Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168253.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_484, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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115 AAATATAAAT
125 AATTGTTAAT-ATTTAAAAC
1 AATTGTTAATAATTTAAAAC
*
144 AATTGTTATTAATTTAAAA
1 AATTGTTAATAATTTAAAA
163 TGCTACTTCT
Statistics
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19 9 0.53
20 8 0.47
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AATTGTTAATAATTTAAAAC
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Indices: 845--907 Score: 83
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835 TTAAAGTAAT
* * *
845 AAATTAATTTATTATTTAA-TAATATTA
1 AAATTAAATTAATAATTAATTAATATTA
*
872 AAAATAAATTAATAATTAATTAATATTA
1 AAATTAAATTAATAATTAATTAATATTA
900 AAATTAAA
1 AAATTAAA
908 ATCCTTATAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 1
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28 15 0.50
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AAATTAAATTAATAATTAATTAATATTA
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Indices: 1951--1988 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
1941 ATTATATTTT
1951 AATTATTGATT-AATA
1 AATTATTGATTCAATA
1966 AATTATTGATTCAATA
1 AATTATTGATTCAATA
*
1982 AACTATT
1 AATTATT
1989 CACATATACA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
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15 11 0.52
16 10 0.48
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AATTATTGATTCAATA
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Indices: 2080--2141 Score: 74
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2070 AGTAATAACT
2080 TAATATTAAAT-TTA-ATAA
1 TAATATTAAATATTATATAA
2098 TAATATTATAATATTATATAA
1 TAATATTA-AATATTATATAA
* *
2119 TATTATATAAATATTATAAAA
1 TAATAT-TAAATATTATATAA
2140 TA
1 TA
2142 GTTGTTTATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 5
0.84 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.21
19 3 0.08
20 3 0.08
21 22 0.58
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TAATATTAAATATTATATAA
Found at i:2119 original size:10 final size:10
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Indices: 2094--2141 Score: 60
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2084 ATTAAATTTA
*
2094 ATAATAATATT
1 ATAATATTA-T
2105 ATAATATTAT
1 ATAATATTAT
2115 ATAATATTAT
1 ATAATATTAT
2125 ATAAATATTAT
1 AT-AATATTAT
*
2136 AAAATA
1 ATAATA
2142 GTTGTTTATA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 3
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
10 17 0.50
11 17 0.50
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Consensus pattern (10 bp):
ATAATATTAT
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Indices: 2241--2669 Score: 446
Period size: 179 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
2231 TTTTGGACTT
* * * * * *
2241 TTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAG-AACTAAGTATTTATGACA
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTATTTATTACA
* * *
2305 AAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
65 AAACAAATGGTCACAATGTTTTGAAATAGATATTATTCAGATAGTCATAACTACTTGAACTTGTT
* ****
2370 TGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTAGA
130 TGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTGTCAAAAGA
** * * *
2421 TTAATAAATTAGA-GCTA-TTTATTTCAAATAAGCTTATGTTAACT-GAAACAATTATTTATTAC
1 TTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTATTAC
* * * *
2483 AAATA-GAA-GGTCACAAT-TATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTGACTACTTGAACT
64 AAA-ACAAATGGTCACAATGT-TTTGAAATAGAT-ATTATTCAGATAGTCATAACTACTTGAACT
* * * *
2545 TGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAA-TCT-TTCACTTATTAATTGTCAAAATA
126 TGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTT-ACTCATTAATTGTCAAAAGA
* * *
2598 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACA
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATTACA
2663 AAACAAA
65 AAACAAA
2670 AAGTCATAAC
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 36, Indels: 25
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 31 0.15
178 58 0.29
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180 16 0.08
181 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTATTACAA
AACAAATGGTCACAATGTTTTGAAATAGATATTATTCAGATAGTCATAACTACTTGAACTTGTTT
GGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTGTCAAAAGA
Found at i:2719 original size:19 final size:18
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Indices: 2695--2741 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
2685 TGTTTACAAA
2695 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
2713 GACTATTT-GAATAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
2731 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
2742 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 3 0.12
18 9 0.36
19 7 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:3254 original size:182 final size:178
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Indices: 2700--3339 Score: 566
Period size: 178 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
2690 ACAAAACTAT
* ** * *
2700 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * *
2765 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATAT-TGATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAAT-TCTAATTTATTAATATT
* * * * *
2829 TCAAAAATTAATACGTAGGAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTGCCA-T-ACCAA
129 T-AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTGTT--TATTGAACAA
* * * * * **
2879 TTC-AATTAGTATAACTATTT-AACCAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCAATTGTTTTATC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
* * ** * *
2942 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAATATTATTTGGAATAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAATAATTCTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * *
3007 TGAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGTACCT-TTTGGCTTG-ACCA
129 TAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTT--ATTGAACAA
*
3057 TTGCAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-T
1 TT-C-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
* *** *
3121 CTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATAATAACATTATTCTAATTTATTAAT
64 C--ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAA-ATAATTCTAATTTATTAAT
3186 ATTCTAAAAATTAATAAGT-GAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAA
126 ATT-TAAAAATTAATAAGTAG-GAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAA
* * *** * * *
3240 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAGTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTGTTGTC
1 -TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
* *
3305 ATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
65 ATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT
3340 AAAATTTGTT
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 70, Indels: 46
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 36 0.10
178 100 0.27
179 4 0.01
180 6 0.02
181 72 0.20
182 92 0.25
183 52 0.14
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAATAATTCTAATTTATTAATATTTA
AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAA
Found at i:3826 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3386--4755 Score: 1248
Period size: 181 Copynumber: 7.6 Consensus size: 180
3376 TTGAAACAAT
* * ** * * * **
3386 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTTGTCATAAAATGATTATTTTTGTTCATATTA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * * *
3451 GCTTATTCATATTAAAATAATATTAAATTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
65 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
3516 AAAATAAATATGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTAATAACTATATGAATAA
130 AAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * *
3567 TTATCTATTTCAAA-CGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
3631 CATATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
66 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
3696 AAATGAATCTATTTACCAAACAAGTCTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
131 AAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT-TAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* *
3747 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
3812 CTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATATA
66 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *** * * * * *
3874 TAAAATAAATTTGTTTTTTGAACATGTTCAAAATAATTATGACCATTTGCACAA
129 AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT--AAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * *
3928 TTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCATAAAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * *
3993 CTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTTATAAGTAAAATATTTAAA
66 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* *** * * *
4058 AAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAATTATGACTGTTTAAATAA
131 AAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * *
4109 TTATTTATTTCAAATCGTTATAATCC-TCTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** **
4173 AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AG---GAGATTTAA
65 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * ** *
4234 AAACTATATCTGTTTATTGGACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
130 AAAATAAATCTGTTTA-CCGAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * * *
4286 TTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTCCATACAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * ** * * *
4350 CTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAT
66 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * *** * *
4415 AAATAAATGTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAA
131 AAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATT-TGAATAA
* * * * * * *
4466 TTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTG-TT-TAGTTGATACAT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
* * * * *
4529 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGCA-A-TTA
65 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTA
* * *
4592 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAAAAGTTATGACTATTTAAATAA
129 AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * *
4645 TTATC-ATTTTAAAATTGTTATGACGTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAA
1 TTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * *
4708 AGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
4756 GAGAAATAAT
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 198, Indels: 53
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 74 0.08
177 64 0.07
178 5 0.01
179 184 0.19
180 246 0.25
181 361 0.37
182 31 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
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Indices: 4723--4797 Score: 132
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
4713 ATCCAAAATA
* *
4723 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAG
1 AAATAATATTACTTTATTAATATGTCAAAAATTAAG
4759 AAATAATATTACTTTATTAATATGTCAAAAATTAAG
1 AAATAATATTACTTTATTAATATGTCAAAAATTAAG
4795 AAA
1 AAA
4798 GTTGGAGATT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 37 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.05, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
AAATAATATTACTTTATTAATATGTCAAAAATTAAG
Found at i:5885 original size:18 final size:18
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Indices: 5835--5889 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
5825 TTAATATTGC
* *
5835 TATTTATTTAAGAAATAT
1 TATTAATTTAAGTAATAT
*
5853 T-TTAAATATAA-TAATAT
1 TATT-AATTTAAGTAATAT
5870 TATTAATTTAAGTAATAT
1 TATTAATTTAAGTAATAT
5888 TA
1 TA
5890 AATTGTAAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 6
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.47
18 16 0.53
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
TATTAATTTAAGTAATAT
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Indices: 8405--8457 Score: 58
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8395 AATTCATTAT
8405 TAAT-AATTTATTTATTTTAAA
1 TAATCAATTTATTTATTTTAAA
* *
8426 TATTC-TTTTATTTAATTTT-AA
1 TAATCAATTTATTT-ATTTTAAA
8447 TAATCAATTTA
1 TAATCAATTTA
8458 AAATATATTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 5
0.74 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.64
22 9 0.36
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TAATCAATTTATTTATTTTAAA
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Indices: 8443--8484 Score: 50
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
8433 TTATTTAATT
8443 TTAATAATCAATTTAAAATATA
1 TTAATAATCAA-TT-AAATATA
8465 TTAATAGAT-AATTAAATATA
1 TTAATA-ATCAATTAAATATA
8485 ATGCAAGTTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.37
21 2 0.11
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23 2 0.11
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.02, T:0.40
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TTAATAATCAATTAAATATA
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8600 ATAAAACTAA
*
8610 ATAATTATATTATT
1 ATAAATATATTATT
8624 ATAAATATATTATT
1 ATAAATATATTATT
8638 AT
1 AT
8640 CTTAATTATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (14 bp):
ATAAATATATTATT
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Indices: 8752--8800 Score: 57
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8742 CATAATACTA
*
8752 ATTTTAATCTATTATAATTT
1 ATTTTAATCAATTATAATTT
8772 A-TTTAAT-AATTATAATTAAT
1 ATTTTAATCAATTATAATT--T
8792 ATTTTAATC
1 ATTTTAATC
8801 TTTATTAAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 6
0.77 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.38
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ATTTTAATCAATTATAATTT
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Indices: 9052--9102 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
9042 TTAATTGGAT
*
9052 TATTAAATATATTAATAA
1 TATT-AATATAATAATAA
*
9070 TATTAATATAATAATAT
1 TATTAATATAATAATAA
9087 TATTAATATTAATAAT
1 TATTAATA-TAATAAT
9103 TTATTCAATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
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TATTAATATAATAATAA
Found at i:9096 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9050--9112 Score: 60
Period size: 9 Copynumber: 7.1 Consensus size: 9
9040 TTTTAATTGG
9050 ATTATTAA-
1 ATTATTAAT
9058 ATATATTAAT
1 AT-TATTAAT
*
9068 AATATTAAT
1 ATTATTAAT
*
9077 A-TAATAAT
1 ATTATTAAT
9085 ATTATTAAT
1 ATTATTAAT
*
9094 ATTAATAAT
1 ATTATTAAT
9103 -TTATTCAAT
1 ATTATT-AAT
9112 A
1 A
9113 GCCATTAATA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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9 31 0.69
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ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (9 bp):
ATTATTAAT
Found at i:9106 original size:17 final size:17
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Indices: 9060--9112 Score: 67
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
9050 ATTATTAAAT
9060 ATATTAATAA--TATTA
1 ATATTAATAATTTATTA
9075 ATA-TAATAATATTATTA
1 ATATTAATAAT-TTATTA
9092 ATATTAATAATTTATTCA
1 ATATTAATAATTTATT-A
9110 ATA
1 ATA
9113 GCCATTAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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15 3 0.09
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Consensus pattern (17 bp):
ATATTAATAATTTATTA
Found at i:9134 original size:31 final size:29
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Indices: 9085--9165 Score: 69
Period size: 31 Copynumber: 2.8 Consensus size: 29
9075 ATATAATAAT
*
9085 ATTATTAATATTAATAATTTATTCAATAGCC
1 ATTAATAATATTAATAA-TTATT-AATAGCC
** *
9116 ATTAATAATATTGTTAATTATTAATA-CA
1 ATTAATAATATTAATAATTATTAATAGCC
* *
9144 ATT-ATTA-ATTAATGATTATTAA
1 ATTAATAATATTAATAATTATTAA
9166 AATTTTTTTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (29 bp):
ATTAATAATATTAATAATTATTAATAGCC
Found at i:9138 original size:19 final size:19
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Indices: 9116--9154 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
9106 TTCAATAGCC
*
9116 ATTAATA-ATATTGTTAATT
1 ATTAATACA-ATTATTAATT
9135 ATTAATACAATTATTAATT
1 ATTAATACAATTATTAATT
9154 A
1 A
9155 ATGATTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
19 17 0.94
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Consensus pattern (19 bp):
ATTAATACAATTATTAATT
Found at i:9993 original size:181 final size:180
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Indices: 9422--10203 Score: 801
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 180
9412 AATACAAAAT
* * ** * * *
9422 ATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAA
* * * *
9487 CTATTTGAACTTGCTT-GGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
65 CTATTTGAACTT-ATTCAGTAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
* * * * **
9550 TTTTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTTATGACCAGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACA
* * *
9604 ATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAA
* * *
9669 CTATTTGAACGTGTTCAG-AAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
65 CTATTTGAACTTATTCAGTAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * *
9732 ATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAGCCA
130 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACA
* * *
9784 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTAATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAA
* * * * *
9849 CTATTTGAACTTATTCGGTAAAA-ATATTCT-TTTTCTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
65 CTATTTGAACTTATTCAGTAAAACATATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
* * *
9912 TATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * *
9965 AGTGTTTTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTAATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAA
* * * * **
10030 CTATTTGAACTTTTTTAGT-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCAAAT
65 CTATTTGAACTTATTCAGTAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * *
10093 ATTAATTAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* ** * **
10145 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
1 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
10204 CCATAATGAT
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 83, Indels: 36
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 5 0.01
180 197 0.39
181 202 0.40
182 96 0.19
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAAC
TATTTGAACTTATTCAGTAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
Found at i:10113 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 9422--10243 Score: 960
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 362
9412 AATACAAAAT
* * * * * * *
9422 ATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACATTTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTAATAA
* * * *
9487 CTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATT
66 CTATTTGAACTTGATTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
9552 TTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTTATGACCAGAAACAATTGGTTTATGAC
131 TTAATAAATTAGTAATATCTTACTTCAAAAAAGCTTTATATGAACAGAAACAAGTGGTTTATGAC
* * *
9617 AAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG
196 AAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACGTG
* **
9682 TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAA
261 TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTATCAAATATTAATAAATTTAAA
* *
9747 TTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAGCCA
326 TTATTTTAATTCG-AATAAACTTGCATGAACAGAA-ACA
* ** * *
9784 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTAATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACATTTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTAATAA
* * *
9849 CTATTTGAACTT-ATTCGGTAAA-A-ATATTCTTTTTCTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
66 CTATTTGAACTTGATT-GGTAAACAGAT-TTATTTTT-TAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGA
* * ** *
9911 ATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGC-TTATATGAATTGAAACAAGTGTTTTAT
128 ATATTAATAAATTAGTAATATCTTACTTCAAAAAAGCTTTATATGAACAGAAACAAGTGGTTTAT
* * * * * *
9975 TAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTAATGACTATTTGAAC
193 GACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
10040 TTTTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCAAATATTAATTAA-T
258 GTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTATCAAATATTAATAAATT
* * *
10103 TAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATA
322 TAA-ATTATTTTAATTCGAATAAACTTGCATGAACAGAAACA
* * * **
10145 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACATTTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTAATAA
* * *
10210 -TGATTAGAACTTGTTTGGTAAACAGAGTTATTTT
66 CT-ATTTGAACTTGATTGGTAAACAGATTTATTTT
10244 CAAATAGGTA
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 66, Indels: 22
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 7 0.02
361 219 0.57
362 156 0.41
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACATTTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTAATAA
CTATTTGAACTTGATTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
TTAATAAATTAGTAATATCTTACTTCAAAAAAGCTTTATATGAACAGAAACAAGTGGTTTATGAC
AAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACGTG
TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTATCAAATATTAATAAATTTAAA
TTATTTTAATTCGAATAAACTTGCATGAACAGAAACA
Found at i:10243 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9422--10243 Score: 807
Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 180
9412 AATACAAAAT
* ** * *
9422 ATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* *
9487 CTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAAT
65 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * * * * *
9551 TTTAATAAATTAGTAATATTTTATTTC-AAAAAAGCTTTTTATGACCAGAAACA
129 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAA-C-TTGTATGAACAGAAACA
* * *
9604 ATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* ** * * *
9669 CTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
65 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
9733 TTAATAAATTTAA-ATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAGCCA
130 TTAATAAA-TTAATATTATTTTAATTCG-AATAAACTTGTATGAACAGAA-ACA
* * * * *
9784 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTAATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
9849 CTATTTGAACTTATTCGGTAAAAATATTCT-TTTTCTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAAT
65 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * **
9913 ATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACA
129 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACA
* * * * * * * * *
9965 AGTGTTTTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTAATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
10030 CTATTTGAACTTTTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCAAATA
65 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
10094 TTAATTAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATA
130 TTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACA
** * ** *
10145 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *
10210 -TGATTAGAACTTGTTTGGTAAACAGAGTTATTTT
65 CT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTT
10244 CAAATAGGTA
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 102, Indels: 32
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.01
180 227 0.43
181 188 0.36
182 102 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACA
Found at i:11203 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 10253--11522 Score: 833
Period size: 180 Copynumber: 7.1 Consensus size: 177
10243 TCAAATAGGT
* * * * * * * * *
10253 AATTATTCAAATAGTCCTAATTATTTAAATTTG-TTTAGTAAACAAAGTCATTTTTAAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-CTGATTTGGCAAACAGATTCATTTTTTAAATC-CT
* * * *
10317 T-CATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA
64 TAC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
10381 CT-GAAACAACTCTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
128 -TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGA
* * * * * * * * **
10433 TAATTATTCAAATTGTCATAATTATTTGATCTAGA-GTGGTAAAC--A-T-ATTTTTAAAATTTT
1 -AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTTGGCAAACAGATTCATTTTTTAAA-TCC
* * ** * ***
10493 TTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATGAA
63 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * *
10558 TAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAA
128 TAGAAA-AATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGA
* * * ** * * * * *
10611 CAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AGTTTGATATATAGATTTATTGTCTAAAT-C-
1 -AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TTTGGCAAACAGATTCATTTTTTAAATCCT
* * * ** * *
10673 -AATTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA-
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
10736 CGAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATA
129 AGAAAA-A-TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGA
* * * * **
10788 TAATTGTTCAAATAGT-ATAATTTTTTGAACT-AGTTAGGTGAACAGAATT-ATTTTTTAAATCT
1 -AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TTTGGCAAACAG-ATTCATTTTTTAAATC-
* * * * * * *
10850 CTTACTTATT-TTTTTTGAAACATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAGTTCGAAGAAGCTAGTATG
62 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * *
10913 AATTGAGAAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
126 AATAGA-AAAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGA
* * * * * * * * *
10967 TAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCT
1 -AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGCAAACAGATTCATTTTTTAAAT-CCT
* * * * *
11032 TAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* *
11097 AGAAATAATTGTTTTATGACATTAA-AAAATGTTATAATGA-TTAAAGCATAG-
129 AGAAA-AATTGTTTTATGACA--AACAAAAGGTAATAATGATTTAAA--ATAGA
* *
11148 AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-CTT-
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGCAAACAGATTCATTTTTTAAATCCTTA
* * * * *
11211 -TTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCT-AATAATCATGTATG-ATA
66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * *
11273 AAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAATGATTTGAAATAGA
129 AGAAAAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGA
* * * * * * * *
11323 TAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTAAACTAATTTCGCATATAGATTCACTTTTTAAATCAC
1 -AATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTGATTTGGCAAACAGATTCATTTTTTAAATC-C
* *
11387 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
63 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
11452 CTA-AAGCAATTATTTTATGAC-AA-AACA--TCATAATGATTT-AAATAGA
128 -TAGAA-AAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGA
* *
11498 CAATTGTTCAAATGGTCGTAACTAT
1 -AATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
11523 CTGAATTTGT
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 166, Indels: 110
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.01
175 53 0.06
176 154 0.18
177 124 0.14
178 138 0.16
179 98 0.11
180 160 0.18
181 124 0.14
182 13 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGCAAACAGATTCATTTTTTAAATCCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
AAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGA
Found at i:11311 original size:356 final size:358
Alignment explanation
Indices: 10292--11478 Score: 908
Period size: 356 Copynumber: 3.3 Consensus size: 358
10282 TTTGTTTAGT
* * * *
10292 AAACAAAGTCA-TTTTTAAAATCTCTT-CATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAATATTA
1 AAACAAATTCACTTTTT-AAATCACTTAC-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
10355 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAACTCTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAA
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA
* * * * * * * * * *
10419 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATAATTATTTGATCTAGAGT-GGTAAAC---A-T
127 TGATTTGAAACATAGAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTAAACTAG-TTAGGTAAACAGAATT
* * * * * * * * * *
10479 ATTTTTAAAATTTTTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATGCAA
190 ATTTTTTAAATCTCTTACTTA-T-ATTTTTAAAACATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAGTTCGA
* * * * * ** * *
10543 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
252 AGAAGCTAGTATGAATAAAAAAAATTGTTATATGACAAGAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * ** * * * *
10608 AAACAATTGCTCAAAT-AGTCATAATTATTTGAACT-AGTTTG-
316 AGATAATTATTCAAATGA-CCATAACTATTTAAACTAAGTTCGC
* * * * * *
10649 ATATATAGATTTA-TTGTCTAAATCA---A-TTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATT
1 A-A-ACAAATTCACTT-TTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
10709 ACTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA-CGAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATA
63 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATA
* * * * * *
10773 ATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTATAATTTTTTGAACTAGTTAGGTGAACAGAATTA
126 ATGATTTGAAACATAGAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAACAGAATTA
* *
10838 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTTTTTTTGAAACATTAATAAATTCATTTTATTTTAGTTCGAAGA
191 TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TATTTTTAAAACATTAATAAATTCATTTTATTTTAGTTCGAAGA
** * * *
10903 AGCTAGTATGAATTGAGAAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
255 AGCTAGTATGAATAAAAAAAATTGTTATATGACAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * **
10968 AATTATTCATAT-AGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGC
320 AATTATTCAAATGA-CCATAACTATTTAAACTAAGTTC-GC
* * * * * * *
11007 AAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTT
1 AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
11072 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATTAA-AAAATGTTATAATG
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTAATAATG
* *
11136 A-TT-AAAGCATAGAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTTGGTAAACAG-ATTC
129 ATTTGAAA-CATAGAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTAAACTAG-TTAGGTAAACAGAATT-
* * * * *
11197 ATTTTTTAAATCTTTTA-TTA-ATTTTTAAAAGATTAATAAATT-ATTATTATTTTATTTCTAAT
190 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATATTTTTAAAACATTAATAAATTCATT-TTATTTTAGTTCGAAG
* *
11259 AATC-ATGTATG-ATAAAAAAAATTGTTATATGACCAA-ACAAAAGGTGATAATGATTTGAAATA
254 AAGCTA-GTATGAATAAAAAAAATTGTTATATGA-CAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * *
11321 GATAATTGTTGAAATGACCATAATTATTTAAACTAATTTCGC
317 GATAATTATTCAAATGACCATAACTATTTAAACTAAGTTCGC
* * * *
11363 ATATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATT
1 AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
11428 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAGCAATTATTTTATGACAAAACA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA-AAATTGTTTTATGACAAAACA
11479 TCATAATGAT
Statistics
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362 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGAT
TTGAAACATAGAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTT
TAAATCTCTTACTTATATTTTTAAAACATTAATAAATTCATTTTATTTTAGTTCGAAGAAGCTAG
TATGAATAAAAAAAATTGTTATATGACAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATGACCATAACTATTTAAACTAAGTTCGC
Found at i:11330 original size:176 final size:176
Alignment explanation
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10235 AGTTATTTTC
* * * * * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTTT
* * *
10309 AAATCTCTTCATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-TGAATAAGCT
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* * * * * *
10373 TATATGAACT-GAAACAACTCTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAACGATTTG
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* * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAACAGATTCATTTTTT
* * ** * * *
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65 AAATCTTTTA--T--TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTT
* * ** *
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126 GTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
10604 AAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AGTTTGATATATAGATTTATTGTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACAGATTCATTTTTT
** * * * * * *
10668 AAATCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCGAATAAACTTATAT
65 AAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTAT
** * * * * *
10733 GAACGAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTG
130 GAATAAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
10781 AAATATATAATTGTTCAAATAGT-ATAATTTTTTGAACT-AGTTAGGTGAACAGAATT-ATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACAG-ATTCATTTTT
* * * * * * *
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64 TAAATCTTTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCTAATAAGCT
* ** * *
10907 AGTATGAATTGAGAAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATGATTTG
125 TGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * * *
10960 AAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTA
* * * *
11025 AATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTT-TGAATAAGCTT
66 AAT--CTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCTT
* * * * *
11089 GTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATTAA-AAAATGTTATAATGA-TTA
126 GTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACA--AACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
11140 AAGCATAG--AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTT
1 AA--ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTT
* * * * *
11203 TAAATCTTTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCTAATAATCATGTA
64 TAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTA
* *
11268 TG-ATAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAATGATTTG
129 TGAATAAAAAAAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
11316 AAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTAAACTAATTTCGCATATAGATTCACTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTTT
* *
11380 AAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT-TGAATAAGCT
65 AAAT--CTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCT
** * *
11444 TGTATGAACT-AAAGCAATTATTTTATGAC-AA-AACA--TCATAATGATTT-
125 TGTATGAA-TAAAAAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
*
11491 AAATAGACAATTGTTCAAAT
1 AAATAGATAATTGTTCAAAT
11511 GGTCGTAACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTA
AATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATG
AATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
Found at i:12316 original size:178 final size:177
Alignment explanation
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11579 TTTATTTTGG
* * * * *
11589 ATAAGCTTTTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTTATA
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* ** * * * *
11652 A-AAATAATTAATCAAATAGTCACAACTT-TTTAAACTTG-CTTGGTAAACAAATTTATTTTTTC
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAA-TTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-
** * * * * *
11714 AAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAA
126 AAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGA
* * * * * * * *
11771 ATAAGCTTATAAGA-CATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTT-TGAACTATTTGAA
1 ATAAGCTTGTATGATTA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTAT-AACGATTTGAA
* * * ** * * * * * * *
11833 ATAGATAATTATTCTAATTGTTTTTACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACATATTTAATTTTTAAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
*
11898 TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT-GA
129 TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATTCGA
* * * * * * *
11948 ATAGGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA-CTTTTAACAATTTGAGAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * *
12011 TGATAATTGTTCAAATAGTTAGAATTATTTGAACTAGA-TTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAT
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* * * * *
12075 TTGTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATAATTTTATTTTGA
130 CTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA
* *
12127 ATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTGTTT-TGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * ** * * *
12191 TAGATAATTATTCAGATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
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* ** *
12256 TTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
130 CTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA
* * * * * *
12304 TCTAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAATTAAAAGGTTATAACGTTTTTAA
1 -ATAAGCTTGTA-TGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * **
12367 ATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTG-TTCGACAAACAAATTTATTTTTTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * *
12431 ATCTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGA
128 ATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GA
* * * * * * *
12482 ATAAGCTTGT-TGAATT-GAAACAACTGTTTTATGAC-TAA-AAAATGGTCAAAATGATTTGAAG
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * ** * * * * * * *
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65 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
12608 TAAATTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
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TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA
Found at i:12613 original size:18 final size:18
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Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
12580 ATTCGATAGA
12590 TAAATTTATTTTTTAAAT
1 TAAATTTATTTTTTAAAT
12608 TAAATTTATTTTTTAAAT
1 TAAATTTATTTTTTAAAT
12626 CTCTTACTTA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
TAAATTTATTTTTTAAAT
Found at i:12614 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 11589--12603 Score: 905
Period size: 357 Copynumber: 2.8 Consensus size: 353
11579 TTTATTTTGG
* * * *
11589 ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTATAAA
1 ATAAGCTTCTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG-TTTT-TAAA
** * * * *
11654 -A-ATAATTAATCAAATAGTCACAACTTTTTAAACTTGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA
* * * * * ** *
11717 TCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATA
128 TC---T-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* * * *
11782 AGACA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTTGAACT-ATTTGAAATAGATAATTAT
189 TGA-ATTGAAACAAATGTTTTATGACTAAA-AAAAGG-TTAAAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * ** *
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** * *
11908 ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATTGA
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* * * * ** * *
11948 ATAGGCTTCTA-TGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-CTTTTAACAATTTGAGAT
1 ATAAGCTTCTATTAATT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGTTTTTAAAT
* * * * * * *
12011 TGATAATTGTTCAAATAGTTAGAATTATTTGAACTAGATTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAATT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
12076 TGTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA-TAATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
130 TCTTA-TTA--ATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * *
12140 -ATTAAAAACAATTGTGTTT-TGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
191 AATT-GAAACAAATGT-TTTATGAC-TAA-AAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
12203 C-AGATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAATAGATTTA--TTTTTTAAATTTCTTATTA
252 CTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TT-GTAGATAAATTTATTTTTTTTAAATTTCTTATTA
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314 ATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTAATT-CA
* * * **
12304 TCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACGTTTTTAAAT
1 -ATAAGCTTCTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGTTTTTAAAT
* * * **
12369 AGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTG-TTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAAT
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12433 CTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGT-TGAAT
129 CTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
12497 TGAAACAACTGTTTTATGACTAAAAAATGGTCAAAATGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAG
194 TGAAACAAATGTTTTATGACTAAAAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* *
12562 TCTTAACTGTTTGAAATGATTCGATAGATAAATTTATTTTTT
259 TCTTAACTATTTGAACTGATT-G-TAGATAAATTTATTTTTT
12604 AAATTAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAGCTTCTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGTTTTTAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTG
AAACAAATGTTTTATGACTAAAAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
TTAACTATTTGAACTGATTGTAGATAAATTTATTTTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTTAATTCA
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13048 ATAATTATTA
*
13058 TAAATATTTTATTAGTTTAAT
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1 TAAA-TATATTATTATTTA
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Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TAAATATATTATTATTTAAT
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13108 AATCTATACA
*
13118 ATTATTTAAATATAAT
1 ATTAATTAAATATAAT
13134 ATTAATTAAATATAAT
1 ATTAATTAAATATAAT
13150 AT
1 AT
13152 CATGAATAAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATTAATTAAATATAAT
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13267 TATAAACTAC
*
13277 ATTAATTATATCAATATAGTTATCTAAATTTATTTAATTACTTTATA
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* *
13324 ATTAATAATATTAATTTAGTTAT-TAAA-TTATTTAA-TA-TTTA-A
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13366 A-TAATAAT
1 ATTAATAAT
13374 TAAAGATTGA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 6
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ATTAATAATATCAATATAGTTATCTAAATTTATTTAATTACTTTATA
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13508 TTTTATTAAA
* *
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13574 TT
1 TT
13576 TACTTATTAT
Statistics
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1 ATTATAATTAATATA
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*
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*
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ATTATAATTAATATA
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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ATATATAATTATA
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* *
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*
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TAATATAATTATTTATAATAATTATT
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13577 ACTTATTATA
* * * *
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*
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1 AATATTTAA-TAATATTAACTATAATATTTATAATAATTATTTAATATT
*
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* * *
13737 AATATATAATAATATTAATTATAATATTTAT-ATAAATA-TTAATAATT
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AATATTTAATAATATTAACTATAATATTTATAATAATTATTTAATATT
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13592 TATAATTAAT
* *
13602 ATAATT-ATATATAATTA--TAATATATAATAA-ATATAATATTA-ATTAAAAT-AATA-TA
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* * * *
13657 AT-ATTTATAATAATTATTTAATAT-TAATTAT-TTCAA-ATAATATTAACTATAATTATTA
1 ATAATTAATATTAATTATTTAATATATAATAATATT-AATATAATATTAA-TATAAATATTA
* * * *
13715 TTATAAATATTATTAAATATTTAATATATAATAATATTAATTATAATATTTATATAAATATTA
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ATAATTAATATTAATTATTTAATATATAATAATATTAATATAATATTAATATAAATATTA
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1 T
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TTTATATTTTAATAA
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*
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AATTACTTATTAATAATTAATATA
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1 TAATAATT
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TAATAATTAATATACAATTATTTATAT
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*
15307 ATTTATTATTATAAATTACT
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*
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1 A
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17089 TTATATTAAT
* *
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*
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1 TATTATATA
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*
17144 ATTATTTATTATATAAT
1 ATTATATATTATATAAT
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17412 ATACTTTATT
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1 AATAATTAGATT
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Statistics
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AATAATTAGATTA
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17932 TTTAATAAAC
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* *
17962 ATAATTAATATCAATAATATTA
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* *
17984 AAATTGATAATATAGTTATTA
1 ATATTAATAAT-TA-TTATTA
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1 ATATTAAT-AATTATT-ATTA
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1 ATATT
18031 TCAATATCTT
Statistics
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18493 TAGCGATAAC
* ** *
18503 CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTCTATTCATCTAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGATTCTATTCATCTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACA
* * *
18568 TATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
66 AATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGCTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* * * * *
18633 GTTCAAATCATTACGACTACTAGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATTACTTTTTGTTTTGTC
131 GTTCAAATCATTACGACTACTAGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
18698 ATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTTAAT-AATATTAAAATAATATTAATTTA-TAAAT
196 ATAAAACAACTATTTCTATTCATAAAAGCTTT-ATGAA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAAA-
* * *
18760 ATTT-GACAATTAATAAGT-GTAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCATATAG
257 ATTTCAAAAATTAATAAGTAG-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * *
18823 TCATGAA-TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTC-TTTTGTAATAAAA-A
321 TCAT-AACTATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCT-TTCGTTTTGCAATAAAATA
* * * * *
18885 CACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAA
384 -A-TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAA
18950 TTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTATGTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTAT
447 -TTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTATGTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTAT
19015 GATTATTTATTTCAAAACATTATGAT
511 GATTATTTATTTCAAAACATTATGAT
* * * * * **
19041 CTTTTGTTTTGTCATTAAACAA-TTGATTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAGTGATTTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGATTCTATTCATCTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACA
* * **
19105 AATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-CTTTAAAAATTAAATATATTTTATGAAA
66 AATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGCTTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAA
* * * * *
19167 -AATTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAG-AATTATCTA-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
128 CAAGTTCAAATCA-TTACGACTACTAG-AGCAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * *
19228 TTGTCATAAACCAACTGTTTCTATTCATAAAAGCTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
191 TTGTCATAAAACAACTATTTCTATTCATAAAAGCTTTATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
19293 AATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAG
256 AATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * ** * *
19358 TTATAACTATTGGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTACGATCTTTCGTTTTGCCATAAAATAAT
321 TCATAACTATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTCGTTTTGCAATAAAATAAT
** * *
19423 TATTTCAATTCATACAATTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAATTAA
386 TATTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAATTAA
19488 TAAGT
451 TAAGT
19493 TTGACATTCA
Statistics
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Consensus pattern (536 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGATTCTATTCATCTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACA
AATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGCTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
GTTCAAATCATTACGACTACTAGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAACTATTTCTATTCATAAAAGCTTTATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
CAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATA
ACTATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTCGTTTTGCAATAAAATAATTATTT
CAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAATTAATAAGT
AAGAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTATGTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAT
TTCAAAACATTATGAT
Found at i:19358 original size:179 final size:181
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Period size: 180 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
18197 ATTATGTCAA
* ** * * * * * *
18207 AATACTAATTTGTTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAC-
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * ** *
18271 CACACTAGATCAAATAATCATGACAATTTGAATAATTATTTA-TT----TCA--ATGACCTTTTG
66 GA-ACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
18329 CTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAACTTA-TTCAAAATAAAAT
130 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
* * * * * * *
18382 AATACTAATTTATTAATAATCCAAAATTTTATAA-TAAAGAGATTTAAAAAAT-GA-CTATTTTC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * ** *
18444 TAAACAAATTTAAATAATTAGGATTATTTAAATAATTATCTATTTGAAAT-AGCGATAACCTTTT
65 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * *
18508 GTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTCTATTCAT-CTAAGCTTATTTCGAATAAAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * *
18562 AATAC-ATATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTT
1 AATACTA-ATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * * * * ** * * * * *
18624 ACCAAACAAGTTCAAATCA-TTACGACTACTAGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATTACTTT
63 ACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* **
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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65 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
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130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA--TACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
* * ** *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* ** *
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*
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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** * * * *
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* * * *
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* *
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*
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*
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*
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1 TATTA
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* * ** * * * * **
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** *
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* * * * * **
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* * *
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* * *
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** *
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Found at i:23184 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 22476--23254 Score: 856
Period size: 361 Copynumber: 2.2 Consensus size: 355
22466 TTTAAATCTT
* * * *
22476 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAA
1 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-ATCTTGTATGAACAAA
* * * *
22541 AATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
64 AACAATTGTTTGACGACAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
* ** *
22606 TGACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAATTTTTTTTAAATCTCCTACCTACTAACTTTTAAAGTA
129 TAACTATTTGAACAAATTCAGAAAATAATTTTTTTTAAATCTCCTACCTACTAACTTTTAAAGTA
* *
22671 CTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAGGACA
194 CTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAGGACA
* * *
22736 AAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAATCATAACGATTTGAATTAGC
259 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAAAATAGTTCAAACAATCATAACGATTTAAATTAGC
* * ***
22801 TCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTAC
324 TCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCCAAC
* *
22834 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAA
1 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAT-CTTGTATGAACAAA
* *
22899 AACAATTAG-TTGACGACAAAACAAAGGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-GAG
64 AACAATT-GTTTGACGACAAAA-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG-G
* * * * ** * * *
22962 TCATAACTATTTGTACAAATTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
126 ACATAACTATTTGAACAAATTCAG-AAA-ATAATT-TTTTTTAAATCTCCTACCTACTAACTTTT
* * * * *
23026 GAAA-TATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTATT
188 -AAAGTACTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATT
* * ** * *
23089 TTAGGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGA-CATGACTAT
251 TTAGGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAAAAATAGTTCAAA-CAATCATAACGAT
* ** *
23152 TTAAAGTT-GTTTGGTAAACA-ATTTTTTTTTTAAATCTCCAAC
314 TTAAA-TTAGCTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTAAATCTCCAAC
* *
23194 TTATTAATTTTTAGAATATTAATTGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
1 TTATTAATTTTTA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-ATCTTGTATGAA
23255 TAGAAACATA
Statistics
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358 72 0.21
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TTATTAATTTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATATCTTGTATGAACAAAAA
CAATTGTTTGACGACAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATA
ACTATTTGAACAAATTCAGAAAATAATTTTTTTTAAATCTCCTACCTACTAACTTTTAAAGTACT
AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAGGACAAA
ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAAAATAGTTCAAACAATCATAACGATTTAAATTAGCTC
AGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCCAAC
Found at i:24195 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 24175--24231 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 3.7 Consensus size: 15
24165 AATCTCCACT
24175 TATTAATTTTTAGAA
1 TATTAATTTTTAGAA
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1 TATTAATTT-TTAGAA
*
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1 TATTA-ATT-TTTAGAA
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1 TAT-TAATTTT
24232 ATTTAACTAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (15 bp):
TATTAATTTTTAGAA
Found at i:24232 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 24183--24236 Score: 64
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
24173 CTTATTAATT
24183 TTTAGAATATTAA-TTTA
1 TTTAGAATATTAATTTTA
24200 -TTAG--TATT-ATTTTA
1 TTTAGAATATTAATTTTA
24214 TTTAGAATATCTAATTTTA
1 TTTAGAATAT-TAATTTTA
24233 TTTA
1 TTTA
24237 ACTAAAAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 10
0.76 0.00 0.24
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
TTTAGAATATTAATTTTA
Found at i:24299 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 24246--24305 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
24236 AACTAAAAAT
*
24246 TATATTACAATTAAATTATAATA
1 TATATTATAATT-AATTATAATA
24269 T-TATTATAATTAATTATAATAA
1 TATATTATAATTAATTATAAT-A
*
24291 TATAGTTATTATTAA
1 TATA-TTATAATTAA
24306 GAATTATATT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (22 bp):
TATATTATAATTAATTATAATA
Found at i:24301 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 24247--24293 Score: 67
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
24237 ACTAAAAATT
*
24247 ATATTACAATTAAATTATAATA
1 ATATTATAATT-AATTATAATA
*
24269 TTATTATAATTAATTATAATA
1 ATATTATAATTAATTATAATA
24290 ATAT
1 ATAT
24294 AGTTATTATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
21 13 0.59
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Consensus pattern (21 bp):
ATATTATAATTAATTATAATA
Found at i:25127 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 25112--25162 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 4.9 Consensus size: 10
25102 GTTCAAATAT
25112 TAATTAATTA
1 TAATTAATTA
25122 TAATTAATT-
1 TAATTAATTA
*
25131 GAATTATATATA
1 TAATTA-AT-TA
*
25143 TTAATTAATAA
1 -TAATTAATTA
25154 TAATTAATT
1 TAATTAATT
25163 TTATTACATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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10 19 0.58
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ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (10 bp):
TAATTAATTA
Done.