Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168264.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_494, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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2281 AGAAAAAGTC
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*
2308 ATAATTATTT-AAATAG
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2324 TCATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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16 6 0.40
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ATAATGATTTGAAATAG
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2190 TCTCTTACTC
* * * *
2200 ATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTGACTT-CAAATAA-CTTATATGAACT-AA
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* * *
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* ** * ** * * *
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* * * * * * *
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** *** * * *
2501 TAA-CGTTTGAACT-TGTTTGGT-ACAAATTTTTATTTTAAATCTTTTACAT
130 TAATTATTTGAACTAT-TTCAATAACATATTATT-TTTTAAATC-TTTA-TT
* * * * * *
2550 CTTTATTGTCTT--AATATTAATAAATT--TATTTATATTATT-TGAAATAAGATTGTATGAA-T
1 ATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCG-AATAAGCTTATATGAACT
* * * * *
2609 AGATAAAATTCTTTTTGTGACAAAACAAAAGGGT-ATAGCGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
62 -GA-AACATTTTTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
2673 CATTCATAATTATTTAAACTTTTTCAATAAACAGATTCATCTTTTTAAATTTCTTTATT
124 TAATCATAATTATTTGAACTATTTCAAT-AACATATT-AT-TTTTTAAA--TCTTTATT
* * * *
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1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* *
2797 CATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCAT
66 CATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * * *
2862 GATTATTTGATCTATTTCAGTAACATATT-TATTTTAAAT-TTTACTT
131 AATTATTTGAACTATTTCAATAACATATTATTTTTTAAATCTTTA-TT
* * * * ***
2908 A-TCATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCACGTATGAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTG-AA
* * * * * * * * * *
2972 ACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGCTC-AATAGTCA
65 ACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * * *
3035 AAACTATTTGAACTAGTTT-GATAA-ATA-TATTTTTTTAAATC--TCTT
130 TAATTATTTGAACTA-TTTCAATAACATATTA-TTTTTTAAATCTTTATT
* * * * *
3080 ATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAAC-AAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
*
3144 GCATTTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
66 -CATTT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * *
3209 ATAATAATTTGAACTGGATAGGTAAAT-AGA-ATTA-TTTTTAAATCTCTTA-T
129 ATAATTATTTGAACT--AT--TTCAATAACATATTATTTTTTAAATCT-TTATT
*
3259 -TT-A-TTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCC-AAGTAAGC-TATTATGAATTC
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAA-TAAGCTTA-TATGAA--C
** * * * * * * *
3318 AAAAAAACTTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTTATATA
61 TGAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
3383 GTCTTAAATATTGGAACTGATTTGACAAAAAAAT-TTATTTTTTAATTCTCTTAGCT
126 ATCATAATTATTTGAACT-ATTT--CAATAACATATTATTTTTTAAATCT-TTA-TT
* * * * * * *
3439 ATTAA-TTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGGACAGAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * * * * * *
3503 TCAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTTATAAC-AATTGAAGTTTACA-AATTGTTCAAATA
65 ACATTTTTTTTATGAC-AAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAA--ATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
3566 GTCAT-CTGCTATTCTCGACCACTA-GTCGATAATA-ATTGATCTTTTAAACTCTCTTAAATAA
126 ATCATAAT--TATT-T-GA--ACTATTTCAATAACATATT-ATTTTTTAAA-TCT-TT--AT-T
* * * * * * * **** * * ***
3627 ATTGATCTTTTCTAAACTCTCTTACT-TATTAATTTTAAAAGATTTAACTAATACTATTAT-TGG
1 ATTAAT-TTTT-GAAA---TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT-CCGAATAAGCTTATAT-G
* ** ** * * * ** * * * ** *
3690 TATTCTGAATA-A--GGTTGAATGTTCAATAC-CATTGTTATATGACAAATACAAA-AGGTAATT
58 -A-ACTGAA-ACATTTTTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATA--ACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * ** *
3750 ACATTTGAAAT-ATGATAATTGA--TAAAC-ATGATCAATAA-TTATTTGAATTGCTTCGACAAA
117 ---GTTCAAATAATCATAATT-ATTTGAACTAT-TTCAATAACATA-TT--ATT--TTTTA-AAT
*
3810 C---A-A
171 CTTTATT
* * * * * *** *** * * * *
3813 ATTCACTTTTT-AAATAACTTACT-TATTCATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTAT
1 ATT-AATTTTTGAAAT-A-TTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CCGAATAAG-CTTATATGA-
** ** ** * * ** * * * *** *
3876 TTTGAATGA--GCTTCTATGACCTGAAAC-AATTGT-TTTATGATAAAACAAATGGTCATAA-TG
59 ACTGAAACATTTTTTTTATGA-C-AAAACAAAAGGTCATAACGAT--TTGAAATAG--ATAATTG
* * * *
3936 ATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT-AACTATTTGAGCTACTTCAGCAAACAGATTTAT
118 --TTCAAATA-ATCA----TAAT-TA-T-TTGAACTATTT---C-A----A--TAACATA-TTAT
4000 TTTTTAAATCTCTTAGTT
162 TTTTTAAATCT-TTA-TT
* * * * * *
4018 ATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTCATATGAATTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * * * * * * * **
4083 CAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAAT-AGGA-
66 CATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * * ** **
4146 ACTAATTT--AGTA----AAT-AGGTA-TATTTTTTAAATCTCCTTCCT
131 AATTATTTGAACTATTTCAATAACATATTATTTTTTAAATCT--TTATT
* * * * * *
4187 ATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTG--A
* * * * ** * **
4250 AACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCC
64 AACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * *
4315 ATAATTATTTGAACTAGTTC----A-AT-GTATTTTTTAAATCTCTAATAT
129 ATAATTATTTGAACTATTTCAATAACATATTATTTTTTAAATCT-TTAT-T
* * * * * * * * *
4360 ATCAAATTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATAAATTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTATATGAACTGAA
* * * *** * *
4424 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
65 ACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* ** * * * *
4489 TAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTATTTTCTAAAATTTGTTGTTT
130 TAATTATTTGAACTAT-TTCAAT-AACATA-TTATTTT-TTAAATCT-TT-ATT
** ** * *
4542 ATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-AA
1 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * * * * * * * **
4605 AAATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGATCAAAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTTTC
65 ACAT-TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * *
4669 -TTATCTATTTGAATTAGTTTGGCAA-ACACAT-TTATTTTTTAAATC-AT-TT
129 ATAAT-TATTTGAACTA-TTT--CAATA-ACATATTATTTTTTAAATCTTTATT
* * * * * * * **
4718 ATTAACTTTT-AGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGA
* ** * * *
4781 AACAATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAT
64 AACATTTTTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
** * * * *
4843 CATAATTATTTGAACTGGTTCAATATAAAGATTTAGTTTTTAACTC-TT-TT
128 CATAATTATTTGAACTATTTCAATA-ACATA-TTATTTTTTAAATCTTTATT
** ** *
4893 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACT-GAA
* * * ** * * * * * *
4957 ACAATTATTTTACGACAAAACAAAATATAATAACAATTTGATATATATAATAGTTCAAATGGA-C
65 ACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AATC
* * *** * *
5021 ATGACTATTT-AAGCT-TGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCCAACTT
129 ATAATTATTTGAA-CTAT-TTCAAT-AACATA-TTATTTTTTAAATCTT--TA-TT
* ** * *
5074 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACT-GAA
* * * * * * * * *
5138 ACAATTGTTTAATGATAAAACAAAAGATCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
65 ACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * *
5203 TAATTATTTGAACT-TGCTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
130 TAATTATTTGAACTAT-TTCAAT-AACATA-TTATTTTTTAAATC-TTTA-TT
* * * * * * * *
5255 ATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTTTTATTTTCATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAA
** * * * *
5320 ACAATTAGTTTT-TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
65 AC-ATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * * *
5384 ATAACTATTTGAA-AATGTTTAGAAAATATATT-TATTTTTAAATTTTTACTT
129 ATAATTATTTGAACTAT-TTCA-ATAACATATTAT-TTTTTAAATCTTTA-TT
* ** ** * **
5435 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCAAAATATGCTTGCATG-A-TAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACT-GAA
* ** * * ** * * * *
5498 CCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAATATCATAA-TATTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTC
65 ACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* *** * *
5562 ATAACTATTTGAAC-ATGTTTGGTAACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTT-TCT
129 ATAATTATTTGAACTAT-TTCAATAAC-ATA-TTATTTTTTAAATCT-TTAT-T
* * * * * *
5614 CATTAGTTTCT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAA
1 -ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGA
* * * * * ** *
5678 AACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTC
64 AACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * *
5743 ATAACTATTTGAAC-ATGTT-AGGT-ACAAGATTCTTTTTTAATTCTCTT-TCT
129 ATAATTATTTGAACTAT-TTCA-ATAAC-ATATTATTTTTTAAATCT-TTAT-T
* * *
5793 CAATTAA-TTTTGGAATATTAA-AACCATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATATGAACT
1 --ATTAATTTTTGAAATATTAATAA--ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACT
* * * * * * * * *
5855 -AAATAATTGTTTTATTAC-AAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGACAATTAATTCAGATG
62 GAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAAT-
** * * * * * *
5918 GTTTATAACTAGTTGAACT-TGTTCAAAAAAATATT-TATTTTTAAATATTCTACTT
125 AATCATAATTATTTGAACTAT-TTCAATAACATATTAT-TTTTTAAATCTT-TA-TT
* ** * * * * *
5973 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATT--GAAATAAACATGTATG-ACAG
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TT-ATTCCG-AATAAGCTTATATGAACTG
* * * * * * * *
6034 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGT
63 AAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
** *
6098 CATAAAGATTTGATA-TTTTTCAACAATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
128 CATAATTATTTGA-ACTATTT---CAATAACAT--A-TTATTTTTTAAATC-TTTA-TT
* * ** * *
6155 ATTAATTGCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
1 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * ** * ** * *
6218 AAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTG-TCAAATAGTCA
65 ACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * * *
6282 AAATTATTTAAACT-TGTTCGACA-AATAGATTTATTTTTT-AATCTCTTAATT
130 TAATTATTTGAACTAT-TTC-A-ATAACATA-TTATTTTTTAAATCT-TT-ATT
* * * * *
6333 ATTAA-TTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAATTGAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * * * * *
6396 ATA-ATTTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTC
65 ACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAATC
* * * * ** * *
6459 ATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAACTTTTTACTT
129 ATAATTATTTGAACTATTTCAATAA-CATA-TTATTTTTTAAA-TCTTTA-TT
* * * * *
6512 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-TGAAATAAGTTTGTATGAA-TAGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTATATGAACT-G-
* * ** * * * * * *
6575 AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
63 AAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * *
6640 CATAATTATTTAAACTCGTTTC-TTAA-ATCGATTCATTTCTTAAATCTCTTA--
128 CATAATTATTTGAACT-ATTTCAATAACAT--ATT-ATTTTTTAAATCT-TTATT
* * * * *
6691 ATT-A---TT--AAT-TT--T-TA-GAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TCAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * *
6744 -ATGATTTTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
66 CAT--TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * ** * *
6808 ATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACT
129 ATAATTATTTGAACTATTTCAATAA-CATA-TTATTTTTTAAA-TCTTTATT
* * * * **
6860 ATTAATTGTTT-AAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
1 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * * * * * * *
6924 AC-TATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATC
65 ACAT-TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * **
6988 ATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--CCTT
129 ATAATTATTTGAACTA-TTTCAAT-AACATA-TTATTTTTTAAATCTTTATT
* * * ** * * **
7037 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAGCAAACTTACATGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * * * *
7102 CATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
66 CATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* ** * * *
7167 AATTATTTAAACTGGTT-AGGTAA-ATAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACAT
131 AATTATTTGAACTATTTCA-ATAACAT---ATTATTTTTTAAATCT-TTA-TT
* * * * * * *
7218 ATTAATTTTT-TAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTGTGAATTGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTA-TATGAACTGA
* * * ** * *
7280 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAGTC
64 AACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * *
7338 TTAACTATTT-AACTAGTTT-AGCA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTT
129 ATAATTATTTGAACTA-TTTCA--ATAACATA-TTATTTTTTAAATCT-TTA-TT
* ** ** ** * * *
7390 ATTAATTTTTGGAATATTTTTATGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATAAACAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * * * * * * * * *
7454 TAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACCATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCAT
66 CATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * * * * *
7519 AACTATTTAAATTGGTTCGGTAAATAA-AT-TTATTTTTTTAAATC--TCTT
131 AATTATTTGAACT-ATT---TCAATAACATATTA-TTTTTTAAATCTTTATT
* * * * * * *
7567 ATTAATTTTTGAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAACTTTGTAT-AA-TAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TTATATGAACT--G
* * * * * * * * * * **
7630 AAAAAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGC
63 AAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * *
7695 CACAATTATTTGAACTGATTTGGTAA-ACCGAT-TTACTTTTTAAATCGTTTACTT
128 CATAATTATTTGAACT-ATTT--CAATAAC-ATATTATTTTTTAAATC-TTTA-TT
* ** * *
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1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* ** * * * * *
7814 CAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAGCGT
66 CATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * *** *
7879 AACTATTTGAA-TTTGTTTGGTAA-ACTAATTTATTTTTTTAAA-CTATTGCTT
131 AATTATTTGAACTAT-TTCAATAACA-T-A-TTA-TTTTTTAAATCT-TT-ATT
* * ** * * * *
7930 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
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7995 CAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATTGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTA
66 CATTTTTTTTATGA-CAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * *
8059 ATCACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAA-CTTTTCCTT
129 ATAATTATTTGAACTAT-TTCAAT-AACATA-TTATTTTTT-AAATC-TTT-ATT
* * ** * * *
8112 ATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTAAGATA-TGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGA-ACTGA
** * * * * * * * * * * * * * *
8175 AACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAGTTATTCTAATAGTT
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* * * * * * *
8240 TTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAA-AGACAT-TTAATTTTTAAGTC--TCTT
129 ATAATTATTTGAACT-ATT--TCAATA-ACATATTATTTTTTAAATCTTTATT
* * ** * *
8289 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTT-TAT-TATTAGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTATATGAACT-GA
* * * * * * * * * * * *
8351 AACAATTGTTTTATAATAAAA-TAAAGATCTTGACGATTTG-GATTGATAATTGCTCAAATAGTC
64 AACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
8414 ATAATTATTTGAACTA
129 ATAATTATTTGAACTA
8430 ATTCGGTAAA
Statistics
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0.71 0.16 0.13
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205 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA
CATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
AATTATTTGAACTATTTCAATAACATATTATTTTTTAAATCTTTATT
Found at i:2969 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 2212--3538 Score: 770
Period size: 175 Copynumber: 7.5 Consensus size: 175
2202 TAAGTTTTGG
* * *
2212 AATATTAATAAATTAGTATTATTTGACTT-CAAATAA-CTTATATGAACT-AAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTTTTTTA
* * * * * * *
2274 TTACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* **
2339 CTTATTTGGCA--AACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA
130 C-TATTT--CAGTAACATATTTA-TTTTAAATTC-TTTA-TTA-T-ATTGTTGA
* * * * * *
2391 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-A-TTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTTTTTTAT
* * * * **
2453 GA-TAAACAAAA-G-CATAACAAGTTGAAATAAATAATTA--CACAATAGTCATAA-CGTTTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAATTATTTGAA
** * * * *
2512 CT-TGTTTGGTACAAATTTTTATTTTAAA-TCTTTTACATCTTTATTGTCT-T
130 CTAT-TTCAGTA-ACATATTTATTTTAAATTC-TTT--AT-TATATTGT-TGA
* ** * * * *
2562 AATATTAATAAATT--TATTTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAA-TAGATAAAATTCTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GA-AACATTTTTTT
* * * * * *
2624 TGTGACAAAACAAAAGGGT-ATAGCGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACATTCATAATTATTT
63 TATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * * * *
2688 AAACTTTTTCAATAAACAGATTCATCTTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGA
127 GAACTATTTCAGT-AACATATT--T-ATTTTAAA-TTCTTTATTA-T-ATTGTTGA
* * * * *
2744 ATTACTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTTTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTTTTTTAT
* * * *
2809 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATC
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
2874 TATTTCAGTAACATATTTATTTTAAA-T-TTTACTTATCATTGTTGA
131 TATTTCAGTAACATATTTATTTTAAATTCTTTA-TTAT-ATTGTTGA
* *** * *
2919 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCACGTATGAACTGAAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTG-AAACATTTTTTTTA
* * * * * * ** * *
2984 TAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGCTC-AATAGTCAAAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* *
3047 CTAGTTTGA-TAA-ATATATTTTTTTAAA-TCTCTTATTA-ATAT-TTGA
130 CTA-TTTCAGTAACATAT-TTATTTTAAATTCT-TTATTATAT-TGTTGA
* * * * *
3092 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAAC-AAAAGCATTTGTTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CATTT-TTTTT
* * * *
3156 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATAATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGA
*** *
3221 ACTGGAT-AGGTAA-ATAGAATTATTTTTAAA-TCTCTTATT-TATT-TTGA
129 ACTATTTCA-GTAACAT--ATTTA-TTTTAAATTCT-TTATTATATTGTTGA
* * ** * * *
3268 AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAGTAAGC-TATTATGAATTCAAAAAAACTTATT
1 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAA--CTGAAACATTTTTT
* * * * * * * *
3331 TTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTG
62 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
* ** * * * * *
3396 GAACTGATTTGACAAAAAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGCTATTAATT-TTCA
127 GAACT-ATTTCAGTAACATATTTA-TTTTAAATTCT-TTA-TTA-T-ATTGTTGA
* * * * * * * * * *
3450 TAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGGACAGAATCAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTTTTTTA
*
3515 TGACAAAAACAAAAAGGTTATAAC
65 TGAC-AAAAC-AAAAGGTCATAAC
3539 AATTGAAGTT
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 177, Indels: 142
0.74 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
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174 64 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTTTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
TATTTCAGTAACATATTTATTTTAAATTCTTTATTATATTGTTGA
Found at i:4095 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 3720--11212 Score: 3497
Period size: 181 Copynumber: 41.4 Consensus size: 181
3710 GTTCAATACC
* * * * *
3720 ATTGTTATATGACAAATACAAAAGGTAATTAC-ATTTGAAATATGATAATTGAT-AAACATGATC
1 ATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA-G-TC
* * * * * * ** *
3783 AATAATTATTTGAA-TTGCTTC-GACAAACAAATTCACTTTTTAAATAACTTACTTATTCATTTT
62 -ATAACTATTTGAACTAG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** * * **
3846 T-AGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATGAGCTTCTATGACCTGAAACA
124 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * *
3904 ATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
3969 CTATTTGAGCTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATA
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * **
4034 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTCATATGAATTGAAACA
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * * * * * *
4085 ATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAG---GAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
4147 C----T-AA-T--TT-AGTAAATAGGTATATTTTTTAAATCTCCTT-CCTATTAATTTTTGAAAT
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
4202 TTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACA
* * * ** * *
4254 ATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
4319 TTATTTGAACTAG-T---T---CA-ATGTATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAATTTTGAAGT
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
4375 ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATAAATTGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* *** *
4427 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * **
4492 CTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTCTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTTTG-A
66 CTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
** ** * *
4555 ATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-AAA-A
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * * ** *
4607 ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGATCAAAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTTTCTT
1 AT--TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * * *
4671 ATCTATTTGAATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--ATTTATTAACTTTT-AGA
64 AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * * * ***
4731 ATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
128 ATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * *
4785 ATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAATCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
4847 ATTATTTGAACTGGTTCAATATAA-AGATTTAGTTTTT-AA-CTCTT--TTATTAATTTTTGAAA
65 ACTATTTGAACTAGTTCAGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
** ** *
4907 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * ** * * * * * * * *
4960 ATTATTTTACGACAAAACAAAATATAATAACAATTTGATATATATAATAGTTCAAATGGACATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * * * ** *
5025 CTATTT-AAGCTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAAAAT
66 CTATTTGAA-CTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
** * *
5089 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * *
5141 ATTGTTTAATGATAAAACAAAAGATCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
5206 TTATTTGAACTTGCTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
66 CTATTTGAACTAGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * **
5270 TTTAATAAGTTAGTTTTATTTTCATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * *
5323 ATTAGTTTT-TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
5387 ACTATTTGAA-AATGTTTAGAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAA
65 ACTATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * * *
5449 TATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTCAAAATATGCTTGCATG-ATAGAACCA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * ** * * *
5501 AATGTTTTATGAGAAAACAAAATATCATAA-TATTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * * *
5565 ACTATTTGAAC-ATGTTTGGT-AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAGTTTCT-AG
65 ACTATTTGAACTA-GTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * *
5627 AATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACA
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * **
5682 ATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
5747 CTATTTGAAC-ATGTT-AGGTACA-AGA-TTCTTTTTTAATTCTCTTTCTCAATTAA-TTTTGGA
66 CTATTTGAACTA-GTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAA
* * *
5807 ATATTAA-AACCATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATATGAACT-AAATA
128 ATATTAATAA--ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * * * *
5860 ATTGTTTTATTAC-AAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGACAATTAATTCAGATGGTTTAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG-TCAT
* * * * * * * **
5924 AACTAGTTGAACTTGTTCA-AAAAAATATTTA-TTTTTAAATAT-TCTACTTATTAATTGTCAAA
64 AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
5986 ATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATTGAAATAAACATGTATGACA--GAAACA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAACA
* * * * * *
6039 ATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** ** * * * *
6103 AGATTTGATA-TTTTTCAACAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCTT-
66 CTATTTGA-ACTAGTT---CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTG
* ** *
6166 -AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAA
126 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
** * ** * *
6221 ATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTG-TCAAATAGTCAAAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
6285 TTATTTAAACTTGTTC-GACAAATAGATTTATTTTTT-AATCTCTTAATTATTAA-TTTTCATAA
66 CTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* *
6347 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAATTGAAATA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * *
6399 ATT-TTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCATG
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
6462 ACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTA-TTTTTAAAACTTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
65 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
6526 TATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG-AAACA
** * * * * *
6580 ATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
6645 TTATTTAAACTCGTTTC-TTAAATC-GATTCATTTCTTAAATCTCTTA---ATT-A---TT--AA
66 CTATTTGAACTAG-TTCAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * ** **
6699 T-TT--T-TA-GAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATCAAAATG
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * *
6747 ATTTTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
6812 CTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTAC-TATTAATTGTTT-AAAT
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAAT
* * * *** *
6875 ATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACT
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * * * *
6927 ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*
6992 CTATTTGAACTAGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGAAAT
66 CTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * ** ***
7052 ATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAGCA-AA-CTTACATGAACAAAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * *
7104 TTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
7169 TTATTTAAACTGGTT-AGGTAAATAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-TAGT
66 CTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
7232 ATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAAA
130 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATTGAAACA
** * *
7284 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
7342 CTATTT-AACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATA
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
** ** ** * ** *
7406 TTTTTATGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATAAACAGAAATA
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * * * *
7456 ATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACCATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
7521 CTATTTAAATTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAGAG
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * ** *
7582 ATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTTGTAT-AATAAAAAAAA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TTGTATGAAT-TGAAACA
* * * * * * * * *
7635 ATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCACAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * *
7700 TTATTTGAACT-GATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAAATCGT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
66 CTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** *
7763 TATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * *
7816 ATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAG-CGTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATA
* * ** * *
7880 ACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTTGAA
65 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *** * * * *
7943 ATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * *
7997 ATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATTGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAAT
1 ATTGTTTTATGA-CAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
8061 CACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTCAAA-CTTTTCCTTATTAATTTTTCA
64 AACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * *
8124 AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTAAG-ATATGAAACA
127 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACA
* * * * * * * * * * * * * **
8179 AATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAGTTATTCTAATAGTTTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
8244 CTATTTGAACTGGTTCGGCAAAGACATTTAATTTTT-AA-GTC-T-CTTATTAATTTTTGAAATA
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* ** *
8305 TTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTT-TAT-TATTAGAAACA
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACA
* * * * * * * * *
8355 ATTGTTTTATAATAAAA-TAAAGATCTTGACGATTTG-GATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
8418 TTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATT
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTA-T--TTTTT-AAATCTCT--T--ACT--TATTA--
* ** ** * ** * * ** *
8482 TTATTTTG-AATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
119 AT-TTTTGAAAT-A---T-TA--ATAAATTAGTATTATTTTATTTC--AA-ATAAGCTTGT-ATG
* *
8546 ATTTGAAATA
172 AATTGAAACA
* * ** * * * * ***
8556 GATAATCGTTCATATAGTC-TTACTATTTGAAATGGT-TTAGCAATTTGATTTATTTTTTAATT-
1 -AT--T-GTT-TTAT-GACAAAAC-A----AAA-GGTCATAACGATTTGA---AATAGATAATTG
* * * * **** * * *
8618 TTC--TTGGTTATTAAGT-GCCAAAATA-TT-ATTAAATTACTATTATTTTATTTTGTATAAAAT
51 TTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTAGTTCAGT-AA--AC-A-GA-TTTATTTT-T-T-AAAT
* * * * * ** * * * * * * * ** *
8678 AGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACA-AAATAAA--AG-GTTATAATGAATTGGAAT-AGA
106 -CTCTTACT--TATTAATT-TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGC
* *
8738 TAAT-TATTCAAATAGTCAAAACA
165 T--TGTA-T-GAAT--T-GAAACA
*** * **** ** * * * * *
8761 ATT-TGAAAAGGTTTAGTAAACA-GT-TTTAC-TTTTTAAATCCCTTACTAATTAATT-TTCTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAA-----TA--GA-TAATTGTTC-AA
* * * * * * * *
8821 ATATTAATAA-AAGGTTAGAA-T-GATT-TG-AAATAGA-TAATTATTTT-AATGGTCTTAAC-T
56 ATAGTCATAACTA--TTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTATT-TTTTAAAT-CTCTT-ACTT
** * * *
8878 ATTTGAACTAGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTCACTAATT-TTTGGAATATTATT
115 A-TT-AA-T--TTTTG-AAAT--A-TTA----ATAAA---TT-AGT-ATTATTT----TATT-TC
** * * * * * *
8942 AAATTAATATTATTTTTATTTGCAATA
157 AAA-TAAGCTT-GTATGAATTGAAACA
* * * *
8969 A--GCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAATCATAAAGATTTGAGA-ATG
1 ATTG-TTTTATGA-CA-AAACAA-------A--AG---------GTCATAACGATTTGAAATA-G
* ** * * *
9031 ATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATA-ACTTTA-GTTTCAAATCT
44 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
9094 CTTGCTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATG
108 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
*
9158 AAATGAAACA
172 AATTGAAACA
* *
9168 ATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-A
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * *
9230 ATTCTATTTGAAACTTGTTTTGATAAATAGATTTAATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTT
65 A--CTATTTG-AACTAGTTCAG-TAAACAGATTT-A-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
** * * * *
9295 TTTG--ATATTAATAAATTACAATTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATA
122 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * *
9353 ATTGTTTTAATGA-ATAAACAAAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAATAGT
1 ATTGTTTT-ATGACA-AAAC--AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGT
* * * * * * * *
9417 C-TTACTATTTGAATTGGTTCAATTAACACATTTA-TTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTG
61 CATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * ** *
9476 GAATATTATTAATTTTGCAATATTTTA-CTCATAATAAGCTTGTATGAACAGAAGCA
126 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * ** ** * * *
9532 TTTGTTTTATTACAAAA-AAAATATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCAGAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
9596 GTATTTGAA-TCGGTTC-GATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
66 CTATTTGAACT-AGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * ** *
9655 TATTAATAAACTAATATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
** * * * ** * *
9708 ATCATTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAAAGATTTGACATAGATAATAATTCAAATAGACATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** * *
9772 CTATTTGAACTTA-TTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTAG-AAT
66 CTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** *
9835 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATTGTATGAATAGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* ** * * * * *
9887 ATTGTTTTATGACAAAACTAAAGACCA-ATATGATTTGAAATAAATAATTACTT-GAATGGTCAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
9950 AACTATTCGAACTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGCAA
64 AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
10015 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
** * * * * *
10067 ATTGGCTCATGACGAAACTAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
10132 CTATTTGAACGTA-TTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AGAA
66 CTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * *
10194 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGGA--CAAACCA
129 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-CA
* * * *
10246 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
10311 ACTATTTGAA-TATGATT-GGTAAATAGA-TTAATTTTTAATTCTCTTACTCATT-ATTTTT-AG
65 ACTATTTGAACTA-G-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * *
10371 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACA
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * * *
10425 ATTATTTTATTAC-AAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAAATA-ATTAATTATTCAAATACTTAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
10487 GACCATTTG-ATTTG-TC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTTATTACTTGTCGA
64 AACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTG-
* * * **
10549 AAATATT-AT-AATTAATATT-TTTTA-TCCAAATAAGGTTGGTATGAACAGAAACA
126 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATTGAAACA
* * * *
10602 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATACA-AATTGTTC-AATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** * * * * *
10665 AGATTTGAACTTG-TCTGGT--A-AGA---A--TTATAGATCTTTTAGCTTATTAATTGTCTT--
66 CTATTTGAACTAGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATT-T-TTGA
* * * * *
10719 ACTATTATTAAATTGGTACACTTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTG-ATGAATAGAAAAAAA
127 AATATTAATAAATTAGT--A-TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACA
** * * *
10778 ATCATTTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAA-GATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
10841 TTATTTAAACTTGTTC-GTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAGAA
66 CTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * ** * ** **
10904 TATTGATAACTTAATA-T-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATG
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * *
10955 ATT-TGTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
1 ATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
11019 ACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTTGAA
65 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAA-ACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * ** *
11083 ATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAACAGAAACT
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * * * *
11137 ATTGTTTTATAACACAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTT-AAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATA
11201 ACTATTTGAACT
65 ACTATTTGAACT
11213 GACTTGATAA
Statistics
Matches: 5575, Mismatches: 1261, Indels: 948
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 89 0.02
168 31 0.01
169 135 0.02
170 29 0.01
171 6 0.00
172 80 0.01
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174 80 0.01
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184 40 0.01
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189 32 0.01
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191 2 0.00
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210 5 0.00
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229 2 0.00
230 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
Found at i:4276 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3997--4485 Score: 432
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
3987 CAAACAGATT
** * * * *
3997 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAA
* *
4062 ATAAGCTCATATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
66 ATAAGCTCATATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
*
4127 AATAATTGTTTAAATAGGAACTAATTTAGTAAATAGGTA
131 AATAATTGTTCAAATAGGAACTAATTTAGTAAATAGGTA
* *
4166 TATTTTTTAAATCTCCTT-CCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCA
1 TATTTTTTAAATCT-CTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCA
* ** * ** * *
4230 AATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTGAA
65 AATAAGCTCATATGAATTG--AAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAA
* ** * * *
4293 ATATATAATTGTTCAAATAGCCA-TAA-TTATTTGAACTAGTTCAA
128 ATAAATAATTGTTCAAATAGGAACTAATTTA-GT-AAATAGGT--A
* ** * * * * *
4337 TGTATTTTTTAAATCTCTAATATATCAAATTTT-GAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 --TATTTTTTAAATCTCTTACCTAT-TAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTC
* ** * * * * * *** *
4401 CAGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAA
63 CAAATAAGCTCATATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAA
*
4466 ATAGATAATTGTTCAAATAG
128 ATAAATAATTGTTCAAATAG
4486 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 48, Indels: 22
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.02
168 5 0.02
169 125 0.48
170 3 0.01
171 1 0.00
172 2 0.01
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175 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAA
ATAAGCTCATATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
AATAATTGTTCAAATAGGAACTAATTTAGTAAATAGGTA
Found at i:4428 original size:173 final size:163
Alignment explanation
Indices: 3997--4502 Score: 442
Period size: 173 Copynumber: 3.0 Consensus size: 163
3987 CAAACAGATT
* * *
3997 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
1 TATTTTTTAAATCTC-TA-TTATAAATTTT--GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
* * *
4062 ATAAGCTCATATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
62 ATAAGCTTATAT-AATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATA
* ** * *
4127 AATAATTGTTTAAATAGGAACTAAT-TTAGTAAATAGGTA
126 AATAATTGTTCAAATAGCCA-TAATATTTG-AACTAGGTA
* * *
4166 TATTTTTTAAATCTCCT-TCCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCA
1 TATTTTTTAAATCT-CTAT--TA-TAAATTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
* * * * * * * *
4230 AATAGGCTTGTATGA-TGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTGAAA
61 AATAAGCTTATATAATTG--AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAA
* *
4294 TATATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTCAA
124 TAAATAATTGTTCAAATAGCCATAA-TATTTGAACTAGGT--A
* *
4337 TGTATTTTTTAAATCTCTAATATATCAAATTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC
1 --TATTTTTTAAATCTCT-AT-TAT-AAATTTTGAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * * *** *
4402 AGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAA
60 AAATAAGCTTATAT-AATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAA
* *
4467 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
124 TAAATAATTGTTCAAATAGCCATAA-TATTTGAACT
4503 TGTTTGATAA
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 46, Indels: 34
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 5 0.02
169 117 0.43
170 10 0.04
171 1 0.00
172 5 0.02
173 127 0.47
174 2 0.01
175 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (163 bp):
TATTTTTTAAATCTCTATTATAAATTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA
GCTTATATAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAA
TTGTTCAAATAGCCATAATATTTGAACTAGGTA
Found at i:5637 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 2013--11210 Score: 3647
Period size: 360 Copynumber: 25.4 Consensus size: 357
2003 AAAACATTTT
* * * *
2013 TTTCTTATTAATTTTTGGAAATATGAATAAATTTA-AATTA-TTT-GTTCAAAATAAGCTTGCAT
1 TTTCTTATTAATTTTT-G-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* * * * * *** *
2075 GAACA-AAACCAATTATTTTGTGGC-AAACGAAAGATCATAATGTTTTTAAAATAGATAATTGTT
62 GAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** ** *
2138 CATATAGTCATAACTATTT-AAACTTTTTTGGTAAATGGATTCT-TTTTTT-CGTTCTCTTACTC
125 CAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTTGGTAAATATATT-TATTTTTTAAATT-T-TTACTT
* * * *
2200 ATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTGACTT-CAAATAA-CTTATATGAACT--A
186 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * * *
2261 AACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
249 AACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * *
2326 ATGACTATTTGAACTTATTTGGCAAACATATTTATTTTTAAAATCT-
313 ATAACTATTTGAAC-TGTTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
*** * *
2372 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-ATCTAAATAAACTTGTATG
1 TTT-CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * *
2435 AACAG-AA-AATTGTTTTATGA-TAAACAAAA-G-CATAACAAGTTGAAATAAATAA-T-TACAC
63 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-
* * * * * *
2493 AATAGTCATAAC-GTTTGAACTTGTTTGGTACAA-AT-TTT-TATTTTAAATCTTTTACATCTTT
127 AATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTA-AATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTA
* ** *
2554 ATTGTCTT--AATATTAATAAATT--TATTTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGATAA
190 ATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AA
* * * ** * * *
2615 -AATTCTTTTTGTGACAAAACAAAAGGGT-ATAGCGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACATTC
251 CAAAT-GTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
2678 ATAATTATTTAAACTTTTTCAATAAACAGATTCATCTTTTTAAATTTC
313 ATAACTATTTGAACTGTTT-GATAAA-AGATTTAT-TTTTTAAATCTC
* * * * *
2726 TTTATTATTAATTTTTGAATTACTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA
1 TTTCTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
2791 CTGAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAA
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
2856 AATCATGATTATTTG--ATCTATTTCAGT-AACATATTTA--TTTTAAA-TTTTACTTA-TCATT
130 AGTCATAACTATTTGAAAT-TGTTT-GGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT
* * ** *
2914 GTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCACGTATGAACT-GAAAACAATT
193 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG-AAACAAAT
* * * * * * * *
2978 ATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGCTC-AATAGTCAAAACTA
256 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *
3041 TTTGAACTAGTTTGAT-AAATATAT-TTTTTTAAA--TC
320 TTTGAACT-GTTTGATAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
3076 --TCTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAA
1 TTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* **
3139 CA-AAAGCATTTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
65 CAGAAA-CAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * *
3203 ATAATCATAA-TAATTTGAACTGGATAGGTAAATAGAATTA-TTTTTAAA--TCT-CTTATTTA-
128 ATAGTCATAACT-ATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
* * ** *
3262 TTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAGTAAGCTAT-TATGAATTCAAAAAAA
192 TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAAA
* * * * * * *
3325 CTTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAA
255 --TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
3390 ATATTGGAACTGATTTGACAAAAAAATTTATTTTTTAATTCTC
317 CTATTTGAACTG-TTTGA-TAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
3433 TTAGC-TATTAATTTTCAT-AATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
1 TT-TCTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
3496 GACAGAATCAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTTATAACAA-TTGAAGTTTACA-AATTGT
63 AACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAA--ATAGATAATTGT
** * *
3559 TCAAATAGTCATCTGCTATTCTCGACCACTAGTCGATAATAATTGATCTTTTAAACTCTCTTAAA
124 TCAAATAGTCAT-AACTATT-T-GA--A--A-T---T-GT--TTG-----GTAAA------T--A
* * * * * ** *
3624 TAAATTGATCTTTTCTAAACTCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAAGATTTAACTAA-TACTATTAT
162 T--ATTTATTTTTT--AAA-T-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * * * *
3687 TGGTATTCTGAATAAGGTTGAATG-TTCA-ATACCATTGTTATATGACAAATACAAAAGGTAATT
220 T-TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAATGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
3750 ACATTTGAAATATGATAATTGAT-AAACATGATCAATAATTATTTGAATTGCTTCGACAAACAAA
282 ATATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA-G-TC-ATAACTATTTGAACTG-TTTGATAAA-AGA
* * **
3814 TTCACTTTTTAAATAAC
341 TTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** * * *
3831 TTACTTATTCATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATGAGCTTCTATGAC
1 TTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
3896 CTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCATAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** ** ** * * * * *
3961 AGTCTTAACTATTTGAGCTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
130 AGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
* * * ** * * *
4026 TGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTCATATGAATTGAAACAATTATT
194 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTT
* * * * * * * * *
4091 TTATGATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAG---GAACTAATT
259 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT
* * *
4153 T--A--G--T-A-AATAGGTATATTTTTTAAATCTC
322 TGAACTGTTTGATAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
4181 CTTCCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGAT
1 TTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * ** * *
4246 GAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * * *
4311 AGCCATAATTATTTGAACTAG--T--T---CA-ATGTATTTTTTAAATCTCTAATATATCAAATT
130 AGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACT-TATTAATTT
* * * * * * * * *
4368 TTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTGTT
194 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTT
* * *
4433 TTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
259 TTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
4498 GAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTCTAAAATTTG
323 GAAC-TGTTTGATAAA-AGATTTATTTT-TTAAATCTC
** ** *
4536 TTGT-TTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGA
1 TT-TCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
4600 ACTA-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGATCA-AAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTC
64 AC-AGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * * * * *
4661 TAATTTTCTTATCTATTTG-AATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA---TCATTTATTA
126 AAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTA
* * * * * * *
4722 ACTTTT-AGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
190 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
4785 ATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAATCATA
253 AATGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** *
4847 ATTATTTGAACTGGTTCAATATAAAGATTTAGTTTTT-AA-CTC
316 ACTATTTGAACT-GTTTGATA-AAAGATTTATTTTTTAAATCTC
** **
4889 -TT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA
1 TTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * * * *
4952 TAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAATATAATAACAATTTGATATATATAATAGTTCAAAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * **
5017 GGACATGACTATTT-AAGCTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATT
130 AGTCATAACTATTTGAA-ATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATT
* *** * *
5081 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
193 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGT
* * * * * *
5146 TTAATGATAAAACAAAAGATCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
258 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
5211 TGAACTTGCTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-
322 TGAAC-TG-TTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
5248 TTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTTTTATTTTCATTTCAAATAAGCTTTTATG
1 TTT-CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATG
* *
5313 AACAGAAACAATTAGTTTT-TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTA
63 AACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
5377 AATAGTCATAACTATTTGAAAATGTTTAGAAAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
127 AATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
* ** * * * *
5441 TTTTAAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCAAAATATGCTTGCATG-ATAGAACCAAATG
192 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATG
* ** * *
5505 TTTTATGAGAAAACAAAATATCATAATATTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTAT
257 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
5570 TTGAACATGTTTGGTAACAAGATTTATTTTTTAATTCTC
321 TTGAAC-TGTTTGATAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
5609 TTTCTCATTAGTTTCTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
1 TTTCTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * ** **
5674 CTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAA
65 C-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
5738 TAGTCATAACTATTTGAACA-TGTTAGGTACA-AGA-TTCTTTTTT-AATTCTCTTTCTCAATTA
129 TAGTCATAACTATTTGAA-ATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATT-T-TTACT-TATTA
* * * *
5799 A-TTTTGGAATATTAA-AACCATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATATGAACT--AAAT
190 ATTTTTGAAATATTAATAA--ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * * * * * *
5859 AATTGTTTTATTAC-AAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGACAATTAATTCAGATGGTTTA
252 AAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG-TCA
* ** * * *
5923 TAACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAAATATTTA-TTTTTAAATAT-
314 TAACTATTTGAAC-TGTTTGATAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC
* *** * * * * *
5966 TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATTGAAATAAACATGTATG
1 T-TTCTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
6030 -ACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAA
63 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * ** *
6093 ATAGTCATAAAGATTTGATATT-TTTCAACAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
128 ATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTT----GGTAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * *
6157 TAATTGCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-
188 TAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * *
6219 AAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTG-TCAAATAGTCAA
252 AAAT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
6283 AATTATTTAAACTTGTTCGACAAATAGATTTATTTTTT-AATCTC
315 AACTATTTGAAC-TGTTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
** *
6327 TTAATTATTAATTTTCAT-AATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGA
1 TTTCTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
** * * * *
6390 ATTGAAATAATT-TTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTAG-TCAA
64 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAA
* ** * * ** *
6453 ATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAACTTTTTACTTATTAAT
128 ATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAAT
* * ** * *
6518 TGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATC
192 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAAT-
* * * * *
6583 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA-ATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
256 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * *
6647 ATTTAAACTCGTTTCTTAAATCGATTCATTTCTTAAA--TC
319 ATTTGAACT-GTTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
6686 --TC---TTAATTATT-AAT-TT--T-TA-GAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT
1 TTTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
** * * * *
6740 CA-AAATGATTTTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * **
6804 AGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTAC-TATTAATTG
130 AGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATT-
* * * * * *
6868 TTT-AAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGT
193 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGT
* * * * * * * *
6932 TTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATCATAACTATT
258 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
6997 TGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C
322 TGAACT-GTTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * **
7034 ---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAGCA-AA-CTTACATG
1 TTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA-AATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
7094 AACAAAAACATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAA
63 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
7159 ATAGTCATAATTATTT-AAACTGGTTAGGTAAATAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAA
128 ATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA
* * * * * *
7223 TTTTT-TAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAA-AA
191 TTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAA
* ** * *
7284 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT--GATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAGTCTTAAC
254 A-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
7343 TATTT-AACTAGTTTAGCA-AACAA-ATTTATTTTTTAAATCTC
318 TATTTGAACT-GTTT-G-ATAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTC
*** ** ** ** *
7384 TCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATAAA
1 TTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
7448 CAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACCATTTGAAGTATACAATTATTCAAAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
7513 AGTCATAACTATTT-AAATTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATT
130 AGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGTAAATATATTTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT
* * * ** * * *
7574 TTTGAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAACTTTGTAT-AATAAAAAAAAATT
193 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAAA-T
* * * * * * * * * *
7638 GTTATATAACCAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCACAATTA
256 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
7703 TTTGAACTGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAAATCGT-
320 TTTGAACTG-TTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATC-TC
* * ** *
7743 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA
1 TTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
** * ** * *
7808 TTGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
7873 AAG-CGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAACTATTGCTTATTAAT
130 -AGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAA-TATATTTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
* * **** * * *
7936 TTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTA-AAACAATT
192 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAAT
* * * * *
8000 GTTTTAT-ATCAAAACAAAATTGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATCAC
256 GTTTTATGA-CAAAACAAAA-GGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*
8064 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAA-CT-
318 TATTTGAAC-TGTTTGATAAA-AGATTTATTTTTT-AAATCTC
* * ** * *
8105 TTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTAAG
1 TTT-CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * ** * * * * *
8169 ATA-TGAAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAGTTATTCT
63 A-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * * * * *
8233 AATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAAGACATTTAATTTTT-AA-GTCT-CTTATTAAT
127 AATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
8295 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTT-TATTATTAGAAACAATT
192 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAAT
* * * * * ** * * * *
8358 GTTTTATAATAAAA-TAAAGATCTTGACGATTTG-GATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTA
256 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
8421 TTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTTATTAATTTTTGAAATAT-
320 TTTGAACT-GTTTGATAAA-AGATTTA-T--TTTTT-AAATCTC
* ** * * * * ** *** * *
8464 TAAT-AAATTAGTATTATTT-TATTTTGAATAAGCTT-GTATGA-TAAAAAAC-AAT-TG-TTTT
1 T-TTCTTATTA--ATT-TTTGAATATT-AATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
** * * * * * * * *
8522 ATG-ACA-AAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCAT-ATAGTCTT-ACTAT
60 ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-A----AAACA-A-AA--GGTCATAACAAT-TTGA--AA
* * * * * * ** * **
8582 TTGA-AATGGTTTAGCAAT-TTGAT--TTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTGCCA-AAAT
113 TAGATAATTGTTCA--AATAGTCATAACTA-TTTGAAATTGT-TTGG-TA--AA-T---ATATTT
* * * ** * *
8642 A-TTATTAAATTACTATTA-TT-TTATTTTGTATAAAATAGTATGAATAGAACCA--ATTGTTTG
167 ATTTTTTAAATT--T-TTACTTATTAATTT-T-TGAAATA-T-T-AATA-AATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * **
8702 ATGACAAAATAAAAGGTTATAATGAATTGGAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCAAAAC--AATT
223 AT-TCCAAAT--AAGCTTGT-ATGAA-TAGAA-ACA-AATGT-TT--TAT-GACAAAACAAAAGG
* * ** * * * * ** * * * * * *
8764 TGAAAAGGTTTAGTAAACAGTTTTACTT-TTTAAATCCCTTACTAATTAATTTTCTAAAT-ATTA
277 TCATAATATTT-G-AAATAG--ATAATTGTTCAAAT-AGTCA-TAACT-A-TTT-GAACTGTTTG
* * * * * *
8827 ATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAA
333 ATAAAAGATT--TAT-TTTTTAAAT--CT-C
* * ** * *
8858 TTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAATACATTTATT-TTTTAAATCTTTC-
1 TT-TCTT-A-----TTAA-TTTTTGAA-TA-TT-AATAAAT-TA-GTATTATTTT--A--TTTCA
* ** * ** * ** * *
8921 ACTAATTTTTGGAATATTATTA-AATTA-ATATTATTTTTATTTG-CAATAAGCTTGTATGATCA
49 AATAA-GCTT-G--TATGAACAGAA--ACA-ATT-GTTTTA--TGACAA-AA-C--AAAAGGTCA
* *** * * ** * *
8983 GAAACAATTGTTTTATGAGA-AA----ACAAA-AATCATAAAGATTTGAGAATGATATTTGTTCA
100 -TAACAATT-TGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AAT--TGTTTGGT-A
* *
9042 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATAACTTTAGTTTCAAATCTCTTGCTTATAATT
158 AATA-T-AT--TTATTT----T--TT------A-AA--TT--TTT---A---CTT--AT-TAATT
* * * * *
9107 TTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAA-ATGAAAC-AAT
193 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAAT
* * *
9170 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATT
256 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA--
9233 CTATTTGAAACTTGTTTTGATAAATAGATTTAATTTTATTTAAATCTC
317 CTATTTG-AAC-TG-TTTGATAAA-AGATTT-A-TTT-TTTAAATCTC
* * ** * *
9281 TTGCTCATTAATTTTTTG-ATATTAATAAATTACAATTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGA
1 TTTCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * **
9344 ACTGAAATAATTGTTTTAATGA-ATAAACAAAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
64 ACAGAAACAATTGTTTT-ATGACA-AAAC--AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* *** * * * * **
9408 CTAAATAGTC-TTACTATTTG-AATTGGTTCAATTAACACATTTA-TTTTCAAA--GCT-CTTAT
125 C-AAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* * * * * * * * *
9467 TAATTTTTGGAATATTATTAATTTTGCAATATTTTACT-CATAATAAGCTTGTATGAACAGAAGC
188 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
** * ** * * *
9531 ATTTGTTTTATTACAAAA-AAAATATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCAGA
252 AAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
9595 AGTATTTGAATCGGTTCGATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC
316 ACTATTTGAA-CTGTTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * **
9637 --TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGA
1 TTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* ** * * **
9699 ATAGAAACAATCATTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAA-AGATTTGACATAGATAATAATTCAA
64 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * ** *** *
9762 ATAGACATGACTATTTGAACTTATTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAAT
128 ATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
* ** ** *
9827 TTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTG
192 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATG
* ** * * * *
9891 TTTTATGACAAAACTAAAGACCA-ATATGATTTGAAATAAATAATTACTT-GAATGGTCATAACT
257 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AT-ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
9954 ATTCGAACTCG-CTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-
319 ATTTGAACT-GTTTGA-TAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
9994 TTTACTTATTAATTTTTGCAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATG
1 TTT-CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* ** * * * *
10058 AA-TGAAACAATTGGCTCATGACGAAACTAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
63 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * ** * * *
10122 ATAGTCATAACTATTTGAACGTATTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATT
128 ATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT
* * * * * *
10187 TTT-AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGGACA-AACCAATT
193 TTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAAT
* * *
10249 GTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACT
256 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
10314 ATTTGAATATGATTGGTAAATAGA-TTAATTTTTAATTCTC
319 ATTTGAA-CTGTTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
10354 TTACTCATT-ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATAAA
1 TTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** *
10417 CTGAAACAATTATTTTATTAC-AAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAAATA-ATTAATTATTCAA
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGA-TAATTGTTCAA
* * * * * * * * *
10479 ATACTTATGACCATTTG-ATTTG-TCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTTATTAC
128 ATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA-CTTATTAA
* * * * *
10542 TTGTCGAAAATATT-AT-AATTAATATT-TTTTA-TCCAAATAAGGTTGGTATGAACAGAAACAA
191 TTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAA
* * * * * *
10603 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATACA-AATTGTTC-AATAGTCATAAA
254 ATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
10666 GATTTGAACTTGTCTGGT--AAGA---A--TTATAGATCT-
318 TATTTGAAC-TGTTTGATAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
10699 TTTAGCTTATTAATTGTCTT-ACTATTATTAAATTGGTACACTTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT
1 TTT--CTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGT--A-TTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * ** * * *
10762 G-ATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAA-GATTTCAAATAGATAAT
58 GTATGAACAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
10824 TGTTCAAACAGTCATAATTATTT-AAACTTGTTCGTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAA
121 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * * * *** * **
10888 TTATTAA-TTTTCAGAATATTGATAACTTAATA-T-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCG
184 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * *
10950 AAA-TGATTTGTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
248 AAACAAATGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
11014 TCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGAATATTTATGTTTTAAATTTT
311 TCATAACTATTTGAACT-GTTTGATAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
11063 TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGA
1 TTT-CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
11128 ACAGAAACTATTGTTTTATAACACAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTT-AA
64 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAA
11192 ATAGTCATAACTATTTGAA
128 ATAGTCATAACTATTTGAA
11211 CTGACTTGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (357 bp):
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AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGTTTGATAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:9497 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9463--9499 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
9453 TTCAAAGCTC
*
9463 TTATTAATTTTTGGAATA
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9481 TTATTAA-TTTTGCAATA
1 TTATTAATTTTTGCAATA
9498 TT
1 TT
9500 TTACTCATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTAATTTTTGCAATA
Found at i:9984 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 13.3 Consensus size: 180
8819 AAATATTAAT
* * ** * *
8829 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCA
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* * * * * * *
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* *
8954 TTTTTATT-TGCAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC
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* * * *
9007 AAAA-ATCATAAAGATTTGAGAAT-GATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTC
1 AAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTC
* * * * * *
9069 A--AAAAATAACTTTA-GTTTCAAATCTCTTGCTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA
64 AGTAAACAT-A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA
* * *
9130 TTAATTTTATT-TCGAATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATT-TTTTATGACAAAAC
126 TT-ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
9185 AAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTCTATTTGAAACTTGT
1 AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA--CTATTTG-AACTTAT
** * * * * *
9248 TTTGATAAATAGATTTAATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-ATATTAATAAATT
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** * * *
9312 ACAATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTAATGA-ATAAAC
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* * * * *
9372 AAAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAATAGTC-TTACTATTTGAA-TTGGT
1 --AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-AT
* * * * * * * * * * * *
9435 TCAATTAACACATTTA-TTTTCAAAGCTCTTA-TTA--ATTTTTGGAATATTATTAATTTTGCAA
62 TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
9496 TATTTTACTC-ATAATAAGCTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAA-
127 TATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * * * **
9549 AAAATATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCAGAAGTATTTGAA-TCGGTTC-
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCA
* * * * * * *
9612 GATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATT
65 G-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** **
9673 ATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAA-
128 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
9725 AAAATGTCATAAAGATTTGACATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTATTTAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG
* ** *
9790 TAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
66 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* **
9855 TTATTTTAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
131 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * ***
9905 TAAAGACCA-ATATGATTTGAAATAAATAATTACTT-GAATGGTCATAACTATTCGAACTCGCTC
1 AAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
* * * *
9968 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGCAATTTTAATAAATTAGTATT
64 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * *
10033 ATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAT-GAAACAATTGGCTCATGACGAAAC
128 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * *
10085 TAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTATTCAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG
* * *
10150 AAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTA
66 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * *
10213 TTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGGACA-AACCAATTGTTTTATGACAAAAC
129 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
10264 AAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAA-TATGATT
1 -AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T-ATT
* * * * * * *
10328 -GGTAAATAGA-TTAATTTTTAATTCTCTTACTCATTATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
63 CAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
10391 ATTTTATTC-AAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTTTATTAC-AAA-
128 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
10441 AAAAGGTCACAATGATTTGAAAATA-ATTAATTATTCAAATACTTATGACCATTTG-A-TT-TGT
1 AAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT-T
* * * * *
10502 C-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTTATTACTTGTCGAAAATATT-AT-AATTAA
63 CAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAG
* * *
10564 TATT-TTTTA-TCCAAATAAGGTTGGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
124 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * ** * *
10620 AAAAGATCATAACAATTTCAAATACA-AATTGTTC-AATAGTCATAAAGATTTGAACTT-GTCTG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-A
* * * * * * *
10682 GT-AAGA-A-TTA-----TAGATCTTTTAGCTTATTAATTGTCT-TACTATTATTAAATTGGTAC
65 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGT--
* * **
10738 ACTTATTTTATTCAAAATAAGCTTG-ATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC
125 A-TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
10796 -AAAGGTTATAA-GATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-G
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG
* * * * * *
10858 TTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAATA-T-
66 -TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** ** *
10921 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATT-TGTTTATGACAAACC
129 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAAC
* * * *
10973 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTCG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCA
* * * *
11037 GTAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTGGTA
65 GTAA-ACATATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
11100 TTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACACAAC
126 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * **
11155 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
11213 GACTTGATAA
Statistics
Matches: 1725, Mismatches: 351, Indels: 255
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG
TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:12102 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11738--12344 Score: 515
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 180
11728 TTTATTTTTT
* * * * * * *
11738 TAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGTTTAAATG
1 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** *
11802 GCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTCAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAACTT
66 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTT
* * * * * * *
11866 TCGGAATAATAATAAAG-TAGTATTATTTTCTTTTGGATATGCTTTTATGAAC
130 TTGGAATATTAAT-AAGTTAGTATTATTTT-TTCTGAATAAGCTTGTATAAAC
* * *
11918 TAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATA
1 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* **
11982 GTCATAACTCTTTGAACTTATTC-GATAAACACATTTATCTTTTCGAATCTCTTGCTTATTAATT
66 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACACATTTAT-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
* *
12046 TTTGGAATGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTATAAAC
129 TTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTT-TTCTGAATAAGCTTGTATAAAC
* * * * * * * * *
12099 TAAAACTATTATTATA-GCACTAAATAAAAGGTTAGAATGA-TTGAAATAGATAATTATTCTAAT
1 TAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
12162 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--ACTAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
* * * * **
12223 TTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTGTCCAAATAAGCTTGTATGATAA-
130 TTGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTTTCTGAATAAGCTTGTAT-A-AAC
* * * * * *
12275 -AAAA-AGATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAAT
1 TAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
12337 AGTCATAA
65 AGTCATAA
12345 GTTTAGTTTT
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 75, Indels: 31
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 10 0.03
175 54 0.16
176 34 0.10
177 2 0.01
178 1 0.00
179 10 0.03
180 88 0.26
181 119 0.35
182 21 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
TGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTTTCTGAATAAGCTTGTATAAAC
Found at i:13400 original size:536 final size:536
Alignment explanation
Indices: 12366--15929 Score: 2531
Period size: 536 Copynumber: 6.7 Consensus size: 536
12356 AATCTTTTGT
* * * *
12366 TTATTAATTTTTTAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTT-TAAGAA-AT
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGTATGAATA-
* * *
12429 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAACAGATAATGT-TTCAAAT
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAAT-TATTCAAAT
* ** * **
12492 AG-TCA-ACTCTATTTGAACTTGTTTGAAAAAATAAATTTATATTTTTTAAATCT-CTTGCTCAT
127 AGAT-ATA-ACTATTTGAACTTGTTTG-GTAAA-CAA-TT-TATTTTTTAAATCTCCTACCT-AT
* ** * *
12554 TAATTTTTTAAAT-GTTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACT-GAAA
185 TAATTTTTAAAATAG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * *
12617 TAATTGTTTTATAACTAAA-CAAAAAGCTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATAATAG
248 CAATTGTTTTATGACTAAATC-AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAG
* * ** * * *
12679 TCT-TAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAAA---GCT-CATATTAATTTT
310 T-TATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTGTTACTTATTAATTTT
**** * * * * *
12739 TGGCGTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTAATT
372 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTT
* * * * *
12804 TTATGACAAAATAAACA--TCATAACGACTTGAGATAGATAATCATTCAAATAGTAATAACTATT
436 TTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
12867 TAAACTGTTTTAGTAAATAGATTTAGTATTTAAATCTC
500 TGAACTG-TTTAGTAAACAGATTTATTATTTAAATCTC
* *
12905 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGA
* * **
12970 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCATGTAGAT
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT
* * *
13035 ATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAA
131 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAA
* *
13100 AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
195 AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** * * *
13165 GA-TAAATCAAAAAATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAACTATTTGA
260 GACTAAATCAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGA
* * * ** *
13228 ACTTGCTCGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACT
324 ACTTGTTCGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * **
13293 AGCATTA-CTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAA
389 AGTATTATTTTATTCCGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA
** * * *
13355 GGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAAC-GTATTCA-TAA
452 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-AGTAA
* * * *
13418 ACATATTTTATTTTTTAAAATTTTAT
515 ACAGA-TTTATTATTT-AAA-TCT-C
** ** * *
13444 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTATATGAACA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGTATGAATA
* * * * * *
13507 GAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAAATAGAGAATTATTTATATAG
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * *
13571 CCATAACAATTGGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CTCATTAATTTT
129 ATATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT-ATTAATTTT
* * * * * * * *
13635 TGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGCCTATATGACTA-ATATAATTGTTT
192 TAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * **
13698 TATGA-TGAAT-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATCA
257 TATGACTAAATCAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * *
13761 AAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCATGTTACTTATTAATTGTCAAAATA-TAAT
322 GAACTTGTTC-GTAAACAGATTTATTTTT-AAATC-TGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * *
13825 -AATTAATATTATTTTAATT-CGTATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAAC
384 AAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
13887 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTCGAA-TTTATTC
448 AAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-
* * *
13951 AGTAATATAG--TTATTTTTTAAATCTT
510 AGTAA-ACAGATTTATTATTTAAATCTC
* ** * * **
13977 TTATTTATTAACT-GAATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-ATTGAAATAAGGTTGTATGAATA
1 TTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGTATGAATA
* * ** *
14039 GAAA-AATTATTTTATAACAAAAC-AAAAGATTATAGCGA-TTGAAATAGGTAATGT-TTCAAAT
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAAT
* * * * *** * *
14100 A-ATCGTAATTGTTTTAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-GTTTTAAATCT-CTAACTTATTAAT
127 AGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACCTATTAAT
* * ** *
14162 TTTTGAAATA-TAAT-AATTAGAATTATGCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
189 TTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
14225 TTTTGTGACAAAAT-AGAAGGTCATAACGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATAACT
254 TTTTATGACTAAATCAAAAGGTCATAAC-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
* * ** * * *
14289 ATTTGCA-TTGGTTAAGCCAACAGATTCATTTTCTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
318 ATTTGAACTT-GTT-CGTAAACAGATTTATTTT-TAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* ** * *
14353 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGAC-A
380 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * ** *
14417 AACAAATGGTCAT-ACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGTTGTAACTAATTGAACTAGTT
445 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT
* *
14481 TGGTAAACAAATTTA-TATTTTAAATCTC
509 TAGTAAACAGATTTATTA-TTTAAATCTC
* * * * *** * ** * *
14509 TTAATAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGGATA-A
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGA
* * ** * * *
14573 AAC-ATT-TGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGGCAAGTATTCATACAGC
66 AACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * * * **
14636 CT-TTACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAA-TT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA--TTTA
129 ATATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
* * * * * * *
14696 ATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCTTTGTATGAACA-AAA-TATTGTTA
194 A-AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* ** * *
14759 TATAAC-AAAAGAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATT
257 TATGACTAAATCAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * ** * * *
14822 TGAACTAGTTTGCTTAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAAATTTTGAAATATTAAT
321 TGAACTTGTTCG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * * * *
14887 ATATTAGTATTATTTGATTCCGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAT
384 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * *
14951 AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTCGA
448 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAG-
** * *
15016 TAAATTGATTTATTTTTTCAATCTC
512 TAAACAGATTTATTATTTAAATCTC
* * * * *
15041 TGACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGA
1 TTA--T-T-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGTATGA
* * * * * * * * * * *
15105 ATTGACACAAATGTTTTATTATAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAA
61 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** * *
15170 TAG-TCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAA
126 TAGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTT-AAATCTCCTACCTATTAA
** * * * *
15234 TTTTTTGAAT-GTTAATAAAATA-TATTA-TTTA-TTTGAATAAGCATATATGAACTA-AAAGAA
188 TTTTTAAAATAG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * * ** *
15294 TTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTTTAATA-TTCTTA
251 TTGTTTTATGACTAAATCAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATA
** * * * *
15357 ACTATTTGAACCGGTTC-TACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTGCTTACTAA-TTTTAAAA
315 ACTATTTGAACTTGTTCGT--AAACAGATTTA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAA
* ** ** * * * *
15420 TATTATTAGTTTACCAATATTTTTACTT-TGAATAAGGTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTAT
377 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * *
15484 AACAAAAC-AATGATCATAATGATTTGAGATAGATAACTGTTAAAATAGTTAT-ACTAATTTAAA
440 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
* * *
15547 CTAGTTTGGTTAACAGATTTA-GATTTTAAATCTC
504 CT-GTTTAGTAAACAGATTTATTA-TTTAAATCTC
* * * * *
15581 TTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATATTGTATGAATAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGA
* * ** * ** *
15646 AATAATTGTTTTACAACCAAACAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGA
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGA
* * * * * *
15710 TGTGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTAATTTTTTAAGTCTCC-AACTCATTAA-TTTT
130 TATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT-ATTAATTTTT
** * * * * *
15773 ATCATATTAATAAATTAGTATT-CTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
193 AAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
15837 ATGACAAAAACAAAAGTTTATAA-TGATTTCAAATAAATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTT
258 ATGACTAAATCAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * *
15901 AAACTTGTCTTGTAAACAAATTTATTTTT
322 GAACTTGT-TCGTAAACAGATTTATTTTT
15930 GAACTATCAT
Statistics
Matches: 2373, Mismatches: 514, Indels: 279
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
529 44 0.02
530 178 0.08
531 190 0.08
532 259 0.11
533 141 0.06
534 53 0.02
535 151 0.06
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543 10 0.00
544 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT
ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAA
ATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACTAAATCAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
TTGTTCGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGTAAACAGAT
TTATTATTTAAATCTC
Found at i:13430 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12351--20555 Score: 2768
Period size: 179 Copynumber: 45.4 Consensus size: 180
12341 ATAAGTTTAG
* ** * * *
12351 TTTTAAATCTTTTGTTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * *
12416 GTTTTTAAGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAACAGA
66 GCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGA
* * * * * *
12479 TAATGT-TTCAAATAGTCA-ACTCTATTTGAACTTGTTTGAAAAAATAAATTTATATT
129 TAAT-TATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTT-ATT-CATAAACAGA-TT-TATT
* * * * ** *
12535 TTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * *
12600 GTTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGA
66 GCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * ** * *
12664 TAATTGTT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACACATTTATT
129 TAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-ATAAACAGATTTATT
* * **** * * *
12717 TTTCAAAGCTC--A--TATTAATTTTTGGCGTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * *
12778 GCTTGTATGAAAAGAAACAATTAATTTTATGACAAAATAAACA--TCATAACGACTTGAGATAGA
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
12841 TAATCATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGT-TTTAGTAAATAGATTTAGT
129 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCA-TAAACAGATTTATT
* *
12894 ATTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * * * * *
12955 TTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGTTTTGAAATAGATA
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
** * **
13020 ATTATTCATGTAGAT-ATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAAC-GAATTTATT
131 ATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTA-TTCATAAACAG-ATTTATT
* * * *
13071 TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * ** *
13136 ACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAAATCATAACT-ATTTGAAATAAAT
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGAT
* * ** * *
13200 AATTGTTCAAACAAG-CATAACTATTTGAACTTGCTCGTAAATAGATTTA-T
130 AATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCATAAACAGATTTATT
* ** * * *
13250 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATTA-CTTATTTTGAATAC
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-
* *
13314 A-CTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGA
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
13377 TAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACGTATTCATAAACATATTTTATT
129 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCATAAACAGA-TTTATT
* **
13430 TTTTAAAAT-T-TTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAA
1 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AA
* * * * *
13491 TAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAAATA
63 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * ** * *
13554 GAGAATTATTTATATAGCCATAACAATTGGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATT
127 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCATAAACAGATTTATT
* * * *
13609 TTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATTA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * ** * **
13673 GCCTATATGACTA-ATATAATTGTTTTATGA-TGAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * *** * *
13736 ATTATTCAAATAGTTATGACTATCAAAACTTGTTCAATAAACATATTTATT
131 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-ATAAACAGATTTATT
* * * * * * * *
13787 TTTAAAATCATGTTACTTATTAATTGTCAAAATA-TAAT-AATTAATATTATTTTAATTCGTATA
1 TTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * *
13850 AGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAA
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGA
* * * * *
13914 TAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTCGAATTTATTCAGTAATATAG--TTATT
129 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-TAA-ACAGATTTATT
* * * * *
13966 TTTTAAATCTTTTATTTATTAA---CT-GAATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-ATTGAAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATA
* * * * * ** *
14025 AGGTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGATTATAGCGA-TTGAAATAGGT
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
14088 AATGT-TTCAAATAATCGTAATTGTTTTAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-G
130 AAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-ATAAACAGATTTATT
* * * ** *
14139 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATA-TAAT-AATTAGAATTATGCTATTTCGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * *
14202 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAGAAGGTCATAACGAATTTGAAATAGAT
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGAT
* * * * ** *
14267 AATTGTTCAAATAGAT-ATAACTATTTGCA-TTGGTTAAGCCAACAGATTCATT
130 AATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT-ATTCA-TAAACAGATTTATT
* * ***
14319 TTCTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
1 TTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * * * * *
14383 AAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAATGGTCAT-ACGATTTAAAATAAAT
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* ** * ** * *
14446 AATTATTCAAATTGTTGTAACTAATTGAAC-TAGTTTGGTAAACAAATTTATA
130 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA--TTCATAAACAGATTTATT
* * * *** *
14498 TTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTATTCCAAACAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * **
14559 ACTTATATGGATA-AAACATTTG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGGCA
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * ***
14622 AGTATTCATACAGCCTTTACTATTTGAACTGGT-TTGGCAAACA-A-TT-TT
131 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TATTCATAAACAGATTTATT
* * * *
14670 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAA--TTTAATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTACTTTGAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * *
14733 AGCTTTGTATGAACA-AAA-TATTGTTATATAACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATA
65 AGC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
14796 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTTGC-TTAACAGATTTATT
129 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA--TT-CATAAACAGATTTATT
* * * * * * ** *
14849 TTTTAAATCTCCTACTCATTAAATTTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTGATTCCGAATAG
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * **
14914 GCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGAT
66 GCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * **
14978 AATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTATT
130 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-ATAAACAGATTTATT
* * * * * * *
15030 TTTTCAATCTCTGACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * * * *
15095 GCTTTTATGAATTGACACAAATGTTTTATTATAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATA
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *
15160 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATT
131 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-ATAAACAGATTTATT
* * * ** * *
15211 TTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATA-TATTA-TTTA-TTTGAATA
1 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * *
15273 AGCATATATGAACTA-AAAGAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGA
65 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* ** * * *** * * *
15337 TAATTGTTTTAATATTCTTAACTATTTGAACCGGTTCTACAAACACATTTACT
129 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-ATAAACAGATTTATT
* * * * ** ** * *
15390 TTTTAAATCTATTGCTTACTAA-TTTTAAAATATTATTAGTTTACCAATATTTTTACTTTGAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATA
* * * * * *
15454 AGGTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AATGATCATAATGATTTGAGATAGAT
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * ** * **
15518 AACTGTTAAAATAGTTAT-ACTAATTTAAAC-TAGTTTGGTTAACAGATTTAGA
130 AATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTA--TTCATAAACAGATTTATT
* * *
15570 TTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * * ** *
15631 TATTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACAACCAAAC-AAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGAT
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * ** *
15695 AA-TAGTTCAAATGGAT-GTGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTAATT
130 AATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTA-TTCATAAACAGATTTATT
* ** * ** * *
15747 TTTTAAGTCTCCAACTCATTAA-TTTTATCATATTAATAAATTAGTATT-CTTTATTTCGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * *
15810 ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTCAAATAAAT
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * ** *
15875 AACTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTCTTGTAAACAAATTTATT
130 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT-TCATAAACAGATTTATT
* * * * * * * * ** *
15927 TTTGAACTATCATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAATAATTATT
1 TTTTAAATCTC-TT-ACTTA-T-TAATTTT--T-AAAAT-A--TT-AATAAA-TTAGT-ATTATT
** * * * ** * **
15992 TTA-TGAGAAACCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATC-ATTCATTTA-GTC-TTACTA
53 TTATTTTG--A--ATAA-G-C-T--TG-TATG-AATAGA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-A
*** ** * ** * ** ** * * * * * **
16053 TTTGAACTTGTTGGCTATTAGATTTATTTAATT-TTC--TTGGTTATTAA--GTTTCAAAATA-T
104 AAAGGTCATAAT-G--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTATT
* *
16112 CATTAAATTA-TTATTATTT
165 CA-TAAA-CAGAT-TTA-TT
* * ** ** ** * * * *
16131 TATTTCAAATAAAATAGTATCAACAGAACCAATTGTTTGATGACA-AAATAAA--AG-GTTATAA
1 T-TTT-AAAT---CT-CT-T--AC-TTATTAATT-TTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTAT-T
* * * * * *** ******* *
16192 TGATTTGGAATAA-ATAAT-TATTCAAATAGTTAAAACTATT-TAAAATGGTTTGGTAAATAGAT
53 TTATTTTGAATAAGCT--TGTA-T-GAATAG---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGT
* * * *** * ** * * * *
16254 -TTACT--TTTTAAATCTCTTATTGATT--AATTTTC-TAAATATTAAT-AAATTAGTAAT-AA-
110 CATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATT--TGAACTTATTCATAAAC
* *
16310 TGATTTGA-A
172 AGATTT-ATT
* * * * ** * * * * * **
16319 ATTGATAATGT-TCAAATAGTCATAATCATTTGAACTGGTTCAGTAAA-TAAAATTATTTTCTAA
1 TTTTA-AATCTCTTACTTA-T--TAAT-TTTTAAAAT-ATT-AATAAATTAGTATTA-TTT-T--
* ** ** * *
16382 ATCTCTT-ACAAAATTTTG-AACAATTA-ATA-AATTAGTTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTAT
55 AT-T-TTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-GTTTTA-T-GA---C-AA-AA-C--A-
* * * *** ** *
16443 ATAAGCTGA-AATAATTTGCTTTATGA-AA--AAACAAA-AGGTCATAA-TAATTTGAAATAAAT
104 A-AAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATA-GTCATAACT-ATTTGAACT---T
* * *
16502 AATT-GTACATATAG-TCTTACCTG
162 -ATTCATA-A-ACAGAT-TTA--TT
* * * * * * * ** * * ***
16525 TTTTGAA-CTAGTTTGAAAAATAGATTTATTTTCTAAAATCTCTTAGTTTATTAATTTTAAGAAT
1 TTTTAAATCT--CTT----ACT-TATTAATTTT-TAAAA--TATTAATAAATTAGTATT-ATTTT
** * * * * ** * * * * ** **
16589 ACTACTAAATTAG-TAT-TATTTATTTCAAA-AA-AGCCTGTAGGA-ATAGAA-ATAATTGTTTT
55 A-TTTTGAATAAGCT-TGTA-TGAATAGAAACAATTG-TTTTATGACA-A-AACA-AAAGGTCAT
* * * * * * * * * * *
16648 TATGA-TAG-AATA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTCAA-GTAGTCCA-AA
113 AATGATTTGAAATAGATAA--TTAT-TCAA-AT--AGT-CATAACTATTTGAACTTA-TTCATAA
*
16708 AC-TATTTGAACTT
170 ACAGATTT--A-TT
* * * *
16721 GTTTGGTAAATAGATTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA
1 -TTT--T--A-A-A-T-C-TCTT--A---CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * *
16786 TTTTATTTCAAAATAAGCTTAATGT-TGAA-A-AAAAAATT-TTTTAAAGATAAAACAAAAGGTA
51 TTTTATTT-TGAATAAGC-T--TGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * * *
16847 ATAACGATTCAAAATAGGTAGTTGTTTCAAAT-GCCCATTACTTATTTAAAC-TATTTGGGATAA
111 ATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAG-TCATAAC-TATTTGAACTTA-TT--CATAA
* *
16910 ACTGATTTATC
170 ACAGATTTATT
* * * * *
16921 TTTTAAA--TC---CTTATTAACTTTGAAATTATTAAT-AATGTAATATTATTTT-TTTTGGGAT
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTT-GAAT
* * * * * * ** * **
16979 AAGCTTATATGAGCTA-AAATAATTATTTTATAATAAAGTAGAAGGTCATAAACAATTTGAAATA
64 AAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATA
* * * * * * ** *
17043 AATAATTATTTATATAGTCTTAACTGTTTGAACTAATTGGGTAAACATATTTA-T
127 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-CATAAACAGATTTATT
* * * *
17097 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * **
17161 AG-TCTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAATAGG-CTATAACAATTTGAAATA-
65 AGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAG
* * *
17223 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAGAC-TAGTTCAATAAATAGATTTATTT
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTA-TTC-ATAAACAGATTTA-TT
** **
17278 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTACTAAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTT-TTTCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * * * * * * *
17337 AATTGTAT--ATTGAAAAAAATTATTTTAAGACAAAATAAAAAG-CAATAACGATTTGAAATAGG
66 GCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATA-G
* ** * * * * * ** **
17399 TTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAATTGATTTATT
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCATAAACAGATTTATT
* * * * *
17453 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTGTTATTTTATTTTGGATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * *
17514 GCTTTTATGAACTA-AAACAATGGTTTTATGACAAAATAAAAAGGGTCATAATGATTTTAAAATA
66 GCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA-GGTCATAATGA-TTTGAAATA
* * * *
17578 GATAATTGTTCAAGATAGTCATGAA-TATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTAATT
127 GATAATTATTCAA-ATAGTCAT-AACTATTTGAACTTATTCA-TAAACAGATTT-ATT
* * * * *
17635 TTTCAAATCAT-TTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAAT--ATTAGTATTATTTTATTCTGATTA
1 TTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * *
17697 AGCTTGTATAAAACTA-AAACAATTATTATATGACTAACCCAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAG
65 AGCTTGTAT-GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * *** * * * *
17761 ATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTGGCTCGACAAGCATATAT-TT
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-ATAAACAGATTTATT
* * * * *
17814 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCT-AAAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATA
* * * *
17872 ACCTTGTATGATTAGAAAC-ATTGTTTTATG--AAAA-ATAAGGATCATAACT-ATTT-AAGATT
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-TGATTTGAA-ATA
* * * * * * *
17931 GATATTTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAA-TTGGTGCGAAAAACTAGATTTAAT
127 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTC-ATAAAC-AGATTTATT
* * * * * * * * * *
17987 TTTTAAATCTTTTGCTTACTAATTTTCAAAATATTAGTGAAGTAGTAATTATTTGATTTCGGATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * *
18052 AGTTTCTTTGAACT-G-AACAAATGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCGTAATGACTTT-AAATAG
65 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAG
* * * ** *
18114 ATAATTGTTTAAATGGTCA-AATCTATTACAACCTGT-TTGATAAAC-----T-TT
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-CT-TATTCATAAACAGATTTATT
* * * *
18162 TTTT-AATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAAATGTTAATAAATT-GCTATTATTTTGTTTTGAAGT
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAA-T
* * * * ** *
18224 AAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAA
64 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * *
18288 ATAATTGCTTCTAATAGT-ATTAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACACCATTTATT
128 ATAATT-ATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTT-ATTC-ATAAACA-GATTTATT
** * * * *
18344 TTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * * * *
18405 ACTTGTATAAAAAGAAACAAACTATTTTATGAACAAAATAAATA--T-ATAATTATTTGAGATAA
66 GCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATG-ACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
18467 ATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTGT-TTCCGTAAACA-ATTTAGT
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATT-CATAAACAGATTTATT
* * *
18520 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCT-AATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * ** ** * * *
18580 TTTTGCACAAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAATTAAAAGATCATAA-CATTTTAAATAGATA
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
18643 ATTGTTC-AATGGACATAAGTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGATTTATT
131 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-ATAAACAGATTTATT
* * * * ***
18693 TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * *
18758 ACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAGATCATAACT-ATTT-AAATAAAC
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
18820 AATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAAGTTGCTTGATAAACAAATTTATT
130 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCATAAACAGATTTATT
* * ** * * ** *
18872 TTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAG-GTTATTTTATTTCAAATAG
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
*
18936 GCTTGTATGAATAGAAACAAATTGGTTTT-TGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAG
66 GCTTGTATGAATAGAAAC-AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAG
*
18999 ATAATTGA-TCAAATAGTCA-AAC-ATTTGAA-TGTGTTCA-AAAC---TTT-TT
128 ATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCATAAACAGATTTATT
* * ** * * **
19045 TTTT-AAT-TTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * **** * *
19108 GCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTAT-A-AAAACAAAA-GTTATGGCAACTTGATATAGATA
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
19170 ATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-AAATTCATT
131 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-TAAACAGATTTATT
* * ** * *
19220 TTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTT-AGATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATA
* * * **
19284 AGCTTGTAACGAATAGAAACAATTGTTTT-TG-CAATAAACAAATGGTAATAACAATTTGAAATA
65 AGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-A-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
19347 GATAATCTGTTCAAACAGTCATTAACTATTTGCAACTCA-TCAGGCT-AACAAATTCATT
127 GATAAT-TATTCAAATAGTCA-TAACTATTTG-AACTTATTCA---TAAACAGATTTATT
* * * * * *
19405 TTTTAAATC-CATTTACTTTTTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAAT
1 TTTTAAATCTC--TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
19469 AAGATTGTATGAATAAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATCAACGA-TTCAAAG
64 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAT-AATGATTTGAAA-
* ** * * * ** * *
19532 TAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTCAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATT
125 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-TAAACAGATTTATT
* * * *
19589 TTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCT-AATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATA
* * * * * *
19653 AACTTATATGAACA-AAAGAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAA
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * ** * *
19717 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGATTCGGCAAACATAATTATT
129 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTC-ATAAACAGATTTATT
* * * * * * *
19770 TTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTTTTTTACTCTAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* ** * * * * * * *
19831 G-TTACTAAAAACT-GAAAAAATTGTTTTACGATAAAACAAAAAGTCCTAATGATTTAAAATAAA
66 GCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * ** * *
19894 GAATTGTTGATATTAGTCTTTAACTATTTGAACCGGTT-TTGGTAAATACATTTATTT
129 TAATTATTCA-AATAGTC-ATAACTATTTGAA-C--TTATTCATAAACAGATTTA-TT
* * * *
19951 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-
* * * * * * * * ** *
20016 AAACTTTTATGAACAAAAATATATTGTTTTATGATATAACAAAAGCT-ATAACAATTTGAAATAT
64 AAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * **
20080 ATAATTGTTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAGATCAATT
128 ATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-TAAACAGATTTATT
** * * * * * *** *
20135 TTTTGCATCTCCTAATTATTAATTTCTAAAATATTAGT-AATGAGTATTA-TTTATACCGAATAG
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * *
20198 GCTTGTATG-ATGAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAA-TTCATAATGATTTAAAATAGAT
66 GCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
** * * * *
20261 AATTATTC-AAGGGCCAAAATTATTTGAA-TTGATTCTAATAAACTA-ATTCATT
130 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTC--ATAAAC-AGATTTATT
* * ** * * * *
20313 TTTTAAATCTCTAACTTATCAAAATTTGAAATATTAATAAGTGA-TATTA-TTTATTTTGGATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * * * *
20376 GCTT-TATGTATTGAAAC-ATT-TTTTACAATAAAAATAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGAT
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * **
20438 ATATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGGTAAACAGATTTAATTT
130 A-ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCATAAACAGATTT-A-TT
* * * *
20492 TTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATA
20555 A
65 A
20556 AGTCATGTCT
Statistics
Matches: 5976, Mismatches: 1484, Indels: 1126
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
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211 9 0.00
212 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCATAAACAGATTTATT
Found at i:14704 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 14317--14723 Score: 393
Period size: 175 Copynumber: 2.3 Consensus size: 175
14307 AACAGATTCA
* * * *
14317 TTTTCTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
1 TTTTTTAAATCTC-TTAATTATTAA--TTTAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * *
14381 TAAAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAACAAATGGTCATACGATTTAAAATAAAT
63 CAAAATTATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAATGGTCATACGATTTAAAATAAAC
* *** *
14446 AATTATTCAAATTGTTGTAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATT
128 AAGTATTCAAAGCCTTGTAACTAATTGAACTAGTTTGGCAAACAAATT
* * *
14494 TATATTTTAAATCTCTTAATAATT--TTCAAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTATTCCAAAC
1 T-T-TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCCAAAC
* ** * * *
14557 AAACTTATATGGATA-AAACATTTG-TTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAG
64 AAAATTATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAATGGTCAT-ACGATTTAAAATAA
* * *
14619 GCAAGTATTCATACAGCCTT-T-ACTATTTGAACTGGTTTGGCAAAC-AATT
126 ACAAGTATTCA-A-AGCCTTGTAACTAATTGAACTAGTTTGGCAAACAAATT
* *
14668 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTAATAATATT-ATTAGATTAGTATTATTTTA
1 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTAA-AATATTAATAAG-TTAGTATTATTTTA
14724 CTTTGAATAA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 30, Indels: 26
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 18 0.10
173 9 0.05
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177 4 0.02
178 1 0.01
179 15 0.08
180 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCCAAACAA
AATTATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAATGGTCATACGATTTAAAATAAACAAG
TATTCAAAGCCTTGTAACTAATTGAACTAGTTTGGCAAACAAATT
Found at i:17863 original size:536 final size:532
Alignment explanation
Indices: 16546--17863 Score: 1235
Period size: 536 Copynumber: 2.4 Consensus size: 532
16536 TTTGAAAAAT
* *
16546 AGATTTATTTTCTAAAATCTCTTAGTTTATTAATTTTA-AGAATACTACTAAATTAGTATTA-TT
1 AGATTTATTTT-T-AAATCTCTTA-CTTATTAATTTTATA-AATATTAC-AAATTAGTATTATTT
* * ** * * * * * * *
16609 TATT-TCAAAAAAGCCTGTAGGAATAGAAATAATTGTTTTTATGATAGAATAAAAAGGTTATAAC
61 TATTCT-AAATAAGTCTGTATAAATAGAAACAATT-ATTATATGATAGAA-CAATAGGCTAAAAC
* * * * * **
16673 AATTTGAAATAGATAATTATTTCAAGTAGTCCAAAACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAATAGAT-
123 AATTTGAAATA-ATAATTA-TTCAAATAGT-C-ATACTATTTAAGACTAGCTCAG-AAATAGATA
*
16736 TA-CTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAAAT
183 TATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTG-AATATTAATAAATTAG-TTTATTTT-TTTCAAAAT
** * * * *
16800 AAGCTTAATGTTGAAAAAAAAATTTTTTAAAGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTCAAAATAGG
245 AAAATTAATATTG-AAAAAAAATTTTTTAAAGACAAAACAAAAAGCAATAACGATTCAAAATAGG
* *
16865 TAGTTGTTTCAAATGCCCATTACTTATTTAAACTATTTGGGATAAACTGATTTATCTTTTAAATC
309 TAGCTGTTTCAAATGCCCATTAATTATTTAAACTATTTGGGATAAACTGATTTATCTTTTAAATC
** *
16930 CTTATTAACTTTGAAATTATTAATAATGTAATATTATTTTTTTTGGGATAAGCTTATATGAGCTA
374 CTTATTAACTTTGAAATTATTAATAAAATAATATTATTTTTTTTGGGATAAGCTTATATGAACTA
* * * * * * * *
16995 AAATAATTATTTTATAATAAAGTAGAAGGTCATAAACAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAG
439 AAACAATGATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAAACAATTTAAAATAAATAATTATTAAGATAG
* * * *
17060 TCTTAACTGTTTGAACTAATTGGGTAAAC
504 TCTGAACTATTTAAACTAATTGAGTAAAC
* *
17089 ATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
1 AGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAAATATTAC-AAATTAGTATTATTTTATT
* * *
17154 CTAAATAAGTCTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAATAGGCTATAACAATTTGA
65 CTAAATAAGTCTGTATAAATAGAAACAATTATTATATGATAGAACAATAGGCTAAAACAATTTGA
* * * *
17219 AATAATAATTGTTCAAATAGTCATACTATTTAAGACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAA
130 AATAATAATTATTCAAATAGTCATACTATTTAAGACTAGCTC-AGAAATAGATATATTTTTTTAA
** *
17284 ATCTCTTATTAATTACTAAAATATTAATAAATTAGTTTATTTTTTTC-AAATAAAATTGTATATT
194 ATCTCTTATTAATT-CTTGAATATTAATAAATTAGTTTATTTTTTTCAAAATAAAATT-AATATT
* **
17348 G-AAAAAAATTATTTT-AAGACAAAATAAAAAGCAATAACGATTTGAAATAGGTTAGCTG-TTCA
257 GAAAAAAAATT-TTTTAAAGACAAAACAAAAAGCAATAACGATTCAAAATAGG-TAGCTGTTTCA
* * * * *
17410 AATGGCCA-TAATTATTTGAACTATTTTGG-TAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACT
320 AATGCCCATTAATTATTTAAACTATTTGGGATAAACTGATTTATCTTTTAAATC-CTTATTAAC-
* * *
17473 TTTGAAA-TATTAATAAAATAGTGTTATTTTATTTT-GGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATG
383 TTTGAAATTATTAATAAAATAATATTATTTT-TTTTGGGATAAGCTTATATGAACTAAAACAATG
* * ** * * *
17536 GTTTTATGACAAAATAAAAAGGGTCATAATGATTTTAAAATAGATAATTGTTCAAGATAGTCATG
447 ATTTTATAACAAAAT-AAAA-GGTCATAAACAATTTAAAATAAATAATTATT-AAGATAGTC-TG
** *
17601 AA-TATTTAAACTTGTTTAGTAAAC
508 AACTATTTAAACTAATTGAGTAAAC
* * *
17625 AGATTTAATTTTTCAAATCAT-TTGCTTATTAATTTTTTAAATATTA-ATATTAGTATTATTTTA
1 AGATTT-ATTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAATTTTATAAATATTACAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
17688 TTCTGATTAAG-CTTGTATAAAACTA-AAACAATTATTATATGACTA-ACCCAA-AGGTTAAAAT
63 TTCTAAATAAGTC-TGTAT-AAA-TAGAAACAATTATTATATGA-TAGA-ACAATAGGCTAAAAC
* * * * * * *
17749 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGA-ACTGGCTC-GACA-AGCATATA
123 AATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAGACTAGCTCAGAAATAG-ATATA
* * *
17811 TTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAATATTATTTTT
185 TTTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTT
17864 ATCTAAAAAC
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 97, Indels: 67
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 21 0.03
533 81 0.12
534 64 0.10
535 70 0.11
536 119 0.18
537 64 0.10
538 99 0.15
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540 45 0.07
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542 2 0.00
543 10 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
AGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAAATATTACAAATTAGTATTATTTTATTC
TAAATAAGTCTGTATAAATAGAAACAATTATTATATGATAGAACAATAGGCTAAAACAATTTGAA
ATAATAATTATTCAAATAGTCATACTATTTAAGACTAGCTCAGAAATAGATATATTTTTTTAAAT
CTCTTATTAATTCTTGAATATTAATAAATTAGTTTATTTTTTTCAAAATAAAATTAATATTGAAA
AAAAATTTTTTAAAGACAAAACAAAAAGCAATAACGATTCAAAATAGGTAGCTGTTTCAAATGCC
CATTAATTATTTAAACTATTTGGGATAAACTGATTTATCTTTTAAATCCTTATTAACTTTGAAAT
TATTAATAAAATAATATTATTTTTTTTGGGATAAGCTTATATGAACTAAAACAATGATTTTATAA
CAAAATAAAAGGTCATAAACAATTTAAAATAAATAATTATTAAGATAGTCTGAACTATTTAAACT
AATTGAGTAAAC
Found at i:19445 original size:186 final size:177
Alignment explanation
Indices: 18458--19808 Score: 680
Period size: 177 Copynumber: 7.6 Consensus size: 177
18448 ATATAATTAT
* * * * * * * *
18458 TTGAGATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTGT-TTCCGTAAACAATTTAGTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACT-TCATCAGTAAAAAATTCA-TTT
* * * * * * *
18522 TT-AAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTA-ATAAT
64 TTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAG
* * ** ** * *
18581 TTTGCACAAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAATTAAAAGATCATAAC-AT
129 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-AAAACAAAAG-TAATAACAAC
* *** * ** * * *
18631 TTTAAATAGATAATTGTTCAATGGA-CATAAGTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCATCAGTAAA-AAATTCATTTT
* * * * * * ** *
18695 TTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCA-ATAAA
65 TAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATT-TTAGATAAG
* * * *
18759 CTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAGATCATAACTA-
129 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-AAAACAAAAG-TAATAACAAC
* * * * * * *
18809 TTTAAATAAACAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAAGTTGCTTGA-TAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT-CATCAGTAAA-AAATTCATTT
* * * * * * * * * *
18873 TTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAG-GTTATTTTATTTCAAATAGG
64 TTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAG
* * * *
18937 CTTGTATGAATAGAAACAAATTGGTTTT-TGACAAAATAAAAGGTCATAACTAT
129 CTTGTATGAATAGAAAC-AATT-GTTTTAT-A-AAAACAAAA-GTAATAACAAC
* * * * * *
18990 TTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCA-AAC-ATTTGAA--T-GT--GTTCAAAACTT--TTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCATCAG-TAAAAAATTCATTTT
** * * * * * * * * *
19046 TTTAAT-TTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGC
65 TAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGC
* * * **
19110 TTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAAAAACAAAAGTTATGGCAAC
130 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAAAACAAAAGTAATAACAAC
* ** *
19158 TTGATATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAAATTCATTTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCATCAGTAAAAAATTCATTTTT
* *
19223 AAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCT
66 AAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCT
* * *
19288 TGTAACGAATAGAAACAATTGTTTT-TGCAATAAACAAATGGTAATAACAAT
131 TGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTAT--AA-AAACAAA-AGTAATAACAAC
* *
19339 TTGAAATAGATAATCTGTTCAAACAGTCATTAACTATTTGCAAC-TCATCAGGCTAACAAATTCA
1 TTGAAATAGATAAT-TGTTCAAACAATCA-TAACTATTTG-AACTTCATCA-G-TAAAAAATTCA
* * * * *
19403 TTTTTTAAATC-CATTTACTTTTTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTA-CTT-TATTTC
61 TTTTTAAAATCTC--TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTAT-TTTA
* * * *
19465 GAATAAGATTGTATGAATAAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATAGTCATCAACGA-
123 G-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT-A-AAAACAAA-AGTAAT-AACAAC
* * * * * * * * *** * *
19525 TTCAAAGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTCAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTT
1 TTGAAA-TAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCATCAGTAAA-AAATTCATTT
* * * * * *
19590 TTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCTA-ATA
64 TTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATT-TTAGATA
* * * * ** *
19653 AACTTATATGAACA-AAAGAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGAT
127 AGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTAT-A-AAAACAAAA-GTAATAACAAC
* * * * * * *
19707 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGATTCGGCAAACATAATT-ATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCA-TCAGTAAA-A-AATTCATT
*
19770 TTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTT-GAAATATTAATAAATT
63 TTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
19809 TGTTTTTTTT
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 164, Indels: 124
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 30 0.03
169 11 0.01
170 13 0.01
171 37 0.04
172 70 0.07
173 27 0.03
174 11 0.01
175 7 0.01
176 9 0.01
177 115 0.12
178 101 0.11
179 100 0.11
180 31 0.03
181 107 0.11
182 46 0.05
183 61 0.06
184 30 0.03
185 45 0.05
186 86 0.09
187 13 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCATCAGTAAAAAATTCATTTTT
AAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCT
TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAAAACAAAAGTAATAACAAC
Found at i:21577 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 21175--21717 Score: 442
Period size: 178 Copynumber: 3.1 Consensus size: 177
21165 GGTTTATCAT
* * ** * *
21175 AAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAACTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACGTGT
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *
21240 TTAATAAAAAAATTCATTTTTCAAATTTTTGCTATAAACTTTGGAATATTAATTAATTTATATTA
66 TTAACAAAAAAATTCATTTTTCAAATTTTTACTATAAACTTTGGAATATTAATTAAATTATATTA
* * * *
21305 TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAACCAATTATTTTCTGAC
131 TTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAACCAATTATTTTATGAC
** * * *
21352 -AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTTAAGGAGATAATTGTTCTGATAGTCATAACTCTTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATG-GATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
21415 GTTTAGCAAACAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTGGAATATTAA-TAAATTA
64 GTTTAACAAAAAAATTCATTTTTCAAATT-T-TTACT-ATAAACTTTGGAATATTAATTAAATTA
* * * *
21479 GTATTA-TTTACTTCAAATAA-CTTATGTTAATCGAAA-CAATT-TTTTATTAC
126 -TATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAA-CAAAACCAATTATTTTATGAC
* * *
21529 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG
**** * * * * * **
21594 TTCGGTAAACATATTTATGTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAA-TTGTCAAAATATTAA-TAAATT
65 TTTAACAAAAAAATTCAT-TTTTCAAAT-TTTTAC-TATAAACTT-T-GGAATATTAATTAAATT
* * * **
21656 AATATTATTTTAATT-TAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGAC
125 -ATATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAACCAATTATTTTATGAC
*
21709 AAAATAAAA
1 AAAACAAAA
21718 AAGTTATAAT
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 57, Indels: 35
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.02
176 26 0.09
177 59 0.20
178 105 0.36
179 56 0.19
180 38 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TTAACAAAAAAATTCATTTTTCAAATTTTTACTATAAACTTTGGAATATTAATTAAATTATATTA
TTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAACCAATTATTTTATGAC
Found at i:22090 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 20886--22479 Score: 693
Period size: 180 Copynumber: 8.9 Consensus size: 179
20876 GGCAAACAAA
* *
20886 TTTATTCTTT-AAATCT-TTAACTTATT-ATTTTAG-AATATTAATAAAGTTAATATTATTTTAT
1 TTTATT-TTTAAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-TTACTATTATTTTAT
* * * * * * **
20947 TCCAAATATACTT-TATGAA-TAGAGAACAGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGAATTATAGATG
62 TCTAAATAAACTTATATGAACTA-A-AATA-ATT-TTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATA-ACA
* * * *
21010 A-TTGAAATAAATAATT-TTCAAAATAGGTCATTAAACTACTTTGAACTCGCTTGGTAAAAAGAT
121 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATA-GTCA-T-AACTA-TTTGAACTAGTTTGATAAAAAG-T
* * ** *
21073 TTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT-AGAAT-TTAATAAATTTAGTATTATTTT-TT
1 TTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AA-TTACTATTATTTTATT
* * * * * * * *
21135 CCAAATAAGC-TAGCATGAA-TAGAAATAATTGGTTTATCATAAAACAAATGGTCATAACGATTT
63 CTAAATAAACTTA-TATGAACTA-AAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * **
21198 GAAATAAATAACTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTTAATAAAAAAA
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAAAAGT
* * *** ** *
21252 TTCATTTTTCAAAT-T-TTTGCTA-TAAACTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATT-
1 TTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAA-TTACTATTATTTTATTC
* * * * * * *
21312 TGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACCAATTATTTTCTGAC-AAACAAAAGGTCATAATATTTTT
64 T-AAATAAACTTATATGAACTAAAA-TAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
** * ** * * * * *
21375 AAGGAGATAATTGTTCTGATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTT-AGCAAACAGA
126 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAAAAGT
* * ** * * * *
21429 TTCATTTTTCTAGTTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTACTT
1 TTTATTTTT-AAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTACTATTATTTTA-TT
* * * * * **
21492 C-AAAT-AACTTATGTTAA-TCGAAACAATTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
63 CTAAATAAACTTATATGAACT-AAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * *
21554 AATGGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACA-T
127 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAGT
* ** * ** *
21606 ATTTATGTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 -TTTAT-TTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTACTATTATTTT-AT
* * * * * * *
21670 T-T-AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAAGTTATAATAA-TT
62 TCTAAATAAACTTATATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * *
21732 ----T-G----TTGTTCAAATAGTCATAA-GATTTGAACT-TTTGTGGTGAACA-T
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAAAAGT
* * * * * * * ***
21776 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTGTTAGTAATAA-AATTTGAATTATTTTAT
1 -TTTA-TTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATT-TTTG-AAATATTAATAATTACTATTATTTTAT
* ** * * * * *
21840 T-GAAATAGGCTTGTAT-AAAT-AGATGAAATCTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATT
62 TCTAAATAAACTTATATGAACTAAAAT--AAT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
** * * * * * ** *
21902 CCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGT
124 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAGT
* * *
21958 TTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAACTTACTATTATTTTATT-T
1 TTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTACTATTATTTTATTCT
* * *
22022 CGAATAACCTTATATGAACTAAAATAATTTTCTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAA
65 -AAATAAACTTATATGAACTAAAATAATTTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
22086 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACA-T
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAGT
* * ** * * *
22137 ATTTATGTTTTAAAAT-TTTTAATTATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAAT
1 -TTTAT-TTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTACTATTATTTTATT
* * * *** * * *
22201 CTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTATTTTTTTAT-AGTGGAACAAAAAGTCAAAACGATTT
63 CTAAATAAACTTATATGAACTA-AAA-TAATTTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
** * * *
22264 GAAATA-ATTAATTGCTCAAATAGTTATAACTATCTGAACTAGTTTGATAAAAAGA
125 GAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAGT
* * **
22319 TTTATTTTTAAAATCTC----TTATGAATTTTTGTAATATTAATAGATTTTTATTATTTTATTCT
1 TTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTACTATTATTTTATTCT
* * * *
22380 AAACAAACTTATATGAAC-AAAA-ACATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACATTTTGAAA
65 AAATAAACTTATATGAACTAAAATA-ATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* *
22443 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTA
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
22480 ATAATTTTAA
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 233, Indels: 186
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
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172 1 0.00
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189 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTACTATTATTTTATTCTA
AATAAACTTATATGAACTAAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAGT
Found at i:22105 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22073--22105 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
22063 AACAAAAGTC
22073 ATAATAATTTGAAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
*
22090 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
22106 TCATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATAATTTGAAATAG
Found at i:22461 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 22440--22513 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 4.7 Consensus size: 15
22430 TAACATTTTG
22440 AAATAGATAATTATT
1 AAATAGATAATTATT
22455 CAAATAGTCATAATTATT
1 -AAATAG--ATAATTATT
22473 AGAACTA-ATAATT-TT
1 A-AA-TAGATAATTATT
* *
22488 AAGTAGATAATTGTT
1 AAATAGATAATTATT
22503 CAAATA-ATAAT
1 -AAATAGATAAT
22514 AACTATTTAA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 2, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (15 bp):
AAATAGATAATTATT
Found at i:22692 original size:229 final size:223
Alignment explanation
Indices: 22272--22692 Score: 497
Period size: 227 Copynumber: 1.9 Consensus size: 223
22262 TTGAAATAAT
* *
22272 TAATTGCTCAAATAGTTATAACTATCTGAACTAGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTCT
1 TAATTGCTCAAATAATAATAACTATCTGAACTAGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTCT
* **
22337 TATGAATTTTTGTAATATTAATAGATTTTTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAA
66 TATGAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAA
*
22402 ACATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
131 ACATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
22467 ATTATTAGAACTAATAATTTTAAGTAGA
196 ATTATTAGAACTAATAATTTTAAGTAGA
* * * * * * *
22495 TAATTGTTCAAATAATAATAACTAT-TTAAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTC
1 TAATTGCTCAAATAATAATAACTATCTGAA-CTAGTTTGATAAAAAGATTTATTTTT-AAA-ATC
* * * * *
22559 TTGCTTATTAATTTTT-TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
63 -T-CTTATGAATTTTTGT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGA
** *** * * * *
22623 ACTGAAACAATTATTTTATGTGTAAATAAAGGGTTAGAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCTA
125 ACAAAAAC-A-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTCAA
22687 ATAGTC
187 ATAGTC
22693 TTAACCATTT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 27, Indels: 12
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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230 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (223 bp):
TAATTGCTCAAATAATAATAACTATCTGAACTAGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTCT
TATGAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAA
ACATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ATTATTAGAACTAATAATTTTAAGTAGA
Found at i:22795 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22491--23276 Score: 688
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 180
22481 TAATTTTAAG
* ** * * * * *
22491 TAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTT-AAGCTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTCAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA--ATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAA
*
22554 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTG
64 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTC-AAATAAGCTTG
* *** * *
22618 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGTGTAAATAAAGGGTTAGAATGATTTGAAA
128 TATGAATTGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAA
* * *
22672 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
22737 CTTTTACTGATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTAT
66 CTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTCAAATAAGCTTGT
* * * *** * *
22800 ATG-ATAAGAAATAGTTTTTTTATGACAAAACAAAGACCATAG--CGATTTGAGA
129 ATGAAT-TGAAACA-ATTTTTTATGACAAAACAAA-AGGTTAGAATGATTTGAAA
* * * * * * * * *
22852 TTGATATTTGTTCAAAT-GATCATAACTATTTGAACTGGTTTGGAAAATAGC-TTTAGTTTTTAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAG-TCTTAACTATTTGAAATGATTCGGCAAACA-CATTTATTTTTTAA
* * * * ** * *
22915 ATCTCTTGCTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAA-ATTT
64 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGCTTG
* * *
22978 TAATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
128 T-ATGAATTGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAA
* * ** * *
23033 TAGATAATTGTTCAAATGGT-TATATCTATTT-AAACTTG-TTAC-ATAAACATATTAATTTTTT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAAA--TGATT-CGGCAAACACATTTA-TTTTT
*
23094 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
61 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGCT
* * *
23159 TGTATAAATTGAAATAATTTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAA
126 TGTATGAATTGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAA
* *
23214 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGA-TCGGCAAAACACATTTATTTTTTA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAAT-GATTCGGC-AAACACATTTATTTTTTA
23277 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 101, Indels: 62
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
179 11 0.02
180 137 0.29
181 223 0.47
182 92 0.19
183 10 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
CTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGCTTGTAT
GAATTGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAA
Found at i:23182 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 22493--23194 Score: 788
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
22483 ATTTTAAGTA
*
22493 GATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCT
1 GATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAGCTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCT
* * * *
22558 CTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
66 CTTGCTTAATAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGTATGA
*** * * * *
22623 ACTGAAACAATTATTTTATGTGTAAATAAAGGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
131 ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
22688 TAGTCTTAACCATTTGAAATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATT
196 TAGTCTTAACCATTTGAAATGATTCGACAAACACATTAATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATT
* * *
22753 TTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGATAAGAAATAGTTTT
261 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGATAAGAAATAGATTT
22818 TTTATGACAAAACAAAGACCATAGCGATTTGAGATT
326 TTTATGACAAAACAAAGACCATAGCGATTTGAGATT
* * *
22854 GATATTTGTTCAAATGATCATAACTATTTGAA-CTGGTTTGG-AAA-ATAGCTTTAGTTTTT-AA
1 GATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTT-AAGCTGGTTTGGTAAACATA--TTTA-TTTTTCAA
* **
22915 ATCTCTTGCTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTATT-TCGGATAA-ATT
62 ATCTCTTGCTTAATAATTTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGATT
* * * * *
22977 TTAATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATT
125 GT-ATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
23042 GTTCAAATGGT-TATATCTATTT-AAACTTG-TTAC-ATAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCT
189 ATTCAAATAGTCT-TAACCATTTGAAA--TGATT-CGACAAACACATTAA-TTTTTTAAATCTCT
* * * *
23103 TGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTAT-A
249 TACTGATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTATATGA
*
23165 -AATTGAAATA-ATTTTTTATGACTAAACAAA
312 TAA--GAAATAGATTTTTTATGACAAAACAAA
23195 AGGTTAGAAT
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 40, Indels: 32
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
359 3 0.01
360 19 0.07
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363 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (361 bp):
GATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAGCTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCT
CTTGCTTAATAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGTATGA
ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCTTAACCATTTGAAATGATTCGACAAACACATTAATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATT
TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGATAAGAAATAGATTT
TTTATGACAAAACAAAGACCATAGCGATTTGAGATT
Found at i:23308 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 23122--23400 Score: 352
Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
23112 ATTTTTTGAA
* * * * *
23122 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATTGAAATAATT-TTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATCTTATATCAAATAAGCTTATATGAAA-AGAAACAATTATTTTATG
* * ** *
23185 ACTAAACA-AAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA-TAGTCTTAACTATTTGAA
65 AC--AACATAAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAGTAGTCATAACTATTTGAA
23248 CTAGATCGGCAAAACACATTTATTTTT
127 CTAGATCGGCAAAACACATTTATTTTT
* *
23275 TATTATTAAATTAGTATTATCTTA-ATCGGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATCTTATATC-AAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTATG
* *
23339 ACAACATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAA
65 ACAACATAAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAA
23401 TTGATTCAAC
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 14, Indels: 10
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
152 8 0.07
153 87 0.81
154 12 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (153 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATCTTATATCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTATGA
CAACATAAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTAG
ATCGGCAAAACACATTTATTTTT
Found at i:24053 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 23275--24976 Score: 1408
Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 182
23265 ATTTATTTTT
* * * * * * *
23275 TATTATTAAATTAGTATTATCTTA-ATCGGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
23339 AC--AACATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAA-
65 ACAAAACA-AAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
23401 TTGATTCA-ACAAACAGATTTAGTTTTTAAATC-TCTA---ATTAATTTTTAAAA
129 TTG-TTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** *
23451 CATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-AAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * ** *
23515 AC-AAA-AAAATCTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGGGACATAACTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
23577 ATGTTT-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTT-AGAA
129 TTGTTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AA
** *
23630 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
23695 CAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-CGATCATAACTATTT-AAGT
66 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-C
* * * *
23758 TTGCTTA-ATAAACAGA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
129 TTGTTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * *
23809 TACAAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
23874 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT
66 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*
23939 GTTTAGA-AGATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAA
131 GTTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * * *
23989 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAACCGTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
24053 ATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAACTATTTAAACT
65 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
24118 TGTTCAG-TAAACTA-ATTCATTTTTTAAATC-TCTTACTCATTGATTTTAGGAA
130 TGTTTAGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * * * **
24170 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTATTTTAAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * ** *
24234 ATC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTATTTGGAC
65 A-CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * **
24298 TT-TTTGGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGAGGAAA
129 TTGTTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTT-TTGAAA
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24351 TATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATT-TTTTAT-
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
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65 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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24526 TATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGCAAA-AATTGTTTTATG
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24654 TGTTCA-ACAAATAGATTCATTTTTTAAATC-TCTTACTTGCTAATTTTTGGAA
130 TGTTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
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24706 TATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
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24771 TAACACAAAAGATTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTTGCAC-
66 CAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
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24834 TGAGCAAACTAACA-A-ATTCA-TTTTGAAATTCAT-TAGTTATTAATTTTT-AGAA
130 TGTTTAGA-TAA-ATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * *
24886 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTT-GAATAAGAC-TGTATGACTAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
24949 ATAAAACAAATGGTCAT-ACTAATTTGAA
65 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAA
24977 TAAAA
Statistics
Matches: 1243, Mismatches: 216, Indels: 131
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 62 0.05
175 125 0.10
176 76 0.06
177 6 0.00
178 4 0.00
179 277 0.22
180 329 0.26
181 344 0.28
182 19 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
Done.