Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27802247
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 124000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 111 of 147
Found at i:19914594 original size:539 final size:543
Alignment explanation
Indices: 19913807--19914783 Score: 1353
Period size: 539 Copynumber: 1.8 Consensus size: 543
19913797 AAATCTTTTA
*
19913807 CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGCATTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
* * *
19913872 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGGCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
66 AAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGGCATAATGACTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
19913937 TTATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATAAATTTT
131 TCATAACTATTTAAAATTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTCATAAATTTT
** * * *
19914002 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGACTAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTATTA
196 TCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTA
* * * *
19914067 TATGACTAAACAAAAGGTCAGAAAGATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCCTAACTACTTG
261 TATAACTAAACAAAAGGTCAGAAAGATTTAAAATAGATAAATATTCCAACAGTCCTAACTACTTG
* ***
19914132 AACTGGTTTGGCAAACACATTTA-TTTTTTAAA-T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
326 AACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
*
19914193 ATTAATATTATTTTTA-TCTGAATACA-CTTGTATGATAAA-AAACAATTGCTTTATGAGAATAC
391 ATTAATATTATTTTAATTC-GAATA-AGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGCTTTATGAGAATAC
19914255 AAAGATCATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCCAA
453 AAAGATCATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCCAA
19914320 AACAACTTTAGTTTCTAAATATCTTG
518 AACAACTTTAGTTTCTAAATATCTTG
* * * * * *
19914346 CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAATAGTA-TTATTTTATTTTGTATAAGTTTTTATGAATT
1 CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGCATTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * *
19914410 GAAACAATTGTTTCATTACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGAAAATTGTTCAAATAG
66 AAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGGCATAATGACTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAG
* *
19914475 TCA-AATCTATTTAAAATT-TTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAAT
131 TCATAA-CTATTTAAAATTATTT-AGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAATCTCTTACTCATAAAT
* * * *
19914538 TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTG
193 TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTA
* * * * * * *
19914603 TTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAACTGTTCCAACATTCTTAACTAT
258 TTATATAACTAAACAAAAGGTCAGAAAGATTTAAAATAGATAAATATTCCAACAGTCCTAACTAC
* *
19914668 TTGAACTAGTTCAACAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
323 TTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
*
19914733 TTAAATTATTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATT
387 TTAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATT
19914784 ATTATTATTT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 52, Indels: 17
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
537 5 0.01
538 109 0.29
539 182 0.49
540 9 0.02
542 1 0.00
543 6 0.02
544 61 0.16
545 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (543 bp):
CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGCATTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
AAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGGCATAATGACTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTAAAATTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTCATAAATTTT
TCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTA
TATAACTAAACAAAAGGTCAGAAAGATTTAAAATAGATAAATATTCCAACAGTCCTAACTACTTG
AACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
ATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGCTTTATGAGAATACAAA
GATCATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCCAAAAC
AACTTTAGTTTCTAAATATCTTG
Found at i:19915055 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19914789--19918307 Score: 2561
Period size: 181 Copynumber: 19.5 Consensus size: 181
19914779 CAATTATTAT
* * * * * **
19914789 TATTTGAACTTATTCAG-AAA-ATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTGGAAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * *
19914852 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAAATGAATTGATACAATTGTCTTATGAC
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * *
19914917 GAAATAAAAGGTCAAAACGATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATGAC
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
19914970 TATTT-AACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * * * *
19915034 TAAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAGAAAAACAATTGTTTTATGACA
66 T-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
19915099 AAA-AAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAAC
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
19915150 TATTTCAGCTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCAATTGTCT--AA-A
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAATA
* * * *
19915211 TTAATAAATTTGTATAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTATGA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGA
*
19915274 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
19915328 TATTTGAACTTGTTCAG-AAA-ATAGTTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTCATT-A-TTTTAAGAA
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA-AA
* * * * ** * * *
19915389 TGTTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCGACTAAGCTTTTGCGAATAGGAACAACTGCTTTATG
63 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
19915453 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAAC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * ** * *
19915508 TATTTGTGC-TGGTCAAGG-CAACAGATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATGAATTTTCAAAAT
1 TATTTGAACTTGTTC--GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * * *
19915571 ATTAATACATTAGCATT-TCTTTATTCCGAAAAAGAC-TGTATGGACATAAACAATTGTTTTATG
64 ATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAG-CTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
19915634 ATAAAACAAACGGACATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTTAAATAGTTATAAC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * *
19915689 TAATTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTCAAAATAA
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * * *
19915754 AAATAGAA-TAATATTATTTTATTAT-GAACAAACTTATATCAACAAAAACATTTGTTTTATGAC
66 TAATA-AATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** *
19915817 AAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTTTTAAT
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * *
19915870 TATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * * **
19915935 TAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTACTAAGAACT-GAAAAAAATTATTTTACAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATGAA-TAG-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *** * *
19915998 CAAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTTTTATAGCCTTAAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * *
19916052 TATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATGTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* ** * ** * *
19916117 TATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTTAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTGCTTTATGACA
66 TAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * ** *
19916181 TAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTTTAAG
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** *
19916233 TATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
** * * * * *
19916298 TGGTAAATTAGTTTTATTTTAATTT-GAATAGGCTTGTA-GGATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
66 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
19916361 AAAACAAAAGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAAT
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
19916414 TATTTGAAC-TGATTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATCATTTTTTGAAAT
1 TATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * *
19916477 ATTAAT-AAGTAATATTATTTTATCTC-AAGTAAGCTTTTATGCATTA-AAACAATTGTTTTATG
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTATATG-AATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
19916539 ATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAAC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
19916594 TATTTAAACTTGTTCAATAAAC-TGATTTATGTTTTTTAAT-TTCTTTCTTATTAATTTTTTAAA
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT-ATTTAT-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAA
* ** * * * * *
19916657 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATTGGCATGTCTGAGCT-GAAACAATTATTTTATG
63 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
19916721 ACTAAACCAAAA-GTCAAAACAAGTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
127 AC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * *
19916776 TATTTGAA-TTGATTCGACAAACACATTTATTTTTGAAATC---T--TTATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * *
19916835 GTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTGTATGAATACCAATTACACTAAATAATT
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTATATGAATA--GA--A-AC-----AATT
* * ** * * * * **
19916899 GGTATTATTTTACGACAAAATAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTC-AATTGAAA
119 -G-----TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TC
*
19916963 ATTAC
177 ATAAC
* * * *** * *
19916968 TATTTGAACTTGCTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTTAGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * *
19917033 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACCA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
19917098 AAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTTATAAT
131 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
19917149 TATTTGAACTCGCTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATTT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * *
19917214 TAATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATCACAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
19917279 AACAAATA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTCATAAT
131 AACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * * *
19917329 TATTTAAACGTGTTCGGAAACACAAATTTATTGTTTAAGT-TATTATTTATTAA-TGTTGAAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAA-ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * *
19917392 TTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT-TCATGAACA-AATCCAACTGCTCTTT
65 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTAT-ATGAATAGAA-ACAATTG-T-TTT
* * * *
19917453 A--ACAAAA-TAAAGAGTCATAATG-TGTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAAT
124 ATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * * ** *
19917509 TATTTAAACTTTTTTAGTAAAAAAATTCATTTTTTTTAATTCTCTTACCCATTAATTTTTGAAAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATT--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * *
19917574 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATTAACTA-AAACAATTGTTTTATTA
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
19917638 CAAAACAAAAGGTC-CAATGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * *
19917691 TATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * *
19917756 TAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GCATAAACTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
66 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * *
19917819 AAACAAAAAATCATAACAATTTG---T---T-A---TTCAAATAATCATAAC
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
19917861 GATTTGAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTT--AA
1 TATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAAA
* * * *
19917923 TATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTGTATGAATAG-AAGAATCT-TTTTAT
63 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT-TGTTTTAT
* * * * *
19917985 GATAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
126 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * **
19918041 TATTTAAACTTGTTTGGTAAAC-GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * *
19918105 TAATAACTTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCGTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTTTATAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAA--TTGTTTTATGA
* * *
19918169 CAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
19918222 TATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCT-AATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
19918286 TTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTA
19918308 ATCCAAATAT
Statistics
Matches: 2646, Mismatches: 549, Indels: 285
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 2 0.00
170 124 0.05
171 10 0.00
172 1 0.00
173 2 0.00
174 1 0.00
175 2 0.00
176 55 0.02
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186 4 0.00
187 4 0.00
191 11 0.00
192 68 0.03
193 4 0.00
195 1 0.00
197 55 0.02
198 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
Found at i:19917316 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19917302--19917335 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
19917292 AACAATTTGA
19917302 AATAG-ATAATTATTT
1 AATAGCATAATTATTT
19917317 AATAGTCATAATTATTT
1 AATAG-CATAATTATTT
19917334 AA
1 AA
19917336 ACGTGTTCGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.29
17 12 0.71
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
AATAGCATAATTATTT
Found at i:19917917 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19917672--19917996 Score: 442
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
19917662 AAATAGATAA
* * * * *
19917672 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
1 TTATTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* *
19917737 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-G-CATAAACTTGT-TGAATA
66 TTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-AT-TCGAAATAAACTTGTATGAATA
19917799 GAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTG
129 G-AACAATCT-TTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTG
* * *
19917842 TTATTCAAATAATCATAACGATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
1 TTATTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
** **
19917907 TTACTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGA
66 TTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGA
* *
19917972 AGAATCTTTTTATGATAAAACAAAA
131 ACAATCTTTTTATGACAAAACAAAA
19917997 GGTTATAGCG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 16, Indels: 8
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 3 0.02
170 123 0.91
171 8 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (170 bp):
TTATTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
TTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGA
ACAATCTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTG
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1 TACCAATTGT
*
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1 TA
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TACCAATTGT
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*
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1 AATTATTGAATTATAATCCA
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1 AATTATT
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Statistics
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AATTATTGAATTATAATCCA
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* *
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*
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AATATCAAGAACATTACATGTAATCTC
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * *** * * * *
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1 AATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * ** ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * **
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* * * ** * * * *
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1 AATAG-TCATAAATATTTAAACTT-GTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA--TCTT-TT-ACT
* * * * * * * * *
19927091 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAAA-AAACT
60 TATTAATTGTC-TA--AA-TATT---A-A-T-A-A-ATTAATATTATTTTA-ATTCAAATAAGCT
* * * * * * ** * *
19927155 TATATGAACAAAAACATTTATTTTACAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATT
112 TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
19927219 GTTCA
177 GTTCA
* * * * * * * **
19927224 AATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTCAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAAATATTA
1 AATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * ** * ** *
19927288 ATT-TTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAA
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* ** * * *
19927352 ATTATTTTATGGC---A-AAAAAA--AT---GATTTAAAATAGATAATTGTTCA
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* * * * * *** * * *
19927397 TATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGGCAGACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTAGTTATTA
1 AATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * *
19927462 ATT-TTTGGAATATTATTATATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
65 ATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAA
* * * * ** * * * *
19927526 TTATTTTATAATAGAACAAAAGATTGT-ACTAATTTGAAGTATACAAATGTTCA
129 TTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* ** * * *
19927579 AATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAATAAACACATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAA
1 AATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * * *
19927644 TT-TTTGAAAGATTAACAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTGTAT-AATAAAAAACA
66 TTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAATA
* * * ** * * * *
19927706 ATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGA
128 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * ** *** * * * * ** *
19927760 AATTGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAA
1 AATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* ** * * ** ** ** *
19927825 TT-TTTAGAATAGCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATTGAAACAAT
66 TTGTCTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT
* * ** * * * *
19927889 TGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGCAAGAGACAATTGTTCA
130 TGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * * * *
19927941 AATAGTAATAACTATTTGAATTTGCT-AGGTAAAAAAATTTATTTCTTTAAACTCTTGT-C-TAT
1 AATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCA-ATAAACATATTTATTT-TTTAAA-TCTTTTACTTAT
* * * * * *** * ** *
19928003 TAATT-TTTGAAATGTTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
63 TAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT
** ** ** ** * * *
19928067 AATTGTTTTATGTCAAAATGAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTAA
127 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* ** **
19928122 AATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTTGATAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTTATT
1 AATAGTCATAAATATTT-AAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATT
* * * * * * * * * * *
19928186 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAGATTATTTT-ATTCTGAATAAGCATGTA-AAATCTGAAAC
64 AATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAAT
* * * * * ** * * * * * *
19928249 AAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT
127 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
** * * ** * * *
19928304 AATAGTTTTAACTATTTAAA-TTGGTTTAGCAAATAAATTTCTTTTTTAAATC---T-CTTATTA
1 AATAGTCATAAATATTTAAACTT-GTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * *
19928364 ATT-TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTCTTAACT-AAACAAGCTTCTATGATCAGAAAAT
65 ATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATT-TTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAAT
** * * * * *
19928427 AATTGTTTTACGACAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGACT-GATAATTGTTCA
127 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGA-AATAAATAATTGTTCA
* * * ** *
19928481 TATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAGACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA
1 AATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * * *
19928542 TT-TTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAT
66 TTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT
* * ** * * * **
19928606 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCA
130 TGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * *** * *
19928658 AATTGTCATAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATT
1 AATAGTCATAAATATTTAAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT
* ** * *
19928721 -ATTTTAGGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTT
64 AATTGT-CTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
19928755 TTTCCATCTA
Statistics
Matches: 1740, Mismatches: 452, Indels: 159
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 90 0.05
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176 34 0.02
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178 29 0.02
179 3 0.00
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186 10 0.01
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AATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
TTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATT
GTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
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19927060 ATAGATTTAT
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1 TTATTAAATCTC
19927091 TT-TTAAATCTC
1 TTATTAAATCTC
19927102 TTATTAA
1 TTATTAA
19927109 TTTTTGAAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 8
0.74 0.00 0.26
Matches are distributed among these distances:
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10 2 0.09
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Consensus pattern (12 bp):
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Indices: 19927068--19927118 Score: 84
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19927058 AAATAGATTT
*
19927068 ATTTATTAAATCTCTTATTA
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1 ATTTTTTAAATCTCTTATTA
*
19927108 ATTTTTGAAAT
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19927119 ATTAATAGAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTTTTAAATCTCTTATTA
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Indices: 19927103--19928846 Score: 1977
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19927093 TTAAATCTCT
* * *
19927103 TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAA
* *
19927168 ACATTTATTTTACAACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT
66 ACAATTATTTTACAACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCAT
* * *
19927233 AATTATTTGAACTGGTCAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAAATATTAATTTTTGAAA
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** * *
19927298 TATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATG
196 TATTAATAAATTCATGATTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAATTATTTTATG
* * * * * *
19927363 GCAAAAAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGGCA
261 ACAAAAAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAGCA
* * * *
19927428 GACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTACT
326 AACAAATTTACTTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTACT
** * * * *
19927493 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGATTGTACTAA
389 TTAACTCAAACAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTACAACAAAACAAAAGATTGTACTAA
19927558 TTTGAAGTATACAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAATAAACACATTTATTT
454 TTTGAAGTATACAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAATAAACACATTTATTT
*
19927623 TGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAA
519 TGTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAA
* * * *
19927688 CTTGTATAATAAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA
583 CTTGTATAATAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAA
** *
19927753 TTGTTGAAATTGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAA
648 TCATTCAAATTGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAA
** *
19927818 TTATTAATTTTTA-G-AATAGCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAATTTGTATGAA-
713 TTATT-A-TTTTAGGAAATAGCAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCCATATAAACTTGTATGAAC
* * * *
19927879 TTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGCAAGAGACAATTGTTCAAAT
775 TT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAAGAGACAATTGTTCAAAT
19927944 AGTAATAACTATTTGAATTTGCTAGGTAAAAAAATTTATTTCTTTAAACTCTTGTC
839 AGTAATAACTATTTGAATTTGCTAGGTAAAAAAATTTATTTCTTTAAACTCTTGTC
* * * * * * ***
19928000 TATTAATTTTTGAAATGTTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAA
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* *** * * *
19928065 ACAATTGTTTTATGTCAAAATGAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTGTTAAAATAGTC
66 ACAATTATTTTACAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATATA-TAATTGTTAAAATAGTC
* ** * * * **
19928129 ATAACTATTTGAAATTGTTTGATAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTT
129 ATAACTATTTGAAATGGTCAGATAAACAGAATTATTTTTT-AAATCTCTTAAATATTAA-TTTTT
* *
19928194 G-AATGTTAATAAATTTA-GATTATTTTATTCTGAATAAGC-ATGTA-AAATCTGAAACAAA-TA
192 GAAATATTAATAAATTCATGATTATTTTATTCTGAATAAGCTA-GTATAAAT-TGAAA-AAATTA
* *
19928254 TTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-TAATAGTTTTAACTA
254 TTTTATGAC---A-AAAA----A-AACGATTTAAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAACTA
* * * *
19928318 TTTAAATTGGTTTAGCAAATAAATTT-CTTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAT
309 TTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTACTTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
* * * * *
19928380 TAAATTAGTATTATTCTTAACT-AAACAAGCTTCTATGATCAGAAAATAATTGTTTTACGACAAA
374 TAAATTAGTATTACT-TTAACTCAAACAAGCTTATATGAACAG-AAATAATTATTTTACAACAAA
* * * * *
19928444 AC-AAAGATCT-TAAC-GATTTG-AG-ACTGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTAAACTG
437 ACAAAAGAT-TGT-ACTAATTTGAAGTA-T-ACAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA
* ** * * * *
19928504 GTTTGATAGACATATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGT
498 ATTCAATAAACACATTTATTTTGTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAAAAATTAGT
* * * * * * *
19928566 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
563 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATAATAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAA
* * * *
19928631 TAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAATTGTCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATAGAT
628 TAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAATTGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGAT
* * ** * ** *
19928696 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTATTTTAGGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTTTTCCA
693 TCACTTTTTAAATCACTTAATTATTATTTTAGGAAATAGCAATAAATTAGTATTATTTTTTTCCA
* * * * * * * *
19928761 TCTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTAGAACGATTTTAAAT
758 TATAAACTTGTATGAACTTAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAAG
*
19928826 AGACAATTGTTCAAATGGTAA
823 AGACAATTGTTCAAATAGTAA
19928847 ACAAATTTAT
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 120, Indels: 53
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
896 5 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (894 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAA
ACAATTATTTTACAACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCAT
AACTATTTGAAATGGTCAGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAAATATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTCATGATTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAATTATTTTATG
ACAAAAAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAGCA
AACAAATTTACTTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTACTTT
AACTCAAACAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTACAACAAAACAAAAGATTGTACTAATT
TGAAGTATACAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAATAAACACATTTATTTTG
TAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTT
GTATAATAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATCA
TTCAAATTGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTA
TTATTTTAGGAAATAGCAATAAATTAGTATTATTTTTTTCCATATAAACTTGTATGAACTTAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAAGAGACAATTGTTCAAATAGTAATA
ACTATTTGAATTTGCTAGGTAAAAAAATTTATTTCTTTAAACTCTTGTC
Found at i:19928769 original size:181 final size:179
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19927078 TCTCTTATTA
* * * *
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* * * * ** * * *
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65 AAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGA
* * * ** *
19927214 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTCAGGTAAACAGAATT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTT
* * * *
19927264 ATTTTTTAAATCTCTTAAATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTTTGA
1 ATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-TTTCGA
* ** *
19927329 ATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGGC-AAA-AAAA----AT---GATTTAAAAT
63 ATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAAT
* * * * * * * *
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127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TTTGGTAAACAGATTT
* * * * * *
19927437 ATTTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTACTTTATTTCAA
1 A-TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTTTTCGA
* * * * * * * * * * * *
19927502 ATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGATTGT-ACTAATTTGAAGT
63 ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-GATTTAAAAT
* * * * *** *
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127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTT
* * * * *
19927619 ATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAA
* * * * * * * *
19927684 TAAACTTGTATAATAAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
64 TAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAG
* * * * * * * *
19927749 ATAATTGTTGAAATTGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTC
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTT
* * ** *
19927800 ACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTT-AGAATAGCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 ATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGA
** ** * * * * ** *
19927864 ATAAATTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGCAAG
63 ATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAAT
* * ** * * * *
19927928 AGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTG-CTAGGTAAAAAAATTT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGATTTGGTAAACAGATTT
* * * * * *
19927981 ATTTCTTTAAA-CTCTTGTCTATTAATTTTTGAAATGTTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGG
1 ATTT-TTTAAATCTCTTAT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGA
* ** * * ** * * *
19928045 ATAAGCTTTTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAATGAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
63 ATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAAT
* * * *
19928109 A-ATTAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGATAAACGGATTT
127 AGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGATTTGGTAAACAGATTT
* * *
19928162 ATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCT
1 ATTTTTT-AAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTTTC-
* ** ** * * * * *
19928225 GAATAAGCATGTAAAATCTGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACGATTTGAAA
61 GAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAA
* * ** * * * * * *
19928290 TAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAATTGGTTTAGCAAATAAATTT
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTT
* * * * ** * *
19928344 CTTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTCTTAACTAAAC
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-GAAT
* * * * * * *
19928406 AAGCTTCTATGATCAGAAAATAATTGTTTTACGACAAAAC-AAAGATCT-TAACGATTTGAGACT
65 AAGCTTGTATGATCA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACGATTT-AAAAT
* * * * *
19928469 -GATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAGACATATTT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTT
*
19928521 ATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAAT
*
19928583 AAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGA
65 AAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGA
** * * * * *
19928648 TAATCATTCAAATTGTCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATAGATTT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTT
* * * *
19928698 ATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTTAGGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTTTTCCAT
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGA-
* * * ** * * *
19928762 CTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTAGAACGATTTTAAATA
63 ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATA
*
19928827 GACAATTGTTCAAAT
128 GATAATTGTTCAAAT
19928842 GGTAAACAAA
Statistics
Matches: 1235, Mismatches: 288, Indels: 105
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.00
173 84 0.07
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175 4 0.00
176 51 0.04
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179 1 0.00
180 52 0.04
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATA
AGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAGATTT
Found at i:19929401 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19929231--19929559 Score: 412
Period size: 182 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
19929221 TTTTTTGGTT
* * * * * *
19929231 ATTAA-GTTTTAGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTAAATAAA-ATAGTATGAACAGA
1 ATTAATGTTTTA-AATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACATA-TATGAACAAA
* * *
19929294 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-T
64 AACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
19929358 TCAAAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAACCTTTTACTA
128 T-AAAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAACCTTTTACTA
* * * * * *
19929413 ATTAATTTTTTAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATCTTAGCAAAAA
1 ATTAATGTTTTAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACATATATGAACAAAAA
* * * *
19929478 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
66 CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAA
* *
19929543 AATTATTTGAACTAGTT
131 AACTATTTGAAATAGTT
19929560 CGATAAATAG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 21, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 49 0.40
182 67 0.54
183 7 0.06
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATTAATGTTTTAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACATATATGAACAAAAA
CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAA
AACTATTTGAAATAGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAACCTTTTACTA
Found at i:19930495 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 8.4 Consensus size: 180
19929748 TAAAATAAAT
* * * * * *
19929758 AAATATTCATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAACTGAAACAATAGTTATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTA
* * ** *
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* * * * * *
19929887 ATT-GGTTCAGCAAATATATTTATTTTTT-AA-A-TCT-CCTATTAATTTTTG
129 ATTAGTTTGA-AAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * *
19929935 GAATATTGTTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGTTTGGATGATTAGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTT
* * ** * * * * *
19929999 ATGAAAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATCATAATTATTTGA
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* * ** * * *
19930063 ACTGGTTCAAAAAATGGTTTTAGTTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTG
129 ATTAGTTTGAAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
** * *
19930115 AAATATTAATAAAGCA-TATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
19930178 ATGATAAAA-AAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGTTAGAACAATTATTCAAAAAGTCA-AATCT
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAA-A--TAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAA-CT
* * * ** * * * * *
19930241 TTTTAAACTT-TTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCAGTAATTTTTTG
123 ATTTGAA-TTAGTTTGAAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATATTTTACTTATTAA-TTTTTG
* * *
19930301 -AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
19930365 TGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
19930429 TTAGTTTGAAAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
130 TTAGTTTGAAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
19930480 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAAAGGAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GAATGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
19930545 TGACAAAA-TAAAGATCATAACATTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
19930608 TT-GTTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATA---T-CTTATTAATTTTTA
130 TTAGTTTGA-AAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * *
19930655 AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAATCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
19930720 TGATACAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGCTT-AAATGGACATGATTATTTG
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA--TTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *** *
19930783 AACTTA-TTT-AATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCGACTCATTAATTTTT-
128 AA-TTAGTTTGAA-AAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
** * * ** * *
19930835 AGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTAAGAATAGAAACAATTGTCTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTT
* * * *
19930900 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * * *
19930965 ACTCA-CTCGGTAAATAGATTTATTTTATAAAT-CTTTATTTATTAATTTTT-
129 A-TTAGTTTGAAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * ** * *
19931015 AGAAT-TCTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTT
1 A-AATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTT
*
19931079 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
19931143 AAATATGTTT-AGAAA-ACATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
128 AATTA-GTTTGAAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
19931194 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAT-AGAACAATTTGTTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGA-AACAA-TTGTTT
19931257 TATGACAAAACAAAAGG
63 TATGACAAAACAAAAGG
19931274 ATAATTGTTC
Statistics
Matches: 1063, Mismatches: 221, Indels: 109
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 71 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
TAGTTTGAAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:19931278 original size:159 final size:160
Alignment explanation
Indices: 19931115--19931433 Score: 406
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
19931105 TTTGAAATAA
* *
19931115 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-ATATGT-TTAGAAAACATT-TATTTTTAAAATT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAT-TCGTA-AAAACATTCAATTTTT--AATT
*
19931176 -T-TTACTT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTG
62 CTCTTA-TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTA
19931236 CATGAATAGA-ACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
124 CATGAATAGAGACAA-TTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGG
* * *
19931274 ATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACATATTCGGTAAAAATATTCAATTTTTAATTCTC
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTC-GTAAAAACATTCAATTTTTAATTCTC
*
19931339 TTATTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
65 TTATTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAA
*
19931404 TGGAGACAATTGTTTTATACAAAACAAAAG
130 TAGAGACAATTGTTTTATACAAAACAAAAG
19931434 TTCACAATGA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 8, Indels: 20
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 26 0.18
160 7 0.05
161 29 0.21
162 72 0.51
163 7 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (160 bp):
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGTAAAAACATTCAATTTTTAATTCTCT
TATTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAAT
AGAGACAATTGTTTTATACAAAACAAAAGG
Found at i:19931576 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19931357--19931794 Score: 531
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 181
19931347 TAATTTTTGG
* * * * *
19931357 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAGACAATTGTTTTAT
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** * * * * **
19931422 -ACAAAAC-AAAAGTTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
66 GACAAAACAAAAAG-TCACAACAAATTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA
* * * *
19931485 ATTGTTTAGCAAACATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTAGA
130 ATTATTCAGCAAACATA-TTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTAGA
* *
19931538 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
19931603 GACAAAACAAAAAGTCATAACAAATTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAAGTCACAACAAATTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAA
* * ***
19931668 TTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT
131 TTATTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTAGA
* * * * **
19931719 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
*
19931783 GACGAAACAAAA
66 GACAAAACAAAA
19931795 GGTTATAGCA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 35, Indels: 5
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
180 23 0.10
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCACAACAAATTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAA
TTATTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTAGA
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Alignment explanation
Indices: 19929855--19939751 Score: 2088
Period size: 719 Copynumber: 13.8 Consensus size: 705
19929845 GATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
19929855 AGATAATTATTCTAATAGTCTAAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAATATATTTATTTTTTAAATC
1 AGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTGAAATGATTCAGAAAACAGATTCAATTTTTAAATA
* ** * *
19929920 TCCTATTAATTTTTGGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGTTTGGATGATT
65 TCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGCATGAAT
* * *
19929984 AGAAACAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATA
130 AGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
19930048 ATCATAATTATTTGAACTGGTTCAAAAAATGGTTTTAGTTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTT
195 GTCATGATTATTTGAACTTGTTTAAAAAAT-ATTTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* ** * * *
19930112 TTGAAATATTAATAAA-GCATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTT
258 TAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
19930176 TTATGA-TAAA-AAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGTTAGAACAATTATTCAAAAAGTCA-AA
323 TTATGACAAAACAAAAAGATCATAA-CAATTTAAA-A--TA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
19930238 TCTTTTTAAACTTTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCAGTAATTTTTTGAA
383 -CTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * **
19930303 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA
444 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
19930368 CTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCTAACTATTTGAATTAG
509 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTAACTATTTAAATTAG
* *
19930433 TTTGAAAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
574 TTTGAAAAACACATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
19930498 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAAAGGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCAT
639 ATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATGGAAAGGAACAATTGTTTTATGAC---A-AAAGATCA-
19930563 AACATTTTGAG
699 AACA---T-AG
* * * *
19930574 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAATTGTTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAAT
1 --AGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAAATGATTCAGAAAACAGATTCAATTTTTAAAT
** * *
19930639 ATCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAATTTTGCATGAA
64 ATCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGCATGAA
* * * * *
19930703 TAGAAATAATTATTTTATGATACAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGCTT-AA
129 TAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA--TTCAA
* * * * *** *
19930766 ATGGACATGATTATTTGAACTTATTTAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCGACTCATTAAT
192 ATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTAAAAAATAT-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-
* ** * *
19930831 TTTTAG-AATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTAAGAATAGAAACAATT
255 TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATT
*
19930895 GTCTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
320 GTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
19930959 ATTTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTATAAATCTTTATTTATTAATTTTTAGAAT-TCT
385 ATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT-GAATAT-T
* * *
19931023 AATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAA
448 AATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
19931088 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TATGTT
513 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTAAATTA-GTT
* *
19931152 T-AGAAA-ACATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TA
576 TGAAAAACACATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTA
*
19931213 TTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT-GAATA-GAACAATTTGTTTTATGAC-AAA-A-C-AA-A
640 TTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATGGAA-AGGAACAA-TTGTTTTATGACAAAAGATCAAACA
19931271 -AG
703 TAG
* * * *
19931273 -GATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACAT-ATTCGGTAAAA-ATATTCAATTTTTAAT
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAA-ATGATTCAG-AAAACAGATTCAATTTTTAAA
* * * **
19931335 TCTCTTATTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTAT
63 TATC---TT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGC
* * * * * *
19931399 ATGAATGGAGACAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGTTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATT
124 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * *
19931463 CAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTTAGCAAACATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
189 CAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTA--AAAAATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
19931528 T-ATTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAT
252 TAATTT-TAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAAC
*
19931592 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAAATTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
316 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * *
19931656 AAAGATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT-A
381 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATT-T-TTGA
* **
19931720 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATCATTTTAT
443 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
* * * * *
19931783 GACGAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAT--A-GATTATT----TA----AAC--------TT
507 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTAACTATTTAAATT
* * * * * **
19931829 -GTTT-AATAAATAGATTCATTTTTAAAATTTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATACGTT
572 AGTTTGAA-AAACACATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * ** * * * *
19931892 AGTATTATTTTATTTAGAATAATTTTAG-AT-TAACTGAAATAATT-TTTTAATGATAAAACAAA
636 AGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTT-GCATGGAA-AGGAACAATTGTTTT-ATG-----ACAAA
*
19931954 ATG-TCATAACAATTTGAAAT
693 A-GATCA-AAC-A--T---AG
* * * ** ** * ** * *
19931974 AGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCT-AGTTTGGTAAACATCTT-TATTTCTAAAA
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGA-TTCAGAAAACAGATTCAATTT-TTAAA
* * * * * * * * *
19932037 TTTTTTACATATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-AACCAAATAAGCTTGT
63 ---TAT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGC
* * * * * * * *
19932101 ATGAACATAAACTATTGTTTTAT-AACATAACAAAA-AGTTATAA-CAGTTTGAAATAAATAATT
124 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGAA-AAAACAAAAGA-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT
** * * * * *
19932163 GCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTT-AATAATAGGATTTAATTTTTAAATC---T-C
186 ATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTT-GTTTAAAAAATA--TTTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * ** * **** **** * * * *
19932222 ATATTAATTTT-GAAATATTTATAGATTACGA-CAAACAAAAAGACATAACAAT-T-TGAA-ATA
248 TTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAATAGA
* * * ** * *** *** * * * * *
19932282 AATAATTATTTATATAGCCTTAACTATTTGA--AT--TGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAA
313 AACAATTGTTT-TAT-GACAAAACAAAAAGATCATAACAATT-TA-AAATAAA-TAATTGTTCAA
* ** ** * *
19932343 AT-CTCATAGTTA-TT-AA-TT-TTC-----AT-GATATTATTAGATT-AGT-ATTA-TT-TTAA
373 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGAT-TTATT-TTTTAAATCTTTACTTATTAA
* * * ** * * * *
19932393 --TTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG-AC
436 TTTTTGAAT-A--TT-AAT-AA-ATTAAT-ATTATTTTAT-TC-TGA-ATAAGCTTGT-ATGAAC
** ** * * ** * *** * **
19932455 TTGAAATATATAATTGT-T--C---A-AATA-GTCATAATTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAA
490 -AAAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT-AATTATTCAA
* * *
19932511 ATAATCT-CCTACTTATTAATT--TTTG----A-A-A--TA---TTAATAA-A--TTA-TTATT-
552 ATAGTCTAACTA-TT-TAAATTAGTTTGAAAAACACATTTATTTTTAA-AATATTTTACTTATTA
* * * * * * * * ** *
19932557 A--TTT----TATT-CTAAATT-GTCTT-GTATGATGAAAAACAATGGTTTTATGGAAA-CAA-A
614 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-CAAAATAA-GCTTGCATGGAAAGGAACA
* * * **
19932611 A--G-TTCAT-A-ACAA-TTTGAA-AT--
677 ATTGTTTTATGACAAAAGATCAAACATAG
** * ** * * ** * *
19932631 AGATAATTACTCAAATAGCCATAACTACATGAACTAATTC-GATAAACTTATTTATTTTTTAAAT
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGATTCAGA-AAACAGATTCAATTTTTAAA-
* * * * * * * * ** * *
19932695 CTCCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT-TTTGGATAAACTTT-T
63 -T--ATCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAAT-AAGTTTGC
** * * * * ** * * *
19932758 ATGAAATA-AAATGATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAGATAGATAATTGT
124 ATG-AATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
19932822 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACATATTCGGT-AAACAGATTTAATTTTTTAAAT-TCTTTACT
188 TCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTT---TAAAAAATATTTTATTTTTTAAATCT-TTTACT
*** * * * *
19932885 TATTAATTTTTTTAATGTTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAGAATGTATGAACTA-A
249 TATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAA-TAGA
* * * * * * * ** * *
19932949 AACAATTATTTTATGA-ATAAA-TAAAAGGTTAAAATGATTTTAAAATGGATAATTGTTCTAACA
313 AACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGATCATAA-CAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19933012 GTCTTAACTGTTTG-AC-TAGTTCAGCAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
376 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
* * ** ** * * * * * * *
19933075 TTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTATATGAATAAAAACAATTGTT
439 TT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTT
* * * * *
19933140 TTATGACAAAGC-AAAGATCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
503 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTT
* * ** * * * **
19933204 GAACTAG-TCCAATAAACAGATTTAGTTTTT--GA-A-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAA
567 AAATTAGTTTGAA-AAACACATTTA-TTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *** ** * * * *
19933263 TGAAA-TAATATCATTTTATTCTAAATATTTTTTTAT-GAATAGAAATAATTATTTTACGACAAA
630 T-AAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATGGAA-AGGAACAATTGTTTTATGAC--A
* * *
19933326 ACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
691 A-AAGA--TCA-AA-CA--T---AG
* * * * * * * * * *
19933351 AGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGATTCAGAAAACAGATTCAATTTTTAAA--
* * * * * ** *
19933416 TTCAACTTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATCTTATTTC-AAATAAACTTGTAT
63 -T-ATCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGCAT
* * * ** * *
19933480 GAATAGAAACTATTGTTTTCTGGCAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTA
126 GAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * ** ** * * *
19933545 AATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTA
191 AATAGTCATGATTATTTGAACT-TGTTTA-AAAAATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * *
19933609 ATTTTTAG-AATTTTTATAACTTAGTCTTATTTTA-TTCTAAATAACCATT-TATG-ATAAGAAA
254 A-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAA-GATTGTATGAAT-AGAAA
* * *
19933670 CAATTGGTTTAT-A-ATAAA-AAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
315 CAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * *
19933732 ATAACCATTTGAACATGTTTAG-AGAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATCTTTGA
379 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-
* * * *
19933796 AATATTAGTAAATTTATATTATTTTATT-TGGAATAAGATACATTTTCTAAATCCATTACTTATT
442 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAG---C---TTGT--AT-GA--AC-----
* * * * * * * *
19933860 AATTTTAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAAACTATATGAATAAAAACAATTGTTTTAAGAT
490 AA----AAA-TA--ATTGTTTTA---TG-ACAAAAC-AAAAG-GTCATAACAA---TTTGAA-AT
* * * * ** * * * ** * **
19933925 AAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTTTTAACTAATTCAATGG
538 -AAA-TAAT--T-AT-TCAAATAG-TCTAACT-A-T-TT-AAATTAGTTTGAA-AAACACATTTA
*** * * * * * * * *
19933989 TTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAGATATTAATGAATTAAT
591 TTTTTAAAATA-TTTTACTTATT-AAT-T-TT--TGA--AATATT-AATAAATT-A-GTATT-AT
* * * * * ** ** * * * * * *
19934054 ATTATTTTATTTTGAACAAATTTATAT-GACAA-AAATATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTA
644 TTTA-ATCA----AAATAAGCTTGCATGGA-AAGGAACAATTGTTTTATG-----ACAAAAGATC
*
19934117 ATAACAATTTAAAAT
698 A-AAC-A--T---AG
* * * * * * ** ** * *
19934132 AGATAATTGTTCAACTATTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGCTAACAAACTT-ATTTTTTAAAT
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGATTCAGAAAACAGA-TTCAATTTTTAAAT
* ** * * * * * *
19934196 CTCTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTTAT-TTTGAATAAG-TTACTAAG
64 ATCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGC-ATG
* * * * * * * *
19934258 AGTTGAAAAAATTGTTTTA-CAATAAAATAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTTTTC
127 AATAGAAACAATTATTTTATGAA-AAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * * *
19934321 ATATAGCCTTCACTATTTTAAGTGGTTTAGCAAACAA-A-TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
190 AAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTA--AAA-AATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
19934384 TAATTGTTA-AAATATTATTAGATTAGCT-TTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGCATGAATATAA
252 TAATT-TTAGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTC-AAATAAGATTGTATGAATAGAA
* ** * * * * * *
19934446 ATAATTGTTTT-TCGGTAGAACAAAATG-TTATAACAATTTTAAATATATAAATT-TT-AAATAA
314 ACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAAT-AATTGTTCAAATAG
* * * * * *
19934507 TTATAATTATTTGAA-TTGTTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT
377 TCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT
* * * * * * ** *
19934571 TGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTGTTAC-GAATAAACTTGGATGAGCTGAAATAATTATT
440 TG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTT
* * ** * * * * *
19934635 TTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTATATAGTCTTAATTGTTT
503 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTT
* * * * * * * * ** *
19934700 GAACTT-GTTCGACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTAAGAATTTTT-AGAATATTAT
567 -AAATTAGTTTGAAAAACACATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * * ** *
19934763 TAATTTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA-ATT-CATATGAACATAAATAATTGTTTTATGATAG
630 TAAATTAGTATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGCAT-GGAA-AGGAACAATTG-TTT-T-AT-G
* *
19934825 AACAAAATG-TTATAACAATTTGAAAT
688 -ACAAAA-GATCA-AAC-A--T---AG
* * * * * * * *
19934851 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGTTAAACAAATTTATTTTTTGAAT
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGATTCAG-AAAACAGATTCAATTTTTAAAT
* * * * * * ** * *
19934915 CTCATACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATG-T
64 ATCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGCATGAA
* * *
19934978 TCAAAAATAA-TAGTTTTATGACAAAATGAAAGGTACTAACAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
129 T-AGAAACAATTA-TTTTATG----AA--AAA---AC-AA-AA---GA--TC--ATAA---TG-A
* * * * * *
19935042 TGTTGAAAAACA-AATTTTATGACAAAATGAAATGTAAT-ATCAATTTGAAATAGATAATCGTTT
170 T-TTGAAATAGATAA--TTAT-TC-AAAT---A-GTCATGAT-TATTTG--A-A-CT--T-GTTT
* * ** * * * ** * * ** * * *
19935105 AAATGACCATA-ATTATTTGAACTGATTCAATAAACTAATTTATTTTTTTAATCTATTACT-TAT
218 AAA--A-AATATTTTATTT--TTTAAATC-TTTTACTTA-TTAATTTTAGAA-ATATTAATAAAT
* *** *
19935168 TAATTTTCAAAGTATTAAT-AAAGTAGATTATTTTATTGTGGATAAACTTTTGTGAATAGAAACA
275 TAATATT-ATTTTATT--TCAAA-TA-A-GA------T-T-G-T--A------TGAATAGAAACA
* * * * * *
19935232 ATTCTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTCGTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
317 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** **
19935296 ACTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGATTT-TTTTTCGAATC--T-CTTATTAATTTTTTGAA-A
382 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTTGAATA
* * * ** *** * *
19935356 GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTT-TCAAATAAGCTTGTACAAATTGAAACAATTATTTTATGA
446 -TTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
19935420 CTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAATCTTAATTATTTGAACT-
509 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTAAATTA
* * * * * *
19935484 GATTTG-CAAACACATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATGAAATT
573 G-TTTGAAAAACACATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATT
* * * * *
19935547 AGTATTATTTTTATCCAAATCAGCTTGTA-AGATCAA--AACTAATTGTTTTATGACAAAACAAA
636 AGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATGGA--AAGGAAC-AATTGTTTTATGAC---A-AAA
* *
19935609 TATCATAATAATTTGAG
694 GATCA-AA-CA--T-AG
* ** * * * * * *
19935626 ATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAACTTATTAGAATTGCTT-TGAAAA-AGCAACTTTAGTTTT
1 A--GATAATTGTTCAAATAG-TCAAAC-TATTTGAAATGATTCAGAAAACAG--A-TTCAATTTT
* * * *
19935689 TAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTACT-T-TGAAA-AA
59 TAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TATCT-AAATAA
** * * * * * * * * *
19935751 GTTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAATAATTTTAAATAGATA
118 GTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *
19935816 ATTATTCAAATAGTCAT-ATATATTTGAAATTATTCAATAAACA-AATTTATTTTTTTAAATCTC
183 ATTATTCAAATAGTCATGAT-TATTTGAACTTGTTTAA-AAA-ATATTTTA-TTTTTTAAATCTT
* * * * *
19935879 TTACTTATTAATTTTTA-AAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGA
244 TTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGA
* * * * *
19935943 A-AGAAACAGTT-TTTATATGAC-AAA-ATAAAGATCATTACAATTTAAGATAGATAATTGTTCA
308 ATAGAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCA
* * * *
19936004 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAA
372 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA
** ** * * ** * * *
19936065 TTTTCAAAATATTAATAAAGCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATT
436 TTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATT
* * ** * * * *
19936130 GTATTACGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGACATGACTA
500 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-TAACTA
* ** * * * * * * * ***
19936194 GTTAAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTGACCTATTAATTTACAAAATATT
564 TTTAAA-TTAGTTTGAAAAACACATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * * *
19936258 AATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-GATTAACCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTAATGACA
628 AATAAATTAGTATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGCATGGAA-AGGAACAATTGTTTTATGAC-
* *
19936321 AAATAAAATATCATAACTATTTG
690 ----AAAAGATCA-AAC-A-TAG
* ** * * * * * *
19936344 AAATAAAAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTAATCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AGAT---AA-TTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGATTCAGAAAACAGATTCAATTTTTA
* * * * *
19936409 AATTTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTT
61 AA---TAT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTT
* * * * * * * *
19936473 GTATGGATAGAAATAATTAGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAAAAGATAAC
122 GCATGAATAGAAACAATTA-TTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
19936537 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TGTATTCGAAAAACA-AATTTATTTTTTAAA-ATTTT
185 TATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGT-TT--AAAAA-ATATTTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** * * *
19936598 ACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAATTTA-ATTATTTTATTTGGATTAAGTTTGTATAAAT
246 ACTTATT-AATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAAT
* * * *
19936661 GGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
310 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
19936725 AGTCAATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
375 AGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAAT
* * * ** *
19936790 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATT-TCGAATAAGCCTATATGAACTGATATAAT
437 TTTT-GAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAAT
** * * *
19936853 TGTTTTATGACAAAACAATAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTGACT
499 TGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTAACT
* * ** * *
19936917 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATTA
563 ATTT-AAATTAGTTTGAAAAACACATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TA
* * * * * * * *
19936979 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTAT-G-AAGAAAACAATTGTGTCACGGC
626 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATGGAAAG-GAACAATTGTTTTA-TG-
*
19937042 AAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAAT
688 ---ACAAAAGA-TCA-AAC-A--T---AG
* * * * * * *
19937070 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGATAAACAGATTTATTTTTTTAAT
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGATTCAGA-AAACAGATTCAATTTTTAAAT
* * * * *
19937134 CTTCTACATATTAGTTGTCT-GAATATTAATAAATTTGTATAATTTTAT-T-TGAAATAAGTTTG
64 -ATCT---TATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCT-AAATAAGTTTG
* * * * * * *** * * *
19937196 TATGAATTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAGATAGAAAATCA
123 CATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *** * * *
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187 TTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTAAAAAATA-TTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
19937325 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAAATAGA-ATTATGTTATTTCAAATAAGATAGTACGAACAAAA
251 TTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAATAGAA
* * * * * * ** ** * *
19937388 AAAATTATTTTGTGATAAATC-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATGGATAATTATTCAAACAGTC
314 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
19937452 ATAGCTATTT--AC--AAT-GGTCTAATAGATTCACTTTTTAAATTCGTTACTTATTAATTTTTA
379 ATAACTATTTGAACTTATTCGGT-AAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTT-
* * * * *
19937512 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTT-TT-TTAATAAGAC-TGTATGAACAGAAACAATTGTTT
441 GAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
* ** * * *
19937574 TATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCTATAACTAATTA
504 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCTAACTATTTA
* * * * * * * *
19937639 AATTGGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTCTTAA-TTTTCATAATATTAAT
568 AATTAGTTTGA-AAAACACATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* * * * * ** ** * *
19937702 AAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATAT-GAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAAC
631 AAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATGGAA-AGGAACAATTGTTTTATG-----AC
* *
19937766 AAAAGATCATAATGATTTGAAAA
690 AAAAGATCA-AA-CA--T---AG
* * * * * * *
19937789 AGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGCAAACAAAATT-ATTTTTTAAA
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGATTCA-GAAAAC-AGATTCAATTTTTAAA
* * * * * * * * *
19937852 TCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAAGAAATTTGTTTTGTTTTAT-TCCAAATAA-ATTGC
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* * * * * * * * * *
19937915 TAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAACTA
124 -ATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * *
19937979 TTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAA-A-TTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
187 TTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTA--AAA-AATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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377 TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** * *
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** * ** * * * * * * *
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** * * *** * * * * * *
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** * * * ** * * ** * *
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* *
19938485 AGGTCATAACAATTTTAAAT
693 AGATCA-AAC-A---T--AG
* * * * * *
19938505 AGACAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAATTATTC-GATAAATAGATT---TTTTTAATT
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGATTCAGA-AAACAGATTCAATTTTTAA-A
* * * * * * ** *
19938566 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTC-GAATAAGCATGTAT
63 T-AT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGCAT
* * * ** * * *
19938630 GAACT-TAAACAATTATTTT-TTAACTAAACAAATTATCAGAGTGATTT-AGAATAGATAATTGT
126 GAA-TAGAAACAATTATTTTATGAA-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGA-AATAGATAATTAT
* * * * * *
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188 TCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTT-AAAAA-ATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * ** *
19938751 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTTTTTTA-TTCTGAACAATTTTGTACGAATAGAAA
251 TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGATTGTATGAATAGAAA
* ** * ** * * ** * *
19938815 CAATTATTTTACAACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATGGACA
315 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
19938879 TGAGTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGA
380 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GA
* * * ** * * * *
19938944 ATAATAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
443 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
* ** * * * *
19939009 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTTAAATATTCATAACTA-TTAGAAC
508 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTA-AA-
* ** * *
19939073 TT-GCTTGGTAAACAGATTTATTATTT-AAATATTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAA
570 TTAGTTTGAAAAACACATTTATT-TTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
19939136 TTAGCATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGGTTTATGGCAAAATAA
634 TTAGTATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGCATGGAA-AGGAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AG
*
19939199 ATTGCCATAACGATTTCAA
695 A-T--CA-AAC-A--T-AG
* * * * *
19939218 ATTGATAATTGTTTAAATAGTCTAACTATTTGAATATG-TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA
1 A--GATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAA-ATGATTCAGAAAACAGATTCAATTTTTAAA
* * * * *
19939282 TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTAT-TCAAAATAAGGTTGC
63 --TAT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGC
* * ** * * *
19939345 ATGAACATATTCAATTATTTTATGACAAAACAAACGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTAT
124 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * * * *
19939409 TTAGATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA-TTCATTTTTTTAA--TTTT-CTCA
188 TCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTT-TA-AAAAATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** * * * *
19939470 TTAATTTTTGGTATAATAATAAA-TAAGAATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATTAACT-GAA
251 TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAA-TAGAA
* * * * * * * * *
19939533 ACAAATGATTTATTACAAAAC-AAAAGGTCACT-ATAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGT
314 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCA-TAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
19939596 CATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTG
378 CATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
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442 -AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
* * * *
19939726 TAACAAAATAAAAAGTCATGACAATT
506 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
19939752 ATGTTTACAG
Statistics
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786 2 0.00
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Consensus pattern (705 bp):
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CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCTAAATAAGTTTGCATGAATA
GAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATGATTATTTGAACTTGTTTAAAAAATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG
AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTAACTATTTAAATTAGTTTGAAAAACAC
ATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
AAAATAAGCTTGCATGGAAAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAGATCAAACATAG
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19930281 TCTTGCTCAG
* * * * *
19930291 TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAT
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* * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * *
19930546 GACAAAATAAAGA-TCATAACATTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAT
258 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * *
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323 T-ATTCAG-AAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
* * ** * * *
19930669 TAGTATTATTTTAATCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGATACAACAAAAG
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*
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* * ** * *
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494 ATATTCA-TTTTTAAATTTCTTAATTAT
* ** ** ** * *
19930827 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTAAGAA-TAGAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAC
* * * * *
19930891 AATTGTCTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *** * * * * * *
19930956 ACTATTTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTATAAATC-TTTATTTATTAATTTTTAG-AA
130 ACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGAAA
* ** * * * *
19931019 T-TCTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATG
195 TAT-TAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATG
* * *
19931083 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATA
259 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-
* * * *
19931148 TGTTTAGAAA-ACATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
323 TATTCAGAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTA
* * *
19931211 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGAT
387 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-T
* * * *** *
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451 TATTG--C-AATATTCAAATAGATTATTTGAACTTATTTAATAAATATATTC-ATTTTTAAATT-
19931337 TCTT-ATTCAT
511 TCTTAATT-AT
*
19931347 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGGAGAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAC
* ** *
19931411 AATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGTTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *
19931475 ACTATTTGAAATTGTTTAGCAAACATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTAGAA
130 ACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGAA
*
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194 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATG
* * **
19931604 ACAAAACAAAAAGTCATAACAAATTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT
259 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* *
19931669 TATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATT
323 TATTCAG-AAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATT
* * * * *
19931733 TATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTATGACGAAACAAAAGG
385 TATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
19931797 TTATAGCAAT-TTCAAATAGATTATTTAAACTTGTTTAATAAATAGATTCATTTTTAAAATTTTT
450 TTATTGCAATATTCAAATAGATTATTTGAACTTATTTAATAAATATATTCATTTTT-AAATTTCT
19931861 TAATTAT
514 TAATTAT
* ** ** * * *
19931868 TAATTTTTGAAATATTAATACGTTAGTATTATTTTATTT-AGAATAATTTTAGATTAACTGAAAT
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAACTGAAAC
* *
19931932 AATT-TTTTAATGATAAAACAAAA-TGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCA
65 AATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGT-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * * * * * *
19931995 TGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATCTTTATTTCTAAAATTTTTTACATATTAA-TTGTTGA
128 TAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGA
* * * *
19932059 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACT-ATTGTTTTA
193 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-TAATTGTTTTA
* * * * *
19932123 TAACATAACAAAAAGTTATAACAGTTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
257 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
19932188 TTGGTTTA-ATAATAGGATTTAATTTTT-AA-A-TCT-CATATTAA-TTTT---GA--AAT--AT
322 TT-ATTCAGA-AACA-CATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
19932240 TTATA-GA--TTA--CGACA-AA-----CA--AAAAGACATAA-CA-ATT-TGA-AATAA-ATAA
384 TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAA-AACAAAA
* * ** * * ** * * * *
19932287 --TTATT--TATATAGC-CTTA-ACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAAT
448 GGTTATTGCAATAT-TCAAATAGATTATTTGAACTT-ATTTAATAAATATATTCA-TTTTTAAAT
* * *
19932345 CTCATAGTTAT
510 TTCTTAATTAT
* * * *
19932356 TAATTTTCAT-G-ATATTATTAGATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAT-A
1 TAATTTT--TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-TGA
* * * * * *
19932417 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
62 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * ** *
19932481 CATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAACA-A---A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTT-TT
126 CATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTA
* * * * ** * * *
19932535 GAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTAAAT-TGTCTTGTATGATGAAAAACAATGGTTT
191 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAATAATTGTTT
* * ** * **
19932599 TATG--GAAAC-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGCCATAACTACAT
255 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * *** * * *
19932661 GAACTAATTCGATAAACTTATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATA
319 GAA-TTATTC-AGAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAT-TAATTTTTAAATATTAATA
* * **** * ** ** * * *
19932726 AAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAAATA-AAATGATTGTTTTATGATAAAATA
381 AATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATG-AATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACA
* * ***
19932790 AAAGGTCATAACAATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACATATTCGGT
445 AAAGGT--T----A--TT-G-CA-AT-A---TTCAAATAG-----ATTATTTGAACTTATTTAAT
* * * *
19932855 AAACAGATTTAATTTTTTAAA-TTCTTTACTTAT
490 AAATATA-TTCA-TTTTTAAATTTC-TTAATTAT
** * * * ** * *
19932888 TAATTTTTTTAATGTTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAGAATGTATGAACTAAAACA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
* * * * * * * * * * *
19932953 ATTATTTTATGA-ATAAATAAAAGGTT-AAAATGATTTTAAAATGGATAATTGTTCTAACAGTCT
66 ATTGTTTTATGACA-AAACAAAA-GTTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * ** * * * *
19933016 TAACTGTTTG-ACTAGTTCAGCAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-A
128 TAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGA
* ** ** * * * * * * * *
19933079 AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
193 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT
* * * * *
19933144 GACAAAGCAAAGA-TCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
258 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * * *
19933208 TAGTCCAATAAACAGATTTAGTTTTT-GA-A-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATGAAA-
323 TA-TTC-AGAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAAT-AAAT
* * * *** ** * *
19933268 TAATATCATTTTATTCTAAATATTTTTTTATGAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAT
384 TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-
* * * * * *
19933333 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCAGTAAAC
448 G-------G--TT---ATTG-CAATA-TTCAAAT----A-GATTATTTGAACTTATTTAATAAAT
*
19933398 ATATTTATTTTTTAAA--TCTTCAACTTAT
494 ATATTCA-TTTTTAAATTTCTT-AA-TTAT
* * * * *
19933426 TAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAC
* * * * ** * *
19933490 TATTGTTTTCTGGCAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *** * * * * *
19933555 ACTATTTGAACTCACTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAG-AA
130 ACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGAAA
* * * * * * * * * *
19933619 TTTTTATAACTTAGTCTTATTTTATTCTAAATAACCATT-TATGATA-AGAAACAATTGGTTTAT
195 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC-TTGTATGA-ACAGAAATAATTGTTTTAT
* *
19933682 -A-ATAAA-AAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGA
258 GACA-AAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
19933744 ACATGTTTAGAGAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAGTAAA
321 A-TTATTCAGA-AACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAA
* * * *
19933808 TTTATATTATTTTATTTGGAATAAGATACATTTTCTAAATCCATTACTTATTA-ATTTTAAATTA
383 TTTATATTATTTTA-TT--CA-AA-ATA-A---GCT---TGCATGA---A-TAGA----AAA--A
* * * * * *** * * * ** ** **
19933872 GCATTATTTTATTCTGAATAAAACTATATGAATAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAATGGT
426 --ATTATTTTA---TG-ACAAAAC-AAAAG-GTTATTGCAA-T-ATTCAA-ATAGATTATTTGAA
* ** * * * *
19933937 CATA-ACAATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTT-TTAACTAAT
480 CTTATTTAA--T-AAATATATTCATT-TTTAAAT--TTCTTAA-TTAT
* * * **
19933982 TCAATGGTTTGGCAA-A-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAGATATTAA
1 T-AAT-TTTTGG-AATATTA-A-TAAATTAGT--AT----TA-TT-TT-A-TTTC-A-A-A-TAA
* * ** * * * * * * * **
19934045 TGAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAAT-TTATATGACAAAA-ATATTTATTTTATGACAAAA
47 -G-CTT-ATATGAACTGA-----AACAATTGTTTTATGACAAAACA-A--AAGTTCATAACAATT
** ** * * *
19934108 CAAAAGGTA-ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAACTATTT-ATAATTATTT-G--AAC-T
101 TGAAA--TAGATAATTA-TTCAAATAG-TCA----T-AACTATTTGA-AATTGTTTGGTAAACAT
* ** **** * ** *
19934167 GGTTTGGCTAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTTATTGGTTT-TTGAAATATTAATAAATTCAAT
156 -ATTT-ATTTTTTAA---ATCTTTT--A---CTTATTAATTTGTAGAAATATTAATAAATT-AAT
* *** * * *** * ** * *
19934231 -TTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAGTTGAAAAAATTGTTTTACAATAAAATAAAATA-T
210 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTT-GTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGT
* * * * * * * * ** * *
19934293 CATAACTATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAGCCTTCACTATTTTAAGTGGTTTAGCAAACAA
273 CATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCAG-AAACAC
* * * * * *
19934358 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTTAAAATATTATTAGA-TTAGCT-TTATTTTAT
336 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTA--TATTATTTTAT
* * * * * * **
19934421 TCTAAATAAGCTTGCATGAATATAAATAATTGTTTTTCGGTAGAACAAAATGTTATAACAATTTT
398 TCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATT-ATTTT--AT-G-AC-AAA----ACAA-AAGGTT
** * * * * * * *
19934486 AAATATATAAATTTTAAATAATTATAATTATTTGAA-TTGTTTCGATAAATAAATTTATTTTTTA
452 --AT-T-GCAATATT-CA-AA-TA-GATTATTTGAACTTATTT-AATAAATATATTCA-TTTTTA
* *
19934550 AATCTCTTACTTAT
507 AATTTCTTAATTAT
* * * * * * * ** * *
19934564 AAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTGTTACGAATAAACTTGGATGAGCTGAAATA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
* * * * ** * * * * *
19934629 ATTATTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTATATAGTCTTAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * ** * * * * ** *
19934694 TTGTTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTAAGAATTTTTAG-AAT
131 CTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGAAAT
* * * * * * * * *
19934758 ATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTCATATGAACATAAATAATTGTTTTATGA
196 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTT-GTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGA
* * * * *
19934822 TAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
260 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * * * * *
19934887 ATT-TGTTAAACAAATTTATTTTTT-GA-A-TCT-CATACTAATTCTTGAAATATTAATAAA-TT
324 ATTCAG--AAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTT
* * * **
19934946 AGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATG-TTCA-AAAATAA-TAGTTTTATGACAAAATGA
386 A-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAT-AGAAAA-AATTA-TTTTATGACAAAACAA
** *
19935007 AAGG-TACTAACAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAAATT-TTATGACAAAAT
446 AAGGTTA-TTGCAA---TA-TTCAAAT-AG-AT-TAT-TTG---AAC---TTATT-T-----AAT
* * * * *
19935070 GAAATGTAATATCAATTTGAAATAGATAATCGTTTAAATGACCA
490 -AAATAT-AT-TCATTTTTAAAT---T--TC--TT-AATTA--T
* * * **
19935114 TAATTATTT-GAACTGATTCAATAAACTAAT-TTATTTTTTTAATCTATTACTTATTAATTTTCA
1 TAATT-TTTGGAA-T-ATT-AATAAATTAGTATTATTTTATT--TC-A--A---A-TAAGCTT--
* * * ** **** ** ***
19935177 AAGTATTAA-T-AAAGTAGATTATTTTATTGTGGATAAACTTTTGTGAATAGAAACAATTCTTTT
51 -A-TATGAACTGAAA-CA-ATTGTTTTA-TG-ACA-AAACAAAAGTTCAT---AACAATT-TGAA
* * * *
19935240 AT-GATAA--A-ACAAA-AGTTCGTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-T
105 ATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAAC--TATT---T-GA-AATTGTT----TGGT-A-AACAT
* * * *
19935299 ATTTGAATTTATTTAGTAAATAGATTTTTTTTCGAATCTCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATA
156 ATTT--A-TT-TTT--T--A-A-A--TCTTTT---A---CTTATTAATTTGTAGAAATATTAATA
* ** * ** ** * * *
19935363 AATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTACAAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAA
203 AATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * * *
19935428 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAATCTTAATTATTTGAACTGATT-TGCA
268 AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCAG-A
* * *
19935492 AACACATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATGAAA-TTAGTATTAT
331 AACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AAATTTA-TATTAT
* * * * * * **
19935555 TTT-TATCCAAATCAGCTTGTAAG-ATCA-AAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAATATCATAA
393 TTTAT-TCAAAATAAGCTTGCATGAAT-AGAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAA-A-GGT--
* * * *
19935617 TAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAACTTATTAGAA-TTGCTTTGAA-AAAGCA-A
451 T-A-TTG-CA---ATA----TTCAAATA---G--A-TTATTTGAACTT-ATTT-AATAAA-TATA
* * ** *
19935679 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAA
497 -TTCA-TTTTTAAATTTCTTAATTAT
* * * * * * *
19935705 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTACTTTGAAA-AAGTTTTTATTAATTGAAAC
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* * * * *
19935769 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *** * * *
19935834 TA-TATTTGAAATTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-A
130 -ACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGA
* * * * * *
19935897 AATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAGTT-TTTATA
193 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTT-TA
* * * *
19935960 TGACAAAATAAAGA-TCATTACAATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
257 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
19936023 ATTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
321 ATT-ATTCAG-AAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAA
** *** ** * * * * *
19936084 -GCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTACGACAAAAC-AA
383 TTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * **
19936147 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGACATGACTAGTTAAACTTGTTTGGTAA
447 AGG---T--T-A-TTG-----CA-A--TATTCAAATAG--AT---TATTTGAACTTATTTAATAA
* * * * **
19936212 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTGACCTAT
492 ATATATTCA-TTTTTAAATTTCTTAATTAT
**** * * * * * *
19936242 TAATTTACAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGATTAACCTTGTAT-AAATAGAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAC
* * * * *
19936306 AATTGTTTAATGACAAAATAAAA-TATCATAACTATTTGAAATA-AAAATTTGTTCAAATAGTCA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCA
** ** ** * * *
19936369 TAACTATTTGAGCTTAATCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAAATTT-T-G
128 TAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTGTAG
* * * *** * *
19936432 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGATAGAAATAATTAGTTTT
192 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATT-GTTTT
* * * * *
19936497 ATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA-AAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
256 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * **
19936561 AATGTATTCGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAA
320 AAT-TATTC-AGAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAA
*** * * * * * * * *
19936625 ATTTA-ATTATTTTATTTGGATTAAGTTTGTATAAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA
382 ATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * *
19936689 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA
447 AGGT--T----A-TTG---CA-AT-A---TTCAAATAG---AT---TATTTGAACTTATTTAATA
* * * * *
19936754 AACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCAT
491 AATATATTCA--TTTTTAAATTTCTTAATTAT
* * * * *
19936786 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATAT
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAC
** *
19936850 AATTGTTTTATGACAAAACAATAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
19936913 GACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
129 AACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGAA
* * * * * * *
19936976 TTATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGA-AAACAATTGTGTCACG
194 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATG
*
19937040 GCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
259 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * * * * * *
19937105 TATTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAATCTTCTACATATTAGTTGTCTGAATATTAATAAATTT
323 TA-TTCAGAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTT
* * ** * * *
19937170 GTATAATTTTATTTGAAATAAGTTTGTATGAATTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
386 ATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * **
19937234 TTATAGCAATTTGAGATAGAAAATCATTCAAATAGTCATAATTATTTGTATTTGTTTGGTAAATA
450 -T-T----A--T----T-G-CAAT-ATTCAAATAG-----ATTATTTGAACTTATTTAATAAATA
* * *
19937299 GATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
495 TATTCA-TTTTTAAATTTCTTAATTAT
* * * * * * ** *
19937326 TAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATGTTATTTCAAATAAG-ATAGTACGAACAAAAAA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGAAAC
* * * * * ** * * *
19937390 AATTATTTTGTGATAAATCAAAAGGTCATAATGATTTAAAATGGATAATTATTCAAACAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
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* *** *
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193 AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTAATCCAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTT
** ** * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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381 AATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACA
* * * ** *
19937767 AAAGATCATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTAGG
445 AAAG---GT--T-A-TTG---CA-AT-A---TTC-AA-A-T-A-GATTATTTGAACTTATTTA-A
* * * * *
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489 TAAA-TATATTCA-TTTTTAAATTTCTTAATTAT
* * * * * * * * * * * *
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1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACTGAAAC
* * * * * * * * *
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65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
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130 ACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGT-AGAA
* * * * ** * *
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194 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
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259 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * * * * *
19938186 AATTCAGTAAATAAATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAGTAAA-TT
323 TATTCAG-AAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTT
** * ** **
19938250 AGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTT-C-T-AGAT-GAAAAACAATTGCTTTATGGTAAAACAAA
386 A-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGA-ATAG-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
19938311 AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTATAATTGTTTGAGCTAATTTGATAA
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*
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* ** * * * * * * * *
19938406 CAA---TT--AATATTAATAAAGAAATAGTA-TTTATTTTAGATAAACTTTTATGTACTAAAACA
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* * * * * * *
19938465 ATTG-TTTATGA-TAAACTAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATTATA
66 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
19938528 ACTATTTGAAATTATTCGAT-AA-ATA--GATTTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTG-A
130 ACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTGTAGAA
* * * * * * * ** * * * *
19938587 ATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATAAGCATGTATGAACTTAAACAATTATTTTTTA
194 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATG
* * * *** * * *
19938652 ACTAAACAAATTA-TCAGAGTGATTT-AGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
259 ACAAAACAAA-AAGTCATAACAATTTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
19938715 CTGGT-TTGAAAAAGACATTT-TATTTTT-AA-A---TCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAA
322 -T--TATTCAGAAACACATTTAT-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAA
* ** * ** * * * **
19938773 A-TTAGTATTTTTTTATTCTGAACAATTTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTACAACAAAACAA
382 ATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * **
19938837 AATGTCATAATGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATGGACATGAGTATTTAAACTTGTTTGGTA
446 AA-G--GT--T-A-TTG---CA-AT---A-TTCAAAT----A-GATTATTTGAACTTATTTAATA
* * * *
19938902 AACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TAACTTAT
491 AATATATTCA-TTTTTAAATTTCTTAA-TTAT
* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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130 ACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGAAA
** * * * * * * *
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195 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGA
* ** * * * ** *
19939191 CAAAATAAATTGCCATAACGATTTCAAATTGATAATTGTTTAAATAGTC-TAACTATTTGAATAT
260 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T
* * *
19939255 GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTA
324 ATTCAG-AAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTA
* * * *** *
19939319 TATTATTTTATTCAAAATAAGGTTGCATGAACATATTCAATTATTTTATGACAAAACAAACGGTC
387 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG--
* * * * ** * *
19939384 ATAATATTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
450 -T--TA--TTGCAAT--AT--TCA---A-AT-A-GAT---TATTTGAACTTATTTAATAAATATA
* * *
19939449 TTCATTTTTTTAA-TT-TT-CTCAT
497 TTCA-TTTTTAAATTTCTTAATTAT
* * * * * *
19939471 TAATTTTTGGTATAATAATAAATAAGAATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATTAACTGAAACA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
* * * * * * *
19939536 AATGATTTATTACAAAACAAAAGGTCACT-ATAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATG
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *
19939600 ATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTTGAAA
130 ACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTAGAAA
* ** * * * *
19939664 TATTAATACATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATAGTTTTATAA
195 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGA
* *
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TCAGAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATT
ATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATTG
CAATATTCAAATAGATTATTTGAACTTATTTAATAAATATATTCATTTTTAAATTTCTTAATTAT
Found at i:19933380 original size:177 final size:176
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19932314 TTGGTTCGAC
* * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * ** * * * *
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*** * * ** * * * **
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* * ** *
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** * * * * * *
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* *** * * * * * *
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** * * * * **
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*** * * *
19932855 AAACAGATTTAATTTTTTAAATTCTTTACTTATTAATTTTTTTAAT-GTTAATAAAATATTATTA
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* * * * * * * *
19932919 TTTTATTTCAAATAAGA-ATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGA-ATAAATAAAAGGTTAA
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* * * * * * * **
19932981 AATGATTTTAAAATGGATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTGTTTG-ACTAGTTCAGC
123 AATGA-TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA--TCAAT
* * * * * **
19933037 AAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCA-AT-A
1 AAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTA--ATATCA
* * * * ** * * * * * * **
19933100 TTTTACTCCGAATAAGTTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGC-AAAGATCATACC
61 TCTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTCTGACAAAACAAAAGATCATAAT
* *
19933164 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCCAAT
126 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-T-CAAT
* * * *
19933217 AAACAGATTTAGTTTTTGAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATGAAA-TAATATCATTTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTCAAAATAGTAAT-AAATTAATATCATCTT
*** *
19933280 A-TTCTAAATATTTTTTTATGAATAGAAA-TAATTATTTTAC-GACAAAACAAAATG-TCATAAT
65 ATTTC-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACT-ATTATTTT-CTGACAAAACAAAA-GATCATAAT
* * * *
19933341 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCAGT
126 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TA-TCAAT
* * * * *
19933394 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATC
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-T--ACTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAATATCATC
* *
19933459 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTCTGGCAAAACAAAAGATCATAATGA
63 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTCTGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * *
19933524 TTTGAAATAAATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGAT
128 TTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-A-TCAAT
* * * ** * * * * * *
19933575 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTTATAACTTAGTCTTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAATATCATC
* * ** * * *
19933640 TTA-TTCTAAATAACCATT-TATG-ATAAGAAACAATTGGTTTATAATAAAA-AAAAGATCATAA
63 TTATTTC-AAATAAAC-TTGTATGAAT-AGAAACTATTATTTTCTGACAAAACAAAAGATCATAA
** * *
19933701 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAAC
125 TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
19933746 ATGTTTAGAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAATATCATCTTA
TTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTCTGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
GAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATCAAT
Found at i:19933413 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 19932324--19933832 Score: 1177
Period size: 357 Copynumber: 4.2 Consensus size: 355
19932314 TTGGTTCGAC
* * * ** * *
19932324 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-ATAGTTATTAATTTTCATGATATTATTAGATTAGTATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTA-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
19932388 TTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
65 TTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * *
19932452 GACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAACA-A---AT
129 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAT
** * * *
19932513 AATCT---CCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTAAAT-TGT
194 TTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TATTATTATTTTATTCTAAATAT-T
* ** * **
19932574 CTTGTATG-ATGAAAAACAATGGTTTTATG-GAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAA
257 ATTGTATGAAT--AAAACAATTATTTTATGAAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * ** *
19932637 TTA-CTCAAATAGCCATAACTACATGAACTAATTC-GAT
319 -TAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTCAG-T
* * * * * * * *
19932674 AAACTTATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * * *
19932739 TTATTTTGGATAAACTTTTATGAA-ATAAAATGATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACA
66 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * *
19932803 ATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACATA-TTCGGTAAACAGATTTAA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACAGATTT-A
** *
19932867 TTTTTTAAATTCTTTACTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAAATATTATTATTTTATT-TCAAA
193 TTTTTTAAA-TC--TACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATATTATTATTTTATTCT-AAA
** * * * * * *
19932931 TAAGAATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAATAAATAAAAGGTTAAAATGATTTTAAAATG
253 TATTATTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGAA-AAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAATA
* * * * * * *
19932996 GATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTGTTTG-AC-TAGTTCAGC
314 GATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTA-TTCAGT
* * * ** * *
19933037 AAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
19933102 TTACTCCGAATAAGTTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGC-AAAGATCATACCAA
66 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
* * *
19933166 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCCAATAAACAGATTTAGTT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTT
* * * * *
19933231 TTTGAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATGAAATAATATCATTTTATTCTAAATATTTTT
196 TTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATATTATTATTTTATTCTAAATATTATT
* * *
19933295 TTATGAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAG
260 GTATGAATA-AAACAATTATTTTATGA-AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATAG
* *
19933360 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCAGT
322 TTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTCAGT
* *
19933394 AAACATATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-AACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * **
19933458 CTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTCTGGCAAAACAAAAGATCATAATG
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * *
19933523 ATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-CTCGATAAACAGATTTAT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * * * *
19933587 TTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTTATAACTTAGTCTTATTTTATTCTAAATA
194 TTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATATTATTATTTTATTCTAAAT-
** ** * **
19933652 ACCATT-TATG-ATAAGAAACAATTGGTTTAT-AATAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
254 ATTATTGTATGAAT-A-AAACAATTATTTTATGAA-AAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
19933714 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACATGTTTAG-
315 ATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTCAGT
* * * * * * * *
19933754 AGAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAGTAAATTTA-TATTA
1 A-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
*
19933817 TTTTATTTGGAATAAG
64 TTTTATTTCGAATAAG
19933833 ATACATTTTC
Statistics
Matches: 910, Mismatches: 200, Indels: 88
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATATTATTATTTTATTCTAAATATTATTG
TATGAATAAAACAATTATTTTATGAAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCA
AATAGACATAACTATTTGAACTTATTCAGT
Found at i:19933521 original size:181 final size:180
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19932503 ATAAACAAAT
* * ***
19932513 AATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTAAATTGTCTT
1 AATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAACTT
* * * *
19932577 GTATG-ATGAAAAACAATGGTTTTATG--GAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
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** * ** * **
19932639 ACTCAAATAGCCATAACTACATGAACTAATTC-GATAAACTTATTTATTTTTTA
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* * * * * * * ***
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1 AATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAACTT
* ** * * * * *
19932756 TTATGAAATA-AAATGATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAGATAGATAATT
64 GTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * *
19932820 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACATATTCGGTAAACAGATTTAATTTTTTA
128 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT-ATTTTTTA
** * * * *
19932874 AATTCTT-TACTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAGA-A
1 AA-TCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAA-ACT
* * * * * * * * *
19932937 TGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGA-ATAAATAAAAGGTTAAAATGATTTTAAAATGGATA
63 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAA-CAATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
19933000 ATTGTTCTAACAGTCTTAACTGTTTG-AC-TAGTTCAGCAAAAATATTTATTTTTTA
125 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * * * * **
19933055 AATC-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTT
1 AATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAACTT
* * * *
19933119 ATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGC-AAAGATCATACCAATTTGAAATAGATAATTG
64 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
19933183 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTCCAATAAACAGATTTAGTTTTTG
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * ***
19933235 AA---TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATGAAA-TAATATCATTTTATTCTAAATATTTTT
1 AATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAACTT
* * * * ** *
19933295 TTATGAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATA
64 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * *
19933359 GTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTA
128 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
19933412 AATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAACTTG
1 AATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAACTTG
* * * ** * *
19933477 TATGAATAGAAACTATTGTTTTCTGGCAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTAT
65 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
19933542 TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTC-GATAAACAGATTTATTTTTTA
130 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * *
19933593 AATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTTATAACTTAGTCTTATTTTATTCTAAATAACCATT
1 AATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAAC-TT
* * *
19933658 -TATG-ATAAGAAACAATTGGTTTATAATAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT
64 GTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
19933720 GTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACATGTTTAG-AGAATAGATTTATTTTTTT
128 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTA-AACAGATTTATTTTTTA
* * *
19933773 AAT-TTTTACTTATTAATCTTT-GAAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATT
1 AATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
19933824 TGGAATAAGA
Statistics
Matches: 897, Mismatches: 195, Indels: 80
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAACTTGT
ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
Found at i:19934189 original size:180 final size:178
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Indices: 19933865--19939751 Score: 2085
Period size: 181 Copynumber: 32.5 Consensus size: 178
19933855 TTATTAATTT
* * * * *
19933865 TAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAAAC-TATATGAATAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAACTTATATG-ACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAA
* * * *
19933929 CAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTAATTCAA-TGGTTTG
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTG
* * *
19933993 GCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAGATATTAA
129 GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTGAA-ATATTAA
* * * * * * *
19934045 TGAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATATGACAAAAATATTTATTTTATGACAAAACA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACA
* * * *
19934110 AAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAACTA-TTTATAATTATTTGAACTGGTTTGG
66 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTT-TAACTATTTGAACTGGTTTGG
* * **
19934174 CTAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTTATTGGT--TTTTGAAATATTAA
130 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAA
* * * ** **
19934221 TAAATTCAAT-TTATTTTATTTTGAAT-AAGTTACTAAGAGTTGAAAA-AATTGTTTTACAATAA
1 TAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGA--CAAAAATAATTGTTTTATGATAA
* ** * * * ** * * *
19934283 AATAAAATATCATAACTATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAGCCTTCACTATTTTAAGTGGTT
62 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT
* * *
19934348 TAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTTAAAATATTAT
127 TGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT-TTGAAATATTAA
* * * * ** * *
19934402 TAGATTAGCT-TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGA-ATATAAATAATTGTTTT-TCGGTAG
1 TAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGACA-A-AAATAATTGTTTTAT-GATAA
* * * * * * * *
19934464 AACAAAATGTTATAACAATTTTAAATATATAAATT-TT-AAATAATTATAATTATTTGAA-TTGT
62 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGT
** * *
19934526 TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAA
126 TT-GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAA
* * ** ** ** * * * *
19934582 TAAATTAGTTTTATTTTGTTACGAATAAACTTGGATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAAAG
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA-CAAAAATAATTGTTTTATGATAAAAC
** * * * * * * * * * * *
19934647 AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTATATAGTCTTAATTGTTTGAACTTGTTCGA
65 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGG
* ** * *
19934712 CAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTAAGAATTTTTAGAATATTAT
130 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTGA-AATATTAA
* * * *
19934763 TAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA-TTCATATGAACATAAATAATTGTTTTATGATAGAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-ATATG-ACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAA
* * ** **
19934827 CAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTG
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTG
** * *
19934892 TTAAACAAATTTATTTTTTGAATCTC--A-TACTAATTCTTGAAATATTAA
129 GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATT-TTGAAATATTAA
** * * * * *
19934940 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAAAAATAATAGTTTTATGACAAAAT
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG-ACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAAC
* * * ** * * * * **
19935005 GAAAGGT-ACTAACAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAAATTTTATGACAAAA
65 AAAAGGTCA-TAAC-A----ATTTGAAAT-AGATAAT-TGTT--CAAA-TAGTTTTA--ACTATT
* * ** ** * ** ** * * *
19935069 TGAAAT-GTAATATCAATTTGAAATAGATAATCGTTTAAATGAC-CATAATT-A-TTTGAACTGA
117 TGAACTGGT-TTGGCAA--ACAAAT---TTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAAT-A
19935130 TTCAA
175 TT-AA
* * * ** * * *
19935135 TAAACTAATTTATTTTTTTAATCTATT-ACTTATTAATTTTCAAAGTATTA-ATAAAGTAGATTA
1 TAAA-TTA-GTATTATTTT-AT-T-TTGA---A-TAAACTT---A-TATGACA-AAAATA-ATTG
**** * * * * * ** *
19935198 TTTTATTG-TGGATAAACTTTTGTGAAT-AGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGTTCGTA
51 TTTTA-TGAT--A-AAACAAAAG-G--TCA-TAACAA---TTTGA-AAT-AGATAATTGTTC-AA
* * * ** * * ** ***
19935261 ACAATTTTAAATAGAT-AA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGAT
102 ATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT----T-GGCA-AAC-A----AATTTATTTTTTAAATCTCT
* * **
19935324 TTTTTTTCGAATCTCTT-ATTAAT-TTTT
156 TATTATT--AAT-T-TTGA--AATATTAA
* * * *** ** ** * * *
19935351 TGAAAGTTAATA-AATTAGTATTATTTTCT-TTCAAATAAG-CTTGTACAAATTGAAACAATTAT
1 T-AAA-TTAGTATTATT-TTATT-TTGAATAAACTTATATGAC---AA-AAA-T-----AATTGT
** * * * * * * *
19935413 TTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAATCTTAATTATT
52 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATT
* * * *
19935478 TGAACTGATTT-GCAAACACATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT-A
117 TGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAA
*** * * * * * *
19935540 TGAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATCAGCTTGTAAGATCAAAACTAATTGTTTTATGACAAA
1 T-AAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTATATGA-CAAAAATAATTGTTTTATGATAAA
* * * * * * * *
19935604 ACAAATA--TCATAATAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAACTTATTAGAATTGCT
63 ACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAAC-TATTTGAACTGGT
** * * * *
19935667 TTGAAAAAGCAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAA
126 TTGGCAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAA-TTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
19935723 TAAAGTAGTATTATTTTACTTTGAA-AAAGTTTTTATTA-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-CTTATATGACA--AAAATAATTGTTTTATGATAAA
* * * * * ** * **
19935786 ATAAAAGGTCAAAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATATA-TATTTGAAATTATT
63 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTA-ACTATTTGAACTGGTT
**** * *
19935850 CAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAT
127 TGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAA
* * ** * * * * *
19935905 TAAATTAGTATCATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGA-AAGAAACAGTT-TTTATATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGACAA-AAATAATTGTTT-TATGATAAAA
* * * ** * *
19935968 -TAAAGATCATTACAATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTT
* * * * *
19936031 AGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTCAAAATATTAA
128 GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTT-GAAATATTAA
** ** * * * * *
19936080 TAAAGCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTATTACGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGACA-A-AAATAATTGTTTTATGATAAAA
** * * *** * * * *
19936144 C-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGACATGACTAGTTAAACTTGTTTG
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * * **
19936208 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTGACCTATTAATTTACAAAATATTAA
129 GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTT-TGAAATATTAA
* * * * * * * * *
19936260 TAAAGTAGTATTATTTTATTTCGATTAACCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGACA-A-AAATAATTGTTTTATGATAAAA
* ** * * ** * *** *
19936324 TAAAATATCATAACTATTTGAAATA-AAAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTAATC
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTT
* * * * * * *
19936388 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAA
128 GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATT-AATTTTGAAATATTAA
* * * * * *
19936441 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGATAGAAATAATTAGTTTTATCACAAAA
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* * * * **
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* ** *
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* * * * *
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1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
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* * * * * * *
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130 ATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
19937175 ATTTTATTT-GAAATAAGTTTGTATGAATTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
1 ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
19937421 -TGATTTAAAATGGATAATTATTCAAACAGTCATAGCTATTT--ACAATG-GT-CT-AATAGATT
66 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTTAGTAAACAGATT
* *
19937480 CACTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
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1 A-TTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
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64 AACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAG
* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
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66 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGATT
* * * * *
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129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
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1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *** *
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* * * * *
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* *
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* * ** * * ** *
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** * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** *
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66 CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAGATTT
* * *
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130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * ** * *
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1 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
19939387 A-TATTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGAT
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* * * *** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
19939682 ATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATAGTTTTATAACAAAATAAAAAGTCAT
1 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
19939745 GACAATTATG
Statistics
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* * * * ** *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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696 AAAACAAAAGGTCATAAT
*
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* *
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* * * * *
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* *
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192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* ** * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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704 AGGTCATAA-T
* *
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* * ** * **
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* * * *
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*
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192 GATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT
* * *
19936775 CTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATA
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* *
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** * * * * * * *
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* * * *
19936966 AATTTTTAAATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAACAAT
442 AA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAAT
* * * * *
19937031 TGTGTCACGGCAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
506 TGT-TTATGACAAAATAAAATA-TCATAACTATTTGAAATAAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * *
19937095 TATTTGAACTT-ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAATCT-TCTACATATTAGTTGTCTG-AA
568 TATTTGAAATTGATCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-TTTGAAA
* * * *
19937157 TATTAATAAATTTGTATAATTTTA-TTTGAAATAAGTTTGTATGAATTAAAAAAATTGTTTTATG
630 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATG
*
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694 ACAAAACAAAAGGTCATA--AT
* * * * * * * *** * * *
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* * * * *
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66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATA
* * * * * * * * * ** * *
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131 AGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * *
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*
19937497 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTT-TTT-TAATAAGAC-TGTATGAA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
19937688 TTCATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAA-ATATTTG
446 TT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-A-TTG
* * * *
19937752 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATT
508 -TTTATGACAAAATAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAA-A-AATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
19937815 ATTTG-AACTGGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATAT
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* * * * *** * * *
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*
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* * * * * * * * **
19937961 ATTTGAAATAAAGAACTATTCATATAGCCTTAACTATTTG-AACTAGTTTAGCAAACAAATTTA-
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* * * * * *
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* * * * * * * *
19938088 TAAATTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAT
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* * * ** * * * * *
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* * ** * *
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** * ** * * * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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*** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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*** * * *** *
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633 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGAC
*
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* * * * * * * *
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* *** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * **
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** * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** **
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* *
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* * * ** *
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* * * ** * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * ** * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
19936990 ATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATG-AAGAAAACAATTGTGTCACGGCAAAACAAAAAGT
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* *
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* * * * * *
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441 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* *
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196 AAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-GATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGACAATGGTCTA
* *
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* * **
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* *
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* * * * ** *
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** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * ** * * * * *** *
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*** * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * **
19939014 ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTAGAACTTGCTT
194 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-GATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTG-AC---AAT
* * *
19939079 GGT-AAACAGATTTATTATTTAAATAT-TTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGC
254 GGTCTAATAGATTTATT-TTTAAAT-TCTTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGT
* * * * ** *
19939141 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGGCAAAATAAATTGCCA
316 ATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * ** * *
19939206 TAACGATTTCAAATTGATAATTGTTTAAATAGTC-TAACTATTTGAATAT-G-TTCAGA-AAACA
379 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGGATT-AGATAAACA
* * *
19939267 TATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA
442 GATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
** * * * *** *
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505 TTTGAAATAAGTTTGTATGAATA-AAAAAATTG
* * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
19939489 TAAATAAGAATTATTTTATTTCAAATAAGATTA-TATTAACTGAAACAAA-TGATTTATTACAAA
131 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGA-TAGTATGAAC-AAAAAAAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
19939552 ACAAAAGGTCACT-ATAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCAT-GATTATTTGAACTTGT
194 ACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAAT-GATAATTATTCAAATAGTCATAG-CTATTTG-AC---A
* * * * * * * *
19939615 TTGGT-AAACATATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATACATTAA
252 ATGGTCTAATAGATTTA-TTTTTAAATTC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
19939678 TATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATAGTTTTATAACAAAATAAAAAGTC
315 TATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*
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378 ATAACAATT
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TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATAGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGACAATGGTCTAA
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TCTAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGATTAGATAAACAGATTTATTTTTTAA
ATCTTCTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGT
ATGAATAAAAAAATTG
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19939758 ACAGAACTAT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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125 TATCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAA-CAA
* * * * *
19939949 TTTAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *
19940014 -ACAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTAGAATAAAGTCATGCTAATTTATT-AATAT
66 TA-AAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAA-TAATTCTAATTTATTAAATA-
* * * * * * *
19940077 TCTAAAATTAATAAGTAATGA-ATTTAAAAAATGTAGCTGTTAACCTGACCAA
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* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
*
19940194 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAACATAATTCTAATTTATTAAAAATC
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*
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* * * * * * * * * *
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1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
*
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19940409 CAAATTTGCT
Statistics
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TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATAATTCTAATTTATTAAATATCCA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAA
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Alignment explanation
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* * *
19940310 TTCAAAGAGTTATGGCTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATCATTA
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*
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* * ** * * **
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* *
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19940535 AAAATAATAT
Statistics
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TTCAAAGAGCTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTACTATAACCTTTTGTATCATTA
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19940129 TGCAAATAAT
* * *
19940139 TATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
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* * * *
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66 ATTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATTCTAACTTATTAAAAATCCAAAAATTAA
* * * * ***
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** * * *
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* * *
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1 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *** *
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65 TATTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAA-TAAAATAAT-TCTAACTTATTAAAAATCCAAAAAT
* * * *
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128 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAAGAGTAACAACTATTT
* * * * * * **
19940633 GAATATTTATCTATTTCAAATCACTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCA
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*
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258 TACAAGCTTATTTCAAAT
19940716 AAAATAATAC
Statistics
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TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
ATTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATTCTAACTTATTAAAAATCCAAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAAGAGTAACAACTATTTAAA
CAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCCTTTGTATCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATAC
AAGCTTATTTCAAATTTGCTTACTGAATAATTTCAAATAGC
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19940434 AATAGCTATG
* * * *
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** * * * *** * *
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* *
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130 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * *
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
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* * * * * * **
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131 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAACA
* *
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
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66 CAATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAACAA
* * * * * * *
19940922 GTAAAA-ATTTACAAAAGAAATATG-TTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATA
131 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * ** * * *
19940973 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACATTTTGTTCTATCAT-AAACTAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * ** * * * *
19941037 TCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAGTTAAT
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** * * *** * * **
19941100 AAGTAAAAGATTTAAAAAATATGTTTGTTTA-CTGAGTGAGTTCAGATAGTTATG
129 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * * *
19941154 ATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * *
19941219 -ATATTCATACAAAATTATTT-AGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT---
66 CA-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAAC
** * * * * * * * * * **
19941278 AA-TAGGAGATTTAGAAACTAAATCTGTTTATCAAAC-TGTTTAAATGGTTATG
129 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * *
19941330 ACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGA-TATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
19941393 TCCA-TCTATACAAACTTA-TTCAGAGTAAAATATTACTAAAC-TAATAATATTCTAAAAATTAA
65 TCAATTC-ATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACT-AACTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * *
19941455 TAAG-AAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATGCATTTGTTGAACTAGTTCAAATGGTTAA-A
128 CAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGC--TTATCGAACAAGTTCAAATAG-TAACA
* ** * * * *
19941510 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTT
1 -ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
19941575 TCAGTTCATA-AATGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
65 TCAATTCATACAA-GCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAAC
* * ** * * **
19941638 AAG-CAAGGAATTTAAAAAA-ATAAT-TTTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
129 AAGTAAAAG-ATTTAAAAAATA-AATATGCTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * * * *
19941691 ACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATTGCT
1 ACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
19941755 TCATTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATA-T-TCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAG
65 TCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAAC-TTATTAATATTCCAAAAATT-A-
* * * *** * * ** *
19941817 AAAAGTATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGGAGAT-TAAAAACAT-AAATTGG
127 ACAAG---TA----A--AAGATTT-AAAAAAT-A-AA-TATGCTTATCGAACAAGTTCAAA-TAG
*
19941879 TTTATCA
178 --TAACA
* ** * **** * * *** * *** **
19941886 AATCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTAAATAATTAT---CTATTTCAAATTGT-TTTGTACTTT
1 ACT-A-TTTGAATAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGACCT-TTT-GTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *** * * * *
19941947 TGTTT---TGTCATA-AAGTAATTGTTTTTCATCA-TACAAGCCTATTCAGA-ATA-AAATAATG
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* ** * ** ** ** * *
19942005 CTAATTTATTAATATTTCAAAA-A-TTAATAAGTTGAAGATTATTTTTTTTCTGAACTAGTTCAA
117 CCAA-AAATTAACAAGT-AAAAGATTTAA-AAAAT-AA-A-TA-TGCTTATC-GAACAAGTTCAA
* * **
19942068 ATAATTATG
174 ATAGTAACA
* * * * * * * * *
19942077 ATTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
19942142 -ATGTTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA-TCTAATAATACTACGAAAATTAAT
66 CA-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACT-TATTAATATTCCAAAAATTAAC
* * * * ** * * *
19942204 AATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTG-TTCATTAAATAAGTTTAAATAGTTAA-G
129 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTT-ATCGAACAAGTTCAAATAG-TAACA
* * * * * * * * *
19942258 GCTATATAAATAAGTATCTATTTCAAATCGTTATGTCCTTTTGTTTTCTCGTAAAACAAATGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * * * * **
19942323 TTGTTCATATAAG-TT-TGTTCATAA-TAAAATAACATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT---
66 CAATTCATACAAGCTTAT-TTCA-AATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAAC
* * * * * * * * *
19942382 AA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACCAGTTCAATTAATTATA
129 AAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGCTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * * * * *** * *
19942436 ACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATGATAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
19942501 CTATTGATA-TAGTCTTA-TTCAAAATAAAGTAATTA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
66 CAATTCATACAAG-CTTATTTCAAATTAAAATAA-TACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAAC
** * * * * * * **
19942563 AAGTAACGGATTTAAAAATTGAATTTG-TTGACTTG-ACCAGTACAAATAGT--TG
129 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTT-A-TCGAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * * * *
19942615 TCTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAGCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTG-T
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** * ** * *
19942678 T---TTCATACAAGCTTATTAGGAA-TAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATG
65 TCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAA-C
* * * * * **
19942739 AA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
129 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * **** * * * *
19942792 ACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * * *
19942857 CTATTCCCACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATT-ATCATT-TAGAAAATTAAT
66 CAATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACTTATTAAT-ATTCCA-AAAATTAAC
* * * ** * * * **
19942919 AAATAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAACT-ATG
129 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTAACA
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19942973 ACTATTTGAACAAATATTTATTTGAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** ** * ** * *** * * *
19943038 TTGTTCATACAAGCTTATTT-GGATTAAAATAATATTAGTTTATTAACATTTTGACAACTAATAA
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* * * * * *
19943102 GTAGAAA-ATTT-TAAAATAAATATGTTTCTTGAACAAGTTCAAATAGTCATA
131 GTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * ** ** * *
19943153 GCTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGA-CTTTATGTTTCATCATAAAACAGTTGTA
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * **
19943217 TCGGTTGATATAGGCTTA-TTCAAA-TAAAATAATACTAA-TCTATTAATACTT-TGAAAATTAA
65 TCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACT-TATTAATA-TTCCAAAAATTAA
** * * * * ** * * * **
19943278 TGAGTAAGAGATTTAAGAAATGAATCTAATTACCGAACATGTTCAAATAGTTATG
128 CAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAACA
* ** * *
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
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66 CAATTCATACAAGCTTATTTC-AAATTAAAATAATACT-AACTTATTAATATTCCAAAAATTAAC
* * * * * * **
19943459 AACTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTG-TTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATG
129 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * *
19943512 ACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTCTTATAAACCAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** * * * ** * *
19943576 TTTGTTCATACAAGCGTA-TTAAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAAAA
65 TCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAACA
** * *
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130 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * * *
19943692 ACTGTTTGAATAATTATTTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
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65 TCAATTCATACAAGCTTATTTCA-AATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAAC
* *** * * * * * * *
19943819 AGGTAGGTGATTTATAAAATAAATCTACATA-CTGAACAAGTTCAAATATTCATA
129 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * * * * * *
19943873 TCCATTAGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * ** * * * ***
19943938 TTGTTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATCATACTGA-TCTATTAATATTTTGAAAATT---A
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* * * ** * * * **
19943998 A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-CTGAAACAA-TTCACATAATTATG
130 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATC-G-AACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * * * *
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * ** * **
19944114 CCTTTTATACAAGCTTATTT-GGATTAAAATAATACTAA-TTGAATAATATTCCAAAAATTAGTA
66 CAATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACTT-ATTAATATTCCAAAAATTAACA
*
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130 AGTAAAAGATTTAAAAA
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Statistics
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CAATTCATACAAGCTTATTTCAAATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAACAA
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*
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TTATTTCAAATAATTAT
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * *
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* *** * * *
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* * * * *
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128 TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-TTCCAAAAATTAACAAGTAA
* * *** * *
19941106 AAGATTTAAAAAAT-ATGTTTGTTTA-CTGAGTGAGTTCAGA-TAGTTA-TGATTATTTAAATAA
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* * * *
19941167 TTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAA
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19941231 AATTATTTAG
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TAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAACAAGTAAAAGA
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GAATTTACTAATATTCCAAAGAC
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TATTCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAAAG
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Alignment explanation
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* *
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*
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1 CAAATAGTTAT
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* * *
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** * *** * * * * *
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* * * ** * **
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** * ** * * * * ** **
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* *
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* * *
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* * * ** * **
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1 TATTTCAAATTGTTATGACTTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTATCGGTTCATACAAGCTTAT
** ** * * * * *
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* * * * *
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130 AAATATATTTATTGAACAAGTTCAAATAACT-ATGA-CTATTTGAACAAATATA
* * * *
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1 TATTTCAAATTGTTATGACTTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTATCGGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * * * *
19943235 TTCAAATAAAATAATACTAATCTATTAATACTTT-GAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAGAAAT
66 TTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAACA-TTTAGAAAACTAATAAATAAAATATTTAAAAAAT
* * * ** * ** * *
19943299 GAATCTAATTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
130 AAATATATTTATTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAAATATA
** * ** * * * **
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1 TATTTCAAATTGTTATGACT-TTATGTTTCATCATAAAACAATTGTATCGGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
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* * * * ** * * *
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128 ATAAATATATTTAT-TGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAAATATA
* * * * * ** *
19943530 TATTTTAAATAGTTATGACCTTT-TGTTTTC-TTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGT
1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTATG-TTTCATCATAAAACAATTGTATCGGTTCATACAAGCTT
** * * * * * *
19943593 ATTAAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCA-AAAATTAA-AAAGTAAAAGATTTAAAA
64 ATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAACATTT-AGAAAACTAATAAA-TAAAATATTTAAAA
* * ** ** * * * * *
19943656 AATAAATAT-GTTATCGAGTAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATAATTATT
127 AATAAATATATTTATTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAAATATA
* * ** * * ** * *
19943710 TATTTAAAATAGTTATGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTA
1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTATCGGTTCATACAAGCTTA
* * * * ** ** *
19943774 TTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAAGTAATAGGT-AGGTGATTTATAA
65 TTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAACATT-TAGAAAACTAATAAATAAAAT-ATTTAAAA
* ** * * * * * * *
19943836 AATAAATCTACATACTGAACAAGTTCAAAT-ATTCAT-ATCCATTAGAATAATTATC
127 AATAAATATATTTATTGAACAAGTTCAAATAACT-ATGA-CTATTTGAACAAATATA
* * * * ** * **
19943891 TATTTCTAATCGTTATGACCTTTTAT-TTT-ATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATT
1 TATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTATCGGTTCATACAAGCTT
* * ** * * * * *
19943954 A-TTCAAAATAAAATCATACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAA
64 ATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAACATTTAGAAAACTAATAAATAAAATATTTAAAAA
* * * * * * * *
19944014 CTAAATCTATTTACTGAAACAA-TTCACATAATTATGGCTATTTGAA-TAATGATC
128 ATAAATATATTTATTG-AACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAAAT-ATA
* ** * * * * ** *
19944068 TATCTCAAATCATTATGATTTTTAT-TTT-GTCATAAAACAAATGTTTCCTTTTATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTATGTTTCATCATAAAACAATTGTATCGGTTCATACAAGCTTA
** *
19944131 TTTGGATTAAAATAATACTAATT
65 TTTCAATTAAAATAATACAAATT
19944154 GAATAATATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
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TTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAACATTTAGAAAACTAATAAATAAAATATTTAAAAAATA
AATATATTTATTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAAATATA
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* * *
19944250 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
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* * * * * * * * *
19944315 TAAACCAATTGTTTTTGTTTATACATGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTC
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* *
19944380 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA
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** * * *
19944431 TTCAAATAGTTATGACTGGTTGAACAATTATTTACTTCAAATAGTTATGGTCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-GACTTTTGTTTTGTCA
* **
19944496 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
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* ** * **
19944561 TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAG
130 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * *
19944612 TTCAAAGAGTCATGTCCATTAGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
19944677 TAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTTATCTATTAAAATAT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATT--AATAT
* * * *** *
19944742 TTTAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAACT-AATTCTATTTTTTGAAA-TAG
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* * * *
19944791 TTCAAATAGTTATGACTATTATGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACCTTT-TTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
19944854 GTAAAACAAATGTTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACAT
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* * * * *
19944919 TTTGAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAG
128 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
* * * ** * * * * * *
19944968 TTTAATTAGTTATAAGAATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATTGTTATGAGCATTTGTCTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * ** *
19945033 TAAAAAAATTGTTTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAGTATTC
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** * * * * ** ** *
19945098 TAAAAATTAATAAGTAACGGATTTGAAAAGTGAATCTGTTGGCCTGACCAG
130 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
* * *
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* * *** * *
19945212 CACAAAACAATTGTTTCTGTTTGCACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTTTAATTTATTAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* ** * * * * **
19945277 TCTGAATGTTAATTAGTAAGAGACTTAAAAACTAAATTTGTTTATTAAACAAG
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* * * * * *
19945330 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACTTTT-TATTTCATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGT-TTT-GTC
* * * * ** * *
19945394 ATAAAATAGTTTTTTCTATTCATACAAGCATATTTC-ATTTAAAATAATA-CAATTTATTAATAG
64 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * **
19945457 TC-AAATAATTAAAAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTAAG
128 TCTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * ** * *
19945510 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTTTTTTGACATTTTCTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * *
19945575 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATACTATTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
* * ** * *
19945640 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAACAAG
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AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
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* * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTCTCA
* *
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66 TAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGTATTAAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTC
* * ** *
19943628 CAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTATCGAGTAAGTTCAAATAGTTATAA
131 CAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAA
* * * *
19943693 CTGTTTGAATAATTATTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC
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261 TATTCACACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAGGT
* * ** * * *
19943823 AGGTGATTTATAAAATAAATCTACATACTGAACAAGTTCAAATATTCATATCCATTAGAATAATT
326 AGGAGATTTAAAAAATAAATCTACATACCAAACAAGTTCAAAGAGTCATATCCATTAGAACAATT
* * * * *
19943888 ATCTATTTCTAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAAT
391 ACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAAT
* * *
19943953 TATTCAAAATAAAATCATACTGATCTATT-AATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTA
456 TATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTA
* *
19944017 AATCTATTTACTGAAACAATTCACATAATTATGGCTATT-TGAATAATGATCTATCTCAAATCAT
521 AATCTATTTACTGAAACAATTCAAATAATTATGACTATTATGAATAATGATCTATCTCAAATCAT
* ** *
19944081 TATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTCCTTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
586 TATAACCTTT-TTTTATCATAAAACAAATGTTTCCTTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
19944146 TACTAATTGAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAATTAATTTGTTTGCCGAA
650 TACTAATTGAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAATTAATTTGTTTGCCGAA
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* * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTCTCA
* * * *
19944315 TAAACCAATTGTTTTTGTTTATACATGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTC
66 TAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGTATTAAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTC
* * *
19944380 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG
131 CAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACCAAACAAATTCAAATAGTTATA
* *
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195 ACTGGTTGAACAATTATTTACTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
19944510 CTATTCATACAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAG
260 CTATTCACACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAG
* *
19944574 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAAGAGTCATGTCCATTAGAACAA
324 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTACATACCAAACAAGTTCAAAGAGTCATATCCATTAGAACAA
* *
19944639 TTACCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAA
389 TTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAA
* *
19944704 ATTATTCAAAATAAAATAATATTTATCTATTAAAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAA
454 ATTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATT-AAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAA
* ** * * * * *
19944769 CTAATTCTATTTTTTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTATGAATAATTATCTATTTCAAAT
518 CTAAATCTATTTACTGAAACAATTCAAATAATTATGACTATTATGAATAATGATCTATCTCAAAT
* *
19944834 TATTATAACCTTTTTTTATCGTAAAACAAATGTTT
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19944869 TTTGTTCATA
Statistics
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TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTCTCA
TAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGTATTAAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTC
CAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAA
CTGGTTGAACAATTATTTACTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TATTCACACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAGGT
AGGAGATTTAAAAAATAAATCTACATACCAAACAAGTTCAAAGAGTCATATCCATTAGAACAATT
ACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAAT
TATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTA
AATCTATTTACTGAAACAATTCAAATAATTATGACTATTATGAATAATGATCTATCTCAAATCAT
TATAACCTTTTTTTATCATAAAACAAATGTTTCCTTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAAT
ACTAATTGAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAATTAATTTGTTTGCCGAAC
TAGCTCAAATAGTTAAGATTATTTTGTCATAAAGCACA
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19944240 ATAAAGCACA
* * * * *
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* * * * * *
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* *
19944380 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG
128 CAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG
* * * * *
19944445 ACTGGTTGAACAATTATTTACTTCAAATAGTTATGGTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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* *
19944510 CTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGG
256 CTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
*
19944575 TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAAGAGTCATGTCCATTAGAACAAT
321 TACGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAAGAGTCATGTCCATTAGAACAAT
* * *
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386 TACCTATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATT-ATGCAAAA
* *
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* *
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* * * *
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* ** * * *
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*** * * * *
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* * *
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191 -GAATGTTGAACAATTATTTACTTCAAATAGTTATG-GTCATTTGTCTAGTCATAAAAAAATTGT
* * * * *
19945045 TTCTATTGATGCAA-TCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAAT
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* * * * * ** * * * *** *
19945109 AAGTAACG-GATTTGAAAAGTGAATCT-GTTGGCCTGACCAGTGT-AAATAGTTAT-TATTGTTT
318 AAGT-ACGAGATTTAAAAAATAAATCTACTT-ACCAAACAAGT-TCAAAGAGTCATGT-CCATTA
* * *
19945170 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTT-T
379 GAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTAT
* * * * *
19945234 GCACAAGCTTATTCAAAATAACATAAT-TTTAATTTATT-AATATTCTGAATGTTAATTAGTAAG
444 GCA-AA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTT-ATCTATTAAATATT-TGAA---AAATTAATAAG
* *
19945297 AGACTTAAAAACTAAATT-TGTTTATT-AAACAAG
502 AAACTTAAAAACT-AATTCTATTTATTGAAA-AAG
* * *
19945330 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTATTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTT-ATCA
* * ** * *
19945395 TAAA-ATAGTTTTTTCTATTCATACAAGCATATTTC-ATTTAAAATAATAC-AATTTATTAATAG
65 TAAACA-AG-TTTTT-TGTTCATACAAGCGTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * * * * * ** *
19945457 T-CAAATAATTAAAAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTAAGTTCAAATAGTT
126 TCCAAA-AATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTT
* * * * * * * * * *
19945521 ATGGCTAT-TTGAATAATTATTTATTTTAAAT-TTTTTTGACATTT-TCTTTTGTCATAAAATAA
189 AT-G-AATGTTGAACAATTATTTACTTCAAATAGTTATGGTCATTTGTC--TAGTCATAAAAAAA
* * * * * * * * * * *
19945583 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATACTATTAATTTATTAATATTTTGACAATT
250 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
** ** * ** *
19945648 AATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAA
315 AATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAA
19945696 TAAGAGGTGG
Statistics
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Consensus pattern (534 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTATCAT
AAACAAGTTTTTTGTTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAA
AAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGAATG
TTGAACAATTATTTACTTCAAATAGTTATGGTCATTTGTCTAGTCATAAAAAAATTGTTTCTATT
CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTACGA
GATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAAGAGTCATGTCCATTAGAACAATTACCT
ATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTATGCAAAATTATTC
AAAATAAAATAATATTTATCTATTAAATATTTGAAAAATTAATAAGAAACTTAAAAACTAATTCT
ATTTATTGAAAAAG
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*
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19962466 TTTTATTTAT
Statistics
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TTTCC
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*
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Statistics
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TGATGGTTCTTGGTACT
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*
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66 TT
* * * *
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TT
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Statistics
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AATTTTTAAAT
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*
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*
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1 CCAAA
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*
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* * *
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* *
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* * *
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Statistics
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* *
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ACAAATCCCAA
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ACAAATCCCAAACAAATCTCTA
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AAAAAAATATATAAAATACAA
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* *
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AAAATACAAAA
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*
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* * *
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1 AAA
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AAAATCCCTAAAATCC
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* * * * *
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* *
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* * *
20032258 TTAATCTTTGACTCATGGTTTAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTATGGTTTAATCAT
1 TTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCCT
*
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66 AGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGTCCTAGTTATCT
* * *
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1 TTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCCT
* **
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66 AGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGTCCT-AGTTATCT
* * * * *
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1 TTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCCT
* *
20032540 AGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAATCCCAGTTATCT
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* * *
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*
20032649 AGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGT-CTCAATTATCT
66 AGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGTCCT-AGTTATCT
* * *
20032693 TTAATCTTTGACTCGTAGTTTAATCCAGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGATTTAATCCT
1 TTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCCT
* *
20032758 AGTCATTTTTATTTTTTTGACTTGCGGTTCAGTCCTAGTTATC-
66 AGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGTCCTAGTTATCT
* * *
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Statistics
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0.88 0.10 0.02
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20032139 CCGATCGTCA
* * * * *
20032149 TTAATATTTGATTCGTGGTTTAATCCTGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACAGTTTAATCCC
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* * *
20032214 AGTCGTTTTTATTTCTTTGACTTGCGATTCAATC-CTAGTTATCTTTAATCTTTGACTCATGGTT
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* *
20032278 TAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTATGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGA
130 TAATCCCAATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGA
20032343 CTTGCAGTTCAGTCCCAGTTATCT
195 CTTGCAGTTCAGTCCCAGTTATCT
* * *
20032367 TTAATCTTTGACTCGTGGTTTACTCCCGATCATTCTTATAGCTTTTTGACTTACGGTTTAATCCT
1 TTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCCT
* *
20032432 AGTCGTTTTTATTT-TTTGACTTGTGGTTCAGTCTCAGTTATCTTTAATCTTTAACTCGTGGTTT
66 AGTCGTTTTTATTTCTTTGACTTGCGGTTCAGTCTCAGTTATCTTTAATCTTTGACTCGTGGTTT
* *
20032496 AATCCCAATTATTCTTATAGCTTTTCGACTTACGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGAC
131 AATCCCAATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGAC
*
20032561 TTGCAGTTCAATCCCAGTTATCT
196 TTGCAGTTCAGTCCCAGTTATCT
* * *
20032584 TTAATCTTTGACTCGTGATTTAATCTCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTATGGTTTAATCCT
1 TTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCCT
* * * *
20032649 AGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGTCTCAATTATCTTTAATCTTTGACTCGTAGTTT
66 AGTCGTTTTTATTTCTTTGACTTGCGGTTCAGTCTCAGTTATCTTTAATCTTTGACTCGTGGTTT
* * *
20032714 AAT-CCAGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGATTTAATCCTAGTCATTTTTATTTTTTTGA
131 AATCCCA-ATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGA
* *
20032778 CTTGCGGTTCAGTCCTAGTTATC-
195 CTTGCAGTTCAGTCCCAGTTATCT
* * *
20032801 TTAATTTTTGACTTGTGGTTTAATCCTGATC
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20032832 TTTTTATTCT
Statistics
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0.89 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
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TTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCCT
AGTCGTTTTTATTTCTTTGACTTGCGGTTCAGTCTCAGTTATCTTTAATCTTTGACTCGTGGTTT
AATCCCAATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGAC
TTGCAGTTCAGTCCCAGTTATCT
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Period size: 326 Copynumber: 2.0 Consensus size: 326
20032151 AATATTTGAT
** * *
20032161 TCGTGGTTTAATCCTGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACAGTTTAATCCCAGTCGTTTTTAT
1 TCGTGGTTTAATCCCAATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACAGTTTAATCACAGTCATTTTTAT
* *
20032226 TTCTTTGACTTGCGATTCAATCCTAGTTATCTTTAATCTTTGACTCATGGTTTAATCCCGATCAT
66 TTCTTTGACTTGCGATTCAATCCCAGTTATCTTTAATCTTTGACTCATGATTTAATCCCGATCAT
20032291 TCTTATAGCTTCTCGACTTATGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGT
131 TCTTATAGCTTCTCGACTTATGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGT
* * * * * *
20032356 CCCAGTTATCTTTAATCTTTGACTCGTGGTTTACTCCCGATCATTCTTATAGCTTTTTGACTTAC
196 CCCAATTATCTTTAATCTTTGACTCGTAGTTTAATCCAGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTAC
* * *
20032421 GGTTTAATCCTAGTCGTTTTTA-TTTTTTGACTTGTGGTTCAGT-CTCAGTTATCTTTAATCTTT
261 GATTTAATCCTAGTCATTTTTATTTTTTTGACTTGCGGTTCAGTCCT-AGTTATC-TTAATCTTT
20032484 AAC
324 AAC
* * * *
20032487 TCGTGGTTTAATCCCAATTATTCTTATAGCTTTTCGACTTACGGTTTAATCATAGTCATTTTTAT
1 TCGTGGTTTAATCCCAATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACAGTTTAATCACAGTCATTTTTAT
* *
20032552 TTCTTTGACTTGC-AGTTCAATCCCAGTTATCTTTAATCTTTGACTCGTGATTTAATCTCGATCA
66 TTCTTTGACTTGCGA-TTCAATCCCAGTTATCTTTAATCTTTGACTCATGATTTAATCCCGATCA
*
20032616 TTCTTATAGCTTCTCGACTTATGGTTTAATCCTAGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAG
130 TTCTTATAGCTTCTCGACTTATGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAG
*
20032681 TCTCAATTATCTTTAATCTTTGACTCGTAGTTTAATCCAGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTA
195 TCCCAATTATCTTTAATCTTTGACTCGTAGTTTAATCCAGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTA
* *
20032746 CGATTTAATCCTAGTCATTTTTATTTTTTTGACTTGCGGTTCAGTCCTAGTTATCTTAATTTTTG
260 CGATTTAATCCTAGTCATTTTTATTTTTTTGACTTGCGGTTCAGTCCTAGTTATCTTAATCTTTA
20032811 AC
325 AC
*
20032813 TTGTGGTTTAATCC
1 TCGTGGTTTAATCC
20032827 TGATCTTTTT
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 26, Indels: 6
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 281 0.90
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328 2 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (326 bp):
TCGTGGTTTAATCCCAATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTACAGTTTAATCACAGTCATTTTTAT
TTCTTTGACTTGCGATTCAATCCCAGTTATCTTTAATCTTTGACTCATGATTTAATCCCGATCAT
TCTTATAGCTTCTCGACTTATGGTTTAATCATAGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGCAGTTCAGT
CCCAATTATCTTTAATCTTTGACTCGTAGTTTAATCCAGATCATTCTTATAGCTTCTCGACTTAC
GATTTAATCCTAGTCATTTTTATTTTTTTGACTTGCGGTTCAGTCCTAGTTATCTTAATCTTTAA
C
Found at i:20032997 original size:105 final size:105
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Period size: 105 Copynumber: 4.8 Consensus size: 105
20032799 TCTTAATTTT
* * * **
20032809 TGACTTGTGGTTTAATCCTGATCTTTTTATTCTTCGATTCACAATTCAATCCCGATCTCTTTAAT
1 TGACTCGTGGTTTAATCCCGATCTTTTTATTCTTCGATTCGCGGTTCAATCCCGATCTCTTTAAT
*
20032874 TTAAAATCGCAGTATAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTC
66 TTAAAATCGCAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTC
* * *
20032914 TAACTCGTGGTTTAATCCCGATCTTTTTATTTTTCGATTCGCGGTTCAATCCCAATCTCTTTAAT
1 TGACTCGTGGTTTAATCCCGATCTTTTTATTCTTCGATTCGCGGTTCAATCCCGATCTCTTTAAT
*
20032979 TTAAAATCGTAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTC
66 TTAAAATCGCAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTC
* * * * *
20033019 TGACTCGTGGTTTAATCTCGATATTTTTATTCTTCAATTTGTGGTTCAATCCCGATCTCTTTAAT
1 TGACTCGTGGTTTAATCCCGATCTTTTTATTCTTCGATTCGCGGTTCAATCCCGATCTCTTTAAT
20033084 TTAAAATCGCAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTC
66 TTAAAATCGCAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTC
** * * * * *
20033124 TGACTCGTGGTTTAATCCTAATCTTTTTATTCTTCAATTCGTGGTTCAATCTCTATTTCTTTAAT
1 TGACTCGTGGTTTAATCCCGATCTTTTTATTCTTCGATTCGCGGTTCAATCCCGATCTCTTTAAT
* *
20033189 TTAAAATCACAGTTTAATCTCGATTATTGTTGTTATCTTC
66 TTAAAATCGCAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTC
* * * * *
20033229 TGACTCGTGGTTTAATCTCAAT-TTATTATTC-TCTGATTCGCGGTTCAATTCTGATCTCTTTAA
1 TGACTCGTGGTTTAATCCCGATCTTTTTATTCTTC-GATTCGCGGTTCAATCCCGATCTCTTTAA
20033292 TTTAAAATCGCAGTTTA
65 TTTAAAATCGCAGTTTA
20033309 TTTATTCTTG
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 40, Indels: 3
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
103 2 0.01
104 46 0.13
105 306 0.86
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (105 bp):
TGACTCGTGGTTTAATCCCGATCTTTTTATTCTTCGATTCGCGGTTCAATCCCGATCTCTTTAAT
TTAAAATCGCAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTC
Found at i:20033033 original size:51 final size:51
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Indices: 20032978--20033138 Score: 132
Period size: 52 Copynumber: 3.1 Consensus size: 51
20032968 ATCTCTTTAA
20032978 TTTAAAATCGTAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTCTGACTCGTGG
1 TTTAAAATCGTAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTCTGACTCGTGG
** * * * * * * **
20033029 TTTAATCTCGATATTTTTATTCTTC-AAT-TTGTGGTTCAATC--CCGATCTCTTTAA
1 TTTAAAATCG-TA-GTTTAATC-TCGATTGTTGTTGTT--ATCTTCTGA-CTC-GTGG
*
20033083 TTTAAAATCGCAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTCTGACTCGTGG
1 TTTAAAATCGTAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTCTGACTCGTGG
20033134 TTTAA
1 TTTAA
20033139 TCCTAATCTT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 21, Indels: 22
0.64 0.17 0.18
Matches are distributed among these distances:
51 19 0.24
52 23 0.29
53 22 0.28
54 14 0.18
ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (51 bp):
TTTAAAATCGTAGTTTAATCTCGATTGTTGTTGTTATCTTCTGACTCGTGG
Found at i:20033768 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 20033752--20033808 Score: 57
Period size: 7 Copynumber: 8.3 Consensus size: 7
20033742 GCCCAGAAAA
20033752 AAAATAC
1 AAAATAC
*
20033759 AAAATGC
1 AAAATAC
20033766 AAAATAC
1 AAAATAC
*
20033773 -AAATAAA
1 AAAAT-AC
20033780 AAAATAC
1 AAAATAC
20033787 AAAATAC
1 AAAATAC
20033794 AAACA-A-
1 AAA-ATAC
20033800 AAAATAC
1 AAAATAC
20033807 AA
1 AA
20033809 TACAAAAAAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 10
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
5 1 0.02
6 8 0.20
7 27 0.66
8 5 0.12
ACGTcount: A:0.74, C:0.12, G:0.02, T:0.12
Consensus pattern (7 bp):
AAAATAC
Found at i:20033789 original size:21 final size:20
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Indices: 20033759--20033819 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
20033749 AAAAAAATAC
*
20033759 AAAATGCAAAATACAAATAAA
1 AAAATACAAAATACAAA-AAA
*
20033780 AAAATACAAAATACAAACAA
1 AAAATACAAAATACAAAAAA
20033800 AAAATAC--AATACAAAAAA
1 AAAATACAAAATACAAAAAA
20033818 AA
1 AA
20033820 CCCAAAAAAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 3
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.32
20 9 0.24
21 16 0.43
ACGTcount: A:0.75, C:0.11, G:0.02, T:0.11
Consensus pattern (20 bp):
AAAATACAAAATACAAAAAA
Found at i:20033804 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 20033749--20033805 Score: 80
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
20033739 TTTGCCCAGA
* *
20033749 AAAAAAATACAAAATGCAAAATACAAAT
1 AAAAAAATACAAAATACAAAATAAAAAT
20033777 AAAAAAATACAAAATACAAACA-AAAAAT
1 AAAAAAATACAAAATACAAA-ATAAAAAT
20033805 A
1 A
20033806 CAATACAAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 25 0.96
29 1 0.04
ACGTcount: A:0.75, C:0.11, G:0.02, T:0.12
Consensus pattern (28 bp):
AAAAAAATACAAAATACAAAATAAAAAT
Found at i:20033805 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 20033787--20033817 Score: 55
Period size: 13 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
20033777 AAAAAAATAC
20033787 AAAATACAA-ACAA
1 AAAATACAATACAA
20033800 AAAATACAATACAA
1 AAAATACAATACAA
20033814 AAAA
1 AAAA
20033818 AACCCAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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*
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* * *
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*
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* *
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* **
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*
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* *
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AAT
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* * * *
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*
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* *
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* * * *
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** * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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** * * *
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*
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* *
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*
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20045125 AAGCAAAATA
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* *
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* *
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* *
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** * *
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*
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*
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* *
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*
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*
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1 T
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1 AATTAT
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1 TATATAT
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1 TATATAT
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1 TATATA
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* * * *
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*
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* * * *
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*
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*
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* * * *
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*
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*
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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*
20125778 CTATAGATATAGGCATGTGACTTTAAAAAAAAAATCTTAA-
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* * * *
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1 TTTGAGAAATGCTCTTATAAACATAGGTAGGTGACTTTAAAAAATCTTAAATTGAAATGTGCTCC
*
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TATAGATATAGGCAAGTGACTTTAAAAAAAAAATCTTAAC
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* * * * *
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* * *
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* * **
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*
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ATTGAAATGTGCTCCTATAGATA
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** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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**
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*
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1 A
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*
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326 TCA
* *
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*
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196 TTGCACAGAATATGACAGTGCACTGCAACCAAATAATAGTCAAGCAAACATTTAAAACAATAGAA
* *
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20139718 TACTATGTAA
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TAAATATTGCAATTTATATCGTGGGACTGCAATCAGGTCATGGTAAATGCATCATGTTAAATGCA
TCA
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* * *
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** * * * * **
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*
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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* *
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* *
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*
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1 CTAAACC
* *
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*
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Statistics
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CTAAACC
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* *
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* *
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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*
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
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*
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1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
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CTAAACCCTAAACCCTAAACC
Found at i:20142410 original size:8 final size:7
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*
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*
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*
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1 AAACCTA
* *
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1 AAACCTA
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** *
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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1 AAACCTA
* *
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1 AAACCTA
*
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*
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*
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1 AA
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Statistics
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0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
5 10 0.05
6 47 0.25
7 107 0.58
8 21 0.11
ACGTcount: A:0.45, C:0.34, G:0.02, T:0.18
Consensus pattern (7 bp):
AAACCTA
Found at i:20142428 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 20142174--20142455 Score: 180
Period size: 14 Copynumber: 21.2 Consensus size: 13
20142164 TGTAAAATGG
*
20142174 CTAAACCCCAAAAC
1 CTAAA-CCCTAAAC
*
20142188 C-AAACCCCAAAC
1 CTAAACCCTAAAC
20142200 TCTAAACCCTAAAC
1 -CTAAACCCTAAAC
*
20142214 CTCAAAACC-AAAC
1 CT-AAACCCTAAAC
**
20142227 C-ACAAAGCTAAACC
1 CTA-AACCCTAAA-C
* *
20142241 CTAAATCTTAAAAC
1 CTAAACCCT-AAAC
* *
20142255 CTAAACCGTAATCC
1 CTAAACCCTAA-AC
*
20142269 CCAAACCCTAAAC
1 CTAAACCCTAAAC
* * *
20142282 CTAAATCTTAACC
1 CTAAACCCTAAAC
*
20142295 CTAAACCCTAAGC
1 CTAAACCCTAAAC
20142308 CTAAACCCTAAAAC
1 CTAAACCCT-AAAC
* *
20142322 CTAAACCTTAATC
1 CTAAACCCTAAAC
* *
20142335 CTAGATCCTAAAC
1 CTAAACCCTAAAC
* *
20142348 C-AAACCTTAATC
1 CTAAACCCTAAAC
*
20142360 CTAAACCTTAAACC
1 CTAAACCCTAAA-C
20142374 CTAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAA-C
20142388 CTAAACCCTAAAC
1 CTAAACCCTAAAC
*
20142401 CTTAAAACCTAAAAC
1 C-TAAACCCT-AAAC
*
20142416 GTAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAA-C
20142430 CTAAA-CCTAAA-
1 CTAAACCCTAAAC
* *
20142441 CTAACCCCCAAAC
1 CTAAACCCTAAAC
20142454 CT
1 CT
20142456 TAAAACCAAC
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 39, Indels: 35
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
11 5 0.02
12 24 0.11
13 80 0.38
14 95 0.45
15 8 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.37, G:0.02, T:0.17
Consensus pattern (13 bp):
CTAAACCCTAAAC
Found at i:20142868 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 20142844--20142885 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
20142834 TATGACTTTT
20142844 TCATTTT-AATTCAAAAAAAAA
1 TCATTTTGAATTCAAAAAAAAA
**
20142865 TCATTTTGTTTTCAAAAAAAA
1 TCATTTTGAATTCAAAAAAAA
20142886 TTTAAAATGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.39
22 11 0.61
ACGTcount: A:0.50, C:0.10, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
TCATTTTGAATTCAAAAAAAAA
Found at i:20142892 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 20142860--20142920 Score: 88
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
20142850 TAATTCAAAA
20142860 AAAAATCATTTTGTTTTCAAAA-AAAATT
1 AAAAATCA-TTTGTTTTCAAAAGAAAATT
* *
20142888 TAAAATGATTTGTTTTCAAAAGAAAATT
1 AAAAATCATTTGTTTTCAAAAGAAAATT
20142916 AAAAA
1 AAAAA
20142921 AAAAAAAAGA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 13 0.45
28 16 0.55
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (28 bp):
AAAAATCATTTGTTTTCAAAAGAAAATT
Found at i:20143710 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 20143685--20143736 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
20143675 AGGAAACCAA
*
20143685 AAGGCAAAAAAGATTGGAAAT
1 AAGGCAAAAAA-ATTAGAAAT
*
20143706 AAGGCAAATGAAATTAGAAAT
1 AAGGCAAA-AAAATTAGAAAT
*
20143727 AGGGCAAAAA
1 AAGGCAAAAA
20143737 TAAGGAAATG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 3
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.04
21 23 0.88
22 2 0.08
ACGTcount: A:0.58, C:0.06, G:0.23, T:0.13
Consensus pattern (20 bp):
AAGGCAAAAAAATTAGAAAT
Done.