Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168257.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_488, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1411 original size:180 final size:178
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Indices: 1224--1549 Score: 395
Period size: 178 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
1214 AATAAATTGT
* * * *
1224 ATATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAT-TGAAAAAATTATTTTATGACTAAGCAAA-ATGTT
1 ATATTTTACTCTGAATAAGCATGCATGAATAT-AAAAAATTATTTTATGAC-AAACAAAGA--TT
* * * * ** * * *
1287 AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACA
62 AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTAAAACTAGCTCGACAAACAAA
*
1352 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATACTATCAAATTAGCA
127 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATACTATCAAATTAGCA
* * * *
1404 ATATTTTACTCTGAATAAGCTTGCATGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAGATTATAA
1 ATATTTTACTCTGAATAAGCATGCATGAATATAAAAAATTATTTTATGACAAACAAAGATTAGAA
* * * * *
1469 TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAAAACTTGCTCGATAAACAAATTTA
66 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTAAAACTAGCTCGACAAACAAATTTA
1534 GTTTTTAAATCTCTTA
131 GTTTTTAAATCTCTTA
1550 TCAATTTTCA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 23, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 71 0.59
179 6 0.05
180 43 0.36
181 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATATTTTACTCTGAATAAGCATGCATGAATATAAAAAATTATTTTATGACAAACAAAGATTAGAA
CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTAAAACTAGCTCGACAAACAAATTTA
GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATACTATCAAATTAGCA
Found at i:1873 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 788--2376 Score: 1294
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 181
778 GTTTAAATAA
* * * * *
788 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTATTTATTAATTTTTTGAAAATATTG
1 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAA-TTTTT-AGAATATTA
* * * *
852 ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTATG-ATGGAAGCAATTGTTTTATGACAAAA
63 ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * *
916 CAAAAGATTGTAATGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAAATTATTT
128 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTT
*** ** *** ** * * * * * *
971 GAACCAATTTAATAAATTGACATATTATTGAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAAATATTAAT
1 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT
* ** * * * *
1036 AAAGT-ATATTATTTTATTCAG-ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGA
65 AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
1099 AAAGGTCATATTTATTTTAAATAGGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT
130 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
1151 GAAACTTGTTAGGCAAATAGATTTATTTTTTGAAAT-TTGTAGTTTATTAATTTTTTGAATGTTA
1 G-AACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTCTA-CTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * * *
1215 ATAAATT-GTA-TATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACTAAG
63 ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
1278 CAAAATGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTT
128 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
1332 GAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTAGAATACT-AT
1 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
** * * * * *
1394 CAAATTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGCATGAATATAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
65 -AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
1458 -AAAGATTATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTA
129 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
1510 AAACTTGCTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATCAATTTTCAAAATATTAATA
1 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
** * ** * * ** * *
1571 AATTGGTATTATTTTATTTTCAATAATTTTGTATGAGTAGAAACAATTTTTTTACAACAAAATAT
66 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
1636 AATGTCATAACGACTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-ATGACAATTT
131 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
* * * *
1687 GAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCAAATTATAAATTTTTAGAATATTAATA
1 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * *
1752 AATTAATATTATTTTATTTTGGAATAATCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
66 AATTAATATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * * *
1817 AAAAATCATAGTGATTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAGTT
130 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
1869 GAACTCGTTTAGTAAACATAGTTATTTTGTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTAAT
1 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * ** * *
1934 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACA
65 AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
*
1999 AAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
130 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
2051 AAACGTGTTTAG-AAACCATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAAATATTAA
1 GAACTTGTTTGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAA
* *** * * * *
2114 TAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAATTTTTTTATGACAAAAC
64 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
2179 AAAATGTCATAATGTTTTGAAACAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTT
129 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * * *
2232 AAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTC-TCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAT
1 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
** * *
2296 AAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAC
65 AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
*
2360 AAAAGGTCACAATGATT
129 AAAAGGTCATAATGATT
2377 ATTTCAACTA
Statistics
Matches: 1119, Mismatches: 258, Indels: 60
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 55 0.05
176 7 0.01
177 65 0.06
178 82 0.07
179 17 0.02
180 118 0.11
181 435 0.39
182 254 0.23
183 78 0.07
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
Found at i:2517 original size:157 final size:158
Alignment explanation
Indices: 2224--2525 Score: 403
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
2214 AGATAGTCAT
*
2224 AACTATTTAAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
1 AACTATTTAAACATGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
* * *
2289 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA
66 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
2354 CAAAACAAAAGGTCACAATGATTATTTC
131 CAAAACAAAAGGTCACAATGATTATTTC
* * * * * ** *
2382 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TGTTGTTTATTAATTTTT-GA
1 AACTATTTAAACATGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
* * * * *
2445 ATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTGTGAATTGAAAA-AATTATTTTAT
65 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACT-AAAACAATTATTTTAT
*
2509 GACTAAACAAAAGGTCA
129 GACAAAACAAAAGGTCA
2526 TAACGATTTG
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 5
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
157 69 0.56
158 51 0.41
159 4 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (158 bp):
AACTATTTAAACATGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCACAATGATTATTTC
Found at i:3026 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2382--9734 Score: 4210
Period size: 181 Copynumber: 41.1 Consensus size: 179
2372 TGATTATTTC
** **
2382 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTGTTGTTTATTAATTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTAAAA
* * * * * * *
2446 TGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTGTGAATTGAAAAAATTATTTTATGA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
2511 CTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
130 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
2562 AA-TCATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTTTTAG
1 AACT-ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAA
* * * * * * * * * * *
2621 AATACTATTAATTTAGCAATAATTTACTGT-AAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTTTTTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
2685 TGACAAAACAAAAATCATAATG-TTTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
127 TGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
2738 AACTATTAGAA-TGGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTTCAAA
1 AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAA
* ** * ** *
2798 ATATTGATAAATTTTTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACG
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
*
2863 ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGCTT-AAATGGAT-AT
129 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA--TTCAAATAG-TCAT
* * * ***
2915 GACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAAGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAA-AA
* * * **
2980 TATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTCCTGA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
*** *
3045 CAAAACAAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
130 CAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
3096 AACTATTTGAACTCGCTT-GGT-AGCTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTT
1 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TTTT
* * * * * * *
3159 AAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACATAAACAATTGGTTT
61 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* **
3224 ATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
126 ATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *** * * *
3279 GACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCA
1 AACTATTTGAACT-TGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAA
** * *
3342 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTATTTT
63 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *
3405 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCAT
126 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *** * * * * * **
3460 AACTATTTAAACATGTTTAATAAACAAATTCATTTTTTTATTCTCTTA-TTCATTATTTTTTGGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTA-ATTTTAAA
* * * * * *
3524 ATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATATGCCTATATGAACTA-AAATAATTGTTTTAT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
3588 TACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTC-G
128 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAT
* ** * * *
3641 AACTATTTGAACTTGTTTGAAAAACATATTT-TTTACTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAA
* *
3705 ATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
3769 GACAAAATAGAAAGTAATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
128 GACAAAACA-AAAGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
3822 AA-GATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAGTATCTT--
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-T-TTAA
* ** * * * * * **
3884 TATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTTC-AATAAACTTATATAAACA-AAAAAATCATTTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* *** * * * **
3947 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAAAGAAAATTATTGGAATAGTCAT
127 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *** * * **
4001 AATTATTTAAAGTTGCTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAA
* * * * ** * *
4066 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG-ACA-AAACAAAAGGTCATAAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGT-TTTAT
**** * * * * * * *
4129 GGTTTGAA-ATAA---ATAATTA-TTCAAATAGTCATTACTATTTAATTTAGTTCAAT
128 -GACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG--ATAATTATTCAA-ATAG-TC-AT
* *
4182 AAACATATTT--A--T-TT---T--A-AAA---A-TTTTT--A-CTTATTAATTATTGAAATATT
1 -AAC-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT--AATTTT
* * *
4229 --AA------TAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAGTTGTTT
61 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
4285 TATAACAAAACAACAAGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
125 TATGACAAAACAA-AAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
** ** * * * *
4341 AGTTATTTGAA-TTGGTTAAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTT-GTTA--AATTTTGAA
1 AACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAA
* * * * * * *
4401 ATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAATCA-AAAAAACTTATTT
64 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAAT-AGAAACAA-TTGTTT
* * * * **
4464 TATG-CTAAAACAGAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTT
125 TATGAC-AAAACA-AAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * ** * * * * *
4520 AAATATTTGAACTGGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAA
* * * * * * *
4585 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** * *
4650 TAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT--T
130 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
4699 -ACGTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTACTCTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
1 AAC-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAA
* * * * * * * *
4763 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGAATG-ATAAAAAAAATTGTTATATG
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * * *
4827 ACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTT
129 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *** ** * * * * **
4880 AATTATTTGAACCACTTCGACAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAA
* * * * *
4945 TATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAAAAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
5008 AACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA---A-
128 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
5057 AA--A-TTG-----GTTCGATAAATATATTTATTTATTAAACCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-ATTTTAAAA
* * * * *
5114 TATTAATAAATTACTATTATTTAATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTAAG
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
5178 ATAAAATAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTTAT
129 ACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
5230 AATTATTTGAAGC--GATTCGATAAACTAACTTATTTTTTAAATC-TTTATCTT-TTCAATTTTT
1 AACTATTTGAA-CTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATT-AA-TTTT
* ** * * *
5291 GAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTC-ACATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATCGTT
61 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
* * * *
5354 TTATGATAAAACAAAAGGTCATACCT-CTTAT-AAATATATAATTATTCAAATAGTCAT
124 TTATGACAAAACAAAA-GTCATA-ATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
** * * * * **
5411 AACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTATTTATTCATTTTTTTG
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATT-A-ATTTTAA
* * * * *
5476 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACT-GAAAAAATTATTTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
5540 TGACTAAACAAAATGTTAGAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
127 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * *
5594 AACTATTTGAACTAGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAA
* * * * *
5659 TATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** ** * * *
5724 CAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGTGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCAT
130 CAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *** * * * *
5774 AACTCTTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAACTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAA
* ** * * *
5835 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT-AGAGAGAAATAATTGTTTTACG
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * *
5899 ACAAAACAAAATGTTATAACCATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAAT-GAACAT
129 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCAT
* * * * *** **
5951 GACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAA
* * ** * * * *
6016 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAAATTGCATAAATAGAAATAATTGTTTTATAA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * *
6081 CAAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCAT
130 CAAAAC-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
6133 AATTACTTGAACTCGCTCGATAAATAGATTTACTTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAA
* * * * * *
6198 AATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTA
* * * *
6261 TGACAAAACAAAAAATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGAC
127 TGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * *
6315 AAATATTTGAACGTGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCT-TA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAAA
* * * ** **
6379 ATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTT-GAAGTAAGCTTATATGAACAGACAA-GATCATTTGG
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTA
* ** *** * *
6441 TAACAAAACAAAAGGTTTTAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCAT
127 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * * * * *
6495 AATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAA
* * * ** * *
6560 TATTAATAACTTATTATTATTTTATTTCAAATTGGC-TGATATGAACTA-AAATAATTTTTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
6623 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATACAAATAATCAT
128 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * ** * * * * *
6676 GACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATCAATTGTCAAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAA
* * * * * * ** * *
6741 TATTAATAAAATAGTATTACTTTAATTT-GAATAAGTTTTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTA
65 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * ** * * *
6805 AGAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCAT
129 ACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * ** * *
6857 AACTTTTTGAACTGGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAA
** * * * * * *
6918 TATTAATTGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATAGACA-A-AAACATTTGTTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
**
6981 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAT
128 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
7034 AATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAA
* ** * *
7098 ATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGC-TACATGAATTGAAA-ATATTGCTTTA
64 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTA
* * * * *
7160 TGACAAAAGAAAA---A-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT
127 TGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * **
7207 AATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATTACTTTTTGTAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-ATTTTAAAA
** * * * * * *
7272 TATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** * *
7337 TAGAACAAAAGGTTATAACGATTTTCAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCAT
130 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
7388 AACTAGTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAA
* * * * * * * *
7453 AAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACATATAT-AATCAAAAACAATTGTTATA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA
** * * * *
7517 TGATGAAAC-AAA--C-----GATTTGAAATTGATAATTGTTGAAAT-GACATT
127 TGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-T
* * * * * ** * **
7562 AATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGA
1 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAA
* * ** * * ** * * *
7626 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTTACTAAGCTTGTATGGATTCAGATAATTGTTTTATC
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
7691 ACAAAATAAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGACAATTCTTCAAATAGTCAT
129 ACAAAA-CAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
7743 AACAATTTGAATTTGCTT-AGTAAACAAATTTA--TTTGAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAA
* * * *
7804 TTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTAT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
7868 GTCAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCAT
128 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * **
7921 CACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAA
* * * *
7986 ATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTA
64 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTA
* * * * * ** *
8049 TGACTACACAAAAGGTCAAAACGATTCGAAATTA-ATAATTATTTTAATAG-CTTT
127 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTC-AT
* * * * *
8103 AACTATTTGAA-TTAGCTCAGTAAACACATTTATTTTGTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 AACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAA
* ** * * *
8166 AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG-ATAAAAATCAATTGTTTT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTT
* * ** * * *
8229 TTGACAAAACAAATA-TCTTAACAACTT-AAGATTA-ATAATTGTTTAAATAGTCAT
126 ATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAA-A-TAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** ** *
8283 AACTATTAGAA-TTGGTTCAATAAACATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAA
1 AACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAA
* * * *
8347 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTC-ATATAAGCTTGTATGATAAAAAAATAATTGTTTTA
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
8411 TGA-AAAACAAAAGTTCAGAATGATTTAAAATCGATAATCATTCAAA-CGACTAT
127 TGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AT
* * ** * * *
8464 AATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGT-TTCTTACTTATT-ATTTTAGTG
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTA--A
* * * *
8527 AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
8590 ATGACTAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAAT
126 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * **
8645 AACTATTTGAACTTATTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTTAAA
* * * * *
8709 ATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAGGCTTGT-TGAACT-GAAACAATTTTTTTA
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
8771 TGACAAAACAAAATGTTAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTT
127 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * * *
8825 AACCATTTCAA-TTGATTCGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAA
1 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAA
* * * *** * * *
8889 ATATTATTAAATTTA-CATTATTTTAATAAAAAAAAGCTTGTATGAATA-AAATAATTGTTTTAC
64 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
8952 AACAAAAGAAAAAGGCCATAA-CACTTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTT
128 GACAAAA-CAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * ** ** * * ** *
9006 AACTATTTAAACTGGTTTGACAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAAA
** * ** * * * * *
9070 ATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGGACCAATTGTTTGATG
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
9135 -CAAAATAAAAAGTTATAATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAA
129 ACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * * * * *
9186 AACTATTTGAA-ATGATTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAA
1 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT-TAA
** * * * *
9250 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTATATTAA-CGAAGACAATTG-TTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTA
* * ** * * ** *
9313 TGAGAAAA-AAAAGGCCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTT
127 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * * * * * *
9366 AACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTACTTTTTAAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTCAGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AAA
* * * * * *
9430 ATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATGAAAAAAAAACAATTGTTTTAT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * ** *
9495 GATAGAACAAAAGGTTACAAAAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCAT
128 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
9547 AACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-GTTATTAATTCTTGAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAA
* * ** * * * *
9608 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGTGCTTCTAT-ATTGGAAAGCAATTGTTTTAGG
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
9672 AGAAAACCAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCAT
129 ACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
*
9724 AATTATTTGAA
1 AACTATTTGAA
9735 TTGATTTATT
Statistics
Matches: 5587, Mismatches: 1242, Indels: 691
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
157 5 0.00
158 4 0.00
159 38 0.01
160 10 0.00
161 6 0.00
162 10 0.00
163 5 0.00
164 9 0.00
165 5 0.00
166 9 0.00
167 5 0.00
168 11 0.00
169 133 0.02
170 2 0.00
171 3 0.00
172 90 0.02
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176 264 0.05
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184 72 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
Found at i:4115 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 3945--4268 Score: 391
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
3935 AAAATCATTT
* * ** *
3945 TATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAA-AAGAAAATTATTGGAATAGTCATAATTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAA-AAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * *
4009 AAAGTT-GCTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAAT
65 -AAGTTAGCTCAACAAACAGATTTATTTTAAAAAT-TCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAAT
* * *
4073 AACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
128 AAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTA
*** * * *
4105 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
* * * * *
4170 ATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAA
66 AGTTAGCTCAACAAACAGATTTATTTTAAAAATTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAA
*
4235 TTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTG
131 TTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTA
4264 TATGA
1 TATGA
4269 ATAGAAATAG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 24, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
159 63 0.46
160 73 0.53
161 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (159 bp):
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
AGTTAGCTCAACAAACAGATTTATTTTAAAAATTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTA
Found at i:4555 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4105--5055 Score: 639
Period size: 179 Copynumber: 5.3 Consensus size: 179
4095 AATAAGCTTA
* * * *
4105 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATT-ACTATTT
1 TATG-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TTAATTATTT
* ** * * * ** * * *
4169 -AATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAAT
64 GAA-CTAGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * * * *
4232 AAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAATAGTTGTTT
127 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAATA-AAAAAATTATTT
* * * *
4285 TATAACAAAACAACAA-GTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATT
1 TAT-GCAAAACAA-AAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAATTATT
* * *
4348 TGAATTGGTTAAGTA-AATAG-AA-TTATTTTTTAAATCTCTT-GTTA-AA-TTTTGAAATATTA
63 TGAACTAGTT-TG-ACAA-AGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAATTTTTGAAATATTA
*
4407 ATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAATCAAAAAAACTTATTT
125 ATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAAT-AAAAAAA-TTATTT
* * * * *
4464 TATGCTAAAACAGAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTG
1 TATGC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAATTATTTG
* * * *
4529 AACTGGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTA
65 AACTAGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTGA-AATATTAATA
* *** * * * * *
4593 GATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACA-AAAATAATTGTTT
128 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTAT-AAAATAAAAAAATTATTT
* * ** * **
4645 TATG-ATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAG--TTACGTATTT
1 TATGCA-A-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAATTATTT
* * * * * * * * *
4707 GAACTAG-TTCAGTAAATAGATTTACTCTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT
64 GAACTAGTTTGA-CAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
4771 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGAATGATA-AAAAAAATTGTTA
127 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAATAAAAAAATTATTT
* * ** * * *
4823 TATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAATTATTT
1 TATG-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAATTATTT
* * * * * * * *
4888 GAACCACTTCGACAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTA
64 GAACTAGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-AATTTTTGAAATATTAATA
* * * * *
4953 AATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTA-TATGAACTAAAACAATTATTT
128 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATAAAATAAAAAAATTATTT
* * * * *
5005 TATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
1 TAT-GCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
5056 AAAATTGGTT
Statistics
Matches: 598, Mismatches: 134, Indels: 77
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 45 0.08
178 56 0.09
179 175 0.29
180 78 0.13
181 157 0.26
182 50 0.08
183 34 0.06
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAATTATTTGA
ACTAGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAATTTTTGAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAATAAAAAAATTATTT
Found at i:5135 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4907--5223 Score: 411
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
4897 CGACAAACAA
* * * * * * *
4907 ATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTATTAAACCTCTTAATTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTAATTC
* *
4972 TAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATA-ACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
66 TAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA-AGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
5036 AATAGATAATTATTTAAATAAAAATTGGTTCGATAAATAT
130 AATAGATAATTATTTAAATAAAAATTGGTTCGATAAATAT
* * * *
5076 ATTTATTTATTAAACCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTAATTT
1 ATTTATTTATTAAACCTCTTAATTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTAATTC
* * * ** * * * *
5141 TGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAATAAAAGTTTATAATGATTTGAA
66 TAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
*
5206 ATAGATAATTGTTTAAAT
131 ATAGATAATTATTTAAAT
5224 GGTTATAATT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 23, Indels: 2
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 123 0.99
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATTTATTAAACCTCTTAATTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTAATTC
TAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTTAAATAAAAATTGGTTCGATAAATAT
Found at i:6024 original size:721 final size:712
Alignment explanation
Indices: 1--10169 Score: 4084
Period size: 721 Copynumber: 14.3 Consensus size: 712
* * * * * * * *
1 TAATAGATTAGTATTACTTTT-TT-TTAACAAACTTATATGAACA-AAACATTTATTTTATGATA
1 TAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACA
* ** * * *
63 AAACAAACAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTGGA-TG
65 AAACAAA-AGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAATTA-TTTGAACTT
* * * * ** *
126 GTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTACTTCT-TTAGTTAAATTATTG-AATATTAGT--ATTATA
127 GTTCA-ATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TTAAATT-TTGAAATATTAATAAATTATA
** * * * * *
186 TTA-TTTA-TTCCAATAAGCTTATATA-A-TAAAAAAATT-TTTTATG--ATAACAAAAGGT-T-
189 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGAAAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTATA
* * * * *
242 ATGATTTG--A-AG-TAATTGTTCAAAT-AGT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATTTTA
254 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGATTATAAATATTTGAACT-GTTCGATAAATAATTTA
* * * * * * *
301 TTTTTTAATTCTTTTACATATTAA-TTTTTGAA-A--GATTAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
318 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAT
* * * * * *
362 AAGCTTGAATG--TTCAAATAAATTGTTATATGA-CAAACAAAAGGT-ATAACTATTTGAAATAG
382 AAGATTGTATGAACTAAAAT-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-ACTATTTGAAATA-
* * *
423 TTTAATTATTCAAAT-GGCATAA-TATTT-AACT--TATTAGGTAAA-AGATTTATTTTTT-AAA
444 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAAA
* * * ** * * *
481 TC-ATTACTT-TTTA-CTTT-AAAATTAAAAAATTATTATTATTTTAATTTAAAATAAG-TTGTA
507 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * *
541 TGAACT-AAAACA-TGTTTTATGAC--AACAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTAGTC
571 TGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT-A-AACATTTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * *
602 ATACAGTCTTAACTAATTTCAACT-GCTTCGGCAAATAGATTAATTTTTAAAATCTCTTAGTTAT
634 AAATAGTCTTAACT-ATTTGAACTAGC-TCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
**
666 TAATT-TTTGGAAT-T
697 TAATTATTTATAATAT
* * * * *
680 TATTAAATTAGTTTTA-TTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAACA
* * * * * *
743 GAACAAAA-AGTTATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTTAA-A-TAAGAACTAGTTTG-----G
65 AAACAAAAGA-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAATAGTCATAATTA-TTTGAACTTG
* * *
800 --CAA-ACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTTGAAAATATTGATAAATTA
128 TTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA--TTTTG-AAATATTAATAAATT-
* * * ** *
860 ATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTAT-GATG-GAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
186 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGA-GAAAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAG-
* * *** * ** **
923 TTGTAATGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAAATTATTTGAACCAATTTAATAAAT
249 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGATTATAAA-TATTTGAA-CTGTTCGATAAA-
* ** * * * * *
988 TGACATATTATTGAAATCTCCAACTTATCAA-TTTTTGAAAATATTAATAAAGTA-TATTATTTT
311 TAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTG--AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
1051 A-TTCAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATATTTATT
374 ATTTCA-ATAAGATTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA-CTATT
* ** * * *
1115 TTAAATAGGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAAACTTG-TTAGGCAAATAGATTTATTT
437 TGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTTA-GTAAATAGATTTATTT
* * * **
1179 TTTGAAAT-TTGTAGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT-GTA-TATTTTATTTTGAATA
500 TTTAAAATCTTTTA-CTTATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
1241 AGCATGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACTAAGCAAAATGTTAGAACGA-TTTGAAATAGA
563 AGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TA-AAC-ATTTTGAAATAGA
* * * * *
1305 TAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
625 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
* *
1370 TACTTATTAA-T-TTTAGAATAC
690 TACTTATTAATTATTTATAATAT
* * * ** * * *
1391 T-ATCAAATTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGCATGAATATAAACAATTGTTTTATGAC-
1 TAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACA
** * * * * ** *
1454 AAAC-AAAGATTATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAAAACTTGC
65 AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAATTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
1518 TCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TCAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTA
129 TCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATT-ATATTA
* ** * * * * * *
1582 TTTTATTTTCAATAATTTTGTAT-GAGTAGAAACAATTTTTTTACA-ACAAAATATAATGTCATA
192 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAG-AAAAAAAATTGTTTTA-AGACAAAACA-AAAGTTATA
* * * * * * *
1645 ACGACTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGA-TATGACA-ATTTGAACTTGTTTGGTGAACA-AA
254 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GATTAT-AAATATTTGAAC-TGTTCGAT-AA-ATAA
* * * *
1707 TTTATTTTTTAAATCT-TCAAATTATAAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
314 TTTATTTTTTAAATCTCT-AACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* ** * * * * ** *
1771 TGGAATAATCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATCATAGTGATTTG
377 T-CAATAAGATTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACT-ATTTG
* * * * * * * *
1835 GAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAGTTGAACTCGTTTAGTAAACATAGTTATTTTGTT
439 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTT-TT
* * **
1900 -AAATCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATT
503 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC
* * ** * * *
1963 TTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGGAATAGATA
566 TTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT-AAACAT--TTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
2026 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGT-GTTTAGA-AACCATATTTATTTTTAAAAT-TTT
627 ATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAG-CTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
*
2088 TACTTATTAATT-TTTCAAAATAT
690 TACTTATTAATTATTT-ATAATAT
** ** * * * *
2111 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAATTTTTTTATGACA
1 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACA
* *** * * * * *
2175 AAACAAAATG-TCATAATGTTTTGAAACAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACATG
65 AAACAAAA-GATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGA-ATAGTCATAATTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
2239 TTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAT
128 TTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTC-T--T-ATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT-AT
** * * **
2304 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-GA-ACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG--
188 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGA--AAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTT
* * * * *
2365 -----G---TCACAAT-G---A---TT---AT--TT-CAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
251 ATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATGATTATAAATATTTGAAC-TGTTCGATAAA-TA
* * *** * *
2409 ATTTATTTTTTAAATTTGTTGTTTATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTT
313 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
2473 CGAATAAGCA-TGTGTGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTT
378 C-AATAAG-ATTGTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAT-ACTATTT
* * * * * * * * * *
2535 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTT
438 GAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTT
** * * * * * *
2599 T-AAATC---TA-TTATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATAATTTACTGT-AAATAAG
502 TAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAG
* * * * *
2658 CTTGTATGAA-TATAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAT-CATA-ATGTTTTAAGATAGAT
565 CTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAATGTAAACAT-TTTGAA-ATAGAT
* * * * * * * * * *
2720 AATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAA-TGGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
626 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
* *
2784 T-C---TTAATT-TTCAAAATAT
690 TACTTATTAATTATTTATAATAT
* ** * ** * * **
2802 TGATAAATTTTTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAA
* ** * * * * *
2867 AACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTTAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTG
66 AACAAAA-GATTATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTGAATAG-TCATAATTATTTGAACTTG
** * * * * *
2930 TTCGGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT-AATTTTAAGAATATTAATAAGTTAG
128 TTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCT----CTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAATTA-
* * * * ***
2994 TATTATTTTATTTCGAATAAACTTATAT-GA-ATAGAAACAATTGTTTCCTGACAAAACAAAAGA
187 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGA-A-AAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAG-
* *** * * * * * **
3057 TCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-GGTAGC
249 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-TTATAAATATTTGAACT-G-TTCGATAAA
* * * *
3120 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTT
311 TA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
3185 TATTCCAAATAAGCTTTTATGAAC-ATAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAA
373 TATTTC-AATAAGATTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-ACTA
* * * ** * *
3249 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-T-GTGTTCAAAAAAACATATTTA
435 TTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TT--AGTAAATAGATTTA
* * * *
3312 TTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAA
497 TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
** ** **
3374 ATAAGCTTACATGAA-TAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAAT
560 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT-A-AACATTTTGAAAT
* * * * * ** * * * * *
3438 AGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAAC-ATGTTTAATAAACAAATTCATTTTTTTATT
622 AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTA-GCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAAT
* **
3502 CTCTTA-TTCATT-ATTTTTTGGAATAT
686 CTCTTACTT-ATTAATTATTTATAATAT
* * * * * * *
3528 TAATAAATTGGTATTATTTTATT-TCAAATATGCCTATATGAACTA-AAATAATTGTTTTATTAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAAC
* * ** * * * * *
3591 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTC-GAACTATTTGAACTT
64 AAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAG-TCATAATTATTTGAACTT
* * * * **
3655 GTTTGAA-AAACATATTT--TTTACTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
127 G-TTCAATAAATAGATTTAATTT--TTAAATCTCTTA-TTA--AATT-TTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
3717 TAATATTATTGTAATTTGAATAAGCTTGTAT-GA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAGA
185 T-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGA-A-AAAAAATTGTTTTAAGACAAAACA-A
* * * * * * *
3780 AAGTAATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-AGTCAT-AAGATTTGAACTTATTCGGT
246 AAGTTATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-TTATAAATATTTGAAC-TGTTCGAT
* * * * * * **
3842 AAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAGTATCTTT--ATATTAATAAATTTTTATTA
308 AAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-T-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * *
3905 TTTTATTTTCAATAA-ACTTATATAAAC-AAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAG
370 TTTTA-TTTCAATAAGA-TTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA-
* * * * * * ** * * * * * * ** *
3968 CAATTTCAAAAAGAAAATTATTGGAATAGTCATAATTATTTAAAGTTGCTCAACAAACAGATTTA
432 CTATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTA
* * * **
4033 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAA
497 TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * ** * * *
4097 TAAGCTTATATG-AC-AAAACAA--A----A-G----GTCATAATG------GTTTGAAATAAAT
561 TAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTAAACATTTTGAAATAGAT
* * * * ** *
4143 AATTATTCAAATAGTCATT-ACTATTT-AATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTAAAAAT-TT
626 AATTATTCAAATAGTC-TTAACTATTTGAA-CTAGCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
*
4205 TTACTTATTAATTATTGA-AATAT
689 TTACTTATTAATTATTTATAATAT
* * * * *
4228 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAGTTGTTTTATAACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAA
* * *
4293 AACAACAAG-TTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAA-TTGG
66 AACAA-AAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAATTATTTGAACTT-G
* * * *
4356 TT-AAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTGTTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCATTTT
128 TTCAA-TAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT-ATATT
*** * * * * * *
4420 ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATA-AAATCAAAAAAACTTATTTTATG-CTAAAACAGAAGGTC
191 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGA--AAAAAAA-TTGTTTTAAGAC-AAAACA-AAAGTT
* * * * * *
4483 ATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT-AGTTTTAAATATTTGAACTGGTTTGACAAAGAA
251 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-TTATAAATATTTGAACT-GTTCGATAAA-TA
* * * ** * *
4547 ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
313 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * *
4612 TGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
377 TCAATAAGATTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACT-ATTTGAA
* * * * * *
4677 GTTTACAATTGTTCAAATAGT--T-ACGTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTA-CTCTTAA
441 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * *
4738 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTG
505 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * ** *
4803 AATG-A-TAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAATAGATAATT
569 TATGAACT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TA-AACATTTT-GAAATAGATAATT
* * * * * * * *
4866 GTTTATATAGTCTTAATTATTTGAACCA-CTTCGACAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAAT
630 ATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGC-TCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* **
4930 TATCAATT-TTTGGAATAT
694 TATTAATTATTTATAATAT
* * *
4948 TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAACA
* * ** * * *
5012 GAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAA-A-T-A-AA--AATTG-----GTT
65 AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTT
* * **
5066 CGATAAATATATTT-ATTTATTAAACCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTACTA
130 CAATAAATAGATTTAATTT-TTAAA--TC-T-CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTA-TA
* * * *
5130 TTATTTAATTTTGAATAAGCTTGTAT-GATGAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAATAAAAGTTTA
189 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGA-GAAAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAG-TTA
* * *
5194 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTTATAATTATTTGAAGC-GATTCGATAAACTAA
252 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGATTATAAATATTTGAA-CTG-TTCGATAAA-TAA
* * * ** *
5258 CTTATTTTTTAAATCTTTATCTT-TTCAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATT
314 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-AATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
5321 TCACATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATCGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACCTCTTAT-
377 TCA-ATAAGATTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA-CTATT-TG
* * * *
5385 AAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAGATTTATTTTTTA
439 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * *
5450 AAATTTTTTATTTATTCATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCA
504 AAATCTTTTACTTATT-A-ATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* *
5515 TGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACATTTTGAAATAGATAATT
567 TGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TA-AACATTTTGAAATAGATAATT
* *
5580 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
630 ATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
5645 ATTAATT-TTTATAATAT
695 ATTAATTATTTATAATAT
* * * * * * *
5662 TATTAATTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACA
* ** * * *
5726 AAAC-AAAGATCATAACAATTTGTGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTCTTTGAACTAGT
65 AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAA-TAGTCATAATTATTTGAACTTGT
* *
5790 TTAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
129 TCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTAT
** * * * **
5855 TTTATTTTGAATAATTTTGTATAGAGAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTTATAACC
193 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGAAAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-GTTATAATG
* * ** * * * *
5920 ATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGAACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAGATTTATT
257 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGATTATAAATATTTGAAC-TGTTCGATAAATA-ATTTATT
* *
5985 TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAA
320 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAA
* * * * * * * *
6050 AATTGCAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAA
384 GATTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCAT-ACTATTTGAAATATA
* * * * * *
6114 TAATTGTTCAAAAAGTCATAATTACTTGAACTCG-CTCGATAAATAGATTTACTTTTTTAAAATC
446 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAAATC
* * * ** *
6178 TTTTAGTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-TGATAAGCTTTTATG
509 TTTTACTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* **
6242 AAC-AAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATCGTAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTC
573 AACTAAAAA-AATTATTTTATGACAAAAC--AAAAT-GTAAACATTTTGAAATAGATAATTATTC
*** * * * * *
6305 AAATAGTGACAAATATTTGAACGT-GTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATT
634 AAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
6369 AATTGTCT-TAATAT
698 AATTATTTATAATAT
* * * **
6383 TAATAAATT-GTATTATTTTATT-TGAAGTAAGCTTATATGAACAGACAA-GATCATTTGGTAAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTATATGAATAGA-AACAATTATTTTATAAC
* * * *
6445 AAAACAAAAGGTTTTAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAATTATTTAAACTTG
64 AAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAATTATTTGAACTTG
* * * *
6510 TTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTATT
128 TTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTT-ATTA--AATTTTGA-AATATTAATAAATTA-T
** ** * * *
6575 ATTATTTTATTTCAAATTGGC-TG-ATATGA-ACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGG
188 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA-GAGA--AAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-G
* * * * * * * * * * * *
6637 TCATAATGATTTGAAATAAATACTTATACAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTT-TAGTAAAC
249 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGATTATAAATATTTGAACT-GTTCGA-TAAAT
* * * * * * *** * *
6701 ATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATCAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTACTTTAA
312 A-ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA
* * * * * * * * ** * *
6766 TTTGAATAAGTTTTTATGAAC-ATAAATTATTGTTTTGTAAGAAAAGAAAAAATAATAACAATTT
375 TTTCAATAAGATTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-ACTATTT
* ** * * * * * *
6830 GAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAACTTTTTGAACTGGTTT-GACAAACATATTTATTTTT
438 GAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTT
* ** * ** * *
6894 T-AAATC---TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATTGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAAC
502 TAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * *
6954 TTATAT-AGAC-AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGAT
566 TTGTATGA-ACTAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATGT-AAACAT--TTTGAAATAGAT
** * * * * * *
7016 AATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTT
626 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
7081 ACATATTAATT-TTTAAAATAT
691 ACTTATTAATTATTTATAATAT
* * * **
7102 TAATAAATTTA-TTTTATTTTATT-TCGAATAAGC-TACATGAATTGAAA-ATATTGCTTTAT--
1 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACA-ATTATTTTATAA
* * * * *
7161 ---GACAAAAGA--AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTA
63 CAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGA-ATAGTCATAATTATTTGAACTT
**** * * ** * * ** *
7221 GTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATTACTTTTTGTAATATTTTTATATTAG
127 GTTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTT-ATTA--A-ATTTTGAAATATTAATAAATTA-
** * * * *
7286 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-GA-ACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGG
187 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGA-AAAAA-AATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-G
* ** * * * * * * *
7349 TTATAACGATTTTCAGTATG-CAATTATTCAAAT-AGTCATAACTAGTTAAACTGGTTCGATAAA
249 TTATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATGA-TTATAAATATTTGAACT-GTTCGATAAA
* * * *
7412 CAAATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATT
311 -TAATTTA--TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
7476 TTATTTCAAATAA-ACATATAT-AATCAAAAACAATTGTTATATGATGAAAC---A----A-ACG
372 TTATTTC-AATAAGA-TTGTATGAA-CTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACT
* * * * * * * *
7531 ATTTGAAAT-TGATAATTGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAACT-GATTCGATAAACATATTC
434 ATTTGAAATAT-ATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAATAGATTT
* ** * * **
7593 ACTTTTT-AAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTTA
496 ATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * * *
7657 CTAAGCTTGTATGGATTCAGATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAAGGTCATAACGA-TTT-AAA
560 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAA-CAAAATGT-A-AAC-ATTTTGAAA
* * * * * * * * * *
7720 TAGACAATTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGCT-TAGTAAACAAATTTA--TTTGAAA
621 TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGA-CAAACATATTTATTTTTTAAA
* *
7782 -CTCTTGCTTATTAATT-TTTGA-ATTAT
685 TCTCTTACTTATTAATTATTT-ATAATAT
* * * * **
7808 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGTCA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAACA
* * * ** * * * * * *
7872 AAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGT
65 AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAATTATTTGAACTTGT
** * * *
7937 TTGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTA
129 TCAATAAATAGATTTAATTTTT-AAATC---T-CTTATTAA-ATTTTGAAATATTAATAAA-TTA
* * * * * * * *
8001 GATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAA-TATTTTATGACTACACAAAAGG
187 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGA--AAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-G
* * * * * ** * * * *
8064 TCAAAACGATTCGAAATTA-ATAATTATTTTAATAGCTT-TAACTATTTGAATTAGCTC-AGTAA
249 TTATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAAT-GATTATAAATATTTGAACT-GTTCGA-TAA
* * * * *
8126 ACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
310 ATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * *
8190 T-TAACCAAATAAGCTTCTATG-A-TAAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--TCTTAA
373 TAT-TTC-AATAAGATTGTATGAACT-AAAAT-AATTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCAT-A
* * * * * * * * * **
8250 CAACTT-AAGAT-TAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTAGAATTGGTTCAATAAACATTTT
432 CTATTTGAA-ATAT-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATT
* * *
8313 TATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCA
495 TATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * *
8377 TATAAGCTTGTATGATA-AAAAAATAATTGTTTTATGA-AAAACAAAA-GTTCAGA-ATGATTTA
559 AATAAGCTTGTATGA-ACTAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATG-T-AAACAT--TTTG
* * * * * * ** ** *
8438 AAATCGATAATCATTCAAA-CGACTATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
618 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGCTCGACAAACATATTTATTTTTT
* * *
8502 AAGTTTCTTACTTATT-A-T-TTTAGTGAGTAT
682 AAATCTCTTACTTATTAATTATTTA-T-AATAT
* * * * * *
8532 TAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CATCTAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAAC
* * * * * * * * * * *
8595 TAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTA
64 AAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAATTATTTGAACTTG
** * * *
8660 TTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAG
128 TTCAATAAATAGATTTAATTTTT-AAA--TC--TCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTA-
* * * * * * * *
8724 TATTAATTTATTCTAAATAGGCTTGT-T-GA-ACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATG
187 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGA--AAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-G
* * * * ** * * *
8786 TTAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCT-TAACCATTTCAATTGATTCGACAAAA
249 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAT-TATAAATATTTGAACTG-TTCGA-TAAA
* * * * *** * *
8850 AAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTA-CATTATTTTA
311 TAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-
*** * * ** * * *
8914 ATAAAAAAAAGCTTGTATGAA-TAAAATAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAAGGCCATAAC-ACT
374 ATTTCAATAAGATTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCAT-ACTA-T
* * * * * *
8977 TTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTT-G-ACAATTAGATTTATT
436 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTA-AA-TAGATTTATT
* ** * * ** **
9040 TTTT--AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
499 TTTTAAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * ** * * * * * *
9103 AAAATAGTATGAAC-AGGACCAATTGTTTGATG-CAAAATAAAAAGTTATA-ATGATTAGAAATA
562 AAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TAAACAT--TTTGAAATA
* ** * * ** * * * *
9165 GATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT-GATTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATC
623 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGA-CAAACATATTTATTTTTTAAATC
* *
9229 TCTTACTGATTAATT-TTCTAAAATAT
687 TCTTACTTATTAATTATT-TATAATAT
* * * * * * * *
9255 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTATATTAA-CGAAGACAATT-GTTTATGAGA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAA-ACAATTATTTTATAACA
*** * * * * * * *
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65 AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGA-ATAGTCATAATTATTTGAACTTGT
* ** * * * *
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129 TCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTGA-AATATTAATAAATTA-TA
** * * * * * *
9447 TTATTTTATTCCGAATAGGCTTATAT-GAAAAAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT
189 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAG-AGAAAAAA-AATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-GTT
* ** * * * * *
9511 ACAAAAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAA
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* * *
9574 ATTTATTTTTTAAA--TCT--GTTATTAA-TTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
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* ** * * * ** * * * *
9634 TTGAATGTGCTTCTAT--ATTGGAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATAACAATT
376 TTCAATAAGATTGTATGAACT--AAAATAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCAT-ACTATT
* * * * * * *
9696 TGAAATAGATAGTTATTTAAAT-GGC----C-A--T-AATTA-TTT-G--AATTGATTTATTTTT
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* * ***
9748 T-AAATC---T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
502 TAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATGTTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * ** * * * *
9807 CTTTTATGAACTAAAATAATT-GTTTATGTTAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTT-AAATTGATA
565 CTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT-A-AA-CATTTTGAAATAGATA
* * ** * * * * * *
9870 ATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTCAAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCT
627 ATTATTCAAAT-AGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGACAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCT
* *
9934 TGCTTATTAATT-TTT-TGAATGT
690 TACTTATTAATTATTTAT-AATAT
* * * * *
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1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAAC
* * ** * * * * * *
10019 TAAACAAAATG-TTAAAATGATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATTGTCTTAACTATTTGAACT
64 AAAACAAAA-GATTATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTT-GAATAGTCATAATTATTTGAACT
* ** * * * * *
10082 GGTTCAGCAAA-CGCATTTATTTTTTTTAAGTCTCTTACTAAGTTTT-AGAATATTAATAAATTA
126 TGTTCAATAAATAG-ATTTA--ATTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAATTA
10145 GTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTT
187 -TATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTT
10170 ATATGATCAG
Statistics
Matches: 7361, Mismatches: 1551, Indels: 1134
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
668 14 0.00
669 7 0.00
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671 2 0.00
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ATTTTGAATAAGCTTGTATAGAGAAAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATGATTATAAATATTTGAACTGTTCGATAAATAATTTATTTTTTAA
ATCTCTAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGATTGTA
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AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
ATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATT
ATTTTATGACAAAACAAAATGTAAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATT
TGAACTAGCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTTATAATAT
Found at i:7079 original size:539 final size:534
Alignment explanation
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2372 TGATTATTTC
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* * * * * ** * *
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* ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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254 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAGACA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * **
2698 ATCATAATGTTTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAA-TGGGTTCGATAAA
317 GTCATAACATTTGAA-ATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-GGCAAA
* * * * * * * **
2762 TAGATTTAGTTTTTAAATCTC----TTCTTAATTTTCAAAATATTGATAAATTTTTATTATTTTA
379 CAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** * * * * *
2823 TTTTGAATAATTTTG-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGAT
444 TTTCAAATAA-GCTGATATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AAT
* *
2886 TTGAAATAGATAA-TAGCTT-AAATGGAT-AT
506 TTGAAATAAATAATTA--TTCAAAT-AATCAT
* * * * * * * * ***
2915 GACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTAAGA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA-A
* * * * *
2979 ATATTAATAAGTTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTCCT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTT--T
* * *
3043 G-ACAAAACAAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
127 GTACAAAA-AAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * * *
3107 CTCGCTTG-GTAGCTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTTAAAATTTTAATA
191 CTGGTTTGAAAAAC-ATATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTAA--TTTTTGAAATATTAATA
*** * * * *
3171 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTAT-GAACATAAACAATTGGTTTATGACAAAACA
249 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* ** * *
3235 AAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TGTGTTCAA
313 AAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT--G
** * * * * *
3299 AAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCA-AATATTAATAAATTTA-TAT
374 GCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * ** *
3361 TATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAA-TAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
437 TATTTTATTTCAAATAAGCTGATATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * *
3425 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCAT
501 AA-AATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * ** * * ** * * * **
3460 AACTATTTAAAC-ATGTTTAATAAACAAATTCATTTTTTTATTCTCTTA-TTCATTATTTTTTGG
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* * * * * * *
3523 AATATTAATAAATTGGTATTATTTT-ATTTCAAATATGCCTATATGAACTAAAATAATTGTTTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTT-
* ** ** * *
3587 TTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTC-GAACTATTTGA
127 GTACAAAA-AAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGA
* * * **
3651 ACTTGTTTGAAAAACATATTT-TTTACTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
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* * * * * *
3715 ATTAATATTATTGTAATTTGAATAAGCTTGTAT-GA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
250 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAGACA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * ** * *
3778 GAAA-GTAATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTATTCGG
313 -AAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GG
* * * **
3841 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATGTTTTACA-TATTAAGTATCTTT---ATATTAATAAATTTTT
375 CAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAA-T-T-TTTAGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
3901 ATTATTTTATTTTC-AATAAACTTATATAAAC-AAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
435 ATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** *
3964 ATAGCAATTTCAAA-AAGAAAATTATTGGAATAGTCAT
499 ATA-AAATTTGAAATAA-ATAATTATTCAAATAATCAT
* * * * * * * * * **
4001 AATTATTTAAAGTTGCTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
4066 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG-AC----A-AA---------AC
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTAC
** *** * * * *
4116 ----AAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTT-AATTTAG
131 AAAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGG
* ** * *
4176 -TTCAATAAACATATTTATTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGT
195 TTTGAA-AAACATATTTATTTTTTAAA--TCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
4240 ATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-GA-ATAGAAATAGTTGTTTTATAACAAAACAACAA-G
256 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAGACA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGG
* * ** * * *
4302 TTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAA-TTGGTTAAGTAAAT
318 TCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-GGCAAAC
* * *
4366 AGAATTATTTTTTAAATCTCTT-GTTA--AATTTTGA-AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA
380 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA
* * * * * **
4426 TTCCAAATAAGCT-AGTATAAAATCAAAAAAACTTATTTTATG-CTAAAACAGAAGGTCATTATG
444 TTTCAAATAAGCTGA-TATGAACT-AAAATAA-TTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCA-TAAA
* * * * **
4489 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTT
504 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * * * * * * * * * * * *
4520 AAATATTTGAACTGGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
4585 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTGT-A
* * ** * ** * ** * *
4650 TAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT--T-ACGTATTTGAACT
130 CA-AAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACT
* * * * * * * * *
4712 AG-TTCAGTAAATAGATTTACTCTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
193 GGTTTGA-AAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
*** ** * * * *
4776 AGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGA-AT-GATAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAG
253 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-ATATAGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *** *
4839 GCCATAATTTTTTATAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAATTATTTGAACCACTTCGACAAA
317 GTCATAA-CATTT-GAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGCAAA
* * * *
4904 CA-AATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
379 CAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
4968 A-TTCTAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGAT
443 ATTTC-AAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AAT
* *
5032 TTGAAATAGATAATTATTTAAAT-A--A-
506 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * * * * * *
5057 AA--A-TTG-----GTTCGATAAATATATTTATTTATT-AAACCTCTTACTTATTAGTTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTATTT-TTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * **
5113 ATATTAATAAATTACTATTA-TTTAATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTAA
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-TTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTT--
* ** * ** * * * * *
5177 GATA-AAATAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTTATAATTATTTGAA
127 G-TACAAAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
5241 GC-GATTCGATAAAC-TAACTTATTTTTTAAATCTTTATCTTTTCAATTTTTGAAATATTAATAA
191 -CTGGTTTGAAAAACAT-ATTTATTTTTTAAATC--TAT-TATT-AATTTTTGAAATATTAATAA
** * * * * * * *
5304 AGCAATATTATTTTA-TTTCACATAAGCTTTTAT-GAACTAAAACAATCGTTTTATGATAAAACA
250 ATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTATATAG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * ** *
5367 AAAGGTCAT-ACCTCTTATAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTTG
313 AAAGGTCATAACAT-TT-GAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGG
* * * * * * * *
5431 TAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTATTTATTCATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
375 CAAACAGAATTATTTTTT-AAATCTCTTAATTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
5496 ATTTTATTTCAAATAAGCATG-TATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAG
438 ATTTTATTTCAAATAAGC-TGATATGAACT-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
5559 AACATTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
501 AA-AATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * * *
5594 AACTATTTGAACTAGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * * * *
5659 TATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTGT-A
* * ** * * * * *
5724 CAAAACAAAGATCATAACAATTTGTGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTCTTTGAACTAG
130 CAAAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
* * * * *
5789 TTT-AATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
195 TTTGAA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * *
5853 ATTTTATTTTGAATAATTTTGTATAGAGAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTTATAA
259 ATTTTATTTTGAATAAACTTATATAGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** * *
5918 CCATTTGAAATAGATAATAGCTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAGATTT
324 -CATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTT-GGCAAACAGAATT
* * *
5982 ATTTTTTAAATCTC-CAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAA
386 ATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * *
6046 ATAAAATTGCATA--AA-TAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTGA
450 AT-AAGCTG-ATATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-AATTTGA
*
6108 AATAAATAATTGTTCAAA-AAGTCAT
510 AATAAATAATTATTCAAATAA-TCAT
* * * * * * *
6133 AATTACTTGAACTCGCTCGATAAATAGATTTACTTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTA--TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA
* * *
6198 AATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAGTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATT-GTTT-T
* ** * * *
6262 G-ACAAAACAAAAAATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGACAAATATTTGAA
127 GTACAAAA-AAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
6326 C-GTGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATA
191 CTG-GTTTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTAATT-T-TTGAAATATTAATA
* * * ** ** *
6388 AATT-GTATTATTTTA-TTTGAAGTAAGCTTATAT-GAACAGACAA-GATCATTTGGTAACAAAA
249 AATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAACTTATATAG-ACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * * * * *
6449 CAAAAGGTTTTAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTT--
311 CAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGG
* * * *
6512 CAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTATTAT
375 CAA-ACAGA-ATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
** *
6577 TATTTTATTTCAAATTGGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
437 TATTTTATTTCAAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
6642 ATGATTTGAAATAAATACTTATACAAATAATCAT
502 A-AATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * ** * * * * *
6676 GACTATTTGATCTAG-TTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATCAATTGTCAAA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGA-TAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * **
6740 ATATTAATAAAATAGTATTACTTTAATTTGAATAAGTTTTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTA
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTGT-
* * * * * *
6805 AGAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAACTTTTTGAACT
129 ACAAAA-AAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** *
6870 GGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATTGATTAGTTT
193 GGTTTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *
6935 TATTTTATTTTGAACAAACTTATATAGACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
258 TATTTTATTTTGAATAAACTTATATAGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
7000 ATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACATAATT
323 A-CATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGCAAACAGAATT
* * *
7065 ATTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCG
386 ATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
* * ** * *
7128 AATAAGCT-ACATGAATTGAAAAT-ATTGCTTTATGACAAAA-GAAA----A-ACAATTTGAAAT
449 AATAAGCTGATATGAACT-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAATTTGAAAT
* * * * *
7185 AGATAATTGTTCATATAGTCTT
513 AAATAATTATTCAAATAATCAT
* * * ** * * * * * * **
7207 AATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATTACTTTTTGTAA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
** * * * * *
7272 TATTTTTATATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTGT-
* * ** * * ** * * * *
7336 ATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTTCAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTAAAC
129 ACA-AAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
7400 TGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA
192 TGGTTTGAAAAACATATTTA--TTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * **
7465 TTACTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATA-ATCAAAAACAATTGTTATATGATGAAAC-AA
251 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAGA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * **
7528 A---C----GATTTGAAATTGATAATTGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAAC-TGATTCGATA
315 AGGTCATAACATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTG-TT-GGCA
* * * ** * *
7584 AACA-TATTCACTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
377 AACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * * * *
7648 TTTTTTTTACTAAGCTTG-TATGGATTCAGATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAAGGTCATAAC
441 TTATTTCAAATAAGC-TGATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA-
* * * * *
7712 GATTT-AAATAGACAATTCTTCAAATAGTCAT
503 AATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * * * * * * * *
7743 AACAATTTGAATTTGCT-TAGTAAACAAATTTA--TTTGAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGA-TAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * **
7804 TTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATTGTTTTATG
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTG-TTT-TG
* ** ** * * * *
7869 T-CAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATCACTATTTGAAC
128 TACAAA-AAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
7933 TTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
192 TGGTTTGAAAAACATATTTATTTTTT-AAATC---T-ATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
7997 TTTAG-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAATATTTTATGACTACACAA
251 -TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAGACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** ** * **
8060 AAGGTCAAAACGATTCGAAATTA-ATAATTATTTTAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTAGCTCA
314 AAGGTCATAAC-ATTTGAAA-TAGATAATTGCTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-G-TTG
* * * * * * *
8122 GTAAACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATT
374 GCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** ** * *
8186 ATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG-A-TAAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--TC
438 ATTTTAT-TTCAAATAAGCTGATATGAACT-AAAAT-AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTC
* * * * * *
8246 TTAACAACTT-AAGATTAATAATTGTTTAAATAGTCAT
499 ATAA-AATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * * * * ** * *
8283 AACTATTAGAATTGGTTCAATAAACATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
8348 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTCATATAAGCTTGTATGATAAAAAAATAATTGTTTTAT
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGA-ATAAGCTTTTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTGT
** * ** * * * * * * *
8412 GA-AAAACAAAAGTTCAGAATGATTTAAAATCGATAATCATTCAAA-CGACTATAATTATTTTAA
129 -ACAAAA-AAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA
** * ** * * *
8475 CTAATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTG-AGTATTAATAA
191 CTGGTTTGAAAAACATATTTATTTTTTAA--ATC-TA-TTATTAATTTT--TGAAATATTAATAA
** * * * ** * *
8538 ATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCA
250 ATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTATA-TAGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * **
8601 AAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGTT
313 AAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGC
* * ** * *
8666 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAA
376 AAACAGAATTATTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
8730 TTTA-TTCTAAATAGGCTTG-T-TGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTTAGAA
440 TTTATTTC-AAATAAGC-TGATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
8792 TGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTT
503 -AATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * * * * * * * * * * *
8825 AACCATTTCAA-TTGATTCGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAA
1 AACTATTTGAACTAG-CTCGATAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * *** * * * * *
8889 ATATTATTAAATTTA-CATTATTTTAATAAAAAAAAGCTTGTATGAA-TAAAATAATTGTTTTAC
65 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTT-G
* ** * * * * * *
8952 AACAAAAGAAAAAGGCCATAACACTTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAA
128 TACAAAA-AAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * * **
9017 CTGGTTTGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTCTTAAA
191 CTGGTTTGAAAAACATATTTATTTTTTAA--ATC-T-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* ** * * *
9081 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-ATAGTAT-GAACAGGACCAATTGTTTGATG-CAAAATAA
251 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATAG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** * * * *
9143 AAAGTTATAATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGATTTAGT
314 AAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTGGC
* * * * * *
9207 AAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
376 AAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
9272 TTTATTTTAAATAAACTTATATTAACGAAGACAATT-GTTTATGAGAAAA-AAAAGGCCATAAAA
440 TTTATTTCAAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AAA
* ** * *
9335 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTT
504 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
** * * * * *
9366 AACTATTTGAACTAG-TTTAGCAAATAGATTTACTTTTT-AAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTCA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGA-TAAACACATTTA-TTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
9428 GAATATTACTAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAGGCTTATATGAAAAAAAAACAATTGTTT
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTTTATG-AACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * *
9492 TATGATAGAACAAAAGGTTACAAAAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
126 TGT-ACA-AAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * *
9556 AACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTA
189 AACTGGTTTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
*** * **** * * *
9621 GTATTATTTTATTTTGAATGTGCTTCTATATTGGAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-G
254 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGG
* * ** * * * *
9685 TAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAA----TT--------G
318 TCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGGCAAACAG
* * *
9738 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--ACTTTTGA-AATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATT
382 AATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT
*** ** * ** * * *
9798 TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATT-GTTTATGTTAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTTA
446 TCAAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGA
** * *
9862 AATTGATAATTGTTCAAATCATCAT
510 AATAAATAATTATTCAAATAATCAT
** * * * * * * * * **
9887 AACTATTCAAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTGA
1 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * ** *
9952 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAGTAAGCTTGTT-TGAACTGAAACAATTATTCTA
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAA-TAAGCTT-TTATGAACAAAAACAATTGTT-T-
* * ** * * * * *
10015 TG-AC-TAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATTGTCTTAACTATTT
126 TGTACAAAAAAAAAATCATAACA--ATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * * *
10077 GAACTGGTTCAGCAAACGCAT-TTATTTTTTTTAAGTCTCTTACTAAGTTTT-AGAATATTAATA
188 GAACTGGTT-TG-AAAAACATATT-TATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGA-AATATTAATA
* * * * * *
10140 AATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTATAT-GATCAGAAATAATTATTTAATGAGAAAAC
249 AATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTATATAGA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * **
10203 -AAAGATCATAATGATTT-AAGATTGATATTTATTCAAATAGTCATAACT
312 AAAAGGTCATAA-CATTTGAA-ATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACT
10251 TGCTTTTTAA
Statistics
Matches: 5702, Mismatches: 1252, Indels: 774
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
514 2 0.00
515 5 0.00
516 36 0.01
517 2 0.00
518 9 0.00
519 270 0.05
520 156 0.03
521 89 0.02
522 98 0.02
523 40 0.01
524 82 0.01
525 24 0.00
527 10 0.00
528 104 0.02
529 147 0.03
530 18 0.00
531 302 0.05
532 122 0.02
533 299 0.05
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AACTATTTGAACTAGCTCGATAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTAC
AAAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
TTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAACTTATATAGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
TTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGGCAAACAGAATTATTTT
TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TGATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAATTTGAAATAAATAATT
ATTCAAATAATCAT
Found at i:8343 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 8079--8421 Score: 460
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
8069 ACGATTCGAA
* * * *
8079 ATTAATAATTATTTTAATAGCTTTAACTATTTGAATTAGCTCAGTAAACACATTTATTTTGTAAA
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*
8144 TTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAC-CAAATAAGCTTCT
66 TTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAACTCAAATAAGCTTCT
*
8208 ATGAT-AAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATATCTTAACAACTTAAG
130 ATGATAAAAAAT-AATTGTTTTATGA-AAAACAAATATCTTAACAACTTAAG
* * * ** *
8259 ATTAATAATTGTTTAAATAG-TCATAACTATTAGAATTGGTTCAATAAACATTTTTATTTTTTAA
1 ATTAATAATTATTTAAATAGCT-ATAACTATTAGAATTAGCTCAATAAACACATTTATTTTGTAA
* * * *
8323 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCATATAAGCTTG
65 AT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTCAAATAAGCTTC
8387 TATGATAAAAAAATAATTGTTTTATGAAAAACAAA
129 TATGAT-AAAAAATAATTGTTTTATGAAAAACAAA
8422 AGTTCAGAAT
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ATTAATAATTATTTAAATAGCTATAACTATTAGAATTAGCTCAATAAACACATTTATTTTGTAAA
TTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTCAAATAAGCTTCTA
TGATAAAAAATAATTGTTTTATGAAAAACAAATATCTTAACAACTTAAG
Found at i:8781 original size:361 final size:359
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5053 ATAAAAATTG
* * * * * *
5063 GTTCGATAAATATATTTATTTATTAAACCTCTTACTTATT-AGTTTTTGAAATATTAATAAATTA
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTA
* * ** * * * * *
5127 CTATTATTTAATT-TTGAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTAAGATAAAATAAAAG
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* * * ** * * * * * *
5190 TTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTTATAATTATTTGAAGC-GATTC-GATAA
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* * * ** *
5253 ACTA-ACTTATTTTTTAAATCT-TTATCTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTAT
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* * * * * * * * *
5315 TTTATTTCACATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATCGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACCT
253 TTTATTCCAAATAAGCTTCTATTAA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * *
5380 CTTATAAATATATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
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* * * * *
5425 GTTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTATTTATTCATTTTTTTGAATGTTAATAAAT
1 G-TTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTT-CTTATT-AATTTTTTGAATGTTAATAAAT
* * *
5489 TAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATGA-ACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAA
62 TAGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * *
5552 ATGTT-AGAA-CATTTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGCTC-
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* * * * * * *
5612 GACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTATTAATTTAGCAA
187 G-TAAACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
5676 TATTTTACTT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
250 TATTTTA-TTCCAAATAAGCTTCTATTAAT--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * *
5739 AACAATTTGT-GATAGATAA-TTGTTGAAGTAGTCATAACTCTTTGAACTA
312 AACGATTT-TAAATA-A-AATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * *
5788 GTTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAATC---TCTTATTAA-CTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAG
** ** * * * *
5849 TATTATTTTATT-TTGAATAATTTTGTATAGAGA-GAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATG
65 TATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTAT-GATATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G
* ** * ** * * *** * *
5912 TT-ATAACCATTTGAAATAGATAAT-AGCTCAAATGAAC-ATGACTATTTGAACTTGTTCGGTGA
128 TTCAGAATGATTTAAAATAGATAATCATTTC-AAT-AGCTATAACTATTTGAACTAACTCAGTAA
* * * * **
5974 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
191 ACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * *
6038 TA-TCTCAAATAAAATTGC-ATAAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGATCATAAC
255 TATTC-CAAATAAGCTT-CTATTAAT--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAAC
* * * * * * *
6101 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTACTTGAACTC
315 GATTTTAAATAAA-ATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
6147 GCTCGATAAATAGATTTACTTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATTTTAATAAAT
1 GTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAT
* ** * ** *
6211 TTGTATTATTTTATT-T-TGATAAGCTTTTATGA-ACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAA
62 TAGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
** * * * * **
6273 AAATC-GTAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TGACAAATATTTGAACGT-GTTC-
126 AGTTCAG-AATGATTTAAAATAGATAATCATTTC-AATAGCT-ATAACTATTTGAAC-TAACTCA
* * * *
6333 GAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-GT
187 G-TAAACACATTTATTTTGTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGT
** * * * * * ** ** * *
6394 ATTATTTTATTTGAAGTAAGCTTATATGAACAGACAAGATCATTTGGTAACAAAACAAAAGGTTT
248 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTCTATTAATAAAC-A-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * *
6459 TAGCAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCGAATAGTCATAATTATTTAAACTT
311 TAACGATTTTAAATA-A-AATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * * * *
6509 GTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAT
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
** * * *
6574 TATTATTTTATT-TCAAATTGGC-TGATATGA-ACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG
65 TATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTG-TATGATA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * ** *
6636 GTCATAATGATTTGAAATAAATACTTA-TACAAATA-ATCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAA
128 TTCAGAATGATTTAAAATAGATAATCATTTC-AATAGCT-ATAACTATTTGAACTAACTCAGTAA
* * * * ** *
6699 ACATATTTATTTT-TAAAATTTTTTACTTATCAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTACTT
191 ACACATTTATTTTGT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
* ** * * * ** * * * * ** * *
6763 TAATT-TGAATAAGTTTTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTAAGAAAAGAAAAAATAATAACAA
254 TTATTCCAAATAAGCTTCTAT-TA-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * ** * * *
6827 TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAACTTTTTGAACTG
317 TTTTAAATAAA-ATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * **
6871 GTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATC---TATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATTGATTAG
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAG
* * * * * * * *
6932 TTTTATTTTATTTTGAACA-AA-CTTATATAGACA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
65 TATTATTTTATTCTCAA-ATAAGCTTGTAT-GATATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
6994 GTCATAATGATTTGAAATAGATAAT--TGCTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACT-AGTTAGGC
128 TTCAGAATGATTTAAAATAGATAATCAT-TTC-AATAGCT-ATAACTATTTGAACTAACTCA-GT
* * * * * * *
7055 AAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TTTTAT
189 AAACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * *
7119 TTTATTTCGAATAAGCTAC-ATGAATTGAAA-ATATTGCTTTATGAC-AAA-AGAA----A-AAC
253 TTTATTCCAAATAAGCTTCTATTAA-T-AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * *
7175 AATTTGAAATAGATAA-TTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTA
315 GATTTTAAATA-A-AATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * ** * * ** *
7221 GTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATT-ACTTTTTGTAATATTTTTATATTA
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTA
* ** * * * *
7285 GTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAG
64 GTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-
* * ** * * * * * ***
7348 GTT-ATAACGATTTTCAGTATG-CAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTAGTTAAACTGGTTC-GA
127 GTTCAGAATGATTTAAAATA-GATAATCATTTC-AATAGCT-ATAACTATTTGAACTAACTCAG-
* * * * *
7408 TAAACAAATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATT
188 TAAACACATTTA--TTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * *
7473 ATTTTATTTCAAATAAACATATA-TAATCAAAAACAATTGTTATATGATGAAACAAACGATT-TG
251 ATTTTATTCCAAATAAGCTTCTATTAAT---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-
* * * *
7536 AA--A--TT-GAT--AA-TTGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAAC-T
312 AACGATTTTAAATAAAATTTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
7575 GATTCGATAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTA
1 G-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
* ** * * * * * * *
7640 GTATTATTTT-TTTTTTACTAAGCTTGTATGGAT-TCAGATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAA
64 GTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTAT-GATATGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAA
* * * * * * ** *
7703 GGTCATAACGATTT-AAATAGACAAT--TCTTCAAATAG-TCATAACAATTTGAATTTGCTTAGT
127 GTTCAGAATGATTTAAAATAGATAATCAT-TTC-AATAGCT-ATAACTATTTGAACTAACTCAGT
* * * *
7764 AAACAAATTTA-TTTG-AAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATT
189 AAACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
**** * * * * * *
7826 TTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAGCAAAAGGTCATAATGA
254 TTATTCCAAATAAGCTTCTATTAA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
*
7891 TTTTAAATAAATAATTT-TTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTT
317 TTTTAAAT-AA-AATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
7935 GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTT
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATC-TTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-TT
* * * * *
8000 AG-ATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTACACAAAAG
63 AGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGATATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * *
8063 GTCAAAACGATTCGAAATTA-ATAATTATTTTAATAGCTTTAACTATTTGAATTAGCTCAGTAAA
128 TTCAGAATGATT-TAAAATAGATAATCATTTCAATAGCTATAACTATTTGAACTAACTCAGTAAA
*
8127 CACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-
192 CACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
8191 TAACCAAATAAGCTTCTATGATAA-AAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--TCT-TAAC-
257 T-TCCAAATAAGCTTCTAT--TAATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGT-TATAACG
** * *
8251 AACTTAAGATTAATAA-TTGTTTAAATAGTCATAACTATTAGAA-TT
316 ATTTTAA-A-TAA-AATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * *
8296 GGTTCAATAAACATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
1 -GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
* ** * *
8361 GTATTATTTTA-TCTCATATAAGCTTGTATGATAAAAAAATAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAG
64 GTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAT-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
8424 TTCAGAATGATTTAAAATCGATAATCA-TTCAA-ACGACTATAATTATTTTAACTAATTCGGTAA
128 TTCAGAATGATTTAAAATAGATAATCATTTCAATA-G-CTATAACTATTTGAACTAACTCAGTAA
* * * *
8487 ACAGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTG-AGTATTAATAAATTAGTATTATT
191 ACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTT--TGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * *
8550 TTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATAACGA
254 TTATTCCAAATAAGCTTCTATTAA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* *
8615 TTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT
317 TTTTAAATA-AAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
8659 ATTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTA
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT-TTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
* * *
8723 GTATTAATTTATTCT-AAATAGGCTTGT-TGA-ACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAT
64 GTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-
* * * * * * *
8785 GTT-AGAATGATTTCAAATAGATAAT--TGTTCTAATAATCT-TAACCATTTCAATTGATTC-GA
127 GTTCAGAATGATTTAAAATAGATAATCAT-TTC-AAT-AGCTATAACTATTTGAACTAACTCAG-
* * * * * * ** * *
8845 CAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTA-CATTA
188 TAAACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* ** * * * * ** * **
8909 TTTTAATAAAAAAAAGCTTGTATGAATAAAATAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAAGGCCATAAC
252 TTTTATTCCAAATAAGCTTCTATTAAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAAC
* * * * * *
8974 -ACTTTGAAACAGATAA-TTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTG
315 GA-TTTTAAATA-A-AATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * **
9020 GTTTGACAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTCTTAAATTA
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
** ** * * * * * * *
9084 GTATTATTTTATT-TTGAATAAAATAGTATGA-ACAGGACCAATTGTTTGATG-CAAAATAAAAA
64 GTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAA
* * * * * * * *
9146 GTT-ATAATGA-TTAGAAATAGATAGTTA-TTCAAATAG-TCAAAACTATTTGAAATGATTTAGT
127 GTTCAGAATGATTTA-AAATAGATAATCATTTC-AATAGCT-ATAACTATTTGAACTAACTCAGT
* * * * *
9207 AAATAGATTTACTTTT-TAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
189 AAACACATTTA-TTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * ** *
9271 TTTTATTTTAAATAAACTTATATTAACGAAGACAATTG-TTTATGAGAAAA-AAAAGGCCATAAA
252 TTTTATTCCAAATAAGCTTCTATTAA-TAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * ** * *
9334 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTA
315 GATTTTAAATAAA-ATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * ** * *
9380 GTT-TAGCAAATAGATTTACTTTTTAAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATT
1 GTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
* * * * ** * * *
9443 AGTATTATTTTATTC-CGAATAGGCTTATATGAAAAAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAA
63 AGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATG-ATATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * *** **
9507 GGTTACA-AA-AATTTGAAATAGAT-AT--TGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTTG
127 -GTT-CAGAATGATTTAAAATAGATAATCAT-TTC-AATAGCT-ATAACTATTTGAACTAACTCA
* * * * *
9566 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
187 GTAAACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** ** * * * *
9627 TTTTATTTTGAATGTGCTTCTA-TATTGGAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATA
252 TTTTATTCCAAATAAGCTTCTATTAAT--AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATA
* * * * * * * *
9690 ACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCAT-A--A-TT--A--T
313 ACGATTTTAAATA-AAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
9730 -TT-G---AATTGATTTATTTTTTAAATC---TCTTATTAA-CTTTTGAAATATTAATACAA-TA
1 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA-AATTA
*** * * * * ** *
9785 GTATTATTTTATT-TTGGATAAGCTTTTATGA-ACTAAAATAATT-GTTTATGTTAAAAGAAAAG
64 GTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * ** * ***
9847 GTCATAATGATTTTAAATTGATAAT--TGTTCAA-ATCATCATAACTATTCAAATTTGTTC-GAT
128 TTCAGAATGATTTAAAATAGATAATCAT-TTCAATAGC-T-ATAACTATTTGAACTAACTCAG-T
* * * * *
9908 AAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
189 AAACACATTTATTTTGT-AAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
9972 TTTTATTTCAAGTAAGCTTGT-TTGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAATGTTAAAA
252 TTTTATTCCAAATAAGCTTCTATT-AA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * * * * * *
10036 TGATTTGAAATTAAAAATTATTCTAATTGTCTTAACTATTTGAACTG
314 CGATTTTAAA-TAAAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
10083 GTTC-AGCAAA-CGCATTTATTTTTTTTAAGTC---TCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAAT
1 GTTCGA-TAAATAG-ATTTA--TTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
* * * * *
10143 TAGTATTATTTTTATT-T-GAATAAGCTTATATGATCA-GAAATAATTATTTAATGAGAAAAC-A
62 TAGTATTA-TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAT-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* *
10204 AAGATCATAATGATTTAA
125 AAGTTCAGAATGATTTAA
10222 GATTGATATT
Statistics
Matches: 3739, Mismatches: 757, Indels: 604
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
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361 730 0.20
362 457 0.12
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364 311 0.08
365 64 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGATATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTC
AGAATGATTTAAAATAGATAATCATTTCAATAGCTATAACTATTTGAACTAACTCAGTAAACACA
TTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAATAAGCTTCTATTAATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATA
AAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
Found at i:10102 original size:522 final size:492
Alignment explanation
Indices: 9755--10740 Score: 1148
Period size: 496 Copynumber: 2.0 Consensus size: 492
9745 TTTTAAATCT
*
9755 CTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAACTTTTGAAA-ATTAATA-AAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * *
9819 AAAATAATTG-TTTATGTTAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATCA
64 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* *
9883 -TC-ATAACTATTCAAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATT
127 GTCGA-AACTACTCAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATT
* * * *
9946 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTGTTTGAACTGAAACAATTAT
191 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-TAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGT
* * * *
10011 TCTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAATTAAAAATTATTCTAATTGTCTTAACTATT
255 TTTATGACTAAACAAAA-GTTAAAATGATTTGAAA-TAAAAATTGTTCTAATAGTCATAACTATT
* * * * *
10076 TGAACTGGTTCAGCAAACGCATTTATTTTTTTTAAGTCTCTTACTAAGTTTT-AGAATATTAATA
318 TGAACTGGTTC-GTAAACACATTTA--TTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGA-AATATTATTA
* *
10140 AATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTATATGATCAGAAATAATTATTTAATGAGAAAACA
379 AATTAGTATTATTTTATATTTGAATAAGCTTATATGATCAGAAACAATTATTTAAGGAGAAAACA
* * * *
10204 AAGATCATAATGATTTAAGATTGATATTTATTCAAATAGTCATAACTTG
444 AAGATCATAATGATTTAAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATAAATTG
* * * *
10253 CTTTTTAATTTTTGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTGA
1 CTTATTAACTTTTGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTAA
*
10318 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCTGATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCG
66 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCTAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCG
* * * * * *
10383 AATCTACTCGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG
131 AAACTACTCAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTG
* * * *
10447 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAATAATTGTTTTAT
196 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
10512 AACTAAACAACAAGTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTATTTGAA-
260 GACTAAACAA-AAGTTAAAATGATTTGAAATA-AAAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * *
10576 TCAATTCGTAAATACATATATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGT
323 T-GGTTCGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-GTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
*** ** * * * * *
10640 ATTATTTTA-ATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGATG-AAATAAAGATC
386 ATTATTTTATATTTGAATAAGCTTATATGATCAGAAACAATTATTTAAGGA-GAAAACAAAGATC
* * * *
10703 ATAATGATTTAAGATAGATAATTGTTCACATAGTCATA
450 ATAATGATTTAAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATA
10741 CTATTTAAAC
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 55, Indels: 29
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
493 120 0.29
494 5 0.01
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498 35 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (492 bp):
CTTATTAACTTTTGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTAA
AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCTAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCG
AAACTACTCAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTG
AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATG
ACTAAACAAAAGTTAAAATGATTTGAAATAAAAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
TTCGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
TTTATATTTGAATAAGCTTATATGATCAGAAACAATTATTTAAGGAGAAAACAAAGATCATAATG
ATTTAAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATAAATTG
Found at i:10287 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 10124--10381 Score: 324
Period size: 137 Copynumber: 1.9 Consensus size: 137
10114 TCTTACTAAG
* * *
10124 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTGA-ATAAGCTTATATGATCAGAAATAATT
1 TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTA-TTTTATTTGAGATAAGCTTATATGAACAGAAATAATT
* *
10188 ATTTAATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGA-TTTAAGATTGATATTTATTCAAATAGTCATAACT
65 ATTTAATGAGAAAACAAAAGATC-TAATGACTTTAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
10251 TGCTTTTTAA
128 TGCTTTTTAA
* * * * * *
10261 TTTTTGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTG
1 TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGAGATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTA
* * * * *
10326 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCTGATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
66 TTTAATGAGAAAACAAAAGATCTAATGACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
10382 GAATCTACTC
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 16, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
136 9 0.09
137 82 0.80
138 11 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (137 bp):
TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGAGATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTA
TTTAATGAGAAAACAAAAGATCTAATGACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTTGC
TTTTTAA
Found at i:11330 original size:358 final size:357
Alignment explanation
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Period size: 358 Copynumber: 10.6 Consensus size: 357
10247 AACTTGCTTT
* * * * * *
10257 TTAATTTTT-GAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACT-GAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAA
* * * * * * *
10320 TAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TGATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCG
65 CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CT
* * * *
10383 AAT--CTACTCGAACTTGTTC-GATAAATAGATTT-TTTTTTCAAATCTCTTGCT-CATTAATTT
127 AATAACTATTTGAAC-TGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAA-CTCTT--TAC-TTAA-AT
* * * * *
10443 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTCA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAATAATT
184 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATT
* * * * * *
10505 GTTTTATAACTAAACAACAA-GTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCTAACT
247 GTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
*** * * * * * *
10569 ATTTGAA-TCAATTCGTAAATACATATATTTTTTAAA---TCT-CTTA
310 ATTTGAACTTGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTA
* * * * * *
10612 TTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
** * * *
10677 AATTGTTTTATGATGAAATAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCACATAG-TCAT
66 AATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGCTAAT
* * * * * * *
10740 -ACTATTTAAACTATTTCTGTAAAAAAATTTTAGTTTTTAAA-TCTCTTA-TT-AATTTTCAAAA
130 AACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAACTCT-TTACTTAAATTTT-GAAA
* * * ** ** * * * * *
10801 TTTTAATAGATTTA-TATTATTTTGTTTTGAATAATTTTGCAAGAACAAAAACAATTATTTTATT
191 TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
10865 AAAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
255 ACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
10930 TGTTTGGTAAATAGATTTACTTTT-AAATCTCCTACCTA
319 TGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTA
* *
10968 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
* * *
11033 AATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAAGCATA
66 AATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGC-TA
*
11097 ATAACTATTTAAACATGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTTAAA-TC-TTA-TTAAATTTTGAA
128 ATAACTATTTGAAC-TG-TTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAACTCTTTACTTAAATTTTGAA
* * ** *
11158 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTACG
190 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* *
11223 ACAAAACAAAAGCTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-T
255 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
11287 GTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
319 -TGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTA
* ** *
11326 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAA
1 TTAA-TTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAA
* * * * *
11390 ACAATTATTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAG-T
64 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT
* ** * * * * *
11453 CATAACTATTCAAACTTTTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCT-CATTAATTTTT
127 AATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTCTT--TAC-TTAAATTTT
* ** * * * *
11517 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAACA-AATATAATTGTTT
187 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTT
** * * * * *
11581 TATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * *
11646 AACTTGTACGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCA
315 AACTTGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTA
* * * * *
11689 TTAATTGTT-GAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAA-A-AAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * * * *
11750 -ATTTGTTTTTTGACAAAACGAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TC
65 CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCTA
* * * * * *
11812 ATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTGTCT
128 ATAACTATTTGAA-CTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTC-TTTACTTA--AATT-T-T
* * * *
11876 G-AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTAT-----GAAA-AA----TTT
187 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * ***
11930 ATGACAAAACCAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGA
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
11995 ACTTATTT-AATAAACAAATTCAGTTTTTAAAA---TCT-CTTA
316 ACTTGTTTGGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAAATCTTCTACTTA
* * * * *
12034 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTCTGAATAAGCTTATAGGAATAAAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * * * * *
12098 CAATTG--TTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA-ATCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT-A
* * ** * * *
12160 A-AACTATTTGCACTGGTCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAA-TCTGTTACTTATTAGTTTTTA
128 ATAACTATTTGAACTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCT-TTACTTA--AATTTTGA
* * * * * * * * *
12223 GAATATTAATTAATTAGCATTACTTTA-TTCTAAATTAGATTGTATTAATAGAAAAAATTATTTT
189 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
12287 ATGACGAAACAAATGGTCGTAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCAACTTGTTATAAATAATTGA
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
12352 AATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTA
316 ACTTGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTA
* * * * * *
12390 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTACATGAACAAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTATATGAATAGAA
* * * * *
12453 ACATTTGTTTTATGACAAAGCA-AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCC
64 ACAATTGTTTTATGACAAA--ATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-C
* * *
12517 T--TAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATAC-T-AATTT
126 TAATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTCTT---TACTTAAATTT
* ** * * * * *
12578 TCATAATATTTTTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATCTTGTATGAACATAAATAATTGT
186 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * * *
12642 TTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
12707 TGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
313 TGAACTTGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTA
* * *
12752 TTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCATTATAATG-A-A-AA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTAT-ATGAATAGAA
* * * * * * *
12813 GCAATTGTTTTATGGCAAAATAAAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGC-
64 ACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT
* * * ** *
12877 CATAATTATTTGAACTGATT-TGATAAATTGATTTA-TTTTTAAA-TCTTTAACTTCTCAATTTT
127 AATAACTATTTGAACTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTT-AC-T-T-AAATTT
* * * *** * * ** **
12939 TGAAATATTAGTAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTTAAACAATTGTTT
186 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * *
13004 TATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
13069 AATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGCTTA
315 AACTTGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTAAAATCTTC-TACTTA
* * * *
13113 TTAATTTTCTA-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AA
1 TTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAA
* ** * * * * *
13176 ACAA-T-ATTTATGATTAAATAAATGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGTCT
64 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CT
* * * *
13239 --TAACTATTTGAACGGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTT-
127 AATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCT-TTACTTA--AATTTTG
* ** * * * * * *
13300 AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGACGGAAACAATTGTTTT
188 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
13365 ATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCAAAACTATTTGA
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
13429 AC-TGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTT-AAATC-TCTTGCTTA
316 ACTTGTTTGGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAAATCTTC-TACTTA
* * ** * * *
13471 TTAATTTTT-GAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTTTATGAACT-GAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAA
* * * * * *
13534 ACAATTATTTTTTGACAAACA-AAAGTTCGTAATG-TCTTTAAATAGAAAATTATTC-AATAG-T
64 ACAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAGATCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT
* * *
13595 CAA-ATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCT-CATTAATTT
127 -AATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA-CTCTT--TAC-TTAA-AT
* * * * * * *
13658 TTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTA-AAATAATTG
184 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTG
* * * * ** *
13722 TTTTATAACTAAAA-AGAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTA
248 TTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** ** * *
13786 TTTGAAC-TAATTCAACAAACACA-TTATTTTT--AATC-ACTTACTTA
311 TTTGAACTTGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTAAAATCTTC-TACTTA
* * * * * *
13830 TTAATTTTT-GAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGTTTGTATGAAAAGAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAA
* * * * *
13893 ACAGTTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTATTCAAATA--TCA
64 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCTAA
* ** * * * * *
13956 TAACTATTTAAACTGTTTTTGTGAACA-ATTTAATTTTTTAATCTC-TTA--TGAGTTTCTAAAA
129 TAACTATTTGAACTG-TTCAGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAACTCTTTACTTAAATTT-TGAAA
* *
14017 TATTAATAGATCAGTATTATTTTA
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA
14041 GTCTAAATAA
Statistics
Matches: 2707, Mismatches: 540, Indels: 367
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
345 26 0.01
346 34 0.01
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350 4 0.00
351 7 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCTAATA
ACTATTTGAACTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTTACTTAAATTTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
AAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTA
Found at i:11385 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10257--14003 Score: 2796
Period size: 181 Copynumber: 21.0 Consensus size: 180
10247 AACTTGCTTT
* * * * * *
10257 TTAATTTTTGAAA-ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTGAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* *
10321 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TGATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCGA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * * * *
10384 -ATCTACTCGAACTTG-TTCGATAAATAGATTT-TTTTTTCAAATCTCTTGCTCA
128 TAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * *
10436 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * * * * *
10499 ATAATTGTTTTATAACTAAACAACAA-GTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTC
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *** * * *
10563 CTAACTATTTGAA-TCAATTCGTAAATACATATATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
127 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * *
10615 --ATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** * * *
10677 AATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCACATAGTCAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
10740 -ACTATTTAAACTAT-TTCT-GTAAAAAAATTTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTA
129 AACTATTTGAACT-TGTT-TAGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * ** * * *
10788 TTAATTTTCAAAATTTTAATAGATTTA-TATTATTTTGTTTTGAATAATTTTGCAAGAACAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * * *
10852 CAATTATTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATGGACAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
10917 GACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTCCTACCTA
129 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
10968 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * *
11032 CAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAAGCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG--
* * * * *
11095 TAATAACTATTTAAACATGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAA--TCTTA-TTA
125 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
11149 --AA-TTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** * * *
11211 AATTGGCTTACGACAAAACAAAAGCTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
11275 AACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
129 AACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
11326 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * *
11390 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * *
11455 TAACTATTCAAACTT-TTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCA
128 TAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
11508 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAACA-AATA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-A
* ** * * * *
11572 TAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *** * * * * *
11637 GACTATTTGAACTTGTACGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCA
129 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** *
11689 TTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAA-A-AAA-
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
11750 ATTTGTTTTTTGACAAAACGAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
65 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
11814 AACTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTA
129 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
11866 TTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTAT-----GAAA
1 TTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * ** * ***
11925 -AA----TTTATGACAAAACCAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
11985 AACTATTTGAACTTATTTAATAAACAAATTCAGTTTTTAAA-ATC-T-CTTA
129 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
12034 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCTTATAGGAATAAAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * *
12098 CAATTG--TTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCAA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** * * *
12161 AACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTTA
129 AACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
12213 TTAGTTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCTAAATTAGATTGTATTAATAGAAA
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* * * * * * * * * *
12277 AAATTATTTTATGACGAAACAAATGGTCGTAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCAACTTGTTAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
12342 AAATAATTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
129 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * ** *
12390 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTACATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * *
12455 ATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * **
12520 ACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATA
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* * ** * * * *
12571 CTAA-TTTTCATAATATTTTTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACATAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * *
12635 TAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATAGTTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
12700 AACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
129 AACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
12752 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCATTATAATG-A-A-AA
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* * * * * * * *
12813 GCAATTGTTTTATGGCAAAATAAAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGCC
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
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127 ATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTA
* * * * ** * * ** **
12931 TCAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTTAAAC
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* * * *
12996 AATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
13061 ACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTA
130 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * *
13113 TTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AA
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* ** * * * * * *
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63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** ** * * *
13239 TAACTATTTGAACGGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * ** * *
13292 TTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGACGGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * *
13356 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCAAA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
13420 ACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA
130 ACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
13471 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTTTATGAACTGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * *
13536 AATTATTTTTTGAC-AAACAAAAGTTCGTAATG-TCTTTAAATAGAAAATTATTC-AATAGTCA-
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
13597 AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCA
129 AA-CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
13651 TTAATTTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTA-AA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAA
* * * * * **
13715 ATAATTGTTTTATAACTAAAA-AGAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTC
63 ACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * ** * * *
13779 TTAACTATTTGAACTAATTCAACAAACACA-TTA-TTTTT-AATCACTTACTTA
127 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
13830 TTAATTTTTGAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGTTTGTATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * *
13895 AGTTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTATTCAAATA-TCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
13958 ACTATTTAAAC-TGTTTTTGTGAACA-ATTTAATTTTTT-AATCTCTTA
130 ACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTA
14004 TGAGTTTCTA
Statistics
Matches: 2815, Mismatches: 620, Indels: 267
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 42 0.01
169 1 0.00
170 4 0.00
171 78 0.03
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174 17 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
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CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:11430 original size:539 final size:530
Alignment explanation
Indices: 10257--13964 Score: 2691
Period size: 539 Copynumber: 6.9 Consensus size: 530
10247 AACTTGCTTT
* * * * *
10257 TTAATTTTTGAAA-ATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTT-TAGATAAGTTTTTATGAACTGAA
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* * * * * *
10319 ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TGATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
10382 GA-ATCTACTCGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTT
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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253 TATGACAAAATAA-AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTAATAACTATT
** * * * * * *
10572 TGAATCAATTCGTAAATACATATATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTTTG-AATATTATTAAA
316 TGAA-CTGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTAA-ATTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** *
10635 TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGATGAAA-TAAA
377 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
10699 GATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCACATAGTCAT-ACTATTTAAACT-ATTTCTGTA
441 G-TCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTT-AG-A
*
10761 AAA-AAATTTTAGTTTTTAAATC---T-CTTA
501 AAATAGA-TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
** * * * * ** ** * *
10788 TTAATTTTCAAAATTTTAATAGATTTATATTATTTTGTTTTGAATAATTTTGCAAGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
* * * * * * *
10853 AATTATTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATGGACATG
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* *
10918 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAAT
131 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTAGCTATTAATTTTTAGAAT
* *
10982 ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
195 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTATTTTATGAC
* * * *
11047 AAAATAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAAGCATAATAACTATTTAAACA
259 AAAATAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGC-TAATAACTATTTGAAC-
*
11112 TGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTA-TTAAATTTTGAAATATTAATAAACTAGTAT
321 TG-TTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTACTTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** *
11176 TATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTACGACAAAACAAAAGCTCATA
384 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATA
*
11241 ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAATAGATT
447 A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATG-GTTTAGAAAATAGATT
11305 TATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
510 TATTTTT-AAATCTTTTACTTA
*
11326 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAA
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* * *
11391 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
** * * *
11456 AACTATTCAAACTT-TTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGA
130 AACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAGCT-ATTAATTTTTAGA
** * * * * *
11520 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAACAAATATAATTGTTTTATG
193 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAA-ACAATTATTTTATG
* * * * * *
11585 ATGAAACA-AAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
257 A-CAAA-ATAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTAATAACTATTTGAA
* * *
11648 CT-TGTACGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAA
320 CTGT-TA--GTAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TTACT--TAAATT-TTGAAATATTAATAAA
* * * * *
11712 -TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAAA-AAA-ATTTGTTTTTTGACAAAACGAAAA
377 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA
* * ** *
11774 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAAT
441 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTAGAAAAT
11839 AGAGTTGT-TTTTTAAATCTTTTACTTA
505 AGA-TT-TATTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * ** *
11866 TTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTAT-----G-AA
1 TTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAA
* * ** ** * *
11924 -AA--A-TTTATGACAAAACCAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCAT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * * * *
11985 AACTATTTGAACTTATTTAATAAACAAATTCAGTTTTTAAAATCTCT---TATTAATTTTTAGAA
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* * * * * *
12047 TATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTCTGAATAAGCTTATAGGAATAAAAACAA-T-TGTTGTG
194 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAT-AAAACAATTATTTTATG
* * * *
12109 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA-ATCAA-AACTATTTGC
257 ACAAAA-TAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-AATAACTATTTGA
* ** * * * *
12171 ACTGGTCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATTAA
319 ACT-GTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTA--AATTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * * * * * *
12236 TTAGCATTACTTTATTCTAAATTAGATTGTATTAATAGAAAAAATTATTTTATGACGAAACAAAT
377 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-
* * * * * * * * * * *
12301 GGTCGTAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCAACTTGTTATAAATAATTGAAATGGTTTGGTAAA
440 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATGGTTTAGAAAA
12366 TAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTA
504 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
12390 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAACAAACTTACATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTATATGAACAGAAA
* * * * * * * * *
12454 CATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
12519 AACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATACTAATTTTCATAA
130 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TAGCTATTAATTTTTAGAA
** * * * * * * *
12584 TATTTTTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATG
194 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTATTTTATG
* * * * *
12648 ACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATAGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
257 ACAAAAT-AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTAATAACTATTTGAAC
* *
12712 TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTGAAATATTAATAAATTA
321 T-GTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT--TACT--TAAATTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
12777 GTATTATTTTATTCCAAATAGGCATTATAATG-AA-AAGCAATTGTTTTATGGCAAAATAAAATG
380 GTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTGT-ATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * * *
12840 TTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGCCATAATTATTTGAACTGATTT-GATAAA
442 -TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTAGA-AAA
* * *
12904 TTGATTTATTTTTAAATCTTTAACTTC
504 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * ** **
12931 TCAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATGTTATTTTGG-ATAAACTTTTAAAAACTTAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAA
* * * * * **
12995 CAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
13060 AACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTA-
130 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTAGC-TATTAATTTT-TAG
* * * *
13124 AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA-TA-TTTAT
192 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTATTTTAT
** * * *
13187 GATTAAATAAATGGTCAGAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGTCT--TAACTATTTG
256 GACAAAATAAA-GGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTAATAACTATTTG
* * * * * *
13249 AACGGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTATTAG
318 AAC-TGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTA--AATTTTGA-AATATTAATAA
* * * * **
13313 TTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGACGGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
376 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
13377 AGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGG-TTCGATA
440 AG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTAGA-A
* * *
13441 AACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA
502 AATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * *
13471 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAA-GTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTTTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAA
* * * *
13535 CAATTATTTTTTGAC-AAACAAAAGTTCGTAATG-TCTTTAAATAGAA-AATTATTC-AATAGTC
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTC
** *
13596 A-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTT
128 ATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTAGCT-ATTAA-TTTT
* * * ** * * *
13660 TCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTAAAATAATTGTT
189 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTATT
* * * **
13724 TTATAACTAAAA-AGAAGGTTAGAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCT--TAACT
252 TTATGAC-AAAATA-AAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTAATAACT
* ** * *
13785 ATTTGAACTAATTCAACAAACACA-TTA-TTTTT-AATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAAATT
313 ATTTGAACT-GTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--CTTACTTA--AA-TTTTGAAATATT
* ** * *
13847 ATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGTTTGTATGAAAAGAAACAGTTGTTTTATGACAA
371 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATG-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
13911 AA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTATTCAAATA-TCATAACTATTT
434 AACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
13965 AAACTGTTTT
Statistics
Matches: 2549, Mismatches: 470, Indels: 309
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 2 0.00
523 8 0.00
524 135 0.05
525 32 0.01
526 55 0.02
527 12 0.00
528 79 0.03
529 71 0.03
530 19 0.01
531 39 0.02
532 143 0.06
533 84 0.03
534 156 0.06
535 62 0.02
536 28 0.01
537 107 0.04
538 209 0.08
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540 312 0.12
541 267 0.10
542 103 0.04
543 21 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAGCTATTAATTTTTAGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTATTTTATGACAA
AATAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTAATAACTATTTGAACTGTTA
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTCCAAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAT
CTTTTACTTA
Found at i:12375 original size:705 final size:705
Alignment explanation
Indices: 10844--12530 Score: 1646
Period size: 705 Copynumber: 2.4 Consensus size: 705
10834 ATTTTGCAAG
* ** * * *
10844 AACAAA-AACAATTATTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATGATTATTCA
1 AACAAATAA-AATTATTTTATGACGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA
* ** * * * * * *
10908 AATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTAAATCTCCTAC-CTATTAA
65 AATAGTTATAAATAATTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCT--TACTC-ATTAA
* ** * * *
10972 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATT
127 -TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATGAA-A-AAACATTT
* * * *
11037 ATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAAGCATAATA
189 GTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-AG--TCATA
* * * *
11100 ACTATTTAAACATGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTATTAAATTTTGAAATATTAA
249 ACTATTTGAACATACTTAGTAAACAGAGTTAGTTTTTTAAATCTTATTAAATTTTGAAATATTAA
* * *
11165 TAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTACGACAAAAC
314 TAAACTAGTATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTAT----AGAAACAATT-G-TTACGACAAAAC
* *** *
11230 AAAAGCTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAG
373 AAAAGCTCATAACAATTTGAAATAGATAATCACTCAAACAGTCATAACTATTTGAATGTATTTAG
* * * * * *
11295 AAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTAT
438 AAAACAAATTCATTTTTAAAA-TTCTACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATTAT
* * * * *
11360 TTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
502 GTTATTTGGAATAAGCTTATAGGAACAAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * *
11425 ATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTTTTCGGTAAATAGATTCATT
567 ATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAATCAAAACTATTCAAACTTGGTCGGCAAACAGATTAATT
* * * * * *
11490 TTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
632 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAA
*
11555 GCCTATATT
697 GACTATATT
* * * *
11564 AACAAATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
1 AACAAATAAAATTATTTTATGACGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * ** * *
11629 ATAGTTATGACTATTTGAACTTGTACGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCATTAAT
66 ATAGTTATAAATAATTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT-AAATC--TTACTCATTAAT
* * *
11694 TGTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAAAAAA-ATTTGTT
128 T-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATGAAAAAACATTTGTT
*
11757 TTTTGACAAAACGAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
192 TTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * *
11822 GAATTTATTTAGTAAATAGAGTT-GTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAA
256 GAACATACTTAGTAAACAGAGTTAGTTTTTTAAATC--TTA-TTA--AATT-T-TGAAATATTAA
* * * * * *
11885 TAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTAT-GAAA-AA-T-TTATGACAAAACCAAAGG
314 TAAACTAGTATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATAGAAACAATTGTTACGACAAAACAAAAGC
* * *
11946 TTATAACAATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTA-ATAAA
379 TCATAACAATTTGAAATAGATAATCACTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-TGTATTTAGA-AAA
12009 CAAATTCAGTTTTTAAAA-TCT-CTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTT
442 CAAATTCA-TTTTTAAAATTCTACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATGTT
* *
12070 ATTCT-GAATAAGCTTATAGGAATAAAAACAA-T-TGTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
505 ATT-TGGAATAAGCTTATAGGAACAAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * *** *
12132 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCAAAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAGATTAATTT
569 TTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAATCAAAACTATTCAAACTTGGTC-GGCAAACAGATTAATTT
* * * * *
12196 TTTAAATCTGTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCTAAATTAG
633 TTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAG
* *
12261 ATTGTATT
698 ACTATATT
* * * * *
12269 AATAGAA-AAAATTATTTTATGACGAAAC-AAATGGTCGTAATGATTTGCAATAAATAATTGTTC
1 AACA-AATAAAATTATTTTATGACGAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * *
12332 AACTTGTTATAAATAATTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAAT
64 AAATAGTTATAAATAATTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTACTCATTAA-
** *
12395 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTAC-ATGAACAAAAACATTT
127 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTT-CTATG-A-AAAAACATTT
* * * * * * *
12459 GTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTAACTA
189 GTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
12524 TTTGAAC
253 TTTGAAC
12531 TAGTTCGGCA
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 133, Indels: 79
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
701 22 0.03
702 28 0.03
703 2 0.00
704 16 0.02
705 276 0.34
706 11 0.01
707 51 0.06
708 9 0.01
709 3 0.00
710 71 0.09
711 10 0.01
713 1 0.00
714 13 0.02
715 31 0.04
716 3 0.00
717 21 0.03
718 33 0.04
719 9 0.01
720 160 0.20
721 30 0.04
722 1 0.00
723 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (705 bp):
AACAAATAAAATTATTTTATGACGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
ATAGTTATAAATAATTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTACTCATTAATTTT
AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATGAAAAAACATTTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA
TACTTAGTAAACAGAGTTAGTTTTTTAAATCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAACTAGTATT
ATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATAGAAACAATTGTTACGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTT
GAAATAGATAATCACTCAAACAGTCATAACTATTTGAATGTATTTAGAAAACAAATTCATTTTTA
AAATTCTACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGGAATAAGCTTA
TAGGAACAAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGT
TCAAACAATCAAAACTATTCAAACTTGGTCGGCAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGACTATATT
Found at i:15186 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 14100--15586 Score: 1160
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 181
14090 CAATAATTTC
* * * *
14100 TATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATT-AGTAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAG-AAGTAAGAGATTTAAAA
*** * * * * *
14163 AATAAATCTATTTACCG-AGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTGTTTCAAA
65 AATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
14227 TCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCTATTCATACAAGTT
129 TCGTTATGAACTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
*** * ** ** *
14281 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATG-AGTTGGAGACCTAAG
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA-GAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
14343 AAATTAATCTATTTACCATACAAGTTCAAATAGTCACGTCCATTTGAA-TATTATCTATTTCAAA
64 AAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * **
14407 TCGTTATG-ACATTCTGTTTTGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAAAT
129 TCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
14460 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
14521 CTAAATCTATTGACCAAACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC
66 ATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
14586 ATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
131 GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
* * * * * * * *
14636 TATTCGAAGA-AAAATATTGCTCAA-CTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAA
1 TATTC-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAA
* * * ** * * *
14698 AAGTAAATGTGTTTGTTGAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAA
64 AAATAAATCTATTT-ACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * ** *
14762 ATTGTTTTG-ACTTTTTGTTTCGTTGTAAAATAATTG-TTTCAGTTCATA-AATGCT
128 ATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAA-GCT
** * * * * * * *
14816 TATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAACTAATAAGCAAGAAATTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAGAAGTAAGAGATTT--AA
* ** * * *
14880 AAAATAAATATGCTTACCG-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAA
63 AAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
14944 AATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAATG-TTTTAGTTCATAAAAGCT
127 AATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCT
* * * * **
14999 TATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
15064 ATAAATCAATTTATTGAATC-AGTTTAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
66 ATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * *
15128 TGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCC
130 CGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCT
* * * *
15180 TATTCAAAATAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATCAATG-AGTAAGAGATTTACAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-GAAGTAAGAGATTTAAAA
* *
15244 AATAAATCTATTTA-GCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
65 AATAAATCTATTTACG-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
15308 TCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCT
129 TCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
* * * * * * * *
15361 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAACAGATTCAAAG
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * ** * * * * * *
15425 AATAAATTTGTTTGCCAAACCTGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCAAAT
65 AATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
15490 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGTT
130 CGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
* ** * * **
15542 TGTTTGAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
15587 TTAAATGTTA
Statistics
Matches: 1027, Mismatches: 234, Indels: 90
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
176 100 0.10
177 27 0.03
178 4 0.00
179 136 0.13
180 89 0.09
181 507 0.49
182 14 0.01
183 136 0.13
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
Found at i:15508 original size:543 final size:534
Alignment explanation
Indices: 14099--15586 Score: 1433
Period size: 543 Copynumber: 2.8 Consensus size: 534
14089 CCAATAATTT
* * * * *
14099 CTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 CTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA
** * * * * * *
14164 ATAAATCTATTTA-CCGAGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTGTTTCAAAT
64 ATAAATCTATTTAGCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * * * * *
14228 CATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAA
128 CGTTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * ** * * * * *
14293 AATAATACTAATTTATTAATATAATAAAATTAATGAGTTGGAGA-CCTAAGAAATTAATCTATTT
192 AATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAG-AATAAATATGTTT
* * * * * * *
14357 ACCATACAAGTTCAAATAGTCACGTCCATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTC
256 ACCAAACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * *
14421 TGTTTTGTCGTAAAA-AAATTATTTTTA-TTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
321 TGTTTTGTCATAAAACAAA-T-GTTTTAGTTCATA-AAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAA
* * *
14483 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAACTAGTTCAA
383 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTGACCAAACTAGTTCAA
** * *
14548 ATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAAT
448 ATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAACTTTATTTTGTCATAAAAT
14613 AATTGTTTCTATTCATACAAGC
513 AATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * *
14635 TTATTCGAAGA-AAAATATTGCTCAA-CTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAA
1 CTATTC-AAAATAAAATA-TACT-AATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * * *
14698 AAGTAAATGTGTTT-GTTGAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCA
63 AA-TAAATCTATTTAG--CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
* * * * * ** *
14761 AATTGTTTTGACTTTTTGTTTCGTTGTAAAATAATTGTTTCA-GTTCATA-AATGCTTATTTGAA
125 AATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTT-ATGTTCATACAA-GCTTATTTGAA
* * * * * * * *
14824 ATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGC-AAGAAATTTAAAAAAAATAAA
188 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAATTAATAA-CTAAGAGA-TT-CAAAGAATAAA
* * * * * * * * *
14888 TATGCTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
249 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
14953 GACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAATGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
314 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * ***
15018 TTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAA-
379 TTAATTTATTAATATTTTAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTGACCAAAC
* * * * ** *
15082 TCAGTTTAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTT
440 T-AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAAC-TTTATTTT
* *
15147 GTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATATAAGC
503 GTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGC
* * *
15179 CTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATCAATGAGTAAGAGATTTACAA
1 CTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AA
15244 AATAAATCTATTTAGCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
63 AATAAATCTATTTAGCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * **
15309 CGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
128 CGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
15374 ATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAACAGATTCAAAGAATAAATTTGTTTG
193 ATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAGAATAAATATGTTTA
** * * *
15439 CCAAACCTGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
257 CCAAACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * ** *
15504 GTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTT-GTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAACATTAATTT
322 GTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
*
15568 ATTAATATTTTGAAAATTA
386 ATTAATATTTTAAAAATTA
15587 TTAAATGTTA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 163, Indels: 70
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
534 2 0.00
535 62 0.08
536 109 0.14
537 4 0.01
538 44 0.06
539 88 0.12
540 4 0.01
542 3 0.00
543 207 0.28
544 69 0.09
545 153 0.20
546 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
CTATTCAAAATAAAATATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAT
AAATCTATTTAGCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGT
TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTATAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAGAATAAATATGTTTACCAA
ACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
TATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTGACCAAACTAGTTCAAATAATTAT
GACCATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAACTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT
CTATTCATACAAGC
Found at i:23710 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 23394--25150 Score: 1454
Period size: 180 Copynumber: 9.8 Consensus size: 181
23384 AGGCTAACAT
* * ** * * *
23394 TAAGAGATTTAAAATATAAATATATTTAC-CAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * *
23458 TTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAG
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
23522 TTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
130 -CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
23575 TAACGA-ATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
1 TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT-ACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * *
23638 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAGGA-AATTGTTTCTATTCATACA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** * *
23702 AGTTTATTTGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAG
128 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * *
23756 TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGATTATTTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * *
23819 TTACCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAG
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
23884 CTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-ATACAATTAATAAA
130 CTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAG
* * ** * * * *
23936 TAAAAGATTTAAAAAATAACTAC-ATTTAC-CAAATAAATTCAAATA-TTGTGACTATTTAAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTA-TTACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * *
23998 AATATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * *
24063 GCTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAG
129 GCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
24116 TAACAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * ** * * *
24180 TTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAG
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
* * * *
24244 GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
129 GCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* ** *
24297 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* ** * * *
24361 TTATCTATCTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAG
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * * *
24426 CATATTCAAAAT-AAATATTACTAGTTTATTAATATTCAAAAAATTAATATG
130 CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
24477 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT--TATGAGCAAGTTCAAATAATTATG-CTTGTTTGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTACT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAATA
* * * * *
24539 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* *
24603 AGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATG
128 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
24657 TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATATGAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * *
24720 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
24784 ATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-
130 CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
24832 TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TCGAA-ACAGCTT-AAATAGTTATTATTATTTGAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTTGAACA-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
24894 AATTATCTATCTAAAATCATTAT--CATATTTATTTTGTTATAAAACAA---TTTCTTTTCATAC
63 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
24954 AAGCTTA-TTCGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-
127 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * *
25004 TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGC-TAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACT-TAT-AATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * **
25066 TTATCCACTTCAAAT-TTTATGACCTTTTGTTCAGTCATAAAAACAATAT-TTTC-AGTTCATAC
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAT-TGTTTCTA-TTCATAC
* *
25128 AATCTTATTCAGAATAAAA-AATA
127 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
25151 ATAAAAGATT
Statistics
Matches: 1283, Mismatches: 237, Indels: 119
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 25 0.02
171 13 0.01
172 73 0.06
173 16 0.01
174 21 0.02
175 20 0.02
176 76 0.06
177 2 0.00
178 3 0.00
179 185 0.14
180 443 0.35
181 388 0.30
182 14 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTACTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
Found at i:24162 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 23398--25150 Score: 1592
Period size: 361 Copynumber: 4.9 Consensus size: 359
23388 TAACATTAAG
* * * ** * * ** *
23398 AGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATC
*** * * * * * * *
23463 TATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTTTTA
66 TATTTCAAATTGCTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA
** * * *
23527 TTTGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAAA
130 -TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA
* * ** ** * * * *
23591 TGAATCTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
193 TAAATTTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *** **
23655 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAGGA-AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAGC
257 GTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
23719 ATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAA
320 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * ** *
23759 GAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGATTATTTGAATAATTAC
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTAT
* * * * *
23823 CTATTTCAAATTGCTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTT
65 CTATTTCAAATTGCTATGATC-TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * *
23887 ATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CATACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
129 A-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * * * * *
23951 ATAACTACATTTACCAAATAAATTCAAATA-TTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATC
192 ATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
24015 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAA
257 GTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
24080 TAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAA
321 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
24119 CAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTAT
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTAT
* * * * *
24184 CTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTT
65 CTATTTCAAATTGCTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* *
24248 ATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAA
129 ATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * **
24313 TAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATCTCAAATAA
193 TAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * *
24378 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAAT-AAAT
258 TTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * ** *
24442 ATTACTAGTTTATTAATATTCAAAAAATTAATATGTAAA
322 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AA
* * * * * *
24481 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAGCAAGTTCAAATAATTATGCTTGTTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATC
* * * * *
24545 TATTTCAAATAGTTATGATCCTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTAT
66 TATTTCAAATTGCTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
24610 TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAATA
131 TCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * *
24674 AATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
195 AATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * **
24739 ATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
260 ATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
*
24804 ACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---
325 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
24836 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAAAC-AGCTT-AAATAGTTATTATTATTTGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TAAACAAG-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA
* * * * * *
24899 TCTATCT-AAAAT-C-ATTATCATATTTATTTTGTTATAAAACAA---TTTCTTTTCATACAAGC
64 TCTATTTCAAATTGCTATGATC-T-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * *
24958 TTATTCGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAA
127 TTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * * * *
25019 ATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACT-TAT-AATAATTATCCACTTCAAAT-
192 ATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * *
25081 TTTATGACCTTTTGTTCAGTCATAAAAACAATAT-TTTC-AGTTCATACAATCTTATTCAGAATA
257 GTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAT-TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATA
25144 AAA-AATA
318 AAATAATA
25151 ATAAAAGATT
Statistics
Matches: 1142, Mismatches: 222, Indels: 70
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
345 6 0.01
346 35 0.03
347 45 0.04
348 38 0.03
350 1 0.00
351 32 0.03
352 19 0.02
353 5 0.00
355 43 0.04
356 30 0.03
357 4 0.00
358 45 0.04
359 103 0.09
360 291 0.25
361 321 0.28
362 124 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATTGCTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
TGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
Found at i:24456 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 23398--25006 Score: 1754
Period size: 541 Copynumber: 3.0 Consensus size: 538
23388 TAACATTAAG
* * * *
23398 AGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAA-TAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * *
23462 TTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTTTT
64 TTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTT
* * *
23526 ATTTGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAC-GAATTTAAAAA
128 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAG-ATTTAAAAA
* * * ** * * *
23590 ATGAATCTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
192 ATAAATATGTT-TATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * **
23654 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAGGAAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAGC
256 TGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAA-AAAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGAAATAAA
* *
23719 ATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA
319 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAT-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTA
* * * * ***
23784 TCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGATTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACATTTT
382 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATAATTATAACATTTT
* * * * *
23848 GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTA
447 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAATTTA
* *
23913 TTAATATTCATACAATTAATAAATAAA
512 TTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAA
* * * * *
23940 AGATTTAAAAAATAACTACATTTACCAAATAAATTCAAATATTGTGACTATTTAAATAAATATTT
1 AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAATAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * * *
24005 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-T
66 ATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
* * * * * *
24069 TCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATA
131 TAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATA
* * * *
24134 AATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
195 AATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* ** * * * *
24199 ATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATA
260 ATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTA-TTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATA
* * *
24263 ATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
322 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACCA
* * *
24328 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATCTCAAATAATTATGACATTTTGTT
385 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATAATTATAACATTTTGTT
* * * *
24393 TTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATA-TTCAAA-ATAAATATTACTAGTTTATT
450 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATA-AAATAATACAAATTTATT
**
24456 AATATTCAAAAAATTAATATGTAAA
514 AATATTCAAAAAATTAATAAATAAA
* ** ** *
24481 AGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTA-TGAGCAAGTTCAAATAATTATG-CTTGTTTGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATAC-ATTTACCAAATAAGTTCAAAT-ATTATGAC-TATTTGAATAATTA
* * * * *
24543 TTTATTTCAAATAGTTATGA-TCCTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTT
63 TTTATTTCAAATCGTTATGACT-ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTT
* *
24607 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAA
127 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAA
* * ** * *
24671 ATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC
192 ATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * *
24736 GTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAAT
257 GTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAAT
* * * *
24801 AATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTA-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGA
321 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTA-CCA
* * * *
24864 AAC-AGCTT-AAATAGTTATTATTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTAT--CATATTTA
385 AACAAG-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATAATTATAACAT-TTTG
* * * * * * * *
24925 TTTTGTTATAAAACAA---TTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCGATTAAAATAATACTAATTTAA
448 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAATTTAT
*
24986 TAATATTCCAAAAATTAATAA
513 TAATATTCAAAAAATTAATAA
25007 GAGCTTTGAA
Statistics
Matches: 892, Mismatches: 155, Indels: 51
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
531 55 0.06
532 1 0.00
533 3 0.00
534 16 0.02
535 68 0.08
536 8 0.01
538 1 0.00
539 70 0.08
540 96 0.11
541 460 0.52
542 114 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAATAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATTT
ATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAA
ATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
TGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATAATTATAACATTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
AAAAAATTAATAAATAAA
Done.