Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
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Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 102 of 125
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* *
19842176 TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGT
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* ** * *
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130 AAAGATTTAAA-AATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
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1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* *
19842357 ATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTT-TAAAAATTAATAAGT
66 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAG-
* * * * * *
19842421 TAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCATATAGTCATGTC
129 TAAAGATT-TAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
19842473 CATTTGAACT-GTTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTT-ACAATAAAATAATTGTT
1 TATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTT
* ** ** * *
19842535 TCCATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTC-AAATATTAATA
63 TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATA
* * *
19842599 AG----GATTTAAAAATAAATGTGTTT--------AGTTTAAATAGTTAAGAC
127 AGTAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
19842640 TA-TTAGAACATTTATCTATTCCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTT-
1 TATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * *
19842703 TAGTTCATACATGCTTA-TTCAAATATAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAGAAAATTAATAA
65 TA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAAATTAATAA
* *** * * * *
19842766 GTAAAAAATTTTTTTAA-AAATTTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
128 GT-AAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * *
19842819 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAACTTATTATGA-CATTTTATTTTATCATAAAACAATTATTT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * *** * *
19842882 -TAGTACATA-ACAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
64 CTA-TTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
19842932 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 151, Indels: 93
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 5 0.01
166 36 0.04
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168 3 0.00
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TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTA
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* * * *
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* * * ** *
19841816 GTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATAACAAAAATTAATGAGTA
65 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTA
* * * * *
19841881 AGAGAATTAAAAAAATGAATATGTTTACCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATCTAAATAATT
129 A-AG-ATT-TAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATCTAAATAATT
* * * * * * *
19841946 ATCTGTTTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGCAAGCT
191 ATATATGTCAAAACATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCATACAAGCT
* * *
19842011 TATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAGAT
256 TATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTCAAAAAAT
* * * * *
19842076 AAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACT
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** * **
19842113 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTG
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*
19842178 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA
* * ** * *
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130 AGATTTAAA-AATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATCTAAATAATTATA
* * * * * *
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* * * * *
19842373 TT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTATTATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTCAAAAAA
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* * *
19842436 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCATATAGTCATGTCC
320 TAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACC
** * * *
19842474 ATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT-ACAATAAAATAATTGTTTCC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTGTTTTGTC-ATAAACTAATTGTTT-C
** ** * *
19842538 A-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAATATTAATAAG-
64 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAGT
* * * * * * *
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128 AAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATCTA-AATAATTA
* *** * * * * * * * * *
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* * ****
19842717 TTATTCA-AATATAATAATACT-AATTTATTAAAATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTT
255 TTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTCA-AAAATTAATAAGT-AAAAATTCAAA
* * * * * * *
19842780 TAA-AAATTTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
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* * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACAATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTC
* * *** * *
19842883 AGTACATA-ACAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
64 AGTTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
19842932 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 129, Indels: 57
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
345 5 0.01
346 115 0.17
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348 73 0.11
356 12 0.02
357 8 0.01
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361 212 0.32
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Consensus pattern (357 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCAG
TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAA
GATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATCTAAATAATTATATA
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AGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTCAAAAAATAAATA
TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACC
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19843922 NNNNNNNNNN
** * * ** *
19843932 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCACCAATTAATAAGTAAAAAAAGTAAAAAATAAATATG
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** * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
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66 TTT-CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * *
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* ** * * *
19844293 TAAAATAATACAAATTTATTAATA-TAAAGAAAATTAATTAGTAAAACATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * *
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** *
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* ** ** * * * *
19844472 TTACAATAATGTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATAT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
** ** * * *
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* * *
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* * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
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* * * *
19844783 ATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AA
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* * * *
19844835 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATA
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** * * *
19844898 TGTTTTCTAAACACGTTTAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
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* * * * *
19844963 CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTGGAA
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* * *
19845016 TAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAACGAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATT
** * * * *
19845080 TGTTTACTAAACGAGTTCAACT-GTTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTCCAAATCACTAT
64 TGTTT-CCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
19845143 GATCTTTTATTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCCAAAA
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* * * *
19845199 TAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAAATTTATAAGT-TGAAGA-TTAAAAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
19845262 TGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCTATTACCTATTTCAAATCATTATG
64 TGTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** ** *
19845326 ACATTATATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAA
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* ** * * *
19845380 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TGA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
** ** * * * * * *
19845441 TTTATTGTGCCAGTTCCAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTAT-A-A
66 TTT-CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
19845504 TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATGCAAGCTTATTC-AGAG
130 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CATTCATACAAGCTTATTCGA-AA
* * * *
19845556 TAAAATATTGCTAATTTGA-TAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
1 TAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
19845619 TGTTTGCCGAACTAGTTCATATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
64 TGTTT-CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
19845684 CCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACATGCTTATTC-AAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * *
19845736 AAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAACTACA-A-ATTTTAAAAAATAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTA-AGAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
19845798 CTATTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATG
63 TTGTTT-CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
19845863 ACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTGAAA
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTC-GAAA
* * * * * *
19845917 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAATAATATGTAA-
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AA-AT-AAAT
* *** * * * * *
19845981 TT-TAT-CGAATTGGTTCAAATAACTT-T-AGCCATTTGAACAATTGTCTATTTCAATTCATTAC
63 TTGTTTCCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
19846042 AAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTC-TATCATATAAGCCTATTCAAAA
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAT-TCATACAAGCTTATTCGAAA
* *
19846097 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AATAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * ** * *
19846159 TTT----AC-----CAAACCAG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACT
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* * * * * * *
19846212 TTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAACTTATTCAAAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
19846263 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * **
19846328 TTTGTCGAAGC-AGTTGAAACAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
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* *
19846392 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * *
19846444 TACAATAATAATAATTTATTAATA-TTCTGAAAAGTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
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19846508 GTTTACCTAATAAGTTTAAATAATTATGGCCATGCCAATAATTAACTATTTCAAAT-AGTTATTA
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19846572 CCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTGA-ACATTCAAGCTTATTCAAAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
19846625 TAAAATAATACT-A---ATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
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19846686 TTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACC
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** * * ** *
19846751 TTTTGTACTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAA
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19846867 TCTGT-CGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
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* * * * * * *
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129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTT-CATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTCGA-AA
* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * *
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65 G-TTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * *
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129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAA
** * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * ** * * **
19847768 TGTTTACTGAATAAGTTCAAATCA-TTCTGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATG
64 TGTTT-CCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
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* ** * * * *
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* ** * * **
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64 TG-TTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * ** * * * *
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* * * *
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127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTC-ATTCATA-CAAGCTTA-TTCGAAA
* * * * *
19848248 TAAAATAAT-TTAAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * *
19848311 GTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCAATATGAC
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* * ** * *
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* * * *
19848428 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * ** ** *
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* * * *
19848557 CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTATTTGAAA
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* * ** *
19848609 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAGTAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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** *
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** * * * *
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** * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * *
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128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAG-CTTA-TTCGAAA
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * **
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129 CTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* ** * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * ** *
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** * * *
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129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATT
19850763 GAACAAGCTC
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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** * ** *
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** * * * * *** *
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** *
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* ** * *
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* * *
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* * **
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129 CTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACT
** * * * ***
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** * * * *
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* *
19844615 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTA-TTTGAAA
322 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AA
* * * * *
19844654 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * *
19844719 TTTACAGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTAGGACA
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* * * * **
19844784 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-
* * * * **
19844847 AATTTATTAATATTTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACA
192 AATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* * *
19844911 CGTTTAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
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* * * *
19844976 CATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTGGAA
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* * *
19845016 TAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAACGAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATT-AATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAATAAATTT
** * * * *
19845081 GTTTACTAAACGAGTTCAACT-GTTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTCCAAATCACTATG
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* * * * * * * *
19845144 ATCTTTTATTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCCAAAATAAAATAATG
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* * * * * *
19845209 CTAATTTATTAATATTCTAAAAAATTTATAAGT-TGAAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTCACCAA
190 CTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * * * * *
19845272 ACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCTATTACCTATTTCAAATCATTATGACATTATATT
253 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** ** ***
19845336 TTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAA
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA
* ** * * *
19845380 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTGATAAG----AGATTTAAAAACTAAATTTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
** ** * * * * * *
19845441 TTTATTGTGCCAGTTCCAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTAT-A-A
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* * * * * *
19845504 TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATGCAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTA
130 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTA
* * * *
19845569 ATTTGA-TAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACT
193 ATTT-ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* * * * * * * *
19845632 AGTTCATATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTAGT
256 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * **
19845697 CATAAAATAATTTTTTCAATTCATACATGCTTA-TTCAAA
321 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA
* * * * *
19845736 AAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAACTACAAA-TTTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT-AAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
19845800 ATTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGAC
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* * *** * * *
19845865 CTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** * * ***
19845930 CTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAATAATATGTA-ATTTATCGAATTGG
193 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
* * * * ** *
19845994 TTCAAATAACTT-T-AGCCATTTGAACAATTGTCTATTTCAATTCATTACAAACTTTTGTTTTGT
258 TTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ***
19846057 TATAAAACAATTGTTTTCTA-TCATATAAGCCTATTCAAAA
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* *
19846097 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AATAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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258 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ***
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323 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAA
* * * * * **
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *** * * *
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65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * * ** *
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129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA
* * * * * *
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193 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
* ** * * * ** *
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258 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
19846764 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAA
323 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AA
* * * * *
19846802 TAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAATAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* ** * * ** *
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65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * *
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130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTG--TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC
* * * * * *
19846995 TGAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTTAAAAATAATTTTGTTTACCTAAC
191 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * *
19847060 CAGTCCAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTGTTT
255 AAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTT
* * * * * * *
19847124 TATCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAA
318 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTTGAA
* * * * *
19847166 AAAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCTAATATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAA-TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
19847227 ATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAGCAATTA-CTTATTTCAAATCGTTATGA
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
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128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT
* * * * *
19847356 AATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAACA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACT
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* * * * * * * * * *
19847420 AGATCAAATAATCATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTTT
256 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* **
19847485 CATAAAA-AATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTGGGAA
321 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAA
* * *
19847524 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAA-TC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * ** *
19847587 ATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAAC
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * **
19847652 CTTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTCATTTCAAATAAAATAATAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT
* * *
19847717 AATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAT
192 AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* ** * * ** *
19847780 AAGTTCAAATCA-TTCTGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTT
255 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
19847844 GTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAT-AT
319 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TTGAA
* ** * * * * *
19847886 TAGAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTTATAAGCAAATGATTTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTT
* ** * * **
19847951 GCTTACTAAACAAGTTCAAATA-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGAC
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
19848015 CTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCTTATAAGTTTGTTTAAACTAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTA
* ** * * * * *
19848080 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATTTACCTAATAA
193 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
* ** * * * * *
19848144 GTTCAAATAGTTATTACTAGCTAAATAATTATTTATTTAAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGA
257 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
19848208 CATAAAACAATT-TATTCTGTTCA-ATCAAGCATATTTTGAA
321 CATAAAACAATTGT-TTCTATTCATA-CAAGCTTATTTTGAA
* * *
19848248 TAAAATAAT-TTAAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
19848311 GTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCAATATGAC
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * **
19848376 CTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
19848441 ATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTACC-AAGCGA
193 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAA
* * * ** ** * *
19848505 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTACAATCTTTTCTTTTGTC
257 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
19848570 ATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTA-TTTGAAA
322 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AA
* * *** *
19848609 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * * * * *
19848674 TTTACCAAATAACTTTAAACAATCATGTCCAATT-AATCTATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * **
19848738 ATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTTATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA
* * ** ** *
19848803 ATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATTAT
193 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
* * * * * **
19848864 TTCAATTAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATCTCAAATCACTATGATC-TTCATTTTGTCA
258 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** *
19848928 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAG
323 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA
* * ** * * * * *
19848966 TAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
*** * * * *
19849031 TTTGTTGAATC-AGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGAC
65 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * *
19849095 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAA-ATAAATAATACTC
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATA-AAATAATACTA
* * * * *
19849159 TTTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGA-AGTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
193 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* * * *
19849222 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTAT
256 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ****
19849287 CATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
321 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAA
* * * * ** **
19849327 TAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
19849392 TTTATCGAATC-AGTTTAAATAATT-TCACCATTTGAATAATTATCTATTTGAAAT-ATTTATGA
65 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * ** *
19849454 TCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAAATG-TTTTCATCATACAAGCTTGTTTCAAATAAAATAATACT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACT
* * * * *
19849518 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAGAAATATGCTTACCGAACTA
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
* * * * *
19849583 GTTTAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-AGCCTTTTGCTTTGT
257 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGT
* * * * *
19849647 CATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAA
321 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AA
* * * * * * * *
19849687 TACAATATTACTAATTTAATAATATTATAAAAAGTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * ** * * * * *
19849751 TTTGCTGAACCAA-TACAAATAGTTAAGGTTATATGAATATTTATCTATTTCAAA-CTGTTATAA
65 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGA
* * * ** * * * *
19849814 CCTTTTGTTTTATCGTAAAACAAATGTTTTCATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT
** ** * ** * **
19849879 AATTTATTAATATTTTGAAAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAGGTAAGTCCGTTTACCAAACCG
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
* * * * * *
19849940 GTTCAAATAGTTAT-AATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATCATTTGTTTTGT
257 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
19850004 CATAAAATAATTGTTTCTATTGATAC-AGTCTTA-TTCGAAA
321 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTTG-AA
* * * * * * * * * * *
19850044 TAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATCCTATAACTTAATAAGTAACAGACTTAAAAAATGAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * * * *
19850109 TTGGACTGACCAA-TACAAATGGTTATAAATGTTTGAACAA-TATCTATTTTAAAGT-GTTATAA
65 TT-TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA
* * * * * * * *
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128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-C
* * * * *
19850235 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCGATCA
191 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* * ** *
19850300 AGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
256 AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
19850364 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTTA-TTTCAA
320 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTTGAA
* * * * * * *
19850405 TTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAACTAATTATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * **
19850470 GTTTATCAAATAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGAC
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
19850535 TTTTTGCTTTT-TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATT
129 CTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT
** * * * *
19850599 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAATATAAATATGTTTACCGAACAA
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
* * * * ** * **
19850664 GTTCTAATTGTCATAACTACTTT-AGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCAT
257 GTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
19850728 CATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTA--TTGAA
321 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA
* ** * * * * * * * ** * **** *
19850766 CAAGCTCAA-A-T-AGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG-TTATGATCTTTTA
1 TAAAAT-AATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTA-ATAAGT-AAA-AGATT-TAAAAAATAA
* * * * **** * *
19850827 TTTTGTCATA--AAACAATTTTTTCTA-TTCAT-ACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
60 ATTTGT-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGAC-----TATTT-G-A-ACAATTAT-CT-AT
* ** * * ** ** ***
19850888 TT-ATTAAT-ATTCTAGAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAA-AA-TAAATTTGTT--TACCAA-
113 TTCA--AATCATTAT-GACCTT--TTGTTTTGTCA--TAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAAG
* * ** ** * * * * ** ***
19850946 ATAAGTTCAAATAGTCATGTTCATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTA-
170 CTTA-TTCAAATA-AAATAAT-A-CT-AATTTATTA-ATATTTCAAA-AATTAAT-AAGTAAGAG
* * * * * * ** *
19851008 TTTTATAGTAAAA-CAAT-TGTTT--CTATTC-A-TACATAATTATTTA-GA--A-TAAAATAA-
227 ATTTA-A--AAAATAAATATGTTTACCGA-ACAAGTTCA-AA-TAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *** ** ***
19851062 TAT-TGA-TTCATTAA-GATTTTGAAAATTAATAAGAGT-ATTAAAAACTAAATCTG-TT-TA-T
286 TATCT-ATTTCA--AATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCA-T-AAAAC--AAT-TGTTTCTATT
* * * *
19851120 CAAACTAGCTCAAATAGTTATGAC
342 CATACAAGCT----TA-TTTTGAA
*** * * *** *** * *
19851144 T-TTTTGA-AC-AA-TTA-T-ATATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTG-TTATAGAACAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAA-AATTA--ATAAGTA-AAAGATT-TA-AAAAATA
** * ** * * * * ** **
19851202 GTTTTTTTTTTC-ATATAAGCTTATTCAGATTAAGATAAT-ACTAATTT-AATAA-TA-AAAAAT
59 AATTTGTTTACCGA-ACAAG----TTCA-AAT-AG-TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTT
** * * **** * *
19851262 -AAATGTGTTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
115 CAAAT-CATTAT---G-ACC--TT----TTGTTTTGTC-A-TAAAACAA-T-TGT-TTT----T-
* * * * * * * *
19851326 GTT-ATGACATTTTGTTTAGTC--ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAACCT-TATTCAGAAT
159 GTTCAT-ACA---AGCTTATTCAAATAAAATAA-TA-CT-AATTTAT-TAA--TAT-TTC---A-
* * * * * * * * ** * **
19851387 AAAATAATACTAATTTACTA-AAACTCAAAAAATTAATAAG-TGAGAGATTTAAAAAAAT-AAAT
209 AAAAT--TAATAA-GTA--AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG----AACAAGTTCAAAT
* * * *
19851449 ATGTTTATTGAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG
265 A-G-TTA-TG----A-CT---AT---T-TGA--A---CAATTA-TC--TATTTCAAATCATTATG
* * * * * ***
19851514 ACCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAACTT-GTCCAAA
307 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAA
* * * * * **
19851568 CTAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAACCT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * **
19851633 ATATT-CC-AACCAGTTCAATTAGTTA-CACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATGA
64 GT-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
19851695 TC-TTTGTTTTGTCA-AAAAAAACTTTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTTAAATAAAAATAATA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATA
* * * * *
19851758 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTCTTTGCCAAAT
190 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-
* * * * * * ** * * * *
19851823 C-AGTTGAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAGTTGTTTTAACTTTTTGTTTA
254 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * **
19851887 GTCGTAAAACTATTGTTT-TAGTTCATTA-AAGCTTATTCAGAA
319 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-TACAAGCTTATTTTGAA
* * *
19851929 T-AAA-CAT--TAATTTATTAACATTCAAACAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * * * *
19851990 GTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT-TTTAAATTT-ATGAA-CTTTG
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT--ATTTCA--AATCATT-
* * * ** ** * * *
19852052 TTTACCGTAAACAATTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATA
124 ATGACC-T-----TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATA
* * * *
19852117 AAATAATACTACTTTTTTTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAACAAAATAAAT-TA
182 AAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATAT-
* * *
19852181 GTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAA--A---ATTGT----T-A--AT
244 GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTAT
* * * **
19852232 -A-CTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAACTTATTTAAAA
306 GACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTTGAA
* ** * * *
19852286 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAATTGATTTAAAAATTAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * ** *
19852347 TTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
19852412 TTTTGTTTTG-CATAAAACAATTATTTCTGCTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
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194 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGT
** * * * * * **
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259 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
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324 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAA
* * * * * *
19852642 T-AAATAAAACTAATTTGTTAATATTC-AAATTTTATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCT-
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TG
* * * * * * * * *
19852703 ATTACC-AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATTACT
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
19852767 TTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTATTTTTG-TCATATAA-TTTGTTTGAAATAAAATAATACTAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
19852830 TTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGCAAGAGATTTAAAAAGT-AATCTATTTA-CAAACCAT
194 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
* *
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* * * ** *
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322 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TTGAA
* * * * ** * * * *
19852994 TGAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAGTTAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTT
** ** * * * * * * *
19853058 AATTAATGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACGATTATCAATTTCAAATCTTTATGAC
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* ***** ** **** * *
19853123 CTTTTGTTTTATCATAAAACAAAAAAAATTT-TTCGCACAAGCTTATTTGGTTTAAGATAATACA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT
* * * * * *
19853187 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACCAAACCA
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
* * * *
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257 GTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
19853315 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTTGGAA
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* *
19853355 TAAATTAATACT-A---A--AAT-TT-AAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAGAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTA-AAAAATAAATTT
* * * * * * *
19853411 ATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * ** *
19853476 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACATGCTTAAATGGAATAAAATAATATTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTA
* * **
19853541 ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG--AGA-A-TT-AAAAATAAATTTGTTTATTGAATC-A
193 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAA
** * * * ** * * * *
19853600 GTAAAAATAATTATGGCCATTCAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTTGTT
257 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * ***
19853665 ATGAACCAATTATTTTTGA-TAAGACAAGCTTATTCAAAA
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* *
19853704 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * *
19853765 TTT-TCGAA-TAGTT---A-A---A--ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGACC
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* * * * * *
19853818 --TTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCCA
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* * * *
19853880 AATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA-ACTGTTTACCAAA
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* * *
19853943 TAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
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* ***
19854007 TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATACGGAA
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* * *
19854050 TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG----GGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
** * * * * *
19854111 TTTACTAAATC-AGAT-AAATAATTTTG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
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* ** * * * *
19854173 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTACATGCTTATTTGAAATAAAATAATAAT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
19854238 AGTTTA-TAATATTCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCGAATC-
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CA
* * * * * * *
19854301 GGTTCAAATAATTCTGGCAATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
256 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
19854366 CATAAAGCAATTGTTTTTCA-TCATACAAACCTATTTGGAA
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** * *
19854406 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
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* * * * * * * *
19854471 TTTACTGAAC-----C--A-A--T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTCATAATC
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* * * * * * **
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* * * * * *
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** *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
19854946 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAGTATGTTTACCAAACC
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* * * * **
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* * *
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTTG
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** * * * * * **
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
*** *
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* * * * *
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* * * ** **** ** ** *
19856017 AA-GTA-AAATATTT-AAAAAATAA-ATCT-TTTTACCTAATAAGTTCAAATA-G-TTA-TG-AC
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAT-AAATATGTTTACCGAAC
* * * * * * * * *** ** *
19856073 TATTTGAAA-AATTAT--TTATTTCAA-ATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCA-TAAAACAATTT
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* * * ** * * *
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** * ** * * *
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* * * * *
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** * * ** * * *
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* ** * * ** * *
19856355 TTATTAATA-TTCTAAAATTTAAGGAGTAAGAGATTTAAGAAAATGAATCTACTTACTGAATAAG
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* * * *
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* **
19856484 TAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCGAA
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* * * * *
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* ** * *
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* * *
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126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * *
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* * *
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254 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC-CTTTTGTT
* * * * * *
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* * * * * * **
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Statistics
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TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
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AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA
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* * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTT-CTTTGTCAT
* * * * *
19850550 AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
65 AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTAGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * *
19850615 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAATATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAA
130 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAA
* * *
19850680 CTACTTTAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCA-TAAAACAATTGTAT
195 CTACTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCAT-AGTAAAACAATTGTAT
19850744 CAATTCATATAGGCTTATTGAACAAGC
259 CAATTCATATAGGCTTATTGAACAAGC
*
19850771 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTAT-TTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTT-TCTTTGTCA
*
19850835 TAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 TAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTAGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * *
19850898 TCTAGA-AATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTC
127 T-TAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
* * *
19850962 AT--GTTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATAGTAAAACAAT
191 ATAACTAC-TTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATAGTAAAACAAT
* *
19851025 TGTTTCTATTCATA
254 TGTATCAATTCATA
19851039 CATAATTATT
Statistics
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Consensus pattern (285 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTCTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTAGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG
ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
TACTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATAGTAAAACAATTGTATCA
ATTCATATAGGCTTATTGAACAAGC
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Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 175
19850758 TTATTGAACA
* * * *
19850768 AGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTG
1 AGCTCAAATAGTCATGA-TTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTATTTTA
* * * *
19850832 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 T-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTCATTAAGA
*
19850897 TTCTAGAAATTAATAGGTAGGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-T
128 TTCTAGAAATTAATA---A-GAGTA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
* * * *
19850948 AAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
1 -AGCTCAAATAGTCATGATT--TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTT
* *
19851012 ATAGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACATA-ATTATTTAGAATAAAATAATATTGATTCATTAA
63 ATA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTCATTAA
* * *
19851076 GATT-TTGAAAATTAATAAGAGTATTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACT
126 GATTCTAG-AAATTAATAAGAGTATTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
* * *
19851126 AGCTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATATATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGT
1 AGCTCAAATAGTCATGA-TTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTT-A
* * * * * * * *
19851190 TATAGAACAATTGTTTTTTTTTTCATATAAGCTTATTCAGATTAAGATAATACTAATT
64 TATAAAACAATTG--TTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
19851248 TAATAATAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGCTCAAATAGTCATGATTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTCATTAAGATTC
TAGAAATTAATAAGAGTATTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
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Period size: 467 Copynumber: 1.9 Consensus size: 465
19850288 GTTTATCGAT
* * * *
19850298 CAAGTTCAAATAGTTACTACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTT
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* *
19850363 GTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAA
66 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAA
* * *
19850428 TATTTAGACAACTAATTATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAGTAG
131 TATTTAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAG
* * * ** * * *
19850493 TTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGCTTTTTCATAAAATAAT
196 TCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTTTCATAAAACAAT
* * * * * * *
19850558 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
261 TGTTTCTATTCATACAAGATTATTAGAATTAAAATAATATTAATTCATTAAGATTTTGAAAATTA
* * * * * *
19850623 ATAAGTAAAAGATTTTAAATATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAACTACTTTA
326 ATAAG---AAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTCATAACTACTTTA
** * * * *
19850688 GTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATA
388 ACAATTATATATCTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATA
19850753 TAGGCTTATTGAA
453 TAGGCTTATTGAA
* * * * *
19850766 CAAGCTCAAATAGTTA-TGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTT
1 CAAGCTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTTATTT
* *
19850830 TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG-TTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATT
65 TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATT
* ** *
19850893 AATATTCTAGA-AATTAA-TAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAA
129 AATATT-TAGACAACTAATTA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAA
* *
19850956 ATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTTAT-AGTA
192 ATAGTCATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTT-TCA-TA
*
19851018 AAACAATTGTTTCTATTCATACATA-ATTATTTAGAA-TAAAATAATATTGATTCATTAAGATTT
254 AAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGATTA-TTAGAATTAAAATAATATTAATTCATTAAGATTT
* * * * *
19851081 TGAAAATTAATAAG-AG-TATTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACTAGCTCAAATAGTTATGAC
317 TGAAAATTAATAAGAAGATATTAAAAA-TAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTCATAAC
*
19851144 T-TTTTGAACAATTATATATCTCAAATCATTATGA
381 TACTTT-AACAATTATATATCTCAAATCATTATGA
19851178 TCTTTATTTT
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 55, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (465 bp):
CAAGCTCAAATAGTTACTACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTTATTTT
GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAA
TATTTAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAG
TCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTTTCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATACAAGATTATTAGAATTAAAATAATATTAATTCATTAAGATTTTGAAAATTA
ATAAGAAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTCATAACTACTTTAACA
ATTATATATCTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAG
GCTTATTGAA
Found at i:19852464 original size:176 final size:176
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Indices: 19852233--19857047 Score: 2495
Period size: 180 Copynumber: 27.2 Consensus size: 176
19852223 ATTGTTAATA
* *** * **
19852233 CTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT
1 CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** * * *
19852298 AATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAATTGATTTAAAAATTAAATCTATTTACCGAACTAGTTT
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**
19852363 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
129 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
19852411 CTTTTGTTTTG-CATAAAACAATTATTTCTGCTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * ***
19852475 ATGTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAACTAG
66 ATTTATTAATA-TTTCAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAG
* ** * * * * *
19852540 TTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATCATTTATTTCATATCATTATGAC
126 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* ** * * * * * * * *
19852591 CTTTTATTTTGTTTTAAGACAA-TATTTCAGCTCATATAAGTTTACTT-GGAAT-AAATAAAACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * * * *
19852653 AATTTGTTAATA-TTCAAATTTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTCT-ATTACC-AACCAG
65 AATTTATTAATATTTCAAA--AT-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAG
* * * * *
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* * * * * * * * *
19852766 TTTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTATTTTTG-TCATATAA-TTTGTTTGAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
19852829 ATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGCAAGAGATTTAAAAAGT-AATCTATTTA-CAAACCAT
66 ATTTATTAATATTT-CAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAG
* *
19852892 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGTAATAATTATCTATTT-AAATCATTATAAC
126 TTCAAATAATTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * ** * *
19852942 CTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTC-ATAATGAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * * * * ** ** *
19853006 AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAGTTAATCTAATTAATGAACCA
65 AATTTATTAATATTTCAAAA-TTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA
* * * * * *
19853071 GTTCAAATAATTAAGACTATATGAACGATTATCAATTTCAAATCTTTATGAC
125 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* **** ** * *** *
19853123 CTTTTGTTTTATCATAAAACAAAAAAAATT-T-TTCGCACAAGCTTATTTGGTTTAAGATAATAC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
19853186 AAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACCAAACC
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT
* * * * *
19853251 AGTTC--ATAGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
124 AGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
19853303 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAATTAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
** * * * * *
19853367 AAAAT-TTAAAAATT---AA-TAAGAAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGT
65 AATTTATTAATATTTCAAAATTAA-TAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGT
* * * *
19853426 TCAAATAATCATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
127 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * *
19853476 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACATGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACT
* * ** *
19853540 AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTATTGAA-TCAGTA
65 AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTT
* * * ** *
19853603 AAAATAATTATGGCCATTCAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC
128 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * * * * *
19853652 CTTTTATTTTGTTATGAACCAATTATTTTTGATAAGACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * *
19853717 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-TCGAA-TAG-T--
66 ATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCA
* * * *
19853777 --TAA--A--ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGAC
130 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
19853817 C--TTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCC
1 CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * *
19853879 AAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAAACTGTTTACC-AA
64 TAATTTATTAATATTTC--AAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * *
19853942 ATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCATTATGAC
122 CT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATAAC
* * *
19853998 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATACGGAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
19854062 AATCTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAATCAGAT
65 AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTT
* * *
19854126 -AAATAATTTTG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-
128 CAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC
* * * * *
19854174 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTACATGCTTATTTGAAATAAAATAATAATA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
19854239 GTTTA-TAATATTCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCGAA-TCG
66 ATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-A
* * * *
19854302 GTTCAAATAATTCTGGCAATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-
125 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC
* * ** * * * *
19854354 CTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCATCATACAAACCTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* *
19854419 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC---
66 ATTTATTAATATTTC-AAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAG
* * * * * *
19854481 --C----AA-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTCATAAT
126 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * * *
19854523 CTTTTGTTCT-ACTATAAAATAATTGTTTCAGTTCACATATGCTTATTCGAAATAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
19854587 AATTTAATAATATTTCAAGAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAAATAGATCTGTTTGCCGAAGT
65 AATTTATTAATATTTCAA-AA-T--TAA-TAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTACCGAACT
* * * * * * *
19854652 AGTTCAAACATTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
124 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
** * * * *
19854705 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGCAATAAAATAATACA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
19854769 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAA-TCATTT
65 AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTT
* * * * * *
19854833 CAAATAATTAGGGCCATTTCAACAATTATCTATATCAAATCATTATTAC
128 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
19854882 CTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTT-TTTATCATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * *
19854946 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAGTATGTTTACCAAACC
65 AATTTATTAATATTTC-AAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACT
* * * * * *
19855010 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTTAAATTATTATAAC
124 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * *
19855063 CTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTAACACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
** * * * * ** *
19855127 AACGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTCAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCA
65 AATTTATTAATATT-TCAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA
* * ** * * * * ***
19855192 GTTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATTGGTATGAAC
125 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC
* * * * *
19855245 C-TTTGTTTTG-CTGTAGAACAATT-TTTCAGTTCTTAGTAA-CTTATTC-AGAATAAAATAA-A
1 CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA
* * *
19855304 ATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTGCC-A
63 CT-AATTTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * *
19855368 AGCTAGTTCAAATAATTATGTCTATTTGAATAGTTATTTATTTCAGATCGTTATGACATAAAAC
121 A-CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT----TATAAC
* * * * * * * * * *
19855432 AAATGTTTTGTTCAT-TCATAAAACAAATGTTTTTTTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAACAA
1 ----CTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * ** *
19855496 GATTAATTTATTAATA-TT-----TT--GAA-A-ATTAAAAAAATAAAATCT-ATTACTAAACAA
61 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAACTA
* * * * *
19855550 GTTCAATTAGTTATAACTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-
125 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
19855600 CTATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATGCATA-TAGTCTTATTC-AGAATAAAAATAAT
1 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCGA-AAT-AAAATAAT
* ** * * **
19855663 GCTAATTTACGAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGCAACGAATTTAAAAAACAAATCTATTGGCCTG
62 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TTAATAAG--A-G-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-G
* * * * * * * * *
19855727 -ACCAGTGCATATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAC
120 AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * ** * * * * *
19855783 ATTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCATATTCAAAATAATATATTTCT
1 CTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
19855848 AATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTATTTACCGAACAA
65 AATTTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA
*** *
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* * * *
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1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATA
* * * ** ** ** ** *
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63 CTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTT
* ** * ** *
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128 CA--AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * * * * *
19856108 TTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTTCTTCACACAAACTTATTTGGATTAAAATAATA-TA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-
* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* ** *
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* * * * *
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* * *
19856470 CTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCG-AATAAAATAAT--T
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACT
* * * * * * **
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65 -AATTTATTAATATTTC-AAAATTAAT--A-AGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-C
* *
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* * *
19856649 CTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
19856826 TCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGTTTATTCTAAATAAAATTATACT
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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Statistics
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* *** * ***
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* * * * * *
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* **
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* * * * * ***
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * ** ** * *
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* * * * * * * * ** ** *
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* * * * * *
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* **** ** * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * **
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** * * ** *
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* * * * * * * * * **
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* *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * ** *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
19854174 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTACATGCTTATTTGAAATAAAATAATAATA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
19854769 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGTGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAA-TC
65 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-
* * * * * * *
19854829 ATTTCAAATAATTAGGGCCATTTCAACAATTATCTATATCAAATCATTATTAC
129 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * *
19854882 CTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTT-TTTATCATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * ** * * * *
19854946 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAGTATGTTTACCAAACC
65 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACT
* * * * * *
19855010 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTTAAATTATTATAAC
129 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * *
19855063 CTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTAACACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
** * * * * * ** *
19855128 ACGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTCAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAG
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* * ** * * * * ***
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131 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC
* * * * * * *
19855245 C-TTTGTTTTG-CTGTAGAACAATT-TTTCAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAA-AA
1 CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
* * * *
19855305 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTGCC-AA
64 T-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * *
19855369 GCTAGTTCAAATAATTATGTCTATTTGAATAGTTATTTATTTCAGATCGTTAT
127 -CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
19855422 GACATAAAAC
Statistics
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CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAG
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
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19856242 ATAGTCATAA
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*
19856268 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
19856285 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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CTATTTCAAATAATTAT
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19855998 TATTTCAAAT
* * *
19856008 AAAATTAATAAGTAAA-ATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCT-AATAAGTTCAAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGTAAAGAT-TTAAAAAAATAAATC-TATTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
19856071 ACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTT
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* * * * * * * *
19856136 TTCTTCACACAAACTTATT-TGGATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTT
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** * * * * *
19856189 CCAATTAATAAGTATAAGATTT--TAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATA
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* * ** * *
19856251 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTAT
63 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
19856316 C-AGTTCATATAGGCTTATTCTAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTA
127 CTA-TTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* ** * * * *
19856369 AAATTTAAGGAGTAAGAGATTTAAGAAAATGAATCTACTTACTGAATAAGTTCAATTAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAATAAATCTA-TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
19856434 TTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * *
19856499 TATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAAT--TAAATTTGTCAATATT-TCA
128 TATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-A
* * * ** * *
19856550 AAAATTAATAAATAAAAATTAAAAAAAATAAATCTATTTTTGAACCCA-TTCAAATAATTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
*
19856614 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* *
19856679 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
129 ATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * *
19856730 AAAATTAATAAGTTAAATATTTAAAAAAAT--ATGT-TTACTGAGCAAGTTAAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
19856792 TATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATAGTTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
19856856 TATTCAAACAAGTTTATTCTAAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTTA
128 TATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * * * * *
19856908 CAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTCACA
1 AAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAAATAAATCT-ATTACT-GAACAAGTTCAAATAGT--TA
* * * * *
19856972 TG-C-ACTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAA-AAGTA
61 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTG
19857034 TTTCTATTCATACA
124 TTTCTATTCATACA
19857048 TATTCTGCAA
Statistics
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0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.01
178 146 0.21
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182 187 0.27
183 10 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
Found at i:19857165 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 19856908--19857177 Score: 416
Period size: 146 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
19856898 TAATATTTTA
* * * *
19856908 CAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCACAT
1 CAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAT
* * *
19856973 GCACTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAAAAGTATTTC
66 CCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAAGTATTTC
19857038 TATTCATACATATTCTG
130 TATTCATACATATTCTG
* * * **
19857055 CAATTTAATAGGTAGAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAGTTGACATAGTCATGT
1 CAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAT
19857119 CCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAGT
66 CCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAGT
19857178 TGTTTATGTT
Statistics
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0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 7 0.06
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (146 bp):
CAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAT
CCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAGTATTTCT
ATTCATACATATTCTG
Found at i:19857648 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19857059--19857993 Score: 599
Period size: 182 Copynumber: 5.2 Consensus size: 176
19857049 ATTCTGCAAT
* * * * * * * * *
19857059 TTAATAGGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGC-AAGTTGACATAGTCATGTCCA
1 TTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA-CTAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
*
19857122 CTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGTTG-TTTA
64 -TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGAACTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTA
* * * * * * **
19857184 TGTTCAT-ACAGAATTATTGAAAATAAAATAACATTGATTTATTAATATTTTGAAAA
125 -GTTTATAAAAG-ATTATTG-GAATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATTTCAAAAA
* * * * *
19857240 TT--T-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGATTAT
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-
* *
19857300 TTA-AACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGAACTTTAT-TTTGTCATAGAACAATTGTTTCT--
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGAACTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
* * * * * *
19857361 TTCATACAAGCATT-TTGGATTAAAATAATATTGATTTAATAATATTCCAAAAA
126 TTTATAAAAG-ATTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TT-CAAAAA
* * *
19857414 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAC-ATTTGCTAAACTAA-TTCAAATAGTTAGGACTA
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACT-AACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * *
19857477 TCAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGT
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGAACTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * *
19857542 TTATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCGAAAAG
127 TTATAAAAGATTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTC-AAAAA
* ** *
19857595 TTAGTAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGATAAGACTA
1 TTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * ** * *
19857659 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGT
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTGAA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* *
19857724 TTATAAAA-ACTTACTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAA
127 TTATAAAAGA-TTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATTTCAAAAA
* * * ** *
19857777 TTATTAAGTAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAAC-CAGTTCAAATAGTTATA-ACTAT
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACTAAGTTCAAATAGTTA-AGACTA-
* * * ** * * ** *
19857840 TTA-AATAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATAATTGT-TTTGTCATAAAGTAATTGTTTTTG
64 TTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTT-TGA-ACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * * * *
19857902 ATCATATAAGCTGATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
126 TTTATAAAAGATTATTGGAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTA-ATTTCAAAAA
* *
19857956 TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACT
1 TTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
19857994 GAATTAGTTT
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 106, Indels: 92
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 3 0.00
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
AGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTGAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAT
AAAAGATTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTCAAAAA
Found at i:19857994 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 19857248--19858002 Score: 782
Period size: 360 Copynumber: 2.1 Consensus size: 358
19857238 AATTTATAAG
* * * *
19857248 AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-TAGTTCAAATAGATAAGACTATTTAAACAATTAT
* * * * * *
19857312 CTATCTCAAATTGTTATGAACTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTCATACAAGCATTTT
64 CTATCTAAAATTGTTATAAACTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTTTCATAAAAACATTTT
* * * *
19857377 GGATTAAAATAATATTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
129 GAAATAAAATAATACTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
19857442 TACATTTGCTAAACTAATTCAAATAGTTAGGACTATCAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCT
194 TACATTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAGAACTATCAGAATAAATATCAATTTCAAATCATTAT
* * * * *
19857507 GAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATA
259 GAAC-ATTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGATCATATAAGCTGATTCGGAATAAAATAATA
* * * *
19857572 CTAATTTATTAACTTTCGAAAAGTTAGTAACCAAGA
323 CTAATTTAATAAATTTCGAAAAATTAATAACCAAGA
* *
19857608 A-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTGAACAATTAT
1 AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT-AGTTCAAATAGATAAGACTATTTAAACAATTAT
* *
19857672 CTATTTAAAATTGTTA-AAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTT-ATAAAAAC-
64 CTATCTAAAATTGTTATAAA-C-TTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTC--TTTCATAAAAACA
* * *
19857734 TTACTTGAAATAAAATAATACT-ATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAA
125 TT--TTGAAATAAAATAATACTGA-TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
* * * * * * *
19857798 AACTAAA-GCTATTT-TTTAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTA-AATAAATATCAATCTT-
187 AAATAAATAC-ATTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAGAACTA-TCAGAATAAATATCAAT-TTC
* ** * *
19857859 AAATCATTATGATA-ATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTTTGATCATATAAGCTGATTC-GAA
249 AAATCATTATGA-ACATTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGATCATATAAGCTGATTCGGAA
**
19857922 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A
313 T-AAAATAATACTAATTTAATAA-ATTTCGAAAAATTAATAACCAAGA
*
19857968 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAATTAGTT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAGTT
19858003 TGAATAGTTA
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 52, Indels: 36
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
359 6 0.02
360 100 0.31
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362 54 0.17
363 69 0.21
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAGTTCAAATAGATAAGACTATTTAAACAATTATCT
ATCTAAAATTGTTATAAACTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTTTCATAAAAACATTTTGA
AATAAAATAATACTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATA
CATTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAGAACTATCAGAATAAATATCAATTTCAAATCATTATGA
ACATTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGATCATATAAGCTGATTCGGAATAAAATAATACTA
ATTTAATAAATTTCGAAAAATTAATAACCAAGA
Found at i:19858437 original size:854 final size:855
Alignment explanation
Indices: 19857245--19858846 Score: 2457
Period size: 854 Copynumber: 1.9 Consensus size: 855
19857235 GAAAATTTAT
* * * * *
19857245 AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCTAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATT
1 AAGAAATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
** *
19857310 ATCTATCTCAAATTGTTATGAACTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTCATACAAGCATT
66 ATCTATCTCAAATCATTATGAACTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTCATACAAGCATT
*
19857375 TTGGATTAAAATAATATTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
131 TTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* *
19857440 AATACATTTGCTAAACTAATTCAAATAGTTAGGACTATCAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
196 AATACATTTGCTAAACTAATTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
** * * * *
19857505 CTGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAA
261 CTGAACTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAA
* * * *
19857570 TACTAATTTATTAACTTTCGAAAAGTTAGTAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
326 TACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * * * *
19857635 AATAAGTTCAAATAGATA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGT
390 AACAAATTCAAATAAATATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTAAAACCTTTTGT
* * *
19857699 TTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAACTTA-CTTGAAATAAAATAATACTATTTTAT
454 TTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATC-TGAAATAAAATAATACTACTTTAT
* *
19857763 TAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTT-AACCAGTTCAAA
518 TAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCAAA
* * * *
19857827 TAGTTATAACTATTTAAATAAATATCAATCTTAAATCATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTA
583 TAGTTACAACTATTTAAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATAATTGGTTTGTCATAAAATA
*
19857892 ATTGTTTTTGATCATATAAGCTGATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
648 ATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
19857957 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAATTAGTTTGAATAGTTATGGCTTATA
713 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAATTAGTTTGAATAGTTATGGCTTATA
19858022 AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGGAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGA
778 AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGGAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGA
19858087 AAAATTCATAAGC
843 AAAATTCATAAGC
*
19858100 AAGAAATTTGAAAAA-TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
1 AAGAAATTT-AAAAACTAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
19858164 TATCTATCTCAAATCATTATGATA-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGC
65 TATCTATCTCAAATCATTATGA-ACTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTTCATACAAGC
* *
19858228 ATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTT-AGA
128 AT-TTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** * *
19858290 ATTAAATATGTTTG-TCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAA
192 AATAAATACATTTGCT-AAACTAATTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAA
* * *
19858354 TCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAA
256 TCATTCTGAACTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAA
* *
19858419 AATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT
321 AATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
** *
19858484 ACTGAACAAATTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACTTTT
386 ACTGAACAAATTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTAAAACCTTT
* *
19858549 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAGTACTTT
451 TGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTT
*
19858614 ATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCA
516 ATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCA
* * * * **
19858679 AATAGTTACGACTATTTAAATAAATGTCAATCTCACATGATTATGATCTTTGGTTTGTCATAAAA
581 AATAGTTACAACTATTTAAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATAATTGGTTTGTCATAAAA
* * * **
19858744 TAATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAA
646 TAATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
*
19858809 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTAC
711 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTAC
19858847 CAAATCAGTT
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 68, Indels: 17
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
853 184 0.27
854 315 0.47
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856 21 0.03
857 47 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (855 bp):
AAGAAATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
ATCTATCTCAAATCATTATGAACTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTCATACAAGCATT
TTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATACATTTGCTAAACTAATTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
CTGAACTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAA
TACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
ACAAATTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTAAAACCTTTTGTTT
TATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
TATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCAAATAG
TTACAACTATTTAAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATAATTGGTTTGTCATAAAATAATT
GTTTTTGATCATACAAGCTGATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAATTAGTTTGAATAGTTATGGCTTATAAAA
TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGGAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAA
ATTCATAAGC
Found at i:19858578 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19858019--19859325 Score: 1121
Period size: 181 Copynumber: 7.2 Consensus size: 180
19858009 GTTATGGCTT
* * *
19858019 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGGAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC-TT
* * * * * *
19858084 TGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTAT
65 TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
19858149 GACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TATTTATTTTGTC
130 GACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATC
** * * * * *
19858199 ATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTT
* * * * *
19858264 TCAAAAATTAATAAGTAAG--ATTT-AGAATTAAATATGTTT-GTCGAACTAGTTCAAATAGTTA
65 TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * **
19858325 GGACTA-TAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA-TCTTTCATTTAGTC
129 TGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTA-TC
* *
19858377 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTT
* * **
19858442 CAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAAATAT
66 C-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
19858507 AACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACTTTTTGTTTTATC
130 GACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATC
* * * * * * *
19858558 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTT
* * * * * * **
19858623 TCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAA-TTCAAATAGTTA
65 TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
19858687 CGACTATTTAAATAAATGTCAATCTCACAT-GATTATGA-TCTTTGGTTTGTC
129 TGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACTTTTTGTTTTATC
* ** * * *
19858738 ATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTTGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATATTA-
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTT-AT-TAAC
** * * **
19858801 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGT
63 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGT
** * * *
19858865 TAACACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTG-TTTAGTC
127 TATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTA-TC
* * * *
19858919 GTAAAATAATTGTTTCAGTTCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC-TT
* * *
19858984 TGAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTA
65 TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
19859048 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTATC
129 TGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTTGTTTTATC
* * ** ***** * * *
19859100 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAATTTAACCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTT
* * * * * *
19859165 TTAAAGATCAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAAT-AGTTTA-TCGAATC-ACTTCAAATAA
65 TCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * *
19859226 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTC
126 TTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATC
* **
19859281 ATAAAACAATTGGTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTTAAATAAAAT
1 ATAAAACAATT-G-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
19859326 CGTTATTTCC
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 188, Indels: 77
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 71 0.08
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179 8 0.01
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181 476 0.53
182 43 0.05
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATC
Found at i:19858812 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 19858019--19859292 Score: 1188
Period size: 361 Copynumber: 3.5 Consensus size: 359
19858009 GTTATGGCTT
*
19858019 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGGAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GGAAAAAATAATACTAATTTATTAACTTT
* * *
19858084 TGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTAT
65 TG-AAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
19858149 GACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
129 AACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
** * * * * *
19858213 TCTTTTCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
194 TCAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
19858278 GTA-AGATTT-AGAATTAAA-TATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTA-TAAGAATA
259 GAAGAGATTTAAAAAATAAACTAT-TTT-TTGAACTAATTCAAATAGTTACGACTATTTAGAATA
* * * *
19858339 ATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTC
322 AATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTCATTTAGTC
* * *
19858377 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAACTTT
** * * **
19858442 CAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAAATAT
65 -TGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *
19858507 AACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
129 AACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
19858572 TCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAA
194 TCAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
19858637 GCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCAAATAGTTACGACTATTTA-AATA
259 G-AAGAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTTTTGAACTAATTCAAATAGTTACGACTATTTAGAATA
* * * **
19858701 AATGTCAATCTCACATGATTATGATCTTTGGTTT-GTC
322 AATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTCATTTAGTC
** * * *
19858738 ATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATATTA-T
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGA-AAAAATAATACTAATTT-AT-TAACT
* * * *
19858802 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTT
63 TTTGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
19858866 A-ACACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTG-TTTAGTCGTAAAATAA
127 ATA-ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAA
* *
19858928 TTGTTTCAGTTCA-AACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAA
189 TTGTTTCAGTTCATAA-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAA
* ** *
19858991 TTAAT-AGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTA
252 TTAATAAG-AAGAGATTT-AAAAAATAAA-CTATTTTTTGAACTAA-TTCAAATAGTTACGACTA
* * * * * * **
19859054 TTT-GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA-TC
313 TTTAGAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTCATTTAGTC
* * * ** ***** * *
19859100 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAATTTAACCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA-TAT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAACT-T
* * * * * * *
19859164 TTTAAAGATCAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAAT-AGTTTATCGAATC-ACTTCAAATAA
64 TTGAAA-ATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * *
19859226 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAT
125 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
19859291 TG
190 TG
19859293 GTTTTCAACA
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 132, Indels: 58
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 3 0.00
358 144 0.19
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363 17 0.02
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAAAAATAATACTAATTTATTAACTTTT
GAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAA
CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
AGAGATTTAAAAAATAAACTATTTTTTGAACTAATTCAAATAGTTACGACTATTTAGAATAAATA
TCAATCTCAAATCATTATGATCTTTCATTTAGTC
Found at i:19859066 original size:542 final size:537
Alignment explanation
Indices: 19858019--19859315 Score: 1471
Period size: 542 Copynumber: 2.4 Consensus size: 537
19858009 GTTATGGCTT
* * * * ** * *
19858019 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGGAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-T
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAA-TAT
* * * * *
19858083 TTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTA
65 TTCAAAAATT-ATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAAGCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
19858148 TGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
128 CGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTAGTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
19858213 TCTTTTCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
193 TCTTATCATACAAGCATATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** * **
19858278 GTAAGATTTAGAATTAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTA
258 GTAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAACACTATAAGAATAATTA
* * * *
19858343 TCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT
323 TCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAAACAAGCTT
*
19858408 ATTTGGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
388 ATTTGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
*
19858473 TAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCG
453 TAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCA
19858538 CTATG-ACTTTTTGTTTTATC
518 CTATGAAC-TTTTGTTTTATC
*
19858558 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
***
19858623 TCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAA-TTCAAATAGTTA
66 TCAAAAATTA-TAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAAGCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
19858687 CGACTATTTAAATAAATGTCAATCTCACATGATTATGATCTTTGGTTTGTCATAAAATAATTGTT
128 CGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTAGTTTGTCATAAAACAATTGTT
* **
19858752 T-TTGATCATACAAGC-TGATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAAT
193 TCTT-ATCATACAAGCAT-ATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* *
19858815 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAA-TCAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAA
256 AAGT-A-AGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAACACTATAAGAA
* ** * * *
19858879 TAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCGTAAAATAATTGTTTCAGTTCAAAC
317 TAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAAAC
* ** * *
19858944 AAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT
382 AAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
* * ** * *
19859008 GAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
447 -AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTT
*
19859073 AAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATC
511 AAAATCACTATGAACTTTTGTTTTATC
* * * ** *
19859100 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAATTTAACCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
* * * * * * * * *
19859165 TTAAAGATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ATAGTTTATCGAATC-ACTTCAAATAATT
66 TCAAAAAT-TATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAAGCTA-TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
** * * * * * * * ** *
19859228 ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG
127 ACGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTAG-TTTGTCATAAAACAATT-
* * *
19859293 GTTT-TCAACATACAAGCTTATTT
190 GTTTCTTATCATACAAGCATATTT
19859316 TAAATAAAAT
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 99, Indels: 34
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
538 10 0.02
539 208 0.32
540 4 0.01
541 20 0.03
542 354 0.55
543 38 0.06
544 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (537 bp):
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
TCAAAAATTATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTACGA
CTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTAGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
TATCATACAAGCATATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAACACTATAAGAATAATTATCT
ATTTCAAATCATTCTAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAAACAAGCTTATT
TGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAA
ATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTA
TGAACTTTTGTTTTATC
Found at i:19859253 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19859221--19859253 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
19859211 AATCACTTCA
19859221 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
19859239 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
19859254 CAAATCGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:19859875 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19859334--19862244 Score: 1987
Period size: 181 Copynumber: 16.3 Consensus size: 178
19859324 ATCGTTATTT
* * * * ** *
19859334 CCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGA-ACATACAAGCTTATTTTATGTAAAATAATACT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCATTCATACAAGCTTATTCGA-ATAAAATAATACT
* * * * * *
19859398 AATTTATTAATATTTCAAGAATT---AGTATGAGATTCAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAG
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAG
* * *
19859460 TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * ** * * * * *
19859510 TCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAATAAAGTAATACAA
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTA
* ** * * * * *
19859575 AATTAAAAATA-TTCTAAAAATCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTGCTGAACCA
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACTGAACCA
* * * ** * * * *
19859638 GTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTA
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* ** *
19859689 CCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTTCATCTCATCCAATTTTATTCGTAATAAAATAAAAC
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTATTTCAT-TCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATAC
* * * *
19859753 TAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAAAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAATTTATTTACTGAACC
63 TAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACC
* * * ** *
19859818 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAA
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* ** *
19859870 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTA
* * * * * * * * **
19859935 ATCTAATAAGA-TTCTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACCA
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCA
* * * * * *
19859999 CTTCAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGG
128 GTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * *
19860050 CCTTTTAG-TTTGTCGTAAAACAAATT-TTTCAGTGCTTACTAA-CCTATTTGGAATAAAACAAA
1 CCTTTT-GTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCA-TTCATAC-AAGCTTA-TTCGAATAAAATAAT
* * * ** *
19860112 ACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-TTATGTTTGTCA
61 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-AAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT-TTACT-G
* * ** *
19860175 AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
123 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
** * * * * * *
19860231 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATCAAATAATAT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTCATTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATAC
* * *
19860295 TAATTTA-TAATATTTTAAAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACC
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-GAACC
* * * **
19860355 AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * *
19860407 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGC
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAG-CTTATTC-GAATAAAATAATAC
** ** ** * **
19860471 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTG-A
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTATT-TACTGAA
* * * * * **
19860534 CCAATGCAAATAATTATGGCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
125 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * ** * * *
19860588 CCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAGCTTATTCAGAATAATATAATTCT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
19860653 AATTTATTAATAGTCCAAAAATTAATGAGTAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCA
* * *
19860718 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTTGTTATGA
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * *
19860769 CCTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-
1 CC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
* * * * * * * * * **
19860833 TAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGCAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAA-
63 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAAC
*
19860896 CACGTTCAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
126 CA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * ** * * *
19860949 CCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTGCTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAATAAAATAATAT
1 CCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
* * * ***
19861013 TAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAGTG
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACC
* * * *
19861078 AGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * *
19861130 TCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACT
* * ** ** * ** *
19861195 AATTTAGTAATAGTAAAAAAATT---AGTTGGA-AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCA
* * * * * * * * **
19861256 GTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATGA
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * ** *
19861307 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT
* * * * * **
19861372 AATTTATTAATATTTCAAAAATT--AA-T-A-AG-CTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGGACGGG
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAG
* * * * *
19861431 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATAA
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * * * *
19861481 GC-TTTGTTTTATCATGAAACAAATGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGT-AAATATTGCT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT
** * * * *
19861544 AAACTAATAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-TGAGTTTAATGAAC
64 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACTGAAC
* * * * * *
19861606 TAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA
126 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
19861659 CTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACT
* * * * * **
19861724 ATTTTATTAACA-TCCAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTT-AAAAA-AAA-TTA-CTACCAAAC
64 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-AAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAAC
* * *
19861783 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGG
126 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * ** * *
19861836 CCTTTTG-CTTCTCATAAAATAATT-GTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATTAAATAATAAT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-TTCATACAAGCTTAT-TCGAATAAAATAATACT
* * * * **
19861899 ACTTTATTAACATTTAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTA-TCGAAT
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATT-AAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACT-GAA-
* * * * * **
19861962 CAACTT-AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCCAATTCAAATCATTATGA
125 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
19862015 ACTTTTGTTTTGTCATCAAACAATCATTTTTCA-TCAAACAAGC-TATTTGGAATAAAATAATAC
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TATTTCATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATAC
* * * * *
19862078 TAATTCAGTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T--ATCTATTTACTGAACC
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACC
* * * ** *
19862133 AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAA
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * *
19862185 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTGAT-GTTCATACCAGCTTATTCAGAATAAAATA
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT--TCATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATA
19862245 TTGTTGAATC
Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
Found at i:19860152 original size:361 final size:356
Alignment explanation
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19859376 TTATTTTATG
* * * * * * *
19859386 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGA--ATT-AGTATGAGATTCAAAAAATAAATATGT
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* * * ** *
19859448 TTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCT
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* * * * *
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* * ** ** *
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* * * * *
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* * * * *
19859706 AAGAAATTATTTCA-TCTCATCCAATTTTATTCGTAA
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* *
19859742 TAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATT-TTAAAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAATTT
1 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTATT--AAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTT
* * *
19859806 ATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAC
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* * *
19859871 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * *
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* * *
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* * *
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* * * *
19860103 TAAAACAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA-TTA
1 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTA
** * *
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* * * * * *
19860231 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATCAAATAATATT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * **
19860296 AATTTATAATATTTTAAA-AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTT
193 AATTAATAATATTCTAAATAA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTT
* * * ** *
19860359 CAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
257 CAAATAGTTA-AACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
19860424 AAAC-AATTGTTTCTGTTCATA-TAGTCTTATTCGGAA
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* ** * * ** ***
19860460 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAGGAAATGTATTT
1 TAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTATTAAGTAAGA-GATTTAAAAAAAAAATTT
* ** * * * * * *
19860524 GTTGGCCT-GACCAATGCAAATAATTATGGCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
64 ATT-TACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * ** ** * * * *
19860588 CCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAGCTTA-TTCAGAATAATATAATTC
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * * * * * * * **** *
19860652 TAATTTATTAATAGTCCAAAAATTAATGAGTAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACA
192 TAA-TTAATAATA-TTC-TAAA-TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
* * *
19860717 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTTGTTATGACCTTTTTGTTTTG
253 AGTTCAAATAGTTA-AACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * * * **
19860782 TTATAAAAC-AATTGTTCCTATTCATAC-AAGCTTATTCTAAA
316 TCATAAAACAAATTATTTC-AGTCTTACTAA-CTTATTCGGAA
* * * * * * * * * * *
19860823 TAAAATAATA-TAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGCAA-AAATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTTCAA-AATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTT
** * * * ** *
19860886 ATTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
64 ATTTACTAAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* ** * * * *
19860949 CCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTGCTTTTGTTCATAAAAGCTTA-CTCAGAATAAAATAATA
128 CCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATA
* * * * * * * * * ** **
19861012 TTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAGT
191 CTAA-TTAATAATA-TTC-TAAA-TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
* * * * * * * * *
19861077 GAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTG
252 CAGTTCAAATAGTTA-AACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
19861142 TCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATAC-AAGTTTATTCGAAA
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* * * ** ** * *
19861183 TAAAATAATACTAATTTAGTAATA-GT-AAAAAAATT-AGTTGGA-AGTTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTATTAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAAAATTTA
* * * * * * * * * * *
19861244 TTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATGACA
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* * * * **
19861309 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* * * * * *** **
19861373 ATTTATTAATATT-TCAAA-AATTAA-T-A-AG-CTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGGACGGGT
194 A-TTAATAATATTCT-AAATAA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGT
* * * * * * *
19861432 TCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATAAGC-TTTGTTTTATCAT
256 TCAAATAGTTA-AACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
19861496 GAAACAAA-TGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAG
320 AAAACAAATTATTTC-AGTCTTACTAACTTATTCGGAA
*** ** * * * * * *
19861533 T-AAATATTGCTAAACTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-TGA
1 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTA
* * * * * * * * ** * *
19861595 GTTTAATGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAC
65 -TTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * ** * * * *
19861660 TTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** * *
19861725 TTTTATTAACA-TCCAAAAAATTAA-TAAGCAAGGAATTT-AAAAA-AAA-TT-ACTACCAAACA
194 -ATTAATAATATTCTAAATAA-TAACTAAG--A-G-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
* * * * * *
19861784 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTG-CTTCT
253 AGTTCAAATAGTTA-AACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * **
19861848 CATAAAA-TAATT-GTTCAGTTCATA-AAAGCTTA-TCTAAAA
317 CATAAAACAAATTATTTCAG-TCTTACTAA-CTTATTC-GGAA
* * * * * ** *
19861887 TTAAATAATAA-TACTTTATTAACATTTAAAAAATTGA-GAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA-T
1 TAAAATAA-AACTAATTTATTAATATTT-CAAAATT-ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATT
* * * * * * * *
19861949 TAGTTTATCGAATCAACTT-AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCCAATTCAAATCATTAT
63 TA-TTTA-CTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** * * * *
19862013 GAA-CTTTTGTTTTGTCATCAAACAATCATTTTTCATCAAACAAG-CTATTTGGAATAAAATAAT
126 -AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
19862076 ACTAATT
190 ACTAATT
19862083 CAGTAAAATT
Statistics
Matches: 1837, Mismatches: 416, Indels: 178
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 16 0.01
350 37 0.02
351 74 0.04
352 129 0.07
353 16 0.01
354 23 0.01
355 114 0.06
356 135 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTAT
TTACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
TAATAATATTCTAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAA
TAGTTAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
AATTATTTCAGTCTTACTAACTTATTCGGAA
Found at i:19861118 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 19859340--19862244 Score: 1545
Period size: 542 Copynumber: 5.4 Consensus size: 538
19859330 ATTTCCTTTC
** * *
19859340 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGAACATACAAG-CTTATTTTATG--TAAAATAATACTAAT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAGTCTTA-CTCA-GAATAAAATAATACTAAT
* * ** * * * * *
19859401 TTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTATGAGATTCAAAAAATAAATATGTT-TACTAAACCAGT
63 TTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTGGACT-GACCAAT
* * * ** * * * * *
19859461 TCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTGTCAT
127 CCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAC
* * * * * * * * ** *
19859526 AAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTC-AAATAAAGTAATACAAAATTAAAAATA-TTC
192 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAGTAC
* * * * * * *
19859589 TAAAAA-TCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTG-CTGAACCAGTTAAAACAATTA
257 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGTC-AAACAAGTTCAAATAATTA
* * * * ** * * *
19859651 AAACTATATGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTA
319 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAAATG
* * ** * * * ** ** * * *
19859715 TTTC-ATCTCATCCAATTTTATTCGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTA
383 TTCCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAACTGATAATAATCCAAAA-ATTA
* * * *
19859779 A-AAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAATTTATTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTG
445 ATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * *
19859842 AACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTT
505 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
* * * ** *
19859876 GTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TTTTCATACAAG-CTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATC
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAGTCTTACTCAG-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * * * ** * *
19859938 TAATAAGA-TTCTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACCACTT
64 TATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTGGACTGACCAATC
* * * * * * ** * * **
19860002 CAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGGCCTTTTAGTTTGTCGT
128 CAAATAATT-ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAC
* * * * * * * * *
19860066 AAAACAAATT-TTTC-AGTGCTTACTAA-CCTATTTGGAATAAAACAAAACAAATTTACTAATAT
192 AAAAC-AATTATTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAG
* * *
19860128 TTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTA
254 TACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTA
* * *
19860193 TGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT
319 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT
** * * * * * * * * * * **
19860258 TTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATCAAATAATATTAATTTATAATATTTTAAAAATTAATAA
384 TCCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAACTGATAATAATCCAAAAATTAATAA
* * * *
19860323 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
449 GAAATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
*
19860388 TTATTTCAAATCATTATGACCATTT
514 CTATTTCAAATCATTATGACCATTT
* * * * *
19860413 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAGTCTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * ** ** * * * *
19860478 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTGACCAATGCAA
66 TTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTGGACTGACCAATCCAA
* * * *
19860543 ATAATTATGGCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAA
131 ATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAA
* ** * * * * *
19860608 CAATTGTTTCTATTTGTGCAAGCTTATTC-AGAATAATATAATTCTAATTTATTAATAGTCCAAA
196 CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTACTAATAGTACAAA
* * * *
19860672 AATTAATGAGTAAGATATTTAAAAAATGAATCTAT-TTAT-T-GAACAAGTTCAAATAGTTATAA
260 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATGTT-TGTCAAACAAGTTCAAATAATTATAA
* * ** * *
19860734 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTC
322 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTC
*
19860799 CTATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAA
386 CTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATATAAACTGA-TAATAATCCAAAAATTAATAA
* ** * *
19860863 GCAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAA
449 G---AAATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
** *
19860926 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
510 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
* *
19860955 AG-TTTGTCATAAACCAATTGCTTT-TGTTCATAAAAG-CTTACTCAGAATAAAATAATATTAAT
1 -GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCAT-AAAGTCTTACTCAGAATAAAATAATACTAAT
* ** *
19861017 TTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATT-TACTGAGTGAGT
63 TTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTGGACTGA-CCAAT
* * * ** * *
19861081 CCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCAT
127 CCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAC
* * *
19861146 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAGTAA
192 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAGTAC
* * * ** * *
19861211 AAAAATTAGT-TG-GA-AG-TTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATG
257 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTATA
* * * * * * *
19861271 TCCATTTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATCAT-T
321 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATGT
** * * * *
19861335 T-CTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
384 TCCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAAACTGA-TAATAATCCAAAAATTAA
* * * * ** ** *
19861397 TAAG---CTTAAAAACTAAATCTGTTTA-CTGGACGGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAA
446 TAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* *** * *
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510 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
* * * * * * ** * * * **
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* ** * * * *
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65 ATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-A-TATTGGACTG-ACCAA
** * * * ** * * * * *
19861609 TTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTAGTT
126 TCCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * * * *
19861673 ATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTATTTTATTAACA-
190 ACAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAG
* * * ** *
19861736 TCCAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAAAA-AATTA---CTACCAAACAAGTTCAAATAGT
254 TAC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAAT
* * ** * * * * *
19861796 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTG-CTTCTCATAAAATAATT
317 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
* * * * * * * * **
19861860 GTT-C-AGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATTAAATAATA-ATACTTTATTAACATTTAAAAAATT
382 GTTCCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAAC-TGA-TAATAATCCAAAAATT
** * * * * * *
19861922 GAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAACTT-AAATAGTTATGACTGTT
444 ---AA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATA-TTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * *
19861985 TGAACAATTATCCAATTCAAATCATTATGAACTTTT
503 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
* ** * ** * * ** *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAGTCTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * **
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65 ATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTGGACTG-ACCAATCC
* * * * * * * *
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129 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAA
** * *
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Statistics
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* ** *
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* *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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** * * * **
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* ** * *
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** * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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*
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* * *
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* *
19861007 TAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-
769 TAATAATAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAT
* * * * * **
19861071 CTGAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
834 C-GAATCAGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
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1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGA-TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAC
* ** * ** * *
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* * ** * * * * *
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129 TCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCA-TTTGTTTTGTCA
* * *** * *
19861322 TAAAACAATCATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
193 TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * ** *
19861387 CAAAA--ATTAA-T-AA-G-CTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGGACGGGTTCAAATAGTTATAA
258 TAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATATATTTG-TTGCT-GACCAGTTCAAATAATTATAA
* * * * * * *
19861446 TTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATAAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAAATGTTTC
321 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * * *
19861510 TATTCATACAAACTTATTTGGAGTAAAT-ATTGCTAAACTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAGT
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* * * *
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* *
19861637 TATCTATTTCAAATTGTTTTGA-CTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATT-TCAGTTCATACAA
512 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTCT-A-TTCATACAA
* * * * * * * *
19861700 GCTTATTCGAAATAAAATAATAGTATTTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTT-A
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* **** * *
19861764 AAAA-AAAT-TA-CTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
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* * * * *
19861826 ATTGTTATGGCCTTTT-GCTTCTCATAAA-ATAATTGTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATT
703 ATTGTTATGGCCTTTTAGTTTGTCATAAACA-AATTGTTTAGTTCATAAAAGCTTATC-AGAATA
* * * * * **
19861889 AAATAATAATACTTTATTAACATTTAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGT
766 AAATAATAATAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-T
* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
19862078 TAATTCAGTAAAATTTCAAAAATTAAT-A-AG---TAGGAGAT-TATCTATTTACTGAACCAGTT
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* * * **
19862137 TAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
130 CAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATA
**
19862202 AAACAATTATTGATGTTCATACCAG-CTTATTCAGAATAAA
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19862242 ATATTGTTGA
Statistics
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AATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTC
AAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAA
AACAATTATTTCTGTTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTAA
AATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATATATTTGTTGCTGACCAGTTCAAATAATTATAACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
ATACAAACTTATTCGAATAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTATTTAATGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
CAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTCTATTCATACAAGCTTATTCTAA
ATAAAATAATACTAATCTAATAAAATCCAACAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATA
TTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGGCCT
TTTAGTTTGTCATAAACAAATTGTTTAGTTCATAAAAGCTTATCAGAATAAAATAATAATAATTT
ATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAATCAGTCCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
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* * * * *
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*
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*
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* *
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* * ** * * * *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAATTAAGAAGAAGGAGATTTAAAAAATAAATTAGCTATCCAAACAAG
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Statistics
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Found at i:19863276 original size:357 final size:358
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Indices: 19862438--19863704 Score: 1152
Period size: 361 Copynumber: 3.5 Consensus size: 358
19862428 TTGACCAATA
* * * * * *
19862438 CAAATTGTTATGACTGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCAC
1 CAAATAGTTACGACTATTTGAACA-ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCAT
* ** * * * * * *
19862502 AAAACAATTGTTTCT-TTTGTATAAGCATATTTGGAATAACATAACTCTAATTTATTAATATTCA
65 AAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCGAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATT-T
** * ** * * * * ** *** *
19862566 AAAAATTAATAAATAAGTGA-GTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAATAAGTTGTAATAATTATG
127 TGAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGGCA-C
* * * * ** * * ** *
19862630 ACT-ATTTGAATAATT-TCCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAATTATTTT
190 AATAATTTGAATAATTATCC-ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGT
* * * ** *
19862693 TTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAGATGACTAAT
254 ATCTATTCATACAAGCATATTTCAAAT-AAATAATACAAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAAT
*
19862757 AAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AAGTT
317 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-ATCAAGTT
* * * *
19862799 CAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTTTTCAT
1 CAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTTTCAT
* * * * * * * *
19862864 AAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATTTT
65 AAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTT
* *
19862929 GACAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGGCACAA
128 GA-AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGGCACAA
* *
19862994 CT-ATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTAT
192 -TAATTTGAATAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTAT
* * * *
19863058 C-AGTTCATATAGGCTTA-TTCAAAT-AA-AA-ACAAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAG
256 CTA-TTCATACAAGCATATTTCAAATAAATAATACAAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG
* * *
19863118 TAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTT-TCGATCAAGTT
320 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGATCAAGTT
* * *
19863156 CAAATAGTTACGTCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTATCAT
1 CAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTT-TCAT
*
19863221 AAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCT
65 AAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT-T
* * * * * * ** **
19863286 AGAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATG
127 TGAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGGCACA
* ** * ** *
19863349 ATAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTT
191 ATAATTTGAATAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTAT
* * ** *
19863414 CTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAG
256 CTATTCATACAAGCATATTTCAAAT-AAATAATACAAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG
* *
19863479 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCAAGTT
320 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGATCAAGTT
* * * *
19863518 CAAATAGTTATC-ACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTT-A
1 CAAATAGTTA-CGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-TTCA
* * *
19863581 TAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTT
64 TAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT
* ** *
19863646 TGAAAATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAACTAAA-ATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAG
127 TG-AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
19863705 TCATGTCCAT
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 130, Indels: 64
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 107 0.14
357 133 0.18
358 52 0.07
359 5 0.01
360 8 0.01
361 196 0.26
362 99 0.13
363 133 0.18
364 10 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
CAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATA
AAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTTGAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGGCACAATAAT
TTGAATAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCTATT
CATACAAGCATATTTCAAATAAATAATACAAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGATCAAGTT
Found at i:19863382 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19863335--19863384 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
19863325 TTTGAACACA
19863335 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
19863354 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
19863370 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
19863385 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.39
18 8 0.35
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:19863456 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19862273--19863823 Score: 1263
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 180
19862263 TAATTAAGGG
* * ** * *
19862273 TATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGACAATTTGTTTTGTCA-AAAATAATTGTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * * *
19862336 TGTTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
65 TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * *
19862401 AACGAATTTAAAAACTGAAT-TGTTGGCTTGACCAA-TACAAATTGTTATGAC
130 AA-AAATTTAAAAAATAAATCTATT-TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
19862452 TGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT
1 TATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
19862515 CT-TTTGTATAAGCATATTTGGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAA
* ** * * * * * ** *
19862578 ATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAATAAGTTGTAATAATTATGAC
128 GTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** *
19862632 TATTTGAATAATT-TCCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTC
1 TATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
19862696 TATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAGATGACTAATAAA
65 TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGA-AATTAATAAG
* *
19862760 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGCTATGAC
129 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
19862813 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTATGACTTTTTGTTTTTTTCATAAAACAATTATTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
19862877 TTGTTTATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATT-TTGACAATTAATA
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGA-AATTAATA
* * * * * ** **
19862940 AGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGGCACAAC
127 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** * *
19862995 TATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATC-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
19863059 AGTTCATATAGGCTTA-TTCAAAT--AA-AA-ACAAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATGAG
66 A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAG-AAATTAATAAG
* * * * * *
19863118 TAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTT-TCGATCAAGTTCAAATAGTTACGTC
129 TAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
19863170 TATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
19863235 TATTCATAAAAGCTTAGTCTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAA
65 TATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAA
* *
19863298 GTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA-
128 GTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGAC
* **
19863350 TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTC
1 T-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
19863415 TATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGT
65 TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGT
* * *
19863480 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCAC
130 AAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
19863532 TGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
19863597 ATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATT-TTGAAAATTAATAGGT
66 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAG-AAATTAATAAGT
* * * * * * * *
19863661 AGGAGATTTAAAAACTAAA-ATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTC
130 A-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
19863712 CATTTGAACAATTATATAGTTCAAATCA-TTATGACCTCCTATTTTGTCAT-AAACAATTATTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** *
19863775 TATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
65 TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
19863824 TTGAAGATTC
Statistics
Matches: 1110, Mismatches: 218, Indels: 88
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 56 0.05
176 74 0.07
177 9 0.01
178 5 0.00
179 168 0.15
180 246 0.22
181 405 0.36
182 147 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTA
AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
Found at i:19864725 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19864412--19865263 Score: 745
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 177
19864402 TATAATGATT
* * * * *
19864412 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAG
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAAT-ATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * *
19864477 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
*
19864542 AAATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
128 AAATAAATCTATTTG-CTAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* *
19864593 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAGCATA-TGTTTCTATTCATACAAG
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAA--ATATTGTTTCTATTCATACAAG
* ***
19864657 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAAATTTAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
* ** * * * * ** *
19864722 AAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATGTCCATTGGAACTA
128 AAATAAATCTATTTGCT-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * * **
19864773 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG--T-T--TACAA-ATTGTTTTTATTCATACAAAAT
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGCT
** *
19864832 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAA
66 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAA
* * * *
19864893 CTAAATCTGCTTATTG-AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
130 ATAAATCT--AT-TTGCTAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * * * *
19864942 TTATTTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATACAAG
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCAT-AAAATATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * ** * * *
19865006 CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
* * * * * * *
19865071 AAATAAATATGTTTGC-AGAATTAGTTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAA
128 AAATAAATCTATTTGCTAGCA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
*
19865122 TT-TTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATA
1 TTATT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAAT-ATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * *
19865185 TA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACAATCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
62 -AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGCAAGAAATTT
19865249 -AAAAA-AAATCTATTT
125 AAAAAATAAATCTATTT
19865264 ATCGAACATT
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 103, Indels: 68
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 56 0.10
170 3 0.01
171 3 0.01
172 5 0.01
173 63 0.12
174 1 0.00
175 6 0.01
176 52 0.10
177 9 0.02
178 4 0.01
179 13 0.02
180 216 0.40
181 97 0.18
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
TAAATCTATTTGCTAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
Found at i:19865131 original size:349 final size:349
Alignment explanation
Indices: 19864456--19865155 Score: 820
Period size: 349 Copynumber: 2.0 Consensus size: 349
19864446 ATCATAAACT
* **
19864456 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
* *
19864521 TTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATT
66 TTAATAAG---AAAATTAAAAAAATAAATCTATTTG-CAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTATT
* * **
19864586 TAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAGCATATGTTTCTATTCA
127 TAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTCA
* ** * ****
19864651 TACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAAA
192 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAA
* * * *
19864716 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATGTCCATTGGAACTATTATCTAT
257 TTTAAAAAATAAATATATTTACAGAATAAGTTCAAATAATCAAGTCCATTGGAACAATTATCTAT
19864781 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTACA
322 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTACA
* * *
19864809 AATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATA-AAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAA
* * * * *
19864873 ATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGCTTATTG-AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATT
65 ATTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAATCT--AT-TTGCAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTATT
* *
19864935 TAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAAAA-ATTGTTTCTGTT
127 TAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTG-TTTGTCATAAAAAATA-TGTTTCTATT
* * * * * *
19864998 TATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGA
190 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGA
* * * * * * * * * *
19865063 GATTTAAAAAATAAATATGTTTGCAGAATTAGTTTAAATAGTTAAGAT-TATTTGAACAATTTTC
255 AATTTAAAAAATAAATATATTTACAGAATAAGTTCAAATAATCAAG-TCCATTGGAACAATTATC
*
19865127 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTA
319 TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTA
19865156 GTCATAAAAT
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 48, Indels: 18
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
348 5 0.02
349 212 0.73
350 5 0.02
351 1 0.00
352 3 0.01
353 63 0.22
354 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
TTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTGCAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAA
CAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTTA
AAAAATAAATATATTTACAGAATAAGTTCAAATAATCAAGTCCATTGGAACAATTATCTATTTCA
AATCGTTATGACATTTTGTTTACA
Found at i:19865355 original size:124 final size:125
Alignment explanation
Indices: 19865152--19865378 Score: 293
Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 125
19865142 TGACCTTTTG
* ** *
19865152 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATATACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATATACTTATTCCAAATAAAATAATACTACTTTAT
19865217 TAACAATCAGAAAATT-AATAAGCAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACATTGGT
66 TAACAATCAGAAAATTGAA-AAGCAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACATTGGT
*
19865277 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-ATAGCTTA-TCCAACATAAAATAATATTACTTT
1 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATATA-CTTATTCCAA-ATAAAATAATACTACTTT
* * ** *
19865339 ATTAATATTTCA-AAAATTGAAAAGTTAGAGATTTAAAAAA
64 ATTAACA-ATCAGAAAATTGAAAAGCAAGAAATTTAAAAAA
19865379 TAAATCAGTT
Statistics
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123 6 0.07
124 73 0.83
125 9 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (125 bp):
TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATATACTTATTCCAAATAAAATAATACTACTTTAT
TAACAATCAGAAAATTGAAAAGCAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACATTGGT
Found at i:19867786 original size:179 final size:174
Alignment explanation
Indices: 19867259--19867847 Score: 476
Period size: 179 Copynumber: 3.3 Consensus size: 174
19867249 GATTTAACGG
* * * * *
19867259 CTATGTGAACAATTCTCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* ** * * ** *
19867324 TATTCATATAAGTTTATTTA-TAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGATAA-T--TAAT
65 TA-TGA-ATAA-ACTA-TTAGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT
* * * *
19867385 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TATAAAACTAGTTTAATTAGTTATAA
125 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * *
19867434 CAATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * * ** *
19867497 CTATTGATATAATCCTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-CTCTAAAAATTAATAA
64 TTA-TGA-ATAA-ACTATTAGGAATAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A
* * ** * ** *
19867561 ATAATG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGCATGACCGGTACAAATAGTTATAA
123 ATAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * *
19867614 TTGTTTGAACAATTGTCTATTTCAAATCACTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
*
19867679 ATGAATACAACTGATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
66 ATGAATA-AACT-ATTAGGAATAA-ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAA
* *
19867744 GAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
127 GAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * *
19867793 CTATTTAAACAGTTACCTATTTCCAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
19867848 TATTTTTTTT
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 70, Indels: 38
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Matches are distributed among these distances:
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181 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
ATGAATAAACTATTAGGAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
Found at i:19868304 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 180
19868011 TTTTGTTTTA
* * * ** * *
19868021 TCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTACTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAG
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* *
19868086 TAATTTTTGGAATATTAGTAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
* *
19868151 ATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAATAGATAATTGT
130 ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * *
19868202 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAG
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* *
19868266 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTACTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTATATGAACAAAAA
*
19868329 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * *
19868382 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTAT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTA
* * * ** *** *
19868446 TTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATAC
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAAC
** **
19868511 AATTGTTTTTATGGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAC
129 AATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * *** *
19868564 TCAAATAGTTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTGAAAAATTTTTTTCTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTAT
* * * * * * * *
19868628 TAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTATATGAACAAAAAC
* * * * *
19868692 AATTATTATATGAGAAAA-ATAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGT
129 AATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * *
19868744 TAAAATAATTATAACTGTTTAAACTTATTCGATAAACAGATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
19868809 TAATTGTTT-AAATATTAATAA
65 TAATT-TTTGAAATATTAATAA
19868830 GCTCAAGCAC
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 88, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
Found at i:19868695 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 19868031--19868813 Score: 907
Period size: 362 Copynumber: 2.2 Consensus size: 361
19868021 TCAAACAGTC
* * * * * * * *
19868031 ATAACTATTTGAGCTTACTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAGTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGG
*
19868096 AATATTAGTAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTAGTTTAT
66 AATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTAGTTTAT
* * **
19868161 GACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
131 GACAAAACAAAAGGTCATAGATATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
* *** * * *
19868226 GTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
196 GTGTTCAAAAAACAAATTTATTTGAAAAATTTCTACTTAGTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA
* * * *
19868291 ATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGG
261 ATATTATTTTATCTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTATTATATGACAAAA-ATAAAAG
* * * * *
19868355 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTT
325 TCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAATT
* * * * *
19868392 ATAACTATTTGAACTTGTAT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTGG
1 ATAACTATTTAAACTTAT-TCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGG
* ** *** *
19868456 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACAATT-GTTTT
65 GAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTAG--TT
** * *
19868520 TATGGTAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTGTGACTATTT
128 TATGACAAAACAAAAGGTCATAGAT-ATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTT
**** * * * *
19868584 GAACT-TGTTTGGTAAACATATTTA-TTGAAAAATTTTTTTCTTATTAATTGTCGAAATATTAAT
192 GAA-TGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTGAAAAA-TTTCTACTTAGTAATTGTCGAAATATTAAT
* * *
19868647 AAATTAATATTTTTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTATATGAGAAAAA
255 AAATTAATATTATTTT-ATCTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTATTATATGACAAAAA
19868711 TAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAATT
319 TAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAATT
* *
19868754 ATAACTGTTTAAACTTATTCGATAAACAGA-TCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 ATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGATTC-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
19868814 GTTTAAATAT
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 61, Indels: 19
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
360 1 0.00
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363 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (361 bp):
ATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGG
AATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTAGTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAGATATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
GTGTTCAAAAAACAAATTTATTTGAAAAATTTCTACTTAGTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA
ATATTATTTTATCTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTATTATATGACAAAAATAAAAGT
CATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAATT
Found at i:19870355 original size:113 final size:112
Alignment explanation
Indices: 19870153--19870390 Score: 395
Period size: 113 Copynumber: 2.1 Consensus size: 112
19870143 TGTAGAGTAT
* * *
19870153 AGGGTAATGACACATTAGGCATAGAGGCGTTGCATGGTTTAACAAGCTAGGATCACAGAAGCCTA
1 AGGGTAATGGCACATTAGGCATAGAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAGAAGCCTA
* * * *
19870218 TGTGATGCAAGTGTTGCATTCCCCAAAGGGCCAATTAAGCATGAAGAG
66 TGTGATGCAAGTGCTACATGCCCCAAAGGGCCAATTAAGCACGAA-AG
19870266 AGGGTAATGGCACATTAGGCATAGAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAGAAGCCTA
1 AGGGTAATGGCACATTAGGCATAGAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAGAAGCCTA
*
19870331 TGTGATGCAAGTGCTACATGCCCCAAAGGGCCAATTGAGCACGAAAG
66 TGTGATGCAAGTGCTACATGCCCCAAAGGGCCAATTAAGCACGAAAG
19870378 AGGGTAATGGCAC
1 AGGGTAATGGCAC
19870391 GTCACCAACT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 8, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (112 bp):
AGGGTAATGGCACATTAGGCATAGAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAGAAGCCTA
TGTGATGCAAGTGCTACATGCCCCAAAGGGCCAATTAAGCACGAAAG
Found at i:19872358 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 19872309--19872399 Score: 146
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
19872299 AGCATATGTC
* * *
19872309 AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGGGTTAGCTTGTGCT
1 AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAAGGTCAACTTGTGCT
*
19872354 AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGTCAACTTGTGCT
1 AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAAGGTCAACTTGTGCT
19872399 A
1 A
19872400 GTGATGGTTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 42 1.00
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AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAAGGTCAACTTGTGCT
Found at i:19872413 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 19872309--19872427 Score: 139
Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 45
19872299 AGCATATGTC
* * * * *
19872309 AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGGGTTAGCTTGTGCT
1 AATGATGATCAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGTCAACTTGTGCT
*
19872354 AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGTCAACTTGTGCT
1 AATGATGATCAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGTCAACTTGTGCT
* * * * *
19872399 AGTGATGGTTAAGGCATGTGCCCGCACCA
1 AATGATGATCAAGGCAAGTGCCCGTACCA
19872428 TGCAGTAGCA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 10, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 64 1.00
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AATGATGATCAAGGCAAGTGCCCGTACCAAAGGTCAACTTGTGCT
Found at i:19878803 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19878490--19879342 Score: 718
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 178
19878480 TATAATGATT
* * * * * *
19878490 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAACTAAT-CGTTTCTATTCGTAAAA
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAA--AATATGTTTCTATTCATACAA
* * * * *
19878554 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAA
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* * * *
19878619 AAAATAAATTTATTTGCCTAGTAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
127 AAAATAAATCTATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * *
19878671 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAACATATGTTTCTATTCATACAAGT
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAA-ATATGTTTCTATTCATACAAGC
* ***
19878736 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTTGGAAATTTAAAA
65 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAA
* * * * ** *
19878801 AATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATCAT-ATCCATTGGAACTA
129 AATAAATCTATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTAAACAA
* * * * * **
19878851 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTG--T-T--TACAAAT-TGTTTTTATTCATACAAAAT
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAAATATGTTTCTATTCATACAAGCT
** *
19878910 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAA
66 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAA
* ** *** *
19878971 CTAAATCTGCTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
130 ATAAATCTATTTGCCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * * * * * *
19879020 CTATTTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTTATACAAG
1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAAATA-TGTTTCTATTCATACAAG
* * * * ** * * *
19879084 CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
* * * * * * * *
19879149 AAATAAATATGTTTGCAGAATTAGTTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAA
128 AAATAAATCTATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
*
19879200 TT-TTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAAATAATTGTTT-TAGTTCATAT
1 TTATT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAAAT-A-TGTTTCTA-TTCATAC
* * * *
19879262 ATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAAAAATCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATT
61 A-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGCAAGAAATT
19879326 TAAAAAA-AAATCTATTT
124 TAAAAAATAAATCTATTT
19879343 ATCGAACATT
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 111, Indels: 57
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 59 0.11
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172 2 0.00
173 61 0.11
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAAATATGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
TAAATCTATTTGCCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
Found at i:19879434 original size:124 final size:126
Alignment explanation
Indices: 19879230--19879470 Score: 298
Period size: 124 Copynumber: 1.9 Consensus size: 126
19879220 TGACCTTTTG
* * *
19879230 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATATACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATATACTTA-TTCAAATAAAATAATACTACTTTAT
19879295 TAAAAATCAGAAAATT-AATAAGCAAGAAATTTAAAAAA-AAATCTA-TTTATCGAACATTGGT
65 TAAAAATCAGAAAATTGAA-AAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAACATTGGT
*
19879356 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-ATAGCTTA-TCAACATAAAATAATATTACTTTA
1 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATATA-CTTATTCAA-ATAAAATAATACTACTTTA
** ** *
19879418 TTAATATTTCA-AAAATTGAAAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC
64 TTAA-AAATCAGAAAATTGAAAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC
19879471 AAATCAGTTT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 9, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
123 3 0.03
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ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (126 bp):
TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATATACTTATTCAAATAAAATAATACTACTTTATT
AAAAATCAGAAAATTGAAAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAACATTGGT
Found at i:19880237 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19880211--19880257 Score: 85
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
19880201 GCCATTGACA
*
19880211 GGATCGATCCCCTCATGGAAG
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19880232 GGATCGATCCCCTCAAGGAAG
1 GGATCGATCCCCTCAAGGAAG
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1 GGATC
19880258 AATCGATTCT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:19881886 original size:179 final size:173
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Indices: 19881359--19881948 Score: 451
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* * * * *
19881359 CTATGTGAACAATTCTCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGTTTT
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* ** * * ** *
19881424 TATTCATATAAGTTTATTTA-TAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGATAA-T--TAAT
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * ** * ** *
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* * * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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** * *
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* * * *
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* * * ** *** *
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* **
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* * * * * * ****
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * **
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* * **** * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * *
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* ** *** *
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* * * *
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**** * *
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* *
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*
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* * * * *
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* *
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* * *
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*
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*
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*
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* * * * * * * **
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*
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* *
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*
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1 AATGGTGATCAAGGCAAGTGCCCATACCAAGGGTCAACTTGTGCT
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* * * *
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*
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** * * * *
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*
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1 TAATTAAAA
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1 TA
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1 ATTAAAATAT
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1 ATTAAAATAT
19890779 A
1 A
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1 A
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**
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TCCCTATCTCAGTGAAAACCCT
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* *
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TAGCATCAACCGTAGGCATAGACTTGAGAT
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* **
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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1 AATTATACATAGCATCAAGT
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1 AATTA
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AATTATACATAGCATCAAGT
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*
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1 GTGGGATCAAAATGATGTAAG
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1 GTG
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GTGGGATCAAAATGATGTAAG
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19996303 CACCATGTCC
* * * *
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* * *
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1 AGAGGGATACATCGAAAAGTAAGAGCTACAAGCATGCAGTTAGTGTGATGGTCA
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19999171 AATAGATAAG
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*
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1 GAGACC
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* *
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* * * *
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*
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*
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*
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** * * ** *
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* *
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* * *
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* * *
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* * ** * *
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*
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131 ATTCCCTGACTTGCGA
*
20039339 TTCAGTCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCATGGTTTAATCCCAATCATTTCATTAATTTCTTG
1 TTCAGTCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCATGGTTTAATCCCAATCATTTCATTAATTCCTTG
* * *
20039404 A-CTTGCAGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCTCGGTCATTTCATT
66 ATCTAG-AGTTCAATCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCTCGGTCATTTCATT
*
20039468 AATTTCCTGACTTGCGA
130 AATTCCCTGACTTGCGA
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1 TTCAGTCCCA
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ATTCCCTGACTTGCGA
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20039184 CAACTTACGG
* *
20039194 TTCAGTCCCAGTCATTTTTAATCTTTGGCTTGTGGTTTAATCTCGATCATTTCATTAA-TTCCTT
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* *
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* * * *
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* * * * *
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*
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ACTTGCGA
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* * * *
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*
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* **
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*
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65 GA-TTCGTGATTCAATCC
20039678 TTTAACGTCA
Statistics
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ATTCGTGATTCAATCCCGATCTCTTTAATTCAAA
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20040072 TACTGTTTCC
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20040128 AAAAAATTTT
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1 TTC
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1.00 0.00 0.00
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TTCTATGGCCCCTAGACAC
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Indices: 20047816--20047859 Score: 70
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**
20047816 GCATGTGCCCGTACCATGCACTA
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* **
20048314 AAAAAATTTCAAAAAATCCTGAATCAT
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* *
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1 AAAAAAT
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20062923 ATGGCTTTAG
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20062948 CCAAGTCATGAATTC
1 CCAAGTCATGAATTC
20062963 CC
1 CC
20062965 CTCCGTTGTA
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Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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20071052 GATTGAGTTT
* ***
20071062 TAACTCTAGCCCCTAAAGACATAAGATTGATGAGGGATGGCAAGACATCTGGTTTCCATTGATTT
1 TAACTCTAGCCCCTAAAGACATAAGATTGATGAGGGATAGCAAGACATCCAATTTCCATTGATTT
* *
20071127 TGGTATACGACATAGGATCCTAATTGCACCCCCAAGGTATGATGACCACATAGGGGTAGATTGAA
66 TGGTATACGACATAGGATCCTAATTACACCCCCAAAGTATGATGACCACATAGGGGTAGATTGAA
** * * * *
20071192 ATGGATGATGGGTCAATACTTTGATGCATCAAGCTTGGAGTCTGCCAACATGCAAAACTGTAGCA
131 ATGGATGATCAGTCAACACTTTGATGCATCAAGCTTAGAGCCTACCAACATGCAAAACTGTAGCA
* * * * *
20071257 CCACTTCTATACCTATTACTACAAGTGGTAGCATCTACACAAATTGGTCTATAACCCACCCAATC
196 CCACTCCTATACCTATTACTACAAGTGGTAGCATCCACACAAACTAGTCTATAACCCACCCAACC
* * * * * *
20071322 GATTATTTGATAAGCAAGCAGATGAAACCATGTACGAGGCCATGCCACAATTGCTCAGCATGGGA
261 AATTATTCGATAAGCAAGCAGATAAAACAATGTACGAGGCCATGCCACAACTACTCAGCATGGGA
*
20071387 AAAACAAAAGCAATGTGCATGAGACTGCCCCTGCCATCCAATAGGCAACAATGGCATAATTGGGT
326 AAAACAAAAGCAATGTCCATGAGACTGCCCCTGCCATCCAATAGGCAACAATGGCATAATTGGGT
20071452 CATGTAACATGAATGAGGTC
391 CATGTAACATGAATGAGGTC
*
20071472 TAACTCATAGCCCCTAACGACATAAGATTGATGAGGGATAGCAAGACATCCAATTTCCATTGATT
1 TAACTC-TAGCCCCTAAAGACATAAGATTGATGAGGGATAGCAAGACATCCAATTTCCATTGATT
* * * *
20071537 TTGGTATGCGGCATAGGATCCTAATTACACCCCTAAAGTATGATGACCACATAGGGGTATATTGA
65 TTGGTATACGACATAGGATCCTAATTACACCCCCAAAGTATGATGACCACATAGGGGTAGATTGA
* *
20071602 AATGGATGATCAGTCAACAGTTTGATGCATCAAGCTTAGAGCCTACCAACATGCACAACTGTAGC
130 AATGGATGATCAGTCAACACTTTGATGCATCAAGCTTAGAGCCTACCAACATGCAAAACTGTAGC
* * * ** *
20071667 ACCACTCCTATGCCTATTGCTATAAGTGGTAGCATCCATGCACACTAGTCTATAACCCACCCAAC
195 ACCACTCCTATACCTATTACTACAAGTGGTAGCATCCACACAAACTAGTCTATAACCCACCCAAC
* * * **
20071732 CAATTATTCGATGAGCGAGCAGATAAAACAATGTACGAGGCCATGCCATAACTACTTGGCATGGG
260 CAATTATTCGATAAGCAAGCAGATAAAACAATGTACGAGGCCATGCCACAACTACTCAGCATGGG
* * *
20071797 AGAAACATAAGCAATGTCCATGAGACTGCCCTTGCCATCCAATAGGCAACAATGGCATA
325 AAAAACAAAAGCAATGTCCATGAGACTGCCCCTGCCATCCAATAGGCAACAATGGCATA
20071856 CACCACCAAT
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 45, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
410 6 0.02
411 332 0.98
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TAACTCTAGCCCCTAAAGACATAAGATTGATGAGGGATAGCAAGACATCCAATTTCCATTGATTT
TGGTATACGACATAGGATCCTAATTACACCCCCAAAGTATGATGACCACATAGGGGTAGATTGAA
ATGGATGATCAGTCAACACTTTGATGCATCAAGCTTAGAGCCTACCAACATGCAAAACTGTAGCA
CCACTCCTATACCTATTACTACAAGTGGTAGCATCCACACAAACTAGTCTATAACCCACCCAACC
AATTATTCGATAAGCAAGCAGATAAAACAATGTACGAGGCCATGCCACAACTACTCAGCATGGGA
AAAACAAAAGCAATGTCCATGAGACTGCCCCTGCCATCCAATAGGCAACAATGGCATAATTGGGT
CATGTAACATGAATGAGGTC
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20072634 TGCTAATTGA
* * *
20072644 GGCATATGCTTGCACCAAAGGTT
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*
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1 GGCATGTGCTCGCACCAAAGGCT
*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GGCATGTGCTCGCACCAAAGGCT
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*
20096891 CAGGTAGTGTAAG-CTCGAGAACATGTTGCTCATAGTGTGT-A
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* *
20096974 -GGGTGGTGTAAGCCT
1 CAGGTAGTGTAAGCCT
20096989 TAGGGCCCAA
Statistics
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CAGGTAGTGTAAGCCTCGAGAACATGTTGCTAATAGTGTGTGA
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20132561 ACCAGAGGCT
*
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* * *
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*
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Statistics
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AGCATGTGTCCGATGATAGTCAA
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20155755 ATTTACTATT
* * * *
20155765 TATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTCGTGAT-AAACAAATTGTTTCTATCCATACAAGCTT
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* * * * * *
20155828 ATT-TGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTATAAA
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* ** * * * *
20155892 ATGAATCTGTTTACTGAGTAAGCTCAAATTA-TTATGACTATTTGAGCAATTTTT
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* * *
20155946 TATTTCAAAT-AGTTAAGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
1 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* ** * * *
20156010 TTCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAGTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
65 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
20156075 ATAGT-TGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATG-TTCATTTGAACAATTATC
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* * ** * * **
20156127 TATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAAATTAT
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* * * *
20156192 TCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTA
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* * *
20156253 AATCTATTTACTGAACTAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
131 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
20156303 TATCTCAAATCGTAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAGTTGTTTCTTTTCACATAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
*** * * * * *
20156367 T-ATTTTAAAATGATATTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
66 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
20156431 AATATGTTT-GTCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
131 AATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
20156482 TATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTT-TAGTTCATACAAACTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
** * * ** *
20156546 TTTGGAATAAAATAATACTAATGTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAA
65 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA
* * * * *
20156611 TAAATCTGTTTACTGAATAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATC
129 TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * * *
20156664 TATTTTAAATTGTTTTAACTTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATA-AA-CGTA-
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
20156726 TCCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACT
66 TCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
20156791 AAAGCTGTTTTCTAAAGCAA-TTCTAATAGTTACGACTATTTGGACAAATATC
130 AAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
20156843 AATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAG-TTAA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-A
* * *
20156906 TTCA-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAAT-A--AATA-ATTT-AAAAA
65 TTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * *
20156965 TAAATGTGTTTGTTGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATC
129 TAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* **
20157082 TTC-GAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
65 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
* * * * *
20157145 AATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAATAATTAGC
127 AATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
20157200 TATTTAAAATCGA-TATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGTTT
1 TATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * *
20157263 ATCCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
64 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
20157324 TAAATCAGTTTACTGAATCAA-TTTAAATAATTATGGA-TATTTAAATAATTATC
129 TAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * *
20157377 TATTTCTAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
* ** * * * *
20157441 TT-TGAAATAAAATTGTTAGTAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCAATTTAAATAATTA
65 TTCAG-AATAAAA-TAATACTAATTT-----ATTAAT-A-TTT--T-AA--AAATT-AATAAGTA
* * * * * * ** * **
20157505 TGGATATTTAAATAAT-TATCTATTT-CT-AATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAAT
115 -AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-C---A--A--GTTCAAATAGT--TATGAC---
* * ** *
20157567 TGTTTTTCAACATACAAGC
166 --TATTTGAACA-ATTATC
* * * * ** * *
20157586 TTATTTGAAATAAAATTGTTAGTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGA-ACATACA
1 -TATTTCAAAT--CATT-AT-G-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA
* * * * * * *
20157650 AGTTTATT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTATGAGATTC
59 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
20157710 AAAAAATAAATTTATTTACTGAATAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATA
123 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** ** * * * * * **
20157769 TATTTCAAATTGTTACAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAATTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
** * * * * * *
20157834 TTGGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAGTA
66 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
20157899 AATTTGTTT-GTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATC
131 AATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
20157950 TATTATTTTAAATCGTTCTGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAACTCATCCAAGTT
1 ---TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
20158015 TATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATGTTTT-AAAATT--TTA-TAAGAGATTTAAAAA
63 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
20158076 AT-AATGTTATTTA-TGGAACCACTTCAAATAATTAT-ACCTATTTGAACAATTATA
128 ATAAAT-CTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
* ** * * *
20158130 TATTT-AATTTGTTATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
20158194 TCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
66 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
*
20158259 AATTTGTTTA
131 AATCTGTTTA
20158269 ACTATTTGTA
Statistics
Matches: 1813, Mismatches: 396, Indels: 229
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 29 0.02
175 98 0.05
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178 90 0.05
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190 2 0.00
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TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:20157451 original size:536 final size:532
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Indices: 20155817--20157452 Score: 1661
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20155807 TGTTTCTATC
* *
20155817 CATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAGTTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTC-AAAATTAATAAG-AA
* * * ** * * * *
20155880 AATATTTATAAAATGAATCTGTTTACTGAGT-AAGCTCAAATTA-TTATGACTATTTGAGCAATT
64 AAGATTTA-AAAATAAATATGTTTGTTGAATCAA-TTCAAA-TAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
20155943 TTTTATTTCAAAT-AGTTAAGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
126 ATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAG
* * **** * * *
20156006 TTTATTC-AGAATAAAATAATACTACTTTATTAA-TATTTTGCAAGTTAATAGGTAGGAGATTT-
189 CTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * **
20156068 AAAAAATATAGT-TGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTTCATTTGAACAATTATCTATT
252 AAAAAATA-AATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGATATACT-ATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * *
20156131 TTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCAA
314 TTAAATGA-TATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATA-AAAGTTATCCAA
* *
20156196 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA-T
376 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATC-AGT
* * * *
20156260 TTACTGAACTAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAATGATCTT
440 TTACTGAAC-AATTTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTT
* *
20156325 TATTTTGTCATACAACAGTTGTTTCTTTTC-A
504 TATTTTGTCATAAAACAATTG--T-TTTTCAA
** * * * * * *
20156356 CAT--AAGCTTA-TT-ATTTTAAAATGATATTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAAG-AAA
* * *
20156417 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAA-CTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT
65 AGATTT-AAAAATAAATATGTTTGTTGAATC-AATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
20156481 CTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACT-ATTATTTTAGTTCATACAAACTT
128 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT
* * * * * *
20156545 ATTTGGAATAAAATAATACTAATGTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
192 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
20156610 ATAAATCTGTTTACTGAATAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATT
257 ATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA-T
* * * * * * *
20156675 G-TTTTAACTTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAACG-TATCCGAAATAAAA
320 GATATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAAAAGTTATCCAAAATAAAA
* * * * *
20156738 TAATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTC
383 TAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCAGTTTAC
* * * * * *
20156803 TAAAGCAATTCTAATAGTTACGACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTAT
444 TGAA-CAATT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT
* *
20156868 TTCGTCATAAAACAATTGTTTCT-AA
507 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA
* * *
20156893 TCATACAAG-TTAATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAAT-A-AAT
1 -CATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAAGAAA
* * * *
20156955 A-ATTTAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCT
65 AGATTTAAAAATAAATATGTTTGTTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* *
20157019 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAAACAAGCTTATT
130 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
*
20157084 CGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATA
195 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATA
* * * * *
20157149 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAATAATTAGCTATTTAAAATCGAT
260 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAT-GAT
*
20157214 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAA
323 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAAAAG-TTATCCAAAATAAAATAA
* *
20157279 TACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCA
386 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCAGTTTACTGAA-CA
* * * * * * *
20157344 ATTTAAATAATTATGGA-TATTTAAATAATTATCTATTTCTAATCGTTATTACCTTTCATTTTGT
450 ATTT-AATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTT-ATTTTGT
20157408 CATAAAACAATTGTTTTTCAA
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GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAA
ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATGATATG
AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAAGTTATCCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCAGTTTACTGAACAATTTAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTTTCAA
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20157304 TTAATAAGAG
20157314 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCAATTTAAATAATTATGGATATTTAAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCAATTTAAATAATTATGGATATTTAAATAATTATCTA
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131 GAAATAAAATTGTTAGTA
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1 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCAATTTAAATAATTATGGATATTTAAATAATTATCTA
20157527 TTTCTAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTT
66 TTTCTAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTT
20157592 GAAATAAAATTGTTAGTA
131 GAAATAAAATTGTTAGTA
20157610 CTTTTTGTTT
Statistics
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TTTCTAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTT
GAAATAAAATTGTTAGTA
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* * * *
20157598 AAATTGTTAGT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAA--CATACAAGTTTATTTG
1 AAATTGTTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TATTTCAATTCATACAAGTTTA-TTC
* * * *
20157660 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGT-A-T--GAGATTCAAAAAATAAAT
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** *
20157721 TTATTTACTGAATAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTT
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* * * * * * * **
20157774 CAAATTGTTACAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTTGGA
1 -AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTA-TTCAA
* * *
20157839 ATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTT
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* * * *
20157904 GTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTATTTT
127 ATTTAT-GAACCAGTTCAAATAGTT-ATACTATTTGAATAATTA--TA-TA-TTT
* * * * * * *
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1 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCA-AA
* * * *
20158024 TAAAATAAAACTAATTTATTAATGTTTTAAAATT-TTA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTTAT
65 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTAT
* * *
20158086 TTATGGAACCACTTCAAATAATTATACCTATTTGAACAATTATATATTT
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* * * *
20158135 AATTTGTTATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
1 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTC-AAA
* * *
20158200 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
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20158265 TTTA
128 TTTA
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Statistics
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AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAAAT
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
ATGAACCAGTTCAAATAGTTATACTATTTGAATAATTATATATTT
Found at i:20159275 original size:181 final size:181
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20159078 TAAAATAATT
* * * *
20159088 ATTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACAATTTTCAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * ** * *
20159153 TTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTTATTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATG
66 TTT-AACTTAGTTCAGCAAACACA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA
*
20159217 TTAATTAAATTA-ATTATTTTATTTCA-AATTAGCTTGCATGAACT-GAAA-AA-AA
128 TT-ATTAAATTACATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAACAATAA
* * ** * * * *
20159269 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTA
1 ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *
20159334 TTATAAC-TAGTTCGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATT
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** **
20159398 ATTAGTTTAGCATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTT
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* * * *
20159451 GTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTA-TTTAAGATAGGTAATTGTTGAAATAGTCATAACT
1 ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTTAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * ** * *
20159513 ATTTAAAC-TGGTTTGGTAAACAAATTTAGCTTTTGAATGTC----TTATTAATTTTT-GAAATA
65 ATTT-AACTTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATA
* * * ** * * *
20159572 TTAATAAATTA-GTATACTTTATTCTA-AATAATTTTGTATGAA-AAAAACAAT-T
128 TTATTAAATTACAT-TATTTTATT-TAGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATAA
* ** * * ** * * * * *
20159624 GTTTTACAACAAAACAGAATG-CCATAATTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACT
1 ATTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
20159688 ATTTGAA-TTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TAACTTATTAATTTTTAGAATA
65 ATTT-AACTTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * ** *
20159751 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT-T
128 TTATTAAATTA-CATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATAA
* * ** * *
20159805 GTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * *
20159870 TTTGAAC-TCGCTCATTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTT
66 TTT-AACTTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATT
* * * ** ** * *
20159934 AATAAATTAGTATTATTTCTATTCT-GAATAAGTTTTTATGAGCAAAAACAATTA
130 ATTAAATTA-CATTATTT-TATT-TAGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATAA
*
20159988 A-TTTATGACGAAACAAAA
1 ATTTTATGACAAAACAAAA
20160006 AATAGATAAT
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 114, Indels: 65
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ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTAACTTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTA
TTAAATTACATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATAA
Found at i:20159843 original size:536 final size:536
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20158742 TAATTATTTT
** ** * * * * ** **
20158752 ATGATTTGAAATCTATAATTATTAAAATAGTAATAACTATTTAAACTGGTCCGATAAGTATATTT
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* * * * *
20158817 ATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAGTTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA-
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAG
* * * * * *
20158880 AATAAACTTGT-TGATA-AAAAACAATTATTTGAT-AGCAAAATAAAAAGTTCATAAT-GATTTG
129 AATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAG-TCATACTAG-TTT-
** * * * * * ** *
20158941 AAATAAATAATTGTTCAAAT-GGCAATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTGATTTATTTTTT
189 AAATAAATAATTACTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTA-CTTTT
* * * * * **
20159005 AAATCTACAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAATATTATTTTATTTTGGATAAG-T
251 AAATCT----CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCT
* * * * * * * * ** **
20159068 TTTATTAAACTAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACAATTTTCAATAGATAAT
312 TGTA-TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
20159133 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTTATTTTTTTTAATTTCTTG
376 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTCGGTAAATAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * **
20159198 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATTAAATTA--ATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGCATGAACT
438 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT
** *
20159261 -GAAA-AAAAATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAA
501 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
20159295 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTAGTTCGGCAAGCACATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATT-TGAACTAGTTCGGCAAACATATT
* * ** *
20159359 TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCATTATTTTATTTAGA
65 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGA
* * *
20159424 ATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATACTA-TTTAAGAT
130 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACTAGTTTAA-AT
** ** * * * *
20159487 AGGTAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAAATTTAGCTTTTGAATG
193 AAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTA-CTTTTAAATC
* **
20159552 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTA-TACTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA-
256 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * * * *
20159614 AAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAGAATGCCATAATTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
321 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
20159679 GACATGACTATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTT
386 GTCATAACTATTTGAATTT-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** * *
20159744 TAGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTT
450 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATT
**
20159808 TTATGACAAAACAAAATATCATA
514 TTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *** *
20159831 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCATTAAACAGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACATATTT
* *
20159896 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCTATTCT-G
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATT-TAG
* * * * ** *
20159960 AATAAGTTTTTATGAGCAAAAACAATTAATTTATGACGAAAC-AAAA---A-A-TAG--------
129 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACTAGTTTAAATA
* * * *
20160011 -ATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAA-TG--TGTTCAA-AAA---ACATTTT---T-TC
194 AATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAAATTTAC-TTTTAAATCTC
* * * * * *
20160064 TTATTAATTTTTGGAATATGAATAAATTTA-AATTATTTTGTTCAAAATAAGCTTGCATGAACAA
258 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * * *
20160128 AACCAATTATTTTGTGGCAAAACGAAAGATCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGT
323 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *** *
20160193 CATAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAATGGATTCT-TTTTTTCGTTCTCTTACTCATTAAGTTTT
388 CATAACTATTTGAA-TTTTTCGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * * *
20160257 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTT
450 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTT
* * *
20160321 TATTACAAAAGAAAAAGTCATA
515 TATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *
20160343 ATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATGACTATTTGAACTTA-TTTGGCAAACATAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGCAAACATAT
* * * * * *
20160406 TTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT
64 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * * * *
20160471 A-AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAA
127 AGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ACTAGTTTAA
* *
20160535 ATAAATAATTACACAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
191 ATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAAATTTA-CTTTTAA
* * *
20160599 ATCTTTTACATCTTTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTT-GAATTTATATTATT-TGAAATAA
253 ATCTCTT--A---TTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTAGTA-TTATTTTATTCT-AAATAA
* * * * * ** *
20160660 GATTGTATGAATAGATAA-AATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGGT-ATAGCGATTTTAAATAGA
309 GCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
20160723 TAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATTCACCTTTTTAAATTTC
372 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
* *
20160788 TTTA-TTATTAATTTTTGAATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA
435 -TTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
* * *
20160852 ACT-GAAACATTTTTTTTATGACAAAACAACAGGTCATA
498 ACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * *
20160890 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTATTTCAGTAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACATATTT
* ** ***
20160955 ATTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATTGCT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGACCA-
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAG
* * * * * * * *
20161016 AATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAAT
129 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACT-AGTTTAAAT
* * * * * *
20161081 AAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTT-TTTTTAAATCT
193 AAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTACTTTTAAATCT
* * * ** * * *
20161145 TTTATTAATATTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACA
257 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
20161209 AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
322 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*** * *
20161274 TCATAA-TAATTTGAACTGGATAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TT-ATTTT
387 TCATAACT-ATTTGAA-TTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
20161334 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAGTAAGC-TATTATGAATTCA-AAAAAACT
450 TG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACT-AGAAACAA-T
*
20161396 TATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATA
510 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
20161423 ACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TATATAGTCTTAAATATTGGAACT-GATTTGACAAATAAAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGCAAACATAT
* * * * * * *
20161486 TTATTTTTTAATTTTCTTAGC-TATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTA-TTC
64 TTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA
* * * * ** * * *
20161549 GAATAAGCTTGTATGGACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATTAAAGCGTTAAAAC-AATTTGA
128 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAAG-TCATACTAGTTT-A
* ** * ** ** * * * * *
20161613 AGTTTACAATTGTTCAAAATAGTCATTGGCTATTCTGAACCTGAGTTCGATAAATAAATTGATTT
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* * * *
20161678 TTTAAATCTCTTAAATAAATTGATGTTTTAAAAGATTAATAAA--TAGTATTA-TTTATTCTGAA
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* ** * * * **
20161740 TAAAG-TTGAATGTTCAAAGTACAATTGCTTATATGAC-AAACAAAAGG-AATAACAATTTGAAA
306 T-AAGCTTGTATGAACAAA-AACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * ** * * * *
20161802 TAGATAATTGAT-AACAT-GATCATAATTATTTGAATTTGCTTCGACAAACAAATTCACTTTTTA
368 TAGATAATTGTTCAA-ATAG-TCATAACTATTTGAATTT--TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
** * * *
20161865 AATAACTTACTTAATT-ATTTTAGAATATTAATAAAGTTAGTATTATTTTATTT-GAATGAGC-T
429 AATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
20161927 CTATGACCT-GAAACAATTTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCCATA
492 ATATGAACTAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATA
* * * * * * *
20161973 ATGATTTCCAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATGTTGAGCTACTTCAGCAAACA-A-
1 ATGATTT-GAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTAT-TTGAACTAGTTCGGCAAACATAT
* ** * *
20162036 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TA
* ** * * * * * * *
20162101 -AATAAGCTTATATGAATTGAAACATTTATTTTACGATAGAACAAAAGGTTACA-AC-AATTTAA
128 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-T-CATACTAGTTT-A
** * * * * ** * *
20162163 AATAAATAATTGTTTAAATAG---GAAC----T-AA---TTTAGTAAATAGGTATATTTTTTAAA
190 AATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAAATTTA-CTTTTAAA
* * * * *
20162217 TCTCCTTCCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAA-TTAATACTATTTT-TTCCAAATAGGCTTGT
254 TCT-C-T--TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT
** * * * ** *
20162280 ATGATGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATATATAATTGTT
315 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** *
20162345 CAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTC----AAT-G---TATTTTTTAAATCTC-TAATATAT
380 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TAT
* * * * * * * *
20162401 CAAATTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTAT-AAATTGAAAC
443 TAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAAC
* *
20162465 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
507 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * ** *
20162495 TTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACATATTT
* * * ** * ** *
20162560 ATTTTCTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
66 ATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGA
* * * * * **
20162625 ATAAGCATGTATGAACTA-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCA-AAAAGATTTGAA
130 ATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACTAG-TTT-AA
* ** * ** * * * * * *
20162686 ATAGATAATTGTTCTAATTTTCTTATCTATTTGAATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
191 ATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTA-CTTTTAAA
* * * * *
20162751 TCAT-TTATTAACTTTT-AGAATATT-ATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTA
254 TC-TCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA
* * * *
20162812 TGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTT
316 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** ** *
20162874 CAAAAAATCATAATTATTTAAACTGGTTCAATATAA-AGATTTAGTTTTT-AA-CTCTT--TTAT
380 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTCGGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** ** *
20162934 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAAC
443 TAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAAC
* ** *
20162998 AATTATTTTATGAGAAAACAAAATCTAATA
507 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * ** ** *
20163028 ACAATTTGATATATATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTT-AAGCTTGTTTTGTGAACAAAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGCAAACATAT
* ** * *
20163091 TTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG
* * * * * *
20163156 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTAATGATAAAAC-AAAAGATCGTAAT-GATTTGAA
129 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATACTAG-TTT-AA
* * * * *
20163219 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAA
191 ATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG-TTTGGTAAACAAATTTA-CTTTTAA
* * * *
20163283 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAAT-AAGTTAGTATTATTTCCATT-TCAAATAAGCT
253 ATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTT-TATTCT-AAATAAGCT
* * * **
20163346 TTTATGAACAGAAACAATTAGTTTT-TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
312 TGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
20163410 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAAATGTTT-AGAAAATATATTTA-TTCTTAAAT-TTTTAC
376 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTG--AATTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** * **
20163472 TTATTAATTTTTTAAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTCAAAAATATGCTTGCATG-A-
439 TTATTAA-TTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC--AAATAAGCTTATATGAAC
* * * **
20163534 TAGAACCAAAT-TTTTATGAGAAAACAAAATATCATA
500 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
20163570 AT-ATTTTTTAAAAAGATAATTGTTC-AGA-AGTCATAACTATTTTAAC-ATGTT-GG-TAACAA
1 ATGA--TTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGCAAAC-A
* * * * * * * *
20163629 GATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAGTTTCTAGAATATTAATAACTTGGATATTATTTTAT
61 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTAT
* * * * * *
20163694 TTCA-AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTATAAAAC-TAAAGTCACAAT-GAT
125 TT-AGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACTAG-T
* * * * *
20163755 TGAAAATAGATAATTAATCAAATAGGTCATAACTA-TTGAACATGTTAGGT-AACAAGATTCT-T
187 T-TAAATAAATAATTACTCAAATA-GTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAA-ATT-TAC
* *
20163817 TTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTG-AATATTAA-AAAATTA-TATTA-TTTATT-TCAAAT
247 TTTTAAATCTC--T-T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * * *
20163877 AAGCTTATATGAAACTAAAATAATTG-TTTATTACAAAA-ACAAAGGTCACAATGATTTGAAATA
307 AAGCTTGTATG-AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *** * *
20163940 GACAGATTATTCAGATGGTTTATAACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT
370 GATA-ATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* *** * *
20164005 AT-TCTACTTATTAATTGGTCAAAATATTAATAAATTA--A-TA-TTT-GTT--AAT--G---AA
432 CTCT-TACTTATTAATT--TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT
* * *
20164057 ATGAAAC-A-AACCCCAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATA
494 ATG-AACTAGAA--ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * *** * *
20164101 CAAGGTTTG-AAT-GAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGATA-TTGTTCAATAAATAGA
1 -ATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTCGGCAAACATA
* ** *
20164163 TTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TATT-ATGCCTT---A-A-TAATAAATTTGATAGTTATTTTAT
63 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAG-TA-TTATTTTAT
* * * * *
20164221 TCAAAATAAGCTTGTATGAATCAGAAAAAATATCATTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATA-TCAG
125 TTAGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAAT-T-GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACT-A-
* * ** * * * ** * *
20164284 TGATTTCAAATAGATAATTTCAAAAATAGTCAAAATTATTTAAACT-TATTCGACAAACAGATTC
185 -G-TTT-AAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-GGTAAACAAATTT
* * * * *
20164348 ATTTTCTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATT-TCA
245 ACTTT-TAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCT-A
*** * * * * ** ** *
20164411 AATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTTTTTTATGA-TAAAGAAAATATCATAACCAATTCGAAA
304 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAA
* * * * ** * *
20164475 TAGATTAATTAGTT-AAATGGTCATGACTA-TTG-ATCTAGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTAA
368 TAGA-TAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-TTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
20164537 AATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTA
429 AATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* * * * *
20164602 TATGAAC-AAAAACTATTGTCTTATAACAAAA-AAAAGGTTCCATA
493 TATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-T-CATA
* *** * * * * * *
20164646 CA--ATTTGAAATAAATAATTGCACAAAATAGTCATAATCGATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA
1 -ATGATTTGAAATAGATAATTATTC-TAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTCGGCAAACATA
* *
20164709 TTTA-TTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTA-TA-TTTA-T
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* * * * ** * * *
20164766 TCGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGAAAAAACAAAAAGGTTATAGC-AAT
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** * * * * *
20164830 TTCAAATAGAATAATTGTTCAAAATAGTCATAA-T-TTTAAACTCG-TT--T-AATAGATTCATT
187 TT-AAATA-AATAATTACTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTACT
* **
20164889 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGACTATTAAT-AGCTTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
248 TTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* *** *
20164951 AAGCTTATATGAATCAAAATTGATT-TTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
307 AAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * *
20165014 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTA-TTG-ATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATTT
371 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-TTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
20165077 TTTAC-TATTAA--TTTGAAATATTAATAAATTGGTATTA-TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
434 CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
* * * * * *
20165138 AC-A-AAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATA
498 ACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * ** *
20165175 A-CAATTGAAATAAATAATTGCCTT-AAATAATCA-AACTATTTGAACTAGTT-GTTAAACAGAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATT--ATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACATAT
* *
20165236 TTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTT-
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA
** * * * *
20165295 GAGA-AA-CTTACATGAACA-AAACATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTTGA
128 GA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA-CTAGTTT-A
* * * * *
20165357 AA-AGATAATGT--TCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TTACTTTTT
190 AATAAATAAT-TACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACA-AATTTAC-TTTT
* * * * *
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*
20165478 TAGGTGTGAATTC-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC--AA----A-AATGATTTGAAATAGAT
312 T--GTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
** * * * * * * * *
20165534 AAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTTAAACTAGTTT-AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
373 AATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAA-T-TTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** ** * *
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435 TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * * *
20165660 C-AGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATA
499 CTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * ** * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACATATTT
* *
20165762 ATTTTTTAAATCTCTTA--T-TT-ATTTTT-GAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTCT-G
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAG
* * * * * * * * *
20165821 AATAAACTTTGTAT-AATAAAAAAAATTGTTATAT-AGCCAAACAAAAGGTTATAAC-AATTTAA
129 AATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCAT-ACTAGTTT-A
* ** * * * * * **
20165883 AATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAA
190 AATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACAAATTTAC-TTTTAA
* * * *
20165948 ATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
253 AT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
*** * * *
20166012 TATGAATTGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGT
314 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
20166077 TCAAATAAG-CGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTATTGCT
379 TCAAAT-AGTCATAACTATTTGAATTT-TTCGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * *** * *
20166139 TATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GA
440 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGA
*
20166203 AACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAA-GTCATA
504 AACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATA
*
20166235 ATGATTTTAAAATA-ATAATTATT
1 ATGA-TTTGAAATAGATAATTATT
20166258 TTTCTTATTT
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AAAACAAAAGGTCATA
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * ***
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66 AACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *
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* * * *
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* * * *
20160663 TGTATGAA-TAGATAA-AATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGGT-ATAGCGATTTTAAATAGATA
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* * * * * * * *
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122 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * *
20160786 TCTTTA-TTATTAATTTTTGAATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATA
1 T-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTA
* * * * *
20160849 TGAACTGAAACATTTTTTTTATGACAAAACAACAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
64 TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
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129 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* ** ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* *
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66 AACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
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* * * *
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* * * *
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64 TGAACT-AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * ** * * *
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127 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * *
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1 TT-TTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT
* * * ** * * * * ** *
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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1 T-TTTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTG
* ** * * *
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* * * * * ** * * * *
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** * * * *
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1 TTTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA
* * * * * *
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** * * ** *
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* * * * * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * * * * *
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66 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
20162176 -T--T-A-AA-TA--GGAACTAATTTAGTAAATAGGTATATTTTTTAAATC
131 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
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1 T-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
*** * * * ** * *
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65 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *** *
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* * * *
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** ** * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** *** *
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* * * **
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCT-AAATAAGCTTGTA
* *
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64 TGAACTA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
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* ** * * *
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* * * ** * * *
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64 TGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA--TTTGAAATAGATAATTG
* * *
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* * * * * *
20163646 TCTTT-CTCATTAGTTTCT-AGAATATTAATAACTTGGATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA
1 T-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTG
* * * * * *
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62 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTG
* * * * * *
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* * *
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1 T-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTA
* * * * * *
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64 TG-AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA-ATTG
* * * * * **** * *
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126 TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * ** * *
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1 TTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTA
* * * * * *
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64 TGAACTAAA--ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAG-ATAATT
* ** * *** *
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125 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
** * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * **
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** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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20166255 ATTTTTCTTA
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
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** * * * *
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*
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* *
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* * * * ** ** *
20162269 AATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAA
65 AATAAGCTTATATGAATTG--AAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAA
* ** * * *
20162332 ATATATAATTGTTCAAATAGCCA-TAA-TTATTTGAACTAGTTCAA
128 ATAAATAATTGTTCAAATAGGAACTAATTTA-GT-AAATAGGT--A
* ** * * * * *
20162376 TGTATTTTTTAAATCTCTAATATATCAAATTTT-GAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 --TATTTTTTAAATCTCTTACCTAT-TAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTC
* * * * * * * * *** *
20162440 CAGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAA
63 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAA
*
20162505 ATAGATAATTGTTCAAATAG
128 ATAAATAATTGTTCAAATAG
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Statistics
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TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAA
ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
AATAATTGTTCAAATAGGAACTAATTTAGTAAATAGGTA
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* ** * *
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** * *** *
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63 T-AGCAATTTCAAATAGAATAATTGTTC-AAAATAGTCATAA-T-TTTAAAC----TCGTTTAAT
* *
20164342 AGATTCATTTTCTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
120 AGATTCATTTTCTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
* ** * * *
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*
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250 AAATAGATTAATTAGTTAAATAGTCATGACTATTGATCTAGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTAA
* *
20164537 AATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTA
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* * * *
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445 ACAAAATAATCATAATCGATTTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTAA-TATCACTTATT
*
20164732 AATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATA
508 AATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATA
* ** *
20164761 TTTATTCGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGAAAAAACAAAAAGGTTATAG
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66 CAATTTCAAATAGAATAATTGTTCAAAATAGTCATAATTTTAAACTCGTTTAATAGATTCATTTT
* * *
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131 CTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * *
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* *
20165017 ATTA-TTCAAATAGTCATGACTATTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTA
260 ATTAGTT-AAATAGTCATGACTATTGATCTAGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTA
*
20165081 C-TATTAA-T-TTGAAATATTAATAAATTGGTATTA-TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAC-A
324 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * *
20165141 AAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAA-G-T-CATAACAA-TTGAAATAAATAATTGC-CTTAA
389 AAACTATTGTCTTATAACA-AA-AAAAAGGTTCCAT-ACAATTTGAAATAAATAATTGCAC-AAA
* * *
20165201 ATAATCA-AA-CTATTTGAACTAGTT-GTTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCCCTTATTAATT-
450 ATAATCATAATCGATTTGAACTAGTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTAATATCACTTATTAATTG
* *
20165261 T-TTGAAATATTAATAGATTAGTATTCT
513 TCTT--AATATTAATAAATTAGTA-T-A
* * * * ** * * *
20165288 TTTATTTGAGA-AA-CTTACATG-A-ACAAAACATTTGTTTTATGACAGAAC-AAAAGGTCATAG
1 TTTATTCGAAATAAGCTTACATGAATACAAAAAAATCATTTTATGAAAAAACAAAAAGGTTATAG
* * *
20165348 CTATTTTGAAA-AG-ATAA-TGTTC-AAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGAA
66 C-AATTTCAAATAGAATAATTGTTCAAAATAGTCATAA-T-TTTAAACTCGTT---T-AATAG-A
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123 TTCA-TTTTCTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTT
20165440 TTAGTATGAA
Statistics
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CAATTTCAAATAGAATAATTGTTCAAAATAGTCATAATTTTAAACTCGTTTAATAGATTCATTTT
CTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTATATGAATCAAAATAATTTTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACCAATTCGAAATAGATTAA
TTAGTTAAATAGTCATGACTATTGATCTAGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACT
TATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAAA
ACTATTGTCTTATAACAAAAAAAAGGTTCCATACAATTTGAAATAAATAATTGCACAAAATAATC
ATAATCGATTTGAACTAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTAATATCACTTATTAATTGTCTTAATA
TTAATAAATTAGTATA
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* *
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20166306 GATTATTTTA
Statistics
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ATTTTTCAAACTTTAATAA
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* *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* *
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TTCATTAA
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* *
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*
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* * *
20168239 TTCATTAATTTCTTGA-CTTGCAGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAAT
66 TTCATTAATTCCTTGATC-TACAGTTCAATCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAAT
20168303 CCCGGTCATTTCATTAA
130 CCCGGTCATTTCATTAA
* *
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1 TTCCCTGACTTGCGATTCAGTCCCA
20168345 GTCGTAGTTT
Statistics
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CCGGTCATTTCATTAA
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1 TAATTAAAAAT
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Statistics
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TAATTAAAAAT
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20168964 TATATATAAT
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20169012 AA
1 AA
20169014 AAAATGATTT
Statistics
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AATTAAAAATTAATTTAAA
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Statistics
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* *
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* *
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Statistics
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* *
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* * *
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* * ** * * *
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Statistics
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1 T
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* * * *
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* * *
20231587 CCCTTGGTGTGTAGGCACTTACCTTGAACACCATCGATACATGTTAG
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* * * *
20231634 GCCTTGGTGTGGGCACATACCTCGACCACCAT
1 CCCTTGGTGTGGGCACTTACCTTGAACACCAT
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Statistics
Matches: 66, Mismatches: 11, Indels: 4
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* * * * *
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*
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* *
20238995 ATTACCCTATCTTCATGCTTAATTAGCCCTTT-AGGGCATGCAGCACTTGTATCAAATAGGCTTC
1 ATTACCCTATCTTCATGCTAAATTAGCCCTTTGA-GGCATGCAGCACTTGCATCAAATAGGCTTC
* *
20239059 TGTGATCTTAGTTTGTTGAACCATGCAACACCTCTATGCC
65 TGTGATCCTAGCTTGTTGAACCATGCAACACCTCTATGCC
20239099 AAATGTGCCA
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111 1 0.01
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Consensus pattern (112 bp):
ATTACCCTATCTTCATGCTAAATTAGCCCTTTGAGGCATGCAGCACTTGCATCAAATAGGCTTCT
GTGATCCTAGCTTGTTGAACCATGCAACACCTCTATGCCTACATGCT
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20240418 TGCTTAAGCC
* * *
20240428 TATTAATATTT-AAACAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTT
1 TATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTT
* * * * * * * * *
20240492 TAAAGAATTATGATTATTTTAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CTTTTAGTTTTCTCAT
65 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCAT
* * * * * *
20240556 ATAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATT
129 AAAACAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATT
* * * ** * * * *
20240608 TATTAATATTTTAACAATTAATAAG-AAAAAATTT-TTAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * ** *
20240671 AAATAGTCACAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CTATA
66 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATA
* * **
20240735 ACACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
130 AAACAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
20240787 TATTAATATTCCCAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTA-TT-T-G--C-CGTAC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* *
20240846 -AATAGTTATAACTAATTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
*
20240910 AACAATTGTTTTTATTCAT-TCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATT
131 AACAATTGTTTTTATTCATAT-AAACTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * *
20240961 TATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGAA-ATTTAGAAAATAAATCTATTTTTTGAACAA-TTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
*
20241024 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
66 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
20241088 AACCAATTGTTTTTGTTTATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
130 AAACAATTGTTTTTATTCATATAAACTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
20241140 TACTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCAAGCTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* *
20241205 AAATAGTTATGACTGTTTGA
66 AAATAGTTATAACTATTTGA
20241225 CAAAACAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTCAAATAAAATAATACTAATT
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Alignment explanation
Indices: 20240514--20241191 Score: 882
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20240504 ATTATTTTAA
* * * *
20240514 CAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATATAACAATTGTTTTTGTTCATAC
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC
* * * * **
20240579 AGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGAAAAAATTTTT
66 AGCTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTGA
* ** *
20240644 AAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAA
131 AAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
*
20240709 TCATTATGACCTTTTGTTTTG-C-TATAACACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAAAAT
196 TCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAC-CAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAAAAT
* * * * * *
20240772 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTAT
259 AAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
20240837 TTGCCGTACAATAGTTATAACTAATTGAG
324 TTGCCGTACAATAGTTATAACTAATTGAG
* *
20240866 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATT
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA
* * *
20240930 CAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGAAATT
65 C-AGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATT
* **** * *
20240994 TAGAAAATAAATCTATTTTTTGAACAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
128 T-GAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *** * **
20241058 CAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATATAAACTTATTTGA
192 CAAATCA-CTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAA
*
20241122 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT
256 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATC
20241187 TATTT
321 TATTT
20241192 ATCGAGCAAG
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 41, Indels: 13
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
352 54 0.19
353 197 0.71
354 25 0.09
355 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC
AGCTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTGA
AAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAAAATAA
AATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
GCCGTACAATAGTTATAACTAATTGAG
Found at i:20245310 original size:16 final size:18
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Indices: 20245289--20245322 Score: 54
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20245279 TTATGACCTT
20245289 TTGTTTT-G-TCATAAAA
1 TTGTTTTAGTTCATAAAA
20245305 TTGTTTTAGTTCATAAAA
1 TTGTTTTAGTTCATAAAA
20245323 GCTTATCCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.44
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ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.12, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TTGTTTTAGTTCATAAAA
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Indices: 20245085--20246500 Score: 745
Period size: 176 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
20245075 AAATAATTAT
** * * * * * *
20245085 CTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAA-T-TATTTCAATTTATACAAGCT
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA--CATACAAGCT
* * *
20245148 TAATTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAA
64 T-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAAT----AAGAGATTT-AAA
* * * **
20245212 AATTAAATCTA-TTTACTAAATAAGTTCACATAATTATGACTATTTGAACAATTGT
121 AAATAAATC-AGTTTACCAAAT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC---TAC
* **** *
20245267 CTATTT-AAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT--AA-AATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTA
**
20245328 TCCAAAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAT
66 T-TGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAG--AGA-TTTAAAAAAT
* * *
20245392 AAATCAATTTACCAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACTAC
125 AAATCAGTTTACCAAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACTAC
* * * * *
20245439 CTATCTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTA
*
20245504 TTGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAGT
66 TTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * *
20245569 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-
129 CAGTTTACCAAA-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC---TAC
* * * * * * * * ** *
20245615 TTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAATAATTATTTCT-ATTTATACAAGCTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTT
* * * *
20245679 ATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAA
65 ATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
20245743 TAAAT-TGTTTGCCAAATCA-TT-AAACAGTTATGACTATATGAATGAAAATTAT
124 TAAATCAGTTTACCAAAT-AGTTCAAATAATTATGACTAT-T---TG--AACTAC
* * * * * *
20245795 TTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGCTTTATCATAAAACAA-T-TATTTCAAGCTCATATAAGC
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA---CATACAAGC
** * * * *
20245858 TTATCCCAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAA
63 TTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
20245922 ATCAGTTTACTGAAACAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTAC
127 ATCAGTTTAC-CAAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTG---AACTAC
* * * * *
20245971 CTATTTCAAATTTTTATTA-CTTTCT-ATTTGTCTTAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTT
* * *
20246034 ATTCG-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGATATTTAAAAAGTAAA
65 ATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AA
* * * *
20246098 AT-ATGTTTACCAAACTAGTTAAAATAGTTATGGACTATTTGAATAATTAT
127 ATCA-GTTTACCAAA-TAGTTCAAATAATTAT-GACTATTTG---AACTAC
* * * * * * *
20246148 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT-TCGTAAAACAATTATTTCT-ATTCATATAGGC
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGC
* * * * * * *
20246211 TTTCTTCAAA-ATAAATAATACTAATTTAGTAGTATCT-AAAAGTTAATAACTAAGAAATTTTAA
63 -TTATTGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--T--TAA-TAAGAGATTTAAA
*** * * * * * * *
20246274 AAATAAATCTA-TTTGTTGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTAT
121 AAATAAATC-AGTTT-ACCAAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTG---AACTAC
* * *
20246329 TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTT-AAGCTTATACACA-
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA-C--ATACA-AG
* * * * *
20246391 CTTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAA-AGGATTTAGAAAA
62 CTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGA-GATTTAAAAAA
* * ** *
20246455 TAATTCTA-TTTATCAAACCGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAC
124 TAAATC-AGTTTACCAAA-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
20246501 AATTATCAAT
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 187, Indels: 175
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.01
173 47 0.05
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175 86 0.09
176 230 0.24
177 69 0.07
178 106 0.11
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTA
TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
GTTTACCAAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACTAC
Found at i:20246059 original size:530 final size:536
Alignment explanation
Indices: 20245053--20246484 Score: 1647
Period size: 530 Copynumber: 2.7 Consensus size: 536
20245043 NNNNNNNNNN
* * ** ** * *
20245053 AGTTAAATAGTTAAGACTACTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTT-TAGT
1 AGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAGT
* * * * * *
20245117 CATATAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTAA-TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACA
66 CATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGC-TAATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA
* * * * *
20245181 TTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTACTAAATAAGTTCACATAA
130 TTCAAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAA-TAAATCTATTTGCTAAATCAGTTCAAACAG
* * *
20245245 TTATGACTAT-T---TGAACAATTGTCTATTT-AAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT--AA
192 TTATGACTATATGAATGAA-AATTATTTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * *
20245303 -AATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACATTATTAATATTTCAAAA
256 CAATTATTTAAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACATTATTAATATTTCAAAA
* *
20245367 GTTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTT
321 GTTAATAAG-AAGAGTTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACAGTTCAAATAAGTATGGCCATTT
* * *
20245432 GAACTACCTATCTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATAC
385 GAACTACCTATCTCAAATCGTTATTACTTTCTGATTTGTCTTAAAACAATTGTTTTCCAACATAC
*
20245497 AAGCTTATTGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAA
450 AAGCTTATTGAAATAAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAA
* *
20245562 AAT-AAGTTTGTTTACCAAACC
515 AATAAAATATGTTTACCAAACC
* *
20245583 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTA-
1 AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAG
*
20245646 TCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTAATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAGTAATA
65 TCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTAATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA
* * *
20245711 TTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAAT-TGTTTGCCAAATCA-TT-AAACAGTTA
130 TTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTGCTAAATCAGTTCAAACAGTTA
* *
20245773 TGACTATATGAATGAAAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGCTTTATCATAAAACAAT
195 TGACTATATGAATGAAAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * *
20245838 TATTTCAAGCTCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAGTT
260 TATTT-AAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACATTATTAATATTTCAAAAGTT
* * *
20245901 AATAAG-GGA-TTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAACAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAA
324 AATAAGAAGAGTTTAAAAAATAAATCAATTTAC-CAAACAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTG--
* **
20245964 CAACTACCTATTTCAAATTTTTATTACTTTCT-ATTTGTCTTAAAACAATTGTTTTCCAACATAC
386 -AACTACCTATCTCAAATCGTTATTACTTTCTGATTTGTCTTAAAACAATTGTTTTCCAACATAC
*
20246028 AAGCTTATTCG-AAT-AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGATATTTAAA
450 AAGCTTATT-GAAATAAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAA
* *
20246091 AAGTAAAATATGTTTACCAAACT
514 AAATAAAATATGTTTACCAAACC
20246114 AGTTAAAATAGTTATGGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
1 AGTT-AAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
* * * * * * * *
20246179 TTCGTAAAACAATTATTTCTATTCATATAGGCT-TTCTTCAAAAT-AAATAATACTAATTTAGTA
64 GTCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTAAT-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTAGTA
* * * * * *
20246242 GTA-TCTAAAAGTTAATAACTAAGAAATTTTAAAAATAAATCTATTTGTTGAA-CTAGTTCAAAC
127 ATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTGCTAAATC-AGTTCAAAC
* *
20246305 AGTTAAGACTATATGAAT---AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
190 AGTTATGACTATATGAATGAAAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * ** * *
20246367 ACAATTATTTTAAGCTTATACACA-CTTATTCGGAATAGAATAAAACTA-ATTTATTAATATTTC
255 ACAATTA-TTTAAGCTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTTC
* * * * * * * *
20246430 AAAAATTTATAA-AGGA-TTTAGAAAATAATTCTATTTATCAAACCGGTTCAAATAA
317 AAAAGTTAATAAGAAGAGTTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-CAGTTCAAATAA
20246485 TTATAACTAT
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 95, Indels: 66
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
525 13 0.02
526 3 0.00
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529 66 0.09
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (536 bp):
AGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAGT
CATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTAATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAT
TCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTGCTAAATCAGTTCAAACAGTTAT
GACTATATGAATGAAAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
ATTTAAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACATTATTAATATTTCAAAAGTTAA
TAAGAAGAGTTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACTA
CCTATCTCAAATCGTTATTACTTTCTGATTTGTCTTAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTT
ATTGAAATAAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
ATATGTTTACCAAACC
Found at i:20246615 original size:118 final size:114
Alignment explanation
Indices: 20246411--20246625 Score: 272
Period size: 118 Copynumber: 1.9 Consensus size: 114
20246401 ATAGAATAAA
* * * *
20246411 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAAGGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCAAACCGG
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAACCAG
20246476 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAATTATTATT
66 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAATTATTATT
20246525 ACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTATTTACCA
1 ACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT--A-AAG-GATTTAGAAAA-TAAATCTATTTACCA
* * * * * *
20246588 AACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTATAATTATC
60 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
20246626 TATTCCAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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116 1 0.01
117 7 0.08
118 50 0.59
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Consensus pattern (114 bp):
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAACCAG
TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAATTATTATT
Found at i:20246963 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 14.8 Consensus size: 181
20246514 AAATTATTAT
* *
20246524 TACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
** * * * * * * *
20246587 AAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTAT
64 AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
20246652 TTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTGATACTAA-TTTATTCGAAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* ** * ** * *
20246705 TTACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTA-ATAGCC
1 -TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CC
* * * * * * * * *
20246769 AAACAAGGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACTATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTA
64 AAATAA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
20246834 TTTTCTCGTAAAATAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTCGAACTAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * *
20246887 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGGAAGAAATTTAAAAATTAAAATTTGTTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCA
* * * * *
20246952 AATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTCTGACCTTTTGT
65 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGT
* * * * * *
20247017 TTAGTCATAAAACAATTGTTT-TGGTTCATACAAGCCTATT-TAGAATCAATTAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * ** *
20247070 TTCTAATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
1 TACTAA-TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C
* * * * * * * **
20247134 GAACA-AAGTTCAAATAGTTATTACAATATGAACAATTGTCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTT
63 CAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTT
** * * * * *
20247197 TGACTTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAA
126 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
** * * * *
20247253 TA-TAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCC
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * *
20247316 GAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTC
64 AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG
* * * *** * * *
20247381 TTTTCTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATGTGAGCTTATTTGGAGTAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * ** **
20247435 TACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAGTGAGTAAGAAAACTAAAAAAGGAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * *** *
20247500 ATAAGTTTAAATAGTTACGACTATCCAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * **
20247565 TATCTTAAAACAATTAG-TTCTATTCATGTAAGCTTATTTCG-AATAAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT-AAAATAA
* * **
20247617 TA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTT
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
** * * * *
20247680 AATTTGTTCAAA-ATTTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-A
65 AATAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* *
20247743 TTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TC-ATTAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA--AATAAAATAA
* * *
20247796 TACTAATTTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
1 TACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * * * * *
20247860 GAGTGAGTTTTAAATAGTTATAACTA-TTGAACAGTTATTTATTTC-AATCATTATAAACTTTTG
64 AAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
20247923 TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAC
128 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * ** * * *
20247978 TACTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAGAAAAT-AATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * ** *
20248040 AACAAGCTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATG-CATTTTGTT
65 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** *
20248104 TTGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* *
20248156 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * *
20248217 ACT-AGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTT
66 A-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
20248280 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAGAAAAATAT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAA
* ** * * * * * * * ** *
20248332 TGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
** * * * * * * *
20248396 ACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTGTCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
20248461 AGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * **
20248512 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAACTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATGCTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * *
20248576 GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGT
64 AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * **
20248641 TTTATAATAAAACAAATGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTAAAAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * **
20248694 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAATT
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACC
* * * * * * ** *
20248758 GAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATTGTTATGAACTTTTG
64 AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
20248823 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATATAAGCCTA-TCAAAATAAAATGA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
20248876 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * *
20248941 ATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
20249006 TGTCATAAAACATTTATTTATGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * *
20249057 TACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCA
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
*** * * * * * * * * *
20249121 AACCTGTTCAAATAGTGAAGGCTATATAAATAATTATCTATATCAAATCGTTATGACCTTATGTT
65 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
20249186 TTGTCATAAAACAA
130 TTGTCATAAAACAA
20249200 ATGCTTTTGT
Statistics
Matches: 1983, Mismatches: 432, Indels: 159
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 26 0.01
176 115 0.06
177 2 0.00
178 74 0.04
179 125 0.06
180 215 0.11
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182 632 0.32
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
Found at i:20247704 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 20246528--20249180 Score: 1923
Period size: 363 Copynumber: 7.3 Consensus size: 360
20246518 TATTATTACT
* *
20246528 AATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA--TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAA
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
** * * * * * * * *
20246590 CCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
63 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTT
* * * * * * * ** *
20246655 GTCATCAAACAATTGGTTCTATTGATACTAA-TTTATTCGAAATAAAATAATTACTAATTTAATA
128 CTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATAC-AAGCTTATTTAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTA
* ** * ** * * *
20246719 ATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTA-ATAGCCAAACAAGGTTCAAA
190 ATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAATAA-GTTCAAA
* * * * * * * * * * *
20246783 TAGTTAAGACTATATAAACTATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTCTCGTAAAAT
253 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
20246848 AATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTA-TTCGAACTAAAATAATACT-
318 AATTGTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA-TA
* * * * * * * * *
20246891 AATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAG-GAAGAAATTTAAAAATTAAAATTTGTTTACCAAAT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAAT
* * * * * * * *
20246955 TAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTCTGACCTTTTGTTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTTTTTT
* * * ** * * * * *
20247020 GTCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATACAAGCCTATTTAGAATCAATTAATTCTAATTTTATTAA
128 CTAATAAAATAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAA
* ** * *
20247085 -CATTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA-AAGTTCAAA
191 TAATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAA-ATAAGTTCAAA
* * * * * * ** ** *
20247148 TAGTTATTACAATATGAACAATTGTCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGTTATAAAA
253 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
20247212 TAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATA
317 CAATTG-TTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATA
** * * * *
20247257 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG-TAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAATA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA
* * * *
20247321 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTC
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTT-TTTTC
*** ** *
20247386 TAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATGTGAGCTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA
129 TAATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** ** *
20247451 ATTCAAAAATTAGTGAGTAAGAAAACTAAAAAAGGAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAGTT
193 ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT
* *** * * *
20247516 ACGACTATCCAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTA
258 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
**
20247581 GTTCTATTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAAATAATATA
322 GTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAAT-AAAATAATATA
* ** **
20247621 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAATTT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAA
* * * *
20247685 GTTCAAA-ATTTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTATTTGT
66 GTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTCT
* **
20247748 GATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCATT--AATAAAATAATACTAATTTTATTAA
130 AATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTAT--TTAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAA
* * * * *
20247811 -AATTCCAAAAGTTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTGAGTTTTAAA
191 TAATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAG-TTCAAA
* * * * *
20247874 TAGTTATAACTA-TTGAACAGTTATTTATTTC-AATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAA
253 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA
* * * *
20247937 CAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATACTACT-
317 CAATTG-TTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TA
* * ** * * * *
20247982 AATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAGAAAAT-AATCTATTTACCAAACA
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA
* * * * ** * *
20248044 AGCTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATG-CATTTTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTT-T
* * ** *
20248108 CGTAAAAAAATTATT-TTT-ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
128 C-TAATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
20248171 ATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAACT-AGTTCAAATTG
192 AATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATAG
* * *
20248231 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAAT
256 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
20248295 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAGAAAAATATTGCTA
321 TG-TTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAAT-ATA
* * * * * * ** **
20248337 AA-CTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG-TAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA
* * * * * **
20248399 AGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTGTCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTTTGTTTAG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTT-TTTTC
* * * *
20248463 TTATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAA-
129 TAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAA-GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * *
20248526 CATTCAAAAAACTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATGCTTACCGAACAAATTCAAATA
192 AATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATA
* * * *
20248591 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAA
255 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *** *
20248656 ATGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTAAAAATAAAATAATATT
320 TTGTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATA
* * * * * * ** *
20248698 ACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAATTGAATC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCGAATA
* * * * * *
20248763 AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTT-TTTT-
* * * * *
20248828 TCATAA-AACAATTATT-TTTCA-TCATATAAGCCTA-TCAAAATAAAATGATACTAATTTATTA
127 TC-TAATAA-AATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
20248889 ATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAAATTAGTTCAAATA
190 ATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATA
* * * *
20248954 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAT
255 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
*
20249019 TTATT-TATGTTCATAAAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-
320 TTGTTCTA--TTCATAAAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TA
* * * * * * * * *
20249061 AATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
1 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAT
** * * * * * * *
20249124 CTGTTCAAATAGTGAAGGCTATATAAATAATTATCTATATCAAATCGTTATGACCTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
20249181 ATGTTTTGTC
Statistics
Matches: 1799, Mismatches: 404, Indels: 176
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 15 0.01
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AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTCTA
ATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTC
TATTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATA
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20250819 AGGCTAACAT
* * * * **
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* * * *
20250891 ATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TA
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* ** * *
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129 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAA
* * ** * * *
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64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
20251315 CTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-ATATAATTAATAAA
129 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAG
* * * *
20251367 TAAAAGATTTAAAAAATAACTAC-ATTTA-GCAA-ATAGATTCAAATAGTTGTGACTATTTAAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTA-TTACTCAACA-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
* * * * * * *
20251429 AAATATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * * *
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127 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
* ** * ** * * * * *
20251613 TATCTATTTCAAATTGTTATGATGTTTTATTTCATTATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGG
65 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * *
20251677 CTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAT
129 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * *
20251729 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAA
** * ** * *
20251793 TTATCTATCTT-AAATAATTATGACATTTTGTTTTAACATAAACCAATTGTTTCTATTCATATAA
64 TTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* ** * * *
20251857 GCATATTCAAAAT-AAATATTACTAGTTTATTAATATTCAAAAAATTAA-AATG
128 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-G
* * * * * * * *
20251909 TAAAAGATTTAAAAAGTAAATATATTTAC-CGAGCAAGTTCAAATAATTATG-CTTGTTTGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTC-AACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTAAATA
* * * * * *
20251972 ATTATTTATTTCAAGTAGCTATGATCC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
20252111 TTGTTTACTT
Statistics
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ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * **
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* * * *** *
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*** ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
20253137 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAGATAAT
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* * ** * *
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* * *
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1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAC-
* * * ** * * * * *
20253315 T-AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGAAAATTATTTATATA
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* * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* * * * *** * * *
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* ** * * **
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* * * * *
20253679 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
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* * * * * * * * *
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130 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
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* * * * * *
20253858 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATA
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
20254041 AAACAATTGTTTTGTGACAAAATAGAAGGTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTTC-AATCAA
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* * *** **
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* * * ** *
20254158 TTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATCAA-TA
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-
* * * * *
20254221 GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTAAAATAAATAA---TT---AT--
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
20254278 TCA-AATTGTTTGAACTAGGTTGGTAAACAGATTTATATTTTAAATCT-TTAC
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* * * * * * * * *
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1 TTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
20254391 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTCAGAATAGATAATTATTCATACAG
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* * * * * * * *
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129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTAC
* * * *
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* * * * * *
20254572 -AAATAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
20254636 TTATAACTATTTGAACTAGTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
20254689 TCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCCGAATATGCTTATATG-A-TGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG-
* * *
20254752 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
65 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** **
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129 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * * *
20254870 TTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * * *
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66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
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** * * * * * *
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1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * * * * *
20255117 AATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTCGAAATAGATAATTGTTCTAATATTC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
20255182 TTAACTATTTGAAC-TGATTCGGCAAATACATTTACTTTTTAAATCTATTGC
131 ATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * * * *
20255233 TTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGGA-TAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * * *
20255296 AAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
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* * * * *
20255360 CATAA-TAATTTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTCTTAAA--TC-T-C
130 CATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** *
20255408 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAA-TAA
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* * ** * * * *
20255472 AAACAATTGTTTTACGACCAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
20255651 GAAACAATTATTTTATGACAAAAGC-AAAGGTTTTATAATGATTTGATATAAATAACTGTTCAAA
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** * ** * *
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126 TAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * *
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20255834 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
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* * ** ** *
20255899 TCATAAAT-TTTTAACAAGTTAAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTAAC
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* * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * *
20256376 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAG
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20256440 TCATAACAATTTGAACTTATTCGGTAAGCATATTTATTTTTCAAATCTTTTA-
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
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1 TT-ATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
* ** ** * * **
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* *
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* * *
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199 1 0.00
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ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
Found at i:20263077 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
20263041 GCTTGGACAA
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1 GATCAATCACCC-TAGGGAAGG
*
20263072 GATCAATCACCCTAGGGAGGG
1 GATCAATCACCCTAGGGAAGG
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1 GATCAATCAC
20263103 TCCCATGAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GATCAATCACCCTAGGGAAGG
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Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 181
20264203 TAGTATATTT
* * ** * * * * *
20264213 TCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTT
1 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTT
* *
20264278 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAA
66 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAA
* * ***
20264343 ATAAA-TATATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTA
130 ATAAATTA-ATTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTA
* ** ** * * *
20264395 TCTATTTAAAATCATTGGGAATTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTCAGTACATAAAAACTT
1 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTT
* *
20264460 ATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
66 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
20264524 ATAAATTAATTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTA
130 ATAAATTAATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTA
* * ** * * ***
20264576 TATATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTT
1 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTT
* * ** * *
20264641 ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAA
66 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
20264702 TAAATCT-GTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACAATTTGCACAATTA
131 TAAAT-TAATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTA
** * * * ** * *
20264753 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAATCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTT
1 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTT
* * * * *
20264818 ATTCGAAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAA-CTAAGAGATTTAAAAA
66 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAA
* * *
20264882 ATAAATTCATTT-CCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTA
130 ATAAATTAATTTACC-GAACCAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTA
* *
20264934 TCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCT-CATACAAGTT
1 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAG-TACATACAAGCT
*** * * * * *
20264998 TATTTGGAATAAAACAAAACTAATTTGTTAATATTTC--AAAATT--TTA-TAAGAGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
* * ** * *
20265058 AATAATTTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAT
129 AATAAATTAATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAT
20265094 AATATTTCAA
Statistics
Matches: 580, Mismatches: 104, Indels: 35
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 182 0.31
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183 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
TAAATTAATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTA
Found at i:20264703 original size:358 final size:358
Alignment explanation
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Period size: 358 Copynumber: 2.4 Consensus size: 358
20264230 TAAGATTTTG
* * *
20264240 TTTTATCATAAAATAATTG-TT-TCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTCAA--CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
20264303 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTC
64 AGTAATATT-TAAAAATT--T-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTC
*** * * *
20264368 AAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTGGGAA-TTTTTGTTTTATCATA
124 AAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT-AGAACCTTTTGTTCTATCATA
* * * *
20264432 AAACAATTCTTTCAGTACATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT-TC
188 AAACAATTATTTCAGTACATAAAAACTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-
* * *
20264496 AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTT-ATCGAATCAATTCAAATAATTAT
252 AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTCCT-GAACCAATTCAAATAATTAA
* * * * *
20264559 GGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACCTTTCA
315 GACAATATGAACAATTATATATTTCAAATAATTATGACCTTTCA
* *
20264603 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAG
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAG
* * * * *
20264668 TAATATTTTAAGAA-TTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTTAAATA
66 TAATA-TTTAAAAATTTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAA-CAAGTTCAAATA
* * ** * *
20264731 GTTATGACAATTTGCACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAATCAA
129 GTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAA
** * * ** * *
20264796 TTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
194 TTATTTCAGTACATAAAAACTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
* * *
20264861 CATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTCCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACAATATG
259 AATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTCCTGAACCAATTCAAATAATTAAGACAATATG
* **
20264926 AACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTG
324 AACAATTATATATTTCAAATAATTATGACCTTTCA
* * * * * * *
20264961 TTTTATCATAAAACAATTATTTCAGC-TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAACAAAACTAATTT-
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTC-TCAACATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
20265024 GTTAATATTTCAAAATTTTA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACTAAACCAGTTCAAAT
65 G-TAATATTT-AAAAATTTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAAT
*
20265088 AATTAT
128 AGTTAT
20265094 AATATTTCAA
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 70, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 9 0.02
358 310 0.76
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362 1 0.00
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365 4 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (358 bp):
TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAG
TAATATTTAAAAATTTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
TATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT
ATTTCAGTACATAAAAACTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTCCTGAACCAATTCAAATAATTAAGACAATATGAA
CAATTATATATTTCAAATAATTATGACCTTTCA
Found at i:20266001 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 20265365--20267581 Score: 1439
Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 179
20265355 CTCTTATTCC
* * * * *
20265365 AATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
*** * * * * * *
20265430 AGATAATTGTTCAGCCAGTTATAACTATTTG-CA-TAGG-TCAGGTCAACAAATTCATTTTTTAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-GGTTC-GATAAACAGATTTA-TTTTTAA
* * * ** * * *
20265492 ATCTATTACTTGTTAATTTCTAGAACATTAATAAATTAACATTACTTTATTCCA
128 ATCTCTTACTTATTAATTT-TA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *
20265546 AATAAGAC-TATATCAATAGAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGA--T---A
1 AATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * *
20265605 -A-ATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTG-AACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAA
* *
20265667 --TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATAATTTTATTT-G
129 TCTCTTACTTATTAATTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * **
20265715 AATAAACTTATATGAAGAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
20265780 ATG-TAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTG-AACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAA
66 A-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-AAA
* * * *
20265843 TCTCTTAATTATTAATTTTAATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCA
129 TCTCTTACTTATTAATTTT-A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
20265896 AAGAAGCTTGTATGAATATAAATAAGTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGACTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
20265961 ATATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTCAATAAATAG----A-----CAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATC
* * * * *
20266016 TCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTATCTTATTTTG
131 TCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * *
20266067 AATAGGCTTGTAT-AATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* ** * * *
20266131 TAGATAATTATTCAAATAACCATAATTATTTG-AACTGATTCGATAAACTA-ATTTATGTTTTTA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAAC-AGATTTAT-TTTTAA
** * * * * *
20266194 ATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG
128 ATCTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * ** *
20266248 GATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * *
20266312 -ATGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
65 TA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTT-A
* * * * * *
20266375 AAT-TCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTCTTTGATTTCG
127 AATCT-CTTACTTATTAA--TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * **
20266430 AATAAGCATG-ATTGAACTA-AAACAACTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAA
1 AATAAGCTTGTA-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * ** * *
20266493 ATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG-AACTAATTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAA
* * * ** * *
20266557 ATCGCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTT-G
128 ATCTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCG
* * * * * *** *
20266611 AATAAGTTTGTAT-AGACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATAATACCAATTTGAGA
1 AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
*
20266674 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAA
* *
20266738 --TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTA-TTCTG
129 TCTCTTACTTATTAATTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
** * **
20266787 AATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** ** *
20266852 AAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG-AACTCACTT-GGCAAACAGATTTATTTCTTTA
66 -AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-GGTTCGATAAACAGATTTATTT-TTAA
* * * *
20266915 ATCTTTTACTTACTAATTTTTTGAAT-TTGAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
128 ATCTCTTACTTATTAA--TTTTAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * **
20266969 AATAAGTTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTTATGACAAAATGAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * ** * * *
20267034 AAATAATTGTTCGAATAACCATAATTATTTG-AACAT-ATTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC-TGGTTC-GATAAACAGATTTA-TTTTTAA
* * * *
20267096 AT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-CATTATTTTA-TTCG
128 ATCTCTTACTTATTAAT-TTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG
* * ** *
20267148 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAAATCATAATGATTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
20267213 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAAT
* * * * *
20267277 CTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTGTTTTG
130 CTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * ** ** *
20267329 AATAAGCCTATATGAATTGATACAATCATTTTATGACAACTCAAAAGATCATAAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAA
* * * * *
20267394 TAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAAC--A--TA--TTT--AT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAT
* ** * * *
20267450 -T-TT--TTATT--GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCA
130 CTCTTACTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * **
20267494 AATAAGCTAGTATAAAGAAAAATAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
*
20267559 AAATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATA
20267582 TTGATTTGAA
Statistics
Matches: 1608, Mismatches: 340, Indels: 193
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 30 0.02
165 63 0.04
166 1 0.00
168 1 0.00
169 49 0.03
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172 8 0.00
173 2 0.00
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184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
Found at i:20266142 original size:352 final size:352
Alignment explanation
Indices: 20265365--20267581 Score: 1236
Period size: 363 Copynumber: 6.3 Consensus size: 352
20265355 CTCTTATTCC
* * * * * **
20265365 AATAAGCTTGTATAAA-CATAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATAAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA
* *** ** * ** * *
20265429 TAGATAATTGTTCAGCCAGTTATAACTATTTGCA-TAGGTCAGGTC-AACAAATTCATTTTTTAA
66 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTC--GACAAACAAATTTA-TTTTTAA
* * * * * * ** * * *
20265492 ATCTATTACTTGTTAATTTCTAGAACATTAATAAATTAACATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TA
128 ATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTG
* * * * *
20265556 TATCAATAGAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAAC-----G--ATAAATAATTGT
192 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGT
* * * * * ** * * **
20265614 TTAAATTGTTATAACTAATTG-AACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
256 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGGTTCAATAAATAGA--AAATTCCT--A--TCTTATTAA
*
20265678 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATAATTTTA-TTTG
315 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
* * * * * * *
20265715 AATAAACTTATATGAA-GAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATAAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA
* * ** *
20265779 TATG-TAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAA
66 TA-GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGACAAACAAATTTATTTTT-AAA
* * *
20265843 TCTCTTAATTATTAA-TTTTAATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAGCTTGT
129 TCTCTTAATTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * ** *
20265907 ATGAATATAAATAAGTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTT
193 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTT
* * * **
20265972 AAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTCAATAAATAGACAATCTCCTAT-TTATTAATTTTTG
257 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGGTTCAATAAATAGAAAAT-TCCTATCTTATTAATTTTCA
* * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *** *
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* * *
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* * * **
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*** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* *
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** * ** * **
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * ** *
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* ** * * * * **
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** * * * *
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* * * * ** * ** *
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* * ** * ** * * *
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66 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGACAAACAAATTTA-TTTTTAAAT
* * * * * * ** * *
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130 CTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * ** ** * * * *
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* * * ** * * * *
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* **
20267463 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCA
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* * * * *
20267494 AATAAGCTAGTATAAA-GAAAAATAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATAAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA
* * *
20267558 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 TAGATAATTATTCAAATAGCCATA
20267582 TTGATTTGAA
Statistics
Matches: 1452, Mismatches: 332, Indels: 170
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
344 2 0.00
345 27 0.02
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354 2 0.00
355 3 0.00
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367 8 0.01
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Consensus pattern (352 bp):
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TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
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* * *
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**
20265971 TAAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAATAGAC
131 TAAAATAACCATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAATAGAC
* * ** * *
20266012 AATCTCCTATTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAG-TTAGTATTATCTTATTTTGAATAGGCT
1 AATCTCCTAATTATTAA-TTTTAATAATATT-ATAAGATTAGTATTATCTTATTTCAAAGAAGCT
* *
20266075 TGTAT-AATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAA
64 TGTATGAAT-AAAAACAAGTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTT-AAAATGACTTGAAATAGATAA
*
20266138 TTATTCAAATAACCATAATTATTT
127 TTATTAAAATAACCATAATTATTT
20266162 GAACTGATTC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 21, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.07
171 107 0.86
172 9 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCCTAATTATTAATTTTAATAATATTATAAGATTAGTATTATCTTATTTCAAAGAAGCTTG
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TAAAATAACCATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAATAGAC
Done.