Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
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Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 103 of 125
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20268206 TAACAATTTG
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Statistics
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AAATAGCATAATTATTC
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*
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1 ATTTGAAATAGT
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Statistics
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ATTTGAAATAGTATAATT
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* ** *
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1 ATAAACTTGTATGAACA-AAA-AATT-TGTTT-TAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * ** * * *
20267856 ATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAATTGTTTGTACTGGTTAAGCCAACAGATACATTTTATAAA
62 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTTGCAAACAGATTCATTTTTTAAA
* *
20267921 TC-CGTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTA-TTCTGA
127 TCTC-TTAC-TATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTC-GA
* * * * * **
20267975 ATAAGA-TTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAAT
1 ATAA-ACTTGTATGAACAAAAA-ATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * *
20268039 AAATAATTGTTCAAATAATTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
64 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTTGCAAACAGATTCATTTTTTAAATC
20268104 TCTTACGTATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA
129 TCTTAC-TATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTCGA
* * *
20268156 ATAAACTTATATGAACAAAGAAATTTGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATA
1 ATAAACTTGTATGAACAAA-AAATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
20268221 GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATAGTTTTGCAAACAGA
65 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTTGCAAACAGA
20268270 ATTGTTATGA
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 70, Indels: 39
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAACTTGTATGAACAAAAAATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTTGCAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC
TTACTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTTCGA
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20268263 AAACAGAATT
* * * * *
20268273 GTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCAGATTAAA
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
20268454 ATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** * * * * *
20268519 TAATTCTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTA
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
20268584 CCGAACAAATTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAAC
130 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
20268636 GTTATGACC-ATTGTTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAA
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* * * * * * *
20268699 ATAATAATAAATGTATTAAAACTTCAAAAATTAATAAGTCAAA-ATTAAAAAAATAAATATGTTT
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* * * * *
20268763 TCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATT
129 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * * * *
20268816 GTTATGACAATTTATTTTG-CTATAAACCAATTGCTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * *
20268880 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTGTTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
20268945 CCGAGCAAGTTCAAATAG-T-TGACTTTTTAAACAATTATATATTTCAAATC
130 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
20268995 GTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTTTATTTGGAATAAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
20269059 TAATACTAATTGATTATTA-TTCTAAAATTTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
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** * * * *
20269123 CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATC
130 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * * ** *
20269175 GTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * ** *
20269239 ATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAGTTAATAAG-----GATTT-AAAAATAAATGGGTTTT
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* * * * *
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130 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
20269349 TTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTT-TAGTTCTTACATGCTTATTTGAAATATA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
20269413 ATAATACTAACTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGT--ATGATAT-AAAAA-AAATCTATTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * *
20269473 ACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGTTTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATC
129 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
20269526 ATTATGACCTTTTTATTTTATCATAAA
1 GTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAA
20269553 TAACTATTAC
Statistics
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0.78 0.17 0.05
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TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
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20269553 TAACTATTAC
** * ** **
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* * * * * * *
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** * * * **
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* * * * * * *
20269744 TTTACTAATATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTGAACGCA
1 TTTATTAATATTTTC-AAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAAC-CA
* * * * * ** * *
20269809 ATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATTGTTATGACCCTTTTGTTATCT
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
20269928 TATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTTCAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGT
* * * * **
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**
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*
20270109 TTTATTAATA-TTTCAAAACTAAATAAGTAAGAGATTT-TAAAA-AAATTATGTTTGCCT-AACC
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* *
20270170 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
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* * * ** *
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128 CATAAAAC-AAT-TTTTTCGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATAAA
* * * * * *
20270289 TTTATTAATATTTTTAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAAT
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* * * **
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66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
20270418 AAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAGTATTATTCGAAATAAA
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20270459 GTAATACTAA
Statistics
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TTTATTAATATTTTCAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
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* * * * *
20270623 AAAATTATTACGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTA-TCGAACAAGTA
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* * *
20270674 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
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* * * * *
20270739 AAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAACTTATACAAATTTATTAATATTTA
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* * * *
20270803 GACAATTAATAAGTAAAAGA-TT--AAAA-AAATCTATTTA-TCGAATAAGTT
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * *
20270916 ACACAATTGTTTTTC-TTCATACAAGCTTGTTCTG-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
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* * *
20270979 GAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATATTGACTGAACAAGTT
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* * * * * * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
* ***
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* * * *
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127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTT
* * *
20271214 CAAATAGTTATGATTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
20271279 AAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTCC
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* * * * * ** *
20271342 AAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCAAAACACGTT
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTT
* * * *
20271393 CAAATAGTTCTAACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTGAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
**
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* * * * * **
20271519 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTAAGCTT
126 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAG-TT
* * * *
20271574 -AAATAGTTATGACTGTTTCAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * *
20271637 AAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTC
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** * * * * **
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
20272058 TTAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTGAATC-AGTT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAA-CAAGTT
* * * ** * * *
20272110 CAAATAGTTAAGATTATTAGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACTTTTTTGTTTAGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC--TTTTGTTTTGTCAT
* *
20272175 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTC
64 AAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATT-
* * * *
20272239 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTT
* * * **
20272294 CAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *** * *
20272359 AAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTCTG
65 AAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
*
20272424 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAATC-AGTT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACTGAA-CAAGTT
* * * * *
20272471 CAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTCATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT-GTTTTGTCATA
*
20272536 AAACAATTGTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
65 AAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
20272577 TGTTAGTATC
Statistics
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0.79 0.14 0.07
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AACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTT
Found at i:20272574 original size:541 final size:538
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20270484 TGACCAGTAC
* * * * *
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** * * * ** * *
20270557 AAAACAATTGTTTTTATTCGTATAAACTTATTTGAAATAGCATAATTCTATTTTATTAATATTCT
65 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * *
20270622 AAAAATTATTACGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTA-TCGAACAAGTACAAATAATTATG
130 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
20270686 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATT-T
194 ATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGT
* * * * * *
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* * *
20270814 AGTAAAAGA-TT--AAAA-AAATCTA-TTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAA
321 AG---AAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACT-AAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * * * *
20270873 TAATTATTTATTTCAAATTGTT-TTGACTTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATA
381 CAATTATCTATTTCAAATCATTATT-ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCTTCATA
* ** * * *
20270937 CAAGCTTGTTCTGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
445 CAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* *
20271002 T-TAAAATAAATAT-ATTGACTGAA-CAAGTTT
510 TAAAAAATAAATATGTTTG--TGAATC-AG-TT
* * *
20271032 AACTAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTAT-TTT-GTCA
1 AAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTATTTTGTTTAGTCA
* * ***
20271094 TAAAACAATTGTATCAGTTCATATTGGCTTATTTGAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATT
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* *
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128 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
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191 ATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
20271288 TTTTTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTC-CAAAATTTA
256 -TTTTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTGAAAA-TTA
* * * * * *
20271350 ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTC-AAAACACGTTCAAATAGTTCTAACTATTTGA
318 ATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
20271414 GCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTGAT-AAACTAATTGTTTCTGTCCA
380 ACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTCTTCA
* *
20271477 TACAAGCTTATTCAAA-ATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
443 TACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* ** * *
20271541 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTAAGCTT
508 TTTAAAAAATAAATATGTTT-GTGAATCAG-TT
* * * * * * * *
20271574 AAATAGTTATGACTGTTTCAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTATTTTGTTTAGTCAT
* * * *
20271637 AAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTC
65 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTC
** * * * * ** *
20271701 TTTAAATTAAT-GGTAGGAGATTTAAAAAATAGATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** **
20271765 -TCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTT
194 AT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
20271829 TCTATTCATATAGAA--TTA-TTCAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA
258 T-TATTCATA-A-AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAA
* * * * * *
20271891 TAAG-AGATTTAAAAACTCAA-TATGTTTATTAAACCAGTTTAAATAGCTATGACTATTTGAACA
319 TAAGAAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
20271954 ATTATCTATCTCAAATCGTAATTATCC-TTTATTTTGTTA-AACAACAATTGTTTCTTTTCATAC
383 ATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CCTTTTATTTTGTCATAA-AACAATTGTTTCTCTTCATAC
* * ** * *
20272017 AAGCTGATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAATATGTAAGAGATTT
446 AAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
*
20272082 AAAAAATAAATGTGTTTGTGAATCAGTT
511 AAAAAATAAATATGTTTGTGAATCAGTT
* * * * * *
20272110 CAAATAGTTAAGATTATTAGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACTTTTTTGTTTAGTCAT
1 -AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTATTTTGTTTAGTCAT
* *
20272175 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTC
65 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTC
* *
20272239 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * ** * *
20272304 TGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
192 TGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
20272369 TTTAGTTCACAAAAGTTTA-TCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTCTGAAAATTAAT
257 TTTA-TTCATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT
* * *
20272433 AAG-AGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAAT
320 AAGAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
**
20272497 TATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCAACATACAAG
385 TATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAG
*
20272560 CTTATTTGAAATAAAA
449 CTTA-TTCAAATAAAA
20272576 TTGTTAGTAT
Statistics
Matches: 1269, Mismatches: 210, Indels: 127
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTATTTTGTTTAGTCATA
AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAT
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
TTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAAG
ATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCTTATTC
AAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
TATGTTTGTGAATCAGTT
Found at i:20272816 original size:243 final size:243
Alignment explanation
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20272339 TGAGCTTTTG
* ** * *
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* *
20272414 TAATATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCAGTTCAAATAAT
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* * * *
20272479 TATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATT
131 TATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTCATTCTATCATAAAACAATT
* * *
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* * * ***
20272592 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGAACACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTAT
* * * *
20272657 TAATATT-TTAAGAATTAGTATGAGATTCAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAATAAGTTCAAATA
66 TAATATTCTGAA-AATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAATAAGTTCAAATA
* * ** *
20272720 GTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-GTTCTATCATAAAACA
129 ATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTCATTCTATCATAAAACA
* * *
20272783 ATTA-TTTCTATTCATATAAATTTATTCGAAATAAAAT
193 ATTATTTTC-A-ACATACAAACTTATTCGAAATAAAAT
20272820 AATACAAAAT
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 32, Indels: 10
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
241 4 0.02
242 53 0.28
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244 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (243 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGAACACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTAT
TAATATTCTGAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATAAGTTCAAATAAT
TATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTCATTCTATCATAAAACAATT
ATTTTCAACATACAAACTTATTCGAAATAAAATTGTTAGTATCTTTCA
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Alignment explanation
Indices: 20272592--20273917 Score: 979
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 180
20272582 GTATCTTTCA
* * * * * * *
20272592 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGA-ACATACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATAATAATTT
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATATAAATTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * **
20272655 ATTAATATTTTAAGAA-T--T-AGTATGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTC
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* *
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127 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * *
20272768 TTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTC-GAAATAAAATAATACAAAATTA
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
20272832 ATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTAAACTAGTTTAA
65 TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAA
* * * * *
20272897 ACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
129 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * * * ** * * *
20272949 CTTTGTTATAAAATAATTA-TTC-AGCTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTA
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** *
20273012 TTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATCT-AAAAAT-AATTTTTTTATCGAACTAGTTCAA
65 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAA
* * *
20273071 ATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTGTAACCTTTTG
129 ATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * * ** *
20273123 TTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATACTAATCTA
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
20273187 ATAATATTTTGACAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAGATACAA-TTGTTTGCCAAACCACTTCA
65 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTGCCAAACTAGTTCA
* * *
20273251 AATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTG
128 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
** * * * *
20273304 TTTTATTGTACAACAATT-TTTC-AGCTCTTACT-AATTTATTCAGAATAAAATAA-ATTGAATT
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATA-TAAATTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATT
* * * * * * * *
20273365 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAATTTTGTTAGCCGAACCAGTTT
63 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTC
* * * ** * * *
20273430 AAATAATTATGAATATTTGAATGATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTG
127 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * *
20273484 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTAT
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
20273549 TAATATCTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTG-CAAAATCAGTTCAA
66 TAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACT-AGTTCAA
* * * * *
20273613 TTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTG
129 ATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * * * *
20273665 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAT-AGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGC-------
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAAT-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * ** * *
20273722 -T-A-ATTT-AAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGTATTTGTTGGCCTGACCAGTACAA
65 TTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAA
* * *
20273782 ATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTG
129 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * *
20273834 TTTTGTCACAAAAAAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTA
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAA-TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
*
20273898 TTAATATTCCAAAAATTAAT
65 TTAATATT-TAAAAATTAAT
20273918 GAATTTATTT
Statistics
Matches: 899, Mismatches: 194, Indels: 109
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 125 0.14
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173 1 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAAT
AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
Found at i:20273344 original size:355 final size:351
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Indices: 20272623--20273682 Score: 1114
Period size: 355 Copynumber: 3.0 Consensus size: 351
20272613 TTTGAACATA
* * * * *
20272623 CAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAGAA-TTAGTATGAGATTCA
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* * * *
20272686 AAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
63 AAAAAT-AATTTTTTTAC-GAACT-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
20272749 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGAAA
125 AAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTAG-AA
* * *
20272814 TAAAATAATACAAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
189 TAAAATAATAC-TAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTG
** * * * * * * *
20272879 TTTGTTAAACTAGTTTAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
252 TTTGCAAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACA
* * *
20272944 TTTTGCTTTGTTATAAAATAATTATTCAGCTCATC
317 TTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTCAGCTCATC
*
20272979 CAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA-TAAGAGATCTAA
1 CAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAGTAAGAGATCTAA
*
20273043 AAATAATTTTTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
65 AAATAATTTTTTTA-CGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * **
20273108 AGTTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATCTAGAATAAA
129 AGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTAT-TAGAATAAA
* * * *
20273173 ATAATACTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAGATACAATTGTTTG
193 ATAATACTAAT-TAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTGTTTG
* * *
20273238 CCAAACCACTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTT
256 CAAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTT
* * * *
20273303 GTTTTATTGTACAACAATTTTTCAGCTCTTAC
321 GTTTTATTATAAAACAATTATTCAGCTCAT-C
* * * *
20273335 TAA-TTTATTCAGAATAAAATAAATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT-
1 CAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-AGTAAGAGATC
* * * **
20273398 TAAAAAAATAATTTTGTTAGCCGAACCAGTTTAAATAATTATGAA-TATTTGAATGATTATCTAT
62 T--AAAAATAATTTTTTTA--CGAACTAGTTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
20273462 TTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTA
122 TTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTT-ATTA
* * * *
20273527 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
186 GAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
20273592 CTATTTGCAAAATCAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
250 -TGTTTGCAAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
* * *
20273656 GACCA-TTTGTTTTATCATAAAATAATT
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CAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAGTAAGAGATCTAAA
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TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTAGAATAAAATA
ATACTAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTGCAAAA
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ATTATAAAACAATTATTCAGCTCATC
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* * * **
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*
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1 ATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATAAAAACTTATTAAT
20274363 ATTC
1 ATTC
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Statistics
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** *
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* *
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** * * * * *
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*
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** * * **
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** * * * *
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*
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193 CTTATTAA
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AAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
TATCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTT
TTGTTTAATCATAAAAAATTGTATCAATTCATAAAGGCTTAGTCGAAATAAAATAATAGTAACTT
ATTAATATTCATACAAGCTTATTTTGAATA
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* ** * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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1 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-
* * * *
20274742 TGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAT-AT
65 TGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAAT
* * *
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* ** * * * * * * *
20274858 TATTCATATAAAATTATT-TAGAATAGAACAATACTATTTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAA-
1 TATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
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65 TGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
* * *
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* ** * * * ** * *
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1 TATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
20275098 T-ACGAGATTT-AAAAATAAATGTATTTATCAAATC-AG-TCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAC
65 TGA--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AAT
* * *
20275158 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAATCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTT-
126 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
20275212 AAGTTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAA-AATAAT-ATTTAATTAACATTCAAAAAATTAGTA
1 TA-TTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * *
20275274 AGT-AAGGAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
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* * ** * *
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125 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
20275389 TAAATAGTTA
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TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
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TCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
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* * * *
20275940 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATG
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** * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *** *
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** *
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** * * *
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* ** * ** * * **
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* * * * * *
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* * *
20276480 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGT-AGAAGATTT--AAAA-AAATA
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* * *
20276540 TGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT----AATTATCTATTTCAAAACATTGTG
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* * ** * * *
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * *
20276718 TTTATTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAC
65 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAC
* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAA
* * * *
20277005 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
20277069 TTTA-CGGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
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* * ** *
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129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAA
** *
20277185 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
20277250 TTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
65 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * **
20277315 ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGCTCATGA-AAAATTATTCAAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAA
* ** *
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1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
20277426 ATTTTTCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATG
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* * * *
20277489 ATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATT-AAGA
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* * * *
20277541 TTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATGT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * ** * *
20277606 GTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACATTTATCTATTTCAAATCATTCTGAC
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* * * * * *
20277671 TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAGAAGCCTATTTAGAA
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* * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
20277787 TTTACTGAAA-AAGTTTAAAAAGATT-TAACTTTTTGACCAATCATTCTAGCTATTTAAAGTCAT
65 TTTA-TCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-TCTA--T-TTCAAA-TCAT
* * * * * * *
20277850 TATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAACTTATTTGAAA
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* *
20278265 TAAAACAATACTAATTTATTAACATTTA
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Statistics
Matches: 1736, Mismatches: 347, Indels: 184
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
Found at i:20279046 original size:180 final size:180
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20278309 ATGACCTTTT
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* * * * *
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* * * ** * * **
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* ** * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* *
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** *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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1 AAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
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*
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* *
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1 -A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
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* * * * * * *
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127 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ACATTAATTTATTAATA-TTTAA
* * * * * *
20284827 TAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * *
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* ** * * **
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* * * * *
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
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* *** * *
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* ****
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
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* * * * *
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130 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATACAT--TAATTTATTAATATTT-AA
* * * * * * *
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
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** * * * *
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* * ** * * *
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATAT-GTT-TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
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* *** * * *
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* * ** * ** * * * *
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
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66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * ** * * *
20285850 CTCATAAAAGCTTATTCGGAAGAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAA
131 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ACATTAATTTATTAATATTT-AA
* * * * * * * *
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * **
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66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * ** *
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130 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATACAT--TAATTTATTAATATTTA-A
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
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66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* * ** * *
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130 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATACAT--TAATTTATTAATATT-TAA
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1 AAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * *
20286322 CTATATAAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * *
20286386 TGTTTGTACTAGCTTATTCATATTAAAATA-ATACTAATTTCA-TAATATTTAAA
129 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATACAT--TAATTT-ATTAATATTT-AA
* * * * * *
20286439 AAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAACGAATCAA-TTCAAATGGTTAAGAC
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
20286503 TATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * **
20286568 ATTCATACAAGCTTATT-ACTAATAAATTA-ATACTAATTTATTAACACTCAAA
130 GTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATACAT--TAATTTATTAATA-TTTAA
* * * * * * * * *
20286620 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAGAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * *
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66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * * **
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* * * * *
20286800 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGC
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
*
20286864 CATTT-AACTAATTATCTA
65 TATTTGAAC-AATTATCTA
20286882 GAACAAATTA
Statistics
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167 53 0.02
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Consensus pattern (179 bp):
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Alignment explanation
Indices: 20282502--20286878 Score: 3347
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20282492 AAATATTGCT
* ** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TCAGTTCAAATAGTTATGAC
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* * * * * * * ** *
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* * *
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*
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* * * * * * * *
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64 CTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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191 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
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256 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTTAGTTCATACAA
* *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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129 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
20284247 TATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
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* ** * * * *
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1 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
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64 CTA-TTTAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
20284412 AATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCCAAAATTAATAA-T
128 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
20284476 AAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTTAAATAATTAGGATTGTTTGAATAAT
192 -AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
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*
20284604 AGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AA
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*
20284645 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATCA-TTAT
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* * * * * * *
20284708 GGCTATTTGAGCAATTAT-TATTTCAACTTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
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* * * * ** *
20284772 TTTATTCATACAAGTTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGATAATTAATA
126 TCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
* * * * * *
20284836 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATA
189 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * *
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20284966 GCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCCA
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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20285431 CATTTAAACAACTATATATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
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* * * * *
20285496 CTACATACAACCTTTTTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-T
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* *** * * *
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192 AAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
** * * * * * **
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255 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAG
* * * **
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320 CTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * ** * * *
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1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
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20285785 ATATGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-AA
66 AT-TTAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * *
20285849 GCTCATAAAAGCTTATTCGGAAGAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TA
130 -TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
20285910 AGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTA-CGAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAAT
193 AGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
20285973 TATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTCGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAG
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* * * ** * * * * * **
20286272 AGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATT
193 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** *
20286336 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-GTTTGTACTAGCT
257 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT
* * *
20286400 TATTCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAA
322 TATT-AGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAA
* * * * * * *
20286439 AAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAACGAATCAATTCAAATGGTTAAGACT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
20286504 ATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAA
66 ATT-TAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
20286569 TTCATACAAGCTTATT-ACTAATAAATTAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGAA
130 TTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
20286633 AGAGATTTAGAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTG
193 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * ** * *
20286698 TCTATTTAAAATCTTTATAACCATTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTT
258 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT
* **
20286763 AGTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT
323 ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
20286800 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCC
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
20286865 ATTTAACTAATTAT
66 ATTTAAC-AATTAT
20286879 CTAGAACAAA
Statistics
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0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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365 8 0.00
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AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
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Period size: 295 Copynumber: 2.0 Consensus size: 296
20286581 TATTACTAAT
* *
20286591 AAATTAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAGAAAATAAATTTAT
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* * *
20286656 TTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCTTTATAACCA
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*
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131 TTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAAT
*
20286785 TTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTT
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*
20286886 AAATTAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
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66 TTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATCTAAAATCGTTATAACCA
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131 TTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAAT
20287081 TTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTT
196 TTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTT
20287146 AAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTAT
261 AAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTAT
20287175 GTATTTCAAA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 8, Indels: 3
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (296 bp):
AAATTAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
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TTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTT
AAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTAGAAC
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Alignment explanation
Indices: 20286875--20289804 Score: 1317
Period size: 181 Copynumber: 16.4 Consensus size: 177
20286865 ATTTAACTAA
* * * * *
20286875 TTATCTAGAACAAATTAATACTAATTTATTAACA-CTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** *
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1 TTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
20287121 AATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATGTATTTCAAAT
65 AATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAAT
* * *
20287186 CATTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATCATACAAGC
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* * * * * *
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1 TTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** *
20287300 AACAAATCTATTTACTGAACCA-TTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTTAGTCTCAAA
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* * * * * *
20287364 TC-TTTTAAATCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGC
128 TCATTAT-AATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGC
* * * * * *
20287415 TTATTTGATTAAAAATAATACAAATTTAATAATA-TTCTGAAAA-T--TAA-TAACAGATTTAAA
1 TTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * ** * ** *
20287475 AAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTTAAATAATTAAAACTATTAGATTAATTATTTATTTCAAA
64 AAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-TTATCTCAAA
* * * * * * *
20287540 TCATTCA-AACCT-TTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATGTCTTACAAGC
128 TCATT-ATAA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAAGC
* * * ** * *
20287592 TTATTTAGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACGTTT-AGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAA
1 TTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * * * * * * * * *
20287656 AAAGTAAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAATTATATAAA
63 AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-ATTATCTCAA
* * * ** *
20287721 ATCATTATGACCT-TTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGC
127 ATCATTAT-A-ATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGC
* * * * ** * *** **
20287774 TTATCCAAAATACAA-AAT--TAA-TAAGCAAGAGTTT-AAAAA--AATAA--ATTTG-TTTACC
1 TTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
20287829 AAACAAATTCTTATAGTTA-C-GACTA-TTTGAACAATTAT--TTATTT-AA-AATCATTA--T-
64 AAATAAA-TC-TAT--TTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTATCTC
* * * * *
20287884 -GA-C------CT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGC
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* * * * *
20287929 TTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
1 TTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * ** * * * * * *
20287994 AGTGAATCTATTTGTCGAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAATAGTTATCTATTTCAAA
65 AATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTAT-TATCTCAAA
* * * * * *
20288058 TCGTTATCACCT-TTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGC
128 TCATTAT-A-ATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGC
* * * * * *
20288110 TTTTTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 -TTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** * * * *
20288175 AATGAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-CTATACTTCAAA
65 AATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTAT-C-TCAAA
* * *
20288239 TCATTATAACCT-TTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGC
128 TCATTATAA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGC
* * * * * *
20288291 TTATTCTA-AATAAAACAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAA
1 TTA-T-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * ** * * * * *
20288355 AAATAAATTTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTAAT-TCAA
64 AAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-T-ATCTCAA
* * * * ** ** *
20288419 ATCATTATGACCT-TTTGTCTTGTCATAAAAGAATT-TTCTCAATTTGTACTAGC
127 ATCATTAT-A-ATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTA-TCATACAAGC
* * * * *
20288472 TTATTTGGAATAATATAA-AATGATTTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAA
1 TTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
** * * * *
20288535 AAA-ACTTCTATTTACCTAAA-TAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAA
64 AAATAAATCTATTTACC-AAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAA
* * * * * *
20288598 ATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGCTCATATAAGT
127 ATCATTAT-A-ATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGC
* * * *
20288651 TTGTTCAGGATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAA
1 TTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
20288712 AATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-ATGCAATTATTTATTTCAAA
65 AATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGA-ACAATTA-TTATCTCAAA
** * * * * * *
20288776 TTGTTGTGACTTTTTGTTTTGTTATAAAAACAATAT-TTTCTATTCATACAAGC
128 TCATTAT-AATATTTATTTTGTCAT-AAAACAAT-TGTTTTTA-TCATACAAGC
* * ** * * * *
20288829 TTATTCATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATCTT-TA
1 TTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAA
* * * * * * * * * *
20288893 AAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
64 AAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAA
* * * * *
20288958 TCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAA-AATT-ATTTCAGTTCATATAAGG
128 TCATTAT-AA-TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGC
* ** * *
20289009 TTATTCGAAATAAAATAATA-TTGTGTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAA
1 TTATTAG-AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * **
20289072 AAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCGATTTGGA
63 AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAA
* ** * ** * *
20289137 ATCACTATAACCT-TTTGGTTTGTCATTAAATGATT-TTATTTGTTCATATAAGC
127 ATCATTATAA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTT-ATCATACAAGC
* * *
20289190 TTATGTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTCA
1 TTAT-T-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * ** * *
20289252 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTCA
62 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-ATTATCTCA
* * * * * *
20289317 AATTC-TTATGACTTTCTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATCCATATGAA-C
126 AA-TCATTAT-AATAT-TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-CATA-CAAGC
* * * * * *
20289372 TTATTCAGATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAA
1 TTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
20289436 AAT--ATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAATT-TTCTACTTCAAA
65 AATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTAT-C-TCAAA
* * * ** **
20289498 TCATTGTAACCT-TTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGC
128 TCATTATAA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGC
* * *
20289550 TTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTTAA-AAGTAAGA-A-TTAAA
1 TTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
20289612 AAATAAAT-T-TTTATCGAACAAGCTCAAATAATTATAACTATCTT-AATAATTATCTATTTCAA
64 AAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT-TTGAACAATTAT-TATCTCAA
* * * * * * * *
20289674 AACATTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTCTATTCATTCAAGC
127 ATCATTAT-A-ATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGC
* * * *
20289727 TTATTTTA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTCA
1 TTA--TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
*
20289789 AAAATAAATTTATTTA
63 AAAATAAATCTATTTA
20289805 AAAATTAATG
Statistics
Matches: 2130, Mismatches: 457, Indels: 325
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
154 3 0.00
155 43 0.02
156 3 0.00
158 5 0.00
159 9 0.00
160 2 0.00
161 6 0.00
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175 7 0.00
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184 4 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
TTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTATCTCAAATCA
TTATAATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGC
Found at i:20287541 original size:176 final size:177
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Indices: 20286913--20287777 Score: 579
Period size: 179 Copynumber: 4.8 Consensus size: 177
20286903 TTAACACTCA
* * * ** * * *
20286913 AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATTA
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* * * * * * * * ** *
20286978 TTATTTGAACAATTGTCTATCTAAAATCGTTATAACCATTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTC
65 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTA-AATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
20287043 -AGTTAATACAAGCTTAGATAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
128 TA-TTCATACAAGCTTA-TTTGATA-AAAATAATACAAATTTAATAATATTTC
** * * * * * *
20287094 CTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGG
1 AAAAATTAAT-AGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAAATAATTATGA
* * * * * * * *
20287159 CCATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
65 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTA-AATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
20287224 A-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTACTATTTC
129 ATTCATACAAGCTTATTTGATA-AAAATAATACAAATTTAATAATATTTC
* * *
20287273 AAAAATTAATAGGTAACAGATTTAAACAACAAATCTATTTACTGAACCA-TTTCAAATAATTATG
1 AAAAATTAATA-GTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTT-AAATAATTATG
* * * *
20287337 ACTATTTGAACAATT-GTTAGTCTCAAATCTTTTAAATCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT
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*
20287401 CTATTCATAGAAGCTTATTTGATTAAAAATAATACAAATTTAATAATA-TTC
127 CTATTCATACAAGCTTATTTGA-TAAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC
* * * * **
20287452 TGAAAATT-A-A-TAACAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTTAAATAATTAAAA
1 -AAAAATTAATAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAAATAATTATGA
* * * * * * *
20287514 CTATTAGATTAATTATTTATTTCAAATCATTCAAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
65 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC-TTTAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * **
20287579 -ATGTCTTACAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAATCCAAATTT-ATGAACGTTT-
128 TAT-TCATACAAGCTTATTT-GATA-AAAATAATACAAATTTAAT-AATATTTC
* * * * * * * *
20287629 AGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAGTAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTTA
1 A-AAAATTAAT-AGTAACAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTTAAATAATTA
* * * * * * * * *
20287693 TGATTATTTGAACAATTAATTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGT
62 TGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTA-AATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
20287758 TTCAATTCATAAAAGCTTAT
125 TTCTATTCATACAAGCTTAT
20287778 CCAAAATACA
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TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTTGATAAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC
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*
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* ** *
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* * * * *
20287043 AGTTAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGT
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* *** *
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188 AAG-AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTAAAACCATTAGAATAATT
* * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAA-AATAAATCTGTTTAC-GAACAAGTTT-AAATAGTTATG
* * * * *
20287337 ACTATTTGAACAATTGTTAGTCTCAAATCTTTTAA-ATCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT
62 ATTATTTGAACAATTGTTA-TCTAAAATCTTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
20287401 CTATTCATAGAAGCTTATTTGATTAAAAATAATACAAATTTAATAATA-TT-CTGAAAATTAATA
125 C-ATTCATAAAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACAAATTTAATAATATTTCCT--AAATTAATA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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*
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1 A-AAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAA-TAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTTAAATAGTTAT
* * * *
20287694 GATTATTTGAACAATTAATTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTT
61 GATTATTTGAACAATT-GTTATCTAAAATC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * **
20287759 TCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATACAA-AAT--TAA--TAAGCAAGAGTT--TAAAAAAATA
124 TC-ATTCATAAAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACAAATTTAA-TAATATTTCCTAAATTAATA
**** ** * * * * *
20287817 A-ATTTGTTTACCAAACAAATTCTTATAGTTA-C-GACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATC
186 AGAAGAATTTAAAAAATAAA-TC-TAT--TTACCAAACCAGTT-AA-AA-TA---A-TTAAAACC
* * * * *
20287879 ATTATGACCT--TT-TGTTTTGTCATAA--A--ATAA-TTGT-TTCAGTTCAT-AC---------
240 ATTA-GA-ATAATTATGTATT-TCA-AATCATTATAACTTTTATTTAG-TCATAAAACAATTATT
* * * * *
20287925 ----------AAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAA-TATTCC
300 TATATCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACAAATTGA-TAACTATTTC
* ** * * * ** * * *
20287967 AAAAGTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGTCGAATTAGTTCAAATAATTATGG
1 AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTT-ACGAACAAGTTTAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * * *
20288032 TCATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTT-
63 TTATTTGAACAATTGT-TATCTAAAATC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * ***
20288096 TTGATCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAA
126 AT--TCATAAAAGC-TTATTAGAATAAAATAATACA-AATTTAATAATATTTCCTAAATTAATAA
* * ** * * * ** * * *
20288160 GTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
187 G-AAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTAAAACCATTAGAATAA
* * * * *
20288225 TTCTATACTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTATGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAA
250 TTATGTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTATTTA-GTCATAAAACAATTATTTATA-TCATACAA
** * * * *
20288289 GCTTATTCTAAATAAAACAATACTAATATAATAA-TATTCC
312 GCTTATTAGAAATAAAATAATACAAAT-TGATAACTATTTC
* ** * * * * * *
20288329 AAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTCAAGA
1 AAAAATTAATAA-GAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTAC-GAACAAGTTTAAATAGTTATGA
* * * * * * *
20288394 CTATATGAACAATTATCTAAT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAAGAATT-TTC
63 TTATTTGAACAATTGT-T-ATCTAAAATC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-
** ** * * * ** * *
20288457 TCAATTTGTACTAGCTTATTTGGAATAATATAAAATGATTTTATTAATATTT-CTAAAATTAATA
124 TC-ATTCATAAAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCCT-AAATTAATA
** * * ** * *
20288521 AGTAAGAGA-TTAAAAAA-ACTTCTATTTACCTAAA-TAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAT
186 AG-AAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACCAGTTAAAATAATTAAAACCATTAGAAT
* * * * * * * * * *
20288583 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGCTCATATA
248 AATTATGTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTAT-ATCATACA
* * * *
20288648 AGTTTGTTCAG-GATAAAATAATACTAATCT-ATTAA-TATTTC
311 AGCTTATT-AGAAATAAAATAATACAAAT-TGA-TAACTATTTC
* * * * * *
20288689 AAAAATTAATAAG---ATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAA
1 AAAAATTAATAAGAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTTAAATAGTTATGAT
* * * * * * * * *
20288751 TATTT-ATGCAATTATTTATTTCAAATTGTTGTGACTTTTTGTTTTGTTATAAAAACAATAT-TT
64 TATTTGA-ACAATT-GTTATCT-AAAATCTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAT-TGTT
* * * * *
20288814 TCTATTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--TGACAATTAAT
124 TC-ATTCATAAAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCCT-A-AATTAAT
* * * * * * * * * ** *
20288877 AAGTAAAAAATCTT-TAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTA-A
185 AAG--AAGAAT-TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTAAAACCA-TTAGA
* * *
20288940 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAGT-TCAT
246 ATAATTATGTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTT-A-TATCAT
* * * *** *
20289003 ATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATA-TTGTGTTATTAA-TA-TTC
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* * * * * *
20289046 TGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATG
1 -AAAAATTAATAA-GAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTTAAATAGTTATG
*** * * * ** * * * ** *
20289111 GCCATTTGAACAATTATCGATTTGGAATCACTATAACCTTTTGGTTTGTCATTAAATGATTTTAT
62 ATTATTTGAACAATTGT-TATCTAAAATC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
** * * ***
20289176 TTGTTCATATAAGCTTATGTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATA
124 TCATTCATAAAAGCTTAT-T-AGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCCTA-AATTAATA
* * * * * * * ** ** * * *
20289239 AGTAAAAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACA
186 AG-AAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTAAAACCATTAGAATA
* * * * * * * *
20289304 ATTGTTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTCTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATCCATAT
249 ATTATGTATTTCAAA-TCATTATAAC-TT-TTATTTAGTCATAAAACAATTATTTATAT-CATA-
* * * ** *
20289368 GAA-CTTATTCAG-ATTACAATAATATTAATTTATTAA-TATTTC
309 CAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACAAATTGA-TAACTATTTC
* * * * * * *
20289410 AACAATTAATAAGTAAAA-AATTAAAAA-ATATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATCATGAC
1 AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTTAAATAGTTATGAT
* * * * *
20289473 TATTTGAATAATT-TTCTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTC
64 TATTTGAACAATTGTTAT-C-TAAAATC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * *
20289537 AATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTTAA-AA
126 -ATTCATAAAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCC-TAAA-TTAATAA
* * * * * * * *
20289600 GTAAGAA-TTAAAAAATAAAT-T-TTTATCGAACAAGCTCAAATAATTATAACTATCT-TAATAA
187 G-AAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTAAAACCAT-TAGAATAA
* * * * * * *
20289661 TTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGGTTCTAT-TCATTCA
250 TTATGTATTTCAAATCATTAT-AACTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATT-ATT-TATATCATACA
** * * * *
20289724 AGCTTATTTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAA-TGTTCC
311 AGCTTATTAGAAATAAAATAATACAAATTGA-TAACTATTTC
20289765 AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTCAAAAATAAAT
1 AAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAATAAAT
20289798 TTATTTAAAA
Statistics
Matches: 1920, Mismatches: 429, Indels: 355
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 6 0.00
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338 2 0.00
339 6 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
AAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTA
TTTGAACAATTGTTATCTAAAATCTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCA
TAAAAGCTTATTAGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCCTAAATTAATAAGAAGAATTT
AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTATGTATTTC
AAATCATTATAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTATATCATACAAGCTTATTAGAAATA
AAATAATACAAATTGATAACTATTTC
Found at i:20287940 original size:155 final size:156
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20287621 GAACGTTTAG
* * * * * *
20287631 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGA
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*
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* *
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1 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATT-TAAATAGTTACG
* * * *
20287850 ACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
65 ACTATTTGAACAATTAATTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT
* *
20287915 CAGTTCATACAAGCTTAT
130 CAATTCATAAAAGCTTAT
20287933 TCGAAATAAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 15, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
155 112 0.86
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (156 bp):
AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTACGA
CTATTTGAACAATTAATTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC
AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAC
Found at i:20288124 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20287787--20289804 Score: 1411
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20287777 TCCAAAATAC
* * * * * * * ** *
20287787 AAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCTTATAGTTACGA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
20288032 TCATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTTT
66 T-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTT
* * **
20288097 TGATCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTTA
129 TGATCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
20288149 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTGAACCAATTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
20288213 CTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * *
20288278 T-ATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAACAATACTAATATAATAATATTCCA
129 TGA-TCATACAAGCTT-TTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * *
20288330 AAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAATAGTCAAGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
20288394 CTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAAGAATT-TTCT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTGTCATAAAACAATTGTTTT
** ** * * * * * * *
20288458 CAATTTGTACTAGCTTATTTGGAATAATATAA-AATGATTTTATTAATATTTCT
129 TGA-TCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
** * * ** * *
20288511 AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAA-ACTTCTATTTACCTAAATAGTTTAAATAATTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
20288574 TATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
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* * * * *
20288639 GCTCATATAAG-TTTGTTCAGG-ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCA
130 GATCATACAAGCTTT-TT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
20288690 AAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAA
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* * ** * * *
20288751 TATTT-ATGCAATTATTTATTTCAAATTGTTGTGACTTTTTGTTTTGTTATAAAAACAATAT-TT
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* * *** * ***
20288814 TCT-ATTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
127 TTTGA-TCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * * * * *
20288868 ACAATTAATAAGTAAAAAATCTT-TAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
20288932 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTC
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * ** **
20288996 AGTTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATA-TTGTGTTATTAATATTCTG
129 TGATCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCCA
* * * * * * *
20289048 AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGGC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * **
20289113 CATTTGAACAATTATCGATTTGGAATCACTATAACCTTTTGGTTTGTCATTAAATGATT-TTATT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTT-TT
* * * * ** *
20289177 TGTTCATATAAGCTTATGTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--A
129 TGATCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * *
20289227 AGACAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATG
1 A-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
20289292 ACTATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTCTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTT-TTG-TTTGTCATAAAACAATTGT
* * * ** * * * *
20289356 TTCT-ATCCATATGAA-CTTATTCAGATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
126 TTTTGAT-CATA-CAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * * * *
20289411 ACAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAAT--ATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATCATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
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20289473 TATTTGAATAATTTTCTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTG-TTTC
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* ** * * *
20289537 AATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCA
130 GA-TCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * *
20289589 AAAATTTAA-AAGTAAGA-A-TTAAAAAATAAAT-T-TTTATCGAACAAGCTCAAATAATTATAA
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* * * * *
20289649 CTATCTT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTT
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * **
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* *** *** **** * * * * * * ** *
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* ** * * *
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* * * * * *** * *
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* * * * * **
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* * * *
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*** * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * *
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*
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898 AT
* ** * * * * ** * *
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*** ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
20290863 TCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTTTTTTAGCTCTTATTAA-CTTATTT
194 TCAAATCATTATCAACTTTTGTTTGGTCATATAAA-AATTATTTCAGATCATA-CAAGCTTATTC
* *
20290926 GAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAT-
257 GAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATG
* * * * ** * ***
20290988 AATTATATTTACCGAATCAGTTC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
320 AA-TCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATAGACTTCAAATCAC
* * * * * * * * * * * * ** *
20291052 TATGACCTTCTATTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATA
384 TATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATGTCAAATAAAACA
* * * * * * * * * * * * *
20291117 ATACTAATCTATTAATATT---TCAA-AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
449 ATACAAATATAATAATATTAAGACAATTAATAACTAAAAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * * * * * *
20291178 AACCAA-TTCAAATAATTATGAATATTTAGGA-AATTATTTATTTCAAA-TCGTTATGA-CTTTT
514 AA-CAAGTTCAAATAGTCAAGACTATAT-GAACAATTATCTAATTCAAATTC-TTATGACCTTCT
* * * *** * * * * * *
20291239 TGTTTTGTTATAAAACAAAAATTTCTATTCATA-CAACCTTATTCATATTA-ATATAATACT-AA
576 TGTCTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATCCATATGAA-CTTATTCAGAATACA-ATAA-AATGAA
** * * ** * *
20291301 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATACATATGTTTACTAAACTAGA
638 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAA-ATTAAAAAAT--ATATATTTACCGAACAAGT
* * * * * *
20291366 TCAAATAGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
700 TTAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * ** * *
20291431 AAAA-AAATTATTTCAGTTCATATAAGGTTATTGGAAATAAAATAATA-CTATGTTATTAATATT
765 AAAACAAA-TGTTTCAACTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACCAAT-CTATTAATATT
* * * * * * * * *
20291494 TCGAAAGTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTAT
828 CCAAAAATTTA-AAGTAAGA-A-TTAAAAAAT-AA-ATTTTTATCAAACAAGCTCAAATAATTAT
* * *
20291559 GACCAT-TTAAA
888 AACTATCTTAAT
** ** ** * * ** * * * *
20291570 CAATTATCGATTTGGAATCGCTGTAACCTTTTAATTTGTCATAAAATGATTTTTTCCATTCACAC
1 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
* * *
20291635 AAGCTTATTTCA-AATAACAA-AATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAGTAAGTAAAAG
66 AAGCTTA-TTCATAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAA
* * * *** * * ** * * * *
20291696 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATCGTTATGACT-ATTTGAACAATTATTT
127 ATTTAAAAAGTAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAATCATG-CTCATTTAAATAATTATCT
* ** * * * * *
20291760 ATTTCAAATCCTTATGGC-TTTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTG-TCCATACGAGTT
191 ATTTCAAATCATTAT--CAACTTTTGTTTGGTCATATAAA-AATTATTTCAGAT-CATACAAGCT
* * * *
20291822 TATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
252 TATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * **
20291886 AATG------TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAA
316 AATGAATCTATTTACCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATAGACTTCAAA
* * * * * * ** ** * * *
20291944 TCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAGTAA
380 TCACTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATGTCAAATAA
* * * * * * *
20292009 AATAATACTAAT-TATTAATATTCCAA-A-AATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCT
445 AACAATACAAATATAATAATATT--AAGACAATTAATA-ACTAAAAG-ATTCAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
20292070 -ATTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAC
506 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTAATTCAAATTCTTATGAC
* * * * * *
20292134 CTT-TTGT-TTTTCCATAAAACAATTGGTTCTATTC--ATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
571 CTTCTTGTCTTGT-CATAAAAGAATTGTTTCAATCCATATG-AA-CTTA-TTCAGAATACAATAA
* * * * * * * ***
20292194 TATAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTGAA
632 AATGAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATATAT--ATTTACCGAA
* * * * * ** * *
20292259 CACA-TTTAAATAGT-TTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTT
695 CA-AGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * ** * * * * * * *
20292322 TGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCA-AAAAACCTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
759 TGTCATAAAACAAATGTTTCAACTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACCAATCTATTA
* * * * * * *
20292386 ATATTCC-AAAATTAATAAA-TAAAAGATTTTAAAAATAAATCAGTTTACCAAGCGAGTTCAAAT
823 ATATTCCAAAAATT--TAAAGT--AAGAATTAAAAAATAAAT--TTTTATCAAACAAGCTCAAAT
* *
20292449 AGTTATGACTAT-TTGAA-
882 AATTATAACTATCTT-AAT
** * *
20292466 CAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCC-TTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATA
1 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA
* * * * ** *
20292530 CAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTTGAAGATT
65 CAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * ** * * * * * *
20292595 TAAAAAATTAAGCTATTTA-TAGAACAAGTTCAAA-AGTCATG-TCCATTTGAACT-ATTATGTA
130 TAAAAAGTAAATATATTTACCA-AACTAGATCAAATAATCATGCT-CATTT-AAATAATTATCTA
** * ** * * **
20292656 TTTCAAATTGTTAT-GACATTTTGTTTCATCGTA-AAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTA
192 TTTCAAATCATTATCAAC-TTTTGTTTGGTCATATAAA-AATTATTTC-AGATCATACAAGCTTA
* * * * ** *
20292718 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAGGTTAATAAG----AGATTTAAAAAC
254 TTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
20292779 TAAATCTCA-TTACTGAATTC-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT---C-T---AT
318 TGAATCT-ATTTACCGAA-CCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATAGACTTCAAAT
* * * * * *
20292835 CTC-A-AA----TTGTTCCTATCCTAAAACATTTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAGTA
381 CACTATAACCTTTTGTT-ATGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATGTCAAA-TA
* * * * * * *
20292893 AAATATTGCTCAAT-TAATAATATTCTAA-AC-ATTAATAA-T-AAGGATTTAAAAAATAAATGT
444 AAACAATAC-AAATATAATAATA-T-TAAGACAATTAATAACTAAAAGATTCAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
20292953 GTTTGCTAGACCAA-TTCAAATAGTTAAGAGTAT-TAGAAC----AT-T--TTCAAATTGTTCTA
506 GTTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATAT-GAACAATTATCTAATTCAAATTCTTATG
* * * * *
20293009 ACCTT-TTAG-GTAGTCATAAAATAATTGCTTCAA-CTA-AT-ACATGCTTATTC-GAAATA-AA
569 ACCTTCTT-GTCTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATCCATATGA-A--CTTATTCAG-AATACAA
* * *
20293067 -AAATACT-AATTTATTAACA-TTCAA-AA--AATTAA-TAAGAAATTAAAAAA-ATCTATTTAC
629 TAAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAACAATTAA-TAAGTAAAAAATTAAAAAATATATATTTAC
* ** * * * * *
20293124 CTGAACAA-TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTCTACTTAAAATCGTTATGACC-TT
691 C-GAACAAGTTT-AAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * * * * * * ** * *
20293187 TATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTCTTTGAAATAAAATAACATTACTGT
754 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCAACTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACCAATCT
** * * * * ** * *
20293252 ATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCAAATTAGATTG
819 ATTAATATTCCAAAAATTTA-AAG-TA-AGAATTAAAAAATAAAT--TTTTATCAAACAAG-CTC
* * *
20293317 AAATAATTATGACCAT-TTAAA
878 AAATAATTATAACTATCTTAAT
* * * * * * *
20293338 CAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATA
1 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATA
* * * * * * *
20293402 CAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAATTTAATAAATAGAAGATT
65 CAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * * * * * * * * * *
20293467 T----ACT---TTTA-TT---GAACCAGTTTAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAAGTATATATT
130 TAAAAAGTAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAATCATG-CTCATTTAAATAATTATCTATT
** * *
20293520 TCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTCT-GACATA-AAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
194 TCAAATCATTATCAA-CTTTTGTT-TGGTCATATAAA-AATTATTTC-AGATCATACAAGCTTAT
* * * * * *
20293581 TC-ATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAAGTAATAACTAAGAG-TTTAAAAAAT
255 TCGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *** * * * * * * * ** * *
20293644 AAATTTATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCG
319 GAATCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATGACC-ATTTGAACAATTATAGACTTCAAATCA
* * * ** * * *
20293709 TTAT-GCCTTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTCAATTCTTACTAA-CTTAT-TCAAAATA
383 CTATAACC-TTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCATAC-AAGCTTATGTC-AAATA
* * * * * *
20293770 AAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTC
444 AAACAATACAAATATAATAATA-TT-AAGACAATTAAT-AACTAAAAGATTCAAAAAATAAATT-
* * * * * * * * *
20293831 TGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
505 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTAATTCAAATTC-TTATG
* * * *** * * * *
20293895 ACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT-AAGCTTGTTCGGAATAAAATAAT
569 ACCTTCTTGTCTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATCCATATGAA-CTTATTCAGAATACAATAA-
* * * * * * * * *
20293958 ACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTATCAAA
632 AATGAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATATATAT-T-TACCGAA
* * * * * * * * * * * *
20294019 CTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-ACACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTC
695 CAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGA-ATAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * *** * * * * * * *
20294083 TATTATAAAAC-AATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTGTTT-GATTAATATAATACTAATTTATTA
759 TGTCATAAAACAAAT-GTTTCAACTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACCAATCTATTA
*** * * * * ** * **
20294146 ATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGAACAAATA
823 ATATTCCAAAAATTTA-AAGT-AAGAA-TTAAAAAATAAAT-T-TTTATCAAACAAGCTCAAATA
* * **
20294211 GTCACGACTAT-TTCAAT
883 ATTATAACTATCTT-AAT
** * * * * *
20294228 -AATTATCAATTTTAAATTATTATGACCATTGGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTC-AGTTCATA
1 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * * * * * *
20294290 TAAGATTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAGTATTCCCAAAATTAATAATTAGGAGAT
65 CAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA--AAAA
* * * * * * * * * * * *
20294354 TTTTAAAAAATGGAATCTATTTATCGAACAAGTTTTAAATAATTATGAC-CATTT-GACAATTAT
127 ATTTAAAAAGT-AAATATATTTACCAAACTAG-ATCAAATAATCATG-CTCATTTAAATAATTAT
* * * * * * *
20294417 CGATTT-AGAATTGC-TATAACACCTTTTGATTT-GTCCATA-AAATGATTTTTTTAGTTCATAC
189 CTATTTCA-AA-T-CAT-TATCAACTTTTG-TTTGGT-CATATAAA-AATTATTTCAGATCATAC
* *
20294478 AAGCTTATTCG-AATAAAATAAATACA-AATTTATTAATATT-AAGAACAATTAATAAGGAAAAG
247 AAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATA-ATAATTTATTAATATTCTA-AA-AATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
20294540 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGGACGAAGTTCAAAATAGTTTATCGACTATTTGAATAATTA
308 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACCAA-TTC-AAATA-ATTAT-GACCATTTGAACAATTA
** * * * * * * * * * *
20294605 TTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTCTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACGAGC
369 TAGACTTCAAA-TCACTATAACCTT-TTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGC
* * ** * * ** *
20294669 TTAT-TCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATT--AA
432 TTATGTC-AAATAAAACAATACAAATATAATAATATTAAGACAATTAATAACTAAAAGATTCAAA
* * * * * * * **
20294731 AAA-AAA--TGTTTATCAAACAAATTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACCTC-AA
496 AAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTAATTCAAA
* * * * * * * * * *
20294792 GTCATTGTGACCTT-TTATTTTGTAATAAAACAATTGCTTCAATTCATGT-AAGCGTATT-AGAA
561 TTC-TTATGACCTTCTTGTCTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATCCATATGAA-CTTATTCAG-A
* * * **
20294854 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAGGGAATTAAAAAAATAAA
623 ATACAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAACAATTAATA-AGTAA-AAAATT-AAAAAAT--A
* * * ** * * * * * * * *
20294917 TTTGTTTGCTAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTA
682 TATATTTACCGAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTC-AAATCATTA
* * * *** ***
20294981 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGGTTCTGTTCACGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
746 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTCAACTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
** * * * * * * **
20295045 TATAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTTTGAA
810 TACCAATCTATTAATATTCCAAAAATTTA-AAGTAAGAA-TTAAAAAATAAA-TT-TTTATCAAA
* ** *
20295110 CACA-TTCAAATGGTTATGACTAT-TTAAAT
871 CA-AGCTCAAATAATTATAACTATCTT-AAT
* ** * *
20295139 -AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTGTTCA-A
1 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTATTCATA
* * * * *
20295201 AAAACATTATTCGA-AATAAAATAATATTCATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGA
65 CAAGC-TTATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A
* * * * * * * * * * * * *
20295264 TTTTTAAAA-T-AATATGTTTATCGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAATAATTATTT
127 ATTTAAAAAGTAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAATCAT-GCTCATTTAAATAATTATCT
** * * * * * * * * *
20295326 ATTTCAAATTGTTATGATCCTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTCTA-TTTATACAAGTTTAT
191 ATTTCAAATCATTATCAACTTTTGTTTGGTCATATAAAAATTATTTC-AGATCATACAAGCTTAT
* ** * *
20295390 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAACATT
255 TCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATG
*** * * * * * * ** * *
20295455 AATCTATTTTTTGAA-CAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCAT
320 AATCTATTTACCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATAGACTTCAAATCAC
* ** * * * * *
20295519 TATGATATTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAG-TTAT-TCAAAATAAAA
384 TATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATAC-AAGCTTATGTC-AAATAAAA
* * * * * * * **
20295582 TAATACTAATTTATTACTATT---TCAA--AATTAA-TAAAAGATTTAAAACCTAAATCTT-TTT
447 CAATACAAATATAATAATATTAAGACAATTAA-TAACTAAAAGATTCAAAAAATAAAT-TTGTTT
* * * * *
20295640 ACCGAA-ATAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTACCT-ATCTAAAATTTTTATGA--
510 ACCGAACA-AGTTCAAATAGTCA-AGACTATATGAACAATTATCTAAT-TCAAATTCTTATGACC
* * * * * *** * * * * * *
20295700 -TCTATGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTATTTTTA-CAAGTTTATTCGGAGTA-AA-ATATT
572 TTCT-TGTCTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATCCATATGAA-CTTATTCAGAATACAATAAAAT
* * * * * * * * * *
20295761 GCTAAATTAATAATATTCTAAAC-ATTAATAAGGAAGAACTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA
635 G--AATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAT--ATATATTTACC-GA
* * * * * * * * *
20295825 ACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTT-TTT
694 ACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
20295888 AGTCATAAAATAATTGCTTT-AGCTCATACATGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
759 TGTCATAAAACAAATG-TTTCAACTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACCAATCTATT
* * * * * * * * *
20295951 AACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTAAAAGA-AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
822 AATATTCCAAAAATTTA-AAGTAAG-AATTAAAAAATAAATT-TTTATCAAACAAGCTCAAATAA
* * * *
20296015 TTTTGACTAT-TTGAG
884 TTATAACTATCTTAAT
** * * * *
20296030 CAATTATCAATTT-AATATCGTTATGACCTTTTTTATGTTATCATAAAA-CATGTGTTTC-AGTT
1 CAATTATTTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTGT-T-TTGTCATAAAATAAT-TGTTTCTA-TT
* * * * * * * *
20296092 CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTAT-ACAAATTGATAAGTTAG
61 CATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAA
* *** * * *
20296156 AGATTTAAAACA-TAAATCA-ATTTATTGAA-TCAGTTCAAATAATTATGAC-CATTTGAATAAT
125 AAATTTAAAA-AGTAAAT-ATATTTACCAAACT-AGATCAAATAATCATG-CTCATTTAAATAAT
* * *
20296217 TATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCA-ATAAACAATTGTTTTTC-G-TCATACA
186 TATCTATTTCAAATCATTATCAACTTTTGTTTGGTCATATAAA-AA-T-TATTTCAGATCATACA
* * * * * ** *
20296279 AGCCTATTCGGAATACAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATT-ATAAGTAGGAGAATTA
248 AGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * * * *
20296342 AAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTTTGACTAATTGAACAATTATATA-TTCT
313 AAAAATGAATCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATAGACTTC-
***
20296406 AAATTGTTATAACCTTTTGTT
377 AAATCACTATAACCTTTTGTT
20296427 CTATAGTATT
Statistics
Matches: 5848, Mismatches: 1293, Indels: 1059
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
861 21 0.00
862 97 0.02
863 3 0.00
864 37 0.01
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869 10 0.00
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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380 AAATAAAT-T-TTTACCGAA-CAAGATCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAA
* * *
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441 ATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCATTCATATAAGCTTATTCTAAAT
* * * * *
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504 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * * * * *
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568 TTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATATGAACAATTATCGAATTCAAATCACTATAACCT
* ** * ** * ** *
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633 TTTGTCTTGTCATAAAAGAATTTTATCAATTCATACTAGCTTATGTCAAATAAAATAAAACAAAT
***
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698 TTATTAATATTAAG
* * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATT-TATTTACCGAACA-AGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
20288573 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
64 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
* * *
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129 TGCTCATATAAGCTTATTCAGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * *
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194 ATATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTTAAT--AATTAT
* * *
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256 TTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTGTTTTGTTAT-AAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
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319 TATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAAT-TTAAAA
* * *
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382 ATAAAT-T-TTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATC
* *
20288960 ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAA
444 ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-TTCATATAAGCTTATTCTAAATAAAA
** ** * * *
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508 TAATATAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * * * **
20289089 CGAACAAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCGATTTGGAATCACTATAACCTTTTG
572 CGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATATGAACAATTATCGAATTCAAATCACTATAACCTTTT-
* *** *
20289154 GT-TTGTCATTAAATG-ATTTTATTTGTTCATA-TAAGCTTATGTCAAATAAAATAATACAAATT
636 GTCTTGTCA-TAAAAGAATTTTATCAATTCATACT-AGCTTATGTCAAATAAAATAAAACAAATT
20289216 TATTAATATTAAG
699 TATTAATATTAAG
* * **
20289229 ACAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* * *
20289294 TATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTCTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
65 TATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * *
20289358 CTAT-C-CATATGAA-CTTATTCA-GATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAA
128 -T-TGCTCATAT-AAGCTTATTCAGGA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * *
20289419 TAAGTAAAAAATTAAAAAAT-ATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATA
189 TAAG--AATATTTAAAAAATAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTT-AATA
* * * * **
20289483 ATT-TTCTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTA
251 ATTATT-TATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** * *
20289547 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTTAA-AAGT-AAGAATTA
315 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TTAATAAGTAAAAAATTT
* * * *
20289610 AAAAATAAATTTTTATCGAACAAGCTCAAATAATTATAACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAA
378 AAAAATAAATTTTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATGACTAT-TTAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * ** *
20289675 ACATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTCTATTCAT-TCAAGCTTATTTTAAATA
442 TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATAT-AAGCTTATTCTAAATA
* * * *
20289739 AAATAATATAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTCAAAAATAAATTTATT
505 AAATAATAT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
** * * * **** * *
20289803 TA-AAAATTAATGTTCGAA-AACCAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAA-TAAAAT-A
569 TACCGAA-CAA-GTTCAAATAATCAA--GACCATA-TGA-AC--AATTA-TC-GAATTCAAATCA
* * * *** * * * * ** * *
20289864 GTACTAA--TTTAT-TACTATTTCA-AAAATTAATAAGA-GATTTAAAAACTAAATCTCT-T-TA
624 CTA-TAACCTTT-TGT-CT-TGTCATAAAA-GAATTTTATCAATT-CATACTAGCT-TATGTCAA
* * ** *** * * *
20289922 TTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATT-TG
682 ATAAAATAAAACAAAT--TTATTAATATTAAG
* ** ** ** ** *** * * * * *
20289953 AACAATTATCTATCTCCAATCG-TTATGATCTTTCTTT-TGT-CCTAAAACATTTATTTCTATTC
1 AA-AATTA-ATAAGT--AAAAGATTAAAAAATAAATTTATTTACC--GAACA---AGTTCAAAT-
* * * * * * * * ** *** *
20290015 AA-CAAG-CTTATTCGGAGTA-AATTATTGATAAATTAATAAT-ATTCTAAACATTAATAAGGAC
56 AATTATGAC-TATT-TGA--ACAATTATT--T-ATTTAA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
20290076 TTAAAATATAAATGTCTTTATCGAAC-CAGT-TAA-AATAGTT-AAGACTATTAGAACAATTATC
113 AT-AAA-ATAATTGT-TTT-T-G--CTCA-TATAAGCTTA-TTCAGGA-TA--A-AATAA-TA-C
***** ** * *
20290137 T-ATTTCA--AATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAA-AATAATTGCT-TCAACTCATAC-AT
163 TAATTT-ATTAAT-A-TTT---C-AAAAATTA---ATAAGAAT-ATT--TAAAAAATAAT-CTAT
** * * * * * ***
20290196 GCTTATTCGAAGCAAAAT-AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTATTAAGTAAGAAAT--T
214 --TTA-TCGAA-CAAGTTCAA-A-TAA-TTATGAATATT-TAATAATTATTTA-TTTCAAATCGT
* * *** * ** * ** * * *
20290258 AGAAAAAAATTTGTTTACGGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGA-ACAA--TTA-TCTAT
270 TG-TAACCTTTTGTTT-TGTTATAA-AAC-AATTG-TTT--CTA-TTCATACAAGCTTATTC-AA
* ** * * * * ** * *
20290319 TTAAAATCGTTA-TGACCTTATATT-TTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATC
326 ATAAAAT-AATACT-A-ATT-TATTAATAT-TTTAAA-AATT-AATAAG-T-A-AAAA-ATT-T-
** * * * **
20290382 CGAAATAGAATAATATTACTTTATTCATATTATAAAAATTGATAAGTTAAAGATTTAAAAC-A-T
378 ---AA-A-AATAA-ATT--TTTA--CCGA--A-CAAGA-TCA-AA--T--AG--TTATGACTATT
* * * * * * **
20290445 AAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAGTAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCAT
422 TAAT-A-ATTATC---T-ATTTCAAATCATTAT-G-------AAC--TT-T-TGTTT--TGTCA-
* ** * * * *
20290510 TATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAGCGTACAAGCCTATTCGAAATAAAATA
466 TA-AAAC-AAT-TATT-TC--------A------TTCA---TATAAGCTTATTCTAAATAAAATA
* ** * * * *
20290575 ATACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG
510 ATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCG
* * * * * * * ** * *** *
20290640 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTGGT-
574 AACAAGTTCAAATAATCAAGACCATATGAACAATTATCGAATTCAAATCACTATAACCTTTTGTC
* * * ** * * **
20290704 TCTGTCATAAAACAATTAATTAT--GTTCATACAAGCTTAT-TGGGAATAAAATAATACTAATGC
639 T-TGTCATAAAAGAATT--TTATCAATTCATACTAGCTTATGT-CAAATAAAATAAAACAAATTT
* *
20290766 AATAATATTCTA-
700 ATTAATATT-AAG
* * * * * * * * *
20290778 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGGC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* ** * *
20290843 TATATGAACAATTATTTATTTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT
65 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
* * * * *
20290907 AGCTCTTATTAA-CTTATT-TGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATC
130 -GCTCATA-TAAGCTTATTCAG-GATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
20290969 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTACCGAATC-AGTTC-AATAATTATGACTATTTGAAC
191 AG--A-ATATTTAAAAAATAA-TCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGAATATTT-AAT
* * * * * * ** * * * *
20291032 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTATTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
250 AATTATTTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** * * * *
20291097 AGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTA
315 AGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-
* * * * * *
20291158 AAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATAATTATGAATATTTAGGA-AATTATTTATTT
378 AAAAATAAAT-T-TTTACCGAA-CAAGATCAAATAGTTATGACTATTTA--ATAATTATCTATTT
* * ** * *
20291221 CAAATCGTTATG-ACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAAAAATTTCTATTCATACAACCTTATTC-A
438 CAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATATAAGCTTATTCTA
* * *** * * * *
20291284 TATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATACA
501 -AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * * * * * * *
20291348 TATGTTTACTAAACTAGATCAAATAGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT
563 TTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATATGAACAATTATCGAATTCAAATCACTAT
* * * * * *
20291413 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATT-TCAGTTCATA-TAAGGTTAT-TGGAAATAAAATA
628 AACCTTTTGTCTTGTCATAAAAGAATT-TTATCAATTCATACT-AGCTTATGT-CAAATAAAATA
* * **
20291475 ATAC-TATGTTATTAATATTTCG
690 AAACAAAT-TTATTAATATTAAG
* * * * * * *
20291497 AAAGTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* * ** ** ** * * ** *
20291562 CATTTAAACAATTATCGATTTGGAATCGCTGTAACCTTTTAATTTGTCATAAAATGA-T-TTTTT
65 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
* * * * * *
20291625 CCATTCACACAAGCTTATTTCA-AATAACAA-AATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAG
130 GC--TCATATAAGCTTA-TTCAGGATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * * ** *
20291686 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAA
189 TAAG---AATATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTT-AA
* * * ** * * * *
20291751 CAATTATTTATTTCAAATCCTTATGGCTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATA
249 TAATTATTTATTTCAAATCGTTGTAAC-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * * * *
20291816 CGAGTTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATT
313 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * *
20291881 T--AAA-AAATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAA
377 TAAAAATAAATTTTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
20291943 ATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATT-TGAAGT
441 ATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATATAAGCTTATTCT-AAAT
* * *
20292007 AAAATAATACTAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCT
504 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-ACTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * *
20292070 A-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA
566 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATATGAACAATTATCGAATTC-AAATCACTATAA
* * * * * * * *
20292133 CCTTTTGT-TTTTCCATAAAACAATTGGT-TCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
630 CCTTTTGTCTTGT-CATAAAAGAATT-TTATCAATTCATACTAGCTTATGTCAAATAAAATAAAA
* * *
20292196 TAAATTTATTAATGTTCCA-
693 CAAATTTATTAATATT-AAG
** *** * * *
20292215 AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTGAACACA-TTTAAATAGTT-TTA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAATTATGA
* * ** * **
20292277 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTT
64 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
** * * * * * *
20292342 TATTCAAAAAACCTAATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAA
129 TGCTCATATAAGCTTATTCAG-GATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A
* * * * * * * *
20292405 TAAAAGATTTTAAAAATAAATC-AGTTTA-CCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
191 -AGAATATTTAAAAAAT-AATCTA-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGAATATTT-AATA
* * * * *
20292468 ATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCC-TTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
251 ATTATTTATTTCAAATCGTTGTAA-CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * ** *
20292532 AGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTA
315 AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-
* * ** * * * * *
20292597 AAAAATTAAGCTATTTATAGAACAAGTTCAAA-AGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATGTATTTC
378 AAAAA-TAA-ATTTTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATGACTATTT-AA-TAATTATCTATTTC
** ** * * ** *
20292660 AAATTGTTATG-ACATTTTGTTTCATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAA
439 AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATATAAGCTTATTCTAA
* *** ** *
20292724 ATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAGGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCT
502 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
* * * * * * * *
20292786 CA-TTACTGAATTC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC----T---ATCTC-A-
565 TATTTACCGAA--CAAGTTCAAATAATCAAGACCATATGAACAATTATCGAATTCAAATCACTAT
* * * * * * *** * *
20292839 AA--TTGT-TCCTATCCTAAAA-CATTTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAGTAAAATAT
628 AACCTTTTGTCTTGTCATAAAAGAATTT-TATCAATTCATACTAGCTTATGTCAAA-TAAAATAA
** * * *
20292899 TGCTCAA-TTAATAATATTCTA-
691 AAC-AAATTTATTAATATT-AAG
* * * * * * * * *
20292920 AACATTAATAA-T-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAGACCAA-TTCAAATAGTTAAGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATTTATTTAC-CGAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * ** * * * * *
20292982 GTATTAGAAC----A--T-TTTCAAATTGTTCTAACCTTTTAG-GTAGTCATAAAATAATTGCTT
64 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
*** * * * * *
20293039 CAACTAATACATGCTTATTC-GAAATAAAA-AATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATA
128 TTGCTCATATAAGCTTATTCAG-GATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
20293101 AGAA-A-TT-AAAAA-AATCTATTTACCTGAACAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATT
191 AGAATATTTAAAAAATAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTT-AATAATT
* * * * * * * * * * * *
20293162 GTCTACTTAAAATCGTTATGACC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCT
254 ATTTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * * * * * * * *
20293226 TCTTTGAAATAAAATAACATTACTGTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAC
319 T-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAA-
* * * ** * * * *
20293291 ATAAATCAGTTTATCAAATTAGATTGAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
382 ATAAAT--TTTTACCGAACAAGA-TCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
20293356 CATTATTAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAA
443 CATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCATTCATATAAGCTTATTCTAAATAA
* * * * *
20293420 AATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAATTTAATAAAT-AGAAGATTT----ACT---TTTA-T
506 AATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTATT
* * * * * * * * ** * ***
20293476 T---GAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATATATTTCAAATTGTTATAACCTT
569 TACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATATGAACAATTATCGAATTCAAATCACTATAACCTT
* * * * * *
20293538 TTGT-TCTGACATAAAACAATTATT-TCTATTCATACAAGCTTAT-TCATAATAAAATAATACTA
634 TTGTCT-TGTCATAAAAGAATT-TTATCAATTCATACTAGCTTATGTCA-AATAAAATAAAACAA
* * *
20293600 ATGTAATAATATTCTA-
696 ATTTATTAATATT-AAG
* * * * *** * * * *
20293616 AAAAGTAATAACTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATT-ATGAC
* * * * **
20293681 TATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATG-CCTTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATT-TTTT
65 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
*** * ** * *
20293744 CAATTCTTACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCA
129 -TGCTCATA-TAAGCTTATTCAGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A
* * * ** * * * * *
20293808 ATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAA
191 A-GA-ATATTTAAAAAATAA-TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTT-AATAA
* * * * * * * * *
20293873 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG
252 TTATTTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
20293938 CTTGTTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAA
317 CTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AA
* * * * * * * *
20293999 AAATAAATTTGTCTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTACACAATTATTTATTTTAAA
380 AAATAAATTT-T-TACCGAACAAGATCAAATAGTTATGACTATTTA-ATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * *
20294064 TCATTATG-ACTTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTGTT-TGATT
442 TCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTC-ATTCATATAAGCTTATTCTAAAT
* *** * * * * * * *
20294126 AATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGT
504 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
** * ** * * * * * * * * * *
20294191 TTATTGAACTAGAACAAATAGTCACGACTATTTCAATAATTATC-AATTTTAAATTATTATGACC
568 TTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATATGAACAATTATCGAA-TTCAAATCACTATAACC
* * * * * *
20294255 ATTGGTTTTGTCATAAAA-AATTATT-TCAGTTCATA-TAAGATTAT-TCAAAATAAAATAATAC
632 TTTTGTCTTGTCATAAAAGAATT-TTATCAATTCATACT-AGCTTATGTC-AAATAAAATAAAAC
* * ***
20294316 -TATGTTATTAGTATTCCC
694 AAAT-TTATTAATATTAAG
* ** * * * *
20294334 AAAATTAATAATTAGGAGATTTTTAAAAAATGGAATCTATTTATCGAACAAGTTTTAAATAATTA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA---TTAAAAAAT-AAATTTATTTACCGAACAAG-TTCAAATAATTA
* ** * ** * *
20294399 TGACCATTTG-ACAATTATCGATTTAGAATTGC-TATAACACCTTTTGATTTGTCCATAAAATGA
61 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTA-AAAT-CAT-TATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAATAA
* * * * *
20294462 TT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAAATACAAATTTATTAATA-TTAAGAAC
122 TTGTTTTT-GCTCATATAAGCTTATTCAGGATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCA-AA-
* * * *
20294524 AATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGGACGAAGTTCAAAATAGTTTATCG
183 AATTAATAA-G--AATATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCGAAC-AAGTTC-AAATA-ATTAT-G
* * * * * *
20294589 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTCTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
240 AATATTT-AATAATTATTTATTTCAAA-TCGTTGTAACCTT-TTGTTTTGTTATAAAACAATTGT
* * * * * *
20294653 TTCTATCCATACGAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA
302 TTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
20294718 AGTAAAAGA-TTAAAAA-AAATGTTTATCAAACAA-ATTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAAT
366 AGTAAAAAATTTAAAAATAAATTTTTACCGAACAAGA-TCAAATAGTTATGACTATTT-AATAAT
** * * * * * ** *
20294780 TATCTACCTCAAGTCATTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGCTTCAATTCATGTAAGC
429 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATATAAGC
* ** * * * *
20294845 GTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAGGGAATTAAA
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* * ** * * * * * * * * *
20294909 AAAATAAATTTGTTTGCTAAATAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATCTAAACAATTATCTATTTCA
555 AAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCA-AGACCATATGAACAATTATCGAATTC-
* * * * * * ** ** * *
20294973 AAAT-ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGT-TCTGTTCACGCAAGCTTATTTCAA
618 AAATCACTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAAGAATT-TTATCAATTCATACTAGCTTATGTCAA
* * * *
20295036 ATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTCCA-
682 ATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-AAG
* *** **
20295066 AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTATTTTTTGAACACA-TTCAAATGGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAATTATGA
* * * * ** *
20295129 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTT
64 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTT
* * * * * * * *
20295193 CTGTTCA-AAAAACATTATTC-GAAATAAAATAATATTCATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATA
128 TTGCTCATATAAGC-TTATTCAG-GATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* ** * * * * *
20295255 AGTAAAAGATTTTTAAAATAATATGTTTATCGAGCGAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAATA
191 AG---AATATTTAAAAAATAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGAA-TATTT-AATA
* * * * * * *
20295319 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTCTATTTATACA
251 ATTATTTATTTCAAATCGTTGT-AACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** *
20295383 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTA
315 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTA
* *** * * * *
20295448 AAACATTAATCTATTTTTTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAACT-ATTATCTATTTC
379 AAA-ATAAAT-T-TTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATGACTATTT-AA-TAATTATCTATTTC
* * * * *
20295512 AAATCATTATGATA-TTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAG-TTATTCAA
439 AAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATA-TAAGCTTATTCTA
* * **
20295575 AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTC-AAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAACCTAAATC
501 AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * ** * ***
20295635 TT-TTTACCGAA-ATAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTA-CCTATCTAAAATTTTT
564 TTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAATCA-AGACCATATGAACAATTATCGAAT-TCAAATCACT
* * * * * * * * ** * * * *
20295696 ATGATC-TATGTTTTGTCCTAAAA-CATTTGTTTCTATTTTTACAAGTTTAT-TCGGAGTAAAAT
626 ATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAAGAATTT-TATCAATTCATACTAGCTTATGTC-AAATAAAAT
*** * *
20295758 ATTGCTAAA-TTAATAATATTCTA-
689 AAAAC-AAATTTATTAATATT-AAG
* * * * * * * *
20295781 AACATTAATAAGGAAGAA-CTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAACAA-TTCAAATAGTTAAGA
1 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTAAAAAATAAATTTATTTACC-GAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
20295844 CTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATAATTGCTTT
64 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
* * * * *
20295908 AGCTCATACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
129 TGCTCATATAAGCTTATTCAG-GATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * * * * * **
20295971 GTGAGA-AATTAAAAGA-AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAAT
192 --GA-ATATTTAAAAAATAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTT-AATAAT
** * * *
20296034 TATCAATTT-AATATCGTTATGACCTTTT-TTATGTTATCATAAA-ACATGTGTTTC-AGTTCAT
253 TATTTATTTCAA-ATCGTTGTAACCTTTTGTTTTGTTAT-A-AAACA-AT-TGTTTCTA-TTCAT
* * * * * * * * *
20296095 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATACAAATTGATAAGTTAGAGAT
312 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
* ** * * *
20296160 TTAAAACATAAATCAATTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTAT
376 TTAAAA-ATAAAT--TTTTACCGAA-CAAGATCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTAT
* * * * *
20296224 TTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCA-ATAAACAATTGTTTTTC-GTCATACAAGCCTATT
436 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA-AAACAA-T-TATTTCATTCATATAAGCTTATT
** * * * * *
20296287 CGGAATACAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAA
498 CTAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
20296350 ATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAAT
562 ATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAAT
20296378 TTTGACTAAT
Statistics
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TCAAATCGTTGTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
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TACCGAACAAGATCAAATAGTTATGACTATTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
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TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAA
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AATTTTATCAATTCATACTAGCTTATGTCAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTAAG
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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66 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAATTATATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
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* *
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* * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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55 -ATTA-ATAT-TTCAAAAATTAAT-AAGTAA-G--AGATTTA--AA-A-----AATAATT-ATAT
* * * ** * * * *
20296561 GTAACGGAATTAAAAAATGAATGTATTGGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
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* * *
20296626 TATAACTTTTTGTTTTATCAT
161 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** * * * *
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66 A-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-ATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * **
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129 GACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
20296992 AAGACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTAGTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * ** * * * * *
20297056 TCATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTCCAAATAGTCAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * **
20297120 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGAAAT
129 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
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1 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
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64 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
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128 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * ** *
20297354 AAAATAGTTATTTTTGTTCATGCAAATTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTA
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTA
20297409 AGAGATAAAT
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * **
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* * * * **
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** * * *
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** ** *
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* * * * * **
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* * * * * ** * * * * * *
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* * * *
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* * *** * * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * * * **
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* ** * * * * **
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* * * ***
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** ** * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * ** * * * * ***
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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63 AAAAAATAAATCTATTTACC-GAACGAAGTTCAAAATAGATTATCGACCATTTGAACAATTATCG
* *** * * * *
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* * * * *
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1 CTTATTCGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAG-GAAAAGATTTA
* * * * * * * *
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64 AAAAATAAATCTATTTACCGAACGAAGTTCAAAATAGATTATCGACCATTTGAACAATTATCGAT
** * * * *
20296041 TT--AATATCGTTATGACCTTTTTTATGTTATCATAAAAC-ATGTGTTTC-AGTTCATAAAAG
129 TTCAAAT-TC-TTAACACCTTCTTGAT-TTATCATAAAACAAT-TGTTTCTA-TCCATACAAG
* * ** * * * ** *
20296100 CTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-ATACAAATTGATAAGTTAGAGATTTAA
1 CTTATTCGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGAC-AATTAATAAGGAAAAGATTTAA
* * ** * *
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** * * *
20296224 TTCAAA-TCATTATTAACTT-TTGTTTTGTCA-ATAAACAATTGTTT-T-TCGTCATACAAG
129 TTCAAATTC-TTAACACCTTCTTGATTTATCATA-AAACAATTGTTTCTATC--CATACAAG
* * *
20296281 CCTATTCGGAA-TACAATAATACTAATTTATTAATATT
1 CTTATTC-GAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT
20296318 TCAAAATTAT
Statistics
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0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
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CAAATTCTTAACACCTTCTTGATTTATCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAG
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * ***
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* * *
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* *
20297746 TCTATTTACAAAACAAATTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTT
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*
20297801 AAATCA-TTATGACCTTTT
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Statistics
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AAATAGTTATGAACTTTTTATTTGGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAATAATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACAAAACAAACTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTT
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1 TGTTGTAAAACAATTGTTTTTGTTC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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** *** *
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* *
20297714 AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAAACAAATTCAAATAGTCATGTC
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* * **
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129 TATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTACAACCTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTGTTCT
20297844 GTTGTA
194 GTTGTA
* * * * *
20297850 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATGAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTA
1 AAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTA
* * * * *
20297915 AAAATTAATA-A-GAGATTTAAAAACTAAATCTGTATACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTA
66 AAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATATACAAAACAAATTCAAATAGTCATGACTA
*
20297978 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTACAATCTTT
131 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTACAACCTTT
20298015 ATTTTGTCAT
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 23, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTA
AAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATATACAAAACAAATTCAAATAGTCATGACTA
TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTACAACCTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTGTTCTGT
TGTA
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20298074 AATTTAATAA
* * * * *
20298084 TAAAAAATAAATGTAT-TTTGCAAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * **
20298148 TTCAAATTGTTCTGACCTTTTGATTAGTCAT-AAATAATTATTTTCAACCCATACAAGCTTATTC
64 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * *
20298212 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
129 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *
20298266 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAACAA-TATCTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * *
20298330 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGCTCATAAAAACTTATTCAA
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
20298394 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAGGCAAGAGATT
131 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
20298446 TAAAAACTAAAGCTA-GTTTTCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAAATATCAAT
1 TAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** *** * * * **
20298509 CTCAGTTTGCTATGATC-TTCGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATT-
64 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * *
20298571 TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATT
129 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** ** * * * * *
20298622 TAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * **
20298687 CAAATCATTTTAAGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
20298751 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATAAATAAGCAAGAGATT
131 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *** * * *
20298802 GAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTACGATTATTTGAACAATTATCTAT
1 --TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
20298867 TTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAAAAGCTTATCC
64 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
20298931 AAAATAAAATAGTAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
129 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
20298985 TAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATAT
1 TAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
20299048 TTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTATCAGAAAACAATTGTTTCTCAA--CATTCAAGCTTATT
64 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TCAATTCATACAAGCTTATT
** * * *
20299111 --GGA-AAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAGAA-T--TGA-TAAGAGATT
128 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
20299158 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * *
20299223 CAAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTGTCAT-AAATCAATT-ATTT-ATGTTCATACAAGTTTATTC
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
20299285 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-ATGAAAATTCATAACTATGAGATT
129 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * * *
20299339 TAAAAAATAAA-AT-CTT-CCTAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
20299401 TCAAATCAT
65 TCAAATCAT
20299410 ATTATTTTAG
Statistics
Matches: 912, Mismatches: 190, Indels: 87
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
Found at i:20300637 original size:176 final size:175
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20300308 CAGATAGTAC
*
20300318 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTGTAATAAGTGATTTAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTGTAATAAGAGATTTAA
* * * * * * *
20300383 AAGTGAATCTGTTTATCGAATCATTCAAATAATTATAGCCATTTTAAAAATTATCTATTTTAAAT
66 AAATAAATCTGTTTATCGAAACATTCAAATAATTATAACCATTTGAAAAATTA-CTACTTCAAAT
*
20300448 CGTTATTACCTTTTGTTTGGTCTATAACAAATGTTTTGATCATTTT
130 CGTTATAACCTTTTGTTTGGTCTATAACAAATGTTTTGATCATTTT
* * ** *
20300494 AAGCTTA-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTC-AAAATTGATAAATAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTG-T-AATAAGAGATTT
* * * *
20300557 AAAAAATAAAT-TGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATGTA-TACTT
64 -AAAAATAAATCTGTTTATCGAAAC-A-TTCAAATAATTATAACCATTTGAAAAAT-TACTACTT
*
20300619 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
125 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
20300642 CTATCACAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 19, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTGTAATAAGAGATTTAA
AAATAAATCTGTTTATCGAAACATTCAAATAATTATAACCATTTGAAAAATTACTACTTCAAATC
GTTATAACCTTTTGTTTGGTCTATAACAAATGTTTTGATCATTTT
Found at i:20300924 original size:181 final size:179
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20300484 TGATCATTTT
* * * * *
20300494 AAGCTTA-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAATTGATAAATAAGAGAT-TT
1 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAATAAGA-ATATA
* *
20300557 AAAAAATAAATTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATGTATACTTCAA
65 AAAAAATAAATTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAATAATGTATACTTCAA
* *
20300622 ATTGTTATAACCTTTTGTTTCTATCACAAACAATTATTTTCTATTAATAC
130 AATGTTATAACCTTTTGTTTCTATCACAAACAATAATTTTCTATTAATAC
* * * * * *
20300672 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTATAATTACATAACTAAG-ATA-A
1 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTA-ATAAATAAGAATATA
* * * * * *
20300735 TTAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCATTCGTCAAATATTTA-AGACTGTATGAATAAT-TATTC
65 -AAAAAATAAA-TTGTTTACTAAACCAGT--TCAAATAGTTATA-ACTATATGAATAATGTA-T-
* * * *
20300798 ATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTT-TATCA-TAA-AATAATTTTC-AGTTTTATAC
123 ACTTCAAAATGTTATAACCTTTTGTTTCTATCACAAACAATAATTTTCTA--TTAATAC
* * *
20300853 TAGCTTATTGGGAAT-AAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATAT
1 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAATAAGAATAT
20300916 AAAAAAATA
64 AAAAAAATA
20300925 TTATGTTTAC
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 32, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
178 9 0.04
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.40
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AAAAATAAATTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAATAATGTATACTTCAAA
ATGTTATAACCTTTTGTTTCTATCACAAACAATAATTTTCTATTAATAC
Found at i:20300942 original size:34 final size:35
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20300893 CAAAAATTAA
20300903 TAAGTAAGA-ATATAAAAAA-ATATTATGTTTACCT
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20300937 TAAGTAAGAGATATAAAAAATATTTATGTTTACCT
1 TAAGTAAGAGATATAAAAAATATTTATGTTTACCT
20300972 AACCAATTTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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TAAGTAAGAGATATAAAAAATATTTATGTTTACCT
Found at i:20302062 original size:179 final size:177
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Period size: 179 Copynumber: 6.0 Consensus size: 177
20301494 TGTTTATCGA
* * * * *
20301504 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGATAATTAGTAAGTAAAAGAT
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* * * * * *
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65 TT-AAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
20301633 TCAAATTGTTAT-AACTTTT-TTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
129 TCAAA-TATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCAT
* * * ** *
20301682 ACAAGGTT-GTTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTTATAATTAATAAGTAAAAGA
1 ACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * ** * * * * * * *
20301746 TTTAAAAAATAATTATATTTGTTGAACAAGTTGAAATAATAATGATTATTTGAATAATTAACTAT
64 ATT-AAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
20301811 TTCAACTCATT-TGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCAGTTCAA
128 TTCAAAT-ATTATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT
* * * * * *
20301863 ATAATCTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAGTAAGAGAAT
1 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAAT
* * * * * *
20301928 TAAAAATTAATCTATTTACCGAATATGTTCGAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTC
66 TAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
20301993 AAAATATTATGGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGGTTTTCTTCTT
131 -AAATATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTATTCAT
* * * *
20302042 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTACAAAATTAATAAGTAAAA-ATT
1 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAAAGA-A
* * * * * * *
20302106 TTAAAAATAAATTTATTTTCTGTACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCCATT
65 TTAAAAATAAATATATTTACTGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
20302170 TCAAATCGTTATGATCTTTTCTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTGTTCAT
129 TCAAAT-ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTATTCAT
* ** * ** *
20302220 AAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTTTTAGA-ATTTCAAAATTAATAAATAGAATAT
1 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTAAAAAATTAATAAGTA-AA-A-
* * * * * *
20302284 GAA--AATAATAAATCTATTTACTGAGTGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
62 GAATTAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
20302347 TTTCAAATATTATGATCTTTTATCTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
127 TTTCAAATATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCAT
* * * * *** *
20302399 ACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGG
1 ACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * * *
20302463 TTTAAAAAATAAATCT-GTT-CTCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-TCCA-TTCAACTATTATCTA
64 ATT-AAAAATAAATATATTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
20302524 TTTCAAATCTTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
127 TTTCAAAT-ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
20302571 GTCTAAAATA
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 154, Indels: 65
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 26 0.04
178 215 0.31
179 343 0.49
180 59 0.08
181 57 0.08
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAAT
TAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCAT
Found at i:20302281 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 20302255--20302296 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
20302245 ATTAATTTTT
*
20302255 TAGAATTTCAAAATTAATAAA
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*
20302276 TAGAATATGAAAATAATAAA
1 TAGAATATCAAAATAATAAA
20302296 T
1 T
20302297 CTATTTACTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.42
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Consensus pattern (20 bp):
TAGAATATCAAAATAATAAA
Found at i:20302469 original size:358 final size:354
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Indices: 20301506--20302569 Score: 991
Period size: 358 Copynumber: 3.0 Consensus size: 354
20301496 TTTATCGAAC
* * * * * * * *
20301506 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGATAATTAGTAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTA-AAAAATTAATGAG-AAGAGAATT
* * ** * * * *
20301571 GAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGGTCAAAT-GTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTC
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* * * * *
20301635 AAATTGTTAT-AACTTTT-TTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTGTTCGAAT
128 AAA-TATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAA
* *
20301698 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTTATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAATTAT
191 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATA-AATT-T
* * * * * * *
20301762 ATTTGT-TGAACAAGTTGAAATAATAATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAACTCATT-TGA
253 ATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTAAT-ACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * **
20301825 CCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCAGTTCAAAT
316 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCAAAT
* *
20301865 AATCTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTA
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAG-AAGAGAATTA
* * * *
20301930 AAAATTAATCTATTTACCGAATATGTTCGAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAA
65 AAAATAAATCTATTTACCGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-A
** * * * *
20301995 AATATTATGGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGGTTT-TCTTCTTACAAGCTTATTTCAAAT
129 AATATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAT
*
20302059 AAAATAATATAAATTGATTAATA-T-TACAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTA
192 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATTTA
* * * * *
20302121 TTTTCTGTACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCCATTTCAAATCGTTATGAT
254 TTTTCTGAACA-AGTTCAAATAGTAAT-ACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
*
20302185 C-TTTTCTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTGTTCATAA-
317 CATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTGTTCA-AAT
* * ** *
20302222 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTTTTAGA-ATTTCAAAATTAAT-A-AATAGAATAT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTAAAAAATTAATGAGAAGAGAAT-T
* * *
20302284 GAAAATAATAAATCTATTTACTGAGTGA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
64 --AAA-AATAAATCTATTTACCGAAT-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * *
20302348 TTCAAATATTATGATCTTTTATCTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAA
125 TTCAAATATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-A
* *** * *
20302413 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGGTTTAAAAAATAAATC
189 AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATT
* * * * * * *
20302478 TGTTCTC-GAACAAGTTCAAATAGTCATTCCA-TTCAACTATTATCTATTTCAAATCTTTAT-AA
252 TATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTAATACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
20302540 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
317 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
20302570 AGTCTAAAAT
Statistics
Matches: 580, Mismatches: 94, Indels: 65
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 7 0.01
355 3 0.01
356 56 0.10
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358 201 0.35
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361 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAGAAGAGAATTAA
AAATAAATCTATTTACCGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
TATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAA
TAATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTTTCTG
AACAAGTTCAAATAGTAATACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCAAAT
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20303752 TTTTTTTTTT
*
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1 TGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
* * *
20303827 TTTTGTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTTATTTGTACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATAC
65 --------TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATAC
* * * * **
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121 TAATTTATTAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* *
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1 TGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
* * * * * *
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65 TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTA
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* * * * * *
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1 TGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-CTTTT
* * * ** *
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64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** * *
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128 TTAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * *
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1 TGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
* * * ** *
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* * * *
20304434 TTAATATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-
128 TTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * *
20304481 TGGAAACAGTTCAAACAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATC-TTT
1 T-G-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * *
20304545 ATTTTATCATAAAATAATTGTTTC--TTTATACAAGC-T-TTTAGATTAAAATAATATTAATTTA
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * **
20304606 ATAATATTCCAAAAA-T-TAA--AAGAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTGT
128 TTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * *
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1 TGAACAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
* * * * *
20304706 TTTAGTCAT-AAATAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTAATCAAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
20304769 TAAT-TT-GAAAAATTA-ATGCAAAAGATTT--AAAA-AAA-TTGTTTAC
129 TAATATTCTAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * *
20304812 TAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTT
1 TGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * ** *
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64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTAAATA-AAATAATACTAATTT
* * *
20304935 ACTAATATT-T-TAAATTAGTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAA--T-TTTAC
127 ATTAATATTCTAAAAATTA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* *
20304981 ----CAATTCAAATA-TTATG-CCATTTGAAC-A-TACCTATTTCAAATAGTTATTG--C--TTA
1 TGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TGACCTTTTA
* ** * *
20305034 -TTT-TC-TAAAACAATTGTTT-TA-ATATACAATATT-TTAGAAATAAAATAAAACTAATTTA-
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
20305092 TAATATT-T-CAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT--
129 TAATATTCTAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * *
20305135 TGAACTAGTTTAAATAGTTA-GACTA-CT--AGAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACC-TTT-
1 TGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
* * ** * * * **
20305193 GTTTATCAT-TTATAATTG-CTC-AGTTTATA-AAGCTTAATCGAAT-AAATAATACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
20305253 TAA-ATTC-AAAAATT-TAAGCAAAAGATTT-GAAATTAAATTTAGTTT-C
129 TAATATTCTAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTTAC
*
20305299 T-AACAAGTT--AATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATATATTT-AAATCA-TTATGA-CTTTT
1 TGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * * *
20305357 -TTTTGTC-T-AAAC-CTTGTTTTTAGTTCT-TA-AA-CTTATTCCAAAATAAGATAATACTATT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT-TATACAAGCTTATT--TAAATAAAATAATACTAAT
* * **
20305415 TTATTAATATT-TCAAAAGTT-T-AG---GA-ATTT--AAAAT-AATTAATTTA-
125 TTATTAATATTCT-AAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
** * * * * *
20305459 TCGAA-ATATGTTC-AGGAG-AATG--TTTTTGAAACAA--CTCTATTTCGAATCA--TATTA-C
1 T-GAACA-A--TTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACC
* * * * ** * * *
20305514 TTTTGTTTTATC-T-TAACAATATTTTTC-A-ACATTC-AGCTTATTCGAAAT-AAATAAAACTA
60 TTTTATTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTTATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
20305573 ATTTTAATAATA-TC-AAGAA-T-TAA-T-AAGGATTT--AAAAT-AATCTATTAAC
123 A-TTTATTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * *
20305621 -AAACAAGTTC-AAT-GTT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-
1 TGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
* * * * * *
20305681 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTTCTACAGGCTTCTTTGAAATAAAATAATACTAATTT
65 T-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
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127 ATTAATATT-CTAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
** * * * * * * * *
20305800 CAAATTAGTTCAAACAGTTA--ACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
1 TGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
* * * * * * *
20305863 TTTTGTCATAAAGCAATTATTT-TAGCTTATACAAGCTTATTCGAAATAGAGTAAAACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
20305927 TTAATTGTTC-AAAAATT-T--GTAAAAGATTTAGAAAATAATTTTATTTAC
128 TTAA-TATTCTAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
*
20305975 TGAACCAATTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
1 TGAA-CAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
20306025 CATTATTACT
Statistics
Matches: 1614, Mismatches: 300, Indels: 340
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
TGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTAT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTCTAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
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20304544 TATTTTATCA
* * * * * *
20304554 TAAAATAATTGTTTCTTTATACAAGCTTTTAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAA
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* * *
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* **
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* *
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*
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* * *
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390 TCAAA-TAGTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTTACAAATTCAAAGA-TATGCCATTTGAACAT
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* *
20305039 TAAAACAATTGTTT-TAATATACAATATTTTAGAAATAAAATAAAACTAATTT-ATAATATTTC-
1 TAAAACAATTGTTTCT-ATATACAAGATTTTAG-AATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCA
* *
20305101 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT-TTGAACTAGTTTAAATAGTTAGACTACTAGA
64 AAATTAA-AAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTGTTGAACCA-TTCAAATAGTTA-A-TACTAGA
**
20305165 ATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACCTTTGTTTA-TCATTTATAATT-GCTCAGTTTATA-AAGC
124 ATTATCTATTTCAAATTGTT-TAACCTTT-TTTAGTCATAAATAATTAGCTCAGTTTATACAAGC
*
20305226 TTAATCGAAT-AAATAATACTAATTTATTAAATTCAAAAATTTAA-GCAAAAGATTTGAAATTAA
187 TTAATCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTCAAAAA-TTAATGCAAAAGATTT-AAA--AA
* *
20305289 ATTTAGTTT-CT-AACAAG-TT-AATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATATATTT-AAATCATT
248 AATT-GTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTAAAATCATT
**
20305348 ATGA-CTTTT-TTTTGTC-T-AAACC-TTGTTTTTAGTTCTTAAACTTATTCCAAAATAAGATAA
312 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACCATTG-TTTTAGTTCAAAAACTTA-TCCAAAATAA-ATAA
* *
20305408 TACTATTTTATTAATATTTCAAA
374 TACTA--CTACTAATATTTCAAA
20305431 AGTTTAGGAA
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 29, Indels: 41
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
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485 70 0.20
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (482 bp):
TAAAACAATTGTTTCTATATACAAGATTTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAA
ATTAAAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTGTTGAACCATTCAAATAGTTAATACTAGAATTATCT
ATTTCAAATTGTTTAACCTTTTTTAGTCATAAATAATTAGCTCAGTTTATACAAGCTTAATCAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAAATTCAAAAATTAATGCAAAAGATTTAAAAAAATTGTTTACTAA
ACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTT
TGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCAAAAACTTATCCAAAATAAATAATACTACTACTAATATTT
CAAATAGTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTTACAAATTCAAAGATATGCCATTTGAACATACC
TATTTCAAATAGTTATTGCTTATTTTC
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20307009 ATAGTCATGA
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1 CTATTTCGAATAATTAT
*
20307035 CTATTTCGAATCATTAT
1 CTATTTCGAATAATTAT
20307052 GACCTTTTCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCGAATAATTAT
Found at i:20307486 original size:359 final size:359
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Indices: 20306034--20311201 Score: 3489
Period size: 359 Copynumber: 14.4 Consensus size: 359
20306024 TCATTATTAC
* * * * * *
20306034 TAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAAC
1 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * * * * * *
20306098 CATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * *
20306163 TCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * ** * * ** *** *
20306227 ATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATAGCCAAAACAAGTTCAAATAG
192 ATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTAC-TAACAAGTTCAAATAG
* ** *** * * * * * *
20306292 TTAAGACTAAATGAATGGTTATTTATTTAAAATCATTATGACC-TTTGGTTTCTCATAAAATAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
20306356 TATTTTGTTT-GTACAAGCTTTATTC-GAATTAAAATAATAC
320 TGTTTTATTTCATACAAGC-TTATTCAGAA-TAAAATAATAT
* * * * * * * *
20306396 TAATTTAATAATAGTTC--AAA-TGA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCAAATCA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAA
* * * * * ** * *
20306456 GCTT-AAATGGTTAAGA-TGATTAGAATAATTATTTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTA
66 G-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * *
20306519 GTCATAAAACAATTGTTAC-AGTTCTATA-AAGATTATTCAGAATAAATTAATAACTAATTTATT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-A-TAATTTATT
* * * *
20306582 AACA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTG-TTTATCAAACAAGTTCAA
189 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTTA-CTAACAAGTTCAA
* * * ** * ** ** *
20306645 GTAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGC-TTAAAACCTTTTGACTTGCCAT-AA
251 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * **
20306707 A-AATTTTTTTCAGTTAATACAAGCTTTATTTTGAATAAAATAATAT
315 ACAATTGTTTT-ATTTCATACAAGC-TTATTCAGAATAAAATAATAT
* * * * * * *
20306753 AAATTTATTAACA-TT-AAGATAATTAATTAATAA-AAGATTTGAAAAAATAAATATGCTTACCG
1 TAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA-TAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * *
20306815 AATAAGTTTCAAATTGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTG
61 AATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
20306879 TTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAGAATAATTTTAATTTA
124 TTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TATAATTTA
* * * * *
20306944 TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTATCGATCAAGTTCA
187 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTA-CTAACAAGTTCA
* * * * * *
20307008 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAA
250 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA
* * ** * * *
20307073 AATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTCTT-TGAAGT-AAATAATAC
314 AACAATTGTTTTATTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATAT
* * * ** *
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* * * * * *
20307182 AGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAGAA-CATTATGGCCTTTTGTTTTA
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** **
20307246 TCTTAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATA
* * ** * *
20307311 TTTTAGAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTATTAACTTGTT-AAAAATTT
193 TTTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTACTAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
20307374 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCCTTT-CTTTGTCATAAACCAATTG
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*
20307438 TTTCTATTTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATAT
322 TTT-TATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* ** * *
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* * ** * * * *
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* * *
20307604 TTTTTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
125 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATT
** * * * * * *
20307669 AATATAAT-AAAATTAATGAGTAGGAGACTTAAAAAATTAATCT-ATTTA-TCACATAAGTTCAA
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* * * * * * ** * *
20307731 ATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTGGTCGTAAA
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** * *
20307795 ACAATTGTTTT-TATTCATACAATATTATTCAAAATAAAATAATAC
315 ACAATTGTTTTAT-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* * * * * * *
20307840 TAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAGAACTAAATTTATTGACCAAACT-
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-TA
* *
20307901 AGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTG
65 AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** *
20307964 TTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC-GAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAAT-ATAATTTATTAAT
* * * * * ** *
20308028 ATTCT-AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTATTTGCCGAATCAA-TTCAAATAG
192 ATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTACTAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
20308091 TTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCGAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
20308156 TATTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
320 TGTTTTATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* * ** * * * *
20308196 TATTTTATTAACATTAAAAAAATT-A-A-TAAGAAATTTTAAAAAATATATATGTTTCTCAAACA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATA
* * * * *
20308258 AATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
20308323 AATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* * ** ** * *
20308388 TTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC-AATTTATTGAATC-AGTTCAAATAAT
194 TTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
20308451 TGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATT
256 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
20308516 GTTTT-TCATCATATAAGCATATTCGGAATGAAATAATAC
321 GTTTTAT-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* * * * *
20308555 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCGAACT
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAT
* * *
20308620 -AGTTCAAATAGTTATAACTA-TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * **
20308683 TTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAACAATA
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * * ** * ** * *
20308748 TTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTTTTAAAA-AAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGT
193 TTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTTACTAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
20308812 AAAGGCTGTATGAATAATTATCTA-TTCTGAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
256 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * **
20308876 TGTTTT-TGTTAATATAAGTTTTTTTGGAATAAAATAATAT
320 TGTTTTAT-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* * * * * *
20308916 TAATTTATTAATATTTTAAAAACT-AT--TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACT-
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-TA
* * * * * * *
20308977 AGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTAGTTT-AAATCGTTATGACCATTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** ** *
20309041 TCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATA
* * ** * *
20309106 TTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATAAATCTG-TTGGCTTGACCAA-TGCAAATAG
193 TTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTAC-T-AACAAGTTCAAATAG
* * * * *
20309169 TTAT-A-TTTGATTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACA
255 TTATGACTAT--TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* **
20309232 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCCTATTCAGAATAGCATAAT-T
318 ATTGTTT-TATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* * * * *
20309273 CTAATTTATTAATATTTCACAAATT-A-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACA
1 -TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATA
* * * * * *
20309336 AGTTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAAT-AGCTATAAACTTTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
20309400 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACGACCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAAT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * * * * * *
20309464 A-TTCATATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATG-TTTACCGAATAAATTCAAATA
192 ATTTTA-AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTA-CTAACAAGTTCAAATA
* * * * *
20309527 GTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
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318 ATTGTTTTAT-TTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATAT
** * * * * * ** *
20309634 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAATAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATA
** * * * * ** * **
20309699 AGTTCCGATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTATTTCAT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
20309763 CATAAAACAATTATATC-AGTTCATA-TAGGTTAATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
130 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT-ATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAA
* * * * *
20309825 TATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTATAAAATAAAT-T-TATTTACCAAACAAGTTCCAAT
191 TATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTTA-CTAACAAGTTCAAAT
* * * * * * ** * *
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253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
20309953 ATT-ATTTATGTTCACATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAT
318 ATTGTTTTAT-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATAT
* * * * *
20309995 AAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--GAAATTTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
20310184 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTG-TTTACCGAGCAAGTTCAAAT
190 ATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTA-CTAACAAGTTCAAAT
* * * * ** *
20310247 ATTTAT-ACTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAAC
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* * * * *
20310311 AATTGTTTCTA-TTCATGCAAGTTTATTCAAAACAAAATAATAC
317 AATTGTTT-TATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* * *
20310354 TAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAGGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * * *
20310417 AAGTTAAAATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** *
20310481 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * * * * *
20310546 ATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTT-AATACTAAATCT-ATTTACCAAAACAGTTTAAATAGT
192 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTACTAACA-AGTTCAAATAGT
* ** * *
20310606 TATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAAACAAT
256 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
20310669 TGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATAC
320 TGTTT-TATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* * ** * * * ** **
20310709 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATA-T--GAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAA
* * *
20310771 GTTTAAATAGTTCA-GACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTA
66 GTTCAAATAGTT-ATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTT
* * * * *
20310834 GTTATAAAACAATTATTTC-AGTTTATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATCTT-TTA
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TATAAT-TTATTA
* * * * *
20310897 ACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAAT-T-TATTTATCAAACAAGTTCA
190 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAA-ATAAATCTGT-TTTA-CTAACAAGTTCA
*
20310960 AATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
250 AATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
20311023 AAACAGTTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTC-GAAATAAACTAATAT
313 AAACAATTGTTTTATTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAT
* * * * * * * *
20311070 TACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATA-AACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-T-TTTTTGAAC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTA-AGAA-ATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATCAAA
* * * *
20311131 T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTACGATC-TTTGTTT
63 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
20311193 TGTCATAAA
127 TGTCATAAA
20311202 TAATTCTTTT
Statistics
Matches: 3775, Mismatches: 823, Indels: 418
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 61 0.02
353 77 0.02
354 5 0.00
355 81 0.02
356 344 0.09
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Consensus pattern (359 bp):
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ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTT
TAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
ATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
Found at i:20308498 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 20306490--20311201 Score: 3453
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20306480 ATAATTATTT
** * * * * *
20306490 TATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTAC-AGTTCTATA-AAGATT
1 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATACAAGCTT
* * * * *
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* * * * **
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* * ** * * * *
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*** * *
20306732 TTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACA--TTAAGATAATTAATTAA-TAAAAGATTT
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* ** * * * *
20306793 GAAAAAATAAATATGCTTACCG-AATAAGTTTCAAATTGTTATGACTATTT-AAGCAATTATT
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* * * * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * ** * * *
20306918 ATTCAGATTAGAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
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* * * * *
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* * * * * **
20307036 TATTTCGAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTT
1 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* ** * * * * *
20307100 CTTTGAAGT-AAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTAAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
** * * * * * *
20307164 GGAATCT-TATATC-AAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACC
129 TAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * **
20307216 TATTTCAGAA-CATTATGGCCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTA
1 TATTTCA-AATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
*** *
20307280 TTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAA
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* * ** * * *
20307342 ATAAATCTGTTTTAT--TAACTTGTT-AAAAATTTATGACTATTTGAACAATTATT
128 ATAAATCT-ATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *
20307395 TATTTCAAATTGTTATGACCCTTT-CTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * ** *
20307459 TTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAGGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * ** * *
20307524 AAATTTGTTT-T-TAAGACAAGTTTAAATAGTTACAACTATTTGAACAGTTATT
130 AAATCTATTTATCGAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
20307576 TATATCAAATCATTATAAAACCTTTGTTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
1 TATTTCAAATCATTAT-GAACTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* ** * * *
20307641 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTAGGAGACTTAAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
20307705 TTAATCTATTTATC-ACATAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATT
129 TAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
* * * **
20307758 TATTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTGGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAATATTA
1 TATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * *
20307822 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAACT
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* * * *
20307883 AAATTTATTGA-CCAAACTAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATC
130 AAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
20307935 TATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * ** * * * * *
20307999 TCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTA
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* ** * * * *
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131 AATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
20308114 TATTTCGAATCGTTCT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACATGCTT
1 TATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * ** *
20308177 ATTCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAG-AA-A-TTTTAAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
20308239 TATATATGTTTCTC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATC
129 TAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
20308292 AATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * **
20308357 CCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
20308422 AATCAATTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATC
131 AATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *
20308473 TATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCATA
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** * * * *
20308537 TTCGGAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAAT
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* * * *
20308602 AAATCTATTTAGCG-AACTAGTTCAAATAGTTATAACTA-TTGAACAATTATA
130 AAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
20308653 TATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA
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* ** * * * **
20308717 TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTTTTAAAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA
* * * * * * * * * * *
20308782 -AAATTTGTTT-GCCAAACTAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATC
129 TAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
20308834 TA-TTCTGAATCATTATG-ACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTAATATAAGTTT
1 TATTTC-AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* *** * * *
20308897 TTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAACT-AT---TAAGAGATTTAAAATA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
20308958 TAAATTTGTTTA-CCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
129 TAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * **
20309011 TAGTTT-AAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTA
1 TA-TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
*** * *
20309075 TTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA
* ** * * * * *
20309139 TAAATCTGTTGGCTTG-ACCAA-TGCAAATAGTTAT-A-TTTGATTGAACAATTACC
129 TAAATCTATT-TATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT--TTGAACAATTATC
* * * * * *
20309192 TATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTAT
1 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* ** * * * *
20309257 TCAGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCACAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAACTA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
20309319 AATCTGTTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAATTACC
131 AATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
20309370 TATTTCAAAT-AGCTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACGACCTTA
1 TATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
20309434 TTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCATATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
65 -TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
20309497 ATAACTATGTTTACCGAATA-AA-TTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATT
128 ATAAATCTATTTATCGAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
20309551 TATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
1 TATTTCAAATCATTATGAAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
20309615 ATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAATAGATTTTAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * ** * * * *
20309680 TAAATATGTTTATTG-AACAAGTTCCGATAATCATAACTATTTGAATAATTATC
129 TAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * ** * * * *
20309733 TATTT-AAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATC-AGTTCATA-TAGGTTA
1 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT-
* * * *
20309795 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTATAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
20309860 TAAATTTATTTA-CCAAACAAGTTCCAATAGTTATGGCTATATAAATAATTTTC
129 TAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* ** *
20309977 TTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAA-A-TTTTAAAA
65 -TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAA
* * * * * *
20310038 AATAAATATGTTT-TCTGAATAC-A-TTTAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATC
127 AATAAATCTATTTATC-GAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
20310093 TATTTTAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTA
1 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TA
* * * * *
20310157 TTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
20310220 AAATCTGTTTACCG-AGCAAGTTCAAATATTTAT-ACTTGTTTGAACAATTATT
130 AAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATC
* * *
20310272 TATTTCAAAT-AGTTATGATA-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTT
1 TATTTCAAATCA-TTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* *
20310335 ATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAGGT-AGAAGATTTAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA
* * * * * *
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128 ATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
* * * **
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1 TATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * *
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65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * **
20310576 AAATCTATTTACCAAAAC-AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATC
130 AAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * ** * *
20310691 TTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-T--GAGCTTTGAAAAAT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
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130 AAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATT-TGAACAATTATC
* * * * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* ** * * * *
20310868 ATTCAGAATAAAATAATTGTAATCTT-TTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
*
20310932 ATATAAATTTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATC
127 A-ATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
20310988 TATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTC-ATTTCATAAAAACTT
1 TATTTCAAA-TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * ** * *
20311051 ATTCGAAATAAACTAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAAC
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * *
20311115 TAAAGT-T-TTT-TTG-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-
129 TAAA-TCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
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1 T-ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
20311202 TAATTCTTTT
Statistics
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TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
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20311174 ATCATTACGA
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1 TCTTTGTTTTGTCATAAATAAT
* * *
20311206 TC-TT-TTTAGTTCAT-TATGA-
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*
20311225 CCTTTTGTTTTGTCATAAATAAT
1 TC-TTTGTTTTGTCATAAATAAT
20311248 TCTTT
1 TCTTT
20311253 TTAGTTCATA
Statistics
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TCTTTGTTTTGTCATAAATAAT
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20311165 TAATCTCAAA
*
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*
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1 TCAT
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Statistics
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TCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTCTTTTTAGT
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* * *
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Statistics
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TCATAAATAATTCTTTTTAGT
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20311423 AACAATTGTT
* * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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1 TTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
20311679 CTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTTGTAGAAATTTATTCG
65 TTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTG-TTATACAAGTTTATTCG
* * * * *
20311744 GAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-T-A-TAAGAGA
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAAATTATAACTAAGAAA
* * * *
20311791 TTTAGAAAATAATTCTATTTACAGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACA-AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
20311856 TTCAAATTATTATTACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCA
65 TTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTGTT-ATACAAGTTTATTCG
20311921 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
20311951 ATCAAACCAG
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 67, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
TCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTGTTATACAAGTTTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAAATTATAACTAAGAAA
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20311796 AAAATAATTC
* *
20311806 TATTTACAGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATTA
1 TATTTACAGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* ** * * * * *
20311871 CTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACT
66 CTTTTTATTGTGTAATAAAACAATAGTTTATGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACC
20311936 AATTTATTAA
131 AATTTATTAA
* * * * * * *
20311946 TATTTATCA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATG
1 TATTTA-CAGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * *** *
20312010 ACTTTTTGTTGTGTTATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
65 ACTTTTTATTGTGTAATAAAACAATAGTTTATGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
20312075 CAATTTATTAA
130 CAATTTATTAA
20312086 TATTT
1 TATTT
20312091 CAACAATTAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 24, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
140 118 0.98
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TATTTACAGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
CTTTTTATTGTGTAATAAAACAATAGTTTATGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACC
AATTTATTAA
Found at i:20312853 original size:183 final size:178
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Indices: 20312616--20313793 Score: 524
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20312606 TTTAGAAACT
** *
20312616 TTTA-TTTTGT-ATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** * *
20312678 TTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTATTGAACGA
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* * * * * *
20312743 GTTCGAATAGTTACGACCA-TTCAAGTAATTATTTATTTCAAATCATATTGGTC-
126 GTTCAAATAGTCACGACCATTTCAA-TAATTATCTATGTCAAATCATAAT-GACA
* * *
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1 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* *** *
20312861 TTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAATTTGCCTACTGAACAAGTTC
65 TTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAACTTGCCTACTGAACAAGTTC
* * * * * *
20312926 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATGTCAAATCTTAATGACA
130 AAATAGTCACGACCATTTCAATAATTATCTATGTCAAATCATAATGACA
* ** * *
20312975 TTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAG
1 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
20313040 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AG-TTTAAGAATTAAATCTGGTTA-TCGAAC-CG
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAACT-TGCCTACT-GAACAAG
* * * * * * * * * *
20313098 ATTCAAATACTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTATTATGATA
127 -TTCAAATAGTCACGACCATTTCAATAATTATCTATGTCAAATCATAATGACA
* * * * ** * * *
20313151 TTT--TTTTGTAATAAAACAAATGGTTCTGTTCATACAAGCTTATT-ATGAGTAAAATATTGCTA
1 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAATTATTCA-GAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
20313213 AATTAATAATATTCCAAAAATTGATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTG-TTAATTGAACCA
64 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAACT-TGCCT-ACTGAA-CA
* * * ** * * ** * *
20313273 A-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACC
125 AGTTCAAATAGTCACGACCATTTCAATAATTATCTATGTCAAATCATAATGACA
* * ** *
20313326 TTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAGAATAATTA-
1 TTTAGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAATTATTCAGAATAAAATAA-TAC
* * * * *** *
20313388 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA-TCAA
62 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAACT-TGCCTACT-GA
* * ** * * * * * * * *
20313452 ATAAGTTTAAATAGAT-TTGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAGGT-GTTATAACC
122 ACAAGTTCAAATAG-TCACGACCATTTCAATAATTATCTATGTCAAA--TCATAATGACA
* * *
20313509 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAA-TTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * *** ** *
20313573 CTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTATTTTTTGAACTAG
64 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AACTTGCCTACTGAACAAG
* * * * * * * * *
20313637 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-T
127 TTCAAATAGTCACGACCATTTCAATAATTATCTA-TGTCAAATCATAATGACA
* * * * ** *
20313687 TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATGCAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATATTA
1 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAAATTATTCAGAAT-AAAATAATACTA
* * *
20313751 GTTTAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTGAAAGATTTAAAAAATAA
64 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
20313794 ATGTATTTGC
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 145, Indels: 108
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 81 0.10
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAACTTGCCTACTGAACAAGTTCA
AATAGTCACGACCATTTCAATAATTATCTATGTCAAATCATAATGACA
Found at i:20313007 original size:179 final size:180
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Period size: 179 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
20312606 TTTAGAAACT
** *
20312616 TTTA-TTTTGT-ATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** * *
20312678 TTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTATTGAACGA
65 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-AAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGCCTACTGAACAA
* * * * * *
20312743 GTTCGAATAGTTACGACCATTCAAGTAATTATTTATTTCAAATCATATTGGTC
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* * *
20312796 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* *** *
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65 TTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGCCTACTGAACAAGT
* * * * * *
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* ** *
20312974 ATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTA
1 -TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTA
*
20313039 GTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
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TTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGCCTACTGAACAAGTT
CAAATAGTCACGACCATTCAAGTAATTATCTATGTCAAATCATAATGGAC
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* * * * * * **
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* * * ** * *
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*
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1 AACCAATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAA-CAATTAT-ATATTTAAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AACCAATTCAAATAGTTAATACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
20314527 TAGTTAGAAAATATTTGTTTCATATCTTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTA
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* * * *
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* * * * *
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1 AACCAA-TTCAAATAGTTAATACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-
* * * * * *
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** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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127 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA--AATTTAAAAAATAAATTG-TTTACCG
* * * * * * * * ** *
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1 AACCAATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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1 AACCAATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
** * * ** * * **
20315247 TCTGTCGTAAAACAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAA
65 T-TGTTATAAAATAATTGTTTCAATCT-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * **
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128 AATATTTCAAAAATTAATAAGC--A-AAATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCG
* * * * ** * * *
20315364 AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAATCATT-T----TTGT-TT
1 AACCAATTCAAATAGTTAATACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *** *
20315423 TGTCATAAAACAATTTTTTCAAT-TCACACTAACTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATT
66 TGTTATAAAATAATTGTTTCAATCTTACA--AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * * * * *
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128 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCG
* * * * * * * *
20315537 AACCAGTTTAAATAATT-ATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTG
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* * * * *** * ** * * * * *
20315600 TTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTGCTT-GAAATAAAAGAATACTAATCTA
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** * *
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* * * * * * ** *
20315714 AACTAGTTCAAATAGTT-ATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGT
1 AACCAATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *** * ** * *
20315778 TCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACCAATTTATT
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* * * *
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128 AATATTTCAAAAATTAATAAG--CAAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCG
* * * * *
20315895 AACTAGA-TCAAATAG-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
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* * * * * * ** **
20315958 TTTTGTCATAAAAAAATCAT-TTTGATTCGTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTA
64 -TTTGTTATAAAATAAT--TGTTTCAATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * *
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126 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCG
* * * * * * *** *
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1 -AACCAATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
20316139 TTT-TATCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATT
64 TTTGT-T-ATAAAAT-AATTGTTTC-AATCTTACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATT
* *
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* ** * * ** *
20316249 AA-CAAGTTCAAATCGTT-ATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTT
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* * * *** * * * *
20316312 TTTGTTATAAGACAATAGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATA-TGAATTTAT
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* * *
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* * * * ** *
20316429 AACTAGA-TCAAATAG-TCATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTT
1 AACCA-ATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAAC-AATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * ** *
20316491 CTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAAGTTA
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* ** * **
20316555 TTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTGTC-
126 TTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCG
* * * * * * * *
20316608 AAACAAGTTTAAATAATT-TTGACTATTTTG-ACAATTATTTATTTGAAATCACTATAACCTTTT
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* ** * ** * *** *
20316671 GTTTTGTCATAAAATGTTTTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTT
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* * * **
20316736 ATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG
125 ATTAATATTTCAA--AAATTAATAAG-CAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCG
* * * * * ** *
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1 AACCAAT-TCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *** * *
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** * * * ***
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* * * * * * **
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1 AACCAA-TTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * ** *
20317034 TTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTT
64 -TTTGTTATAAAATAATTGTTTCA-ATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * ** *
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127 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TGT-TTACCG
* * ** * * * *
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1 AACCA-ATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * ** *
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64 -TTTGTTATAAAATAATTGTTTCA-ATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * ** * *
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1 AACCA-ATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** * * ** * *
20317575 TTTGTCA-AAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAACTTAT
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* * * *
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127 TAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAA-ATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCG
* * * *
20317692 -AGCAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG
1 AACCAA-TTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
20317755 TTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
64 TTTGT-T-ATAAAATAATTGTTTC-AATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
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* * * * * * * * * ** * **
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* * * * **
20317935 GTTTTGTCAGAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
63 G-TTTGTTATAAAATAATTGTTTC-AATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
*
20318000 TTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGATTTAAAAA
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20318034 CTAAGGGAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (176 bp):
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Found at i:20315118 original size:540 final size:532
Alignment explanation
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Period size: 540 Copynumber: 7.7 Consensus size: 532
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
20313928 TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTC
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* * ** * * * * *
20313993 ATCAAACAATTG-GTCCTATTCATACTATTTTATACAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATAT
128 ATAAAACAATTGTTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAAT--AAT-ACA--AATTTATTAATA-
*** * * * ** * * * *
20314057 TTTGGCACTTAATAACCAAGAAAA-TTAAAAAATAAAGCAAATT-GCTAAACCATTTCAAATAG-
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* * * * * *
20314119 TAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATT
247 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
20314184 GTTT--TTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
312 GTTTCATTTA-CA-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * ** * * *
20314247 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATTAGTTCAGATAATTATGACTATTT-
374 AATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * **
20314311 AAGCAATTATC-AATCCAAATCGTCAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TC
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**
20314373 AT-AAAGCTTATTT-AGTTAAAAATAATACTAA
501 ATAAAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * *
20314404 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAAT-GTCTTTGCCGAACCAA
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* ** * * * * * *
20314468 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAACTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTA
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* * * ** * * *
20314533 GAAAATATTTGTTTCATA-TCTTACAA-TCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACAT
129 TAAAACAATTGTTTTTTATTCATACAAGT-TTATTC-----AAAATAATACAAATTTATTAATAT
*
20314596 TTGAAAAATTAATAAGGAAAATTTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTGA
188 TT-AAAAATTAATAAGGAAAA-TTT-AAAAAATAAATCT-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * **
20314661 TTACTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTG
249 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG
* * *
20314725 TTTCAGTTTACAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAAT
313 TTTCA-TTTACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *** *
20314790 AAGCAATGGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG-CTTATTTGA
377 AAGAAAAAATTT-AAAAAATAAATAT-GTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGAC-TATTTGA
* * * * *
20314853 ACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA
439 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATA
**
20314918 AAAGCTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
504 AAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * *
20314948 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAGTAAATCGATTTACCAAATCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAAA-CAGT
* * * ** *
20315013 TCAAATAATTGTGGCTATTTCAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTTAT
65 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCAT
* * *
20315078 ATAACAATTGTTTTTTATT-ATACAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTC
130 AAAACAATTGTTTTTTATTCATAC-AAGTTTATTCAAAAT--AAT-ACA--AATTTATTAATAT-
* * * * *
20315142 TCAAAAATTAATAA-G-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACCAA-TTTAAATA-TTATG
188 TTAAAAATTAATAAGGAAAATTTAAAAAATAAATCT-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
20315203 ACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATGGTTATAACCTTTTGTTCTGTCGTAAAACAATTATTT
251 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ** *
20315268 CTGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAAC
316 C-ATTTACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
* * * * ** * * * * **
20315333 TG-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCT
379 -GAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * *
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443 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATA-AAA
* *
20315455 -CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAA
507 GCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACC-AAACAGT
* * * *
20315544 TTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCT-TTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCTA-T
65 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTT-AAATCA-TTATAACCTTTTGTT-TAGT
* * ** * * * * *
20315606 CATAAAACAAATG-TTTTTGTTCATGTAAGTTTGCTTGAAATAAAAGAATACTAATCTATTAATA
127 CATAAAACAATTGTTTTTTATTCATACAAGTTT-ATT----CAAAATAATACAAATTTATTAATA
* *
20315670 TTTCAAAAATTAATAAAGG---ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTA
187 TTT-AAAAATTAAT-AAGGAAAATTTAAAAAATAAATCT-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
20315732 TGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGT
249 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** * * * *
20315797 TT--TTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAGTTAA
314 TTCATT-TACA-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
20315860 TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGA
376 TAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** *
20315924 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTTGATTCGTA
439 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATA
*
20315989 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
504 AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
** * * ** **
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1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAAAC-AG
* * ***
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64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTG-TTTAGTC
** **
20316146 ATAAAATGATT-TTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA
128 ATAAAACAATTGTTTTT-TATTCATACAAGTTTA-TTC----AAAATAATACAAATTTATTAATA
* * *
20316210 -TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-TA-C-----T-GAACAAGTTCAAATCGTT
187 TTTAA-A-AATTAATAAG--GAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
** * * * *
20316266 ATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGTTATAAGACAATAG
248 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
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313 TTTCATT-TACA-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
20316392 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTT
374 AATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTT
** * * *
20316456 G-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTC
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*
20316520 ATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAA
501 ATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * **
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* * * * * *
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** * * * *
20316678 CATAAAA-TGTTTTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAAT
127 CATAAAACAATTGTTTTT-TATTCATACAAG-TT-TATT---CAAAATAATACAAATTTATTAAT
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *** * * ** *
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* * * *** * * *
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* * * ** * * *
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*
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501 ATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGAT-TTACCAAACA-G
* * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *** * * **
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* * * ** ** * *
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377 AAGAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * **
20317544 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCA-AAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAA
442 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTATTTCAATTCATAAA
*
20317607 AGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAA
506 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
20317634 CTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTATCGAGCAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCGATTTACCAAAC-AG
* * * * *
20317698 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTA-TC
64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTG-TTTAGTC
* *
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128 ATAAAACAATTGTTTTTTATTCATACAAGTTTATTC-----AAAATAATACAAATTTATTAATA-
* * * *
20317826 TTTAAAAATTAATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATTTTTTCA-CAAAACAAGCTT-AAATACT
187 TTTAAAAATTAATAAG--GAAAATTTAAAAAATAAATCTTTT-ATC-GAACAAG-TTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
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20317954 GTTTCTATTCATACAAAA--TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
312 GTTTC-ATT--TACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
20318017 AATAA
374 AATAA
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Statistics
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CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTACAAA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAA
AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATA
AAATAATACTAA
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* *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAG
* * * * * **
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65 TTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTG-TC
* * * *** * *
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* *
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191 TT-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * *
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252 TTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA
* ** * * *
20314903 -TTGTTTCAATTCATAAAAGCTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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* ** * * *
20314948 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAGTAAAT-CGATTTACC-AAATCA
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* * * * * * * * *
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64 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-GACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
20315076 ATATAACAATTGTTTTTTATT-ATACAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATC
128 ATAAAACAATTG-TTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
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* * * * ** * * *
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253 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT
* * * *
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* ** * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * **
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * ** * * **
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* * * * **
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* * * *
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* ** * ** *
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* * * *
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* * * * ** *
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*
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* * * **
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* *
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* * * *
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* *
20372846 CCAAGCAGTTGTGGCCTGGCCTCGTACATTGTTTCATCTGCTTGCTCATCGAATAATCGATTGGG
66 CCAAGCAGTTATGGCATGGCCTCGTACATTGTTTCATCTGCTTGCTCATCGAATAATCGATTGGG
* * * **
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131 TGGGTTATAGACCAGTATGCGTGGATGCTACCACTTATAGTAATAGGCATAAAAGTGGTGCTATG
* * * *
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* * * * * *
20373041 TACCCCTATGTAGTCATCATACCTTAGGGGTGTAATTAAGATCCTATGCCGTATATTGAAATCAA
261 TACCCCTATATAGTCATCATACCTTAGGAGTGTAATTAAAATCCTATACCGCATACTGAAATCAA
* *
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TATGCCATTATTGCCTATTGGATGGCAGGGGCAATCTCATGGACATTACTTGTGTTTCTCCCATG
CCAAGCAGTTATGGCATGGCCTCGTACATTGTTTCATCTGCTTGCTCATCGAATAATCGATTGGG
TGGGTTATAGACCAGTATGCGTGGATGCTACCACTTATAGTAATAGGCATAAAAGTGGTGCTATG
GTTGTGCATATCGGCAGGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
TACCCCTATATAGTCATCATACCTTAGGAGTGTAATTAAAATCCTATACCGCATACTGAAATCAA
TGGAAATTAGATATCTTGCCATCCCTTATCAATATTATGTCCTTAGGGCCTACGAGTTAGACATC
ATTCATGCCTCATGACCCAAT
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* * *
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* * * **
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1 GCACATGCCAACCCTTGGTGCAA
*
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20392914 GTTCAAGTGG
*
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** *
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1 GTTGTTTCGGTGACT
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GTTGTTTCGGTGACTA
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*
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* * *
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*
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* * *
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* *
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GTGGTTGAGTCTGAGTGCACTAAGTCTCCATAACCCAAA
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20411968 ACTATGAAGG
*
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20416932 TAAGGGGATT
* *
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*
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* * *
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*
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** *
20420655 GGCACATGTTAGTGCATGGTGCGGGCACATGCCTCTACCATCATT
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* * * *
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1 GGCACATGTTAGTGCATGGTGCAAGCACATGCCTCGACCATCATT
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20426805 AACATCATTA
* * *
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* *
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* *
20426905 GCGTATGCTGGTCCTT
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20426912 CTGGTCCTTG
* *
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* * *
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** * *
20427009 GTGCAAGCACAAGCCTCGATCCACATTGGCA
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20427040 AAAGATGGCA
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*
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* * * *
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*
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*
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* *
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*
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*
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* * * * * *
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* * * * *** * *
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* * * * *
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*
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*
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TAGGCCCTTGATGTGGTAGTTGCCTTGAACACCATTGGCACATAC
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* * ** ** *
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*
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* *
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* * *
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*
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*
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GGGTTCTCACTGAGATAGGGAG
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* *
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* * *
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20529727 TGGGCACATA
* *
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* * *
20529782 CCTCAACCACCATTGACACAAGTTGGCACTAGGTATGGGCACTTG
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20529827 CCT
1 CCT
20529830 TGACCACCAT
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45 39 0.95
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1 TATATTTTAA
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1 T
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1 TATTTTAAT
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1 TA
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* *
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*
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*
20550330 TAATGGTTTTTGGTACA
1 TAATGGTTTTTGGCACA
*
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*
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1 CCATTACCCTCTTCTTCATGCTCAATTGGCCTTTAGGGCATGCAGCACTTGCATCACATAGGCTT
** *
20550523 CTGTGATCCTAGCTTATTGAACCATGCAATGCCTCTATGCCTAACGTA
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* *
20550571 CCATTACCCTCTT-TTCGTGCTCAATTGGCCTTTTAGGGCATGCAGTACTTGCATCACATAGGCT
1 CCATTACCCTCTTCTTCATGCTCAATTGGCC-TTTAGGGCATGCAGCACTTGCATCACATAGGCT
* *
20550635 TCTGTGATCCTAGCTTGTTGAACCATGCAACACCTCTATGCCTAACATG
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CCATTACCCTCTTCTTCATGCTCAATTGGCCTTTAGGGCATGCAGCACTTGCATCACATAGGCTT
CTGTGATCCTAGCTTATTGAACCATGCAACACCTCTATGCCTAACATA
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20552311 TATTAATAAA
*
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1 TTAATATTATGTTATTACGACAAA
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Statistics
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20552602 ATCATAAACT
* *
20552612 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGGAAATAAAATAATACTAATTATTAAAATTTCAAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTATTAAAATTTCAAAAA
* *
20552677 TTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTAATT
66 TTAATAAG--AAAAATTAAAAAATAAATCTATTTGCCAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTAATT
* **
20552742 TAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTCTTGCTTGTCATAAAGCATATGTTTCTATTCA
129 TAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTGCTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTCA
* ** * ***
20552807 TACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAAA
194 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAAA
* * * *
20552872 TTTAAAAGATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATGTCCATTGGAACTATTATCTAT
259 TTTAAAAAATAAATATATTTACAGAATAAGTTCAAATAATCAAGTCCATTGGAACTATTATCTAT
* *
20552937 TTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTACA
324 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTACA
* * *
20552965 AATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTCAAA
1 AATTGTTTCTATTCATA-AAAGATTATTCGAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTTCAAA
* * * * * *
20553028 AATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGCTTAT-CGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT-A
64 AATTAATAAGAAAAATTAAAAAATAAATCT-ATT-TGCCAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTAA
* * *
20553089 TTTGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGAT-T-TTGTTTTGTCATAAAAAA-ATTGTTTCTG
127 TTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTG-CTTGTCATAAAAAATA-TGTTTCTA
* * * * * *
20553151 TTTATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAA
190 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAA
* * * * * * * *
20553216 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCAGAACT-AGTTTAAATAGTTAAGAT-TATTTGAA-TAAT
255 GAAATTTAAAAAATAAATATATTTACAGAA-TAAGTTCAAATAATCAAG-TCCATTGGAACT-AT
* *
20553278 TTTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTA
317 TATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTA
20553311 GTCATAAAAT
Statistics
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0.80 0.13 0.06
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AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTATTAAAATTTCAAAAA
TTAATAAGAAAAATTAAAAAATAAATCTATTTGCCAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTAATTTA
AACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTGCTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTCATA
CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAAATT
TAAAAAATAAATATATTTACAGAATAAGTTCAAATAATCAAGTCCATTGGAACTATTATCTATTT
CAAATCGTTATGACATTTTGTTTACA
Found at i:20553388 original size:181 final size:181
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20552561 AATGATTTTA
* * *
20552571 TCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTA-TCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT
1 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
20552635 TATTCGGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAA
65 TATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAA
* * * * * *
20552698 AATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTAATTTAAACAATTAT
129 AATAAATCTATTTG-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGA-TTATTTGAACAATTAT
* * * * *
20552753 T-TATTTCAAATCATTATGATCTCTTGCTT-GTCATAAAGCAT-A-TGTTTCTATTCATACAAGT
1 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA--ATAATTGTTTCTATTCATACAAGC
***
20552814 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAAATTTAAA
64 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
* * * * * * *
20552878 AGATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATCATG-TCCATTGGAACTATTA-
128 AAATAAATCTATTTGC-GAACT-AGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTAT
* * * * **
20552932 TCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTA--C-----A-AATTGTTTTTATTCATACAAAATT
1 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
** * *
20552989 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAC
66 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
* * * *
20553050 TAAATCTGCTTAT-CGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
131 TAAATCT-ATT-TGCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
20553102 T-TATCTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTT
1 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * ** * * *
20553164 ATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
66 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
* * * * *
20553229 TAAATATGTTTGCAGAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTATTTGAATAATT-T
131 TAAATCTATTTGC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAT
*
20553280 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATA-C
1 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGC
* * *
20553343 TTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTTA
64 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAAA-TTTAA
20553407 AAAA-AAATCTATTT
127 AAAATAAATCTATTT
20553421 ATCGAACATT
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 101, Indels: 81
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.02
169 57 0.11
170 4 0.01
171 2 0.00
172 2 0.00
173 60 0.11
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
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TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
TAAATCTATTTGCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAT
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Indices: 20553307--20553549 Score: 275
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20553297 TGACCTTTTG
* * ** * *
20553307 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATATACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATATATACTTATTCCAAAGAAAATAATACTACTTTAT
*
20553372 TAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTTAAAAAAAATCTA-TTTATCGAACATTGGT
66 TAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAAAATC-AGTTTATCGAACATTGGT
*
20553434 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAATTCATA-ATAGCTTA-TCCAACAGAAAATAATATTACTTT
1 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATATATA-CTTATTCCAA-AGAAAATAATACTACTTT
* ** *
20553496 ATTAATATTTCA-AAAATTGAA-AAGTTAGAGA-TTTAAAAAATAAATCAGTTTATC
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Statistics
Matches: 98, Mismatches: 12, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATATATACTTATTCCAAAGAAAATAATACTACTTTAT
TAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAAAATCAGTTTATCGAACATTGGT
Found at i:20555523 original size:143 final size:143
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Indices: 20555345--20555607 Score: 339
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 143
20555335 TGACTATTTA
* * * * *
20555345 AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTATGTTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATATTTATATTCAT
*
20555410 ATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATCTGATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGAT
66 ATAAGCTTATT-GATAATAAAATAATATGATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGAT
20555474 TTAACGGCTATGTG
130 TTAACGGCTATGTG
* * * * * * *
20555488 AACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATATTTATATTCAT
* * * * * *
20555553 ATAAGTTTATTTATAATAAAATAATATGATTTATTAATATTTTGATAATTAATAA
66 ATAAGCTTATTGATAATAAAATAATATGATCTAATAATATTATGAAAATTAATAA
20555608 GAGATTTAAA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 19, Indels: 2
0.83 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
142 1 0.01
143 99 0.99
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (143 bp):
AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATATTTATATTCAT
ATAAGCTTATTGATAATAAAATAATATGATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATT
TAACGGCTATGTG
Found at i:20555767 original size:317 final size:320
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Indices: 20555164--20555794 Score: 681
Period size: 317 Copynumber: 2.0 Consensus size: 320
20555154 CTAACACATT
* * * *
20555164 TGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTCTTCATCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAAATGTTCTTCATCA
*
20555229 TACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATATGTATGAGA
66 TACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTTATA-GTAAGAGA
** * *
20555294 TTTTAAAAAAAATATGCTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATT
129 TTTTAAAAAAAATATGCTTATAAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATT
* * * * * *
20555359 TCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATATAAGCTTATTCGA
194 TCAAATAGTTATAACCATTTGTTTCGTCATAAAACAATAATTTATATTCATATAAGCCTATTCGA
* * *
20555424 AATAAAATAATCTGATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAA-GAGATTTAACGGCTATG
259 AATAAAATAATCTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATG-GATTTAACGGCTATG
* * * *
20555486 TGAACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTT-TTTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAACAAATGTTCTTCA-T
* *** * * * * *
20555550 CATATAAGTTTATTTATAATAAAATAATA-TGATTTATTAATATTTTGATAA-TTA-A-TAAGAG
64 CATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTTATAGTAAGAG
* * * * *
20555611 A-TTTAAAAAATAA-AT-CTGTATAAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTT
128 ATTTTAAAAAA-AATATGCT-TATAAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATAT
* * * * *
20555673 ATTTCAAACTA-TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA-AATTTCTATTGATATAATCCTAT
191 ATTTCAAA-TAGTTATAACCATTTGTTTCGTCATAAAACAATAATTTATATTCATATAAGCCTAT
* * * * *
20555736 TTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAATAATGGATTTAA
255 TCGAAATAAAATAAT-CTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATGGATTTAA
20555795 AAAATGAATC
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 46, Indels: 21
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
316 31 0.12
317 114 0.45
318 11 0.04
320 1 0.00
321 3 0.01
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323 47 0.18
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (320 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAAATGTTCTTCATCA
TACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTATAGTAAGAGATT
TTAAAAAAAATATGCTTATAAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTC
AAATAGTTATAACCATTTGTTTCGTCATAAAACAATAATTTATATTCATATAAGCCTATTCGAAA
TAAAATAATCTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATGGATTTAACGGCTATG
Found at i:20556008 original size:179 final size:175
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Indices: 20555481--20556244 Score: 512
Period size: 179 Copynumber: 4.3 Consensus size: 175
20555471 GATTTAACGG
* * * * *
20555481 CTATGTGAACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTT
** * * **
20555546 TATTCATATAAGTTTATTTA-TAATAAAATAA-TATGATTTATTAATATTT--TGA-TAATTAAT
65 TATTCATATAA-CCTA-TTAGGAAT-AAATAATTATAATTTATTAATATTTAAAAATTAA-TAAT
* * *
20555606 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TATAAAACTAGTTCAATTAGTTATAA
126 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * *
20555655 CAATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAATGTT
* * * **
20555718 CTATTGATATAATCCTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAA
64 TTATTCATATAA-CCTATTAGGAATAAA-TAATTATAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AA
* * ** * ** **
20555783 TAATG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGCATGACCGGTAAAAATAGTTATAA
125 TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * *
20555835 TTGTTGGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* * *
20555900 GTTCATACAA-CTGATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
66 ATTCATATAACCT-ATTAGGAATAA-ATAATTATAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TA
* * *
20555964 AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
127 AGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * ** * * ** *
20556014 CTATTTGAACAGTTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATATTTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-AATGTTT
* ** * ** * * * *
20556079 GTATTCATAAAAGTTGTT-TCAATTAAAATAA-TAGAAATTTATTAATATTTTGACAACTAATAA
65 -TATTCATATAACCTATTAGGAA-T-AAATAATTA-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
* * * * * *
20556142 GTAA-ATGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGA
125 -TAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTG-TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * *
20556196 CTATTTGAACAATTATATAATTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTGGTCA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
20556245 AACAGTCATA
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 96, Indels: 53
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 5 0.01
173 21 0.05
174 61 0.13
175 5 0.01
177 2 0.00
178 31 0.07
179 124 0.27
180 84 0.18
181 59 0.13
182 72 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
ATTCATATAACCTATTAGGAATAAATAATTATAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
Found at i:20556749 original size:181 final size:179
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Indices: 20556242--20557046 Score: 804
Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 179
20556232 TTTTGTTTGG
* * *
20556242 TCAAACAGTCATAACTATTT-AAGCTTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTTG-TCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
20556306 TTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAAC
64 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTATATGAACAAAAAC
* * * *
20556371 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* *
20556423 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGCTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAA---TTTCCTT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TG-TC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * *
20556483 AGTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAA
63 ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-TTTATATGAACAAA
* * *
20556546 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
125 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * *
20556601 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGATAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT-CGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * ** *
20556666 TAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTGATACA
65 TAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
* * * **
20556731 ATTGTTTTATGGCAAAACAGAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTAC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * * * *
20556782 TCAAATAGTTGTGACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA--TTTAAAATTTTTTTTCTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TCGATAAATAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTA
* * * * * *
20556845 TTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
64 TTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTATATGAACAAAAAC
* * * *
20556910 AATTGTTATATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTTT
128 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * * * *
20556962 TAAAATAATCATAATTGTTTAAACTTATTCGATACACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
*
20557027 TAATTGTTTAAATATTAATA
65 TAATT-TTGAAATATTAATA
20557047 GGCTCAAGCA
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 91, Indels: 42
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.01
178 147 0.29
179 13 0.03
180 139 0.27
181 199 0.39
182 11 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
Found at i:20556965 original size:16 final size:18
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Indices: 20556944--20556984 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
20556934 GTCATAACGA
20556944 TTTAAAATAA-ATAATT-
1 TTTAAAATAACATAATTG
20556960 TTTAAAATAATCATAATTG
1 TTTAAAATAA-CATAATTG
20556979 TTTAAA
1 TTTAAA
20556985 CTTATTCGAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.45
18 6 0.27
19 6 0.27
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAAATAACATAATTG
Found at i:20558559 original size:113 final size:114
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Indices: 20558358--20558601 Score: 366
Period size: 113 Copynumber: 2.2 Consensus size: 114
20558348 TGGTGTAAAG
* * **
20558358 AAGAGGGTAATGGTATGTTAGGCATAGAGGTGTTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAGAAGC
1 AAGAGGGTAATGGTACGTTAGGCATAAAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAGAAGC
* *
20558423 CTATGTGATGCAAGTACTGCATGCCCCAAAGGGCCAATTGAGCA-CAAA
66 CTATGTGATGCAAGTACTACATGCCCCAAAGGCCCAATTGAGCATCAAA
*
20558471 AAGAGGGTAATGGTACGTTAGGCATAAAGGCATTGCATGGTTCAATAAGCTAGGATCACAGAAGC
1 AAGAGGGTAATGGTACGTTAGGCATAAAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAGAAGC
* * * *
20558536 CTATGTGATGCAAGTGCTACATGCCCTAAAGGCCCAATTGAGCATGAAG
66 CTATGTGATGCAAGTACTACATGCCCCAAAGGCCCAATTGAGCATCAAA
*
20558585 AA-AGGGTAATGGCACGT
1 AAGAGGGTAATGGTACGT
20558602 CACCAACTAA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 12, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 114 0.97
114 4 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (114 bp):
AAGAGGGTAATGGTACGTTAGGCATAAAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAGAAGC
CTATGTGATGCAAGTACTACATGCCCCAAAGGCCCAATTGAGCATCAAA
Found at i:20558741 original size:17 final size:17
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Indices: 20558701--20558742 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
20558691 TTGTACTAAG
*
20558701 AACCATCATGTACCAAA
1 AACCATTATGTACCAAA
*
20558718 AACCATTATGTGCCAAA
1 AACCATTATGTACCAAA
*
20558735 GACCATTA
1 AACCATTA
20558743 AGACAAGAGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 22 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.26, G:0.10, T:0.21
Consensus pattern (17 bp):
AACCATTATGTACCAAA
Found at i:20564780 original size:9 final size:9
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Indices: 20564766--20564795 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 3.2 Consensus size: 9
20564756 GATATTTTAT
20564766 TAATTAAAA
1 TAATTAAAA
20564775 TAATTAAAA
1 TAATTAAAA
20564784 TATATTAAAA
1 TA-ATTAAAA
20564794 TA
1 TA
20564796 TAAAAGGTCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
9 11 0.55
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ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (9 bp):
TAATTAAAA
Found at i:20564792 original size:10 final size:10
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Indices: 20564768--20564797 Score: 53
Period size: 10 Copynumber: 3.1 Consensus size: 10
20564758 TATTTTATTA
20564768 ATTAAAATA-
1 ATTAAAATAT
20564777 ATTAAAATAT
1 ATTAAAATAT
20564787 ATTAAAATAT
1 ATTAAAATAT
20564797 A
1 A
20564798 AAAGGTCAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
9 9 0.45
10 11 0.55
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (10 bp):
ATTAAAATAT
Found at i:20584572 original size:159 final size:159
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Indices: 20584051--20584573 Score: 525
Period size: 159 Copynumber: 3.3 Consensus size: 159
20584041 CCTGCACGTC
* * * * ** ** * *
20584051 CGTTTCGTGGGTTGTCTTAGGCATAGGGAGTTCATTCCATGTCTAAACCGTAGTCGGACTGAGGT
1 CGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCATGTCTAAGCCCCAACCGAACTGAGGG
* * * * * * ** * *
20584116 TTGTGGCAGCGGGACCGACAGCACGCAGAGGGGGATCGAGCTAATCCTTGGCTTGCGCATTATGC
66 TTGTGGTAACAGGATCGACAGCACGCAGAGGGGGACCGGGCCGATCCCTGGCTTACGCATTATGC
* * * * *
20584181 CTCTCCGGTCGGCTCAACGCTCAAACGCT
131 CTCTCCGGTCGGCTGAGCACCCGAACGCT
* ** *
20584210 CGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCA-GTCTAAG-ATCAGACC-AGACCGA
1 CGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCA-TCCCATGTCTAAGCCCCA-ACCGA-ACTGA
* * * ** *
20584272 GGGTTGCGGTAACAGGATCGATAGCACGTAG-GGAGGGACCGGATCGATCCCTGGCTTACGTATT
63 GGGTTGTGGTAACAGGATCGACAGCACGCAGAGG-GGGACCGGGCCGATCCCTGGCTTACGCATT
* ** * *
20584336 TTGCCTCTCCGACCGGCTGAGTACCCGCACGCT
127 ATGCCTCTCCGGTCGGCTGAGCACCCGAACGCT
* * * *
20584369 CATTTTGTGGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCATGTCTAAGCCCCAACCGAACTGAGGG
1 CGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCATGTCTAAGCCCCAACCGAACTGAGGG
*
20584434 TTGTGGTAACAGGATCGACAGCACGCAGAGGGGGACCGGGCCGATCCCCGGCTTACGCATTATGC
66 TTGTGGTAACAGGATCGACAGCACGCAGAGGGGGACCGGGCCGATCCCTGGCTTACGCATTATGC
* * * *
20584499 TTCTCCGGTCGACTGAGCACCCGTACGTT
131 CTCTCCGGTCGGCTGAGCACCCGAACGCT
20584528 CGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCCA-GTCTAA
1 CGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCAT-CCCATGTCTAA
20584574 TCATACGAAG
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 66, Indels: 18
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
158 7 0.02
159 270 0.93
160 12 0.04
ACGTcount: A:0.20, C:0.26, G:0.29, T:0.24
Consensus pattern (159 bp):
CGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCATGTCTAAGCCCCAACCGAACTGAGGG
TTGTGGTAACAGGATCGACAGCACGCAGAGGGGGACCGGGCCGATCCCTGGCTTACGCATTATGC
CTCTCCGGTCGGCTGAGCACCCGAACGCT
Found at i:20584578 original size:26 final size:26
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Indices: 20584549--20584599 Score: 84
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
20584539 TTGACTTAGG
*
20584549 CATACGGAGTTCATCCCCAGTCTAAT
1 CATACGAAGTTCATCCCCAGTCTAAT
*
20584575 CATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAA
1 CATACGAAGTTCATCCCCAGTCTAA
20584600 GATCGGATCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 23 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.29, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
CATACGAAGTTCATCCCCAGTCTAAT
Found at i:20585294 original size:25 final size:26
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Indices: 20585258--20585309 Score: 88
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
20585248 GTTGACTTAG
*
20585258 GCATACGGAGTTCA-TCCCAGTCTAA
1 GCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAA
20585283 GCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAA
1 GCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAA
20585309 G
1 G
20585310 ATCGGACCGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 13 0.52
26 12 0.48
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
GCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAA
Found at i:20585472 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 20585442--20585492 Score: 75
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
20585432 GTTGACTTAG
* *
20585442 GCATACGGAGTTCATCCCCAGTCTAA
1 GCATACAGAGTTAATCCCCAGTCTAA
*
20585468 GCATACAGAGTTAATTCCCAGTCTA
1 GCATACAGAGTTAATCCCCAGTCTA
20585493 TGATCAGACC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 22 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
GCATACAGAGTTAATCCCCAGTCTAA
Found at i:20585627 original size:184 final size:184
Alignment explanation
Indices: 20585232--20585653 Score: 465
Period size: 184 Copynumber: 2.3 Consensus size: 184
20585222 TGAACGCCCG
* *
20585232 CACGCTCGTTTTGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCAGTCTAAGCATACGAAGTTCA
1 CACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCAGTCTAAGCATACGAAGTTAA
* * * *
20585297 TTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACCGACTGTTACGACAGCAGGATCAGCAACACGCGAGGAGGG
66 TTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCAACGGTTACGACAGCAGGATCAGCAACACACGAGGAGGG
* * * *** **
20585362 ATCGGGCCGATCCTCAACCCCCGCATTCTGCCTCTCCGATCGGTTGAGCCCCTG
131 ACCGAGCCGATCCTCAACCCCCGCATTCTGCCTCTCCGACCAACTGAGCCCCCA
* *
20585416 CACGCTCATTTCATGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCCAGTCTAAGCATAC-AGAGTT
1 CACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCAT-CCCAGTCTAAGCATACGA-AGTT
* * * * *
20585480 AATTCCCAGTCTATGATCAGACCGGACCAAGGGTTGCGGCAGCAGGATC-GACAACACAC-AGGG
64 AATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCAACGGTTACGACAGCAGGATCAG-CAACACACGAGGA
** * *** * *
20585543 GGGACCGAGTTGATCCTCGACTTGCGCATTCTGTCTCTCTGACCAACTGA-CCACCCA
128 GGGACCGAGCCGATCCTCAACCCCCGCATTCTGCCTCTCCGACCAACTGAGCC-CCCA
* * * * *
20585600 CACGCCCGTTTCGTGAGTTGGCTTAGGCATAGGGAGTTCATTCCATGTCTAAGC
1 CACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCA-GTCTAAGC
20585654 CCCAGTCGGA
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 36, Indels: 10
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
183 5 0.03
184 124 0.63
185 68 0.35
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (184 bp):
CACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATCCCAGTCTAAGCATACGAAGTTAA
TTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCAACGGTTACGACAGCAGGATCAGCAACACACGAGGAGGG
ACCGAGCCGATCCTCAACCCCCGCATTCTGCCTCTCCGACCAACTGAGCCCCCA
Done.