Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
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Warning! 124000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 107 of 147
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TAAATTTAAATATTA
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ATAAATTAAATATT
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AATTTAAATATATATAAAATA
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* *
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*
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ATATTATATTAATATATAATATATTAATTTAAC
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*
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ATATTATTTAATATATAAT
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*
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* *
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TAATAATAAATTATTAATATT
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TTAATCCTTAAATATATAATTATT
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19573524 AATCTTAAAC
* *
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1 TTATA
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TTATATAATTATTATAAATCATTA
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TTATAATATATTA
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TATAATTATTATAATATATTATAATAATATTAC
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1 T
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TAGATAATTGTTCAAATAAGTTTATTATTTAAT
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1 ATTAATTATATTA
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*
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*
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*
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*
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1 AAT
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*
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1 AT
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* * *
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*
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* * * *
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* * ** *
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** *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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**
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* *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * *
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TTTTTATTATTTACTGATTA
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* *
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* *
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ATTAGTATGATTATTTATTATTAACACTCTAATAATAATTGTA
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*
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TAATAATTAATATTATTATAATA
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*
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* * * *
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* *
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TAATTAATAATTAATATTAAAT
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*
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* * * * *
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*
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*
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TATTAATTTATTTATAATATTAATTA
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*
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TTTATTAATATATATAATTTAATA
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*
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TATTTATTAATATAATATTTAA
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*
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*
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* *
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*
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19588684 TAT
1 TAT
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TATAATTATAATATAAATATAATTAA
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19588705 TATAATTTAA
* * *
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*
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1 ATA
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ATATTAATTATAAATATAGTATAAATAAT
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19588615 ATTATATTAA
*
19588625 ATAAATTAATATATTTAT-AATATAATT
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* *
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1 ATAAATAATATAATTAT-AAATATATT
* * * *
19588679 ATTAATATTATTTCAAAT-TAAACAT-TT
1 A-TAA-ATAATAT-AATTATAAATATATT
* * * *
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19588736 A-ATAAT-ATATTAATTATAAATATATT
1 ATA-AATAATA-TAATTATAAATATATT
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19588779 CTTAATATAA
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ATAAATAATATAATTATAAATATATT
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* * * * * * *
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* *
19590079 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTGTC
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGAC-TTTTTTTTGTC
* * * * * *
19590144 ATAAAACAAAATT-TTTT-GTTCATATAAGTTTGTTCAGAATATAGTAATACT
127 AT-AAA-ATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGTTTATT-TGAATAAAATAATACT
** * *
19590195 AATCTT-TTAATATTTAAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAA-A---CT-ATCAAACT
1 AAT-TTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTTAAT-AAACA
* * *
19590250 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-GCAATTAT-TCATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTATGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAA-CATTATGACTTTT-TTTTGT
* * * * * *
19590313 TATAAAATGATT-ATTTACATTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACT
126 CATAAAATAATTGTTTTA-GTTCATAGAAGTTTATTT-GAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
19590365 AATTTATTAATATATCGACAATTAGTAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTT-ATCAAACT
1 AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTAAT-AAACA
* * * * ** **
19590429 AGATCAAATAATCATGAC--TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTTATTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGA-CTTTT-TTTTGT
* *
19590492 CATAAAAGAATTG-TTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
126 CATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGTTTATTTG-AATAAAATAATACT
* * * * * * *
19590543 AATTTATTAATAATCCTAAAACTAATAA-TAAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTAAACA
1 AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAAT-AATATGTTTAATAAACA
* * * * * * * * * **
19590606 AGTTTAGATAATTATGATTGTTTGAACAATTATATATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTCAT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGA-CTTTT-TTTTGT
* **
19590671 CATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATAGAAACTTATTTTGAATAAAATAATA-T
126 CATAAAAT-AATTGTTTTAGTTCATAGAAGTTTA-TTTGAATAAAATAATACT
** * ** * ** * **
19590722 AAAAATGTTAATATTAAGACAATTAGCAAGTAATAGATTTTAAAAAA-AA-ATGTTTACCAAACA
1 -AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAATATGTTTAATAAACA
* * * * *
19590785 AGTTCAAATCGTTATGAGTATTT-AAGTAATTATTTATTTC-AACTTGTTATGA-TTTTTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAAC--ATTATGACTTTTTTTTGT
* * * * * *
19590847 CACAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAACTAAAATTACATT
126 CATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAGAAGTTTATTTGAA-TAAAATAATACT
* * * *
19590899 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTTAATGAACAAG
1 AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTTAATAAACAAG
* * * * *
19590964 TTCAAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACAATTATGATCATTTCTTTGTAA
66 TTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAC-ATTATGA-CTTTTTTTTGTCA
* *
19591029 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTTAAAGTAAAATAATACT
128 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGTTTATTTGAA-TAAAATAATACT
* * * * * * * * **
19591079 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTTAAAAAAGAATCTGTTTATTGATTAA
1 AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAATATGTTTAATAAACAA
* * * **
19591144 GTTTAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTAACTATCACAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAACATTATGAC-TTTT-TTTTGTC
* * * *
19591209 ATAAAACAATTGGTTATA-TTCAT-GAAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT-TT
127 ATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATAG-AAGTTTATTT-GAATAAAATAATACT
* * * ** * *
19591259 AAATTTCTTAATA-TTCCAAATATTAATTAGTAAAATTTTTTTAAAAAAT-CTAT-TTT-CTAAA
1 -AATTTATTAATATTTCGAAA-ATTAATAAGTAAAA--GATTTAAAAAATAATATGTTTAATAAA
* * *
19591320 CACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATAATCTATTTGAAATCATTA-GTACCTTTTGTT
62 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATG-A-CTTTT-TT
** * ** * * *
19591383 TTGTCATAAACCAGTTGTTTCTA-TAGATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
122 TTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAGAAGTTTATT-TGAATAAAATAATACT
* *
19591439 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT
1 AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGT
19591469 TTTGACTATT
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 208, Indels: 139
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169 11 0.01
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Consensus pattern (176 bp):
AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTTAATAAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACATTATGACTTTTTTTTGTCATAA
AATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGTTTATTTGAATAAAATAATACT
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Indices: 19590353--19591092 Score: 745
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19590343 TTATTTGGAT
* *
19590353 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TATCGACAATTAGTAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAGACAATTAGCAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATAT
* *
19590417 GCTTATCAAACTAGATCAAATAATCATGACTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCT
66 GCTTACCAAACAAGATCAAATAATCATGACTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAA-CT
* * * *
19590482 TTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
130 TTTATTTTGTCACAAAAGAATTGTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATT
* * *
19590547 TATTAATAATCCTAAAACTAATAATAAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTTA
195 TATTAATAATCCTAAAACTAATAATAAAGAGATTTAAAAATAAATATATTTAATAAACAAGTTAA
* * * * * * * *
19590612 GATAATTATGATTGTTTGAACAATTATATATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTCATCATAAA
260 AATAATCATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTATAACCATTTCTTTCATAATAAA
* *
19590677 ATAAATTTTTTTGTTCATAGAAACTTATTTTGAA
325 ATAAATTTTTTAGTTCATAGAAACTTATTTTAAA
** * * * *
19590711 TAAAATAATA-TAAAAATGTTAATATTA-AGACAATTAGCAAGTAATAGATTTTAAAAA-AAA-A
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTATAGACAATTAGCAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATA
* * ** * * * * * **
19590772 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGAGTATTTAAGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGA
65 TGCTTACCAAACAAGATCAAATAATCATGACT-TTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTACAA
* * * *
19590837 -TTTT-TTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAACTAAAATTACATT
128 CTTTTATTTTGTCACAAAAGAATTG-TT-TAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACT
** * * * * *
19590899 AATTTATTAAT-ATTTTGACAATTAATTAGTAAA-AGATTTAAAAA-ATAATATGTTTAATGAAC
191 AATTTATTAATAATCCT-AAAACTAA-TAATAAAGAGATTTAAAAATA-AATATATTTAATAAAC
* * * * * *
19590961 AAGTTCAAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-CAATTATGATCATTTCTTT
253 AAGTT-AAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC-ACTATAACCATTTCTTT
* *
19591025 -GTAATAAAAT-AATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTA-TTTAAA
316 CATAATAAAATAAATT-TTTTAGTTCATAGAAACTTATTTTAAA
19591066 GTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
19591093 TCAAAAATTA
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 60, Indels: 30
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 30 0.10
356 151 0.49
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAGACAATTAGCAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATAT
GCTTACCAAACAAGATCAAATAATCATGACTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACTT
TTATTTTGTCACAAAAGAATTGTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTT
ATTAATAATCCTAAAACTAATAATAAAGAGATTTAAAAATAAATATATTTAATAAACAAGTTAAA
ATAATCATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTATAACCATTTCTTTCATAATAAAA
TAAATTTTTTAGTTCATAGAAACTTATTTTAAA
Found at i:19591273 original size:181 final size:181
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Indices: 19590836--19591293 Score: 468
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19590826 ACTTGTTATG
* * * *
19590836 ATTTTTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAACTAAAATTACA-TT
1 ATTTTTTTTGTCATAAAATAATTGGTTATATTCATACAAGCTTATTTCGAACTAAAA-TA-ATTT
** * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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1 ATTTTTTTTGTCATAAAATAATTGGTTATA-TTCATACAAGCTTATTTCGAACTAAAATAAT-TT
* * * * **
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64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAG-ACTTAAAAAAGAATATGTTTAATGAACAA
* *
19591144 GTT-TAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTAACTATCACAAA-ACATTATGA-C
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*
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* * *
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* *
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* * *
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*** * * *
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* * *
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* * * * *
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*** * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * ** *
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* * ** *
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* ** *
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** ** * ** *
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* *
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AAAAAAAAATATTTAC
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* * *
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* * * * * *
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* **
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* * *
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* * * ** *
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*
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* *
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*
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*
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*
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1 -TTAGGGTTTAGGG
* *
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1 TTAGGGTTTAGGG
* **
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*
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*
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* *
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*
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* *
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1 GATTTAGGGTTTAGGGTTTG
* *
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1 GATTTAGGGTTTAGGGTTTG
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* * *
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* *
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1 TT
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* *
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*
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1 AAATTA
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* *
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** * * * * * *
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** * * * *
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* * ** ** *
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*** * ** ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
19594348 AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
130 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
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* * *
19594464 TACTTATTAATTTTATAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAATATAAGCTTGTATTAG
66 TACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGA-
** * * * * *
19594528 GTAAAACAATTATTTTATGACAAGACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAAA
129 AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * *
19594580 CAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAATCT
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* * ** * *
19594644 CTTTCTTATTAATTTTTCAAATGGTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGGATAAGCTTGTATGA
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** * ** *
19594709 ACTTAAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGATCA-AGACAATTTGAAATAGA
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* * * * * * *
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176 ATAGA
* * *
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* * * * * * * *
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116 TAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATA
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* *
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* *
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129 -AAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
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130 -AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGA
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* * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
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1 TAATTGTTCAAAT-A--GTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
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19598988 AA
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
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129 A-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
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** * * *
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*** * ** * ** * * *
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** *** * * *
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* *
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** * * *** * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * ** * ** ** * * *
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* * * * * * *
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** * * ** * ** *
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** * * * ** * * *
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* * * * * * ** *** *
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502 ATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAA--TA---GCCAAAACT
* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * **** *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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193 TAC
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* *
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* * *
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* *
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*** * ** * * * * *
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* * * * * *
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317 CAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAT
* * * * * *
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TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAAC
TTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAT
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* * * **
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* *
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** * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACT-TG-TT
* * * * * ** ** *
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** ** * *
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* *** * * * * * * * * *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *** * ** **
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** * * * * * *
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* ** * * * * * * * * * *
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1 CAAAAAG-TCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTC
*** * ** **
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* ** * * * * * * *
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1 CAAAAAG-TCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * * * * * *
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* * ** * *
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128 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAAA
** * * * * * * * * * * *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACT-ATTTGAACTTGTTC
* * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * *** * * * * * * *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATT-CAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * ** * * *
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65 GA-TAAACA-ATTTA-TTTTAAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAAGAAATTAGTA
* * * * *
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126 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAAA
* * * * * * * * * * * *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * ** * * * * *
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* * * ** * *
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** * * * * * * * *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATT-ATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTT-GTT
* ** * * *
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** * * * * * * ** **
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* * * * * * * * * * * *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * * * * *
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66 ATAAACA-ATTTA-TTTTAAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAAGAAATT-AGTATT
* * * * * * *
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* * * ** * * * * * * **
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTT-G-TT
* * * * ** *
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* * * * * * *
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125 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATAACAAAA
** * ** * ** * * * * *
19600938 CAAAATCTTATAATGATTTTAAATATACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG
1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * *
19601003 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
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* * *** ** * *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTG-TTC
* * * *
19601185 GATAAA-AATATTCACTTTTTAAAACACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTA
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* * * * *
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* * * * * ** *
19601302 -AAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCACATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCG
1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTCG
*** ** *
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* * * *
19601431 TTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAATAGTTGTTTTATAACAAAA
131 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAAA
* * *
19601480 CAAAATGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTTG
1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * ** * *
19601545 GTAAATAGA-TT-TTTTAAAAATTTGTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
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* * * *
19601608 ATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAA
129 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAAA
* * * ** * * * * * *
19601659 C-AAAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATTATTATTCTAATAAT-CTTAGTCATTTAAACTAAT-
1 CAAAAAG-TCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACT-ATTTGAACT--TG
* * * * **
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* ** * * * *
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* * ** * * * * * * ** *
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1 CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAATAATAACTATTTGAACTTGTTCG
* *** * *** * * **
19601902 ACAATTGGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATT
66 ATAA-ACAATTTA-TTTTAAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTC-AAATATTAAGAAATTAGTATT
19601966 ATTTTATTTTGAATAA
128 ATTTTATTTTGAATAA
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAACAATTTATTTTAAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAAGAAATTAGTATTATT
TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAAA
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* * * * * * * *
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* ** * * * ** * * *
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* * **
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* * *
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* * * * * *
19602706 ATTTAATAGTATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAG
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
19603066 ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA-ATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCA
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* * * * *
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* * * * * *
19603183 TTTTGTTTTGTTAT-AAACAATTGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
19603247 TTTATTAATATTTGAAAAAGTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCATATCAG
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACCAG
*
19603311 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
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19603341 AAATACTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGT
TCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACC
Found at i:19603224 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 19602264--19603340 Score: 1116
Period size: 356 Copynumber: 3.0 Consensus size: 356
19602254 ACAAAAAACC
* * * * * *
19602264 TAATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCTTCATATAAGTTTG
1 TAATTTTAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TTTTTGTTCATACAAGCTT-
* * ** * *
19602329 TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAG
63 ATTGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
19602393 TAAATCTGTTTACCAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTA
127 TAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
19602458 TTTTAATCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCA-ATTTATTCTATTTTATTTAGAATCAAA
192 TTTTGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGA-TCATTCAAGCTTATTTAGAAT-AAA
* ** * * *
19602522 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGC
254 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TTATT-C
* * * * * *
19602587 -TGAACCAA-TTCAAATAGTCAATACTATATGAACGATTAT
316 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
* * *
19602626 TAATTTTAAATAGTTATGAC--CTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTGTTCGTACAAGCTTATT
1 TAATTTTAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
19602688 CGAATTAAAATAATACAAATTTAATAGTATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAA
66 GGAA-TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
19602752 ATTTGTTTACCAAACCAGTTCATATGATTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTT
130 ATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTT
* * *
19602817 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAGACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAAT
195 TGACCTTTTGTTTTGTCATAA-ACAATTGTTTTAGATCATTCAAGCTTATTTAGAATAAA-TAAT
* * * *
19602882 ACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCATTAAA
258 ACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTCATCAAA
*
19602947 CAAGTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATT-T
322 CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
* * *
19602981 T-TTTTTAAATCA-TTATGACATTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCT
1 TAATTTTAAAT-AGTTATGAC-TTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTT-GTTCATACAAGCT
* * *
19603044 TATATGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAA
62 TAT-TGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
** * * * *
19603109 ATAAATTTGTTTACTGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATC
126 ATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
19603174 ATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACAATTGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAAT
191 ATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTAGATCATTCAAGCTTATTTAGAAT-AAAT
* * * * *
19603239 AATACTAATTTATTAATATTTGAAAAAGTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
255 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTCATC
* *
19603304 ATATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
319 A-AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
19603341 AAATACTATA
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 103, Indels: 43
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 16 0.03
355 21 0.04
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358 18 0.03
359 19 0.03
360 172 0.29
361 93 0.16
362 17 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TAATTTTAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
GGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTAGATCATTCAAGCTTATTTAGAATAAATAATACT
AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTCATCAAACAAG
TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
Found at i:19603419 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 19603245--19603437 Score: 282
Period size: 106 Copynumber: 1.8 Consensus size: 106
19603235 AAATAATACT
* * * * *
19603245 AATTTATTAATATTTGAAAAAGTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCATATCA
1 AATTTATTAATATTTGAAAAAGTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAAGAAATCTATTTACCAAATAA
19603310 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAAATACTATA
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAAATACTATA
* * *
19603351 AATTTATTAATATTT-AGATAGTTAAGAAGTAA-AAGATTTAAAAAAGAAATCTGTTTACCAAAT
1 AATTTATTAATATTTGAAAAAG-TAAGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAAGAAATCTATTTACCAAAT
19603414 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
19603438 AAATATTTAT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 8, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
105 6 0.08
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Consensus pattern (106 bp):
AATTTATTAATATTTGAAAAAGTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAAGAAATCTATTTACCAAATAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAAATACTATA
Found at i:19603973 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19603940--19603973 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
19603930 GAATACATTC
19603940 AAACAATTATGACTATTT
1 AAACAATTAT-ACTATTT
19603958 AAACAATTAT-CTATTT
1 AAACAATTATACTATTT
19603974 CAAATGTCAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
AAACAATTATACTATTT
Found at i:19604023 original size:346 final size:340
Alignment explanation
Indices: 19603406--19604048 Score: 717
Period size: 346 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
19603396 GAAATCTGTT
* * *
19603406 TACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATATTTATTTCAAATCATTAATACTACTTGT
1 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATATCTATTTCAAATCATTAATACTACTTCT
* * **
19603471 TTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAGAAGCTTAATAGGATTAAAATAATACTAATTTATT
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTAATACGAAGAAAATAATACTAATTTATT
** * * *
19603536 AATTTTGACAATTAGTAAGTAAAATTTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAAAAGT
131 AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAAAAGT
* * * * *
19603601 CATAACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTCATCATAAAAGAATTA
196 CATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTCATGACTTTTGTTTCATCATAAAACAATTA
* * *
19603666 TATTAGTTTATATAACCTTTTTCAAAATAAAATAATATTTCAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTG
261 TATTAGTTTATACAACCATATTCAAAATAAAATAATATTTCAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTG
19603731 AAATATGAATTTGTC
326 AAATATGAATTTGTC
*
19603746 TACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTT-AAATCATT-ATGAC-
1 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT--A-AA-TATCTAT-TTCAAATCATTAAT-ACT
* * * * * * * *
19603808 ATTTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCGAAGAAAATAATA-TA
60 A-CTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTAATACGAAGAAAATAATACTA
* * *
19603872 CATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAATAC
124 -ATTTATTAAT-TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAT-TTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA-
* * **
19603936 A-TTCAAACAA-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-GTCATGACCTTTTGTTTTG
184 AGTTCAAA-AAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTCATGA-CTTTTGTTTCA
* * * * * * *
19603998 TTATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATA
247 TCATAAAACAATTATATTAGTTTATACAACCATATTCAAAATAAAATAATA
19604049 CTAATTTATT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 43, Indels: 22
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 30 0.12
342 1 0.00
343 7 0.03
344 73 0.30
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346 117 0.48
347 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (340 bp):
TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATATCTATTTCAAATCATTAATACTACTTCT
TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTAATACGAAGAAAATAATACTAATTTATT
AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAAAAGT
CATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTCATGACTTTTGTTTCATCATAAAACAATTA
TATTAGTTTATACAACCATATTCAAAATAAAATAATATTTCAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTG
AAATATGAATTTGTC
Found at i:19604058 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19603760--19604972 Score: 961
Period size: 179 Copynumber: 6.8 Consensus size: 177
19603750 AAACAAGTTT
* * * *
19603760 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTT-AAATCATTATGACATTTTCTTTTGTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT-TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
19603824 AAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCG-AAGAAAATAATA-TACATTTATTAATATTC
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTC
**
19603887 CAAAAATTAATAAG-AAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAATACATTC
127 CAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-A-ATTC
* * * * *
19603940 AAACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATGTCATGACCTTTTGTTTTGTTATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
19604005 CCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAC
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* ** * *
19604070 AATTAATAAGTGAAAAATTTTAAAAATAAA-TCATTTACTGAGCAAGTTT
131 AATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA--AAATTC
* * * * * *
19604119 AAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATTTATGATCTTTTGTTTTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
19604184 AACAATTATTTCTATTCATAGAAGTTTATTCGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTCTAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
19604248 AAATTAATAGGTAGGATATTT-AAAAATAAATCT-TTTACCGAACAAGTTC
130 AAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-AA-TTC
* * * * * *
19604297 AAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTGCT-ATCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * *
19604361 AAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTGATATATTAATATT-T
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * *
19604424 TAAAATTAATAAG-----ATTTAAAAACTACATTTGTTTA-TCGAAACAATTC
128 AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-G-AA-AATTC
* * * ** * *
19604471 AAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG-GTTTTTATTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
19604535 AACAATTGTTTCTTTTC--ACAAGATTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * **
19604598 AAATTAGTAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-AAAGTGTGCTTGCCT-AACCAATTC
130 AAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAA-TTTG-TTTACTGAA--AATTC
* * * *
19604650 AAAT-GCTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTT-TAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT
1 AAATAG-TTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
19604712 AAAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA
63 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * *
19604777 AAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTT-TTTACTGATAATTG
128 AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAAT-TTGTTTACTGAAAATTC
* * * * * *
19604829 AAATAAATT-TAACTTTTTAAACAATTATCTATTTAAAACTATTATGACATTTTGTTTTGGCATA
1 AAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *** *
19604893 AAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAATTAATACTACCCTATTAATATTTC
64 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
19604957 AAAAATTAATAAGTAA
128 AAAAATTAATAAGTAA
19604973 GAGATTCAAA
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 161, Indels: 98
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 32 0.04
172 15 0.02
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175 5 0.01
176 1 0.00
177 1 0.00
178 134 0.16
179 282 0.34
180 199 0.24
181 67 0.08
182 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAATTC
Found at i:19604354 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 19603750--19604786 Score: 889
Period size: 352 Copynumber: 2.9 Consensus size: 353
19603740 TTTGTCTACC
*
19603750 AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTT-AAATCATTATGA-CATTTT
1 AAACAAGTTTAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGATC-TTTT
* * * * * * * * *
19603813 CTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCGAAGAAAATAATA-TACATTT
64 ATTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGGAATAAAATAATACTA-ATTT
* *** *
19603877 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAATACATTCAA
128 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACACATTCAA
* * * *
19603942 ACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATGTCATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACC
193 ACAATCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-GTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
19604007 AATTGTTTTTGTTTATACAAGCA-TATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAC
257 AATTGTTTCTATTCATACAA-AATTATT-GAGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCCAA-
19604070 AATTAATAAGTGAAAAATTTTAAAAA-TA-AATCATTTA-CTG
319 AATTAATAA--G----A-TTTAAAAACTACAATCATTTATC-G
* * *
19604110 -AGCAAGTTTAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTTATGATCTTTTG
1 AAACAAGTTTAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTA
* * *
19604173 TTTTATAATAAAACAATTATTTCTATTCATAGAAGTTTATTCGGAATAAAA-AATACTAATTTAT
65 TTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * **
19604237 TAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGATATTT-AAAAATAAATCT-TTTACCGAACA-AGTTCAA
130 TAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACACA-TTCAA
* * * * *
19604299 ATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTGCTATCTTTTGTTTTGTCATAAA
193 ACAATCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAAGTCA-TG--ACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * **
19604363 ATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATATATTAATATTTTAAA
255 ACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTGAGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCCAAA
* **
19604428 ATTAATAAGATTTAAAAACTACATTTGTTTATCG
320 ATTAATAAGATTTAAAAACTACAATCATTTATCG
* * *
19604462 AAACAA-TTCAAATAGTTAC-GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGGT-TTTTA
1 AAACAAGTTTAAATAGTT-CTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTA
* * * * *
19604524 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTC--ACAAGATTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAA
65 TTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
19604587 TAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-AAAGTGTGCTTGCCTAAC-CAATTC
130 TAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAATA-TTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACAC-ATTC
*** * * * * * *
19604650 AAATGCTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTTAATCATTC-TGACCTTTTGTTTAGTCATA
191 AAACAATCATGACCATTTA-AACAATTATCTATTTCAA--AGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *** * * * * *
19604713 AAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAA
253 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTGAGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTC-C
19604778 AAAATTAAT
317 AAAATTAAT
19604787 GAGCAAAAGA
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 93, Indels: 65
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
349 17 0.03
350 42 0.08
351 38 0.07
352 127 0.23
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354 3 0.01
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356 5 0.01
357 53 0.10
358 110 0.20
359 103 0.19
360 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
AAACAAGTTTAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTAT
TTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACACATTCAAACA
ATCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAAGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCTATTCATACAAAATTATTGAGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCCAAAATTAAT
AAGATTTAAAAACTACAATCATTTATCG
Found at i:19604761 original size:531 final size:533
Alignment explanation
Indices: 19603746--19604969 Score: 1154
Period size: 531 Copynumber: 2.3 Consensus size: 533
19603736 TGAATTTGTC
* * * *
19603746 TACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTTAAATCATTATGACATT
1 TACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATGTTAAATCATTATGACATT
* * * ** * *
19603811 TTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCGAAGAAAATAATATACATT
66 TTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAAGAAAATAATATACATA
* *
19603876 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAATACATTCA
131 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATACATTCA
* * * * * * *
19603941 AACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATGTCATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAC
192 AACAATTACGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATATCATGACCTTTTATTTTATCATAAAA
* * * * *
19604006 CAATTGTTTTTGTTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAACA
257 CAATTGTTTCTGTTTACACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAA
* * * * * **
19604071 ATTAATAAGTGAAAAATTTTAAAAATAAATCATTTACTGAGCAAGTTTAAATAGTTCTGACTATT
322 ATTAATAAGTGAAAAATTTTAAAAAAAAATCATTGACTAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * *
19604136 TGAACAATTATTTATTTCAAATATTTATGATCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCTATTC
387 AGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATTC
* * ** * *
19604201 ATAGAAGTTTATTCGGAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGATA
452 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGTAGGATA
19604266 TTTAAAAATAAATCTTT
517 TTTAAAAATAAATCTTT
* * * *
19604283 TACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATTTAT-TTCAAATCATTGCT-ATC
1 TACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATGTT-AAATCATT-ATGA-C
* * * *
19604346 -TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACT-
63 ATTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAAGAAAATAATA-TA
* ** * *
19604409 GATATATTAATATT-TTAAAATTAATAAG-ATTTAAAAACTACATTTGTTTATCGAA-ACAATTC
127 CATATATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAC-ATTC
* * * * **
19604471 AAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG-GTTTTTATTTTATCATAA
191 AAACAATTACGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAAT-ATCATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * *
19604535 AACAATTGTTTCT-TTT-CACAAG-ATTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCA
255 AACAATTGTTTCTGTTTACACAAGCA-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCA
* *
19604597 AAAATTAGTAAGT-AAAAGATTTTAAAAAAAAAGTGTGC-TTGCCTAACCAA-TTCAAAT-GCTT
319 AAAATTAATAAGTGAAAA-ATTTTAAAAAAAAA---T-CATTGACTAACCAAGTTCAAATAG-TT
* * * *
19604658 AAGACTATTAGAACAATTATCTATTT-TAATCA-TTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAAT
378 AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTA-TAATAAAACAAT
*
19604720 TATTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA
441 TATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA
** * *
19604785 ATGAGCAAAAGAT-TTAAAAAAATAAATCTTTT
505 AT-AG-GTAGGATATT-TAAAAATAAATC-TTT
** * * * * * ** *
19604817 TA-CTGATAA-TTGAAATAAAT-TTAACTTTTTAAACAATTATCTAT-TTAAAACTATTATGACA
1 TACCAAACAAGTTCAAAT-AGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATGTTAAATC-ATTATGACA
* * *
19604878 TTTTGTTTTGGCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAACTTATTC-GAA-ATAAATTAATA
64 TTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAAA-TTATTCAGAAGA-AAA-TAATA
** *
19604939 CTAC-CCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
125 -TACATATATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
19604970 TAAGAGATTC
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
TACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATGTTAAATCATTATGACATT
TTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAAGAAAATAATATACATA
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATACATTCAAACA
ATTACGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATATCATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT
TGTTTCTGTTTACACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTA
ATAAGTGAAAAATTTTAAAAAAAAATCATTGACTAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA
CAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATTCATAC
AAGCTTATTCAAAATAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGTAGGATATTTA
AAAATAAATCTTT
Found at i:19605899 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 19605597--19606017 Score: 404
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 173
19605587 CAAGAATTAA
* * * * * * *
19605597 TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAA-CTATT-ACAATAGTTATGACTATTTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCA-AACAATTATAACTATATGAATAA
* * * ** * *
19605660 TTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAG
65 TTATTTATTTAAAATTGTTAT---GTTTTG-----TCATAAAACAATCATTTCAACTCATACAAG
* *
19605725 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTAAGTAAAATTAT-AAAAATTAATAAC-
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*
19605777 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTTGCCAAACCAATTCAAACAATTA-AGACTATATGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAACCAATTCAAACAATTATA-ACTATATGAATA
*
19605840 ATTATTTATTTAAAATTGTTATGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAACTCATACAAGCTTCTTC
64 ATTATTTATTTAAAATTGTTATGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAACTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
19605905 AGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATACG
129 AGAATAAAATAAAACTAATTAAGTAAAATTTCAAAAATTAATACG
* * ** * * * *
19605950 TAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCAAACAATTATAACTATATGAATAAT
19606015 TAT
66 TAT
19606018 CCATTTCAAA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 32, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCAAACAATTATAACTATATGAATAAT
TATTTATTTAAAATTGTTATGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAACTCATACAAGCTTATTCAG
AATAAAATAAAACTAATTAAGTAAAATTTCAAAAATTAATACG
Found at i:19606123 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19605245--19608360 Score: 1870
Period size: 180 Copynumber: 17.3 Consensus size: 180
19605235 TAATAAACAT
* * * *
19605245 GAGATTTGAAAAAATAAATGTGTCTACT-AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
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* * * * *
19605309 ATCAATTTAAAATCGTTGTGAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AATG
64 ATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAA-G
*** *
19605373 CTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT-TTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA
126 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
19605425 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-TCAATTCCAATAATTATGGCCATTTGAACAACTA
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
19605489 TCTATTTCAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TCAACATACAAGCT
65 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCT
* * * *
19605553 TATTT-TAA-AAATTAAT-CTTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAA
128 TATTTGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** *
19605600 GAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACTA-TT-ACAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * *
19605663 TCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTT
65 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTT
* * * * * *
19605728 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTAAGTAA-AATTATAAAAATTAATAACTAA
129 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAGTAA
* * ** * * * * * * *
19605780 GAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTTGCCAAACCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTA
1 GAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * ** * *
19605844 TTTATTT-AAA--A-T-T---GTTATGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAACTCATACAAGCTT
65 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
19605901 -CTTCAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATACGTAA
129 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
19605953 GAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
19606018 CCATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAATATAAGTTTGT
66 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTAT
*
19606083 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAA
131 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * * * * *
19606133 GAGATTTAAAAAGTAAATATGCTTATTAAACCATTTTAACTAGTTTTGACTATTTCAATAATTAA
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * **** *
19606198 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCATTCATA-TTTTTTTT
66 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * **
19606262 TTCAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCT-AAAACTTAACAACCAA
131 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * * * * *
19606312 CAAAATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATATGAACAATAAT
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * *
19606377 CTAAATCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTATCACAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTA-
66 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
19606441 CTCAGATCAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAA-T--T-AGTAA
131 TTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
** * * * * * * *
19606488 GAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAATTAGTTTAAATGGTTAAGACAATTAGAAAAATTA
1 GAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
19606552 TCTATTTTAAATCGTTTTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTT
65 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTT
* * ** * *
19606617 ATTTAAAACAAGTTAATATTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAG-ATA
129 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA-A
* * * * * * * * **
19606669 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTACAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGC
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * *
19606734 CTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA
66 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTA
** *** *
19606799 GAT-AGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAA
130 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
19606849 -AAATTTTAAAAATAAATT-TATTTAC-CAACTCAGTTAAAATAATTATGA-TCATTTGATCAAT
1 GAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAAT
* * *** * * * * * *
19606910 TATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTACATTTTATCATAAAATAATTATTTTTTATCACAGAAGC
63 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGC
** * *
19606975 TTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAATAA
127 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * ** * *
19607029 GAAATTTAAAAATTAATTGTGTTTGCTGAACCAATTAAAATAGTTAAAACTATTAGAATAAATT-
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTA
* ** * * * * * *
19607093 TCTATTTCAAATCTTTACGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCCT
65 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTT
* * * * * *
19607158 ATTCGGAATAAACTAAT-CTAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAGGCAA
129 ATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
19607210 AAGATTTGAAAAAATAA-ACTTGTTTAC-AAAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTCGAACAAT
1 GAGATTT-AAAAAATAATTC-TGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
19607273 TATTTATTT-AAAGTCATTAAAACATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTG-TTTAGTCCATAAAAA
63 TATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAG
* ** * * *
19607336 CTT-GTCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTTATAAG-AA
126 CTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * *
19607390 TGA-ATTTAAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAA-TAACTTCAAATAGTTACT-ACTATTAGAGCA
1 -GAGATTT-AAAAAAT-AATTCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
19607451 ATTGTCTATTTAAAATTATTTTGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTATAGTTCATGCAA
61 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAA
*
19607516 GCTTATTCAAAAT-AAATTAAAATAAATTAACACTAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
125 GCTTATT-----TGAAA-TAAAAT-AA-T---AC----TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
19607580 AAGTAA
175 AAGTAA
* * * * * * *
19607586 GAAATTTAAAAAGAGAATT-TGTTTATTGAATTAGATCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTA
1 GAGATTTAAAAA-ATAATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * ** * *
19607650 TCTATTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTGGTCATGTAACAATTGTTTTTTATCATACAAGTTT
65 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTT
* * *
19607715 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-CTTACAAACATTAATAAGTAA
129 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAGTAA
* * * *
19607767 GATATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAA-TCAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAA-T
1 GAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
19607829 -TGTATATCAAATCGTTAATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGC
64 ATCTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * * * * *
19607893 TTATTCGAAATAAAATAATAGTAATCTAATAATA-TTACAAACATTAACAACTAA
127 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
19607947 GAGATTTAAAAAATAAATT-TATTT-GTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
1 GAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** *
19608010 ATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTT-TTTTACCATAAAA-AATT-TTTTCAATTCATACTAGC
64 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAGC
* * * *
19608072 TTATTAGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
127 TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
19608126 GAGATTTAAAAAATAATAATTCTATTTACCT-AACCAGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
1 GAGATTT--AAAA-AATAATTCTGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * * ** *
19608190 TTATCTATTTTAAATCATTACGATCTCTT-TTTTGTTATAAAATAAAAGTTTTTATTCATATAAG
62 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAG
* * * * *
19608254 TTTGTTT-AGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTT-CAAAATT--TAA-TAA
126 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* ** * *
19608305 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTTTTTG
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
19608361 TTCTATTATA
Statistics
Matches: 2259, Mismatches: 546, Indels: 266
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.00
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178 57 0.03
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTAT
TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
Found at i:19606136 original size:353 final size:348
Alignment explanation
Indices: 19605278--19613283 Score: 1067
Period size: 362 Copynumber: 22.5 Consensus size: 348
19605268 CTACTAGACA
* * *
19605278 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTGTGAACCTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTG
* * * *
19605343 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT-TTAATA
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* *** * * *
19605407 TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAATTCCAATAATTA
128 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAATTA
* * * *
19605471 TGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
193 AGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTATTA-A--TTGTTTTGTCATAAAACAATCA-
** * * *
19605536 TTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAAATTAATCTTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG
253 TTTTCAACATACAAGCTTATTAGAAAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
19605601 AGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
318 AGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * *
19605632 A-TT-ACAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
1 AGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
** * * * * *
19605695 TCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTAAGTAAAA
65 TCATAAAACAATTGTTT-TGTTAATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
19605760 TTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTGCCAAACCAATTCAAACAAT
128 TTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAAACCAATTCAAACAAT
* * * * *
19605824 TAAGACTATATGAATAATTATTTATTT-AAA-ATTGTT-A-TGTTTTGTCATAAAACAATCA-TT
191 TAAGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAACATTATTAATTGTTTTGTCATAAAACAATCATTT
*
19605884 TCAACTCATACAAGCTTCTTCAGAATAGAATAAAAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATA
256 TCAA--CATACAAGCTTATT-AGAA-A-AATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTA-A
* * * * **
19605948 CGTAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAACT
314 --TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * *
19605985 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *
19606050 CATAAAACAATTGTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 CATAAAACAATTGTTTTGTTAATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * ** ** ** * *
19606115 TAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGCTTATTAAACC-ATTTTAACTAGTTT
129 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAAC-AATTA
* * * * * * * * * *
19606179 TGACTATTTCAATAATTAACTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAAT--
193 AGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTATTAA----TTGTTTTGTCATAAAACAATCA
* * ***** * * * * *
19606241 TGGTTCATTCATATTTTTTTTTTCAAATAAAATAATA-TTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTA
253 T-TTTCA-ACATACAAGCTTATT-AGA-AAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-
* * * * * * * * * *
19606304 ACAACCAACAAAATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCGAACC
312 --AA-TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * * *
19606344 AGTTCAAATAGTTAGGACTATATGAACAATAATCTAA-ATCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-AATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19606408 TCACAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTACTC-AGATCAAAATAATACTAATTTAATAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTTGTTAATA-AAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * ***
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128 -TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAATT
* * * * * * * *
19606533 AAGACAAT-TAGAAAAATTATCTATTTTAAATCGTT-TTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAAT
192 AAGACCATAT-GAACAACTATCTATTTCAAA-CATTATTAA----TTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
19606596 --TGTTTCAATTCATACAAGTTTATTTA-AAACAAGTTAATA-TTAATTTATTAACATTTAAAAA
251 CAT-TTTCAA--CATACAAGCTTA-TTAGAAA-AA--TAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAA
* *** *
19606657 ATTAATAAGATAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
309 ATTAAT---A-AGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * ** * * *
19606701 AGTACAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGCCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *
19606766 CATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAG-AATAAAATAATACTAA-TTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTT-TGTTAATA-AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** * * * * * * *
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128 -TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-CAATTCAAACAAT
* * * * * * * * * * * *
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191 TAAGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTATTA-ATT--GTTTTGTCATAAAACAATC
* * * * * * *
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252 A-TTTTCAACATACAAGCTTA-TTAG--AAAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T
* ** * * * * ** *
19607020 AATAAATAAGAAATTTAAAAATTAATTGTGTTTGCTGAACC
311 --T-AATAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * ** * * * * ** *
19607061 AATTAAAATAGTTAAAACTATTAGAATAAATT-TCTATTTCAAATCTTTACGACCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * ** ** * * * *
19607125 TCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCCTATTCGGAATAAACTAAT-CTAAATTTATTAAC
65 TCATAAAACAATTGTTTTGT-TAATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * ** * *
19607189 ATTTAAAAAATTAATAGGCAAAAGATTTGAAAAAATAAACT-TGTTTA-CAAAATAAGTTTAAAT
127 A-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TATATTTACCAAACCAA-TTCAAAC
* * ** * * ** *
19607252 AGTTATGATTAT-TCGAACAATTATTTATTT-AAAGTCATTAAAACATTTTGTTTTGCCATAAAA
188 AATTAAGACCATAT-GAACAACTATCTATTTCAAA--CATTATTA-A--TTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * * * * * *
19607315 TAATTGTTTAGTC--CATAAAAACTTGTCCAAATTAAAATAATAC-TAATTTCTTAATATTTCAA
247 CAATCATTT--TCAACATACAAGCTTAT-TAGA--AAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * **
19607377 AAATTTATAAGAATGAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-T
307 AAATTAATAAG-A-G-ATTT-AAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * ** * * ** * *
19607422 AACTTCAAATAGTTACT-ACTATTAGAGCAATTGTCTATTTAAAATTATTTTGACCTTTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * *
19607486 GTTATAAAATAATTGTTATAGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAATTAAAATAAATTAACACTA
64 GTCATAAAACAATTGTT-TTGTTAAT-AAAGCTTATTC----GAAA-TAAAAT-AA-T---AC--
* * * * * ***
19607551 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGA-GAATTTGTTTATTGA
115 --TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATATATTTACCAA
** * * * * * * **
19607615 ATTAGA-TCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTT
176 ACCA-ATTCAAACAATTAAGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-C---ATTATTAATTGTT
* ** ** * * * * *
19607679 TGGTCATGTAACAATTGTTTTTTATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAC-TAATTTATT
236 TTGTCATAAAACAA-TCATTTTCAACATACAAGCTTA-TTAG-A-AAAATAAAACTTAATTTATT
* * * * * * *
19607743 AATCTTACAAACATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-T
297 AATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * *
19607798 CAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGT--ATATCAAATCGTTAATAACCTTTTGTTCT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTT-ATAACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
19607861 ATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATCTAATAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTT-TGTTAATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * *
19607926 ATTACAAACATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGT
127 ATTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAAT
* * * * *
19607991 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTT-TTTTTTACCATAAAA-AAT-
191 TAAGACCATATGAACAACTATCTATTTC-AAACATTATTA-ATTGTTTTGT--CATAAAACAATC
* * *
19608053 TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAAAA-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATT
252 ATTTTCAA--CATACAAGCTTATTA-G-A-AAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T
* * *
19608117 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATAATTCTATTTACCTAACC
311 --TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-CA-AA-TCTATTTACCAAACT
* * * * * * ** * *
19608161 AGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTACGATCTCTT-TTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * * * * * *
19608225 TATAAAATAAAAGTTTTTATTCATATAAGTTTGTT-TAGAATAAAATAATACTAATCTACTAATA
66 CATAAAACAATTG-TTTTGTTAATA-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
19608289 TTTCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACAATTCAAATAGTTA
128 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAATTA
* ** * * * *
19608351 TGACTTTTTG------T-TCTA-TT-ATAA-A--A-TAATAG--TT-TC-T-----ATTCA--TA
193 AGACCATATGAACAACTATCTATTTCA-AACATTATTAATTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTT
* * *
19608392 CAA-GTAC-A---T-TT---AAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAA
257 CAACATACAAGCTTATTAGAAAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----
* * *
19608447 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACA
318 AGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * *** * * * *
19608478 AGTTTAAATAGTAATGACTATCT-AAGAAATTATTTGTTTCAAATCATTCTAA-CTTTTTTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* ** * * *** *
19608541 TAAT-AAACTAATTGTCTCAGTTCATATAAGGTTAATT-GATGCAAAATAATACTAATTTATTCA
65 TCATAAAAC-AATTGT-TTTGTTAATA-AAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
19608604 TATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATA
126 TATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAA-TTCAAACA
* * * * * * * * * *
19608667 GTTATGGCTATCTAAACAATTATCCATTTCAAAACATAGTGACCTT--TTATTTTGTTATAAAAC
189 ATTAAGACCATATGAACAACTATCTATTTC-AAACAT--T-A--TTAATTGTTTTGTCATAAAAC
** **** * * * *
19608730 AATTGGTTTTGTTGATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAA
248 AA-TCATTTTCAACATACAAGCTTA--TTAGA-AAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *
19608794 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-T
309 ATTAATAAG----AGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* ** * * * *
19608837 -G---AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-ATT-TTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * ** **
19608895 CGTAAAACAATTGTTTTTATTTATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTG-TTTTGTTAATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* ** * * ** * * * *
19608960 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAGCTAAATCTGTTTACTGAGCCAGTTCAAATAGTTA
128 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAATTA
* * * * * * * * ** * * * **
19609020 TGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTATCGTAAAACAATTGTT
193 AGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTAT--TAATTGTTTTGTCATAAAACAATCATT
*** * * * * * *
19609085 TGTGTTCATACAAGTTTATTTG--AAGTAAAA--T-A--TAGCTAA-A-CT-AAAAA-TAGTAAG
255 T-TCAACATACAAGCTTATTAGAAAAATAAAACTTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
19609139 AGATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
318 AGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * ** * * ** * * * *
19609170 AATTCAAGTAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTCCAAAT-ATTCTGACCTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * * *
19609234 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGTTTA-TCCAACATAAAATAATACT-GTTCTATTAAC
66 CATAAAACAATTGTTT-TGTTAATA-AAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATACTAATT-TATTAAT
* * * * * ** * *
19609297 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTTTAAAAAATAAATCTACTTGCTGAACAAATTCAAAT
127 ATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGA---TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAAC
* * * * * * * * * * * *
19609362 AGTCAAGTCTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATCATTATGGCTATTTGTTTTATAATAAAATA
188 AATTAAGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTAT---TAATTGTTTTGTCATAAAACA
** * * * * * * * ** *
19609427 ATTGTTTT-AGTTCATAAAAGATTATGCAAAATAAAATAATA-TTACTTTATTCGTATTTCAGAA
249 ATCATTTTCA--ACATACAAGCTTAT--TAGA-AAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *
19609490 ATTAAGAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAA-T
309 ATTAATAA----GAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * *
19609533 CAGTTCAAATAATTATGGCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTATTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTT
* ** * *
19609597 GTCATAAAACAATTATTTT-TCATTGTATAAGCCTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTT-TTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTTGT--TAATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
19609659 TATTTCAAAAATTAATGAA-TAGGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATA
126 TA-TTAAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACA
* * * * * * *
19609723 GTTATGACTATTTG-A-AATTATATATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
189 ATTAAGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTATTAA----TTGTTTTGTCATAAAACA
* *** * * * * * * * *
19609785 ATTATTTATGTTCATTCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC-GAATATAATAATATTATGAAAA
249 ATCATTT-TCAACATACAAGCTTATT--AGA-AAAATAAAACTTAATTTATTAATATT-TCAAAA
* * * * ** **
19609849 TTAATAACTAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGCTTGTCAAA-T
309 --ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * ** * * * * * * * *
19609891 CAGTTCAAATAATTAAGGCTACATAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCATCTATTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * *
19609956 TCCT-AAACAAATTTTTTTCTTCATAAAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATA
65 TCATAAAAC-AATTGTTTTGTTAAT-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *** * *
19610020 TGTCAAAAA-T--GAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTATATCAAAATTATTCAAATAGT
128 T-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAAT
* * * ** * * ** * *
19610081 TATGACTATGTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAAT-
191 TAAGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTATTA-A--TTGTTTTGTCATAAAACAATC
* * * * * *
19610145 AGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGAATTAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTTGACAATT
252 ATTTTC-A-ACATACAAGCTTATTAG-A--AAAATAAAACTTAATTTATTAATA-TTT--CAA-A
* * * * * *** *
19610209 AA-TATATAAAAGATTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
308 AATTA-ATAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * ** * * *
19610250 AGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCCATTTCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * ** *
19610315 AATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAGTACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTT-TGTTAATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * ** * * *
19610380 TCCAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTACAAAAAT-AATCGATTTTCTGAA-TAAGTTCAAATAGT
129 T-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATATATTTACCAAACCAA-TTCAAACAAT
* * * * * * * * * *
19610443 TATGACTATCTAAACGATTATCTATTTCAAAACATAATGATCATTTGCTTTGTCACAAAACAATT
191 TAAGACCATATGAACAACTATCTATTTC-AAACAT--T-ATTAATTGTTTTGTCATAAAACAA-T
** ** * * * * *
19610508 GGTTTT-ATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATT
251 CATTTTCA-ACATACAAGCTTA-TTAG-A-AAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T
* * * *
19610571 AATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAA-T
311 --T-AATAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
** * *
19610611 GAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * *
19610675 GTCGTAAAACAATTAGTATTATTCATTCAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATT-GTTTTGTT-AAT-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
19610739 TATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTACAAATAG
126 TA-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAA
* * * * * *
19610800 TTATA-ACTATTTGAA-TACTTATCTATCT-AAA-ATTGTTATAATCTTTGTTTTGTCATAAAAT
190 TTA-AGACCATATGAACAAC-TATCTATTTCAAACATT-AT-TAA---TTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *** ** *
19610861 AAT--TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAGTAAAATATTGC-TAAACTAATAATA-TTCTA
248 AATCAT-TTTC-A-ACATACAAGCTTA-TT--AGAAAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTC-A
* * * **
19610922 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGGACT
306 AAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** * * * *
19611020 TACAAAATAATTATTTCACTTCATACATGCTTA-TCTTAAATAAAAATAATA-TTATTCTATTAA
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* * * * * *** * *
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126 TATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAAC
* * * * * ** * * * * ** ** *
19611148 AGTCAAGTCTATTTGAATGATTTTTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTAATAATAAAACA
188 AATTAAGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTAT---TAATTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
19611213 AT--TGTTTCGATTA-ATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATA-TTACTTTATTAATATTTCAA
249 ATCAT-TTTC-A--ACATACAAGCTTAT--TAGA-AAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * ***
19611274 AATTTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAA-T
307 AAATTAATAA---G-AGATTTAAAAAACAAATCTA-TTTACCAAACT
* * * * * * * * *
19611319 CAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-TTTTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTT
* * * *
19611383 GTCATAAAACAATTATTTTTCATTACAT-AACCCTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTT-TTA
64 GTCATAAAACAATT-GTTTT-GTTA-ATAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
19611445 ATATTTCAAAAATTAATGAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAATTCAAAT
125 ATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAAC
* * ** * * * * **
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* ** * * * * *
19611572 AATTATTTATGTTA-ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC-TAATCTAATGATATTAT-GA
248 AATCATTT-T-CAACATACAAGCTTATT-AG-A-AAAATAAAACTTAATTTATTAATATT-TCAA
* * * **
19611634 AAATTAATAACTTCAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAAC-
307 AAATTAATAA----GAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * *
19611679 CGAT--AATAATTAT--CTATTT---TAA--AT---TGT--AAT-G-----ACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
19611724 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCAATTAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTG-TTTTGTT-AATAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** * * * *
19611789 TTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTACTAAA-CAATATCAATCAGTT
128 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAAT-TCAAACAATT
* * * ** * *
19611848 ATA-ACAATTTGAACAA-TAATTTATTTCAAATTGTTTTTCCCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
192 A-AGACCATATGAACAACT-ATCTATTTCAAA-CATTATT---AATTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * ** *
19611911 --TGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATATAGAATAAAGT-AATGTTAATTTATTAATATTTTAAAA
251 CAT-TTTC-A-ACATACAAG-CTTAT-TAGAA-AAA-TAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAA
** * * ** ***
19611972 ATTAAAAATAACG-GATTTAAAAAATGAATATGTTGGCTTGACT
309 ATT---AATAA-GAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * *** *
19612015 AGTGCAAATAATTATGA-TAGTTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTCCGACCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * * *
19612079 CCGTAAAATAATTATTTATGTTTGTACAAGCTTATT-AAAAAAAACATAATTCCAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTT-TGTTAATA-AAGCTTATTCGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * * * ** * **
19612143 ATTTCAAAAATTAATAAGGCAGATATTTGAAAATTGAATCTATTTATCAAATAAATTCAAATAGC
127 A-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAAT
* * * ** * *
19612208 TATGACTAGT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTA-TAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAA
191 TAAGACCA-TATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTATTAA----TTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
19612271 T-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAAAGC-AAATTTATCAATA-TTCAAATA
250 TCATTTTCA-ACATACAAGCTTA-TT-AGA--AAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAA-A
* * *
19612332 ATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-T
309 ATTAATAAG----AGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* ** * * * * *
19612375 AAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * *
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* * * * * * * *
19612504 AACATTCTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAG
124 AATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAA-TTCAAA
* * * * * * * * *
19612568 TAGTCATA-ACTACT-TGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACATTTTTTTTTTGTCATAA
187 CAATTA-AGACCA-TATGAACAACTATCTATTTCAA-ACATTATTA-A---TTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
19612631 AGCAAT--TGTATCAATTCATATAGGCTTATTCA-AAAAAGAATAAAC-TAATTTATTAACATTT
245 AACAATCAT-TTTCAA--CATACAAGCTTATT-AGAAAAA-TA-AAACTTAATTTATTAATATTT
** *** * * *
19612692 TGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCTAAACA
304 CAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * *
19612741 AGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACC-TTTTGTTTT
* ** * * * *
19612805 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTT-TGTTAAT-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * ** *
19612870 ATTTTCAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTATAAACTAAAGT-TGTTTTTCAAACCAATTCAAATAA
127 A-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATATTTACCAAACCAATTCAAACAA
* * * * * * * * * * *
19612930 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCTTTATGATATTTGTTTTATCATAAAATAATT
190 TTAAGACCATATGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTAT--TAATTGTTTTGTCATAAAACAATC
* * * * * * * *
19612995 GTTTCTGATCAAACAAGCTTATTTAGGTAAAAATTATAC-TAATTTAATAATATTTTAAAAATTA
252 ATTT-TCAACATACAAGCTTA-TTA-G-AAAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** * *
19613059 ATAAGAGA-TTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACC
313 ATAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACT
* ** * * * * * * * *
19613094 AATTCAAATAGTTAAAACT-TTTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTATTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * ** * *
19613158 TCATATAATAATTGCTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
65 TCATAAAACAATTG-TTTTGTTAATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
19613223 TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAA
128 TT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAA-TTCAAA
19613284 TAGTTATGAC
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CATAAAACAATTGTTTTGTTAATAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAACAATTAAGA
CCATATGAACAACTATCTATTTCAAACATTATTAATTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTCAAC
ATACAAGCTTATTAGAAAAATAAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
AAAACAAATCTATTTACCAAACT
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19608072 TTATTAGGAA
*
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * *
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1 TAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATAATT
* * * * *
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* * * **
19608527 TAACTTTTTTTTTGTAATAAACTAATTG-TCTCAGTTCATATAAGGTTAATT-G-ATGCAAAATA
130 GAAC-TCTTTTTTGTAATAAAATAAAAGTTCTCA-TTCATATAAGGTTAATTAGAAT--AAAATA
* * * * *
19608589 ATACTAATTTATTCATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTGTTTACCG
191 ATACTAATCTACTAATATT-TAAAAATT--T-AATAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTACC-
* *
19608653 AATA-AGTTCAAATAGTTATG
251 AAAACAATTCAAATAGTTATG
19608673 GCTATCTAAA
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATAATT
ATATTTACCAAACAAGATCAAATAATAATGACTATCTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTACG
AACTCTTTTTTGTAATAAAATAAAAGTTCTCATTCATATAAGGTTAATTAGAATAAAATAATACT
AATCTACTAATATTTAAAAATTTAATAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTC
AAATAGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGTACATT
Found at i:19609820 original size:358 final size:359
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Indices: 19609355--19613537 Score: 2164
Period size: 358 Copynumber: 11.7 Consensus size: 359
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* * * * * * ** * *
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* * * * * **
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* ** *
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* * * *
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** *
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* *
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322 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAG
*
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * *
19609779 AAAATAATTATTTATGTTCATTCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACGAATATAATAATATTAT
66 AAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T
* * * **** * * * *
19609844 GAAAATTAATAACTAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGCTTGTCAAATCAGTTCAAATAATTAAGG
129 CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGA
* ** * * * * * *
19609909 CTACATAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCATCTATTTTGTCCT-AAACAAATT-TTT
194 CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTATTT
* * *** * * *
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258 TTCATTACAT--AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATG
* * **
19610031 AATAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTATATCAAAATTA-
321 AATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAG
* * * ** * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
19610136 TAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * * *
19610201 TGACAATTAATATA-TAAAAGATTGAAAAAATAAAT-ATGTTTATTGAA-CAAGTTTAAATAGTC
128 TCAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATT
* * * * * * * * *
19610263 ATGACTATTTGAGTAATTATCCATTTCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAA-T-
190 ATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
* * ** ** * *
19610326 TGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
255 TTTTTC-ATT-ACATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * **
19610391 ATGAGTAAAAGAATTACAAAAAT-AATC-GATTT-TCTGAATAAG
318 ATGAATAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTG-TTTATC-AAACCAG
* * * * * * * * *
19610433 TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACGATTATCTATTTCAAAACATAATGATCATTTGCTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *** *
19610498 CAAAACAATTGGTTTTATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
19610563 AAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAATGAGTTCAAATAGTTATG
129 -CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATG
* * * * *
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193 ACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTA-T
*
19610692 ATTATTCATT-CA-AA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--
256 -TT-TTCATTACATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
19610751 T-AATAAGAGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAG
319 TGAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAG
* * * * ** *
19610791 TACAAATAGTTATAACTATTTGAATACTTATCTATCTAAAATTGTTATAATC-TTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * ** ** *
19610855 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TT
65 TAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
** * * * *
19610919 CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGGA-CTAGTTCAAATAGTTAA
129 C-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTAT
* * * * * *
19610983 GACTATTAGAACAATTATCTATTTC-AA--A-T-TG--------TTTTGTTACAAAATAATTA--
192 GACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
* * *
19611033 TTTCACTT-CATACATGCTTA-TCTTAAATAAAAATAATA-TTATTCTATTAAGA-TTCAAAAAA
257 TTTCA-TTACATA-A-GCTTATTC-AAAAT-AAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAA
* * * ** * *
19611094 TTAAT-AAGCAAGAAATTTAAAAAACATAAATTTGTTTATTGAACAAA
315 TTAATGAA-TAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATCAAACCAG
* * * * * * * * ** *
19611141 TTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATGATTTTTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTAATAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
19611206 TAAAACAATTGTTTCGATTAATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
19611271 CAAAATTTGAGAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTAT
129 CAAAA-TTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTAT
* * ** * *
19611335 GGCCATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
192 GACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
* * *
19611400 TTTCATTACATAACCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGA
257 TTTCATTACATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGA
* * * * *
19611464 GT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAA
322 ATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAG
* * **
19611502 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
19611567 AAAACAATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATGATATTAT
66 AAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T
* * * *
19611632 GAAAATTAATAACTTCA-AGATTTAAAAAAT--A--AATTTAT----T-TG-TC-----A--A--
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* ** * * * * *
19611677 ACCGA--T-AATAATTATCTATTTTAAATTGTAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT
193 ACC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * *** * **
19611739 TTT-GTT-CAATTAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--T
257 TTTCATTAC-A-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * *
19611799 -AATAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTA-CTAAA-CAA
320 GAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAG
* * * * * ** * ** *
19611836 TATC-AATCAGTTATAACAATTTGAACAATAATTTATTTCAAATTGTTTTTCCCATTTGTTTTGT
1 T-TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
19611900 CATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATAT-AGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAAT
63 CATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAG-CTTAT-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * * *
19611963 ATTTTAAAAATTAA-AAATAACG-GATTTAAAAAATGAAT--ATGTTGGCTTGACT-AGTGCAAA
125 A-TTTCAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCAAT-TT--ATCGAATCAGTTCAAA
* * ** * * ** *
19612023 TAATTATGA-TAGTTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTCCGACCTTTTGTTTTACCGTAAAA
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* * ** ** * * * *
19612087 TAATTATTTATGTTTGTACAAGCTTATT-AAAAAAAACATAATTCCAATTTATTAATATTTCAAA
249 CAATTATTTTTCATTACATAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
** * * * * * ** *
19612151 AATTAAT-AAGGCAGATATTTGAAAATTGAATCTATTTATCAAATAAA
313 AATTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAG
* * * ** *
19612198 TTCAAATAGCTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *
19612263 TAAAATAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAA-AGCAAATTTATCAATA-T
65 TAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATT
* * *
19612325 TCAAATAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTT
128 TC-AA-AATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATT
* * * **
19612389 ATGACTAATTGAATAATTATTTTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTT-TGTTCTGTCATAAAACAA
190 ATGACCATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTAT-TT-TGTCATAAAACAA
* * * * * * *
19612452 TTATTTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATGTATTAACA-TTCTAAC
252 TTATTTTTCAT-TACAT--AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
* * * *
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* * * *
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* * * *
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** * *
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* * * *
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*
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
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** * *** * **
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* * * *
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* * * *
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AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
ATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTTATTCATTCAAA
CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
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* * * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTA-ATTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATAAATT
*** * *
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* *
19611372 ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTACATAACCCTATTCAG
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** * *
19611423 AATAAAATAATACTAATTTTTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATAAAT-T
* ** *
19611488 ATTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAAT-ATTATATATTTCAAATTGTTAT-AA
65 ATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTATATATTTCAAATTGTTATGAA
* * *
19611551 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTAATAC-AAGCTTATTCAG
130 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-TCAATACAAACCCTATTCAG
* * **
19611602 AATAAAATAATACTAATCTAATGATATTAT-GAAAATTAATAACTTCAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAAT-TAATAATATT-TCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATAAA-
** * *
19611666 TTATTTGTCAAA-C----C-GAT-A--AT-A--A-TT--AT--C--TAT-TTT-AAATTGTAATG
63 TTATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTATATATTTCAAATTGTTATG
* * * *** * **
19611710 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAT--TAAGTTTGTTTGG
128 AACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTT-TTCAATACAAACCCTATTCAG
* * **
19611762 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AG-AGATTT-AAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATAAA-T
* * * * * * *
19611822 TATTTACTAAA-CAATATC-AATCAGTTATAACAATTTGAACAA-TAATTTATTTCAAATTGTTT
64 TATTTACCAAATCAAT-TCAAAT-AATTATGACCATTTGAATAACT-ATATATTTCAAATTGTTA
*** * * ** * ** *
19611884 TTCCCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATAT-AG
126 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-TCAATACAAACCCTAT-TCAG
* ** * * * * *
19611938 AATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AAATA-ACGGATTTAAAAAATGAA-
1 AATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGA-AGATTTAAAAAATAAAT
* *** * * * * * * **
19612000 TATGTTGGCTTGA-CTAGTGCAAATAATTATGA-TAGTTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATT
64 TAT-TT-ACCAAATC-AATTCAAATAATTATGACCA-TTTGAATAACTATATATTTCAAATTGTT
** * ** * * *** * * *
19612063 CCGACCTTTTGTTTTACCGTAAAATAATTATTTATGTTTGTAC-AAGCTTATT-AA
125 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-TCAATACAAACCCTATTCAG
* * * * * * * *
19612117 AAAAAACATAATTCCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGC-AG-ATATTTGAAAATTGA
1 AATAAA-ATAATACTAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAA--CTAGAAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * * * *
19612180 ATCTATTTATCAAATAAATTCAAATAGCTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTA
62 AT-TATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTATATATTTCAAATTGTTA
* * * * *
19612245 T-AACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTATTC-ATAC-AAGCTTATTTCA-
126 TGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTT-TTCAATACAAACCCTA-TTCAG
* * * *
19612298 ATTAAAATAA-AGCAAATTTATCAATA-TTCAAATAATTAATAAGTTA-AAGATTTAAAAAATAA
1 AATAAAATAATA-CTAATTAAT-AATATTTCAAA-AATTAATAA-CTAGAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
19612360 ATCTATTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATTTTATTTCAAATTGT
62 AT-TATTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTA-TATATTTCAAATTGT
* * *
19612424 TATG-ACTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTTTGTTC-ATAC-AAGCTTATTCA-
124 TATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA----TTT-TTCAATACAAACCCTATTCAG
* * * * * * *
19612481 AATTAAAATAATATTAATGTATTAACA-TTCTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA
1 AA-TAAAATAATACTAAT-TAATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * **
19612545 TATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAGTAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTA
63 T-TATTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTATATATTTCAAATTGTTA
* * * * * * * *
19612609 TGACATTTTTTTTTTGTCATAAAGCAA-T-TGTATCAATTCATATAGGCTTATTCA-
126 TGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAATACA-A-A-CCCTATTCAG
* * * ** * * * *
19612663 AAAAAGAATAA-ACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATGAGTA-AGAGATTTAAAAAGTGAA
1 AATAA-AATAATACTAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
19612726 TCTATTTGCTAAA-CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTTGT
63 T-TATTTACCAAATCAA-TTCAAATA-ATTATGACCATTTGAATAACTATATATTTCAAA-TTGT
* * * *
19612788 TATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTC-ATA-AAAACTTA-TCCG
124 TATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT---TTCAATACAAACCCTATTCAG
* * *
19612844 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTC-AAAATTAAT-A--AG-AGATTTATAAACTAAA
1 -AATAAAATAATACTAAT-TAATAATA-TTTCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * *
19612904 GTTGTTTTTCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCA-ATCTCAAATCT-TT
63 -TTATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTAT-ATATTTCAAAT-TGTT
* * * * * *
19612967 ATG-A-TATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGATCAA-AC-AAGCTTATTTAG
125 ATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T--TCAATACAAACCCTATTCAG
* * *
19613021 -GTAAAAATTATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAAT-A--AG-AGA-TTAAAAAATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * * * ** *
19613080 GTGCTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTA-AAACTTTTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT
64 -TATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTT-GAATAACTATATATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * * * *
19613144 GACCTATTGTTTAGTCATATAATAATTGCTTCAGTTC-ATAC-AAGCTTATTC-G
127 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATT--TTTCAATACAAACCCTATTCAG
* * *
19613196 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTTAAAAAATA
1 -AATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAGA-AGA-TTTAAAAAATA
* * * * * * * * **
19613259 AATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACAATGTGAACAATTATAT-TTTTAAACTCC
61 AA-TTATTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTATATATTTCAAA-TTG
* * * *
19613322 TTATG-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTC-ATA-AAAGCTTTTTCA-
123 TTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTT--TTCAATACAAACCCTATTCAG
* * * ** *
19613378 AAAAAAATAATACTACTCTATTAATATTTTGAAAGTTAA-AA--AGAAAGAGTTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAAT-TAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAG-AAGA-TTTAAAAAATAAA
* ** * * * ** * * *
19613440 TCAGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAGCAACTATCTATTTCAAGTTATTAT
63 TTA-TTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTATATATTTCAAATTGTTAT
* * * *
19613505 TACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTT
127 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
19613538 TAACATGTTA
Statistics
Matches: 1623, Mismatches: 331, Indels: 327
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
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164 2 0.00
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168 3 0.00
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171 2 0.00
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186 2 0.00
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AATAAAATAATACTAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATAAATTA
TTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAACTATATATTTCAAATTGTTATGAAC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAATACAAACCCTATTCAG
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19611517 TTATTTGAAT
* *
19611527 ATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTT-AATACA
1 ATTATATATTTCAAATTGTAATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCAAT-CA
*
19611591 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATGATATTATGAAAATTAATAACTTCAAGATTTA
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125 AAAAATAAATTTATTTGTCAAACCGATAATA
* * * * * *
19611687 ATTATCTATTTTAAATTGTAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAATTAA
1 ATTATATATTTCAAATTGTAATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCAATCAA
* * ** * * * * *
19611752 GTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAT
66 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAT
19611817 AAATTTATTT
131 AAATTTATTT
19611827 ACTAAACAAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 18, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.43
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ATTATATATTTCAAATTGTAATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCAATCAA
GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAT
AAATTTATTTGTCAAACCGATAATA
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19612833 AAACTTATCC
* * * *
19612843 GAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGAGATTTATAAACTAAAGTTG
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAGTTG
* ** ** * *
19612908 TTTTTCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCTTTATGATA
66 CTTGCCAAACCAATTCAAATAATTAAAACTATTTGAAAAAATATCAATCTCAAATCATTATGATA
* *
19612973 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGATCAAACAAGCTTATTTA
131 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTTCAGATCAAACAAGCTTA-TTA
** * *
19613020 GGTA-AAAATTATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGA-TTAAAAAATAAA-TGT
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAGT-T
* * * *
19613082 GCTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACT-TTT-AAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTG
65 GCTTGCCAAACCAATTCAAATAATTAAAACTATTTGAAAA-AA-TATCAATCTCAAATCATTATG
* * * *
19613145 ACCTA-TTG-TTTAGTCATATAATAATTGCTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
128 A--TATTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGCTTCAGATCAAACAAGCTTATTA
* **
19613195 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * ** * * * * * * * *
19613260 ATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACAATGTGAACAATTAT-ATTTTTAAACTCCT
61 AGTTGCTTGCCAAACCAA-TTCAAATAATTAAAACTATTTGAAAAAATATCAATCTCAAA-TCAT
* * ** * * *
19613323 TATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAA-AAGCTTTTTCA
124 TATGA-TATTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTTCAGATCA-AACAAGCTTATT-A
* * * * *
19613378 -AAA-AAAATAATACTACTCTATTAATATTTTGAAAGTTAAAAAGAAAGAGTTTAAAAAATAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAA
19613440 TCAGTTTACT
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 64, Indels: 46
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.01
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176 98 0.30
177 8 0.02
178 3 0.01
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184 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (176 bp):
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAGTTG
CTTGCCAAACCAATTCAAATAATTAAAACTATTTGAAAAAATATCAATCTCAAATCATTATGATA
TTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTTCAGATCAAACAAGCTTATTA
Found at i:19614315 original size:21 final size:20
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Indices: 19614289--19614339 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
19614279 AGCTTTACCC
19614289 GATCGATCCCTTCATTCTAAG-
1 GATCGATCCCTTC-TT-TAAGT
* *
19614310 GATCGATCCATTCTTTAGGT
1 GATCGATCCCTTCTTTAAGT
19614330 GATCGATCCC
1 GATCGATCCC
19614340 CTATGTGGGG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
19 3 0.12
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ACGTcount: A:0.22, C:0.27, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
GATCGATCCCTTCTTTAAGT
Found at i:19615098 original size:180 final size:178
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Indices: 19614783--19615952 Score: 823
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19614773 GCCAACACAA
* * ** * * *
19614783 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGCTAATGTTTCAAGAA-T--TAATAAGGG
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGAG
* * * * * *
19614845 ATTTAAAAATTAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
19614910 TCTCAAATTGTTAT-AATTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATT
130 TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATT
* * * *
19614959 CATACAAACTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAAAACTATGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGA
* * * * * *
19615024 GAGTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAATCCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTT
64 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* *
19615089 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTTA--
129 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATT
* * *
19615137 -GTACAAG---A-T--AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTGAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGA
* * * * * * *
19615195 G-TTTAGAAAATAATTTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTGTT
64 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
19615258 TATTCCTAATCT-TTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTTTATTT
128 TATTTCAAAT-TGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTA-TT
* * * * * * *
19615311 AATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AATAAGA
* * * **
19615376 GATTTAAAAAGTGAATATATTTA-CAAACC-ATCTCAAATAGTTTTGACTATTTG-ACTAATTAT
64 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAAT-TCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC-AATTAT
* * * * * * * *
19615438 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATT
127 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTATT
* ** * * * * * * *
19615491 CATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATAA-TAATTTAATAATATTCCAAAATTTAATAACCAAA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAG
* * * * * * * * *
19615555 AAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACTAATTCAAATAGCTAAGACTATATGAACGATTATC
63 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
* *** * * * *
19615620 TATTTGAAATCAATATGACTTTTTCTTTTGTCATAAGACAATTATTTT-TT
128 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATT
** * * * * * *
19615670 TGTACTAGCTTATTCTAATTAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAG
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGAG
* * * ** * * *
19615732 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAATTCAAAATGGTTGAGACTATTAGAACAATTATCT
65 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTC-AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
19615797 ATTTCAAATTGATCTGACTTTTTG-TATAGTCATAAAATAGTTGTTTTAGTT
129 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTA-TT
* * * * *
19615848 CATACAAGCCTATTC-AGAATAAATTAATAA-TAATTTATTAACATTCAAAAA--ATTAATAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA-AACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGA
* * *
19615909 GATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTT
64 GATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTT
19615953 TATACAAGAA
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 174, Indels: 88
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 86 0.11
171 49 0.06
173 1 0.00
174 1 0.00
175 37 0.05
176 103 0.13
177 13 0.02
178 55 0.07
179 71 0.09
180 143 0.18
181 194 0.25
182 22 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATT
Found at i:19615298 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19614975--19615286 Score: 416
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
19614965 AACTTATTCG
19614975 AAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAAAACTATGAGAGTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAAAAC-ATGAGAGTTAAAAAATAAAT
* * *
19615040 CTGTTTACCAATCCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
65 CTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTTATTCCAAATTGTTATG
19615105 ACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTTAGTACAAGAT
130 ACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTTAGTACAAGAT
* * * * * *
19615146 AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAA-GTGAGAGTTTAGAAAATAAT
1 AAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTCT-AAAAATTAAAAACATGAGAG-TTAAAAAATAAA
* * * * *
19615209 TTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTGTTTATTCCTAATCT-TT
64 TCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTA-AGACTATATGAACAATTATTTATTCCAAAT-TGTT
*
19615272 ATTACTTTTTGTTTT
127 ATGACTTTTTGTTTT
19615287 GTCTTAAAAC
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 15, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.05
170 76 0.62
171 40 0.33
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAAAACATGAGAGTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTTATTCCAAATTGTTATGA
CTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTTAGTACAAGAT
Found at i:19615817 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19615600--19615934 Score: 401
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
19615590 CAAATAGCTA
* * * * *
19615600 AGACTATATGAACGATTATCTATTTGAAATCAATATGACTTTTTCTTTTGTCATAAGACAATTAT
1 AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGACTTTTTCTATAGTCATAAAACAATTAT
** * * * * *
19615665 TTT-TTTGTACTAGCTTATTCTA-ATTAAAATAATACTAATTCAATAATATTTC-AAAAATTAAT
66 TTTATTCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATAATAATTCAATAACA-TTCAAAAAATTAAT
19615727 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAATTCAAAATGGTTG
129 AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAATTCAAAATGGTTG
** * * * * *
19615776 AGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGATCTGACTTTTTGTATAGTCATAAAATAGTTG
1 AGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGACTTTTTCTATAGTCATAAAACAATTA
* * *
19615840 TTTTAGTTCATACAAGCCTATTCAGAATAAATTAATAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
65 TTTTA-TTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATAATAATTCAATAACATTCAAAAAATTAAT
19615905 AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
129 AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
19615935 AAACAAATTC
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 22, Indels: 9
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.01
176 54 0.41
177 4 0.03
178 52 0.40
179 20 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGACTTTTTCTATAGTCATAAAACAATTAT
TTTATTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATAATAATTCAATAACATTCAAAAAATTAATAA
GAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAATTCAAAATGGTTG
Found at i:19616630 original size:163 final size:160
Alignment explanation
Indices: 19616337--19616641 Score: 362
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
19616327 TGTTCGGTTA
* *
19616337 AAAATAATACTAATTTTACAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTAC
1 AAAATAATACTAATTTTACAATATTTTGAAAATTAATAAAAGAGTTAAAAAATAAATGTGTTTAC
* * ** * *
19616402 TAAACAAATCAAATAGGTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCCAATCATTTTGACCTTTTGT
66 CAAACAAATCAAATAGGTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTGT
19616467 TTAGTCATAAAATATATTTTCATATCTTAT
131 TTAGTCATAAAATATATTTTCATATCTTAT
* * * *
19616497 AAAATAATATTAATTTCT-TAATATTTTGAAAATTAATAACCAAGAGTTACAAAAATACATTTGT
1 AAAATAATACTAATTT-TACAATATTTTGAAAATTAATAA--AAGAGTTA-AAAAATAAATGTGT
* * * ** * * *
19616561 TTACCGAACAAATTC-AATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAACCATTATGACTT
62 TTACCAAACAAA-TCAAATAGGTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCT
*
19616625 TTTGTTTTGTCATAAAA
126 TTTGTTTAGTCATAAAA
19616642 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 21, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 35 0.29
161 1 0.01
162 6 0.05
163 75 0.63
164 2 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (160 bp):
AAAATAATACTAATTTTACAATATTTTGAAAATTAATAAAAGAGTTAAAAAATAAATGTGTTTAC
CAAACAAATCAAATAGGTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTGT
TTAGTCATAAAATATATTTTCATATCTTAT
Found at i:19616890 original size:14 final size:16
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Indices: 19616861--19616892 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
19616851 CGAAAGCTTA
19616861 TTGAACCAATTTCTAT
1 TTGAACCAATTTCTAT
19616877 TTGAA-CAA-TTCTAT
1 TTGAACCAATTTCTAT
19616891 TT
1 TT
19616893 TAAACCATTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.50
15 3 0.19
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ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (16 bp):
TTGAACCAATTTCTAT
Found at i:19617126 original size:284 final size:284
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Indices: 19616587--19617138 Score: 623
Period size: 284 Copynumber: 1.9 Consensus size: 284
19616577 ATAGTTACAA
* * * * * *
19616587 CTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAACCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAACCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * *
19616652 AGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
66 AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
* ** * * * ** * * *
19616717 TAGTGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAATCAATTTGAATAATTATAGTCATTTCAACAATT
131 AAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAGCAATTCAAATAATTATAGACATATCAACAACT
* * * **
19616782 ATCTATTTTAAATCATTATTATCTTTTGTTTGGTCAAATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGTT
196 ATCTATTTGAAATCATTATGATCTTTTATTTGGTCAAATAACAATTGTTTTCAATCATACAAG-T
19616847 TATTCGAAAGCTTATTGAACCAATTT
260 TATTC-AAAGCTTATTGAACCAATTT
* *
19616873 CTATTTGAACAA-T-TCTATTTTAAACCATTATAACCTTTTATTTTGTTAT-AAACAAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAACCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTATTT
* * *
19616935 CAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCAAAAATTTATAAC
65 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
** * * * *
19617000 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAGCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAA
130 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAGCAATTCAAATAATTATAGAC-ATATCAACAA
* * *
19617064 CTATCTATTTGAAATCATTATGA-CTTTTTATTTTGTCGTAA-AACCATTG-TTTCAATTCATAC
194 CTATCTATTTGAAATCATTATGATC-TTTTATTTGGTC-AAATAACAATTGTTTTCAA-TCATAC
19617126 AAGTTATTCAAAG
256 AAGTTATTCAAAG
19617139 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 41, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
282 4 0.02
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285 3 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (284 bp):
CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAACCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
AAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAGCAATTCAAATAATTATAGACATATCAACAACT
ATCTATTTGAAATCATTATGATCTTTTATTTGGTCAAATAACAATTGTTTTCAATCATACAAGTT
ATTCAAAGCTTATTGAACCAATTT
Found at i:19617602 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19616877--19618496 Score: 1117
Period size: 182 Copynumber: 9.0 Consensus size: 179
19616867 CAATTTCTAT
* * * * * * * **
19616877 TTGAACAA-T-TCTATTTTAAACCATTATAACCTTTTATTTTGTTAT-AAACAAATTATTTCAAT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTAT
* * * * * * *
19616939 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCAAAAATTTATAACTAAG
65 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAATAAG
* *
19617004 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAGC-AGTTCAAATAGTTAAGACTA
129 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * **
19617055 TATGAATAACTATCTATTTGAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCGTAAAACCATTGTTTCAAT
1 T-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * *
19617120 TCATACAAG-TTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAAA-AAGT
65 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAATAAGA
* * * * * * *
19617181 GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTTCTGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCTCC
130 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-A
* * * * * * * *
19617232 GTCAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTT-TA
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-
* * ** * * *
19617296 ACATTCAACCTTATTCAGAATAAAATAATGA-TAATTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
65 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAA-TTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAATA
* * *
19617360 AGCA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAATTCAAATAGTTATGACTA
127 AG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * *
19617413 TTTGAACAATTGTAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTT-CCATAAAACAATTATTTTTA
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * *
19617477 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAATATTAATAAATAA
64 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAATAA
* * * * *
19617542 GAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTA
128 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
19617594 TATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAAGTT-TTTTTG
1 T-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT-
* *** * * *
19617658 AATTCATACTAACTTT-TTTGGAATGAAATAA-AATGAATTT-TTAATATTTCATAAATTAGTAA
63 -ATTCATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAA
* * * * *
19617720 ATAGGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTA
124 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
19617776 TTGTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTCAT
1 TTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * ** *
19617841 TTATATAAGTTTGTT-AAGAATAAGGTAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA--AATTAATAAG
65 TCATACAAGTTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAATAAG
* * *
19617902 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTA
129 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * ** * *
19617953 TTAGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTCTATTTTAAAACAATTGTTTCTGT
1 TT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * *** * * * * * * *
19618018 CCATAAAAGCTTT-TTTGGATTAAAATAATAATAGTTTATTAATATTTTTGACAATTAATTAGTA
65 TCATACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTTCAAAATTAATAAATA
* * * * * * * * *
19618082 AAAAATTTTAAAAATAAATAC-GTTTACTAAACTAGATCAAGTAATCATGACTA
127 AGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * ** **
19618135 TTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAATGAATTG-TTCAAT
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * ** * *
19618199 TCATATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATA-ATCTAAAATTAAT-AATAA
65 TCATA-CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAAT-A
* * * * * * *
19618262 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGT
127 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-A
* * * * * *
19618316 TTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TTTTCTAT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TAT
* * * * *
19618380 TCACACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATATTATTAACA-TT-AAGATAGTTAATAAG
65 TCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAA-A-A-TTAATAAA
* * * * **
19618442 TAA-AGGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATCCTTATGACT
125 TAAGA-GA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
19618497 TTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 1140, Mismatches: 237, Indels: 125
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 97 0.09
177 154 0.14
178 19 0.02
179 31 0.03
180 183 0.16
181 207 0.18
182 366 0.32
183 77 0.07
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATT
CATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
Found at i:19618080 original size:363 final size:351
Alignment explanation
Indices: 19617004--19618352 Score: 955
Period size: 363 Copynumber: 3.7 Consensus size: 351
19616994 TATAACTAAG
* * * * * * * * *
19617004 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAGC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAACTAT
1 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
* * * * * * *
19617068 CTATTTGAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCGTAAAAC-CATTGTTTCAATTCATACAAGTTA
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAAATT-TTTC-ATTCATATAAGTT-
* * * * * *
19617132 TTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAAAAGTGATTTAAAAAGTGAA
126 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * *
19617196 TCTGTTT-TCTGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCTCCGT-CAATAGTTATCTATTTCAAATCA-
191 TCTATTTAT-TGAACT-AGTTTAAATAATTATGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT-AG
* * * * * * * * * **
19617257 TTATTACCTTTTGTT-TGGTCATATAACAATTGTTTTT-T-A-ACATTCAACCTTATTCAGAATA
252 TTATGACCTTTTATTCT-ATCGTAAAACAA--GTTTTTCTGATCCATACAAACTTTTTTGGAATA
* * * *
19617318 AAATAATGAT-AATTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
314 AAATAA-AATGAA-TTT-TTAATATTTCATAAATTAGTAA--A
* * * * *
19617360 AGCAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTG
1 A--AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTA
** * * *
19617425 TAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTTCCATAAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAGTT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTTCATAAAACAA--ATTTTTCATTCATATAAGTT
* * * * * *
19617489 TATTCAAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAATATTAATAAATAAGAGAATTAAAAA
126 T-TT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-A--AATTAATAAGAGATTTAAAAA
* ** * * *
19617554 ATAAATTTATTTGCTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAAT
186 ATAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
19617618 AGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAACTTTTTTGGAATG
250 AGTTATGACCTTTTATTCTATCGTAAAACAAGTTTTTCTG-ATCCATACAAACTTTTTTGGAATA
19617683 AAATAAAATGAATTTTTAATATTTCATAAATTAGTAAA
314 AAATAAAATGAATTTTTAATATTTCATAAATTAGTAAA
* * *
19617721 TAGGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTGT-AACA
1 -A--A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT-TAAACA
* *
19617784 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTCATTTATATAA
60 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAAAT-TTTTCATTCATATAA
**
19617849 GTTTGTTAAGAATAAGGTAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
123 GTTT-TTAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
19617913 ATAAATCTATTTATTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATC
186 ATAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATA
* ** *
19617978 GTTATGACTTTTTATTCTATTTTAAAACAA-TTGTTTCTG-TCCATA-AAAGCTTTTTTGGATTA
251 GTTATGACCTTTTATTCTATCGTAAAACAAGTT-TTTCTGATCCATACAAA-CTTTTTTGGAATA
* *
19618040 AAATAATAAT-AGTTTATTAATATTTTTGACAATTAATTAGTAAA
314 AAATAA-AATGAATTT-TTAATA--TTT--C-ATAAATTAGTAAA
* ** * * * *
19618084 AAATTTTAAAAATAAATACGTTTACTAAACTAGATCAAGTAATCATGACTATTTAAATAATTATC
1 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATC
** ** *
19618149 TATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCAT-AAATGAATTGTTCAATTCATATAAAGCTTA
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAAATTTTTC-ATTCATAT-AAG-TT-
* * *
19618213 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATA-ATCTAAAATTAA-TAATAAAGAGATTTAAAAAA
126 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA--AATTAAT-AAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
19618276 TGAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
187 TAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATAG
* *
19618341 CTATAACCTTTT
252 TTATGACCTTTT
19618353 GTTTTGTCAT
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 144, Indels: 100
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
356 3 0.00
357 33 0.04
358 121 0.15
359 231 0.29
360 19 0.02
361 20 0.03
362 97 0.12
363 239 0.30
364 11 0.01
365 22 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (351 bp):
AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTCATAAAACAAATTTTTCATTCATATAAGTTTTTAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTATTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT
TTTATTCTATCGTAAAACAAGTTTTTCTGATCCATACAAACTTTTTTGGAATAAAATAAAATGAA
TTTTTAATATTTCATAAATTAGTAAA
Done.