Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168274.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_502, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24714
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Found at i:960 original size:166 final size:171
Alignment explanation
Indices: 788--1636 Score: 396
Period size: 183 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
778 AAAGTTCAAT
* * * * *
788 TAGTTATAACAATTTGAATAATT-TTTATTTCCAATCGTTA-TA-TTTTTTTTGTAAT-AAAACA
1 TAGTTATAACAATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCGTTACGACCTTTTATT-TAATAAAAACA
* **
849 ATTG-TTCTATT-G-ACAATCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAA
64 ATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
910 CTAATAAGTAAATTTTAAAAATGAATATGTTGAGCACGTGCAAA
128 CTAATAAGTAAATTTTAAAAATGAATATGTTGAGCACGTGCAAA
** *
954 TAGTTATAACTGTTTGAACATTATATATTTCAAATCGTTACGACCTTTTATTTAATCAGAAAACA
1 TAGTTATAACAATTTGAAAATTATATATTTCAAATCGTTACGACCTTTTATTTAAT-A-AAAACA
* * * *
1019 ATTGTTTTTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAGAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
64 ATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAAC
* * * * * *
1084 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAA
129 TAATAAGTAA-A-TTTTAAAAA-TGAATATG----TTGAGCACGTGCAAA
* ** * ** * * * ** * ** *
1134 TAGTTATGATTATTTTAACAATTACCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAAT
1 TAGTTATAACAATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCGTTACGACCTTTTATTTAAT-A-AAAAC
* * *
1199 AATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAAT-ATAAATTTATTAATA-TTCAAA
63 AATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * ** ** *
1260 CAGTGAATAAATAAAAGACTTAAAAAAT-AACTATGTTTACCGAATAAATTCAAA
126 AACT-AATAAGT--AA-ATTTTAAAAATGAA-TATG-TT---GAGCACGTGCAAA
* * * * * * * * * **
1314 TAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTATTTTGTCATAAA
1 TAGTTATAACAATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCGTTACGACC--TTTTATTTAAT-A-AAA
* * * * ** * ** *
1379 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGAT
61 ACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * **
1444 AATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGTTTAAA
126 AACTAATAAGT-A-A-ATTTTAAAAATGAATATG----TTGAGCACGTGCAAA
* * * * * * *
1497 TAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGTTTATGAACCTTTTGTTTCATCATAA
1 TAGTTATAACAATTTGAA-AATTATATATTTC-AAATCG-TTACG-ACCTTTTATTTAAT-A-AA
* * * *
1562 AACAA-TGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-ATATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTCA
60 AACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT-ATTTCA
*
1625 AAAATTAATAAG
124 AAAACTAATAAG
1637 AGCTTTAAAA
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 105, Indels: 67
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.01
166 31 0.06
167 5 0.01
168 6 0.01
170 10 0.02
171 6 0.01
172 1 0.00
173 50 0.09
174 4 0.01
175 8 0.01
176 6 0.01
177 2 0.00
179 11 0.02
180 120 0.22
181 47 0.09
182 52 0.10
183 134 0.25
184 30 0.06
185 5 0.01
186 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
TAGTTATAACAATTTGAAAATTATATATTTCAAATCGTTACGACCTTTTATTTAATAAAAACAAT
TGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAACTA
ATAAGTAAATTTTAAAAATGAATATGTTGAGCACGTGCAAA
Found at i:1252 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 132--1980 Score: 1198
Period size: 181 Copynumber: 10.5 Consensus size: 177
122 TAAAATCATA
* * * * * **
132 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTC-AGTACATA-AAGCTTATAAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* ** *
195 TATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTAT
65 TA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-ATAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTAT
* * * ** * * *
258 CGAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
124 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * ** *
312 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTT-TCA-TCATATAAGCCTATTTGGAATAAAGT
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
* * * * **
375 AATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGC
63 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATT
* * * * * * *
440 AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTT
125 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
** * * * * * *
493 AT-AATTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
**
557 ATACTAA-TTA-T-A-ATTT-ATGAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA-AAA-ATG--TATTGC
64 ATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTG-
* * * *
613 CAACCAA-TTC--A-AG-TATAA-TA-TTGAATGACTATCTATTTCAAATCGTT
126 -AA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
** * * * * *
660 ATGACCTTTTGTTTTCATCATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAGTTTTTTCGAAATAAAAT
1 ATGACCTTTT-TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT
**
724 AATATTAAATTTA-T--TATTT---AAATT-AT--TAAGAGATTT-AAAATAAATAT-TTTA-CC
63 AATA-T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTG
* * * * * *
777 AA-AAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATT-TTTATTTCCAATCGTT
126 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * *
827 AT-A---TTTTTTTTGTAATAAAACAATTG-TTCTATT--GACAATCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * *
885 TGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAAGTAA-A-TTTTAAAAATGAATATG----TTGA
65 T-ATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
* * * * * * * *
943 GCACGTGCAAATAGTTATAACTGTTTGAA-CATTATATATTTCAAATCGTT
127 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * ** * * * *
993 ACGACCTTTTATTTAATCAGAAAACAATTGTTTTTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAGAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* *
1058 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGA
65 -TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATTGA
* * * * * * *
1123 ACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTTAACAATTACCTATTTGAAATTGCT
127 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * *
1174 ATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * **
1238 TATAAATTTATTAATA-TTCAAACAGTGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTACCG
65 TAT-AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAAT-AATAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATTG
* * * * * * * **
1302 AATAAATTCAAATAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCATT
126 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* *
1354 ATGACCTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAT
1 ATGACC-TTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAAT
* ** * *
1419 AATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATT
63 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATT
* * * *
1484 GACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGTTT
125 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTC-AAATTG-TT
* ** * *
1539 ATGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA-TGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATATAAAATAA
1 ATG-ACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * ***
1603 TACTAATTTATTAATAATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGCTTTAAAAATAAAT-TTTTTACCAAA
65 TA-TAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAA
* *
1664 CAAGTT-AAATAGTTA-AACTATTAAAATAATT-TTTATTTCAAATTGTT
128 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
** * * * * *
1711 ATGATATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TAATTCATACAAGCATATTCAAACAAAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * * *
1775 TATAATTTAATAACA-TTCAAAAATTAATAA-AA-A-ATTTAAAAATAAATCTATTTTTTCGAA-
65 TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATT-GAAC
* *
1835 ATAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTAAATAATTATCTATTT-AAGTCGTT
129 A-AGTTCAAATAG-TTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * *
1884 ATGACTTTTTGTTTTTGTCAATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTGAAATAAAAT
1 ATGACCTTTT-TTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAAT
*
1948 AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
63 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
1981 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 1315, Mismatches: 249, Indels: 213
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
158 6 0.00
159 19 0.01
160 4 0.00
161 8 0.01
162 20 0.02
163 9 0.01
164 17 0.01
165 10 0.01
166 48 0.04
167 58 0.04
168 66 0.05
169 28 0.02
170 35 0.03
171 47 0.04
172 47 0.04
173 91 0.07
174 30 0.02
175 67 0.05
176 41 0.03
177 30 0.02
178 13 0.01
179 14 0.01
180 177 0.13
181 180 0.14
182 82 0.06
183 134 0.10
184 22 0.02
185 9 0.01
186 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAAT
ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAA
GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
Found at i:1432 original size:183 final size:177
Alignment explanation
Indices: 132--1973 Score: 1056
Period size: 180 Copynumber: 10.5 Consensus size: 177
122 TAAAATCATA
* * * * * * **
132 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATT-ATTTCAGTACATA-AAGCTTATAAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * *** *
195 TATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAAGTTGGAGA-TTTAAAAAATAAATCA-ATTTAT
65 TATTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAAA-TAAAAGACTTT-AAAAATAAAT-ATGTTTAT
* ** * * * *
258 CGAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
125 CGAA-CAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * ** *
312 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTCA-TCATATAAGCCTATTTGGAATAAAGTA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
* * * * ** * *
376 ATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTAGC
64 ATATTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAAATAAAAGACTTT-AAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * *
440 AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTT
126 GAACAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * * * *
493 AT-AATTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
* * * * * * *
557 ATACTAA-TTA-TAAT-TTAT-GAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAA-AAA-ATGTATT-GCC
64 ATATTAATTTATTAATATT-TCAAAATAATAAATAAAAGACTTTAAAAATAAATATGT-TTATCG
* * * *
614 AACCAA-TTC--A-AGTATAA-TA-TTGAATGACTATCTATTTCAAATCGTT
127 AA-CAAGTTCAAATAGTTTAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * ** * * *
660 ATGACCTTTTGTTTTCATCATAAAACAAATGTTTTGGTTCATATAAGTTTTTTCGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTT-TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATA
* * *
725 ATATTAAATTTA-T--TATTT--AAAT--T-ATTAAGAGA-TTT-AAAATAAATAT-TTTA-CCA
64 ATATT-AATTTATTAATATTTCAAAATAATAAATAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTATCGA
* * * * *
778 A-AAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATT-TTTATTTCCAATCGTT
128 ACAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
827 AT-A---TTTTTTTTGTAATAAAACAATTG-TTCTATT--GACAATCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
** * * * *
885 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGT--AA-ATTTTAAAAATGAATATG--T-T-GA
65 TATTAATTTATTAATATT-TCAAAA-TAATAAATAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTATCGA
* * * * * * *
943 GCACGTGCAAATAGTTATAACTGTTTGAA-CATTATATATTTCAAATCGTT
128 ACAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** * * *
993 ACGACCTTTTATTTAATCAGAAAACAATTGTTTTTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAGAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *
1058 T-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTATT
65 TAT-TAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAAATAAAAGACTTTAAAAA-TAAATATGTTTATC
* * * * * * * *
1121 GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTTAACAATTACCTATTTGAAATTGCT
126 GAACAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
1174 ATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAA
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * *
1238 TATAAATTTATTAATA-TTCAAACAGTGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTACCG
65 TATTAATTTATTAATATTTCAAA-A-T-AATAAATAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTATCG
* * * * * * *
1302 AATAAATTCAAATAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCATT
127 AACAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
*
1354 ATGACCTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAT
1 ATGACC-TTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAAT
* * * * * * *
1419 AATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATT
63 AATATTAATTTATTAATA-TTTCA-AAATAATAAATAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * *
1484 GACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGTTT
126 GAACAAGTTCAAATAGT-TTAACTATTTAAATAATTATCTATTTC-AAATCG-TT
* ** *
1539 ATGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA-TGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCATATAAAATA
1 ATG-ACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATA
* * * * * *
1602 ATACTAATTTATTAATAATTTC-AAA-AATTAATAAGAG-CTTTAAAAATAAAT-TTTTTACCAA
64 ATATTAATTTATTAAT-ATTTCAAAATAATAAATAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTATCGA
* * * *
1663 ACAAGTT-AAATAGTTAAACTATTAAAATAATT-TTTATTTCAAATTGTT
128 ACAAGTTCAAATAGTTTAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * * * *
1711 ATGATATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCATATTCAAACAAAATAAT
1 ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAAT
* * * * *
1776 A-TAATTTAATAACA-TTC-AAA-AATTAATAAAA-AATTTAAAAATAAATCTAT-TTTTTCGAA
66 ATTAATTTATTAATATTTCAAAATAATAAATAAAAGACTTTAAAAATAAA--TATGTTTATCGAA
*
1835 -ATAGTTCAAATAGATTTAACTATTTAAATAATTATCTATTT-AAGTCGTT
129 CA-AGTTCAAATAG-TTTAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
1884 ATGACTTTTTGTTTTTGTCAATAAAACAATTG-TTTCATTTCATAAAAACTTATTGAAATAAAAT
1 ATGACCTTTT-TTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAAT
* *
1948 AATACTACTTTATTAATATTTCAAAA
63 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
1974 ATTAATAGTT
Statistics
Matches: 1306, Mismatches: 259, Indels: 196
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
158 6 0.00
159 19 0.01
160 2 0.00
161 10 0.01
162 20 0.02
163 13 0.01
164 18 0.01
165 12 0.01
166 46 0.04
167 58 0.04
168 63 0.05
169 35 0.03
170 26 0.02
171 48 0.04
172 46 0.04
173 93 0.07
174 30 0.02
175 64 0.05
176 38 0.03
177 17 0.01
178 22 0.02
179 19 0.01
180 174 0.13
181 174 0.13
182 87 0.07
183 128 0.10
184 21 0.02
185 12 0.01
186 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAAT
ATTAATTTATTAATATTTCAAAATAATAAATAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
AGTTCAAATAGTTTAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
Found at i:1451 original size:363 final size:349
Alignment explanation
Indices: 288--1974 Score: 1121
Period size: 363 Copynumber: 4.8 Consensus size: 349
278 TGGCCATCTG
* * * * * *
288 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTCA-TC
1 AATAA-TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTATTC
* * ** * * ** * *
351 ATATAAGCCTATTTGGAATAAAGTAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAG
64 ATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAG
* *** * * * * *
416 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATA
127 ATTT-AAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTA
* * * * * *
481 TTTCAAATCGTTATAA-TTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATT
191 TTT-AAATTGTTATAACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* * * ** * * *
545 TGAAATAAAATAATACTAA-TTA-TAAT-TTATGAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-
252 TCAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAAATAAATAAAAG-CTTAAAAAATAAAT
* * * *
605 TGTATTGCC-AACCAATTCAAGT-A-T-AA-TATT-G
315 TGT-TTACCAAACAAATT-AAATAATTAAACTATTAA
* * ** * **
636 AATGACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTTCATCATAAAACAAATGTTTTGGTTC
1 AAT-AATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * * *
700 ATATAAGTTTTTTCGAAATAAAATAATATTAAATTTATT---ATTT---AAATTATTAAG---AG
64 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATT-AATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAG
* ** * * * *
756 ATTT-AAAATAAATAT-TTTA-CCAA-AAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATT-TTTAT
127 ATTTAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * * *
816 TTCCAATCGTTAT-A---TTTTTTTTGTAATAAAACAATTGTTCTATT--GACAATCTTATTTGA
192 TT-AAATTGTTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * ** * *
875 AATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACT-AATAAGTAAATTTTAAAAATGAATAT
255 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAATAAATAA--AAGCTTAAAAAATAAAT-T
* * * * * * **
938 GTTGAGC--AC--GTGCAAATAGTTATAACTGTTTG
316 GTTTACCAAACAAAT-TAAATAATTA-AACTATTAA
* * * * ** * *
970 AACATTATATATTTCAAATCGTTACGACC-TTTTATTTAATCAGAAAACAATTGTTTTTATTCGT
1 AATAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* *
1034 ACAAGCTTATTCAAAATAGAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
66 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAT-TAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGA
* * * * *
1098 TTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTTAACAATTACCTAT
128 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTAT
* *
1163 TTGAAATTGCTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
192 TT-AAATTGTTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
*
1228 ATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAAACAGTGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAAC
255 ATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA-A---AATAAATAAAAG-CTTAAAAAATAAA
* * ** *
1291 TATGTTTACCGAATAAATTCAAATAATTGTGACTATTTA
314 T-TGTTTACCAAACAAATT-AAATAATT-AAACTATTAA
* *
1330 AATAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
1 AAT-AATATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
** *
1395 ATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAG
64 ATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AG
* * * * *
1460 ATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTA
127 A-TTTAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTA
* ** * *
1525 TTTCAAAATTGTTTATGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATGTTTCTTTTCATACAAGCTTAT
191 TTT--AAATTG-TTAT-AACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
1590 TC-ATATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTC-AAAAATTAATAAGAGCTTTAAAAATAAAT
252 TCAAT-TAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAAATAAATAAAAGCTTAAAAAATAAAT
* * *
1653 TTTTTACCAAACAAGTTAAATAGTTAAACTATTAA
315 TGTTTACCAAACAAATTAAATAATTAAACTATTAA
* * * * * *
1688 AATAATTTTTATTTCAAATTGTTATGA--TATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAATTCA
1 AATAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
* * *
1751 TACAAGCATATTCAAACAAAATAATA-TAATTTAATAACA-TTCAAAAATTAATAA--AAA-ATT
65 TACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATT
* *
1811 TAAAAATAAATCTATTTTTTCGAA-ATAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTAAATAATTATCTAT
130 TAAAAATAAATCTGTTTATT-GAACA-AGTTCAAATAG-TTATAACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * *
1874 TTAAGTCGTTATGACTTTTTGTTTTTGTCAATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATT
192 TTAAATTGTTATAACCTTTT-TTTTTGTC-ATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * *
1938 GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA
253 CAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
1975 TTAATAGTTA
Statistics
Matches: 1067, Mismatches: 190, Indels: 165
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
327 28 0.03
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330 21 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (349 bp):
AATAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTT
AAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAA
ATTGTTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAATTAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAAATAAAAGCTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAA
CAAATTAAATAATTAAACTATTAA
Found at i:2910 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 2287--3169 Score: 932
Period size: 358 Copynumber: 2.5 Consensus size: 353
2277 AATTAATAAG
* * * *
2287 TAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAAAAGTTATGAACTATTTGAACA
1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACA
* * * *
2352 ATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTTAGTTCATA
64 ATTATCT-ATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTA-TTCATA
** * * * *
2416 AAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATAGTACTTTATTATTATTTCAAAAATAAGTAAGAGATTTAAA
126 AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
2481 AAATAAAATTAGTTTACTGAAATAAGTTCAAATAATTATGACCGTTTGAATAACTATCTATTCAT
191 AAATAAAATTAGTTTACTGAAACAAGTTCAAACAATTAAGACCATATGAACAACTATCTATTCAA
* * * * *
2546 TTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAA-CATATAAGCTTGTTTGAAATA
256 TTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TATTTCAACCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * *
2610 AAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAA
319 AAATAAAACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAA
* *
2645 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
2710 TATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGC
66 TATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGC
** * *
2775 TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAA
131 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T-A-AG-TAAGAGATTTAAA
* * * * * *
2839 AAAT-AAATTCA-TTTGCTGAACCAA-TTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATCTC
191 AAATAAAATT-AGTTTACTGAAACAAGTTCAAACAATTAAGACCATATGAACAACTATCTAT-TC
* *
2901 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCGGAA
254 -AATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAAC-CATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
2966 TAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTA
317 TAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAA
* * * * * * * *
3003 TAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
3068 TATCTCTTTCAAATTATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGT
66 TATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGC
*
3133 TTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
131 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
3170 ATCAAACCAG
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 83, Indels: 23
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
353 3 0.01
354 40 0.09
355 15 0.03
356 74 0.17
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGC
TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AAATTAGTTTACTGAAACAAGTTCAAACAATTAAGACCATATGAACAACTATCTATTCAATTGTT
ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAACCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAA
ACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAA
Found at i:2921 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1977--3169 Score: 920
Period size: 177 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
1967 TTCAAAAATT
* * * ** *
1977 AATAGTTATGACTATTTGAACAA-AATATA-ATCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTCTCAT-A
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
2037 AACAATTGTTTCTGA-TCATAAAAGCTTGTTTGGACA-AAAA-AATA-TGAATTTAATAATATTT
65 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * *
2098 CAAAAA-T-TAGT--GAGATTTAAAAAA-AATATATGTATTTGCCGAACCAGTTCA
127 CAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-AT-T-CATTTACTGAACTAATTCA
* * * ** * * * * * *
2149 AATAGTTAAGACTATTAGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTAT-TTTAGTCCTATA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
2212 ATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAGAATAATACAAATTTATTAACATTCCAA
66 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* **
2276 AAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAA-TAAGTTCA
130 AAATT-AT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTCATTTACTGAACTAA-TTCA
* * **
2329 AAAAGTTATGAACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * ** * * * *
2393 AAAACAATTGTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATAGTACTTTATTATTATTT
63 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
2458 CAAAAA-TA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATT-AGTTTACTGAAATAAGTTCA
127 CAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTCA-TTTACTGAACTAA-TTCA
* ** * * * * *
2511 AATAATTATGACCGTTTGAATAACTATCTA-TTC-ATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
2574 ACAATTGTTTTTCA-ACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
2638 AAATTA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACTGAACCAGTTCA
130 AAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTTACTGAACTAATTCA
* * * * * * *
2686 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * *
2751 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTAGTAATA-TTCTAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* *
2815 AAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCTGAACCAATTCA
130 AAATT-ATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACTGAACTAATTCA
* * * * *
2867 AACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *** * * * *
2932 ACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCGGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
2997 AATT-TA-TAAAAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAACTAGTTCA
131 AATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTTACTGAACTAATTCA
* * * * * * *
3044 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
3109 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
3170 ATCAAACCAG
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 162, Indels: 83
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 23 0.03
173 19 0.02
174 30 0.04
175 52 0.06
176 26 0.03
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178 20 0.02
179 30 0.04
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACTGAACTAATTCA
Found at i:3208 original size:140 final size:139
Alignment explanation
Indices: 3049--3308 Score: 313
Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 139
3039 GTTCAAATAA
* * * *
3049 TTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA-TAATTTTTATTCTATCATAAAACAAT
* * * * * * *
3114 TGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATCAAACCA
65 AGTTTATATTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTATCAAACCA
3179 GTAAAAAATG
130 GTAAAAAATG
* * * * * *
3189 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTGTTCTATTATAAAACAATA
1 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAATTTTTATTCTATCATAAAACAATA
* ** * *
3254 GTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTT
66 GTTTATATTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT
3309 CAACAATTAA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 22, Indels: 1
0.81 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
139 65 0.66
140 33 0.34
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (139 bp):
TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAATTTTTATTCTATCATAAAACAATA
GTTTATATTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTATCAAACCAG
TAAAAAATG
Found at i:4024 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 3184--6451 Score: 2206
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 179
3174 AACCAGTAAA
* * ** * ** * * *
3184 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTGTTCTATTATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
3248 ACAATAGTTTATA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * * *
3312 CAATTAATACG-AAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTATCAAACTAGATC
130 -AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * * * * * * *
3362 AAAGAGTCATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGT-TTTGTCATAA
** * * ** * * * *
3426 AA-AATCATTTTGGTTCAAATGAGCTTATTCGACATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGA
65 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA
* * * * * *
3490 AAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACAAACAAATTT
129 AAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * * *** * * *
3541 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAA
** * * *
3605 AATGATTTTTTCTA-TTCATAGAAGTTTATTTTG-AATAAAAT-ATA-TAAATTTATTAATATTA
65 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-
* * * * * *
3666 ACACAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAACAAATAAATCTATTTACCAGAACAAGTTTC
126 TCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTATCA-AACAAG-TTC
** * * ** *
3722 AAATCTTTGTGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATA
* * * *
3786 AAACAATTG-TTTATGTTTATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTT
64 AAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
3848 CAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTATCAAACAAGTTC
127 CAA-AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCAAACAAGTTC
* * * * * * * *
3903 AAATGGTCATGAGTATTTTAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTGTTTTGTAATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
*
3968 ACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCTAA
66 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * * **
4031 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACGTGTTC
130 AAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * * ** *
4082 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATTGTTTGTTTTGTCGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAA
* *
4147 AACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTCG-AAT-AAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
65 AACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * ** *
4208 CAAAAATTAACAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TTTAACACGTTC
127 CAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * ** * *
4260 AAATAGTTA--ACTA-TTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
4322 ACCAATTG-TTTATTTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCA
65 AACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
4386 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTC
129 AAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* ** ** * * * *
4438 GAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAA
** *
4503 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCT
65 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
** * * * *
4566 AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTT
128 AAAAA-TAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * ** * * *
4621 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAA
** * ** * *
4686 AATGATTGTTTCTA-TTAATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
65 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
** * * *
4749 GTAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTC
128 AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * * *
4798 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTAATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
4863 ACAATTGCTTTT-GTTCATACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
66 ACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TC
* ** * *
4926 AAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAA-TTC
128 AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * * * * *
4978 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACTTTTATTTAAGTCAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTT-TGTCATAA
* * * * * * * *
5042 AACTATTATTTCAGTTCATGCAAGATTA--T-CAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTCAA
65 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * *
5103 AAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AACAAGTTC
129 AAAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * * *
5156 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGCGTTATGACCTTT-TACTTTATCAT
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGT--TTTGTCAT
* * * * ** * *
5218 AAAACAATTGTTTCATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTATTAACATTTC
63 AAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
5282 AAAATTTAAAAAG-CAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTCT-GAACTAGTTC
128 AAAA-ATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * * * *
5333 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
5398 ATAAGTGTTTCTA-ATGATACAAGCTTATTTCAGATAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTC
66 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT--GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** * *
5461 CAACAAT--T-AGTGA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTC
127 CAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * * * * * * * * * *
5510 GAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
5575 AATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAA
65 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* *
5640 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTC
130 AAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * * * * *
5692 AAAGAGTTATTACTATTTGAACATTTATCGATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * * *
5757 AACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCAA
65 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
5822 AAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CTAAATAAGTTC
130 AA-ATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * * * * * ** *
5873 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTTATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT-ATTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCA-TA
**** * ** * **
5937 AAACAATTGTTTTTCAACATACAATCTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTACAAATATTT-A
64 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
6001 AAGAT-TTAA-TAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAA-ATC
129 AAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTC
* ** * * * * * * *
6050 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATAATATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCATAA
* * *
6115 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTT
65 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * ** * *
6178 GAAAATTAATAACTACAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTC
127 CAAAAATAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * * * * * * *
6232 AAATACTTATGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAAT-TTTATGACTTTTATTTTATAATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
** * ** * * *
6296 ACAATTACTTCAACTCAATACAAGC-TATTCGAAATAAAGTAGA-AATAA-TTATTAATATTTCA
66 ACAATTGTTTTAGTTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
6358 AAAAT--TTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCGAACCAA-TTC
129 AAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTC
* *
6406 AAATAATTAT-AATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
6452 TACCAGACTG
Statistics
Matches: 2439, Mismatches: 527, Indels: 252
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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176 160 0.07
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
Found at i:4199 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 3184--6451 Score: 2319
Period size: 358 Copynumber: 9.1 Consensus size: 357
3174 AACCAGTAAA
* * ** * * * * *
3184 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTGTTCTATTATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
3248 ACAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATT-TCAA
66 ACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* * * * * * ** * * * * * * *
3312 CAATTAATACG-AAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTATCAAACTAGATCAAAGAGTCATGATT
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * **
3376 GTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAA-AATCATTT-TG
194 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
* * ** * * * *
3438 GTTCAAATGAGCTTATTCGACATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTA
258 ATTCATACAAGCTTATTCGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATAATAAGTA
* * * *
3503 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACAAACAAATTT
321 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAAGTTC
* * * *** * * *
3541 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAA
** * * *
3605 AATGATTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTTG-AATAAAAT-ATA-TAAATTTATTAATA-T-T
65 AACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT
* * **
3665 AACACAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAACAAATAAATCTATTTACCAGAACAAGTTTCAAATCTT
127 AA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTACC-GAACGAG-TTCAAATAGT
* * * ** *
3729 TGTGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
187 TATGACT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
3793 TGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAATA
251 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATA
*
3857 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTATCAAACAAGTTC
314 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT--TGTTTATCAAACAAGTTC
* * * * * * * * *
3903 AAATGGTCATGAGTATTTTAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTGTTTTGTAATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAA
*
3968 ACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCTAAA
66 ACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * *
4032 AATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACGTGTTCAAATAGTTATGACTA
130 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
4097 TCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGGTTCTA
195 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* *
4161 TTCATGCAAGCTTATTTCGAAT-AAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGTA
259 TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTA
* ** *
4224 A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TTTAACACGTTC
321 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAAGTTC
* * ** *
4260 AAATAGTTA--ACTA-TTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
4322 ACCAATTGTTTATTTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
65 AACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * *
4387 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCGAATAGTTATGACC
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
4452 CTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
194 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
** * * *
4517 TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTT
259 TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTA
* * * * *
4581 GGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTT
321 AGAGA-TTT-AAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAAGTTC
* * ** * *
4621 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAA
** * ** * * *
4686 AATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
65 AACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * * * *
4750 TAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATACTTATGAC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
4811 TATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTT-
193 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC
* * * * * * *
4874 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGA
257 TATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATAATAAGT
* * *
4939 AAGAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAA-TTC
320 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * * * *
4978 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACTTTTATTTAAGTCAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTT-TGTCATAA
* * * * * * * *
5042 AACTATTATTTCAGTTCATGCAAGATTA--T-CAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAA
65 AACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTA
* * * * *
5103 AAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AACAAGTTCAAATA-TATTT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGT-TAT
* * * ** *
5166 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATAAAACAATTGTT
190 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
5230 TC-ATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTATTAACATTTCAAAATTTAAAA
255 TCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATAATA
* * * * *
5293 AG-CAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTCT-GAACTAGTTC
317 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCAAACAAGTTC
* * * *
5333 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
5397 AATAAGTGTTTCTAATGATACAAGCTTATTTCAGATAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTC
65 AACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTT--GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * * * *
5461 CAACAA-T--T-AGTGA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCGAATAGCTAAG
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
5521 ACTA-TTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTT
191 ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
5585 TC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATA
255 TCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATA
*
5649 AGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTC
317 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * * * *
5692 AAAGAGTTATTACTATTTGAACATTTATCGATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * * *
5757 AACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATT-TCA
65 AACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A
* ** ** * *
5821 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGG
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * ** *
5885 CCATTTGAACAACTATCTGTTTTATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT-ATTAAAACAATTGTTT
192 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTT
* * * * * ** * *
5949 TTCA-ACATACAATCTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTACAAATATTT-AAAGAT-TTAA-
256 CT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAG
* * * *
6010 TAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAA-ATC
319 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTA-TCAAACAAGTTC
* ** * ** * * * *
6050 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATAATATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
6115 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTG
65 AACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * ** * * *
6179 AAAATTAATAACTACAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAATTCAAATACTTATGA
128 AAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * **
6244 CTATATGAACAATTATTTATCTCAAAT-TTTATGA-CTTTTATTTTATAATAAAACAATTACTTC
192 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
6307 AACTCAATACAAGC-TATTCGAAATAAAGTAGA-AATAA-TTATTAATATTTCAAAAAT--TTA-
257 TATTC-ATACAAGCTTATTCG-AATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAG
* * * * *
6366 TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCGAACCAA-TTC
319 TAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTGTTTATC-AAACAAGTTC
* *
6406 AAATAATTAT-AATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
6452 TACCAGACTG
Statistics
Matches: 2295, Mismatches: 495, Indels: 244
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 45 0.02
354 66 0.03
355 222 0.10
356 288 0.13
357 242 0.11
358 363 0.16
359 261 0.11
360 319 0.14
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363 131 0.06
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
CATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATTGTTTATCAAACAAGTTC
Found at i:4542 original size:536 final size:534
Alignment explanation
Indices: 3184--6452 Score: 2276
Period size: 540 Copynumber: 6.1 Consensus size: 534
3174 AACCAGTAAA
* * * ** * * * *
3184 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTG-TTCTATTATAA
1 AAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTC-GTCATAA
* * * * * * * *
3247 AACAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCAA
64 AACAATTGTTTATTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
* * * * * ** * * * * * * * *
3312 CAATTAATACG-AAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTATCAAACTAGATCAAAGAGTCATGATT
129 -AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * ** **
3376 GTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAA-AATCATTTTGG
193 ATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGAC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* ** * * * * * **
3439 TTCAAATGAGCTTATTCGACATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAA
257 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAA
* * * * * * * *
3504 GAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTAACAAACAAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTA
322 GAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * * **
3568 TCTATTTGAAA-TTGCTATAACCTTTTG-TTTAGTTAT-AAATGATTTTTTCTATTCATAGAAGT
387 TCTATTTAAAACAT--TATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAC
** *
3630 TTATTTTGAATAAAAT-ATA-TAAATTTATTAATA-TT-AACACAATTAATAAGTAAAAGA-TTA
449 TTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA-AA--AGAAGATTTA
* ** *
3690 AACAAATAAATCTATTTACCAGAACAAGTTTC
508 AA-AAATAAAT-TGTTT--TTGAACACG-TTC
** * * * ** * * *
3722 AAATCTTTGTGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTT-AGACT-ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTCGTCATA
* * * * *
3786 AAACAATTGTTTATGTTT-ATACAAGCTTATTCAGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTC
63 AAACAATTGTTTAT-TTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* * * * * * *
3849 AACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTATCAAACAAGTTCAAATGGTCATG
127 AA-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAG
* ** * * * * *
3914 AGTATTTTAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
190 ACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
3979 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
255 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGC
* * ** * *
4043 AAGAGAATT-AAAAAATTAATCTATTTATCGAACGTGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAAT
320 AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
4107 TATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAG
385 TATCTATTT-AAAACATTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA
* *
4171 CTTATTTC-GAAT-AAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGTAAAAATTTAA
448 CTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAG--AAGATTTAA
*
4233 AAAATAAATATGTTTTTTAACACGTTC
509 AAAATAAAT-TGTTTTTGAACACGTTC
* * * ** *
4260 AAATAGTTA-ACTA-TTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAAA
1 AAATAGTTAGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTCGTCATAAA
* * * * * *
4323 CCAATTGTTTATTTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAAA
65 ACAATTGTTTATTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
* * * * **
4388 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCGAATAGTTATGACCC
130 AA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
*
4453 TTCA-AATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
194 TT-AGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-A
** * **
4517 -TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTT
256 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * * **
4581 GGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAATTAT
321 AGAGA-TTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * *
4646 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAATGATTGTTTCTATTAATACAAAA
385 TATCTATTT-AAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAC
*** * * *
4711 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAATAAG-AGATTTAAGAATT
449 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAAGATTTAAAAAAT
* *
4775 AAATCTGTTTATCGAAC-CAATTC
514 AAAT-TGTTT-TTGAACAC-GTTC
* * * *
4798 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTAATAAA
1 AAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTCGTCATAAA
* * * * *
4863 ACAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCA-AAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
65 ACAATTG-TTTATTTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-C
* *
4926 AAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAAT-GAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAG
127 AAAAATAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAG
* * * * *
4989 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTT-ACTTTTATTTAAGTCAT-AAACTATTATT
190 ACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATT-TTGACTTTTGTTT-AGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
5052 TCAGTTCATGCAAGATTA--T-CAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATG
253 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATA
* *
5113 AGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGA
317 AGCAAGAGATTTGAA-AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGA
* * * **
5176 ACAATTATCTATTTAAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA
380 ACAATTATCTATTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * *
5240 -AAATCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTATTAACATTTCAAAATTTAAAAAGCAGAGATT
444 CAAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAG-A-AGATT
* *
5303 TAAAAACTAAAGTTGTTTCTGAACTA-GTTC
506 TAAAAAATAAA-TTGTTTTTGAAC-ACGTTC
* *
5333 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTC-TCATAA
1 AAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTG-TTTCGTCATAA
* * * ** * *
5397 AATAAGTGTTTCTAATGATACAAGCTTATTTCAGATAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
64 AACAATTGTTTATTTTCATACAAGCTTATTT-AGA-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* * * * * * *
5462 AACAAT--T-AGT-GAAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCGAATAGCTAAGAC
127 AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * *
5523 TATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCA
192 TATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * *
5588 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCA
256 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCA
* * * * * *
5653 AGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACATT
321 AGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* *
5717 TATCGATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACA-AAA
385 TATCTATTTAAAA-CATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA
* * * * * * * *
5780 GCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAA
448 -CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAG--A-AGATTTAA
* * * * *
5845 AAAATAAATCAGTTTACTAAATAAGTTC
509 AAAATAAAT-TGTTT-TTGAACACGTTC
* * * * * * * * ** * * *
5873 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTTATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT-ATTA
1 AAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTCGTCA-TA
** * * * *
5937 AAACAATTGTTT-TTCAACATACAATCTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTACA-AATATT-
63 AAACAATTGTTTATT-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTC
* * * * * * * * ** *
5999 TAAAGAT-TTAA-TAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAAATCAAATAGTTATGA
126 CAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * ** * * ** * * *
6062 TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATAATATTCTA-TAATAAAACAATTATTT
191 CTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGAC-TTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
6126 CTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATA
254 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * *
6189 A-CTACAGAGATTT-AAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATATG
317 AGC-A-AGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * ** * * ** * *
6251 AACAATTATTTATCTCAAATTTTATGAC-TTTTATTTTATAATAAAACAATTACTTCAACTCAAT
379 AACAATTATCTATTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC-AT
* * * * *
6315 ACAAGC-TATTC-GAAATAAAGTAGA-AATAA-TTATTAATATTTCAAAAATTTATAAG-AGATT
443 ACAAACTTATTCAG-AATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAAGATT
* *
6375 TAGAAAAT-AATT-TTATTTACCGAAC-CAATTC
506 TAAAAAATAAATTGTT-TTT---GAACAC-GTTC
* * * *
6406 AAATAATTATAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
1 AAATAGTTAGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAT
6453 ACCAGACTGT
Statistics
Matches: 2201, Mismatches: 419, Indels: 228
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
530 3 0.00
531 2 0.00
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533 86 0.04
534 69 0.03
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538 102 0.05
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540 478 0.22
541 271 0.12
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543 6 0.00
544 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
AAATAGTTAGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTCGTCATAAAA
CAATTGTTTATTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA
ATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
AGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGA
TTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAAGATTTAAAAAATAAATTGT
TTTTGAACACGTTC
Found at i:5062 original size:895 final size:887
Alignment explanation
Indices: 3736--5861 Score: 2215
Period size: 895 Copynumber: 2.4 Consensus size: 887
3726 CTTTGTGATA
* * ** * * * *
3736 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATG
1 ATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA
* * * *
3801 TTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAA
66 TTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA-AAA-ATTAA-TAA
* * * * *
3865 AAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTATCAAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTTAATAATTA
127 GAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * *
3930 TTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTA
191 TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA
* *
3995 TTTGAAA-TAAAATATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAT
255 -TTCAAAGTAAAATATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *** *
4059 TAATCTA-TTTATCGAACGTGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACA
319 AAATC-AGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACA
* * * * * *
4123 TTATGATTGTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAAT-AAAT
383 TTATGACTGTTTATTTAGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCATGCAAGATTA--TC-AATAAAAT
* *
4187 AATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAACAAGTAA-AAATTT-AA-AAAATAAATATGTT
445 AATAGT-AATTTATTAA-ATTTCAAAAAATTAACAAGCAAGAAATTTAAATAAAATAAATATATT
* * * ** *
4247 TTTTAACACGTTC-AA-ATAGTTAACTA-TTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTT
508 TATCAACAAGTTCAAATATAGTTAACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGCGTTATGACCTTT
* * * *** * *
4309 T-GTTTCGTCATAAACCAATTGTTT-ATTTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAAT
572 TACTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCA-TTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AC
* *
4372 TTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCGAGCGAGT
634 TTATTAAAATTCCAAAAATTAAAAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAAGT-TATTT-CCGAACGAGT
* * * * ** * * *
4436 TCGAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCAT
696 TCAAATAGTTATGACCATTCAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCAT
* * **
4501 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTT-GA-AATAAAATAATACTAATTT-ATGAATAT
760 AAAACAAGTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTAGATAA-AAAATAATACTAATTTAAT-AATAT
* * * *
4563 TCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTTAAATAG-
823 TCCAAAAA-T--T-AG-TGAAGATTTT--AAAAATAAATCTATCTACCGAACAAGTTCAAATAGC
* *
4627 TCATGTCT
881 T-AAGACT
* * * * * *
4635 ATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAATGATTGTTTCTA
1 ATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA
** ***
4700 TTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAATAAGAGA
66 TTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGA
* * * *
4765 TTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
131 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* *
4829 TCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTT-GTTCATACAAGCTTATTC
195 TTTCAAATCATTATGA-CTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATTC
* * * *
4893 AAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
258 AAAGTAAAATA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
4958 TGAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTC
322 TCAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATCTA-AACAATTATCTATTTCAAAACATTA
* * *
5022 TTACT-TTTATTTAAGTCAT-AAACTATTATTTC-AGTTCATGCAAGATTATCAATAAAATAATA
386 TGACTGTTTATTT-AGTCATAAAACAATTAGTTCTA-TTCATGCAAGATTATCAATAAAATAATA
* ** * *
5084 GTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAA
449 GTAATTTATTAAATTTCAAAAAATTAACAAGCAAGAAATTTAAATAAAATAAATATATTTATCAA
* * *
5149 CAAGTTCAAATATATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGCGTTATGACCTTTTACTTTA
514 CAAGTTCAAATATAGTTAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGCGTTATGACCTTTTACTTTA
* *
5214 TCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTATTAACAT
579 TCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTATTAAAAT
* * * * * * * *
5279 TTCAAAATTTAAAAAGCAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATG
644 TCCAAAAATTAAAAAGAAAAGATTTAAAAAATAAAGTTATTTCCGAACGAGTTCAAATAGTTATG
* ** *
5344 ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAAGTGTTTC
709 ACCATTCAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAAGTGTTTC
* *
5409 TAATGATACAAGCTTATTTCAGATAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGTGA
774 TAATCATACAAGCTTATTT-AGATAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTGA
* * * * *
5474 AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCGAATAGCTAAGACT
838 AGATTTTAAAAATAAATCTATCTACCGAACAAGTTCAAATAGCTAAGACT
* * * *
5524 ATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-
1 ATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCT
* ** * **
5587 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGC
65 A-TTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT----
* * * * *
5652 AAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACAT
125 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * *
5716 TTATCGATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAG
188 TTATCTATTTCAAATCATTATGAC--TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAG
* * * *
5781 CTTATTCAAAAG-AAAATAGTGCTACTTTATTATTATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTA
251 CTTATTC-AAAGTAAAATA-TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
5844 AAAAATAAATCAGTTTAC
313 AAAAATAAATCAGTTTAC
5862 TAAATAAGTT
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 172, Indels: 82
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
888 5 0.00
889 130 0.13
890 1 0.00
891 9 0.01
892 9 0.01
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899 95 0.09
900 20 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (887 bp):
ATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA
TTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAA
GTAAAATATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAG
TTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACT
GTTTATTTAGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCATGCAAGATTATCAATAAAATAATAGTAATTT
ATTAAATTTCAAAAAATTAACAAGCAAGAAATTTAAATAAAATAAATATATTTATCAACAAGTTC
AAATATAGTTAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATAAA
ACAATTGTTTCATTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTATTAAAATTCCAAAA
ATTAAAAAGAAAAGATTTAAAAAATAAAGTTATTTCCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACCATTC
AAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAAGTGTTTCTAATCAT
ACAAGCTTATTTAGATAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTGAAGATTTTA
AAAATAAATCTATCTACCGAACAAGTTCAAATAGCTAAGACT
Found at i:5348 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 3184--6451 Score: 2245
Period size: 177 Copynumber: 18.3 Consensus size: 179
3174 AACCAGTAAA
* * ** ** * *
3184 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-AATTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * *** * * *
3247 AACAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * * *
3312 CAATTAATACGAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTATC-AAACTAGATC
131 AAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TT-TCTGAACCAGTTC
* * * * * * * * *
3362 AAAGAGTCATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
** * * ** * * * **
3426 AA-AATCATTT-TGGTTCAAATGAGCTTATTCGACATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTG
66 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
3489 AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAAC-AAACAAATTT
130 AAAATTAATAA-GAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT--CTGAACCAGTTC
* * * *** * *
3541 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTG-TTTAGTTAT-
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
** * * * ***
3604 AAATGATTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTTGAATAAAAT-ATA-TAAATTTATTAATA-TT-
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * *
3665 AACACAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAACAAATAAATCTATTTACCAGAACAAGTTTC
129 AA-A-AATTAATAAG-AAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTT--CTGAACCAG-TTC
** * * ** * *
3722 AAATCTTTGTGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * *
3786 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
3850 ACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTATCAAACAAGTTC
130 A-AAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTCT-GAACCAGTTC
* * * * * * * * *
3903 AAATGGTCATGAGTATTTTAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* **
3967 AACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCT
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * **
4029 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACGTGTTC
129 AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCT-GAACCAGTTC
* * * * * *
4082 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCGTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTATCATA
* * *
4146 AAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-GAAT-AAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * *
4208 CAAAAATTAACAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAA-CACGTTC
128 CAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCTGAACCA-GTTC
* * ** * **
4260 AAATAGTTA--ACTA-TTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * *** * * *
4322 ACCAATTGTTTATTTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
4387 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTC
131 AAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTC
* ** ** * * * * *
4438 GAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
** ** *
4503 AACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCTA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
** * * * *
4567 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTT
130 AAAATTAATAAG-AAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGT-TTCTGAACCAGTTC
* * ** * *
4621 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
** * ** * ***
4686 AATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGT
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
4751 AAATTAAT---AAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAATTC
131 AAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCT-GAACCAGTTC
* * * * * *
4798 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * *
4862 AACAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATA-TTCT
66 AACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* ** * *
4925 AAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAATTC
129 AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTC
* * * * * *
4978 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTA-CTTTTATTTAAGTCAT-
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
* * * * * *
5041 AAACTATTATTTC-AGTTCATGCAAGATTA-TC--AATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTC
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
5101 AAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAACAAGTTC
129 -AAAAATTAATAAG-AAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTCTGAACCAGTTC
* * * **
5156 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATA
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * *
5219 AAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTATTAACATTTC
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
5282 AAAATTTAAAAAGCAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTCTGAACTAGTTC
129 AAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTCTGAACCAGTTC
* * * * *
5333 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
5397 AATAAGTGTTTCTAATGATACAAGCTTATTTCAGATAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTC
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA-A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
5461 CAACAATTAGT--G-A-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTC
128 CAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTC
* * * * * * * * *
5510 GAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG-TTTAGTCCTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
* * *** * *
5574 TAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCC
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
5638 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
129 AAAAATTAATAAG-AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTC
* * * * * *
5692 AAAGAGTTATTACTATTTGAACATTTATCGATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * *
5757 AACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCA
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * **
5821 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAAATAAGTTC
130 AAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTC
* * * * * * * ** * *
5873 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTTATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT-ATTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA-TA
* * * * **
5937 AAACAATTGTTTTTCA-ACATACAATCTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTACAAATATTT-
65 AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * **
6000 AAAGATTTAATAAG-AG-G-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAAATC
129 AAA-AATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTC
* ** * * ** * * *
6050 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATAATATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * **
6115 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * *
6180 AAATTAATAACTACAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAATTC
131 AAATTAATAA-GA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCT-GAACCAGTTC
* * * * * * *
6232 AAATACTTATGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAAT-TTTATGA-CTTTTATTTTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
** * * * * *
6295 AACAATTACTTCAACTCAATACAAGC-TATTCGAAATAAAGTAGA-AATAA-TTATTAATATTTC
66 AACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
6357 AAAAATT--T-ATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCGAACCAATTC
129 AAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTC
* *
6406 AAATAATTAT-AATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
6452 TACCAGACTG
Statistics
Matches: 2444, Mismatches: 531, Indels: 234
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 24 0.01
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175 72 0.03
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184 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCTGAACCAGTTC
Found at i:9166 original size:359 final size:361
Alignment explanation
Indices: 8508--9166 Score: 796
Period size: 359 Copynumber: 1.8 Consensus size: 361
8498 GGTTATAGCG
* * * * * * *
8508 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCATT
1 ATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGATAAACAGATTCATT
*
8573 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCAAACCA
66 TTTTAAA-CTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCAAACAA
* * * *
8638 ACTAATATGAACTAAAATAACTTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTCAAATAAATA
130 ACTAATATGAACAAAAACAACTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAAATAAATA
* * ** * *
8703 CTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTGTTCAATAAACATATTTATTTTAAAAAAATTTTA
195 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATAATTATTTTAAAAAAATTTTA
* * *
8768 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTTTACAAGCAG
260 CATACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTTTACAAGCAG
8833 AAATTATTATTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAAGA
325 AAATTATTATTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAAGA
* *
8870 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTT-TTTAAACTGGTTTGATAAACAGATTTAT
1 ATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TTATTTAAACTGGTTTGATAAACAGATTCA-
* **
8934 TTTTTTAAA-TC-T-ATTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGA-TTAGTACTATTTTATTTTGAA
64 TTTTTTAAACTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATA-ACTTAGTAATATTTTATTTCAAA
* * ** * * * *
8994 CAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAGCGA-TTTGAAATA
127 CAAACTAATATGAACAAAAACAACT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAAATA
* * * * ** **
9058 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACATAATTATTTTTTAAATC
191 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACATAATTATTTTAAAAAAA
*
9122 TTTTACATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTT
255 TTTTACATACTAATTGTTGAAATATTAATAAATT-AATATTATTTT
9167 TTTTTCCAAA
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 43, Indels: 17
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 2 0.01
359 153 0.62
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363 11 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (361 bp):
ATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGATAAACAGATTCATT
TTTTAAACTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCAAACAAA
CTAATATGAACAAAAACAACTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAAATAAATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATAATTATTTTAAAAAAATTTTAC
ATACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTTTACAAGCAGA
AATTATTATTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAAGA
Found at i:9243 original size:177 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8329--9299 Score: 452
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 172
8319 CTACCCAACA
* * * ** **
8329 ATTTG-AATAAATAATTGTTCAATTAGCCATAAAAATTTGAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA-TTATT
* * * * *** *
8393 TTTTAAATCTTTTAACTATTAATTGTCTT--AGTATTAATAAATT-ATATTACTTTATTCAAAAT
65 TTTTAAATC---T-ATTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTTCAAC
* * **
8455 AAACTTGTATGAATAGAAAA-AATCT-TTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCG
124 AAACTTATATGAACA-AAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC-AAA-G--ATAGCG
* * * * * *
8508 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATT-ATT
* * *
8573 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTA-TTTCAAAC
65 TTTTAAA--TC-T-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTTC-AAC
* * * * * * * * *
8636 CAACTAATATGAACTAAAATAACT-TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACA
124 AAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA-G--ATAGCG
* * * * * * ** * *** *
8688 ATTTTCAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTGTTCAATAAACATATTTAT
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTAT
** * * * * * * * *
8753 TTTAAAAAAATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATA
64 TTT--TTAAA-TCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTTCAACA
* * * * ** * ** *
8818 AGCTTTTA-CAAGCAGAAATTATTATTTTGTAATAGAACAAAA-AATCATAAG-A
125 AACTTATATGAA-CAAAAACAATT-GTTT-T-AT-G-ACAAAACAAAGAT-AGCG
* * * * *
8870 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTT-TTTAAACTGGTTTGATAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTA-
* * *
8934 TTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTACTATTTTATTTTGAACAAAC
63 TTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTTCAACAAAC
* *
8999 TTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAGCG
128 TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA--G--ATAGCG
*
9048 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATT
* * *
9113 TTTTAAATCTTTTACATACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTTTTTTTCCAA-
65 TTTTAAATCTATT--AT--TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AATACTATTTTATTTT-CAAC
* *
9176 ATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-A-A-TG
124 A-AA-CTTA-TATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATAGCG
* * * * * * *
9225 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA-TTATT
9290 TTTTAAATCT
65 TTTTAAATCT
9300 CTTAATTATT
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 131, Indels: 96
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.01
174 3 0.00
175 2 0.00
176 3 0.00
177 86 0.14
178 113 0.18
179 15 0.02
180 110 0.18
181 201 0.33
182 25 0.04
183 13 0.02
184 22 0.04
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186 1 0.00
187 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (172 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTATTT
TTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTTCAACAAACTTA
TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATAGCG
Found at i:9743 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 9532--10814 Score: 461
Period size: 179 Copynumber: 7.2 Consensus size: 176
9522 CAATTGTTAC
* * * * * *
9532 ATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
* * * *
9597 ACTGAACCGGTAAATAGATTCACCTTTTAAA-TC-GCTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATT
65 ACTG-ACCGATAAACAAATTCA--TTTTAAACTCTGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAAGAAATT
* *
9660 AGTATTATTTTATTTT-GACTAAGC-TTGTATGAATTCAAACAATTGCTTT
127 AGTATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTTTGTATGAACTAAAACAATTGCTTT
* *
9709 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * ** * *
9774 TTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTAAACTCTTGGTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAG
66 -CTGACCGATAAACAAATTCATTTTAAACTC-TGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAAGAAATTAG
* *
9839 TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTT
129 TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTGTATGAACTAAAACAATTGCTTT
** * * * * * *
9887 ATGTTAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
*** * * * * * * * ** * *
9952 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAA
65 AC-TGACCGATAAACAAATTCA--TTTT-AAA-C-TCTGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAAGAA
* * * * * **
10017 ATTTAG-ATTTTTTTATTCTGAATAAGCTTT-TA--AAATATGAAACAAATATTTT
124 A-TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTGTATGAACTA--AAACAATTGCTTT
* * * * * * * * * ** *
10069 ATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
* ** ** * * * * * * * **
10134 ATTGACTCGGCAAACTCATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA
65 ACTGAC-CGATAAACAAATTCA--TTTTAAA-CTC-TGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAAGAAA
* * * * ** *
10199 TTAGTATTATTTT-TAATCGAATAAGC-TTCTATGGTC-AGAAAC-ATTGTTTT
125 TTAGTATTATTTTAT-TTTGGATAAGCTTTGTATGAACTA-AAACAATTGCTTT
* * * * * ***
10249 ATGACAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * * *
10313 ACTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAGATATTAATAAA
65 ACTGA-CCGATAAACAAATTCA--TTTTAAA-CTC-TGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAAGAAA
* * *** * *
10378 TTAGCATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTT
125 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTGTATGAACTAAAACAATTGCTTT
* * ** * *
10429 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGG-CTATAATTATTTT
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTC-ATAACTATTTG
* ** * * * * * *
10493 AACTAATTTGATAAACAAA-T--TTTT---CT-TACTTATT-ATTTT-AGTAAGTATTAATAAAC
64 AACTGA-CCGATAAACAAATTCATTTTAAACTCTGCTCATTAATTTTCA--AAATAGTAAGAAAT
* * * * * *
10549 TAGTATTATTGTATTCCTT--TTGAGC-TTGTATTAACTGAAACAATTGTTTT
126 TAGTATTATTTTATT--TTGGATAAGCTTTGTATGAACTAAAACAATTGCTTT
* ** * * * * *
10599 GTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
*** * * * * * * *** *
10664 ACTTGTTTGGTAAATAGATT--TTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAAT-GTTAATAAAT
65 AC-TGACCGATAAACAAATTCATTTTA-AACTC-TGCTCATTAATTTTCAAAATAG-TAAGAAAT
* * * * *
10726 TAGTATTAATTTATTCT-AAGTAAGC-TTGTATAAACTAAAACAATTGTTTT
126 TAGTATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTTTGTATGAACTAAAACAATTGCTTT
* * * *
10776 ATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTCAAATAGATAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTAAATAGATAA
10815 CTATTCTAAT
Statistics
Matches: 862, Mismatches: 193, Indels: 102
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 5 0.01
170 114 0.13
171 6 0.01
172 4 0.00
174 7 0.01
175 5 0.01
176 51 0.06
177 154 0.18
178 48 0.06
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184 5 0.01
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Consensus pattern (176 bp):
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAA
CTGACCGATAAACAAATTCATTTTAAACTCTGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAAGAAATTAGTA
TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTGTATGAACTAAAACAATTGCTTT
Found at i:11644 original size:18 final size:19
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Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
11597 ATTTTGGATA
11607 AATTTTTATGAACTAAAAC
1 AATTTTTATGAACTAAAAC
11626 AATTATTTATG-AC-AAAAC
1 AATT-TTTATGAACTAAAAC
11644 AA
1 AA
11646 AAGGTCGTAA
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Consensus pattern (19 bp):
AATTTTTATGAACTAAAAC
Found at i:11809 original size:181 final size:181
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Indices: 11526--11883 Score: 409
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11516 TGAACTAACA
* * *
11526 TAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATATAGTAGTAT
1 TAGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTAT
**** * * *
11591 TATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTAAAACAATTATT-TATGACAAAACAAAAGGTC-GT
66 TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGCCAG-
* * * * *
11654 AACGATTTTAAATTGATAATTATTC-AGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
130 AACAATTTGAAATTAAAAATTATTCTA-ATAGTCATAAATATTTGAACTTGTT
* * * *
11706 TAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTATTAAATTAGT
1 TAGTAAACAAAGTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-CTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT
* * * * * *
11770 TTTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAATAAAAGGCCA
64 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGCCA
* *
11835 GAATAATTTGAAATTAAAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACT
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11884 AGTTCAGCAA
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TAGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTAT
TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGCCAGA
ACAATTTGAAATTAAAAATTATTCTAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTT
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13366 ACAAAAGGTC
13376 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
13393 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
13409 TTATGACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATGATTTGAAATAG
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12025 AACTTGCTTT
* * * * * * ***
12035 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTAGATAA-TTTTTGATGAATTGA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA--TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-ATGAACAAA
* * * * * *
12098 AACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTC-TAACAATTTTAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTC
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* * * *
12162 A-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTCA
128 ATAA-CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * **
12215 TTATATTTTTG-AATGTTAATAAATTGGTATTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATTAAAA
1 TTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * * * * *
12279 TAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACATAAAATTATTCTAATAGTCTT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
12344 AACTATTAGAAC-TAGTTTGGCAATCA-CTTT-TTTTTT-AATCTCTTACTGT-
130 AACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TA
* * *
12393 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAA-AAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAA
** * * * * *
12457 CAATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTCTTCACATAGTCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
12520 AAACTATTTAAACTGT-TTCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTA
129 TAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** ** * * * * * *
12569 TTAATTTTCAAAATATTAATGTATCAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTTCGCATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAACAAAAA
* * * * * * * *
12633 TAATTTTTTTGTTAAAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
12698 GACTTTTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-TATTTTTAAATCTCCTACCTA
130 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * *
12750 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * *
12815 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGGTATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--TC
* * * *
12880 ATAACTATTTAAACTTACTT-AGTAAATAGATTTAATTTTTTAAA-----T-GTTA
128 ATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
12929 TTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCGAATACGCTTGTATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * *
12993 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAA-TGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
13057 AACTATTTGAACATGTTC---AGA-A-A-TTATTTTTAAAAT-TTTTTCTTA
130 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
13102 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * *
13166 ACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAATC
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * * * * * **
13229 ATTACAATTCAAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTCAATCTCTTGCCCA
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *** *** *
13283 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCCATATGAATTGATAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* ** * * * *
13348 AATTTTTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTAT
66 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
13413 GACTATTTAAACTTATTAGGTAAACATATTTGTTTTTTGAAATCTTTTACTTA
130 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
13466 TTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTACTCTAATCCAAATAGGCTTCTATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
13531 ---TATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTAAT
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
13592 AACTATTTGAATTTATTAGGTAAATAGAGTTGT-TTTTTTAAATCTTTTACTTA
130 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGA-TT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
13645 TTAATTGTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 TTAA-T-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA-A
**** * * * * * *
13708 AAA-AAAAAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCGCTCAAATAGT
62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
13772 CATAATTATTTAAATTTATTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTA
127 CATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** ** * *
13827 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAGTTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
13892 AATTGCTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAAA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * ** * * *
13957 ACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAGTC-CATTACTTA
131 ACTATTTGAACTTATTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
** * * * *
14008 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTAAATAAGATTGTATCAATAGAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAA
* * * * * ** *
14072 AAAAATGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAAAGATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATTTTT
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
14136 ATAACTAGTTGAACTGATTTGGTAAATTA-ATTTATATTTTAAA--TC-T-CTTA
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
14186 TTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAACAAACTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * *
14250 ATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
66 AATTGTTTTA-TGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
14314 TCACTAATTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTA
129 TAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
14367 TTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * *
14431 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * *
14496 AACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
130 AACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * * **
14548 ATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATGATGAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
14613 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * ** * ** *
14678 ATTATTTAAACTGGTTCGATAAATTGAATTTATTTTTTCAATCTCCAACTTC
131 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** * **
14730 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * * * * *
14795 AATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
14860 ACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTGCTTA
131 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * **
14912 TTAATTTTTTG-AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCATGTATGAACTGAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * *
14975 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
15040 TGACTATTTGAA-TTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTA
129 TAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * * * * * * *
15093 TTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATATGCTTGTATGAATAGAAGC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * *
15157 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAGAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * *
15221 ACTATTTGAAC-TGGTCTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA
131 ACTATTTGAACTTATTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * * *
15272 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGGATAAGTTTTTATGAGCTAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* *
15336 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
15400 -AATCTATTTG---TTCTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCA
129 TAA-CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
15451 TTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * * *
15516 AATTGTTTTATGCCTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
15581 ACTATTTGAA-TTAGTT-TGCAAACACATTTATTATTTTAAATCTTTTACTTA
131 ACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
15632 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAA
* * * *
15696 CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
15760 AACTATTTGAAATGTTTTC-TTGAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTA
130 AACTATTTGAACT-TATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * ** *
15808 TTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA--TT-T-TG-A-ATGACC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
15867 AGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGATTTCAAATAGATAATT-TTCAAACA-TACA
66 A-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CA
* * * * * *
15930 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
129 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** *
15983 TTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCGAACA-AAATTTATATGAAC-A
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--TTCTAA-ATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
16045 AAACATTTG-TTTATGACAAAATAGAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAAT
62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
16108 CATAATTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAAGC-GAATTATTTTTTAAATCTCTTAATT-
127 CATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ***
16162 TATAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAA
1 T-TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * *
16225 A-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCT
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * *
16289 TAACTATTTGAAC-TGTTCGACAAA-AAATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAA
129 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-A
* * * * * * *
16342 TTAGTTTTTG-AATATTATTAGATTAGCATTAATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAAC-AAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * *
16405 TAATTGTTTTATGACAGAACAAAA-GTTATAACG-TATTCAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
16468 AAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTA
129 TAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
16522 TTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGATTAA-CTTGTATG-ATAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * ** * * *
16584 CAATTGTTATATGACCAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTACTGAAATGGCCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
16649 AATTATTTGAGCTGATTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAATCAT-TTACTTA
130 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTA
** * * *** *
16701 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGATAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
16766 AAATGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-A
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
16830 ACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTCTTCCTTA
131 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * *
16881 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACCAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
16946 AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
17011 ACTATTT-AACTTGCTT-GATAAACATATTTATTTTTTTTCAAATCTTTTGCTTA
131 ACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTTA--TTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* ** * * * * **
17064 TTAATTTTTTAAA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTAAGATA-TGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAA
* * * * * * **
17127 CAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** ** * * *
17192 AACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACAATTATGTTTTAAA--TC-T-CTTA
130 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
17240 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTAAGACCAAAAA
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
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** * ** * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* **** * * * * * *
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** ** ** ** * * *
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** * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* *
15248 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
15660 ATTGTTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCAT
388 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
* * * * ** * *
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*
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * **
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*** * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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446 AGATCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTGGTA
17390 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
509 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
17420 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATA-AAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAA
* * * * * *
17484 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCAAATGGTCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-
* * * ** * ***
17549 AAT-TATTTTAATTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTAGG
129 AATCTA-TTT-GTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC
* * * * * *
17612 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CATCTAAGCTAGTATTAACTGAAACAATTATTTT
190 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * * ** *
17676 ATGAC-AAATCAAAAGGTTACAATGATTCT-AAATAGACAATTGTTCACATAGTAATAACCATTT
254 ATGACTAAA-CAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTT
* * * *
17739 GAATTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAACTTTTTGAATGTTAATA
317 GAATTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATA
* *** * * *
17804 AATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACA
381 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
* * * * * * *
17868 AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCG-A
444 AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTGGTA
* *
17932 TAATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTA
509 -AAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
17964 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACGCAC-ATAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * *
18028 AATTGTTTT-TTAAAAAAC-AAAGGTCACAACGATTTGAAAATAGATAATTGTT
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTT
18080 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 4442, Mismatches: 845, Indels: 440
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
528 10 0.00
529 30 0.01
530 118 0.03
531 157 0.04
532 90 0.02
533 233 0.05
534 247 0.06
535 168 0.04
536 164 0.04
537 126 0.03
538 239 0.05
539 820 0.18
540 550 0.12
541 126 0.03
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544 380 0.09
545 255 0.06
546 79 0.02
547 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
TCTATTTGTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTA
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTT
CGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTGGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:18102 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18073--18103 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
18063 GAAAATAGAT
18073 AATTGTTATAATAAC
1 AATTGTTATAATAAC
18088 AATTGTTAT-ATAAC
1 AATTGTTATAATAAC
18102 AA
1 AA
18104 AACAAAAAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.44
15 9 0.56
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (15 bp):
AATTGTTATAATAAC
Found at i:18473 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 18085--18473 Score: 424
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
18075 TTGTTATAAT
* * *
18085 AACAATTGTTATATAACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAATGGCC
1 AACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCC
* * * * *
18150 ATAATCATTTGAATTGATTTCGTAAACTGATTTTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTTTTG
66 ATAAACATTTGAATTGA-TTCGTAAACTAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
* * * *
18215 AAAATTAATAAAGTAGCATTATTTTACTTTGAGTAAGCTTTTGTAAACTAA
130 AAAATTAATAAAGTAGCATTATTTTACTTTGAATAAGCATATATAAACTAA
* * * * * * **
18266 AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTC
1 AACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCC
* *
18331 ATAAACATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-TAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
66 ATAAACATTTGAA-TTGATTC-GTAAACT-AATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAA-CTT
** * * * * *
18394 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCATATATGAATTGA
127 TTGAAAATTAATAAAGTAGCATTATTTTACTTT-GAATAAGCATATATAAACTAA
* *
18448 AACAATTATTATATGACTAAACAAAA
1 AACAATTGTTATATGACAAAACAAAA
18474 GGTCAGAACA
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 33, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 4 0.02
181 100 0.59
182 66 0.39
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCC
ATAAACATTTGAATTGATTCGTAAACTAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA
AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTACTTTGAATAAGCATATATAAACTAA
Found at i:19890 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 18641--20567 Score: 1751
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
18631 AAGCGTATCC
* * * * *
18641 AAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * *
18705 TTAGTTTATCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
66 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
18770 GAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGATAT
131 -AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG-C--TT--ATTT
*** * * * *
18826 AAAATTTTATAATACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * **
18891 TCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTAT
66 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
18956 AACCTTTTGTTATGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC
131 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
19007 GAAATAAAATAATACTAATGTAATGATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * * * * * *
19071 ATGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAACTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATAGTTA
65 ATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** ** * * * * *
19136 TTTCCTTTTGTTTTGTCGCAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTC
130 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTT
* * * * * *
19188 AGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAC
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
19253 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
66 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * * *
19318 TACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTT
131 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * ** * * * *
19369 GAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
19434 TTTGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGTG
66 TTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTT
* * * *
19497 ATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTC
129 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTT
* * * * * *
19550 AGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATG
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATA
** * * * *
19613 AATTTG-TT---GGACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
64 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
19674 ATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTATCT
129 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
19726 AAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
19791 TTTGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATCAAATTGCTAT
66 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* *
19856 AACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
131 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
19907 TAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA-AAG
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
19970 TTT-TCTGAGC--AC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTA
66 TTTGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
20030 TGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTT
130 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
20082 GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
20147 TCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTAT
66 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * **
20212 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAATTTTATTT
131 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
** * * *
20263 GGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * *
20327 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTAT
66 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** * ** *
20392 AACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTTGTGAAAAAATT-TTC
131 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTT
* * *
20443 AAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * *
20504 TTTGTTTATGGAAAC--GTTCAAATAGTTATGACTATTT-AGACAATTATCCATCTCAAATCGTT
66 TTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTT
20566 AT
129 AT
20568 GATCTTTATC
Statistics
Matches: 1417, Mismatches: 287, Indels: 85
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 129 0.09
176 122 0.09
177 110 0.08
178 7 0.00
179 8 0.01
180 255 0.18
181 619 0.44
182 20 0.01
183 2 0.00
185 14 0.01
186 127 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
Found at i:20344 original size:536 final size:535
Alignment explanation
Indices: 18659--20574 Score: 1789
Period size: 536 Copynumber: 3.6 Consensus size: 535
18649 ATAATATTAC
* * * * **
18659 TTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCAAATTAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * *
18723 TCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCA
* * * *** *
18787 TAAAATAACTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTATTCGATATAAAATTTTATAATACTAATTTACT
129 TAAAACAA-T-TTTTTCTATTCATAAAAG---ATT--ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
18850 AATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATCTGTTTACT-A-AACTAGTTCAA
187 AATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAGAT-TTAAAAATAAA--TGTTTTCTGAGCAC-A-TTCAA
* * * *
18913 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTATGTTATAAA
246 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
18977 ACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATGATATTCTAAA
310 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * * * * ** * *
19042 AATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAACTAAGACTA
375 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CC-GACAAGTTCAAATAGTTATGACTG
* * * * * * *
19107 TATGAACAATTCTTTATTTTAAATAGTTAT-TTCCTTTTGTTTTGTCGCAAAATAATT-TTTTTA
438 TTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGAT-CTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA
* ** * * *
19170 GTTCTTAGTAACTTATTCAGAATAAAATAAAACAAAT
502 -TTC-AAACAACTTATTTAGAATAAAA-AATACTAAT
* * *
19207 TTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGG-GATTTAAAAAATAACTTTGTTTACCAAACCAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
* * * * **
19271 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCATCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
19336 AAAACAAATGTTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
130 AAAAC-AATTTTTTCTATTCATAAAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
19400 TGAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTAAAC-CAATTCAATTAGTTAT
194 TAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAA-ATAAA--TGTTTTCTGAGCAC-ATTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
19464 AACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGTGATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGT
254 GACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
19528 TTCTATTCATAC-AGTCTTA-TTCAGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAA
318 TTCTATTCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
** * * * * *
19591 TAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTG-TT-GGACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATA
381 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCGACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACA
* * * * *
19654 ATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
446 ATTATTTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCAAACA
* * * *
19718 ACTTATCTAAAATAAGATAATTCTAAT
510 ACTTATTTAGAATAA-AAAATACTAAT
* * * *
19745 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGCTTACCAAACAAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
* * * * *
19810 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* * * * * **
19875 AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCA
131 AAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
*
19940 AAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-AAA-GTTTTCTGAGCACATTCAAATAGTTATGACTATT
196 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATGTTTTCTGAGCACATTCAAATAGTTATGACTATT
* *
20003 TGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTCTATT
261 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATT
* * * *
20067 CATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAA
325 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA
* *
20132 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTT
390 GATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CCGA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTT
* *
20197 ATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAATTTTATT
453 ATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAA-CTTATT
*
20262 TGGAATAAAAAATACTAAT
517 TAGAATAAAAAATACTAAT
* * * **
20281 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
* * * * *
20346 CAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACATTTTCTTTTGTCATT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* ** * * *
20411 AAACAATTGTTTCTATTTGTGAAAAAATT-TTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTT
131 AAACAATTTTTTCTATTCAT-AAAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * *
20475 AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATG-GAAACGTTCAAATAGTTATGAC
195 AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA-TAAATGT-TTTCTGAG-CACATTCAAATAGTTATGAC
* * * *
20536 TATTT-AGACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGATCTTT
257 TATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT
20575 ATCTACGCTT
Statistics
Matches: 1115, Mismatches: 215, Indels: 87
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
531 6 0.01
532 140 0.13
533 18 0.02
535 9 0.01
536 265 0.24
537 88 0.08
538 186 0.17
539 64 0.06
540 6 0.01
542 12 0.01
543 183 0.16
544 6 0.01
545 2 0.00
547 7 0.01
548 120 0.11
549 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATGTTTTCTGAGCACATTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCGACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATT
TAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAACTTATTTAGA
ATAAAAAATACTAAT
Found at i:22366 original size:153 final size:160
Alignment explanation
Indices: 22138--22437 Score: 364
Period size: 153 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
22128 GAAACAAATA
* * * **
22138 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTTGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATTTGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTAT
* * *
22203 TTGAACTGGTTCAACAAATACATTT-TT-TTT-AA-T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATT
66 TTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTGTTTAAATTGCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAAT
22262 AAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATTG
131 AAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATTG
* * * *
22292 TTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTT-TAACTAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATTTGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TAGTCATAACTA
* ** * *
22355 TTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTA
65 TTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTGTTTAAA-TTGCTACCTATTAATTTTTGAAATATTA
*
22420 ATCAATTAGTATTATTTT
129 ATAAATTAGTATTATTTT
22438 ATTTTGAATA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 18, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
152 3 0.03
153 58 0.48
154 15 0.12
155 3 0.03
156 2 0.02
158 1 0.01
159 1 0.01
160 37 0.31
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (160 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGATTTGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTAT
TTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTGTTTAAATTGCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATTG
Found at i:22563 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 22369--22700 Score: 434
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
22359 AATTGGTTCA
** * *
22369 GTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTGTTTAAA--T-TT-CCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
** * *
22434 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTA-TGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
62 TTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATTAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
22497 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTG
126 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTG
* * *
22549 GTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
1 GTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTCCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * *
22614 ATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAATGATT
66 ATTCCATATAAGCTTGTATTAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT
* *
22679 TTAAATAGATAATTGTTCAAAT
131 TGAAATAGATAATTATTCAAAT
22701 AATAATAATA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 19, Indels: 7
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.02
176 46 0.35
177 61 0.47
178 1 0.01
180 20 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (177 bp):
GTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTCCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
ATTCCATATAAGCTTGTATTAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTG
Found at i:23190 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22858--23190 Score: 399
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
22848 AATTGGTTCG
* ** * *
22858 GTAAACAGATTTATTATTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTATTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
** * * *
22923 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAAT
66 TTTTATTTCCAATAAGCTTGTAT-ATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
22988 AATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
130 AATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
*
23039 GTAAACAGATTTATT-TTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 GTAAACAGATTTATTATTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * *
23100 TTTTA-TTCCATTTAAGCTTGTAT-TAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATA
66 TTTTATTTCCA-ATAAGCTTGTATATAA--AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
* * * *
23163 ACGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAAT
128 ACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT
23191 AATAATAATA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 21, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.02
176 3 0.02
177 98 0.77
178 2 0.02
179 1 0.01
180 6 0.05
181 15 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
GTAAACAGATTTATTATTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTTCCAATAAGCTTGTATATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACA
ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
Found at i:23638 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 23347--23679 Score: 390
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
23337 AATTGGTTCG
* ** * *
23347 GTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTGTTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
** * * * *
23412 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAAT
66 TTTTATTTCCAATAAACTTGTAT-ATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
23477 AATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
130 AATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
*
23528 GTAAACAGATTTATT-TTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 GTAAACAGATTTATTGTTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * *
23589 TTTTA-TTCCATTTAAACTTGTAT-TAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATA
66 TTTTATTTCCA-ATAAACTTGTATATAA--AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
* * * *
23652 ACGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAAT
128 ACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT
23680 AATAATAATA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 22, Indels: 10
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.02
176 3 0.02
177 97 0.76
178 2 0.02
179 1 0.01
180 6 0.05
181 15 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
GTAAACAGATTTATTGTTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTTCCAATAAACTTGTATATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACA
ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
Found at i:24159 original size:977 final size:974
Alignment explanation
Indices: 22260--24714 Score: 4447
Period size: 977 Copynumber: 2.5 Consensus size: 974
22250 TGAAATATTA
*
22260 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATTG-TTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAATTTG
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAA-TGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTG
* *
22324 AGATTGATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTGTTTA
65 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
22389 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
130 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * *
22454 TATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
195 TATGATAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
22519 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT
260 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTATTAATT
*
22584 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTAT
324 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTAT
*
22649 TTTATGACAAATTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACT
389 TTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACT
*
22714 ATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTTAAATTTAGTATTATTTTTAATCGAATAAT
454 ATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTA-TTTTTTTAAA-TTAGTATTATTTTTAACCGAATAAT
*
22779 GATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAAAAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTA
517 GATTCTATGACAAAACAAAGATTTTAAAAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTA
22844 TTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTA
582 TTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTA
22909 ATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAA
647 ATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAA
* *
22974 TAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
712 TAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTCATTTC
*
23039 GTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
777 GTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* *
23104 ATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATT
842 ATTCCATTTAAGCTTGTACTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATT
* * *
23169 TTAAATTGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATT
907 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATT
23234 TTT
972 TTT
* *
23237 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAAATTG
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAAC-AAATTG
23302 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
65 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
23367 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
130 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
*
23432 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTAT
195 TATGAT-AAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* *
23497 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTCGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAAT
259 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTT-AAATTTCTTATTAAT
*
23562 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAACTTGTATTAATTGAAATAATTA
323 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
*
23627 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
388 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
* *
23692 TATTTAAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATG
453 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATG
* *
23757 ATTCTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTAT
518 ATTCTATGACAAAACAAAGATTTTAAAAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTAT
23822 TTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAA
583 TTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAA
23887 TCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAAT
648 TCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAAT
*
23952 AAAAGGTCATAATAATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTCATTTG
713 AAAAGGTCATAATAATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTCATTTC
*
24017 GTAAACAAATTTATTTTTGAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
777 GTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
24082 ATT-CATTTAAGCTTGTACTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATT
842 ATTCCATTTAAGCTTGTACTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATT
24146 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATT
907 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATT
24211 TTT
972 TTT
* *
24214 TAAAATTAGTATTATTTTTAACC-AATAATGATTTTATTACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
24278 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
66 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
24343 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
131 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
24408 ATGATAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
196 ATGATAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
*
24473 AAATGGCCGTAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATTTC-TATTAATTTA
261 AAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATTTCTTATTAATTTA
24537 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA-TT
326 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTT
*
24601 TATGACAAATTAAAATGTTAGAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAATAAC
391 TATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTC--A-AATAATAATAATAAC
24666 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAG-TTTA-TTTTTTAAATTAGTATTATTT
453 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATTAGTATTATTT
Statistics
Matches: 1426, Mismatches: 44, Indels: 21
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
971 46 0.03
972 92 0.06
973 12 0.01
974 140 0.10
975 142 0.10
976 33 0.02
977 434 0.30
978 263 0.18
979 264 0.19
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (974 bp):
TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
ATGATAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATTTCTTATTAATTTA
GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTT
TATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTAT
TTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATT
CTATGACAAAACAAAGATTTTAAAAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTG
AATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCA
ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAA
AGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTCATTTCGTAA
ACAAATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
CATTTAAGCTTGTACTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAA
ATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATTTTT
Found at i:24197 original size:488 final size:488
Alignment explanation
Indices: 22260--24714 Score: 4408
Period size: 489 Copynumber: 5.0 Consensus size: 488
22250 TGAAATATTA
*
22260 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATTG-TTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAATTTG
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAA-TGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTG
* *
22324 AGATTGATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTGTTTA
65 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
22389 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
130 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * *
22454 TATGAT-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
195 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* *
22518 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAAT
260 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAAT
*
22583 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTA
325 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
*
22648 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
390 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
*
22713 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTT
455 TATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTA-TTTTT
* *
22748 TTAAATTTAGTATTATTTTTAATCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAAAAAATTG
1 TTAAA-TTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTG
*
22813 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTA
65 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
22878 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
130 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
*
22943 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTAT
195 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
*
23008 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTCGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAAT
260 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAAT
23073 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
325 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
*
23138 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
390 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
*
23203 TATTTAAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATTTTT
455 TATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTT
* *
23237 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAAATTG
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAAC-AAATTG
23302 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
65 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
23367 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
130 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
*
23432 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTAT
195 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
*
23497 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTCGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAAT
260 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAAT
*
23562 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAACTTGTATTAATTGAAATAATTA
325 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
*
23627 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
390 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
*
23692 TATTTAAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATTTTT
455 TATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTT
* *
23726 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGA
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
*
23791 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTAA
66 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
23856 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
131 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
23921 ATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAAATAGATAATTAT
196 ATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTG-AAATAGATAATTAT
* * *
23986 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTCATTTGGTAAACAAATTTATTTTTGAAATTTCTTATTAAT
260 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAAT
*
24051 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CATTTAAGCTTGTACTAATTGAAATAATTA
325 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
*
24115 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
390 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
*
24180 TATTTAAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATTTTT
455 TATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTT
* *
24214 TAAAATTAGTATTATTTTTAACC-AATAATGATTTTATTACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
24278 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
66 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
24343 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
131 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
24408 ATGAT-AAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
196 ATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
* *
24472 CAAATGGCCGTAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTT-AAATTTC-TATTAATT
261 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAATT
24535 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA-
326 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTAT
*
24599 TTTATGACAAATTAAAATGTTAGAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAATA
391 TTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTC--A-AATAATAATAATA
*
24664 ACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAG-TTTA-TTTT
453 ACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTT
24698 TTAAATTAGTATTATTT
1 TTAAATTAGTATTATTT
Statistics
Matches: 1908, Mismatches: 50, Indels: 22
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
483 87 0.05
484 56 0.03
485 65 0.03
486 81 0.04
487 172 0.09
488 386 0.20
489 791 0.41
490 270 0.14
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (488 bp):
TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
ATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTTATTAATT
TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTAT
TTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACT
ATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTT
Done.