Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167870.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_139, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 67612
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.10, T:0.39
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1011 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 55--3460 Score: 2188
Period size: 181 Copynumber: 19.0 Consensus size: 180
45 TAAATCTCTT
* * * * * *
55 ATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATGAAAAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
** * * * * *
119 CAATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAAATAATTGTTTACATAGTCA
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
182 TAACTATTTAAACTATTTCTGTAAA-CAAATTTAGTTTTTAAATCTC-T--T-
130 TAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAATC-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * * * * ** *
230 ATTAATTTTTAAAATTTTAATAGATCAGTATTATTTTGTTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * *
295 CAATTTTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGACAT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * ** *
360 GACTATGTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTAACTTTTAAATCTCCTAC-C
131 AACTATTTGAACTT-TTCAGTAAATCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * ** * ** *
409 TATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTAGTATTATTCTATTTCAAATAAACTAATATGAATAGA
1 -ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * *
473 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATGACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGG
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G
* * * * *
537 CATAATAACTATTTAAAGTTGCTT-GGTAAA-CAAATTTATTTTTTTAAA--TC-T--T-
127 --TCATAACTATTTGAACTT--TTCAGTAAATC-GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * ** *
589 ATTAATTTTGGAAATATTAATAAACTAGTATTTTTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
** * * *
654 CAATTGGCTTATGACTATTTGAATGTGTTTAGAAAA--TAAACTAGTATTATTTGAAATAGATAA
66 CAATTGTTTTATGAC-A----AA-------ACAAAAGGT-CA-TA--ATGATTTGAAATAGATAA
* * * *
717 TTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-T-TTA
115 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T-TTCAGTAAATCGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
*
778 CTT
178 CTC
* * * *
781 ATTAATTTTTTGAAATCTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAGCAGA
1 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* ** * *
845 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * ** *
910 ATAACTATTCAAACTTTTCGGTAAATCGATTCGTTTTTTAAATCTCTTGCTC
129 ATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAATCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * **
962 ATTAATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTCACA-AA
1 ATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* ** * ** * *
1026 TATAATT-TTTTATGA-TGAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
65 -ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
1089 ATGACTA-TTG-ACTTGTACAGTAAAAC-A--TATTTATTTAAAATCT-TTACTC
129 ATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAATCGATTTATTT-TTT-AAATCTCTTACTC
* * * *** *
1138 A-TAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCAAAT-AGCTTCTATG-ACA-AAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
*
1199 -AATTGTTTTTTGACAAAACGAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATTAGTC
66 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGT-
** * * ** * *
1261 CATAACTAATTTGATTTTATTTAGTAAATAGAGTTGGTTTTTTAAAATCTTTTACTT
128 CATAACT-ATTTGAACTT-TTCAGTAAATCGA-TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTC
* * * * ** *
1318 ATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
1 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * *** * * ***
1382 A-AATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
1446 TAACTATTTGAACTTATTCAATAAA-CAAATTCAATTTTTAAATCTC-T--T-
130 TAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAATC-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * * * * *
1494 ATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTCTGTTATTCTGAATAAGCTTATAGGAATAGAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * *
1558 ACAATTG--TTGTGACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** ** * * *
1621 AAACTATTTGCACTAGTCAGGCCAA-CAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTT
130 TAACTATTTGAACTTTTCA-GTAAATC-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * * * * * *
1673 ATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTTCGAATGAGATTGTATTAATAGAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * * * *
1737 AAAATTATTTTATGACGAAACAAATGGTCATAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATTGTTA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
1802 TAACTAATTGAACTGGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTC
130 TAACTATTTGAACT--TTTCAGTAAATCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * * * * *
1850 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAACAAACTTATATGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * *
1915 CATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
1980 AACTATTTGAACTAGTTCAGCAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGAT-
131 AACTATTTGAACT-TTTCAGTAAATC-GATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTC
* * * ** * * *
2031 ACTAA-TTTTCATAACATTTTTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * *
2095 ATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATAGTTCAAATAGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
2160 TAACTATTTGAACTAGTTCAATAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTC
130 TAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAATC-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* *** * * *
2212 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTT-TAT-AAGGAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * * * * * * * *
2275 ACAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGCCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
2340 TAATTATTTGAACTGATTT--GTAAATTGATTTTATTTTTTAAATCTCTAACTTC
130 TAACTATTTGAACT--TTTCAGTAAATCGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TC
* * * * * * ** **
2393 -TCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTTAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * *
2457 CAATTTTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATACATAATTGTTCAAATAGTCAT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * *
2522 AACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTT
131 AACTATTTGAACTT-TTCAGTAAATCGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTC
* * ** *
2574 ATTAATTTTCT-AAATTTTAATGAAA-TAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAAGTA-
1 ATTAATTTT-TGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAG
* ** ** *
2636 AAACAATTATTTTATGATTAAATGAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC------T
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
2695 --TAACTATTTGAA-TAGGTTCGGCAAA-CACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
128 CATAACTATTTGAACT--TTTCAGTAAATC-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * ** * * * * *** *
2747 ATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTGGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGAC-GATA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA-A
* * * * * *
2810 ACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
2874 TAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTT
130 TAACTATTTGAACT-TTTCAG-TAAATCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * * * *
2926 ATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATCAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * *
2991 CAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGTTCGTAATG-TCTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCA
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
3055 -AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTC
130 TAA-CTATTTGAACTT-TTCAGTAAATCGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTC
* * * ** * *
3108 ATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATA-TTTGAAATAAGCTTCCATAAACTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * **
3172 ATAATTGTTTTATGACTAAAA-AGAAA-GTTAGAATGATTTGAAACAGATAATTGTTTTAATAGT
65 ACAATTGTTTTATGAC-AAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * *
3235 CTTAACTATTTGAACTAATTCAACAAA-C-ACTTATTATTTTTAATCTC-T--T-
128 CATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAATCGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTC
* * * *
3284 ATTAATTTTTGGAAA-ATTATTAAATTGGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAA
1 ATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * *
3348 ATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** *
3412 TAACTATTTAAACTACTTTCA-TGAATAAATTTAATTTTTAAATCTCTTA
130 TAACTATTTGAACT--TTTCAGTAAATCGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
3461 TGAGTTTCTA
Statistics
Matches: 2522, Mismatches: 548, Indels: 319
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 51 0.02
172 83 0.03
173 37 0.01
174 68 0.03
175 144 0.06
176 218 0.09
177 218 0.09
178 15 0.01
179 284 0.11
180 371 0.15
181 507 0.20
182 271 0.11
183 49 0.02
184 45 0.02
185 16 0.01
188 13 0.01
189 26 0.01
190 2 0.00
191 8 0.00
192 12 0.00
193 78 0.03
194 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTTTTCAGTAAATCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
Found at i:2108 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 1--3460 Score: 2245
Period size: 358 Copynumber: 9.7 Consensus size: 358
* * * * *
1 AATAGTCCTAACTATTTGAACCGGTTC-G-ATAATACATTTA-TGTTTAAATCT-CTTATTAATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTACTCATTAATT
* * * * * *
62 TTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTG
65 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTATATGAACAA-AAACAATTG
** * * * * *
125 TTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAAATAATTGTTTACATAGTCATAACTA
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
188 TTTAAACTATTTCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTAAAATTTTAA
193 TTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTAA
* * * ** * * * * * *
250 TAGATCAGTATTATTTT-GTTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTTTTTTATTAAAAAA
258 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
314 CAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAAAATTATTCA
322 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** ** *
351 AATAGACATGACTATGTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTAACTTTTAAATCTCCTACCTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTACT--C-ATTAA
* * * * * * *
415 TTTTT-AGAATAATAATAAATTAGTATTATTCTA-TTTCAAATAAACTAATATGAATAGAAACAA
63 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTATATGAACAAAAACAA
* * * * * *
478 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATGACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAA
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--TCA
* * * * *
542 TAACTATTTAAAGTTGCTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTGG
187 TAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-C
* * * * * * **
600 AAATATTAATAAACTAGTATTTTTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTA
249 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTA
* **** * *
665 TGACTATTTGAATGTGTTTAGAAAATAAACTAGTATTATTTGAAATAGATAATTGTT-A
314 TGACAAAACAAAAG-G--T----CAT-AAC--G----ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
723 AATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTACTCATTAA-
* * ** * *
787 TTTTTGAAATCTTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAGCAGAAACAATT
63 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* ** * *
852 ATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * ** * * *
917 TTCAAACT-TTTCGGTAAATC-GATTCGTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAAATAT
193 TTTGAACTAGTTCAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-CAAATAT
* * * ** *
980 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTCACA-AATATAATT-TTTTATGA-T
255 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAA-ATAATTGTTTTATGACA
* * * *
1042 GAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
319 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
1082 AATAGTTATGACTA-TTG-ACTTGTACAGTAAA-ACA--TATTTATTTAAAATCTTTACTCA-TA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTT-TTT-AAATC--TACTCATTA
* * * * * *
1141 ATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-ATCCAA-ATAGCTTCTATG-AC-AAAA-AA
62 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATA-AGCTTATATGAACAAAAACAA
*
1201 TTGTTTTTTGACAAAACGAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATTAGTCCAT
126 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGT-CAT
** * * * ** * *
1264 AACTAATTTGATTTTA-TTTAGTAAATAGAGTTGGTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
188 AACT-ATTTGA-ACTAGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * ** * * *
1328 TGAATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTT
249 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTT
* * * * * * ***
1392 ATGACAAAACCAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAATCACTCA
313 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * *
1438 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATCT-CTTATTAATTT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTACTCATTAATTT
* * * * * * *
1502 TT-AGAATATTAATAAATTAGA-ATTCTGTTATTCTGAATAAGCTTATAGGAATAGAAACAATTG
66 TTGA-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTG
* * * * * *
1565 --TTGTGACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCAAAACTAT
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * *
1628 TTGCACTAG-TCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
194 TTGAACTAGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AATATTA
* * * * * * * * * * *
1692 ATTAATTAGCATTACTTTATTTCGAATGAGATTGTATTAATAGAAAAAATTATTTTATGACGAAA
257 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
1757 CAAATGGTCATAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCA
322 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
1794 AATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTCATTAATTT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTACTCATTAATTT
* * * *
1858 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTT
66 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * *
1923 TTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTT
131 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * **
1988 GAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGATACTAATTTTCATAACATTTTTA
196 GAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATA
* *
2053 GATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAA
260 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * *
2118 AAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATAGTTCA
325 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
2152 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-CTACTCATTAA
* * *
2217 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAATAGGCTT-TAT-AAGGAAAAACAA
63 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAA
* * * * * * * * * *
2279 TTGTTTTATGGCAAAATAAATGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGCCATAAT
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * *
2344 TATTTGAACT-GATT-TGTAAATTGATTTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTTTTGAAAT
191 TATTTGAACTAG-TTCAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAT
* * * * * * ** * * * * *
2407 ATTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTTAAACAATTTTTTTATTAT
253 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGAC
* * *
2472 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATACATAATTGTTCA
318 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** * *
2513 AATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAA--TC-TACTCATTA
* * * * **
2578 ATTTTCT-AAATTTTAATGAAA-TAGTATTATTTTA-GTTCAAATAAGCTTGTATGAAGTAAAAC
62 ATTTT-TGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTATATGAACAAAAAC
* ** ** *
2640 AATTATTTTATGATTAAATGAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC------T--TA
124 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
2697 ACTATTTGAA-TAGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAA
189 ACTATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AA
* ** * * * * * * * *
2760 TATTATTAGTTTGGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGACGAT-AACAATTGTTTTATG
252 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-ATAAATAATTGTTTTATG
* * * * *
2824 ATAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTA
316 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
*
2866 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-CTTGCTTATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTAC-T-C--ATT
* * * * * * * **
2929 AATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATCAACTGAAACAA
61 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTATATGAACAAAAACAA
* * * * * * *
2994 TTATTTTTTGACAAAACAAAAGTTCGTAATG-TCTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCA-AA
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
3057 TCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAA
190 -CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAA
* * ** *
3122 TGTTAATAAATTAGTATTATTATATTT-GAAATAAGCTTCCATAAAC-TGAAATAATTGTTTTAT
252 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTAT
* * * * **
3185 GACTAAAA-AGAAA-GTTAGAATGATTTGAAACAGATAATTGTTTT
315 GAC-AAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* ** * * * *
3229 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCA--ACAA-ACACTTATTATTTTTAATCT-CTTATTAAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTA-AATAGATTTATT-TTTTAAATCTACTCATTAAT
* ** * * * *
3290 TTTTGGAAA-ATTATTAAATTGGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAATAAT
64 TTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTATATGAACAA-AAACAAT
* * * * *
3353 TGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACT
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
3417 ATTTAAACTACTTTCA-TGAATAAATTTAATTTTTAAATCTCTTA
192 ATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
3461 TGAGTTTCTA
Statistics
Matches: 2422, Mismatches: 534, Indels: 302
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 2 0.00
350 37 0.02
351 59 0.02
352 110 0.05
353 79 0.03
354 83 0.03
355 204 0.08
356 305 0.13
357 138 0.06
358 363 0.15
359 115 0.05
360 84 0.03
361 277 0.11
362 164 0.07
363 109 0.05
364 8 0.00
365 2 0.00
366 2 0.00
367 13 0.01
368 9 0.00
369 17 0.01
371 10 0.00
372 131 0.05
373 44 0.02
374 56 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTACTCATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
Found at i:2200 original size:714 final size:702
Alignment explanation
Indices: 1--3148 Score: 2151
Period size: 714 Copynumber: 4.4 Consensus size: 702
* ** * *
1 AATAGTCCTAACTATTTGAACCGGTTCGATAATAC--ATTTA-TGTTTAAA-TCT-CTTATTAAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAA-ACAGATTTATTTTTTAAATTCTACTTATTAAT
* * * * * *
61 TTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTG
65 TTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATA-GGAAAGAAACAATTG
* * * * *
125 TTTTATGATGAAA-TAAA-GATCATAATGATTT-AAGATAAATAATTGTTTACATAGTCATAACT
128 --TT-TGACGAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
187 ATTTAAACTATTTCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATTTT
188 ATTTGAAC--TGTCGGTAAAC-GATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * **
248 AATAGATCAGTATTATTT-TGTTCTGAATA-ATTTTGCATGAACAGAAACAATTTTTTTATTAAA
250 AATAAATTAGTATTATTTAT-TT-TGAATAGATTAT--ATTAATA-AAA-AAATTTTTTATGATG
* * * * ** *
311 AAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGACATGACT-ATGTGAACTTG
309 AAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAAT-TGAACTTG
* ** *
375 TTTGGTAAATAGA-TTAACTTTT-AAATCTCCTAC-CTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTA
373 TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCT--TACTC-ATTAATTTTTA-AATATTAATAAA-TA
* * * * * * * *
437 GTATTATTCTATTTCAAATAAACTAATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT
433 GTATTATTTTAATTCAAAT-AACTTATATGAACAAAAAC-ATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGT
* * * * * *
502 CATGACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAATAACTATTT-AA-AGTTGCTTGGT
496 CAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA-GCCT--TAACTATTTGAATAGTT-C--AGC
* * * * *
564 AAACAAATTTATTTTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTGGA-AATATTAATAAACTAGTATTT
554 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-CATAATATTATTAGATTAGTATTA
* * * ** * ** *
622 TTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTATGACTATTTGAATGTGTTTAGA
617 TTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAA-AATTGTTTTATGACAAAAT-AAAG-G-TT---
*
687 AAATAAACTAGTATTATTTGAAATAGATAATTGTT-A
675 --AT-AAC--G----ATTTGAAATAGATAATAGTTCA
* * * * *
723 AATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTACTTATTAA
* * * *
786 TTTTTTGAAATCTTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTATATGAGCAGAAACAA
64 -TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATAGGA-AAGAAACAA
* * * * *
850 TTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
125 -T-TGTT-TGACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * ** * *
915 TATTCAAACTTTTCGGTAAATCGATTCGTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAAATAT
187 TATTTGAAC-TGTCGGTAAA-CGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATAT
** * * *
980 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTCACAAATATAATTTTTTATGATG-A
249 TAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAAT-AGATTATATTAATAAA-AAAATTTTTTATGATGAA
** * * * *
1044 ACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACT-ATTG-ACTTGTA
311 AC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTTGTT
* * *
1106 CAGTAAA-ACA--TATTTATTTAAAATCTTTACTCA-TAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTA
375 TAGTAAATAGATTTATTT-TTTAAAATC-TTACTCATTAATT-TTTAAATATTAAT-AAATAGTA
* * * * *
1167 TTATTTTAATCCAAATAGCTTCTATG-ACAAAAA-ATTGTTTTTTGACAAAACGAAAA-GTCATA
436 TTATTTTAATTCAAATAACTTATATGAACAAAAACATTGTTTTATGACAAAGC-AAAAGGTCATA
* * * * * * *
1229 ATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATTAGTCCATAACTAATTTGATTTTA-TTTAGTAAATAG
500 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCATA-TAG-CCTTAACT-ATTTGA--ATAGTTCAGCAAACA-
* ** * * * * *
1292 AGTTGGTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTC-TGAATATTAATAAATTTGTATTGTTTTA
559 AATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * *
1356 ATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAGCAATTTA
622 ATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGTTATAACGATTTG
* *
1421 AAATAGGTAATCA-CTCA
686 AAATAGATAAT-AGTTCA
* * *
1438 AATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAA-TCT-CTTATTAAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTACTTATTAAT
* *
1500 TTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTCTGTTATTCTGAATAAGCTTATAGGAATAGAAACAATT
65 TTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAGGAA-AGAAACAATT
* * *
1564 GTTGTGACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCAAAACTATT
127 GTT-TGACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** *
1629 TGCACTAGTCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAA
191 TGAACT-GTC-GGTAAAC-GATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * *
1693 TTAATTAGCATTACTTTATTTCGAATGAGATTGTATTAATAGAAAAAATTATTTTATGACGAAAC
252 TAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAAT-AGATTATATTAATA-AAAAAATT-TTTTATGATGAAAC
* * *
1758 AAATGGTCATAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAG
313 AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTTGTTTAG
*
1823 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATC-T-CTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
378 TAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TAGTATTATT
*
1885 TTATTTTCAACA-AACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATG
441 TTA-ATTCAA-ATAACTTATATGAACAAAAACA-TTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATG
1949 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATT
503 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TAGTTCAGCAAACAAATTTATT
** * * * * *
2014 TTTTAAATCTTTTAGATACTAATTTTCATAACATTTTTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
567 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTAATTCAAATAA
*
2079 GCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATA
632 GCTTGTATGAACATAAA-AATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATA
2144 ATAGTTCA
695 ATAGTTCA
*
2152 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-CTACTTATTAA
** *
2217 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTTATAAGG-AA-AAACAAT
64 TTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTCTGAATAAGC-TTAT-AGGAAAGAAACAAT
* * * * * * * *
2280 TGTTTTATGGCAAA-ATAAATGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGCCATAAT
126 TGTTTGA-CG-AAACA-AAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * *
2344 TATTTGAACTGATTTGTAAATTGATTTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTTTTGAAATAT
187 TATTTGAACTG-TCGGTAAA-CGA-TTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * ** * * * *
2409 TAATAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTTAAACAATTTTTTTATTATAA
249 TAATAAATTAGTATTAT-TTATTTTGAATAGA-TTATATTAA--TAAAAAAATTTTTTATGATGA
* * * * * *
2474 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTT
310 AACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTTGTT
* * * *
2539 TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATTTTAATGAAATAGTA
375 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAA--TCTTACTCATTAATTTT-TAAATATTAAT-AAATAGTA
* * ** * *
2604 TTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAAGTAAAACAATTATTTTATGATTAAATG--AAAGGTC
436 TTATTTTAATTCAAATAA-CTTATATGAACAAAAAC-ATTGTTTTATGA-CAAA-GCAAAAGGTC
* * * *
2667 AAAATGATTTGAAATAGAT-A--ATT-GT-T---CTTAACTATTTGAATAGGTTCGGCAAACACA
497 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATA-GTTCAGCAAACAAA
* * * * * * * *
2724 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTATTAGTTTGGCAATATTTTACTCC
561 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTAATTC
* * * * * *
2788 AAATAAGCTTGTATGGACGATAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGAT
626 AAATAAGCTTGTATGAAC-ATAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* *
2853 AGATAATTGTTTA
690 AGATAATAGTTCA
* * * * *
2866 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TC-TACTTATTAA
* * * * * * ** *
2931 TTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATCAACTGAAACAATT
64 TTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAGGAA-AGAAAC-A--
* * * * * *
2996 ATTTTTTGACAAAACAAAA-GTTCGTAATG-TCTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCA-AAT
124 ATTGTTTGACGAAACAAAATG-TCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-
* * * * * *
3058 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAAT
186 CTATTTGAAC-TG-TCGGTAAA-CGATTAAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
*
3123 GTTAATAAATTAGTATTATTATATTT
247 ATTAATAAATTAGTATTATT-TATTT
3149 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 1945, Mismatches: 339, Indels: 290
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
709 2 0.00
710 106 0.05
711 54 0.03
712 98 0.05
713 110 0.06
714 266 0.14
715 175 0.09
716 143 0.07
717 60 0.03
718 79 0.04
719 195 0.10
720 16 0.01
721 13 0.01
722 58 0.03
723 55 0.03
724 91 0.05
725 17 0.01
726 19 0.01
727 42 0.02
728 102 0.05
729 126 0.06
730 8 0.00
731 44 0.02
732 27 0.01
733 30 0.02
734 6 0.00
735 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (702 bp):
AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTACTTATTAATT
TTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAGGAAAGAAACAATTGTTT
GACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TGTCGGTAAACGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTATTTTGAATAGATTATATTAATAAAAAAATTTTTTATGATGAAACAAATGGTCATAAT
GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTAT
TTTTTAAAATCTTACTCATTAATTTTTAAATATTAATAAATAGTATTATTTTAATTCAAATAACT
TATATGAACAAAAACATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
TTCATATAGCCTTAACTATTTGAATAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAA
TTGTTTTATGACAAAATAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCA
Found at i:2919 original size:534 final size:528
Alignment explanation
Indices: 52--3497 Score: 1984
Period size: 534 Copynumber: 6.4 Consensus size: 528
42 GTTTAAATCT
* * *** *
52 CTTATTAATTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATGAAAAGA
1 CTTATTAATTTTAGAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-AAAGA
** * * * * *
117 AACAATTGTTTTATGATGAAATAAA-GATCATAATGATTTAAGATAAATAATTGTTTACATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * *
181 ATAACTATTTAAACTATTTCTG-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCT-TATTAATTTTTAAAA
130 ATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCT-TTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
244 TTTTAATAGATCAGTATTATTTTGTTCTGAAT-AA-TTTTGCATGAAC-AGAAACAATTTTTTTA
193 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTT--ATAAACTA-AAACAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
306 TTAAAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGACATGACTATGTGAA
255 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** ** * * * * **
371 CTTGTTTGGTAAATAGA-TTAACTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT-TAGAATAATAAT-AA
320 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTA-AATTTTAATGAA
* * ** * * * **
433 ATTAGTATTATTCTATTTCAAATAAACTAATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
384 A-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAATAATTGTTTTATGATAAAATGAA
* * * * * * * * *
498 AGATCATGACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAATAACTATTTAAAGTTGCTT-
447 AGGTTA-AAATGATTTGAAATAGATAATT-GT----T---C-T--TAACTATTTGAACTAG-TTC
*** *
561 GGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-----T-
499 AACAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
586 CTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAACTAGTATTTTTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-AG
** * *** ** *
651 AAACAATTGGCTTATGACTATTTGAATGTGTTTAGAAAATAAACTAGTATTATTTGAAATAGATA
64 AAACAATTGTTTTATGAC-A----AA-ATAAAT-GATCAT-AAC--G----ATTTGAGATAGATA
* * *
716 ATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTT
115 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-G-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
777 ACTTATTAATTTTTTGAAATCTTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAGC
178 -C-T-TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAAC
* ** * * * *
842 -AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAAT
239 TA-AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * ** * *
906 AGTCATAACTATTCAAACTT-TTCGGTAAATCGATTCGTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTT
303 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTT
* ** * * ** *
970 T-TGGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTCACAAATATAATT
368 TCT--AAATTTTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAA-ATAATT
* * * * ** *
1033 -TTTTATGATGAACA--AAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACT
429 GTTTTATGAT-AAAATGAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC------TTA--ACT
* * * *
1095 A-TTG-ACTTGTACAGTA-AAACATATTTA--TTTAAAATCT-TTA
485 ATTTGAACTAGTTCA--ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
1135 CTCA-TAATTGTT-GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCAAAT-AGCTTCTATGACA-
1 CTTATTAATT-TTAG-AATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAG
* * * * *
1196 AAA-AATTGTTTTTTGACAAAACGAAAAG-TCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATTA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAATGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA-TA
** ** * ** *
1258 GTCCATAACTAATTTGATTTTATT-TAGTAAATAGAGTTGGTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
127 GT-CATAACT-ATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGA-TTTATTTTTT-AAATC-TCT-C-T-TTA
* ** * * ** * * *
1322 ATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-A
183 ATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTA-AAACA
* * * *** * * * *
1384 ATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATAA
246 ATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
1449 CTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT-TAGAAT
311 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTA-AAT
* * * * * * * * * *
1509 ATTAAT-AAATTAGAATTCTGTTA-TTCTGAATAAGCTTATAGGAATAGAAACAATTGTTGTGAC
375 TTTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAATAATTGTT-TTAT
* * * * * *
1572 GA-AACA--AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCAAAACTATTTGCAC
436 GATAAAATGAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTT----C--T--TAACTATTTGAAC
* * * * *
1634 TAG-TCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAATCTGTTA
493 TAGTTCA-ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
1670 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATT-AATTAGCATTACTTTATTTCGAATGAGATTGTATTAATA
1 CTTATTAA-TTTTAGAATATT-ATTAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-A
* * * * * * * *
1734 GAAAAAATTATTTTATGACGAAACAAATGGTCATAATGATTTGCA-ATAAATAATTGTTCAAATT
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATCATAACGATTTG-AGATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
1798 GTTATAACTAATTGAACTGGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATTAATTTTTAA
127 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCTTTAATTTTTGA
* * * * *
1862 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTGTTTTA
191 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAAAACAATTT-TTTTA
* * * * *
1926 TGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA
255 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
1991 CTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTAG-ATACTAATTTTCATAACATTTTTA-
320 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTT-GCTTATTAATTTTC-TAA-ATTTTAAT
* * * * *
2053 G-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAATA
381 GAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAATAATTGTTTTATGATAAAATG
* * * * *
2117 AAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
445 AAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC------T--TAACTATTTGAACTAGTTCAAC
* *
2182 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
502 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** *
2209 CTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTT-TAT-AAGGA
1 CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA--A
* * * * * * *
2272 AAAACAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTG
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
2337 CCATAATTATTTGAACTGATTTG-TAAATTGATTTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTTT
128 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCT--CTT-T-AATTTT
* * * *
2401 TGAAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTTAAACAATTTTTT
188 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAAAACAATTTTTT
* * * *
2466 TATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
253 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* **
2531 AATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATTTTAATG
318 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATTTTAATG
* * * *
2596 AAATAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAAGTAAAACAATTATTTTATGATTAAATGA
382 AAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAATAATTGTTTTATGATAAAATGA
* **
2661 AAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTTAACTATTTGAA-TAGGTTCGGCAAACACAT
446 AAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTTAACTATTTGAACTA-GTTCAACAAACACAT
2725 TTATTTTTTAAATCTCTTA
510 TTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * * * *
2744 CTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTGGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGACGAT
1 CTTATTAATTTTAGAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAGA-
* *
2809 AACAATTGTTTTATGATAAAATAAA-GATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC
*
2873 ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA
130 ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-C-T-TTAATTTTTGA
* * * ** * *
2938 AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATCAACTGAAACAATTATTTTT-
191 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAAAACAATT-TTTTTA
* * *
3002 TGACAAAACAAAAGTTCGTAATG-TCTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTG
255 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTG
* * *
3065 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTT-TCAAATGTTAAT
318 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATTTTAAT
* * ** * *
3129 -AAATTAGTATTATTATATTTGAAATAAGCTTCCATAAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAA
381 GAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAATAATTGTTTTATGA-TAAAA
* * * *
3193 AGAAA-GTTAGAATGATTTGAAACAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCA
443 TGAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTG------T--TCTTAACTATTTGAACTAGTTCA
*
3257 ACAAACAC--TTATTATTTTTAATCTCTTA
500 ACAAACACATTTATT-TTTTAAATCTCTTA
* * * * * **
3285 -TTA--ATTTTTGGAAAATTATTAAATTGGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAAAAG
1 CTTATTAATTTTAGAATATTATTAAATTAGCATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATG-AAAG
* *
3346 AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAA-GATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * * * * *
3410 CATAACTATTTAAACTACTTTC-ATGAATAAATTTAATTTTTAAATCTCT-TATGAGTTTCTAAA
129 CATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCT-TTAATTTTTGAA
* *
3473 ATATTAATAGATCAATATTATTTTA
192 ATATTAATAAATTAATATTATTTTA
3498 GTCTAAATAA
Statistics
Matches: 2303, Mismatches: 450, Indels: 318
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
529 9 0.00
530 16 0.01
531 89 0.04
532 88 0.04
533 112 0.05
534 395 0.17
535 236 0.10
536 109 0.05
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539 134 0.06
540 50 0.02
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546 9 0.00
547 21 0.01
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553 48 0.02
554 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (528 bp):
CTTATTAATTTTAGAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCTTTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAAAACAATTTTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
CAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATTTTAATGAAATAGTAT
TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAATAATTGTTTTATGATAAAATGAAAGGTTAAAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAA
ATCTCTTA
Found at i:4063 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 3523--4771 Score: 960
Period size: 177 Copynumber: 7.0 Consensus size: 178
3513 AATGAATAGA
* * * **
3523 TATGACCTTTTG-TTTGTCAGTAAACCAATTGTTTTTATTCATAC-AAGCTTATTCGTAATAAAA
1 TATGACATTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAGC-TATTCAAAATAAAA
* * * * *
3586 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATCTATTTA-
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAACTAAATCTATTGAC
** * * * * *
3650 CTGAGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCAT
126 CAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *** *
3704 TAT-AAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATAC-AAGTTTATTTGGAACAAA
1 TATGACA-TTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAG-CTATTCAAAATAAA
* * ** *
3767 ATAATACTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGGATACTTAAGAAA-TTAATCTATT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AAGAT--TTAA-AAACTAAATCTATT
* * * * * ** *
3829 TACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGT
123 GACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
3885 TATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAGCTATTCAAAATAAAATA
3950 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAAC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAAC
* *
4014 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGT
131 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
4062 TATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAA
1 TATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAG-CTATTCAAAATAAAA
* * *
4125 TAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTG
64 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTG
* * ** * * * * *
4189 -CCGAACAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACTATAATCTA-TTCAAATTAT
124 ACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** * **
4242 TATGAAATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-TATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAGCTATTCAAAATAAAATA
* * *
4306 ATATTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAGATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCAAAC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAAC
* * * * * * *
4369 GAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATTTATCTCAAAT-AG
131 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
4416 TATG--ATCTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCTATTCATGC-AAGCTTGTTCAAAGTAAAA
1 TATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAGC-TATTCAAAATAAAA
** * *
4478 TAATACTAAACTAATAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAACTAAAGTGGT-TT
64 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAACTAAA-T-CTATT
**** * * * * * *
4540 -TTTGAACTAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAA
123 GACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * **
4595 TATG--ATCTTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTAATCATAC-AAGCTTATT-TGAATAAAA
1 TATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAGC-TATTCAAAAT-AAA
* * * * * * * * * *
4656 ATAATATTAATTTAATAGTATTCCAAAAAATAGT-GGAAGATTTAAAAATTAAATGTATTTG-CT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTGACC
*
4719 AAA-TGAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
127 AAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
4771 T
1 T
4772 CTAACCTTTT
Statistics
Matches: 862, Mismatches: 160, Indels: 97
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 25 0.03
174 83 0.10
175 35 0.04
176 64 0.07
177 143 0.17
178 74 0.09
179 124 0.14
180 98 0.11
181 143 0.17
182 64 0.07
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAGCTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAAC
TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
Found at i:4198 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 3523--4527 Score: 1243
Period size: 358 Copynumber: 2.8 Consensus size: 356
3513 AATGAATAGA
* * * **
3523 TATGACCTTTTG-TTTGTCAGTAAACCAATTGTTTTTATTCATAC-AAGCTTATTCGTAATAAAA
1 TATGACATTTTGTTTTGTC-GTAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAAAC-TATTCAAAATAAAA
* * * *
3586 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATCTATTTA-
63 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTAC
** * * * * * *
3650 CTGAGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTT
124 CAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT
* *** *
3715 GTTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTT
188 G-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
3780 ATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGATACTTAAGAAATTAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
252 ATTAATATTATAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCA
* * * *
3844 AATAGTCATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGT
317 AATAGCCATGTCCATTTGAACTATAATCTA-TTCAAATCAT
*
3885 TATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATA
*
3950 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAACT
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACT
*
4015 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGT
130 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGT
*
4080 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
195 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
4145 TCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACAAGTTCAAATAGCCA
260 TATAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGCCA
*
4210 TGTCCATTTGAACTATAATCTATTCAAATTAT
325 TGTCCATTTGAACTATAATCTATTCAAATCAT
* * * * * *
4242 TATGAAATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
1 TATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
4307 TATTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCAAACGA
66 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACTA
* * * *
4371 GTTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATTTATCTCAAATAG-TATGATC-TTTGTTTTGTC
131 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * ** *
4434 ATAAAACATTTATTTCTATTCATGCAAGCTTGTTCAAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATT
196 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
4499 ATAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAA
261 ATAAAAATTAATAAGTTGA-AGATTTAAAA
4528 CTAAAGTGGT
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 73, Indels: 19
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
352 2 0.00
353 89 0.16
354 7 0.01
355 94 0.17
356 37 0.07
357 100 0.18
358 146 0.26
359 3 0.01
362 78 0.14
363 9 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACTA
GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
ATAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGCCAT
GTCCATTTGAACTATAATCTATTCAAATCAT
Found at i:4661 original size:353 final size:355
Alignment explanation
Indices: 3543--4767 Score: 1081
Period size: 358 Copynumber: 3.4 Consensus size: 355
3533 TGTTTGTCAG
* * ** ** * * *
3543 TAAACCAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGTAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
1 TAAAACAATTG-TTTTAATCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * ** ** * *
3608 CAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATCTATTTACTGAGTGAGTTTAAATAGTTATA
65 CAAAA---ATTAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACGAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
3673 ACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCA-TTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAGTTGT
126 ACTATTTCAACAATTATTTATCTCAAAT-AGTTATGATCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTAT
* *** * ** * * *
3737 TTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATG
189 TTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * * **
3801 AGTTGGATACTTAAGAAATTAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATT
254 AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACAAGCTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACA
* * ** * * **
3866 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCG
319 ATAATC-AATTCAAATCAATATGA-ATTTTATTTTCTTA
* * * * *
3905 TAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 TAAAACAATT-GTTTTAATCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * *
3970 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
65 CAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
4035 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
130 TTTCAACAATTATTTATCTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* * ** * * *
4100 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGA
195 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAGA
* *
4165 AGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACTATAATC
260 AGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACAAGCTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACAATAATC
* * * * *
4230 TATTCAAATTATTATGAAATTTTATTTTGTTG
325 AATTCAAATCAATATG-AATTTTATTTTCTTA
* *
4262 TAAAACAATTGTTTTATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAA-TTATTAATATTTC
1 TAAAACAATTGTTTTAATCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* *
4326 AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTAT
66 AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* *
4391 TTCAATAATTATTTATCTCAAATAG-TATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCTATT
131 TTCAACAATTATTTATCTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * *
4454 CATGCAAGCTTGTTCAAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTA-AG
196 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAGA-
* * ** * ** *
4518 AGATTT-AAAACTAAAGTGGT-TTT-TTGAACTAGCTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAA-A
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*
4578 TATCAATCTCAAATCAATATG-ATCTTTGTTTTCTTA
322 -ATCAAT-TCAAATCAATATGAAT-TTTATTTTCTTA
* ** ** * *
4614 TAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAATAATATTAATTTAATAGTATT
1 TAAAACAATTGTTT-TAATCATACAAAATTATTCAAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * ** * * * * *
4678 CCAAAAAATAGTGGAAGATTTAAAAATTAAATGTATTTGCTAAATGAGTTCAAATAGTTATGACT
64 TCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACGAGTTCAAATAGTTATGACT
** * *
4743 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
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Statistics
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Consensus pattern (355 bp):
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CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAGAA
GATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACAAGCTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACAATAATCA
ATTCAAATCAATATGAATTTTATTTTCTTA
Found at i:5848 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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4769 ATTCTAACCT
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* * ** * *
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* * * ** * *
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* ** * * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTT-TACCG-AACA
** * ** * *
5009 CTTTCAAATAG-TAAGAACTACATGAAC-GTATATCTATTTCAAATCAATATTGACCTTTTG-TT
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* **
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* *
5122 -TTATT-ATATTTCAAAAATT-AT-AGATAA-AGAACCTT-AAAAATAAAATCT-GTTTATCGAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAG-A-TTTAAAAAAT-AAATCTAGTTTACCGAA
* * * * * *
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* * **** *
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* * * ** * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * ** * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-
* * *
5603 T-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
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* * * *
5657 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
** * * * *
5721 TTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
5786 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATTATAAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-AA
** * * * *
5838 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATC-GGTTTACCAAATC-A
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAA-CAA
* * * * * * ** *
5901 GCTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTGGT
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
5965 CATATAACAATTGTTTTTTATT-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAGTAT
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* * **
6019 TTTATTAATCTCTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAAC-A-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * *
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* * *
6140 ATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
130 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* ** * * * * * ** *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * *
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* ** * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
6720 TTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAACAAATAT-GCTTACTGAACTA
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* * * * *
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* ** * **
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* * * * * ** *
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* * * * ** * *
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* * * * **
7030 ATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTTAAATAAAATAATATAAA
130 ATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-AA
* * *
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** * *
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* *** *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * **
7386 AATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
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* * * ** *
7440 TTTATTAATATTAT-AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTA-TTTATAGAACAT
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * *
7503 GTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** *
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* * * * * * ** *
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* * **
7683 GTTCAAATAGTTATAACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
7748 ATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATAT-AGAATAAAATAATACTAA
130 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
** * *
7865 TTCAAATAGTTATGACCCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATC------A--TTTTGTTTTGTAA
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* ** **
7922 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
** * ** * * *
7974 TTTATTAATA-TTCTAATCATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACTGAATAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * ** * *
8037 GTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCGAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * *
8102 ATAAAACGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAA
130 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * *
8155 TTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTA-TTTATCGAACCAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * ** * * *
8215 TTCAAATACTTATGGCTATTTGAGCAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTAA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
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131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ATAA
* * * *
8331 ATTAATAATA-TTCTAAAA--AA-AA--AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAACTAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAAC-AA
* * * * * *
8389 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTATCTTTTGTTTAGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
8453 ATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAA
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* ** * * **
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* * * * * * * * *
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65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
8633 CATAAAAAAATTGTCT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTAC
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** * * * * ***
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * * * * ** ** *
8750 GTTTAAATAATTATG-GTCACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAAC-TTTGTTTTGT
65 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
8813 CATAAAACAATT-TTTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAACAATACTAA
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* * * * * * *
8868 CTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAGGAGGTTTAAAAAAT-AATTTTGTTTA-C-TA-AA-
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* * * * *
8928 --C---TAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
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* * ** * * ** * * **
9037 TTTAATATTATTTTGAAAATTGATAA-CAAGGAGAATAAAAAAAATAAACCTA-TTTGCTAAAAC
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * **
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9942 ACTAA
178 A-TAA
* * * * * * *
9947 TTTATTAATATTTC-ACAATTGATAAGTAATTA-ATTTAAAAAGTAAATAT-GTTTACTGAACTA
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* * * * * *
10009 GATCAAATAGTCATGACTATTTCAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** * *
10074 CTTAAAA-AAGTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAACAAAATAATATTAA
129 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * **
10127 GTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-GTTTGTCGAACAA
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* * * * * * *
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** * * * *** *
10253 TCATAAAATGATT-TTTCTGTTCGTACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATACAA
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* *
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* ** * * * *** *
10368 AATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * * *
10433 TCGTAAAATAATTATTTCTA-TCATACATGTTTATTCTGATTCACAA-AATATTTA
128 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATA-TAA
* ** * * * * *
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* * * * * * *
10549 GTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTCTGTTTTGTA
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** *
10614 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATATTAA
130 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * ** * * *
10667 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTG-TTACCAAACATG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* ** * *
10731 TTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * **
10796 TAAAACAATGGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * * ** * * *
10848 TTTGTTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTG-TTACCAAACATG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * *
10912 TTAAAATTGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
10977 TAAAAC-ATCTAG-TTCTACTT-ATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAAAAA
131 TAAAACAAT-T-GTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT-ATAA
* * * * *** **
11029 ATTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATA-TTTTTTGAACACT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * *
11091 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTGGTCA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * **
11156 TAAACCAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * ** * *
11208 CTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATTGAGCGAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * * * *
11272 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTATTTTATTA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* **
11337 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
** **
11389 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTCTTTACCGAACAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * * * * ** *
11452 GCTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
65 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** *
11516 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATTCTAA
129 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TATAA
* * * * * *
11570 TTTATTAGTATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTTAATCT-GTATATCAAACCAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAA-CAA
* * * * *
11630 -TTCAAATAATTATGATTTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTATTTTG
65 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTG
* * * *** * *
11692 TCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGATAA
128 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ATAA
* * * * *
11747 ATTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAAACCA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAA-CA
* * * * ** * **
11806 A-TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTT-ACTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
11869 CATAAAATAATAT-TTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
129 CATAAAACAAT-TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
** * * * * **
11923 TTTATTAGCATTT-AGAAAATTAATAAATAACAAATTTTAAAAAATAAAT-TTGTTTTTCGAACA
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACA
* * * *
11986 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTAT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
12051 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-ACTAGAATAAAATAATATTAC
129 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATA-TAA
* ** * * ***
12105 TTTATTAATACTTCAAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAAT--A-C-A--TT---GAATGG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * * * ** ** * *
12160 GTACAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAGCTTTTGTTTTTTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *** *
12225 ATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAACTAATATTAA
130 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * *
12278 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTG---AA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
** * ** * * *
12338 --TC-----G--ATTCCTATTTGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** ** * ***
12393 TGTAAAATTATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
129 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * * * * **
12447 TTTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTGCCAAAGTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * * **
12511 TTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTCTTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTAACA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
12576 TAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
** * * * *
12627 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAACAAATGAATCTA-TTTATCAAATC-
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAA-CA
* * * * ** * *
12689 AGTTCAAATAATTATGGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
12754 CATATAACAATTGTGTT-TGA-ACATTCAATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
129 CATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * * *
12808 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAATAACT-TTGTTTACTGATCCAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
** * * ** * ** * *
12870 TTCAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * **
12934 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * * * *
12986 TCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT-TTGTTTGCCGAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * *
13050 TTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ***
13115 TAAAATAAGTTTTTTTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-ATGAA
131 TAAAACAA--TTGTTTCT-ATTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAAT-AATAT-AA
* * * * *
13170 TTTATTAATATTTCAGAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTA-TTTACCTAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * *
13234 TTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
13299 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* ** * * *** *
13351 TCTATTAATATTT--TGAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTA-TTTATTAAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * *
13410 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAGCGTTACGA-CTTTTTTTTCTGTT
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTC
* ** *
13474 ATAAAACAATTG-TTC-A-T-AT--ATGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAA
130 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
** * * * * * *
13521 TTTATTAATATTTCAGCAACTGATAAGTAA-A-A-TTAAAAAATATATAT-GTTTACTGAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * *
13582 ATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTATCA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
13646 TAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAATGCTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ATAA
* * * * * * *
13698 TTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAATATGAATCT-GTTTACTGAAAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTAGTTTACCGAACA
* * * * * * * *
13761 AGTTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAACCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
13826 CATAAAAGAGTT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAA-ATCAAA
129 CATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAT--AA
* * * *
13880 TTTATTAATA-TT-AAGATAGTTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTA-CGAAA
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCG-AA
* * * * **
13941 CAAGTTCAAATTGTTATGACTATTT-ATGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATG-CCTTTTCGTT
62 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTT
* * * * *
14004 TTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCAAATTTAAATAATATTAA
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* * * * * *
14062 TTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * * * * *
14126 GTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTCTTTTGTA
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
14191 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATATTATTAA
130 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * ** * *
14244 TTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGACTAGGAGAACTAAAAAA-AGAATCTA-TTTATCGAATA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTAGTTTACCGAACA
* * *
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64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *** * *
14362 CCACAAAATAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTGAACAAAATAATTTAAA
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* * * * *
14417 TTTATTAATA-TTCTAGAAA-T--TAA-T-A-AG------AAAA-AAA--T-GTTTTCTGAATAC
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * * ** *
14465 GTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTA-TATGATTTTTTGTTTTGTT
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * **
14529 AT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTCGGAATAAAAATAATACTAA
130 ATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATA-TAA
* * * ** * *
14583 TTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAA-AAATCT-GCTTAATGAGCGA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * *
14644 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
14709 ATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAGTAAAATAATATTAA
130 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * *
14762 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTGCCGAACA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACA
* * * * * * ** *
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64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * **
14889 TGTAAAACAATTATTT-TATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAA
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* * * *
14942 -TTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCT-TTTTACCAAACGAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * *
15001 TTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATTTATCTCAAAT-AATATGATC-TTTGTTTTGTTA
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* * * * *
15064 TAAAACATTTATTTCTATTCATGCAAGCTTCTTCAAAGTAAAATAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
** * * * * *
15116 ACTAATAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTA-TTTGCTGAAC-C
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAA
* * * * * * *
15177 GTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTCTAACC-TTT-TTTTGT
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* * * **
15239 CAT-AAA-ATTTTTTTC-AGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATATAA
129 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAA
* * * * *
15290 TTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGGAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAAC
1 -TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAGTTTACCGAAC
* *
15353 AAGTTCAATTAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTTGTTTT
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTT
* * * *
15417 ATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTAC
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * ** *
15473 TTTATTACTATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTT-CTCAAATC-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTAC-CGAA-CA
* * * *
15535 AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTG
64 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
15599 TTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTCATAACAAATTAATACTAA
128 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * * * *
15654 TTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATAG-TTATCGGACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
* * * * * ** * * *
15718 TTTAATTAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGGTTTGTCA
66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ***
15783 TAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
131 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * *
15835 TCTAATAATATTAT-GAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
15883 TTGTTTGTTC
Statistics
Matches: 8577, Mismatches: 1805, Indels: 1089
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAA
Found at i:7303 original size:360 final size:360
Alignment explanation
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5029 CATGAACGTA
* * *
5039 TATCTATTTCAAATCAATATTGACCTTTTG-TTTGTC-TAAAA-AATTGTTTTTGA-TCATAACG
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* * *
5100 TGCTTATTCAAAAT--AA-AA-A-TAA-TTATT-ATATTTCAAAAATT-AT-AGATAAAGAACCT
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** * * * *
5156 T-AAAAATAAAATCTGTTTA-TCGAACCAGCTCAAATAATTATGACTA-TTGAATAGTTATC-A-
125 TAAAAAAT-AAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
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188 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT
** * * *
5273 G-GTTAAAAATACTGACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
252 GAAAT-AAAATAAT-ACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * ** *
5336 AAATATGTTTGTCAAACCAGTATAAAATACTTAAAACTATTAT-AATAAT
313 AAATCTGTTTACCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAAT
* ** * * * * * * * * *
5385 TAT-TATTAGTTTAAATTGGTTTTGGCCTTTGGTCTAGTTAGAAAATATTTGTTTCGTATATC-T
1 TATCTA-T--TTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TAT-TCAT
* * * * * *
5448 A-AA--TTA-TCAGAATTAAAATAA-ACCAAATTTATTAAACATTTGAAAATTTAATAAGGAAAA
60 ACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATA-CTAATTTATT-AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA
* *
5508 GATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAATAAATTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTAT
122 -ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
5572 TTATTTAAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACT
184 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCT
*** * * * *
5634 TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTTAAAAA
247 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* **
5699 ATAAAT-TAGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAT
311 ATAAATCT-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
5749 TGTATATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * **
5814 TTATTCAAAATAAAATATTA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAA
* * ** * * * * * * *
5878 AAGTAAATCGGTTTACCAAATCAGCTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAA
129 AAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * *
5943 TTGTTACT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATT-ATACAAGTTTA-TTCAGAA
194 TCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AA
* * * *
6005 TAAAATAATAGTATTTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTA
256 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * *
6066 TTTACTAAAC-A-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGT
320 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
6105 TGTATACTTCAAAT-AGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* ** ** * * *
6168 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAAATTT-AA
* * * * * * * *
6233 AAAATAAATTTGTTTGCTAAACT-AGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACCATTATTTATTTC-
128 AAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * **
6296 AA--A-TA--A--TTTT-TTTTGTCATAAAACAAAATTTTCAATTCACACTAA-CTTATTCAAAA
192 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTGAAA
* * * * * * * *
6352 TAAGATAA-AATGAATTTATTCATATTAAAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTCT
256 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
6416 GTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAAT
319 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * *
6458 TATCTTTTTCAAAT-AGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTTGTTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * *
6521 TTTGTTCAAAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA
* ** * * ** * *
6583 AATAAATCTGTTCACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTTAAAT
130 AATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * * *
6648 TGTTATGA-CTTTT-TTTCTATTATAAAATAATAGTTTT-TGTTCATACACA-CTTATTCG-ATT
195 CATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAAT-TTTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGAAAT
* * * * *
6708 AAAATAATAC-AATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAACAAATATG
257 AAAATAATACTAA-TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
6772 CTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAT
320 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
6813 GATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
** * * * * * *
6877 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAACTTAATAATTAGGATATTTAAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAA
* * * * * *
6942 AAATAAATCTATTTAATGAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTGAAA
129 AAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * *
7007 TCGCTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTTAAATA
194 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
*
7072 AAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AATACAATTAATAAGTAAAAGATCT-AAAAATAAATCTG
258 AAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* **
7134 TTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAAT
320 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
7175 TATTTATTTCAAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAAG
1 TATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
*** * * * * *
7239 CTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATTAGTAAAAAATT-AA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA
* * * * * *
7301 AAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTAAT-TATTTCAA
129 AAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAA
* * * *
7365 ATCATTGTGACCTTTT-TTTT-TAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT
193 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * *
7427 AAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTAT
257 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * *
7492 TTATAGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAAT
321 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * **
7532 TATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAAAAATTGGTTT-TGTTCATGTAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
7596 TTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAATAGTTAATAAGTAAAAATTTGA
65 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA
* * * * * * *
7659 AAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATAACTACTTGAACAATTATCTATTTCAA
128 AAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * *
7724 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATAT-AGAAT
193 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AAT
* * *
7788 AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATATCTAT
257 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * **
7853 TTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCCTTTGAACAAT
321 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * **
7893 TATTTATTTCAAATC------A--TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
** * ** * ** *
7950 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAATCATTAATAGGTTGGAGATTTAAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAA
* * * * ** *
8015 AATAAATTTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCGAAT
130 AATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * **
8080 CATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAA
195 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* * *
8144 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAGAATTAAATCTATTT
259 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
8205 ATCGAACCATTTCAAATACTTATGGCTATTTGAGCAAT
323 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * * * * * *
8243 TATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTAATAAAACAACTGCTTCTATTGATACAAAC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * * * * *
8307 TTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAA--AA-AA--AGAGATTTAAAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
* * * *
8367 ATAAATTTGTTTACCGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
131 ATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * **
8431 CATTCTTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAA
195 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * ** *
8495 AATAACACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT
259 AATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * * *
8560 ATTGAACAATTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATAAT
323 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
8598 TATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTCT-TAGTTCATAAAA
1 TATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
* * * * ** *
8661 GCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAACCAATAAGTTAAATATTTA
64 GCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTA
* * * ** * * * * *
8725 AAAAATAAGTCAGTTTA-TCAAATTGGTTTAAATAATTATG-GTCACTTGAATAATTATCTATTT
127 AAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTT
** ** * * * **
8788 CAAATTGTTACAAAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-TTTCATCATACAAGCCTATTCA
190 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAT--TCATACAAGCTTATTTG
* * ** * *
8851 AAATAAAACAATACTAACTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAGGAGGTTTAAAAAATAATT
253 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* *
8916 TTGTTTA-C-TA-AA---C---TAGTT-T--CTATTTGAACAAT
317 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
8948 TATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * * * **
9012 CTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTGATAA-CAAGGAGAATAA
65 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA--A-AATTT
* * * * * * * * * * * * *
9075 AAAAAATAAACCTATTTGCT-AAAACAATTCAAACAATTAAGACTATATGGATAATTATTTGTTT
126 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
9139 ACTAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTT-TA-TCATTCCAGCTTATTC
190 -C-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * ***
9201 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTGCCAAG----AGATTTAAAAAATAAA
252 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * *
9262 TTTGTTTACTGAACTAGATT-AAATA--TATGACTATTTGAACAAT
316 TCTGTTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * * *
9305 TGT-AACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * ** *
9368 TTATTCAAAATAACATAATGCTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAAA-TTAAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAA
* * * * * * *
9432 AATAAATTTGTTTGCTGAACT-AGTTTAAATATTTAAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAA
130 AATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * ** *
9496 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGCTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGAAAT
193 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * *
9561 AAAA-AA-A-TGAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTCTG
257 AAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
9623 TTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAAT
320 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
9664 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATAAG-
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * * * * *
9728 TGTGTTCAGAATAAAGTAATATTAATATATTAATATCTCAAAAATTAAGAAG---AGATTTAAAA
66 T-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA
* * * *
9790 AATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTCAAATAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAG
130 AATAAATCT-GTT-T---AC----T--GA-A--T---A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
9855 CAATTATTTA-TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
177 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAC
* ** * * *
9919 AAGCTTATTCGAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-ACAATTGATAAGTAATTA-ATT
242 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATT
* * * * * * * *
9982 TAAAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTCAAATAAT
305 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAAT
* * * * * * ** *
10039 TATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCTTAAAA-AAGTATTTCAATTCATGTAAGT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * * *
10103 TTATTCAAAACAAAATAATATTAAGTTATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAA
* * * * * *
10168 AATGAATCTGTTT-GTCGAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTCG-ACAATTATCTA-TTCAA
130 AATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-A
* * * * ** * * *
10230 AATTACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGA-TTTTTCTGTTCGTACAAGTTTATTTTG-AA
192 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAA
10293 TAAAATAATAC-AACTTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
256 TAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** *
10356 TATTTATCGAACAATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAAT
318 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *** * * * * * *
10399 TATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCTA-TCATACATGT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
** * * * * * * * *
10463 TTATTCTGATTCACAA-AATATTTATTTTTTAATATTTTGACAATTAAT-AGTAGAATATTTAAA
66 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAA
* * * ** * * * * *
10526 AAATAAATATATTTTCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
129 AAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
10591 TCATTGTGACCTTCTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAACA
194 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * **
10655 AAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-T
258 AAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * **
10718 GTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATTAT
321 -TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
10759 TATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATGGTTT-TAGTTCATATAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
** * ** * *
10823 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAA
** ** * * * * * * *
10887 AAAAGGAATCT-TGTTACCAAACATGTTAAAATTGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTTA
128 AAAATAAATCTGT-TTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * ** * *
10951 AAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTAGTTCTACTT-ATGCAAGCTTATTTCAA
192 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA
** * * *
11014 ATAAAATAATAAAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATAT
255 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* *** ** *
11077 ATTTTTTGAACACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
319 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
11119 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTGGTCATAAACCAATCGTTTCTATTCATAAAAGC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
** * * **
11184 TTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAA
* *** *
11249 AATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
130 AATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
11314 CATTATAATCTTCTATTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAA
195 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
*** * *
11379 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTA
260 ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
11444 CCGAACAAGCTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTAT
324 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAT
* ** * * **
11481 TATCTATATCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAAA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * *
11546 TTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
* * * * * * * * *
11608 CTTAATCTGTATA-TCAA-ACCAATTCAAATAATTATGATTTTTTTGAACAATTATCTATCTCAA
131 ATAAATCTGTTTACTGAATA--AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
11671 ATCATTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAG
193 ATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
11733 TAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGT
256 TAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
11793 GTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAAT
319 GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * ** * *
11835 TATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTT-ACTTGTCATAAAATAATAT-TTTC-AGTTCATACAT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTA-TTCATACAA
** *
11897 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA-TTTAGAAAATTAATAAATAACAAATTTT
64 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAA-TTT
* * *
11961 AAAAAATAAATTTGTTT-TTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
126 AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * **
12025 AAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTAACT-AG
190 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-
* * ** * * *
12089 AATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAAT--A-
254 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* *** * * * *
12150 C--ATT---GAATGGGTACAAATAATTATGGCCATTTGAACAAT
317 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** ** * * *
12189 TATCTATTTCAAATTGTTACAAGCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG
* *** * * * * *
12253 CCTATTTGGAATAAACTAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA--AAATTTAA
* ** *
12317 AAAATAAATTTGTTTACTG---AA--TC-----G--ATTCCTATTTGGACAATTATCTATTTTC-
128 AAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCA
** * * * ** ** * * *
12369 AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAATTATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAA
192 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * **
12433 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTG
256 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * ** * * * *
12498 TTTGCCAAAGTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAAT
320 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * ** * *
12539 TATCTCTTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* ** *
12604 TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAACA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAA
* * * * * * * *
12668 AATGAATCTATTTA-TCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAA
130 AATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * * ** *
12732 TTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTTT-GA-ACATTCAATTTTATTCGAAAT
194 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
12795 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAACTTTGT
257 AAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * ** *
12858 TTACTGATCCAGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACAAT
321 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * ** * * * * *
12898 TGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
** * * * *
12962 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAA-TTAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAA
* * * * * *
13026 AAATAAATTTGTTTGCCGAACT-AGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAA
129 AAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * *
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193 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTTTTTCT-ATTCATACA-AGCTTATTTGA
* * * *
13154 AATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAT
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* * * * *
13217 TCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAAT
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* * * * * *
13262 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * * *
13327 TTGTTCAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTGAATATTAATAAG---AGATTTAAAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
* * * * * * * *
13389 A-AAATTTATTTATTAAACT-AGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAG
131 ATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
13452 CGTTACGA-CTTTTTTTTCTGTTATAAAACAA-TTGTTC-A-T-AT--ATGCTTATTCGGATTAA
195 CATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
** * * * *
13510 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAACTGATAAGT-AAA-A-TTAAAAAATATATATGTTT
259 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * * *
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* * * *
13610 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * **
13673 CTTATTCCAAATAAAATAATGCTAATTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAAATTTAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AA-AAATTTAA
* * * * * * *
13737 AAATATGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGA
128 AAA-ATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
13802 AACCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAGTTTTATCTATTCATACAATCTTATTTCAAAT
192 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * *
13867 AATATAA-ATCAAATTTATTAATATT-AAGATAGTTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
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* *
13930 TGTTTA-CGAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTT-ATGCAAT
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* * ** * *
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* * * * ** *
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65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAAA-TTTAA
* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * *
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* * * * * * *
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*** * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * ** * * ** **
14868 TATTATGAAATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTT-TATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAA
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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194 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
15701 TATAG-TTATCGGACTAGTTTAATTAGTTATTACTATTTGAATAAT
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* ** * * * * * *
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*** * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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*
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** * * * *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * *
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CGTTATGAC
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* * * *
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* *
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** * * * * * * * ** * *
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* *
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* *
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* ** * * *
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* * * *
15969 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A-A-GAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGGAGAATTAAAAAATAAATATAG-TTAC
* *
16030 CAAACCAATTCAAGTAGTTATAACAATTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTT-
129 CAAACCAATTCAAGTAGTTATAACAATTCGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTG
* * * * *
16094 GTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTT
194 GT-TTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCT
* * *
16158 ATTGATATTCA-AAAAATTAAT-ACGTAACAGATTTAAAAAAT
257 AATAATATT-ATAAAAATCAATAAC-TAACAGATTTAAAAAAT
16199 GAATCTATTG
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (323 bp):
TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTCATCATACAAGTTTATTCATAACAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGGAGAATTAAAAAATAAATATAGTTACCA
AACCAATTCAAGTAGTTATAACAATTCGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGGT
TTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATA
ATATTATAAAAATCAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTCTATTTTGATTCG
Found at i:17091 original size:244 final size:244
Alignment explanation
Indices: 16680--17145 Score: 544
Period size: 244 Copynumber: 1.9 Consensus size: 244
16670 TTATATGAAC
* * * *
16680 AAAAATAATTATTTTATGACAGAATAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *
16745 GTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCATACTAATTCTTGAA
66 GTCATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTAATTCTTAAA
* * ** **
16810 ATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGTTCAAAAATTATTGTTTTATG
131 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTATG
16875 ACAAAATG-AAAAGTAC-TAATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGTTG
196 AC-AAA-GCAAAAGTACATAATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGTTG
* * * * * * *
16924 AAAAACAATTTTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* *** * **
16989 -TCCATAATTATTTAAACTAATTCAGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATT-TTCA
66 GT-CATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTAATTCTT-A
*** * **
17052 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTGAAACAATTGTTTTA
129 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTA
*
17117 TGACAAAGCAAAAGTTCATAATAATTTTA
194 TGACAAAGCAAAAGTACATAATAATTTTA
17146 AATAGATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (244 bp):
AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTAATTCTTAAA
ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAGCAAAAGTACATAATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGTTG
Found at i:18379 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16896--21796 Score: 3609
Period size: 180 Copynumber: 27.4 Consensus size: 181
16886 AGTACTAATA
* * * * ** *
16896 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATG-TTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** ***
16960 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA-TCCATAATTATTTAAACTAATTCAGTAAATTGATT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT
* *
17024 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * *
17073 ATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
17137 ATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCAATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
* ** *
17202 ATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATT
130 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
17255 ATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
17317 ATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAACACATT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATT
* * *
17381 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTTTT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
17434 ATTTT-TACCTAAATCAGCTTATATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCAT
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * **
17496 AACCATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAA-TTGCTTCAGAAAATAGCT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAAT
** * * * *
17560 TTAGCTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAAA-ATTAATAAAGTAGTATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * *
17614 ATTTTATTT-TGATAAGTTTTTATTAACT-GAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTAAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
17677 ACAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATATCTAATCGAAATTGTTCAGTAAACAAATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
* * *
17742 -TTTCTTAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
17793 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GGAATAA-TGGTTTATGACTAAACAAAATGTTAGA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
17856 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAGTAGTTC-G-ACAAGC-TTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAAAT
* * * * * *
17918 TTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATC
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * ** *
17972 ATTTTA-ATCAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTTAATGACAAAA-TAAAGACCATTA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * *
18035 TGATTTGCGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC-GATAAATAAATTT
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTT
* * * * *
18098 AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATACTAATAAATCAATATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
18146 ATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGTACAGAAACAATTATTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTAT
1 ATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** *
18209 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAGAAAT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAAT
* * * *
18273 TTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGTATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * *
18327 ATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCACG
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-T
* * * * * * * * *
18391 ACT-CTTTGATATA-AAAATTGCTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTACTT-AGTAAACAGAT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAAT
* **
18453 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * **
18507 A---T-TTT-GAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
18567 CT-ATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTT-TG-AAAAAAAAT
66 -TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATT
* * *
18628 TAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATT--TAATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * *
18679 ATTTTA-TTCGAAATAAGCCTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
**
18743 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTC
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT-
* * *
18808 ATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-T
129 -TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * * * *
18862 ATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTGATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * ** * *
18927 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTTTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTA
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA
* * *
18992 -TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-AAAATATTAATAAATTAATATT
131 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
19042 ATTTTA-ATCTAAATAGGCTTGTATGAAGA-AAAGCAATTGTGTCATGACAAAATTAAAA-GTCT
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCA
* * *
19104 TAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATT-TGATAAACAA
63 TAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAA
* * * * * *
19167 ATTT-TTTTTAAAAATCTTTTAGTTATT-ATGTGTCTAAATATTAACAAATT--TATGT
126 ATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT-T
* * ** *
19222 AATTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
1 -ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * *
19286 AGCGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT
* * * * *
19351 CATTTTTTAAATCTCTCACTTATTGATTTTCAAAATATTAATAAAATAGAATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
19404 ACGTTA-TTCAAATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * **
19468 TGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACTAG-TCAG--GCCAATAGT
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACAA-A-T
* * * * * *
19529 TTCATTCTTTAAATTTGTTGCTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATT
128 TT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * ***
19584 ACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATTATCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
19647 ATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
* * *
19712 A-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
19763 ATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGACTAAACAAAAGGTCAT
1 ATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
19826 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTAGTT-AGGCAAACATAA
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACA-AA
* *
19890 --TAGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTT
127 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * ** * * * *
19944 ATTTTA-TTCTGAATATGCTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTAT
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** * * * *
20007 AATGATTTGAAATA-AAAAATGTTTATATACCCTTCACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT
* * * **
20071 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * *
20124 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * *
20189 CAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTAA
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA
* ** *
20254 CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAATATT
131 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA-ATAAATTAGTATT
** * * * * *
20305 ATTTTATTTTGAAGAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTG-TTT-T-AC----C--AAGTTTATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * ***
20360 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTGA-TAAATTGAT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAAAT
* * * * *
20423 TTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATT-GAAATATTAATAAAGTAATATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * * * **
20477 ATTTAATTTTGAATAAACTTTTAT--ATACTGAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCAT
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * ** * * * * * *
20540 AACAATTTTAAATAGATAATTGTTTGAACAATCATAAATATTTGAACTTATTCAGTAAA-TAA-G
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT
* * ** *
20603 T-TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
20655 ATTATATTTTAAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * ** * * * * *
20719 ACAATTTGGAATAGATAACCGTTCTAACAGTCTTAACTATTT-AA-TTGGTT-TG-AAAAATACA
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACA-A-A
* * *
20780 TTTA-TTTTTAAA--TC---CTTGTTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTATT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * **
20829 ATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATA
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
21139 ATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * **
21191 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
21256 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGAAAACATATTT
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTT
* * ** *
21320 ATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTT-GGAATTTTAATAAATTTA-TATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * * *
21370 ATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACAAATTATTTTATAATAAAACAAATGGTTAT
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ** * * *
21433 AATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAATAGATT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT
* * * * * ** * *
21498 CATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATT
129 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
21552 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTCA-AAAAAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCAC
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
21615 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATAT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAAT
* * * * *
21679 AT-TTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
21732 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
21797 CAATTTTGTT
Statistics
Matches: 3737, Mismatches: 795, Indels: 381
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 4 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
Found at i:19471 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 16896--21802 Score: 2789
Period size: 361 Copynumber: 13.7 Consensus size: 360
16886 AGTACTAATA
* * * * ** *
16896 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGCATG-TTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAATGAAAGGTAAT
1 ATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ***
16959 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAC-TAATTCAGTAAATTGA
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTACTT-AGTAAACAAA
* * *
17022 TTTATTTTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAA-GTA-GTATTATTTTATT
127 TTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCTAAATATTAATAAATTTATGTA--ATTTTA-T
* * * * * **
17081 TTG-GATAAACTTTTGTGAACT-GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAA-GTTCATAATAAT
187 TTGAAATAAGCTTATATGAA-TAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGAT
* * * * * *** *
17142 TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCAATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTT
250 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTT
* * * * *
17207 TTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATT
315 TT-AAATCTCTTACTTATTAA--TTTTAAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * *
17255 ATTTTCTTTC-AAAT-AGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAA
1 ATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
17316 AATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTGA-TTCAGCAAACACA
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ACTT-AGTAAACAAA
* * * * * **
17379 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAA-TTAGTTTTATTTTTACC
127 TTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATTTA--TGTAATTTTATT
* * * * * *
17443 T-AAATCAGCTTATATG-ATCAGAA-ACAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACCATTT
188 TGAAATAAGCTTATATGAAT-AGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
* * * * * * ** **
17504 GAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAA-TTGCTTCAGA-AAATAGCTTTAGCTT
252 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTA-ATAAATAAATTTATTTT
* * * *
17567 TTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAAA-ATTAATAAAGTAGTATT
315 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-AAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * * * * * * *
17614 ATTTTATTTTG--ATAAGTTTTTATTAACT-GAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTAA
1 ATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * * *
17676 AACAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATATCTAATCGAAATT-GTTCAGTAAACAAAT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTT-AGTAAACAAAT
* * * * *
17740 TTTTTCTTAAATCTCTTGCTTATTAAATTT-TCAAATGTTAATAAA-TTA-GTATTATTTTATTC
128 TTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTCT-AAATATTAATAAATTTATGTA--ATTTTATTT
* * * * * * * *
17802 CAAATAAGCTTGTATGAACTGGAAT--AA-TGGTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTG
189 GAAATAAGCTTATATGAA-TAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * ** * * * *
17864 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAGTAGTTCGACAAGCT--TTTTTTTTTTT
253 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAA-ATAAATTTATTTTTT
* * * * * *
17927 AAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATC
317 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * * * * * ** *
17972 ATTTTAATC-AAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTTAATGACAAAA-TAAAGACCATTA
1 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
18035 TGATTTGCGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-GTTCGATAAATAAATTT
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAG-TAAACAAATTT
* * * ** * *
18098 AGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTTTG-A
130 -TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATTTATGTAATTTTA-TTTGAA
* * * * * *
18158 ATAA-TTCTGTATGTACAGAA-ACAATTATTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
192 ATAAGCT-TATATGAATAGAATACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * ** *
18220 ATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAGAAATTTATTTTTTAA
255 ATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTAA
* * * *
18284 ATCTCTTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGTATT
319 ATCTCTTACTTATTAATTT-TAAAATATTAATAAAATAGAATT
** *
18327 ATTTTATTTC-AAATAAATTTGTATGAATAGAAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCAC
1 ATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-
* * * * * * * * *
18390 GACT-CTTTGATATA-AAAATTGCTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTACTTAGTAAACAGAT
63 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAGTAAACAAAT
* *
18453 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTA-GT-ATTAT-TTTG-
128 TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATTTGA
* * * ** * *
18513 AATAAGCTTGTATGGATAGAA-ACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
191 AATAAGCTTATATGAATAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * *
18577 TAGATGATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTTTGAA-AAA-AAA-TTAATTTTTAA
256 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTT-AATAAATAAATTTATTTTTTAA
* * **
18638 AT-TTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAAT-AAATTTAATT
319 ATCTCTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAAATAGAATT
* * *
18679 ATTTTATTCGAAATAAGCCTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
1 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** *
18744 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTC
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTT-AGTAAACAAA-T-
* * * * **
18808 ATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATG-ATATTTTATTCC
128 -TTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCTAAATATTAATAAATTTATGTA-ATTTTATTTG
* * * * *
18872 AAATAAGCCTATATGAATTG-ATACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTGATAACGATTTGAA
190 AAATAAGCTTATATGAATAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * ** * *
18936 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTTTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAAA
255 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTAAA
* *
19000 TCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATT
320 TCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAAATAGA-ATT
* * * * * * * * *
19042 ATTTTAATCTAAATAGGCTTGTATGAAGA-AAAGCAATTGTGTCATGACAAAATTAAAA-GTCTT
1 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT
* *
19105 AATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAAA
64 AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAG-TAAACAAA
* * *
19168 TTTTTTTTAAAAATCTTTTAGTTATT-ATGTGTCTAAATATTAACAAATTTATGTAATTTTATTT
127 TTTTTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAAT-T-TCTAAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATTT
* ** * *
19232 GAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAA
189 GAAATAAGCTTATATGAATAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
* * * * *
19296 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAA
254 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTAA
* *
19361 ATCTCTCACTTATTGATTTTCAAAATATTAATAAAATAGAATT
319 ATCTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAAATAGAATT
** * * * *
19404 ACGTTATTC-AAATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAA
1 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * **
19468 TGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--AC--AC-TAGTCAGGCCAATAG
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAGT-A-AACAA-A-
* * * * * *
19528 TTTCATTCTTTAAAT-TTGTTGCTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAA-TTA-GCATTACTTTA
127 TTT--TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTA-ATTTCTAAATATTAATAAATTTATG--TAATTTTA
** * * *** * *
19590 TTCCAAATTAGAC-TATATGAACAGAAT--AATTGTTTTATGACAAAACAAATTATCATAATGAT
186 TTTGAAATAAG-CTTATATGAATAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
* * * * * * *
19652 TTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTA-TTT
250 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTT
* * * **
19716 TTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATT
315 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * * * * *
19763 ATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGACTAAACAAAAGGTCAT
1 ATTTTATTC-GAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
19826 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAAC-TAGTTAGGCAAACATAA
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTA-GTAAACA-AA
** * * *
19890 TAGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTT-TGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCT
127 TTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCT-AAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATT-T
* * * * *
19954 G-AATATGC-TACTAAGAACTA-AA-AAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
189 GAAATAAGCTTA-TATGAA-TAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
* * * * ** * * * * * * *
20015 GAAATA-AAAAATGTTTATATACCCTTCACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT
252 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTT
* * * ** * *
20079 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATT
317 AAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * * * * * * *
20124 ATTTTATTTTG-AATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATA
1 ATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * ** *
20188 ACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAACAGATT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTT-AGTAAACAAATT
** * * * * *
20252 AACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAATATTATTTTATTTTG
129 -TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AAATATTA-ATAAATTTATGTAATTTTA-TTTG
* * * * * *
20316 -AAGAGGCTTGTATG-AT-GAAAAACAATTG-TTT-T-AC----C--AAGTTTATAATGATTTGA
190 AAATAAGCTTATATGAATAG-AATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
** * * ** * **
20369 AATAGATAATTGTTCAAACGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAA
254 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTAA
* * * *
20434 ATCTCTAACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTA-ATATT
319 ATCTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAAATAGA-ATT
* * * * * * * * * **
20477 ATTTAATTTTG-AATAAACTTTTAT--ATACTGAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCA
1 ATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATA--GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * ** * * * *
20539 TAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTGAACAATCATAAATATTTGAACTTA-TTCAGTAAA-TAA
63 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTT-AGTAAACAAA
* * * * *
20602 -GTTTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAA-TTA-GTATTATTATATT
127 TTTTTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTCTAAATATTAATAAATTTATGTA--ATTTTATT
* * * * * * * * * * *
20663 TTAAATAAG-TATGTATGAATTGAA-ACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAAACAATTT
188 TGAAATAAGCT-TATATGAATAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
* ** * * * *
20726 GGAATAGATAACCGTTCTAACAGTCTTAACTATTT-AA-TTGGTTTGAA-AAATACATTTA-TTT
252 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTT-AATAAATAAATTTATTTT
* * * * *
20787 TTAAA--TC---CTTGTTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTATT
315 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAAATAGAATT
* ** **
20829 ATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATAA
1 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* ** * * * * ** *
20894 CGATTTGAAATTA-ATAACAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
66 TGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAGTAAACAAATTT
* * * * **
20958 ATTTTTTAAAT-TTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAA-TTAGTGTTATTTTATTCCA
130 -TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTCTA-AATATTAATAAATTTA-TGTAATTTTATTTGA
* * * * * * * *
21021 AATAAACTTGTATGAATAGAA-ATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAA
191 AATAAGCTTATATGAATAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * ** * * *
21085 TATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTATTTAAAT
256 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
21150 CTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATT
321 CTCTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAAATAGAATT
* * ** **
21191 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAA
1 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
21256 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGT-GTTCAGAAAACATATT
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TACTT-AGTAAACAAATT
* * * * *
21319 TATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTT-TGGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCT-A
129 T-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATT-TGA
** * * * * * * * *
21381 AATAAGCTTGCATGAACA-AA-ACAAATTATTTTATAATAAAACAAATGGTTATAATGTTTTAAA
191 AATAAGCTTATATGAATAGAATAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * *** * *
21444 ATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTCATTTTTTTAA
255 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTA-TTTTTTAA
* * * ** * *
21509 TTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATT
319 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * *
21552 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATTAACTCA-AAAAAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCA
1 ATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
21614 CAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATA
63 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAG-TAAACAAA
* * * * * * * **
21678 TATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
127 TTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTAAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATTTGA
* * * * * * * *
21743 AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
191 AATAAGCTTATATGAATAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
21803 TGTTGGCAGA
Statistics
Matches: 3564, Mismatches: 757, Indels: 451
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 8 0.00
350 50 0.01
351 24 0.01
352 206 0.06
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354 104 0.03
355 210 0.06
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359 295 0.08
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364 10 0.00
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
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TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAGTAAACAAATTTT
TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATTTGAAATAA
GCTTATATGAATAGAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAAATAGAATT
Found at i:19714 original size:721 final size:710
Alignment explanation
Indices: 17278--21796 Score: 2457
Period size: 721 Copynumber: 6.3 Consensus size: 710
17268 TAGCTTGTAT
* * * * ** * * * * *
17278 GAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCT
1 GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCA
* * * * * *
17342 AATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAACACATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATT
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAACAAATTCATTTCTTTAAATCTCTTACTCATT
* * * * * * *
17405 AATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTTTTA-TTT-TTACCTAAATCAG-CTTATATGATCAGAAA
130 AATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATACTTTATT-CC-AAATAAGAC-TATATGAACAGATA
* * ** * * * *
17467 CAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACCATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAT
191 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
* * ** * * ** * * * *
17531 AACTACTAGAA-TTGCTTCAGAAAATAGCTTTAGCTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAA
256 AACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-AA
* * * ** ** * * * **
17595 AA-ATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTTTGATAAGTTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTGT
317 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTAAT
* * * ** * * * * *
17658 GACAAAATAAAAGGTTAAAACAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT-ATCTAATCGAA
381 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAA
* * * * * ** * *
17722 ATT-GTTCAGTAAACAAATTTTTTCTTAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTCAAATGTTAATAAAT
443 CTTATTTGA-TAAACAAATTTTTT-TTAAATCTTTTACTTATTATGTTTTGAAATATTAATAAAT
** * * * * * *
17786 TAGTAT-TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGGAATAA-TGGTTTATGACTAAACAAAA
506 T--TATGTATTTTATT-TGAATAAGCTTCTATGAA-TAGAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAA
* * * * * ** *
17849 TGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT-AAAGTAG-TTCGACA
567 GGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATGT-GTTTC-A-A
***** ** * * * * * * **
17912 AGCTTTTTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTT
629 AAAAAATTAATTTTTAAA-TTCTCACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAA-TAGAATTACGTT
* * **
17977 AATC-AAATAAGCTTATGT
692 ATTCGAAATAAGCCTATAC
* * * * ** * ** *** * *
17995 GAAAAGAAACAATTGTTTAATGACAAAA-TAAAGACCATTATGATTTGCGATAAATAATTGTTCA
1 GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCA
* * * *
18059 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTC-GATAAATAAATTTAGTT-TTTAAATCTC-T--T-ATT
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAACAAATTCATTTCTTTAAATCTCTTACTCATT
* * * * *** ** * * *
18117 AATTTTTAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTCTGTATGTACAGAAACAA
130 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA-TACTTTATTCCAAATAAGACTATATGAACAGATACAA
* * * ** *
18182 TTATTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATG
194 TTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATA
* * * *
18245 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTGCAAAAT
257 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TAAAAT
* * * * * * *
18310 CTTAATAAAATAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAACTT-TTTTATG
320 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAACA-AAACAA-TTGTTTAATG
* * * * * * * * *
18373 ACAAAACAAAAGATCACGACT-CTTTGATATAAAAATTGCTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT
382 ACAAAACAAAAG-TCA-TAATGATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* *
18437 TACTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAA-
445 TATTTGA-TAAACA-AATT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
18499 TTA-GTATTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGT
506 TTATGTATTTTATTTGAATAAGCTTCTATGAATAGAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
18562 CATAACTATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATGTGTTTGAAAAAAAA
570 TATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATGTGTTTCAAAAAAAA
* * * ** **
18627 TTAATTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTAATTATTTTATTCGAAA
635 TTAATTTTTAAATTCTCACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATAGAATTACGTTATTCGAAA
* *
18692 TAAGCCTGTAT
700 TAAGCCTATAC
* * *
18703 GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCA
* * *
18768 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATT
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTCA-TTTCTTTAAATCTCTTACTCATT
* * **
18833 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGATATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATTGATACAA
130 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT-ATACTTTATTCCAAATAAGACTATATGAACAGATACAA
* * * * * *
18898 TTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAC
194 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
18963 TTTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATT
259 TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATT
** * * *
19028 AATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAGCAATTGTGTCATGACAAA
323 AATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTAATGACAAA
* *
19093 ATTAAAAGTCTTAATGATTTGAAATAACTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTT
387 A-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA-TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTT
* * *
19158 GATAAACAAATTTTTTTTAAAAATCTTTTAGTTATTATGTGTCT-AAATATTAACAAATTTATGT
450 GATAAACAAATTTTTTTT--AAATCTTTTACTTATTATGT-TTTGAAATATTAATAAATTTATGT
* ** *
19222 AATTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
512 -ATTTTATTTG-AATAAGCTTCTATGAATAGAA-AAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * *
19287 GCGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACT-TG-TTCAATAAATAGAT
574 ACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTG-AATGTGTTTCAA-AAA-AAAT
* *
19350 TCATTTTTTAAATCTCTCACTTATT-GATTTTCAAAATATTAATAAAATAGAATTACGTTATTC-
636 T-AATTTTTAAAT-TCTCACTTATTAAATTTT-AAAATATTAAT-AAATAGAATTACGTTATTCG
*
19413 AAATAAGCTTATAC
697 AAATAAGCCTATAC
* * * **
19427 GAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAACTGTTCA
1 GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCA
* * ** * * * *
19492 AATAGTCATAACTATTT-ACACTAG-TCAGGCCAATAGTTTCA-TTCTTTAAATTTGTTGCTTAT
66 AATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTCA-GCAAACAAATTCATTTCTTTAAATCTCTTACTCAT
* * *
19554 TAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGCAT-TACTTTATTCCAAATTAGACTATATGAACAGA-AT
129 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTA--ATATACTTTATTCCAAATAAGACTATATGAACAGATAC
** * *
19617 AATTGTTTTATGACAAAACAAATTATCATAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATA
192 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
* * * *
19682 ACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAT-TTCTTACTTCTTAATTTTCAAAAT
257 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AAAAT
* * * * * *
19746 ATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGAC
320 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTAATGAC
* * * *
19811 TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAAC-TA
384 AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA
* ** * * *
19875 GTTAGGCAAACATAATAGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTA
447 -TTTGATAAACA-AAT-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTATGTTTTGAAATATTAATAAATTTA
* * * * *
19940 TTTTATTTTATTCTGAATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTT
509 -TGTATTTTATT-TGAATAAGCTTCTATGAA-TAGAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * ** *** * *
20005 ATAATGATTTGAAATA-AAAAATGTTTATATACCCTTCACTATTTAAACT-AG-TTCAGTAAACA
571 ATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TGTGTTTCA--AAA-A
* * * * * * * * * **
20067 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTAT
632 AAATTAATTTTTAAAT-TCTCACTTATTAAATTTT-AAAATATTAAT-AAATAGAATTACGTTA-
* * * * **
20131 TTTG-AATAAACTTGTGT
693 TTCGAAATAAGCCTATAC
* * * * * * * *
20148 GAACAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCA
1 GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCA
* * * * * * *
20213 AATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTAACTT-TTTAAATCTCTTACTTATTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTCATTTCTTTAAATCTCTTACTCATTA
** * *** * * * ** * *
20277 ATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAA-GAGGCTTGTATGATGAAAAACA
131 ATTTTCAAAATATTA-ATAAATTAATA-TACTTTATTCCAAATAAGAC-TATATGAACAGATACA
* * ** **
20340 ATTG-TTT-T-AC----C--AAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGCCATAA
193 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA
* ** * *** * * * *
20396 TTATTTGAACTAATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATTGAAATA
258 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATA
* * * * * * * *
20461 TTAATAAAGTAATATTA-TTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATACTGAAATAGTTGTTTTATGA
321 TTAATAAATTAATATTATTTTAA-TCTAAATAAACTTGTATGA-AC-AAAACAATTGTTTAATGA
* * * ** * ** * * *
20524 TAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTGAACAATCATAAATATTTGAACTT
383 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT
* * * * * *
20589 A-TTCAGTAAA-TAAGTTTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAAT-TTTTTAAATTTTAATAAATTA
446 ATTTGA-TAAACAAATTTTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-ATGTTTTGAAATATTAATAAATT-
* * * * * *** *
20650 GTAT-TATTATATTTTAAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAG
507 -TATGTATTTTA-TTTGAATAAGCT-TCTATGAATAGAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAAG
* * * * ** ** * * ** *
20713 ATCAAAACAATTTGGAATAGATAACCGTTCTAACAGTCTTAACTATTT-AAT-TGGTTTGAAAAA
568 GTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATGT-GTTTCAAAAA
* * * * * * **
20776 TACATTTATTTTTAAA---TC-CTTGTT-AATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTAT
632 -AAATTAATTTTTAAATTCTCACTTATTAAATTTT-AAAATATTAATAAA-TAGAATTACGTTAT
* *** * *
20836 TCTAAATAATTTTGTAT
694 TCGAAATAAGCCTATAC
* ** * * * *
20853 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATTA-ATAACAGTTT
1 GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAAATAGATAACTGTTC
* * * * * * * * * * *
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65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTCATTTCTTTAAATCTCTTACTCATT
* * * * * * * * * *
20981 AATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGTATGAATAGAAATA
130 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT-ATACTTTATTCCAAATAAGAC-TATATGAACAGATACA
* * * * * * *
21045 ACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAA
193 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA
* *
21110 CTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATA
258 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-AAATA
* * * *
21175 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTT-ATGAC
321 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATT-GTTTAATGAC
* * * *
21239 AAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGT
384 AAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-T
* * * * * * *
21303 GTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTA-ATTTTGGAATTTTAATAAATTT
446 ATT-TGATAAACA-AATT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTATGTTTTGAAATATTAATAAATTT
* * * * * ** * *
21365 ATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGC-ATGAACAAAACAAATTATTTTATAATAAAACAAATGG
508 AT-GTATTTTATT-TGAATAAGCTT-CTATGAATAGAA-AAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
21429 TTATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACT-TGTTTGGC-AAA
569 TTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TGTGTTT--CAAAA
* * * * * * ** * **
21492 TAGATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATTATTTT
631 AAAATT-A-ATTTTTAAAT-TCTCACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAA-TAGAATTACGTT
* *
21557 ATTTC-AAATAAGCTTATAT
692 A-TTCGAAATAAGCCTATAC
* * * * ** * * *
21576 TAACTCA-AAAAAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATT
1 GAA--CAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACTGTT
* * * * * * * * * *
21639 CAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATA-T-ATTTTTTTAAGTCTTTTACTTA
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAACAAATTCATTTCTTTAAATCTCTTACTCA
* * * * * *
21701 TTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAA
128 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA-TACTTTATTCCAAATAAGAC-TATATGAACAGATA
* *
21765 CAATTTTTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAA
191 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA
21797 CAATTTTGTT
Statistics
Matches: 2958, Mismatches: 674, Indels: 335
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
704 4 0.00
705 187 0.06
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707 12 0.00
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ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATACTTTATTCCAAATAAGACTATATGAACAGATACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
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AAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAA
AAGTCATAATGATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAA
CAAATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTATGTTTTGAAATATTAATAAATTTATGTATTTTATTT
GAATAAGCTTCTATGAATAGAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATGTGTTTCAAAAAAAATTAATTTTTAAATTCT
CACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATAGAATTACGTTATTCGAAATAAGCCTATAC
Found at i:20901 original size:533 final size:538
Alignment explanation
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17011 CAGTAAATTG
* * * * *
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* ** ** * * ** ** *
17148 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCAATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAA
127 TAGATAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA
** * ** * * * ** * *
17213 TCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGT
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* * * * ** *
17276 ATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAG-TCAAAATGATTTGAAATAGACAATTAT
255 ATGAA-TAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * * *
17339 TCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
319 TCAAACAATCATAAATATTTGAACTTGATT-AGTAAACAGAGTTATTATTAAAATCTTTTACTTA
* * * * *
17403 TTAATTTTTA-AAATATTATTAAATTAGTTTTATT-T-TTACCTAAATCAGCTTATATGATCAGA
383 TTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATT-CC-AAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * *** *
17465 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAACCATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTC
445 AACAATTAGTTTATGACAAAACAAATAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAACCGTTCAAACAGTC
* * *
17529 ATAACTA-CTAGAAT-TGCTTCAGAAAATAG
510 ATAACTATTTA-AATGTG-TTCAGAAAACAT
* ** * * *
17558 CTTTAGCTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAAA-ATTAATAAAGT-AGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAAT-TC---CTTATTAA-TTTT-AAAATAGTAATAAATTGA-TATTATTTTAT
** * ** * * * * * * * * * **
17621 T-TTGATAAGTTTTTATTAACTGAAAC-AATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTAAAACAATTT
59 TCTAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACAAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTT
* * * * ** * * * * * ** * * *
17684 TAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATATCTAATCGAAATTGTTCAGTAAACAAATTT-TTTCTT
123 GAAATAGATAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
** * * ** * * * *
17748 AAATCTCTTGCTTATTAAATTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
188 AAATCTCTAACTTA-TCAATTTTGAGAATAATAATAAAGTAATATTATTTAATTCCAAATAAACT
* ** * * * * **
17812 TGTATGAACT-GGAATAA-TGGTTTATGACTAAACAAAATG-TTAGAATGATTTGAAATAGATAA
252 TGTATGAA-TAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * * * *** * * *
17874 TTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAGTAG-TTCG-ACAAGC-TTTTTTTTTTTTAAAT-TTCT
315 TTATTCAAACAATCATAAATATTTGAACTTGATTAGTA-AA-CAGAGTTATTATTAAAATCTT-T
* * * * * *
17935 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATCATTTTAAT-CAAATAAGCTTATGTGAA
377 TACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** ** ** * **
17998 AAGAAACAATT-GTTTAATGACAAAATAAAGA-CCATTATGATTTGCGATAAATAATTGTTCAAA
441 CAGAAACAATTAGTTT-ATGACAAAACAAATAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAACCGTTCAAA
* * * * *
18061 TAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTC-GATAAATAA
505 CAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGA-AAACAT
* * ** * *
18094 ATTTAGTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTTAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGA
1 ATTTATTTTTTAAATTC-CTTATTAA-TTTTAAAATAGTAATAAATTGATATTATTTTATTCTAA
* * * * *
18158 ATAA-TTCTGTATGTACAGAAAC-AATTATTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
64 ATAAGCT-TGCATGAACA-AAACAAATTATTTTA-TAACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAA
* * * ** * * *
18220 ATAGATAATTGTTCAAATGAACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAGAAATTTATTTTTTAAA
126 ATAGATAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * ** * * * * *
18285 TCTCTTACCTATTAA-TTTGCAAAATCTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGT
191 TCTCTAACTTATCAATTTTG-AGAATAATAATAAAGTAATATTATTTAATTCCAAATAAACTTGT
* * * ** ** * * **
18349 ATGAATAGAAACAACTTTTTTATGACAAAACAAAAGATCACGACTCTTTGATATA-AAAATTGCT
255 ATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
18413 CAAACAGTCATAACTATTTGAGCTT-ACTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
320 CAAACAATCATAAATATTTGAACTTGA-TTAGTAAACAGAGTTATTATTAAAATCTTTTACTTAT
* * * *
18477 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T-T-TT--GAATAAGCTTGTATGGATAGAAACA
384 TAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* ** * * * ** * * *
18537 ATTGGTTTACCACAAAACAAA-AGGTCATAACTATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTAAA
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* * *
18601 ACTATTTGAATGTGTT-TGAAAA-AA
513 ACTATTTAAATGTGTTCAGAAAACAT
* * * * * * *
18625 AATTAATTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-ATTATTTTATTCG
1 ATTTATTTTTTAAA---TTCCTTATT-AATTTTAAAATAGTAATAAATTGATATTATTTTATTCT
* * * * * **
18689 AAATAAGCCTGTATGAACAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
62 AAATAAGCTTGCATGAACA-AAACAAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAA
** * ** * * *
18753 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTTTA
126 ATAGATAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATT--TATTTTTTA
* * * * * * * * * *
18818 AATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCCAAATAAGCCT
189 AATCTCTAACTTATCAATTTTGAGAATAATAATAAAGTAAT-ATTATTTAATTCCAAATAAACTT
* * * * * * * * * *
18882 ATATGAATTGATACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTA
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* * * * * * * * * * *
18947 TTCAAATAGTTATAACTTTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTATT-TTAAAATCTTTTACTTA
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* * * * * *
19011 TTAACTTTTA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAGGCTTGTATGAAGA-AAA
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* * ** ** ** *
19074 GCAATT-GTGTCATGACAAAATTAAA-AGTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAG
447 -CAATTAGT-TTATGACAAAA-CAAATAGTCAAAACAATTTGAAATAGA-TAACCGTTCAAACAG
* * * * *
19136 TCATAATTATTTGAACT-TATT-TGATAAACAA
508 TCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGA-AAACAT
* * * * * * * *
19167 ATTT-TTTTTAAAAATCTTTTAGTTATTATGTGTCT-AAATATTAACAAATTTATGTAATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATTC-CTTA-TTA--AT-T-T-TAAAATAGTAATAAATTGATATTATTTTAT
** * * * ** * * * * **
19230 T-TGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTT
59 TCT-AAATAAGCTTGCATGAACAAAACAAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTT
* ** * * * ** * * * *
19294 AAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTT
123 GAAATAGATAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
* ** * * * * * *
19359 AAATCTCTCACTTATTGATTTTCAAAATATTAATAAAATAGA-ATTACGTT-ATT-CAAATAAGC
188 AAATCTCTAACTTATCAATTTTGAGAATAATAATAAAGTA-ATATTA-TTTAATTCCAAATAAAC
* * * * * * * * ** * *
19421 TTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAAC
251 TTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * ** * * * *
19486 TGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACTAG-TCAGGCCAATAG-TTTCATTCTTTAAAT-TTGT
316 TATTCAAACAATCATAAATATTTGA-ACTTGATTA-GTAAACAGAGTT-ATTATTAAAATCTT-T
* * * * *
19547 TGCTTATTAGTTTTCA-AAATATTAATAAATTAGCATTACTT-TATTCCAAATTAGAC-TATATG
377 TACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTATATTCCAAATAAG-CTTGTATG
* * ** * * **
19609 AACAG-AATAATT-GTTTTATGACAAAACAAATTA-TCATAATGATTTGAAATAAATGATTGTTC
439 AACAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAA-TAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAACCGTTC
* * * * * * *
19671 AAATAGTTATAACTAATTGAACTG-GTTTAGTAAACAA
502 AAACAGTCATAACT-ATTTAAATGTGTTCAGAAAACAT
* *
19708 ATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-ATTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA-TTC---CTTATTAATTTT-AAAATAGTAATAAATTGA-TATTATTTTATT
* * * ** * * * *
19771 CTGAACAAACTTATATGAACAAAA-ACATT-TGTTTAATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTT
60 CTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACAAATTAT-TTT-ATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTT
* ** * * * * * *
19834 GAAATAGATAATTATTCAAA-TAATCATAATTGTTTGAACT-AGTTAGGCAAACATA-ATAGTTT
123 GAAATAGATAATTGTTCAAACGGA-CATAACTATTTGAACTAATTTA-GTAAACAGATTTA-TTT
* * * * * * * ** *
19896 TTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGA-AATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTGAATAT
185 TTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTTGAGAATAATAATAAAGTAATATTATTTAATTCCAAATAA
* ** * * * * * * * * ** * *
19960 GCTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAA
249 ACTTGTATGAA-TAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAT
* * ** * * * * * * * * * *
20024 AATGT-TT-ATATACCCTTCACTATTTAAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
313 AAT-TATTCAAACAATCATAAATATTTGAACTTGATT-AGTAAACAGAGTTATTATTAAAATCTT
* * * ** * *** * *
20086 TTAGTTATTAATTTTCA-TAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGA
376 TTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * **
20150 ACAGAAATAATT-GTTTTATGAGATAACAAA-AGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCA
440 ACAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATA-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAACCGTTCA
* * * * *
20213 AATAGTTATAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAACAG
503 AACAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGAAAACAT
* * * * *
20249 ATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAAT-TC---CTTATTAA-TTTTAAAATAGTA-ATAAATTGATATTATTTTATT
* * * * * * * *
20313 TTGAAGAGGCTTGTATGATGA-AAAAC-AATT-GTTT-T-AC----C-AA-GTTTATAATGATTT
60 CTAAATAAGCTTGCATGA--ACAAAACAAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTT
* * **
20367 GAAATAGATAATTGTTCAAACGGCCATAATTATTTGAACTAATTT-GATAAATTGATTTATTTTT
123 GAAATAGATAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAG-TAAACAGATTTATTTTT
* ***
20431 TAAATCTCTAACTTATCAATTATTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGAATAAAC
187 TAAATCTCTAACTTATCAATT-TTGAGAATAATAATAAAGTAATATTATTTAATTCCAAATAAAC
* ** * * * *
20495 TTTTAT--ATACTGAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATA
251 TTGTATGAATA--GAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATA
* ** *
20558 ATTGTTTGAACAATCATAAATATTTGAACTT-ATTCAGTAAATA-AGTT-TT-TTAAAAT-TTCT
314 ATTATTCAAACAATCATAAATATTTGAACTTGATT-AGTAAACAGAGTTATTATTAAAATCTT-T
** * **
20618 TACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTAAATAAG-TATGTATGAA
377 TACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCT-TGTATGAA
** * * * * * *
20682 TTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAA-AGATCAAAACAATTTGGAATAGATAACCGTTCTAA
441 CAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAATAG-TCAAAACAATTTGAAATAGATAACCGTTCAAA
* * *
20746 CAGTCTTAACTATTTAATTG-GTT-TGAAAA-AT
505 CAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGAAAACAT
* *
20777 ACATTTA-TTTTTAAA-TCCTTGTTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTA
1 --ATTTATTTTTTAAATTCCTTATTAATTTT-AAAATAGTAATAAATTGATATTATTTTATTCTA
** * * * * *
20840 AATAATTTTGTATGAATAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAA
63 AATAAGCTTGCATGAACA-AAACAAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
** * * * **
20904 TTA-ATAACAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
127 -TAGATAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
20968 TTTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
191 TCTCTAACTTATCAATTTTGAGAATAATAATAAAGTAATATTATTTAATTCCAAATAAACTTGTA
* *
21033 TGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTATTC
256 TGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
21098 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTA
321 AAACAATCATAAATATTTGAACTTGATTAGTAAACAGAGTTATTATTAAAATCTTTTACTTATTA
*
21163 ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
386 ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * * ** *
21228 TGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
451 TAGTTTATGACAAAACAAATAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAACCGTTCAAACAGTCATAACT
21293 ATTTAAATGTGTTCAGAAAACAT
516 ATTTAAATGTGTTCAGAAAACAT
* ** ** *
21316 ATTTATTTTTTAAATTTTTTCTTATTAATTTTGGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCTA
1 ATTTATTTTTTAAA---TTCCTTATTAATTTTAAAATAGTAATAAATTGATATTATTTTATTCTA
* * * *
21381 AATAAGCTTGCATGAACAAAACAAATTATTTTATAATAAAACAAATGGTTATAATGTTTTAAAAT
63 AATAAGCTTGCATGAACAAAACAAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * * ** * * * * *
21446 AGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTCATTTTTTTAATT
128 AGATAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT
* * * * * ** * * * * *
21511 CTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA
192 CTCTAACTTATCAATTTTGAGAATAATAATAAAGTA-ATATTATTTAATTCCAAATAAACTTGTA
* * * * * * * **
21575 TTAACTCA-AAAAAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTAT
256 TGAA-T-AGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * * *
21638 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATA--TATTTTTTTAAGTCTTTTACTT
319 TCAAACAATCATAAATATTTGAACTTGATTAG-TAAACAGAGTTA-TTATTAAAATCTTTTACTT
* * * * *
21700 ATTAATTATCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
382 ATTAATT-TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
** * * *
21764 ACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
446 ACAATTAGTTTATGACAAAACAAATAGTCAAAACAATTT
21803 TGTTGGCAGA
Statistics
Matches: 3385, Mismatches: 665, Indels: 386
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 1 0.00
523 6 0.00
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526 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
ATTTATTTTTTAAATTCCTTATTAATTTTAAAATAGTAATAAATTGATATTATTTTATTCTAAAT
AAGCTTGCATGAACAAAACAAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAACGGACATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
AACTTATCAATTTTGAGAATAATAATAAAGTAATATTATTTAATTCCAAATAAACTTGTATGAAT
AGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACA
ATCATAAATATTTGAACTTGATTAGTAAACAGAGTTATTATTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTT
TATGACAAAACAAATAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAACCGTTCAAACAGTCATAACTATTTA
AATGTGTTCAGAAAACAT
Found at i:22049 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 22019--22072 Score: 90
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
22009 TATAACTATT
*
22019 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTA
1 TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
*
22046 TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
1 TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
22073 CGACCTTTTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 25 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (27 bp):
TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
Found at i:22819 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22237--24099 Score: 1296
Period size: 181 Copynumber: 10.4 Consensus size: 178
22227 TAAAATCATA
* * * * * * ***
22237 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAGTACATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * ** * * *
22302 TATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGACTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCA
65 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAAT-ATGTTTACCA
* * * * ** * * * *
22366 AATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
127 AACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * ** * * * *
22418 ATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTACTTTTCA-TCATTTAAGCCTATTTGGAGTAAAGTA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * *
22482 ATACTAATTTATTAGTATTTCAAAATTGAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCG
64 ATACTAATTTATTAATATTTAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * * * *
22547 AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATT
127 AACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * * *
22599 ATAATTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * *
22664 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA-AAATTTGTTTGCCAAA
65 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * ** *
22728 CCAATTCAAGTAG-TA-AAGGCTATATGAATGACTATCTATTTCAAATCGTT
129 CCAATTCAAATAGTTATAA--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
22778 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
22843 -AATAAAATTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTT-AAAATATATATGTTTACCAA
65 TACT-AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAA
* * * * * *
22902 ACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCCAATCGTT
128 ACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** ** * * * * *
22953 ATAACCAATAATTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * ** *
23018 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTCATG-GATTTAAAAAATGAATATGTTGGCCT
65 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * * * *
23082 GACCAGTGT-AAACAGTTATAACTGTTCGAACAATTATATATTTCAAATTGTT
127 AACCAAT-TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * ** **
23134 ATGACCTTTTATTTAATCAGAAAACAATTGTTTTTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAGCATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * ***
23199 TTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGA
65 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACCAA
* * * * * *
23264 A-CAAGTACAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCT
128 ACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
23315 AT-AGCC-TTT-TTTTGTCATAAAATAAAATT-TTCTATTCATACATGCTTATTTCAATTAAAAT
1 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * *
23376 AATACAAATTTATTAATATTCAGATAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTACC
63 AATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACC
* ** * * * * * * * *
23441 GAATAAATTCAAAAAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTT
126 AAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* *
23494 ATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATCAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATA
* * * * * * **
23557 ATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACATATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TT
64 ATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * *
23621 GACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
127 AACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * * * * * * *
23674 ATGACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATTATATCAGCTCATATAGGGTTATTTGAAATAAAACAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
23739 TACTAATTTATGAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
65 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAA
* * * * * *
23804 A-CAAGTTTAAATAGTTATAACTATATAAACAATTTTTTATTCCAAATCGTT
128 ACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * *
23855 ATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* **
23920 TA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTG
65 TACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCA
* **
23982 AA-CACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATAATT
127 AACCA-ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * **
24034 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAAT-AAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
24098 TA
65 TA
24100 AGTCAAAAAT
Statistics
Matches: 1305, Mismatches: 319, Indels: 119
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.00
175 122 0.09
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177 3 0.00
178 23 0.02
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180 188 0.14
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182 22 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACC
AATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
Found at i:23700 original size:540 final size:537
Alignment explanation
Indices: 22882--24995 Score: 1379
Period size: 540 Copynumber: 4.0 Consensus size: 537
22872 TAAGAGATTT
* * * * ** * * *
22882 AAAATATATATGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCCA
1 AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAAAAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA
* * ** * * * * * *
22947 ATCGTTATAACCAATAATTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATA
66 ATCGTTATGACC-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATA
* * *
23012 AAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTCATGGATTTAAAAAATGAATATGTT
129 AAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGTCAT-GATTTAAAAAATAAATATGTT
* * *
23077 GGCCTGACCAGTGTAAACAGTTATAACTGTTCGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTT
193 GGACTGACCAGTGTAAACAGTCATAACTATTCGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * * * ** * *
23142 TTATTTAATCAGAAAACAATTGTTTTTA-TTCGTACAAGCTTATTCAAAATAGCATAATTCTAAT
258 TTATTTAATCACAAAACAATT-ATATCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAT
* * * ***
23206 TTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTA
322 TTATGAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTA
* * * * * * * *
23271 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTAT-AGCCTTT-TTTTGTCATA
387 CAAATAGTTATAACTATATAAACAATTACCTATTCCAAATCGCTATGAGACTTTGTTTTGTAATA
* *
23334 AAATAAAATT-TTCTATTCATACATGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-
452 AAAT--AATTCTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCT
*
23397 AGATAATGAATAAATAAAAGACTTAA
515 A-AAAATGAATAAAT-AAA-ACTTAA
* * * * * *
23423 AAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAAAAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAAAAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA
* *
23488 ATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATCAA
66 ATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AA
* * * * * *
23553 AATAATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAT-ATTTTAAAAATAAATATGTT
130 AATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGT--CATGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * * *
23617 -TATTGACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
193 GGACTGACC-AGTGTAAACAGTCATAACTATTCGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * **
23681 TTTGTTTCATCACAAAACAATTATATCAGCTCATATAGGGTTATTTGAAATAAAACAATACTAAT
257 TTTATTTAATCACAAAACAATTATATCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAT
* * * *
23746 TTATGAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTT
322 TTATGAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTA
* *** * * *
23811 TAAATAGTTATAACTATATAAACAATTTTTTATTCCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTAATA
387 CAAATAGTTATAACTATATAAACAATTACCTATTCCAAATCGCTATGAGACTTTGTTTTGTAATA
*
23876 AAATAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTA
452 AAATAATT-CTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTA
* * * *
23941 AAAATTAATAAGTAAAATTTTA
516 AAAATGAATAAATAAAACTTAA
* * * * * * * *
23963 AAAATAAATATGTTTTCTGAACACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAA
1 AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAAAAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA
** * *
24028 ATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAA-AT
66 ATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATA-
* * * * ** *
24092 AAAT-A-A-TAAGTCA--AAAATT-T-AAAA--AATAAATC-TG-TTT-ACCAA-ACA-A-GTT-
129 AAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGTCATGATTTAAAAAATAAATATGTTG
* * ** * * * * * **
24141 --C--A--A--AT-AGC--T-ATGCCTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTT
194 GACTGACCAGTGTAAACAGTCATAACTATTCGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * ** * * * * * * *
24194 TGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTA-TTCTTGCAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
259 TATTTAATCACAAAACAATTATATC-AGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATT
* * * * *
24258 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAGGTATA-AGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTACCAAATAAGT
323 TATGAATATT-TAAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
** * ** * * * * ** * *
24321 TTAAATAGTCATGTCCATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCA
386 ACAAATAGTTATAACTATATAAACAATTACCTATTCCAAATCGCTATGAGAC-TTTGTTTTGTAA
* * * ** *
24385 TAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
450 TAAAATAATT-CTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* * * * *
24449 TTAAAAATTAAT-AA-GAGATTTAA
513 CTAAAAATGAATAAATAAAACTTAA
* * * * * * * * * * * *
24472 AAACTACATCTGTTTATCGATA-TAGTTTAAATAGTTATTAA-TATTTGAACAATTATCTATCTC
1 AAAATAAATATGTTTACCGA-ACAAATTCAAAAAATTA-TAACTATTTGAATAATTATTTATTTC
* ** * * * *
24535 AAATCGTTGTGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATT
64 AAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAT
* * * * * * *
24600 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--A-GCTTTGAAAAATAAATGTGTT
128 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGTCATGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * ** * * *
24662 AG-CTAAACTAGT-TCAAATAGTTA-AGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAC
193 GGACT-GACCAGTGT-AAACAGTCATA-ACTATTCGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * ** * *
24724 ATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTA
255 CTTTTATTTAATCACAAAACAATTATATCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTA
* * * * * * * *
24789 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAA-TAG
320 ATTTATGAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * * ***
24853 TTCAAATAGATT-TAACTATTTAAATAATTATCTATT-TAAAGTCGTTATGACTTTTTTGTTTTG
385 TACAAATAG-TTATAACTATATAAACAATTACCTATTCCAAA-TCGCTATGA-GACTTTGTTTTG
* * * * * * * *
24916 TCATAAAACAATTGTT-TCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
447 TAATAAAATAATTCTTCT-A-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAT
*
24980 ATT-TCAAAAATTAATA
510 ATTCT-AAAAATGAATA
24996 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 1250, Mismatches: 259, Indels: 134
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 39 0.03
509 68 0.05
510 10 0.01
511 253 0.20
512 9 0.01
514 6 0.00
515 1 0.00
516 5 0.00
517 4 0.00
518 8 0.01
519 2 0.00
520 1 0.00
521 3 0.00
523 1 0.00
524 3 0.00
525 1 0.00
526 3 0.00
527 3 0.00
528 5 0.00
529 2 0.00
531 7 0.01
532 4 0.00
533 47 0.04
534 206 0.16
535 7 0.01
537 5 0.00
538 1 0.00
539 16 0.01
540 344 0.28
541 109 0.09
542 76 0.06
543 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAAAAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATAAGTCATGATTTAAAAAATAAATATGTTGGA
CTGACCAGTGTAAACAGTCATAACTATTCGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA
TTTAATCACAAAACAATTATATCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAT
GAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTACAAA
TAGTTATAACTATATAAACAATTACCTATTCCAAATCGCTATGAGACTTTGTTTTGTAATAAAAT
AATTCTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAAT
GAATAAATAAAACTTAA
Found at i:24121 original size:151 final size:150
Alignment explanation
Indices: 23941--24251 Score: 356
Period size: 151 Copynumber: 2.1 Consensus size: 150
23931 TAATATTCTA
* * ** *
23941 AAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACT
1 AAAA-TAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGCTATAACT
* * * * *
24005 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA
24070 TTCATACAAGCGTATTCAAAAT
129 TTCATACAAGCGTATTCAAAAT
* **
24092 -AAATAATAAGTCAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATGCCT
1 AAAATAATAAGT--AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATAACT
* * * * * *
24156 GTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTA
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA
* * ** *
24221 TTCTTGCAAGTTTATTCAGAAT
129 TTCATACAAGCGTATTCAAAAT
24243 AAAATAATA
1 AAAATAATA
24252 CTAATTTATT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 24, Indels: 7
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
149 8 0.06
150 4 0.03
151 112 0.85
152 8 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (150 bp):
AAAATAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATAACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATT
CATACAAGCGTATTCAAAAT
Found at i:24358 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 24108--24996 Score: 842
Period size: 181 Copynumber: 5.0 Consensus size: 178
24098 TAAGTCAAAA
* * * * *
24108 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-CTATGCCTGTTTGAATAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTC-ATGTCTATTTAAATAATTATCT
* * * * *
24172 ATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCTTGCAAGTTTATT
65 ATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
24237 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTATAAG
130 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-G-A-AAG
* * * * *
24289 ATTTAAAAAAAAAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATCTAAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAATAATTATCTA
** * * **
24354 TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATT
66 TTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
24418 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-AGAG
130 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAAAG
* * * * * * * * *
24466 ATTTAAAAACTACATCTGTTTATC-GATATAGTTTAAATAGTTAT-TAATATTTGAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTCATGT-CTATTTAAATAATTATC
* * * * *
24529 TATCTCAAATCGTTGTGATA-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTAT
64 TATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
24593 TCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATA-AGAG
129 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAAAG
* * * * * * * *
24642 CTTTGAAAAATAAATGTG-TTAGCTAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAATAATTATC
* * * * *
24705 TATTTCAAATTGTTTTGACATTTTG-TTTAGTAATAAAACAATTATTT-TAATTCATACAAGCTT
64 TATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT
* * * *
24768 ATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAG
127 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AG--AAAG
* * *
24823 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAAT-AGTTCAAATAG--ATTTAACTATTTAAATAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGT--CTATTTAAATAATTATC
* * * * *
24885 TATTT-AAAGTCGTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACT
64 TATTTCAAA-TAGTTATGA-TATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* *
24948 TATT-TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAG
126 TATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAG
24997 TTATGACTAT
Statistics
Matches: 580, Mismatches: 102, Indels: 53
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
176 146 0.25
177 135 0.23
178 4 0.01
179 3 0.01
180 43 0.07
181 238 0.41
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAATAATTATCTA
TTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAAAG
Found at i:25421 original size:489 final size:490
Alignment explanation
Indices: 24501--25479 Score: 1207
Period size: 489 Copynumber: 2.0 Consensus size: 490
24491 ATATAGTTTA
* * * * * *
24501 AATAGTTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGATATTTATTTTATCATAAAA
1 AATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATGATATTTATTTTATCATAAAA
** * * * *
24566 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA
66 CAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAATACGAATTTAATAATATTCCAAAA
* * * * *
24631 ATTAATAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAA
131 ATTAAT-AGAGATTTAAAAAATAAATGTATTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAA
** * * * *
24696 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATA
195 ATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTCTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCATA
** *
24761 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATT
260 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
* *
24826 TAAAAAATAAATCTATTTAGCAAATAGTTCAAATAGATTTAACTATTTAAATAATTATCTATTTA
325 TAAAAAATAAATCTATTTAGCAAATAGTTCAAAAAGATTTAACTATTTAAACAATTATCTATTTA
* * * * ***
24891 AAGTCGTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAA
390 AAATCATTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAA
*
24956 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
455 AGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
24992 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATGATATTTGTTTTCTCATAAAA
1 AATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATGATATTTATTTTATCATAAAA
* ** *
25057 CAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTGTTTGGA-CAAAAAAATACGAATTTAATAATATTTCAAAA
66 CAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAATACGAATTTAATAATATTCCAAAA
* * * * *
25121 ATTAGT-GAGATTTAAAAAAATATATGTATTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
131 ATTAATAGAGATTT-AAAAAATAAATGTATTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAA
* ** * * * *
25185 ATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTCT-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATA
195 ATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTCTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCATA
* * * * * *
25249 CAAGCTTATTTAGAATAGAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
260 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
* * * * * *
25314 TGAAAAGATAAATTTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAAAAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT-TG
325 T-AAAAAATAAATCTATTTAGC-AAAT-AGTTCAAAAAGATT-TAACTATTTAAACAATTATCT-
* *
25376 ATTTAAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
385 ATTTAAAATCATTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTAT
* *
25440 CCAAAAGAAAATAATAGTACTTTATTATTATTTCAAAAAT
450 CCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
25480 AAGTAAGAGA
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 71, Indels: 14
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
488 88 0.21
489 166 0.40
490 75 0.18
491 82 0.20
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (490 bp):
AATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATGATATTTATTTTATCATAAAA
CAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAATACGAATTTAATAATATTCCAAAA
ATTAATAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAA
TAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTCTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCATAC
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
AAAAAATAAATCTATTTAGCAAATAGTTCAAAAAGATTTAACTATTTAAACAATTATCTATTTAA
AATCATTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAA
GAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
Found at i:26035 original size:357 final size:350
Alignment explanation
Indices: 24992--29471 Score: 1926
Period size: 357 Copynumber: 12.6 Consensus size: 350
24982 TTCAAAAATT
* * * * *
24992 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTCTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
25056 ACAATTGTTTCTGA-TCATAAAAGCTTGTTTGGACA-AAAA-AATACGAATTTAATAATATTTCA
66 ACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* * * *
25118 AAAATTAGT--GAGATTTAAAAAAATATATGTATTTGCC-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
128 AAAAATAGTAAGAGATTT--AAAAATAAAT-TATTTGCCTGAACCAATTCAAAAAGTTAAGACTA
* ** * * * * * * * *
25180 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTCT-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGT
190 TTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA-A
* * * *
25244 TCATACAAGCTTATTTAGAATAGAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
253 TCATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAG
* * *
25309 AGATTT-GAAAAGATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCA
314 AGATTTAG-AAA-ATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * *
25347 AAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * *
25411 AACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATAGTACTTTATTATTATTTCA
65 AACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * * * *
25475 AAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTT-ACTGAA-TAAGTTCAAATAAG-TATGGCC
129 AAAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTA-TTTGCCTGAACCAA-TTCAAA-AAGTTAAGACT
* * * * * *
25537 ATTTGAACAACTATCTATTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTTTC
189 A-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA-T-TATTTC
* * * * * * *
25602 AA-CATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
251 AATCATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAG
* *
25666 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCA
316 ATTTAGAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
** * * * *
25701 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
25766 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAA
*
25831 ATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAATAAATTCATTTGCCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTAT
130 A--AATAG-TAAGAGATTTAAAAATAAATT-ATTTGCCTGAACCAATTCAAAAAGTTAAGACTAT
* * * *
25896 ATAAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACT
191 -TAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAA-T
* * * *
25961 CATACAAGCTTATTCGGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGAGATT
254 CATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATT
* * *
26026 TAGAAAATAATTCTATTTACTAAACTAGTTCA
319 TAGAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * * *
26058 AATACTTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
26123 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATCA
66 ACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AA
** * * * * * *** * * *
26188 AACCAGTAAAAAATGTT----AT-GACTA-TT---TG-AGCAATT-ATTTATTTCAA-ATTGTTA
130 AAATAGTAAGAGAT-TTAAAAATAAATTATTTGCCTGAACCAATTCAAAAAGTT-AAGACTATTA
* * * ** * * ** **
26241 TAAC--TT-T-T-TGTTC-TATT-ATA-AAACAATAGTTTCTGTTCAT-ACAAGCTTATTTGGAT
193 -AACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT-TG-TCATAAAAAAATTATTTCAAT
* *** ** * * * ** * **
26297 --TA-AA--TTAATACCAATTTATTAAAATTTCAA-CAATGAATAAGTCAAAAATTT-T------
254 CATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATA-CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGA
* * * * *
26349 ---A-AAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCA
317 TTTAGAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * *
26379 AATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * ** *
26443 AAAATCATTT-TGGTTCA-AATGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTG
66 ACAATTGTTTCT-ATTCATAA-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-
* * * ** * * *
26506 AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAAC-GAACAAATTTAAATAA-TTATG
127 AAAA--AAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TATTTGCCTGAACCAATTCAAA-AAGTTAAG
* * * * * * * * *
26569 ATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATGATTTTTT
186 ACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATT
* * * * *
26634 TCTATTCATAGAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAA
249 TC-AATCATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATT--
* * * *
26696 TAAGTAAAAGATCTA-ACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
308 T-A-TAAGAGATTTAGA-AAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
** * ** * *
26741 AATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
26805 AACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--A
* * * ** ** * *
26870 CAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATGGTCATGA
128 -AAA-AAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-TTATTTGCCTGAACCAA-TTCAAAAAGTTAAGA
* * * * ** * * * * * *
26933 GTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
187 CTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC
* * * * *
26998 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGT
251 A-ATCATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-T
* * * * * *
27062 AAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTA-TCGAACATGTTCA
311 AAGAGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCA
* * * *
27102 AATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAA
** ** **
27166 AACAATTGGCTCTATTCATGCAAGCTTATTTCTAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCA
65 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-A
* ** * ** * * *
27230 AAAATTAAAAAGGAAAAATTTTAAAAATAAA-TATGGTT-TTTGAA-CACGTTCAAATAGTTGTA
128 AAAAATAGTAA-G--AGA-TTTAAAAATAAATTAT--TTGCCTGAACCA-ATTCAAAAAGTT-AA
* * * ** ** *
27292 -ACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTT
185 GACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATT
** * * * * *
27356 TCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAA
249 TC-AATCATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A
* * * * * **
27421 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTTG
310 -TAAGAGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
** ** * * * *
27463 AATAGTTATGACCGTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATC-TTTTGTTCTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * *
27527 AATAATTGTTTCTTTTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-A
** * * * * * *
27592 AAATTAATAAGTTGGAAATTTTGAAAAAATAAATT-TGTCTACC--AA-AAAGTTTAAATAGTCA
128 AAA--AAT-AGTAAGAGA-TTT--AAAAATAAATTAT-T-TGCCTGAACCAA-TTCAAAAAGTTA
* * * ** ** * * * * * ** *
27653 TGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATAATTATCACATTCTGTTTTATCGTAAAATGATTGT
184 AGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTAT
* * ** *** * * *
27718 TTCTATTAATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
248 TTC-AATCATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATA
* * * * *
27783 AGAGATGTA-AGAATTAAATATGTTTATTGAACCAA-TTCA
312 AGAGATTTAGA-AAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCA
* * * * * * *
27822 AATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTGTCTCAAATCATTATG--ATCTTTGTTTTGTAACAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
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65 AACAATTG-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * * * *
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128 AAAAATAGTAAG--AGATTT-AAAAATAAATTA-TTTGCCTGAACCAATTCAAAAAGTTAAGACT
** * * * * **
28012 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACTATTATTTCAG
189 ATTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA-
* * * *** * * * *
28077 TTCATGCAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAGCA
252 ATCATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT--T-A-TA
* *
28141 AGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCA
312 AGAGATTT--AGAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCA
* * * * * ** *
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1 AATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
28246 AACAATTGTTTC-ATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCA
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* * * * * * * *
28310 AAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTAAAATTGTTT-TCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
128 AAA---AAT-AGTAAGAGATTTAAAAAT-AAATTATTTGCCTGAACCAATTCAAAAAGTTAAGAC
* * * ** * * * * * *
28374 TATTTGAACAA-TATCAATCTCAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAAGTGTTTC
188 TA-TTAAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC
* * * * * *
28437 TAATGATACAAGCTTATTTAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAA-TTAGTGA
251 -AATCATACAAGCTTATTTGGAAT-AGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA-T-A
* * * * *
28500 A-AGATTTTA-AAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCA
312 AGAGA-TTTAGAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * * * * * * * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * *
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* ** * * **
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128 AAA--AAT-AGTAAGAGATTT-AAAA-ATAAATTAT-TTGCCTGAACCAA-TTCAAAAAGTTAAG
* * * * * * *
28730 ACTATTTGAAC-ATTATCGATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
186 ACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
* * * * *** * * * * * * * *
28794 TAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAG
250 CA-ATCATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-
* * *
28859 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAAATAAGTTCA
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* * * * * * ** * * *
28900 AATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * **
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** * * * * * * *
29029 AATTTAATAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-GAACCAAATCAAATAGTTATGACTATT
129 AAAATAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-TTATTTGCCTGAACCAATTCAAAAAGTTAAGACTA-T
* * * * * * * *
29093 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAACAATTATTTCTATTC
191 TAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AATC
* * * * **
29158 ATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTCATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAG
255 ATACAAGCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAG
* ** * * *
29223 ATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTCA
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* * * * * *
29258 AATAATTATGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAAAT-TTTATGAC-TTTTGTTTTATCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * * *
29321 AACAATTACTTCAACTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCA
65 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTT-A
* * * *
29385 AAAATTTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACC-GAACCAATTCAAATAA-TTATA-AT
128 AAAA-ATAGTAAGAGATTTA-AAAATAA-ATTATTTGCCTGAACCAATTCAAA-AAGTTA-AGAC
*
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188 TA-TTAAACAATTATCTATTTCAAAT
29472 CATTATGATA
Statistics
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AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATCATACAA
GCTTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAA
TAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
Found at i:26058 original size:534 final size:534
Alignment explanation
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24995 AGTTATGACT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* *
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** * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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**
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* ** *
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* *
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* * * *
25667 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
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** *
25731 TTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTA-TAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
194 TTTCAAATCATTATAACATTCT-TT-TAGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
25794 TTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-CTAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTT-AAAA-A
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* * * *
25855 TAAATTCATTTGCCTGAACCAA-TTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATCTCAAAT
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** * * ** * *
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* * * *
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** *
26047 AAACT-AGTTCAAATACTTATAACT
511 AAA-TAAGTTCAAATAAGTATAACC
* * * * *
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1 ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-
** * * *
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26184 ATCAAACCAG
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Consensus pattern (534 bp):
ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
AACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATGAGATT
TAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATAACATTCTTTTAGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
ATAAAATAATACAAATTTAGTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAGATAAATT
CATTTACTGAACAAGTTCAAAAAGTTAAGACTATATAAACAATTATTGATCTAAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAAACT
AATTTATTAATATTTAAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATAAGTTC
AAATAAGTATAACC
Found at i:26184 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 24992--26183 Score: 1036
Period size: 177 Copynumber: 6.7 Consensus size: 177
24982 TTCAAAAATT
* * * *
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* * * * * *
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* * * *
25118 AAAA-TTAGT--GAGATTTAAAAAAATATATGTATTTGCCGAACCAGTTCA
129 AAAATTTAGTAAGAGATTTAAAAATA-AT-TCTATTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * * * * *
25166 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTCT-TTTAGTCCTATA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
25230 ATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAGAATAATACAAATTTATTAACATTCCAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* **
25294 AAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAGATAAATT-TGTTTACTGAATAAGTTCA
130 AAATT--T-AGTAAGAGATTT-AAAA-AT-AATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
* *
25347 AAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
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* *** * * * *
25411 AACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATAGTACTTTATTATTATTTCA
65 AACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * **
25475 AAAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAATAAGTTCA
129 AAAATTTAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTCTA-TTTACTGAACCAGTTCA
* * * * ** * *
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1 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *** * * * *
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* * * *
25653 AAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCA
130 AAATTTAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
** * * * * *
25701 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
25766 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
25830 AATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAATAAATTC-ATTTGCCTGAACCAATTCA
131 AATT--TAG-TAAGAGATTTAAAAAT-AATTCTATTT-ACTGAACCAGTTCA
* * * * * * **
25881 AACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *** * * * * * *
25946 ACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCGGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
26011 AATTTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACTAGTTCA
131 AATTTAGTAAGAGATTTA-AAAATAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * *
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* * * * * *
26123 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
26184 ATCAAACCAG
Statistics
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0.78 0.16 0.06
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AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTTAGTAAGAGATTTAAAAATAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
Found at i:26247 original size:140 final size:140
Alignment explanation
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26053 GTTCAAATAC
* * * *
26063 TTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
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* * * * * * *
26128 TGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATCAAACCA
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* * * ** * *
26203 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATCATAAAACAAT
* ** * *
26268 AGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAAAATTT
66 AGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAAAATTT
26324 CAACAATGAA
Statistics
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140 98 1.00
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TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATCATAAAACAAT
AGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAAAATTTATCAAACCA
GTAAAAAATG
Found at i:26900 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 26198--29479 Score: 2409
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 180
26188 AACCAGTAAA
* * * * * * * *
26198 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * *
26262 AACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAAAATTTCAA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * ** * *
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* * * *
26378 AAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * ** *
26442 AAAAATCATTT-TGGTTCAAATGAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTT
66 AACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * * * * * * *
26505 GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAACAAATTT
128 CAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * *
26558 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * **
26623 AATGATTTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-
66 AA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * *
26685 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
129 AA-A-AA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
** * * *
26740 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
26804 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCA
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
26869 ACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATCGAACAAGTTC
130 A-AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * *
26921 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
26986 AACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
66 AACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
27048 TAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTC
129 -AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * *
27101 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
** * * *
27165 AAACAATTGGCTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * * * *** *
27228 CAAAAATTAAAAAGGAA-AAATTTTAAAAATAAATATGGTTT-TTGAACACGTTC
128 CAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * **
27281 AAATAGTTGTAACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * *
27346 ACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
27411 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTT
131 AAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* ** ** * * * * * *
27462 GAATAGTTATGACCGTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTCTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
27527 AATAATTGTTTCTTTTCATACAATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCT
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
** * * * * *
27590 AAAAATTAATAAGTTGGAAATTTTGAAAAAATAAATTTGTCTACCAAA-AAGTTT
129 AAAAA-TAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * ** ** * * * * *
27644 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATAATTATCACATTCTGTTTTATCGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * ** * *
27709 AATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * ** *
27774 AAAT--TAA-TAAGAGATGTAAGAATTAAATATGTTTATTGAACCAA-TTC
131 AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTC
* * * * * * * * *
27821 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTGTCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAACAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
27885 AACAATTGCTTT-TGTTCAT-GAAGCTTACTCA-AAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCT
66 AACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * *
27947 AAAAAATAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAAT-GAGTTTACCAAACCAA-TTT
128 CAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAA-CAAGTTC
* * * * * * *
27998 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
28063 AACTATTATTTCAGTTCATGCAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTCAA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * *
28127 AAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC
130 AAAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * ** *
28181 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATA
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
28245 AAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTC
65 AAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * ** *
28309 AAAATTTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAAT-TGTTTTCTGAACTAGTTC
129 AAAA-ATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * *
28361 AAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCAATCTCAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * *
28424 AAATAAGTGTTTCTAATGATACAAGCTTATTTAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
28488 AACAAT--T-AGTGAA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTC
129 AAAAATAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * * * * *
28537 AAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
28602 AATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
28667 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
131 AAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * *
28719 AAAGAGTTATTACTATTTGAAC-ATTATCGATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
28783 AACAATTATTT-TAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCG
66 AACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
** * *
28847 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTAAATAAGTTC
129 AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * * *
28899 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *** * * * **
28964 AACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTACAAATATTTC-A
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
29028 AAAT-TTAA-TAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAA-ATC
131 AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTC
* * * * * * *
29076 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
29141 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTCATATTTTGA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA
* * * * * *
29206 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTC
130 AAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTC
* * * * * *
29257 AAATAATTATGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAAAT-TTTATGA-CTTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** *** * * *
29320 AAACAATTACTTCAACTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
29384 AAAAAT--TTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCGAACCAA-TTC
129 AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTC
* * * * *
29433 AAATAATTATAATTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
29480 TACCAGACTG
Statistics
Matches: 2445, Mismatches: 556, Indels: 206
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 48 0.02
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177 317 0.13
178 58 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
Found at i:28589 original size:539 final size:534
Alignment explanation
Indices: 26198--29480 Score: 2299
Period size: 539 Copynumber: 6.1 Consensus size: 534
26188 AACCAGTAAA
* * * ** * * * * *
26198 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAA
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* * * * * * *
26262 AACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAAAATTTCAA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTC--
* * * * ** * * * *
26327 CAATGAATAAGTCAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGAT
127 CAA-AAATTAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * ** ** **
26391 TGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTTG
190 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTGTTTCA
* ** * * * * **
26455 GTTCAAATGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTA
255 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCTAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * *
26520 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAACAAATTTAAATA--ATTATGATTATTTGAACAAT
319 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTATT-TGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
26583 TATCTATTTGAAA-TTGCTATAACCTTTTG-TTTAGTTATAAAATGATTTTTTTC-TATTCATAG
383 TATCTATTTAAAACAT--TATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAA-CAATTGTTTCAT-TTCATAA
* *** *
26645 AAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGA
443 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-AAGAGA
* * **** *
26707 TCTAACAAATAAATCTAT-TTACCAAACAAGTTC
504 T-TTA-AAATAAA-ATATGTTTTTGAACTAGTTC
** * * ** * *
26740 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATA
* * * * *
26804 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTC
64 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGA-TAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTC
* ** * * * * * *
26868 AACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGA
127 --CAAA-AATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
26933 GTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
189 CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTGTTTC
* *
26998 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGT
254 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCTAAAAATTAATAAGC
* * * * * * *
27062 AAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTCAAATAGT-TATGACTATCTAAACAAT
318 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTATTTGACTATTTGAACAAT
* * ** **
27126 TATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTC-TATTCATGCAA
383 TATCTATTT-AAAACATTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAA
* * *
27189 GCTTATTTC-TAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGGAA-AAATTT
445 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAGAGA-TT
27251 TAAAA-ATAAATATGGTTTTTGAAC-ACGTTC
506 TAAAATA-AAATAT-GTTTTTGAACTA-GTTC
* * * * * ** * **
27281 AAATAGTTGTAACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
27346 ACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGA-ATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
* * * **
27410 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTTGAATAGTTATGAC
129 AAAA-T--T-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
** * * * *
27475 CGTTCA-AATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTCT-GTCATAAAA-TAATTGTT
190 TATT-AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACT-ATTGTT
** ** *
27537 TCTTTTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAA
252 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCTAAAAATTAATAA
*** * * * * * * *
27602 GTTGGAAATTTTGAAAAAATAAATTTGTCTACCAAA-AAGTTTAAATAGTCA--TGTCTATTTGA
316 GCAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGT-ATTTGACTATTTGA
** * * * ** *
27664 ATTATTATCTATTTCAAATA-ATTATCACATTCTGTTTTATCGTAAAATGATTGTTTC-TATTAA
378 ACAATTATCTATTT-AAA-ACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCA
* *
27727 TACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT---AAGAGA
440 TA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGA
* * * *
27788 TGTAAGAATTAAATATGTTTATTGAACCAATTC
504 TTTAA-AATAAAATATGTTT-TTGAACTAGTTC
* * * * * *
27821 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTGTCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTAACAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
27886 ACAATTGCTTT-TGTTCAT-GAAGCTTACTCAAAGT-AAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
66 ACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGA-TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
* * * * *
27948 AAAAATAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATG-AGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTAAGACT
129 AAAATTAGT-A-AAAGATTTAAAAAATAAATGTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
28012 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACTATTATTTCAG
191 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTGTTTCAG
* * ** * * *
28077 TTCATGCAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATGAGCAA
256 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTCTAAAAATTAATAAGCAA
28142 GAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACAAT
320 GAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTATTTGACTATTTGAACAAT
* * ** *
28206 TATCTATTTAAAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAATC
383 TATCTATTTAAAA-CATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAGC
* * *
28271 TTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
447 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAA
28336 CTAAAAT-TGTTTTCTGAACTAGTTC
511 -TAAAATATGTTTT-TGAACTAGTTC
* *
28361 AAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCAATCTCAAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC-AAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAA
* * ** *
28425 AATAAGTGTTTCTAATGATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
* * * * * *
28490 CAATTAGTGAAAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATTA
130 AAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTA
* * *
28555 GAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAA-TAATTGTTTCAGTTC
195 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACT-ATTGTTTCAGTTC
* * *
28619 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAG
259 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTCTAAAAATTAATAAGCAAGAG
* * * *
28684 ATTTGAAAATATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGT-TATT-ACTATTTGAAC-ATTA
323 ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTAT-TTGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
28745 TCGATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCACAAAAGCTT
385 TCTATTTAAAA-CATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAGCTT
* * * * * * * *
28810 ATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
449 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAATA
* *
28875 TAAATCA-GTTTACT-AAATAAGTTC
513 -AAAT-ATGTTT-TTGAACT-AGTTC
* * * * * * * ** * * *
28899 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAA
* *** * * *
28964 AACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTA-AAATAAAATAATATTAATTTACA-AATATTTC
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTA-ATAATATTCC
* * * * * * * **
29027 AAAATTTAATAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAAATCAAATAGTTATGACTAT
128 AAAAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * * * * *
29092 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTA-TAATAAAACAATTATTTCTA-
193 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACTATTGTTTC-AG
* * * *
29155 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTCATATTT-TGAAAATTAATAA-CT
256 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-TTA-ATTTCTAAAAATTAATAAGC-
* * * *
29218 AAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTCAAATA--ATTATGACTATATGAACA
318 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTATT-TGACTATTTGAACA
* * ** ** ** *
29280 ATTATTTATCTCAAAATTTTATGAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTACTTCAACTCATACAA
381 ATTATCTAT-TTAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAA
* * *
29344 GCTTATTCAAAATAAAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-ATAAGAGATTTAG
445 GCTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTA-
* * *
29405 AAA-ATAAT-T-TTATTTACCGAACCAATTC
508 AAATAAAATATGTT-TTT---GAACTAGTTC
* * * * *
29433 AAATAATTATAATTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAT
29481 ACCAGACTGT
Statistics
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0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
531 3 0.00
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533 3 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
AATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAG
AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTGTTTCAGTTCAT
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTATTTGACTATTTGAACAATTATCTATT
TAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAATAAAATATGT
TTTTGAACTAGTTC
Found at i:30045 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 30025--30056 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
30015 CATTATTCAA
30025 CTTC-TTGTGAG-TTTT
1 CTTCTTTGTGAGCTTTT
30040 CTTCTTTGTGAGCTTTT
1 CTTCTTTGTGAGCTTTT
30057 TCTATTTGTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.06, C:0.16, G:0.19, T:0.59
Consensus pattern (17 bp):
CTTCTTTGTGAGCTTTT
Found at i:31900 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 31552--32631 Score: 819
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 179
31542 AGATAATTGT
* * * * * *
31552 TGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
31617 C-TGATTTGGAAAACACATTTA-TTTTTAAA--TC--CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAAT
66 CTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAAT
* * *** ** *
31676 TGGTATTGTTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
129 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
31727 TGACAAAATAAAATATCACAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
31792 CTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTAGAATAATAATAAAT
66 CTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATT-AATTTTAGAATATTAATAAAT
*
31857 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
129 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
31908 TAACAAAACAAAAGATCGTAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
31973 CTTG-CTCGATAAACAGATTTATTATTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAA
66 CTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAA
* * * *
32037 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATAAACAG-AACAATTGGGTTTA
128 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTA
* * *
32089 TAAGCAAAAC-AAA-TTGCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
1 TGA-CAAAACAAAAGAT-CATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
32151 AACATGTTAAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTGACTTATTAATTTTTGGAGTTTTTAATA
64 AACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAA-TTTTAGA-ATATTAATA
* * * * * * * *
32215 CATTTATTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATG-ATAGAACCAATTATTTGA
126 -AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
32269 TGACAAAACAATAG-TCATAAC-GTTTGAAATAGATAATTA-TTTAGATAGTCATAACTATTTAA
1 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * * * *
32331 ACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTACTCATTAATTTTGGTATATTAATAAAT
65 ACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * *
32396 TAGAATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAATAATTGTTTTA
129 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * ** * * * * *
32446 TTACAAAACAGAAGGTCACAATGATTTGAGATAGATAATTA-TTCATA-AGTAATGA-TATTTTC
1 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTG
* * * *
32508 AAGCTTTGTTTCGTAAACATATTTATTTTTT-AATCTTTACTTATTTATTATT-GAAATAGTTAA
64 AA-C-TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATT-TTAG-AATA-TTAA
* * * * *
32571 TAAATTAATA-TATTTTA-ACTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAGGAC-ATTGTTTTA
124 TAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAACTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTA
32625 TG-CAAAA
1 TGACAAAA
32632 AAGAGTCCAT
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 143, Indels: 73
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
Found at i:32277 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 31749--32417 Score: 847
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 357
31739 ATATCACAAC
* * * * *
31749 AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTAT
1 AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACATGTTAAGAAAACAAATTTAT
*
31814 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
66 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATA
* * * * *
31879 AACTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCGTAACGATTTGAAATATAT
131 AACTAGCATGAATAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAG-TCATAACG-TTTGAAATAGAT
* * * * * *
31944 AATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAACTTGCTCGATAAACAGATTTATTATTTAAATTTTTT
194 AATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAACAGATTCATTATTTAAATTCTCT
* *
32009 ACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATAAACA
259 ACTCATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCCAAATAAACTTCTATAAACA
32074 GAACAATTGGGTTTATAAGCAAAACAAATTGCATAA
322 GAACAATTGGGTTTATAAGCAAAACAAATTGCATAA
* * *
32110 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTAAGAAAACATATTTAT
1 AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACATGTTAAGAAAACAAATTTAT
* * * * * ** * *
32175 TTTTTAAAT-TTTGACTTATTAATTTTTGGAGTTTTTAATACATTTATTATTATTTTATTCAAAA
66 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTAGA-ATAATAATA-AATTAGTATTATTTTATTCAAAA
* * * * *
32239 TAAGCTTGCATG-ATAGAACCAATTATTTGATGACAAAACAATAGTCATAACGTTTGAAATAGAT
129 TAAACTAGCATGAATAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAGTCATAACGTTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
32303 AATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCT
194 AATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAACAGATTCATTATTTAAATTCTCT
** *
32368 ACTCATTAATTTTGGTATATTAATAAATTAGAATTATTTATTTCAAATAA
259 ACTCATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCCAAATAA
32418 GCTTATATTA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 47, Indels: 8
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACATGTTAAGAAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATA
AACTAGCATGAATAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAGTCATAACGTTTGAAATAGATAA
TTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAACAGATTCATTATTTAAATTCTCTAC
TCATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCCAAATAAACTTCTATAAACAGAAC
AATTGGGTTTATAAGCAAAACAAATTGCATAA
Found at i:33265 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 32983--33327 Score: 417
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
32973 AAAGTAATGT
* * * * * ** *
32983 TAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATCTGTTGGCTTAACC
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATGAATCTATTGACAGAACA
* * * * * *
33048 AGTACAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
66 AGTACAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATAACCTTTTGTATTGT
* *
33113 CACAAAA-TAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAACATAATTC
131 CACAAAACAAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAACATAATTC
* * *
33164 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATTAGTAAAATATTTA-AAAATGAATCTATTTACAGAAC
1 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATGAATCTATTGACAGAAC
* * * **
33227 AAGTACAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTG
65 AAGTACAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATAACCTTTTGTATTG
* *
33292 TCATAAAACAAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATT
130 TCACAAAACAAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATT
33328 TCAAATTTGT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 26, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 97 0.71
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATGAATCTATTGACAGAACA
AGTACAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATAACCTTTTGTATTGT
CACAAAACAAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAACATAATTC
Found at i:33800 original size:482 final size:489
Alignment explanation
Indices: 32875--33810 Score: 1126
Period size: 482 Copynumber: 1.9 Consensus size: 489
32865 TTATTAAACT
*
32875 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAGATGCGTTATGAGCATTTGTTTTATCATAGAATATAAGTTA
1 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAGATGCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAGAATATAAGTTA
* * * *
32940 TTTTTTTGTGTTTATACAATCTTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTTAAAA
66 --TTTTTGTCTTTATACAAGCTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTTAAAA
* * ** * * * * * * * *
33005 TTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATCTGTTGGCTTAACCAGTACAAATAATTATGATTGTT
129 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTAGCTGAACAAGTACAAATAATAATAACTCTT
*** * **
33070 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTGTTC
194 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGAGGTGTCACAAAATAATTGTATCAATTC
* * * * *
33135 ATACAAGCTTATTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAT
259 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAG
* *
33200 ATTTAAAAATGAATCTATTTACAGAACAAGTACAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTAT
324 ATTTAAAAATGAATCTATTTACAGAACAAGTACAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATAT
** * *
33265 TTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC
389 TTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
33330 AAATTTGTTTATCGAATAATTTCAAATCGATATGAC
454 AAATTTGTTTATCGAATAATTTCAAATCGATATGAC
* * *
33366 TATTTGAATAATTATTTATTTCAA-AT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-ATAA-TTA
1 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAGATGCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAGAATATAAGTTA
* * *
33426 -TTTT-TCTTTATACTAGC-TTATT-TGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTGACAA
66 TTTTTGTCTTTATACAAGCTTTATTCAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTT-AAAA
* * * *
33486 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAGATAGTAATAACTCT
129 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTAGCTGAACAAGTACAAATAATAATAACTCT
* * * * *
33550 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGAGGTGTCATAAAATGATTGTATCAAT
193 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGAGGTGTCACAAAATAATTGTATCAAT
* * * *
33615 TCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAG
257 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAA
* * *
33680 AGATTTAAAAAATGAATTTATTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
322 AGATTT-AAAAATGAATCTATTTA-CAGAACAAGTACAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
* * * * * * *
33744 ATATTTTAAATCATTATGA-TTTTTTTTTTGCCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
385 ATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAAATT-TTTCTATTCATACAAGCTT
33807 ATTT
449 ATTT
33811 TGAATAAAAT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 63, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
480 5 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (489 bp):
TATTTGAATAATTATTTATTTCAAGATGCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAGAATATAAGTTA
TTTTTGTCTTTATACAAGCTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTTAAAATT
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTAGCTGAACAAGTACAAATAATAATAACTCTTTG
AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGAGGTGTCACAAAATAATTGTATCAATTCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAGAT
TTAAAAATGAATCTATTTACAGAACAAGTACAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTT
CAAATCACTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
ATTTGTTTATCGAATAATTTCAAATCGATATGAC
Found at i:34115 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 33350--35883 Score: 1172
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 180
33340 ATCGAATAAT
* * * * **
33350 TTCAAATCGATATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** * * *
33415 TAAAATAATTATTTTTCTTTATACTAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * *
33480 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCCAACAAG
* * * * * * ***
33531 TTCAGATAGTAATAACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGAGGTGTC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * * * *
33596 ATAAAATGATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
33661 TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTACCAAACAAG
130 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCC-AACAAG
* * * * * *
33713 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGA-TTTTTTTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * **
33777 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-GTAAATTTGCTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *
33840 TCCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAACCTATTTTCTGAATACA-
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTC-CAACA-AG
* *** * * * *
33892 TTCAAATAATTATGGTTATTCGAACACTTATTTATATCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
33957 TAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTCAA-ATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATT
* * * **
34021 TCAAAAATTAGTAAGTAAAAGA-TTAAAGAAATAAATCTGTTTGCCAAGTGAG
130 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTTCCAA-CAAG
* * **
34073 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
34138 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTC-AGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * ** * *
34201 TTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACCAT
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCCAACAAG
* * * *** * *
34250 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATTATC-TTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
34314 TAAAACAATTGTTTCT-GTCTATACAAA-CTTATTC-AAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA
66 TAAAACAATTGTTTCTATTC-ATA-AAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
34376 TTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAA-ATTAG
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAACA--AG
* ** * * * *
34430 TTCAAATAGTTA-AGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTT
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
34493 ATAAAATAGTTGTTT-TATTTCA-ATCATGCTTATTCGAAATCAAAGAATACTATTTTATTAACA
65 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
34556 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAGGAA-TTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAG
128 TTTC-AAAAATTAATAAGTAA--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCC-AACAAG
* * * ** * ***
34611 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA-TCATTTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTAAA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
34675 ATAAAAGAATTGTTTC-ATTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * **** * *
34739 TTCAAAAATTAAGAA--ATAATATTT-CTTTATTAA--TA-TTT-CAA-AAA
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAACAAG
* * * *** * * * * * **
34783 TTGAGAAGTTGGAGATTAAAAACATAAATT-AGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATG-GTTA
1 TTCA-AA--T--AG-TT-ATAAC-T-ATTTGA-ACAAT-TATTTATTTCAAATCATTATGACCT-
** * * * * * *
34846 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTC
54 TTTG---TTTTGTC-A--T-AAAACA-ATTG----TTT-CTAT-TCATAAAAGC-----TTATTC
* * * ** * * ** ** *
34910 -AATATACAAGCCT-ATTCAGAATAAAATAATA-CT-AACTTATTAATATTTCAAAA-A-TTAAT
100 GAA-ATA-AA--ATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAA
* * * ** *
34969 AAGTAGGAGATTGTTTGTTTATTAAACCAAC
158 AAATA--A-A---TCTATTT-TCCAA-CAAG
* * * * * * *
35000 TT-AAATAATTATGACTATTTTAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAACCATTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
35064 TAAAACACTTATTTATATTCATACAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTA
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * ** *
35129 T-TAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTTTTTATTGAACCAG
130 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCCAACAAG
** * * ** * *
35180 TTCAAATAGTTA-AGGA-TATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCATTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATA--ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
35243 CGTAAAAAAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * *
35307 TTTTGAAAATTAATAAG----AGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAG
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCC-AACAAG
* * * * * *
35357 TTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGACCATTTGTTTTGTCT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * ** *
35422 TAAAACAATTATTTCAATTGAT-ATAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAAT-GT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * ** *
35485 TCTAAAAATTAACAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATTTGTTGACCTAACCAG
130 TC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCC-AACAAG
* * ** * * *
35538 TGCAAATAGTTATGACTAACTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
35603 CAAAACAATTGTTTATATTTATACAAGCTTATTGGGAATAACATAA-ATCTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT
* * * * * *
35667 CCAAAAATTAATAAAG-AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACAAG
130 TCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCCAACAAG
* ** **** *
35719 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATTGCCATCACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
35784 TAAAATAATTTTTTCTATTCCTACAAGCTTATTTC-AATTAAACTAACACAAATTTATT-ATCA-
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT
*
35846 TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
129 TTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
35884 ATGTTTACTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAACAAG
Found at i:34484 original size:537 final size:533
Alignment explanation
Indices: 33363--34751 Score: 1353
Period size: 537 Copynumber: 2.6 Consensus size: 533
33353 AAATCGATAT
* *
33363 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
1 GACTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GT
* * * * * * * ** *
33428 TTTCTTTATACTAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA
64 TTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
33493 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAGATAGTAATAACTCTTTGAATAA
129 GTAAAAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA
* *** ** * * *
33558 TTATCTATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGAGGTGTCATAAAATGATTGTATCAATTCATATAG
192 TTATTTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAA
** * * *
33623 GCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTA
255 AATTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--AGTAAGAGATTTA
* * * *
33687 AAAAATGAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTA
316 AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATCTCA
* * * * **
33752 AATCATTATGATTTTTTTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATA
381 AATCAGTATGATCTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTCAAATA
* ** *
33817 AAATAATGTAAATTTGCTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACCTATTT
446 AAATAATGTAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACCTATTT
* ** *
33882 TCTGAATACATTCAAATAATTAT
511 GCCAAATACATTCAAATAATTAA
** * * ** * **
33905 GGTTATTCGAACACTTATTTATATCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAACCAATTGCT
1 GACTATT-GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-T
* * *
33970 TCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTCAA-ATTTCAAAAATTAGTA
64 TTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AACATTTCAAAAATTAATA
* * ** *
34034 AGTAAAAGATTAAAGAAATAAATCTGTTTGCCAAGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATA
128 AGTAAAAGATTAAA-AAATAAATATGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA
*
34099 ATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
191 ATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAA
* **
34164 AATTATTCAGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAA
255 AATTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * *** * * * *
34228 CTAAATCTGTTTATTGAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATT
320 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATCTCAAATC
* * *
34293 GGTATTATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TCTATACAAACTTA-TTCAAAGTAAA
385 AGTATGATCTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-ATACAAACTTATTTCAAA-TAAA
* ** * * **
34356 ATATTGCTAAA-CTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTT
448 ATAATG-TAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAACCTATTT
* *
34420 GCCAAATTA-GTTCAAATAGTTAA
511 GCCAAA-TACATTCAAATAATTAA
* * * * * *
34443 GACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAGTTGTTT
1 GACTATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * *
34508 TATTTCA-ATCATGCTTATTCGAAATCAAAGAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATA
66 TA-TTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATA
* ** * *
34571 AGCAAGGAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
128 AGTAA--AAGATTAAAAAATAAATATGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
* * ** * * *** *
34636 AATTA-TCATTTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTAAAATAAAAGAATTGTTTCATT--TCAC
190 AATTATTTA-TTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCAT-AC
* * *
34698 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
253 AAAA--TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
34752 AAATAATATT
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 138, Indels: 49
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 1 0.00
536 22 0.03
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543 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
GACTATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTAAAAAATAAATATGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
TTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAAATTAT
TCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATCTCAAATCAGTATG
ATCTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATGTA
AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACCTATTTGCCAAATACA
TTCAAATAATTAA
Found at i:34756 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 34716--34789 Score: 130
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
34706 ATCCAAAATA
34716 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
1 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
* *
34752 AAATAATATTTCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAG
1 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
34788 AA
1 AA
34790 GTTGGAGATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (36 bp):
AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
Found at i:35127 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 34831--35151 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
34821 GAATCAGTTC
** * * *
34831 AAATAATTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATAA
* * *
34896 AACAATTGTTTTTCAATATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATT-TCA
66 AACAATTATTTATCAATATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTAT-A
*
34960 AAAATTAATAAGTAGGAGATTGTTTGTTTATTAAACCAACTT
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTGTTTGTTTATTAAACCAACTT
* *
35002 AAATAATTATGACTATTTTAACAATTATATATTTCAAGTCATTAT-AACCATTTGTTTTGTCATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAA-CATTTGTTTTGTCATA
* * * *
35066 AAACACTTATTTAT-ATTCATACAAGCTTCTTC-GAAATAAAATAATACTAA-TCTAATAATATT
65 AAACAATTATTTATCAAT-ATACAAGCCTATTCAG-AATAAAATAATACTAACT-TAATAATATT
* *
35128 ATTAAAATTAATAATTAAGAGATT
127 ATAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
35152 TGAAAAATAA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 17, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
170 6 0.05
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATAA
AACAATTATTTATCAATATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTATAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTGTTTGTTTATTAAACCAACTT
Found at i:35569 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 34794--35816 Score: 941
Period size: 358 Copynumber: 2.9 Consensus size: 357
34784 TGAGAAGTTG
* * * * * * * *
34794 GAGA-TTAAAAACATAAATTAGTTTA-TCGAATCAGTTCAAATAATTATGGTTATTTGAACAATT
1 GAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTGACT-GAACCAGTGCAAATAGTTAAGGATATATGAACAATT
* * * *
34857 ATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAATATACAAGCC
64 ATCTATTTCAAATCATTATGCA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-TTATACAAGCT
* * * *
34922 TATTCAGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAG-G-----AGAT-
127 TATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGTTAAAAAATA
** * * * *
34980 TGTTTGTTTATTAAACCAACTT-AAATAATTATGACTATTTTAACAATTATATATTTCAAGTCAT
192 AATTTGTTTATCAAACC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCAT
* *
35044 TATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACACTTATTTATATTCATACAAGCTTCTTCGAAATAAAATA
256 TATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * *
35109 ATACTAATCTAATAATATTATTAAAATTAATAATTAA
321 ATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAACAAGTAA
* * * * * * *
35146 GAGATTTGAAAAATAAATTTTTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGATATAAGAATAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGACTGAACCAGTGCAAATAGTTAAGGATATATGAACAATTAT
** * * * * *
35211 CTATTTCAAATTGTTATGTCATTTTGTTTTGTCGTAAAAAAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTA
66 CTATTTCAAATCATTATG-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTT-ATACAAGCTTA
**
35276 TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGAGTTAAAAAATAAA
129 TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGTTAAAAAATAAA
* * * * *
35340 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATA-TCATTA
194 TTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCA-AGTCATTA
* * * * * * *
35404 TGACCATTTGTTTTGTCTTAAAACAATTATTTCA-ATTGATA-TAGTCTTATTTGGAATAAAGTA
258 TAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATA
** * * * *
35467 ATGTTAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAACAAGTAA
321 ATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAACAAGTAA
* * *
35504 TAGATTTAAAAAATGAATTTGTTGACCT-AACCAGTGCAAATAGTT-ATGACTA-ACTGAACAAT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGA-CTGAACCAGTGCAAATAGTTAAGGA-TATA-TGAACAAT
* * * *
35566 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTATAT-TTATACAAG
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** * *
35630 CTTATTGGGAATAACATAA-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAGAAGAGATTTAA
125 CTTATTCAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAAGAG--TTAA
* * * * *
35694 AAACTAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAA
186 AAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAA
* **** * * * * * *
35759 ATTGCCATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCCTACAAGCTTATT
251 GTCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATT
35817 TCAATTAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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363 2 0.00
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Consensus pattern (357 bp):
GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGACTGAACCAGTGCAAATAGTTAAGGATATATGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTATACAAGCTTATT
CAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGTTAAAAAATAAATT
TGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAA
CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
AATCTAATAATATTATAAAAATTAACAAGTAA
Found at i:36488 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 35936--36994 Score: 875
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 177
35926 GACTGTTAAC
* * * * * * * * *
35936 GATTTGAAATATAT-ATTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGCTTAGTAAATAAAATTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTAT
* * * * *
36000 TTTTTAAATCTCTTA-TAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTGTTTTATTCCAAATAAAC
66 TTTTTAAATCTCTTACT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * *
36064 TTGTATGAGCTA-AAAAAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACT
130 TTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-T
* * * * * * *
36113 -ATTTTAAATAGATAATTGTTCATATCGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGGAAAT-GACTTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGA-TTTA
* * * *
36176 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
65 TTTTTTAAATCTCTTA---CT-AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * * * *
36240 TAAACTTGT-TGGAACAAAAATAATTGATTTATGATAGAACTAAATGTTATAAC
125 TAAGCTTGTAT-GAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
36293 AATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATTGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTAT
* * **
36358 TTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT
66 TTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
*** * ** *
36423 TGTATGTTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAAT
131 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
36470 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAATTA-ATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAA-TAGATTTA
* * ****
36534 TTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGAT
65 TTTTTT-AA-ATC-T-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * ** *
36599 AAGTTTTTATGTACTA-AAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAAATTCACAAT
126 AAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** * *
36651 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAATATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAGTAAATAGATTTA
* * **
36715 TTTTTTGAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
65 TTTTTT-AAATCTCTTACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * ** * *
36779 GCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAATCTTAGAAT
128 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * ** * * ** * * * *
36829 GATTTGAAATAGATAA-TATACTAATAGTTTTAACCATTTAAACTAATTCAGCAAACACATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTAT
*
36893 TTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGC
66 TTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGC
* * * * *
36957 ATATATGATCAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAA
130 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
36995 GATCATAGCA
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 140, Indels: 53
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
Found at i:36893 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 35965--36943 Score: 915
Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 355
35955 TCAAATAGTT
* * * * *
35965 ATAATTATTTGAACTGGCTTAGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTATAAAATTTTGAAATA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-AATTTTTGAAATA
* * * * * * * *
36030 TTAACAAATTAGTTTTGTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAGCTAAAAAAATTGTTTTATGATA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATA
* * * * ** * *
36095 AAAGAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAGATAATTGTTCATATCGTCTTAACTATTTGAATTGG
130 AAACAAAA--TCTTAAATGATTTGAAATAGATAATTACT-A-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGA
* * * *
36159 TTCAGGAAATGAC-TTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATT
191 TTCAGCAAATCACATTTATTTTTTAAATATCTT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATT
* * *
36221 AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTTGGAACAAAAATAATTGATTTATGATAGAACTAAATG
254 AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTTGGAACAAAAAGAATTGATTTATGATAAAACAAAATG
* * ***
36286 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATTGTC
319 TCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAACC
* * * * *
36323 ATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAAT
1 ATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTTTTGAAAT
* * **** *
36387 ATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAGAAACAATTGTTTTATGAC
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT
** ** * * * * * * * *
36452 AAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA
129 AAAACAAAATCTTA-AATGATTTGAAATAGATAA-T-TACTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGA
** * * * *
36517 TTTGGTAAATTA-ATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAG
191 TTCAGCAAATCACATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
* * * * * * * *
36581 TATTATTTTATTTTGGAT-AAGTTTTTATGTACTAAAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAT-
256 TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTT-GGAACAAAAAGAATTGATTTATGATAAAAC-AAAATG
** * *
36644 TCACAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAACC
319 TCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAACC
*
36681 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTGAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TAA-TTTTTGAAA
* * * *
36745 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAA
63 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
36810 TAAAACAAAATCTTAGAATGATTTGAAATAGATAATATACTAATAGTTTTAACCATTTAAACTAA
128 TAAAACAAAATCTTA-AATGATTTGAAATAGATAAT-TACTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGA
*
36875 TTCAGCAAA-CACATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
191 TTCAGCAAATCACATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
36935 TATTATTTT
256 TATTATTTT
36944 TATCCAAATA
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 112, Indels: 34
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
354 37 0.07
355 1 0.00
356 4 0.01
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360 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (355 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAA
AACAAAATCTTAAATGATTTGAAATAGATAATTACTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCAG
CAAATCACATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAACTTGTTGGAACAAAAAGAATTGATTTATGATAAAACAAAATGTCACAAC
AATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAACC
Found at i:37977 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 37953--38002 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
37943 TGGTTCAAGG
37953 GGGTGATCAATCCCCTCCCT-A
1 GGGTGATCAATCCCCTCCCTAA
** *
37974 GGGTGATTGATCCCTTCCCTAA
1 GGGTGATCAATCCCCTCCCTAA
37996 GGG-GATC
1 GGGTGATC
38003 TATCTTGTCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 2
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 20 0.83
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Consensus pattern (22 bp):
GGGTGATCAATCCCCTCCCTAA
Found at i:39526 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 39134--40592 Score: 1083
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 180
39124 ATAATTATCC
* *
39134 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTC-AGTTAACAT-AAGCTTA
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TT--CATCAAGCTTA
* **
39197 TTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATGAG-TAAGAGAACTAGAAA
63 TTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAA-AGATTTA-AAA
* * * * *
39259 AATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATCTGAACAATTATCT
125 AATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * * *
39315 ATTTAAAAACATCATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATCCAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTATTCAT-CAAGCTTAT
* * * *
39379 TTCGAATAAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCCAAA-ATTTAAAAAAT
64 TTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAAAGATTTAAAAAAT
* * *
39442 AAATTTTTTTACTGAACACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTT
128 AAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * *
39495 ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-CAAGCTTATT
* * *
39560 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAA
65 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAAAGATTTAAAAAATAA
* * *
39625 ATCTT-TTTAC-CAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
130 AT-TTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * *
39676 ATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGCTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TATAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-CAAGCT-TAT
* * * * * * *
39740 TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTACTAAGTTAGAGATTTAAAGAATG
64 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
39805 AATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCACGTCTATTTGAACTATCATCT
129 AATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
** * * * * *
39857 ATTTTGAACCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATTATTCATAATAATTGGTA
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT---A-AA-A-C-A--A-T--T-GT--TT-CTA
** * * * * *
39922 TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAAATTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA--TA
50 TTCAT-CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCTA
* * * * * * *
39982 AAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTA-TGGAACAATTAT
114 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
*
40046 AT
179 TT
* * * * * *
40048 ATTTCAAAT-GTTTTGA-CTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAATGT-ATACATGCTTA-
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCAT-CAAGCTTAT
* * * * *
40109 TT-CAA-AAAAAAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGC--AAGAACTTAAAAAA
64 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGCTAAAG-A-TTTAAAAA
* * * *
40169 ATAAATCTGTTTAC-CAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
126 ATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* ** * ** * *
40223 ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTC-AGTACATAAAAGCTTA
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-CAAGCTTA
**** * * * * * * *
40287 TCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT
63 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAAAGATTTAAAAAAT
** * * * * * * * *
40351 AAATTAATTTATTGAATTAA-TTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATAATTATCT
128 AAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * * * *
40404 ATTTTAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAT-CAAGCTTAT
* ** * ** * *
40467 TTGGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATGTAAAAAATT
64 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAAAGATTTAAAAAATA
* * * * *
40532 GATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT
129 AATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
40584 ATTTCAAAT
1 ATTTCAAAT
40593 TGTTATAAGC
Statistics
Matches: 1008, Mismatches: 210, Indels: 121
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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173 16 0.02
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198 1 0.00
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ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCAAGCTTATTT
GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAAAGATTTAAAAAATAAA
TTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
Found at i:40741 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 40682--40767 Score: 113
Period size: 37 Copynumber: 2.3 Consensus size: 38
40672 CACATTTTTT
* * *
40682 TTTATCTTTATTTTTGTATTTTATATTTATATTTTAT-A
1 TTTATTTTTATTTTTATATTTTATATATATATTTT-TCA
*
40720 TTTATTTTTATTTTTAT-TTTTATATATATATTTTTCT
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Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATTTTTATTTTTATATTTTATATATATATTTTTCA
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Alignment explanation
Indices: 40676--40767 Score: 80
Period size: 6 Copynumber: 15.0 Consensus size: 6
40666 GGTAAGCACA
* * * *
40676 TTTT-T TTTTAT CTTTAT TTTTGT ATTTTAT ATTTAT ATTTTAT ATTTAT
1 TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT -TTTTAT TTTTAT -TTTTAT TTTTAT
* *
40725 TTTTAT TTTTAT TTTTAT ATATATAT TTTT-C TTTTAT TTTTAT
1 TTTTAT TTTTAT TTTTAT -T-TTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT
40768 CTTATGTATT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 12, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTAT
Found at i:41496 original size:21 final size:21
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Indices: 41471--41578 Score: 76
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41461 TTTTTTTTTC
*
41471 ATTATTTATTTATTTATTGTT
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*
41492 ATTATTATATCAAAAATTATTTAATATT
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*
41520 TTTATTTTATTTATTT-TTATT
1 ATTA-TTTATTTATTTATTATT
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Statistics
Matches: 70, Mismatches: 5, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
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ATTATTTATTTATTTATTATT
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*
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1 TTTATTTTA
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*
41571 TTTTATTTTT
1 -TTTATTTTA
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1 TTTA
41585 AATAAAATTA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATTTTA
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Indices: 41520--41578 Score: 61
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*
41520 TTTA TTTTA TTTA -TT- TTTA TTCA -TTA TTTA TTTA TTTA TTTTA TTTA
1 TTTA -TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA -TTTA TTTA
41567 TTTA TTTTA TTT
1 TTTA -TTTA TTT
41579 TTTTTAAATA
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TTTA
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41509 TATTTAATAT
41519 TTTTATTTTATTTA
1 TTTTA-TTTATTTA
*
41533 TTTTTATTCA-TTA
1 -TTTTATTTATTTA
41546 -TTTATTTATTTA
1 TTTTATTTATTTA
41558 TTTTATTTATTTA
1 TTTTATTTATTTA
41571 TTTTATTT
1 TTTTATTT
41579 TTTTTAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
11 7 0.17
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TTTTATTTATTTA
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*
41676 ATAAATTTTCTAAAA
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1 ATAAATTTTCAAAAA
41706 A
1 A
41707 AAGGTTTTGA
Statistics
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ATAAATTTTCAAAAA
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41586 ATAAAATTAT
* * * **
41596 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAAGCTTCCAAAAAATATT
1 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCAAAAATAAAAGCTTCCAAAAAAAAGG
* * * *
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44576 NNNNNNNNNN
* * * **
44586 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAG-TCAG--GCCAATAGTTTCATTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAA-A-TTT-ATT-T
* * * * *
44648 TTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTC-CAAATCAG
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* * ** * *
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126 ACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * *
44766 AAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAA
* * * * *
44831 ATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAAACAAACTTA
66 ATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAACTTG
* * * *
44896 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
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* * * * *
44947 AAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTTTTTGAACTGG-TTAGGCAAACATAATTGT-TTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTA-GTAAACA-AATT-TATTTT
* * * * * * *
45010 TAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATTAATTTGTTTTATTTTATTCT--GATCAT
63 TAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAT-AA
* ** * * * * * *
45072 GCTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
126 ACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * * * * * *
45128 AAATA-AAAAATATTCATATA-CCTTTAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAAATTTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAA-TTTA-TTTT
* * * * * ** **
45191 TAAATCTCTTAGTTATTCATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAAC
63 TAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAAC
* * * * * * * *
45255 TTGTGTGAACTGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTG
128 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * ** *
45309 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACGGATTAACTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTA
* * ** * **
45374 AATATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAAG-ATTATTTTATT-TCAAAGAGGC
65 AATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA-ATAAATT-AGTATTATTTTATTCTCAAATAAAC
** * *
45436 TTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTG
128 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTG
* * * ** **
45490 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCCATAATTATTTGAACTAATTT-GATAAACTGATTTATTTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAAATTTATTT-T
* * * * * * * **
45554 TAAATCTCTAACTTATCAATTATT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATT-TTGAATAAA
63 TAAATTTCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAA
* * * * * * * *
45617 CTTTTAT-ATACTGAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATA-TCATAACAATTTT
127 CTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTG
* * ** * * *
45672 AAATAGATAATTGTTCGAACAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAA-TAATTT-TTTTAAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAA
** * * * *
45735 ATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATT-TCGAAT-AAGTAT
66 ATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAACT-T
* * * * * * *
45798 GTATGAACTGAAACAATTATTTTTTTACTAAAC-AAAAGATCAAAACAATTTG
130 GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTG
* * * * * * * * * *
45850 GAATAGATAATCGTTCTAACAGTCTTAACTATTTAAATTGG-TTCGAAAAAATACATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACA-A-ATTTATTTTT
* * **
45914 AAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCT-AAATAATTT
64 AAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAACT
* * **
45973 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTTG
129 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
** * * * * * ** *
46026 AAATTA-ATAACAGTTCAATTGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAGTTTATTTTTT
1 AAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTT
* * * * * * *
46090 AAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTC-CAAATAAATT
64 AAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAACT
* * * * *
46154 TGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAA-TAAAAGATCATAACGATTTG
129 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTG
** * * * * * * *
46207 AAATTTATAACTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTTG-CTCGATAAATAGATTTATTATTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAAATTTATT-TTT
*
46271 AAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAG
64 AAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAA
* * **
46333 CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAATTGTCATAACGATTTG
127 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * * *
46388 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAAC-GTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTT
** * * *
46452 AAATTT-TTACTTATTAATTTT-GGAATTTTAATAAATTTA-CATTATTTTATTCT-AAATAAGC
64 AAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAAC
* * * * ** * *
46513 TTGCATGAATAAAAACCAATT-ATTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG-TTTT
128 TTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * * * * * *
46566 AAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTT-GACAAACAGATTCATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTT
* * * * ** * * * *
46630 TAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAACTTAGAATTATTTTATT-TCAAATAAGC
64 AAATT-TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAAC
* * * * * * *
46694 TTATATTAACTGAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTG
128 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * * * ** * *
46747 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATATATTTTTAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAA
** *
46812 GCCTT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
66 -ATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
46861 ATCCGACTAA
Statistics
Matches: 1662, Mismatches: 352, Indels: 163
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 115 0.07
177 28 0.02
178 173 0.10
179 168 0.10
180 186 0.11
181 743 0.45
182 230 0.14
183 14 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAA
ATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAACTTG
TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
Found at i:48125 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 47333--49075 Score: 1459
Period size: 180 Copynumber: 9.7 Consensus size: 178
47323 ATAGTTCAAA
* * * * * *
47333 TATTTGAAACAATTACCTATTTCAAATTGCTAT-AACTTTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTTC
1 TATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
47395 TATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AAACAATGAATAAA
65 TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAG
* * * * * * *
47459 TAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAATAATTGTGAC
128 T-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
47512 TATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA--TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
47577 TTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAATAATA-TAATTTA-TAACATTTTTGATAATTAATAAG
64 CTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
47640 TAACAGATTTTTCAAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGGTATTAAATAGTCATAAC
128 TAA-AGA--TTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAA-GT-TCAAATAGTTATAAC
* * * ** * *
47697 TTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-CTTGTTTCATCATAAAACAATTATATC
1 -TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
47760 -AGCTCCATA-AGGCTTATTTGAAATAAAATAATTACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAAT
65 TA--TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AAT
* * * *
47822 AAGTAAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
125 AAGTAA--AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * *
47879 TATATAAATAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
*
47944 GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
66 ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * *
48008 AAA-ATTTTAAAAATAAATATGCTTT-CTAAGCACGTTCAAATAGTTATAAC
129 AAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * ** * *
48058 TATTTGAACAATTATCTATTTTAGATAATTATGATCTTTTGGTTTGTCATAAATCAATTGTTTCT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
48123 GTTCATACAAGCGTATTCAAA-ATAAATAATACTATTTTATTAATATTCTAAAAA-TAATAAGTA
66 ATTCATACAAGCTTATTCAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-
* * * ** *
48186 AAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAACTAT-GC
129 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * * *
48236 ATGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATGTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTT
1 -TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
48301 TATTCTTGCAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGT
65 TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
48366 AGAAGATATAAAAAATAAAT-TGTTTATTGAACAAGTTCAATTACTCATATC
129 A-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
48417 CATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** *
48482 ATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--
66 ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
48545 -AGATTTAAAAACTACATTTGTTTATCGATATAA-TTTAAATAGTTATTAA-
130 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGA-ACAAGTTCAAATAGTTA-TAAC
* * * * * *
48594 TATTTAAATAATTATCTATCTCAACTCGTTGTGAT-ATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
48658 TTTCATACAAGCTTTTTCAGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--
66 ATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
48721 -AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGAC
130 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATA-AC
* * * * * * *
48770 TATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTT-T
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
48834 AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGC
66 -ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-
* * * *
48899 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGGAA-ATAGTTCAAATAGATT-TAAC
128 TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAACA-AGTTCAAATAG-TTATAAC
*
48950 TATTTAAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTGTTT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
49013 C-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
64 CTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
49076 TTTATGACTA
Statistics
Matches: 1250, Mismatches: 249, Indels: 129
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 5 0.00
176 151 0.12
177 127 0.10
178 70 0.06
179 204 0.16
180 287 0.23
181 103 0.08
182 102 0.08
183 105 0.08
184 31 0.02
185 28 0.02
186 36 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
Found at i:48862 original size:533 final size:528
Alignment explanation
Indices: 47201--49075 Score: 1394
Period size: 533 Copynumber: 3.5 Consensus size: 528
47191 TTTAATCATA
* **
47201 ATGACATTTTGTTT-T-ATAAAAACAA-T-TTTT-ATTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTATCAT-AAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
47261 TATTATTTTTTATTAATATTTC-AAAATTAA-A---AG-AGATTTAAAAACTAAATTAATTTA-T
65 TACTA--ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATT-ATTTACG
* * * * * *
47319 AGACATAGTTC--A-AATAT--T-T-GAAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAAC-TTTT-TT
126 A-ACA-AGTTCAAATAATATACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTT
* ** * *
47375 TTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTA
189 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-CAAAATTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
47439 ATA-TTCAAACAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATG-TTTACCGAA-TAAATTCAA
252 ATATTTTAAA-AATTAAT-AA-GAAA-ATTTTAAAAATAAATATGCTTT--CGAAGCACATTCAA
* * * * * * * * * * * *
47501 ATAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTATTTTGTCATAA
311 ATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAGATAATTATGA--TATTTT-GTTTATCATAA
* * * * **
47566 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAATAAT-ATAATTT-ATAACATTTTTGA
373 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCGTATTCAAAATAAATAATAATAATTTAAT-A-ATATTCCA
* * * * * *** * * *
47629 TAATTAATAAGTAACAGATTTTTCAAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGGTATTAAATAGTCAT
436 AAAAT-ATAAGTAAAAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-GT-TCAAATA-AC-T
* **
47694 AA-CTTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
494 AAGCATATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * *
47728 ATGACC--TTGTTTCATCATAAAACAATTATATCAGCTCCATA-AGGCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTT-ATCATAAAACAATTATTTTA-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* *
47790 ATTACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAATAAGTAAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
64 A-TACTAATTTATTAATATTCAAAAATT-AATAGGT-AGAAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTA-
* * * * *
47855 CGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATATAAATAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTG
124 CGAACAAGTTCAAATA-ATAT-ACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
* * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* *
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** * * * * * * *
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1 ATGACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * *
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* * * * * * *
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191 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-CAAAATTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
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* ** *
48588 TATTAA-TATTTAAATAATTATCTATCTCA-ACTCGTTGTGATATTTAT-TTTATCATAAAACAA
316 TA-TAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAGA-TAATTATGATATTT-TGTTTATCATAAAACAA
* * * * *
48650 TTGTTTCTTTTCATACAAGCTTTTTCAGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAAT-
378 TTGTTTCTGTTCATACAAGCGTATTCAAAAT-AAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATA
* * * * * * * **
48714 TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAG-ACTATTAAA
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48777 ATAATTATCTATTTCAAATTGTT
506 ATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * *
48800 TTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
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* * *
48929 A-ATAGTTCAAATAGATTTAACTATTTAAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACTTTTTGT
127 ACA-AGTTCAAATA-ATAT-ACTATATAAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACATTTTGT
* * * *
48992 TTTGTCATAAAACACTTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTAT
188 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATCAAAA-TTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
49056 TAATATTTCAAAAATTAATA
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Statistics
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AAATTAATAAGAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTTCGAAGCACATTCAAATAGTTATAACTATT
TAAACAATTATCTATCTCAGATAATTATGATATTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
TACAAGCGTATTCAAAATAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATATAAGTAAAAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAACTAAGCATATTAAAATAATTATCTATTTC
AAATTGTT
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* * * * *
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* * * * * *
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* **
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
**** * * * *
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**
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
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** * * * ** * * *
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* * * * * * * **
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** * * * * ** *
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* * * * * **
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50492 ---TTCA
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** * ***** *** ** ** * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAAT--TATCTATTTCAAATT-GTT---ATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
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* * ** ** * * * **
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* * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** ** * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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1 AATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
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* * * *
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** * * * * ** * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
*
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* * * *
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* * * **
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* * * ** * *
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* * * * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
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66 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * *
51675 AAAATTAA-TAAGTTGGAAATTTTGAAAAAATAAATTTGTCTACCGAAAAAGTTTA
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* * * ** ** * * * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * ** ** **
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66 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
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130 AAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACT-GAA-TAAGTTCA
* * * ** * * *
51907 AATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAACAAA
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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** ** *
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* * *
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* * * * * * *
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**** * ** * **
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
53161 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATAATATTCTATAATAAA
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
53342 AATAATTATGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAAATT-TTATGA-CTTTTGTTTTATCAATA
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** * ** * * *
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* * * * *
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* *
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Statistics
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AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
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AATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAATAAGTTCA
Found at i:49738 original size:359 final size:357
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49062 TTCAAAAATT
* * * * * * * * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
49136 ACAATTGTTTCT-GATCATAAAAGCTTGTTTGGACA-AAAA-AATA-TGAATTTAATAATATTTC
66 ACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * * *
49197 -AAAAA-T--TAG-T--GAGATTTAAAAAAATATATGT-ATTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTA
128 TAAAAATTAATAGCTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TCATTTACCGAACCAATTCAAACAATTA
* * * * ** * * * * * *
49254 AGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC--TTCTTTTAGTCCTATAATAATT
191 AGACCATATA-AACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATT
* ** * * *
49316 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAGAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTA
254 ATTTCA-ACCATACAAGCTTATTTGA-AATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-
49380 ATAAGTAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCA
316 -TAA-TAAGAGATTT-AAAA-ATAAATTTGTTTACTGAAT-AGTTCA
* * * *
49427 AAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
** * * * *
49491 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATAGTACTTTATTATTATTTC-A
65 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTA
* * * *
49555 AAAA-T-A-AG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-AGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATG
130 AAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCA-TTTACCGAACCAA-TTCAAACAATTAAG
* * * * * * * *
49614 ACCGTTTGAATAACTATCTATTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
193 ACCATATAAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TAT
* * * * *
49679 TTCAA-CATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAA-TTAATA
256 TTCAACCATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATA
* *
49742 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
321 AGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TAGTTCA
* * * *
49781 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** *
49846 AAAAATTGTTTCTA-TTCATACAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCT
65 AACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT
* * *
49909 AAAAATTAATAGCTAATAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCCGAACCAATTCAAACAGTTAAGA
129 AAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAACCAATTCAAACAATTAAGA
* * * *
49974 CTATATAAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
194 CCATATAAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC
* * * *
50039 AACTCATACAAGCTTATTTGGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTTTATAAG
259 AAC-CATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAG
* *
50103 AGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAACTAGTTCA
323 AGATTTA-AAAATAAATT-TGTTTACTGAA-TAGTTCA
* * * * * * *
50140 AATACTTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
50205 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 ACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
50266 ATCAAACCAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (357 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAA
AAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAACCAATTCAAACAATTAAGACC
ATATAAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAA
CCATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAGAGA
TTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAGTTCA
Found at i:50054 original size:536 final size:533
Alignment explanation
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Period size: 536 Copynumber: 2.2 Consensus size: 533
49075 ATTTATGACT
* * * * * * *
49085 ATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * *
49148 GATCATAAAAGCTTGTTTGGACA-AAAA-AATATGAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTGAGA
65 CAACATATAAGCTTGTTT-GAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATGAGA
* * * *
49211 TTTAAAAAAATATATGTATTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
129 TTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
* * ** * *
49276 TTTCAAATCATTCTAACCTTCTTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTA
194 TTTCAAATCATTATAACATTCTTTTAGTAATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * *
49341 GAATAGAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAGATAAA
259 GAATAAAATAATACAAATTTAGTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAA
** * * * * * *
49406 TTTGTTTACTGAATAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATTGATTTAAAATCATTAT
324 TTCATTTACCGAACAAGTTCAAAAAGTTAAGACTATATAAACAATTATTGATCTAAAATCATTAT
* * ** *
49471 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATA
389 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAAA
* * * *
49536 GTACTTTATTATTATTTCAAAAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAA-TA
454 CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACT-
*
49598 AGTTCAAATAATTATGACC
515 AGTTCAAATAATTATAACC
* * * *
49617 GTTTGAATAACTATCTATTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
*
49682 AACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
66 AACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT--GAGA
* * * *
49747 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
129 TTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
** * *
49811 TTTCAAAATTGTTATAACATTTTGTTCTA-TAATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAATCTTA
194 TTTC-AAATCATTATAACATTCT-TT-TAGTAATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
49874 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCTAATAGATTT-AAAAA
255 TTTAGAATAAAATAATACAAATTTAGTAACATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTGAAAAA
* * * *
49937 ATAAATTCATTTGCCGAACCAA-TTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATCTCAAAT
319 ATAAATTCATTTACCGAA-CAAGTTCAAAAAGTTAAGACTATATAAACAATTATTGATCTAAAAT
** * **** * *
50001 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTTGGAATAGA
383 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAA
* * * *
50066 GTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAATTTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTAA
448 ATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* *
50131 ACTAGTTCAAATACTTATAACT
512 ACTAGTTCAAATAATTATAACC
* * * * *
50153 ATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-
** * * * *
50218 TTA-ATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 CAACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTT
50266 ATCAAACCAG
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 96, Indels: 30
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
532 27 0.05
533 45 0.08
534 30 0.06
535 62 0.12
536 284 0.53
537 85 0.16
538 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
AACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATGAGATT
TAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATAACATTCTTTTAGTAATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
ATAAAATAATACAAATTTAGTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATT
CATTTACCGAACAAGTTCAAAAAGTTAAGACTATATAAACAATTATTGATCTAAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAAACT
AATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCA
AATAATTATAACC
Found at i:50314 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 50145--50405 Score: 324
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
50135 GTTCAAATAC
* * * *
50145 TTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTATTCTATCATAAAACAAT
* * * * * *
50210 TGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATCAAACCA
66 AGTTTATGTTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTATCAAACCA
50275 GTAAAAAATG
131 GTAAAAAATG
* * * * * * *
50285 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTGTTCTATTATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTATTCTATCATAAAACAAT
* ** * *
50350 AGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTT
66 AGTTTATGTTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT
50406 CAACAATTAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 22, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
140 99 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (140 bp):
TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTATTCTATCATAAAACAAT
AGTTTATGTTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTATCAAACCA
GTAAAAAATG
Found at i:50669 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 50280--53564 Score: 2384
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 180
50270 AACCAGTAAA
* * ** * ** * * *
50280 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
50344 AACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * * * * * * * *
50409 CAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATACATATGCTTACCAAACTAGATC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
** * * * * * *
50460 AAATAGTCGTGATTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * ** * * *
50525 AAAAATCATTTTGGTTCAAATGAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * *
50590 AAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAACAAATTT
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * *** * * *
50641 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
50706 AATGATTTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA--T
66 AA-CAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * *
50767 TAACACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
127 TAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
** * ** *
50823 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
50887 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* *
50951 AACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATCAAACAAGTTC
128 AA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * *
51004 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
51069 AACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
66 AACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * *
51134 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * *
51185 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * ** *
51249 AAACAATTGGCTCTATTCATGCAAGCTTATTTCTAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTT
* * * * * * * *
51313 AAAAATTAAAAAGGAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * ** * **
51365 AAATAGTTGTAACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * **
51430 ACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
66 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * *
51495 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAGCAAGTTT
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTC
* * ** ** * * * * *
51546 GAATTGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTCTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
51611 AATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAA
66 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
** * * * * * *
51676 AAATTAATAAGTTGGAAATTTTGAAAAAATAAATTTGTCTACCGAAAAAGTTT
130 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * ** * * * * * *
51729 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATAATTATCACATTCTGTTTTATCGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * ** ** *
51794 AATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTA
66 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* *
51859 AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTC
* * * * * *
51906 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAACAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
51970 AACAATTGCTTTTGTTCAT-GAAGCTTA-CTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
66 AACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* ** * * *
52033 AAAAATAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCAAACCAA-TTT
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTC
* * * * * *
52083 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * ** * **
52148 AACTATTATTTCAGTTCATGCAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAA
66 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTA
* * * *
52212 AAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * ** *
52266 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATA
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
52329 AAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTC
65 AAACAATTGTTT--TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * *
52393 AAAATTTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTT-TCTGAACTAGTTC
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATC-GAACAAGTTC
* * * * *
52445 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * * **
52509 AATAAGTGTTTCTAATGATACAAGCTTA-TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
66 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * ** *
52573 ACAATTAGT--G-AA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * * * * * *
52621 GAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * **
52686 AATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAA
66 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * *
52751 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTC
* * * * * * *
52803 AAAGAGTTATTACTATTTGAACATTTATCGATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * * * *
52868 AACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCAA
66 AACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * *
52933 AAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CTAAATAAGTTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTC
* * * * * * * ** *
52984 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTTATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT-ATTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TA
* * ** * **
53048 AAACAATTGTTTT-TCAACATACAATCTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTACAAATA-TTT
65 AAACAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * *
53111 AAAAATT--T-A-TAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACCAA-ATC
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-CAAGTTC
* ** * * ** * * * *
53160 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATAATATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
53225 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTG
66 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* ** *
53289 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTC
* * * * * *
53341 AAATAATTATGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAAAT-TTTATGA-CTTTTGTTTTATCAAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-AT
* **** * * *
53404 AAAACAATTACTTCAACTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAGTAGA-AATAATTTATTAATATTT
64 AAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
53468 CAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCGAACCAA-TTC
127 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTC
* * *
53518 AAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
53565 TACCAGACTG
Statistics
Matches: 2453, Mismatches: 563, Indels: 181
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 42 0.02
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178 47 0.02
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183 184 0.08
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
Found at i:52700 original size:538 final size:539
Alignment explanation
Indices: 50280--53565 Score: 2456
Period size: 544 Copynumber: 6.1 Consensus size: 539
50270 AACCAGTAAA
* * * ** * * * * *
50280 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTCTCATAA
* * ** * * * * *
50344 AACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGA-TTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
* * * * * ** * * *** *
50408 ACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATACATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCGTGAT
130 A-AAAT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * * * ** *
50473 TGTTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTT
193 T-ATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * * * * **
50537 GGTTCAAATGAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATT
257 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGC
* * * * * * * *
50602 AAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTAACG-AACAAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAA
322 AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAA
* *** * * * * * * *
50665 TTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTG-TTTAGTTATAAAATGATTTTTTTCTATTCATAGA
387 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATAAA
* *** * * * *
50729 AGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAACACAATTAATAAGTAAAAGATCT
450 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAG-AAGAGATTT
* * * *
50793 AACAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
512 AA-AAATAAATATGTTTTCTGAAC-AGTTC
** * * ** * * *
50823 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATA
* * * * * *
50887 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTC
64 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
** * * * * *
50951 AACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATCAAACAAGTTCAAATGGTCATGA
129 AA-AAAT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * * *
51016 GTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
192 CTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
* *
51081 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
257 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGC
* * * * * *
51146 AAGAGAATT-AAAAAATTAATCTATTTATCG-AACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAA
322 AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAA
* * * ** **
51209 TTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTCTATTCATGCAA
387 TTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
* * *
51273 GCTTATTTC-TAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGGAA-AAATTT
451 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAA-GAAGAGA-TT
*
51335 TAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
511 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA-GTTC
* * * * * ** *
51365 AAATAGTTGTAACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTT-TGTTTCATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTTC-TCATA
* * ** * * * *
51429 AACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAAT-AAAATGATACTAATTTATTAAAATTCC
64 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* * ** * *
51493 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTTGAATTGTTATGA
129 AAAAA-T-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
** * *
51558 CCCTTCA-AATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTCT-GTCATAAAATAATTGTT
192 CTATT-AGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTT
** *
51621 TCTA-TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATA
255 TC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
*** * * * * * * ** *
51685 AGTTGGAAATTTTGAAAAAATAAATTTGTCTACCGAAA-AAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGA
319 AGCAAGAGA-TTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGA
** * * * * ** *
51749 ATTATTATCTATTTCAAATAATTATCACATTCTGTTTTATCGTAAAATGATTGTTTCTATTAATA
383 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* *
51814 CAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAAT---AAGAGATT
448 -AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGAAGAGATT
* * *
51875 TAAGAATTAAATCTGTTTATC-GAACCAATTC
511 TAA-AAATAAATATGTTT-TCTGAA-CAGTTC
* * * * *
51906 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTAACAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
* * * * * *
51971 ACAATTGCTTT-TGTTCAT-GAAGCTTACTCAAAGT-AAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
66 ACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
*
52033 AAAA-ATAA-TAAGAAAGATTTAAAAAATAAATG-AGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAGTTAAG
130 AAAATATAAGT-A-AAAGATTTAAAAAATAAATGTA-TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAG
* * * * *
52094 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACT-ATTATT
191 ACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TAATTGTT
* * ** * * *
52158 TCAGTTCATGCAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATG
255 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATA
*
52222 AGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTG
319 AGCAAGAGATTTGAA-AAAATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGT-TTTGACTATTTG
* * * **
52285 AACAATTATCTATTT-AAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCA
382 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * *
52348 TAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAATTTAATAAGCAAGAGA
446 TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAG-AAGAGA
*
52413 TTTAAAACTAAAGT-TGTTTTCTGAACTAGTTC
509 TTTAAAAATAAA-TATGTTTTCTGAAC-AGTTC
* *
52445 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
* * ** *
52510 ATAAGTGTTTCTAATGATACAAGCTTATTCAGA-TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
* * * * * * * *
52574 CAAT-T-AGTGAAAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCGAATAGCTAAGACTAT
131 AAATATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * *
52637 TAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTT
196 TAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
* * *
52702 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGA
261 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGA
* * * * *
52767 GATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATT-ACTATTTGAACATTTA
326 GATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAACAATTA
* * *
52830 TCGATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGCT
390 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCT
* * * * *
52894 TATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
454 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAG-AAGAGATTT-AAAA
* * *
52959 ATAAATCA-GTTTACTAAATAAGTTC
516 ATAAAT-ATGTTTTCTGAA-CAGTTC
* * * * * * * * ** * * *
52984 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTTATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT-ATTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCA-TA
* *** * * * *
53048 AAACAATTGTTTTTCAACATACAATCTTATTCAAAAT-AAGATAATACTAATTTACA-AATATT-
64 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTC
* * * * * * * * * *
53110 TAAAAAT-TTA-TAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAA-ATCAAATAGTTATGA
128 CAAAAATATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * ** * * * ** * * * *
53172 TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATAATATTCTA-TAATAAAACAATTATTT
192 CTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTT
* * * *
53236 CTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATA
256 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * *
53299 A-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATATGA
319 AGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGA
* * * ** * *
53361 ACAATTATTTATCTCAAAAT-TTTATGAC-TTTTGTTTTATCAATAAAACAATTACTTCAACTCA
383 ACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTTTATC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * *
53424 TACAAGCTTATTCGAAATAAAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-ATAAGAGA
446 TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGAAGAGA
* * * * * *
53485 TTTAGAAAATAATTTTATTTACCGAACCAATTC
509 TTTA-AAAATAAATATGTTTTCTGAA-CAGTTC
* * * *
53518 AAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAT
53566 ACCAGACTGT
Statistics
Matches: 2218, Mismatches: 432, Indels: 195
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 1 0.00
534 64 0.03
535 13 0.01
536 93 0.04
537 255 0.11
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545 16 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
AAATATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
TAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGA
GATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAATAAA
TATGTTTTCTGAACAGTTC
Found at i:53309 original size:539 final size:530
Alignment explanation
Indices: 50482--53565 Score: 1957
Period size: 538 Copynumber: 5.7 Consensus size: 530
50472 TTGTTTAAAT
* * * * * * * * ** * **
50482 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTTGGTTCAAATG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
* * * * * *
50547 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTT
66 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-CAAGAGATTT
* * * * * * * * *
50611 -AAAAAATGAATCTGTTTAAC-GAACAAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATT
129 GAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACATTTATCTATT
*** * * * * * * * ** *
50674 TGAAATTGCTATAACCTTTTG-TTTAGTTATAAAATGATTTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTT
193 T-AAATCATTATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAA-CAATTGTTT-TATTCACA-AAACTTATTC
** * * * * * *
50738 TGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAACACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAA
253 AAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * **
50802 ATCTATTTACCGAAC-AAGTTCAAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
316 ATCTGTTTA-CTAACTAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCAT
* * ** * * *
50865 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGT-TTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAA
379 TATGATC-TTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTT-T-TAACATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAT
* * * ** *
50929 AATATTAATTTATTAATATT-TCAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTAT
439 AATACTAATTTAATAATATTCT-AA-AAAT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTAC
* * * * * * *
50993 C-AAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAAT
498 CGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * * * * * * *
51026 AATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
* * *
51091 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
66 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-CAAGAGATTT
* * * * * * * * *
51155 -AAAAAATTAATCTATTTA-TCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATT
129 GAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACATTTATCTATT
* * * * * *
51218 TCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTCTATTCATGC-AAGCTTATTT
193 T-AAATCATTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTATTCA--CAAAACTTA-TT
* * * * * *
51281 C-TAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGGAA-AAATTTTAAAAATA
252 CAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * * * * **
51343 AATATGTTTTTTGAAC-ACGTTCAAATAGTTGTAACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGT
315 AATCTGTTTACT-AACTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCAT
* ** * * * ***
51407 TATGAGCTTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTCTGT-TCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAT
379 TATGATC-TTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTT-T-TAACATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAT
* * * * * *
51471 GATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
439 AATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT-ATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACC
* ** * * ** *
51536 -AAGCAAGTTTGAATTGTTATGACCCTTCA-AAT
499 GAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATT-AGAAC
* * * * * * *
51568 AATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTCT-GTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATA
** * * *** *
51631 CAATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAAAT
64 CAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-CAAGAGA-
* * * * *
51695 TTTGAAAAAATAAATTTGTCTACCGAAA-AAGTTTAAATAGTCATGT-CTATTTGAA-TTATTAT
126 TTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAT-TTAT
* * * * ** *
51757 CTATTTCAAATAATTATCACATTCTGTTTTATCGTAAAATGATTGTTTCTATTAATACAAAA-TT
188 CTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATT--CACAAAACTT
* * * *
51821 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAAT
249 ATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
51882 TAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATC
313 TAAATCTGTTTA-CTAACTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATC
* * * * *
51946 ATTATGATCTTTGTTTTGTAACAAAACAATTGCTTTTGT-TCAT-GAAGCTTACTCAAAGTAAAA
377 ATTATGATCTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTG-TTTT-TAACATACAAGCTTATTCAAAAT-AAA
* * * * *
52009 TATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCA
438 TAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTATAAG--AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCG
*
52074 AACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
500 AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * *
52105 AATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACTATTATTTCAGTTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
* * * * *
52170 AGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTT
66 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAAT-AACAAGAGATTT
* * * *
52234 AAATAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATA--TATTTGACTATTTGAACAATTATCT
129 GAA-AAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTA-TT-ACTATTTGAACATTTATCT
* * * ** * *
52296 ATTTAAAGCGTTATGACCTTTTACTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAATCTTATTC
190 ATTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACAAAA-CTTATTC
* * *
52361 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAATTTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAA
253 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
52425 GT-TGTTTTCTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATT
317 -TCTGTTTACT-AACTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCATT
* * * * *
52488 ATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAAGTGTTTCTAATGATACAAGCTTATTCAGATAA-AAATAA
380 ATGATCTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTTTAA-CATACAAGCTTATTCA-A-AATAAATAA
* * * * *
52552 TACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGTGAA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACC
441 TACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTA-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACC
* * * *
52616 AGTTCGAATAGCTAAGACTATTAGAAT
504 AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * * * *
52643 AATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
** * *
52708 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTG
66 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTG
* *
52773 AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACATTTATCGATTTA
130 AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACATTTATCTATTT-
52838 AAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAA
194 AAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACAAAA-CTTATTCAAAA
* * * * *
52903 GAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAG
257 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * ** * *
52968 TTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTTATATTGTTATTACC
321 TTTACTAACTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCATTATGATC
*
53033 TTTTGTTTTGTATTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAATCTTATTCAAAATAAGATAATACTAA
386 -TTTGTTTTGTA-TAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAGCTTATTCAAAATAA-ATAATACTAA
* * * *
53098 TTTACA-AATATT-TAAAAATTTATAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAAATCA
447 TTTA-ATAATATTCTAAAAA-TTATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCA
* * *
53161 AATAGTTATGATTATTTGAAC
510 AATAGTTAAGACTATTAGAAC
** * * ** *
53182 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATAATATTCTA-TAATAAAACAATTATTTCTA-TTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATA
* * *
53245 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATT
64 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAC-AAGAGATT
*** * * * * * * * *
53310 T-AAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATTTAT
128 TGAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACATTTATCTAT
* * * ** * * *
53373 CTCAAAAT-TTTATGAC-TTTTGTTTTATCAATAAAACAATTACTTCAACTCATACAAGCTTATT
192 -T-TAAATCATTATGACATTTTGTTTTATC-ATAAAACAATT-GTTTTATTCACA-AAACTTATT
* * * * *
53436 CGAAATAAAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATA
252 CAAAATAAAATA-ATACTACTTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
53496 ATTTTATTTACCGAACCAA-TTCAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
315 AATCTGTTTA-CTAACTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCAT
53560 TATGAT
379 TATGAT
53566 ACCAGACTGT
Statistics
Matches: 2025, Mismatches: 416, Indels: 208
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
534 67 0.03
535 16 0.01
536 77 0.04
537 244 0.12
538 382 0.19
539 363 0.18
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543 68 0.03
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545 12 0.01
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACAAGAGATTTGA
AAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACATTTATCTATTTAA
ATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCACAAAACTTATTCAAAATAAA
ATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
TAACTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGT
TTTGTATAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTAATAAT
ATTCTAAAAATTATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGA
CTATTAGAAC
Found at i:55619 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 55567--55651 Score: 107
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
55557 AATCTTTTGG
* * * * *
55567 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGT
1 TGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTCAAATAGATAATTGT
* *
55609 TGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTCGAATAGATAATTGT
1 TGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTCAAATAGATAATTGT
55651 T
1 T
55652 CTAATAGTCT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 7, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 36 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (42 bp):
TGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTCAAATAGATAATTGT
Found at i:55956 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 55614--56714 Score: 977
Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181
55604 ATTGTTGACT
* * * *
55614 AAACAAAAGATCAAAACAATTTCG-AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TG
1 AAACAAAAGATCATAACAATTT-GAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
55677 ATTTGGAAAACACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGG
65 -TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAG
* *** ** *
55736 TATTGTTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAA
129 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAA
* * * * * *
55789 AAATAAAATATCACAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGT
1 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *
55854 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTAG-AATAATAATAAATTAGT
66 TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAGAAATATTAATAAATTAGT
* *
55918 ATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AACA
130 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAA-A
* * * * * * *
55970 AAACAAAAGATCGTAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAACTTGC
1 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *
56035 TT-GATAAACAGATTTATTATTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGT
66 TTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
56099 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATAAATAGAAGCAATTGGTTTAT-AGCA
130 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-AA
* * * *
56151 AAACAAATTG-CCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG
1 AAACAAA-AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
56215 TTAAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTAACTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATACATTTA
65 TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTAGAAATATTAATA-AATTA
* * * * * * *
56278 TTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTGATGACA
128 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAA
* ** * * *
56332 AAACAATAG-TCATAACGTTTTGAAATAGATAATTA-TTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTG
1 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * * * * **
56395 TTCGGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCGGTATATTAATAAATTAG
65 TTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
56460 AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAATAATTGTTTTATTACA
129 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAA
* * * ** * * * * *
56513 AAACAGAAGGTCACAATGATTTGAGATAGATAATTA-TTCAAATAGTAATGACTATTTCAATTTG
1 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
56577 -TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTGTT-GAAATATTAATAAATTA
65 TTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAAATATTAATAAATTA
* * *
56640 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
128 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-AA
56695 AATA-AAAAG-TCATAACAATT
1 AA-ACAAAAGATCATAACAATT
56715 CTGTTTGCAA
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 150, Indels: 48
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 64 0.09
176 10 0.01
178 2 0.00
179 2 0.00
180 90 0.12
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182 94 0.13
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAA
Found at i:56285 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 55705--56710 Score: 1095
Period size: 362 Copynumber: 2.8 Consensus size: 360
55695 TTTTTAAATC
* * * * ** ** * *
55705 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTGTTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTATATAAATAG
* * * * * *
55770 AAACAATTATTTTAT-GAAAAAATAAAATATCACAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGG
66 AAACAATTGTTTTATAG-CAAAA-CAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
55834 ACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTT
129 TCATGACTATTTGAACTTG-TTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTT
* * * * *
55899 AGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
193 GGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
55964 ATAACAAAACAAAAGATCGTAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGA
258 ATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAA
* *
56029 ACTTGCTT-GATAAACAGATTTATTATTTAAATT-TTTTA
322 ACTTG-TTCGATAAACAGATTCATTATTTAAATTCTCTTA
* *
56067 CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATAAATAG
1 CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTATATAAATAG
* * * *
56132 AAGCAATTGGTTTATAGCAAAACAAATTGCCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAA-TGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
56197 CATAACTATTTGAACATGTTAAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTAACTTATTAATTTTTG
130 CATGACTATTTGAACTTGTT-AGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * *
56261 GAGTTTTAATACATTTATTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTG
194 GAATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
56326 ATGACAAAACAATAGTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAA
258 ATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAA
* * * *
56391 CTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTA
323 CTTGTTCGATAAACAGATTCATTATTTAAATTCTCTTA
* * ** * * * * *
56429 CTCATTAATTTTCGGTATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTG
1 CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTATATAAATAG
* * ** * *
56494 AAATAATTGTTTTATTA-CAAAACAGAAGGTCACAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTA-TAGCAAAACA-AATGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
56558 TAATGACTATTTCAATTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTGTT
129 TCATGACTATTTGAACTTGTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTT
* * *
56623 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
193 GGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
*
56688 ATGACAAAATAAAAAGTCATAAC
258 ATGACAAAA-CAAAAGTCATAAC
56711 AATTCTGTTT
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 101, Indels: 21
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
360 2 0.00
361 96 0.18
362 394 0.74
363 40 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTATATAAATAG
AAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATGACTATTTGAACTTGTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGGA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTT
GTTCGATAAACAGATTCATTATTTAAATTCTCTTA
Found at i:56536 original size:543 final size:537
Alignment explanation
Indices: 55628--56689 Score: 1235
Period size: 543 Copynumber: 2.0 Consensus size: 537
55618 AAAAGATCAA
* * **
55628 AACAATTTCGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGAAAACACATT
1 AACAATTTCGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTAAGAAAACACATT
* * * * **
55693 TATTTTTAAATCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTGTTTTATTATGAATAATT
66 TATTTTTAAATACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGC
* *
55758 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAATAAAATATCACAACAATTTGAAATAGATAAT
131 TTGCATGAATAGAAACAATTATTTGATGAAAAAATAAAATATCACAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
55823 AGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACT
196 AGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTAACT
* *
55888 TATTAAATTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATAGAA
261 CATTAAATTTTAGAATAATAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATAGAA
** * * *
55953 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCGTAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCA
326 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTAA
* * *
56018 TAATTATTTGAACTTGCTT-GATAAACAGATTTATTATTTAAATTTTTTACTTATTAATT-TTAG
391 TAACTATTTCAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-G
* * *
56081 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATAAATAGAAGCAATTGGTTTA
454 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTCTATAAATAGAAACAATTGGTTTA
56146 TAGCAAAACAAATTGCCAT
519 TAGCAAAACAAATTGCCAT
*
56165 AACAATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTAAGAAAACATA
1 AACAATTTCG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTAAGAAAACACA
* * ** * *
56228 TTTATTTTTTAAATTTTAACTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATACATTTATTATTATTTTATTCA
64 TTTA-TTTTTAAA---T-ACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATA-AATTAGTATTATTTTATT-A
* * * * **
56293 -AAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTGATG-ACAAA-ACAATAGTCATAACGTTTTGA
122 TAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTGATGAAAAAATAAAATA-TCACAACAATTTGA
* * * * * *
56355 AATAGATAATTA-TTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTT
186 AATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCA-TTTTTT
* * * * * * *
56419 AATTCTCTTACTCATT-AATTTTCGGTATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCT
249 AAATCTCTAACTCATTAAATTTT-AGAATAATAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAAC-
* * * * * * * *
56483 TA-TATTAATTGAAATAATTGTTTTATTACAAAACAGAAGGTCACAATGATTTGAGATAGATAAT
312 TAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCACAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
56547 TATTCAAATAGTAATGACTATTTCAATTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
377 TATTCAAAAAGTAATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTACT
* * * * *
56612 TATTTATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
442 TATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTCTATAAATAGAA
*
56677 ACAATTGTTTTAT
507 ACAATTGGTTTAT
56690 GACAAAATAA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 75, Indels: 26
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
536 1 0.00
537 57 0.13
538 10 0.02
541 6 0.01
542 87 0.20
543 268 0.62
544 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
AACAATTTCGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTAAGAAAACACATT
TATTTTTAAATACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGC
TTGCATGAATAGAAACAATTATTTGATGAAAAAATAAAATATCACAACAATTTGAAATAGATAAT
AGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTAACT
CATTAAATTTTAGAATAATAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTAA
TAACTATTTCAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTCTATAAATAGAAACAATTGGTTTATA
GCAAAACAAATTGCCAT
Found at i:56750 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 56726--56778 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
56716 TGTTTGCAAA
56726 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
56744 GACTATTT-GAATAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
*
56762 -CTATTTCAAATAGTTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
56779 TACCTTTTGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.20
17 8 0.27
18 9 0.30
19 7 0.23
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:57367 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 56733--57372 Score: 599
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 177
56723 AAAACTATTT
* * * *
56733 CAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTA
1 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT-
* * * * *
56798 AAAACAAATT-TCTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
65 AAAA-AAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * *
56862 CAAACATTAA-TACGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTT
128 CAAA-ATTAATTA-GTAA-A-ATATTAAAAAATGAATCTGTTTA-TAAACCAGTA
* * * * * *
56916 CAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTTTATCATA
1 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * *
56981 AAATAATTGTTTTTGTTTATACAATCTTATTC-AGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCT
66 AAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAA-TAATATTAATTTATTAATATT-T
* * * * ** * *
57045 TAAAATTAATAAGTAACAGAT-TTAGAAAATGTATCTGTTGGCTTAACCGGTA
128 CAAAATTAATTAGTAA-A-ATATTAAAAAATGAATCTGTT-TATAAACCAGTA
* * * * * * *
57097 CAAACAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* *
57162 AAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTC
66 AAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA-ATAATAT-TAATTTATTAATATTTC
* * * *
57226 AAATATTAATTAGTAAAATAATGAAAAATGAATCTATTTATAGAACAAGTA
129 AAA-ATTAATTAGTAAAATATTAAAAAATGAATCTGTTTATA-AACCAGTA
* * * * * * *
57277 CAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATA
1 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* *
57342 AAACAAATT-TTTTTATTCGTACAAGCTTATT
66 AAA-AAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
57373 TCAAATTTGT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 72, Indels: 29
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 100 0.27
181 149 0.40
182 59 0.16
183 61 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
AAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
AATTAATTAGTAAAATATTAAAAAATGAATCTGTTTATAAACCAGTA
Found at i:58102 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 57389--59924 Score: 1198
Period size: 361 Copynumber: 7.0 Consensus size: 357
57379 TTGTTTATCG
* * * * ** **
57389 AATAATTTCAAATCGATATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
* * * * *
57454 TTGTCATAAAATAATTATTTTTCTTTATACTAGCTTA-TTTGAATTAAAATAATATTAATTTATT
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATATTAATTTATT
* * * *
57518 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAGA
130 AATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAA-ACGTTCAAA
* * * * ***
57582 TAGTAATAACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGAGGTGTCATAAAA
193 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCA-TTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAA
** * * ** * * *
57647 TGATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAA
256 CAATTGT-TCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATTA-AATTTCAAAA
* * *
57712 ATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
319 ATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCA
* * * * *
57752 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGATTTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
* * * * * **
57817 TTGCCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGTAAATTTGCTA
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTA
** *
57882 ATA-TTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACCTGTTT-TCTGAATACGTTCAAAT
131 ATATTTTGAAA-ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAA-ACGTTCAAAT
* ** * * * *
57945 AATTATGGTTATTCGAACAATTATTTATATCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAACCA
194 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAACA
* *
58010 ATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAGATAAAATAATACTAATTTATTCAAATTTCAAAAAT
258 ATTG-TTCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATT-AAATTTCAAAAAT
* *
58075 TAGTAAGTAAAAGA-TTAAAGAAATAAATATGTTTGCCA
321 TA-TAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATATATTTGCCA
* * * * *
58113 AGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
** ** *
58178 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAGTATTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * *
58243 ATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAT-TGAACCATTTCAAATA
131 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAAAC-GTTCAAATA
* *** *
58304 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATTATCTTTGTTTTT-TCATAAAACAA
195 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCATTATGATCTTT-TTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * *
58368 TTGTTTCT-GTCTATACAAACTTATTC-AAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAA
259 TTG-TTCTATTC-ATAAAAACTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAAATTATTAA-ATTTCAAAAA
* *
58431 TTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCG
320 -TTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCA
* * * ** * * **
58470 AATTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
* * * * * * * * *
58534 TAGTTATAAAATAGTTGTTT-TATTTCA-ATCATGCTTA-TTCGAAATCAAAGAATACTATTTTA
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATTAATTTA
* *** * * * * *
58596 TTAACATTCAAAAAATTAATAAG--GAATTTTAAAAAATAAATTTATTTA-C-CAAACAAGTTCA
128 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAAAC--GTTCA
* * ** * * * *
58657 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATAATAA
191 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TATCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAA
* * * * * * **
58721 AAGAATTGTT-TCATTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA
254 AACAATTGTTCT-A-TTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATTAA-ATTTCA
* * * ** * * *
58785 AAAATTAAGAAATAATATTTCTTTATTAATATTTCAA-AAATTGAGAAGTTG-GA
316 AAAATT-ATAAGTAAGA--GATTTA--AA-A----AATAAA-T-A-TATTTGCCA
*** * ** *
58838 AATTAAAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGTTATTTGAACAATTATCT
1 AA-TAAGTTC--AAA-TAG-TTAT-GACT-A-TTTGAACAATTAT--TTATTT---CAA--ATC-
* * * * *
58903 ATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAAGCCTAT
50 A-TT---ATGA---T--A-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
** * * ** * * *
58967 TCAGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----GT-
104 TTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATA
* * * * * *
59025 --T-TGTTTAT-T-AAACCAACTT-AAATAATTATGACTATTTTAACAATTATATAT-TTAAAGT
168 AATCTGTTTATCTGAAA-C--GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAA-T
* * * * * * * * *
59083 CATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACACTTATTTATATTCATACAAGCTTCTTCGAAATAAA
229 CATTATGATC-TTTTTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAA
* * * * * *
59148 ATAATACT-AATCTAATAATATTAT-TAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTTTT
292 ATAATACTAAAT-TATTAA-ATT-TCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
****
59211 TATTG
353 TGCCA
** * * * * * **
59216 AACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-TCATTTTGT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT-ATTTTGT
* * * * * * * *
59280 TTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTATTTAG-ATAAAATAATATTAATTTATT
65 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATT
* * * * *
59344 AATATTTTGAAAA-TAATAAG---AGAGTT-AAAAATAAATTTGTTTA-C-CAAACCAGTTCAAT
130 AATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAAA-C-GTTCAAA
* * * * * * * * * *
59402 TAGTTATAAC-AATTAAACAATTAATTTATTTCATATCATTATGACCATTTTGTTTGTCTTAAAA
193 TAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATATCAAATCATTATGATC-TTTTTTTTGTCATAAAA
* * * ** * * * ** * **
59466 CAATTATTTCTATTGATATAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAACGTTCTAAAA
256 CAATT-GTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATTAAATTTC-AAAA
* * * *
59531 ATTAACAAGTAATAGATTTAAAAAATGAAT-T-TGTTGACCT
319 ATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT-TTG-CCA
** * * * * * *
59571 AACCAGTGCAAATAGTTATGACTGA-CTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTAT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGT
* * * * ** *
59635 TTTGTCACAAAACAATTGTTTATATTTATACAAGCTTATTGGGAATAACATAA-ATCTAATTTAT
65 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT-TAATTTAT
*** * * * *
59699 TAATATTCCAAAAATTAATAAAG-AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCA
129 TAATATTTTGAAAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAA-ACGTTCA
* * **** * *
59762 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATTGCCATCACCTTTTGTTTTGTCATAA
191 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATATCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
59826 AATAATTTTTTCTATTCCTACAAGCTTATTTC-AATTAAACTAACAC-AAATTTATTATCA-TTC
254 AACAA-TTGTTCTATTCATAAAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAA-TTATTA-AATTTC
* *
59888 AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
315 A-AAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
59925 GTTTATTGCA
Statistics
Matches: 1658, Mismatches: 386, Indels: 258
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
346 3 0.00
347 2 0.00
350 7 0.00
351 32 0.02
352 39 0.02
353 3 0.00
354 19 0.01
355 208 0.13
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359 7 0.00
360 10 0.01
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364 7 0.00
365 3 0.00
366 3 0.00
367 3 0.00
368 7 0.00
369 7 0.00
370 10 0.01
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372 5 0.00
373 6 0.00
374 6 0.00
375 4 0.00
377 13 0.01
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379 8 0.00
380 3 0.00
382 3 0.00
383 1 0.00
384 4 0.00
386 5 0.00
387 5 0.00
388 107 0.06
389 16 0.01
390 1 0.00
392 1 0.00
395 66 0.04
396 5 0.00
397 3 0.00
398 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTA
ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAAACGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCATTATGATCTTTTTTTTGTCATAAAACAATT
GTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATTAAATTTCAAAAATTATAA
GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCA
Found at i:58161 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 57395--58792 Score: 1092
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 179
57385 ATCGAATAAT
* * ** *
57395 TTCAAATCGATATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
57460 TAAAATAATTATTTTTCTTTATACTAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * *
57525 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG
130 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAACAAG
* * * * * ***
57576 TTCAGATAGTAATAACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGAGGTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
57641 ATAAAATGATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAACTTATTACTATT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
57706 TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCC-AACAAG
* * * * * *
57758 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * **
57823 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-GTAAATTTGCTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * ** * * *
57887 CCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAACCTGTTTTCTGAATACG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-CAACAAG
* ** * * * *
57938 TTCAAATAATTATGGTTATTCGAACAATTATTTATATCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
** * *
58003 TAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAGATAAAATAATACTAATTTATTCAA-ATT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGA-ATAAAATAATACTAATTTATT-AATATT
* * **
58067 TCAAAAATTAGTAAGTAAAAGA-TTAAAGAAATAAATATGTTTGCCAAGTGAG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTTCCAA-CAAG
* * *
58119 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * *
58184 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * ** * *
58248 TTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACCAT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAACAAG
* * *** * *
58296 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATTATC-TTTGTTTTTTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** *
58360 TAAAACAATTGTTTCT-GTCTATACAAA-CTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATAT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTC-ATA-AAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * **
58423 TTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAATTAG
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCC-AACAAG
* * * ** * * * * *
58476 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
58540 TAAAATAGTTGTTT-TATTTCA-ATCATGCTTATTCGAAATCAAAGAATACTATTTTATTAACA-
66 TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
58602 TTCAAAAAATTAATAAG--GAA-TTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAG
128 TTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCC-AACAAG
* * ** * * * *
58653 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCATTTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA-TTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
58717 ATAAAAGAATTGTTTC-ATTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
65 ATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
58781 TTCAAAAATTAA
128 TTCAAAAATTAA
58793 GAAATAATAT
Statistics
Matches: 964, Mismatches: 217, Indels: 75
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 72 0.07
177 102 0.11
178 100 0.10
179 40 0.04
180 246 0.26
181 250 0.26
182 148 0.15
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAACAAG
Found at i:58798 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 58758--58831 Score: 130
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
58748 ATCCAAAATA
58758 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
1 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
* *
58794 AAATAATATTTCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAG
1 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
58830 AA
1 AA
58832 GTTGGAAATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 36 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (36 bp):
AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
Found at i:59169 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 58873--59193 Score: 402
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
58863 GAATCAGTTC
** * * *
58873 AAATAATTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATAA
* * *
58938 AACAATTGTTTTTCAATATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATT-TCA
66 AACAATTATTTATCAATATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTAT-A
*
59002 AAAATTAATAAGTAGGAGATTGTTTGTTTATTAAACCAACTT
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTGTTTGTTTATTAAACCAACTT
*
59044 AAATAATTATGACTATTTTAACAATTATATATTT-AAAGTCATTAT-AACCATTTGTTTTGTCAT
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA-TCATTATGAA-CATTTGTTTTGTCAT
* * * *
59107 AAAACACTTATTTAT-ATTCATACAAGCTTCTTC-GAAATAAAATAATACTAA-TCTAATAATAT
64 AAAACAATTATTTATCAAT-ATACAAGCCTATTCAG-AATAAAATAATACTAACT-TAATAATAT
* *
59169 TATTAAAATTAATAATTAAGAGATT
126 TATAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
59194 TGAAAAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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171 118 0.92
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATAA
AACAATTATTTATCAATATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTATAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTGTTTGTTTATTAAACCAACTT
Found at i:59821 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180
58833 TTGGAAATTA
* * * * **
58843 AAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGTTATTTGAACAATTATC-TATTT
1 AAAA-ATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATTT
* * * * * * * **
58907 CAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAAGCCTATTCAG
64 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-ATTCATACAAGCTTATTTGG
* *
58971 AATAAAATAATACTAACTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AAGTAGGAGA--T
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAAG-AAGAGATTT
* *** * * * *
59022 -----T--GTTTGTTTATTAAACCAACTT-AAATAATTATGACTATTTTAACAATTATATATTT-
1 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTC
* * * * * * *
59078 AAAGTCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACACTTATTTATATTCATACAAGCTTCTTCGAA
65 AAA-TTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * * **
59143 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATTAAAATTAATAATTAAGAGATTT
129 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAGAAGAGATTT
* ** * * * *
59195 GAAAAATAAATTTTTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATC-TATTT
1 -AAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATTT
* * * * * * * * * * *
59259 CAAATTGTTATGTCATTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTATTTAG-
64 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * *
59323 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TAAT-AAG-AGAG--TT
129 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAGAAGAGATTT
* * * * *
59370 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAAC-AATTAAACAATTA-ATTTATTT
1 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACA--TATTT
* * * * * *
59433 CATATCATTATGACCATTTTG-TTTGTCTTAAAACAATTATTTCTATTGATA-TAGTCTTATTTG
64 CAAATTATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAG-CTTATTTG
* ** ** * *
59496 GAATAAAGTAATGTTAATTTATTAACGTTCTAAAAATTAA-CAAGTAATAGATTT
127 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAG-AAGAGATTT
* * * * *
59550 AAAAAATGAATTTGTTGACCTAACCAGTGCAAATAGTTATGACTGA-CTGAACAATTATC-TATT
1 -AAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTA-CATATT
* * * * * * * *
59613 TTAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTATATTTATACAAGCTTATTGGG
63 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGG
* *
59678 AATAACATAA-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAGAAGAGATTT
128 AATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAGAAGAGATTT
* *
59731 AAAAACTAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTC
1 AAAAA-TAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTC
*** * * * * * *
59796 AAATTGCCATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCCTACAAGCTTATTT-CAA
65 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * *
59860 TTAAACTAACACAAATTTATT-ATCATTC-AGACAATTAAT-AAGTAAAAGATTT
130 -TAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTA-AAAATTAATAAAG-AAGAGATTT
*
59912 AAAAAATAAATATGTTTA
1 -AAAAATAAATTTGTTTA
59930 TTGCATAAGT
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 155, Indels: 96
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 124 0.18
172 5 0.01
173 13 0.02
174 80 0.11
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCA
AATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAGAAGAGATTT
Found at i:60281 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 59971--60862 Score: 857
Period size: 181 Copynumber: 5.0 Consensus size: 177
59961 TTATGACTGT
* * * * * * * *
59971 TAATGATTTGAAATATAT-ATTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAAAA
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAATTGG-TTAGGAAAT-AAT
* * * * *
60035 TTATTTTTTAAATCTCTTA-TA--AAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTGTTTTATTCCAA
64 TTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * *
60097 ATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
128 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* *
60147 TAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGGAAATGAA
1 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAATTGGTT-AGGAAAT-AA
* *
60211 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC
63 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * * * * *
60276 AAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGATTTATGATAGAACTAAATGTTA
126 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
** * * * *
60328 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATTGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACAGAT
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGG-AAATA-AT
* * * *
60393 TTATTTTTTAAATCTC---TTACTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
64 TTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
**** * ** *
60455 ATAAGCTTGTATGTTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAA
128 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
60505 TAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATTGACATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAATTAAT
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGG-AAA-TAAT
* * * **
60570 TTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTG
64 TTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * **
60635 GATAAGTTTTTATGTACTGAAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAAATTCA
127 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * *** * *
60686 CAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATAT
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTAGGAAATA-AT
*
60751 TTATTTTTTGAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
64 TTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * *
60815 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAA
126 -AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
60863 TCTTATTTTA
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 100, Indels: 40
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 18 0.03
177 198 0.33
178 1 0.00
179 2 0.00
180 5 0.01
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183 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (177 bp):
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGGAAATAATTT
ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
Found at i:60702 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 59972--60862 Score: 956
Period size: 358 Copynumber: 2.5 Consensus size: 357
59962 TATGACTGTT
* * * * * * *
59972 AATGATTTGAAATATAT-ATTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAAAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAAATT
* * * *
60036 TATTTTTTAAATCTCTTA-TAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTGTTTTATTCCAAATA
66 TATTTTTTAAATCTCTTACT--AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * *
60100 AACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGAT
129 AGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGAT
* * * * *
60165 AATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGGAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTT
194 AATTGTTCAAATTGACATAACTATTTGAATTGATTCAGGAAATGAATTTATTTTTTAAATATCTT
* *
60230 AGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA
259 AGTTATGAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA
* * * * *
60295 AAAATAATTGATTTATGATAGAACTAAATGTTAT
324 AAAAGAATTGATTTATGATAAAACAAAATGTCAC
** * * * * *
60329 AACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATTGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAAATT
* *
60394 TATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* ** *
60459 GCTTGTATGTTG-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATATA
130 GCTTGTATG-AGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGA
* * *
60522 TAATTGTTCAAATTGACATAATTATTTGAATTGATT-TGGTAAATTAATTTATTTTTTAAATATC
193 TAATTGTTCAAATTGACATAACTATTTGAATTGATTCAGG-AAATGAATTTATTTTTTAAATATC
* *** ** *
60586 TT-GCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATG
257 TTAG-TTATGAATTTTTAG-AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG
* ** *
60649 TACTGAAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAT-TCAC
320 AACAAAAAGAATTGATTTATGATAAAAC-AAAATGTCAC
* ** * *
60687 AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAATATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAGTAAATAAAT
*
60751 TTATTTTTTGAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
65 TTATTTTTT-AAATCTCTTAC----TAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *
60815 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAA
123 TAAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
60863 TCTTATTTTA
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 78, Indels: 30
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
357 23 0.05
358 322 0.74
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363 67 0.15
364 3 0.01
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (357 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAAATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG
CTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATTGACATAACTATTTGAATTGATTCAGGAAATGAATTTATTTTTTAAATATCTTAG
TTATGAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
AAGAATTGATTTATGATAAAACAAAATGTCAC
Found at i:62015 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 61962--62015 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
61952 TGGTTCAAGG
*
61962 GGGTGATCAATCCCCTCCCTA
1 GGGTGATCGATCCCCTCCCTA
* *
61983 GGGTGATTGATCCCTTCCCTAA
1 GGGTGATCGATCCCCTCCCT-A
62005 GGG-GATCGATC
1 GGGTGATCGATC
62016 TTGTCCAAGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 24 0.86
22 4 0.14
ACGTcount: A:0.19, C:0.30, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
GGGTGATCGATCCCCTCCCTA
Found at i:63692 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 63144--64617 Score: 1084
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 179
63134 TGCTATAAAT
* * * * * *
63144 AATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTC-AGTTAACAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * **
63208 AAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATGAGTAAGAGAAC
65 AAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * *
63271 TAGAAAAATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATCTGAAC
129 TA-AAAAATAAATTT-TTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
63325 AATTATCTATTTAAAAACATCATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATCC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATAC
* * * * **
63389 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCCAAA-ATT
65 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* *
63452 TAAAAAATAAATTTTTTTACTGAACACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
129 TAAAAAATAAA-TTTTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
63505 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
63570 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA
66 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * *
63635 AAAAATAAATCTTTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
131 AAAAATAAAT-TTTTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
63686 AATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGCTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
63751 AG-TATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTACTAAGTTAGAGATTT
66 AGCT-TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
63815 AAAGAATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCACGTCTATTTGAAC
130 AAAAAATAAATTT-TTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * * * *
63867 TATCATCTATTTTGAACCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATTATTCATAAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT---A-AA-A-C-A--A-T--T-GT
* ** * * *
63932 AATTGGTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAAATTATTACTATT-TCAAAAA-T
53 --TT-CTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT
* * * * * * **
63995 --TAA-T-AAAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGGG
114 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
64056 AAC
177 AAC
* ** * * * * *
64059 AATTATATATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAATGT-ATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAC
* * * * * *
64123 ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAA-CT
65 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGAT
* * * *
64186 TAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
128 TTAAAAAATAAAT-TTTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * ** *
64239 AATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTC-AGTACATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* ** * * * * * * *
64303 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGAGAT
64 CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * * *
64366 TTAAAAAATAAATTAATTTATTGAATTAA-TTCAAATAATTTTGGCCATTTGAAT
128 TTAAAAAATAAATT-TTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
64420 AATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTACTTT-TCA-TCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCT-ATTCATA
* * * * *** *
64483 CAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATG
64 CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
** * * *
64548 TAAAAAATTGATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
129 TAAAAAATAAAT-TTTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
*
64601 AATTATATATTTCAAAT
1 AATTATCTATTTCAAAT
64618 TGTTATAAGC
Statistics
Matches: 1021, Mismatches: 213, Indels: 118
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 42 0.04
177 4 0.00
179 10 0.01
180 281 0.28
181 509 0.50
182 29 0.03
183 1 0.00
184 1 0.00
185 3 0.00
186 1 0.00
187 1 0.00
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189 1 0.00
190 1 0.00
191 1 0.00
192 75 0.07
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197 45 0.04
198 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
AAAAATAAATTTTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:64178 original size:554 final size:555
Alignment explanation
Indices: 63393--64468 Score: 1255
Period size: 554 Copynumber: 1.9 Consensus size: 555
63383 TCATCCAAGC
* * *
63393 TTATTTCGAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCCAAAATTTAAAAA
1 TTATTTAGAATAAAATAATACAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAA--CAAAATTTAAAAA
* * * * * ** *
63458 ATAAATTTTTTTACTGAACACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
64 ATAAATGTGTTTACTGAACACGTTCAAATAATTAAGACTATGGGAACAATTATATATTTCAAATC
** * * * ***
63523 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAA
129 ATTATGACCATTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
63588 TAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA
194 TAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * *
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* *
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**
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** ** *
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* *
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Done.