genome.fa.s457.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168282.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_51, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  160351

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263--735	153	3.0	159	88	6	705	39	16	15	28	1.89
766--799	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
753--799	7	6.4	8	92	2	57	93	2	0	4	0.40
723--795	10	5.8	12	78	20	55	82	6	2	8	0.94
1130--1175	20	2.3	20	84	0	56	17	21	28	32	1.96
1248--1311	19	3.7	19	67	30	54	29	20	26	23	1.99
2099--2195	8	11.7	9	90	7	104	3	0	5	91	0.49
2099--2195	14	6.4	15	91	8	121	3	0	5	91	0.49
2124--2194	1	71.0	1	97	0	133	0	0	1	98	0.11
2106--2195	24	3.7	25	91	4	139	2	0	4	93	0.41
2201--2754	40	14.0	39	76	15	459	37	21	18	22	1.94
2345--2754	82	5.1	82	85	10	535	38	20	18	22	1.93
2345--2754	167	2.5	164	84	10	535	38	20	18	22	1.93
3882--3911	10	3.0	10	90	0	51	0	0	6	93	0.35
3961--4016	21	2.7	21	91	0	85	7	14	0	78	0.95
3953--4016	8	8.8	8	73	16	59	7	14	0	78	0.96
3990--4023	12	2.8	12	95	4	59	8	8	0	82	0.85
3990--4039	13	3.7	13	87	10	73	10	12	0	78	0.98
3953--4039	29	3.0	29	82	11	83	9	14	0	75	1.03
4407--4439	1	33.0	1	93	0	57	0	3	0	96	0.20
7685--8139	153	2.9	155	91	3	716	38	17	15	29	1.90
8185--8216	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8141--8216	11	5.7	13	77	17	52	81	6	2	9	0.95
8549--8594	20	2.3	20	84	0	56	17	21	28	32	1.96
8612--8654	20	2.2	20	100	0	86	4	25	32	37	1.77
8618--8662	20	2.2	20	88	0	63	11	24	33	31	1.90
8669--8732	19	3.7	19	67	30	54	29	20	26	23	1.99
9227--9328	40	2.5	41	78	13	113	63	5	0	30	1.18
9539--11136	357	4.5	354	84	4	1845	35	15	12	36	1.85
14392--14609	59	3.7	58	83	4	274	36	13	5	44	1.68
14638--14716	6	14.2	6	73	15	71	78	0	6	15	0.94
14650--14694	16	2.9	16	83	3	56	82	0	4	13	0.82
14620--14716	17	5.8	17	77	10	76	77	1	6	15	1.02
14620--14727	22	4.8	22	80	6	103	75	0	5	17	1.04
15239--15275	19	1.9	19	94	0	65	43	27	8	21	1.80
15614--15662	22	2.2	21	79	10	53	69	2	6	22	1.21
15683--15819	9	14.3	9	74	19	54	70	1	5	23	1.16
15691--15733	3	14.7	3	95	4	79	69	0	0	30	0.88
15873--15924	12	4.4	12	80	11	63	73	3	0	23	1.00
15850--15924	25	3.1	25	83	7	84	68	4	5	22	1.28
16072--16112	6	7.0	6	84	15	59	0	0	14	85	0.60
16078--16111	8	4.4	8	85	7	52	0	0	11	88	0.52
16071--16112	17	2.4	17	88	11	59	0	0	14	85	0.59
16119--16490	41	9.0	40	81	9	376	37	20	18	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16119--16490	82	4.5	82	84	6	434	37	20	18	23	1.94
17759--17816	19	3.3	17	81	18	66	6	15	0	77	0.97
17774--17802	15	1.9	15	100	0	58	0	13	0	86	0.58
17759--17818	18	3.5	17	77	11	61	6	16	0	76	0.99
21723--22001	58	4.7	59	82	6	332	36	13	5	43	1.69
21723--22001	59	4.7	58	83	5	344	36	13	5	43	1.69
21810--21846	16	2.2	16	90	4	56	43	0	5	51	1.24
21723--21999	119	2.3	116	85	2	365	36	14	5	43	1.69
22012--22103	29	2.9	30	78	16	98	76	1	6	16	1.05
22012--22103	39	2.3	38	81	9	96	76	1	6	16	1.05
22027--22119	5	18.2	5	75	18	77	75	1	5	18	1.05
23000--23206	21	9.4	21	69	19	88	68	1	3	26	1.16
23010--23141	24	5.7	24	73	19	95	66	3	3	27	1.21
23090--23150	18	3.5	17	78	17	54	73	1	0	24	0.92
23213--23284	22	3.1	23	78	15	76	72	2	2	22	1.11
26156--26197	19	2.2	20	86	4	59	52	2	0	45	1.13
26222--26251	11	2.9	10	90	9	51	76	3	0	20	0.92
26358--26390	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
26353--26396	17	2.5	17	77	3	52	52	0	0	47	1.00
29497--29653	52	3.0	52	86	3	201	37	8	27	26	1.86
30136--30220	31	2.7	31	90	0	125	29	22	23	24	1.99
30263--30317	25	2.2	25	90	0	83	32	7	38	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30594--30750	52	3.0	52	85	3	192	38	8	26	26	1.86
33203--33266	28	2.3	29	86	5	87	51	0	0	48	1.00
33244--33301	20	2.7	22	84	13	75	39	1	0	58	1.08
33401--33462	20	2.9	22	85	11	83	38	0	0	61	0.96
33582--33618	19	1.9	19	88	0	56	51	0	10	37	1.37
33733--33781	21	2.3	22	89	3	73	61	8	6	24	1.47
33746--33788	21	2.0	21	86	8	61	53	11	6	27	1.63
35198--35252	18	3.2	16	85	14	74	27	1	0	70	0.97
35691--35737	21	2.4	19	76	16	51	74	0	4	21	0.99
35704--35762	13	4.2	13	78	16	64	79	1	5	13	0.97
35710--35763	15	3.8	14	81	18	67	81	1	3	12	0.91
35723--35766	19	2.4	18	85	14	56	84	2	2	11	0.81
35708--35764	14	4.0	14	80	13	71	80	1	5	12	0.95
35704--35764	30	2.1	30	90	6	99	80	1	4	13	0.95
36393--36442	24	2.1	25	92	7	86	44	6	4	46	1.47
39092--39137	16	3.0	16	79	17	53	28	0	8	63	1.24
40199--40322	16	7.6	16	73	16	85	18	4	3	73	1.15
40191--40232	21	2.0	21	81	9	50	23	0	4	71	1.05
40249--40301	17	3.3	16	76	10	56	11	5	1	81	0.94
40257--40317	23	2.6	22	78	14	61	13	4	1	80	0.95
40362--40680	59	5.4	59	89	4	441	46	7	13	32	1.70
40362--40680	115	2.7	117	87	5	439	46	7	13	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44532--44582	17	3.1	16	81	18	52	76	0	17	5	0.98
44532--44582	18	3.0	16	83	16	59	76	0	17	5	0.98
44522--44565	14	3.1	14	80	6	52	75	0	18	6	1.02
45912--45941	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
45926--46214	42	7.0	42	90	5	457	23	17	21	37	1.94
45926--46214	82	3.5	83	91	5	478	23	17	21	37	1.94
46197--46232	18	2.0	18	100	0	72	27	16	27	27	1.97
46114--46313	99	2.0	100	93	3	341	23	18	23	35	1.96
46215--46394	41	4.4	41	92	4	276	22	18	22	36	1.95
46074--46351	140	2.0	141	97	2	524	23	18	22	35	1.95
46615--46702	12	7.2	12	71	20	58	29	0	7	62	1.23
46614--46727	16	7.2	15	72	18	72	29	0	7	63	1.21
46638--46780	59	2.4	59	79	13	143	27	2	4	64	1.28
47737--47812	16	4.6	16	73	13	73	22	2	3	71	1.16
47788--47860	11	7.0	11	73	16	50	13	8	0	78	0.97
47787--47849	17	3.8	17	77	8	58	12	7	0	79	0.93
47795--47855	25	2.7	21	74	18	59	13	6	0	80	0.90
47866--48220	60	6.0	59	87	7	463	46	8	13	31	1.73
47899--48220	121	2.7	115	89	4	484	45	8	13	32	1.74
53237--53272	19	1.9	19	88	5	56	52	2	2	41	1.30
53831--53869	13	3.1	12	82	10	51	61	0	0	38	0.96
60246--60540	153	1.9	153	95	0	527	15	35	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61468--61501	12	2.8	12	86	4	50	79	0	2	17	0.86
66762--66811	25	2.1	25	81	7	59	26	0	16	58	1.38
70715--71512	144	5.5	144	96	0	1429	33	17	22	26	1.96
74391--74420	14	2.1	14	93	0	51	30	36	20	13	1.90
77418--77481	28	2.2	30	81	10	80	48	0	0	51	1.00
77452--77507	19	3.0	18	80	12	60	44	0	0	55	0.99
77636--77672	19	1.9	19	88	0	56	51	0	10	37	1.37
80468--80516	23	2.1	24	84	3	64	46	8	4	40	1.52
87810--87835	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
88413--88456	20	2.2	20	95	0	79	38	31	25	4	1.76

Tables:   1   2