Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168275.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_503, whole genome shotgun sequence
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262 ATTAGGATTT
* *
272 AAATAATACTAATTCAATAATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
1 AAATAATACTAATTTAATAA-TATTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
** ** * *
337 TCGAATAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAACTTTT
65 TCGAATAAGTAAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTT
* * * * *
402 GTTTAGTTATAAAACAATTCTTTCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTA
130 GTTTAGTCATAAAACAATTCTTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATTTA
* *
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** ** * *
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260 ATAGTAACGACTATTTAAACAATTGTCAATCTAAAATTGTTATAACACTTGATTTGTCATAAACA
* * *
597 ATTGTTTCAGTTAGTACAAATTTAAATAGAATA
325 ATTGTTTCAGTCAGTACAAACTT-AATACAATA
* * ** *
630 AAATAATATTAATTTATTAATATATTTGAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTT
1 AAATAATACTAATTTAATAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * * *
695 TA-CTGAATTAGTAAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATCGTTATGAGCT
63 TATC-GAATAAGTAAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACT
* * *
759 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAA
127 TTTGTTTAGTCATAAAACAATT-CTTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAA
* * * ** * * *
823 TTTATTAATATTTAAAAATTTAA-TA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTA
191 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACCAAACGA
* * * *
886 GTTCAAATAGTTACGACTATTTAAACAACTT-TCAATCTCAAATTGTTA-AGATC-TTTGTTTTG
256 GTT--AATAGTAACGACTATTTAAACAA-TTGTCAATCTAAAATTGTTATA-A-CACTTGATTTG
* * * * * *
948 TCATTAAATAATTTTTTTTA-TCA-TAGAAGCTT-ATCCAATTAA
316 TCA-TAAACAA-TTGTTTCAGTCAGTACAAACTTAATACAA-T-A
* * * *
990 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAATTAAATGTGCTT-
1 AAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* ** ** *
1052 GCGGCACCAA-TTCAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTATCTATT
65 TC-G-AATAAGTAAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATCTATT
1098 ACATATTGTT
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AAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
CGAATAAGTAAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTG
TTTAGTCATAAAACAATTCTTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATTTAT
TAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACCAAACGAGTTAA
TAGTAACGACTATTTAAACAATTGTCAATCTAAAATTGTTATAACACTTGATTTGTCATAAACAA
TTGTTTCAGTCAGTACAAACTTAATACAATA
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1237 GAATAAGTTC
* * *
1247 AAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTA
1 AAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTA
*
1282 AAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTA
1 AAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTA
*
1317 AAATCGTTAT
1 AAATAGTTAT
1327 GACCTTTTGT
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AAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTA
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1261 ATTTGAACAA
*
1271 TTATTTATTTAAAATAG
1 TTATCTATTTAAAATAG
*
1288 TTATAACTATTT-AAATAA
1 TTAT--CTATTTAAAATAG
*
1306 TTATCTATTTAAAATCG
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1323 TTAT
1 TTAT
1327 GACCTTTTGT
Statistics
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TTATCTATTTAAAATAG
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1450 AATTACTTCA
1460 AATAATTATCGTCATTTC
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1 AATAATTATCGTCATTTC
1494 AA
1 AA
1496 ATCGTTGTTA
Statistics
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AATAATTATCGTCATTTC
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2736 CAACAAATTA
* * * * * *
2746 TTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAA
** * *** * * * * *
2810 TAATAGTAATTTATTAGTATTTTGACAATTAACAATCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTAC
65 TAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAACAAAA-A--TAAAA-AT-GAT-T-TTTAT
* * * *
2875 CAA-ACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA-TTGTGACCTTT
123 GAACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTT
* * * * * * *
2938 TGTTTTGT-AATAAAATAATTATTTCAGTTAACATAAGCTTATTTAAAGCAAAATAATACTAATT
185 TGTTTTGTCAA-AAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATT
* * ** * * *
3002 TATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTTACTGAATAAGTT
248 TATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTA-AAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTT
* * * *
3067 CAAAGAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTAAAA-ACA
312 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATA-G
* * * * * *
3109 TTATGACCTTTT-TTTTGTCAGAAAACAATTGGTTTTGTTCATCCAAGCTTATTTCGAACAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAT
* * *
3173 AATATAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAACAAAAATTTGAAAAATGAATTTTTTTACTG
66 AATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAACAAAAA--T-AAAAATG-A--TTTTTA-TG
** * * * *
3238 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTACGACCATTTGTT
124 AACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * ** * * * * *
3303 TTTTCATAAATGAATTGTTTCTATTCGTAAAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTA
189 TTGTCAAAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
3368 ATATTCCAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
253 ATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
3433 ATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTG
318 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAG
* * * **
3469 CTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAG-TTATTTTAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAT
* * ***
3532 AATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTGAAAA-AAAAA-G-TTTTT-TGAACACAT
66 AATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAACAAAAATAAAAATGATTTTTATGAACACAT
* * * *
3593 TCAAATAGTTATAAATATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCA
131 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
3657 AAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTC
195 AAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
3722 CAAAAATT-GATAATTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAGCAACTTCAAATAGTTAT
259 CAAAAATTAG-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *
3786 GACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAG
323 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAG
* * **
3817 TTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAT-AAA
* * ** ** * ** *
3881 AAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTA
64 ATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA---AACAAAAATAA-AAAT-GA-TT-TTTA
* * * * *
3946 CTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAAGAATTATCTATTTGAAATCA-TTATGACCTT
122 -TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTT
* * **
4009 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTAA
184 TTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTGTTCAT--AAAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAA
* *** * *
4072 TCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TGGAA-ATA
246 TTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACT-GAACA-A
* * * * * * * * *
4131 GTTCCAACATTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAA
309 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAG
* * * *
4176 TTATGATCTTTAT-TTTT-TCATAAAATAATTGTTTCTT-TTTATATAAGCTTA-TTC-ATATTA
1 TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTTCGA-A-TA
** * * * * *
4236 AAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAA-AGATTTAAAAAATAAATG-TGTTTG
62 AAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAACA-A---AAATAA-AAATGATTTTTA
* * ** * * *
4299 TCGAAC-CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTT
122 T-GAACAC-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT
* * * * * *
4363 TGTTTAGTCAAAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGC-AATT
185 TGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATT-TAAATAAAATAATA-CTAATT
* ** * * * *
4427 TATTAACATTTGAAAAATTA-TGAGTAAGAGATTT-AAAAA--AA--TGTTTATTAAACAAGTTG
248 TATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
* *
4486 AAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCA-
313 AAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-AG
* * * * * * * *
4527 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTG-TTTCAGTTCAAAAAACCTTA-TCCGAAATCAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAA
* * * * *** * * * * *
4590 ATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAACTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTT
64 ATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAACAA-A-A-ATAAAAA-T---GAT-TTTT
* *
4655 -TCGCAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGTAA-TATCAATCTT-AAATAGTTATGA--
121 AT-GAACAC-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGACC
* * * * ** * * * * *
4714 TGCTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTTTTTAGATAAAAATAATATTA
182 T-TTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATACTA
* * * * * * * *
4779 ATTTAATAATATTCC-AAAACT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAATATATTT-GTCAAACCA
245 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACT-GAACAA
* * * * * * * *
4838 GTTCAAATAGTTAAGACAACTAGAATAATGATCTATTTCAAATCG
309 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAG
* * * * * * * * * * *
4883 TTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAAATG-CTTCAGTTTATACAAGCTTA-ATCGGAATAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAA
** * * *
4946 ATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTATTT
64 ATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAACAAAA-A--T-AAAAA-T-GAT-T-TTT
* * * * * * *
5011 ACTTAATA-AGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTT
121 A-TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT
* * * ** * *
5075 TTATTTTGTCATAAAATC-ATTGCTTT-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAT
184 TTGTTTTGTCA-AAAAACAATTG-TTTCTGTTCATAAAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAA
* * *** * *
5138 TTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAC-CAAAATAG
246 TTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACA-AG
* * * * ** * * *
5198 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAGCTACCTATTTCAAATCG
310 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAG
* * * *
5242 TTATTG-CTTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAATCTTATTT-GAAATAA
1 TTA-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAA
* * * ** * * *
5304 AATAATACTAATTTATTTATATTTCATTAATTAATAAGAGATTTAAAA-AATAAAT-CTATTTAC
63 AATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-ACA---AAAATAA-AAATGATTTTTA-
* * * * * * *
5367 CGAACTA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATT
122 TGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
5431 ATTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTTAT-AAAGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
186 GTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAG-CTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * ** ** **
5495 AGTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAACAAAATT-AAAAATAAATCGGTTTACCCAATTAGTTC
249 ATTAATATTCCA-AAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * * * *
5558 AAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTG
313 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAG
* * * * * * * * * * *
5599 TTATGACCTTTTGCTTTGTTATAAAATAATT-ATTTCAGCTCATATAAGCTTA-TCCCAAAAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAA
** * * *
5662 TAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
65 TAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
5697 GGGATTTAAA
Statistics
Matches: 1990, Mismatches: 463, Indels: 277
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
347 5 0.00
348 214 0.11
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365 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAT
AATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAACAAAAATAAAAATGATTTTTATGAACACAT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAA
AAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAG
Found at i:3978 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 2754--5754 Score: 1955
Period size: 177 Copynumber: 16.8 Consensus size: 176
2744 TATTATAACT
* * * * * * *
2754 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATAGTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
2819 TTTATTAGTATTTTGACAATTAACAATCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTACCAAACAATT
66 TTTATTAATATTCTAAAAATT---AAT-AAGAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * *
2884 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA-TTGTGACC
126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACC
* * * * * * **
2935 TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTC-AGTTAACATAAGCTTATTTAAAGCAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* ** * * * *
2999 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTTACTGAATAA
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATT-A--A-TAAGAG-A-TTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA
* * * * *
3064 GTTCAAAGAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTT-AAAAACATTATGACC
124 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACC
* * * ** *
3117 TTTT-TTTTGTCAGAAAACAATTGGTTT-TGTTCATCCAAGCTTATTTCGAACAAAATAATA-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-
* * * * * * * * * *
3179 AATTAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAACAAAAATTTGAAAAATGAATTTTTTTACTGAACATG
64 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT--A-AGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAG
* * * *
3244 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTACGACC
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * ** * * * * *
3296 ATTTGTTTTTTCATAAATGAATTGTTTCTATTCGTAAAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
3361 TTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGT
66 TTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * * * * *
3426 TCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACT
126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * *
3477 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAG-TTATTTTAAATAAAATAATACAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
3540 TTTTTTAATATTCCAAAAATTAAT--GAG--TGAAAAAAAAAGT-T-TTT--TGAACACA-TTCA
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAA-TCTGTTTACTAAACA-AGTTCA
* * * *
3596 AATAGTTATAAATATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC
129 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * *
3644 TTTTATTTTGTCA-AAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
3708 GTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAATTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-AGAGCAA
65 ATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTA-AACAA
* * * * *
3772 CTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATC
124 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* *** *
3825 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTA
* *
3890 ATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTACTAAACAAG
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA---A-GAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTACTAAACAAG
* * * *
3955 TTCAAATAGTTATGTCCATTTGAAGAATTATCTATTTGAAATCA-TTATGACC
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACC
** * ** *
4007 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
4072 TCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TGGAAA-TAGTTC
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACT--AAACAAGTTC
* * * * * * * * *
4135 CAACATTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATC
128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * * * * * *
4184 TTTAT-TTTT-TCATAAAATAATTGTTTCTTTTTATATAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTA
1 TTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
4247 ATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TT
65 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACAAGTT
* * * * * *
4310 CAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACC
127 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * * *
4360 TTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGC-
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-CT
* *
4423 AATTTATTAACATT-TGAAAAATTATGAGTAAGAGATTT-AAAA-AAA--TGTTTATTAAACAAG
64 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTA--A-TAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAG
* *
4483 TTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-TTATGACC
125 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGACC
* * * * *** *
4535 TTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGTTCAAAAAACCTTATCCGAAATCAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * ** *
4599 CTTCACTAATATTTTGAAAACTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCGCACCAA
65 ATTTATTAATATTCT-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTG-TTTACTAAACAA
* *
4664 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGTAA-TATCAATCTT-AAATAGTTATGA--
124 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGACC
* * * * * * * *
4714 TGCTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTTTAGATAAAAATAATATT
1 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACT
* * * * * * * *
4778 AATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATATATTT-GTCAAACCAGTTC
64 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTC
* * * * * * * *
4842 AAATAGTTAAGACAACTAGAATAATGATCTATTTCAAATCGTTTTGACC
128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * * * * * * *** *
4891 TTTGGTTTAGTCATATAATAAATGCTTC-AGTTTATACAAGCTTAATCGGAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * *
4955 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTACTTAATAA
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAA-TAAATCTGTTTACTAAACAA
* * * *
5020 GTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
124 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * ** *
5073 TTTTATTTTGTCATAAAATC-ATTGCTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* ** *
5136 ATTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-ATAGT
64 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACA-AGT
* * * * ** * * *
5199 TCAAATAATTATGGCCATTTGAATAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG-CT
126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TGACC
* * * * * *
5250 TTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* ** * ** * *
5314 ATTTATTTATATT-TCATTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTT
65 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC
* *
5378 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * * * * * * *
5427 TATTATTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTTATA-AAGACTTATTTAGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * ** **
5491 ATTTAGTAATATTC-ATAAAATTAATAAGTAACAAAATTAAAAATAAATCGGTTTACCCAATTAG
65 ATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAG
* * * * *
5555 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * * * * *** *
5607 TTTTGCTTTGTTATAAAATAATTATTTC-AGCTCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
5670 CTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAA-TAGTT
65 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTT
*
5733 CAAATAAG-TATGGC-ATTTGAAC
127 CAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
5755 CCCGTATTCC
Statistics
Matches: 2224, Mismatches: 466, Indels: 266
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 63 0.03
168 15 0.01
169 41 0.02
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173 4 0.00
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183 11 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
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TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
Found at i:4003 original size:890 final size:876
Alignment explanation
Indices: 1282--5695 Score: 2574
Period size: 890 Copynumber: 5.0 Consensus size: 876
1272 TATTTATTTA
* * * * * *
1282 AAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAA
* ** *
1347 AACAATTGCTTCAGTTCT-TATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
65 AACAATTGGTTTTGTT-TATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAA-TTATTAATATTC-
*** * * * * * * * *
1410 AAAAATTAAT--A-AGTGATTT-AAAAAGTGAATCTGTTTTC-CAAATTACTTCAAATAATTATC
125 AAAAATTAATAAACAAAAATTTGAAAAACTAAATTTATTTACTGAAA-T-GTTCAAATAGTTAT-
* * * * * * * ** * *
1470 GTC-ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTCTGTTTGGTCATATAACAATTGTT
187 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TATTTTTTCATAAAATAATTGTT
* * * *
1534 T-TATATCATACAAA-CTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCTTTCAAAAATTAA
251 TCTAT-TCATA-AAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A
* * * *** *
1596 TAAGTAAGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTGCTGAATTTGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA
312 TAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* ** * * * * * *
1659 GAACTGTATACTTCAAATCAATTATT-TACAAAATAAACCTTTTGTTCTATTACAAAATAATTAT
375 CAA-T-TAT-C-T-ATTTCAA--ATTGT----TAT-AACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-T
* * * * * ** *
1723 TTATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATA
427 TTTTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATAC-AATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATG
* * * * * * *
1788 ACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAA-ATTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAAC
490 AGT--GA-A---AAAAA--AAGTTT-TTTG--AACA--A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
1852 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TGTTTGTTATAAAACAATTTTTTCAT-TTCATA
541 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTATTTC-TGTTCATA
* * ** * *
1914 CTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATAGCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
604 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAT
* * ** ** *
1978 TTAAAAAATAATTGTGTTTAC----C---TC-ACCAGTCCT--CTATTTGAATAATTATCTATTT
668 TTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * *
2033 CAAA-ATGTTACAACCTTTTGTTTTGTCATTAAA-TATGT-TTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTG
733 CAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTTCTATTCATACAAGTTT-ATTA
* * *
2094 GAAT-AAAATAAAACAAATCTATTAATATTACAAAAATTAATA---AGAGATTTTAAAAATAAAT
795 GAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAGGTAGAGA-TTTAAAAATAAAT
* * *
2155 CTTTTTA-TCAAACTAGTTC
858 ATATTTACT-AAACAAGTTC
* * * * * *
2174 AAATAGTTATAACTATTT-AGGCAATTAAT-TATTTAAAATCATTTTGA-CTTTTTGTTCCGTTA
1 AAATAGTTATGACAATTTGA-ACAATT-ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTT-TT-TGTCA
* * * * * *
2236 TAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATT
62 TAAAACAATTGGTTT-TGTTTATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAA-TTATTAATA-T
** * * * * *
2300 TTGACAATTAATAATTA-AAAAATTT--AAAACATAAATATGTTTAC-CAAACTAGATCAAATAG
123 TCAAAAATTAATAA--ACAAAAATTTGAAAAAC-TAAATTTATTTACTGAAA-T-GTTCAAATAG
* * * ** * * *
2361 TCATGACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAGAA-AAT
183 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTATTTTTTCATAA-AATAAT
* * * * * *
2424 TATTT-TAGTTCATATAAGGTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCCAAAAAT
247 TGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
2487 TAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTT
310 T-ATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * * * * * *
2552 AAACAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTCATCTGTTT
372 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACA-ATTT-TTTTATTC
* * * * * * * *
2616 ATACAAGCCTATTTCAGATAAAATAATTCAAATTTATTACTA--ACAAGATAATTAATAAGTAAA
435 ATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATAC-AATTTTTTAATATTTCAA-A-AATTAATGAGT---
* *** *
2679 AGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCACACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAAC-A--A-C
493 -GA---AAAAAA-AAGT-T-TT-TTGA-ACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
2740 -A----AATTA-TTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-
548 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * ** * * * *
2798 TTCAAATTAAAATAATAGTAATTTATTAGTATTTTGACAATTAACAATCAAAAGATTTAAAACAT
613 TTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
2863 AAATATGTTTACCA-AACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA
677 AAATCTGTTTA-CAGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-A
* * * * * * * **
2927 -TTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTC-AGTTAACATAAGCTTATTTA-AAGCAA
739 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTA-TTAGAATAAA
** * *
2989 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-GAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTAT
802 AATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAG-GT-AGAG-A-TTTAAAAATAAATATAT
* *
3053 TTACTGAATAAGTTC
862 TTACTAAACAAGTTC
* * * * * *
3068 AAAGAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTAAAAACATTATGACCTTTTTTTTGTCAGAAA
1 AAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAA
* * *
3133 ACAATTGGTTTTGTTCATCCAAGCTTATTTCGAACAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAA
66 ACAATTGGTTTTGTTTATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATAT-AATT-ATTAATATT-CAAA
* * *
3198 AGTTAATAAACAAAAATTTGAAAAA-TGAATTTTTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTA
128 AATTAATAAACAAAAATTTGAAAAACTAAATTTATTTACTGAA-ATGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
3262 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTACGACCATTTGTTTTTTCAT-AAATGAATTGTTTCTA
192 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTATTTTTTCATAAAAT-AATTGTTTCTA
* * *
3326 TTCGTAAAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGCAA
255 TTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-TAA--AA
* * * *
3391 GAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTAT
317 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* *
3456 CTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGTTATT
382 CTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGTTATT
* *
3521 TTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTGAAAAAAAAAGTTTTTTG
447 TAAAATAAAATAATAC-AATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATGAGTGAAAAAAAAAGTTTTTTG
* * * *
3586 AACACATTCAAATAGTTATAAATATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATT
511 AACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATT
* * *
3651 TTGTCA-AAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATT
575 TTGTCATAAAA-CAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * * *
3715 AATATTCCAAAAATTGATAATTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAGCAACTTCAAAT
639 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACAA-TTCAAAT
* * * *
3780 AGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
703 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
3845 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAA
768 ATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-AGAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAA
* *
3910 TTAATAGGTAGGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
831 TTAATAGGTA-GAGATTTAA-AAATAAATATATTTACTAAACAAGTTC
* * * *
3958 AAATAGTTATGTCCATTTGAAGAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAA
* * * ** * **
4023 AACAATT-GTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTG
65 AACAATTGGTTT-TGTTTATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAT-TATTAATA-TTCA
* * * * * *
4087 AAAATTAAT--A-AGAGATTT-AAAAACTAAATTTGTTTA-TGGAAATAGTTCCAACATTTATGA
126 AAAATTAATAAACAAAAATTTGAAAAACTAAATTTATTTACT-GAAAT-GTTCAAATAGTTATGA
* * * ** *
4147 TTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATCTTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTCT
189 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * * *
4212 TTTTATATAAGCTTAT-TCATATTAAAATAATAT-TAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-ATAA
254 ATTCATAAAAGCTTATCT-AAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATA-AA
* * * * * *
4274 A-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAAT
316 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * * *
4336 TATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
379 TATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAG-
* * * *
4401 TTATTCAAAATAAAATAATAGCAATTTATTAACATTTGAAAAATT-ATGAGTAAGAGATTTAAAA
442 TTATTTAAAATAAAATAATA-CAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATGAGT--GA-A---AAAA
* * * *
4465 AAATGTTTATTAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-
500 AAA-GTTTTTTGAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AG
* * * * * * * ** *
4527 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAACCTTATCCGAAATCAAAT
560 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * ** * * * * * *
4592 AATACTACTTCACTAATATTTTGAAAACTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTC
625 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTAC
* * * *
4657 -GCACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGTAA-TATCAATCTT-AAATAGTTATGA--TGC
689 AG-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGACCT-T
* * * * * *
4717 TTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTTTTTAG-ATAAAAATAATATTAAT
750 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-GTTTATTAGAATAAAAATAATACTAAT
* * * * *
4781 TTAATAATATTCCAAAACTTAATA---AGAGATTTAAAAAAAAATATATTT-GTCAAACCAGTTC
814 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAGGTAGAGATTTAAAAATAAATATATTTACT-AAACAAGTTC
* * * * * * * * * * *
4842 AAATAGTTAAGACAACTAGAATAATGATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTGGTTTAGTCATAT
1 AAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT-TTTTTGTCATAA
* * * ** *
4907 AATAAATGCTTCAGTTTATACAAGCTTA-ATCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAA
65 AACAATTGGTTTTGTTTATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAA-TTATTAATATTC-A
* * * * * * *
4971 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTACTTAATAAGTTTAAATAGTTATGG
126 AAAATTAATAAACAAAA-ATTTGAAAAACTAAATTTATTTACTGAA-ATGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
5036 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATCATTGCTT-
189 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTC
* ** * *
5100 TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAA
253 TA-TTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAAA
** * * * * * **
5164 GAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAC-CAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAGCTA
317 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * *
5228 CCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTGTTTTATCT-TAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAATC
381 TCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGT-TATAAAACAATT-TTTTT-ATTCATACAA-G
* ** *
5291 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTT-ATATTTCATTAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
442 TTATTTAAAATAAAATAATAC-AATTT-TTTAATATTTCAAAAATTAAT--GAG--TGAAAAAA-
* * * *
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* * * * * *
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5482 ATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAACAA-AATT-AAAAATAAATCGGTT
623 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * * * * *
5544 TACCCAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
686 TACAGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT
* * * * * * *** * *
5609 TTGCTTTGTTATAAAATAATTATTTC-AGCTCATATAAGCTTATCCCAA-AAAAATAATATTACT
750 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTAGAATAAAAATAATACTAAT
*
5672 TTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
814 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
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AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA
AAAGCTTATCTAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGTTATTTAAAATAAA
ATAATACAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATGAGTGAAAAAAAAAGTTTTTTGAACAATTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
CAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACAATTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
ATACAAGTTTATTAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAGGTAGAGAT
TTAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTC
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * **
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* * ** **
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* **
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* ** * * * *** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * * * *
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** * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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1 AAAATA-ATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * *
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** * *
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* * * *
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1 AAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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1 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
** * * * * * *
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66 AAAAATTAAT-A--AA-AGATTTA-AAAAATAAATGTGTTTTC-GAACAA-TTCAAATAGTTATG
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *** *
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1 AAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** * * *
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1 AAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * * *
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* * * ** *
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** * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* *
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1 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT
* * * *
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* *
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* * * * * * * * * * *
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1 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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1 AAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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1 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 AAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *** * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * ** *
5264 AAAACAATTGTTTTTCA-AT-ATACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATT
1 AAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
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64 TCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-TCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
5392 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTATTCTATCAT
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* * * * * *
5441 AAAATAATTATTTCTGTTTATA-AAGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TT
1 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
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65 CA-AAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAAT-GTGTTT-TCGAA-CAATTCAAATAGTTA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * *
18737 AAT AA- AAA AAT AAC AA- AAT TAT -AT AAT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
18769 AAAAAAGAAG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 4, Indels: 12
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
2 9 0.14
3 53 0.84
4 1 0.02
ACGTcount: A:0.67, C:0.03, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Done.