Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168273.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_501, whole genome shotgun sequence
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* *
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* *
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* * * * * *
1406 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCATAATATTAAAAAATAAATATTAT
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Statistics
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1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
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* * *
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* * * * * * * *
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1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAA
* * * * * *
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65 ACAAAAG-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA-CTT
** ** * * * * *
307 ACTCAACAAACAGATTTATTTCTTTAATATATTTTACTTATTAATTTTGTGGAATTTTA
126 GTTTGATAAACAGATTTATTT-TTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTT-T-AAATATTA
* ** * *
366 ATAAGTTAAGTTATTATCTTTACTTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACGATTGTGTTTATGA
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* ** * * * *
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* ** * * * * * *
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** * * * * *
552 ATAAAATT--TATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTACATGAGTGGAACCAAAATGTTTTATGAGA
1 AT-AAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGA-C
* * * * * * * * *
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62 AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
678 GTTCGGT-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTA
126 GTTTGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * *
734 ATAAATTAGTATTATTTAATT-TCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-A
* ** * * *
797 AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATCACTATTTGAACATGT
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* * ** * * * * **
862 TCGGT-AACAAGATTCCTTTTCTAATTCTCTTTCTGATTAAGTTTTGGAATATTA
128 TTGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTA
* * * * *
916 ATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATTACAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * *
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64 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
1044 TGGA-AAACATATTTATTTTTTAAATGT-TCTAC-TATTAATTGTCAGAATATTA
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* * * * * * * * *
1096 AAAAATAAATATCT-TATGAATC-GAAATAAACATGTATGACA-A-AAACAATTATTTTATGACA
1 ATAAATTAGTAT-TATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* *** * * * ** *
1157 AAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTG-
63 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
** * * *
1221 TCAATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTA
128 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTA
* ** * **
1275 ATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-AATCATTTTATGACAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
1339 CAAAAGCTCATAGTAATTTCG-AATAGATAATTGTTGAAATGGTCAAAATTATTTAAACTTGTTT
66 CAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * *
1403 GACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTA
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTA
* * * * ** * * * *
1455 ATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTGAAATAAAT-TTTTAAGACAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
1519 CAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTATGTGATCTAG-TT
66 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * * **
1583 CAGT-AACATATTTACTTTTTAAAT-TAATTACTTATCAATTGTCGAAATATTA
130 GA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
* * * *
1635 ATAAATTAGTATTATTTTCACTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGA
1 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
1699 ACAAAAAGTCATAATGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTATTTA
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* *
1763 AACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAGATATTA
121 AACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * ** * * * * * *
1820 ATAGATTAATATTACTTTATTCCAAACACA-CTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
1884 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTA
65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
*
1949 GGTAAACAGAATTGT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
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* * * ** * *
2002 ATAAATTCA-T-TTTTTTTATT-TCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACA
1 ATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACA
* * * * * * *
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63 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG
** * * * * * *
2129 TTCAACAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTA
127 TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * * * *
2184 TTATATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-A-CTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
2247 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAGT-TACAATTTTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAG-TTC
66 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * *
2308 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTTGAAAGATTA
131 A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * *
2356 ATAAATTAGTATTATTTTATTAC-GAATCAGCTGGAATG-ATGAAAAACAATTGTTATATGACTA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
2419 AACAAAAGGCCATAAT-TTTTGGTAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAA-TTG
64 AACAAAAGGTCATAATGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * * * *
2482 TTTTAGCATATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTTATCAATTTTCAAAATAATA
127 TTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTT-TAAATATTA
* ** * * * * *
2539 TTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAGA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * *
2603 ACAATAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAG--A-AACTA---G----T-TTA
65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * *
2657 G-TAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * * * *
2708 ATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCCTATATG-CTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** ** * * * * ***
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65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * ** *
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129 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTT-AAATA-TTA
* * * * *
2890 TTAAAGTAATATTATTTTATGT-T-AGATAAGCTT-T-T--CT-G-AACTAATTGTTTTATGATA
1 ATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACA
* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** * *
3130 ACAAAAGATAAGAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTT
65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT
* * *
3194 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTC-T-TT--TTTTTAGAATATTA
129 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTA
* * * * * * * * * *
3243 TTAATTTAGCAATGTTTTACTT-TGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAGTTGTTTTATTACAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * *
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65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * **
3371 GATAAATAGATTTAATTCCTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTA
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* *
3419 ATAAATTGGTATTATTTTATTCT-AAT----TTGTATGAATAGAAACAATCGTTTTATGACAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * *
3479 CAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAATTCAAATAGACA-AGACTATTTGAACTTGTTC
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* * ** *
3543 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTA
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTA
* ** *
3595 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** *** *
3659 AC---A----A-AATGATTTGAAACAAATAATTATTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCACTC
65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
3716 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATTTTA
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTA
* *
3768 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * *
3832 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTT
65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
3897 AGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAACTATTAGAATATTA
130 -GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTA
* * * * *
3948 ATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAACTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTTTATGATA
1 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACA
* * *
4010 AAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGT
63 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
4075 TTCG-TAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTA
128 TT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTA
* * * * *
4129 ATAAGTTATTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT--TAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
4190 AA-AATAGGTCACAATGGTTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACTTATGACTATTTGAACTTGT
64 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * *
4253 TCGATAAACATATTTCTTTTTTAAATATTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTA
128 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-TAAATATTA
* * ** *
4307 ATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * * **
4371 CAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTG
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* * * *
4436 GTAAATAGATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTA
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* * * ** * * **
4487 AAAAATTTA-TAATATTATATTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAA
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* * * * * * *
4551 AACAAAAGGTAATAGTGATTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT-AT
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* * * *
4615 TCATTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTATTTTTTAGAATATTA
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* * ** *
4669 ATAACTTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGAC-A
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
4731 AACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCTGACTATTTGATCTAGTT
64 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* ** * * * * *
4796 TGGTATGCATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATGA
129 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
* * * * * * * * * *
4848 ATAAAATGGTATTATTTAAATC-GAATAAGCATGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA
** * ** *
4912 A-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATT
65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT
*
4974 TGATGAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
129 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * * * * *
5023 ATAGATTAGTATTCTTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
5088 CAAAAGATCATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTA
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* * * * * * * *
5152 GGTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTTAGTATGA
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTA
* * * *
5204 ATAAATTCA-TTTTATTTTA-TCTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC
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62 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
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127 TTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * *
5378 TTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
5443 CAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTT
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* * * *
5506 T-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTTAGAGATTA
129 TGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTA
* * * * * *
5555 ATAAAATAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAA
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5619 ACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTG-AGTTGAT
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* * *
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* * *
5864 GTAAACTA-ATTTATTTTTTTAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
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* * * * * * *
5914 AGAAATTAGTTTTTTTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTATAT-ATCA
1 ATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CA
* * * * * *
5977 AAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGT
63 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
6042 TCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTA
128 TTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * * * * * * * *
6097 ATAAATTTGGATTATTTTGTTCCGAATAAGATTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTCTAACTAG
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAA
* ** * * * * ** * *
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65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * *
6226 GACAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTA
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * *
6274 TTAAATTAGTAGTATTTT-TAACTAAATAAGC-TCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** * ** * * *
6336 AA-AAAAGATCTTAATGATTTGAGATTTATAAGTACTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTGGTT
64 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* *
6400 CGGTAAACAGATTT-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
129 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * *
6448 ATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
1 ATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * *
6511 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTC-TTACTATTTGAAAATGGT
64 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGT
* * ** ** * * * **
6575 TCGACAATTAGATTTATTTTTTAGTTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTA
128 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTA
* * ** * * *
6629 TTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAG-AACTAATTGTTTGATGACAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * * *
6693 ATAAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTT
65 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * *
6758 GGTAAACAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAGATATTA
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTA
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1 ATAAA
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Statistics
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1165 AGTCATACCA
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* * * * * * ***
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* * * ** *** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** ** ** * *
1482 AAACTTACATGAATTGAAATAAAT-TTTTAAGACA-AAACA-AAATGTCATAAC
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* *
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1 ATTTGAAATAAATAATT-CTTCAAATAGT-----C-A--T-AACTATTTAAACTAGTTTAATAAA
* * * * * *
1778 TAGATTTATTTTTTAAA--TCTC--TTATTAATTTTTGAGATATTAATAGATTAATATTACTTTA
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*** * * * * *
1839 TTCCAAACACA-CTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-G-
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* * * * * * *
1900 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACT-GGTTAGGTAAACAGAATTGT
1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTA-ATAAACA-AATT-T
* * * * **
1964 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTTTTTTATTTCAA
63 ATTTTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGA
* * * * *** *
2026 ATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
127 ATAAGCTTGTATGAA--CAGAAAATTTGTTTTATGAC---ACAAAAGAAAATAGC
* * * * * * *
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1 -ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTA
*** * * * * *
2146 TTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* *
2211 -A-CTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAT-G-
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* * * * * *
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1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTATT
* * ** *
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* * ** * * * *** **
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131 GCTTGTATGAACAGAAA-ATTTGTTTTATGAC---ACAAAAGAAAATAGC
* * * * * * * ** * * **
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1 ATTT-G-AAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTTAATAAACAAATTT
* * ** * ** * * ***
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* * * *** *
2563 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTAT-TTTATAATAGA-ACAATAGGTTATAAC
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
2787 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GATCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGACTTA
1 -ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTA
* * ** ** * * *
2851 TTTTTTAAATCT-TTAATTTATTGGTTTTTGAAATATTTTTTAAAGTAATATTATTTTATGTT-A
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* * * * *** **
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* * * * * * * * *
2965 ATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAACT-TTTTCAATAAACAGATTTA
1 ATT-TGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT-AATAAACAAATTTA
* ** *** *
3028 TTTTTTTAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
64 TTTTTTAAACCTCTCAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * **
3092 TAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGA-AAA
128 TAAGCTTGTATGAAC-AGAAA-ATTTGTTTTATGAC---ACAAAAGA-AA-ATAGC
* * * * * * **
3146 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTATT
* * * * * * * * *
3211 TTTTAAA--TCTC-TTTCTT--TTTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATGTTTTACTTTGAATA
66 TTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * ** *
3271 AGTTTGTATGAACAGAAGCAGTTGTTTTATTACAAAATAAAGATCATAAC
130 AGCTTGTATGAACAGAA-AATTTGTTTTATGAC-ACA-AAAGAAAATAGC
* * * * * * * ** * * *
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1 -ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTAT
** * * *
3386 TTCCTAAA--TCTC--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCT-AAT-
65 TTTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * *
3445 ---TTGTATGAATAGAAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-G-
130 AGCTTGTATGAACAGAAA-ATTTGTTTTATGAC---ACAAAA-G--AAAATAGC
* * ** * * * ***
3494 ATTTAAAATAGATAATAATTCAAATAGACA-AGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATA-ACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTAT
* * **
3558 TTTTTAAATCTC-CAACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
65 TTTTTAAACCTCTCAA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
** * * * *
3621 TAAAATTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAT-G-
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAA-ATTTGTTTTATGACACAAAAGAAAATAGC
* * ** * * *** * *
3667 ATTTGAAACAAATAATTATTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCA-CTCGGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTTAATAAACAAATTTAT
* * * * * *
3731 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATA
65 TTTTTAAACCTCTCAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-A
* * * * *** *
3794 TAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAA-ATTTGTTTTATGAC---ACAAAAGAAAATAGC
* * * * *
3847 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGT-GTTTAGA-AAACATATTT
1 -ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTTA-ATAAACAAATTT
* * * * * *
3910 ATTTTTTAAA-TTTTTAGTTATTAACTATT-AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTG
63 ATTTTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * *
3971 AAATAAACTTGCATGAACAAAACCAATTT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT-G-
126 -AATAAGCTTGTATGAACAGAA--AATTTGTTTTATG---ACACAAAA-G--AAAATAGC
* * * * * ** * * *
4028 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTTCGTAAATAGATTAAT
1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-GTTTAATAAACAAATTTAT
** * * * * * **
4092 TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-ATAATATTAATAAGTTATTATTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
4156 AAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTA-AAAAATAGGTCACAAT-G-
129 AAGCTTGTATGAAC-AGAAA-ATTTGTTTTATGACACAAA-A-G--AAAATAGC
* * * * * * * * ** * *
4206 GTTTGAAATAATTAATTATTCAAATACTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTCTT
1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTATT
** * * * ** * * ***
4271 TTTTAAATATTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATA
66 TTTTAAACCTCTCAATTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * *** **
4334 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAA
130 AGCTTGTATGAACAGAAA-ATTTGTTTTATG---ACACAAAAGAAAAT-AGC
* * ** * * ** * *
4386 ATTTGAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTATT
* * * * * * * * ***
4451 TTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAAAAAATTTA-TAATATTATATTCAAAA
66 TTTTAAACCTCTCAATTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * ** ** *
4513 TAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGTG
128 TAAGCTTGTATGAACAG--AAAATTTGTTTTATGAC---ACAAAAGAAAATAG-C
* * * * * * * *
4568 ATTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTA-TTCATTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTTAATAAACAAATTTAT
* * * * *
4632 TTTTTAAATCTCTTAATTATT-ATTTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAAT
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* * ** *
4696 AAGCTTATATGAACTGAAATGATTT-TTTTATGACAAACAAAATG-TCATAAC
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* * * * * * ** ** *
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1 -ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTAT
** * * * * * * * ** *
4811 TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATGAATAAAATGGTATTA-TTTAAATCGAATA
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* * * * *
4875 AGCATGTATGAACA-AAAACTATTGTTTTATAATAGAAAA-AAAGTCATAAC
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* * * *
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1 -ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTTAATAAACAAATTTA
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* * * *
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* ** * * * *
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* **
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** * * *
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* * *** *
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* * * * * *
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** * * * *
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* *** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * ** * * * *
6176 AATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACATATTTAT
1 -ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTAT
* * * ** *
6241 TTTTTAAA--TCTC--TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTATTTT-TAACTAAAT
65 TTTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT
* * *
6301 AAGC-TCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAA-AAAGATCTTAATG-
129 AAGCTTGTATGAACAGAAA-ATTTGTTTTATGACACAAAAGAAA-A---T-A-GC
* ** * * * * * *** *
6352 ATTTGAGATTTATAAGTAC-TCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT-T
1 ATTTGAAATAAATAA-TTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTAT
6415 TTTTTAAA--TCTC--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
6475 AAGCATGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACA
129 AAGCTTGTATGAACAGAAA-ATTTGTTTTATGACA
6510 AAACAAAAGG
Statistics
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0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
164 7 0.00
165 1 0.00
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189 16 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAAATTTATT
TTTTAAACCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
GCTTGTATGAACAGAAAATTTGTTTTATGACACAAAAGAAAATAGC
Found at i:7953 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7147--8095 Score: 798
Period size: 176 Copynumber: 5.3 Consensus size: 179
7137 ATGAAATTTT
* * * **
7147 TATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATT
1 TATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * *
7210 GTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGACCTTGTT-TGATAAATAAATTTATTTTATTTAAATCTTTA
64 ATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATC--TA
* * * *
7273 ACTCATTAATCTTTT-GAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
123 ACTTATTAAT-TTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTG
* * * * * * ** * *
7330 TATGAACT--AAATAATTATTTTATGACTAAACAGAAGGT-AGGAACAAATTGATAATTGATAAT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-TAATGATTTGA-AATAGATAAT
* * * * * * * * *
7392 TGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTAAC-GCATTTATTTTTCAAAGCT--CTT
63 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTAACTT
* * * * *
7454 ATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGTTTG
127 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTG
* * * * * *
7507 TATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAA-GAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
7571 TCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAACAAATTTAATTCTTAAATCT--CTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAACTTAT
** * *
7632 TAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTTAATAATTTTG
129 TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTG
** * **
7683 TATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAACAA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* **
7746 TTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT--AACTTA
* **
7811 TTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGC-AAATAAAATTG
128 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGTTTG
* *
7862 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* ** * *
7927 TCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TA-ACTTAT
* *
7992 T-ATTTTTTGAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT-
129 TAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-TTTG
* *
8043 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAA
8096 TGTGTTCAAA
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 111, Indels: 78
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTG
Found at i:8212 original size:144 final size:146
Alignment explanation
Indices: 7933--8230 Score: 383
Period size: 144 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
7923 TTATTCGAAG
** * *
7933 GGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATACTTATTATTTT
1 GGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATACTTACTAATTT
* **
7998 TTGAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGT
66 TTGAAAATTAAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGGT
8063 TTATGACAAAACAAAA
131 TTATGACAAAACAAAA
* * * *
8079 GGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATT
1 GGTCATAACTATTCGAACT-TGCTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATACTTACTAATT
*
8142 TTTG-AAATATAAATAAATTTA-TATTA-TTTATTC-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAAT
65 TTTGAAAAT-TAAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGCATGAATAGAAACAAT
* *
8203 TGTTTTATGACAAAATAAAA
127 TGGTTTATGACAAAACAAAA
*
8223 AGTCATAA
1 GGTCATAA
8231 TGTTTTCAAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 15, Indels: 10
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
143 1 0.01
144 59 0.44
145 29 0.22
146 44 0.33
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
GGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATACTTACTAATTT
TTGAAAATTAAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGGT
TTATGACAAAACAAAA
Found at i:8419 original size:324 final size:325
Alignment explanation
Indices: 7786--8407 Score: 780
Period size: 324 Copynumber: 1.9 Consensus size: 325
7776 CAGTAAGTAG
* *
7786 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTACTAATTTTAGAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTGC
* * *
7851 AAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAA
66 AAATAAAATTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCAAAATGATTTCAAA
* * *
7916 TAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
131 TAAATAATTATTAGAA-GGTCATAACTATTCGAACATGCTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAAAT
* * * *
7981 CTTATACTTATTATTTTTTGAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTAT
195 CTTATACTCATTATTTTTAGAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATAT
*
8046 GAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAACA
260 GAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAACA
8111 T
325 T
*** *
8112 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTA-TTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTACTAATTTTAG-AATATAAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
** * * *
8174 -CGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-TCATAATGTTTT
64 GC-AAATAAAATTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGATCAAAATGATTT
* * * ** *
8237 CAAATAGATAATTATTTAGATA-G-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTTT
127 CAAATAAATAATTA-TTAGA-AGGTCATAACTATTCGAACATGCTCAGTAAACAGATTAATTTTT
* *
8300 TAATTCTCT-TACTCATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA
190 TAAATCT-TATACTCATT-ATTTTTAGAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA
* *
8362 GCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAGGTCA
252 GCTTATATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCA
8408 CATTGATTTG
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 32, Indels: 22
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (325 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTACTAATTTTAGAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTGC
AAATAAAATTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCAAAATGATTTCAAA
TAAATAATTATTAGAAGGTCATAACTATTCGAACATGCTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAAATC
TTATACTCATTATTTTTAGAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATG
AATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAACAT
Found at i:8519 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 8080--9192 Score: 913
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 176
8070 AAAACAAAAG
* * * *
8080 GTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TTATTT
* * *
8143 TTGAAATATAAATAAATTTA-TATTA-TTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGT
64 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGT
* * * * *
8206 TTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTCAAATAGATAATTATTTAGATA
126 TTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
8259 G-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTT
*
8323 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTT
65 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTT
* * **
8387 TTATTACAAAAAAAAAGGTCACATTGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATA
127 TTATGACAAAAAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAA-TAATTATTCAAATA
* *
8439 GTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTT-T
* * * * *
8504 TGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTT
* * * *
8569 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATA
128 TATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATA
** * * * * *
8620 GTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATT-T
* * *
8685 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATTC
64 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATT-
* * * * * *
8748 ATTTTATGGCAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
124 GTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
8803 GTCATAA-TAGTTTAAATTTATTC-ATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
1 GTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATT
** * ** ** * ** *
8866 TTCAAAATATTGATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCAAAATGATTTT
63 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGT
* * *
8931 TTTATGAGAAAATAAAATGTCATAACGATTTG-AATAGGTAATTATTCAAATA
126 TTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATA
* * * ** * * *
8983 GTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTT
* * * * * * * **
9048 TGAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTAATCCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACTATTACTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTT
* **
9113 TAT-A-ATAAAAAAAA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
128 TATGACA-AAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATA
* * *
9161 GTTATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAT
9193 TAATAAATTA
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 148, Indels: 73
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 12 0.02
178 85 0.11
179 41 0.05
180 188 0.25
181 260 0.35
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAATAATTATTCAAATA
Found at i:8582 original size:505 final size:520
Alignment explanation
Indices: 7147--9141 Score: 1574
Period size: 505 Copynumber: 3.8 Consensus size: 520
7137 ATGAAATTTT
* * * * **
7147 TATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATT
1 TATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTCAAATAGATAATT
* * * * * *
7210 GTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGACCTTGTTT-GATAAATAAATTTATTTTATTTAAATCT-TT
64 ATTCAAATAGACATAA-CTATTTGAACATGTTTAG-TAAATAGA-TTAATTT-TTTAAATCTCTT
* * *
7272 AACTCATTAATCTTTT-GAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATG
125 -ACTTATTAAT-TTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATG
* * * * * * ** * ** *
7334 AACT-AAATAATTATTTTATGACTAAACAGAAGGT-AGGAACAAATTGATAATTGATAATTGTTC
186 AA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCA-AAATGATTTGA-AATAAATAATTATTC
* * * * * * * ** * * *
7397 TAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTAACGCATTTATTTTTCAAAGCTCTTA-TTA--A
248 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * ** * * * * * *
7459 TTT-TTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAAT
313 TTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * **
7523 TGTTTTATTACAAAA-GAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAG
378 TGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-ATAG-----TGTTCAAATA--CATAAAG
* * * * * *
7586 TATTTGAATTGGTTTGATAAACAAATTTAATTCTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAAT
435 -ATTT-AACT-GTTTG-T--ATAGA--TATTTGTT-AA--TCTTACTAATTTTTCAAATATTAAT
* * ** *
7651 AAATTAAAATTATTTTATTCTTAATAATTTTG
489 AAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTG
* * * * **
7683 TATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAACAAT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTAT
* * * * **
7747 TCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAT
66 TCAAATAGACATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** *
7812 TAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACA
131 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATA-AAACA
* * * ** *
7876 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAA
195 ATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGA
* * * * *
7941 CTATTCGAACTTGCTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATACTTATTATTTTTTGAAA-
260 CTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAAT
* * * * *
8004 ATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA
324 A-TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGA
* * *
8069 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAT-GTGTTCAAA-A-A-ACATATTT-A-T-TTT-T-TA-
388 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAATAGTGTTCAAATACATAAAGATTTAACTGTTTGTATAG
* * * *
8124 A-ATTT-TT-A-CTTACTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTATATTA-TTTATTCGAAATAAGC
453 ATATTTGTTAATCTTACTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGT
8184 TTG
518 TTG
* * * * *
8187 CATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTCAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTAT
* * * * *
8252 TTAGATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCAT
66 TCAAATAGACATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
8316 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACA
131 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAACA
* * * *
8381 ATTGTTTTATTACAAAAAAAAAGGTCACATTGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATGA
195 ATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGA
* * *
8446 CCATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGAAATA
260 CTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATA
*
8511 TTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACA
325 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACA
* *
8576 AAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGT
390 AAACAAAAGGTCATAACAATT-----TGAAT-AGTGTTCAAATA--CATAAAGATTT-AAC-TGT
* * *
8641 TTGGTAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTA
445 TT-GT--ATAGA--TATTTGTTA-ATC--TTACTAATT--TT-TC-AAATATTAATAAATTTATA
8706 TTATTTTATTCAAAATAAGTTTG
498 TTATTTTATTCAAAATAAGTTTG
* * * **
8729 TATGAATAGAAAAAAATTCATTTTATGGCAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATT
1 TATGAATAG-AAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATT
* * * * *
8794 GTTCAAATAGTCATAA-TAGTTT-AA-ATTTATTCATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
64 ATTCAAATAGACATAACTA-TTTGAACATGT-TT-AGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** **
8856 ATTATTAATTTTCAAAATATTGATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA
126 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-A
** * * * * * * **
8921 AAATGATTTTTTTATGAGAAAATAAAATGTCATAACGATTTG-AATAGGTAATTATTCAAATAGT
190 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
8985 CATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATTG
255 CATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTG
* * * * * *
9050 AAATATTAATAAATTAATGTTATTTTAATCCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACTATTACTTTA
320 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTA
* *
9115 TAATAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAA
385 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
9142 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 202, Indels: 136
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
504 87 0.07
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508 1 0.00
510 6 0.01
511 3 0.00
512 8 0.01
513 1 0.00
514 1 0.00
515 1 0.00
516 1 0.00
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523 1 0.00
524 1 0.00
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527 2 0.00
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545 120 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (520 bp):
TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTAT
TCAAATAGACATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGAC
TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACAATTTGAATAGTGTTCAAATACATAAAGATTTAACTGTTTGTATAGATA
TTTGTTAATCTTACTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTG
Found at i:9301 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9269--9316 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
9259 ATAAAAACTA
9269 ATAATTATTTGAAATAG
1 ATAATTATTTGAAATAG
*
9286 ATAATT-TTTTAAATAG
1 ATAATTATTTGAAATAG
9302 ATATAATTATTTGAA
1 --ATAATTATTTGAA
9317 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.35
17 6 0.23
18 6 0.23
19 5 0.19
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTGAAATAG
Found at i:9662 original size:174 final size:176
Alignment explanation
Indices: 9243--9693 Score: 459
Period size: 174 Copynumber: 2.6 Consensus size: 176
9233 AACAAACAAT
* ** * *
9243 ATTGTTTTATTACAAAATAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGAT-ATA
1 ATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATA
* * * * *
9307 ATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAAATTTTCAAATATTA
65 ACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTCT-AATCTCTTATAAAATTTTCAAATATTA
* * * * * *
9372 ATAAATTAGTTTTACTTTATTTCGAATGAGCTTTTATGAGCTAAAATA
129 ATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGATAAAACA
* * * * * * * *
9420 AGTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCAGAACAATTT-AAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
9484 ACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATGGATTTA-TTTCT-AT-TAGTTAT-TAATTTTTAGAATATT
65 ACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTCTAATCT-CTTATAAAATTTTCA-AATATT
* *
9545 ACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATG-GATAGAAACA
128 AATAAATTAGTATTACTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAGATA-AAACA
* * *
9594 ATTGTTTTATTATAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*
9659 CTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTT
66 CTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTT
9694 TGAAAAATAA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 44, Indels: 19
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 14 0.06
174 124 0.56
175 2 0.01
176 11 0.05
177 70 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTCTAATCTCTTATAAAATTTTCAAATATTAAT
AAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGATAAAACA
Found at i:10029 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9718--12316 Score: 1730
Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 180
9708 TTTATGATAG
* * * * * * * * * *
9718 ACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTC
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * *
9783 AGTAAACTA-ATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAT
66 AGTAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
9847 TATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTTTGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
129 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
* ** * * *
9899 ACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTC
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* *
9964 AGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTAT
66 AGTAAACACATTTAT-TTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * **
10029 TATTTTATTCTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAA
129 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
* * * * * *
10081 ACAAAAGGTTAGAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTAGTT
1 ACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * *
10145 CGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCT-TTC--ACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
65 CAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
** * ** * *
10207 ATTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTATGATC-AAAATTGATTGCTTTAT-AAGGAA
130 ATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGAA-AAA
* * * * * * * * *
10258 AC-AAAGATTATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCCAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * ** * * * *
10322 AGAAAATA-ACTTAAGTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTT
66 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
10386 ATTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTAT-AACAAA
130 ATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAA-AAA
** * * * *
10437 ATGAAAGATCGTAGTGACTTT-AAATAGATAATTGTGCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACATAT
1 ACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-T-T
* * * * * * *
10500 -TTGA-TAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
62 GTTCAGTAAACACA-TT-TATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * * **
10563 ACTATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGAGTAA
124 AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
** * * ** * *
10620 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTAAAACTGGT
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTT-GAACTTGT
* * * * *
10684 TTAGCAAACACATTTATTTTTCAAA--GC-TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
64 TCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
10746 TATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAA-AAGAAATAATTGTTTTAT-AACAAA
129 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAA-AAA
* * * * * * * * *
10798 A-TAAATGTGATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTT-ATGC-TGTT
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTT
* * * *** *
10860 TAGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTAT
65 CA-GTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * *
10922 TATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
129 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-AAAA
* * * *
10975 A-GAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGACATGACTATTTGAACTTGTTC
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * *
11039 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TC---TT-A-------CATATTAATAAACTAGTATTA
66 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * **
11090 TTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGGTAAA
131 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAA
* * * *
11140 AC-AAAGGTTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTC
1 ACAAAAGG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
11202 CTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAG
63 TTCAG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
11266 TAATA-TTTATTTTGAATATGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGATAAA
126 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAA
* * * * * *
11320 ACAAAATGTCATAATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
11385 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATT
66 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * **
11450 ATTTTATT-TCAAATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGACGAA
130 ATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
* * ** * * * * * * *
11501 ATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTT
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *** * *
11566 AATAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATT
66 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* *
11631 ATTTTAATTC-GAATAAACTTGTATGAAC-AAAGACAATTTTTTTATGACAAAA
130 ATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTGTTTTATGA-AAAA
** * * * * * * * * *
11683 TGAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTT
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* *** * * * * *
11747 GGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTAT-GAATATTAATAAATTTGTAT
66 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
11811 TATTTTAAT-TGAAATAAGGTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
129 TATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAA
* * * * * * *
11863 ACAAAATGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTATTCAACTAATCATAACTATTTGAACTTGTT-
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * * *
11927 TGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATGAATTAGAAT
66 AG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
** ** * * * *
11992 TATGCTATTCCAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTCTTGTGACAAA
129 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAA
* * * * *
12044 ACAAAATGT--TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTC
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
** * * * * * * *
12106 AAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTACTTTTTAGAATATTAATAAACTAGCA
66 -AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-TT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
** * * * *
12170 TTATTTTATTCCAAATAAAAC-TATATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
128 TTATTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAA
* * * * * * * * *
12223 ACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAAGTAGTTT
1 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * *
12288 GGTAAATATATTTATATTTTAAATCTCTT
66 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
12317 AATGTTAGCC
Statistics
Matches: 1908, Mismatches: 423, Indels: 174
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 10 0.01
166 122 0.06
167 3 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
170 1 0.00
173 3 0.00
174 3 0.00
175 21 0.01
176 149 0.08
177 174 0.09
178 83 0.04
179 199 0.10
180 217 0.11
181 611 0.32
182 182 0.10
183 117 0.06
184 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
Found at i:10137 original size:471 final size:459
Alignment explanation
Indices: 9304--10165 Score: 1050
Period size: 471 Copynumber: 1.9 Consensus size: 459
9294 TTAAATAGAT
9304 ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAAATTTTCAAATA
1 ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAAATTTTCAAATA
* * * * * * *
9369 TTAATAAATTAGTTTTACTTTATTTCGAATGAGCTTTTATGAGCTAAAATAAGTGTTTTATCACA
66 ATAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAGTGTTTTATCAAA
* *
9434 AAACAAAAAGTCAGAACAATTTAAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
131 AAACAAAAAGTCAGAACAATTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
* *** *
9499 TCGGTAAATGGATTTATTTCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTT
196 TCAGTAAACACATTTATTTCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
9564 ATTCTAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAATGTTATAACAATT
261 ATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTATATGATAAAACAAAAGGTTAGAACAATT
* * * * *
9629 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTT
326 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATACATTTACTTTT
9694 TGAAAAATAATTGCTTTATGATAGACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAAATAGTTGGTCAAAT
391 TGAAAAATAATTGCTTTATGATAGACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAAATAGTTGGTCAAAT
9759 GGCC
456 GGCC
* * * *
9763 ATAATTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACT-AATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTT
1 ATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAA-TAAAATTATTTTCTAAATCTCTT-A-TA--AAATTTT
* * * * * *
9826 GAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTTTGAACTAAAACAATTGTTTT
60 CAAATAATAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAGTGTTTT
* * ** ** *
9891 ATGAAAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAA-ATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTG
125 ATCAAAAAACAAAAAGTCAGAACAA-TTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
9955 AACTT-GTTCAGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAAT
189 AA-TTGGTTCAGTAAACACATTTA---TTTC---TAT-TAG-TTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* *
10019 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACT-AAAC
245 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTATATGA-TAAAAC
* * *
10083 AAAAGGTTAGAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTCGG
309 AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG
*
10148 CAAATACATTTATTTTTT
374 CAAATACATTTACTTTTT
10166 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 54, Indels: 22
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
459 41 0.12
460 4 0.01
461 2 0.01
463 123 0.37
464 7 0.02
466 4 0.01
469 2 0.01
470 2 0.01
471 146 0.44
472 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (459 bp):
ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAAATTTTCAAATA
ATAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAGTGTTTTATCAAA
AAACAAAAAGTCAGAACAATTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
TCAGTAAACACATTTATTTCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTATATGATAAAACAAAAGGTTAGAACAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATACATTTACTTTT
TGAAAAATAATTGCTTTATGATAGACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAAATAGTTGGTCAAAT
GGCC
Found at i:11196 original size:166 final size:164
Alignment explanation
Indices: 10904--11423 Score: 517
Period size: 166 Copynumber: 3.0 Consensus size: 164
10894 AATTTTCAAA
* ** *
10904 ATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
10969 ACAAAAAGAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGACATGACTATTTGAAC
66 A-TAAAACAAAGGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAC
*
11033 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
129 TTGTTC-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
11070 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
11135 GTAAAACAAAGGTTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACA-AGCATAATTATTTGAAC
66 ATAAAACAAAGGTTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAAC
** * *
11199 TTCCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
129 TTGTTCG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** *
11236 ATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATATTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAA
1 ATATTAA----T--AA-ATTAGT--A-T--T-AT-TTTATTTTGAATAAACTTGCATGAATAGAA
* * * * * *
11301 ACAATTGGTTTATGATAAAACAAA-ATGTCATAATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTC
52 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGT-TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAC
*
11365 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
115 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
11416 -TCATTAAT
1 AT-ATTAAT
11424 TTTTGGAATA
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 43, Indels: 34
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 11 0.04
166 137 0.47
167 1 0.00
170 1 0.00
172 2 0.01
173 4 0.01
175 1 0.00
176 2 0.01
178 1 0.00
179 4 0.01
180 123 0.43
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (164 bp):
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ATAAAACAAAGGTTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTT
GTTCGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:11362 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11330--11362 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
11320 ACAAAATGTC
*
11330 ATAATTATTTGAGATAG
1 ATAATTATTTCAGATAG
11347 ATAATTA-TTCAGATAG
1 ATAATTATTTCAGATAG
11363 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTCAGATAG
Found at i:20649 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20180--22918 Score: 1927
Period size: 180 Copynumber: 15.2 Consensus size: 180
20170 AAAAGCTAAC
* ** * * * * * * *
20180 ACTTAATAATTTTCAAAATA-TAAAAAATTAATTTTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGA-AC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-
* * * * *
20243 AAAAGCATTTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATACA
65 AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
20308 G-CATTTACTATTTGAAC-AGGTTTGGC-AAACAAAATTATTTTTTGAATCTTTT
129 GTCA-TAACTATTTGAACTA-GTTT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
20360 AGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTATGA-
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAT
* * * * *
20422 ACATAAATAAATGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAA
64 A-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
*
20487 TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-CTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
20540 ACTCATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAGGCTTATATGATGA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAT-A
* * * *
20605 AAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * **
20670 CCATAATTATTTAAACT-GATT-CAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCA
130 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGC--TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
20721 ACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTTGAATAAGCTTTTATGA-AC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-
* * * * * *
20784 TAAAACATTTGTTTTATTATAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * *
20849 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTTAATTTCTT
129 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
20901 GCTTATTAGTTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTT-GAAATAAGCATT-TA-CA
1 ACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGC-TTGTATGA
* * * * * *
20962 -AACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
63 TAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
21026 AATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAC-AAACACATTTACTTTTTAAATCTATT
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG-CTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * *
21082 ACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTT-TCTTCGAATAAGCTTGTTTGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATG-AT
* * * * * *
21145 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
21209 GTCATAACAATTTGAACTAGTTTGGTTAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T
129 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * **
21258 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATA
* * * * * * ** *
21322 AAAATAATTTTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTGAAATAGAGAATAATTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * **
21387 ACGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTAATTTCTTAAGTCTCCA
130 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
21438 ACTCATTAA-TTTT-ATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AT
* * * * * * *
21501 AGAAACAACTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
64 AAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
21566 AGTTATAACTATTTAAACTCA-CTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
21619 ACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATG-AT
* * *
21683 AGAAAA-AATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
64 A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * *
21746 AGTCA-AAAAATTTTGAACAAATTAAG-AAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TA
128 AGTCATAACTA-TTTGAACTAGTT-TGCTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT
* * **
21798 ACTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TATTCGATATAATCTTACATGA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT-TTCGA-ATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
21861 -ACATAACCAATTGTTTTAAG-TAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAG
63 TA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * ** *
21924 ATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCGGTAAATAGATTCATTTTTCAGTTTTCTT
126 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * ** *
21979 ACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAACAAGCTCATATGAATT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATA
** * * * * *
22044 GGAATAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
22109 GTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGC-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * * * *
22161 ACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTTA-TATTAATTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATTAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA-TGA
* * * * * * * *
22224 TTGAAAA-AATTATTTTATAACAAATCAAAAGG-CTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCA
63 -TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
22286 AATTGTAATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTT
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
** * * * * *
22343 TTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTGA-TTCTGAGTAGGCTTGTATGA-
1 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAT
* * * *
22405 ACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
64 A--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * *
22470 TAGTCTTAGCCATTTGAAATAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * ** * *
22524 ACTTATTTATTTTTTAACTATTGTTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACGA-AC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-
* * * * * * * *
22588 AAAACAATTATTTTACGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATCGTTCATATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
22653 TCTTAGCTATTTGAACTTGTTTGGC-CATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTT
130 TCATAACTATTTGAACTAGTTT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * ** * * * *
22704 GGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTAGTATCAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTAT-GAT
* * * * * * *
22768 AGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTT-AGAATAGATAATTATACAAAT
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
22832 AGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
22885 A-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTA
1 ACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA
22919 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 2004, Mismatches: 459, Indels: 191
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 13 0.01
176 58 0.03
177 66 0.03
178 7 0.00
179 129 0.06
180 733 0.37
181 656 0.33
182 326 0.16
183 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:23425 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 22941--24744 Score: 1238
Period size: 176 Copynumber: 10.1 Consensus size: 177
22931 AATTGATATT
* * * * * * * *
22941 ATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCCCTTACATATAAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--AT-T-AATTCTTGA
* * * * * *
23006 AATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCGTGTATAAGCTG--AAATAATTGTTTT
62 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT--GATGAAAAATAATTGTTTT
* * * *
23069 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTC
125 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** **** * * *
23122 TTAACTGGTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTAGTT-ATTAACTTTT
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTAATT--C-TTG
* * * * * *
23186 AGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTT
61 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTT
* * *
23250 TACGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
124 TATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
23303 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGAAATA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATA
* * * * *
23368 TTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACA
66 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGATA
* * * * * *
23433 AAACAAAA-GTAATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCC
131 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
23479 AT-ACTTATTTGAACTA-TTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAACTT-TTGAA
1 ATAAC-TATTTGAACTAGTTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTCTTGAA
* * * * * *
23541 ATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTGGGGATAAGCTTATATAAGTTG--AAATAATTGTTTT
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CGAATAAGCTTGTAT--GATGAAAAATAATTGTTTT
* * * *
23603 ATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTC
125 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
23656 ATAACTGTTTAAACT-GATTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTCTTG
* * * * * * * * *
23719 GAATATTACTAATTTAGTATTATTTTA-TTCTGAATTAGCCTATATAAAT-AGAAATAATTATTT
61 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT-GATGAAAAATAATTGTTT
* *
23782 TATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
124 TATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
23836 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT--ATCTCTTATTAATTCTTGAAATA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATA
* * *
23899 TTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTGA-GA
66 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTT-ATGA
* * * * ** * *
23963 CAAAACAAAAAGT-AGTAACGATTTGAGATACG-TAGCTGTTCAAATGGCC
129 TAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTC
* * **
24012 ATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAACTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--C--TTG
* * * *** * *
24076 AAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTT
61 AAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTT
* * *
24140 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
125 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
24193 ATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
1 ATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACAGATTT-ATTTTT-TAAA--TC-T-CTTATTAA-TTC
* * * *
24257 TTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATTAAGCTTGTATAAACTG--AAATAATT
58 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTAT-GA-TGAAAAATAATT
* * * ** * ** *
24318 ATTATATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTC
120 GTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * * * *
24376 TTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTATCAATTTTTGGAATA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATA
* * * * * * * * *
24439 TTATTAAATTAATATTATTTTATCT-AAAAAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTG-TTTA-GA-G
66 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGATA
* * * * *
24500 AAAC-TAAGGATCATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTC
131 AAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * ** * * * *
24547 ATTACTATGTGAATTGGTTCGAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGA
* * * * * * * ** * *
24612 AATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGATCTAAAACAAATGTTTT
62 AATATTAATAAATTAGTA--TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTT
* * * * * *
24677 ATGACAAAA-ATAAAGGTCATAACGACTTT-ACATTGATAATTATTTAAATAGTC
125 ATGATAAAACA-AAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
24730 A-AATCTATTTGAACT
1 ATAA-CTATTTGAACT
24745 TGTTCAGTAA
Statistics
Matches: 1282, Mismatches: 254, Indels: 172
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 50 0.04
172 3 0.00
173 15 0.01
174 23 0.02
175 87 0.07
176 299 0.23
177 91 0.07
178 24 0.02
179 25 0.02
180 175 0.14
181 200 0.16
182 118 0.09
183 142 0.11
184 14 0.01
185 2 0.00
186 3 0.00
187 5 0.00
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGATA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
Found at i:23849 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 22976--24638 Score: 1327
Period size: 357 Copynumber: 4.7 Consensus size: 355
22966 ATAGAATTAT
* * * * * **
22976 TTTTTAAATCCCTTACATATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * *
23041 AGCGTGTATAAGCT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
65 AGCTTGTATAA-CTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * ** * **
23105 TAATTATTTATATAGTCTTAACTGGTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTC
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA--TC
** * * * * * *
23170 TTAGTTATTAACTTTT-AGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTGTATGA
190 -TCCTTATTAACTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTAT-A
* * * *
23234 A-TAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAA
251 AGTTGAAATAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* *
23297 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAC
315 ATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGCAAACAGATTTAC
* * *
23338 TTTTTAAATATC---TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT-TCGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
** * * * * *
23399 AGCTTGTAT-GTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-GTAATAAAAATTTGAAATAGG
65 AGCTTGTATAACT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * **
23462 TAGTTGTTCAAATGGCCAT-ACTTATTTGAACTATTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATC-C
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTATTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
23525 CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTTTGGGGATAAGCTTATATAAGTTG
192 CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTT-CGAATAAGCTTGTATAAGTTG
* *
23590 AAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGT
256 AAATAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
23655 CATAACTGTTTAAACT-GATTTGGCAAACAGATTTA-
320 CATAACTATTTAAACTAG-TTTGGCAAACAGATTTAC
* * * *
23690 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTGAATT
1 TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * * * * * *
23755 AGCCTATATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT
65 AGCTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* *
23820 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT--ATCT-CT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
* *
23882 TATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGTTTGTAT--GTTG
194 TATTAACTT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTT-TTTCGAATAAGCTTGTATAAGTTG
* * * ** * **
23944 AAAAACAATTGTTTTGA-GACAAAACAAAAAGT-AGTAACGATTTGAGATACG-TAGCTGTTCAA
256 --AAATAATTGTTTT-ATGA-TAAACAAAAGGTCA-TAAAAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAA
* * * * * * ** *
24006 ATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAATTGATTTAT
315 ATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGCAAACAGATTTAC
* * *
24047 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTGGAT
1 TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * *
24111 AAGCTTTTATGAACTA-AAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAAATAG
64 AAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * *
24175 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAAATC
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGTAAACAAATTT-ATTTTT-TAAATC
* * * *
24240 TCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATTAAGCTTGTAT
190 TC---CTTATTAA-CTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTCGAA-TAAGCTTGTAT
** * * * * *
24304 AAACTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTT
250 AAGTTGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
24368 TAGTAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAAC--ATATAT
313 AAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGCAAACAGATTTAC
* * * * * *
24409 TTTTTAAA--TCTT-TTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-TCTAAAAAA
1 TTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
* * * * * * *
24470 GCTTGTATGATTAGAAACAATTG-TTTA-GA-GAAAC-TAAGGATCATAACTATTTGAGATTGAT
66 GCTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGAT
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24531 ATTTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAATTGGTTCG-AAA-AATAGCTTTAGTTTTTAAATCTC
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAACAA-A--TTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
24594 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATT-TTTTTTT
192 ---CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTT
24639 ATTTTGGATA
Statistics
Matches: 1046, Mismatches: 196, Indels: 129
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 20 0.02
352 129 0.12
353 65 0.06
354 57 0.05
355 37 0.04
356 174 0.17
357 290 0.28
358 121 0.12
359 3 0.00
360 4 0.00
361 4 0.00
362 23 0.02
363 9 0.01
364 75 0.07
365 28 0.03
366 5 0.00
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
GCTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTTA
TTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTCGAATAAGCTTGTATAAGTTGAAATA
ATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTAAACTAGTTTGGCAAACAGATTTAC
Done.