Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 118 of 125
Found at i:21977205 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 21976839--21977390 Score: 503
Period size: 182 Copynumber: 3.1 Consensus size: 176
21976829 ATCTTAACCG
* * * * * **
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1 TTTGAATTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTAATTATTAA-TTTCAAAATATTA
* ** * * *
21976904 TTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTATTTTACGACAAAAG
65 TTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTATATGAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-
* * ** * * ** *
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128 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AAAGTCCAAATTA
** * * **
21977019 TTTGAATTGGTTT-GTCAGTTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATAT
1 TTTGAATTGGTTTGGT-AAATACATTTA-TTTTTTAAATTTCTTAATTATTAA-TTTCAAAATAT
* * * * *
21977083 TATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACTAATTATTTGATGACAA
63 TATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTA-TATGAAAAAAAC-AATTATTTTATGACAA
*
21977148 AATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCCAAATTA
126 AA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGTCCAAATTA
* * * * **
21977201 TTTGAAATGGTTTGGTAAATACATTTACTTTTTAAATCTCTTTATTGATTAATTTGGTAAATATT
1 TTTGAATTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTAATT-ATTAATTT-CAAAATATT
* * * *
21977266 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAA
64 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-TTATATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * *
21977331 AAAAAAGTAATAATGATTTTAAATAGATAGTTATTGAAATGGCCATAATTA
127 AAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAGTCCA-AATTA
21977382 TTTGAATTG
1 TTTGAATTG
21977391 ATAATAATAA
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 60, Indels: 21
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 25 0.08
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182 136 0.45
183 8 0.03
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Consensus pattern (176 bp):
TTTGAATTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTAATTATTAATTTCAAAATATTAT
TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTATATGAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAA
AGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAGTCCAAATTA
Found at i:21977878 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 21977402--21978955 Score: 1007
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21977392 TAATAATAAT
* * * * * * * *
21977402 AATAGATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
21977467 ATGTCTTACTTAAAAAATTTTGAAATATTAATCAATTAGTTTTGTTTTA--T-TTCGATTAAGCT
66 ATCTCTTA-TT---AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCAAATAAGCT
* * * **
21977529 TGTAT-AAGCTA-AAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGA
127 TGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * * *
21977582 AATAAATAATTATTTATATAGTCCTAACTGTTTGAACTGGTTTTGGCAAACGGAATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTT
* * * ** *
21977647 AAATCTTTTAGCTATTAATTTTTAAAATAATCCTAAATTAGTATTATTTTA--T-TCCAAATAAG
64 AAATC-TCT---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCAAATAAG
* * * ** *
21977709 CTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTTATAACAAATTGA
125 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *
21977765 AATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * **
21977830 ATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-TT-TT-GAATAAGCTTGCC
66 ATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
21977892 TG-TTGAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAA
131 TGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
21977942 AATAGATAGTTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAC-AGATTTA-TTTTT
* * * ** *
21978005 TAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAAAATTATTAAAGCAGTATTATTTTA-TT-TT-GAATAA
63 TAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCAAATAA
* * * *
21978067 GCTTTTATGGACTA-AAACAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTCTTAATGATTTTA
124 GCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * *
21978124 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-A
* * * *
21978189 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AACATTAATAAATTAGTATGATTTTA--T-TCCAAATAGG
65 AA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCAAATAAG
* * * * *
21978250 CTTTTATGAATTGAAACAATAGTTATATGACT-AACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
125 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * * * * * * *
21978305 AATAGATAATTAATCTAATAATCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTCTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
21978370 ATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTA--TT-TTTATCCAAATAAGCTTGTA
66 ATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCAAATAAGCTTGTA
* ** *
21978432 TG-ATCAAAAACAA-TGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-A
131 TGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
21978479 AGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTT-GG-AAAGTAGTTTTAGTTTT
1 A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAA-CAGATTTATTTTT
* * **
21978542 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTA-TT-TT-GGATAA
63 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCAAATAA
* *
21978604 -CTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-TGAAACAAAAAGTCATAATGACTTT-A
124 GC-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA
* * *
21978661 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTA-TTTGATAAACA-ATTTTTTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGA---TTTATTT
* *
21978723 TTTAAATCTCTTGCTCATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAG---TA--TTATTTATTCAGA
61 TTTAAATCTC-T--T-ATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCA-A
* * * * * * *
21978782 ATAAGGTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAAGTTTAAAATGATTTGA
120 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** *
21978843 GATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCCAATAAACAGATTTAGTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-CGGTAAACAGATTTATTTTTTA
** * *
21978907 AATCTCTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAGATTAGTATTATTTTATTT
65 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
21978956 TGAATAATTT
Statistics
Matches: 1081, Mismatches: 212, Indels: 161
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 80 0.07
176 71 0.07
177 125 0.12
178 21 0.02
179 53 0.05
180 75 0.07
181 178 0.16
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183 91 0.08
184 9 0.01
185 2 0.00
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
ATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTATTCAAATAAGCTTGTA
TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
Found at i:21978068 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 21977402--21978962 Score: 1177
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21977392 TAATAATAAT
* * * * * *
21977402 AATAGATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
21977467 ATGTCTTACTTAAAAAATTTTGAAATATTAATCAATTAGTTTTGTTTTATTTCGATTAAGCTTGT
66 ATCTCTTA-TT----AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * ** *
21977532 ATAAGCTAAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATT
126 GTATG-AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * ** *
21977596 TATATAGTCC-TAACTGTTTGAACTGGTTTTGGCAAACGGAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGC-
190 CAAATAG-CCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAAC--AATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CT
* *
21977659 TATTAA-TTTT-TAAAATAATCCTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAG
251 TATTAACTTTTGAAAAATTAT--TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAG
**
21977722 AAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTTATAACAAATTGA
314 AAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAATGAATTGA
* *
21977765 AATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
*
21977830 ATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGCCTGT
66 ATCTCTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG--TGT
* * * *
21977895 -TGAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTGAA
128 ATGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
*
21977959 ATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
193 ATAGCCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAAC-AATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
** *** ** *
21978023 ACTTTTGAAAAATTATTAAAGCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGGACTA-AAACAA
256 ACTTTTGAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTAT-GAATAGAAACAA
* *
21978087 TTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCT-TAATGATTTTA
320 TTGTTTTATGATA-AACAAAAGGT-TATAATGAATTGA
* * * * *
21978124 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-A
* * *** *
21978189 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AACATTAATAAATTAGTATGATTTTATTCCAAATAGGCTT
65 AA--TC-T-CTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
21978253 -T-TATGAATTGAAACAA-TAGTTATATGAC-TAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATA
124 GTGTATGAA---AAATAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAATGATTTGAAATAGATA
* * ** * * * *
21978313 ATTAATCTAATAATCTTAACTATTTAAAC-TGGTTCAGTAAACACATTTATTTTCTAAATC--TT
184 ATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * *
21978375 --TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATG-AT
248 ACTTATTAACTTTTGAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTAGTATGAAT
* * * * *
21978436 CAAAAACAA-TGTTTTATGAGAAA-ACAAAGATCATAATG-ATTTA
312 -AGAAACAATTGTTTTATGATAAACA-AAAGGTTATAATGAATTGA
* * * * * *
21978479 AGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTT-GG-AAAGTAGTTTTAGTTTT
1 A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGGTAAA-TAGATTTATTTTT
* * *
21978542 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA-CT
63 TAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * ** * *
21978606 T-TTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAATGACTTT-AAATAGATA
123 TGTGTATGAA---AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGA-TTTGAAATAGATA
* * * *
21978669 ATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTT-ATT-TGATAAACAATTTTTTTTTTTTTAAATC
184 ATTATTCAAATAGCCATAA-CTATTTGAACTTGATTCAG-TAAACAA---TTTATTTTTTAAATC
* * * ** * *
21978731 TCTTGCTCATT-ACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATT-CAGAATAAGGTTA-
244 TTTTACTTATTAAC--TTTTGAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAA-GCTAG
* * * * *
21978791 TATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAAGTTTAAAATGATTTGA
305 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG-ATAAACAAAAGGTTATAATGAATTGA
* * ** * *
21978843 GATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCCAATAAACAGATTTAGTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT-CGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * *
21978907 AATCTCTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
65 AATCTCTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
21978963 TTTTGCGTGT
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 159, Indels: 136
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
354 10 0.01
355 80 0.08
356 112 0.12
357 20 0.02
358 83 0.09
359 258 0.27
360 59 0.06
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363 197 0.20
364 62 0.06
365 3 0.00
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
ATCTCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTATG
AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GCCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTT
TGAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTT
TATGATAAACAAAAGGTTATAATGAATTGA
Found at i:21978191 original size:771 final size:772
Alignment explanation
Indices: 21976749--21978159 Score: 1705
Period size: 771 Copynumber: 1.8 Consensus size: 772
21976739 TTATTCTAAA
* * * * *
21976749 TAAGCTTGTATGAACTAAAACCATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTCAAATAG
1 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAA
* * *
21976814 ATAAGTGATATAATAATCTTAACCGTTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTA
66 ATAAGTGATATAATAATCCTAACCGTTTGAATGGATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTA
* * *
21976879 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATATGAA
131 TTACTTATTAATTTTTAAAATAATACTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATATGAA
* * * * *
21976944 CAAAACAATTATTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTTATATA
196 CAAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATCGTTCAAATA
* * * * * ** * *
21977009 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGTCAGTTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTT
261 GTCATAACTATTTCAACTAGTTGGTCAAATAGATTTATTTTTTTAA-TATCTTGCTTATTAAGTT
*
21977074 TCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACTAATTATT
325 TCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACTAATTATT
* * * *
21977139 TGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCCAAATTATTT
390 TGATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCCAAATTATTT
* ** *
21977204 GAAATGGTTTGGTAAATACATTTACTTTTTAAATCTCTTTATTGATTAATTTGGTAAATATTAAT
455 GAAATGATTCAGTAAATACATTTACTTTTTAAATCTCTTTATTGATTAATTTGGTAAAAATTAAT
** *
21977269 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAA
520 AAAGCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAA
* * * * *
21977334 AAAGTAATAATGATTTTAAATAGATAGTTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATAATAAT
585 AAAGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTCAATTGATAATAAT
21977399 AATAATAGATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTC
650 AATAATA-ATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTC
21977464 TAAATGTCTTACTTAAAAAATTTTGAAATATTAATCAATTAGTTTTGTTTTATTTCGAT
714 TAAATGTCTTACTTAAAAAATTTTGAAATATTAATCAATTAGTTTTGTTTTATTTCGAT
* * *
21977523 TAAGCTTGTAT-AAGCTAAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATA
1 TAAGCTTGTATGAA-CTAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATA
* * * * * *
21977586 AATAA-TTATTTATATAGTCCTAACTGTTTGAACTGGTTTTGGCAAACGGAATTTATTTTTTAAA
65 AATAAGTGATATA-ATAATCCTAACCGTTTGAA-TGGATTTGGCAAAC-AAATTTATTTTTTAAA
* *
21977650 TCTT-TTAGC-TATTAATTTTTAAAATAATCCTAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGC-T
127 T-TTATTA-CTTATTAATTTTTAAAATAATACTAAATTAGTATTATTTTAAT-CAGAATAAGCTT
* * * ** *
21977711 AGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAA-C
189 A-TATGAACA-AAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATC
21977775 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTCGGT-AAATAGATTTA-TTTTTTAA-ATC-T-C
252 -GTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTT-GGTCAAATAGATTTATTTTTTTAATATCTTGC
** * ** * *
21977835 TTATTAA-TTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGCCTGTTGAA
315 TTATTAAGTT-TCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAG--T-ATGAA
* * * *
21977899 -A-AA-TAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTGAAAT
376 TAGAACTAATTATTTGATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAC
* *
21977961 AG-CCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCT-TTTACTT-ATT
441 AGTCCA-AATTATTTGAAATGATTCAGTAAA-TACATTTA-CTTTTTAAATCTCTTTA-TTGATT
* * * * * *
21978022 AACTTTTG-AAAAATTATTAAAGCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGGACTAAAACA
502 AA-TTTGGTAAAAATTAATAAAGCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACA
* * ** * *
21978086 ATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCTTAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
566 ATTGTTTTATGATA-AAAAAAAAGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAA
21978151 CTATTTCAA
630 CTATTTCAA
21978160 CTTGTTTGGT
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 84, Indels: 44
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
770 5 0.01
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* * * ** * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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** * *
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* ** * * ** *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* **
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* * * *
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*
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** * *
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383 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
21978952 ATTTTGAATA
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AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCT
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TTAGGAAACTAATTTATG
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*
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*
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1 ATA
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* * ** **
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* *
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* * *
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* * * * *
21981851 ACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCATAATTATTTGAACT
193 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
** * * ** *
21981916 GGTTCAACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATCATTTTTGAAATATTAGTAAATTT
258 GGTTC-AGTAA-ATAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTAA-CAATTTTGAAATATTAAAAAATTA
* ** * *
21981981 GTTTTATTTTATTCCAAAT-ATGTTAGTAAGAGTT
320 GTTTTATTTTATTACAAATAAACTT-GGAAGAGCT
* ** * *
21982015 GAAAAATTGTTTTACGACAAACTAAAAGACCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATACATT
1 GAAAAATTGTTTTATGACAAACTAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
*
21982080 TTTAACTATTTGAAGTGGTTTGTTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTCTCA
66 TTTAACTATTTGAACTGGTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-ATT-T-A
* * * *
21982145 AAATCTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTA
127 AAATATTATTA-ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTA
**
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191 TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
* *
21982275 TTGGTTCAGTAAATAATTTTTTTTTTGAAATCTCTAACTTTTAA-AATTTTGAAATATTAAAAAA
256 CTGGTTCAGTAAATAA-TTATTTTTT-AAATCTCTAAC--TTAACAATTTTGAAATATTAAAAAA
** *
21982339 TTAGTTTTATTTTATTATGAATAAACTTGGATGAGCT
317 TTAGTTTTATTTTATTACAAATAAACTTGGAAGAGCT
* * * *
21982376 GAAGTAATT-TCTTTATGACAAAAC-AATAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCATAT
1 GAA-AAATTGT-TTTATGAC-AAACTAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
* * * * * * *
21982439 AGTCTTAATTGTTTTAACTGGTTCAGCAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATGATTTT
63 AGTTTTAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT--TATT
* * * ** *
21982503 TAAAATATTTTTAATTTTGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAATGAAAATAATTGTTT
125 TAAAATATTATTAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTT
** *
21982568 TATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
189 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTG
*
21982633 AAGTGGTTCAGTAAA
254 AACTGGTTCAGTAAA
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Statistics
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GAAAAATTGTTTTATGACAAACTAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
TTTAACTATTTGAACTGGTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATTTAAAAT
ATTATTAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACA
AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGT
TCAGTAAATAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTAACAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTA
TTTTATTACAAATAAACTTGGAAGAGCT
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Alignment explanation
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21982700 TTATTTTGTA
* * *
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21982774 TT
66 TT
* * * *
21982776 TAAAATAACCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTTTGACAAAATGAAAGGTAATAACAATTT
1 TAAAATAACCTTGTATGTTGAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACGAAAGGAAATAACAATTT
21982839 GAAATAGATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAACCTTGTATGTTGAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACGAAAGGAAATAACAATTTTA
TT
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21982819 ATGAAAGGTA
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
21982893 TTTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATCTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTTATT
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**** ** * * * * *
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* * * ** *
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1 ATAATAA-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTCAATAAATA
* * *
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* * *
21983138 T-TCCAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTT
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* * * * ** * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAG
* * *
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65 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAATA-TAAATTAGTATTATTTTTAT
* * *
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* * * * * *
21983373 ATAATAATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAAATATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGC
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGA
* * * * * *
21983438 TCTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA-TAATTA-TTTTATT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAAT-ATAAATTAGT-ATTATTTTTA-T
* * * *
21983501 TCAAATAAGTTTTTATG-TCTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTC
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* * * * ** * * *
21983553 ATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTATTTGAACAT-GTTCAGTAAACAA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAATAAATAG
* * * * *
21983617 ATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGTTA-ATAAGTTAGTATTA-TTTTA
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* * * **
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* * * * * ** * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGT-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAG
* ** * * *
21983799 ATTTA-TTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAATA-TAAATTAGTATTATTTTTATC
* * * *** * * *
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* * * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTCAATAAATAG
* * *
21983978 ATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTA-ATAAATTAGTATTATTTTCT
65 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAA-TAATATAAATTAGTATTATTTT-T
* *
21984042 -TCC---T-A---TG-A--A-CTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT
126 ATCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA--TC
* * * * * * ** ** * * *
21984085 AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGCCTTAACAATTCAAACTAATTCAGTAAACAC
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAG
* *
21984149 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATC
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* * * *
21984210 CAAATCAA-CTTATATGATCAGAAACAAATACTTTATGACAAAA-AAATTATC
129 CAAAT-AAGCTTGTATGATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA--ATC
* * * * * *
21984261 ATAATGATTT-AAGATTG-TATTTGTTTAAATAGTCGTAACTATTTGAATTGGTT-AAAAAATAG
1 ATAATAATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAG
* * ** * *
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* * * * * * *
21984387 TCAAGTAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTT
128 CCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA--TC
* * * * * ** * * *
21984440 ATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAATTTATTCAGTAAACATA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGA
* ** * * *
21984505 TTTATTTTTTTAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTTGAAAGTTA-ATAAATTAGTATTA-TTTTAT
66 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-AAAATAATATAAATTAGTATTATTTTTA-
* * * * * *
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* * * * * * **
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAG
* * * * *
21984685 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAAT
65 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAATA-TAAATTAGTATTATTTTTAT
** * *** * * *
21984750 CTGAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGATC
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* * * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAATAG
* * * * *
21984866 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGT-TTGATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAAT-ATAAATTAGTATT-ATTTT-TA
* ** * * * * * *
21984926 TTC-AATAATTTTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTATAATAAAACAAAGGGTC
127 TCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA--ATC
* * * * * * * *
21984979 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-G-CATGTGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA--TAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATA
* * * * * * * *
21985042 AATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCCATTAAATTGTAGAATATTAATAAATTAGTA-TAATTTTA
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATAAT-ATAAATTAGTATTATTTTTA
* * * * * * * *
21985105 TTCAAAATAAACTTGTTTAAAT-AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAGC
127 -TCCAAATAAGCTTGTAT-GATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA-ATC
* * * * * * * * * ** * *
21985160 ATAACT-ATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTTAATTTGCTCGGTAAACAT
1 ATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAG
* ** *
21985224 ATTTATTTTTTAAATAT-TTAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATAAT-ATAAATTAGTATTATTTTTA-
*** * * **
21985287 TTTGAATAAGCTTGTATCAAT-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTC
127 TCCAAATAAGCTTGTAT-GATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAA-TC
*
21985341 ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAAATAGTCATAATTATTTGAA-TGGGTTC
1 ATAA-TAATTTGAAATAGATAATTG-T----T---TAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTC
* * * ** * *
21985404 AAAAAACA-AGTTTATTTTTT-TAT-T-TTGACTTATTAATTTTTGGAATATTGACAAATT--TA
56 AATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATAAT-ATAAATTAGT-
* * ** *
21985463 ATTA-TTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGGT
117 ATTATTTTTATCCA-AATAAGCTTGTATG-ATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA--T
21985526 C
178 C
** * * * * * ** *
21985527 ATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCGGTAAGTAGA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGA
** * * *
21985592 TTTATTTTCTTAAATCTCTTACTCGTTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
66 TTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAAT-ATAAATTAGTATTATTTTTATC
* * * * * * * **
21985655 TAGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAGGTC
129 CA-AATAAGCTTGTATGATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA--TC
** * * * * * **** * *
21985708 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAAAAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGA
* * *** * * *
21985773 TTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TGGCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAAT-ATAAATTAGTATTATTTTTATCC
* * **** *
21985836 AAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTC
130 AAATAAGCTTGTATGATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAA-TC
* * * ** * *
21985887 ATAATGATTTGAAATAAATAATT-TTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-AGGTAAAAA
1 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAATA
* * *
21985950 GATTTA-TTTTTAATTATTTTACTTATTAATTTT
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
21985983 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 2334, Mismatches: 490, Indels: 298
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Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 5 0.00
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168 2 0.00
169 5 0.00
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186 72 0.03
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189 35 0.01
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Consensus pattern (178 bp):
ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAATATAAATTAGTATTATTTTTATCCA
AATAAGCTTGTATGATCTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATC
Found at i:21985969 original size:548 final size:532
Alignment explanation
Indices: 21982798--21985969 Score: 1798
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21982788 GTATGTTGAA
* * * ** * * **
21982798 AAACAATTGTTTTTTGACAAAATGAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
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* * * ** * * * * * * *
21982863 CGTAATTATTTGAA-GTGATTCAATAAACTATTTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATCTTC
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TCATTAAT-TTT
* * * * * ** * * *
21982927 AAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAATTTTTTATGAACTGAATCAATTTTTTT
128 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TTGTTT
* ** * * * *
21982992 TATGACA-AAACAAAAGTTTGTAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
192 TAT-A-ATAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAAAAGTTATAACTATT
* * * * * * *
21983055 TGAACCTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTATTCAAA-AGTTA
254 TGAA-TTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTA
** ** ** * *
21983119 ATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAA
316 ATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
21983184 TAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCG
380 CAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAG
* * * * * * *
21983249 -ATAAACGCATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAAAATAATATTAGAT-TA-GT-
444 TA-AAAAG-ATTTA-TTTTT-AA----TTATTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATTTA
* * * *
21983310 ATTATTTTTATCCGAATTAGCTTGTATG-ATCAG
501 ATTA-TTTTATTCAAATAAGTTTGTATGAAT-AG
* * * * * * *
21983343 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATAATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAG
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * *** * ** * * * * *
21983406 TCATAAATATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTCTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TCATTAATTTTA
* * * * *
21983471 GAAATATTAATAAAGTA-TAATTATTTTATTTCA-AATAAGTTTTTATG-TCTGAAACAATTATT
129 G-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * *** * * * **
21983533 TTATGATAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTATTT
191 TTATAAT-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAAAAGTTATAACTATTT
* * * * * *
21983598 GAACATGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTA
255 GAA-TTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTA
* * ** * * *
21983661 ATAAGTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-AAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAA
316 ATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAA--AAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * * * * **
21983725 A-TGAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTCCTAATAATCCTAACTATTTGAACTGGTT
379 ACAAAAAG-TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
* * * * * *** * *
21983789 CAGCAAACATATTTATTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAA--T-
442 -AGTAAAAAGATTTATTT-TTAAT-TATT--TT-TTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATTTA
* * * * *
21983851 ATTATTTTAATCCAAACATGCTTGTATTAGA-AG
501 ATTATTTT-ATTCAAATAAGTTTGTATGA-ATAG
* * * * ** * *
21983884 AAACAATTGTTTTATGACAAAATC--AAGATTATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATAACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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*
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** * * * *
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* ** * *
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66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTA-TCATTAATTTTA
* * *
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* *
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*
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Statistics
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* * * *
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** * * * * ** *
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64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAT
* * * * * *
21989594 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAAAATATTATTACATTGG
128 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
21989648 TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
** * * * * *
21989712 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGGTAAACAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA
* * * *
21989777 TTTAATTTTTAAA--TC--AATTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAG
131 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * *** * * * *
21989824 TATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGTTGAAAAATAATTTTTTTTTATGACAAAACAAAA-G
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA--TTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
* * ** *
21989888 T-AT--T-A----ACAAT---T--TTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAA
64 TCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
* * * *
21989939 CT-GATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAGATATTAAAAAAAGTAG
127 -TAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAG
* * * * *
21989996 TATTATTTTATTT-TAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTT
1 TATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
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65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG
* * *
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130 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAG
** * * *
21990177 -A-T-GCTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATAGTTTTACT-ACT-AAACAAAAA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTA-TGA-TAAAACAAAAG
* * ** * * * * * * *
21990236 GTTAAAACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATTTGGCAAA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA
* * * *
21990300 CACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
127 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
21990354 TATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTATATGATCAGAAACAGTTTTTTTTTGACAAAAC-AAAGAT
1 TATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
** * * * * * * *
21990417 CATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCATAACTAATTGAACTAGTTTGG-AATATA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA-ATA
* * * *
21990481 GTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA--ATTTTTTGAAATATTAATAAAGTAG
129 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
21990532 CT-TTATTTTAGTTCAAACAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
21990596 TATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTCGATAAACAT
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG
*
21990661 ATTTATTTTTTTAAGTCTCTTACTTA
130 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
21990687 ATAAATTAGT
Statistics
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0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
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TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
Found at i:21987694 original size:169 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
21987379 CTACTTCAGC
* * *
21987389 AAATGGATTTAATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
1 AAATAGATTTAATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * **
21987454 TTTATTTCGAATAAGCATGTGTGAATTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTACGATG
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131 ATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAGGAACTGGTTTGGT
* *
21987559 AAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAATAGATTTAATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* ** * *
21987622 TTTTATTCCAAATAGGTTTGTATG-A-TGAAAACCAATTGTTTTATGAA-AAAAGAAAA-GTTCA
65 TTTTATTCCAAATAAGCATGTATGAATTG-AAA-CAATTATTTTAT-AATAAAACAAAAGGTT-A
*
21987683 TAACAATTTGAAATA
126 CAACAATTTGAAATA
21987698 GATAATTGTT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 11
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
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168 7 0.06
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170 14 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.11, T:0.43
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AAATAGATTTAATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTCCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTACAACA
ATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAGGAACTGGTTTGGT
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Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 6.9 Consensus size: 176
21987536 ATTCAAATAG
* * * **
21987546 GAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATA
1 GAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATA
* * * * * * *
21987611 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTA-TGA-TGAAAACCAATTGTTTTATGAAAAAAG
62 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTG-AAA-CAATTGTTTTATGATAAAAC
* ** * * * *
21987674 AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCTAGAATTATTT
125 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGTC-AAAATTATTT
* * * * *
21987727 GAACAGATTCGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATT
1 GAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
* * *
21987791 ATTGTTATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAA
66 A--G-------TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAA
* *
21987856 AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGATCAAAATTATTT
122 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAG-TCAAAATTATTT
* ** * *
21987912 TAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAAAAAATT
1 GAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
* *
21987977 AGTATTATTTTATTCCGTATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
66 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
* * * * *
21988042 TCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTTAAATAATCATAACTATTT
131 TCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAA-AGTCAAAATTATTT
* * * * *
21988089 GAGCTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAA
1 GAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAA
* * * * * *
21988153 TATATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACT-AA
60 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTA-ACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA
* * * * *
21988216 A-AGAAGGTCA-AATGATTTGAAATGGATAATTATTC-----T-AATAGT-TTT
123 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGTCAAAATTATTT
** *
21988261 -AACT-ATTC-AAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTT-GAAATATTAATAAAT
1 GAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
21988322 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTCTGATAA--AAAACAATTGGTTTATAACAAAATAAA
65 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT--TAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * *
21988385 AGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
128 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGTCAAAATTATTT
** * ** * * *
21988435 TTATTGATTTAGTAAAGAAATTAATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
1 GAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
* ** * * * * *
21988500 AATATTATTTTATTTCGTTTAAGCATGTATTAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGG
66 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
* * * *
21988565 TCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AATGATTATTT
131 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGTCAA-AATTATTT
* *
21988612 GAACCT-ATTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTA-AAATTTTA
1 GAA-CTGATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TC--TCTTATTAA-TTTTAGAAATATTA
* * * * *
21988675 ATAAATTAGTATTAATTTATTT-GAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACT-AA
59 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA
*
21988738 ACAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
123 AC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
21988776 TAATAGTCTT
Statistics
Matches: 855, Mismatches: 140, Indels: 107
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 67 0.08
165 10 0.01
166 26 0.03
168 3 0.00
169 16 0.02
170 4 0.00
171 3 0.00
172 3 0.00
173 6 0.01
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175 5 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
GAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGTCAAAATTATTT
Found at i:21988464 original size:523 final size:525
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Period size: 523 Copynumber: 1.9 Consensus size: 525
21987787 AATTATTGTT
* ** * * *
21987797 ATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAA
* * *
21987862 AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGATCAAAATTATTTTAACTGATTTAGTAA
66 AGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGACCAAAATTATTTTAACTGATTTAGTAA
* *
21987927 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTC
131 ACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTC
* * * * * *
21987992 CGTATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
196 CGTATAAGCATGTATTAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAA
* * * * * *
21988057 ATA-AGTAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAGCTTATTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTC
261 ATAGA-TAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACCTATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTT-
* ** * * *
21988120 AAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
324 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTA-TTTGAATAAACTT
* * * *
21988185 GTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACT-AA-AAGAAGGTC-AAATGATTTGAAATGGATAAT
388 GTATGA-ACTAAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAT
*
21988246 TATTCTAATAGTTTTAACTATTCAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAA
452 TATTCTAATAGTCTTAACTATTCAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAA
21988311 TATTAATAA
517 TATTAATAA
* * * *
21988320 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTCTGATA-AAAAACAATTGGTTTATAACAAAATAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAA
* * * * * *
21988384 AAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTTATTGATTTAGTA
65 AAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGACCAAAATTATTTTAACTGATTTAGTA
* *
21988449 AAGAAATTAATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
130 AACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATT
* *
21988514 TCGTTTAAGCATGTATTAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA
195 CCGTATAAGCATGTATTAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA
* * * *
21988579 AATAGATAATTATTCAAATAGTAATGATTATTTGAACCTATTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTA
260 AATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACCTATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTTA
* * *
21988644 AATCTCTTTCTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTGAATAAACTTGT
325 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTTGAATAAACTTGT
* * *
21988709 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGT
390 ATGAACTAAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAT
21988774 TCTAATAGTCTTAA
455 TCTAATAGTCTTAA
21988788 AGTTTTATGA
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 58, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
521 1 0.00
522 35 0.09
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524 16 0.04
525 35 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (525 bp):
ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAA
AGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGACCAAAATTATTTTAACTGATTTAGTAA
ACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTC
CGTATAAGCATGTATTAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAA
ATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACCTATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTTAA
ATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTTGAATAAACTTGTA
TGAACTAAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATT
CTAATAGTCTTAACTATTCAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATT
AATAA
Found at i:21988803 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 21988725--21988851 Score: 227
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
21988715 TAAAACAATT
**
21988725 GTTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAA
1 GTTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAA
*
21988789 GTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
1 GTTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
21988852 CCAATGAACT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
64 60 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (64 bp):
GTTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAA
Found at i:21990234 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 21990012--21990352 Score: 397
Period size: 178 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
21990002 TTTATTTTAG
* * * * * *
21990012 ATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGTTCATAATAATTTTAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTT-AAAACAACTTGAAAT
* * *
21990076 AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAA
65 AAATAATTATTCAAATAATCATAACCATTTGAA-TTGATTCAGCAAACAAATTTA-TTTTT-AAA
* *
21990140 TCTTTTGCTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTAATGCTTATTCCGA
127 TCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATGCTTATTCCGA
21990190 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA-TAGTTTTACT-ACT-AAACAAAAAGTTAAAACAACTTGAA
1 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA-TTTTA-TGA-TAAAACAAAAAGTTAAAACAACTTGAA
* * * * ** *
21990252 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTAAAT
63 ATAAATAATTATTCAAATAATCATAACCATTTGAATTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTAAAT
*
21990317 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
128 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
21990353 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 19, Indels: 14
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.03
176 32 0.23
177 10 0.07
178 83 0.60
179 9 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTTAAAACAACTTGAAATA
AATAATTATTCAAATAATCATAACCATTTGAATTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTAAATCTT
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATGCTTATTCCGA
Found at i:21991188 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 21990996--21991674 Score: 510
Period size: 169 Copynumber: 3.9 Consensus size: 175
21990986 GAACTAGTTC
* * * *
21990996 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACATATTAATTTTTGAAAGATT-AATTAGTATTATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAATTAGTATTATT
* * * *
21991060 TTATTCTGAATAAGCTTGAATG-TTCAAATACAATTGTATATATGACCAAACAAAAAGGTAATAA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGAATGACTCAAA-ACAAATGT-TATATGACAAAACAAAAAGGTAATAA
* * * *
21991124 CTATTTGAAATAGTTAATTGTTGGCATGGC-CATAATTATTTAAACTTATTT
129 CAATTTGAAATAGATAATTG-T--CAT-ACACATAATTATTT-AACTGATTT
* * * * *
21991175 GGTAAACAGATTTATTTTTTACATCACTTACTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTATTATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-T--TAAATTAGTATT
* * * **
21991240 ATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTCAAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCGT
63 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATG-ACTCAAAACAAATGTTATATGACAAAACAAAAAGGTAAT
* * *
21991305 AACAATTTGAAATAGATAATTGTCATACATCTTAATTGTTTAACTGCTTT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTCATACA-CATAATTATTTAACTGATTT
* *
21991355 GGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA-A-TATTAAATTAGTATT
* * * * * *
21991420 ATTTTATTTTGAATAAG-TTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAA-GTTA
63 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATG-ACTCAAAACAAATGTTATATGACAAAACAAAAAGGTAA
* ** * ** *
21991482 TAACAATTTGAAATTGAT-A--GT--T--ATTTAAATA-GGAACTGGTTT
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTCATACACATAATTATTTAACTGATTT
* * * * * *
21991524 GGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAACAAATTAATATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT---AAATTAGTATT
*** * * * * * * * * **
21991589 ATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGA-TGGAAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAA-TTTGT
63 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGACT-CAAAACAAATGTTATATGACAAAACAAAAAGGTAAT
21991652 AACGAA-TTGAAATAGATAATTGT
127 AAC-AATTTGAAATAGATAATTGT
21991675 TCAAATGGCC
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 64, Indels: 51
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.01
167 2 0.00
168 4 0.01
169 115 0.28
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171 1 0.00
172 2 0.00
173 1 0.00
175 2 0.00
177 1 0.00
178 19 0.05
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184 7 0.02
185 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAATTAGTATTATT
TTATTTTGAATAAGCTTGAATGACTCAAAACAAATGTTATATGACAAAACAAAAAGGTAATAACA
ATTTGAAATAGATAATTGTCATACACATAATTATTTAACTGATTT
Found at i:21991430 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 21990688--21991965 Score: 777
Period size: 180 Copynumber: 7.1 Consensus size: 179
21990678 TCTTACTTAA
* * * * *
21990688 TAAATTAGTATTATTGTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * **
21990753 -AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCTTAA-TATTTGAATTGGTTCA
66 AAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TCATACA-TCTTAATTATTT-AACTGGTTTG
* * * * * * *
21990816 GCAAACAAATGTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATAGGAATATTAT
128 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
* * * * * **
21990868 TAGATTAGTATTA-TTTAGTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGTA
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * ** * * * * * * *
21990932 C-AAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
65 CAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TCATACA-TCTTAATTATTT-AACTGGTTT
* * * * *
21990996 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACATATTAATTTTT-GAA-A-GAT
127 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
** * ** * *
21991046 T-AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTC-AAATACAATTGTATATATGACCAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTGT-TTTATGACAAA
* * * * * **
21991109 ACAAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGTTAATTGT--TGGCATGGCCATAATTATTTAAACTTA
64 ACAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCAT-ACAT---CTTAATTATTT-AACTGG
* * * * *
21991172 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTACATCACTTACTTATTACTTTTTGAAATATTAA
124 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
* *** * *
21991228 TAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTCAAAACAAATGTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * *
21991293 CAAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTCATACATCTTAATTGTTTAACTGCTTTGGT
65 CAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCATACATCTTAATTATTTAACTGGTTTGGT
* * *
21991358 AAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAT
130 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
*** * * * *
21991408 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * **
21991473 AAAAA-GTTATAACAATTTGAAATTGAT-A--GT--T--AT-TTAAATA-GGAACTGGTTTGGTA
66 AAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCATACATCTTAATTATTTAACTGGTTTGGTA
* * * * * *
21991528 AACAAATTTATTTTTTTAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
131 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
* * * *** * *
21991577 CAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGGAAAACAATTGTTTTGTAACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** ***
21991642 AAAAA-TTTGTAACGAA-TTGAAATAGATAATTGTTCA-A-ATGGCCAAAATTATTTGAACCAAT
66 AAAAAGGTTATAAC-AATTTGAAATAGATAATTG-TCATACAT---CTTAATTATTT-AACTGGT
*** ** ** * * * *
21991703 TCAATAAATTGACATATTTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTGAAATATTAA
125 TTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAT
* * *
21991760 TAAAGTAATATTATTTTATT-CAAATAAGCTTTTAT--A--AAAACAATTGTTTTATGACCCAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA--CAAA
*** *** * *
21991820 ACAAAAA-ACCATAATTTTTTGATAA-AGATAATTGTTTCCATTATAGTCTTAATAATTTGAACT
64 ACAAAAAGGTTATAACAATTTGA-AATAGATAATTG--T-CA-TACA-TCTTAATTATTT-AACT
** ** * * *
21991883 -GTTTCAGCCAGATTAGATTTATTTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTAT
122 GGTTT--GGTA-AACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
21991944 TAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCC
21991966 CAAGAAAAGG
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 190, Indels: 91
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 126 0.15
170 8 0.01
171 2 0.00
172 1 0.00
173 2 0.00
175 4 0.00
176 4 0.00
177 35 0.04
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185 34 0.04
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCATACATCTTAATTATTTAACTGGTTTGGTA
AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
Found at i:21991527 original size:169 final size:173
Alignment explanation
Indices: 21991172--21991669 Score: 558
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 173
21991162 TTTAAACTTA
* * * *
21991172 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTACATCACTTACTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTATT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* *
21991237 ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTCAAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAAGGT
66 ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAA-GT
* * *
21991302 CGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTCATACATCTTAATTGTTTAACTGC
129 TGTAACAATTTGAAATAGAT-A-TGT-ATA-ATCTTAATAG-TGAACTGC
* * * * * *
21991352 TTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * *
21991417 ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTTA
66 ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTG
* *
21991482 TAACAATTTGAAATTGATA-GT-T-AT-TTAAATAG-GAACTGG
131 TAACAATTTGAAATAGATATGTATAATCTT-AATAGTGAACTGC
* * * * *
21991521 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAACAAATTAAT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
*** * * *** * *
21991586 ATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGGAAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAATTTG
66 ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTG
21991651 TAACGAA-TTGAAATAGATA
131 TAAC-AATTTGAAATAGATA
21991670 ATTGTTCAAA
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 43, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 127 0.47
170 4 0.01
171 6 0.02
173 1 0.00
175 2 0.01
177 1 0.00
178 19 0.07
179 26 0.10
180 87 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (173 bp):
TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTG
TAACAATTTGAAATAGATATGTATAATCTTAATAGTGAACTGC
Found at i:21993188 original size:180 final size:174
Alignment explanation
Indices: 21992721--21993199 Score: 493
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 174
21992711 CAAATAAGCT
* **
21992721 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACAATTTGAGATAGGTAATT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * *
21992786 GTT-GAAATAATCATAACATTTGAACTGGTTTGAG-AAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTCATT
66 GTTCG-AAGAGTCATAACATTTGAACT-G-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATT
* **
21992849 AATTTTTAAAATATTAACAAATTAGTATTTTTTTACTCTAAATAATT
128 AATTTTTAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTACTCTAAATAAAA
* * * * *
21992896 TTGTATAAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATTATAACTATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
*** * * * * * * *
21992961 AACTCAAATG-GACATGACTATTTGAACTTTTC-GATGAATATATTTATTTTTTAAGTCTCCAAC
65 TGTTCGAA-GAGTCATAAC-ATTTGAACTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT----C
* * *
21993024 TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-CTTTCAAATAAAA
123 TCATTAATTTTTAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTACTCT-AAATAAAA
* *
21993076 TTGTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
*
21993140 TGTTCGAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCT
65 TGTTCGAAGAGTCATAAC-ATTTGAACT-GTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT
21993200 TTGAAGAGTC
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 47, Indels: 24
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 38 0.16
176 47 0.19
177 9 0.04
178 1 0.00
179 38 0.16
180 96 0.40
181 12 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
GTTCGAAGAGTCATAACATTTGAACTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATTAAT
TTTTAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTACTCTAAATAAAA
Found at i:21993233 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 21993145--21993258 Score: 228
Period size: 57 Copynumber: 2.0 Consensus size: 57
21993135 ATAATTGTTC
21993145 GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
1 GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
21993202 GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
1 GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
21993259 TATTTATTAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
57 57 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (57 bp):
GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
Found at i:21993538 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 21993230--21994224 Score: 897
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 178
21993220 GAACTCGCTC
* * * * *
21993230 AGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAAATTTAATAAATAAGTAT
1 AGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTA-TAT
* * * * * *
21993295 TATTTTATTCTG-AATAAGCTTTTATGAATC-GAAACAATTGGTTTATCACAAACCGAAGGGTCA
63 TATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*
21993358 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATGTGTTA
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGTTA
* * *
21993412 AGAAAACATATTTATTTTTT-AA-CTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATCTATAAT
1 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAT-TATATT
* *
21993475 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
21993540 TGTTTTGAAATAGATTATTTTTTAGATTGTCATAACTATTTGGAAA-TGTT-
129 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--AAATTGTTA
* * * * * * * * * * *
21993590 TGATAAAGAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAACTTTAGAATATTCATGAATTAGTATT
1 AG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTA-TATT
* * * *
21993655 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACA
64 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
21993719 ATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGTTCA
128 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTT-AAATTGTT-A
*
21993772 A-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTTAAT-AATTAATAT
1 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATA-TTAATAAATT-ATAT
* * *
21993835 TATTTTAATATG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
63 TATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * ** * *
21993899 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAAAGATTTTAACTTGTTT
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAATTGTTA
* * * *
21993953 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATCAATTGTCTT-AATATTAATAAATTGTATT
1 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTATATT
* * * * ** * * *
21994017 ATTTTATTTGAAATAAGCTCGTATGAATAGAAAAAATTATTTGGTGACAAAACAAAAAGTTATAG
64 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
21994082 CAATTTCAAAT-GAATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT-TTC
129 CGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTA
* * * * * *
21994132 GGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATT
1 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATT
*
21994197 ATTTTATGTCG-AATAAGC-TGATATGAAC
64 ATTTTAT-TTGAAATAAGCTTG-TATGAAC
21994225 TAAAATNNNN
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 110, Indels: 72
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.00
178 5 0.01
179 192 0.29
180 240 0.36
181 91 0.14
182 131 0.20
183 5 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTATATTAT
TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTA
Found at i:21994018 original size:362 final size:355
Alignment explanation
Indices: 21993206--21994224 Score: 975
Period size: 362 Copynumber: 2.8 Consensus size: 355
21993196 ATCTTTGAAG
* * * * * *
21993206 AGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATT
1 AGTCATAACGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA-CTATTAATT
* * * * *
21993271 TTTGAAAATTTAATAAATAAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAATCGAAACAATTG
64 TTT-AATA-TTAATAAAT-TGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAT-AAAACAATTG
* * * * * *
21993335 GTTTATCACAAACCGAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTAT
124 TTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
21993400 TTAAATGTGTT-AAGAAAACATATTTATTTTTT-AA-CTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTA
189 TTAACT-TGTTCAA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
21993462 ATAAATCT-ATAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAA
252 AT-AAT-TAATATTATTTTATATG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* *** * * * *
21993526 ACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATTATTTTTTAGATT
314 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAGATT
* * * * * *
21993568 -GTCATAACTATTTGGAA-ATGTTT-GATAAAGAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAAC
1 AGTCATAACGATTT-GAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-ATTAA-
** * *
21993630 TTTAGAATATTCATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGT
62 TTTTTAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGT
* * * *
21993695 TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTAT
125 TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTAT
* *
21993759 TTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTTA
189 TT-AACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATA-TTA
*
21993824 ATAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
252 ATAATTAATATTATTTT-ATATGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
21993889 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA-ATT
315 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAGATT
* * *
21993929 AGTCATAAAGATTTTAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATCAATTG
1 AGTCATAACGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTATTAATT-
* ** * *
21993994 TCTTAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTCGTATGAATAGAAAAAATTATTT
64 T-TTAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTT
** * * * * * * * * *
21994059 GGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATGAATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
127 TATCACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-
** * * *
21994124 AACTT-TTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATA
191 AACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATA
* *
21994187 ACTTAGTATTATTTTATGTCGAATAAGC-TGATATGAAC
255 A-TTAATATTATTTTATAT-GAATAAGCTTG-TATGAAC
21994225 TAAAATNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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363 16 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AGTCATAACGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTATTAATTTT
TAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTGTTTTATC
ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTT
GTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAAT
ATTATTTTATATGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAGATT
Found at i:21995811 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 21995246--21996130 Score: 634
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
21995236 GTTTGTTTTG
* * **
21995246 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAGGT-AAGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA-T
* * * * * * * * * * *
21995305 TTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTACAACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATA
65 CTATTTA-CGATCAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATA
*** * * *
21995370 AGAATTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATTGATACAATCTTATTCGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * ** * *
21995422 AATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATCCTAAAAATTAATAAGTAATGGACTTAAAAAATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * * * * *
21995487 TGTTGGACTGA-CCAATACAAATAGTTATAACTGTTTAAAAAATTATCTATTTCAAAGTGAC-GT
66 TATT-TAC-GATCAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCACTAT
* * * * *
21995550 AACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTGACTCGA
128 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
* *
21995603 AATAACATAA-ATCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACA-GAA
1 AATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATGAA
* *
21995666 TCTATTTATCGATCAAATTCATATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTA
64 TCTATTTA-CGATCAAATTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTA
* *
21995730 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-A
127 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGA
* * * * * * *
21995784 ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAGACAACTAATTATTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAT
* * * * ** *
21995848 CTATTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATCGTTAC
65 CTATTTA-CG-ATCAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT
* * * * * * * *
21995912 GACTTTTTGTTTTTTCAT-AAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGG
128 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * * *
21995964 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAATAT-AAAC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * * * ** * * ** *
21996027 ATGTTTACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAACTACTTGAGTAATTGTCTGTTTCAAATCGTTATG
66 -TATTTA-CGATCAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATA
* * * * *
21996092 ATCTTTTGTTTCGTTATAAAACAATTGTATCAATTCATA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
21996131 TAGGCTTACT
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 117, Indels: 48
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 23 0.04
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179 83 0.15
180 82 0.14
181 348 0.61
182 13 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATC
TATTTACGATCAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
Found at i:21996416 original size:286 final size:284
Alignment explanation
Indices: 21995865--21996416 Score: 698
Period size: 286 Copynumber: 1.9 Consensus size: 284
21995855 CCGAATAAGT
* * * *
21995865 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATCGTTACGACTTTTTGTTTTTTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTACGACTTTTTATTTTGTCAT
* * * * * *
21995930 AAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
66 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG
* * * * * *
21995995 ACAATAATAAGTAAAAGATTTTAAATATAAACATGTTTACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAACT
131 ACAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACC
* * * * * *
21996060 ACTTGAGTAATTGTCTGTTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTCGTTATAAAACAATTGTATCAA
196 ACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCGTTATAAAACAATTGTATCAA
21996125 TTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
261 TTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
* * *
21996149 TCAAATTGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TCTTTTATTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTACGACT-TTTTATTTTGTCA
*
21996213 TAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 T-AAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
21996277 CTAGA-AATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCA
128 -TAGACAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCA
** * *
21996341 TGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG-TACTAAAACAATTG
191 TAACCACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCGTTA-TAAAACAATTG
* *
21996405 TTTCTATTCATA
255 TATCAATTCATA
21996417 CAGAATTATT
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 36, Indels: 10
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
283 1 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (284 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTACGACTTTTTATTTTGTCAT
AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG
ACAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACC
ACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCGTTATAAAACAATTGTATCAA
TTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
Found at i:21996952 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 21996632--21998703 Score: 1172
Period size: 179 Copynumber: 11.6 Consensus size: 179
21996622 AATTTAATAA
* * * ** *
21996632 TAAAAAATAAATGTAT-TTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAA--TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
21996696 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
64 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCT-
21996761 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
128 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* *
21996814 TAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 T-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
21996879 TAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTGTCTGA
65 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCTGA
* * *
21996944 ACTAAAATAA-AGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATT
130 A-TAAAATAATA-CTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
21996996 TAAAAACTAAAACTAT-ATT-TCGAACTAGTTCAATTAGTTATGACCATTTGAACAAATATCAAT
1 TAAAAAAT-AAA-TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * *
21997059 CTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCGA-AAAA-AATTG-TTCTTGATCATATAAGCTTAT-
64 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATC
* * *
21997119 TCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATCTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATT
127 T-GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
21997174 T-AAAAATAAATGTGTTTGTCAAATGAA-TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * * *
21997237 TCAAGTTGTTTTAACTTTTTGTTTAGT-AGTAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
65 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCT-
** * * *
21997301 GAAT--AAGCAT--TAATTTATTAACATTCAAACAATTAATAAGCAAAAGATT
128 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
21997350 TGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACGATTATTTAT
1 T-AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
21997414 TTAAAAGT-ATTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATC
64 TTCAAA-TCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-
** * * *
21997477 CAAAATAAAATAATACTACTTTTTTTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTT
126 CTGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
* * * *
21997530 TAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATCG-CCATTTGAACAA--A---A
1 TAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
21997587 TTGT----T-A--AT-ACTTTTTGTTTTGTCACAAAAAAAAATTATTTTTCA--ACATACAAACT
63 TT-TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT--CATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCT
* * * * * **
21997642 TATTTTAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAATTGATT
123 TATCTGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
21997696 TAAAAATTAAATTTGTTTA-CTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * *
21997760 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTG
65 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATCTG
* * * * * * *
21997823 AAATAAAATAATACCAATGTAATAATATTTTAAAAATTCATAACTAAGAGATT
129 -AATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * *
21997876 TAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACCAGTTTAAACAGTTAAGACTATATGAACAATCATCTATTG
1 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
21997941 CAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCTTAAGACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTA-CTTGG
66 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATC-T-G
* * * * * *
21998005 AATCAAATAAAAC-AATTT-GTAATATTTCAAAAATTTTATAAGTAAAAGATT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * * *
21998056 TAAAAAATAATTTCTATTTACCAAACTAGTTCAAAATAATTATAACTATTTAAACAA-TACCTAT
1 TAAAAAATAA-ATATGTTTATCGAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
21998120 TTCAAATCCATTATTACCTGTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGTTTG
64 TTCAAAT-CATTATAACCT-TTTGT-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTT-
* * *
21998183 AGTC-GAAATAAAAATAATACTAATTTATTTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGA-T
124 A-TCTG-AAT-AAAATAATACTAATTTA-TTAAAATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
21998242 TAAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTTATTTGTAACAATTATCTA
1 TAAAAAA-TAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTG-AACAATTATCTA
* * **
21998307 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTG-TTCTA-TTCATACTATTTTATT
63 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-T
* * * * ** * *
21998370 CAGAATGAAAATAATACTAATTTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGAAAAT
126 CTGAAT-AAAATAATACTAA-TTTATTAAAATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** ** * ** *
21998427 TAAAAAA-ATAATCTAATTA-CTGAATC-AGTTCAAAT-GTTAAAAACTATATGAA-TGTTATCA
1 TAAAAAATA-AATATGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
21998487 ATTTTAAATCTTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAAAATTTTTTTCCG-T--TA-AAGCTT
62 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTT
* ** ** * *
21998548 ATTTGGTTTAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
124 ATCT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
21998606 TAAAAAATAAATTTATTTACCGAACCAGTTC--ATAGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
21998669 TCAAATCGTT-TGACTTTTTTGTTTAGTCATAAAAC
65 TCAAATCATTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
21998704 TTTAAGACTA
Statistics
Matches: 1474, Mismatches: 294, Indels: 247
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
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188 20 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCTGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
Found at i:21997930 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21997632--21998703 Score: 774
Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 181
21997622 TATTTTTCAA
** * * * * * **
21997632 CATACAAACTTATTTTAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAATT
1 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
21997692 GATTTAAAAATTAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
**
21997757 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTATTTCTATT
131 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * *
21997807 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATGTAATAATATTTTAAAAATTCATAACTAAGA
1 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * *
21997872 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACCAGTTTAAACAGTTAAGACTATATGAACAATCATCT
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
21997937 ATTGCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCTTAAGACAATTATTTC-AGCT
131 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TT
* * * * * * * * *
21997988 CATATAAGTTTACTTGGAATCAAATAA-AACAATTT-GTAATATTTCAAAAATTTTATAAGTAAA
1 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTTTAAAAA-TTAATAAGTAAG
* * * * * *
21998051 AGATTTAAAAAATAATTTCTATTTACCAAACTAGTTCAAAATAATTATA-ACTATTTAAACAA-T
65 AGATTTAAAAAATAA-ATCTATTTACCGAACCAGTT-TAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATT
* * * *
21998114 ACCTATTTCAAATCCATTATTACCTGTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATT
127 ATCTATTTCAAAT-CATTATAACCT-TTTGT-TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * * * *
21998171 CATATAAGTTTGAGTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTTAATA-TTTAGAAAATTAATCAGT
1 CATACAAGTTT-ATTTGAAAT-AAAATAATACCAATTTA-ATAATATTTTA-AAAATTAATAAGT
* * * **
21998235 AAGAGA-TTAAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACCA-TTTCAAATAGTTTTGACTTATTTGTAAC
62 AAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACCGAACCAGTTT-AAATAGTTAAGAC-TATTTG-AAC
* *
21998298 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATT-GTTCTATT
123 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * * * * **
21998356 CATACTATTTTA-TTCAGAATGAAAATAATACTAATTTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCA
1 CATACAAGTTTATTTGA-AAT-AAAATAATACCAA-TTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * **
21998420 AGAAAATTAAAAAA-ATAATCTAATTACTGAATCAGTTCAAAT-GTTAAAAACTATATGAA-TGT
63 AGAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACCGAACCAGTTTAAATAGTT-AAGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
21998482 TATCAATTTTAAATCTTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAA-AATTT-TTTT
126 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * *** ** *
21998536 CCGTTA-AAGCTTATTTGGTTTAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 -C-ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * *
21998600 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACCAG-TT-CATAGGTTAAGACTATTAGAACAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTTAAATA-GTTAAGACTATTTGAACAATTA
* * * *
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ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
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* * *
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1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-
* * * *
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** **
21998837 AAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAT-AGGTTCAAATAA-TCAT
129 AAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAATCA-GTAAAAATAAGT-AT
* * * * *
21998890 TACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT
* ** * *
21998954 TTCAGTTAATACATGCTTAAACGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
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* *
21999019 AGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACTAAATCAGTAAAAATAAGTAT
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* * * *
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21999132 TTT--TTAATCAGACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAGTT
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126 AATAA
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GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT
TTAGTTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
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21999393 ACTTAGGATT
* * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATTGTTTCAG-T
* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** *
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123 ---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTCTAACC
* * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-AATTGTTTCAG
** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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*
22001014 T
172 C
* * * *
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* * * * *
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* * ** * * **** * * * **
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* * * * *
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** * * * * ** *
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64 TTAATAGAA-C-TA-TAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG---
* * * * * * *
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AATAGAACTATAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTCTAACC
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21999476 AGCTTATACG
* * * *
21999486 AAATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
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* * * * * * *
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*
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* *
21999654 AAATAACAATAATAATAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATGAATCTA
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* * *
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*
21999784 TTTTCTTTTGTCATAAAATA
130 TTTTCTTTTGTCAAAAAATA
21999804 ATTGGTTTTC
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Consensus pattern (168 bp):
AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACCAAATCAGTTAAAATAATTCTAACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT
TTTCTTTTGTCAAAAAATATATAAGCTTATTTGAAATA
Found at i:22000564 original size:181 final size:181
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** ** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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126 TAAGTAAG-AGA-TTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCA-ATTCAAAT-AGTTATGA
* * * * * * * * *
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1 CTATTTGAAC--AATTATTTATTTCAAAT-CATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTG
** * *
22000343 -TTCTGA-TCATTCAAGCTGGTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATT
62 TTTCT-ATTCATAAAAG-T-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * ** * **
22001140 AGTAACATATTTAAAAAACAAATCT-ATTAGCCTGACCAATGCGTATAGTTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
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* ** * *** * *
22001259 TGTTTGTACAAGCACAGTT-GAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
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* * * *
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*
22001375 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
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22001402 TGCTGTCACT
Statistics
Matches: 1019, Mismatches: 217, Indels: 140
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Matches are distributed among these distances:
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAAATATTTC
** * * * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** *** * ** * * *
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* * *
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* * *** * * * * * * * *
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* *** * * * *
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** ** ** ** * *
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** * ** ** * * * ** * * * *
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** * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTATGC--CATAAAACAAATATT
* * * * * * *
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** ** * *
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* * * ** * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAAATATTTC
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 -CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCA-TTATAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAAATATT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * ** * *
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** * * * * * **
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* * * *
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** * * * * *
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*** * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * ** *
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* * * * * *
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* * * ** * **** * *
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* * * * * * * **
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** * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTAT-GCCATAAAACAAATATTT
* * * * * * * *
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* *
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* * ** * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAAATAT--T
* * ** * * * * *
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GATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* *
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*
22000815 -TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
450 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
22000879 TTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTT
515 TTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTT
* * **
22000917 GAAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
1 GAAATAAAATAAGACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
22000981 ATCT-ATTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
65 ATATGATTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTA
* * * * *
22001045 TAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATGCA-TATAGTCTTATTCAGAATAAAATAA
130 TAACCATTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATGCACAAAAGT-TTATTCAGAATAAAATAA
* * ** *
22001109 TACTAAT-TTATGAATATTCTGAAAGTTAATAAGTAACATATTTAAAAAACAAATCTATTAGCCT
194 TACTAATGTAAT-AATATTCTGAAAATTAATAACCAACAGATTTAAAAAACAAATCTATTAG-CT
* ** * * * * * *
22001173 -GACCAATGCGTATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
257 AAACCAATGCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** * * * *
22001237 TTTATCACAAAATAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCACAGTTGAAATAATATAATTCTAATTTATT
322 TTTACCACAAAACAAATGTTTCAATTTGTACAAGCACAGTTAAAATAAAATAAATCAAATTTATT
* *
22001302 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTATTCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
387 AATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAATTCTAGTTACCAAACAAGTTCAAAT
22001367 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
449 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
22001402 TGCTGTCACT
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 70, Indels: 26
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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549 216 0.54
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554 60 0.15
555 3 0.01
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GAAATAAAATAAGACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAA
TATGATTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
AACCATTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATGCACAAAAGTTTATTCAGAATAAAATAATA
CTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACCAACAGATTTAAAAAACAAATCTATTAGCTAAAC
CAATGCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
CCACAAAACAAATGTTTCAATTTGTACAAGCACAGTTAAAATAAAATAAATCAAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAATTCTAGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATAAAACAAATGTTTTTGTTCATTCATA
AAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTT
Found at i:22001595 original size:155 final size:155
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22001301 TAATATTTCA
* * *
22001311 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTATTCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * *
22001376 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTGTCACTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTT
66 TATTTGAAAAATTATCTATTCCAAATCACTATCACTTTTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTT
22001441 ATATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
131 ATATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
* * * *
22001466 AAAATTAATAAGT-AAAGTAATTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATAAGTTCGAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAG-AATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
22001530 CTATTTGAAAAATTATTTATTCCAAATCATTATGAC-TTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTCCAAATCACTATCACTTTTTTATTTTATCATAAAACAATT-TTT
22001594 TT
129 TT
22001596 CTTCACACAA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 18, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
154 25 0.23
155 85 0.77
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (155 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAAAAATTATCTATTCCAAATCACTATCACTTTTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTT
ATATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
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Period size: 181 Copynumber: 17.9 Consensus size: 180
22001456 TATTTCAAAT
* * * *
22001466 AAAATTAATAAGTAA-AGTAATTAAAAAATAAATCTTTTTACCT-AATAAGTTCGAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * *
22001529 ACTATTTGAAAAATTATTTATTCCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * * ** * *
22001594 TTCTTCACACAAACTTATTGGATTAAAATAATA-TGAATTTATTAATATT-TT
129 CAGTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA
*** * * * * * * * *
22001645 GCCA-TAATAAGAAAAATATTT-TAAAATAAATTTG-TTACCGAA-AAGTTCAAATAGTCATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** * *
22001706 TTTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATCA
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * *
22001771 GTTCATATAGGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTA
131 GTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* ** *
22001821 AAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
22001886 TTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
22001951 TA-TGCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT--TAAATTTGTCAATATTCTA
130 -AGTTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA
* * * ** * *
22002002 AAAATTAATAAGTCAA-A-A-TAAAAAAATAATTTTGTTTTTTGAACCCA-TTCAAATAATTATG
1 AAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
22002063 ACTATTTATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACC
64 -------A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* *
22002128 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
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* * * * * *
22002189 AAAATTAATAAGTTAA-ATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTAAAATAATTATGA
1 AAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
22002253 TTGTTTGAACAATTATTTTTTTCAAATAGTTATG-CTCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
22002317 CTA-TTTAAAC-AGTTTATTTTGAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTCTA
129 C-AGTTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * * *
22002369 CAATTTAAT-GGATAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATAATCACA
1 AAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGT--TA
* * * * * * *
22002432 TG-C-ACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTATCTGTTTGTTTTATCATAAAAAAAATT
62 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATT
* * ** * * * * *
22002495 GTTTCGGTTCATATAAAATTATTGAAAATAAAATAAAACTGATTTATTAATATTTTG
125 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* *
22002552 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
22002612 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTC
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * *
22002676 TTTTCATACAAGCATATTCAAATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATT-TCA
130 AGTTCATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A
* * * * * *
22002728 GAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAATAAATAC-ATTTGCTGAATCAA-TTCAAATAATTAG
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-CTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
22002791 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTCTT
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*
22002856 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTC-A
128 TCAGTTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTA
* ** * * * * *
22002909 AAAAGTTAGTAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAATTCAAATAGATATG
1 AAAA-TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
22002974 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
22003039 TAGTTCATAAAAACTTACTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTA
129 CAGTTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
** * * * * * **
22003092 AAAATTTTTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT-TTTAACCAA-TTCAAATAGTTACAA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * **
22003155 CTATTTAAACAAATA-CAATCTT--AATTCATTATGA--TAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGT
65 CTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATT-GTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * ** *
22003215 GTCTGATT-ATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCA
127 TTCAG-TTCATACAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A
* ** ** * * *
22003270 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAATTAGTTTGAATTGTTAAGGC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * ** * *
22003335 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTCA
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* *
22003400 GTTCAT---AG-------GAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TT-TGA
131 GTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCT-A
* * *
22003440 AAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTA-G
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * *
22003503 ACTATTTGAACAATTATCTATCTC-AATCATTAT-A-ATCTTGATTTTGTCATAAAACAATTGTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
22003565 TC-TTCTCATACAAGCATGTTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCA
128 TCAGT-TCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * * *
22003619 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AGAAATAAATATGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAGGAG
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** * * *
22003683 TATTAGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTCATTTAGTCATACAACAATTATTTCA
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * * *
22003748 ATTTATACAAGCTTATTTTGAATAAGATAATAGTAACTTATTAACT-TTCAA
131 GTTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTA
* * * ** *
22003799 AAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATAA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * *
22003864 CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTATTATCATAAAACAATTGTTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
22003929 AG-ACATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATTA-TACTTTATTAATATT-TCA
130 AGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCT-A
* ** * * * * ** * * *
22003980 AAAATTATTCTGTAAGAGATTTAAAAACTAGAGCTATTTTTTAAACCAGTTCAAATATTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** * * *
22004045 TATTTAAACAAATGTCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * *** * * * * *
22004109 GATCATACAAGCTAATTCGGATAAAAATAATACTAATATAATATTATTTTG
131 GTTCATACAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * *
22004160 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGC-GTTTA-TCAA-ATTAGTTC-AATTGTTAA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTAT
* * ** * * * *
22004217 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTT
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
22004282 TCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TT-TGA
128 TCAGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCT-A
* * * *
22004336 ATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * * *
22004401 CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGATT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** ** * * * *
22004465 CAGTTCATAAAAAATTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTG
129 CAGTTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * * * *
22004518 AAGATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-AGTTTATTGAATC-ACTTCAAATAATTA-C
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** *
22004580 AGCTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTCATTTTGTCCAAAAAACAATTGT
64 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTG-
* *
22004644 TTTTCA--ACATACAAGGTTATTTTAAATAAAAT
126 -TTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAAT
22004676 CGTTATTTCC
Statistics
Matches: 2356, Mismatches: 527, Indels: 294
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 24 0.01
169 8 0.00
170 66 0.03
171 35 0.01
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189 31 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
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GTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
Found at i:22002163 original size:367 final size:360
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Indices: 22001466--22004645 Score: 1712
Period size: 359 Copynumber: 8.9 Consensus size: 360
22001456 TATTTCAAAT
* * * * *
22001466 AAAATTAATAAGTAA-AGTAATTAAAAAATAAATCTTTTTACCT-AATAAGTTCGAATAGTTATG
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * ****
22001594 TTCTTCACACAAACTTA-TTGGATTAAAATAATATGAATTTATTAATATT-TTGCCA-TAATAAG
129 CTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TAAATTTA-TAATATTCTAAAAATTAATAAG
* ** ** * * * *
22001656 AAAAATATTTTAAAATAAATTTG-TTACCGAA-AAGTTCAAATAGTCATAAC-T-T-T-TTAAAT
192 TAAAATA--AAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAATTATGACATATCTATTGAAT
* * * * *
22001715 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATCAGTTCATATA
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* * *
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* * ** *
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* * *
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* *
22001951 TATGCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTAAATTTGTCAATATTCTAAAAATTAATAAGTC
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* * *
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* * * *
22002081 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATA
253 TAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
*
22002145 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
317 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * *
22002189 AAAATTAATAAGTTAA-ATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTAAAATAATTATGA
1 AAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
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65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
22002317 CTATTTAAAC-AGTTTATTTTGAATAAAATTA-TACTAATTTATTAATATTCTACAATTTAATGG
129 CTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTA--AATTTA-TAATATTCTAAAAATTAAT--
* * * * * * *
22002380 ATAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAACAAGTTCAAAT-A--ATCACAT-GC-ACTTG
189 A-AGTAAAATAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAATTATGACATATCTA-TTG
* * * *
22002440 AATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATTATCTGTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTGTTTCGGTT
251 AATAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCT-TTTGTTTTATCAT-AAAACAATTGTTTCAGTT
* ** * * * * *
22002504 CATATAAAATTATTGAAAATAAAATAAAACTGATTTATTAATATTTTG
313 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * *
22002552 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
22002612 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTC
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* * ** *
22002676 TTTTCATACAAGCATA-TTCAAATTAAAATAATGCT-AATTTAATAATATT-TCAGAAATTAATA
130 TATTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAAT--TAAATTT-ATAATATTCT-AAAAATTAATA
*** ** *
22002738 AGTAAGATATTTAAAAAAATAAATACATTTGCTGAATCAATTCAAATAATTAGGAC-TAT-TA--
190 AGTAA-A-A--TAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAATTATGACATATCTATT
* * *
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250 GAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
*
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314 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTA
* ** * * * *
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1 AAAA-TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
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64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * **
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129 CTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATTA--AATTTA-TAATATTCTAAAAATTAAT
* * ** * * *
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189 AAGTAA-A-A-TAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAATTATGACATATCTA-T
* * * * * * * ** * *
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249 TGAATAATTATCTAT-TTCAAAT-AGTTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAG
* *** *
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311 -TTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A
* ** ** * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * ** * *
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66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
*
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131 A-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTA--AATTTA-TAA-TATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * *
22003450 AGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-GAC-TA--T-TT
190 AG-TA-AAA--TAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAATTATGACATATCTATT
* * * * * *
22003510 GAACAATTATCTATCTC-AATCA-TTAT-A-ATCTTGATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTC
250 GAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTG-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGT-
* * *** * * * *
22003570 TCATACAAGCATGTTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCA
312 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
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66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
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* * * * *
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192 -TA-AAA--TAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAATTATGACATATCTATTGA
* * * * * *
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252 ATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * ** *
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316 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCT-A
* ** * * * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-A-ATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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129 CT-ATTCATACAAGCTTATTTTGAAT-AAAATAATTA--AAT-TTATAATATTCTAAAAATTAAT
* * * ** ** * * ** *
22004169 AAG-AGATTTAAAAAATAAATGCGTTTATCAAATTAGTTC-AATTGTTAAGAC-TAT-TA--GAA
189 AAGTAAAATAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAATTATGACATATCTATTGAA
* * * *
22004228 TAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAT
253 TAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
*** *
22004291 ACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TT-TGA
316 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCT-A
* * * * *
22004336 ATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * *
22004401 CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGATT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** **** * * * * * *
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129 CTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TAAATTTA-TAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * ** *
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191 GT-AAA-A-TAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAATTATGACATATCTATTGA
* ** * *
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252 ATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTAT-CATAAAACAATTGTTT
22004646 TTCAACATAC
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TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
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* * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* **
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* * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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*
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* *** *
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* ** *
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195 TTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACATTTGCCGAACCAATT
* * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * *
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455 CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTATTATAATAAAACAATTGTTTT
* **
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520 AGACATAAAAACTTACTTGAAATAAAATAATTATACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTA
* * * **
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* ** *
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* **
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715 TTCGGATAAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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780 GCGTTTATCAAATTAGTTCAATTGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* *
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*
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1 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGA-ATTTGAAAAAATAAATCTG
* * * ** *
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65 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA-TCATTA-TAA
* * * * ** * *
22004437 CTTTTG-TTTTGTCATAAAAAAATTGATTCAGT-TCATA-AAAAATTATCCAAAATAAAATAATA
128 -TCTTGATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTCTCATACAAGCA-TATTCAAATTAAAATAATA
* * * *** * * * * ***
22004499 TTACTTTATTAATATTTTGAAGATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATA-GTTTATTGAA
190 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATACATTTGCCGAA
* * * * * * *
22004563 TCACTTCAAATAATTA-CAGCTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTCATTT
254 CCAATTCAAATAATTAGGA-CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTCATTT
* *
22004626 TGTCCAAAAAACAATT
318 AGT-CATAAAACAATT
22004642 GTTTTTCAAC
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 143, Indels: 56
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (893 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAATTTGAAAAAATAAATCTGT
TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATAATCT
TGATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTCTCATACAAGCATATTCAAATTAAAATAATACTAATT
TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACATTTGCCGAACCAATTC
AAATAATTAGGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTCATTTAGTCATAA
AACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAA
AAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAAATATAAC
TATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTATTATAATAAAACAATTGTTTTA
GACATAAAAACTTACTTGAAATAAAATAATTATACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAA
GAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAAACCAATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAAATGA
CAATCTCAAATCATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTGTCTGATCATACAAGCTAAT
TCGGATAAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATG
CGTTTATCAAATTAGTTCAATTGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
CTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAGTATACAACTATGGAAG
Found at i:22004328 original size:537 final size:539
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Indices: 22003488--22004515 Score: 1264
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* * *
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1 AGTTCAAATAGTTAGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAATCATTATAATCTTGATTTTGTCAT
** * * * * *
22003553 AAAACAATTGTTTCTTCTCATACAAGCATGTTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCC
66 AAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCATATTCGGATAAAAATAATACTAATATAATAATATTCC
* * * * * *
22003618 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAATAAATATGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAGGAG
131 AAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATACGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* ** * * * *
22003683 TATTAGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTCATTTAGTCATACAACAATTATTTCA
195 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
* * * * *
22003748 ATTTATACAAGCTTATTTTGAATAAGATAATAGTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCA
260 ATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCA
* *
22003813 AGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATT
325 AGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATT
** * * * *
22003878 ATCTATTTAAAATCATTA-TGACTTTTTGTATTATCATAAAACAATTGTTTTAG-ACATAAAAAC
390 ATCTATTTAAAATCATTACAAAC-TTTTGTATTATCATAAAAAAATTGATTCAGTACATAAAAAA
***
22003941 TTATTTGAAATAAAATAAT-TATACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTCTGTAAGAGATTTAAA
454 TTATCCAAAATAAAATAATAT-TACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTCTGTAAGAGATTTAAA
22004005 AACTAGAGCTATTTTTTAAACC
518 AACTAGAGCTATTTTTTAAACC
* * *
22004027 AGTTCAAATATTTATGACTATTTAAACAAATGTCAATCTCAAATCATTATGATCTTTG-TTTTGT
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* *
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*** * * ** *
22004155 TTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGCGTTTATCAAATTAGTTC-AATTGTTA
127 TTCCAAAAATTATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATACGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
* * * *
22004216 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGT
191 AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTAT
* ** *
22004281 TTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAATAATTAATA
256 TTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATA
* * * ** * *
22004346 AGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
321 AGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAAC
* ** * * *
22004411 AATTATCTATTTAAAGTTGTTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGATTCAGTTCATAAA
386 AATTATCTATTTAAAATCATTACAAACTTTTGTATTATCATAAAAAAATTGATTCAGTACATAAA
22004476 AAATTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
451 AAATTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
22004516 TGAAGATCAA
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 73, Indels: 17
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (539 bp):
AGTTCAAATAGTTAGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAATCATTATAATCTTGATTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCATATTCGGATAAAAATAATACTAATATAATAATATTCC
AAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATACGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAA
TTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAA
GAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTA
TCTATTTAAAATCATTACAAACTTTTGTATTATCATAAAAAAATTGATTCAGTACATAAAAAATT
ATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTCTGTAAGAGATTTAAAAAC
TAGAGCTATTTTTTAAACC
Found at i:22005023 original size:181 final size:176
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22004773 GTGAGATTCA
* * * * * *
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*
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*
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129 -TAAAATAATAT-AAATTAATAATATTTTAAAAAT-ATAACTAAGAGATTT
* * * * *
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1 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** * **
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66 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTATTTCA-TTCATATAAGTTTATT-CGA
* * ** * * * *
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128 ATAAAATAATA-TAAATTAATAATATTTTAAAA--ATATAA-CTAAGAGATTT
* * * * **
22005145 CAAAAAA-AAAT-TATTTATTGAACCAATTCAAATAATT-ATACTATTTGAACAATTAGATATTT
1 -AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * ** *
22005207 CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTCAAA
65 CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCATTCATATAAGTTTATTC-GA
* * *
22005272 ATAAAATAATACT-AATCTAATAAGATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTT
128 ATAAAATAATA-TAAAT-TAATAATATTTT-AAAAAT-ATAACTAAGAGATTT
* * ** * * * * * *
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1 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *** * * * ** *
22005389 AAATTGTTATGGTCTTTTAG-TTTGTCGTAAAACAATT-TTTCAACTCTTACTAA-CATATTTGG
66 AAATTATTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATA-TAAGTTTA-TTCG
* * * * *
22005451 AATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATGATTAAGTAAGAGATTT
127 AATAAAATAATATAAA-TTAATAATATTTTAAAAAT-A-TAACTAAGAGATTT
* * ** * * * *
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1 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * *
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66 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TATTTCATTCATATAAGTTT-ATTCGA
* * * *
22005633 ATAAAACAATATTAATTTATAATATTTTAAAAAT-TAA-TAGGAGATTT
128 ATAAAATAATATAAATTAATAATATTTTAAAAATATAACTAAGAGATTT
** * * * *
22005680 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
22005744 CAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAT-AGTCTTATTCGA
65 CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATATAAGT-TTATTCG-
* * * *
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22005843 TTAATAAGTA
Statistics
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Consensus pattern (176 bp):
AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTCATATAAGTTTATTCGAATA
AAATAATATAAATTAATAATATTTTAAAAATATAACTAAGAGATTT
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Alignment explanation
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Period size: 360 Copynumber: 2.8 Consensus size: 355
22004774 TGAGATTCAA
** * * *
22004784 AAAAAAAAATCCGTTTACTGAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
1 AAAAAAAAATTAGTTTATTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
* * ** *
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66 AATTATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAA-
*
22004914 TAAAATAATATAAAATTAAAAATATTTTAAAAATCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
129 TAAAATAATAT--AATTAATAATATTTTAAAAAT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * * *
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191 TTGCCAAACCACTTAAAACAATTAAAAATATATGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * *
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* ** *
22005105 TAATTTTTTAATATTTC-AAAAT-TTTAAAAGTTAA-AGATTT
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* **
22005145 CAAAAAAAAATTA-TTTATTGAACCAATTCAAATAATTAT-ACTATTTGAACAATTAGATATTTC
1 -AAAAAAAAATTAGTTTATTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* ** *
22005208 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTCAAAA
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* * * *
22005273 TAAAATAATACTAATCTAATAAGATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
129 TAAAATAATA-TAAT-TAATAATATTTT-AAAAAT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * **
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* * * * * *
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320 TTACTAATATTTCAAAAATGATTAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
22005504 AAAAAATAATTATGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTTAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAAAAATTA-GTTTATTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
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* * *
22005634 TAAAACAATATTAATTTATAATATTTTAAAAAT-TAA-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
129 TAAAATAATA-TAATTAATAATATTTTAAAAATATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * ** * * * * * * **
22005697 ACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-AT
193 GCCAAACCACTTAAAACAATTAAAAATATATGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTA-
*
22005761 TTATTTTGTCATAAAACAATT
257 TTAGTTTGTCATAAAACAATT
22005782 GTTTCTGTTC
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAAAAAAAATTAGTTTATTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
AATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAATA
AAATAATATAATTAATAATATTTTAAAAATATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCC
AAACCACTTAAAACAATTAAAAATATATGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTATTAG
TTTGTCATAAAACAATTCTTCAACTCATACCAACATATTTAGAATAAAATAAAACAAATTTACTA
ATATTTCAAAAATGATTAAGTAAGAGATTT
Found at i:22005911 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
22005876 CTTGATAACA
*
22005886 TATCTTTAACAATTGG
1 TATCTATAACAATTGG
22005902 TATCTATAACAATTGG
1 TATCTATAACAATTGG
22005918 TAT
1 TAT
22005921 GAGCTTGTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 18 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
TATCTATAACAATTGG
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Indices: 22006528--22006602 Score: 125
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22006518 AAGTTAGTTG
*
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*
22006566 GATTAGGATGCACAAATTGAGGGGGAGTTTTTGCCAT
1 GATTAGGATGCACAAATTGAAGGGGAGTTTTTGCCAT
22006603 GCATTGATTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 1
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
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GATTAGGATGCACAAATTGAAGGGGAGTTTTTGCCATTA
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* * *
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*
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1 AAGCAAAAGATCGAT
22007661 GGGGTAAGGC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 3
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AAGCAAAAGATCGATCACCTA
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Indices: 22008491--22010045 Score: 1185
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22008481 ACATGCAAAA
* * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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129 TCATTATGACCTTTTGTTTCA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* * * * *
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1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA
* *
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* * *
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127 AA-TCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-ACAAGC
* * * *
22008848 TTATCCAAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * * * *
22008913 ACTAAAACTACTTT-CCAAGCTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTGAAA
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* * *
22008977 TCATTATGATC-TTTGTTTTC-TCATAAAAC-ATTGTTTTTGATCATACAAGC
129 TCATTATGACCTTTTG-TTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
*** * * *
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1 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA
* * * * * * * **
22009087 AAATAAATGTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGATTATTAGATTAATTATCTATTTCAA
64 AAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
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128 ATCATTATGACCTTTTGTTTCA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* *** **
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1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAA
* *
22009267 AAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
64 AAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* *
22009332 TCATTATGACCTTTTGTTCCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
129 TCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* * ** * * ** *
22009384 TTATTCAAAATAAAATAGTATTGCTTTAATAATTTTTTGAAAGTTAATAAGTAAA-AGATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AA
* * * * * * * *
22009448 AAAATAAATTAGTTTACTGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAACTATCTATTTCA
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* ** * *
22009512 AATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTT--TTCAATAGGCAAGC
127 AATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTC-ATA--CAAGC
* * *
22009566 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAG--A-A-A-TTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA
* * * * *
22009626 AATAAATCTATTTACCAAACTAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATT
65 AATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * *
22009691 TGTTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACTAGC
130 CATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGC
** ** * * * *
22009742 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGGATTATTTTAAAAATTAAT-AGCTAAGAGACTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA-AATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAA
** * * * * * * *
22009806 AAATAAATACGTTTGCCAAACCAA-TTCAAACAGTTAGGACTATATAAATAATTATTTATTTCAA
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** ** *
22009870 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTT-ATACAAGC
128 ATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGC
* * * * * * * * * *
22009923 TTAATCGAAATATAACAAAACTAATTGATTAATATTTC-AAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA
* * * * *
22009987 AAT-AATTCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAACTATCTATT
65 AATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
22010046 ATTGTTATTA
Statistics
Matches: 1093, Mismatches: 224, Indels: 120
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Matches are distributed among these distances:
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177 4 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAA
ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
Found at i:22010691 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22010088--22010796 Score: 639
Period size: 182 Copynumber: 3.9 Consensus size: 179
22010078 TTTCAATAAC
* * * * * *
22010088 TATCTATTTAAAATCATTATTACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGC
* * *
22010153 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-ACCAAATTAATCAGTAAAGAGATTTAA
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* * * ** *
22010217 AAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAATTTGGACTATT-TGAATAAT
128 AAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AA-ACT
* * * * * *
22010270 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAATTAGTTCTA-TTCATACTAA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATA-TAA
* * * * ** *
22010334 -TTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAA
64 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-GTA-AAAATTTA
** *
22010398 AAAAATAAATCTAACT-CACAAACCAATTTAAATAGTTAAGACTA-TATAAACGGT
127 AAAAATAAATCTATTTAC-CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTATAAAC--T
* *
22010452 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGAT-GTAAAACAATTGTTTT-GTTCATATAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAG
** *
22010515 CTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTAAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAA
* * * * * *
22010580 AAATAAATTTGTTTACCAAAACAATTCAAATGGTTAAGATTATTATACCACT
129 AAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTATA-AACT
* * * * * *
22010632 TATCTATTTGAAATCGTTCTGACCCTTTGTTTTATCATAAAACAATGGTTTTAGTTCATACAAGC
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* * * * * * * *
22010697 TTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAGA-TTCAAAAAATTAAT-TGGAAAGAGGTTTAA
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* *
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22010797 TTTACAATTA
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 74, Indels: 46
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Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 95 0.22
181 118 0.27
182 201 0.47
183 10 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTATAAACT
Found at i:22010762 original size:362 final size:364
Alignment explanation
Indices: 22010088--22010771 Score: 765
Period size: 362 Copynumber: 1.9 Consensus size: 364
22010078 TTTCAATAAC
* * * *
22010088 TATCTATTTAAAATCATTATTACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGT
1 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGC
* * *
22010153 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTACCAAATTAATCAGTAAAGAGATTTAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTACAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAA
* * * ** *
22010218 AAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAATTTGGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
131 AAATAAATCTATTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
22010283 TCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAATTAGTTCTATTCATACTAATTTATTCAAAATAA
196 TCATTATAACCCTTTATTTTATCATAAAACAATTAGTTCTATTCATACTAACTTATTCAAAATAA
* * * * *
22010348 AATAATATTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAAC
261 AATAATACTAATTTAATAAGATTTCAAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAAC
22010413 TCACAAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATATAAACGGT
326 TCACAAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATATAAACGGT
* * *
22010452 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGAT-GTAAAACAATTG-TTTTGTTCATATAAG
1 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAG
** *
22010515 CTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAATA-A-ATTT
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAC-AAAATTAATAAGTAA-AGAGATTT
* * ** * * *
22010577 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAAACAATTCAAATGGTTAAGATTATTAT-ACCACTTATCTATTT
128 AAAAAATAAATCTATTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
22010641 GAAATCGTTCTGACCCTTTGTTTTATCATAAAACAA-TGGTTTTAGTTCATAC-AAGCTTATTTA
192 CAAATCATTATAACCCTTTATTTTATCATAAAACAATTAGTTCTA-TTCATACTAA-CTTATTCA
* * * *** ***
22010704 GAATAAATTAATACTAATTTATTAAGA-TTCAAAAAATTAATTGGAAAGAGGTTTAAAAAAATAA
255 AAATAAAATAATACTAATTTAATAAGATTTC-AAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAATAA
22010768 ATCT
319 ATCT
22010772 GTTTGCCAAA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 53, Indels: 16
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
361 11 0.04
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365 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (364 bp):
TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTACAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTATAACCCTTTATTTTATCATAAAACAATTAGTTCTATTCATACTAACTTATTCAAAATAA
AATAATACTAATTTAATAAGATTTCAAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAAC
TCACAAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATATAAACGGT
Found at i:22011924 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 179
22011028 ATTAAAAAAT
* * * *
22011038 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATGGCCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCAT
* * * ** * * * ** *
22011102 AATTATTTGAAC-TGATTTGATTAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAAATTATCGATTTTTAA
65 AACTATTTGAACTTG--TTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTCT-ACTTATTAATTTTTAG
* * * *
22011165 AATGTTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTTATGAACT-GAAAC
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * * * *
22011218 AACTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCACAATGATTTTAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
22011282 AACTATTTGAATTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTATTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG
65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTA--AATTTC-TACTTATTAATTTTTAG
* * *
22011347 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-GAAAC
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * * * * * *
22011401 AATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGAAAAT-TTTCTAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA
* *
22011465 ACTATTTGAA-TTAGATCA--ACAAACGTATTTATTTTTTAAA-TTCT-C--ATTAATTTTTAGA
66 ACTATTTGAACTT-GTTCAGTA-AAAAG-ATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAGA
** * ** * * ** *
22011523 ATATTGTTAATTTAGCAATATTTTACTTTGCATAAGCTCATATGAACAGAAAC
128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * * *
22011576 AAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATAATAATTTGAGATAGGTAATTGTTTAAATTGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA
** * *
22011640 ACTATTTGAACTTGTTTGGT--CAAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-GAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * ** **
22011699 AGTAATAGACTATTATTATTTTATTCCAAATAATTTTGTATGAATAGAAAC
130 ATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
22011750 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATCTGAAATATATAATAGTTTAAAT-GAACAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCAT
* * * * * * *
22011814 GACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAAGAATAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATCTTTAAAA
65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTAGAA
* *
22011879 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * *
22011931 AATTGTTTTATGACAAAACAATAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
22011996 ACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAA-TTTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-TAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAGAAT
* *
22012059 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-ATAGCTTGTTTGAATAGAAAC
130 ATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAAC
* * ** * * *
22012110 AATGGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTAAAATAGAGAATTA-TTTAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * *
22012174 AACTATTTTAAGGTGTTCA-AAAAATAGCTTTATTTTTTAAAATTT-TA-TTGTTAATTTTTGGA
65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAA-AGATTTATTTTTT-AAATTTCTACTTATTAATTTTTAGA
* * * *
22012236 ATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGCATGAATAGAACC
128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * *
22012288 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA
* ** ** * * *
22012353 ACTATTTCAACTTGTTTGGTAAGCAGATTCATTTTTT-TATTCTCCTACTCT-GTAATTTTTAGA
66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATT-T-CTACT-TATTAATTTTTAGA
* * *
22012416 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAT
128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* *
22012469 AATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
22012516 TTAATTTTAT
Statistics
Matches: 1040, Mismatches: 209, Indels: 97
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.00
173 16 0.02
174 86 0.08
175 140 0.13
176 5 0.00
177 20 0.02
178 127 0.12
179 148 0.14
180 121 0.12
181 227 0.22
182 88 0.08
183 58 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAGAATA
TTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
Found at i:22012421 original size:538 final size:527
Alignment explanation
Indices: 22011180--22012513 Score: 1386
Period size: 538 Copynumber: 2.5 Consensus size: 527
22011170 TAATAAAGTA
* * *
22011180 ATATTATTTTATTTCAAATAAGTTT-TATGAACT-GAAACAACTGTTTTATGATAAAATAAAAAG
1 ATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAG
* * * * * * *
22011243 TCACAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAATAAACA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * * * *
22011308 GATTTATTTTTTATTAATT-TCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
129 GA-TTAATTTTT-TT-ATTCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * *
22011372 ATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATT
191 A-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* ** * *
22011437 TGAAATAGAAAATTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGATCAACAAACGTATTTATTTTTT
255 TGAAATAGAAAATTTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTAGATCAACAAACATATTTATTTTTA
** * *
22011502 AAATTCTCATTAATTTTTAGAATATTGTTAATTTAGCAATATTTTACTTTGCATAAGCTCATATG
320 AAATTCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTCATATG
* * * * *
22011567 AACAGAAACAAATGTTTTAGGATAAAACAAAGATCATAATAATTTGAGATAGGTAATTGTTTAAA
385 AACAGAAACAAATGGTTTAGGACAAAACAAAGATCATAATAATTTAAAATAGGTAATTATTTAAA
* * ***** *
22011632 TTGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTCAAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA
450 TAGTCATAACTATTTGAACGTGTTAAAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAA
22011697 ATAGTAATAGACT
515 ATAGTAATAGACT
* *
22011710 ATTATTATTTTATTCCAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
1 A-TATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * * * *
22011775 TCATAATGATCTGAAATATATAATAGTTTAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
* * * * * * *
22011839 AGAATAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATCTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
128 AGATTAATTTTTTTATTCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * *
22011904 TCTGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAGATCATAATGATTT
193 T-TGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* **
22011968 GAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTT-GCTCAGTAAACA-ATTTTATTT
256 GAAATAGAA-AATT-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTAGATCAACAAACATA-TTTATTT
* * * *
22012030 TTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAA-ATA
317 TTAAAA---TT-CTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTT-TGAATA-A
** * * * *
22012092 GCTTGTTTGAATAGAAAC-AATGGGTTTATGACAAAACAAATTG-TCATAATGATTTAAAATAGA
376 GCTCATATGAACAGAAACAAAT-GGTTTAGGACAAAACAAA--GATCATAATAATTTAAAATAG-
* * * * *
22012155 G-AATTATTTAAATAGTCATAACTATTTTAAGGTGTTCAAAAAATAGCTTTATTTTTTAAAATTT
437 GTAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT-AAAAAA-AGATTTAGTTTTT-AAA-TC
* * * *
22012219 TATTGTTAATTTTTGGAATATTAATA-ATTT
498 TATTATTAATTTTTGAAATAGTAATAGA-CT
* * *
22012249 ATATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT
1 ATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-T
* * * *
22012314 CATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAGCAG
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
* *
22012379 ATTCATTTTTTTATTCTCCTACTCT-GTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
130 ATTAATTTTTTTATTCTCCTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * *
22012443 TCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
194 T-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
22012508 AATAGA
258 AATAGA
22012514 TATTAATTTT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 118, Indels: 57
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
529 7 0.01
530 102 0.16
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532 81 0.12
533 6 0.01
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535 58 0.09
536 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (527 bp):
ATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
TTAATTTTTTTATTCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG
AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGAAAATTTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTAGATCAACAAACATATTTATTTTTAAAATTC
TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTCATATGAACAGA
AACAAATGGTTTAGGACAAAACAAAGATCATAATAATTTAAAATAGGTAATTATTTAAATAGTCA
TAACTATTTGAACGTGTTAAAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATAGTA
ATAGACT
Found at i:22013201 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 22012655--22015626 Score: 1988
Period size: 181 Copynumber: 16.6 Consensus size: 176
22012645 AGTATACAAA
* *
22012655 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-GAATTAGTATTATTTTATTTTGG
1 TTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * ** * ** *
22012719 ATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATA
63 ATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * ** *
22012784 GACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTTTTC-AGTAAACAAAT
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAGAT
** * * * *
22012834 TTATTTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTCT
1 TTA-TTTTTTAAATC----TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * ** * * * * ** *
22012899 GAATAGGCTTGTATGAATTGAAAA-TTTTATTTTAAGACTAAACAGAATATCAAAATGATTTGAA
61 GAATAAGCTTGTATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
22012963 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTTGAACTGATTCAATAAGCAAAT
124 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* * * * * **
22013017 TTATTTTTTAAATATCTTATTAATTGTTGAAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATCCGAATA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * *
22013082 AGCTTTTATAAACAAAATAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
66 AGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * **
22013147 ATCGTTCACATAGCCTTAACTATATGAACTGGTTCGACAATTAGAT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* * * * * *
22013193 TTATTTTTTAAATTTTGGTTATTGA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
** * * * * * * * **
22013257 ATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
63 ATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
22013322 AATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAACAGAT
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* * *
22013372 TTATTTTTTAAATCTCTTACGGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTTTACT
1 TTATTTTTTAAATCTCTT----ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAG--TATTATTTTATT
* * * * * *
22013436 TTG-ATCAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTT
59 TTGAAT-AAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * * * *
22013500 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAGTTGATTCAATAAATAGAA
122 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* * * * * * * *
22013555 TTATTCTCTAAATCTCTTATAAAATTTTGAAATATTAATGAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
*** * * *** * * *
22013620 AGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTCTAT----------TTTG-AATAA-G-CTTGAAATAAAT
66 AGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * **
22013672 AATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTATAG-CAAATGGAT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TCGATAAACAGAT
* * * * * *
22013719 TTATTTTTAAAATTTTTAAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
1 TTATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * * * * **
22013784 AATAAGTTTATATGACCAGAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAAT
62 AATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
22013849 AGATAAATGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGATTCAATAAACAAAT
126 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* *
22013900 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTACTTTATTTTGAATA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * *
22013964 AGCTTGTATGTTGA-AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGA
66 AGCTTGTATG--AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
22014028 TTATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACCGATTCAATAAACTGAT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* * * * * *
22014076 TTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAAAATTAATATAGTAGCATTATTTTATTTTGGATA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * *
22014141 AGCTTTTATGAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCAT-ATGATTTTAAATAGA
66 AGCTTGTATG-AAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* ** * *
22014205 TAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAATAAACAAAT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* * *
22014253 TTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTGTTTTTTTT
1 TTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT
* * * * * * *
22014317 TTCAAATAAGCTTGTATCAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAA-GTCAAAATAATTTG
59 TT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * * * *
22014381 AAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAGCTATTTGAACTAGTTC-AGCAAACACAT
122 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAGAT
* * *
22014436 TTA--TTTTAAATCTCTTATGAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAAT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT
** * * * * * **
22014498 AAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTCATGAGAAAATAAAA-ATCATAATGATTTGAGATTCA
65 AAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
22014562 TATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAATA-ACT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGA-T
* * * *
22014610 TTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTATATTCT-
1 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * ** *
22014674 AATAAGATTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAA
62 AATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAA
* * * * *
22014738 TGGATAATTGTTCAAACAATCA-AATCTATTTGAACTTGTTC-AGCAAACAGAT
125 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAGAT
** * * *
22014790 TT-TTTTAAAAATCTTTTGCTCACTAATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * ** * *
22014853 GAATAAGCTTGTATGAACTTAAATAATCATTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAGAATGATTTCAA
61 GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * ** * ** *
22014917 TTAAATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATAT
124 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* ** * * **
22014970 TTATTTTTTAAATCTCTTACATACTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGCGTTTTTTTAATCC
1 TTATTTTTTAAATCTCTT--AT--TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * *
22015034 GAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCGTAACT-ATTTTG
61 GAATAAGCTTGTAT-GAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA-TTTG
* * * * *
22015096 -GATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGTTTCGATAAATAGAT
122 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
** ** * * *
22015150 TTAGATTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATCAGTATTAATTTATTTTGAATA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * * *
22015215 ATTTTGCATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
66 AGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * ** *
22015280 AATTGTTTAAATAGACATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGAT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* * * * *
22015327 TTATGTTTTAAATCTCCTACCTTTTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAGTAATATTTTATTTCT
1 TTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-T
* * * * * *
22015392 -AATGAA-CTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACT-ATTTAA
61 GAAT-AAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
* * * * * * * *** * * *
22015454 AATAAAAAATTATTAAAACAGCCATAACTATTTTAACTTACTCGGTGAACAAAT
123 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
* * * *
22015508 TTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * *
22015572 AATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAGCCAAAAGGTCATAA
62 AATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAA
22015627 CTATTTAACA
Statistics
Matches: 2165, Mismatches: 510, Indels: 234
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 50 0.02
165 2 0.00
166 7 0.00
167 1 0.00
168 63 0.03
173 2 0.00
174 90 0.04
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176 267 0.12
177 277 0.13
178 142 0.07
179 212 0.10
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182 132 0.06
183 234 0.11
184 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
AGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
Found at i:22013868 original size:528 final size:519
Alignment explanation
Indices: 22013135--22014114 Score: 1180
Period size: 528 Copynumber: 1.9 Consensus size: 519
22013125 TCATAACGAT
* * *
22013135 TTGAAATAGATAATCGTTCACATAGCCTTAACTATATGAACTGGTTCGACAATTAGATTTATTTT
1 TTGAAATAAATAATCGTTCACATAGCCTTAACTATATGAACTGGTTAGACAAATAGATTTATTTT
* * * * * *
22013200 TTAAATTTTGGTTATTGAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATA
66 TAAAATTTTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATA
* * * *
22013265 GTATGAATAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTA
131 GTATGAACAGAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAAATA
* *** *
22013330 TTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGGA
196 TTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT----A
* **
22013395 TTAATT-TTCTAAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTTTACTTTG-ATCAAACTTATAT-TAACA
257 TTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAG---TTTACTTTACTTTGAAT-AAACTTATATGT-ACA
* *
22013457 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
316 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * *** *
22013522 TTATAATTATTTGAGTTGATTCAATAAA-TAGAATTATTCTCTAAATCTCTTATAAAATTTTGAA
381 CCAAAATTATTTGAACCGATTCAATAAACT-GAATTATTCTCTAAATATCTTATAAAATTTTGAA
*
22013586 ATATTAATGAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTCTATT
445 AAATTAATGAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTCTATT
22013651 TTGAATAAGC
510 TTGAATAAGC
* * * * * *
22013661 TTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTATAG-CAAATGGATTTATTT
1 TTGAAATAAATAATCGTTCACATAGCCTTAACTATATGAACTGGT-TAGACAAATAGATTTATTT
* *
22013725 TTAAAATTTTTAAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
65 TTAAAA-TTTT-AGTTATTAAGTTTCAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-
** * * * * * *
22013790 TTTA-TATGACCAGAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATA
127 AATAGTATGAACAGAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATA
* * * * *
22013854 AATGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
192 AATATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** *
22013919 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATA
257 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTACTTTACTTTGAATAAACTTATATGTACAAAAACA
* * * *
22013984 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATGGCCAAAA
322 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAAAA
* * * * *
22014049 TTATTTGAACCGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAAAATTAA
387 TTATTTGAACCGATTCAATAAACTGAATTATTCTCTAAATATCTTATAAAATTTTGAAAAATTAA
22014114 T
452 T
22014115 ATAGTAGCAT
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 67, Indels: 21
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
521 135 0.36
522 4 0.01
524 24 0.06
525 2 0.01
526 57 0.15
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528 149 0.39
529 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (519 bp):
TTGAAATAAATAATCGTTCACATAGCCTTAACTATATGAACTGGTTAGACAAATAGATTTATTTT
TAAAATTTTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATA
GTATGAACAGAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAAATA
TTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTACTTTACTTTGAATAAACTTATATGTACAAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAAGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAAAATTAT
TTGAACCGATTCAATAAACTGAATTATTCTCTAAATATCTTATAAAATTTTGAAAAATTAATGAA
TTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTCTATTTTGAATAAGC
Found at i:22014728 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22013661--22015626 Score: 1371
Period size: 180 Copynumber: 11.0 Consensus size: 178
22013651 TTGAATAAGC
* * * * * * * ***
22013661 TTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTATAGCAAATGGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TCGAAAAACAATTTATTTT
* * * *
22013726 TAAAAT-TTTTAAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
65 T-AAATCTCTT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
* * * * * * * * * **
22013790 TTTATATGACCAGAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAAT
127 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* *
22013842 TTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGATTC-AATAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAA-AAAC-AATTTA-TT
* * *
22013906 TTTAAA--TC-TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTACTTTATTTTGAATAAGC
63 TTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * * *
22013967 TTGTATG--TTGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAAGAATGAT
128 TTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
22014018 TTGAAATAGATTATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACCGATTC-AATAAACTGATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAA-AAAC-AATTTA-TT
* * * * * * *
22014082 TTTAAA--T-ATCTTATTAATTTTTGAAAAATTAATATAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGC
63 TTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * *
22014144 TTTTATGAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCAT-ATGAT
128 TTGTATG-AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * **
22014195 TTTAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTC-AATAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAA-AAAC-AATTTA-TT
* * * * * *
22014259 TTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTGTTTTTTTTTTCAAA
63 TTT-AAATCTC-TTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCT-GAA
* * * * * * *
22014323 TAAGCTTGTATCAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAA-GTCAAAATAAT
123 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* ** * * *
22014378 TTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAGCTATTTGAACT-AGTTC-AGCAAACACATTTA-T
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGA-AAAACA-ATTTATT
* * *
22014440 TTTAAA--TC-TCTTATGAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATT-TGAATAAG
63 TTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAG
* * * * *
22014501 CTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTCATGAGAAAATAAAA-ATCATAATGAT
127 CTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* ** * * * *
22014552 TTGAGATTCATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAATAACTTTAGTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACAA-TTTA-TTT
* * *
22014617 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTATATTCT-AATAAGA
64 TTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * *
22014681 TTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACT
128 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-T
* * * *
22014733 TT-AAATGGATAATTGTTCAAACAATCA-AATCTATTTGAACTTG-TTC-AGCAAACAGATTT-T
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTCGA-AAAACA-ATTTAT
* * * * * *
22014793 TTTAAAAATCTTTTGCTCACTAATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
62 TTT-TAAATCTCTT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * ** *
22014857 AAGCTTGTATGAACTTAAATAATCATTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAGAATGAT
124 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * * **
22014912 TTCAATTAAATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACA-ATTTA-TTT
* * * ** * * *
22014977 TTAAATCTCTTACATACTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGCGTTTTTTTAATCCGAATAAG
64 TTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
* * * *
22015041 CTTGTATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCGTAACT-ATT
127 CTTGTAT-GAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA-T
* * * * * * *
22015093 TTG-GATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGTTTCGATAAATAGATTTAGATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACA-ATTTA-TTT
** * * * * **
22015157 TTAAA--TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATCAGTATTAATTTATTTTGAATAATTT
64 TTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
* * * * *
22015219 TGCATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACGAT
129 TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * **
22015269 TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGACATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATGTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACA-ATTTAT-TT
* * * *
22015334 TTAAATCTCCTACCTT-TTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAGTAATATTTTATTTCT-AATGA
64 TTAAATCT-CT-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAAT-A
* * * *
22015397 A-CTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACT-AT
125 AGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGAT
* * * * * * * * * * ***
22015450 TTAAAATAAAAAATTATTAAAACAGCCATAACTATTTTAACTTACTCGGTGAACAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAAAAAC-AATTTATTTT
* * * * * *
22015515 TAAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATATGC
65 T-AAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * *
22015579 TTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAGCCAAAAGGTCATAA
128 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAA
22015627 CTATTTAACA
Statistics
Matches: 1414, Mismatches: 291, Indels: 160
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 88 0.06
175 17 0.01
176 242 0.17
177 178 0.13
178 40 0.03
179 104 0.07
180 293 0.21
181 289 0.20
182 52 0.04
183 97 0.07
184 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACAATTTATTTTT
AAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
Found at i:22015309 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 22013739--22015626 Score: 1410
Period size: 357 Copynumber: 5.3 Consensus size: 355
22013729 AATTTTTAAG
* * * * *
22013739 TTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTATATGACCAGA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAGA
* * * * ** * *
22013804 AACAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
* * *
22013869 ATAGCTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T---TATTAA-TTCTTG
131 ATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTG
* * * *
22013929 AAATATTAATAAATTA-GTTTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAATAATTGTTTT
196 -AATATTAATAAATTAGGTTT-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTT
* * * * * *** * *
22013992 ATGATAAAACAAAAGGTAAGAA-TGA-TTTGAAATAGATTATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTT
258 ATGACAAAA-AAAAGATCATAACT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
* * ** * *
22014055 GAACCGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATATC
321 GAACTGTTTCAGCAAACAGATTTA--TTTTAAATCTC
* * * * *
22014092 TTATTAATTTTTGAAAA-ATTAATATAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAAAC
1 TTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATG-AAC
* * * * **
22014155 TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCAT-ATGATTTTAAATAGATAATTGTACAAAT
63 -AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
** * * * *
22014218 AGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATT
127 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACATATTAATT
* * *
22014283 TTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTGTTTTTTT-TTTCAAATAAGCTTGTATCAACTA-AAACA
191 TTTTGAATA-TTAATAAATTAG----GTTTTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATA
* * * * * * ** * *
22014345 ATTATTATATGACTAAACAAAAG-TCA-AAATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTA
250 ATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGATCATAACTATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
* *
22014408 GCTATTTGAACTAG-TTCAGCAAACACATTTATTTTAAATCTC
314 ACTATTTGAACT-GTTTCAGCAAACAGATTTATTTTAAATCTC
* *** * * **
22014450 TTATGAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGATTAG
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGTTTGTATGAACAG
* * * * * * ** *
22014514 AAACAATTGTTTCATGAGAAAATAAAA-ATCATAATGATTTGAGATTCATATTTGTTTAAATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * *
22014578 CATAACTATTTGAACTGGTTC-G-AAAAATAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
130 CATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACA-AA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTT
* * * * * * *
22014640 TTGAAATATTAATAAAGTA-GTATTATTATATTCTAATAAGATTTTATGAATTGAAATAATTGTT
193 TTG-AATATTAATAAATTAGGTTTTTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
* * * *
22014704 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGACTTT-AAATGGATAATTGTTCAAACAATCA-AATCTA
256 TTATGACAAAA-AAAAGATCATAACT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA-CTA
22014766 TTTGAACT-TGTTCAGCAAACAGATTT-TTTTAAAAATCTTTTGC
318 TTTGAACTGT-TTCAGCAAACAGATTTATTTT--AAATC---T-C
* * * * * **
22014809 TCACTAATTTTTC-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTT
1 TTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAG
* * * * * * *
22014873 AAATAATCATTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAGAATGATTTCAATTAAATAATTGTTTTAATAG
65 AAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * * * *
22014937 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACATACTAATTTTT
129 TCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT
* * * *
22015002 TGAATATTATTAAATTAGCGTTTTTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTGTTT
194 TGAATATTAATAAATTAG-GTTTTTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAATAATTGTTT
* * * *
22015066 TATGACAAAATAAAGATCGTAACTATTTTG-GATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTA
257 TATGACAAAAAAAAGATCATAACTATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
* *
22015130 AACTGTTTC-GATAAATAGATTTAGATTTTAAATCTC
322 AACTGTTTCAG-CAAACAGATTT--ATTTTAAATCTC
* * * * *
22015166 TTATTAATTTTCAAAATATTAATATATCAGTATTAATTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAGA
* * * *
22015231 AACAATTTTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGAC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
* * * * * * * * **
22015296 ATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTTTTAATTTTTAA
131 ATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTG
* * *
22015361 AATATTAGTAAATTA-GTAATATTTTATTTCTAATGAA-CTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
196 AATATTAATAAATTAGGT--TTTTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * * * * * * ** *
22015424 ATGATAAAACAAAAGATTATAACTA-TTTAAAATAAAAAATTATTAAAACAGCCATAACTATTTT
258 ATGACAAAA-AAAAGATCATAACTATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
* * ** * * *
22015488 AACT-TACTCGGTGAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTAT
322 AACTGT-TTCAGCAAACAGATTTA-TTTT-AAA---TCT-C
*** * *
22015528 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAGA
*
22015592 AACAATTGA-TTTATGACAAAGCCAAAAGGTCATAA
66 AACAATT-ATTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAA
22015627 CTATTTAACA
Statistics
Matches: 1223, Mismatches: 229, Indels: 157
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 6 0.00
352 5 0.00
353 144 0.12
354 94 0.08
355 25 0.02
356 45 0.04
357 301 0.25
358 126 0.10
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360 195 0.16
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362 55 0.04
363 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTG
AATATTAATAAATTAGGTTTTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATG
ACAAAAAAAAGATCATAACTATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
GTTTCAGCAAACAGATTTATTTTAAATCTC
Found at i:22015747 original size:142 final size:144
Alignment explanation
Indices: 22015506--22015767 Score: 381
Period size: 142 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
22015496 CGGTGAACAA
* *
22015506 ATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTG
* *
22015571 GAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAGCCAAAAGGTCATAACTATTTAAC
66 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACTATTTAAC
22015636 ATGTTCAAAAAATAG
130 ATGTTCAAAAAATAG
* * *
22015651 ATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATT-ATTTTTTGAATATTAATAATTTA-TATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-ATAGTATTATTTTATTT
* *
22015712 GGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
65 GGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
22015768 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 9, Indels: 8
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
141 13 0.12
142 39 0.37
143 28 0.26
144 13 0.12
145 13 0.12
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (144 bp):
ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTG
GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAACA
TGTTCAAAAAATAG
Found at i:22016105 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22015620--22016699 Score: 792
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 178
22015610 AAGCCAAAAG
* * * * * *
22015620 GTCATAACTATTT-AACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTATTTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTAT
* * * *
22015683 TGAATATTAATAATTTATATTATTTT-ATTGGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTATTTTA
66 CGAATATTAATAAATTATATTATTTTAATT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * *
22015747 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATA
130 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * **
22015796 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTCATTTTTAAATATCTTATTTA-TTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTAAA-ATC-T-TTTACTT-ATTAG
* * * * * * * * * * *
22015860 TTA-CCAATATTAATAAATTAGATGATTTTATTTTCAATAAGCCTATATGAGC-TATACAATTGT
62 TTATCGAATATTAATAAATTATATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
** * *
22015923 TTTATGATGAAAC-AAAGGT-ATAATGATTTTGAAATAGATAAGTAT-TTTAAATA
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAA-T-TGTTCAAATA
* * * * *
22015976 GTTATGGACTATGTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTA
1 GTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTA
* * *
22016041 TCAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
65 TCGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
* * *
22016106 TATGACAAAAGAAAATGTCAAAATGATTT-AATATAAATAATTGTTCAAATA
128 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATA
* ** * * *
22016157 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTACTTTTTAATGG
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTAAAATC-TTTTACTTATT-A--G
* * * *
22016222 TT-T-GAAGATTAATAAATTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAA-AATTA
62 TTATCGAATATTAATAAATTATATTATTTTAATTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTA
* * ** *
22016284 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATATGTAATTGTTAAAATA
125 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
22016338 GTCATAACCATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAACTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATT-AGTT
* * * * * * ** * * * *
22016402 TTGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTT-ATTCCGAATATGCTAGTACAAATAGAAATAATTGT
64 ATCGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTAATT--GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* * * * * * *
22016466 TTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATTATTGTACAATTA
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *** * * * ** *
22016519 GTCATAACTATTTGCA-TTGATCAGGCCAACAGATTCATTTTTTTAAT-TTCGTTACTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAAATTTATTTTTAAAATCTT--TTACTTATTAGT
* * * * * * * *
22016582 TTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAAG-TTGCATCAATAGAAACAATT
63 TATC-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAATT-GAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * ** *
22016646 CTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAAT
124 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
22016700 TCTTGTAACT
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 144, Indels: 80
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 13 0.02
177 24 0.03
178 21 0.03
179 36 0.05
180 164 0.23
181 311 0.43
182 134 0.19
183 11 0.02
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTAT
CGAATATTAATAAATTATATTATTTTAATTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
Found at i:22016394 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 22015620--22016699 Score: 877
Period size: 362 Copynumber: 3.0 Consensus size: 359
22015610 AAGCCAAAAG
* *** * * * *
22015620 GTCATAACTATTT-AACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTATTTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
22015683 TG-AATATTAAT-AATTTATATTATTTT-ATTGGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTATTT
66 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * *
22015745 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
131 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
22015810 AACTTGTTT-AGTAAATAAATTCA-TTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTTACCAATATTAA
196 AA-TTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT--GAATATTAA
* * * * * * **
22015873 TAAATTAG-ATGATTTTATTTTCAATAAGCCTATATGAGCT--ATACAATTGTTTTATGATGAAA
256 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
*
22015935 C-AAAGG-TATAATGATTTTGAAATAGATAAGTAT-TTTAAATA
319 CAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAA-T-TGTTCAAATA
* * * ** * * *
22015976 GTTATGGACTATGTGAACTTGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATT-AGT
1 GTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
22016039 TATCAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * *
22016104 TTTATGACAAAAGAAAATGTCAAAATGATTT-AATATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
22016168 TTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTACTTTTTAATGGTTTGAAGATTA
193 TTGAA-TTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTA
* * * *
22016233 ATAAATT-GTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
255 ATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* *
22016297 CAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATATG-TAATTGTTAAAATA
319 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
22016338 GTCATAACCATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * ** * * *
22016403 TGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTT-ATTCCGAATATGCTAGTACAAATAGAAATAATTGTT
66 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * *
22016467 TTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATTATTGTACAATTAGTCATAACTATTT
130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** *** * * * * *
22016532 GCATTGATCAGGCCAACAGATTCATTTTTTTAATTTCGTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT
195 GAATTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT
* * * * *
22016597 AAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAAG-TTGCATCAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAAC
257 AAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * *
22016661 AAATGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAAT
320 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
22016700 TCTTGTAACT
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 108, Indels: 55
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 4 0.01
357 11 0.02
358 26 0.04
359 20 0.03
360 20 0.03
361 189 0.32
362 195 0.33
363 108 0.18
364 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AATTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
Found at i:22017846 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22017106--22017856 Score: 525
Period size: 178 Copynumber: 4.2 Consensus size: 178
22017096 TAATGTTCAA
* * * *
22017106 ATAGTCATAATTATTAGAA-TTAGTTAGGTAAACAGA-ATTATTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA
1 ATAGTCTTAATTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACA-ATTTTA-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * ** **
22017168 TTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTACTTTTATTCTGAATAAGCTACTATGAATTGAAAA-
63 TTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AA-ACAAAAT
* * *
22017230 AATTGTTTTATGACAAAAGAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAT
123 AATTGTTTTATGACCAAACAAAA-GATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAT
* * * *
22017286 ATAGTCTTAACTT-TTT-AAATTGGTTTGGCAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
1 ATAGTCTTAA-TTATTTGAACTT-GTTTGGTAAAC-AATTTTA-TTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
22017349 ATTTTTAGAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATAAACATAAATAAT
62 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACA-AAATAAT
* * * ** * * **
22017414 TATTTTTAT-AACAGAACAAAAGGTT-T-ATTTTTTTAAATA-ATTGATTTGAAGTAT
126 T-GTTTTATGACCA-AACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGA-T-AATTG-TTTAT
* * * * * * *
22017468 ACAATTGTTCAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTA
1 A-TAGTCTT-AATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTT-TATTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
22017533 ATTTTTAAAAGATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAACCTTGTACGATAA-AAAACAA
62 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TA-AACAAAATAA
* * * * ** * *
22017597 TTCTTATATGACTAAACAAAA-AGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAG
125 TTGTTTTATGACCAAACAAAAGA-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAT
* * * * *
22017651 ATAGCCAT-ATCTATTTGAGCTTGTTTGATAAAC-ATTTTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
1 ATAGTCTTAAT-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* *
22017714 TTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAATAATTGT
65 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAC-AAAATAATTGT
* *
22017779 TCCT-TGACCAAACAAAAGATTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-
129 T-TTATGACCAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAT
*
22017829 ATAGTTTTAATTATTTGAA-TTGGTTTGG
1 ATAGTCTTAATTATTTGAACTT-GTTTGG
22017857 AAAAACTCAT
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 99, Indels: 74
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 3 0.01
178 127 0.29
179 13 0.03
180 40 0.09
181 64 0.15
182 53 0.12
183 22 0.05
184 94 0.22
185 15 0.03
186 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (178 bp):
ATAGTCTTAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAATAATTGTTT
TATGACCAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAT
Found at i:22018456 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22017875--22021525 Score: 2894
Period size: 181 Copynumber: 20.2 Consensus size: 181
22017865 ATTTATTTTT
* * * * * * * *
22017875 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTGAATAGGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
22017940 -AAAA-ATAAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGTC-TTATTATTTCAACT
66 CAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * **
22018002 AG-TTCGATAAATAGATTTAGTTTTT-AAT-AC-T-CTTATTAATTTTCAAAA
130 TGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
22018050 TCTTAATGAA-TAGGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
22018113 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
22018177 TTTATTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAGTCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAA
128 CTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
** *
22018230 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * *
22018295 CAAAATAAAAAATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT
66 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
22018359 TGTTTAGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
130 TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
22018411 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTGTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
22018476 CGAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATAACTATTAGAACTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * ****
22018540 ATTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCGT-TTACTTATTAATTGGCAAAA
131 GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
22018591 CT-TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATG
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * *
22018655 ACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
22018720 TATTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCT-AAA
130 TGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAA
* * * * * *
22018772 TATTAATAAATTTGTATTATTTT-TAATTGAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTGT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
22018836 GACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTGAAATAAATGATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * * *
22018901 TT-AATCGATAAATATATTCAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
129 TTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * * *
22018954 TATTAATAAAGTAG-ATTTATGTTA-TTCCAAGTTAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGT
1 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
22019017 AAC-AAACAAAAGGTTATAA-CACTTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
22019080 -TTGGTCTGGCCAACT-GATTCATTTTTCAAATC-CGTTAGTTGTTAATTTTT-AGGA
128 CTT-GTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * * * * *
22019134 TATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGATAGTATCAATAGAAAAAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
22019199 CAAAACAAACA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAAC-
66 CAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
22019262 TGATTTGGTATATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTAAAA
130 TG-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
22019311 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATAGCAT--AAACATTTGTTTTAAG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
22019374 ACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-T
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
22019438 TGGTTAGGTAAAAAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAA
130 TGTTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * * *
22019491 TATTATTATATTAGTATTATTGTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
22019556 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
66 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * *
22019621 GTTCT-GTGAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAA
131 GTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
22019672 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTAGAATAGGCTTGTATGATAAAAAAAAACAATTGTTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG---AATAGAAACAATTGTTTTA
* * * ** *
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* * * *
22019802 -TTGTTTCAATGAATTGATTTATTTTTTAAAATCT-TTAACTT-TTCGATTTTTGAAA
128 CTTGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATT-AATTTTTGAAA
* * * * * * *
22019857 TATTAATAAAGTAATATTAATTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAATTA-AAACAAATGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * ** *
22019921 ATAAAACAAAATGTTAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
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* *
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130 TGTTTAG-TAAATAGATTTATTT-TTTAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAA
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** * * * *
22020103 ATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTCAA-T
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
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130 T-GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
*** * * *
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* * * *
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* * * * * *
22020348 ATTTTGTATACAAATTTAGTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTTGAAA
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** * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * * * *
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* ** * ** * *
22020525 ATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATTAATTTTTAAAA
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* ** * *
22020576 CATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
22020641 CAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCGTAACTATTTGAACTC
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* ** * * *
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*** * * * *
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* * *
22020822 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGACT-ATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-
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* * * * * *
22020885 TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTG-GA
129 T-TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * *
22020937 TATTTATAAATTTA-AATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTGT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTAT
* * * * * * *
22021000 GATAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTTTTTAGATAGTCAAAACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
22021065 TTTTTTAGTAAATAGA-TTCTTTTTTAAATTCTTTTACTCATTAATTTTTGGAA
129 TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * * **
22021118 TATTAGTAAATTAGTATTATTTT-GGTTCAAGCAAACTTACATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
22021181 TACAAAAGAAAAAAGGTTATTATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGA
64 GAC-AAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
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127 ACTTGTTTAGTAAATAGATTTA--TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
22021304 TATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * ** ** *** *
22021368 CAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAACCGCACGTGTAATCATAA-TGATTTGAACT
66 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
* * * * *
22021432 TATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AA
130 TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAA
* * *
22021484 TATTAATAAATTTGT-TT-TTTT-TCTTAAATAAGCTTGTATGAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
22021526 CAAAAAANNN
Statistics
Matches: 2763, Mismatches: 594, Indels: 235
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 72 0.03
176 181 0.07
177 138 0.05
178 38 0.01
179 201 0.07
180 568 0.21
181 687 0.25
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187 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
Found at i:22018582 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 22017875--22021531 Score: 2900
Period size: 361 Copynumber: 10.1 Consensus size: 360
22017865 ATTTATTTTT
* * * * * * *
22017875 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTGAATAGGCTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATG
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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128 -TTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*
22018060 -TAGGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
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* * * * *
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* ** *
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** *
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* * * * *
22018295 CAAAATAAAAAATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTT
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* * * *
22018360 GTTTAGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
130 GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
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* * * * *
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* *** *
22018554 TTTATTTTTAAAATCGTTTACTTATTAATTGGCAAAA
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* * * * * *
22018591 CT-TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATG
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
22018655 ACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
65 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * * * * * *
22018720 -TATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCT-AAATATTAATAAAT
130 GT-TTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
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* * * * * * * *
22018847 AGGTTATAGTAATTTGAAATAAATGATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTTAATCGATAA
255 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAA
* * *
22018912 ATATATTCAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
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* * ** * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
22019017 AAC-AAACAAAAGGTTATAAC-ACTTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTA
64 GACAAAACAAAAGATCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * * *
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128 TT-GTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA
* * * * * * * *
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* * * * * *
22019207 ACA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTGATTTGGT
254 A-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * *
22019271 ATATAGATTTAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTAAAA
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* * * * * * * *
22019311 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATAGCAT--AAACATTTGTTTTAAG
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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129 TGTTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * * *
22019502 TAGTATTATTGTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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* * * * *
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257 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAA
** *
22019631 CATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAA
321 CATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * *
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** * ** *
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* * * *
22019802 TTGTTTCAATGAATTGATTTATTTTTTAAAATCT-TTAACTT-TTCGATTTTTGAAATATTAATA
128 TTGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * * *
22019865 AAGTAATATTAATTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAATTA-AAACAAATGTTTTATGATAAAACA
189 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * ** * * * *
22019929 AAATGTTAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAT
253 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * *
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* ** * * * * *
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** * * * * *
22020103 ATTAAACAAAAGGTCAGAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTCAAT
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* * * * * * ***
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129 T-GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * *
22020231 AGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGA
193 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * ** *
22020295 TCCTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTTGTATACA
258 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACA
* *
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*
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* * * * * * * * * *
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64 GACAAAACAAAA-GATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * *
22020522 TT-TATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATTAATTTTTAAAACATTAATAAA
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** * *
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* * * * * * * ***
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* * *
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*** * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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191 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * **
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* * * *
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* ** * * * ** *
22021118 TATTAGTAAATTAGTATTATTTT-GGTTCAAGCAAACTTACATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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126 AA-TTGTTTAGTAAATAGATTTA--TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
22021310 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
187 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * ** ** *** * *
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*
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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** * * *
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** * * * * * *
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* ** ** *
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* * * * * **
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TGTTATGACCCTTTGTTGTCAAAACAATTTTTTTGTTTGTACAAGC
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* ** * * * * * * *
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1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-
* * * * * ** * *
22025668 CAA-TTCAAATAGTTAAGA-TTTTATGAACGATTATCAATTTCAAATTGTTATGGCCCTTTG-TT
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* ** ** *
22025730 -GTC--AAAACAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTTGAATTAAAAGTAATAC
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* * * * * * * *
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1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-C
* * * * * **
22025846 AA-TTCATATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * * *
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* * * * * **
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* * ** * * * *
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* * * * *
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** * * * * ** **
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1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * * * *
22026206 AGTTAAAAAAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTAGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * **
22026271 TATAAAATGATTATTT-TTTATCATA-AACGCTTA-T--AATAAAATAATAC
131 CATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAA-GCTTATTCGAATAAAATAATAC
** * * ***
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * *
22026564 AAGCTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAAAATTA-CTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
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* * * *
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* * * * ** *
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1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * *
22026746 AAATTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTGTATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * * ** *
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* * * * * * *
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1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-C
* * * * * * * * *
22026926 AA-TTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
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* * * * * *
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* ** * **
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1 TAATTTATTAA-TATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * * * *
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65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * * * *
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* * * * *
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** ** ** *
22027264 ATAGTTCAAATAGTTAAAACTACATGAACAATTATCTATTTCTAATCATTTTGACCTTTTGTCTT
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* * *
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* * * * * * *
22027382 AAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATC
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-C
* * * * * * * * * *
22027443 -ATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATGTATTTCAAATCATTATTACCTTTGGTTTGG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * * ** * * *
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* * * * * *
22027559 TAGTTTACTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * ** * *
22027620 AGTTCAAATA-TTATGATTATTTGAACAATTATAC-ATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGGTTAT
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* * * *
22027682 GTTATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
129 GTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATAC
** * * * * * * * *
22027735 TAATGAAATGATA-TTATGAAAATTAATAA-CTAATAGATTTCAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA
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* * * * * * * ** *
22027798 CCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-GTTT
* * * *
22027863 A-TCGTAAAATAATT-TTTGTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATGAA-AC
128 AGTCATAAAATAATTGTTT-CAGTTCATA-CAAGCTTATTC-GAATAAAAT-AATAC
* * * * * * * * **
22027916 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTCAAAAAATAATTTTGTTTGCTAAACC
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-C
* ** * * *
22027981 AA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTGAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
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* * ** * * *
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* * ** * ** * * * *
22028094 T-ATTTGTTACTATTTTGAAAATTAAGAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTCTACCAAACC
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * ** * *
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66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * *
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131 CATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAG-CTTATTCG-AATAAAATAATAC
* * * * *
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1 TAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGCAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C-CG
* * * * * * * * ** * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * * *
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1 TAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * *
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65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
** * * * *
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130 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATAC
* ** * ** * * ** **
22028635 AAATTTATTAATA-TTCGACAATTAATAAATAA-ATTATTTAAAAAATAAATCCGTTTATTGATT
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * ** * *
22028698 AAGGTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCCA-TATCACTTTTTGTTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTG-TTT
* *** * * *
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128 AGTCA-TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATAC
**** * * * *
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1 TAATTT-ATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * * * *
22028877 AAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTCG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * * * ** * *
22028942 TTATAAAACAATTGTGTCAGTTTATGTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
130 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
* ** * * * * *
22028994 TAATTTATTAAGATTCCAAAAATTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTTATCAAAC
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * ** * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 T-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * *
22029238 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT
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* * * * *
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* * * *** **** **
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* * ** * * * ** * *
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*** * * ** * *** *
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*
22029520 GTTTC
178 --TAC
* * * ** * ** * *
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* * * * * * * * * * * **
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* * * * ** * * * * **
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* * *
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** * * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * **
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * ** *
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65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT-TA
* * *
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* * ** * * * ***
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** * ** * * * * **
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* * * * *
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129 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTC-GAATAAAATAA
22031339 AACCAGTTAT
Statistics
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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377 TAATAAGTAAGATATT-AAAAAATGAAT-ATGTTTA-CTAAACAATTCAAATAATTATGACTATT
* * * * * * * * ***
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* * ** * *
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* * * * * * *
22025426 TTCATTAATATTTTAAGACTTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTG-CTTACCAAACCAT
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* * * * * * * ** *
22025490 TTCAAATAGTTTTGACTATTTG-ATAATTATCCATTTTAAATCATTATAATCTTTTTATTTTGTC
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* * ** * ** * * * * **
22025554 ATCAAATAATTGGTTCTGCTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
124 ATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATAATATT
* * * * * * * * * * * *
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189 ATAAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTAGCCAAA-CAAGTGCAAATAATT
* * * * * ** * *
22025682 AAGATTTTATGAACGATTATCAATTTCAAATTGTTATGGCCCTTTG--TTGTC--AAAACAATT-
252 AAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * *
22025742 TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTTGAATTAAAAGTAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAA
317 TTTCTGTTT-TACAAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * ** * *
22025807 TAAGTAAGACATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAATTCATATGGTTAAGACTATTAGAA
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* ** * * * * ** *
22025872 CAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAT
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* * *
22025937 -AAGCTTATTCGGAATAAATTAATACTAA
507 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAG
* * * ** * * * * *
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* * * ** * ** ** * *
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** * * * * * * ** *
22026091 ATAAAGTAATTGTTTCA-GTTAATACAAGCTTATACGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATAT
124 ATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATAATAT
* * * * * * * ** ** *
22026155 T-TCTAAAATTGATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAATTAGTTAAAAAAAT
188 TAT-AAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCCAAACAAGTGCAAATAAT
* * * * * * ** * * * **
22026218 TATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTATTG-TTTAGTTATAAAATGAT
251 TAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAT
* * *
22026282 TATTT-T-TTATCATA-AACGCTTA-T---AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAA
315 TGTTTCTGTT-T--TACAA-GCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * ** * * **
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* * * * * * * * ** * *
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436 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TT
* * * *
22026467 -ATCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCTAA
500 GATCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAG
* * * ** * * * * **
22026502 TATATTAATAATAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAACAATAAATCTGTTTACCGAATAAG
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22026694 TT-TCAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTTCGAATAAATTTAAATA
187 TTAT-AAAAATTAATAA-CTAATAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTAGCCAAACAAGTGCAAATA
* * ** * * * ** * **
22026757 GTTATGACTAT-TTGACAATTGTATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAA
249 ATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * *
22026821 TTGTTT-TAGTTTGTATC-AGCTTATTTGAAATAAAATAATGA-TAGTTT-TTAATATTTCAAAA
314 TTGTTTCT-GTTT-TA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACAAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
22026882 ATTAATAAGTAAG-TGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCA
375 ATTAATAAGTAAGAT-A-TTAAAAAATGAATATGTTTACTAAA-CAATTCAAATAATTATGACTA
* * * * *
22026946 TTTCAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCTTAAAA-GAATGCTTTTT
437 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTT
* * * * *
22027009 -ATTATACAAGCCTATTCCA-AATAGAATAATACTAA
500 GATCATTCAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACTAG
* * * * * * ***
22027044 TTTATTAATTTTTTAAAATCTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTGA--AG
1 TTTACTAATATTTCAAAA----ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTCTACCAAACCAG
* * * * * * ** * *
22027106 -T---A-ATTCT---TATTTGAATAATTA-CCTATTTTAAATCATTATAAGCTTTTTTTTTGTTA
61 TTCAAATATTATAACTATTTGAACAATTATAC-ATTTCAAATCATTACAACCTTTGGTTATGTCA
* * * * * * * * **
22027162 TAAAATATTTGTCTTA-GTTCAGACAAGCTTATTCAAAATTAAATAATACTAATTTAATAATATT
125 TAAAACAATTAT-TTATATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATAATATT
* * * * * * *
22027226 CTGAAAATTAATAACTAA-ACA--T-----AT--ATCTGTTTA-CTGAAA-TAGTTCAAATAGTT
189 ATAAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGC-CAAACAAGTGCAAATAATT
* * * * ** * * * *
22027279 AAAACTACATGAACAATTATCTATTTCTAATCATTTTGACCTTTTGTCTTATCATAAAACACTTG
252 AAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * *
22027344 TTTCAGTTCATACAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAAT
317 TTTCTGTT-TTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
22027409 AAGT--GAT-TTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACA
381 AAGTAAGATATTAAAAAATGAATATGTTTACT-AAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * *
22027471 ATTATGTATTTCAAATCATTATTACCTTTGGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATCATTCAA
445 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCATTCAA
*
22027536 GCTTATTCAGAATAGAATAATACTAG
510 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAG
* * *
22027562 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAA
1 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTCTACCAAACCAGTTCAA
* * ** * *
22027627 ATATTATGATTATTTGAACAATTATACATTTCAAATTGTTATAACCTTTGGTTATGTTATAAAAC
66 ATATTATAACTATTTGAACAATTATACATTTCAAATCATTACAACCTTTGGTTATGTCATAAAAC
* * *
22027692 AATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATGATATTATGAAAA
131 AATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATAATATTATAAAAA
* * * * * * *
22027757 TTAATAACTAATAGATTTCAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATA
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* * * * * * * *
22027822 TGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCGTAAAATAATT-TTTGTAGTT
261 TAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTT
*
22027886 CTTAGTAA-CTTATTC-AGAATAAAATGAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
325 -TTA-CAAGCTTATTCGA-AATAAAAT-AATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *
22027948 AGATATTCAAAAAAT-AATTTTGTTTGCTAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
386 AGATATT-AAAAAATGAA-TATGTTTACTAAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
** * * * * *
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* * *
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*
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* * ** *
22028161 TCAATTAGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTACAACCATTT-GTTTTGTCA
62 TCAAATA-TTATAACTATTTGAACAATTATACATTTCAAATCATTACAACC-TTTGGTTATGTCA
* * * * * ** *
22028225 TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT
125 TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATAATATT
* * * * * * *** * *
22028289 CTAAAAATTAGTGAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTGTTAGCTTGAGAAGTGCAAATAATTAT
189 ATAAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAGCCAAACAAGTGCAAATAATTAA
* * * * * *
22028354 GACTGTTTAAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTT
254 GACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
22028419 TCTGTTTGTACAAGCTTATTCGAAATAATATAATTCTAATTTATCAATA-TTCTGAAAATTATTA
319 TCTGTTT-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * *
22028483 AGTAACAGAT-TTAGAAAATGAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAC
382 AGT-A-AGATATTAAAAAATGAATATGTTTACTAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
22028547 AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ATTTTTTTTTTATTCATAC
444 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGA-TCATTC
* * *
22028610 AAGCTTATTTCA-AATAAAATTATACAAA
508 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAG
* * * ** * *** ***
22028638 TTTATTAATA-TTCGACAATTAATAAATAA-ATTATTTAAAAAATAAATCCGTTTATTGATTAAG
1 TTTACTAATATTTC-A-AA--AATTAATAAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTCTACCAAACCAG
* * * ** * * * * *
22028701 GTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCCA-TATC-ACTTTTTGTTTTAT
61 TTCAAATA-TTATAACTATTTGAACAATTATACATTTCAAA-TCATTA-CAACCTTTGGTTATGT
* * * * * * ***
22028764 CATTAAAA-AATTATTTTTCTTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATATTAATTTCATAAT
123 CA-TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATGAAATAAT
*** * * * * * **
22028827 ATT-TCGGCAATTAATAAGTAAAAGATTT--TAAATAAATATGTTTA-CCGAACAAGTTTAAATA
186 ATTAT-AAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCCAAACAAGTGCAAATA
* * * * * * * * ** *
22028888 GTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTCGTTATAAAACA
249 ATTA-AGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* * ** * ** * *
22028952 ATTGTGTCAGTTTATGTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAGATTCCAAAAAT
313 ATTGTTTCTGTTT-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
22029017 TAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCA-GTTTA-TCAAACAAGATCAAATAGTTATGACTA
377 TAAT-AAGTAAGATA-TTAAAAAATGAAT-ATGTTTACT-AAACAA-TTCAAATAATTATGACTA
* ** ** * * *
22029079 TGTGAA-ATATTATCTATTTCAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-
437 TTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
* ** *
22029142 ATTCATAT-AGGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAA
501 A-TCAT-TCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AG
* * * * * * * **
22029178 TTTATTAATATTTCAAAAATTATTATGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-CATG
1 TTTACTAATATTTCAAAAATTA--A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTCTACCAAACCA-G
* * * ** * *
22029241 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-CTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
61 TTCAAATA-TTATAACTATTTGAACAATTATAC-ATTTCAAATCA-TTACAACCTTTGGTTATGT
** *
22029304 CATAAATTAATTATTTCTATTCATACAA-TTTATT--AATACTAATTTATTATTATTTTATTTGA
123 CATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAA-A-TAA---A--A-TA----A--T--
* * *
22029366 AATAAAAT-AATACTAATTTATTAGTATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
172 ACT--AATGAA-A-TAA--TATTA-TA----AAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * * * * * *
22029430 TATTTA-CCAAGTAAGCT-CAAACAGTTATGATTATTTGAACAATCATTTATTTCCAATAGTTAT
226 T-GTTAGCCAAACAAG-TGCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
*** * * * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * ** * * **
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415 ACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * ** * *
22029686 TATCATAAAA-AAATGTTTCT-ATGCA-TAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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* * * * * * * * * * *
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1 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTCTACCAAACCAGTTCAA
* * * * * * * * *
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66 ATA-TTATAACTATTTGAACAATTATAC-ATTTCAAATCATTACAACCTTTGGTTATGTCATAA-
* * * ** * * **
22029867 AACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCGGAATAAAATAATACTAGTTTAATAATATT-TCA
128 AACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATAATATTAT-A
* ** * * * ** * * * *
22029931 AAAATTAATAAGTAAGGGAATTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAATC-ATTTCAAATAGTTAAGA
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* * * *
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256 CTATAT-AAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTT
** * * * *
22030058 T-TAGTCATACCAA-CTTATTCAAAATAACATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT
319 TCT-GTTTTA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
** * * * * *
22030120 AAACAAGAGATTTAAAAATATAAATTTATTTGCTAAACAAGTTCAAATAGA-TATGACTATTTGA
381 AAGTAAGATA-TTAAAAA-ATGAATATGTTTACTAAACAA-TTCAAATA-ATTATGACTATTTGA
* * * ** * *
22030184 ACAGTTATCTATTT-AAA--ATT-T---GTTTTG--TTG---TAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * ** ** * *
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* * * * * * * * **
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121 GTCATAAAACAATTATTTATAT-TCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATA
* * * * * * ** *
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* * ** * *
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249 ATT-AAGACTATATA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
* * * * * **
22030577 TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCTAAA-AAAATTAATACTAATTTATTAACT-TTGAAA
311 CAATTGTTTCTGTT-TTACAAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATACAAATTTATTAA-TATTTCAA
* * * * ** * * * *
22030640 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAGAAAAGTAAATCCGCTTATCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGA
373 AAATTAATAAGTAAGATA-TTA-AAAAATGAATATGTTTA-CTAA-ACAATTCAAATAATTATGA
* * * * * *
22030704 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCGTATCAACAATTATT
434 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAAATGTT
** * ** * * * *
22030768 TCGGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATTCTAC
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* ** * *
22030807 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAAT-T-TACTAAATCA
1 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT--ATGTCTACCAAACCA
** * * * *** ** *
22030870 GTTCAAATAATTATGGCTGTTTAAATAATTAT-CTATTTCAAATCATTTTTACCTTTCATTTTGT
60 GTTCAAAT-ATTATAACTATTTGAACAATTATAC-ATTTCAAATCATTACAACCTTTGGTTATGT
* * * * * * ** *
22030934 CATAAAATAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATA
123 CATAAAACAATTATTTAT-ATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATAATA
* ** * * * * ** * * *
22030998 TTTTAGGAATTAGT-A-T--GAGATTCAAAAAAAAAATCCACTTA-CCAAACCAA-TTCACATAG
187 TTATAAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTAGCCAAA-CAAGTGCAAATAA
* * * * * * *
22031057 CTATGACTACT-TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAA
250 TTAAGACTA-TATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * **
22031121 TTTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAAA-TTAGTAATATTTTGAAAAT
314 TTGTTTCTGTT-TTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-AAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
22031184 TCATAACTAAGAGATTTAAAAA
377 TAATAAGTAAGATATTAAAAAA
22031206 CTAAATCTAT
Statistics
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ATATTATAACTATTTGAACAATTATACATTTCAAATCATTACAACCTTTGGTTATGTCATAAAAC
AATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGAAATAATATTATAAAAA
TTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAGCCAAACAAGTGCAAATAATTAAGACTATA
TAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTT
TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATA
TTAAAAAATGAATATGTTTACTAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCAGA
ATAAAATAATACTAG
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Alignment explanation
Indices: 22024883--22030983 Score: 1861
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22024873 TTATCAAAAT
* * * * * *
22024883 TAATTTAATAATATTTTAAAA--ATTAA-TAAGAGTTTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACTA
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* * * * * * * *
22024945 GTTCAAATAGTTAAGACGATTAGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
22025010 ATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAAT--AACATGAATTAATTAA
127 ATAAAAT-TTTTTTTCTA-TTCATACAA-CTTATTCAG-AATAAAATGAAACA--AATTTATTAA
* * * ** * *
22025071 CA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGAT-TTGAAAAAATAAATTTGTTT-ATCGAA-CAAGTTTA
186 TATTTC-AAAAATTAATAA--ATAAGATATTCAAAAAATAAATCCGTTTGAT-AAACCAAG-TCA
* * ** * ** * *
22025132 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATCAGTATGACCATTTGTTTTGTCATCA
246 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACCCA-TATCACTTTTTGTTTTATCATAA
* * ** * * *** * *
22025196 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCGTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTCTA
310 AACAAATATTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-A-A-TA-TTTGTTAATATTTC-G
* * ** * * * *
22025260 AAAATTAATAAGTATGAGATTCAAAAAATAAATCAAT-T-TACCGAATCAA-TTCAAATAATTAT
370 AAAATTAAGAAATAAAAGATT-TAAAAATAAAT--ATGTCTACC-AAACAAGTTCAAATAGTCAT
** * * * * * ** * * *
22025322 GGCCATTTAAACAACTATCTATTTCTAATCGTTATTACCTATTGT-TTT-ATTATAAAACAATAG
431 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACC-ATT-TATTTCGTCATAAAACAATTG
* ** * * ** * * * * ** * *
22025385 CTTTCCA-AACATACAAGCTTTTTTGAAA-AAAGTAATATTAATTCATTAATATTTTAAGACTTA
494 -TGT-CAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAGATTCCAAAAATTA
* * * ** * * * ** * * *
22025448 ATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGA
557 ATGAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTTAGCAAACAAGATCAAATAATTATGACTATGTGA
* * * ** * * * * * *
22025513 TA-ATTATCCATTTTAAATCATTATAATCTTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTGCTCAT
622 AATATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* ** * * *
22025577 ACTATTTTATTTGGAATAAAATAATAC
686 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTC
* * ** * * * *
22025604 TAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTGAAAAATAAATCTAATTT-CCAAAC
1 TAATTT-ATAATA-TTTGAAAATTATTAA-GTA-AAGATTTAAAAATAAATAT-GTTTACCAAA-
* * * * * * *
22025668 CAA-TTCAAATAGTTAAGA-TTTTATGAACGATTATCAATTTCAAATTGTTATGGCCCTTTG--T
60 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
22025729 TGTCA-AAACAATTTTTTTGT-TT-GTACAAGCTTATT-TGAATTAAAA-GTAATACAAATTTAA
123 TGTCATAAA-ATTTTTTTTCTATTCATACAA-CTTATTCAGAA-TAAAATG-AA-ACAAATTTAT
* * * ** ** * * *
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** * * * **** * *
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* *** * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * ** * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * ** ** * * * * * *
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* ** * * * * ** * *
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*
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* * * * * ***
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* ** * * * *
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* * * * * *
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123 TGTCATAAAAT-TTTTTTTCTAT-TCATACAA-CTTATTCAGAATAAAATGAA-ACAAATTTATT
* ** ** * * * * ** *
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* * * ** * * *
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* * ** * * * *
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* ** * * ** * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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** * ** * * *
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498 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAAGATTCCAAAAATTAATGAA
* * * * * * * **
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562 -TAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTTAGCAAA-CAAGATCAAATAATTATGACTATGTGAAAT
* ** * * * *
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625 -ATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATA
* * * *
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* * * *
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1 TAATTTA-TAATATTTGAAAA--TTATTAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAAC
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
22027222 TA-TTCTGAAAATTAATAACT-A-A-A--C-----ATATATCTGTTT-ACTGAAA--TAGTTCAA
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* ** ** * * * * * *
22027273 ATAGTTAAAACTACATGAACAATTATCTATTTCTAA-TCATTTTGACCTTTTGTCTTATCATAAA
247 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACCCA-TATCACTTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * *
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311 ACAAATATTTTTC--TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT----ATTTGTTAATATTTCG
** * * * * * * * * **
22027400 AAAATT----AATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATC-ATTTCAAATAATTATGG
370 AAAATTAAGAAATAAAAGATTTAAAAA-TAAATATGTCTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** * * * * *
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** * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
22027647 ATTATAC-ATTTCAAATTGTTATAACCTTTGGTTATGTTATAAAACAATTATTTATGTTCATACA
625 ATTAT-CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* *
22027711 AGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
689 AGCTTATTCGAAATAAAATAATTC
** * * * * * *
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1 TAAT-TTATAATATT-TGAAAATTATTAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * * *
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* ** * * *
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126 CATAAAATTTTTTTTCTA-TTCATA-CAACTTATTCAGAATAAAATGAAACAAATTTATTAATAT
* * ** * *
22027930 TTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTCAAAAAATAATTTTGTTTGCTAAACCAATTCAAATAATTA
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** * ** * * *
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* * * * *
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319 TTTTCTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTTGTTAATATTTCGAAAATTAAGAAATA
* * * * *
22028125 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTCTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTGTTTGAACAATTA
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* * * *
22028190 TTTATTTCAAATCATTACAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAT-AGTC
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* * * * * * *
22028253 TTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTGAGTAATG-GATTTAAA
511 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAGATTCCAAAAATTAATGAATAA-GAGATTTAAA
* ** * * *
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* * * **
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*
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*
22028455 TAATTTATCAATATTCTGAAAATTATTAAGTAACAGATTTAGAAAATGAATATGTTTACCAAACA
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* * *
22028520 AGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
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126 CATAAAATTTTTTTTCTATTCATACAA-CTTA-TTCAGAATAAAATGAAACAAATTTATTAATAT
* * * ** ** *
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* * *
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252 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACCCATATCACTTTTTGTTTTATCA-TAAAACAAA
* * **
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316 TATTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATT--TGT--TAATATTTCGAAAATT
* * * * * *
22028839 AATAAGTAAAAGATTT-TAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
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* * ** * * * *
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*
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* *
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571 TAAAAAATGAATCAGTTTAGCAAACAAGATCAAATAATTATGACTATGTGAAATATTATCTATTT
** * * * * *
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22029162 AATAAAATAATAT-
700 AATAAAATAAT-TC
* * * * * * * ** *
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1 TAATTTA-TAATATTT-GAAAATTATTAAGTAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* *
22029240 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
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* * * *
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* * * * * * * **
22029369 AAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
174 CAAAT--T--T-A-TTAATA-T-TTCAAAAATTAATAAATAAGATATTCAAAAAATAAATCCGTT
** ** * * * * * *** *
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* * * * * * * * *
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* * * **** ** * **
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** * * ** ** *
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** * * * **
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* ** * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
22029807 AGTTATGATTATTTGAACA-ATTATCTATCTCAAATCGTTACGATC-TTTATTTTATCA-AAGAA
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* * * *
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* * * * * *** *
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* * ** * * * *
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* ** * * * * *
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124 GTCATAAAA-TTTTTTTTCTATTCATA-CAACTTATTCAGAATAAAATGAA-ACAAATTTATTAA
* * * * *** *
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* *
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* * * * * *
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** ** * * ** * * *
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* * * * ** ** * * * * *
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432 ACTATTT-GA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCATTTATTTCGTCATAAAACAATTGT
*** * * ** * * * * *
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495 GTCAGT-TCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAGATTCCAAAAATTAA
* ** * ** * * *
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** * * * * *
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621 A-AAT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* *
22030592 ATACAAGCTTATTCTAAA-AAAATTAATAC
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* * * ** * * *
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* * * *
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60 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * * * *
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124 GTC--AT-AA-AATTTTTTTTCTATTCAT-ACAACTTATTCAGAATAAAATGAA-ACAAATTTAT
** * * * * ** *
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* * ** *
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310 AACAAATATTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
22030984 CTAATTTATT
Statistics
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Consensus pattern (712 bp):
TAATTTATAATATTTGAAAATTATTAAGTAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AATTTTTTTTCTATTCATACAACTTATTCAGAATAAAATGAAACAAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAATAAGATATTCAAAAAATAAATCCGTTTGATAAACCAAGTCAAATAATTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAACCCATATCACTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATATTTTTCTT
CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTTGTTAATATTTCGAAAATTAAGAAATAAAAGATT
TAAAAATAAATATGTCTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTACAACCATTTATTTCGTCATAAAACAATTGTGTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAAGATTCCAAAAATTAATGAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCAG
TTTAGCAAACAAGATCAAATAATTATGACTATGTGAAATATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTC
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Alignment explanation
Indices: 22029619--22029939 Score: 418
Period size: 174 Copynumber: 1.8 Consensus size: 175
22029609 TTCGTCTACT
* * * * *
22029619 GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTCAT
1 GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTACGATCTTT-AT
22029684 TTTATCATAA-AA-AAATGTTTCTATGCATA-AA-AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
65 TTTATCA-AAGAACAAATGTTTCTATGCATACAAGAA-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
22029745 TTAATATTTTAAAAATTAATGAGAGATTTAAAACTAAATCTATTTATC
128 ATAATATTTCAAAAATTAATGAGAGATTTAAAACTAAATCTATTTATC
* * *
22029793 GAACTAGTTTAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTACGATCTTTAT
1 GAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTACGATCTTTAT
* * * * ** *
22029857 TTTATCAAAGAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCGGAATAAAATAATACTAGTTTAAT
65 TTTATCAAAGAACAAATGTTTCTATGCATACAAGAATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
22029922 AATATTTCAAAAATTAAT
130 AATATTTCAAAAATTAAT
22029940 AAGTAAGGGA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 17, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.02
173 11 0.09
174 66 0.53
175 45 0.36
176 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTACGATCTTTATT
TTATCAAAGAACAAATGTTTCTATGCATACAAGAATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATA
ATATTTCAAAAATTAATGAGAGATTTAAAACTAAATCTATTTATC
Found at i:22030018 original size:354 final size:359
Alignment explanation
Indices: 22029365--22030195 Score: 792
Period size: 354 Copynumber: 2.3 Consensus size: 359
22029355 ATTTTATTTG
* **
22029365 AAATAAAATAATACTAATTTATTAGTA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AG-AAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
22029429 CTATTTACCAAGTAAGCTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATCATTTATTTCCAATAGTTATA
64 CTATTTACCAACTAAGCTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATCATCTATCTCAAATAGTTAGA
* * * * * * ** * *
22029494 TTATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTCAGACTAAAATTATAC
129 TTACTTTATTTTATCAAAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCAGAATAAAATAATAC
* * ** *
22029559 TAATTTATTAAAATTCCACAAATTAATTGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATTCGTCTACTGAACA
194 TAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATTCGTCTACTGAACA
* * ** * * * *
22029624 AGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTCATTTTA-
259 AGTTCAAATAGTCAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTCAGTTTAG
22029688 TCATAAAAAAATGT-TTCTA-TGCATA-AAAATTATTCA
323 TCATAAAAAAAT-TATTCTAGT-CATACAAAATTATTCA
* * *
22029724 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-G-AGAGATTT-AAAACTAAATCT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
22029786 ATTTATCGAACT-AGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTACGA
66 ATTTA-CCAACTAAGCTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATCATCTATCTCAAATAGTTA-GA
* *
22029850 -T-CTTTATTTTATCAAAGAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCGGAATAAAATAATAC
129 TTACTTTATTTTATCAAAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * **
22029913 TAGTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGG-GAATTAAAAAATAAATAT-GTTTGTTGAA
194 TAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAATAAGT-AGGAGAATTAAAAAATAAAT-TCGTCTACTGAA
* * * **
22029976 TC-ATTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACTTTTGGTTT
257 -CAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTCAGTTT
* * * * *
22030040 AGTTATAAAACAATTATTTTAGTCATACCAACTTATTCA
321 AGTCATAAAAAAATTATTCTAGTCATACAAAATTATTCA
* * * *
22030079 AAATAACATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAATATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGA-AA-AGATTTAAAAA-ATAAA
* * * * * * * * *
22030144 TTTATTTGCTAAAC-AAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAGTTATCTAT
63 TCTATTTAC-CAACTAAGCTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATCATCTAT
22030196 TTAAAATTTG
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 71, Indels: 34
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 10 0.03
354 155 0.40
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356 12 0.03
358 2 0.01
359 32 0.08
360 16 0.04
361 46 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCAACTAAGCTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATCATCTATCTCAAATAGTTAGATT
ACTTTATTTTATCAAAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCAGAATAAAATAATACTA
ATTTAATAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATTCGTCTACTGAACAAG
TTCAAATAGTCAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTCAGTTTAGTCA
TAAAAAAATTATTCTAGTCATACAAAATTATTCA
Found at i:22030788 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 22030433--22031212 Score: 448
Period size: 182 Copynumber: 4.3 Consensus size: 182
22030423 GATTTGGACA
* * * **
22030433 AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAAACTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATACTTT-GAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCCG
* ** * * * * *
22030493 TTTGCCTAATTAGTTCAAATAGTTAAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAAC
65 CTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAAC
* * * *
22030558 CTTCTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCTAAAA-
130 CTTCTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTC-AAAAT
* * *
22030611 AAATTAATACTAATTTATT-A-ACTTTGAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAGAAAAGTAAATC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATACTTTG--AAAATTAATAAGCAAAAGATTTA-AAAAATAAATC
* * *
22030674 CGCTTATCGAATAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATG
63 CGCTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-
* * * * *
22030738 AA-CTTTTGTTTTGTCGTATCAACAATTATTTCGGTTCATAAAAACTTATTCAAAAT
127 AACCTTCTGTTTAGTCATA-AAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAAAAT
* * * * ***
22030794 AAAATAATTCTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATACTTTGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCCGC
* * * * * * * * * *
22030859 TTA-CTAAATCAGTTCAAATAATT-ATGGCTGTTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTA
66 TTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTAAAGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
* * * * **
22030921 CCTTTCAT-TTT-GTCATAAAATAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAAT
129 CC-TTC-TGTTTAGTCATAAAACAATTA--TTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAAAAT
* * * * * * * *
22030975 AAAGTAATACTAATTTATTAATA-TTTTAGGAATTAGTATG----AGATTCAAAAAAAAAATCCA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATACTTTGA-AAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCCG
* * * * * * * * **
22031035 CTTACCAAACCAA-TTCACATAGCT-ATGACTACTT-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
65 CTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTAAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* * * * ** *
22031097 ACCTTTTGTTCT-GTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCGAAAT
128 ACCTTCTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAACTTATTCAAAAT
* * * * * *
22031152 AAAATAAT-CTAAATTAGTAATATTTTGAAAATTCATAA-CTAAGAGATTTAAAAACTAAATC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATACTTTGAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAATAAATC
22031213 TATTTGTTGA
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 97, Indels: 68
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 24 0.05
177 111 0.24
178 30 0.06
180 19 0.04
181 53 0.11
182 116 0.25
183 105 0.22
184 2 0.00
185 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATACTTTGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCCGC
TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACC
TTCTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAAAAT
Found at i:22031415 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 22031255--22031427 Score: 208
Period size: 90 Copynumber: 1.9 Consensus size: 90
22031245 ACATAAAGAA
* ** * **
22031255 TTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATATTTATTTCAGCTCATCTAAG
1 TTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAGCTCATAGAAG
* *
22031320 TTTATTCTAAATAAAATAAAACCAG
66 CTTATTCGAAATAAAATAAAACCAG
*
22031345 TTATATATTTCAAATCATTAT-ATCCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATAG
1 TTATATATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTT-TATCATAAAATAATTATTTC-AGCTCATAG
*
22031407 AAGCTTATTCGGAATAAAATA
63 AAGCTTATTCGAAATAAAATA
22031428 TTACTAATAT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 10, Indels: 6
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
89 4 0.06
90 65 0.93
91 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (90 bp):
TTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAGCTCATAGAAG
CTTATTCGAAATAAAATAAAACCAG
Found at i:22032145 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 22031953--22032275 Score: 438
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164
22031943 TAAAGTAATG
** * * *
22031953 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTACAAACTGTATCTA-TTAGCTTGA
1 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-C-TGA
* * * *
22032016 TC-AGTGTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTAT-GACTTTTTGTT
63 ACAAGTGTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAG-CCTTTTGTT
*
22032079 TTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGAATTC
127 TTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGAATTC
*
22032117 TAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACA
1 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACA
* * *
22032182 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAGCCTTTTGTTTTGT
66 AGTGTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAGCCTTTTGTTTTGT
* *
22032247 CATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAG
131 CACAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAG
22032276 CTTATTTCAA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 16, Indels: 8
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.04
164 130 0.94
165 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (164 bp):
TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACA
AGTGTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAGCCTTTTGTTTTGT
CACAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGAATTC
Found at i:22032824 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22032801--22032851 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
22032791 TTTTAACACG
22032801 TTCAAATAGTTATGACTA-
1 TTCAAATAGTTATGACTAT
* *
22032819 TTCAAACAATTAT--CTAT
1 TTCAAATAGTTATGACTAT
*
22032836 TTCAAATTGTTATGAC
1 TTCAAATAGTTATGAC
22032852 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 5
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.12
17 10 0.40
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19 1 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGACTAT
Found at i:22033049 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22032646--22036096 Score: 2496
Period size: 181 Copynumber: 19.3 Consensus size: 178
22032636 TTGTTTACCA
* *
22032646 AACAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * ** * * * *
22032710 TGCAACCTTATTCCTAATAAAATAATA-TGAATTTACTAATATTTCAAAACTTAGTAAG-CAAAG
65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* *** * **
22032773 ATTTAAAAAATGAAT-T-TTTTTTAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTCA
129 ATTT-AAAAATAAATCTGTTTACGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * **
22032823 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTTCTATTTGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *
22032888 AAAAGCTTATTCAGAACACAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * *
22032953 TTAAAAATAAATCTATTTACTAAGCGAATTCAAATAGTTATGACTATTTA
131 TTAAAAATAAATCTGTTTACGAA-C-AATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
22033003 AACAATTATTTATTTTATATTGTTATAATCTTTTGCTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* ***
22033068 ACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAG
66 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
22033131 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGTCCATTTG
129 ATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
22033184 AACTATAATTTATTTCAAATCATT-TTATCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
** * * * * *
22033248 TACAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAAT---T-AGAGA
65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
22033309 -TTAAAAACTAAATTTGTTTACAAGATCGATTTAAATAGTTATAACTATTTG
130 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTAC--GAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
22033360 AATAATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTA-TC--
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * **
22033421 -CAA---AATT-A-AAT--AAT-AT--TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGAAGAT
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * *
22033475 TTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATCAATTCTAATAGTTAAGGCTATTTG
131 TT-AAAAATAAATCTGTTTA-CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
22033526 AATAATTATCTATTTCAAAT-GTTTATGAAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTC
* * * * ** * * **
22033588 ATATAAGCATATTCAAAATAAAGTAATGTTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAG
64 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
22033653 A-TT----AT--ATGT-TTTCCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
129 ATTTAAAAATAAATCTGTTTACGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
22033696 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *
22033761 ACAAGCTTATTC-GAAAAAAATAATATTAATCTAATAATA-TT-ATAAAATTAATAA-CAAATAG
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAA-AG
* * * *
22033822 ATTTAAAAAGTAAAAT-TGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTGA-GGCTATTTC
129 ATTTAAAAA-T-AAATCTGTTTAC-GAA-CAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTG
* * * * * * * *
22033875 AATAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGTTTTTGTTGAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * * ** **
22033940 GTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGAT
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
22034001 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTG
131 TT-AAAAATAAATCTGTTTA-CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
22034052 AACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGA-CTATTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTCTATTGA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * *
22034116 TACAATCTTATTC-GAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAAGTAACA
65 TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A
* * ** * * * *
22034179 A-ATTTAAAAAGTGAATCTATTGGCCTGATCAGTGCAAATAGTGATGACTATTTG
127 AGATTTAAAAA-TAAATCTGTT-TAC-GAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
22034233 AACAATTATTTATTTTC-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATCCA
1 AACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * * * * *
22034297 TATAAGTTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTTTTAATA-TTCTAAAATTTTATAAATAAGAG
65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * *
22034361 ATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCGAACAAGTTGAAATAGTTATGATTATTTG
129 ATTTAAAAA-TAAATCTGTTTA-CGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
22034414 AAAAAATTATCTATTTCAAATCACTAT-ATCCTTTTGTTTTGTCACAAAATTATTTTTTTCTATT
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATT
* * * * * *
22034478 CATACAAGCTTATTTTA-ATTAAAATAATACAAATTGATTAATATTT-AGACATTTAATAAGTAA
63 CATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA
* * *
22034541 AAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAATTCAATTAGTTATGACTATTTG
126 AAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTA-CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
22034598 AACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * **** *
22034663 ACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGGCAAGTAATAAGTAAAAGAT
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-
* * * *
22034728 TTTAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGGCTTA--AGTATTTA
130 TTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAA-TTCAAATA-G-TTATGACTATTTG
* * * ** *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * *
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65 TACAA-GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
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* * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * **
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* * * * *
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* * * * * ** *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * **
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66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
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* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* ** * *
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65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* *
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130 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTAC-G-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
22035679 AACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * * **
22035743 ACAAGCTTATTTGGATTCAAATAATACTAATTTAATAATATGCCAAAAATTAATAAG----AGAT
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* ** ** * *
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65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * **
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130 -TTT--AAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTG
* * * * *
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* * **
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* *
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*
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* *
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* * *
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*
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** * * ** *
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* * * *
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** * * * **
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* * * * * * *
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* *** * *
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* * ** * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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*** * * * *
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* * * **
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* * * * * * * **
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* * ** * * **
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* ** ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTAT
* * * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * **
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*** * * * *
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254 AAAATAATACAAATTGATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
** ** * * * * *
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318 TTATCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * *
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1 TA-TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA
* * * * * * * *
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65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
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130 GAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
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* *
22034502 TAATACAAATTGATTAATATTTAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTA
258 TAATACAAATTGATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
* *
22034567 TC-GAATAAATTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTT
321 TCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTT
* * *
22034631 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTT
386 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTT
**** * * *
22034696 ATTAATATTTTGGCAAGTAATAAGTAAAAGATTTTAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCA
451 ATTAATA-TTCCAAAAATAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCA
* * *
22034761 AATAG-GCTTAAGTATTTAAATAATTATC
514 AATAGTG-ATAACTATTTAAATAATTATT
* * ** *
22034789 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATA-AAGGTTT
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAA-GTTT
*
22034852 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * *
22034917 TGAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATC
129 TGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
22034981 GTTATGACCTTTTGTTTTTATCGTAAAATAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTGTCTTGAATAA
194 ATTAT-ACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTCAATAA
* * **
22035045 AATAATATAGATTTG-TTAATATACCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAA-CTTAT
256 AATAATACA-AATTGATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TAT
* * * * *
22035107 TT-TCTAAATACATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAACTATTTATTTCAAAT-AGTTATGAC
318 TTATCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * ** * * * *
22035170 CTTTTGTTTTGTCATTATCCAATTGTTTCTATTTATACAAGCGTA-TTGAAAGTAAAATAATACT
382 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTG-AATTAAAATAATACT
* * * * * *
22035234 AATTTATTAATATTCCAAAAATTATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCCAGCAAA
446 AATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
* *
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510 TTCAAATAGTGATAACTATTTAAATAATTATT
* ** * *
22035331 TATTTCAAATAGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCTATTCATATAAGTTTAT
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTAT
* * * * * *
22035396 TGAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATCTAAAAAATA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATG
* * * *
22035461 AATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATG-TCCATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCA
131 AATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * **
22035524 TTAGAACCTTCTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTTTTAATGCAAAATTA-TTCAGAATAAA
195 TTA-TACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC--AATAAA
* * *
22035587 ATAATACTAATCT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAACTAAATCTGTTT
257 ATAATACAAAT-TGATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * *
22035647 A-CTGAA-ATAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TC
320 ATCTGAATA-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * *
22035709 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCAAACAAGCTTATTTGGATTCAAATAATACTAA
384 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAA
* * * * * ** * *
22035773 TTTAATAATATGCCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTCTGTCAAACTAGT
448 TTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAAGT
* * * *
22035835 TTAAATAGTTA-AGACTA-CTAGAATAATTTTT
511 TCAAATAGTGATA-ACTATTTA-AATAATTATT
* * * * * * *
22035866 TATTCCAAATCA-TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTT
1 TATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTT
** ** * * *
22035929 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTAAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTTAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAA
* * * * * * *
22035994 AATAAATCTATTTACCAAACAATTTCAAATAGATT-T-TTCTATTTG-AACAATTATCTATAT-A
127 AATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGAT-TATTTGAAACAATTATCTATTTCA
* *
22036055 AAGTCATTATGACATTTTGTTTTATCATA
190 AA-TCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATA
22036084 GAACAATTGT
Statistics
Matches: 2311, Mismatches: 439, Indels: 281
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Matches are distributed among these distances:
510 8 0.00
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Consensus pattern (541 bp):
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TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATG
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TATACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATAAAATAA
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*
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** * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ***
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*** * * * * * *
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* ** * **
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* * * *
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* **
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* * * *
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* * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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* **
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*
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AAGATTCCAAAGTTTGCA
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22038494 TCAGGTTCTT
*
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* *
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* *
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*
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* *
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AAGAATTTAAGGTTTGC
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22038494 TCAGGTTCTT
* *
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* * * *
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*
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AAGAATTTCAAGGTTTGCAAGAACTTAAGGTTTGCAAGAATTTTAAGATTCGC
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22038692 TTCACATCCC
* *
22038702 AAATTCAAATTTTCATATTTGAAAAATTTACAAATTCACATCAAAGTTTTCAAGGCTCACCTCTA
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* *
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* **
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22038843 TTCTCATTTG
*** *
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1 AAAAATTTTAGAAATTCACATCCAAAATTTCAAAGATCCTTATTCA
** * *
22038899 AAAAATTTTAGAAATTCACATCCAAGGTTTCAAAGGTCCTT-TTCC
1 AAAAATTTTAGAAATTCACATCCAAAATTTCAAAGATCCTTATTCA
*
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1 AAAAATTTTA
22038954 TGGCTTTACA
Statistics
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AAAAATTTTAGAAATTCACATCCAAAATTTCAAAGATCCTTATTCA
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22040012 AACTTATCCG
* * * * *
22040022 AAATAAAATACTACTACTTTATTAATATTTGGAACATTAATAAATA-AGAGATTTAAAAACTAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAA-A--AATTAATAGAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
22040086 GCTGTTTTTGAAACCAATTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATT
62 TCTATTTATCAAACCAGTTCAAA-TAGTTAT-A-AATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATT
* * * *
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123 ATA-ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCA
** *
22040201 GGATGAAAATAATACTAATTTAATT-ATATTTCAAAAATTAATA-AGAGATTTAAAAAATAAATG
1 AAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAGAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * *
22040264 T-GCTAGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AAATTGCTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTCA
64 TATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAAATT--T-GAACAATTATCTATTTCAAATCATT-A
** * * * * * * **
22040327 -GGCATTTT-ATTTAGTGATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
124 TAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCA
* * * *
22040379 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTGAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG--AGAGATTT-AAAAAATAAA
* ** * * * * * *
22040444 TCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
62 TCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAT-A-AATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
22040509 AACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCTTATTCA
125 AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCA
**
22040561 AAATAAAATAATACTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG--AGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
22040626 C-AGTTTATTAAATCAATTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTAT
63 CTA-TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAT--AAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
22040690 TACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAAAATTATTTTTTAAT-ATACAAGCTTATTCG
125 AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-GTTTCTGATCATACAAGCTTATTCA
* *
22040741 AAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAG-GAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * **
22040805 TTTATCAAACCGGTTCAAATAGTTATAAATATTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
66 TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAAAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
** *
22040870 TTTGTCATATCATAAAATAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCA
130 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCA
* * *
22040917 AAATAAAATAATGCTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
22040959 ACTAAAAAAT
Statistics
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
TTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCA
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22040354 GTTTCAGTTC
* * *
22040364 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAT
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAG--AGAG
* ** * * * *
22040429 ATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTAAACAATTATCT
64 ATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTAAACAATTATCT
** * * *
22040494 ATTTAAAATCATTATAACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATT
129 ATTTAAAATCATTATAACCTTTAGTCATATCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATT
** * * * * *
22040559 CAAAATAAAATAATACTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
194 CAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAA
* * * *
22040624 ATCAGTTTATTAAATCAATTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTA
259 ATCAGTTTATGAAATCAATTCAAACAATTATGACAATATGAACAACTACCTATTTCAAATCATTA
22040689 TTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAATTATTTTTTAAT
324 TTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAATTATTTTTTAAT
* * * *
22040726 ATACAAGCTTATTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-AG-GAGAT
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAGAGAT
** * *
22040789 TT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCGGTTCAAATAGTTATAAATA-TTGAATAATTATCTAT
66 TTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTAAACAATTATCTAT
* ** * * *
22040852 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTCATATCATAAAATAATTGTTTCT-GCTCATACAAGCTTATTC
131 TTAAAATCATTATAACCTTTAGTCATATCATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATAAAAGCTTATTC
*
22040916 AAAATAAAATAATGCTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATCTT-AAAAATAA
195 AAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAAT-TTAAAAAATAA
* * * * * **
22040980 ATCTA-TTTAGTGAACT-AGTTCAAACAGTT-TAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAAT
259 ATC-AGTTTA-TGAAATCAATTCAAACAATTAT-GACAATATGAACAACTACCTATTTCAAAT
22041040 AATAAGACAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
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ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAGAGAT
TTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTAAACAATTATCTAT
TTAAAATCATTATAACCTTTAGTCATATCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
CAGTTTATGAAATCAATTCAAACAATTATGACAATATGAACAACTACCTATTTCAAATCATTATT
ACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAATTATTTTTTAAT
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Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
22041083 TTTATTTTTA
22041093 AATTTTT-AAATTATT
1 AATTTTTGAAA-TATT
22041108 AATTTTTGAAATATT
1 AATTTTTGAAATATT
22041123 AAT
1 AAT
22041126 AAATCAATAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (15 bp):
AATTTTTGAAATATT
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Indices: 22042115--22043355 Score: 1135
Period size: 362 Copynumber: 3.5 Consensus size: 356
22042105 AATCTCTTTG
** * * * * *
22042115 TTATTAATTTTTAGAATATT-ATCAGTTTTGTAATATTTTACT-GCAAATAAGATTGTACAA-AT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTTATATTATTTTATTCG-AAATAAGCTTGTAGAACA-
* * * * *
22042177 AGAAACAATTATTTTATAACAAAAC-AAAGATCATACCGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-
63 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
* * * *
22042240 GTCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGT-AACAGATTTAGTTTTTAAAT-ATTT--TT-TTAATTT
127 GTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * *
22042299 TTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTGTTCTAAATAA--TTTGGTATGAATAGAAACAATTG
191 TTAAAATTTTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTT--TATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
22042362 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATCGATAATAATTT-AAATGGA-CATGACT
253 TTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATCGATAAT--TTTCAAAT-AATCATAACT
* * * * ***
22042425 ATTGGAAATTGTTCAGTAAACAAATTG-TTTTTTTAAATCTCCAAC
314 ATTTG-AATTGTTTAGAAAACATATTGATTTTTTT-AA-CTTTTAC
* *
22042470 TTATTAATTTCTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATAA-AT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTAGAACA-
* * *
22042532 AGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATAATTTAAATA
63 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
* * *
22042597 GTCATAACTATTTGAACTCACTTGGTAAACCA-ATTTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATT
127 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAA-CAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * *
22042661 TTTTAAATTTTAATAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGAT
190 TTTAAAATTTTAATAAATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
22042726 TTATGACAAACCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
255 TTATGACAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATCGATAATT-TTCAAATAATCATAACTATTT
22042791 GAATGTGTTTAGAAAACATATTGATTTTTTTAACTTTTAC
318 GAAT-TGTTTAGAAAACATATTGATTTTTTTAACTTTTAC
* *
22042831 TTATTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTAGTCGAAATAAGCTTGTAGGAACCAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTA-GAA-CAA
* * * ** * * * *
22042896 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTGATAGATAATTGTTCAATTAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGT
* * * * * * *
22042961 GATAACTATTTGAACTTTTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCA
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * *
22043026 AAATATTT-ATAAGTTAATATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTA-ATACAATTGTTT
194 AAAT-TTTAATAA-ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
22043089 TATGATAGAACAAAAAGTCTTAACGATTTGAAATCGATAATTATCTAAATAGTTATTATTATTTA
256 TATGACA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATCGATAATTTTC-AAATAATCATAACTATTTG
* * * *** *
22043154 AACT-TATACGATAAACATATTTATTTTAAAAAATTTTAC
319 AATTGTTTA-GA-AAACATATTGATTTTTTTAACTTTTAC
* * * *
22043193 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTA-GAACAA
** * * *
22043257 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAGTAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGT
*
22043322 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTT
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTT
22043356 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 729, Mismatches: 121, Indels: 66
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTAGAACAAAA
ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
ATTTTAATAAATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATCGATAATTTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGTT
TAGAAAACATATTGATTTTTTTAACTTTTAC
Found at i:22043005 original size:543 final size:537
Alignment explanation
Indices: 22042145--22043335 Score: 1224
Period size: 543 Copynumber: 2.2 Consensus size: 537
22042135 ATCAGTTTTG
* * * ** * *
22042145 TAATATTTTACTGCAAATAAGATTGTACAAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAC-AAAGATC
1 TAATATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * **
22042209 ATACCGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-GTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAACAGAT
66 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGAAAACAGAT
* * *
22042273 TTAGTTTTTAAATATTTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTGTTCTAAATA
131 TGAGTTTTTAAATATTTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGATATTATTTTGTTCGAAATA
* * * * * *
22042338 ATTTGGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATCGAT
196 ACTTGGTAGGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * **
22042403 AATAATTTAAATGGACATGACTATTGGAAATTGTTCAGTAAACAAATTGTTTTTTTAAATCTCCA
261 AATAATTCAAATAGACATAACTATTGGAAATTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCA
* * * * *
22042468 ACTTATTAA-TTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAA
326 ACTCATTAATTTTC-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAAA
* *
22042531 TAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATAATTTAAAT
390 TA-AAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATAATCTAAAT
* * * ** **
22042596 AGTCATAACTATTTGAACTCACT-TGGTAAACCA-ATTTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAA
454 AGTCATAACTATTTAAACTCA-TACGATAAA-CATA-TTTA-TTTTAAAAAATTTTACTTATTAA
* * *
22042659 TTTTTTAAATTTTAATAAA-TAG
515 TTTTTAAAATATTAATAAATTAA
* * *
22042681 TATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAACCAAAAGG
1 TAATATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
22042744 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAAC
64 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTT-GAAAAC
* * * * * *
22042808 ATATTGATTTTTTTAACT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTAG
127 AGATTGA-GTTTTTAAATATTT--TT-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGATATTATTTT-G
22042872 -TCGAAATAAGCTT-GTAGGAACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
187 TTCGAAATAA-CTTGGTAGGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
*** ** * ** * * ** * *
22042935 TTGTGATAGATAATTGTTCAATTAGTGATAACTATTTGAACTT-TTTTGATAAATAGATTCATTT
250 TTAAAATAGATAATAATTCAAATAGACATAACTATTGGAAATTGTTCAG-TAAACAAATTCATTT
*** * * * **
22042999 TTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCAAAATATTTATAAGTTAATATTGTTTTATTTTGAATAAG
314 TTTAAATCTCCAACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * * * * **
22043064 CCTATATGAATTAATACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTCTTAACGATTTGAAATCGATAA
379 CCTATATGAAATAAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * * *
22043129 TTATCTAAATAGTTATTATTATTTAAACTTATACGATAAACATATTTATTTTAAAAAATTTTACT
444 TAATCTAAATAGTCATAACTATTTAAACTCATACGATAAACATATTTATTTTAAAAAATTTTACT
22043194 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
509 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
** * * *
22043223 TAATATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAGTA-GT
1 TAATATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGT
* * *
22043287 CATAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
22043336 CTTATTTGGT
Statistics
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TAATATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGAAAACAGAT
TGAGTTTTTAAATATTTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGATATTATTTTGTTCGAAATA
ACTTGGTAGGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGAT
AATAATTCAAATAGACATAACTATTGGAAATTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCA
ACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAAAT
AAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATAATCTAAATAG
TCATAACTATTTAAACTCATACGATAAACATATTTATTTTAAAAAATTTTACTTATTAATTTTTA
AAATATTAATAAATTAA
Found at i:22043242 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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22042169 GTACAAATAG
* * * * *
22042179 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAGA-TCATACCGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-GT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTAAATAGT
* * * * * *
22042242 CATAACTATTT-AAATTGGTTTGGT-AACAGATTTAGTTTTT-AAA-TATTT--TT-TTAATTTT
65 CATAACTATTTGAACTT-ATATGATAAACATATTTATTTTTTAAAACT-TTTACTTATTAATTTT
** * * *
22042300 TAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTGTTCTAAATAA-TTTGGTATGAA-TA
128 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTT-GTATGAACTA
* * * * * *
22042352 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATCGATAATAATTTAAATGG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTAAATAG
* * * * * * * * ***
22042417 ACATGACTATTGGAAATTGT-TCAGTAAACAAATTGT-TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
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* * * * *
22042480 CTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATA
127 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
22042533 GAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATAATTTAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTAAATAG
* * * *
22042598 TCATAACTATTTGAACTCACT-TGGTAAACCA-ATTTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATT
64 TCATAACTATTTGAACTTA-TATGATAAA-CATA-TTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAATT
* * * ** *
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126 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
22042714 GAAACAATTGATTTATGACAAACCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAG
* * * *
22042779 TCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTGATTTTTT-TAACTTTTACTTATTAATTT
64 TCATAACTATTTGAACT-TATAT-GATAAACATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
22042841 TTAGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTAGTCGAAATAAGCTTGTAGGAACCAA
127 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAA-CTA
* ** * *
22042896 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTGATAGATAATTGTTCAATTAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGT
* * * * * * * * *
22042961 GATAACTATTTGAACTTTTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCA
65 CATAACTATTTGAACTTATATGATAAACATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
22043026 AAATATTTATAAGTTAATATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTA
130 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * *
22043077 ATACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTCTTAACGATTTGAAATCGATAATTATCTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT-TAAATAGT
* * * * * * *
22043142 TATTATTATTTAAACTTATACGATAAACATATTTA-TTTTAAAAAATTTTACTTATTAATTTTTA
65 CATAACTATTTGAACTTATATGATAAACATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAATTTTTA
* *
22043206 AAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAA
130 AAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* ** * * *
22043257 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAGTAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTAAATAGT
* * *
22043322 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTT
65 CATAACTATTTGAACTTATATGATAAACATATTT
22043356 GAAATAAGCT
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTATATGATAAACATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAATTTTTAA
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
Found at i:22043331 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22043283--22043332 Score: 50
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22043273 ACAAAACAAG
*
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1 TAGTCATAACTATTTAAA
* *
22043301 -A-TAAATAATTATTTAAA
1 TAGT-CATAACTATTTAAA
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1 TAGTCATAACTATTT
22043333 GAACTTATTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAGTCATAACTATTTAAA
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Alignment explanation
Indices: 22043386--22049184 Score: 3629
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22043376 GAAAAAAAAA
* * * *
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* * * * *
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* * **
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127 TAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * * * * *
22043566 TTTTGTGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTGT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** ** * ** * ** * *
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** ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * * * *
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* * ** * * * * *
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123 -ATATTAATA--A-ATTAATATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * *
22043934 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAGGATTTAAAATAAATAATTGTT-AAATAATCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
22043998 TTGAA-TGGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTTAAGTCTCTTGCTTATTAAAATTTT-GAATGTT
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* * ** * * *
22044061 AATAAATTTATTTTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGCACTAAAATAATTG
128 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTG
* * * * * *
22044114 TTTTATGACTACATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * *
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66 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAATATTAA
* * * * * *
22044243 TAAAATTAATATTATTTTAATCTAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTA
130 T-AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * * * *
22044295 TTTTATGACAAAA-TATAGATTATAATGATTTGACATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
22044359 TTGAA-TTGATTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC--A--TATCAATTTTTAAAATATTA
66 TTGAACTAG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTA
** * *
22044419 ATAAATTAATATTATTTTCCTTTGAATAA-TTCTGTATGAATAGAAGCAATTG
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* * * * * * *
22044471 TTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTATTTAAATAGACATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * * * ** * *
22044536 TTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATATTTTAACTATCCTACCTATTAACTTGCATAATGTTAA
66 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAA
* * * *
22044601 AAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
130 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* ** * * * * *
22044652 TTTTATGA-TAAA-AAAA-GAAAGTAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
22044714 TTTGAGCTTAG-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTGGAATATT
65 TTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TAGAATATT
* * * * *
22044778 AATAAATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATG
128 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * *
22044831 ATTTATGACAAACCAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC----CTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** ** * *
22044892 TTGAAC-ATGTTCAAAAAACTGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
66 TTGAACTA-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATT
* * * * * *
22044955 AATAAATTTATATTATTTTATTTAGATTAAGCTCGTATAAACAAAAACAATTG
128 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * *
22045008 TTTTATGATC-AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGAT-ATAACT
1 TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT
* *
22045071 ATTTGAACTTA-TTCAGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGCCT-GAAT
64 ATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT--TTAGAAT
* * * * *
22045132 ATTAATAAATTTATATAATTTTA-TTCGAA-ATAGCCTTGTATGATTAGAAAAAATTG
125 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA-AG-CTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * ** * **
22045188 TTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAGTG-TTTCAAAATAGATAATTGTTCAGTTAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * *
22045252 TTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
65 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTA
* * * *
22045317 ATAAAGTGAA-AATATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTG
129 ATAAA-TTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * * *
22045369 TTTTGTGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTG-CGATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA
* * ** * * * *
22045433 TTTGCATTAGTAAAGTCAAA-AAATTCATTTTTTCAATCTGTTACTTATTTATTTTTAGAATATT
65 TTTGAACTAGTTTAGT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTAGAATATT
** * * *
22045497 AATAAATTAGCATTA-TTTATTATGAATAATAC-TGTATGAACAAAAACAATTG
128 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * *
22045549 TTTTTTGACAAAACAAATGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG--ATATACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTA
* * * * * * *
22045612 ATTGAACTGGCTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTA
65 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTA
* * * * * *
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* * * * * *
22045728 TTTTATGACAAAACATACA--TCATAACGATTTGAAAAAGATGATTGTTCAAATATTTATAATTA
1 TTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
22045791 TTTGAACTAGTTTGGCAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
65 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTA
* * * * * *
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* ** * * * * * * *
22045906 TTTGACAACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
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* *
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129 -ATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATTG
* * * * *
22046251 TGTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * *
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66 TTGAACTAGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTA
* * ** * * * *
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129 ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTG
* ** * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
22046497 TTGAATTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAAATTTTTGAATGT
66 TTGAA-CTAGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-AATTTTAGAATAT
* * * * * * * *
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127 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * * * * * * *
22046615 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATACATAATTATTCTAACAGTCTTAATTGT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * * *
22046680 TTGAACTAGTTCGGCAAACACATTT-CTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAACAGTGA
66 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAA
** ** * * *
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130 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
** * * * * * * * * * * *
22046790 TTTTATG-GTAGAGAAAATGTTATAATGTTTTGTAATAGATAATAGTTCAAATGGGACATGACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTA
** * * ** * *
22046854 TTTGAACTTA-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATGTCAAACCTATCAATTTTTAGAATATT
65 TTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATT
* * * *
22046918 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTCTATGAATAGAAACAATTG
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* *** **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** **
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* * * ** * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* ** * * * *
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* * * * *** * *
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* * * **** * *
22049699 ATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGATAAAAAATAATTGTTTTAT
190 ATATTAATAAATTAAT-TTAATTCTATTTCGAATAA-ACAGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
22049763 TATAAAATAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAATTATTTTAAA
252 GATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAA
* * * * *
22049828 TGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA
317 TGATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * ** * *
22049868 TTAATTTAGAAAACATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGCCTAAGCTTGTATTAACTGAAAC
1 TTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC
* * ** * * ** * * *
22049933 AATTATTTTATGACAAATCAAATGGTTATAACGAATTT-AAATAGACAATTATTTAAAAAGTAAT
64 AATTGTTTTATGATAAA--AAAAAGTAATAAC-AATTTGAAATAGATAAGCATTCAAATAGTTAT
* * * ** * * * * * *
22049997 AATTATTTGAACTTGACT-AATGAACAGAGTTATATTT-TAAATGTCTTTCTTTTTAATTTTTTG
126 AACTATTTCAAC-TGATTCAACAAACAGAATTAT-TTTCTAAATCTCTTGC-TTATAAATTTTAG
* * * * * * *
22050060 A-ATGTTTATAAATTGGCA-TGAATT-TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
188 ACATATTAATAAATT--AATTTAATTCTATTTCGAATAAAC-AGTATGAA-TAAAACAATTGTTT
* * * * * *
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249 TATGA-TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTT
* * * *
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* * *
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1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAACA
* * * **
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65 ATTGTTTTATGATAAAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAAGCATTCAAATAGTTA-TAAC
* * ** * * * * * *
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129 TATTTCAACTGATTCAACAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTGCTTA-TAAATTTT-AGACAT
* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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1 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC
* * ** *
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64 AATTGTTTTATGATAAAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAAGCATTCAAATAGTTATAAC
* ** * *
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129 TATTTCAACTGATTCAACAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTGCTTATAAATTTTAGACATAT
* * ** ** * *
22050781 TAATAAATTAGTTTCATTCTATTTCGAATAAACTTCTATGTGCTGAAATAATTGTTTTATGATAA
194 TAATAAATTAATTTAATTCTATTTCGAATAAAC-AGTATG-AATAAAACAATTGTTTTATGATAA
* * * * *
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257 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATT
* * *
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322 CGGCAAA-CAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTA
* *
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1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-AAA
* * * *** *
22051011 CAAATGTTTTATGATAGAAAAAAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
63 CAATTGTTTTATGATA-AAAAAAA-GTAATAACAATTTGAAATAGATAAGCATTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
22051076 AACTATTTGAACTGATTCAATAAATAAAATTATTTT-TTAA--TC-T-CTTATTAATTCTT-GAA
126 AACTATTTCAACTGATTCAACAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTGCTTATAAATT-TTAGAC
* * * * * *
22051135 ATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAATAATTGTTTTA
190 ATATTAATAAATTAAT-TTAATTCTATTTCGAATAAAC-AGTATGAAT--AAAACAATTGTTTTA
* * * * ** * * * * * *
22051198 TTACAAAACTAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTCAA
251 TGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA
* ** *
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316 ATGATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * * * * *
22051304 TCAATTTTCAAAATATTACTCAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAACTCAAAC
1 TTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC
22051369 AATT
64 AATT
22051373 ATTTATTTTT
Statistics
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TTGTTTTATGATAAAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAAGCATTCAAATAGTTATAACTA
TTTCAACTGATTCAACAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTGCTTATAAATTTTAGACATATTA
ATAAATTAATTTAATTCTATTTCGAATAAACAGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCGGC
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:22051454 original size:94 final size:94
Alignment explanation
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22051269 CGATAAACTA
*
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* * *
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66 CGAATAGGCTTGTATGAACTCAAACAATT
* * * ** * ** * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTCAAAATATTACTCAAGTAGCATTATTTTATTC
*
22051438 CGAATATGCTTGTATGAA
66 CGAATAGGCTTGTATGAA
22051456 TAGAAATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTCAAAATATTACTCAAGTAGCATTATTTTATTC
CGAATAGGCTTGTATGAACTCAAACAATT
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Alignment explanation
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22051363 TCAAACAATT
* * * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * ** *
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1 ATTTA-TTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * * * *
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62 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * *
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22052103 ATAA
180 --AA
** * * * * ** **
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1 --ATTT--A-T--TTT-TTAAATC-TCTT-ACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * ** * * **
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* * *
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107 --A--AC---A-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
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164 AACTGA-TTCGATAAACAA
* * * *
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1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * * *
22052370 TTTGAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCTTAATGATTTA
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* * *
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* * *
22052488 ATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTT-AGAATAATAAT-AATTAGTATTATTTTA-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
22052549 TCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGAATTG
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * ** * *
22052614 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-GGCAAATAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAACAA
* * * * *
22052667 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTTTG-AGTATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
22052731 CAAATAAACTTGTTTGAA-GGGAACAAATGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAA
66 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
22052795 ATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAATTATTCGAA-AGAATTTAGA-AAACAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-A-TTCGATAAACAA
* * **
22052846 AATTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTCCA-
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * * * ***
22052907 CTAGAAATTAGCTTGCATGAATA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATTTTT
64 TTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * * *
22052971 TTAAATAGATAATTTTTTTAGATATTCATAATTATTTGAACTTG-TTTGGTTAACAG
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* *
22053027 ATTTATTTTTTTAATTCTCTTA-TTCTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * **
22053091 TTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTG
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
22053156 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTGACTACTTGAACTTG-TTCGGTAAACAT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAA
* ** * *
22053209 A-TT-TGTTTT-AAT-T-TT--TTACTTAA---TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
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65 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAA-AAGGTCATAACGA-TT
* * * * * *
22053326 TGAAATAAATAGTTATTCAAATAGTCATAA-TGATATGAACTTG-TTCAATAAACAG
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TGATTCGATAAACAA
* *
22053381 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * **
22053443 TTCAAAACAAGCTTGCATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGAT
64 TTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * ** * *
22053508 TTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTGAAACTTATTCGGCAAATAG
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGATTCGATAAACAA
* * * * * * *
22053564 ATTCATTTTTTTAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAACTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
22053629 TGAATAAGCTTATGTGAATTGAAATAATT-TTTTATTACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGA
66 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
22053693 AATAAATAATTATTCAAATAGCCATGACTATTTGATCT-AGTTCGGTAAATAT
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAA
* * * * ** * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
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66 CGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
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130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
*
22053925 ATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
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64 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
22054041 -AATA-ACAA-T-TTGAAATAG--ATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACA-A
* * * * * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * * ** * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
22054329 TTGAATAAACTTGTATGAATA-ACAATAATTGCTTCATGACATAACAAAAGGTTATAACGATTTG
65 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * *
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129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAA
*
22054446 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * *
22054510 TGAATAAGCTTGTATGAA-A-AAACAATTGTAATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
66 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
22054573 ATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTCG-TAAACAG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAA
* * * **
22054624 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
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66 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
22054754 ATAGACAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAA
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22054805 ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAA-AAAGTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
22054868 TTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAC--AACTAAAA-CTCATAACAATTTT
65 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * * * * *
22054930 AAATAAATAATTATTGAAATAGTAATAATTATTTTAACTTATTCGGTAGATAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * * * * * *
22054983 ATTTATTGTTTCAAATCTTTTTCTAATTAAATTTTTG-AATGTTAATTAATTTGGATTATTTTAT
1 ATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
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22055110 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAC
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * *
22055164 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
* * * * * **
22055227 AT-GAGTAAGCTTCTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTTTAACGATTT
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * * *
22055289 GAGATTGATAATTGTCCAAATAGTTATAACTGTTTAAACTGGTTCGATAAATAG
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* *
22055343 ATTTATTTTTTAAATCTATTTA-TAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
22055407 TCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATT-TTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTG
65 TCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * ** * * * * * * * * *
22055470 TAGTAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTGTTTTAACTAATTCAATAAATAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * **
22055523 ATATATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTAAGAAATATTAATAAATTAG---TATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * * * *
22055584 CTATCTAAGCTCATATTAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAATGTTATAACGATTTT
66 CGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
22055648 AAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAATTGGTTC-AGTAAACAT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAA
* * * * * * *
22055701 TTTTATTTTCTAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATCAGTATTAATTTA-
1 ATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
22055764 TTCTGAATAAGCTTATATGAA-ATGAAACAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTCATAATGATT
64 TTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * *
22055828 TGCAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTAATTC-AGTAAACAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAA
* * * * *
22055883 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
22055948 CGAATAAGCTTATATGAACA-AAAAAATTGTTCTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAA
66 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * ** ** *
22056012 ATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTCTTTGAACTGGTTCGGCAATTAG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * ** * * * *
22056063 ATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
22056128 CAAAT-AGAATAGTATGAACAGTCAA-AA-----CTAT-TC-AAATAAAAGGTTATAATGATTTG
66 CGAATAAG-CTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * ** * *
22056184 AAATAGATAATTATTCAAATAATCA-AA-TATTTTCAA-TGGTTTGGCAAGCAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * *
22056235 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
22056300 CAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAA
66 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
22056348 AGTTATCACA
Statistics
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0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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169 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
Found at i:22052088 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 22052038--22052112 Score: 132
Period size: 37 Copynumber: 2.0 Consensus size: 37
22052028 ATTAGAATGA
*
22052038 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATT
*
22052075 TTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATT
22052112 T
1 T
22052113 GAACTGGTTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (37 bp):
TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATT
Found at i:22054782 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 22054059--22056347 Score: 1511
Period size: 359 Copynumber: 6.4 Consensus size: 358
22054049 TTTGAAATAG
* * * * * * *
22054059 ATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTTTTACTTA-TAATTTTTTG
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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** * * * ** * * * * * * *
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253 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGA-AACAATTGTTTTATGATA-AAC
* * * * * ** *
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*
22054417 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAA
* * * **
22054482 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAAACAATTGTAATATGA
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
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131 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * * *
22054611 ATTTCGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG
196 -TTTCGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * *
22054676 TATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATGAATTGAAACACTTGTTTTATAATAGAATAAAAGGTC
260 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTC
* * ** *
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* * * * * *
22054776 ATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G
* * * * * *
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64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
22054904 TGAC--AACTAAAA-CTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTGAAATAGTAATAATTATTTTA
128 TGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * *
22054966 ACTT-ATTCGGTAGATAGATTTATTGTTTCAAATCTTTTTCTAATTAAATTTTT-GAATGTTAAT
192 A-TTGTTTC-GTAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAAAATATTAAT
* * * ** * * * * * *
22055029 TAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTAAG-ATATGAAACAAGTATTTTACGACTAAAC
253 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAC
* * * * *
22055093 AAGAGGTC-GAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTT
316 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
22055135 TTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAATTTTTAG
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-
* ** * *
22055200 AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATGAGTAAGCTTCTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * * *
22055263 TGACAAAACAAAA-ATTTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTCCAAATAGTTATAACTGTTTAAA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
22055327 CTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTATTTA-TAATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
193 TTGTTTCG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* *** * *
22055391 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATT-TTTTATGACAAAAAAAA
256 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAA
* * * * * *
22055455 AGTCATAACGATTTGTAGTAGATAATCATTCAAATGGCC
320 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * ** * * * * *
22055494 ATAATTGTTTTAACTAATTCAATAAATAGATATATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTAAGA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TGA
* * * * *
22055559 AATATTAATAAATTAG---TATTTTATTCT-ATCTAAGCTCATATTAACTGAAACAATTATTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
22055620 TGACAAATCAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * *
22055685 TTGGTTCAGTAAACATTTTTATTTTCTAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAA
193 TTGTTTC-GTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAA
* * * * * *
22055749 ATCAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAAATGAAACAGTTGTTTTATGACTAAGCAA
255 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAA
* * * *
22055813 AAGGTCATAATGATTTGCAATATATAATTATTCTAATAGTC
318 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
22055854 TTAACCATTTGAATTA-ATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * * *
22055918 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAAAATTGTTCTAT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
22055983 GACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTCTTTGAAC
129 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * ** * * * ** * * *
22056048 TGGTTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATT
194 TGTTTC-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * ** ** * * *
22056113 AGTATTGTTTTATTCCAAAT-AGAATAGTATGAACAGTCAA-AA-----CTAT--TCAAATAAAA
258 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATTG-AAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAA
* * *
22056169 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
320 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** * * * *
22056208 A-AA-TATTTTCAA-TGGTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTT
1 ATAACTA-TTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * *
22056270 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAA-AATTATTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATG-A-ATAAAACAATTGTTT
* *
22056333 TATGATAGAACAAAA
126 TATGACAAAACAAAA
22056348 AGTTATCACA
Statistics
Matches: 1506, Mismatches: 360, Indels: 135
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 77 0.05
353 29 0.02
354 49 0.03
355 16 0.01
356 16 0.01
357 82 0.05
358 199 0.13
359 570 0.38
360 280 0.19
361 81 0.05
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
TTTCGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCAT
AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
Found at i:22056285 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 22055883--22056305 Score: 433
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 174
22055873 CAGTAAACAA
*
22055883 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
* **
22055948 CGAATAAGCTTATATGAACAAAAAAATTGTTCTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
66 CAAAT-AGAATATATGAACAAAAAAA----TCTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * **
22056013 TAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTCTTTGAACTGGTTCGGCAATTAG
126 TAGATAATTATTCAAATAATC-TAAATCTTTCAACTGGTTCGGCAAGCAG
* * * ** * * *
22056063 ATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * **
22056128 CAAATAGAATAGTATGAACAGTCAAAA-CTAT-TC-AAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
66 CAAATAGAATA-TATGAACA-AAAAAATCTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* *
22056190 ATAATTATTCAAATAATC-AAATATTTTCAA-TGGTTTGGCAAGCAG
129 ATAATTATTCAAATAATCTAAAT-CTTTCAACTGGTTCGGCAAGCAG
* * * * * *
22056235 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
22056300 CAAATA
66 CAAATA
22056306 AGCTTGTATG
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 39, Indels: 14
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 74 0.37
173 5 0.02
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175 1 0.00
176 4 0.02
179 4 0.02
180 68 0.34
181 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAATAGAATATATGAACAAAAAAATCTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
AATTATTCAAATAATCTAAATCTTTCAACTGGTTCGGCAAGCAG
Found at i:22056752 original size:181 final size:175
Alignment explanation
Indices: 22056375--22056993 Score: 529
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 175
22056365 AACAAAAACA
* * ** ** * * * *
22056375 AAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATAA
1 AAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * * *
22056440 TTATAATTATTTGAACT-AGTTCGACAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAAATTTTGA-
65 TCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAA-A-TATTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTAG
* * * * * * *
22056503 AATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCAATTAAGCTTCTATGAGTT
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGAT
* * * *
22056552 GAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAA
1 -AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* *
22056617 TCTTGACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATGAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAA-ATA-TTATTTTTTAAATCTCTT-A-TAT-AATTTTT
*
22056682 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGCAT
125 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAG-AT
* * * * ** *
22056734 AAAAAATTATTTTATGATAGAATAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGT
1 AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * *
22056799 CATAACTA-TTGAATCGGTTTAG-T-AAATA-GATTTTTTAAATCTCTTAT-TAATTCTT-GAAA
66 CATAACTATTTGAA-CTGATTCGATAAAATATTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTAG-AA
* *
22056858 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGA-
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AGAT
* * ** * * *
22056905 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-G
1 AAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * *
22056969 GCTATAATTATTTGAATTGATTCGA
65 TC-ATAACTATTTGAACTGATTCGA
22056994 CAAACTGATT
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 70, Indels: 33
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.02
172 106 0.30
173 7 0.02
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175 1 0.00
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AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAAATATTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTAGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGAT
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22056364 AAACAAAAAC
* * * ** * * *
22056374 AAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATA
1 AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
22056439 ATTATAATTATTTGAACTAGTTCGACAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAAATTTTGAA
66 ATCATAACTATTTGAAC-AGTTCGATAAATAG-A-T-TTTT-TAAATCTCTTATATAATTTTGAA
* * * * * *
22056504 ATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCAATTAAGCTTCTATGAGTTG
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT--GTTG
* * * * * *
22056553 --AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATA
1 AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
22056616 ATCTTGACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATGAATTTT
66 ATCATAACTATTTGAACAG-TTCGAT-AA-ATA--GATTTTTTAAATCTCTT-A-TAT-AATTTT
* * *
22056681 TAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AG
123 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTG
* * * *
22056731 CATAAAA-AATTATTTTATGATAGAATAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTACTCAAA
1 -A-AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
22056795 TAGTCATAACTA-TTGAATCGGTT-TAGTAAATAGATTTTTTAAATCTCTTAT-TAATTCTTGAA
64 TAATCATAACTATTTGAA-CAGTTCGA-TAAATAGATTTTTTAAATCTCTTATATAATT-TTGAA
*
22056857 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTG
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTG
* * * ** * * *
22056904 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT
1 AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
22056968 GGCTATAATT
Statistics
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AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
ATCATAACTATTTGAACAGTTCGATAAATAGATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTG
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22064113 TTGAGTTGTG
* *
22064123 TTGGATTAGGATGCATAAATTGAGGGGGAGTTTTGCCA
1 TTGGATTAGGATGCACAAATTGAGGGGGAGTTTTACCA
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1 TTGGATTAGGATGCACAAATTGAGGGGGAGTTTTACCA
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1 T
22064200 GCATTGTTTA
Statistics
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TTGGATTAGGATGCACAAATTGAGGGGGAGTTTTACCA
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22065160 ACATGAACCA
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Statistics
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ATCGATCCCCTAAGGAAGGGG
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22066304 TTGGTTTTGT
* **
22066314 AAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
22066375 TT-TATCCGAATAAGCTTTTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGA
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* * * * * *
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* *
22066490 AAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAT
1 AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
22066554 TTTATTTCAAATAAGTTTTTATGATTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA-CGTAAT
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GATCATAAT
* * *
22066618 GACTTT-AAATTGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTAGT
128 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGA
* * **
22066671 AAACAGATATATTCTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
22066735 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATTGAAA-AATTGTTTTATGACTAAATA-AAAGGTTAGAA
64 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCATAA
* * * * * * * *
22066798 CGATTTGAAATAGATAATTGCTCTAACAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTCAGCA
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-A
* * * * * * *
22066853 AAA-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTACTACTTTTTTG-AATAATATTAAATTAATATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * **
22066916 TTTAATAT-GAATAAGCTTTTATGAAAAGAAACAATTGTTTTGTCACAAAATAAATATCATAACA
65 TTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATG
* * * * ** *
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129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA
* * * * *
22067032 AAATAGATTTATTTTTTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATCAATATTAT
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** ** *
22067094 TTTATTTTGTATAATTTTACATGAACA-AATA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-ACGTCATAA
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAA
* ** * * *
22067156 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAAACATGACTATTTGAACTTGTTCGGT
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA
* * * ** * * *
22067210 GAGC-GTATTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATCAA-TTTTCATAATATTAATAAATTATTATTA
1 AAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
*
22067273 TTTTATTAT-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGATCATAG
64 TTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATA-
* * * * * * *
22067337 CT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAAGTATTTGAACTT-TT-TGA
126 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA
* * * * * * *
22067389 TAAACATATTTATTTTTCAAATTTTTTACATATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
22067454 TTTATTTCAAATATA-CTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAATCATAAC
65 TTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA-
* * * * *
22067518 T-ATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACATGTTCAAA
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA
* * * * *
22067571 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTAACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * * * *
22067634 TTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTATTTTA-GAAAAAATGAAAGGTCATAACG
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATG
* * * *
22067698 ATTTGAAATGGATAACTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCAGT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA
* * * ** *
22067750 AAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** ** * * ** *
22067815 TTATTTCAAATAAGGTTACATGAACCGATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAATGA
66 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGA
* * * *
22067880 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTCAGCA
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-A
22067932 AAA
1 AAA
22067935 ACATTGTTAT
Statistics
Matches: 1156, Mismatches: 226, Indels: 120
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 18 0.02
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178 96 0.08
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA
Found at i:22067428 original size:15 final size:15
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Indices: 22067408--22067440 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
22067398 TTATTTTTCA
*
22067408 AATTTTTTACATATT
1 AATTTTTTAAATATT
22067423 AATTTTTTAAATATT
1 AATTTTTTAAATATT
22067438 AAT
1 AAT
22067441 AAATTAATAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (15 bp):
AATTTTTTAAATATT
Found at i:22067857 original size:540 final size:533
Alignment explanation
Indices: 22065972--22067939 Score: 1538
Period size: 540 Copynumber: 3.7 Consensus size: 533
22065962 GCTAACACTG
* * * * *
22065972 ATTTATTGTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAA-GTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCTA-TATTATTTTATT
* * * * *
22066036 TTGGATAAGCTTT-TATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGCTTT
64 TAGAATAAG-TTTATATGATA-T-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * *
22066099 TAAATAGATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAGACAGATT-TATTTT
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTATA-TTT
* * * * * ** *
22066162 TCCAAATCTCATGCTTATTAATTTTCA-AATGTTAATAAATTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAG
189 T--AAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAA
* * * * * * *
22066225 CTTGTATGAACT-GAAACAATT-ATATATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAG---
251 CTTGTATGAA-TAG-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCA-TACTATTTGAAATAGATA
* * * * * ** * * *
22066285 A-TAGT----C--T--TAAATATTTGAATTGGTTTTGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-
312 ATTATTCAAACAATCATAAGTATTTAAACTAGTTCAGCAAAAACATTTATTTTTCAAATCTCTTA
* * * * * *
22066339 --TATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTTTATGATTA
377 CATATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTTTATAAATA
* * * * *
22066401 GAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAA-TGATTTGACATTGATATTTGTTGAAATA-
441 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCATAACT-ATTTGAAATTGATATTTGTTCAAATAG
* *
22066464 TTCATAACTATTGGAATTGGTTCAGAAAACA
505 TT-ATAACTATTTGAACT-GTTCAGAAAACA
* * *
22066495 ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTAT
1 A-TTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCTA-TATTATTTTAT
* * * * *
22066559 TTCA-AATAAGTTTTTATGATTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACGTAATGACTT
63 TT-AGAATAAGTTTATATGATAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TT
* * * * *
22066623 T-AAATTGATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATATATTCTT
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAAT-TA-TATT
* * **
22066687 TTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
188 TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAAC
* * * * * * *
22066752 TTGTATAAATTGAAAAATTGTTTTATGACTAAATA-AAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAAT
252 TTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCA-TACTATTTGAAATAGATAAT
** * * * * * * *
22066816 TGCTCTAACAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTCAGCAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCT
314 TATTCAAACAATCATAAGTATTTAAACTAGTTCAGCAAAAACATTTATTTTTCAAATCTCTTACA
* * * * *
22066881 TACTACTTTTTTGAATAATATTAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTTTATGAAA-AG
379 TATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTTTAT-AAATAG
* * * * * * *
22066944 AAACAATTGTTTTGTCACAAAATAAATATCATAACAATTTGAGATAT-ATATTTGTCCAAATAGT
442 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCATAACTATTTGAAAT-TGATATTTGTTCAAATAGT
* ** * *
22067008 CATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATA
506 TATAACTATTTGAACTG-TTCAGAAAACA
* * *
22067037 GATTTATTTTTTTAAA-ATTT-CTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATCAATATTATTTTATT
1 -ATTTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCTATATTATTTTATT
* * * * * *
22067100 TTGTATAATTTTACATGA-ACAAATAAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGATTTGA
64 TAGAATAAGTTTATATGATATAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * * * *
22067164 AATAGATAATTGTTTAAATAAACATGA-CTATTTGAACTTGTTCGGTGAGCGTATTTATTTTTTA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AAATTATATTTTA
* * * * *
22067228 AATCTCCTAC-CAATCAATTTTCATAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTATGAATAAACTT
191 AATCTCTTACTC-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTT
*
22067292 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGATCATAGCTATTTGAAATAAATAATTA
254 GTATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATA-CTATTTGAAATAGATAATTA
* ** * * * * * *
22067357 TTCAAACAATCATAAGTATTTGAACTTTTTGA-TAAACATATTTATTTTTCAAATTTTTTACATA
316 TTCAAACAATCATAAGTATTTAAACTAGTTCAGCAAAAACATTTATTTTTCAAATCTCTTACATA
* * *
22067421 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATATA-CTTGTATAAATAGAAA
381 TTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTTTATAAATAGAAA
* *
22067485 CAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTAT
445 CAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAATCATAACTATTTGAAATTGATATTTGTTCAAATAGTTAT
* *
22067550 AACTATTTAAACATGTTCAAAAAACA
509 AACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAACA
* * * *
22067576 TATTTATTTTTTAAATTTTTACTAACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
1 -ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCTATATTATTTTATTT
* * * * ** *
22067641 AGAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTATTTTA-GAAAAAATGAAAGGTCATAACGATTTGAA
65 AGAATAAGTTTATATG-ATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* *
22067705 ATGGATAACTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATATTTTAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT-ATATTTTAAA
* * * ** **
22067770 TCTCTTACTCGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTACA
193 TCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTA
** * ** * *
22067835 TGAACCGATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
257 TGAATAGA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATACT-ATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * *
22067900 TAATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTCAGCAAAAACATT
319 AAACAATCATAAGTATTTAAACTAGTTCAGCAAAAACATT
22067940 GTTATAACTA
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 225, Indels: 124
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
523 4 0.00
524 170 0.15
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526 58 0.05
527 5 0.00
528 1 0.00
529 1 0.00
530 2 0.00
534 1 0.00
536 1 0.00
537 9 0.01
538 209 0.18
539 210 0.18
540 290 0.25
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543 12 0.01
544 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCTATATTATTTTATTTA
GAATAAGTTTATATGATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTATATTTTAAATCT
CTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAA
TAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAAT
CATAAGTATTTAAACTAGTTCAGCAAAAACATTTATTTTTCAAATCTCTTACATATTAATTTTTT
AAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTA
TAACAAAACAAAAATCATAACTATTTGAAATTGATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
TGTTCAGAAAACA
Found at i:22068535 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22068131--22069162 Score: 809
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
22068121 TTATATGAAC
* * * * * *
22068131 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTTATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATA
1 AAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
* * * **
22068196 GTCATAGTTATTTGAACTAGTTAGGTAAATGGAA-TTATTTTTATAAA--TCTT--TTATTAATT
65 GTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAA-CAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
22068256 TTTGAAATATTAATAAATT-CTTTTATTTTATTCCAAATAA-GTTAGTATGAATT
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTT-GTAT-AA-T
* *
22068309 AAAAA-AACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
1 AAAAACAA-TTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
* * * * * * * *
22068373 AGTCTTAAATATTTGAATTGGATCGACAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTT
64 AGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *
22068438 TTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTGTATCAAT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTGTAT-AAT
* *** * * ** * ** * * *
22068490 AAAAATAATTGTTTCATGATGGAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTTAAATA
1 AAAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
* * *
22068555 GTCATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 GTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
22068620 TAAAAAATTAATAAATAAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGAATATTT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGGTTGTATA-AT
* *** **
22068671 AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGGCAGG
1 AAAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
* * * * *
22068736 GCCATGATTATTTGAACTAGTT-TAGTAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTT
65 GTCATAATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * **
22068800 TTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGTT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTGTATAAT
* * * * *
22068851 CAAAAACAATTGCTATATGACCAAACAAAAGGTAATGATGATTTGAAATAGATAATTATTCATTT
1 -AAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
* ** * * * * * *
22068916 AGTCTTAACCATTTAAACT-GCTTCGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATATCTTAGTTATTAATT
64 AGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * *
22068980 TTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGTTTATATGAAT
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGGTTGTAT-AAT
** * * * * **
22069033 TGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC--A-A
1 AAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
* * * * *
22069095 ---AT-A--A---GAAGTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTT
65 GTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
22069151 TGAAATATTAAT
130 TGAAATATTAAT
22069163 TGTTAGCTCA
Statistics
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0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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169 46 0.07
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
TCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTGTATAAT
Found at i:22068897 original size:362 final size:360
Alignment explanation
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Period size: 362 Copynumber: 2.7 Consensus size: 360
22068120 CTTATATGAA
* * *
22068130 CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTTATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTGAAAT
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* **
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* ** * * * *
22068257 TTGAAATATTAATAAATTCTTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATGAATTAAAAA-AACTTGT
128 TTAAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGAATGAATTAAAAACAA-TTGT
* * * * * * *
22068321 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATT
192 TTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACAGAGCCATAAATATT
* * * * * * *
22068386 TGAATTGGATCGACAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATT
257 TGAATAGGATAGACAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT
* * * *
22068451 ATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTGTATCAAT
322 AAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATCAAT
* *** * ** * * * *
22068490 -AAAAATAATTGTTTCATGATGGAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTTAAAT
1 CAAAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAAT
* *
22068554 AGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
65 AGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAAAAGAATTATTTTTTAAAT-TCTTA-TTATTAATTT
* *
22068619 TTAAAAAATTAATAAATAAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGAAT-ATTTAAAAACAATTGT
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* ** * * *
22068683 TATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGGCAGGGCCATGATTATT
192 TTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACAGAGCCATAAATATT
** * *
22068748 TGAACTAGTTTAG-TAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
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* **
22068812 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAAT-GTT
321 TAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATCAAT
* * * * * * **
22068851 CAAAAACAATTGCTATATGACCAAACAAAAGGTAATGATGATTTGAAATAGATAATTATTCATTT
1 CAAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * *
22068916 AGTCTTAACCATTTAAACT-GCTTCGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATATCTTAGTTATTAATT
65 AGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCAGTAAAAAGAATTATTTTTTAAAT-TCTTA-TTATTAATT
** * * * *
22068980 TTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGTTT-ATATGAATT-GAAACAATT
127 TTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGA-ATGAATTAAAAACAATT
* * * **
22069043 ATTTTAT-AACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
190 GTTTTATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
22069094 AATAAGAAGT
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 104, Indels: 30
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
358 7 0.01
359 83 0.17
360 5 0.01
361 6 0.01
362 347 0.72
363 36 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
CAAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATA
GTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAAAAGAATTATTTTTTAAATTCTTATTATTAATTTTTA
AAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGAATGAATTAAAAACAATTGTTTTA
TGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACAGAGCCATAAATATTTGAA
TAGGATAGACAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAT
TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATCAAT
Found at i:22071106 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22071086--22071123 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
22071076 TGGATTATTG
22071086 ATGAGGAGG-T-GGAGA
1 ATGAGGAGGATAGGAGA
22071101 ATGAGGAGGATAAGGAGA
1 ATGAGGAGGAT-AGGAGA
22071119 ATGAG
1 ATGAG
22071124 AAGAATAAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.45
16 1 0.05
18 10 0.50
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.47, T:0.13
Consensus pattern (17 bp):
ATGAGGAGGATAGGAGA
Found at i:22071139 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22071096--22071133 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
22071086 ATGAGGAGGT
* *
22071096 GGAGAATGAGGAGGATAA
1 GGAGAATGAGAAGAATAA
22071114 GGAGAATGAGAAGAATAA
1 GGAGAATGAGAAGAATAA
22071132 GG
1 GG
22071134 GAAATGCTAC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.42, T:0.11
Consensus pattern (18 bp):
GGAGAATGAGAAGAATAA
Done.