Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168276.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_504, whole genome shotgun sequence
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
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** * * * *
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* * * * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
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4691 CGGTAAGCATATTTA-TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATGAA
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5565 TGGTAAACCGATTT-CTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
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5618 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
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5927 CGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAA
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6046 CAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTG
65 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCG
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* ** * **
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64 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCG
** ** * * *
6460 ACAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATT-A
129 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAA
* * ** * * *
6511 TTAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTACGAATAG-AACTAATTGTTTGATGACAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * * *
6574 ATAAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTT
64 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTC
* * * * **
6639 GGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAATATTAA
128 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAA
6691 TAAA
1 TAAA
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Statistics
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Found at i:3526 original size:526 final size:526
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Period size: 526 Copynumber: 12.7 Consensus size: 526
* * ** * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * *
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65 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTT-A
* * *
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128 GAAAACAGATTTAATTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * * * *
190 ATTTTATTTCAAATAAACTGTATGAATA-GAAACAATT-TTTTATAATAAAATAGAAGATTATAA
188 ATTTTA-TT-ATAT-AACTTTATG-ATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *** ***
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* * * * * **
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* * ** * * * *
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379 AAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGA-CAAA-AAAAGATCAGAAGATTTGAAATAGA
* * *** * *
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* *
505 TTACTCATTAATTTTGAAATATTAA
505 TTACTTATT--TTTAG-AATATTAA
* * ** * *
530 TAAATT--TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAGA-TG-TTTATGAGAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTAATTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAA
* *** * * * *
591 CAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTT-AGATAGTCATAACTATTTG-ACAT-GTTC
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** * * * * * * *
653 GGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTTTCTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
128 GAAAAC-AGATTTAATTTTTAAATC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* *
718 TTTATTTCAAATAAGC-TTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATG
190 TTTA-TT-ATATAA-CTTTATGATAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * * ** **
781 ATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTT-AACATGTTCAGT-AACAAGATTCCT
251 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AGATTTAT
* * * * **
844 TTTTTAATTCTCTT-TCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAATATTATTTTATTTCAAAT
315 TTTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * *
907 AAGCTTATATGAACTGAAA-AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGA
379 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGATCAGAA-GATTTGAAATAGA
* * * * * *
971 TAATTATTCAAAT-GT-TATGACTAGTTGAACTT-GTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATGT
441 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT
* *
1033 -TCTAC-TATTAATTGTCGGAATATTAA
503 CTTTACTTATT--TT-T-AGAATATTAA
* * * * ** * * *
1059 AAAATAAATATT-TTATGAATCAAAATAAACATGTATGATA-A-AAACAATTATTTTATGACAAA
1 TAAATTAGTATTATT-TTAAT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * ** * * *
1121 ACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTCA
63 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTA
* **
1186 -ATAAATAGATTT-ATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGT
128 GA-AAACAGATTTAATTTTT-AAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAAT
* * ** *
1247 ATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATA-GAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGCTC
185 ATTATTTTATT--ATAT-AACTT-TATG-ATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** *
1310 ATAGTAATTTCG-AATAGATAATTGTTGAAATGGTCAAAATTATTTAAACTTGTTTGACAAACAA
245 ATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAG
* ** * * * *
1374 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTT
309 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * * *
1439 TGAATAAACTTACATGAATTGAAATAAAT-TTTTAAGACAAAACAAA-ATGTCATAACGATTTGA
374 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAGA--TCAGAA-GATTTGA
* * * * *
1502 AATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTATGTG-ATCTAGTTCAGT-AACATATTTACTTTTT
435 AATAGATAATTATT-CAAATAGTCTTAACTATTTGAAT-TAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTT
** * *
1565 AAAT-TAATTACTTATCAATTGTCGAAATATTAA
497 AAATCTCTTTACTTAT---TTTTAG-AATATTAA
* * * * *
1598 TAAATTAGTATTA-TTTAACTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTATATAATAGAA
1 TAAATTAGTATTATTTTAA-TTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT-TATGACAAAA
** * *
1661 CAAAA-GTCATAATGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTATTTGA
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC----TG-
* * * * * *
1724 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAGATATTAATATATTAAT
124 ---G-TTAGAAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * *
1789 ATTACTTTATCCAAACACACTTATATGA-ACAAAA-ACATT-TATTTATGAC-AAACAAAAGGTC
185 ATTATTTTAT-TATATA-ACTT-TATGATACAAAACA-ATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
1850 ATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTA-TTGAAC-TGTTAGGTAATAATA
245 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGT-A-AACA
* * * *
1912 AATTGTA--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATT--CATT-TTTTA
308 GATT-TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * *
1972 TTTCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
371 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAA-TTATTTTATGAC-AAA-AAAAGATCAGAA-GAT
* * * * * *
2036 TTGAAATAGATAATT-TTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTT
431 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA--T
* * * *
2100 TTTTAATTTTCTTAGTTA-TTAATTTTTGGAATATTAT
493 TTTTAAATCTC-T--TTACTT-ATTTTTAGAATATTAA
* * * * * * *
2137 TAGATTAGCA-TATTTTATTTGAAT-A-CTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACA
1 TAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
2199 AAAGGT--T-A-TATTTG-AGT-TACAATT-TTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGT
66 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-AGA
* * * *
2255 AAACA-AATT-ATTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA-TTTAT
130 AAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * * *
2317 TCGA-ATAAGCTGGAATGATA-AAAA-AATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAGT-TTTTA
195 T--ATATAA-CT-TTATGATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-
* * * * * * * *
2378 GTAAA-AAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TTGTTTTAGCAAATAGGTTTTATTT
255 G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACA-GATTTA-TT
* ** * * * * * **
2441 TTTTGAATCTTCCTT-GTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAA
316 TTTTAAATC-T-CTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * *
2505 TAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAGGTTATAACAATTTG-AATAGA
378 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACA-AAAAAAGATCAGAA-GATTTGAAATAGA
* * * * * *
2569 TAATTGTT-AAA-A----T-A-GA----AACTAGTTCAGTAAACAAAATTATTTTTAAAACCTCC
441 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCT-C
*
2622 TACTTA-TTAATTTTA-AATATTAA
504 T--TTACTTATTTTTAGAATATTAA
* * * ** * *
2645 TAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTT-TATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-
1 TAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * *** *
2708 AAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAACCAATTT
65 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTA
* * * *
2772 GATAAACTA-ACTT-ATTTTTTAATCT-TTAAATTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAAT
128 GA-AAAC-AGATTTAATTTTTAAATCTCTT--A-TTA---ATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * *
2834 ATTATTTTATTTCAGATAAGCTTT-T-CT--AAGACAATTGTTTTATGATTAAAACAAAA-GTCA
185 ATTATTTTA-TT-ATATAA-CTTTATGATACAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCA
* * * * * ** * * ***
2894 TATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAAATTGCTCAATAAACAGA
246 TAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA
* * * * *
2958 -TTA-TTTTTAAATTTCTGT--TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTTTTATTTTATTT
310 TTTATTTTTTAAATCTCT-TACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
3019 TGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGATAAGAA-ATTTGAAA
374 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGATCAGAAGATTTGAAA
* *
3083 TAGATAATTGTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTAAAT
437 TAGATAATT-ATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAT
*
3147 CTCTTT-CTT-TTTTTAGAATATTAT
501 CTCTTTACTTATTTTTAGAATATTAA
* * * * * * * * *
3171 TAATTTAGCAATATTTTACTTGAATAAGTTTGTATCAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAA-T
1 TAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
3235 AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTGGTTCGAA
66 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGAA
* * **
3300 AATAGATTTAATTCTTAAATCTCTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAT
131 AACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * *
3365 T-T-TAA-TTTATGAATAGAAAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA
195 TATATAACTTTATG-ATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AA
** * * * *
3427 ATAGATAATAATTCAAATAGACACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
258 ATAGATAATTGTTCAAATAG--TCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
** * ** **
3492 AATCTCCAACCTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTG
321 AATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
3557 --TG-A-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AT-----GATTTGAAA-A-ATAA-T-TT
386 TATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAGATCAGAAGATTTGAAATAGATAATTATT
** * * * * *
3608 CAAAGGGTCATAACTATTTGAATCA-CTCGGTAAATAGATATTATTTTTAAATCT-TTTACTTAT
449 CAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAAT-TTATTTTTAAATCTCTTTACTTAT
*
3671 AATTTTGGAAT-TTAA
513 --TTTTAGAATATTAA
* * * *
3686 TAAATTAGTATTA-TTT-ATTCTATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTAATT-GA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
3749 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTA
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTA
* * * * *
3814 GAAAACATATTT-ATTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTATT-AGAATATTAAT-AATTTATATT
128 GAAAACAGATTTAATTTTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATT
* * * * *
3876 ATTTTATTTAAATAAACTTGATGA-ACAAACCAATTTTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATG
188 ATTTTA-TTATAT-AACTTTATGATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
3939 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTT-AACATGTTTTGTAAATAGATTAATT
251 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * **
4003 TTTTAATTCTCTTA-CTCATTAATTTTTATAATATTAAT---TTAGTATTATTTTATTTCAAATA
316 TTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * *
4064 AGCTTATATGAACTGAAACAATT-GTTTATTA-AAAAATAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATAA
380 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAGATCAGAA-GATTTGAAATAGATAA
* * *
4126 TTATTCAAATA--CTTATGACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAT-TTTT
444 TTATTCAAATAGTCTTA--ACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTT
*
4187 TACTTATTATTTGTCAAAATATTGAA
506 TACTTA-T-TTT-T-AGAATATT-AA
* ** *
4213 TAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
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4340 AAA-AGATTT-ATTTTTAGATCTTTTACTT-ATTAATGATTAATATTAATAAATTTATA-TATTA
130 AAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTTGA--AATATTAATAAATTAATATTATT-
* * * * * ** * *
4401 TTATTCAAAATAAGTTTGTTGATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGTTGA
191 TTATT--ATATAACTTT-ATGATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGA
* * * * * *
4466 TTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAT-TTAAA-TGATTTAT
252 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTT--TGGTAAACAGATTTAT
** *
4529 TTTTTAAAT-TCTTAATTATT-A-TTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTTGAAT
315 TTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAAT
* * ** * * *
4591 AAGCTTATATGAACTGAAATGATTTTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
379 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAA-AAAAGATCAGAA-GATTTGAAATAGAT
* * * * *
4656 AATTATTCAAAATAGTC-TGACTATTTG-ATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTAAAAT-TTT
442 AATTATTC-AAATAGTCTTAACTATTTGAAT-TAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCT
* *
4718 TTACTTATTAATTGTTGAAATATGAA
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* * * * *
4744 TAAAATGGTATTATTTTAATCGAATAAGCATGTATGAACA-AAA-ATATT-TTTTAT-A-ATAGA
1 TAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACA-AAA
* * * *
4804 -AAAA--TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT-TTTAAACTGATTTG
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAG
* * * * * *
4865 ATGAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATA-TAATAGATTAGTATTCTTTT
129 A-AAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * *
4928 AATTCTCCGACAACTTATATGA-ACAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATTA-GCT
193 -ATTAT---ATAACTT-TATGATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--
* * * * *
4991 ATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACA-AATTATT
251 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * *
5055 TTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTAG--TATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAAT
316 TTTTAAATCTCTTACCTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAAT
* * ** * *
5117 AAG-TTAGTGTGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATGAC-AAAAAA-AT-----GATTTGAAATAAAT
379 AAGCTT-GTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAGATCAGAAGATTTGAAATAGAT
*** * * * ** *
5173 AACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTC
442 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTTAAA-TCTC
* * **
5238 AGTTA-TTAATTTTTGGAATATTTT
504 -TTTACTT-ATTTTTAGAATATTAA
* * *
5262 TATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * * * *
5327 AAAAGGTTATAACTATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGTTTAGT
65 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGA
* * * * * *
5392 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTAGAGATTAATAAAATAATATTATTTTAT
130 AAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * **
5457 TCTGAATAAACTTGTATAATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTT
195 TAT--AT-AACTT-TATGATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTT
* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
5714 GTTCAAATAGT-TGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGC
446 ATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTC-T--
5777 TTA-TTAATTTTT-GAAATATTAA
505 TTACTT-ATTTTTAG-AATATTAA
* * * * * * *
5799 GAAATTAGTATTTTTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTATAT-ATCAAA
1 TAAATTAGTA-TTATTTTA-ATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA
* ** * * * * * *
5863 ACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTC
63 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTA
* * * * ***
5928 GATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGAT
128 GA-AAACAGATTTAATTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * ** * * * * * * *
5993 TATTTTATTCCGA-ATAAGATTGTAAGATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAA
187 TATTTTATT---ATATAA-CTT-TATGATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * ** * * * ** *
6057 AACAATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACATATT
247 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * ****
6122 TATTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTATTTT-TAACCA
312 TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTG
* * * ** * *
6182 AATAAGC-TCTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCTTAATGATTTGAGATT
376 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAGATCAGAA-GATTTGAAATA
* * * * * * * *
6245 TATAACTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
439 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT
6310 C-TTA-TTAATTTTT-GAAATATTAA
503 CTTTACTT-ATTTTTAG-AATATTAA
* * * *
6333 TAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAG-TATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * * ** * * *
6397 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATGTAGTC-TTACTATTTGAA-AGGTTCG
64 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAG
** * * * * * *
6460 ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTT-ATTAAGTGTTGGAATATT-ATTAATTAGTATT
129 A-AAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TTAATT---T-TTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * * * *
6523 ATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGA-ATAGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATA
188 ATTTTATTAT--AT-AACT-TTATGATACAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
6587 ACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGTTTT
248 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
6652 ATTTTTTAAATCTCTTA-CTGATTAATTTTTA-AATATTAATAAA
313 ATTTTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
6695 AGGTTAGAAT
Statistics
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Consensus pattern (526 bp):
TAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGAA
AACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
ATATAACTTTATGATACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAGATCAGAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTTACTTATTTTTAGAA
TATTAA
Found at i:4038 original size:175 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 176 Copynumber: 23.3 Consensus size: 179
2585 AACTAGTTCA
* * * * * * *
2595 GTAAACAAAATTATTTTTAAAACCTCCTACTTATTAA-TTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTG
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
* * * **
2658 TTTTATTTTGAATAGGCTT-TATGATGA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTTGTAA
66 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * *
2720 CAATTTGAAATAGATAATTTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAACCA-ATTTG
128 TGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CATGTTTG
* * * ** ** *
2773 ATAAACTA-ACTTATTTTTT-AATCT-TTAAATTTATTGGTTTTT-GAAATATTAATAAAGTAAT
1 GTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTT--ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAATTTAGT
* * *
2834 ATTATTTTATTTCAGATAAGCTT-T-T---CTAAGACAATTGTTTTATGATTAAAACAAAA-GTC
62 ATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * **
2893 ATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAA-ATTGCTCA
124 ATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TGTTTG
* * * * * *
2949 ATAAACAGA-TTA-TTTTTAAATTTCTGT--TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTTTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATT
* * * * * * *
3010 ATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGATAAGAA
65 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
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128 TGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTG
* * * * *
3126 GTAAACAAATTTA--TTTTAAATCTC-T--TTCTT--TTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
* * * * * * * **
3184 TTTTACTTGAATAAGTTTGTATCAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACA
66 TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
3248 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAAC-TGGTTC
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* * * * * * *
3297 GAAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAATTTAGTATT
* * *
3358 ATTTTATTT---TAA--TT-TATGAATAGAAAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
65 ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATG-A-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
3417 TGATTTGAAAATAGATAATAATTCAAATAGACACATGACTATTTGAACTTGTTTG
128 TGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAG--TCATAACTATTTGAACATGTTTG
* ** * * *
3472 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
* ** * *
3537 TTTTATTTCAAATAAAATTG--TGATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAAC---A----A-AAT
66 TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
** * *
3591 GATTTGAAA-A-ATAA-T-TTCAAAGGGTCATAACTATTTGAATCA--CTCG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CATGTTTG
* * * *
3637 GTAAATAGATATTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA-TAA-TTTTGGAAT-TTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATT
* * *
3698 A-TTTATTCT-ATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 ATTTTATT-TGA-ATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * *
3761 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
* * * * * *
3814 GAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAATTTA-TATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
* * * * * *
3877 TTTTATTTAAATAAACTTG-ATGAACAAACCAATTTTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGT
66 TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * *
3940 TTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTT-AACATGTTTT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
* * * * *
3988 GTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATA-T--TAATTTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
* * * * * *
4050 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTG-TTTAT--TAAAA-AATAGGTCACAAT
66 TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
4111 GATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATACTTATGACTATTTGAACTTGTTCG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
* * * * * * * *
4161 ATAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTGAATAAATTAATAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAGAATATT-AATAATTTAGTAT
*** *
4224 T-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 TATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
4288 A-AATTTGAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTT-
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
* * **
4338 GTAAA-AGATTTA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATGATT--AATATTAATAAATTTA-TA-T
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTTAGTATT
** * * * ** *
4397 ATTATTATTCAAAATAAGTTTGT-TGATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATA
65 ATT-TTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * *
4461 GTTGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAT-
127 -ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT--TG
* * * *
4516 TTAAA-TGATTTATTTTTTAAAT-TCTTAATTATT-A-TTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
* * ** *
4577 TTTTATTTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATGATTTTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA
66 TTTTA--TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
4641 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAATAGTC-TGACTATTTGATC-TAGTTCG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTG
* * * * * * * ** *
4693 GTAAGCATATTTA-TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATGAATAAAATGGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAATTTAGTATT
* * * *
4756 ATTTTAATCGAATAAGCATGTATGAACAAAA-ATATT-TTTTAT-A-ATAGA-AAAA--TCATAA
65 ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACA-ATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAA
** * ** *
4814 CAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT-TTTAAAC-TGATTTG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTTG
* * *
4865 ATGAACA-ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATA-TAATAGA-TTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-ATTTAGTATT
* * * * *
4923 CTTTTAATTCTCCG-ACAA-CTTATATGAACAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
65 ATTTT-ATT-T--GAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
4986 TA-GCTATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTAG
126 AATG--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTG
* * * * * *
5041 GTAAACA-AATTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTAG--TATGAATAAATTCA-TTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAAT-AATTTAGTAT
* * **
5102 TATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATG-----ACAAAA----A
64 TATTTTA-TTTGAATAAGCTT-GTATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* *** * * * *
5156 -AATGATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAAC-TAGTTTA
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTG
* * * * * * *
5210 GCAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATT-TTTATATTAGTAT
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAT-TTAGTAT
* *
5273 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
64 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
5338 ACT-ATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AA-ATTGTTTA
127 A-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TGTTTG
* * * ** *
5390 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTTAG-AGATTAATAAAATAATATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
* * * * *
5451 TTTTATTCTGAATAAACTTGTATAATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAA
66 TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAA
** * * * * * **
5515 CAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTG-AGTTGATTTG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTTG
* * * *
5567 GTAAACCGATTT-CTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
**
5631 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * ** ** *
5696 GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
* * *
5747 GTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTA
1 GTAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAATTTAGTA
* * * * * *
5809 TTTTTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTATAT-ATCAAAACAAAAGGTT
63 -TTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC
* * * ** *
5873 ATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCG
124 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
* * * * * *
5929 ATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTT-GGA
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATTTAGTA
* * * ** * * * * * * *
5992 TTATTTTATTCCGAATAAGATTGTAAGATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAA
63 TTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * ** *
6057 AACAATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAAC-TGGTTTG
126 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTG
** * * * * *
6111 ACAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
**** * * * *
6172 TTTTTAACCAAATAAGC-TCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCTTAAT
66 -TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** * * * *
6234 GATTTGAGATTTATAACTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTCG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTG
*
6285 GTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT-GATAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAATTTAG-TAT
* *
6344 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** ** * * *
6409 ATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATGTAGTC-TTACTATTTGAA-AGGTTCG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
** ** * * * * * * *
6460 ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAA-TTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTA
** * * * * * * * *
6524 TTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
66 TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * *
6589 AAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGGTTTG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTG
* * *
6640 GTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTA-AATATTAATAA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
6694 AAGGTTAGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
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TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
Found at i:7352 original size:661 final size:644
Alignment explanation
Indices: 6061--7330 Score: 1407
Period size: 661 Copynumber: 1.9 Consensus size: 644
6051 GGTCAAAACA
* ** * *
6061 ATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACATATTTATT
1 ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTTGACAAACACATTTATT
* *
6126 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTATTTTTAACCAAATAAGCTC
66 TTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATAGTATTTTTAACCAAATAAGCTC
* * * *
6191 TATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCTTAATGATTTGAGATTTATAACTACTC
131 TATGATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAACTACTC
* * *** *
6256 AAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
196 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * *
6321 TTGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATCAAAAACAATTGTT
261 TTGAAATATTAATAAATAGATATTATTTTATTTTCAATAAGCATGTATGATAAAAAACAATTGTT
** ** **
6386 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATGTAGTCTTACTATTTG
326 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCAAACTATTTG
* * * *
6451 AAAGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAAT
391 AAAGGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAATCTTCTTAGTCATTAAGTGTTGGAATATTATAAAT
* * * *
6516 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAG
456 TACTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTACGAATAGAAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAG
* * ***
6581 GTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAT
521 GTTAGAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTCAATAAAT
* * *
6646 AGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAATATTAATAAAAGGTTAGAATG
586 AGATTTATTTTTCAAAGCTCTTA-TGATTAATTTTTAAATATTAATAAAAGGTTAGAATG
* * * *
6706 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTT-AGCAAATACATTTAT
1 ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTTGA-CAAACACATTTAT
* **
6770 TTTTTAAATCT-TTCACT-ATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTCAAATAAGC
65 TTTTTAAATCTCTT-ACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATAGTATTTTTAACCAAATAAGC
* * * **
6833 TTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAGATCATATTGATTTGAGATTGATATTT
129 -TCTATGATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAACT
**
6898 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCT
192 ACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGA-TTTATGTTTTAAA--TC-T-CT
* * *
6961 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG-TATTATTTTA-TTTCAATAAGTTTTTATGTTTTTA
252 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGATATTATTTTATTTTCAATAAG----CATG-TATGA
* *
7024 TGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATTGTT
311 T-AAA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATCGTT
** * *
7088 CAAATAGTCAAATCTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTT-TT-GCT
372 CAAATAGTCAAA-CTATTTGAA-AGGTTCGACAAATAGATTTA-TTT-TTT-AATCTTCTTAG-T
* * * ** * *
7151 CATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-
431 CATTAAGTGTTGGAATA-TT-ATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTACGAA-TAG
* * * * * *
7214 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG-TAGGAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAG
493 AAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTA-GAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * *
7278 TCTTAATTATTTGAACTAGTTCAATTAA-CGCATTTATTTTTCAAAGCTCTTAT
557 TCAAAACTATTTGAAATAGTTCAATAAATAG-ATTTATTTTTCAAAGCTCTTAT
7331 TAATTTTTGG
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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662 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (644 bp):
ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTTGACAAACACATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATAGTATTTTTAACCAAATAAGCTC
TATGATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAACTACTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATAGATATTATTTTATTTTCAATAAGCATGTATGATAAAAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCAAACTATTTG
AAAGGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAATCTTCTTAGTCATTAAGTGTTGGAATATTATAAAT
TACTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTACGAATAGAAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAG
GTTAGAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTCAATAAAT
AGATTTATTTTTCAAAGCTCTTATGATTAATTTTTAAATATTAATAAAAGGTTAGAATG
Found at i:7606 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 6692--9092 Score: 1767
Period size: 178 Copynumber: 13.4 Consensus size: 176
6682 AAATATTAAT
* * * *
6692 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTT-A
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA
* * * * * * *
6756 GCAAATACATTTATTTTTTAAATCT-TTCACT-ATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTT
65 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
* * *
6819 TTATTC-AAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAAC
127 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * **
6868 -AAAGATCATATTGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA
* * *
6932 AAAACA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
65 TAAACAGA-TTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
6995 TTTTATT-TCAATAAGTTTTTATGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
125 TTTTATTCTAAATAAG---CT-TG----TATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* **
7054 AAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTT
1 AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGTTT
* * * *
7117 GATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTACT
63 GATAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
7181 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAAC
121 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * **
7237 AAAAGGT-AGGAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCA
1 AAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTG
* * * * * * * *
7301 ATTAAC-GCATTTATTTTTCAAAGCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTT
64 ATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
7365 TACTTC-GAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTAC-AAA-
128 TA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
7412 AAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTTGA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGA
* *
7477 TAAACA-ATTTAATTCTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** ** *
7541 TTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAAC
130 TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *** * *
7587 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTG-TTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA
** *
7651 GTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
65 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
**
7715 TTTTATTGC-AAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
125 TTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * ** * * *
7767 AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTG-CTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA
*
7831 GTAAAC--ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTA
65 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
7893 TTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC
125 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * *
7945 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT-TTGA
* * * * *
8009 AAAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTCACTTACTAATTTTTGAAATATAAATAAATTA-TATTA-
65 TAAA-CAGATTTATTTTTTAAA---TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
8072 TTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAAT-G-AACAATTG-TTTATGACAAAAT
126 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
8120 AAAAAGTCATAATGTTTTCAAATAGATAATTATTTAGATAG-CATAACTATTTGAAACATGTTTG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AA-TTGTTTG
* * * *
8184 GTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
64 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
8248 ATTTTATT-TCAATAAGCTTATAATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAA
124 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
8301 AAAAGGTCA-ACATTGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTGTTC
1 AAAAGGTCATA-A-TGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTT
* * *
8364 GATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
63 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTA-T
* * ** *
8428 TTTTTTAATCCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC
123 TATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * ** *
8483 AAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA
* * * *
8548 TAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATT
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * **
8611 ATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC
124 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * *
8666 AAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTTAAATT-TATT
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-A-TTTGAATTGT-TT
* * * * * *
8729 CATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTGATAACTTAGTAT
63 GA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * ** * * *
8794 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-CAAATGATT-TTTTTTGAGAAAAT
123 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
8846 AAAAGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTTG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTTG
* * * * * * *
8909 ATAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATGTTA
64 ATAAACAGATTTAT-TTTTTAA-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * ** * *
8974 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTACTTTATAATAAAA-
125 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
9025 AAAA--TCATAA-CAATTGAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTATT
1 AAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGT-TT
9087 GATAAA
63 GATAAA
9093 TATTAATAAT
Statistics
Matches: 1793, Mismatches: 301, Indels: 259
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 4 0.00
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180 181 0.10
181 114 0.06
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189 1 0.00
190 38 0.02
191 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGAT
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:7996 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7950--8000 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
7940 AAAACAAAAG
*
7950 GTCATAACAATTTGAAATA
1 GTCATAACTATTTGAAATA
*
7969 G--ATAATTATTT-AAATA
1 GTCATAACTATTTGAAATA
7985 GTCATAACTATTTGAA
1 GTCATAACTATTTGAA
8001 TGTGTTCAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 6
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 8 0.31
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19 3 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
GTCATAACTATTTGAAATA
Found at i:8977 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6692--12211 Score: 2218
Period size: 180 Copynumber: 30.5 Consensus size: 180
6682 AAATATTAAT
* * * * *
6692 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTT-A
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * *
6756 GCAAATACATTTATTTTTTAAATC-TTT-C--ACT-ATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTA
66 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
6816 TTTTTATT-CAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAAC
130 -TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT--GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * **
6868 -AAAGATCATATTGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * *
6932 AAAACA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
66 TAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
6995 TTTTATTTC-AATAAGTTTTTATGTTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
130 TTTTATTCCGAATAAG---CT-TG----TATG-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
7054 AAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTT
1 AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTT
* * * *
7117 GATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTACT
64 GATAAATAGATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * * *
7181 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAAC
126 ATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * **
7237 AAAAGGT-AGGAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCA
1 AAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG
* * * * * * * * *
7301 ATTAA-CGCATTTATTTTTCAAAGC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAAT
65 ATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
7361 ATTTTACTT-CGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTAC-AAA-
129 ATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
7412 AAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTTGA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * *
7477 TAAACA-ATTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
66 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** ** ** *
7537 TTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAAC
131 TTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * *
7587 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTG-TTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* *** *
7651 GTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
66 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * **
7715 TTTTATTGCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
130 TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** * * * *
7767 AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTG-CTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* *
7831 GT-AA-ACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTA
66 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
7893 TTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC
130 TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * *
7945 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-T-GTGTTC
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTG
* * * * * *
8008 AAAAAGCATATTTATTTTTTAAAT-TTTCACTTACTAATTTTTGAAATATAAATAAATTA-TATT
65 ATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
8071 A-TTTATT-CGAAATAAGCTTGCATGAATG-AACAATTG-TTTATGACAAAAT
129 ATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
8120 AAAAAGTCATAATGTTTTCAAATAGATAATTATTTAGATAG-CATAACTATTTGAAAC-ATGTTT
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTA-GTTT
* * * * *
8183 GGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTAT
64 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
8247 TATTTTATTTC-AATAAGCTTATAATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAA
128 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGT-ATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
8301 AAAAGGTCA-ACATTGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACT-GTT
1 AAAAGGTCATA-A-TGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* *
8363 CGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
63 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
8426 TTTTTTTTAATCCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC
127 -TTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * ** * *
8483 AAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * *
8548 TAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATT
66 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * **
8611 ATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC
129 ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-G--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * * * *
8666 AAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTTAAAT-TTATT
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGT-TT
* * * * * * *
8729 CATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTGATAACTTAGTAT
64 GA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * ** * * *
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128 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
** * * * * * *
8910 TAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATGTTAT
66 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * ** * *
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* * * ** * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TT
* ** * * *** * *
9087 GATAAAT--A-TTAATAATTAGTACTATTTTA-TT-TTGAACAAACTT---ATATTAACAAA-CA
64 GATAAATAGATTTATTTTTTA--AATCTTTTACTTATT--A-ATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * ** * * ** *
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124 GTATTATTTTATT-CCGAAT--AAGCTTGT-A-TGA-ATGAAACA-ATTGTTTTATGACAA-A-A
*
9205 T
180 C
* * * * *
9206 ATAA--TTATTTGAACT-AGTTCAGTAAATA-A-AATTATTTTCTAAAT-CTCTTATAA-AATTT
1 AAAAGGTCA--T-AA-TGA-TT-TG-AAATAGATAATTA--TTC-AAATAGTC--ATAACTA-TT
* * * * * * *
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* * ** * * ** * * * *
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* * ****
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** * ** ** * * ** *
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1 AAAAGG-TC-ATAAT-GATTTGAAATAGA-TAATTATTCAA---ATAGTCATA--ACT--ATTTG
* * * *** * *** **
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* * *
9519 AATGTT-ATAACAATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGTCC--ATAA-CTAT-T-TGAACTGGT
109 AATATTAAT-A-AA-TT--AGTA-TTATT-TT---AT--TCCGAATAAGCT-TGTATGAA-T-G-
**** * * *** *
9578 TTGGTAATAGATTTACTTTTTGAAAAT
158 -AAACAATTG-TTT--TATGACAAAAC
** * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * **
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* * * ** * * * *
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* * ** *
21129 -CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * ** *
21192 AAAAATAATTTTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATAATTCAAATG
64 ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * ***
21257 GACGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA-ATTAATTTCTTAAGTCTCCA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** * * *
21308 ACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
1 ACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
21373 AAACAACTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *** *
21438 -CTATAACTATTTAAACTCACTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
130 TC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * * *
21489 ACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATA
1 ACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
21554 GAAAAAATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
65 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * *** ** * * *
21618 TCA-AAAAATTTTCAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATTTA
130 TCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* **
21668 ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTATTC-GATATAATCTTACATG
1 ACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
21730 AACAGAACCAATTATTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAG
61 AACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** * * *
21795 ATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGA-TTCCTTTTTCAGTTTTCTT
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT
* * * ** * **
21850 ACTCATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAACAAGCTCATATGAA-
1 ACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
21913 TTGGAATAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
64 AT-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
21978 TAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * ** *
22032 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTAATTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAA-
1 ACTTATTAATT-TTATAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
22095 TTGAAACAATTATTTTATAACAAATCAAAAGG-CTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCAA
64 AT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
22158 ATTGTAATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTT
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTT
* * * * * * *
22215 -TTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTGATTCTGAGTAGGCTTGTATGAAC-
1 ACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
22278 TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
65 T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * * *
22343 GTCTTAACCATTTGAAATAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * *
22395 ACTTATTTATTTTTTAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTACGAAC
1 ACTTATTAATTTTATAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
22459 A-AAACAATTATTTTACGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATCGTTCATATA
64 ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
22523 GTCTTAGCTATTTGAACTTGTTTGGCCATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT
** * * * * * *
22575 GGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA-ATTAGTATCAA
1 ACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT-GTATGAA
* * * * * * * * *
22638 TAGAACCAATTGTTTGATGAC-AAATAAAAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAAT
63 CATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
22702 AGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
*
22755 A-TTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA
1 ACTT-ATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTA
22789 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 2014, Mismatches: 469, Indels: 155
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 18 0.01
176 65 0.03
177 55 0.03
178 4 0.00
179 301 0.15
180 531 0.26
181 471 0.23
182 433 0.21
183 134 0.07
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
Found at i:22036 original size:543 final size:531
Alignment explanation
Indices: 20049--22783 Score: 1844
Period size: 543 Copynumber: 5.1 Consensus size: 531
20039 AAAAGCTAAC
* ** * * * * *
20049 ACTTAATAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAATTTTA-TTTTATTCCGAACAAACTTATATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTTATT-TGAATAATCTTATATGAAC
* * * * * * * * * **
20113 AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATACAG
64 AAAACAATTATTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
* ** * * * * *
20178 -CATTTACTATTTGAACAGGTTTGGCAAACAAATTATTTTTTGAA-TCTT-TTAGTTATTAATTT
129 TCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAA-T-TTTTTT-AAGT-TTCTTACTCATTAATTT
* * * * ** * * * * *
20240 TCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAAATG
188 TTA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAA-TTGAAACAATTA
* * *
20304 TTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
249 TTTTATTACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
20369 TTAAACTAGTTTTG-CTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTCATTAAGTTTTGAAATATT
314 TTAAACTAG-TTCGAC-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATT
* * * * * *
20432 ATTAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAGGCTTATATG-AT-GAAAAACAATTGTTTTTTGACA
376 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTATTTTATGAC-
* * * * * * *
20495 AAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCCATAATTATTTGAACTGA
438 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAAT-TTTGAACTAA
* *
20559 TTCAA-TAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCA
502 TT-AAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TA
* * * * *
20591 ACTT-CTCATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTT-TTTGAATAAGCTTTTATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTTATTTGAATAATCTTATATGAAC-
* * **
20654 AAAACATTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATG
64 AAAACAATTATTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
* * * * *
20718 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAGTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA--ATA---A-TTTTTTTAAGTTTCTTACTCATTA-AT
* * * * * ** *
20783 TTTTTAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATTTACAAACTGAAACAATTAT
186 TTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTGAAACAATTAT
* * * * * *
20848 TTTATAACTAAACAAAAA-GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTAT
250 TTTATTAC-AAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
20912 TTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAGAATATTATT
314 TTAAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAAT
** * * *
20977 AGTTTAGCAATATTTT-TCTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA-A
379 AAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAACA
* * * * * * **
21040 CAAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAA-TTTGAACTAGTTTG
443 -AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AAAAATTTTGAACTAATTAA
* * *
21104 GTCAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-
506 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTA
* *
21129 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTA-TTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAA-TATTATTTTTA-TTTGAATAATCTTATATGAA-
* * * * * * * * * **
21192 AAAAATAATTTTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATAATTCAAATG
63 CAAAACAATTATTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
* * * * * **
21257 GACGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAATTAATTTCTTAAGTCTCCAACTCATTAA-TTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAATT--TTT-TTAAGTTTCTTACTCATTAATTTTT
* * * * * *
21321 ATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAACTATTTT
190 A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTGAAACAATTATTTT
* * * * *
21386 ATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTATTT
253 ATTACAAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTT
* * * ** *
21450 AAACTCA-CTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAATTTTAAT
316 AAACT-AGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAAT
**
21514 AAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAACA
379 AAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAACA
* * * *
21578 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAAAATTTTCAACAAATTAAGA
443 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAATTTTGAACTAATTAAGT
21643 AAATAGATTTATTTTTTAAAATTTA
508 AAATAGATTTATTTTTT-AAATTTA
* * *
21668 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTTATTCGATATAATCTTACATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTTATTTGA-ATAATCTTATATGAAC
* * * *
21733 AGAACCAATTATTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATA
64 A-AAACAATTATTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
* * *
21798 GTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTCCTTTTTCAGTTTTCTTACTCATTAATTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-ATT--TTTTTAAG-TTTCTTACTCATTAATTTT
* * * * *
21863 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAACAAGCTCATATGAATTGGAATAATTGTTT
189 T-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCT-ATATGAATTGAAACAATTATTT
* * *
21928 TATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
252 TATTACAAAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
21993 GAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
316 AAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATA
* * * * * *
22058 AATTTA-TATTAATTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATAACAAATC
380 AA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAA-C
* * * * * * * **
22121 AAAAGG-CTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATTGT-AATAATTATTTGAACTTGTT
442 AAAAGGTC-ATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAAT-TTTGAACTAATT
* * * *
22183 -CGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTT
504 AAG-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TA
** * * * * * ** *
22214 TTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA-ATTGATTCTGAGTAGGCTTGTATGAA
1 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTTATT-TGAATAATCTTATATGAA
* * * * *** * *
22277 CTAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
63 C-AAAACAATTATTTTAAGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** * * * * * *
22341 TAGTCTTAACCATTTGAAATAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTTATT
126 TGGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAA-TT--TTTTTAAGTTTCTTACTCA-TTAAT
* * * * * * **
22406 TTTTAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTACGAA-CAAAACAATTA
186 TTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAATAAGC-TATATGAATTGAAACAATTA
** * * * * * * * * *
22469 TTTTACGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAGCTAT
249 TTTTATTACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * ** * ** *
22534 TTGAACTTGTTTGGCCATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTA
314 TTAAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAAAATATTA
* * * * ** * *
22598 TTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTAGTATCAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAA
377 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * ** *
22662 TAAAAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTC-AAAACTATTTGAAATGGTTT
441 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAAT-TTTGAACTAATTA
* * *
22726 GGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTT
505 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TA
22755 A-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAAT
1 ACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAT
22784 TAGTAATAAT
Statistics
Matches: 1732, Mismatches: 371, Indels: 182
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
533 2 0.00
534 9 0.01
535 62 0.04
536 94 0.05
537 139 0.08
538 36 0.02
539 88 0.05
540 60 0.03
541 294 0.17
542 178 0.10
543 446 0.26
544 120 0.07
545 148 0.09
546 50 0.03
547 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAATATTATTTTTATTTGAATAATCTTATATGAACAA
AACAATTATTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAATTTTTTTAAGTTTCTTACTCATTAATTTTTAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAAA
AAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTC
GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAATTTTGAACTAATTAAGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATTTA
Found at i:24165 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22789--24633 Score: 1319
Period size: 181 Copynumber: 10.3 Consensus size: 179
22779 TAAATTAGTA
* * * * ** *
22789 ATAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAG-TAAATAGA
* * * * * * *
22854 ATTATTTTCTAAATCCCTTACATATAAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
22918 CCAATAAGCGTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
128 TGAATAAGCTTGTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** * ** * *
22970 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTCTTAACTGGTTGAACTAGTTCAACAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAGTAAATAGA
* * * * * *
23035 TTTATTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAACTTTT-AGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
23099 TGAAGAAGCCTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTT
128 TGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* *
23151 ATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAGTAAATAGA
* * * * *
23215 TTTACTTTTTAAA--T-ATCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCG
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
**** * *
23277 AATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-GTA
130 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
23326 ATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCAT-ACTTATTTGAACTATTTCAGTAAACT-
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTATTT-AGTAAA-TA
* * *
23389 GATTTATTTTTTAAATC-C--CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT-TTTT-TTT
63 GATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * *
23449 TGGCGATAAGCTTATATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTC
128 T-G-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * * *
23503 ATAAAAATTTGAAATA-AAAATTTGTTCATATAATCATAATTGTTTAAACTGATTTGGCAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTAGTAAATAG
* * * * *
23567 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTGTTT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
23631 TGAATTAGCCTGTAT-AAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
128 TGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
23683 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTAGTAAATAGA
*
23748 TTTATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA-TTTTATTT
* * **** * *
23810 CGAATAAGCCTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGT-
128 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * * * * *
23861 ACTAACGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAAAAGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAATTG
1 A-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAGTAAATAG
*
23926 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT
* * *
23990 TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
127 TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* *
24043 ATAAGAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGTAAATAGA
* * *
24108 TTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAAT-AATTAATATTATTTTA-T
65 TTT-ATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * *
24170 TCCAATTAAGCTTGTTATTAACTGAAATAATTATTATAATGACTAAAC-AAAGGTC
127 TTGAA-TAAGCTTG-TATGAACTAAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * ** * * * * * * * *
24225 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTTACTATTTAAACTAGTTCG-ACA-ACAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAATAGAT
* * * *
24288 ATATTTTTTAAA--TCTT-TTATCAATTTTTGGAAATATTTATTAAATTAATATTAATTTT-TTA
66 TTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTT-GAAATA-TTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT-
* * * * *
24349 TCTAAAAAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATG--AGAAC-TAAGGATC
127 T-TGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TC
* * * * * * *
24401 ATAACTATTTGAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAA-T-TGTTCGAAAAATA
1 ATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTAG-TAAATA
* * * * *
24464 GCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTA
63 GATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA--TTATTTTA
* * * * *
24529 TTTTGGATAAGTTTTTATGATCTAAAACAAATGTTTTATGACAAAA-ATAAAGGTC
125 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTC
* * * * *
24584 ATAACGACTTT-ACATTGATAATTATTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACT
1 ATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACT
24634 TGTTCAGTAA
Statistics
Matches: 1304, Mismatches: 283, Indels: 152
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
174 10 0.01
175 31 0.02
176 225 0.17
177 113 0.09
178 49 0.04
179 137 0.11
180 209 0.16
181 300 0.23
182 154 0.12
183 64 0.05
184 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAATAGAT
TTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
Found at i:24323 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 22810--24643 Score: 1660
Period size: 533 Copynumber: 3.4 Consensus size: 535
22800 AAATTGATAA
** ** * * * * *
22810 TTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCCCTTAC
1 TTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTATTTCGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *** * *
22875 ATATAAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTTATTCTA-TTCCAATAAGCGTGTAT-AAGC
66 TTAT-TAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTT-TT-TATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-C
* * * * * * * *
22937 TGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTATATA
127 TAAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * ** * * *
23002 GTCTTAACTGGTTGAAC-TAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAACTT
190 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTT
* * * * * ** ** * *
23066 TTAGAATACTACTAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAAGAAGCCTGTATGAATAGAAATAATTGT
253 TTGGAATATTAATAATTTAATATTATTTTGA-TTCCAATTAGCCTGTATAAATAGAAATAATTAT
* * * * *
23130 TTTACGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
317 TTAATGATAGAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
23194 TGAACT-AGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAA
382 TAAACTGAG-TTCGTAAATAAATATATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAA
*
23258 TTAGTTTTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAA
446 TTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAA
* * *
23322 AGTAATAAAAATTTGAAATAGGTAG
511 AGTACTAACAATTTGAGATAGGTAG
* * * *
23347 TTGTTCAAATGGCCATACTTATTTGAACTATTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATC-C---C
1 TTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTATTTCGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** *
23408 TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTTTTT-TTTTGGCGATAAGCTTATATGAGTTG
66 TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTATTTT-G-GATAAGCTTTTATGAACTA
* * * * * * *
23472 AAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATA-AAAATTTGTTCATATAA
129 AAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTT-AAATAGATAA-TTGTTCAAATAG
* * * * * *
23536 TCATAATTGTTTAAACTGATTTGGCAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
191 TCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
* * * ** *
23601 GAATATTACTAATTTAGTATTATTTTGTTTTGAATTAGCCTGTATAAATAGAAATAATTATTTTA
256 GAATATTAATAATTTAATATTATTTTGATTCCAATTAGCCTGTATAAATAGAAATAATTATTTAA
* * *
23666 TGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
321 TGATAGAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * *
23731 CTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAATTAG
386 CTGAGTTCGTAAATAAATATATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAAT-AAATTAG
*
23796 TATTATTTTTATTTCGAATAAGCCTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGT
450 TATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC-AAAAGT
*
23861 ACTAACGATTTGAGATAGGTAG
514 ACTAACAATTTGAGATAGGTAG
* * *
23883 CTGTTCAAAAAGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
1 TTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTATTTCGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*
23948 TTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAA
66 TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAA
24013 AACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
130 AACAAT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** *
24078 ATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTT
193 ATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTT-ATTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
* * *
24143 GAATGTTAATAA-TTAATATTATTTT-ATTCCAATTAAGCTTGTTATTAACT-GAAATAATTATT
256 GAATATTAATAATTTAATATTATTTTGATTCCAATT-AGCCTG-TA-TAAATAGAAATAATTATT
** ** * * *
24205 ATAATGACTA-AAC-AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTTACTAT
318 -TAATGA-TAGAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
24268 TTAAACT-AGTTCG-ACA-ACATATATTTTTTAAATCTTTTATCAATTTTTGGAAATATTTATTA
381 TTAAACTGAGTTCGTAAATAAATATATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTT-GAAATA-TTAATA
* * * * * * *
24330 AATTAATATTAATTTTT-TATCTAAAAAAGCTTGTATGATT-AGAAACAATTGTTTTATG--AGA
444 AATTAGTATT-ATTTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAA
* * * * * *
24391 AC-TAAGGATCATAACTATTTGAAGATTGATAT
506 ACAAAAGTA-C-TAACAATTTG-AGATAGGTAG
* * * * ** * * *
24423 TTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAA-T-TGTTCGAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTA
1 TTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAT-TTCGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
24486 CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGATC
65 CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA---TTTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC
* * * * *
24551 TAAAACAAATGTTTTATGACAAAA-ATAAAGGTCATAACGACTTTACATTGATAATTATTTAAAT
127 TAAAAC-AATGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA-GAATTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
24615 AGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAA
189 AGTCATAA-CTATTTGAACTTATTTAGTAA
24644 GCAATTTTTT
Statistics
Matches: 1093, Mismatches: 160, Indels: 84
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
531 3 0.00
532 131 0.12
533 190 0.17
534 14 0.01
535 51 0.05
536 77 0.07
537 52 0.05
538 2 0.00
539 99 0.09
540 183 0.17
541 169 0.15
542 108 0.10
543 12 0.01
544 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
TTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTATTTCGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAA
ACAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
TTAATAATTTAATATTATTTTGATTCCAATTAGCCTGTATAAATAGAAATAATTATTTAATGATA
GAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGAG
TTCGTAAATAAATATATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTACTAACA
ATTTGAGATAGGTAG
Done.