Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168271.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_50, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 165179
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:117206 original size:346 final size:348
Alignment explanation
Indices: 116491--117265 Score: 802
Period size: 346 Copynumber: 2.2 Consensus size: 348
116481 TTTGATAAAT
* * *
116491 AGATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAACTAGTATTATTT
1 AGATTTA--TTTTTAAAA-TTC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
116555 TATT-TCAAATAAGTATGTATGAACTGA-AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG
61 TATTCT-AAATAATTTTGTATGAA-TAATAAC-A--A--TT-TG--TAAACAAAA--T-ATAACG
* * * *
116618 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACATATTTATT
113 ATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATT
* ** **
116683 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTGTTATTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAA
178 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAA
* * ** **
116748 GCTTGTATAAACAGAAACAATTTTTTTTATGACAAAACAAAAATATAATGATTTGAGATAAATAA
243 ACTTGTATAAACAGAAACAATATGCTTTATGACAAAACAAAAATATAACAATTTGAGATAAATAA
* * * *
116813 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAGGTTCAGTAAGC
308 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATACGCTCAGCAAAC
*
116854 AGATTTACTTTTT-AAA-TCT-CTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AGATTTA-TTTTTAAAATTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*
116916 CTAAATAATTTTGTATGAATAATAACAATTTGTAAACAAAATATAACGATTTGAAATAGATAATA
65 CTAAATAATTTTGTATGAATAATAACAATTTGTAAACAAAATATAACGATTTAAAATAGATAATA
* * * * * *
116981 GTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTCAA
130 GTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--A
* * * * * *
117043 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAG
192 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTTGTATAAACAG
*
117108 AAAC-ATATGCTTTATGACAAAACAAGAGATCATAACAATTTGA-ATAAATAATTGTTTAAATAG
257 AAACAATATGCTTTATGACAAAACAA-AAAT-ATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAG
* *
117171 TCATAACTATTTTAACT-CGCT-AGGCAAAT
320 TCATAACTATTTGAA-TACGCTCA-GCAAAC
* * *
117200 AGATTTATTTTTAAAAGTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTAAAA--TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
117265 T
64 T
117266 TCGAATAAGC
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 46, Indels: 43
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
344 2 0.01
345 26 0.07
346 176 0.50
347 12 0.03
349 11 0.03
350 40 0.11
351 2 0.01
352 2 0.01
354 1 0.00
356 9 0.03
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358 2 0.01
359 2 0.01
361 3 0.01
362 5 0.01
363 7 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (348 bp):
AGATTTATTTTTAAAATTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TAAATAATTTTGTATGAATAATAACAATTTGTAAACAAAATATAACGATTTAAAATAGATAATAG
TTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTTGTATAAACAGAAAC
AATATGCTTTATGACAAAACAAAAATATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAA
CTATTTGAATACGCTCAGCAAAC
Found at i:118262 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 117921--120967 Score: 2278
Period size: 181 Copynumber: 17.0 Consensus size: 181
117911 GTACAAGCTG
* * * ** * *
117921 AATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAAAAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* ** ** * * * * *
117986 TTGTTTTATGACAAAATAGGAGGTTGTAA-TGATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATGGACATGA
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
** * *
118050 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-GTATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATT
130 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
118102 AATTTTTAGAATATTTATAAATCAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * *
118167 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATGATAAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * *
118232 TATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATT
131 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
118283 TATTTTT-G--GA--AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATACA-CTTGTATGAATAGAAAC
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-AGCTTGTATGAATAGAAAC
** *
118341 AATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
118406 ACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACCTATT
129 ACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * **
118458 AATTTCTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AGACTAAGCTTGTATGAATAGAAATG
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
118522 ATTATTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAATAGATAATTGTCCAAAATAGTCA
65 ATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTG-AAATAGATAATTATTC-AAATAGTCA
* * ** * * * *
118587 TAACTATTTGTACTTGATTAAAAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
127 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
118642 AATTTTTAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
** * * * * *
118706 ATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAA-TGATTTGAAATGGATATTTATTCAAATAGTTATG
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
118770 CCTATTTGAACTTGTCT-GATAAACATATTTA-TTTTTAAACTCTTTTGCTTATT
129 ACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
118823 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATAAACAAAAACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
118887 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAG
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *
118952 CTATTTGAACTTATTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
130 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** *
119003 AGTTGTCT-GAATATTAAT-AATTTTTATTATTTTAATT-GAAAT-AGACTTGTATGAATAGAAA
1 AATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAA
* ** * * * * * ** * *
119064 AAATAATTTAATGACTAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGGAATTGTTCAAATAATCAT
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
** * * * * * *
119129 AACTATTACAACTTGTTT-GATAAATAGATTCAATTTTTAACTCACTTATTTATT
128 AACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
119183 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAG-AGTTATGTTATTCAAAATAAGCTTATACGAA-AGAAACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
119246 ATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATGT-TTCAAACAGTTA
65 ATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCA
* * * ** ** * * *
119309 TAGCAATTTGCA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCTGTTATTTATT
127 TAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
119364 AATTTTGAGAATATTAATAAATTAGCATTAATTTATTCCAAATAAGATTGTATTATTAGAAACAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* ** * ** * * * *
119429 TTATTTTACAACAAAATAAATTGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *
119494 TAATTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
131 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** * * * ** * *
119541 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTTAAACAAACTCATATAAACA-AAAGCA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CA
* * * * * *
119605 TTTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCTTAA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * ** * *
119670 TTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
130 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * ** *
119722 AA-TTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTGGTATGAACA-TCATAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
119785 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAA
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* *
119849 CCATTTGAACTGGTTTAGTAAACA-A---A-----T-AATCTCTTACTTATT
130 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *
119891 AATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTTTG-AT-GAAAAG
1 AA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-
* * * * * *
119953 CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAATTAGATAATTGTTCAAATGGCCA
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** ** * *
120017 TAACTATTTG-AGTTGATTCTA-TAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTC
127 TAACTATTTGAACTTG-TT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** *
120072 AATTTTT-GAAATATTAATAAAGTATTATTATTTAATTCTGGATAAGCTTTTATGAACT-G-AAC
1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * * * *
120134 AATTGTTTTATGA-TAAGCAAAAGGCCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * ** *
120198 ACTATTTGAACTTATTT-GGAAGCAAATTT-TTTTAAAAAT-TCCTTGCTTATT
129 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATT
* * * * *
120249 AATTTTTTGGATATTAATAAAATAGTACTATTTTATATC-AAATAAGCATGTATGAACT-GAAAC
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * * * ** * *
120312 AATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * *
120377 ACTATTT-AAATTAGTTCGGTAAACACATTTA-TTTTTAAATCACTTACTTATT
129 ACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
120429 AATTTTTAGAATATT-ATTAGTT--TATCAATGTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAC
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT-TAT-TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * * *
120491 AACTATTTTATGATAAAAC-AAAGATCATATCGATTTGAGATAGATAATTGTT-AAATAATTATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * *
120554 ACTATTTGAACCGGTCTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
129 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * *
120603 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTAAAT-ATTTTGTAAGAATAAAAACA
1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
120666 ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAATGTCATCA-TGATTTGAAATTGGTAA-TAGTTCAAATGGACA
65 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCA
* * * * * *
120729 -AGACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--T-TT-CTAACT
127 TA-ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
120780 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * *
120845 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAAAAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
*** * *
120910 TATTTGAACTCACTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
131 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
120961 AATTTTT
1 AATTTTT
120968 GGAAATTTAA
Statistics
Matches: 2248, Mismatches: 505, Indels: 226
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.01
170 43 0.02
171 73 0.03
172 3 0.00
173 1 0.00
174 50 0.02
175 35 0.02
176 160 0.07
177 378 0.17
178 109 0.05
179 327 0.15
180 254 0.11
181 605 0.27
182 59 0.03
183 64 0.03
184 69 0.03
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
Found at i:119385 original size:541 final size:544
Alignment explanation
Indices: 118081--120966 Score: 1697
Period size: 541 Copynumber: 5.4 Consensus size: 544
118071 ACGTATTTAT
* * * * * *
118081 TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTTATAAATCAATATTATTTTATTCTAAATA
1 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGATTATTTTATTCTAAATA
* * * * *
118146 AACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACT-ATTTGAAATAAA
65 AGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAA
* * * * * *
118210 TAATTATTCAAACAATGATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
129 TAATTATTCAAACAGTTATAGCTATTTGAACTTGGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* * *
118275 TGCTTATTTATTTTTG-G---A--AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACA-CTTGTATGA
194 TGCTTA-TTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATA-AGCTTGTATAA
** * * *
118333 ATAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
257 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * *
118398 TTGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACCTATTAAT
322 TTGTCATAACTATTTGAACT-TATTTAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAAT
* ** *
118461 TTCTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAGACTAAGCTTGTATGAATAGAAATGATTA
385 TTCTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATAA
* * *
118526 TTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAATAGATAATTGTCCAAAATAGTCATAAC
450 TTTAATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAATAGAGAATTGTCCAAAATAATCATAAC
*** *
118591 TATTTGTACTTGATTAAAAAATAGAATCAT
515 TATTACAACTTGATTAAAAAATAGAATCAA
* * * * * *
118621 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTCTAAATA
* * * ** * **
118686 AGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATGGAT
65 AGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * *
118751 ATTTATTCAAATAGTTAT-GCCTATTTGAACTT-GTCTGATAAACATATTTA-TTTTTAAACTCT
130 AATTATTCAAACAGTTATAG-CTATTTGAACTTGGTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT
* * * * *
118813 TTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAA
192 TTTGCTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAA
* * * *
118878 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
257 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * *
118943 TAGTCATAGCTATTTGAACTTATTTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTG
322 TTGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATT-
* *
119008 TCT-GAATATTAAT-AATTTTTATTATTTTAATTGA-AAT-AGACTTGTATGAATAGAAAAAATA
386 TCTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTCAGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAAAATA
* * * * * *
119069 ATTTAATGAC-TAAACAAAAGGTTATAGCGATTTG-AAATAGGGAATTGTTC-AAATAATCATAA
449 ATTTAATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAATAGAGAATTGTCCAAAATAATCATAA
* * * *
119131 CTATTACAACTTGTTTGATAAATAGATTCAA
514 CTATTACAACTTGATTAAAAAATAGAATCAA
* * * * *
119162 TTTTTAACTCACTTATTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAGTTATGTTATTCAAAATA
1 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-TTATTTTATTCTAAATA
* * *
119227 AGCTTATACGAA-AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
65 AGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
* * ** *
119291 TAATGT-TTCAAACAGTTATAGCAATTTGCA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCT
129 TAAT-TATTCAAACAGTTATAGCTATTTGAACTTGGTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* ** * * * *
119354 GTTATTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGCATTAATTT-ATTCCAAATAAGATTGTATT
192 TTTGCTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATA
* * ** * ** *
119418 ATTAGAAACAATTATTTTACAACAAAATAAATTGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
256 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * *
119483 ATTGTTATAACTAATTGAAC-TAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA
321 ATTGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAA
* *** * * * ** *
119543 TTT-TCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTTA-AACAAACTCATAT-AA-ACAAAAGC
384 TTTCT-AGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA--
* * * * * * * * **
119604 ATTTATTTTACGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTATTC-AAATAGCC
445 AATAATTTAATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAATAGAGAATTGTCCAAAATAATC
* * ** * * * * *
119666 TTAATTATTTGAAC-TGGTTCAACAAACA-AATTTAT
510 ATAACTATTACAACTTGATT-AAAAAATAGAA-TCAA
* * * * * * *
119701 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
1 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTCTAAATA
** ** * * * *
119765 AGCTGGTATGAACA-TCATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATAT
65 AGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * * *
119829 AATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAAC-TGGTTTAGTAAACA-A---A-----T-AATCTCT
130 AATTATTCAAACAGTTATAGCTATTTGAACTTGG-TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * **
119883 TACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAGGCTTGT-TTG
194 TGCTTATTAA-TTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATAA
* ** * * *
119945 AT-GAAAAGCAATTGTTTGATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAATTAGATAATTGTTC
257 ATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * ** *** * *
120008 AAATGGCCATAACTATTTG-AGTTGATTCTA-TAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCT
319 AAATTGTCATAACTATTTGAACTT-ATT-TAGTAAA-CAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTAT
* * * * * * *
120071 CAATTT-TTGAAATATTAATAAAGTAT-TATTATTTAATTCTGGATAAGCTTTTATGAACT-G-A
381 TAATTTCTAG-AATATTAATAAA-TTTGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* ** * * * * * * * * *
120132 ACAATTGTTTTATG--ATAAGCAAAAGGCCATAACAATTT-TAAATAGATAATTATTC-AAATAG
443 AAAATAATTTAATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAATAGAGAATTGTCCAAAATAA
* ** *** ** *
120193 TCACAACTATTTGAACTT-ATTTGGAAGCA-AAT--T
508 TCATAACTATTACAACTTGATTAAAAAATAGAATCAA
* * * * *
120226 TTTTTAAAAATTC-CTTGCTTATTAATTTTTTGGATATTAATAAAATAGTACTATTTTATATC-A
1 TTTTT--AAA-TCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-ATTATTTTAT-TCTA
* * * * * * * * **
120289 AATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAAAAATTTGAAAT
61 AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
120354 AGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTT-AAATTAGTTCGGTAAACACATTTA-TTTTTAAA
126 AAATAATTATTCAAACAGT-TATAGCTATTTGAACTT-GGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
** * * * * * * * *
120416 TCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAGTT--TATCAATGTTTACTCCAAATAAGTTTG
189 TCTTTTGCTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGTAT-TAT-TTTAATTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * * * *
120478 TATGAATAGAAACAACTATTTTATGATAAAACAAAGA-TCATATCGATTTGAGATAGATAATTGT
252 TATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
** * *** * * * *
120542 T-AAATAATTATAACTATTTGAACCGGTCTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTAT
317 TCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTAT
* ** *
120602 TAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTCTA-AAT-ATTTTGTAAGAATA-AA
381 TAATTTCTAG-AATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
** ** * * ** * * *
120662 AACAATTGTTTTGTGAC-AAAACAAAAATGTCATCATGATTTG-AAATTG-GTAATAGTTC-AAA
443 AA-AATAATTTAATGACAAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAATAGAG-AATTGTCCAAAA
* ** *** * *
120723 TGGA-CA-AGACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGATTTAA
505 T-AATCATA-ACTATTACAACTTGA-TTAAAAAATAGAATCAA
* * * * *
120763 TTTTTAAAT---TT-CTAACTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * **
120824 AACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAT
65 AGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * * * *** * *
120889 AATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTCACTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
130 AATTATTCAAACAGTTATAGCTATTTGAACTTGGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
*
120954 ACTTATTAATTTT
195 GCTTATTAATTTT
120967 TGGAAATTTA
Statistics
Matches: 1839, Mismatches: 397, Indels: 228
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
525 7 0.00
526 10 0.01
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529 125 0.07
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546 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (544 bp):
TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGATTATTTTATTCTAAATAA
GCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
ATTATTCAAACAGTTATAGCTATTTGAACTTGGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTG
CTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGT
CATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTCTAG
AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATAATTTAAT
GACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAATAGAGAATTGTCCAAAATAATCATAACTATTAC
AACTTGATTAAAAAATAGAATCAA
Found at i:121734 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 121709--121757 Score: 98
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
121699 TGCCTTACCC
121709 GATCGATCCTTCATCCAAGG
1 GATCGATCCTTCATCCAAGG
121729 GATCGATCCTTCATCCAAGG
1 GATCGATCCTTCATCCAAGG
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1 GATCGATCC
121758 ATTCTTTAGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 29 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
GATCGATCCTTCATCCAAGG
Found at i:128851 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 128834--128859 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
128824 GGTATGAAAA
128834 ATTGCTTTGATG
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128846 ATTGCTTTGATG
1 ATTGCTTTGATG
128858 AT
1 AT
128860 CCTAATGACA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
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Consensus pattern (12 bp):
ATTGCTTTGATG
Found at i:131901 original size:173 final size:180
Alignment explanation
Indices: 130414--131945 Score: 557
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130404 TTCCAAAAAT
* * * * *** *
130414 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
1 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * ** * ** **
130479 AAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCTATTC
66 GAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGATTGATGCTC
* * * * *
130543 ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAA
131 ATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATT-ATGAAA
** * ** ** ** *
130592 -AAGTAGTTGAA-A-ATTTAAAAAATAAACTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGTCCAT
1 TAA-TAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * ** * * * *
130654 TTGAACT-ATTACCA-ATTTCAAATCATGATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
64 TTGAA-TAATTA-TATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATG-ATTGA
* ** * * * * *
130717 T--TCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT-TCAAA
126 TGCTCATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAA
* * * * * *
130769 -AATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACCGGTTCAAATAGTTATAATTATT
1 TAA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * ** ** * *
130832 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGATATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAGTTGTTTCTAT--
65 TGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGATT-GATGC
* * ** * * ** * *
130894 TCATACAAACTTATTTGGAGTAAACAT--TGCTAAACTAATAATATTCTAAAAA
129 TCATACCAGCTTATTCAGAATAAA-ATAATACTAATGTAATAATATTAT-GAAA
* * * * * *
130946 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTA-TCGAACTAATTTAAATAGTTA-AGACTA
1 -TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTA
* * * * * * * * * *
131008 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCA-G
63 TTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGATTGATG
* * * * * * * **
131072 TTCATA-CATGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATCCAAAAAA
128 CTCATACCA-GCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATGTAATAATAT-TATGAAA
* * * * * *
131126 TTAATAAGC-AAG-GAATTTTAAAAAA-AATATCTG-CTACCAAACAAGTTCAAATAGTTGTGAC
1 -TAATAA-CTAAGAG-A-TTTAAAAAATAA-ATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * * ** * * *
131187 TATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTAG-CTTATCATAAAACAATTG-TTCA
61 TATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGATTGA
* ** * * * * * * * *
131250 -GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAATATT-TCAAA
126 TGCTCATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAA
* ** *** * ** **
131303 -AATTGAGATGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TAGAATCAACTCAAATAGTTATGGC
1 TAA-T-A-A-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA-AACCAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * ** * * *
131366 CATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATCAAA-CAATTACTT-
61 TATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGA-TTG
* * * * ** * * *
131429 -TTCATCAAACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-T-AAA
125 ATGC-TCATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAA
* * * * * *
131483 AAATTAA-T-A-AG---TAAGAGAT-TATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATGGTTATAACTATT
1 TAA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * ** * *
131541 TGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTATTGATGCT
65 TGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGATTGATGCT
131604 CATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAA
130 CATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAA
** * *
131655 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGGCTAT
1 -TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTAT
* * * *
131719 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGCTT-TTGT
64 TTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGATTGATGC
* ** * ** * * * *
131783 TTATATGAG-TTGTTCA-AATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTTAAA
129 TCATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAA
* ** * *
131833 -ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTACTAAATTAGTTCAATTAGTTATAACAATTT
1 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* ** *
131894 GAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACAATTTATTTTGTTGTAAAATAA
66 GAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAA
131946 TTGTTTCTAT
Statistics
Matches: 1043, Mismatches: 242, Indels: 143
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 68 0.07
171 49 0.05
172 14 0.01
173 82 0.08
174 7 0.01
175 34 0.03
176 53 0.05
177 202 0.19
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179 210 0.20
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181 107 0.10
182 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
GAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGATTGATGCTC
ATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAA
Found at i:132425 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 132056--133430 Score: 1150
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132046 GCTATAACTG
* * * * *
132056 TTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-
1 TTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* * ** * * *
132118 TTCGTATAAGCTTATTTGGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATA
65 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTC-AGAAATTAATAAGTA
** * * * * * * ** *
132182 AGTGAGTTAAAAATTGAGTCTATTTATCAAACAAGTTGTAATAATTATGACTA
128 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * * * *
132235 TTTAAACAATTCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
* * ** *
132300 TCATACAAGTTTATTTCAATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAGTAAA
66 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGA-AATTAATAAGTAAA
* * * * *
132365 AGATTTAAAAAATAAACCTGTTTACCAAATAAGTTC-AATAGCTATGACTA
130 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
132415 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
* * * ** *
132480 TTATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAA
66 TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGA-AATTAATAAGTAA
* * * ** *
132544 AAGATTCT-AAAAATAAATATGTTTATC-ATACAAGTTCAAATAGGCATAACTA
129 AAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * ** * *
132596 TTTGAATAAATAT-TCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC-A
1 TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* * ** *
132659 GTTCATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAG
65 -TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCAG-AAATTAATAAG
* * *** * *
132723 TAAGAA-ATTTAAAAAATGATTCTATTT-TTTAATAAAGTACAAATAGTTATGACTA
126 TAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
132778 TTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTC-TTAAATAATTGTTTCTA
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* * * *
132842 TTCATACAAGCTTA-GTCTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAGGTA
65 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AGAAATTAATAAGTA
* * * * *
132906 AAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTTTGACAA
128 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ***
132958 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
* * * * *
133023 TCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGCAAA
66 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAGAAATTAATAAGTAAA
* ** * *
133088 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAGTTCAAATAGTTATCACTG
130 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
133139 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
* * * * * * * *
133204 TCATATAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATTCTGAAAATTAATAGGTAG
66 TCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAG-AAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
133268 GAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCA
129 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** ** * *
133320 TTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCATTACAACCTCCTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
* ** *
133385 TCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
66 TCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
133431 TTGAAAATTC
Statistics
Matches: 964, Mismatches: 202, Indels: 58
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 34 0.04
180 315 0.33
181 472 0.49
182 133 0.14
183 10 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAAATTAATAAGTAAAA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
Found at i:133046 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 132056--133439 Score: 1213
Period size: 361 Copynumber: 3.8 Consensus size: 357
132046 GCTATAACTG
** * *
132056 TTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-
1 TTTGAACA-ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * ** **
132118 TTCGTATAAGCTTATTTGGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATA
65 TTCATACAAGCTTATCT-GAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTC-TGAAATTAATAGGTA
** * * * * ** * * * * *
132182 AGTGA-GTTAAAAATTGAGTCTATTTATC-AAACAAGTTGTAATAATTATGACTATTTAAACAAT
127 A-AAATTTTAAAAA-TAAAT-TATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACAATTTGAATAAT
** ** * ** * *
132245 TCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGT
188 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* ** * * *
132310 TTATTTCAATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
253 TTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * *
132375 AATAAACCTGTTTACCAA-ATAAGTTC-AATAGCTATGACTA
317 AATAAATCTATTTATCAATA-AAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
132415 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGT
1 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
132480 TTATACAAGCTTAT-TCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAA
66 TCATACAAGCTTATCT-GAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTGA-AATTAATAGGTAA
* * * * * * *
132544 AAGATTCTAAAAATAAA-TATGTTTATCATACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAAATA
128 AA-ATTTTAAAAATAAATTAT-TTTCTGA-ACAAGTTCAAATAGTCATGACAATTTGAATAATTA
* * ** * * *
132608 T-TCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGC
190 TCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC
* * *
132671 TTATTCAAAATAAAATAATACTTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAA-ATTTAA
253 TTATT-TAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAA
* * * * *
132735 AAAATGATTCTATTTTTTAATAAAGTACAAATAGTTATGACTA
315 AAAATAAATCTATTTATCAATAAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
132778 TTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTC-TTAAATAATTGTTTCTA
1 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
**
132842 TTCATACAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAGGTAA
65 TTCATACAAGCTTA-TCTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-GAAATTAATAGGTAA
**
132907 AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTTTGACAATTTGAATAATTAT
128 AAATTTTAAAAATAAAT-TATTTTCTGAACA-AGTTCAAATAGTCATGACAATTTGAATAATTAT
* ** *
132971 CTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGT
191 CTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
** * *
133035 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGCAAAAGATTTAAAAAA
255 ATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * *
133100 TAAATCTATTTACTGAGT-AAGTTCAAATAGTTATCACTG
319 TAAATCTATTTA-TCAATAAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
133139 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * *
133204 TCATATAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGG
66 TCATACAAGCTTATCT-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTG-AAATTAATAGGTA-A
* * * * *
133269 AGA-TTTAAGAAATAAA-TATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTA
128 AAATTTTAA-AAATAAATTAT-TTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACAATTTGAATAATTA
* * ** * * * * **
133332 TCTAGTTCAAATCATTACAACCTCCTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATGCAAAATT
190 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* *
133397 ATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATT
255 ATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATT
133440 CAGCTTGTAC
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 159, Indels: 79
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 31 0.04
360 52 0.06
361 310 0.38
362 292 0.35
363 123 0.15
364 16 0.02
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATCTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTGAAATTAATAGGTAAAAA
TTTTAAAAATAAATTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATT
TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTATCAATAAAGTTCAAATAGTTATGACTA
Found at i:133178 original size:543 final size:531
Alignment explanation
Indices: 130396--133431 Score: 2137
Period size: 543 Copynumber: 5.7 Consensus size: 531
130386 TGAGCTAACA
* * * * ***
130396 TATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGTGAGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGACCAAGTTC
* * *
130461 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
65 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
130526 AATAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--
128 AACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTG
* * * *
130588 AAAA--AAGT-AGT-TGAAAATTTAAAAAATAA-ACTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTAT
192 AAAATTAA-TAAGTAAG-AAATTTAAAAAATAATTCTT-TTT-TC-AAAAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * * *
130648 GTCCATTTGAACTATTACCAATTTCAAATCATGATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
252 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTT
* ** * * *
130713 TTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-
317 TCTATTCATACAAGCTTATCTA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAT
** * **
130777 AGAGA-TTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACCGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAATT
380 AGAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACTA-A-CAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATT
* * * * * * *
130841 ATCTATTTCAAATCGATATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATACAAACT
442 ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * **
130905 TATTTGGAGTAAACAT--TGCTAAAC
507 TATTTGAAATAAA-ATAATACTAATT
* * * * * *
130929 TAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTA-TCGAACTAA-TT
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-G-ACCAAGTT
* * * * * * * *
130992 TAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTAGTTAT
64 CAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TATTATGAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * *
131056 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATCCA
126 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * ** ** *
131121 AAAAATTAATAAGCAAGGAATTTTAAAAAA-AATATCTGCTACCAAACAAGTTCAAATAGTTGTG
191 GAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAATAAT-TCTTTTTTCAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
131185 ACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTAG-CTTATCATAAAACAATTG-TT
253 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTT
* * * *
131248 C-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATA-ATACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGA
318 CTA-TTCATACAAGCTTAT-CTAAATAAAATAATACA-AATTTATTAATATTT-AAAAATT-A-A
* * * * * * * *
131311 TGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TAGAATCAACTCAAATAGTTATGGCCATTTGAAC
377 T-ATAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACT--AA-CAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAAT
* * * * *
131375 AATTATCTAATTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTACTTT-TCA-TCAA
438 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCT-ATTCAT
* * *
131437 ACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATAATAATT
500 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
** * * *
131469 TATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA--T-----T--ATCTGTTTACTAAACC-AGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-GACCAAGTTC
* * *
131524 AAATGGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
65 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
131589 ACAATT-ATTGATGCTCATACCAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATG-
129 ACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGA
* * * ** * *
131652 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGC
193 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATTCT-TTT-TTCAAAAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * *
131716 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGCTTT-
255 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTG-TTTC
* * ** * *** *
131780 TGTTTATATGAG-TTGT-TCAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATA-AG
319 TATTCATACAAGCTTATCT-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATATAG
* * * *
131842 AGA-TTTAAAAA-AAATTTGTTTACTAA-ATTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTAT
382 AGATTTTAAAAATAAATCTATTTACTAACA--A-TTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTAT
* * ** * ** * * *
131904 TTATTTCAAATCGTTATGACAATTTATTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTAATACAATCTTA
444 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* *
131969 TTT-AGAATAAATTAATGCTAATT
509 TTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * *
131992 TATTAATATT-C---------T---C-AAA-ATTAAAAAATGAATCTG-TTAGCTTGACCAA-TG
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-C-TGACCAAGTT
* * * * *
132040 CAAATTGCTATAACTGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTATTTTGTCACA
64 CAAATAGTTATAACTATTTGAACA-ATTATTTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTGTTTTGTCATA
* * * *** * *
132104 AAACAATTGTTTC-TTTCGTATAAGCTTATTTGGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTCA
127 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCT
* * ** * * * * * ** *
132167 AAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAGTCTATTTATCAAACAAGTTGTAATAATTATGA
191 GAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCT-TTTTTCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * *
132232 CTATTTAAACAATTCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTC
254 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTC
* * * * * * *
132297 TATTCATACAAGTTTATTTCAATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAGT
319 TATTCATACAAGCTTATCT-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-A-T
* * * * * * * * *
132362 AAAAGATTTAAAAAATAAACCTGTTTACCAAATAAGTTC-AATAGCTATGACTATTTGAACAATT
380 -AGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTA-CTAACAA-TTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATT
* * * * * * * *
132426 ATTTATTTCAAATTGTTATGGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTTATACAAGCT
442 ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * *
132491 TATTCGAATTAAAATAATATTAATT
507 TATTTGAAATAAAATAATACTAATT
*** * *
132516 TATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTCTAAAAATAAATATGTTTATCAT-A-CAAGT
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTA-C-TGACCAAGT
** * * * * **
132579 TCAAATAGGCATAACTATTTGAATAAATATTCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATCAT
63 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
132644 AAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTTAATTTATTAATATTT
126 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTC
* * * *
132709 TGAAAATTAATGAGTAAGAAATTTAAAAAATGATTCTATTTTTTAATAAAGTACAAATAGTTATG
190 TGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCT-TTTTTCAA-AAAGTTCAAATAGTTATG
* *
132774 ACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTC-TTAAATAATTGTT
253 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATTAAATAATTGTT
* *
132838 TCTATTCATACAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAG
317 TCTATTCATACAAGCTTA-TCTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA-
* * * *
132903 GTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAGTTTTGACAATTTGAATAAT
379 -TAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACT-AACA-ATTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAAT
**
132968 TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGC
441 TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
*
133033 GTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
506 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * **
133059 TATTAATATTCCAAAAATAAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGACCAAGTTC
* * *
133124 AAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAA
65 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATA-TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
133189 AACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATTCTG
128 AACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTG
* * * * * * ** * * *
133253 AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTC
192 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCT-TTTTTC-AAAAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** ** * * *
133318 CATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCATTACAACCTCCTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT
255 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCT
* ** * * *
133383 ATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
320 ATTCATACAAGCTTATCTA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT
133432 TGAAAATTCA
Statistics
Matches: 1941, Mismatches: 436, Indels: 244
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 2 0.00
513 1 0.00
515 1 0.00
516 48 0.02
517 164 0.08
518 15 0.01
519 32 0.02
520 2 0.00
522 7 0.00
523 107 0.06
524 115 0.06
525 19 0.01
526 3 0.00
527 3 0.00
528 13 0.01
529 97 0.05
530 86 0.04
531 55 0.03
532 127 0.07
533 36 0.02
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537 14 0.01
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541 43 0.02
542 200 0.10
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544 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (531 bp):
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGACCAAGTTCA
AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAA
TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCTTTTTTCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATCTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAATTAATATAGAGATTTTAA
AAATAAATCTATTTACTAACAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATA
GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
TAATACTAATT
Found at i:134329 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 134020--134870 Score: 714
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 176
134010 TATAACGATT
** * * * * *
134020 TTATCTATTTCAAATAATTATTAACTTTTGTTTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTTATAAAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTA-TGA-TTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
134085 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAA
63 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--AAAAATTTAAA
* * * * * *
134150 AAATAAATTTATTTGCCT-AGCGAGTTAAAATAGTTATGACCATTTAAACAA
126 AAATAAATCTATTT-ACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* *
134201 TTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTCTTGTTTTGTCATAAAGCATA-TGTTTCTATTCATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAT-T-TTGTTTTGTCATAAA--ATATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
134265 GTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTAA
62 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--AAAAATTTAA
* * * * * * *
134330 AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATGTCAATTTGAACTA
125 AAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * **
134382 TTATCTATTTCAAATTGTTAT-ATTTTG---T-T--TACAA-ATTGTTAT-TATTCATACAAAAT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTGTTTTGTCATAAAATATTGTT-TCTATTCATACAAGCT
* * *
134438 TATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCCAAAACTAATAAG--AGATTTAAAAA
65 TATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAA
* **
134499 GTAAATCTGCTTACTGAACCTA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
128 ATAAATCTATTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * * * * *
134548 TTATTTATCTCAAATCATTGTGATTTT-TGTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTTATACAAGCT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTGTTTTGTCAT-AAAATATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * ** * * *
134612 TATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
65 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTAAAAA
* * * ** * * *
134677 ATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAA
128 ATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* *
134726 TTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTGTTTCTA-TTCATACA-
* * *
134790 A-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTA
61 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTA
*
134854 AAAAACAAATCTATTTA
124 AAAAATAAATCTATTTA
134871 TCGAACAAAT
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 97, Indels: 66
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 62 0.11
167 7 0.01
169 4 0.01
170 61 0.11
171 1 0.00
172 4 0.01
173 4 0.01
174 56 0.10
175 2 0.00
177 3 0.01
178 68 0.13
179 2 0.00
180 16 0.03
181 247 0.46
182 2 0.00
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTGTTTTGTCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATA
AATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
Found at i:134990 original size:126 final size:127
Alignment explanation
Indices: 134756--134998 Score: 298
Period size: 126 Copynumber: 1.9 Consensus size: 127
134746 TGACCTTTTG
* ** *
134756 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATACTTATTCCAAATAAAATAATACTACTTTAT
* *
134821 TAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAACAAATCTATTTATCGAACAAATAT
66 TAACATTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTAAAAAACAAATCAATTTATCGAACAAATAT
* *
134883 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-ATAGCTTA-TCCAACATAAAATAATATTACTTT
1 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATA-CTTATTCCAA-ATAAAATAATACTACTTT
* * ** *
134945 ATTAATATTTC-AAAAATTGAGAAG-TTGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATC
64 ATTAACA-TTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAA-ATTTAAAAAACAAATCAATTTATC
134999 AAATCAGTTC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 13, Indels: 9
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TAACATTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTAAAAAACAAATCAATTTATCGAACAAATAT
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*
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* *
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*
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* * *
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1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATAT-C
* *
135175 TTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCT
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Statistics
Matches: 136, Mismatches: 9, Indels: 15
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AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATATCT
TACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAACAGTTATAACCTT
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTCTTCATCATACCAGCCAATTCAGAAG
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* * ** * * * *
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* * ***
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
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66 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* ** *
136379 ATTGTTTTATGCCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAC
131 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
** * * * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTA
* * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *** * *
136736 AAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGT
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* * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * * ***
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66 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-
* * ** * * *
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129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTAT
* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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127 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** *
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1 TCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
** * * * * * *
137211 ATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAAAACATTTGTTTTTAGA
64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-A-ATAAGC--TTG--TAT-GA
** * * * *
137276 A-CAAAAGCATTTGTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGT
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* * * * * * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
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* * ** * * * * * * * *
137463 AAATTTATTTTACAATAGAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAGAATTGT
129 CAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * ** * *
137517 TCATACAG-CTTTAACTATTT-AAATTGATTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
1 TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * ** * * *
137580 ATTAATTTTTGTAATATTATTATGTTAGCATTATTATATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
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* * * * * * * * *
137645 TAATTGTGTTATGATAGAACAAAATGTTATAATAATTTAAAATAAATAATTAT
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * *
137698 TCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
137762 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGACTTGTAT-AA-TGAAA
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** * ** * * **
137824 AGCAATCATTTTATGAAAAAACAAAATTTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGC
128 A-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * ** * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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131 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTT
* * * * *
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64 ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGA-
* * * * * *
138188 AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTCGAAATAGATAATTGT
127 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
138243 TCTAATAGTCTTAACTATTTGCA-TTGGCTT-GGTAAATACATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * *
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* * * * ** * *
138368 AACAA----TTTAGGA-TAAA-AAAA--TCATAACGATATGTGATAGACAATTGT
127 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * * ** **
138478 T--TTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAACAGAAAC
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTA
* * * * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * **
139014 ATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTGGAAATAAGCTTGCATGAA-CAA
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* * * * *
139076 AACCAATTG-TTTATGACAAAA-AAAAAGTTATAATGTTTTGAAATAGAT-TTTTT
127 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
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1 TCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
** * * * * *
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* *
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* * ** * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTA
* * ***
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* * ** * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTT
* ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * ***
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
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** *
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* ** * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
** * * * * ***
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* * * * ** * * ** * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* ** * * *
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* * * * **
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* * ** ** * * * *
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* * * **
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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** * * *
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* *
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* *
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* * * ** ** * * *
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** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *** * * *
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* * * ** * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * ** * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * *
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504 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
138868 TTTATTT-TGAATAAACTTGTT-TGAA-TAGAACAAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
569 TTTATTTCAG-ATAAGCTT-TTATGAACTAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * *
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* * *
138991 ATT-TCTTTTTAAAAT-TTTTA
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* ** *
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1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
** * * * * * * * *
139073 CAAAACCAATT-GTTTATGAC-AAAAAAAAAGTTATAATGTTTTGAAATAGAT--TTTTTTTAGA
63 TGAAA-CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-A
* * * * * * *
139134 TA-TGCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTATCTTACTT-TTAA
126 TAGT-CTTAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
139197 TTTTCAAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATT
189 TTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-GAATAAGCTTATATG-ACAAAAACAATT
* * * * ** * * *
139262 GTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTA
252 G-TTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAACTA
*** * * *
139327 TTTGAACTTG-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATAT
315 TTT-AAC-TGATT-TGGAAACAAATTTATTTTTT-AAA-TTTTT-CTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** * * * *
139391 TAATAAATAAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAA
374 TAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAAAATTATTTTAT-ACAA
* * ** * * * **
139456 AACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTG-T
436 AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGAT
* * * **** *
139520 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTTACTTATTAATTGTCTTCATATTAATAAATTTGT
500 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * ** * * * *
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* * * * * * *
139649 ATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTA-TTGAAACTTGTTCAATAAATAG
628 ATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTG-AACTTGTTCAGTAAATAG
* * *
139713 AATTGTTTTTT-ACATCT-TTAA
692 AATTATTTTTTCAAATCTCTT-G
* * ** * * * *
139734 ATTATTAA-TTTTGGAATATTAATAGCTTATTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ***
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * ** * * *
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*
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* * * * * * ***
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* ** * * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * **
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** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
140956 ATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAAAAATTAATATT
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** * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
141231 AAACAAATATTTTATGATTAAACAAGAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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**
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** *
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* *** * ** * *
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* *
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** * * * * **
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* * * *
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* * ** *
142016 GTCTTAACCATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
128 GTCTTAACTATTTAAACTAG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
142080 TTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTATATGA-ATAAAATAATTGTT
192 TTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTATATGACA-AAAACAATTGTT
** * *
142144 CTATGACAAAA-AAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCTTAACTATT
255 -TATGACAAAACAAAGAT-T-ATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * ** * * * * *
142207 TAAATCGGCTCGGCAAGTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTAT
317 TAACT-GATTTGG-AAACAAATTTATTTTTTAAATTT-TT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* ** * ** * *
142271 TACATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAAATAGTATGA-ACAGTCAAAACTA---T-T-C-AAAT
377 TAAATTAGTATT-ATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-A-AAAAAATTATTTTATACAAAAC
* * * * * * * * * **
142329 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTAGAAATGTTTTGG
439 AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAG
* ** * * * **
142394 CAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
504 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
142459 TTTATTTCAAACAA-ATTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATG-GAAAACAAAAAGTAATAAT
569 TTTATTTCAGATAAGCTTT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * ** * *
142522 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTG-ACTTGGTTTGGCAAAAAGAATTA
633 GATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGAATTA
* *
142586 -TTTCT-AAATCTCTTA
697 TTTTTTCAAATCTCTTG
* * * * * * * *
142601 TTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGTT
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG-TATATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * ** * * *
142665 GAAATAATTATTTTATGAC-AAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAAATAATTGTTC-ATAT
64 GAAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-AT
* * * * * * *
142728 AGTCTTAATTGTTTGAATTAATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
127 AGTCTTAACTATTTAAACT-AGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
142793 TTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACCAGATACAATTGT
191 TTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTATATGA-CAAAAACAATTG-
* * * *
142858 TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
253 TTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
142923 TGAACTAATTCAT-GAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTCTTATTAATTCTTGAAAAACTAATA
317 T-AACTGATT--TGGAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
142985 AATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
379 AATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAAAAATTATTTTAT-ACAAAACAA
** * * *
143050 AAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTAGCCTAACGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATA
441 AAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAGTA
* * * * *
143115 AATTGATTTATTATTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
506 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * *
143180 TATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTT
571 TATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
143245 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACT-TATTTATTT
636 TTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAGAATTATTT
*
143309 TTTCAAATCTCATG
700 TTTCAAATCTCTTG
* **
143323 CTAATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * *
143388 AAACAATTATTATATGACTACACAAAATGTCAGAATGAATTGACATAGATGATTATTCTACTAGT
65 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
* * ** *
143453 TTTAACTA-TTAGAGCTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TT-C--ATTAATTTTT
130 CTTAACTATTTA-AACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
143513 GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTCATCGAAT-AGACTTGTATGATTAGAAATAGTTGTTTT
194 AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAG-CTTATATGA-CAAAAACAATTG-TTT
* * * ** * * ** *
143577 ATGAGAAAACAAATATCATAACAATTTGAGGTTGATATTTGTTCAAATATTCATAACTATTTAAA
256 ATGACAAAACAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAACTATTT-AA
** * * * * *
143642 CTGATTCAGAAA-ATAGCTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAGA
320 CTGATTTGGAAACA-A-ATTTATTTTTTAAAT--TTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-A
* * * * * *
143706 A-TAGTATTATTTTATTTCGGATAAGTTTTTATGGACT-GAAACAATTATTTTATA-ACAAACAA
380 ATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GA-TAAAAAAAATTATTTTATACA-AAACAA
* * * * * * *
143768 AAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTC-AATAGTCA-AATCTATTTAAATTTG-TTCG
441 AAGGTAATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAAT-TATTTGAA-CTGATTCA
* * * * * * *
143829 GTAAACAGATTT-TGTTTTAAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
503 GTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
143892 TATTTTATTT-TGAATAAGCCTATATGAAATGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAATAGGTCAA
566 TATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** * * ** ** * * *
143956 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTTTTAATTATTTGAACTGGTTTGGCGAACACATT
630 AATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAAT
* *
144020 TATTTTTTAAAATCTCTTA
695 TATTTTTTCAAATCTCTTG
* * * * * * * * **
144039 CTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAGAAGCTTTTATGAAAAG
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * * * * *
144104 AAACAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAA
65 AAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
** * * * *
144168 TAATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATGTT
129 TCTTAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TT
* * * * * * * *
144233 TT-GAATGTCAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTTTAT-A-AATTGAAATAGTTG
192 TTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTATATGACAA---AAACAATTG
* * * * * * * * *
144295 TTTTATGACTAAGCAAAAGGTTAAAACAATTTGCAATATATAA-ATATTCCAATAGTCTTAACCA
253 -TTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATA-ATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
144359 TTTAAACTGATTCGGTAAACAAA-GTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
315 TTT-AACTGATTTGG-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * *
144423 TTAAAATAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGA-ACAAAACAATTATTCTATGACAAAA
376 ATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAAAATTATTTTAT-ACAAAA
* * * * * * * * *
144487 -AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTA
438 CAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCA
* * * ** *
144551 GTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGG-AATATTATTAAATTAGTATT
503 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** ** ** *** * * *
144615 ATTTTATTT-TGAATAAAATAATATGAA-T-AGTCAA---AACTAT-TC-AAATAAAAGGTTATA
567 ATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * *
144672 ATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAA-AACTATTTGAA-ATGTTTTGGCAAGTAGAT
631 ATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGT-AATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGAA
* *
144735 TTACTTTTT-AAATCTCTTA
694 TTATTTTTTCAAATCTCTTG
* * * ** * * * * ***
144754 CTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAA
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * *
144819 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
* * * * * *
144884 -TATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATATAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTT
130 CT-TAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *** * *
144947 T-GAAATATTA-TAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCTTTTATGAGTTGAAATAATTATT
193 TAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTATATGA-CAAAAACAATT-GT
* * * * * * * ** * * *
145010 TTATGACAAAGCGAGAGGTCATAAAAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTT
254 TTATGACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * ** * ** *
145075 GAATTGATTCGGTAAATGGATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTCAAAATATTACT
318 -AACTGATTTGG-AAA-CAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * *
145140 AAATTAATATTATTTTAGTTCT-AATAAGCTTGTATGACCAAACACAATTGTTTTATGATAAGAC
378 AAATTAGTATTA-TTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATGA-TAAAAAAAATTATTTTAT-ACAAAAC
* * * * * * ** * *
145204 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACAATTTGAACTGGTTCAA
439 AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAG
* * * *
145269 AAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTT-GAAATGTTAATAAATTAGGATTA
504 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * **** * *
145329 TCTTATTTCTA-TTAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAA
568 TTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** * * * ** * * * *
145393 TGATTTAAAATAGATTGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAATTGATTT
632 TGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGAATT
*
145457 ATTTTTT-AAATCTCTTA
696 ATTTTTTCAAATCTCTTG
* *** *
145474 CTTATTAA-TTTTT--A-A--AATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATT-
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * * *
145532 AAATAGTTGTTTTATGA-TAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 AAACAATTATTTTATGACT-AAA-CAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * * * * *
145596 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTT
128 GTCTTAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * ** *
145661 TTCA-AATGCTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
192 TT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-GAATAAGCTTATATG-ACAAAAACAATTGT
* * * * * * * * * *
145725 TATATAACTAAATAATAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
254 T-TATGACAAAACAA-AGATTATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
145790 AGAACT-AGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TCTCTCATTAATTTTT-AGAATATTATT
317 -TAACTGA-TTTG-GAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
** ** * * * * * *
145851 AAATTAGTATTATTT-TTATCCAAATGGGCTTTTATGATTAGAAACAGTTGTTTTATGAGAAAAC
378 AAATTAGTATTATTTATT-T-TGAATAAGCTTGTATGA-TAAAAAAAATTATTTTAT-ACAAAAC
* * * * * * *** * * *
145915 AAATA--TCATAACAATTTGAAGTTGATATTTGTTCAAATATTCATAACTATTTAAACTGGTTCA
439 AAA-AGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCA
* * ** * *
145978 GAAAACA-ACTTTAGGTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAA-TAGTAT
503 GTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATA-AATTAGTAT
** * * * * *
146041 TATTTTATTTTGGATAAG-TTTTCATGAATTGAAACAGTTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCAT
566 TATTTTATTTCAGATAAGCTTTT-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
146105 AATAATTTTAAATAGAT-A--A-TCCAATAGTCAA-ATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAG-A
630 AATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGT-AATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAA
** *
146164 TT-TTTTTAAAAAAAATCTTTTG
694 TTATTTTT---TCAAATCTCTTG
* ** * ** *
146186 CTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATG
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * *
146251 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAACAGCTC-GAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAG
65 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAG-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* * ** * *
146314 TCTTAACTATTTGAA-TTGCTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATT
129 TCTTAACTATTTAAACTAG-TTTGGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * * *
146378 TTTAGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAAAGAAACAATTGT
191 TTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTATATGACAA-AAACAATTG-
* * * * * **
146443 TTTATGACAAAATAAATATCATAACTATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
253 TTTATGACAAAACAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
146508 AAACT-ATTTTTGTAAGCAGATTTAGTTTTTAAA--TGTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAT
318 -AACTGA--TTTGGAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * ** * *
146570 ATCAGTATTATTTTATTTTGGATAATTTTGCATGA-ACAAAAATAATTATTTTATGACAAAATAA
380 ATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAA-AATTATTTTAT-ACAAAA-CA
* * * * * * * ** *
146634 AAAAGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCACATGGACATGACAATTTGTACTTG-TTC-G
440 AAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAG
* * * * *
146697 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTGCAAAATATTAATAAATTAGCATT
504 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG-GAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** *
146761 A-TTTATTCCCA-ATAAACTTGTATGAA-TATAAGCAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGATCAT
567 ATTTTATT-TCAGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * **
146823 AACT-ATGTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTG--C--TCCAT---A
630 AA-TGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAA
* * *
146880 --ATTTTTTAAAAT-TTTTAA
694 TTATTTTTTCAAATCTCTT-G
* * * * * ***
146898 CTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATATGCTTGCATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* ** * * * * * * * *
146963 AAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GCTTTTGAAATAAATAATTGTCCAAATTG
65 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* * *** * * *
147027 TCATAACTATTTGAA-T-GTGTTAAAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTATTAATTT
129 TCTTAACTATTTAAACTAGT-TT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
147089 TT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATAA
192 TTAG-AATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAATT-GAATAAGCTTATATG-ACAAAAACAAT--
* * **
147152 T-TTTATCACAAAACAAA-ATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACT
251 TGTTTATGACAAAACAAAGAT-T-ATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATAACT
* * * ** ** * * * *
147214 ATTTGAATTTATTTGGTAAACAGA-GCAAATTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAATATT
314 ATTT-AACTGATTTGG-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
147278 AATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC--CTAT-ATAAACTGAAACAATTATTTTATGAC
375 AATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAA---AAA-AATTATTTTAT-AC
* * * * ** * *
147340 AAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTG
434 AAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TG
** ** * * * * * ** *
147405 -TTTGGTAACCATATTTATGTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAA
498 ATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
147469 TATTATTTTAATTTGA-ATAAGCTTGTATGAAC-AAAA-ACTTATTCTATGACAAAATAAATA-G
563 TATTATTTT-ATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGG
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TTAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAGCTTATATGACAAAAACAATTGTTTATGAC
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TGGAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAATTATTTTATACAAAACAAAAGGTAATAACGATT
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TAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCT
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAGTATAATTATTC
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Indices: 144482--144984 Score: 438
Period size: 174 Copynumber: 2.9 Consensus size: 174
144472 TATTCTATGA
* * ** *
144482 CAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
1 CAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
* * * * * ** * * *
144547 TTTAGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
66 TTTAGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
144612 ATTATTTTATTTTGAATAAAATAATATGAATAGTCAAAACTATT
131 ATTATTTTATTTTGAATAAAATAATATGAATAGTCAAAACTATT
* * * * *
144656 CAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGT
1 CAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
* *
144721 TTTGGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTCTAAATATTAATAAATTAG
66 TTTAGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTAG
* * * * * ** * *
144785 TATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA-AAAACAATTGTTTTATGA
130 TATTATTTTATTTTGAATAAAATAATATGAATAGTCAA-AA-----CTAT-T
* * * * * * * * *
144836 CAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTA
1 CAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
* * * * * * *
144901 GTTTGGCAAATATAATTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATT-ATAAATTA
65 GTTTAGCAAGTAGATTTACTTTT-TAAATCTCTTACTGATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
144964 GTTTTATTCTATTCTGAATAA
129 GTATTATTTTATTTTGAATAA
144985 GCTTTTATGA
Statistics
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0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.02
174 132 0.50
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181 88 0.33
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
CAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
TTTAGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTTGAATAAAATAATATGAATAGTCAAAACTATT
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144851 TAACGATTTG
144861 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
144877 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
144894 TGAACTAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
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147514 ATGACAAAAT
* * * * *
147524 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAA-ATATTTCCTTT-TTAAAGGTCTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTCGAA-TTGGTTCAATAAACATATTT-CTTTCTCAAAGCTCTTACTTAT
147586 TAATTGTTTGA-ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTATTC
64 TAATT-TTTGATATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTATTC
*
147629 AAATAGTCATAACTATTCGAATTGGTTCAATAAACATATTTCTTTCTCAAATCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTCGAATTGGTTCAATAAACATATTTCTTTCTCAAAGCTCTTACTTATTA
*
147694 ATTTTTGATATCTTAATAAATTAGTATTATTTTA
66 ATTTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
147728 TTTCAAATAA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 7, Indels: 9
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
104 2 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.07, T:0.48
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AAATAGTCATAACTATTCGAATTGGTTCAATAAACATATTTCTTTCTCAAAGCTCTTACTTATTA
ATTTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTATTC
Found at i:147946 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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147649 ATTGGTTCAA
* * * * * *
147659 TAAACATATTTCTTTCTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGATATCTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTCTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
147724 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAGAGGTCATAACG
66 TTTATTTCAAAGAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACG
147789 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAGCTAATTCGG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAGCTAATTCGG
* * *
147840 TAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTCTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
*** * * * *
147905 TTTTATTTTGTAGAAGCTTGTATTAACTAAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTTCAAAGAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * ** **
147969 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TACTAACTATTTGAACTTGTTCAA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCA-TAATTATTTTAGCTAATTCGG
* * * * * *
148021 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TTTT--TAATGTTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAAATTTA-TTTCTAAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *** * * * * ** * * *
148081 AATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTCTTATGACTAAATGAAATGTTAGAA
64 ATTTTATTTCAAAGAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * ** * * ** ** *
148146 CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTAGTCTTAACCATATGAAATGGTTTGG
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAGCTAATTCGG
* * ** * * **
148199 TAAATAAATTTATTTTTCCAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTGTTAAATTTA-TATTA
1 TAAACAAATTTATTTCTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * ** * *
148263 TTTTAATTCGAATAAGCTTGTACAAAC-AAAA-AATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTTCAAAGAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAC
*
148324 GATTTGAAATTGATAAT
130 GATTTGAAATAGATAAT
148341 CGTTCATATA
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 91, Indels: 28
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 65 0.16
178 94 0.24
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180 8 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TAAACAAATTTATTTCTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAAGAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAGCTAATTCGG
Found at i:148743 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 148482--149703 Score: 1024
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 179
148472 TTTATCGCGT
* * * * *
148482 AAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
** * *
148547 TCATAAAGTAATTGTTTCTATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
148612 TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCAAAC
131 TTCTAAAAATTAATA-GTA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
* * * * *
148663 AAGTTCAAAT-GATCATGTCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTT
* * * ** ** *
148727 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTACTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
148792 ATTTTGAAAATTAATA--AGAGATTTAAAAACTAAATATATTTACTGAAA-
130 ATTCTAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAAC
* * *
148840 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCGTTATG-T-TTTTCATTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGATCTTTT-GTTT
* ** * * * * * *
148902 TGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCGTACTAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
148967 TTTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAAC
129 TATTCTAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
* * * * * *
149020 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTTGTCATAA--AAC-ACATTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTG-AATAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTT
* * * * * * * ** * *
149082 TTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCAAACATGTGTATTCGAAATAAAATAATGTTAGTTTATTC
63 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
149147 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAGC
128 ATATTCTAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
** * * *
149202 AAGTTCAAATAGTTATGACTAGATGAACAAGTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
* * *** *
149267 TCATAAAACAATTATTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATT-GTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
149332 ATTCTAAAAATTAATAGATAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC
130 ATTCTAAAAATTAATAG-TA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
* * * * * * *
149384 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
* * * ** ** * * * * *
149449 TTATAAAATAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
149514 TTATGAAAATTAATA--AGAGATTT-AAAACTAAATCTAT-TTTTTCAAAT
131 TTCTAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACCAAAC
* * * *
149561 AA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-ATTATCTATCTCAAATCGTTATGATATTTAT-TTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTT-TGTTT
* * * * ** * * * *
149623 T-TTATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTATTCAAATTAAAATAACAGTAATTTAATAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
149687 TATTAC-AAAAATTAATA
129 TATT-CTAAAAATTAATA
149704 AATAAAAGAT
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 175, Indels: 62
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 67 0.08
176 128 0.15
177 83 0.10
178 9 0.01
179 6 0.01
180 58 0.07
181 256 0.31
182 170 0.20
183 61 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCTAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
Found at i:156161 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 156034--156215 Score: 208
Period size: 73 Copynumber: 2.5 Consensus size: 73
156024 CTATAGCAAA
* * * * * ** *
156034 AACCAATCGATTCCCTTT-GGATAGGATCAATCGGCTGTAAAGGCAGTAGCCAATTTCGTTGAAC
1 AACCGATCGATTCCCTTTAGGACAAGATCGATCGGGTGTAAAGGCAGTAGCCAATTTCACTAAAC
156098 CCAGGAAG
66 CCAGGAAG
* * *
156106 AACCGATCAATTCCCTTTAGGACAAGATCGATCGGGTGTGAAGGTAGTAGCCAATTTCACTAAAC
1 AACCGATCGATTCCCTTTAGGACAAGATCGATCGGGTGTAAAGGCAGTAGCCAATTTCACTAAAC
156171 CCAGGAAG
66 CCAGGAAG
* *
156179 AACTGATCGATCCCCTCTTTA--ACAAGATCGATCGGGT
1 AACCGATCGAT-TCC-CTTTAGGACAAGATCGATCGGGT
156216 ATTCAACCAG
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 14, Indels: 5
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
72 16 0.17
73 70 0.75
74 2 0.02
75 5 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (73 bp):
AACCGATCGATTCCCTTTAGGACAAGATCGATCGGGTGTAAAGGCAGTAGCCAATTTCACTAAAC
CCAGGAAG
Found at i:157992 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 157969--158006 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
157959 AGAAATATTG
*
157969 GTATGAAAATTTGATGAT
1 GTATGAAAATCTGATGAT
157987 GTATGAAAATCTGATGAT
1 GTATGAAAATCTGATGAT
158005 GT
1 GT
158007 TTTGATATTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
GTATGAAAATCTGATGAT
Found at i:158025 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 158000--158038 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
157990 TGAAAATCTG
*
158000 ATGATGTTTTGATATTGATA
1 ATGATGCTTTGATATTGATA
158020 ATGATGCTTTGATATTGAT
1 ATGATGCTTTGATATTGAT
158039 GGATATATTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.03, G:0.21, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
ATGATGCTTTGATATTGATA
Found at i:158416 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 158390--158431 Score: 77
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
158380 AAGTTTTGAT
158390 AGAAGGGATCGAT-CCCTTCAG
1 AGAAGGGATCGATCCCCTTCAG
158411 AGAAGGGATCGATCCCCTTCA
1 AGAAGGGATCGATCCCCTTCA
158432 TTACCAGATC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.65
22 7 0.35
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Consensus pattern (22 bp):
AGAAGGGATCGATCCCCTTCAG
Found at i:160622 original size:178 final size:181
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Indices: 160363--160759 Score: 427
Period size: 178 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
160353 TTCGAAACAG
* *
160363 AATAAAACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTATATT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTATATT
160427 ACCAAAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-ATAC-T
65 ACCAAAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACTT
* * *
160490 -TT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATA-TAAGTTTGTTCAAAATAA
129 ATTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTATGTTAATACT-AGTTTATTCAAAATAA
* * * *
160541 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTATGATATTTA-AAAAGTGAATCTGT-
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAA-T-AAT-TATA
* * * * * *
160604 TTACC-AAA-CAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
63 TTACCAAAATCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * ***
160667 TTTATTATTTTGTCATCAAACAATTGCTTATGTTCATACTATTTTATTTGGAATAA
127 -TTATTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTATGTTAATACTAGTTTATTCAAAATAA
* * * *
160723 AATAATACTAATTTAATAATGTTTTGAAACTTAATAA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAA
160760 CCAAGAAAAT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 26, Indels: 18
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 8 0.04
178 89 0.49
179 9 0.05
180 3 0.02
181 2 0.01
182 70 0.38
183 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTATATTA
CCAAAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTAT
TATTTTGTCATAAAACAATTGCTTATGTTAATACTAGTTTATTCAAAATAA
Found at i:161318 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 160882--165035 Score: 1271
Period size: 181 Copynumber: 23.3 Consensus size: 181
160872 GATTTATAAT
* * * * * * * * **
160882 ATAAATGTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGTTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT
* * * * * * *
160946 CATTTTTTACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TAT-ATTACAAA-CTTATTCAGA
65 CA-TTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGT-TCA-TA-AAAGCTTATCCAAA
* * * * * *
161007 ATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCTAAAGGTTTGAAAAA
125 ATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAGGTTTAAAAAA
* * * *
161065 ATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATC
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATC
161130 ATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
66 ATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
* *
161195 T-AGTACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAA
131 TGA-TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAG-GTTTAAAAAA
* * *
161246 ATAAATTTTTTTACCT-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAAT
1 ATAAATCTATTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT
** ** * * *
161310 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
65 CATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
*
161375 ATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---GATTT-AAAAA
130 ATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGTTTAAAAAA
* * * * * * * * * * * ***
161423 GTGAATTTGTTTACT-ATATC-AATTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAA
1 ATAAATCTATTTACTGA-A-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAA
* *** * * * * ****
161486 TCATTATTACCTTTTGTTTGGTTTTATAACAATTGTTT-ATGGTCATACAAA-TTTATTTGGAAT
64 TCATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATA-AAAGCTTATCCAAAAT
* * *
161549 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-A--AAA----T------
127 AAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGTTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
161591 AT--GT-T-TAT--TGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTGTATACTT-CAAAT
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAAT
* * * * * * ***
161649 AATTATAACCTTTTGTTCT-GTGATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATA
65 CATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATA
* * * *** * *
161712 AAATAATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAA
128 AAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGGTTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
161766 ATAAATTTGTTT-GTTAACTAGTTCTAATAATTAAGACTATATT-AATAATTATCTATT-----T
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTGAAAAT
* * * * * ** * *
161824 CAATT-TG--TTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTCAGAATA
65 C-ATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATA
* * * * * *
161885 AAAT-AAAATAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTT-AAAAA
128 AAATGATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGGTTTAAAAAA
* * * * * **
161939 ATAATTTTGTTTACCT-AATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
1 ATAAATCTATTTA-CTGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAA
* * * * * ** * * *
162002 TCATTATGACCTTTTATTTT-GTCATAAAATAAATATTTTTGTTTATATAA-CTTTGTTCCGAAT
64 TCATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC-TT-ATCC-AA-
* * * * *
162065 AA-AAAA-AATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT-AGAAA
124 AATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGTTTAAAAAA
* * * **
162117 ATAAATCTATTTAC-CAA-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAA
1 ATAAATCTATTTACTGAACAA-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAA
* * * * * * * *
162180 TTATTATGA--TTTT-TTTCGATTATAAAATAATAGTTTCTA-TTCACACAAA-CTTATTCAAAT
64 TCATTATGACCTTTTGTTT-TAATATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAA
* * * * ** **
162240 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAATTTTCAAAA
126 TAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGTTTAAAAAA
* * * * * * * * *
162296 GTAAATATGTTTATTGAACTAGA-TCAAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTG-AAA
1 ATAAATCTATTTACTGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAA
** * * * * * *
162359 TTGTTATGACCTTTGGTTTT-GTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
64 TCATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATA
* ** * *
162423 AAAT-AGTACTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAA
128 AAATGA-TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGGTTTAAAAAA
* * * * * * * * *
162477 ATGAATATATTCACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATT
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAAT
* * * ** * * * * * *
162542 GC--TATTACCTTATGTTTT-CTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTTC-TAAT
65 -CATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC-TTATCCAAAAT
* * *
162603 AAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
127 AAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGGTTTAAAAAA
* * * ** * * * **
162658 ATAAATCTGTTT-GTCGAACAAGTTCAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
1 ATAAATCTATTTACT-GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT
** * * * * **** *
162722 TGTTATGACTTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTGGATTA
65 CATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATA
* * * * * *
162785 AAATAATATTAA-TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA-ATATTTAAAAA
128 AAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGT-TTAAAAAA
* * * ** * * * * ** *
162838 ATAAATATGTTTTCTGAGTAAATTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTTAAATT
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATC
* * * * ** * *
162903 ATTGTGACCCTTTGTTTT-GTAGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATCTAAAATAAA
66 ATTATGACCTTTTGTTTTAATA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
* * **
162967 ATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAA
130 ATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGGTTTAAAAAA
* * * * ** * * * *
163018 ATGAATATGTTTAGC-AAACATGTTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAA
1 ATAAATCTATTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAA
* * * * ** *
163082 -CATTATGGCCTTTTGTTTGT--CATAAAACAATTGGTTCCGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAAT
64 TCATTATGACCTTTTGTTT-TAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAAT
* * ** *
163143 AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAACA
127 AAAATGATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGTTTAAAAAA
* * * ** ** *
163197 ATAAGTATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTT-CAAAT
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAAT
** * * ** *
163261 TGTTAT-ATCCTTTTGTTTT-GTCATAAATCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAGAAT
65 CATTATGA-CCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
* * * ** *
163323 AAAATAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
127 AAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGGTTTAAAAAA
* * ** * * * **
163378 ATAAATTTGTTTACCT--AGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
1 ATAAATCTATTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT
** ** * * * * * * *
163441 TGTTATGATATTTTGTTTT-GTCATAAAACAGTTCTTTCCA-ATAATACAAAG-TTATTCGAAAT
65 CATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTT-CAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAAT
* * * ** *
163503 AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT-AAAAA
127 AAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAGGTTTAAAAAA
* * * ** * * * * * **
163558 ATAAATTTGTTCACAAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT
* * ** *
163622 -AGTTATGACAC-TTTGTTTT-ATCATCAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAAAC-TATTTAGA
65 CA-TTATGAC-CTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATCCAAA
* * * *
163682 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAC
125 ATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGTTTAAAAAA
* * * *
163736 A-AAATCTATTTA-TCAAACAAATTCAAATAGTTTTGAGTATTTGAACAATTATCTATCT-CAAA
1 ATAAATCTATTTACT-GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TGAAAA
* ** ** * ** * ** *
163798 TCATTATGA--TCTTCATTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCACACTAGCTTATTCGGAGT
64 TCATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
* * * * * *
163860 AAAAT-ATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAGTAAG---AGATTT-AAAAA
127 AAAATGA-TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGTTTAAAAAA
* ** * * * * **
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1 ATAAATCTATTTACT-GAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAA
* * * * * * * * * * ***
163974 CCATTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCATACATGCTTATTTGAAATA
64 TCATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATA
* * * * *
164038 AAATGATACTAATTTATTAACATGT--AGAACATCAA-AAG-ACAAGAAATTTTAAAAA
128 AAATGATACTAATTTATTAATAT-TCCA-AAAATTAATAAGTA-AAG--GTTTAAAAAA
** * * * * * * *
164093 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATATTTAT-AATGATTTAAAGAATTATCTATTTAAAAT
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT
* * * * * *
164157 AAATATAACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCAGTT--TGAAAACGCTTATTCGAGAT
65 CATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AAAA-GCTTATCCAAAAT
* * * * * * * * * *
164219 AAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGT-TAGATATTTAAAAA
127 AAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGT-TTAAAAAA
* * * * * * * * **
164274 TTAAGTC-AGTTTA-TCAA-ATTGATTCAAATAATTGT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCA
1 ATAAATCTA-TTTACTGAACA--AATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTGAA
* * * ** * * * ***
164335 AATCATTATGAACTTTTCTTTT-GTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATATAAGCCTATTCGGG
62 AATCATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAAAAGCTTATCCAAA
* * * * *
164398 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTT-AAAAA
125 ATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAGGTTTAAAAAA
* * ** *
164455 ATAAAT-TCGTTTACT----AAA-TC----AGTT-T--CTATTTTAACAATTATCTATTTCAATT
1 ATAAATCT-ATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT
* * * ** * * * * * *
164507 GC--TAT-AACTATTGTTATGTTATAAAATAA-TGTTTTAGTTTATATAAGCATATTCAAAATAA
65 -CATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
* * * * *
164568 AATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAA
129 AATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGGTTTAAAAAA
* * * ** * * * * * * * * **
164621 ATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATC
1 ATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATC
* * * * * * * *
164686 GTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAGAACAATCGTTTCAGTTCGTACAAGCTTATTCGAAATAAA
66 ATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
* * * *
164750 ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGT-AAGTGATTT-AAAAA
130 ATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAG-G-TTTAAAAAA
* * * * * * * * * * * * **
164802 GTGAATTTGTTT-GTCGAATC-TATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAA
1 ATAAATCTATTTACT-GAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAA
* * * * * * * ** *
164865 TCATTATTACCTTTTG-CTTCATCATATAACAA-T-TTT-ATTTGA-AAGTTCAATCTTATTTAG
64 TCATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA----AAGCTTATCCAA
* * * * *
164925 AATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
124 AATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGGTTTAAAAAA
* * * *
164983 ATAAATCTGTTTACTG-ACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTAT
1 ATAAATCTATTTACTGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
165036 AAACTTGAAA
Statistics
Matches: 3098, Mismatches: 651, Indels: 446
0.74 0.16 0.11
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Consensus pattern (181 bp):
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ATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
TGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGGTTTAAAAAA
Found at i:161714 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 161442--161749 Score: 384
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
161432 TTTACTATAT
* * * * * * *
161442 CAATTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTGG
1 CAATTTAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTGG
** * * * * * * * *
161507 TTTTATAACAATTGTTTATGGTCATACAAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATC
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* *
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1 CAATTTAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTT-TG
* * *
161668 GTGATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAAT
65 GTGATAAAACAATTATTTATAGTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAAT
**
161733 ATTTTGAAAATTAATAA
130 ATTTCAAAAATTAATAA
161750 CTAAGAGATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 24, Indels: 2
0.82 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
162 120 0.99
163 1 0.01
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Consensus pattern (162 bp):
CAATTTAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTGG
TGATAAAACAATTATTTATAGTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATA
TTTCAAAAATTAATAAAATATGTTTATTGAAC
Found at i:162919 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 161587--165168 Score: 2501
Period size: 181 Copynumber: 20.0 Consensus size: 182
161577 AAAATTAATA
* * * * * *
161587 AAATATGTTTAT-TGAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTGTATACTTCAAATA
1 AAATATGTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * * * *
161650 ATTATAACCTTTTGTTCTGTGATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ** * *
161715 TAATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
130 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
161768 AAATTTGTTTGT-T-AACTAGTTCTAATAATTAAGACTATATT-AATAATTATCTATTTC--A--
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * * * *
161826 ATT-TG--TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAA
* * * *
161887 ATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
161941 AATTTTGTTTACCT-AATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATATGTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * * **
162004 ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTTATATAA-CTT-TGTTCCGAATAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TT-AAAAT-A
* * *
162067 AAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAGAAAAT
127 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** * ** *
162119 AAATCTATTTACCAAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTA
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * * * *
162183 TTATGA--TTTT-TTTCGATTATAAAATAATAGTTTCTATTCACACAAACTTATTCAAATTAAAA
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* * * *
162245 TAATAGTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTCAAAAGT
130 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAT
* * * * * *
162298 AAATATGTTTAT-TGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTG
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * *
162362 TTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * *
162426 TAGTACTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
130 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
162479 GAATATATTCA-CTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTG
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * ** * * * **
162543 CTATTACCTTATGTTTTCTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTTCTAATAAAAT
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
*
162608 AATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
131 AATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * *
162660 AAATCTGTTTGTC-GAACAAGTTCAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTG
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * ** *
162724 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * *
162789 AATATTAA-TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT
131 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
** * ** * * *
162840 AAATATGTTT-TCTGAGTAAATTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTTAAATTA
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * * *
162904 TTGTGACCCTTTGTTTTGT-AGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATCTAAAATAAAA
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * *
162968 TAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAT
130 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * **
163020 GAATATGTTTAGC-AAACATGTTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAACA
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * ** * *
163084 TTATGGCCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGGTTCCGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAT
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
*
163148 AATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAACAAT
131 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
163199 AAGTATGTTT-TTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTG
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * *
163263 TTAT-ATCCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAA
66 TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ***
163327 TAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
130 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * *
163380 AAATTTGTTTACCT--AGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTG
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
** * * * * * **
163443 TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTCTTTCCAATAATACAAAG-TTATTCGAAATAAAA
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTAAAATAAAA
* ***
163507 TAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
130 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** ** * *
163560 AAATTTGTTCA-CAAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATTCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAA-
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
163621 TAGTTATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAAC-TATTTAGAAT
64 TA-TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTAAAAT
163684 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACA-
126 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AT
* * * * * * * * * *
163737 AAATCTATTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTTTGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* ** * * * *** *
163801 TTATGATC-TTCATTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACTAGCTTATTCGGAGTAAAAT
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * *
163865 ATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAT
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* * * * * *
163913 AAATATGCTTAT-AGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG-ATCAATTATCTATTTCAAAC
1 AAATATGTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
163975 CATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGCTCATACATGCTTATTTGAAATAA
64 TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAA
* * * * * *
164039 AATGATACTAATTTATTAACATGT-AGAACATCAA-AAG-ACAAGAAATTTTAAAAAAT
128 AATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA-AA-AGA-TTTAAAAAAT
* * ** * * * * * * *
164095 AAATCTATTTA-CCAAACAAGTTTAAATATTTAT-AATGATTTAAAGAATTATCTATTTAAAATA
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * * * ** *
164158 AATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTT--TGAAAACGCTTATTCGAGATA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-ACAA-GCTTATTTAAAATA
* * * * * * * * *
164220 AAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATT
127 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
164276 AAGTCA-GTTTATC--AA-ATTGATTCAAATAATTGT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAA
1 AAAT-ATGTTTATCTGAACA-AG-TTCAAATAATTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * ****
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* **
164400 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAAT
126 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
164457 AAAT-TCGTTTA-CT--A-AA--TC----AGTT-T--CTATTTTAACAATTATCTATTTC-AATT
1 AAATAT-GTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
** * * * * * * * * *
164507 GCTAT-AACTATTGTTATGTTATAAAATAA-TGTTT-TAGTTTATATAAGCATATTCAAAATAAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAA
* *
164569 ATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
129 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * **
164623 AAATTTGTTT-GCTGAAGTAGTTCTAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATCG
1 AAATATGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * **
164687 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTC-AGTTCGTACAAGCTTATTCGAAATAAAA
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ** *
164751 TAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGT
130 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
164804 GAATTTGTTTGTC-GAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATATGTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * ** * ** * * *
164867 ATTATTACCTTTTGCTTCATCATATAACAATT-TTAT-T-TGAAAGTTCAATCTTATTTAGAATA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTAT-TCA-TACAAGCTTATTTAAAATA
* * *
164929 AAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
127 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * ** * * *
164985 AAATCTGTTTA-CTG-ACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATC
1 AAATATGTTTATCTGAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * **
165048 GTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * * * * *
165113 TAACACTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA-
130 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
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1 AAAT
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Statistics
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AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:163539 original size:720 final size:708
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160910 TAGTTAAAGT
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* ** *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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*
161608 TTAAATAATTATGAC
694 TCAAATAATTATGAC
* * * * * *
161623 TATTTA-AATAATTGTATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTCTGTGATAAAACAATTATTTC
1 TA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * ** *
161687 TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATATAATAATATTTTGAAAATTAATAAC
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* * * * * *
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* * * *
161814 TTATCTATTTC--A--ATT-TGT--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAATTCATACTAG
189 TTATCTATTTCAAATCATTATATCCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTTTTCT-ATTCATACAAG
* * * * * * *
161872 CTTATTCAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAA
253 CTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* *
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** * * * * *** * *
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* * * * *
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444 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * ** *
162127 TTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA---
508 TTACTATAA-A-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCC
* * * * * * *
162189 TTT-TTTTCGATTATAAAATAATAGTTTCTATTCACACAAACTTATTCAAATTAAAATAATAGTA
571 TTTGTTTT-G--TATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * ***
162253 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAATTTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAAC-TA
633 ATTTATTAATATTCCAA-AATTAAT-A-TAAAAA--TTAAAAAATAAATATGTTTAGCAAACATA
* *
162317 GATCAAATAATCATGAC
693 -TTCAAATAATTATGAC
* * * ** * *
162334 TATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-C
1 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCC
* * * * *
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* * * * * * * *
162462 TAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTCACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAAT
127 TAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* *** * * * * *
162527 TATCTATTTGAAATTGCTAT-TACCTTATGTTTTCTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAG
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* ** * *
162591 CTTTTTTCTAATAAAATAATACAAATTTATT--AATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTA
253 CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATATCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTA
* ** * ** * * *
162654 AAAAATAAATCTGTTTGTCGAACAAGTTCAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCA
316 AAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
162719 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATT
381 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTTATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
162784 AAAATAATATTAA-TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGT
446 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * *
162848 TTTCTGAGTAAATTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTTAAATTATTGTGACCC
508 TTACT-A-TAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCC
* * * * *
162913 TTTGTTTTGTAGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAAT
571 TTTGTTTTGTA-TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
162978 TTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAGCAAACATGTTT
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696 AAATAATTATGAC
* * * ** *
163056 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGGTTCCG
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*
163121 TTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
163186 AAATTTAAACAATAAGTATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
130 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** *
163251 TACTTCAAATTGTTATATCCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
194 TATTTCAAATCATTATATCCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
163316 TTAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
258 TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
** * *
163381 AATTTGTTTACCT-AGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTT
323 AATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
** * * * *
163445 ATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTCTTTCCAATAATACAAAG-TTATTCGAAATAAAATA
388 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTTATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * *
163509 ATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACA
452 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-T--AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * *
163573 AAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATTCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACACTT
513 ATA-AA-TTCAAATAGTCATGACT-ATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCCTT
* * * * *
163635 TGTTTTATCATCAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAAC-TATTTAGAATAAAATAATACTAATT
573 TGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-CAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
163699 TATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTATCAAACAAATTCAA
636 TATTAATA-TTCCAAAATTAATATA-AAAATTAAAAA-ATAAATATGTTTAGCAAACATATTCAA
* * *
163762 ATAGTTTTGAG
698 ATAATTATGAC
* * * * * * * *
163773 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTCAT-TTGGTCATAAAACAATTGTTTCT
1 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCC
* * * * * * * *
163837 ATTCACACTAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATA-TTCTAAAAATTAGTAAG
65 ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * *
163900 ---AGATTTAAAAAATAAATATGCTTATAGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGATCAATT
127 TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
163962 ATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-AATTTTTTTAGCTCATACATGC
191 ATCTATTTCAAATCATTATATCCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTTTTCTA-TTCATACAAGC
* * * * * *
164026 TTATTT-GAAATAAAATGATACTAATTTATTAACATGT-AGAACATCAA-AAG-ACAAGAAATTT
254 TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATATCA-AAAATTAATAAGTA-AA-AGA-TT
* * * * * * * *
164087 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATATTTAT-AATGATTTAAAGAATTATCTATT
314 TAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATT
* *** * *
164151 TAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-CAGTTTGA-A-AACGCTTATT
378 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCA-TTT-ATACAA-GCTTATT
* * * * * * *
164213 CGAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAA
440 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAG--ATTTAAAAAATAA
* ** * ** * * *
164278 GTCAGTTTATCAAATTGATTCAAATAAT--TGTAGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
502 ATTTGTTTA-C-TATAAATTCAAATAGTCATG-A-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * ** * * * ****
164341 TATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATATAAGCCTATTCGGGATAAAAT
563 TATGACCCTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAACTTATTTAAAATAAAAT
*
164405 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AATAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTA
626 AATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATATAA-A--A-A-TTAAAAAATAAATAT-GTTTA
* *
164468 -C-TA-A-A-TC----AGTT-T--C
684 GCAAACATATTCAAATAATTATGAC
** * * * * * *
164481 TATTTTAACAATTATCTATTTCAATTGC--TAT-AACTATTGTTATGTTATAAAATAATGT-TTT
1 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAAT-TATTT
* * * *
164542 --AGTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT
63 CCA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * ** * * * * * * *
164603 AACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAATTAAGACTATATGAAT
124 AAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
164668 AATTATCTGTTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAGAA-CAATCGTTTC-AGTTCGT
187 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTTTGTCATA-AATCAAT-TTTTCTA-TTCAT
* * * * * **
164730 ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTGA
248 ACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * ** * * * * * * * *
164794 TTTAAAAAGTGAATTTGTTTGTCGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTA
312 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * ** * * *
164858 TTTCAAATCATTATTACCTTTTGCTTCATCATATAACAA-T-TTT--ATTTGAAAGTTCAATCTT
376 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTT---A-TACAAGCTT
* * *
164919 ATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
437 ATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAA
* * * ** * ** * * *
164983 ATAAATCTGTTTACTGACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATC
498 ATAAATTTGTTTACT-A-TAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * ** * * ** ** **
165048 GTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
561 ATTATGACCCTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAA
* * * *
165113 TAACACTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA-AAAT
625 TAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAAT-A-TAA-A-AATTAAAAAATAAAT
165169 TTCTTTGTCG
Statistics
Matches: 2803, Mismatches: 561, Indels: 359
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
690 3 0.00
691 4 0.00
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698 1 0.00
700 33 0.01
701 23 0.01
702 73 0.03
703 30 0.01
704 3 0.00
705 7 0.00
706 57 0.02
707 21 0.01
708 38 0.01
709 254 0.09
710 149 0.05
711 165 0.06
712 41 0.01
713 12 0.00
714 135 0.05
715 41 0.01
716 246 0.09
717 165 0.06
718 26 0.01
719 288 0.10
720 328 0.12
721 153 0.05
722 90 0.03
723 59 0.02
724 6 0.00
725 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (708 bp):
TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCCA
TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
GATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATATCCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTATAAATTC
AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCCTTTGTTTTGTATAAA
ACAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
ATTAATATAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTAGCAAACATATTCAAATAATTATGAC
Done.