Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22631831
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 100 of 125
Found at i:19335695 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19335669--19335718 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
19335659 ATTCTCTAAA
*
19335669 TTTTTTTTTTTGTGTT-TGC
1 TTTTTTTTTTT-TGTTCTTC
*
19335688 TGTTTTTTTTATTGTTCTTC
1 T-TTTTTTTTTTTGTTCTTC
19335708 TTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTT
19335719 GTCTGTTCGT
Statistics
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0.79 0.09 0.12
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19 14 0.54
20 12 0.46
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Consensus pattern (19 bp):
TTTTTTTTTTTTGTTCTTC
Found at i:19335973 original size:17 final size:16
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Period size: 17 Copynumber: 4.0 Consensus size: 16
19335941 TTTTAAAGAT
19335951 TAATAATAATAATAATA
1 TAATAA-AATAATAATA
*
19335968 TAATAAACATAATTATA
1 TAATAAA-ATAATAATA
* * *
19335985 TAATAAAAAAAGAAAA
1 TAATAAAATAATAATA
* *
19336001 TTATATAATAATAATA
1 TAATAAAATAATAATA
19336017 AAAAAGAAGA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 10, Indels: 3
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 17 0.45
17 21 0.55
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Consensus pattern (16 bp):
TAATAAAATAATAATA
Found at i:19336021 original size:21 final size:21
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Indices: 19335962--19336021 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
19335952 AATAATAATA
19335962 ATAAT-ATAATAAACATAATTAT
1 ATAATAATAATAAA-A-AATTAT
*
19335984 ATAATAA-AAAAAGAAAATTAT
1 ATAATAATAATAA-AAAATTAT
19336005 ATAATAATAATAAAAAA
1 ATAATAATAATAAAAAA
19336022 GAAGAACAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 7
0.79 0.05 0.17
Matches are distributed among these distances:
21 17 0.52
22 14 0.42
23 2 0.06
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Consensus pattern (21 bp):
ATAATAATAATAAAAAATTAT
Found at i:19357813 original size:45 final size:45
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Indices: 19357764--19357857 Score: 107
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19357754 TGCTACTACA
* *
19357764 TGGTACGAGCACATGCCTTAACCATCACTAGCACAAGTTGGCCCT
1 TGGTACGAGCACATGCCTTAACCACCACTAACACAAGTTGGCCCT
* * * * * * *
19357809 TGGTATGGGCACTTGCCTTGATCACCATTAACACATGTTGGCCCT
1 TGGTACGAGCACATGCCTTAACCACCACTAACACAAGTTGGCCCT
19357854 TGGT
1 TGGT
19357858 GTAGGTATAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 9, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 40 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
TGGTACGAGCACATGCCTTAACCACCACTAACACAAGTTGGCCCT
Found at i:19357905 original size:30 final size:30
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Indices: 19357847--19357905 Score: 82
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
19357837 TAACACATGT
* * *
19357847 TGGCCCTTGGTGTAGGTATATGCATCGATC
1 TGGCCCTTGGTGTAGGCACATACATCGATC
*
19357877 TGGCCCTTGGTGTAGGCACATACCTCGAT
1 TGGCCCTTGGTGTAGGCACATACATCGAT
19357906 TAGCATTGGC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 25 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.24, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (30 bp):
TGGCCCTTGGTGTAGGCACATACATCGATC
Found at i:19361628 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19361312--19362117 Score: 797
Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 180
19361302 TGCTTGAGCC
* * * * * * *
19361312 TATTAATATT-TAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATCGAATAAGTT
1 TATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * * *
19361376 TAAACAGTTATGATTATTTTAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTAGTTTT-CTCA
64 CAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGC-CA
* * * *
19361439 TATAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATT
127 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
19361493 TATTAATATTTCGACAATTAATAAGAAAAAAAATTT-TAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * *
19361557 AAATAGTCACAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAA
65 AAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAA
* *** * *
19361622 AACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
130 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * **
19361673 TATTAATATTCCCAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CGTACAAGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * *
19361737 AAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
65 AAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAA
* *
19361802 AACAATTGTTTTTGTTCATTCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATT
130 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATT
* * * *
19361853 TATTAATATTTCAAAAATTACTAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-CTGAAACATA-T
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTAC-CAAACA-AGT
* * *
19361915 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
63 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCAT
* * *
19361980 AAACCAATTGTTTTTGTTCATATAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATT
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
19362033 TACTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAATATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAGCAAGCTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * *
19362098 AAATAATTATGACTGTTTGA
65 AAATAGTTATAACTATTTGA
19362118 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 94, Indels: 36
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 33 0.06
180 384 0.75
181 83 0.16
182 13 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
AATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
Found at i:19362553 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19362368--19362697 Score: 406
Period size: 180 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
19362358 TTGTTTGATA
*
19362368 AATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT-GAAATTATTAATAAATTAAAATTA
1 AATAGATTCAGTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAG-AA-TATTAATAAATTAAAATTA
* * * * * *
19362431 -TGTTATTCCTAATCA-G-TTGTATGAACA-AAACA-TTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATA
63 CT-TTAATCCAAAT-AGGATTATATCAACAGAAA-ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *
19362491 A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTATAACTATCTGTACCGGTCATGCC
125 ACAG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATCTGTACCGGTCATGCC
* * **
19362547 AATAGATTCATTTTTTAAATCCATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTT
1 AATAGATTCAGTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTACTT
* *
19362612 TAATCCAAATAGGATTATATCAATAGAAAATTTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAGTT
66 TAATCCAAATAGGATTATATCAACAGAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAGTT
19362677 TGAAATAAATAATTGTTCAAA
131 TGAAATAAATAATTGTTCAAA
19362698 TTGTTATAAC
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 15, Indels: 15
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.01
178 28 0.22
179 46 0.36
180 52 0.41
181 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AATAGATTCAGTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTACTT
TAATCCAAATAGGATTATATCAACAGAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAGTT
TGAAATAAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATCTGTACCGGTCATGCC
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Alignment explanation
Indices: 19362747--19363013 Score: 331
Period size: 146 Copynumber: 1.8 Consensus size: 147
19362737 TTTAAATCTC
* * *
19362747 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAA
1 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTATAAATAAACTTATATGAACAAA
* * *
19362812 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
19362877 ATTGTTAAATCTCTTAG
131 ATTGTTAAATCTCTTAG
* * * * * * *
19362894 TTATTAATTTTCATAATATTATTAGATT-AGATTACTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAT
1 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTAT-AAATAAACTTATATGAACAA
* ** * * * *
19362957 AAATAATTATTTTATGATGAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATATATAATTGTT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTT
19363014 TAAATAGTCA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 20, Indels: 3
0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 1 0.01
146 74 0.75
147 24 0.24
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (147 bp):
TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTATAAATAAACTTATATGAACAAA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
ATTGTTAAATCTCTTAG
Found at i:19363195 original size:327 final size:320
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Indices: 19362561--19363196 Score: 724
Period size: 320 Copynumber: 2.0 Consensus size: 320
19362551 GATTCATTTT
* * *
19362561 TTAAATCCATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATCCAAATAGGA
1 TTAAATCCATTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATCCAAATAAGA
* * * *
19362626 TTATATCAATAGAAAATTTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATT
66 TTATATCAACAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAAATAATT
* * ** *
19362691 GTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTTATACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATT
131 GTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTCAATACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTATAAATT
*
19362756 ATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAAAACATTTGT
196 ATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAAAACAATTGT
19362821 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCCATTG
261 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCCATTG
* * * * *
19362881 TTAAATCTC-TTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAG-ATTACTTTATTTCAAATAAG
1 TTAAATC-CATTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATCCAAATAAG
* * * * ** * *
19362944 CTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGATGAAACAAAAGATTATAACTA-TTTGAAATATATA
65 ATTATATCAACAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-AGTTTGAAATAAATA
* * * * *
19363008 ATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCATA
128 ATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTCAAT-A-CAAATTT-TTTTTTAAATCTC-T-
* ** * * *** *
19363073 CATATAAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATTGGCTTGTATG-ATG
188 --TATAAATTATCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAAT-
* * * * *
19363136 AAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCA
249 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCA
19363197 AATGTGTTAG
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 45, Indels: 17
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 28 0.11
320 104 0.40
321 3 0.01
322 6 0.02
323 13 0.05
324 1 0.00
326 3 0.01
327 101 0.39
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (320 bp):
TTAAATCCATTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATCCAAATAAGA
TTATATCAACAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAAATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTCAATACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTATAAATT
ATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCCATTG
Found at i:19365489 original size:348 final size:350
Alignment explanation
Indices: 19365036--19365703 Score: 818
Period size: 348 Copynumber: 1.9 Consensus size: 350
19365026 ATTTTATGAC
* *
19365036 TAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAATCTTAATTATTTAAACTAG
1 TAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATAGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTAG
* ** * **
19365101 TTCTATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGC
66 TTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGC
* **
19365166 AATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACA-ATTTTTTTATGACAAACAA-AAATCA
131 AATATTTTACTCCAAATAAACTTGTATAAACAGAAACATA-TGCTTTATGACAAACAAGAAATCA
* * * *
19365229 TAATGATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGT-TCAATAAGCAG
195 TAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTAGC-A-AA-CAG
19365292 ATTTAGTTTTTAA-ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
257 ATTTAGTTTTTAATATCTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
19365355 AATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTTG
322 AATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTTG
* * * * * * *
19365384 TAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCCAATGGA-CATGATTATTTGAACTT
1 TAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATAGTTCAAAT-AATCATAATTATTTAAAC-T
* *
19365448 A-TTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
64 AGTTCTA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * *
19365509 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACATATGCTTTATGACAAACAAGAG
126 TTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTTGTATAAACAGAAACATATGCTTTATGACAAACAAGAA
* *
19365574 ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGCTAGGCAAAT
191 ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTA-GCAAAC
* * * * *
19365639 AGATTTATTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
255 AGATTTAGTTTTTAA-TATCTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATT
19365704 CAAATAAGCT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 38, Indels: 22
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.01
347 2 0.01
348 147 0.55
349 67 0.25
350 6 0.02
351 3 0.01
352 42 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (350 bp):
TAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATAGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTAG
TTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGC
AATATTTTACTCCAAATAAACTTGTATAAACAGAAACATATGCTTTATGACAAACAAGAAATCAT
AACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTAGCAAACAGATTT
AGTTTTTAATATCTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
ATTTTGTATGAATAAAAACAATTTG
Found at i:19365702 original size:179 final size:174
Alignment explanation
Indices: 19364926--19365774 Score: 650
Period size: 179 Copynumber: 4.8 Consensus size: 174
19364916 AATGTTTGAT
** * * * *
19364926 AAATAGACTTT-TTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTA
1 AAATAGA-TTTATTTTTTAATTTTTTACTTATTAA-TTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
19364989 TTTTATTTCAAAT-AAGTATATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATA
63 TTTTATTTCAAATAAACT-TGTATGAA-TAGAAAC-A--ATTTTATGAC-AAAC-AAAGATCATA
* * * * * * *
19365052 ACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAATCTTAATTATTTAAACTAGTTCTA-T
121 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGCTAGC
* * * * ** * * ** * *
19365107 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGCAATATT
1 AAATAGATTTATTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
19365172 TTACTCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAACAAAAATCATAATGATT
65 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA---TTTTATGACAAACAAAGATCATAACGATT
* * * *
19365237 TGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGT-TC
127 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTAGC
* * * * *
19365283 AATAAGCAGATTTAGTTTTTAA--ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTA
1 -A-AA-TAGATTTATTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** ** * * *
19365345 TTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTTGTA-AAC-AA-AATG-TCATAACGATT
63 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTT-TATGACAAACAAAGATCATAACGATT
* * * * * * * ** *
19365406 TGAAATAGATAATAGTTCCAATGGACATGATTATTTGAACTTATTCAGT
127 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCT-AGC
**
19365455 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
19365519 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACATATGCTTTATGACAAACAAGAGATCATAACGA
64 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACA-AT--TTTATGACAAACAA-AGATCATAACGA
* *
19365584 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGCTAGGC
125 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTA-GC
*
19365635 AAATAGATTTATTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAATAGATTTATTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
19365700 TA-TTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAAAAAAAGGTAATAACGATTT
66 TATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA-T--TTTATGACAAACAAAGATCATAACGATTT
*
19365764 GAAATAGATAA
128 GAAATAAATAA
19365775 AATCATTATA
Statistics
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Consensus pattern (174 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTATGACAAACAAAGATCATAACGATTTGAA
ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTAGC
Found at i:19367010 original size:181 final size:178
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19366330 GAATCTTCAA
* ** ** * * *
19366340 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * *
19366405 GACAAAA-TAGAGGTCATAA-TAATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATAGACATGGACTGTTTGA
65 GAAAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGA
* * * ** ** * *
19366468 ACTTGTTCGGCAAAATATATTAAGTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT-TCAA
128 ACTTGCTC--AAAAATAGATT-TCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AG
* * * * * *
19366522 AATATTTATAAATCAGTACTATTTTATTCAGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
** * * * * *
19366587 -AACAAAACAAAATATAATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTGAA
65 GAA-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
19366651 CTTGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTT-TGG
129 CTTGCTCA-AAAATAGATTT-CTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAG
* * * ***
19366702 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATATGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGATTA
1 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
*
19366766 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATAACTATTTTG
64 TGAAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTA-TTTG
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127 AACT-TGCTCAAAAATAGATTTCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAG
* * * *
19366881 AATATTAATAAATTATATTATTTCATTCAGGACTATGCTTTTATGAATAGAAACAATATATTTTA
1 AATATTAATAAATTATATTATTTTATTC-GGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TATTTTA
* * *
19366946 TGATAAAAACAAAAGGACATCA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTT
64 TGA-AAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTT
* * * *
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126 GAACTTGCTC--AAAAATAGATTTC--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AG
** * * * * *
19367066 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
* ** * * * * ***
19367130 TTATGAAACAAAAGGTCACAA-TGATTTGAAATGGATAATAATTCAAATAGTTACGCCTATTTGA
64 TGAAAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
19367194 ACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTC-AA
128 ACTTG-CTCAAAAATAGATTTCTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TCTAG
* * * * * *
19367247 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTTTTTTAT
1 AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* ** * *
19367312 -AACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA
65 GAA-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * *
19367376 CTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTCATCT-G
129 CTTGCTCAA-AAATAGATTT-CTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTCTAG
* * * * * *
19367428 AATATATAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATAATTTA
1 AATAT-TAATAAA-TTATATTATTTT-ATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * ** **
19367492 ATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTACA
63 ATGAAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * ** * * *
19367557 ACTTGTTCGATAAACAGA-TTCAATTTTTAACTCACTTATTTATTAATTTTTTG
128 ACTTGCTC-AAAAATAGATTTC--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAG
* * * * * * * *
19367610 AATATTAATAAATTAGAGTTATGTTATTCTGAATAAGCTTATA-CAAAAGAAACAATTGTTTTGT
1 AATATTAATAAATTATA-TTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
19367674 GACAAAACAAAAGTTCATAA-TAATTTGAAATAAATAATGT-TTCAAACAGTCATAACAATTTGT
65 GAAAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** *
19367737 A-TTGGTCAAGCCAACAGA-TTCAGTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAG
128 ACTTGCTCAA--AAATAGATTTC--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAG
* * ** * * *
19367790 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTTTCAATAGAAACAATTATTTTA-
1 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* ** * ** * *
19367854 CAACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACCCTTAACTACTTGAA
65 GAA-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
19367919 CT
129 CT
19367921 GGTTCAACAA
Statistics
Matches: 1108, Mismatches: 232, Indels: 118
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AATATTAATAAATTATATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
AAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGCTCAAAAATAGATTTCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAG
Found at i:19367539 original size:363 final size:357
Alignment explanation
Indices: 19366340--19367920 Score: 1235
Period size: 363 Copynumber: 4.4 Consensus size: 357
19366330 GAATCTTCAA
* ** ** * **
19366340 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTATATGAATAGAAA-AAATAATTTA
* * ** * * * * * *
19366404 TGACAAAA-TAGAGGTCATAATAATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATAGACATGGACTGTTTGA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGA
* * * ** * *
19366468 ACTTGTTCGGCA-AAATATATTAAGTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTTATA
128 ACTTGTT-TG-ATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
* * * * *
19366532 AATCAGTACTATTTTATTCAGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
190 AATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
* * * *
19366597 AATA-TAATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTGAACTTGCTCAG
255 AA-AGTCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTT-ATCAA
*
19366660 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-TATTTTGG
317 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATA-TCT-G
* * * * *
19366702 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGA-TTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAA-AAAT-AATTTA
* *
19366766 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATAACTATTTTG
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAA-TAGTCATAACTA-TTTG
* * * * *
19366830 AA--TGTGCTCAAAAATAGATTTCTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTCTAGAATATTAATA
127 AACTTGT-TTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTC-AAAATATTAATA
* * * * *
19366891 AATT-ATATTATTTCATTCAGGACTATGCTTTTATGAATAGAAACAATATATTTTATGATA-AAA
190 AATTAATATTATTTTATTCA-GAATAAGCTTATATAAATAGAAACAAT-TATTTTAT-A-ACAAA
* * * * *
19366954 ACAAAAGGACATCATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTGAACTTGAT
251 ACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTA-TTTGAACTT-AT
* * * * * * *
19367019 CGAAAAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAG
314 C-AATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-A-TATCTG
* * * * **
19367066 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTATATGAA-TAGA-AAAAATAATTT
* ** * * * * ***
19367129 ATTATGAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAAT-GGATAATAATTCAAATAGTTACGCCTATTTG
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGG-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
19367193 AACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
127 AACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * * * * *
19367258 ATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAA
191 ATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAA
* * * *
19367323 AAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCAATAA
256 AAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTA-TCAATAA
* *
19367388 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTCATCTG
320 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-T-ATCTG
* * * *
19367428 AATATATAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATAATTTAA
1 AATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATAATTT-A
* * * **
19367493 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTACAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * ***
19367558 CTTGTTCGATAAACAGATTCAATTTTTAACTCACTTATTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
129 CTTGTTTGATAAATAGATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
19367623 TAGA-GTTATGTTATTCTGAATAAGCTTATACAAA-AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAAC-AAA
193 TA-ATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA
* * * *
19367685 AGTTCATAATAATTTGAAATAAATAA-TGTTTCAAACAGTCATAACAATTTGTA-TTGGTCAAGC
257 AG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTT-ATCAA-T
* * * * ** * *
19367748 CAACAGATTCAGTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAG
318 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATATCT-G
* * ** * * * * * * *
19367790 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTTTCAATAGAAACAATTATTTTAC
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAA-AAATAATTTAT
* ** * ** * *
19367855 AACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACCCTTAACTACTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
19367920 T
130 T
19367921 GGTTCAACAA
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 197, Indels: 97
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
358 16 0.02
359 46 0.05
360 19 0.02
361 166 0.17
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364 166 0.17
365 20 0.02
366 49 0.05
367 15 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (357 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATAATTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTC
ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTATCAATAAATAGAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATATCTG
Found at i:19367586 original size:544 final size:541
Alignment explanation
Indices: 19366492--19367901 Score: 1347
Period size: 544 Copynumber: 2.6 Consensus size: 541
19366482 ATATATTAAG
* * * * * *
19366492 TTTTTAAATCTCCTAC-CTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATCAGTACTATTTTATTCAGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * *
19366556 AAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATATAATAACTATTTGAAATAAA
65 AAGCTTATATAAAT-GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAAA
** * *
19366621 TAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
128 TAATAATTCAAACAGTGACAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTT
* *** * * * * * * *
19366686 TACTTATTTATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTTTATGAATA
193 TACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACA
* * * * *
19366751 GAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA
258 AAAACAATTGGATTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTA
* * *
19366816 TCATAACTATTTTGAATGTGCTCAAAAATAGATTTCTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCTAG
323 TCATAACTATTTTGAATGTACTCAAAAACAGATTTCTTTTTAAATTTTTACTTATTAATATCTAG
* * * * * * *
19366881 AATATTAATAAATTATATTATTTCATTCAGGACTATGCTTTTATGAATAGAAACAATATATTTTA
388 AATATTAATAAATTATATTATTTAATT-AGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATATATTTAA
* * * **
19366946 TGATAAAAACAAAAGGACATCATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTG
452 TGATAAAAACAAAAGGACATCACAATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAC
* *
19367011 AACTTGATCGAAAAAATAGAATCAT
517 AACTTGATCGAAAAAACAGAATCAA
*
19367036 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * ** * * **
19367101 AGCCTATATAAACTGATACAATTGTTTTATTATGAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATGGAT
66 AGCTTATATAAA-TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAAAT
* * ** ** *
19367166 AATAATTCAAATAGTTACGCCTATTTGAACTTG-TTTGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTT
129 AATAATTCAAACAGTGACAACTATTTGAACTTGCTCAG-TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTT
* *
19367230 TGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAAC
193 TACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAC
*** *
19367295 AAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-T
257 AAAAACAATTGGATTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATT
* * * * *
19367359 AGTCATAGCTA-TTTGAACT-TATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAGT
322 A-TCATAACTATTTTGAA-TGTACTCAA-AAACAGATTT-CTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
*
19367422 CATCT-GAATATATAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAA
382 -ATCTAGAATAT-TAATAAA-TTATATTA-TTTAATTAGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAA
* ** * *
19367485 TA-ATTTAATGA-CAAAACAAAAGGTTAT-AGCGATTTGAAATAGGGAATTATTCAAATAGTCAT
443 TATATTTAATGATAAAAACAAAAGGACATCA-CAATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
19367547 AACTA-TTACAACTTGTTCG-ATAAACAGATTCAA
507 AACTATTTACAACTTGATCGAAAAAACAGAATCAA
* * * * ** *
19367580 TTTTTAACTCACTTATTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG-AGTTATGTTATTCTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAAT
* * * * *
19367644 AAGCTTATACAAAAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAAAT
65 AAGCTTATATAAATGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAAAT
** * * * * * ** * * **
19367709 AATGTTTCAAACAGTCATAACAATTTGTA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCAGTTTTT-AAATCCG
129 AATAATTCAAACAGTGACAACTATTTGAACTTGCTC-AGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAATCTT
* * ** * * * * *
19367772 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTTTCAA
192 TTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAA
* * *** * ** * *
19367837 TAGAAACAATTATTTTACAACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
256 CAAAAACAATTGGATTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
19367902 ACCCTTAACT
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 144, Indels: 42
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
542 3 0.00
543 184 0.26
544 259 0.37
545 127 0.18
546 55 0.08
547 26 0.04
548 34 0.05
549 7 0.01
550 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (541 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
AGCTTATATAAATGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATATTTGAAATAAATAA
TAATTCAAACAGTGACAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTAC
TTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAA
ACAATTGGATTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTATCA
TAACTATTTTGAATGTACTCAAAAACAGATTTCTTTTTAAATTTTTACTTATTAATATCTAGAAT
ATTAATAAATTATATTATTTAATTAGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATATATTTAATGAT
AAAAACAAAAGGACATCACAATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTACAACT
TGATCGAAAAAACAGAATCAA
Found at i:19368144 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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19368111 CCAAATAGGC
19368121 TTGTTTGATGA-AAAACAA
1 TTGTTTGATGACAAAACAA
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1 TTGTTTGATGACAAAACAA
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TTGTTTGATGACAAAACAA
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19368450 AATTAGTATT
* * * **
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1 ATTTTATATAAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGAAATAA
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65 CG
* *
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1 ATTTTATAT-AAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGAAATAA
19368590 CG
65 CG
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1 ATTT
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ATTTTATATAAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGAAATAAC
G
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19368587 TAACGATTTG
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19368630 TGAAGTGATC
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AAATAGTATAATTATTC
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19368550 GTTGAAAAAT
* * * * *
19368560 AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATA
1 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
19368624 ATTATTTGAAGTGATCCGATAAAC-TATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATCTTTAAAA
66 ACTATTTGAACTAATTCGATAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * *
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* * * * * *
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1 AATTATTTTATGACT-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
19368804 AACTATTTGAACCT-GTTCGGTAAATC-GATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCATATTAATTTTTC
65 AACTATTTGAA-CTAATTCGATAAA-CATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
19368867 AAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTT-TGAATTGAAAC
127 AAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-TTTTTATGAACTGAAAC
* * * ** * **
19368922 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTGTTA
1 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
19368987 ACTATTTGAACTAATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAAT
66 ACTATTTGAACTAATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * *
19369048 AAT-ATCGAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATCAGCTTGTATG-ATTAGAAAT
131 ATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGTTTTTATGAACT-GAAAC
* * * * * * * *
19369099 AATTATTTTATGACAAAAC-AAAGACCATAATCATGTGAGATTGATATTTATTTAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * * *
19369163 ACTATTTGAACTGGTTC-A-AAAAATAGCTTTAGTTTTT-AATCTCGTGCTTAATAATTTTTGAA
66 ACTATTTGAACTAATTCGATAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
19369225 ATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTACGAACTGAAAC
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTTTATGAACTGAAAC
** * * ** *
19369278 AATTATTTTATGACTAAATGAAAGATCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTCTTATAGTCCTA
1 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
19369343 ACTATTTGAACTAATTCGACAAACATATTTA-ATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAT
66 ACTATTTGAACTAATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * **
19369407 ATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAAC
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTTTATGAACTGAAAC
* * * * *
19369458 AATTGTTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
19369522 ATTATTTGAAATAGTTTCG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAA
66 ACTATTTGAACTA-ATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *
19369586 TATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
19369621 CTTGAATGAT
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 150, Indels: 60
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 2 0.00
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177 65 0.09
178 3 0.00
179 124 0.18
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
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AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTAATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTTTATGAACTGAAAC
Found at i:19369535 original size:19 final size:19
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19369472 AAAATAAAAA
* *
19369482 TCATAATGATTTGAGATAG
1 TCATAATTATTTGAAATAG
* *
19369501 --ATAATT-GTTCAAATAG
1 TCATAATTATTTGAAATAG
19369517 TCATAATTATTTGAAATAG
1 TCATAATTATTTGAAATAG
19369536 T
1 T
19369537 TTCGTAAATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 6, Indels: 6
0.69 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.26
17 5 0.19
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ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (19 bp):
TCATAATTATTTGAAATAG
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Indices: 19368537--19369632 Score: 992
Period size: 359 Copynumber: 3.1 Consensus size: 355
19368527 TTTTATTCAA
* * *
19368537 AATAAGCTTGTATG-T-TGAAA-AATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACGATTTGA
1 AATAAGCTTGTATGATCTGAAACAAT-A--TTTTATGACTAAACAAAAGATCAA-AACAATTTGA
* ** * * * * * * * *
19368598 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAAGTGATCCGATAAACTA-TTTTATTTTTTA
62 AATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTAATTCGACAAAC-ACATTTATATTCTA
* * * * * **** * **
19368662 AATCTTTTACTTATTGATCTTTAAAATATTAAT-AAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAATTT
126 AATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATAAT-ATCAAATTAATATTATTTTAATCCAAATCAGCTT
* ** ** * * * *
19368726 TTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAAATAGATAATTG
186 GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTG
* *
19368791 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGGTAAATCGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCAT
250 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCAT
* * * *
19368856 ATTAATTTTTCAAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCA
313 ATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * *
19368899 AATAAGCTTGTTTGAAT-TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATG-ATCTGAAACAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAA
** * ** * *
19368963 TAGATAATTATTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTAATTCGACAAACACATTTATATTCTAAAT
* * * * **
19369028 CTCTTATTAATTTTTAAAATAATATCGAATTAGTATTATTTTTATCCGAATCAGCTTGTATGATT
129 CTCTTATTAATTTTTAAAATAATATCAAATTAATATTATTTTAATCCAAATCAGCTTGTATGAAA
* * * * * * * * * *
19369093 AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGACCATAATCATGTGAGATTGATATTTATTTAAATAG
194 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
19369158 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTT-AATCTCGTGCTTAATAATTTTT
259 TCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTT
* *
19369222 GAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTCG
323 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * ** ** *
19369255 AATAAGTTTTTACGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATGAAAGATCAAAATGATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGATCTGAAACAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAAT
* *
19369320 AGATAATTATTCTTATAGTCCTAACTATTTGAACTAATTCGACAAACATATTTA-ATTCTAAATC
65 AGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTAATTCGACAAACACATTTATATTCTAAA--
** * *
19369384 TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT-ATGCTTGTAT
128 TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATAATATCAAATTAATATTATTTTAATCCAAATCA-GCTTGTAT
*
19369448 GAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAA
190 GAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAA
* * * *
19369513 ATAGTCATAATTATTTGAAATAGTTTC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAA
255 ATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAA
*
19369577 TTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
318 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
*
19369615 AATAAGCTTGAATGATCT
1 AATAAGCTTGTATGATCT
19369633 ATTTCAAATC
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 126, Indels: 36
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 7 0.01
356 141 0.24
357 5 0.01
358 62 0.10
359 202 0.34
360 64 0.11
362 14 0.02
363 85 0.14
364 7 0.01
365 3 0.01
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AATAAGCTTGTATGATCTGAAACAATATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATA
GATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTAATTCGACAAACACATTTATATTCTAAATCT
CTTATTAATTTTTAAAATAATATCAAATTAATATTATTTTAATCCAAATCAGCTTGTATGAAAAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
Found at i:19369934 original size:177 final size:178
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Indices: 19369629--19370600 Score: 752
Period size: 177 Copynumber: 5.5 Consensus size: 178
19369619 AGCTTGAATG
* * * *
19369629 ATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT
* * * * * *
19369694 TATTTCAAATAAAATAATA-TAAACTGACTAATAA-TCCAACAATTAATAAGCAAAA-ATTTAAA
66 TA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTCCAAAAATTAATAA-TAAAAGATTAAAA
* * *
19369756 AATAAATCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTCTAACTA-TTGAACAATT
128 AATAAATCTATTTACCGAACA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * *
19369807 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCA-AAAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGC
* *
19369870 TTACTCAACATAAAATAATATTAATTTATTAA-AATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAA
65 TTATTCAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCCAAAAATTAATAA-TAAAAGATT-AAA
** * * * *
19369934 AAATAAATCTATTTACCGAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATT
127 AAATAAATCTATTTACCGA-ACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
19369987 ATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT
* * * *
19370052 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAGT--TGAAAGTTTAAAAAA
66 TATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCCAAAAATTAATAATAAAAGATTAAAAAA
* * * ** *
19370114 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAACTATT
130 TAAATCTATTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * *
19370164 AT-TGATTTTC-AATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA
1 ATCT-A-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAA
* * * * *
19370227 -ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAAA-T--TAAT--AAGCTTAAA
63 GCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCCAAAAATTAATAATAAAAGATTAAA
* * * *
19370286 AACTAAATCTATTTACTAGACCAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATT
127 AAATAAATCTATTTAC-CGAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* *** * * * * *
19370339 ATCTATCTCAAATTGGTATGAGC-TTTATTTTATCATCAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA-C
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGC
** * * * ** * * *
19370402 TTATTTGGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
65 TTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCCAAAAATTAATAA-TAAAAGATTAAAA
* * * * *
19370465 AATAAATGTGTTTGA-CGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATT
128 AATAAATCTATTT-ACCGAAC-AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATT
** * * * * * * * * *
19370517 ATCTATTTCAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATATC-AGTTCATACACGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGC
19370581 TTATTCGAAATAAAATAATA
65 TTATTC-AAATAAAATAATA
19370601 AGCAAGGAAT
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 125, Indels: 74
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 7 0.01
173 17 0.03
174 43 0.07
175 64 0.10
176 13 0.02
177 171 0.27
178 137 0.22
179 70 0.11
180 63 0.10
181 44 0.07
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT
TATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCCAAAAATTAATAATAAAAGATTAAAAAAT
AAATCTATTTACCGAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
Found at i:19370899 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19370868--19370922 Score: 92
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
19370858 TTATGAACTT
19370868 TTGTTTTGTCATCAAACAA
1 TTGTTTT-TCATCAAACAA
*
19370887 TTGTTTTTCATCAAAAAA
1 TTGTTTTTCATCAAACAA
19370905 TTGTTTTTCATCAAACAA
1 TTGTTTTTCATCAAACAA
19370923 GCCTATTTGG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 1
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 27 0.79
19 7 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
TTGTTTTTCATCAAACAA
Found at i:19372255 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19372208--19372257 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
19372198 TTTGAACACA
19372208 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
19372227 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
19372243 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
19372258 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.39
18 8 0.35
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:19372699 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19371589--19372701 Score: 1058
Period size: 180 Copynumber: 6.2 Consensus size: 181
19371579 CTATTTCAAT
* * * *
19371589 TAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTCAAATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAA--ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * *
19371652 TTGTTTATTGAATAAGTTTC-AATAGCTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTC-TTA
63 CTATTTATTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * * * ** *
19371714 TGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGAT
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAA
* * * * * *
19371769 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
** *** * * * *
19371834 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGACC
66 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * * * * * *
19371899 TTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCTTA-TTAAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAA
* * * * * *
19371949 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** *
19372014 TTTTTTGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCC
66 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
19372079 TTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCT-GAA
131 TTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTA-TTTAGAA
* *
19372131 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AGAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAGAAATC
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* *
19372193 TATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
64 TATTTATTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
**
19372255 TGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TATTT-GAAA
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-ATTATTTAG-AA
** *
19372311 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
19372375 TTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATTAT
66 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * * * * *
19372439 ATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAA
* * * ** * *
19372491 TAAAATAATACTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATTAATATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
*** * * * *
19372555 TTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACC
66 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * *
19372620 TCCTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAA
*
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
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TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAA
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19373277 TATAATGATT
* * *
19373287 TTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAG
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* *
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66 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTAAAA
* * * * * * *
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131 AAATAAATCTATTTGACTAACAAATTAAAATAATCATGACCATTGAAACAA
* * * *
19373468 TTATTTATTTCAAATCATTATGATCTCTTG-CTTGTCATAAAGC--ATATGTTTCTATTCATACA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTCTTATCATAAA-CTAAT-TGTTTCTATTCATAAA
* * * *** *
19373530 AGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAAGTTGGAAATTT
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAACTAATAAGTAAAAAATTA
* * * * *
19373594 AAAAAATAAATCTATTT-ACTAAATAAATTCAAATAATCATGTCCATTGGAACTA
128 AAAAAATAAATCTATTTGACT-AACAAATTAAAATAATCATGACCATTGAAACAA
* * * *
19373648 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGT-TTA-C----A--AATTGTTTTTATTCATACAAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTCTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATA-AAA
* * * * * * * * *
19373705 -ATTA-TTCAAA-ACAA-AATACAAATTTATTGATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAA
65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTAAA
* * * * * * * * *
19373762 AAACTAAATCTACTT-ATTTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
130 AAAATAAATCTATTTGA-CTAACAAATTAAAATAATCATGACCATTGAAACAA
* * * * *
19373814 TTATTTATCTCAAATCATTATGA-----T-T-TT-T-A-AAAC-AATTGTTTCTGTTTATATAAG
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTCTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAG
* * * ** * * * * * * * *
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66 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTAAA
* * * * * * * * **
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130 AAAATAAATCTATTTGAC-TAACAAATTAAAATAATCATGACCA-TTGAAACAA
* * * *
19373984 TTTTCT-TTTCCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAA
1 TTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTCTTGTCTTA-TCATAAACTAATTGTTTCTA-TTCATAA
* * * * *
19374046 ATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAAT
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126 TAAAAAAATAAATCTATTT
19374126 ATCGAACATT
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TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTCTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAG
CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTAAAA
AAATAAATCTATTTGACTAACAAATTAAAATAATCATGACCATTGAAACAA
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Period size: 179 Copynumber: 4.3 Consensus size: 179
19376169 GATTTAACGG
* * *
19376179 CTATGTGAACAATT-CTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTAC-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACATAT-TTT
* * * ** ** * * *
19376243 TT-ATTCATATAAGTTTA-TTTATAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGATAATTCATA
64 TTGATTCATA-AAG-CTAGATTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATA
* * * * *
19376306 AG---A-GATTTAAAAAATAAATCTATATA--AAACTAGTTCAATTAGTTATAA
127 AGTAAATGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * *
19376354 CAATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTACGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTC
1 CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACATATTTTT
* * * ** * * * *
19376418 T-ATTGATATAATCCTA-TTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
65 TGATTCATA-AA-GCTAGATTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTC-AAAAACTAATA
* * * * ** * ** * * *
19376480 AAT-AATGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCATGACCGGTACAAATAATTATAA
127 AGTAAAT-GATTTAAAAAATAAATTTTTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
19376534 TTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACA-ATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACATATT-TTT
* *** * *
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65 TGATTCATA-AAGCTAGATTAA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAA
* *
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128 GTAA-ATGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
19376713 CTATTTGAATAGTTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATATATTTTTT
1 CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACATATTTTTT
* * * * ** *
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66 G-ATTCATAAA-GCTAGATTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAG
* * * *
19376843 TAAATGATTTAAAAAATGAATTTTTTGCCAAATAAGTTTAAATAGTTATGA
129 TAAATGATTTAAAAAATAAATTTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** *
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19376943 AACAGTCATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACATATTTTTT
GATTCATAAAGCTAGATTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTA
AATGATTTAAAAAATAAATTTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
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Alignment explanation
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19376940 TCAAACAGTC
* * * *
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* * *
19377014 GAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAGAAACAATTGGTTTA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTA
* * * *
19377079 TGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATT
* * *
19377131 ATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAGTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACT-TGTTCGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
19377195 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAACAATTGTTTT
65 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTATATGAACAAAAACAATTGGTTT
* * *
19377258 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAATT
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATT
* * * * * *
19377311 ATAACTATTTGAACTTGTAT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTTGT-TCGGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
* ** *** * *
19377375 GAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACAATTGTTTTA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTA
* ** *
19377439 TGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTT
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATT
* * * * * * ** * * *
19377491 GTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTAAAAATTTTTTTCTTATTAATTCTCGA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
19377555 AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATT-GTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTT-T
* * * *
19377618 ATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAATC
128 ATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATT
* * * *
19377671 ATAACTATTTAAACTTATTC-GATAAACAGATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTT
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63 GAAATATTAATA
19377746 GGGTCAAGCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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180 351 0.69
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Consensus pattern (180 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATT
Found at i:19377742 original size:360 final size:359
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Indices: 19376948--19377745 Score: 987
Period size: 360 Copynumber: 2.2 Consensus size: 359
19376938 TGTCAAACAG
* * * *
19376948 TCATAACTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
*
19377013 GGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAGAAACAATTGGTTT
65 -GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAGAAACAATTGGTTT
* * * **
19377078 ATGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
129 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* ** * *
19377143 ATGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
194 ATGTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTAAAAATTTCTACTTAGTAATTCTCGAAATATTAATAAAT
* * *
19377208 TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
259 TAATATTATTTTATCTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAG
* * * * *
19377273 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAA
324 GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAA
* * * * *
19377309 TTATAACTATTTGAACTTGTAT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* ** ** * *
19377373 GGGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACAATTGTTT
64 -TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAGAAACAATTGGTT
* * *
19377437 TATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTGTGACTATTTG
128 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTG
** * * * * *
19377502 AACT-TGTTTGGTAAACATATTTA-TTTAAAAATTTTTTTCTTATTAATTCTCGAAATATTAATA
193 AA-TGTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTAAAAA-TTTCTACTTAGTAATTCTCGAAATATTAATA
* * *
19377565 AATTAATATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTATATGAGAAAACT
256 AATTAATATTATTTT-ATCTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAAC-
19377629 AAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAA
319 AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAA
* * *
19377669 TCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT
*
19377734 TAAATATTAATA
64 TGAATATTAATA
19377746 GGGTCAAGCA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 58, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAGAAACAATTGGTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
GTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTAAAAATTTCTACTTAGTAATTCTCGAAATATTAATAAATTA
ATATTATTTTATCTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGT
CATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAA
Found at i:19379305 original size:17 final size:17
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Indices: 19379279--19379327 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
19379269 ACTATGATGT
*
19379279 TGTACTAAGAACCATTA
1 TGTACCAAGAACCATTA
*
19379296 TGTACCAAGAACCATTG
1 TGTACCAAGAACCATTA
* *
19379313 TGTGCCAAAAACCAT
1 TGTACCAAGAACCAT
19379328 CAGGACGAGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
TGTACCAAGAACCATTA
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Indices: 19383473--19384145 Score: 1213
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19383463 GCCTTAAAAT
*
19383473 ATGATGAGCTAAAGGAAAAAGAGACCGAGTCACCCTTGGAGGTGCTAAAGGTGCTGAAAACCTTT
1 ATGATGAGCTAAAGGAAAAAGAGACCGAGTCACCCTTAGAGGTGCTAAAGGTGCTGAAAACCTTT
19383538 AGTGATGTGATACTCGTAAAGCTGCCTAGCCAGCTAACACCTAAGAGGGAGGTGGACCACAAGAT
66 AGTGATGTGATACTCGTAAAGCTGCCTAGCCAGCTAACACCTAAGAGGGAGGTGGACCACAAGAT
* *
19383603 CGAGCTAGTGTCTGAGGCCAAGCCGCCAGGCAGAGCCCCTTACCGAATGTCCCGACTAGAGTTGA
131 CGAGCTAGTGTCTGAGGCCAAGCCGCCAGCCAGAGCCCCTTACCAAATGTCCCGACTAGAGTTGA
* *
19383668 AGGAGTTGAGGAAGCAGCTCAAAGAGTTAGTTGATGCTGGCTTCATCAGGCCATCGAAAGTACCA
196 AGGAGTTGAGGAAGCAACTCAAAGAGTTAGTTGATGCTGGCTTCATCAGGCCATCGAAAGCACCA
*
19383733 TATGGTGCACCGATTCTATTCCAGCACAAGCATGATGGGTCATTATGGCTGTGCATAGACTACCA
261 TATGGTGCACCGATTCTATTCCAACACAAGCATGATGGGTCATTATGGCTGTGCATAGACTACCA
19383798 GGCTTTGAACA
326 GGCTTTGAACA
* *
19383809 ATGATGAGCTAAGGGAAAAGGAGACCGAGTCACCCTTAGAGGTGCTAAAGGTGCTGAAAACCTTT
1 ATGATGAGCTAAAGGAAAAAGAGACCGAGTCACCCTTAGAGGTGCTAAAGGTGCTGAAAACCTTT
19383874 AGTGATGTGATACTCGTAAAGCTGCCTAGCCAGCTAACACCTAAGAGGGAGGTGGACCACAAGAT
66 AGTGATGTGATACTCGTAAAGCTGCCTAGCCAGCTAACACCTAAGAGGGAGGTGGACCACAAGAT
19383939 CGAGCTAGTGTCTGAGGCCAAGCCGCCAGCCAGAGCCCCTTACCAAATGTCCCGACTAGAGTTGG
131 CGAGCTAGTGTCTGAGGCCAAGCCGCCAGCCAGAGCCCCTTACCAAATGTCCCGACTAGAGTT-G
* *
19384004 AA-GAGTTGAGGAAGCAACTCAAAGAGTTAGTTGTTGCTGGCTTCATCAGGCCATCGAAAGCACT
195 AAGGAGTTGAGGAAGCAACTCAAAGAGTTAGTTGATGCTGGCTTCATCAGGCCATCGAAAGCACC
* **
19384068 ATATGGTGCATCGATTCTATTCCAACACAAGCATGATGGGTCATTATGGCTGTGCATAGACTGGC
260 ATATGGTGCACCGATTCTATTCCAACACAAGCATGATGGGTCATTATGGCTGTGCATAGACTACC
19384133 AGGCTTTGAACA
325 AGGCTTTGAACA
19384145 A
1 A
19384146 GCTACCATCA
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337 3 0.01
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ATGATGAGCTAAAGGAAAAAGAGACCGAGTCACCCTTAGAGGTGCTAAAGGTGCTGAAAACCTTT
AGTGATGTGATACTCGTAAAGCTGCCTAGCCAGCTAACACCTAAGAGGGAGGTGGACCACAAGAT
CGAGCTAGTGTCTGAGGCCAAGCCGCCAGCCAGAGCCCCTTACCAAATGTCCCGACTAGAGTTGA
AGGAGTTGAGGAAGCAACTCAAAGAGTTAGTTGATGCTGGCTTCATCAGGCCATCGAAAGCACCA
TATGGTGCACCGATTCTATTCCAACACAAGCATGATGGGTCATTATGGCTGTGCATAGACTACCA
GGCTTTGAACA
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19387356 TACACTAAGG
* *
19387366 GCCAGCATGTG-TCAATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGA
1 GCCAGCTTGTGCTCAATAGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGA
* *
19387411 GCCAGCTTGTGCT-AATAGTGATCAAGGCAAGTGCCCGTACCAAGG
1 GCCAGCTTGTGCTCAATAGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGA
*
19387456 GCCAACTTGTGCT
1 GCCAGCTTGTGCT
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GCCAGCTTGTGCTCAATAGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGA
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19398321 TGCTAATCGA
**
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*
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GGCATATGCTCACACCAAGGGTT
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19398381 TGTGCCAATG
* * *
19398391 GTGGTCGAGGTAAGTGCCCATACCAAAGGCTAG-TT-TGT-GATGATA
1 GTGGTCAAGGCAAGTGCCCATACCAAAAGCTAGCTTGTGTCGATGATA
* * *
19398436 GTGGTTAATGCAAGTGCTCATACCAAAAGCTAGCTTGTGTCGATGATA
1 GTGGTCAAGGCAAGTGCCCATACCAAAAGCTAGCTTGTGTCGATGATA
19398484 GT
1 GT
19398486 CAAGGCATAT
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GTGGTCAAGGCAAGTGCCCATACCAAAAGCTAGCTTGTGTCGATGATA
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19408723 GGCACCAATT
* * * * *
19408733 TTA TT- TTA TTT TTT TTA TTA TTA TATA GTT- TTG TTA TTT TTT TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T-TA -TTA TTA TTA TTA TTA TTA
*
19408778 TTA TTA -TA TAA TTA TGT- TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA T-TA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
19408819 ATCTTTAAAA
Statistics
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TTA
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19408723 GGCACCAATT
*
19408733 TTAT-TTTATTTTTTTTATTATTATATAG
1 TTATGTTTATTTTTTTTATTATTATATAA
*
19408761 TTTTG-TTATTTTTTTTATTATTATATAA
1 TTATGTTTATTTTTTTTATTATTATATAA
* *
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1 TTATGTTTATTTTTTTTATTATTAT
19408814 TATTAATCTT
Statistics
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TTATGTTTATTTTTTTTATTATTATATAA
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19409617 AGGTTTTTCC
* *
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*
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* *
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1 TTTTCATTTTTATTTTGAT
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1 TTTT
19409687 ATGTTTTTTT
Statistics
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TTTTCATTTTTATTTTGAT
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19413690 TGCTTGAGCC
* * * * *
19413700 TATTAATATT-TAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATCGAATAAGTT
1 TATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTT
* * * * * * * * *
19413764 TAAACAGTTATGATTATTTTAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTAGTTTTCTCAT
65 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCAT
* * * * * * *
19413828 ATAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATT
129 AAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * *
19413881 TATTAATATTTCGACAATTAATAAGAAAAAAAATTT--TAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTT
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTT
* * ** * * *
19413944 CAAATAGTCACAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATA
65 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* **
19414009 AAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
130 AAACAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
19414061 TATTAATATTCCCAAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATGAATCTATTTATCGTACAAGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
*
19414126 AAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
19414191 AACAATTGTTTTTGTTCAT-TCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATT
131 AACAATTGTTTCTGTTCATAT-AAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATT
* * *
19414242 TATTAATATTTCAAAAATTACTAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACACA-T
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACA-AGT
*
19414304 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTCA
64 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* **
19414368 TAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
128 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
19414422 TACTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCAAGCTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* *
19414487 AAATAGTTATGACTGTTTGA
66 AAATAGTTATAACTATTTGA
19414507 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 86, Indels: 34
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Matches are distributed among these distances:
179 11 0.02
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182 14 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
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Indices: 19413715--19414496 Score: 978
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19413705 ATATTTAAAC
* * * * * *
19413715 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAACAGTTATGATTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-ATCTATTTATCG-ACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * *
19413780 TTTTAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTAGTTTTCTCATATAACAATTGTTTTTGT
64 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * *
19413845 TCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGAAAA
129 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAA
* * ** *
19413910 AAAATTTTAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAGTAATTATTT
193 AAAATTTAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCT
* *
19413975 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATT
258 ATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATT
* *
19414040 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCCAA
323 CAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
* * *
19414076 AATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATGAATCTATTTATCGTACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCG-ACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
*
19414141 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
64 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * *
19414205 TTCATTCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAG-T
128 TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * * ** * *
19414268 AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
192 AAAAATTT--AAAATAAATATATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATT
* * * **
19414332 ATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAAACT
254 ATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACT
**
19414397 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
319 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
* * * *
19414437 AATTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCAAGCTCAAATAGTTAT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCGA-CAAGTTCAAATAGTTAT
19414497 GACTGTTTGA
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 55, Indels: 14
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
359 7 0.02
360 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATCTATTTATCGACAAGTTCAAATAGTTATAACTAAT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAA
ATTTAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
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Indices: 19414504--19415265 Score: 567
Period size: 177 Copynumber: 4.3 Consensus size: 172
19414494 TATGACTGTT
* * * *
19414504 TGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAATTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * *
19414568 CTTA-TTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCATTTACTTATTAGTTGTCAAAATATTAATAAA
66 C-TAGTTT--T-AACAGATT-TTTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
** * * * * * ** *
19414632 TTTGTATTATTTTAATT-GAAACAAGCTTTTATGAATACAAAAAAAATATTTTA
125 -TTAAATTA-TTT-ATTCCAAA-TAGATTATATGAAT--AAAACATTTGTTTTA
* * * * * * *
19414685 TAACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAACTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* *
19414750 CTTGTTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA
66 CTAGTTT--T-AACAGATTT-TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * * * *
19414814 TTAAAATTATGTTATTCCTAATCAG-TTGTATGAACAAAACAATTGTTTTG
125 TT-AAATTAT-TTATTCCAAAT-AGATTATATGAATAAAACATTTGTTTTA
* * * *
19414864 TGACAAAACAAAAGGT--TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGTA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
** ** * * *
19414927 CCGGTCATGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCCATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
66 CTAGT--T-TTAACAGATT-TTTTTTTAAATCC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* *
19414992 TAGCATTACTTTATTCCAAATAGGATTATATCAATAGAAA-ATTTGTTTTA
126 TA-AATTA-TTTATTCCAAATA-GATTATATGAATA-AAACATTTGTTTTA
* * * *
19415042 TGACAAAACAAATGGTCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * *
19415106 ACTAGTTTTATACAGATTTTTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCA
65 ACTAGTTTTA-ACAGATTTTTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-A
* ** *
19415168 TATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTA
128 AATTA-TTTATTCCAAATAGA-TTATATGAAT-AAAACATTTGTTTTA
* *
19415216 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAG
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
19415266 CCATTGTTAA
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 85, Indels: 63
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 52 0.11
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175 1 0.00
176 4 0.01
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178 40 0.09
179 31 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
CTAGTTTTAACAGATTTTTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAT
TATTTATTCCAAATAGATTATATGAATAAAACATTTGTTTTA
Found at i:19415361 original size:146 final size:147
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Indices: 19415138--19415404 Score: 331
Period size: 146 Copynumber: 1.8 Consensus size: 147
19415128 TTTAAATCTC
* * *
19415138 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAA
1 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTATAAATAAACTTATATGAACAAA
* * *
19415203 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
19415268 ATTGTTAAATCTCTTAG
131 ATTGTTAAATCTCTTAG
* * * * * * *
19415285 TTATTAATTTTCATAATATTATTAGATT-AGATTACTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAT
1 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTAT-AAATAAACTTATATGAACAA
* ** * * * *
19415348 AAATAATTATTTTATGATGAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATATATAATTGTT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTT
19415405 TAAATAGTCA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 20, Indels: 3
0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 1 0.01
146 74 0.75
147 24 0.24
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (147 bp):
TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTATAAATAAACTTATATGAACAAA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
ATTGTTAAATCTCTTAG
Found at i:19415585 original size:327 final size:320
Alignment explanation
Indices: 19414952--19415587 Score: 724
Period size: 320 Copynumber: 2.0 Consensus size: 320
19414942 GATTCATTTT
* * *
19414952 TTAAATCCATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAGGA
1 TTAAATCCATTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGA
* * * * *
19415017 TTATATCAATAGAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATT
66 TTATATCAACAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAAATAATT
* * ** *
19415082 GTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTTATACAGATTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATT
131 GTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTCAATACAGATTTTTTTTTAAATCTCTTATAAATT
*
19415147 ATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAAAACATTTGT
196 ATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAAAACAATTGT
19415212 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCCATTG
261 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCCATTG
* * * *
19415272 TTAAATCTC-TTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAG-ATTACTTTATTTCAAATAAG
1 TTAAATC-CATTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAG
* * * * ** * *
19415335 CTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGATGAAACAAAAGATTATAACTA-TTTGAAATATATA
65 ATTATATCAACAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-AGTTTGAAATAAATA
* * * * *
19415399 ATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCATA
128 ATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTCAAT-A-CAGATTT-TTTTTTAAATCTC-T-
* ** * * *** *
19415464 CATATAAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATTGGCTTGTATG-ATG
188 --TATAAATTATCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAAT-
* * * * *
19415527 AAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCA
249 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCA
19415588 AATGTGTTAG
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Consensus pattern (320 bp):
TTAAATCCATTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGA
TTATATCAACAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAAATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTCAATACAGATTTTTTTTTAAATCTCTTATAAATT
ATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCCATTG
Found at i:19418057 original size:179 final size:179
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19417305 AATGTTCGAT
* * * *
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* * * * * **
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* * * * *
19417441 CGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTCTA-C
126 CGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC-AGC
* * * * ** * * ** * *
19417495 AAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAAGCAATAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * * * * * *
19417559 TTTACTCCAAATAAGC-TGTATAAACAGAAACAATTTTTTTATGACGAAACAAAA-ATCATAATG
65 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACG
* * *
19417622 ATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAAG-
128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GCTC-AGC
** * * *
19417674 AAGCAGATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAAATATCAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
** ** * *
19417735 TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA-AAACAA----TT-TG-TAAACAAAATGGTCATAACGA
65 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAACAAAA-GATCATAACGA
* * * * * * * ** *
19417793 TTTGAAATAGATAATAGTTCCAATGGACATGATTATTTGAACTTATTCAGT
129 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGC
** *
19417844 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-T
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
19417908 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACATATGGCTTTATGACAAACAAGAGATCATAACGA
66 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACA-ATTG-TTTATGACAAACAAAAGATCATAACGA
* *
19417973 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATGACTATTT-AACTTGCT-AGGC
129 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCA-GC
* *
19418023 AAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
19418088 TTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAAAAAAAAGGTAATAACGAT
66 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAACAAAAGATCATAACGAT
*
19418153 TTGAAATAGATAA
130 TTGAAATAAATAA
19418166 AATTCATTAT
Statistics
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AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAACAAAAGATCATAACGATT
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGC
Found at i:19419863 original size:181 final size:179
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19418759 GAATCTTCAA
* * * * ** * *
19418769 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATTGAATAGAAA-TATTGTTTTA
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* ** * * * ** *
19418833 TGACAAAATAGGAGGTCATAATGATTTGAACTAGATAATTATTCAAATGAAACATGACTATTTGA
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* * * * * * **
19418898 ACTTG-TTCAGCAACTATA-TTAATTTTTAAATCTCCTAAC-TATTAATTTTCAA
127 ACTTGATTCA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTCTG
* * * * * *
19418950 AATATTTATAAATCAGTATTA-TTT-ATCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATATATTTTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTA
* * * * * **
19419013 TAACAAAACAAAATA-TAATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAAGTGTTAACTATTTG
65 TGACAAAACAAAA-AGTCATAA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTG
* * * *
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126 AACTTGATTCATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCT-G
* * * * **
19419130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGATTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
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* * * *
19419258 AA-TGTG-TTCAAAAAATAGATTT-CTTTTTAAAT-TTTGACTTATTAATTTAT-AG
126 AACT-TGATTC-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TCTG
* * * * * *
19419310 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGACTAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
19419375 GGATAAAAACAAAAGGACATAATCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAACTATTT
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* * * * *
19419440 GAACTTGA-TCAAAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAT-
125 GAACTTGATTCATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTC-TG
* * * * * * *
19419494 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATATAAATTGATACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * * ***
19419558 TATGAAACAAAAAGCTCACAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTACGCCTATTTGAA
66 GACAAAACAAAAAG-TCATAA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * ** * **
19419623 CTTGTTTGATAAGCATATTTA-TTTTAAAATCTTTTGTTTATTAATTGTCAA
128 CTTGATTCATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTG
* *
19419674 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
19419739 GACAAAAATAAAAAGTCATAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAC
66 GAC-AAAACAAAAAGTCATA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * **
19419804 TT-ATTCATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTCATCTG
129 TTGATTCATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTG
** * * ** *
19419854 AATTATTAATAAATTTGTA-TATTTTAAT-TGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATAATTTA
1 AA-TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * ** * **
19419917 ATGACAAAACGAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTACA
64 ATGACAAAACAAAAAGTCATA--AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * ** * *
19419982 ACTTGTTTGATAAATAGATTCAATTTTTAACTCACTTATTTATTAATTTTTTG
127 ACTTGATTCATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTG
* * * * *
19420035 AATATTAATAAATTAGA-GTTATGTTATTCTGAATAAGCTTATACGAA-AGAAACAATTGTTTTT
1 AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTT
* * * *
19420098 GTGACAAAAC-AAAAGTTCATAATAATTTGAAATAAATAA-TGTTTCAAACAGTCATAACCAATT
64 ATGACAAAACAAAAAG-TCAT-A-AATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAA-CTATT
* * * * * * * ** *
19420161 TGTA-TTG-GTCAAGACAACAGATTCAGTTTTTAAAACCGTTACTTA-TAATTTT-AG
124 TGAACTTGATTC-ATA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTG
** * * ** * * * *
19420215 AATATTAATAAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTTTCAATAGAAACAATTATTTTA
1 AATATTAAT-AAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** ** * * *
19420280 CAACAAAAC-AATTGTCATAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TCCTTAACTACTTG
65 TGACAAAACAAAAAGTCAT-AA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTG
19420343 AACT
126 AACT
19420347 GGTTCAACAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCATAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GATTCATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTG
Found at i:19420568 original size:18 final size:18
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*
19420563 TTGTTTGATGACAAACAA
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19420581 AAGTTCCATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGTTTGATGAAAAACAA
Found at i:19421875 original size:178 final size:178
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Period size: 178 Copynumber: 9.0 Consensus size: 178
19420347 GGTTCAACAA
* * ** * *
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** * * * *
19420421 ATGATTTGAAATATATAATTGTTC-AATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAG----
65 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTC-GAAAATAGATTT
* * * *
19420481 A-----T-AATCTCCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAAT-GAATTAGTAT
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* * * * * *
19420526 TATTTTATTCCAAATAGGCTTGTTTG-ATGAAAAACAATTGTTTGATGAC-AAACAAAAGTTCCA
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** * * * **
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** * * * * *** *
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* * * * * * * *
19420706 TATTTAATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-G-AATAATTGTTTTATGA-TAAGCAAAAGGCCAT
1 TATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** **
19420768 AACAATTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTGAACTTGTTTGGTAGCAGA-
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* * * ***
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126 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGTTTAGTAT
* * * * * *
19420882 TATTTTATTTTTCAAATAAGCATGTATGAACT-GAAATAATT-ATTTATAACTAAACAAAA-GTC
1 TATTTTA---TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
19420944 AGAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGTCAAAACA
62 A-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCG--AAAATA
* * * * *
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123 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGTTTAGTAT
* * * * * *
19421063 TA-TTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATGATAAAAC-AAAGCTCATA
1 TATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
19421126 CCAAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATCCGCGTCCAAGTAATAGA
65 AC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTG-TTCGAA--AATAGA
* * * **
19421191 TTTAGTTTTT-AA------GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATTAGTAT
125 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AGTTTAGTAT
* ** * *
19421239 TATTTTATTCTAAATTAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACT-ATAAAACAAAATGTCA
1 TATTTTATTC-GAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * * * * *
19421303 TAATGA-TTAAAAT-GGTAATAGTTCAAATGGAACATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGG
63 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA-AAATAGA
** * **
19421366 TTTATTTTTTAAA-CTTCCAACTAATT--TTTTT--AATATTAATAAATTAGTAT
125 TTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGTTTAGTAT
* * *
19421416 TATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATG-ATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAACGAT-ATA
1 TATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * ** *
19421478 ACAAGTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGGACTCACTCGTAAATAGATTTA
65 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGAAAATAGATTTA
* * ** *
19421543 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATAT
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGTTTAGTAT
* * * * *
19421593 TATTTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAC-AAACTAAAAGGTCAT
1 TATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
* *
19421657 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCAGAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATT
64 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC-GAAAATAGATT
* * * * *
19421721 TA-TTTTTAAAT-TTTTGCTTATTAATTGTTGGATTATTAGTCAGTTTA-TAT
127 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AGTTTAGTAT
*
19421771 TATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
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* *
19421836 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCA
66 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA-AAATAGATTTA
* ** *
19421901 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAAT
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGTTTAGTAT
19421951 TATTT
1 TATTT
19421956 GTTTTGTTAT
Statistics
Matches: 1109, Mismatches: 233, Indels: 165
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGAAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGTTTAGTAT
Found at i:19423225 original size:18 final size:19
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19423184 TTATGAACTT
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19423231 GCCTATTTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGTTTTGTCATCAAACAA
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19423413 TAAAATATTG
* * **
19423423 TTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAC-TT
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** * * * * ** * *
19423487 TGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTT
65 TGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * *
19423552 ATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAACGGTTTTAAAAACTGAATCTGTTGTC
130 ATTAATATTC-AGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TA
* * * * * ** *
19423605 TTGACCAA-TACAAATTGTTATGACTGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATTATTATGAACTTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
** * * * *
19423668 TGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-TTCGTATAAGCTTA-TTCAGAATAATATAACT-CTAAT
65 TGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA-TACTAAT
* ** * * *
19423730 TTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTATTTA
128 TTATTAATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** ** ** * * *
19423784 TCAAACAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTC
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *
19423849 GTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTA
66 GTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
** * *
19423914 TTAATATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
131 TTAATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
19423965 TTGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTT
* * * * * * * * *
19424029 TATTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTATTTATACAAGCTTA-TTCGGATTAAAATAATATTAATT
65 TGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATT
** * * * * * **
19424093 TATTAATATTTTGACAATTAAAAAACAAAAGATTT-TAAAATAAATATGCTTA
129 TATTAATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** *** * * * * *
19424145 TCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGAGCTTTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
** * * * * * * * *
19424210 GTTTCATAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTT
66 GTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
19424274 ATTAATATT-ATGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTT-
130 ATTAATATTCA-GAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
19424325 TTCGATCAAGTTCAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCCTTT
1 TT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * *
19424390 TGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-GTCTGAATAAAATAATA-TAAA
65 TG-TTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AA
* * * *
19424453 TTTATTAATATTCTA-TAAATTAATAAGTCAAA-ATTTAAAAAAGAAATCTATTT-
127 TTTATTAATATTC-AGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
*
19424506 TTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT
1 TTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * *
19424569 TTGTTTTGTC-GT-AATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAA
64 TTGTTTTGTCATTAAAT--AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* *
19424632 TTTATTAATATTCCA-AAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
127 TTTATTAATATT-CAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** ** * * * * * * **
19424687 CTGAGTAAGTTCAAATAGTTAACACTGTTTGAACAATTATTTGTTTCAAATAGTTATTATATTTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * *
19424752 GTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATATTGATTT
66 GTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTT
* ** ** ** * * *
19424816 ATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATTAATATATTTG
130 ATTAATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * **
19424867 CTGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTCC
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * ** *
19424931 TATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATC
65 TGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATT
19424995 TATTAATATT
129 TATTAATATT
19425005 TTGAAGATTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
GTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
Found at i:19424148 original size:361 final size:360
Alignment explanation
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19423420 TTGTTGAACC
* ** *
19423430 AGTTCAAATAGTTAAGGGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAC-TTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTG
** * * * * * ** * *
19423494 TTGTAAAATAATTGTTTCTATTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
65 TCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * ** * *
19423559 TTCTA-AAAATTAATAAGTAACGGTTTTAAAAACTGAATCTGTTGTCTTGACCAA-TACAAATTG
130 TTC-AGAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TATTGAATAAGTTCAAATAG
* * *
19423622 TTATGACTGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATTATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCACAAAACA
192 TTATGACTATTTGAACA-ATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ***
19423685 ATTGTTTCT-TTCGTATAAGCTTATTCAGAATAATATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAAA
256 ATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTTTGAAAA
* * ** * *
19423748 TTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTATTTATCAAACA
320 TTAAAAAACAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTA-TTATCAAACA
** * * * *
19423791 AGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTCGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
19423856 CATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATAT
66 CATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
19423921 TCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGCTA
131 TCAGA-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTA
* * *
19423986 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATG-ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTG
195 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
19424050 TTTTTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAA
260 TTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAA
* * *
19424115 AAACAAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACA
325 AAACAAAAGATTTAAAAATAAATCT-ATTATCAAACA
*** * * * * **
19424152 AGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATTATCC-ATTTCAAATCATTGTGAGCTTTTGTTTCA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
19424216 TAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 TCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
19424280 ATT-ATGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTT-TTCG-ATCAAGTTCAAAT
129 ATTCA-GAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT-GAAT-AAGTTCAAAT
* * * * * *
19424342 AATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-TCCTTTTGTTTTTATCATAAAA
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTTG-TTTTGTCATAAAA
* * * * * *
19424406 TAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCT-ATA
254 CAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA-A
** * * **
19424470 AATTAATAAGTC-AAA-ATTTAAAAAAGAAATCTATTTTTGAACA
318 AATTAA-AAAACAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTATCAAACA
* *
19424513 CA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* *
19424576 GTC-GT-AATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
64 GTCATTAAAT--AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
19424639 ATATTCCA-AAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAGTTCAAAT
127 ATATT-CAGAAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAAT
** * * * * *
19424703 AGTTAACACTGTTTGAACAATTATTTGTTTCAAATAGTTAT-TA-TATTTTGTTTTGTTATAAAA
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACT-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
19424766 TAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATTTTGAAA
254 CAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAA
* *** ** * * *
19424831 ATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTAATATATT-TGCTGAACA
319 ATTAAAAAACAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTAT-C-AAACA
* * * * * ** *
19424874 AGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTCCTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
19424938 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAA-AATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAA
65 TCATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
19425001 TATT
128 TATT
19425005 TTGAAGATTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
359 5 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCAGAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAA
AACAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTATCAAACA
Found at i:19424562 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19424515--19424564 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
19424505 TTTGAACACA
19424515 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
19424534 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
19424550 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
19424565 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
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19 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:19424825 original size:722 final size:721
Alignment explanation
Indices: 19423533--19424835 Score: 1646
Period size: 722 Copynumber: 1.8 Consensus size: 721
19423523 TCTTATTTGG
* * * * *
19423533 AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGTTTTAAAAACTGAATC
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* ** ** *
19423598 TGTTGTCTTGACCAATACAAATTGTTATGACTGTTTGAAACATTATTTATTTCAAATTATTATGA
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* * * * * *
19423663 ACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTTTCGTATAAGCTTATTCAGAATAATATAACTCTA
131 ACTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTTTCATAAAAGCTTAGTCAGAATAAAATAACTATA
* *
19423728 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTATTTATCAAACAAG
196 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAG-AAGTTAAAAATAGAATCTATTTATCAAACAAG
** * *
19423793 TTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTCGTTTTGTCA
260 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTCGTTTTGTCA
* * * * *
19423858 TTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
325 GTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
* * * * **
19423923 AGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGCTATG
390 AGATAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGCTAAC
* *
19423988 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTGTTT
455 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
19424053 TTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAA
520 CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGAAAATTAAAAAA
19424118 CAAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATT
585 CAAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATT
19424183 ATCCATTTCAAATCATTGTGAGCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCT
650 ATCCATTTCAAATCATTGTGAGCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCT
19424248 TATTCAA
715 TATTCAA
* * *
19424255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATGAGTAA-GAGATTTAAAAAATGATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAAT
* * *
19424319 CTATT-T-TTCGATCAAGTTCAAATAATTATGACTACTTG-AACAATTATCTATTTCAAATTGTT
65 CTATTGTCTT-GACCAA-TACAAATAATTATGACTACTTGAAAC-ATTATCTATTTCAAATTATT
** * * *
19424381 ATGTCCTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATA
127 ATGAACTTTTG-TTTTATCACAAAACAATTGTTTCT-TTCATAAAAGCTTAGTCAGAATAAAATA
* * * *
19424446 A-TATAAATTTATTAATATTCTATAAATTAATAAGTCAA-AATTTAAAAA-AGAAATCTATTT-T
190 ACTAT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAAT-AAGAAGTTAAAAATAG-AATCTATTTAT
** * * *
19424507 TGAACACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT
252 CAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACCTTT
* * *
19424570 TGTTTTGTC-GT-AATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAAT
315 CGTTTTGTCAGTAAAT--AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAAT
* *
19424633 TTATTAATATTCCA-A-AAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAG
378 TTATTAATATT-CAGATAAAT-AATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAG
* * * * * * *
19424696 TTCAAATAGTTAACACTGTTTGAACAATTATTTGTTTCAAATAGTTATTA-TATTTTGTTTTGTT
441 TTCAAATAGCTAACACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACT-TTTTATTTTGTC
* * * *
19424760 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATT
505 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATAAATATT
19424825 TTGAAAATTAA
570 TTGAAAATTAA
19424836 TAGGTAGGAG
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 78, Indels: 32
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
720 5 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (721 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATC
TATTGTCTTGACCAATACAAATAATTATGACTACTTGAAACATTATCTATTTCAAATTATTATGA
ACTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTTTCATAAAAGCTTAGTCAGAATAAAATAACTATA
ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGAAGTTAAAAATAGAATCTATTTATCAAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTCGTTTTGTCAG
TAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA
GATAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGCTAACA
CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGAAAATTAAAAAAC
AAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATTA
TCCATTTCAAATCATTGTGAGCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCTT
ATTCAA
Found at i:19424946 original size:722 final size:721
Alignment explanation
Indices: 19423533--19425009 Score: 1615
Period size: 722 Copynumber: 2.0 Consensus size: 721
19423523 TCTTATTTGG
* * * * * *
19423533 AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGTTTTAAAAACTGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATC
* ** ** *
19423598 TGTTGTCTTGACCAATACAAATTGTTATGACTGTTTGAAACATTATTTATTTCAAATTATTATGA
66 TATTGTCTTGACCAATACAAATAATTATGACTACTTGAAACATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* * * * * *
19423663 ACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTTTCGTATAAGCTTATTCAGAATAATATAACTCTA
131 ACTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTTTCATAAAAGCTTAGTCAGAATAAAATAACTATA
* *
19423728 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTATTTATCAAACAAG
196 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAG-AAGTTAAAAATAGAATCTATTTATCAAACAAG
** * *
19423793 TTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTCGTTTTGTCA
260 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTCGTTTTGTCA
* * * * *
19423858 TTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
325 GTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
* * * * **
19423923 AGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGCTATG
390 AGATAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGCTAAC
* *
19423988 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTGTTT
455 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
19424053 TTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAA
520 CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGAAAATTAAAAAA
* *
19424118 CAAAAGATTTTAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATT
585 CAAAAGATTTAAAAATAAATATGATTATCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATT
* * * ** * * * * ***
19424183 ATCCATTTCAAATCATTGTGAGCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGCT
650 ATCCAGTTCAAATCATTATGACCTCCTATTTCATAATAAAACAATTATATCAATTCATACAAAAT
19424248 TATTCAA
715 TATTCAA
* *
19424255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATGAGTAA-GAGATTTAAAAAATGATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAAT
* * *
19424319 CTATT-T-TTCGATCAAGTTCAAATAATTATGACTACTTG-AACAATTATCTATTTCAAATTGTT
65 CTATTGTCTT-GACCAA-TACAAATAATTATGACTACTTGAAAC-ATTATCTATTTCAAATTATT
** * * *
19424381 ATGTCCTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATA
127 ATGAACTTTTG-TTTTATCACAAAACAATTGTTTCT-TTCATAAAAGCTTAGTCAGAATAAAATA
* * * *
19424446 A-TATAAATTTATTAATATTCTATAAATTAATAAGTCAA-AATTTAAAAA-AGAAATCTATTT-T
190 ACTAT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAAT-AAGAAGTTAAAAATAG-AATCTATTTAT
** * * *
19424507 TGAACACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT
252 CAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACCTTT
* * *
19424570 TGTTTTGTC-GT-AATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAAT
315 CGTTTTGTCAGTAAAT--AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAAT
* *
19424633 TTATTAATATTCCA-A-AAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAG
378 TTATTAATATT-CAGATAAAT-AATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAG
* * * * * * *
19424696 TTCAAATAGTTAACACTGTTTGAACAATTATTTGTTTCAAATAGTTATTA-TATTTTGTTTTGTT
441 TTCAAATAGCTAACACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACT-TTTTATTTTGTC
* * * *
19424760 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATT
505 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATAAATATT
* *** ** * * *
19424825 TTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTAATAT-ATT-TGCTGAACAAGTTCAAATAGTCA
570 TTGAAAATTAAAAAACAAAAGATTTAAAAATAAATATGATTAT-C-AAACAAGTTCAAATAGGC-
* * ** *
19424888 TGT-TC-ATTTGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTCCTATTTTGTCATAAAACAATT
632 -GTAACTATTTGAATAATTATCCAGTTCAAATCATTATGACCTCCTATTTCATAATAAAACAATT
* * * * *
19424951 ATTTCTATTCATGCAAAATTATTTAG
696 ATATCAATTCATACAAAATTATTCAA
* *
19424977 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAA
19425010 GATTCAGCTT
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 113, Indels: 40
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
720 6 0.01
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725 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (721 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATC
TATTGTCTTGACCAATACAAATAATTATGACTACTTGAAACATTATCTATTTCAAATTATTATGA
ACTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTTTCATAAAAGCTTAGTCAGAATAAAATAACTATA
ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGAAGTTAAAAATAGAATCTATTTATCAAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTCGTTTTGTCAG
TAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA
GATAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGCTAACA
CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGAAAATTAAAAAAC
AAAAGATTTAAAAATAAATATGATTATCAAACAAGTTCAAATAGGCGTAACTATTTGAATAATTA
TCCAGTTCAAATCATTATGACCTCCTATTTCATAATAAAACAATTATATCAATTCATACAAAATT
ATTCAA
Found at i:19425911 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 178
19425588 TATAATGATT
* * * * * * *
19425598 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTTTTTTA-TCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAA
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTAGTCATAAAAT-ATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * *
19425662 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--CAAAATTTAA
*
19425727 AAAATAAATCTATTTGCCT-AGCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
127 AAAATAAATCTATTT-CCTGAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
*
19425779 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTCTTGTTT-GTCATAAAGCATA-TGTTTCTGTTCATACAA
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAA--ATATTGTTTCTGTTCATACAA
* * *
19425842 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--CAAAATTTAA
* ** * * ** *
19425907 AAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATGTCTATTGGAACTA
127 AAAATAAATCTATTTCCTGAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
* * * *
19425959 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTA--C----AA-ATTGTTTTTATTCATACAAA
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTAGTCATAAAATATTGTTTCTGTTCATACAAG
* ** * *
19426016 ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAA
65 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAA
* ** * * *
19426079 CTAAATCTGCTTCTTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
130 ATAAATCTATTTCCTG-AGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
* * * * *
19426128 TTATTTATCTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTCGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATACAAG
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGTCAT-AAAATATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * ** * * *
19426191 CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAA
65 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-A-ATTTAAA
* * * * * * * * * *
19426256 AAATAAATATGTTT-GTAGAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAA
128 AAATAAATCTATTTCCT-GAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
** *
19426307 TT-TTCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATA
1 TTATT-TATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-ATTGTTTCT-GTTCATACA
* * * *
19426370 TA-CTTATTTCAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATT
63 -AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAA-AATTT
19426433 AAAAAA-AAATCTATTT
125 AAAAAATAAATCTATTT
19426449 ATCGAACATT
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 102, Indels: 60
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.01
169 63 0.12
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182 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTGTTTCTGTTCATACAAGC
TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAAA
TAAATCTATTTCCTGAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAA
Found at i:19426316 original size:348 final size:349
Alignment explanation
Indices: 19425672--19426439 Score: 797
Period size: 348 Copynumber: 2.2 Consensus size: 349
19425662 GCTTATTTGG
19425672 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG---AAAATTAAAAAAATAAATC
* * * *
19425737 TATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
63 TACTTGCCTACCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGA
** *
19425802 TCTCTTGTTTGTCATAAAGCATATGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
128 TCTCTTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
** * ** *
19425867 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAG
193 AAATAATAATATTCCAAAAATTAATAAG-CCAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAG
* *
19425932 TTCAAATAATCATGTCTATTGGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTACAAA
257 TTCAAATAATCAAGTCTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTACAAA
19425997 TTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAA
322 TTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAA
* * * * * *
19426025 AATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAC
* * *
19426089 TT-CTTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGAT
66 TTGCCT--ACCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGAT
* * * * *
19426152 -T-TTGTTTCGTCATAAAAAA-ATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCT
129 CTCTTGTTT-GTCATAAAAAATA-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
** * *
19426214 AAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAA-CCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTAGAAC
192 AAAATAATAATATTCCAAAAATTAATAAGCCAA-A-ATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAA-
* * * * * * *
19426277 T-AGTTTAAATAGTTAAGAT-TATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTT
253 TAAGTTCAAATAATCAAG-TCTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTT
* * *
19426340 AGTCATAAAATAAT-TGTTTTAGTTCATATATACTTATTTC-A
317 A--C---AAAT--TGT-TTTTA-TTCATACAAAATTA-TTCAA
* *
19426381 AATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAG--A-AAATTAAAAAAA
19426440 AATCTATTTA
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 49, Indels: 41
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.01
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (349 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAC
TTGCCTACCAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCT
CTTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAA
TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGCCAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCA
AATAATCAAGTCTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTACAAATTGT
TTTTATTCATACAAAATTATTCAA
Found at i:19428525 original size:143 final size:144
Alignment explanation
Indices: 19428366--19428629 Score: 334
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
19428356 TAACTATTTA
* * * * *
19428366 AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTATGTTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATATTTATATTCAT
* *
19428431 ACAAGTTTATTTGA-AATAAAGTAATCT-AATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGA
66 ACAAGTTTATTT-ATAATAAAATAATATGAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGA
19428494 TTTAACTGCCATGTG
130 TTTAACTGCCATGTG
* * * * * * *
19428509 AACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATATTTATATTCAT
* * * * *
19428574 ATAAGTTTATTTATAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAA
66 ACAAGTTTATTTATAATAAAATAATATGAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAA
19428630 GAGATTTAAA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 19, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
142 1 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (144 bp):
AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATATTTATATTCAT
ACAAGTTTATTTATAATAAAATAATATGAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGAT
TTAACTGCCATGTG
Found at i:19428803 original size:318 final size:321
Alignment explanation
Indices: 19428185--19428816 Score: 717
Period size: 318 Copynumber: 2.0 Consensus size: 321
19428175 AACACATTTT
* *
19428185 AACAATTATCTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTCATCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTCTTCATCAT
*
19428250 ACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATATGTATGAGAT
66 ACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTTATA-GTAAGAGAT
** *
19428315 TTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATATATT
129 TTAAAAAATAAATATGC-TATAAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATT
* * * * * * *
19428380 TCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGA
193 TCAAATAGTTATAACCATTTGTTTCGTCATAAAACAAATATTTATATTCATACAAATCTATTTGA
* *
19428445 AATAAAGTAATCTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAA-GAGATTTAACTGCCATGTG
258 AATAAAGTAATCTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATG-GATTTAACTGCCATGTG
* * * * *
19428509 AACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTT-TTTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTCTTCA-TCA
* *** * * * *
19428573 TATAAGTTTATTTATAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTGATAA-TTA-A-TAAGAGA
65 TACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTCAAAATTTATAGTAAGAGA
* ** * * * *
19428634 TTTAAAAAATAAATCTG-TATAAAATTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATT
128 TTTAAAAAATAAATATGCTATAAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATT
* * * *
19428698 TCAAACT-GTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCTATTGATA-AAATCCTATTT
193 TCAAA-TAGTTATAACCATTTGTTTCGTCATAAAACAAATATTTATATTCATACAAAT-CTATTT
* * * *
19428760 GGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAATGGATTTAA
256 GAAATAAAGTAAT-CTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATGGATTTAA
19428817 AAAATGAATC
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 43, Indels: 20
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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325 6 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (321 bp):
AACAATTATCTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTCTTCATCAT
ACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTATAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATATGCTATAAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCA
AATAGTTATAACCATTTGTTTCGTCATAAAACAAATATTTATATTCATACAAATCTATTTGAAAT
AAAGTAATCTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATGGATTTAACTGCCATGTG
Found at i:19429029 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19428507--19429266 Score: 620
Period size: 179 Copynumber: 4.3 Consensus size: 178
19428497 AACTGCCATG
* * *
19428507 TGAACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTC
** * * ** *
19428572 ATATAAGTTTATTTATAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTGATAA-T--TAA-TAAGA
65 ATA-AACCTGA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * *
19428632 GATTTAAAAAATAAATCTG--TATAAAATTAGTTCAATTAGTTATAACAATT
127 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * *
19428682 TGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTATT
* * * * *
19428745 GATAAAATCCT-ATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAA
64 CAT-AAA-CCTGA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * ** * ** * *
19428808 TG-GATTTAAAAAATGAATCT-ATTGGCATGACCGGTACAAATAGTTATAATTATT
125 -GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * *
19428862 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTGTTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCA
* **
19428927 TACAA-CTGATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
66 TA-AACCTGATTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *
19428991 TTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
129 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * * * * * *
19429041 TAAATAGTTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATATTTTTTTTGTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTT-TATT
* * * * * *
19429106 CATAAACGCTTGTTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATAATTT-GACAACTAATAAGTAA
64 CATAAAC-C-TGATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
19429169 -ATGATTTAAAATATGAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATT
125 GA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* *
19429223 TGAACAATTATATAATTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
19429267 AACAGTCATA
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 88, Indels: 54
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 40 0.09
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177 3 0.01
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCA
TAAACCTGATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
Found at i:19429057 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19429021--19429062 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
19429011 ATCAAACAAG
19429021 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTAT
19429040 TT-AAATAGTTAT-CTAT
1 TTCAAATAGTTATACTAT
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1 TTCAAAT
19429063 CGCTATAACC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATAGTTATACTAT
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19429254 TTTTGTTTTG
* * * * * * * *
19429264 TCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * ** *
19429329 TAATATTTGGAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGTTTATATGAACAGAAACA
66 TAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
* * * * * *
19429394 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGT
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* * * *
19429445 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
19429508 GTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAA
65 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAG-TTTATATGAACAAA
* * * *
19429570 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
* * * *
19429625 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTAAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* *** *
19429690 TAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACA
66 TAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
* * *
19429755 ATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCGTAACGATTTGAAATAAATAATTAC
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * * * * *
19429806 TCAAATAGTTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATT--TATTTAAAATTTTTTTCTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
19429869 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
66 TAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
* * *
19429934 ATTGTTATATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTAT
130 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * *
19429985 T-AAATAATCATAACTGTTTAAACTTATTCGATAAATAGA-TCTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTC-ATTTTTTAAATCTTTTACTTA
*
19430048 TTAATTGTTTAAATATTAATA
65 TTAATT-TTGAAATATTAATA
19430069 GGCTAAAGCA
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TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACAAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
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19433427 TCATGTGTCG
* *
19433437 ATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGGGCCAGCTTGTGCTA
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* *
19433482 ATGGTGATTAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGCCAACTTGTGCT
1 ATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCCAACTTGTGCT
19433526 GGTGATGGTT
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ATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCCAACTTGTGCTA
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19433431 GTGTCGATGG
* * * * *
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1 TGATTAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGCCAACTTGTGCTAATGA
**
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1 TGATTAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGCCAACTTGTGCTAATGA
* * *
19433531 TGGTTAAGGCATGTGCCCGCACCA
1 TGATTAAGGCAAGTGCCCGTACCA
19433555 TATAGTAGCA
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TGATTAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGCCAACTTGTGCTAATGA
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* *** *
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1 TGGCATAATTGGGTCATGAGGCATGATTAAGGACTGACTCGTAGCCCCTAAGGACATAAGATTGA
* * *
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** *
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196 AGCTCAGAGCCTGCCAACATGCACAACCATAGCACCACTCCTATGACTATTACTACAAGGTAGCA
* * * * * *
19443548 TCCACACACATTGGTCTATAACCCACCCAATCGATTATTTGATGAGCGAGCAGATGAAATAATGT
261 TCCACACACACTAGTCTATAACCCACCCAATCAATTATTCGATGAGCGAGAAGATGAAACAATGT
*
19443613 ACGAGGCCATGCCACATCTACTTGGCATAGGAAAAACACAAGCAATGTCCATGAGACTACCCCTA
326 ACGAGGCCATGCCAAATCTACTTGGCATAGGAAAAACACAAGCAATGTCCATGAGACTACCCCTA
*
19443678 CTATCCAATAGGCAACAA
391 CCATCCAATAGGCAACAA
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1 TGGCATAATTGGGTCATGAGGCATGATTAAGGACTGACTCGTAGCCCCTAAGGACATAAGATTGA
* * * * * ** *
19443761 TGAGGGATGGTAAGACATTC-GATTTCCATTGATTTGGCATGTGGCATAGGGATCCTAATTGTAC
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* * *
19443825 CCCTAAGGTATGATGACCATATAGGGGTAGATTGAAATGGCTGATGGGTGAATAGTTTGATGCAT
129 CCCTAAGGTATGATGACCACATAGGGGTAGATTGAAATGGATGATGGGTCAATAGTTTGATGCAT
* * * * *
19443890 CAAGCTCAGAGCTTGCCAACATGCACAATCGTAGCACCACTCTTATGCCTATTACTACAAGTGGT
194 CAAGCTCAGAGCCTGCCAACATGCACAACCATAGCACCACTCCTATGACTATTACTACAA--GGT
** * *
19443955 AGCATCCATGCACGCTAGTTTATAACCCACCCAATCAATTATTCGATGAGCGAGAAGATGAAACA
257 AGCATCCACACACACTAGTCTATAACCCACCCAATCAATTATTCGATGAGCGAGAAGATGAAACA
* * * * *
19444020 ATGTACGAGGCCATGCCAGAAT-TGCTTGGCATGGGAAAAACACAAGTAATGTCCATGGGACTGC
322 ATGTACGAGGCCATGCCA-AATCTACTTGGCATAGGAAAAACACAAGCAATGTCCATGAGACTAC
*
19444084 CCCTGCCATCCAATAGGCAACAA
386 CCCTACCATCCAATAGGCAACAA
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1 TGGCATA
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TGGCATAATTGGGTCATGAGGCATGATTAAGGACTGACTCGTAGCCCCTAAGGACATAAGATTGA
TAAGGGATGGCAAGACATCCAGTTTCCATTGATTCGACATGCAGCATAGGATCCTAATTGCACCC
CTAAGGTATGATGACCACATAGGGGTAGATTGAAATGGATGATGGGTCAATAGTTTGATGCATCA
AGCTCAGAGCCTGCCAACATGCACAACCATAGCACCACTCCTATGACTATTACTACAAGGTAGCA
TCCACACACACTAGTCTATAACCCACCCAATCAATTATTCGATGAGCGAGAAGATGAAACAATGT
ACGAGGCCATGCCAAATCTACTTGGCATAGGAAAAACACAAGCAATGTCCATGAGACTACCCCTA
CCATCCAATAGGCAACAA
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19455253 TCTTCTTTTT
* * *
19455263 TTA TTA TTA TTA -TA TAA TT- TTG TTA TT- TT- TTA TTA TTA -TA TAA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
19455306 TT- TTA TTTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA -TTA TTA TTA TTA TTA TTA
19455330 ATCTTTAAAA
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TTA
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19455261 TTTTATTATTATTATATAATTTT-GTTA
1 TTTTATTATTATTATATAATTTTAGTTA
*
19455288 TTTT-TTATTATTATATAATTTTATTTA
1 TTTTATTATTATTATATAATTTTAGTTA
19455315 TTATTATTATTATTA
1 TT-TTATTATTATTA
19455330 ATCTTTAAAA
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TTTTATTATTATTATATAATTTTAGTTA
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19455251 GTTCTTCTTT
19455261 TTTTATTATTATTATATAATTTTGTTA
1 TTTT-TTATTATTATATAA-TTTGTTA
19455288 TTTTTTATTATTATATAA-TT-TTA
1 TTTTTTATTATTATATAATTTGTTA
*
19455311 TTTATTATTATTAT
1 TTTTTTATTATTAT
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Statistics
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TTTTTTATTATTATATAATTTGTTA
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19455758 ATTATAGGTT
* * *
19455768 GCCA-GAAAT-TGGAAATGTTTGAA-TTTTTGGCGATCGTTGAATTTTTCA
1 GCCATGAAATCTGGAAAAGTTTGAATTTTTTGGCGACCGTTGAAATTTTCA
*
19455816 G-CATCGAAATCTGGAAAAGTTTGAATTTTTTGGTGACCGTTGAAATTTTCA
1 GCCAT-GAAATCTGGAAAAGTTTGAATTTTTTGGCGACCGTTGAAATTTTCA
19455867 GCCATGAAATCTGG
1 GCCATGAAATCTGG
19455881 GGGTCTTTGA
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GCCATGAAATCTGGAAAAGTTTGAATTTTTTGGCGACCGTTGAAATTTTCA
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Period size: 51 Copynumber: 2.5 Consensus size: 51
19455762 TAGGTTGCCA
** * *
19455772 GAAAT-TGGAAATGTTTGAA-TTTTTGGCGATCGTTGAATTTTTCAGCATC
1 GAAATCTGGAAAACTTTGAATTTTTTGGCGACCGTTGAAATTTTCAGCATC
* *
19455821 GAAATCTGGAAAAGTTTGAATTTTTTGGTGACCGTTGAAATTTTCAGCCAT-
1 GAAATCTGGAAAACTTTGAATTTTTTGGCGACCGTTGAAATTTTCAG-CATC
****
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1 GAAATCTGGAAAACTTTGAATTTTTTG
19455899 ACGTTGTTGA
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Matches are distributed among these distances:
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GAAATCTGGAAAACTTTGAATTTTTTGGCGACCGTTGAAATTTTCAGCATC
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* *
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*
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1 TTTTGATTTTCAATTTTGA
19456206 T
1 T
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TTTTGATTTTCAATTTTGA
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* *
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**
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*
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1 TAAAAAATAAA
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1 TAAAAAAT
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*
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*
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1 TAA
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1 AAAATATACAAAATT
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1 AAAA
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* * *
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*
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* * * * *
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*
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* *
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* * *
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* * * *
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** ** *
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*
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* * * * *
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*
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* * * * **
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* * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *** ** * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * ** * * * * *
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* * ** * *
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** * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATT
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Alignment explanation
Indices: 19474070--19475942 Score: 1596
Period size: 704 Copynumber: 2.6 Consensus size: 701
19474060 TGATTATTTG
* * * * ** *
19474070 AATAAGTAAGAGATTTAAAAATC-AATGTGTTTACTGAACCAATTGAAATAGTTAAGACTAT-TA
1 AATAACTAAAAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-
* * * * ** * * *
19474133 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAA-TAATTTTTTCAGTTC
65 GAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT--GCTC
* * * * **
19474197 ATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTT--TTGTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAG
128 ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTAATT-TATTAAAATTTTAAAAATTAATAAG-AAG
* * * * * * * *
19474260 AAGTTTAAAGAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
190 -A-TTTTAA-AAATAAATATATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACAACTTGAACAATTAT
* * * * ** * * * * * *
19474325 TTATTTAAAATTATTACAACCTTTTGTTTTATCATAAAACATTTGTTTTAATTCATAAAAGCCTA
252 CTATTTCAAA-TATTATAACCATTTGTTTCGTCAT-AAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTA
** * * * * *
19474390 -TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAA-AGATTTAAAAA
315 CT-CAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAACAAG-TAAGAGATTT-AAAA
* * ** * ** **
19474453 AAT-AAATCAATTTATTGAAGCAGTTCAAATAATTATTGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
377 AATGAAA-CTATTGATTGAA-CAACTCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * * * * * * * *
19474517 -TATTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTTTATCATACAAGCCT-A-TTCTGA
440 GT-GTTACAACCTTTTG-TTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGT-TCGTACAAG-CTGACTT-GGA
* * ** * * *
19474579 ATAAAATAATGTTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATAT
500 ATAACAT-A----AA--T-CT-A-ATTT-----ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAATAT
* * *
19474644 GCTCA-CAGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
550 GTTTATC--AATTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * * * *
19474707 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATACAATAATAT
613 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTATATTCATACAAACTTATTTGCAATAAAATAATAC
* *
19474772 GAATCTAATAATATTATGAAAATT
678 AAATCTAATAATATTATGAAAACT
* *
19474796 AATAACTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATG
1 AATAACTAAAAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATG
* *
19474861 AATAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTTTGCTCAT
66 AACAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTGCTCAT
* * * *
19474926 ATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AGA-TTT
130 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGAAGATTTT
* * * *
19474989 AAAAAGTAAATCTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTC
195 AAAAA-TAAATATATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACAACTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * *
19475054 AAATCATTATAACCATTTGTTTTTTCATAAAATAATTTTTTCTATTGATACTA-TCTTATTCGAA
259 AAAT-ATTATAACCATTTGTTTCGTCAT-AAACAATTGTATCAATTCATA-TAGGCTTACTCAAA
* * * *
19475118 ATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATA-TCCTAAAAATTAACAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAAT
321 ATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCC-AAAAACTAACAAGTAA-GAGATTTAAAAAATGAAA
* * * *
19475181 CTGTTGGCTTGACCAA-TACAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTGTTTCAAAGTGTTAC
384 CTATT-GATTGAACAACT-CAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAGTGTTAC
19475245 AACCTTTTGTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTGACTTGGAATAACATAAATC
447 AACCTTTTGTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTGACTTGGAATAACATAAATC
*
19475310 TAATTTATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAATATGTTTATCAATTAAGTTTAAATAGTTAT
512 TAATTTATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAATATGTTTATCAATTAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
19475375 GACTCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTTTT
577 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATT
* * * *
19475440 TCA-ATTGATACAAACTTATTT-CAATCAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAGACAACT
642 T-ATATTCATACAAACTTATTTGCAAT-AAAATAATACAAATCTAATAATATTAT-GAAAACT
* * * * * * * * *
19475500 AATTAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-TAATTTTAAATAGTTATGACTATTT
1 AATAACTAAAAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATAT
* * * ** * * *
19475564 GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTGTTCAT
65 GAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGCTCAT
** * ***
19475629 AAAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTGCCAATTAATAAGTAAAAGAT
130 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAG---AAGAT
* * * * *
19475694 TTTAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCTAATAGTTATAACTACTTGAATAATTATCTATT
192 TTTAAAAATAAATATATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACAACTTGAACAATTATCTATT
* * *
19475759 TCAAATGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTACTCAAAA
257 TCAAATATTATAACCATTTGTTTCGTCATAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTACTCAAAA
* ** *
19475824 TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAAACTA
322 TAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAACTA
* * *
19475889 TTTATTGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA
387 TTGATTGAACAA-CTCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA
19475943 TAGTTATGAT
Statistics
Matches: 936, Mismatches: 176, Indels: 91
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
703 65 0.07
704 249 0.27
705 115 0.12
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710 1 0.00
711 1 0.00
712 1 0.00
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725 2 0.00
726 23 0.02
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728 6 0.01
729 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (701 bp):
AATAACTAAAAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATG
AACAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGCTCATA
AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGAAGATTTTA
AAAATAAATATATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACAACTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATATTATAACCATTTGTTTCGTCATAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTACTCAAAATAAA
ATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAACTATTGA
TTGAACAACTCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAGTGTTACAACCTTTTG
TTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTGACTTGGAATAACATAAATCTAATTTATT
AATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAATATGTTTATCAATTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTATATTCAT
ACAAACTTATTTGCAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTATGAAAACT
Found at i:19475625 original size:346 final size:346
Alignment explanation
Indices: 19474247--19476669 Score: 1163
Period size: 358 Copynumber: 6.9 Consensus size: 346
19474237 CATTCAAAAA
* * * * *
19474247 ATTAATAAGCAAGA-AGTTTAAAGAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAATTATGAC
1 ATTAATAAGCAAGAGA-TTT-AA-AAATAAATATGTTTATCAAATTAAGTTTAAATAGTTATAAC
* * * * * * *
19474310 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTACAACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CATTTGTTTT
63 TCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-AAAATAATTT-TTTC
* * * * * * * *
19474374 AATTCATA-AAAGCCTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAG
126 AATTGATACAAA-CTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAACTAATAAG
* ** * * **
19474438 TTAAAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTATTGAAGCAGTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACA
188 TAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTA-TGACTGTTTGAACA
* * * *
19474502 ATTATCTATTTCAAATATTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAT-TTTTTTATCATAC
250 ATTATTTATTTCAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTTGT-TCATAA
* ** *
19474566 AAGCCT-ATTCTGAATAAAATAATGTTAATTTATTAATATTTCC
311 AAG-CTGATTC-G---GAAATAACATTAA--TATTAA-ATTTTC
** * * * * * *
19474609 AAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTCA-CAGAACT-AGTTCAAATAGTTATG
1 ---ATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCA-AATTAAGTTTAAATAGTTATA
* * * * * *
19474672 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
61 ACTCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-AAAATAATTTTTT
* * * ** * * * * *
19474737 -ATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATACAATAATA-TGAATCTAATAATATTATGAAAATTAATA
125 CA-ATTGATACAAACTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAACTAATA
* * * * *** * * * * *
19474800 ACTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATA
186 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACA
* ** * * * * *
19474865 ATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTTTGCTCATATAA
250 ATTATTTATTTCAAA-TGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATAAAA
* ** *
19474930 GTTTG-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT-
313 G-CTGATTC----GGAAATAACATTAA--TATTAA-ATTTTC
** * * * * *
19474970 AAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCAAATT-AGTTCAAATAGTTATAACA
1 ATTAA-TAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAAATTAAGTTTAAATAGTTATAACT
* * * * * *
19475033 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTTTCATAAAATAATTTTTTCTA
64 CTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-AAAATAATTTTTTCAA
* * * * * * * *
19475098 TTGATACTATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATCCTAAAAATTAACAAGTAA
128 TTGATACAAACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAACTAATAAGTAA
** * ** * * *
19475163 CGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAATACAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTAT
191 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATTGAACAATTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTAT
* * ** * * * * *
19475228 CTGTTTCAAAGTGTTACAACCTTTTG-TTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTGA
255 TTATTTCAAA-TGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATAAAAGCTGA
19475292 CTT-GG-AATAACA-TAA-ATCT-AA-TTT-
318 -TTCGGAAATAACATTAATAT-TAAATTTTC
* *
19475316 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAATATGTTTATC-AATTAAGTTTAAATAGTTATGACTC
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAAATTAAGTTTAAATAGTTATAACTC
19475380 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTTTTTCAAT
65 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-AAAATAATTTTTTCAAT
* * *
19475445 TGATACAAACTTATTTC-AATCAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAACTAATTAGTAA
129 TGATACAAACTTA-TTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAACTAATAAGTAA
* * ** * * *
19475509 AAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
191 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTAT
* * *
19475574 TTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTGTTCATAAAAGCTTAT
255 TTATTTCAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATAAAAGCTGAT
*
19475639 TCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTGCC
319 TCGG----AAATAACATTAA--TATT-AAATTTT--C
* * *
19475676 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAAGTTCT-AATAGTTATAAC
1 -ATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAAGTT-TAAATAGTTATAAC
* * * * * * * *
19475739 TAC-TTGAATAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAACAATTGTATCA
63 T-CTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCAAAAATAATTTTTTCA
* * ** * * * *
19475802 ATTCATATAGGCTTACTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATGAGTA
127 ATTGATACAAACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAACTAATAAGTA
* * * *
19475867 AGAGATTTAAAATATGAAA-CTATTTATTGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATT
190 AAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATT
* * *
19475931 ATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTT
253 ATTTATTTCAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCT
* * * * **
19475996 TATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATAAAA
316 GATTCG----GAAATAACATTAA--TATTAA-ATT-T--TC
* * * * * * * * **
19476037 ATTAATAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATATGTTTAGCAAA-TAAATTCAAATAGTCAT-GTTC
1 ATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAAGTTTAAATAGTTATAACTC
* * ** * * * **
19476100 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTG
65 -TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTC-AAAAATAATTTTTTCAA
* * * *
19476165 TTCATACAGAA-TTATTCAGAATAAAATAATA-TCAATTCATTAAGATTTTGAAAA-T--TAA-T
128 TTGATACA-AACTTATTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTAAAAACTAATAAGT
* * * * * * * * *
19476224 AAAA-CTATTAAAAACTAAATCTTTTTATCGAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTTTTTGAATAAT
189 AAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAAT
* * * * * * *
19476288 TATATATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTTTCATATAAGCC
252 TATTTATTTCAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATAAAAG-C
* * * *
19476352 T-ATTCAG-ATTAAGA-TAATACT-AA-TTT-
315 TGATTCGGAAATAACATTAATATTAAATTTTC
* * * * ** * * * *
19476378 AATAATAA--AA-A-A--T-AAAATGAGT-T-TTT-CCAAACCAA-TTCAAATAATTAAAACTAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAAGTTTAAATAGTTATAACTCT
* * * * * * * * *
19476432 TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCAACAAACAATTATTTCAGTT
66 TTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCAA-AAATAATTTTTTCAATT
* * * * * * * *
19476497 TATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA
130 GATACAAACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAACTAATAAGTAAAA
* ** * * * ** * *
19476562 GATTTTAAAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGCTCAAATAGATATGGCCATCTCAACAATT-TTT
193 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTT
* * * * *
19476623 ATTTCAAATTGTTATTGCT-TTTTATTTAGTCATATAAGAATTGTTTT
257 ATTTCAAA-TGTTA-TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
19476670 TTATCATACA
Statistics
Matches: 1620, Mismatches: 339, Indels: 232
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.00
330 117 0.07
331 67 0.04
332 1 0.00
333 13 0.01
334 9 0.01
335 1 0.00
337 1 0.00
338 1 0.00
339 1 0.00
341 6 0.00
344 1 0.00
345 20 0.01
346 230 0.14
347 20 0.01
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349 1 0.00
350 3 0.00
351 14 0.01
352 9 0.01
354 1 0.00
355 2 0.00
356 17 0.01
357 67 0.04
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359 164 0.10
360 134 0.08
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362 100 0.06
363 87 0.05
364 131 0.08
365 24 0.01
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (346 bp):
ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAAGTTTAAATAGTTATAACTCT
TTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCAAAAATAATTTTTTCAATTG
ATACAAACTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAACTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTT
CAAATGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATAAAAGCTGATTCGGAAA
TAACATTAATATTAAATTTTC
Found at i:19475980 original size:359 final size:350
Alignment explanation
Indices: 19475316--19478513 Score: 1135
Period size: 360 Copynumber: 9.1 Consensus size: 350
19475306 AATCTAATTT
* *
19475316 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAATATGTTTATCAATTAAGTT-TAAATAGTTATGACT-
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAA-TAAGTTCT-AATAGTTAT-ACTA
* * * * *
19475379 CTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTTTTTCAA
62 C-TTGAATAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAATAATTGTTTCAA
* * * *
19475444 TTGATACAAACTTATTTC-AATCAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAACTAATTAGTA
124 TTCATACAGACTTA-TTCAAAT-AAAATAATTC-AATTTATTAATATTTA-AAAACTAA-TAGT-
* * * * * * *
19475508 AAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
183 AAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
19475573 TTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTGTTCATAAAAGCTTA
247 TTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAAGCTTA
* ***
19475638 TTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTGCCA
312 TTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTATAAAA
*
19475677 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCTAATAGTTATAACTAC
1 ATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATC-AATAAGTTCTAATAGTTAT-ACTAC
* * *
19475742 TTGAATAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAACAATTGTATCAATTCA
63 TTGAATAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTCAATTCA
* * * *
19475807 TATAGGCTTACTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATGAGTAAGAGA
128 TACAGACTTATTC-AAATAAAATAATTC-AATTTATTAATATT-TAAAAACTAAT-AGTAA-AGA
* * *
19475872 TTTAAAATATGAAA-CTATTTATTGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTA
188 TTTAAAA-AT-AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
* *
19475936 TTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTT
251 TTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAAAAGCTTATTC
* * *
19476001 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATAAAA
315 GGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTATAAAA
* * * * * * * ** *
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* ** ** *
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* **
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*
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* * * * * *
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121 TATTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAATGAAATCTGTTTATCAAACCAAGTTCAAAT
* * * * * **
19476961 AGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCCTTTTGTCATAAAACA
184 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ** * * * * *
19477026 ATTTTTTCAATTCTTAGTAGCTTATTCAGAATAAAGTAAAATGAATTTATAAATATTTCAAAAAT
249 ATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAAT
* * * ** * *
19477091 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTGACCAA-TTCTAATAATTATGACTATT
313 TAAT-AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * *
19477155 TGAAC-ATTATC-A---C----C-TT-TG-------GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTC
374 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTC
* * * * ** * ***
19477202 ATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATGCTAATATATTAATATTACAAAAATTAATAA-T---AG
439 ATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAG
*
19477263 ATTTAAAAAATAAATCT-TT--T----T-A--TC
504 ATTTAAAAAATAAATATGTTCATCGAATAAGTTC
* * * * * * *
19477287 ----A---A-ACCT-GTTCAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTGTCAT-
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTTG-TTTGTCATA
* * * ** *
19477342 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAA-AGT-TGTATTAATATTTCA
64 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTC-GAAATAAAATAATTCTATTTATTAATA-TTCA
* * * * * ** *
19477404 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAATCAGTTTA-CTGAA-TTAGTTCAAATAATTATG
127 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATGAAATCTGTTTATC-AAACCAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * * *
19477466 GCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTGTTATCTTTTGTTTTCTCA-AAAACAATTGCTT
191 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
19477530 CTCAAT-ATAGAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTACTAATTTTTCAATAATTAATA-
256 CT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAG
* * * **
19477593 -AGAGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTA-CTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
319 TAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAA
* * * * * * * * * * *
19477656 TTCTCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTCTATTTACATAA
381 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTGTTCATAAAA
* * * * * * *
19477721 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAA
445 GCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
19477786 AAAATAAATCCAT-TTGC-T-GAACT-AGTTC
510 AAAATAAAT--ATGTT-CATCGAA-TAAGTTC
* * * *
19477814 AAATAGTTA-AACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAA
*** * * * ** * * *
19477877 AACAATTGCTTTTTCTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTA
65 AACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGAAATAAAATAATTCT-ATTTATTAATA-TTCA
* * * * * * * *
19477942 GAAAATTAATTAGTAAGAGATTTGAAAA-GTAAATCTATTT-GCTAAGCC-ATTTCAAATAGTTT
127 -AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATG-AAATCTGTTTATC-AAACCAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
19478004 TGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGG
189 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** ** * * * * * *
19478069 TCCTATTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATA
254 TTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-
* * * * * * ** * *
19478134 ACTAGGAAAATTAAAAAAATAAATATAATTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAC
317 AGTA--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAAC
* * * * * * *
19478199 GATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TATTCATA
379 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATA
* * * ** * ** *
19478263 CAAGCTTATTCTGATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
442 AAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * *
19478328 TAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAATTAGTTC
507 TAAAAAATAAATATGTTCATC-GAATAAGTTC
* * * * * * **
19478359 AAATGGTTA-AGATTATTAGAACAATTATCTATTTGAAAT-GTTTTGATATTTTGTTTAGTCATA
1 AAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT-GTCATA
* * * * * *
19478422 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCATATTC-ATAATAAATTAATGCTAATTTATTAACATTCA
64 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGA-AATAAAATAATTCT-ATTTATTAATATTC-
* * * * **
19478486 AAAAATTAATAA-CAAATAGATTTAAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAA-CAAGTTTGAATAGTT
126 AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTT--AAAAATGAAATCTGTTTATCAAACCAAGTTCAAATAGTT
* * * * * ** * * * *
19478548 ATTACTATTTTAACAATTGTTAATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGATTTCTCATAAAACATTTG
188 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * ** * * *
19478613 TTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TA
253 TTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA--AAAATTA
* * ** * * * *
19478676 ATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATC-AGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATTATAGCCATTTG
315 AT-AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTG
19478740 AACAATTATCTA
376 AACAATTATCTA
19478752 ATAATATTGC
Statistics
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AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGAAATAAAATAATTCTATTTATTAATATTCAAAAA
TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATGAAATCTGTTTATCAAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGCTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGGA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
GTTCATCGAATAAGTTC
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Alignment explanation
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19477067 TGAATTTATA
* ** *
19477077 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTGACCAATTCTAAT
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*
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* * * ** *
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* * * **
19477240 AATATTACAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACCTGTTC-AAC
1 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCTAAC
* * * * *
19477300 AATTAT-CTATTTTAA-ATTGTTATGACTTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTG-TTTTAGTTCA
66 AATTATACTATTTGAACA---TTATCAC-CTTTGGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTCA
*
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126 TAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAAAGCTATATATT
*
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19477437 AGTTTACTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCTAAC
AATTATACTATTTGAACATTATCACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATAAAA
GCTTATCTAAAATAAAATAAAGCTATATATT
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Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 7.8 Consensus size: 181
19477287 AAACCTGTTC
* ** * **
19477297 AACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCCTA-TTCA
** * * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* ** * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TCCT-ATTC
** * * * * * *
19477536 ATAGAAGCTTA-TTCAAAACAAAATAATACTAATTTACTAATTTTTCAATAA-T--TAA-TAAGA
63 ATACTAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
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128 GATTTAAAAAAT-AAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
* * ** * * * *
19477651 AACAATTCTCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTCTATT--
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TCCTATTCA
* * *
19477714 TACATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAG
64 TAC-T-AGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
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127 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
* ** * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCCTATTC---
* * ** *
19477895 ATA-TAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTAGAAAATTAATTAGTA
63 ATACT-AGCTTAT-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA-AAAATTAATAAGTA
* * * * ** *
19477957 AGAGATTTGAAAAGTAAATCTATTTGCTAAGCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
125 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
* * * * *
19478014 AATAATTATTTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGGTCCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTCCTATTCAT
** * * * * *
19478079 ACTATTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACTAGGAAA
65 ACTAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AG
* * *
19478143 ATTAAAAAAATAAATATAATTG-TCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
129 ATTTAAAAAATAAATCTATTTGCT-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
* * * * * **
19478196 AACGATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCCTATTCA
* * * *
19478261 TACAAGCTTA-TTCTG-ATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
64 TACTAGCTTATTTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * *
19478324 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGATTAT-TAG
128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-G
* * * * * * *
19478378 AACAATTATCTATTTGAAAT-GTTTTGA-TATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TCCTATTCA
* * * * * * * ** *
19478441 TACAAGCATA-TTC-ATAATAAATTAATGCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAACAAATA
64 TACTAGCTTATTTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * ** ** * *
19478504 GATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTGAATAGTTATTACTATTTT
128 GATTT-AAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
* * * * * * * * *
19478559 AACAATTGT-TAATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGATTTCTCATAAAACATTTGTTTCAATTAA
1 AACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TCCTATTCA
* ** * * * * *
19478623 TACAAGCTTAGAT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGA
64 TACTAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *
19478686 AACTTAAAAAATAAATC
128 GATTTAAAAAATAAATC
19478703 AGTTTATTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
175 18 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCCTATTCATA
CTAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
Found at i:19478547 original size:363 final size:356
Alignment explanation
Indices: 19477297--19478751 Score: 1156
Period size: 363 Copynumber: 4.0 Consensus size: 356
19477287 AAACCTGTTC
* *
19477297 AACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTC
1 AACAATTATCTATTTTAAA-TGTTAT-A-ATTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * * * * *
19477360 ATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAA-AGT--TGTATTAATATTTC-AAAAGTTAATAAGTAAGA
62 ATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAGA
* * ** * ** * * * *
19477421 GATTT-AAAAAA-AAATC-AGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTAT
125 GATTTAAAAAAATAAATCTA-TTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTA-AACTATATGAACAATTAT
* * * * * * * *
19477483 CTATTTCAAATTGTTGTTATC-TTTTGTTTTCTCA-AAAACAATTGCTTCTCAAT-ATAGAAGCT
188 -TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TTATTAATACAAGCT
* ** * * *
19477545 TATTCAAAACAAAATAATACTAATTTACTAATTTTTCAATAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
250 TATTC-GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* *
19477607 TAAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
314 T-AAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
19477651 AACAATTCTCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTGTTTTCTATTT
1 AACAATTATCTATTTTAAA-TGTTATAA-TTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTC
* * * * *
19477715 ACATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAG
62 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAG
* * *
19477780 ATTT-AAAAAATAAATCCATTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAACTATATGAACAATTATTTA
126 ATTTAAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTAAACTATATGAACAATTA-TTA
* * * * *
19477844 TTTCAAATTGTTATGACC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTTCTTAATATAAGTTTGT
190 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTTATTAATACAAGCTTAT
* * * * * *
19477907 TCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTGAAAAGT
253 TCG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
19477972 AAATCTATTTGCT-AAGCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
315 AAATTTATTTACTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
19478014 AATAATTATTTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGGTCCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTTAAAT-GTTATAA-TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* ** * * * * * *
19478079 ACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACTAGGAAAA
64 ACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGAT
* * * * * *
19478144 TTAAAAAAATAAATATAATTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTAT
128 TTAAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTAA-ACTATATGAACAATTAT-TAT
* * * * *
19478209 TCCAAATCATTATGACCTTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTC
191 TTCAAATCGTTATGACC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTAATACAAGCTTATTC
* *
19478274 TGATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
255 -GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * *
19478339 TTTATTTACTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAG
318 TTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
19478378 AACAATTATCTATTTGAAATGTTTTGATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA
1 AACAATTATCTATTTTAAATGTTATAAT-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * * *
19478443 CAAGCATATTCATAATAAATTAATGCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAACAAATAGATT
65 CAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATT
* ** * * * *
19478508 TAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTGAATAGTTATTACTATTTTAACAATTGTTAATT
129 TAAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTA-AACTATATGAACAATTATT-ATT
* * * * * * * *
19478573 TAAAATCGTTAT-AACTTTTTGATTTCTCATAAAACATTTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGATG
192 TCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTAATACAAGCTTA-TTC
* * * *
19478637 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAATAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAA-
255 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * *
19478701 TCAGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTG
319 TTA-TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTG
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1 AACAATTATCTA
19478752 ATAATATTGC
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Consensus pattern (356 bp):
AACAATTATCTATTTTAAATGTTATAATTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
AAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
AAAAAATAAATCTATTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTAAACTATATGAACAATTATTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTAATACAAGCTTATTCGATTAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
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19478819 ATTAAACTAG
* * *
19478829 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * ** * *
19478894 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAATAATACTCTTTTATTAACATTCA
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCACACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATGTAATAACATTCA
*
19478959 AAAAATTAATAAGCAAGAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATG
131 AAAAATTAATAAGCAAGAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTAAG
* * *
19479024 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATAA
196 ACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCCTTTATTTTACCATAAAACAATTATAA
19479089 AAAATTAATATGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCGT
261 AAAATTAATATGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCGT
* * *
19479138 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTT-TGTTATGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-TTA-GT
* * *
19479202 CATCAAACAATTATTTCTA-TTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
64 CATAAAACAATTATTTC-AGTTCACACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATGTAATAACA
* * *
19479266 TTCTAAAAATTAATAA-CTAAG-AGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCA-AACCAGTTCAAAT
127 TTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAAG-TTTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACAGAACAAGTTCAAAT
** * * * * * * *
19479328 AGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTACCGTAAAACA
189 AGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCCTTTATTTTACCATAAAACA
19479393 ATT
254 ATT
19479396 TTTCAGTTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (309 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAACAATTATTTCAGTTCACACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATGTAATAACATTCA
AAAAATTAATAAGCAAGAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTAAG
ACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCCTTTATTTTACCATAAAACAATTATAA
AAAATTAATATGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCGT
Found at i:19480009 original size:556 final size:557
Alignment explanation
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Period size: 556 Copynumber: 1.8 Consensus size: 557
19479079 ACAATTATAA
* * *
19479089 AAAATTAATATGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCGTTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAAAAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCGTTTCAAATAGTTATAAC
* *
19479154 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTTGTTATGTCATCAAACAATTATTTC
66 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTATTTGTTATGTCATCAAACAATTATTTC
19479219 TATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT
131 TA-TCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT
* * * * * *
19479284 AAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAAT
195 AAGAGATATTAAAAAACAAATCTGATTGCCAAACCAGTGCAAATAGTTAAGATTATATGAACAAT
* * * * * *
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260 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTACCGAAAAACAATTTTTCAGTTCTTAGCAACA
19479414 TATTCAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAGATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
325 TATTCAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAGATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
* * *
19479479 A-TAATTTTATTT-GCCAAGCTAGTTCAAATAATTAT-ATCTATTTGAAAAATTATTTATTTCAG
390 ATTAA-TTTATTTAGACAAG-AAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAAAAATTATCTATTTCAG
19479541 ATCGTTATAACATAAAACAAATGTTTTTGTTCATTCATAAAATAAATATTTGCTTTTTCATATAA
452 ATCGTTATAACATAAAACAAATGTTTTTGTTCATTCATAAAATAAATATTTGCTTTTTCATATAA
19479606 GTTTGTTTAAAATAAAACAAGATTAATTTATTAATATTTTG
517 GTTTGTTTAAAATAAAACAAGATTAATTTATTAATATTTTG
* * *
19479647 AAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTA-TTACTAAACCAG-TTCAATTAGTTATA
1 AAAATTAAAAAGTAAAAGATTGAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACC-GTTTCAAATAGTTATA
* * * * *
19479710 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-ATTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTT
64 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTATTTGTTATGTCATCAAACAATTATT
* * * * ** *
19479773 TCTA-CGCATATGGTCTTATTCAGAATAAAATAATGTTAATGT-ATGAATATTCTAAAAGTTAAT
129 TCTATCACACA-AGT-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAAT-AATATTCTAAAAATTAAT
* * ** * * * *
19479836 AAGTAACG-GA-ATTAAAAAACAAATCT-ATTGGCTGACCAGTGCATATAGTTATGATTGTTTGA
191 AACTAA-GAGATATTAAAAAACAAATCTGATTGCCAAACCAGTGCAAATAGTTAAGATTATATGA
* * *
19479898 ACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAC-AAAAATAATTGTTTCTA-TT-
255 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTA-C-CGAAAAACAATT-TTTC-AGTTC
* * * * * *
19479960 TGTA-CAAGCATATT-TGAA-ATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
316 T-TAGCAA-CATATTCAGAATAAAATA-AAAT-AAATTTATTAAGATTTCAAAAATTAATAACTA
* * * * *
19480022 AGAGTTTTAAAAAATTAATTTATTTATAGAAGAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
377 AGAGATTTAAAAAATTAATTTATTTAGACAAGAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTA
19480087 TCTATTTCA
442 TCTATTTCA
19480096 AATTGCTATC
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 57, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (557 bp):
AAAATTAAAAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCGTTTCAAATAGTTATAAC
TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTATTTGTTATGTCATCAAACAATTATTTC
TATCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTA
AGAGATATTAAAAAACAAATCTGATTGCCAAACCAGTGCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATT
ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTACCGAAAAACAATTTTTCAGTTCTTAGCAACAT
ATTCAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAGATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
TTAATTTATTTAGACAAGAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAGATCG
TTATAACATAAAACAAATGTTTTTGTTCATTCATAAAATAAATATTTGCTTTTTCATATAAGTTT
GTTTAAAATAAAACAAGATTAATTTATTAATATTTTG
Found at i:19480289 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 19480008--19480296 Score: 404
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
19479998 TAATATTTCA
* * *
19480008 AAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAATTAATTTATTTATAGAAGAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACAGAAGAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
19480073 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTGTCATAAAACAAATTTTTTC
66 TATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTATCATAAAACAAATTTTTT-
19480138 TATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
130 TATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
** *
19480162 AAAATTAATAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCTAATAAGTTCAAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGTAAGAAT-TTTAAAAAATAAAT-TTATTTACAGAAGAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
19480225 ACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT-TTTATCATAAAACAATTTTT
64 ACTATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTT-TATTTATCATAAAACAAATTTT
19480289 TTTATTCA
128 TTTATTCA
19480297 CACAGACTTA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 13, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (153 bp):
AAAATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACAGAAGAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTATCATAAAACAAATTTTTTT
ATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
Found at i:19481011 original size:180 final size:180
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Indices: 19480162--19481068 Score: 723
Period size: 180 Copynumber: 5.0 Consensus size: 180
19480152 TATTTCAAAT
* * * * *
19480162 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
19480227 TATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTT
65 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * ***
19480292 ATTCACAC-AGACTTATTTAGATTAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTG
130 ATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
** * * * *
19480343 CCAATTAATAAGCAAAAGATTT-TAAAATAAATTTGTTTA-TCAAGCAAGTTCAAATAGTCATAA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * **
19480406 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTATGAAACAATTGCATC
64 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
19480471 -AGTTTATATAGGCTTATTCTAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTA
129 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* ** * * * ** *
19480523 AAATTTAACGAGTAAGAGATTTCAAAAAATGAATCTACTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATAA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * *
19480588 TTATTTGAACAATT-TTATATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTATTTTGTCACAAAGCAATTGTT
64 CTATTTGAATAATTATT-TATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
** * *
19480651 TCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAAT--TAAATTTGTCAATATTCCA
127 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
* * * * * *
19480704 AAAATTAATAAGTCAAA-A--TAAAAAATAAATCTATTT-TTGAACCTA-TTCAAATAATTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AA-CAAGTTCAAAT-AGT-T-A
* * * * *
19480764 CTATTCATCTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATATTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
61 -TA---A-CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
*
19480829 ATTGTTTCTATTCCTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
121 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * *
19480889 AAAATTAATAAGTGAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGGTT-AAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AACAA-GTTCAAATAGTTATAA
* *
19480953 -TATTTGAATAATTATTTTTTTCAAATAGTTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
64 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAC-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
19481016 CTATTCAAACAAGTTTTTTCTGAAATAAAATTATACAAAATTTAATTAATATT
128 CTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATAC-TAATTT-ATTAATATT
19481069 GTTTAATGGC
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 116, Indels: 68
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 10 0.02
177 19 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
Found at i:19481871 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19481335--19483283 Score: 1174
Period size: 182 Copynumber: 10.9 Consensus size: 179
19481325 GAATTAATGA
* ** * *
19481335 AAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAATTTATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** *
19481396 CTGTTTATCT-AACT-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTG
65 CTATTTA-CTGAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * * ** * *
19481459 TGAA-C-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCAT-TTC
128 T-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTG
* * * * * *
19481509 AGATTAAAATAATATTGATTTAAT-AATATTC------T-A-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAT-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
19481565 TAC-ATTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
64 T-CTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT
* * * * * * * *
19481628 TTAAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTTATATAAGTTTATTT
127 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTG
* * * * *
19481681 AGAATAAAATATTACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTAGTAACCAAAAAATTTAAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAAAA-TTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAA
* **
19481746 ATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
63 ATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * * * *
19481811 AAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTACTTG
128 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTG
* * * * *
19481864 AAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAACTAAAG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
19481929 CTATTT-TTTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTT-AAATCGTTA
65 CTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAATCATTA
* * * ** * *
19481991 TGA--TAATTGTTTTGTCATAAAGTAATT-TTT-TTTATCATATAAGCTGATTCG
128 TAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATT-G
* * *
19482042 -GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAA
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * * * * *
19482105 ATGTGTTTACTAAATTAGTTTGAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAACTCATTG
63 ATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * *
19482170 TAACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
128 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTG
* * * * *
19482223 GAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * *
19482288 TCTGTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
64 TCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * * * ** *
19482353 GATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTG
129 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTG
* * * * * * * * *
19482405 GATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AGAATTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * * *
19482469 ATGTTT-GTCAA-ACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATAATT-
65 CTATTTACTGAATA--AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
** *
19482531 TTGCTCTTTCT-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
128 TAAC-CTTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTG
* * * * *
19482585 GAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATTAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAAA-TTTAAAAAATAAA
* * ** * ***
19482650 TCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAAATATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTA
64 TCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * * * * * *
19482714 TGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAACTTATTCA
128 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT-G
* * * * ** *
19482767 AAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAGCTAAAG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * ** *
19482832 CTATTTTTTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATCAATCT-CCATGATTAT
65 CTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * *
19482895 AATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC---TGATTC--G------G
129 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTG
* * * * ** * *
19482934 ATA-AAAATAATACTAATGTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTA-AATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * * *
19482998 GTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTA
65 CTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* * * * *
19483063 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTGTTTG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTG
* * * * * * *
19483114 GAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATATGTAAGAGATTTGAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
19483179 TCGATTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
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* * *
19483244 GAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
129 -AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATA
19483284 AAAATGACTC
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TATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTG
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19481325 GAATTAATGA
** *
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1 AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAG
* * * * * * *
19481396 CTGTTTATCTAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTGTG
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* * * *
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130 AACATTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATTTCAGATAAAAATAATACTA
* *
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* *
19481591 TTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT
260 TTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAAACTTTTATTTAGTCATAAAATAAT
* * * * * *
19481656 TATTTTAGTTTATATAAGTTTATTTAGAATAAAATATTACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTA
325 TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTA
* *
19481721 GTAACCAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTG
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* ** *
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455 AACAATTATCTATCTAAAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
*
19481851 AAAAACTTACTTG
520 AAAAACATACTTG
*
19481864 AAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAACTAAAG
1 AAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAG
* *
19481929 CTATTT-TTTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTTAAATCGTTATG
65 CTATTTATCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATG
* * * *
19481993 ATA-ATTGTTTTGTCATA-AAGTAATT-TTT-TTTATCATATAAGC-TGATTCGGATAAAAATAA
130 A-ACATTATTTTGTCATAGAA-CAATTGTTTCTTT-TCATACAAGCAT--TTCAGATAAAAATAA
***
19482053 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAA
190 TACTAATTTAATAATA-TTC------T-A-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTACTAA
** * ** * *
19482118 ATTAGTTTGAATAGTTAAGG-CTATTAGAATAATTATCTATTTCAACTCATTGTAACCTTTTATT
246 ACCAATTCAAATAGTT-AGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAAACTTTTATT
* * *
19482182 TAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTA
310 TAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
19482247 ACTTTTGAAAAA-TTCA-TAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAGGTTCAA
375 AC-TTTCAAAAAGTT-AGTAACCAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAA
* * * * ** * *
19482310 ATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAA
438 ATAGATAAGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTAATAAAA
** * * *
19482375 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTG
503 CAATTGTTTCAGTTCATAAAAACATACTTG
* * * * * * * * *
19482405 GATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AGAATTAAAT
1 AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAG
* * * * * *
19482469 ATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTAT
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19482504 AAGAATAATT
Statistics
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Consensus pattern (532 bp):
AAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
TATTTATCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGA
ACATTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATTTCAGATAAAAATAATACTAA
TTTAATAATATTCTAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTACTAAACCAATTCAAATAGT
TAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAAACTTTTATTTAGTCATAAAATAATT
ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTAG
TAACCAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTGA
ACAATTATCTATCTAAAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
AAAACATACTTG
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19481328 TTAATGAAAA
* * ** *
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1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATG
* * ** ** * * **
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* * * ** * * *
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128 CCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GGAATAAAATAATAC
* * * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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255 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATCTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTG
* * * ** *
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* * * * ** * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATA
* * ** * * ** * * ** **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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255 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGT
** *
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* * *
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** ** * * *
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* *
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130 TTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * **
19482240 TTTATTAACTTTTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAGG
195 TTTATTAACTTTTAAAAAATT-ATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAACA-G
** * * *
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257 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* *
19482370 TAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTGGAT
322 TAAAACAATT-TTT-TTTTCATAAAAGC-TATTCGGAT
* * * *
19482408 TAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAATTAAATATGT
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGT
* **
19482473 TT-GTCAAACCAGTTCAAATAGTT-AGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATAATT-TTGC
66 TTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGG-CTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATAATTGTAAC
*
19482535 TCTTTCT-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
129 -CTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* * * *
19482599 TAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATTAAATCTATTTATTGAAC
192 TAATTTATTAACTTTTAAAAAATT-ATAAGCAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
** * * * *
19482664 AAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATGA-CTTTTTGTTTT
255 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTAAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTT
* * * ** *
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* * * * *
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TTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATAATTGTAACCT
TTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAACTTTTAAAAAATTATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTTTTTTTTCATAAAAGCTATTCGGAT
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* * *
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*
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * **
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1 AATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAAAGGAGCTTTTG
** ** *
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*
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AATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAAAGGAGCTTTTG
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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*
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* * ** *
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1 AATTTAAAGTTCGTTGCCTTTGATT-AAATGAGCTTTTGGATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTGA
*
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65 AAGGAGCTTTTTG
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1 AATTTAA
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AGGAGCTTTTTG
Found at i:19493175 original size:3 final size:3
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* *
19493169 TTA TTA TTA TTA -TA TAA TT- TTA TTCT TTA TTA TTA TTA TTA TTA
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1 TTA TTA TT
19493221 TAAAACAAAA
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TTA
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* * *
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1 AATTTTATTCTTTATTATTATTATTAT
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AATTTTATTCTTTATTATTATTATTATAT
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Statistics
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*
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* *
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* *
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* *
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**
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*
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* * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* ** * ** *
19545416 CCTGACGAGTGCAAATAAG-TATGACTGCTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
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* *** * * *
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** ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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124 AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** *
19546003 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATTAAA-
1 TTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAAT
* * *
19546067 AATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C
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* * * * * *
19546131 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCA
124 -AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * ** * ** *
19546183 TTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAT
* * *
19546248 AATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATGGAAA
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * *
19546425 AATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAAC
64 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAA-
* * * * * * *
19546490 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTGTTTATTTCAAATTG
127 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
19546537 TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAC-AGCCTTATTCAAAACAAA
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* *
19546600 ATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAA-AAA-ATGTTTA
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* * * *
19546660 TCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAACTATCTATTT-AAAGTCA
122 TCAAAC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCG
* * * * * * * *
19546713 TTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAATTCAAAAAAACTTATCCGAAATCAAAT
1 TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT
* * * * ** *
19546778 AATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAGGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTC
64 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA--A--TAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATC
* * * * *
19546843 ACACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATAG
124 A-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCG
* * * * * *
19546894 TTATGATCC-TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTTTTTAGATAAAAAT
1 TTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAAT
* * ** * *
19546958 AATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAA-AAATATGTTTGTCGAAC
64 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATCAAAC
* * * *
19547022 AGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCG
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * *
19547068 TTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTG-CTCCAGTTTATACAAGCTTAATCGAAATAAAA
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** *
19547132 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTA
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* * *
19547197 -CTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
122 TC-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
19547250 TTATGACCTTTTTATTTTGTTATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAA
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* * * * * * *
19547314 ATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATCA-ATTTACCAA
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* * * * * * *
19547378 AATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTACCTATTTCAAATCG
125 AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * *
19547427 TTATTG-CTTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAATCTTTTTTGAAATAAA
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* * ** * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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63 TAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTA-TCAA
** * * * * * *
19547732 TTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTG
126 ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
19547780 TTATGACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTTCAACTCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAAG
1 TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAA-
* * * * * *
19547844 TAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTACTGA
63 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTA-TCA
* * * * * *
19547908 AATAGTTCAAATACG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCG
125 AACAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
19547957 TTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAA-AGATTGTTTCTCA-ACATTCAAGCTTATTCGAAATAAA
1 TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAA
* * * * * *
19548020 ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAA
62 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAA
* * * *
19548085 ACAAGTTCAAATAGTTTTGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
126 AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * **
19548134 TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCCTACGGGCTT-TCTCGAAATAAAA
1 TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TC-AAATAAAA
* * * * * *
19548198 TAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTG
63 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTT-AAAAATAAATATGTTTA
* * * * ** * * *
19548263 CCAAACTAGTTCAAACAATTAAGACTACATGTACAATTATTTATTTCAAATTG
122 TCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* ** * *
19548316 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGTAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAGA
1 TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAA
* * * ** * * *
19548379 ATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTA-CT
62 ATAATACTAATTTATTAATAT-TTTAAAAATTAATAAGAGATTTA-AAAATAAATATGTTTATC-
* * *
19548442 AAACCAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAGCAATTATCAATTTCAAATCA
124 AAA-CAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
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1 TTAT
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Consensus pattern (173 bp):
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TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
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* * * * * * * *
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* ** * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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192 GTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** * *
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**
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315 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* *** * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
** * *
19545534 AATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACT
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* * * * * * *
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* ** *
19545664 TTTGTTATAAAATAA-T-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATAC-AATTTTTT
189 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTAT
* * * * *
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* *
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* * * *
19545823 TTATGACCTTTTATTTTGTCA-AAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTT-GAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* * * *
19545886 ATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTAT
64 ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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188 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** *
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* * * * **
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* * * * ** * **
19546183 TTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* ** * **
19546248 AATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATGGAAA
66 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTA-CCAAA
* * * * ** * * *
19546313 C-AGTTCAAACAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTT-AAATAATTATGATCTTTATTTT
128 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGCTTTTTGTTTT
* * * * *
19546376 ATCATAAAATAGTTTGTTTCTT-TTTATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTAAT
192 GTCATAAAATA-ATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
19546439 AATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTT
254 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTT
* * * * *
19546504 AAGACTATTAGAGCAATTGTTTATTTCAAATTG
319 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * * *
19546537 TTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAC-AGCCTTATTCAAAACAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAA
* *
19546600 ATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTAAAAA-AAA--TGTTTA
64 ATAATA-CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * ** * *
19546660 TCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAACTATCTATTT-AAAGTCATTACGACCTT
123 CCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATG-CTTT
* * ** * * * * * *
19546723 TTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAATTCAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTT
185 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * ** * * *
19546788 CACTAATATTTTGAAAATTAGTAGGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCACACCAATTC
250 TATTAATATTTCAAAAATTA--A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAGTTC
* * *
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311 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTG
* * ** * *
19546894 TTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTTTTTAG-ATAAAA
1 TTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAA
* * * ** *
19546956 ATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAA-AAATATGTTTGTCGA
64 ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * * * * * * *
19547020 AC-AGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTGGTTT
127 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-CTTTTTGTTT
* * * ** * *
19547084 AGTCATATAATAATTG-CTCCAGTTTATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
191 TGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
19547148 ATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAA
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*
19547212 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
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* * * * * * *
19547250 TTATGACCTTTTTATTTTGTTATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAA
* * * * ***
19547314 ATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATCAATTTACCAAA
64 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
* * * * * * * *
19547379 -ATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTATTT
128 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TGCTTTTTGTTT
* * * * * * *
19547443 TGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAATCTTTTTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTA
191 TGTCATAAAATAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * *
19547507 ATATTTCACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTTAAATAGTTA
255 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA
*
19547572 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
320 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * *
19547604 TTATAACCTATTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTTATA-AAGACTTATTTAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAA
* * *
19547668 TAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCCAAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
* * * * * * * * *
19547733 TAGTTCAAGTAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTA
129 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-CTTTTTGTTTTG
* * ** * * * * * *
19547798 TTATAAAATAATTATTTCAACTCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAAGTAATATTACTTTATTAAT
193 TCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAAT
* * * *
19547862 ATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTACTGAAA-TAGTTCAAATACG-T
257 ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTGC-CAAACTAGTTCAAATA-GTT
* * * * * *
19547924 ATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCG
319 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * *** * *
19547957 TTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAA-AGATTGTTTCTCAACATTCAAGCTTA-TTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* * * *
19548020 ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAA
64 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACCAA
* * * * * *
19548085 ACAAGTTCAAATAGTTTTGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTC
127 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-GCTTTTTGTTT
* * * * * * ** *
19548150 TATCATAAAACAATTATTTCTGTTCCTACGGGCTT-TCTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTA
191 TGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
19548214 GTA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAA
255 ATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAGTTCAAA
* * * ** * *
19548278 CAATTAAGACTACATGTACAATTATTTATTTCAAATTG
314 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
** * * * *
19548316 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGTAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCTTA-TTCGAAATAGA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* * * ** * * *
19548379 ATAAAACTAATTTATTAATTGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTAA
64 ATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGAGATTTA-AAAATAAATTTGTTTACCAA
* * *
19548444 ACCAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAGCAATTATCAATTTCAAAT
127 ACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
19548491 CATTATTACT
Statistics
Matches: 2389, Mismatches: 505, Indels: 255
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 3 0.00
351 4 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGCTTTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
Found at i:19547961 original size:530 final size:528
Alignment explanation
Indices: 19545301--19548427 Score: 1972
Period size: 530 Copynumber: 5.9 Consensus size: 528
19545291 TGACTATTTG
* * * * * * **
19545301 TTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCT-ATTCATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTT
1 TTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTCAAT-ATACAAG-CTTTTTTGAAATAAAATAAAACTAATTT
* * * * * * ** *
19545364 ATTAACA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAACGGATTTAAAAAATTAATTTGTTAGCCTGACGAGTGC
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** * * ***
19545428 AAATAAG-TATGACTGCTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCA
123 AAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTATCATA
* * * ** * * * ** *
19545492 AAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCT-AAAATAAGATAATTTTAATTTATTAATATTCC
186 AAATAATTATTTCTGTTTATA-AAGCTTATATCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-C
* * ** * *
19545556 A-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
249 ATAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
* * * * * * * *
19545620 ATTGT-TCGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TT
310 ACTATAT-GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATT
* * * *** * * * * * * *
19545683 TTA-TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAATTTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGA
374 TCAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
* * *** * * * * * * *
19545747 GTAAAAATTAAAAAAAAAGT---TTTTTGAACACA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGATCAAT
439 G--AGATTTAAAAAAAAA-TCAATTTACCAAAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTAAACAAC
* * *
19545807 TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
500 TACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTA
* * * * * *
19545836 TTTTGTC-AAAAACCAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTT
1 TTTTGTCTTAAAA-CAATTGTTTCTCAAT-ATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAAAACTAATTT
* * * * * * ** * * *
19545899 ATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAACTTCAA
64 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAC-AGTTCAA
* * * * * * * * *
19545964 ATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
125 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * * *
19546029 TAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAT-TGGGAATTAAA-AATACTAATTTATTAATATTC-TAG
189 TAATTATTTCTGTTTATA-AAGCTTATATCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATA-
** * * * *
19546091 AAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCC
252 AAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * ** * * * * * *
19546156 ATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
313 ATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTC-A
* ** ** * * * * *
19546221 -TTTGTGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAA
377 GCTCAT--AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAA
* * *** * * *** *
19546282 GAGATTTAAAAACTAAAT-ATGTTTATGGAAACAGTTCAAA-CAGTTATGATTATTTAAACAATT
439 GAGATTTAAAAA-AAAATCA-ATTTACCAAAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTAAACAACT
** ** * *
19546345 ATTTATCTT-AAATAATTATGATC-TTTA
501 ACCTAT-TTCAAATCGTTATTACCTTTTA
* * * * *** * * * *
19546372 TTTTATCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGC-TTATTCAAATTAAAATAATATTAATTT
1 TTTTGTCTTAAAACA-ATTGTTTCTCAATATACAAGCTTTTTTGAAA-TAAAATAAAACTAATTT
* * * * * * *
19546436 AATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATA
64 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAA-CAGTTCAAATA
* * ** * * * *
19546501 GTTAAGACTATTAGAGCAATTGTTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATA
128 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTGT-TTTA-TCATAAAATA
* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* *
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*
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* *
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* *
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** *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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** ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* *** ** *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * *
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1 AAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACATTTTGTTT
* * * *
19553094 TGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * * * *
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127 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAA-TCTG--TTTATCAAAT
* * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * *
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66 TCATAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
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129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
** * * * * * ** * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAA-CAAT-T-ATCTATT-TCAAAT-C-ATTATGACATTT
** * * ** * * ** * * * * * *
19553448 T-TTCAGT-TTATACACGCTT-ATTCGGAATAAATA-ATGCTAATTT-ATTAACATTCCAAAAAT
59 TGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTC--TATTCATACAAGCTTATTTGAATAA-AAT---AATAC
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19553508 TAA-TAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAATAAGTTCAAAAAGT-TATGACTA
117 TAATTTA-TTA-ATATTTTAAAA-ATTAATAAG--TA-AGAA-AA-TT-AAAAAATAAAT--CTG
*
19553571 TTTGAACAATTAT
171 TTT-ATCAA--AT
* * ** * ** ** * * **
19553584 CAATTTAAAATCA-TTATGACCT-TTTG---TTTTGTC-A-TAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
1 -AAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTAT-G-ACAT-TT
* * * * ** * **
19553642 AGCTTAT-CCA-AAAGA-AAATAATACTACTT--TATTA--TTATTTCGAAAGTTAATAACTAAG
59 TG-TTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-G-AA--TAA-AA-T-A-
* * *** * * * * *** * * *
19553700 AGATTCAAAAAATAAATCAGTTGACTAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATT--TAAACAACTC
113 ATACT-AATTTATTAAT-A-TT--TTAAA-AA-TT--AATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATC
*
19553763 T-TTATTTCAAATT
169 TGTT-TATCAAA-T
*** * * ** * * * *
19553776 ATTA-TTACCTTTTGTT-TGTC-A-TAAAACAATTGT-T-TTT-AAA--A-AAT-A-A--ATCTT
1 A--AGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
** * * * * * *
19553827 TT-T-ACCAAACCA--G-TTCAAAT-AGTTATAA-C-TATTTG-A-ACAATTAT-CT-ATTTCA-
63 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA--TACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTT-AT
* * * * * ***** ** * *
19553879 TATTGTTATAACATTTTATTCTATAA-TAA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
125 TAATATTTTAA-A---AATT-AATAAGTAAGAA-AATT-AAAAAATAAAT-C-TGTTTA-TC-AA
19553942 AT
179 AT
** * * ** ** *
19553944 AAAAT-AATACTAATT-TAGTAATATTATGAA-AATTAATAACTA--AGAAAT--TTAAAAAATA
1 AAGTTCAA-A-TAGTTAT-G-ACTATT-TGAACAATT-AT--CTATTTCAAATCATTATGACAT-
** * ** ***
19554002 AATATTTTG-C-TGAACCAATTCAACAGTTAAAATT-ATATCAA-CAATTATTT-AACTCAAATT
57 TTTGTTTTGTCAT-AA--AA--CAATTGTTTCTATTCATA-CAAGC--TTATTTGAA-T-AAA--
* * * * * * * * * *
19554062 GTTATGACCT--TTTGTT-TTGTCATAAAATAATTATTTTAGCTTGTAGAAATTTATTCGGAATA
110 ATAAT-A-CTAATTTATTAATAT-TTTAAA-AATTA-ATAAG--T-AAGAAA---ATT---AA-A
* ** * * *
19554124 GAGCAAAACTAATTTAT-TAAT
160 AAATAAATCT-GTTTATCAAAT
* * * * ** ** *
19554145 -ATTTCAAAAATTTATAAAAGATTTAGAA-AAGAATTCTATTTACAGAACCAGTTCAAAT-A-AT
1 AAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTT-GAACAATTA-TCTATTT-CA-AATCA-TT---ATGACAT
** * ** * * * ** * *
19554206 TATAACTATT-T-A-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTAATAAAACA
57 T-T-TGTTTTGTCATAA-AACAAT-TGTTTCTATTCA-TACAAGC--TTA-TTTG-AATAAAATA
* * ** * * * * * *
19554268 AT-CT--TTT-TT--T-TGTT-AATA-TAAGTTTGTTCAAAATAAACTAATACTAATTTATTAAT
113 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-TAAG-T-AAGA-AAATTAA-A--AAATAAAT-CT
* *
19554324 ATTTATTAAAT
170 GTTTATCAAAT
* * * * * ** * *
19554335 TAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * *
19554400 TTATAAAACAATAGTTTCTATTCCTACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACCAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
19554465 TTTCAACAATTAATAACTAA-AAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCGAACT
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAA-TTAAAAAATAAATCTGT-TTATC-AAAT
* * * * * *
19554517 -AGGTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * ** ** * ** * * *
19554581 TAATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
19554646 TTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAAC-GAT
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * * *
19554696 CAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
1 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * *
19554761 GTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA
65 GTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
19554826 TA--TTAAGACAATTAATAAGTAA-AAGATCT----AATAAATC----TACCCGACC
128 TATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAAAAT-TAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAAT
* ** * * *
19554872 AAGTTTAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGA-TATGATC-TTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA-CATTTTGTTT
* * *
19554935 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
19554999 TATTTCAACAAGTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
128 TATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * *
19555052 AAGTTTAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * *
19555116 GTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
19555180 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTA-CCAAT
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * *
19555232 CATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAACATTATGACCTTTTGTTTT
1 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * *
19555297 GTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * *
19555361 TATTCTAAAAATTAATAAATAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAAC
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* * * ** * * * *
19555413 ACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTGACGACCTTTAGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
** * * *
19555478 TCATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * **
19555542 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAGC
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* * * ** * * * *
19555593 GAGTTCGAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATC-TTTAGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTT
* ** *
19555657 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * * *
19555722 ATTCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CTGAAC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* * ** *
19555773 AAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
** ** * * *
19555838 TCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * **
19555903 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACC
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* * * * *
19555951 AA-TTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATA-TTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
19556014 TAATAAAACAAATGCTTCTGTTCATACAAACTTATTAT-AAGTAAAATATTGCTAAATTAATAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** ** * * * * **
19556078 ACTCCAAAAATTAATAAG--AG--CTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAAT
* * * * * *
19556127 AA-TTAAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTT-T
* * **
19556191 -TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * *
19556254 TATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAAC
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATT-AA-AAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* ** * *
19556309 AAGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACATTTTGTTT
* * * *
19556372 TGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
19556436 ATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGATTTAAAACTAAAGT-TATTT-TCTGAACT
127 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAA-TCTGTTTATC--AAAT
* * *
19556490 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * *
19556552 CTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTGAATAAAAATAATATTAATTTAATAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * ** *
19556616 TATTCCAAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACT
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* * ** * * * * *
19556666 -AGTTCAAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTAAT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT--T
* * * * **** * * * * ** *** * *
19556730 AT-TTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTA-AAAAG-TAAAATTGTTTACCAAACCCTTTCAAAT
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* * * * * *** *** **
19556792 AGTT-TTGACTATTTGAATAATT-ATCTATTCCAA-TTCATTATAACCTTTTAT-T-TTGTCATC
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*
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177 AAAT
* * * *
19556856 AATTGGTTC---TA-TTCAT-ACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTT
1 AA---GTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGA---ACAAT----T-AT-CT-ATTTCA-AATCATTA
****** ** *** * * * *
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* * ** * * ** ** ** *** * *
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* * * *
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164 AAATCTGTTTATCAAAT
* * ** * * * * * * *
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1 AAG----TTC-AAAT--AGTTATGACT-ATTTGAACAAT-TATC--TATTTCAAATCATTATGAC
*** *** * * * * * * * * ** *
19557114 ATTTAAAAATAAATC-TATTACCGAATTGGTTCAAATAAT-TATGAC-TATTTGAGCAATTATCA
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* * ** * ***** * * ** ** ** * *
19557176 AT-CCAAATCGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAA--AACAATTGTTTCTGATCATAAAGCTTATT
113 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT-TAATAAGTAAGAA--AATT-AAAAAATAAATC-TGTT
*
19557238 TAGTTAAAAAT
173 TA--T-CAAAT
* * * * * * ** * ** * **
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1 AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCA-TTATGACAT-TTTGT
* * * * * *
19557307 GTTTGTC---GAAC-A--GTTTCAAAT-AGTTA-AAAC-TATTAGAAT--AATTATA-T-ATTTA
62 -TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA--TACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** ** * * *** *
19557359 --AATCATTCTACACTTTGTTTAGTTAAGAAAATATTTGTTTCATATCTTACAATCT-TAT-TCG
124 TTAAT-ATTTTAAAAATTAATAAG-TAAG-AAA-A-----TT-AAAAAATA-AATCTGTTTATC-
19557420 AAAT
177 AAAT
* * * * **** ** * **
19557424 AAAATATCCAAAT--TTATTAAC-ATTTGAAAAATTA-ATAAGAAAAAGT--TTGAAAAAATAAA
1 -AAGT-T-CAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATT-ATGACAT-TT
* * * * ** *
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* ** ** * * * * *
19557543 ATTA-TGAACCTTT-TGTTTTGATATACAAACAATTATTTTAGTTTATGAAAGCTTATCCAAAAT
112 AATACT-AA--TTTAT-TAAT-AT-TTTAAA-AATTA-ATAAG--TAAGAAA-ATTA--AAAAAT
** *
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164 -AAA-TCT-GT-TTATC-AAAT
** * * * * * * * * **
19557627 ATTTTCAAA-AATTAATAAGCATAGTTAAAAAATAAT-TAGTTTACCCAAA-CA-AAT-TCAAAT
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* ** * ** * * * * * *
19557687 AGTTATACTTATTTGAACAATTGTTTAT-TTAAAATCATGATGACCTTTCGTTTTGTATAAAACA
59 TGTT-TTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CA--A-G--C-TT--ATTTGAATAAAATA
** * * * * * * ** **
19557751 ATTGTTTCAATTCA-TAAAAGCTTATTCAAAA-TAA-AA-TAATACTATTTACTAAATATTTCAA
113 A-T-ACT-AATTTATTAATA--TT-TTAAAAATTAATAAGTAAGA-AAATTAAAAAATAAATC--
** * *
19557812 AAATTAAT-AAGT
169 -TGTTTATCAAAT
* ** * * * * * * *
19557824 AAGCGATTTAAA-AAATA-AATTGGTTT-ACCAA--ATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCA
1 AA--G-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-G--A---C-
* * * * * *
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* * * * * *
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107 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGT
* *
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172 TTATC-AAAT
* * * * * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTT
* * * * ** * *
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** * * * * * *
19558142 ATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACT
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAA-T
* * **
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * *
19558251 TCATAAAACAATTTTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-A-TGAATTTATTCA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTT-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * * * * * * * *
19558313 TA-CTAAAAAATTAATATGCAAG-AGATTTAAAAGTAATTCTATTTACCTAAC
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * * *
19558364 CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-CTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTT
* * ** * ** * * *
19558427 GTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAATAAAAGAATACTAATCTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
19558491 ATTTCAAAAATTAAT-A--AAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-T
* * * * ** * * *
19558540 -AGTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * *
19558604 TTATAAAACAATAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
19558669 TTTCAACAATTAATAAGTAA-AAAATTTCAAAACATAAATATGCTTACTGAACT
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAA-TT-AAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAAT
* * * * *
19558722 -AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* ** * * **
19558786 TCATAAAAAAATCATTT-TGGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * ** *
19558850 ATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAAA
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * *** * * **
19558902 AATTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTCA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * *
19558967 TCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAAT
66 TCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
19559032 A--TTAAGACAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
129 ATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* ** * **
19559083 AAGTTCAAATCA-TTATGATTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTTT-TTT
1 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTT
* * * * * * *
19559145 TGTTATAAGACAATAGTTTTTGTTCATA-TAGCTTATTTGGATGAAAATAATAC--ATTTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
19559207 TATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACT
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAA-ATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* ** *
19559261 -AGATCAAATAGTTCATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCTTT
1 AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTT
* * * *
19559324 TGTCATAAAAAGAATTATTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAAATACTAAGTTAT
64 TGTCAT-AAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAAT-AATACTAATTTAT
* * * * *
19559388 TGAATATTATGAAAAATTAATAATTAAG-AGATTAAAAAAAATGAATCTGTTTGTCGAAA-
125 T-AATATT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATT--AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* * * * * * *
19559447 AAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTT-TTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
** * * *
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65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** *
19559575 A--TTAAGGCAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
129 ATTTTAA--AAATTAATAAGTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
** * * *** *
19559627 AA-TATCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTT
1 AAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * * * * *
19559691 ATCATAAAATAATTGTTTCT-GTCATACATGTTTATTTCGATTAACAA-AATATTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAA-AATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** *
19559754 TATTTTGACAATTAATAAGT-AGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAC
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * * *
19559807 AAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * *
19559872 TAATAAAACAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * ** * * *
19559936 ATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-TGTTACCTAAC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGT-TTATCAAAT
* * ** * *
19559988 ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* *
19560053 TAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
19560117 ATTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATT-AAAAATAAATCT-TGTTACCAAAC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGT-TTATCAAAT
* *
19560168 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * * * **
19560232 CTCATAAAACATTTGGTTCTATTCATGCAAGCATATTTCGAATAAAATAATAAAAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
19560297 ATTTCAAAAATTAATAAGT-A-AAAATTTAAAAATAAATATATTT-TCTAAAC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
** * * **
19560347 ATTTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTT-AAATTGTTATGACATTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * * *
19560411 TCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * *
19560476 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGA-
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
*
19560527 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTT
* *
19560591 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
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* * * * *
19560656 ATTTTAAAAATTAATAAGT-TGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAAC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAA-TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * ** * *
19560708 AAGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTT
1 AAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* ** **
19560772 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
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* * * * **
19560837 ATTTCAAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAACC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTT-TA-TCAAAT
* * * * * *
19560886 AA-TTCAAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATA-TTT-TTTT
1 AAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * * * * *
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65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAA
* * * **
19561012 TATTCT--AAA-T-A-AA--AAG--ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-T
* * ** * * * * *
19561057 AA-TTCAAATAGATAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * ** *
19561120 TCATAAAATAGTAT-TTTC-AGTTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAG
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* * ** * * *
19561183 CA-TTCAAAAATTAATAAACAA-AAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAA-ATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * *
19561235 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * * *
19561300 TCATAAAACAATT-TTTCAATTTATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
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130 TTTTAAAAATTAATA-AGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * *
19561408 -AGTTC-AATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTA-CAAACTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTT
* * * * * * *
19561470 TTCATAAAATAATTGTTT-TTTCATCATACAAGCCTATTTG--GAAAATAGTATTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTAT--TCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
19561532 AATTTCAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTA-C---T
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * * * * * *
19561581 --G---AATTAGTTCT---TATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTATTGTAACCTTTTGTTCTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * ** *
19561638 TCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATGAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** * * * * * *
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130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAAT
* * * * *
19561754 -AGCTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCA-TTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTT
* * * **
19561817 ATCAATAAAACAATTGTTTC-AGGTCATAGAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT-ATTTATTAA
65 GTC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** ** * * * *
19561880 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAAT
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAAT
* * * ** * *
19561934 CAA-TTCAAATAATTATGATTATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTT
1 -AAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTT
* * * ** * *
19561997 TGTCATAATAACAATTGTTATTTGA-GCATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTAT
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* * * * * *
19562060 TAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT
125 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAAT
* ** * ** * ** * *
19562117 -AGTTC-AACAGCAATGACTATTTGAAACAATTGTAAACTTCAAATTGGTTATAACTTTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACATTTTGTTT
* * * * * *
19562180 TGTCAT-AAACAATTATTTTTGTTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATATAATAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
19562244 TATTATGAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACCGAAT
128 TATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * *
19562297 -AGTTC-AATA-TTAAGACTATATGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * *
19562359 TCATAAAATAAGTT-TTTTTAAATTCATA-ATAGCTTACTTGAATAAAATAA-AATGAATTTATT
66 TCATAAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATACA-AGCTTATTTGAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * * **
19562421 AATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA-CCTAT
126 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * *
19562475 CCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTC
1 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * * * * * *
19562540 ATCAAAAAACAAATGCTTT-TATTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAA
65 GTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
19562604 TATTTCAAATATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-T
* * * * * *
19562654 -AGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * *
19562717 TTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * * *
19562782 TTTCAGCAATTGATAAGT-A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAAT
* * * * * *
19562832 -AGATCAAATAATCATGA-TTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * ** *
19562895 TCATAGAAGAAATGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
19562959 AATTCAAAAATTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAA-
129 ATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGAAAATTAAAAA-ATAAATCTGTTTA-TCAAAT
* * * * * *
19563012 AAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTT
* * * * * *
19563076 GTCACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAA-ATCAAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATA-CTAATTTATTA
* * * * *
19563139 ATA--TTAAGACAATTAAAAATGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
127 ATATTTTAA-A-AATTAATAA-GTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* *** * * ** * * *
19563194 AAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
** * * *
19563259 TCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAA-TTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** *
19563323 -TTTGACAATTAATAAGGAA-AAGATTTTAAAATAAATATGTTTGA-CAAAT
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAAT
* * * * *
19563372 AAGTTCAAATAGTCCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTT
1 AAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * **
19563437 GTAAT-AAACAATTGTTT-TCAGTTCATATAAGGTTTATTTG-AGCAAATAATACTAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCT-A-TTCATACAA-GCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** * *
19563499 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGAACGA--AAAAAAGAAATCCATTTACCGAAT
127 ATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * *
19563552 AAGTTC-AATAGTTATGACTATATGAATAATTATCTATTTTAAAAAT-ATTATGAC-TTTCGTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTT-CAAATCATTATGACATTTTGTTT
* * * * *
19563614 TG-CCTCAAAATAATTGATTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATT
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** * **** * ***
19563676 AATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAAATGT--TTTTTGAA-C-ACAT-TCAAAT
126 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAAT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * *
19563726 -AGTT-ATGACTA-TT-TGAAC-AATT-ATCTATT-T------CAAATC-TTATGATC-TTTTGT
1 AAGTTCA--AATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGT
** * ** * * *
19563776 TTCATCAT-AAACTAATTGTTTTTGCTCA-AAAAACTTATTCGAAATAGAAATAATACTAATTTA
62 TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATA-AAATAATACTAATTTA
* * * * * *
19563839 TTAAAATTAT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAACGAGT
124 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * *
19563895 GAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* *
19563959 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCG---AAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * ** * *
19564021 TCTAAAAATTAATAAGT-TGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAAC
131 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * *
19564070 AAATTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
** ** * * *
19564134 GTTGTAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * *
19564198 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAAC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * *
19564246 CAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTACCTATCTCAAAT-AGTATG--ATCTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTT
* * ** *
19564308 GTCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAA
65 GTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** *
19564373 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGGCAAAC
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * * *
19564426 CAGTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * *** * *
19564490 GTTAGAAAATTTTTTTTTC-AGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAA-TTTATTA
* * * * * *
19564553 ACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAAT
127 ATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* ** *
19564607 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT-AAACTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTT
* * * * *** * *
19564671 ATCATAAAACAATTATTT-TAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** * * * *
19564734 ATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAAT
127 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * * *
19564788 TAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTATTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACATTTTGTTTT
* * * *
19564853 GTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** * * *
19564917 TATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGGACT
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* * * *
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19565018 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 11787, Mismatches: 2895, Indels: 2130
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * **
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* *
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* * *
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* * ** * * ** *
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* ** * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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382 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
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447 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
** * *
19549524 GTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAA
512 -TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * ** **
19549554 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * * * * * *
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* * ** *
19549684 TATCTTAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATT
130 TATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * * ** *
19549747 AATATTTTAGAAATTAATCAGTTA-ATATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTTAACTTGTTTAAA
193 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAA
* * * * * **
19549810 AATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACC
257 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* *
19549875 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAG
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* * * * * *
19549940 TTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACC-AGACAAGTTTAAATAGTTATAACTAT
385 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
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449 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACTTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* **
19550068 TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAA
512 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
** * ** * * * **
19550097 TACTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * * * *
19550161 ATAAGTTCAA-A--TAT---TA--T---C---TATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTGTTTT
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* * * * * **
19550212 ATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAA-ATTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAAT
131 ATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
19550276 ATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAATCAAATTCAAATA
196 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
19550341 GTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAT
259 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * **
19550406 TTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACCTTATTAATATTTTAAAAATT
324 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATT
* * *** * ** * * *
19550471 GAGAAGTTGGAG-TTTAAAAAATAAATCA-ATTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTGTGGCTATTT
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* ** * *
19550534 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA-T
451 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATT
* * ** *
19550597 CATATAAGCCTATTTGGAATGAAATAA
514 CATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * **
19550624 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCG
1 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTG
* * * * * *
19550688 AACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATAACATTTTCTT
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* * * * * * *
19550753 TTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATA
129 TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * **
19550818 ATATTATGAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTTTTAAAAA-AAAT-TGATTTGCCAAA-ATAGTTCA
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* * * * * * * *
19550879 AATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCGAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
255 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * ** *
19550944 ACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTAAA
320 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * * * * * *
19551009 AATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAATTAGTTATAACA
383 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** * *
19551069 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGGCCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
447 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
*** ** *
19551134 TTGGCACAATTTTATTTAGAATAAAATAA
512 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * **
19551163 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATATTTAAAAAAAGAATCTGTTGGCT
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTTAAAAATA-AATCTGTT-TAT
* ** * * * *
19551226 TGACCAA-TGGAAATAGTTATATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTA
63 TGAACAAGT-TCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * ** ** *
19551290 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAATTCTAATTTAT
127 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
19551355 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * * * ** *
19551420 CAATTATGATTATTTGAACAATTACCAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
257 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * ** * *
19551485 AATTTTTTCTATTCATACAACCTTAATTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGATAA
322 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA-AAAA
* * * * *
19551550 TTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATT
385 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
19551615 TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTT
450 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATT
19551679 CATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAA
514 CATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAA
* * * * * **
19551706 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAATAGATTTTAAAAATAAAAATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * ** * *
19551771 ACAAGTTTCAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTATTT
66 ACAAG-TTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * * * *
19551836 CATCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTAATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
130 TATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
19551901 TATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATTG
195 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
19551966 TTATGGCTGTATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAAT
260 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * ** * *
19552031 TATTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
325 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTA
* * * * *
19552096 ATAAGT-AAA-ATTGTTAAAAATAAAATATGTTTTCTGAATACA-TTCAAATAGTTATGATTATC
388 ATAAGTAAAAGATT-TAAAAAAT-AAATATGTTTACCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
19552158 TGAATAA-TATTTTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAGTTGTTTCTATT
450 TGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATT
*
19552222 CATACAAG-TGTATTCAAA-ATAAGTAA
514 CATACAAGCT-TATTCAAATA-AAATAA
* * * * * *
19552248 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACTGA
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* * * * * *
19552312 GCAAATTCAAATAGTTAT-GCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGT
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* * * * *
19552375 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATGATTTATT
128 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * * *
19552440 AATATTTTGAAAATTAATTGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAAT
193 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
* * * * *
19552505 AGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAT
258 AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* ** * * *
19552569 AATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTTGAAAA
322 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAA
* * * * * * *
19552634 TTAATAAG----AGATTTAAATAATAAATCTATTTATC-AAAATAGTTTAAATAGTTATTACTAT
385 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
19552694 TTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TGTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT-T
449 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTAT
*
19552757 TCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
513 TCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * *
19552785 TACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATATGTTTGTTGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * *
19552846 ACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-
66 ACAAG-TTCAATAGTTATA-ACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * **
19552908 TTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACCTATTCATAATAAAATAATTGTAATTTAT
128 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
19552973 TAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAGTATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA--ATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* * *
19553038 AATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
255 AATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
19553101 AAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTA
318 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-
** * ****
19553165 AAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTTTAACT-AGTTCAAATAGTTA
380 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TATG-TTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
19553227 TGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TATTTGTTTTCTCATAAAACAATCT-
442 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TG
** *
19553290 TTTTTGATT-ATACAAGCTTATAT-GGACAAAATAA
506 TTTTT-ATTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAA
* * * * * *
19553324 TACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTGAGAGATTTAAAAAATAAA--TATAT-TTG-
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * * * * * *
19553381 -C----TAAATCGGT-T--C-A----AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT-ATTT
66 ACAAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * ** *
19553432 AGTCCTATAATAATTTTTTCAGTTTATACACGCTTATTCGGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAA
131 A-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * * * *
19553496 CATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAATAAGTTCAAAAA
195 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
* * *
19553561 GTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAA
259 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * * *
19553625 TTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCGAAAGT
324 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAAT
* * * * ** * * *
19553689 TAATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATCA-GTTGACTAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATT
386 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * * **
19553753 TAAACAACTCTTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAA
450 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATT
* * * ** **
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* * * *** * * * * *
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1 TACTAATTTATTAA-TATTCT-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATT-TTA-AA-A-ATAAATCTGT
* ** * *** * * * *
19553902 TAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-AGTAAT
59 TTATTGAACAA--G-TTCAATAGTTATAA-C-TATTTG--A-ACAATTAT-CT-ATTTCA--AAT
** * *
19553966 -ATTATGAAAATTAATAACTAAGAAATTTA--A-AAAATAAATAT-TTTGCTGAACCAATTCA-A
112 CATTATG-ACCTT--T---T--G--TTTTATCATAAAA-CAAT-TGTTT-CTG------TTCATA
** * ** * ** *
19554025 CAGTTAAAATTATATCAACAATTATTTAACT-CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
158 C----AAGCTTAT-TCAA-AATAAAATAA-TACTAA-T-TTAT----TAAT-ATTT-T-A-AAAA
* *** * * * * * * ** * *
19554089 -TAATTA-TTTTAGCTTGTAGAAATTTATTCGGAATAGAGCAAAACTAATTTATTAATATTTCAA
206 TTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTG--TTTATC-AAAC----------A-AGTTCAA
* * * ** ** * * ** *
19554152 AAATTTATAAAAGATTTAGAA-AAGAATTCTATTTACAGAACCAGTTCAAAT-A-ATTATAACTA
256 ATAGTTAT-GACTATTT-GAACAATTA-TCTATTT-CA-AATCA-TT---ATGACCTT-T-TGTT
* * * * ** * ** * * **
19554214 TT-T-A-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATCTTTTT
310 TTGTCATAA-AATAAT-TGTTTCTATTCA-TACAAGC--TTA--TTCAAATAAAATAAT-ATTAA
* *** * *** * *
19554276 TTTGTTAATA--TAAGTTTGTTCAA-AA-TAAACTA-ATACTAATTTATTAATATTTATTA---A
367 TTTATTAATATTTAA--AAATT-AATAAGTAAA--AGAT-TTAAAAAATAAATATGT-TTACCGA
* * ** * * ** *
19554333 ATTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTG
425 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * * * * *
19554398 TGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCCTACAAGCTTATTTAGATTAAAATAA
490 TGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * * * *
19554449 TACCAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAACTAA-AAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA-ATAAATCTGT-TTAT
* * * * * * * *
19554511 CGAACTAGGTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTG
63 TGAACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * ** * * * *
19554576 TTTTGTAATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTAT
127 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * * *
19554641 CAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGATCAAGTTTAAA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * * *
19554706 TAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
257 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * ** **
19554771 GATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGAC
322 -AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAA-A-
* * ** * **
19554835 AATTAATAAGTAAAAGATCT----AAT-AA-A--TCTACCCGACCAAGTTTAAATCTTTATGACT
383 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
19554892 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGA-TATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
447 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
** *
19554955 TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AA
510 TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * *
19554985 TATTAATTTATTAATATT-TCAACAAGTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATT
* * * * * *
19555048 GAACAAGTTTAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
64 GAACAAG-TTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * **
19555112 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
127 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
19555177 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * *
19555242 TAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
257 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * ** *
19555307 AATTGGTTCTGTTCATGCAAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAA
322 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAA
* * ** * * *
19555372 TTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATT
385 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** * * * * ** *
19555436 TAAACAATTATCTATTTCAAATTGTGACGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTG-TTTCATTC
450 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
*
19555500 ATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
515 ATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * * *
19555526 TACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * * * ** * * * * *
19555591 GCGAGTTCGAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTT
66 ACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** *
19555656 TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
130 TATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * *
19555721 TATTCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CTGAACAAGTTCAAATA
195 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATA
* * ** * * *
19555784 GTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGA
259 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
** *
19555849 TTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATT
324 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * * * * *
19555914 AATAAG---AA-ATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATACTTATGGCTATTT
387 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * *
19555974 GAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTTCA
451 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
* *
19556038 TACAAACTTATT-ATAAGTAAAATAT
516 TACAAGCTTATTCA-AA-TAAAATAA
* * * * * * * * *
19556063 TGCTAAATTAATAATACTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * * *
19556124 ACCAA-TTAAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTG-
66 A-CAAGTT-CAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * **
19556186 TTTATTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTAT
128 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * *
19556251 TAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* ** *
19556316 AATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
255 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
19556379 AAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC
318 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-
* * * *
19556443 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTAT-TTT-CTGAACT-AGTTCAAATAGTTA
380 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
19556504 TGACTATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG
442 TGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* **
19556567 TTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTGAATAAAAATAA
506 TTT-TTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAA
* * * * * * * ***
19556602 TATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * ** * * * *
19556663 ACTAGTTCAAATAGTTA-AGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATT
66 ACAAGTTC-AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** * * * * ** *
19556727 AATAT-TTAGAA-AATT-AATCAG-T-A-A-GAG-AT-TTAAAAAGTAAAATTGTTTACCAAACC
129 -TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-TAAAA-T-AATA-CTAA--
** * * *** * ** * * *
19556783 CTTTCA--AATAGTTTTGACTATTTGAATAA-TTATCTATTCCAATTCATTATAACCTTTTATTT
187 -TTT-ATTAATA-TTTT-AAAAATT-AATAAGTAAGAGATT-TAA---AAAATAA----ATCTGT
* *
19556845 TGTCATCAAACAATTGGTTC---TA-TTCAT-ACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
239 T-T-ATCAAACAA---GTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGA---ACAAT----T-AT-CT-ATTT
* * ****** ** *** * * *
19556905 AATAAT-ATTTTGACACTTAATAACCAAGAAAATTAAAA-AA-TAAATCAAATTGC-TA-AACCA
288 CA-AATCATTATGAC-CTT--TTGTTTTG-TCA-TAAAATAATTGTTTC-TATT-CATACAAGCT
* ** * * * * **** *
19556965 T-TTCAAATAGTAAGACT-ATATGAA-CGATTATCTATTT-CAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTT
345 TATTCAAATA--AA-A-TAATATTAATTTATTA-ATATTTAAAAAT--TAATAAGT-AAAAG-AT
* * * * * * * * *
19557025 TCTCATAAAACAAATTTTTTTATC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATT---T-
401 T-T-AAAAAATAAATATGTTTACCGA-ATAAG----TTC-AAAT--AGTTATGACTATTTGAATA
* * * * **** * * * * *
19557084 ATTA-ATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAG-ATT-T-A-AAAATAA----ATCTATT-A-CCG
456 ATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC-
* *
19557137 AA--TTGGTTCAAAT--AATTA
519 AAGCTT-ATTCAAATAAAATAA
** *** **** * *
19557155 TGACT-ATTTGAGCAAT-TATC-AATCCAAATCGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-
1 T-ACTAATTT-ATTAATAT-TCTAA---AAATTAATAAG-TAAGAGATTT-T-A-AAAATAAATC
* * * * * * *
19557215 TGTTT-CTGATCATAAAGCTT-ATTTAGTTAAAAATA-AT--ACTAATTTAATAATATTTCAAA-
56 TGTTTATTGA--A-CAAG-TTCA-ATAGTTATAACTATTTGAAC-AA-TT-AT-CTATTTCAAAT
* ** *** * * *
19557274 AATTAAT-AAGTAAGAGATTTA--A-AAAATAAATGTGTT-TG-TCGA-AC-AG--T-TTCAAAT
112 CATT-ATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGT-TTCTGTTC-ATACAAGCTTATTCAAA-
* * * * * * ** ** *
19557328 AGTTAAAACTATTA-GAA-TAATT-ATATATTTAAATCATT-CTACACTTTGTTTAGTTAAGAAA
172 A--TAAAA-TAATACTAATTTATTAATAT-TTTAAA-AATTAATA-AGTAAG-AGATTTAA-AAA
* * ** * * *
19557389 AT--ATTTGTTTCATATCTTACAATCTTA-TTCGAAATAAAATAT-CCAAATTT-----ATTAAC
229 ATAAATCTG-TT--TATC--A-AA-C-AAGTTC-AAAT-AGTTATGAC-TATTTGAACAATTATC
* * * ****** * * *
19557445 -ATTTGAAA-AATTAATAAGAAAAAG-TTTG--AAAAAATAAATCTATT-TA-TCGA-ACAAG--
283 TATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTCTATTC-ATACAAGCT
* * * * *** *
19557500 --TTCAAATAGTGATTACTATTTGAAATATTATT--TATTTAAAATCATT-ATGAACCT-TTTGT
345 TATTCAAATA--AAATAATA-TT--AAT-TTATTAATATTTAAAA--ATTAAT-AA-GTAAAAGA
* * **** * *
19557559 TTTGATATACAAACAATTAT-TTTAGTTTATGAAAGCTTATCCAAAATAAAAG-AAT-AGTATTT
400 TTT-A-A-A-AAATAAATATGTTTACCGAAT--AAG--T-T-C-AAAT---AGTTATGACTATTT
** * ** ** * * * * **
19557621 -CTTAA-TA--T-TTTCAAA-AATTA--A---TAAGCATAGTTAAAAAATAATTAG--TTTACCC
451 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTATTC
* * *
19557673 AAACAA----ATTCAAAT--AGTTA
515 ATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* ** * * ** *** * *
19557692 TACTTATTTGAACAAT-TGTTTATTTAAAATCATGATGACCT-TTCGTTTTGTATAAAA-CAAT-
1 TACTAATTT-ATTAATAT-TCTA---AAAAT--TAAT-AAGTAAGAGATTT-TA-AAAATAAATC
* * **
19557753 TGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATACTATTT--ACTAA--A--TATTTCA
56 TGTTT--ATTGA-ACAAG----TTC--AATAGTTAT-A-ACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCA
* ** *** * * * *
19557811 AA-AATTAAT-AAGTAAGCGATTTA--A-AAAATAAATTGGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATT
109 AATCATT-ATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAA-CAATT-GTTT--C---T--GTTCATACAA--
* * ** ** * ****
19557871 G-TGGCCATTTCAATAATTATCT-ATTTTAAATTGTTATATAACAATTGTTTTTTATT-ATACA-
161 GCT---TA-TTCAA-AATAAAATAATACT-AA-T-TTAT-TAA-TATT-TTAAAAATTAATA-AG
* * ** * * * *
19557932 -AAGATTATTCAGAATAAAATAATAGT-AATTTATTAATC--TTTCAAA-A-TTAATAAGA-GAT
214 TAAGA-GATT--TAA-AAAATAA-A-TCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT-AT--GACTAT
* * * * * * *
19557990 TTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTTAAATTGTTGACTACTTGAATAAATGTATACT-T
270 TTGAACAAT-TATCTATTT--C-AA--A---T-CATT-ATGAC--CTT---T---TGT-T-TTGT
* * **** * * * **
19558054 CA-AATAGTTATAACCTTTTGTTT-T-GTCATA-AAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTT-AT
314 CATAA-A---ATAA----TTGTTTCTATTCATACAAGC--TTA-TTCAAATAAAATAATATTAAT
* * * * *
19558114 TCAAAATAAAATAATACTAATATAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAA-ATA
368 T---TAT----TAATA-T--T-TAAAA-ATT--AATAAGT-A-AA---AGA-TTTAAAAAATA-A
* * ** * * ***
19558178 AATTTGTTTGCTAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAATC--
412 A-TATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * **
19558240 ----A--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAA
475 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATAC-AAGCTTA-TTCAAATAAAA
19558297 TAA
537 TAA
* * * * * * *
19558300 -A-TGAATTTATTCATA--CTAAAAAATTAATATGCAAGAGA-TTTAAAAGTAATTCTATTTACC
1 TACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTA-T
* * * * * *
19558360 T-AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-CTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTT
63 TGAACAAG-TTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * ** * ** * * *
19558422 GTTCTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAATAAAAGAATACTAATCTA
126 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
19558486 TTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAA
191 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * ** * * * *
19558547 ATAGTTTTGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAA
256 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * ** *
19558612 CAATAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACA
321 TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAA
* * * * * *
19558677 ATTAATAAGTAAAAAATTTCAAAACATAAATATGCTTACTGAACT-AGATCAAATAGTCATGACT
384 ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** **
19558741 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTTGG
447 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* *
19558806 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
512 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
** * * * * *
19558835 TACTAAGCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-AGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTG-
* * * * * * *** *
19558899 AAAAATTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTT
65 AACAAGTT-CAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
19558964 TCATCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTAT
129 TTATCATAAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
19559028 TAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
192 TAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* ** * ** * *
19559090 AATCA-TTATGATTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT-TTTTGTTATAA
255 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *** *
19559153 GACAATAGTTTTTGTTCATA-TAGCTTATTTGGATGAAAATAATA--CATTTATTAATATTTCAA
319 AATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AA
* * *
19559215 CAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACT-AGATCAAATAGTTCATG
382 AAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTT-ATG
* ** * * * *
19559278 ACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAAAGAATTATT
444 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTT
* **
19559343 TTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAAA
508 TT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT-AA
* * * ** * *
19559377 TACTAAGTTATTGAATATTATGAAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAAATGAATCTGTTTGT
1 TACTAATTTATT-AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TTAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * * * *
19559442 CGAAAAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTT
63 TGAACAAG-TTCAATAGTTATAACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * *** *
19559506 -TTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTA
126 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * **
19559570 TTAATA--TTAAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TAT
191 TTAATATTTTAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT-T
** * * *** * *
19559632 CAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCATA
253 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
19559697 AAATAATTGTTTCT-GTCATACATGTTTATTTCGATTAACAA-AATATTAATTTATTAATATTTT
318 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAA-AATAATATTAATTTATTAATA-TTT
* * * * *** * * * *
19559760 GACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAA
380 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
19559825 TTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-ATTT
445 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
19559889 TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
510 TA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * ** *
19559921 TACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-TGTTACCT
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGT-TTA-TT
* * * ** *
19559985 -AACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGT
64 GAACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * **
19560049 TTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
128 TTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
19560113 TAATATTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATT-AAAAATAAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATCAAACAAGTTCAA
* * *
19560176 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAA
256 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * **
19560240 ACATTTGGTTCTATTCATGCAAGCATATTTCGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAA
320 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAA
* * ** * **
19560305 AATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATATATTTTCTAAACATTTTCAAATAGTTATGACTA
383 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * * * *
19560368 TTTAAACAGTTATCTATTT-AAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGT
448 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * *
19560432 TCATAAAAGCTTATTTGAAATGAAATAA
513 TCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * *
19560460 TACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * *
19560525 GA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTT
66 -ACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
19560589 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
129 TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
19560654 ATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AA
194 ATATTTTAAAAATTAATAAG-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG-TTCAA
* * * * * ** * **
19560716 ATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAA
256 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** *
19560781 TAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
321 TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAA
* * ** * * *
19560846 A-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAACCAA-TTCAAAATAATTATGAT
384 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TACCGAA-TAAGTTC-AAATAGTTATGAC
* * * * * *
19560905 TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TATTT-TTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTT
446 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* ** * *
19560968 GTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAT
511 ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * ****
19560998 TGA-TAAATTAATAATATTCT----A--AATAA--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCA
1 T-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTG
* ** * * *
19561053 AACTAA-TTCAAATAGATA-AGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG
65 AAC-AAGTTC-AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
19561116 -CTTGTCATAAAATAGTAT-TTTCAGTTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
127 TTTTATCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * ** * *
19561179 TTAGCA-TTCAAAAATTAATAAACAA-AAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCA
191 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* * * * *
19561242 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
255 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
19561307 ACAATT-TTTCAATTTATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAA
320 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * * * *
19561371 AATTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAAT--ACA----T--CGAACT-AGTTC-AATAATTATGGC
383 AATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
19561425 CATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTACAAAC-TTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTT
446 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* *** *
19561489 T-TCATCATACAAGCCTATT--TGGAAAATAG
510 TAT--TCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * * * * *
19561518 TATTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTACT
1 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATT
* * * * * *
19561581 G---AA--T---TAGTTCT---TATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTATTGTAACCTTTTGTT
64 GAACAAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** ** *** *
19561635 CTATCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATGAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATA
129 TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*** * * * ** * *
19561700 ATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTT-GCTGAAGTAGCTCAAAC
194 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
19561763 AGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCAATAAAAC
258 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAAT
* * * *
19561828 AATTGTTTC-AGGTCATAGAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTCCAAAAA
322 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAA
*** * * * * *
19561891 TTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTATGATTA
385 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTA
** * *
19561955 TGTT--ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAATAACAATTGTTAT
448 T-TTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTT-T
* * ** * *
19562018 TTGA-GCATTCAATTTTATTCGGAATACAATAA
509 TT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * *
19562050 TACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * ** * * ** * ** * *
19562114 ACTAGTTCAACAGCAATGACTATTTGAAACAATTGTAAACTTCAAATTGGTTATAACTTTTTGTT
66 ACAAGTTCAATAGTTATAACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
19562179 TTGTCAT-AAACAATTATTTTTGTTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATATAAT
129 TTATCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
19562242 AATATTATGAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-TAGTTC-AA
193 AATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAA
* * *
19562304 TA-TTAAGACTATATGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
257 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * *
19562368 AAGTT-TTTTTAAATTCATA-ATAGCTTACTT-GAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCA
322 AA-TTGTTTCT--ATTCATACA-AGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-A
* * * * * * * *
19562430 AAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACC-TATCCAGTTCAAATAATTATGA
381 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * *
19562494 TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAAATGCTTT
445 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
19562559 TATTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAA
510 TATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * * **
19562590 TACTAATCTATTAATATT-T-CAAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * * * * * * *
19562651 ACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTC
66 ACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *** *
19562715 TGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAA
130 TATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * *
19562780 TATTTCAGCAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGATCAAATA
195 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
19562842 ATCATGA-TTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAA
259 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * *
19562906 ATGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAAT
324 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTAAAAAT
* * * * * * *
19562970 TAATAA-TAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTATGACTAT
386 TAATAAGTAAA-AGATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
19563034 TTGAACAATTATCTATTTGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCTA
449 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTA
* *
19563097 TTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAA
512 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * *
19563126 -ATCAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
1 TA-CTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAA-GTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTA
*** * * *** * * ** * *
19563188 CCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTT
62 TTGAACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
19563253 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAA-TTA
126 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
19563317 TTAATA-TTTGACAATTAATAAGGAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTGA-CAAATAAGTTCA
191 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAACAAGTTCA
* * * * * *
19563379 AATAGTCCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTAAT-A
255 AATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** ** * *
19563443 AACAATTGTTT-TCAGTTCATATAAGGTTTATT-TGAGCAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
319 AATAATTGTTTCT-A-TTCATACAA-GCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA
*** * ***
19563506 AAAATTAATAAGT-AAAGAACGAAAAAAAGAAATCCATTTACCGAATAAGTTC-AATAGTTATGA
381 AAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
19563569 CTATATGAATAATTATCTATTTTAAAAAT-ATTATGAC-TTTCGTTTTG-CCTCAAAATAATTGA
445 CTATTTGAATAATTATCTA-TTT-CAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGT
* * **
19563631 TTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGAATAAAATAA
507 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * *
19563664 T-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-AG------AAAA-AAA--TGTTTTTTG
1 TACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTG
* *
19563713 AACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGATCTTTTGT
65 AACA-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
19563776 TTCATCAT-AAACTAATTGTTTTTGCTCA-AAAAACTTATTCGAAATAGAAATAATACTAATTTA
128 TTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTA
* * * * * ***
19563839 TTAAAATTAT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAACGAGTGAGTTCAA
191 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* **
19563903 ATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAA
256 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
19563967 CAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC---GAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
321 TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAA
** * * * * *
19564029 TTAATAAGT-TGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACAAATTCAAATAGTCAT-ATCCAT
385 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT
* * **
19564092 TTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTG-TTTTAT
449 TTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
** * *
19564155 TCATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAA
513 TCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * **
19564183 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGACA-TTTAAAAGCTAAATCTGTTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA-ATAAATCTGTTTATT
* * * * * * * * *
19564242 AAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTACCTATCTCAAAT-AGTATGATC-TTTGT
64 GAACAAG-TTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** * ** *
19564305 TTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAA
128 TTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** *
19564370 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGGCAAACCAGTT-ATA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA-A
* * * * * * *
19564434 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTTAGAAAA
256 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * * * *
19564499 TTTTTTTTTC-AGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAACATTCAGA
321 TAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTA-A
* * * *
19564562 AAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
382 AAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * *
19564626 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTT
446 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
19564689 TAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAA
510 TA--TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * ** * * *
19564721 TATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTG
** * ** * * * *
19564785 AATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTAT
65 AACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGT
* * * ** * *** *
19564850 TTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATT
128 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * ** * ** * *
19564915 AATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGGACTAGTTTAAAT
193 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
* * *
19564980 AGTTATTACTATTTGAATAATTATATA-TT----TCA--A--A------------TCATAAAATA
258 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * * * * *
19565024 ATTATTTATGTTCACACAAGCTTATTCGAATAAAATAAT-TCTTATCTAATAATATTATGAAAAT
323 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-TAAAAAT
* * * * ** * * *
19565088 CAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATA
386 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
** * * * * * *
19565152 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAAT-ATTTTGTTC
450 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * * **
19565216 ATATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAA
515 ATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAA
* * * * * * * ***
19565242 CATTTATTTTTTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAA-AAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * * *
19565301 ACCAA-TTCAAGTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTT
66 A-CAAGTTCAA-TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
19565365 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCAAAATAAAGT-ATGCTAATTTATT
129 TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
19565428 GATATTCTAAAAATTAATAAATAACG-GATTTAAAAAATGAATCT
193 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCT
19565472 ACTGCCTGAC
Statistics
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** *
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** * ** * * * * *
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* * * * **
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** *
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* ** * * *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** * * **
19556745 CAG-T-A-A-GAG-AT-TTAAAAAGTAAAATTGTTTACCAAACCCTTTCA--AATAGTTTTGACT
256 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-TAAAA-T-AATA-CTAA---TTT-ATTAATA-TTCT-AAA
* * *** * ** * * **** * *
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* * * *** ** ** * *
19556861 GTTCTA-TTCATACTATT-T-TA-TTCAAAAT-AAAATAA--TACT-AATT-T-A-ATAA-TATT
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* * * *** * ** * *
19556914 -TTGAC-ACTTAATAACCAAGAAAATT--AA-AAAATAA-ATCAAATTGCTAAACCATTTCAAAT
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* * ** * * **
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** ** * * * ** * * * *
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* * * **** * * * * * *
19557090 ATT-TCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTACCGAATTGGTTCAAATAAT
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** *** * * * *
19557153 TA-TGACTATTTGAGCAAT-TAT-CAATCCAAATCGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAA
110 TACT-A--ATTT-AATAATAT-TCCAA---AAATTAATAAGA----AG-ATT-T-AAAAAATAAA
* ** * * ** ** * * * *
19557214 T-TGTTT-CTGATCATAAAGCTTATTTAGTTA--AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA-
160 TGTGTTTACCGA--ACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAA-TT-AT-CTATTTCAAAT
* * ** ** ** * *
19557274 AATTAAT-A-AGTAAGAGATT-TAA-AAAATAAATGTGTTT--G-TCGA-AC-AG--T-TTCAAA
219 CATT-CTGACCTTTTG-TTTTGTAATAAAA-CAAT-TATTTCAGTTC-ATACAAGCTTATTCAAA
* * * ** ** * *
19557327 TAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTAAATCATTCTACACTTTGTTTAGTTAAGAAAATA
279 -A--TAAAA-TA--ATACTAA-T-T-TA-TT-AAT-ATTCTAAAAATTAATAAG-TAAG---AGA
* *** * * *
19557392 TTTGTTTCATATCTTACAATCT-TATT-CGAAATAAAATATCCAAAT--TTATTAAC-ATTTGAA
328 ----TTT-AAAAAATA-AATCTAT-TTAC-AAA-CAAGT-T-CAAATAATTA-TGACTATTTGAA
* *** ** * ** ** * * *
19557452 AAATTA---ATAAGAAAAAGTTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTGAT
381 CAATTATCTATTTCAAATCG-TT-ATAACCT-TTTGT-TTTGTC-ATA-AA--AC-AAT--TG-T
* * * *** * * *
19557513 TACTATT--TGAAATA-TTATTT--ATTTAAAATCATTATGAACCTTTTGTTTTGATATACAAAC
434 TTCTATTCAT-AAAAACTTATTTCGA-ATAAAAT-A--AT--ACAAATT-TATTAATATTCAAA-
* * * * * *
19557573 AATTATTTTAGTTTATGAAAGCTTATCCAA-AATAAAAGAATAGTATTTCTTAA-TATT
490 AATTA----A---TAAGAAA--TT-T--AAGAATTAAA-TATA-T-TTTC-GAACCA-A
* * * * * * * ** * ** *
19557630 TTCAAA-AATTAATAAGCATAGTTAAAAAATAAT-TAGTTTACCCAAACAAATTCA-AATAGTTA
1 TTCAAATACTT-ATGA-C-TATTTGAACAATTATCTA---T-CTCAAA-TTATT-ATGATTTTTG
** ** * * * * * *
19557692 TACT-T-ATTTGAACAATTGTTTAT-TTAAAATCATGATGACCTTTCGTTTTGTATAAAACAATT
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** * * * *
19557754 GTTTCAATTCATAA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTACTA-AATATTTCAAAAATT
111 -ACT-AATT--TAATAA---TATTC--CA-AAAAT--TA--A--TA--AGAAGATTTAAAAAATA
** * * ** * * ** * * *
19557817 AATAAG-TAAGCGATTTAAAAAAT-AAATTGGTTTACCAAATCAGTTCA-AATAATTGTGGCCAT
158 AATGTGTTTACCGA---ACCAATTCAAA-TAG-TTA-TGACT-A-TT-AGAATAATTAT--CTAT
* *** * * * * *
19557879 TTC-AATAATTATCT-A--TTTTAAATTGTTATATAACAATTGTTTTTTA-TT-ATACAAAGATT
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* * * *
19557938 ATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTT-TCAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
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* * * * * * * * * * *
19557998 TAAATTTATTTACCGAACTAGTTTAAAT--TGT-TGACTACTTGAATAAATGTATACTTCAAATA
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* * * * * * *
19558060 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
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* * * * * * * *
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* * *
19558188 CTAAACTAG
524 C-GAACCAA
* * * ** * *
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* * * * * * *
19558255 AAAACAATTTTTTCAATTCACACTAACTTATTTGGAATAAAATAA-A-TGAATTTATTCATACT-
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* * * * * * * * * *
19558317 AAAAAATTAATATGCAAGAGATTT-AAAAGTAATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATG
129 CAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
19558381 ACTATTTGAACAATTA-CTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAAATGTT
191 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATT
* ** * ** * * *
19558444 T-TGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-
255 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * *
19558506 A--AAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAGCA
319 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
19558568 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTATTCATACAA
383 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
* * * * *
19558633 GCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTCA
448 ACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG----AAATTT-A
* ** * *
19558698 A-AACATAAATATGCTTACTGAACTAGA
507 AGAA-TTAAATATATTTTC-GAACCA-A
* * * * * **
19558725 -TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTAT-GATTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * ** *
19558789 TAAAAAAATCATTT-TGGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATT
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* * * * * * ** * *
19558853 CTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-AGAAAAAATTTAAAATAATTA
128 CCAAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTA
* * * *** * * ** * * * *
19558917 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATGATTTT
189 TGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-CAATTA
* * *
19558982 TTTCTA-TTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAAT
253 TTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AAT
* * * * * * *
19559043 TAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCATTATGATTATTT
314 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
** * * * * * * *
19559107 GTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTT-TTTTGTTATAAGACAATAGTTTTTGTTC
378 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
19559170 AT-ATAGCTTATTT-GGATGAAAATAATAC--ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA
442 ATAAAAACTTATTTCGAAT-AAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG---AA
* * * ** *
19559231 ATTTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACTAGA
502 A-TTTAAGAATTAAATAT-ATTTTCGAACCA-A
* * ** * *
19559264 -TCAAATAGTTCATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCTTTTGT
1 TTCAAATACTT-ATGACTATTTGAAC-AATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TTTTTGTTTTGT
* * * * * *
19559327 CATAAAAAGAATTATTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAAATACTAAGTTATTGA
63 CAT-AAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAACTTATTT-GAATAAAAT-AATACTAATTTAAT-A
** * * * * ** * *
19559391 ATATTATGAAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAAATGAATCTGTTTGTCGAA-AAAGTTTAA
123 ATATT-CCAAAAATTAATAA--GA-AGATT-TAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAA-TTCAA
* * * * * * * * *
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** * * *** *
19559518 ATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAG
246 ACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-
* * ** **
19559581 GCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TATCAAATCTTTATGA
310 -AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGT-TCAAATAATTATGA
* * * * * * * *
19559645 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
372 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *** * ** ** *
19559710 T-GTCATACATGTTTATTTCGATTAACAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG
437 TATTCATAAAAACTTATTTCGAATAA-AATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-A-
* * * *
19559773 TAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CAA
498 -AGAA-ATTTAAGAATTAAATAT-ATTTTCGAACCAA
* * * * * * * * * * *
19559809 GTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTA
1 -TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TTTTTGTTTTGTC
* * * * **
19559874 ATAAAACAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * ** * * *
19559938 TCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-TGTTACCTAA-CATGTTCAAATAGT
127 TCCAAAAATTAAT-A-AGA-AGATTTAAAAAATAAATGTGT-TTACCGAACCA-ATTCAAATAGT
* *
19560001 TATGACTATCT-GAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
187 TATGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
* * * ** *
19560065 TGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTA
251 TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * *
19560130 ATGAGAAAGAGAATT-AAAAATAAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
316 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * *
19560193 AACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTATTCA
379 AACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
** * * *
19560257 TGCAAGCATATTTCGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAT
443 TAAAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG---AAAT
* * * *
19560322 TTAA-AAATAAATATATTTTCTAAACATT
504 TTAAGAATTAAATATATTTTCGAACCA-A
* * * * * *
19560350 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTAT-TTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
19560414 TAAACCAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* *
19560478 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGA--AAGTTCAAATAGTT
128 CCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGA-ACCAA-TTCAAATAGTT
* * * * * * *
19560541 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
188 ATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA
* * *
19560606 TTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
253 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * * * * * *
19560670 TAAGTTGAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCATGTCCATTT
317 TAAG-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAG-TTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * ** *
19560732 GAACTATTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
378 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* *
19560797 TACAAAA-TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAGAT
443 TA-AAAACTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAA-AT
* * * *
19560859 TTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAACCAA
504 TTAAGAATTAAATATATT-T-TCGAACCAA
* * * ** *
19560888 TTCAAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATATTT-TTTTGTCA
1 TTC-AAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
19560952 TAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTT-GAATAAAATAAT-ACTAATTTAATAATATT
* * * * * * *
19561016 -C-TAAA-T-A-AA-AAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGATAAGAA
128 CCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
19561075 AATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAA-TAGTATTTTC
193 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA-TTTC
* * ** **
19561138 AGTTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTC-AAAAATTAATAAAC
257 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * *
19561202 AA-AAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
322 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* *** * * * * *
19561266 TATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTCAATTTATAAAAGC
385 TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAAC
* ** * *
19561330 TTATCT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAAAATTGATATATTAGAGATTT-A-
450 TTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATT-A-ATA--AGAAATTTAAG
* * *
19561392 AA--AAATACA---TCGAACTAG
509 AATTAAATATATTTTCGAACCAA
* * * * * * ** * *
19561410 TTC-AATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTTTTCA
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTA-TGATTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
19561474 TAAAATAATTGTTT-TTTCATCATACAAGCCTATTTG--GAAAATAGTATTAATTTATTAAAATT
65 TAAAACAATTGTTTCTAT--TCATACAAACTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * * *
19561536 TCAAAAATTAATAGGAAGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTACTG----AA-T----TAGTTCT
128 CCAAAAATTAAT---AAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * ** * *
19561592 TA-T-TTA-AACAATTATCTATTTTAAATTATTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTT
190 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATT
* ** *** * **
19561654 TCAATTCATATGAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAA
255 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * ** * * * * *
19561719 CTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCTGAAGTAGCTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAA
320 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
19561783 TTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCAATAAAACAATTGTTTC-AGGTCATAGA
384 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAA
* * *
19561847 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTA
447 AACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG-AA---ATTT-
* * * * * *
19561910 AAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCAA
506 AAGAATTAAATATATTT-TCGAACCAA
* * * * * * *
19561937 TTCAAATAATTATGATTATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATACTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * *
19562001 ATAATAACAATTGTTATTTGA-GCATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAAT
64 ATAA-AACAATTGTT-TCT-ATTCATACAAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* ** * * * * * * *
19562064 CTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTC-AACAGC
125 ATTCCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGT
* * * * ** * ** * * * *
19562128 AATGACTATTTGAAACAATTGTAAACTTCAAATTGGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAA
187 TATGACTATTAG-AATAATTATCTATTTCAAA-TCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAA
** * * * * *
19562192 TTATTTTTGTTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAAT
250 TTATTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * * *
19562256 TAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-TAGTTC-AAT-ATTAAGACTATA
314 TAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * * *
19562317 TGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTAAA
377 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT--A
* * * * **
19562381 TTCATAATAGCTTACTT-GAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAA
439 TTCATAAAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAT---TAA-TAA
* * * * * * * * *
19562445 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAG
499 GAAATTTAAGAATTAAATATATTT-TCGAACCAA
* * * * * **
19562479 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * * *
19562544 AAAAACAAATGCTTT-TATTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
65 TAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * * * * *
19562608 TCAAATATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGAC
128 CCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* ** * * * * * * * *
19562672 TATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCT
193 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-
* *** * ** *
19562736 A-TTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAGCAATTGATAAG
257 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
19562799 TAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGA-TTTTTGAATAAT
321 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
19562861 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAAATGTTT-TAGTTCATATAAG
385 TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAA
* * *
19562925 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAATAAAGAAATTTAA
449 CTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAAT-ATTCAAAAA-T--TAAT-AAGAAATTTAA
* * * * * * *
19562989 AAAGATGAATCTGTTTACTGAA-AAA
508 GAA-TTAAATATATTTTC-GAACCAA
* * * * * * *
19563014 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAA-TAGCTATAACCTTTTGTTTTGT
1 -TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTA-TTATGA-TTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
19563078 CACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAA-ATCAAATTTATTAAT
63 CATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAACTTATTT-GAATAAAATAATA-CTAATTTAATAAT
* * *
19563141 ATT--AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAA
125 ATTCCAA-A-AATTAATAA-G---AAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAA-TTCAAA
* * ** * * ** * * * * *
19563203 TCGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAAC
183 TAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC
* * * * * * * * * *
19563268 AATTGTTTCTGCTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAA-TTATTAATATT-TGACAA
248 AATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * * * * * *
19563331 TTAATAAGGAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTGACAAATAAGTTCAAATAGTCCATGACTAT
313 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACAAACAAGTTCAAATAAT-TATGACTAT
* * * * * * *
19563395 TTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTAAT-AAACAATTGTTT-TCAG
376 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-A-
*** ** *
19563458 TTCATATAAGGTTTATTT-G-AGCAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
439 TTCATA-AAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-AA
* ** * * *
19563521 A--GAACGAAAAAAAGAAATCCATTTACCGAA-TAA
502 ATTTAA-G-AATTAA-ATAT--ATTT-TCGAACCAA
* * * * * * * *
19563554 GTTC-AATAGTTATGACTATATGAATAATTATCTATTTTAAAAATATTATGACTTTCGTTTTG-C
1 -TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TCTCAAATTATTATGATTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
19563617 CTCAAAATAATTGATTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA
64 AT-AAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATTTGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA
**
19563680 TTCCAAAAATTAAT---AAG------AAAA-AAATGT-TTT-TTGAA-CACATTCAAATAGTTAT
126 TTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCA-ATTCAAATAGTTAT
* * * * ** * *
19563732 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGATCTTTTGTTTCATCAT-AAACTAATTGT
190 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATTAT
** * * * * * *
19563795 TTTTGCTCA-AAAAACTTATTCGAAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAATTAT-AAAATTAAT
254 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * *** *
19563858 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAACGAGTGAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAC
318 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * ** *
19563922 AATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
382 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA
** * *
19563987 AGTTTA-TTCG---AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAGATTTAA
447 AACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA---GAAATTTAA
* * * * *
19564048 AAAATAAATATGTTTGCCGAACAAA
508 GAATTAAATATATTT-TCGAACCAA
* * * * * *
19564073 TTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCA-TTTTGTTTTGT
1 TTCAAATACTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTAT-G-ATTTTTGTTTTGT
** * * * * *
19564136 TGTAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * ** * * * *
19564200 TTCAAAAATTAATAAG-ACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGA
127 TCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGA
** * * * * * * * *
19564264 CTATTTCAACAATTACCTATCTCAAAT-AGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTT
192 CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATTATTT
* ** * ** *
19564327 CTA-TTCATGCAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
256 C-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * ** * * * * *
19564391 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGGCAAACCAGTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATA
320 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACAAACAAGTTCA-AATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *** * *
19564455 ATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTTAGAAAATTTTTTTTTC-AGTTCATACA
383 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAA
* * * * *
19564519 AGCTAATTT-GAAATAAAATAATATAATTTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
447 AACTTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA-AAAATTAAT----AAGAAATTT
* * * * *
19564583 AAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAA
506 AAGAATTAAATATATTTTC-GAACCAA
* * * * * * *
19564609 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATC
1 -TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTAT-GATTTTTGTTTTGTC
* * *** * * *
19564674 ATAAAACAATTATTT-TAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
64 ATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAACTTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * ** * ** * *
19564737 TTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATT
126 TTCCAAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
19564802 ATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATT
188 ATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTG-ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAA-T
* * *** * *
19564867 GTTTTTCA--TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAAC
251 -TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT
* * * * ** * * * *
19564929 TAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTT
314 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * *
19564994 GAATAATTATATA-TT----TC---A-AA------------TCATAAAATAATTATTTATGTTCA
378 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * ** * * *
19565038 CACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATTCTTATCTAATAATATT-ATGAAAATCAATAACTAAGAG
443 TAAAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA--AAAAT---TAA-TAAGAA
* * * * *
19565101 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAA
502 ATTTAAGAATTAAATATATTT-TCGAACCAA
* * * * * * * * * *
19565132 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCG
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * * * * ** *
19565197 TAAAACAAATATTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAACATTTATTTTTTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTT-ATTTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
** * * * * * *
19565261 TGAAAATTAATAAG-AGATTT-AAAAA-AAATCTATTTACCAAACCAATTCAAGTAGTTATAACA
129 CAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
19565323 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
194 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-A
* * * * * *
19565388 -TTGATA-TAGTCTTATTCAAAATAAAGT-ATGCTAATTTATTGATATTCTAAAAATTAATAAAT
258 GTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
*
19565450 AACG-GATTTAAAAAATGAATCTA
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Statistics
Matches: 8096, Mismatches: 1765, Indels: 1498
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AAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTT
CGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAGAATTAAATATAT
TTTCGAACCAA
Found at i:19557783 original size:177 final size:180
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19557484 CTATTTATCG
* * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * *
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129 CTAAATATTTCAAAAATTAATAAG
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Statistics
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TTTGATATACAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTATTTACT
AAATATTTCAAAAATTAATAAGCATAGTTAAAAAATAATTAGTTTACCCA
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Alignment explanation
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* * * * * * ***
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* * * * * * * *
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* * * * ** ** *
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** * * ** * ** ** * * *
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* * * * * *
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254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT
* * * *
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318 GTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
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383 TAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTGTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
19557167 CAATTATC-AATCCAAATCGTTAAGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATA
448 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATTCATA
* * *
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511 CAAGCTTATTTGA-AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAAGAGA
* * ** * ** * * *
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573 ATTAAAAAATAAATTTG-TTACCAAACAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
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636 TTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTG-TCATAAAACATTTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTAT
* *
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* * *
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* * * * ** *
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62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACATTTTGTTTT-
* * *** * * *
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124 ATCATA-AAACAATTGTTTCT-GTTCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
19557624 AATATTTTCAAAAATTAATAAG-CATAG--TTAAAAAATAATTA-GTTTACCCAAACAAATTCAA
186 AATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAA
* * * * *
19557685 ATAGTTAT-ACTTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCATGATGACCTTTCGTTTTGT-ATAAA
248 ATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** *
19557748 ACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTACTAAATATTTCAA
312 ACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAA
* * * * * * *
19557812 AAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTACC-AAATCAGTTCAAATAATTGTGG
376 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTG-TTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
19557875 CCATTTCAATAATTATCTATTT----T-A--A--A----TTG---T-T-ATATAACAATTGTTTT
439 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TT
* * * * *
19557922 TTATT-ATACAAAGATTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTT-TCAAAATTAAT--
502 TTATTCATAC-AAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * *
19557983 --AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTTAAATTG-T-TGACTACTTGAATAA
565 GAAAGAGAATTAAAAAATAAATTT-GTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * * *
19558044 ATGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAA
628 TTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTATTCATACAA
** *
19558108 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
692 GCTTATT-TGAATAAAATAATACAAA
* * * * * * * * *
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1 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * ** *
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64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCAT
* ** * * * *
19558255 AAAACAATTTTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-A-TGAATTTATTCATACT
129 AAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * * * * * * * * *
19558317 AAAAAATTAATATGCAAGAGATTT-AAAAGTAATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATG
192 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
19558381 ACTATTTGAACAATTA-CTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAAATGTT
257 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * *
19558444 TT-GTTCATGTAAGTTTGCTCGAAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--
321 TTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
19558506 -AAAG-GATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAGCA
386 GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTG-TTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * *
19558568 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTATTCATACAA
450 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAA
* * *
19558633 GCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAA-A-AATT
514 GCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAAGAGAA-T
* * ** * * *
19558695 TCAAAACATAAATATGCTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
575 T-AAAAAATAAATTTG-TTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * *
19558760 TCAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTT-TGGTTCATATAAGCTTATTTG
637 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTG
*
19558824 AAATAAAATAATACTAA
701 -AATAAAATAATACAAA
** * * * ** * *
19558841 GCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAAAAATT
1 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * * * * * *
19558906 TAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTCATCAT
64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCAT
* * * * * *
19558971 AAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
129 AAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
19559035 -AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCA-TT
192 CAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTT
* ** * ** * * * *
19559097 ATGATTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT-TTTTGTTATAAGACAATAG
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
19559161 TTTTTGTTCATAT-AGCTTATTTG-GATGAAAATAATAC--ATTTATTAATATTTCAACAATTAA
319 TTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
19559222 TAAGTAAA-A-ATTTTAAAAAATAAAT-ATGCTTACCGAACTAGATCAAATAGTTCATGACTATT
383 TAAG-AAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTTG-TTACCTAACTAGTTCAAATAGTT-ATGACTATT
** * * * *
19559284 TG-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAAAGAATTATTTTCAA
444 TGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTT--A
* * *
19559348 TTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAAATACTAAGTTATTGAATATTATGAAAAATTAATAAT
505 TTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAAT-AATACTAATTTATT-AATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
19559412 TAAGAG-ATTAAAAAAAATGAATCTGTTTGTCGAAAAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-AC
566 AAAGAGAATT--AAAAAATAAATTTG-TT-ACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAAC
* * * * *
19559475 AATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAATGATTT-TTTCTGTTCATAC
626 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTTGTTTCTATTCATAC
19559538 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA
690 AAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACAAA
* * *
19559566 TTTATTAATATT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-
1 TTTATTAATATTCAA--AAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
** * * * *
19559629 TATCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATC
63 T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATC
* * * * *
19559694 ATAAAATAATTGTTTCTG-TCATACATGTTTATTTCG-ATTAACAA-AATATTAATTTATTAATA
127 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
19559756 TTTTGACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTC
190 -TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
19559821 ATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
19559886 TTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAAT
319 TTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** *
19559951 GAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTACCTAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA
384 AAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTGTTACCTAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
** * * *
19560015 TTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
448 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAC
* *
19560080 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATT
512 AAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGAATT
19560145 -AAAAATAAATCTTGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTT
576 AAAAAATAAAT-TTGTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTT
* * * * * *
19560209 AAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTATTCATGCAAGCATATTTCGA
638 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GA
*
19560273 ATAAAATAATAAAAA
702 ATAAAATAATACAAA
* * **
19560288 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTTCTAAACATTTT
1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTT
* * *
19560352 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTT-AAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATA
* * * * *
19560416 AACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCA
130 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CA
*
19560481 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGA-AAGTTCAAATAGTTATGA
194 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGA
* *
19560545 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
258 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * *
19560610 TA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
322 TAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
19560674 TTGAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAA
387 --AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTGTT-ACCTAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * ** *
19560735 CTATTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
448 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAC
** ** *
19560800 AAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT---AAA-AGATT
512 AAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAAGAGAAT
* ** * * * * *
19560860 TAAAAACTAAATCTT-TATATTGAACCAATTCAAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTAT
575 TAAAAAATAAAT-TTGT-TA-CCAAACAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
19560924 CTCAAATCGTTATGA--TATTT-TTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
636 TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * *
19560986 GGAGTAAAATATTGATAAA
700 -GAATAAAATAAT-ACAAA
* * * * * * *
19561005 -TTAATAATATTC-----TAAATAA--AAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAA-TT
1 TTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-AAGTT
* * ** * * * * * *
19561061 CAAATAGATAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATA
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATA
* * * * * ** **
19561125 AAATAGTAT-TTTCAGTTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCA
130 AAACAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
** * *
19561189 AAAATTAATAAACAAAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
194 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
19561253 CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTC
258 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
19561317 AATTTATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAAAATTGATATA-
323 AGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AG
** * * * *
19561381 TTAGAGATTTAAAAAATACATC--G------AACTAGTTC-AATAATTATGGCCATTTGAACAAT
387 AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTGTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * * *
19561437 TATATATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTTCATCATACAAG
452 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAG
* * * * * * * *
19561502 CCTATTTG--GAAAATAGTATTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAGGAAGGAGATTTAAA
515 CTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAA
* * * * * * * * * *
19561564 AAATATATCTATT----TAC---TGAATTAGTTCT---TATTTAAACAATTATCTATTTTAAATT
579 AAATAAATTTGTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * **
19561619 ATTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATGAGCTTATTTGGAATAAAA
644 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAA
*
19561684 TAATACTAA
708 TAATACAAA
* * * * * * * ** *
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1 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * * * **
19561757 TCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTATCA
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* * * *
19561821 ATAAAACAATTGTTTCAGGTCATAGAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATT
127 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * *
19561884 CCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATT
192 -CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * ** *
19561948 ATGATTATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAATAACAAT
254 ATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAAT
* ** * * * * * *
19562012 TGTTATTTGAGCAT-TCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAAT
317 TGTT-TTAGTTCATAT-AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * **
19562075 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CTGAACTAGTTC-AACAGCAATGACTAT
380 TAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TGTTACCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * ** * * *
19562137 TTGAAACAATTGTAAACTTCAAATTGGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTTTG
443 TTG-AACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT-
* * * * * * *
19562201 TTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAA-AAGCTA
504 ATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA
* * * * * *
19562265 AGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAGTTC-AATA-TTAAGACTATATGAACAGTTAT
568 AGAGAATTAAAAAATAAATTT-GTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * **
19562328 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTAAATTCATA-ATAGC
632 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-TTTGTTTCTATTCATACA-AGC
* * **
19562392 TTACTTGAATAAAATAAAATGAA
694 TTATTTGAATAAAATAATACAAA
* * * * *
19562415 TTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-ATCCAG
1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACAAG
* * ** * *
19562479 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCA
63 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCA
* * * * * *
19562544 AAAAACAAATGCTTT-TATTCATATAAG-TT-TGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
128 TAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
19562606 TTTCAAATATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTT
190 -TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
19562667 TTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTG
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * ** *
19562731 TTTCTA-TTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGA
319 TTT-TAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
19562795 TAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CTGAACTAGATCAAATAATCATGA-TTTTTG
383 TAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTG-TTACCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
19562855 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAAATGTTTTAGTTCAT
446 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT
* ** * *
19562920 ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTC-AAAAATTAATAATAAAGA-A
510 ACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGA
* * * * * *
19562983 ATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
573 A-TTAAAAA-ATAAATTTG-TTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
19563048 ATTTGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAAGAATTT-TATCTATTCATACAATCTTA
634 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* *
19563111 TTTCAAATAATATAA-ATCAAA
697 TTT-GAATAAAATAATA-CAAA
* * * *
19563132 TTTATTAATATT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
1 TTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAA-GTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA
* *** * * * *
19563196 GTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATC
62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATC
* * * *
19563261 ATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGTTTATTT-AGATTAAAATAATATTAA-TTATTAATAT
127 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * *
19563324 TTGACAATTAATAAGGAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTGA-CAAATAAGTTCAAATAGTCC
191 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGT-T
* * * * *
19563387 ATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTAAT-AAACAATTG
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
**
19563451 TTTTCAGTTCATATAAGGTTTATTTG--AGCAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
319 TTTT-AGTTCATATAA-GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
*** * * * *
19563513 ATAAGTAAAGA-ACGAAAAAAAGAAATCCAT-TTACCGAA-TAAGTTC-AATAGTTATGACTATA
382 ATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTTGTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
19563574 TGAATAATTATCTATTTTAAAAAT-ATTATGA-CTTTCGTTTTG-CCTCAAAATAATTGATTTTG
444 TGAACAATTATCTA-TTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTG-TTTTA
* * *
19563636 TTCATGCAAGCTTATTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAA
505 TTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAA
* * *
19563700 -AAAATGT------T---TTT-TGA--ACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
569 GAGAAT-TAAAAAATAAATTTGTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * ** * *
19563751 TATTTCAAATC-TTATGATCTTTTGTTTCATCAT-AAACTAATTGTTTTTGCTCA-AAAAACTTA
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* *
19563813 TTCGAAATAGAAATAATACTAA
697 TTTG-AATA-AAATAATACAAA
* * * ***
19563835 TTTATTAAAATT-ATAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAAC-GAGTGAG
1 TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAAACAAG
* ** * *
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* * *
19563962 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCG----AAAATAATACTAATTTATTAATATTC
128 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** ** * *
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193 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
19564086 ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTT
257 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * *
19564151 TTA-TTCATACAAAATTA-TTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-
321 TTAGTTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* ** * * * *
19564213 ---AAGACATTTAAAAGCTAAATC-TGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAAC
385 AGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTG-TTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
19564274 AATTACCTATCTCAAAT-AGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATGC
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* ** * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * *
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638 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-
* *
19564530 AATAAAATAATATAAT
701 AATAAAATAATACAAA
* * * *
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* *
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* * * *** * *
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128 TAAAACAATTGTTTCT-G-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * *** ** *
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190 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
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*** * * * *
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* * * * ** ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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512 AAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTA
** * * * * * *
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577 AAAAATAAATTTG-TTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * ** * * * * *
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* ***
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* ** * *
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* * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* **
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AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
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TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAG
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TTTGTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
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A
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*
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* **
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*
19562219 GAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAAAAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
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* * * * *
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TATTTACCGAATAGTTCAACAGCAATGACTATTTGAAACAATTGTAAAC
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Alignment explanation
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*
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Statistics
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Done.