Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168281.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_509, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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3233 TTAACTTAAG
3243 AAAGTTGTTTTACAAGAAC
1 AAAGTTGTTTTACAAGAAC
3262 AAAGTTGTTTTACAAGAAC
1 AAAGTTGTTTTACAAGAAC
3281 AAAGTT
1 AAAGTT
3287 TTCCAAGATT
Statistics
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AAAGTTGTTTTACAAGAAC
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Indices: 3248--3294 Score: 60
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3238 TTAAGAAAGT
3248 TGTTTTACAAGAACAAA
1 TGTTTTACAAGAACAAA
3265 GTTGTTTTACAAGAACAAA
1 --TGTTTTACAAGAACAAA
*
3284 -GTTTTCCAAGA
1 TGTTTTACAAGA
3295 TTGAATTTGT
Statistics
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0.87 0.03 0.10
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16 10 0.37
19 17 0.63
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TGTTTTACAAGAACAAA
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Indices: 4528--4584 Score: 114
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4518 TTATATGAAC
4528 AAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACA
1 AAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACA
4554 AAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACA
1 AAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACA
4580 AAAAG
1 AAAAG
4585 GTCATAACGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 31 1.00
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AAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACA
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Indices: 4724--4768 Score: 58
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4714 TTTCGAATAA
4724 GTTTGTATGAACATAAA-AAAAT
1 GTTTGTATG-ACA-AAACAAAAT
4746 GTTT-TATGACAAAACAAAAT
1 GTTTGTATGACAAAACAAAAT
4766 GTT
1 GTT
4769 ATAACGATTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.14
20 11 0.50
21 4 0.18
22 4 0.18
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.13, T:0.33
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GTTTGTATGACAAAACAAAAT
Found at i:4878 original size:181 final size:180
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Indices: 4565--6030 Score: 1115
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 180
4555 AAAGCATTTG
* * * * ** * *
4565 TTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATACAACCTTTACTA
1 TTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
4630 TTTGAAC-AGGTTTGGC-AAACAAATTTATTTTTTGAGTCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATA
64 TTTGAACTA-GTTT-GCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATA
* * * * *
4692 TTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACATAAAAAAATG
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTA
* *
4747 TTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
4812 TTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAAATTAT
65 TTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * ** *
4877 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTATATGATGA-AAAACAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAA-AATTA
* * ** * * * *
4928 TTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGCCACAATTAG
1 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** ** * * *
4993 TTGAACT-GATT-CAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTAAAATATT
65 TTGAACTAGTTTGC--TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
** * * * *
5056 AATAAAGGAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC-TAAAACATTTA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAA-AATTA
* * * *
5109 TTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * * * *
5174 TTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAGTTTTTG-AATGTTG
65 TTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
5238 ATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TACGAAC-TGAAATAATTA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAACAT-AAAAAATTA
* * * * * * * *
5290 TTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * *
5355 TTGAACCGGTTCGAC-AAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAG-AATATTA
65 TTGAACTAGTTTG-CTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* ** * * * * * * *
5418 TTAGTTTAGCAATATATTT-CTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTA
129 ATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTA
* * *
5470 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
5534 CTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA
65 TTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** * ** *
5595 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTTTATGAGTA-AAAATAATTT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAA-AATTA
** * ** ** * * *
5646 TTTTATGACAAAACAAAATGTGGTAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAAGGGACGTGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * ** * *
5711 TTGAATTTGTTTGATAAATAGATTAATTTCTTAAGTCTCCAACTCATTAA-TTTT-ATTATATTA
65 TTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * * * * *
5774 ATAAATTAGTATTATTGTATTCCAAATAAACTTCTATGAATAGAAACAACTA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTA
* * * * *
5826 TTTTATGACAAAAACAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTATGAC-AAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
5891 TTAAACTCA-CTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATTTTA
65 TTGAACT-AGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
5955 ATAAATTAGTATTATTTTATTACGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTA
*
6007 GTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
6031 TTTGTTCATT
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 236, Indels: 76
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 19 0.02
176 52 0.05
177 64 0.06
178 5 0.00
179 76 0.08
180 214 0.21
181 527 0.52
182 54 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTA
Found at i:5253 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 4553--6030 Score: 1240
Period size: 362 Copynumber: 4.1 Consensus size: 360
4543 ATAACAAAAC
* * * * *
4553 AAAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATA
1 AAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * ** * * * * ** * *
4618 C-AACCTTTACTATTTGAACAGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAGTCTCTTAGTTATTAAT
64 CGGA-CATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAAT
* * * ** * * * * *
4682 TTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTGTATGAACATAAAAAAAT
127 TTT-AAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATT
* * * * *
4746 GTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
190 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
4811 TTTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAAATTA
255 TTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* *
4876 TTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTATATG-ATG
320 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TATGAATG
* *
4917 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACG
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACG
* * * * * * *
4982 GCCACAATTAGTTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTT
66 GACATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAA-TTT
* * *
5047 TAAAATATTAATAAAGGAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACATTTATT
129 TAAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTATT
* * *
5111 TTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
5176 GAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAGTTTTTG-AATGTTGAT
258 GAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
5240 AAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATTTACGAACTG
322 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTTATGAA-TG
* * * * * * *
5281 --AAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAAG-TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAC
*** * * * * * * *** *
5343 ATTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTT
65 GGACATAACTATTTGAA-CTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTT
* ** * * *
5408 TAGAATATTATTAGTTTAGCAATA-TA-TTT-CTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTA
129 TA-AA-A-TATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTA
* * *
5470 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAAT
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
5534 CTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA
256 TTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** *
5595 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTTTATGAGT-
321 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTTATGAATG
* * ** ** * *
5635 AAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-TGTGGTAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAAG
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAC
* * * * * * *
5699 GGACGTGACTATTTGAATTTGTTTGATAAATAGATTAATTTCTTAAGTCTCCAAC-TCATTAATT
65 GGACATAACTATTTGAA-CTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTC-TTAATT
** ** * * * * * * *
5763 TTATTATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCCAAATAAACTTCTATGAATAGAAACAACTATT
128 TTAAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATT
* * * *
5828 TTATGACAAAAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAACTATT
193 TTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
5892 TAAACTCA-CTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAACTTTTGAAATTTTA
257 TGAACT-AGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
*
5955 ATAAATTAGTATTATTTTATTACGAATAAGCTTGTATGAAT-
320 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TATGAATG
* * *
5996 AGAAACAATTGGTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
6031 TTTGTTCATT
Statistics
Matches: 875, Mismatches: 204, Indels: 74
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
353 10 0.01
354 3 0.00
355 21 0.02
356 162 0.19
357 73 0.08
358 4 0.00
359 8 0.01
360 82 0.09
361 111 0.13
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363 64 0.07
364 19 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACG
GACATAACTATTTGAACTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTA
AAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTATGAATG
Found at i:5658 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 5618--5658 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
5608 TTTTATTTTG
*
5618 AATAATTTTTTATGAGTAAA
1 AATAATTTTTTATGAGCAAA
5638 AATAATTTTTTTATGA-CAAA
1 AATAA-TTTTTTATGAGCAAA
5658 A
1 A
5659 CAAAATGTGG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.47
21 10 0.53
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
AATAATTTTTTATGAGCAAA
Found at i:6689 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 6054--9560 Score: 2460
Period size: 181 Copynumber: 19.6 Consensus size: 179
6044 AGTTATTTAG
* * * * * * * *
6054 AATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAGAAACT--CA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
6116 GTTCACGAAAGC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTACCTATCTCAAATCGTTATG-
66 GTTTACG-AA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** *
6179 ATTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTCAA
129 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
6230 ATTAAAATAATACTAATTTAATAAT-TATCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAATAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAA-A
** ** * * ** ** * *
6292 AGTGTTTGTTGAATTAGTTCAGATAGTTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATAATTCT
63 TCTGTTT-ACGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
6357 -ACCTTCTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTATGCAAGCTTATTTAA
127 GAACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
6409 AATATAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATGAATGAGTAAGAGATTTAAAAACATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT
* * * * *
6474 CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTTTCTATTT-AAAGACATTA
64 CTGTTTAC-GAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * *
6537 TGAACTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAA
126 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
6591 AATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAACTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
6656 TGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATG-
65 TGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * ***
6720 A-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTCCATACAAGCTTATTTGG
129 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * ** * * *
6770 AGTAAACTATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * *
6834 TGTTTGCCGAACCCGTTCAAATAGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCT-A
65 TGTTT-ACGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** * * * **
6898 ACCTTTTATTTAATCATAAAATAATCGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA
129 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
6950 ACTAAAATAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * *
7014 TCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
63 TCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * ** * * *
7079 GACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATCGTTTAAGTTTTTAAAAGTTTATCCAA
127 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
7132 AATAACATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTGAGA-AGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-ATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * **
7196 CAATTTATC-AAATCAGTTCAAATAATTATGGCAATTTAAATAATTATCTATTTCAAATGGTTAT
64 CTGTTTA-CGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ***
7260 GAACATTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCA-TT-ATA-AAGCCTATTTGG
127 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
7312 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
7377 TGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATATATTTCAAATCGTTAT-A
65 TGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
7441 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAACTTATTCAG
129 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAA
* ** * * *
7493 AATAAAATAATACTAATATAAAAATATTAT-GAAAATTAGTATCTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
7557 TTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATG
64 CTGTTT-ACGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
7622 ACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTCAG
128 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* *
7673 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-G--AGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * *
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* * * * **
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127 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * ***
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1 AATAAAATAATACTAATTTATT-AATATT-TCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *** * *
8090 -TGTGTTATGAA-TAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTGATTACCTATTTTAAATGC--TA
64 CTGT-TTACGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTA
* * * * **
8151 T-AACCTTGGTTTTGTCCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTA
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* * * * * * *
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* * * *
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** * **
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126 TGAAC-TTTTGTTT-TGTC-ATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
8384 GATTAAATAATA-TTATTTATTAATAATTCAAACAATTAAT-G--AGTAGATTT-TAAAAT-AAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
8443 ATGTTTACAGGTACAC-AGTTCAAATAGTCA--ACATATTTGAATAATTA-CTATTTTCAAATCG
64 CTGTTTAC--G-A-ACTAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
* ** * * * * * *
8504 TTATGGACATTTTGGTTTCATCATAAAACAATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCAA
123 TTATGAAC-TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
8563 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAGAAATTTAAAAAATGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** ** * *
8628 TATTTACCAAAAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATG-A
65 TGTTTACGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * *
8692 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATATAAGCTTATTCCA
130 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
8743 AATAAACTAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
8806 TCTATTTTCTAAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTT
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* ** * * * **
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* *
8924 AATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-T-A-AG-TTTACAAAAATAAGTC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATC
* * * * *
8983 TGTTTACAGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTT
65 TGTTTAC-GAACTAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * * * * * **
9047 ATGATCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATATAAGTTTATTTGA
125 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAA
* *
9102 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
9165 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATG
64 CTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
9230 ACCTTTTGTTTTTTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCGAA-ATTATTCAA
128 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTCAA
* * * * * ** * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
9344 GTTTACATAAATAGTTTAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATG-
66 GTTTAC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA
* ** ** * *
9407 A-TTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCAT
129 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
9457 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
9519 ATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAAT
66 GTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
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Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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Found at i:7135 original size:541 final size:539
Alignment explanation
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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** *
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** * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * *
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* * *
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** * * * *
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1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-ATAG-
* * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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510 CTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * * *
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1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAG
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
7844 ATTCGGAATAAAGTAATGCTAA-TTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAA
193 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * ** * *
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256 ATAAATATGTTTAC-CGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
7972 CATTATGACCTTTTTTTTGTC--ACAACAATTGTTTCTA-TTCCTATAAGCTTATTCGGAATAAC
320 CGTTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * *** *
8034 ATAATTCTAATTTATTAAATATTCTAAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAACCGAAAT-TGTG
384 ATAATACTAATTTATT-AATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-
** * * * * * * *
8094 TTA-TGAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTGATTACCTATTTTAAATGC--TATAACC
447 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACC
* * * *
8156 -TTGGTTTTGTCCATAAAATAATTTTTTCTA
511 TTTTGTTTTGT-AATAAAATAATTGTTT-AA
* ** * * * * *
8186 -TTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAA-CATA-CAATTTATTAATATGTCAGACAATTAATAGAA
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAGAA
* * * * *
8248 AAGATTTAAAAAACAACTCTATTTACTGAA-TAAATTCAAATAGTTATGAAACTATTTGAATAAT
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* * *
8312 TATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTCTGTCGA-AAAACAAATT-TTTTTG-TCATAGA
127 TATCTATCTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTT-TGTC-ATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACA
* * * *
8374 AGCTTATTTGG-ATTAAATAATA-TTATTTATTAATAATTCAAACAATTAATGAGT---AGATTT
188 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
8434 -TAAAAT-AATATGTTTACAGGTACACAGTTCAAATAGTCAACA-TATTTGAATAATTA-CTATT
251 AAAAAATAAATATGTTTAC-CGAAC-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-T
* * * * *
8495 TTCAAATCGTTATGGACATTTTGGTTTCA-TCATAAAACAATTATATCT-GTTAATATAGGCTTA
313 TTCAAATCGTTAT-GACCTTTT--TTT-AGTCATAAAACAATTAT-TTTAGTTCATACAAGCTTA
** * * *
8558 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATGAGCAAGAAATTTAAAAAA
373 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * *
8622 TGAATCTATTTACCAAA-AAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCA
438 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
8686 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT
503 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * * *
8723 GTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAACTAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGT
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AG-
* * * * *
8788 AA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * *
8851 TATCTATTTCAAAT-AGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCTGTTTATACAAG
127 TATCTATCTCAAATCA-TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
* * * *
8915 CATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-T-A-AG-TTTACA
190 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-A
* * * * * * * *
8973 AAAATAAGTCTGTTTACAGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTT
253 AAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTA--A-GACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
9038 CAAATAGTTATGATCTTTTGTTCT-GTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATATAAGTTTATTTG
315 CAAATCGTTATGACCTTTT-TT-TAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
9101 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAGTAAA
377 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
9164 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTAT
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* **
9229 GACCTTTTGTTTTTTAATAAAATAATTGTTTCT
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* * * * * **
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1 GTTCAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGA
* * * * * *
9323 AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAT-AAATAGTTTAAATAGTTATGACTATGTGAACAATT
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* * ** *
9387 ATCTATCTTAAATCATTATGA-TTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATATAAGCT
128 ATCTATCTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCT
*** * *
9450 TATTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
192 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
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* * * * * *
9570 -TAAT-A-CTAATTTATTA-ACATTCAAAA-AATTA-ATGAG--CA-A-GAG---ATTT-AAA-A
321 GTTATGACCT--TTTTTTAGTCA-T-AAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * * * *
9620 AAAAAAT-CT-ATTTATCGAACAAGTTC--GAATAGATT--TAA-C----TATTTGAACAAT-TA
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* * ** * * * * ** * **
9673 TCTATTTA--AAGTC-A-TT-AGA-CCTTTTG--TTTTATCATAAAAAAAT-TGTTTCAGTTCA-
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** * * * ****
9728 TAAAAACTTATCTAAAATAA-AATAATACTACTT-TATTAA
504 TATGACCTTTTGTTTTGTAATAA-AATA--A-TTGT-TTAA
* ** * * * * * *
9767 TTTTCA-AAAA--TTA---AAAAGCAAGTTATGACT-ATTTGAATAA-ATATCAATCTTAAATCA
1 -GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ATTAATTT-ATTAATATTTCAA----AAATTA
* *** * * *
9824 TTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAAT-AAT-TATTT-CTG----A--TCAACA-AGCTTATTA--
59 ATA-GA--AGAG-ATT-T-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAA-ATAG-TTATGACT
** * * * ** * *** * * *
9877 AGAT-AAAAATAATACTAAT-TTATTAAT-ATTCTAAAAC-TTAGTAAAAGACTTAAAAAAAATA
116 ATTTGAACAATTAT-CT-ATCTCA--AATCA-T-TATGACTTTTGT-TTTGTCAT-AAAACAAT-
* * * * * ** * * * * * *
9938 AAATGTGTTTGCTGA-ACCAGTTTAAATAG-TTAAGACTATTAGAATAATTT-TTAAT-TTCAAA
172 ---TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAA-A--ATAATACTAATTTAATAATATTCAAA
* * * *** * * * **
9999 TCATT-TTAA-CACTTTG-TTTAGTCATAGAAT-AAT-TGTTT-CAGTTCATACAAGCTT-ACTT
231 -AATTAATAAGTA-AGAGATTTA---A-AAAATAAATATGTTTACCG---A-ACCAG-TTCAAAT
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* * * ** ** *
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* * * **** * * * * * *
10170 -TCA-ATT-TA-AAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA-CAAT-TGTTATAGTTCATAA
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* * * * * * **
10228 -AAGCTTATCCAAAATAAAATAAT-ACTA-TTG--T-ATTA-ATATTTCAAAAGTTAATAAGAGA
455 CAAG--T-T-C-AAAT--AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAA-TCATTATGACC
***** * * * * ** *
10286 TTTAAAAAAT-AAATCAATTCAAATAATTAT
511 TTT-TGTTTTGTAATAAAAT-AATTGTTTAA
** * * ** * * * ** *
10316 GGCCATTTAAACAAC-TA-TCTATTTCAAATTATTATT-ACTT-TTGGTTTTCTCCTAAAACAAT
1 GTTCA--TAAA-AGCTTATTCAAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATT-T-C--AAA-AA-
** * * * *
10377 TGCTTTTCAATATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT-AA-TATTTCAAGA-A
56 -----TT--A-ATAGAAG-AGATTTAAAA-AATA-AAT-CT-ATTTACTGAACTAGTTCAA-ATA
* * * * * * * * *
10439 -TTAATAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTG
107 GTT-ATGAC-TATTTGAACAAT-TATCTATCT--CAAATCA-TT---ATGACTTTTG--T-TTTG
* ** * * *
10502 AACAATATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATA
160 -TC-ATA---A-AAC-AATTG---T----TTTTGTTC-AT-A-CAAGC--TT-ATTTGG------
* * *
10567 TAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAAATT
199 --A----A-T------AAAATAATACTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * ** * ** *
10632 TGAAAAATAAATCTATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATTTATTT
250 TAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * * **
10697 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTCTTT-GTTAATATAAGTTTATTCAA
315 CAAATCGTTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTAT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
10761 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
378 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
10826 CTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTCACTATTTGAATAACTATCTATTTCTAATCATTAT-
443 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ***
10890 AACTTCTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTCCT
508 ACCTT-TTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* ** ** * ** *
10923 TTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATA-TTCTAAAACTTAATAACG
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A-G
* * * * *
10987 AAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTTTC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT---C--T
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
11046 T-T-TGTCGT-AAAACA--AT---TGTT-TTAT-TCAT---ACAA--GCTTTT-TT-ATTA-AAA
127 TATCTATC-TCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA-TACAAG
* * * ** * *
11093 C--A-AT-G---CAAAT-TTA---A--TAAT-AT-TTTGAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAA
190 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
11143 AATAAATTTTTTTATCGAATCAATTAAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTA-TTGAAAT
255 AATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
11207 CATTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-ACAAGCCTATTT-AGAATAA
320 CGTTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* * * *
11270 ATTAATACTAATTTATTAACA-T-TAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
383 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * *
11333 TTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTT-AACAAATGTCTATTTAAAATCGTTATAACCT
447 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * *
11397 TTTGATTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
512 TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * ** * * *
11425 GTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TAATAAG
1 GTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAAT-AG
* * * * * * * **
11488 TAAGAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAATGA
63 -AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAA
* * * * * *
11552 TTATCTATTTTACATCATTCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCGATCATACAA
126 TTATCTATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-GTTCATACAA
* * * * *
11616 GCTTATATGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
189 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * * * *
11681 AAAATAAAAATGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT-TAATCTCA
253 AAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCA
* * * ** * * *
11745 AGTCATTAAGATATTTGTTTT-GTCAAAAAACAATTGATTTT--TATCATAGAAGCTTATTTG-G
317 AATCGTTATGACCTTT-TTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * *
11806 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTACAAAATAAA
379 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * ** * * ** *
11869 TGTGTTTACTGAGCTAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATGATTAT-TAATTTTGAATCGTT
442 TCTATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATT
* * * * * * *
11932 TTGACCTTTTATGTAGTCATAAAATATTTGTTTCA
505 ATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * * * *
11967 -TATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAACAAG
1 GT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-TA-
* * * ** * * *
12030 GAA-ATGATTTGGAAAAATAGTGATGACTA-TT--TGAAC-AATT-ATTTATTTA-AAATCATTA
62 GAAGA-GATTT-AAAAAATA--AAT--CTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATT-
* * *** ** ** * * ******
12088 TG-AC-CTT-T-TGT-TTTGA-CA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC--TTATCCAAAA
119 TGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACTTTTGTTT-TG-TCATAAAA-CAATTGTTTTTGT
* * * * * * * * ** **
12144 TAAAATAATACTAATTT---AT-TAATAAT-TTAA--AAATTAATAAGCAAGAGTTTAA-AA-TA
181 TCATACAA-GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTCAA-AAATTAATAAGTA
* * * * * *
12200 A-ATTTGTTTACTAAATAAATTCAAAT-TG-TTA-TG-ACTATTTGAACA-A-TT--GTCTATTT
243 AGA---GATT--TAAA-AAA-T-AAATATGTTTACCGAACCAGTTCAA-ATAGTTAAGACTATTT
* * * * * *
12256 ----AA--ATC-A-TT---AT-G-----ACCTTTTATTTTGTGATAAAAACAATTATCTGAATCC
299 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTAGTCAT-AAAACAATTATTTTAGTTC
* ** * * *
12304 ATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCA-AAAATTAATAAGCAAGT
362 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGA
* * * * * * * *
12368 GATTTAAAAAGTGAAT-AAGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAAGTAATGTC-ATTTCAACAATTA
427 GATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACC-AAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * **
12430 TCAATTTCAAATCATT-TG----TTTG----GTCATATAACAATTGTTTTT
489 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * ** * * *
12472 GATT-ATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAAT
1 G-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--AG
* * * * * * *
12536 AAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTCAATA
63 AAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * * *
12600 ATT-GC-ATACTGAAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAT
125 ATTATCTAT-CT-CAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
* * * * * *
12663 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATGATTAAGAGATTT
187 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
12728 AAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTACTTC
251 AAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
12793 AAATTGTT-T----TTGTTTT-GTCATAAAGCAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAA
316 AAATCGTTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * * * * *
12851 TAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTTA-AAATTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTT
380 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * **
12914 TGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATC-TCTATG
444 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TATG
* * * * **
12978 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
508 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* ** * * * * * *
13010 GTCCATATGAGTTTGTTCAAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--AAT
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAG
* * * * *
13073 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACCAGTTCAAA-ACGTTATGACTATTTGAGCAATTA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * * * ** * *
13136 TTTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTCTTTTATTACAAAACAATAATTTATGTTCATAAAAGCTT
129 TCTATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
** * * * ** * * *
13201 A-TTCAAATTAAAGTAATACTATTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA
193 ATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * * *
13265 ATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGTATAAGTATTTATTTCAAATC
256 ATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
13330 ATTATGACCTTTCGTTTT-GTCATTAAAA-AATTATTTTAGTTCATATC-AGCCTATTCGAAATA
321 GTTATGACCTTT--TTTTAGTCA-TAAAACAATTATTTTAGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATA
* * * ** *
13392 ACATAATAATAAGTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTAT
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * ** **
13456 TTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCT
447 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * ** * *
13521 TTTATTTTGTCACCAAATGATCT-TTTCTA
512 TTTGTTTTGTAATAAAATAAT-TGTTT-AA
* * * *** *
13550 -TTCATATAAGCTTACTTC-GAATAAAATAATA-CAATTTATTAATATTAGGATAATTAATAGGT
1 GTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-G-
* * * * * * * *
13612 AAAAGATTTTAAAAGAA-ATATGT-TTTTC-GAAC-ACGTTCAAATATTTGTCACTATTTGAATA
63 AAGAGA-TTTAAAA-AATAAATCTATTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
13673 ATTATCTATTTCAAATCATTACGATTTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAA
125 ATTATCTATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACA
*** * * *
13737 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT
188 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT
* * * * * * *
13802 AAAAAAATAAATCT-ATTACCGAGCGAGTTCAAGTAGTTATGACTCTTTGAACAATTAGT-TATT
251 -AAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA-TCTATT
* * * * * * * **
13865 TCAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTA-TTTATGCAATTTTATTTG
314 TCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTG
* ***
13929 AGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA
377 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
13993 TCTATTCACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCT-ATTATCTATTTCAAATGGTTA
442 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** * * * *
14057 TAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
506 TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-AA
* * * *
14092 -TTTATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT--AA
1 GTTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAA
* * * * * * *
14153 GAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTACTTCAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * *
14218 CTATCTCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
130 CTATCTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
14282 -TTCGAAAAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
194 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * *
14346 AAATATGTTTGTCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAT-A
258 AAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCG
* * * * * *
14410 TTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAACAAAA
322 TTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** * * *
14474 TAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
385 TAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * ** *
14538 CAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-ATAAAAAGTATGACCTTT
450 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTT
* * * * *
14602 TGTTTTATCATAGAATGATTGTTTCA
514 TGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* ** *
14628 GTTCATAAAAGCTTATGT-GAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAAAAGA
1 GTTCATAAAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAGA
* * * * * * *
14692 TAAAGATTTAAATAATAAGT-TAGTTTA-TCGAA-TCGCTTCAAATAATTATGACCATTTAAACA
64 -AGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-GAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * **
14754 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCATCATACAA
125 ATTATCTATCTCAAATCATTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* ** * * *
14819 GCCTATTCAGAATTAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
189 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * ** * * *
14884 TAAATAAATCTATTTATTGAA-C---T--AAT--TT----TTATTTAAACAATTATCTATTCCAA
253 AAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
14937 ATCATTATAACATTTTGTTCT-GTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTTTTTGGAAT
318 ATCGTTATGACCTTTT-TT-TAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * ** *
15001 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA-AAAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTA
381 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * *** * * * * * *
15065 TTTGTCGAAGTGGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTATCAAA-AATTATGG
446 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TT-TCAAATCATTATGA
* * * * *
15129 CCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT-TTT-T
509 CCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* ** ** *** * *
15158 TTATCATTCAAGCCCATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT
1 GT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-
*
15223 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATACG-TA--ACTATTTGAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * * * * *
15285 TGT-AAACTTCAAATCATTATAACCGTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAT
127 TATCTATC-TCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
*** * * * *
15349 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAA
190 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * *** * * *
15414 AAATAAATCTTTTTGTTGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
254 AAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * *
15479 TCAATATGACCTTTTGTTTTAG-CACAAGATAAGTTTTTTGAAAGTTTTTTGAATTTATACTAGC
319 TCGTTATGACC-TTT-TTTTAGTCATAAAACAA-----TT---A---TTTT-AGTTCATACAAGC
* *
15543 TTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATACTTC---AAAATT--TAA-CAAGAGATTTA
370 TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * * ** *
15601 AAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
433 AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * **
15666 AAT-AGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTT
498 AATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * *** * * **
15707 GTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT--AAG
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAG
* * *
15770 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAAATGAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
15834 TTATTTCAAAT-AGTTATAACTTGTTGTTTTGTTATAAAACAACTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
130 CTATCTCAAATCA-TTATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
** * * * * *
15898 A-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAA
193 ATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
** * * * *
15962 ATAAATATGTTTATTGAACTAAATT-AAATAG-TAATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA
256 ATAAATATGTTTACCGAAC-CAGTTCAAATAGTTAA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * ** *
16025 CCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGGTTCTA-TTCATGTAAGCTTATTTCAAAT
319 TCGTTATGACC-TTT-TTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * *
16088 AAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-T-GAAAAATCAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATA
381 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAG-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* **** * **
16149 TGTTTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
444 T-ATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* **
16213 GACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCT
507 GACCTTTTGTTTTGTAATAAAAT-AATTGTTTAA
* * *
16246 GTTCATAAAAGCTTAATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT
1 GTTCATAAAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-
* * * **
16310 AAAAGATTTAAAAAATAAAAT-T-CTTA-TG-ACT--TTC---T-GTT-T-TCTCA-TAAAACAA
63 AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAA
* * *** * ** * *
16362 TTGTTTCTAT-TCATA-CA--A-G-CTTATTCAAATT-ACAATAATATTAATT-TATTAATATT-
126 -T-TATCTATCTCAAATCATTATGACTT-TT-GTTTTGTC-ATAA-AACAATTGT-TT-TTGTTC
* * * * * * *
16418 TTGACAA--TTA-AT--AAGTAAAA-GAT-TTAAGTAAAAAATATTTTTTTCAAACAAGTTCAAA
183 AT-ACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATA-----TTCAAA-AA-TT--AA
* ** * * ** * * *** * **
16476 TAATTCTAA-CTATTTGAATAATTATCTAT-TTTA---AATCATTATGACCTTTTGTTTTG--TA
237 TAA--GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGT-T--CAAATAGTTAAGACTA
* ** ** * * * ** * * *
16534 ATAAAACAATTA--T-TTT-AGTTC-ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTA
296 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTTTTAGT--CATAA-AACAA-TTATT-
* * * ** * ** * ** * ***
16594 ATA-TTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGAATAAAA-AA-A-TGAATTTGTT--TATTGAACATGTT
355 TTAGTT-CATACAA-GCTTA-TTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAGAAAAT
* * * * * * * * * *
16653 TAA-ATAGTTATGACTATCTAAATAAT-TATCTATTT-CAAAAC-A-TT-ATGACA-TTTTG--T
415 TAATA-AG-CAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA-AATAGTTATGACT
* * * * ** * * * * ** * *
16709 TTTATCATAAAATAAT-TGGTTCTATTCATGTA--AGC--TT-ATTTCAAAT-AAATAA-T-ATA
476 ATT-TGA-ATAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT
16765 AA
538 AA
* * ** * ** ** * **
16767 ATT-ATTAATA--TT-TGAAAAAT-CAATAAGTAAAAATTTA--AA-AAAT-AAATATGTTTTTT
1 GTTCA-TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTTCAAA-A--ATTAAT
* * * * * * * * * *
16823 TGAACACG-TTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-T
61 AGAAGA-GATTTAAAAAATAAAT--CTATTT-ACTGA--A-CTAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT
* *
16885 TT-----ATT-T-TGTCAT-AAATC---A--A-TTGT-TTTTGT--T----C-A----------T
118 TTGAACAATTATCTATC-TCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * *
16918 -A-A-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA
182 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * **** *
16980 GATTTAAAAAATAAA-AT-TCTTA-TG-ACTTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
246 GATTTAAAAAATAAATATGT-TTACCGAAC---CAG---T-TC---AAATAGTTAAGACTATTTG
* * * * *
17040 ATACAAGCTTATTCAAATTACAATAAT-ATTAATTTA--TTAATATTTT-GACAATTAATAAGCA
300 A-ACAA--TTA-TC-TATTTC-A-AATCGTT-A-TGACCTT--T-TTTTAGTC-A-TAA-AA-C-
** * * * * * * ** * *
17101 AAAGATTTAAG-TAAAAAATATG-TT-TTTCAAACAAGTTCAA-A-TAGTTCTA--ACTATT-T-
348 AATTATTTTAGTTCATACA-A-GCTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATT-TATTAATATTCTA
* **** ** ** ** * * ** **
17157 GAATAATTATCTATTTTA-A-ATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTAATAAAACAA-TT-ATTTTA
409 GAA-AATTA-ATAAGCAAGAGAT--TTAAAAAATAAATCTATT-T-ACCAAACAAGTTCA-AATA
* * * ** ** ** *
17217 GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTT-ATTAAT-ATTCCAAAAAATAATGAG
467 G-T--TATGA-C-TATTTG-AAT--AAT--TATCTATTTCA--AATCATT--ATGACCTTTTG-T
** * *
17280 TAAGAGAATAAAA-AAATGAATTT--
517 TTTG-TAATAAAATAATTG--TTTAA
* ** * * * ** * * * *
17303 GTTTATTGAA-CATGTT-TAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATT-AT
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATA-AAAT-AATAT-TAATTTATTA-ATATTTCAAAA-ATTAAT
** * * * *
17365 -GACATTTTGTTTTATCATAAAAT-AAT-TGGTTCTAATCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATA
61 AGA-A--GAGATTTA--A-AAAATAAATCT-ATT-T-A-C-TG-AA-C-TAGTTCAAAT--AGT-
* ** *** ** ***** * *
17427 ATAT-A-AATTT-ATTAA-TAT-T-TGAAAAATCA--AT-AAGTAAAAATT-T-AAAAAATAAAT
109 -TATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT
* * * * * * *
17481 ATGTTTTT-TTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
172 -TGTTTTTGTT---CA---T-ACA-AGCT-T-A-T-TTGGAATAA--A-ATAATACTAA-T-TTA
** * * ** * **** * *** *
17545 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAT-TGTTTCTG-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
219 --A-----TAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAAA----A-AT-AAATATGTTT
* * ** * **** * * ** * ** ** *
17608 ATACTAATTTA-TTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAACATAAAATTC-TTAT
268 A-CCGAA-CCAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTTG-AACA-ATTAT-CTATTTCAAA-TCGTTAT
* * * * *
17670 GA-CTTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAT----TACA
326 GACCTTT-T-TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA-A
* * * * * * **
17729 -A-TAA--TATTAATATT-TTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAGTAAA-AAATATGTTTTTC
388 TACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTACC
* * * *
17788 AAACAAGTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGT
452 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
17853 GTTGTAATAAAACAATTATTTTA
517 TTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* ** ** * *
17876 GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGAGGA
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-GA
* * * * * * * * * *
17941 AGAGAATAAAAAAATGAATTTGTTTATTGAAC-ATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * **
18005 ATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGTAAGCT
128 ATCTATCTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT
** * * * *
18070 TATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAATCAATAAGTAA-AAATTTAAAA
192 TATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
*** * *
18133 AATAAATATGTTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
255 AATAAATATG-TTTACCGAACCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * *
18197 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTTGGAATA
318 ATCGTTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * *
18262 AAATAATACTAATTTATTAAAATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAG
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * *** *
18326 TTACCAAGCAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATTTTTTTCAAATCGCCATGATCT
447 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * *
18390 TTTGTTTTGTCATGAAACAATTTTTTCTA
512 TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-AA
* * ** * * * *
18419 -TTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-TTCTTAAAATTAATAAGT
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGA
* * * * * * * * *
18482 TGAAGATTTAAAAAATAAATTTCTTCACTGAACAAGTTCAAATAGTAAT-ATCCATTTGAGCTAT
64 AG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAT
* * * **
18546 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAA
127 TATCTATCTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
*** ** ** *
18611 TTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTT-ATCAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTGAA
191 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * * *
18671 AACTAAATCTATTTATCAAACCTGTTCTAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA
254 AAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
18736 ACGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATA-TTCATACAAGCTTATTTGCAGTA
319 TCGTTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * * * * * *
18799 AATTATTGCTAAATTAATAGTATTCTA-AAAATTAAT----AATAGATTTAAAAAATAAATATGT
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * *
18859 TTGTCGAACCAA-TTTAAA-CGATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
447 TT-ACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
18922 CTTTCGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCA
510 CTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * * * * *
18952 GTTCACACATGCTTATTCAAAATAATATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAATTTAATAAACA
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGA-A
* * * * * * *
19016 AAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA
65 GAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * **
19081 TCTAT-TTATTATAAATATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AATGC
129 TCTATCTCA-AATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA-GC
**** * * * * *
19143 TTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAA
191 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** *** * *
19208 AATAAGT-TAGTTTATTGAATTGGTTCAAATAAGTTTAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
255 AATAAATAT-GTTTACCGAACCAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** * * * * * * *
19271 ATTGTTACAAACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-GTTT-GTCATCATACAAGCCTA-TTCAG
318 ATCGTTA-TGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGT--TCATACAAGCTTATTTGA-
* * * * *
19333 AATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTC-A-AAAATAAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
378 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
19396 CTATTTACCAAAC-----C--A-A---CT-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGA-TAT
443 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT
* *
19448 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTGT-A
507 GACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTT-TAA
* * *
19481 GTTCATATAAA-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGA-TAATATTTCAAAAATTAACAAC
1 GTTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAA-TA-
* * * * * * * * *
19544 TAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTA-TCGAAGC-AATTTAAACAATTAAGACTATATGAACA
62 GAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * **
19607 ACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
125 ATTATCTATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
*** * ** * *
19672 GCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATTTTTTAAAAATTAATAAGT----GATTTAA
189 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * ** * * *
19733 AAAGTAAACCTATTTACCGAATTAGTTCAAATAATTATAG-CCATGCT-AACAATTATCTATTTC
253 AAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *** * *
19796 AAATTGATAAT-ACCCTTTTTTTGGTCATATAACAGTTATATTT-GAAAATTCAAGCTTATTTGG
316 AAATCG-TTATGA-CCTTTTTTTAGTCATAAAACAATTAT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA
* *
19859 AATAAAATAATACTACTTTATTAATCTT-TCA-AAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAA
378 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AGAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * *
19921 ACCTATTTACCAAACTA-TCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTT
441 ATCTATTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * * **
19985 ATAACCTTTTGAATTGTTATAAAACAATTATTTTT
505 ATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * ** * *
20020 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAACTA
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-GA
* * * * * * * * *
20085 AGATAATT-AAAAA-AAATTTGTTTGCTGAATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * * * **
20148 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATATGTTTTTTTTTAATTCATATTAG
129 TCTATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTTT-GTTCATACAAG
* * * *
20213 CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGCGATTTAA
190 CTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * * *
20277 AAAATAATTTTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAA
253 AAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
20342 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAA-AAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAAT
318 ATCGTTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * *
20406 AAAGTAACAC-AATTCTATTAATATT-TTGAATATTAAT---CAA-AGATTTAAAAAATAAATCT
381 AAAATAATACTAATT-TATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * ** * * * *
20465 ATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCGTCATGAC
445 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * **
20530 TTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTT
510 CTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * * * ** *
20560 GTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAACAATGCTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTA
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-A
* * * * * ** * * * * *
20625 AAAAATTTTAAAAATAAATAC-GTTTGCTGAACTAAATCAAATAATCATGATTATTTCAATAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *** *
20689 ATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTCCAGTTCATATAAGCT
128 ATCTATCTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT
* * *
20754 TATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAA
192 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAA
* ** * * * *
20818 AA-AGAATATATTTATTGAA-CATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAA
255 AATA-AATATGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
20881 ATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATACAAGGTTATTT-AAAAA
318 ATCGTTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * * *
20945 ATAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA
382 A-AATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * **** * * **
21009 TTTACTAAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTGTTATGAC
446 TTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
21073 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
510 CTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-AA
* * * * * * *
21104 -TTCATACAAGTTTATTC-GAAT----TAGTA-T--TTCA--ACA-A-TT-AATAAGTAA-A-AA
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAGAA
** * * * * * * * *
21153 -ATTTTTTAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * ** ** *
21217 CTATTTCAAATCATAATGACCTTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATGTAAGTT
130 CTATCTCAAATCATTATGA-C--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT
** * * * *
21282 TGCTT-GAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGA-ATAAAA
192 TATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** ** ** * *
21345 AAAAGAATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA
255 AATA-AATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
21410 ACATTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGATTTT-GTTCATGCAAGCTTATTCCG-AA
319 TCGTTATGAC-CTTT-TTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAA
* * * * * *
21472 TAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAGTAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATC
380 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * *
21534 TATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATG
444 TATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *** *
21598 ACTTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTGATTT-T
508 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTG-TTTAA
*** * *
21630 GTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ACTTCCAAAAAATTAAT---
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTC-AAAAATTAATAGA
* ** * * * * *
21691 A-AG---TAAAAGAT---T-TA-AAACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
21747 TTTATTTCAAATTATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
129 TCTATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
* * * * * * ** *
21812 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAGTAATTTGGAGATCTAAAAAA
193 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * ** * * * * * * * * *
21877 TAAATCTATTTACCGAATAAATTTAAACAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTGAAATCG
257 TAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** **
21942 TTATGACATTTTATTT-TTGCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAA
322 TTATGACCTTTT-TTTAGT-CATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
22005 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCA-AAAA-T--TAAG-AAGAGGTTTAAAAACTAAATTTGTA
384 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* ** * * * * * *
22064 TACAAAATTAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAGGATC-T
448 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
22128 TTGTTTTATCATAACATAATTGTTTCTA
513 TTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-AA
* * * ** ** * *
22156 -TTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-A
* * * * * * * *
22220 AGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTACTGAACCAATTGAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * ** *
22285 TCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTT
129 TCTATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
* * * * * *
22350 ATTCGAAATAAAATAATACT-CTTGTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA-AGTTTAAAG
193 ATTTGGAATAAAATAATACTAATT-TAATAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAA-
* * * * * *
22413 AAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
254 AAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * ***
22478 TTGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACATTTGTTTTAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATA
319 TCGTTATGACC-TTT-TTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * *
22542 AAATAATATTACTTTATTAATATT-TCA-AAAATTGAGAAGTTAA-AGATTTAAAAAAATAAATC
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AGAAAATTAATAAG-CAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
** * * * * *
22604 -AGTTTATTGAAGC-AGTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTA
444 TA-TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * **
22666 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
506 TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * ** **
22700 TTATCATACAAGCCTATTCTGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
1 GT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-
* * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * * ** * * *
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1 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-TAG-
* * *** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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190 CTTATTTGGAATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *** * * *
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*** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* **
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* ** * * ****
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* * * * * * * * *
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* * * *** * *
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*** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
24154 ATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATATGTTT
384 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * *
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* * **
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513 TTGTTTT-GTAATAAAATAATTGTTTAA
* * * * * **
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1 GTTCATA-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGA
* * * *
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* * * *
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* ** * *
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Statistics
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** ** * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* ** * * *** * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** ** * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* **
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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** *** * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * ** ** * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* *** *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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** * ** * * * *
8522 CATCATAAAACAATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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*
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124 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCA
* * * * * * * *
9185 AATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTTTAATAAA
188 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * * * * * **
9250 ATAATTGTTTCTGTTCATGCGAAA--TTATTCAAAACAAAATAATATTGATCTATTAAAATTTTG
253 ACAATTATTTAAGTTCAT--AAAAGCTTATTCAAAA-TAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
* *** **
9313 AAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACATAA-A
315 AAAATTGAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAACA
* * * * * * *
9355 TAGTTTAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATG-A-TTTTATTTC
1 -AGTTCAAATAATTAAGACTATTTAAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGAACTTTTATTTT
* ** * * *
9417 ATCATAAAACAATTG-TTTCTTTTCATATAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
9481 TATTCCAACAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCAGTTCAAATAG
128 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAG
* *
9542 TTAGGACTATTAGAACAAT
193 TTATGACTATTTGAACAAT
9561 ATAATGAAAT
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Consensus pattern (361 bp):
AGTTCAAATAATTAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGT
CATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
TTAAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGAGAA
GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAACA
Found at i:9661 original size:110 final size:105
Alignment explanation
Indices: 9461--9670 Score: 269
Period size: 110 Copynumber: 1.9 Consensus size: 105
9451 ATTCATATTA
* * * * *
9461 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATC
1 AAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTATC
*
9526 GAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATATAATG
66 GAACAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTAGAACAATATAATG
*
9567 AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATT
* *
9632 TATCGAACAAGTTCGAATAGATTTA-ACTATTTGAACAAT
62 TATCGAACAAGTTCAAATAG--TTAGACTATTAGAACAAT
9671 TATCTATTTA
Statistics
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ACGTcount: A:0.50, C:0.10, G:0.09, T:0.32
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AAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTATC
GAACAAGTTCAAATAGTTAGACTATTAGAACAATATAATG
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Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 7.1 Consensus size: 177
9777 TTAAAAAGCA
* * * * * *
9787 AGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAT
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAAC
* * * * *
9850 AATTATTTCTGATCA-ACAAGCTTATT-AAGATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
65 AATT-GTT-TGTTCATAAAAGCCTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAA
* * * * * * * * * *
9913 CTTAGTAA-AAGA-CTTAAAAAAAATAAAATGTGTTT-GCTGAACCAGTTTAAAT
126 ATTAATAACAAGAGATT-TAAAAAAT-AAATCTATTTATC-AAACCAATTCAAAT
* * * * * * * ** *
9965 AGTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCATTTTAACAC-TTTGTTTAGTCATAGAA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTATTATGAC-CTTTTGTTTTCTCATAAAA
* * * ** * *
10028 TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCGAAA
64 CAATTGTTT--GTTCATAAAAGCCTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAA
* * * **
10092 AATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAATTTGAAT
125 AATTAATAA-CAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAAT
* * *
10147 AGTTATGA-TGATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGC-CAT-AAA
1 AGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT-CTCATAAAA
* *
10209 CAATTGTTATAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTGTATTAATATTTCAAA
64 CAATTGTT-T-GTTCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATA-TTCAAA
*
10273 AGTTAAT---AAGAGATTTAAAAAAT--A---A---AT-----CAATTCAAAT
125 AATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAAT
* * * * * * *
10310 AATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTA-CTTTTGGTTTTCTCCTAAAAC
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-GTTTTCTCATAAAAC
* * *
10374 AATTGCTT-TTCAATATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAGA
65 AATTGTTTGTTC-ATA-A-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
* *
10438 ATTAATAAC---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT
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* * * * *
10487 AGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACA
* * *
10551 ATTGTTTTGGTTCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAAT
66 ATTG-TTT-GTTCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAAT
* * * * * *
10616 TAATAATTAAGAAATTTGAAAAATAAATCTATTT-GCTAAACTAGTTCAAAT
128 TAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAATTCAAAT
* ** * *
10667 AGTTAAGACTACATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACA
* * ** *
10732 ATTGTCTTTGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGAAAA
66 ATTG--TTTGTTCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA-AAAA
** * *
10797 TTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-CTAAACCATTTCAAAT
127 TTAAT-AACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAATTCAAAT
* * * * * * * * * *
10849 AGTTTTCACTATTTGAATAACTATCTATTTCTAATCATTAT-AACTTCTTATTTTGTCATCAAAC
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTT-TTGTTTTCTCATAAAAC
** *** **
10913 AATTGGTCCTT-TTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCTAAAA
65 AATT-GT--TTGTTCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAA
* * * * *
10977 CTTAATAACGAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTT-TCAAACTAGTTCAAAT
126 ATTAATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAACCAATTCAAAT
*
11030 AGTTAAGACTATTT
1 AGTTATGACTATTT
11044 CTTTTGTCGT
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 140, Indels: 133
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACA
ATTGTTTGTTCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAA
TAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAAT
Found at i:10621 original size:340 final size:346
Alignment explanation
Indices: 10061--16328 Score: 997
Period size: 362 Copynumber: 17.7 Consensus size: 346
10051 TTACTTGGAT
* *
10061 TAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-C---AGATTT-AAAAAATAAATC
* * * ** * * *
10125 TGTTTATCGAACCAATTTGAATAGTTATGA-TGATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATG
60 TATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAT-
* * * * *
10189 ACCTTTTGTTTTGCCATAAACAATTGTTATAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
123 AACTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTT-TTGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *
10254 -ATTGTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AATT-C-AAA-TAAT
187 AATT-TAGTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACTAAT
** * *
10313 T-AT-G-G-CCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTA-CTTTTGGTTTTCTCCTAAAA
250 TAATAGAGACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-GTTTTCTCATAAAA
10373 CAATTG-CTTT-TCAATATAGAAGCCTATTCAAAA
314 CAATTGTCTTTGTCAATAT--AAGCCTATTCAAAA
* *
10406 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAGAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* **
10471 CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTT
66 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTT
* * * *
10535 GTTCTATCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
130 GTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTT-GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
10600 GTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAAATTTGAAAAATAAATCTATTTGCTAAACTAGTTCAA
193 GTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACTAATT--A
* * * * *
10665 ATAGTTAAGACTACATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAA
252 ATAG---AGACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAA
* **
10730 CAATTGTCTTTGTTAATATAAGTTTATTCAAAA
314 CAATTGTCTTTGTCAATATAAGCCTATTCAAAA
* * *
10763 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT-A--A-TAACAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
10828 ATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTCACTATTTGAATAACTATCTATTTCTAATCATTATAAC
61 ATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * **
10893 TTCTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTCCTT-TTCATACT-ATTTTATTCAAAATAAAATAATAC
126 TT-TTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GT-TTTGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
10956 TAATTTAAG-AATATTCTAAAACTTAATAACGAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATT-TTCAAA
186 TAATTT-AGTAATATTCTAAAAATTAATAA-G-AG--ATTTAAAAAATAAATCTAATTGCT-AAA
* * * * * * * * ** *
11019 CTAGTTCAA-ATAG-----TTAAGACTA-TTTCTTTTGTC---GTA--A--AACAATTGTTTTAT
245 CTAATT-AATAGAGACCACATAA-ACAACTATCTATT-TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT-C
** ** * *
11070 TCAT---ACAA--G-CTTT-TTTAT-TAAAACAATGC-AAA
306 TCATAAAACAATTGTCTTTGTCAATATAAGCCTATTCAAAA
** * * ** *
11102 TTTAATAATA-T-TTTGAAAATTAATAAAT-AAGATATTTAA-AA-A-A--T---AAAT---T-T
1 TAAAATAATACTAATT---TATTAATATTTCAA-A-AATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * * * *
11152 TTTTATCGAATCAATTAAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTA-TTGAAATCATTCTAAC
61 ATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * *
11216 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-ACAAGCCTATTTAGAATAAATTAATACTA
126 -TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
11280 ATTTATTAACATT-AAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAAC-AAAC-
188 ATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAATT-GCTAAACT
** ** * * * * ** * * **
11342 AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTAACAAATGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTAGT
247 AA-TT--AATAGAGACCAC-A-TAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCT
* * * * * **
11407 CATAAAACAATTGT-TTCAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAA
307 CATAAAACAATTGTCTT-TGTCAATATAAGCCTA-TTCAAAA
* * * * * *
11447 TAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAATAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTC-AAAA-ATTAA-TAACAGATTTAAAAAATAAATCTA
** ** * * * * ** * * * * *
11512 TTTACTGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAATGATTATCTATTTTACATCATTCTGAC
62 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAT-AA
* * * * * *
11576 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCGATCATACAAGCTTATAT-GAAATAAAATAATATT
125 CTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTT-GTTCATATAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACT
* ** ** ** *
11640 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTATTGAACT
187 AATTTAGTAATATTCT-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACT
* * ** * * * * *
11704 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTAT-TAATCTCAAGTCATTAAGA--TATTTGTTT
247 AATT--AATAG--A-GACCACAT-AAACAACTATCT-ATTTCAAATTATTATGACCT-TTTGTTT
* * * * * * ****
11765 TGTCAAAAAACAATTGATTTTTATC-ATAGAAGCTTATT-TGGT
304 TCTCATAAAACAATTG-TCTTTGTCAATATAAGCCTATTCAAAA
* * * *
11807 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTACAAAATAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--CAG--ATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * ** * ** * ** * *
11872 GTTTACTGAGCTAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATGATTAT-TAATTTTGAATCGTTTTGA
61 ATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCT-ATTTCAAATCATTAT-A
* * * * ** * * *
11936 CCTTTTATGTAGTCATAAA-ATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-
124 ACTTTTGTTTTGTCATAAACA-A-TTGTTTTGT-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
11999 TAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAACAAG-G-------AAAT-GA--T--TTG-GAAA--AA-
186 T-AATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACTAAT
* * ** * * * * * **
12047 TAGT-GATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA
250 TAATAGA-GACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAA
* * * *
12111 CAATTGT-TTCAGTTC-ATAAAAGCTTATCCAAAA
314 CAATTGTCTT-TG-TCAATATAAGCCTATTCAAAA
* *
12144 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGTTT--AAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAA-C-AGA-TTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * *
12206 TTTACTAAATAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCATTATGACC
62 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC
* * * * * * *
12270 TTTTATTTTGTGATAAAAACAATT-ATCTGAATCCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACT
126 TTTTGTTTTGTCAT--AAACAATTGTTTTG--TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * **
12334 AATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAA--TAAGTTTACCGAA-
187 AATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTAA--TTGCTAAAC
* * ** * * * *
12396 TCAGTTCAAATA-AGTAATGTCATTTCAACAATTATCAATTTCAAATCATT-TG----TTTG---
246 T-AATT--AATAGAG--A--CCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** **
12452 -GTCATATAACAATTGTTTTTGAT-TATATATGTTTATTTGAAA
304 TCTCATAAAACAATTGTCTTTG-TCAATATAAGCCTATTCAAAA
* * * *
12494 TAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAACAGATTT--AAAAAATAAATC
* * * * * * * * * ** **
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* * * *
12622 AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
123 AA-CTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * * * ** *
12687 CTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATGATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAAC
185 CTAATTTAGTAATATTCTAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAAC
* * * * * * * * *
12752 TAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTACTTC-AA--A-T-TG--TTTTTGTTTTG
246 TAATT--AAT-A--GAGACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTC
* * **
12810 TCATAAAGCAA-T-T-TTT-TCAATTCATACTAGCTTATTCGGAA
306 TCATAAAACAATTGTCTTTGTCAA-T-ATA--AGCCTATTCAAAA
* * * * * * *
12851 TAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTTAAAATTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAACAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
12915 GTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATC-TCTATGA
61 ATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCAT-TATAA
* * * * * *
12979 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATGAGTTTGTTCAAAATAAAATAAAACT
125 C-TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTG-TTTTGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * ** * *
13044 AATCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCAAACCAGT
187 AATTTAGTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCT-AAACTAAT
* * ** * * * * * * ** * * * *
13107 TCAAAACGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTCTTTTATTAC
250 T-AATA-G--A-GACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCAT
** * * *
13172 AAAACAATAAT-TTATGTTC-ATAAAAGCTTATTCAAAT
310 AAAACAATTGTCTT-TG-TCAATATAAGCCTATTCAAAA
* * * * * *
13209 TAAAGTAATACTATTTTATTAATATTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT--CAA-AAATTAA-TAACAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * * *
13273 GTTTACTGAACTAGA-TCAAATAGTCATGATTATTTGTATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGA
61 ATTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAT-A
* * * * * * * * *
13337 CCTTTCGTTTTGTCATTAAAAAATTATTTTAGTTCATATCAGCCTATTCGAAATAACATAATAAT
124 ACTTTTGTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTT-GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * ** *
13402 AAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-ATTTATCGAAC-
187 AATTTAGTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCT-AAACT
* * ** * * * ** * *
13465 AAGTTTAAATAATTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTTATTTTG
247 AA--TT-AAT-A-GA-GACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTC
* ** * * * * *
13530 TCACCAAATGATCTTTTCTAT-TC-ATATAAGCTTACTTC-GAA
306 TCA-TAAAACA-ATTGTCTTTGTCAATATAAGCCTA-TTCAAAA
*** * * * * * *
13571 TAAAATAATAC-AATTTATTAATATTAGGATAATTAATAGGTAAAAGATTT-TAAAAGAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAACAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * * * * *
13634 TTTTTCGAA-CACGTTCAAATATTTGTCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGAT
62 TTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTA-TAA
* *
13698 TTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAC-AATTG-TTTTGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * ** *
13763 ATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCT-ATTACCGAGC
188 ATTTAGTAATATTCT-AAAAATTAATAAG----AGA-TTT-AAAAAATAAATCTAATTGCTAAAC
* * ** * * *** * *
13826 GAGTTCAAGTAGTTATGACTC-TTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTT
246 TAATT-AA-TAG--A-GAC-CACATAAACAACTA-TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT
* * * * ** ** *** ** *
13889 TGTTATAAAACAATTAT-TTCTATTTATGCAATTTTATTTGAGA
304 TCTCATAAAACAATTGTCTT-TGTCAATATAAGCCTATTCAAAA
*
13932 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA----CAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * **
13996 ATTCACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAA
61 ATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * **
14060 TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
125 -CTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * ** * *
14125 AATTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACCAGTT
187 AATTTAGTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACTAATT
* * * * * * * * *
14189 CAAATAGTTATGACTACTTCAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATA
251 --AATAG--A-GACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATA
* * * *
14253 AAACAATTGT-TTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAA
311 AAACAATTGTCTT-T-GTCAATATAAGCCTATTCAAAA
* * * * * * * *
14289 -AAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAACAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * * * * *
14353 TTTGTCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTCTAAC
62 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTC-AAATCATTATAAC
* * * * ** *
14417 ATTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAACAAAATAATACT
126 -TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTT--GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * ** * *
14481 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAAAC-A
187 AATTTAGTAATATTCTAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACTA
* ** * * * ** * *
14545 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-ATAAAAAGTATGACCTTTTGTTTTA
248 A-TT--AATAG--A-GACCACATAAACAACTATCTATTTCA-AATTATTATGACCTTTTGTTTTC
* ** * * * *
14609 TCATAGAATGATTGT-TTCAGTTC-ATAAAAGCTTATGT-GAAA
306 TCATAAAACAATTGTCTT-TG-TCAATATAAGCCTAT-TCAAAA
* ** * *
14650 TAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAAAAGATAA-AGATTTAAATAATAAGT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT----A-ATAACAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** * * * * **
14713 AGTTTATCGAATCGCTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
61 A-TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAT-A
* * * * * * *
14778 ACTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCCTATTCAGAATTAAATAATAG
124 ACTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTGT--TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * ** *
14842 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTATTGAAC
186 TAATTTAGTAATATTCT-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAAC
** ** * * * * * * * *
14906 TAATT--T-----TTATTTAAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTCTGTTATA
246 TAATTAATAGAGACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATA
* * * ***
14964 AAATAATTGT-TTTAGTTC-ATATAAGCTTTTTTGGAA
311 AAACAATTGTCTTT-G-TCAATATAAGCCTATTCAAAA
* * * *
15000 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAACAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * **** * * * * * *
15065 TTTGTCGAAGTGGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTATCAAA-AATTATGG
62 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTA-TT-TCAAATCATTAT-A
* * * ** ***
15129 CCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT-TTTTTTATCAT-TCAAGCCCATTTGGAATAAAATAATAC
124 ACTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTTGT-TCATAT-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * **
15192 TAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
186 TAATTTAGTAATATTCT-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAAC
* * ** * * * ** * * * * * * *
15256 TAGTTCAAATACGTA-ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCGTTTATTCTAT
246 TAATT--AATA-G-AGACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCT
* * * * * * *
15320 CATAAAAAAATTATTTTTATTC-ATACAATCTTATTCAAAA
307 CATAAAACAATTGTCTTT-GTCAATATAAGCCTATTCAAAA
* * * *
15360 TAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAC----AGATTTAAAAAATAAATCT
* **** * * ** * * * *
15424 TTTTGTTGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGAC
61 ATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAT-AA
* * * ***
15489 CTTTTGTTTTAG-CACAAGATAAGTT-TTTTGAAAGTTTTTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGA
125 CTTTTGTTTT-GTCATAA-ACAA-TTGTTTT----G----TT-CA--TATA--AGCTTATTCAAA
* * * * * *
15552 ATAAAATAA-AATGAATTTATTAATACTTC-AAAATTTAACAAGAGATTTAAAAAATAATTCTAT
174 ATAAAATAATACT-AATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAA
* * * * * ** * * *
15615 TTACCTAACCAGTTCAAATAACTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTAT-AT
237 TT-GCTAA--A-CT-AATTAA-TAGAGACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTA-TTATGAC
* * * * ** * ***
15677 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTC-ATATAAGTTTGTTTGGAA
295 CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTCTTTG-TCAATATAAGCCTATTCAAAA
* ** *
15729 TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** ** * * * * *
15794 TGAAATGAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAACTTGT
66 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCA-TTATAACTT-T
* * * *
15858 TGTTTTGTTATAAAACAACTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTT
129 TGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * ** ** *
15923 ATTAATATT-TCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAATT
192 AGTAATATTCT-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACT-AATT
* ** * * * * ** *
15987 AAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
251 -AATAG--A-GACCACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAA
* * * *
16052 AATAATTGGTTCTAT-TC-ATGTAAGCTTATTTC-AAA
312 AACAATT-G-TCTTTGTCAATATAAGCCTA-TTCAAAA
* * *
16087 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAATCAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT---TAA-TAACAGATTTAAAAAATAAATCT
* **** * * * **
16150 GTTTTTTTGAA-CACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
61 -ATTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAT-
* * *
16214 ACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAATT-GAAATAAAATAATA
123 AACTTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATA
* *
16278 CTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
185 CTAATTTAGTAATATTCT-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAA
16329 ATTCTTATGA
Statistics
Matches: 4505, Mismatches: 970, Indels: 879
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
321 15 0.00
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328 3 0.00
330 4 0.00
331 9 0.00
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373 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (346 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTG
TTTTGTCATAAACAATTGTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTA
ATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACTAATTAATAGAGACC
ACATAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTCTTTG
TCAATATAAGCCTATTCAAAA
Found at i:11022 original size:363 final size:355
Alignment explanation
Indices: 10325--11040 Score: 906
Period size: 363 Copynumber: 2.0 Consensus size: 355
10315 TGGCCATTTA
* *
10325 AACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACTTTTGGTTTTCTCCTAAAACAATTGCTTTTCAATAT
1 AACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTGGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAATAT
*
10390 AGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAGAATTAATAACAGATTTAA
66 A-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACAGATTTAA
*
10455 AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATATCTATTTCAAA
130 AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATATCTATTTCAAA
** * * *
10520 TTGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATATAAGCCTATTCGAAATAA
195 TCATTATAAGCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTCTT-GTTCATATAAGCCTATTCAAAATAA
** * *
10585 AATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAAATTTGAAAAATAAATCTATTT
259 AATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACGAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTT
10650 GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
324 GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * *
10682 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTCTCATAAAACAATTGTCTTTGTTAA
1 AACAACTATCTATTTCAAATTATTATGA-CTTTTGGTTTTCTCATAAAACAATTG-CTTT-TCAA
** * * *
10746 TAT-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGAAAATTAATCAGTAAGA
63 TATAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATT-A--A-TAACA
* * * * *
10810 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTCACTATTTGAATAACTATCT
123 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAA-TATCT
* * * * ***
10875 ATTTCTAATCATTATAA-CTTCTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTCCTT-TTCATACT-ATTTT
187 ATTTCAAATCATTATAAGCTT-TTATTCTATCATAAAACAATT-GT-CTTGTTCATA-TAAGCCT
*
10937 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAG-AATATTCTAAAACTTAATAACGAAGAAAATTAAAAA
248 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-AGTAATATTCTAAAAATTAATAACGAAGAAAATTAAAAA
*
11001 ATAAATCTAATTTTC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA
312 ATAAATCT-ATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA
11041 TTTCTTTTGT
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 36, Indels: 24
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 82 0.27
358 14 0.05
359 7 0.02
361 1 0.00
362 60 0.19
363 132 0.43
364 10 0.03
365 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (355 bp):
AACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTGGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAATAT
AAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATATCTATTTCAAAT
CATTATAAGCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTCTTGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACGAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTGC
TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
Found at i:11593 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11117--16328 Score: 1800
Period size: 181 Copynumber: 29.2 Consensus size: 180
11107 TAATATTTTG
* * * * * * *
11117 AAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTTTTTA-TCGAA-TCAATTAAAATGGTTA-A
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACT-AGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * *
11179 GATTATTAGAACAATTATCTA-TTGAAATCATTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
64 G-CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
11243 TCAGTTCA-ACAAGCCTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTA-A
128 TC-GTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * *
11295 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATT
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACTAGTTCAAATAGTTA-T
* * * *
11359 A-CTATTT-AACAAA-TGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTG-ATTAGTCATAAAACAATTG
63 AGCTATTTGAA-AAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTG
* *
11420 TTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACT
126 TTTC-GTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTACA
* * * *
11477 AAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAGTTAAAATAATTATAGC
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAGC
* ** * * * *
11541 CATTTGAATGATTATCTATTTTACATCATTCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTC
66 TATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTC
* * * * *
11606 GATCATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
130 GTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
** *
11657 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAT-G
1 AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG
* * * * *
11720 ACTATTTGAAAAATTAT-TAATCTCAAGTCATTA-AGA--TATTTGTTTTGTCAAAAAACAATTG
65 -CTATTTGAAAAATTATCT-ATTTTAAATCATTATA-ACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * *
11781 ATTT--TTATCATAGAAGCTTATTTGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
126 -TTTCGTTA--ATACAAGCTTATATGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * * *
11837 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTACAAAATAAATGTGTTTACTGAGCTAATTCAAATAGTTAAAAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAGC
* ** * * * * * * * *
11902 TATTAGAATGATTAT-TAATTTTGAATCGTTTTGACCTTTT-ATGTAGTCATAAAATATTTGTTT
66 TATTTGAAAAATTATCT-ATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT
* ** * *
11965 CATATCTTACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATT-CAA
129 CGT-TAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAC-A
* * * * * * *
12018 AAAATTAACAAGGAA-ATGATTTGGAAAAAT--A---G-TGA-TG-ACTATTTGAACA-A-TTAT
1 AAAATTAATAAGTAAGA-AATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAA-ATAGTTAT
* * ** * ** *
12072 --TTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA-CA-TA-AAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
63 AGCTATTTGAAAA--ATTAT---C-TAT-TTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA--TCATAAA
* *** * * ** * * ** *
12131 AGC---T-TATCCAAAATA-AA--ATA-AT--ACTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAGC
119 A-CAATTGTTTCGTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-T-ATTA-C
12186 A
180 A
* * * **** * *
12187 AGAGTT--TAA--AATAAATTTGTTTACTAAA------T----AA--A-TTCAAATTGTTAT-GA
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG-
* * * * * * * *
12234 CTATTTGAACAATTGTCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTGATAAAAACAATTATCT
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCAT-AAAACAATTGTTT
** * * *
12298 -GAATCCATACAAGCTTAGTCA--AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCA
129 CG--TTAATACAAGCTTA-T-ATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* ** * * ** * *
12351 AAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAATAAGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAAGTAAT-
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAAT-AGTTATA
* * * * ** *
12414 G-TCATTTCAACAATTATCAATTTCAAATC------A---TTTGTTTGGTCATATAACAATTGTT
64 GCT-ATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-T
* * * * * * * * *
12469 TTTGATT-ATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCA
127 TTCG-TTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * *
12523 AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACCAGTTTAAATAGTTAT
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** ** * *
12587 AACTATTTCAATAATT-GCATACTGAAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAT
63 AGCTATTTGAAAAATTATC-TATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-G
* * * * * ** *
12651 TTTTGTTCATATAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCA
126 TTTCGTTAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * * * ** *
12706 AAAATTAATGATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTA-AGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG-
* * * * * * * *
12770 CTATATGAACAATTATCTA-CTTCAA--ATTGT----TTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTC
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * **
12828 AATTCATACTAGCTTAT-TCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTTA
130 -GTTAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTACA
* * * * * *
12880 AAATTTAATATGTAA-AAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCT-AACTAGTTCAAATAATTAT-
1 AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACTAGTTCAAATAGTTATA
** * * * * *
12942 GACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATC-TCTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT
64 G-CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCAT-TATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-
* ** ** * * ** * * *
13006 TTTTGTCCATATGAGTTTGT-TCAAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCA
126 TTTCGTTAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * *
13061 AAAATTAATAA-T-AG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACCAGTTCAAA-ACGTTAT-
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATA-GTTATA
** * * ** * ** * * * **
13119 GACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTCTTTTATTACAAAACAATAATT
64 G-CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * ** * * ***
13184 TATGTTCATAAAAGCTTAT-TCAAATTAAAGTAATACTATTTTATTAATATTTTG
128 T-CGTTAATACAAGCTTATATGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * *
13238 ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCAT-GA
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG-
* * * * * * * * * *
13302 TTATTTGTATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATTAAAA-AATTATTT
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCA-TAAAACAATT-GTT
* * * * * * *
13366 TAGTTCATATC-AGCCTAT-TCGAAATAACATAATAATAAGTTATTAATATT-CTA
128 TCGTTAATA-CAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAC-A
* * * * * * *
13419 AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAATAATTAT-G
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATAG
* * * ** * * * ** **
13482 ACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTTATTTTGTCACCAAATGATCT-TT
65 -CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT-TGTT
* * * * **
13546 TCTATTCATATAAGCTTACT-TCGAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTAGG
128 TC-GTTAATACAAGCTTA-TATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * * * * *
13599 ATAATTAATAGGTAA-AAGATTT-TAAAAGAAATATGTTT-TTCGAAC-ACGTTCAAATATTTGT
1 AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTA-GTTCAAATAGTTAT
* * ** ** *
13660 CA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGATTTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTG
63 -AGCTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTG
* * * ** * *
13723 TTTTTGTTCATAAAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCA
126 -TTTCGTTAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * *
13779 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAAAATAAATCT-ATTACCGAGCGAGTTCAAGTAGTTAT
1 AAAATTAATAAGTAAGAA-A-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * * *
13842 -GACTCTTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTA
63 AG-CTATTTGAAAAATTA-TCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * ** *
13905 TTTCTATTTATGCAATTTTAT-TTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTA
126 TTTC-GTTAATACAAGCTTATATGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAC-A
** * * * * * *
13961 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-GT
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG-
* *** * ** ** * *
14025 CCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * ** ** *
14090 TATTTATACAAAATTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
130 -GTTAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * * *
14142 AAAGTTAATAAG--AG--ATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTAT-GA
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG-
* * * * * ** * * *
14202 CTACTTCAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
14266 TATTCATACAAGCTTAT-TCGAAAAAAATATTGCTAAATTAATAATATT-CTA
130 -GTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAC-A
* * * * *
14317 AAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAGCTAGTTCAAATAGTTA-AG
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATAG
* * * * * * *
14380 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTCTAACATTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTTT
65 -CTATTTGAAAAATTATCTATTT-TAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGT
* * * * * *
14443 TTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CAA
127 TTC-GTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAC-A
* * ** *
14498 AAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GA
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG-
* * * * * * **
14562 CTATTTGAACAATTATATATTTATAAA-AAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAGAATGATTGTTT
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTT-TAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * ** *
14626 CAGTTCATAAAAGCTTATGTGAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCA
129 C-GTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * *
14679 AAAATTGAA-AAGATAA-AGATTTAAATAATAAGT-TAGTTTA-TCGAA-TCGCTTCAAATAATT
1 AAAATT-AATAAG-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACT-GAACTAG-TTCAAATAGTT
* * ** * * * *
14739 AT-GACCATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTATTTTGTCTTAAAACAAT
61 ATAG-CTATTTGAAA-AATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * *
14802 TGTTT--TTCATCATACAAGCCTAT-TCAGAATTAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCA
124 TGTTTCGTT-A--ATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * *
14860 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTATTGAAC----T--AAT--TT-T---
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAGC
** * * * * *
14913 TATTT-AAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTT
66 TATTTGAAA-AATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTT
* * * * * * *
14977 AGTTCATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
129 CGTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * * * * * *
15029 AAAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTT-GTCGAAGTGGTTCAAATAATTA-AG
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATAG
* * * ** ** *
15092 ACTATATGAACAATTATCTATTTATCAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT-T
65 -CTATTTGAAAAATTATCTATTT-T-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * ** * * *
15155 TT-TTTATCATTCAAGCCCATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA
127 TTCGTTA--ATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * *
15210 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATACG-TA-A-
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATA-GTTATAG
* * ** * * * * * * *
15272 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCGTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTT
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTT
** * * ** * * *
15337 TATTCATACAATCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-CTG
129 CGTTAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAC-A
* * ** * * * *
15389 AAAATTAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATCTTTTTGTTGAACCAGTTCAAATATTTAAAA
1 AAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG
* * * * * * * * *
15453 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGACCTTTTGTTTTAGCACAAGATAAGTTTTTT
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-----TT
* * * * *
15518 GAAAGTTTTTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATACTT-C
125 ----G--TTTCG--TTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTAC
15581 -
180 A
* * * * * **
15581 AAAATT--TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAGTTCAAATAACTAT-G
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATAG
* * * *
15641 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAT-
65 -CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AAT-TG
* * * * * * * ***
15703 TTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTG
126 TTTCGTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * *
15758 AAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAAATGAGTTGAAATAGTTAT-G
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATAG
** * * * * *
15817 ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAA-CTTGTTGTTTTGTTATAAAACAACTGT
65 -CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCA-TTATAACCTT-TTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* ** *
15880 TTCTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
127 TTC-GTTAATACAAGCTTATATGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
* * * * * * *
15935 ATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAATT-AAATAGTAAT-G
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATAG
* * * * * * *
15998 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTT
65 -CTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * ** * ** **
16063 CTATTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGA
129 C-GTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTACA
* * ** *
16116 AAAATCAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTTGAAC-ACATTCAAATAGTTATA
1 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATA
* * * ** * * *
16179 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTT
64 GCTATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
16244 CTGTTCATAAAAGCTTA-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCA
129 C-GTTAATACAAGCTTATA-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
16297 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAA
16329 ATTCTTATGA
Statistics
Matches: 3865, Mismatches: 852, Indels: 630
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
155 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAGC
TATTTGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCG
TTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA
Found at i:11712 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 11053--12048 Score: 787
Period size: 361 Copynumber: 2.8 Consensus size: 359
11043 TCTTTTGTCG
* ** * * * * * *
11053 TAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTT-TTTTATTAAAACAATGCAAATTTAATAATATTTTG
1 TAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-
* * * * * * *
11117 AAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTTTTTA-TCGAA-TCAATTAAAATGGTTA-A
65 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACT-AGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * * *
11179 GATTATTAGAACAATTATCTA-TTGAAATCATTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT
128 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
* * * * * *
11242 TTCAGTTCA-ACAAGCCTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAATTAATA
193 TTC-GATCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
11305 AG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTT-AA
256 AGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
11368 CAAATGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTAGTCA
319 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCA
* *
11409 TAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTT
1 TAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * *
11474 ACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAGTTAAAATAATTAT
63 -CTAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
11538 AG-CCATTTGAATGATTATCTATTTTACATCATTCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTT
127 AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
*
11602 TTTCGATCATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
192 TTTCGATCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** ** *
11667 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAA
256 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11732 ATTAT-TAATCTCAAGTCATTA-AGA--TATTTGTTTTGTCA
321 ATTATCT-ATTTCAAATCGTTATA-ACCT-TTTGTTTAGTCA
* * * * *
11770 AAAAACAATTGATTT-TTATCATAGAAGCTTATTTGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
1 TAAAACAATTG-TTTCAT-TCATACAAGCTTA-TTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * *
11833 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTACAAAATAAATGTGTTTACTGAGCTAATTCAAATAGTTA
61 TTCTAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * ** * * * * * *
11898 -AAACTATTAGAATGATTAT-TAATTTTGAATCGTTTTGACCTTTTATGTAGTCATAAAA-TATT
126 TAGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
11960 TGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACA-TTCAAAAAAT
190 TTTTTC-GATCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAAT
* * * *
12023 TAACAAGGAAATGATTTGGAAAAATA
251 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATA
12049 GTGATGACTA
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 92, Indels: 52
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
TAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAGAC
TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC
GATCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCA
Found at i:12902 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 12656--13151 Score: 438
Period size: 174 Copynumber: 2.8 Consensus size: 174
12646 ATTATTTTTG
*
12656 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATGATTAA
1 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATGATTAA
*
12721 GAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTAT
66 AAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTAT
12786 CTACTTCAAATTGTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTCAA
131 CTACTTCAAATTGTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTCAA
* * ** ** *
12830 TTCATACT-AGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTTAAAATTTAAT-ATG
1 TTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAT-AATATAAAAATATTCCAAAAATTAATGAT-
* * * * * *
12892 TAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAAT
63 TAAAAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAAT
* * *
12957 TATCTATTTCAAATCTCTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT--G
128 TATCTACTTCAAA----T-TG--TTTTTGTTTTGTCATAAAGC-AAT-TTTTTCAA
* * * * * * ** *
13011 TCCATATGAGTTTGTTCAAAATAAAATAA-AACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TA
1 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAA-TAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATGATTA
* * * ** * * * * *
13071 ATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAA-ACGTTATGACTATTTGAGCAATT
65 AAAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATA-ATTAAGACTATATGAACAATT
* *
13135 ATTTATTTCAAATTGTT
129 ATCTACTTCAAATTGTT
13152 ATTATTTTTT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 36, Indels: 34
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
172 2 0.01
173 5 0.02
174 116 0.43
175 1 0.00
176 1 0.00
177 67 0.25
178 1 0.00
179 3 0.01
180 2 0.01
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182 4 0.01
183 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATGATTAA
AAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTAT
CTACTTCAAATTGTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTCAA
Found at i:14514 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 14496--14529 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
14486 ATTAACATTC
*
14496 AAAAAA-TTAATAAAT
1 AAAAAATTTAAAAAAT
14511 AAAAAATTTAAAAAAT
1 AAAAAATTTAAAAAAT
14527 AAA
1 AAA
14530 TCTGTTTACA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.35
16 11 0.65
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
AAAAAATTTAAAAAAT
Found at i:14767 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 12044--16328 Score: 2627
Period size: 362 Copynumber: 11.9 Consensus size: 358
12034 TGATTTGGAA
* * * * *
12044 AAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA-CAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ***
12109 AACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT-A
65 AACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCA
* * * * ** *
12173 AAAATTAATAAGCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTA-CTAAATAAATTCAAATTGTTATGA
128 AAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAAT-CGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
12234 CTATTTGAACAATTGTCTATTT--AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTGATAAAAACAATTATC
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACATTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTTTT
* * * * ** * *
12297 TGAATCCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAA
253 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * *
12362 GCAAGTGATTTAAAAAGTGAAT-AAGTTTACCGAATC-AGTTC
318 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAA-CAAGTTC
* * * * * * * *
12403 AAATAAGTAATGTC-ATTTCAACAATTATCAATTT----C---A-AATCATTTGTTTGGTCATAT
1 AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
12459 AACAATTGTTTTTGATT-ATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCA
65 AACAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
12523 AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATA
128 AAAATTAA-AAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTATCGAATC-GTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
12588 ACTATTTCAATAATT-GC-ATACTGAAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAT
189 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAA-TATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * * * ** *
12651 TTT-TGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAAT
251 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * *
12715 GATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTC
316 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * * **
12758 AAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTACTT-CAA-A-T-T--GTTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
12817 GCAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTTAA
66 ACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * ** * * *
12881 AATTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACT
129 AAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TCGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
12946 ATTTGAGCAATTATCTATTTC-AAATCTCTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATAT-TATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTT
* ** * * ** * *
13010 --GTCCATATGAGTTTGTTCAAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
254 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
13072 T---AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTC
319 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * ** * ** * * * *
13109 AAA-ACGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTCTTTTATTACA
1 AAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACAG-TATAACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * * *
13173 AAACAATAATTT-ATGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATTAAAGTAATACTATTTTATTAATATTT
64 AAACAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * * *
13236 TGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGATCAAATAGTCAT
126 CAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAA-TCGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
13300 GATTATTTGTATAAGTATTTATTTC-AAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATTAAAA-AATTA
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACATTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATT-
* * * * *
13363 TTTT-AGTTCATATC-AGCCTATTCGAAATAACATAATAATAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATT
250 TTTTCAGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * * *
13425 AATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTT
313 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * ** * * **
13471 AAATAATTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTTATTTTGTCACCA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACAG-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * **
13536 AATGATCT-TTTCTATTCATATAAGCTTACTTCG-AATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTAG
65 AACAAT-TGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * * * * * *
13598 GATAATTAATAGGTAAAAGATTT-TAAAAGAAATATGTTTTTCGAACACGTTCAAATATTTGTCA
127 AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TCGTTCAAATAGTTATGA
* ** **
13662 CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTACGATTTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTT
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT-TT
* * ** *
13725 TT-TGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA
252 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* *
13789 AGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCTA-TTACCGAGCGAGTTC
317 AGTAAAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
13832 AAGTAGTTATGACTCTTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATC-GCTATAATCTTTTGTTTTGTTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTT-AAAACAG-TATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** *
13895 AAAACAATTATTTCTATTTATGCAATTTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
63 AAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
** * * *
13959 TAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCAT
127 -AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATC--GTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
14023 GTCCATTTGAGCTATTATCTATTTC-AAATGGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
* ** ** *
14087 TTCTA-TTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT
252 TTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *** *
14151 AAG----AGATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACCAGTTC
316 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * * ** * *
14190 AAATAGTTATGACTACTTCAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACAG-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
14254 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTA
65 AACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * * *
14317 AAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAGAC
128 AAAATTA-AAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA-ATCGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
14382 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAAATATTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCA
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA
* * * *
14447 GTTCATACATGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAAT
256 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * **
14511 AAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAAACAAGTTC
320 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
14550 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTATAAAAAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAG
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AAACAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * **
14615 AATGATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATGTGAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAA
65 AACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
14680 AAATTGAAAAGATAA-AGATTTAAATAATAAGT-TAGTTTATCGAATCGCTTCAAATAATTATGA
129 AAATT-AAAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAATCG-TTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
14743 CCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-ACTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTT
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATAACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTT
* * * *
14807 TTCA--TCATACAAGCCTA-TTCAGAATTAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
252 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * **
14869 AAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTATTGAAC----T-
316 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * * * *
14907 -AAT--TT-T---TATTTAAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTCTGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAAACAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
14965 AATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
65 AACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * *
15030 AAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTGTCGAAGTGGTTCAAATAATTAAGACT
129 AAATT-AAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TCGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * *
15095 ATATGAACAATTATCTATTTATCAAAA-ATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTT-
192 ATTTGAACAATTATCTA-TT-TCAAAATATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * ** * *
15158 -TTATCATTCAAGCCCATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
255 AGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
15222 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTC
319 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* ** * * * * * * *
15262 AAATACG-TA--ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCGTTTATTCTATCATA
1 AAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAACAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
15324 AAAAAATTATTTTTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCT
64 AAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * * * * * **
15388 GAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTTTTGTTGAACCAGTTCAAATATTTAAAA
127 AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATC-GTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
15453 CTATATGAACAATTATCTATTTC-AAATCAATATGACCTTTTGTTTTAGCACAAGATAAGTTTTT
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACATTTTGTTTT-G-TC---ATAA------
* * * * * * * *
15517 TGAA-AGTTTTTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATACTT
243 --AACAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * *
15580 C-AAAATT--TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTC
305 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
** * * *
15630 AAATAACTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGT-TATATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACAGTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * * **
15694 AACAAATAT-TTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTG
65 AAC-AAT-TGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* *
15758 AAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-GAAATGAGTTGAAATAGTTATGAC
128 AAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AAT-CGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
15819 TATTTGAGCAATTATTTATTTC-AAATAGTTATAAC-TTGTTGTTTTGTTATAAAACAACTGTTT
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATA-TTATAACATT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
* * *
15882 CTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAA
254 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** *
15946 GTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAATT-
318 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC-AAGTTC
* * * * * * *
15987 AAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAACAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
16052 AATAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGA
65 AACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * * *
16116 AAAATCAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATAA
128 AAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCGAA-TCGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
16180 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTC
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * * *
16245 TGTTCATAAAAGCTTAATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT
255 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
16310 AAAAGATTTAAAAAATAAA
320 AAAAGATTTAAAAAATAAA
16329 ATTCTTATGA
Statistics
Matches: 3083, Mismatches: 654, Indels: 375
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
349 11 0.00
350 310 0.10
351 93 0.03
352 17 0.01
353 43 0.01
354 22 0.01
355 278 0.09
356 219 0.07
357 213 0.07
358 314 0.10
359 55 0.02
360 371 0.12
361 209 0.07
362 480 0.16
363 153 0.05
364 21 0.01
365 76 0.02
366 2 0.00
368 45 0.01
369 73 0.02
370 22 0.01
371 16 0.01
372 39 0.01
373 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAAATATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTCA
TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
Found at i:14839 original size:718 final size:712
Alignment explanation
Indices: 11053--16328 Score: 3358
Period size: 718 Copynumber: 7.4 Consensus size: 712
11043 TCTTTTGTCG
* * * * * * * * * *
11053 TAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTT-TTT-TATTAAAACAATGCAAATTTAATAATATTTT
1 TAAAACAATTATTTCATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** * * *
11116 GAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTTTTTATCGAATCAATTAAAATGGTTA-AG
66 AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTATA-
* * * ** * * *
11180 ATTATTAGAACAATTATCTA-TTGAAATCATTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
** * * * * * ** **
11244 CAGTTCA-ACAAGCCTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTAAAAAATTAATAAGA
193 TTGATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATT--TAATT
** * * * *
11308 AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTT-AACAAA
256 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
11372 TGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAG
320 TATCTATCTCAAATTGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAG
* * * * * *
11436 CTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACT-AAAA-TAATAAGTAAGAAACTTA
383 CTTA-TTCGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA-TT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * **
11499 AAAAATAAATCTGTTT-ACTGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAATGATTATCTATTT
445 AAAAATAAATATGTTTGTC-GAACTAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
11562 TACATCATTCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCGATCATACAAGCTTATATGAA
508 CAAAT-ATTCTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTAAA
* * * **
11627 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAAT
570 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCT
** * * * **
11692 GTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT-TAATCTCAAGTCA-T-TAA
635 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT-AT-TTAAAACAGTATAA
** *
11754 GATATTTGTTTTGTCA
698 CCT-TTTGTTTTATCA
* * * ** *
11770 AAAAACAATTGATTT-TTATCATAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
1 TAAAACAATT-ATTTCAT-TCATAAAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
11833 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTACAAAATAAATGT-GTTTA-CTGAGCTAATTCAAATAGT
63 TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATC-GAAC-AGTTCAAATAGT
* * ** ** * * * * * * * *
11896 TAAAACTATTAGAATGATTAT-TAATTTTGAATCGTTTTGACCTTTTATGTAGTCATAAAATATT
124 TATAACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
11960 TGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATA-TAA---ATT--TA-TT-AACATT
188 TATTT-TTGATCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATT
* * ** * ** * *
12015 CAA--AA-A-A-TTAACAAGGAAAT-GA--T-TTGGA--A----AAATAGTGATGACTATTTGAA
251 TAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * ** * *
12065 CAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
316 CAATTATCTATCTCAAATTGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * * *
12129 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGCAAGAG-T
379 TAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAAATTAATAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * ** *
12192 TT--AAAATAAATTTGTTT-ACTAAATAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTAT
442 TTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
12254 TT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTGATAAAAACAATTATCTGAATCCATACAAGCTTAGTC
506 TTCAAAT-ATTCTAACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTTTTTG--TTCATACAAGCTTATTT
* * *** * *
12318 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAA
567 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
** * * *
12383 TAAGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAAGTAATGTC-ATTTCAACAATTATCA-ATTT----C---
632 TCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTAAAACAGT
* * **
12438 A-AATCATTTGTTTGGTCA
694 ATAACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * * *
12456 TATAACAATTGTTTTTGATT-ATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTT
1 TAAAACAA-T-TATTTCATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
12520 TCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTT
64 TCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT--AAAAAATAAATTAGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTT
* * * * ** * *
12585 ATAACTATTTCAATAATT-GCATACTGAAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT
125 ATAACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** *
12649 ATTTTTGTTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTA
189 ATTTTTGATCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-
* * * * *** * * *
12713 ATGATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGA
251 -TAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * *
12778 ACAATTATCTA-CTTCAAATTG-----T-TTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTCAATTCATA
315 ACAATTATCTATC-TCAAATTGTTATATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * * *
12836 CT-AGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTTAAAATTTAATATGTAAAAGA
379 -TAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAAATTAAT-AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
12899 TTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTAT
441 TTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * *
12964 TTCAAAT-CTCTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATGAGTTTGTTC
506 TTCAAATATTCTA--ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
* * * *
13028 AAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAA
567 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * **
13089 TATGTTTATCAAACCAGTTCAAA-ACGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTA
632 TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAACAG-TA
* ** * *
13153 TTATTTTTTCTTTTATTA
695 TAACCTTTTGTTTTATCA
* * * * *
13171 CAAAACAATAATTT-ATGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATTAAAGTAATACTATTTTATTAATAT
1 TAAAACAATTATTTCA--TTCATAAAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * *
13234 TTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTA-CTGAACTAGATCAAATAGT
63 TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATC-GAAC-AGTTCAAATAGT
* * * * * * * ** * *
13297 CATGATTATTTGTATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATTAAAA-AAT
124 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAAT
* * * * * * *
13361 TATTTTAGTTCATATC-AGCCTATTC-GAAATAACATAATAATAAGTTATTAATATTCTAAAAAT
188 TATTTTTGATCATA-CAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAT
* ** * * *
13424 TAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACAATTT
250 T--TAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * ** **
13489 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTTATTTTGTCACCAAATGATCT-TTTCTATTC
313 GAACAATTATCTATCTCAAATTGTTA-TATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTC
* * *** * * *
13553 ATATAAGCTTACTTCGAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTAGGATAATTAATAGGTAAAAG
376 ATATAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
13617 ATTT-TAAAAGAAATATGTTTTTCGAAC-ACGTTCAAATATTTGTCACTATTTGAATAATTATCT
440 ATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * *
13680 ATTTCAAATCATTAC-GATTTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTA
504 ATTTCAAAT-ATT-CTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-T-TTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * *
13743 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA
564 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-AATTT-AAAAA
* * * * * *
13808 ATAAATCT-ATTACCGAGCGAGTTCAAGTAGTTATGACTCTTTGAACAATTAGT-TATTTCAAAT
627 ATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TATATTT-AAAA
* * *
13871 C-GCTATAATCTTTTGTTTTGTTA
690 CAG-TATAACCTTTTGTTTTATCA
* ** ** *
13894 TAAAACAATTATTTCTATTTATGCAATTTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
1 TAAAACAATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * *
13958 CTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTCACCGAACAAGTTCAAATAGTCA
65 C-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTA
** * * * * **
14022 TGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
126 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * ** * *
14087 TTCT-ATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAA-
191 TTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAT
* * * * *
14150 TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTACTTCAATAAT
255 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
*
14215 TATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
320 TATCTATCTCAAATTGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGC
* * * *
14279 TTATTCGAAAAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAA
384 TTATTCGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
14344 ATAAATATGTTTGTCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAT
449 ATAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAAT
* * * * * *
14409 ATTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAACAAAA
513 ATTCTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT--GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
*
14474 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
576 TAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * *
14538 CAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTATAAAAAGTATGACCTTTT
640 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTA-AAACAGTATAACCTTTT
14603 GTTTTATCA
704 GTTTTATCA
* ** * * * **
14612 TAGAATGATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATGTGAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTATTTCA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
14677 CAAAAATTGAA-AAGATAAAGATTTAAATAATAAGTTAGTTTATCGAATC-GCTTCAAATAATTA
65 CAAAAATT-AATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAA-CAG-TTCAAATAGTTA
* * * * * * *
14740 TGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGT
126 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * *
14805 TTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATTAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
191 TTTTGATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TA
* * * *
14870 AGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTATTGAA-C---T--AAT--TT-T---TATTTAAACA
253 ATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
** * * * *
14923 ATTATCTAT-TCCAAATCATTATAACATTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAT
318 ATTATCTATCT-CAAATTGTTATATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAT
* * * * * *
14986 AAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAATTAAGAGATTT
380 AAGC-TTATTCGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
15051 AAAAAACAAATCTATTTGTCGAAGTGGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTA
444 AAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT-
* * ** * * * * * ** **
15116 TCAAAAATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTTTATCATTCAAGCCCATTTGGAA
507 TCAAATATTCTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTAAAA
* *
15181 TAAAATAATACTAATTTATTAATC-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
571 TAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
15245 ATTTACCGAACTAGTTCAAATACG-TA--ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAA
635 GTTTACCGAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATATA-TTTAAAACAGTATAA
* * *
15307 CCGTTTATTCTATCA
698 CCTTTTGTTTTATCA
* * * * ** * *
15322 TAAAAAAATTATTTTTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TT
1 TAAAACAATTA-TTTCATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
15386 CTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCT-TTTTGTTGAACCAGTTCAAATATTTA
65 C-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * *** * * * *
15450 AAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGACCTTTTGTTTTAG-CACAAGATAAGTT
126 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAA---
* * ** * *
15514 TTTTGAAAGTTTTTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATAC
187 --TT---A--TTTTTG-A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * *
15578 TTCAAAATTTAA-CAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAGTTCAAATAACTATG
242 TTCAAAATTTAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTAAACCAGTTCAAATAATTATG
* * * * *
15641 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
306 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
15706 TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-
371 TATTCATATAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
15766 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-GAAATGAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGCAA
434 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
15830 TTATTTATTTCAAATAGTTATAACTTGTTGTTTTGTTATAAAACAACTGTTTCTGTTCATACAAG
498 TTATCTATTTCAAATA-TTCTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTGTTCATACAAG
* * * * *
15895 CTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAA
560 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAA
* ** * * * *
15960 AAATAAATATGTTTATTGAACTAAATT-AAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA
625 AAATAAATCTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-AA
* * *
16024 ACCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
688 AACAGTATAACCTTTTGTTTTATCA
* ** ** *
16049 TAAAATAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
1 TAAAACAATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * *
16113 TGAAAAATCAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTA
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTA-G-TTTATCGAACA-GTTCAAATAGTTA
* * * *
16177 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGT
126 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
16242 TTCTGTTCATAAAAGCTTAATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT
191 TTTTGATCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--T
* *
16306 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
252 AATTAAGAGATTTAAAAAATAAA
16329 ATTCTTATGA
Statistics
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Consensus pattern (712 bp):
TAAAACAATTATTTCATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACAGTTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTG
ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TCTCAAATTGTTATATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCG
AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTCTAAC
TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAACAGTATAACCTTTTGTTTTATCA
Found at i:15025 original size:169 final size:169
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Indices: 14745--15434 Score: 431
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14735 AATTATGACC
* ** * *
14745 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTC
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* * * *
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* *
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131 GAGATTTAAAAAACAAATCTATTTATTGAACTAATTTTT
* *
14914 ATTTAAACAATTATCTATTCCAAATCATTAT-AACATTTTGTTCTGT-TATAAAATAATTGTTTT
1 ATTTAAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAAAC-TTTTATTCTGTCT-TAAAACAATTGTTTT
** * * * ** * *
14977 AGTTCATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAATT
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* * **
15042 AAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTGTCGAAGTGGTTCAAATAATTAAGACT
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* * * * *** * * *
15095 ATATGAACAATTATCTATTTATCAAA-AATTATGGCCTTTTGTT-TGGTCATATAACAATT-TTT
1 ATTTAAACAATTATCTA-TT-CCAAATCATTATAAACTTTTATTCT-GTCTTAAAACAATTGTTT
** * * ** * * *
15157 TTTATCATTCAAGCCCATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
63 TACATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
* ** *
15222 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATACGTAACT
128 TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTATTGAACTAATT----T---T---T
* * ** * * * * * *
15274 ATTTGAACAATTGTAAACTT-CAAATCATTATAACCGTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTTT
1 ATTTAAACAATTATCTA-TTCCAAATCATTATAAACTTTTATTCTGTCTTAAAACAATT-GTTTT
* * * * * ** *
15338 A-TTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACT
64 ACATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * *
15402 AAGAGAATTAAAAAATAAATCTTTTTGTTGAAC
129 AAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTATTGAAC
15435 CAGTTCAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAACAAATCTATTTATTGAACTAATTTTT
Found at i:16427 original size:124 final size:124
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Indices: 16203--16444 Score: 344
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16193 TATCTATTTC
* * * * *
16203 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAATTGAAA
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66 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
*
16327 AAATTCTTATGA-CTTTCTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAA
1 AAATTCTTATGACCTTT-TGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAATTCAA
* * * ** *
16390 ATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
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16445 GTAAAAAATA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 12, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
Found at i:16859 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 16333--16994 Score: 736
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 182
16323 AATAAAATTC
* * *
16333 TTATGA-CTTTCTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTACA
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* * *
16396 ATAATATTAATTTATTAATATTTTG-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGTAAA-AAATAT-TT
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** * * * *
16458 TTTTCAAACAAGTTCAAATAATTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA
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* * *
16514 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
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* * * * * * * * *
16578 TAATACCAATTTATTAATATTC-CAAAAAATAATGAGTAAGAGAATAAAAAAATGAATTTG-TTT
65 TAATA-TAATTTATTAATATTCTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTT
* * * * * *
16641 ATTGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACA
129 TTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
16695 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTCAAAT-AAAT
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* *
16759 AATATAAAATTATTAATATT-TGAAAAATCAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
66 AATAT-AATTTATTAATATTCTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
* **
16822 TTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
130 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
16875 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAAT
*
16940 AATACTAATTTATTAAAATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
66 AATA-TAATTTATTAATATTCTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
16995 ATTCTTATGA
Statistics
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TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAAT
AATATAATTTATTAATATTCTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTT
TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
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16859 TATCTATTTC
* * * * **
16869 AAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAA
1 AAATTCTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAA
*
16934 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATA
* *
16993 AAATTCTTATGA-CTTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
1 AAATTCTTATGACCTTT-TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAA
* * * * * *
17056 ATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAA
65 A-TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAA
17111 GTAAAAAATA
Statistics
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AAATTCTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATA
Found at i:17326 original size:181 final size:181
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16989 AATAAAATTC
* * *
16999 TTATGA-CTTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAC
1 TTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAA-TAA
** *** * * * **
17061 AATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAGTAAA-AAATATGTT
63 AATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAAATAAATATGTT
** * * *
17125 TT-TCAAACAAGTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA
126 TTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* *
17180 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
17245 AATACCAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGAA-TAAAAAAATGAATTTG-TTTA
66 AATACAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAA-A-AATTAAAAAAATAAATATGTTTTA
* * * * *
17308 TTGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACA
129 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
17361 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTCTA-ATCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** * *
17425 TAATATAAATTTATTAATATT-TGAAAAATCAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
65 TAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAAAT-AATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTA
* **
17489 TTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
129 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* *
17542 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
17606 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAACATAAA
65 TAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAA
17662 ATTCTTATGA
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 69, Indels: 29
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 34 0.09
181 328 0.82
182 33 0.08
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
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TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTATT
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
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17656 CATAAAATTC
**
17666 TTATGA-CTTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAT----
1 TTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
** * * * *
17725 TACA-ATAA--TATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAGTAAA-AAATATGTTTT
65 TA-ATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAA-AAAATAAATATGTTTA
* * * * * * *
17786 TCAAACAAGTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTT
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * ** *
17851 GTGTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTA
192 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * * * * *
17916 TTAATATTCCAAAAAATAATGAGGAAGAGAATAAAAAAATGAATTTGTTTATTGAACATGTTTAA
257 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAA
* * * * *
17981 ATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACA
322 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * **
18020 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * ***
18085 AATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATCAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTT
66 AATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACC
* * **
18150 GAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * **
18215 TTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTT-GGAATAAAATAATACTAATTTAT
194 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
18279 TAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAG-TTAC-CAAGCAAGTTCA
258 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAA-CAAGTTCA
* * *
18342 AAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATTTTTTTCAAATCG
321 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
** * * * * *
18381 CCATGATCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATT-TTTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* * * * * *
18445 TAATACTAACTTATTAATA-TTCTTAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTTCTTCA
65 TAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * *
18509 CTGAACAAGTTCAAATAGTAAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** **
18573 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTT
191 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * **
18638 ATCAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTGAAAACTAAATCTATTTA-TCAAACCTGTTC
256 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTC
* * * *
18698 TAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACG
320 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
18739 TTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGC-AGTAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT-CAAATAAAA
* * * * * **
18802 TATTGCTAAATTAATAGTA-TTCTAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGT
65 TAAT-ATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * *
18863 CGAACCAA-TTTAAA-CGATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
128 CGAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
18926 CGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCACACATGCTTATTCAAAATAATATAATATTAATT
191 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * *
18990 TATTAACA-TTCAAAATTTAATAAACAAAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
* * **
19053 CAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTT-ATTATAA
319 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCG
* * * *
19095 ATATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATA-AATGCTTA-TCCAAAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAA-GCTTATTTC-AAATAA
* * * *
19156 AATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT-TAGTT
63 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTT
** *** * ** **
19220 TATTGAATTGGTTCAAATAAGTT-T-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAAC
125 TACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGAC
* * * * ** * * *
19283 TTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTGTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATTA
187 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
19348 ATTTATTAAT-TTTCAAAAATAAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC----CAA-
252 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * * * *
19407 -AC-CA-A---CT-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
317 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * **
19444 ATATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTGTAGTTCATATAAATTTA-TTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
* * * *
19507 ATAATACTAATTTGA-TAATATTTCAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTT
64 ATAATA-TAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * *
19571 ATCGAAGCAA-TTTAAACAATTAAGACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTT
126 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* ** *
19635 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATT
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * **
19700 TTTTAATTTTTTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCGAATTAGTTC
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * *
19761 AAATAATTAT-AGCCATGCT-AACAATTATCTATTTCAAATTG
320 AAATAGTTATGA-CTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * ** * **
19802 ATAAT-ACCCTTTT-TTTGGTCATATAACAGTTATATTTGA-AAATTCAAGCTTATTTGGAATAA
1 -TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
* * * ** *
19864 AATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTT
63 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * ** * * *
19929 ACCAAACTA-TCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTT
126 ACCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
** * * *
19993 TTGAATTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAGAATACTAATT
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
** * * * * * * * **
20058 TAACAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATAATT-AAAAA-AAATTTGTTTGCTGAATTAGTTC
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * *
20121 AAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTG
320 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * ** **
20162 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATATGTTTTTTTTTAATTCATATTAGCTTATTTGGAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
* * * * * *
20227 AATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGCGATTTAAAAAATAATTTTATTT
63 AATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * *
20292 ACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTT
126 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** * * * * * *
20357 TATTTTGTCATAAAGCAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAACAC-AATTC
191 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-
** * * * * *
20421 TATTAATATTT--TGAA-TATTAA-TCAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTT
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTT
* * * * *
20481 TAAATAGTTAAGACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCG
319 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
20523 TCATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAA
* * * * * * *
20587 CAATGCTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATACGTTTGC
65 TAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * * * * *
20652 TGAACTAA-ATCAAATAATCATGATTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTT
128 CGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *** * ***
20716 GTTTTGTCATAAAAGAATTGTTCCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTA
192 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
20781 TTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAA-AGAATATATTTATTGAACATGTTT
257 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACTGAACAAGTTC
* *
20844 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCG
320 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * *
20885 CTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATACAAGGTTATTT-AAAAAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA-AA
* * *
20949 TAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
65 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
** * * ** * * * ** *
21012 ACTAAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTT
126 ACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * *
21076 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG----TT-----T---AT--T-C-GA--
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
21123 -ATTAGTATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTTTAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGT
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * *
21187 TCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
318 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * ** * *
21230 TAATGACCTTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATGTAAGTTTGCTTGAACTAA
1 TTATGACC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
* * * * * * *
21294 AATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGA-ATAAAAAAAAGAATCTATT
63 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATA-AATATGTT
** * * * * * *
21358 TACTAAAAAAGTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTT
125 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * ** *
21423 TTGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTGTTCATGCAAGCTTATTCCGAATAAAATAAT-TTAAAT
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
21487 TTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-T
254 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGT
* * *
21550 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCA
318 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * **
21593 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTGATTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
*
21658 AATACTAATTTATTAA-ACTTCCAAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT------T-AA-A-----A
66 AATA-TAATTTATTAATA-TTTC-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * * *
21708 CCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATCTTTT
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * **
21773 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
192 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *** * * * * * *
21838 TTAATGTTTTAAAAATTAGTAATTTGGAGATCTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAATTTAA
257 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAA
* * * * * *
21903 ACAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTGAAATCG
322 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * **
21942 TTATGACATTTTATTTT-TGCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
* * * * *
22005 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAG---AGGTTTAAAAACTAAATTTGTATAC
64 ATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
** ** * * * * *
22067 AAAATTAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAGGATC-TTTG
128 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * ** *
22131 TTTTATCATAACATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAA
193 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
22196 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTACTGAACCAA-TTGAA
258 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAA
* * *
22260 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
322 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* ** * * *
22299 TTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACATGCTTA-TTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
* * * *
22362 ATAATACT-CTTGTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-CAAGAAGTTTAAAGAAATAAATCTG
64 ATAATA-TAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAG-A-TTTAAA-AAATAAATATG
* * * ** *
22424 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACC
123 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** * * * * *
22489 TTTTGTTTTATCATAAAACATTTGTTTTAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATATTAC
188 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
22554 TTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAAAGATTTAAAAAAATAAATCAGTTTATTGAAGC-A
253 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAA
* * *
22618 GTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT
316 GTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
22663 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCCTA-TTCTGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
* * * *
22727 ATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTCA
64 ATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * *
22792 CAGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTT
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * *
22857 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGAATACAATAATACTAATCTA
192 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
22922 ATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTTTTTACCT-AACCAA-TT
257 TTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTT
* * * * * *
22984 CAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAACCA
319 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * ** *
23026 TTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTTTGCTCATATAAG-TT-TGTTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAA
* * * *
23089 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTAC
64 ATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * *
23151 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTT
128 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
23215 GTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTGATACTATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTT
192 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * ** * *
23279 GTTAATA-TCCTAAAAATTAACAAGTAACGGATTTAAAAAATGAA--TGTTGGCCTGACCAA-TA
256 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAACAAGTT
*
23340 CAAATAGTTAT-A--ATTTGAACAATTATCTGTTTCAAAGT-G
319 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCG
* * * * * * * ** *
23379 TTATAACCTTTTG-TTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTGACTTGGAATAACAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * * * *
23443 AAATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATC
66 -AATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
** * * * * *
23508 GATTAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTACTATAACCTTTTGT
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *
23573 TTTGTCACAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTA
194 TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
23636 TTAATATTT-AGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTT
257 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTC
*
23699 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG
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** * * * *
23740 TTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* **** *
23804 TAATATTAATTTATTAAAATTTTGCCAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
65 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * *
23869 CGAATAAGTTCTAATAGTTATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTG
128 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* *** * * *
23933 --TT-TCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTAT
193 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
23995 TAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTGAACAAGCTCAAA
258 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAA
* * *
24060 TAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG
323 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
24098 TTATGATCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG----TTT--ATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * *
24156 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATATGTTTAC
66 AATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * *
24220 CAAATAAATTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
128 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
24284 GTTTTGGT-GTAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGAATTATTCAGAATAAAATAATACTGATT
192 GTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * *
24347 CATTAAGATTTTGAAAATTAATAAG----AG-TATTAAAAACTAAATCTGTTTA-TCGAACTAGT
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGT
* * * * *
24406 TCAAATAGTTAAGACTTTTTGAACAATTATATATCTCAAATCA
318 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
24449 TTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTT-TTCATATAAGCCTA-TTCAGATTAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAA
*
24511 ATAATACTAATTTAATAATA
64 ATAATA-TAATTTATTAATA
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Statistics
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TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
AATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
Found at i:20332 original size:18 final size:20
Alignment explanation
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20287 TATTTACCTA
*
20297 ACTAGTTCAAAT-AATTATG
1 ACTATTTCAAATCAATTATG
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1 ACTATTTCAAATCAATTATG
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1 ACTATTTCAAATCAATTATG
20351 AC
1 AC
20353 CTTTTATTTT
Statistics
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Consensus pattern (20 bp):
ACTATTTCAAATCAATTATG
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Alignment explanation
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17656 CATAAAATTC
* ***
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1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * *
17726 ACA-A-TAA--TATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAGTAAA-AAATATGTTTT
66 A-ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAAAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
** * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
18084 TAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAATCAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTT
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAAT---TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTT
* ** * *
18147 TTTGAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
124 ATCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
18201 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTT-GGAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAA
* ** * *
18265 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * *
18330 CAAGCAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATTTTTTTCAAATCG
126 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
** * * * * *
18381 CCATGA-TCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATT-TTTTCTATTCATATAAGTTTATT-TGAAATAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAA
* * *
18443 AATAATACTAACTTATTAATATTCTT-AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTTCTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAA----AAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * * *
18507 CA-CTGAACAAGTTCAAATAGTAAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCA
123 TATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** *
18562 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
** * * * * *
18627 AATAAAAATTTATCAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTGAAAACTAAATCTATTTATCAAAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-
* * * *
18692 CT-GTTCTAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACG
130 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * *
18739 TTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGCAG--TAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TT-CAGAATAAA
* * * * * * * * * * * *
18801 TTATTGCTAAATTAATAGTATTCTAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
* * * * * * *
18866 ACCAATTTAAA-CGATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCG
129 ACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
18915 TTATGACCTTTCGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCACACATGCTTATTCAAAATAATA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * * * *
18979 TAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAATTTAATAAACAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT--A-AAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * **
19043 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTT-ATTATAA
126 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCG
* * * ** * *
19095 ATATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AATGCTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA-GCTTATTCAGAATAAAA
* * * * *
19158 TAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA---A-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
** * * * *
19222 TTGAATTGGTTCAAATAAGTT-T-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
125 TCAAACTAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
** * * * ** *
19275 TTACAAACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTGTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAA
1 TTA-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * *
19340 TAATATTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATAAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT---TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * *
19404 CAAAC-----C--A-A---CT-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
126 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * ** *
19444 ATATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTGTAGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
19509 AATACTAATTTGA-TAATATTTCAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTAT
66 AATACTAATTT-ATTAATATTTTAAAAATT---AA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * * * * *
19573 CGAAGC-AATTTAAACAATTAAGACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCA
126 C-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** *
19625 TTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * ** * * * * *
19690 AATAATAATTTTTTAATTTTTTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCGAAT
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * *
19755 TAGTTCAAATAATTAT-AGCCATGCT-AACAATTATCTATTTCAAATTG
131 TAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * *** * **
19802 ATAAT-ACCCTTTT-TTTGGTCATATAACAGTTATATTTGAAAATTCAAGCTTATTTGGAATAAA
1 -TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * * *
19865 ATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * ** * *
19930 CCAAACTA-TCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCC
125 TCAAACTAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * ** * * * *
19983 TTATAACCTTTTGAATTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAG
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
** ** * * *
20048 AATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATAATT-AAAAA-AAATTTGTTT-GC
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--AAGAT--TTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * *
20110 TGAATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTG
127 -AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * ** **
20162 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATATGTTTTTTTTTAATTCATATTAGCTTATTTGGAATAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * * *
20227 AATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGCGATTTAAAAAATAATTTTATT
63 AATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--AA--GATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
20291 TACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCA
123 TATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** * * * *
20346 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-GAAATAAAG
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAA
* * * *
20410 TAACAC-AATTCTATTAATATTTTGAATATTAATCAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
65 TAATACTAATT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
* * * * *
20474 ACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCG
129 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
20523 TCATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAC
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * *
20588 AATGCTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATAC-GTTT-G
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAA-AA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTAT
* ** * * * * * *
20651 CTGAACTAAATCAAATAATCATGATTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCG
126 C-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* *** * **
20704 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTCCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* ** *
20769 AATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAA-AGAATATATTTAT
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAATAAA-AGATTTAAAAAATA-AATCTATTTAT
** * * *
20833 TGAAC-ATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCG
126 CAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
20885 CTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATACAAGGTTATTTA-AAAAATAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA-AA
* *
20949 TAATACAAATTTATTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* ** * * * *
21012 A-CTAAA-TAAGTTCAAATCA-TTATGACTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTG
124 ATC-AAACT-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * *
21066 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-GAAT----T
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * ** * * *
21126 AGTA-T--TTCA--ACA-A--TTAATAAGTAA-AAAATTTTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAGA
66 AATACTAATTTATTA-ATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-A
* * * * *
21181 ACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** ** * *
21230 TAATGACCTTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATGTAAG-TT-TGCTTGAACTA
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* ** * *
21293 AAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGA-ATAAAAAAAAGAATCTAT
62 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A--A-TAAAAGATTTAAAAAATA-AATCTAT
** * * * * *
21357 TTA-CTAAAAAAGTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACA
122 TTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
21413 TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTGTTCATGCAAGCTTATTCCGAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* ** *
21478 AAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTT-T
66 AATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * *
21540 CTGAACAC-A-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCA
126 C--AA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * **
21593 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTGATTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
** * ** * *
21658 AATACTAATTTATTAA-ACTTCCAAAAAATTAAT--AAG---TAAAAGAT---T-TA-AAACCGA
66 AATACTAATTTATTAATA-TT-TTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
* * * * * **
21712 GCGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTA
129 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
21761 TTAT-AATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAAATAAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAA
* * * *
21824 ATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAGTAATTTGGAGATCTAAAAAATAAATCTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA----AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * * *
21889 CCGAA-TAAATTTAAACAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTGAAATCG
125 TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * ** *
21942 TTATGACATTTTAT-TTTTG-CATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAA
1 TTATGAC-TTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * * * * *
22005 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGAGGTTTAAAAACTAAAT-T-TGTATACA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-C-
* * * * *
22068 AAATTAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
127 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
22119 TTAGGA-TCTTTGTTTTATCATAACATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAGTAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAA
* * ** * * * *
22182 TATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTA-
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * * *
22246 CTGAACCAATTGAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
126 C-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * ** * ** *
22299 TTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTC-GAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAA
* * ** *
22363 TAATACT-CTTGTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAGTTTAAAGAAATAAATCTGTTT
65 TAATACTAATT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAA--AAG-A-TTTAAA-AAATAAATCTATTT
* * *
22427 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
124 ATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * * * *
22481 TTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACATTTGTTTTAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
22546 AATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAAAGATTTAAAAAAATAAATC-AGTTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT---AA-TAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTA
* * * * *
22610 TTGAAGC-AGTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT
125 -TCAAACTAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * *
22663 TTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCCTATTCTGAATAAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * * ** *
22727 ATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTCA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--A--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* *
22792 -CAGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
125 TCA-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
22845 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGAATACAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * *
22910 AATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTTTTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * * * * *
22975 TAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAACCA
127 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * *
23026 TTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTTTGCTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
23091 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAA-
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * *
23155 TCAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
131 T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* ** * * * * *
23203 TTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTGATACTATCTTATTC-GAAATAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAA
* * * ** * * * **
23266 GTAATGCTAATTTGTTAATATCCTAAAAATTAACAAGTAACGGATTTAAAAAATGAA--TGTTGG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--AA--GATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * * * *
23329 CCTGACCAATACAAATAGTTAT-A--ATTTGAACAATTATCTGTTTCAAAGT-G
125 TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCG
* * * * * * * *
23379 TTATAACCTTTTG-TTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTGACTT-GGAATAACA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAA
** * * *
23442 TAA-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTA
65 TAATA-CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * **
23506 TC-GATTAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
125 TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
23559 CTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAA
* * * * *
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* *
23687 TCAAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG
125 TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
23740 TTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * *
23805 AATATTAATTTATTAAAATTTTGCCAATTAA-TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTT---AA-AAATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * *
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126 CAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * *** * * *
23920 TTATGACCTTTTG--TT-TCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* ** * *
23982 AATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTA-C
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * *
24046 TGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG
127 -AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
24098 TTATGA-TCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG--T-TT---ATTAAAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
24155 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATATGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA---A-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * *
24220 CAAA-TAAATTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCA
126 CAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
24272 TTATGACCTTTTGTTTTGGT-GTAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGAATTATTCAGAATAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAA
* * * * * * * *
24335 ATAATACTGATTCATTAAGATTTTGAAAATTAATAAGAG-TATTAAAAACTAAATCTGTTTATCG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTATTTATCA
* * * * *
24399 AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTTTTTGAACAATTATATATCTCAAATCA
128 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
24449 TTATGA-TCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTT-TTCATATAAGCCTATTCAGATTAAGA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
*
24512 TAATACTAATTTAATAATA
65 TAATACTAATTTATTAATA
24531 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 5248, Mismatches: 1101, Indels: 683
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 66 0.01
165 3 0.00
166 42 0.01
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171 10 0.00
172 3 0.00
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175 117 0.02
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186 2 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
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Found at i:23612 original size:714 final size:700
Alignment explanation
Indices: 17666--24524 Score: 3560
Period size: 714 Copynumber: 9.6 Consensus size: 700
17656 CATAAAATTC
** * *
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1 TTATGATCTTT-TG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTATTGAATAAAATAA
* *** * * * * *
17725 TAC-AATAATATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAGTAAA-AAATATGTTTTTC
64 TACTAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATATG-TTTAC
** * * * * * *
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126 AAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * * * * * * *
17853 GTTGTAATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTAT
191 TTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAGTAAAATAATACTAATCTAA
** * * * * * ** * * *
17917 TAATATTCCAAAAAATAATGAGGAAGAGAATAAAAAAATGAATTTGTTTATTGAA-CATGTTTAA
254 TAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACT-AACCA-ATTCAA
* * * * * *
17981 ATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAA
316 ATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * * *
18046 TAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTGAAA
380 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAA
* * * * **** *
18110 AATCAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACT
444 AATTAATAAG-AAGAGTTT-AAAAATAAATCTG-TTTACCAAATCA-GTTCAAATAGTTATAACT
* * *
18174 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTT-T
505 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACC-TTTGTTTT-TCATAAA-AAATT-TTTTCT
* * ** * *
18238 GTTCATAAAAGCTTACTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC-AAAAATTAATAAG
565 ATTCAT-ATAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCTAAAAATTAACAAG
* * * * *
18301 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTAC-CAAGCAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAA
627 T-AAGGATTTAAAAAATGAATGT--TTACTGAA-CAA--TCAAATAGTTATGA--ATTTGAACAA
* * *
18364 TTATTTTTTTCAAATCG
684 TTATCTATTTCAAATAG
** * * *
18381 CCATGATCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATT-TTTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAG-CTA-TTG-AATAAAA
* ** * * * *
18445 TAATACTAACTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATTTCTTCA
61 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* ** * * * * * *
18509 CTGAACAAGTTCAAATAGTAAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
125 C-AAATTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * ** * **
18573 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAAAAAT-T
188 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAGTAAAATAATACTAATCT
* * * * * **
18637 TATCAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-GAAAACTAAATCTATTTATCAAACCTGTT
252 AAT-AATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAC-AAATTTGTTTA-CTAACCAATT
* * * * * * *
18697 CTAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATA
313 CAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * ** * * ** *
18761 AAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGCAGTAAATTATTGCTAAATTAATAGTATTCTA
377 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTA
* * ** * * * * *
18826 AAAATTAATAA-TAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAATTTAAA-CGATTA-AGAC
442 AAAATTAATAAGAAGAGTTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAG-TTATA-AC
* * * *
18887 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTC-
504 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACCTTT-GTTT-TTCATAAAA-AATTTTTTCT
* * * * * * * * **
18951 AGTTCACACATGCTTATTCAAAATAATATAATATTAATTTATTAACATTC-AAAATTTAATAAAC
565 A-TTCATATA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAACAAGT
** * * *
19015 AAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATT
628 AAGGA-TTTAAAAAATGAA--TGTTTACTGAACAA--TCAAATAGTTAT-G-AATTTGAACAATT
* *
19080 ATCTATTT-ATTATAA
686 ATCTATTTCA-AATAG
* * * * * **
19095 ATATGACCTTTTTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATA-AATGCTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAA-GC-TAT--TGAATAAAA
* * * * * *
19158 TAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTA
61 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA
** * * ** * *
19222 TTGAATTGGTTCAAATAAGTT-T-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTT
125 -CAAATTAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCT
* * * * * *
19285 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTGTCA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATTAA
186 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA-AGTAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
19349 TTTATTAAT-TTTCAAAAATAAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-
249 TCTAATAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTA-CTAACCAAT
** * *
19412 -C---T-CCT---A-T-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGA-TATAACCTTTTGTTTTGTCAT
312 TCAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * * *
19466 AAAATAATTGTTGTAGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGA-TAATATTT
376 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTT-ATTAAAATTT
* * * * * * * * * * *
19530 CAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTATCGAAGCAATTTAAACAATTA-A
440 TAAAAATTAATAA-GAAGAG-TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATA
* * * *
19594 GACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTA-AGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
502 -ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATA-ACC-TTTGTTTT-TCATAAAA-AATTTT
* * * * ** *
19658 TTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATTTTTTAAAAATTAAT
561 TTCTA-TTCATA-TAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAAC
* * * * * * * * *
19722 AAGT---GATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCGAATTAGTTCAAATAATTATAGCCATGCT-AAC
624 AAGTAAGGATTTAAAAAATGAA--TGTTTACTGAA-CA-ATCAAATAGTTAT-G-AAT-TTGAAC
*
19783 AATTATCTATTTCAAATTG
682 AATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * * ** *
19802 ATAAT-ACCCTTTT-TTTGGTCATATAACAGTTATATTTGA-AAATTCAAGCTTATTTGGAATAA
1 -TTATGA-TCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGT-TTTTATTCATACAAGC-TA-TT-GAATAA
* * * * ** *
19864 AATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTT
59 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * ** * *
19929 ACCAAACTA-TCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTT
124 A-CAAATTAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
** * * * * * * *
19993 TTGAATTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAGAATACTAATT
187 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAGTAAAATAATACTAATC
* ** * * * * ** *
20058 TAACAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATAATT-AAAAA-AAATTTGTTTGCTGAATTAGTTC
251 TAATAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACT-AACCAATTC
* ** * *
20121 AAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAA
314 AAATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * * * * *
20186 AATATGTTTTTTTTTAATTCATATTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTT
378 AACA--ATTGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTT
* * * * * * *
20251 CAAAAATTAATAAGCAAGCGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCTAA-CTAGTTCAAATAATTAT
440 TAAAAATTAATAAG-AAGAG-TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * **
20315 GACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAAAAGTT
501 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACC-TTTGTTTT-TCATAAA--AAATTTT
* * * * * * ** * *
20380 TT-TGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAACAC-AATTCTATTAATATTTTGAATATTAAT
561 TTCTATTCATAT-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATCCTAAAAATTAA-
* * * * * * *
20443 C-A--AA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAG
623 CAAGTAAGGATTTAAAAAATGAA--TGTTTACT-GAAC-A-ATCAAATAGTTATGA--ATTTGAA
* * *
20503 CAATCATTTATTTCAAATCG
681 CAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * *
20523 TCATGA-CTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAA
1 TTATGATC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGC-TATT--GAATAAAA
* * * * * * * * *
20587 CAATGCTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATACGTTTGC
61 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * ** * * * * * * * * *
20652 TGAACTAAATCAAATAATCATGATTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG
126 -AAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * *
20717 TTTTGTCATAAAAGAATT-GTTCCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAA-TAAAATAATACTAATTT
190 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATT--CAAGTAAAATAATACTAATCT
* *** * * * *
20780 ATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAA-AGAATATATTTATTGAA-CATGT
252 AATAAT-ATTTGAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAACA-AATTTGTTTACT-AACCA-AT
* * * * ** * *
20842 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
312 TCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** *
20907 AAAAGAATTTTTTTTGTTCATACAAGGTTATT-TAAAAAATAATAATACAAATTTATT--AATAT
376 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA-AATAATATTAATTTATTAAAATTT
* * * * *
20969 TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATAAGTTCAAATCA-TT
440 TAA-A-AATTAATAAG-AAGAG-TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAAT-AGTT
* * ** * * * * * *
21033 ATGACTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
499 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATGTTATAAC-CTTTGTTTT-TCATAAAA-AATTT
* * * * * * *
21098 TTTCTATTCATACAAGTTTATTC-GAAT----TAGTA-T--TTCA--ACA-AT--TAATAAGTAA
560 TTTCTATTCATA-TAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATCCTAAAAATTAA
** * * * * * *
21150 -AA--AA-TTTTTTAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAAT
623 CAAGTAAGGATTTAAAAAAT-GA-ATGTTTACTGAACAA--TCAAATAGTTATGA--ATTTGAAC
21211 AATTATCTATTTCAAATCA-
682 AATTATCTATTTCAAAT-AG
* * * * * ** * *
21230 TAATGACCTTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATGTAAGTTTGCTTGAACTAA
1 TTATGA--TCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAG-CT-ATTGAA-TAA
* * * * * * *
21294 AATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGA-ATAAAAAAAAGAATCTATT
59 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATATGTT
** * * * * * *
21358 TACTAAAAAAGTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTT
123 TAC-AAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * * *
21423 TTGTTTTATCATAAAACAATTGATTT-TGTTCATGCAAGCTTATTCCGAA-TAAAATAAT-TTAA
187 TTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTATT-C-AAGTAAAATAATACT-A
* * ** * * * * * * *
21485 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-CAC
248 ATCTAATAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACT-AACCA-
* * * *
21548 ATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
310 ATTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
21613 ATAAACCCATTGATTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAACTT
374 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATT
** * * * *
21678 CCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT----A-AAA-CCG---AGC----GAGTTCAAATAGTTAT
439 -TTAAAAATTAATAAG-AAGAG-TTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
21730 GATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
501 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATAA-CCTTTGTTTT-TCATAAAA-AATTTTT
* * ** * ** **
21795 TCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAGTAA
562 TCTATTCATA-TAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAACAA
* ** * * * * * * * * * *
21860 TTTGGAGATCTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAATTTAAACAGTCATGTCCATTTGAACTA
626 GTAAG-GATTTAAAAAATGAA--TGTTTACTGAA-CAA-TCAAATAGTTATG--AATTTGAACAA
* *
21925 TTATCTATTTGAAATCG
684 TTATCTATTTCAAATAG
* * * ** *
21942 TTATGA-CATTTTATTTTTGCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAA
1 TTATGATC-TTTTGTTTGT-CATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC-AAGCTATT--GAATAAAA
* * * * *
22006 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGGTTTAAAAACTAAATTTGTATAC
61 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * ** *
22067 AAAATTAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAGGATC-TTTG
126 -AAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * *
22131 TTTTATCATAACATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAA
190 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAGTAAAATAATACTAATCTAA
* * *
22196 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATC-AATGTGTTTACTGAACCAATTGAA
254 TAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAAATTTGTTTACT-AACCAATTCAA
* **
22260 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAA
316 ATAGTTAAGACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * * * **
22325 TAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-CTTGTATTAACATTCAAAA
380 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATT-TATTAAAATTTTAAA
* *
22389 AATTAATAAGCAAGAAGTTTAAAGAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
444 AATTAATAAG-AAG-AGTTT-AA-AAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATAAC
* *
22453 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACATTTGTTT-T
504 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACC-TTTGTTTT-TCATAAAAAATTT-TTTCT
* * * * * * * *
22517 AATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT-TTCAAAAATTGAGAAG
565 -ATTCAT-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCT-AAAAATTAACAAG
* * * * * *
22581 TTAAAGATTTAAAAAAATAAATCAGTTTATTGAAGCAGTTCAAATAATTATTGCCATTTGAACAA
627 -TAAGGATTT-AAAAAATGAAT--GTTTACTGAA-CA-ATCAAATAGTTA-TG-AATTTGAACAA
**
22646 TTATCTATTTCAAATCT
684 TTATCTATTTCAAATAG
*
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1 TTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAG-CTA-T-TGAATAAAA
* * * * *
22728 TAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTCAC
61 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* *
22793 AGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
126 A-AATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * *
22858 TTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGAA-TACAATAATACTAATCTA
190 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC--AAGTAAAATAATACTAATCTA
* *
22922 ATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTTTTTACCTAACCAATTCAA
253 ATAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTA-CTAACCAATTCAA
* * * *
22987 ATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAA
316 ATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
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380 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAA
* *
23117 ATTAATAAG-AGA-TTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATAACAATTT
445 ATTAATAAGAAGAGTTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * *
23180 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTGA
509 GAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACC-TTTGTTTT-TCATAAAA-AATTTTTTCTATTCA
* * * * *
23245 TACTATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATCCTAAAAATTAACAAGTAACGGA
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** * *
23310 TTTAAAAAATGAATGTTGGCCTGACCAATACAAATAGTTAT-AATTTGAACAATTATCTGTTTCA
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23374 AAGT-G
696 AA-TAG
* * * * * * *
23379 TTATAACCTTTTGTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTGACTTGGAATAACATA
1 TTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCT-A-TT-GAATAAAATA
* * *
23444 A-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATC
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* * * * *
23508 -GATTAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTACTATAACCTTTTG
126 AAATT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * *
23572 TTTTGTCACAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTAT
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* * * * * ** *
23637 TAATATTTAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTTAA
254 TAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACT-AACCAA-TTCAA
* * * **
23701 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAA
316 ATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ***
23766 CTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTGCCA
380 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAA
* * * * * *
23831 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCTAATAGTTATAACTAC
445 ATTAATAAG---AAGAGTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * *
23896 TTGAATAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTT-TGTTTCATAAAACAATTGTATCAATTCAT
507 TTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTATAACCTTTGTTTTTCATAAAA-AATTTTTTCTATTCAT
* **
23960 ATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATGAGTAAGAGA
571 ATA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCTAAAAATTAACAAGTAAG-GA
* * * *
24024 TTTAAAATATGAATCTATTTACTGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTAT
633 TTTAAAAAATGAA--TGTTTACTGAACAA--TCAAATAGTTATGA--ATTTGAACAATTATCTAT
24089 TTCAAATAG
692 TTCAAATAG
* * * *
24098 TTATGATCTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-T-TT-ATTAAAATAATA
1 TTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTATTGAATAAAATAATA
* * * *
24160 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAT
66 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAAT
* * * * * *
24225 AAATTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
130 TAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * *
24289 GGT-GTAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGAATTATTCAGAATAAAATAATACTGAT-TCATT
194 -GTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-CTTATTCA-AGTAAAATAATACTAATCT-AAT
* * * * * *
24351 AAGATTTTGAAAATTAATAAG--AG-TA-TT-AAAAACTAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAA
255 AATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAC-AAATTTGTTTA-CTAACCAATTCAAA
* * * * * *
24411 TAGTTAAGACTTTTTGAACAATTATATATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAAC
317 TAGTTAAGAC-TATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
24475 AATTGTTTCTT-TTCATATAAGCCTATTC-AGATTAAGATAATACTAATTTA
381 AATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTA
24525 ATAATAAAAA
Statistics
Matches: 4819, Mismatches: 998, Indels: 661
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Matches are distributed among these distances:
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695 85 0.02
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699 1 0.00
700 4 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (700 bp):
TTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTATTGAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAATT
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAGTAAAATAATACTAATCTAATAATATT
TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACTAACCAATTCAAATAGTTAAGA
CTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGAA
GAGTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATGTTATAACCTTTGTTTTTCATAAAAAATTTTTTCTATTCATATAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAACAAGTAAGGATTTAAAAAATGAATGTTT
ACTGAACAATCAAATAGTTATGAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG
Done.