Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27802247
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 124000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 108 of 147
Found at i:19618409 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 19617759--19618409 Score: 740
Period size: 362 Copynumber: 1.8 Consensus size: 358
19617749 CCTAACCAGT
* * * *
19617759 TCAAATAATTATGACTATTGTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAT
1 TCAAATAATCATGACTATTGTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCAT
* * ** *
19617824 AAAACAAATGTTTTCATTTATATAAGTTTGTTAAGAATAAGGTAATACTAATTTATTAATATTTC
66 AAAACAAATGTGTTCATTCATATAAGTTTGTTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTC
* * *
19617889 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTAT
131 AAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTAT
* * * * * * ** *
19617954 TAGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTCTATTTTAAAACAATTGTTTCTGTC
196 TAGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATC
* * *
19618019 CATAAAAGCTTTTTTGGATTAAAATAATAATAGTTTATTAATATTTTTGACAATTAATTAGTAAA
261 CACAAAAGCTTATTTGCA-TAAAATAATAATAGTTTATTAATATTTTTGACAATTAATTAGTAAA
19618084 AAATTTTAAAAATAAATACGTTTACTAAACTAGA
325 AAATTTTAAAAATAAATACGTTTACTAAACTAGA
* * *
19618118 TCAAGTAATCATGACTATT-TAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCA
1 TCAAATAATCATGACTATTGT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCA
** * *
19618182 T-AAATGAAT-TGTTCAATTCATATAAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTGAT
65 TAAAACAAATGTGTTC-ATTCATAT-AAG-TT-TGTTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
19618243 AATCT-AAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAAT
126 -ATCTCAAAA--AATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTTAAATAAT
* * * * * * * *
19618307 TATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT
187 TATGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATT
* * *
19618372 TTTTCTATTCACACAAGCTTATTT-CAAATAAAATAATA
252 GTTTCTATCCACAAAAGCTTATTTGC--ATAAAATAATA
19618410 CAAATATTAT
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 45, Indels: 19
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 4 0.02
358 14 0.06
359 85 0.36
360 8 0.03
361 6 0.03
362 118 0.50
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TCAAATAATCATGACTATTGTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCAT
AAAACAAATGTGTTCATTCATATAAGTTTGTTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTC
AAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTAT
TAGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATC
CACAAAAGCTTATTTGCATAAAATAATAATAGTTTATTAATATTTTTGACAATTAATTAGTAAAA
AATTTTAAAAATAAATACGTTTACTAAACTAGA
Found at i:19618798 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19618483--19620364 Score: 1308
Period size: 181 Copynumber: 10.4 Consensus size: 176
19618473 GAACAAGTTT
* * * * * * * *
19618483 AAATCCTTATGACTTTTTTTTTTTACATAAAATAATTGTTTTCGTTCATACTA-TTTATTCAGAT
1 AAATCATTATGACTTTTATTTTGT-CATAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAAGTTT-TT-TGAA
* *
19618547 TAAAACAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAATATTTAAACAAATAAATAT
62 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAA-AAATAAATAT
* * ** *
19618612 GTTTACCGAATAAGTTCAAAGAGTCGTGACTATTTGAATAATTATCAATTTC
125 GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * *
19618664 AAATCATTATGACAATTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTTTTTGAAG
1 AAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAG-TTTTTTGAA-
* * * * * *
19618729 TAAAATAACATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGATTAACAAAATTAAAAAA-AGAATTT
62 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATA-AATAT
** * *
19618793 GTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
125 GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * **
19618845 AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGTAAGTTTATTTCGAA
1 AAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGTTT-TTT-GAA
19618910 TAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATA
62 TAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
19618973 TGTTTTCTAAACAGGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATATATTTC
124 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * *
19619026 AAATTATTATGACCTTTCATTTTATCAT-AAACTAATTGTTTT-TGTGCATAAAAGCATATTTAG
1 AAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAT-T-CATACAAG--TTTTTTG
* * * *
19619089 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTGAAAAATAAATC
60 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
19619154 TGTTTAGCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC
124 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * ** *
19619207 AAATCGTAATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGTTT-TTTG-AA
* ** * *
19619272 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTT
62 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATAT
* * *
19619336 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCT-T-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTC
125 GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGT-TATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTC
* * ** * **
19619388 AAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAACCATACAAAATTATTCAGAA
1 AAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATAC-AAGTT-TTTTGAA
* * * * *
19619453 TAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTAT
62 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGT
* * *
19619515 TTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AGACAATTATCTATCTC
127 TTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTC
* * * * * * * ** *
19619565 AAATTATTATGA-TCTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTTTTCGTATAAGCTTATTCAGAG
1 AAATCATTATGACT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAG-TT-TTTTGAA
* * ** *** * * *
19619629 TTAAATATTGCTAAACCAATAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
62 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
19619693 GTTTGCCGAACAAGTTCAACTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
125 GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * ***
19619745 AAATCGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAG-TT-TTTTGAA
* * * *
19619810 TAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAAAATAAAAT
62 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAAT-AAAT
* * * *
19619874 ATGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
123 ATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * * * **
19619928 AAATTATCATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACATTTGCTTCAGATCATAAAAGCTTATCTAAAA
1 AAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAG-TT-TTTTGAA
* * * **** *
19619993 TAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGTTGGTGATTCAAAAAATAAATCA
62 T-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT-A
* * * * * * * * *
19620058 -GTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACGATTTTAACAATTATCGATTTTA
124 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTC
* * * * * * * * *
19620111 AAAT-GTTATAAACTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTATTTT-TCATCATATAAGCCTATTCGAA
1 AAATCATTAT-GACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAG-TTTTTTG-A
* ***
19620174 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGTGATTTAAAACAA-AAATA
61 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAA-AATAAATA
* * * * *
19620238 TGTTTACTGAAA-CAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATT-TATATTTC
124 TGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * *
19620290 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGTTT-TTTG-AA
19620355 TAAAATAATA
62 TAAAATAATA
19620365 CAAATCTAAT
Statistics
Matches: 1361, Mismatches: 264, Indels: 153
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.00
176 64 0.05
177 66 0.05
178 1 0.00
179 14 0.01
180 152 0.11
181 713 0.52
182 183 0.13
183 125 0.09
184 34 0.02
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AAATCATTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGTTTTTTGAATAAA
ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
Found at i:19619178 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 19618483--19620386 Score: 1562
Period size: 362 Copynumber: 5.3 Consensus size: 356
19618473 GAACAAGTTT
* * * * * * *
19618483 AAATCCTTATGA-CTTTTTTTTTTTACATAAAATAATTGTTT-TCGTTCATACTA-TTTATTCAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATT-TG
* * * *
19618545 ATTAAAACAATATT-AATTTATTAATATT-TCAATAATTAATAAGTAAAATATTTAAACAAATAA
63 AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAA-AAATAA
* * * ** * *
19618608 ATATGTTTACCGAATAAGTTCAAAGAGTCGTGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTA
124 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * * * * *
19618673 TGACAATTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGC-TTTTTTGAAGTAAAATAA
189 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCATATTTAGAA-TAAAATAA
* * * * * * * *
19618737 CATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGATTAACAAAATTAAAAAAAGAATTTGTTTACTGA
253 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATA-AATATGTTTAC--A
* * *
19618802 ATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
314 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * **
19618845 AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGTAAGTTTATTTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-GAA
* *
19618910 TAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATG
65 TAAAATAATTTAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATG
* * * * * **
19618975 TTTTCTAAACAGGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATGACC
129 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
19619040 TTTCATTTTATCAT-AAACTAATTGTTTTTGTGCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACTA
194 TTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACTA
* * *
19619104 ATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTGAAAAATAAATCTGTTTAGCAAGTGAG
258 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATATGTTTA-CAA-TAAG
* *
19619169 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC
319 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** *
19619207 AAATCGTAATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG-AA
* ** *
19619272 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTT
65 TAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* *
19619336 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCT-T-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTAT
128 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *** *
19619398 GACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAACCATACAAA--ATTATTCAGAATAAAATAA
190 GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGCA-TATTTAGAATAAAATAA
* * * * *
19619461 TATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAA
253 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTA-C-AA
* *
19619523 TCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AGACAATTATCTATCTC
315 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
19619565 AAATTATTATGATC-TTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTTTTCGTATAAGCTTATTCAGAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAA
* ** * *
19619629 TTAAAT-ATTGCTAAA-CCAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
65 TAAAATAATT--TAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
19619692 TGTTTGCCGAACAAGTTCAACTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA
127 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * ** * * * * *
19619757 CCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
192 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACT
* * * *
19619822 ATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAAAATAAAATATGTTTGCCAAA
257 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTT--AAAAAT-AAATATGTTT-AC-AA
* *
19619886 TAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
315 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * **
19619928 AAATTATCATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACATTTGCTTC-AGATCATAAAAGCTTATCTAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTAT-TTGA
* * * *** *
19619992 ATAAAAATAATATT-ACTTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGTTGGTGATTCAAAAAATAAAT
64 AT-AAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
19620056 CA-GTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACGATTTTAACAATTATCGATTTTAAAAT-GTT
126 -ATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTT
* * * * * ** * * *
19620118 ATAAACTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTATTTTTCATCATATAAGCCTA-TTCGAAATAAAATA
188 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCATATTTAG-AATAAAATA
*** *
19620182 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGTGATTTAAAACAAAAATATGTTTACTG
252 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAA-ATAAATATGTTTAC--
* *
19620247 AA-ACAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATT-TATATTTC
313 AATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
19620290 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG-AA
** * *
19620355 TAAAATAATACAAATCTAATAATATTATAAAA
65 TAAAATAATTTAAATTTATTAATATTATAAAA
19620387 CCAAATAGTT
Statistics
Matches: 1237, Mismatches: 240, Indels: 131
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 9 0.01
357 210 0.17
358 68 0.05
359 3 0.00
361 41 0.03
362 495 0.40
363 197 0.16
364 43 0.03
365 154 0.12
366 16 0.01
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAT
AAAATAATTTAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACAATAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:19620870 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19620570--19620979 Score: 409
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
19620560 CCAGTTCAAT
* * *
19620570 TAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAAC
1 TAGTTATAACAATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTATTTTGTCACAAAAC
* * *
19620635 AATTGTTTCTATTGATATAGAATTATTTGAAATAAATTAATCCTAAGTTTTTAATATTCTAAAAA
66 AATTGTTTCTATTGATATAGAATGATTCGAAATAAATTAATCCTAAGTTTTTAATATTCCAAAAA
**
19620700 TTACTAAGTAACAAATTTAAAAA-TGAATATGTTGGCCTAATTAGTACAAA
131 TTAAAAAGTAACAAATTTAAAAACTGAATATGTTGGCCTAATTAGTACAAA
** * * * * *
19620750 TAGTTATAACTGTATGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATC-TTTGTTTTGTCACAAAAT
1 TAGTTATAACAATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTATTTTGTCACAAAAC
* * * **
19620814 AATTGTTTCTATTCG-TATA-AGCTGATTCGGAATAACA-TGATTTTAA-TTTATTAATATTCCA
66 AATTGTTTCTATT-GATATAGA-ATGATTCGAAATAA-ATTAATCCTAAGTTT-TTAATATTCCA
* * * * * *** * * **
19620875 AATATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTATTTATCGAATAAGTTTAAA
127 AAAATTAAAAAGTAACAAATTTAAAAACTGAATATGTTGGCCTAATTAGTACAAA
* * * **
19620930 TAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCATTATAACCATTT
1 TAGTTATAACAATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTT
19620980 GTCATAAAAA
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 40, Indels: 11
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.02
179 80 0.43
180 97 0.53
181 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAGTTATAACAATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTATTTTGTCACAAAAC
AATTGTTTCTATTGATATAGAATGATTCGAAATAAATTAATCCTAAGTTTTTAATATTCCAAAAA
TTAAAAAGTAACAAATTTAAAAACTGAATATGTTGGCCTAATTAGTACAAA
Found at i:19621464 original size:179 final size:180
Alignment explanation
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* * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* *
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19621780 AAAATTTTTG
Statistics
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TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
Found at i:19621780 original size:179 final size:179
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* * * * *
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* * * **
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * ** * **
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* * * * *** ** * *
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* ** *** * * ** *
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1 CAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAAT-ATTATGACCAT-T-TGTTT-TG
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* * ** ** * *
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115 T--TT-AT-TAA-TA-TTCCAAA-AA-T-TAA-TAAGTA--AAA--ATTTA--AAAAATAAATAT
* **** *
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164 G-TTTATCGAATCAGTT
* * * * *** * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
19623899 AAATGATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-C
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* * * *
19623961 AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTT
129 AA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATC-AGTT
* * * * ** *
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* * * * * * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
* * *
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** * *
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* * * * *
19624863 AAAAATTAACAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATAAGTTTATCGAA-CAAGTT
129 AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATC-AGTT
* * * * * * * * * *
19624915 TAAATAGTCATGTCCATGTGAACTATCATATATTTTAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCA-TTTGTTTTGTCAT
* * ** * * *
19624979 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAACAAAATAATA-TAAATTTATTACTATAT
64 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT-T
** * *
19625043 -CAAAAATTAAT--G-CCACATTTAAAAACT--A-A-----ATC----CAGTT
127 CCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATCAGTT
* * * * * * *
19625080 TAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCGTTATG---ATTTTTTTTGTCCTA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * * *
19625142 AAACAATTGTTTCTATTAATACAAGTTTATT-TAGAGTAAATTATTATTAAATTAATAATATT-C
65 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * *
19625205 -TAAATTAATAAG----GATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATG
129 AAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAATCAGTT
* * * * * * *
19625252 CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AGCCTTTTGTTTAGTAAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGA-CCATTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
19625316 AAAATAATTGTTTCTATTTATACATGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTC
64 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * *
19625381 GACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTGAA-CTAGAT
129 AAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAATC-AGTT
* *** * * * *
19625433 CAAACAACCAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
19625498 AAAGAACTGCTTC-AGTTCATATAAGTTTATAT-GAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTC
65 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
19625561 CAAAAATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAA-CAAGTT
128 CAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATC-AGTT
* * * * * * * *
19625614 TAAATAATTAATGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAT-TGCTATAACCTTTTGTTTTATCA
1 CAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT--TATGACCATTTGTTTTGTCA
* * * * *
19625678 TAAAATAATTTTTTTCT-GTCTATACAAGCTTATTTTG-AATAAAAGTAATACAAATTTATTACT
63 TAAAATAA-TTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAAT
* * *
19625741 ATT--AAGACAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTT
124 ATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATC-AGTT
* *
19625798 CAAATCA-TTATGACCATTTAAACAATT
1 CAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATT
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Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
AATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATCAGTT
Found at i:19621802 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 19621630--19621935 Score: 422
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 164
19621620 ATTTTTTTAA
* *
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1 CAGTTCAAATAGTAATGACTATCTGAACAAATATCTATTTCAAATAGTTACGAT-ATTTAGTTTT
* * *
19621694 GTCATAAACCAATTGTTT-TTGTTCATACAAG-TATATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
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127 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTGAAAC
* * * * * *
19621794 CAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGATATTTATTTTTT
1 CAGTTCAAATAGTAATGACTATCTGAACAAATATCTATTTCAAATAGTTACGATATTTAGTTTTG
* *
19621859 TCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAACTTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAACTTAATAATA
*
19621924 TTCTAAAAATTA
131 TTCCAAAAATTA
19621936 GTAGGTAAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAGTTCAAATAGTAATGACTATCTGAACAAATATCTATTTCAAATAGTTACGATATTTAGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAACTTAATAATA
TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTGAAAC
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Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
19622394 TTTATTTTGT
** * * * * * *
19622404 CATAAAACAATTGGTTTTTA-TCGTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 CATAAAACAATT-GTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACA
* * * * * *
19622468 TTTCATAAATTAATAAGCAACAGATTTAAAAAAAAAAAT-TGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAG
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* ** * * * * * ** * * * *
19622531 TTATAACTATTTTAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAAATCT-TTGTTTTGT
127 TTATAAATATTAGAATAAGTATCCATTTAAAATTGTTATAACCTCTTGTTTAGA
* * **** * * * *
19622584 CATAAAAGAATTGTTT--ATGGTCATATAAGCTTAT-TCGGCTAAAAAAATACTAA-TTAATAAT
1 CATAAAACAATTGTTTCAAT--TCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAAC
* * * * * * * * * *
19622645 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGCTGAGCCAA-TTCAAATA
64 ATTTC-AAAATTAATAAGCAA-AAATTTAAAAAAATAAATCTGTCTACCGA-ACAACCTAAAATA
* * * * *
19622708 GTTA-AAACTATTAGAATAATTATCCATTTCAAATTGTTCTGACCTCTTGTTTAGT
126 GTTATAAA-TATTAGAATAAGTATCCATTTAAAATTGTTATAACCTCTTGTTTAGA
* * * * * * * *
19622763 TATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA
1 CATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACA
19622827 -TTCAAAAAGTTAATAAGCAAAATATTTAAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAACCTAAAATAG
65 TTTC-AAAA-TTAATAAGCAAAA-ATTTAAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAACCTAAAATAG
* * ** * *
19622891 TTATTAATATTTGAATAAGTATTTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGA
127 TTATAAATATTAGAATAAGTATCCATTTAAAATTGTTATAACCTCTTGTTTAGA
* * * *
19622945 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATTAAATAATACTAATTTCTTAATAT
1 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACA-
* * * * *
19623010 TTTCAAAATTAATAAGTAACAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA
65 TTTCAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAA
19623062 ATTATAATAG
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 83, Indels: 41
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACAT
TTCAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAACCTAAAATAGTTAT
AAATATTAGAATAAGTATCCATTTAAAATTGTTATAACCTCTTGTTTAGA
Found at i:19624231 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19624210--19624242 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
19624200 ATAGTCATGA
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*
19624226 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
19624243 AACTTTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:19624795 original size:358 final size:351
Alignment explanation
Indices: 19623732--19625824 Score: 1299
Period size: 358 Copynumber: 5.9 Consensus size: 351
19623722 TTCTATTTTA
* ** * *
19623732 GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAATGACTA
1 GTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
19623797 AGAGATTTAAAACACTAATCT-TTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTAGGACTATTTGAACAATT
64 A-AAATTTAAAA-A--AATATATTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
19623861 ATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCGTAAAATGATTTTTTCTATTCATAAAAGCT
125 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACT-AATTGTTCTATTCA-AAAAGCT
* * *
19623926 TATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATCAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAT
188 TAATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCAA-AT--TTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAA
* *
19623991 ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATT
249 ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTA-TTATTTCAAATC
19624056 GTTAT-AACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCT
313 GTTATGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTCT
* * * ** *
19624094 GTTCATATAAGATTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAA-TAATAAGT
1 GTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGT
* * * *
19624158 AAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAATAAT
63 AAAA-ATTTAAAAAAAT--ATAT-TTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
19624223 TATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGT-ACTAAAAC-AATTGTTTCAATTCATATAA
124 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCA-T-AAACTAATTG-TTCTATTCA-AAAA
* * * *
19624285 GCTT-ATTTGAAATAAAATACTACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AGAGTAAAGAA-CT
185 GCTTAATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA---TCAAATTTAATA-AGTAAA-AATTT
* * * *
19624347 AAAAAA-AGAATCTATTTACCCAACAAGTGCAAATAGTTATGAGTATATGAAAAATTATATATTT
244 AAAAAATA-AATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT-TATTT
* * *
19624411 CAAAACATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-T
307 CAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTCT
*
19624455 GTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
1 GTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
19624520 AAAATTTTTTAAAAAATTTATTTTA-TGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGA-AATTA
64 AAAA--TTTAAAAAAATATATTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTA
* * * *
19624583 TCTATTTCAAATCATTACAACCATTTCTTTTTTCATAAACTAATGTGTTCTATTCAAACAAGCTT
126 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACTAAT-TGTTCTATTCAAA-AAGCTT
** *
19624648 AATCAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATACTCCAAATTTAATAATTAAAATATTTAAAAAAT
189 AATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-CAAATTTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
* * * * * * *
19624712 AAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATTTACTTATTTTAAGTCGT
251 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTA-TTATTTCAAATCGT
* *
19624777 TGTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCT
315 TATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTCT
* ** * * * * ** *
19624813 ATTCATACAATTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTTTTATTATTATAAAAATTAACAAGTT
1 GTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-T
* * * * * * * * * *
19624878 GAAGATTTAAAAAATTAATAAGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATGTGAACTATC
63 AAAAATTTAAAAAAAT-AT-ATTTTACT-GAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
19624942 ATATATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAA-
125 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATT-GTTCTATTCA-A-AAAG
* ** * * ** *
19625005 ATT-ATTCAAAACAAAATAATA-TAAATTTATTACTATATCAAAAATTAAT--G-CCACATTTAA
186 CTTAATT-TGAATAAAATAATACT-AATTTATTA--ATATC-AAATTTAATAAGTAAAAATTTAA
* * * * * *
19625065 AAACT-AA---A--T--C---C-AGTTTAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAA
246 AAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT-TATTTCAA
*
19625118 ATCGTTATG-A-TTTT-TTTTGTCCTAAAACAATT-GTTTCT
310 ATCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTCT
* * * * * * * * * *
19625156 ATTAATACAAGTTTATTTAGAGTAAATTATTATTAAATTAATAATATT-C-TAAATTAATAAG--
1 GTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * ** ** * * *
19625217 --GATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TGCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
64 AAAATTTAAAAAAATATAT-T-TTACT-GAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
19625279 ATCTATTTCAAATCATTCTAGCCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCTATTTATACATGCT
125 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTG-TTCTATTCA-AAAAGCT
* * * *
19625344 T-ATTCGGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCGACAA-TTAATAAGTAAAAAATTTTAA
188 TAATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TC-A-AATTTAATAAGT-AAAAATTTAAA
* * * * * * *** * *
19625407 AAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAACAACCAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
247 AAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT-TATTTCAAA
* * * * * *
19625472 TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAGAACT-GCTTCA
311 TCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTCT
* * * *
19625512 GTTCATATAAGTTTATAT-GAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATT
1 GTTCATACAAGCTTAT-TCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
19625576 GAGAGATTT-AAAAAATGAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAATAATTAATGATTATTTGAATA
63 -AAAAATTTAAAAAAAT--ATAT-TTTACT-GAACAAGTTTAAATAGTT-ATGACTATTTGAACA
* *** * * * * * * *
19625639 ATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTCTGTCTATACA
122 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTCTAT-TC-A-AAA
* * * * * *
19625704 AGCTTATTTTGAATAAAAGTAATACAAATTTATTACTATTAAGACAATTATTAAGTAAAAGATTT
184 AGCTTAATTTGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATA-TCA-A-ATTTAATAAGTAAAA-ATTT
* *
19625769 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATCA-TTATGACCATTT-AAACAATT
244 AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAA-AATT
19625825 GTTTATATGA
Statistics
Matches: 1348, Mismatches: 273, Indels: 217
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 5 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
GTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
AATTTAAAAAAATATATTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTCTATTCAAAAAGCTTAATTTGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATCAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTATTTCAAATCGTTATGAACTTTT
ATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTCT
Found at i:19625907 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19625888--19625920 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
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* * * *
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* * * * *
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* **
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* ** *
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* * ** *
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*
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* * * *** ** *
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* *** * * * * * *
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* * * * * * * *
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** *** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
19628319 AATCATTATG-ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTCTCTATTCATGCAAA-A
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
19628548 TTATTTG-GATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAA
1 TTATTTGAAATT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-A
* * ** *
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* * * ** * *
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** *
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* * * *
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1 ATAA
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* * * *
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* * * * *
19628014 TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGA-AAAAATCTCT-AA
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* * * * * * * *
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128 AATAAATATGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
19628130 TTTATTTCAAA-CAGTTATGATCTTTTGTTTCGTCCTAAAACAATAGTTTCTATTCAAAC-A-CT
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* * *** * *
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* * *
19628255 AAAATAAATATCTTTA-TCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAATAATTA
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* * * * **
19628310 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTCTCTATTCATGCAAAATT
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* *
19628375 ATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAA-T--T-AAT-AAGATATTTAAAAA
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* * *
19628435 CTAAATCTGTTTA-TCAA-AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
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* * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * ** ** * * *
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* * ** * * *
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Statistics
Matches: 1346, Mismatches: 278, Indels: 148
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173 5 0.00
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AAATATGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * **
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* * * * * ** * * * *
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* * *
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* *
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* * * * ***
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* * * *
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* * * * *
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* *
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*
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TAATTATATTAATAATTATAAACAAT
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*
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1 AT
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* *
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*
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*
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*
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1 ATAATT
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* *
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* *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * ** *
19642642 --AATATTATTAGATTAGTATTATTATATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAT
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGAA
* * * *
19642692 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGGTTTGAAATATATAACTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * *
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* * * *
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130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA
** *
19642872 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * *
19642936 CGATAATTATTTGAAGTGATTCAATAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCT-ATTTT
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* * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ***
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** * * *
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* * * * * * *
19643299 TCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACACATTGAATTTTTAAATCTCTTAC---TT-A-TTTT
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *** * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* ** * * ** * * * * ** *
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* * * * * * ** * * * **
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181 -A
** * * * *
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* *** * * **
19643816 CATAACTATTTGAACTGGCTGGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
* * * * * **
19643881 GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTACGAACAA
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* * * * * * * *
19643932 AACCAATGGGTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTGTACAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * * * **
19643997 CATAACTATGT-AAAAGTGTTTAGA-CAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
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* * *
19644059 TGGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTGCATGAAT-AG
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* * * * * * * *
19644112 AACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACA-TTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * * ** *
19644176 TCAAAACTATTTGAATTTTTTTAGTAAATAGA-TTATTTTTTTAATTCTTTTACTAATTAATTTT
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* * * ** * * ***
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* * * * * * *
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* * * * ** *
19644358 CATGACTATTTGAACTTGTTCTATAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
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** * * * *
19644423 GAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAAT-AG
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* * * * ** *
19644475 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAACAAGTTGAAATAAATAATTGCACATATAG
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** ** **
19644539 TCATAA-TGATTTGAACTTATTCTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
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* * *
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*** * * *
19644657 AAA-AATTCACTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACA-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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** * * * * *
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19644967 GAAAGATTAATAAATTAGTATTTTTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAA
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* * * * * * * *
19645019 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATGATTGCTAAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * **
19645084 CATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT--T--TTATTAATATTCA
66 CATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * **
19645145 AAATATTAATAGAA-TAGTATTACTTTATTCTGAATAAAATTATATCAACAA
131 AAATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA
* * * * *
19645196 AAACATTTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
19645261 CATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTGTTAAATCACTTACTTATTATTTTTT
66 CATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
19645325 TAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTGGTGTGAATTCAA
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-A-TGAA
* * * * *
19645379 AAA-AACTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAG
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
19645443 TCATAAATATTTGAACTAGTTCTACAAACAAATTTATTTTTCAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * **
19645508 GAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAA
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGAA
* * * * ** *
19645560 AAACTAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAG
1 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *** * ** *
19645625 TCAAAACTATTTGAGA-TAGTTTGGTAAATAGGT-TTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATT
65 TCATAACTATTTGA-ACTGGTTCAATAAACA--TATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATT
* * * * * * * *
19645688 TTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGAATGTTCAA
127 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA
* * * * * * ** *** *
19645743 ATATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACA-ATTTGAAATAAATAATCATTGGCATGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * * *
19645807 CCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAATAGGTTT-TCTTTTTAACTCACTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
* * *
19645871 T-AGAATATTAATAAATTATTATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG--
129 TGA-AATATTAAT-AA--ATTA--A-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-A-TGAA
* * **
19645930 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACGTAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * *
19645994 CTTAATTGTTTGAACTGCTTCGACAAACAGATTAATTTTTTAAATCAT-TTAGTTGTTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATC-TCCTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * ***
19646058 GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTATATGAACTA
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA
* * * * *
19646110 AAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAAATAA-T-TT----T--
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
19646166 TCA-AA-TA--GGAACTGGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* *
19646227 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGAATAGGCTTGTATGATGAA
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGAA
* * * * * * *
19646279 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT-GA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * *** * * *
19646343 CCAAAATTATTTGAACCAATTCGATAAAC-TGACTTATTTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAATT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAT-ATTTA-TTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATT
* **
19646406 TTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCGGATAAGCATT-TATGAGTTG-A
127 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TTGTATGA--TGAA
** * **** *
19646462 AAA-AATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACTTCTTAT-AAATTAGATAATTGTTTAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATT-TGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * * * **
19646525 GTCATAATTATTTAAACTTATTCAATAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTAAATATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTT
* * * * * * ***
19646590 TT-AGAATGTTAATAACTCAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGATATGAACTA
128 TTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-TATGATGAA
* * * * * *
19646644 AAATAA-TGTCTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAG
1 AAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** *** * * ** * *
19646708 TCATGACTATTTGATCTAATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTC
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * **
19646773 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTACATAAATTTTTATGAACAA
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA
** * ** * * ** * *
19646825 AAATTATTGTTTTGTGGTAGAAGAAAAAATCATAACA-ATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
19646888 TCATAACTTTTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CT-GTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** * *
19646949 GAAATATTAATAGATTTATTTTATTTTATTTTGAACAAAAATATTTGTTTCATGACA
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT--A-AATAA-GCTTGTATGATGA-A
** * * **** ** * * *
19647006 AAACAAAAG-GTCAT-AGCGATTTGAAATA-G-C-TAATTA-TTCAAATAGTCTTAACTAT-TTG
1 AAACAATTGTTTTATGA-C-AAAACAAA-AGGTCATAAAGATTTGAAATAG--ATAA-T-TGTTC
* * ** * * * * * * * * **
19647064 AACTAGTTTGGCA-AACAAATTT-AACTATTTGACTATATAGA-TAATTGTTT--ATATAGT-CT
59 AAATAG--T--CATAAC-TATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
* * * *** ** * **
19647123 TA--ACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAAT-TTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG
119 TATTAATTTTTGAAATA--TTAATAAATTAATATTA-TTTT--AT-TC-TA---AATAA-GCTT-
** *
19647185 GAATATTTTTATA
172 G--TATGATGA-A
** ** * ** * * ** * *** **
19647198 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACA-AAAAATTTGTTTTATGATAA---AACA
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AA-AA-C--AAAAGGTCATAAAGATTTGAAATA-GATAATTGTTCA
* * * * * * * * *
19647259 AAAAGTCATAACGATTTGAAGT-ATACAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCG
60 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAA-TA---AACATA-T--TTATTTTTTAAA-T--CTC-
** ** * * *
19647322 AGAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTC
114 --CTACTTA-TTAATTTTTGAAA-----TATTAA----T--AA-ATTAAT--ATTA-TTTTATTC
* * * *
19647387 TATTTCGAATAAACATATATGATCAA
161 TA-----AATAAGCTTGTATGATGAA
* * * * * * * * * *
19647413 AAACAATTGTTATATAAC-CAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATTGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * **** * * * * *
19647477 CATAATTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
* * * * * **
19647542 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAAT-TC
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* * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
19647658 CAAAACAATTTGAATTTGTTCAGTAAA-TTAATTTA--TTTT-AATCTCTTGCTTATTAATTTTT
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* * * * ** *
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130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-A-TGAA
* * * * * *
19647771 AAACAATTGTTTTATGTCAAAAGAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
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* * *** * * * *
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66 CATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTT-TAAATC-TCCTACTTATTAATTTT
* * * * *
19647900 CT-AAATATTAATAAATTTAGATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATAAGAT-ATG
129 -TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGA-A
* * * * * * *
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* * * * * *
19648017 -CTTTAACTATTTGAATTAGCTT-AGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
65 TC-ATAACTATTTGAACT-GGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATT
* ** * * * * *
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* * * * *
19648135 AAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--TCTTAATGACTT-AAGATTA-ATAATTGTCCAAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAAAGATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * *
19648196 AGTCATAGCTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAAATT
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* * * *
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* * * ** *
19648316 AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCGTAATGA-TTGAAAATAGATAATCATTCAAA-CG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * *
19648379 GCTATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTT
65 TC-ATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
* * * * * *
19648443 AGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTG--TG-TTAA
129 TG-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA
* * * * * *
19648494 CTGAA-AA-T-TTTTATGACTAATC-AAAGGT-ATAATGATTT-AAATAGACATTTGTTCAAATA
1 --AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
19648553 GT--TAACTATTTGAACTTGTTCATTAAATAGATTTATTTTTTAAA-AT-CT-CTTATTAATTTT
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* * * * * *
19648613 TG-AATTTTAATAAATTAGTATCAATTTATTCTGAATAGGCTTGTATGAATCG--
129 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-AT-GAA
* * * * * * * *
19648665 AAACAATTATTTTACGATAAAACAAAAGGTCAGAACA-ATTTCAAATAGATAATTTTTCTAATAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * * * * *
19648729 TCTTAACCATTTGAACTGATTCGGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * ** * ** *
19648794 AAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATAAAAAAAAGCTTGTATGA--ATA
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGA-A
* * * * * * * ** *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *** ** * * * * ** * *
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65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * *
19648975 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAAT-AG
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-ATGAA
*** * * * * * * * * *
19649027 GGCCAATGGCTTGATGACAAAATAGGAA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
19649091 TCA-AACTATTTGAAATGGTTTAGTACACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTA
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT-
* * * ** * **
19649155 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACA-AA-CTCATATTAACAA
129 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAA-ATAAGCTTGTATGATGAA
* * **
19649208 AAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** *** * * *
19649272 TCTTAACTATTTGAACTAGTAT-AGCAAATGGATTTATTTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGT-TCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTT
* * * * * **
19649336 TT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAGGCTTATATGAACAA
128 TTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA
* * *
19649390 AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTTAATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAG------A--TAATTGT
* * * * *
19649454 TCAGATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAGCAAATTTATTTTTTAGA--T-CT-CTTAT
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* * * * ** ** *
19649515 TAATTCTTGAAATATTAGTAATTTAGTATTGCTTTATT-TGAAATGGGCTTCTAT-ATTGAA
122 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA-TGAA
* * * *
19649575 AAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTAATAACA-ATTTGAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAG
19649623 GTAGTTTTTT
Statistics
Matches: 5368, Mismatches: 1325, Indels: 818
0.71 0.18 0.11
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CATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA
Found at i:19643260 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 19642335--19650161 Score: 3686
Period size: 363 Copynumber: 21.7 Consensus size: 360
19642325 AGATTGTGTC
* * * * **
19642335 AATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
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19642400 ATTATTTTAATTATTTGAA-TTGGTT-TGGTAAATAGATTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
66 ATAATCATAAATATTTGAACTT-GTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTA
** * * * * * * * *
19642459 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAGCAAAAACATT
129 ATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * * * *
19642524 TGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTCATAACAG-TTTGAAAAAGATAATTATTCATATAGCCTTAAC
194 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
19642588 TATTTGAATTGGTTCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATGTTAGTTATTA---AT--AATATT
258 TATTTGAATT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTATTTTTGAAATATT
* * *
19642648 ATTAGATTAGTATTATTATATTTCGAATAAGCTTGTATG
322 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
19642687 AACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGGTTTGAAATATATAACTGTTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * *
19642751 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAGCATATA-TT-TTTTTTAAA-TCCCCTACTTAT
65 AATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTGTAA--ATAGATTTATTTTTTAAACT-TCTTACTTAT
* *** * ***
19642813 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCAAAATATGCTTGTAT-ATGAAAAAC
127 TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* *
19642876 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCGAT
191 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AT
* * * * *
19642940 AATTATTTGAAGTGATTCAATAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCTATTTTTGAAA
255 AACTATTTGAATTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAT-TATTTTTGAAA
* * * *
19643005 TATTAATAAAGTAATATTATTTTTATTTTGGATAAGCATT-TATG
318 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATG
* * * * * *
19643049 AATTGAAACAATTGTCTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * *
19643114 ATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCTATAAATAGATTTATTTTTTTAAACTTCTTCCTTATTAA
66 ATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAACTTCTTACTTATTAA
* * *
19643179 TTTTTTGAATGTTAATAGAA-GAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAAT
130 TTTTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
** * * * * *
19643243 TG-TTTATGATTAAACAAAAGGTTAGAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
194 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
19643306 TATTTGAATTGGTTCAGTAAACACATTGAATTTTTAAATCTCTTAC---TTA-TTTTAAAACATT
258 TATTTGAATT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTATTTTTGAAATATT
* ** * *
19643367 ATTAGTTTAGTAATATTTTACTTT-GAATAAACTTGTATG
322 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATG
* * ** * **
19643406 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-CAAGAT-ACTAATGATTTGAGATAGCTAATTGTTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * *
19643469 AATATTTATAAGTATTTGAAC-TGATTTTGTAAATAAATTTAGTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTA
65 AATAATCATAAATATTTGAACTTG-TTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTA
* ** *
19643530 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTAACATGAA-TAAAAAT
129 ATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACT-AAAAC
* * * * *
19643592 AATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATAGTTC-AA-A--C-T-
191 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
19643651 --TATTTG----G-----TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATTAATTTTTAGAAA-
256 ACTATTTGAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTT-GAAAT
* * *
19643704 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTGTATG
319 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * ** * * *
19643746 AGTAGAAACAACTGTTTTACAACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * **
19643811 ATAATCATAACTATTTGAACTGGCTGGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA
66 ATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTTCTTACTTATTAA
* * ** * *
19643875 TTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTACGAAC-AAAACCAAT
130 TTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAAT
* * * * * * * *
19643939 GGGTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTGTACAAATAGTCATAACT
194 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * * * * * *
19644004 ATGTAAAAGTGTTTAGA-CAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
259 AT-TTGAATTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTTGAAATAT
* *
19644067 TAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGCATG
321 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
19644107 AATAGAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTTAG
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * *
19644172 ATAATCA-AAACTATTTGAA-TTTTTTTAGTAAATAGA-TTATTTTTTTAA-TTCTTTTACTAAT
66 ATAATCATAAA-TATTTGAACTTGTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTC--TTACTTAT
* * * * * * * *
19644233 TAATTTTTGGAATATTAGTAAATTATTATTATTTTA-GTTCAAGCAAACTTATATGAACTAAAAC
127 TAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * * * * * *
19644297 AATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATG
191 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
19644362 ACTATTTGAACTTGTTCTATAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
256 ACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTAACTTATT-ATTTTTGAAA
* * *
19644427 TATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATCTGAATAAACTTGTATG
318 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* * * ** *
19644470 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAAGTTGAAATAAATAATTGCACAT
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * *
19644535 ATAGTCAT-AATGATTTGAACTTATTCTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTA
66 ATAATCATAAAT-ATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTTCTTACTTATTA
* *
19644598 ATTGTCTT-AATAATAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGGAA
129 ATT-TTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTA--AA
*** * * * *
19644659 A-AATTCACTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACA-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
189 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
19644722 ATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTCATATTTTAAATCTCTATTA-TTATAAAATTTT
253 ATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTA--ACTTAT--TATTTT
* * * * * *
19644786 TGGATTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCCAATAAGCTTATATG
313 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
** * * *
19644834 AACT-GAAACAATTCCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * * *
19644898 AATAATCATAATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATT-A
65 AATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAA
* * * * ** * * *
19644961 TTTGTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTTTTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAATAAT
130 TTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * * * *
19645026 TGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATGATTGCTAAAATAGTCATAACT
194 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * **
19645091 ATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-T---TTATTAATATTCAAAATATT
259 ATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTTGAAATATT
* ** * *
19645152 AATAGAA-TAGTATTACTTTA-TTCTGAATAAAATTATATC
322 AATA-AATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * * ** *
19645191 AACAAAAACATTTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * ** * * * * * *
19645256 ATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTGTTAAA-TCACTTACTTATTAT
66 ATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAACT-TCTTACTTATTAA
* * *** * * * *
19645320 TTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTGGTGTGAATTCAAAAAAA
130 TTTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAA
* * * * * *
19645384 CTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCATAA
193 -TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
19645449 ATATTTGAACTAGTTCTACAAACAAATTTATTTTTCAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATA
257 CTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTTGAAATA
* *
19645514 TTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
320 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * ** * ** *
19645555 AACAAAAACTAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCA
1 AATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * *
19645620 AATAGTCA-AAACTATTTGAGA-TAGTT-TGGTAAATAGGTTTTATTTTTTAAATCTT-TTAGTT
65 AATAATCATAAA-TATTTGA-ACTTGTTCT-GTAAATA-GATTTATTTTTTAAA-CTTCTTACTT
* * * **
19645681 ATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGAATGTTC-AAA
125 ATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * * * * ** *** * *
19645744 TATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACA-ATTTGAAATAAATAATCATTGGCATGGC
189 -ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
19645808 CATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAATAGGTTT-TCTTTTTAACTCACTTACTTATTAATTTTT
252 CATAACTATTTGAATTG-TTCAATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTT
* * *
19645872 -AGAATATTAATAAATTATTATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG
314 GA-AATATTAAT--A--A--ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* ** *
19645925 AACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
** * * * * * * * * * *
19645988 CGTAGTCTTAATTGTTTGAAC-TGCTTC-GACAAACAGATTAATTTTTTAAATCAT-TTAGTTGT
65 AATAATCATAAATATTTGAACTTG-TTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTTCTTACTTAT
* * ** * *
19646050 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTATATGAACTAAAACA
127 TAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
* * * * * * * *
19646115 ATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAG---GA
192 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
19646176 ACTGGTTT--A--G-T-AA-ATA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAT
256 ACT-ATTTGAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTTGAAAT
* *
19646232 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATG
319 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** *
19646274 -ATGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTA
1 AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * *** * *
19646338 AATGACCA-AAATTATTTGAACCAATTC-GATAAACT-GACTTATTTTTTTAAA-TCTCTAACTT
65 AATAATCATAAA-TATTTGAACTTGTTCTG-TAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAACT-TCTTACTT
* * * * * **
19646399 ATCAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGGATAAGCATT-TATGAGTTGA
125 ATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACT-A
** * * **** *
19646462 AAA-AATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACTTCTTAT-AAATTAGATAATTGTTTAAATA
187 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATT-TGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19646525 GTCATAATTATTTAAACTTATTCAATAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTAA-ATATTAATT
250 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TAACTTATT-ATT
* * * *
19646589 TTT-AGAATGTTAATAACTCAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGATATG
311 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATG
* * ** * *
19646639 AACTA-AAATAA-TGTCTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATTC
1 AA-TAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * ** * * * * *
19646702 AAATAGTCATGACTATTTGATCTAATT-TGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATT
64 AAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATT
* *** * * ** * * **
19646766 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-ACATAAATTTTTATGAACAAAAATT
128 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
* ** * * * * *
19646830 ATTGTTTTGTGGTAGAAGAAAAAATCATAACA-ATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA
192 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * *
19646893 ACTTTTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTGTTA-TTA--ATTTTTGAAATA
256 ACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTATTTTTGAAATA
*
19646955 TTAAT--A-GA-T-TTATTTTATTT----T-A--TT-T-TG
320 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * ** *
19646982 AACAAAAATATTTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGCTAATTATTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
19647047 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGGCAAACAAATTTAACTATTTGACTATATAGATAATTG
66 ATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCT-GTAAATAGA-TT---TATTT---T-T-TA-A-ACTT-
* * * * *
19647111 TTTA-TATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATT--TATT-TTTAAATCTCTTAG
118 CTTACT-TA---TTAATTTTTTGAA-TA--TT----AATAAATTAGTATTATTT-TAT-T-TT-G
* ** * ** ** ** * * ** * * * *
19647172 TTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACA-A
168 --AATAA-GCTTGTATGAACTAAA-A-CA--ATTGTTTTATGAC-AA-AA-C-AAAAAG-TCATA
* *** ** * * * * * *
19647236 AAAATTTGTTTTATGATAA---AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATA
221 AAGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTC-A--A-T-AAACA
* * *
19647298 GTCATAACTATTTAAACTAGTTCGAGAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
280 G--AT--TTATTT----T--TT--------AAA--T-CTC---T-AA---CTTATT-ATTTTTGA
* * * * * *
19647363 AAGATTAATAAATTACTATTATTCTATTTCGAATAAACATATATG
316 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * ** ** *
19647408 -ATCAAAAACAATTGTTATATAAC-CAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTGA
1 AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
*** * * * * * *
19647471 AATTGGCATAATTATTTGAAC-TGATT-TGGCAAACAGATTCACTTTTTAAA-TCACTTACTTAT
65 AATAATCATAAATATTTGAACTTG-TTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTAAACT-TCTTACTTAT
* * * * *
19647533 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAGACA
127 TAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
* * * * * *
19647598 ATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAA
192 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** *
19647663 CAATTTGAATTTGTTCAGTAAATTA-ATTTA--TTTT-AATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAATT
257 CTATTTGAA-TTGTTCAATAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTTGAAAT
* * * *
19647724 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG
319 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * ** *
19647766 AATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAAGAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * *
19647831 ATAGTCATCACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACAGATTTATTTTTCCAAATCAT-TTCCTTATT
66 ATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCT-GTAAATAGATTTATTTTT-TAAA-CTTCTTACTTATT
* * ** * * *
19647894 AATTTTCTAAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAAGATA-TGAAAC
128 AATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAAC
* * * * * * * * *
19647957 AAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATTA-ATAATTATTCTAATAG-CTT
191 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * *
19648020 TAACTATTTGAATTAGCTT-AGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
254 TAACTATTTGAATT-G-TTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTTG
* * ** * *
19648084 AAATATTATTAAATTGGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG
315 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATG
* * ** * * *
19648130 -ATCAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--TCTTAATGACTT-AAGATTAATAATTGTC
1 AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGTT
* ** * * * * *
19648191 CAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTTAT
63 CAAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTTCTTACTTAT
* **
19648255 TAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAA
127 TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAA
* * * * ** * *
19648319 CAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCGTAATGA-TTGAAAATAGATAATCATTCAAA-CGGCT
190 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-
* * ** * * * * *
19648382 ATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTATTTTAGTA
253 ATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTATTTTTG-A
* * * *
19648447 AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTGTT
316 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATG
* * ** * * *
19648492 AACT-G-AA-AA-T-TTTTATGACTAATC-AAAGGT-ATAATGATTT-AAATAGACATTTGTTCA
1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * *
19648549 AATAGT--TAACTATTTGAACTTGTTCAT-TAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTA
65 AATAATCATAAATATTTGAACTTGTTC-TGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTA
* * * * * *
19648608 A-TTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATCAATTTATTCTGAATAGGCTTGTATGAA-TCGAAACAA
129 ATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAA
* * * * * * * * * *
19648671 TTATTTTACGATAAAACAAAAGGTCAGAACA-ATTTCAAATAGATAATTTTTCTAATAATCTTAA
193 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *** * * * * * * *
19648735 CCATTTGAACTGATTCGGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTAAAATA
257 CTATTTGAATTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTTGAAATA
* * * *** *
19648800 TTATTAAATTAGCATTATTTTAATAAAAAAAAGCTTGTATG
320 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * ** * * **
19648841 AATA-AAACAATTGTTTTGTGACAAAAGAAAAAGGTTATAATGATTTGGAACAAATAATCATTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * ** **
19648905 TATAGTCTTAAATATTTGAAC-TGCTTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTA
65 AATAATCATAAATATTTGAACTTG-TTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTA
* *** * * ** * ***
19648969 AGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAA-TAGGGCCAA
129 ATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAA
* * * * ** * * * *
19649033 TGGCTTGATGACAAAATAGGAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCA-AAC
193 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
19649097 TATTTGAAATGGTTTAGTACACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTATAAAATA
258 TATTTG-AATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTT-TGAAATA
* * ** *
19649162 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTCATATT
320 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * *
19649203 AACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAT
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * * * *
19649268 GTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTAT-AGCAAATGGATTTATTTTTTTAAATTTCTTAGTTATTA
66 ATAATCATAAATATTTGAACTTGT-TCTGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAACTTCTTACTTATTA
* * * * * *
19649332 ATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAGGCTTATATGAACAAAAACAA
129 ATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
* * * * *
19649396 TTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTTAATTGTTCAGAT
193 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAG------A--TAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
19649460 AGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAGCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTA-TTA--ATTCT
249 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTATTTT
* * ** ** *
19649522 TGAAATATTAGTAATTTAGTATTGCTTTATTT-GAAATGGGCTTCTAT-
313 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG
* * * * ** * * *
19649569 -ATTGAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGGTAGTTTTTT
1 AATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
** * * *
19649633 AAAT-GGC----A-A--T-AA-TTATT-TG-AACT-GATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
64 AAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTA
* * * * *
19649681 A-CTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTTTTTTTATTTTG-----G---ATATGAACTTAGAC
129 ATTTTTTG-AATATTAATA-AATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * * **
19649736 AATTG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTACTCAAATAGTCATA
191 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * ** *
19649800 ACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATAATTTTTTTG-A
256 ACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTAACTTAT--TATTTTTGAA
* * *
19649864 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTCTG
317 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * ** *
19649908 AACT-GAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATTAAA-AATTATTC
1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAAATAATTGTTC
* * * * * * * * *
19649971 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATTCTTTTAAA--TC-T-CTTACT
64 AAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATT-TTTTAAACTTCTTACTTATT
** * * * *
19650032 AATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAAT
128 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAAC
* * * * *
19650095 AATTATTTTATGAGAAAACAAAAA-TCATAATA-ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAT
191 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
19650158 AACT
255 AACT
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TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
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* * * * * *
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** * *** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* ** * * *
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* ** * * * * * *
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* * *** * * ***
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** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
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*
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** * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19643299 TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACACATTGA-ATTTTTAAA-TC-T-CTTACTT-A-TT
65 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATTCTTCCTTA-TTAATTT
* * * *** * * * *
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* * * * *
19643410 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-CAAGAT-ACTAATGATTTGAGATAGCTAATTGTTCAAATA
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* * * *** * * * *
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* ** **
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* * * * * *
19643588 AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATAGTTCAAA
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* *** *
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* * * ** * ** * *
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** * * * * *
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* *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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1 GGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * * * *
19644080 TTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCA
64 TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * ** *
19644144 TAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCAAAACTATTTGAATTTTTTT
127 TAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * * *
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1 GGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
19644379 TATAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTTGTAT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
19644444 TATTTTA-ATCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
65 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * ** *
19644508 AACAAGTTGAAATAAATAATTGCACATATAGTCATAA-TGATTTGAACTTA-TTC
128 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TAGTTC
* * * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGT
* *** *
19644623 ATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGGAAA-AATTCACTTATAACAAAACAAAAGGT
63 ATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * * *
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125 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * * * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-T-TTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * ** *
19644806 GTTATTTTATTCCCAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTCCTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
63 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
19644871 TAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGATCTAGTTC
127 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * *
19644925 GGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
19644988 TTTTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATA
65 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
19645053 ACGATTTGAAATAAATGATTGCTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT
129 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * **
19645105 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC--TT--TTATTAATATTCAAAATATTAATAGAA-TAGTAT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTAT
* ** * * * * * *
19645165 TACTTTA-TTCTGAATAAAATTATATCAACAAAAACATTTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCAT
65 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
19645229 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTA
128 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * ** * * *
19645282 GGTAAACAAAATTATTTGTTAAATCACTTACTTATTATTTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* * * * * * *
19645346 TATTTTATTCCAAATAAGCTGGTGTGAATTCAAAAAAACTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCA
65 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
19645411 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTC
127 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
*** * * * * * * * *
19645465 TACAAACAAATTTATTTTTCAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
19645530 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * *
19645595 AGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGA-TAGTTT
129 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTC
* * *
19645647 GGTAAATAGGTTTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT
1 GGTAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * * * *
19645712 TATTTTATTTTGAATAAGTTTGAATGTTCAAATATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATA
65 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** ** *** * * *
19645777 ACAATTTGAAATAAATAATCATTGGCATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTC
129 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTC
* * * **
19645829 AGTAAATAGGTTT-TCTTTTTAACTCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTA
1 GGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT--A--A--A
* * * *
19645892 TTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA
58 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * *
19645956 GGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACGTAGTCTTAATTGTTTGAACT-GCTTC
122 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTC
** * * * * * * *
19646015 GACAAACAGATTAATTTTTTAAATCATTTAGTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
19646080 ATTTTATTCCGAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * *
19646145 CAATTTGAAATAAATAA-T-TT----T--TCA-AA-TA--GGAACTGGTTT
130 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** *
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* ** * * * *
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** * * ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * * ** * * **
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** * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** ** * ** * * *
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* * * * * *
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*** ** * * * * * ****
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* *** *** * * **** *** ** * *
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* * *
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* * * ** * * * ** * *
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*** * * * ** * * *
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* *
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AGATAATTGCTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT
CTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATCCGAATAACTTGTATGAAAA
GAAACAAATATTTTATGATGAAATAAAGATTATAATGATTTGAAGC
Found at i:19651122 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19650168--19651338 Score: 894
Period size: 177 Copynumber: 6.6 Consensus size: 178
19650158 AACTTGCTTT
* * * ** * *
19650168 TTAATTTTTGAAA-AGTTAATAAAGTAGCATTATTTTA-TTTAAATAAATTTTTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * *
19650231 CAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGT-GTAA-TGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-A-TTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTC
* * * * * *
19650293 A-AATCTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTT-TTTTTAATCTCTTGCTTA
128 ATAA-CTATTTAAACTATGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAA-ATC-TACTTA
* * * *
19650344 TTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTA-AA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * * * ** * * *
19650407 ATAATTGTTTTATGACTAAACAATAAG-TCA-AAATGATTTGAAGCAGATAATTGTTCTAATAGT
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGT
* * * * *
19650470 CTTAACTATTTGAACTA-GTTC-GCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
127 CATAACTATTTAAACTATGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAA--TC-TACTTA
* * ** *
19650524 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* ** * * * * * *
19650589 AAATATTTTATGATGAAA-TAAAGATTATAA-TGATTTGAGATAGATAATTGCTCACATAGTCAT
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCAT
* * *
19650652 AACTATTTAAACTAT-TTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT-CCTA
130 AACTATTTAAACTATGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTACTTA
** ** * * *
19650700 TTAATTTTCAAAATATTAATAGGTCAATATTATTTTATTTTGAATAA--TTGTACATGACCAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT--ATGAACAGAA
* * * * * * * *
19650763 ACAATTGTTTTATTA-AAAAGCAAAAGGTCATGACAATTTGAAATATATAATT-ACTCAAATGGA
64 ACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGA-TCAAATAGT
* * * ** *
19650826 CATGACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAGATTTACATTTAAATCTCCTTTCTA
127 CATAACTATTTAAACTATGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTAC--T-TA
** * * * *
19650880 TTAATTTTCAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* *
19650945 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGGCATA
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGATCAAATA-G--TC
* *
19651010 ATAATTATTTAAACT-TGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAT-T-CTTA
128 ATAACTATTTAAACTATG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTACTTA
* * *
19651058 TTAATTTTTGGAA-ATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
19651122 AAGTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
66 AA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCAT
* * *** *
19651186 AACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTAACTTA
130 AACTATTTAAACTATGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAA-TCT-ACTTA
* * *
19651237 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
*
19651301 ACAATTATTTTATGACAAAAGAAAATG-TCATAACTATT
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACTATT
19651339 CAAACTTGTT
Statistics
Matches: 812, Mismatches: 131, Indels: 99
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 29 0.04
175 10 0.01
176 98 0.12
177 217 0.27
178 61 0.08
179 70 0.09
180 201 0.25
181 80 0.10
182 7 0.01
183 34 0.04
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATA
ACTATTTAAACTATGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTACTTA
Found at i:19651213 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 19650168--19651338 Score: 1032
Period size: 357 Copynumber: 3.3 Consensus size: 355
19650158 AACTTGCTTT
* * * ** * **
19650168 TTAATTTTTGAAA-AGTTAATAAAGTAGCATTATTTTATTT-AAATAAATTTTTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAA
* * * * * * *
19650231 CAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGT-GTAA-TGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
65 CAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACT-A-TTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGT-
* * * * *
19650293 AA-ATCTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTT--TTTTTAATCTCTTGCTTATTAATTTTTT
127 AATAACTATTTAAACTAT-TTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTA
* * * * * *
19650354 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTA-AAATAATTGTTTT
188 GAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
19650418 ATGACTAAACAATAA-GTCA-AAATGATTTGAAGCAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
251 ATGACAAAACAA-AAGGTCATAACT-ATTTGAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
19650481 GAACTAGTTCGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
313 GAACTTGTTCGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
19650524 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
* ** * * * * * *
19650589 AAATATTTTATGATGAAAT-AAAGATTATAA-TGATTTGAGATAGATAATTGCTCACATAGTCAT
66 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTAAT
* * *
19650652 AACTATTTAAACTATTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTCAAAATATT
130 AACTATTTAAACTATTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATT
** * * * *
19650717 AAT-AGGTCAATATTATTTTATTTTGAATA-ATTGTACATGACCAGAAACAATTGTTTTATTA-A
195 AATAAACT-AGTATTATTTTATTTTGAATAGCTTGT--ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * * *
19650779 AAAGCAAAAGGTCATGACAATTTGAAATATATAATTACTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG
257 AAA-CAAAAGGTCATAACTATTTG-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** *
19650844 TTTGGTAAATAGATTTA-CATTTAAATCTCCTTTC-TA
320 -TTCGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTA
** * * * *
19650880 TTAATTTTCAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
19650945 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGGCATA
66 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGATCAAATA-G--TA
* * * * *
19651010 ATAATTATTTAAACT-TGCTT-GGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAT-TCTTATTAATTTTTGGAA
128 ATAACTATTTAAACTAT--TTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAA
* *
19651071 -ATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAAGTGATTTATGA
191 TATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATA-GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
19651135 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TG
255 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
*
19651199 TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTAACTTA
318 TGTTC-GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTA
* * *
19651237 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAA
*
19651301 ACAATTATTTTATGACAAAAGAAAATG-TCATAACTATT
64 ACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-GATCATAACTATT
19651339 CAAACTTGTT
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 121, Indels: 72
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.00
355 11 0.02
356 224 0.34
357 251 0.38
358 115 0.18
359 24 0.04
360 27 0.04
361 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTAATA
ACTATTTAAACTATTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTA
ATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAACTATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAA
AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:19651360 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 19651176--19651479 Score: 391
Period size: 146 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
19651166 ATAATTGTTC
** * *
19651176 AAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTAACTTATT
1 AAAT-GTCATAACTATTCAAATGTGTTCAAAAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-ACTCATT
*
19651239 AATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
64 AA-TTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCCTATATGAACAGAAAC
*
19651303 AATTATTTTATGACAAAAGA
127 AATTATTTTATGACAAAACA
** *
19651323 AAATGTCATAACTATTCAAACT-TGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTA
1 AAATGTCATAACTATTCAAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA
* * * *
19651387 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAATAGATACAAT
65 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCCTATATGAACAGAAACAAT
* **
19651452 TGTTTTATGATGAAACA
130 TATTTTATGACAAAACA
19651469 AAATGTCATAA
1 AAATGTCATAA
19651480 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 16, Indels: 9
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
145 3 0.02
146 119 0.87
147 13 0.09
148 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (146 bp):
AAATGTCATAACTATTCAAATGTGTTCAAAAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA
TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCCTATATGAACAGAAACAATT
ATTTTATGACAAAACA
Found at i:19651461 original size:327 final size:320
Alignment explanation
Indices: 19651031--19651661 Score: 755
Period size: 327 Copynumber: 1.9 Consensus size: 320
19651021 AACTTGCTTG
*
19651031 GTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTATTAATTTTTGGAAATTAATAAACTAGTATTATTTTATT
1 GTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTTATTAATTTTTGGAAATTAATAAACTAGTATTATTTTATT
* * *
19651096 TTGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAAGTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTG
66 TTGAATAAGCCTATATGAACAGAAACAAGTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG
* * * *
19651160 CAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTT
130 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTA
* *** * * * *** *
19651224 AAAT-TTTAACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCT
194 AAATCTTTAACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTAGTCCAAAGAAGCT
* * *
19651288 TATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACTATTCAAACTTGTTCA
258 TATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTCAAACTTGTTCA
*
19651351 GTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTCATTTTTT-AAT-TC-T--T-ATTAATTTTTGGAA-ATTAATAAACTAGTATTA
* * * * * ** *
19651416 TTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAATAGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAAT
59 TTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACAGAAACAAGTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *** *
19651481 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT
124 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTAT
*
19651546 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTAGTCCAAAGA
189 TTTTAAAATCTTTAACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTAGTCCAAAGA
* * * *
19651611 AGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTTTGACACAACAAAAAGTCATAAC
254 AGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
19651662 GATTTGAAAT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 44, Indels: 13
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
320 18 0.07
321 3 0.01
322 2 0.01
323 1 0.00
325 1 0.00
326 15 0.06
327 204 0.79
328 13 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (320 bp):
GTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTTATTAATTTTTGGAAATTAATAAACTAGTATTATTTTATT
TTGAATAAGCCTATATGAACAGAAACAAGTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAA
ATCTTTAACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTAGTCCAAAGAAGCTTAT
ATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTCAAACTTGTTCA
Found at i:19651652 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19651323--19652248 Score: 693
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 179
19651313 TGACAAAAGA
** * * * * * * *
19651323 AAAT-GTCATAACTATTCAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * ** * * * * *
19651387 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAATAGATACAAT
65 ATTGTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAT
* ** *
19651452 TGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
130 TATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
19651503 TAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * *
19651568 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTAGTCCAAAGAAGCTTTTATGAACAAAAACAAT
65 ATTGTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * * *
19651633 TGTTTTTTGACACAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
130 TATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
19651684 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAATAAAGTTCTTTTTCTTAAATCTTTTTATTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAA-TT-TATTT-TTAAATC-TTTTACTTA
* ** *
19651749 TTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
62 TTAATTGTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAA
* * * * *
19651814 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCATTC
126 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
19651868 AAATAGTCATAACTAATTAAACTTATTCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * ** * *
19651929 ATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAA
65 ATTGTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAA
* * * * *
19651993 TTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTT
129 TTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * ** * *
19652045 AAACAATCAAAACTATTTGCAC-TAATCAGGTCAACCGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-GTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * ** * * * * * *
19652109 AATTTTTAGAATATTCATTAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAGGAC-GGTATTAATAGAAAA-
64 AATTGTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAG-CTTGTATGAATA-AAAAC
* * * * * *
19652172 AACTATTTTATGACAAAATAGATAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
127 AATTATTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
19652226 AAATTGTTATAACTAATTGAACT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT
19652249 AGTTAATTTT
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 139, Indels: 44
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 8 0.01
177 126 0.22
178 3 0.01
180 9 0.02
181 266 0.46
182 20 0.03
183 20 0.03
184 128 0.22
185 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
TTGTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
Found at i:19652094 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19651748--19652220 Score: 404
Period size: 177 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
19651738 CTTTTTATTT
* * * *
19651748 ATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTT-TAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 ATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTAT-TTTG-AATAAGCTTGTAGGAATAGA
* * * * *
19651811 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCATTCAAATAGTC
63 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAATC
* * *
19651876 ATAACTAATTAAACTTATTCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC-T-CTC
128 AAAACTAATTAAACTTAATCAATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTTACTC
*
19651925 ATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAA
* * ** ** *
19651990 CAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAACAATCA
65 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCT-ATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAATCA
* ** * * ** * *
19652054 AAACTATTTGCAC-TAATCAGGTCAACCGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTT
129 AAACTAATTAAACTTAATCA-ATAAACAAATTCAGTTTTTAAATC--TTACTC
* * * * * * **
19652106 ATTAATTTTTAGAATATTCATTAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAGGAC-GGTATTAATAGAA
1 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAATAAG-CTTGTAGGAATAGAA
* * * * * *
19652170 AAAACTATTTTATGACAAAATAGATAGTC-ATAACAATTTGAAATAAATAAT
64 AAAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGCTATAACAATTTAAAATAGATAAT
19652221 TGTTCAAATT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 48, Indels: 22
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Consensus pattern (178 bp):
ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAA
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAATCAAA
ACTAATTAAACTTAATCAATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTTACTC
Found at i:19652203 original size:869 final size:859
Alignment explanation
Indices: 19650503--19652189 Score: 1829
Period size: 869 Copynumber: 2.0 Consensus size: 859
19650493 AAACACATTT
* *
19650503 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAA
* * * *
19650568 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAAATATTTTATGATGAAATAAAGATTATAATGATTTGAGATAGA
66 TAAGCCTATATGAAAAGAAACAAATATTTTATGATGAAACAAAGATTATAATGATTTGAAATAGA
*
19650633 TAATTGCTCACATAGTCATAACTATTTAAACTATTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCC
131 TAATTACTCACATAGTCATAACTATTTAAACTATTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCC
* ** * * *** * * *
19650698 TATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTCAATATTATTTTATTTTGAATAATTGTACATGACCAGAA
196 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATCAATACTATTTTAGTCCAAAGAATTGTACATGAACAAAA
* * * *
19650763 ACAATTGTTTTATTAAAAAGCAAAAGGTCATGACAATTTGAAATATATAATTACTCAAATGGACA
261 ACAATTGTTTTATTAAAAAGCAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGACA
* * ** *
19650828 TGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTACATTTAAATCTCCTTTCTATTAATTTTCAAAA
326 TAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAAATTTACATTTAAATCTCCTTTCTATTAATTTTCAAAA
* *
19650893 AATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
391 AATTAATAAATTAGTATTATTTTATATTGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGA
* * *
19650958 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGGCATAATAATTATTTAAA
456 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTCATCAAATAGGCATAATAA-TATTTAAA
* ** * * * * * * *
19651023 CTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTATTAATTTTTGGAAATTAATAAACTAGTATT
520 CTTGATTAATAAACAAATTTATTTTTAAATTCTCATTAATTTTTAGAAAGTAATAAACTAGAATT
* * *
19651088 ATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAAGTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
585 ATGTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAACAGAAACAAGTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * ** * *
19651153 CTATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATAGATTTA
650 CTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAAAACTATTTGAATCTAATCAAAAAACAGATTCA
* * * *
19651218 TTTTTTAAATTTTAACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAAT
715 TTTTTTAAATTTTAACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTTACATTACTTTATTTCGAAT
* * *
19651283 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACTATTCAAACTTGT
780 AAGCGTATATGAACAGAAAAAACTATTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACTATTCAAACTTGT
19651348 TCAGTAAATAGATTC
845 TCAGTAAATAGATTC
* * * **
19651363 ATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAA
* * * * *
19651428 TAAGCCTATATTAATAGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATA
66 TAAGCCTATATGAAAAGAAACAAATATTTTATGATGAAACAAAGAT-T-ATAATGATTTGAAATA
* * * * *
19651492 GATAATTATTCTA-ATAGTTATGACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAA
129 GATAATTACTC-ACATAGTCATAACTATTTAAACTAT-TTCGGTAAACAAATTTAGTTTTT-AAA
* *
19651554 TCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTAGTCCAAAGAAGCTT-T-
191 TC---T-CCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATCAATACTATTTTAGTCCAAAGAA--TTGTA
* * *
19651617 TATGAACAAAAACAATTGTTTT-TTGACACAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT
250 CATGAACAAAAACAATTGTTTTATT-A-AAAAGCAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
** * * *** **
19651680 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAATAAAGTTCTTTTTCTTAAATCTTTTTA
313 ACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAAA-TT-TACAT-TTAAATCTCCTT-
* ** * * * *
19651745 TTTATTAATTGTT-TGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAAT
374 TCTATTAATT-TTCAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATATTG-AATAAACTTATATGAAT
* * **
19651808 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GCTATAGCAATTTGAAATAGGTAA-TCATTCAAA
437 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACAATTTGAAATAAATAATTCA-TCAAA
*
19651871 TAGTCATAACT-A-A-TTAAACTT-ATTCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTCATTAATT
500 TAGGCATAA-TAATATTTAAACTTGATT-AATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TCTCATTAATT
* * *
19651932 TTTAGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAA-TTA
561 TTTAGAA-AGTAATAAACTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAACAGAAACAAGTGA
* * *
19651996 TTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAACAATCAAAACTA
625 -TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAAAACTA
* *** *
19652060 TTTGCA-CTAATCAGGTCAACCGATTCATTTTTTAAATCTGTT-ACTTATTAA-TTTTTAGAATA
688 TTTGAATCTAATCA-AAAAACAGATTCATTTTTTAAAT-T-TTAACTTATTAATTTTTTAGAATA
* * * *
19652122 TTCATTAA-TTAGCATTACTTTATTTCGAATAGGACGGTAT-T-AATAGAAAAAACTATTTTATG
750 TTAATAAATTTA-CATTACTTTATTTCGAATAAG-C-GTATATGAACAGAAAAAACTATTTTATG
19652184 ACAAAA
812 ACAAAA
19652190 TAGATAGTCA
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 118, Indels: 59
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
859 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (859 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAA
TAAGCCTATATGAAAAGAAACAAATATTTTATGATGAAACAAAGATTATAATGATTTGAAATAGA
TAATTACTCACATAGTCATAACTATTTAAACTATTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCC
TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATCAATACTATTTTAGTCCAAAGAATTGTACATGAACAAAA
ACAATTGTTTTATTAAAAAGCAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGACA
TAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAAATTTACATTTAAATCTCCTTTCTATTAATTTTCAAAA
AATTAATAAATTAGTATTATTTTATATTGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTCATCAAATAGGCATAATAATATTTAAAC
TTGATTAATAAACAAATTTATTTTTAAATTCTCATTAATTTTTAGAAAGTAATAAACTAGAATTA
TGTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAACAGAAACAAGTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
TATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAAAACTATTTGAATCTAATCAAAAAACAGATTCAT
TTTTTAAATTTTAACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTTACATTACTTTATTTCGAATA
AGCGTATATGAACAGAAAAAACTATTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACTATTCAAACTTGTT
CAGTAAATAGATTC
Found at i:19652467 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 19652251--19652577 Score: 374
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
19652241 ATTGAACTAG
*
19652251 TTAATTTTCAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACA-AAAAAA
1 TTAATTTTCAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACATAAAAAA
* *
19652315 TTTGTTTTATGACAAAGCAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGAT-TCA-T-ATAGCCCTAACTA
66 TTT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGATAT-ATTAATAGCCATAACTA
*
19652377 TTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTTT
129 TTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTT
* * * * * * *
19652408 CTTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACATAAA
1 -TTAATTTTC--AATATTAATAAATTAATAATATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACATAAA
* * * * * * *
19652473 TAATTTTTTTATGACAAAACACAATGTTATAATAATTTGAAATATATAATAGTTTAAATAGTCAT
63 AAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGAT-ATA--TT-AATAGCCAT
*
19652538 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTT
124 AACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTT
19652574 TTAA
1 TTAA
19652578 ATCTCCTACT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 19, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
158 9 0.06
160 76 0.54
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (159 bp):
TTAATTTTCAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACATAAAAAA
TTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGATATATTAATAGCCATAACTATT
TGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTT
Found at i:19653333 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19652420--19663423 Score: 6563
Period size: 181 Copynumber: 61.3 Consensus size: 180
19652410 TAATTTTCAT
* * * * * *
19652420 AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTTTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
19652485 GACAAAACACAATGTTATAATAATTTGAAATATATAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
19652550 TAGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAA
130 TAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--GA
* * ** ** * *
19652603 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTCATATGATGAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
19652668 GAAAAAACAAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAA-TCATTTGAA
66 GACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
*** ** * *
19652732 CT-GATT-TGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGA
129 CTAG-TTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * * ** *
19652784 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTA-AAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTA
* * * ** *
19652848 TTATAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
19652913 TTTGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAATTTCTTTCTTATTAATTTTCT-A
129 CTAGTTCTA-TAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGA
* * * * * ** * * *
19652967 AATGTTAATAAAGTGGTATTATTTTAGTTCAAGCAAGCATGTAT-AAGCTGAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTA
** * * * *
19653031 TGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAACTGTTCTAATAGT-ATTAACTATTTGA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGA
* *** * *
19653095 A-TTGATTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-
128 ACTAG-TTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * * ** *
19653147 AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGACAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
19653212 GACAAAACAAAGATCATAATGAATTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAACT
66 GACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
19653277 AGTCCTATAAACAAACTTAGTTTTTATATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
131 AGTTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
19653327 AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
19653391 TGATAGATCAAAAGTTCGTAACG-TCTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
19653455 ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCA
128 ACTAGTTCTATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
19653509 AATGTCAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTA-AAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
19653573 TGACTAAAA-AAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAA
65 TGAC-AAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *** * *
19653637 CTACTTCGGCAAAC--ACTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
129 CTAGTTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
19653686 AATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
19653751 GACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTC--ATA---AT---TATTTAAAC-
66 GACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * **
19653807 -GTTTTCATGATCAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAA
131 AGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
19653853 AATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTAAATAA--TT-T-TGAA-TGAATA-GATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTA
* * * * * * * **
19653912 TAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCTATTGGACACGACTATTTGAA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * *
19653977 C-ATGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTGGTTATT-ACTTTTCA
129 CTA-GTTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * * * * *
19654028 GAATATAAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATACGAACAAAAACATTTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* ** * * *
19654092 TCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGAT-ATTGTGCAAATAGTCATAATTATTTGAA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *** * *
19654156 CTAGATAGGTAAACAAAATAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
129 CTAGTTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** *
19654208 AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTT-AATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AGTTGTTTT
1 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* ** * * *
19654270 ATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGA
64 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
19654335 A-TTGACTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGG
128 ACTAG-TTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
19654388 AATATTATTAGATCAGTATTATTCTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * * *
19654453 GATAGAATA-AAAAGTTATAACAATTTCAAGA-ATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAA
66 GACA-AA-ACAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
19654516 ATTGGTT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTTATTTTTGA
128 ACTAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
19654569 AAGATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAAATGTTATA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTA
* * ** * * * *
19654633 TGACCAAATA-AAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGA
65 TGA-CAAA-ACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
19654697 GCT-GATTC-AGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTT-A
128 ACTAG-TTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
19654749 TAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTT
* * *
19654813 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAGT--TGAACTATTTG
64 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTG
* * * *
19654876 AATTTA-TT-TAGTGAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTCCTTCTTAATTTTTGA
127 AA-CTAGTTCTA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * *
19654930 AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTA
** * * * *
19654994 TGTTAAAACAAAAGGTCATAATTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
19655058 CTTGCTCAAAAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGA-TTATTAATTTTTCA
129 CTAGTTCTATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * * *
19655111 AA-GTTAGTAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCCTGTAAG-ACATGAAACAAATATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTA
* * ** * * * ** *
19655174 TGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
19655239 CT-GATTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
129 CTAG-TTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
** *** * *
19655291 AATATTCTTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATA-AAAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
19655354 ATGACATAAGAAAGAT-ATTA-GCAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTT
64 ATGACAAAACAAAGGTCATAATG--ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*
19655416 GAACTAGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
126 GAACTAGTTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-AAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
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126 GAACTAG-TTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
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66 GACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
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130 TAGTTCTATAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGA
* * * * * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAA-TTGTTTT
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64 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
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1 AATATTAATAAATTA--G-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
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19656125 AACCT-GTTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTC-TAGGTTATTAAGTTTTGG
127 AA-CTAGTTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
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66 GACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
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* ** * ** * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
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66 GACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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130 TAGTTCTATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *** * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAA-CAATTGTTTT
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19656600 ATGACAAAATAAAAGGTTATAA-CAATTGTAAATATATAATTATTCATGTAGTC-TAAACTGTTT
64 ATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTT
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126 GAACTAGTTCTA--TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ***
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1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTT
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64 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
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128 ACTAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *** * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
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66 GACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACT-ATTTGA
* * * * * * *
19657026 ACTAATT-TGGTAAACTAATTTATTTTTTAAGTCTCTAACTTATTAACTTTT-C
128 ACTAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * ** * * *
19657078 ACTATTAATAAGGTGGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATA-AAACATTTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
** * *
19657142 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAAC
66 GACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
19657207 TTGTT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTCGAATCTCTTGCTTATTAATGTTTTG-
130 TAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGA
* * * * * * * * *
19657259 AATGTTAATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAATAAGCGTGTATGATCTGAAACAATTATTATAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
19657324 GACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
66 GACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * **
19657389 TGGTT-TGGCAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAA
130 TAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * *
19657436 AATATTATTAAATTTA-TATTATATTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTAT-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
19657499 ATAAGAAAACAAAGATCATAACT-ATTAGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * *
19657563 ACTGGTTC-AAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA
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* * * * * * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
19657680 GACAAAATAAAAGGTTATAACGACTTT-AAATAAAAAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTT-A
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* * * * * * *
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* *
19657797 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTT
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19657861 ATGACTAAATA-AAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG
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* *** * *
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127 AACTAGTTCTATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
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19657980 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAAAAAAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
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19658044 GACAAAATAAA-AACTATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
19658108 T-GCTTTTGTAAACATATTTAGTTTTTATATCTC-T-C--ATTAA--TTTCA
130 TAG-TTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * * * ** * *
19658153 AATATTATTAGATCGGTGTTATTTGATTCTAAATAATTTTGCATGAATAG-----ATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
19658213 GACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTCAAATAGGTAACTGCTCAAATGGACATGACTATTTGAGC
66 GACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
19658278 TTGTT-TAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCA
130 TAGTTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
19658328 TAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * ** * *
19658392 TGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGCAATCGTAACTATTTGA
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** * * * *
19658456 ACTAGCTT-GGTAAACAATTTTATTTTCTAACTCT-TTAACTTATCAATTTTTGA
128 ACTAG-TTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
19658509 AATATTAATAAACTAGTAGTATTTTATTGTGAATACA-CTTGTATCAATAGAAACAATTGGTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * ** * *
19658573 TGACGAAACAAAAGTTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
19658638 CGT-GTT-TA-AAAAATAGATCTA-TTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGG
129 C-TAGTTCTATAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** ** * *
19658688 AATAGTAATAAATTTTTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
19658753 AACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAAC
66 GAC-AAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * ** * * * *
19658818 TTGTTC-AAAAAGTAGTTTCATTTTTTAAAACTCTTACTCATTAATTTTTGG
130 TAGTTCTATAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
** * ** * *
19658869 AATATTAATATAA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAAGC-TATATGAATTGATACAATTTTTTT
1 AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
** * * *
19658932 ATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTTC-AATAGTTATAACTATTTG
64 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * * * **
19658996 AAATTGTT-TGGTAAACATATCTATTTTTGAAATATTTTACTTATTTATTGTCAA
127 AACTAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** * * * *
19659050 AATATTAAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAGAAAAACAATTGTTTTT
1 AATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
19659115 TGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGA
65 TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
19659179 ACTTA-TT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATAGTCT-A
128 AC-TAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGA
* * * * *
19659232 AATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGA-AATTGTTTCA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTA
* ** * * *
19659296 TGATAAAACAAA--AAATTATTGCAATTTAAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
65 TGACAAAACAAAGGTCA-TAATG--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
19659359 AACTTGCTC-AGTAAATAGATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAA
127 AACTAGTTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
19659408 GAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAATAAGCTT-T-TGCAAACAGAAACAATTGCT
1 -AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG--AACAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
19659470 TTGTGATAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTC
62 TTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** ** * * *
19659535 GCACTAG-TC-AGGCCAACAGGTTCATGTTTTTAAA-CCCGTTACTTATTAATTTTTAA
126 GAACTAGTTCTA--TAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * * *
19659591 AATATTATTGAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
19659656 GACAAGACAAATGGTCATAATGAATTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTTATAATTAATTGAAT
66 GACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * **
19659721 TGGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCA-TAAATTTCAA
130 TAGTTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGA
* * ** * * * * *
19659772 AATATGAATAAATTAAT-TATATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* ** * * * **
19659836 TGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTTCC
65 TGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGA
* * * *
19659901 ACTGGTT-TGACAAACATAATTT-TTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTT-T
128 ACTAGTTCT-ATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * *
19659952 AATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTACTAAGAA-ACGAAA-AATTTGTT
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-GTATGAACA-GAAACAA-TTGTT
* * * * * * * ** * *
19660013 TTACGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAAAGAACTGTGCATGTAGCCTTAACTATTT
62 TTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** * * *
19660078 GAACTAATTCGGCAAATAAATTTA-TTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTT-A
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* * * * *
19660131 GAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
1 -AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * *
19660195 ATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAT-GTATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
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* * *
19660259 AACTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGA
127 AACTAGTTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * * ** *
19660313 AATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGGATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * * * * *
19660378 GACAAAACAAAATTTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTTAAATGGTCGTAATTATTTAAAC
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* * * **
19660443 TAATT-TGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACCAATTTTTGA
130 TAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
19660494 AATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGCACTGAAACAATTTTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
19660558 GATAAAATAAAAAG-CAATAATGATTTTAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
66 GACAAAA-CAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * *
19660622 CTTGTT-TAGTAAACTGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTCCT-A
129 CTAGTTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGA
** * * * *
19660674 AATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTATGTAT-AAGCTG-AACAATTATTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT-TGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTT
* * ** * * * * *
19660736 ATGACTAAACAAAAAGTCAATACA--ATTCAAAAAAAATAATTGTTCTAATGGTCTTAACTATTT
64 ATGACAAAAC-AAAGGTC-ATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * **
19660799 GAAC-AGGTTC-AGCAAACAAATTTATTTTTTGAA--TC---CTTATTAATTTTCAA
126 GAACTA-GTTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * **
19660849 AATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTTTGAATA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-A-A-C----A----G-A-A
* * * * * * **
19660914 ACTGGTATTATTTTATGACAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAACGGA
53 AC---AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* **
19660979 T-ATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTT
114 TCATAACTATTTGAACTAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*
19661041 TCA
178 TGA
* * * * * *
19661044 GAATATTAATAAATT-G--GTA-TTT-TTTT-AATAAACTTTTATGAATAGAAATAATTTTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
19661103 TGAC----CAAA-G--A-AAAGA--TCACAAT-GAT--TTGTTGAAATAGTTATAACTATTTGAA
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* ** * * * *
19661155 CTCGCTT-GGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGA
129 CTAG-TTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
19661206 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGATTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTA
* * ** * * * *
19661270 TCACAAAAGAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAA
65 TGACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
19661335 CGTA-TT-TAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TATTAGTTATTAATTTTTGA
129 C-TAGTTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
19661386 AATATTAATAAATT--TATGCTATTTTATTTGAAATAAG-TTTTCATGAATA-AATCCAATTACT
1 AATATTAATAAATTAGTAT--TATTTTATTTTAAATAAGCTTGT-ATGAACAGAA-ACAATT-GT
* * * * * *
19661447 TTT-TGATAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTGATATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAT
61 TTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * * * *
19661510 TTAAACTTTTTCAATAAATAGATTTATGTTTTAATTCTCATGCTCATTAATTTTTGA
124 TTGAACTAGTTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
19661567 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATATTAAACTTATATTAACTA-AAACAATTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAA-A-TAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTT
* * * * * * *
19661631 TTATTACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTT
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* * * * **
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126 GAACTAGTTCTATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
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* * * * *
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* * * * *
19661869 CTTGTT-TGACAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTCTT--
129 CTAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGA
* *** * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAAT-TGTTTT
* * *** * * *
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** ** * *
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* * * *
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1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTT
* ** * * * * *
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64 ATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * **
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* * * * * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** * * ** * * * * *
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* * *
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* ** * ** * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
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66 GACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAA
* * **** * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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127 AACTAGTTCTAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
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* * *
19662939 CTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGA
120 CTATTTGAACTAGTTCTATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** * *
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1 AATATTAATAAA-T--TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAA-CAATTGT
* * * * * * *
19663064 TATATGACTAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAGATGGCCATAATTAT
61 TTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTAT
* * * * *
19663128 TTGAACTGGTT-TGATAAACAGATTCACTTTTTAAA----TTAGTTATTAATTTTTGA
124 TTGAACTAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ***
19663181 AATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAGTTGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
** ** * * * *
19663246 GACAAAACAAAAATTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATCGTAACTATTTA
66 GACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA---TAACTATTTG
* * ** * *
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* * ** * * *
19663365 AATATTAAGAAATTGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTACGAACCGAAACAATTG
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
19663424 CGAATGTTAA
Statistics
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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** * * * * * *
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378 TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
19653562 TAATTGTTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT
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* ** * * * * *
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130 AACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTC-T--TTATTAATTTTT-AAA
* * * *
19653688 TATTACTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTTAT
191 TATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
19653751 GACAAAATAAAGA-TCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTC--ATA---AT---TATTTAAAC
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* * * * ** *
19653807 GT-TTTC-AT-GATCAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-TCA
319 -TAGTTCGGTAAAT-AGATTTA-TTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-A
** * * * *
19653868 GTATTATTTTATTCTAAATAA--TT-T-TGAA-TGAATA-GATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
380 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
19653927 TCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCTATTGGACACGACTATTTGAACATGTTC-GATAAAT
444 TCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGGTAAAT
* *
19653991 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTGGTTA
507 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * * * * * * * *
19654018 TTACTTTTCAGAATATAAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATACGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * ** * * *
19654082 ATTTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGAT-ATTGTGCAAATAGTCATA
66 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * * *
19654146 ATTATTTGAACTAGATAGGTAAACAAAATAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
131 ACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTC-T--TTATTAATTTTT-AAAT
* * * * *** *
19654211 ATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTTAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AGTTGTTTTATG
192 ATTAATAAATT-AGTATTAATTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * *
19654273 TCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-T
255 AAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * * * * * *
19654337 TGACTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAGA-T
320 AG-TTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATATC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT
* * * * * * * * * * *
19654401 CAGTATTATTCTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAATAAAAA
379 -AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
19654466 GTTATAACAATTTCAAGA-ATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTT-TGGTA
443 GTCATAACAATTT-AA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTT-GTTCAGGTA
*
19654528 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
504 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * * ** *
19654558 TTTATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAA
* * * * * * ** * * * *
19654621 ACAAATGTTATATGACCAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCA
64 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * ** * * * *
19654686 TAATTATTTGAGCTGATTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTATA
129 TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATC-TCT--TTATTAATTTTTA-A
** * **
19654751 ATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATG
190 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
19654816 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAGT--TGAACTATTTGAAT
255 AAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA-
* ** * * * * * * *
19654879 TTA-TTTAGTGAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTCCTTCTTAATTTTTGAAATATTAAGAAAT
318 CTAGTTCGGTAAATAGATTTA--TTTTTAAA-T-AT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAG
** * * * * **
19654943 TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAG
378 TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * **
19655008 GTCATAATTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AACTTGCTCA-AAAAA
443 GTCATAA-CAATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGGTAAA
*
19655071 TAGATTTATTTTTTCAAATCT-TTTGATTA
506 TAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTA
* * * * * * *
19655100 TTAATTTTTCA-AA-GTTAGTAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCCTGTAAG-ACATGAA
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* * * * ** * * **
19655162 ACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTTT
64 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *** * * *
19655227 TAACTATTTAAACTGATTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGA
129 TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTC-T--TTATTAATTTTT-AA
** * * *
19655292 ATATTCTTAAATTAGTATT-ATTT-TTAACCAAATAAGCTTCTATGATA-AAAAACAATTGTTTT
190 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT--TCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
19655354 ATGACATAAGAAAGA-TATTAGCAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTG
252 ATGAAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
19655417 AACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
316 AACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * *
19655482 ATTAG-ATTATTTTATTTAGAATGAA-CTTGTAT-AA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
376 AGTAGTATTATTTTATTCCGAAT-AAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-
* * * * * *
19655543 AAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATCA-ATAGTCATTCAAATGGTCAAAATTATTTTAAC-AGATT
438 AAAAGGTCATAACA-ATTT-AAAT-AGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTG-TT
* * * *
19655605 -TGGTAAACAGATTT-TGTTTTAAA--T-TT-CTTA
498 CAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * * * *
19655635 TTAA--TTTAGGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTGTATTAACTGA
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* * * * * *
19655697 AACAATT-ATTT-T-A-T-AAC-AAA--TCA-AA--A---G--GTAGACAATTGTTCAAATAGTA
63 AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** * ** * * * *
19655746 ATAACTATTTTAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAAATCCCTTTCTTATTAATTTTT
128 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTA-CTTTCT-AAAT--CTCT-TTATTAA-TTTT
* * * * * * *
19655811 TGAATTTTATTAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCATGTATGAACTAAAAATAATTTTT
187 TAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAA-TTGT
** * * * * * *
19655875 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCAT
249 TTTATGAAAAAACAAAAAGT-AATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
19655939 TT-ATACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
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19656003 TTAAATTATTGTTATTATTTTAATCTGTATAAGCTTGTATGAAC-AAAATAATTATTTTACGACA
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434 AAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGT
* * * *
19656132 TC-GGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTC-TAGGTTA
497 TCAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-GTTA
* * * * * ** ** *
19656168 TTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTATGAATAAAATAATATGAA-TAGAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA
* * * *
19656232 CAATTGTTTCATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATCA-ATAATTATTCAAATAATCA
65 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
19656296 AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTCTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAA
129 TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTCTT--T-ATTAATTTT-TAA
* * * ** * *
19656361 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGGACAAATTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATG
190 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
19656426 AAAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTAATTGAACT
255 AAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
19656491 AGTTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATATCTTA-TAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTT
320 AGTTCGGTAAATAGATTTATTTT-TAAATATCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA
* * * * *
19656555 TTATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGCTAAAATC-TTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTA
383 TTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * *
19656619 TAACAATTGTAAATATATAATTATTCATGTAGTCTAAACTGTTTGAACTAGTTCAGGAAAAAAAA
447 TAACAATT-TAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTCAGGTAAATAGA
*
19656684 ATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
510 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* ***
19656708 TTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAAC-AAACA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA-A
* ** * *
19656772 CAATTGTTTTTTGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA-GGATAATTGTTCAAATAGTCA
65 CAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
19656835 TAATTATTTGAACTAGTTTTGGCAAATAGAGTTACTTTCGAAATCTGTTTATTAATTCTTGAAAT
129 TAACTATTTGAACT-GGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTCTTTATTAATT-TTTAAAT
* * * * * *** * *
19656900 ATTAAAAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTTTGTTGAAAAACAATTGTTGTATGAC
192 ATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAA
* * * * * * *
19656965 AAAACAAAAAGTAATAATGACTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAAATGGCCATAA-TCATTTGAACT
257 AAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
* * * * * * * *
19657029 AATTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAGTCTCTAACTTATTAACTTTT-CACTATTAATAAGGT
320 AGTTCGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTAA----ATATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT
* * ** * * * *
19657092 GGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-TAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
379 AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
19657156 TCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTTGTT-TGGTAAAT
444 TCATAACAA-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGGTAAAT
*
19657220 AGATTTATTTTTTCGAATCTCTT-GCTTA
507 AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTA
* * * * * *
19657248 TTAATGTTTT-GAATGTTAATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAATAAGCGTGTATGATCTGAAA
1 TTAAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * * * * * *
19657312 CAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCTT
65 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
19657377 AACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTCAAAATAT
130 AACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTCTTTATTAATTTT-TAAATAT
* *
19657441 TATTAAATTTA-TATTATATTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTAT-AA
194 TAATAAA-TTAGTATTA-ATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAA
* * * * * * * * *
19657503 GAAAACAAAGA-TCATAACTATTAGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
257 -AAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
** * * * *
19657567 GTTC-AAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTTAAGTAG
321 GTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG
* * * * * * *
19657631 TATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
381 TATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
19657695 TATAACGACTTTAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTT-AGATTTGTTCA-GTAAAT
445 CATAAC-AATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAA-CTATTTGA-ACTTGTTCAGGTAAAT
* * *
19657758 AGATTTATTTTTTTAACTCTCTTACTCA
507 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* *
19657786 TTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
1 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * * * *
19657850 ATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
64 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
19657915 TAACTATTTGAACTCGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
129 TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTA-CTTTCTAAATCTC-T--TTATTAATTTTT-A
* * * *
19657980 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAAAAAAATTGTTTTAT
189 AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
19658044 GACAAAATAAAAACT-ATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
254 GAAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * * * * * *
19658108 T-GCTTTTGTAAACATATTTAGTTTTTATATCTCTCATTAA--TTTCAAATATTATTAGA-TCGG
319 TAG-TTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-AG
* * ** ** * * *
19658169 TGTTATTTGATTCTAAATAATTTTGCATGAA-T---A-GATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
381 TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * ** * * * * * * *
19658229 TTAATGATTTCAAATAGGTAACTGCTCAAATGGACATGACTATTTGAGCTTGTTTA-GTAAACAT
446 ATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGGTAAATAG
* **
19658293 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
509 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * * * *
19658318 TTAATTTTCATAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA
* * * * * * ** * *
19658381 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGCAATCG
65 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
19658445 TAACTATTTGAACTAGCTTGGTAAACA-ATTTTATTTTCTAACTCTTTAACTTATCAATTTTTGA
129 TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTTACTTTCTAAATCTCT---TTATTAATTTTT-A
* * * * * * *
19658509 AATATTAATAAACTAGTAGTATTTTATTGT-GAATACA-CTTGTATCAATAGAAACAATTGGTTT
189 AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TCGAATA-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
** * * * * *
19658572 ATGACGAAAC-AAAAGTTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTG
252 ATGAAAAAACAAAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
**** * * *
19658636 AACGT-GTTTAAAAAATAGATCTATTTTTAAATTTTTAT-TTATTAATTTTTGGAATAGTAATAA
316 AAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAA----TATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * * * * *
19658699 ATTTTTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGGAACAATTGTTTTATAACAAAAAAA
376 AGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAA
** * * * *
19658763 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCA--A
440 AAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGGT
* * *
19658826 AAAGTAG-TTTCATTTTTTAAAACTCTTACTCA
503 AAA-TAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * * * * *
19658858 TTAATTTTTGGAATATTAATATAA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAAGC-TATATGAATTGAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACTAAA
* * *
19658921 ACAATTTTTTTATGA-TGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTTC-AATAGT
64 ACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT
* * * * * * * * *
19658984 TATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATCTA-TTTTTGAAATAT-TTTACTTATTTATTGT
127 CATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCT-AAATCTCTTTA-TTAATT-TT-T
* * * * * * * *
19659047 CAAAATATTAAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAGAAAAACAATTGTT
188 --AAATATT-AATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * *
19659112 TTTTGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTTATAATTATT
250 TTATGAAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
19659176 TGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTT-TATATCTT-TTACTTATTAATAGTCTAAATATT
314 TGAAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATATCTTATTAATT-TT--T-G---AAATATT
* * * * * * *
19659238 AATAAATTTGTATAATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAGA-AATTGTTTCATGAT
371 AATAAAGTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AA-ACAATTATTTTATGAC
** * ** * *
19659300 AAAACAAAAAATTATTGCAATTTAAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
433 AAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTG
* *
19659365 CTCA-GTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTC----TTA
496 TTCAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * **
19659398 TTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAATAAGCTT-T-TGCAAAC-AG
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--AACTA-
* * * * * * * *
19659459 AAACAATTGCTTTGTGA-TAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAG
62 AAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** * * * * * *
19659523 TCATAACTATTCGCACTAGTCAGGCCAACAGGTTCATGTTTTTAAA-CCCGTTACTTATTAATTT
126 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTA-CTTTCTAAATCTC--T--TTATTAATTT
* * * * * * * *
19659587 TTAAAATATTATTGAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAATAGAAAA-AATTAT
186 TT-AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGT
* * ** * * * * * * * * *
19659651 TTTATGACAAGACAAATGGTCATAATGAATTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTTATAATTAAT
249 TTTATGAAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * * ** *
19659716 TGAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCATAAATTTCAAAATATGAAT
314 TGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATATCTTA--T--TAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * * * *
19659781 AAATTAAT-TATATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAG
374 AAAGTAGTAT-TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * ** * *
19659845 AAAAGGTCATAACAATTTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTTCCACTGGTT-T
438 AAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTA-TTTGAACTTGTTCA
** * *
19659909 GACAAACATA-ATTT-TTTTTT-AATTTCTTACTTA
500 G-GTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * *** * * *
19659942 TTAATTTTT-TAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTACTAAGAAACGAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATG-AACTAA
* * * * * * * * * * * ** *
19660004 AA-ATTTGTTTTACGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAAAGAACTGTGCATGTAGCC
63 AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** * * * * *
19660068 TTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATAAATTTA-TTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTAG
128 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTA-
* * * * * * *
19660132 AATATTATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
189 AATATTAATA-AATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * ** * *
19660196 TGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAT-GTATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
253 TGAAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
19660260 ACTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
317 ACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAA--TA-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * * * *** *
19660325 TTAGTTTTATTTTATTTTGGATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
377 GTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
** ** * * * * * * ** * *
19660390 TTTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTTAAATGGTCGTAATTATTTAAACTAATT-TGATAA
442 GGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTCAGGTAA
* *
19660454 ACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTA
505 A-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
** * * ** * * *
19660483 CCAATTTTT-GAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGCACTGAAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * * ** * *
19660546 CAATTTTTTTATGA-TAAAATAAAAAGCAATAATGATTTTAAATATATAATTATTCAAATAGTCA
65 CAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
19660610 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACTGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTCCTAA
129 TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTC-T--TTATTAATTT-TTAA
** * * * ** *
19660675 ATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTATGTAT-AAGC-TGAACAATTATTTTA
190 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTA
** * ** * * * * * *
19660737 TGACTAAACAAAAAGTCAAT-ACAATTCAAAAAAAATAATTGTTCTAATGGTCTTAACTATTTGA
253 TGAAAAAACAAAAAGT-AATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * ** * * *
19660801 AC-AGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTGAAT-CCTTATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTG
317 ACTA-GTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
** ** *
19660864 GTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTTTGAATAACTGGTATTATTTTA
380 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATG-A-A-C--------T-AA-AAC---AATTATTTTA
* ** * **
19660929 TGACAAAA-AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAACGGAT-ATAACTATTTG
429 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCA-AACTATTTG
* * * * ** *
19660991 AACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTA
490 AACTTGTTCAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * * *
19661034 TTAATTTTCAGAATATTAATAAATT-G--GTA-TTT-TTTT-AATAAACTTTTATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA
* * * * * * *
19661092 TAATTTTTTTATGAC----C-AAA-G--A-AAAGA--TCACAAT-GAT--TTGTTGAAATAGTTA
65 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
19661143 TAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAA
129 TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATC---TCTTTATTAATTTTT-AA
* * * * * *
19661207 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGATTTATC
190 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * * * * *
19661272 ACAAAAGAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACG
255 AAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
** * * *
19661337 TA-TTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTATTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T-
319 TAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAA-TA-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
* * * * *
19661399 TTATGCTATTTTATT-TGAAATAAG-TTTTCATGAA-TAAATCCAATTACTTTT-TGATAAAACA
380 GTAT--TATTTTATTCCG-AATAAGCTTGT-ATGAACTAAA-ACAATTA-TTTTATGACAAAACA
* ** * * * * *
19661460 AAAAGTCATAA-TGTGTTGATATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCA-
439 AAAGGTCATAACAAT-TT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * *
19661523 ATAAATAGATTTATGTTTTAATTCTCAT-GCTCA
501 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTA
* * *
19661556 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATATTAAACTTATATTAACT
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG--A-A-TAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
19661619 AAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAA
61 AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** * * * * * *
19661684 TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
126 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATC-TCT--TTATTAATT-TT
* * * * *
19661749 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTT
187 TAAATATTAATAAATTAGTATTAATTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
19661812 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATT----T-G----TTGTTCCAATAATCATAA-TGATTT
251 TATGAAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTT
* * * ** * * *
19661866 AAACTTGTTTGACAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTCTT--AATATTAAT
315 GAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAA---TAT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAAT
* * * * * * * *
19661929 AAATTTGTATTATTTTA-TCCGAAATAAACTTGTATGAAC-AGAAGAAATCTTATTAGGACAAAA
374 AAAGTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATT-TTATGACAAAA
* * * * *
19661992 CAAAAGGTAATAGCAATTTCAAATAGATAATTTTTTCAAATAGTCATAA-TATTTAAACTTCTTC
437 CAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTC
* *
19662056 -GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTA
499 AGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * *
19662090 TTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * ** * *
19662155 AATT-TTTTTTGACAAAAC-AAA-GTCATAACAATTTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
66 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * **
19662217 ATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTTAA--T-TTT-TTACATTGTCAAAATAT
131 ACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTACTTTCTAAATCTCTTTATTA-ATT-TTTAAATAT
* * * * * * * *
19662278 TAATAAAATAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTA-CAAT
194 TAATAAATTAGTATTAATTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAA-
* * * ** * ** * * * *
19662341 AAAACAAAAACTAAAAATGATTTGTGATAAATAATTGCTCAAACAATCATAACTATTTGGACTGG
257 AAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * * * * *
19662406 TTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTTGTTAATTTTTCAAATATTAATAGATTAGTATTA
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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** *
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* * *
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* * * ** * * * * * *
19658144 TTAA--TTTCAAATATTATTAGATCGGTGTTATTTGATTCTAAATAA--TT-T-TGCATGAATA-
257 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAC
* * * * * * * * * *
19658202 GATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTCAAATAGGTAACTGCTCAAATGGACATG
321 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
19658267 ACTATTTGAGCTTGTTT-AGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAT-
386 ACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAA-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TG
* *
19658329 AA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAATA-GAAATAATTGTTTT
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*
19658391 ATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAA
510 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAA
* * * * * * * *
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* * * * * *
19658486 CTCT-TTAACTTATCAATTTTT-GAAATATTAATAAACTAGTAGTATTTTATTGTGAATACA-CT
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* * * * * *
19658548 TGTATCAATAGAAACAATTGGTTTATGACGAAACAAAAGTTCATAACCATTTGAAATAGATAATT
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* * ** * * * * *
19658613 GTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGT-GTTTAAAAAATAGATCTA-TTTTTAAAT-TTTTATT
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* * ** *** **
19658675 TATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTTTTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGGA
255 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAA
* * * * *
19658740 ACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTA
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* * * *
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* * ** * *
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** *
19658931 TATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
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* * ** * * * * *
19658964 TAGATAATTACTTCA-ATAGT-TATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATCTATTTTTGAA
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* * * * * * ** * * ***
19659027 ATATTTTACTTATTTATTGTCAAAATATTAAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG
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* * * *
19659092 TATGGAGAAAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-AGTAATTG
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19659156 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTATATCTTTTACTT
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* * * ** * ** * * *
19659283 AGA-AATTGTTTCATGATAAAACAAAAAATTATTGCAATTTAAAATAGATAAATGTTCAAATAGT
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19659347 CATAACTATTTGAACTTG-CTCAGT-AAATAGATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
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* *
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* * * * *
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130 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTT
* *
19660239 CAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATT
194 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
19660304 AATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGGATAGGCTTATATGATGAAAAACAA
259 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAA
** * * * * * * *
19660369 TTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTTAAATGGTCGTAAT
323 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * **
19660434 TATTTAAACTAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACCAATTTTTGAAATAT
388 TATTTGAACTTGTTTGATAAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* * * * * *
19660499 TAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATG-CACTGAAACAATTTTTTTATGATA
452 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAC-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
19660562 AAATAAAAAG-CAATAATGATTTTAAA
516 AAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAA
* * * * ** ** * ** *
19660588 TATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACTGATTTATTTTTTTAAT
1 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * ** * ** *
19660653 TTCTTGCTTATTAATTTCCTA-AATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTATGT
66 CTCTTACTTATTAATTT-TTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGT
**** * * * * ** * *
19660716 AT-AAGCTGAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCA-ATACAATTCAAAAAAAATAATTGT
129 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
19660779 TCTAATGGTCTTAACTATTTGAAC-AGGTTC-AGCAAACAAATTTATTTTTTGAA--TC---CTT
193 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
** * * * * **
19660837 ATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATACCAA
256 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-------A
* * * *
19660902 TTATTTTGAATAACTGGTATTATTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
314 -TA-----AA-AAC---AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * ** **
19660966 TAGCTCAAACGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCCA
369 TTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
19661029 ACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATT-G--GTATTTT-TTT--AATAAACTTTTATGAATA
432 ACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-A
* * * * * *
19661088 -GAAATAATTTTTTTATGACCAAAGAAAAGATCACAATGATTTG---
495 CGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * ** * * *
19661131 TTGA-AATAG----T-TA----TAACTATTTGAACTCGCTT-GGTAAATAGATTTA-TTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT-AATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * **
19661184 TCTTTTATTTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * * * *
19661248 ATGAACAAAAGCAATTGATTTATCACAAAAGAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTT
129 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
19661313 TAAATAGTCATAACTATTTAAACGTATTTAGA-AAATAAATTTATTTTTTAAAT-TATTAGTTAT
194 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
*
19661376 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT--TATGCTATTTTA-TTTGAAATAAG-TTTTCATGAATAAA
258 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT--TATTTTATTTTG-AATAAGCTTGT-ATG-ATAAA
** * * * * * * * *
19661437 TCCAATTACTTTT-TGATAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTGATATAGATAATTATTTAGATAG
318 AACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
19661500 TCATAACTATTTAAACTT-TTTCA-ATAAATAGATTTATGTTTTAATTCTCATGCTCATTAATTT
381 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATA-AAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
19661563 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATATTAAACTTATAT-TAACTAAAACAAT
444 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CAA-A-TAAGCTTGTATGAAAC-GAAACAAT
* * * * *
19661627 TTTTTTATTACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGACA
504 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * ** **
19661665 TAGATAATTATTCAAATAAT-TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AATATTTATTTTTTAA
1 TAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACAA-ATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
19661728 ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGT
64 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* *
19661793 -TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATT----T-G----TTGTT
129 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * *
19661847 CCAATAATCATAA-TGATTTAAACTTGTTTGACAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAATTAT
194 CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * *
19661910 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TCCGAAATAAACTTGTATGA-ACAGA
258 TAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGATA-AAA
* * * * * * * * *
19661971 AGAAATCTTATTAGGACAAAACAAAAGGTAATAGCAATTTCAAATAGATAATTTTTTCAAATAGT
319 ACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGT
* * * * * *
19662036 CATAA-TATTTAAACTTCTTCGGTAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
382 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * *
19662099 AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG-AACTAAAATAATT-TTT
446 -GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAC-GAAACAATTGTTT
* ** *
19662162 TTTGACAAAAC-AAA-GTCATAACAATTTGGAA
509 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
19662193 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTT-AA
1 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAA
* * * * * * * *
19662257 T-T-TT--TTA--CATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTA
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * ** * ** * * * ** * *
19662316 TGAATAGAAACTATTATTTTACAATAAAACAAAAACTAAAAATGATTTGTGATAAATAATTGCTC
130 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
19662381 AAACAATCATAACTATTTGGACTGGTTTGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAAT-T-TT--TTGTT
195 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *** * ** * * *
19662441 AATTTTTCAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAAGAAATTTATATGAACAAAAACAT
259 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAA
* * * * *
19662506 TTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGATTTGACATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
323 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *** * *
19662571 TATTAT-AA-TTGGTTGGGCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAT
388 TATT-TGAACTTGTTTGATAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* * * * * *
19662634 ATTAATAAATTTATTTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAT-TAT-AAATTGAAAAAAAAT-TTTT
450 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATGAAA-CG-AAACAATTGTTTT
* *
19662695 ATAAC-AAA-AAAATGTCATAATGATTTGAAA
510 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * ** * * * *
19662725 TAGATAATTG-TCTATATAGTCTTAACTATATGAATTGGTTTGTCAAACAAATTTAATTTTCAAA
1 TAGATAATTGTTC-ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * **
19662789 TCTC--AATTTTTAATTTTTAAAATATTATTAGATCACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * ** * *
19662852 TGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCTATTTTTTAAATAATTATTTGAAGTAT
130 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC----------ATAACGATTTGAAATAG
* * * * * *
19662917 ACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAGTCT
185 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * * * * *
19662982 CTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAGTATTGTTTTATTTCAAGCAACCTTTTA
249 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTAT-TTTGAA-TAAGCTTGTA
* * * **
19663047 TGATAAAAACCAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT-
311 TGATAAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
19663111 AAGATGGCCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACA-GATTCACTTTTTAAA----TTAGTTAT
375 AA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * ***
19663171 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAGTTGAAACA
438 TAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAACGAAACA
** ** *
19663236 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTTAAA
502 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * ** * *
19663276 TAGACAATTATTCAAATAGTCATCGTAACTATTTAAATTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTT
1 TAGATAATTGTTCATATAGTC-T--TAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTT
* ** * *
19663341 AAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCT
62 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
19663404 T
126 T
19663405 TTACGAACCG
Statistics
Matches: 5565, Mismatches: 1193, Indels: 739
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
520 2 0.00
521 20 0.00
522 137 0.02
523 34 0.01
524 7 0.00
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526 5 0.00
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556 43 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (541 bp):
TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
GAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTTGATAAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAACGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAATGATTTGAAA
Found at i:19662603 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 19661878--19663392 Score: 430
Period size: 177 Copynumber: 8.4 Consensus size: 174
19661868 ACTTGTTTGA
* * **
19661878 CAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATT
1 CAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTT--TT-TTAATT-T-TTAAAATATTAATAGATTACTATT
* * * * * *
19661940 ATTTTA-TCCGAAATAAACTTGTATGAACAGAAGAAATCT-TATTAGGACAAAACAAAAGGTAAT
60 ATTTTATTCC-AAAGAAATTTATATGAACA-AA-AAAT-TGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCAT
*** * * * * * * *
19662003 AGCAATTTCAAATAGATAATTTTTTCAAATAGTCATAA-TATTTAAACTT-CTTCGG
120 AATGATTTGAAATAGATAATTGTCT-AAATAGTCATAACTATATGAA-TTGGTTGGG
* * * *
19662058 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATA-ACTTAGTATTA
1 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TT--TT-TTAATTTTTAAAATATTAATAGA-TTACTATTA
*** * ** * **
19662122 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATT-TTTTTTGACAAAACAAA-GTCATAACA
61 TTTTATTCCAAAGAAATTTATATGAAC-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
19662185 ATTTGGAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATGATTATTTG-ATCTAGTTTGG
124 ATTTGAAATAGATAATTGTCT-AAATAGTCATAACTATATGAAT-TGGTTGGG
* * * * * * *
19662236 TAAACATATTTACTTTTTT-AA---TTTTTTACATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTT
1 CAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTTTTA-ATTTTTAAAATATTAATAGATTACTATTATTT
* *** * ** * * * * ** * ** * *
19662297 TAATATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTACAATAAAACAAAAACTAAAAATGAT
64 TATTCCAAAGAAATTTATATGAACA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGAT
** * * * * * * * *
19662362 TTGTGATAAATAATTG-CTCAAACAATCATAACTATTTGGACTGGTTTGA
126 TTGAAATAGATAATTGTCT-AAATAGTCATAACTATATGAATTGGTTGGG
* * *
19662411 TAAA-AAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTTGTTAATTTTTCAAATATTAATAGATTAGTATTATTT
1 CAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTT-TTAATTTTTAAAATATTAATAGATTACTATTATTT
*
19662474 TATTCCAAAGAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGAT
64 TATTCCAAAGAAATTTATATGAACAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAATGAT
* *
19662539 TTGACATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAATTATTAT-AATTGGTTGGG
126 TTGAAATAGATAATTGTCT-AAATAGTCATAACTA-TATGAATTGGTTGGG
* * * * *
19662588 CAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTT
1 CAAACA-AATTTATTTTTTAAA--TCTT-TTT-TTAATTTTTAAAATATTAATAGA-TTACTATT
* ** * * *
19662652 ATTTTATTCTGAATAAGCTATTATAAATTGAA-AAAAAA-T-TTTTATAACAAAA-AAATGTCAT
60 ATTTTATTC--CA-AAGAAATT-TATA-TGAACAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCAT
* * * *
19662713 AATGATTTGAAATAGATAATTGTCTATATAGTCTTAACTATATGAATTGGTTTGT
120 AATGATTTGAAATAGATAATTGTCTAAATAGTCATAACTATATGAATTGGTTGGG
* * * * *
19662768 CAAACAAATTTAATTTTCAAATCTCAATTTTTAATTTTTAAAATATTATTAGATCACTATTATTT
1 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCT--TTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAGATTACTATTATTT
* * ** * *
19662833 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCTATTTTTT
64 TATTCCAAAGAAATTTATATGAACA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTC--------
* * * * * * * ***
19662898 AAATAATTATTTGAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAA
118 --ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCTAAATAGTCATAACTATATGAATTGGTTGGG
* * * * * *
19662957 TAAACAAATTTATTTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAGTA
1 CAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TT--TT-TTAATTTTTAAAATATTAATAGA-T--TACTA
* * * * *
19663022 TTGTTTTATTTC-AAGCAACCTTT-TATGATA-AAAACCAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGT
58 TTATTTTATTCCAAAG-AA-ATTTATATGA-ACAAAA--AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGT
* * * * * * * * *
19663084 AATAATAATTTGAAATAGATAATTGT-TAAGATGGCCATAATTATTTGAACTGGTTTGA
117 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCTAA-ATAGTCATAACTATATGAATTGGTTGGG
* * * * * * * * * *
19663142 TAAACAGATTCACTTTTTAAAT-TAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTT
1 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAGATTACTATTATTTT
*** * ** * ** * ** **
19663206 ATTTTGAATAAGGTTGTATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATT
65 ATTCCAAAGAAATTTATATGA--ACAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
19663271 TTAAATAGACAATTAT-TCAAATAGTCATCGTAACTATTTAAATTTGTTCGG
127 TGAAATAGATAATTGTCT-AAATAGTCA---TAACTATATGAATTGGTTGGG
* * * * * * **
19663322 TAAATAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTGGTATTAT
1 CAAACAAATTTA-TTTTTTAAA-TCTT--TTTTTAATTTTTAAAATATTAATAGATTACTATTAT
19663387 TTTATT
62 TTTATT
19663393 TTGGATAAGC
Statistics
Matches: 1040, Mismatches: 206, Indels: 174
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.00
172 58 0.06
173 14 0.01
174 18 0.02
175 55 0.05
176 12 0.01
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178 80 0.08
179 32 0.03
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182 29 0.03
183 4 0.00
184 51 0.05
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191 2 0.00
192 19 0.02
193 1 0.00
194 5 0.00
195 45 0.04
196 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAGATTACTATTATTTTA
TTCCAAAGAAATTTATATGAACAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTCTAAATAGTCATAACTATATGAATTGGTTGGG
Found at i:19662603 original size:530 final size:523
Alignment explanation
Indices: 19661480--19662733 Score: 1202
Period size: 530 Copynumber: 2.4 Consensus size: 523
19661470 ATGTGTTGAT
* * *** * * *
19661480 ATAGATAATTAT-TT-AGATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAATAAATAGATTTATGTTTTA
1 ATAGATAATT-TGTTCAAATAGTCATAA-TATTTAAACTTCTTCGGCAAACAGAATTATTTTTTA
* * ** * *
19661543 ATTCTCATGCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATATTAAA
64 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG--A-A-TAAG
* * * *
19661607 CTTATATTAACTAAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGATCACAATGATTT-GACATAGATA
125 CTTATATAAACTAAAAAAATTTTTTT-TAACAAAAC-AAAG-TCATAATGATTTGGA-ATAGATA
* *
19661671 ATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
186 ATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAAATATTTATTTTTTAAA-CTTTTA
* *
19661736 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTTGAATAGA
250 -TTA-TAATTGTCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTTGAATAGA
* ** ** * * * *
19661801 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGTTGTTCCAATAATCATAATGATTT
313 AACAATTATTTTACAACAAAACAAAAACTAAAAACAATTTGTTATTCCAACAATCATAATGATTT
* *
19661866 AAACTTGTTTGACAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTCTTAATATTAATAA
378 AAACTGGTTTGACAAAAAGATTTATTTTTAAA-CTTTT-ATTATTAATTGTCTTAATATTAATAA
* * *
19661931 ATTTGTATTATTTTATCCGAAATAAACTTGTATGAACAGAAGAAATCTTATTAGGACAAAACAAA
441 ATTAGTATTATTTTATCCGAAAGAAACTTATATGAACAGAAGAAATCTTATTAGGACAAAACAAA
*
19661996 AGGTAATAGCAATTTCAA
506 AGGTAATAACAATTTCAA
* * *
19662014 ATAGATAATTTTTTCAAATAGTCATAATATTTAAACTTCTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
1 ATAGATAATTTGTTCAAATAGTCATAATATTTAAACTTCTTCGGCAAACAGAATTATTTTTTAAA
*
19662079 TCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
66 TCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
* * * **
19662143 ATGAACTAAAATAATTTTTTTTGACAAAACAAAGTCATAACAATTTGGAATAGATAATTATTCAA
130 ATAAACTAAAAAAATTTTTTTTAACAAAACAAAGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * *
19662208 ATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTT-AA-TTTT-TTA-CATTG
195 ATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAAATATTTA-TTTTTTAAACTTTTATTATAATTG
* *
19662269 TCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATT
259 TCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTATT
* * *
19662334 TTACAATAAAACAAAAACTAAAAATGATTTGTGATAAATAATTGCTCAAACAATCATAACT-ATT
323 TTACAACAAAACAAAAACTAAAAA-CAATT-TG-T---T-ATT-C-C-AACAATCATAA-TGATT
** * *
19662398 TGGACTGGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAA-TTTT-TTGTTAATT-T-TTCAAATATTAAT
377 TAAACTGGTTTGACAAAAAGATTTA-TTTTTAAACTTTTATTATTAATTGTCTT--AATATTAAT
* * * * * *
19662459 AGATTAGTATTATTTTATTCC-AAAGAAATTTATATGAACA-AA-AACATTTGTTTTATGATAAA
439 AAATTAGTATTATTTTA-TCCGAAAGAAACTTATATGAACAGAAGAA-ATCT-TATTAGGACAAA
* * ** * *
19662521 ACAAAGGGTCATAATGATTTGAC
501 ACAAAAGGTAATAACAATTTCAA
* * *
19662544 ATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTATAA-TTGGTTGGGCAAATAGAATTATTTTTT
1 ATAGATAATTTGTTCAAATAGTCATAATAT-TTA-AACTT-CTTCGGCAAACAGAATTATTTTTT
* * * *
19662606 AAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTTATTTTATTCTGAATAAGC-
63 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * *
19662670 TATTATAAATTGAAAAAAAATTTTTATAACAAAA-AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
127 TA-TATAAACT-AAAAAAATTTTTTTTAACAAAACAAA-GTCATAATGATTTGGAATAGATAATT
19662734 GTCTATATAG
Statistics
Matches: 601, Mismatches: 87, Indels: 66
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 47 0.08
523 33 0.05
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535 15 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (523 bp):
ATAGATAATTTGTTCAAATAGTCATAATATTTAAACTTCTTCGGCAAACAGAATTATTTTTTAAA
TCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATA
TAAACTAAAAAAATTTTTTTTAACAAAACAAAGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTATTCAAA
TAATCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAAATATTTATTTTTTAAACTTTTATTATAATTGTC
AAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTTGAATAGAAACAATTATTTTA
CAACAAAACAAAAACTAAAAACAATTTGTTATTCCAACAATCATAATGATTTAAACTGGTTTGAC
AAAAAGATTTATTTTTAAACTTTTATTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TCCGAAAGAAACTTATATGAACAGAAGAAATCTTATTAGGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
CAA
Found at i:19664220 original size:181 final size:183
Alignment explanation
Indices: 19663620--19664241 Score: 555
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 183
19663610 CCATAAACAC
* * *
19663620 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TA
1 ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * ** *
19663683 ACAGAATAAGCTTTTATGACCAAAAACAACTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCTTAATAATTTG
66 CCA-AATAAGCTTACATGAACTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTC
* * * **
19663747 AGATTGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTT-GGATTGATTTGGTAAAC-A
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATTGATTTGGTAAACTA
* *
19663799 TATTTA-TTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 -ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
19663863 TTCAAATAAGCTTACATGATCTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
65 TCCAAATAAGCTTACATGAACTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTC
** * * * * * * ***
19663928 AAATAGATAATCATTCTAATGGCCATAA-T-TGTATTAACTGATTCAATAAACATA
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AAATTGATTTGGTAAAC-TA
* *** *
19663982 ATTGTTTTTTTTTTAATT-TCTTACTTATTAATTTCAAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTA
1 A-T-TTATTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** * * * * * * *
19664046 TTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAATAA-TGTTTTGTGACAAATCAAAAGCTTATAACGATTT
64 TTCCAAATAAGCTTACATGAACTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTT
*
19664110 CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAAATTG-TTTGGTAAACTA
129 CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATTGATTTGGTAAACTA
* * * ** *
19664164 ATTTATTTTTTTGATTCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATGCTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
**
19664229 CTGAATAAGCTTA
66 CCAAATAAGCTTA
19664242 TAATTTTCTT
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 78, Indels: 23
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (183 bp):
ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CCAAATAAGCTTACATGAACTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATTGATTTGGTAAACTA
Found at i:19664646 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19664336--19665327 Score: 678
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 179
19664326 TTGTTTTAAC
* * * * ** *
19664336 ACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCGAATAGACATGGCTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * * *
19664400 TTGTTTGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGT-TTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
65 TTGTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AATCTTCTA-TCTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATT
* * * * *
19664464 AGTACTATTTTGTTTC-ATATAAACTTGTATGAATAGAGATAATTGTTTTATG
128 AGTACTATTTTATTCCGA-ATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG
* * * *
19664516 ACAAGATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
1 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
*
19664581 TGCTTAGTAAATAGATTTATTATTTTAATCTTCTATCTATTAATTTTTGAAATTTTAAAAAATTA
66 TG-TTAGTAAATAGATTTATT-TTTTAATCTTCTATCTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTA
* * * *
19664646 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGCAGAAATAATTATTTTATG
129 GTACTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG
* * * *
19664697 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATAGTTATAACTATTTGAATG
1 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
** * * * * *
19664762 TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTA-CTTATTAATTTTTGTACTATTAATCAATT
66 TGTT-AGTAAATAGATTTA-TTTTTTAATCTTCTATC-TATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAAT
* ** * * ** ** *
19664825 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCAACAACAGAACCAATTGTTTTATG
127 TAGTACTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG
** * * * * *
19664877 ACAAAACAAAAGGCCTTAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTCT-AAC
1 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAAT
* * * * * * *
19664941 ATGTTCAATAAACA-AATTAATTTTTAAT-TCACTTAT-TCATTAATTTTTG-AATATTAATAAA
65 TTGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAATCT-TC-TATCT-ATTAATTTTTGAAATATTAAAAAA
* * * * * * * *
19665002 TTAGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGCTTAT-TCAA-ATTAAAGCAATTGTTTTACT-
126 TTAGTACTATTTTATTCCGAATAAA-CTTGTATGAACA-GAAA-TAATTATTTTA-TG
* * * * *
19665056 ACAAAACAAAA-AGTCA-AATGAGTTT-AAATAGTTAATTATTCAAATAATCATACCTATTTCAA
1 ACAAAACAAAAGA-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * ** *
19665118 CTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTA-CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA
64 TTTGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT-AATCTTCTATC-TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAA
* * * * * * *
19665182 CTAATATTATTTTAATCCGAAT-AACTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATT
126 TTAGTACTATTTTATTCCGAATAAAC-TTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG
** * * * * *
19665236 ACAAAACAAAA-AGTCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATATTCATAACAATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
*
19665300 TTAT-TTAATAAATAGATTTATTTTTTAA
64 TT-TGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
19665328 ATCCTTTACT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 122, Indels: 74
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.00
178 69 0.11
179 76 0.12
180 261 0.40
181 233 0.36
182 11 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
TGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATCTTCTATCTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGT
ACTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG
Found at i:19665290 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 19664619--19665290 Score: 741
Period size: 359 Copynumber: 1.9 Consensus size: 360
19664609 TCTTCTATCT
* * * *
19664619 ATTAATTTTTGAAATTTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGCAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTTTATAAGCAGAAA
* * * * * *
19664684 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATAGTTAT
66 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAT
* * * *** *
19664749 AACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATTTTTGTACT
131 AACTATTTCAATGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
* * * * * *
19664814 ATTAATCAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCAACAACAGAACCAATTGTTTTATGAC
196 ATTAATAAACTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCAACAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* * *** * * * * *
19664879 AAAACAAAAGGCCTTAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTCTAACATG
261 AAAACAAAAAGCCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCTAACATG
19664944 TTCAATAAACAAATTAATTTTTAATTCACTTATTC
326 TTCAATAAACAAATTAATTTTTAATTCACTTATTC
* * **
19664979 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATTCA-AATTA-A
1 ATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAGCTT-TT-ATAAGCAGA
* * *
19665041 AGCAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAA-AGTCA-AATGAGTTT-AAATAGTTAATTATTCAAATA
64 AACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGA-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
19665102 ATCATACCTATTTCAACT-TGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTG
126 ATCATAACTATTTCAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTG
** * ** *
19665166 TCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAA-CTTTGTATGAATAGAAACAATTAT
189 TCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCAAAATAAGC-TTGCAACAACAGAAACAATTAT
* * *
19665230 TTTATTACAAAACAAAAAGTCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATATTCATAAC
253 TTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
19665291 AATTTGAACT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 52, Indels: 17
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
358 62 0.25
359 173 0.69
360 16 0.06
361 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTTTATAAGCAGAAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAT
AACTATTTCAATGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
ATTAATAAACTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCAACAACAGAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAAGCCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCTAACATG
TTCAATAAACAAATTAATTTTTAATTCACTTATTC
Found at i:19665338 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19664320--19665390 Score: 874
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 181
19664310 TTTTAAACAA
** * * *
19664320 AAACAATTGTTTTAACACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCGAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG
* ** ** * * * * *
19664384 ACATGGCTATTTGAACTTGTT-TGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTTTTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
19664448 AAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTGTTTCATATAAAC-TTGTATGAATAG
129 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * * * * *
19664500 AGATAATTGTTTTATGACAAGA-TAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
19664564 TCATAACTATTTAAATTTGCTT-AGTAAATAGATTTATTATTTT-AATCTTCTA-TCTATTAATT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATT-TTTTAAATCTT-TACT-TATTAATT
* * * * * **
19664626 TTTGAAATTTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTT-TATGAGCAG
126 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * * * *
19664681 AAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
19664745 TTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT
** * * * * * ** *
19664809 GTACTATTAATCAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGC-TTGCAACAACAG
129 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
19664861 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCTTAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
19664926 CATAACTATTCT-AACATGTTCAATAAACA-AATTAATTTTTAATTCACTTA-TTCATTAATTTT
66 CATAACTATT-TGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTT-ATTAATTTT
* * * *
19664988 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTAT-TCA--AATTA-
128 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-TGT-ATGAA-TAG
* *
19665040 AAGCAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGTCA-AATGAGTTT-AAATAGTTAATTATTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
19665102 ATCATACCTATTTCAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTT
* * * *
19665167 CAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAA-CTTTGTATGAATAG
128 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * ** * * *
19665220 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATATT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * **
19665285 CATAACAATTTGAACTTATTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCCTTTACTTACTAATTGTCC
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTA
* * **
19665350 TAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTT
130 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
19665391 GTTTGGTAAA
Statistics
Matches: 715, Mismatches: 139, Indels: 72
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 48 0.07
179 111 0.16
180 268 0.37
181 278 0.39
182 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAA
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTGTATGAATAG
Found at i:19666485 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19665390--19667458 Score: 1417
Period size: 181 Copynumber: 11.5 Consensus size: 179
19665380 GAAATAAGCT
* * *
19665390 TGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTTGTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
1 TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * ** * **
19665454 GGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATAAGAACTTAAACATTTCCTTTATGACAAAACAAAAGG
65 AGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * **
19665519 TCATAATGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATT
129 TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
*** * * * * * **
19665569 TAGTTCAACAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
1 T-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* *** * * * * * * ** *
19665634 AGCATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGGACATAAACAATTGTTTTAT-ATTAGGACAAAAA
65 AGTATTATTTT-ATTTAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAG
* * * *
19665698 GTCATAATGGTTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAATTATTT-AAA
128 GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* * * * *
19665749 CTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TATT--TTATTAATTTTTG-AATATTAATAGAT
1 -T-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
19665809 TAGTATTACTTTATTGCAAACAAACTTACATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAAAAAAAG
64 TAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* *
19665874 GTCATAATGATTTGAAATAGAT-ATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAA
128 GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* * ** *
19665924 TTGCTTAGGTAAACACAAATATTTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
1 -TG-TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** * *
19665986 TTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTAT-AA-ACTAACAAATTTTTTTATAACAAAACA
63 TT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTA-TATGAACAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * * * *
19666047 AAAAGTCATAACGTTTTGAAATGGATAATTGTCCATATAGTCTTAAATATTTG-CA
124 AAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* * * * *
19666102 ---T-GGTAAACA-ATTTTTTTTTGTAATTCTCTTAGTTATTAATTATTGAAATATTAATAGATT
1 TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
*** * * * * * * *
19666162 AGTATTATTTTATTTTTTTAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGG-
65 AGTATTATTTTATTTAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
19666226 ATATAATAATTTGAAGTATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
130 A-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* *
19666277 TGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
1 T-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
19666342 AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTAAATGATCAAAAAAAATT-TTTATATGACCAAACAAAAG
65 AGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTT-TATGACAAAACAAAAG
** * * * * *
19666406 GTAATAACAATTTGAAATAGATACTTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAAA
128 GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* * * **
19666458 TGATTCGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAAT
1 TG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-
* * * * * *
19666522 TTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTCCT-ATCTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAA
63 TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTAT-ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * *
19666585 ATGTCATAATGATTTTAAATAAACAACTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
126 AGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-A
*** * * * ** * *
19666640 TGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTTCTTATTAATTTTTTCAATGTTAATAGATTA
1 TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
19666705 GTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGAT
66 GTATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** * * *
19666770 AAGAACGATTTCAAAT-GAATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATATGAAT
130 AATAATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
*** * * *
19666820 TGATTCAAAAAACAAATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT
1 TG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
19666885 TGTATTATTTTAATATGAATAAACTTGTACGAACA-AAA-AATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAG
65 AGTATTATTTT-ATTTAAATAAACTTATATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * *
19666948 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC
128 GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* ** * * * ** * * *
19667000 TCGTTCGGCAATTAGATTTATTTTCTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATT
1 T-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * *
19667065 AGTATTATTTTATTTCAAATAAA-ATAGTGTGAACAGAACCAA-TAGTTTGATGATAAAACAAAA
65 AGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTA-TATGAACAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
19667128 TGTTATATTGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAA
127 GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* * * * *
19667181 TTGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATAAATAAAT
1 -TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAT
* * *
19667245 TGGTATTATTTTATTTTGAAA-AAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
64 TAGTATTATTTTA-TTT-AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * *
19667309 ACTAATAATGATTTGAAATATATACTTTTTCAAATAGTTATAATTATTT-AAA
127 GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* * * * * * *
19667361 TCGGTTCAGTAAACAAAATTCTTTTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTGAAATATT-ATCAAA
1 T--GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAA
* * *
19667425 TTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA
63 TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATGA
19667459 GCTGAAATAA
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GTATTATTTTATTTAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTA
ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
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Alignment explanation
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* * ** * **
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* ** * * * * * * *
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* ** * **** * * *
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128 AAATAGTAAAAACTATTTGAAATT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTT-TAATTCTCTTACTTAT
** * * *** * * ** *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
19665738 AATTATTTAAACTGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TATT--TTATTAATTTTTG-A
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* * * * ** * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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** * * * * * ** * * * *
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* ** * * *
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* *** * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* ** * * *
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* ** * * *
19666397 AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATACTTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAAATGAT
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*
19666462 TCGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATAA
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** ** **
19666490 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTCCTA
1 CTTACTTATTAATTTCGAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTCCTA
* * * * *
19666555 TCTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAACAACTGTTCAAA
66 ACAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAACAACTATTCAAA
* * ** * * * *
19666620 TAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTTCTTATTAATT
131 TAGTAAAAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAA-T
* * * * *
19666685 TTTTCAATGTTAATAGATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACTGAAACAATTGT
195 TTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTAAA-AAACTTGTATAAACAGAAACAATTGT
* * * * * *
19666750 TTTATAACTAAACAAAAGATAAGAACGATTTCAAATGA-ATAATTATTT-TAATAGTCT-TAACT
259 TTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAAT-ATATAATT-TTTCAAATAGT-TATAACT
* * ** *
19666812 ATATGAATTGATTCAAAAAACAAATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
321 ATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
19666877 ATTAAATTTGTATTATTTTAATATGAATAAACTTGTACGA-ACAAAAAATTTGTTTTAAGACAAA
386 A-TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTACGACAAAAAAAATTT-TTATAAGACAAA
* * * *
19666941 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCG-TT
449 ACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GATT
* * * **
19667005 CGGCAATTAGATTTA-TTTTCTAATTTT
513 CGGCAAATAGATTCACTTTT-TAAATAA
** * *
19667032 CTTGGTTATTAAGTTTCGA-AATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGT-G
1 CTTACTTATTAA-TTTCGAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTCC
* * * * * * *
19667094 TGAACAGAACCAA-TAGTTTGATGATAAAACAAAATGTTATATTGATTTGAAATAAATAATTATT
64 T-AACAGAAACAATTA-TTTGATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAACAACTATT
* *
19667158 CAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAATTCTCTTACTAATT
127 CAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATT
* * * * *
19667223 AATTTTCTAAATATAAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAAAAAACTTATATAAACAAAAACAA
192 AATTTT-TAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTT-AAAAAACTTGTATAAACAGAAACAA
* *
19667288 TTATTTTATGACAAAACAAAA-ACTAATAATGATTTGAAATATATACTTTTTCAAATAGTTATAA
255 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TAATAATGATTTGAAATATATAATTTTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * * *
19667352 TTATTTAAATCGGTTCAGTAAACAAAATTCTTTTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTGAAATA
319 CTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* **
19667417 TTATCAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
384 TTAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTA
19667456 TGAGCTGAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (539 bp):
CTTACTTATTAATTTCGAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTCCTA
ACAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAACAACTATTCAAA
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TTTAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAACTTGTATAAACAGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATATATAATTTTTCAAATAGTTATAACTATTTG
AATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAA
TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTACGACAAAAAAAATTTTTATAAGACAAAACAAAAG
GTAATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGCAAAT
AGATTCACTTTTTAAATAA
Found at i:19667981 original size:182 final size:177
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Indices: 19667472--19670338 Score: 1591
Period size: 181 Copynumber: 16.2 Consensus size: 177
19667462 GAAATAATAT
* * * * * * *
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* * * * * **
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* ** * * * * * *
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* * * *
19667653 AATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTAT
* * * **
19667718 TTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
66 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
** * *
19667783 TGTATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAAC
131 TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * *
19667830 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACTA-ATTTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAA-TAGA-TTT
* * *
19667894 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTGGA
64 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * *
19667959 TAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGTTCATAAT
125 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * *
19668012 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATTTA
** *
19668076 TTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
65 TTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * ** * *
19668141 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAATCTTAGAAC
125 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * **** * *
19668194 GATTTGAAAAAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACCATTTGAACTAATTCAACAAATACATTTAG
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTAT
* * * *
19668259 TTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT-TTTTTTTATCTAAATAAG
66 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T-TGAATAAG
* * * * * * *
19668323 CTTGTATGATC-AGAAACAATTTTTTTAATGATAAAAC-GAAGATCATAGC
129 CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * *** * *
19668372 AATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAACTGA-TTCAAAAACCAGCTTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAA-TAGATTTA
* * * **
19668436 ATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAAT--AGCAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * *
19668499 AAGTTTTTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCAA-AAT
126 AAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAAC
* * * * *
19668551 GATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTT-AAGCTTG-TTTGGTAAACATATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TGATTTGGTAAATAGATTT
* *
19668614 ATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
64 A-TTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * *
19668678 AGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AAC
127 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAAC
* * * * * * **** *
19668729 AATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAAATATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-TGGTAAATAGATTTA
* ** * * * * * * ***
19668794 TTTTTT--AT-TATTA--AATTAGT-ATTATCTTAATCCGAATAAGCTA--ATATGA-AAAGAAA
65 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT--AAATTAG-TATTATTTTATTTTG-AA
* * * * * * ** **** *
19668850 CAATTG-TTCTATG-AC-AAAATAA-AG-ATCAT-A-ATGATTTGAGATAGAT-A-
125 TAA--GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAAC
* * * * * *
19668897 GTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTT--A--G-TTT-TTAAAT
1 GAT-TTGAAATAG--ATAATTGTTCAAA-TAG-TCA-T-AAC-TATTTGAACTGATTTGGTAAAT
* * *
19668956 --CTCTTA----TT-AAT-T-TTCA--AAATTTT--AATA--AAT-CA--A-TATTATTTTATTT
58 AGAT-TTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * ** * * *
19669002 TGAATAATTTTGTGTGATCAAAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAAT
121 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * *
19669059 GATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATGGACATCACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATTTA
* *
19669122 TTTTTTAAATCTCCTGCCTATTAATTTTAG-AATATTAA-AAGATTAGTATTATTTTATTCTGAA
65 TTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * ** *
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125 TAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * * *
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**
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* * *
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* * * ** *
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* * * * ***
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATTTA
** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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TTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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*
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*
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* * * * *
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** * * *
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* * *
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64 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
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** * * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * ** * * *
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66 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** **
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* * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
19669940 ATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATTGTCACAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
19670005 T-ATTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTATCTG-AA
129 TGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTTGAAA
* *
19670056 TA-T--T-AA-T-G-A--ATTTGGA--T----TAAGCTTGTCTGAATAGAAAA-AATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
19670105 GACGAAACAAAAGGTTAT-AGTGATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCGTAAGTATTTGA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTT-AAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * *
19670168 ACTTATTTAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
126 ACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * * * * * * * * *
19670223 TATTAATATGTTAGAATTATATTGTTTCGAATAAGGTTGTACGAATAGAAACAATTGATATGTGA
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* * *
19670288 TAAAACAAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG---T--C-A---GAAC
66 CAAAAC-AAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
19670343 ---C-----AACA-A-ATTTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAA-TTTTCAGAA
128 TTGCTTGGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * * *
19670387 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TATATGAACATAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * *
19670451 ACAAAATGAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATTACTGTTCAAATAGT-ATAGAACAAATGGTT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCAT--AAC-TAT--TT
* * * * ** * * * * *
19670515 ATAACAAT--TT-G-AAATATA-TAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTGAATTAGTT-CAG
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* * * *
19670571 TA--AACAAATT--TATT-TTTTAGTTCTCCTACTTATTAA--TT-TTTGAAATATTAATA-AAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT-T-C-A---AATAAGCTTGTATG-AATA--AAAACAAT
* **** ** * * * ** * **
19670627 TAGTATTTTTTTTTATTCTGAATAGG-CTTGTA-TGATGAAAAACAATTGTTTATTGACAAACAA
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* * * ** * * * *
19670690 AAGTTAATAA-TGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAAT-GGTCATAATTATTTGAACTGATTCGA
109 TAG-TCATAACT-ATTTGAACT---TGCTTGGT-AAATAGAT--TTATT-TTTTAA---A-TC--
** * *
19670753 TAAACTGATTTATGTTTT-AAA
159 TTTACTTATTAAT-TTTTGAAA
* * * * * ** ** * * * * **** *
19670774 TCTCTAGCT-TATTAAATTTTATAATATTGAT-AAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAA--GCT
1 TAT-TA-ATAAATT-AGTATTATTTTATT--TCAAA-TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG-T
** * * * *
19670835 TTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATTAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATT
59 TTTATG-ACA-AAACAAAAG----GTCA-TAACT---A--T-TTAA-AA---T--A---ATAATT
* * * * *
19670900 GTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTT-TTTTTT-AATTTCTTACTT
102 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
19670962 ATTAATTTTCT-AAA
166 ATTAATTTT-TGAAA
* ** * * * * *
19670976 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGCT-GAAGCAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
19671040 ACTAAACAAAAGGTCCA-AA-TGATTTGAAATAGATAATTTTTCTAGTAGTCTTAATTATTTGAA
65 ACAAAACAAAAGGT-CATAACT-ATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
19671103 -TTGGTTTAGCAAAT-GCATTTATTTTTTAAATGC-TTACTTATTAATGTTT-AGAA
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* ** * * * * * * * *
19671156 TATTATTAGTTTAGCAATATTTT-TCTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
19671220 ACAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTCAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAA-
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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19671282 TCGGTTTGGTAAAAAGATTTAGGTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAA
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19671332 TAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATTATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
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19671459 GTTG-TTCAAAAAACAGATTAATGTTTTAAAT-TTTCAACTTATTAATTTTT-AGAA
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* ** * * * *
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* * * *
19671578 CAAAGGATCAAAATGAGTAGAAACAAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG
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* * * *** * * * *
19671643 TTATAACTATTTAAACTCGCTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTA
112 TCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT
*
19671707 GGAA
176 GAAA
* ** * * * * *
19671711 TATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TTTTTTGAACATAAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
** * * *
19671775 ACAAAACAAATTGTTATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC--AACTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *** * * * *
19671837 GTG-TTCAAAAAATAAATTT-TCTATTTTTAATTTTTACTTGTTAATTTTT-AGAA
128 TTGCTT-GGTAAATAGATTTAT-T-TTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * *
19671890 TGTTAATAAATTTA-TATTTTTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
19671954 ACAAAATAAAAAGGTCATAATTTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC
65 ACAAAA-CAAAAGGTCATAACTATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
***** * * * * * *
19672019 TTGCTCAACCAACATATTTATTTTTTTAATTCTCTTAC-TCTTCATTTTTGGAA
128 TTGCTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** ** * *
19672072 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTCTATTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
19672137 CCAAACAAAAAGGTCACAA-TGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATTGTCATCACTATTTGAAC
66 CAAAAC-AAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * ** * * **
19672201 TTGTTTGGTAAACATA-TT-TTTTAAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCAAAA
128 TTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
19672252 TATTAATAAATTAATATTATGTTA-ATCTGAATAAGTTTGTATGGATAAAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
19672316 ATAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCGTCAAAACGATTTGAAC
65 ACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTAAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
19672381 TTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AA
128 TTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTGAAA
* * * *
19672434 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
19672498 CAAACCAAAAGGTTAT-AGTGA--TACAATTCGATAATTGTTCAAAT-GATCATAATTATTTAAA
66 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTA-AAAT-AATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * * * *
19672559 CTTGTTTGGTAAATATATTCATTTTTAAAATCATTTAATTATTAA-TTTTCAGAA
127 CTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGA-AA
19672613 TATTAATAA
1 TATTAATAA
19672622 CATAATATTA
Statistics
Matches: 2729, Mismatches: 635, Indels: 563
0.69 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
CTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAA
Found at i:19670144 original size:166 final size:168
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Indices: 19669923--19670229 Score: 415
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
19669913 TGTATAAACA
* * *
19669923 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATTG
1 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
19669988 TCACAACTATTTGAACTTA-TTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTATC
66 TCACAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TC
19670052 T-GAATATTAATGAATTTGGATTAAGCTTGTCTGAATAG
130 TGGAATATTAATGAATTTGGATTAAGCTTGTCTGAATAG
* * * ** *
19670090 AAAA-AATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAATA
1 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * *
19670153 GTCGTAAGTATTTGAACTTATTTAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 GTCACAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTC
19670218 TGGAATATTAAT
130 TGGAATATTAAT
19670230 ATGTTAGAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
166 64 0.53
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AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCACAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCT
GGAATATTAATGAATTTGGATTAAGCTTGTCTGAATAG
Found at i:19672315 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 19671892--19672632 Score: 769
Period size: 362 Copynumber: 2.0 Consensus size: 361
19671882 TTTTAGAATG
* * * * * * *
19671892 TTAATAAATTTATATT-TTTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAATATTATGTTAATCTGAAATAAGCTTGCATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC
* * *** * * * * * *
19671956 AAAATAAAAAGGTCATAATTTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTT
66 AAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACGATTTGAACTT
* * * * *
19672021 GCTCAACCAACATATTTATTTTTTTAATTCTCTTAC-TCTTCATT-T-TTGGAATATTAATAAAT
131 GCTCAACAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAT
** * * *
19672083 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTCTATTACCAAACAAAAA
193 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAA-CAAAAAAATTATTCTATGA-CAAACAAAAA
** * *
19672148 GGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATTG-TCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAA
256 GGTCACAATGA-TACAAGTAGATAATTATTCAAA-TGATCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAA
* *
19672212 ACATATT-TTTTAAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCAAAATA
319 ACATATTATTTTAAAAATCATTTAACTATTAATTGTCAAAATA
* * * *
19672254 TTAATAAATTAATATTATGTTAATCTG-AATAAGTTTGTATGGATAAAAACAATTATTTTATGAT
1 TTAATAAATTAATATTATGTTAATCTGAAATAAGCTTGCATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC
*
19672318 AAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCGTCAAAACGATTTGAACTT
66 AAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACGATTTGAACTT
* *** * * **
19672383 GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTG
131 GCTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAA
* ** * * *
19672448 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAACCAAAAGGTTA
196 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAACAAAAAAATTATTCTATGACAAACAAAAAGGTCA
* * * * * * *
19672513 TAGTGATACAATTCGATAATTGTTCAAATGATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATT
261 CAATGATACAAGTAGATAATTATTCAAATGATCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATT
* * * *
19672578 CATTTTTAAAATCATTTAATTATTAATTTTCAGAATA
326 -ATTTTAAAAATCATTTAACTATTAATTGTCAAAATA
19672615 TTAATAACA-TAATATTAT
1 TTAATAA-ATTAATATTAT
19672633 ATAAAATTTT
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 64, Indels: 17
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
358 2 0.01
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363 8 0.03
364 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TTAATAAATTAATATTATGTTAATCTGAAATAAGCTTGCATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACGATTTGAACTT
GCTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAACAAAAAAATTATTCTATGACAAACAAAAAGGTCA
CAATGATACAAGTAGATAATTATTCAAATGATCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATT
ATTTTAAAAATCATTTAACTATTAATTGTCAAAATA
Found at i:19672666 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 19672553--19672719 Score: 255
Period size: 87 Copynumber: 1.9 Consensus size: 87
19672543 ATCATAATTA
** * *
19672553 TTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCATTTTTAAAATCAT-TTAATTATTAATTTTCAGAATATT
1 TTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTAAAATC-TCCTAATTATTAATTTTCAGAATATT
19672617 AATAACATAATATTATATAAAAT
65 AATAACATAATATTATATAAAAT
**
19672640 TTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGGAATATTA
1 TTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTCAGAATATTA
*
19672705 ATAACATAGTATTAT
66 ATAACATAATATTAT
19672720 TTTATTTTGA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 7, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
86 1 0.01
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Consensus pattern (87 bp):
TTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTCAGAATATTA
ATAACATAATATTATATAAAAT
Found at i:19673174 original size:18 final size:18
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Indices: 19673131--19673181 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
19673121 AAAACAAAAG
19673131 GTCATAA-TGATTTGAAATA
1 GTCATAATTG-TTT-AAATA
19673150 G--ATAATTGTTTAAATA
1 GTCATAATTGTTTAAATA
*
19673166 GTCATAATTATTTAAA
1 GTCATAATTGTTTAAA
19673182 CCGATTCGAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
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ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
GTCATAATTGTTTAAATA
Found at i:19673541 original size:181 final size:180
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Indices: 19672655--19673981 Score: 755
Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 180
19672645 ACTTGTTCAG
* * * * * * *
19672655 TAAATAAATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACA-TAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTT-AAATTTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAATATTA
* * * * * *
19672719 TTTTATTTTGAATAACCTTATAAGAATTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-GCTCATA
64 -TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATG-TCATA
** ** ** * * * * *
19672782 ATGATTTGAAATTGATAATCATTCAAATAGTCGTGACTACTTGATCTAGTTC-GA
126 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCTGA
** * * * * * * * *
19672836 TAAA-A-A-AAAATTTTAAATTTTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTGATAAATTAGTATCA
1 TAAATAGATTTATTTTTAAA--TTTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATAT--
* * * * * * ** * *
19672898 TATTAATATCTAAACAAGCTTGCATGAATAGAAACT-ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCAT
62 TATTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-TAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCAT
** ** *
19672962 AATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGA
125 AACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCTGA
* * * *
19673017 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC---TTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGA-TAGTGTTAT
1 TAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA-
* * * * * * * * * **
19673076 TTTATTCTGAACAAACTTATATGAATA-AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAACA
* * * * * *
19673140 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAAC-CGATTC-GA
129 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG-TTCTGA
* * * ** * * * ** *
19673191 CAAACAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTA
1 TAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTA
** * ** * ***
19673256 TTTTATTTCAAAT-AG-TTAGTAAGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAACAAAACAAAATGTCA
64 -TTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACAGAAATAATTGTTTT---ATGTCAAAACAAAATGTCA
** * *
19673319 TAACAATTTGAAATAAAGCATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCTG-
124 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCTGA
* * * * * **
19673375 CAAATAAATTTATTTTGTAAATTTCTCATTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGCATTAG
1 TAAATAGATTTATTTT-TAAATTTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA-
* *
19673440 TTTATTATT-AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAAGTCAAAACAAAATGTTATAAC
64 TTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAAC
* * *
19673504 AATTTGAAATATATAATTGTT-ATAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGA
128 AATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCTGA
* ** *
19673556 TAAATAGATTTATTTTTTGAATCTT-TTATTTATTAAAATTT-GAAAAATTAATAAATTAATATT
1 TAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTCTTATTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATT
** * * * *
19673619 ATTTTATTTTGAAT-AGTCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTTAAT
63 A-TTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATG-TCAT
* * * *
19673682 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-AGATTC-GA
125 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG-TTCTGA
* * * * * *
19673737 TAAACT-GATTTATGTCTTAAATCTCTAATTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTA
1 TAAA-TAGATTTAT-TTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT-
* * * * * * * *
19673801 ATTTATTTTGAACAAGATTTTATGAACTGAAATAATTATTTTTTGAT-AAAATAAAAAGTCATAA
63 ATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAATGTCATAA
* * * * * * * *
19673865 CAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTACCG-
127 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCTGA
* * * *
19673918 TAAATAGATTT-TTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
1 TAAATAGATTTATTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
19673981 T
66 T
19673982 TTATTTTATG
Statistics
Matches: 892, Mismatches: 194, Indels: 124
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 89 0.10
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176 6 0.01
177 12 0.01
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182 22 0.02
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185 11 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAAATAGATTTATTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAACAAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCTGA
Found at i:19674658 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19674170--19675599 Score: 1230
Period size: 180 Copynumber: 7.9 Consensus size: 180
19674160 AAAACAAAGA
* * * *
19674170 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * * *
19674231 GAAATAGTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCTAAATAATTTTATATAAATAGAAACAATTATTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * ** * *
19674296 ATGACAAAA-AAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGG
131 ATGACAAAATAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * **
19674345 ACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTTAATCTTCAACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT
* * * * *
19674410 TGAAA-ATTAATAAAATAGAATTATTTTATTCTGAATAAAG-TGGTATCAATAGAAACAATTGTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
19674473 TTATGACAAAATAAAGGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
129 TTATGACAAAATAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*** * *
19674526 TCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
19674590 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* *
19674655 ATGACAAAACAAATGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
131 ATGACAAAATAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *** ** * * * *
19674706 TTATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATTGATTTGTTTTTTAAA-ATGTTATTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * *
19674770 GGAACCTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAATA-TAACTAGTTGT
66 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGT
* * * * *
19674832 TTTGTGAAAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAA
128 TTTATGACAAAAT-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19674886 TCATAACTATTTGCACTTGTTCAAG-AAGCATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCTA-TAATT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATT
* ** * ** *
19674949 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTACATGAATTGAAACAATTGT
63 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *
19675014 TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAG
128 TTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19675068 TCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC--ATATATTTTTTAAATCGTTTACTTATTAATTGTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * * * *
19675131 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATGGACAAAAAAAATTATTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
19675196 ATAACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGTAATAAATAATTGTTCAAATAG
131 ATGAC-AAA-ATAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
19675248 TCATAA-TGATTTGAACTTGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGT
1 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * * **
19675312 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATGTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCA
64 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * ** ** * *
19675374 TTTTAAGACAAACTAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATCGATAATTGTTCAAATGG
127 TTTTATGACAAAAT-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
19675429 TCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * * *
19675494 GAAATATTAATAACA-AAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAATTGAAATAATTTTTT
66 GAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
19675558 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATT
130 TATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
19675600 ATTTGAACTT
Statistics
Matches: 1014, Mismatches: 198, Indels: 80
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 37 0.04
178 3 0.00
179 175 0.17
180 318 0.31
181 267 0.26
182 205 0.20
183 7 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAATAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:19675243 original size:542 final size:541
Alignment explanation
Indices: 19674323--19675602 Score: 1257
Period size: 542 Copynumber: 2.4 Consensus size: 541
19674313 TAACAATTTG
* * * * ** * *
19674323 AAATAGATAATAGTTCAAATGGA-CATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAAT-AATCATAACTATTTAAACTTGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTT
* * * * * *
19674387 TAATCT-TCAACTTATTAATTTTTTGAAA-ATTAATAA-AATAGAATTATTTTA-TTCTGAATAA
65 AAATCTCTTAA-TTATTAA-CTTTCGAAATATTAATAACAA-AGTATTATTTTATTTC-AAATAA
*** * * * * * *
19674448 -AGTGGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGATTATAATAATTTGAAATAAA
126 CA-TTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
19674511 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTT
189 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACA-ATATATTTTTAAAATCGTT
* * * * ** * *
19674576 TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTTTTTGAATA
253 TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATGAACA
* * * * ** *
19674641 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
318 AAAAAAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
19674706 TTATAACT-ATTTGAACGTG-TT-C-AAAAAATTGATTTGTTTTTTAAA-ATGTTATTTATTAAT
383 TCATAA-TGATTTGAACGTGTTTGCTAAAAAA---ATTTATTTTTTAAATATGTTACTTACTAAT
* * * ** *
19674766 T-T-TTGGAACCTTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATATAACTAGT
444 TGTCTT--AACATTAATAAATTTATATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAAT
** ** * * **
19674829 TGTTTTGTGAAAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTG
507 CATTTTAAGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTCC
* ** * * *
19674864 AAATAGATAATTGTTCATATAATCATAACTATTTGCACTTGTTCAAG-AAGCATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTT-AAGTAAACAGATTCA-TTTTT
* * * * * *
19674928 TAAATCTCTTACTCTA-TAATTTTTGGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
64 TAAATCTCTTAAT-TATTAACTTTCGAAATATTAATAACA-AAGTATTATTTTATTTCAAATAAC
* * *
19674991 ATTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAA
127 ATTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* *** ** *
19675056 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-ATATATTTTTTAAATCGTTTACT
192 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACAATATATTTTTAAAATCGTTTACT
*
19675120 TATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATGGACAAAA
257 TATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATGAACAAAA
* * *
19675185 AAAATTATTTTATAACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGTAATAAATAATTGTTCAAATAGT
321 AAAATTAGTTTATAACAAAAC-AAAAAGTAATAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
19675249 CATAATGATTTGAACTTGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCT
384 CATAATGATTTGAACGTGTTTGCTAAAAAAATTTATTTTTTAAATATGTTACTTACTAATTGTCT
* * *
19675314 TAATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTA
449 TAACATTAATAAATTTATATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATCATTTTA
* * * *
19675379 AGACAAACTAAAAGGTTATAGCGATTCC
514 AGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTCC
* ** * ** *
19675407 AAATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTA
*
19675472 AATCTCTTAATTATTAACTTTCGAAATATTAATAACAAAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTA
66 AATCTCTTAATTATTAACTTTCGAAATATTAATAACAAAGTATTATTTTATTTCAAATAACATTA
* * * * *
19675537 TATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTAT
131 CATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
19675602 T
196 T
19675603 TGAACTTGTT
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 116, Indels: 45
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
540 29 0.05
541 118 0.20
542 302 0.50
543 142 0.24
544 2 0.00
545 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTA
AATCTCTTAATTATTAACTTTCGAAATATTAATAACAAAGTATTATTTTATTTCAAATAACATTA
CATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACAATATATTTTTAAAATCGTTTACTTATT
AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATGAACAAAAAAAAT
TAGTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATG
ATTTGAACGTGTTTGCTAAAAAAATTTATTTTTTAAATATGTTACTTACTAATTGTCTTAACATT
AATAAATTTATATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATCATTTTAAGAAAAA
ATAAAAGGTCATAACGATTCC
Found at i:19675394 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 19674170--19675960 Score: 1239
Period size: 361 Copynumber: 5.0 Consensus size: 359
19674160 AAAACAAAGA
* * * * *
19674170 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAATTTTT
* * ** * *
19674231 GAAATAGTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCT-AAATAATTTTATATAAATAGAAACAATTATTT
65 --AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * ** * * *
19674295 TATGAC-AAA-AAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTT
127 TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
19674357 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTTAATCTTCAACTTATTAATTTTTTGAAA-ATTAAT
191 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAACTTTTTGAAATATTAAT
* ** * * *
19674421 AAAATAGA-ATTATTTTATTCTGAATAAAG-TGGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
255 AAATTA-ATATTATTTTATTC-GAAT-AAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAA
* ** * *
19674484 TAAAGGA-TTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
317 CAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** ** * *
19674526 TCATAACTATTTGAACTCACTCAG-TAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACT-TGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAATTTT
* * * * *
19674590 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTT
64 -TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
19674654 TATGACAAAACAAATGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
127 TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *** * ** * * * **
19674719 AACGTGTTCAAAAAATTGATTTGTTTTTTAAAAT-GTTATTTATTAA-TTTTTGGAACCTTAATA
192 AACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTT-AAATCTTTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAATA
* * ** * * * * *
19674782 AATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATATAACTAGTTGTTTTGTGAA-AAAA-T
256 AATTAATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTAT-AACAAAACA
* * * * *
19674845 AAAAGGTCATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAA
319 AAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
19674886 TCATAACTATTTGCACTTG-TT-CAAGAAGCATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCTATAATT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGCTA-AA-CAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATAATT
* * *
19674949 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTACATGAATTGAAACAATTGT
62 TTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *
19675014 TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
125 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
19675079 TGAACTTGTTTGGTAAACATA-T-ATTTTTTAAATCGTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATATTAA
190 TGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAA
* * * * * *
19675141 TAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATGGACAAAAAAAATTATTTTATAACAAAAC
254 TAAATTAATATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC
*
19675206 AAAAAAGTCATAAGAATTTGTAATAAATAATTGTTCAAATAG
318 AAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
19675248 TCATAA-TGATTTGAACTTGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGT
1 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAATT-T
* * * * * **
19675312 CTTAATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTT
63 -TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * ** ** * * * *
19675377 TAAGAC-AAACTAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTT
127 TATGACAAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
19675441 AAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAC-TTTCGAAATATTAAT
191 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
19675505 AACA--AAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAA
255 AA-ATTAA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAA
*
19675568 C-AAAAGGTCATAACG-ATTT---A-AAAT-A--G-----ATA-
317 CAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * ** *
19675597 --AT---TATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGACGT-TTTTCT-AAT-TTCTTACTTAATAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTT-GCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTT-ATAA-TT
* * * * * *
19675653 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCA-TGTATGAGTTGAAGCAATTA
62 TTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAG-ATTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
19675716 TTTTATGACTAAACAAAAGATCAA-AATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTA
124 TTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * *
19675780 TTTGAACTGGTTTGGCGAATACATTTATTTTTTAAATC----CTTATTAA-TGTTT-AGAATATT
188 TTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTACTTATTAACTTTTTGA-AATATT
* * ** * * * ** *
19675839 ATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGT-TGAATAGAAATAAATGTTTTAGGATAAA
252 AATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAA
* * ** * * *
19675903 TC-AAAGA-TCATAACTATTGGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
316 ACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
19675945 TCA-AACTATTTGAACT
1 TCATAACTATTTGAACT
19675961 AGTTGAATGT
Statistics
Matches: 1134, Mismatches: 221, Indels: 164
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
335 9 0.01
336 28 0.02
337 39 0.03
338 2 0.00
339 3 0.00
340 1 0.00
341 4 0.00
342 135 0.12
343 17 0.01
344 21 0.02
345 2 0.00
347 5 0.00
350 4 0.00
352 10 0.01
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356 35 0.03
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358 5 0.00
359 80 0.07
360 136 0.12
361 295 0.26
362 206 0.18
363 89 0.08
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAATTTTTA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAATAAATTA
ATATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAAGT
CATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
Found at i:19675722 original size:161 final size:162
Alignment explanation
Indices: 19675431--19675760 Score: 389
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
19675421 TCAAATGGTC
* *
19675431 ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTCGA
1 ATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGA-TCATTTTTTAAATCTCTTAATTAATAACTTTCGA
* * *
19675496 AATATTAATAACAAAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTAT
65 AATATTAATAACAAAGTATTATTTTATTTCAAATAACCATATATGAATTGAAACAATTATTTTAT
* *
19675561 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAG
130 GACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAG
* * * * * *
19675594 ATAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGA-CGTTTTTCT-AATTTCTTACTTAATAATTTTTTG
1 ATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATCATTTTT-TAAATCTCTTAATTAATAA-CTTTCG
* * ** * * * *
19675657 -AATGTTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTT
64 AAATATTAATAACA-AAGTATTATTTTATTTCAAATAACCATATATGAATTGAAACAATTATTTT
* *
19675720 ATGACTAAACAAAAGATCAAAATGATTTAAAATAG
128 ATGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAG
19675755 ATAATT
1 ATAATT
19675761 GTTCTAATAG
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 23, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
161 107 0.76
162 5 0.04
163 28 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (162 bp):
ATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATCATTTTTTAAATCTCTTAATTAATAACTTTCGAA
ATATTAATAACAAAGTATTATTTTATTTCAAATAACCATATATGAATTGAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAG
Found at i:19676940 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 19676418--19677085 Score: 497
Period size: 180 Copynumber: 3.7 Consensus size: 182
19676408 TACACTGATG
* * * * *
19676418 TATTTCTTAAATCTCCT-ACTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTATTATTACTTTATTTCG
1 TATTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * **
19676482 AATAGGCGTGTATG-AT-AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAA
65 AATAAGCATGTATGAATGAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
19676545 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-CGATTCGATAAACTAACT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGATAAACAAACT
* * *
19676598 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTGTTTTATTTCGA
1 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA
* * * * * * * * *** *
19676663 ATAAGCTTTTCTAAAATG-AAACAGTTGTTTTTTGA-TAAAGCAAAAGGTCATATTTATTTTAAA
66 ATAAGCATGTAT-GAATGAAAAAAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
19676726 TAGGTAATTGTTCAAACAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGA-AAAGAAATT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGATAAACAAACT
* *** * * * *
19676779 TATTTTTTAAAAT-TTTTTGTGTATTAATTTTCT-AAATGTTAACAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TATTTTTT-AAATCTCTAACT-TATCAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* *
19676842 TGAATAAGCATGTATGAATTGAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGA
63 CGAATAAGCATGTATGAA-TGAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * *
19676907 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGG-CAAAC--ACA
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGATAAACAAACT
* * * * * *** * * * *
19676960 TATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTGGCAATATTTTACTCCA
1 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * *
19677024 AATAAG-ATTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAACGATTTGA
65 AATAAGCA-TGTATGAATGA-AAAAAATTATTTTATGACTAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGA
19677085 A
127 A
19677086 CTGATTTGAT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 90, Indels: 38
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Matches are distributed among these distances:
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178 21 0.06
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184 4 0.01
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Consensus pattern (182 bp):
TATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA
ATAAGCATGTATGAATGAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGATAAACAAACT
Found at i:19677369 original size:322 final size:321
Alignment explanation
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Period size: 322 Copynumber: 1.9 Consensus size: 321
19676790 ATTTTTTGTG
* * * * *
19676800 TATTAATTTTCTAAATGTTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAA
1 TATTAATTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCATGTATAAATAGAA
* * *
19676865 AAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
66 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAC
* *** * **
19676930 TTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
131 ATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATATATTGTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * *
19676995 TATTATTAATTTGGCAATATTTTACTCCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
196 TATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
19677060 CAAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAACTGATTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTT
261 CAAACA-AAAGATCATAACGATTTGAACTGATTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTT
***
19677121 TATTAATTTT-TGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTATAAATAG-
1 TATTAATTTTCT-AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCATGTATAAATAGA
* * * * * *
19677184 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATGATAT-TTCAAATGG
65 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
* * * *
19677248 ACATGACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAGATTTATGCTGTAAATCTCAAACTTATTAATTTT
129 ACATAACTATTTGAAC-TAGTTCAACAAACACATATAT--TGTAAATCTCAAACTTATTAATTTT
* * * * * *
19677312 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGAAT-AAGTAGAAACAATTTTT
191 TAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGAATGAA-TAGAAACAATTGTT
* *
19677376 TTATGACAAAGCAAAAGATTATAATGATTTGAA
255 TTATGACAAA-CAAAAGATCATAACGATTTGAA
19677409 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 41, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 80 0.33
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324 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (321 bp):
TATTAATTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCATGTATAAATAGAA
AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAC
ATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATATATTGTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAA
TATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAACAAAAGATCATAACGATTTGAACTGATTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTT
Found at i:19677618 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19677096--19678274 Score: 512
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
19677086 CTGATTTGAT
* * *
19677096 AAACAGATTTAGTTTTT-AAA-TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * ** * ** * * ** **
19677157 TTATTATGAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAA
65 TTATT-CCAACAAAATTGAATAAGCAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGA
* * * * * **
19677222 TTTGAAATAGATGATATT-T-CAAATGGACATGACTATTTGAA-CTTATTCA-A
129 TTTGAAATAAAT-A-ATTCTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATC-TGCTCAGA
* * *** *
19677272 TAAACAGATTTATGCTGT-AAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 -AAACAGATTTAT-TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * * *
19677336 TTTTATTTCGAATAAAATTGAATAAGTAGAAACAATTTTTTTATGACAAAGCAAAAGATTATAAT
63 TTTTA-TTCCAACAAAATTGAATAAGCAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAAATCATAAT
* * * *
19677401 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCT-CTCGGT
127 GATTTGAAATAAATAATTCTCCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TCTGCTCAGA
* *
19677454 AAATAGATTTATTTTATAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTT-TAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** ** * *
19677518 TTTATTCCAACAAGCTTTTATGAGCA-AAAGAAATTGATTTATGATAAAACAAAAAATCATAATG
64 TTTATTCCAACAAAATTGAATAAGCAGAAA-AAATTGATTTATGACAAAACAAAAAATCATAATG
** * * * *
19677582 ATTTGAAATGGATAATTCTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAGA
128 ATTTGAAATAAATAATTCTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATCTGCTCAGA
* *
19677634 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-TTATTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * **
19677698 TATT-CAA-AATAAGCTTGCATGAA-CATAACCAATT-ATGTTATGACAAAACAAAAGGAA--AT
66 TATTCCAACAA-AA--TTGAAT-AAGCAGAAAAAATTGAT-TTATGACAAAACAAAA--AATCAT
* * * *
19677757 AATGTTTTGAAATAGATAA-T-T----AT--T--TGAAC-ATGT---TC-G----GC
124 AATGATTTGAAATAAATAATTCTCCAAATAGTCAT-AACTATTTAAATCTGCTCAGA
* * * * * ***
19677795 AAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * ** * *
19677860 TTATTTCAA-ATAAGCTT-ATATGAA-CTGAATCAATTGTTTTATTG-GAAAACAAAAGCTTACA
65 TTATTCCAACA-AA-ATTGA-AT-AAGCAGAAAAAATTGATTTA-TGACAAAACAAAAAATCATA
* * ** * * *
19677921 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAA-CTTGTTCAGA
125 ATGATTTGAAATAAATAATTCTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATC-TGCTCAGA
* * * * * *
19677976 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * ** * * *
19678041 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CA-AAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATTAC
65 TTA-TTCCAACAAAATTGAAT-AAGCAGAAAA-AATTGATTTATGACAAAACAAAAAATCATAAT
* * * ** * * ** *
19678104 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-CTTGTTTGGT
127 GATTTGAAATAAATAATTCTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATC-TGCTCAGA
* * * *** *
19678157 AAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTATTTATTAATTATCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
19678222 TATTCCAA-ATAAGCTTGTATGAA-CAGAAAAAA-TCATTTTATGACAAAACAAAA
66 TATTCCAACA-AA-ATTGAAT-AAGCAGAAAAAATTGA-TTTATGACAAAACAAAA
19678275 GCTTATAGTT
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 147, Indels: 125
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 18 0.02
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164 9 0.01
165 3 0.00
166 1 0.00
169 6 0.01
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171 2 0.00
172 2 0.00
173 6 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCCAACAAAATTGAATAAGCAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATT
TGAAATAAATAATTCTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATCTGCTCAGA
Found at i:19678081 original size:181 final size:179
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Indices: 19677772--19679676 Score: 1345
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 179
19677762 TTTGAAATAG
* * * * * * **
19677772 ATAATTATTTGAACATGTTCGGCAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCAA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** *
19677837 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAATCAATTGTTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-
* * *
19677902 TGGAAAACAAAAGCTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
130 T-GAAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
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*
19678018 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * ** *
19678083 GATGAAACAAAAAG-TCATTACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
131 GA--AAAC-AAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * * * * * * * ***
19678134 ATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTATCCT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * **
19678198 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATCATTTTA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
19678262 TGACAAAACAAAAGCTTATAGTTATTTCAAATACATAATTGTTGAAATAATT
130 TG--AAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
19678314 ATAAGTATTTAAACTTATTTGGTAAA-ATAGTTTCATTTTTTAGATCTCTTAATTACTAATTTAT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *** * *
19678378 GGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGAAATAATTTTTTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * *
19678443 ATG---ACAAAA-C--AAAAGGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTC
129 ATGAAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
19678488 AT-AGTCATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTG
1 ATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
19678552 AAAGT-TTAATAAATTAATA-TATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTA
65 AAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTT
* ** * * *
19678614 TATGACAAAC-AAAGCATAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACC
128 TATGA-AAACAAAAGC-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TC
* * * * * *
19678667 ATAATTATTTGAAC-AGATTTGGTAAACGA-ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * **
19678730 GAAATATTAAT-AATCAGTATTATTTTCTTTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * *
19678794 ATGACAA-AAAA----A-AA-G-TCTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGT-
129 ATGAAAACAAAAGCTTATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * ** * * * *
19678837 ATTGACTATTTAAACTACTTTGACAAATAGATTTATATTTTAAATCT-TTAGTTATTAATTTTTG
1 A-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * ** * *
19678901 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTATATGAGCTGAAATAATTATTTT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * **
19678965 ATAATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAG--
129 AT--GAAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
19679015 -GAACCA---GTA--TG--C--TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTGTA--TATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CT-TACTTATTAATTTTT
* *
19679068 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTT
* * *
19679131 TTATGACAAAACAAAAGTCTCTA-ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCC
127 TTATG--AAAACAAAAG-CT-TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
19679186 ATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC-TAGCTTATTTTTTAAATCTCTAACTT-TTCAAATTT
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTT
* * * ** *
19679248 TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GAATAAACTTTTATGAACTTAAACTATTGTTT
63 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * *
19679312 TATTATAAA-AAAA-TTTCATATTTATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTC
128 TATGA-AAACAAAAGCTT-ATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
19679364 ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAA--TTT
* * * * * **
19679428 TTG-AATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAAAAAAAATTAC
62 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGT
* * * * *
19679492 TTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
126 TTTATGA--AAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
19679548 TTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
19679612 CAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
66 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
19679677 CAACAAAACA
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 268, Indels: 192
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 20 0.01
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169 11 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
GAAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
Found at i:19679084 original size:168 final size:168
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Indices: 19678867--19679181 Score: 429
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
19678857 TGACAAATAG
* *
19678867 ATTTATATTTTAAATCTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT
1 ATTTATATTTTAAATCTCTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
*** * *
19678932 AAATAAACTTATATGAGCTGAAATAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGT-TATAACAATTTGAA
66 AAATAAACTTATATGAGAAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GTCTATAACAATTTGAA
19678996 ATAGATAATT-TTCAAATAGGAACCAGTATGCTAAACAT
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGGAACCAGTATGCTAAACAT
*
19679034 ATTTATTTTTTAAATCTCCT-GTATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
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* ** * * * * * *
19679098 CTGAATAGGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCTCTAACTATTTGA
64 CTAAATAAACTTATATGAGAAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTCTATAACAATTTGA
19679163 AATAGATAATTGTTCAAAT
129 AATAGATAATTGTTCAAAT
19679182 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 17, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 20 0.16
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169 7 0.06
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Consensus pattern (168 bp):
ATTTATATTTTAAATCTCTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
AAATAAACTTATATGAGAAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTCTATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGGAACCAGTATGCTAAACAT
Found at i:19679502 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19679467--19679508 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
19679457 TTTCAAATAA
19679467 ACTTGTATGAACTAAAAAAAATT
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*
19679490 ACTT-TATG-ACTAAACAAAA
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19679509 GGTCATAACG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.56
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ACTTGTATGAACTAAAAAAAATT
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Indices: 19679687--19683093 Score: 2290
Period size: 180 Copynumber: 19.0 Consensus size: 181
19679677 CAACAAAACA
* * * * * *
19679687 AAAT-GTCATAA-TGATTTGAACCGGTTCGATATATACATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATT
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* * ** *
19679746 AATTTTTGAAATCTTAA-AAATTACTATTATTTTATTCTT-AATAATTTTGTATAAATAGAAACA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* ** * * * * * *
19679809 ATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATATATGATAGTTT
129 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *** *
19679862 AAATA--CATGACTATTTGAACTTGTTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* ** *
19679925 ATTTTT-AGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTCTGAATAGAAACAA
66 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* ** * * *
19679989 TTATTTTATGATAAAACAAAATATCACAACGATTTGAAATAAATAATTATTC
130 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *** ** * *
19680041 CAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATGGATTAATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
*** *
19680105 ATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
66 ATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * *
19680169 TTGA-TTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTC
130 TT-ATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * *
19680222 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTTAGAAAACATATCTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
19680285 AATTTTTGGAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACC
65 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * *
19680348 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGGCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTC
128 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
19680402 AGATAGTCATAACTATTTGAGCAT-GTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCACT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
** * *
19680466 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTA-AAACA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * * * *
19680530 ATTATTTTATTG-CAAAACCCAAA-GTCACAATGATGTAAAATAGATAATTATTT
129 ATTATTTTA-TGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * * * *
19680583 GCATAGTAATGACTATTTGAACTTGTGT-AGTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
19680646 AATTGTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAACA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * * * * *
19680710 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAAAAAATTGTTT
129 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * * * *
19680763 AAGTAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * *
19680828 ATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATAAATAGAAAA
66 ATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG--AA
* * * * ** * * *
19680890 AAAATCATTTTATGACAAAACAGAAGATTGTAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTA
126 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
19680946 AAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * ** ** * * *
19681011 CTTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTCTAATTCAAATAATTTTATGTGAACTA-AAATAA
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* * **
19681075 GTT-TTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGGAATAGATATTTAATC
130 -TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * * *
19681128 AAATAGTCATGACTATTTGATCTATTTCAGTAAAC--ATATATTTTTT-AATTTATTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATT
* ** ** * *** * * * *
19681190 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTCCTA-TTTAATCCAAATAAGCTTGTTTGAACAAAAACTA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * ** * * * **
19681254 TTATTTTATAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATAAATAATTCCTC
130 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *** *
19681306 AAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTTAATAAATATG-TTTATTTTTTAAATC---T-CTTA-T
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * *
19681365 ACATTTTTGAAATATTAATGGAA-TAGTATT-TTTTATCTTGAACAAACTTATATGAACA-AAAA
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* *
19681427 AATTTATTTTACT-ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
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* * * * * * *
19681482 AAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * ** * *
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* * *
19681611 TTGTTTTATGGCAAAAC-AAA----A-AA-GATTTAAAATAGATAATTGTTC
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** ** *
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* *** * *
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130 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * *** *
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** * * * * * * *
19682195 AAATAAACATAACTATTTGAATTTGATCAGTAAAGA-AATTATTTTTTTAAA-CTATTT-TTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTAT
* * *
19682257 TAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAAC
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* ** * *
19682321 AATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTGTTC
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* * ** ** *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-TTTTACTTA-
* * **** ** *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
19682558 TAATAGTTTTCACTATTTGAACAGATT-GAGTAAATAAATGTCTTTTTTAAATC---T-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCG-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
19682618 AATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCGAATAAGCTTCTATG-ATA-AAA-A
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * *
19682679 ATAACTGTTTAACGATAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGACT-GATAATTATTC
129 ATTA-T-TTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
19682734 AAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* **
19682799 A-TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACCA-AAACAAT
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * *
19682862 TATTTTTTGACAAAGCAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTC
131 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *** *
19682913 AAATAGCCATAATTATTTTAAATGATTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATT-
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* ** * * * *
19682973 ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAACTTGTATTAACT-TAAAC
66 ATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * * * * * *
19683036 AATTATTTTATGATAAATCAAAATGTTATAACGATTTTAAACAAACAATTGTTC
128 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
19683090 AAAT
1 AAAT
19683094 GGTAAACATA
Statistics
Matches: 2536, Mismatches: 572, Indels: 246
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171 1 0.00
172 56 0.02
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Consensus pattern (181 bp):
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ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
Found at i:19680290 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19679740--19693137 Score: 2811
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19679730 TTTTAAATCT
* * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * ***
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* * ** ** *
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* ** * * * *
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* *** ** *** * *
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* *
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* * *
19680162 GAAACAATTGATTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
19680227 GTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATCTATTTTTTAAAT-TTTTA
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* * * *
19680279 CTTATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
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65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * *
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* * * *
19680460 CTCACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * * ***
19680525 -AAACAATT-ATTTTATTG-CAAAACCCAAA-GTCACAATGATGTAAAATAGATAATTATTTGCA
65 GAAACAATTGA-TTTA-TGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
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* * * *
19680640 CTTATTAATTGTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTAT-AATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * * * *
19680703 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAAAAAATTGTTTAAGTA
64 AGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** *
19680768 GTCATAAAGATTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
19680821 CTCATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATAAAT
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* * * * * ** * * *
19680884 AGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAGAAGATTGTAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTAAAA
64 AG-AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
19680949 TAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * ** * *
19681004 ATTATTACTTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTCTAATTCAAATAATTTTATGTGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * **
19681069 -AAATAAGTT-TTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGGAATAGATATTTAATCAAAT
65 GAAACAA-TTGATTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
19681132 AGTCATGACTATTTGATCTAT-TTCAGTAAAC--ATATATTTTTT-AATTTATTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTA
* ** ** * * * * *
19681184 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTCCTA-TTTAATCCAAATAAGCTTGTTTGAACAA
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* * * * ** * * * **
19681248 AAACTATT-ATTTTATAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATAAATAATTCCTCAAATAG
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * **
19681312 TTATAACTATTTGAA-TTGGTTTAATAAATATGTTTATTTTTTAAATC---T-
130 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
19681360 CTTA-TACATTTTTGAAATATTAATGGAA-TAGTATT-TTTTATCTTGAACA-AA-CTTATATGA
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* * * * *
19681420 ACA-AAAAAATTTATTTTACT-ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
62 ATAGAAACAATTGA-TTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
19681483 AATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * **
19681540 CATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAATATGAAT
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* * * * * *
19681603 TGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAC-AAA----A-AA-GATTTAAAATAGATAATTGTTCATATA
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* * * *
19681661 GTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCG-ACAGACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA-A-ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
19681713 GTTATTAATTCTTT--AATATTATTATATTAATATTATTTTATTTTC-AATAAGCATGTATGAAC
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* * * * * * * * * * *
19681775 AAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATA
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* ** ** * ** *
19681840 GTCATAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACAGATTTATTTTGCAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
19681893 CTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG-ATCA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * * * * *
19681957 AAAACAATTG-TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAACTATTGAAATG
65 GAAACAATTGATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * **
19682021 GCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTCA-CTTTCAAATCACTTA
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* * * * ** *
19682073 ATTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * *** * *
19682138 -AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAGAGGTCAT-AGGATTTTTGATAGACAATTGTTCAAATAA
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* * * * *
19682201 ACATAACTATTTGAATTTGATCAGTAAAGAAA-TTATTTTTTTAAA-CTATTT-
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* * *** *
19682252 TTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-AT
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* ** * *
19682316 GAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATA
* *** *
19682380 GTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TTTTA
* * ** ** *
19682435 CTTATTTATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATGCCAAATAAGAATGTAAG-AT
1 CTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
19682497 ACGAAACAAAT-ATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
64 A-GAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * * * *
19682561 TAGTTTTCACTATTTGAAC-AGATTGAGTAAATAAATGTCTTTTTTAAATC---T-
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
19682612 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCGAATAAGCTTCTATG-ATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * * * * * * * *
19682675 AAAAATAACTG-TTTAACGATAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGACT-GATAATTATTCAAA
64 AGAAACAATTGATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAA
* * *
19682737 TAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** **
19682792 TTTATTAA-TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACCA-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
19682855 AAACAATT-ATTTTTTGACAAAGCAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAG
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19682919 CCATAATTATTTTAA-ATGATTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAA---TTT-
130 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * *
19682967 CTTATT-ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAACTTGTATTAACT
1 CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * * * *
19683031 -TAAACAATT-ATTTTATGATAAATCAAAATGTTATAACGATTTTAAACAAACAATTGTTCAAAT
64 AGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *** ** * *
19683094 GGT-A-AAC-ATATT--ATTTTTTTAAATCTCTTTCTGATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTA
128 AGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTT--A-GT-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-CT--T---TTA
* * ** *
19683154 -TTATTAATTTAATTTG-AATAAGCCTGT-ATGAACTGAAGCTATTATTTTATAACTAATAA--T
1 CTTATTAA-TT--TTTGAAAT-A---T-TAAT-AAAT-TAG-TATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * ** * ** ***
19683214 TAT-TCTAATAGTCTTAACCATTTTGAACTGATT-TG-GTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTT
55 TGTAT-GAATAG----AAACA-ATTG-A-T--TTATGACAAAACAAA---AGGTCATAACGATTT
* ** * * * * * * * *
19683276 TACTTA-TTAATT-TTCAAAATA-TTATTAA--ATTAGTA-TTATTTTAATTAGAATAAGCTTGT
107 GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTT-GTTT-AGTA-AACAA-ATT-T
****** **
19683335 ACGGACAAAAAATTGTT-
165 ATTTTTTAAATCTT-TTA
* * *** * ** * ** * * * * *
19683352 -TTGTGACA--AAAGAAA-AGGTAATAGCAATTTAAAATAGATAATCTTTCATATTATCTTAACT
1 CTTATTA-ATTTTTGAAATA-TTAATA--AA-TTAGTAT-TATTTTATTTCAAATAAGCTT--GT
* ** * *** ******* * * *
19683413 ATTTGAACTAGTTCAGTAATTAGATTTCTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTTGGAAT--A
58 A--TGAA-TAG--AAACAATT-GATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGA
* ** * * ** * * * **
19683475 TTATTAAATC-ATTA-TTAT-TTTATTTCGAA-TAAAATAGTGTGAATAGAACCAATTGT-TTGA
115 TAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACT----T-GT-TTAGTA-AACAAATT-TATTTT
* ** ***
19683535 TGAAAAATAAAA
170 TTAAATCTTTTA
* * * * *** * * *
19683547 GGTTA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA--AAACTATTTGAAAT-GGTTTGT
1 -CTTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAA-TA---AATTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * ** * * * * * ** ***
19683608 -TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAC-TAATTAATTTTC-TAAAC-ATTAAT-AAATTA-A
58 ATGAATAGA--AAC-AATT-GATTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATT--TGAAA-TAGA
** * * *
19683667 TATTATT-TT-ATTTTGAACA-AACTTATCTTAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
115 TA--ATTGTTCAAATAG-TCATAAC-TAT-TT-G----AAC--TTG-TTTA-G--TAAAC---AA
* * *
19683729 ATAATAATGGTTTGAAATAGATAATCGTTCAAATA
161 AT--TTAT--TTT----T-TA-AATC-TT---TTA
* * * * * * ** **
19683764 GTTA-TAATTATTT-AAACTGGTTCAGT-AACTAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTACAAAT
1 CTTATTAATT-TTTGAAA-T-ATT-AATAAATTAGTATTA-TTT-T--AT-T-TCAAATA-AGCT
* * * * *** * * * * * *
19683826 T-TTTGAAATATTAATA-AATTAGTTTTAT-CCTATTTCGAATATG-CTTGTATGAGTTGAAATA
55 TGTATG-AATA-GAA-ACAATT-GATTTATGAC-AAAAC-AAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATA
** * * * * * *
19683887 -ATTGTTTTATGACAAA-A--CAAAAGGTCA-TAGCAA-TT-TTAAATAAA-ATAATTGT-TCCT
113 GATAATTGT-T--CAAATAGTCATAA-CT-ATTTG-AACTTGTTTAGTAAACA-AATT-TAT--T
* * *
19683943 ATAGTCTTAATTGTTTGAA
168 -T--T-TTAAATCTTT-TA
** * ** *
19683962 CAAAAAGACATAACAATTTGAAATAAATAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATA
1 C----TTA-TTAA-TTTTTG----AAAT--A--TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA
** * *
19684026 AGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-ATTATATGATTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAA
51 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * ** *
19684089 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAATTTAGCCAACACATTTA-TTTTTAAATC-
114 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
19684151 --T-
178 TTTA
* * * *
19684152 CCTATTAATTTTT-AGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTAG-ATG-A
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTT-GTATGAA
* * * * * * * * *
19684213 TAAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAA
63 T-AGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
19684277 TAGTCATAATTATTTGAACTAGTTT-G-AAAAATAATTTTAATTTTTGAATCTCTTG
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-AA-TTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * * *
19684332 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACT-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * *
19684396 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGACTTAAAATGGTTAGAATGATTGTTCA
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA----TAG-ATAATTGTTCA
* * * * ** * * *
19684461 AAAAGTCA-AATCTTTTTGAACTTTTTTGGTAATTAGATTT-TTTTTTCAAATATCTTA
125 AATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTA
* * *
19684518 CTCATTAAACTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTCTATGAA
1 CTTATT-AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
19684581 CTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAA
63 -TAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * *
19684645 TAGTTTTAACTATTTGAACTAG-TTAGGCAAACACATTAATTTTTTAAATC---T-
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
19684696 CTTATTAATTTTTGGAATACTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * *
19684760 GGAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATAATAAC-ATTTTAAGATAGATAATTATTCCAATA
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
19684823 GTCTTAACTATTTGAACTAT-TTCAAAAAACAGATTTAGTTCTTAAATC---T-
129 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * * *
19684872 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGTCAGTATTATTTTA-ATCTAAATAA-TTTTTCATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT-ATGAAT
* * *
19684935 AGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGATCAAAT
64 AGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * ***
19684999 GGACATGACTATTTGAACTTG-TCGGTATATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** *
19685052 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* ** * * ** * * *
19685116 GAAATAATTTTTTTATAATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
19685181 TCGA-AACTATTTAAACTCGTTTGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
19685233 CTTATTAACTTTT-ATAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCGAATAAGCTTTTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
19685297 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * **
19685362 TCATAACTATTTG-AGTGTGTTTAGAAAACCTATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
130 TCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
19685413 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * *
19685476 AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCTAATA
64 AGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *** * * *
19685541 GTCATAACTATTTGAACAT-ATTCGCTAAACGGGTTCATTTTTTAATTCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * * *
19685594 CTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAGATAAGCTTATATGAATGG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
19685659 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
19685724 TATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATATATTTTTAAAATCTTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
19685775 CTTATT-ATTTTTAGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * ** * * * *
19685838 ATAAATAATTG-TTCA--A-ATAGTCATAAAGAT-TTGAACTTG-TTCGATA-AGCATATTTATT
64 AGAAACAATTGATTTATGACA-AAACA-AAAGGTCAT-AAC--GATTTGAAATAG-ATA---ATT
* * * * * * * *
19685896 TTTTAAAT-CT-TTAACT-TATT-AA-TTATCTTAATATTAATAAATTTA--TATT--A--TTTT
120 GTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGT-TTAGTA--AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
19685950 A
181 A
* * ** * * * ** * ** * * * *
19685951 TTTGCAATAA-GCTTG---TATGAACAAA-AACAAATCATTTTATGACAAAGCCAAAGGTTATAG
1 CTT--ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTCAAA---TAAGCTTGTAT
* * ** *** ** * * *
19686011 GAATTTTAAATAGATAATTG-TTTA--A-ATAGTCATAATTATTTTAACTTG-TTCAGTAAACAA
60 GAA---TAGA-A-ACAATTGATTTATGACA-AAACA-AAAGGTCATAAC--GATT-TG-AAATAG
* * * * ** * * * * *
19686071 ATTCATTTTTTAAAT-CTTTTAATTA-TT-AA-TTTTTGGAATATTAATAGCTTGGAATTATTTT
114 A-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT----TAGTAA-A-C---AAATT-TATT
*
19686132 ATTTTGAATACTTTTA
168 -TTTTAAAT-CTTTTA
** * * ** * * ** *
19686148 CATTAATTGAAATAATTTT-TTATGA-CAAAACAAAAAGTCA-TA-ATGATTTGGAAT-AGATAT
1 C-TT-ATT--AAT--TTTTGAAAT-ATTAATA-AATTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCT-T
* * * * * * ** ** ** *
19686208 TTATTCAAATAGTTATAACTATTTAATCTAGTTTGGTA-AAAATATTTATTTTTTAA--ATTTTT
56 GTA-T-GAATAG--A-AAC-AATTGAT-T--TAT-G-ACAAAACA-AAAGGTCATAACGA-TTTG
* * * * * * * *
19686270 ACATA-TTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTA-TGAA
108 AAATAGATAATTGTTCAAA---TAGT-CA-TA--ACTATTTGAA--C---T-TG-TT-TAGT-AA
* * * * ***
19686333 GATAAA-CTATTGTTTTATA-GTAGAA
157 -ACAAATTTATT-TTTTAAATCTTTTA
* ** ** * *** * * ** * **
19686358 C--A-AAAAATTACAACTATTTGAACTGGTTTAATAATTAGATTTAATTT-TTA-AATCTCATAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATA-TT-AA-TAAATTAGT-ATT--ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
19686418 TAATTTTGAAA-TATTAATAGATTATGACAAAACAAAAAGGACATAACGATTTTAATTTGATAAT
60 GAA--TAGAAACAATTGAT---TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
19686482 TATTTATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-
119 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * * * *
19686541 CTTATTAA-TATTCAAGATATTATTAGATTAGTACTATTCTATTTCGAATAAACATGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
19686605 TATATAATTG-TTCTATCACAAAACAAAAGGTTATAACGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTGATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * ** **
19686669 ATCATAATTATTTGAA-TTGGTTCG-ATA-AAA--TA---AAT-AATCTCCTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * **
19686713 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTACTCCGAATTGGCTTGTATG-ATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * *
19686777 AAAACAATTGTTTTAAGACAAAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ***
19686841 ACCATAACTATTTGAA-TTGATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
130 -TCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * * *
19686894 CTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATCTTATTTTAGATAAACTTTTATGAA-AT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-
* * * * *
19686958 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGGCATAACGATTTTAATTAGATAATTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
19687023 TCATAATTATTTAAAATTATTCATTAAAC--ATTTATTTTTTTAAAT-TCCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTA
* * *
19687074 CTTATTAAATTTTTG-AATGTTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAAC
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-
* * * * *
19687137 T-TAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
63 TAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * *
19687201 AGTCTTAACTATTTG-ACTAGTTCGGCAAATACATTTTATTTTTTAGATCTCTTT-
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCT-TTTA
* ** * * * * * *
19687255 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGTTTATATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
19687319 GAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATAATA
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATA
* * * * * * *
19687382 GTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAATCAGATTTAGTTTTTAAATC---T-
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * **
19687431 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTCGA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * *
19687495 GAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAAATGTAATAATGATTCGAAATAGATAATAGTTCAAATGG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ***
19687560 GC-TGACTATTTGAACTTGTTTGGTATACATATTTATCTTTTAAATCTCCAA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * ** *
19687611 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTACGATCTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
19687675 GAAACTATTG-TCTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
65 GAAACAATTGAT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19687739 GTCATAACTATTTGAACTCGCTCAAT-AACTAGATTTATCTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
19687792 GTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTT-TATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATA
* * * *
19687856 GAAACAATTGGTTTATGA-TAAA-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19687919 TCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-ATTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
19687970 CTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
19688033 CATAAA-AATT-ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCGAA
63 TAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
19688096 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * * *
19688151 CTCATTAATTTTTGGATTAATAA-AAAGTTACTATTATTTTA-TTCGAATAAGCATATATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
19688214 GATACAATT-TTTTATGACGAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATCGATAATTATCCAAATAG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19688278 TTATTATTATTTGAACTTGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTTAAATCATTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * * * *
19688331 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * *
19688396 AAATAATT-ATTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAA
66 AAACAATTGA-TTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** ** *
19688460 GTTATAACTATTTGAAATTATTCGGTAAACAAATTTGA---AAT-AAGCTTGTATGA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTT-T-T-A
* * ** * * * * * * *** * ** *
19688513 ATAGAAAAAATTGTTTTATGACA-AAACAAA--AG-CTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTT
1 CT--TATTAATT-TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATA-A-GCTTGTA
* * ** *** * * ** *
19688574 TAAATAGCCATAACTATTTGAACT-TGATCGGTA-AATAGATTCATTAA-TTTTTGAAATA-TTA
59 TGAATAG--A-AAC-AATTGATTTATGA-CAAAACAAAAG-GTCA-TAACGATTTGAAATAGATA
** * * ** * * * *
19688635 ATAAATCCGAAT--T-AT-GTTATTTCGAA-TAAGCTTGTACG-AACAGAGACAATTATTTGTGA
117 AT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACT-TG-TT-TA-GTAA-ACA-A-ATTTATTT-T-T
* * ***
19688694 CAAAAC-AAAA
171 TAAATCTTTTA
* * * ** ** * *
19688704 GGTCATAACGATTTTAAATAGATGATTGTTCAAATAATCA-TAACTGTTTGTACTGTTCAAGCCA
1 -CTTATTA--ATTTTTGA-A-AT-ATTAAT-AAAT--T-AGT-ATTATTT-TA-T-TTC-A---A
* * * * * ** * * * ** *** *
19688768 ATAGATACATTTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTTTAAATTAGCATTACTTTA-TTCTAAATAA
48 ATA-A-GC-TTGTATGAAT-AGAAAC-AATTGA-TTT--ATGA-CAAAACAAAAGGTC---AT-A
* * ** * *
19688832 GACAATATG-AATAGAATCAATTGTT-TTATGGGTCATAACAATTTGAAATACATAATTGTTCAA
100 -ACGATTTGAAATAG-AT-AATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTG--A-AC----TTGTT---
* * *
19688895 ATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTTGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
151 -TAG-TA-AACAAATT-TA-T--TTTT-----TA-A---ATCTTTT--A
* * * * ** *
19688944 TCTCTTATTAA-TTTTCAAGATACTAGT-AATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAATTTATATG
1 ---CTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * * **
19689006 AACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CAATAATGATTTAAAATAGATAATCATTCA
61 AATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
19689070 AATATTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGCT-AACAAAATTA-TTTTCAAATCTCTTA
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * *
19689126 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-TTATTTATTTTATTTTGAATAA-CTTAGTAAGAGC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGA-A
* ** * * * * * *
19689189 T-GAAAAAATT-ATTTTACAATAAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCATA
63 TAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * *
19689252 TAGCCTTAACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAACAATTTTAATTTTTAAATCTCTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * * * *
19689307 GTTATTAATTATCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAGATAAACTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
19689371 GAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
19689436 TTATAATTATTTGAACTGGTTT-GATAAA-AAAATTATTTTTTAAATC---T-
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
19689483 CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTGTTACGAATAAACTTGGATGAGCT-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATA
* * * * * * *
19689547 GAAATAATT-ATTTTATAACAAAACCAAAGGTC-TAATGATTTTTGCATGAACAAAAACAATTGT
65 GAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA---TT---TGAA-ATAGATAATTG-
* * * * * *
19689610 TTTATGACAAAATAGAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATGGACA-TGATTA
121 --T-T--C-AAAT---A-GTCATAACTATTTGAACTTG-T--TTAG-T-AAA--CAAATTTATT-
* * *
19689673 TTTGAACTTGTTTGTAA
168 TTTTAA-ATCTTT-T-A
** * * * * *
19689690 GCAGATTTATTTTTTGAATCGCCTACCCTTTACTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-
1 -CTTA-TTAATTTTTGAA------A-----TA---TTAATAA-ATTAGT--ATTA-TTTTATTTC
* * * * * * * * * *
19689754 TATTATGAATAAATGTGTGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAACTAT
46 AAATAAG-CTT-----GTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * ** ** *
19689819 TTTAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGACAACTATTTGAACTTACTCGGTAAACATATTTATTTT
105 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTT
19689884 TTAAATCTTTTA
170 TTAAATCTTTTA
* ** * * * ** * * * *
19689896 CTTATTAAATCCTGGAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAACATGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
19689961 AAACAACTGGTTTATGACAAGATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
19690026 TATAACTATTTGAACATGTTCAG-AAA-ACA--TA----TT--AT-TTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
19690066 CTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAATACAAGCATGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAGCTTGTATGAAT
* * *
19690129 AGAAACAATT-ATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAAT
64 AGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * *
19690193 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTGAAATCTCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * * *
19690247 CTCCTTAATTTTT-AGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * ** * * * *
19690311 -GATACAGTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCGTAACAATTTAAAAT-GATAATTATTCAAATA
64 AGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
19690374 G-CTATGACTATTT-AACCATGTTCAGGAAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTA
129 GTC-ATAACTATTTGAA-CTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * * * *
19690427 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTATATTAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA-T-GAA
* * * * * * * * *
19690491 AAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATATTTATTCAAAT
63 TAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * ** *
19690556 AGTCA-AATTATTTAAACTTATTT-GTTAAATAGATTTATAATTTAAATCTTTCA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
19690609 CTTATTAATTGTCTG-AATGA-TAATAAATTTGTATTATTTTA-ATCGAAAAAAGTTTGTAGGAA
1 CTTATTAATT-TTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
19690671 CAGAAAAAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGA-GATTTGAAATAGGTAATTGTTCAA
63 TAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
19690734 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAACTTAGTTTTTAAATCTCTTA
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
19690790 TTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAAGTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
19690855 AAACAATT-TTTTGTGACAAAATAAATGTTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * ** **
19690919 CATAACTATTTGCTCTAG-TCAGGCT-AAC-GATTCCTTTTTTAAATCCATTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTA-G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** *
19690969 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGGATTACTTTATTTTGAATAAGACTT-TATCAAT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAAT
* * * * * * *
19691032 AGAAATAATT-ATTTTATGACAAAACAAATGGTGATAATGATATGAAATAAATAATTGTTTAAAT
64 AGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
19691096 TGTTATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * * * *
19691146 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * ** *
19691210 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGACATAACGATTTGAAATAGATAATTAATCATATAG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
19691275 -CTTTAACTATTTAAACTGGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 TC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * **
19691327 ATTATTAA-TTTTCATAGTATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACC
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
** * ** * * * * * *
19691390 TTAATAATTTTTTTTATGACAAAATAGAAA-ATTATAACGACTTGAAATATATAATTATTCAAAT
65 GAAACAA-TTGATTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** **
19691454 AGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGTATAC----GGA-----T-AATCTCCTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
19691498 CTAATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATCT-AAACAGGCTTGTATG-ATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
19691561 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACGATTTGAAATATATAATTATTCATATGGC
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * *
19691626 CATAACCATTTGAA-TTGATTCGATAAACTGATTTACGTTTTT-AATCTTTAA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** ** * *
19691677 CTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTTTTTCTCAATTTTTAA-AATATT-AATAA
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-T--ATTTCAAATAAGCTTGTAT-G
** * * * * * ** * *
19691739 AATA-ATATTATTTTATTT-TGGA-TAAGCTTTTATGAAATGAAATAATTGTTTTATGATAA-A-
61 AATAGA-AACAATTGATTTAT-GACAAAAC----A--AAAGGTCATAA-CG-ATT-TGA-AATAG
* ** * ** * * * ** * *
19691799 ACAAAAGGTCATAAT-GATTTTAA--A-ATGATAATTGTTTAAATAGTCATAA-CTA--TTTGAA
114 ATAATTGTTCA-AATAG-TCATAACTATTTGA-ACTTGTTT-AGTAAACA-AATTTATTTTTTAA
* *
19691857 CTTGTTTGGTAAA
174 -ATCTTT--T--A
** * * * ** * * * * ** * * * *
19691870 CAGATTTATTTTTTTAAATCCCTTGCT-TATTAATTTTCTGAATATTAATAAAAT-AGTATTATT
1 CTTA-TTAATTTTTGAAAT--ATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATT--TCAAATAAG-CTTGTA
* * ** * * * * ** * * * *** *
19691933 TTATTTCAAATAA--GCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAA-AGGTCAAA
59 TGAATAGAAACAATTG-ATTTATG-AC-AAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT--AA
* * * * * * *
19691994 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAA-TAGTTTTAA-TTATTTGAATGGGTTTAGCAAATACAT
118 TTG--TTCAAATAG-TCA------TAACTA-TTTGAACTTGTTT--A---G-TAAACAAAT---T
* * *
19692057 T-TATTTTTTAA--ATCT-
164 TAT-TTTTTAAATCTTTTA
* * ** * **** * *
19692072 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTGCCCCGAATAAGTTTGTAT-A
1 CTTA-TTA---ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * *
19692136 GATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATCAATTT-AAGATAGATAATTGTTT
62 -ATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTC
* * * * ** *
19692198 AAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAGATTTAGCTTTTGAATC---T-
124 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * **
19692252 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
19692316 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA--TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG
65 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *** *
19692378 TTATAACTATTTGAACTCACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
19692430 CTTATTACTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTTTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
19692495 AAAAAATT-AGTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
19692559 TCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACATAA-TTATTTTTTAAAT-TTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
19692610 CTTATTAATCTATGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
19692673 AGAAACAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
64 AGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19692738 GCCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATATTCATTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
19692791 CTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCTTGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * ** * * *
19692856 ATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
19692921 TATTACTGTTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCGTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * * *
19692973 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTAGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * ** * *
19693037 AAAATAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAA
65 GAAACAATTGATTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * **
19693102 GTTATAACTATTTGAAATTATTCGGTAAACAAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTT
19693138 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 9622, Mismatches: 2589, Indels: 2013
0.68 0.18 0.14
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
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AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
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Indices: 19679723--19685842 Score: 3041
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19679713 CGATATATAC
* * * *
19679723 ATTTAGTTTTTAAA--TCTCTTATTAATTTTTGAAATCTTAA-AAATTACTATTATTTTATTCT-
1 ATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* ** * * ** *
19679784 TAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *
19679849 TATATGATAGTTTAAATA--CATGACTATTTGAACTTGTTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAAT
* * * ** *
19679912 CTC-CAATTTATTAATTTTT-AGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGT
195 CTCTTAA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT
* * *
19679975 CTGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCACAACGATTTGAAATAAATAATTAT
258 ATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCA-AACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * *** *
19680039 TCCAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATGGATTAATTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
320 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-ATTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
19680103 TAATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAC
384 TAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* *
19680167 AATTGATTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCAT
448 AATTGATTTATGACAAAA-AAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
19680232 AACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACAT
511 AACTATTTGAACTTGTTTAGATAAACAA
* * *
19680259 ATCTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATTTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * * * ***
19680323 GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGGCATAATGTTTTGAA
64 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * *
19680388 ATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAGCATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAT
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAA
* * * *
19680453 TCTCTTACTCACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA
194 TCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATA
* * * * * *
19680518 TAAACTAAAACAATTATTTTATTG-CAAAACCCAAAGTCACAATGATGTAAAATAGATAATTATT
259 TGAACTAAAACAATTATTTTA-TGACAAAA-CAAAAATCA-AACGATTTGAAATAGATAATTATT
*** * * * *
19680582 TGCATAGTAATGACTATTTGAACT-TGT-GTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTA
321 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTAT-TCG--GTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
19680644 TTAATTGTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTAT-AATTAGAA
383 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * ** * * * *
19680707 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAAAAAATTGTTTAAGTAGTCA
446 ACAATTGATTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
**
19680772 TAAAGATTTGAACTTGTTT-GATAAACAA
510 TAACTATTTGAACTTGTTTAGATAAACAA
* *
19680800 ATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTCATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAA--TTTTTCTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * ** * *
19680863 TTGAAATAAGCTTGCATAAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAGAAGATTGTAGCGATT
62 TTGAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * * *
19680928 TCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTT
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTT
* * * * * * **
19680993 TAAATCTCTTAATTATTACTTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTCTAATTCAAATAATTT
190 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * *
19681058 TATGTGAACTAAAATAAGTT-TTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGGAATAGATAT
255 TATATGAACTAAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAA--TCA-AACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
19681122 TTAATCAAATAGTCATGACTATTTGATCTATTTCAGTAAACATA-T-ATTTTTT-AATTTATTTA
316 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCT-TTTA
* ** ** * * * * *
19681184 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTCCTA-TTTAATCCAAATAAGCTTGTTTGAACAA
379 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * ** * **
19681248 AAACTATT-ATTTTATAATAGAACAAAAAA-TCATAACAATTTAAAATAAATAATTCCTCAAATA
444 AAACAATTGA-TTTATGACA-AA-AAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *
19681311 GTTATAACTATTTGAA-TTGGTTTA-ATAAATAT
506 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGATAAACAA
* * *
19681343 GTTTATTTTTTAAA--TCTCTTA-TACATTTTTGAAATATTAATGGAA-TAGTATT-TTTTATCT
1 ATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTA-ATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * *
19681403 TGAACA-AA-CTTATATGAACA-AAAAAATTTATTTTACT-ATAAAACAAAAGGTCATAACAATT
63 TGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * *
19681464 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAAAATT-ATTT
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCGGTAAA-TAGATTCATTT
*
19681527 TTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAAT
188 TTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAAT
* * * * *
19681589 AAGCTAATATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGGCAAAAC--AAA--AAA-GATTTAAAATAGAT
250 AAGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCAAACGATTTGAAATAGAT
* * * * ** * *
19681648 AATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAGACAAATT-ATTTTTTAAATCTCTT
314 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTT
* * * * *
19681712 AGTTATTAATTCTTT--AATATTATTATATTAATATTATTTTATTTTC-AATAAGCATGTATGAA
378 ACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
19681774 CAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAAT
441 CAGAAACAATTGATTTATGACA-AAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
19681839 AGTCATAACTATTTAAAC-TAATTCGGTAAACAG
505 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGATAAACAA
** * * *
19681872 ATTTATTTTGCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
19681937 CAAATAAACTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGA
64 GAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * * * *
19682001 AATAGATAACTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTCA-CTTTCA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCGGTAAATAGATTCATTTTTTA
* * * * * * *
19682064 AATCACTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTG
192 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * ** * * *** * *
19682129 TATGAACTAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAGAGGTCATAGGATTTTTGATAGACAATTGTT
257 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAATCAAACGATTTGAAATAGATAATTATT
** * * * * * *
19682194 CAAATAAACATAACTATTTGAA-TTTGATCAGTAAAGAAATTATTTTTTTAAA-CTATTT-TTTA
321 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTAT--TCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCT-TTTACTTA
* * * *
19682256 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAA
383 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAA
* ** * * *
19682320 CAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTCAAATAGTCAT
447 CAATTGATTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ***
19682385 AACTATTTGAATTTGTTTAG-TAAATGG
511 AACTATTTGAACTTGTTTAGATAAACAA
* *
19682412 ATTTATTTTTTCAAATCTTTTTGCTTATTTATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTT
1 ATTTATTTTTT-AAA--TTTTT-CTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
*** ** * * * * * **
19682475 ATGCCAAATAAGAATGTAAG-ATACGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGAT
60 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * ** * *
19682539 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTCACTATTTGAACA-GATT-GAGTAAATAAATGTC-T
124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCG-GTAAATAGAT-TCAT
* * *
19682601 TTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCGAAT
186 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAAT
* * * * * * * *
19682661 AAGCTTCTATG-A-TAAAA-AATAACTGTTTAACGATAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGACT
250 AAGCTTATATGAACTAAAACAATTA-T-TTT-ATGACAAAACAAAAATC-AAACGATTTGA-AAT
* * * * * *
19682723 -GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATC
310 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-ATTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATC
* * * *
19682787 TCTTATTTATTAA-TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
374 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
19682851 ACCA-AAACAATT-ATTTTTTGACAAAGCAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCA
439 AACAGAAACAATTGA-TTTATGACAAA-AAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * *
19682914 AATAGCCATAATTATTTTAA-ATGATTTA-ATAAACAA
502 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGATAAACAA
* **
19682950 ATTTATTTTTTAAA--TTTCTTATT-ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 ATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
** * * * * * * * * *
19683012 ATCTAAACTTGTATTAACT-TAAACAATTATTTTATGATAAATCAAAATGTTATAACGATTTTAA
65 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * *
19683076 ACAAACAATTGTTCAAATGGT-A-AAC-A--T----A-------T---T--A-T--TTTTTTAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAA
** * ** * * * *
19683117 TCTCTTTCTGATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTATTATTAATTTAATTT-GAATAAGCCTG
194 TCTCTTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * * * * * * * *
19683180 TATGAACTGAAGCTATTATTTTATAACTAATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTTGAACT-G
257 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGAC--A-AA--A--C-AAAAATC-AAACGA-TTTGAAATAG
* ** * * ** *
19683244 AT-TTGGTAAACAAAT--T--T-AGTTTTTAAATCT-TT---T--ACTTATTAA-TTTTCAAA--
312 ATAAT--TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-CTATTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATC
* * * ** * *
19683294 --ATA-TTATTAA--ATT--AGTATT-AT---TT--TA--ATTAGA-AT--AA---GCTTGTACG
374 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *** * *
19683338 GACA-AAA-AATTGTTTTGTGACAAAAGAAAAGGTAATAGCAATTTAAAATAGATAATCT-TTCA
439 AACAGAAACAATTGATTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT-TGTTCA
* * * * ** *
19683400 TATTA-TCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAATTAG
502 -AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGATAAACAA
* * * * * * * *
19683436 ATTT-CTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATCATTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATTT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * **
19683500 CG-AATAAAATAGTGTGAATAGAACCAATTGTTTGATGA-AAAATAAAAGGTTATAATGATTTGA
64 -GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
19683563 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGGTTTGTTAAATAGATTTACTTTTTA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTA
* * * * * * *
19683627 AATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAACATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTT
192 AATCTCTTAATTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * * * * **
19683691 ATCTTAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAATGGTTTGAAATAGATAATCG
256 ATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAATCA-AACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
19683756 TTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTCAGT-AACTAGAATT-ATTTTCTAAATCTCTTACT
319 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-ATTCGGTAAAC-A-AATTAATTTTTTAAATCTTTTACT
** * ** * ***
19683819 TACAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATCCTATTTCGAATATGCTTGTATGAGTTGAA
381 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * *** * **
19683884 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAAAATAATTGTTCCTATAGTC
446 ACAATTGATTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
19683949 TTAATTGTTTGAAC------A-AAAAGACATA
509 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGATAA-ACA-A
* * * *
19683974 A--CA-ATTTGAAA-------TA--AA----T-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
1 ATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* ** * *
19684022 -AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATATGATTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAA
65 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * ** * * *
19684085 ATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAAT-TT-AGCCAACACATTTA-TTTTTA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--CATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTA
* * * * *
19684147 AATCTC----CTATTAATTTTT-AGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCT
192 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCT
* * * * * * ** * * * *
19684206 TAGATGATA-AAAAATAATTGTTTTATGAGAAAATAAAGGTCATAATGATTTGAGATTGATATTT
255 TATATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCA-AACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** * * * * *
19684270 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAATTTTAA-TTTTTGAATCTCTTGCT
318 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCGGTAAACAA-ATTAATTTTTTAAATCTTTTACT
** * * * * * *
19684334 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAA
381 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * *
19684399 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGACTTAAAATGGTTAGAATGATTGTTCAAAA
446 ACAATTGATTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAA----TA-AATAATTGTTCAAAT
* * * ** *
19684464 AGTCA-AATCTTTTTGAACTT-TTTTGGTAATTAG
505 AGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAGATAAACAA
* * *
19684497 ATTT-TTTTTTCAAATATCTTACTCATTAAACTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAAT-T-TTTCTTATT-AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
19684560 TTCT-AAATAAGCTTCTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAAT
61 TT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * ** * * * * *
19684623 TTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAC-TAGTTAGGCAAACACATTAATTT
124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCGGTAAATAGATTCATTT
* * * *
19684687 TTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGGAATACTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAA
188 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA
* * * * * *
19684747 GCTTGTATGAA--AAGGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATAATAAC-ATTTTAAGATAGA
252 GCTTATATGAACTAA--AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCA-AACGATTTGAA-ATAGA
* * * *** * * * *
19684809 TAATTATTCCAATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTCAAAAAACAGATTTAGTTCTTAAATC---
313 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTT
* ** * * * * *
19684871 T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGTCAGTATTATTTTA-ATCTAAATAA-TTTTTCATGA
377 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGT-ATGA
** * * * *
19684933 ACAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGATCAA
440 ACAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
19684997 ATGGACATGACTATTTGAACTTG--TCGGTATATAG
503 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGATAAACAA
*** *
19685031 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * **
19685095 TCAAATAAAATTATATGAATAGAAATAATTTTTTTATAATAAAACAAAATATCATAACAATTTGA
63 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * *
19685160 AATAAATAATTGTTTAAATAGTCGA-AACTATTTAAAC-TCGTTTGGTAAATAGAATT-ATTTTT
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACAT-GTTCGGTAAATAG-ATTCATTTTT
* * * * * *
19685222 TAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-ATAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCGAATAAGC
190 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* ** * *
19685286 TTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATATGAAATAGATAA
254 TTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-TCA-AACGATTTGAAATAGATAA
*** * ** * ** *
19685350 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTGTGTTTAGAAAACCTATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
316 TTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTATTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * *
19685414 TTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
380 TTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA
* * ** * * * * *
19685477 GAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCTAATAG
443 GAAACAATTGATTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * **
19685542 TCATAACTATTTGAACAT-ATTCGCTAAACGG
507 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGATAAACAA
* * * ** * *
19685573 GTTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATT-T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * **
19685637 TCAGATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGA
63 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * ** * * *
19685702 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATAT-ATTTTTAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAATAGAT-TCATTTTTTA
* * * *
19685766 AATCTTTTACTTATT-ATTTTTAGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATCCGAATAAGCT
192 AATCTCTTAATTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCT
*
19685829 TGTATGAACATAAA
255 TATATGAAC-TAAA
19685843 TAATTGTTCA
Statistics
Matches: 4313, Mismatches: 923, Indels: 689
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
485 7 0.00
486 64 0.01
487 18 0.00
488 40 0.01
489 56 0.01
490 9 0.00
491 1 0.00
492 1 0.00
493 5 0.00
495 2 0.00
496 1 0.00
497 2 0.00
500 1 0.00
501 5 0.00
503 2 0.00
504 20 0.00
505 12 0.00
506 2 0.00
507 2 0.00
508 16 0.00
509 19 0.00
510 11 0.00
511 13 0.00
512 101 0.02
513 16 0.00
514 13 0.00
515 157 0.04
516 84 0.02
517 3 0.00
518 3 0.00
519 27 0.01
520 80 0.02
521 80 0.02
522 2 0.00
523 4 0.00
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547 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
ATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC
TCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG
AACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTAAACTATTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATT
TATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTTAGATAAACAA
Found at i:19681436 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19681241--19681563 Score: 422
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
19681231 TAAGCTTGTT
* *
19681241 TGAACAAAAACTATTATTTTA-TAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATAAATAATTCCT
1 TGAACAAAAAATATTATTTTACT-ATAAAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATAAATAATTCCT
* * *** *
19681305 CAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTTA-ATAAATATGTTTATTTTTTAAATCTCTT-ATA-C
65 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG-TTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATATA
19681367 ATTTTTGAAATATTAATGGAATAGTATTTTTTATCTTGAACAAACTTATA
129 ATTTTTGAAATATTAATGGAATAGTATTTTTTATCTTGAACAAACTTATA
** * * **
19681417 TGAACAAAAAA-ATTTATTTTACTATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
1 TGAACAAAAAATA-TTATTTTACTATAAAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATAAATAATTCCT
* *
19681481 CAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATT
65 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-ATA-T
19681546 AATTTTTGAAATATTAAT
128 AATTTTTGAAATATTAAT
19681564 AAATTCATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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178 3 0.02
180 17 0.14
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TGAACAAAAAATATTATTTTACTATAAAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATAAATAATTCCTC
AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATATAAT
TTTTGAAATATTAATGGAATAGTATTTTTTATCTTGAACAAACTTATA
Found at i:19681748 original size:14 final size:14
Alignment explanation
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Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
19681715 TATTAATTCT
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1 TTAATATTATTATA
*
19681739 TTAATATTATTTTA
1 TTAATATTATTATA
19681753 TT
1 TT
19681755 TTCAATAAGC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (14 bp):
TTAATATTATTATA
Found at i:19683109 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19681689--19683110 Score: 403
Period size: 179 Copynumber: 7.9 Consensus size: 179
19681679 AGTTCGACAG
* **** ** * *
19681689 ACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTCTTTAATATTATTATATTAATATTATTTTA
1 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATT-ATTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
19681753 TTTTCAATAAGCATGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAA-CAAAATGTTATAATGATT
65 TTTCCAATAAACTTGTAT-AACCAAAACAATTATTTTATGACA-AAGCAAAATGTCATAACGATT
** * * ** * * * ***
19681817 TGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAACTAATTCGGTAA
128 TGAAACAAACAATCGTTCAAATAAACATAATTATTTTAAATTGATTTAATAA
* ** * ** * *
19681868 ACAGATTTATTTTGCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATT-A-TTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
19681933 A-TTCCAAATAAACTTGTATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAA-CAAAAGGTAATAACAA
64 ATTTCC-AATAAACTTGTAT-AACCAAAACAATTATTTTATGA-CAAAGCAAAATGTCATAACGA
* * * * * *** * **
19681996 TTTGAAATAGATAA-CTATTGAAATGGCCATAATTA-TTTGAATTGATTTGGTAA
126 TTTGAAACAAACAATC-GTTCAAATAAACATAATTATTTTAAATTGATTTAATAA
* * * * * * *** ** *
19682049 ACAGATTCA-CTTTCAAATCACTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTT
1 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATT-A-TTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * * *
19682113 ATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAGAGGTCAT-AGGATT
64 ATTTCCAATAAACTTGTAT-AACCAAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAATGTCATAACGATT
*** * * * * * * * *
19682177 TTTGATAGACAATTGTTCAAATAAACATAACTATTTGAATTTGA-TCAGTAA
128 TGAAACAAACAATCGTTCAAATAAACATAATTATTTTAAATTGATTTAATAA
* * * ** *
19682228 AGAAA-TTATTTTTTTAAA-CTATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTT
1 ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTTATT-A-TTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTT
*** * * *** * ** * * *
19682291 TATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGAT
63 TATTTCCAATAAACTTGTAT-AACCAAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAATGTCATAACGAT
* * ** * ** * * * *
19682356 TTTAAATAATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTTAGTAA
127 TTGAAACAAACAATCGTTCAAATAAACATAATTATTTTAAATTGATTTAATAA
*** ** * *
19682408 ATGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTTGCTTATTTATT-TTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATT
1 ACAAATTTATTTTTT-AAATC----T-CTTATTTATTATTAGGAAATATTAA-AAAATTAGTATT
* * * * * * *
19682470 ATTTTA-TGCCAAATAAGA-ATGTA-AGATACGAAACAAATATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTT
59 ATTTTATTTCC-AATAA-ACTTGTATA-A-CCAAAACAATTATTTTATGAC-AAAGCAAAATGTC
* * * * * ** * **** * * * * *
19682531 AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTCACTATTTGAACA--GATTGAGTAA
119 ATAACGATTTGAAACAAACAATCGTTCAAATAAACATAATTATTTTAA-ATTGATTTAATAA
* * * * * **
19682591 ATAAATGTCTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTA--AAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-T
1 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTATTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * * * *
19682653 AATCGAATAAGCTTCTATGA-TAAAA-AATAACTGTTTAACGATAAAAC-AAA-GATCTTAATGA
66 -TTCCAATAAACTTGTATAACCAAAACAATTA-T-TTT-ATGACAAAGCAAAATG-TCATAACGA
* ** * ** ** * * *
19682714 TTTGAGACTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAATTGGTTTGATAA
126 TTTGAAACAAACAATCGTTCAAATAAACATAATTATTTTAAATTGATTTAATAA
* **
19682767 ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA
1 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATT-ATTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA
** * * * *
19682832 TTTTGAATAAGCTTGTATGACCAAAACAATTATTTTTTGACAAAGCAAAATGTCATAATGATTTG
65 TTTCCAATAAACTTGTATAACCAAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAATGTCATAACGATTTG
* * * **
19682897 AAATAGATAATCGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAAA-TGATTTAATAA
130 AAACAAACAATCGTTCAAATAAACATAATTATTTTAAATTGATTTAATAA
* *
19682946 ACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTA-TTATT-TTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
1 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTATTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * *
19683008 TTCCATCTAAACTTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGATAAATCAAAATGTTATAACGATTT
66 TTCCA-ATAAACTTGTA-TAACCAAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAATGTCATAACGATTT
* *
19683073 TAAACAAACAATTGTTCAAATGGTAAACAT-ATTATTTT
129 GAAACAAACAATCGTTCAAA---TAAACATAATTATTTT
19683111 TTTAAATCTC
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 223, Indels: 114
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 12 0.01
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186 1 0.00
187 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTATTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAT
TTCCAATAAACTTGTATAACCAAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAATGTCATAACGATTTGA
AACAAACAATCGTTCAAATAAACATAATTATTTTAAATTGATTTAATAA
Found at i:19685314 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 19683995--19685850 Score: 1439
Period size: 361 Copynumber: 5.2 Consensus size: 360
19683985 TAAATAAATG
* ** * * *
19683995 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATATGAT
1 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
19684059 TAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAA
65 AAAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACT-A
* ** * * * * * * *
19684124 TTTAGCCAACACATTTA-TTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTAGAATGTTATTAAATTAGT
128 TTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
19684184 ATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTAGATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGGT
193 ATTA-TTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
19684246 CATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTT-GAAAA-AT
256 CATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACAT
* * * * *
19684309 AATTTTAATTTTTGAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATA
321 -A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
19684351 TTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
1 TTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * *
19684414 CAAAACAAAAGCTCATAATGACTTAAAATGGTTAGAATGATTGTTCAAAAAGTCAAATCTTTTTG
64 CAAAACAAAATATCATAACGATTTAAAA----TA-AATAATTATTCAAATAGTCAAA-CTATTTG
* * * * * ** *
19684479 AACTTTTTTGGTAATTAG-ATTTTTTTTTCAAATATCTTACTCATTAAACTTTTTGAATGTTAAT
123 AAC-TATTTGGTAAATAGAATTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-AACTTTTAAAATATTAAT
* * * * *
19684543 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTCTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAAC
185 AAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * ** * *
19684607 AAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTAGG
249 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
19684672 CAAACACATTAATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATA
314 AAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * ** * *
19684715 CTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
19684780 AAATAAAGATA--ATAAC-ATTTTAAGATAGATAATTATTCCAATAGTCTTAACTATTTGAACTA
66 AAACAAA-ATATCATAACGA-TTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTA
*** * * * * * ** *
19684842 TTTCAAAAAACAGATTTAGTTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGTCAG
128 TTT-GGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
19684903 TATTATTTTAATCTAAATAA-TTTTTCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGT
192 TATTATTTTACTCCAAATAAGCTTAT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * *
19684967 CATAACGATTTGAAATAGATAATAGATCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TCGGTATATAG
256 CATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACAT
**
19685031 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATA
321 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * * * * *
19685071 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATTATATGAATAGAAATAATTTTTTTATAAT
1 TTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
19685135 AAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCGAAACTATTTAAACTCG
65 AAAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACT-A
* * *
19685200 TTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTATAATTTTAATAAATTAGT
128 TTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
19685265 ATTATTTTACTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
193 ATTATTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
19685330 TAATGATATGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTG-AGTGTGTTTAGAAAACCT
258 TAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGAAAACAT
* *
19685393 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
321 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
19685432 TTAATTAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
19685497 AAAC-AAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACATA
66 AAACAAAAT-ATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAC-TA
* * * ** * *
19685561 TTCGCTAAA-CGGGTTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTA
128 TTTGGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTT-AAAATATTAATAAATTA
* * * * *
19685624 ATATTATTTTACTTCAGATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGT
191 GTATTATTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
19685689 CACAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACA
256 CATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACA
* * *
19685753 TATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAGAAATA
320 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* ** * * *
19685794 TTAATAAA-TTGATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTT
1 TTAATAAATTTG-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
19685851 CAAATAGTCA
Statistics
Matches: 1185, Mismatches: 258, Indels: 108
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 23 0.02
353 109 0.09
354 7 0.01
355 4 0.00
356 147 0.12
357 64 0.05
358 34 0.03
359 11 0.01
360 24 0.02
361 438 0.37
362 96 0.08
363 11 0.01
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366 10 0.01
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370 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAACTATTT
GGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
Found at i:19685890 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 19685699--19685973 Score: 331
Period size: 135 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
19685689 CACAATGATT
* * * ** *
19685699 TGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATATATTTT
1 TGAACATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTGTTGAGTAAACATATATATTTT
* * *
19685763 TAAAATCTTTTACTTATTATTTTTAGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTAATCCG-AATAAG
66 TAAAATCTTTAACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTGATATTATTTT-ATCCGCAATAAG
19685827 CTTGTA
130 CTTGTA
* * * *
19685833 TGAACATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGA-TAAGCATATTTATTT
1 TGAACATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTGTT-GAGTAAACATATATATTT
* *** * **
19685897 TTTAAATCTTTAACTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGCAATAAG
65 TTAAAATCTTTAACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTATCCGCAATAAG
19685962 CTTGTA
130 CTTGTA
19685968 TGAACA
1 TGAACA
19685974 AAAACAAATC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 20, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
134 7 0.06
135 110 0.93
136 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (135 bp):
TGAACATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTGTTGAGTAAACATATATATTTT
TAAAATCTTTAACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTATCCGCAATAAGC
TTGTA
Found at i:19686195 original size:497 final size:493
Alignment explanation
Indices: 19685336--19686346 Score: 1177
Period size: 497 Copynumber: 2.0 Consensus size: 493
19685326 GTCATAATGA
* * ** * *
19685336 TATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTGTGTTTAGAAAACCTATTTATTT
1 TATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGACTGTGTTTAGAAAACATATTTATTT
* *
19685401 TTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGC
66 TTTAAATTTTAACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGC
* * ** *
19685466 TTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAAT
130 TTGCATGAACAAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATATTTTAAAATAGATAAT
*** * *
19685531 TATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGCTAAACGGGTTCATTTTTTAATTCTCTTACT
195 TATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGCTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAAT
*
19685596 CATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAGATAAGCTTATATGAATGGAA
260 CATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAGATAAGCTTACATGAATGGAA
* *
19685661 ACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
325 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
* * * * *
19685726 TGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAGA
390 TAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAAAATATATATTTTTAAAAT-TTTTACATATTAATTGTT-GA
19685790 AATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG
453 AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG
* *
19685831 TATGAACATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT-TG-TTCGATAAGCATATTTA
1 TATGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTG-ACTGTGTTTAGA-AAACATATTTA
***
19685894 TTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGCAA
63 TTTTTTAAAT-TTTAACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAA
* * *
19685958 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATCATTTTATGACAAAGCCAAA-GGTTATAGGA-ATTTT-AA
125 TAAGCTTGCATGAAC-AAAACAAATCATTTTATGACAAA-ACAAATGGTCATA--ATATTTTAAA
* * * * *
19686020 ATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAATTATTTTAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTA
186 ATAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACATATTC-GCTAAACAAATTCATTTTTTA
* * *** ** * ** ***
19686083 AATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAGCTTGGA-ATTATTTTA-TTTTGAATACTTT
249 AATCTCTTAATCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-AATATTATTTTACTTCAG-ATAAGCT
* * * * * *
19686146 TACATTAATTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGGAATAGATATTT
312 TACATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
19686210 ATTCAAATAGTTATAACTATTTAATCTAGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATTTTTACATA
377 ATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAAAATATATATTTTTAAAATTTTTACATA
*
19686275 TTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG
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19686327 TATGAAGATAAACT-ATTGTT
1 TATGAA-ATAAA-TAATTGTT
19686347 TTATAGTAGA
Statistics
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500 1 0.00
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TATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGACTGTGTTTAGAAAACATATTTATTT
TTTAAATTTTAACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCT
TGCATGAACAAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATT
ATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGCTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATC
ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAGATAAGCTTACATGAATGGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
AACTATTTAAACTAGTTTAGTAAAAATATATATTTTTAAAATTTTTACATATTAATTGTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG
Found at i:19687190 original size:180 final size:175
Alignment explanation
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19686429 TATTAATAGA
* * * * * * * * *
19686439 TTATGACAAAACAAAAAGGACATAACGATTTTAATTTGATAATTATTTATATAGCCTTAACTATT
1 TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** *
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65 TGAAATT-ATTC-A-ATAA-ACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAA
* * * * ** * *
19686564 TAGATTAGTACTATTCTATTTCGAATAAACATGTATGAACAT-ATATAATTGTT
125 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGTTGTATG-A-ATGAAACAATTGTT
* * * * * * *
19686617 CTATCACAAAACAAAAGGTTATAACGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** *
19686682 G-AATTGGTTCGATAAA-A--TA---AAT-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
66 GAAATT-ATTCAATAAACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * **
19686739 ATTAGTACTATTTTACTCCGAATTGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTT
128 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTGTATGAATG--AAACAATTGTT
* * * *
19686789 TTAAGACAAAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAACTATT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATT
** * *
19686853 TG-AATTGATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAA
65 TGAAATT-ATTCAATAAAC--ATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAA
* * * * * * *
19686917 TAAAGTAATATTATCTTATTTTAGATAAACTTTTATGAAATGAAACAATTGTT
125 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGTTGTATG-AATGAAACAATTGTT
* * * * *
19686970 TTATGATAAAACAAAAGGGCATAACGATTTTAATTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
19687035 AAAATTATTCATTAAACATTTATTTTTTTAAATTCCTTACTTATTAAATTTTTGAATGTTAATAA
66 GAAATTATTCAATAAACATTTA-TTTTTTAAA-TCCTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAA
* * *
19687100 AATATTATTATTTTATTTCAAATAAGTATGTATGAACTTAAACAATTGTT
128 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGT-TGTATGAA-TGAAACAATTGTT
* * * *
19687150 TTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** * * * *
19687215 GACTAGTTCGGCAA-ATACATTTTATTTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTATT
66 GA--AATTATTCAATAAACA-TTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
** * * * * * *
19687279 AGTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGTTTATATGAATAGAAATAATTGTT
126 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTGTATGAAT-GAAACAATTGTT
* *
19687331 TTATGACAAAAC-AAAGATCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATAATAGTCATAACTATT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATT
** * * *
19687394 T-AAACTGGTTCAATAATCAGATTTAGTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
65 TGAAA-TTATTCAATAA--ACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* * ** * *
19687455 AAAGTAGCATTATTCGA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
126 AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-GTTGTATGAAT-GAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
19687507 TTCTGACAAAACAAAATGTAATAATGATTCGAAATAGATAATAGTTCAAATGGGC-TGACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * **
19687571 GAACTTGTTTGGTATACATATTTATCTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
66 GAAATT-ATT-CAATAAACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
** * ** * * *
19687636 AATTAGTACGATCTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTGTC
127 AATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGTTGTATGAAT-GAAACAATTGTT
* * * * *
19687687 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** * * * * *
19687752 GAACTCGCTCAATAACTAGATTTATCTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATTTTAATA
66 GAAATTATTCAATAA--ACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* *
19687817 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTT-TATGAATAGAAACAATTGGT
127 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG--TTGTATGAAT-GAAACAATTGTT
* * *
19687868 TTATGA-TAAA-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * *
19687931 GAACATGT-TT-AGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGT
66 GAA-AT-TATTCA-ATAA-ACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAAT
*
19687994 AAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAA-AATTATT
126 -AAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-TTGTATG-A-ATGAAACAATTGTT
* * * *
19688046 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
19688111 GAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGATTAATAA-A
66 GAAATTATTCAATAAAC--ATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * * *
19688175 AAGTTACTATTATTTTA-TTCGAATAAGCATATATGAATTGATACAATT-TT
127 AA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTGTATGAA-TGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
19688225 TTATGACGAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATCGATAATTATCCAAATAGTTATTATTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * ***
19688290 GAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
66 GAAATTATTCAATAAAC--ATTTA-TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAAT
* * * * ** * *
19688355 AAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATT
126 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTGTATGAA-TGAAACAATTGTT
** * * *
19688407 TTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTTATAACTATT
1 TTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
19688472 TGAAATTATTC
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19688483 GGTAAACAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAAATTATTCAATAAACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTGTATGAATGAAACAATTGTT
Found at i:19687603 original size:537 final size:533
Alignment explanation
Indices: 19686711--19688475 Score: 1563
Period size: 537 Copynumber: 3.3 Consensus size: 533
19686701 AATAATCTCC
* * * * * *
19686711 TACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTACTCCGAAT-TGGCTTGTATG-
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTCCAAATAAGCCTT-TATGA
* *
19686773 ATGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
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* * * * * *
19686838 AT-GACCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCA
126 ATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAATC-AGATTTATTTTTTAAATCT---ACTTATTA
*
19686901 ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA-TCTTATT-TTAGATAAACTTT-TATGAAATGAAAC
186 ATTTTTGAAATATTAATAAAGT-ATATTATTC-TATTCTGA-AT-AACTTTGTATGAAA-GAAAC
* * * * * *
19686963 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGGCATAACGATTTTAATTAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
246 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
19687028 ATTATTTAAAATTATTCA-T-TAAACATTTATTTTTTTAAATTCCTTACTTATTAAATTTTTGAA
311 ACTATTTGAACTTGTTTAGTATACACATTTA-TTTTTTAAATTCCTTACTTATT-AATTTTTGAA
* *
19687091 TGTTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAGTATGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGA
374 T-TTAATAAAATACTATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAA-TTAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
19687156 CTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTG-ACTA
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* ** * *
19687220 GTTCGGCAAATACATTTTATTTTTTAGATCTCTT
502 GCTCAACAAATACA-TTTATCTTTTAAATCT-TT
* ** * *
19687254 T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTT-CGAATAAG-TTTATATGA
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* * *
19687316 ATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATAA
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* *
19687380 TAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAATCAGATTTAGTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAATCAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTT
* * * *
19687444 AAAATATTAATAAAGTAGCATTATTCGATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
192 GAAATATTAATAAAGTA-TATTATTCTATTCTGAATAACTTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
19687509 CTGACAAAACAAAATGTAATAATGATTCGAAATAGATAATAGTTCAAATGGGC-TGACTATTTGA
255 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
19687573 ACTTGTTTGGTATACATATTTATCTTTTAAATCTCC-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
320 ACTTGTTTAGTATACACATTTATTTTTTAAAT-TCCTTACTTATTAATTTTT-GAAT-TTAATAA
* * ** * * * * * *
19687637 ATTAGTACGATCTTATTTTGAATAAACT-TGTATGAATAGAAACTATTGTCTTATGACAAAACAA
382 AATACTATTATTTTATTTCGAAT-AAGTATGTATGAAT-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
19687701 AAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATA
445 AAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAACA
* *
19687766 ACTAGATTTATCTTTTAAATCTTT
510 AATACATTTATCTTTTAAATCTTT
* * * * *
19687790 TAGTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTTTATGAAT
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTCCAAATAAGCCTTTATGAAT
* * *
19687855 AGAAACAATTGGTTTATGATAAAAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
66 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
19687920 CATAACTATTTGAACAT-GTTTAGAAAAT-AGATTTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATCTTT
131 CATAACTATTTGAAC-TGGTTCA-ATAATCAGATTTATTTTTT-AA-ATCTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
19687983 GGAATATTAGTAAAATTTATATTATTTTATTC-GAAATAAGC-TTGTATGAACATAAA-AATTAT
192 GAAATATTAAT-AAA-GTATATTATTCTATTCTG-AATAA-CTTTGTATGAA-AGAAACAATTGT
* *
19688045 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATT
252 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
19688110 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAA-TCTCTTACTCATTAATTTTTGGA-TTAATA
317 TGAACTTGTTTAGTATACACATTTATTTTTTAAATTC-CTTACTTATTAATTTTTGAATTTAAT-
* * * *
19688173 AAAAGTTACTATTATTTTA-TTCGAATAAGCATATATGAATTGATACAATT-TTTTATGACGAAA
380 AAAA--TACTATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAATT-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * **
19688236 CAAAAGATCATAACGATTTGAAATCGATAATTATCCAAATAGTTATTATTATTTGAACTTGTTTG
442 CAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCA
* * * * *
19688301 ATAAACATATTTATTTTTTTAAATCATT
507 ACAAATACATTTA-TCTTTTAAATCTTT
* * * ** * * *
19688329 TACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-CTAGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTCCAAATAAGCCT-TTATGAA
* * * * * ** *
19688393 CAAAAATAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
65 TAGAAACAATTGTTTTATGAC--AAA-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
19688458 AAGTTATAACTATTTGAA
127 TAGTCATAACTATTTGAA
19688476 ATTATTCGGT
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 185, Indels: 93
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 98 0.10
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542 112 0.11
543 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTCCAAATAAGCCTTTATGAAT
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGGTTCAATAATCAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAAGTATATTATTCTATTCTGAATAACTTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TTAGTATACACATTTATTTTTTAAATTCCTTACTTATTAATTTTTGAATTTAATAAAATACTATT
ATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAATTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAACAAATACATTTAT
CTTTTAAATCTTT
Found at i:19688590 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 19688376--19688608 Score: 310
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 121
19688366 ATTTTAATCC
* *
19688376 AAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
1 AAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAA
**
19688441 ATAAATAATTGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAAATT-ATTCGGTAAACAAATTTG
66 ATAAATAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAATTGA-TCGGTAAACAAATTTG
* * * * *
19688497 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGCTTATAGCAATTTGA
1 AAATAAGCTAGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGA
* * * *
19688560 AATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGATCGGTAAA
65 AATAAATAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAATTGATCGGTAAA
19688609 TAGATTCATT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 13, Indels: 5
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
120 62 0.64
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ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (121 bp):
AAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAA
ATAAATAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAATTGATCGGTAAACAAATTTG
Found at i:19690174 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 19689891--19690416 Score: 491
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 168
19689881 TTTTTAAATC
* ** * * * *
19689891 TTTTACTTATTAAATCCTGGAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAACATGCTTGTATG
1 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTATATTATTTTATTTTAAACAAGCATGTATG
* * * * * * * *
19689956 AACAAAAACAACTGGTTTATGACAAGATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
65 AACAGAAACAATTGTTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-GATAATTGTTCAA
19690021 ATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATATTAT
129 ATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATATTAT
* *
19690061 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAATACAAGCATGTAT
1 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTTAA-ACAAGCATGTAT
* *
19690125 GAACAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAATTGTTCA
64 GAACAGAAACAATTGTTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-GATAATTGTTCA
* * * * * *
19690190 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCAT
128 AATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATATT-AT
* * *
19690232 TTTTGAAATCTCTTACTCCTTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
1 TTTT---A---CTTA----TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTAAACA
* * * * * * * *
19690297 AGCCTATATGAACTGATACAGTTGTTTTATGATG-AAACAAAAGGTCGTAACAATTTAAAATGAT
55 AGCATGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT-AAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGAT
* * * *
19690361 AATTATTCAAATAGCTATGACTATTT-AACCATGTTCAGGAAACATATTTAT
119 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CATGTTCAGAAAACATA-TTAT
19690412 TTTTA
1 TTTTA
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TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTTAAACAAGCATGTATGA
ACAGAAACAATTGTTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGATAATTGTTCAAAT
AGTTATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATATTAT
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* *
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1 TCAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTC
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1 TCAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTT
19691753 ATTTTGGATA
Statistics
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TCAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTC
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19689590 GCATGAACAA
* * * * * *
19689600 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA
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* * * * * ** * *
19689665 CATGATTATTTGAACTTGTTT-GTAAGCAGATTTA-TTTTTTGAATCGCCTACCCT-TTACTTTT
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* * * * * *
19689727 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAA-ATGTGTGTGAATAGAAACAATTGCT
129 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
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* * ** * * * ** **
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257 TGAACTCAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * ** * * * * *
19689920 AAAATAATATTATTTTATTTTGAACATGCTTGTATGAACAA
322 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * *
19689961 AAACAACTGGTTTATGACAAGATAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * * *
19690025 TTATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAAC--A--TA-----TT--ATTTTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTC
** * * * *
19690079 GGAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC--AATACAAGCATGTATGAACAGAAACAATTAT
130 AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAAT--AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * ** * * *
19690141 TTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
192 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATT
* * * * * * ** * *
19690206 TGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTGAAATCTCTTACTCCTTAATTTTTAGAGTATTAA
257 TGAACTCAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
*** * *
19690270 TAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAACT-G
321 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAA-TAG
* * ** * ** * * *
19690312 ATACAGTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCGTAACAATTTAAAAT-GATAATTATTCAAATAG-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * * * * *
19690375 CTATGACTATTT-AACCATGTTCAGGAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTG
66 C-ATAACTATTTGAA-CTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTT
* * * * * * *
19690438 TCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATTAAAAAAAAAACAATTG
128 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA-T-GAATAGAAACAATTG
* * ** * * * * *
19690503 CTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATATTTATTCAAATAGTCA-AATTAT
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTAT
* * * * * ** * *
19690567 TTAAACTTA-TTTGTTAAATAGATTTATAATTTAAATCT-TTCACTTATTAATTGTCT-GAATGA
256 TTGAACTCAGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-TTTAAAAT-A
* * * * *
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* * * * *
19690674 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGA-GATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * * *
19690738 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAACTTA-GTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
*** * * * ** *
19690801 TTGGAATATTAATAAATTAGAAGTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-TT
128 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
19690865 TTGTGACAAAATAAATGTTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTT
* * ** *
19690930 G--CTCTAGTCAGGCT-AAC-GATTCCTTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATT
258 GAACTC-AGTTA-G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * ** *
19690990 AATAAATTAGGATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TTTATCAATAG
319 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-CTTTTATGAATAG
* * * * * * *
19691034 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTGATAATGATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * * *
19691099 TATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTCA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCA
* * * * * * * *
19691160 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAAAAAAAACATTTGTTTTA
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
19691225 TGACAAAACAAAATGACATAACGATTTGAAATAGATAATTAATCATATAGCTT-TAACTATTTAA
196 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG-TTATAACTATTTGA
* * * * * * * * *
19691289 ACT-GGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAGTATTATTAG
260 ACTCAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* ***
19691353 ATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTATATGAACCT
324 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * * * * * * * *
19691391 TAATAATTTTTTTTATGACAAAATAGAAA-ATTATAACGACTTGAAATATATAATTATTCAAATA
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
* * * * * * * * *
19691455 GTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGTATAC-G---GA------T-AATCTCCTACTAATTGATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
** * * * * *
19691509 TTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TCTAAACAGGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTT
128 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * * ** *
19691572 TTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACGATTTGAAATATATAATTATTCATATGGCCATAACCATTT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTT
* * * ** * *
19691637 GAATTGA-TTCGATAAACTGATTTACGTTTTT-AATCT-TTAACTT-TTCAATTTTTGAAATATT
258 GAACTCAGTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-AATTTTTAAAATATT
* * *
19691698 AAT-AA--AGTAATATTTT-TTCTC-AAT---TTTTAAAATATTAATA-
319 AATAAATTAGTATTATTTTATTC-CGAATAAGCTTT----TATGAATAG
* ****** * * * * ** ** *
19691738 AAATAATAT-TATTT-T-ATTTTGGATAAGCT-TTTATGAAATGAAATA-ATTGTTTTATGATAA
1 AAACAAT-TGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-T--T--
* * * *
19691798 AACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAAATGATAATTGTTTA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG
59 -A-AATA-GTCATAACT-A--TT----TGA-ACTTGTTTAGAA-A---A-CA-GATTT--A-TT-
* ** * * * ** * * * * *
19691861 TTTGGTAAA-C-AGATTTATT--TTTT-TAAATCCCTTGCT-TATTA--ATT-TTCTGAATATTA
103 TTT-TTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAAT--ATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTGA
** * * * ** ** * * * * * ** * * *
19691917 ATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT-AA
164 ATAAGCTTGTATGAATAGA-AAC-AAT-TG-TTTTATG-AC-AAAACAA-AAGGTCAT-AATGAT
*** * * * * * * **
19691981 ACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAG--ATAATTGTTTTAA-T-AGTT--TTAA-TTATTTGA
221 TTGAAA--TAAATAATTATTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACTCAGTTAGTAAACAAATTT--
** * * * *
19692038 ATGGGTTTAGCAAATACAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAG
281 AT---TTT-TTAAAT-C-TCTTACTTATT-AA--T-TT--TTA--AAATATT--AATA--A--A-
* ***
19692102 TTTAGTAATATTTTGCCCCGAATAAG-TTTGTAT-AGATAG
325 -TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTT-TATGA-ATAG
* * *
19692141 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ATCAATTT-AAGATAGATAATTGTTTAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATA
* * * ** *
19692203 GTTATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAGATTTA-GCTTTTGAATC--T-CTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTT
* **
19692263 TCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
128 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
19692328 TTATGACAAAA-AAAA--TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTT
* * * * ** *
19692390 GAACTCACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTTGGAATTTTAATA
258 GAACTCAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* *
19692455 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTTTATGAATAG
323 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAG
* *
19692495 AAAAAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * * *
19692559 TCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACATAATTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATCTAT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTACTTATTAAT-TTT
** *
19692623 -GGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
129 CAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * **
19692685 TTTGTGGCAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGCCATAACTAT
192 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTT-AAATAGTTATAACTAT
* * * * * * *
19692749 TTGAACT-TGTTCAGTAAGCATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTA
256 TTGAACTCAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * *
19692813 ATAAGTTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCTTGTATGAATTG
320 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAG
* ** * * *
19692856 ATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * * * * *
19692921 TATTACTGTTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCGTTTACTTATTAATTGTC
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTC
* * * * * *
19692986 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTT
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
19693051 ATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTTATAACTATTTG
195 ATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTG
19693116 AA
259 AA
19693118 ATTATTCGGT
Statistics
Matches: 2359, Mismatches: 568, Indels: 457
0.70 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
343 5 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAA
CTCAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAG
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19693009 TTTTAATCTG
* *
19693019 AATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
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**
19693084 TAAATAATTGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAAATTATTCGGTAAACAAATTTGA
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* * * * *
19693140 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGA-AAATACAAAAGCTTATAGCAATTTGAA
1 AATAAGCTAGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAA
* * * *
19693203 ATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
65 ATAAATAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAATTATTCGGTAAA
19693251 TAGATTCATT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 13, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (121 bp):
AATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAATTATTCGGTAAACAAATTTGA
Found at i:19694333 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19693793--19696315 Score: 1273
Period size: 181 Copynumber: 14.0 Consensus size: 178
19693783 AAACAGAATT
** * *
19693793 ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCA-AATTAAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAA
* *
19693857 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAA-ATAA-ATGTTTA
65 ATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATA-AATATGTTTA
** *
19693920 CTAAACAAGTTCAAATA-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * **
19693971 ATTGTGA-CATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATAATATTATTT-GAAATA
1 ATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATA
* * * * * * *
19694033 AAATAATTCTAATTTATTAATA-TACTAAAAATTAATAA--AAGAATTAAAAAATGAATCTATTT
63 AAATAA-TATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTT
* * * *
19694095 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-TGCTAAATAATTTTCTATTTCAAAAC
126 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* ** ** *
19694148 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGAATCCGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * *
19694213 TAATATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAATTTAAAAGACAAATATGTTTTCT
66 TAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA-ATAAATATGTTTACC
*
19694278 GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATC
129 GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
** * * * * *
19694328 ATTATGATAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTACTATTTA-ACAAGCCTA-TTCGAAATAAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* *
19694391 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTA
65 ATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAA-AATAAATATGTTTA
* * * ** *
19694456 ACGAGCAAATTTTAATAGTTATGACTATTTGAATACTTA-CATATTTCAAATC
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATC
* ** * * * *
19694508 GTTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTTGAATAAAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * *
19694573 TAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTA
66 TAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAAATT-TAAAAATAAATATGTTTA
* * * * *
19694637 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTCT-AACT-GTTATCTATTTCGAATC
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAA-TAATTATCTATTTCAAATC
* ** * **
19694689 ATTATGA-TATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-GAAATAA
1 ATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAA
* * * *
19694752 AATAATACCAATTCATTACTATTTCAAAAATTAATAAGGT-----TTTAAAAATAAATATGTTTT
64 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTA
* * * * *
19694812 CTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATC
127 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * * * * * *
19694864 ATTCTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATGGTTTCAATTTATACATGCTTATTCAAAACATAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * *
19694929 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TT-AAAA-AAATCTATTTAC
66 TAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * *
19694990 CGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATA
128 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** *
19695041 ATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAA-----TC-ATT--T-C-AG--TACATAAAATAAAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* ** * * * *
19695094 TAATGTTTCTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGCTAGAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTAA
66 TAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAA-ATAAATAT-GTTTA
* * ** * * *
19695158 TCAAATTACTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
19695210 ATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTT-TCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAA
* * * * * *
19695272 AATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAGTTAATCTATTT
64 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAA-TAAATATGTTT
* * * * *
19695337 ACCGAACCAA-TTTAAATAGTTCTAACTATTTAAATAATTA--TA--TCAAATT
126 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * * ** *
19695386 ATTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCGGTATAAAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * * * *
19695451 AAATACTAATGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTG
66 TAATA-TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAATAAATATGTTTA
** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTATGACC-ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTAGAATA
* * * *
19695630 AAATAA-AGCATATTTATTAGA-ATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAATTCT
63 AAATAATA-TA-ATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATA-AA-TAT
* ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
19695749 GTTATGATCATTTGTTTGGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTT-CTAT-TCAT---AC-AA-GCTTAT-T
* * * * * * ** * ** *
19695814 TCA-TATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATCTATT-AACATTTTGAA-AATTACGAAGT
56 T-AGAATAA-------AATAATATAAT-TTATTAATAT-TTCAA-AAATT-AATAAGTAAAAATT
* ** * *
19695876 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAA-TTCAATTAGTTAT-AGCTATTTGAACAA
109 TA-AAA---A-----TAAATATGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAA
*
19695939 TTATTTATTTCAAATC
163 TTATCTATTTCAAATC
* *
19695955 ATTATGACCATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTTGGAA-AAA
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAA
* * * *
19696017 AGTAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAATAGAA-TTAAAAAGTGAATCTAT
65 A-TAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAA-TAAATATGT
** ** * * * *
19696080 TGGCCTTACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
124 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *** * *
19696135 ATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTATTTCTGTTTGCACTAGCTTATTT-GAAATAAC
1 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* * * * * * *
19696199 ATAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTT
65 ATAA-TATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATGTTT
* * * ** * *
19696263 ACTGAACGAGTAT-AAATAATTATGACTATTTGAACGATTATGTATTTAAAATC
126 ACCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
19696316 GCTATAACCT
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TAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
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19693793 ATTATGACTT
* * *
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* *
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* * * *
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*
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* *
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*
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* * ** * * *
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* * *
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*
19694311 ATTATCAATTTCAAATCATTATGATAA
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* * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAT
* *
19694402 TTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTAACGAGCAAATT
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* * * *
19694467 TTAATAGTTATGACTATTTGAATACTTA-CATATTTCAAATCGTTATGTTCTTTTGTTTTGTCAT
127 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTGTCAT
* *
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190 AAAACAATTGTTTC-AGTTAATATAA-TATTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
19694593 TCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCA
252 ACTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCA
* * * * * * ** *
19694658 TGTCCATTCTAACTGTTATCTATTTCGAATCATTATGATATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGT
316 TGTACATTCTAAATATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGA
* * * **
19694723 TTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACCAATTCATTACTATTTCAAAAATTAATA
381 ATCCATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACAAATTCATTAAAATTTCAAAAATTAATA
*
19694788 AGGTTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
446 AGGTTTTAAAAACAAATATGTTTTCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
* * **
19694853 TATTCCAAATCATTCTGATCT
511 AATTCCAAATCATTATGATAA
* * * * * *
19694874 TTTGTTTAGTCAAAAAATAATGGTTTCAATTTATACATGCTTATTCAAA-ACATAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAATA-A-AATAATACTAA
* * * *
19694938 TTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TT-AAAA-AAATCTATTTACCGAATAAG
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* * * * *
19694998 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAATTATGACCTTTTATTTTATCA
125 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
**
19695063 TAAAACAATCATTTCAGT
189 TAAAACAATTGTTTCAGT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (531 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTGTTTAACGAACAAGTTTAAA
TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCAGTTAATATAATATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATACTAAAAAT
TAATAAGAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTACATTCT
AAATATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGAATCCATTCAT
ACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACAAATTCATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGGTTTTAAA
AACAAATATGTTTTCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTCCAAAT
CATTATGATAA
Found at i:19694704 original size:181 final size:179
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Indices: 19693793--19695784 Score: 1279
Period size: 180 Copynumber: 11.2 Consensus size: 179
19693783 AAACAGAATT
* **
19693793 ATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAATTAAA
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* * *
19693857 ATAATATTAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAA--TGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTAAAAAATAAATCTGTTT
** *
19693919 ACTAAACAAGTTCAAATA-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
127 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * **
19693971 ATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATAATATTATTTGAAATAAA
1 ATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAA
* * * * *
19694035 ATAATTCTAATTTATTAATATACTAAAAATTAATAA--AAGA-ATTAAAAAATGAATCTATTTAC
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
19694097 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-TGCTAAATAATTTTCTATTTCAAAAC
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * ** ** *
19694148 ATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGAATCCGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAA
1 ATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAA
* * * * *
19694212 ATAATA-TAAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAAA-ATTTAAAAGACAAATATGTT
64 ATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTGTT
* * *
19694274 TTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATC
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* * * * * *
19694328 ATTATGATAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTACTATTTA-ACAAGCCTATTCGAAATAAAA
1 ATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAA
* *
19694392 TAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * ** *
19694456 ACGAGCAAATTTTAATAGTTATGACTATTTGAATACTTA-CATATTTCAAATC
128 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATC
* * * * *
19694508 GTTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTTGAATAAAA
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* * *
19694573 TAATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
19694638 CGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTCT-AACT-GTTATCTATTTCGAATC
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAA-TAATTATCTATTTCAAATC
** * **
19694689 ATTATGATATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAA
1 ATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAA
* * * * * * *
19694754 TAATACCAATTCATTACTATT-TCAAAAATTAATAAG-----GTTTTAAAAATAAATATGTTTTC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
19694813 TGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATC
129 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * * *
19694864 ATTCTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATGGTTTCAATTTATACATGCTTA-TTCAAAACATA
1 ATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATA-A-A
* * *
19694928 ATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATT--AAAA-AAATCTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
19694989 CCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATA
128 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
** * * ** * *
19695041 ATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATCATTTC-A---GTAC-A---TA---AAATAAAAT
1 ATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAT
** ** * * * *
19695095 AATGTTTCTTTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGCT-AGAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAAAGA-TTAAAAAATAAATCT-GTTT
* * ** * * *
19695157 ATCAAATTACTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
127 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * **
19695210 ATTAT-AAACTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTT-TCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATA
1 ATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAATA
* * * * * *
19695271 AAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAGTTAATCTAT
62 AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
19695335 TTACCGAACCAA-TTTAAATAGTTCTAACTATTTAAATAATTA--TA--TCAAATT
125 TTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * * * * * * * * *
19695386 ATTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCGGTATAAAA
1 ATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA
* * * * * * * * * *
19695451 AAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTGC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * *
19695516 TAAACTAGTTCAAATAATTAAGGCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATC
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ***
19695567 ATTATGACCT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTAGTCAAAAT
1 ATTATGA--TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTA-TTTGAAT
* * * *
19695629 AAAATAA-AGC-ATATTTATTAGA-ATT-TCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATT
61 AAAATAATA-CTA-ATTTATTA-ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * *
19695690 CTGTTTGCTTAACTACTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
121 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
19695749 GTTATGATCA-TTTGTTTGGTCGTAAAACAAATGTTT
1 ATTATGAT-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
19695785 TTGTTTTGTC
Statistics
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164 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
ATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
Found at i:19694934 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 19693793--19696250 Score: 1398
Period size: 356 Copynumber: 6.8 Consensus size: 355
19693783 AAACAGAATT
* *
19693793 ATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAATTAAA
1 ATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * **
19693857 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAA--TGTTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * *
19693920 CTAAACAAGTTCAAATA-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTT
130 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTT
* * *
19693984 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATAATATTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTT
195 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
19694048 ATTAATA-TACTAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAA
259 ATTAATATTTC-AAAAATTAAT--AAGGATTTAAAAATAAATATGTTTA-CGAACCAA-TTCAAA
* *
19694111 TAGTTATGACT-TGCTA-AATAATTTTCTATTTCAAAAC
319 TAGTTATGACTAT--TAGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** ** * * *
19694148 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGAATCCGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAA
1 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
19694213 TAATA-TAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTAAGT-AAAAATTTAAAAGACAAATATGTTTT
66 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
19694276 CTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGATAATT
130 CCGAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTT
* * * * *** *
19694340 TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTACTATTTA-ACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
194 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * **
19694404 ATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTAACGAGCAAATTTT
259 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTTAAA-AATAAATATGTTT-ACGAACCAATTCA
* *
19694469 AATAGTTATGACTATTTGAATACTTA-CATATTTCAAATC
317 AATAGTTATGACTATTAGAATAATTATC-TATTTCAAATC
* * * * ***
19694508 GTTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTTGAATAAAA
1 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
19694573 TAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTA
66 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
19694637 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTCT-AACT-GTTATCTATTTCGAATCATTATGATATT
130 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT-TGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATT
** * * *
19694700 TTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACCAATT
193 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
19694765 CATTACTATTTCAAAAATTAATAAGGTTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACCAATTCAAATAG
258 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAAAATAAATATGTTTAC-GAACCAATTCAAATAG
* * *
19694830 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATC
322 TTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
19694864 ATTCTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATGGTTTCAATTTATACATGCTTATTCAAAACATAA
1 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
19694929 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TT--AAAA-AAATCTATTTA
66 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * **
19694989 CCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAATTATGACCTTTT
130 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTT
* * * ** * ** **
19695054 ATTTTATCATAAAACAATCATTTC----AGTAC---A-TA----AAATAAAATAATGTTTCTTTA
195 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
19695107 TTAATATTTCAAAAATTGATAAGCTAGAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTAATCAAATTACTTCA
260 TTAATATTTCAAAAATTAAT-A---AG-GATTTAAAA-ATAAATAT-GTTTA-CGAACCAATTCA
* * *
19695171 AATAATTAT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
317 AATAGTTATGA-CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
19695210 ATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTT-TCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAA
1 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * * * * *
19695272 AATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAGTTAATCTATTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * **
19695337 ACCGAACCAA-TTTAAATAGTTC-TAACTATTTAAATAATTA--TA--TCAAATTATTATAACCT
129 ACCGAA-CAAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATAT
* * * * * * * * * ** * ** *
19695396 TTTGTTATCTCATAAAATAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCGGTATAAAAAAATACTAAT
192 TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * *
19695461 GTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTT
257 TTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAG-GA-TTTAAAAATAAATATGTTTAC-GAACCAATT
* * * * *
19695526 CAAATAATTAAGGCTA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATC
315 CAAATAGTTATGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
19695567 ATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTAGTCAAAATA
1 ATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATA
* * * * *
19695630 AAATAA-AGC-ATATTTATTAGA-ATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTCT
63 AAATAATA-CTA-ATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * * * *
19695692 GTTTGCTTAACTACTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
125 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* ** * *
19695757 CA-TTTGTTTGGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTT-TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
190 -ATTTTGTTTTGTAATAAAAC-AA-----TTGTTTCTAT--TAATACAAA-----------AT-T
* * * ** *
19695820 AAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATCTATTAACATTTTGAAAATTACGAAGTAAGAAATTT
234 -A-TTTG---A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAG-GATTT
* * * * * *
19695885 AAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAATTCAATTAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTATTTATTT
288 -AAAAATAAATATGTTTAC-GAACCAATTCAAATAGTTATGA-CTATTAGAATAATTATCTATTT
19695949 CAAATC
350 CAAATC
* * * **
19695955 ATTATGACCATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTTGGAAA-AA
1 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA-TTCAAAATAA
* * * * * * *
19696017 AGTAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAATAGAA-TTAAAAAGTGAATCTAT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATCTGT
** ** * * * * * **
19696080 TGGCCTTACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
127 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATAT
* * * * * * *** * ** * * *
19696145 TTTGTTTTATCACAAAATAATTATTTCTGTTTGCACTAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTATT
192 TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
*
19696210 TTATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
257 TTATTAATATT-TCAAAAAT--TAA-TAAG-GATTTAAAAA
19696251 ATGAATCTAT
Statistics
Matches: 1629, Mismatches: 343, Indels: 257
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
340 33 0.02
341 1 0.00
344 4 0.00
345 101 0.06
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347 4 0.00
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350 3 0.00
351 1 0.00
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354 18 0.01
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363 24 0.01
364 3 0.00
365 4 0.00
366 1 0.00
367 1 0.00
368 4 0.00
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370 6 0.00
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388 97 0.06
389 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
CGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTG
TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAAAATAAATATGTTTACGAACCAATTCAAATAGTTAT
GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
Found at i:19695736 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19695699--19695736 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
19695689 TCTGTTTGCT
*
19695699 TAACTACTTTAAATAATTA
1 TAACTACTTTAAACAATTA
*
19695718 TAACTA-TTTGAACAATTA
1 TAACTACTTTAAACAATTA
19695736 T
1 T
19695737 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.65
19 6 0.35
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
TAACTACTTTAAACAATTA
Found at i:19695811 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19695759--19695814 Score: 94
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
19695749 GTTATGATCA
*
19695759 TTTGTTTGGTCGTAAAACAAATGTT
1 TTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTT
*
19695784 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT
1 TTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTT
19695809 TTTGTT
1 TTTGTT
19695815 CATATAAGTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 29 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.07, G:0.16, T:0.50
Consensus pattern (25 bp):
TTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTT
Found at i:19697132 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 19696327--19697271 Score: 1326
Period size: 333 Copynumber: 2.8 Consensus size: 331
19696317 CTATAACCTT
* *
19696327 TTGTTGGATTATGGGGTCCAGCGGTCTCCTTTAGGGACTCGATATGTTGATTCATCTAGGTGAGT
1 TTGTTGGATTATGAGGTCCAGCGGTCTCCCTTAGGGACTCGATATGTT-ATTCATCTAGGTGAGT
* *
19696392 TATCCCATGGTGGATCA-AATTTCGGTGTATGGTAACCCAACCTATCGAGGCCCAATGGGTGAGG
65 TATCCCATGATGGAT-AGAATTTCGGTGTATGGCAACCCAACCTATCGAGGCCCAATGGGTGAGG
**
19696456 TATCCCATGAAGGCTTTGCGAAGCCCCTTATGTCCACCTGTCACTTAGTACGGGGCTC-GCGCTA
129 TATCCCATGAAGGCTTTGCGAAGCCCCTTATGTCCACCTGTTGCTTAGTACGGGGCTCTGCGCTA
*
19696520 CCAAAAGAGAATAAGAAAATAGAGTTGCGCCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTA
194 CCAAAAGAGAATAAGGAAATAGAGTTGCGCCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTA
* * * *
19696585 AGCGCTTGATTCTAAAAACTGGTATTAGAGCAAGGTTGCAGTTCGAGTCCCCCAAATGTCGTTGG
259 AGCGCTTGATCCTAAAAACTGGTATCAAAGCAAGGTTGCAGTTCGAGTCCCCCAAATGTCGCTGG
19696650 AGGGGAGA
324 AGGGGAGA
* *
19696658 TTATTGGATTATGAGGTCCAGCGGTCTCCCTTAGGGACTCGATATGTCGATTCATCTAGGTGAGT
1 TTGTTGGATTATGAGGTCCAGCGGTCTCCCTTAGGGACTCGATATGT-TATTCATCTAGGTGAGT
* * * *
19696723 TATCCCATGATGGATCAGAA-TTCGATGTACGGCAACCCAACTTGTCG-GAGCCCAATGGGTGAG
65 TATCCCATGATGGAT-AGAATTTCGGTGTATGGCAACCCAACCTATCGAG-GCCCAATGGGTGAG
* * * * *
19696786 GTATCCCATGAAGGCTTTACAAAGCCCCTTATGTCCACCTGTTGCTTAGCATGGGACTCTGCGCT
128 GTATCCCATGAAGGCTTTGCGAAGCCCCTTATGTCCACCTGTTGCTTAGTACGGGGCTCTGCGCT
* * * *
19696851 ACCAAAAAAAAATAAGGAAATAGAGTTGCGTCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTAGT
193 ACCAAAAGAGAATAAGGAAATAGAGTTGCGCCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGT
* *
19696916 AAGCGCTTGATCCTAAAAACTGGTATCAAAGCAAGGTTGCAGGTTCGAGTCCCTCAAGTGTCGCT
258 AAGCGCTTGATCCTAAAAACTGGTATCAAAGCAAGGTTGCA-GTTCGAGTCCCCCAAATGTCGCT
19696981 GG-GGGTGAGA
322 GGAGGG-GAGA
* *
19696991 TTGTTGGATTATGAGGTCCAGTGGTCTCCCTTAGGGACTCAGTATAT-TTATTCATCTGGGTGAG
1 TTGTTGGATTATGAGGTCCAGCGGTCTCCCTTAGGGACTC-G-ATATGTTATTCATCTAGGTGAG
* * * * * * *
19697055 GTATCCCATAATAGATTGAATTTCGGTGTATGGCAACCCAACCTATCGAGGCTCAATGGGTAAAG
64 TTATCCCATGATGGATAGAATTTCGGTGTATGGCAACCCAACCTATCGAGGCCCAATGGGTGAGG
* * * *
19697120 TATCCCATGAAGGCTTTGCGAAGCCTCTTATGTCCACCTGTTGCTTAGTACGGGGTTTTGCACTA
129 TATCCCATGAAGGCTTTGCGAAGCCCCTTATGTCCACCTGTTGCTTAGTACGGGGCTCTGCGCTA
* * * *
19697185 CCAAAAGAGAATAAAGAAATGGAGTTGTGCCTTCACTATTAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTA
194 CCAAAAGAGAATAAGGAAATAGAGTTGCGCCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTA
** * *
19697250 AGAACTTGATCTTGAAAACTGG
259 AGCGCTTGATCCTAAAAACTGG
19697272 CGACTCCACT
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 64, Indels: 18
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
331 164 0.30
332 111 0.21
333 257 0.48
334 3 0.01
335 4 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (331 bp):
TTGTTGGATTATGAGGTCCAGCGGTCTCCCTTAGGGACTCGATATGTTATTCATCTAGGTGAGTT
ATCCCATGATGGATAGAATTTCGGTGTATGGCAACCCAACCTATCGAGGCCCAATGGGTGAGGTA
TCCCATGAAGGCTTTGCGAAGCCCCTTATGTCCACCTGTTGCTTAGTACGGGGCTCTGCGCTACC
AAAAGAGAATAAGGAAATAGAGTTGCGCCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTAAG
CGCTTGATCCTAAAAACTGGTATCAAAGCAAGGTTGCAGTTCGAGTCCCCCAAATGTCGCTGGAG
GGGAGA
Found at i:19699063 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19698749--19699318 Score: 469
Period size: 177 Copynumber: 3.2 Consensus size: 177
19698739 TTACTAATTA
* * *
19698749 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAATAAT
1 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAATAAT
* * * *
19698814 TGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAGTT
66 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTTATAGCT
19698879 ATTTAAACTAGTTCGGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCCTATAT
131 ATTTAAACTAGTTCGGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCCTATAT
* * * * **
19698926 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTT-TTTCGAATAAACTTGTATGAGCTGAAATAA
1 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT-TTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAATAA
* * * *
19698990 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAACCTTA-A
65 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-A-CTTATA
* *** *
19699054 -CTGTTTAAACTAGTTTAATAAA-CAAATTCATTTT-TCAAATCT--TAGTTATT
128 GCTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAAAATT-ATTTTCT-AAATCTCCTA--TA-T
** ** * * * * * * * *
19699104 AATTTTCAAAATATTGCTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAACAAAAACAA
1 -ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAATAA
* * * * * * * * *
19699169 TT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
65 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTTATAG
* ** * * * * * *
19699233 CTATTTAAACTAATTTAG-CAACAAATTTATTTGT-TAATTGTCTTAT-T
129 CTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAAAATTATTT-TCTAAATCTCCTATAT
* *
19699280 AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 -ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
19699319 AAAAAAGCAT
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 59, Indels: 35
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 40 0.13
177 134 0.42
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179 103 0.32
180 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAATAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTTATAGCT
ATTTAAACTAGTTCGGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCCTATAT
Found at i:19699356 original size:132 final size:133
Alignment explanation
Indices: 19699205--19699454 Score: 342
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
19699195 TAACAATTTA
* * *
19699205 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTT-AGCAACAAATTTATTTGTT-
1 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGAGAAACAAATTTATTTGTTA
* * *
19699268 AATTGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCATGTAT
66 AATT-ACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAAAAAGCATGTAT
19699333 GTTG
130 GTTG
* * * * * * *
19699337 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGAGAAACAAATTTATTTGTTA
* *
19699402 AATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCAAA
66 AATTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAA
19699455 TAAACTTATA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 15, Indels: 3
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
132 39 0.39
133 58 0.57
134 4 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (133 bp):
AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGAGAAACAAATTTATTTGTTA
AATTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAAAAAGCATGTATG
TTG
Found at i:19699768 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19699338--19700236 Score: 699
Period size: 182 Copynumber: 5.0 Consensus size: 179
19699328 TGTATGTTGA
* * ** * *
19699338 AATAAATAATTGCTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTA-AA-TATTTGAACTAGTCAG-TAAAGAAATTTATTTTTTA
* * *
19699402 AA----TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTA
63 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTA
* * *
19699463 -TATGAA-CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAAAGATTTG
128 GTATGAATCAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
19699514 AAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGGCTAGGTAAA-AAAATTATTTTTT
1 -AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAAATATTTGAACTAGTC-A-GTAAAGAAATTTATTTTTT
*
19699577 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAAT-AAGT
62 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTTTTATTTTATTCCAAATAAACT
* * *
19699640 TAGTTTAAATTCAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
126 TAGTATGAA-TCAAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* **
19699696 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAACAAAGAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAAATATTTGAACTAG-TCAGTAAAGAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
19699761 TTCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTT-G
64 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTAG
* * * *
19699825 TATGAAT-AAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAT-ATTTTC
129 TATGAATCAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTG
** * * *
19699876 AAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTCTAGTAAATG-GATTTATTTTTT
1 AA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCTAAA-TATTTGAACTAGTC-AGTAAA-GAAATTTATTTTTT
** * **
19699940 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAGGATTAATAAATTAGCATTTATTTTATTCTGAATAAACT
62 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TTTTATTTTATTCCAAATAAACT
* * * * * ** * * *
19700005 T-GAATG-TTCAAATACAATTATTATATGATGAAGCAAAAAGTAATAATGATTTG
126 TAGTATGAATCAAA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * * * ** * * * * * *
19700058 AAATAGATAATCATTGATATGGCCATATTTATTTAAACTAATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTA
1 -AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAAATATTTGAACT-AGTCAGTAAAGAAATTTATTTTTTA
* * * * *
19700123 AATCACTTA-TTA--AATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCTAATAAGCTT-
63 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTA
** * * * * *
19700183 GTATGAATTGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTG
128 GTATGAATCAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
19700235 AA
1 AA
19700237 ACAAATAATT
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 115, Indels: 67
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 18 0.03
177 84 0.15
178 19 0.03
179 15 0.03
180 92 0.16
181 122 0.21
182 211 0.37
183 13 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAAATATTTGAACTAGTCAGTAAAGAAATTTATTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTAGTA
TGAATCAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
Found at i:19700053 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 19699334--19700068 Score: 826
Period size: 362 Copynumber: 2.0 Consensus size: 360
19699324 AGCATGTATG
* * * * ** * * *
19699334 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAAATATTTGAACTAGTTCAACAAAGAAATTTATTT
* * * *
19699398 TTTAA----ATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAA
65 TTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTGGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAA
* * *
19699459 CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAAAGATTTGAAATAGATAA
130 CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-TAAAGATTTCAAATAGACAA
* * *
19699524 TTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGGCTAGGTAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
194 TTGTTCAAATAGCCAAAACTATTTGAATAGGCTAGGTAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * *
19699589 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTTTAAATTCAA
259 TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAA--TACTTGAAATTCAA
* * *
19699654 AAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
322 AAAAACTTATTATATGACAAAACAAAAAGTAATAATGAT
19699693 TTG-AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAACAAAGAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAACAAAGAAATTTATTTT
* * * *
19699757 TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAAC
66 TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTGGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAAC
* * * * * * * **
19699822 TTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT-TATAATATTTTCAAGTTTACAA
131 TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTA-AAGA-TTTCAAATAGACAA
* * ** *
19699886 TTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTCTA-GTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
194 TTGTTCAAATAGCCAAAACTATTTGAA-TAGGCTAGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** *
19699950 CTTATTAATTTTTGAAGGATTAATAAATTAGCA-TTTATTTTATTCTGAATAA-ACTTGAATGTT
257 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT--CATTTTATTTTATTCCAAATAATACTTGAA-ATT
* ** *
19700013 CAAATACAA-TTATTATATGATGAAGCAAAAAGTAATAATGAT
319 CAAA-AAAACTTATTATATGACAAAACAAAAAGTAATAATGAT
19700055 TTGAAATAGATAAT
1 TTGAAATAGATAAT
19700069 CATTGATATG
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 51, Indels: 24
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 54 0.17
359 4 0.01
360 2 0.01
361 8 0.03
362 159 0.51
363 65 0.21
364 17 0.05
365 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAACAAAGAAATTTATTTT
TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTGGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAAC
TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTAAAGATTTCAAATAGACAATT
GTTCAAATAGCCAAAACTATTTGAATAGGCTAGGTAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAATACTTGAAATTCAAAAAA
ACTTATTATATGACAAAACAAAAAGTAATAATGAT
Found at i:19700372 original size:138 final size:134
Alignment explanation
Indices: 19700112--19700384 Score: 305
Period size: 138 Copynumber: 2.0 Consensus size: 134
19700102 GGTAAACAGA
* *
19700112 TTTACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCTAAT
1 TTTACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAAT
* * * * * * **
19700177 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAACAAA
66 AAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTGAAACAAA
19700242 TAAT
131 TAAT
* * * *
19700246 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATGTTTGGAATACTATTAAATTAGTATTATTTTATTT-
1 TTTACTTTTTAAATCACTTA-TTA--AAT-TTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
19700310 TGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAAAACAATAGGTTATAAAAATTTGAA
62 T-AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTGAA
*
19700375 ATAAATAAT
126 ACAAATAAT
19700384 T
1 T
19700385 ATTCAAATAG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 21, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
134 18 0.16
135 3 0.03
137 4 0.04
138 88 0.78
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (134 bp):
TTTACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAAT
AAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTGAAACAAA
TAAT
Found at i:19700974 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 19700246--19702511 Score: 1532
Period size: 361 Copynumber: 6.4 Consensus size: 355
19700236 AACAAATAAT
* * * * * * *
19700246 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AATGTTTGGAATACTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAAT-TTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
19700310 TGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTATTTTATAATAAAACAATAGGTTATAAAAATTTGA
64 TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * ** *
19700374 AAT-A-AA-----TAATTATTCA-AA-TA--GGAA-TTAGTTTAGTGGATAGATTTATTTTTTAA
128 AATAATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
19700427 ATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTCGAAAT-AGCCTT
192 ATCTCTTA-TTATTAA-TTCT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTT
* *
19700491 GTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAA
251 GTATGAATG-AAAA-AATTGTTTTATGACTAAACA-AAAAG-TCAAAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * **
19700553 CTATTTAAAT-GGCTACAATTATTTGAAC-TGATT-TGATAAATTGA
312 TTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGA
* * * *
19700597 CTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAGGTAATATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAA-TTAATATTATTTTATTCT
* * * * *** *
19700662 GAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAA
65 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
19700726 ATAATAATTGTTTAAATCTTCAAAACTGTTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
129 ATAATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* ** *
19700791 CTCTTATGTATTAATGCTCTACATGTTAATAAATTACCATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAT
194 CTCTTAT-TATTAAT--TCTA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
19700856 GAACTGAAAAAAATATTTTATGACTAAACAAAAAATCAAAATGATTTGTAATAGATAATTATTCT
255 GAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* ** * * *
19700921 AATAATTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACA
319 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA
* * *
19700958 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTG-------------T-A-A-TATTTTACTCTG
1 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAATTAATATTATTTTATTCTA
* * * *
19701006 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGAT
66 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * **
19701070 AGATACTTGTTTAAATATTTATAACTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAATAGATTT-TGTTACTAA
131 A-ATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAGATTTAT-TTTTTAA
* * ** *
19701132 AACTCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAAT-AGTTTTGTA
192 ATCTCTTATT-ATTAATTCTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTA
* * * *
19701194 TGAATAGAAATAATTATTTTATGA-TAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA-TAG
254 TGAAT-GAAAAAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTA-
* * * * * *
19701256 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGCTCGGTGAACAGA
315 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA
* * * *
19701297 TTTATTTTTTAAATCACCAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATCATTATTTTATT-
1 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTGAAATATTAAT-AATTAAT-ATTATTTTATTC
* * * *
19701360 TCAAATAA-ATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
64 T-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * ** * * *
19701424 AATAAATAATTGTTCAAATAATCATAGCTATTTGAAGTCCTTGA-TAAACGGGTTTTATTTTTTA
128 AAT-AATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTA
* * * *
19701488 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTT
191 AATCTCTTA-TTATTAA-TTCTAATA--TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * *
19701553 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
252 TATGAAT-GAAAAAATTGTTTTATGAC-TAAACAAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
* ** * *
19701618 ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAATATA
314 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA
* * * * * * *
19701659 TTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTATATT-TTTTATTCA
1 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTGAAATATTAA-TAATTAATATTATTTTATTCT
* * * * ***
19701722 AAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTAAGAAAAAACAAAA-GTCCATAATGTTTTGAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAA
* * * * * * * *
19701786 ATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAT
129 ATA-ATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
19701851 TCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAGATAAACTTATAA
193 TCTCTTA-TTATTAATTCT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
19701916 GAATTGAAATAATTGTTTTATTA-TAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
255 GAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
19701980 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTC-GGAAAGCATA
318 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGA
* * * *
19702018 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATT-TTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTC
* * * * *
19702082 CAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAA
64 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
** * ** * *
19702147 ATAAATAATTGTTCGAACAGTTC-TAAAGATTTGAACTTGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAA
129 AT-AATAATTGTTTAAATA-TTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * **
19702211 ATCTTTTAGTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGT
192 ATCTCTTA-TTATTAA-T-TC-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * * * * * * *
19702276 ATGAACAGAAAAAA-AGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTT
253 ATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
19702340 AAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCTGTAAATAGA
317 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA
** * * * *
19702379 TTCCTTTTTTAAATCTGTTAA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCT-CTAACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAA-TTAATATTATTTTATTC
* * * * * **
19702443 TGAATATGCTTATATAAACTA-AAATAATT-TTCTTATGACAAAACAAAAAGGTCA-AATGATTT
64 TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT-TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTT
19702505 GAAATAA
126 GAAATAA
19702512 ATATTTATTC
Statistics
Matches: 1511, Mismatches: 297, Indels: 205
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
338 9 0.01
339 125 0.08
340 11 0.01
342 24 0.02
343 99 0.07
344 1 0.00
345 1 0.00
346 1 0.00
350 2 0.00
351 105 0.07
352 4 0.00
353 2 0.00
354 2 0.00
356 39 0.03
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359 40 0.03
360 113 0.07
361 545 0.36
362 195 0.13
363 48 0.03
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAATTAATATTATTTTATTCTA
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTATTATTAATTCTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGA
AAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA
Found at i:19701426 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19701006--19702541 Score: 1329
Period size: 180 Copynumber: 8.5 Consensus size: 180
19700996 TTTTACTCTG
* * * *
19701006 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * **
19701070 AGATACTTGTTTAAATATTTATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGATTT-TGTTACTAAA
66 AGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA
*
19701133 AC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTA
129 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTC-A
* * * * *
19701182 AAT-AGTTTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACTATTTGAA
1 AATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAA
* * * * *
19701245 ATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGCTCGGTGAACAGATTTATTTTTTAAA
64 ATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
***
19701310 TC-ACCAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATCATTATTTTATTTCA
129 TCTTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-ATTATTTTATTTCA
* *
19701363 AATAA-ATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
* * * * * ** * * *
19701427 AAATAATTGTTCAAATAATCATAGCTATTTGAAGTCCTT-GATAAACGGGTTTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAAT
* *
19701491 CTTTTACTTATTAATTTTT-AATATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
130 CTTTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCA
* * * *
19701543 AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC--AAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* *** * * *
19701608 ATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAATATATTTATTTTTAAA
64 ATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* *
19701671 AT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTATATT-TTTTA-TTCAA
128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTATATTATTTTATTTC-A
* * * * * *
19701723 AATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTAAGAAAAAACAAAAG-TCCATAATGTTTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT-CATAACGATTTGAAA
* * * * * *
19701787 TAGATAATTA-TTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAT
65 TAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * *
19701851 TCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTA
129 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCA
* * * * * * * * * * **
19701903 GATAAACTTATAAGAATTGAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
* *
19701968 AGATAATTA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGG-AAAGCATATTTATTTTTTAAA
66 AGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
19702031 TCTTTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
129 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCA
* * * *
19702084 AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAATAAAA-AGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAA
* * * * ** * * *
19702148 TAAATAATTGTTCGAACAGTTC-TAAAGATTTGAACTTGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
65 TAGATAATAGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * **
19702212 TCTTTTAGTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGA
129 TCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCA
* ** * * * *
19702265 AATAAGCTTGTATGAACAGAAA-AAAAGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * **
19702329 AGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCTGTAAATAGATTCCTTTTTTAAATC
66 AGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * **
19702394 TGTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTG
131 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCA
* * * * * *
19702445 AATATGCTTATATAAACTA-AAATAATT-TTCTTATGACAAAACAAAAAGGTCA-AATGATTTGA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT-TTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTGA
* * * *
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19702542 TCTAGATCGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
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AGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCA
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Alignment explanation
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* * * *
19701006 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAGAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * **
19701070 AGATACTTGTTTAAATATTTATAACTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAATAGATTT-TGTTACTAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCAGA-AAATAGATTTAT-TTTTTAA
* * * *
19701132 AA---CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AGTTTT
128 AATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAG-CTT
* * *
19701191 GTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA-T
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
19701318 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATCATTATTTTATTTCAAATAAA-TTGTATTAATAGA
316 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAGATAAACTTATA-AAATTGA
* * * * *
19701382 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATC
380 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * ** *
19701447 AT-AGCTATTTGAAGTCCTTGATAAACGGGTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
444 ATGA-CTATTTGAACTCCTTGAGAAACGCATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTA
* * * *
19701511 ATATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
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* *
19701543 AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGT-TTATGACAAAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTATTATGAC-AAAAAAAAAA-GTCATAACAATTTGA
* * *
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63 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAA
*
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128 AATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
* * *
19701734 ATGAATAGAACCAATTGTTTTAAGAAAAAACAAAA-GTCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTAT
192 ATGAATAGAA-AAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
19701798 TTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTTAT
255 TAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
19701863 TAA-TTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAGATAAACTTATAAGAATTGAAATA
320 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAGATAAACTTATAA-AATTGAAATA
* * * *
19701927 ATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
384 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGA
**
19701992 CTATTTGAACTTGTTCG-GAAA-GCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTAAAA
448 CTATTTGAACTCCTT-GAGAAACGCAT-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTAAAA
19702055 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
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* *
19702084 AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * ** *
19702149 AAATAATTGTTCGAACAGTTCTAAAGATTTGAACTTGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTT-AAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAAT
* * *
19702213 CTTTTAGTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGAAATAAGCTTGT
131 -TTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTGT
* ** * * * * * *
19702276 ATGAACAGAAAAAAAGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTA
192 ATGAATAGAAAAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTA
* * * * * * *
19702341 AAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCTGTAAATAGATTCCTTTTTTAAATCTGTTAATTATTA
257 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * *
19702406 ATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTT-GAATATGCTTATATAAACTAAAATAA
322 ATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAG-ATAAACTTATA-AAATTGAAATAA
* *
19702470 TT-TTCTTATGACAAAACAAAAAGGTCAAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAAAAGTCATGA
385 TTGTT-TTATGACAAAAC-AAAAGGTCAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGA
19702534 CTATTTGA
448 CTATTTGA
19702542 TCTAGATCGA
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 120, Indels: 71
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
537 32 0.04
538 17 0.02
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540 121 0.14
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAAT
TTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
ATAGAAAAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAGATAAACTTATAAAATTGAAATAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
ACTCCTTGAGAAACGCATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAA
TTAATATTATTTTAATCCA
Found at i:19702540 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 19702501--19702617 Score: 85
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19702491 AGGTCAAATG
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** ** ** *
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1 -ATTTGAAATAAATATTTATTCAAAAAGTCATGACT
19702612 ATTTGA
1 ATTTGA
19702618 TCTAGATCGA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 14, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
34 4 0.07
35 19 0.33
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39 6 0.10
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Consensus pattern (35 bp):
ATTTGAAATAAATATTTATTCAAAAAGTCATGACT
Done.