Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
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Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 117 of 125
Found at i:21886677 original size:181 final size:180
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* * *
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* * *
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* * *
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21886666 TACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCGCATAGTC
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* * * *
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** * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TG
* * * * * * **
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65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATAAACTA-AAACAATTGTTT
* ** * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * ** * *
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129 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** **
21887260 ATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * * * * * * *
21887321 AACATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTTGAGCAAACTTATATGAACGAAAACATTTATTTTAC
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTAT
* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
21887672 AATATTATTATATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAATAATTGTTTT
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* * * * * * * *
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* ** * ** * * *
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66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATAAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
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* ** * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
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* * * ** *
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129 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
21888147 ATAACTGTTTGAATTTGATCAGTAAAAATATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
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65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAACTAAAACAATTGTTTT
* * * *
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21888328 ATAACTAATTGAATTTGTTTGGTAAAC-GAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
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* **** *** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
21888510 TTAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *** * *
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* * * * * *
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128 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
21888685 ATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAACATATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * * * *
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65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTA
* ** * *
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130 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
21888866 ATAATTATTTTAA-TTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTTAG
1 ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T
** * * * *
21888929 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTT
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* * * *
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128 TATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
21889043 GGTAAATAGA
Statistics
Matches: 2272, Mismatches: 494, Indels: 198
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 56 0.02
173 2 0.00
174 5 0.00
175 117 0.05
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Consensus pattern (180 bp):
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Found at i:21886866 original size:362 final size:361
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * **
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* * * *
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* * *
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* * ** * * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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** * * * * **
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* * * * *
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* * * * * **
21886974 ATTTGTATTATTTTA-TTAGAAATAACCTTGA-AT-AAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAAC
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* *** * * * *
21887144 AATATTAATAACTTAGTATTATTTTAATCCAAAAAAGCTTGTATGAATATAAACTATTGTTTTAT
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* * * * * ** * * *
21887209 AATAGAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATACTTATAATTATTTGAAC
130 GACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
21887274 TAGTTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAACATTAATAGATT
195 TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * * * * **
21887335 AGTATT-TTTTATTTTGAGCAAACTTATATGAACGAAAACATTTATTTTACAACAAAACAAAAGG
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* *
21887399 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
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* * * ** * *
21887436 ATAATTATTTGAAC-TGGTTAGGTAAGTAGAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTG
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* * * * *
21887496 AAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTCGTAAGAATTGAAAAA-AATTGTT
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* * * * *
21887559 TTATGGCAAAAC---AA---A-AATAATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTT
126 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * * * *
21887617 AAACTAGTTTGGCAGACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTCATTAATTTTTGAAATATTATTA
191 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * *
21887682 TATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAATAATTGTTTTATGACAGAAC
256 AATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
21887746 AAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAACTATTCAAAGAGTC
319 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * * *
21887789 ATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAACAGATTTATTTTGTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * * *
21887850 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATGTGTACGATCAAAAACAATTGTTATA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
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129 TGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
21887979 -TTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAA
194 CTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA
* * * * *
21888042 ATTAGTAGTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAA
257 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** *
21888107 AGATAATAATGATTTTTAATAGACAATTGTTCAAATAGTC
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
21888211 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTATT
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* * * * * * *
21888275 ATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTTATTATTCAAATAGTCATAACTAATTG
128 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
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192 AACTTGTTCGGTAAATAG-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
**** *** * * * * * *
21888402 TAAATTTAG-ATTATTTTATACCAAATAAAAATGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAA
254 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
21888465 ACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTT
317 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
21888510 TTAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * *** * * *
21888571 AATGTTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGCTTCTATGATA-AAAAATAATTGTTTAA
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* * * * *
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129 TGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
21888697 ACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAAAAAA
193 ACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * * *
21888762 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACCAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA
258 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * *
21888827 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATTGCC
323 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
21888866 ATAATTATTTTAA-TTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-A-TTTTA
1 ATAACTATTTAAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
** * * ** *
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* * * * * * *
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* * * **
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191 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * ** * *** * *
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255 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * **
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* * * *
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* * * *
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64 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTT
** * * * * * ** **** *
21889331 TGCGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATCATTTGTGTAGTCTTAACTATTTG
127 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * ** * * *
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192 AACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * * *
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256 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
21889520 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTT
319 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
21889563 AAAACTATTTGAAA-TGGTTTAGTAAACAGAGTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTT
1 ATAACTATTT-AAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** * *
21889627 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTCATCTTAACAAAAACAATTGTTTTA
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
21889692 TGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATTGTTATAATTATTT-AA
129 TGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
21889756 ATTGGTTTGGTAAATGGAATTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAA
194 CTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * * *
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258 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA
* * * * *
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322 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *** * * *** * * * *
21889926 TTAACTGTTTGAACAAAAGGTCA-T-AACA-ATTTA--AAATAAATAAATGTTA---ATAAATTA
1 ATAACTATTT-AA-ACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--CTCTTACTTATTAATTT
* ** * * ** * * * * * *
21889983 GTAGCAT-TT--T-ATTTCG-ATTAGGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATAGGAC-TAAACA
62 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAA-T-AAGC--TT-GTAT-GAACAAAAACA
** * * * * * * ** *
21890042 AAAG-GTCA-GA-AATATTTCAAATAG--ATAATTA-TT---CTA-AT-ATT-TT-AGCTA-T-T
120 ATTGTTTTATGACAA-A--ACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *** * ** * ** ** * *
21890092 TGAACTAGTTT-AGC--AAAC---ACATTTA-TT-TTGTAAATCTCCTATTAATT-TT------T
182 T-AACTA-TTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** ** * *
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244 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * * * *
21890205 TTATGAGAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTC
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* * * ** * * * * * * * * *
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1 ATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
** * * * * * ***
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* ** ** * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * * **
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1 ATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
** ** * ** * *
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* * * * * * *
21892181 ACGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-
128 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* *
21892373 AAAGTCATAACTATTTGAA
321 AAGGTCATAACGATTTGAA
21892392 CTAGTTTAAT
Statistics
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*** * * * * * *
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* * * *
21886509 TTGAAATAAATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC--GTGTTCAGTAAATAGATTCATT
506 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTGA-TAAACAGATTCATT
* *
21886572 TTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA
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**
21886702 ATTATTCGCATAGTC
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * * * **
21886844 TACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTG
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * *
21886909 AACTTGTTCGGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATGAATTTTCTT-AATATTAATA
190 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTCATTAATTTT-TTGAATATTAATA
* * **
21886973 AATTTGTATTATTTTAT-TAGAAATAACCTTGAATAA-ATAGAAA-AAATCATTTTATGACAAAA
254 AATTAGTATTATTTTATAT-CAAATAAAATTG--TAAGATAGAAACAAAT-ATTTTATGACAAAA
** * * * * * * * *
21887035 CAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATTGTTATAATTATTTAAACTTGTTTA
315 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCA
* * * *
21887100 ATAAACATAGTAATTTGTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATT
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* * * * * * * *
21887164 ATTTTAATCCAAAAAAGCTTGTATGA-ATATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAATGTCATA
440 ATTTTAA-CCAAATAAGCTTCTATGATA-AAAAACAATTGTTTAATGATAAAACAAGA--TCATA
** * * * * ** *
21887228 ATAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATACTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATTGATTT
501 ATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTC
* * *
21887293 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAACATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTTGAG
566 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * **
21887353 CAAACTTATATGAACGAAAACATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
631 CAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* *
21887418 ATAATTGTTTAAATAGTC
696 ATAATTATTCAAATAGTC
* * ** *
21887436 ATAATTATTTGAAC-TGGTT-AGGTAAGTAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGATTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTA
* * * * *
21887495 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTCGTAAGAATTGAAAAAAATTGTT
64 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATT--AAACAATTGTT
* * * *
21887559 TTATGGCAAAACAAAA----AT-A-ATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTA
125 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
21887618 AACTAGTTTGGCAGACAAATTTATTTTTTAAATCCCTT-AGTCATTAA-TTTTTGAAATATTATT
190 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTTTAACTCATTAATTTTTTG-AATATTAAT
* * * ** * * * * * *
21887681 ATATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGGAAATAATTGTTTTATGACAGAAC
253 AAATTAGTATTA-TTTTATATCAAATAAAATTGTAAG-ATAGAAACAAATATTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
21887746 AAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAACTATTCAAAGAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAG
316 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAA
* * *
21887811 TAAACAGATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
381 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * *
21887876 TTTCAAATAA-ATGTGTACGATCAAAAACAATTG-TTATATGACTAAACAAAAGGTAATAATGAT
446 -ACCAAATAAGCT-TCTATGATAAAAAACAATTGTTTA-ATGA-TAAA-ACAAGATCATAATAAT
* * * * * * * *
21887939 TTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTCACTT
506 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTCATTT
* * * *
21888003 TTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTTGAATAA
570 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA
* * * * * * ** ** *
21888067 ACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTTTAATAGACA
634 ACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
*
21888132 ATTGTTCAAATAGTC
699 ATTATTCAAATAGTC
* * *
21888147 ATAACTGTTTGAATTTGA-TCAGTAAA-AATATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
* * * * * * * *
21888209 TGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTAT
63 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATG-AATTAAACAATTGTTT
* * * *
21888274 TATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTTATTATTCAAATAGTCATAACTAATT
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GATTTAAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * *
21888338 GAATTTGTTTGGTAAACGAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
189 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTAACTCATTAATTTTTTGAATATTAAT
* * *
21888403 AAATTTAG-ATTATTTTATACCAAATAAAAATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC
253 AAA-TTAGTATTATTTTATATCAAATAAAATTGTAAGATA-GAAACAAATATTTTATGACAAAAC
* * ** * * *
21888467 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTAG
316 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAA
* * * * *
21888532 TAAATAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTT
381 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT
* * * *
21888597 AACCGAATAAGCTTCTATGATAAAAAATAATTGTTTAATGATAAAACAAGATCTTAACAATTTGA
445 AACCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTGTTTAATGATAAAACAAGATCATAATAATTTGA
* * * *
21888662 GACT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTCTA
510 -AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTCATTTTTTA
* * ** * * *
21888726 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
574 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTA
* * * *
21888791 TATGACCAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCAT
639 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* *
21888856 TCAAATTGCC
704 TCAAATAGTC
* * * * *
21888866 ATAATTATTTTAA-TTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTATTTTAGG
1 ATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTA-G
* * * *
21888930 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTTA
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TTAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
21888995 TGA-AAAATCAAGAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGT-A-AA-TA---G-
128 TGACAAAA-CAAAAGGTCATAA-GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * **
21889052 A----TT---T------A--T-TTTTTTAAATCTCTTTA-TCATTAA-TTTTTCAACTGCTAATA
191 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTAACTCATTAATTTTTTGAA-TATTAATA
* * * * ** * * *** * * * *
21889099 AGTTATTATTAATTTAT-TCTGAATAAGCTCGTATGA-ACTGAAGTTATTGTTTTATAACTAAAC
254 AATTAGTATTATTTTATATC-AAATAAAATTGTAAGATA--GAAACAAATATTTTATGACAAAAC
* * ** * * * ** * * *
21889162 AAAATGTTAGAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAAACTTAACCATTTGAAA-T-GATTT
316 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAG-TTC
** * * *
21889225 GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT
379 AATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *** * *
21889289 ATTTTAATTAGAATAAGCTTGTACGA-AATAAAACAATTATTTTGCGATAAAAGAAAAGGTCATA
440 ATTTTAACCA-AATAAGCTTCTATGATAA-AAAACAATTGTTTAATGAT-AAA-ACAAGATCATA
* * * ** **** * * * ** *
21889353 ATGATTTAAAATAGATAATCATTTGTGTAGTCTTAACTATTTGAACT-GCTTCGACAATTAGTTT
501 ATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATT
* * * * ** * * * *
21889417 TACTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAA-T--TATTATTTTATTCTGA
565 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * * *
21889479 ATAAA-ATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
630 ACAAACTTA-TATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* *
21889542 TAGATAATTATTTAAATAGTT
693 TAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * * **
21889563 AAAACTATTTGAA-ATGGTTTAGTAAACAGAGTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTAG
* * * ** * * **
21889627 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTCATCTTAACAAAAACAATTGTTTTA
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TTAAACAATTGTTTTA
* * * * *
21889692 TGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATTGTTATAATTATTT-AA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * * *
21889756 ATTGGTTTGGTAAATGGAA-TTATTTTCTAAATCTTTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATA
192 CTT-GTTCGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTCATTAATTTTTTG-AATATTAATA
* ** * ** *** * * * *
21889819 AATTAGTTTTATCCTATTTTGAATACGCTTGTATGAGCTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATA
254 AATTAGTATTATTTTATATCAAATAAAATTGTA--AGATAGAAACAAATATTTTATGACAAAA-C
* *** * * * * * * ** *
21889883 AAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAACTGTTTGAACAAAAGGTC
316 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-ACTAGTTC
* **
21889948 -AT-AACA-ATTTA------AAA-----TA--AA----T-AAATGTTAATAAATTAGTAGCATTT
379 AATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * * * * * *
21889992 TATTTCGATTAGGCTTGTATGA-ACTAAAACAATT-ATTATAGGACTAAACAAAAGGTCAGAA-A
444 TA-ACCAAATAAGCTTCTATGATA-AAAAACAATTGTTTA-ATGA-TAAA-ACAAGATCATAATA
* * * * ** * * * *
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504 -ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTCA
* * * **
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567 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAA
* * ** * * * * * * ** * *
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631 CAAACTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* *
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695 GATAATTATTCAAATAGTC
* ** * ** * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTATTTT-A
** * * * * *
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* * * ** * *
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127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GA-TTTAAA-A--TAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAA-CT
* * * * * * * * * *
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185 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-TTAACTCATTAATTTTTTGAATA
* *** * * * * * *
21890511 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAGTAGGCTTCTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATAA
248 TTAATAAATTAGTATTATTTTATATC-AAATAAAATTGTAAG-A-TAGAAACAAATATTTTATGA
* * * * * * * *
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* * * * *
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375 GTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * * * * *
21890704 TATTATTTTAATCTTAATAAGCTTGTATGA-AAAGGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATC
436 TATTATTTTAA-CCAAATAAGCTTCTATGATAAA-AAACAATTGTTTAATGATAAAA-CAAGATC
* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * **
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* *
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* * * * * * **
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** ** * * * **
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255 ATTAGTATTATTTTATATCAAATAAAATTGTAAG-ATAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAA-
* * * * * * * *
21891301 AA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATAT-GAGTGCGTTTAGA
318 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCA-A
* * * *
21891364 -AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTATTAAATAATTTA-TATTAT
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* * * * *
21891427 TTT-------TAAGCTTGC-ATGA-ACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAT
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* * * * *
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* * * **
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566 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * ***
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*
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694 AGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* ** * * * * * *
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191 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTAACTCATTAATT-TTTTGAATATTAATA
* * ** * * *
21891947 AATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAAAATCATTTTATGACAAAACA
254 AA-TTAGTATTATTTTATATCAAATAAAATTGTAAGATAGAAACAAAT-ATTTTATGACAAAACA
*** * * * * *
21892010 AAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTCGTT-AAG
317 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAA-
* * * **
21892074 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAGCTTAGTATTAT
381 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
**** * * * * * * * * *
21892139 TTTATTTTTGAATAA--TTTTA-GATTAACTGAAATAATTTTTTTACGACAAAATAAAAGGTCAT
442 TTTA--ACCAAATAAGCTTCTATGA-TAA--AAAACAATTGTTTAATGA-TAAA-ACAAGATCAT
* * * * * ** * *
21892201 AACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTTGGTAAACATATT
500 AATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATT
* * * * * **
21892266 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGA
565 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * * * * *
21892330 ATAAGCTTATATCAA-GATAAACTATTATTTTATAACAGAATAAAAAGTCATAACTATTTGAA
630 ACAAACTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
21892392 CTAGTTTAAT
Statistics
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TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCAAATAAG
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * *
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*
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AACTATTTAAATTGGTTTAGTAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTAATAAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTCATCTTAACAAAAA
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* * * * *
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* * *
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** * *
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131 TATTAATAAATTAGTATTATCCTATTTCAAACAAACTCATATGAACAAAAA
* * * *
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* * ** * *
21889746 AATTATTT-AAATTGGTTTGGTAAATGGAATTA-TTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGA
66 AACTATTTGAAA-TGGTTTAGTAAACAGAATTACTTTT-TAAATCTCTTACTAATAAATTTTTGA
* ** * ** ** * *
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AACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTAATAAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATCCTATTTCAAACAAACTCATATGAACAAAAA
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21889957 TAAAATAAAT
* ** * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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** * * * *
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* *** * ** *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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130 CTAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTG
** * * * *
21890322 AAATATTAATAAAGCAGCATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTAT-AAATTGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
21890386 ATGACAAAAC-AAAAGCTTATAATGACTTTAAATAGCTAGAATGATTGGTCAAAAAGTTA-AATC
64 ATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-C
* * * * * * * * * *
21890449 TTTTTAAACT-TTTTCAGTAAATAGA--TATTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAGTTTTAG
122 TATTTGAACTAGTTT-AATAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
21890507 -AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAGTAGGCTTCTATGAACTA-AAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
21890570 ATAACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAA
64 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
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129 ACTAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
* *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT-TTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
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64 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
21890814 AA-TTGTTTTGGA-AAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTT
128 AACTAG-TTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
** * * * * * *
21890863 AAATATTAATAGGTCAGTATTATTTTAATTTGAATAA-TTTTTCATGAACA-AAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGT-ATGAAAAGAAACAATTGTTTT
* ** * * * * * * *
21890926 ATGACAAAACCAATGGTCATAACGGTTTGAAATAGATAATAGCTCAAATAGACATGATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * **
21890991 ACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-
129 ACTAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
** *
21891042 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTT
* *
21891107 ATGATAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
64 ATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * *
21891171 AACTCGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTTATTAATTTTTAG
128 AACTAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * * *
21891225 AATTA-TAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTA
* * *
21891289 TGACAAAACAATAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATG-A
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
21891353 GTGCGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTG
130 CT-AGTTTA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
21891404 GAGTATTAA-ATAATT--TA-TA--TTATTT--TTAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTA
1 AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTA
** *
21891461 TGACAAAACAAATGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
21891525 ACATA-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTT-
129 AC-TAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTG
* * * **
21891576 AGAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATGGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
21891641 ATTACAAAATAAAAGGTCACAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
21891706 ACTTGTTTAGTAAAC--ATAT-TTTTTTAAATCTTC-TACTTATT-ATTTGTAG
129 ACTAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTT-TTG
* * * * * * * * *
21891755 AAATATTAATAAATTAATATTATTTAAATCTGAACAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTA
* ** * * **
21891820 TGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * *
21891885 CTTCTTCAATAAGCATATTTATTTTCTAAATCGT-TTACTTATTAATTATCTTG
130 CTAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-T-TTG
* **
21891938 --TTATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAA-AATCATTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTT
* * *** * * * *
21891998 TATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTA
63 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
21892063 AACTCG-TTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
128 AACTAGTTTAA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * ** * ** * *
21892116 GAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTTGAATAATTTTAG-ATTAACTGAAATAATTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--TTTAAATAAGCTT-GTATGAAAAGAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
21892180 TACGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
63 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** ** * *
21892245 ATTTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTGTTG
128 AACTAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
* *** * * * * * *
21892297 AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATCAAGATAAACTATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTA
* * *
21892362 TAACAGAATAAAAAGTCATAACT-ATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAA
21892392 CTAGTTTAAT
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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TAGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:21892285 original size:893 final size:887
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Period size: 893 Copynumber: 1.9 Consensus size: 887
21890551 GAACTAAAAT
* *
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* * * * *
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* * *
21890691 ATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTTAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGAC
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* * * * *
21890756 AAAATAAAGATCATAACATTTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTT
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* ** ** *
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* * * * * * ** **
21890886 TTTAATTTGAATAATTTTTCATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAACCAATGGTCATAACGG
324 TTAAATCTGAACAACTTGTCATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * ** * ** *
21890951 TTTGAAATAGATAATAGCTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTT
389 TTTAAAATAAATAATAGCTCAAATAGACATAAAGATTTGAACTTCTTCAATAAACAGATTTATTT
*
21891016 TTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA
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* * ** * ** *
21891081 ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAA
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* * * * * * *
21891146 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAT
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21891211 TTATTAATTTTTAGAATTATAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGA
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* * *
21891276 AACAATTGGTTTATGACAAAACAATAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
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*
21891341 ATAACTATATGAGTGCGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGA
778 ATAACTATATGAGTGAGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGA
21891406 GTATTAAATAATTTATATTATTTTTAAGCTTGCATGAACAGAACC
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* ** * *
21891451 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTC-AGATAGTCA
1 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGA-TTTGAAATAGATAAATGTTCTA-ATAGTCA
* **
21891514 TAACTATTTGAACATA-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTT-
64 TAACTATTTAAAC-TAGTTCAACAAACAAATTCATTTTTTAAATT-TCTTACTCATTAATTTTTG
* *
21891576 AGAATATTAATATATTAGTATTATTTT-AT-TTCAAATAAACTTATATG-AATGGAAACAATTGT
127 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTT--AATAAACTTATATGAAAAGG-AACAATTGT
* * ** *
21891638 TTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATT
188 TTTATGACAAAAT-AAAGATCACAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATT
*
21891703 TGAACTTGTTTAGTAAACAT-A-TT-TTTTTAAATCTTCTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAA
252 TGAA-TTGTTTAGGAAA-ATAATTTATTTTTAAA---TC-ACTTATTAATTT-TAGAAATATTAA
* * *
21891764 TAAATTAATATTATTTAAATCTGAACAAGCTTGT-ATGAACATAAATAATTATTTTATGATAAAA
310 TAAATCAATATTATTTAAATCTGAACAA-CTTGTCATGAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAA
* * *
21891828 CAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTCTTCA
373 CAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATAGCTCAAATAGACATAAAGATTTGAACTTCTTCA
* * ** *
21891893 ATAAGCATATTTATTTTCTAAATCGT-TTACTTATTAATTATCTT-G-TTATTAATAAATTTA-T
438 ATAAACAGATTTATTTTCTAAATC-TCCAACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGT
* ** * *
21891954 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
499 ATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * *
21892018 TAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTCGTTA-AGTAAACAGA
564 TAACAATTTCAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCTAGA-TAAACAGA
* ** *
21892082 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTT
628 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATTA-TAATAAATTAGAATTATTTTA-TT
* * ** *
21892146 TTGAATAA-TTTTA-GATTAACTGAAATAATTTTTTTACGACAAAATAA-AAGGTCATAACAATT
691 TTGAATAACTTTTATGAAT-A--GAAACAATTGGTTTACGACAAAACAATAA-GTCATAACAATT
* * * * * * *
21892208 TGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTT
752 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATATGAGTGAGTTTAGAAAACATATTTATTTTT
21892273 TAAATTTTTACTTATTAATT
817 TAAATTTTTACTTATTAATT
21892293 GTTGAAATTT
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 112, Indels: 55
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
888 10 0.01
889 13 0.02
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895 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (887 bp):
AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCTAATAGTCATA
ACTATTTAAACTAGTTCAACAAACAAATTCATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTTAATAAACTTATATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGAC
AAAATAAAGATCACAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGTT
TAGGAAAATAATTTATTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATCAATATTATTT
AAATCTGAACAACTTGTCATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
TAAAATAAATAATAGCTCAAATAGACATAAAGATTTGAACTTCTTCAATAAACAGATTTATTTTC
TAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAAT
TGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATT
GTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCTAGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
ATTAATTTTTAGAATTATAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAACTTTTATGAATAGAAAC
AATTGGTTTACGACAAAACAATAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATATGAGTGAGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTA
TTAAATAATTTATATTATTTTTAAGCTTGCATGAACAGAACC
Found at i:21892866 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 21892826--21892948 Score: 99
Period size: 35 Copynumber: 3.4 Consensus size: 35
21892816 AAACAAAAGC
21892826 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
* * * *
21892861 TCATAACTATTT-AAATTG-T-TTTGTGATAAAACAAAAGG
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT--T----CAAATGG
* *
21892899 TCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
**
21892934 TCATAATTATTTGAA
1 TCATAACAATTTGAA
21892949 CTTATTCGGT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 12, Indels: 18
0.69 0.12 0.19
Matches are distributed among these distances:
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TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
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Indices: 21892874--21893940 Score: 888
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 181
21892864 TAACTATTTA
* * * * * * *
21892874 AATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
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* * * * *
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** * ** ** *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * * * * *
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** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAATAATTGTTTTATGATAG
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21894922 TACAATAAAA
* * * * * * * * *
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* **
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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** *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* *
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21895577 TTATTTCAAA
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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*** * * * * *
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** * * *
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* *
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* ** * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* ** * * * * *
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** * * * ** ** *
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* * * *
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* * * * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * **
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* *
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130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * ** * *
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*
21896843 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GTAATATTAATAAATT--TAATT
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* *
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* * * * * *
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*
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131 -TTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATT
** * * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * ** * * * *
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65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT
* * *
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130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
21897258 ATTTTA-ATCTGAAT-AGACTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAACAAAA-AGTCA
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* * * * * *
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* * * * * *
21897382 --GATTTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAAATTTGTATA
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * *
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* * *
21897564 ATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTAGAATATTAATAAAATAGAATT
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** * * * *
21897615 ATGCTATTTCAAATAAGTTTATACGAATAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
*
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
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* * * * *
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* * * *
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66 GTTCAAATAGTCATAACTAATTGTAATTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * ** *
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131 AATAATTTTAAAATATTAATAAAATAGAAATATGCTATTTCAAACAAACTTATACGAACAAAAAC
*
21897649 AATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATA
196 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATA
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**
21897773 TGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTCAAATAAATAAT
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* * * *
21897837 TGTTCAAAT-GTTATAACTAATTG-AATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAC
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** * ** *
21897900 TTCTTAATTTTAAAAATATTAATAAATTA-ATAATATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAA
129 TTAATAATTTT-AAAATATTAATAAAATAGA-AATATGCTATTTCAAACAAACTTATACGAACAA
* * * * * *
21897964 AAGCATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
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*
21898029 CATAATTATTTTAACTGGTTAG
257 CATAACTATTTTAACTGGTTAG
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Statistics
Matches: 238, Mismatches: 35, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (319 bp):
TGTATGAATAGAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAAATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTAATTGTAATTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTT
AATAATTTTAAAATATTAATAAAATAGAAATATGCTATTTCAAACAAACTTATACGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATA
ACTATTTTAACTGGTTAGACCAATAGATTCATTTAGTATTACTTTATTTCGAATAATAC
Found at i:21898080 original size:180 final size:179
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21897736 ATAGATTCAT
* * *
21897746 TTAGTATTACTTTATTTCGAATAATAC-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * * * *
21897810 TTGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAT-GTTATAACTAATTGAATTGGTTTA-GTA
64 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTAGGTA
* * **
21897873 AACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTAAAAATATTAATAAA
128 AACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
21897926 TTAATAATATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAGCAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
21897991 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTAACTGGTTAGGCAAA
65 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAA
* * *
21898056 CATAATT-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTTAGTTTTGAAATATTAATAAA
130 CA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * ** * **
21898106 TTTGTTTTATTTTATTTCGAAT-AAGTTACTAAAAACTGAAAA-ATTTGTTTTACAACAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-GTATGAAC--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * *
21898169 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGCATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTA-GC
63 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTAGGT
* * * * *
21898233 AATCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATA
127 AAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * * *
21898287 TTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGAGATAAC-AAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * *
21898351 GGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAA
65 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-AGGTAA
* * * *
21898415 ACATATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
129 ACAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * *
21898467 TTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAGGCTTGTATGGTGA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTAT-G-AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** * *
21898530 AAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTG-CTATAATTATTCGAACTAATTTGAT
63 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTAGGT
** * * *
21898594 AAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAA
127 AAA-CAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * *** * * * * * * * *
21898648 GTAATATTATTTTATTTTGGACAAACTTTTATGCACTAAAATAGTTATTTTATGATAAAATAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** ** *
21898713 GGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAAACATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAA
65 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAA
* * * * * *
21898778 TAAA--ATTTTTT-TATTTCATACTTATTAATTTTTG-AATGTTAACAAA
130 CAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * * * * * * *
21898824 TTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTAAGAGCTAAAATAATTATTTTTTGACTAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * * * * **
21898889 GATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGAAAAA
65 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAA
* *
21898954 CACATT-TATTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAA
130 CAAATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * *
21898998 TTGGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * * * * * *
21899062 ATATCATAATGATTTGAGATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTA-GTA
64 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTAGGTA
* * *
21899126 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTT-AGAATAATAATAAA
128 AACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * * *
21899179 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
21899244 GATCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAA
65 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAA
* * * * * *
21899309 CAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTAGAAATATCAATAAA
130 CA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * *
21899360 TTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTCTATAAATAGAAGCAATTGGTTTAT-AGCAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAA
** **
21899423 ATTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCA-G
63 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTT-AGG
* * * * * * * *
21899486 AAAACATATTTATTTTTTTAAT-T-TTGACTTACTAATTTTTGGAGTTTTAATACAT
126 TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AA
* * * * * * *
21899541 TTATTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTGATGACAAAAC-AA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * *
21899604 TGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATATCTACTTAAACTTGTTTGGTA
64 AGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTA
* * * * **
21899668 AATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAAA
128 AACAAATT-A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * ** * *
21899722 TTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * *
21899787 GGTCACAATGATTTGTAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGAATTTGTTCGATAAA
65 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAA
* * * * * * *
21899852 CATATTTATTTTCTAAATATTTTACTTATTTATTGTTGAAATTTTAATAAA
130 CA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** * *
21899903 TTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
21899967 A
64 A
21899968 AGTCTTAACT
Statistics
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0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 17 0.01
174 102 0.06
175 14 0.01
176 112 0.07
177 19 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAAC
AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
Found at i:21900016 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21899992--21900038 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
21899982 TGTTTGCAAA
21899992 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
21900010 GACTATTT-GAATAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
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1 ACTATTTCAAAT
21900039 CGTTATTACC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
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Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
21899987 GCAAAACTAT
* * *
21899997 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCT
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* *
21900062 TAAAACAAATT-TCTTTGTTCATATAAGT-TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 TAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAA-TCTTATTCAGAAT-AAATAAT-TTAATTTATTAATAT
* *
21900125 T-TCAAACATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAG
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* * * * *
21900178 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* *
21900243 TAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATATATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAATCTTATTCAGAATAAA-TAAT-TTAATTTATTAATATTC
* * * ** **
21900308 TTAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGTATCTGTTGGCTTAACCAG
129 TAAAAATTAAT-AGTAA-GAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACCAG
* * * * * * *
21900359 TACAAACAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * *
21900424 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAATCTTATTCAG-AATAA-ATAATT-TAATTTATTAATATT
* * * *
21900488 CCAAAAATTAATTAGTAAGATATTT-AAAAATGAATCTATTTA-CAGAACAAG
128 CTAAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCA-AACCAG
* * * * * * * ** *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *
21900604 TAAAACAAATT-TCTTTATTCATACAAGCTTATT
66 TAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAATCTTATT
21900637 TCAAATTTGT
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 68, Indels: 27
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 104 0.28
181 269 0.71
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAATCTTATTCAGAATAAATAATTTAATTTATTAATATTCTA
AAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACCAG
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Indices: 21900007--21901304 Score: 1481
Period size: 664 Copynumber: 2.0 Consensus size: 661
21899997 TTCAAATAAT
* * * * *
21900007 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAAAT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT
* *
21900072 TTCTTTGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAACATTAA
66 TTCTTTCTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAACATTAA
* * * * * *
21900137 TACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAA
131 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
* ** * *** *
21900202 CAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATAC
196 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGAGTTATCATAAAACAATTGTATCAATTCATAC
* * * ** *
21900267 AATCTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATATATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAACGGATTT
261 AAGCTTATTCAGAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTT
* * ** ** * * *
21900332 AGAAAATGTATCTGTTGGCTTAACCAGTACAAACAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTA
326 AAAAAATGAATCTGTTACCAAAACAAGTACAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* *
21900397 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA
391 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * * *
21900462 TAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATTAGTAAGATATTTAAAAATGAATCTAT
456 TAAAATAATTCAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATATAT
* * **
21900527 TTACAGAACAAGTCCAAATATTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCT
521 TTACAGAACAAGTCCAAATAATTATGGCTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCT
* * *
21900592 TTTGCATTGTCATAAAACAAATTTCTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCGAATA
586 TTTGCATTGTCATAAAACAAATTGCTTTATTCATAAAAACTTA-TTCAAATTTGTTTACCGAATA
21900657 ATTTCAAATCGA
650 ATTTCAAATCGA
* * *
21900669 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT
* * * **
21900733 TATTTTTCTTTATACT-AGCTTATT-TGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGACAA
66 T-TCTTTCTTCATA-TAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAC-A
*
21900795 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTAT
127 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTAATAACTAT
* * * * * **
21900859 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGAGTTGTCATAAAATGATTGTATCAAT
191 TTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCATTTGAGTTATCATAAAACAATTGTATCAAT
* * * *
21900924 TCATATAGGCTTATTC-GAAACAAAATAATACTAACT-TATTACTATT-TCAAAAATTAATGAGT
255 TCATACAAGCTTATTCAG-AACAAAATAATACTAA-TATATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * *
21900986 AA-GAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
317 AACG-GATTTAAAAAATGAATCT-GTTACCAAAACAAGTACAAACAATTATGACTATTTGAACAA
* ** *
21901050 TTATCTATTTTAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
380 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
*
21901115 CTTATTTCG-AATAAAATAATGT-AAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTTT
445 CTTA-TTCGAAATAAAATAAT-TCAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATA-TTT
* *** * * * * * *
21901177 AAAAATAAATATGTTTTTTGAATACA-TTCAAATAATTATGGTTGTTCGAACAATTATTTATTTC
507 AAAAATAAATATATTTACAGAACA-AGTCCAAATAATTATGGCTATTCAAACAATTATCTATTTC
* * ** *
21901241 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATTCAAA
571 AAATCACTATAACCTTTTGCATTGTCATAAAACAAATTGCTT-TATTCATAAAAACTTATTCAAA
21901305 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 96, Indels: 31
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
661 10 0.02
662 177 0.34
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (661 bp):
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT
TTCTTTCTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAACATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGAGTTATCATAAAACAATTGTATCAATTCATAC
AAGCTTATTCAGAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTT
AAAAAATGAATCTGTTACCAAAACAAGTACAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA
TAAAATAATTCAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATATAT
TTACAGAACAAGTCCAAATAATTATGGCTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCT
TTTGCATTGTCATAAAACAAATTGCTTTATTCATAAAAACTTATTCAAATTTGTTTACCGAATAA
TTTCAAATCGA
Found at i:21901432 original size:181 final size:181
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Indices: 21900639--21902062 Score: 1221
Period size: 182 Copynumber: 7.9 Consensus size: 181
21900629 AGCTTATTTC
* * * * * * * *
21900639 AAATTTGTTTACCGAATAATTTCAAATCGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAT
1 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * ** *
21900704 TATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCTTTATACTAGCTTATTTGAATTAAAATA
66 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* ** *
21900769 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
21900820 AAATATGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATATGTTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** ** * * * * * *
21900884 TTTATGATCTTTTGAGTTGTCATAAAATGATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAACAAAA
65 -TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
21900949 TAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
21901002 GAATCTATTTACCAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCA
1 AAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
21901067 TTATGATTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAA
65 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
* * * * *
21901131 TAAT-GTAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAT
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*** * ** * * *
21901183 AAATATGTTTTTTGAATAC-A-TTCAAATAATTATGGTTGTTCGAACAATTATTTATTTCAAATC
1 AAATATG-TTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
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64 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
21901311 TAATACTAATTTATTCAA-ATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGA-TTAAAGAAAT
129 TAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAAT
* * ** * * ** * *
21901364 AAATCTGTTTGCCAAATGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATGATTATTTATTTCAAGTCAT
1 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** * *
21901429 TATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAACA
66 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* ** ** *
21901494 GTGTTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACT
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *** * * * ***
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1 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
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66 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * ** * * * *
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130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** * * **
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1 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
21901786 TATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAGTTGTTT-TAGTTCA-ATCATGCTTATTCGAAATCAAA
66 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * ** * *
21901849 GAATACTATTTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGGAA-TTTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA--AAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
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1 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
* * * * *
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* *
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TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * **
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** * * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* ** * * * * * *
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* ** *
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* *
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* ** * *
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* ** * *
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*
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* * *
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191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
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* *
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* ** **
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1 AATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
* * * * * * * ** *
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66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTC-TAATAAAATAATGTTAATTTAT
* *** * * *** ** *
21901863 TAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTTAA
128 TAATATTTTGAAAATTAATAAG-AA-G-A-TTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACCA-TTCAA
* * * * *
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* * * ***
21901992 ACAATTGTTTCACTTC-ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAA
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21902056 AAATT
312 AAATT
21902061 AAGAAATAAT
Statistics
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TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAATAAAATAATGTTAATTTATTAA
TATTTTGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACCATTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TTCTATAAAAACTTATTCAAATAAAATAATACTAAACTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCA
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* *
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21902100 AA
1 AA
21902102 GTTAGAGATT
Statistics
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AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
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** * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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127 ATAAAAATTAATAA
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Statistics
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AAAAATTATTTATCATTATACAAGCCTATTCATAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTATAA
AAATTAATAAGTAGGAGATTGTCTATTTATTGAACCAATTT
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* * * * * * * * ** *
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** * * *
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* ****
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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130 AATATTTTGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * *
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* * *
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66 TTGTCATAAAACAAATATTTATATT
21902753 GATATAGTCT
Statistics
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AACCAATTCAAATAGTTATAACAATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTT
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ATATTTTGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
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** * * * * *
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* ***
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* ** *
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131 TAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTACATATTTCAAATTG
** * * ** * * *
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***
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326 GAACG
* * *
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*** * *
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66 GCTTATTCAAAATAAAATAACAT-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAA
* * * * * *
21902977 ATTAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAA
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* * * *
21903041 TTGCCATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATACCTACAAG-CTTATTT-CAATT
193 TTGCCATCACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATACATA-AAGTCTTATTTGCAA-T
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256 AAACTAATACAAATTTATTA
21903124 TCATTCAGAC
Statistics
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TAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTACATATTTCAAATTG
CCATCACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATACATAAAGTCTTATTTGCAATAAACT
AATACAAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAACAAGTAATAGATTTTAAAAATGAATTTGTTGACT
GAACG
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * *
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* *
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** ** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** *
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* * * * * *
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* *
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* ** *
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* * *
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* * ** * *
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* * * ** * * ** ** * *
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* * * ***
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* * * * *
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GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAATTTATT
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GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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322 AAAAAGAATTGATTTATGATAAAACAAAA-ATTCA
* * * * *
21903568 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATTGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGAT
1 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAAAT
* * *
21903633 TTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
66 TTATTTTTTAAATCTTTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * *
21903698 AGCTTGGATATTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATATA
130 AGCTTGGATATTGAGAAACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGA
* *
21903762 TAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATT-GATTCGGTAAATTAATTTATTTTTTAAATCTC
193 TAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAATTGGATTAGG-AAA-TAATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** *
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* ** *
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* * * ** * *
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1 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAGTAAATAAA
* *
21903990 TTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTGATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 TTTATTTTTT-AAA--TCTT--TTATT-A-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*
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21904102 ATCTTAGAAT
Statistics
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TTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
GCTTGGATATTGAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAATTGGATTAGGAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGC
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AGAATTGATTTATGATAAAACAAAAATTCA
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Alignment explanation
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21903236 TCAAATAGTT
* * * * * * *
21903246 ATAATTATTTGAATTGGTTTAGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTATAAAATTTTGAAATA
1 ATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * ** *
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66 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATA
* * * ** * *
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* * *
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* * * *
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253 TTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAACAAAAAGAATTGATTTATGATAAAACAAAAGATTAC
***
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318 AACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAACC
* *
21903602 ATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTCTTGAAATA
1 ATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
21903667 TTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGGAT--ATTGAGAAACAATTGTTTTATGA
66 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATT--GAAACAATTATTTTATGA
* ** ** * * * * * * * *
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129 TAAAACAAAATCTTA-AATGATTTGAAATAGATAA-T-TACTAATAGTCTTAACTATTTGAATTG
* * * * *
21903795 ATTCGGTAAATTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAG
191 ATTCAG-AAAATAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
* ** * * ** *
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251 TATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAACAAAAAGAATTGATTTATGATAAAACAAAAGATT
** * *
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* * *
21903960 ATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAATATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTGATTTTT
1 ATAACTATTT-AAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAA--TCTT--TTATT-AATTTT
*
21904024 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTT
59 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTT
* *
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124 TATGATAAAACAAAATCTTA-AATGATTTGAAATAGATAAT-TACTAATAGTCTTAACTATTTGA
* * *
21904153 ACTAATTCAGCAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGCAATATTATTAAATTA
187 ATTGATTCAG-AAA-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
21904217 GTATTATTTT
250 GTATTATTTT
21904227 TATCCAAATA
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 104, Indels: 44
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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355 1 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (350 bp):
ATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATA
AAACAAAATCTTAAATGATTTGAAATAGATAATTACTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCA
GAAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAAATTGTATGAACAAAAAGAATTGATTTATGATAAAACAAAAGATTACAACAATTT
GAAATAGATAATTGTGCAAATAACC
Found at i:21905195 original size:21 final size:22
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* * *
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1 AGGGTGATCGATCCCCTCCCTA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGGGTGATCGATCCCCTCCCTA
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1 TCAATGTTAGAAA
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1 T
21905613 TTGTTCTTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * * * *
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** * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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** * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TGTTCATA
* * * *
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* * *
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* ** * * * ** * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATAC
** * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * **
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* * * * ** *
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65 AGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTA
** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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63 -CAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGAT
* * * *
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* * ** *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACA
* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATAC
* * * * * * *
21908387 TAGTCTTA-TTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGAT
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* * *
21908451 TTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCT-AACGAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAAC
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* ** *
21908505 AATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAA
GCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAA
AATAAATTTGTTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:21908645 original size:125 final size:124
Alignment explanation
Indices: 21908417--21908648 Score: 306
Period size: 125 Copynumber: 1.9 Consensus size: 124
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* * *
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* *
21908482 CAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTA
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* * *
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* * * *
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Statistics
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AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATATCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTA
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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*** * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * **
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* *** * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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130 AAACTAATTTTTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATA-CTAAT
* ** * * ** *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAACTT
* *
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66 CAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
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128 ATAAACTA-ATTT-TTTCTA-TTC-ATACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * *** * * * * ** *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATT-G-AACAAC
* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAACTT
** * * * * * * *
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66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * *
21910091 AA-TAATTGCTTC-AGTTTATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAAT
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* * * * * *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAACT
* * * * * * *
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* * * *** * *
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* * * *** * *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACA-ACT
* * * * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *** *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAACTT
* * * * * *
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66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAACT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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128 AT-AAACTAATT-TTTTCTATTCATAC-AAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* *** * ** * * ** *** *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TTGAACAAC
* * ** * * *
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64 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * ** * *
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1 TT--ATTA-ATAT--TC-CAAAAATTA--ATAAGTAA-AA--GATTTAAAAAATA-AATTTGTTT
* ** * * * * * * *
21911272 -TTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTTAATAAGTGATTT-AAATA-TGA
54 ATTG-AACAACTTCAAA-T-AGTTATGACTATTTGAACAA-TT-AT--CT-ATTTCAAATAGT-T
****** * ** *
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* * *
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166 TAAAATAATA-CTAAT
** * ** * * ** * **
21911405 TTATTTTGTCATAT-GAGAATTTTATTTGAACATTCAAGCTTTTTAGAATAAAATAATATTAATT
1 TTA-TTAAT-AT-TCCA-AAAATTA-AT-AA-GTAAAAG--ATTT--AA-AAAATAA-ATTTGTT
* * ** * * * *
21911469 TATT-AATC--TTTCAAA-AATTAATAAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
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* * * * * * ** *
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107 GTT---ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAACTAATT-T---TTTC---T-ATTCATA-CAAGTTA
* * * **
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159 TT-TGA-AATAAAATAA-TACTAAT
* * * * * * *
21911612 GTTCATTTAAGTTTATTCAGAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
1 -TT-A-TTAA---TATTC--CA-AAAATTA-A-TAA-GTAA-AAGATT--TAAAA--AATAAATT
* *** * ** * * *
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* * * * * ** *
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91 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTA-ATTT-TTTCTATTCATACA
* *
21911805 AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAAT
154 AG-TTATTTGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * *
21911833 TTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCT-AACCAA-
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TTGAA-CAAC
* * * * ** * * *
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64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
21911960 GTAAAAC-AAATTTTT-TGTTCATATAAGTT-TATTCAGAATAAAGTAATACTAAT
128 AT-AAACTAATTTTTTCTATTCATACAAGTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * ** * *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAACTT
* * * * * * * *
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66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * *
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*** * * * * * ** * **
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACA-ACT
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** * * * * **
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* * * * * * * * *
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** * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * *
21913039 ATAAAAC-AATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAACAAT-TTAGAT
128 AT-AAACTAATTTTTTCTATTCATACAAG-TTA-TTTGAAATAAAATAATACTA-AT
* * *
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* *
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* *** * *
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128 AT-AAACTAATTTTTTCTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* *** * *
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*
21913400 ATAAAAC-AATTGTTTTTCTA--CATACAAGCTT-TTTCTAAATAAAATAATACTAAT
128 AT-AAACTAA-T-TTTTTCTATTCATACAAG-TTATTT-GAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGA-ACAACT
* * * * * * *
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* ** * * * *
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130 AA-ACTAATTTTTTCTATTCATACAA-GTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* *** * * ** ** * *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAACTT
* * * * * * * *
21913691 TAAACAATTAAGACTATATGAAAAATTATTTATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
21913755 AAAAC-AATTATTT-AAGCTCATAAAAGCTTATTAGAAA-AAGAATAAAATTAAT
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* * * * *
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1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATTG-AACAAC
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64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT-GTTTTGTC
* * * * * *
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128 ATAAACTAATT-TTTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * ** * * * *
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1 TTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAACT
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65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
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129 T-AAACTAATTTTTTCTATTCATAC-AAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
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60 CAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * *
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** * * * **
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* * * *** *
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* * ** * * * *
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* * * * * ** * * ** *
21914590 TTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCTTTATAACCATTTAATTGGTCAT
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*** * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * **
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** * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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* **
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* * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * **
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* ** * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** ** * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
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* ** ** * * * * * * *
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* * *** * * *
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* * * ** **
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* *** * * ** * *
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* * ** * **
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* * * *
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* * * * * ** *
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** * ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * **** ** * *** * *
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* * **** * * ** *
21909270 TTGAAAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATGGAAACGGTTCAAACAGTTATGA
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** * * *** * * * ** *
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255 CCATTTGAACAAATACCAATCTTAAATAGTTATGATCCTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCT
** * ** * * *
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* * * * * * ** *
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*
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*
21909592 CAAAATAAAATAATAGC-AAT
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* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * ** * * * *
21909801 AAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCGCACCAATTCAAATTGTTATGAC
193 AAAATTAATAAG--AGAGATTTAAAAAATAAAGCAATTTCTCGAAACAATTCAAATAGTTATGAC
* * *
21909866 TATTTGAACAAATATCAATCTTAAATAGTTATGATCCTTATTTCCTCATAAAACAATTGTTTCTA
256 CATTTGAACAAATACCAATCTTAAATAGTTATGATCCTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTA
* ** *
21909931 ATCATACAAGGTT-TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAG
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** * * * *
21909995 ATTTAAAAA-AATATATATTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTA
385 ATTTAAAAATAA-ATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
* * * ** * *
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449 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTC
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513 GAAATAAAATAATACTAAT
*
21910141 TTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATTTGTTTACTAAACAAGT
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* * * *
21910206 TTAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
62 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
21910271 AAAACCA-TTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATA-TT
127 AAAA-CATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTCACTAATATTT
* * *
21910334 TCAAAAGTTAATAAG-G-GATTTAAAAAATAAATCAATTTACT-GAAATAGTTCAAATAAG-TAT
191 TCAAAA-TTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAAGCAATTT-CTCGAAACAATTCAAAT-AGTTAT
* * * * * * ** * * *
21910395 GGCCATTTGAACAACTACCTAT-TTCGAATCGTTATTACTTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGT
253 GACCATTTGAACAAATACCAATCTT-AAATAGTTATGA-TCCTTATTTCATCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
21910459 TTTTCAA-CATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT
316 TTCT-AATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT
* ** *
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380 AAGAGATTTAAAAA-TAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
* * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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62 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
21910806 AAA
127 AAA
21910809 GTATTTATTT
Statistics
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ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTCACTAATATTTTCAAA
ATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAAGCAATTTCTCGAAACAATTCAAATAGTTATGACCATTT
GAACAAATACCAATCTTAAATAGTTATGATCCTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTAATCAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
AAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA
TTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
ATAATACTAAT
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
21908668 TATAAAACAATTTTTTTA--TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATA
66 CAT-AAA-TATTTTTTTAGCTT-ATACAAGCTTATCTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATT
* * * * * *
21908731 TTCTAAAAATTAGTGAGTAAAAATTA-AAAA--AAAGGTT-TTT--TGAACACA-TTCAAATAGT
128 TTC-AAAAATTTGTAAG--AGATTTAGAAAAGTAAA-TTTATTTACTAAACA-AGTTCAAATAGT
* * * *
21908789 TATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACTAA
188 TATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAC-AA
* * * * * * *
21908852 TTTTTTCTGTTCATAC-ATG-TGTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTC-CAAAA
251 TTGTTT-TATTCATACAAGGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTC-AAA
* ** * * * * * *
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313 ATTAATAA-TAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT
* * * * * * * * * *
21908958 ACTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATT-GCTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
21909022 TCATAAAATAATTGTTTCTA--TTGATACAAGTTTAT-TAGGAATAAAA-AAATACTAATTTATT
65 TCAT-AAAT-ATT-TTTTTAGCTT-ATACAAGCTTATCT-GAAATAAAATAAA-ACTAATTTATT
* * * * * * * * *
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124 AAT-TT-TCAAAAATT--T--GTAAGAGATTTAGAAAAGTAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAA
* * ** * * * * * *
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183 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAA
** * ** * ** * * * *
21909211 CAATTGTTTCTATTTGTGCAA-AATTATT-TAGAATAAAATAATGGTAATCTATTAATATTTTGA
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* * * * *
21909274 AAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATG-GAAAC-
311 AAATTAATAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TGCCAAACT
* * * * * * * * * ** * *
21909316 GGTTCAAACAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATC-TTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * *
21909380 CATAAAATAATTGTTTCTT--TTTATGTAAGCTTAT-TCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAA
66 CAT-AAAT-ATT-TTT-TTAGCTTATACAAGCTTATCTGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAA
* ** * * * * * * * *
21909442 TATTCCAAAAATTAATAAAAGA-TTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTT
126 T-TTTCAAAAATTTGTAAGAGATTTAGAAAAGTAAATTTATTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * ** * * * * *
21909505 AAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATT
189 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTA-TCATAAAACAATT
* * * * * *
21909569 ATTTCAATTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATAGC-AATTTATTAACATT-TGAAAAAT
253 GTTT-TATTCATACAAGGCTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTCT-CAAAAT
* * * *
21909631 TAATGAGTAAGAGA-TT--AAAA-AAATGT-TTAT--CAAACA
315 TAAT-AATAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATT-TGCCAAACT
* * * * *
21909667 AGTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATA-ATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * * * *
21909730 GTCATAAAACATTTGTTTCAG-TTCAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAA
64 GTCAT-AAATATTT-TTTTAGCTT-ATACAAGCTTATCTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
** * * ** *
21909794 TATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTA-AAAACTAAAGCTGTT-TTT-CGCACCAA-TTCAA
126 T-TTTCAAAAATT--T--GTAAGAGATTTAGAAAAGTAAA--T-TTATTTACTAAACAAGTTCAA
* * * * * * * *
21909855 ATTGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATAGTTATGATCCTTAT-TTC-CTCATAA
183 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATTGTTAT-AACCTTTTATTCTATCATAA
* * * * * *
21909917 AACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTTTTTAGATA-AAAATAATATTAATTTAATAATATTC-C
246 AACAATTGTTT-TATTCATACAAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTC
* * * * * * *
21909980 AAAA--ATTAATAAGAGATTTAAAAAA-ATATATATTTGTCGAACC
310 AAAATTAATAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT
* * * * * *
21910023 AGTTCAAATAGTTAAAACTACTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTGGTTTAG
1 AGTTCAAATAATTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * *
21910087 TCAT-AATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAT-ATTTTTTTAGCTTATACAAGCTT-ATCTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATT
* * * * *
21910150 TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-GAAAAATTAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAG
128 TTC-AAAAATT--T--GTAAGAGATTTAG-AAAAGTAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
21910214 TTATCACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACCAT
187 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAAT
* * * * * * *
21910279 TGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATT-TCAAAAGT
252 TGTTTTA-TTCATACAAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTCAAAATT
* * *
21910342 --TAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAAA-T
316 AATAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTGC-CAAACT
* * * * * * * * * * *
21910380 AGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACTTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
21910445 CTTAAAACAATTGTTTTTCAAC--ATTCAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
66 CAT-AAA-TATT-TTTTT-AGCTTATACAAGCTTATCT-GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
* ** * * *
21910507 TATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTT
126 T-TTTCAAAAATTTGTAAGAGATTTAGAAAAGTAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
21910571 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAT
190 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGT
* * * *
21910636 TTCTATTCCTAC-AGGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCT-AAAATTAAT
255 TT-TATTCATACAAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTCAAAATTAAT
21910699 AACTAAGGGATTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT
319 AA-TAAGGGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT
* * * *
21910738 AGTTCAAACAATTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
21910803 CATAAAGTATTTATTTTAGCTTATACAAGCTTATCTGAAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATTG
66 CATAAA-TATTT-TTTTAGCTTATACAAGCTTATCTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATT-
* * * *
21910868 TTCAAAAATTTGTACGAGATTTAGAAAA-TAATTTTATTTACTAAACCAGTTTAAAT-GATTATG
128 TTCAAAAATTTGTAAGAGATTTAGAAAAGTAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* *** *
21910931 ACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAAGCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGGTT
192 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATT-GTT
* * ** * * * *
21910996 TTATTGATACTA-TTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAA
256 TTATTCATACAAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTCAAAATTAATAA
* ** * * * *
21911060 CCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATAGCCAAACA
321 -TAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT
* ** * *
21911096 AGTTCAAATAGTTAAGACTCA-ATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
1 AGTTCAAATAATTAAGACT-ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
21911155 GTTTCTTGTA
Statistics
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0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 9 0.01
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Consensus pattern (355 bp):
AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAATATTTTTTTAGCTTATACAAGCTTATCTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATTTTC
AAAAATTTGTAAGAGATTTAGAAAAGTAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTTATT
CATACAAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTCAAAATTAATAATAAGG
GATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT
Found at i:21910940 original size:535 final size:533
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21909396 CTTTTTATGT
* * * * *
21909406 AAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGA-TTAAAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * ** *
21909470 AAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAA
66 AAAT--ATATATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
21909534 ATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
128 ATCGTTATAACCTTTGGTTTAGTCAT--AACAATTACTTCAGTTCATACAAGCTTAATCGAAATA
* * ** * * * *
21909599 AAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT---AAAA-AAA--TG
191 AAATAATA-CTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTA
* * * ** * * * * **
21909656 TTTATCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGAC
255 TTTACCAAACAAGTTCAAACA-ATTAACACTATATGAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGAC
* * * * * *
21909720 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATT-TGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATAC
319 CTTTTATTTTGTCATAAAACCATTAT-TTT-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAAC
* * * * * * * * ** * * *
21909783 TACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTT-TTCGCAC
382 TAATTTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACT-GAAA
* * * * * * * * *
21909847 CAATTCAAAT-TGTTATGACTATTTGAACAAATATC-AATCTTAAA-TAGTTATGATCC--TTAT
442 CAGTTCAAATAAG-TATGACCATTTGAACAACTACCTATTC-CAAAGCA-TTAT-AACCTTTTAT
** *
21909907 TTCCTCATAAAACAATT-G-TTTCTAATCATAC
503 TTTATCATAAAACAATTGGTTTTC-AA-CATTC
* ** * * *
21909938 AAGGTT-TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
1 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
** * *
21910002 AAAATATATATTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
65 AAAATATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
21910067 CGTTTTGACCTTTGGTTTAGTCATAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCGAAATAAAAT
130 CGTTATAACCTTTGGTTTAGTCATAACAATTACTTCAGTTCATACAAGCTTAATCGAAATAAAAT
* * * *
21910132 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATTTGTTTAC
195 AATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
21910197 TAAACAAGTTTAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTA
260 CAAACAAGTTCAAACAATTAACACTATATGAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTA
* * *
21910262 TTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTAT
325 TTTTGTCATAAAACCATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTAT
* * *
21910327 TAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAAATAGTTCAAATAAG
390 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAAACAGTTCAAATAAG
* * * * * * * * *
21910392 TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACTTTTTGTTTTATCTTAAAACAATT
455 TATGACCATTTGAACAACTACCTATTCCAAAGCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT
*
21910457 GTTTTTCAACATTC
520 GGTTTTCAACATTC
* * *
21910471 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* *** * *
21910536 AGTAA-ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
66 A--AATATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * **
21910600 TTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTCCTACAGGCTTCTTCGAAAT
129 TCGTTATAACCTTTGGTT-TAGTCAT--AACAATTACTTC-AGTTCATACAAGCTTAATCGAAAT
* * ** *
21910663 AAAATAATACTAATTTAGTAGTATTC-TAAAATTAATAA-CTAAGGGATTTTAAAAAATAAATCT
190 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAATCT
* * * * * *
21910726 ATTTGCCAAACTAGTTCAAACAATTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
254 ATTTACCAAACAAGTTCAAACAATTAACACTATATGAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGAC
* ** * ** * *
21910791 CTTTTGTTTTGTCAT-AAAGTATTTATTTTAGCTT-ATACAAGCTTATCTGAAATAGAGTAAAAC
319 CTTTTATTTTGTCATAAAACCA-TTATTTTAG-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAAC
** * * * **
21910854 TAATTTATTAAT-TGTTCAAAAATTTGTACGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACT-AAACCAG
382 TAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAAA-CAG
* * * * * * *
21910917 TTTAAATGATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAAGCATTATAACCTTTTATTTTATCA
445 TTCAAATAAGTATGACCATTTGAACAACTACCTATTCCAAAGCATTATAACCTTTTATTTTATCA
** *
21910982 TAAAACAATTGGTTTT-ATTGATAC
510 TAAAACAATTGGTTTTCA-ACATTC
* ** ** * *** * * *
21911006 TATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTT
* * * * * * *
21911071 -AAAAAATAAATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT-CAATGAATGATTATTTATT
62 AAAAAAATATATAT-TTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTACTA-GAATAATTATCTATT
* *
21911134 TCAAATCATTATGACCTTTTGGTTT
124 TCAAATCGTTATAACC-TTTGGTTT
21911159 CTTGTAAAAT
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 212, Indels: 81
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
528 1 0.00
529 69 0.07
530 5 0.01
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535 296 0.31
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540 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (533 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
AAATATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
GTTATAACCTTTGGTTTAGTCATAACAATTACTTCAGTTCATACAAGCTTAATCGAAATAAAATA
ATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACC
AAACAAGTTCAAACAATTAACACTATATGAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTAT
TTTGTCATAAAACCATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAAACAGTTCAAATAAGT
ATGACCATTTGAACAACTACCTATTCCAAAGCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTG
GTTTTCAACATTC
Found at i:21912290 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21911195--21914802 Score: 2185
Period size: 181 Copynumber: 20.1 Consensus size: 181
21911185 TTAAACTACA
* * * ** * *
21911195 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTACTTTATCATAAAACAATCGTTT-TAGT
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* ** *
21911258 TCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAGT--
64 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAA-TTAATAAGTAA
* * * * * *
21911320 --GATTT-AAATATGAATATGTTTACC-AAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATG
128 AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * *
21911371 TCAATAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATATGAGAATT-TTATTTGA-
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCT-AT
* * * * * * *
21911434 ACATTCAAGCTT-TTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAAG-AA
64 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAAT-AAGTAA
* * * * * *
21911497 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGATTATT
128 AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * * * * * * *
21911551 TGAACAATTATAAACTTCAAATCATTAT-AGCATTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTT
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * * * * * * * * *
21911615 CATTTAAGTTTATTCAGAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * ** * * ** *
21911680 GAATTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTGAAATATTTAAAACTATA
130 G-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** * * * **
21911733 TGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTGTTTGAAT
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTCTAT
* *** * * *
21911798 TCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAA
64 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * *
21911862 GAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTCTT
128 AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
** * * * * * * *
21911916 TGAGCAATTATATATTTTGAATCATTGTTACTTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATT-TTT-TGTT
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATT
* * * * * * *
21911979 CATATAAGTTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAACAAGT----
65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAA
* * *
21912040 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
130 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
21912092 TGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTC
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * * * *
21912157 ATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATGAGTAAAAA
66 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
21912222 ATTTTAAAAA-AAATATGTTTACCAAAATAGATCAAATAATCATGACAAGT
131 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * *
21912272 TGAATAATTATCTATTTTAATTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTC
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * *
21912337 ATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCCAAAATTAAT-AGTGAAGA
66 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGT-AAAA
* * * * * * * *
21912401 GATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAGCAAAT--TT-AAATAATTAGGATTGTT
130 GATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CA--AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
21912453 TGAATAATTATCTATTTGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATT-TTTTTATG
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--
* ** *
21912516 TTCAT-CTAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT
63 TTCATAC-AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGT
* * * * *
21912579 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA-AGTTTAAATCGTTATGGCTATT
126 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
** * * ** * * * *
21912635 TGAGCAATTAT-TATTTCAACTTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTC
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * *
21912699 ATACAAGTTTATTCAAAATAAAGTAATATTAATTTATAAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAG
66 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAG
* * *
21912764 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACA-AGTTTAAATAGTCATGACTATT
131 ATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * *
21912815 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCCTTAGTAATAAAACACTTGTTTC-AGTT
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* ** * * * * *
21912879 CATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATGAGTAAGA
65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAA-A
* * *
21912944 A-AATTAAAAAA-AGAATATATTTACC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATC
129 AGATTTAAAAAATA-AATATATTTACCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * ** * *
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* *** * * * * *
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65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAA
* *** * * *
21913121 AGATTTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACA-CGTTCAAATAGTTATAACTATT
129 AGA-TTTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
21913239 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAG
65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAA-
* * * * * *
21913303 AGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTA-CTAAATCAATTCAAATAATCATGGCCATT
129 AGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* *
21913421 ATACAAGCTTTTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAGAATTAATAAG----A
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* **** * * * *
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130 GATTTAAAAAATAAATATAT--TTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * ** * * * * *
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66 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAG
*** * ** * * * * *
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131 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * *
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* * * ** ** * *
21913832 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATGAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATT
128 AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
*** * * * * * *
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
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65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAA
* * * ** * ** * *
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130 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* ** ** * * * * * *
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66 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAA-TTAATAAGT-AA-
* ** * * ** * * *
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128 AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
21914248 TAAATGATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTT
1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* ** * * ** * *
21914312 GTAGTAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGA
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* * * * * *
21914376 GATTTAAAAAATAAATTTCTTTACC-GAATCAATTCAAATTGTTAAGACTATT
130 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * * * * *
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * ***
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66 ATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAA-
* * * * * * *
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129 AGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * ** *
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1 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * ** *
21914673 AATACAAGCTTAGT-AGAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCCTAAATTAATAAATAAGA
65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAA-A
* * * *
21914737 A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAATCAGTTAAAATAATTATGACCATT
129 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
21914789 T-AACTAATTATCTA
1 TGAA-TAATTATCTA
21914803 GAACAAATTA
Statistics
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174 2 0.00
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21911187 AAACTACATG
* ** * *
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* * * * *
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63 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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320 AAATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
* * * * * * *
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* * * * * *** *
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* * *
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131 TAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * *
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196 CAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAA
* * *** * *
21912897 GTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATGAGTAAGAAAATTAAAAAA-AGAATA
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* *
21912961 TATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTA
325 TATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
* * * * ** * *
21912998 AACAATTATCAATTTTAAAGTATTATGATC-TTTGTTTCATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCAT
1 AACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* ** * * *
21913062 GCAAGCTTATTTTGAATAAAACAAT-TTAGATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGT--AAGA
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* * * * * *
21913124 TTTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATCTA
129 -TTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * **
21913189 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCC
193 TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTT
* * * * *
21913254 AAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
258 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
** * * *
21913318 ATCA-ATTTACTAAATCAA-TTCAAATAATCATGGCCATTTA
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* * * * * * * *
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* * *
21913423 ACAAGCTT-TTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG----AGA
65 ACAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
21913483 TTTAAAAAAGAAA-AT-TGGTTGTTGATACAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
129 TTTAAAAAATAAATATAT--TTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
** * * * * * * * ** *
21913545 TATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTCTATTACAAGACAATTGTTTCGGTTCATATAAGGTTAT
191 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTAT
* * * * * * *
21913609 TCGGAAT-AAAT--TAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTATA-AGATTTAAAAAAT
256 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTA-AGAAATTTAAAAAAT
*** * * * * * *
21913670 AAATCCGTTTGCTGAAT-AGTTTAAACAATTAAGACTATATGA
320 AAATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT-TTA
* * * *
21913712 AA-AATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-AAGCTCA
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* * * * *
21913775 TAAAAGCTTA-TTAGAAA-AAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGA
64 TACAAGCTTATTTA-AAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * ***
21913834 GATTTAAAAAATAATTCTATTTAT-GAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCCCAATTATC
127 GATTTAAAAAATAAATATATTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * *
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255 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT
* * ** ** * * * *
21914027 AAATCTACTTGTCGAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
320 AAATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
** * * * * * * *
21914069 AATGATTATCTATTTCAAATCATTATAACGTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTAT
1 AACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* ** ** * * * * * * *
21914134 ACTATTTTATTGGAAGTAAAATAATGCAAATTTAATAGTATTCTAAAAGTTAATAA-TCAAGAA-
65 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AA-AAG
* ** * ** * * * * *
21914197 AATTAAAAAATAAATCGAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCT
128 ATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * **
21914261 ATTTAAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-GTTTGTAGT-AGCTTA-
192 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-TAAGCTTAT
* * * * *
21914323 TTCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
256 TTGA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA
* * ** *
21914387 TAAATTTCTTTACCGAATCAA-TTCAAATTGTTAAGACTA-TTA
319 TAAATATATTTACCGAAT-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
* * ** * * * * * *
21914429 GAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTAGTCATAAAACCATTGTTTCAATTCA
1 -AACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * **
21914494 TACAAGCTTA-TTACTAATAAATTAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAAG-AAAGA
64 TACAAGCTTATTTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A
* * * * * * *
21914557 GATTTAGAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCT
127 GATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * ** * * * *
21914622 ATTTAAAATCTTTATAACCATTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGT
192 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATT
* * * *** *
21914687 AG-AACAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCCTAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAA
257 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * *
21914751 ATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTT-
322 ATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
21914790 AACTAATTAT
1 AAC-AATTAT
21914800 CTAGAACAAA
Statistics
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AACAATTATTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
CAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATAT
ATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
Found at i:21913284 original size:541 final size:535
Alignment explanation
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21911185 TTAAACTACA
* * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-CTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * * *
21911258 TCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATT--TAATAAGTG
64 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAGTAAGAG
* * * * * * * * * * *
21911321 -ATTTAAATATGAATATGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATGTCAATAATTATCTA
129 AATTAAAAAAAGAATATATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * ** *
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194 TTTTAAAT-ATTATTACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT-TCTGTTCATACAAGCTTATTT
* *
21911449 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAAGAAGAGATTTAAAAAATAAA
256 AGAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * ** *
21911514 TCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCATTAT
318 TCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * *
21911579 -AGCATTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTT-GTTCATTTAAGTTTATTCAGAATAAAATAA
382 GA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * * *
21911642 CACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCA
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* * * * ** *
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* ** * * * * * *
21911733 TGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTGTTTGAAT
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* * * *
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64 TCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCCAAAATTAAT-AGTA
* * * * ** * *
21911861 AGAGATTTAAAAAATA-ATTTTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTCTTTGAGCAATT
125 AGAGAATTAAAAAA-AGAATATATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
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* * * * *
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251 TATTTAGAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
21912052 AAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGT
315 AAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCAT
* * * * * * * ** *
21912117 TATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAT
379 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* ** * * * * *
21912181 AATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATGAGTAAAAAATTTTAAAAA-AAATATGTTTACC
444 AACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC
* * *
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509 AAACA-AGTTCAAATAATCATGACTATT
* * * ** * * * *
21912272 TGAATAATTATCTATTTTAATTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* ** *
21912337 ATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCCAAAATTAATAGTGAAGAG
66 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAATTAATAGT-AAGAG
* * * * * ** * * * * *
21912402 ATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAGCAAATTTAAATAATTAGGATTGTTTGAATAATTATCTA
129 AATTAAAAAAAGAATATATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
21912467 TTTGAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTATGTTCAT-CTAAGCTTAT
194 TTTTAAATA-TTATTACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTTTTCTGTTCATAC-AAGCTTAT
**
21912531 TTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
254 TT-AGAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT--AAGATTTAAAAA
* * * * *
21912593 ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATCGTTATGGCTATTTG-AGCAATTA-TTATTTCAACT
313 ATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAG-AATTATTTATTTCAAAT
** * * * *
21912656 TGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAA
376 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAA
* * * * ** *
21912720 AGTAATATTAATTTATAAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT
441 AATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT
* * *
21912785 ACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATT
506 ACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATT
* * * * * *
21912815 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCCTTAGTAATAAAACACTTGTTTCAGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * *
21912880 ATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATGAGTAAGAA
66 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAATTAAT-AGTAAGAG
* * * * *
21912945 AATTAAAAAAAGAATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCAA
129 AATTAAAAAAAGAATATATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * *
21913010 TTTTAAAGTATTATGATCTTTGTTTCATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTT
194 TTTTAAA-TATTATTACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * *
21913075 GAATAAAACAATTTAGATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGATTTTAAAAAATAAATA
257 GAATAAAATAATTTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-TTTAAAAAATAAATC
**** * *
21913140 TGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
320 TGTTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
*
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384 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAC
* *
21913269 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACTAAA
449 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAA
* *
21913332 TCAA-TTCAAATAATCATGGCCATT
512 -CAAGTTCAAATAATCATGACTATT
* * ** * * * ** *
21913356 TAAACAACTATAGATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTAC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * *
21913421 ATACAAGCTT-TTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATT-A-A-TAAGAG
66 ATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-AATTAATAGTAAGAG
* * *** * *
21913482 -ATTTAAAAAAGAAAAT-TGGTTGTTG-ATACAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
129 AATTAAAAAAAGAATATAT--TTACCGAATA-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * * * *
21913544 CTATTTCAAATTGTTATAACTTTTGTTCTATTACAAGACAATTGTTTCGGTTCATATAAGGTTAT
191 CTATTTTAAA-TATTATTACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTGTTCATACAAGCTTAT
** * * ** *
21913609 TCGGAATAAATTAA--TAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTATAAGATTTAAAAAATAA
254 TTAGAATAAAATAATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GTAAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * * * * *
21913672 ATCCGTTTGCTGAATAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTAT
317 ATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * *
21913737 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTAAGCTCATAAAAGCTTATT-AGAAA-AAGAATA
382 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCA-AAATAA-AATA
* * * * * **
21913799 AAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATGA
445 ACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCA
* * *
21913860 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATT
510 AACAAGTTCAAATAATCATGACTATT
** * * * *
21913886 TGCCCAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTTCGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTC-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * * * **
21913950 AATATAAGTTTGTTTGAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGA
65 CATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * * ** ** * * * **
21914015 GATTTAAAAAGTA-AATCTACTTGTCGAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATGATTATC
128 GAATTAAAAA-AAGAATATATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * **
21914079 TATTTCAAATCATTATAACGTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTA-
192 TATTTTAAAT-ATTATTAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* ** * * * *
21914143 TTGGAAGTAAAATAATGCAAATTTAATAGTA-TTCTAAAAGTTAATAA-TCAAGAAAATTAAAAA
254 TTAGAA-TAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAG--ATTTAAAAA
* * * * * * * *
21914206 ATAAATC-GAATTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAATG-ATTATCTATTTAAAA
313 ATAAATCTG-TTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-GAATTATTTATTTCAAA
* * * * ** ** * *
21914269 TCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTT-GTTTGTAGTAGCTTATTCATATTA
375 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * *
21914332 AAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCT
440 AAATAACACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT
* ** * *
21914396 TTACCGAATCAA-TTCAAATTGTTAAGACTATT
504 TTACC-AAACAAGTTCAAATAATCATGACTATT
* * * * * * * * * * * * *
21914428 AGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTAGTCATAAAACCATTGTTTCAATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* *** * * *** *
21914493 ATACAAGCTTATTACTAATAAATTAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAAGAAAGAG
66 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAAT-AGTAAGAG
* * * * * * * * * * *
21914558 ATTTAGAAAATA-AATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCT
129 AATTA-AAAAAAGAATATATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** * *
21914622 ATTTAAAATCTTTATAACCATTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTA-
193 ATTTTAAAT-ATTATTACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCT-GTTCATACAAGCTTAT
* * * * ** *
21914685 GTAGAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCCTAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATA
254 TTAGAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATA
* * * *
21914750 AATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTT
316 AATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
21914790 AACTAATTAT
Statistics
Matches: 2423, Mismatches: 525, Indels: 215
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
529 7 0.00
530 124 0.05
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532 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAGTAAGAGAA
TTAAAAAAAGAATATATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TTAAATATTATTACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT
AAAATAATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAA
ATAATCATGACTATT
Found at i:21914900 original size:295 final size:296
Alignment explanation
Indices: 21914512--21915084 Score: 986
Period size: 295 Copynumber: 1.9 Consensus size: 296
21914502 TATTACTAAT
* *
21914512 AAATTAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAGAAAATAAATTTAT
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* * *
21914577 TTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCTTTATAACCA
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*
21914642 TTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAG-TAGAACAAAATAATACTAAT
131 TTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAACAAAATAATACTAAT
21914706 TTATTAACATTTCCTAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTT
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*
21914771 AAAATAATTATGACCATTTAACTAATTATCTAGAAC
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** *
21914807 AAATTAATACTAATTTATTAACACTCGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
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* *
21914872 TTACCGATCAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTTTATCTAAAATCGTTATAACCA
66 TTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATCTAAAATCGTTATAACCA
*
21914937 TTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAAT
131 TTTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAACAAAATAATACTAAT
* * *
21915002 TTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAGTT
196 TTATTAACATTTCCTAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTT
*
21915067 AAAATAATCATGGCCATT
261 AAAATAATCATGACCATT
21915085 CGAATAATTA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 17, Indels: 1
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
295 163 0.63
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Consensus pattern (296 bp):
AAATTAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
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AAAATAATCATGACCATTTAACTAATTATCTAGAAC
Found at i:21915231 original size:476 final size:475
Alignment explanation
Indices: 21914358--21915275 Score: 1022
Period size: 476 Copynumber: 1.9 Consensus size: 475
21914348 ATAATATTTA
* * *
21914358 AAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACCGAATCAATTCAAATTGTTAAGA
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* * * * * ** *
21914423 CTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTAGTCATAAAACCATTGTTTC
66 CTATTAGAACAATTATATACTTAAAATCGTTATAACCATTTAATTAGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
21914488 AATTCATACAAGCTTATTACTAATAAATTAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAAGA
131 AATTAATACAAGCTTAATACGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAAGA
* * * * * * * * * ** *
21914553 AAGAGATTTAGAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATT
196 AAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATCATGACCATTCGAACAATT
* * *
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261 ATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTAATTGGTCATAAAACAATTATTTTA-TTAATACAAGCT
* ** *
21914683 TAGTAGAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCCTAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAA
325 TAGTAGAACAAAATAATACTAATTGATTAACATTTCAAAAATTAATAAATAACAAATTTAAAAAA
* *
21914748 TAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTT-AACTAATTATCTAGAACAAATT
390 CAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAA-TAATTATCTAGAACAAATT
21914812 AATACTAATTTATTAACACTCG
454 AATACTAATTTATTAACACTCG
* * * **
21914834 AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-ATCAAGTTTAAATAGTTATT
1 AAAAACTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTAAG
* * * * *
21914898 ATTATTTGAACAATTGTTTA-TCTAAAATCGTTATAACCATTTAATTGGTCATAAAACAATTGTT
65 ACTATTAGAACAATTATATACT-TAAAATCGTTATAACCATTTAATTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * ****
21914962 TCAGTTAATACAAGCTTAGATA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATA
129 TCAATTAATACAAGCTTA-ATACGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATA
* ** * *
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193 AGAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATCATGACCATTCGAACA
* * * ** * *
21915091 ATTATGTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTATCATACA
258 ATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTAATTGGTCATAAAACAATTATTTTATTA--ATACA
* * ** *
21915155 AGCTTATTCGAA-ATAAATAATACTAATTGATT-ACTATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTT
321 AGCTTAGTAGAACA-AAATAATACTAATTGATTAAC-ATTTCAAAAATTAATAAATAACAAATTT
* ** * * *
21915218 AAACAACAAATCTATTTACTGAACCATTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT
384 AAAAAACAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTAT
21915276 TAGTCTCAAA
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AAAAACTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTAAGA
CTATTAGAACAATTATATACTTAAAATCGTTATAACCATTTAATTAGTCATAAAACAATTGTTTC
AATTAATACAAGCTTAATACGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAAGA
AAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATCATGACCATTCGAACAATT
ATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTAATTGGTCATAAAACAATTATTTTATTAATACAAGCTT
AGTAGAACAAAATAATACTAATTGATTAACATTTCAAAAATTAATAAATAACAAATTTAAAAAAC
AAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTAGAACAAATTAA
TACTAATTTATTAACACTCG
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21914801 TAGAACAAAT
* * * * * * *
21914811 TAATACTAATTTATTAACA-CTCGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAACAAATCTATTTA
* * * * * * * ** * * * * *
21914875 CCGATCAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTTTA-TCTAAAATCGTTAT-AACCAT
65 CCAAACCAGTTAAAATAATCATGACCATTCGAATAATT-ATTAGTCTCAAATC-TTATAAATC-T
* * * * * *
21914938 TTAATTGGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATA-CAAGCTTAGATAGA-ATAAAA
127 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAGAAAGCTTA-TTCGATA-AAAA
** * *
21914992 TAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAACAAATCTATTTAC
** * * * * *
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66 CAAACCAGTTAAAATAATCATGACCATTCGAATAATTAT-TAGTCTCAAATC-TTATAAATCTTT
* * *
21915121 ATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATA-CAAGCTTATTCGA-AATAAA
129 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAGAAAGCTTATTCGATAA-AAA
* * * * *
21915172 TAATACTAATTGATTACTATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTTAAACAACAAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAACAAATCTATTTAC
** * * * * * *
21915237 TGAACCATTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTAGTCTCAAATCTTTTAAATCTTTAT
66 CAAACCAGTTAAAATAATCATGACCATTCGAATAATTATTAGTCTCAAATCTTATAAATCTTTAT
*
21915302 TTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAAGCTTATTCGATTAAAAA
131 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAAGCTTATTCGA-TAAAAA
*
21915353 TAATAC-AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
21915387 CAGATTTAAA
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 66, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAACAAATCTATTTAC
CAAACCAGTTAAAATAATCATGACCATTCGAATAATTATTAGTCTCAAATCTTATAAATCTTTAT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAAGCTTATTCGATAAAAA
Found at i:21915463 original size:176 final size:178
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Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
21914979 AGATAGAATA
* * ** * * *
21914989 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATT
1 AAATAATACTAATTGAATAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAACAGATTTAAAAAACAAATCTATT
* ** * * * *** * * * * * * * *
21915054 TACCAAATTAGTTAAAATAATCATGGCCATTCGAATAATTATGTA-TTTCAAATCATTATGACTT
65 TACTAAACCATTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTAT-CAGTCTCAAATC-TTTTAAATC
* *
21915118 TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAAT
128 TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTATATCATAAAAGCTTATTCGAAAT
* * *
21915169 AAATAATACTAATTGATTACTATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTTAAACAACAAATCTATT
1 AAATAATACTAATTGAATAATATTTCAAAAATTAATA-GTAACAGATTTAAAAAACAAATCTATT
* ** * *
21915234 TACTGAACCATTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTAGTCTCAAATCTTTTAAATCTT
65 TACTAAACCATTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTATCAGTCTCAAATCTTTTAAATCTT
* *
21915299 TATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAGAAAGCTTATTCGATTAA-
130 TATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATATCATA-AAAGCTTATTCGA--AAT
* * * *
21915350 AAATAATAC-AATTTAATAATA-TTCTAAAAATT-A-A-TAACAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
1 AAATAATACTAATTGAATAATATTTC-AAAAATTAATAGTAACAGATTTAAAAAACAAATCTATT
* * *
21915410 TGCTAAACCGGTTT-AAATAATTAAAACTATTAGATTAATTATC
65 TACTAAACC-ATTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTATC
21915453 CATTTCAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
AAATAATACTAATTGAATAATATTTCAAAAATTAATAGTAACAGATTTAAAAAACAAATCTATTT
ACTAAACCATTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTATCAGTCTCAAATCTTTTAAATCTTT
ATTTTGTCATAAAACAATTATTTTATATCATAAAAGCTTATTCGAAAT
Found at i:21915838 original size:156 final size:156
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Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
21915543 GAACATTTAG
* *** * * *
21915553 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTAGTGAACAAGTTTAAATAGTTATGA
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* *
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66 CTATTTGAACAATTAATTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC
21915683 AATTCATA-AAAGCTTATCCAAAATACA
131 AATTCATACAAA-CTTATCCAAAATA-A
*
21915710 AAAATTAATAAGCAAAAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATTCT-TATAGTTACG
1 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATT-TAAATAGTTACG
* * *
21915773 ACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
65 ACTATTTGAACAATTAATTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT
* *
21915838 CAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAA
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1 AA-AATT
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Statistics
Matches: 144, Mismatches: 15, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATTTAAATAGTTACGA
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AATTCATACAAACTTATCCAAAATAA
Found at i:21916352 original size:178 final size:177
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Period size: 191 Copynumber: 5.4 Consensus size: 177
21915699 TCCAAAATAC
* * ** * ** *
21915709 AAAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATTCTTATAGTTACGA
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** * * *
21915774 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
61 CTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTT
** *
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125 CTA-TTCATAC-AACTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * ** * *
21915891 AAAGTTAA-TAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTT-GTCGAATTAGTTCAAATAATTATG
1 AAA---AATTAA-TAAG-AATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAATTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
21915954 -GTCATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTGT-TTGGTTATATAACAATTGT
60 ACT-ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTATT-GTCATAAAACAA----
* * *
21916017 TTTTTATTGTTTCTATTTATATAAGCT-TATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC
119 ---TTA---TTTCTATTCATACAA-CTGTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
21916080 CA
176 CA
**
21916082 AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTATGAC
1 AAAAATTAATAAG----AATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGAC
* *
21916147 TATTTGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCT
62 TATTTGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTCT
* * *
21916212 GTTCATACAAGC-GTATTCAAAATAAAAT-ATGCTAGTTTATTAATATTCC-
127 ATTCATACAA-CTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
21916261 AAAAATTAATAAG-ATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGTC
1 AAAAATTAATAAGAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAG---TTATGAC
** * *
21916325 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTATTTCT
62 TATTTGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTCT
* * * *
21916390 ATTCATTCAACTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--T
127 ATTCATACAACTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
** * * ** * * * *
21916439 TGAAATTAATAGGTAGGAGATTT-CAAAGTAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGT
1 AAAAATTAATA---A-GA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
21916503 CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTTTAATAAAACAATTGTTT
61 CTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * * * * **
21916567 CTGTTCATGCAAAAT-TATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTGAATATT-TT
125 CTATTCATAC-AACTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTCCA
* * * * *
21916620 AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTA-TCAA-AATAGTTTAAATAGTTATGAC-
1 AAAAATTAATAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA-A-TTCAAATAGTTATGACT
* *
21916682 ATGTGAGCAATTATC
63 ATTTGAACAATTATC
21916697 TAAATTGTTT
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 121, Indels: 105
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Matches are distributed among these distances:
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178 123 0.19
179 119 0.19
180 30 0.05
181 109 0.17
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Consensus pattern (177 bp):
AAAAATTAATAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
ATACAACTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
Found at i:21916595 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 21915776--21916698 Score: 733
Period size: 178 Copynumber: 5.1 Consensus size: 179
21915766 AGTTACGACT
* * *
21915776 ATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* **
21915841 TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAA
66 TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGT-A
* * * ** ** *
21915906 GTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGTCGAATTAGTTCAAATAATTATGGT-C
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GTCC
* * * * * * * *
21915957 ATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---TTT
* * * * *
21916022 ATTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAA
63 -CTG-TTC-A--TACA-AA-ATTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC--AAA
* * *** * * *
21916086 ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTATGACT
118 ATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCC
* * *
21916148 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
*** * * * *
21916212 GTTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAAT-ATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAA--ATTAA-TA-
65 GTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAG
* * * * *
21916272 AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGTCT
130 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG---TTATGTCC
* * * * *
21916326 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * ** *
21916390 ATTCATTCAACTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAATTAATAGGTAG
65 GTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTA-
* * * * *
21916455 GAGATTT-CAAAGTAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCC
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCC
* * * *
21916505 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTTTAATAAAACAATTGTTTCTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * *
21916570 TTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTGAATATTTTAAAAATTAATAA--A
66 TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATA-TTTCAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
21916633 -AGATTTAAAAAATAAATTTTTTTATC-AAAATAGTTTAAATAGTTATG-AC
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGTCC
* *
21916682 ATGTGAGCAATTATCTA
1 ATTTGAACAATTATCTA
21916699 AATTGTTTTA
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 118, Indels: 66
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 32 0.05
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Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCC
Found at i:21916937 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 21916699--21919157 Score: 1257
Period size: 179 Copynumber: 13.8 Consensus size: 180
21916689 CAATTATCTA
* * ** * * * *
21916699 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
21916764 ACTATTTCAACCTATTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTATTTGTCAAAAT
66 ACTATTTGAACCTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTATTTGTCAAAAT
* * * *
21916829 ATTAATGAATTAATATTTTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
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* * * * *
21916880 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
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** * * * * **
21916945 AAGATTTGAACTTGTTT-AGTAAATAGATATATTTTTTAGATCTTTTATTTATTAATTGTCTTAA
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* * ** * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *** * * ** ***
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** * * * **
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** * * * ** * * * *
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**
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65 TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* ** * * * * *
21920252 AATAGAA-AATTATTTATTTAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTGGGTAAATAAATTTATTTTTTA
129 AATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
*
21920316 AATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCCT
193 AATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAAATAAG-CT
*** * * ** * *
21920380 ATATGAA-CCGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT
253 ATAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *** * * * * *
21920444 ATTCAAATAGTTATGATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTATTAAAATCAGTTGCT-
317 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC---T-CTA
* *** * * * * ** * * *
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* * * * * **
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443 AAA-AATTGTTTTATGAGAAAAC---AAG--ATAATGATTTG-AAATAGATAATCATTCAAATAG
* * * * *
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501 TCA-TACTATTTGAATTTGTTCGACAAACAG
* * * * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
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65 TCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTA-AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* ** * * * * * ** * * *
21920793 GAATAGGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGACAAATAAATTTAGTTTTTA
128 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* ** ** * *
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193 AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTA
* ** *
21920921 TGTACA-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAACTAGATAAT
254 TATA-ATAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *** * * *
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316 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA-ACTTG-TTTGGTAAATAGAATT-A-TTTTTTAAATCTCT
* ** *** * *
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377 A-ATATTAATTTTT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTAGTATGAA
* * * * * * *
21921110 TAGAAACAATTATTTCATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTGAACA-A-ATAATTATTCAAA
439 TCGAAAAAATTGTTTTATGAGAAAA-CAA--G--ATAATGATTTGAA-ATAGATAATCATTCAAA
* * * * * * ** *
21921173 TTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAATCAG
498 TAGTCAT-ACTATTTGAATTTGTTCGACAAACAG
* * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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130 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
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* * * *
21921462 ATGAAT-ATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG--------GTTTGAAATATATAATTG
255 AT-AATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
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* ** *
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381 TTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TAGTATGAATCGAAA
* * * * * * * * *
21921645 CAATTATTTCATGACAAAACAAAATTTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCAT
445 AAATTGTTTTATGAGAAAACAAGA--TAAT-G--ATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCAT
* * ** * **
21921710 AATTATTTGAACTAATTCGATAAATTG
505 -ACTATTTGAATTTGTTCGACAAACAG
** * * *
21921737 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAAGTAATGTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-T--T--AA-TAA----A--TTA--
** * * * * * *
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52 ----GT-A----TTA---TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-AAC
* * ** * * * * *
21921867 AACACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGG
104 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
* * *
21921931 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-
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** *
21921995 TATTATTTTATTCTT--AATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-
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* * * * * *
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* * *
21922114 TA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-TGAATATTATTATATTAGTATTATTT
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* *
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* * * * * * * * * * ** ** * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* ** * ** **
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* * * * *
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* * * *
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1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * * * *
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* * * * * ** ** * ** * * *
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* * ** *
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* * * * * * ** *
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* *** * * * *
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319 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGAATTA-TTTTTT-AAATCTC-TA-A
* * * * *
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379 TATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATCGAA
* * * * * * * *
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444 AA-AATTGTTTTATGA-GAAA-ACAA-G--ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTC
* * ** * *
21923348 ATAATTATTTTAA-TTGATTCGGTAAGCAA
503 AT-ACTATTTGAATTTG-TTCGACAAACAG
*
21923377 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * ** * * * * **
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* * *
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** ** * *
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* * * ** * * * ** * *
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254 TATAAT-AA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * *
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316 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTAAT
*** * * ** * *
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* * * *
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445 A-AATTGTTTT---ATGAGAAA-ACAA-G--ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-AG
* * * * **
21923860 TCCTAACTATTTTAATTGGTTTGACAATTAG
501 TCAT-ACTATTTGAATTTGTTCGACAAACAG
* * ** * * * *
21923891 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAAGATAGTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * * * * * * *
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65 TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* * * * * *
21924020 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTCGAAATGGTTTTGTAAACAGATTTACTTTTTAA
129 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
21924085 ATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTCATTTTGAACA-AA-CT-
194 ATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAA-ATAAGCTA
** * * * ** * *
21924147 TATCTTAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTAACAATGAGTTGAAATAAATAATT
254 TATAATAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
21924211 GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACT
317 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC-TAAT
* ** * *** * *
21924275 -TATAATTTTT-TGAAGTATTAATAAATTAGTTTTATCCTGTTCCAAATACGCTTGTATGAGAT-
380 AT-TAATTTTTGT-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGA-ATC
* *
21924337 GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAA
441 GAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAA
21924363 AAGGTCATAA
Statistics
Matches: 5291, Mismatches: 1222, Indels: 1036
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GTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTAATATTAATTTTTG
TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATCGAAAAAATTGTTTTA
TGAGAAAACAAGATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATACTATTTGAATTTGTT
CGACAAACAG
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* * * * *** * *
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* * * * * * *
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191 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT-AAATAGTTTG
* * * * *
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255 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAT-TAT
* * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTATAACAGAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
21917134 TTAAACTTGTTT-GTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGATTATTAA
66 TTGAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-A-TATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * * * *
21917198 TAACTTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTATATGAACCGAAATAATTTTTTTATGAGAAAAC
127 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
21917263 -AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGAGTATTTGATATAGTTCGA
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* * * *
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* * * * * * *
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318 ATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAATATTA
* * *
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** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * ** * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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** * ** * * *
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* * * *
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**
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * ** **
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* * *
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* **** * * **
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126 ATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** * * * * *
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190 ACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT-AAATAGTT
* *
21918749 TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATA
253 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-ATTA
* * * *
21918810 TTATTTAATT-TGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACA-ATTG
316 TTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAAT-AAAAA-ATATTA
* ** ** ** * *
21918850 TTTTATGACA-AA-ATAAAAGGCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTC-TTACTA
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* * ** * * * * * *
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* ** ** * * * *
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125 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** *
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190 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAA-TATTT-AAATAG-T
* * *
21919104 TTGGTAAACAGTTTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAA
252 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAA
21919159 AGTTTAGAAT
Statistics
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21916780 TGATAAATAT
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* * * * *
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** * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* *
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* * * * ** *
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* *
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* * ** * * * **
21918124 TATAATA-AAAAATAGTTGTCATATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG
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* * * *
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* ** * *
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* * *
21918379 TAACTTGTTGGATAAACAG
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* * * * *
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* * * ** * * * * *
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* ** ** * *
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* * ***
21918589 TTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTG-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATA
190 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAG-ATATTAATAAATTATTATTATTTTAT-TTTAAATA
* * ** * * * * *
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253 AACTTGTATAATACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * *
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* * *
21918777 T-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATATTA-TTTAATTTGAATAAGCTTGTATG-ATC
381 TATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-
** * *
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* * * **
21918904 TC-TTACTATTTGAAATGGTTCAACAATTAG
506 TCATAACTATTTG-AATTGTTCGACAAACAG
* ** * *
21918934 ATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * **
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* * * * * * *
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129 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTA
* * ** * *
21919127 AA--TC-T-CTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA--AGT-TTAGAATGATTTGAAATAAATA
194 AATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAGATATTAATAAATTATTATTA-TTTTATTTTAAAT-AA-A
* * * * * * ** ** ** *
21919184 ATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTA-AACTGGTTTA-G-CAAATACATTTATTTTTTAA-ATCT
255 CTT-GTATAATA--C--AA--A--AACAATTGTTTTATGACAAA-ACA-AAAGGTCATAACA-AT
* * * * * * *
21919245 TTCACTCATTTTTAGA-ATATTATT-AAATTAGT-ATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGAT
308 TTGA---A---ATAGATA-ATTGTTCAAA-TAGTCATAATTATT-T--G---AA-C-TGTTTGGT
* * * * * * * * **
21919307 CAAAAATAATTATTTTATGAGAAACA-AAGATCATAATGATTTGAGATTAATATTTGTTCAAA-T
357 -AAATAGATTTATTTT-TTA-AATCACTATAT--TAAT-TTTTG-G---AATA-TTAAT-AAATT
* ** * * * * *** * *
21919370 -AGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAGAAAACAACTTTAGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
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* * * * * ** * * * *
21919434 T-TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGT-TTTTATGAA-A-TGA-AAC-A
459 TATGACA-A--AACAAA--AGGATGATTTGAAATAG-ATAA-TCATTCA--AATAGTCATAACTA
* *
21919493 ATTG---TGTTATGACAAAACAAAAGG
515 TTTGAATTGTT-CGAC-AAAC---A-G
* ** * * ** * * *
21919517 TCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACTTGTTTAATAAA-T
1 --AT--TTA-TTT-TTTAAAT-CTT-TT-ACTTA-T-TAAT-T-TTTGAA-AT-ATTAATAAATT
* * * * **
21919581 AG-ATTTATTTTATTT-AAATCTCTTACTCATGAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACAATTAAT
51 AGTA-TTATTTTATTTCAAA-----TA---A-G-----CTTGTATG--AACAAA-AACAATTGTT
** * * * * ** * * ** * * *
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* * * * * * * * * * **
21919705 A-TGATTTAAAATAGGTAATTGTTCTAATAG-TCTTAACTGTTTGAATTGGCTCGGTAAACACAT
155 ACT-ATTTGAACT-GGT--TTGGT-AAACAGAT-TT-ATTTTTTTAAAT--CTC--T-TACTTAT
* * * *** * * * *
21919768 TTATTTTTTA-A-ATCT-CTTTCTTATTATTTTTTAGAATATTATTAATGTAGAAATATTTTACT
208 TAATTTTTGAGATAT-TAATAAATTATTATTATTT----TATT-TTAA---ATAAA-CTTGTA-T
* * **
21919830 CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGA
262 ---AAT-A-C--------A-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
** * * ** * * *
21919894 GGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAAATGGTACGATAAATAGATTTAATTCTTAA
312 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * **
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376 ATCACTATATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * ** * * *
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* * * ** *
21920086 AAATAAAT-GTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT
500 AAAT-AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGACAAACAG
***
21920123 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * ** * *
21920187 TCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAGCAATTTGA
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* ** * * * * *
21920252 AATAGAA-AATTATTTATTTAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTGGGTAAATAAATTTA-TTTTTT
129 AATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTT
* * * * *
21920315 AAATCTCTTACTCATTAATTTTTG-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCC
193 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAG-ATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAACT
* * ** * * ** * *
21920379 TATATGA-ACCGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT
257 TGTATAATACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *** * * * *
21920443 TATTCAAATAGTTATGATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTATTAAAATCAGTTGCT
322 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCA----CT
* *** * * * ** * ***
21920508 -TATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAA-TATTACTTTAATTCAAATAAGTTTGTATGAACAA
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* * * * * * **
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447 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG-GAT--GATTTG-AAATAGATAATCATTCAAATAGT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * ** * * *
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* * * ** *
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* * * * *** * * *
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* * *** * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* ** * **
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507 CATAACTATTTGAA-TTGTTCGACAAACAG
*** * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *** * * *
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* * *
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AATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTT
TAGCAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTAGAATATT
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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129 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGA
* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* **
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-
* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * * *
21919888 ATTTGAGGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAAATGGTACGATAAATAGATTTAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* * *
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** * * ** * * * *
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129 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
** * * * *
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193 TAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** **
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* * **
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* * * ** * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
*
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* * * * * * * *
21920376 GCCTATATGAACCGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATA
131 GCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * ** * * * ** *
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* ** * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 ATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT
* * * * * *
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* * * * *** * *
21920736 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAACTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAGCAATTTGGAATAGG
129 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * ** * *
21920800 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGACAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* ** ** * **
21920865 TACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAAAATTATGCTA-TTCTGAATAAGCTTGTACAAA
258 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* *
21920929 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
322 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA
* * * * * * * *
21920969 ATTTGAACTAGATAATTGTTTAAACAGTTATAACTATTT-ACAC-TGATCAAGTGAATAGATTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA
* * * ** *
21921032 TTTTTTTAAT-TCACTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAA
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* * * * * * * *
21921096 TAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTATTTCATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTGAACA-
128 T-AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-AT
* * * * * * * * *
21921159 A-ATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAATCAGATTTATATTTTAAATC
190 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
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255 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * *
21921284 AAT-GAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
320 AATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA
* * * * * * * ** * * *
21921326 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGCCTTTACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* *** * * *
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* * * * *
21921456 GCTTTTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-------G-TTTGAAATATAT
131 GCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA-AAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
21921513 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
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* * ** **
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324 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA
* * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
** * * * *
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66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA-T--T--AA-TAA----A--TTA------GT-
** * * * * * * * *
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112 A----TTA---TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGAA-AA-ACA
* * *
21921873 AAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTAGG
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* *
21921936 TAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TATT
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* * * * *
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*
21922056 ATG
359 ATA
* * * * * * *
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1 ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT
* * * * **
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65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
** * * * * *
21922188 A-CATTACATGAACAGAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTATA
130 AGC-TTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
21922420 ATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCATAATTATTTGAAC-TGATAT-GGTAAACAGATTC
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* * * * * **
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* * * * * * * ** *
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* * * *
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** * * *** *
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* * * *
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* ** * * * * **
21922778 ATTTTAAATATTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTATTCAATAAACGGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* ** * * *
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* * * * * * * * **
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129 AAGCTTGTATGA-ACAGAAATAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** ** ** * * *
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* ** **
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* * * *
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321 AT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA
* * * *
21923136 ATTTGAGACT-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACATATTTA
1 ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTA
* * **
21923199 TTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
64 -TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * *
21923264 ATATGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATAATTTAAAATA
127 ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
21923329 GATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAA-TTGATTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATT
191 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* **
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* * * * * * * *
21923457 TAACT-TAAATAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATG
319 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA
* *
21923500 ATTTTAAATAGAAAATTGTTCAAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
21923525 GGTAAACAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * ** **
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* * * * * * *
21919294 AAGCTTGTATGATCAAAAATAATTATTTTATGA-GAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTA-
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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382 AATAGTCAAA-CTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * *
21919612 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTACAATTAATTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAT
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
21919832 AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAG
125 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
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* * * * *
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252 ATCACTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTA
* * * * * **
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** * * ** * * *
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* ** **
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* *** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * ** *
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** *
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** * *
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* * * * *
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* *** * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* **
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* * * * * * *
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* * * ** * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *** * *
21922489 -GAATCACTTAATGATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
186 CAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCA
* * ** * * * * * * * ** *
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251 TGTAAGATCAAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAACAATTTAAAATAGATAA-T
** * * ** **
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315 CGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAATTCGACAAACAAAT
* * * * * **
21922659 AT-TTTTTTAAACTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTCTTTTATTTTGG
1 TTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * *
21922723 ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
63 ATAAGCTTCTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
* * * *
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128 --TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTTCAAAT
* * * * *
21922852 CTTTTACTTATTAATTTTTTAAATGTTAATATATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTA
191 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTA
* * * * * * *
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* *** *
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* * * *
21923020 TTCTTTTTTGAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAAT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAAT
* * * * * *
21923084 AAGCTCCTATG-A-TAAGAAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGACT
65 AAGCTTCTATGAACT-A-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA-AAT
*
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127 -ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTTCAAAT
*** * * *
21923211 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTAT
191 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAA
* * * *
21923276 GATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAGATAATCGTTCA
256 GATCAAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAACAATTTAAAATAGATAATCGTTCA
** * * * * ** *
21923341 AATGGCCATAATTATTTTAATTGATTCGGTAAGCAAAT
321 AATAACCATAACTATTTGAACTAATTCGACAAACAAAT
* *
21923379 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
** * * * * *
21923444 TCTAAGCTTGTATTAACTTAAATAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAAT
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*
21923509 AGAAAATTGTTCAAAT
127 --ATAATTGTTCAAAT
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AGCTTCTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTTCAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGATCA
AAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAACAATTTAAAATAGATAATCGTTCAAATAA
CCATAACTATTTGAACTAATTCGACAAACAAAT
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* * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
21919458 ATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTGTGTTATGACAAAAC
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* * *
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1 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTC
** * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * ** **
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* * * * * * ** * * *
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* **
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* **
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** * *** * * * * ** * *
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1 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCG
* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCG
* * * * ** * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * ** ** * * * * * *
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1 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGG
* * * * * * *
21920659 TAAACATAGTTCTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTA
66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
21920723 TTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAACTATTTTATGACAAAA
130 TTTT-ATTCG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAC
*** ** * * *
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** * * * **
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** * * *
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* * * * * *
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1 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGATTC-
* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCG
* * * * *
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* * *
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* *** * * * * * *
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* *** ** * * * * * *
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* ** * *
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**
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* * * * * * * *
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1 A-AAAGGTTATAATGAT--TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * *
21921933 AGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGG
* * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * **
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** * * * *
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* * * *
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* ** * * * * ** * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * *
21923121 ACAAAGATCT-TAATGATTTGAGACT-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
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** * *
21923184 CAATAAACATATTTATTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGT
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* * * ** *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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TTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAC
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* * * * * *
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1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCGAAATACTAATAAATTAGTATT
* ** * * ** * *
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66 AATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAGAACAATTATTTTAAAACTAAAT-AAAAGGTCAG
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129 AATGATTTTAAATA-AATAATTGTTCAAAT
* * **
21923525 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTTTTATT
1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCGAAATACTAATAAATTAGTATT
* * *
21923590 AATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAGAACAGTTGTTTTAAAACTAAATAAAAGGTCAGAA
66 AATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAACAATTATTTTAAAACTAAATAAAAGGTCAGAA
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AATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAACAATTATTTTAAAACTAAATAAAAGGTCAGAA
TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
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* * *** * *
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** * * * *
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* ** * * *
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* * **
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1 TTATTAAGTTTCAAAATAGTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAAATAGCATGAACAAA
** * * *
21923978 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-AGT
66 A-CAATTGTTTGACAACAAAAGAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGATAATCATTCAAATCA-T
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129 CAAAACTATTCGAAATGG-TTTG-ACAATCAGATTTACTTTTTAA
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TTATTAAGTTTCAAAATAGTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAAATAGCATGAACAAA
ACAATTGTTTGACAACAAAAGAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGATAATCATTCAAATCATCA
AAACTATTCGAAATGGTTTGACAATCAGATTTACTTTTTAATTTTCTTGG
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21923926 AGATAGTATT
* * *
21923936 AAATTAGTATTATTTTATTCCT-AATAAA-ATAGCATGAACAAAACCAATTGTTTGATGACAAAA
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* *
21923999 TAAAAG-GTTAA-AACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTCGAAATGGTT
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* *
21924062 TTG-TAAACAGATTTACTTTT-TAAATCTCTTACTAATTAATTTTTT-AAATATTAAA
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* * * * * *
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1 AAATTAGTATTATTTCATTCTGAACAAACATAGCTGAACAAAAAAATTGTTTGATGACAAAAAAA
* * * * * * * *
21924182 AGAGTAACAATGAGTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCGATA
66 AGAGTAACAACGAGTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTCGAAATGGTTCGATA
* * * *
21924247 AATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAATTTTTTGAAGTATTAAT
131 AACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTAATAATTTTTTGAAATATTAAA
*
21924297 AAATTAGTTTTAT
1 AAATTAGTATTAT
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AAATTAGTATTATTTCATTCTGAACAAACATAGCTGAACAAAAAAATTGTTTGATGACAAAAAAA
AGAGTAACAACGAGTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTCGAAATGGTTCGATA
AACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTAATAATTTTTTGAAATATTAAA
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21925528 TAAATAATGC
*
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1 A
21925615 CACAACTTAA
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1 TC
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TCAAATCAAAATTTCCTTTT
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21930639 TTAAATCTCC
* * * * *
21930649 TATTAA-TTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGGATG-ATCAA
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* * * * * * * * *
21930712 AAACAATT-TTTTATGAGAAAAC-AAAGATCACAATGATTT-AAGTTTGATATTTGTTCAAATAA
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* ** * ** * *
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* * * * * * *
21930828 TATTAA-CTTTCGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGTTTGTATGAATTGA
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* * * *
21930892 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGACTTT-AAATAGTTAGA-ACGATTATTCA
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAGATA-ATA-G----TTCA
* * * * ** * * *
21930955 AAAAGTCAAATCTTTTTAAACTTTTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTTAAATCTTTTGCT
122 AATAGTCAAA-CTATTTGAACTTATTCAGAAAATAGATTTATT-TTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
21931015 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTATTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTACGAACT-GA
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* * ** * * * ** * * * *
21931079 AATAATTGTCTTATGATTAAATAAAAGGTTAGAACGATTCGAAATAGATAATTGTTCTAATAATC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTC
* ** * * *
21931144 TTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CT
129 -AAACTATTTGAACTTA-TTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
21931192 TAGTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAATAA
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* * * ** *** * * *
21931257 GCAATTGTTTTATGACAAAA-TACAGACCATAACGTTTTGAGATTAGATAATTGTTCAAATATTC
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* * *
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129 A-AACTATTTGAACT-TATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * ** ** * * *
21931369 TATTAATTATCAAAATATTAATAGATCTA-TATTATTTTAATTTGAATAATTTTGCATGAACAAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
21931433 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATTGAT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG-T
** * * **
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128 CAA-ACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
**
21931550 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * *
21931615 ACAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTA-TTTAAATAGT
65 ACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGT
** ** * *
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128 CA-AACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
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1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCT-TGTATGAATAGA
* * * *
21931795 AACAATTGGTTTATG--------AAA--TGAT-CT-A----AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTC
* * * * * *
21931844 AAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACT
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* *
21931894 TATTAATTTTT-GAAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAT-G
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
21931956 -AACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATTGATAATTA-TTTAGATA
63 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA
* * * * * *
21932019 GTCATAACTATTTGAACATATTC-GATAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACA
126 GTCA-AACTATTTGAACTTATTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
21932074 CATTAA-TTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATGGA
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* *
21932138 AACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACT-AT-A---G--ATA-AT--TA-TTCAAATAGT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGT
* * * * * *
21932192 CATGACTATGTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
128 CA-AACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
21932245 TATT-ATTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * ** *
21932309 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTTTTGAAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTC
* * * *
21932374 --A-TA-ATG-A--T-TTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATT
129 AAACTATTTGAACTTATTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** * *
21932417 TATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAATATAGTATGAACA
1 TATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
* ** * * ** * * *
21932479 -AAAAAATCATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAA
62 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG
* * * * * *
21932543 TCATAATTATTTAAACTTATTCCATAAACA-A-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAAT
127 TCA-AACTATTTGAACTTATT-CAGAAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * ** ** ** * *
21932597 TGTTAATTTTTGGAATATGAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAACTA-A
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* ** *
21932661 AATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTA-TTCAAATAG
64 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA-ATAGTTCAAATAG
* * * * * * *
21932724 TTATTACTATTTGATC-TAGTTTAG-TAA-ACATTTA-TTTTTAAGATTTTTTACT
127 TCA-AACTATTTGAACTTA-TTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACT
* * * * * * * *
21932776 TATTAATTGTT-GAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTTTAATCCAAATAAGCTTTTATAAACATA
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * * * * *
21932840 AACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAAATTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTC
21932905 ATAACTATTTGAACT
129 A-AACTATTTGAACT
21932920 GGTTTAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAA
ACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
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* ** * * *
21931661 ATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTGGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTT
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* * *
21931726 TTACTTATTAATTTTTAG-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTCT-TATG
66 TTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCT-TGTATG
* * * *
21931789 AGTAGAAACAATTGGTTTATGA-AATGATC-TAA---A-ATAG
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* * * * * *
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* * * * *
21931889 TTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA
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* * * * * *
21932004 ATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATA-TTCGATAAACAGATTCATTTTTTAATTCT
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* ** * * *
21932068 CTTACACATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATTTG
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* * *
21932132 AATGGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACTATAG
129 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCA-TATAG
* * *
21932175 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATGTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* *
21932240 TTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA
66 TTACTTATTAATTT-TAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
* *
21932304 ATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTC--ATA-
130 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATATAG
* * * * *
21932342 ATAA-T-TTAAAATA--AATAA-TTTTTGAAATAGTCATAATGATTTCGATAAACATATTTATTT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG--A-A--C-T--T-ATTTAG-TAAACAGATTTATTT
* * *** * * *
21932402 TTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAT
56 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAG
* * * * ** *
21932467 ATAGTATGAACA-AAAAAATCATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAG
121 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G---T--C-A--T---ATAG
* * * * * * *
21932527 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTATTCCA-TAAACAAATTCATTTTTTAAATCT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * ** * * * ** * *
21932591 CTTAATTGTTAATTTTTGGAATATGAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTA
65 TTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
*
21932656 ACTA-AAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
130 A-TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G---T--C-A--T---ATAG
* * * * *
21932708 ATATTTATTCAAATAGTTATTACTATTTGATC-TAGTTTAGTAAAC--ATTTA-TTTTTAAGATT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATC
* * * * * *
21932769 TTTTACTTATTAATTGTT-GAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTTTAATCCAAATAAGCTTTTAT
64 TTTTACTTATTAATT-TTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
21932833 AAACATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATA
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Statistics
Matches: 815, Mismatches: 159, Indels: 143
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 5 0.01
162 25 0.03
163 56 0.07
164 35 0.04
165 25 0.03
166 1 0.00
167 5 0.01
168 5 0.01
169 1 0.00
170 10 0.01
171 153 0.19
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173 6 0.01
174 2 0.00
176 4 0.00
178 32 0.04
179 100 0.12
180 135 0.17
181 97 0.12
182 8 0.01
184 4 0.00
185 5 0.01
186 1 0.00
187 8 0.01
188 1 0.00
189 4 0.00
190 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
TTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATATAG
Found at i:21932388 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 21931527--21932465 Score: 1014
Period size: 343 Copynumber: 2.7 Consensus size: 340
21931517 CAGGACATAG
** *
21931527 ATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* ** *
21931590 TTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGA-AAAAC-AAAAGATCATAATAATT
65 CT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAAG-TCATAATAATT
* * * * *
21931653 TGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTGGTAAATAGATTTATATTT
127 TGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAAC-A-TTGAA-T-ATTCGATAAACAGATTTATTTTT
* *
21931718 TAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAG
188 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAAATAAG
* * * *
21931781 CTCTTATGAGTAGAAACAATTGGTTTATGAAATGATCTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
251 CTCTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGAAA-GAACAAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA
* *
21931846 ACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAT
315 ACTATGTGAACGTATTTAGAAAACAT
* * * * *
21931872 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
* * * * *
21931936 AAAATAAGCTTGCATGAAT-GAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAA
** * * *
21932000 ATTGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAT
131 ATAAATAATTATTTAAATAGTCATAAC-A-TTG-A-ATATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* ** *
21932065 TCTCTTACACATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TA
192 TCTTTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTCT-
* * * *
21932128 TTTGAATGGAAACAATTGTTTTATTATAA-AACAAAAGGTCACTATAGATAATTATTCAAATAGT
255 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA-AAGAAC-AAA----A--ATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *
21932192 CATGACTATGTGAACTTATTTAGTAAACAT
312 CA-AACTATGTGAACGTATTTAGAAAACAT
21932222 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * *
21932286 CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAA
65 CTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGA
*
21932351 AATAAATAATT-TTTGAAATAGTCAT-A-A-TG-AT-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATC
130 AATAAATAATTATTT-AAATAGTCATAACATTGAATATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * *
21932410 TTTTATTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAA
194 TTTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAA
21932466 TATAGTATGA
Statistics
Matches: 497, Mismatches: 73, Indels: 50
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
342 8 0.02
343 228 0.46
344 62 0.12
345 16 0.03
347 3 0.01
349 23 0.05
350 40 0.08
351 60 0.12
352 57 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (340 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAA
ATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACATTGAATATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
TTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTCTTATGAA
TAGAAACAATTGGTTTATGAAAGAACAAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTATGTGAAC
GTATTTAGAAAACAT
Found at i:21932540 original size:352 final size:348
Alignment explanation
Indices: 21931120--21932724 Score: 988
Period size: 343 Copynumber: 4.6 Consensus size: 348
21931110 GAACGATTCG
* * * * *
21931120 AAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACATATTTATTTTTT
* * * * *
21931184 AAATC---T-CTTAGTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCT
65 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAATAAGCT
* * ** * * * * *** * * *
21931244 TGTATGAAAATAAGCAATTGTTTTATGACAAAATACAGA-CCATAACGTTTTGAGATTAGATAAT
129 TGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTT-AAAATAAATAAT
* * * * * * * * * * *
21931308 TGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTATT---
193 TATTTAAATAGTCATAAC-A-TTGAA-T-ATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACA
* * * *
21931370 -ATTAATTATCAAAATATTAATAGATCT-ATATTATTTTAATTT-GAATAA-TTTTGCATGAA-C
254 CATTAATTATCGAAATATTAATAAAT-TAATATTATTTT-ATTTCAAATAACTTAT--ATGAATC
* * *
21931430 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTG
315 AAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTC------A---C
* * ** * * * * *
21931474 AAATAGATAATAGTTCAAAT--TGATAAGACTATTCAAACTTATTCAGGACATAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-ACTATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTT
** * * *
21931537 TAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAA
64 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAG
* * *
21931600 ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGA-AAAAC-AAAAGATCATAATAATTTGAAATAAAT
127 CTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAAG-TCATAATAATTTAAAATAAAT
* * * * * * *
21931663 AATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTGGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTTTT
190 AATTATTTAAATAGTCATAAC-A-TTGAA-T-ATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTT
** ** * * *
21931728 ACTTATTAATT-TTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTCT-TATGA
251 ACACATTAATTATCGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAA-CT-TATATGA
* * *** * *
21931790 GT-AGAAACAATTGGTTTATG-------AAATGATCTA-
312 ATCA-AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-AC
* * * *
21931820 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
* * **
21931884 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG
66 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * **
21931948 CATGAAT-GAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATTGATAATTAT
131 TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTAT
* *
21932012 TTAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACACAT
196 TTAAATAGTCATAAC-A-TTG-A-ATATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACACAT
* * ** *
21932077 TAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATGGAAACA
257 TAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA-CTTATATGAATCAAAAAA
** * *
21932142 ATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCAC
321 ATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAC
* * * *
21932170 -TATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATGTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
* *
21932234 AATCTTTTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTT
66 AATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
*
21932298 GTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATT-
130 GTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTA
* * * ***
21932362 TTTGAAATAGTCAT-A-A-TG-AT-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTA
195 TTT-AAATAGTCATAACATTGAATATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACACATTA
** *
21932422 ATTATCTTAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCGAAATAA-TATAGTATGAA-CAAAAAA
259 ATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAACT-TA-TATGAATCAAAAAA
*
21932484 ATCATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTC
321 ATCATTTTATGACAAAACAAAAGG---T--C-A---C
* * * * * *
21932521 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTATTCCA-TAAACAAATTCATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TAGTAAACATATTTATTTTTT
* * * * * ** * * **
21932585 AAATCTCTTAATTGTTAATTTTTGGAATATGAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTT
65 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * ** * * *
21932650 ATATTAACTA-AAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATT
130 GTATGAA-TAGAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAAT
*
21932713 TATTCAAATAGT
193 TATTTAAATAGT
21932725 TATTACTATT
Statistics
Matches: 998, Mismatches: 184, Indels: 140
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 31 0.03
343 222 0.22
344 69 0.07
345 34 0.03
346 20 0.02
347 3 0.00
348 3 0.00
349 24 0.02
350 47 0.05
351 61 0.06
352 211 0.21
353 14 0.01
354 49 0.05
355 7 0.01
357 5 0.01
358 127 0.13
359 10 0.01
360 2 0.00
361 4 0.00
362 48 0.05
363 3 0.00
364 2 0.00
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (348 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTAT
TTAAATAGTCATAACATTGAATATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACACATTAAT
TATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAACTTATATGAATCAAAAAAATCAT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCAC
Found at i:21932582 original size:523 final size:522
Alignment explanation
Indices: 21931866--21932908 Score: 1172
Period size: 523 Copynumber: 2.0 Consensus size: 522
21931856 CGTGTTTAGA
21931866 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTTATATTATTT
1 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-AAACATTAATAAATTTATATTATTT
* * ** ** ** * * *
21931931 TATTCAAAATAAGCTTGCATGAATGAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTT
65 TATTCAAAATAAGATAGCATGAACAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * *
21931996 TGAAATTGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAACAGATTCATTTTT
130 TCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACATATTCCATAAACAAATTCATTTTT
* *
21932061 TAATTCTCTTACA-CATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
195 TAAATCTCTTA-ATCATTAATTTTCGAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * *
21932125 TTAT-TTGAA-TGGAAA-CAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTC-AC-T-ATAGATAATTATT
259 TTATATT-AACT-AAAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAACTTAATAGATAATTATT
21932184 CAAATAGTCATGACTATGTGAACTTA-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTA
321 CAAATAGTCATGACTATGTGAAC-TAGTTTAGTAAAC--ATTTA-TTTTTAAGATCTTTTACTTA
* ** * *
21932247 TTATTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-
382 TTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAAC
* * ** *
21932311 TAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTTTTGAAATAGTCAT
447 T-ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAAATTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAT
21932376 AATGATTTCGAT
511 AATGATTTCGAT
* * *
21932388 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTATATTAT
1 AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTAAACATTAATAAATTTATATTAT
* * * * * *
21932452 TTTATTCGAAATAATATAGTATGAACAAAAAAATCATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAA
63 TTTATTCAAAATAAGATAGCATGAACAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * *
21932517 TTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTATTCCATAAACAAATTCATTT
128 TTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACATATTCCATAAACAAATTCATTT
** * * ** * ** *
21932582 TTTAAATCTCTTAATTGTTAATTTTTGGAATATGAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT
193 TTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTCGAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
* *
21932647 TTTATATTAACTAAAATAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAT
258 CTTATATTAACTAAAATAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTC--AAC---TT--AATAGATAA
* * * * *
21932712 TTATTCAAATAGTTATTACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATTTATTTTTAAGATTTTTTACTT
316 TTATTCAAATAGTCATGACTATGTGAACTAGTTTAGTAAACATTTATTTTTAAGATCTTTTACTT
* * * * * *
21932777 ATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTTTAATCCAAATAAGCTTTTATAAACATAAA
381 ATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAA
* * *
21932842 CTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAAATTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAT
446 CTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAAATTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAT
21932907 AA
511 AA
21932909 CTATTTGAAC
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 73, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
522 21 0.05
523 217 0.51
524 8 0.02
525 2 0.00
526 2 0.00
530 8 0.02
531 126 0.29
532 3 0.01
533 41 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (522 bp):
AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAACATTAATAAATTTATATTATTTT
ATTCAAAATAAGATAGCATGAACAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
CAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACATATTCCATAAACAAATTCATTTTTT
AAATCTCTTAATCATTAATTTTCGAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
ATATTAACTAAAATAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAACTTAATAGATAATTATTCAAAT
AGTCATGACTATGTGAACTAGTTTAGTAAACATTTATTTTTAAGATCTTTTACTTATTAATTGTA
GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACTATTGTTTT
ATAACAAAACAAAAAGTCATAACAAATTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATGATTTCG
AT
Found at i:21932632 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21932386--21932722 Score: 400
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
21932376 AATGATTTCG
* * * * * *
21932386 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTTATATTA
1 ATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATCTTAATATGAATAAACTTATATTA
* *
21932451 TTTTA-TTCGAAATAA-TATAGTATGAAC-AAAA-AAATCATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTAT
66 TTTTATTTCG-AATAATTATA-TATGAACTAAAATAAAT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* *
21932512 AGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTATTCC
128 AACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTATTCC
* *
21932566 ATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTGTTAATT-T-TTGGAATATGAAT-AGCTTAGTA
1 ATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATCTT--AATATGAATAAACTTA-TA
* * * *
21932628 TTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAACTAAAATAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
63 TTATTTTATTTCGAATAATTATATATGAACTAAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
21932693 AACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATA
128 AACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATA
21932723 GTTATTACTA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 19, Indels: 13
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.02
179 5 0.04
180 63 0.48
181 57 0.44
182 4 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATCTTAATATGAATAAACTTATATTA
TTTTATTTCGAATAATTATATATGAACTAAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
AATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTATTCC
Found at i:21934643 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 21934591--21934667 Score: 136
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
21934581 CTCCCAATGC
*
21934591 ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTGTGCATCCTAATCCA
1 ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
*
21934629 ATGGCAAAATTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
1 ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
21934667 A
1 A
21934668 CACAACTTAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 37 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.32, G:0.09, T:0.27
Consensus pattern (38 bp):
ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
Found at i:21935307 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 21935286--21935320 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
21935276 ATACAAGCTC
*
21935286 ATACCAATTGTTAAGG
1 ATACCAATTGTTAAAG
21935302 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
21935318 ATA
1 ATA
21935321 TGTCATCAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 18 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
ATACCAATTGTTAAAG
Found at i:21940772 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21940176--21941636 Score: 710
Period size: 180 Copynumber: 8.2 Consensus size: 181
21940166 ATTAATATAC
* ** * * * * * * *
21940176 TATGATAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATGGCCTTAACTATTTA
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * *
21940241 AACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTCTAAA-TCTCTTAGTTATTAATTTTC-ATGATATT-AT
66 AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTC-CTAACTTATCAATTTTCGA-AATATTAAT
* * * * ** ** *
21940303 TAGATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCT-TGTATGAACAT-AAGTAATTGTTT
129 CA-AATAATATTATTTTATTTCAAATAA-CTATGTATGAA-ATGAAACAATTATTT
* * * * * * *
21940357 TATGACAAAACAAAAGGTTATAACGACTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * *
21940422 AATTGGTTTGATAAA-TAA---A-----T-AATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-
66 AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCCTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAATC
* * ** * **
21940475 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTGGCT-TGTATG--ATGAAAAACAGTTGCTT
130 AAA-TAATATTATTTTATTTCAAA-TAACTATGTATGAAATG--AAACAATTATTT
* * * * *
21940528 TATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *** *
21940593 AACTAATTCGATGAATTGATTTATTTTTTAAATCTCC-AACTTCTCAATTTT-GAAATATTAAT-
66 AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCCTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAATC
*** *
21940655 AAAGTAATATTATTTTATTTTGGATATACT-TTTATGAAATGAAACAATT-TTT
130 AAA-TAATATTATTTTATTTCAAATA-ACTATGTATGAAATGAAACAATTATTT
* * * * *
21940707 TATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCGTAATTATTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
21940772 AACTTATTTGGTAAACAAATTTTTTTTTTAAATTCCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATCA
66 AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAATCA
* * *
21940837 AATATTATTATTTTATTTCAAATAAGTATGTATGAACTGAAACAATTATTT
131 AATAATATTATTTTATTTCAAATAACTATGTATGAAATGAAACAATTATTT
* * *
21940888 TATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCTTAACTATTT
1 TATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * ** * * * * * *
21940952 G-ACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAACAT-CTTACTTATTAATTTT-TAGAATATT-A
65 GAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTCCTAACTTATCAATTTTCGA-AATATTAA
* ** ** * * * *
21941013 TTAGTTTAGCAGTATTTTACTTT-GAATAAGCT-TATAAG-AATAGAAACAATTATTT
128 TCA-AATAATATTATTTTA-TTTCAAATAA-CTATGTATGAAAT-GAAACAATTATTT
* ** ** * * *
21941068 TATGATAAAAC-AATGAACATACCGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * * *
21941132 AACTCGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTGAA-T-CT--CTTATTAATTTTCAAAATATCAATAA
66 AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAATCA
* * * *
21941193 AATAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTT
131 AATAATATTATTTTATTTC-AAATAACTATGTATGAAAT-GAAACAATTATTT
* * * * * * *
21941244 TATGACAAAACAAAATGTCCA-AACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTT
1 TATGATAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
21941308 GAACTTATTTGGTAAACATATTTATTATTTAAA-TCTCTAACTTATTAATTTTAG-AATATTAAT
65 GAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTC-CTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAAT
* * ** * * *
21941371 -AAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAAC-CTGTATG-AATAGAAACTATTGTTT
129 CAAA-TAATATTATTTTATTTCAAAT-AACTATGTATGAAAT-GAAACAATTATTT
* * * ** * * * * *
21941424 TATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAGCTCTTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *** * * * * *** *
21941489 AATTTGCTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTAAGTTATTAATTTTTTTAATTTTAAT-
66 AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTC-CTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAATC
* **
21941552 AAATTAATATT-TTTTA-TTCTGAATAAGCCT-T-TATG-AATAGAAACAATTGGTT
130 AAA-TAATATTATTTTATTTC-AAATAA--CTATGTATGAAAT-GAAACAATTATTT
* *
21941604 TATGA-CAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
21941637 TAGCTATTTG
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 207, Indels: 117
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
170 1 0.00
171 120 0.12
172 9 0.01
173 2 0.00
174 2 0.00
175 2 0.00
176 63 0.06
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179 160 0.16
180 368 0.36
181 185 0.18
182 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAATCA
AATAATATTATTTTATTTCAAATAACTATGTATGAAATGAAACAATTATTT
Found at i:21940892 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 21940176--21942209 Score: 1245
Period size: 360 Copynumber: 5.7 Consensus size: 357
21940166 ATTAATATAC
* * * * * * * * * *
21940176 TATGATAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATGGCCTTAACTATTTA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTG
** * ** ** * * * *
21940241 AACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATG-ATATTATTA
66 AACTAATTTGGTAAA-TTATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTT-A-GAATATTAATA
* * * * * ** * *
21940305 GATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAA
128 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAA
*** * * * *
21940370 AAGGTTATAACGACTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGAT
192 AAGAACATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAGAT
* **
21940434 AAATAAA--TA------ATCTCC-TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
256 AAACAAATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
21940489 TTATTCCAAATTGGCTTGTATG-ATGAAAAACAGTTGCTT
320 TTATTCTAAATAAG-TTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* * * * *
21940528 TATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTG
* * * * * *
21940593 AACTAATTCGATGAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTT-GAAATATTAATAA
66 AACTAATTTGGTAAATT-ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAA
* * * *
21940657 AGTAATATTATTTTATTTTGGATATACTTTTATGAA-ATGAAACAATT-TTTTATGATAAAACAA
129 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-ACTTATATGAATA-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAA
** * * * * * * * * *
21940720 AAGGCCATAATGATTTTAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCGTAATTATTTGAACTTATTTGGTA
192 AAGAACATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATA
* * *
21940785 AACAAATTTTTTTTTTAAATTCCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATCAAA-TATTATTATT
257 AACAAATTTATTTTTTAAA-TCCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAAT-AAATTAGTATTATT
*
21940849 TTATT-TCAAATAAGTATGTATGAACT-GAAACAATTATTT
320 TTATTCT-AAATAAGT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
21940888 TATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCTTAACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTG
** * * * *
21940953 -ACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAA-CATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
66 AACTAATTTGGTAAAT-TATTTATTTTTTAAATC-TCTAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATA
** * * * *
21941016 GTTTAGCAGTATTTTACTTTGAATAAGCTTATAAGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-A
128 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAA
* * * * * *
21941080 ATGAACATACCGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGATA
192 AAGAACATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATA
* * * * * *
21941145 AACAGATTTAGTTTTTGAAT-C-T-CTTATTAATTTTCAAAATATCAATAAAATAGTATTATTTT
257 AACAAATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*
21941207 ATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
322 ATTCTAAATAA-GTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * *
21941244 TATGACAAAACAAAATGTCCA-AACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTT
* * *
21941308 GAACTTATTTGGTAAACATATTTATTATTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAA
65 GAACTAATTTGGTAAA-TTATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAA
* * * * * * *
21941373 ATTAGTATTATATTATTTTGAATAAACCTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAATAAA
129 ATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAA
* * * * * * * *
21941438 AGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAGCTCTTTGAATTTGCTAGATAA
193 AGAACATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATAA
* * * * * *
21941503 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAAGTTATTAATTTTTTTAATTTTAATAAATTAATATT-TTTT
258 ACAAATTTATTTTTTAAATCCTT-ACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* *
21941567 ATTCTGAATAAGCCTT-TATGAATAGAAACAATTGGTT
322 ATTCTAAATAAG--TTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * ** ***
21941604 TATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATATAGCTATTTGAACGTGTTTAGA-A-AA-TA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AA-ATAGATAATTGTTC--AAATAGACATAACTA
* * * * * ** * ** * * * * *
21941664 ---G-ATTTATTT-TTAAAATATTTACTTACTAATATTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATT-
62 TTTGAACTAATTTGGTAAATTATTTATTTTTTAA-ATCTCTAA-CTTATTAATTTTAGAATATTA
** * * * *
21941723 -T---------------TATTCGGAATAAGCATGTATGAAT-GTAAACAATTGTTTTATGACAAA
125 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTATATGAATAG-AAACAATTATTTTATGATAAA
* * *
21941771 ACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
188 ACAAAA-GAACATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * * *
21941835 CGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAGTTAGTA
252 AGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTA
* * * * ** * *
21941899 TTGTTTTATTTTGAATAAGCCTAAATGAATTGATACAATT-TTT
315 TTATTTTATTCTAAATAAG-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
** * * * * * ** *
21941942 TATGATGAAACAAAAGATCAAAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATTACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTG
* ** * * * * * * *
21942007 AATTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAA
66 AACTAATTTGGTAAA-TTATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAA
* * * * * * * * * * *
21942072 ATAATTATTATTTTGATCTT-AATATGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAA
129 ATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATA-ACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAA
** * * * * *
21942136 AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTA
192 AAGAACATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATA
*
21942201 AACAGATTT
257 AACAAATTT
21942210 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 1312, Mismatches: 278, Indels: 175
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
336 3 0.00
337 5 0.00
338 158 0.12
339 38 0.03
340 16 0.01
342 1 0.00
343 13 0.01
344 15 0.01
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346 1 0.00
349 1 0.00
350 72 0.05
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362 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTG
AACTAATTTGGTAAATTATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTTGAATAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGA
ACATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATAAACA
AATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TAAATAAGTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
Found at i:21941031 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 21940449--21941636 Score: 773
Period size: 180 Copynumber: 6.6 Consensus size: 177
21940439 AATAATCTCC
* * **
21940449 TACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTGGCTTGTATG-A
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTGTATGAA
* * ** * * * * * *
21940512 TGAAAAACAGTTGCTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
63 T-AGAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ***
21940577 TAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGATGAATTGATTTATTTTTT-AAATCT
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCT
* * * * * * *** * *
21940628 CCAACTTCTCAATTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATATACTTTTATGA
1 --TACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGTTGTATGA
* * * * *
21940692 A-ATGAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATATTTGTTCAA
62 ATA-GAAACAATTATTTTATGAT-AAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
21940755 ATAGTCGTAATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTTTTTTTTAAATTCCT
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-CT
* * *
21940809 TACTTATTAATTTTCTA-AATGTTAATCAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAGTATGTATGAA
1 TACTTATTAATTTT-TAGAATATT-ATTAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGT-TGTATGAA
* *
21940873 CT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAA
63 -TAGAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * *
21940937 TAGTCTTAACTATTTG-ACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAACATCT
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-ATCT
** * * * * *
21940989 TACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAGTATTTTACTTT-GAATAAGCTTATAAGAA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA-AATAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAG-TTGTATGAA
* ** * * * *
21941053 TAGAAACAATTATTTTATGATAAA-ACAATGAACATACCGATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT
63 TAGAAACAATTATTTTATGATAAACA-AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * *
21941117 AGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTT-GAATC-
127 AGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCT
* * * * *
21941166 T-CTTATTAATTTTCAAAATATCAATAAAATAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATAT-TATTAAATAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-GTTGTATGAA
* * * * *
21941229 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCCAAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
63 TAGAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
21941294 GGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTATTT-AAATCT
127 AGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCT
* * ** **
21941344 CTAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAACCTGTATGA
1 -T-ACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGTTGTATGA
* * * * * * * * * *
21941408 ATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAA
62 ATAGAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * *
21941473 TAGTCATAGCTCTTTGAATTTGCTAGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTT
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATC-T
* ** * * * *
21941525 TAAGTTATTAATTTTTTTAATTTTAATAAATTAATATT-TTTTA-TTCTGAATAAGCCTT-TATG
1 T-ACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG--TTGTATG
** * *
21941587 AATAGAAACAATTGGTTTATGACAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
61 AATAGAAACAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATA
21941637 TAGCTATTTG
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 175, Indels: 83
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
176 60 0.08
177 72 0.09
178 27 0.03
179 156 0.20
180 356 0.45
181 118 0.15
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTGTATGAATAG
AAACAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCT
Found at i:21941118 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 21941097--21941129 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
21941087 TACCGATTTG
21941097 AAATAG-ATAACTATTC
1 AAATAGCATAACTATTC
21941113 AAATAGTCATAACTATT
1 AAATAG-CATAACTATT
21941130 TAAACTCGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAACTATTC
Found at i:21941549 original size:23 final size:24
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Indices: 21941505--21941567 Score: 67
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21941495 CTAGATAAAC
* *
21941505 AAATTTATTTTTTAAATCTTTAAGT
1 AAATTAATTTTTTTAATCTTTAA-T
*
21941530 -TATTAATTTTTTTAAT-TTTAAT
1 AAATTAATTTTTTTAATCTTTAAT
21941552 AAATTAATATTTTTTA
1 AAATTAAT-TTTTTTA
21941568 TTCTGAATAA
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AAATTAATTTTTTTAATCTTTAAT
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21941521 TCTTTAAGTT
*
21941531 ATTAATTTTTTTAATTTTAATAA
1 ATTAATTTTTTTAATTTGAATAA
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1 ATTAAT-TTTTTTAATT-TGAATAA
21941578 GCCTTTATGA
Statistics
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ATTAATTTTTTTAATTTGAATAA
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21941337 TAAATCTCTA
* ** *
21941347 ACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAACCTGTATGAATAG
1 ACTTACTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCGGAATAAACATGTATGAATAG
* * *
21941412 AAACTATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
21941477 CATAGCTCTTTGAATTTGCTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAAGTTATTAATTTTTT
131 CATAACTATTTGAACTTGCTAGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTG
* * **
21941542 TAATTTTAATAAATTAATATTTTTTATTCTGAATAAGCCTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTAT
196 GAATATTAATAAATTAATATTTTTTATTCTGAATAAGCCTAAATGAATAGAAACAATTGGTTTAT
* * *
21941607 GA-CAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATATAGCTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTA
261 GATCAAACAAAAGATCAAAAAGATTTGAAATATAGCTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTA
21941670 TTTTTAAAATATTT
326 TTTTTAAAATATTT
* * * *
21941684 ACTTACTAATATTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTCGGAATAAGCATGTATGAAT
1 ACTTACTAAT-TTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATATTATTCGGAATAAACATGTATGAAT
** * *
21941748 -GTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 AG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * *
21941811 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAAT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGCTAGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCT-CTAACTTATTAAT
* * * * *
21941875 TTTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTAAATGAATTGATACAATT-
191 TTTTGGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTCTGAATAAGCCTAAATGAATAGAAACAATTG
* *
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21941977 GATAATTATT
Statistics
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ACTTACTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCGGAATAAACATGTATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGCTAGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTG
GAATATTAATAAATTAATATTTTTTATTCTGAATAAGCCTAAATGAATAGAAACAATTGGTTTAT
GATCAAACAAAAGATCAAAAAGATTTGAAATATAGCTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTA
TTTTTAAAATATTT
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21941630 TGAAATATAG
* ** * * * * * *
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* ** *
21941705 TAGTAAATTTATATTATTTTATTCGGAATAAGCATGTATGAATGTAAACAATTGTTTTATGACAA
66 TAATAAA-TTATATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAATG-AAACAATTGTTTTATGACAA
*
21941770 AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
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* * *
21941820 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGGAATA
1 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * **
21941885 TTAATAAGTTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTAAATGAATTGATACAATT-TTTTATGATG
65 TTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
21941949 AAACAAAAGATCAAAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATTA
128 AAACAAAAG-TCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * ***
21942000 CTATTTGAATTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATA
1 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * ** * *
21942065 TTAATAAATAATTATTATTTTGATCTT-AATATGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAAC
65 TTAATAAATTA-TATTATTTT-ATTTTGAATAAGCATATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGAC
* *
21942129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
127 AAAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*
21942181 CTATTTGAACATGTTCGGTAAACAGATTT
1 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT
21942210 GAAATAAGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
TAATAAATTATATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
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21943426 AATTAGTATT
* * *
21943436 ATTTAATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAAAAATAATTCTTTTATGACAAAATGAAAGGTACTAA
1 ATTTAATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAAAAACAAATCTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
21943501 CA
66 CA
* * * * * * * *
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1 ATTTAATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAAAAACAAATCTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
21943568 CA
66 CA
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1 ATTT
21943574 GAAAGATAAT
Statistics
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ATTTAATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAAAAACAAATCTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
CA
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* * * * * * ** * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
21943567 ACAATTTG-AA-AGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAC-TGATTCAATAAATTGAT
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* * * *
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128 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * *
21943682 ATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * **
21943747 CAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAAG-AAGTAGA-TT
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* * *
21943810 -TTTTTT-AATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATT
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* * * * * * * *
21943860 ATTTTCTCTCAAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTCAAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** * * *
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65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AGATT
* * * *
21943987 TATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAAATTTCAAAATATT-ATGAAATTAGTATT
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* * **
21944040 ATTTT-TATCCAAATCAA-CTTGTATG-ATCGGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAACA
1 ATTTTAT-TTCAAAT-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * ** *
21944101 TAA-TGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAAC-TGCTTTGGAAAACA
63 TAACT-ATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACA
* * * *
21944163 -ACTTTAATTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTACT
125 GA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
21944220 ATTTTATTTCAAAAAAGTTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
21944285 CAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAAATTATTCAATAAACAGATTTA
66 CTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
*
21944350 TTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTT-GAATGTTAAT-AATTAGTATT
131 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
21944397 ATTTTA-TACTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGA
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * * *
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* *
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128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * *
21944577 ATTTTA-ATCTAAATAAGCATGTATGAAAAGAAAAAACTATTGTATGACAAAATAAAAGATCATT
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
21944641 ACAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACAGA
65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC--ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGA
* * * *
21944705 TTTATTTTTTAAAT-T-TT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
** ** * * * * **
21944756 ATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAATAATTGTATTACAACAAAACAAAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA
* * * * * * * * ** *
21944821 ACGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACGGATTT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* * * * * ** *
21944886 ATTTTTTAGATCTCCTGCTTGTCAATTTGCAGAATATT-ATAAAAGTAGTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATT
* * * * * **
21944938 ATTTTATTTCGAATAAAACTTGAATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATA
1 ATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * ** *
21945003 ACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAATAATAATTATTTGAGCTTACTCAGTAAATAGATTT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
*
21945068 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
21945120 ATTTTATTTCAATTAAGCTTTTAT-AGATAGAAACAATTAG-TTTATCACAAAACAAAAGGTCAT
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
21945183 AACTATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAAATT
64 AACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
* ** * *
21945248 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAAATTTGGAATATGAATAAA-TA-TAATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATT
*
21945299 ATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCAT
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT
** * * * *
21945363 AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATT
64 AACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
* *
21945428 CATTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-T
129 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * * **
21945482 ATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTATGACAAAATAATAGGTTGTA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
21945546 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTTATGACTATTTGAATTTGTTCAATAAACATATTT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* * * * *
21945611 A-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAGTTAATATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
21945662 ATTTTA-ATCTGAATAGGCTTGTATGAAGA-AAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATA
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
21945725 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTATTC-GATAAACAAATT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATT
* ** * *
21945788 TATTTTGTT-AATCTTTTACTTATTGGTTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATA
129 TATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
21945841 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTTATAG
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
21945905 CAATTTTAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTCAT-TTGA-TAAATAGATT
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* * * *
21945968 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
21946021 ATGTTATTTCAAATAAGCTGGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** ** *
21946086 -TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCAC-TGGACAGGCCAATAGATT
66 CT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATT
*** *
21946149 CGCTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * *
21946202 ACTTTT-TTCCAAATAAGAGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAATGGTCATA
1 A-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
21946266 A-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTAATTT-AACTGGTTTAGTAAACATA
65 ACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA
* * * *
21946328 TTTATTTTTTAAAT-T-TT--TTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * * ** * *
21946379 ATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACTGAATAAAA----A-CA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * * *
21946439 CT-TGTT-TTAT-GACAA--A-ACAAATAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
66 CTAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA--G-T-AAACAG
* * ** * * * * ***
21946498 -TCATAATTATTTGAACTAGT-TAGGCAAACATAATTATTTTTTA-AATCTCTTACCTATTAAGT
126 AT--TTATT-TTTTAA--A-TCT---CTTAC-TTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATT-AGT
*
21946560 TTT
179 ATT
* * * * * * * *
21946563 GAAATATTA-AT-AAATATA-CTT-TATTTTATTCCG-AATAA--GTTACTAAGAACTAAAA-AA
1 ---ATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTA--TGAAT-AGAAACAATTGTT-TTATG-AC-AAAACAA
* * * * * * * * * *
21946620 AATGTTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAA
56 AA-G--GT-C-A-TAACT---A--T-TTGA-AA--T-AGAT----AATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
21946685 CTATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATA
101 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* *
21946750 TTATTACATTAGTATT
166 TTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
21946766 ATTTTATTT-AGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATA
1 ATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
21946830 ACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTAGAACTATTTAAACTGGTTC-GATAAATAGATT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATT
* * * * * *
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129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
21946947 ATTTTA-TTCTGAATTGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTTAT
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
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64 AACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAAC-
* * * * * ** * *
21947071 A-ATTTATTTTTTAAATCACTAACTTATCAGTTTTT-GAAATATTAAGAAAGAAATAGT
124 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *** * * *
21947128 ATTTTATTTCAAACAAACTTTTATG--TACTAAATGTTTGTTTTATGATAAAATAACAGGTCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * ** *
21947191 ACGATTTTAAATATATAATTATTCAAATACTCATAACTGTTTGAACTTATTTGGTAAATAGA--T
65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* * *
21947254 -TTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * **
21947304 ATTATATTTCTAATAAGCATGTATAAACT-GAAACAATTATTTTTTGACTAAACAAAATATCA-A
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * ** * *
21947367 AATGATTTGGAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGAAAACAAATT
65 ACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
* * *
21947432 TA-TTTTTAAA-----TACTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATGAATTGGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** ** * ** * * *
21947479 ATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACAAAAAAAGCAAAATGTCACA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATA
* * ** * * ** * *
21947544 ACAATTCGAAATAGATAACAATTCAAATGGACATGGCTTTTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* *
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130 A--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
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66 CTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTT
* * *
21947791 ATTATTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATTAATTAGTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ***
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * *
21947908 CAATTTAAAATTGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTTAGAAAACATATTTA
66 CTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
* * * *
21947973 TCTTTCAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATCTA-TATT
131 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT-TAGTATT
* * * * ** * *
21948023 A-TTTA-TTCGAAATAAGGTTGCATAAACAGATTCAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
21948086 A-TGTTTTAAAATAGAAAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
65 ACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
* * ** * *
21948150 CATTTTTTTAAT-TCTT--TTATTAATTTTTAGTCTAGTAATAAATTAGAATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * *
21948200 ATTTTATTTCAAATAATATTATATTAACTA-AAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCAC
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** *
21948263 AA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAT
64 AACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGAT
* * * * *
21948326 AT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
21948379 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
21948444 C
66 C
21948445 AATTCTATTT
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CTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
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21946392 CAAACTTATA
* *
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1 TGAACAAAAACACTTGTTTTATGAC
*
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1 TGAACAAAAACACTTGTTTTATGAC
21946452 AAAACAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGAACAAAAACACTTGTTTTATGAC
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21946417 GTTTTATGAC
* * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
21946616 AAAAAATGTTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCC
190 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-C
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * * *
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324 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTA
* *** * * * * * * *
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1 TGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
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65 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
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* * * ** * * * *
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* *
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* * * * **
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* ** * * * * ***
21947502 TGAATAGAAACAATTATTTTACAAAAAAAGCAAAATGTCACAACAATTCGAAATAGATAACAATT
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * * *
21947567 CAAATGGACATGGCTTTTTGAACTTGTTC-AGCAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTAACTT
65 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** *
21947631 ATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
127 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
21947696 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAG-TCA
192 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT-A
* * * * * * * *
21947760 TAACTATTAG-ACTTGCTCGTTAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAA
256 TAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
21947824 ATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTA
321 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTA
* * *** * * *
21947866 TGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAATTATCATAACAATTTAAAATTGAAAATTGTTC
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
21947931 AAATAGTCATAACTATTTAAACGTGT-TTAGA-AAACATATTTATCTTTCAAAT-TTTTACTTAT
66 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-TATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
21947993 TAATTTTT-GAAATTTTAATAAATCTA-TATTA-TTTATTC-GAAATAAGGTTGCATAAACAGAT
129 TAATTTTTAG-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * * * *
21948054 TCAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGAAAATTATTTAGATAG-TC
191 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT-
* * * * *
21948118 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTTAAT-TCTT--TTATTAATTTTT-A
255 ATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
** * * ** *
21948179 GTCTAGTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCA-AATAATATTATA
320 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTA
* * ** *
21948223 TTAACTA-AAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTAT
1 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
21948286 TCAAAT-GTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATAT-TTTTTTAAATCTTTTACTTAT
64 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * **
21948349 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
129 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
*
21948414 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
194 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
21948445 AATTCTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCTATAACT
ATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTA
Found at i:21947664 original size:184 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21947443--21948449 Score: 516
Period size: 179 Copynumber: 5.6 Consensus size: 181
21947433 ATTTTTAAAT
* * * * **
21947443 ACTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATGAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT
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* ** * * * *
21947571 TGGACATGGCTTTTTGAACTTGTTCAG-CAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTA
129 TAGACATAACTATTAG-ACTTGCTC-GTCAAACAGATTTA--TTATTTAAATCTCTA
* *
21947627 ACTTATTAATTTTTAG-AATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT
* ** * * * * **
21947691 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATA
66 AGAAACAATTATTTTACAAAAAAACAAAAGATCACAACAATTCGAAATAGATAACAATTCAAATA
* * * *
21947756 GTCATAACTATTAGACTTGCTCGTTAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTT
131 GACATAACTATTAGACTTGCTCGTCAAACAGATTTATTATTTAAATCTCTA
* * **
21947807 ACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT
* ** ** * ** * ** * * ***
21947871 AGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAATTATCATAACAATTTAAAATTGAAAATTGTTCAAATA
66 AGAAACAATTATTTTACAAAAAAACAAAAGATCACAACAATTCGAAATAGATAACAATTCAAATA
* * * * * * * * * *
21947936 GTCATAACTATTTAAACGTGTTTAG-AAAACATATTTATCT-TTCAAAT-TTTT
131 GACATAACTA-TTAGACTTG-CTCGTCAAACAGATTTAT-TATTTAAATCTCTA
** ** * *
21947987 ACTTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATCTA-TATTA-TTTA-TTCGAAATAAGGTTGCATAA
1 ACTTATTAATTTTTAGAAATAATAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTGTATGA
* ** ** * * * * *** ** * ** * *
21948048 ACAGATTCAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGAAAATTATTTAGA
64 ATAGAAACAATTATTTTACAAAAAAACAAAAGATCACAACAATTCGAAATAGATAACAATTCAAA
* * * * * *
21948113 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAACAGATTCATTTTTTTAAT-TCT-
129 TAGACATAACTATTAG-ACTTGCTC-GTCAAACAGATTTATTATTTAAATCTCTA
* ** * * * * *
21948165 -TTTATTAATTTTTAG-TCTAGTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAATA-TTATATTAA
1 ACTTATTAATTTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ACTTGTATGAA
* **** * ** * **
21948227 CTA-AAACAATTGTTTTATTGCAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
65 -TAGAAACAATTATTTTACAAAAAAACAAAAGATCACAACAATTCGAAATAGATAACAATTCAAA
* * * * * * * *
21948291 T-GTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGT-AAACATATATT-TT-TTTAAATCTTTT
129 TAGACATAACTATTAG-ACTTG-CTCGTCAAACAGAT-TTATTATTTAAATCTCTA
* * * * * * *
21948343 ACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT
* ** * *
21948407 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTC
66 AGAAACAATTATTTTACAAAAAAACAAAAGA-TCACAACAATTC
21948450 TATTTGCAAA
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 130, Indels: 63
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Matches are distributed among these distances:
176 8 0.01
177 57 0.09
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179 190 0.29
180 159 0.24
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184 74 0.11
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACTTATTAATTTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT
AGAAACAATTATTTTACAAAAAAACAAAAGATCACAACAATTCGAAATAGATAACAATTCAAATA
GACATAACTATTAGACTTGCTCGTCAAACAGATTTATTATTTAAATCTCTA
Found at i:21949025 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21948685--21949092 Score: 426
Period size: 182 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
21948675 TTTAAATCCA
* * * * * **
21948685 TTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTGTTCATACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAAT
1 TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAAAATGCTAAT
** * * * *
21948750 TTATTAAAATTCTGAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATATAGCTATTAGCTTGACCAGTG
66 TTATTAAAATTCCAAAAATCAATAACTAACAGATTTAAAAAATATAGCTATTAGCTTGACAAGTG
*
21948815 CAAACAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCT
131 CAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCT
** **
21948866 TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTCGGAATAAAAAAAATTTTAA
1 TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAAAAATGCTAA
* * *
21948931 TTTATTAATATTCCAAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGA-ATCTATTTA-C-TGAACA
65 TTTATTAAAATTCCAAAAATCAATAACTAACAGATTTAAAAAAT-ATAGCTA-TTAGCTTG-ACA
* * * * *** * *
21948993 AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCT
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* * * * * * *
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CAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCT
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* * * * *
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* ** *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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65 TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAAAAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * *
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* * * *
21949318 TGAATAAGTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTCATCATAAAATAATTGTATCAATT
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*
21949382 CATATAAGCTTATT
258 CATACAAGCTTATT
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ACAAGCTTATTTTAAATTTGTTTACCGAATAATTTTAAATAG
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21949108 GAATAATTTT
* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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**
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
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* * * * * * *
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129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC
* *
21949661 AAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * *
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* * ** * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * ** * *
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* * * **
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130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC
* * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * **
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * ** * *** *
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* * * * * * * * **
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * **** *
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*** * * * * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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Statistics
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0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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** * *
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* *
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* * *
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* * *
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*
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*
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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**
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* ** * * *
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** * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * * * * * * ** ** *
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* * * **
21950142 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACCCGTTCAAATAGTCAA-
127 T-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT-AAT
* * * * * *
21950206 GACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTT
186 AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTT
* ** *
21950271 TCAGTTCATACA-TGCTTA--AAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
251 TCA-TTCATATAGT-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
* * *
21950333 G-AA-AGGAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
314 GTAACA-G-ATTT-AAAAAATGAATCTG-TTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
*
21950396 CAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCAT
375 CAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT
* * * *
21950459 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTCAAAATCTGAAAAGTTAGAGA-
438 ACAAGCTTAT-CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAT-TGAAAAGTTAGAGAT
* * * * *
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* *
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* * * ** *
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* * *
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* * ** *
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* * * *
21950841 TAAT-A-ATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTCGAAAAA-TAAATTTGTTTGTTGAACCAGCT
822 TAATAATATTATGAAAA-T--TAA-TAAGAGATT-GAAAAACTAAATATGTTTATCGAACCAACT
21950903 C
882 C
* * *
21950904 AAATAGTTAAGGCTATATGATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGTTATTTTGTTTTGTCGTAA
1 AAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCGTAA
* * *
21950969 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA
66 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT-A
* * * * *
21951034 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTT
129 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * * * * * * *
21951099 AAACAATTATTTACTTCATATCGTTATGACCATATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGA
194 GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCA
* * * *
21951164 TATAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAGTAAGTAACAGA
258 TATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAACAGA
* *
21951229 TTTAAAAAATGAATCTGTTGACCTAACTAGTGT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
322 TTTAAAAAATGAATCTGTT-ACCTAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
21951293 TTTCAAATCGTTATCAACATTTATTTTCTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTG
385 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TC
** * * * *
21951358 GGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAA-AGTAATAAATAAGAGATTTAAAAAC-T
449 AAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCCAAAATTG-AA-AAGTTAGAGATTTAAAAACAT
** * * *
21951420 GAGTTCA-TTTATTGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATC
511 -AAATCAGTTTATCGAATCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
21951483 TTCAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTT
574 TT-ATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
21951520 GGTTCCTAAA
Statistics
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Consensus pattern (882 bp):
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AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAA
ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
ACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCATTCATAT
AGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTA
AAAAATGAATCTGTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCAAAATAA
AATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAATTGAAAAGTTAGAGATTTAAAAACATAAATCAGTTT
ATCGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTATGAACTTTT
GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGACTATAATCAGTTTCTCGAGCCAGTTTAAATAATTA
TAACATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTATT
TATATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAA
GAGATTGAAAAACTAAATATGTTTATCGAACCAACTC
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21949108 GAATAATTTT
* ** * * * *
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** * *
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* *
21949246 CTACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAAT
127 -TAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAAT
* * *
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* * *
21949375 ATCAATTCATATAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAAT
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*
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*
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374 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-CTCATAAAACAATTGTTTAT-TTCAT
* * * * * * *
21949566 ACAAGCTTATTACAAATAAAATAAAATAAATTTACTAATATTCCAAAGATTGATAAGTAA-A-AT
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* * * *
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500 TTTAAAAACTAAATCAT-TTAT-TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * **
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** *
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* ** * * *
21949821 TCAGTTTGTCGAGTGAGTTTAAATAGTTATAACATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
683 TCAGTTTCTCGAGCCAGTTTAAATAATTATAACATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATA
** * * *
21949886 ATCTTTTGTTTTGCCATAAAACCATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAAGAATAC
748 ATCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTATTTATATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAGAATAC
* * * * *
21949951 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCGAACCAATT
813 TAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGAGATTGAAAAACTAAATATGTTTATCGAACCAACT
21950016 C
878 C
* * * *
21950017 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGA-TATGAT-TTTTATTTTGT-GAT
1 AAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGATATTTTGTTTTGTCG-T
* * * * * * * * ** ** *
21950079 AAAA-TAATGGTTCT-ATCTATACAAACTTATTCGAAGCAAAATATTGCTAAACTAATAATATTT
64 AAAACAAATGTTTTTGTTC-ATATAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * **
21950142 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACCCGTTCAAATAGTCAA-
127 T-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT-AAT
* * * * * *
21950206 GACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTT
186 AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTT
* ** *
21950271 TCAGTTCATACA-TGCTTA--AAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
251 TCA-TTCATATAGT-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
* * *
21950333 G-AA-AGGAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
314 GTAACA-G-ATTT-AAAAAATGAATCTG-TTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* *
21950396 CAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATA
375 CAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-ATTTCATA
* ** * * * * *
21950460 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTCAAAATCTGAA-AAGTTAGAGA-
438 CAAGCTTATTAAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTCCAAAAACT-AATAAGTAAGAGAT
** * * * * *
21950523 TTAAAAACATAAATCAGTTTATCAAATCAA-TTTAAATGGTTATGGCCATCTGAACAATTATCTA
501 TTAAAAAC-TAAATCA-TTTATTGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *** *
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563 TTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTCATAAAAAATTTTTT
* * ** *
21950650 CAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-T-T-ATCTGTT
627 C--AATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGACTATAATCAGTT
* * *
21950712 TACT-GAGCCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTTGTTATAAT-T
689 T-CTCGAGCCAGTTTAAATAATTATAAC-ATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCT
* * ** *
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752 T-TTGTTTTGCCATAAAAAAATTATTTATATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAGAATACTAA
* * * *
21950839 TCTAAT-A-ATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTCGAAAAA-TAAATTTGTTTGTTGAACCAG
816 TCTAATAATATTATGAAAA-T--TAA-TAAGAGATT-GAAAAACTAAATATGTTTATCGAACCAA
21950901 CTC
876 CTC
* * *
21950904 AAATAGTTAAGGCTATATGATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGTTATTTTGTTTTGTCGTAA
1 AAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCGTAA
* * *
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66 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT-A
* * * * *
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129 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * * * * * * *
21951099 AAACAATTATTTACTTCATATCGTTATGACCATATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGA
194 GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCA
* * * *
21951164 TATAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAGTAAGTAACAGA
258 TATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAACAGA
* *
21951229 TTTAAAAAATGAATCTGTTGACCTAACTAGTGT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
322 TTTAAAAAATGAATCTGTT-ACCTAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
21951293 TTTCAAATCGTTATCAACATTTATTTTCTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTG
385 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTAT-TTCATACAAGCTTATTA
** * * * *
21951358 GGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTGAG
449 AAAATAAAATAATT-TAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACT-AA
* *
21951423 TTCATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATC-TTCA
512 ATCATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-A
* *
21951487 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGGTTCCTAAAAAATTTTTTCAATTAAAACAA
576 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT--TTCATAAAAAATTTTTTCAA-TAAAATAA
* * * *
21951551 TACAAATTTATTTTCATTT-AGATAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAATATAAATCTA-TTTAC-
638 TACTAATTTATTAT-ATTTCA-AAAACTAATAAGTAAAAG------ACTAT-AATC-AGTTT-CT
* *** * * * * * * * * * * * *
21951612 CAAATAAGTTCATACAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTGAAATCGTTATGA-CTTTTT
692 CGAGCCAGTTTAAATAATTATAAC-ATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATC-TTTT
* * * * * ** * * * * * *
21951676 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAGTTT
755 GTTTTGCCATAAAAAAATTATTTATAT-TCATACAAAATTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCT
* * * * *
21951740 ATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTT-TCTGAA-CAAGT
819 AATAATATTATGAAAATTAAT-A--AG-AGA-TTGAAAAACTAAATATGTTTATC-GAACCAA-C
*
21951802 TT
877 TC
* * * ** *
21951804 AAATAGTTATA-ACGATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-A-A-----------CCTA
1 AAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCGTA
* * * * * * *
21951855 AAATAATTGTATTAGTTCATAT-AGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCT
65 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-CTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT
* * * * ** * *
21951919 AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
127 TAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAA
* * *
21951984 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TTATAAAATAATTGTTT
188 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTT
* * * *
21952048 -ATGTTCATACAAG-CTTATACTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAG
252 CA--TTCATA-TAGTCTTATTC-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAA
* * ** *
21952109 TAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATT
311 TAAGTAACAGA-TTTAAAAAATGAATCTGTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
21952169 GTAAACACCA
Statistics
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0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
883 9 0.01
884 3 0.00
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Consensus pattern (878 bp):
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AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAA
ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
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AGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTA
AAAAATGAATCTGTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTATTTCATACAAGCTTATTAAAAATAA
AATAATTTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCATTTAT
TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTCATAAAAAATTTTTTCAATAAAATAATACTAATTTATTA
TATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGACTATAATCAGTTTCTCGAGCCAGTTTAAATAATTATAAC
ATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTATTTATA
TTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGAGA
TTGAAAAACTAAATATGTTTATCGAACCAACTC
Found at i:21952089 original size:529 final size:522
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Indices: 21949220--21952168 Score: 2055
Period size: 529 Copynumber: 5.5 Consensus size: 522
21949210 TATTCGGATA
* * * *
21949220 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCT-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT
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* * * * * *
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* * * * *
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129 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT-TTATGTTCATAAAAGCTTATCT-G-AATAAAATAATA-
* * * * * * * * *
21949412 TAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGCA-ATTTAAAAAATGAATCTGCTTACTAAAC
190 TAATTTATTAATATT-TAGAAA-TAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT
*
21949476 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
252 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** *
21949541 CCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAC-AAATAAAATAA-AATAAATTTACTAA
317 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAA
** * * * *
21949604 TATTCCAAAGATTGATAAGTAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGT
379 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTTAAATAGT
* * * *
21949668 TATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAATTAATTG
444 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC---------T-A-AAA-TAATTG
***
21949733 TTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGGAAT
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* * * *
21949761 AAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TCAAAAACTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATC-A
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** *** * * * * * * * *
21949824 GTTTGTCGAGTGAGTTTAAATAGTTATAAC-ATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAT
65 -TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
** * * * * * *
21949888 CTTTTGTTTTGCCATAAAACCATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAAGAATACT
129 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATGTTCATA-AAAGCTTATCT-GAATAAAATAATA-T
* * * * * **
21949952 AATTTATTAATATTTTGAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCGAACCAA-
191 AATTTATTAATATTTAGAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAATAAG
* * * * * *
21950014 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGATATGA-TTTTTATTTTGTGA
255 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * ** *
21950078 TAAAATAA-TGGTTCTATCTATACAAACTTATTCGAAGCAAAATATTGCTAAACTAATAATATTT
320 TAAAACAATTGTTTCTATC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** * * *
21950142 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACCCGTTCAAATAGTCAAG
384 TAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATG
* * *
21950207 ACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT
448 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC------------C-TAAAATAATTGTTT
* *
21950272 CAGTTCATACATGCTTA--AAAAAT
500 -AGTTCATA-AAGCTTATTCAAAAT
* * *
21950295 AAAATAATACTATTTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGAAAG-GAATTTAAAAAAATAAATTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATCT
* * *
21950358 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGA
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** *
21950422 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTAT
128 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATAAAAGCTTAT-CTGAATAAAATAATA-
* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * ** * *
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*** * * * * * ** * ***
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* ***
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* *
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* * * * *
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* * *
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*
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* * *
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131 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATGTTCATAAAAGCTTAT-CTGAATAAAATAATAT-AAT
* * * * * * *
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AATTGTTTCTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
TAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTAAAATAATTGTTTAGTTCATAAAGCTTATTCAAA
AT
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*
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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** *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * *
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*
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* * * *
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*
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**
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*
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** * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* *
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* ** *
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* * * * * *
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21966050 AAATTTTCAA
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* **
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1 CCTTTTTAAATTTTCAAAAGTCATTAAG
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1 CCT
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21966446 TTGAAAATAC
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*
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GGGATTTGAATCCCAAAAAATTT
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21967405 TTTTGTTAAT
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1 TTTTAAAATAAAC
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TTTTAAAATAAAC
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21968469 TTAAGACAAC
** * * *
21968479 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTTT
1 TATTTGAATGATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * ***
21968543 TGTTCATACAAGCATATTCA-AGATAAAATAATACTATTTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAG
65 TGTTCACACAAACTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG
* * *
21968607 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGTAAGTTCAAATAGTTATAAT
129 --AGA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-AAAGTTCAAATAGTTAT-AT
* * * *
21968660 TGTTTGAATGATTAT-TCATTTAAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC
1 TATTTGAATGATTATCT-ATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* ** * *
21968724 TATTCACACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAAGTAATAGGC
65 TGTTCACACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG-
* ** * *
21968789 AGGCAATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGT
129 A-G-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-AAGTTCAAATAGTTATAT
* * * *
21968840 CCATTT-AA-GCAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
1 -TATTTGAATG--ATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
* ** * * * * * *
21968902 TTTTGTTCATGCAAAATTTTTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATA
62 TTCTGTTCACACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATA
* * * *
21968967 AGAG-ATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
127 AGAGAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAA-AGTTCAAATAGTTAT-AT
* *
21969018 TATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 TATTTGAATGATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * **
21969081 T-TTCCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CCAAAACTTAATAA
65 TGTT-CACACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAA-TTAATAA
*
21969144 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTT
128 G--AG-AATTTAAAAAATAAATCTGTT
21969171 AGCCAAACCA
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TATTTGAATGATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
GTTCACACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGAG
AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAAAGTTCAAATAGTTATAT
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21969206 CATAAAACAC
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1 ATTTAAATAGTTATGACT
* * *
21969234 ATTTAAACAATTAT--TT
1 ATTTAAATAGTTATGACT
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21969268 CTTTTGTTTT
Statistics
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Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATAGTTATGACT
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Period size: 399 Copynumber: 1.9 Consensus size: 392
21968818 AAACAAGTTC
* * *
21968828 AAATAGTCATGTCCATTTAAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** ***
21968893 AATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTTTTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTTTCGAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTCCAA
* * * *
21968958 AAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
131 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGACTAGTT
* *
21969023 GAATAATTATCTATCTTAAATTGTTATGATCTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTCCAT
196 GAACAATTATCTATCTTAAATAGTTATGATCTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTCCAT
** * *
21969088 ACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAAGTAAGAAAT
261 ACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAAT
21969153 TTAAAAAATAAATGTG-TTAGCCAAACCAGCTCAAACAGTTGAGATTATTTTATCATAAAACACA
326 TTAAAAAATAAATGTGCTTA-CCAAACCAGCTCAAACAGTTGAGATTATTTTATCATAAAACACA
21969217 TTT
390 TTT
* * *
21969220 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * *
21969284 AACCAATTGTTTCTGTTCATACATGCATATTTCGA-AATAAAATAATA-TTAGTTTATTCATATT
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AAAT-TTTCGAGAATAAAATAATACTGA-TCTATTAATATT
* * * *
21969347 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGCAAATTTAAATAGTT
127 CCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAAC-AATTCAAATAGTT
* * *
21969411 ATGACTAGTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
186 ATGACTAGTTGAACAATTATCTATCTT-AAATAGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATT
** * * *
21969475 GTTTCTATT-CATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
249 GTTTCT-TTCCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA
* * *
21969539 ATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCAAAC
313 ATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAC
21969578 AAGTTAAATA
Statistics
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0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
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AAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTTTCGAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTCCAA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGACTAGTT
GAACAATTATCTATCTTAAATAGTTATGATCTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTCCAT
ACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAAT
TTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAACCAGCTCAAACAGTTGAGATTATTTTATCATAAAACACAT
TT
Found at i:21969798 original size:575 final size:570
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Period size: 575 Copynumber: 1.9 Consensus size: 570
21968660 TGTTTGAATG
* *
21968670 ATTATTCATTTAAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAA
1 ATTATTCATTTAAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCACACAA
** ** ** *
21968735 GTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAAGTAATAGGCAGGCAATTTAA
66 GCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAAGTAATAGAAAAGCAATTTAA
* * *
21968800 AAAATAAATCTGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAGCAATTATCTATTTCAA
131 AAAATAAATCTGCTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTGAAGCAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
21968865 ATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTTTTTAGAATA
196 ATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTTTTCAAAATA
* * * * * *
21968930 AAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATT
261 AAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTATC
* * * *
21968995 GAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTTAAATTGTTATGATCTTTATT
326 CAAACAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATTGTTATGACCTTTATT
* ** * *
21969060 TTATCATAAAACAATTGTTTCTTTCCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATA
391 TTATCATAAAACAATTGTTTCTTTCCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATA
* * *
21969125 ATATTCCAAAACTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTAGCCAAACCAGCTCAAACA
456 ATATTCCAAAAC-T-ATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTAGCCAAAACAGCTCAAACA
* *
21969190 GTTGAGATTATTTTATCATAAAACACATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACA
519 GTTGAGACTA-TTTATAATAAAACACATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * * * *
21969243 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAT
1 ATTATTCATTTAAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCACACAA
* * * * * *
21969308 GCATATTTC-GAAATAAAATAATATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT
66 GCATA-TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAAGTAAT-AG-AAAAGCAAT
* * * * * * * *
21969371 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCAAATTTAAATAGTTATGACTAGTTGAA-CAATTATTTAT
127 TTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGACCA-TTGAAGCAATTATCTAT
*
21969435 TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTTATT
191 TTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTT-TT
* *
21969498 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAA
254 CAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
21969563 ATTTGCTTA-CCAAACAAGTT-AAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGT
315 ATCTACTTATCCAAAC-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGT
* * *
21969625 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTT-CATGCAAAATTATTCAAAATAAAAT
378 TATGACC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TTCCATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
* * * ** * * **
21969688 AATATTTATCTATTAATATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGACATTTAAAAATTAAATCTATTTTCCA
441 AATACTAATCTAATAATA-TTCCAAAACTATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTAGCCA
* * *
21969750 AAATAGTTCAAATAGTT-ATGACTA-TTATGAATAA
505 AAACAGCTCAAACAGTTGA-GACTATTTAT-AATAA
21969784 TTATCTATTT
Statistics
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Consensus pattern (570 bp):
ATTATTCATTTAAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCACACAA
GCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAAGTAATAGAAAAGCAATTTAA
AAAATAAATCTGCTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTGAAGCAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTTTTCAAAATA
AAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTATC
CAAACAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATTGTTATGACCTTTATT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTTTCCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATA
ATATTCCAAAACTATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTAGCCAAAACAGCTCAAACAGT
TGAGACTATTTATAATAAAACACATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACA
Found at i:21970370 original size:181 final size:180
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21969207 ATAAAACACA
* ** * *
21969217 TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
21969281 ATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAC-ATGCATATTTC-GAAATAAAATAA-TATTAGTTTATTCA
65 ATAAAACAATTATTTCTACTCATACTA-GCTTA-TTCAG-AATAAAATAATTA-TAATTTATTAA
* * * * *
21969343 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGCAAA
126 TATTCC-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAG
* ** * * *
21969400 TTTAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
1 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
21969464 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTATTTCTACTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATAT
* * * ** ***
21969528 TCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCAAACAAG
129 TC-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG
* * *** *
21969581 -TTAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * ** * * *
21969644 ATAAAACAATTGTTT-TGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAA-TATTTATCTATTAATAT
65 ATAAAACAATTATTTCTACTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATA-
** * * ** *
21969707 TTTGAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAATTAAATCTATTT-TCCAAAATAG
128 TTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA-AG
* * * ***
21969756 TTCAAATAGTTATGACTATTATGAATAATTATC-TATTTTAAATTGTTA-AGACCTTTTGTTTTG
1 TTTAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTA-CATATTTCAAATCACTATA-ACCTTTTGTTTTG
** * * * * ** * *
21969819 TTGTATAAGAAATATTTTTGTTCATA-TAAGTTTGTT-AGGAATAAAATAA-TATTAATTTATTA
63 TCATAAAACAATTATTTCTACTCATACT-AGCTTATTCA-GAATAAAATAATTA-TAATTTATTA
* ** *** *
21969881 ACATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAAACCAG
125 ATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG
* * * ** ** *** * *
21969934 TTCAATTAGTTATAAGAATTTGAACAA-TAGTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTC
1 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * **
21969998 ATAAAAAAATTGTTTCTATTGATGC-AGCTTTATTC-GAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTATTTCTACTCATACTAGC-TTATTCAG-AATAAAATAATTATAATTTATTAATA
* * * * * * * *** *
21970061 TTCTAAAAATTAATAGGTAACGAAATTAAAAAAATGAATTTGTTGGCCTGACCAA-
128 TTC-CAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TATTGAACAAG
* * * * *
21970116 TGTAAATAGTTATGACTAATTGTACAA-TAGTC-TATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
1 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA--CATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * *
21970179 CACAAAACAATTATTTCTATTTGTACTAGCATATTCAGAATAACATAATTTTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTATTTCTACTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATTATAATTTATTAATAT
* *
21970244 TCCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAG
129 TCCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG
* * * * * **
21970297 TTTAAATGGTTATGACTATTTTAACAATTACATATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTATCATCA
1 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
21970362 TAAAACAATTATAT-TAGCTCATA-TAGGCTTGTTC-GAAATAAAATAATAACTAATTTATTAAT
66 TAAAACAATTATTTCTA-CTCATACTA-GCTTATTCAG-AATAAAATAATTA-TAATTTATTAAT
** * * *
21970424 ATTGTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAG
127 ATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG
* * * *** * * * *
21970478 TTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCG
1 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
21970543 TAAAATAATTTTTTCTACTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAA-TATAAATTATTAATATT
66 TAAAACAATTATTTCTACTCATACTAGCTTATT-CAGAATAAAATAATTATAATTTATTAATA-T
* * * *
21970606 TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACG
129 TCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG
21970657 -TTAAATAGTTATGAC
1 TTTAAATAGTTATGAC
21970672 CTTTTGCTTT
Statistics
Matches: 1021, Mismatches: 206, Indels: 95
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCTACTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATTATAATTTATTAATATTC
CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG
Found at i:21970677 original size:143 final size:145
Alignment explanation
Indices: 21970522--21970783 Score: 379
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145
21970512 TTTCAAATCA
* * * *
21970522 TTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAA-ATAATT-TTTTCTACTCATACAAGCTTATTCCAAATAAA
1 TTATGACATTTTGCTTTGTCATAAATA-AATTGTTTT-TACTCATACAAGCATATTCAAAATAAA
*
21970585 ATAATA-TAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTT
64 ATAATACTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTT
21970648 TTGAACACGTTAAATAG
129 TTGAACACGTTAAATAG
* ** *
21970665 TTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAATAAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCATATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACATTTTGCTTTGTCATAAATAAATTGTTTTTACTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT
* *
21970730 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAA
66 AATACTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAA
21970784 TTTTTCACCG
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 11, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (145 bp):
TTATGACATTTTGCTTTGTCATAAATAAATTGTTTTTACTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT
AATACTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTT
GAACACGTTAAATAG
Found at i:21971347 original size:179 final size:177
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21970649 TGAACACGTT
* * * * *
21970659 AAATAGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAATA-AATTGTTTTTGTTCGTACAAGCATATTCAAA
1 AAATA-TTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * *
21970723 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT-AAT-T
62 ATAAAAAAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
** ** * * * * * *
21970786 -TTTCA-CCGAGTAGTTAAAATAGTTATGGCTATTT-AATAATTTTTTATTT-T
125 GTTT-ATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
21970836 AAATAGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATACAAG-TTCAATTGA-
1 AAATA-TTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTT--ATTCAG
* * * * * *
21970899 AATAAAATAATACTAATTTTACTAATATTCTAAAAATTAAAAAGGTAGGAGGAATTAAAACATAA
61 AATAAAAAAATACTAA-TTTATTAATATTC-AAAAATT-AATA-GTAAGA-GATTTAAAAAATAA
* * * ** * * * *
21970964 ATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-TCTCTTTGAACAATTATCGA-TTC-
121 ATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * ** *
21971018 -AATCGTTATGACCTTTTTGTTTTTGTCAT-AAACAAATTGCTTTCAGTTCATGCAAAATTAGTC
1 AAAT-ATTATGATC-TTTTG--TTTGTCATAAAAC-AATTG-TTTC-TTTCATACAAGCTTATTC
* ** * * * ** * **
21971081 AAAATAAATTAATATTGATATATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTTTAAATCTAAAT
59 AGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * **
21971143 CTGTTTATCAAAACAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-CCCA
123 ATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
21971197 AAATAGTTACGATC-TTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTCCATACAAGCTTATTTAGATT
1 AAATA-TTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTT-CATACAAGCTTATTCAGAAT
* * *
21971261 AAAAAAATGCTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAGTATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
64 AAAAAAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * *
21971326 TTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT-TCAATT-G
127 TTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCA
* * * ** * ** *
21971376 AAATCATTTTGACCTTTTGTTTATTCATAAAATGATTATTTAAGTTCATACAAGGTTATTCA-AA
1 AAAT-ATTATGATCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTT-CTTTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * * * * *
21971440 AAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCGAAAAATTAGTGAGCAAAAGATTTAAAAAAAAAATCTG
63 TAAAAAAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
21971505 TTT-GCTGAA-CATGTTCAAATAGATT-TGATTGTTTGAACAATTAT-TCATTT-A
126 TTTATC-AAACCA-GTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCA
* * * * * * *
21971556 AAGTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAATCTTAAT-AGAAT
1 AAATATTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * *
21971620 ACAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT
64 AAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TAT
* * * * * * * * *
21971685 -TTT-TCGAACTAGTTCAAATAGTTATTACTATTTAAACAAATAT-GAATCCC
125 GTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
21971735 AAATCATTATGAT-TTTTATTTTCTCATGAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCA-AA
1 AAAT-ATTATGATCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * *
21971798 CAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT--CA-TAAGAGATTTAAAATAAATATGTT
63 TAAAAA-AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAGTAAGAGATTT-AAA-AAATA----
* ** * * * ** *
21971860 TAATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCA
120 -AAT--A--TGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * * * *
21971923 AATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTGACACAAGCTTATT-TGGA-
1 AAATATTATGATCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTC-TTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* *
21971986 AAAAAAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAA-AT
64 AAAAAAATACTAATTTATTAA-TATTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATA-
* *
21972049 TGTTTATCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATCTATTT-A
124 TGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
21972102 AAATCA-TATGATCATTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTAGTTTCATAAAAGCTTATCCAAA
1 AAAT-ATTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTG-TTT-CTTTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * *
21972166 ATAAAATAATGCTACA-ATATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATC
62 ATAAAAAAATACTA-ATTTATTAA-TATTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* ** * * * * **
21972230 A-ATTTATTGAATCAGTTCAAATAATT-TTAGCCATTTGAACAACAATCTATTTC-
123 ATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
21972283 AAATCATTTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTCAACATACAAGCTTATTCAAA
1 AAAT-ATTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT--TCATACAAGCTTATTCAGA
** * *
21972347 ATAAAGTAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAGAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
62 ATAAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
21972408 TTTATTAAATCAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACATTTATCTATTTCA
126 TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
21972460 AATTGTTA-GAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGGTCATATAAACTTATTCAGAA
1 AAATATTATGATC-TTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * ** * **
21972524 TAAAATAATACTAATTTAGTGATATTTTGAAAATTAATAACTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCG
63 TAAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-A-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
21972588 GTTTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGATTATATAAACAATTATTTATTTCA
125 GTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
21972641 A
1 A
21972642 GCTTATTTGA
Statistics
Matches: 1380, Mismatches: 311, Indels: 226
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 43 0.03
176 132 0.10
177 132 0.10
178 60 0.04
179 267 0.19
180 242 0.18
181 189 0.14
182 84 0.06
183 63 0.05
184 29 0.02
185 4 0.00
186 27 0.02
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188 39 0.03
189 6 0.00
190 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAATATTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
AAAAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
Found at i:21972069 original size:546 final size:548
Alignment explanation
Indices: 21971315--21972417 Score: 1277
Period size: 546 Copynumber: 2.0 Consensus size: 548
21971305 AGATTTAAAA
* * *
21971315 AATAAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTCAATTGAAAT
1 AATAAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATTAAAACAATTATTCAATTCAAAT
* * * *
21971380 CATTTTGACCTTTTGTTTATTCATAAAATGATTATTTAAGTTCATACAAGGTTATTCAAAAAAAA
66 CATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCACACAAGCTTATTCAAAAAAAA
* * *
21971445 AAATACTAATTTATTAACATTCGAAAAATTAGTGAGCAAAAGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTGC
131 AAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTGC
* * * * * *
21971510 TGAACATGTTCAAATAGATT-TGATTGTTTGAACAATTAT-TCATTTAAAGT-ATTATGACCTTT
196 TGAAAAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAAATCA-TATGACCATT
* * * * **
21971572 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTG-TTCATAAAATCTTAAT-AGAATACAATAATACTACTT
258 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTCATAAAAGCTT-ATCAAAATAAAATAATACTACAA
* * *
21971635 TATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT-TTCGAA-CTAGT
322 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAGCAATTTATT-GAATC-AGT
* * * *
21971698 TCAAATAGTTATTA-CTATTTAAACAA-ATATGAATCCCAAATCATTATGA-TTTTTATTTTCTC
385 TCAAATAATT-TTAGCCATTTAAACAACA-ATCAATCCCAAATCATTATGACCTTTTATTTTCTC
* *
21971760 ATGAAACAATTGTTTCT-AATCATACAAGCTTATTCAAACA-AAAATAATACTAATTTAATAATA
448 ATAAAACAATTATTTCTCAA-CATACAAGCTTATTCAAA-ATAAAATAA-ACTAATTTAATAATA
*
21971823 TTCCAAAAATTCATAAGAGATTT-AAAATAAATATGTTT
510 TTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTT
* ** * * *
21971861 AATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTAAAATAATTA-TCTATTTCAAA
1 AATAAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATTAAAACAATTATTC-AATTCAAA
* * * * * ***
21971925 TTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTGACACAAGCTTATT-TGGAAAA
65 TCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCACACAAGCTTATTCAAAAAAA
* **
21971989 AAAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAAAT-TGTT
130 AAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAA-AAAATCTGTT
* * *
21972053 T-ATCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATCTATTTAAAATCATATGATCAT
193 TGCT-GAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATATGACCAT
* * *
21972117 TTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTAGTTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACA
257 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTCATAAAAGCTTAT-CAAAATAAAATAATACTACA
* * *
21972182 ATATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAGTT
321 ATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAGCAATTTATTGAATCAGTT
* * ** * * * *
21972247 CAAATAATTTTAGCCATTTGAACAACAATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTGTTTTGTCATA
386 CAAATAATTTTAGCCATTTAAACAACAATCAATCCCAAATCATTATGACCTTTTATTTTCTCATA
* * * *
21972312 AAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAGTAAACTAATTTATTAATATTTCAA
451 AAACAATTATTTCTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACTAATTTAATAATATTCCAA
* *
21972377 GAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
516 AAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTT
*
21972411 ATTAAAT
1 AATAAAT
21972418 CAGTTCAAAT
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 73, Indels: 34
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
545 50 0.11
546 183 0.39
547 22 0.05
548 136 0.29
549 52 0.11
550 22 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (548 bp):
AATAAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATTAAAACAATTATTCAATTCAAAT
CATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCACACAAGCTTATTCAAAAAAAA
AAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTGC
TGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATATGACCATTTGT
TTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTCATAAAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTACAATATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAGCAATTTATTGAATCAGTTCAAAT
AATTTTAGCCATTTAAACAACAATCAATCCCAAATCATTATGACCTTTTATTTTCTCATAAAACA
ATTATTTCTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT
AATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTT
Found at i:21973561 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 21973016--21973584 Score: 488
Period size: 180 Copynumber: 3.1 Consensus size: 180
21973006 TCATACTATT
* * * * *
21973016 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAA-ACTCAATAACCAAAAA-ATTTAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACA-TTTCAACAATCAATAA-GAAAAAGATTTAA
* ** * ** * * *
21973079 AAAATAAATCTAATT-GTCGAACCAGTTTAAAT-AGTTAAGACTA-TATGAACGATTATCTATTT
64 AAAATAAATTTGCTTACT-GAAAAAGTTCAAATGA-TTAAGACTATTA-GAACAATTACCTATTT
* * * * * *
21973141 CAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTATCGTAAAACAATTATTT-TGTTCGTAAAAGC
126 CAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATAAAAGC
* * * * * * *
21973196 TTATTTAGATTAAAATATTACTAATTTAATAATATTTCAACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAACAATCAATAAGAAAAAGATTTAAAA
* ** * *
21973261 AATAAATTTGCTTATTGAATTAGTTCAAATGATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
66 AATAAATTTGCTTACTGAAAAAGTTCAAATGATTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * *
21973326 CATTTTGACATTCTGTTTAGTCTTAAAATAATTTTTTCAATTCAGACAAGC
131 CGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATAAAAGC
* * *
21973377 TTATTCAGAATAAATTAATATTAATTTATTAACATTTGCAA-AATCAATAAGAAAAAGATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTT-CAACAATCAATAAGAAAAAGATTT-AA
* ** * * * *
21973441 AAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAAT-AGTTATTATTATTTGAACAATTGCCTATTTAA
64 AAAATAAATTTGCTTACTGAAAAAGTTCAAATGA-TTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCA
* *
21973505 AATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC
128 AATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATAAAAGC
*
21973559 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
21973585 CCTTAATATT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 69, Indels: 20
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 11 0.04
180 118 0.38
181 60 0.19
182 117 0.38
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAACAATCAATAAGAAAAAGATTTAAAA
AATAAATTTGCTTACTGAAAAAGTTCAAATGATTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAAT
CGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATAAAAGC
Found at i:21973656 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 21973482--21973764 Score: 426
Period size: 155 Copynumber: 1.8 Consensus size: 155
21973472 TAGTTATTAT
* *
21973482 TATTTGAACAATTGCCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAA-AAATTGTTT
1 TATTTGAACAATTACCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTG-TTTCGTCATAAAACAAA-TGTTT
* **
21973545 CAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
64 CAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
21973610 CATGAGTTTAAAAAATAATTTGTATAC
129 CATGAGTTTAAAAAATAATTTGTATAC
* * *
21973637 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAAATGTTTTA
1 TATTTGAACAATTACCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAAATGTTTCA
* * * *
21973702 GTTTACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
66 GTTCACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
21973765 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 12, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
154 3 0.03
155 108 0.95
156 3 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (155 bp):
TATTTGAACAATTACCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAAATGTTTCA
GTTCACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
TGAGTTTAAAAAATAATTTGTATAC
Found at i:21974032 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21973635--21976410 Score: 1945
Period size: 181 Copynumber: 15.4 Consensus size: 181
21973625 TAATTTGTAT
* * *
21973635 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAAATGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
21973700 TAGTTTACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
66 TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
*** * * *
21973765 T----GATTT-AAAAGGGAATCTGTTTACCAAATC-AGTTTAAATAATTATG
131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
21973811 GCAATTTCAACAATTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
21973876 TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTTAATAATTAATAAG
66 TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * *
21973941 TAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATTGTTATG
131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
21973991 ACTATTT-AAGCAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** *
21974055 TTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAAA
65 TTTGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * *
21974119 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTACTGAACCAA-TTCAAATTGTTAAG
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
21974170 ACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * *
21974234 TCAAATCATACTAGCTTATTC-AGAATAAAATAA-AATGGATTTATTAATATTTTAAAATTTAAT
66 T-TGATCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * * * *
21974297 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATG
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * *** * * * ** *
21974351 ACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTT-TTTTAATGATAAAATGATTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTT
* * *
21974415 TTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AAGAAAATAATAC-AGATTTATTAATA--TTAAGATAATTA
65 TTTGATCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTTAA-A-AATTA
* ** *
21974476 ATACA-TAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTAAATCA-TTATG
126 ATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
* * ** * *
21974531 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TTGTTTGTTTCAG-CATAAAACAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGT
* * * * ** * *
21974594 TTCT-ACTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTTAT
64 TTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * * *** * *
21974658 ATGTAAAAGATTT--AAAATATATATGTTTTTTGAGCAAGTTCAAATAGTCATG
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
21974710 GCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * ** * *
21974775 TCAAGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTTATA
65 T-TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *** * *
21974840 CGTAAAAGATTTAAAATATATATATGTTTTTTGAGCAAGTTCAAATAGTCATG
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
21974893 GCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATT-ATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * *
21974957 TCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTACA-G
66 TTGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA-ATA
* * * * * * * * *
21975021 AGTAGGAGAATAAAAAAATGAATTTGCTTACCAAATAAGTTAAAATAGTTATG
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
21975074 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** **
21975139 CT-ATTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCCAAAAATTACCA
66 TTGA-TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * ** *
21975201 A-TAA-A-ATTTTGAAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACCTTTAAATAGTTATG
129 AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** **
21975252 ACTATTTGAATAATTCTCTATTTTAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCAT--AACAATTCATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * ** *
21975315 TTG-TCATAAACCAATTGTTTCTATTC-AAACAAGCTATTTTA-GAATAAAATAATACTAATTTA
66 TTGATCAT--A-CAA--G-CT-TATTCGAAATAA--AATAATACTAATTTATTAATA-T--TTTA
* * * * *** * * *
21975377 TTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTACTGAGCAAGTTTAA
119 --AAAATT-AATAAGTAA-GAG--ATTTA----AAAAAT-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
* *
21975441 ATAGTTTTA
173 ATAGTTATG
* * ** **
21975450 ACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCATTATGATATACTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*
21975515 TT-ATTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
66 TTGA-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
21975578 AGT-TGAAGATTTAAAAAATTATTCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
129 AGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
21975631 TCCATTTAAACTATTATATATTTCAGATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * * * *
21975696 CT-ATTCATACAAAATTATT-TACAATAAAATAATAATAGTTTATTACTATTTCAAAAA-T--TA
66 TTGA-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * *
21975756 A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATC--TTGACCAAACTAGTTCAAATAGTTATA
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
21975806 ACTATTTAAACCATTACCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTATCCTAAAACATTTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ** ** *
21975870 CTGTTCATACGAGCTTATTC-AAAGTAAAATATTACTAAAATAACAATATTCTAAAAATTAAT--
66 TTGATCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * *
21975932 G--AGA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGATCTAA-TTCAAATAGTTAAG
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
21975981 ACTATTAGAACAATT-TTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * **
21976045 CAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
66 TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * *
21976110 CAAGAAATTAATAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATG
131 TAAGAGATT--TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
21976163 ACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTGTGACTTTTTATTTTATCATAAAACAGTTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * * * *
21976228 CAGATCATAAAAACTTATTTGAAATAAATTAATATTACTTTATTAACATTTTAAAAATCAATAAG
66 TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
21976293 TTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTAATCAAATC-AGTTCAAATAATTATG
131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
21976344 GCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
21976409 TT
66 TT
21976411 AAAATATTAA
Statistics
Matches: 2072, Mismatches: 417, Indels: 217
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Matches are distributed among these distances:
173 16 0.01
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200 11 0.01
201 4 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
Found at i:21974373 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 21974336--21974376 Score: 57
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21974326 TACCTAACCA
*
21974336 ATTTAAATAATTATGACT
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21974377 ATTGCTATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
16 9 0.41
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ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATTTGAATAATTATACT
Found at i:21974671 original size:540 final size:527
Alignment explanation
Indices: 21973635--21976409 Score: 1884
Period size: 540 Copynumber: 5.1 Consensus size: 527
21973625 TAATTTGTAT
* * * *
21973635 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAAATGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTT
* * * * * *
21973700 T-AGTTTACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT--
65 TCAATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAG
* *** * * * * * * *
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128 AAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGGCTATTTGAATAATT
* * * * * *
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193 ATCTATTT-GAAATCATTATAACCTTTT-TTTTGTAATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGC
* * *
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256 TTATTTGAAATAAAATAATAC-AATTTATTAA-TATTAAATAATTAATAA-TAA-AGATTTAAAA
* * * * *
21973955 AATAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATTGTTATGACTATTT-AAGCAATTATATACTTCAAAT
317 AATAATATGTTTACCAAACAAGTT-AAAATATTATGACTATTTGAA-CAATTATATATTTCAAAT
* * * *
21974019 CATTATAACCTTTTG-TTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
380 CATTATGACCTTTTGTTTC-AGCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * *
21974083 AATAATAGTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTA
444 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAAAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTT-
* *
21974147 CTGAACCAATTCAAATTGTTAAG
506 CTGAA-CAATTCAAATAGTTATG
* *
21974170 ACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
* * * *
21974235 CAAATCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAATGGATTTATTAATATTTTAAAATTTAATAAG
66 CAATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAATTTAAT-AG
* *
21974300 CAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAAT
128 -AAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGGCTATTTGAATAAT
*** * * * *
21974365 TATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTTTTAATGATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGC
192 TATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTTTTTT-GTAATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGC
*
21974430 TTATTTTG-AAGAAAATAATACAGATTTATTAATATTAAGATAATTAATACATAAAGATTTAAAA
256 TTA-TTTGAAATAAAATAATACA-ATTTATTAATATTAA-ATAATTAATA-ATAAAGATTTAAAA
*** * * *
21974494 AATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTAAATCATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
317 AAT-AATATGTTTACCAAACAAGTTAAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
** * * *
21974559 TGTTATGA-TTGTTTGTTTCAGCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGAATTAA
380 CATTATGACCT-TTTGTTTCAGCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * ** * * * *
21974623 AATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTTATATGTAAAAGATTTAAAATATATATGTTTTT
444 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA-AAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTC
* *
21974688 TGAGCAAGTTCAAATAGTCATG
507 TGAACAA-TTCAAATAGTTATG
* * *
21974710 GCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
* *
21974775 TCAAGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTT-AT
65 TCAA-TTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAAT
* * ** * * * * *
21974839 ACGTAAAAGATTTAAAATAT-ATATATGTTT-TTTGAGCAAGTTCAAATAGTCATGGCTATTTGA
126 A-G-AAGAGATTTAAAAAATAAT-TATGTTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATGGCTATTTGA
* * ***
21974902 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTCAATTCATA
187 ATAATTATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTT-TTTTGTAATAAAATAATTATTTTTGTTCATA
* * * * * *
21974967 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTACAGAGTAGGAGAA
251 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-CAATTTATTAATA-T-TAAATAATTA-ATAATA-AAGAT
* * * * *
21975031 TAAAAAAATGAATTTGCTTACCAAATAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
311 TTAAAAAAT-AATATGTTTACCAAACAAGTTAAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * * * *
21975096 TCAAAACATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC
374 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCAG-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
21975160 AAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCCAAAAA-TTACCAATAAAA-TTTTGAAAAATAAAGC
438 AAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA-AAATAAAAGATTTAAAAAATAAA--
* *
21975223 TATTTTCTGAACACCTTTAAATAGTTATG
500 TATTTTCTGAACA-ATTCAAATAGTTATG
* * **
21975252 ACTATTTGAATAATTCTCTATTTTAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAACAATTC-ATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AA--CAATTT
* * *
21975316 TGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTATTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
63 T-T--T----CAA----TTC-A-T---ACAAGCT-TATTCGAATAAAATAA-AATAATTTATTAA
* * * * * *
21975381 TA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAA-AATTGTTTA-CTGAGCAAGTTTAAAT
110 TATTTCAAAATTTAAT-AG-AAGAGATTTAAAAAATAATTA-TGTTTACCTAACCAA-TTTAAAT
* * ** * * * * * ** * * * *
21975443 AGTTTTAACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCATTATGATATACTGTTTTGTCATAAAACA
171 AATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATAACCT-TTTTTTTGTAATAAAATA
* * * *
21975508 ATTGTTTTTATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-A
235 ATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC-AATTTATTAATA--TTAAATA
* * * * ** * * * *
21975571 ATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTATTCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCAT
296 ATTAATAA--TAAAGATTTAAAAAA-TAATATGTTTACCAAACAAGTTAAAATA-TTATGACTAT
* * * *
21975636 TTAAACTATTATATATTTCAGATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
357 TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCAG-CATAAAACAATTGTTTCTAT
** * * *
21975700 TCATACAAAATTATTT-ACAATAAAATAATAATAGTTTATTACTATTTCAAAAA-TT--AATAAG
421 TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAAAATAAA
* * ** ** * *
21975761 AGATTTAAAAACTAAATCTTGACCAAACTAGTTCAAATAGTTATA
484 AGATTTAAAAAATAAATATTTTCTGAAC-AATTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
21975806 ACTATTTAAACCATTACCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTATCCTAAAAC-ATTTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TT
** * * * * ** ** *
21975869 TCTGTTCATACGAGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAAATAACAATA-TTCTAAAAATTAAT-
65 TCAATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATA-AAATAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATA
* * * * * * * * * *
21975932 G-AGA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTGATCTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
127 GAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCT-AACCAATTTAAATAATTATGGCTATTTGAATAA
* * * * * * * ** *
21975994 TT-TTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATG
191 TTATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTT-TTTTGTAATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAG
** * * * *
21976058 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAATA
255 CTTATTTGAAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATT-AAATAATTAATAA-TAA-AGATT--TA
* * * * * * *
21976123 AAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAA
314 AAAAAT-AATATGTTTACCAAACAAGTTAAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
* * * * * * * * *
21976188 AATCATTGTGACTTTTTATTTTATCATAAAACAGTTGTTTC-AGATCATAAAAACTTATTTGAAA
377 AATCATTATGACCTTTTGTTTCAGCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * * * *
21976252 TAAATTAATATTACTTTATTAACATTTTAAAAA-TCAATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCA
441 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAA-AA-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-A
* * * *
21976316 GTTAATC-AAATCAGTTCAAATAATTATG
502 -TT-TTCTGAA-CAATTCAAATAGTTATG
* * * * *
21976344 GCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
21976409 T
65 T
21976410 TAAAATATTA
Statistics
Matches: 1787, Mismatches: 345, Indels: 211
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
528 2 0.00
529 5 0.00
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546 1 0.00
548 1 0.00
550 9 0.01
551 1 0.00
552 2 0.00
553 16 0.01
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555 8 0.00
556 23 0.01
557 261 0.15
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559 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (527 bp):
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
CAATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAGAAG
AGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATC
TATTTGAAATCATTATAACCTTTTTTTTGTAATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATACAATTTATTAATATTAAATAATTAATAATAAAGATTTAAAAAATAATATG
TTTACCAAACAAGTTAAAATATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCT
TTTGTTTCAGCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAATT
TATTAATATTTCAAAAATTTAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTCTGAACAATTCAAAT
AGTTATG
Found at i:21975485 original size:198 final size:196
Alignment explanation
Indices: 21975117--21975503 Score: 474
Period size: 198 Copynumber: 2.0 Consensus size: 196
21975107 TGACCTTTTG
**
21975117 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTATT
* * * * * *
21975182 AATATTCCAAAAATTACCAATAAAATTTTGAAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACCTTTAAATAG
66 AATATTCCAAAAATTAACAATAAAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACAACTTTAAATAG
* * * * *
21975247 TTATGACTATTTGAATAATTCTCTATTTTAAATCATTATGACAAT-TTGTTTTGTCATAACAATT
131 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-AATACTGTTTTGTCATAACAATT
21975311 CA
195 CA
* * * *
21975313 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGC-TATTTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTA
* * * * *
21975377 TTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAATTGTTTACTGAGCAAGTTTAA
64 TTAATATTCCAAAAATTAACAA-T-AAAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACAACTTTAA
* * * *
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A
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* * * * *
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** *
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* * * *
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* *
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*
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Statistics
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* * * * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATGTTTATATAGTCTT
Done.