Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 119 of 125
Found at i:22075620 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 22075526--22075636 Score: 195
Period size: 55 Copynumber: 2.0 Consensus size: 55
22075516 TCATTTTGAG
* * *
22075526 AAAGTTTTGAAATTACATGCATACTTGCATGTCCGAGTCTTCTATGCCAAATCCA
1 AAAGTTTTGAAATTACATGCATACTTACATATCCAAGTCTTCTATGCCAAATCCA
22075581 AAAGTTTTGAAATTACATGCATACTTACATATCCAAGTCTTCTATGCCAAATCCA
1 AAAGTTTTGAAATTACATGCATACTTACATATCCAAGTCTTCTATGCCAAATCCA
22075636 A
1 A
22075637 CTTTCATTTT
Statistics
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0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 53 1.00
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Consensus pattern (55 bp):
AAAGTTTTGAAATTACATGCATACTTACATATCCAAGTCTTCTATGCCAAATCCA
Found at i:22079790 original size:181 final size:180
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Indices: 22079525--22081597 Score: 1420
Period size: 181 Copynumber: 11.6 Consensus size: 180
22079515 TATTTATATT
* * * ** * * *
22079525 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATTGTTTAACAAATAGAATTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTT-
**** * ** *
22079589 AAAAAAAATT--TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCA
65 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * **
22079652 TGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAAGGAAAGGTCA-AAGCAATTTG
129 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAG--ATTTG
** * * * *
22079705 AAGCAGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
** * ** * * ** *
22079770 AATCTCCAACTTGTTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTCTATTTTGAATAAACTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * *
22079835 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTG
131 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA-GATTTG
* * * * *** * * *
22079886 AAATAAAAAATCATTCAAATAGTCATAACTATCT-AACCTCACTTGGTAAATAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTT
* * * *
22079950 AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * *
22080014 TTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
129 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA-GATTTG
*
22080067 AAATAGATAATT-TTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTG-GTTTAGTAAACATATTTATTTTT
* * *
22080129 TAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAA
64 T-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA
* * * *
22080191 ACTTGCATGAACAG-AACAAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATATTTTG
126 GCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAAGA-TTTG
* ** *
22080247 AAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGT-GA-ATAGTTT-TTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATA-TTTATTTTTT
* * * *
22080309 -AATCCTCTTACTCATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGA
65 AAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * *
22080372 TTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTAATTA-TAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTG
128 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGACT-AAACAAAAGGTCATAA-GATTTG
* * * *
22080427 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATATATATTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTAT-TTTTT
* * ** * * * *
22080492 -AATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAGATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAACCT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* *
22080555 TGTATGAATAGAAACAA-------AAGA-T---CATAA--T-AT----TTTG
129 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAGATTTG
** ** * *
22080589 AAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGT-GA-ATAGTTTCTTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATA-TTT-ATTTTT
* * * * ** *
22080652 TAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGCTTCAAATAAGAT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * *
22080717 TATATGAACTA-AAACAATTGTTTTAATTA-TAAAAGAAAAAGGTTATAATGATTTG
129 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGACT-AAA-CAAAAGGTCATAA-GATTTG
* * * * * *
22080772 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATATATATTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * * *
22080837 AATCTTTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAACCTT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
22080901 GTCTGAATAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATCACA-ATTTG
130 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAT-A-AGATTTG
* ** ** * *
22080953 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTATTTAGCAAACAGATTTTATTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTAGTAAACATA-TTTATTTTT
* ** * *
22081017 TCAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTT-AATACCAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCTAAATGA
64 T-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA
* * * * * *
22081080 GCTTTTATGAATAGAAA-ATATTATTTTATGACAAAAATAAAAGGTTAT-AGCAATTTC
126 GCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGAC-TAAACAAAAGGTCATAAG--ATTTG
* * * * * * * * * * *
22081137 AAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * *
22081202 AATCTCTTTA-TTATCAA-TTTTTAAATTATTAATAAATTAATATTATTTTATATCGAATAAGTT
66 AATCTC-TTACTTATTAATTTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * *
22081265 TATGTGAACTA-AAATAATT-TTTTATGA--AAA-AAAAGATCATAACAATTTG
129 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA-GATTTG
* * * * * * ** *
22081314 AAATAGATAATTATCCAAATTGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATATTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
* * *** *
22081379 AAT-TTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-TCCAAATAAGCT
66 AATCTCT-TACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCT
* * * * * * * *
22081442 TGTATAAACAAAAACAATTGTTTTA-AAATAGAACAAAAAGTTATAACTATTTG
129 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAA-GATTTG
* * * * * *
22081495 AAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACATATTTA-TTTTT
* *
22081559 TAAA--TC-TA-TTATT-AGTTTTTGAAATATTAATAGATTAGT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGT
22081598 TTTACCTTAT
Statistics
Matches: 1505, Mismatches: 286, Indels: 206
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.00
161 8 0.01
162 107 0.07
163 7 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
170 6 0.00
174 3 0.00
175 4 0.00
176 4 0.00
177 121 0.08
178 46 0.03
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180 239 0.16
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182 149 0.10
183 216 0.14
184 64 0.04
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAGATTTG
Found at i:22080192 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 22079501--22081595 Score: 1769
Period size: 361 Copynumber: 5.9 Consensus size: 358
22079491 ATTTTTTGAT
* * * * *
22079501 AAAACAAAATGTCATATTTATATT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAATT
1 AAAACAAAAGGTCATAATAAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * **** *
22079564 GTTTAACAAATAGAATTATTTTTTAAAAAAAAATT--TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAT
65 ATTTAGTAAATAGATTTATTTTTT--AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAT
* *** * * * * * **
22079626 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAAGGAAAG
127 TAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * * * **
22079691 GTCA-AAGCAATTTGAAGCAGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA
192 GTTATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAA
*** * * * *
22079755 CATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTGTTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTCTA
256 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
***
22079820 TTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
320 TTCCAAATAAACTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATG
** * * * *
22079860 ACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAAAAAATCATTCAAATAGTCATAACTATCT-AACC
1 --AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C
* * * *
22079924 TCACTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATT
63 TTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* *
22079989 AGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGG
128 AGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
22080054 TTATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAA
193 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTAAACT-TGTTCAGTAAA
22080116 CATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTT
256 CATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA-TTAATATTATTT
* * * *
22080179 TATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAACAAATTGTTTTATG
318 TATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAC-AATTGTTTTATG
* *
22080221 ATAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACT
1 --AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
22080286 TATTTAGTGAATAG-TTT-TTTTTT-AATCCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
64 TATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * *
22080348 A-ATATTATTTTACTT-CAAATAAGATTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTAATTATAAAAGAA
128 AGA-ATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAA
* *
22080410 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTA
189 AAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTA
* * *
22080475 AACATATATATATTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTGTCAAGATATTAATAAATTAATATTATT
254 AACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA-ATATTAATAAATTAATATTATT
* *
22080539 TTAATCCAAATAACCTTGTATG--------AA------TA-G
317 TTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATG
* * **
22080566 -AAACAAAAGATCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTA
1 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * * *
22080630 TTTAGTGAATAG-TTTCTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA-
66 TTTAGTAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
22080693 ATATTATTTTGCTT-CAAATAAGATTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTAATTATAAAAGAAAA
130 A-ATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAA-CAAA
* *
22080756 AGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAA
190 AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAA
* * **
22080821 ACATATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
255 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * *
22080886 AATCCAAATAACCTTGTCTGAATAGAAACAATTGTTTTATG
319 ATTCCAAATAAACTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * **
22080927 TCAAAACAAAAAGTCATCACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAAC
1 --AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC
* * * **
22080991 TTATTTAGCAAACAGATTTTATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTCT-TAATACCAATAA
63 TTATTTAGTAAATAGA-TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAA
* * * * * * *
22081055 ATTTGTATTATTTTATTCTAAATGAGCTTTTATGAATAGAAA-ATATTATTTTATGACAAAAATA
125 ATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGAC-AAAACA
* * * * * * * * *
22081119 AAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAAT
188 AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGT
* * *
22081184 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATCAATTTTTAAATTATTAATAAATTAATATTAT
253 AAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAA-TATTAATAAATTAATATTAT
* ** * * *
22081248 TTTATAT-CGAATAAGTTTATGTGAACTAAAATAATT-TTTTATG
316 TTTAT-TCCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
22081291 AAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATCCAAATTGTCATGATTATTTGATC-TA
1 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
** * * * * **
22081354 GTTCGGTAAACATATTTATATTTTAAAT-TTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
66 -TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * ** * * *
22081418 GTATTATTTTCA-TCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAAAATAGAACAAAAAG
129 GAATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
22081482 TTATAACTATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATTGA-TAAAT
193 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAAC
* * *
22081546 AGATTTATTTTTTTAAATC---TA-TTATTAGTTTTTGAAATATTAATAGATTA
257 ATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA
22081596 GTTTTACCTT
Statistics
Matches: 1452, Mismatches: 207, Indels: 156
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
342 77 0.05
344 101 0.07
345 141 0.10
346 4 0.00
352 2 0.00
354 2 0.00
355 24 0.02
356 3 0.00
358 71 0.05
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361 357 0.25
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364 72 0.05
365 140 0.10
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367 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA
ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
ATAAACTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATG
Found at i:22080685 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 22080408--22080916 Score: 438
Period size: 162 Copynumber: 3.0 Consensus size: 162
22080398 ATTATAAAAG
* *
22080408 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG
1 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAG
* *
22080473 TAAACATATATATATTTTTAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAGATATTAATAAATTAATATTAT
66 TAAACATATATATATTTTTAATCTCTTACTCATTAATTGTCAAGATATTAATAAATTAATATTAT
22080538 TTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAAC
131 TTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAAC
** * *
22080570 AAAAGATCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA
1 AAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCA
* * * * * *
22080634 GT-GA-ATAGTTTCTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTAA-ATATTAATAAATTAATA
65 GTAAACATA-TATATATTTTTAA-TCTCTTACTCATTAA-TTGTCAAGATATTAATAAATTAATA
** * ** *
22080696 TTATTTTGCTTCAAATAAGATTATATGAACTA-AAAC
127 TTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAA-TAGAAAC
** * * *
22080732 AATTGTTTTAATTATAAAAGAAAAAGGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
1 AAAAG-----ATCAT-AATG----A--TT-TGAA--A--T-AGAT----AATTATTCAAATAGTC
* * * * *
22080796 ATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGA
44 ATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACATATATATATTTTTAATCTCTTACTCATTAATTGTC-A
*
22080861 A-ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTCTGAATAGAAAC
108 AGATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAAC
22080915 AA
1 AA
22080917 TTGTTTTATG
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 48, Indels: 41
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.01
161 12 0.04
162 118 0.44
163 7 0.03
167 4 0.01
168 2 0.01
173 1 0.00
174 4 0.01
175 1 0.00
176 1 0.00
178 1 0.00
179 3 0.01
182 5 0.02
183 93 0.35
184 10 0.04
185 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (162 bp):
AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAG
TAAACATATATATATTTTTAATCTCTTACTCATTAATTGTCAAGATATTAATAAATTAATATTAT
TTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAAC
Found at i:22080855 original size:345 final size:342
Alignment explanation
Indices: 22080217--22080916 Score: 1262
Period size: 345 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
22080207 CAAATTGTTT
*
22080217 TATG-ATA-AAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATT
1 TATGAATAGAAACAAAAGATCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATT
22080280 TGAACTTATTTAGTGAATAGTTTTTTTTTAATCCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAA
66 TGAACTTATTTAGTGAATAGTTTTTTTTTAATCCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAA
22080345 ATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTATAAAAGAA
131 ATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTATAAAAGAA
22080410 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTA
196 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTA
*
22080475 AACATATATATATTTTTAATCTTTTACTTATTAATTGTC-AAGATATTAATAAATTAATATTATT
261 AACATATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAA-ATATTAATAAATTAATATTATT
22080539 TTAATCCAAATAACCTTG
325 TTAATCCAAATAACCTTG
*
22080557 TATGAATAGAAACAAAAGATCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATT
1 TATGAATAGAAACAAAAGATCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATT
* *
22080622 TGAACTTATTTAGTGAATAGTTTCTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAAT
66 TGAACTTATTTAGTGAATAG-TT-TTTTTTTAATCCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAT
*
22080687 AAATTAATATTATTTTGCTTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTATAAAAG
129 AAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTATAAAAG
* *
22080752 AAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCA
194 -AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCA
22080817 GTAAACATATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTA
258 GTAAACATATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTA
22080882 TTTTAATCCAAATAACCTTG
323 TTTTAATCCAAATAACCTTG
*
22080902 TCTGAATAGAAACAA
1 TATGAATAGAAACAA
22080917 TTGTTTTATG
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 9, Indels: 7
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 3 0.01
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346 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (342 bp):
TATGAATAGAAACAAAAGATCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATT
TGAACTTATTTAGTGAATAGTTTTTTTTTAATCCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTATAAAAGAA
AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTA
AACATATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
TAATCCAAATAACCTTG
Found at i:22080896 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22080585--22081565 Score: 828
Period size: 183 Copynumber: 5.4 Consensus size: 181
22080575 ATCATAATAT
* ** * * * *
22080585 TTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGT-GA-ATAGTTTCTT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTT-AT
* * * * * ** *
22080648 TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGCTTCAAATA
64 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATA
* **
22080713 AGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTATAAAAGAAAAAGGTTATAATGA
129 AGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT-ATTATAAAA-AAAAAGGTTATAACAA
* * * * *
22080768 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATATATAT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTT
* *
22080833 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAC
66 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG
* * * * *
22080898 CTTGTCTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGTCA-AAACAAAAA-GTCATCACAA
131 CTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT-T-ATAAAAAAAAAGGTTATAACAA
** * * * *
22080949 TTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTATTTAGCAAACAGATTTTAT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTTAT
* * ** ** * *
22081013 TTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTTAATACCAATAAATTTGTATTATTTTATTCTAAAT
64 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
* * * * * *
22081078 GAGCTTTTATGAA-TAGAAA-ATATTATTTTATGACAAAAATAAAAGGTTATAGCAA
128 AAGCTTATATGAACTA-AAACA-ATTGTTTTATTATAAAAA-AAAAGGTTATAACAA
* * * * * * * * *
22081133 TTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTT
* * *
22081198 TTTAAATCTCTTTA-TTATCAATT-TTTAAATTATTAATAAATTAATATTATTTTATAT-CGAAT
66 TTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCTAAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCCAAAT
* * * * * *
22081260 AAGTTTATGTGAACTAAAATAA---TTTT-TTATGAAAAAAAAGATCATAACAA
128 AAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAAAAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * * * *
22081310 TTTGAAATAGATAATTATCCAAATTGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATAT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTT
* * *
22081375 TTTAAAT-TTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATCCAAATAA
66 TTTAAATCTTT-TACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAA
* * * ** * *
22081439 GCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAAAATAGAACAAAAA-GTTATAACTA
130 GCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATA-AAAAAAAAGGTTATAACAA
* * * * *
22081491 TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATTGA-TAAATAGATTTATT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTA-T
22081555 TTTTTAAATCT
64 TTTTTAAATCT
22081566 ATTATTAGTT
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 135, Indels: 60
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 5 0.01
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178 10 0.02
179 4 0.01
180 5 0.01
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185 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTT
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG
CTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAAAAAAAGGTTATAACAA
Found at i:22081248 original size:365 final size:360
Alignment explanation
Indices: 22080565--22081533 Score: 853
Period size: 365 Copynumber: 2.7 Consensus size: 360
22080555 TGTATGAATA
* * * * **
22080565 GAAACAAAAGATCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTA
1 GAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
** * * **
22080630 TTTAGTGAATAGTTTCTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAAT
66 TTTAGCAAACAGTTTCTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATACCAATAAATTAAT
* * * *
22080695 ATTATTTTGCTTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTATAAAAGAAAAAGGT
131 ATTATTTTGATTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTATTTTAATGACAAAAGAAAAAGGT
** * * * * * *
22080760 TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
196 TATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAG
*
22080825 ATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-AT
261 ATATATATTTTAAATCTTTTACTTATCAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATAT
*
22080889 CCAAATAACCTTGTCTGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
326 -CAAATAACCTTATCTGAACTA-AAACAATT-TTTTAT
* * *
22080926 GTCAAAACAAAA-AGTCATCACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTGA
1 G--AAAA-AAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACT-ATTTGA
* *
22080989 ACTTATTTAGCAAACAGATTT-TATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTT-AATACCAA
61 ACTTATTTAGCAAACAG-TTTCT-TTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTT-TTAAATACCAA
** * * *
22081052 TAAATTTGTATTATTTT-ATTCTAAATGAGCTTTTATGAA-TAGAAA-ATATTATTTT-ATGACA
122 TAAATTAATATTATTTTGATTC-AAATAAGATTATATGAACTA-AAACA-ATTATTTTAATGACA
* * * *
22081113 AAA-ATAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTAAACTT
184 AAAGA-AAAAGGTTATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTT
* * * **
22081177 GTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATCAATT-TTTAAATTATTAATAAATT
248 GTTCAATAAACAGATATATATTTTAAATCT-TTTACTTATCAATTGTCGAAA-TATTAATAAATT
* ** * *
22081240 AATATTATTTTATATCGAATAAGTTTATGTGAACTAAAATAATTTTTTAT
311 AATATTATTTTATATCAAATAACCTTATCTGAACTAAAACAATTTTTTAT
* * * *
22081290 GAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TCCAAATTGTCATGATTATTTGATC-T
1 GAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * * ** **
22081353 AGTTCGGTAAACA-TATT-TATATTTTAAAT-TTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA
65 A-TTTAGCAAACAGT-TTCT-TTTTTTAAATCTCT-TACTCATTAATTTTTTAAATACCAATAAA
* * * * * * * * * * * *
22081415 TTAGTATTATTTTCATCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAA-AATAGAACAAA
126 TTAATATTATTTTGATTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTATTTTAATGACAAAAGAAA
* * * * *
22081479 AA-GTTATAACTATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
191 AAGGTTATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACT
22081534 AGATTGATAA
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 84, Indels: 61
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
358 47 0.09
359 72 0.15
360 19 0.04
361 54 0.11
362 6 0.01
363 5 0.01
364 70 0.14
365 148 0.30
366 72 0.15
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
GAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
TTTAGCAAACAGTTTCTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATACCAATAAATTAAT
ATTATTTTGATTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTATTTTAATGACAAAAGAAAAAGGT
TATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAG
ATATATATTTTAAATCTTTTACTTATCAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATAT
CAAATAACCTTATCTGAACTAAAACAATTTTTTAT
Found at i:22083963 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22083728--22084052 Score: 438
Period size: 178 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
22083718 AACTAGTTCA
* * * * *
22083728 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTAGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 ATAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTCTCAATTTTAGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
* * *
22083793 TTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGTTAA-AAAACAATTATTATATGACGAAACAAAAGGTAATAA
66 TTTTATTTCAAATAAACTTGAATG--AATAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAA
*
22083857 CGATTTGAAATAGATAATGTTACAAGGCCATAATTATTTGGCTTGATTCG
129 CAATTTGAAATAGATAATGTTACAAGGCCATAATTATTTGGCTTGATTCG
* * * *
22083907 ATAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTTCTT-TCAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTATTA
1 ATAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTCTCAATTTTAGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
22083971 TTTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
66 TTTTATTTCAAATAAACTTGAATGAA-TAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
22084036 AATTTGAAATAGATAAT
130 AATTTGAAATAGATAAT
22084053 TGTTCATATG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.02
178 96 0.77
179 27 0.22
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTCTCAATTTTAGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAACTTGAATGAATAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
ATTTGAAATAGATAATGTTACAAGGCCATAATTATTTGGCTTGATTCG
Found at i:22084182 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22083380--22084403 Score: 700
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
22083370 AGGTAAACAA
* *
22083380 AATTATTCTTT-AA-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTATTTTATTC
1 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * *
22083442 CAAATAAGC-TAGTATGAATTTAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTAG
65 TAAATAAGCTTA-TATGAATTGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
22083506 AATTAGATAATTGTTCGTATAGTCTTAAATATTTAAACTGGTT-TAGCAAATA-
128 AAATAGATAATTGTTCATATAGCCATAAATATTTGAA-TTGTTCGA-CAAATAG
* * * * * * *
22083558 AATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTCTGGAATATTAGTAGATTAGTATTACTTTT-T
1 AA-TTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
* * * * ** * *
22083622 TTCAATAAGCTTGTATGAA--CAAA-AATTTTTTTATGATTAACCAAAAGGTTATAATGATTTGA
64 TTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * * * * *
22083684 AGTTTATAATAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAG
129 AATAGATAATTGTTCATATAGCCATAAATATTTGAA-TTGTTCGACAAATAG
* * * * *
22083736 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTAGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
22083801 CGAATAAGCTTGA-ATG--TTAAAAAACAATTATTATATGACGAAACAAAAGGTAATAACGATTT
66 -AAATAAGCTT-ATATGAATT--GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * ** * *
22083863 GAAATAGATAA-TGTTACA-A-GGCCATAATTATTTGGCTTGATTCGATAAACAG
127 GAAATAGATAATTGTT-CATATAGCCATAAATATTTGAATTG-TTCGACAAATAG
* * * * *
22083915 -ATTCACTTTTTAAATCA-CTTTCTT-TCAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTTT
1 AATT-ATTTTTTAAAT-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * **
22083977 TTCAAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
64 TT-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
22084042 AAATAGATAATTGTTCATATGGTCTTAAATGTTTGAATTGCTTCGACAAATAG
128 AAATAGATAATTGTTCATATAGCCATAAATATTTGAATTG-TTCGACAAATAG
* * *
22084095 AATTATTTTTCAAATATCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
22084159 ATGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
65 -TAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** *
22084224 AACAGATAATTGTTCA-ATAG-----GA-A-TTG----GATCGGTAAACAG
129 AATAGATAATTGTTCATATAGCCATAAATATTTGAATTGTTCGACAAATAG
* * *
22084263 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
22084328 CGAATAGGCTTGTATTTAA-TGACAACACAATT-GTTTATGGA-AAAACAAAAGTTCATAATGAT
66 -AAATAAGCTTATA-TGAATTG--AA-ACAATTATTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
*
22084390 TT-AATTA-ATAATTG
125 TTGAAATAGATAATTG
22084404 CTATAAATTG
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 137, Indels: 86
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 84 0.13
169 8 0.01
170 27 0.04
171 6 0.01
173 3 0.00
175 1 0.00
176 4 0.01
177 114 0.17
178 118 0.18
179 56 0.08
180 51 0.08
181 187 0.28
182 7 0.01
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCATATAGCCATAAATATTTGAATTGTTCGACAAATAG
Found at i:22085034 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 22084779--22085100 Score: 429
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
22084769 TGAACAAAAC
* * *
22084779 AATTATTTTATGACAAAACAAAGTTCATAATGATTTAAGATAGTAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTAAGATAGTAATAGTTCAAATAGACATAAC
* * * * * *
22084844 TATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTAGTTTATAAA-TC-T-CTTGTTAATTTTTGAAATATT
66 TATTTAAACTTCTTCAATAAACAAATTTAGTTTATAAACTCATACTTATTAATTTTTAAAATATT
22084906 AATAAATTAGTATTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATAGAAAT
131 AATAAATTAGTATTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATAGAAAT
*
22084949 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATAGTTCAAATAGACAT
1 AATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTT-AAGATAG-TAATAGTTCAAATAGACAT
* * * *
22085013 GA-TAATTTAAATTTCTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAAA
63 AACT-ATTTAAACTTCTTCAATAAACAAATTTAGTTTATAAA-CTCATACTTATTAATTTTTAAA
*
22085077 ATATTAATAAATTAGTGTTATTTT
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT
22085101 ATTTTGAATG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 15, Indels: 10
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 18 0.14
171 21 0.16
172 50 0.39
174 2 0.02
175 1 0.01
176 37 0.29
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTAAGATAGTAATAGTTCAAATAGACATAAC
TATTTAAACTTCTTCAATAAACAAATTTAGTTTATAAACTCATACTTATTAATTTTTAAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATAGAAAT
Found at i:22085533 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22085108--22086340 Score: 1044
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 179
22085098 TTTATTTTGA
* * *
22085108 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * * * *
22085173 TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAAGGTAATACTAGTCTATTAATATTTTGAAAACTA
66 TTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAA--TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * *
22085238 ATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAATT
128 ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * ** * *
22085287 ATGATTATTTG-ACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTACTATTATAAAACAATTG
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * ***
22085351 TTTCTATTCATACAAGCTAATTCGGATCAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGGCAATTAAT
66 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * * * * *
22085416 AAGTTAAAATTTTTAAAAATAAATATATTTACCCAACTAGATCAACTAGTT
130 AAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
22085467 ATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAAGAATTG
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
22085532 TTTC-AGTTCATATAAGTTTATT-GAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
66 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * * * * * *
22085595 TAATTAAGAGATTTAAAAACT-GATTTGTTTA-TAGAACAAGTTTAAATAATT
129 TAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
22085646 ATGACAATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGATGTAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTT
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * * * * *
22085711 TTTCTATTCATACAAGCCTATTTTAAATAAAATAA-AATAAAATAATTAA-AATTAAAATAATTA
66 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAA-AATTA
* * ** *
22085774 GTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATTGTT
128 ATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * * *
22085827 ATGATTATCTAAACAATTGTTTATTTCAAA-CTATTATGACTTTTTGTTTAGCCATAAAATAATT
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
22085891 CTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAA
65 GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * *
22085956 TAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTC
129 TAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
22086009 ATAACTATTTGAATAATTAT-TGATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTCGT-ATAAAACAATT
1 ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * *
22086071 GTATC-AGTTCATAAAAG-TTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATT-
65 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* *
22086133 ATCGAGTAAGAAATTTAAAAAATTGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
128 AT-AAGTAA-AAATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
22086188 ATGATTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * ** **
22086253 TTTTTGTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATGAATTAATATTCCAAAAATTAA
66 TTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
*
22086317 TAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT
129 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT
22086341 TTGTTTTTTG
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 180, Indels: 73
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 31 0.04
177 5 0.01
178 77 0.09
179 210 0.25
180 169 0.20
181 228 0.27
182 113 0.14
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
AGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
Found at i:22085771 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 22085743--22085773 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
22085733 TTAAATAAAA
22085743 TAAAATAAAATAAT
1 TAAAATAAAATAAT
22085757 TAAAATTAAAATAAT
1 TAAAA-TAAAATAAT
22085772 TA
1 TA
22085774 GTAAGTAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.31
15 11 0.69
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (14 bp):
TAAAATAAAATAAT
Found at i:22086191 original size:361 final size:356
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Indices: 22085129--22086346 Score: 1078
Period size: 360 Copynumber: 3.4 Consensus size: 356
22085119 AATAATTATC
* * * * * * * *
22085129 TATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGT
1 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTAT
* * ** *
22085194 TT-AGAATAAAAGGTAATACTAGTCTATTAATATTTTGAAAACTAATAAG----AGA-TTTAAAA
66 TTGA-AATAAAA--TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA
* * * * * * *
22085253 AATAAATCTATTTATCA-AACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTG-ACAATTATTTATTTCAAA
128 AATAAATTTGTTTA-CAGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAA
* * * *
22085316 TTGTTATGACTTTTTGTACTAT-TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTAATTCG-GATC
191 TCGTTATGAC-CTTTGT--T-TGTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-
* *** * * *
22085379 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGGCAATTAATAAGTTAAAATTTTTAAAAATAAATATAT
251 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
22085444 TTACCCAACTAGATCAACTAGTTATGACTATATGAATAATTATC
314 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATATGAACAATT-TT
* * * * *
22085488 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAGCTTA
* * *
22085552 -TTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAA
65 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
* * * * * * * *
22085614 CT-GATTTGTTTATAGAACAAGTTTAAATAATTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTGAAATC
129 ATAAATTTGTTTACAGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATC
* * * * * * **
22085678 GATGTAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTTAAATAAAA
193 GTTATGACC-TTT-GTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * *
22085743 TAA-AATAAAATAATTAA-AATTAAAATAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
255 TAATAAT-AATTTATTAATATTTTAAA-AATTA-TAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * * *
22085806 ATTAAACAAGTTCAAATTGTTATGATTATCTAAACAATTGTT
316 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATATGAACAATT-TT
* * * * * *
22085848 TATTTCAAA-CTATTATGACTTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATC-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTA
* * *
22085912 TTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA
65 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA
* * * * *
22085977 TAAATATGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCG
130 TAAATTTGTTTACAGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATT-ATTTCAAATCG
* *
22086042 TTATGACCTTTGTTTCGTATAAAACAATTGTATC-AGTTCATAAAAG-TTATTCGAAATAAAATA
194 TTATGACCTTTGTTT-GTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* *
22086105 ATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTATCGAGTAAGAAATTTAAAAAATTGAATCTATTTACC
257 ATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACC
*
22086170 AAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTTT
319 AAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATATGAACAATTTT
* * * *
22086208 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTA
1 -TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTA
** ** *
22086273 TTCCAAATAAAATAATA-TAAATGAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTT-AAAA
65 TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
22086335 ATAAATTTGTTT
129 ATAAATTTGTTT
22086347 TTTGACACGT
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 129, Indels: 72
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 26 0.04
358 11 0.02
359 119 0.17
360 239 0.34
361 224 0.32
362 19 0.03
363 54 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTAT
TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT
AAATTTGTTTACAGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATCGTT
ATGACCTTTGTTTGTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAA
TAATTTATTAATATTTTAAAAATTATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTTATGATTATATGAACAATTTT
Found at i:22086425 original size:144 final size:146
Alignment explanation
Indices: 22086212--22086522 Score: 412
Period size: 144 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
22086202 AATTTTCTAT
* * * * *
22086212 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCC
1 TTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCC
*
22086277 AAATAAAATAATA-TAAATGAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTA-AAAATAAA
66 AAATAAAATAATACT-AATGAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTATAAAATAAA
* * * *
22086340 TTTGTTTTTTGA-CACG
130 TCTGTTTATCGAGCAAG
* * * * **
22086356 TTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTGTAATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCC
** *
22086421 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTAAGTAAAAAATTTATAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATGAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTATAAAATAAAT
22086486 CTGTTTATCGAGCAAG
131 CTGTTTATCGAGCAAG
22086502 TTCAAATAGTTATGACTATTT
1 TTCAAATAGTTATGAC-ATTT
22086523 GAATAATTAT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 20, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
144 103 0.72
145 18 0.13
146 19 0.13
147 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
TTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCC
AAATAAAATAATACTAATGAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTATAAAATAAAT
CTGTTTATCGAGCAAG
Found at i:22086659 original size:325 final size:324
Alignment explanation
Indices: 22086033--22086672 Score: 776
Period size: 325 Copynumber: 2.0 Consensus size: 324
22086023 AATTATTGAT
* *
22086033 TTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTCGTATAAAACAATTGTATCAGTTCATAAAAGTTATTCGAAA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTGTTTCGTATAAAACAATTGTATCAGTTCATAAAAGATATTCGAAA
** * * *
22086098 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTATCGAGTAAGAAATTTAAAAAATTGAATCT
66 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTATCAAGTAAAAAATTTAAAAAATTAAATCT
* *
22086163 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGAC
131 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
22086228 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAA
196 ATTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAA
* **
22086293 ATGAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT-AAAAATAAATTTGTTTTTTGACACG
261 ATGAATTAAAATTCCAAAAACCAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGACACG
* * * * * *
22086356 TTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTGTAATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCATATTT
1 TTCAAATAGTTATGACC-TTTGTTTCGT-ATAAAACAATTGTATC-AGTTCATAAAAG-ATATTC
* *
22086420 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-CTAAGTAAAAAATTTATAAAA-TA
62 GAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTATC-AAGTAAAAAATTTAAAAAATTA
* * * * *
22086483 AATCTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT-TATTTCAAATAGT
126 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTCTATTTCAAATAGT
* * * *
22086547 TATGATC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATT-CAGAATAAAA
190 TATGA-CATTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAA
** ** * *
22086610 TAATACT-AATTTATTAAAATTCTGAAAACCAATAGGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTT
253 TAATA-TAAATGAATTAAAATTCCAAAAACCAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATTTGTTT
22086673 ACCAAACAAG
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 39, Indels: 19
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
323 16 0.06
324 10 0.04
325 161 0.60
326 80 0.30
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (324 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTGTTTCGTATAAAACAATTGTATCAGTTCATAAAAGATATTCGAAA
TAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTATCAAGTAAAAAATTTAAAAAATTAAATCT
ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATAGTTATGAC
ATTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAA
ATGAATTAAAATTCCAAAAACCAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGACACG
Found at i:22086664 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22086356--22089175 Score: 2189
Period size: 180 Copynumber: 15.8 Consensus size: 181
22086346 TTTTGACACG
* * * *
22086356 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTGTAATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATT-
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
22086419 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTAAGTAAAAAATTTATAAAATAA
65 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
22086484 ATCTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
129 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
22086537 TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTC
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * ** *
22086601 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTGAAAACCAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
22086666 TTTGTTTACCAAACAAGTTCCAATAATCAT-ATCCATTTGAATAATGATCTAT
130 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
** ** * * * **
22086718 TTTGAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
22086782 AAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTGT-GAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
22086843 CTATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
131 CTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * *
22086894 CACAAATCATTAAGATC-TTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
22086958 -AATGAAGATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATCAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
66 GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** *
22087022 TGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTAG
130 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
22087074 TTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTTAAACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
22087138 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAAAATA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
** * *
22087203 AATCTATTTA-C---TTAGCTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
22087253 TTGAAGTCATTATAACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTCT-TT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT-TATT
* * * *
22087316 C-------AA-AATACTACTTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAACTA
64 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
**** * * * * *
22087372 AAGT-TATTTTTTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCAAC
128 AA-TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * *
22087426 CTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGCTTT-TGATT-ATACGAGCTCATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
22087488 -TGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATCAAT-AG---GAGATTT---TAA-A
64 CAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * *
22087544 AA-GTGTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCAAT
128 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
22087597 TTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* *
22087661 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * *
22087725 AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCAAT
128 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
22087779 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCTTATCC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
22087843 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAG
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
22087908 T-TAGTTTACTAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAACTATCTAT
130 TCTA-TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * *
22087960 TTCAAATTGTTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC
* *
22088024 -GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
65 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
22088083 AATCTGTTTACTATACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * **
22088137 TTCAAATTGTTATAATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
22088202 GAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATAAAAAACTCAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
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131 CTATTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * * *
22088381 GGAATAGAATAAAACTAATTTGTAAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAT
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * *
22088446 TTTATTTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTA-
130 TCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
22088497 TTCAAATCATTATTACTTTTTCTTTTATCAAAAAACAATTGCTTT-TGTTAATATAAGTTTGTT-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
22088560 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATT-TAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTA
65 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
22088624 AATATATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTGTTTGAATAATTATCTAT
128 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * **
22088678 TTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTCTTTATACTATTTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * ** * * *
22088743 GAATAAAATAGTACTAATTTAATAATATTTTGAAACA-TAATAACCACGAAAATTAAAAAATAAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
22088807 TTTAATTGCTAAACTAGTTTAAATAGCTAAGACTCTATAAACAATTATCTAT
130 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * *
22088859 TTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTTTAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-
* * *
22088923 A-ATTAAAATAATACTAATTAAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
22088986 ATTTATTTACCAAATTAGTTCAATTGGTTAAGACTATTAGAACAGTTATCTAT
129 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
22089039 TTCAAATCATTTTGACCCTTTGTTTAGTCAT-TAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGATTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* *
22089102 AGAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAA
*
22089166 ATTTATTTAC
129 ATCTATTTAC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:22086825 original size:505 final size:505
Alignment explanation
Indices: 22085887--22086825 Score: 1219
Period size: 505 Copynumber: 1.9 Consensus size: 505
22085877 GCCATAAAAT
* * * * *
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* *
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* *
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131 TTGAATAATTATTGATTTCAAATAGTTATGACCTTTATTTCGTATAAAACAATTGTATCAGTTCA
* * ** *
22086082 TAAAAGTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTATCGAGTAAGAAAT
196 TAAAAGTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTTGAAAAACAATAGAGTAAGAAAT
* * * * **
22086147 TTAAAAAATTGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTTTCTAT
261 TTAAAAAATTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGATCATTTGAACAATGATCTAT
* ** *
22086212 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCC
326 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTCA
* *
22086277 AAATAAAATAATATAAATGAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATT
391 AAATAAAATAATATAAATCAATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATT
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*
22086392 AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
1 AATTCTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * *
22086457 TTACTAAGTAAAA-AATTTATAAAATAAATCTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
66 TTAATAAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
22086521 TTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
131 TTGAATAATTATTGATTTCAAATAGTTATGA-CCTTTATTTCGT-ATAAAACAATTGTATC-AGT
* * * *
22086585 TTATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTGAAAACCAATAG-GTA
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* * * * *
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** * * * * *
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* * ***
22086775 TTATTCAAAATAAAATAATACT-GATCTATTAATATTGTGAAAACTAATAAG
384 TTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATCAATTAATATTCCAAAAACTAATAAG
22086826 AGATTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (505 bp):
AATTCTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
TTAATAAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAATAATTATTGATTTCAAATAGTTATGACCTTTATTTCGTATAAAACAATTGTATCAGTTCA
TAAAAGTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTTGAAAAACAATAGAGTAAGAAAT
TTAAAAAATTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGATCATTTGAACAATGATCTAT
TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTCA
AAATAAAATAATATAAATCAATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATT
TGTTTTTTGACACGTTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTGTAATAAACC
Found at i:22088681 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 22086356--22089180 Score: 2191
Period size: 361 Copynumber: 7.9 Consensus size: 361
22086346 TTTTGACACG
* * * * * *
22086356 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTGTAATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT
** * * * *
22086420 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTAAGTAAAAAATTTATAAAATAAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
22086485 TCTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTA
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* * * * **
22086549 TGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAA
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* * * ** * * ***
22086613 TACTAATTTATTAAAATTCTGAAAACCAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
257 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGA
* * * * * * * *
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322 ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
** ** * * ** **
22086718 TTTGAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
22086782 AAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTGT--GAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** ** *
22086842 TCTATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCACAAATCATTAA
129 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** * ** *
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194 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAAT
* ** * * * * ****
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** *
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323 CCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
22087074 TTCAAATCGTTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTAAACAAGCTTA-TT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
22087137 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAAAAT
64 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
** * * * * *
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126 AAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
22087262 TTATAACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAC-T-CTT----T-CAA-
190 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * *
22087319 AATACTACTTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAACTAAAGTTATTTTT
255 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTAT
* * * * *
22087383 TGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCAAC
319 TGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * *
22087426 CTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGCTTTTGATT-ATACGAGCTCATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTG-TTCATACAAGCTTATTT
* ** * *
22087489 G-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATCAAT-AG---GAGATTT---TAA-AA
64 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
22087545 A-GTGTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTT
128 ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * **
22087609 TGACCATTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAAT
193 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * * **
22087674 ACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
258 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTATTGA
* * * *
22087739 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCAAT
322 ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ***
22087779 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTG
* ** * *
22087844 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAGT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
22087909 -TAGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGTTAT
130 CTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
22087973 TACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
194 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
* * * * * *
22088036 TACTAATTTACTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-A
257 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGA
* * *
22088096 TACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTAT
322 -ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
22088137 TTCAAATTGTTATAATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
22088202 GAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCT-AAAAATAAAAAACTCAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * *
22088266 TCCATTTGCCAAA-CAGTTTC-AATAGTTAAAACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTATTA
129 TCTATTTACCAAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * ** * * *
22088329 TGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCAGCACATACAAGGTTATTTGGAATAGAATAAA
193 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * * *
22088394 ACTAATTTGTAAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATTGAA
258 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAA
* *
22088459 CCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTA-
323 CCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
22088497 TTCAAATCATTATTACTTTTTCTTTTATCAAAAAACAATTGCTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
22088562 AAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
22088627 ATATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** * * ** ** *
22088692 ACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTCTTTATACTATTTTATTCAGAATAAAATAGTAC
195 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* * ** * * * * ** *
22088757 TAATTTAATAATATTTTGAAACA-TAATAACCACGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTGCTAAAC
260 TAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAC
* * * * * *
22088821 TAGTTTAAATAGCTA-AGACTCTATAAACAATTATCTAT
324 CAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *
22088859 TTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTTTAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCT-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TG
* * * *
22088923 AATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * *
22088988 TTATTTACCAAATTAGTTCAATTGGTTAAGACTATTAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTTTG
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * *
22089053 ACCCTTTGTTTAGTCAT-TAATAATTATTTTAGTTCATACAAGATTATTTAGAATAAATTAATAC
195 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
** *
22089117 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAAC
260 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAC
22089181 AAATTTAAAA
Statistics
Matches: 1933, Mismatches: 450, Indels: 162
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.00
341 4 0.00
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343 3 0.00
344 73 0.04
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346 7 0.00
349 2 0.00
350 12 0.01
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365 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACCA
GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:22088947 original size:14 final size:15
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Indices: 22088921--22088949 Score: 51
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22088911 CAAGCTTATT
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CTAATTAAAATAATA
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Statistics
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ATTATTATTTGCATA
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* * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * ** **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AACTT-ATTCGAAATAAAATAATATT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATAT-TA
* * * * * ***
22090337 ACTTATTAATTTTTTAAAAGTTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAAATAAAGTTGTTGGCCTG-ACC
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATAT-TA
* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * **
22090631 TTTTGTTTTGCCATAAAATAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAACAATACAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATATTA
* * * * **
22090695 ATTTACTAATATTC-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-TGAAATA
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* * ** * * *
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* * * * * *
22090811 TTTTGTTTGGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * * * * * * * *
22090876 TTTCTTCATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGT
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** * * * * *
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* * * ** * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTA
* * * * * * * **
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* * * ** *
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* * * * *
22091174 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAAATAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATATTA
* * * * * * *
22091238 AATAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATATAAAACATAAATCTATTT-TCTGAA-CA
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-TGAACCA
* * * *
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* * * * * *
22091354 TTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGTTAATT----A-AAAA-AATACTA
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* * * ** *
22091412 ATATATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTA-CCAAGCA
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** * * * *
22091475 AGCGCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCATA-TAGTTATGATC
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACC
* * ** * * *
22091529 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAGTACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * * * * *** * *
22091594 CTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACAAAT
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* * * *
22091659 TCAAATAGTCACGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
131 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * *
22091710 TTTTGTTTTTTCATTAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGAATTATTTAGAATTAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ACTTA-TTCGAAATAAAATAATATT
* * * ** *
22091774 AATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTA
64 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCA
* * *
22091835 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * * * *
22091888 -ATTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATA-AAAGCTTATTCGGATTAAAAGAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATATTA
* * * * * * *
22091951 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAAAT--ATGTGTTTGTCGAACCAG
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAG
* * * * *
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130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * *
22092066 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCA-ACAACCTTATT-TAGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATATT
* * * *
22092128 AATGTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAATAATAAAT
64 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAAT
22092179 CTATTTACCA
Statistics
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0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.00
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TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
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Period size: 890 Copynumber: 3.0 Consensus size: 889
22089502 CAAATTAGTT
* * *
22089512 CAAATAATTATGGAC-ATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTTTGTCAT
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* * * *
22089576 AAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAA-ATAATAATACTAATTTATTAATATTTC
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* *
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128 AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAGCAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
22089702 TATTATTTGCATAATTATATATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAT
188 GATTATTTG-ACAATTATATATTTCAAA-TAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
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* * * * * * * *
22089831 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTG-AACCAGTTCAAATA-TTAAGGCTATATGAAC
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* * * * * *
22089894 AATTCTTTCTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTCAATTCTTAC
379 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATAC
* * * * * *
22089958 TATGTTATTTGGAATAAAATAAAATAAATTTCTTAATATTTAAAAAATCAATAAGTAAGATATTT
443 -AAGTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAT-TTT
* * *
22090023 AAAAAGT-AATTCTTTTTTCCGAACGAA-TTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATCTATT
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* * * ** * * ***
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566 TCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTATCAGCTCATATAGGATTATTCCA
* * * *
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* * * * * *
22090213 ATT-T-ACT-AGTTCAATTACT-TTAACTATTTGAA-AATTTATTTATTTGAAATTGTTATGATC
696 ATTATCAATGAGTTCAAATACTGATAACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C
* * * * *
22090273 A-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACTATCTTATTTGGAATAAAAT-AATTCT
759 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAAT-A
* * * * * * * * *
22090336 AACTTATTAATTTTTTAAAAGTTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATAAAGT-TGTTGGCCTGACC
823 AAATAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATATAAAAAATAAA-TCTATT-GCCTGAAC
22090400 A-GTG
885 ACGTG
* * * * * * * * *
22090404 CAAATAGTTATAACTGTTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTATTATCATA
1 CAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTTTGTCATA
* * *
22090469 AAACAATTGTTTCTATTCGTACAAACTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATA-TTCA
66 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTT-AAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * *
22090533 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTTAAATAGCTATGACTA
128 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTA
* * * * *
22090597 TTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTTTTTCTAT
193 TTTGA-CAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* * * *
22090662 TTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAACAATACAAATTTACTAATATTC-AAACAATTAATAAGTA
257 TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAA-AATTAATAAGTA
* * *
22090725 AAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATGAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
320 AGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATGAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
22090790 TTATTTCAAATCGTTTTGGCTTTTTGTTTGGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
385 TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-TTA
* * *
22090855 TTTGAAATAAAATAATATTAATTTCTTCATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
449 TTTGAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGT--AAGATTTTAAAAAT
** * *
22090920 AAATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGGCATAATTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATAGT
512 AAAT-T-CTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGT
** * * *
22090985 TATGGCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCCAAATAAAATA
575 TATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTATCAGCTCATATAGGATTATTCCAAATAAAATA
* * *
22091050 ATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTCATC
640 ATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTA-T-AGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATT-ATC
*
22091115 GAATGAGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGT
702 -AATGAGTTCAAATACTGATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGT
* * *
22091180 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAAATAAAATAATT
766 TTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATAAAATAATT
* ** *
22091245 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATATAAAACATAAATCTATTTTCTGAACACGTT
831 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATATAAAAAATAAATCTATTGCCTGAACACGTG
* * * * *
22091304 CAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-AAGTTATAACCTTTTATTTTGTCAT
1 CAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAAACTTTTATTTTGTCAT
* * * * *
22091368 AAACCAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGTTAATT-AA-AAA-AATACTAATATATTAATATTTCAA
65 AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * **
22091429 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTAC-CAAGCAAGCGCAAATAGTTATGAT
130 AAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAGCAAGTTCAAATAGTTATGAT
* * * * *
22091493 TATTTGAACAATTATTTATTTCATATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCT
191 TATTTG-ACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
* * * * * *
22091558 ATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAGTACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTA
255 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* ** * * * *
22091623 GGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCACGTCCATTTGAACAATTA
320 AGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATGAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
22091688 TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTTTCATTAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGAAT
384 TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG--T
* * * *
22091752 TATTTAGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAA
447 TATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAA
* ** * * * * *
22091815 TAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTG
511 TAAAT-T-CTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * * * * *** * * * ** * *
22091880 TTATGATC-ATTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATAAAAGCTTATTCGGATTAAAAG
574 TTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTATCAGCTCATATAGGATTATTCCAAATAAAAT
** * ** * *
22091944 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAGAAATTT-AAAAAATATGTGT-TTGTC
639 AATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATT-ATA-GTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTATC
** * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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TAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATTCTTA
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ATAATATTCTGAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTATCAATGAGTTCAAATA
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AATAAGTAAAAATATAAAAAATAAATCTATTGCCTGAACACGTG
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1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT-A-TTTGAACTT
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* * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
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1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
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* * * * * *
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* ***
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * ** ** * * *
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** * * * *
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** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * *
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126 ATATTAATTTAATTCAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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** * * * * * *
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** * * * * * *
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** ** * * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
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64 GTAGGTAAACATATTTA-TTTTT-AAATTTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAA
* * * * *
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127 TATTAATTTAATTCAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGA
* * * * * * * * *
22095535 TCAGAATGATTTCAAATAGATAACTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTT-TGATAA
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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22095706 AAAC
1 AAAC
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Statistics
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GCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATGACA
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TTCAAATAGAATAATTA
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * *
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1 AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAT
* *
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* * *
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128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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321 TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTCATAACAATTTG
* * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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507 TATGAATAAAAAAATTATTTTATGACA
* * * *
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1 AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAT
* * * *
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* * * * ** * * ** *
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* * * * * * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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324 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * * **
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321 TTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTCATAACAATTT
* * * ** * * *
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384 G-AAATAAATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTTGAACTTATTAGTAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * * *
22095071 AAATCTTCTACTTATTATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAGTATTGTACTC-CAATACGCTTG
447 AAATCTTTTAC---TTATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-
*
22095135 TATG-ATGAAAAACAATTATTTTATG-TA
507 TATGAAT-AAAAA-AATTATTTTATGACA
* * * * **
22095162 AAATAAAAGTTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACCG
1 AAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTT
** * * * * * * * *
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64 ATTCAATAAACTAATTCAT-TTTTAAAATCTCTTACTCTTTAATTTTTGG-AATATTAATAAATT
* * * * * * * **
22095288 AATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAA
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * * * *
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192 TCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
* ** * * * *
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256 ATATTTATTTTTTAAATA-TT-TTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * **
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319 AATTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * * * * * *
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*
22095608 TTTTAAATCTCTTACTTATT
443 TTTTAAATCTTTTACTTATT
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACT
* ** * * * *
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* * * ** * * *
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128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTT-T-AAATAAAAACAATT
* ** * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * *
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1 ATTTTTTAAATATCTAATAA
22094592 ATT
1 ATT
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Statistics
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ATTTTTTAAATATCTAATAA
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22095270 TGGAAATATA
*** * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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*
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AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAA
ACAAAAAATCAAATTGATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
GATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTATTGTTTATTAATTTTTTGAATGTT
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1 TTTAG-AATATTATTAC
22095664 T
1 T
22095665 CTAAATAAGC
Statistics
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TTTAGAATATTATTAC
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22095722 ATTTGGATAA
* * * * * **
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* * * * *
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* ** *
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* * *
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* *
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* * * **
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129 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
22096095 CAATATTTTA-CTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGA
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
22096157 T--GATACGATTTGAGATAGATTATTGTTCAAGTAGTCATAGCTATTTGAACGTG-TT-A-AAAA
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*
22096217 ATCATATTTATATTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAAATTA-
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* * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * * * * *
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64 TCAGAATGATTTCAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAAA
* * * * **
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128 CATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
22096455 TACTATTTTTTATTTCAAATAAGCATATCTTAACTAAAACAATTATTTTATTACAAGACAAAACG
1 TA-T-TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
22096520 TCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAAC
64 TCAGAATGATTTCAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAAA
* * * * *** * *
22096584 ATATTTATCTTTTAAATCGT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAA
127 ACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * * * *
22096638 TATTATTTTAATCCAAAAAACCTTGTCT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* *** * * *
22096702 CATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-C----C-A--T-AA--------ATAAACAA
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* * *
22096750 -ATTTATTTTTTAAATCT-TTACATATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTA-
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* * *
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* * *** * * * *
22096863 GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTTG-TAAA
63 GTCAGAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAA
* * * * * * * *
22096927 CAA-ATTCATCTTCTAAATCTT-TGAATTATTAATTTTTGGGATATTAATAAATTCG
126 -AACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
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1 TATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * * * * * *
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* * * * ***
22097111 TATTTATTTTTAAAATTAT-TTATTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAG
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* * * * *
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* * * * * *
22097228 CATAACGATTTCAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTTTTTTAA-TTGGTTTGATAAAT
65 CAGAATGATTTCAAATAGATAATTAT-TC-AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAAA
* * *
22097291 AGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAA
127 ACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * * ** * * * * * *
22097341 TATTACTTTATTTCAAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGAAAAAACAAAAGGTC
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* * * * * * * * * *
22097406 ATAACGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGT-ATAATTACTTGAACTGGTTAGGTAAACAA
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* * *
22097470 -AATTATTTTTT-AATTCTCTTATTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTCAC
128 CATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT-AG
* * * ** *
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* * * * * * * * * **
22097586 CATAA-CATTTTGAAATAGATAA--AGCTCATTTAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAAC
65 CAGAATGA-TTTCAAATAGATAATTA-TTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-
** * * * *
22097648 AA-ATTTGCTCTTT-AATTCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAGATTAG
126 AACATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * * * * *
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* * * * *
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128 CATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * ** * ** * *
22097870 -ATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGAATGATAAAAAAAAACATTTATCATATAACCAAACAAAAG
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG--T-ATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * *
22097934 GTTAATAACGATTTGAAATAGGTAATCATTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-ATGATTTGGTAA
63 G-TCAGAATGATTTCAAATAGATAATTATT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAA
* * * * * *
22097998 ATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTG
125 AAACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * *
22098050 CATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
22098115 ATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTC
66 AGAATGATTTCAAATAGATAATTATTCA-ATAGTC
22098150 TTAATTGTTT
Statistics
Matches: 1730, Mismatches: 378, Indels: 261
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
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22096064 CTTATTAATT
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1 TTTAGAATATTATTAC
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1 T
22096107 CTAAATAAGC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAGAATATTATTAC
Found at i:22096111 original size:442 final size:443
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22095277 ATAAATAAAT
*
22095287 TAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAA
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*
22095677 GTATGAATAGAAATAATTGTTTTAGGAGAAAACGAAGATGATACGATTTG-GA
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* *
22095924 TTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAACAGGTCAGAATGATTT
196 TTTCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAACAAGTCAGAATGATTT
22095989 CAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAAACATTTATTTTTT
261 CAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAAACATTTATTTTTT
22096054 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTACTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTT
326 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTACTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTT
*
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391 GTATGAATAGAAATAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAGATGATACGATTTGAGA
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1 TA
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Matches: 439, Mismatches: 5, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAA
ATCAAATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
AAATTTATTTTTTAAAATTTATTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAACAAGTCAGAATGATTT
CAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAAACATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTACTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTT
GTATGAATAGAAATAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAGATGATACGATTTGAGA
Found at i:22096889 original size:163 final size:164
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22096569 ACTTGTTCAG
* * *
22096579 TAAACATATTTATCTTTTAAATCGTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTAT
1 TAAACAAATTTATCTTTTAAATCGTTTACATATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACATTAT
* * *
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66 TTTAATCCAAAAAACCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGACATAGCA
*
22096709 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAA
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* ** * *
22096743 TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACATATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTACATTAT
1 TAAACAAATTTATCTTTTAAATCGTTTACATATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACATTAT
* ** * * * * * * **
22096807 TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGA-CAAACTGAAAGGTTATAGC
66 TTTAATCCAAAAAACCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAAGACATAGC
* * *
22096871 AATTTCAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAA
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22096905 TTATTTAAAT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 26, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
162 4 0.03
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (164 bp):
TAAACAAATTTATCTTTTAAATCGTTTACATATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACATTAT
TTTAATCCAAAAAACCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGACATAGCA
ATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAA
Found at i:22097222 original size:526 final size:528
Alignment explanation
Indices: 22096222--22097267 Score: 1319
Period size: 526 Copynumber: 2.0 Consensus size: 528
22096212 AAAAAATCAT
* * * * * *
22096222 ATTTATATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAAATTATATTATTTTCTTC
1 ATTTATATTTTTAAATCTTTACATATTAATTGTCTTAATATTAATAAAATTACATTATTTTATTC
* ** * * *** *
22096287 GAAATAAGCTTGCATGAACATAACTAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATTTTTTGAA
66 GAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTCAA
* * * * *
22096352 ATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAT
131 ATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAACAAATTCATCTTCTAAA
* *
22096417 TCTCTCACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTTTATTTCAAATAAGCATA
196 TCTCTCAATCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATATTTCAAATAAGCATA
* * * * * ** *
22096482 TCTTAACTAAAACAATTATTTTATTACAAGACAAAACGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTAT
261 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTAT
* * *
22096547 TCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATCTTTTAAATCGTTTACTTAT
326 TCAAATAGTCATGACTATATAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATCTTTTAAATCATTTACTTAT
* *
22096612 TAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCAAAAAACCTTGTCTAAATAGAAACA
391 TAATTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCAAAAAACCTTGTATAAATAGAAACA
* * * * *
22096677 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGACATAGCAATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAATAGCCATA
456 ATTATTTTATAACAAAACAAAAAGACATAACAATTTCAAATAAATAATTTG-TCAAATAGCCATA
22096741 AATAAACAA
520 AATAAACAA
* *
22096750 ATTTAT-TTTTTAAATCTTTACATATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTACATTATTTTATTT
1 ATTTATATTTTTAAATCTTTACATATTAATTGTCTTAATATTAATAAAATTACATTATTTTATTC
* * * * * *
22096814 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAACTGAAAGGTTATAGCAATTTCAA
66 GAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTCAA
* * ** *
22096879 ATAGATAATTGTTCA-AGTAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTTGTAAACAAATTCATCTTCTAA
131 ATAGATAATTATTCAGA-TAGTCATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAACAAATTCATCTTCTAA
* * * * * * * *
22096943 ATCTTTGAATTATTAATTTTTGGGATATTAATAAATTCGTATTATTTTAT-TTTCAAATAAGCTT
195 ATCTCTCAATCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATATTTCAAATAAGCAT
* * * *
22097007 ATATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
260 ATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTA
* * ** * *
22097072 TTCAAATAGTCATGATTATATAATCTAGTTTGGTAAACATATTTAT-TTTTAAAATTATTTATTT
325 TTCAAATAGTCATGACTATATAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATCTTTT-AAATCATTTACTT
* * * * *
22097136 ATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
389 ATTAATTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCAAAAAACCTTGTATAAATAGAAA
* * *
22097201 CAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCAT
454 CAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGACATAACAATTTCAAATAAATAATTTGTCAAATAGCCAT
22097266 AA
519 AA
22097268 CTTTTTTAAT
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 79, Indels: 8
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
525 4 0.01
526 230 0.53
527 196 0.45
528 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (528 bp):
ATTTATATTTTTAAATCTTTACATATTAATTGTCTTAATATTAATAAAATTACATTATTTTATTC
GAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTCAA
ATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAACAAATTCATCTTCTAAA
TCTCTCAATCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATATTTCAAATAAGCATA
TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTAT
TCAAATAGTCATGACTATATAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATCTTTTAAATCATTTACTTAT
TAATTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCAAAAAACCTTGTATAAATAGAAACA
ATTATTTTATAACAAAACAAAAAGACATAACAATTTCAAATAAATAATTTGTCAAATAGCCATAA
ATAAACAA
Found at i:22097516 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 22096743--22097595 Score: 922
Period size: 358 Copynumber: 2.4 Consensus size: 357
22096733 TAGCCATAAA
* ** *
22096743 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACATATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTACATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTTATTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAA-TTATATTAT
** * * *
22096807 TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGAC-AAACTGAAAGGTTATAGC
63 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAC
* * *
22096871 AATTTCAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTTGTAAACAAATTCAT
127 -ATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGGTTTGTAAACAAATTCAT
* ** ** * *
22096936 CTTCTAAATCTTTGAATTATTAATTTTTGGGATATTAATAAATTCGTATTATTTTATTTTCAAAT
191 CTTCTAAATC-TT-AATTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTCAAAC
* ** * * * *
22097001 AAGCTTATATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA
254 AAACTTATATGAACAAAAACAATTTTTTAATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAAA
* *
22097066 TAATTATTCAAATAGTCATGATTATATAATCTAGTTTGG
319 TAATTATTCAAATAGTCATAATTATATAATCTAGTTAGG
* * * **
22097105 TAAACATATTTATTTTTAAAATTATTTATTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTT-TAATTCTTTATTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTA-TATTAT
* * * *
22097170 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACG
63 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-
* * * *
22097235 ATTTCAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTT-TTTTAA-TTGGTTTGATAAATAGATTT
127 ATTTCAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATAA-TTATTTAAATTTGGTTTG-TAAACAAATTC
* * *
22097297 ATTTTTTAAATC-T-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTA-TTTCAAAC
189 ATCTTCTAAATCTTAATTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTCAAAC
* * * *
22097359 AAATTTATATGAACAAAAAC-ATTTGTTTAATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAG
254 AAACTTATATGAACAAAAACAATTT-TTTAATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAA
* *
22097423 ATAATTGTTCAAATAGGT-ATAATTACT-TGAA-CTGGTTAGG
318 ATAATTATTCAAATA-GTCATAATTA-TAT-AATCTAGTTAGG
*
22097463 TAAACAAAATTATTTTTTAATTCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCACT-TTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAATTCT-TTATTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-A-TATTA
* ** *
22097527 TTTTATTCCAAATAAGCTAGTACAAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
62 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
22097592 ATTT
127 ATTT
22097596 TGAAATAGAT
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 67, Indels: 33
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 14 0.03
358 186 0.45
359 41 0.10
361 1 0.00
362 27 0.07
363 135 0.33
364 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTTATTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTATATTATTTT
ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTT
CAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGGTTTGTAAACAAATTCATCTTCT
AAATCTTAATTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTCAAACAAACTTA
TATGAACAAAAACAATTTTTTAATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAAATAATTAT
TCAAATAGTCATAATTATATAATCTAGTTAGG
Found at i:22097848 original size:538 final size:538
Alignment explanation
Indices: 22096877--22097851 Score: 1180
Period size: 538 Copynumber: 1.8 Consensus size: 538
22096867 TAGCAATTTC
* * * * **
22096877 AAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTTGTAAACAAATTCATCTTCTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTACTTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTCATCTTCTA
** * *
22096942 AATCTTTGAATTATTAATTTTTGGGATATTAATAAATTCGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTT
66 AATCTTTGAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCCTATTATTTTATTTCCAAATAAGCTT
** * * *
22097007 ATATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
131 ATACAAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TA
* * * * * * * *
22097072 TTCAAATAGTCATGATTATATAATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTATTTATTTA
195 CTCAAATAGTCATAAATATATAATCTAGTTCGGCAAACAAATTTATCTTT-AAATTATTTAGTTA
*
22097137 TTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
259 TTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
22097202 AATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATA
324 AATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATA
* * * * * *
22097267 ACTTTTTTAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTA
389 ACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTA
22097332 ATAAATTAATATTACTTTATTTCAAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGAAAAAA
454 ATAAATTAATATTACTTTATTTCAAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGAAAAAA
22097397 CAAAAGGTCATAACGACTTG
519 CAAAAGGTCATAACGACTTG
* * *
22097417 AAATAGATAATTGTTCAAATAGGT-ATAATTACTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAATTACTTAAACTGGTTAGGTAAAC-AAATTCATCTTC
* *
22097480 TAATTCTCTT-ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCACT-TTATTTTA-TTCCAAATAA
64 TAAATCT-TTGAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTC-CTATTATTTTATTTCCAAATAA
* * * *
22097542 GC-TAGTACAAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGAT
127 GCTTA-TACAAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
** * * * *
22097606 AA-AGCTCATTTAGTCTTAAATATTTGAA-CTAGTTCGGCAAACAAATTTGCTCTTT-AATTCTC
191 AATA-CTCAAATAGTCATAAATATAT-AATCTAGTTCGGCAAACAAATTT-ATCTTTAAATTAT-
* ** * * * * * *
22097668 TTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAG
252 TTAGTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAA
* * * * * * * * * *
22097733 TAGAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTATTATGATTTGAAGA-ATATAATTAT-TCAA
317 TAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAA-ATAAATAATT-TGTCAA
22097796 ATAGTCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
380 ATAGTCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
22097852 GTTACTAATT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 64, Indels: 24
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 6 0.02
538 186 0.52
539 71 0.20
540 87 0.24
541 10 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTACTTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTCATCTTCTA
AATCTTTGAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCCTATTATTTTATTTCCAAATAAGCTT
ATACAAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAC
TCAAATAGTCATAAATATATAATCTAGTTCGGCAAACAAATTTATCTTTAAATTATTTAGTTATT
AATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATAAC
TATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAATATTACTTTATTTCAAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGAAAAAACA
AAAGGTCATAACGACTTG
Found at i:22098461 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22098150--22100348 Score: 1489
Period size: 181 Copynumber: 12.2 Consensus size: 180
22098140 TCATATAGTC
** * *
22098150 TTAATTGTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAA-CTAAATAAGCTTTTATG-ATAAAAA
1 TTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAA
* * * * * * ***
22098213 AATGATTGTTTTGTGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAGATTGGTAATTGTTCAAATAGTC
64 CA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* *
22098277 ATAACT-TTTCAAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
127 ATAACTATTT-GAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
22098331 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC
1 TTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-AATCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC
* * ** * *
22098396 AATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
22098461 ACTATTTAAACTTA-TTCGTTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTCACTTA
130 ACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTA
** * * * *
22098512 TTAATTGTTTTAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
1 TTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAAA
* * * * *
22098577 -AATTGGTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATCAATAATTATTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
22098639 AACTATTTAAACTTA-TAC-AGTAAACATATTCATTTTTTAAATTTTTTACTCA
129 AACTATTTGAAC-TAGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * ** *
22098691 TTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGGATAAGCCTATATGAATTGAT
1 TTAATTGTT-AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * * * * *
22098754 ACAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTTA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * *
22098819 TGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTAAAAATATTTTACTTA
128 TAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
22098872 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAAT-TCGAATAGGATTGTATCAACAAAAA
1 TTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-AATCT-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAA
* * * * * * *
22098936 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCACAATGTTTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCA-
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
22099000 AACTATTTGAA-TTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCAT-TTACATA
129 AACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTA
* ** * *
22099053 TTAATTATTTCAATATTAATAAATTTGTATTAATTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
1 TTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAA
* * * *
22099117 A-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAATGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
22099181 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTA
127 ATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** * * * * *
22099235 TTAACTT-TCAAAATTTTAATAAATCAAAATTATGTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGAACAGAA
1 TTAA-TTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTAATCTAAATAAGCTT-GTATGAATAAAA
*
22099298 ACAATTG-TTT-T---AAAACAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTG-TCGAAACTA-
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC-AAA-TAG
* * * * * *
22099356 TCATAACTATTT-AA-TGGGT-GA-AGCCAATATATTCATTTTTTAAATTTGTTACTTA
125 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATA---AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
22099411 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTTCGAATAAGAC-TATATGAATAGAA
1 TTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCT-AAATAAG-CTTGTATGAATAAAA
* ** * * * * * *
22099474 ACAATTGTTTTATGATAAAACAATTCA-TCATAGCAATTTGAAATAAATAATGGTTCAAATACTT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
22099538 ATAACTAATTGAACTAGTT-TAGTAAATAAATTTATTTTTTAACTCTCTAACTTA
127 ATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * * *
22099592 TTAATT-TCCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATTTGAACAAAAA
1 TTAATTGT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAA
* * ** * * * * *
22099656 CATTTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
22099721 AATTATTTTAATTGGTTC-AGCAAACAAAATTA-TTTTTGAATCTCTTACTGA
129 AACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
22099772 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAA
1 TTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCTAAATAAGCTT-GTATGAA-TAAAA
* * * * * * * * ** *
22099836 A-AATTATTTTACGAC-AAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAACCT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
22099899 TAACTATTTAAACTAGTTC-AGGAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTA
128 TAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
22099953 TTAATT-TTAAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCGTG-ATGAACT-AAA
1 TTAATTGTTAA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA
* * * * * * *
22100015 ATAATTATTTTATGATAGAACAAAACGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
22100080 TAACTATTTGAACTGATTTAG-T-AACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA
128 TAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
22100132 TTAATTAG-TGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTGCATTCCT-AATAGGCTTGTATGACA-AA
1 TTAATT-GTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT--AAT-CTAAATAAGCTTGTATGA-ATAA
* ** * * * * * *
22100194 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATTTTATAACGATTAGAACTAGATAATTGCTCAAATGGC
61 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
22100259 CCTAGTTATTTGAACTAATTCGATAAAC-TGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTA
126 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
22100314 TCAATTTTTTAAATATTAAGAAAGTAATATTATTT
1 TTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
22100349 TATGATAAAA
Statistics
Matches: 1610, Mismatches: 321, Indels: 173
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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*** * * ** * *
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* * *
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** ** ** * *
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* * *
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* **** * * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * ** *
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* * ** **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * **** *
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1 TTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAA
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22100374 GATT-TTAAATAGATAATTATTCCAATAA--TCAT-ATCTATTT-AAACATGCTCA--G-T-AAA
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* * * ** * ** * * *
22100430 -A---AT-ATTTTTTAAAAATATT--TTTTACTTATTAATTTTTTGAA-----TA---A-T--TT
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* * * * * *
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* * **
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* * * * ** * *
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63 AAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
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* ** *
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** * * * * * ** * * * *
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255 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * ** *
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* ** ** * *
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* * * * * *
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*** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * ** *
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** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * **
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* * *
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64 -AATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * ** * *
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* ** * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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** * * *
22102430 TTAATTTTTGAAATATTAATTGATTAGTATTATTTTATTCT-AACA-AA-TTTATATGAACAAAA
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* *** * * *
22102746 AACGGT-TT-GGCCAACAAATTTATTTTTTAAACCTTTTAGTTA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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63 AAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAA--ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** *** ** *
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125 ATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
22102979 AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAGCAATTGTTA
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTT
* * * * * * * *
22103042 TATAGTC-AAACAAATGATAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTT
252 TAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
22103106 GAACTAATTC-AGTAAACAGATTCATTTTTTAAGTC----ACTTA
316 GAACTTATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
22103146 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAA-TAAAA
* * * * * * *
22103210 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTTAAATA-ATTATTGTTCAAATAGTCGT
63 AAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
22103274 AACTATTTAAATTTATT-TG-ATAA-ATAATT-TTTTTAAAATC--TTGCTTATTATTTTTTGAA
127 AACTATTTGAACTTATTCAGTA-AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
22103333 ATATTAAGAAATAAGCATTATTTTATTTTGGATTAGCTT-TAATGAACT-GAAACAATTATTTTA
191 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
** * * ** * * * * **
22103396 TGTTAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTTCAATAAATAATTATTCAGATAGTTATAACTATTCAAA
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
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* * * * * * *
22103503 TTAATTTTTTGAGTGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTACG-AATAAGCTGGTAAGATATGAAA
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* * * * * * **
22103567 TAAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTT
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* ** ** *
22103631 TAACTATTTG-ACCTAGTTCAACAAACATATTT-TTTTAAAAAATCTTTTACTAATTAATTTTTG
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* ** * * * *
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* ** * * * *
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* ** * * * ** * * *
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* *
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*** * **
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* ** *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * ** ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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** *
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*
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****
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* * * * *
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*** * ** *
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* * * * *
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** * * * * *
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* ** * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * * * * *
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*
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** * * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * **
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* ** ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *** *
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* ** * * ** * * *
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** * * * *
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* * *** * * * * *
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* * * * * **
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* * **** * * ** *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * **
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* ** * *
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* * * * *
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** * * ** *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* ** * * * *
22102437 TTGAAATATTAATTGATTAGTATTATTTTATTCTAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTT
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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**
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* ** * * ** *
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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319 AATAGAAA-CAATTGTTTTATA-ACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAA-AAGATAA--GT
* * * * ** * * * **
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* * * ** * ** *
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* ** * * *
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499 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * **
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* * **** * *
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** * *
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** * * * ** ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** ** **** * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * ** * *
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* * ** ** **
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * ****
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* * *
22104114 TTATGA-ACAATCAAAAGGTTATAACG
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* * * * * * * * *
22104140 ATTTTAAATAAACT-GTTGTCCAAATAATAATAACTATTTGAACT-TATTC-GATAAACAGATTT
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* * *
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** * * * * * * *
22104263 TTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACTAGATAAAAGGTTAAAATGATTTG
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * ***
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** * * ** * * * *
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* * * ** * * * * * * * * *
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255 TAAATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAAAT
* * * * * **
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** * * * * * ** * * *
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381 AT--ATCA-AATGATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
22101122 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTAA-AGAGATTTATTTTTTAAATTTTTTATTTT
443 TCAAATAGTCATAACTATTTG-AGT-GTTTGGTAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTA
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503 TTAATTTTGCAAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * * **
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** * * * ** * *
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* *
22101343 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATCATTTTATTCAAA
128 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAA
* * * * *
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* * * * * * * * *
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254 ATA-AATAA-TTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATA-TTCA-TTTTT
* * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* ** * * *
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* *
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* * *
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* * * ** *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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1 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAA
* *
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* **
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * *
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* *** * * * *
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* * * * ** ***
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* **** * * * *
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** * * * ** ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * ** ** * * ***
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* * * * ** * *
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* * * ** * * *
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** * * ** * *
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*
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* *** * * * *
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** * * * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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** * * * * *
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* ** * * * * * *
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252 AAATAAA-TAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATATTCA-TT-T
* * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* * **
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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*
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ATAACAAAATAAAAGGTTCTAGCAATTTCAAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * *** * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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** * ** * *
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** * * * * *
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* *** ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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***
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* * * * * * *
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*
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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*** * * *
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* * * *
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* * * ** * * ***** * * *
22110594 TTCATATAGTCTTAACTATTTGAACAAAAGGTC-ATAAC-AATTTGAAACAAATAAA-ATGTTAA
63 TTCAAATAATCATAACTATTTGAAC--TTGCTCGAAAACAAATTT--ATTTTTTAAATCTTTTAC
* * *** ** * * * ** *
22110656 TAAATTAA-TATTATTTTATT--TCAAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAATAACTATTA
124 T-TATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTG-AATAA-T-TTG
* * *** ** * *
22110710 TATGATTAAACAA-AA-AGTCAAAATGATTTAA-AATAG--ATAATTATTCT--AATAG-----T
1 TATGAATAAA-AACAATTGT-TTTATGATAAAACAAAAGTCATAA-CATT-TGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
22110763 CTT-AAATATTTA-AACTGGTT---C--G-AC--AAACACATTTATTTTCTAAATCTTTT----A
62 GTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * **
22110814 TTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCCTG
127 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTGAATAA-TTTG
* * * * * * * * *
22110866 GATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTT
1 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
22110931 TAAACAATCATAACTATCTGGACTAGTTCGAAAA-ATAGTTTTAGTTTTTAAATC---T-C----
65 CAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGAAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
22110987 ---TTTCTA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAATCTT-
128 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGA-AT-AAT-TTG
** * * * * *
22111034 TATGAATTGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTTAGAATG
1 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAAC-A-TTTGAA-A--TAG-ATA
* * * * * *
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59 ATTGTTCAAATAATCATAA-CTATTTGAACTTGCTC-GAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * *
22111162 ACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTG
122 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAAT-AATTTG
* * * *
22111219 TATAAACT-AAAATAATTGTTTTATGACTAAATA-AAATGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATT
1 TATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-ACAAAAGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATT
** * * * * *
22111282 GTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TACTTCGACAAACACACTTATTTTTTAAATC---T-CT
62 GTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGC-TCGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
22111342 TATTATTTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATGCAAATAAGCTTA
125 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG--AATAA-TTTG
* * * * * * *
22111396 AATGAAAAAAAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTA
1 TATG-AATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-TCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
22111460 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTC-AAAAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CT
63 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-CTCGAAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * *
22111519 TATAAATTTTCAAAATATTGATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTG
125 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAA-TTTG
* * * * * *
22111573 CATGAATAGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATATAT-ATTGC
1 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-TCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * *
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* * * *
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* * * *
22111753 TATGAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGACATAAATAATTAT
1 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-TCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** *
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64 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGC-TCGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
22111883 TAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAA-ATATGATTG
128 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATA-AT--TTG
* * * * * *
22111934 AATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
22111999 TTAAATAGTCATGACTATTTAAACGTGTTCAGAAAA-AAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
64 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTC-GAAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
22112062 TTAATTTTTTGAAAATTAATAAATTCATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTG
127 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAA-TTTG
* * * * * * * *
22112114 TATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAACTAGAAAATTGT
1 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
22112179 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTCAT
64 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTC-GAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * ****
22112244 TAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCA
128 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAATTTG
* * * * *
22112294 TATGAACT-AATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTA
1 TATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** ** * * **
22112358 TTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTA
63 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTC-GAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * ** *
22112423 TTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAACATTAGTTTAATCCGAATAAGCTTG
127 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTGAATAA-TTTG
* *
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1 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTCATAA
22112517 TGATTATAAC
Statistics
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TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAATTTG
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Alignment explanation
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* *
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* * * **
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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**
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* * * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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258 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ***
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTAGAAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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193 TGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
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257 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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63 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGAAAACAGATTTATTTTT
* * * * * ***
22107973 TAAATGTTTTACTTATTAATTGTCTT-AGTATTAATAAATTTGTATTACTTTATTCAAAATAAGC
128 TAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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257 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
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321 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** ** * * * *
22108207 TTTGAATAATTTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
1 TTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-ATTTG
* * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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257 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
22108489 TATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTACTTTAT
322 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
22108529 TCCAAATAA-ACTTGTAT-AATAGAAAACAATTGTTATATGACCAACCAAAAGGTAATAGAGATT
1 TTCAAATAAGA-TTGTATGAATAG-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA-ACATT
* * * * * * * * *
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63 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGAAAACAGATTTATTTTT
** ** *
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128 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * * * ** *
22108714 TGTATGAACTGAAGCAATTAGTTTGTGACAAAGCAAAAGGTCTTAATGATTTTCAATAGACAATT
193 TGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
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22108842 TTATTAATTTTT-GAAATATTAA-AGAATTAGTATTATTTTAT
321 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * *
22108883 TTTGGATAATATTTTATGAACT-GAAACAAGTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTAATAATATTT
1 TTCAAATAAGATTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATAACATTT
* * * * * * * *
22108946 TAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAAGTTGTTTGGCAAAA-AAAATTATTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-AAAACAGATTTATTTTT
* * * *
22109010 TAAAAT-TTTATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTGGATTATTTTTATTTTGAATAA
128 T-AAATCTTT-TACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAA
* * * * * * * * * * *
22109074 TCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAA-AAAGGGTTAGAATGGTTTGAAATATA
190 GCTTGTATGA-ACAGAAACAATTAGTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * ** * * * *
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* *
22109200 CTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAGTTAGTATTATTTT-T
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* * * * * * * *
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* ** *** * *
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*
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125 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* ** * * * *
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* ** * * * * * *
22109498 TGATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-AGATTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATTT
253 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCT
22109561 CTTATCACTTATT-A-TTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
316 C-T-T-ACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * * * * * *
22109610 TCCATCTAAGCTTCTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTT
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* * * * * * * *
22109674 TAAATAAACAATTGTTGAAATAGTGATAATTGTTTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTATTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGA-AAACAGATTTA-TTTT
* * * *
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127 TTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * *
22109801 CTTGTATAAATTA-AAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAGAAGGATTTCAAATAAAT
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* * * ** * * *
22109864 AATTATTTTAAA-AGTCTTAA-TCATTTGAA-TTGAATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
254 AATT-GTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG--TTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * *
22109926 TCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTAAA
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* * * *
22109973 TT-AGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAATG-TCATAACGATT
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* ** * * ** * ** *
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63 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGA-AAACAGATTTATTTT
* * ** * * **
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127 TTAAATCTTT--TAC-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * * * * *
22110161 AAATAGTTTGAACA-AAACCAATT-GTTTGATGACAAAATAAATGGTCATAACGAATTGAAATAG
189 AGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTAGTTT-ATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
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252 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
**
22110289 TTA-TTGATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAGGGTTATTTTAT
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* * * * * * * * *
22110334 TTCGAACAA-ACTTATATTAACAAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAATGAT
1 TTCAAATAAGA-TTGTATGAATAGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-CAT
* * * * * *
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62 TTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTA-TTTAGA-AAACAGATTTA
** * * * * * *
22110458 TTTTCCAAATCTCTTACATATAAATTTGTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTTGAAT
123 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * * * *
22110523 ATGCTTGTATGAGCTA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAATAGGTCATAACAAATTAAAATAA
188 AAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * *** *
22110587 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC------A-AAAGGTCATA---ACAATTTGAA--
252 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAA--ACATATTTATTTTTTAAATC
* * *
22110640 ----AC--A--AA----TAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAT
315 TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * *
22110675 TTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAACTATTATATGATTAAACAAAA-AGTCAAAATGATT
1 TTCAAATAAGATTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-CATT
* * * * * * * ** * *
22110738 TAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTAAAC-TGGTTCGACAAACACATTTATTTT
63 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGA-AAACAGATTTATTTT
* * * *
22110802 CTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAG
127 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAG
* * ** * * * * *
22110862 CCTGGATGATTAGAAACAATT-GTTTTATGAGAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATTGATA
191 CTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
22110925 TTTGTTTAAACAATCATAACTATCTGGACTAG-TTCGAAAA-ATAGTTTTAGTTTTTAAA--TC-
255 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCT
* *
22110985 T-C-------TTTCTA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
318 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
22111020 TTTAGATAA-ATCTTTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTT
1 TTCAAATAAGAT-TGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-A-TT
* * * * *
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63 TGAA-A--TA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTATTTAGAAAACAGATTTA
* * * * *
22111147 TTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
123 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * *
22111212 AAACTTGTATAAACTA-AAATAATT-GTTTTATGACT-AAATAAAATGTCAAAACGATTTGAAAT
188 AAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTAG-TTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
** * ** * * *
22111274 AGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TACTTCGACAAACACACTTATTTTTTAAAT
250 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT
* *
22111338 CTCTTA-TTA-T--TTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA
314 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * * * *
22111382 TGCAAATAAGCTTAAATGAAAAAAAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTT
1 TTCAAATAAGATTGTATG-AATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-ATTT
* * * * * * * *
22111446 GAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGT-TTCAAAAAATAGATTTAGTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTAGAAAACAGATTTATTTTT
* ** * * * **
22111510 TAAATC---T-CTTATAAATTTTCAAAATATTGATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTT
128 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * *
22111571 TGCATGAATAGAAACAATT-GTTTTACGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATATAT-AT
193 TGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
22111634 TGCTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAACGTT-TTTTTAAAATCTCTTA-
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* *
22111697 TCTATTAGTTTTCA-AATTATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
321 T-TATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
22111739 TTCGAATAA-ACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTT
1 TTCAAATAAGA-TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-ATTT
* * * * * *
22111803 GACATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTTACTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGAAAACAGATTTATTTTTT
** * ** * * ** * *
22111868 AAATAGTTTACTTACTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGATT
129 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * *
22111933 GAATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTA
194 GTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
22111998 TTTAAATAGTCATGACTATTTAAACGTGTTCAGAAAAAAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
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* *
22112062 TTAATTTTTTGAAAATTAATAAATTCA-TATTATTTTAT
324 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
** * * * * * *
22112100 TTGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAATGATTT
1 TTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAA-CATTT
* * * * * *
22112164 GAACTAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT
64 GAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGAAAACAGATTTATTTTT
* * * *** **
22112228 CAAATCTCTTACTCATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-
128 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
** * * * * *
22112292 CATATGAACTA-ATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAAT
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* * * ** * * * ** *
22112356 TATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACT
257 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * *
22112421 TATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAACATTAGTTTAA
322 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
22112461 TCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAG-TCAT-A-A--TG-
1 TTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACATTTGA
* * * * ** * * * *
22112519 -AT-TATAACTTGTT----T-G--GTAACCA---G-AGTTATTTTTTAAATC--TTTTACTTATT
66 AATAAATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGAAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * * ** *** *
22112569 AAATGTCTTA-ATATT-ATTATTTT-AAT-TGAAATAAGCTT-GTATGAATGGA--AAAAATTA-
129 AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTTAAATAT-TAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * *** * * ** * *
22112626 -TTTTATG-ACA-AAACAA-AAGGTTATAGCGATTTGA-TATAGGT-A-ATTG--TTCAAATAGT
191 CTTGTATGAACAGAAACAATTA-GTT-TA-TGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * * *
22112682 TAAACCTAT-TTGAACTTGTTCGATAAATATATT-TAGTT-TTT--AAATC-T-CTTACTTATT-
253 T-AA--T-TGTTCAAATAG-TC-ATAACTAT-TTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTA
* * * *
22112739 AAT-T-TT-T-----------T-GAATGTTAATAAATTAGAATTATGTTAT
311 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
22112775 TCCTAGTAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTA
1 TTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-ATTTG
* * * * * ** *** ** * *
22112840 AAATAAATAATTATTCAAACAATCAAAACTATTTGCACTGGTGGGGCCAACCGATTCATTTTTTA
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** ** * * * * *
22112905 AATCCATTACACATTAA-TTTTTAGACTTTTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAAAC-
130 AATCTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCT
* * * * * * *
22112968 TATATCAATAGAAACAATT-GTTTTATGATAGAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
193 TGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * ** *
22113032 TGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTGAACAGATTT-TTTTTTCAAA--TC-T-C
257 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
* * * *
22113092 TTATTGATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
321 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * ** *
22113133 TCCAAACGAA-CTTATATGAACA-AAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
1 TTCAAA-TAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-ATTT
* * * * * * * * * ** *
22113196 AAAATAAACAATTATTCATATATTCATAACTATTTAAAC-TAGATCA-TAAGTAGATTTAGTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGAAAACAGATTTATTTTT
* * * * * **
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128 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * *
22113320 TGTATGAACA-AAAGCAACTA-TTATACGA-CAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
193 TGTATGAACAGAAA-CAATTAGTT-TATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
22113382 TAGTTCAAATGGACA-AGACTATTTGAACTTGTTCAG------TA---A-ATCTTCAA---C-T-
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* *
22113431 C--ATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTCTA-
320 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
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* * * * **
22113533 TAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GTTAAATGGATTTATTTT
63 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-AAAACAGATTTATTTT
* *
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127 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * *
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191 CTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
22113718 TTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACATGTTTAGAGAACATATTTA-TTTTTAAATAT-TTAC
256 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
22113781 TTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-
321 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * **
22113821 TTCAAAATAAGCTTGCA-AAATTAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGTT
1 TTC-AAATAAGATTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAA-CAT
* * * * *** * ** *
22113885 TTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTTATAAC-AAAAGATTCTT-TTT-G-TGACAAATTCT-TT
62 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTATTTAGAAAACAGATT-TATT
* ** * ** * * * **
22113945 TTTT-AATTTTCTTACTCGTTTATTTTAGAAATATTAACAAATTAGTGTTATTTTACTTCAAATA
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* * ** * * *
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189 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
22114067 T-A--G------T--T-ATAAGTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCT
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* *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * **** *
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* * ** *
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*
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * ** * * *
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127 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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126 -TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* ** * * * *
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190 GCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGA-TAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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22115666 ATTTAAACTG
Statistics
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CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
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Indices: 22109948--22109976 Score: 51
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22109938 ATTTTTGAAA
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Statistics
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TATTATTTAAATTAG
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22110982 ATCTCTTTCT
* * ** * *
22110992 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TAGATAAATCTT-TATGAATTGAAATAATTGCTT
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** * * *
22111055 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAATAGTCA-AATC
64 TATGACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAA-C
* * *
22111119 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTG
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* * * *
22111178 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTGTATAAACT-AAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* * * * * ** *
22111241 ATGACTAAATAAAATGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
22111306 AC-TACTTC-GACAAACACACTTATTTTTTAAATCTCTTATTATT--TTTT-
129 ACTTA-TTCAG-TAAACAAAGTT-TTTTTAAAATCTCTTACTATTAATTTTG
* * * * * ** * *
22111353 AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTAAATGAAAAAAAAACAATTGTTC
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-AATAAAAACAATTGTTT
* * * *
22111418 TATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
64 TATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
22111482 AACTGT-TTCA--AAA-AATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TA--AATTTTCA
128 AACT-TATTCAGTAAACAA-AG-TTT--TTTTAAAATCTCTTACTATTAATTTT-G
* * * * ** * *
22111531 AAATATTGATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * *
22111596 CGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATATAT-ATTGCTCAAATGGACATAACTATTTGAA
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* *
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*
22111710 AAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTT
1 AAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * *
22111775 ATGATAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTG
65 ATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
22111839 AACTTACTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATAGT-TTACTTACTAATTTTTG
128 AACTTA-TTCAGTAAACAAAGTT-TTTTTAAAAT-CTCTTAC-TATTAA-TTTTG
* * * * * * * *
22111892 GAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGA-TTGAATGAATAGAAACAATTGGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * *
22111956 ATAACAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTA
65 ATGACAAAACAAAA-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
22112020 AACGTGTTCAG-AAA-AAAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTG
128 AACTTATTCAGTAAACAAAG--TT-TTTTTAAAATCTCTTAC-TATTAA--TTTTG
* * * * *
22112073 AAA-ATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * *
22112136 ATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAACTAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
65 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
22112201 ACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTCATTAATTTTGG
129 ACTTATTCAGTAAACAAAGTT-TTTTTAAAATCTCTTACT-ATTAATTTT-G
* * * ** * *
22112253 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-CATATGAACT-AATACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
** * * * * **
22112316 ATGATGAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGGCTATTTGA
65 ATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
22112381 ACTTATTCAGTAAACATA-TTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTG
129 ACTTATTCAGTAAACAAAGTTT-TTTT-AAAATCTCTTAC-TATTAATT-TTG
** * * * * *
22112433 AAATATTAATAAATTAACATTAGTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
22112498 TGACAAAA-AAAAGTCATAATGATT
66 TGACAAAACAAAAGTCATAATGATT
22112522 ATAACTTGTT
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TGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTATTCAGTAAACAAAGTTTTTTTAAAATCTCTTACTATTAATTTTG
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22111957 TAACAAAACA
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*
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*
22112001 AAATAGTCATGACTATTT
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1 AAA
22112022 CGTGTTCAGA
Statistics
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22111964 ACAAAATGTC
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*
22111991 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAACTATTTGAAATAG
22112007 TCATGACTAT
Statistics
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22113271 TAACTTTTGA
* * * * **
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-CAACTATTATA
* * * * *
22113345 CGAC-AAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACA-AGACTATTTGA
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22113408 ACTTGTTCAGTAAATCTTCAACTCATTAATTTTAT
129 ACTTGTTCAGTAAATCTTCAACTCATTAATTTTAT
* * * * *
22113443 AATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAACTATTATAC
* * *
22113508 GACAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAC
22113573 T
131 T
22113574 CACTTGTTAA
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GACAAAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAC
TTGTTCAGTAAATCTTCAACTCATTAATTTTAT
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22113422 TCTTCAACTC
* * * * *
22113432 ATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTAGAATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT--AGAAACTTGTATGAACAAAAA
* * *
22113496 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
63 CAATTGGTTTATGAC-AAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** *
22113561 AACTATTTGAACTCACTTGTTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
127 AAATATTTGAACTCACTTGAGAAAT-GATTTA-TTTTTAAAT-ATTTACTT
* *
22113612 ATTACTTTTTAGAATA-AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAGA-TTGTATGAACAAAAACAA
1 ATTAATTTTTAGAATATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAGAAACTTGTATGAACAAAAACAA
* * *
22113674 TTGGTTTATGAC-AACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAAT
66 TTGGTTTATGACAAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAT
**
22113738 ATTTGAACAT-GTTTAGAGAACAT-ATTTATTTTTAAATATTTACTT
131 ATTTGAAC-TCACTT-GAGAA-ATGATTTATTTTTAAATATTTACTT
* *
22113783 TTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC
1 ATTAATTTTTAGAATA-TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
22113824 AAAATAAGCT
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ATTAATTTTTAGAATATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAGAAACTTGTATGAACAAAAACAA
TTGGTTTATGACAAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAT
ATTTGAACTCACTTGAGAAATGATTTATTTTTAAATATTTACTT
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22113749 TTTAGAGAAC
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1 ATATTTACTTTTTAA
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Statistics
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1 AAATAG-CATAATTATT
22114800 TAAACTTGTT
Statistics
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AAATAGCATAATTATTC
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* * * * *
22114103 TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTTTCTTG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTTTTATT-TTTTTTG
* * * *
22114168 AATAAACTTGTAT-AAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAA
65 GATAAACTTTTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
22114232 TAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAAT
129 T-AATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *** * * *
22114297 CTCTTAG-TTATTAATTTTCATAATTTTACTAAATTAGCATTATTTTAACCAAATAGGCTTGTTT
193 CTCTT-GCTTATTAATTTT-TTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATAAGCTTGTAT
* * *
22114361 GAATTGAAACAATT-TTTTAT-AATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTAGAAATAGATAATTGTTC
256 GAATTGAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
22114424 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-CTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT
320 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGC-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT
* ** * * * * *
22114488 CTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAAATG
384 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCT-AATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTA
* * ** *
22114552 TTTTATGACAAAAACATAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTA
448 TTTTATGACAAAAA-A-AAGATCATAACAATTTAAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAATTA
* **
22114617 TTCGAACTAAT-TTAGCAAATTGAT-
511 TTCGAACTAATCCTA--AAA-ACATC
* * * *
22114641 TTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTTTTATTTT-TTTTG
* * * *
22114706 GATAAACTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA-AGATTTTAAA
65 GATAAACTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAA
*
22114770 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTCAAA
129 TA-ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGACAAATAAATTTATTTTTT-AAA
*
22114835 TCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTA
192 TCTCTTGCTTATTAATTTTTT-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * ** *
22114900 TGAACTGAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGATCAAAATGATTTTAAATAGATAATT-TTC
255 TGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
22114964 TAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
320 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * *
22115029 TTGAAATATTATTAAAGTAATATTATTTTTATCCTAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATT
385 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCTAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATT
* * * ** * * *
22115094 TTATGAGAAAAAAAAGATCATAACAATTTCATATTTATAGTTGTTCAAGTAGTAATAATTATTTG
450 TTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAATTATTCG
*
22115159 AACTAGTCCTAAAAACATC
515 AACTAATCCTAAAAACATC
* * *
22115178 TGTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATTTTTTTTTTGTTT
1 T-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAAT-AGTTTTATTTT-TTT
* * * * * *
22115243 TGGAT-AAGTTTTCATGATTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATAACTTGA
63 TGGATAAACTTTT-ATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * **
22115307 AATTAATAAATTATTCAAATAG-GAAAATCTATTTGAACTTG-TCTAGTAAATATGTTTATTTGT
127 AA-TAAT-AATTATTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTTGTTCGA-CAAATAAATTTATTT-T
* * * *
22115370 TTAATTCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
187 TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAATAAGC
* * *
22115435 TTATATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAA
250 TTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *
22115500 TTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAGATCTTTTAC
314 TTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-C
* * * * * *
22115565 TTATTAATTTTTGTAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTATATGA-AAAG
375 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCTAATAAGCTTGTATGATAAA-
* * *
22115629 AAACAATTGTTTTTTTGACAAAATAAAGATCATAACAATTTAAA
439 AAACAATT-ATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTAAA
22115673 CTGTTTTAGA
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 141, Indels: 55
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
536 2 0.00
537 8 0.01
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Consensus pattern (533 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTTTTATTTTTTTTGG
ATAAACTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTGCTTATTAATTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAATT
GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
TCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCTAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGA
CAAAAAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAATTATTCGAACTAA
TCCTAAAAACATC
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Indices: 22114064--22115669 Score: 1234
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22114054 CATAAATTTG
* * * * * * * * *
22114064 AAATAGTTATAAGTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
22114129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTT-TCTTGAATAAACTTGTAT-AAGTTGAAATA
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACA
* * *
22114192 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
129 ATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
22114245 ATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * **** * *
22114310 A-TTTTCATAATTTTACTAAATTAGCATTATTTTA-ACCAAATAGGCTTGTTTGAATTGAAACAA
66 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAA
* * * * *
22114373 TT-TTTTATAATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTAGAAATAGATAATTGTTC
130 TTATTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
22114424 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-CTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGC-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
22114484 AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG--TTGAAAAAC
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* * * * ** * *
22114547 AAATGTTTTATGACAAAAACATAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTC
128 AATTATTTTATGAC--AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
** * * * * * * *
22114666 AATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAATAA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAA
* * * *
22114731 TTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA-AGATTTTAAATAGATAATTATTC
130 TTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * *
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64 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * ** *
22114911 AATTATTATATGACCAAACAAAAGATCAAAATGATTTTAAATAGATAATT-TTC
128 AATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
22114964 TAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * ** **
22115025 ATTTTTGAAATATTATTAAAGTAATATTATTTTTATCCT-AATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACA
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACA
* * * * * ** *
22115088 ATTATTTTATGAGAAAAAAAAGATCATAACAATTTCATATTTATAGTTGTTC
129 ATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
22115140 AAGTAGTAATAATTATTTGAACTAGTCCTA-AAAACATCTGTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * * *
22115204 AATTTTTAAAATATTAATAAAATAATTTTTTTTTTGTTTTGGATAAG-TTTTCATGATTTGAAAC
65 AATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAAC
* * * * *
22115268 AATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATAACTTGAAATTA-ATAAATTATTC
128 AATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGAT-AATTGTTC
* * * * * * * * * *
22115323 AAATAG-GAAAATCTATTTGAACTTGTCTAGTAAATATGTTTATTTGTTTAATTCTCTTGCTCAT
1 AAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
22115387 TAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATA
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
*
22115452 ATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
129 ATTATTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
22115506 TAATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *** * * **
22115571 ATTTTTGTAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTATATGAAAAGAAACAAT
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAAT
* * *
22115636 TGTTTTTTTGACAAA-ATAAAGATCATAACAATTT
131 T-ATTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACAATTT
22115670 AAACTGTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAAT
TATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
Found at i:22116069 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
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1 TTACTTTTTAAATTTG
22116064 TTACTTTTTAAATTT
1 TTACTTTTTAAATTT
22116079 TTGGAATATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
TTACTTTTTAAATTTG
Found at i:22116301 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22115706--22117487 Score: 1573
Period size: 181 Copynumber: 9.9 Consensus size: 179
22115696 TTTTAAATCT
* * * ** * * * *
22115706 CTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAGATCAATATTATTTTATCCTAAATAA-TTTGCATGAATA
1 CTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
22115769 GAAACAATTGTTTTAGGACAATAC-AAAGGGCATAATGATTTGAAACAAACAATTGTTCAAATGG
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* * *
22115833 GCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
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* * * * * *
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*
22115949 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAAATAAATAATTGTTCAAAT
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
22116013 ACTAATAACTATCTGAACTTGCTTGATAATCAAATTTACTTTTTAAAT-TTGTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA--AAATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
* ** ** *
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* * * *
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65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
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** * * * *
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1 CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
22116429 CTCATTAACTATCAA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAAATTGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * ** *
22116493 -AAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
65 GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *
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* * *
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1 CTTATTAATT-TTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
22116672 AGAAACTATTGTTTTATGACAAAACATATGATCGTAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
*** * *
22116737 GTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAACCTTTTA
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** * ** * * *
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1 CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * *
22116855 AAACAATTG-TTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * *
22116919 CATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
131 CATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
22116969 CTTATTAATCCTTT--GAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAAACTTGCATGA
1 CTTATTAAT--TTTAAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGA
* * * *
22117031 ACAGAAGCAACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
62 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * *** * * *
22117096 TAGTCATAATTATTTGGACATGTTAACTAAACAAAATCATTTTTTAAATCTCTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * **
22117151 CTCATTAATTTTTAA-AATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATT
1 CTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * *
22117215 GAAACAATTGTTTTATGATGGAAAA-AAAAGGTCATAACAATTT-AAAGTAGATAATTATTCAAA
65 GAAACAATTGTTTTATGA--CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
22117278 TTGTTATTATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATAGTT-GTTTTTAAATCTTTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * **
22117332 CTTATTAATTATTGA-AATACTAATAAATCAATATTACTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATT-TTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
22117396 -AAATTAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAAT
65 GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * *
22117459 AGTCATAACTACTT-AACTTATTTTGTAAA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
22117488 CAGATTTGAA
Statistics
Matches: 1308, Mismatches: 240, Indels: 110
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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181 376 0.29
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:22116519 original size:180 final size:179
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Period size: 180 Copynumber: 9.9 Consensus size: 179
22115696 TTTTAAATCT
* * * * * * * *
22115706 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATCCTAAATAA-TTTGCATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGAACA-
* * * * * * * *
22115770 AAACAATTGTTTTAGGACAATAC-AAAGGGCATAATGATTTGAAACAAACAATTGTTCAAATGGG
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* * *
22115834 CATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
22115885 -TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATA
1 CT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACA
* *
22115949 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
22116014 CTAATAACTATCTGAACTTGCTTGATAATCAAATTTACTTTTTAAAT-TTGTTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
* ** **
22116067 CTTTTTAAATTTTTGGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * *
22116132 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
22116197 TCATAACTATTTGAACTTATTTGGT-AA-ATATTTTTTTTTTCAAAATCTCTTA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT--AAATCTTTTA
** * * *
22116249 CACATTAA-TTTTAAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * * ** * * * *
22116313 GATACAATTGTTTTCTAATGAAACAAAAGGACATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
22116378 TTATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
22116429 CTCATTAACTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAATTGAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
22116494 AACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
65 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* *
22116559 --GAACTATTTGAACTT-TTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
22116608 CTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTAATAAACTTGTATGAAT
1 CTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG-AATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
22116672 AGAAACTATTGTTTTATGACAAAACATATGATCGTAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
63 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
*** * *
22116737 GTCATAACTATTTGAACTCACTT-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAACCTTTTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * * * *
22116790 CTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACA-
* * * *
22116855 AAACAATTG-TTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * *
22116919 CATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
129 CATAACTATTTGAACT-TGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
22116969 CTTATTAATCCTTT-GAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAAACTTGCATGAA
1 CTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAAT-AAGCTTGTATGAA
* * * * *
22117032 CAGAAGCAACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
62 CA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
22117097 AGTCATAATTATTTGGACATG-TTAACTAAACAAAATCATTTTTTAAATCTCTTA
126 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * **
22117151 CTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * *
22117216 AAACAATTGTTTTATGATGGAAAA-AAAAGGTCATAACAATTT-AAAGTAGATAATTATTCAAAT
64 AAACAATTGTTTTATGA--CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
22117279 TGTTATTATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATAGTT-GTTTTTAAATCTTTTA
126 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * **
22117332 CTTATTAATTATTGAAATACTAATAAATCAATATTACTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
22117397 AATTAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAG
65 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * *
22117461 TCATAACTACTT-AACTTATTTTG-TAAACAGATTT
128 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTT
22117495 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 1311, Mismatches: 243, Indels: 112
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 4 0.00
178 25 0.02
179 156 0.12
180 367 0.28
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:22116738 original size:541 final size:536
Alignment explanation
Indices: 22115762--22117297 Score: 1592
Period size: 541 Copynumber: 2.8 Consensus size: 536
22115752 AATAATTTGC
* * * * * * * *
22115762 ATGAATAGAAACAATTGTTT-TAGGACAATAC-AAAGGGCATAATGATTTGAAACAAACAATTGT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTATA--ACAAAACAAAAGGACATAACGATTTAAAATAGATAATTAT
* * * * *
22115825 TCAAATGGGCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TCTA
64 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTC-A
* * * * *
22115889 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAAC
128 TTAA--CTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACA-AAAC
* * *
22115954 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACTATTTGAAAATAAATAATTGTTCAAATACTAA
189 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTT-AAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-A
* * * * *
22116018 TAACTATCTGAACTTGCTT-GATAATCAAATTTACTTTTTAAAT-TTGTTACTTTTTAAATTTTT
251 TAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-AATTTTT
* ** * *
22116081 GGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
313 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
22116146 ATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
378 ATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
22116211 ACTTATTTGGTAAAT-ATTTTTTTTTTCAAAATCTCTTACACATTAATTTTAAGAATATTAACAA
443 ACTCACTTAGTAAATAATTTATTTTTT--AAACCTCTTACACATTAATTTTAAGAATATTAACAA
**
22116275 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAT
506 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTAT
* * **
22116306 ATGAACT-GATACAATTGTTTTCTAATGAAACAAAAGGACATAACGATTTAAAATAGATAATTAT
1 ATGAA-TAGAAACAATTG-TTTATAACAAAACAAAAGGACATAACGATTTAAAATAGATAATTAT
* * * *
22116370 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTCAT
64 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCAT
* * *
22116434 TAACTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAATTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACCA
129 TAACT-T-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAA-CA
* *
22116499 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-GAAC
190 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTATAAC
*
22116563 TATTTGAACTTTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATA
255 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAATA
* * *
22116627 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGAC
319 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
22116692 AAAACATATGATCGTAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA
383 AAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA
* ** ** * *
22116757 CTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGT
448 CTTAGTAAAT-AATTTATTTTTTAAACCTCTTACACATTAATTTTAAGAATATTAACAAATTAGT
** *
22116822 ATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTT
512 ATTATTTTATTTCAAATAAGCCTAT
* * * * *
22116847 ATGAATAGAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAAGGACATAACGATTTAAAATAGATAATTATTC
* * *
22116912 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
66 AAATAGTCATGACTATTTGAACT-TGTTT-GATAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCAT
* * * * *
22116974 TAATCCTTTGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAAACTTGCATGAACAGAAGC
129 TAA--CTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAAT-AAACTTGTATGAACA-AAAC
* * ** * *
22117039 AACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
189 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-ATA
* * * * * * * * * *
22117104 ATTATTTGGACATGTTAACTAAACAAAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAAT
253 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * *
22117169 ATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAT
318 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-
* * * * * * * *
22117234 GGAAAA-AAAAGGTCATAACAATTT-AAAGTAGATAATTATTCAAATTGTTATTATTATTTGAAC
382 -CAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAA-TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
22117297 T
445 T
22117298 TGTTAGGTAA
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 134, Indels: 63
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
539 4 0.00
540 145 0.18
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542 45 0.05
543 157 0.19
544 110 0.13
545 75 0.09
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
ATGAATAGAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAAGGACATAACGATTTAAAATAGATAATTATTC
AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCATTA
ACTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAACAATTATT
TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTG
AACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGATCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTAA
ATAATTTATTTTTTAAACCTCTTACACATTAATTTTAAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTA
TTTCAAATAAGCCTAT
Found at i:22116790 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 22115709--22117469 Score: 1592
Period size: 361 Copynumber: 4.9 Consensus size: 358
22115699 TAAATCTCTT
* * * * * * * *
22115709 ATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTA-TCCTAAATAA-TTTGCATGAATAGAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-AA
** * * ** * * * * * *
22115772 ACAATTGTTTTAGGACAATAC-AAAGGGCATAATGATTTGAAACAAACAATTGTTCAAATGGGCA
64 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTA
* * *
22115836 TGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TCTATTAATTTTTAG
128 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTT-G
* * *
22115900 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
22115965 GACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAATAAATAATTGTTCAAATACTAATAACTATCTGAA
255 GACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * *
22116030 CTTGCTT-GATAATCAAATTTACTTTTTAAAT-TTGTTACTT
319 CTCACTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTC
* ** ** *
22116070 TTTAAATTTTTGGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
1 ATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAA
** *
22116135 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
64 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-A
* * * * * ** *
22116200 TAACTATTTGAACTTATTTGGT-AAATATTTTTTTTTTCAAAATCTCTTACACATTAATTTTAAG
128 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAAATTTATTTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTT-TG
* * * * * *
22116264 AATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTC
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * * *
22116328 TAATGAAACAAAAGGA-CATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGA
254 TGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * *
22116392 ACT-TGTTTGATAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTC
318 ACTCACTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTC
* * * * *
22116432 ATTAACTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAATT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * *
22116496 CCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-G
65 -CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAT
*
22116560 AACTATTTGAACTTTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAA
129 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAA
*
22116625 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATG
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
22116690 ACAAAACATATGATCGTAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
256 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
22116755 CACTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAACCTTTTACTT
321 CACTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTC
** * * * * *
22116793 ATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAA
* ** *
22116858 CAATTG-TTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* *
22116922 AACTATTTGAA-TGTGTTTAG-AAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATCCTTTG
129 AACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAAA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTG
* * * * * * *
22116984 AATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAAACTTGCATGAACAGAAGCAACTATTTT
190 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
22117048 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGG
253 ATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
22117113 A--CATGTTAACTAAACAAAATCATTTTTTAAATCTCTTACTC
318 ACTCA-CTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTC
* * * **
22117154 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGAAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAA
** * * *
22117219 CAATTGTTTTATGATGGAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTAAAGTAGATAATTATTCAAATTGTT
65 CAATTGTTTTAT-A-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T
* * * * * *
22117283 ATTATTATTTGAACTTG-TTAGGTAAACATAGTT-GTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTG
127 ATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * ** * * * *
22117346 AAATACTAATAAATCAATATTACTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAATTAATTATTTT
190 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTT
* * *
22117410 ATGACAAAACAAAAG-GCTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTCATAACTA
253 ATGACAAAACAAAAGATC-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
22117470 CTTAACTTAT
Statistics
Matches: 1150, Mismatches: 200, Indels: 99
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 72 0.06
360 152 0.13
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362 198 0.17
363 169 0.15
364 159 0.14
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAC
AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAA
CTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT
AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTC
Found at i:22117768 original size:299 final size:299
Alignment explanation
Indices: 22117197--22117768 Score: 651
Period size: 299 Copynumber: 1.9 Consensus size: 299
22117187 TTTTATTTCG
* * * *
22117197 AATAAGCCTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATGGAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAG
1 AATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA-GCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAA
* * ** * * *
22117262 TAGATAATTATTCAAATTGTTATTATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATAGTTGTTTTTAAATC
65 TAGATAATTACTCAAATAGCCATTACTATTTGAACTTGTTAGATAAACAGAGTTGTTTTTAAATC
* * **
22117327 TTTTACTTATTAATTATTGAAATACTAATAAATCAATATTACTTTAATCCGAATAAGCTTGTATG
130 TCTTACTTATTAATTATTGAAATACTAATAAATCAATATTACTTTAATCCGAATAAGCTTATACA
* * * *
22117392 AACAAAATTAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAA
195 AACAAAATCAATTATTTTATCACAAAACAAAAGGCTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
*
22117457 ATAGTCATAACTACTTAACTTATTTTGTAAACAGATTTGA
260 ACAGTCATAACTACTTAACTTATTTTGTAAACAGATTTGA
* * * *
22117497 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTAAAA
1 AATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAGCAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTAAAA
* * *
22117561 TAGATAATTGCTCAAATAGCCATTACTATTTGAATTTGTTCA-ATAAACAGA-TTCATTTTTTAA
65 TAGATAATTACTCAAATAGCCATTACTATTTGAACTTGTT-AGATAAACAGAGTT--GTTTTTAA
* * * * * *
22117624 ATCTCTTACTTATTAATGT-TTGGAATATTAATAAATTAGA-ATT-GTGTT-ATTCGAAATAAGT
127 ATCTCTTACTTATTAAT-TATTGAAATACTAATAAATCA-ATATTACT-TTAATCCG-AATAAGC
* * *
22117685 TTATACAAACAGAAA-CAATTATTTTGTCAC-AAACAAATGG-TCATAATGATTTGAAATAGATA
188 TTATACAAACA-AAATCAATTATTTTATCACAAAACAAAAGGCT-ATAATGATTTGAAATAAATA
22117747 ATTATTCAAACAGTCATAACTA
251 ATTATTCAAACAGTCATAACTA
22117769 TTTGCATTGG
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 36, Indels: 21
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
298 7 0.03
299 111 0.49
300 103 0.46
301 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (299 bp):
AATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAGCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAAT
AGATAATTACTCAAATAGCCATTACTATTTGAACTTGTTAGATAAACAGAGTTGTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTATTGAAATACTAATAAATCAATATTACTTTAATCCGAATAAGCTTATACAA
ACAAAATCAATTATTTTATCACAAAACAAAAGGCTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
CAGTCATAACTACTTAACTTATTTTGTAAACAGATTTGA
Found at i:22117837 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22117614--22117949 Score: 430
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
22117604 TAAACAGATT
* * * *
22117614 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTGGAATATTAATAAATTAGAATT-GTGTTATTCGA
1 CATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTACT-TTATTCCA
**
22117678 AATAAGTTTATACAAACAGAAACAATTATTTT-G-TCACAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
65 AATAAGAATATACAAACAGAAACAATTATTTTAGAT-A-AAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
* *
22117741 TAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCATTGGCTGGGCCAACAAATA
128 TAAATAAATATTCAAACAGTCATAACTATTTGCATTGGCTGGGCCAACAAATA
*
22117794 CATTTTCTAAATC-CGTTACTTATTAAT-TTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCC
1 CATTTTCTAAATCTC-TTACTTATTAATGTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTCC
* * * * *
22117857 AAATAAGAATGTATAAGCATAAACAATTATTTTAGGATAAAACCAATGGTCATAATGATTTGAAA
64 AAATAAGAATATACAAACAGAAACAATTATTTTA-GATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
* * *
22117922 TAAATAAATGTTCAAATAGTTATAACTA
128 TAAATAAATATTCAAACAGTCATAACTA
22117950 ATTGAACTAG
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 17, Indels: 11
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.03
180 77 0.58
181 49 0.37
182 2 0.02
183 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (180 bp):
CATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTCCAA
ATAAGAATATACAAACAGAAACAATTATTTTAGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAA
ATAAATATTCAAACAGTCATAACTATTTGCATTGGCTGGGCCAACAAATA
Found at i:22118198 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 22117795--22118855 Score: 824
Period size: 363 Copynumber: 2.9 Consensus size: 359
22117785 CAACAAATAC
* *
22117795 ATTTTCTAAATC-CGTTACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGCA-TTACTTTATTCC
1 ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-ATTTACTTTATTCC
* ** * **
22117857 AAATAAGAATGTA-TAAGCA-T-AAACAATTATTTTAGGATAAAA-CCAATGGTCATAATGATTT
63 AAATAAG--T-TAGTAAG-AGTGAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAAT-GTCATAATGATTT
* * *
22117918 GAAATA-AATAAATGTTCAAATAG-TTATAACTAATTG-AACTAGTTTGGCAAATAGATTTATGT
123 GAAATAGAA-AAATATTCAAATAGCTT-TAACTAATTGTAA-TAGTTTGGCAAACAAATTTATGT
*
22117980 TTTAAATGC-CTTA-TTAATT-TT-T-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAA
185 TTTAAAT-CTCTTAGTT-ATTATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAA
* * * **
22118040 ACTTATATGAACAAAAA-CATTTTTTTATGATAAAACAAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
248 ACTTATAAGAACAAAAATAATTATTTTAT--T---AC--AAAA-AAAAGGTAATAACAATTTGAA
* * * *
22118104 ATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAATTCTTTGAACCAGTTTGGCAAATAGAATT
305 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTTGACAAATAGAATT
* * *
22118158 ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGATTTATTTTATTCCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTACTTTATTCCAAA
* *
22118223 TAAGTTAGTAAGAGTTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGATATAG
66 TAAGTTAGTAAGAG-TGAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
22118288 AAAATTATTCATATAGCTTTAACTATTTGTAATGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
130 AAAAATATTCAAATAGCTTTAACTAATTGTAATAGTTTGGCAAACAAATTTATGTTTTAAATCTC
* * * * * *
22118353 TTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGAA
195 TTAGTTATT-ATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATAAGAA
* * *
22118418 TAAAAATAATTATTTTATTACAAAAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
259 CAAAAATAATTATTTTATTACAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** *
22118483 GTTATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAATAGAATT
324 GTCATAACTATTTAAACCAGTTTGACAAATAGAATT
* * * * *
22118519 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAATTTATTACAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTACTTTATT-C-CA
* * * * * * ** *
22118584 AAAAACTTAG-ATGAGTTAAAAAAATTGTTTTATAACAAAGCAAAA-GTTCATAACGATTTGAAA
64 AATAAGTTAGTAAGAG-TGAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAATG-TCATAATGATTTGAAA
* * * * ** ** *** *
22118647 TA-AATAATTCTTCATATA-ATCTTAACTGTTTG-AACTAGTTTTACAAATGGATTTATTTTTTA
127 TAGAA-AAATATTCAAATAGCT-TTAACTAATTGTAA-TAGTTTGGCAAACAAATTTATGTTTTA
* * * * * * * * * *
22118709 AATATTTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA
189 AATCTCTTAGTTAT-TATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTA
* * ** * * * * *
22118774 TATGAATAGAAAA-AAAAATTTTATGATAGAACAAAGGTTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTA
253 TAAGAACA-AAAATAATTATTTTATTACAAAAAAAAGG-TAATAACAATTTGAAATAGATAATT-
*
22118837 TTTCAAAT-GTCAT-ACTATT
315 GTTCAAATAGTCATAACTATT
22118856 AAATTGGTTC
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ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTACTTTATTCCAAA
TAAGTTAGTAAGAGTGAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGA
AAAATATTCAAATAGCTTTAACTAATTGTAATAGTTTGGCAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCT
TAGTTATTATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATAAGAACA
AAAATAATTATTTTATTACAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACCAGTTTGACAAATAGAATT
Found at i:22118377 original size:181 final size:178
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Period size: 182 Copynumber: 4.7 Consensus size: 178
22117895 AAAACCAATG
* * * * * *
22117905 GTCATAATGATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGCAAAT
1 GTCATAACGATTTGAAATAAA-AATTATTCATATAGTT-TAACTATTTGAACTAGTTTGACAAAT
* * ** *
22117970 AGATTTATGTTTTAAATGC-C----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTT
64 AGAATTATTTTTTAAAT-CTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGATATTATTTT
* * * ** * *
22118029 ATTCTGAACA-AACTTA-TATGA-ACAAAAACATTTTTTTATGATAAAACAAAAAACAAAA
128 ATTC--AAAATAAGTTAGTAAGAGTTAAAAA-AATTGTTT-T-AT--AAC--AAAA-AAAA
* * * * * * * * * *
22118087 GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAATTCTTTGAACCAGTTTGGCAAA
1 -GTCATAACGATTTGAAATA-AAAATTATTCATATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAA
* * **
22118151 TAGAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGAT-TTATTTT
63 TAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGATATTATTTT
* * *
22118215 ATTCCAAATAAGTTAGTAAGAGTTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAA
128 ATTCAAAATAAGTTAGTAAGAGTTAAAAAAATTGTTTTATAACAAAA-AAAA
* * * *
22118267 TGTCATAATGATTTGATATAGAAAATTATTCATATAGCTTTAACTATTTGTAA-TGGTTTGGCAA
1 -GTCATAACGATTTGAAATA-AAAATTATTCATATAG-TTTAACTATTTG-AACTAGTTTGACAA
* * * * *
22118331 ACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGA-TTAATATTATT
62 ATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGATATTATT
*** * * *
22118394 TTATTTTGAATAAGCTT-GTAAGA-ATAAAAATAATTATTTTATTACAAAAAAAA
126 TTATTCAAAATAAG-TTAGTAAGAGTTAAAAA-AATTGTTTTATAACAAAAAAAA
* * * * * * * *
22118447 GGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAA
1 -GTCATAACGATTTGAAATA-AAAATTATTCATATAGTT-TAACTATTTGAACTAGTTTGACAAA
* ** * * *
22118512 TAGAATTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TTTTAATT
63 TAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGATATTATTT
* * * *
22118575 TATTACAAAAAAAACTTAG-ATGAGTTAAAAAAATTGTTTTATAACAAAGCAAAA
127 TATT-C-AAAATAAGTTAGTAAGAGTTAAAAAAATTGTTTTATAACAAA-AAAAA
* * * *
22118629 GTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTCTTCATATAATCTTAACTGTTTGAACTAGTTTTACAAA
1 G-TCATAACGATTTGAAATAAA-AATTATTCATATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAA
* * * * * * *
22118694 TGGATTTATTTTTTAAATATTTTAGTTATGAATTTTCATAATATT-ATTAATTT-AGTATTATTT
63 TAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGA-TATTATTT
22118757 TATT
127 TATT
22118761 TTGAATAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
GTCATAACGATTTGAAATAAAAATTATTCATATAGTTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAG
AATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATT
CAAAATAAGTTAGTAAGAGTTAAAAAAATTGTTTTATAACAAAAAAAA
Found at i:22118789 original size:182 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 33.8 Consensus size: 180
22117487 ACAGATTTGA
* * * * *** *
22117497 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAGCAATTTAAAA
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAA
* * * * * **** * *
22117561 TAGATAATTGCTCAAATAGCCATT-ACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAA
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTC-TTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
22117625 TCTCTTACTTATTAATGTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTGTGTTATTC-G
129 TCTCTTAGTTATTAAT-TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
** ** * * * * * * * *
22117677 AAATAAGTTTATACAAACAGAAACAATTATTTTGTCAC-AAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
1 -AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * * * * * ** *
22117741 TAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCATTGGCTGGGCCAACAAATACATTTTCTAAAT
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * **
22117806 C-CGTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCA
130 CTC-TTAGTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * ** * * * *
22117858 AATAAGAATGTATAAGCAT--AAACAATTATTTTAGGATAAAACCAATGGTCATAATGATTTGAA
1 AATAA-ACT-TATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
* * *
22117921 ATAAATAAATGTTCAAATAGT-TATAACTAATTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATGTTTTAA
64 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAA
* * *
22117985 ATGC-CTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
128 AT-CTCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * *
22118035 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTATGATAAAACAAAAAACAAAAGGTAATAATGATT
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTT-T-AT--AAC--AAAACAAAAGTTCATAATGATT
* * * * * *
22118100 TGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAATTCTTTGAACCAGTTTGGCAAATAGAATTATTTTT
60 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTT
* * * * **
22118164 TAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTG-ATTTATTTTATTCCA
125 TAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTA-TTATTTTATTCTG
* * * ** * * *
22118221 AAT-AAGTTAGTAAGAGTTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAA-TGTCATAATGATTTGAT
1 AATAAACTTA-TATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAA
* * * * *
22118284 ATAGAA-AATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGTAA-TGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTT
64 ATA-AATAATTGTTCAAATAGTC-TTAACTATTTG-AACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTT
** * * *
22118346 AAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTG
126 AAATCTCTTAGTTATTAATT-TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * **
22118402 AATAAGCTTGTAAGAATAAAAATAATTATTTTATTACAAAA-AAAAGGTT-ATAACAATTTGAAA
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAA
* * * ** *
22118465 TATATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAA
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * **
22118529 TCTCTT-GCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAATTTATTACAA
129 TCTCTTAG-TTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-CTG
* * * * * *
22118583 AAAAAACTTAGATGAGTTAAAAAAATTGTTTTATAACAAAGCAAAAGTTCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT
* * * * ** * *
22118648 AAATAATTCTTCATATAATCTTAACTGTTTGAACTAGTTTTACAAATGGATTTATTTTTTAAATA
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
22118713 TTTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTTG
131 TCTTAGTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
** * * * * * **
22118764 AATAAACTTATATGAATAGAAAAAAA-AATTTTATGATAGAACAAAGGTTTATAACAATTTGAAA
1 AATAAACTTATATGAATA-AAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * ** * *
22118828 TAGAT-ATTATTTCAAAT-GTCAT-ACTA-TTAAATTGGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTGAA
65 TAAATAATT-GTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
22118888 TCTC---G-TA-CAATTCTTGGAAATATTAATAAATTA-TGTTATTTGATTC-A
129 TCTCTTAGTTATTAATT-TT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* ** * * * *
22118935 AATAAGCTGTATCGATGTTTCAAAAACCAATTG-TTTATGACAAAA-ATGAAAGGTACTAACAAT
1 AATAAACT-TAT--ATGAAT-AAAAA-AAATTGTTTTATAACAAAACA--AAA-GT--TCATAA-
* * * ** * * * * *
22118998 TTTATTTTAAATAAGCTTGTATATTG-AAAAACAATCAT-GCTA-TTGACAAAACAAAAGGTAAT
55 -TGATTTGAAATAA----ATA-ATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTG----AAC--TA-GT--T
* * ** * * *
22119060 AATGAG-GAATAGA-TAATTATTCAAAAGAC-CATAAATTATTTGACTGATTTTAGTAAAAACTA
105 --TG-GCAAATAGATTTATT-TTTTAAA-TCTC-TTAGTTA-TT-A---ATTTT-G-----A--A
* * ** * *
22119122 ATATTTCTTAAACCTCTTACTTA-TTAATT-TT
151 ATA-TTATTAAA-TTAGTA-TTATTTTATTCTG
* * * * *** * *
22119153 CA-AAA--TAT-T-AATAAAGTAATATTTTTTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTT-ATACA
1 AATAAACTTATATGAATAAA--AAAAATTGTTTTA--TAACA-AAAC----A-AAAGTTCAT--A
* * * ** * * * * ***
22119212 ATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATA-GAAAACTA--TT--CAAATAG
54 A-TG-ATT-TGAAATAAATAATTGTTCA-AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATA-
* * *
22119271 TTGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAGAT-TTATTTTTTCAAATCTCTT-ATTAATTTTT
114 --G-----ATTT--A-TT-TTT--TAAATC---TCTTAGTTATT--AAT-T-TTGA--AA--TAT
* *
22119333 TGAAAGTCAATAAATTAGTATTATTTTCTT-TCA
155 T---A-T---TAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * ** * ** *
22119366 AATAAGCTTGTATGAACT-AAAATGATTATTTTATAATTAAACAAAAGATT-AGAATGATTTGAA
1 AATAAACTTATATGAA-TAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * *
22119429 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTA-CTTGACAAACATAATT-TTTTTAAA
64 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAA
* * *
22119492 ATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTATTAAATTACTATTATTTTA-TCAG
128 ATCTCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * * * * * *
22119541 AATCAGCTTGTATGATTAGAAATAGTAGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGCTTTGAGAT
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT
** * * ** * * *
22119605 TGATATTTGTTCAAATAGT-TGTAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAAT
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
22119669 CTCTT-GCTTAATAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATCATTTTATTTTG
130 CTCTTAG-TTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* ** * * * * * * *
22119720 GATAAGTTTTTATGAACT-AAAATAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCAAAATGATTTTAAA
1 AATAAACTTATATGAA-TAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAA
* ** * * * *
22119782 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATATCTAATTGAACTTGTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
** * * * **
22119846 TCTCTT-GCTTATTAATTTTTTCAATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCA
129 TCTCTTAG-TTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
*** * * * * * * * **
22119899 AATATGTTTGTATAAACT-AAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTT-AGAACAATTTGAA
1 AATAAACTTATATGAA-TAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGTTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
22119962 ATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACATATTTATTTTTTTAA
64 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTTTAA
* * *
22120027 ATCTCTTACTTATTAATTTGTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCTG
128 ATCTCTTAGTTATTAATTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCTG
* * * * *
22120082 -ATAAGCTTGTAT-AA-AAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATT-ATAATGATTT-A
1 AATAAACTTATATGAATAAA-AAA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TTCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
22120141 AGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-GATTTAGTAAACAAATTTAGTTTTT
63 A-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
22120205 AAATCACTTA-TTA--ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
126 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
** * * * * *
22120257 AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAA-AAAAGGTT-ATAATGATGTGAAA
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * ** * *
22120320 TAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACT-TTTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTT-GGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
** ** * * *
22120384 TCTCCCACCTATTCA-TTTGTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
129 TCTCTTAGTTATTAATTTTG-A-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * * * *
22120437 AATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTT-AAA
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAA
* * * * * ** * *
22120500 TGAAA-AATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTA-CTCGATAAACATATTTATTTTTTAA
65 T-AAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAA
* ** * * * *
22120563 ATCTTTTACCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-TCA
128 ATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * * * * *
22120617 AATAAACATGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAA
* * * ** *
22120681 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-ATGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAA
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTA-GTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * **
22120745 T-T-TTCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAA
129 TCTCTT-AGTTATT-AATTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG
* * ** * * * * *
22120797 AATAAGCTTGTATGAGCAAATACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAA-TGTCATAACT-ATTTGAA
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGT-TCATAA-TGATTTGAA
** * * ** *** * * * *
22120860 ATAGGTAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTCTACAGTAAACAAATTCATTTTTTTAA
64 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTTT-A
* * * * * *
22120925 AATCTCTTAATAATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCGA-TATTTTATTTTTG
127 AATCTCTTAGTTATTAATTTT-GAAATATTATTAAATTAG-TATTATTTTA-TTCTG
* * * * * * * **
22120981 AATAAGCCTATATGAACT-AATATAATTGTTTTATGACAAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAA
1 AATAAACTTATATGAA-TAAAAAAAATTGTTTTATAAC-AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
* * * * * **** ** *
22121045 ATAGATAATTATTCAAATAGT-TATGACTATTTAAACTTGTTCAATAAATATCTTTA-TTTTGAA
64 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
22121108 ACCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCG
128 ATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * *
22121162 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAA
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
22121226 TAACTAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGCAAACAAATTTATTTTTCAAA
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
22121290 TCTTTTACTTATTAATTGTCT-CAATGTTAATAAATTTGTATAATTTTATT-TG
129 TCTCTTAGTTATTAATT-T-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * **
22121342 AGATAAGCTTGTATGAATAGAAGAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAGCGATTTGAA
1 A-ATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAA
** ** ** * * * * *
22121406 ATAGGTAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTT-ATACTTA-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTT
64 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGA-AC-TAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
22121469 AATCCCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTG
127 AATCTCTTAGTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * * * *
22121524 AATAAGCTTGTATTAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *** * * * *
22121589 AGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCACTAGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATG
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
22121654 TGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTG
131 TCTTAGTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * * *
22121705 AATAAGGC-TGTATGAACAAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
1 AATAA-ACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * ** * *
22121769 TAAAGAATTGTTGAAATAAT-TATAACCAGTTAAACT-GTTTAGTGAACATATTTATTTTTTAAA
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * **
22121832 TTTCTTACTTCTTAGTTTTCAAAATATTGA-TAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
129 TCTCTTAGTTATTAATTTT-GAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATT-C-TG
* * * * * * *
22121887 AAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACTAAAAG-TCATAACGATTTGAAA
1 AATAAACTTATATGAATAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAA
* * * * * **** * * *
22121951 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAACAAAATTT-TTTTTT-T
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* * * *
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Statistics
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* * * * * *
22123141 AATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATAG-CATAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
22123205 TAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAACAAATT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT
* * * *
22123258 TGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATTTTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA
* * * * *
22123322 ATATGCTTTTATGAAGAGAAATAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *** * *
22123386 AGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTAGGGAATAGATT
130 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT
* * * **
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1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCG
* * * * * * *
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65 AA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
** * *
22123563 TAGATAATTGCTT-TGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
129 TAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT
* * * * * *
22123616 CATATTTTTAATTCTCTTACTCATTAA----T--AA-A-T--T--A--A-TATTATTTTATTTCA
1 TAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG
* * * ** * * * * *
22123666 AATAAGCATATATTAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAATAGAAGGTCATAATGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
22123731 AGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAATATT
130 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT
* ** * *
22123783 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA
** * * *
22123848 ATAAGCTTGTATGAGTAGAAAGAATTG-TTTAGGACAAAACAAAA
66 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
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TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA
ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT
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22123358 AAAACAAAAG
*
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*
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1 GTCATAACTATTTAAA
22123419 CATGTTTAGG
Statistics
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GTCATAACTATTTAAATA
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22122961 ATAATTTTGT
* * ** *
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* * * * * * ** * * ***
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * **
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* * * * *
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1 ATGAACAGAAACAATTATTTTATTACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-T
* * ** *
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64 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* *
22123459 AATTTGTGAAATTTTAATAAATTTATATTATATTATTCAAAATTAACTTGC
129 AA-TTGT-AAA---TAAT--A-TTATATTATATTATTCAAAATTAACATAC
* * * *
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** * * * * * *
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*
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* * *
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* *
22123742 CAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
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*
22123807 AATTGTCAA-AATATTA
129 AATTGTAAATAATATTA
22123823 ATAAATTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATGAACAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTA
AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
TTGTAAATAATATTATATTATATTATTCAAAATTAACATAC
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22123891 AACCCATAAC
* * * * * *
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* ** * * * * *
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65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
*
22124031 ATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAACATA
130 AT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA-ATG
* * * * *
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1 AATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * *
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66 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** *
22124209 TGTTGCTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGCAGATTTAGAAAATG
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* * * * * * * * *
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* * *
22124323 TTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACGTTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAACAT
64 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* *
22124388 AATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATG
129 AATT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATG
* *** * * * *
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1 AATTTGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * *
22124501 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTT-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-TTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
22124554 TCAAATCTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATT
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
TTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATG
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22124393 TAATTTATTA
* *
22124403 ATATTTCAAAAATTAATAAG
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22124423 ATATTTAAAAAATGAATA
1 ATATTTAAAAAATGAATA
22124441 TGTTTATTGA
Statistics
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ATATTTAAAAAATGAATAAG
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22124443 TTTATTGAAC
**
22124453 AAGTTTAAATAGTTATAGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTTAAATAGTTATAGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* *
22124518 TCATAAAATAGTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCAAAT
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* *** * * *
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1 AAGTTTAAATAGTTATAG-CTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* *
22124637 GTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATACAAGTTTATT
65 GTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
22124674 CAGATAAAAA
Statistics
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AAGTTTAAATAGTTATAGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCAAAT
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Indices: 22124945--22125554 Score: 590
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* * * * *
22124945 AATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCTTAAA
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* * *
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*
22125075 AAAAATAAATCTATTTACCA-AGCAAGTTCGAATAGTTGTGATTATTAAAT
128 AAAAATAAATCTATTTACCAGA-CAAGTTCAAATAGTTGTGATTATTAAAT
* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA
* * *
22125190 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTTA
66 AG-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA--AGATTTA
** * * * * * *
22125255 AAAAATAAAAATGTTTACCATACACGTTCAAATAGTCATGTCAATT-TGAACT
128 AAAAATAAATCTATTTACCAGACAAGTTCAAATAGT--TGT-GATTATTAAAT
* * ** *
22125307 -ATTGTCTATTTCAAATGGTTATGA-CGTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATACATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-
* * * *
22125370 AGAA-TTATTTAGAAGAGAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGATTTA
64 A-AAGTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTA
* * * * * *
22125432 AAAACTAAATCTATTTACTAGACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
128 AAAAATAAATCTATTTACCAGA-CAAGTTCAAATAGTTGTGATTA-TTAAAT
* ** * * *
22125483 AATTATCTATCTCAAATCGGAATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACA
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*
22125547 AATTTATT
65 AAGTTATT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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175 4 0.01
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Consensus pattern (177 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA
AGTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTGTGATTATTAAAT
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Indices: 22124602--22125554 Score: 632
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 176
22124592 TATTTGGGCA
* * * * * * * *
22124602 ATTATTTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
* * * * * *
22124667 GTTTATTCAG-ATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTG
65 G-TTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * ** * *
22124731 AAAAACAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAAAAGTAATAACTATTTGAACA
127 AAAAATAAATATGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGT-ATGTCAATTTGAACT
* * * * * *
22124783 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTATTTCATCATAAAACAA-----TC-ATACA-AG
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGT-TTT-GTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA
* ** * * **
22124841 CA--TATTTCCAAGAAAATAATA-TAA---ATT--TA--CTAATATT-CCAAGTAAAA-ATTTTA
63 AAGTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTA
* * * * * * *
22124894 AAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACA
127 AAAAATAAATATGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAG-TATGTCAATTTGAACT
* * * * *
22124946 ATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCTTAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
* * *
22125011 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
65 G-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * *
22125076 AAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCGAATAGT-TGT-GATTATTAAAT
128 AAAATAAATATGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTATGTCAATT-TGAACT
* * * *
22125125 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAGTAGTTTCTATTCATAAA
1 -ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA
* * **
22125190 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTTA
64 AG-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTA
* *
22125255 AAAAATAAAAATGTTTACCATACACGTTCAAATAGTCATGTCAATTTGAACT
127 AAAAATAAATATGTTTACCA-ACAAGTTCAAATAGT-ATGTCAATTTGAACT
* * * *
22125307 ATTGTCTATTTCAAATGGTTATGACGTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATACATACAG
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-A-
* * *
22125372 AA-TTATTTAGAAGAGAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTA
63 AAGTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * *
22125432 AAAACTAAATCTATTTACTAGACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
127 AAAAATAAATATGTTTACCA-A-CAAGTTCAAATAG-TATGTCAATTTGAACT
* ** * * * *
22125484 ATTATCTATCTCAAATCGGAATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AA
*
22125548 ATTTATT
64 AGTTATT
22125555 CGGAGTAAAA
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 115, Indels: 91
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 10 0.02
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * *
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1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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129 ATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * *
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1 AAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACT-A-TTTGAAC
* * *
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* *
22127161 ATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACA
123 A-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
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1 AAACAAAAGATC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * *
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65 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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66 TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATT-AATAAATTAGT
* * * ** * * * * *
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129 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
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1 AAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACT
* * * * * * *
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126 AGTATTATTTTATTC
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TATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
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* * * * *
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** * * * * *** *
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* * * * * ** * * *
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* * ***
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* * * *
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* * *
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* * *
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1 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG
* * * * *
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65 GTAAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTCTCT-AAATATTAATAAATTAA
* * *
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* * * *
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** * *
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* * * ** *
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* * *
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** **
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* *
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** * * * *
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* * * **
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* *
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320 TTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
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1 AAACAAAAGGTC-ATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * * *
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65 GT-AAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTTACTTATTAATTCTCTAAATATTAATAAATTA
* * * * * ** * *
22127344 GTTTTAGTTTACTTC-AAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAG
128 ATATTATTTTAATCCAAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * *
22127407 GTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATC-TAGTTTGGTAAA
192 ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAA
* * * * * * *
22127471 CATATTTATTTTTTAAATAT-TTCACTTATTAATTGTCAAAATATTCAA-AAATTAATGTTATCT
256 CAAATTT-TTTTTT-AATCTCTTTACTTATTAATTTTCAGAATATT-AATAAATTAGTATTAT-T
* * * * * * * *
22127534 TAATCCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATAATA
317 TTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
22127579 GAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCAAAACTACTTT-AACT
1 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACT
22127641 GGTTTGAGAA
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TAAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTCTCTAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTAATCCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAAT
TTTTTTTTAATCTCTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAA
TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
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22127273 TT
1 TT
22127275 TAAACTTATT
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** **
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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1 -ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTC
* * * * * *
22128383 TTAGTTCATATAAGCTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAAAATAATA
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* *
22128448 AGCACGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATA
127 AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATT-ATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTA-A
* * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTC
* **
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* ** * * *
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126 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTT-TTTGAACAAGTTCAAATAGTTA-A
* * * * * ** * *
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22128741 GTTTTTCAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGATCATAAAACTTATTCGGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
AGAGATTTAAAAAATAAATTATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTAA
Found at i:22128521 original size:183 final size:180
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22127938 AAACAAACTT
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * **
22128193 AA-AATT-ACTTCTA-ATCATACAAACTTATTCGGATA-AAAATAATACTAATTTAACAATATTT
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** * * *
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* * * * * * *
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1 AAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
22128372 AAATAATTGTCTTAGTTCATATAAGCTTATTTGGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTT
65 AAATAATTGTCTTAGTTCATA-AAACTTATTCGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * *
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* * * * *
22128491 AAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAAACTTTTGATTTGTCATAA
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* * * **
22128556 AACAATTGT-TTCAATTCATAAATGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC
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* *
22128618 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATTAGTTTACCT-AAC-AGTTG
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* * * * ** ** * *
22128669 AAATAATTATGACCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTCTCGTAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAA
22128734 AATAATTGT
66 AATAATTGT
22128743 TTTTCAACAT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 96, Indels: 55
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.01
178 71 0.14
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AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AATAATTGTCTTAGTTCATAAAACTTATTCGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTATTGAACAAGTTC
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22128399 TATTTGGAAA
*
22128409 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAAAATAATAAGCACGAGATTTGAAAAAATAAATTC
1 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAAAATAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTC
* * **
22128474 ATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAAA
66 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAAA
* * *
22128539 CTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAATGCTTATCCAAAAT
131 CCTTTCATTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAATGCTTATCCAAAAT
* * * *
22128592 AAAATAATACT-ATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAAATAAATT-
1 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAAAATAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTC
* * * *
22128652 AGTTTACCT-AAC-AGTTGAAATAATTATGACCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCATTAT-
66 A-TTTA-CTGAACAAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* * *
22128714 TACCTTTCATTTTCTCGTAAAATAATTGTTT
129 AACCTTTCA-TTTCTCATAAAACAATTGTTT
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AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAAAATAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTC
ATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAAA
CCTTTCATTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAATGCTTATCCAAAAT
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22127902 TCATACTAGC
* *
22127912 GATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAACTTAAATAGA-TATGACTATTTGAACAATTAT
1 GATTT-AAAAAATAAATTAGTTTACCAAAC--AGTTAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
22127976 CTGTTTAAAATTATTACGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTA
62 CTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA
* * * * * * * *
22128041 TTT-GAAATAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGGAAAATATTTAAAAACT
127 TTTGGAAA-AAAAAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAAATAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
22128105 AAAGTTATTTTTTGAACCAGTTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA
191 AAAGTTATTTATTGAACAAGTTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTAAAATCA
* * * * **
22128170 TTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAAAATTACTTCTAATCATACAAACTTATTCGGATAAAAATAA
256 TTATAAACTTTGATTTGTCATAAAAAATTACTTCTAATCATACAAACTTATCCAAATAAAAATAA
** *
22128235 TACTAATTTAACAATATTTTGAAAATTAATAAGTAGGA
321 TACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * * *
22128273 GATTTAAAAAGTAAA-TATGTTTGCCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
1 GATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAA-CAGTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
22128337 TATGTCAAATCGTTCCAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTCTTAGTTCATATAAGCTTAT
63 TATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
**
22128402 TTGGAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAAAATAATAAGCACGAGATTTGAAAAAA
128 TTGGAAAAAAA-AATACTAATTTATTAACA-TTTAAAAAAATAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAA
* * * * *
22128467 TAAA-TTCATTTATTGAACAAG-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
190 TAAAGTT-ATTTATTGAACAAGTTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTAAAAT
** *
22128530 CATTATAAACTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATA-AATGCTTATCCAAA-AT
254 CATTATAAAC-TTTGATTTGTCATAAAA-AATTACTTCTAA-TCATACAA-ACTTATCCAAATA-
**
22128592 AAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
314 AAAATAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
22128636 GA-TTAAAAAATAAATTAGTTTACCTAACAGTTGAAATAATTATGACCATTTGAACATTTATCTA
1 GATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAGTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** ** * *
22128700 TTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTCTCGTAAAATAATTGTTTT
65 TTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
22128746 TCAACATACA
Statistics
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GATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAGTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTG
GAAAAAAAAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAAATAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAGT
TATTTATTGAACAAGTTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTAAAATCATTATA
AACTTTGATTTGTCATAAAAAATTACTTCTAATCATACAAACTTATCCAAATAAAAATAATACTA
ATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
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22128698 TATTTCAAAT
* * *
22128708 CATTATTACCTTTCATTTTCTCGTAAAATAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAA
1 CATTATTACCTTTCATTTTCTCATAAAATAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAA
22128773 AA
66 AA
* * * *
22128775 CATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAACTAATTATTTTTCAACCTATAAGCTTATTTAAAATAAA
1 CATTATTACCTTTCATTTTCTCATAAAATAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAA
22128840 A
66 A
22128841 TAATAGTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATTATTACCTTTCATTTTCTCATAAAATAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAA
AA
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22128812 TTCAACCTAT
** * * * *
22128822 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATAGTAATTTATTTATATTTCAAGAA-T--TAGTAAGAGATTTA
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTA
* * * * *
22128884 AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
66 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
22128949 AATTGTTATTACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATATTCATAT
131 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTT-TATTCATAC
* * * * *
22128999 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATGTTCCAAAAATTCATAACTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
** * * * * *
22129064 AAAAAATAAATCCGTTTTCCAAACCATTTCAAACAGTTAAAGACTATATGAACAATTATCTGTTT
65 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT-AAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
22129129 CAAATTTTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAGAAAATTATTTCAGATCATAC
129 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AAAATTATTTTA-TTCATAC
* * * * *
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1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTA
* * *
22129242 AAAAATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAAG-TATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTT
66 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
22129305 CAAATTGCTATTACTTTTTGTTTTGTGATGAAACAATTGTTTTTGTTCATAT
129 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATT-ATTTTATTCATAC
* * * * *
22129357 AAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAAAAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AATAAGAGATT
* * * ** * *
22129421 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTT
64 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
22129486 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATAC
129 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATT-ATTTTATTCATAC
* ** * * * * * *
22129538 TATTTTATTTC-AAACAAAAGAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAACCAAGA-AA
1 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGAT
* * * ** * * * * *
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** * *
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127 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-AAATTATTTTATTCATAC
*
22129715 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATT
* * * * * * * *
22129779 TGAAAAA-AAATTTGTTTACCGAACTAGTTCATAT-GATTCAGACCATTAT-AACAATTATCTAT
64 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAG-TTAAGACTATT-TGAACAATTATCTAT
** * * ** * *
22129841 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTAAGTTCACAC
127 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTA-TTCATAC
* * * * *
22129895 AAGCTTATCCGAAATAAATTAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGA-T
* * * *** ** * *
22129959 TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TTCCTATTTGAATGATTGTTTATT
63 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
22130023 TAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGCTAATAC
128 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTA-TTCATAC
* *
22130076 AAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAATAAGAGATTTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGA-TTT
* *** * ** *
22130138 AAAAATTAAATCTATTTATTGAA-C----C--A-A-TT---CCTATTTGAGTAATTAACTATTTC
65 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * *
22130191 AAATCGTTATAAATTTTTGTTCTATTATAAAATAA-TAGTTTTAGTTCATAC
130 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTA-TTTTA-TTCATAC
* * * *
22130242 AAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATT
* * * * * ** *
22130306 TAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAACAGTTAAGATTACATGAACAATTCTCTATTT
64 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * *
22130371 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATCAAACTATCATTTTAGTCCATAC
129 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATTATTTTA-TTCATAC
* *
22130423 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGTGATTTA
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTA
* * * * * * * * * * * * * *
22130485 AAAAGTGAATCTATTTATCGAATCA-TGTCAAATAATCATGGCCATTTTAGCAATTACCTAATTC
66 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGT-TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * **
22130549 AAATCATTATTG-GCTTTTGTTTAGTCATATAACGAATGT-TTTTGA-TCATTT
130 AAATTGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-AAAT-TATTTT-ATTCATAC
** * * * * *
22130600 AAATTTATTTGAAATAAAATGATACTAATTAATTAATCTTTCAAAAATT-AT--TAAGAGACTTA
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTA
* * * * * *
22130662 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATA-CTCA
66 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
22130726 AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAATTTACTTTTGTTCATA-
131 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAA-TTA-TTTTATTCATAC
* * *
22130775 AAGGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATCTAATAACATTT-AGAAAATTAATAACTAAGAGA
1 AA-GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-TAAGAGA
* * * * * *
22130838 ATT-AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATGAT-AACAATT-TCTA
62 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TTGAACAATTATCTA
*** * * **
22130900 TTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTTATCATAAAACAAAAATTTTCAATTCATAC
126 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-AATTATTTT--ATTCATAC
* * *
22130957 TAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATACTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * *
22131018 AAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
65 -AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
22131083 TAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTCCTTCATAT
129 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTT-ATTCATAC
* * * * ** *
22131135 AAGTTTGTTC-AGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT-TGAAA--ACTAATAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * *
22131196 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTG
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22131245 TTCTGCTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
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Found at i:22129447 original size:358 final size:354
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* * * * * **
22128775 CATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAACTAATTATTTTTCA-A-CCTATAAGCTTATTTAAAATA
1 CATTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTA--TTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * *
22128838 AAATAATAGTAATTTATTTATATTTCAAGAA-TT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
63 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
22128901 CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT
127 CCAAACCAGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
22128966 GTTCTATCATAAAATAATTATTTATATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
191 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
22129031 ATAATGTTCCAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTTCCAAACCATTTCAA
256 TTAATATT-TAAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* *
22129096 ACAGTTAAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAAT
318 ATAGTT-AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * *
22129134 TTTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAGAA-AATTATTTCAGATCATACAAGTTTATGCGAAATAAA
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* * * * *
22129198 ATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCG
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * *
22129262 AACCAGTTCAAATAAGTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATTACTTTTTGTT
130 AACCAGTTCAAAT-AGTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
22129327 TTGTGATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTA
194 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
22129392 ATATTTAGAAAATTAATCAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAATA
259 ATATTTA-AAAATTAAT--AAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
** * * *
22129457 GTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
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** * * * ** * * ** *
22129491 TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTTC-AAACA
1 CATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGATCATACAAGCTTA-TTCGAAATA
* * * * ** *
22129554 AAAGAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAA-TAACCAAGAAAATAAAAAATAAATCTAA
63 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAAGTAA--GAG-ATTTAAAAAATAAATCTAT
* ** * * * * * **
22129617 TTGCGGAACTAGTCCAAATAGT-TAAGACTATATGAATGAA-TATCAATTTCAAATCATTATGAC
124 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTAT-A-ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * *
22129680 ATTTTG--TTCTCATAAAATAAAT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TA
186 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-
* * * * *
22129741 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAA-AAATTTGTTTACCGAACTA
250 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA
* * *
22129805 GTTCATAT-GATTCAGACCATTAT-AACAATTATCTATTTCAAAT
312 GTTCAAATAG-TTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * *
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1 CATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * *
22129913 TTAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATT--TAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * ** ** * * *
22129977 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTTTCCTATTTGAATGATTGTTTATTTAAAATTGTTATGACCTTT
125 TACCAAACCAGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * * * * *
22130042 TGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGCTAATACAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATTT
190 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * ***
22130107 ATTAATATTTCTAAAATTAAT--AAGAGATTTTAAAAATTAAATCTATTTATTGAA-C----C--
255 ATTAATATTT-AAAAATTAATAAAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* * ** *
22130163 A-A-TT---CCTATTTGAGTAATTAACTATTTCAAAT
318 ATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * * * *
22130195 CGTTATAAATTTTTGTTCTATTATAAAATAA-TAGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATA
1 CATTAT-GACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCAGATCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * * * *
22130258 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTT
63 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * *
22130323 TACCAAATCAGTTCAAACAGT-TAA-GATTACATGAACAATTCTCTATTTCAAATTATTATGACC
125 TACCAAACCAGTTCAAATAGTATAACTATT---TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * ** * * *
22130386 TTTTGTTTTGTCATCAAACTATCATTTTAGTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAA
187 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
22130451 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATCGAATCA-TGT
252 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGT-T
* * * * * * * * * *
22130513 CAAATAATCATGGCCATTTTAGCAATTACCTAATTCAAAT
315 CAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * ** * ** ** *
22130553 CATTATTGGCTTTTGTTTAGTCATATAACGAATGT-TTT-TGATCATTTAAATTTATTTGAAATA
1 CATTA-TGACCTTTGTTTTGTCATA-AAATAAT-TATTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * * *
22130616 AAATGATACTAATTAATTAATCTTTCAAAAATT-ATTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTAC
63 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
22130680 CAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATA-CTCAAATTGTTATAACCTTTTG
128 CAAACCAGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* *
22130744 TTCTATCATAAAA-AATT-TACTTTTGTTCATA-AAGGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAAT
192 TTTTGTCATAAAACAATTGT--TTTTGTTCATACAA-GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
22130805 CTAATAACATTTAGAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTT
253 TTATTAATATTTA-AAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTT
* *
22130869 CAAATATTTAAGACTATGAT-AACAATT-TCTATTTCAAAA
315 CAAATAGTTAAGACTAT-ATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * ** *
22130908 CATTATGATCTTTTGTTTTTATCATAAAACAAAAATTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTCGAAAT
1 CATTATGA-CCTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCAGA-TCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
22130972 AAAATAA-AATGAATTTATTAATACTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAATTCTATT
62 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAATTTAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATT
* * * * *
22131035 TACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTT
125 TACCAAACCAGTTCAAAT-AGTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * ** * * * *
22131100 TTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTCCTTCATATAAGTTTGTTC-AGAATAAAGTAATACTAAT
189 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
22131164 CTATTAATATTTTGAAAACTAAT--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCA
253 TTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCA
*
22131227 AATAGTTATGACT
317 AATAGTTAAGACT
22131240 TTTTGTTCTG
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CATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
ACCAGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTAAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAA
GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
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* *
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1 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-TTACTATTTGAATAATT
* * * * *
22128939 ATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATATTCATATAAGTT
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* * * * **
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** * * * **
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** * * * * *
22129134 TTTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAGAAAATTATTTCAGATCATACAAGTTTATGCGAAATAAAA
258 CATTATGACATTTGTGTTCTCATAAAAAAATTATTTCAGATCATACAAGCTTATGCGAAATAAAA
** *
22129199 TAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAA
323 TAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAA
* * *
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388 CCAGTTCAAATAAGTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATTACCTTTTGTTTA
* * * ** * * * * ** *
22129329 GTGATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
453 GTCATAAAACAATTGCTTAAGTTCACACAAGCTTATCCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAC
* *
22129394 ATTTAGAAAATTAATCAAA
518 ATTCAAAAAATTAATCAAA
* * *
22129413 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTT-ACTATTTGAATAATT
* * * * *
22129478 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTT
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* *
22129543 TATTTC-AAACAAAAGAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAA
129 TA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAA-TTAATAACCAAGAGAAATAAAA
* ** * * *
22129606 AATAAATCTAATTGCGGAACTAGTCCAAATAGTT-AAGACTATATGAATGAA-TATCAATTTCAA
192 AATAAATCCAATTGCCAAACCAGTCCAAACAGTTAAAGACTATATGAA-CAATTATCAATTTCAA
* * *
22129669 ATCATTATGACATTT-TGTTCTCATAAAATAAATT-TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATA
256 ATCATTATGACATTTGTGTTCTCATAAAA-AAATTATTTCAGATCATACAAGCTTATGCGAAATA
* *
22129731 AAATAATA-TAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAA-AATT-TG
320 AAATAAAACT-AATTTAATAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAATTCTA
* * * *
22129793 TTTACCGAACTAGTTCATATGA-T-TCAGACCA-TTATAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTT
379 TTTACCGAACCAGTTCAAATAAGTAT-A-ACCATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGC-TAT
* *
22129853 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTAAGTTCACACAAGCTTATCCGAAATAAATTAAT
440 T-ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTAAGTTCACACAAGCTTATCCGAAATAAAATAAT
* *
22129918 ACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAAT-AAGA
504 AATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATCAA-A
* * * * * *
22129951 AAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTTCCTATTTGAATGATT
1 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
22130016 GTTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGCTAATACAAGCT
65 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGTT
* *
22130081 TATACGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
129 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTAATAA
22130130 GAGATTTTAA
Statistics
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Consensus pattern (536 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTACTATTTGAATAATTA
TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGTTTA
TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAACCAAGAGAAATAAAAAATA
AATCCAATTGCCAAACCAGTCCAAACAGTTAAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCAT
TATGACATTTGTGTTCTCATAAAAAAATTATTTCAGATCATACAAGCTTATGCGAAATAAAATAA
AACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAACCA
GTTCAAATAAGTATAACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATTACCTTTTGTTTAGTC
ATAAAACAATTGCTTAAGTTCACACAAGCTTATCCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATT
CAAAAAATTAATCAAA
Found at i:22131244 original size:142 final size:143
Alignment explanation
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22131074 TATCTATTTT
* * * *
22131084 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTC-CTTCATATAAGTTTGTTCAGA
1 AAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGA
* * * *
22131148 ATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
66 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
*
22131213 ATCAAACTAGTTC
131 ACCAAACTAGTTC
* * * * * * * *
22131226 AAATAGTTATGACTTTTTGTTCTGCTATAGAACAATTG-TTTCTATTCGTACAAGCTTATT-TGA
1 AAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGA
* * *
22131289 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAA-AAATTCAAAAACTAAAT
66 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AA--AATAA-T-AAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
22131353 ATGTTTACCAAACTAGATC
125 CTGTTTACCAAACTAGTTC
* * * * * * *
22131372 AATTAGTCATGACTATAACCTTTGTTTTATCAT-AAA-ATATTTATTTCTGTTCATATAAGTTTA
1 AAATAGTTATGACT-T----TTTGTTTTGTTATAAAACAAATGT-TTTCTATTCATATAAGTTTA
** *
22131435 TTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
60 -TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAA
*
22131498 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
120 TAAATCTGTTTACCAAACTAGTTC
* * *
22131522 AAATTGTTATAACTATTTG
1 AAATAGTTATGACTTTTTG
22131541 AACGATTATT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 50, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
ACCAAACTAGTTC
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22131410 ATTTATTTCT
* * * *
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* * * * * *
22131484 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAACGATTA
63 AGA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * *
22131549 TTTATATCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGCCACA-AAACAATT-TTTTA
126 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TA-ATAAACAATTGTTTTA
* * * * *
22131599 TGTTCATACAAGGTTATTT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTCAACAATTAATAAG
1 -GTTCAAATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAA-TTTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
22131663 TAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTGAAATAGTCATGACAATTTGAATAAT
62 TAG-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
*
22131728 TAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAACAATTGTTTTA
124 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAACAATTGTTTTA
22131780 GTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAG-A
1 GTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * *
22131844 GAA-TTAAAAAATGAATTTGTTTACCAACCATGTTCAAATAGTTATGCCTATCTGGACAATTATC
64 GAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
22131908 TATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA-AAATAATTGTTTTCA
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-A-ATAAACAATTGTTTT-A
*** * * * *
22131957 -TTCCTGTAGGTTTTTTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
1 GTTCAAATAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGT
* ** * ** *
22132020 AAAAATTTTAAAGTAAATCTATTT-TTTTCTGACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
63 -AGAA-TTTAAA--AAATAAATTTGTTTACCAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
*
22132084 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CTATTTGTTTT-TATCATAAACTAGCTATTTTTTTA
124 TATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTA--ATAAAC-A---ATTGTTTTA
** * * *
22132141 -TTGTAA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTACAATTCCAAAAATTAATAAGTA
1 GTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTA-ATTTTCAAAAATTAATAAGT-
* * * * *
22132204 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-GTGAGTTCAAATA-TTATGACTATTAGGATAATT
63 AGA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACAT--GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * ** * *
22132267 ATTTATTTCAAATTGTGAT-ATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTA
125 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTG-TTTTA
** * * * *
22132319 -TTCGTACAAGCTTATTAGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGT
1 GTTCAAATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAG-
* * * ** * * * *
22132383 TGGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTCACCCAACAAATTCAAATAGTAATGTCTGTTTGAACTATT
62 TAGA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
22132448 ATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
125 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTGTTT-TA
* ** **
22132501 -TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
1 GTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTA
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64 GAATTTAAAAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (175 bp):
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ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAACAATTGTTTTA
Found at i:22132111 original size:19 final size:19
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Indices: 22132055--22132111 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
22132045 TTTCTGACAT
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*
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1 TTTCAAATCATTATGACTA
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1 TTT
22132112 GTTTTTATCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTCAAATCATTATGACTA
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Alignment explanation
Indices: 22131392--22132562 Score: 1031
Period size: 180 Copynumber: 6.5 Consensus size: 180
22131382 GACTATAACC
* * * * * * * **
22131392 TTTGTTTTATCATAAAATATTTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAA
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*
22131456 TTTATTAATA-T-TAAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
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* * * * * **
22131519 TTCAAATTGTTATAACTATTTGAACGATTATTTATATCAAATTGTTATGACTT
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * * * * * *
22131572 TTTATTTTGCCACAAAACAATT-TTTTATGTTCATACAAGGTTATTTAG-ATTAAAATAATATTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATATAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTA
* * * *
22131635 ATTTATTAAT-TTTTCAACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
64 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACAA
* * * * * *
22131699 GTTGAAATAGTCATGACAATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCT
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * *
22131753 TTTGTTTTGTAAT-AAACAATTG-TTTTAGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
22131816 TTTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAG----AGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCAACCATGT
65 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-CAAGT
* * * * *
22131877 TCAAATAGTTATGCCTATCTGGACAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCT
129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * * * * * * *
22131928 TTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTCATTCCTGTAGGTTTTTTTTG-AATAAAATAATA-TAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAG-CTTATTAGAAATAAAATAATACT-A
* ** * **
22131991 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAGTAAATCTATTT-TTTTCTGACA
64 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAA--AAATAAATTTGTTTACCAACA
** *
22132054 TTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTA
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * * *
22132109 TTTGTTTTTATCATAAACTAGCTATT-TTTTTATT-GTAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
1 TTTG-TTTTGTCATAAA--A-CAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAC
* *
22132172 TAATTTATTACA-ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGT
62 TAATTTATTA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-C
* * * * * ** * *
22132236 GAGTTCAAATA-TTATGACTATTAGGATAATTATTTATTTCAAATTGTGAT-ATTT
125 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * *
22132290 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCGTACAAGCTTATTAGAAATAAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTAGAAAT-AAAATAATACTAA
* *** * * *
22132355 TTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTCACCCAACAAAT
65 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACAAGT
* * * * * *
22132420 TCAAATAGTAATGTCTGTTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGACAT
129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* **
22132472 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCA-AAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAA
22132536 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
65 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
22132563 AGATTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
175 28 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
Found at i:22132572 original size:19 final size:20
Alignment explanation
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Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
22132535 ATTTATTAAT
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22132565 ATTT-AAAAATTAATAAGAG
1 ATTTCAAAAATTAATAAGAG
22132584 ATTT
1 ATTT
22132588 TAGCAGTTAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
19 19 0.83
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Consensus pattern (20 bp):
ATTTCAAAAATTAATAAGAG
Found at i:22133413 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
22133062 TTTATTAATT
* ** * ** *
22133072 TTCAAAATATTATTAAATTAACATTATTTTA-ATAATAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGT
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* * * * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * *
22133316 TTTGATGACAAAATAAAACGTTA-AACAATGTGAACTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
65 TTTGATGACAAAAGAAAACGTCATAACAATGTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-
** * * *
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129 TTT-AAAATGGTTCAGCAAATAGATCTAGTTTTTAACTCTTTTACTAATTAAGC
* *
22133432 TTC-TAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTT
1 TTCAT-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
22133466 TGATTAAACT
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 33, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
179 5 0.03
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182 15 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
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TTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTAATAATAAAATAGTACGAACAAAACAATTGT
TTGATGACAAAAGAAAACGTCATAACAATGTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TAAAATGGTTCAGCAAATAGATCTAGTTTTTAACTCTTTTACTAATTAAGC
Found at i:22134486 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22134226--22136364 Score: 908
Period size: 180 Copynumber: 12.1 Consensus size: 181
22134216 ATCACTTCTA
* * * * *
22134226 ATTAATTTTTCAAATTGTTAATAAAATTAGTATTATTTTATTTTAAGTAAGCTTGT-TGAACTAA
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* * * ** * * *
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62 GGAACAATT-ATTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * * * * * *
22134352 GGTCTTGACTTTTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
125 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * * * *
22134409 ATTAATTTTTTAAACATTATTAAATCAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAA
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* * * *
22134474 CAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-CATTTTAAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCA
66 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* ** * * *
22134537 TAACTATTTGAACTATTTTGGAAAATGGATTTAGTTTTT-AA-A-TCT-CTT
130 TAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
** * ** * *
22134585 ATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTAATCTAAATAATTTTGCATGAACAA-TA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAGGA
** * * * * *
22134649 ACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGA-CAAAATTATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGAC
65 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
* * * * * * * *
22134713 ATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTT
129 ATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * * ** * *
22134766 ATTAATTTTT-AGAATTTTAAAAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAA-AAAATTATATG-AATGG
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGG
* * * ** * *
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* * *
22134892 CAT-ACTATTTGAACTCA-CTCA-ATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACCT
128 CATAACTATTTGAACT-AGTTCAGA-AAATAGA-TTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * * * *
22134946 ATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGGA
** * * *
22135010 ACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGATAGAGATAATTGTTTAAATAGTCA
65 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * *
22135075 TAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
130 TAACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * * * * * * *
22135126 ATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTA-CATTATTTTATTCAAAACAAGTTTGCATGAACA-GA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGGA
* * * *
22135189 ACCAATTATTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT
65 A-CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * ** * * * * * * * * **
22135253 -ATTACTATTTGAAC-ATCTTTGGTAAACATATTCATTGTTTAATTCTCTTACCC
128 CATAACTATTTGAACTA-GTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * *
22135306 ATTAA-TTTT-AAATATTAAT-AA-TAGTATTA-TTT-ATTTCAAAT-AGCTTATATGAATAA-A
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAA-AAGG
* * * * ** * * * *
22135363 AATAATTGTTTTAT-AGAAAAC-AATG-TCATAATGATTTG-TTTAAATAATT-ATCAAACTAAT
64 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA-TAGT
* * * * * **
22135423 TATTAA-TATTTGAACT-TTTTAGTAAACATATA-TT-TTTTTAAAATCA-TTTACAA
128 CA-TAACTATTTGAACTAGTTCAG-AAA-ATAGATTTATTTTTTAAAT-ATTTTACTT
* * * *
22135476 ATT-ATTTTAGACAT-TATAATAAA-T--TATTA---T-ATC-AAATAA-C-T-TATGAATAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGGA
* * * * * * * * * * *
22135528 ACAGTTGTTTT-T-ATCAAAACAAGAG-TCATTCATACAATTAAAATAAATAA-T-ATCAAATAT
65 ACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGATCA-TAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * **** *
22135588 TCATAA-GATTTGAA--A-TTAAGTAAA-A-ATTTATAAAATAAATCTTTTACTT
127 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * * * * ** **
22135637 AGTTAATAGTCT-AAACTATTAGTAAATTATTA-TATTATAATC-ATTTGAATTTTGTATGAAAA
1 A-TTAAT-TTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAAT-AAGCTTGTATGAAAA
* * * * *
22135699 --AAGC----A-TTTATGACAAAAC--AAGGTTAT-AT-ATTTCAAATAAATAA-T-TTTCAATA
62 GGAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
* * * * * * * *
22135751 -TCATAATTATTT-AATTTGTT-TGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTATTAATT
126 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * * * ** * * ** *
22135805 ATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTTTTATTTT-ATTTCGAATAATTTTATATTAATTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGGA
* * * * * *
22135869 ATAGTTTTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTG-AATAGATATTTATTTAAATAGTCA
65 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* ** * ** * * *
22135933 TGACTATTT-AATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTT
130 TAACTATTTGAA-CTAGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * * * *
22135985 ATTAATTATTGAAATTTTAATAAATTAGTCTTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTGTATGAACA--T
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTA-AATAAGCTTGTATGAAAAGGA
* * * * * ** * * * *
22136047 ACTATTGTTTTATAATAGAAAAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTT
65 ACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
* * * * * * *
22136111 ATAATTATTTGAACTAGTT-TGATAAACAGAGTTA-ATTTTAAA-A-TCT-CAT
129 ATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
* * * * * * *
22136160 GTTAA-TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTTGAAA-AAACTTATATGAACAA-A
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAA-AAGG
* * * * * *
22136221 AACATTTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGCTTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGT
64 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * * *
22136285 CACAATTATTTGAACTAGTT-AGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACAT
128 CATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
22136339 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
22136365 CATTTTATTT
Statistics
Matches: 1483, Mismatches: 349, Indels: 251
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 3 0.00
161 12 0.01
162 4 0.00
163 19 0.01
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165 19 0.01
166 37 0.02
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Consensus pattern (181 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGGAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
Found at i:22135210 original size:361 final size:352
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Indices: 22134226--22135400 Score: 1011
Period size: 361 Copynumber: 3.3 Consensus size: 352
22134216 ATCACTTCTA
* * * *
22134226 ATTAATTTTTCAAATTGTTAATAAAATTAGTATTATTTTATTTTAAGTAAGCTTGT-TGAACTAA
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* * ** * *
22134290 AATAATTGTTTTTATGACTTAAACAAACTATCAGAATGATTTGAAATG-GATAATTG-TTCAATG
62 AACAATTG-TTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA-GAGATAATTGTTTAAATG
* * *
22134353 GTCTTGACTTTTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT
124 GTCATGACTATTTGAACT-GTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * *
22134418 TTAAACATTATTAAATCAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTATTT
188 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAAAAAGTTTG-ATGAAAA-GAACAATTATTT
* *
22134483 TATGACAAAA-TAAAGATCATAACATTTTAAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
250 TATGACAAAACAAAAGATCATAACATTTGAA-ATAAATAATTG-TTAAATAGTCAT-ACTATTTG
* * * *
22134547 AACT-ATTTTGGA-AAATGGATTTAGTTTTTAAATC--T-CTT
312 AACTCA--TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACCT
* * *
22134585 ATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAA--TTTTGCATGAACAA
1 ATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTT--ATGAACAA
* ** * * * *
22134647 TAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGA-CAAAATTATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGG
62 -AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTTAAATGG
* * * * * *
22134711 ACATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT
125 TCATGACTATTTGAAC-TGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA-TTTT
* * * ** * *
22134776 AG-AATTTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAATTAT-ATGAATGGAAATAATTGTTT
188 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAAAAGTT-TGATGAAAAG-AACAATTATTT
*
22134839 TGTGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATACTATTTGA
250 TATGACAAAACAAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTG-TTAAATAGTCATACTATTTGA
* *
22134904 ACTCACTCAATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACCT
313 ACTCATTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATC-TTTACCT
*
22134946 ATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAA
1 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACA-AAA
* * * *
22135011 CAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGATAGAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTTAAATGGTCAT
* **
22135076 AACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTAGAAA
129 GACTATTTGAAC-TGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAGAAA
* * *
22135140 TATTAATAAATTTA-CATTATTTTATTCAAAACAAGTTTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATA
193 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAA-AAGTTTG-ATGAAAAGAA-CAATTATTTTATG
** * *
22135204 ACAAAACAAAATG-TCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTATTTGAAC
254 ACAAAACAAAA-GATCATAA-CATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCA-TACTATTTGAAC
* * * * * * * *
22135267 ATC-TTTGGTAAACATATTCATTGTTTAATTCTCTTACCC
315 -TCATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCT
* * *
22135306 ATTAA-TTTTAAATATTAAT-AA-TAGTATTA-TTTATTTCAAAT-AGCTTATATGAATAAAAAT
1 ATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAA-CAAAAC
* *
22135366 AATTGTTTTAT-AGAAAAC-AATG-TCATAATGATTTG
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
22135401 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 110, Indels: 92
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
351 13 0.02
352 3 0.00
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363 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
ATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTTAAATGGTCATGA
CTATTTGAACTGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAAAAGTTTGATGAAAAGAACAATTATTTTATGACAAAAC
AAAAGATCATAACATTTGAAATAAATAATTGTTAAATAGTCATACTATTTGAACTCATTCGATAA
ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACCT
Found at i:22136563 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 22136267--22136568 Score: 328
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
22136257 CTTTAGAATA
* *
22136267 GATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTAGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTAGTTAGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCT
* * * * *
22136332 TTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCGAATAAGTTAGTTTAA
66 CTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTCATATTATTTTATCTCGAATAAGTTAGTATAA
** *
22136397 ATTGAAAATATTGTTTTAT
131 ACAGAAAATATTATTTTAT
* * **
22136416 GATAATTTTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGA-AAACA-AATTTATTTTTTAAAT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTAG-TTAGATAAACAGAA-TTATTTTTTAAAT
** * * *
22136479 CTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATACT-AGTATTGTTTTATCTCGAATAAGCTT-G
64 CTCTTACATATTAATTTTTGA-AATATTAATAAACTCA-TATTATTTTATCTCGAATAAG-TTAG
*
22136541 TATGAACAG-AAATAATTATTTTAT
126 TATAAACAGAAAAT-ATTATTTTAT
22136565 GATA
1 GATA
22136569 GAATAAAAGG
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 20, Indels: 12
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
148 8 0.06
149 112 0.88
150 7 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (149 bp):
GATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTAGTTAGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCT
CTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTCATATTATTTTATCTCGAATAAGTTAGTATAA
ACAGAAAATATTATTTTAT
Found at i:22136946 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22136416--22138738 Score: 1557
Period size: 181 Copynumber: 12.9 Consensus size: 181
22136406 ATTGTTTTAT
* * * * *
22136416 GATAATTTTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATC
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
22136480 TCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATACTAGTATTGTTTTATCTCGAATAAGCTTGTAT
65 TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
22136544 GAAC-AGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAAGTA
129 GAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TA
* * * * * * *
22136598 TACAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * ** * *** *
22136660 TC-T-CTTATTGATTTTTG-ACTGAATAATAAATTAGTACCACTTTATTCCAAATGAA-CTTCTA
65 TCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTA
* * * * ** * **
22136721 -CAA-TAAAAAAAAATTGTTATATTATGAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATA
128 TGAACT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
22136775 GATAATTGTTGAAATGGCCATAAGTATTTGAACTAATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCA
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
22136840 CTTAATTATTAATTTTTGAGATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
66 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * ** **
22136905 ACTAAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAATA
131 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * ** * * * *
22136956 AACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTA-TTCGGTAAA-AAATTTATTTTTTTAAA-
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT
* * * * * *
22137018 CTCTTACTTATTGATTATTGAAATATTAAGAAATTAGTATTA-TTTATTTTGGATAAGTTTTTAT
64 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * *
22137082 GAACTAAAACAATGGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
129 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
22137135 AATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGGATTTGTTCGATAAATCA-ATTTATTTTTTTCAAA
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAT-AGATTTA-TTTTTT-AAA
* * * * * * * ** *
22137199 TTTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATGTTATTCCGAATAAGCATGT
63 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * *
22137263 AAGCTA-TAAAACAAATATTTTATGGCTAAAC-AAAGGTCCA-AATGATTTGAAATA
127 ATG-AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATA
* * ** * * * *
22137317 GATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTTAAC-AGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * **** * *
22137379 TC-T-CTTATTAATTTTTTAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAAAAAGCTTCTAT
65 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
22137441 G-ATTAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTA
129 GAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATA
* * * * * *
22137494 -ATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGTAAACATATATATTTTTTAAATT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
22137557 TATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTCGTATAAGCTTGTATG
65 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * **
22137622 ATCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
130 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
** * * * * * * *
22137674 GATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACT-GATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * ** *
22137738 TCTTACTTAGT-ATTTTAGGAAATATTGATAAGTTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTA
65 TCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTA
* * * * ** * * *
22137801 TTAACTGAAACAATTATTTTATGGCAACTCAAAAGTTTATAATGATTTTAAATA
128 TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
** * * * *
22137855 GGCAATTGTTCAAATGGTAATAGCTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAAT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT
* * * *
22137919 CTTTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTATTATTATTAATTTATTTTGAATAAGCTT
64 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T--TTTATTTTGAATAAGCTT
* * ** ** * ** *
22137983 GTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTTAACAAAATATCAAAACAATTTCAAATA
125 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
22138040 GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** *
22138105 CGTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAT-AATAAGCTTGTA-C
66 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * *
22138168 AAATAAAAC-A-------A--ACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATA
130 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** * * * *
22138210 GATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTATATTTTAATTTT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** **
22138275 CTTAGTTATTAAGTTTCGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAATATG
66 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
22138339 AAC-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGATATA
130 AACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** * * * *
22138391 GATAA-TATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACATATTTA-CTTTTATATCT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * * * *
22138454 CTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAACAAACTTATATT
66 CTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
22138518 AACAAAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATA
130 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** * *
22138570 GATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
22138635 CTTACATATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATATGCTTGTATGA
66 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
** * * *
22138700 GTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
131 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
22138739 CAAATTGAAA
Statistics
Matches: 1662, Mismatches: 397, Indels: 165
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 120 0.07
171 5 0.00
172 2 0.00
174 1 0.00
175 9 0.01
176 122 0.07
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178 75 0.05
179 213 0.13
180 226 0.14
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182 180 0.11
183 52 0.03
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185 93 0.06
186 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
Found at i:22137389 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 22136845--22138749 Score: 1193
Period size: 536 Copynumber: 3.5 Consensus size: 535
22136835 AATCACTTAA
22136845 TTATTAATTTTTGAGATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGA-ATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * *
22136910 AATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAATAAACAATTGTTCAAATAGTT
65 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA-TTTCAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
* * * *
22136975 GTAACTATTTGAATTTATTCGGTAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTGATTATTGAA
129 -TAACTATTTGAA-TTATTTGGTAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * *
22137040 ATATTAAGAAATTAGTATTATTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGT
192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCGGATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATGGTTTTATGA
** * ** ** **
22137105 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGGATTT
257 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTT-GAACT
* * * ** *
22137170 G-TTCGATAAATCA-ATTTATTTTTTTCAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAA
321 GATTCGATAAAT-AGATTTATTTTTTT--AATTTCTTACTTAGT-ATTTTAGGAAATATTAATAA
*
22137232 ATTTGGATTATGTTATTCCGA-ATAAGCATGTAAGCT-A-TAAAACAAATATTTTATGGCTAA-A
382 ATTAGGATTATGTTATTCC-ATATAAGCATGT-A-CTAACTAAAACAAATATTTTATGGC-AACA
* * * ** * * *
22137293 CAAAGGTCCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTTAACAGGTTTG
443 CAAAAGTCCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAGATTCG
*
22137357 GTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC-TC
508 ATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTC
* * ** * **** * * *
22137383 TTATTAATTTTTTAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAAAAAGCTTCTATG-ATTA
1 TTATTAA-TTTTTGAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* ** * * * *
22137446 GAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTAATAATTATTTAAATAG
64 -AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCA-ATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
22137510 TCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AAACATATATATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTT
127 T-TTAACTATTTGAATTA-TTTGGTAAAAAATTTAT-TTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
22137574 TAAAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTCGTATAAGCTTGTATGATCAAAAACATTTGTTT
188 TAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGGATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATGGTTT
* * * *
22137639 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTT
252 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTG
*
22137704 AACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTAGTATTTTAGGAAATATTGATAA
317 AACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTAGTATTTTAGGAAATATTAATAA
* * * * * * * * *
22137769 GTTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGGCAACTCAAA
382 ATTAGGATTATGTTATTCCATATAAGCATGTACTAACTAAAACAAATATTTTATGGCAACACAAA
** * * * * * **
22137834 AGTTTATAATGATTTTAAATAGGCAATTGTTCAAATGGTAATAGCTATTTGAACTTATTCGATAA
447 AGTCCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAGATTCGATAA
* *
22137899 ATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTTC
512 ACAAATTTATTTTTTTAAATC---TTC
* *
22137926 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTATTAT-TATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTATTAA-TTTTTGAATATTAA-AAA--ATT-TGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * * * *
22137990 CTGAAACAATTATTTTATGACTTAACAAAATATCAAAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAAT
61 CTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTC-AATAAATAATTGTTCAAAT
* *
22138055 AGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AACTCTCGTACTTATTAAT
125 AGT-TTAACTATTTGAA-TTATTTGGTAAA-AAATTTATTTTTTTAAACTCT--TACTTATTAAT
* * ** *
22138118 TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTT-TAATCATAATAAGCTTGTA-CAA-ATAAAAC-A-
185 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTC-GGATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAAT
* * ** * ** * * * *
22138178 ------A--ACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATT
247 GGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGCCATAACT
* * ** * * * * * *
22138235 ATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTA-TATTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTT-CGAAATA
312 ATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAA-TTTCTTACTTAGT-ATTTTAGGAAATA
* * ** * * * *
22138298 TT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAA-AATAATA-TGAAC-AGAACCAAT-TGTTTG
375 TTAAT-AAATTAGGATTATGTTA-TTCCATATAAGCAT-GTACT-AACTAAAACAAATAT-TTT-
* * * * * *
22138357 ATGACAAAATAAAATGT-TATAATGATTTGATATAGATAA-TATTCAAATAGTCAA-AACTATTT
434 ATGGCAACACAAAA-GTCCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGT-AATAACTATTT
* * ** * * * **
22138419 GAA-ATGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTATATCTCTTAC
497 GAACA-GATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTT-C
* * * * * ** * * * * *
22138459 TAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAA
1 TTATTAATTTT-TGAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * ** * *
22138524 AATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAA-AGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTT-CAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * *** * * *
22138588 TATAATTATTTGAATTGGTTCAATAAATAGAA-TTA-TTTTCTAAATCTCTTACATATAAATTTT
128 T-TAACTATTTGAATT-ATTTGGTAAA-A-AATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTT
* * * * **** * *
22138651 TGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTGAATATGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTT
188 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TATTTC-GGATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATGGTT
* *
22138715 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAAATTGAAAT
251 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
22138750 GAAAAAAGTC
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 250, Indels: 143
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
529 3 0.00
530 151 0.14
531 9 0.01
532 13 0.01
533 15 0.01
534 1 0.00
535 60 0.06
536 166 0.16
537 134 0.13
538 151 0.14
539 125 0.12
541 25 0.02
543 20 0.02
544 2 0.00
545 4 0.00
546 55 0.05
547 101 0.10
548 4 0.00
549 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (535 bp):
TTATTAATTTTTGAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAATAAATAATTGTTCAAATAGTTTA
ACTATTTGAATTATTTGGTAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTATTTCGGATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATGGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTC
GATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTAGTATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGGATT
ATGTTATTCCATATAAGCATGTACTAACTAAAACAAATATTTTATGGCAACACAAAAGTCCATAA
TGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAGATTCGATAAACAAATTTA
TTTTTTTAAATCTTC
Found at i:22139283 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 22138766--22142792 Score: 1065
Period size: 181 Copynumber: 22.6 Consensus size: 177
22138756 AGTCAATAAC
* * *
22138766 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACGGTTGTTATATGACTAAACAAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAACAGTTGTT-TATGACTAAACAAAA
* ** * * * * * *
22138831 GGTTAAAACAATTTCAAATAAATAATTATTCTAATAGACTTAACTATTTGAATTAGTTCGGCAAA
64 GGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAA
* * *
22138896 CACATTTATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTATTACA
128 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * * * * * ***
22138943 TTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTTATGTGAAAAC-AA
1 ATAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAGTT-GTTTATGACTAAACAAA
** * * * * * * * * *
22139006 AGAACATAATGATTTAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTACTTAAACTGGTTCGAAAA
63 AGGTCAAAATGATTTAA-ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAA
* *
22139071 ACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
127 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * *
22139123 ATAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACTACAATAGTTGTTTCATGACTAAACAAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AACAGTTGTTT-ATGACTAAACAAAA
* *
22139188 GGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTGACATA
64 GGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAA
22139253 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG--------G----
128 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * ** *
22139292 A-A-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGAC-AAA-ATAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-AACTAAACAGTTGTT-TATGACTAAACA-AA
* * * * * * * * **
22139353 AGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC--AAGCTATTTGAACTGTTTTGGTA
63 AGGTCAAAATGATTTAA-ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-TTATTTGAACTGGTTCGACA
* * * * * * **
22139416 AATAGATCTAGTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-GG
126 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * ** * * * * *
22139464 ATCAGTATTATTTAATTTTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACGAAACAAA
1 AT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAGTTG-TTTATGACTAAACAAA
** * * * * * * * * * * * **
22139529 AGGTCATGACGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTCAATCT-TTTTGGTA
63 AGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA-CTGGTTCGACA
* * *
22139593 AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAA
126 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAGTAAA
* * * * *
22139646 TTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGTATGTATA-GAAATAATTGTTTTATGAC-AAAGCA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATG-A-ACTAAACAGTTG-TTTATGACTAAA-CA
* * * * * * * *
22139708 AAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
61 AAAGGTCA-AAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGA
* * * * * * *
22139771 TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTTGGAATAATAATAAA
124 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * * * * * *
22139825 TTAGTGTTATTTTATT-TCAAACATGCTTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAGTT-GTTTATGACTAAACAAA
* * * * * *
22139889 AGGTCATAACT-ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTATTCAGA
63 AGGTCA-AAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTG-GTTC-GA
* * * * *
22139952 -AAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAA
124 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * * *
22140004 TTTA-TATTATTTTATTC--AATGAGCTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAA
1 -ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAGTTG-TTTATGACTAAACAAA
* * * * * * * * * *
22140066 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAACAGTCATGACTATTTGAAACTGTTTGGTA-
63 AGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTG-AACTGGTTCG-AC
* * * * * *
22140130 AATAGATTAATTT-TTTTTAAAATCCCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAT-AA
125 AA-ACA--AATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * *** * * * *
22140185 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCAATATAAATTGATACAATTGTTTTATGA-TGAAACAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAACAGTTG-TTTATGACT-AAACAAA
* * * * * * * * * **
22140249 GGGTGATAACGATTTGAAATAGATATTTATTC-AACTAGTTTTGACTATTTGAACTTGTAT-GGT
63 AGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAA-TAGTCTTAATTATTTGAACTGGT-TCGAC
** * * * * ** *
22140312 AAGGATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA-TAATTGTCAAAATA-TAATAAA
125 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * * * * *
22140364 TTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAGTTG-TTTATGACTAAACAAAA
* * * * * * * * * ** * *
22140429 TGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATGTTTAAACTTATT-TAGTAA
64 GGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGA-CAA
* * * * *
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127 ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAGTAAA
* ** * * * * * * *
22140545 TTTCTCTTATTTTAGTT-GAAATAAGCTTGTGTGAA-TAGAAAAAATTGTTTACGACAAAACAAA
1 ATAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACT--AAACAGTTGTTTATGACTAAACAAA
* * *** * * * * ** * * *
22140608 ATGTTATAGGGGATTTGAAATAGGTAATTGTT-TAAATAATCATAACCATTTGAACT-TTTCAAT
63 AGGTCA-AAATGATTT-AAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGAC
* * * *
22140671 AAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
125 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * * * * * * * * *
22140725 TTAGAATTATGTTACTCCAAA-GAGCTCGTATGAACAGAAACAATTGTTCTGTGAC-AAATAAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAGTTGTT-TATGACTAAACAAAA
* * * * * * * * * ** *
22140788 GGTCATAATGATTTAAAAATACATAATTGTTATAAACAATCATAACTATTTGCACTGGGCCAGGC
64 GGTCAAAATGATTT--AAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTC-GAC
* * * *
22140853 CAAC-AATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAA
125 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAGTAAA
* * * * * * * * * *
22140906 TTAGCATTACTTCATTCCAGATAAGATTGTATCAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-TAAA-ATA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT--AAACAGTT-GTTTATGACTAAACA-A
* * * * * * * * * * *
22140968 AATGGT-TATACGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGT-TATAA-TAATTGAACTGGTTTGG
62 AA-GGTCAAAATGAT-TTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAATTATTTGAACTGGTTCGA
* * ** *
22141030 TAAACAAATTTATTTTTTAAA-ATC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
124 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * * * * * * * *
22141082 TTAATA-TATTTTATT-TCAAACAAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTTGACAAAATAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCT-AAA-TAAGCTTGTATGAAC-TAAACAGTTGTTTATGACTAAACAAA
* * * * * * * * * *
22141145 ATGACATAACGATTTGAAATGGATAATTATTC-ATATAGCCTTAACTATTTAAATTAGTTC-AGC
63 AGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGA-C
* * * * * *
22141208 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTGTT-AGTTTTCATAATATTAGTAGA
125 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAGTAAA
* * * * *
22141262 TTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAGCTTGTTTGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
1 ATAGTATTATTTTATTCT-AAAT-AAGCTTGTATGAAC-TAAACAGTTG-TTTATGACTAAACAA
* * * * * * * *
22141326 AAGATTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCGTAATTATTTGAACTGGTT---C
62 AAG-GTCAAAATGA-TTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGAC
* ** ** * * *
22141388 -AATAAATAGA-TAATT---TC-CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
125 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* ** * *** *
22141435 ATAGTATTA-TTTATTTTGTATAGGCTTGTATGATGAAAACCAATTGTTTTATGA-TAGAACAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAA-CAGTTG-TTTATGACTA-AACAAA
* * ** * * * * * * * * *
22141498 AGTTC-AAATGTTTTCAAATAGGCAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAA
63 AGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAA
*** ** * * * *
22141562 ATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAAT-AG
127 ACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * ** * * *
22141613 GTAATATTA-TTTATTTTGGATAAGCTTTTATTCAA-TGAAACAATTGTTCTATGA-TAAAACAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-TGAACT-AAACAGTTGTT-TATGACT-AAACAA
* * * * * * *
22141675 AA-GTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTTGATA
62 AAGGTCAAAATGATTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAATTATTTGAACTGGTTCGACA
* * * * *
22141738 AATAAATTTATTTTTAAAAAATCT-TTCTTTACTAATTTTCT-AAATTTTAATAAA
126 AACAAATTTATTTTT--TAAATCTCTTC-TTATTAATTTT-TGAAATATTAGTAAA
* * * * * *
22141792 ATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTATTAACTAAACAAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAACAGTTGTTTA-TGACTAAACAAAA
* * * * *
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64 GGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGA-CAA
* * * * **
22141921 ATACATTTATTTTTTACAATATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGT
127 ACAAATTTATTTTTTA-AATCTCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAGTAAA
* * * * ** * * * *
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1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT--AAACAGTT-GTTTATGACTAAACAAA
* ***** * * * * * * * * * *
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63 AGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGA-CA
* * * ** *
22142100 AACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-TCTTATTAAATTTCAAAATATTAATAAA
126 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* *** * * * * *
22142149 TTAGTATTATTTTATTCTAAATATTTTTGTATGAA-TAGAAATAATTTTTTTTACGACAAAACAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT--AAA-CA-GTTGTTTATGACTAAACAA
* * ** ** * * * * * * * * *
22142213 AATGTCATAACAATTTGAAATAGGCAA-TAGTTCAAATTGACATGACTATTTGAACATGTTTGGT
62 AAGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCTTAATTATTTGAAC-TGGTTCGA
* ** ** * *
22142277 TAAACATTTTTTATTTTTTAAATCTCCAACTTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAA
124 CAAACA-AATTTATTTTTTAAATCT-CTTC-TTATTAATTTTTGA-AATATTAGTAAA
* * * * * *
22142334 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAA-TAAAAACTAG-TGTTTTATGACAAAACAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT--AAAC-AGTTG-TTTATGACTAAACAA
* * * * * *** * *
22142397 AAGATCATAACGATTTTTAAATAAATAATTATT-TAAATAATGACAACTATTTGAACTTTGCTT-
62 AAGGTCAAAATGA--TTTAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAATTATTTGAAC--TGGTTC
** * * * * * * * *
22142460 GGTAAATAGATTTATCTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTAGAATTTTTAATAAA
122 GACAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAA
* * * * * * * *
22142519 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTAAGAATTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAA
1 ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT--AAACAGTT-GTTTATGACTAAACAAA
* * * * * *
22142584 AGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGA-
63 AGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAAC-TGGTTC-GAC
* * *
22142647 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAGTAAA
125 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
* * * *
22142700 TTTA-TATTATTTTCTT-TGAAATAAGCTTGTATG-A-T-----TTTTTTTATGA-TGAAACAAA
1 -ATAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAACAGTTGTTTATGACT-AAACAAA
* *
22142755 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGT
63 AGGTCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGT
22142793 TATNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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162 1 0.00
163 2 0.00
164 2 0.00
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ATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAACAGTTGTTTATGACTAAACAAAAGG
TCAAAATGATTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAACAA
ATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
Found at i:22139578 original size:342 final size:346
Alignment explanation
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22138750 GAAAAAAGTC
* * * ** * * ** * *
22138760 AATAACATAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACGGTTGTTAT-ATGACTA
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* * * * * * * *
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65 AACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAATTATTTCAATCT-GT
* * * * * *
22138888 TCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTTGAAATATTATTACATTAGTATTA
129 TTGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTT-A---TT---A-ATT-TTA-A-GAATATTA
* * * ** *
22138952 TTTTTATCCAAATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTTATGTGAAAACAAAGAACATAATG
183 TTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGATAAAAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAGAACATAACG
* * * *
22139017 ATTTAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTACTTAAACTGGTTCGAAAAACAATTTTAGT
248 ATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGGTTCGAAAAACAATTCTAGT
*
22139082 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATT
313 TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * * *
22139117 AGTAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACTACAATAGTTGTTTCATGACTAA
1 AATAAAATAGTATTATTTAATTCTAAATAATCTTGCATGAACTAAAACAATTGTTTCATAACGAA
* * * * *
22139182 ACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA-CTGGTT
66 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAATTATTTCAATCT-GTT
* * **
22139246 TGACATACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTTTAATCCAAA
130 TGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTATTTTAATCCAAA
** * * *
22139311 TAAGCTTTTATGA-AAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTAAGATAG
195 TAAGCTTGGATGATAAA-AAACAATTATTCTATGACAAAACAAAGAACATAACGATTTAAGATAG
* * * * * ** *
22139375 ATAATTGTTCAAATAGTCA-AGCTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGA-TCTAGTTTTTAAA-TC
259 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGGTTCGAAAAACA-ATTCTAGTTTTTAAACTC
22139437 -T-CTTATTAATTTTTAAAATATT
323 TTGCTTATTAATTTTTAAAATATT
** * * *
22139459 AAT-GGATCAGTATTATTTAATTTTAAATAATTTTGCATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATAACG
1 AATAAAAT-AGTATTATTTAATTCTAAATAATCTTGCATGAACTA-AAACAATTGTTTCATAACG
** * * * * *
22139522 AAACAAAAGGTCATGACGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTCAATCTTT
64 AAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAATTATTTCAATCTGT
** *
22139587 TTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTA
129 TTGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAATA-T--T--A-T--T-
** * * * * * * *
22139652 TTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGTATG-TATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATC
185 TTA----A-TCCAAATAAG-CTTGGATGATA-AAAAACAATTATTCTATGACAAAAC-AAAGAAC
* * * * * *
22139715 ATAACTATTTGAA-ATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
242 ATAACGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGGTTCGAAAAACA-
* * * ** *
22139778 ATT-TA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTTGGAATAAT
305 ATTCTAGTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * *
22139819 AATAAATTAGTGTTATTTTATT-TCAAA-CATGCTTGTATGAACAAAAATAATTGGTTT-ATGAC
1 AATAAAATAGTATTATTTAATTCT-AAATAAT-CTTGCATGAACTAAAACAATT-GTTTCATAAC
* * * * * * *
22139881 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
63 GAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAATTATTT
22139939 GAACGTATTC
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 124, Indels: 73
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.00
342 158 0.24
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345 1 0.00
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351 4 0.01
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355 3 0.00
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360 104 0.16
361 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (346 bp):
AATAAAATAGTATTATTTAATTCTAAATAATCTTGCATGAACTAAAACAATTGTTTCATAACGAA
ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAATTATTTCAATCTGTTT
GACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTATTTTAATCCAAAT
AAGCTTGGATGATAAAAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAGAACATAACGATTTAAGATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGGTTCGAAAAACAATTCTAGTTTTTAAACTCTTG
CTTATTAATTTTTAAAATATT
Found at i:22139917 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22139294--22142792 Score: 2373
Period size: 179 Copynumber: 19.5 Consensus size: 181
22139284 ATTTTTGGAA
* * * * * *
22139294 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGAT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
22139357 CATAACGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AGCTATTTGAAC-TGTTTTGGTAAAT
65 CATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAC
* * * ** *
22139419 AGATCTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATGGATCAG
128 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * ** * * * *
22139469 TATTATTTAATTTTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACGAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
22139534 ATGACGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTCAATCTT-TTTGGTAAACAA
66 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAT
* * *
22139598 ATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAG
130 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
22139650 TATTATTTTA-TTCTGAAT-AGACTTGTATGTATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGA
1 TATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
22139713 TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
64 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
* ** *
22139777 TATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTTGGAATAATAATAAATTAG
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* ** * **
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ** ***
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* *
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* * * * *
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*
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Statistics
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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** * * * *
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* * *
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*
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** * * **
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* *** * * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* ** * * *
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* * **
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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*** * * * * * * *
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** * * * * * * *
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** *
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** * * * *
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1 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
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66 GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATT-C--AGTA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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250 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAATACAT-TAT
* * *
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* * * **
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1 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
*
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66 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
22142793 TATNNNNNNN
Statistics
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GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAATACATTATATTTTTTAAATCT
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* * * * * * * * * * ** * *
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* * *
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*** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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**
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ***
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** * * *
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* * *** *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* ** * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * ** *
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251 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAACTTTT-GGTAAACAGATTAT-TTTTT
* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * ** *** * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *** * * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*** * ** * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * ** * * ** * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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** * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
22142427 ATTTAAATAATGACAACTATTTGAACTTTGCTT-GGTAAATAGATTTATCTTTTAAAATCTTTTA
444 A-TTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTG-TTCGATAAACATATTTAT-TTTT-AAATCTTTTA
* * * * ** *
22142491 CTTATTAGTTTTTAGAATTTTTAATAAATTAG
504 CTTATTAATTGTCA-AAATAATAATAAATTAA
* * * * * * *
22142523 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTAAGAATTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGTT
1 TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
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64 CATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTATTTAGTAAATAC
* * * *
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* * ** *
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22142793 TATNNNNNNN
Statistics
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551 41 0.02
552 5 0.00
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Consensus pattern (534 bp):
TATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTATTTAGTAAATACAT
TTAGTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTATATTATTTTATTAAATAA
GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAACTTTTGGTAAACAGATTATTTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGACCAATATAAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
TAATAATAAATTAA
Found at i:22141998 original size:182 final size:180
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Period size: 185 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
22141639 TTTATTCAAT
* * *
22141649 GAAACAATTGTTCTATGATAAAACAAAA-GTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
22141712 TTATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAAAAATCTTTCTTTACTAATTTT
65 TTATAACTATTTGAA-TTGGTTCACAAATAAATTTATTTTTAAAAAATCTTACTTTACTAATTTT
* * * * **
22141777 CTAAATTTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-
129 CTAAATATTAATAAAATAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCATGTATGAA-TA
* * *
22141829 GAAACAATTA-TTTATTAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
1 GAAACAATTATTTTATGAA--AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
22141893 GTTTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTACAATATCTTAC-TTATTAATT
64 GTTATAACTATTTGAATTGGTTCA-CAAATAAATTTA-TTTTTAAAAAATCTTACTTTACTAATT
* *** **
22141957 TT-TAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTATGAATA
127 TTCTA-AATATTAATAAAATAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCATGTATGAATA
* ** * *
22142011 GAAACAATTATTTTATGAAAAAC-AAAGATCATTCCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 GAAACAATTATTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
22142075 CATAACTGTTTGAATT-GATCTAGTAAACAGATTTAGTTTTT---AAATC-T-C-TTATTAAATT
66 TATAACTATTTGAATTGGTTC-A-CAAATAAATTTA-TTTTTAAAAAATCTTACTTTACTAATTT
* * * * * ** ****
22142133 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATTTTTGTATGAATA
128 TCTAAATATTAATAAAATAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCATGTATGAATA
* * * * * ** * *
22142186 GAAATAATTTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGGCAATAGTTCAAATT
1 GAAACAA-TTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * ** * ** ** *
22142251 GACATGACTATTTGAACATGTTTGGTT-A-AACAT-TTTTTATTTTTTAAATCTCCAACTTTATT
64 GTTATAACTATTTG-A-A---TTGGTTCACAA-ATAAATTTATTTTTAAAAAATCTTACTTTACT
* * * * * ** * * *
22142313 AACTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAATA
123 AATTTTCTA-AATATTAATAAAATAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCATGTATGAATA
* * * * * * * * *
22142371 AAAACTAGTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTTAAATAAATAATTATTTAAATA
1 GAAACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *** * ** * * *
22142436 ATGACAACTATTTGAACTTTGCTTGGTAAATAGATTTATCTTTTAAAATCTTTTAC-TTATTAGT
64 GTTATAACTATTTGAA--TTGGTTCACAAATAAATTTAT-TTTTAAAAAATCTTACTTTACTAAT
* * * * * *** * * *
22142500 TTT-TAGAATTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTAAGAATTA
126 TTTCTA-AA-TATTAATAAAATAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCATGTATGAA-TA
** * * *
22142557 GAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 GAAACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
22142622 TCATAACTATTTGAA
65 TTATAACTATTTGAA
22142637 CATGTTCAGA
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 135, Indels: 65
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 56 0.09
176 11 0.02
177 9 0.01
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179 14 0.02
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Consensus pattern (180 bp):
GAAACAATTATTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
TATAACTATTTGAATTGGTTCACAAATAAATTTATTTTTAAAAAATCTTACTTTACTAATTTTCT
AAATATTAATAAAATAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCATGTATGAATA
Found at i:22143865 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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22143829 GACATTTTCA
*
22143839 AATAGTTATGACTATTTG
1 AATAATTATGACTATTTG
*
22143857 AATAATTAT--CTATTTCA
1 AATAATTATGACTATTT-G
*
22143874 AATCATTATGACTATTTG
1 AATAATTATGACTATTTG
22143892 TTTTATCATA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 6
0.74 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 8 0.29
18 8 0.29
19 6 0.21
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATGACTATTTG
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Indices: 22143834--22143890 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
22143824 TTTCTGACAT
22143834 TTTCAAATAGTTATGACTA
1 TTTCAAATA-TTATGACTA
*
22143853 TTT-GAATAATTAT--CTA
1 TTTCAAAT-ATTATGACTA
22143869 TTTCAAATCATTATGACTA
1 TTTCAAAT-ATTATGACTA
22143888 TTT
1 TTT
22143891 GTTTTATCAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 8
0.74 0.07 0.19
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
17 8 0.26
18 7 0.23
19 10 0.32
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
TTTCAAATATTATGACTA
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Indices: 22143838--22144184 Score: 452
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
22143828 TGACATTTTC
22143838 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTATTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTATTTGTTTTATCATAA
* * *
22143903 ACTAGCTATTTTTTATTGTAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTACAATTCCAA
66 AC-AGCAATTTTCTATTGTAAAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTACAATTCCAA
*
22143968 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGTGAGTTA
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTACCAAGTGAGTTA
* * ** * * *
22144019 AAATA-TTATGACTATTTGGATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-ATTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTATTTGTTTTATCATAA
*
22144082 A-A-CAATTGCTTCTATTCGTACAAGCTTATTAGAAATAAAAATAATACTAATTTATTA-ATATT
66 ACAGCAATT--TTCTATT-GTAAAAGCTTATTAGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTACA-ATT
* * ***
22144144 CTAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAATTGTT
126 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTT
22144185 CACCCAACAA
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 17, Indels: 11
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.03
177 1 0.01
178 6 0.04
179 35 0.24
180 93 0.65
181 5 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTATTTGTTTTATCATAA
ACAGCAATTTTCTATTGTAAAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTACAATTCCAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTACCAAGTGAGTTA
Found at i:22144919 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22144241--22145508 Score: 741
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 181
22144231 TTTAAGCTTG
* * **
22144241 TTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAGAA-CAAAAGGT
1 TTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAACAGAAAA-AATCATTTTATGACA-AACCAAAAGGT
* * * * * * * **
22144303 CATAATGTTTTGAAACAGA-AATTATTCAGATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAG
63 CATAAAGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAG
* ** ** * ** *
22144367 ATTTATTTTTTTAATTCTCATACTCCTTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTA
128 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* ** * ** * * *
22144422 TTATTTTATT-TCAAAT-AAGTT-TACGTGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAATGT
1 TTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTA--TGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGT
* * * * * * * *
22144484 CACAACA-ATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGAT-AA-A
63 CATAA-AGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATA
* * * * * * *
22144546 CATATA-TTTTAAAATCTTTTACTTGTTAATTGTTAAAATGTTAATAAATTAATA
127 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * ** ** * * ** * * *
22144600 TTATGTTAATCCGAATAAGA-TCATAT-AGATAGAAACAATTGTCTTATGACAAATCAAAAAAGT
1 TTATTTTATTCTAAATAA-ACTTGTATGA-ACAGAAAAAATCATTTTATGACAAA-CCAAAAGGT
* ** * * * *
22144663 TAT-AAGATTTTGTAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTATTCGGTAAATA
63 CATAAAGA-TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATA
* ** *
22144727 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTA
127 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
*
22144782 TTATTTTATTCGT-AATAAACTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTA
1 TTATTTTATTC-TAAATAAACTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTCA
* * * * * *
22144846 TAAAGATTCT-AAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTGAGTAGA
65 TAAAGATT-TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGA
* * * * *
22144910 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACCT-T-AAGAATATTAAT-AATAAGTA
129 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAA-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * ** *
22144962 TTATTTTATTTTGAATAACCATATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAACGAAAAGGTCAT
1 TTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
22145027 AATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATT
66 AAAGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATT
* * *
22145092 TATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCATAAATTAGTG
131 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * * * * *
22145143 TTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATAAGAGAA--TAAAGAGCC
1 TTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACA-AACCAAAAG-GTC
* * * * * * * *
22145206 ATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAACATTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAAT
64 ATAA-AGATTTAAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGGTAAAT
* * * ** *
22145268 AAATTCATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA
126 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
22145320 TAATTTTATTGC-AAACAAACTTCTATGAACTA-AAACATTTATTTCATGACAAAACAAAAGGTC
1 TTATTTTATT-CTAAATAAACTTGTATGAAC-AGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTC
* * ** * *
22145383 ATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTAGTTAGGTAAATAG
64 ATAA-AGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAG
* * * ** *
22145447 AATT-TTTTTT-AATCTTTCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTCA-TT
128 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT-AGTA
22145499 TTATTTTATT
1 TTATTTTATT
22145509 TTGAATAAGC
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 198, Indels: 92
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 10 0.01
177 120 0.14
178 81 0.10
179 90 0.11
180 159 0.19
181 256 0.30
182 123 0.15
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTCAT
AAAGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATT
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
Found at i:22145099 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22144265--22145117 Score: 411
Period size: 180 Copynumber: 4.7 Consensus size: 181
22144255 ATAAGCTTGC
** * * *
22144265 ATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAGAA-CAAAAGGTCATAATG-TTTTGAAACAGA-AATT
1 ATGAACAGAAAA-AATCATTTTATGACA-AACCAAAAGGTCATAAAGATTCT-AAATAGATAATT
* * * * * * * * *
22144326 ATTCAGATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCATACT
63 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAAT
** * ** * * * *** *
22144391 CCTTAA-TTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTAC
127 TATTAACCTTAAG-AATATTAATAAATAAGTATTATTTTA-TTCGTAATAAACATAT
* ** * ** * * * * *
22144446 GTGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCACAACA-ATT-TGAAGTAGATAATTA
1 ATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAA-AGATTCT-AAATAGATAATTA
* * * * * * * *
22144509 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACATA-T-A-TTTTAAAATCTTTTACTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAG-TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
* ** * * *
22144570 GTTAATTGTTAA-AATGTTAATAAATTAA-TATTATGTTAATCCG-AATAAGATCATAT
128 ATTAA-CCTTAAGAATATTAATAAA-TAAGTATTAT-TTTATTCGTAATAA-A-CATAT
* * ** * * * * * * * *
22144626 A-G-ATAGAAACAATTGTCTTATGACAAATCAAAAAAGTTAT-AAGATTTTGTAATAAATAATTG
1 ATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAA-CCAAAAGGTCATAAAGATTCT-AAATAGATAATTA
* * * * * * *
22144688 TTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
* * *** ** * *
22144752 ATTGA-TTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGTAATAAACTTGT
128 ATTAACCT-TAAGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTCGTAATAAACATAT
* * *
22144806 ATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAAAGATTCTAAATTGATAATTGTT
1 ATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAAAGATTCTAAATAGATAATTATT
* * * * **
22144871 CAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTGAGTAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
* *
22144936 AACCTTAAGAATATTAAT-AATAAGTATTATTTTATT-TTGAATAACCATAT
131 AACCTTAAGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTCGT-AATAAACATAT
* * ** * *
22144986 ATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAACGAAAAGGTCATAATGATT-TAAAATAGATAATTAT
1 ATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAAAGATTCT-AAATAGATAATTAT
* * * * * * * * * *
22145050 TTAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTAT
22145115 TAA
130 TAA
22145118 TTGTCAAAAT
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 128, Indels: 65
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 66 0.13
179 55 0.11
180 145 0.28
181 133 0.26
182 112 0.22
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAAAGATTCTAAATAGATAATTATT
CAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
AACCTTAAGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTCGTAATAAACATAT
Done.