA
64 TTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TTT-TATT-GTACAAG
* ** * * * *
13624 ATTATTCAGAAT-AAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAA--A-T--TAA-TAAGAGATTT
124 CTTATT-AGGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TT-AAAATTATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
13682 AAAAACTAAATTTGTTTATCGAA-CTAGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACAATTATCTATCT
186 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCT-GTT-AATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTAT-T
* * * * * * * *
13746 T-AGATCATTATGATCCTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
248 TCAAATCGTTCT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* * * * * **
13808 AACTAAAATGT-TGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
312 AAATAAAAT-TATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAAC
* * * * ** * *
13853 AAGAGATATAAAAAA-AAATGTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAA
1 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAA
*
13915 TTATTTATTTCAAATC
64 TTA-TTATTTAAAATC
13931 TTTTTGTTCA
Statistics
Matches: 3064, Mismatches: 693, Indels: 492
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
342 31 0.01
343 101 0.03
344 77 0.03
345 36 0.01
346 125 0.04
347 67 0.02
348 55 0.02
349 35 0.01
351 11 0.00
352 136 0.04
353 134 0.04
354 20 0.01
355 22 0.01
356 226 0.07
357 219 0.07
358 260 0.08
359 203 0.07
360 207 0.07
361 487 0.16
362 240 0.08
363 85 0.03
364 101 0.03
365 24 0.01
366 96 0.03
367 18 0.01
368 8 0.00
369 36 0.01
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATT
ATTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTATTGTACAAGCTTATTA
GGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTTGTTTATCGAACCTGTTAATTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTA
ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATTATAC
TAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC
Found at i:12047 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 11797--12099 Score: 407
Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
11787 AATTATATAA
** *
11797 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCATCACACAAGCCTATTTAGA
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTCCTGTCATAAAACAATATTTTCATCACACAAGCCTATTAAGA
* * * *
11862 ATAAAATAATACTAATTTATTACTA-TTTCAAAATTAATAA-ATAGGAGATTTAAAAAATAACTC
66 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAATA-AAGAGATTTAAAAAATAAATC
11925 TATTTACCAAACGAGTTCCTATTTGAAGAATTACCTAT
130 TATTTACCAAACGAGTTCCTATTTGAAGAATTACCTAT
* * * *
11963 TTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTCCTGTTATAAAATAAT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTCCTGTCATAAAACAATAT-TTTCA--TCACACAAGCCTATT
* *
12026 AAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAA
62 AAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAA
*
12091 ATCTGTTTA
127 ATCTATTTA
12100 TTAAAGTAGT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 14, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.03
166 37 0.32
168 38 0.32
169 38 0.32
170 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TTCAAATCATTATGAACTTTTGTCCTGTCATAAAACAATATTTTCATCACACAAGCCTATTAAGA
ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCAAACGAGTTCCTATTTGAAGAATTACCTAT
Found at i:12753 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11943--13930 Score: 1398
Period size: 179 Copynumber: 11.2 Consensus size: 179
11933 AAACGAGTTC
* * * ** * *
11943 CTATTTGAAGAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCCTGTTATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * **
12008 AGTTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAATA
66 AATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT-
* * ** * *
12073 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAAGTAGTTCAAACAGTTAAAGA
130 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TGAACCAGTTCAAATA-TTTAAGA
** * * * **
12125 CTACATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAATAATCATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** *
12189 AGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC-AAATTATTAATATTCCAAAAA-T--TAATA
66 AATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAATA
* * * * * * *
12250 AGTGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACATTTCAAATAATTATGG
131 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TGAACCAGTTCAAATATTTAAGA
* * * * * * * **
12300 CCATTTTAATAATTAT-TAATTTCAAATCATTATTACATTTTGTTTAGTCATATAACAAACGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * ** * *
12364 TTAA-TCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTA-TAATCTTTCAAAAA-T--TAA
64 TCAATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** * * * *
12424 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTAGGA
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TGAACCAGTTCAAATATTTAAGA
* * ** * * *
12476 CTATTTGAACAATAAAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAACA
1 CTATTTGAACAAT-----TA-TCTAT--TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** * * *
12541 ATTATTT-ATGTTTGTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAA
58 ATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAA
* * *
12605 TTAATAACTAAGAGAATT-AAAATTAAATTTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATATTTAAGA
122 TTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ATGAACCAGTTCAAATATTTAAGA
* * *
12664 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTG
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * *
12727 CAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAAAAC-AAATTTATTAATATTTCAAAGATTAATAA
65 CAATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
12791 GTAAGCA-ATTTGAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATA-A
129 -TAAG-AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA--TGAACCAGTTCAAATATTTA-AGA
** * *
12845 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * *
12910 TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT
66 AATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAT
* * *
12974 ---AGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATA-ATAATGA
130 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-GAACCAGTTCAAATATTTAA-GA
* * * * * * * *
13022 CTATTTG-GCAAATTATTTATGTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
13086 CAATTCATATAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
65 CAATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
* * * * ** *** *
13151 TAAAAAATTT--AAAATAAATATGTTTATTGAACTAAATCAAATAACCATGA
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TGAACCAGTTCAAATATTTAAGA
* * * * * * *
13201 CTATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTGGTTAGAAAAGAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
13266 AATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAAATTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAT
66 AATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-
* * * * * **
13330 TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCAAACAAGTTTC-AATAATTCTGA
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-GAACCAG-TTCAAATATTTAAGA
* * *
13382 CTATTTG----A--A---ATTGC---T-A-TA--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
13431 TATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTAATTAATA-TT-AAGACAATTAA-
66 AATTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAAATT-ATTAATATTTCAA-A-AATTAAT
* * * * *
13491 AAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAAT-TATTATGA
127 AA-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-GAACCAGTTCAAATAT-TTAAGA
* * *
13547 CTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * **
13612 TATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATA
66 AATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAATA
* * **
13674 AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGATATA-A
131 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-GAACCAGTTCAAATATTTA-AGA
* *
13724 CTATTTGAACAATTATCTATCTT-AGATCATTATGATCC--TTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * ** * *
13786 TCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAACTAAAATGTTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT
64 TCAATTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * * * *
13849 AAGTAAGAGATATAAAAAA-AAATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGA
127 AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-GAACCAGTTCAAATATTTAAGA
* *
13903 CTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
13931 TTTTTGTTCA
Statistics
Matches: 1443, Mismatches: 270, Indels: 189
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 12 0.01
165 114 0.08
166 2 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 2 0.00
171 1 0.00
172 4 0.00
174 5 0.00
175 47 0.03
176 204 0.14
177 221 0.15
178 24 0.02
179 277 0.19
180 46 0.03
181 206 0.14
182 135 0.09
183 10 0.01
184 60 0.04
185 13 0.01
186 1 0.00
188 45 0.03
189 9 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
AATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAATA
AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATGAACCAGTTCAAATATTTAAGA
Found at i:13438 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 13235--13555 Score: 409
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
13225 AATCAGTATG
* * * *
13235 ACCTTTTGTTTGGTTAGAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTGGTCAGAAAAGAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-
* * * *
13300 CAAATT-ATTAATATTCTAA-A-AATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCA
65 CAAATTAATTAATA-T-TAAGACAATTAA-AAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
*
13361 AACAAGTTTC-AATAATTCTGACTATTTGAAATTGCTATA
127 AACAAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAATTGCTATA
* * * * * *
13400 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTGGTCAGAAAAGAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
*
13465 AAATTAATTAATATTAAGACAATTAAAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
66 AAATTAATTAATATTAAGACAATTAAAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
*
13530 AGTTCAAATTATTATGACTATTTGAA
131 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
13556 CTATTATCTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 17, Indels: 10
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.02
164 12 0.09
165 119 0.89
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (165 bp):
ACCTTTTGTTTGGTCAGAAAAGAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
AAATTAATTAATATTAAGACAATTAAAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAATTGCTATA
Found at i:14144 original size:152 final size:150
Alignment explanation
Indices: 13773--14142 Score: 365
Period size: 147 Copynumber: 2.5 Consensus size: 150
13763 TGTTTTATCA
* ** * *
13773 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAACTAAAATGTTGCTAAATTAATAATATT
1 TAAAATAATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATGATAATTTAATAATATT
* ** * * * * **
13837 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAAAAATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAG
64 CAAAAAATTAATAAACAAAAAATATAAAAAAAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAG
*
13902 ACTATTAGAACAATTATTTATT
129 ACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
13924 TCAAAT-CTT-TTT-GTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATCATAATGTATTAACATTCA
1 TAAAATAATTGTTTCGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGATAATTTAATAATATTCA
* *
13986 AAAAATTAATAAACAAAAAAT-TAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATTGTTAT
66 AAAAATTAATAAACAAAAAATAT-AAAAAA-AAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAA
* *
14049 GACTATTTGAATAATTATCTATT
128 GACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * *
14072 TAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGTTACTTTAATAATATTT
1 TAAAATAATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGATAATTTAATAATA-TT
14137 CAAAAA
64 CAAAAA
14143 TTGATAAGTT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 37, Indels: 16
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
146 1 0.01
147 62 0.36
148 51 0.29
149 5 0.03
150 5 0.03
151 4 0.02
152 37 0.21
153 8 0.05
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (150 bp):
TAAAATAATTGTTTCGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGATAATTTAATAATATTCA
AAAAATTAATAAACAAAAAATATAAAAAAAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGAC
TATTAGAACAATTATCTATT
Found at i:15164 original size:184 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14886--17147 Score: 625
Period size: 181 Copynumber: 12.6 Consensus size: 180
14876 ACCAAACTAC
* * * *
14886 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGG
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACTAGCTTATTCGG
* * * *
14951 AATGAAATAATATTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
66 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * *
15016 TGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAA-TAATTATTTAT
131 TGTTTACCT-AACCAATTCAAATAGTT-AAGACTATATGAACT-ATTATCTAT
*
15067 TTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTTTG--TTCATACTAGCTTATT
* * * * * * *
15132 TGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CA
63 CGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
15196 ATTCTCTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTAT
128 ATT-TGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTAT
*** * * * * *
15250 TTCAAATAAATATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATATTTTTGTTCATA-TAAGTTTGTTC
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTTGTTCATACT-AGCTTATT-
*
15314 CGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT-AT-AC---GAGATTTAAAAAATAA
63 CGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * ** * * * * *
15374 ATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATTAATAT-TTATC-A--AACTAG
128 ATTTGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTAT
* * * * * * ** *
15423 TTCAAATAGTTATTAATCC--TT-ATTTG-GATTAAACTAGTACTAATTTATT-A-A-TA---TA
1 TTCAAATTGTTA-TGA-CCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATA--ATTTTTTTGTTCATACTAGCTTA
* * ** * * * * *
15478 -TCGACAATTAATAAGTAA-A-AAAT-T-TTAA-AAAT-AAATATGT-TTAACAAACTAGA-TCA
61 TTCG-GAA-TAA-AA-TAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAACTAA-GAGATTTA
* * ** * * * * * * * *
15534 AATAATCATGACTATTTGATTAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT-TTTG---TTTTATC-
120 AA-AA--AT-A-AATTTGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTAAGA-CTATATGAACTATTATCT
15594 AT
179 AT
*** * * ** * ** *
15596 AAAAGAATTGCTTCA-GTTCATATAAGCTTAT-TCGA-AATAA-AA-TGATTTGTTCATACAAGC
1 TTCA-AATTG-TT-ATG-ACCT-TTTG-TTTTGTC-ATAA-AATAATTTTTTTGTTCATACTAGC
* * * * * * * * * * *
15656 TTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTACTAATATATT-GAAAATTAAAAAGTAAAAAAATTAAA
58 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
15720 AAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGA-TCAAATAATCATGACTATTTGAA-TAATTATCTAT
122 AAATAAATTTGTTTACCT-AACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACT-ATTATCTAT
* * ** *
15779 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACT-AGCTTATTC
** * * * * * * *
15843 AAAATAAATTAATACTAATTTACTAATA-ATCTAAAAATTAATGA-TAAAAAGATTTAAAAAATG
64 GGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACT-AAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
15906 AATTTGTTTA-CTAGA-CAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATGATTTAT
127 AATTTGTTTACCTA-ACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTAT
* *** * * * * *
15960 TTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACTAGCTTA-TTCG
* * * * * *
16024 AAATAAAATAAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAAAA
65 GAATAAAAT-AATACTAATCTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAACTAAGAGATTT--AAAAAA
* * * * *
16087 TAAATTTGTTTACTTAA-CAAGTTCAAAATCA-TTATGACTAT-TTAAGCAATTATTTAT
125 TAAATTTGTTTACCTAACCAA-TTC-AAAT-AGTTAAGACTATATGAA-CTATTATCTAT
* * * * * * * * * *
16144 TTCAACTTGCTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-T
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACTAGCTTATTCG
* * * *
16208 GAACTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT------TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 GAA-TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * *
16266 TATGTTTACGGAA-CAAGTTCAAATAGTGATGACCAT-TTAAATAATTATCTAT
129 TTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACT-ATTATCTAT
* * ** * * ** * * *
16318 TTC-AATTATTATGACATTTTCATTTGTAATAAAAGAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT-CTCT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACTAGCTTATTCG
* * * * * * *
16381 AAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATAGTAT-AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAG
65 GAA-TAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA-
** * *
16445 AATTTGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-TAATTATCTAT
127 AATTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACT-ATTATCTAT
* *** * *
16499 CAT-AAAACATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATA-TAAGCTTATT
1 -TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACT-AGCTTATT
*** * * * * * * ** * *
16562 TAAAAAAAAAAAAAACTTATATTTACTAAAATTTCAAAAATTAATATTTAA-AAATTTTAAAAAT
63 CGGAATAAAATAATAC-TA-ATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * *
16626 AAATCTATTT-TTTAAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCTAT
126 AAATTTGTTTACCTAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTAT
* * * * * * * ** **
16681 TTCTAATCGTTATTACCTTTTATTTTTGTCATAAACCA-AATGTTTCTGTGCATAAAAATTTATT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAA--ATAATTTTTTTGTTCATACTAGCTTATT
** * * * *
16745 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAACT
63 CGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAA-T
* * ** * * * * * *
16809 AAATCTGTTTA-TTGAATGAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTAAACAATTATTTAT
126 AAATTTGTTTACCT-AACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACTATTATCTAT
** * * * * * *
16864 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACGT-ATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA--TAATTTTTTTGTTCATACTAGCTTATTC
** ** * ** **
16928 AAAATAAAATAATACTAATAAATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT-TTAAA-AA
64 GGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
16990 A-TTATTTACCGAA-CAAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATTTAT
128 ATTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTAT
* * * * * * * *
17042 TTCAAATCGTTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAG-TTGATTT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACTAGCTT-ATTC
* *
17105 TGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 GGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATA
17148 GTTATGAATT
Statistics
Matches: 1584, Mismatches: 352, Indels: 294
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.00
164 4 0.00
165 8 0.01
166 4 0.00
167 7 0.00
168 6 0.00
169 8 0.01
170 1 0.00
171 6 0.00
172 11 0.01
173 119 0.08
174 38 0.02
175 40 0.03
176 11 0.01
177 122 0.08
178 74 0.05
179 45 0.03
180 68 0.04
181 302 0.19
182 256 0.16
183 212 0.13
184 209 0.13
185 28 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACTAGCTTATTCGG
AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTAT
Found at i:15341 original size:508 final size:500
Alignment explanation
Indices: 14384--15404 Score: 1144
Period size: 508 Copynumber: 2.0 Consensus size: 500
14374 AATTATCTAT
* * **
14384 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGCTTTAGTTCATATAATTTTATTCA
1 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGCTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
14449 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * ** * *
14514 TTATTTGTCGAAGCTTTTCAAACAGTTAAGATTATATAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTACA
131 TTATTTCTCGAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACA
* * * *
14579 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
196 ACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAAC
* * * * ** * * *
14644 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAATCAGTT
261 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGACAATTTCTTTACTGAACCAATT
* * * * * *
14709 TAAATAATTAAGGTCATTTCGATAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCCTTTGTTTTGTCATA
326 CAAATAATTAAGCTCATTTCGATAATTATCTATTTCAAATAAATATGACCCTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
14774 TAACAATTGCTTTTTGAACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTCTC
391 AAACAAATGATTTTTGAACATTCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATCTC
*
14839 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAC
456 AAAAATT-ATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAC
* * * *
14886 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGCTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
14950 GAATGAAATAATATTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15015 TTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTA
131 TTATTT-CTCGAACCAGTTCAAACAGTT-AAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
** * * * * *
15079 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAA-TTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAAT
194 CAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAA--TTGTTT-AAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
15143 AAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAATTCTCTTTAC
256 AAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAAT---T-AGTAAGAGATTTAAAAAGACAATT-TCTTTA-
* *
15207 CT-AACCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTT-GA-ACTATTATCTATTTCAAATAAATATGACCC
315 CTGAACCAATTCAAATAATTAAG-CTCATTTCGATA--ATTATCTATTTCAAATAAATATGACCC
* ** * * *
15268 TTTGTTTTGTCATAAAAGAAAT-ATTTTTGTTCATAT-AAGTTTGTTCCGGAATAAAGTAATACT
377 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGATTTTTGAACAT-TCAAGCTTATT-CGGAATAAAATAATACT
* * * *
15331 AATCTATTAATATTTCAAAAATTATACGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAG
440 AATCTATTAATATCTCAAAAATTATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAC
* *
15392 TTTAAATAGTTAT
1 TTCAAATTGTTAT
15405 TAATATTTAT
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 74, Indels: 28
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
501 95 0.22
502 90 0.21
504 54 0.13
505 2 0.00
506 36 0.08
507 33 0.08
508 116 0.27
509 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (500 bp):
TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGCTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
TTATTTCTCGAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACA
ACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAAC
AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGACAATTTCTTTACTGAACCAATT
CAAATAATTAAGCTCATTTCGATAATTATCTATTTCAAATAAATATGACCCTTTGTTTTGTCATA
AAACAAATGATTTTTGAACATTCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATCTC
AAAAATTATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAC
Found at i:15415 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 15379--15439 Score: 113
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
15369 AATAAATCTG
*
15379 TTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATTAATA
1 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTAATA
15410 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTAAT
1 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTAAT
15440 CCTTATTTGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 29 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (31 bp):
TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTAATA
Found at i:15716 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15695--15726 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
15685 TAATATATTG
*
15695 AAAATTAAAAAGTAAA
1 AAAATTAAAAAATAAA
15711 AAAATTAAAAAATAAA
1 AAAATTAAAAAATAAA
15727 TATGTTTACT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.03, T:0.19
Consensus pattern (16 bp):
AAAATTAAAAAATAAA
Found at i:15812 original size:214 final size:214
Alignment explanation
Indices: 15441--15850 Score: 660
Period size: 214 Copynumber: 1.9 Consensus size: 214
15431 GTTATTAATC
* * * * * *
15441 CTTATTTGGATTAAACTAGTACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAA
1 CTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTACTAATATATCGAAAATTAAAAAGTAAAAAAATTAAA
* *
15506 AAATAAATATGTTTAACAAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGATTAATTATCTATTTTAAA
66 AAATAAATATGTTTAACAAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* *
15571 TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGCTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAA
131 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGCTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAA
15636 AATGATTTGTTCATACAAG
196 AATGATTTGTTCATACAAG
*
15655 CTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTACTAATATATTGAAAATTAAAAAGTAAAAAAATTAAA
1 CTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTACTAATATATCGAAAATTAAAAAGTAAAAAAATTAAA
*
15720 AAATAAATATGTTT-ACTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
66 AAATAAATATGTTTAAC-AAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * *
15784 ATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATA
130 ATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGCTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
15849 AA
195 AA
15851 TTAATACTAA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 16, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
213 2 0.01
214 177 0.99
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (214 bp):
CTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTACTAATATATCGAAAATTAAAAAGTAAAAAAATTAAA
AAATAAATATGTTTAACAAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGCTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAA
AATGATTTGTTCATACAAG
Found at i:15948 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15644--17147 Score: 1202
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 180
15634 AAAATGATTT
** * * * * *
15644 GTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTACTAATATATTGAAAATTAAAAAGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-ATTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
15709 AAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATT
65 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAG-ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* *
15773 ATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCA
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * *
15825 GTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAATTAATACTAATTTACTAATAATCTAAAAATTAATGA-TA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT-TAAAAATTAATAAGT-
* * * *
15889 AAAAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAGACAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATG
64 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAGACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
15954 ATTTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAAT-TTTCT
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* *
16005 GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAATACAAATTTATTAAT-ATTAAGACAATTAATAAG
1 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATAATTAA-A-AATTAATAAG
* *
16069 TAAAAGGTTTAAAAAAAATAAATTTGTTTACTTA-ACAAGTTCAAAATCATTATGACTATTT-AA
63 TAAAAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTAC-TAGACAAGTTC-AAATAATTATGACTATTTGAA
* * *** * *
16132 GCAATTATTTATTTCAACTTGCTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA
124 -CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* * * *
16191 -TTCATACAAGTTTATTTGAACTAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATT-----TTAATAAGTAA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
16249 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GGAACAAGTTCAAATAGTGATGACCATTTAAATAATTA
66 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAG-ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * *
16313 TCTATTTC-AATTATTATGACATTTTCATTTGTAATAAAAGAATTATTTCA
130 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * *
16363 GTTCATACAAGCTTCTCTAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATAGTATAAAAATTAATGAGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT-TAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
16428 AGAGAATTAAAAAAAAGAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATT
65 AAAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACTAGACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
16493 ATCTATCAT-AAAACATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-T
129 ATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCA
* * * * * *
16545 GTTCATATAAGCTTATTTAAAAAAAAAAAAAACTTATATTTACTAA-AATTTCAAAAATTAATAT
1 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC-TA-ATTTATTAATAA-TT-AAAAATTAATAA
* * * * ** * * *
16609 TTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTAAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTTAACA
62 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAGACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
16672 ATTATCTATTTCTAATCGTTATTACCTTTTATTTTTGTCATAAACCAAATGTTTCT
126 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * ** * *
16728 GTGCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTTAAAAATTAATAAGC
1 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA--TTAAAAATTAATAAGT
* * * *
16792 AAAAGATTTAAAAAACTAAATCTGTTTA-TTGA-ATGAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACA
64 AAAAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACTAGACA--AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * *
16855 ATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-GTATGTTTCTA
126 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC-A
* * ** * *
16911 -TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT
1 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT-TAAAAATTAATAAGTA
** ** * * * * * * *
16975 GGAGATTT-TTAAA-AAA-TTATTTAC-CGAACAAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATT
65 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAG-ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * *
17036 ATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* ** *
17088 -TTCAAACAAG-TTGATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
1 GTTCATACAAGCTT-ATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATT-AAAAATTAATA
17148 GTTATGAATT
Statistics
Matches: 1067, Mismatches: 202, Indels: 112
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 69 0.06
174 27 0.03
175 29 0.03
176 4 0.00
177 86 0.08
178 55 0.05
179 7 0.01
180 58 0.05
181 248 0.23
182 212 0.20
183 143 0.13
184 100 0.09
185 28 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTAAAAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAGACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
Found at i:16167 original size:365 final size:358
Alignment explanation
Indices: 15643--17147 Score: 1187
Period size: 365 Copynumber: 4.2 Consensus size: 358
15633 TAAAATGATT
** * * * * *
15643 TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTACTAATATATTGAAAATTAAAAAGT
1 TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA-TTA-ATATTAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
15708 AAAAAAATT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAAT
64 AAAAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AACAAT
*
15772 TATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAG
128 TATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
*
15836 CTTATTTAAAATAAATTAATACTAATTTACTAATAATCTAAAAATTAATGATAAAAAGATTTAAA
192 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAATCTAAAAATTAATGAT-AAAAGATTTAAA
* * * * * * *
15901 AAATGAATTTGTTTACTAGACAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATGATTTATTTGAAA
256 AAATAAATATGTTTACTAGACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAA
* * * *
15966 TCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAAT-TTTC
320 TCATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATATTTC
*
16004 TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAG
1 TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAG
** *
16069 TAAAAGGTTTAAAAAAAATAAATTTGTTTACTTAACAAGTTCAAAATCATTATGACTATTTAAGC
63 TAAAAGAATT-AAAAAAATAAATTTGTTTACTTAACAAGTTC-AAATAATTATGACTATTTAA-C
* * ** * * *
16134 AATTATTTATTTCAACTTGCTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
125 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * **
16199 AGTTTATTTGAACTAAAATAATATTAATTTATTAAT-AT-T-TTAA-TAA-G-TAAAAGATTTAA
190 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAATCTAAAAATTAATGATAAAAGATTTAA
* * * * * *
16258 AAAATAAATATGTTTAC-GGAACAAGTTCAAATAGTGATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCA
255 AAAATAAATATGTTTACTAG-ACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAA
* * * * * * *
16322 ATTATTATGACATTTTCATTTGTAATAAAAGAATTATTTC
319 ATCATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATATTTC
* * * *
16362 AGTTCATACAAGCTTCTCT-AAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATAGTATAAAAATTAATGAG
1 TGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAG
* * * * * *
16426 TAAGAGAATTAAAAAAA-AGAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATA
63 TAAAAGAATTAAAAAAATA-AATTTGTTTACTTAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT-TTAACA
* ** * * * *
16490 ATTATCTATCAT-AAAACATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATAT
126 ATTATCTAT-TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATT-GTTTCTATTCATAC
* * * *
16553 AAGCTTATTTAAAAAAAAAAAAAACTTATATTTACTAA-AATTTCAAAAATTAAT-ATTTAAAA-
189 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC-TA-ATTTACTAATAATCT-AAAAATTAATGA--TAAAAG
* * * ** * *
16615 ATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTAAAC-ATATTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCT
249 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAGACAAT-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
* * * * * *
16679 ATTTCTAATCGTTATTACCTTTTATTTTTGTCATAAACCAAATGTTTC
313 ATTT-AAATCATTATAACCTTTT-CTTTTGTCATAAAACAAATATTTC
* * ** *
16727 TGTGCATAAAAATTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAG
1 TGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATT--AATATTAAAAATTAATAAG
* * * * ** *
16791 CAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTGTTTA-TTGAATGAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACA
63 TAAAAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTT-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AACA
* * * *
16855 ATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACGTA-TGTTTCTATTCATACA
126 ATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-GAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** * * * ***
16919 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT-
190 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAATCTAAAAATTAATGA-TAAAAGATTTA
** * * * * * * * * *
16983 TTAAA-AAAT-TATTTAC-CGAACAAGTTT-AAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTT
254 AAAAATAAATATGTTTACTAG-ACAA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
* * * * *
17044 CAAATCGTTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
317 -AAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATATTTC
* * **
17086 TATTCAAACAAG-TTGATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
1 TGTTCATACAAGCTT-ATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATA
17148 GTTATGAATT
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 187, Indels: 108
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 77 0.09
356 37 0.04
357 76 0.08
358 93 0.10
359 64 0.07
360 11 0.01
361 84 0.09
362 37 0.04
363 76 0.08
364 66 0.07
365 273 0.30
366 7 0.01
367 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAA
AAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAACAATTAT
CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
TTTAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAATCTAAAAATTAATGATAAAAGATTTAAAAAATA
AATATGTTTACTAGACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAATCATTA
TAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATATTTC
Found at i:16623 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 16572--16625 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
16562 TAAAAAAAAA
16572 AAAAACTTATATTTACTAAAATTTC
1 AAAAA-TTATATTTAC-AAAATTTC
*
16597 AAAAATTAATATTTA-AAAATTTT
1 AAAAATT-ATATTTACAAAATTTC
16620 AAAAAT
1 AAAAAT
16626 AAATCTATTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 13 0.48
24 2 0.07
25 12 0.44
ACGTcount: A:0.56, C:0.06, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (23 bp):
AAAAATTATATTTACAAAATTTC
Found at i:16680 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16238--16972 Score: 441
Period size: 182 Copynumber: 4.0 Consensus size: 181
16228 TATTAATATT
* * * *** ** * *
16238 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTACGGAACAAGTTCAAATAGTGATGACCAT
1 TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTATTAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * ** * * * * * *
16302 TTAAATAATTATCTATTTCAATTATTATGACATTTTCATTTGTAATAAAAGAATTATTTCAGTTC
66 TTAAACAATTATCTATCTAAATCATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTGC
* * * ** * * * * *
16367 ATACAAGCTT-CTCTAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATAGTAT-AAAAA
131 ATAAAAACTTATTC-AAAAAAAAAAAAAACTAATTTACTAA-AATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
16418 TTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AAGAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
1 TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACTA-AATCTATTTATTAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
16482 TCTGAATAATTATCTATCATAAAACATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TG
65 TTTAAACAATTATCTATC-TAAATCATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTCTG
* * * *
16546 TTCATATAAGCTTATTTAAAAAAAAAAAAAACTTATATTTACTAAAATTTCAAAAA
128 TGCATAAAAACTTATTCAAAAAAAAAAAAAAC-TA-ATTTACTAAAATTTCAAAAA
*** * *
16602 TTAATATTTAAAA-ATTTTAAAAA-TAAATCTATTTTTTAAACAT-A-TTCAAATAGTTATGACT
1 TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTATT-AA-ATGAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
16663 ATTTTAACAATTATCTATTTCT-AATCGTTATTACCTTTTAT-TTTTGTCATAAACCAAATGTTT
64 ATTTAAACAATTATCTA--TCTAAATCATTATGACC--TTATGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * * * *
16726 CTGTGCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAA
125 CTGTGCATAAAAACTTATTCAAAAAAAAAAAAAACTAATTTACTAAAATTTCAAAAA
* * * *
16783 TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTGTTTATTGAATGAGTTCAAATAATTATAACTAT
1 TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTATTAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * ** * *
16848 TTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACGTATGTTTCTATT
66 TTAAACAATTATCTATCT-AAATCATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTG
* ** * * * ** * *
16913 CATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATA-TTCTAAAAA
130 CATAAAAACTTATTCAAAAAAAAAAAAAACTAATTTACTAAAATTTC-AAAAA
16965 TTAATAAG
1 TTAATAAG
16973 TTGGAGATTT
Statistics
Matches: 442, Mismatches: 91, Indels: 42
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 22 0.05
181 83 0.19
182 192 0.43
183 115 0.26
184 30 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTATTAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTAAACAATTATCTATCTAAATCATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTGC
ATAAAAACTTATTCAAAAAAAAAAAAAACTAATTTACTAAAATTTCAAAAA
Found at i:17176 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 17025--17279 Score: 336
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
17015 ATCATGTCCA
* * * *
17025 TTTGAACTATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTAT
* *** *
17089 TCAAACAAGT-TGATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTTA
65 TCAAACAAATGT-ATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTTA
17152 TGAATT
128 TGAATT
* *
17158 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCATTGTTTCTATT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATT
* * *
17223 TATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTCCAAAAATTAAT
66 CAAACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
17280 GAGTAAAAAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 14, Indels: 6
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
133 90 0.86
134 15 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (133 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATT
CAAACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTTATGA
ATT
Found at i:17485 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17158--17611 Score: 452
Period size: 181 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
17148 GTTATGAATT
*
17158 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCATTGTTTCTATT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATT
* **
17223 TATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAA
66 CATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAA
*
17288 AATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTTAGTTTAAATCGTCATGATTG
131 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTTAGTTTAAATCGTCATGATTG
* * * * * *
17338 TTTGAACAATTATTTATTTGAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTTTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTAT
* * * *** * *
17403 TCATTCAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTT-TAAAAATTAGT-ACGTA
65 TCATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATA-TTCCAAAAATTAATGA-GTA
** * *** *** * * **
17466 GGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCCA
128 AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTTAGTTTAAATCGTCATGAT-TG
* * * * * *
17519 TTTGAACGATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-CCTTT-TATTTGTCATAAATAATTGTTTCTGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGT-TTTGTCATAAACAATTGTTTCTAT
**
17582 TCATGTAAAT-TATTCAAAAATAAAATAATA
65 TCATACAAATGTATTC-AAAATAAAATAATA
17612 TTGATCTATT
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 46, Indels: 13
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.02
179 33 0.15
180 56 0.25
181 127 0.57
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATT
CATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAA
AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTTAGTTTAAATCGTCATGATTG
Found at i:18396 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17855--21267 Score: 2317
Period size: 181 Copynumber: 19.0 Consensus size: 181
17845 AAATAGTTAG
* * * **
17855 GTTTTGTCAT-AAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTTAATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTGTTCATACAAG-CTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAAT
** * * ** * * *
17918 CAATT-ATA-TTCTAAAATTAATAAATTGGAGATTTAAAAAA-AAATC-GTTTACCAATCAAATT
63 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATT
* * * * * * *
17979 TAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * *
18033 GATTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATA-TAAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * *
18096 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAC-ATGTT
64 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTA-ATT
* * *
18159 CATATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * *
18213 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGGTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
18278 TTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCTAATTCAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATTCAA
* * * * **
18343 ATCGTTATGACTGTTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATATTTT
131 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * *
18394 GTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
18459 TTAATACTTT-GAAAGTTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAATCC
66 TTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AATTC
* * *
18522 AAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTT
129 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * ** * * * *
18575 -TCTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATATTGATCT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
** * * *
18638 ATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACTGAAAC-AATTC
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAATTC
* * * * *
18698 TAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGATC-TTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * *
18750 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTTCATATAATCTTA-TTCATATTAAAATAATACTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
18814 TAATAATATTCCAAAAATTAGTGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAATT
64 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATT
* * * *** *
18879 CAAATAGTTAAGACTATTAGGATTTTTATCTATTTCAAATCA-TTTTGA-CTTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * *** * ** *
18932 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTATTTGGTATAAATTAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
18997 TTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA-TAAAT
66 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACT-AAT
* * * *
19059 TAAAATAGATT-TGATTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTT
127 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTT
*** * * * * * *
19114 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * ** * * * *
19179 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGATTTTTAAAAACTAAAAT-TGTTTTCCAAA-TCAGTTC
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAACT-AATTC
* * * * * * * * *
19242 AAATAATTATGGCTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGATC-TTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * *
19294 GTTTTCTCATAAAATAATTATTTTT-TATCACACAAGCTTATTT-AGATAAAAATATTACTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * *
19357 TAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAA--TGTTTACTAAACCAGTTC
64 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATTC
* * * * *
19416 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* ** * * *** * *
19469 -TCTTTAGTCGTGTAATAATTGCTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATAC-----
1 GT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
19528 -ATTAACA-TTCAAAATTTTAATAA-TCATGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAAC-A
64 TATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGT-AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTA
** * * * * * *
19588 AGTTTGAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCATTT
125 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * *** *
19646 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AACGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
19710 AGTAATATTTCAAAAATTAATAACT---A-ATTTAAAAGAATAAAATCAGTTTACTTAA-TCAGT
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AAT-AAATCTGTTTACTAAACT-AAT
* * * * * *
19770 TCAAATAATTAT-AGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTT
127 TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* *** * * *
19825 GTTTCGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
19890 TTAATATTTTAAGAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAAATAAATCAATTTATTAAACTAATTCAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATTCAA
* * * **
19951 ACAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTT
131 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * *
20002 GTTCTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGTAATAAAATAATACTAATTT-
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** * ***
20066 TGCAA-AATTCTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-GTCAAACCCTTT
66 T-TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAATT
* * * * * * * *
20129 CAAACAGTTAAGTCTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
20183 ATTTTATCATAAAATAATTATTTTAGCTCATACAAGCTCATTTGAAATAGAATGAA-AGTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATTT
* * * * * * * * *
20247 ATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAACAATTATATTTACTGAACCAATTCA
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATTCA
* * *
20312 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTG-CTTTTT
130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-TGACCTTTT
* * * * * * * *
20364 GTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAAAACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
20429 TTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAACCATTTCAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATTCAA
* * * * * * *
20494 ATAGTTTTGACTATTTTAAAAATTATCTATTTCGAATTGTTATAATCTTTT
131 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * * ** ** *
20545 ATATTATCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTA-TCCAGAATAAAATAAAACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * * ** * * * *
20609 AATAATA-TTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTC
65 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATTC
* * ** * *
20673 AAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * ** * * *
20726 CTTTTGTCGTAAAACAATTG-TTTTGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTGA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * **
20790 ATAATAGTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCAATTCA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AATTCA
* * * * * * *
20853 AATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCA-TTTTGATCTTTT
130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
20905 ATTTGGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
20969 AGTAACA-TTCAAAAAATTAATAA-AAATGAGATTTAAAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-A
65 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT---AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTA
* * * * * *
21031 AGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTT
125 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
** * * * ** *
21089 AATTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * * *
21154 TTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTTAA-TCATTTAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AATTCA
* * ** *
21218 AATAATTATGACCATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTA-TTATGACCTT
130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTT
21268 CAAATTGTTT
Statistics
Matches: 2535, Mismatches: 574, Indels: 249
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.00
170 5 0.00
171 1 0.00
173 4 0.00
174 60 0.02
175 27 0.01
176 187 0.07
177 254 0.10
178 37 0.01
179 268 0.11
180 390 0.15
181 946 0.37
182 196 0.08
183 12 0.00
184 136 0.05
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
Found at i:18934 original size:538 final size:532
Alignment explanation
Indices: 17855--22797 Score: 2097
Period size: 538 Copynumber: 9.2 Consensus size: 532
17845 AAATAGTTAG
* * ***
17855 GTTTTGTCAT-AAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTTAATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAATTCATACAAG-CTT-ATTTGGAATAAAATAATACTAAT
** * * * * * *
17918 CAATT-ATATTC-TAAAATTAATAAATTGGAGATTTAAAAAA-AAATC-GTTTAC-CAATCAAAT
63 TGATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAT-AAAT
* * * * * * *
17978 TTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGATTTGTCCT
127 TAAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
* ** * * *
18043 AAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC
191 AAAACAATTGTTTCTATTC-ATCAAAATTATTCAGAATAAAATAATAT-TATTTATTAATATTTT
* * * *
18108 AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTG-AACATGTTCATATAGTTATGA
254 GAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTTCTGAAACA-GTTCA-ATAGTTATGA
* * * * * *
18172 CTCTTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTT
315 CTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
** * * * * *
18237 TGGTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGT
379 TTATCATACAAGCTTA-TTCAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTAT-AGT
* * * * * * * * * * * *
18302 AAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCTAATTCAAATCGTTATGACTGTTTGAACAATT
441 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAG-A-ATTT
* **
18367 TT-T-TATTTCAAAT-AGTTATGATATTTT
504 TTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTT
* ** *
18394 GTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
* ** * * * * **
18459 TTAATACTT-TGAAAGTTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAATCCA
66 TTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAATTAA
18523 AATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTT-TCTTGTCATAAA
130 AATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTTGT-TTGTCATAAA
* *
18587 ACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAA
194 ACAATTGTTTCTATTCAT-CAAAATTATTCAGAATAAAATAATATT-ATTTATTAATATTTTGAA
* * *
18652 AATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATTTATTTACTGAAACAATTCTAATAGTTATGACTATTT
257 AATTAATAAGAAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTTCTGAAACAGTTC-AATAGTTATGACTATTT
* * *
18716 GAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTTCA
321 GAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTATCA
* * *
18781 TATAATCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTGAGTAAGAGA
385 TACAAGCTTATTCA-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-T-AGTAAGAGA
* * *
18846 TTTAAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGGATTTTTATCTA
447 TTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATTTTTATCTA
18911 TTTCAAATCATTTTGA-CTTTT
511 TTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* * * * * *
18932 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTATTTGGTATAAATTAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
*
18997 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATAAATTA
66 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-AAATAAATTA
* * * * *
19061 AAATAGAT-TTGAT-TATTTAAACAATTATCT-ATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
129 AAATAG-TCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAA-TAGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * * *
19123 TAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
190 TAAAACAATTGTTTCTATTCATCAAAA-TTATTC-AGAATAAAATAATATTA-TTTATTAATATT
* * *
19187 TTGAAAATTAATAAGCAAGATTTTTAAAAACTAAAATTGTTTTC-CAAATCAGTTCAAATAATTA
252 TTGAAAATTAATAAG-AAGA--TTTAAAAACTAAATTTGTTTTCTGAAA-CAGTTC-AATAGTTA
* * * * * * * * *
19251 TGGCTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATT
312 TGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
19316 TTTTATCACACAAGCTTATTTAGATAAAAATATTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-A-T
377 TTTTATCATACAAGCTTATTCA-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAGT
* * **
19379 AAGAGATTCAAAAAAT-AA-ATGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
441 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATTTTT
*
19442 ATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
506 ATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* ** * * *
19469 -TCTTTAGTCGTGTAATAATTGCTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATAC-----
1 GT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
** * * * * *
19528 -ATTAACATTCAAAATTTTAATAA-TCATGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAG
64 GATTAACATTCAAAAAATTAATAAGT-AGGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAATAAA
** * * ** * * * * * *
19590 TTTGAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCATTTGTTTTGTCA
126 TTAAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * * *
19655 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCAT-AAACGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAGTAATAT
190 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATCAAA--ATTATTCAGAATAAAATAATATTA-TTTATTAATAT
** ** * ** * * * *
19718 TTCAAAAATTAATAACTA-ATTTAAAAGAATAAAATCAGTTTACTTAATCAGTTCAAATAATTAT
251 TTTGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAA-ACT-AAATTTGTTTTCTGAAACAGTTC-AATAGTTAT
* * * * * *
19782 -AGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGT
313 GA-CTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
19846 TTTTCAACATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAGAATTA-A-
376 TTTTTATCATACAAGCTTATTC-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAG
* * * * * * * **
19909 TAAGACATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATTAAACTAATTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAA
440 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-TT
** ***
19973 TTT-TCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTT
503 TTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* * * *** * *
20002 GTTCTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGTAATAAAATAATACTAATT--
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
* * * * * * * ****
20065 TTGCAAAATTCTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-GTCAAACCCTTT
66 TT--AACATTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAATAAATT
* * * * * * * * * * * *
20129 CAAACAGTTA-AGTCTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCAT
128 AAAATAGTCATA-TCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTT-GTTTGTCAT
* * * ** * * * *
20193 AAAATAATTATTT-TAGCTCATACAAGCTCATT-TGAAATAGAATGAA-AGTAATTTATTAATAT
191 AAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-CAAAATTATTCAG-AATAAAAT-AATA-TTATTTATTAATAT
* * * * * * *
20255 TTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAC--AATTATATTTACTGAACCAATTCAAATAAT
251 TTTGAAAATTAATAAG--A-AGATTTA-AAAACTAAATT-TGTTTTCTGAAACAGTTC-AATAGT
* * ** * * *
20318 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTGCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
310 TATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTA-TGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * * * *
20383 -ATTTTTATTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA
374 GTTTTTTA-TCATACAAGCTT-ATTCAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-
* * * * * ** **
20447 ATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTTA
436 AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
*** * ** * * *
20512 AAAATTATCTATTTCGAATTGTTATAATCTTTT
500 ATTTTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* * * * * * * * ** *** * *
20545 ATATTATCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATCCAGAATAAAATAAAACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
* * ** * ** * * * * * * ** * *
20610 ATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAA
66 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAATTAAA
* * * * ** * * * * *
20675 ATAGTTA-AGACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAA
131 ATAGTCATA-TCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAA
* ** ** ** * * * * * **
20739 ACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTGAATAATAGTTCAAA
194 ACAATTGTTTCTATTCAT-CAAAATTATTCAGAATAAAATAATA-TTATTTATTAATATTTTGAA
* * * * * * *
20803 AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATGGTTAAGACTA
257 AATTAATAA--GA-AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTTCTGAAACAGTTC-AATAGTTATGACTA
* * * * ** * * *
20867 TTAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTTTGATCTTT-TATTTGGTTATAAAACAATTGTTTTAG
318 TTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGATCTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTT-T
* * * * * * * **
20931 T-TCATAAAAGGTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTAGTAACA-TTCAAAAAATTAATAAAA
380 TATCATACAAGCTTATTCA-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT-ATAGTA
* * * * ** * *
20994 ATGAGATTTAAAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTACAAATAGTTATTACTATTTGAAC
442 A-GAGATTT---AAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
** * * * * *
21058 AATTGTCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTT
502 TTTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
** * * * * ** *
21089 AATTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
* ** ** * * * * * * *
21154 TTAATATTTC-CTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTTAATCATTTAA
66 TTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAATTAA
* * ** * *
21218 AATAATTATGA-CCATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTA-TTATGACC-------T-TC----
130 AATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAA
* ** * **
21269 -A-AATTG-TT-T-TTGATCAAAATTATGTCCA-AAT----T--TATTA-ACATTCAAAAAATT-
193 AACAATTGTTTCTATTCATCAAAATTAT-T-CAGAATAAAATAATATTATTTATT-AATATTTTG
* * * * * * *
21320 --AA-TAAGCAA-AAGATATGAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAATCAAGTTCAACTAGTTATGAC
255 AAAATTAA-TAAGAAGAT-TTAAAAACTAAATTTGTTTTCTGAAAC-AGTTCAA-TAGTTATGAC
* * * * *
21380 TATTTGAACAATTATTTAT-TTAGAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGACAAAAAACAATTGTTTC
316 TATTTGAACAATTATCTATATCA-AATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
** * * * ** **
21444 GGT-TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATACCAAAAATTAATAAG
378 TTTATCATACAAGCTTATTC-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AT-AG
* * * * * * *
21508 CAAGAG-TTTAAAAAAATTAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATA
440 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATT
* * *
21571 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
503 TTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* * * * * *
21601 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
* * * * * * ** * * *
21666 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---A-ATTTAGAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAGTTCAA
66 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAATTAAA
* * * * * * * * * * *
21727 ATAATTA-AGGCTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCA-ATATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
131 ATAGTCATA-TCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAA
** * * *
21790 AACAATTGTTT-T-TT-ATCATACAA-GCTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-CTTTC
193 AACAATTGTTTCTATTCATCA-A-AATTATTCAGAATAAAATAATA-TTATTTATTAATATTTTG
* * * *
21850 AAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAA-TAAATTTATTTATC-GAATCCATTTAAATAGTTAT
255 AAAA-TTAATAAG-AAG--A-TTTAAAAACTAAATTTGTTT-TCTGAA-ACAGTTCAATAGTTAT
* * * * *
21913 GACTATTTGAACAA--ATGTATAGTTTAAATCTATTATTTAAAAAATAAACCTTTGTAGTTCTGA
313 GACTATTTGAACAATTATCTATA--TCAAAT-TGTTA--T----GAT----CTTTGT--TT-TGT
* * * *
21976 CATAAAACAATTATTTATGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
362 CATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTC-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * * * * *
22040 -CTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGT
425 TTTC-AAAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGT
*** * * * *
22104 TAAGACTATATA-AACACTTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTT
487 TAAGACTAT-TAGAATTTTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* * * * * * ** *
22150 GTTTTGTCATAAAATATTTTTTTTCCATTCATACTAGTTTATTTATAATAAAATAA-AATGAATT
1 GTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATT
* * * * ** ** *
22214 TATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAACAAATAATTCTGCTTACCT-AACCAGT
64 GATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAATAAAT
* * * * * * * * * *
22273 TCAAATAATTATGAT-TATTTGGATAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCA
127 TAAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTT-GTTTGTCA
* * * * * * * * * *
22337 TAAAACAAATGTTTTTGTCCAT-ATAAGTTTGTTCGGAATAAATTAATACTACTCTATTAATATT
190 TAAAACAATTGTTTCTATTCATCA-AA-ATTATTCAGAATAAAATAATATTA-TTTATTAATATT
* * * * * * * *
22401 TTAAAAATTAATAA-TAGATCTAAAAAATAAATCT-TTTTATCAAACCAGTTCAAATTGTTATGA
252 TTGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTTCTGAAA-CAGTTC-AATAGTTATGA
* ** * * * * ** * * *
22464 CTATCTGAGTAATTATTTATCTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTCAGTTATAAAATAATAG-TTT
315 CTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * ** * * *
22528 CTATTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAG
379 TTA-TCATACAAGCTTA-TTCAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AT-AG
* * * * * * * * * * * **
22593 TAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGA-TCAAAAAGTCATGGCTATTTGAATAA
440 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATTT
* * * *
22657 TTATCCATTTCAAATCGTTATGA-CTCTT
504 TTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* * * * * *
22685 -TTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTT-
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTG
* * * * *
22748 ATTAATATTCCAAAAATTAATAATTA--AGATTTACAAAATAAAACTATTTA
65 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
22798 TTGAACCAGT
Statistics
Matches: 3452, Mismatches: 720, Indels: 468
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
507 1 0.00
508 61 0.02
509 1 0.00
511 3 0.00
512 136 0.04
513 8 0.00
514 18 0.01
515 117 0.03
516 14 0.00
517 7 0.00
519 2 0.00
520 6 0.00
521 2 0.00
522 3 0.00
523 14 0.00
524 7 0.00
525 2 0.00
526 7 0.00
527 7 0.00
528 10 0.00
529 11 0.00
530 57 0.02
531 97 0.03
532 205 0.06
533 112 0.03
534 34 0.01
535 30 0.01
536 218 0.06
537 195 0.06
538 316 0.09
539 274 0.08
540 144 0.04
541 203 0.06
542 128 0.04
543 294 0.09
544 278 0.08
545 5 0.00
546 6 0.00
547 2 0.00
548 24 0.01
549 194 0.06
550 137 0.04
551 16 0.00
552 6 0.00
553 32 0.01
554 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
TTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAATTAAA
ATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCTATTCATCAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTATTTATTAATATTTTGAAAATT
AATAAGAAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTTCTGAAACAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATATCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAG
CTTATTCAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATTTTTATCTATTTCAAATCA
TTTTGACCTTTT
Found at i:19262 original size:720 final size:715
Alignment explanation
Indices: 17904--21264 Score: 1658
Period size: 720 Copynumber: 4.7 Consensus size: 715
17894 AATTCAAAAT
* * * *
17904 AAAATAATACTAATC-AATTATA-TTCTAAAATTAATAAATTGGAGATTTAAAAAA-AAATCGTT
1 AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AA---GAGATTCAAAAAATAAAT-ATT
* * * * * * * * * *
17966 TACCAATCAAATTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATT
61 TACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGACATT
*
18031 TTGATTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATT
126 TT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATT
* * * ** *
18096 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCA
190 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACATATTCA
* * * *
18161 TATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
255 AATAGTTAAGACTCATTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * *** *
18226 CCAATTGTTTTTGGTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
320 ACAATTATTTCAAGTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAA
* * * * ** * * *
18291 AACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCTAATTCAAATCGTTATGACTG
385 AACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAAATAATTAAAATAGTTATGACTA
* * * * * **
18356 TTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTGT
450 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
* ** * ** * * * * *
18421 TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAAAGTTAGTAGGTAGG
515 TCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAAAATTAATAAGCAAG
** * * *
18486 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAATCCAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTATC
580 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAATCCAAATAATCATAGCCATTTGAACAAATATC
* * **
18551 TAAT-TCAAATAGTTATGACCTTT-TTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATGCAAAATT
645 -AATCTCAAATAGTTATGACCTTTGTT-TTCTCATAAAACAATTATTT-TGTATCACACAAAATT
18613 ATTCAGA-A
707 ATTCAGATA
* * * ** * *
18621 TAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTA
1 -AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAA--TATTTA
* * *
18686 CTGAAA-CAATTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATG--ATCT
63 CT-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGACAT-T
* * * *
18748 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTTCATATAATCTTATTCAT-ATTAAAATAATACT-
126 TTA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCAAACAAGCTTATTC-TGAATAAAATAATA-TA
* * *
18810 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACC
186 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAATATGTTTGCCAAA-C
* *** *
18875 A-ATTCAAATAGTTAAGACT-ATTAGGATTTTTATCTATTTCAAATCA-TTTTGA-CTTTTGTTT
248 ATATTCAAATAGTTAAGACTCATTA-AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTT
* * * ** *
18936 AGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTATTTGGTATAAATTAATACTAATTTATTAA
311 AGTCATAAAACAATTATTTCAAGTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** *
19001 CA-TTCAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATAAATTAAAA
376 CATTTC-AAAAACTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTCAAAT-AATTAAAA
* * *
19064 TAGATT-TGATTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
438 TAG-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
19127 ACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAA
501 ACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAA
** * * * * * * * * *
19192 AATTAATAAGCAAGATTTTTAAAAACTAAAAT-TGTTTTCCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCT
566 AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAATAAATCCAAATAATCATAGCC
* * * * * *
19256 ATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTTTTA
630 ATTTGAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGACCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTGTA
** *
19321 TCACACAAGCTTATTTAGATA
695 TCACACAAAATTATTCAGATA
* * *
19342 AAAATATTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATGTTTACTA
1 AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATATTTACTA
* * * * * ** * * *
19407 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTTCT
66 AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGA-CATTTTAT
* ** * * * * * *
19472 TTAGTCGTGTAATAATTGCTTCAATTCATACAAGCTTATT-TGGAAGAAAAT-A-ATACA--T--
130 TT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATATAAATTTAA
* * * * * ** *
19530 TAACATT-CAAAATTTTAATAA-TCATGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTT
193 TAATATTCCAAAA-ATTAATAAGT-A--AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACATA-TT
** * * * * * * * * *
19592 TGAATAATTATGGCT-ATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCATTTGTTTTGTCAT
253 CAAATAGTTAAGACTCA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * ** *** * * *
19656 AAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AACGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAGTAATATT
317 AAAACAATTATTTCAAG-TCATACAA-GCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
** * * * *
19719 TCAAAAA-T--TAA-TAACTAATTTAAAAGAATAAAATC-AGTTTACT-TAATCAGTTCAAATAA
380 TCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAA-AAT-AAATCTA-TTTACTCAAAT-AATTAAAATAG
* * * * *
19778 TTAT-AGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTCGTCATAAAACAA
441 TTATGA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * * * *
19842 TTGTTTTTCAA--CATGCAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATA-TTTTAAG
505 TTG--TTTCAATTCATAAAAACTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAA-
* * ** * * * *
19903 AATTAAT----AAGACATTTAAAAAATAAATCAATTTATTAAACT-AATTCAAACAGTTAT-GAC
566 AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAAATCCAAATAATCATAG-C
* * * * * * ** * * * *
19962 TATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTT
629 CATTTGAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGACC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATT-ATTTT
* **
20027 GT-TCATACAAGCTTATTC-G-TAA
692 GTATCACACAAAATTATTCAGAT-A
* *** * *
20049 TAAAATAATACTAATTTTGCAA-AATTCTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCC
1 -AAAATAATACTAATCTAATAATATTTC-AAAAAT---TAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAAT--
* ** * * * * * * *
20113 ATTT-GTCAAACCCTTTCAAACAGTTAAGTCTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAA
58 ATTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGA
* * * * * * * *
20177 CCTTTTATTTTATCATAAAATAATTATTT-TAGCTCATACAAGCTCATT-TGAAATAGAATGAA-
122 CATTTTA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAACAAGCTTATTCTG-AATAAAAT-AAT
* ** * * * * * * * *
20239 AGT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAACAATTATATTTACTGA
183 A-TAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTGC-CA
* * * *
20303 ACCA-ATTCAAATAATTATA-ACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTG-CTTTT
245 AACATATTCAAATAGTTA-AGACTCA-TTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-TGACCTTT
* * ** * * * ** * *
20363 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAAAACTAATTT
306 TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAGTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * ** * * *
20428 ATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTAC-CAAACCATTTC
371 ATTAACATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAAA-TAATTA
* * * * * * *
20492 AAATAGTTTTGACTATTTTAAA-AATTATCTATTTCGAATTGTTATAATC-TTTTATATTATCAT
435 AAATAGTTATGACTA-TTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** ** * * * * *
20555 CAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATCCAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TTC
498 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTT-
* * * * * * ** * * * *
20619 TGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-A
562 TGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAATCCAAATAATCATA
* * ** * * * * * * * * *
20683 GACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTT
627 G-CCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGACC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATT
*** ** ** *
20748 TTGT-TTGTACAAGCTTATTTGGATT
690 TTGTATCACACAAAATTATTCAGATA
* * *
20773 AAAATAATACTAAT-TGAATAATAGTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATT-TAAAAATAAATTTG
1 AAAATAATACTAATCT-AATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAA--TA
** * * * * * * ** *
20836 TTTACCGAATCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTTTGATC
59 TTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGA-C
* * *
20901 -TTTTATTTGGTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA-AAGGTTATT-TAGAATAAATTAATA
123 ATTTTATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-AACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATA
* * * * * *
20962 CT-AATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAA--AAATGAGATTTAAAAAAAAATAAATCTATTTA
184 -TAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA--A-ATTT---AAAAAATAAATATGTTTG
* ** * * * * *
21024 CCAAACA-AGTACAAATAGTTATTACT-ATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTATAACCTT
242 CCAAACATA-TTCAAATAGTTAAGACTCA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT
* * * * * * ** *
21087 TTAATTT-GTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAA
305 TT-GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAG-TCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * ** *
21150 TTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTA-TTTAATCAT
368 TTTATTAACATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAAAT-AA
* * * ** *
21214 TTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTA-TTATGAC
432 TTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGAC
21265 CTTCAAATTG
Statistics
Matches: 2036, Mismatches: 466, Indels: 276
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
706 6 0.00
707 65 0.03
708 58 0.03
709 9 0.00
710 19 0.01
711 119 0.06
712 36 0.02
713 112 0.06
714 116 0.06
715 8 0.00
716 19 0.01
717 34 0.02
718 290 0.14
719 162 0.08
720 462 0.23
721 34 0.02
722 134 0.07
723 58 0.03
724 108 0.05
725 183 0.09
726 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATATTTACTA
AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGACATTTTATT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTTAATAA
TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACATATTCAAATAGT
TAAGACTCATTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
ATTTCAAGTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAACTAA
TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAAATAATTAAAATAGTTATGACTATTTAAA
CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAA
AAACTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAATCCAAATAATCATAGCCATTTGAACAAATATCAATCTC
AAATAGTTATGACCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTGTATCACACAAAATTATTCAGATA
Found at i:21575 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 21548--21595 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
21538 GAACAAATTC
*
21548 AAATAGTTATGACTATTT-
1 AAATAATTATGACTATTTA
21566 AAATAATTAT--CTATTTA
1 AAATAATTATGACTATTTA
*
21583 AAATCATTATGAC
1 AAATAATTATGAC
21596 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 5
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 9 0.36
18 9 0.36
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
AAATAATTATGACTATTTA
Found at i:21622 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 21297--24094 Score: 1326
Period size: 181 Copynumber: 15.8 Consensus size: 178
21287 ATTATGTCCA
* * * * *
21297 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATATGAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAATC
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-C
* * * * *
21361 AAGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAGAATCGTTATGATCTTTTGTTTTG
61 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
21426 ACAAAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
126 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * *
21479 AATTTCTTAATATACCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGTTTACTGAACAA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA
* * *
21544 ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
21609 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGT
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * **
21660 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-ATTTAGAAAAT-GATTCTGTTTACCGAATTAGT
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACAAGT
* * * * * ** * *
21723 TCAAATAATTAAGGCTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
21788 ATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGC---TTC-AGAATAAAATAATACT
130 AAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * * * *
21834 AATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATTTATTTA-TCGAATC
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAA-C
* * * * * * ** *
21898 CA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCTATTATTTAAAAAATAAAC
61 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAA---A-TCGTT-----AT-GAC
* * * *
21962 CTTTGTAGTTCTGACATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
115 CTTT-T-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
22027 T
178 T
* * * * * * * *
22028 AATCTAATAATACTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACTGAACCA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA
* * * * * * * *
22093 GTTTAAATAGTTAAGACTATATAAACACTTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * * *
22158 ATAAAATATTTTTTTTCCATTCATACTAGTTTATT-TATAATAAAATAA-AAT
128 ATAAAACA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * * *
22209 GAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAACAAAT-AATTCTGCTTACCT-AACCA
1 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTGAACAA
* * * * * ** *
22271 GTTCAAATAATTATGATTATTTGGATAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
22336 ATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCGGAATAAATTAATACT
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * ** * * * *
22387 ACTCTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-TAGATCTAAAAAATAAATCTT-TTTA-TCAAACCAG
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACT-GAACAAG
* * * * * * * * * ** *
22449 TTCAAATTGTTATGACTATCTGAGTAATTATTTATCTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTCAGTTA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
22514 TAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACT
129 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
** * * * * * *
22564 AATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA
* * * * * * *
22629 GATCAAAAAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGA-CTCTT-TTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
22692 ATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
128 ATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * ** * * *
22743 AAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGATTTACAAAATAAAACTATTTATTGAACCAGT
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGT
* ** * * ** * *
22808 TTAAATAACTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCCATAACCTTTTGTCTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** *
22873 AAGATGATT-TCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-T
130 AAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * *
22921 AAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
1 -AATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
* * * * * ** *
22984 CAAATTAAAATTA-TTATGACTTTTTG--T-TTTGTC-A--TAAAA-CAAT-TG----TTT-TTA
60 CAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * ** ** * * *
23035 T-TCATACAA-GATTATTT-GGATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAACAATTAAT
124 TGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTCGA--AATA---AAATAA-TACT
* * * ** * * *** ** * * * *
23094 AA-GTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTCATCGAACAAATTCAAA-TAG-GTA-TG-ACTA-
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAA-AAAAT-AAATTTGTTTACTGAACAAG
** * * *
23152 TTTGAATAATTAT--CTATTT--C-AA--ATC--------ATCG---TGACCTTTTGTTTTGTAA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
23199 TAAAACAATTGATTAAGTTAATATAAGCTTATTTGAAAT---A-AA-A--
129 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
** * * * * * * *
23242 AA--TATTAAT-TT--AATGAGTAA-GAGAA-TTTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTT
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTT
* * * * * **
23300 CAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCAATTTAAAAACATTATGATATTTTGTTTTGTCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
23365 AAACAATTGATTAC-GTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-T
131 AAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
23412 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-TGAACAC
1 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA
* ** *
23476 GTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAATAAGTATCTATTTCCAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
23540 ATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACT
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * *
23591 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAGCA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CA
* * * * *
23655 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-CTCTTTTATTTTG
62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTG
* * * *
23719 CCATAAAACAATTGCTTT-TATTCATAGAA-CTTTATTCAAAATAAAATAATACT
126 TCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAATACT
** * * * ** *
23772 AATTTATTAATATTCTTAAAGTTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAACAA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA
* * * * * * *** *
23837 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATTTATTTCAAATTGTTATGATAATTTGTTTTAT
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * ** * * * *
23901 CATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAAATTATT-TAGAGTAAACTAATACC
127 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * * *** * * * ** * * *
23953 AATCTATCACTATTTTGAAAATTAA-AA-AGGACTTAAAAACTAAAGGTATTTGCCGAACCAA-T
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGT
* * * * ** *
24015 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTT-TTTTAGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCA
*
24079 TAAAATAATTGTTTCT
129 TAAAACAATTGTTTCT
24095 AATTATTTAA
Statistics
Matches: 2004, Mismatches: 457, Indels: 316
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
141 2 0.00
142 4 0.00
143 5 0.00
144 2 0.00
145 8 0.00
146 10 0.00
147 4 0.00
148 9 0.00
150 1 0.00
151 2 0.00
152 2 0.00
153 4 0.00
154 2 0.00
155 1 0.00
156 1 0.00
158 3 0.00
159 6 0.00
160 8 0.00
161 22 0.01
162 6 0.00
163 2 0.00
164 50 0.02
165 10 0.00
166 16 0.01
167 14 0.01
168 12 0.01
169 7 0.00
170 13 0.01
171 9 0.00
172 6 0.00
173 10 0.00
174 45 0.02
175 10 0.00
176 91 0.05
177 361 0.18
178 240 0.12
179 198 0.10
180 61 0.03
181 505 0.25
182 87 0.04
183 9 0.00
184 2 0.00
188 2 0.00
189 9 0.00
190 2 0.00
191 28 0.01
192 2 0.00
193 8 0.00
194 86 0.04
195 3 0.00
196 3 0.00
197 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
Found at i:21919 original size:355 final size:352
Alignment explanation
Indices: 21465--23847 Score: 1277
Period size: 358 Copynumber: 6.8 Consensus size: 352
21455 GCTTATCCAA
* ** * * * *
21465 AATAAAATAATACTAATTTCTTAATATACCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTT-TAAAAATAAATT
* * *
21530 TGTTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG
65 TGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG
* * * *
21594 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * **
21659 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-ATTTAGAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAGT
194 TAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAGT
* * * * * ** * *
21723 TCAAATAATTAAGGCTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCAT
258 TCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCAT
*
21788 ATAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAGCTTCAG
323 A-AA-AATTGTTTTTTATTCATACAAG-TTTAG
* *
21820 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTTAAAAATAAATT
* * * * * * *
21885 TATTTATCGAATCCA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCTATTAT
65 TGTTTATCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAA---ATCA-
* * *
21949 TTAAAAAATAAACCTTTGTAGTTCTGACATAAAACAATTA-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCG
124 TT-----AT-GACCTTT-T-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCG
* * *
22013 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATACTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAATT
180 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAATT
* * * * * *
22078 TTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATAAACACTTATCTATTTTAAATCGTTATA
241 CTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * *
22143 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATT-TTTTTTCCATTCATACTAGTTTATTTAT
306 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-ATTGTTTTTT--ATTCATACAAG----TTTAG
*
22196 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-A-TTTAACAAAT-AAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTTAA-AAATAAAT
* * * * * * * * *
22255 TCTGCTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGGATAATTATTTATTTCAAATAATTAT
64 T-TGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * * * * * * * *
22320 GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCGGAATAAATTAATA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* ** * * * * *
22385 CTACTCTATTAATATTTTAAAAATTAATAATAGATCTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACCAGT
193 CTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAGT
* * * * * * * * * * *
22450 TCAAATTGTTATGACTATCTGAGTAATTATTTATCTCAAATTGTTA-AGACTTTTTGTTCAGTTA
258 TCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA-ACCTTTTGTTTAGTCA
* *
22514 TAAAATAATAG-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTGG
322 T-AAA-AATTGTTTTTTATTCATACAAGTTTA----G
* * * * *
22550 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAATTTTAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
22615 TGTTTATTGAACTAGATCAAAAAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGA
65 TGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * *
22680 -CTCTT-TTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** **
22743 AAGT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGATTTACAAAATAAAACTATTTATTGAACCAG
195 AA-TCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-T-AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAG
* ** * * * * * **
22807 TTTAAATAACTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCCATAACCTTTTGTCTT-GTC
257 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT-TTAGTC
* * *
22871 AT-AAGA-TGATTTCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG
321 ATAAAAATTG-TTT-TT-TATTCATACAAG----TTTAG
* *
22908 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGA-ATTTTAAAAATAA
* * * * * * * * * *
22970 ATCTATTTACCGAACAAATTAAAATTA-TTATGACTTTTTG--T-TTTGTC-A--TAAAA-CAAT
62 ATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATT
* * *
23027 -TG----TTT-TTAT-TCAT---ACAA-GA--TTA-TT--T----G-------G-ATTAAAATAA
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * * * *
23064 TATTATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTCATCGA
191 TACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGA
* * * * * * * ** *
23129 ACAAATTCAAATAGGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATCGTGACCTTTTGTTT
252 ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * * * * * *
23194 TGTAATAAAACAATTG--ATTAAGTTAATATAAGCTTA-
317 AGTCAT-AAA-AATTGTTTTTTA-TTCATACAAGTTTAG
** * * * * * *
23230 TTTGAAATAA-A--AA-ATATT-A-ATTT----AATGAGTAAG--AGAATTTTAAAAAATGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTT-AAAAATAAATT
* * * * * * *
23283 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCAATTTAAAAACATTATGA
65 TGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
** *
23348 TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA--TTACGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTA-GTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
23410 A-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-TGAA
192 ACT-AATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAA
* * * * * * *
23473 -CACGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAATAAGTATCTATTTCCAATCGTTATGACCATTTGTTT
253 CCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * * *
23536 TGTCATAAACCAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
317 AGTCATAAA--AATTGTTTTTTATTCATACAAG--T-TT-AG
* *
23577 AATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAT-TTT-AAAAATAAAT
* * * * * *
23641 TTATTTA-CCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
64 TTGTTTATCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * * *
23705 G-CTCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTGCTTTTA-TTCATAGAA-CTTTATTCAAAATAAAATA
128 GAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATA
* ** * * *
23767 ATACTAATTTATTAATATTCTTAAAGTTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCG
190 ATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA---T-AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCG
*
23832 AACAAGTTCAAATAGT
251 AACCAGTTCAAATAGT
23848 CATGTCCATT
Statistics
Matches: 1569, Mismatches: 311, Indels: 290
0.72 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
309 6 0.00
310 42 0.03
312 8 0.01
313 4 0.00
314 1 0.00
316 6 0.00
317 6 0.00
318 6 0.00
319 2 0.00
321 1 0.00
322 10 0.01
323 5 0.00
324 5 0.00
325 36 0.02
326 3 0.00
327 93 0.06
329 6 0.00
330 1 0.00
331 4 0.00
333 2 0.00
337 2 0.00
339 2 0.00
340 3 0.00
341 3 0.00
342 57 0.04
343 23 0.01
344 22 0.01
345 41 0.03
346 5 0.00
347 12 0.01
348 1 0.00
350 8 0.01
351 6 0.00
352 5 0.00
353 3 0.00
354 49 0.03
355 168 0.11
356 99 0.06
357 24 0.02
358 222 0.14
359 218 0.14
360 28 0.02
361 24 0.02
362 6 0.00
365 2 0.00
366 6 0.00
367 6 0.00
368 77 0.05
370 7 0.00
371 23 0.01
372 118 0.08
373 8 0.01
374 2 0.00
375 2 0.00
376 40 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (352 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAATAAATTT
GTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
ATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCA
AATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
AATTGTTTTTTATTCATACAAGTTTAG
Found at i:23148 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 22889--23155 Score: 385
Period size: 146 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
22879 ATTTCTTCTG
* *
22889 TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGATTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
* * * *
22954 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTAAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
66 AAGATTTAAAAAATAAATATATTCACCGAACAAATTAAAATTAGTATGACTATTTGTTTTGTCAT
23019 AAAACAATTGTTTTTA
131 AAAACAATTGTTTTTA
* * * *
23035 TTCATACAAGATTATTTGGATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCA-ACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGATTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTA
* * *
23099 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTCATCGAACAAATTCAAA-TAGGTATGACTATTTG
65 AAAGATTTAAAAAATAAATATATTCACCGAACAAATTAAAATTA-GTATGACTATTTG
23156 AATAATTATC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 13, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 2 0.02
146 101 0.95
147 3 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (146 bp):
TTCATACAAGATTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATATATTCACCGAACAAATTAAAATTAGTATGACTATTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTTA
Found at i:23769 original size:359 final size:362
Alignment explanation
Indices: 23268--23928 Score: 874
Period size: 359 Copynumber: 1.8 Consensus size: 362
23258 GTAAGAGAAT
*
23268 TTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCAAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCAAT
* * *
23333 TTAAAAACATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTACGTTCATGCAAGCTTATTTC
66 TTAAAAACATTATGATATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGATTACATTCATGCAAGCTTATTTC
*
23398 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAATAA
131 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAA
* * * * *
23460 ATCTATTTA-TGAACACGTTCAAATAGTTATG-ACATTTGAA-TAAGTATCTATTTCCAATCGTT
194 ATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTACATTTGAACT-AGTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
23522 ATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
258 ATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
23587 CACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATA
323 CACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATA
* * **
23627 TTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCAA
* * * * * **
23691 TTTCAAATCATTATGCTCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTGCTTTTATTCATAG-AA-CTT-TA
65 TTTAAAAACATTATGATATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGATTACATTCAT-GCAAGCTTAT-
* * ** *
23753 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTTAAAGTTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAAT
128 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAAT
* * * *
23818 AAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATTGT
192 AAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTACATTTGAACTAGTATCTATTTCAAATCGT
*
23883 TATGATAATTTGTTTTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAA
257 TATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAA
23929 AATTATTTAG
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 35, Indels: 17
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 1 0.00
358 8 0.03
359 139 0.54
360 25 0.10
361 19 0.07
362 64 0.25
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (362 bp):
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCAAT
TTAAAAACATTATGATATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGATTACATTCATGCAAGCTTATTTC
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAAT
CTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTACATTTGAACTAGTATCTATTTCAAATCGTTATG
ACAATTTGTTTTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAC
TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATA
Done.