Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 115 of 125
Found at i:21498172 original size:22 final size:22
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21498132 CCTTGGTCTT
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1 GACAAATGCTTCGACCACCATC
*
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1 GACAAATGCTTCGACCACCAT
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GACAAATGCTTCGACCACCATC
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21498132 CCTTGGTCTT
* *
21498142 GACAAATGCTTCGACCACCATC
1 GACACATGCTTCGACCACCATA
21498164 GACACATGCTTCGACCACCATTA
1 GACACATGCTTCGACCACCA-TA
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1 GACACATGCT
21498196 AGCCCCTGGT
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GACACATGCTTCGACCACCATA
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21510855 ACTATGAAGG
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*
21510882 TGTAACAAGAACCATCA
1 TGTACCAAGAACCATCA
* *
21510899 TGTGCCAAGGACCAT
1 TGTACCAAGAACCAT
21510914 AGGGACAAGA
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TGTACCAAGAACCATCA
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Indices: 21510982--21511088 Score: 205
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21510972 TAAAAATAAG
*
21510982 GGCATTGCTAAAATGAGTAGGGGAGAATGTCGTGGTCTATGCAAAAGTCCTCA
1 GGCATTGCTAAAATGAGTAGGGGAGAATGTAGTGGTCTATGCAAAAGTCCTCA
21511035 GGCATTGCTAAAATGAGTAGGGGAGAATGTAGTGGTCTATGCAAAAGTCCTCA
1 GGCATTGCTAAAATGAGTAGGGGAGAATGTAGTGGTCTATGCAAAAGTCCTCA
21511088 G
1 G
21511089 CCAAGAGGGT
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GGCATTGCTAAAATGAGTAGGGGAGAATGTAGTGGTCTATGCAAAAGTCCTCA
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21542264 TGATATGGGT
* *
21542274 AGTTGCCTTGAACATCATTGGCACATACT-GGCCCTTGGTGCGAGC
1 AGTTGCCTCGAACACCATTGGCACATACTAGG-CCTTGGTGCGAGC
* *
21542319 AGTTGCCTCGAACACCATTGGTATATACTAGGCCTTGGTGC
1 AGTTGCCTCGAACACCATTGGCACATACTAGGCCTTGGTGC
21542360 AAGTGTCACG
Statistics
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AGTTGCCTCGAACACCATTGGCACATACTAGGCCTTGGTGCGAGC
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21544791 TCACCCTTGG
21544801 AGGTGCTAA
1 AGGTGCTAA
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1 AGGTGCTAA
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1 AGGTGCT
21544826 GAAGACCTTT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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9 16 1.00
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AGGTGCTAA
Found at i:21554381 original size:22 final size:22
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21554323 CCAAGCCCAT
21554333 GGGTTTTCACTGAGATAGGGAA
1 GGGTTTTCACTGAGATAGGGAA
21554355 GGGTTTTCACTGAGATAGGGA
1 GGGTTTTCACTGAGATAGGGA
21554376 GTGGTTCTAA
Statistics
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Consensus pattern (22 bp):
GGGTTTTCACTGAGATAGGGAA
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21570415 CATCATTAAC
* * * *
21570425 ACAAGTTAGCCTTTGGTATGGGCACTTACCTCGACCACCATTGAT
1 ACAAGCTAGCATTAGGTATGGGCACTTACATCGACCACCATTGAT
* * *
21570470 ACAAGCTAGCATTAGGTATGGGCACTTGCATTGACTACCATTG
1 ACAAGCTAGCATTAGGTATGGGCACTTACATCGACCACCATTG
21570513 GCATATGCTA
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ACAAGCTAGCATTAGGTATGGGCACTTACATCGACCACCATTGAT
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21582632 ATTAACCTTT
21582642 TATATTTTAA
1 TATATTTTAA
21582652 TATATTTTAA
1 TATATTTTAA
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1 TATATTTTAA
21582671 T
1 T
21582672 TAATAAAATA
Statistics
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TATATTTTAA
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21582634 TAACCTTTTA
21582644 TATTTTAAT
1 TATTTTAAT
21582653 ATATTTTAAT
1 -TATTTTAAT
21582663 TATTTTAAT
1 TATTTTAAT
21582672 TA
1 TA
21582674 ATAAAATATC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
9 11 0.55
10 9 0.45
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Consensus pattern (9 bp):
TATTTTAAT
Found at i:21584366 original size:6 final size:6
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21584342 GCTTCCTGAC
21584352 CATGACA CATGCA CATGCA CATGCA CATGC
1 CATG-CA CATGCA CATGCA CATGCA CATGC
21584382 CTTGGCCACC
Statistics
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0.96 0.00 0.04
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6 19 0.83
7 4 0.17
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Consensus pattern (6 bp):
CATGCA
Found at i:21586965 original size:45 final size:45
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21586906 TACATGGTGC
* * * *
21586916 GGGCACATGCCTTAACCATCACCAGTATAAGTTGGCCCTTGGTAT
1 GGGCACATGCCTTAACCACCACCAGCATAAGCTAGCCCTTGGTAT
* * * **
21586961 GGGCACTTGCCTTGATCACCATTAGCATAAGCTAGCCCTTGGTAT
1 GGGCACATGCCTTAACCACCACCAGCATAAGCTAGCCCTTGGTAT
21587006 GGGCAC
1 GGGCAC
21587012 TTACCTTGAT
Statistics
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GGGCACATGCCTTAACCACCACCAGCATAAGCTAGCCCTTGGTAT
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21586934 TCACCAGTAT
* * *
21586944 AAGTTGGCCCTTGGTATGGGCACTTGCCTTGATCACCATTAGCAT
1 AAGTTGGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGATCACCATTAACAC
* *
21586989 AAGCTAGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGATCACCATTAACAC
1 AAGTTGGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGATCACCATTAACAC
*
21587034 ATGTTGGCCCTTGGT
1 AAGTTGGCCCTTGGT
21587049 GTAGGTACAT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 52 1.00
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AAGTTGGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGATCACCATTAACAC
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21587028 TAACACATGT
* * *
21587038 TGGCCCTTGGTGTAGGTACATGCATCGATC
1 TGGCCCTTGGTGCAGGCACATACATCGATC
*
21587068 TGGCCCTTGGTGCAGGCACATACCTCGAT
1 TGGCCCTTGGTGCAGGCACATACATCGAT
21587097 TACCATTAGC
Statistics
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0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 25 1.00
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TGGCCCTTGGTGCAGGCACATACATCGATC
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Period size: 113 Copynumber: 2.2 Consensus size: 114
21588872 TTAGTTAGTG
*
21588882 ACGTGCCATTACCCT-TTCTTCATGCTCAATTAGCCCTTTGGGGCATGTAGCACTTGCATCACAT
1 ACGTGCCATTACCCTCTTCTTCATGCTCAATTAGCCCTTTGGGGCATGCAGCACTTGCATCACAT
* *
21588946 AGGCTTTTATGATCCTAGCTTGTTGAACCATGCAATGCCTCTATGCCTA
66 AGGCTTATATGATCCTAGCTTGTTGAACCATGCAACGCCTCTATGCCTA
* * *
21588995 ATGTGCCATTACCCTCTT-TTTATGCTCAATTGGCCCTTTGGGGCATGCAGCACTTGCATCACAT
1 ACGTGCCATTACCCTCTTCTTCATGCTCAATTAGCCCTTTGGGGCATGCAGCACTTGCATCACAT
*
21589059 AGGCTTATGTGATCCTAGCTTGTTGAACCATGCAACGCCTCTATGCCTA
66 AGGCTTATATGATCCTAGCTTGTTGAACCATGCAACGCCTCTATGCCTA
*
21589108 ACGTGTCATTACCCTCTTCT
1 ACGTGCCATTACCCTCTTCT
21589128 CTACGCTATA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 9, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 119 0.98
114 3 0.02
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ACGTGCCATTACCCTCTTCTTCATGCTCAATTAGCCCTTTGGGGCATGCAGCACTTGCATCACAT
AGGCTTATATGATCCTAGCTTGTTGAACCATGCAACGCCTCTATGCCTA
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Indices: 21590453--21591234 Score: 759
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21590443 TTATTTAAAC
* * * * * * * * * * *
21590453 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAACAGCTATGATTT
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * * *
21590518 ATTTAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTAGTTTTCTCATATAACAATTGTTTTTG
66 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * *
21590582 TTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGAC
130 TTCATATAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* *** * * * * *
21590634 AATTAATAAG-AAAAATTTTTTTAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* ** * * * * * * * * ***
21590698 TTTGAGTAATTATTTTTTTCAAGTCGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTATCAAT
66 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* *
21590763 TCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCCCAA
131 TCATATAAACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * *
21590814 AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGTAGAAGTTCAAATAGTTATAACTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
21590879 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
66 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* *
21590944 TCAT-TCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAA
131 TCATAT-AAACTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAA
* * * * *
21590995 AATTACTATGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACT
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACT
* * *
21591058 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTT
65 AATTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * *
21591122 GTTCATATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
129 GTTCATATAAACTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * *
21591175 AATTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCGAGTTCAAATACTTAT
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
21591235 GACCGTTTGA
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 102, Indels: 24
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 290 0.60
181 193 0.40
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
TCATATAAACTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
Found at i:21591129 original size:361 final size:359
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Indices: 21590453--21591234 Score: 881
Period size: 361 Copynumber: 2.2 Consensus size: 359
21590443 TTATTTAAAC
* * * * * * * *
21590453 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAACAGCTATGATTT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-ATCTATTTATCG-AGAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * *
21590518 ATTTAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTAGTTTTCTCATATAACAATTGTTTTTGT
64 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * *
21590583 TCATATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGAAAA
129 TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAA
*** * ** *
21590648 ATTTTTTTAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAGTAATTATTT
194 ATTTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
21590713 TTTTCAAGTCGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAAACTTATT
259 ATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATT
* * *
21590778 CAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCCCAA
324 CAAAACAAAATAATACTAATGTACTAATATTCCAAA
* * *
21590814 AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGTAGAAGTTCAAATAGTTATAACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCG-AGAAGTTCAAATAGTTATAACTA
*
21590879 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
64 ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTG
* *
21590943 TTCAT-TCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTATGT
128 TTCATAT-AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
* * * ** * *
21591006 AGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
190 AAAAATTTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAAT
* * * ***
21591069 TATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATATAAAC
254 TATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAAC
** *
21591134 TTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
319 TTATTCAAAACAAAATAATACTAATGTACTAATATTCCAAA
* * * * *
21591175 AATTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCGAGTTCAAATACTTAT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCGAG-AAGTTCAAATAGTTAT
21591235 GACCGTTTGA
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 66, Indels: 14
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
360 3 0.01
361 330 0.95
362 15 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATCTATTTATCGAGAAGTTCAAATAGTTATAACTAAT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAT
TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCA
AAACAAAATAATACTAATGTACTAATATTCCAAA
Found at i:21591526 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 21591242--21591995 Score: 698
Period size: 175 Copynumber: 4.3 Consensus size: 179
21591232 TATGACCGTT
* * *
21591242 TGACAAAACAAAA-GTCATAAC-ATTTG-AATAATATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
* * * *
21591303 ACTTATTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAGTTGTCAAAATATTAATAA
65 ACTTGTTT-GTAAACAGATTCATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
** * * *
21591367 ATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTTTATGAATACAAAAAAAATATTTTA
128 ATTAATATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTATATGAAT--AAAAAATATATTTTA
* * * *
21591421 TAACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * **
21591486 CTTGTTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
66 CTTGTTTG-TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
* * * * * *
21591551 TAAAATTATTTTATTCCTAATTAG-TTGTATGAAT--AAAACA-ATTGT-
130 TAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAAATATATTTTA
* * * * *
21591596 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATTATAACTATTTGTA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * ** * * * *
21591661 CTGGTCATGCCAATAGATTCATTTTTTAAATC-CATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
66 CTTGT-TTGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
** * * * * * * *
21591725 TTAGCATTACTTTATTCCAAATAGGATTATATCAATAGAAAATTTGTTTTA
129 TTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAAATATATTTTA
* * ** * *
21591776 TGACAAAACAAATGGTCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
* * * *
21591840 ACTAGTTT-TATACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAT
65 ACTTGTTTGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
* ** * * *
21591900 TCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTA
130 TAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAA-ATATATTTTA
*
21591951 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
21591996 CATAGCCGTT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 89, Indels: 40
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 54 0.12
175 175 0.37
176 15 0.03
177 6 0.01
178 20 0.04
179 17 0.04
180 64 0.14
181 37 0.08
182 80 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
CTTGTTTGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAAATATATTTTA
Found at i:21592102 original size:142 final size:144
Alignment explanation
Indices: 21591873--21592135 Score: 332
Period size: 142 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
21591863 TTTAAATCTC
* * *
21591873 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAATAAA
1 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTATAAATAAACTTATATGAACAAA
* * *
21591938 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
21592003 GTTAAATCTCTTAG
131 GTTAAATCTCTTAG
* * * * * * * *
21592017 TTATTAATTTTCATAATATTATTAGATT-AGATTACTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACATA
1 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTATAAATAAACTTATATGAACAAA
* * * * * *
21592080 AATAATTATTTTATGACGAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATATATAATTGTT
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTT
21592136 TAAATAGTCA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 20, Indels: 2
0.82 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
142 64 0.65
143 11 0.11
144 24 0.24
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (144 bp):
TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTCAGATTACTTTATTATAAATAAACTTATATGAACAAA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTTCACATAGCC
GTTAAATCTCTTAG
Found at i:21596051 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 21595473--21596721 Score: 952
Period size: 180 Copynumber: 7.0 Consensus size: 177
21595463 AAGCTGAATC
* * ** * *
21595473 TTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAAATAGAAATAATT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATT
* ** * * * * *
21595537 GTTTTTATGACAAAATAGGAGGTCATAATGATTTTGAAACTAGATAATTGTTAAAATGGACATGA
64 G-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-A-TTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
*** * * **
21595602 CTATTTGAACTTGTTCGGCAAATATATTAATTTTTAAATCTCCTAGC-TATTAATT
125 CTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATT-TTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAA-T
* * * * * *
21595657 TTCAAAATATTTTATAAATCAGTATTATTTTA-TTCAGAAATAAACTTATATGAATAGAAACGAA
1 TTCAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC--AAATAAGCTTGTATAAATAGAAAC-AA
* * ** * * * * *
21595721 TT-ATTTATAACAAAACAAAAATATAATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAA
62 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* ** *
21595785 CTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTT
125 CTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-AT
** * * *
21595841 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGG
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGT
* *
21595906 ATTATGACAAAACTAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTAACTTCAAATTA-TCATAACT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATT-A-TTCAAA-TAGTCATAACT
21595970 ATTTGAA-TATGTTCAAAAAATAGATTTTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
127 ATTTGAACT-TGTTCAAAAAATAGATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * *
21596020 TTCTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAGACTAAGCTTTTATGAATAGAAACAAT
1 TTC-AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAAT
* * * * *
21596083 TATTTTATGAAAAAATAAAAGGACATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
21596148 ATTTGAACTTGATCGAAAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
127 ATTTGAACTTGTTCAAAAAATAG-AT-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
** * * *
21596201 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTG
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAA-TAGAAACAATTG
* ** * * * ***
21596265 TTTTATTATGAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTACGCCTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * *
21596330 TTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAAT
129 TTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTT-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
21596381 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTG
1 T-TCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTG
* * * * *
21596446 TTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT--TAGCTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
21596509 TTGAACTT-TTGATAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTT--TTATTAAT
129 TTGAACTTGTTCA-AAAAATAGATT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
21596556 TGTCA-AATATT-A-AAATTAATATTATTTTA-AT-GAAT-AGCTTGTATAAACA-AAA-AA--A
1 T-TCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTG
* * * * *
21596611 TTTTATAACAAAA-AAAA-GTCATAAGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
21596674 TGAGCTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTA
130 TGAACTTGTTCAAAAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
21596722 GTCATTTGAC
Statistics
Matches: 883, Mismatches: 142, Indels: 96
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 27 0.03
163 7 0.01
164 22 0.02
165 16 0.02
166 18 0.02
167 2 0.00
168 9 0.01
169 14 0.02
170 4 0.00
172 17 0.02
173 1 0.00
174 6 0.01
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185 38 0.04
186 15 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTTGTTCAAAAAATAGATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
Found at i:21596149 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 21595541--21596721 Score: 1031
Period size: 361 Copynumber: 3.3 Consensus size: 359
21595531 ATAATTGTTT
* ** * * * * * **
21595541 TTATGACAAAATAGGAGGTCATAATGATTTTGAAACTAGATAATTGTTAAAATGGACATGACTAT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGA-TTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTAT
*** * * * ** *
21595606 TTGAACTTGTTCGGCAAATATATTAATTTTT-AAATCTCCTAGC-TATTAATTTTCAAAATATTT
64 TTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTA-CTTATTAATTGTCAAAATA-TT
* * * *
21595669 TATAAATCAGTATTATTTTATTCAGAAATAAACTTATATGAATAGAAACGAATTA-TTTATAACA
127 AATAAATTAATATTATTTTATTCAG-AATAAGCTTATATGAATAGAAAC-AATTATTTTATAACA
* *
21595733 AAACAAAA-ATATAATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTGAACTT
190 AAACAAAAGACATAAT-A--ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTT
* * * **
21595797 GCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAG
251 GATCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTA-ATTTCAGAATATTAATAAATTAG
* * * *
21595862 TATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGGA
315 TATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATAAACT-GAAACAATTGGA
* * *
21595907 TTATGACAAAACTAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTAACTTCAAATTA-TCATAACT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCACAA-TGATTTGAAATAGATAATT-A-TTCAAA-TAGTCACAACT
* *
21595970 ATTTGAA-TATGTTCAAAAAATAGATTT-TTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATT-TCTAGAATA
62 ATTTGAACT-TGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTC-AAAATA
* * *
21596030 TTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGACTAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAA-
125 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTAT-AAC
* *
21596094 AAAATAAAAGGACATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
189 AAAACAAAA-GACATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTG
* * * *
21596159 ATC-GAAAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTCAGAATATTAATAAATTAGT
252 ATCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTCAGAATATTAATAAATTAGT
** * **
21596223 ATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACTGATACAATTGTT
316 ATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATAAACTGAAACAATTGGA
* ** * * **
21596267 TTATTATGAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTACGCCTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTT
** * * *
21596332 GAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
66 GAACTTGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* * * * * * *
21596397 AATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAA
131 AATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAC-A
* * * * * *
21596462 AAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TAGCTATTTGAACTT-TTGA-TAA
195 AAAGACATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTGATCAGTAA
* * * *
21596524 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTT--TTATTAATTGTCA-AATATT-A-AAATTAATATTATTTT
260 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATT-TCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
21596584 A-AT-GAAT-AGCTTGTATAAAC-AAAAAAATT---
324 ATTTCAAATAAGCCTATATAAACTGAAACAATTGGA
* * * * * *
21596613 TTATAACAAAA-AAAA-GTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTT
* * * * *
21596675 GAGCTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTA
66 GAACTTGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
21596722 GTCATTTGAC
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 114, Indels: 71
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
343 72 0.11
344 6 0.01
345 4 0.01
346 8 0.01
349 6 0.01
350 11 0.02
351 4 0.01
352 1 0.00
353 16 0.02
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355 14 0.02
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362 39 0.06
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366 52 0.08
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTT
GAACTTGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
AATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
AAGACATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTGATCAGTAAA
TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTCAAATAAGCCTATATAAACTGAAACAATTGGA
Found at i:21598673 original size:165 final size:158
Alignment explanation
Indices: 21598411--21598871 Score: 423
Period size: 163 Copynumber: 2.8 Consensus size: 158
21598401 TTCTGACTAT
* * *
21598411 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTTTT-TGTTC
1 TGAACAAATAT-TATTTCAAATC-TTATGA-CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTC
* * *
21598474 ATAAAAGCTTA-CTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAGTAAGTTTAA
62 ATACAA--TTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAGTAAGTTTAA
21598537 AAAAAAATCTTTTACCG-AACA-AGTTCCA-AATATA
125 AAAAAAATCTTTTACCGTAA-ATAGTT--ATAATATA
* *
21598571 TGACATTTAAATATTAATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
1 TGA-A--CAAATATT-ATTTCAAATC-TTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA
21598636 TTCATACAATTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT-AGTTGGAAG
59 TTCATACAATTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAG-T--AAG
* *
21598700 TTTAAAAAATAAATCTTTTACCGTTAAATAGTTATATTATT
120 TTTAAAAAA-AAATCTTTTACCG-TAAATAGTTATAATATA
* * *
21598741 TGAACAATTATTA-TTCAAAT-TGTATGAC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 TGAACAAATATTATTTCAAATCT-TATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCAT
* *
21598803 ACAAAATTATTTAG-AAT-AAAT-AT-CTAAATTTATTAATATTCAAAAATTAA-TAAGCTTAAA
64 AC--AATTATTTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAATTAAGTAAGTTTAAA
*
21598863 AATAAATCT
126 AAAAAATCT
21598872 GTTTGACGAC
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 20, Indels: 52
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
156 6 0.02
157 10 0.04
159 1 0.00
160 12 0.05
161 19 0.07
162 40 0.16
163 47 0.18
164 20 0.08
165 46 0.18
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167 6 0.02
168 12 0.05
169 15 0.06
170 8 0.03
171 6 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (158 bp):
TGAACAAATATTATTTCAAATCTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATAC
AATTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAGTAAGTTTAAAAAAAA
ATCTTTTACCGTAAATAGTTATAATATA
Found at i:21598908 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 21598607--21598987 Score: 447
Period size: 162 Copynumber: 2.4 Consensus size: 162
21598597 ATTATGACAT
* * *
21598607 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC-AATTATTTCGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTATCATGAAACAATT-TTTCTATTCATACAAATTATTTAGAAATAAAATAATACTAAT
* * *
21598671 TTATTAATATTCAAAAAATTAGTTGGAAGTTTAAAAAATAAATCTTTTACCGTTAAATAGTTATA
65 TTATTAATATTCAAAAAATTAGAT-GAAGCTTAAAAAATAAATCTTTTACCGTTAAATAGTTAAA
21598736 TTATTTGAACAATTAT-TATTCAAATTGTATGA-C
129 TTATTTGAACAATTATCTATTCAAATTGT-TGAGC
21598769 TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAG-AAT-AAAT-AT-CTAA
1 TTTGTTTTATCATGAAACAATT-TTTCTATTCATAC-AAATTATTTAGAAATAAAATAATACT-A
21598830 ATTTATTAATATTC-AAAAATTA-AT-AAGCTT-AAAAATAAATCTGTTTGACGACTAGTTTAAA
63 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAGATGAAGCTTAAAAAATAAATCT-TTT-AC--C--G-TTAAA
21598891 TAGTTAAATTA-TTGAACAATTATCTATTCAAATTGTTGAGC
121 TAGTTAAATTATTTGAACAATTATCTATTCAAATTGTTGAGC
**
21598932 TTTG-TTTAT-ATGAAACAA-TTTT-TATTCATACATGTTA-TTA-AAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTATCATGAAACAATTTTTCTATTCATACAAATTATTTAGAAATAAAATAATACTA
21598988 TATTAACATA
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 9, Indels: 36
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
156 18 0.09
157 16 0.08
158 14 0.07
159 6 0.03
160 12 0.06
161 26 0.13
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163 35 0.18
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TATTAATATTCAAAAAATTAGATGAAGCTTAAAAAATAAATCTTTTACCGTTAAATAGTTAAATT
ATTTGAACAATTATCTATTCAAATTGTTGAGC
Found at i:21599116 original size:159 final size:165
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21598870 CTGTTTGACG
* * *
21598880 ACTAGTTTAAATAGTTAA-ATTATTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTGAGCTTTGTTTATAT
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** *
21598943 GAAACAATTTTTATTCA-TACAT-GTTATT-AAAAT-AA-AATAATACTATATTAACAT-AAAAA
66 -AAACAATAATTATTCAGTACATACTTATTCAAAATAAATAATAATACTATATTAACATCAAAAA
*
21599002 TTAA-TAAGTAAGAATTT-AAAAAAAATGT-GTTTACCAA
130 TTAAGCAAG---GAATTTAAAAAAAAAT-TAGTTTACCAA
*
21599039 ACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGA-CTTTTTGCTTAT
1 ACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTGAGC--TTTGCTTAT
* * *
21599103 AT-AA-AATAATTATTCAGTTCATAACTTATTCAAAATAAATAATAATACTTTATTAATATCAAA
64 ATAAACAATAATTATTCAGTACAT-ACTTATTCAAAATAAATAATAATACTATATTAACATCAAA
*
21599166 AATTAAGCAAGGAATTTAAAAAAAAATTAGTTTATCAA
128 AATTAAGCAAGGAATTTAAAAAAAAATTAGTTTACCAA
* * * * *
21599204 ATCAACTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT
1 A-CTAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATT
21599252 GATTATGAAC
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ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (165 bp):
ACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTGAGCTTTGCTTATAT
AAACAATAATTATTCAGTACATACTTATTCAAAATAAATAATAATACTATATTAACATCAAAAAT
TAAGCAAGGAATTTAAAAAAAAATTAGTTTACCAA
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21599483 TAAAATATTG
* * * ** * **
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* * * * * * * * *
21599558 GTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTATTGAAATAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTA
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* ** * * * **
21599623 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAACTGAATCTGTTGC
130 TTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
21599674 TTGACCAA-TACAAATTGCTATGACTGTTTGAA-ACATTATTTGTTTCAAATTATTATGAACC-T
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAA-TATTATG-ACCTT
* * * ** * * *
21599736 TTGTTTTGTCACAAAAAAATTATTTCT-TTTGTATAAGCTTATTCGAAATAACATAACT-CTAAT
63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAAT
* * * ** * * * *
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127 TTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** ** * ** *
21599853 TCAAACAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAACTCCCTATTTCAAAT-TGCTATAACCTTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAT--TATGACCTTT
* ** * * * * *
21599917 TGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
21599982 ATTAACAGTC-A-AATGACTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
129 ATTAATATTCTAGAA--ATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
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1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATGAC-CTTT
* * * * * * * * *
21600099 TTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
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129 ATTAATATTCTAGA-AATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * *** * * * *
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1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATGAC-CTTT
* * * * * * * * *
21600282 TGTTTTGTTATAAAACAATGGTTTTTCGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
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** * * *
21600400 TCAAACAAGTTCAAATATGCGTA--ACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGACCTT
1 TTGAACAAGTTCAAATA-G-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTT
** * ** * * * **
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63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
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127 TTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * *
21600580 TTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGTCCTTT
1 TT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTT
* * * * *
21600645 TATTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTG-AATAAAATAATA-TAAA
64 T-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AA
* *
21600708 TTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAGAAATCTATTTT
126 TTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
*
21600762 TTGAACATA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT
1 TTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTT
* ** *
21600825 TAGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATT
63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* *
21600890 TATTAATATTCTAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
128 TATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * **
21600943 CTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATATTTT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTT
* * * * *
21601008 GTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCTG-AATAAAATAATACTGATTT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
21601072 ATAAATATT-TTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTT-AAAAATTAATATATTTG
129 ATTAATATTCTAG-AAATTAATAAG-TA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * * **
21601123 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTTAACAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTCCT
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTT
* * * ** *
21601188 ATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
21601252 ATTAATATT
129 ATTAATATT
21601261 TTGAAGATTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
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Alignment explanation
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21600499 GGCTTATTCA
* ** * * * * *
21600509 AAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTGGAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
21600574 TTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
66 CTATTTCTCGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
*
21600639 TCCTTTTATTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATA
131 TCATTTTATTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATA
* * ***
21600704 TAAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAGAAATCTATTTTTTGAACA
196 TAAATTTATAAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAGAAATATATTTGCCGAACA
* ** * *
21600769 TATTCAAATAGTTATGATAATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTAGTTTTGT
261 TATTCAAATAGTCATGATAATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATAGTTATGACCTCTAGTTTTGT
** * *
21600834 CATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TATTT
326 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-AATTATTT
21600870 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* *
21600935 TCTATTTACT-GAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTT
65 TCTATTT-CTCGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TT
* * * * *
21600998 AT-T-ATATTT-TGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCTGAATAAAA
128 ATGTCAT-TTTAT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAA
* * * * **
21601060 TAATACT-GATTTATAAATATT-TTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTT-AAAAATTAATATATT
191 TAATA-TAAATTTATAAATATTCTAG-AAATTAATAAG-TA-AAAATTTAAAAAAGAAATATATT
* *
21601121 TGCCGAACA-AGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTTAACAATTATCTAGTTCAAATCA-TTATGAC
252 TGCCGAACATA-TTCAAATAGTCATGAT-AATTTGAACAATTATCTAGTTCAAAT-AGTTATGAC
*
21601183 CTCCTA-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTT
314 CT-CTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTT
*
21601231 AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
21601261 TTGAAGATTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTCTCGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
TCATTTTATTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATA
TAAATTTATAAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAGAAATATATTTGCCGAACA
TATTCAAATAGTCATGATAATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATAGTTATGACCTCTAGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTT
Found at i:21604592 original size:18 final size:16
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21604559 ATTGAACCAG
21604569 TTTAAATAATTATGACTA
1 TTTAAATAATTAT-A-TA
*
21604587 TTTAAACAATTATATA
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*
21604603 TTTCAAATAGTTATA
1 TTT-AAATAATTATA
21604618 ATCTTTTGTT
Statistics
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TTTAAATAATTATATA
Found at i:21604849 original size:143 final size:143
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Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 143
21604581 TGACTATTTA
* * * *
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* *
21604656 ACAAGCTTATTCAAAATAATGTAATCTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATT
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131 TAACGGCTACGTG
* * * * * * * *
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1 AACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATATTTATATTCAT
* * * * * * * *
21604799 ATAAGTTTATTTATAATAA-ATAATATGAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAA
66 ACAAGCTTATTCAAAATAATATAATAT-AATCTAATAATATTATGAAAATTAATAA
21604854 GAGTTAAAAA
Statistics
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TAACGGCTACGTG
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* *
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* * * * * *
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*
21605110 ATGACCTTTTGTTTTGTCAACAATTGTTTTATTCATACAACTAATTA
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** * *
21605157 GGAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAA
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* * * * * *
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130 TAACCTTTTGTTTTGT
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AACCTTTTGTTTTGTCAACAATTGTTTTATTCATACAACTAATTA
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21605480 TCAAACGGTC
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * * *
21605798 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTT
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* * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGA
* *** * *
21605916 AATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGTTTATATGAATTGATACAATTATTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
21605980 TGGCAAAACAAAAAGTCATAACGACTTGAAAAAAATAATTACTCAAATAGTT
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTT
* * * * * *** * *
21606032 GTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTAAAAAAAATTT-T-CTTATTAATTGTCG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTT--TTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTG
* * * *
21606095 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTAT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * *
21606159 ATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATT-AAATAAATC
128 ATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-AGTT
* * * * * * *
21606212 ATAGCTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATT-TTTG
21606276 AAATA
64 AAATA
21606281 AATATGCTTA
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 94, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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21605478 TGTCAAACGG
* * * * * * *
21605488 TCATAAGTATTTGAACTCGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACT-TCTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
* * *
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65 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTAGTTT
* * * * * * **
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130 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGACTTGAAAAAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* *** * *
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195 ATGTGTTCAGAAAACAGATTTATTTAAAAAATTTCTACTTAGTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * *
21605748 TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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* * * * * * *
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* * * *
21605849 TTATAACTATTTGAACTTCTACGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTG
1 TCATAACTATTTGAACTTCT-CGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
* ** *** * *
21605914 GGAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACAATTATTTT
65 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTAGTTT
* * *
21605979 ATGGCAAAACAAAAAGTCATAACGACTTGAAAAAAATAATTACTCAAATAGTTGTGACTATTTGA
130 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGACTTGAAAAAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGA
** * * *
21606044 ACT-TGTTTGGTAAACATATTTATTTAAAAAAAATTT-T-CTTATTAATTGTCGAAATATTAATA
195 A-TGTGTTCAGAAAACAGATTTATTT--AAAAAATTTCTACTTAGTAATTGTCGAAATATTAATA
*
21606106 AATTAATATTATTTTAATAT-AAATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTATATGAGAAAAC
257 AATTAATATTATTTT-ATATGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAAC
21606169 TAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTAAATAAA
320 -AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTAAATAAA
* * * *
21606210 TCATAGCTATTTAAACTTATTCGATAAACAGA-TCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 TCATAACTATTTGAACTT-CTCGATAAATAGATTC-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
21606272 GTTTAAATAA
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GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTAGTTTA
TGACAAAACAAAAAGTCATAACGACTTGAAAAAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
TGTGTTCAGAAAACAGATTTATTTAAAAAATTTCTACTTAGTAATTGTCGAAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATATGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGG
TCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTAAATAAA
Found at i:21607863 original size:113 final size:113
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* *
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**
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* *
21607719 AAGAGGGTAATGGCACATTAGGCATAGAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCATAAAAGC
1 AAGAGGGTAATGGCACGTTAGGCATAGAGGCATTGCATGGTTCAACAAGCTAGGATCACAAAAGC
* *
21607784 CTATGTGATGCAAGTGCTACATGCCCCAAAGGGCTAATTGAGCATGAA
66 CTATGTGATGCAAGTGCTACATGCCCCAAAGGGCCAATTGAGCATAAA
*
21607832 GAGAGGGTAATGGCACGT
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* *
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21609734 CAACATGTGT
* * * *
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*
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** * * *
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1 TA
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21614091 TATTTTATTA
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1 ATTAAAATAT
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1 ATTAAAATAT
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1 A
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Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
9 9 0.45
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ATTAAAATAT
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21624193 AAATAATTGG
* * * * *
21624203 TTTTGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTC-CAAAATTAAT
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* * * * * *
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* *
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123 TTAT-TATTTCAAAT-GTTATGATC---TT-TTTTGTCATAAAATATA
* * *
21624376 TTCTATTCATACAA-TTATTTTAGAATAAAATAATAACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAAT
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* * *
21624439 AAGGATTTAAATAATAAATGTATTTTTGAGCAAGTTAAATAGTTAATGATTATTTGAATAGTTAT
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* *
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1 TTTTATTCAT-ACAAG-TTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * *
21624606 AAGAAATTTAAAAAAAAAT-TATTTACGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTGAACT-GTT
64 AAG-AATTTAAAAATAAATGTATTTTCGAACAAGTT-AAATAGTTATGAT-TATTTGAA-TAGTT
* * *
21624668 ATTAATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTGTCATAAAATAATTG
125 ATT-ATTTCAAAT-GTTATG--A-TCTTTTTTGTCATAAAAT-A-TA
* * * * *
21624715 TTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAACACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAAT
1 TTT-TATTCATAC-AAGTTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * *
21624780 AAGGATTTAAAAATAAATGTATTTTTTGAACCAATTTAAATAGTTA
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21624826 AGACTGTTAG
Statistics
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TCAAATGTTATGATCTTTTTTGTCATAAAATATA
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21624264 ATAAGAAAAA
* * * * *
21624274 ATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
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* ** * * * * *
21624339 TTTAAATCGTTATGA-CAATTTGTTTT-GTCATAAACAA-T-TCT-ATTCATAC-AATTATTTTA
63 TTCAAATTATTATGATC--TTT-TTTTAGTAAAAAATAATTGTTTCATTCATACAAATTA-TTCA
* *
21624398 GAATAAAATAATAACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGG
124 AAATAAAATAA-CACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGG
* * * *
21624443 ATTTAAATAATAAATGTATTTTTGAGCAAGTTAAATAGTTAATGATTATTTGAATAGTTATTATT
1 ATTTAAA-AATAAATGTATTTTTGAACAATTTAAATAGTTAA-GACTATTTGAACAGTTATTATT
* * ***
21624508 TCAAATGT-TTATGATCTTTTTTTCA-TAAAATAT-A-T-TTT-ATTCATAACAAGTTTATTTGG
64 TCAAAT-TATTATGATCTTTTTTT-AGTAAAAAATAATTGTTTCATTCAT-ACAA-ATTATTCAA
* * *
21624567 AA-AAAATAACACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGAA
125 AATAAAATAACACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAG-G
* ** * * * * * *
21624611 ATTTAAAAAAAAAT-TATTTACGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATTAATT
1 ATTTAAAAATAAATGTATTTTTGAACAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAGTTATT-ATT
* * * *
21624675 TCAAATCATTATGA-CATTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTA
64 TCAAATTATTATGATC--TTTTTTTAGT-AAAAAATAATTGTTTC-ATTCATAC-AAATTATTCA
* * *
21624739 GAATAAAATAACACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAGG
124 AAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGG
* * *
21624784 ATTTAAAAATAAATGTATTTTTTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATCTAT
1 ATTTAAAAATAAATGTA-TTTTTGAA-CAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAGTTAT-TAT
* * *
21624849 TCCAAATTATTTTGATCTTTTGTTTAGTAAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATACTTATTCA
63 TTCAAATTATTATGATCTTTT-TTTAGT-AAAAAATAATTGTTTCA-TTCATACA-AATTATTCA
* * * *
21624914 AAATATAATAATACTAATTTATTAAAAATTTAAAA
124 AAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTAAAA
21624949 AAATTAATCC
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 72, Indels: 63
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
ATTTAAAAATAAATGTATTTTTGAACAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAGTTATTATTTC
AAATTATTATGATCTTTTTTTAGTAAAAAATAATTGTTTCATTCATACAAATTATTCAAAATAAA
ATAACACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGG
Found at i:21625833 original size:181 final size:180
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Indices: 21623906--21627151 Score: 1621
Period size: 181 Copynumber: 18.1 Consensus size: 180
21623896 ATATTTTGAC
* * * * * * *
21623906 AATTAATAAGTAAAAGACTT-AAAAAAA-TATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTAT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATTATGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
21623969 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACC-TTTGTTTT-T-ATAAAACAATTGTTTC-AGT
66 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-T
* * * * *
21624030 TAATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACA-TACTAAA
130 TCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
* * * * * * *
21624081 AATTAATGAGTGAGAGAATT-AAAAAAATGAATCTTTGCCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAT-TATGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
21624145 TCTAAATAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTT-TG
65 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTCTA
** * * *
21624208 TTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-AATTCCAA
129 TTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
21624259 AATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAATAAA-TATGTTT-TCTGAACACGTTTAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAATTATGTTTGCCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * **
21624321 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCAT-AAAC-AA---TTCTA
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA
* * *
21624381 TTCATACAA--TTATTTTAGAATAAAATAATAACTAATTTATTAATATTT-TAA
129 TTCATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
21624432 AA-T--TAA-TAAG-GATTTAAATAATAAATGTATTTTTG---AGCAAGTT-AAATAGTTAATGA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AA-AAAT-TATGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTT-ATGA
* * * ** * * *
21624488 TTATTTGAATAGTTAT-TATTTCAAATGTTTATGA--TCTT-TTTT-TCAT-AAA-ATATATTT-
62 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTC
* * ** * *
21624545 TATTCATAACAAGTTTATTTGGAA-AAAATAACACTAATTTATTATTA-TTCTAAA
127 TATTCAT-ATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
* * * * *
21624599 AATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAAAAATTA--TTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAAATTATGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
** * * * *
21624657 TTTGAACTGTTAT-TAATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
65 TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA
* ** * * * * **
21624721 TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAACACCAATTTATTACTATTTTGAA
129 TTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
21624773 AA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAATAAATGTAT-TTT--TTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAT-TATGTTTGCCT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * * *
21624829 CTGTTAGAACAATTATCTATTCCAAATTATTTTGATCTTTTGTTTAGTAAAAAAATAATTGTTTC
62 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTC
* * * * *
21624894 -AGTTCATACATA-CTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAAAAATTTAAAAA
127 TA-TTCATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTT-CAAA
* * * * *
21624950 AATTAATCCAGTAAG-GAATTTTAAAAAAATTAT-TATG----ATAAGTTCAAAGAGTTATGAAA
1 AATTAAT-AAGTAAGAG-ATTTAAAAAAAATTATGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATG---
* * ** * ** * *
21625009 ACTTGTTTGAAATAACTTATCTATTAAAAATTATTATGATATTTTCATTTTATCCATATAAACAA
61 AC-TATTTG-AACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGT-CATA-AAACAA
* * * * * * * * *
21625074 CTATTCTCAATAT-ATAAACAGTTTATTTA-AA-AATTAAT-ATATTACTTTCATTAAT-TTCCA
120 ATGTT-TCTAT-TCATATA-AGCTTATTCAGAATAA--AATAATACTAATTT-ATTAATATTTCA
*
21625134 AT
179 AA
* * ***
21625136 AATTAGATTAAGTTAGAGATTTAAAAATATAAACTCA-GCTTTTAAATCAA-ATTAGTTCAAATA
1 AATTA-A-TAAGTAAGAGATTT-AAAA-A-AAA-TTATG--TTTGCCT-AACA--AGTTCAAATA
* * * * * * *
21625199 ATTATGGCCATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTATCCGTAAAA-A
55 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACA
* * * *
21625262 GAATTGTTTTTCA-TCATACAAAGGGCCCTCTTC-GAA-ATAAATAA-A-TAATTT-TCCTAATA
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* *
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* * ** ** * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAA--ATTATGTTTGCCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* ** * *
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* * * *
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*
21627126 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
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* * * *
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* * * * * *
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** * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * ** * *
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* *** * * * * * **
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* * * **
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178 A-AATTA-A-TAAGTAAGAAATTTAAAAA-ATAAA-T-A--TATTT-ACT-AAACAAGTTCAAAT
* ** * * * *
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* * *** * * * * * **
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*
21625324 CAAAAA
353 -AAAAC
** * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * * ** * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * *
21625816 ATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAA
130 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAA
* * * *
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** * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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128 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAA
* * * * * * *
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192 GAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
21626662 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCT
255 TCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATA-GCT
* ** *
21626727 TATTCTGAATAAAATATCATTAATTTATTAATATTTTAAAAA
318 TATTC-GAATAAAATAACACAAATTTATTAATA-TTTAAAAC
* * *
21626769 TTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAAATGAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAA--AATATGTTTGCCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
21626833 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTGTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTG
62 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTTG
* **
21626898 TTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATTA-AATTTATTAATA-TTCCAAAATTTAATAAGT
127 TTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGT
* * * * ** *
21626960 AA-AAATTT-AAAAATTAATTTTTTTTC-AAACACA-TTCAAATAGTTTTACTATTTGAACAATC
190 AAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTAAACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
21627021 ATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAACCAATTGTTTCTA-TCCATACAAG
254 ATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATA-TAG
* * * * *
21627084 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
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*
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Statistics
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TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATATGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAA
TTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAGCTTATTCGAA
TAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAAAC
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21627952 AATATCAATC
*
21627962 TCAAATCATTATGATCTTTAT-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GATCATATAAGCTGATTCG
1 TCAAATCATTATGA-CTTT-TGTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATACAAGCT-ATT--
* *** *
21628025 GGTAA-AAATAAAACTAATTTAAATAATATTTTGAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
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* * * * * *
21628088 ATGTGTTTGCCGAATC-A-TTCAAATAGTTA-AGATTATTAGAATAATTGTCTATT
123 ATATATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGCTATA-ACTATTAGAATAATTATCTATT
* * * *
21628141 TCAAATCATTTTGACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTATTTGAAA
1 TCAAATCATTATGACTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTATTGGAAA
* * *
21628206 GAAATAATACTAATTTATTACTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATATT
65 GAAATAAAACTAATTTAATAATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATATT
* * *
21628271 TACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATTTATT
130 TACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTAGAATAATTATCTATT
* * *
21628318 TAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
1 TCAAATCATTATG-ACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
21628364 TTCACAAAAG
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Consensus pattern (176 bp):
TCAAATCATTATGACTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTATTGGAAAG
AAATAAAACTAATTTAATAATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATATTT
ACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTAGAATAATTATCTATT
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21628426 TATTTATTTC
* * ** ** *
21628436 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCAACATGCAATCTTCTTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTGTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACACACAATCTTATTTGAAA
21628501 TA
66 TA
* * * *
21628503 AAATTGTTAGTACTTTTCATTGTGTCATAAAACAATAATTTTTTAACACACAAGT-TTATTTGAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTGTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACACACAA-TCTTATTTGAA
21628567 ATA
65 ATA
21628570 AAA
1 AAA
21628573 CAATACTAAT
Statistics
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AAATCGTTAGTACCTTTCATTGTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACACACAATCTTATTTGAAA
TA
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21628634 TGAATAAGTA
* * * * * *
21628644 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACTTTTTATTTTGTCATA
1 TAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATA
* * * *
21628709 AAATAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGA-AATAAAACAATACTAAATTAATAACA-TTC
66 AAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC-ATAATAAAAAAATACT-AATTAATAATATTTC
** *
21628772 TAAAAATTCAAAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAAACAGTT
129 TAAAAATT--AAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTACTTTC-TGAAACAATT
* * * * *
21628825 CAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTTTTTATTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTT
1 TAAATAGTTATAACTATTTGAATAA--TTATA-TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT-TT
* * * * * * * *
21628890 -ATAAAACAATTATTTC-AGCTCATCCAAGTTTACTCGTAACAAAATAAA-ATTAATTTATTAAT
62 CATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCATAATAAAA-AAATACTAA-TTAATAAT
* * * *
21628952 ATTTC-AAACATT-TA-T-AGAGATTTAAAAAATAATATTACTTATC-GAACCAATT
124 ATTTCTAAAAATTAAACTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATTACTT-TCTGAAACAATT
* * *
21629004 TAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATA
1 TAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATA
* *
21629069 AAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTATAATAAAAAAATACTAATCTAATAATATTT-T
66 AAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCATAATAAAAAAATACTAAT-TAATAATATTTCT
* ** *
21629133 GACTATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
130 AAAAATT-A-AACTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
21629168 TGTTTTAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATA
AAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCATAATAAAAAAATACTAATTAATAATATTTCTA
AAAATTAAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTACTTTCTGAAACAATT
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21629685 TTTGAAATAT
*
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*
21629713 ATAACTATTTAAACTAGTCCA
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1 ATAACTAT
21629742 ATTTATTTTT
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ATAACTATTCAAACTAGTCA
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21629186 TGGTCAGGCC
* * * ** *
21629196 AATAGATTCATTTTTTAAATTCGT-TACTTATTAATTTTTTG-AATATCAATAAATTAGCATTAC
1 AATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
*** * * * * *
21629259 TTTATTCCAAATAA-TACTATATCAATGGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAATGGTCATAAT
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* * * * * * *
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126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * *
21629376 AATAAATTTATTTTTTAAA--ATCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * *
21629438 TATTTAGAACAAACTTATATGAACAAAA-ATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGG
66 TATTTTGAA-TAAGTTTTATGAATAAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA-TG
** * * * * * * * * * * *
21629502 A-TCAAAAAAGATAATTACTCATATAGCCTTATTCTACTTGAATTGGTTCAACA
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTCGTTCGAGA
* * * * ** * * *
21629555 AACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTAGTTATTGATTTTCAATAATATTATTAGATTAGTATTAT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
*** * * * * *
21629619 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGATT-ATAAC
64 TTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATAAT
* * * * * * * *
21629683 AATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTCCAATA
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAGA
* * * * *
21629737 ACTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
21629802 TTATTATGAATAAACTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATG
65 TTATTTTGAAT-AAGTTTTATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * **
21629866 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTAATTCGAGA
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTCGTTCGAGA
* * * ** *
21629919 AACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATGGTAATAAAGTAATATTATT
1 AA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
21629983 TTATTTTGGATAAGTTTTATTGAACTAAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATG
65 TTATTTTGAATAAGTTTTA-TGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATG
* * * * * *
21630048 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGACA
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAGA
* *
21630101 AATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAAATT-ATATT
1 AATAGATTTATTTTTT-AAATCTTC-TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAAT-AAATTAATATT
** * * * * *
21630163 ATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGAACTGAAAAGAAATT-TTTTATGACAAAA-AAAGGTT-AG
62 ATTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-T-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
* * * * *
21630225 AACGTTTTGAAATATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCG-GCA
123 AATGATTTG-AA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTCGTTCGAG-A
* * ** *
21630284 AATACATTTA--TTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTATTAGTTTAGTATTAT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA-
* * ** * * * *
21630345 TTTTACTTTGAACAAGCTTACATGAATAGAAATAAATGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACT
63 TTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
* * * * *
21630409 -ATTTGAGATAAATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTTG-GTA
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * *
21630462 AAAAGATTTAGTTTTTAAATC-TCT--TT-TTAATTTTT-AAATATTAAT-AATTAATAATATTT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
21630521 TATTTTGAATAA-TTTTATAAGAATAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAA-TGTCATAATAA
66 TATTTTGAATAAGTTTTAT--GAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGA
* * * ** * *
21630584 TTTGAAATAGATTA-TAGTTCAAATGGACATGGCTATTTGAACTTGTTCGACA
128 TTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAGA
* *
21630636 AATATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATT
** * * * * * *
21630700 TTATTTCAAATAAACTTGTAAGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
65 TTATTTTGAAT-AAGTTTTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGA
* * * *
21630765 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTC-ATTA
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGA-GA
* * * *
21630817 AATAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGTATTATT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA-T
* * * *
21630881 TTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAACAAAAATAATTAGTTATTA--ACAAAACAAAA-ATCAT-A
64 TTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TAAAACAATT-GTT-TTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
* * * *
21630942 TGAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATAATAAC-A-TTGAACGT-GTTC-AG-
125 TG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCGTTCGAGA
* *
21630994 AA-A-A--TA--TTTT---T-TTCTA--TA--AATTTCTAAAATATTAATAAATT-A-ATTATTT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * ** * * * * ** *
21631043 TATTCATAAATAAGCTTGCATGAAACAAAACAATTTTTTTTGTGGCAAAATGAAAGGTCAT-AT-
66 TATT-TTGAATAAG-TTTTATG-AATAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * ** * ** *
21631106 ATTTTAAAATAGATTACTTGCTCAGATAGTCCATAACTATTTTGAACCTTATTCGATAA
127 A-TTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGT-CATAACTA-TTTGAA-CTCGTTCGA-GA
* ** * * * **
21631165 AATAGATTCT-TTTTCTAGTTCCTT-TAGTCATTAA-TTTTGGAATATT-ATAAATTAATAACAT
1 AATAGATT-TATTTTTTAAAT-CTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
*** * * * * * * *
21631226 TTTACTTCAAAATAACTTATATGAACTGAGACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAAGT
64 TTTA-TTTTGAATAAGTTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA-T
* * * * *
21631291 GACTTGAAA-AGATAATTATTCAATTAGTCATAGATTATTTG-ACTTGTTTG-GTA
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * * * *
21631344 AACATATTTATTATTTTAATAAAT-TTTTACTTATTCATTATCGAAACTATTAATAAATTAATAT
1 AATAGATTTA-T-TTTT--TAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAATAT
* * * * * * *
21631408 TATTTTAATATGAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-GCAT
61 TATTTTATTTTGAAT-AAGTTTTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCAT
** ** * * * *
21631472 AACAAGCTGAAATAAATAATTGCA-T-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTG-GTA
123 AATGATTTGAAATAGATAATT--ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * * * *
21631529 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTGTCTT--AATATTAATAAATTTGAT-TT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTAC-TTATTAA-T-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATT
* * * *
21631591 ATATTA-TCTGAAATAAGATTTTATGAATAGATAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAGGTT-AT
62 ATTTTATTTTG-AATAAG-TTTTATGAATA-A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
*** * * * * * **
21631653 AGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTC-AGTA
123 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * * * * **
21631710 AACAGATTCT-TATTTTTAAATTTATTTA-TTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTA
1 AATAGATT-TAT-TTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * *
21631773 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAC
63 TTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
* * * * * * *
21631838 GATTTGAAATAGATAATTATTGAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTC-AGTA
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * * * *
21631892 AACATATTTGTTTTTTAAAT-TT-TACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * ** * * *** *
21631955 TAATTCGAATAAG-CATAT--AT-GAACAATTGTTTTATAATTGAACAAAAAG-TCATAACGATT
66 TATTTTGAATAAGTTTTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATT
* ** * * * * *
21632015 TGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATA
130 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAGA
* * * * *
21632065 AATAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
** * * * * *
21632126 TATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTT-ATAATG
66 TATTTTGAA-TAAGTTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTTCATAATG
* * * *
21632190 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAG-GTA
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * *
21632243 AATAAAATTATTTTTTAAATC-TCTTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAT-TTCA
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT-A
*** * * * * *
21632305 TTTTATTCCAAATAAGCTATTATGAATTAAAAAAAACTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
63 TTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-T-AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * * * * *
21632370 ACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTC-AGCA
124 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * * * * * * *
21632426 AACAAATTTAATTTTTAATTCTTGTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* ** * * * **
21632491 TA-TTTCAGATAAGCTTGAATGAACAAAAATAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGATT-ATAACA
66 TATTTTGA-ATAAG-TTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATAATG
* ** * * * ** * *
21632553 ATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACTGGATC-AGTA
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * *
21632606 AACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATGTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
** * ** * * * * **
21632670 TTATTTCAAATAAAATTGAATG-TTCAAACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
65 TTATTTTGAAT-AAGTTTTATGAAT-AAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * * * *
21632734 ATTTGAAATAGATAATTATTGACATAGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGATA
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-TTCGAGA
* * * * *
21632787 AACAGATTCACTTGTTAAATAAC-T-TACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 AATAGATTTATTTTTTAAAT--CTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * * *
21632849 TTTTA-TTTGAGTAAGCTTCTATGAATTGAAATAATTGTTTTATAATAAAACAAATGGTCATAAC
63 TTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
* * * * * *
21632913 GATTTCAAAGAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACT-GTTTTG-GCA
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* * * * * * *
21632967 AACAGATTTATTTTTTAAAT-ATCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
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** * * ** ** * * **
21633031 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTT-ATAACA
65 TTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATG
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCGTTCGAGA
** * * * * *
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* * **
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * * *
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21635830 A
179 A
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1 AATAGATTTATTTT-T--TA-AATCTTCTACTTATTAAT-TTTTG---AAAT-ATTAAT-AAAT-
* * * * * * * * *
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* **
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* * * *
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1 A-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
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126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTCGTTCGAGA
* ** *
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1 AA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
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64 TTTATTTTGA-ATAAG-TTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
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126 GATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAGA
* ** * * *
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1 AATAGATTTATTTTT-TAAATCTTC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
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63 TTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
* * * * *
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126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * * * * * * ** *
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1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATT
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* * * * *
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* * * *
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1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
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* ** * *
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* * * * * * *
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1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATT
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* * * ** **
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* * * * * *
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1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
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* * *
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* * * * * *
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1 AATAGATTTATTTTTTA-AATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* ** * * * *
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* * * * *
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126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCG-TTCGAGA
* * * *
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* * * ** *
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* * * * * **
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* *** * * * **
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* * ** * *
21637745 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTG-GTA
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * *
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1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
*** * ** * * **
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* * ** * * ** *
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126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGA-GA
* * * * *
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1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * ** * * *
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* * * *
21638106 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATA
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAGA
** * * * * * * **
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1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * *
21638224 TA-ATCGAATAAGCATGTATGACCA-AAAACTATTGCTTTATAAT-AGAAAACAAAAG-TCATAA
66 TATTTTGAATAAG-TTTTATGA--ATAAAACAATTG-TTT-T-ATGACAAAACAAAAGTTCATAA
** * ** * * *
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125 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-TTCGA-GA
* * * *
21638341 ACA-A-ATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTCTT
1 A-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * * * * *
21638400 TTATTCTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGAGAAAACGAAAGGTCATAGCT-
65 TTATTTTGAA-TAAGTTTTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA-ATG
* * * * *
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127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* ** * * * ** * * * *
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1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * **
21638582 TATTTTGAATAAGTTAGTGTGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATG-----ACAAAA----A-AATGA
66 TATTTTGAATAAGTT-TTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGA
* *** * * * * *
21638636 TTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTT-TAGCA
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * * ** * *
21638688 AACAAATTTATTTTTTAAAATC-TCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTAT
1 AATAGATTTATTTTTT-AAATCTTCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * *
21638752 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAAC
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* * * * * * * *
21638816 T-ATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGTT-TAGTA
125 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * * *
21638869 AATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * * *
21638933 TTATTATGAATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAAC
65 TTATTTTGAAT-AAGTTTTATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCA-TAAT
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126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-TTCGAG-A
*** * * ** *
21639050 AACCTATTTACTTTTTAAATC-ACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
21639114 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGA
65 TTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGA
* * * ** * *
21639179 TTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCG-GTA
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAG-A
* * *
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* * * * * *
21634276 ATAAGCTTTTATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACTAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATA
62 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * ** * *
21634340 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGT-GTTTA-AAAAATATATTTA-TTTTTAAAT
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
21634402 -TTTTAGTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCAT
190 CTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
21634466 GAGT-AGAACTAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTT
253 GAATAAAAAC-A-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
21634529 TAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC-G-ATAACAAGATTC
316 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AACAA-ATTT
* * * * *
21634571 ATTTTTTAATTCTTTTTCTCATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * *
21634635 ATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATA
62 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* ** * * ** *
21634700 AATAATAATTCATATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTCA-AT-AACAAGATTCCTTTTTTAAT
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTT-AGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAA
* * *
21634762 TCTCTT-TCTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT
189 TCTCTTAT-T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * * * *
21634825 ATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAAACAAAAAGTCACAAAGATTTGAAGTAGATAATTA
251 ATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * *
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314 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
* * * * * *
21634933 ATTTTTTAAATGTTCTAC-TATTAATTGTTGAAATATTAAAAAATAAATATT-TTGTGA-ATCAG
1 ATTTTTTAAA---TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTC-G
* * * * * * * ** * * * * *
21634995 AATAAACATGTATG-ATAGACATAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGTTATACCAATTTCAAAT
61 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * ** * * * *
21635059 AAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCA-ATAAATAAATTTATTTTTTAAAA
126 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA
* ** *
21635123 TCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAGTTGCATTATTTTA-TTCAAAATAAACTT
189 TCTCTTA-TTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* ** * * * *
21635185 GTATGAATAGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTG
249 GTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
21635249 -TCAAAATAGTCAAAATTGTTTAAACTTGTTC-GACAAACAGATTC
314 TTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTT
* * * * *
21635293 ATTTTTTAAATCT-CTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGA
1 ATTTTTTAAATCTACTT-ATTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* ** *** * * * *
21635357 ATAAACTTACATGAATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATC
62 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
21635421 GAAAATTATTCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCA-GTAAACATATTTACTTTTTAAAT
127 GATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * ** *
21635485 -TAATTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTCGAATAAGCTTGTA
190 CT-CTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * *
21635549 TGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATAATTTG-AATAAATAATTGCTC
252 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
21635613 AAATAGTCAAAACTATTTGAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTT
317 AAATAGT-----C-A--T-AACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTT
* * * *
21635663 ATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTT-AAGATATTAATATATTAATATTACTTTATTTCGAACA
1 ATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * *** ** *
21635726 CA-CTTATATGAACAAAATCATTTATTTTATGACCTCTTACTTATTAATTGTCGA-AA-TATTAA
65 -AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-C-AAAAC--A--AAAGGTC-ATAACGATT--
* * * *
21635788 T-AAATTAGTATTATT-TT-AACTCG-AATAAGCT-TGTATG-A--A--TA-G-AAAC-AA-TTA
120 TGAAA-TAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTAT-T-TGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTA
**** * * ** * *
21635839 TTTTATAATAGAA-CAAAAAGTCA-TAATAATTTGAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTA
180 TTTT-T--TA-AATCTCTTA-TTATTAAT-TTTTG---AAAT-ATTAAT-AAAT--T--ATATTA
* ** ** * * * * * * * ** *
21635902 TTTGAACT-ATTTGAA-CTTGTTTG-ATAAATAGATTTATTTT-T--TAAATC----TCTTATTA
230 TTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TA
* * * * ***
21635957 AT-TTTTGAGATA-TTAATATATT--AATA-T--T-ACTTTATTTCGAACACACTT-A-TATGAA
293 ATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAAC--TATTT-GAAC-TTGTTCAGTA--AA
*
21636012 CAAAATT
351 CAAATTT
* *
21636019 ATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* ** * * ** *
21636084 TAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAG
63 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * ** *
21636149 ATAATTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAAC-AATTTGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT
128 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** * * * *
21636212 -TTAACTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATG
192 CTT-A-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
21636276 AACT-AAGACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTT
254 AA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
21636339 AAATAGTTATGACAATTTGAAATTGTTCAATAAACAGATTT
317 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
** * * **
21636380 ATTTTTATAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTA
1 ATTTTT-TAAA--TC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
** * * * * * *
21636444 AATAAGAATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGAACGATTTGAAAT
61 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
21636509 AGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCA-GTATACAAATTTATATTTTAAAT
126 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
21636573 CTCTT-TCT-TT--TTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTAT-GAATAAGTTTGT
190 CTCTTAT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGT
* * * * * * * * ** *
21636632 ATCAACAGAAGCAGTTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTT
251 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
21636696 CAAATAG-CGATAAGTATTTGAACTGGTTC-GACAAATAGATTT
316 CAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTT
* * * *
21636738 AATTCTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTCTAAATA
1 ATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
** * * ** * *
21636801 ATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGAT
65 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** ** * * **
21636866 AATAATTCAAATAAACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCA
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * **
21636931 ACCTATTAATTATT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAAT
195 A-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * **
21636995 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC---A----A-AATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAGG
257 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*** * * * *
21637052 GTCATAACTATTTGAACTCACTCGGTAAATAGATAT
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* * * *
21637088 ATTTGTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT-TTAATAAATTAGTATTGTTTTA-TTCTAT
1 ATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-
* * * * * *
21637150 ATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
62 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * *
21637215 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGT-GTTTA-GAAAACATATTTA-TTTTTAGAA
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA-AA
* * * * * *
21637277 T-TTTTACTTATTAACTATT-AGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAACTTGC
189 TCTCTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * *
21637340 ATGAACAAAATCAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
251 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * *
21637405 CAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTTGTAAATAGATTA
316 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
* * *
21637447 ATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* ** * * * * *
21637511 ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTA-AGAA-AAAAGGTTACAATGATTTGAAATA
62 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * *
21637574 -ATTAATTATTTAAATATTCATGACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAT
127 GA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * ** * *
21637637 TTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
190 CTCTTA-TTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * ** *
21637700 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTC
252 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** **
21637765 AAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAGATTT
317 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA-ATTT
*
21637806 A-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTATT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTC
1 ATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC
* * * * ** * * * *
21637866 AAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCAATTTCA
60 -GAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
21637931 AATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTA-TTCA-TTAAATAGATTTATTTTTT
123 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * **
21637994 AAATATCTTAATTATTAAGTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
186 AAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * ** * *
21638058 TATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
248 TGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTTTTAAA---TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
21638232 TAAGCATGTATGACCAAAAACTATTGCTTTATAAT-AGAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAA
63 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTT-T-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * **
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* * ** * * * *
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* ** **
21638590 ATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATGAC--AA-AAAA----AT---GATTTGAAA
62 ATAAGCTT-GTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* ** * * * *
21638643 TAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTA-GCAAACAAATTTATTTTTTAAA
125 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AA
* * ** * **
21638707 ATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
188 ATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * * * * * *
21638772 ATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAACTAT
251 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
21638836 TCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGTTTAGTAAATAGATTT
315 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
* * * *
21638878 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTAT-GA
1 ATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGA
* * * * *
21638942 ATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAA
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* * * * * * * ** *
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* ** **
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** * * *
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** * * *
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* * * *
21639240 ATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGA
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* * * * * * *
21639305 TAAGCTTTTATGAACTAAAGCAATTGTTTTAT-ATCAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTTAAATA
63 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
21639369 AATAATTGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATC
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC
* * * * * * * * *
21639434 TTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATT-TGGATTATTTTATTCCGAGTAAGATTGTAA
191 TCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT--ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * * *
21639498 G-ATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGAA-AAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATATAATTATT
253 GAATA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * * *
21639561 CTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTC-GACAAACATATTT
316 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTT
* * * ** *
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1 ATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGA
* * * * * * * * * * *
21639667 ATAAGC-TCTATGATCAGAAATAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATT
62 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* ** * ** * *
21639730 GATAACTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** *
21639795 CTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG-
192 CTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
21639859 ATCAAAAACAA
255 AT-AAAAACAA
21639870 AAGGTCATAA
Statistics
Matches: 7958, Mismatches: 1762, Indels: 1171
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 50 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
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ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * ** ** * ** *
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*** *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA
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* ** * *
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* * ** * *
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* *
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* *
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* *
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*
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* * *
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* * * * **
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*
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* * **
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* * ******
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** * **** ** * *
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313 AAACATATTTAT-TTTTAAAT-T-TTACTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA-T
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* * * * *
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64 AACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAA-T-TTCA-ATAGTCATAACTATTTGAAC
*** * * * ** *
21637428 ATGTTTTGTAA-ATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAAT
126 -TGTTCAATAACA-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAAC
* * * *
21637492 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTA-AGAA-AAAAG
188 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * *
21637555 GTTACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTTAAATATTCATGACTATTTGAACTT-ATTCGATAA
252 GTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGA-AA
* ** *
21637618 ACATATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTT
315 ACATATTTA--TTTTTAA-ATTTTAC-TATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * *
21637682 AATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATT
375 AAT-CGAATAAGCTTGTATG-ATAG-AATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATT
* * *** *
21637747 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAA-AAAGATTTA-TTT
437 T-AAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACATGTTCAATAACAAA-ATTCATTTT
* * * *
21637810 TT-AGATCTTTTACTTATTAA-TTGTATTAA
500 TTAAAATCTTTTACTCATTAATTTCTA-GAA
** * * **
21637839 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTA
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAATAG-AAACAATTGTTTTA
* * *** * * * *
21637902 TGACAAAACAAAAGGTAATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
63 TAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATT--TC-AATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * *
21637967 CTTATTCATTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTTTTAGAATATTAAT-AA
125 C-TGTTCAATAACA-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAA
* ** ** *
21638030 CTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAA
187 C-TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * *
21638095 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG-TTCGATA
250 AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGA-A
* * * **
21638159 AGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATGGTATTATTT
314 AACATATTTATTTTT-AAA--TTTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TT
* * * * *
21638224 TAATCGAATAAGCATGTATGACCA-AA-AACTATTGCTTTATAATAGAAA-ACAAAAGTCATAAC
374 TAATCGAATAAGCTTGTATGA-TAGAATAATTA-T--TTTATAACA-AAACA-AAAAGTCATAAT
** ** **
21638286 AATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-ATTGATTTGATGAAC-AAATT
433 AATTT-AAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACA-TG-TTCAAT-AACAAAATT
* * * *
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494 CATTTTTTAAAATCTTTTACTCATTAATTTCTAGAA
* * * * * * *
21638379 TATTAATAGATTAGTATTCTTTTA-TTCTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATA
* * * * *
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65 ACAAAACAAAAGGTTATA-ATGATTTGAAATAA-ATAA-T-TTC-AATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * *
21638506 CTGGTT-AGGTAAAAAGAAAT-ATTTTTTAAACCT-TTTACAT-ATTAATTTTTTTAGTATGAAT
125 CT-GTTCA-ATAACAAG-ATTCATTTTTTAAATCTCTTT-C-TCATTAA-TTTTGGAATATTAAT
* * * ** * *
21638567 AAATTCATTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC---A
184 AAACTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAA-TGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAA
* *** * * * * *
21638627 -AAAAA---AT---GATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTA
246 CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTA
* * * * * ** * *
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311 GAAAACATATTTA-TTTTT-AAAT-T-TTA-CTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * * * ** * * *
21638750 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
371 A-TTTA-ATCGAATAAGCTTGTATG-A-TAGAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * ** * * *
21638815 CT-ATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AA-ATTGTTTAGTAA-ATAGAT
432 -TAATTT-AAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACA-TGTTCAATAACA-AAAT
* * * *
21638876 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAGA
493 TCATTTTTTAAAATCTTTTACTCATTAATTTCTAGA-A
* * * * * * *
21638912 GATTAATAAAATACTATTATTTTATTAT-GAATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTATAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
* * ** * * * * * * *
21638975 GACCAAACAAAAGG-TAGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAG
64 AACAAAACAAAAGGTTA-TAATGATTTGAAATAAATAA-T-TT-CAATAGTCATAACTATTTGAA
*** ** * * * * * **
21639039 CTGATTTGGTAA-ACCTATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
125 CTG-TTCAATAACA-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTT-GGAATATTAATAAA
* * ** * *
21639103 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
187 CTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * ** * * ** *
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* * * *
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316 CAT-ATTTA--TTTTTAAA-TTTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTT
* * * * * * * * * * *
21639297 ATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAGCAATTGTTTTATATCAAAAGAAAAGGTTATAATGAT
375 A-ATCGAATAAGCTTGTATG-A-TAGAA-TAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAT-AA
* ** ** * * *
21639361 TTTAAATAAATAATTGTTT-AAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCGATAA-ATAGATTTATT
435 TTTAAATAAATAATT-TTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACATGTTCAATAACA-AAATTCATT
* * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTATATGAATA-GAAACAATTGTTTTAT
* * * * * ** *
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* * * * *
21639583 CTGGTTCGACA-AAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAA
125 CT-GTTC-A-ATAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAA
* * * ** * * * *
21639646 ATTAGTAGTATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATG-ATCAGAAATAATTATTTTATGATAAAACA
186 ACTAATATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAAT--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * * ** ** *
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248 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * *
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313 AAACATATTTA-TTTTTAAAT-T-TTA-CTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-T
* * *
21639837 TTATTTTGAATAAGCATGTATGAT
373 TTA-ATCGAATAAGCTTGTATGAT
21639861 CAAAAACAAA
Statistics
Matches: 6119, Mismatches: 1278, Indels: 1064
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Matches are distributed among these distances:
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519 3 0.00
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CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTC
AATAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTGGAATATTAATAAACTAATATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATT
TTTAAATTTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATCGAATAAGCTTGT
ATGATAGAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAATAAATAATTTTTCAA
ATAGTCATAAAGATTTGAACATGTTCAATAACAAAATTCATTTTTTAAAATCTTTTACTCATTAA
TTTCTAGAA
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21639692 ATTTTATGAT
* * * * *
21639702 AAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAACTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGGG
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* * * *
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* * ** ** *
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* ** * * * *
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21639993 TTATTTTATTTTGAATAA
131 TTATTTTATTTTGAATAA
21640011 AATAGTATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATCA
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * *
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129 AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG-AT
* * * * * *
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* * * *
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129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * *
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* *
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64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* ** ** *
21641002 TAATAATTTTGTATGAATAGAAA-AATCATTTGACGAC-AAACAAAATG-TCAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAA-GATCAT
* ** * * * *
21641053 AATAATTTGAAATAGATAACAATTCAAACAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
*** *
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66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTA
** * * *
21641181 AATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAGATCAA
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGATCAT
* * ** * * * *
21641233 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAGTAAACAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* *
21641298 TATTTTTTAAATCTTTTACTT-TT--TTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
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* *
21641360 ATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
131 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * *
21641411 AACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAAAATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGAT
* * *
21641475 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTCG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT
* * * *
21641538 AAATAAGCTTGCATGGATAGAACCAACTAT-TTTATGACAAAATAAAA-AGTCAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-T-TGTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * ** *
21641591 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * * *
21641655 AATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TC
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * *
21641718 AAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAGGTCAC
129 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * *
21641771 ATTGATTTGAAGTA-ATTAATTACTCAAATATTCATGACCATTTGAACTTGTTC-GATAAATATA
1 AATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGA
*** * *
21641834 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGCCAAAATATTAATAAATTA--ATTTTTTTAATC
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
21641896 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
128 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * ** * **
21641950 AACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAGTAGTCATAAAGATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * * * *
21642015 TATTTGTTAGATCTTTTATTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* *
21642078 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCAT-TTTATGACAAAACAAAA-AGTTAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAAT--TGTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
** * * * * * * *
21642132 AGCGATTT-CAATAGATAATTGTTCAAAATAGTCATAA-TAATTTAAATTTATTCATTAAA-CGT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG-
* ** * * * * *
21642194 ATTCATTTTTTAAATCTCGTAATTATTAA-TTTTCAGAATATTGATAACTTAGCATTATTTTAAT
63 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * * * * * * *
21642258 TTTGAATAAGC-TATATG-ATCGAAATGATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
126 TCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * *
21642312 AACGATTTTG-AATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTT-TGATAAACATA
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGA
* * * * * * *
21642375 TTTATGTTTTACATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCC
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * *
21642440 GAATAAGCTTGTATGAACA-AAATCTATTGCTTTATAATAGAACAAAA-AGTCAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
** * ** *
21642493 AACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
21642539 TTGGTTTGAT
Statistics
Matches: 1747, Mismatches: 344, Indels: 211
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.00
175 98 0.06
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184 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:21641593 original size:713 final size:711
Alignment explanation
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Period size: 713 Copynumber: 2.2 Consensus size: 711
21640154 AAAAGGTTAG
* * * *
21640164 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTT-AGCAAATACAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTTGA-TAAATACAT
* * * * *
21640228 TTATTTTTTAAATCT-TTCACTATTTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTCAAAT
64 TTAATTTTTAAATCTCTTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAAT
* * * * *
21640292 AAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAATCATATTAATTTGAGATTGAT
128 AAGCTTGTATGATCAGAAACAATCATTTTAGAAGAAAACAAAAATCATAATAATTTGAAATAGAT
**** * * * ***
21640357 ATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTTTAGTTTTAAATCTCTTG
193 AACAATTCAAACAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTATAGTTTTAAATCTCCAA
* * * ** *
21640422 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAAATG
258 CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTATATGAAATG
* * * ** * *
21640487 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAGTAGT
323 AAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAGATCAAAACAACTTTAAATAAATAATTATTCAAGTAGT
* ** * * *
21640552 CAAATCTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTT
388 CAAATCTATTCGAACTTGTCAGATAAACAAATTTATTTTATTTAAATCTTTTACT-ATT-ATTTT
* *
21640617 TTGAAAGTTAATAAATTACTATTATTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTT
451 TTGAAAGTTAATAAATTACTATTATTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGGTTT
* * * * * * *
21640682 ATGACTAAACAAAAGGTAGGAATAAGTTGAAATTGAAAATTTTTCTAATAGTCTTAATTATTTGA
516 ATGACAAAACAAAAGGTAGGAACAAGTTGAAATAGAAAATTTTTCAAATAATCATAACTATTTGA
* * ** * * *
21640747 ACTGGTTTAATTAACGCATTTATTTTTCAAAGCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAATTTAG
581 ACTGGTTCAATAAAAACATTTATTTTTAAAAGCTCTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTTAG
* * * * * * *
21640812 CAATATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAGATCA
646 CAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAACTATTTTATGACAAAACAAAAATCA
21640877 T
711 T
* * * * * *
21640878 AATGATTTGAGATGGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTTGATAAAGAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTTGATAAATACATT
* *
21640943 TAATTCTTAAATCTCTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATA
65 TAATTTTTAAATCTCTTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATA
** * *
21641007 ATTTTGTATGAAT-AGAAA-AATCA-TTT-GACGACAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAG
129 AGCTTGTATG-ATCAGAAACAATCATTTTAGAAGA-AAACAAAA-ATCATAATAATTTGAAATAG
* ** ** *
21641068 ATAACAATTCAAACAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGA-TATATTTTTTAAATCT
191 ATAACAATTCAAACAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACA-ACTATA-GTTTTAAATCT
*
21641132 CCAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTATATG-
254 CCAACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTATATGA
**
21641195 AATAGAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAGATCAAAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCT
319 AAT-GAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAGATCAAAACAACTTT-AAATAAATAATTATTC-
*
21641259 AAG-GGTCATAA-CTATTCGAACTTGCTCAG-TAAACAAATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACT-
381 AAGTAGTCA-AATCTATTCGAACTTG-TCAGATAAACAAATTTATTTTATTTAAATCTTTTACTA
* * * *
21641318 TT-TTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAA
444 TTATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTACTATTATTTT-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA
* * *
21641381 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTT-AAATAATC
506 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT-AGGAACAAGTTGAAATAGAAAATT-TTTCAAATAATC
* **
21641444 ATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAAAATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTG
569 ATAACTATTTGAACTG-GTTCA-ATAAAAACATTTATTTTTAAAA--GCT-CTTATTAATTTTTG
* * *
21641507 AAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGGATAGAACCAACTATTT
629 AAATAT-AATAAATTTAGCAATATTTTACTTCG-AATAAGCTTGCATGAATAGAACCAACTATTT
*
21641570 TATGACAAAATAAAAAGTCAT
692 TATGACAAAACAAAAA-TCAT
* * * *
21641591 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATATA-T
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGTTTGATAAATACATT
*
21641654 TAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
65 TAA-TTTTTAAATCTC-T--TCATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
*
21641718 AAATAAGCTTATATGA
124 AAATAAGCTTGTATGA
21641734 ACTAAAACAA
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 117, Indels: 67
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
707 10 0.01
708 24 0.03
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710 5 0.01
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713 218 0.31
714 143 0.20
715 8 0.01
716 47 0.07
717 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (711 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGTTTGATAAATACATTT
AATTTTTAAATCTCTTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAG
CTTGTATGATCAGAAACAATCATTTTAGAAGAAAACAAAAATCATAATAATTTGAAATAGATAAC
AATTCAAACAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTATAGTTTTAAATCTCCAACTT
ATTAATTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTATATGAAATGAAA
CAATTGTTCTATAACAAAACAAAAGATCAAAACAACTTTAAATAAATAATTATTCAAGTAGTCAA
ATCTATTCGAACTTGTCAGATAAACAAATTTATTTTATTTAAATCTTTTACTATTATTTTTTGAA
AGTTAATAAATTACTATTATTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGGTTTATGAC
AAAACAAAAGGTAGGAACAAGTTGAAATAGAAAATTTTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGG
TTCAATAAAAACATTTATTTTTAAAAGCTCTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTTAGCAATA
TTTTACTTCGAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAACTATTTTATGACAAAACAAAAATCAT
Found at i:21641704 original size:538 final size:537
Alignment explanation
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Period size: 538 Copynumber: 4.4 Consensus size: 537
21640144 AAATATTAAT
* * * * *
21640154 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTAG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * *
21640219 CAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTCAC-TATTTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT
66 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT
* ** * * **
21640283 TATTCAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAA-ATCATATTAAT
130 TATTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * *
21640346 TTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-AAAAACA-ACTTTAGT
194 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGAAAAA-AGA-TTTATT
* * *
21640409 TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCG-AATAA
256 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAA
* * ** * * *
21640473 GTTTTTATGAA-ATGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAACTTTAAATAGA
320 GCTTGTATGAATA-GAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAA-TTTAAATAGA
* * * *
21640536 TAATTGTTCAAGTAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTATTTTATTTAAAT
383 TAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACATGTTTAG-TAAATAGA-TTAATTT-TTTAAAT
* * * * * *
21640599 CTTTTGCTCATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTA-TTT-TTTCTAAATAAGCTTGT
444 CTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTAT
* *
21640661 ATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAAC
507 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
21640692 AAAAGGT-AGGAATAAGTTGAAATTGAA-AATTTTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTT
1 AAAAGGTCA-AAATGATTTGAAA-TAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * * * * * * * *
21640755 AATTAACGCATTTATTTTTCAAAGCTCTTA-TTAATTTTTGAAATATTATTAATTTAGCAATATT
64 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * **
21640819 TTACTTCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATGA
129 TTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * *
21640883 TTTGAGATGGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTT-TGATAAAGAGATTTAAT
193 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAGA-AAAAAGATTT-AT
* **
21640947 TCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAA
255 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAA
** * * *
21641008 TTTTGTATGAATAG-AA-AAATCATTTGACGAC-AAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGAT
320 GCTTGTATGAATAGAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTT-AAATAGAT
** * * * * * *
21641070 AACAATTCAAACAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGA-TATATTTTTTAAATCTCC
384 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTA-ATTTTTTAAATCTCT
* * * *
21641134 AACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTATATGAA-
448 TACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAC
* *
21641197 TAGAAACAATTGTTCTATAACAAAAC
513 TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * *
21641223 AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * *
21641288 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT
66 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
21641353 ATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
131 ATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * *
21641418 TGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAAAATATTTATTTTT
195 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCAGAAAAAAGATTTATTTTT
*
21641483 AAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGC
259 -AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGC
* * * * * **
21641546 TTGCATGGATAGAACCAACT-ATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAA
322 TTGTATGAATAGAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTT-AAATAGATAA
* * * *
21641610 TTATTCAGATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATATATTAATTTTTTAATTCTCTTAC
386 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAC
*
21641674 TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAA
451 TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAA
* *
21641739 AACAATTGTTTTATTACAAAAA
516 AACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * *
21641761 AAAAGGTCACATTGATTTGAAGTAATTAATTACTCAAATATTCATGACCATTTGAACTTG-TTCG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * *
21641825 ATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGCCAAAATATTAATAAATTA--ATTT
66 -TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTTTTG---AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
21641888 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
127 TTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * ** * ** * *
21641953 AATTAGAAATAAATAATTGTTCAAGTAGTCATAAAGATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTAT
191 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGAAAAAAGATTTAT
* * * *
21642018 TTGTTAGATCTTTTATTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAA
255 TT-TTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAA
* * *** *
21642081 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAATAG
317 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAATAG
* * * * *
21642146 ATAATTGTTCAAAATAGTCATAA-TAATTT-AA-ATTTATTCATTAAA-CGTATTCATTTTTTAA
382 ATAATTATTC-AAATAGTCATAACT-ATTTGAACATGT-TT-AGTAAATAG-ATTAATTTTTTAA
* * * * * * * ** *
21642207 ATCTCGTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAGCATTATTTTAATTTTGAATAAGC-TA
442 ATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTA
* * ** * *
21642271 TATGATC-GAAATGATTTTTTTATGACAAAAT
506 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
21642302 AAAAGGTCATAACGATTTTG-AATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTT-
1 AAAAGGTCAAAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
* * * * *
21642365 GATAAACATATTTATGTTTTACATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTT
65 G-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT--TT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
21642430 ATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAATCTATTGCTTTATAATAGAACAAAAAGTCATA
126 ATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
21642494 ACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTG
189 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
21642542 GTTTGATAAA
Statistics
Matches: 1516, Mismatches: 266, Indels: 132
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
530 28 0.02
531 124 0.08
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533 120 0.08
534 21 0.01
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536 56 0.04
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541 165 0.11
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543 103 0.07
544 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAGAAAAAAGATTTATTTTTAA
ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGT
ATGAATAGAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAATAGATAATTATT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:21642608 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 21642409--21642678 Score: 299
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
21642399 TTAATTGTTG
** * * * *
21642409 AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAATCTATTGCTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAAATATATTGCTTTA
* * * * * *
21642474 TAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
66 TAACAAAACAAAAACTAATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGATATAACTATTTGAA
21642539 TTGGTTTGAT
131 TTGGTTTGAT
* ** * *
21642549 AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAA-AAAATAATATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAAAT-ATATTGCTTT
* * ** * * * *
21642613 ATTACAAAATAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGATATAATTATTTGA
65 ATAACAAAACAAAAACTAATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGATATAACTATTTGA
21642678 A
130 A
21642679 CTAGTTCAAT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 25, Indels: 2
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
139 5 0.05
140 99 0.95
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (140 bp):
AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAAATATATTGCTTTA
TAACAAAACAAAAACTAATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGATATAACTATTTGAA
TTGGTTTGAT
Found at i:21642653 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21642630--21642678 Score: 75
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
21642620 AATAAAAACT
21642630 AATAATTATTTGAAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
21642648 -ATAATTATTT-AAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
21642664 ATATAATTATTTGAA
1 A-ATAATTATTTGAA
21642679 CTAGTTCAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 5
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 10 0.36
18 10 0.36
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.08, T:0.43
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AATAATTATTTGAAATAG
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Indices: 21642605--21643060 Score: 454
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 175
21642595 AAAAAATAAT
* ** * *
21642605 ATTGTTTTATTACAAAATAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGAT-ATA
1 ATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATA
* * * *
21642669 ATTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-AATTATTTTCTAAATCTCTTATAAAATTTTCAAATATTA
65 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTT-TAAATCTATTATAAAATTTTCAAATATTA
* * *
21642733 ATAAATTAGTTTTACTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGACCTAAAATA
129 ATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGA-CTAAAACA
* * * * * * * *
21642781 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTT-AAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
21642845 ACTGTTTGAATTGGTTCGGTAAATGGATTTATTTTTATATCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATA
65 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTATTA--TA-AAATTTTCA-AATA
* * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * *
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*
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * **
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* * *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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*
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AAC
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66 TTAGTCCCAGATGTGGTCATTCCT
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TTAGTCCCAGATGTGGTCATTCCT
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*
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*
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*
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* *
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*
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1 AAAAAATGAAAAAA
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1 A
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* **
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* *
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* *
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*
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1 G-AAAAAAT
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*
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* ** *
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* *
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* * *
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*
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*
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* * *
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66 GCATGCAAAATTTTAAGTCACTTGAAAAGCAAATTGTGAATCTTTTGATGAGAATTTTTGAGTTC
* * * *
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* * * * *
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*
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1 AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCAG
* * * *
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* *
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* * *
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* * * *
21654013 AGGA-TCATTTATTTTCT-AGAAGTTTCATTGCCTTTATTCAA
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* * ** *
21654054 AGGAGCCATTTATTTT-TCCAAAGTTCGTCACCTTTATTCAG
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** * **
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* * * * *
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AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCAG
Found at i:21654026 original size:124 final size:124
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21653796 ATAATTGTCA
* * * * * * * *
21653806 AGGAGCTATTTA-TTTTCTAGAAGTTCATTGTCTCTATTAAAAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAA
1 AGGAGCCATTTATTTTTCCA-AAGTTCGTTGCCTCTATTCAGAGAAGCTATTTATTTTCTCAAAA
*
21653870 GTTCATTGCCTCTATTTA-AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTG-CTTCTGTTTAG
65 GTTCATTGCCTCTATTTAGAGGA-CCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCCTT-TATTTAG
*
21653930 AGGAGCCATTTA-TTTTCTAGAAGTTCGTTGCCTCTATTTCAGAGAAGCTATTTATTTTCTC-AA
1 AGGAGCCATTTATTTTTCCA-AAGTTCGTTGCCTCTA-TTCAGAGAAGCTATTTATTTTCTCAAA
* * * * *
21653993 AGTTCATTGCCTCTATTTAGAGGATCATTTATTTTCT-AGAAGTTTCATTGCCTTTATTCAA
64 AGTTCATTGCCTCTATTTAGAGGACCATTTATTTTCTCAAAAG-TTCGTTGCCTTTATTTAG
** * * * *
21654054 AGGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCGTCACCTTTATTCAGAGGATGATATTTATTTTCCCAAAA
1 AGGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCGTTGCCTCTATTCAGA-GAAGCTATTTATTTTCTCAAAA
** * * * *
21654119 GTTTGTTG-CTCTATTCAGATGAGACCATTTA-TTTCCCCAAAGTTAGTTGCCTTTATTTAAG
65 GTTCATTGCCTCTATTTAGA-G-GACCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCCTTTATTT-AG
* * * * *
21654180 AGGAACCATTTATTTTTCCAAAGTTCAGTTGCCTCCATTCATAGGAGCAATTTATTTT
1 AGGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTC-GTTGCCTCTATTCAGAGAAGCTATTTATTTT
21654238 TTCTTTTTTC
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 41, Indels: 22
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.15, T:0.42
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AGGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCGTTGCCTCTATTCAGAGAAGCTATTTATTTTCTCAAAAG
TTCATTGCCTCTATTTAGAGGACCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCCTTTATTTAG
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21656515 ACAAAATGTC
*
21656525 ATAATTATTTGAGATAG
1 ATAATTATTTCAGATAG
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1 ATAATTATTTCAGATAG
21656558 TCATAACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATTATTTCAGATAG
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21656352 TGTTATGACA
* * * * * * * *
21656362 ATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACGTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
21656426 TTTACATT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATA-TTTATTTTGACTAGGCTTGTATG
65 CTTAC-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * ** *
21656489 AACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAGATAG
129 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAG
* * *
21656542 ATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
21656607 TTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATACGAA
66 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
21656672 CT-GATATAATTGTTTTATGACGAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
131 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
21656723 ATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTG
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
21656788 TTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * *
21656853 ACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA-
130 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
21656904 AAAATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATCT
1 ATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
21656969 TTTATTTATTAATTGTAAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATG
65 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG
* * * * *
21657033 AATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAG
129 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * *
21657086 GTAATTATTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** * *
21657151 TTACTTATAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
66 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
21657215 TAGAAACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
131 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAG
* * * ** ** * *
21657266 ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-T
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
21657329 CGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTCCTAATAAAAC-TATAT
65 C-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTAT
* * * *
21657393 CAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAA
128 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * *
21657447 ATAATTATTCAAATTG-CTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCT
1 ATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCT
21657511 CTTA
65 CTTA
21657515 ATGCTAGCGT
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 160, Indels: 41
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 11 0.01
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182 149 0.19
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
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Indices: 21656379--21657514 Score: 1113
Period size: 361 Copynumber: 3.1 Consensus size: 353
21656369 TTCAAACAAG
* * * * * * *
21656379 CATAATTATTTGAACGTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTAATTTTTG
1 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATAAATTTTG
* * * * *
21656444 GAATATTAATAAACTAGTAA-TATTTATTTTGACTAGGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTA
65 AAATATTAATAAATTAG-AATTATTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTA
* * * * * *
21656508 TGATAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAA
127 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
21656573 CTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAG
192 -TTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAC
* * * * * *
21656638 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACT-GATATAATTGTTTTATGACGAAATAAAA
254 TAGTATTATTTTAATTCGAATAAG-CTATATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
*
21656702 -GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
317 TG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-T
* * * ** * * * * **
21656740 TATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCA
1 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT-TTG
* *
21656805 AAATGTTAATAAATTA-ATATTATTTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
65 AAATATTAATAAATTAGA-ATTA--TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG-TT
* * * *
21656869 TATGGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAA-AATTTATTTAAATAGTCACAACTATTT
125 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
21656933 GAATTTATTTGGTAAAT-GTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTAAGAATATTAAT
189 GAA-TTGTTTGGTAAATAG-A-TTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * *
21656997 AAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC
250 AAACTAGTATTATTTTAATTCG-AATAAGC-TATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
21657061 AAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAAT
313 AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AT
* *
21657103 CGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGA
1 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGA
* * * *
21657168 AATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTCTTGT
66 AATATTAATAAATTAGAATTAT-TTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT-TTAT
* * *
21657233 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGCAT
128 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
*** **
21657298 TGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATTCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACT
193 T-GTTTGGTAAATAGATT-ATTTTTTAAATTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACT
* * * * **
21657363 AGCATTATTTT-ATTCCTAATAAAACTATATCAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAT
255 AGTATTATTTTAATT-CGAAT-AAGCTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT
* *
21657426 GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-T
318 -GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAT
* * * * *
21657462 GCTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCTCTTA
1 -C-ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
21657515 ATGCTAGCGT
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 116, Indels: 58
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.00
360 25 0.04
361 299 0.47
362 32 0.05
363 269 0.43
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGA
AATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTATGAC
AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT
TTGGTAAATAGATTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATT
ATTTTAATTCGAATAAGCTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAT
Found at i:21664499 original size:10 final size:10
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Indices: 21664470--21664557 Score: 74
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21664460 ATAATGGATG
21664470 GAAAAAAGAA-
1 GAAAAAA-AAT
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1 GAA-AAAAAAT
*
21664491 GAAAAAAAAAA
1 G-AAAAAAAAT
*
21664502 GAATGAAAAATT
1 GAA--AAAAAAT
*
21664514 G-AGAAAAAT
1 GAAAAAAAAT
21664523 GAAAAAAAAT
1 GAAAAAAAAT
21664533 GAAAAAAAAT
1 GAAAAAAAAT
*
21664543 -AAAAAAGAT
1 GAAAAAAAAT
21664552 GAAAAA
1 GAAAAA
21664558 GAGAGAAAAG
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 7, Indels: 14
0.75 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
9 14 0.22
10 29 0.45
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12 8 0.12
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.15, T:0.09
Consensus pattern (10 bp):
GAAAAAAAAT
Found at i:21664506 original size:15 final size:14
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Indices: 21664471--21664557 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 5.9 Consensus size: 14
21664461 TAATGGATGG
* *
21664471 AAAAAA-GAAGAAG
1 AAAAAATGAAAAAA
21664484 AAAAAATGAAAAAA
1 AAAAAATGAAAAAA
21664498 AAAAGAATGAAAAATTGA
1 AAAA-AATGAAAAA---A
*
21664516 GAAAAATGAAAAAA
1 AAAAAATGAAAAAA
21664530 AATGAAAA--AAAATAA
1 AA--AAAATGAAAA-AA
*
21664545 AAAAGATGAAAAA
1 AAAAAATGAAAAA
21664558 GAGAGAAAAG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 19
0.71 0.06 0.23
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.15
14 16 0.27
15 17 0.29
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17 9 0.15
18 4 0.07
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.14, T:0.09
Consensus pattern (14 bp):
AAAAAATGAAAAAA
Found at i:21664565 original size:10 final size:10
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Indices: 21664496--21664566 Score: 53
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21664486 AAAATGAAAA
21664496 AAAAAAGAATG
1 AAAAAAG-ATG
*
21664507 -AAAAA-TTG
1 AAAAAAGATG
*
21664515 AGAAAA-ATG
1 AAAAAAGATG
*
21664524 AAAAAAAATG
1 AAAAAAGATG
*
21664534 AAAAAAAAT-
1 AAAAAAGATG
21664543 AAAAAAGATG
1 AAAAAAGATG
21664553 AAAAAGAGA-G
1 AAAAA-AGATG
21664563 AAAA
1 AAAA
21664567 GGAAGACTTA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
8 2 0.04
9 19 0.37
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11 3 0.06
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AAAAAAGATG
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21666122 CATAATTGTC
* * * *
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1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
*
21666173 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATT-T
1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
* * * *
21666214 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCTTCTGTTTA
1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
* * *
21666256 GAGGAGCCATTTATTTTCT-AGAAGTTCGTTGCCTCTATTCA
1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
* * * *
21666297 GAGAAGCTATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTTA
1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
* * * *
21666339 GAGGAGTCATTTATTTTCT-AGAAGTTCATTGCCTTTATTCA
1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
* * * ** *
21666380 AATGAGCCATTTATTTT-TCCAAAGTTCGTCACCTTTATTCA
1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
** * **
21666421 GAA-GAGATATTTATTTTC-CCAAAGTTTGTTGCCTCTATTCA
1 -AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
* * * * * *
21666462 GATGAGCCATTTA-TTTCCCTAAAGTT-AGTTGCCTTTATTTA
1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCA-TTGCCTCTATTCA
* * *
21666503 GAGGAGCCATTTATTTT-TCCAAAGTTCAGTTGCCTCCATTCA
1 AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCA-TTGCCTCTATTCA
* *
21666545 TAGGAGCAATTTATTTT
1 AAGGAGCCATTTATTTT
21666562 TTCTTTTTTC
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 53, Indels: 21
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 6 0.02
41 216 0.66
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ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (42 bp):
AAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTCA
Found at i:21666268 original size:83 final size:84
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Indices: 21666133--21666561 Score: 421
Period size: 83 Copynumber: 5.2 Consensus size: 84
21666123 ATAATTGTCA
* * * * *
21666133 AGGAGCTATTTATTTTCT-AGAAGTTCATTG-TCTCTATTAAAAGGAGCCATTTATTTTCTCAAA
1 AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCT-TCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCTCAAA
*
21666196 AGTTCATTGCCTCTATTTA-
65 AGTTCATTGCCTCTATTCAG
* *
21666215 AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCTTCTGTTTAGAGGAGCCATTTATTTTCT-AGAA
1 AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCTTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAA
*
21666279 GTTCGTTGCCTCTATTCAG
66 GTTCATTGCCTCTATTCAG
* * * * * *
21666298 AGAAGCTATTTATTTTCTCAAAAGTTCATTGCCTCTATTTAGAGGAGTCATTTATTTTCT-AGAA
1 AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCTTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAA
* *
21666362 GTTCATTGCCTTTATTCAA
66 GTTCATTGCCTCTATTCAG
* * ** * * ** *
21666381 ATGAGCCATTTATTTT-TCCAAAGTTCGTCACCTT-TATTCAGAAGAGATATTTATTTTC-CCAA
1 AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGT-TGCTTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCTCAAA
**
21666443 AGTTTGTTGCCTCTATTCAG
65 AGTTCATTGCCTCTATTCAG
* * * * *
21666463 ATGAGCCATTTA-TTTCCCTAAAGTTAGTTGCCTT-TATTTAGAGGAGCCATTTATTTT-TCCAA
1 AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTG-CTTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCTCAAA
* *
21666525 AGTTCAGTTGCCTCCATTCAT
65 AGTTCA-TTGCCTCTATTCAG
*
21666546 AGGAGCAATTTATTTT
1 AGGAGCCATTTATTTT
21666562 TTCTTTTTTC
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 51, Indels: 18
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
81 3 0.01
82 134 0.47
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Consensus pattern (84 bp):
AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTGCTTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAA
GTTCATTGCCTCTATTCAG
Found at i:21666364 original size:124 final size:123
Alignment explanation
Indices: 21666133--21666561 Score: 465
Period size: 124 Copynumber: 3.5 Consensus size: 123
21666123 ATAATTGTCA
* * * * * * * *
21666133 AGGAGCTATTTA-TTTTCTAGAAGTTCATTGTCTCTATTAAAAGGAGCCATTTATTTTCTCAAAA
1 AGGAGCCATTTATTTTTCCA-AAGTTCGTTGCCTCTATTCAGAGAAGCTATTTATTTTCTCAAAA
*
21666197 GTTCATTGCCTCTATTTA-AGGAGCCATTTATTTTCTCAAAAGTTCGTTG-CTTCTGTTTAG
65 GTTCATTGCCTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCT--AAAGTTCGTTGCCTT-TATTTAG
*
21666257 AGGAGCCATTTA-TTTTCTAGAAGTTCGTTGCCTCTATTCAGAGAAGCTATTTATTTTCTCAAAA
1 AGGAGCCATTTATTTTTCCA-AAGTTCGTTGCCTCTATTCAGAGAAGCTATTTATTTTCTCAAAA
* * * *
21666321 GTTCATTGCCTCTATTTAGAGGAGTCATTTATTTTCTAGAAGTTCATTGCCTTTATTCAA
65 GTTCATTGCCTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCTA-AAGTTCGTTGCCTTTATTTAG
* ** * * *
21666381 ATGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCGTCACCTTTATTCAGA-AGAGATATTTATTTTC-CCAAA
1 AGGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCGTTGCCTCTATTCAGAGA-AGCTATTTATTTTCTCAAAA
** * * * *
21666444 GTTTGTTGCCTCTATTCAGATGAGCCATTTATTTCCCTAAAGTTAGTTGCCTTTATTTAG
65 GTTCATTGCCTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTT-TCTAAAGTTCGTTGCCTTTATTTAG
* * * *
21666504 AGGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCAGTTGCCTCCATTCATAGGAGCAATTTATTTT
1 AGGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTC-GTTGCCTCTATTCAGAGAAGCTATTTATTTT
21666562 TTCTTTTTTC
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 38, Indels: 16
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
123 77 0.30
124 156 0.60
125 26 0.10
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (123 bp):
AGGAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCGTTGCCTCTATTCAGAGAAGCTATTTATTTTCTCAAAAG
TTCATTGCCTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTCTAAAGTTCGTTGCCTTTATTTAG
Found at i:21669431 original size:181 final size:180
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Indices: 21668704--21669833 Score: 970
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
21668694 ACAAGCATAT
* * * * **
21668704 TATTTGAACGTGCTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACATT-TTAATTTTTGGAAAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTGTAAG-AAT
* * * * * * *
21668767 ATTAATAAACTAGTAATA-TTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACAGAAAACAATTGGTTTATGA
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGA
* * *
21668831 TAAAACAAAATGTCATAA-ATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAAC
127 CAAAACAAAATGTCATAACA--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * **
21668886 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-TTGGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTAAGAATAT
* * * * * * * *
21668950 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACT-GATATAATTG-TTTATGACG
65 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACA
* * * *
21669013 AAATAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGAC
129 AAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** *
21669065 TATTTAAACTTGTTTAATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTGTCAA-AAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGT-AAGAAT
* * * *
21669128 GTTAATAAATTAATATTATTTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTTTTATG
63 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATTGTTTTATG
* * * * * *
21669192 GCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA-AAAATTTATTTAAATAGTCACAAC
126 ACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
21669247 TATTTGAATTTATTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTAAGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTAAGAATAT
* *
21669312 TAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACA
* * * * *
21669376 AAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCGTAAC
129 AAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
21669428 TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGA-AATAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTAAGAATAT
* ** * * * *
21669492 TAATAAATTAGAATTATGCT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTCTTGTGACA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACA
* ** * *
21669556 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAC
129 AAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* *** ** * * *
21669608 TATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTTAGAAT
1 TATTTGAACTT-GTTTGGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTGTAAGAAT
* * * * * * **
21669671 ATTAATAAACTAGCATTATTTT-ATTCCTAATAAAAC-TATATCAATAGAAGCAATTGTTTTATG
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATG
* * * *
21669734 ACAAAAC-AAATGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTG-CTATAAC
126 ACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAAC
* * *
21669789 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCTCTTA
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTA
21669834 ATGCTAGAGT
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 140, Indels: 67
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 81 0.10
180 188 0.24
181 310 0.40
182 174 0.22
183 22 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTTGAACTTGTTTGGTAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTAAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
Found at i:21669807 original size:542 final size:543
Alignment explanation
Indices: 21668704--21669829 Score: 1260
Period size: 542 Copynumber: 2.1 Consensus size: 543
21668694 ACAAGCATAT
* * **
21668704 TATTTGAACGT-GCTTGGTAAATAG-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACATTTTAATTTTTGGAAA
1 TATTTGAAC-TAGTTTGGTAAAT-GTATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTAATTGTAAGAAA
* * *
21668766 TATTAATAAACTAGTAATATTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACAGAAAACAATTGGTTTATGA
64 TATTAATAAACTAGTAATATTTATATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAACAATTAGTTTATGA
* * * *
21668831 TAAAACAAAATGTCATAAATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACT
129 CAAAACAAAATGTCATAAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
* * * * *
21668896 TGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTGGAATATTAATAAAGTAG
193 TGTTCGATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTCATAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAG
* ** * * * * * *
21668961 TATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACTGATATAATTGTTTATGACGAAATAAAAGATCA
258 AATTATGCTATTCCAAATAAGCCTATACGAACTGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * * * * *
21669026 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATAT
323 TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGGTCAACAAACAGAT
* * * *
21669091 TTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTTAATTC
388 TCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACATTATTTTTAATTC
* * * * *
21669156 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
453 GAATAAACTTATATCAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAA
*
21669221 TAAAAATTTATTTAAATAGTCACAAC
518 TAAAAATTTATTCAAATAGTCACAAC
* * *
21669247 TATTTGAATTTA-TTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTTATTAATTGTAAG-AA
1 TATTTGAA-CTAGTTTGGTAAATGTATTTATTTTTTAAATCTTTTACATT-TTAATTGTAAGAAA
* * * * *
21669309 TATTAATAAATTTGTATTATTT-TAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTAT
64 TATTAATAAACTAGTAATATTTAT-ATTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAAACAATTAGTTTAT
* * * *
21669372 GACAAAACAAAATGTTATAGCA-ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCGTAACTATTTGAA
127 GACAAAACAAAATGTCATA-AATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * *
21669436 CTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATT
191 CTTGTTCGATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTCATAAATTTTGAAATATTAATAAAGT
* * * *
21669501 AGAATTATGCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAAG
256 AGAATTATGCTATTCCAAATAAGCCTATACGAACT-GAAACAATTGT-TTATGACAAAACAAAAG
* ** ** *
21669565 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAA
319 ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGGTCAA-CAAA
* * * * *
21669629 TAGATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTA-TTT
383 CAGATTCATTTTTTAAATCT-ATTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACATTATTTT
* * * **
21669692 T-ATTCCTAATAAAAC-TATATCAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACG
447 TAATT-CGAAT-AAACTTATATCAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
* *
21669755 ATTTAAAATAAATAA-TTATTCAAATTG-CTATAAC
510 ATTTAAAATAAA-AATTTATTCAAATAGTC-ACAAC
* *
21669789 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCT
1 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATGTATTTATTTTTTAAATCT
21669830 CTTAATGCTA
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 83, Indels: 35
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
541 7 0.01
542 245 0.51
543 186 0.39
544 45 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (543 bp):
TATTTGAACTAGTTTGGTAAATGTATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTAATTGTAAGAAATA
TTAATAAACTAGTAATATTTATATTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAACAATTAGTTTATGACA
AAACAAAATGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGT
TCGATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTCATAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGAAT
TATGCTATTCCAAATAAGCCTATACGAACTGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGGTCAACAAACAGATTCA
TTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACATTATTTTTAATTCGAA
TAAACTTATATCAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAA
AAATTTATTCAAATAGTCACAAC
Found at i:21669830 original size:361 final size:352
Alignment explanation
Indices: 21668704--21669833 Score: 1044
Period size: 361 Copynumber: 3.1 Consensus size: 352
21668694 ACAAGCATAT
* * * * * *
21668704 TATTTGAACGTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACATTTTAATTTTTGGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTAC-TTATAAATTTT-GAAATAT
* * * *
21668769 TAATAAACTAGTAA-TATTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACAGAAAACAATTGGTTTATGATA
64 TAATAAATTAG-AATTATTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATT-GTTTATGACA
* * * * *
21668833 AAACAAAATGTCATAAATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTG
125 AAACAAAAAGTCAT-AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * *
21668898 TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAAGTAGT
188 TTTGGTAAATAGA-TTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGT
* ** * * * * *
21668962 ATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATA-CGAACT-GATATAATTG-TTTATGACGAAATAAAAGAT
251 ATTATTTTA-TTCAAATAAAACTATATC-AA-TAGA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGT
* * * *
21669024 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGAC
312 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGCTATAAC
* * * * * * ** *
21669065 TATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTGTCAAAATGT
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT-TTGAAATAT
*
21669130 TAATAAATTA-ATATTATTTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTTTTATGG
64 TAATAAATTAGA-ATTA--TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTG-TTTATGA
* * *
21669193 CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAA-AATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATT
123 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * *
21669257 TATTTGGTAAAT-GTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTAAGAATATTAATAAATT
186 TGTTTGGTAAATAG-A-TTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACT
* * * * * *
21669321 TGTATTATTTTAATTGAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
248 AGTATTATTTT-ATTCAAATAAAAC-TATATCAATAG-AAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAT
* * * *
21669385 -GTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAAT-C-GTAAC
309 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT--TGCTATAAC
*
21669428 TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATT
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATT
* * * *
21669493 AATAAATTAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTCTTGTGACAAA
65 AATAAATTAGAATTAT-TTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT-TTATGACAAA
* * * **
21669558 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGCATTGGTCA
127 ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTT
* ** *
21669623 AGCCAATAGATTCATTTTTTAAATTCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATT
191 GGTAAATAGATT-ATTTTTTAAATTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATT
* *
21669688 ATTTTATTCCTAATAAAACTATATCAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
254 ATTTTATT-CAAATAAAACTATATCAATAGAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
* * *
21669753 CGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGCTATAAC
317 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGCTATAAC
* * *
21669789 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCTCTTA
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTA
21669834 ATGCTAGAGT
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 112, Indels: 76
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.00
360 24 0.04
361 361 0.58
362 112 0.18
363 116 0.19
364 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTA
ATAAATTAGAATTATTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAA
AAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAA
ATAGATTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAT
TCAAATAAAACTATATCAATAGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATTGCTATAAC
Found at i:21678331 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 21678016--21679215 Score: 1022
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
21678006 AGTCATAACT
* * * * *
21678016 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
21678081 TGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGA
65 TGAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * ** *
21678145 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTTATTCAATAAATTG
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAG
** * * * *
21678197 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
21678262 TGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACATTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
65 TGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * ** *
21678327 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCAT
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAG
* * * ** * * *
21678378 ATTTAGTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAGTTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * *
21678443 TCAAATAAGCATT-TACGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTG
64 TTGAATAAGC-TTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * ** * *
21678507 AAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACAC
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAG
* * * * ** * *
21678560 ATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTT-TCTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT
* * *
21678624 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA-GTACATAATGATTTGA
65 TGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGA
* * * *
21678687 GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAAC-TAGTTTGGTCAATAG
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAG
*
21678739 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * **
21678800 TGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAA
65 TGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
** * * * * * *
21678865 ATAGATAATAATTCGAATGGACGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAG
* * * ** * ** **
21678916 ATTAATTTCTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
21678981 AAATAAACTAGTATGAATAGAAACAACTT-TTTTATAACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGA
66 GAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAA-TTATTTTATAAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
21679045 AATAAATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCACTCGGCAAATAG
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAG
* ** * * *
21679097 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
21679162 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATA
65 TGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATA
21679216 TCTGTTCTTT
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 180, Indels: 57
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 13 0.02
176 59 0.07
177 68 0.08
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GAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAG
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* * * **
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* * * * * **
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* ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
21679629 ATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAACATAAATCTATTT-ACTGAATA
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTATTTT
* * * * * * ** * * *
21679737 GTCAAAAAATAATTGTTTAAGATCATAAAAACTTATTCAAAATAATATAATACTATTTTACTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
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129 ATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGT
* * *
21679867 TATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
193 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * * * ** *
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* *
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** * * * * * * **
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* * * * *
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66 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
21680164 TT-AGAAAATTAATAAGCAAGAAAGTTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAG
131 TTCA-AAAATTAATAAG-AAG--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAG
* * * * *
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192 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * * * * * *
21680293 TGTTT-AAGTTTTTAAAAGTTTATCCAAAATAATATAATATTAATTTATTAATAATTCAAAAATT
257 TATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAATT
* * * *
21680357 GAA-AAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAATCAATTTATCAAATC-
320 -AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTGTCGAA-CA
* * * * * * * * *
21680399 AGTTCAAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAACATTTATTTTGC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* *
21680464 CATAAAACAATT-TTTT--TTCATTATAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TAT-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
21680526 ATTTCAAAAATTAATGAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGT
129 ATTTCAAAAATTAATAAGAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGT
* * *
21680591 TATGACTATTTGAACT-ATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
193 TATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * ** *
21680655 TATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTAAAAATATTATGAAAATTA
257 TATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTA
* * *
21680720 GTAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TATTTG-CTGAA-A
321 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTC-GAACA
* ** * * * **
21680758 TAGTTCAAATAGTTAAGGGTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-C-TTTGCTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG
* * * *
21680821 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTTATTA
65 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAA-TTTATTA
* * *
21680884 ATATTTTAAAAATTAAT--G--GAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTA-CTATACTCAGTTCAATT
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC-CAGTTCAAAT
* * * * * * * *
21680943 AGTTAT-AATAATTTGAACAATTATTTATTGCAAATCATTATGACCATTTGTTTCGTCATAAAAT
190 AGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * *
21681007 AATTTTTTCTATTAATACAATCTCATTCAGAACAAAGTAATGCTAATTAATTAATATTCTAAAAA
254 AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA
* * * * * * *
21681072 TTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATTAATCTGTTGGCCTAACC
318 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACA
* * * * * *
21681114 AGTGCAAATAGTTTTGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* * * * * *
21681179 C--ACAACAATTGTTTCTA-TTCCTATAAGCTTATTCGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
21681241 -TTCTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAACTGAATTTGTTTAT---A--AGTTCAAATAGTT
130 TTTC-AAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
21681297 ATGACTATTTGAGTAATTACCTATTTTAAATTGCTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTT
194 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * *
21681362 TTTCTATTCATACAAGCATATTTTA-ATTAAAACAATACAAATTTATTAATATTC-AGACAATTA
259 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-A-AATTA
* ** * *
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321 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTC-GAACA
* * * *
21681465 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTTG
* * * * * * *
21681529 TCAAAAAACAAATTATTTT-GTTCATAGAAGCTTTTTTGGATTAAAATAATA-TTATTTATTAAT
65 TCATAAAAC-AATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * ** *
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129 ATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGT
* * * * * * **
21681657 CATAACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACATTTTGCTTCATCATAAAACAATT
193 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
21681722 ATATT-TGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
258 AT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTA
* * * **
21681786 ATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAA-A
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** * * *
21681825 AGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* * **
21681890 CATAAAATAATTATTTCT-GTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* *
21681953 ATTTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACACA-TTCAAAT
129 ATTTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC-CAGTTCAAAT
* * * **
21682015 AGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGCCA
190 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
21682080 ATTATTTCTGTTCATACAAGCATATT-TGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATT-TCAAAA
255 ATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA
* * * *
21682143 --ATTAA-T-A-AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAGCA
318 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTGTCGAA-CA
* * * ** *
21682182 AGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTT
1 AGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATT
* * *
21682246 TTGTCATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
62 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
21682310 AATA-TTCTAAAAATCAATAGGTAGGAGATTT-AAAAGTAAATCTATTAACCAAACAAGTT-AAA
126 AATATTTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * *
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189 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** * * * *
21682437 AATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAGAACAAAATAATACTAATCTATTAAAATTTTGAAAA
254 AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA
* * * *
21682502 -T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT-ACAGAA-A
318 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTC-GAACA
* * * * * *
21682540 TAGTTTAAATAGTTGTGATTATGTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTATTTC
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
* * * * *
21682603 ATCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATATAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATA
64 GTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
21682666 ATATTCCAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCGGTTCAAATAG
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
21682728 TTAGGACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGACCTGTTGTTTAGTTATAAAAAAAT
192 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
21682793 TATTT-TAATTCATACAAGCTTATTCAGAATGAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT
257 TATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATT
* * * * *
21682857 AATGAGCAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTATTTATCGAACA
320 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACA
* * * * *
21682898 AGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AACTTCATCA-AACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTATTTT
* * * * * * *
21682960 ATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA-
64 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
21683024 CTTTCAAAAATTAA
129 ATTTCAAAAATTAA
21683038 AAAGCAAGTT
Statistics
Matches: 2690, Mismatches: 544, Indels: 265
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 1 0.00
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AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
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TCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACA
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Indices: 21679231--21683037 Score: 2628
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21679221 TCTTTAAAAA
* * * * * * *
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1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
21679292 ATTAAATTTGTTCA-CAAAAGTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATCTCAAA
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** * * * * *
21679356 TTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATA-CAAGC
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** * *
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1 TTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * ** * **
21679471 ATAATAAGTGT-TTGT-TGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAA
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* ** * *
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* * * * * * *
21679587 TTATTTAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
21679652 ACATAAATCTATTTACTGAATA-AGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTTTCTATTT-A
66 A-ATAAATCTATTTA-TCAA-ACAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
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* * * * * *
21679769 TTATTCAAAATAATATAATACTATTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAC
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
21679834 ACTAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAAT
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* * * ** * *
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** * * * ** * *
21679949 TTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** * * * *
21680013 AATAAATGTATTTGTCGAACCCCTTCAAATAGTTAAGACCATTAGATCAATTATCTATTTCAAAT
66 AATAAATCTATTTATC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** * * *
21680078 CGTTTTGACCTTTTATTTAATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA-CAAGC
130 CATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-GTTCATATAAAGC
* * * * *
21680129 TTATT-TGAACTAAAATAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGAAAGTTTT
1 TTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAG--AGATTT
* * *
21680192 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
62 AAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * ** *
21680257 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAAAAATTGTTTAAGTTTTTA-AAAGT
126 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATATAAAGC
* * * * * *
21680312 TTATCCAAAATAATATAATATTAATTTATTAATAATTCAAAAATTGAA-AAGTTAGAGATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
21680376 AAATAAAATCAATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTATTTTAA
65 AAAT-AAATCTATTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * *
21680441 ATCGTTATGAACATTTATTTTGCCATAAAACAATT-TTTT-TTCATTATAAAGC
128 ATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCA-TATAAAGC
* ** *
21680493 CTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-AGAAGATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAA
* *
21680557 AAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATATATTTCAAA
65 AAATAAATCTATTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
21680622 TCGTTAT-AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATA-CAAGC
129 TCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATATAAAGC
* * ** * * *
21680674 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTAAAAATATTAT-GAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * ** * *
21680738 AAAAAAAT-TATTTGCTGAAATAGTTCAAATAGTTAAGGGTATATGAATAATTATCTATTTCAAA
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* * *
21680802 TTATTATG-AC-TTTGCTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTGTTCATAT-AAGT
129 TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTTGTTCATATAAAGC
* * *
21680852 TTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTTATTAATATTTTAAAAATTAAT--G---GAGA-TTAAA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * *
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** * * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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**
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * ** *
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* * *
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** * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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21708194 CTATATGGCT
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* * *
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* *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * ***
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* * * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * *** *
21746436 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT-TGGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
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* *
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* * * *
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1 ACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * *
21746620 TGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAACTAAAACAATTATTTTATA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
21746684 ACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTA
129 ACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * ** * * *
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1 ACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAAT
* ** * * * * * * *
21746800 ATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTATTTTATTA
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA
** * * * *
21746864 GAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAACAGTCATA
130 CTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
21746915 ACAATTTGAACTAGTCTA-GTCAAA-AGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGA
1 ACTATTTGAACTTGT-TAGGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-
* * **
21746973 AATATTAATATATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAATTTTGTATGAA-TCAAAACAATTGTTTT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * *
21747036 ACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATACTAATTCAACTGGACA-A
126 ATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * ** *
21747091 GACTATTTGAACTTG-TACGATAAATAGATTAATATTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTATT-
1 -ACTATTTGAACTTGTTA-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TTG
* * *
21747154 -ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAACTGTTTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
21747217 TGACAAAAACACAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTTATA
127 TGAC-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *** * * *
21747273 ACTATTTAAACTCACTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAACTTTTAGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* *
21747337 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTGT-AAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGGTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
* ** *
21747400 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
128 GACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** *** * * *
21747454 A-AATTTTGAA-AAGTTAAAAAAATAGATTTATTTTTAAAATTT-TAACTTATTAA-TTTTTGAA
1 ACTA-TTTGAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-A
* * * *
21747515 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTCA-TTCGAAATAAACTTATATGAAC-AAAACTAGTTGTTTT
64 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AATTGTTTT
* * * *
21747577 AAGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATA
126 ATGACT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * *
21747633 ACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTCCTTTTTCAATTTTCTTACTCATTAA-GTTTTGAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AA
* * ** * *
21747697 TATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAAATAAGCTCATATGAACTGAAACAATTGTTTTATC
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
21747762 ACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
129 ACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * ***
21747815 ACTATTTGAACTTGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* ** * * * * * *
21747879 TATCAATAAATTAAAATTATTTTA-ATCTGAAGAAGTTTTTATGAAC-AGAAACAATTATTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
* ** * * *
21747942 GA-TAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA
128 GACT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * *
21747996 GCGATTTGAACTTATTCCGTAAACATATTTATTTTTTAAA-----T-CTTATTAATTGTGTT-AA
1 ACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT-TTTTGAA
* * * * * * **
21748054 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATTAACTGAAATAATTATTTTAAAA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * *
21748119 C-AAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TAATA
130 CTAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATA
* * * *
21748171 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * *
21748236 TGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAGGTTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * *
21748300 CCTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTA
129 ACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * *
21748353 ACCATTT-AAATTGATTTCGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATT
1 ACTATTTGAACTTG-TTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT
21748406 TCAAATAAGC
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ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC
TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
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21746183 TTGAACTAGT
* * *
21746193 ACTATTTGAACTAGTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTACG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC--ACTCATTAATTTTT--TAT
* * * * * *
21746258 ATTATTAAATTAGTATCATTTTATTCCGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGA
61 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
21746322 CAAAATA-AAAGTTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-G-ACCACAATTATTTAA
125 CAAAA-ACAAAGTTTATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA--ATAACTATTTAA
* * ** *
21746383 ACTGGTTCA-ATAAATTGATTTTATTTTTTAAATCTTCAACTT-TTCAATTTTTAAAATATTAAT
186 ACTCGTT-AGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTAGAATATTAAT
* * *** * * *
21746446 AAAGTAATATTATTTTATTTTGGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAA
248 AAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * *
21746511 AAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTAGGTA
313 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTAAA-TTGTTAAGAA
* ** *
21746576 AACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTAT
377 AACAAATTTATTTTTTAAAATTT-TAACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTAT
* *
21746640 TTTATTTC-AAATAAGCATT-TATGAACTAAAAC-AATTATTTTATA-ACT-AAACAAAAAGTCA
440 TTCA-TTCGAAATAAAC-TTATATGAAC-AAAACTAATTATTTTA-AGA-TAAAACAAAAAGTCA
* * * *
21746700 AAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCTA-ATATTCTTAACTATTTGAACAGGTTCGACAAACACA
500 AAATGATTCGAAATAGATAATTGTT-TAGATAGTCATAACTATTTAAACAGATTCGACAAACACA
* * * ** *
21746764 TTTATTTTT-AAATTTATTACTTATTAA-TTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTT
564 TTCATTTTTCAAATTTATTACTCATTAAGTTTTGA-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTC
* ** * *
21746826 C-GAATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTATTTTATTAGAAAACAAA-AATCATAATGATTTG
628 CAAAATAAGCTCATACGAACT-GAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAGAATCATAATGATTTG
* * * *
21746888 AGATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACAATTTGAACTAGTCTAGTCAAA-AGATTTAGTTTTT
692 AAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACAATTTGAACTAGT-TAGACAAACAGATTTAGTTTTT
* ** * * ** * *
21746952 AAATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTATGAATAA-TTTTG
756 AAATCTTACTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATATGAAGAAGTTTT-
* * ** * * *
21747014 TATGAATCA-AAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATACTAA
820 TATGAA-CAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATAA
* * *
21747078 TTCAACTGGACA-AG
884 CTCAAATAGACATAG
* * *
21747092 ACTATTTGAACTTGTACGATAAATAGATTAATATTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTATTATA
1 ACTATTTGAACTTGTACG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-C-ACTCATTAATTTT-TTATA
* *
21747157 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAACTGTTTTATGACA
62 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
21747222 AAAACACAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCA
127 AAAACA-AAGTTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTCG
* * * *
21747287 CTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAGAATTTTAATAAATTAGT
191 TTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
*
21747352 ATTATTTTATTGTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC
256 ATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
21747416 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-AATTTTGAAA-AGTTAAAAAAATAG
319 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAA-TTT-AAATTGTTAAGAAAACAA
* *
21747479 ATTTA-TTTTTAAAATTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTCATTC
382 ATTTATTTTTTAAAATTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTCATTC
* * * * * *
21747543 GAAATAAACTTATATGAACAAAACTAGTTGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAA
447 GAAATAAACTTATATGAACAAAACTAATTATTTTAAGATAAAACAAAAAGTCAAAATGATTCGAA
** ** * * *
21747608 ATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTCCTTTTTCAAT
512 ATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACAGATTCGACAAACACATTCATTTTTCAAA
* * *
21747673 TTTCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAAATAAGCTCAT
577 TTTATTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAAATAAGCTCAT
* * * **
21747738 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATCACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
642 ACGAACTGAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAGAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
21747803 CAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
707 CAAACAGTCATAACAATTTGAACTAGTTAGACAAACAGATTTAGTTTTTAAATC--TTACTTATT
*
21747868 AATTGTCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATCTGAAGAAGTTTTTATGAACAGAAACAA
770 AATTGTCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATATGAAGAAGTTTTTATGAACAGAAACAA
* * ** *
21747933 TTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAG
835 TTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATAACTCAAATAGACATAG
* * * * * *
21747997 -CGATTTGAACTTATTCCGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT---T-ATTAATTGTGTTAATAT
1 ACTATTTGAACTT-GTACGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCACTCATTAATT-T-TTTATAT
* ** * * * **
21748057 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATTAACT-GAAATAATTATTTTAAAACA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
21748121 AGTCAA-AAGGTTT-TAAAGCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TAATAACTATTTGAACT
127 A--AAACAAAGTTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTAATAACTATTTAAACT
* * * * *
21748183 TGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
189 CGTTAGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * *
21748247 TAGTATTAATTTATTCTGAATAGGTTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGCCTAAACAAAAG
252 TAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * **
21748312 GTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTAACCATTTAAATTGATTTCGAAAAC
316 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTAAATTG-TTAAGAAAAC
21748377 AAATTTATTTTTTAAA
380 AAATTTATTTTTTAAA
21748393 TCTCTTATTT
Statistics
Matches: 1060, Mismatches: 192, Indels: 96
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
895 20 0.02
896 122 0.12
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (898 bp):
ACTATTTGAACTTGTACGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCACTCATTAATTTTTTATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAA
CAAAGTTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTCGTTAGA
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTAAATTGTTAAGAAAACAAATTTATTTT
TTAAAATTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTCATTCGAAATAAAC
TTATATGAACAAAACTAATTATTTTAAGATAAAACAAAAAGTCAAAATGATTCGAAATAGATAAT
TGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACAGATTCGACAAACACATTCATTTTTCAAATTTATTACT
CATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAAATAAGCTCATACGAACTGA
AACAATTATTTTATCACAAAACAAAGAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTC
ATAACAATTTGAACTAGTTAGACAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTACTTATTAATTGTCAAAA
TATCAATAAATTAAAATTATTTTAATATGAAGAAGTTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTACGA
CAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATAACTCAAATAGACATAG
Found at i:21747618 original size:718 final size:716
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Indices: 21746196--21748035 Score: 1639
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21746186 AACTAGTACT
* * *
21746196 ATTTGAACTAGT-TCG-CTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATA
1 ATTTGAACTAGTCTAGTC-AAACAGATTTACTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
21746259 TTATTAAATTAGTATCATTTTATTCCGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-AGAATAAGCTTATATGAAT-CAAAACAATTGTTTTACGAC
* ** * * * * *
21746323 AAAATAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGACCACA-ATTATTTAAACTG
124 AAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-CA-AGACTATTTGAACTT
* * * * * *
21746387 GTTCAATAAATTGATTTTATTTTTTAAATCTTCAACTTTTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTA
186 GTACAATAAATAGATTTAATATTTTAAATCTCCAACTATTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTA
**** * * * * *
21746452 ATATTATTTTATTTTGGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTC
251 ATATTATTTTATTCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAACTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTC
* * * * * *** *
21746517 ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTAGGTAAACATA
316 ATAATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTAGGTAAACAGA
* * *
21746582 TTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTT
381 TTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAACTTTTAGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTT
* * **
21746647 CAAATAAGCATTTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTCGAA
446 CAAATAAGCATTTATGAACTAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTCGAA
* * * * * * ** *
21746712 ATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAACAGGTTCGACAAACACATTTATTTTTAAAT
511 ATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAAATATTTGAACAAGTTAAAAAAACACATTTATTTTTAAAT
* * * * * *
21746777 TTATTACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTACG
576 TTATAACTTATTAATTTTAGAATATTATAAATTTAGCAATATTTCACTTCGAATAAACTTATACG
* ** *
21746842 AATAGAAACAATTATTTTATTAGAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAA
641 AACAGAAACAATTATTTTAAGAGAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
21746907 CAGTCATAACA
706 CAGTCATAACA
*
21746918 ATTTGAACTAGTCTAGTCAAA-AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
1 ATTTGAACTAGTCTAGTCAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** *
21746982 ATATTAGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATCAAAACAATTGTTTTACGACAAAACA
66 AAATTAGTATTATTTTATTA-GAATAAGCTTATATGAATCAAAACAATTGTTTTACGACAAAACA
* * * *
21747047 AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATACTAATTCAACTGGACAAGACTATTTGAACTTGTACGAT
130 AAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACAAGACTATTTGAACTTGTACAAT
* ** * *
21747112 AAATAGA-TTAATATTTTAAGTCTCCAACTCATT-AA-TTTTATTATATTAATAAATTAGTATTA
193 AAATAGATTTAATATTTTAAATCTCCAACT-ATTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA
* * *
21747174 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAACTGTTTTATGACAAAAACACAAGTTTATA
257 TTTTATT-CAAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAACTGTTTTATGA-AAAAACAAAAGGTCATA
* *
21747238 ATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCACTAGGTAAATAGATTT
319 ATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTAGGTAAACAGATTT
* * *
21747303 ATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAACTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTGT-
384 ATTTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAACTTTTAGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATT-TC
* * * * *
21747365 AAATAAGC-TTGTATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
447 AAATAAGCATT-TATGAACTA-AAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTCGA
* *
21747428 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAAAT-TTTGAA-AAGTTAAAAAAATAGATTTATTTTTAA
510 AATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAAATATTTGAACAAGTTAAAAAAACACATTTATTTTT-A
* * *
21747491 AATTT-TAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTCA-TTCGAAATAAACT
573 AATTTATAACTTATTAATTTTAG-AATATT-ATAAATTTAGCAATATTTCACTTCG-AATAAACT
* * * * * *
21747553 TATATGAACA-AAACTAGTTGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAAT
635 TATACGAACAGAAAC-AATTATTTTAAGAGAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * *
21747617 TGTTTAGATAGTCATAACT
698 TGTTTAAACAGTCATAACA
* * * * * * *
21747636 ATTTAAACTTATTC-GGT-AAACAGA-TTCCTTTTTCAATTTTCTTACTCATTAAGTTTTGAAAT
1 ATTTGAAC-TAGTCTAGTCAAACAGATTTACTTTTT-AA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
21747698 ATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAAATAAGCTCATATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATC
60 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T-TAGAATAAGCTTATATGAATC-AAAACAATTGTTTTA-C
* * * *
21747762 -ACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC
121 GACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACAAGACTATTTGAAC
*** * * * * *** * * *
21747826 TTGTTTGACAAACATATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCAAAATATCAATAAA
184 TTGTACAATAAATAGATTTAATATTTTAAATCTCCAAC-TATTCAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * ** * * * *
21747889 TTAAAATTATTTTAATCTGAAGAAGTTTTTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAA
248 GTAATATTATTTTATTC-AAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAACTGTTTTATGAAAAAACAAA
* ** * * ** * * * * * **
21747953 AAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAGCGATTTGAACTTATTCCGTAA
311 AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTAGGTAA
*
21748018 ACATATTTATTTTTTAAA
376 ACAGATTTATTTTTTAAA
21748036 TCTTATTAAT
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Consensus pattern (716 bp):
ATTTGAACTAGTCTAGTCAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTAGAATAAGCTTATATGAATCAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAA
AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGACAAGACTATTTGAACTTGTACAATAAA
TAGATTTAATATTTTAAATCTCCAACTATTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
ATTCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAACTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
GAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTAGGTAAACAGATTTATTTTTT
AAAATTTCTTACTTATTAACTTTTAGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCA
TTTATGAACTAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTCGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCTAAAATATTTGAACAAGTTAAAAAAACACATTTATTTTTAAATTTATAACTTA
TTAATTTTAGAATATTATAAATTTAGCAATATTTCACTTCGAATAAACTTATACGAACAGAAACA
ATTATTTTAAGAGAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAAC
A
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21746207 TTCGCTAAAT
* * *
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* * * * **
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63 TCCAGAATAAGCTTATATGAATG--AAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
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* *
21746409 TTTAAATCTTCAACTT-TTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG--GTA
187 TTTAAATCTTCAACTTATT-AA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAG-A
* * * *
21746471 AGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA
249 AGCTTTTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAA
* *
21746535 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTC
313 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTAGGTAAACATATTTATTTTTT-AAA----
* * *
21746600 TTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGA
373 -T-CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGA
* * ** * *
21746664 ACTA-AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCTA
435 AC-AGAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTCGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * ** * *
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499 ATAGTCTAAAATATTTGAACAAGTTAAAAAAACACATTTATTTTTAAATTTATAACTTATTAATT
* * * * * *
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564 TTAGAATATTATAAATTTAGCAATATTTCACTTCGAATAAACTTATACGAACAGAAACAATTATT
** * *
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694 AACTAGTCTAGTCAAA
* * * *
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1 AGATTTACTTTTTAAATCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCC
** * * *
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* * * * * * *
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128 AAATAGATAATTATTCAAAT-GACAAGACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-ATATTTATTTTTTA
* * * ** * ** * * *
21747130 AGTCTCCAACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGT
191 AATCTTCAACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAGAAGCTTTT
* * * * * * *
21747195 ATGAATAGAAACAACTGTTTTATGACAAAA-ACACAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACTA
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* * * * *
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319 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTATTA---
*
21747323 ATTAACTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTGT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAA
381 ATT---TTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * *
21747387 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
441 ACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTCGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-
* * *
21747452 TAAAAT-TTTGAA-AAGTTAAAAAAATAGATTTATTTTTAAAATTT-TAACTTATTAATTTTTGA
505 TAAAATATTTGAACAAGTTAAAAAAACACATTTATTTTT-AAATTTATAACTTATTAATTTTAG-
* * * * *
21747514 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTCA-TTCGAAATAAACTTATATGAACA-AAACTAGTTGTTT
568 AATATT-ATAAATTTAGCAATATTTCACTTCG-AATAAACTTATACGAACAGAAAC-AATTATTT
* * * * * *
21747576 TAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTA
630 TAAGAGAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACAATTTA
* *
21747641 AACTTATTC-GGT-AAA
694 AAC-TAGTCTAGTCAAA
* * *
21747656 CAGA-TTCCTTTTTCAATTTTCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 -AGATTTACTTTTT-AA--ATCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
21747720 ACTCCAAAATAAGCTCATATGAACTGAAACAATTGTTTTATCACAAAAGAAAGGGTCATAATGAT
62 A-TCCAGAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * *
21747785 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGACAAACATATTTATTTT
125 TTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACAAGACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-ATATTTATTTT
** * * * * *
21747850 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATCTGAAGAAGT
188 TTAAATCTTCAACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAGAAGC
* ** *
21747915 TTTTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAAT
252 TTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * **
21747980 TGCTCAAATAGTCATAGCGATTTGAACTTATTCCGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTATTAA
317 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTATTAA
* * * * * *
21748045 TTGTGTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATTAACTGAAATAAT
382 TT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* *
21748109 TATTTTAAAACAA
446 TAGTTTATAACAA
21748122 GTCAAAAGGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
710 3 0.00
711 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
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AGATTTACTTTTTAAATCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCC
AGAATAAGCTTATATGAATGAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATGACAAGACTATTTGAACTTGTTCGATAAAATATTTATTTTTTAAATCT
TCAACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAGAAGCTTTTATGAA
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AGTCATAACTATTTAAACTTATTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTATTAATTTTTTGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATAA
CAAAACAAAAAGTCAAAACAATTCGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAAATATTTGAACAA
GTTAAAAAAACACATTTATTTTTAAATTTATAACTTATTAATTTTAGAATATTATAAATTTAGCA
ATATTTCACTTCGAATAAACTTATACGAACAGAAACAATTATTTTAAGAGAAAACAAAAATCATA
ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACAATTTAAACTAGTCTAGTCAAA
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Period size: 538 Copynumber: 4.1 Consensus size: 531
21746209 CGCTAAATAG
* * * * ** *
21746219 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTT-ATT
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* * ** * * *
21746283 CCGAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAGTTCATAACAATTTG
65 --GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTG
* * * * * * *
21746347 AAATAGATAATTGTTTAAAT-GAC-CACAATTATTTAAACTGGTTCAATAAATTGATTTTATTTT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAC-A--ATTTGAACT-ATTCAGTAAA-AGA-TTTATTTT
* ** *
21746410 TTAAA-TCTTCAACTTTTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG--GTAA
186 TTAAATTCTT--A---TT-AATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAA
* * * ** *
21746472 GCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATA
243 ACTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTAAATAGATA
* * * * * * *
21746537 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTT
307 ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGA-TTATTTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
21746602 GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCATT-TATGAA
371 ACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TTGTATGAA
* ** * * * * * *
21746665 CTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCTAAT
434 CTAAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
21746730 ATTCTTAACTATTTGAACAGGTTCGACAAACAC
499 AGTCTTAACTATTTAAACTGTTTCGACAAACAA
* ** * *
21746763 ATTTA-TTTTTAAAT-TTATTACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAA-TATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTA-AAATTATTTTAAT
* * * * **
21746825 TCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTATTAGAAAACAAAAA-TCATAATGATTTGA
64 T-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * * *
21746889 GATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACAATTTGAACTAGTCTAGTCAAAAGATTTAGTTTTTAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACAATTTGAACTATTC-AGT-AAAAGATTTATTTTTTAA
* * **
21746954 ATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTATG-AATAATTTTGTATG
190 AT-TCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAACTTGTATG
* * * * * **
21747018 AA-TCAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATACTAATTCA
252 AACT-AAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * **
21747082 ACT-GGACA-AGACTATTTGAACTTGTACGATAAATAGATTAATATTTTAAGTCTCCAACTCATT
315 AATAGTA-ATA-ACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATT
* *
21747145 AATTTTATT--ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAC
378 AATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAC
* * * * * * *
21747207 AACTGTTTTATGACAAAAACACAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGT-TA
441 AATTGTTTTATG-CCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-
*** * ** * *
21747271 TAACTATTTAAACTCACTAGGTAAATAG
504 TAACTATTTAAACTGTTTCGACAAACAA
* **
21747299 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATT
** *
21747363 GTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
65 G--AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * * ** *
21747428 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAAATTTTGAA-AAGTTAAAAAAATAGATTTATTTTTAAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATACAA-TTTGAACTA-TTCAGTAAA-AGATTTATTTTTTAA
* * * *
21747492 ATTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTCATTCGAAATAAACTTATA
190 A--TT--CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTA
* *
21747557 TGAAC-AAAACTAGTTGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
250 TGAACTAAAA-TAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTT-AAATAGATAATTGTT
* * * * * ** * * *
21747621 TAGATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTCCTTTTTCAATTTTCTTACTCATT
313 CAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATT
* * * ** *
21747686 AA-GTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAAATAAGCTCATATGAACTGAAAC
378 AATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * *
21747750 AATTGTTTTAT-CACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
441 AATTGTTTTATGC-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTT
* * *
21747814 GACTATTTGAACTTGTTT-GACAAACAT
505 AACTATTTAAAC-TGTTTCGACAAACAA
* * *
21747841 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAAT-
* * * * *
21747906 TGAAGAAGTTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAA
64 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
21747971 ATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAGCGATTTGAACTTATTCCGTAAACATATTTATTTTTTAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-CAATTTGAAC-TATTCAGTAAA-AGATTTATTTTTTAAA
* *
21748036 -TCTTATTAATTGTGTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATTAA
191 TTCTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGAA
* * * ** ** *
21748099 CTGAAATAATTATTTTAAAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
254 CTAAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTAAATAGATAATTGTTCAAA-
* * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* *
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** * * * *
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* * * * * *
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*** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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*** * * *
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* * * * * * * ***
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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** * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * * **
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* * * * * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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*
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** * * * * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTGATAAACAAA
* * * ** * *
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* * * *** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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254 AATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-GC
* * * **
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* * * * * * * * *
21751986 ATCACAATTTGAATTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGCTT-AGTAAACAA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTGA-TAAACAA
* ** *
21752050 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTCTTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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* *
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* * ** * *
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* * * * * * * * * ** * * * * *
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* * *
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** * * * * ** *
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* *** * *
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190 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
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** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * ** * ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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*** *
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* * * ** * * * * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTGATAAACAAA
* * * * *
21753136 TTTA-TTTTTAAATC-C-TTATTAATTTTTTAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAA
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* * * * * * *
21753198 TAATTAGTTATGAATACCAATTATTCTAAATAATTGGTATTATTTTATGACAAAACAAAATGCCA
128 -AATAAGCT-TGTATA--AA-TA---GAAACAATT-G-----TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * * ** * * ** *
21753263 TAACCATTCAAAATAGATGATAGTTCAAATAGAAATGACTCTTTGAACTTATTCGGTAAACAAAT
179 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGAT
* * * ** * **
21753328 ATATTTTTT-AATAT-TAACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
244 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * *
21753391 AACAAACTTTTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
309 AATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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125 CT-AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
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* * * * * * ** *
21753698 AATGT-TTGCTTATTAACTTTTGGAATGTTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATGATG-T
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* * * * * ** *** * *
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* ** * * * * * ** * * * *
21753795 TTTGAACTTGTTCAAT-AAACAGATTTATTTTTCTAGTTCTCTTACTCA-TT-AA-TTTTTGAAA
1 -AT-AA-TAATT---TGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTG--A
* **** ** * *
21753856 TATTAATAAATTAGTATTATTTT--A-CT-TCAAATAA-GCTT---ATGTTAACTAAAATAG--T
57 TA--AACAAATT--TATT-TTTTAAATCTCTTTTTTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTAT
* * * *** * * * * * * *
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* * **
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175 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTGGTTCGGTAAA
* * * * ** * ** * *
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239 -CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTT
* * * * * * *
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302 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
* * * * * * * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTGATAAACAA
* * *
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64 ATTTATTTTTTAAATC-TCTT-TT-TTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * *
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** * * * * ** *
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187 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTT
* * * * *
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251 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAG
* ** ** *
21754424 CTTTTATGAACTAAAATTATT-TTTTGTGACAAAAAAAA-GTC
315 CTTGTATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTC
* * * * * ** * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTGA-TAAACAA
* * * * * *
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64 ATTTATTTTTTAAATCTCTT---TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * **
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125 CTAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * ** *
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190 AATAGA-TAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
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253 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * * * *
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318 GTATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTC
* * * * ** * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTGATAAACA-A
* *
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64 ATTTATTTTTTAAATCTCTT--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * * * * *
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125 CT-AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * * * ** * *
21755004 AAATATATAATTGTTTATATAGTCTTAACAAATTAAACTAGTTTGACAAACAAATTTAATTTTTA
189 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
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254 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTT
* * **** *
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318 GTATGAAAAAAAACAATTA-TTT-T-AT-GA-CAAAA-----AAAAGGT-C
* * * * * * * *
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1 ATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTGA-TAAACAA
* * * *
21755248 ATTT-TGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTGAAAGATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTC
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTT--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * * * **
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126 TAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * ** * * * *
21755375 AAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACATATTCACTTTTT
189 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* *
21755439 AAA--TC--ACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
253 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* ** * *
21755500 ATATGAAGTAAAGCAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
318 GTATGAAAAAAAACAATT-ATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
* * * * * * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTGTTTGATAAACAAA
* * * * *
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65 TTTA-TTTTTTAAATCTCTT--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * *
21755671 TGGATATGCTTTTATGAACT-GAAACAATTCTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA
126 TAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * ** *
21755735 AATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCTCTAAATAGATTTATTTTTTCA
190 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-A
* * ** * * *
21755800 AATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
254 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * ** * * * * ** *
21755865 TAAGATATGAAATAAATATTTTTTGACTAAACAAAATATA
319 TATGAAAAAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGGTC
* ** * * * * ** ** * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTGATAAACAAA
*** * * *
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65 TTTATTTTTTAAATCT-CT--TTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TC
** * * * * * *
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126 TAAATAAGCTTGTATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTG
* * * * * *
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189 A-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* * * *
21756158 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAGTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
252 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
** * *
21756223 TGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAA-CTC
317 TGTATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAA--AAAAAGGTC
** * * * * ** *
21756265 ATAACGATTTTAAATAGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTTATTGATTT-AGTAAACAA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG-TTTGA-TAAACAA
* * * ** * **
21756329 ATTTATTTTTTTAATTTC-TTATTAATTTCAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * ** * * * * * *
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129 ATAAGCTTGTA-TAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * *
21756457 AGACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAT
193 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAAT
** * * *
21756522 CTCTTTTTGTAATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTG
257 CTCTTACT-T-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
**** * * *
21756586 TATGAGTTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTT
319 TATGAAAAAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGGTC
* ** * * * ** *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTGATAAACAAA
* * * * * *
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65 TTTATTTTTTAAATCTCTT--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * ** * **
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127 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
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21756819 ATAGGTAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTC-ACAATTAGATTTATTTTTTTA
191 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTA
* * ** * ** ** * **
21756883 ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-AATG
254 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
21756947 TATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAAATAAAATGTT
319 TATGAAAAAAAACAATTATTTTATGAC-AAAA-AAAAGGTC
* * * * * * *
21756988 ATAACGAA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAGCAG
1 ATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTGATAAACAA
* * * *
21757052 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTACTATTATTTTCTT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTT--T-TTTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
21757116 GCGAACA-AA-CTTATATTAACAAAAACAATTG-TTTATGACAAAACATAAA-G-CAATAACAAT
125 -CTAA-ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTC-ATAACAAT
* * * * * ** * * * * *
21757176 TTGAAATAAATAGTTGTTCAAACAGTTATAATTATTCAAACTAGTTTGATAAATAGAATTATTTT
186 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTT
* * * * * *
21757241 CTAAATCTCTTACTAATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATAAGC
251 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
*** * * * * *
21757305 TTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAATGGTT
316 TTGTATGAA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
* * * * ** * * * * **
21757348 ATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAATTGTTTGAACTGGTTCAGCAAATGAA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTGA-TAAACAAA
* * *
21757413 TTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAA-TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTC
65 TTTATTTTTTAAATCTC-T-TTT-TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
21757477 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAAA-AAATA-AT-ATAACAATTTG
126 TAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAA-AGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
21757539 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATATATTTTTTA
189 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
21757604 AA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAACTTA
254 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
*** * * *
21757665 TATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
319 TATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
** * * * * * *
21757705 ATAAGGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACTAA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG-TTTGATAAACAAA
* * *
21757770 TTTATTTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-
65 TTTA-TTTTTTAAATC-TCTT-TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * ** * ** *
21757834 TGGATAAGATTTTATGAACTA-AAACAACAGTTTTATGACAAAACAAATGGTCA-AATGATTTAA
126 TAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * **
21757897 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTCA
190 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-A
* * * ** * ** *
21757962 AATCTCATGCTTAATAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
254 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* ** ** * *
21758027 TAGGAACTAAAACAATTATTGCATGACTAAACAAAAGTTC
319 TATGAAAAAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGGTC
* ** * * * * * * * *
21758067 AGAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCTAATAGTCTTCACTATTTGAACTGATTAT-TTAAACAG
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG-TT-TGATAAACAA
* * * * *
21758131 ATTAATTTTTTAAATCTC-TTCTTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTG
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTA
* * * * * * ** *
21758194 AATAAGCTTATATGATTAGAGACAATTGTTTTATGAGAAAACGAATA--TCATAATGATTTGAGA
128 AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * * *
21758257 TTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGAAAATAGCTTTAGTTTCTAAAT
192 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
21758322 CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTATTATTATTTTATT-TCGGATAAGTTTTTA
257 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTA
** *
21758386 TGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
321 TGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
*
21758424 ATAATAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
1 ATAATAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAAC-TGTTTGATAAACA
* * * * * * *
21758487 GATTTATTTTTTAAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAAATAGTGTTATTTTAA
63 AATTTATTTTTT-AAATCT-CT--TTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* ** * * * * *
21758552 TT-TGAATAAAATTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAACTATT
123 TTCTAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * *
21758615 TGAAATA-AGTAATTCTTCAAATAGTCATAACGATATGAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTC
187 TGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAACAGATTTATT-
* * * * * *
21758678 TTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATT-TCAAATA
249 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* * **
21758741 CA-CTTGTATGAATAGAAACAACTGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
313 -AGCTTGTATGAAAAAAAACAA-TTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
* * * * *
21758788 ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGCTT-AAATAATCATAACTATCTGAA-TGTGTTCGAAAAAT
1 ATAA-TAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGT-TT-GATAAAC
* * * * * *
21758850 AGATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTATTAATTATTGGAATATCAATAAATTTA-TATTATTTTA
62 AAATTTATTTTTTAAATCTCTT--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * * * * *
21758913 TTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGCCATAACGATTT
123 TTCTAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * *
21758978 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG-TCTGGTTAACATATTCATATTT
188 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * *
21759042 TAAATTTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTGCATAAGCC
252 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
* * *** * *
21759106 TATAGGAACAAAAGGTCATAGCAATT-TGAAATAGATAATCATTCAAATA-GTC
317 TGTATGAA-AAAA----A-A-CAATTATTTTAT-GACAA--A---AAAAAGGTC
* * * * * * * * ** * * *
21759158 ATGACT-ATTTGAACTTG-T--TTGGTAAACATATTTATTTTGAA-AATCTTTTACTTTTTAATT
1 AT-AATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCA---T-AATTAT-TTGAACTGTTTGATA
** * * * *** * * *
21759218 GTCAAA---ATTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT-AAACTTGTGTGAACAAA--AAT
59 AACAAATTTATTTT-TTAAA-T-CTCTT-TTTTAAT--TTTTGAAA--TAT-T-AATAAATTAGT
* * * *** * * * * *
21759277 AATTCTTTTATGACAAAATAA-AAAGTCATAACAATTTGGAATAATATAATTGT-T--C---A-A
114 -ATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGT-AT-A-AA-TAGAAACAAT-T-GTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
21759334 ATA-GTCATATCTGATTTGATAA-ACTGATTTATTTTTTGAAATCTCCAACTTCTTAA-TTTTTG
171 AAAGGTCATAAC-AATTTGA-AATA--GA--TAATTGTTCAAA--T---A-GTCATAACTATTTG
* * ** * * * * * * * *
21759396 AAATGTTAATAAAGTAATATTA-TTTTATTTTGGATAAGAATTTATGAATTGAAACAATTATTTT
224 AACTGGT--T-CGGTAA-A-CAGATTTATTTT---TTA-AATCTCTTACTT------ATTAATTT
* * * ** ** ** **
21759460 TTGTTAAA-A-CAA-AAGGTCAAAACAATTTTA-AAT-AGATAA--TTGTAT-AAATTGAAACAA
274 TTG--AAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAAA-AAAAACAA
* * *
21759517 TTATTTTATAACTAAGCAAAAA-GTT
334 TTATTTTATGAC-AA-AAAAAAGGTC
* * * * * * * ** * *
21759542 AGAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACACA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTGATAAACAAA
* * * ** * *
21759607 TTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAACAATATTTTACTC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTT--TT-TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * ** * * * *
21759671 TTAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTACTTTATGA-GAAA-AAAAGATCATAACAATTTTAG
126 TAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * *
21759734 ATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAGATAGATTTAGTTTTTAAA
191 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* ** * **
21759799 --TC-TA-TTATTTATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
256 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* * * * *
21759860 TGAATAAAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAATGTT
321 TGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
** * * ** * * * * * *
21759898 ATAACGATTTGAAATAGCTAATAGTTTGAATAGACTTCACTATTTGAACTTGTTT-AGTGAACAT
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * ***
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* * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * ** * *
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*** ** * **
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* * * ** * *
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* * * *
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Statistics
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* * * * *
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** * * * *
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* *
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* * ** * * *
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* * ** * ** **
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* * * * *
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** * * * * ** *
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180 CG
* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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181 A
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* * *
21755435 TTTTAAATCACTTA-TT-AATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAG
65 TTTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAG
*** * * *
21755497 CTTATATGAAGTAAAGCAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTTAAATAAAT
129 CTTATATGATCAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAA-AGATTTGAAATAAA-
* * * * *
21755561 AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCT
190 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCT
* * * * * * * *
21755625 TGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATAATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAAC
254 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
21755690 TGAAACAATTCTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
319 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
21755755 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCT-CTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATT
384 GTCATAACTATTTGAA-TTGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAATT
* * * * * *
21755819 TTCCAAATATTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATGAAATAAATAT
446 TTCCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGT
* * *
21755884 TTTTTGACTAAACAAAATATAAGAACGA
510 TTTATGACTAAACAAAATATAATAACAA
* * * ** * * * * *
21755912 TTTGAGATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAATTATTTGAACTGGTTCCACAAGCACATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTT
* * * **
21755977 TTTAAATCTCCTACTTAGCAATTTTTGAAATATTATTCAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAG
66 TTTAAATCTCTTACTTA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAG
* * * *
21756042 CTTCTATGATCAAAAACAATTGTTTAATGACAAAA-AAAAATCTTAAAGATTTGAGATTAAAAAT
129 CTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAAGATTTGA-AATAAAAAT
* *
21756106 TGTTCAAATATTCAT-ACTTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAC
193 TGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
21756170 TTATTAATTTTTCAAATATTAGTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAA
257 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* ** * * *
21756235 AACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAACTCATAACGATTTTAAATAGATAATCGTTCAAATGGCC
322 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * *
21756300 ATAATTATTTTTATTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAA---TTT-CTTATTAA-TTTCAG
387 ATAACTATTTGAATTG-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTC-C
* *** * * *
21756360 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTGTAAGCTTGCACT-ACCTGAAATAATTGTTTT
450 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-TGA-ATGAAACAATTGTTTT
* * *
21756424 AGGAC-AAATC-AAATGGTTATAACAA
513 ATGACTAAA-CAAAAT-ATAATAACAA
* * ** * * * * *
21756449 TTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTT
* * *
21756514 TTTAAAATCTCTTTTTGTAATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TT-G
66 TTT-AAATCTC----T-TACTTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTT-TTATTCG
* ** * * * * * * *
21756576 AATAAGCTTGTATGAGT-TGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTACAACGATTTGAAA
123 AATAAGCTTATATGA-TCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAAA
* * * * * * *
21756640 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
186 TA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * * *
21756704 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTGAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAACTTGTA
249 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* ** * * * * *
21756769 TAAAC-AAAA-AATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAAC-AGCTTGAAATAGGTAATCGT
314 TGAACTAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTTAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
21756831 TCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTCA-CAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTT
377 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTGCTT
* * ** ** *
21756895 ATTAAGTTTCAAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-AATGTATGAATAGAAC
439 ATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAA
* * * * *
21756959 CAATTGTTTGATGACAAAAATAAAATGTTATAACGAA
503 CAATTGTTTTATGAC-TAAACAAAATATAATAAC-AA
* * * * *
21756996 -TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAGCAGATTTACTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTT
* * * *
21757060 TTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTACTATTATTTTCT-TGCGAACA
66 TTTAAATCTCTTACT--TAAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATA
* * * * *
21757123 AACTTATATTAACAAAAACAATTG-TTTATGACAAAACATAAAGCAATAACA-ATTTGAAATAAA
127 AGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATC-ATAA-AGATTTGAAATAAA
* * * * ** * * * *
21757186 TAGTTGTTCAAACAGTTATAATTATTCAAACTAGTTTGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCT
190 -AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
21757251 TACTAATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTT-TTATTCTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AA
254 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
21757313 GCTGAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAATGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATA
318 -CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * * * * * **
21757378 TAGTTTTAATTGTTTGAACTGGTTCAGCAAAT-GAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAAT
382 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAAT
*
21757442 TTT-CAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
445 TTTCCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATT
21757506 GTTTTATGA-TAGAA-AAAATA-ATATAACAA
508 GTTTTATGACTA-AACAAAATATA-ATAACAA
* * * * * *
21757535 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATATATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTT
* * *
21757600 TTTAAATCTCTTA-TT-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAAC
66 TTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGC
* * * * * * * *
21757662 TTATATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAGGATTTGAAATAGATAGT
130 TTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAAATA-AAAAT
* * * * *
21757727 TGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCTTTT
193 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
21757790 TCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGATAAGATTTTATGAACT
255 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
** * * * *
21757854 AAAACAACAGTTTTATGACAAAACAAATGGTCA-AATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAG
320 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** *
21757918 TCATAACTATTTCAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTAATAATTTT
385 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAATTTT
*** * * * * * * *
21757983 TTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAGGAACTAAAACAATTATTG
448 CCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTT
* * * *
21758048 CATGACTAAACAAAAGT-TCAGAGCAA
512 TATGACTAAACAAAA-TATAATAACAA
* * * * * *** *
21758074 TTTGAAATAGGTAATTATTCTAATAGTCTTCACTATTTGAACTGATTATTTAAACAGATTAATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTT
* *
21758139 TTTAAATCTCTT-CTT-AAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCTGAATAAGC
66 TTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGC
* * * * * * * * * * *
21758201 TTATATGATTAGAGACAATTGTTTTATGAGAAAACGAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTT
130 TTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAAGATTTGA-AATAAAAATT
* * * * * * *
21758266 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGA-AAATAGCTTTAGTTTCTAAATCTCTTGCT
194 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
21758330 TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTATTATTATTTTATTTCGGATAAGTTTTTATGAACTAAA
258 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * ** *
21758395 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
323 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * *
21758460 -AATCTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
388 TAA-CTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAATTTTC
* * * * * ** *
21758523 AAAATATTAGTAAAATAGTGTTATTTTAATT-TGAATAAAATTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTT
449 CAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACA-ATTGTT
* * * * *
21758586 TTATGGCAAAACAAAAGATCATAACTA
511 TTATGACTAAACAAAATATAATAACAA
* * * * * *
21758613 TTTGAAATA-AGTAATTCTTCAAATAGTCATAACGATATGAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTAT
1 TTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * * *
21758676 TCTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTA-TTTTATTTCAAA
64 T-TTTTAAATCTCTTACTTA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAA
* * * * **
21758739 TACA-CTTGTATGAAT-AGAAACAACTGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
125 TA-AGCTTATATG-ATCAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAAA
* * * * * * *
21758802 TAGATAATTGCTT-AAATAATCATAACTATCTGAA-TGTGTTCGAAAAATAGATTTATTTTTAAA
186 TA-AAAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
21758865 AT-TTTTGCTTATTAATTATTGGAATATCAATAAATT-TATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTT
248 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT
* * * * *
21758927 GTATGAAC-ATAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAATAAATAATT
311 GTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
21758991 GTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTCTGGTTAACATATTCATATTTTAAAT-TTCTTACT
375 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTGCT
* **
21759055 CATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TT-T---T--GC----AT-AA-G---
438 TATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGAAA
* ** ** * *
21759104 C-------CTAT-A-GGAACAAAAGGTCATAGCAA
503 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATAATAACAA
* * * * * *
21759130 TTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTT
** * * * ** * * * * * *
21759195 TGAAAATCTTTTACTTTTTAATTGTCAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAA
66 TTTAAATCTCTTAC--TTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAG
* * * * * * *
21759260 CTTGTGTGAACAAAAATAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA-ATTTGGAATAATAT
129 CTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAA-AGATTTGAAATAA-A-
* * *
21759324 AATTGTTCAAATAGTC---A-TATCTG-A-T--TT-GATAAACTGATTTATTTTTTGAAATCTCC
190 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCT
* * * * * * * *
21759380 AACTTCTTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGAATT-TATGAA
254 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAA
* * * * ** * *
21759444 TTGAAACAATTATTTTTTGTTAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTAT-AAA
318 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGT-TCAAA
* ** * * * *** * * * * * * *
21759508 TTGAAACAATTATTT-TATAACTAAGCAAAAAG-TTAGAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCTA
382 TAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAATAGATT--TAT-TTTTTAAAT--CT--TT-TGCT-
* * * * * *
21759571 ATAGTCTTAACTATTT-GAATTGGTTCAACAAACACATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
438 -TA---TTAA-T-TTTCCAAAT-ATT--A-ATA-A-A-TTA-GTATT--AT-T-TTA-TT-CTAA
* * * * ** * * * *
21759635 TTTTTAGAATAT-TATTAATTTAACAA-TATTTTACT--CTTAATAAACTTTTATGAATAGAAAC
483 --ATAAG-CT-TGTATGAATGAAACAATTGTTTTA-TGACTAAACAAA---ATAT-AAT---AAC
21759696 AATTA
536 -A--A
* ** * * *
21759701 CTTTATGAGAAAAAAAGATCATAACAATTTTAGATGGATAATTGTTCA-AA-TAGTCATAACTAT
1 --TT-T--G--AAATAG---AT---AA--TT--ATTCA-AATAG-TCATAACTA-T-TTGA--A-
* * * * * * * **
21759764 TTAAACTAGTTTGATAGATAGATTTAGTTTTTAAATCTATTA-TT-TATTTTCAAAATATTAATA
42 -----CTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * * * *
21759827 AATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT-AAAAATAATTATTTTACGACAAAAC
102 AATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTATATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * ** * ** * * * * *
21759890 AAAATGTTATAACGATTTGAAATAGCTAATAGTTTGAATAGACTTCACTATTTGAACTTGTT-TA
165 AAAA-ATCATAAAGATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * *
21759954 GTGAACATATTTATTTTTCAAATCT-TTAACTTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATTAATAT
228 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTATTAT
* * * * *
21760017 TATTTTATTTCGAATAAACTTGTACT--AGTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAGACAAAAGATCA
290 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
21760080 TAACGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAGTACATAGAT
353 TAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAGAT
* *** * *
21760145 TTAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATACT
417 TT-ATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * ** * * * * *
21760210 GAATAAGCTTTTACGAACAAAAAAAATTGGTTTATGAC-AAAAAAAAGATCATAACAA
481 AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATAATAACAA
* * * * * *
21760267 TTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTATTTAAACATGTTTAGA-AAATAGATTTAT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * *
21760330 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTA-TTTTATTTGAAA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTA--AATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTTATTCG-AA
** * * * * * * * *
21760392 TAAGCTTGCATGAAT-AGAATCAA-TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGATGTTTTAAAATA
125 TAAGCTTATATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAAATA
* * * * * * * *
21760455 GATAATTATTCAGACAGTCATAACTATTTGAGCTTA-TTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAGTC
188 -AAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
21760519 TCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCCAATAAGCTTATTT
251 TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* ** * * * * * * *
21760583 GAATTGCAACAGTTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCA
315 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
21760648 AATAATCATGACTATTTCAACTTGTTCAATAAACATA-TT-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAA
380 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAA
* * * * * *
21760710 TTATCAAAATATTAAT-ATTTAATATTATTTTAATCTAAAT-AGCCTTATATGAATAGAAACAAT
444 TTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAAT-GAAACAAT
* * * *
21760773 TGTTTTATAACAAAACAAAGA-GTCATAACAA
507 TGTTTTATGACTAAACAAA-ATATAATAACAA
* * * *
21760804 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTT
* * * *
21760868 TTTAAATCTTTTACTT--A---TT--AATAGTAATAATTTTGTATTA-TTTTATTC-AA-AA---
66 TTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCT
* * * * * * * ** *
21760920 TAGTTTGAACAAAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGTGATTTCAAATAAATAAT
131 TA-TATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAAATAAA-AAT
* * * * * *
21760985 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCT-TTTTTAAAATCTCTTAA
193 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** * * * **
21761049 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACCGA
257 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * * * * * * *
21761114 AACAAATCTGTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
322 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
21761179 ATGACTATTTG-ATCTAGTTTGGTAAACATATTTATATTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCA
387 ATAACTATTTGAAT-T-GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCC
* * *
21761242 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAAATGTTTTA
450 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTA
* **
21761307 T-AATCAAACAAAA-AGTCAA-AATGA
514 TGACT-AAACAAAATA-T-AATAACAA
* * * * *
21761331 TTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATT
* * * * *
21761395 TTTTAAATCTCTTA-TT-AATTTTTGAAATATTAATAGATTGGTATTA-CTTTATTCTGAACAAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAG
* * * * * *
21761457 CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
129 CTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAAATA-AAAA
* * * * * * ** * *
21761522 TTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTTGAATATCTTA
192 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
21761587 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTATT-TTA-TTTATTCCAAATCAGCTAGTATGAATT
256 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * *
21761650 GAAA-TTTTGTTTTATGACAAAGC-AAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
320 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * * * *
21761712 GTTTTAAATATTTGAACTAG-TTCGTCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAG-TTATTAATT
384 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATT
* * * * * * **
21761774 TT-TAGAATTTTATTATATTAGTATTA-TTAATTGT---T----TTG--TGACA--AAACAAAAG
446 TTCCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTG
* * **** *
21761826 -GTTATAAC-AATTTGAA-GT-AT-ACAA
509 TTTTATGACTAAACAAAATATAATAACAA
* * * *
21761850 TTGTTCAAATAGTCATAATTATT----T-G----AACTGATTTG-A-----T-AAAAAATAGATT
1 -T-TTGAAATAG--ATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATT
* * * *
21761899 TATTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTTT-TTTG
61 TATTTTTTAAATCTCTTACTTA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTTATTCG
* * * * * *
21761963 AATAAGCTTGA-ATGATCAAAAACATTTGTTATATGAC-AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAG
123 AATAAGCTT-ATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAAA
* * * * * * * *
21762026 TAGATAAA-TGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAACGA-TTC-AGTAAATAAATTCACTTTTTA
186 TA-A-AAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
21762088 AA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATT-TGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTT
247 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* ** * * * * * *
21762148 GTATGTACTAAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAA-TTCATATCAATTTGAAATAGATAATTA
311 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTG
* * * * * * * * * * *
21762212 TTCATATAATCTTAACTCTTTAAACTGCTTCGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAG-TT
376 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTGCTT
* * *
21762276 ATTAATTTT-CATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
439 ATTAATTTTCCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * ** * **
21762340 AC-ATT-TAATTAT-AATAGAAGAAAAGGTTATAATGA
502 ACAATTGT-TTTATGACTA-AACAAAATATAATAACAA
* * * * *
21762375 TTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG------------GAACTGCTTCAATAAATATATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTT
* *
21762428 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCTAACAA
66 TTTAAATCTCTTACTTA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-CGAATAA
* * * * *** * **
21762492 GCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAATGTTCATAACGATTTGAAATAGTAAT
128 GCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAAGATTTGAAATAAAAAT
** * * * * * * * *
21762557 AATT-GAATAGCCATAATTATTTGAATTTA-TTC-AGTAAACAAATTCACTTTTTAAA----TAA
193 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
*
21762615 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TAATGA
256 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA--ATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGA
* * * * ** * *
21762679 AATGAAACAATTGTTTTATGATAAACCAAAACATCATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCAAA
317 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * ** * *
21762744 TAGTCGCAATTATTTGAATTTGTTCAAAAAAT-GCATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTGTTAAT
382 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAAT
* * * * ** * * * *
21762808 TTT-TAAACTATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAGCTGAAGCAATT
445 TTTCCAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATT
* * * *
21762872 ATTTTATGGCAAAACAAAA-ATTCATAACAA
508 GTTTTATGACTAAACAAAATA-TAATAACAA
* * * * * *
21762902 TTTTAAATA-AGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAGCT-ATTCGGTAAATAGATTTAT
1 TTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * *
21762964 TTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTA-TGATT-GTTTTATTCTA
64 TTTTT-AAATCTCTTACTTA--AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTTATTC-G
* * * *
21763026 AATAAGCTTGTATGAT-ATGAAACAAATATTTTATGACTAAAA
123 AATAAGCTTATATGATCA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAA
21763068 TTAGGTTAGA
Statistics
Matches: 6792, Mismatches: 1454, Indels: 1050
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
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TTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCT
TATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAAGATTTGAAATAAAAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAATTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACTAA
ACAAAATATAATAACAA
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Alignment explanation
Indices: 21758957--21759247 Score: 379
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
21758947 TTTATGACAC
* **
21758957 AACAAAAGGCCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTC
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* * ** *
21759022 TGGTTAACATATTCATATTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
66 TGGTAAACATATT-ATATTTTAAATTTCTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATAT
21759087 TATTTTTTTTGCATAAGCCTATAGG
130 TATTTTTTTTGCATAAGCCTATAGG
* * * * * *
21759112 AACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTT
1 AACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTC
** *
21759177 TGGTAAACATATT-TATTTTGAAAATCTT-TTACTTTTTAATTGTCAAAATTTTAATAAATTAAT
66 TGGTAAACATATTATATTTT--AAAT-TTCTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAT
21759240 ATTATTTT
128 ATTATTTT
21759248 AATCCAAATA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 17, Indels: 6
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
153 6 0.05
155 108 0.93
156 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
AACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTC
TGGTAAACATATTATATTTTAAATTTCTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT
ATTTTTTTTGCATAAGCCTATAGG
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Indices: 21759510--21762987 Score: 1984
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21759500 TGTATAAATT
* * * * * * * * * * *
21759510 GAAACAATTATTTTATAACTAAGCAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCTAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
* * * * *
21759575 TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAAACACATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * **
21759639 TAGAATATTATTAATTTAACAATATTTTACTCTTAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTACTT
130 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * **
21759704 TATGAGAAAA-AAAGATCATAACAATTTTAGATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
195 TATAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * * * *
21759768 ACTAGTTTGATAGATAGATTTAGTTTTTAAATCTATTATTTATTTTCAAAATATTAATAAATTAG
260 ACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA--TT--AAATAGTAATAATTTTG
* * * * * *
21759833 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAATGTT
321 TATTATTTTA--TTCAA-AA-TTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * ** * * * * * *
21759898 ATAACGATTTGAAATAGCTAATAGTTTGAATAGACTTCACTATTTGAACTTGTT-TAGTGAACAT
382 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAG
* *
21759962 ATTTATTTTTCAAATCT-TTAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
446 ATTTATTTTT-AAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
21760026 TCGAATAAACTTGTACTAGTA
509 TCGAATAAACTTATA-T-GAA
* * * * * * *
21760047 GAAACAATTGTTTTATGAGAAGACAAAAGATCATAACGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
* * * * * *
21760112 TCATAACTATTTGAACTCGCTT-AGTACATAGATTTAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTT-ATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
*** * * * * * * * *
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129 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-CTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGT
* * **
21760240 TTTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTATT
193 TTTATAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATT
* *
21760304 TAAAC-ATGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTA
257 TAAACTA-GTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--ATAGT-A-A-TA
* ** * * * * * *
21760366 ATCAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAATCAA-TGTTTTATGATAAAA
315 AT---TTTGTATTATTTTATTCAAAATTAG--T--ATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * * * *
21760430 CAAAAGGTCATGATGTTTTAAAATAGATAATTATTCAGACAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCG
373 CAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
21760495 ATAAATAGATTTATGTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATAAATAAATTAGTATTA
438 ATAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
21760560 TTTTATTTCCAATAAGCTTATTTGAA
502 TTTTATTTCGAATAAACTTATATGAA
* * * * *
21760586 TTGCAACAGTTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAAT
1 --GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
21760651 AATCATGACTATTTCAACTTGTTCAATAAACATATTT-T-TTTT-AATCTTTTACTTATTAATTA
64 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* *
21760713 TCAAAATATTAAT-ATTTAATATTATTTTAATCTAAAT-AGCCTTATATGAATAGAAACAATTGT
129 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAG-CTTTTATGAATAGAAACAATTGT
21760776 TTTATAACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATT
193 TTTATAACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
21760840 TGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATAGTAATAATTTTGT
257 TAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATAGTAATAATTTTGT
* * * * **
21760904 ATTATTTTATTCAAAA-TAGTTTGAACAAAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGT
322 ATTATTTTATTCAAAATTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * *
21760968 GATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCT-
387 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT-TA
* * *
21761032 TTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAAT
451 TTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
21761097 AAACTTATATGAA
515 AAACTTATATGAA
* * * *
21761110 CCGAAACAAATCTGTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
1 --GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *** * *
21761175 AATCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATATTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTG
64 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * *
21761239 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAAATGTT
129 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTT
* * ** *
21761304 TTATAATC-AAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTTT
194 TTATAA-CAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
21761367 TTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA
256 TTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTT-TTACTTATT-AAATAGTAATA-A
* * * *
21761432 -TTGGTATTACTTTATTCTGAACAAACTTA-TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
316 TTTTGTATTATTTTATTC---A-AAA-TTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
21761495 AAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGT
376 AAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGAT
* * *
21761559 AAACAGAAATATT-TTTTTGAATATCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATT--TATT
440 AAACAG--AT-TTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
21761620 TTATTTATTCCAAATCAGC-TAGTATGAA
501 AT-TTTATTTCGAATAAACTTA-TATGAA
** * * * *
21761648 TTGAAA-TTTTGTTTTATGACAAAGC-AAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTCATA
1 --GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** * * * * * * *
21761710 TAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTC-GTCAAACAAATTTAT-TTTTAATTCTCTTAGTTATTAAT
63 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAAT-AAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* *
21761773 TTT-----TA-GAAT---TT--TATTA---T-A--T---T-AG-TATTAT---T------AATTG
127 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * *
21761807 TTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
192 TTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
21761872 TTGAACT-GATTTGATAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTTA-TTAATTTTTGAAAG
256 TTAAACTAG-TTTGAT---AAATAGATTTATTTTTTAAAT--C-T-TTTACTT-A---TT-AAAT
* * * * * * * * * *
21761935 ATTAATAAATTAGTATTATTGTTTTTTGAATAAGCTT-GAATGATCAAAAACATTTGTTATATGA
308 AGTAATAATTTTGTATTA-T-TTTATTCAA-AA--TTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
* * * * * *
21761999 C-AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAAATGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAAC-
368 CAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACT
* * * * *
21762062 -GATTC-AGTAAATAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAACAAA
432 TG-TTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * ** *
21762120 TTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGTACTA
493 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATG-A--A
** * * * *
21762158 -AAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAA-TTCAT-ATCAATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * ** *
21762220 ATCTTAACTCTTTAAAC-TGCTTCGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTT
65 ATCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
21762284 TCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC-ATT-T
129 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGT
* * * * ** ** * * *
21762346 AATTATAATAGAAGA-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG---GAACTG
193 -TTTATAACA-AA-ACAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
21762407 CTT---C-A-----ATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
255 TTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC---TT-A---TT-AAATAGTA
* * ** * * *
21762463 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAACAAGCTT-GTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGGCAAA
312 ATAATTTTGTATTATTTTATT-C-AA-AA--TTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* ** * * * * *
21762527 AC--AATGTTCATAACGATTTGAAATAG-TAATAATT-GAATAGCCATAATTATTTGAATTTATT
372 ACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * *
21762588 C-AGTAAACAAATTCACTTTTTAAA-----TAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATT
436 CGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AA--ATT
* *
21762647 ATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TAATGAAA
495 AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTAT-ATG-AA
* * ** * * * * *
21762681 TGAAACAATTGTTTTATGATAAACCAAAACATCATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATA
1 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * * * * *
21762746 GTCGCAATTATTTGAATTTGTTCAA-AAA-ATGCATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTGTTAATT
65 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAT--ATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * ** * * * *
21762809 TTTAAACTATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAGCT-GAAGCAATTA
128 TTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGA-ATAGAAACAATTG
** * * * *
21762873 TTTTATGGCAAAACAAAAATTCATAACAATTTTAAATAAGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
192 TTTTATAACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
21762938 TTAAGCTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAA
256 TTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA
21762988 TTTTTTGAAT
Statistics
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Consensus pattern (527 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTC
AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
CTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATAGTAATAATTTTGTATTA
TTTTATTCAAAATTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
AAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
ATATGAA
Found at i:21761307 original size:704 final size:702
Alignment explanation
Indices: 21759606--21761595 Score: 1864
Period size: 704 Copynumber: 2.8 Consensus size: 702
21759596 CAACAAACAC
* * * * * *
21759606 ATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATATTTTACTC
1 ATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
* * * * ** * *
21759671 TT-AATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTACTTTATGAGAAAAAAAGATCATAACAATTTTAGA
64 TTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAAT-CTTTATGAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAA
* * * *
21759735 TGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAGATAGATTTAGTTTTTAAA-
128 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT
* * * * **
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192 TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATG
* * * ** * * * **
21759862 AATAAAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGCTAA-TAGTTTG
257 AATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCA
* * * * *
21759926 AATAGA-CTTCACTATTTGAACTTGTTTAGTGAACATATTTATTTTTCAAATCTTTAACTTATTA
321 AATA-ATCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTT-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTA
* * * *
21759990 ATTTCTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTACT-AGTAGAAACA
383 ATTTC-AAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAACTTATA-TGAATAGAAACA
* * * *
21760053 ATTGTTTTATGAGAAGACAAAAGATCATAACGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
444 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
21760118 CTATTTGAACTCGCTT-AGTACATAGATTTAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
508 C-ATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA----T-G-A
* ** *
21760182 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATACTGAATAAGCTTTTACGAACAAAAAAAATTGGTTTATGA
564 -TGTAATAAATTAGTATTATTTTATACAAAATAAGC-TTTA-GAACAAAAAAAATTAGTTTATGA
* **
21760247 CAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACATG
626 CAAAAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACATG
21760312 TTTAGAAAATAG
691 TTTAGAAAATAG
* * * *
21760324 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTA-TT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* ** * * * *
21760387 TGAAATAAGCTTGCATGAATAGAATC-AATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGATGTTTTAA
65 TG-AATAAACTTATATGAATAGAAACAAAT-CTTTATGA-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTAA
* * * *
21760451 AATAGATAATTATTCAGACAGTCATAACTATTTGAGCTTA-TTCGATAAATAGATTTATGTTTTA
126 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTAT-TTTTA
* * * * * * *
21760515 AGTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATAAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCCAATAAGCTT
189 AAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTT
* * * * * * *
21760579 ATTTGAATTGCAACAGTTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTA
252 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * *
21760644 TTCAAATAATCATGACTATTTCAACTTGTTCAATAAACATATTTTTTTT-AATCTTTTACTTATT
317 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * **
21760708 AATTATCAAAATATTAATATTTAATATTATTTTAATCTAAATAGCCTTATATGAATAGAAACAAT
382 AATT-TCAAAATATTAATAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT
* *
21760773 TGTTTTATAACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACA
446 TGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACA
*
21760838 TTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-A-GTAATAATTT
510 TTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGATGTAATAAATT
* * * *
21760901 TGTATTATTTTATTCAAAAT-AG-TTT-GAACAAAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAATG-T
575 AGTATTATTTTATACAAAATAAGCTTTAGAACAAAAAAAATTAGTTTATGACAAAA-AAAA-GAT
* *** * * *
21760962 TATAGTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTAAACTTG-TTCGATAAAT
638 CATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTATTTAAACATGTTTAGA-AAAT
21761025 AG
701 AG
* **
21761027 ATTCT-TTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT
1 ATT-TATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
** *
21761091 TTGAATAAACTTATATGAACCGAAACAAATCTGTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGA
64 TTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAATCT-TTATGA-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTAA
* * * * * * *
21761156 AATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATATTTAAA
126 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAT-TTTTAA
* * *
21761221 ATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTA
190 ATTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTA
* * * *
21761286 TGAATAGAAACAAATGTTTTATAATC-AAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATT-TG
255 TGAATAGAAACAATTGTTTTATAA-CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-
* * * * * *
21761349 TCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
318 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** ** * * * * *
21761410 TAATTTTTGAAATATTAATAGATTGGTATTACTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACA
381 TAA-TTTCAAAATATTAATA-ATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACA
* * * *
21761475 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA
444 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** * * *
21761540 TTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTTGAATATCTTACTTATTAAT
508 -CATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
21761596 TTTTCAAATA
Statistics
Matches: 1040, Mismatches: 190, Indels: 96
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
702 35 0.03
703 82 0.08
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705 113 0.11
706 30 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (702 bp):
ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
GAATAAACTTATATGAATAGAAACAAATCTTTATGAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAG
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTTT
ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
TCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCAAA
ATATTAATAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTGAACTTGT
TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGATGTAATAAATTAGTATTATTTT
ATACAAAATAAGCTTTAGAACAAAAAAAATTAGTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTCA
AATAAATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACATGTTTAGAAAATAG
Found at i:21761956 original size:149 final size:146
Alignment explanation
Indices: 21761656--21761959 Score: 310
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
21761646 AATTGAAATT
* * * * **
21761656 TTGTTTTATGACAAAGCAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAAT
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAAAT
* * * * **
21761721 ATTTGAACTAGTTCGTCAAACAAATTTATTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTA
66 ATTTGAACTAGTTCGTAAAAAAAATTTATTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTAGAAGATTA
* *
21761786 TTATATTAGTATTATTAA
131 ATAAATTAG--TTATTAA
* * * * *
21761804 TTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAAT
1 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAAA
* *
21761869 TATTTGAACT-GATTTGATAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTT-GA
65 TATTTGAACTAG-TTCG-TAAAAAA-A-ATTTA-TTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTAG-
21761932 AAGATTAATAAATTAG-TATT-A
124 AAGATTAATAAATTAGTTATTAA
21761953 TTGTTTT
1 TTGTTTT
21761960 TTGAATAAGC
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 21, Indels: 13
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
148 16 0.12
149 59 0.46
150 9 0.07
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ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (146 bp):
TTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAAAT
ATTTGAACTAGTTCGTAAAAAAAATTTATTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTAGAAGATTA
ATAAATTAGTTATTAA
Found at i:21762200 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 21761803--21762208 Score: 394
Period size: 176 Copynumber: 2.3 Consensus size: 176
21761793 AGTATTATTA
* * * * *
21761803 ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGA-AAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAGTAGATAAATGTTCAAATAGCCATAA
* * * *
21761868 TTATTTGAACTGATTTGATAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGAA
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* **
21761933 AGATTAATAAATTAGTATTATTGTTTTTTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAAC
124 AGATTAACAAATTAGTATTATTGTTTTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAAC
* * * * *
21761986 ATTTGTTATATGACAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAAATGTTGAAATAGCCATAA
1 A-TTGTTTTATGAAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAGTAGATAAATGTTCAAATAGCCATAA
*
21762051 TTATTTGAAAC-GATTCAG-T-AAATAAATTCACTTTTTAAATCAC-TTATTAATTTTTGAAATA
64 TTATTTG-AACTGATT-AGATAAAATAAATTCACTTTTTAAATCACTTTATTAATTTTTGAAAGA
* * * **
21762112 TTAACAAATTTGTATTATT-TTATTTCAAATAAGTTTGTATG-TACTAAAATG
127 TTAACAAATTAGTATTATTGTT-TTTCAAATAAGCTTGAATGAT-C-AAAAAC
* *
21762163 ATTGTTTTATGATAAAACAAAA-TTCATATCAATTTGAAATAGATAA
1 ATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGTT-ATAACAATTTGAAGTAGATAA
21762209 TTATTCATAT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 29, Indels: 23
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.02
176 78 0.42
177 13 0.07
180 21 0.11
183 57 0.31
184 13 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
ATTGTTTTATGAAAAACAAAAGTTATAACAATTTGAAGTAGATAAATGTTCAAATAGCCATAATT
ATTTGAACTGATTAGATAAAATAAATTCACTTTTTAAATCACTTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
CAAATTAGTATTATTGTTTTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAAC
Done.