Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168284.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_511, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 1--516 Score: 484
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
* * * * * * * * * ** *
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTACTTGAAC-TCGCTCGGTAAATAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAAATATTTAAACGT-GTTCGAAAAACAG
*
65 ATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 ATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * *
130 TTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATC
126 TTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATCAGTTTATGACAAAACAAAAAATC
* ** * * * *
184 GTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGACAAATATTTGAACGTGTTTGAAAAACATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAAATATTTAAACGTGTTCGAAAAACAGA
*
249 TTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTC
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** *
312 GAAGTAAGCTTATATGAACAGAAAA-GATCA-TTTGGTGACAAAACAAAAGGTT
129 GAA-TAAGCTTATATGAACA-AAAACAATCAGTTT-ATGACAAAACAAAAAATC
* * * * * * *
364 ATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAAATATTTAAACGTGTTCGAAAAACAGA
* * * * *
429 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTC
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * *
494 AAATAGGCTGATATGAACTAAAA
129 GAATAAGCTTATATGAACAAAAA
517 TAAATTTTTT
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 49, Indels: 23
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 9 0.03
180 137 0.50
181 59 0.22
182 12 0.04
183 54 0.20
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAAATATTTAAACGTGTTCGAAAAACAGA
TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA
ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATCAGTTTATGACAAAACAAAAAATC
Found at i:1829 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 856--2984 Score: 1141
Period size: 180 Copynumber: 11.9 Consensus size: 180
846 TAGTAGTTTC
* * * * * *
856 AAATAGATAAATTCTTGAGAATAGTTATAATTATTTAAACTTGGTTCAGTTAAAACA-ATTCA--
1 AAATAGAT-AATTGTTCA-AATAGTTATAATTATTTAAAC-TGATT-TGAT-AAACAGATTTATT
* * * * * *
918 TTTTAAATCTC-TAATTATTAAGTTTTGGAATCAGTTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAAT
61 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT-A-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * ** * * * *
982 AAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
124 AAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTTATAATGATTTG
* * * ** * * * * * * * *
1040 AAATAGAT-ATGTATTCAAATAATCACGACTGTTT-GATTTAGTTCGATAAAGATATTTATTTTA
1 AAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAACAGATTTATTTT-
** * * * * * *
1103 AAAAAT-TTTTAGTTATTAATTATT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAG
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA
* * * * **
1166 CTTGTATGAATAAAAA-ACTATTATTTTATAACAAA-AAAAAGTCATAACAATTTG
127 CTTGTATGAACAAAAATA--ATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTTATAATGATTTG
* * * * * * * * * * *
1220 AAAGAAATAATTGTTGAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTT-TTT
* * * ** *
1285 AAA-C-C-T-CTTATTAATTTTT-TAATATTAGTAGATTAGTATT-TTTT-TTCCAAACAAACTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTT
* * * * * * **
1343 ATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
130 GTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTTATAATGATTTG
* * * * * *
1395 AAATAGATAATTATTCAAATA-TTCATAATTATTTGAACT-AGTTAAGTAAACAAAATTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAATTATTTAAACTGATTTGA-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
1458 TAAATC-CTTTACATATTAATTTCTA-AAAATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAG
64 TAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAA
* *** *
1520 CTAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGATAAA-ATAAAAG------TGATTTG
127 CTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGTTATAATGATTTG
* * ** * * ** *
1567 AAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTGGAAGT-AGTTCGGCAAACAAATTTATTTT
1 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAACAGATTTATTTT
* * *
1630 TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAAC
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAC
* * * *
1694 TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATGTG
128 TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTTATAATGATTTG
* * * * * *
1748 AAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
1813 AATCT-TATACTTATTAAATTTTA-AAGATTAATAAATTAGTAATATTTTATTCTGAATAAATTT
66 AATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTT
** * * * * *
1876 GTATGATA-AAAAATAATTGTTACATGACAAACAAAACGTAATAACAGTTTTTT
130 GTATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTTATAA-TG-ATTTG
* * ** * *
1929 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
1994 AATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
* *
2058 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTG
131 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTTATAATGATTTG
* * * ** * *
2109 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAATTGTTTAAACTGCTTCAACAAACATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * **
2173 AAATCTCTTATTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATATGCT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACT
* * * * * * * * *
2237 TATATAAACTGAAAAT--TTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTG
129 TGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTTATAATGATTTG
* * * *
2289 AAATAGATAA-TGTTCAAATAG----GA--A-CT-AA-T-A--TAATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* ** * ** *
2341 AATCTCCTACAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTA
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
** ** * *
2405 TATGATGAAATCTAATTGTTTTATGACAAAC-AAAAGTTTGTGATGATTTG
131 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAG-TTATAATGATTTG
* * * ** * * * ** *
2455 AAATAGATAATTATTTGAAA-GGCAATAGTTATTTGAA-TCAATTTGATAAATTGACTTATTTTT
1 AAATAGATAATT-GTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACT-GATTTGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * * * *
2518 AAAATTTCTAACTTATCAATTTTT-GAACTATTAATCAAGTAATATTAGTTTATT-TCAAATAAA
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAA
* ** * * * * * *
2581 CTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAA-ACAAAAGGTATATTTATTTT
127 CTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGTTATAATGATTTG
* * * * * ** *
2635 AAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCG-TAAATAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * *
2699 AAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTCT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA
65 -AAATCTCTTACT-TATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA
* * * * ** * * *
2761 GCTTGTATAAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTCATAACGATTTA
126 ACTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTTATAATGATTTG
** * * * * * * ** *
2818 AAATAGATAATTGCCCTAATAATCT-TAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * ** ** * *
2882 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACCCCAAATGAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTT
*
2947 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAA
130 GTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAA
2985 TCTTAACGAT
Statistics
Matches: 1485, Mismatches: 364, Indels: 195
0.73 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 7 0.00
166 64 0.04
167 48 0.03
168 5 0.00
170 1 0.00
171 2 0.00
172 6 0.00
173 97 0.07
174 74 0.05
175 76 0.05
176 19 0.01
177 14 0.01
178 33 0.02
179 112 0.08
180 408 0.27
181 296 0.20
182 133 0.09
183 81 0.05
184 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTTATAATGATTTG
Found at i:2455 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2162--2465 Score: 391
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
2152 CAACAAACAT
* *** * *
2162 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
2227 TGAATATGCTTATATAAACTGAAAATTTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
66 TGAATAGGCTTATATAAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
2292 TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAATAAATAG
131 TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAATAAATAG
*
2329 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
2393 TGAATAGGCTTATAT-GA-TGAAATCTAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGTTTGTGATGATTTG
66 TGAATAGGCTTATATAAACTGAAA---AATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTG
2455 AAATAGATAAT
128 AAATAGATAAT
2466 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.04
165 1 0.01
166 69 0.59
167 41 0.35
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (167 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TGAATAGGCTTATATAAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAATAAATAG
Found at i:3796 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2988--6387 Score: 2226
Period size: 181 Copynumber: 19.0 Consensus size: 179
2978 TCAAAAATCT
* * * * * * *
2988 TAACGATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTGGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** *
3049 ATATTAAAAAATGAGCATTATTTTATTCTT-AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * *
3113 GATAAAACAAAA-TGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAAT-GAACA
129 GACAAAACAAAAGT-TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCA
* * * * * ** *
3165 TGACCATTTGAACTTGTTCGATCAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATAAATTTTT-AG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * ** ** * *
3229 AATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAAATTGTATGAATAAAACAATTGTTTTA-A
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
3293 ACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
130 ACAAAACAAAAGTTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * *
3344 TAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTTTTAATAATTTTTGG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * * **
3408 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * * *
3473 TGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTA
128 TGACAAAAC-AAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * *
3527 TAACTATTCGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTGAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
*
3591 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTAT
* *
3655 CACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
129 GACAAAACAAAAGTTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
3707 TAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * **
3772 ATGTTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACCGAAAA-AATCATTTTA
66 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-C-AAAACAATTGTTTTA
* * * **
3835 TTG-CAAAACAAAA-TGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
128 -TGACAAAACAAAAGT-TCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
3888 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAACCATATTTATTTTTTAAATCT-TTGACTTATT-ATTTATTG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTT-TTG
* * * * * * *
3951 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTATATAAGCTTATATAATAAAAAACAATTGTTTTA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTA
* * *
4016 TGACAAAACAAAAAG-TCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
128 TGACAAAAC-AAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * * * *
4069 TAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA---TTG--
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * **
4129 -TA--AAT---TT-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTAT-GA-ACAAAACAATTGTTTTAT
* ** * * *
4187 GACAGAACAAAAGGTT-ATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTA
129 GACAAAACAAAA-GTTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * **
4239 TAATTGTTT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAA-CTCTTAATTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** * * *** *
4302 AACATTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTCAAATAATTTTTTATGAATTGAAATGTATTTTTTT
65 AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAACAATTGTTTT
* * * * *
4366 ATGACAAAAGAAAAGATCATAATGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCA
127 ATGACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * ** * * **
4420 TGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAACAT-TTTTACTTATTAATTGTCAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * *
4484 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * * ** *
4549 GATAGAAA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTA
129 GACA-AAACAAAAGTTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
4600 TAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * *
4661 ATATTAATAGATTAGTATTTTTGTTTATTTTAAACAAACTTATATAAATAAAA-ATATTTATTTT
66 ATATTAATAAATTAGTA-TTAT-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACA-A-TTGTTTT
** * *
4725 ACAACAAAACAAAA-TGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCA
127 ATGACAAAACAAAAGT-TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
4779 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
4844 ATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAA-AATTGTTTT
66 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT-TGTATGAA--CAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
4906 ATGGCAAAAGAAAA----AT-A-ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAATCT
127 ATGACAAAACAAAAGTTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
4953 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
5017 ATATTATTATATTAGTGTTATTTTATTTCAAA-ACAACTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA-AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
5081 GACAGAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTAA
129 GACAAAACAAAA-GTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * *** * * *
5133 TAACTATTTTAACTAATTTGGTAAATGGAGTTATTTTGTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * * *
5198 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATA-CAATCAAAACAATTATTATAGG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
5262 ACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATTGCCA
130 ACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * * * * **
5313 TAATTATTTGAACTAACTT-GGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCAA
1 TAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
5377 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * * * *** * *
5442 GACAAAACGAAAGGTCAGAACGATTTTTGATAGACAATTGTTTAAATAGTCA
129 GACAAAACAAAAGTTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
5494 TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * *
5558 CATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTCAT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * * *
5622 TGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTCA
128 TGACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** *** * * * * *
5675 TAACTATTTGAATTTGTCCAATAAATGGATTTATCTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * ** *
5740 AATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAATAG-TTT
65 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAC-AATTGTTTT
* * * * * **
5803 ATGACTAAACAAAAGGTT-AGAATGATTT-ACAATAGATAATTATTCTAATGGTTT
127 ATGACAAAACAAAA-GTTCATAAT-ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
5857 TAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTCTGTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * **** * * *
5918 ATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * *
5982 GACAAAA-TAAAGATCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCA
129 GACAAAACAAAAGTTCATAA-TATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
6033 TAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** *
6097 AATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * * *
6162 GACAAAA-GAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACAA
129 GACAAAACAAAAGTTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * * **
6213 TAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATT-ATTTTAA
1 TAACTA-TTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
6274 AAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTT
64 AA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTT
* * * * * *
6339 ATAACAAATCAAAAAGTT-ATAACAATTTTAAATAGAAAACTGTTCAAAT
127 ATGACAAAAC-AAAAGTTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
6388 GGTAAACAAA
Statistics
Matches: 2550, Mismatches: 538, Indels: 267
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 39 0.02
170 86 0.03
171 1 0.00
172 8 0.00
173 89 0.03
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175 6 0.00
176 94 0.04
177 117 0.05
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183 118 0.05
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGTTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
Found at i:4014 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 3277--6255 Score: 1222
Period size: 361 Copynumber: 8.3 Consensus size: 361
3267 TTGTATGAAT
* *
3277 AAAACAATTGTTTTA-AACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** *
3341 TCATAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTTTTAATAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTT
* ** * * * * *
3406 GGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATT
129 GGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAGAAAAAATCAATT
* * * *
3471 TATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTC
194 TATGACAAAACAAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTC
* * *
3536 GAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTGAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
259 GAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * *
3601 ATTTATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATGAACA
324 ATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTACATGAAAA
* * * * *
3639 AAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
3704 TCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTT
*** * *
3769 GGAATGTTAATAAATTCA-TATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACCGAAAAAATCATT
129 GGAATGTTAATAAATT-AGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAGAAAAAATCAAT
* * ** *
3832 TTATTG-CAAAAC-AAAATGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATGACTAT
193 TTA-TGACAAAACAAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
3895 TTGAACTTGTTCAGTAACCATATTTATTTTTTAAATCTTTGACTTATT-ATTTATTGAAATATTA
257 TCGAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTGACTTATTAATTT-TTGAAATATTA
* *
3959 ATAAATTAATATTATTTTAATCTATATAAGCTTATAT-AATAA
320 ATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTACATGAA-AA
* * *
4001 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
4066 TCATAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAAT-T-TT--T---TACTTATT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTT
* * ** * * * * *
4124 --AA--TT-GTAAATTTGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATT
129 GGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACA-GAAAAAATCAAT
* * * ** * * * * * * *
4183 TTATGACAGAAC-AAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTGTT
193 TTATGACAAAACAAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * ** *
4247 -TAGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAACTCTT-AATTATTAATTTTCAAAACATTAA
258 CGA-ACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-TTTTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * ** ** **
4310 TAACA-TAGTATTACTTT-ATTTCAAATAATTTTTTATGAATTG
321 TAA-ATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTACATGAA-AA
*** * * * ** * * *
4352 AAATGTATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAATGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * ** * * * *
4417 TCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAACAT-TTTTACTTATTAATTGT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGTAAACAAATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTCAATAATTTT
*** * * * * * * ** * *
4481 CAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATT
128 TGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAGAAAAAATCAAT
* * * ** * * * ** *
4545 TTATGATAGAA-AAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATT
193 TTATGACAAAACAAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
4608 TGAAC-TGGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTAAA-TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAA
258 CGAACGT-GTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
4668 TAGATTAGTATTTTTGTTTATTTTAAACAAACTTATAT-AAATA
321 TAAATTAATA-TTAT-TTTAATCTAAATAAGCTTACATGAAA-A
* * * * ** * *
4711 AAAATATTTATTTTACAACAAAACAAAATGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
4776 TCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAA-TTACTTTTTAAATCTCTTACAT-ATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTT-CGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TCAATAATTT
* * * * * * ** *
4839 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-TTTTATTCTAAATAAGC-TATTATGAATTGAAAAAATT
127 TTGGAATGTTAATAAATT-AGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTA-TATAAACAGAAAAAATC
** * * * * * *
4901 GTTTTATGGCAAAAGAAAAA--T---AAT---TTAAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACT
190 AATTTATGACAAAACAAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * *
4958 ATTTGAAC-TAGTTTGGCAGATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-AGTTATTAATTTTTGAAATA
255 ATTCGAACGT-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTGACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * ** *
5020 TTATTATATTAGTGTTATTTTATTTCAAAACAA-CTTGGATGAACA
317 TTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTACATGAAAA
* * * * * * * *
5065 AAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * * * *
5130 TAATAACTATTTTAACTAAT-TTGGTAAATGGAGTTATTTTGTAAATCCCTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACT--TGTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTT
* ** * * * *
5194 T-GAAAGATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAACTTATACAATCA-AAACAAT-TA
128 TGGAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAGAAAAAATCAA
* * * * * * * * *
5255 TTATAGGACCAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATTGCCATAATTA
192 TT-TATGACAAAACAAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * * * **
5319 TTTGAAC-TAACTT-GGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTT-AATTATTAGTTTTCAAAATA
256 TTCGAACGT--GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT--TTTGACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * ** **
5381 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT
317 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTACATGAAAA
* * * * * ** *** * * *
5426 GAAACAATTGTTTTGTGACAAAACGAAAGGTCAGAACGATTTTTGATAGACAATTGTTTAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
5491 TCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTT
* * **** * * * * * **
5555 T-GACATATTAAGAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGGAT-AAGTCATTATGAACTGAAACAATTG
128 TGGA-ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTA-TATAAACAGAAAAAATCA
* * * * * *
5617 TTTTATGTCAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTCATAACT
191 ATTTATGACAAAACAAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * *
5680 ATTTGAATTTGTCCA-ATAA-ATGGATTTATCTTTTCAAATATTTTG-CTTATTAATTTTTCAAA
255 ATTCGAACGTGTTCAGAAAACAT--ATTTAT-TTTT-TAA-ATTTTGACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
5742 TTTTAATAAATTGAGATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTA-A-GATAT
315 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGC-T-TACATGAAAA
* * * * * * * * * *
5789 GAAACAAATAG-TTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT-ACAATAGATAATTATTCTAAT
1 AAAAC-AATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGA-AATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * * *
5852 GGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTCTGTTTTAAA--TC-T-CTCATTAATTT
63 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTT
* * * * * * * * * * * ***
5913 TTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTA-ACCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGT
127 TTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAGAAAAAATCAA
* *** * * * *
5977 TTTATGACAAAATAAAGATCTTAACAAT---TTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
192 TTTATGACAAAACAAA-AAGGTCACAATGACTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * *
6038 ATTTGAA-TTGGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTACTAATTTTTGAAAT
255 ATTCGAACGT-GTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTGACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * ** ***
6100 ATTAATAAATTACTATTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCA
316 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTACATGAAAA
* * * * * * *
6146 AAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GA
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
*
6210 CAATAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
66 C-ATAACTA-TTTGAACTTG-TTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
6256 TTTTTCTTAT
Statistics
Matches: 2019, Mismatches: 478, Indels: 245
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
349 3 0.00
350 79 0.04
351 173 0.09
352 27 0.01
353 63 0.03
354 145 0.07
355 31 0.02
356 93 0.05
357 79 0.04
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360 91 0.05
361 340 0.17
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364 9 0.00
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGG
AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAGAAAAAATCAATTTA
TGACAAAACAAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGA
ACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
TAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTACATGAAAA
Found at i:4235 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4214--4246 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
4204 TAGCGATTTC
4214 AAATAG-ATAATTGTTG
1 AAATAGTATAATTGTTG
4230 AAATAGTTATAATTGTT
1 AAATAG-TATAATTGTT
4247 TAGACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTGTTG
Found at i:5076 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 4749--5225 Score: 394
Period size: 173 Copynumber: 2.7 Consensus size: 173
4739 TGTCATAAGG
* ** * *
4749 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTACT
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGG-AAACATAATTACT
* * *
4814 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATGTTATTTTATTCAAAACAA
* **
4879 GCTATTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAGAAAAATA
130 GCTATGATGAATCAAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAGAAAAATA
* * * * * *
4923 ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGG-CAGATAATTTATT
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAACATAA-TTACT
** * *
4987 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATT-AGTGTTATTTTATTTCAAAAC
65 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGTTATTTTA-TTCAAAAC
* * *
5051 AA-CT-TGGATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATG
128 AAGCTAT-GATGAATCAAAAA-AATTGTTTTATG---G--CAAAA-G-AAAAATA
* * * * * * * * * * *
5103 ATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTAATTTGGTAA-ATGGAGTTA-
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAACAT--AATTAC
* * * *
5166 TTTTGTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTC
64 TTTT-TAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGTTATTTTATTC
5226 TGAATAAACT
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 42, Indels: 26
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 11 0.04
173 71 0.29
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176 1 0.00
178 5 0.02
179 1 0.00
180 54 0.22
181 50 0.20
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (173 bp):
ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAACATAATTACTT
TTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATGTTATTTTATTCAAAACAAG
CTATGATGAATCAAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAGAAAAATA
Found at i:6388 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4466--6388 Score: 443
Period size: 180 Copynumber: 10.7 Consensus size: 180
4456 TAAAACATTT
* * * * * * *
4466 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCCAAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTC-AATAAGCTTGTATGA
* * * * * * **
4530 ATAGAAACTATTATTTTATGATAGAAA-AAAAGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTCCTCAA
65 ACAAAAACAATTATTTTATAACA-AAAGAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAA-AACTGTTCAA
** * * * * * *
4593 AT-AGTTATAACTA-TTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
128 ATGA-CAATAATTACTTT-AATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * * * * * * * * *
4646 TTA--T--TAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTGTTTATTTTAAACAAACTTATATA
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATA-TTAT-TCTATTTTCAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** * *
4707 AATAAAAATATTTATTTTACAACAAAACAAAATGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
64 AACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGAAAACTGTTCAA
* * * * *
4772 ATGGTC-ATAATTA-TTTGAACTGGTTAGGTAAACATAA-TTACTTTTTAAATCTC
128 AT-GACAATAATTACTTT-AATTGATTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * * * * *
4825 TTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGA
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTCAATAAGCT-TGTATGA
** * ** * * * *
4889 ATTGAAAA-AATTGTTTTATGGCAAAAGAAAA---AT---AATTTAAAATAGATAATTGTTCATA
65 A-CAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAAAACTGTTCAAA
* * * * * * * *
4947 TAATC-TTAACTA-TTTGAACT-AGTTTGGCAGA-TAATTTATTTTTTAAATCTC
129 TGA-CAATAATTACTTT-AATTGA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * * * * * * * *
4998 TTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTGTTATTTTA-TTTCAAAACAACTTGGATGA
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTCAATA-AGCTTGTATGA
* * * * * * ** * * * *
5062 ACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAA
65 ACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGAAAACTGTTCAAA
* * * * * * *** * * *
5127 T-AGTAATAACTATTTTAACTAATTTGGTAAATGGAGTTATTTTGTAAATCCC
129 TGA-CAATAATTACTTTAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * * * * * * * *
5179 TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATA-CAA
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * ** * * * * *
5243 TC-AAAACAATTATTATAGGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAA
66 -CAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGAAAACTGTTCAAA
* * * * * * *
5307 TTG-CCATAATTA-TTTGAACTAACTT-GGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCAC
129 -TGACAATAATTACTTT-AATTGA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
5359 TTAATTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * * *** * * *
5424 CTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACGAAAGGTCAGAACGATTTTTGATAGACAATTGTTTAAAT
66 CAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-GAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAAAACTGTTCAAAT
* * * *
5489 AGTC-ATAACTA-TTTGAATTTG-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTC
130 -GACAATAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC
** * ** * * * * ** *
5540 TTGTTTATTAATTTTTGACATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTCAT-TATGA
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTCAATAAG-CTTGTATGA
** * ** * ** * * * *
5604 ACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAA
65 ACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGA-AAACTGTTCAA
* * * ** *** * * *
5668 ATAGTC-ATAACTA-TTTGAATTTG-TCCAATAAATGGATTTATCTTTTCAAATATT
128 AT-GACAATAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTC
* * ** * * * * * * *
5722 TTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAGATTATTTTA-TTCCAAATAAGCATGTAAGA
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTC-AATAAGCTTGTATGA
** * * * * * * * ** * * * *
5786 TA-TGAAACAAATAGTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT-ACAATAGATAATTATTCT
65 -ACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAA-GTCATAACAATTTGA-AATAGAAAACTGTTCA
**** * * * * * * * *
5849 AATGGTTTTAACTA-TTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTCTGTTTTAAATCTC
127 AATGACAATAATTACTTT-AATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * ** *
5903 -T-C--ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATT-T-TTAACCGAATAAGCTTCTATG
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATT-TTC-AATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * * *
5962 ATCAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCA
64 AACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAAG-TCATAACAATTTGA-AATAGAAAACTGTTCA
* * * * * *
6025 AATAGTC-ATAACTA-TTTGAATTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
127 AAT-GACAATAATTACTTT-AATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * * **
6079 TTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGGT
1 TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
6144 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
66 CAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAAAACTGTTCAAATG
*
6209 ACAATAATTACTTTAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TT
131 ACAATAATTACTTTAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
6258 TTTCTTA-TTATTTTAAAAGATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAACTAAGCTTGTATT
1 TTACTTACTAATTTTAAAA-ATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTCAA-TAAGCTTGTATG
** * *
6321 AACTTAAACAATTATTTTATAACAAATCA-AAAAGTTATAACAATTTTAAATAGAAAACTGTTCA
64 AACAAAAACAATTATTTTATAACAAA--AGAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAAAACTGTTCA
6385 AATG
127 AATG
6389 GTAAACAAAC
Statistics
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0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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175 1 0.00
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182 152 0.11
183 26 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTACTTACTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA
CAAAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAAAACTGTTCAAATG
ACAATAATTACTTTAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:8132 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7074--8452 Score: 839
Period size: 179 Copynumber: 7.7 Consensus size: 179
7064 TGAAATAAAT
* * * * * * *
7074 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAGGCTTGTATGAAATAAAACAATTATTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
7138 ATGAATAAACAATAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT-GCTCTTAACTATTTG
65 ATG-AGAAACAA-AGATCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTG
* * * * *
7202 AACTGGTTTAG-CAAACACATTTA-TTTTTTAA-CTC-T-CTTATTAATTTTTG
127 AACT-GTTTCGAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * ** *
7251 AAATATTATTAAATTAGTCTTATTTTTATCT-ACATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATCTCAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* *
7315 ATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGA-TGATATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA
65 ATGAG-AAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
7379 CTGGTTTGGAAAAA-AGTTTTAGTTTTTACATCTCTTACCTCTTAATTTTCA
129 CT-GTTTCGAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
7430 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* *
7495 TGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGA-TGATATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAAC
66 TGAG-AAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
7559 TGGTTTGGAAAAA-AGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACCTCTTAATTTTCA
130 T-GTTTCGAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
7609 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
7674 TGACAAA-ATGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AATCTT
66 TGAGAAACA--AAGATCATAATGA-TTTGAG--ATT-G-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTA
* * * * * * * *
7737 TTTTAATTTTTTC-AATAAGCAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC
123 TTTGAACTGTTTCGAA-AAACAGATTTA-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
7795 AAATGTTAATATATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * ** * *
7859 AT-ATCTAAACAAA-ATGTTAGAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
65 ATGA--GAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
7922 GAACAG-CTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
126 GAACTGTTTCGAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * ** *
7975 GAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCTGA-ATAAGCCTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTCAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
8039 ATGATGAAATAAAGATCATAA-CATTTTGAGATTGATAATTATTCAAATGGTTATAATTATTTGA
65 ATGA-GAAACAAAGATCATAATGA-TTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
8103 ACTGTTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATGTC---C-TATTAATTTTCA
128 ACTGTTTCGAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * ** * * * *
8151 AAATATTAATAGATCAATATTATTTTAATATGA-ATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTCAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * ** * * * * * *
8215 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAT-A-----CAAATGGACATGATTATTTGA
65 ATGA-GAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * ** *
8274 ACT-TATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTTT
128 ACTGT-TTCGAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTA
* * ** ** *
8327 TAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAAATTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAG-ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * ** * *
8390 TATGAACAAACAAAAGATCATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATT
64 TATG-AGAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
8453 CGAAGTCGCT
Statistics
Matches: 951, Mismatches: 196, Indels: 105
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 44 0.05
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188 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
TGAGAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
GTTTCGAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
Found at i:9172 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 8512--9743 Score: 676
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 179
8502 AGTTGTTATA
* * * ** *
8512 AACAGAAACAATTGGTTT-TGACAAAAC--AAGGTCATAACGA-TT-AAATATCTAATTGTTCAA
1 AACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * *
8572 ATAGTCATAACTATTTTGAACGTGTT-AAAAAACATATTTATTTTTTTAAATTTTTACTTATTAA
66 ATAGTCATAAATA-TTTGAACTTATTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTACTTATTAA
* * * *
8636 TTTTTGGAAA-ATTAATAAATTTAATATTGTTTT-AT-CGAAAATAAGCTTGCA-ATG
129 -TTGTAGAAATATTAAT-AA-GTAATATTATTTTAATCCG--AATAAGCTT--ATATG
* * * * * *** * * *
8690 AATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGTATAATTGTTCA
1 AACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA-AATAATTATTCA
* * * ** * * * * * *
8755 GATAGTCATAACTATTTAAACAGATGTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTTCATT
65 AATAGTCATAAATATTTGAACTTAT-TCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT-ATT
* ** * * * * *
8820 AATGTTTCACCAATATTAATAAATTAGTATTATTATTGATTTCAAATAAGCTTATATG
127 AAT-TGT-AGAAATATTAAT-AAGTAATATTATT-TT-AATCCGAATAAGCTTATATG
* * * * * * * ** * *
8878 AATTA-AAAAAATTGTTTTATTACAACACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGAT-ATTATTCA
1 AA-CAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCA
* * * * * * *
8941 AATAGTCATTGACTATGTTGAACTTGTT-TAGTAAACATTATTAATTTTTAAAATCTTTACTCAT
65 AATAGTCA-TAAATAT-TTGAACTTATTCGA-TAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
* * *
9005 TATTTGTAGAAATATTAATCAAGTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTTTG
126 TAATTGTAGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATG
* *
9060 AATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAA
1 AACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAA
* *
9125 ATAGTCATAAAGATTTGAACTTATTCGATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
66 ATAGTCATAAATATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAAT
*** * * *
9190 TGTCTTAATATTAATATATTTATATTATTTTAAT-CGAAATAAGCTTGTATG
130 TGTAGAAATATTAATA-AGTAATATTATTTTAATCCG-AATAAGCTTATATG
* * * * * * *
9241 AACA-AAA-AAAT-CATTTATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTTGTT
1 AACAGAAACAATTGC-TTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAA-TTATT
* * * * * *
9303 CAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
63 CAAATAGTCATAAATATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATT
* * * * *** ** *
9368 AATTTTTAG-AATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTATATT
127 AA-TTGTAGAAATATTAATAAG-TAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATG
* * ** ** * * * *
9422 AACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTAAA
1 AACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * *
9487 AAAGTCATAACTATTTGATC-TAGTTTCG-TAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTA
66 ATAGTCATAAATATTTGAACTTA--TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTA
* * * * * * * * *
9550 ACTATTGAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTAATCCAAATGAGCTTATATG
128 ATTGTAGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATG
* * * * * * **
9603 AACATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACACAA
1 AACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAA
* * ** ** * * *
9668 ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAATAAACAGATTTAATTTTTAAATC--T-CATATTAATT
66 ATAGTCATAAATATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATT
*
9730 -TTGAAATATTAATA
131 GTAGAAATATTAATA
9744 GATTATGACA
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 188, Indels: 95
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 12 0.01
177 7 0.01
178 17 0.02
179 15 0.02
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190 1 0.00
191 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAA
ATAGTCATAAATATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATT
GTAGAAATATTAATAAGTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATG
Found at i:9329 original size:362 final size:355
Alignment explanation
Indices: 8532--9743 Score: 947
Period size: 362 Copynumber: 3.4 Consensus size: 355
8522 ATTGGTTTTG
* ** * *
8532 ACAAAAC--AAGGTCATAACGA-TT-AAATATCTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAAC
* * * * * * * *
8593 GTGTTAAAAAACATATTTATTTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAAA-ATTAATAAATT
65 TTGTTAATAAACAGATTTAATTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAAT-AA-G
* ** * *
8657 TAATATTGTTTT-ATCGAAAATAAGCTTGCAATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAA
128 TAATATTATTTTAATCG--AATAAGCTTG-TTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
8721 AGGTCATAATGTTTTGAAATAGTATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACAGATGTTGGT
190 AAGTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TATTCGT
* * * * * *
8786 AAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTTCATTAATGTTTC-ACCAATATTAATAAATTAGTAT
251 AAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAAT-TATCTA--AATATTAATAAATTAGTAT
* * **
8850 TATTATTGATTTCAAATAAGCTTATATGAATTAAAAAAATTGTTTTATT
312 TATT-TT-A-ATCAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAAAA-TCATTTATT
* * ** * * *
8899 ACAACACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGAT-ATTATTCAAATAGTCATTGACTATGTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTAT-TTAAA
* * * *
8963 CTTGTTTAGTAAACA-TTATTAATTTTTAAAATCTTTACTCATT-ATTTGTAGAAATATTAATCA
64 CTTG-TTAATAAACAGAT-TTAATTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAAT-A
* *
9026 AGTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAA
126 AGTAATATTATTTTAAT-CGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * **
9091 AAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTATTCGATAA
190 AAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCG-TAA
* * *
9156 AAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATATATTTA-TATTATTT
253 AAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTAAATATTAATA-AATTAGTATTATTT
*
9220 TAATCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATCATTTATT
317 TAATC-AAATAAGCTTATATGAACAAAAAAATCATTTATT
* * * * *
9260 GACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
1 -ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * *
9325 CTTGTTCGATAAACAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAG
64 CTTGTT-AATAAACAGATTTAATTTTTAAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAA
* * ** ** * * *
9388 GTTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTATATT-AACT-GAAATAATTTTTTTATGACAAAACA
127 G-TAATATTATTTTA-ATCGAATAAGCTTGT-TTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
9451 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGATCTAGTTTCGT
188 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA--TTCGT
* * * * * * *
9516 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTAT-TGAAATTTTAATAAATTAGTATAAT
251 AAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** *
9580 TTTAATCCAAATGAGCTTATATGAACATAAACTATTGTTTTATA
315 TTTAAT-CAAATAAGCTTATATGAACA-AAA-AAATCATTTATT
* * * * **
9624 ATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* *
9689 GGTTTAATAAACAGATTTAATTTTT-AAATC--T-CATATTAA-TTTT-GAAATATTAATA
66 TG-TTAATAAACAGATTTAATTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATA
9744 GATTATGACA
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 126, Indels: 82
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 14 0.02
358 6 0.01
359 1 0.00
361 32 0.05
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373 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
TGTTAATAAACAGATTTAATTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAGTAA
TATTATTTTAATCGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
TAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCGTAAAAATATTT
ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAAAT
AAGCTTATATGAACAAAAAAATCATTTATT
Found at i:9715 original size:543 final size:550
Alignment explanation
Indices: 8489--9719 Score: 1301
Period size: 543 Copynumber: 2.3 Consensus size: 550
8479 TTTTTAAATC
* * * * * *
8489 TTTATTCCAAATAAG-TTGTTATAAACAGAAACAATTGGTTT-TGACAAAAC--AAGGTCATAAC
1 TTTAATCCAAATAAGCTT-ATATGAACAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAC
* ** *** *
8550 GA-TT-AAATATCTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTGAAC-GTGTTAAAAAACATATTTA
65 AATTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGT-TTAATAAACATATTTA
*
8612 TTTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAAAATTAATAAATTTAATATTGTTTTATCGAAA
128 -TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAAATTAATAAATTTAATATTATTTTATCGAAA
* ** ** * *
8676 ATAAGCTTGCAATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
191 ATAAGCTTGCAATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAAT
* * * *
8741 AGTATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACAGATGTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAT
256 AGTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACA-ATGTTGATAAACAGATTCATTTTTTAAA
*
8806 TCTCTTACTTCATTAATGTTTCACCAATATTAATAAATTAGTATTATTATTGATTTCAAATAAGC
320 TCTCTTAATTCATTAATGTTTCACCAATATTAATAAATTAGTATTATTATTGATTTCAAATAAGC
* * * *
8871 TTATATGAATTAAAAAAATTGTTTTATTACAACACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATATT
385 TTATATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATATT
* * * *
8936 ATTCAAATAGTCATTGACTATGTTGAACTTGTTTAGTAAACATTATTAATTTTTAAAATCTTTAC
450 ATTAAAAAAGTCATTAACTATGTTGAACTAGTTTAGTAAACATTATTAATTTTTAAAATCTTTAC
** * * *
9001 TCATTATTTGTAGAAATATTAATCAAGTAATATTAT
515 TCATTAACTATAGAAATATTAATAAAGTAATATAAT
* * * * * *
9037 TTTAATCCGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
1 TTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
** ** * *
9102 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT-TATTCGATAAAAATATTTAT
66 ATTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-AATAAACATATTTAT
* *
9166 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATATATTT-ATATTATTTTAATCG-AA
129 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAAATTAATAAATTTAATATTATTTT-ATCGAAA
* *
9228 ATAAGCTTG-TATGAACA-AAAAAATCA-TTTATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCA-ATTTT-A
191 ATAAGCTTGCAATGAACAGAAAAAATCATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTTGA
* *
9288 AATAG-ATAATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TTGTTCGATAAACAGATTCATTTTT
253 AATAGTATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATGTT-GATAAACAGATTCATTTTT
* * ** **
9351 TAAATCTCTTAATT-ATTAAT-TTTTA-GAATATTAATAGGTTAGTATTATT-TT-ATTTTTAAT
316 TAAATCTCTTAATTCATTAATGTTTCACCAATATTAATAAATTAGTATTATTATTGATTTCAAAT
** * * * * *
9411 AATTTTATATTAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
381 AAGCTTATATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGA
* * *
9476 TATTTATTAAAAAAGTCA-TAACTAT-TTGATCTAGTTTCGTAAACA-TATTTATTTTTAAAATT
446 TA-TTATTAAAAAAGTCATTAACTATGTTGAACTAGTTTAGTAAACATTATTAATTTTTAAAA-T
* * * * * * *
9538 TTTTATTTATTAACTATTGAAATTTTAATAAATTAGTATAAT
509 CTTTACTCATTAACTATAGAAATATTAATAAAGTAATATAAT
* * * * * *
9580 TTTAATCCAAATGAGCTTATATGAACATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACA
1 TTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * *
9645 ATTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAATAAACAGATTTAAT
66 ATTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAATAAACATATTTATT
9710 TTTTAAATCT
130 TTTTAAATCT
9720 CATATTAATT
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 95, Indels: 47
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
542 14 0.02
543 162 0.29
544 71 0.13
545 16 0.03
546 21 0.04
547 4 0.01
548 41 0.07
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550 55 0.10
551 21 0.04
552 43 0.08
553 69 0.12
554 1 0.00
555 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (550 bp):
TTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
ATTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAATAAACATATTTATTT
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATTAATAAATTTAATATTATTTTATCGAAAATAAG
CTTGCAATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGTAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATGTTGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTT
AATTCATTAATGTTTCACCAATATTAATAAATTAGTATTATTATTGATTTCAAATAAGCTTATAT
GAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATATTATTAAA
AAAGTCATTAACTATGTTGAACTAGTTTAGTAAACATTATTAATTTTTAAAATCTTTACTCATTA
ACTATAGAAATATTAATAAAGTAATATAAT
Found at i:9792 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9759--9792 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
9749 TGACAAAACA
9759 AAATAACATAATGATTTG
1 AAATAACATAATGATTTG
*
9777 AAATAA-ATAATTATTT
1 AAATAACATAATGATTT
9793 ATATAGCCTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.60
18 6 0.40
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
AAATAACATAATGATTTG
Found at i:10422 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 10085--10507 Score: 471
Period size: 182 Copynumber: 2.3 Consensus size: 182
10075 TGTATGACGA
* * * *
10085 AAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
* *** * *
10150 CCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGGTTTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTT
66 CCATAACTATTCGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTAAATTTC
* * *** *
10215 TGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACT-TTTATGAAAT
131 TGAAATATTAACAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAA-TATGTATGAAAT
* * *
10267 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-G
* * ** **
10332 G-CATAATTATTCGAACTTATTCGGTAAAC-AAATTTATTTTTGTAAAT-TCCTTGCTTACTAAA
65 GCCATAACTATTCGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTT-TAAATCTCC-AACTT-CTAAA
* * *
10394 TTTCT-AAATGTTAACAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAATATGTATGAACT
127 TTTCTGAAATATTAACAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAATATGTATGAAAT
* * *
10449 AAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGATTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
1 AAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
10508 TAACAATCTT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 33, Indels: 12
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 13 0.06
182 178 0.88
183 11 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
CCATAACTATTCGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTAAATTTC
TGAAATATTAACAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAATATGTATGAAAT
Found at i:11230 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10544--14427 Score: 2834
Period size: 181 Copynumber: 21.6 Consensus size: 179
10534 TAGCAAATAC
* * * * * *
10544 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTTATAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TA-AA
* * ** * *
10609 CTAATTGAAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTATTGCTTTATTAATTTTTC-A
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA-TTTTCAA
* * *
10673 AATGTTAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATA
125 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * * * *
10724 ATTATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG--TAAA
* * ** *
10788 CTATTTGAACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-A
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * *
10852 TTATTAAATTAGTATCATTTTA-ATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
10902 ATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-AA
* * *
10966 CTATATGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAAT
64 CTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * *
11026 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAACAGAAATA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACA
* *
11078 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGATAAGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TAA-A
* * * * * * * *
11143 CTATGTGAAGTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * *
11208 TTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTACGAATAGAAACA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
11259 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTATTTAAACAGTAATAC
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAA-A-
* * * * * * * **
11324 CTATTTGAGCTTACTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAGTAATATTT-GGAA
64 CTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAA
* * *
11387 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACA
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
11440 ATTGGTTTATCAC-AAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TA-AA
* * * * * * **
11504 CTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGAA
64 CTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAAA
* *
11566 TATTAATAAATT--TAATTGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACA
127 TATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * *
11616 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-AA
** * **
11681 CTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACGAATTAATTTTCAAAAT
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * *
11746 ATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACA
128 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
11798 ATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TA-AA
* * * * *
11863 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * *
11927 TTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAGGTTTGTATGAAGAAAAACA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
11978 ATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAC
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAC
* * * * * * * * *
12043 TATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTT-ATGTGTCTACATA
65 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATA
*
12107 TTAATAAATT--TATGTAATTTTATCTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-A
129 TTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
12157 TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
1 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT--AA
* * * * *
12222 ATTATTT-ATACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
63 ACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * * * * *
12286 TATTAATAAAATAGAATTATGTTA-TTCAAATAAGCTTGTACGAATAGAATCA
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * * * *
12338 ATTGTTTTGTTATAAAACAGAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-AA
* * * ** * * **
12403 CTATTTGCAC-TGGTCAAGCCAACAG-TTTCATTCTTCAAATC-CGTTACTTATTAGCTTTCAAA
64 CTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTCAAA
* * * * * * *
12465 ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCTAATAAGAC-TATATAAACAGAAATA
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
12519 ATTGTTTTATCACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TA-AA
* * * ** * * *
12584 CTAATTAAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT-CTAATTTACAAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT-
* * * * * * * *
12648 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
12700 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-AA
* * * * * * * * * *
12765 TTATTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTGAGA-TTT-GAAA
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTTCAAAA
* * * * * * *
12828 TATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAAA
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAACA
*** * * * * * * * * * *
12881 AAAATCTTACGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG--TAAA
* ** * * * *
12946 CTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * *
13011 TTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
** * * * * * *
13062 ATCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAAGAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-AA
* * * * **
13127 CTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGGTTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * *
13192 TTAGTAAATTAGTATTATTTT-CTTCTGAATAAGCCTGTAT-AATGAAAAACA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * * ** * *
13243 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TA-AA
* * ** * * * * * *
13308 TTATTTAAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * * * * *
13373 TTAATAAAGTAATATTATTTTATATCGGATAAACTTTTGTGTACTA-AAATA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACA
* * * * * * *
13424 GTTATTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATGT--AATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAG--TAA
* * * * **
13487 ACTATTTGAACTTATTCGATAAATA-A-AT-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCTTAAT
63 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * * *
13545 GTTAATAAATTTGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * * * * *
13597 ATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTT-TAATAGTCTTAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG--TAAA
* * * * * *
13661 CTATTTGAAATGGTTTC-G-AAAGCACATTTA-TTTTAAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAA
64 CTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * * ** *
13718 TAGTAATACATTGGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAAAA
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
13771 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-CAGTTCAAAT-GGACAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTA-A-
* * * * * *
13834 GACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAA
63 -ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * *
13899 TAATAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACA
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* ** * *
13952 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-AA
* * * * *
14017 CTATTTGAACTT-TCTCGATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAATTTT-AGAAA
64 CTATTTGAACTTGT-TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAA
* *
14080 TATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * ** ** * *
14133 ATTGGTTTATAACAAAATAAATTGTTTTAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-AA
* ** * * * *
14198 CTATTTGAACGTGTTTAG-AAA-ATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAA
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * *
14260 TTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCA
127 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CA
* * ** * ***
14313 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-AA
** * * * * *
14378 CTAACTGAAATTTTTCGATAAACAAATTCATATTTTTTAATTCTCTTACT
64 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT--TATTTTTTAAATCTCTTACT
14428 CATGCTTATA
Statistics
Matches: 2937, Mismatches: 628, Indels: 275
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.00
173 111 0.04
174 119 0.04
175 62 0.02
176 78 0.03
177 166 0.06
178 152 0.05
179 168 0.06
180 667 0.23
181 1232 0.42
182 156 0.05
183 19 0.01
184 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * *
15107 CAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTGAAATAACATTATTCAAATTTATTAATATT
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* * * * **** *
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* *
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** *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* *
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** * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * ***
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** * * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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*** * * *
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1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** *
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* * **
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* *
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1 AAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* * * * * * *
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* * *
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*** * * *
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* * * * * *
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19566 TAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATT-
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * *
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** * * * **
19854 TTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCATTTTGTTTAATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* * * * * *
19919 ATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTATTAACATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
19984 CAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTATCGAACAAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * *
20036 TTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTTAAAGTCA-TTATGACCTTTT-C
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGT
*** * * * ** ** * *
20098 TTCCACATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATAGAAACTTATCGA-AATAAAATAATACTACTTTAC
59 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
20161 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTCGAATCAA-
123 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATC-AAACAAG
* * * * *
20221 TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
20283 CTTAAAATAATTGTTTCTGA-TCAT----GCTTATTT-GGATAAAAT-ATAATAATTTAATAATA
64 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * *
20341 TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACTAG
128 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * * * * **
20391 TTCGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTAACCATTTGTTTAATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
20455 ATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTA-TTCGAAAATAAATAATACTAATTTATTAA
65 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAA
20516 CATTTATTTA
Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 41 0.04
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187 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
Found at i:21561 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 21306--21642 Score: 421
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
21296 CTTTGTTTTA
* * * *
21306 TCATCAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA
* * *
21371 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACA-AAAT-CTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAT
66 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATAC-ACTTATAGAACCAATTCAAATAGTTAA
* *
21434 GAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTCATTTGG
129 GACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTCATTTGG
* * ** * * *
21482 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACAC-TAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAAT
* * *
21546 A-TTCTAAATATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAGTTTAAATAGTTAA
65 ATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAATTCAAATAGTTAA
* *
21610 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATT
129 GACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAAACATT
21643 CTAACCTTTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 21, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.04
176 129 0.95
177 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (176 bp):
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA
TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAATTCAAATAGTTAAGA
CTATTAGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTCATTTGG
Found at i:21876 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 21567--21903 Score: 407
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
21557 TAATAAGAGA
* *
21567 TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACAAGTTTAAATAGTTAAGACGATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
21632 TTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCATACATGCTTATTTG
66 TTAAAACAAATATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTTG
*
21697 AAATAAAATGATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAAT
131 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAAT
*
21749 TTTAAAAAATAAAT-CTATTTATCA-AACAAGTTTAAATAG-TAATGACGATTTA-AACAATTAT
1 TTTAAAAAATAAATAC-ACTTAT-AGAACAAGTTTAAATAGTTAA-GACGA-TTAGAACAATTAT
* * *
21810 CTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTTGA-AAAAGCT
62 CTATTTAAAACAAATATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG-CTCATAAAAGCT
* * *
21873 TATTTGAGATAAAATAATATTATTTTATTAA
125 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
21904 AATTTCAAAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 12
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
181 4 0.03
182 116 0.89
183 10 0.08
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACAAGTTTAAATAGTTAAGACGATTAGAACAATTATCTAT
TTAAAACAAATATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAAT
Found at i:22116 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 20625--23241 Score: 1452
Period size: 179 Copynumber: 14.7 Consensus size: 179
20615 CAAGCGTTCG
* * * * *
20625 GAATAGAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
20688 C-TATTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-A
66 CAT-TTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * *
20751 TAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCA
129 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* * * *
20800 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
20864 TCTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTA-CTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TC-ATTTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * **
20928 AACCTTTATGTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATAAAAGCTTATTTG
128 AA-----A--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* ** *
20987 GAATAAAATAATACTAATTTCTTAA-A-ACCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
** * * **** * * **
21050 TTGTTTACCTAGGGGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATTTATTTCGAATTGTTATG
65 TCATTTATCAAACAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
* * ** * * **
21114 ATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCCA-TAATACAAATTTATTCA
128 AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* * ** *
21164 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAACTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
21228 -TTGTTCA-CAAAACAAGTTCAAATGGTCATATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAAT-AGT
66 CAT-TT-ATC-AAACAA-TTCAAATAGTTATAGCTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCA-T
* * * * * *
21289 TATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAC-TATTCA
125 TAT-AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-TAAGCTTATTCA
21344 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAA
* * * *
21404 TCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGAG-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTA
65 TC-ATTTATC-AAACAATTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** * * * **
21468 TGATC-TTCATTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACT-AGCTTATTTG
127 TAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-TAAGCTTATTCA
* * * * * * *
21520 GAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTC-TAAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
21581 ACACTTAT-AGAACCAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTC
66 -CATTTATCA-AA-CAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
21644 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGCTCATACATGCTTATT-T
127 TAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCA
* * * * * ** *
21696 GAAATAAAATGATACTAATTTATTAACATGT-AGAACATCAA-AACACAAGAAATTTTAAAAAAT
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-GTAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * * * * * *
21759 AAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTAAT-GACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAA
62 AAATC-ATTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
21823 ATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTTGA-AAAAGCTTATT-T
124 TTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TTCATATAAGCTTATTCA
* * * * * * * * *
21878 GAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAG
1 GA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * *
21943 TCAGTTTATCAAATTGATTCAAATAATTGTAGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TCA-TTTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
22008 AAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAGGCCTATTCG
128 AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATATAAGCTTATTCA
* * *
22060 GGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* *
22125 TCATTTA-C-TA-AA-TC----AGTT-T--CTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTGC--TATA
65 TCATTTATCAAACAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CATTATA
* * * * * * *
22177 ACCTGTTGTTATGTTATAAAATAA-TG-TTTTAGTTTATATAAGCATATTCA
129 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCA
* * * *
22227 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * ** * * * * * * * *
22291 TTTGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAGTTA-GGACTATATGAACAATTATCTGTTTC-AATCGTTA
65 -TCATTT-ATCAAACAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
22354 TGACCTTTGGTTTTGTCATAGAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATT-T
127 TAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCA
* * * **
22406 GAA-ATAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAGGTGAA
1 GAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
* ** * * * * * * * *
22469 TTTTTTTGTCGAATCTATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
64 ATCATTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * *
22534 TACCTTTTGCTTCATCATATAA-AATT-TTATTTGAAAGTTCA-AT---CTTATTTA
128 AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTT---A-TTCATATAAGCTTATTCA
* *
22585 GAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *** * * * ** * *
22650 CTGTTTACTGATTTAGTTC-AATAGTT-TTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCATTAT
66 C-ATTTA-TCAAACAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * **
22713 -AACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTG
128 AAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* * * * * * *
22765 GAATAAAATAACACTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA-AAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* * * * * **
22829 TTC-TTTGTCGAACCAATTCAAATATTTAAAACTA-TAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 -TCATTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
22892 -GACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTAATTCATACT-AGATTATTTA
128 AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTTT-ATTCATA-TAAGCTTATTCA
*
22946 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
23009 TTATGTT-TACGTAACCAGTTCAAATAATTAT-GACTAATTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCGT
65 TCAT-TTAT-C--AAACAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
23071 TATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATG-TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCA
125 TATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* * *
23125 GAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAATTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** *
23186 CTATTTATCAAACTAATTCAAATAGTTTTACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
66 C-ATTTATCAAAC-AATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
23242 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 1888, Mismatches: 408, Indels: 291
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 7 0.00
167 74 0.04
168 22 0.01
169 25 0.01
170 1 0.00
171 2 0.00
172 5 0.00
174 10 0.01
175 46 0.02
176 180 0.10
177 206 0.11
178 191 0.10
179 326 0.17
180 191 0.10
181 242 0.13
182 185 0.10
183 33 0.02
184 12 0.01
185 65 0.03
186 7 0.00
187 57 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CATTTATCAAACAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAA
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
Found at i:23364 original size:132 final size:133
Alignment explanation
Indices: 23126--23373 Score: 358
Period size: 132 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
23116 GTTTGTTCAG
* ** *
23126 AATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTATT
1 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATT
* * *
23191 TATCAAACTAATTCAAATAGTTTTACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATACAAGCTTTTT
66 TATCAAACTAATTCAAATAGTTTGACCTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTTT
23256 TGA
131 TGA
* *
23259 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-AGACATTTAAAAAATAAATCTATT
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* *
23323 T-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
66 TATC-AAACTAATTCAAATAGTT-TGACCTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
23374 ATTGTTATAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 11, Indels: 5
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
131 1 0.01
132 62 0.61
133 39 0.38
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (133 bp):
AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATT
TATCAAACTAATTCAAATAGTTTGACCTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTTT
TGA
Done.