Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 120 of 125
Found at i:22145812 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22145567--22150945 Score: 3161
Period size: 181 Copynumber: 29.9 Consensus size: 180
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 TAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCTA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** * *
22146710 TTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTGTTTTATTCCAAATAAG-TCT-TATGTGTCAAAAATAA
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* * * * * ** *
22146773 TTGTTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGACAATCATTCATA
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
22146827 TGGCCATAATTATTTTAACTGATT-TCGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCT-ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** *** * * *
22146891 TTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTA
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* * * * * *
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* * * * * * *
22147011 TAATAATAAACTATTTGAATTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAA
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TAGTCAT-AACTATTTGAACTGATTCTATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** ** *
22147256 TTTTTCAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAACTCATACAAACA-AAACAAT
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* * * * *** *
22147319 TGTTTTGTGACAAAAGAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAACCATTCATA
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* * * *** * * * * *
22147373 TAGTCTTAACTATTTGAATTGGTT-TAGCCATAAATTTTTTTTTTAATTTTCCTGA-TTATTAAG
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* * * * ** * * *
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* * * * *** * *
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* * ** * * *
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* * ** * * * *
22147616 TTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTACATTAACAAAAATAAT
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* * * * *
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* * * * * * *
22147734 TAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTTTGTAAATACAA-TTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAA
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* * * * * * * * *
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* *** * ** *
22147862 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATATTAATTTGAAATAAATAATCATTCATA
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* * * *** * * *
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* * * * *
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* * * *
22148043 GTTTTATGATAGAA-TAAAGGCTATAAC-AGTTTG--A-A-AT-A-----CAAA
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* * * *
22148085 TAGTCATAACTATTTAAATTGATTC-A-ACATACATATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
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* * * * * *
22148144 TTATTGAAATCTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAAAATGCTTGTATG-TTGAAAAACAAT
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** * * * *
22148208 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAGCGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAA
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* * * * * ** * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * *
22148625 TAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTT-TGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
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** * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * *
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127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * **
22148982 TATTCA-AATCTATTTCAACTTG-TT-TGGTAAATAGATTTATTATTTTTAATTCTCTTGCCCAT
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* *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * ** *
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* * * *
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* * * ** *
22149931 AATTTTTCAAATATTAACAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTCCATG-ATCAGAAT
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* * * * *
22149993 GAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
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* * * * * * * * *
22150050 TAATCTTAACTCTTTGAACTTATT-TGATAAAGATATATATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAAT
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** ** * * * *
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1 TAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCTATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * * * * * * *
22150294 TGTCAAAATATTTATAAGTTAATATTATCTTAATACAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTG
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
22150474 TTATCTT--AATATTAATGAATTTGTATT-TGTTTA-TTCGAAATAAGCTTAG-ATGAACAAAAA
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
22150656 TTTTTGGATTATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTATACGAATTGAAACAATT
64 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * *
22150721 CTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATACATAATTATTCAAA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** ** *
22150774 TAGTCATGATTATTTTATCT-AGTT-TAGTAAATATATTTATTTTAAAAAAATTTTACTTATTAA
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* ** * * * *
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* * * * *
22150902 GTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
22150946 CTATTTAAAC
Statistics
Matches: 4029, Mismatches: 931, Indels: 476
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Consensus pattern (180 bp):
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TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
Found at i:22149749 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 22149471--22149783 Score: 389
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**** * **
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* ** * *
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66 TGAACTTGCTCAGTAAACAGAATTACTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAAT
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*
22149638 TTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATACTCAT-AGCT
1 TTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATACACATGA-CT
* *** * **
22149700 ATTTGAACTTGCTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTT
63 ATTTGAACTTGCTCAGTAAACAGAATTACTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACT
*
22149765 AGTAAATTAGTATTATTTT
128 AATAAATTAGTATTATTTT
22149784 GTTTCAAAAC
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167 118 0.97
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATACACATGACTATT
TGAACTTGCTCAGTAAACAGAATTACTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGATACAATTAC
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Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 361
22149628 ATACAATTAC
* * * ** *
22149638 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTCATAGCT-AT
1 TTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGACATA-ATAAT
** * * *
22149702 TTGAACTT-GCTCAGTAAACAGA-ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTT
64 TTGAACTTATTTGA-TAAAGAGATA-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * * ** * * *
22149765 AGTAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAAACAACTTTTATGAGCAGAAACAATTGGTTTATGACAAA
127 AATAAATTAATATTATCTTACTTCAAAACAACTTATATCAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAA
** * * * *
22149830 ACAATAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTC
192 ACAATAAATCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAATGTGTTC
* * *
22149895 AGAAAATATATTTATTTATTTAAAATTTAACTTATTAATTTTTCAAATATTAACAAATTTAAATT
257 AGAAAACATATTTATTTATTTAAAATTTAACTTATTAATTTGTCAAATATTAACAAAGTTAAATT
* * *
22149960 ATTTTATTCAAAATAAGCTTCCATGATCAGAATGAATTGT
322 ATTTAATACAAAATAAACTTCCATGATCAGAATGAATTGT
* *** * * * *
22150000 TTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA-ATCTTAACT-CT
1 TTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGA-CATAA-TAAT
* * * *
22150063 TTGAACTTATTTGATAAAGATATATATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAA
64 TTGAACTTATTTGATAAAGAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * *
22150128 TAAATTAATATTATCTTACTTCAAATA-AGCTTATATCAACTGAAACAATTGTTTTATTACTAAA
129 TAAATTAATATTATCTTACTTCAAA-ACAACTTATATCAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA
* * *
22150192 GAA-AAATCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTCGTTGAACT-TGTTC
193 CAATAAATCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAA-TGTGTTC
* * * * * * *
22150255 GGTAAACATATTTGTTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTTA-TAAGTTAAT
257 AGAAAACATATTTATTTATTTAAA-ATTTAACTTATTAATTTGTC-AAATATTAACAAAGTTAA-
**
22150317 ATTATCTTAATAC-AAATAAACTTGTATGAAT-AGAAAT-AATTGT
319 ATTAT-TTAATACAAAATAAACTTCCATG-ATCAG-AATGAATTGT
22150360 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGACATAATAATT
1 TTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGACATAATAATT
* * *
22150425 TGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTA
65 TGAACTTATTTGATAAAGAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTA
* ** * * * * * * * **
22150488 ATGAATTTGTATT-TGTTTA-TTCGAAATAAGCTTAGATGAACAAAAAAAATTTCTTTTATGACA
128 ATAAATTAATATTAT-CTTACTTCAAAACAA-CTTATATCAACAGAAACAA-TTGGTTTATGACA
* * * * * *
22150551 AAACAA-AAGGTTATACTTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA
190 AAACAATAA-ATCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
22150602 TTATTTAAAT
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGACATAATAATTT
GAACTTATTTGATAAAGAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
AATTAATATTATCTTACTTCAAAACAACTTATATCAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAA
TAAATCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAATGTGTTCAGAA
AACATATTTATTTATTTAAAATTTAACTTATTAATTTGTCAAATATTAACAAAGTTAAATTATTT
AATACAAAATAAACTTCCATGATCAGAATGAATTGT
Found at i:22150611 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
22150550 AAAACAAAAG
*
22150560 GTTATACTTATTTCAAATA
1 GTTATAATTATTT-AAATA
* *
22150579 G--ATAATTGTTCAAATA
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1 GTTATAATTATTTAAAT
22150612 TTGTTTTGTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
GTTATAATTATTTAAATA
Found at i:22151012 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22150971--22151012 Score: 50
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
22150961 TTGACAAACA
* *
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1 TAATT-ATTTTTGAAATATC
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1 TAAT
22151013 AGATTAGTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
19 9 0.45
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Consensus pattern (19 bp):
TAATTATTTTTGAAATATC
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Indices: 22151082--22151129 Score: 54
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22151072 AAAACAAAAG
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1 GTCATAATTGATTTAAAATA
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22151130 GAACTTGTTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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GTCATAATTGATTTAAAATA
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Indices: 22151467--22152715 Score: 815
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22151457 TGAAGTTTAC
* *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA--TTCAGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * * * ***
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAG-CAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * * * * *
22151712 TACTTATTAAATTTTAGAATATTAATATATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAA
63 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAA
* * * * *
22151776 CTGAAACGATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACAATTTGAAGTAGAT
127 CTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGAT
* ** *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCAGCAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTT
* * * * * *
22151894 AGTTATTAACTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTATATAAACT
64 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACT
* * * * * *
22151959 GAAGCAATCATTTTATAATAGAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAAAT
129 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
22152010 AATTGTTCAAATAG---GAAC----TG----ATTCAGTAAATAGATATATTTTTTAAATCACCTA
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCAGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
22152064 TTTATAAATGTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAAAGGCATGCATGATA
65 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-GCTTGTAT-A-A
* *
22152127 A---AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TTCATAATGATTTGAAATAGAT
126 ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
22152177 AATTGTTCAAATTGACATAATTATTTAAATTGATTC-G-ATAAGCTGACTTATTTTTTAAATCTC
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAGCA-AA-CAGATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
22152240 TAACTTATCAATTTTT-GATATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTC-CAGATAACCTTTTATA
62 TTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATA
* * * *** * *
22152303 AACTGGAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-TGTCATATTTATTTTAAAAAGAT
125 AACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * *
22152358 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGACAAATAAATTTATTTTTAAAATTTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCAG-CAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCT
* * * * * * *
22152422 T-GTATATTAATTTTTTGAATGTTACTAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATTA
63 TACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATAA
* * * *
22152485 ACTGAAAAAAATTATTTTATGACTAAATA-AAAAGGTCAGAACGATTTGACATAGAT
126 ACTG-AAACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** *
22152541 AATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACCGGTTCAGCAAACACATTTATATTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTCAGCAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
22152606 ACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTATGAATAAGCTTGTCTGAA-T
64 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACT
** * *
22152670 AGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTT-AAAT
129 -GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAAT
22152716 TGATTCAATA
Statistics
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0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 30 0.04
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Consensus pattern (179 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCAGCAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGAT
Found at i:22152198 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22152175--22152209 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
22152165 TTTGAAATAG
*
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1 ATAATTATTCAAATTGAC
*
22152193 ATAATTATTTAAATTGA
1 ATAATTATTCAAATTGA
22152210 TTCGATAAGC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
ATAATTATTCAAATTGAC
Found at i:22152967 original size:181 final size:182
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Indices: 22152724--22156071 Score: 2485
Period size: 181 Copynumber: 18.8 Consensus size: 182
22152714 ATTGATTCAA
* * * * *
22152724 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAAGTTTTCAAATATTAA-AGAATTAGCATTA
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* ** * * * * * * *
22152784 TTTTATTCTAAATAATTTTTTATGAATAGAATCAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAAT
65 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
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130 GATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
*** *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * *
22152966 TTTATTTTGAATAAAATTGAAAGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * **
22153031 ATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTT-AA
131 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGG
* * *
22153082 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
22153147 TTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAGCAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA
* * * * * *
22153211 TGATTTAAAATAGATAATT-CTACAAATAGTCACAACTATTTGAACGTG-TCTAG
129 TGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GG
* * * *
22153264 AAAACATATCTATTTTTTACAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* ** * * ** *
22153327 CTTTATTC-GAAATAAGCTTACATGGACAAAATTAATTGTTTTATGACAAGAA-AAAAGGTCATA
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* *
22153390 AT-ATTTTGAAATAGATAATTA-TTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGG
128 ATGA-TTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * * *
22153444 TAAATAGATTCATTTTTCAATTCTTTTACTCATAAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
22153508 TTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAA-ATGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTTACA
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* *
22153571 ATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGG
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* * * ** *
22153625 AAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
22153689 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAGTT-TCTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAA
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** * * * * * *
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* *
22153806 TAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAGTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTA-TAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * *
22153868 TATTTTATTC-AACATAAGCTCGTATGAATTGAAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
63 TATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-T-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*** * * * * * * *
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125 ATAATGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * * * *
22153988 TAAACATATTCATTTTTTAATTCTTCTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
22154053 TTTATT-TCAAATAAGCTTATATTAACT-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAGAGGTAACAA
66 TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
22154116 TGATTTGAAATAGATATTTA-TTCAAATAGACATGATTATTTGATCTAGTTCAG
129 TGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * **
22154169 TAAAC--A--TATTTATT---T-TTTTAGTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
22154226 TTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACTATTACTTTATAACAAAACAAAAAGTCACAATA
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* * * *
22154291 ATTTGAAAGAAATAATT-GCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TG
131 ATTTGAAATAGATAATTAG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * *
22154341 TCAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAAGTTTTGAAATATTAATATATTAGTATT-
1 T-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
22154401 TGTTT-TTC-AAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATT-TTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAA
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* * * * *
22154462 CGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATTGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGG
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* * ** * * *
22154515 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCCCTTACATATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA
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** ** * ** * *
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* * * * * *
22154636 GATTGGAAATAGATAA-TCGTTCATATAATCTTAACTATTTGAA-TTAG-TAGG
130 GATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGG
* * * * * *
22154687 CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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* * * * * * * *
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130 G-ATTTGAAATA-GATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
22154933 TTTATTCTGAATAAACTTGTATG-ATAAAAAATAATT-TTTATATGA-AAAACAAAATGTAATAA
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * *
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* ** *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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*
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* * * * * *
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* *** ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* ** * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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256 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAAC-CGCTTCAACAAACACATTTATATT
* * * * * * *
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320 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACAATATTTTACTATGAATAAGC
*
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TTATTTTATTCCAAATAACCTTTTATAAACTAGAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCAT
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TATTTTTAAAATTCCAACTATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
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TAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACCGCTTCAACAAACACATTTATATTTTAAAT
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ATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTCAAATATTAAAGAATTAGCA
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AAATAGCATAATTATTC
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*
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*
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1 TAAACAA
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TAAACAATTATTGTATGACA
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* *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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128 TTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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* * * *
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* * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T
* * ** * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*** * * * * **
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* * * * * *
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128 TTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
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** * ** ** * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * * * * *
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* * * * * **
22157568 AAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTGTT-TTTT
66 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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66 AAAATATTAATAAATTAG--TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
**
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129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
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* * ** * * * *
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64 TTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTG
* * * * *
22157987 TTTTATGGCAAAATAAAA----AT---GATTTAAAATGGATAATTGTTCATATAG
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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65 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
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* ** * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
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66 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* * * * * *
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130 -TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATATATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * *
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* * ** * *
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* * * ** *
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** * * * * * * * * *
22158828 TGAATGTTAATAAATTTGGATTGTTTTA-TTCTGAATAAGCATGTAAG-ATATGAAACAAATATT
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* * * * * *
22158891 TTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** *
22158944 TTTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGA-AAATAAATTT-TTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTT-GTTC-GATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * * *
22159002 TTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATG-ATCAAAAATAATTA
64 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * * *
22159065 TGTTATGATAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
22159119 TCATAACCATTTAAAC-TGATTCAATAAACATATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATATATTTATTTTT
22159160 GAAGTATTAA
Statistics
Matches: 2306, Mismatches: 513, Indels: 215
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 108 0.05
174 162 0.07
175 84 0.04
176 103 0.04
177 14 0.01
178 29 0.01
179 173 0.08
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181 840 0.36
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192 74 0.03
193 14 0.01
194 50 0.02
195 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:22156374 original size:320 final size:321
Alignment explanation
Indices: 22155787--22156384 Score: 722
Period size: 320 Copynumber: 1.9 Consensus size: 321
22155777 ATTTCTTGTA
* * * * * * *
22155787 TATTAATTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAAGTAAAA
1 TATTAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGTATGTATGAAATAAAA
* * * * *
22155852 AAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTT
66 AAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGACAT
* * * ** * *
22155917 AACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTCTTTAGAA
131 AACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATATCCAACTTATAATTCTTTAAAA
* * * * *
22155982 TATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATGA
196 TATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
22156047 CAAAAC-AAAGATCATAACATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
261 CAAAACAAAAGATCATAACATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
* *
22156107 TATTAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAATTTTGTATGAACAT-AA
1 TATTAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGTATGTATGAA-ATAAA
* * * * * * * *
22156171 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGCCATCACGATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAATGGAC
65 AAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAACAATTTGAAATAGATAACTA-TTCAAATAGAC
* * *
22156235 ATGACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATCCAACTTACTAATT-TTT
129 ATAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATATCCAACTTA-TAATTCTTT
* * * * *
22156298 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAAC-TATATGAATAGAAACAATTGTTT
192 AAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAAT-AAACTTATATGAATAGAAACAATTATTT
*
22156362 TATGATAAAACAAAAGATCATAA
256 TATGACAAAACAAAAGATCATAA
22156385 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 43, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
319 2 0.01
320 206 0.90
321 21 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (321 bp):
TATTAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGTATGTATGAAATAAAA
AAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGACAT
AACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATATCCAACTTATAATTCTTTAAAA
TATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
Found at i:22156417 original size:682 final size:682
Alignment explanation
Indices: 22155400--22156735 Score: 1480
Period size: 682 Copynumber: 2.0 Consensus size: 682
22155390 TGATAAACAA
* *
22155400 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTAGTTTTTAAATCTCCT--ATATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTC
*** * * * *
22155465 GAATAGGCTTGTGTGAAAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAATGATTTGA
64 GAATAAAATTGTGTGAAAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCCATAACGATTTGA
* * * *
22155530 AATAGATAATCATTCAAATTGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGACTTATTTTTTAA
129 AATAGATAATCATTCAAATGGACATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACTAACTTATTTTTTAA
* * * * * *** *
22155595 ATCTCTAACTTATCAAATTTTGAAATGTTATTAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTT
194 ATATCCAACTTATCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTAT
* * * * * *
22155660 ATGAGCTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCACATTTACTTTAAATAGATAATTATT
259 ATGAGATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCACAATGACTTTAAATAAATAATTATT
* * * * *
22155725 CAAATAGTCATAATTATTTGAACT-TATTCATTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTA-T
324 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTCCA-T-AGTAAACAAATATA-TTTTTAAAA--TCTTGTACT
***
22155788 ATTAATTTTT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TATGTATGAAGTAAA
384 ATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAA-TAAA
* * *
22155851 AAAAA-TATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTAATAA-CAATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAG
446 AAAAATTA-TTTATGACAAAACAAAAAGCTAATAATCAA-TTGAAATAGATAACTATTCAAATAG
* * *
22155913 TCT-TAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTC
509 T-TATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACACATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATT-
* * **
22155975 TTT-AGAATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATT
570 TTTGA-AATATTAATAAATTTA-CAATATTTTACTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATT
*
22156038 ATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACATTTGAACTAGTTTAATAAATAG
633 ATTTAATGACAAAACAAAGATCATAACATTTGAACTAGTTTAATAAATAG
*
22156088 ATTTAGTTTTTAAATCT-CT-TATTAA-TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTA
1 ATTTAGTTTTTAAATCTCCTATATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCGA
* * * * *
22156150 A-AAAATTTTGT-ATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TGCCATCACGATTTGA
66 ATAAAATTGTGTGA-AAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-CCATAACGATTTGA
* * *
22156212 AATAGATGAT-AGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTCGATAAA-TAAATTTATTTTT
129 AATAGATAATCA-TTCAAATGGACATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACT-AACTTATTTTT
* * *
22156274 TAAATATCCAACTTA-CTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAA
191 TAAATATCCAACTTATC-AAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAAT-AAA
*
22156338 C-TATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTAAAATAAAT
254 CTTATATGAGAT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCACAATGACTTT-AAATAAAT
* * * *
22156400 AATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCATAGTAAATAGATATATTTTTAAAATCTTTT
317 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTC-CATAGTAAACAAATATATTTTTAAAATCTTGT
* *
22156465 ACTTATTAATTTTTGGAAATTTAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA
381 AC-TATTAATTTTT-GAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
22156530 GAAACAATTGATTTATGGCAAAACAAAAAGCTCATAATGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
444 AAAAAAATT-ATTTATGACAAAACAAAAAGCTAATAATCAATTGAAATAGATAACTATTCAAATA
* * *
22156595 GTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTT
508 GTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACACATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
22156660 GAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTA
573 GAAATATTAATAAATTTACAATATTTTACTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTA
*
22156725 ATGATAAAACA
638 ATGACAAAACA
22156736 CAAAGGTCAT
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 82, Indels: 56
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
679 6 0.01
681 36 0.07
682 342 0.63
683 129 0.24
684 10 0.02
687 2 0.00
688 16 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (682 bp):
ATTTAGTTTTTAAATCTCCTATATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCGA
ATAAAATTGTGTGAAAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCCATAACGATTTGAAA
TAGATAATCATTCAAATGGACATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACTAACTTATTTTTTAAAT
ATCCAACTTATCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATAT
GAGATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCACAATGACTTTAAATAAATAATTATTCA
AATAGTCATAACTATTTAAACTCCATAGTAAACAAATATATTTTTAAAATCTTGTACTATTAATT
TTTGAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATT
TATGACAAAACAAAAAGCTAATAATCAATTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTT
GAACGTGTTCAGAAAACACATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTTACAATATTTTACTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTAATGACAAAACAAA
GATCATAACATTTGAACTAGTTTAATAAATAG
Found at i:22156959 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 22156105--22163060 Score: 2054
Period size: 363 Copynumber: 19.1 Consensus size: 359
22156095 TTTTAAATCT
* * * ** *
22156105 CTTATTAA-TTTT-GAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAAAAATTTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATAT-AA-
* * * * * * * * *
22156167 AT-AAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAATGCCATCACGATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAA
63 ATGAAACAATTGTCTTT-TTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAA
* * * * * *** *
22156229 ATGGACATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATATCCAACTTACTAA
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* *
22156293 TTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAAC-TATATGAATAGAAACAA
190 TTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* *
22156356 TTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAA
253 TTGTTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *
22156420 CTATTTAAACTC-GCATAGTAAATAGATATATTTTTAAAATCTTTTA
317 CTATTTGAACTCTTC--AGTAAATAGAT-TATTTTT-TAATCTTTTA
** * * * *
22156466 CTTATTAATTTTTGGAAAT-TTAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAAT-
* ** * * * *
22156530 GAAACAATTGAT-TTATGGCAAAACAAAAAGCTCATAATGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 GAAACAATTG-TCTTTTTACAAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
* *
22156594 AGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * *
22156658 TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGT
193 TTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * *
22156722 TTAATGATAAAACACAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAT
257 TTTATGATAAAACA-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *
22156787 TTGAACATCTTC-GATAAACAGATTCATTTTTTAATCCTCTTA
321 TTGAAC-TCTTCAG-TAAATAGATT-ATTTTTTAAT-CTTTTA
* * *
22156829 CTAATT-ATTTTTTTAAATAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAACTAAGCTTATATAAAC
1 CTTATTAATTTTTCTAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAA-
* * * *
22156893 TGAAACAATTGTCTTTTTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATACATAATTATTTAAATA
64 TGAAACAATTGTCTTTTTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
22156958 GTCATGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-
* * ** * *
22157022 TCAAAATATTAATAAA-CTAACATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGT
193 TTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* ** * * * **
22157086 TTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATT
257 TTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
22157151 TGACCTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
322 TGAAC-TCTTCAGTAAATAGA-TTATTTTTT-AATCTTTTA
* * * *
22157192 CTTATTAATTGTCCT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATAAAT
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATAAA-
** * ** * * *
22157255 TGAAA-AA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGAT-ATAGCGATTTCATATAGATAATTATTGA
64 TGAAACAATTGTC-TTTT-T-ACAAAAAAAAAGG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * * *
22157317 AATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATATATTAATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAA
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
** ** ** * *
22157382 TTTTTGGAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAACT-GAAATAA
190 TTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * * * * *
22157445 TTATTTTTTGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTAATGAC
253 TTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
** * * * *
22157510 TATTTGAAC-CAGTTTGGTAAACATATCTATTTTTAAAATTTTTTA
318 TATTTGAACTC--TTCAGTAAATAGAT-TATTTTT-TAATCTTTTA
* * * * * * * *
22157555 CTTATTAA-TTGTCAAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAATAAGCTTGTATGAA-C
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATG
* * * ** * * **
22157617 AAA-AACTGT-TTTTTATAATATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAAT
66 AAACAATTGTCTTTTTACAA-A-AA-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
22157680 ATTTATAACTATTTTAACTGGCTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTACTAATT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * ** * * * * * *
22157740 TTCAAAATATTAATAAA-TTAGTTTTTTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATT
192 TTTAAAATATTAATAAATTTAG--TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* ** * * * * * *
22157804 TATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
254 TGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
22157869 ATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
319 ATTTGAACT-CTTCA-GTAAA-TAGATTATTTTTT-AATCTTTTA
* * * ** * *
22157913 -TATATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATTAA
1 CT-TATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA-TAA
* *** * * * *
22157975 TTG-AA-AATT-T-TGTTTTATGGCAAAATAA----A-AATGATTTAAAATGGATAATTGTTCAT
63 ATGAAACAATTGTCT-TTTTA-CAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * *
22158031 ATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * ** * * *
22158096 TTCTAGAATATTATTATA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAA-AATT
191 TTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * * * *
22158159 GTTTTATGA-ATGAACTAAAGGTTATAATGATTAGAAGTATACAATTGTTC--A-A---AT-ACT
255 GTTTTATGATA-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * ** * *
22158216 ATTTAAACTAATTC-GATAAATATTTTTATTTTGTAAATCTCTTA
319 ATTTGAACT-CTTCAG-TAAATA-GATTATTTT-TTAATCTTTTA
* * * * * * *
22158260 CTTGTTAATTTTTC-AAAGATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAACTTGTACGATCA
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-T-TA-TATAA
* * * * * *
22158324 A--AAACAATT-T-TTATATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAA
63 ATGAAACAATTGTCTT-T-TTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAA
* * ** * * * * ** ** *
22158385 ATGGCCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAGATTCAACATTTTAAATCACTTAATTATTA
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAATATATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * ** * * *
22158449 ATTTTTAGAATATTAATAAA-TTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATTGAAACAA
189 ATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * ** ** * * *
22158513 TTGTTTTGTGACAAAACAAACGTTCACAAAAACGGTCATAACAATTTTCAATAGACAATTGTTCA
253 TTGTTTTATG-----ATAAA-----ACAAAAA--GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * ** * * * * *
22158578 AAAAGTCATAACTATTTGAA-TTTGTTTGATAAAAAAAATATATTTTTAAACTCTTA
306 AATAGTCATAACTATTTGAACTCT-TCAG-TAAATAGATTAT-TTTTTAATCTTTTA
* * * * *** * * *
22158634 CTGATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-AAAT
* * * * * *
22158698 GAAACAATTGT-TTTATGT-CAAAATAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAAT
65 GAAACAATTGTCTTT-T-TACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
* ** * * * * *
22158761 AGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** * * * * * * * *
22158826 TTTGAATGTTAATAAATTT-GGATTGTTTTATTCTGAATAAGCATGTAAG-ATATGAAACAAATA
193 TTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTG
* * * * * * **
22158889 TTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTA
256 TTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
22158953 TTTGAATTGGTTCAGAAAATAAATTTTTTTTTAAATC---T-
320 TTTGAACT-CTTCAGTAAATAGATTATTTTTT-AATCTTTTA
* * ** *
22158991 CTCATTAA-TTTT-TAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATGAT
1 CTTATTAATTTTTCTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-T-TAT-AT
* * * * * * * * * * * * * * *
22159053 CAA--AAATAATTATGTTATGA-TAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAA
61 AAATGAAACAATTGTCTTTTTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAA
* *
22159115 ATAGTCATAACCATTTAAAC----T--G---AT-TCA---A-----TAAA-C----A--TATTAA
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * ** * *
22159155 TTTTTGAAGTATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATG-ATCAAAAACAA
190 TTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAA
* * * * *
22159218 TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT-ATTGTTCAAAT-GACCATAA
253 TTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAA
* * * * *
22159281 TTATTTTAATTGATTC-GATAAATAGATTATTGTTTAAAT-TTCTTA
317 CTATTTGAACT-CTTCAG-TAAATAGATTATT-TTTTAATCTT-TTA
*** * ** * * *
22159326 CTTATT-ATTTTAAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTTTTAACT
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATAAAT
* * * * * * *
22159390 TAAACAATTGT-TTTATGACAAATCAAAAA-GTTATAATGATTTTAAATAGACAATTATTTAAAT
65 GAAACAATTGTCTTT-TTACAAA-AAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * *
22159453 GGTAATAACTATTTGAACTTTTTGGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAAT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAAT
** ** * * * * * *
22159517 TTTCCAAATGCTAATAAA-TTATTATTAATTTATTCTAAGTAAACTTGTATGAATTGGAACAATT
191 TTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * *
22159581 GTTTTATGACT-AAACAAAAA-TCAAAATGGTTTCAAA-AAGATAATTGTT-ATAATAATCTTAA
255 GTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTATTCA-AATAGTCATAA
* * * * * * *
22159642 CCATTTGAGCTGATTTC-GTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTA
317 CTATTTGAACT--CTTCAGTAAATAGA-TTAT-TTTTTAATCTTTTA
* * * ** * * ** *
22159688 TTTATTAA-TTTTCAAAATATTATTAAATTAACATTATTTTA-ATCATAATAAGCTTGTACGAAC
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATAAAT
* * * * *
22159751 AAAACAATTGT-TTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTGTCTTT-TTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *** **
22159815 GTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAATTAGATCTAGTTTTT-AATTTTCTTTGGTATTAAGC
129 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATT
* * * * ** * *
22159878 TTCATAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATT
192 TTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATT
* * * * * ** * * *
22159941 GTTTGATGACAAAATAAAACGTTA-AACAATGTGAACTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
255 GTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * **
22160005 TTTTAAAAATGGTTTGGTAAATAGATT-TTTTTTAACTCTTTTA
320 -TTT-GAACT-CTTCAGTAAATAGATTATTTTTTAA-TCTTTTA
* * * ** * * *
22160048 CTAATTAA-GTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGATTAAACTTATCTTAACA
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT-ATAA-A
* * * * * *
22160112 -AAAACAATTGT-TTTCTAGCAAAACAAAAA-ATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 TGAAACAATTGTCTTTTTA-CAAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** * * * * * *
22160174 TAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTT-TTTTCTAAAT-TGCTTACTTGTAAA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATA-TATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA
* * ** * *
22160237 TTTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTTTTATCCTATTCTGAATATGCTTGTATTATGACA-AGAAA
190 TTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTG---TATGA-ATAGAAA
* * ** * * * ** *
22160300 -AA-TGTCATAACAATTTGAAATAAATAAAT-A-AATG-TTAAT-AAATTAGTATTATTTTTGTT
250 CAATTGT-TTTATGA--TAAAACAAA-AAGTCATAATGATT--TGAAA-TA--A--ATAATT-AT
* **** * * * * * * ** *
22160359 TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACA-A-AATGTTAGAATGATTT
303 TCAAAT-AG--T-CAT-AACTATTTGAACTCTT-CA-G--TAAATAGATTATTTTTTAAT-CTTT
*
22160422 GAA
358 -TA
* * * * * ** * *
22160425 ATGGA-TAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTTAGCAAAGACATTTAATTTTTAA
1 CT-TATTAATTTTTCTAA-A-TATTAA-TA----AA-----TTAG--TA-TTATTTTA-TTTCAA
* * * * ** *** * * *
22160489 AT-ATCTTAT-TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAA-G-CTTGG
49 ATAAGCTTATATAA---AT-G-A-A--A--CAATT-GTCTT-TTTACA-AAAAAAAAGGTCAT-A
** * * * * *** * *
22160550 ATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGGTCATAA-TGATTTGAGATTGATATTTGTT
100 ATGAT-TTAA--AATAG-ATAATTATTCAA-ATA-GTCATAACT-A--T----TTGA-ACTTGTT
* *** * * * *
22160614 CA-AACAGTCATAACTATTGCAAGTGGTTCAAAAAATAGTTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTAT
151 CAGAA-A---AT-A-TATT--TA-T--TT-TTTAAAT-CTTTTACTTATT-AA--T-TT--TTA-
* * ** * * * * *
22160678 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTATTTTAGATAAGTTTATATGAACT-GAAACAAT
196 AAA-TATT--AATA--AATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * *
22160742 TGTTTTATGATAAAAC-AAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAAGAGTC
254 TGTTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATAATGA-TTTGAA-A--TA-AATAATTATTCAAATAGTC
* * * ** * ** *
22160806 A-AATCTTTTTTAACTTTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTTAAATCACTTG
313 ATAA-CTATTTGAAC-TCTTCAGTAAATAGA-TTA-TTTTTT-AATCTTTTA
* * * * *
22160857 CTAATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-AAAT
* * * * * *** * * * *
22160921 AAAATAATTGT-TTTATGACTAAACAAACTATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATG
65 GAAACAATTGTCTTT-TTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
22160984 GTCTTGACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATGTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * *
22161049 TTTAAACATTATTAAA-TCAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTAT
193 TTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * *
22161113 TTTATGACAAAATAAAGA-TCATAA-CATTTTAAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
257 TTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * *
22161176 TTGAACTGTTTTGGAAAATGGATTTAGTTTTTAAATC---T-
321 TTGAACT-CTTCAGTAAATAGA-TTA-TTTTTTAATCTTTTA
* * * ** ** * *
22161214 CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAATTTTGCATGAAC
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATAAAT
* * ** * * * * * *
22161277 AATAACAATTAT-TTTACAACAAAACAAAAGGACAAAATTATTTGAAATAGATAA-TAGTTTAAA
65 GA-AACAATTGTCTTT-TTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAA
* * * * * * *
22161340 TGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * ** * * *
22161405 TTTAGAATTTTAA-AAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAAATTATATGAATGGAAATAATTG
192 TTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ** *
22161468 TTTTGTGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCAT-ACT
256 TTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCATAACT
* *
22161530 ATTTGAACTCACTCAATAAATAGATTTTTATTTTTTAAATCTTTTA
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* * * *
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1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-AA-A
* * * ** * * * * *
22161640 -GAAATAATTGGT-TTATGACAAAGTAAAA-G--ATAATGATTTGATAGAGATAATTGTTTAAAT
64 TGAAACAATT-GTCTTTTTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
22161700 AGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
22161763 TTAGAAATATTAATAAATTTA-CATTATTTTATTCAAAACAAGTTTGCATGAACAGAACCAATTA
193 TTA-AAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * *
22161827 TTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTAT
256 TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * *
22161891 TTGAACATCTTTGGTAAACATATTCATTGTTTAATTCTCTTA
321 TTGAAC-TCTTCAGTAAATAGATT-ATTTTTTAA-TCTTTTA
** * *
22161933 CCCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATG
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATG
* * * ** * * *
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66 -AAACAATTGTCTTT-TTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
22162060 ATCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * *
22162124 GTAGAAACATTAATAAA-TTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
193 TTA-AAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ** * * **
22162188 TTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGA
256 -TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* ** * *
22162253 TTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
320 TTTGAAC-TCTTCAGTAAATAGA-TTATTTTTT-AATCTTTTA
** * * * * * *
22162296 CTTATTAA-TAGTCTTAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATTAGGTTGTATGAAA
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-AAA
* * * * * * *
22162359 --AAA-AA--GGCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
64 TGAAACAATTGTC-TTTT-T-ACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * *
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126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * ** * * * * *
22162483 TTTTTGAAATATTAAT-AACTTAGTTTTATTTTATTTCGAATAATTTTATATTAATTGAAATAGT
190 TTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * * *
22162547 TTTTTTATGACAAAA-TAATAGATCATAATGATTTG-AATAGATATTTATTTAAATAGTCATGAC
254 TGTTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
22162610 TATTT-AATCTAGTTTGGTAAGCATA-TTTATTTTTAAAATTTTTTA
318 TATTTGAA-CT-CTTCAGTAA--ATAGATTATTTTT-TAATCTTTTA
* * * * * * * *
22162655 CTTATTAATTATT-GAAATTTTAATAAAGTAGTCTTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTATGAA-
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATAAAT
* * * * * ** * * **
22162717 CATACTATTGT-TTTATA-ATAGAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
65 GAAACAATTGTCTTTTTACA-A-AAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * * * * *
22162780 AGTTATAATTATTTGAACTAGTT-TGATCAACAGAGTTAATTTTAAAATC---T-CATGTTAA-T
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
22162839 TTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATT-TTTTATTTTGAAA-AAACTTATATGAACAAAAACATTT
192 TTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA--TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * * * * *
22162901 ATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGCTTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAATT
255 GTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA-AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
*
22162965 ATTTGAACTAGTT-AGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTA
319 ATTTGAACT-CTTCAG-TAAATAG-ATTATTTTTT-AATCTTTTA
* * * *
22163009 CATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAG
1 CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAG
22163061 TTAGTTTAAA
Statistics
Matches: 4917, Mismatches: 1226, Indels: 911
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Matches are distributed among these distances:
330 2 0.00
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377 12 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
CTTATTAATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATG
AAACAATTGTCTTTTTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT
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AAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTCTTCAGTAAATAGATTATTTTTTAATCTTTTA
Found at i:22157235 original size:545 final size:542
Alignment explanation
Indices: 22156290--22160197 Score: 1802
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22156280 TCCAACTTAC
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* *
22156353 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
63 CAATTGTTTT-TTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
* * * * * * **
22156418 AACTATTTAAACTCG--CATAGTAAATAGATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
127 GACTATTTGAACTAGTTCA-A-TAAACATATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCA
* * * *
22156481 AAAT-TTAATGAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTT
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * *
22156544 ATGGCAAAACAAAAAGCTCATAATGAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
253 ATGATAAAACAAAAAG-TCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * **
22156608 GAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
316 GAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCAAATATTAATA
* ** ** *
22156672 AATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAG-AACCAATTGTTTAATGATAAAACA
381 AATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATAAATAGAAAAAAATCATTTAATGACAAAACA
* * * * * * *
22156736 CAAAGG-TCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATCTTCG
446 -AAAGGAT-ATAACGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAACATCTTCG
* * *
22156800 ATAAACAGATTCATTTTT-TAATCCTCTTACTAAT
509 ATAAACAGATTAATTTTTAAAAT-CTCTTAATAAT
* * * *
22156834 TATTTTTTTAAATAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAACTAAGCTTATATAAACTGAAAC
1 TAATTTTTAAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-TAAACTTATATGAACTGAAAC
* * * *
22156899 AATTGTCTTTTTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATACATAATTATTTAAATAGTCATG
64 AATTGT-TTTTTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATG
* * * *
22156964 ACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAAT
128 ACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAAT
* ** *
22157029 ATTAATAAACTAACATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGAT
193 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT
* * * * ** *
22157094 AAAACAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGACCTTG
258 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
* *
22157159 TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGT
323 TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCAAATATTAATAAATTTAT
* * * *
22157224 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATAAATTGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGAT
388 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATAAATAGAAAAAAATCATTTAATGACAAAACAAAAGGAT
* * * * * * *
22157289 ATAGCGATTTCATATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATATA
453 ATAACGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAACATCTTCGATAAACAGA
*
22157354 TTAATTTTTAAAATCTCTTAATTAT
518 TTAATTTTTAAAATCTCTTAATAAT
** * * ** *
22157379 TAATTTTTGGAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAACTGAAATA
1 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAACTTATATGAACTGAAACA
* * * * * * * *
22157444 ATTATTTTTTGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTAATGA
65 ATTGTTTTTT-ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATGA
* *** * * *
22157509 CTATTTGAACCAGTTTGGTAAACATATCTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
129 CTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAATA
* * * ** *
22157574 TTCATAAATTAGTATTATTTTAA-TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTGTT-TTTTATAATA
194 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
* ** * * * *
22157637 TAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATATTTATAACTATTTTAACTGGC
259 AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
22157702 TC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
324 TCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCAAATATTAATAAATT--T
* * * *** * * ** * * * * * * **
22157762 TTTTTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACA-AAAACATTTATTTTACAACAAAACAAAAGG
386 ATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATAAATAGAAAAAAATCATTTAATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * *
22157826 -TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAA
451 AT-ATAACGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAACAT-CTTCGATAAA
* *
22157889 CAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTT-ATATAT
514 C-AGATTAATTTTTAAAATCTCTTAATA-AT
* * * * * * * *
22157918 TAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATTAATTG-AA-
1 TAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTTCAATAAACTTATATGAACTGAAAC
** * * ** * * * * *
22157980 AATT-TTGTTTTAT--GGCAAAA--TAAAAATGATTTAAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTA
64 AATTGTT-TTTTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATG
* ** * * * * * * *
22158040 ACTATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TCTAGAA
128 ACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTGTC-AAAA
* * * * * * *
22158104 TATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAA-AATTGTTTTATGA
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** * * * * *
22158168 -ATGAACTAAAGGTTATAATGATTAGAAGTATACAATTGTTC--A-A---AT-ACTATTTAAACT
257 TA-AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
** * * * * * * *
22158225 AATTC-GATAAATATTTTTATTTTGTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTTCAAAGATTAATAAA-T
321 TGTTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
22158288 TAGTACTATTTTATTCCAAATAAACTTG--TACGATCA-AAAACAAT-TTTTATATGACTAAACA
385 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATA-AAT-AGAAAAAAATCATTTA-ATGACAAAACA
* * * *** *
22158349 AAAGG-TAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAACTATTTGAACTGAT-TT-
446 AAAGGAT-ATAACGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAAC--ATCTTC
* * * *
22158411 GGTAAACAGATTCAACATTTT-AAATCACTTAATTAT
508 GATAAACAGATT-AA-TTTTTAAAATCTCTTAATAAT
* * * * * *
22158447 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATTGAAACA
1 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAACTTATATGAACTGAAACA
* * ** ** * * * *
22158512 ATTGTTTTGTGACAAAACAAACGTTCACAAAAACGGTCATAACAATTTTCAATAGACAATTGTTC
65 ATTGTTTT-T-----TATAAA-----AC-AAAA-GGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTT
* * * * ** * * * *
22158577 AAAAAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAAAAAAATATATTTTT-AAA-CTCTTACTGATT
117 AAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCAAT-AAACATATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATT
** * * * * * * *
22158640 AATTT-TTGAAATATTAAGAAATTAGTATTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT-GAAAC
181 -ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * ** * * *
22158703 AATTGTTTTATG-TCAAAATAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAT
244 AATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
* ** * * * * * ***
22158767 AACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAA
308 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCAAA
* ** * ** * * *
22158832 TGTTAATAAATTTGGATTGTTTTATTCTGAATAAGCATG--TAAGATATGAAACAAAT-ATTTTA
373 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATAA-ATA-GAAAAAAATCATTTAA
* * * * * ** * ** *
22158894 TGACTAAACAAAAGGTTAGAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA
436 TGACAAAACAAAAGGATATAACGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAA
* * * * * * *
22158959 -TTGGTTCAGA-AAATAAATT-TTTTTTTAAATCTC----TCAT
501 CAT-CTTC-GATAAACAGATTAATTTTTAAAATCTCTTAATAAT
* * ** * * * * ** *
22158996 TAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACTGAATAAGCTTCTATGATCAAAAATA
1 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAATAAACTTATATGAACTGAAACA
* * * * * * * * ** * * *
22159061 ATTATGTTATGATAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
65 ATTGT-TTTTTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATGA
* * *
22159125 CCATTTAAACT-GATTCAATAAAC------A----T---A----TTA---ATT-TTTG---AAGT
129 CTATTTGAACTAG-TTCAATAAACATATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAAT
* * * * *
22159165 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATG-ATCAAAAACAATTCTTTTATGA
193 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** ** * *
22159229 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT-ATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTTAA-T
257 TAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACT
* * * **
22159291 TGATTC-GATAAATAGA-TTATTGTTTAAAT-TTCTTACTTATT-ATTTTAAGAAATATTAATAA
321 TG-TTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGT-CCAAATATTAATAA
* ** ** * * * ** * *
22159352 A-TTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTTTTAACT--TAAACAATTGTTTTATGACAAATC
382 ATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG-CATAAATAGAAAAAAATCATTTAATGACAAAAC
* * * * * * ** * * * * * *
22159414 AAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTATTTAAATGGTAATAACTATTTGAACTTTTTGGG
445 AAAAGGATATAACGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAACATCTTCGA
* * * ** *
22159479 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTAT
510 TAAACAGA-TTAATTTTTAAAATCTCTTAATAAT
** ** * * * * *
22159513 TAATTTTCCAAATGCTAATAAATTATTATTAATTTA-TTCTAAGTAAACTTGTATGAATTGGAAC
1 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA-TAAACTTATATGAACTGAAAC
* * * * * * *
22159577 AATTGTTTTATGACT-AAACAAAA-ATCAAAATGGTTTCAAAA-AGATAATT-GTTATAATAATC
64 AATTGTTTT-TTA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAAATAAATAATTATTTA-AATAGTC
* * * * * * * * * *
22159638 TTAACCATTTGAGCTGATTTC-GTAAACAAATTTATATTTT-AAATCTCTTATTTATTAATTT-T
125 ATGACTATTTGAACT-AGTTCAATAAACATATATAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGT
* ** * * *
22159700 CAAAATATTATTAAATTAACATTATTTTAA-TCATAATAAGCTTGTACGAACA-AAACAATTGTT
187 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
22159763 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATT
251 TTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATT
* * * * * * *** *
22159827 TGAA-TTGGTTCAGCAATTAGATCTAGTTTTT-AATTTTCTTTGGTATTAA--GCTTCATAATAT
315 TGAACTT-GTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTG-TCCA-AATAT
* * ** * * * * ** ** *
22159888 TATTAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATTGTTTGATGA
376 TAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATAAATAGAAAAAAATCATTTAATGA
* * * * * * * * * *
22159950 CAAAATAAAACGTTA-AACAATGTGAACTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAAAAA
439 CAAAACAAAAGGATATAACGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTA-TTTAAACA
* * * * * * * *
22160014 TGGTTTGGTAAATAGATT--TTTTTTAACTCTTTTACTAAT
503 T-CTTCGATAAACAGATTAATTTTTAAAATCTCTTAATAAT
* * * * * * **
22160053 TAAGTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGATTAAACTTATCTTAACAAAAAC
1 TAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAACTTATATGAACTGAAAC
* * ** * * * * * * *
22160117 AATTGTTTTCTAGCAAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
64 AATTGTTTTTTA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATG
*
22160182 ATTATTTGAACTAGTT
128 ACTATTTGAACTAGTT
22160198 TGGCAAATAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (542 bp):
TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAACTTATATGAACTGAAACAA
TTGTTTTTTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATGACT
ATTTGAACTAGTTCAATAAACATATATATTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC
AGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCAAATATTAATAAATTTATATT
ATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATAAATAGAAAAAAATCATTTAATGACAAAACAAAAGGATATA
ACGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAACATCTTCGATAAACAGATTA
ATTTTTAAAATCTCTTAATAAT
Found at i:22159302 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 22158994--22159280 Score: 366
Period size: 156 Copynumber: 1.8 Consensus size: 156
22158984 TAAATCTCTC
* *
22158994 ATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACTGAATAAGCTTCTATGATCAAAAA
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* * * * ** *
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** *
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* * * *
22159213 AACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT-ATTGTTCAAAT-GAC
64 AACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-C
22159276 CATAA
127 CATAA
22159281 TTATTTTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTAACTGAATAACCTTCTATGATCAAAAA
CAATTATGTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATA
ACCATTTAAACTGATTCAATAAACAT
Found at i:22159804 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22159149--22160265 Score: 705
Period size: 180 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
22159139 TCAATAAACA
** * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * **
22159391 AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTATTTAAATGGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * *
22159456 AATAACTATTTGAACT-TTTTGGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT-TCT
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* ** * * * * ****
22159510 TATTAATTTTCCAAATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTC-TAAGTAAACTTGTATGAATTGG
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCATAA-TAAGCTTGTATGAACAAA
* * * *
22159574 AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-ATCAAAATGGTTTCAAAA-AGATAATTGTT-ATAATAA
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAAATAGATAATTGTTCA-AATAA
* * * * *
22159636 TCTTAACCATTTGAGCTGATTTCGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTATT
128 TCATAACTATTTGAACTGATTTCGTAAATAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTATT
* ** *
22159690 TATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAACATTATTTTAATCATAATAAGCTTGTACGAAC-AAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCATAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * *
22159754 ACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * * * * * * *
22159819 TAACTATTTGAATTG-GTTCAGCAATTAGATCTAGTTTTTAATTTTCTT-TGG
131 TAACTATTTGAACTGATTTC-GTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAT-T
** * * * * ** *
22159870 TATTAAGCTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAAATAGTATGAACAAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCATAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * * ** * * * * *
22159934 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAACGTTA-AACAATGTGAACTAGATAATTATTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * * * *
22159998 ATAACTATTTTAAAAATGGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTTAACTCTTTTACT
130 ATAACTA-TTT-GAACTGATTTCGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTATT
* * * * ** * * * * *
22160050 AATTAAGTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTT-ATTTTGATTAAACTTATCTTAACAAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAT-AATAAGCTTGTATGAACAAA
* ** * * *
22160114 AACAATTGTTTTCT-AGCAAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * *
22160178 TATAATTATTTGAACT-AGTTTGGCAAATAGAATTT-TTTTCTAAAT-TGCTTACT
129 CATAACTATTTGAACTGA-TTTCGTAAATAG-ATTTATTTT-TAAATCT-CTTATT
* * ** *
22160231 TGTAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTAT
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
22160266 CCTATTCTGA
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 171, Indels: 76
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 6 0.01
179 131 0.18
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182 96 0.13
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCATAATAAGCTTGTATGAACAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
TAACTATTTGAACTGATTTCGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTATT
Found at i:22161090 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22160329--22163037 Score: 1760
Period size: 180 Copynumber: 15.1 Consensus size: 179
22160319 ATAAATAAAT
* ** * * *
22160329 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTGTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
22160394 ATGACTAAACAAA-ATGTTAGAATGATTTGAAATGGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG
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** * * * * *
22160458 AACCGGTTTAGCAAAGACATTTAATTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTTG
127 AACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
22160507 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGGATGATC-AGAAGCAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTT
* * * * * *
22160571 ATGAGAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAACAGTCATAACTA-TTGCA
65 ATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTG-A
* * * * * *
22160635 AGTGGTTCA--AAAAATAGTTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
128 ACTTGTTTAGTAAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
22160687 AAATATTAATAAAGTAGTATT-TTATT--T-TAGATAAGTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * *
22160748 ATGATAAAACAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAAGAGTCA-AATCT
65 ATGACAAAAC-AAAGATCATAATGA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTGTTC-AATAGTCATAA-CT
* * * * * ** * * *
22160812 TTTTTAACTTTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTTAAATCACTTGCTAATTAATTTTTC
122 ATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
22160871 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
22160936 TGACTAAACAAACTATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATGGTCTTGACTATTTGAAC
66 TGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
22161001 TAGTTCAGCAAACACATTTATGTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTT
130 TTGTTTAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
22161052 AAACATTATTAAATCAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA--AAGGAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACTAA--AACAATTGTTT
* * * * *
22161115 TATGACAAAATAAAGATCATAA-CATTTTAAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTG-TTCAATAGTCATAACTATTTG
* * * **
22161179 AAC-TGTTTTGGAAA-ATGGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCA
127 AACTTGTTTAGTAAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* ** * *
22161228 AAATATTAATATATTAGTATTATTTTAATCTAAATAATTTTGCATGAAC-AATAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACTAA-AACAATTGTTTT
** * * * * * * *
22161292 ACAACAAAACAAAAGGA-CAAAATTATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTG
65 ATGACAAAAC-AAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTCATAACTATTTG
** * * * *
22161356 AACTTGTTCGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-
127 AACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * *
22161408 AGAATTTTAAAAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAA-AAAATTATATGAA-TGGAAATAATTGTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTT
* ** * *
22161470 TTGTGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCAT-ACTATTT
63 TTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTCATAACTATTT
*** * * * * *
22161534 GAACTCACTCAATAAATAGATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTG
126 GAACTTGTTTAGT-AA-ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
22161590 AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTTTATGAAC-AGAAATAATTGGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTT
** * * * *
22161653 TATGACAAAGTAAA-A-GATAATGATTTGATAGAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
64 TATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** *
22161716 ACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTAG
128 ACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * *
22161767 AAATATTAATAAATTTA-CATTATTTTATTCAAAACAAGTTTGCATGAAC-AGAACCAATTATTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTT
* * * *
22161830 TATAACAAAACAAA-ATGTCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTATTT
64 TATGACAAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * **
22161893 GAACATCTTTGGTAAACATATTCATTGTTTAATTCTCTTACCCATTAATTTTTG
126 GAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
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64 TATGACAAAACAA-AGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTG
*
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127 AACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT-TTG
* * *
22162128 AAACATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-TTT
** * * **
22162192 TATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTG
64 TATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTG
* *
22162257 AACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATAGTCTT-
127 AACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT--TTTTG
* * * * *
22162311 -AATATTAGTAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATTAGGTTGTATGAA--AAAA-AA-GGCAT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG--T
* * * * * *
22162369 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
62 TTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATT
* * * * * *
22162434 TAAACTTGTTT-GATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTG
125 TGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * ** * * * * * * *
22162489 AAATATTAATAACTTAGTTTTATTTT-ATTTCGAATAATTTTATATTAATTGAAATAGTTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * *
22162553 ATGACAAAATAATAGATCATAATGATTTG-AATAGATATTTATTTAAATAGTCATGACTATTT-A
65 ATGACAAAACAA-AGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
22162616 ATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTG
128 A-CTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
22162669 AAATTTTAATAAAGTAGTCTTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTGTATGAAC--ATACTATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTA-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * ** * * * *
22162731 ATAATAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATTATTTG
65 ATGACA-AAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
22162795 AACTAGTTT-GATCAACAGAGTTAATTTTAAAATC---T-CATGTTAA-TTTTG
127 AACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * *
22162843 AAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTTGAAA-AAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
22162906 ACGACAAAACAAAAGGTCATAACGCTTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTG
65 ATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
22162970 AACTAG-TTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTG
127 AACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
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1 AAATATTAATAAATT
22163038 CATTTTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:22161613 original size:538 final size:539
Alignment explanation
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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*** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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** * * * *
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* * * * ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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501 ATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
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* ** * * * *
22160935 ATGACTAAACAAACTATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATGGTCTTGACTATTTGAA
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATGACTATTTGAA
* * * * * *
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130 CTA-CTCAGTAAATACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATA
* * * * *
22161063 AATCAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTATTTTATGACAAAATA
193 AATTAATATTATTTTAATCTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
*
22161127 AAGA-TCATAACATTTTAAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGA
258 AAGAGTCATAACATTTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGA
* *
22161191 AA-ATGGATTTAGTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATA-TTAGTATTATTT
323 AACAT--ATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
* * *
22161253 TAATCT-AAATAATTTTGCATGAACAATAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGACAAAATTA
384 TAATCTGAAATAAGTTTGCATGAACAA-AACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATTA
* * * * * * ** *
22161317 TTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAATATATTTATTT
448 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTT
*
22161382 TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-
513 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** *
22161408 AGAATTTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAAATTATATGAATGGAAATAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAATAATTGTTTT
* ** *
22161472 GTGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCAT-ACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATGACTATTTGA
* * * * **
22161536 ACTCACTCAATAAATAGATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATA
129 ACT-ACTCAGTAAATACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATA
* * * * * * *
22161601 AATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAATAATTGGTTTATGACAAAGTA
193 AATTAATATTATTTTAATCTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * *
22161665 AA-AG--ATAATGA-TTT--GATAGAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTC
258 AAGAGTCATAA-CATTTTAAGATA-A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTT
*** * *
22161724 AAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTACATTA
319 TGGAAACATATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTTATATTA
* * * * * *
22161789 TTTTATTC-AAAACAAGTTTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAA
381 TTTTAATCTGAAATAAGTTTGCATGAACA-AAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
22161853 TGT-TTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTATTTGAACATCTTTGGTAAACATATTC
445 T-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTT
* * **
22161916 ATTGTTTAATTCTCTTACCCATTAATTTTTG
509 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
22161947 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAATAATTGTTTTA
* * ** * * * *
22162012 TTAGAAAACAATTG-TCATAATGATTTGAACTAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAA
** * *
22162076 CTTGTTTAGT-AA-ACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTAGAAACATTAAT
130 C-TACTCAGTAAATACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAACATTAAT
* *
22162138 AAATTAATATTATTTTAATC-CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAA
192 AAATTAATATTATTTTAATCTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAA
* * * **
22162202 CAAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT-TGTTT
256 TAAAGAGTCATAACATTTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTT
*
22162266 GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATAGTCTT--AATATTAGTAAATTTATA
320 GG-AAACATATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAAT--T-TTAAAATATTAATAAATTTATA
* * * * ** ** *
22162329 TTATTTT-ATTTGAAATTAGGTTGTATGAA-AAAA-AAGGCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
378 TTATTTTAATCTGAAATAAGTTTGCATGAACAAAACAA-TTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
22162391 TAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGAT
442 TAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGAT
* * *
22162456 TCATTTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTG
507 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * *
22162489 AAATATTAATAACTTAGTTTTATTTTATTTCGAATAATTTTATATTAATTG-AAATAGTTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAAATAATTGTTTT
* * * *
22162553 ATGACAAAATAATAGATCATAATGATTTG-AATAGATATTTATTTAAATAGTCATGACTATTT-A
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTAAATAGTCATGACTATTTGA
* ** * * * * **
22162616 ATCTAGTTTGGT-AA-GCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATTTTAAT
129 A-CTA-CTCAGTAAATACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAAT
* * * * * * * *
22162679 AAAGTAGTCTTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTGTATGAAC--ATACTATTGTTTTATAATAGAAA
192 AAATTAATATTATTTTAATCTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAA
* * * * *
22162741 -AAAAAGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAG-TT
256 TAAAGAGTCATAAC-ATTTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT
* * * * * * * *
22162803 T-GATCAACAGAGTTAATTTTAAAATCT-CATGTTAATTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATT-
319 TGGA--AACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTA
* * * * * *
22162864 TTTTATTTTGAAAAAACTTAT--ATGAACAAAAACATTTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATA
381 TTTTAATCTGAAATAAGTT-TGCATGAAC-AAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATA
*** * * * * *
22162927 ACGCTTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTAGTTAGATAAATAGAAT
444 ATTATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATT
* *
22162991 TATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTG
508 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
22163023 AAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTAGTTTAAATTGAAAAT-ATTGTT
1 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAA-TGAAAATAATTGTT
22163085 TTATGA
63 TTATGA
22163091 TAATTGTTCA
Statistics
Matches: 1810, Mismatches: 315, Indels: 198
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
531 2 0.00
532 13 0.01
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535 8 0.00
536 54 0.03
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546 13 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAATAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATGACTATTTGAAC
TACTCAGTAAATACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAAT
TAATATTATTTTAATCTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAG
AGTCATAACATTTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGAAAC
ATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCTG
AAATAAGTTTGCATGAACAAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:22162714 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 22160329--22163060 Score: 1787
Period size: 359 Copynumber: 7.6 Consensus size: 358
22160319 ATAAATAAAT
* * * * * *
22160329 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTGTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAA-TAGAAACAATTTTTT
* * * ** ** * * *
22160393 TATGACTAAACAAAATG-TTAGAATGATTTGAAATGGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
64 TATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTT
*** * * * * * * * * * *
22160457 GAACCGGTTTAGCAAAGACATTTAATTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
127 GAACTACTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATTGAAATATTAATA
* * * * ** * *
22160518 AATTAGTATTATTTTTA-TCTGAATAAGCTTGGATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACA
192 AATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAATGGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
22160582 AAGGTCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAACAGTCATAACTA-TTGCAAGTGGTTC-A-
255 AAAGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGAT
* * * * *
22160644 AAAAATAGTTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
318 AAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTAG
* * * *
22160687 AAATATTAAT-AA--AGTAGTATTTTATTTTAGATAAGTTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAA-TAGAAACAATTTTTTT
* * * * * * * * *
22160748 ATGATAAAACAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAAGAGTCAAATCTT
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTTGAA-A--TA-AATAATTGTTCAAATAGTCATA-CTA
* ** * ** * * * *
22160813 TTTTAACTTTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTTAAATCACTT-GCTAATTAATTTTTCAAATGT
124 TTTGAACTACTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACCT-ATTAATTATTGAAATAT
* * * *
22160877 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTA
187 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATAATGGTTTTATGACAA
* * * * *
22160942 AACAAACTA-TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATGGTCTTGACTATTTGAACTAGT
251 AACAAA--AGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * **
22161005 TC-AGCAAACACATTTATGTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTT
313 TCGA-TAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTAG
* * * * * * * * * * *
22161052 AAACATTATTAAATCAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTTTTTT
* * *
22161116 ATGACAAAA-TAAAGATCATAAC-ATTTTAAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTG
** * * *
22161179 AACTGTTTTGG-AAA-ATGGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-TTCAAAATATTAA
128 AACTACTTTGGTAAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATT-GAAATATTAA
* ** * * ** **
22161237 TATATTAGTATTATTTTAA-TCTAAATAATTTTGCATGAACAATAACAATTATTTTACAACAAAA
190 TAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAA-AATAATGGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
22161301 CAAAAGGACAAAATTATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCG
253 CAAAA-G-TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * *
22161366 GCAAATATATTTATTTTTTAAATC-TCTAACTTATTAATTTTTAG
316 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAA-TTATTAA-TTTTAG
* * ** * * * *
22161410 -AATTTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAAATTATATGAATGGAAATAATTGTTTTG
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTA
22161473 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATACTATTTGAA
*** * * * *
22161537 CTCAC-TCAATAAATAGATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATA
130 CT-ACTTTGGT-AA-ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATTGAAATATTAATA
* * **
22161601 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAATAATTGG-TTTATGACAAAGTA
192 AATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAA-TGGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
22161665 AAAG-ATAATGATTTGATAGAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAA
255 AAAGTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
*
22161729 ACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTAG
320 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTAG
* * ** * * *
22161767 AAATATTAATAAATTTA-CATTATTTTA-TTCAAAACAAGTTTGCATGAACAGAACCAATTATTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTTTTT
* *** * *
22161830 TATAACAAAACAAAATG-TCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTATTT
64 TATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TACTATTT
* * * * * *
22161893 GAAC-ATCTTTGGTAAACATATTCATTGTTTAATTCTCTTACCCATTAATTTTTGAAATATTAAT
127 GAACTA-CTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATTGAAATATTAAT
* * * * * *
22161957 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAATAATTGTTTTATTAGAAAACA
191 AAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAATAATGGTTTTATGACAAAACA
** * * * * * *
22162022 ATTGTCATAATGATTTGAACTAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGAACTTGTT-TAGT
255 AAAGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-T
*
22162086 AAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTAG
318 AAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTAATTATTAATTT-TAG
* * * * * *
22162128 AAACATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATT-TTTTT
* **
22162193 ATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTG
** * * *
22162257 AACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TAGTCT-TAATATTAGT
128 AACTACTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTA-T-TGAAATATTAAT
* * * *
22162320 AAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATTAGGTTGTATGAA-AAAA-AA-GGCATTTTATGACAAAA
191 AAA-TTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAATAATGG--TTTTATGACAAAA
* * * * * *
22162381 CAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTG
253 CAAAA-G-TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
22162446 ATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTG
316 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTAG
* * * * * * * *
22162489 AAATATTAATAACTTAGTTTTATTTTATTTCGAATAATTTTATATTAATTGAAATAGTTTTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTA
* * ** * * * *
22162554 TGACAAAATAATAGATCATAATGATTTG-AATAGATATTTATTTAAATAGTCATGACTATTT-AA
66 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAA
* * * * * *
22162617 TCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATTTTAATAAA
130 -CTACTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATTGAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
22162682 GTAGTCTTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTATGAACATACT-ATTGTTTTATAATAGAAAAAAA
194 TTAGTATTATTTTAATTCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAATAATGGTTTTATGACA-AAACAAA
** * * * * * * *
22162745 AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGATCAA
257 AGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA
* * * * * *
22162810 CAGAGTTAATTTTAAAATC---TCA-TGTTAATTTT-G
321 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTAG
* * ** * *
22162843 AAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTTGAAA-AAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTT-TTT
* * ** * * *
22162905 TACGACAAAACAAAAGGTCATAACGCTTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TACTATTT
* * * * * * * *
22162969 GAACTAGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATA
127 GAACTACTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATTGAAATATTAATA
* * *
22163034 AATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAG
192 AATT-AGTATTATTTTAATTCAAATAAG
22163061 TTAGTTTAAA
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 3 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTA
TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATACTATTTGAAC
TACTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATTGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAATAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGTA
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATAT
TTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTAG
Found at i:22163236 original size:149 final size:149
Alignment explanation
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Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
22162930 CTTTAGAATA
* * *
22162940 GATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTAGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTAGTTAGACAAACAGAATTATTTTTTAAATCT
* * * * *
22163005 TTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCGAATAAGTTAGTTTAA
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** *
22163070 ATTGAAAATATTGTTTTAT
131 ACAGAAAATATTATTTTAT
* **
22163089 GATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAACA-AATTTATTTTTTAAAT
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** * * *
22163152 CTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATACT-AGTATTGTTTTATCTCGAATAAGCTT-G
64 CTCTTACATATTAATTTTTGA-AATATTAATAAACTCA-TATTATTTTATCTCGAATAAG-TTAG
*
22163214 TATGAACAG-AAATAATTATTTTAT
126 TATAAACAGAAAAT-ATTATTTTAT
22163238 GATA
1 GATA
22163242 GAATAAAAGG
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 20, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
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149 113 0.89
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GATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTAGTTAGACAAACAGAATTATTTTTTAAATCT
CTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTCATATTATTTTATCTCGAATAAGTTAGTATAA
ACAGAAAATATTATTTTAT
Found at i:22163619 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22163420--22163839 Score: 464
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
22163410 TTATATTATG
* * * * * *
22163420 AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAAGTATTTGAACTAAT
1 AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAAT
* * * * * *
22163485 TTGATAAATAGATTCA-CTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAGATATTAAAAAATTTGT
66 TCGATAAAAAAATTCATCTTTTTAAA-CACTTAATTATTAATTATTGAAATATTAAAAAATTAGT
* * *
22163549 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTGTGACA
130 ATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACA
* * * *** * *
22163601 AAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAGTAAACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTAT
1 AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAAT
* * * * * * *
22163666 TCGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTGATTATTGAAATATTAAGAAATTAGTA
66 TCGATAAAAAAATTCATCTTTTTAAACACTTAATTATTAATTATTGAAATATTAAAAAATTAGTA
* * * *
22163731 TTATTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGTCA
131 TTATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACA
** **
22163781 AAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
1 AAAC-AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTG
22163840 GATTTGTTCG
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 40, Indels: 4
0.82 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
180 44 0.22
181 145 0.74
182 8 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAAT
TCGATAAAAAAATTCATCTTTTTAAACACTTAATTATTAATTATTGAAATATTAAAAAATTAGTA
TTATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACA
Found at i:22165166 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22164851--22165353 Score: 512
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
22164841 AAACAAAAGG
* * * * *
22164851 AAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTGGC
1 AAATGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTGGC
* * * * * *
22164916 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTCGAAATATT-ATGAAATTAGTATTAT
66 AAATAGATTTA-TTTTTAA-TCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT
* * *
22164980 TTTATTTTGAATAAAATAATATGAACAGAACCAATTG-TTTGATGACAAAATA
128 TTTATTTTGAATAAAATAATATGAACAAAAACAATTGTTTTG-TGACAAAACA
* * * * *
22165032 AAATGTTATAATGATTTGATATAGATAA-TATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGC
1 AAATGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTGGC
* * *
22165096 AAACATATTTACTTTTTATATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTTATT
66 AAATAGATTTA-TTTTTA-ATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
22165161 TTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTGTTTTGTGACAAAACA
129 TTATTTTGAATAAAATAATATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACA
* * * ****
22165212 AAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAAT
1 AAATGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTGGC
* * *
22165277 AAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAC-ATATAAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTTTTA
66 AAATAGATTTATTTT-T-AATCTCTTACTA-ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
22165340 TTCTATTCTGAATA
127 TTTTATTTTGAATA
22165354 TGCTTGTATG
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 51, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 147 0.56
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182 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
AAATGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTGGC
AAATAGATTTATTTTTAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAAATAATATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACA
Found at i:22165375 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22164858--22165395 Score: 519
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 178
22164848 AGGAAATGTC
* * * *
22164858 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAATTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAAATGGTTTGGCAAATAG
* * * * *
22164922 ATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTCGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-T
* * ** * *
22164986 TTGAATAAAATAATATGAACAGAACCAATTG-TTTGATGACAAAATAAAATGTT
126 TTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTG-TGACAAAATAAAAAGTA
* * * * * * *
22165039 ATAATGATTTGATATAGATAA-TATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAATGGTTTGGCAAATAGA
* *
22165103 TTTACTTTTTATATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTT
66 TTTA-TTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
22165167 CAAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTA
128 -GAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGTA
* ****
22165219 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAATAAATAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAATGGTTTGGCAAATAGA
* * * *
22165284 ATTATTTTCTAAATCTCTTACATATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCT
66 TTTATTTT-TAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
** * *** *
22165349 GAATATGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
128 GAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAA
22165396 GGTCATAACA
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 59, Indels: 22
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 140 0.49
181 141 0.49
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAATGGTTTGGCAAATAGA
TTTATTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA
TAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGTA
Found at i:22165449 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 22165332--22165518 Score: 230
Period size: 101 Copynumber: 1.9 Consensus size: 101
22165322 ATTAATAAAT
* * * * * * * *
22165332 TAGTTTTATTCTATTCTGAATATGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
1 TAGTATTATTCTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAG
* *
22165397 GTCATAACAAATTGAAATAAAAAAAAGTCAATAACA
66 GTCAAAACAAATTCAAATAAAAAAAAGTCAATAACA
* ** *
22165433 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACGGTTGTTATATGACTAAACAAAAG
1 TAGTATTATTCTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAG
* *
22165498 GTTAAAACAATTTCAAATAAA
66 GTCAAAACAAATTCAAATAAA
22165519 TAATTATTCT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 16, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
101 70 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (101 bp):
TAGTATTATTCTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAG
GTCAAAACAAATTCAAATAAAAAAAAGTCAATAACA
Found at i:22165949 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22165433--22169560 Score: 2999
Period size: 181 Copynumber: 23.1 Consensus size: 180
22165423 GTCAATAACA
* * ** * *
22165433 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACGGTTGTTATATGACTAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * * **
22165498 GTTAAAACAATTTCAAATAAATAATTATTCTAATAGACTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAC
65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC
* * *
22165563 ACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTACAT
130 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * **
22165610 TAGTATTATTTT-TATCCAAATAAACTTGGATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGTGAAAAC-AA
1 TAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * * * * * * * *
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63 AGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATA
* * * * *
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* * * * * * * *
22165790 TAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTTTATGAACTACAATAGTTGTTTCATGACTAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
22165855 GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTGACATAC
65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC
* *
22165920 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAT
130 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
22165971 TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * *
22166146 CAGTATTATTTAATTTTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACGAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
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* * *
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* * *
22166327 TAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGTATGTATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAA
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * **
22166391 GATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA
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* * * * *
22166455 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTTGGAATAATAATAAAT
129 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
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1 TAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** **
22166571 GGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATACTCAGA-AA
64 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGATAA
* * * *
22166635 ATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATT
128 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T
* * *
22166688 TA-TATTATTTTATTC--AATGAGCTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
22166750 GTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAACAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT
65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC
* * * * *
22166815 AGATTAATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAT
130 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * *** * * * ** *
22166865 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCAATATAAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAGG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * ** * * * * **
22166930 GTGATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAACTAGTTTTGACTATTTGAACTTGTATGGTAAGG
65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC
* * * * **
22166995 ATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
130 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
22167046 TAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * **
22167111 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTATTT-AGTAAA
65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAA
* * * * *
22167175 CACATTTAGTTTTTAAACCTTTTACTTATTTATTGTTTG-AATATTAATAAAT
129 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAAT
** * * * * *
22167227 TTCTCTTATTTTAGTT-GAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * * * * *
22167291 TGTTATAGGGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAATCATAACCATTTGAACT-TTTTCAATAA
64 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAA
* * *
22167355 ACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
128 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * * *
22167408 TAGAATTATGTTACTCCAAAGAAGCTCGTATGAACAGAAACAATTGTTCTGTGACAAAATAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *** ***
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65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC
* *
22167538 -AATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAAT
130 AAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * * * * * * * * * *
22167588 TAGCATTACTTCATTCCAGATAAGATTGTATCAGTAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAATG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
22167653 GTTATAACGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAATTAATTGAACTGGTTTGGTAAAC
65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC
**
22167718 AAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
130 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
22167765 TAATATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAA
1 TAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * * * *
22167829 TGACATAACGATTTGAAATGGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTAAATTAG-TTCAGCAA
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * ** * * * **
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*** ** * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
22168546 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGG-TTCAGCAAA
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* * * * **
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* * * ** * *
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1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
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* * **
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129 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
*** * *
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* * ** * * * * *
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** ** *
22168966 ACATTTTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAAT
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC
* * * * *
22169149 AGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTT-AGAATTTTAATAAAT
130 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * * *
22169200 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTAAGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
22169265 TTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGA-AA
65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTT-TGATAA
* * * *
22169328 ACATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAGTAAATT
128 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T
* **
22169380 TA-TATTATTTTCTT-TGAAATAAGCTTGTATG-AT-------TT-TTTTATGATGAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
22169434 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA
65 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAA
* * * * * **
22169497 CATATTTGTTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
129 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
*
22169549 TAATATTATTTT
1 TAGTATTATTTT
22169561 GTTGGATTAT
Statistics
Matches: 3121, Mismatches: 711, Indels: 245
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166 1 0.00
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173 4 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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Alignment explanation
Indices: 22165433--22169560 Score: 3402
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
22165813 TCTTTTATGAACTACAATAGTTGTTTCATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATA
385 GCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
22165878 ATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTT-TGACATACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
450 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * * * *
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* * * *
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* * * * *
22166070 GTCAAG-CTATTTTAA-TAGTTTTGGTAAATAGATCTAGTTTTTAAAT--CT-CTTATTAATTTT
639 GTCATGACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCCCTACTTATTAATTTT
* *
22166130 TAAAATATTAATGGAT
703 TAGAATATTAAT-AAT
* * * ** * * * * **
22166146 CAGTATTATTTAATTTTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACGAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
* * * ** * * *
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66 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTTGTTTGGTAAA
* * * *
22166275 CAAATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-AAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
130 CAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
22166339 ATTCTGAAT-AGACTTGTATGTATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACTAT
194 AATCTAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGAT
* *
22166403 TTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTT
258 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-AAACACATTTATTTT
* * * * * *
22166467 TTAAATCTTTTACTTATTACTTTTTGGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAACATGC
322 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* *
22166532 TTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATAGATAA
387 TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA
* ** *
22166596 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATACTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
451 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* *
22166660 TTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAATGAGCTTGTATGAACAAAA
516 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAT-AGCTTGTATGAACAAAA
* * *
22166724 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAACAGTCA
579 ACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
22166789 TGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTGGA
643 TGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCCC-TACTTATTAATTTTTAGA
22166854 ATATTAATAAT
707 ATATTAATAAT
*** * * * * *
22166865 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCAATATAAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAGG
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* * * * * * * **
22166930 GTGATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAACTAGTTTTGACTATTTGAACTTGTATGGTAAGG
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* * *
22166995 ATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
131 AAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* *
22167060 TCTAAATAAGCTTGTATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTT
196 TCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTT
* * * * * * *
22167124 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTATTTAGTAAACACATTTAGTTTTT
260 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAACACATTTATTTTTT
* * * ** * * *
22167189 AAACCTTTTACTTATTTATTGTTT-GAATATTAATAAATTTCTCTTATTTTAGTTGAAATAAGCT
324 AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * ** *
22167253 TGTGTGAATAGAAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTTATAGGGATTTGAAATAGGTAAT
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *** ** * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** **
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* * * * * * ** * *
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* *** * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* ** * *
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258 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA-AAAACACATTTATTT
* * * * ** * * * * *
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* * * * * * **** *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * ** ** * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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195 ATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT
* * *
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260 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAACACATTTATTTTTT
* * * *
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**
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* * * * *
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* * *
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CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAATAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
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TGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
AT
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* *
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** * * * *
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*
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* * *
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* ** * *
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* *
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*
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*
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GCGCTTGATCCTGAAAACTGGTATCAGAGAGAGGTTGTAGGTTCGGGTCCCCCAGGTGCTGCTGG
GGGGGAGA
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* *
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* *
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* *
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* *
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* ** * * **
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*
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* * *
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22193136 TTTAAAAATT
* * * * * * *
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1 ATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACAAA
22193207 ATCATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAA
1 ATC-TATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACA-AA
*
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ATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACAAA
Found at i:22193666 original size:181 final size:181
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* * * * * * *
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* * * **
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTATT
* ** * * *
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* * * * * * * * * * *
22193704 ATATGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTTATAATTGTTTCAACAATTCTT
131 ATCTGTTTATTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG--TTA
* * ** * * *
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* ** * * *
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** * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
22194721 TTTG-AATAAAATAACA-TAAATTTGTTAATATTTCAAAATTTAATAAGGTGAA-A-ATTTAAAA
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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** * * * ** *
22195082 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTACAAATGAATAGGTGGGAGATTTAAAAACT
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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** * * * * *
22195262 TCAAAATGAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-TGATTT-AAAACTA
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* *** * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TTAT
* * * * * *
22195437 TAGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAACAAATA
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
22195553 TATTTTAAATTGTT-TTAGCCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAACCTTA
1 TATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-GTTA
* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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*** * * * * *
22195796 TCCAAAATAAAACT-ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAAAGATTTAAAAAC
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* * * * * *** *
22195860 TAAAGCTATTT-TCTAAACCAA-TTTAAATAGTTGCAACTATTTGAACAAATATC
128 TAAATCTGTTTAT-TGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * **
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTT-A
* * *
22195976 TTCTGATA-AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
64 TT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
22196036 -AATTATGTTTGTCGAAT-AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATA
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* * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TTAT
* *
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** *
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* * * * * * *
22196270 TACTTAAAATTGTTCTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGTTTA
1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAG-TTA
*** * ** * *
22196334 TCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAGAAAT
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*** * * *
22196399 --AT-TAGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCT-TTTGAATAATTATC
129 AAATCT-GTTTATTGAATCAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
* * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
22196496 TCAATATACA
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** * * **
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* * ** * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * *
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* * * *
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* *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * *
22194000 TCAAAATAACATATTTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
66 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
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* * * * **
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* * * * *
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259 AATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTC
* * * *
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* * * *
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** * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
22194553 -ATCACTAATTTATTAATATT-TTGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTTAAAAATGAATTTGCTT-
259 AAT-ACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
* * * * *
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320 TCGA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * *
22194845 A-CAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAAT
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* *
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254 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *
22194972 TTTATCGAGTAAGCTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTTTT
316 TTTGTCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * *
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1 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * * ** *
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65 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
22195146 AAATCTATTTATTGAAAAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCACATCAT
130 AAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** * * ** * *
22195211 TATAACCTTGT-TTTTATTGTAAAACAATTGTTTCTGTTCATAGAAAATTATTCAAAATGAAATA
195 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * * * * ** *
22195275 ATACTGATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAA--ATGATTT-AAAACTAAATTTGTTTACCAA
260 ATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGA
* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
22195436 TTAGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAACAAA
66 TTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
22195500 TAAATATGTTT-GTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATT
129 TAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
22195564 GTTTTAGCCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTTATACAACCTTATTTGGAATAAA
193 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * *
22195628 ATAATTCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
257 ATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAG-TA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
* * * * *
22195693 TTGAACAAGTTCAATTAGATAGGACTATTTGAACAATTATC
320 TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
22195734 TATTTAAAATCTTTTTGACC-CTT-TTTTGTCATTAAATAATTATTT-TAGTTCATAAAAACTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTA
** * * * *
22195796 TCCAAAATAAAACT-ATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTATTAAGCAAAAGATTTAAAAA
65 TTTAAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *** * * *
22195859 CTAAAGCTAT-TTT-CTAAACCAA-TTTAAATAGTTGCAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAA
128 ATAAA--TATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
22195921 AGCGTTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACTATTATTTCTAATCATACAAG-TTGATTCTGAT
190 ATCGTTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTC-GAA
* * * *
22195983 A-AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAA-AATTATG
252 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
22196043 TTTGTCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATA
316 TTTGTCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
22196088 TATTTCAAATCATTCTAATCTTTTG-TTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * *
22196152 TTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAA
65 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* ** * * *
22196216 ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATT
128 ATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
22196281 GTTCTGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAA
193 GTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * *
22196344 AATAATACTACTTTATTAATATT-TTGAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAGAAAT--AT-TAGT
256 AATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGA--TTTAAAAAATAAATCT-GT
** * * * *
22196405 TTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCT-TTTGAATAATTATC
317 TTGTCGAAT-AAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
* * * * * **
22196449 TATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTT-TCAAT-ATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTA
22196512 TTTAAAATAAAAT
65 TTTAAAATAAAAT
22196525 TGTTAGTACC
Statistics
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Consensus pattern (360 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAAT
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:22196881 original size:181 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 175
22196616 GAATTAGTAC
* * * *
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65 CTATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTT-T-TCATAAAATAATTATTT-TATTCATATAAGTTTA
* *
22196755 TTCGAAATAAAATACTACTAAATTAATAATATTATGAAAATTCATAACTAA
126 TTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TGAAAATTAATAACTAA
* * * * * * *
22196806 AAGATTTAAAAAATAAATCAATTTGTAAAACCAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGAAGAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATAAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
22196871 CTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGCTTTGTTATAAAACAATTATTTTAACTCATCTAAGTTTA
65 CTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTG-TTT-TCATAAAATAATTATTTT-ATTCATATAAGTTTA
* * * * * * * *
22196936 TTCGTAATAAATTAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAA
126 TTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT-GAAAATTAATAACTAA
* *
22196987 GAGATTTAAAAAAT-AATTATTTTTATCAAACCAGTTCAAATATTTATA-ACTATTTGAACAATT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTA--TTTATAAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATT
* * * *
22197050 ATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGCAATAAAATAATTATTTTTATTCTTACT-AGC
63 ATCTATTTCAAATTGTTATAA-CTTTTGTTTT-C-ATAAAATAATTA-TTTTATTCATA-TAAGT
* *
22197114 TTATTCGAAATAAAATAATA-TTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAACTAA
123 TTATTCGAAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATA-TTTGAAAATTAATAACTAA
** * * ** *
22197168 GAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTCACCAAACCA-TTACAGATAGTTAAGGCTATAAGAATAATT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTAT-TT-ATAAAACCAGTT-CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * ** * * * *
22197231 TTCTATTTCAAATCGTTATGATA-TTTTATTTTGTTGTAAAACAA-AATTTTCA-ACTTACT-A-
63 ATCTATTTCAAATTGTTAT-A-ACTTTT-GTTT-TCATAAAATAATTATTTT-ATTCATA-TAAG
* * * * *
22197291 TCTTATTTGGAATAAAATAA-A-TCAAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAA
122 T-TTATTCGAAATAAAATAATACT-AAA-TTAATAATATTTGAAAATTAATAACTAA
* * * * *
22197343 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTT-TCCAAACTAGTTC-AATAATTATGAC-ATTTGAACAATTA
1 GAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTAT-AAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* *
22197405 TCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTT
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22197436 TTGTTTTATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (175 bp):
GAGATTTAAAAAATAAATTATTTATAAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATTGTTATAACTTTTGTTTTCATAAAATAATTATTTTATTCATATAAGTTTATTCGA
AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTGAAAATTAATAACTAA
Found at i:22197487 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 22197433--22197491 Score: 109
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
22197423 TACCTTTTGT
*
22197433 TTTTTGTTTTATCATAAAACAAATG
1 TTTTTGTTCTATCATAAAACAAATG
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1 TTTTTGTTCTATCATAAAACAAATG
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1 TTTTTGTTC
22197492 ATATAAGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (25 bp):
TTTTTGTTCTATCATAAAACAAATG
Found at i:22197811 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 22197507--22198047 Score: 543
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 177
22197497 AGTTTGTTCA
* * *
22197507 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAAGTAGGGGATTTAAAAGATAAA
1 GAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTT-AAAATTAATAAGTA-AGGATTTAAAA-ATGAA
* * * * * * * * *
22197571 TCTATTTGCCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTGGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTAT
62 TCTGTTTGCCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* ** *
22197636 GACCATTGGTTTTATCCTAAAATAATTGTTTATGCTCATACAATCTTATTTG
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* *
22197688 GAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAACGGATTTAGAAAATGTAT
1 GAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAA-GGATTTA-AAAATGAAT
* * * *
22197753 CTGTTGGCCTAACCAATGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
63 CTGTTTGCCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* *
22197818 ACCATTTGTTTGTTAC-AAAATAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTG
128 ACCATTTGTTT-TTCCTAAAATAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTTG
* * * *
22197868 GAATAACACAGTTCTAATTTATTAATATTC-CAAACATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 GAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCTTAAA-ATTAATAAGTAAG-GATTT-AAAAATGAA
* * * * **
22197932 TATGTTTG-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTTAAATTACT
62 TCTGTTTGCCT-AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * *
22197995 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
125 ATGACCATTTGTTTT-TCCTAAAATAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTT
22198048 CAAATTTGTT
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 46, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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GAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAATGAATCTG
TTTGCCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
ATTTGTTTTTCCTAAAATAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTTG
Found at i:22198155 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 22197946--22198166 Score: 336
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
22197936 TTTGCTGAAC
* * * *
22197946 AAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTTAAATTACTATAACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTG
22198011 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAAT
66 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAAT
* * * * *
22198066 AAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTG
*
22198131 TCATAAAATAATTATTTT-TGTTCATACAAGCTTATT
66 TCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
22198167 CGGATTAAAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 10, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
120 86 0.96
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AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTG
TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAAT
Found at i:22198485 original size:479 final size:481
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Indices: 22197586--22198531 Score: 1148
Period size: 479 Copynumber: 2.0 Consensus size: 481
22197576 TTGCCAAACT
* * **
22197586 AGTTCAATTAGTTATAACTATTGGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTGGTTTTAT
1 AGTTCAAGTAGTTATAACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTGGTTTTAT
* * * * * * *
22197651 CCTAAAATAATTGTTTATGCTCATACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAT
66 CATAAAATAATTATTTATGCTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAT
** *** * * * *
22197716 TCTTAAAATTAATAAGTAACGGATTTAGAAAATGTATCTGTTGGCCTAACCAATGCAAATAGTTA
131 TCTTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAACAAATATGTTGACCTAACCAATGCAAATAATAA
* * * * *
22197781 TGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTGTTACAAAATAATTGTT
196 TAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTATCACAAAACAATTGTA
** *** * * * * *
22197846 TTTATTCATACAAACTTATTTGGAATAACACAGTTCTAATTTATTAATATTCCAAACATTAATAA
261 TCAATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAA
* * * * *
22197911 GTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAGCAA
326 GTAAGAGATTTAAAAAAGGAATATGTTTACTGAACAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * **
22197976 TTATCTATTTTAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAG
391 TTATCTATTTCAAATTACTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAG
*
22198041 CTTATTTCAAATTTGTTTACCAAATA
456 CTTATTCCAAATTTGTTTACCAAATA
* * ** * *
22198067 AGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAGTAGTTATAACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTGGTTTTAT
* * * *
22198132 CATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAGTAATAT
66 CATAAAATAATTATTTATGCTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAT
* * **
22198197 T-TTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-GAAAACAAATATGTTTACCTAA-CAAGTTTAAATAAT
131 TCTT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAACAAATATGTTGACCTAACCAA-TGCAAATAAT
* *
22198259 AATAACTGTTTGAATAATTATCTACTTT-AAATTGTTATGACC-TTTTTTTATCATAAAACAATT
194 AATAACTGTTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTATCACAAAACAATT
* ** * * *
22198322 GTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTATAAAAATTAA
258 GTATCAATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAA
* * * *
22198387 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAGGATTTTGTTTACTGAACATGTCCAAATAGTTATGATTATTTGAA
323 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAGGAATATGTTTACTGAACAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* *
22198452 CAATTATCTATTTCAAATTA-TCATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAGTTGCTTCTATTCATA
388 CAATTATCTATTTCAAATTACT-ATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTGCTTCTATTCATA
*
22198516 CAAGTTTATTCCAAAT
452 CAAGCTTATTCCAAAT
22198532 AAAATAATAT
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 74, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (481 bp):
AGTTCAAGTAGTTATAACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTGGTTTTAT
CATAAAATAATTATTTATGCTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAT
TCTTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAACAAATATGTTGACCTAACCAATGCAAATAATAA
TAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTATCACAAAACAATTGTA
TCAATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTTAAAAAAGGAATATGTTTACTGAACAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
TTATCTATTTCAAATTACTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAG
CTTATTCCAAATTTGTTTACCAAATA
Found at i:22198673 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22198069--22199286 Score: 1085
Period size: 180 Copynumber: 6.8 Consensus size: 180
22198059 ACCAAATAAG
* * * *
22198069 TTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
22198134 TAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAGTAATATTT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * *
22198199 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-GAAAACAAATATGTTTACCT-AACAA
130 TCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACTAAACAA
* * * * * * * *
22198248 GTTTAAATAATAATAACTGTTTGAATAATTATCTACTTT-AAATTGTTATGAC-CTTT-TTTTAT
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
22198310 CATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGT
64 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * * * *
22198375 TATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGGATTTTGTTT-ACTGAAC-A
129 T-TCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACTAAACAA
* * ** * * *
22198426 TGTCCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATGACCTTTTGTCTTGT
1 T-T-CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * *
22198491 CATAAAATAGTTGCTTCTATTCATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATA
64 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * *
22198555 TTCCAAGGATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACACA
128 TTTCAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACTAAACA-A
* * * *
22198608 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTGAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * *
22198673 T-AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAAAATTT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *** *
22198736 C--AATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTGAG
131 CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACTAAACAA
* * * * * *
22198784 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCTTTACGA-TCATATGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTGTC
* * *
22198848 ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTGCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
22198912 TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAAAAAA
129 TTCA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACTAAACAA
* * * * *
22198965 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGTA
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * *
22199030 ATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTC-AGATTAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * * * * *
22199093 TTTGATAGTTAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATATGTTTATC-GAACAGG
128 TTTCAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAACTAAACA-A
* * * * * * **
22199146 TTCAAATAATCATAATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
22199211 AAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
22199275 CTTAAAATTAAT
130 -TCAAAATTAAT
22199287 GTGTAAGTTC
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 14 0.02
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178 115 0.14
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180 260 0.31
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182 126 0.15
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACTAAACAA
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* *
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1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * * **
22198140 AATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAGTAATATTTTGACAA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTACTAATA-TTCAACAA
* * * * * * * * *
22198205 TTAATAAGTAAAAGATTT-GAAAACAAATATGTTTACCT-AACAAGTTTAAATAATAATAACTGT
129 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
22198268 TTGAATAATTATCTACTTTAAATTGTTATGACCTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTATCAATTC
193 TTGAATAATTATC-AATTTAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
22198332 ATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTATAAAAATTAATAAGTAAGAG
257 ATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-AAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
22198397 ATTTAAAAAAGGATTTTGTTTACTGA-ACATGTCCAAA
319 ATTTAAAAAAGAAATCTATTTACCGAGACA-GTCCAAA
* * * *
22198434 TAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAAT
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * **
22198499 AGTTGCTTCTATTCATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAGGA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAT-AATTTACTAATATT-CAACAA
*
22198564 TTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTAT
129 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* *
22198627 TTGAACAATTATCAATTTGAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATT
193 TTGAATAATTATCAATTT-AAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
22198691 CATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAAAATTT-CAATTAATAAGTAAAAGG
256 CATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAATTAATAAGTAAAAGA
* ** *
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320 TTTAAAAAAGAAATCTATTTACCGAGACAGTCCAAA
* * * * * *
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1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
22198854 CAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTGCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAC
65 TAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-CGAAATAAAATAATA-TAATTTACTAATATTCA-AC
*
22198919 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTA
127 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
22198984 TTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTAT
192 TTTGAATAATTA-TCAATTTAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * *
22199049 TCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTGATAGTTAATAAGTAAA
255 TCATAAAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
22199113 AGACTTT-AAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAGGTTCAAA
317 AGA-TTTAAAAAAGAAATCTATTTACCGAGACA-GTCCAAA
* * * * * * * * ** * ** * *
22199152 TAATCATAATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTCATCAAAAAAC
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * **
22199217 AATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTC
66 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTACTAATATTC
22199276 TTAAAATTAA
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 118 0.17
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATAATTTACTAATATTCAACAATT
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AATAATTATCAATTTAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA
AAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAAGAAATCTATTTACCGAGACAGTCCAAA
Found at i:22199126 original size:538 final size:537
Alignment explanation
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Period size: 538 Copynumber: 3.2 Consensus size: 537
22198059 ACCAAATAAG
* * *
22198069 TTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
22198134 TAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAGTAATATTT
66 T-AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
* * * *
22198199 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAACAAATATGTTTACCTAACAAGTTTAAATAATAATAA
130 T-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATAATAA
* * * * * *
22198264 CTGTTTGAATAATTATCTACTTTAAATTGTTATGACCTTTTTTTATCATAAAACAATTGTATCAA
194 CTATTTAAATAATTATCTACTTTAAATTGTTACGACATTGTTTTATCATAAAACAATAGTATCAA
* * *
22198329 TTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTATAAAAATTAATAAGTAA
259 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
22198394 GAGATTTAAAAAAGGATTTTGTTTACTGAACATGTCCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAT
324 AAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACTAAAAAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
22198459 CTATTTCAAATTATCATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAGTTGCTTCTATTCATACAAGTTTA
389 CTATTTCAAATTATCAAGACCTTTTGTCTTGTAATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAGTTTA
22198524 TTCCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAGGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
454 TTCCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAGGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
*
22198589 AATCTATTT-TCTAAACACA
519 AATATATTTATC-AAACACA
* * *
22198608 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTGAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
*
22198673 TAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAA-AATTT
66 TAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT
* * * *** * * *
22198736 -CAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGAC
131 ACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAACAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATAATAAC
* * *
22198800 TATTTAAATAATTATTTA-TTTCAAATCT-TTACGATCATATGTTTTGTCATAAAACAATAGTTT
195 TATTTAAATAATTATCTACTTT-AAAT-TGTTACGA-CAT-TGTTTTATCATAAAACAATAGTAT
* * * * *
22198863 CTATTCATACAAGTTTATTGCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-GACAATTAATA
256 CAATTCATACAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATA
* * *
22198927 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
319 AGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACTAAAAAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
22198992 ATTATTTATTTTAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAA
384 ATTATCTATTTCAAATTATCAAGACCTTTTGTCTTGTAATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAA
* * **
22199057 GTTTATT-CAGATTAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTTGATA-G-TTAATAAGTAAAAGACT
449 GTTTATTCCA-AATAAAATAATATAAATTTACTAATA-TTCCA-AGGATTAATAAGTAAAA-A-T
* * **
22199118 TT-AAAAATAAATATGTTTATCGAACAGG
509 TTAAAAAATAAATATATTTATCAAACACA
* * * * * * * **
22199146 TTCAAATAATCATAATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC-
* * * * * * *
22199211 AAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATT
65 ATAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
* ** * * * * **
22199275 CTTAAAATTAAT--GTGTAAG--TT-----C-TA-ATAGTTA-TG-ACTA-TTTGAATAAT--TA
129 -TTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATAATA
* * * * * * *
22199324 TCTATTTGATATCATTAT-GACCTTT---TTGTT------TTG--TTAT-A-AAACCATTA-TTT
193 ACTATTT-AAATAATTATCTA-CTTTAAATTGTTACGACATTGTTTTATCATAAAACAATAGTAT
*** * *
22199374 TTGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAAA
256 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATA
* * * * ** * *
22199437 TAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGA-TTA-TCGAGCAAGTTCAGATAGTTACT-ACTATTTG
319 -AGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATCT-ATTTACT-AAAAAAGTCCAAATAGTTA-TGACTATTTG
* * * * * * *
22199499 AACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCA
380 AACAATTATCTATTTCAAATTA-TCAAGACCTTTTGTCTTGTAATAAAATAATTGCTTCTATTCA
* * * * ** * * *
22199563 TATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAG
444 TACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAGGATTAATAAGTA-AAA
* * *
22199627 ATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACA-A
507 ATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACACA
* * * * * *
22199657 GTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGCCATTTTGTATTGTC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
*
22199722 CTAAAACAATTGTTTCTATTCAT
65 AT-AAACAATTGTTTCTATTCAT
22199745 GCAAATTATT
Statistics
Matches: 926, Mismatches: 171, Indels: 107
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
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Consensus pattern (537 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
TAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT
ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATAATAACT
ATTTAAATAATTATCTACTTTAAATTGTTACGACATTGTTTTATCATAAAACAATAGTATCAATT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAA
GATTTAAAAAAGAAATCTATTTACTAAAAAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATTATCAAGACCTTTTGTCTTGTAATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAGTTTATT
CCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAGGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
TATATTTATCAAACACA
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22199288 TGTAAGTTCT
*
22199298 AATAGTTATGACTATTTG
1 AATAATTATGACTATTTG
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1 AATAATTATGACTATTTG
*
22199332 ATATCATTATGAC
1 A-ATAATTATGAC
22199345 CTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATGACTATTTG
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Indices: 22199162--22199434 Score: 343
Period size: 149 Copynumber: 1.8 Consensus size: 148
22199152 TAATCATAAT
* * *
22199162 TATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCA
1 TATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTATATCA
* * * *
22199227 GTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTTAAAATTAATGTGTA
66 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGTGTA
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131 AGTTCTAATAGTTATGAC
* * ** * * * * *
22199310 TATTTGAATAATTATCTATTTGATATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAACCATTATTTT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTATATC
* *
22199375 TGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAA
65 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA
22199435 AATAGTAAAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 18, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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TATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTATATCA
GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGTGTA
AGTTCTAATAGTTATGAC
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Alignment explanation
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22198953 TTTACTAAAA
* * **
22198963 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTAAGACTTTTTGTTTTG
* * * *
22199028 TAATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATAATTTATTAATAT
66 TAATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATAT
** * * * * * *
22199093 TTTGATAGTTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAGGTTCAAATAATCA
131 TTCAAAAATTAAAAAGTAAAAGAATTTAAAAATAAATATGATTATCGAACAAGTTCAAATAATCA
* * * *
22199158 TAATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGT
196 TAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGT
* * *
22199223 ATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTTAAAATTAATG
261 ATCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
22199288 TGT
326 TGT
* * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTAAGA-CTTTTTGTTTT
* * *
22199356 GTTATAAAACCATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATATAAATTTATTAA
65 GTAATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATAT-AATTTATTAA
* * *
22199420 TATTTCAAAAATTAAAATAGTAAAA-AATTTAAAAAATAAATTTGATTATCGAGCAAGTTCAGAT
128 TATTTCAAAAATTAAAA-AGTAAAAGAATTT-AAAAATAAATATGATTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * * ** * *
22199484 AGTTACT-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTTATAAAA
191 AATCA-TAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACT-TTTTGTTTCATCAAAAAA
* * *
22199547 TAATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
254 CAATTGTATC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
22199611 AATTAAT
318 AATTAAT
22199618 AGGTAGGAGA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 43, Indels: 13
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (328 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTAAGACTTTTTGTTTTG
TAATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAAAAAGTAAAAGAATTTAAAAATAAATATGATTATCGAACAAGTTCAAATAATCA
TAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGT
ATCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
TGT
Found at i:22199735 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22199291--22199770 Score: 533
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 181
22199281 ATTAATGTGT
* * * * * *
22199291 AAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGATATCATTATGACCTTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTT
* * * * *
22199356 GTTATAAAACCATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
65 GTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
* * *
22199421 ATTTCAAAAATTAAAATAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGATTATCGAGC
130 ATTTCAAAAATT-AAATAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGATTACCAAAC
* * *
22199474 AAGTTCAGATAGTTACT-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
22199538 GTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
65 GTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
** * *
22199602 TA-TTCTAAAAATT-AATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCAAAC
129 TATTTC-AAAAATTAAATA-GTAAAAAATTTAAAAAATAAAT-TTGATTACCAAAC
* * *
22199655 AAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG-CCATTTTGTATT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTT
** * * * **
22199719 GTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAA-ATTATTTAGGATAAAATAATAT
65 GTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
22199771 TGATCTATTA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 39, Indels: 18
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 23 0.09
181 107 0.43
182 74 0.29
183 45 0.18
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAAATAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGATTACCAAAC
Found at i:22199765 original size:511 final size:504
Alignment explanation
Indices: 22198781--22200118 Score: 1309
Period size: 511 Copynumber: 2.6 Consensus size: 504
22198771 TTTACCGAGT
* * * * * *
22198781 GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCTTTACGA-TCATATGTTTT
1 GAGTTCTAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTT
* * *
22198845 GTCATAAAA-CAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTGCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
64 GTCATAAAACCATTA-TTT-TTTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
22198909 ATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTAAAAAAGTTCAAA
126 ATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGATTTACTGAACAAGTTCAAA
* * *
22198972 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGTAATAAAAT
190 TAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTAATAAAAT
* * * * * * * *
22199037 AATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTGATAG
253 AATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * *
22199101 TTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAGGTTCAAATAATCATAATTATT
318 TTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATAATTATT
* * *
22199166 TAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCAGTTC
383 TAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCAGTTC
* ** * * **
22199231 ATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTT-AAAATTAATGT
448 ATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAAT-TT-TTGAAAATTAATAA
* *
22199289 GTAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGATATCATTATGACCTTTTTGTT
1 G--AGTTCTAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTT
* *
22199354 TTGTTATAAAACCATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
62 TTGTCATAAAACCATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * *
22199418 AATATTTCAAAAATTAAAATAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGA-TTA-TCGAGCAAGTTCA
125 AATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGATTTACT-GAACAAGTTCA
* * *
22199481 GATAGTTACTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAA
188 AATAGTTA-TACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAA
22199546 ATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
251 ATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* ** * * * *
22199611 AATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTC
316 AATTAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATAAT-
* * * * ** *
22199674 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGCCATTTTGTATT-GTCCTAAAACAATTGTTTC
379 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGT-TTCATCAAAAAACAATTGTATC
* * ** * *
22199738 TA-TTCATGCA-AATTATTTAGGATAAAATAATATTGATCTATTAATTTTTGAAAATTAATAA
443 -AGTTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTGAAAATTAATAA
* ** * * ** * ** *
22199799 GAGATT-TAAAAACTA-AATCCATTTTTTGAA--A-C-AGTTCAAATTGTTATGA-TTTTTTTTT
1 GAG-TTCTAATAGTTATGA-CTATTTAAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * * * * * *
22199857 TGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAACCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTACTAA
63 TGTCATAAAACCATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
22199922 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATAAATGTG-TTTGCTGAACCAA-TTCAAAT
127 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGATTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
22199985 AATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACA
191 AGTT-ATACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAATA
* * * * *
22200050 ATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAT
254 ATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
22200115 TAAT
319 TAAT
22200119 GAGCAAGAGA
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 114, Indels: 63
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
501 149 0.22
502 79 0.11
503 3 0.00
504 12 0.02
505 1 0.00
506 1 0.00
507 2 0.00
508 16 0.02
509 5 0.01
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512 128 0.19
513 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (504 bp):
GAGTTCTAATAGTTATGACTATTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
CATAAAACCATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
TACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT
CTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
TAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACAAT
TATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCAGTTCATACAGAA
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTGAAAATTAATAA
Found at i:22200605 original size:168 final size:175
Alignment explanation
Indices: 22199849--22201357 Score: 589
Period size: 181 Copynumber: 8.5 Consensus size: 175
22199839 TTGTTATGAT
* * * * * * * *
22199849 TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATATAACCTTATTCGGATTAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** * * *
22199913 ATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAATATAT-T--AAAAT-AAT-CATTTAC-CAAACAA
* * * * *
22199978 -TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTCTAACC
123 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCT-TTATGACC
* * * * * * *
22200030 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
22200095 TTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGAATTAAAA-AA--A--T---AAACAAGTTCA
66 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AACAATA-TATTAAAATAATCATTTACCAAACAAGTTCA
*** * * * * *
22200151 AATAGATT-TTCCTATTTGAATCATTTAT-TAATTTCAAGTCATTATGACC
128 AATAG-TTAAAACTATTAGAA-CAATTATCT-ATTTAAAATCTTTATGACC
** * * ** * * * * * *
22200200 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAATCATAAAAACTTA-TCCAAA-AAAAAAAAACTAT
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * ** *** *
22200263 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACCTAAAGATATTTTTAGAACCAGT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAATATA-TTAAAA--TAATCAT-TTACCA-AACAAGT
* ** * * * ** * * * *
22200328 TCAAATAATTATTATTATTTGAACAAATATAAATATCAAAT-TGTAGTGATC
125 TCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTA-TGACC
** * * * * *
22200379 TTTAT-TTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAATCTTATTAG-GATAAAAATAATACT
1 TTT-TGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACT
* * * *
22200442 AATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAA-AA-A-A-T-AAAT-AT-GTTTGCCAAACCAGTTCAA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAATATATTAAAATAATCATTTACCAAACAAGTTCAA
* *
22200500 ATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTT-TGATC
129 ATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATC-TTTATGACC
* * *
22200547 TTTTGTTTGGTTATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
22200612 TTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAATATATTTTAAAAAATAAATCCATTTATCGAACAA
66 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-CAATATA--TT--AAAAT-AAT-CATTTACCAAACAA
** *
22200676 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACC
123 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACC
* * * * * * * * *
22200729 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATACAATAATACTAC
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
22200794 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAGTCAATTTGCTAAATC-AG
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAATATA-TT--AAAATAA-TC-ATTTACCAAA-CAAG
* * *** * * * * *
22200858 TTCGAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACC
124 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACC
* * **** * * * *
22200910 TTGTGTTTTGTCATAAAA-AATTTGTTTTTCAACATCCAAGTTTATTCAAAATTAAATAATACTA
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * ** ** *
22200974 ATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTAGTGAAAC-GGTT
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACA-ATATATTAAAAT-AA-TCATTTA-CCAAACAAGTT
* ** * * * * * * *
22201037 TAAATAGTTATGACTGTTTGAACAGTTATCTATTTCAAAT-TGTTTTAACA
126 CAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCT-TTATGACC
* * * * * * * *
22201087 TTTTATTCT-ATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATT-GGATTAAAATAATGCTA
1 TTTTGTT-TGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** *
22201150 ATTTAGTAA-AATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGTTTTAAAAAATAAATTCGTTTGTCAAACCA
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAC-AATA-TATT--AAAAT-AA-TCATTTACCAAACAA
* * * * *
22201214 GTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAATAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGAGC
123 GTTCAAATAGTTAAAACTATTA-GAACAATTATCTATTTAAAATCT-TTATGACC
* * * * * *
22201267 TTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTCAACTT-ATACAAGTTTATTC-AAGA-AAGAATAAAAC
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-ATAA-AATAATAC
*
22201329 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAA
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
22201358 GTAAGAGATT
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 227, Indels: 152
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 156 0.15
169 29 0.03
170 65 0.06
171 4 0.00
172 3 0.00
173 1 0.00
174 3 0.00
175 6 0.01
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177 84 0.08
178 16 0.02
179 68 0.07
180 125 0.12
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182 140 0.14
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAATATATTAAAATAATCATTTACCAAACAAGTTCAAAT
AGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACC
Found at i:22200920 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22200487--22201408 Score: 648
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 178
22200477 ATATGTTTGC
* * ** * * * *
22200487 CAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATT-TTGATCTTTT
1 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATT-ACCTTTT
* * * * * *
22200551 GTTTGGTTATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
65 GTTTTGTCATA-AAAAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTA
* * * *
22200616 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAATATATTTTAAAAAATAAATCCATTTAT
128 TTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGATA-TTTAAAAAATAAATCAATTTAT
* * * * *
22200669 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTG
1 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTG
* * * *
22200734 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATACAATAATACTACTTTAT
66 TTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATA-AATAATACTAATTTAT
* * *
22200799 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAGTCAATTT-G
129 TAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGATATTTAAAAAATAAATCAATTTAT
* * * *
22200849 CTAAATC-AGTTCGAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTG
1 C-AAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTT
**** *
22200913 TGTTTTGTCATAAAAAATTTGTTTTTCAACATCCAAGTTTATTCAAAATTAAATAATACTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAAAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAA-TAAATAATACTAATTT
* * ***
22200978 ATTAATATTTCAAGAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGT
127 ATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATATTTAAAAAATAAATCAATTTA-T
* * * * ** * * ** *
22201028 GAAAC-GGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGTT-TTAACATTTT
1 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATT-ACCTTTT
* * * * * ** ** * *
22201091 ATTCTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATT-GGATTAAAATAATGCTAATTTA
65 GTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTA
* * * * *
22201155 GTAAAATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGT-TTTAAAAAATAAATTC-GTTTGT
128 TTAATATT-TAAAAAATTAATAA-GAAGA-TATTTAAAAAATAAA-TCAATTTAT
* * * * * * * * ** * *
22201207 CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTG
1 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTG
* * * * *
22201272 TTTCGTCATAAAATAATTATTTCAACTT-ATACAAGTTTATTCAAGAA-AGAATAAAACTAATTT
66 TTTTGTCATAAAA-AATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTCAA-AATA-AATAATACTAATTT
* * * * * *
22201335 ATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTAT
127 ATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGATATTTAAAAAATAAATCAATTTAT
** *
22201388 TGAACTAGTTCAAATAATTAT
1 CAAACAAGTTCAAATAATTAT
22201409 AACTATTTCA
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 127, Indels: 59
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 35 0.06
177 89 0.15
178 7 0.01
179 7 0.01
180 98 0.17
181 214 0.37
182 132 0.23
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
CAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTG
TTTTGTCATAAAAAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATATTTAAAAAATAAATCAATTTAT
Found at i:22201333 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 22200467--22201416 Score: 862
Period size: 357 Copynumber: 2.6 Consensus size: 354
22200457 CAAAAATTAA
*
22200467 TAAAAAATAAATAT-GTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAAT-TCGTTTG-CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAATAATTATCTATT
* * * * * * * * *
22200531 TAAAATCATTTTGATCTTTTGTTTGGTTATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCG
63 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTCAACTT-ATACAAGTTTATTC-
* * *
22200595 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAATATATTTTAAAAAATAA
126 AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAA
22200659 ATCCATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTA
184 ATCCATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTA
* * * * * * * ** *
22200724 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATACAATAAT
249 TAACATTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAAT
* * * * *
22200789 ACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATT
314 ACTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAGATATT
* * * * * * * * *
22200830 TAAAAAAT-AAGTCAATTTGCTAAATCAGTTCGAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTC-GTTTGC-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATCTATT
* * * * * *
22200894 TTAAATCATTATTACCTTGTGTTTTGTCATAAAA-AATTTGTTTTTCAAC--ATCCAAGTTTATT
63 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAA--T-TATTTCAACTTATACAAGTTTATT
* **
22200956 CAAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
125 CAAAA--AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCC
* * * * * * *
22201021 GTTTAGT-GAA-ACGGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAGTTATCTATTTCAAAT-TGTTTT
188 ATTTA-TCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCT-TTAT
* * * *** * *
22201083 AACATTTTATTCTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTAT-TGGATTAAAATAATG
250 AACATTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATA
22201147 CTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGT-TT
315 CTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAGA-TATT
*
22201187 TAAAAAATAAATTCGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTT
1 TAAAAAATAAATTCGTTTG-CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAATAATTATCTATTT
* ** *
22201252 CAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTCAACTTATACAAGTTTATTCAAG
64 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTCAACTTATACAAGTTTATTCAA-
* * * *
22201317 AAAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCT
128 AAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCC
* * * *
22201382 ATTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTT
188 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
22201417 CAAATTTATG
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AATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTCAACTTATACAAGTTTATTCAAAAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTATCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATAACATTTTATT
CTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTA
AAATTCTAAAAATTAATAACTAAGATATT
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* * * *
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* * * *
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* * * * *** *
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* * * * * * *
22211721 TTCTAAAAATTAAAAAGTAA-ATATTT-AAAAATAAATATG-TTATCTAAACATGTTCAAACATT
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*
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* * * * *
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1 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATATTC
* * * * * * * * *
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* *
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* * *
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22212068 ACTAATTTAT
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TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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** *** * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
22212534 TCATAAAACCATTGTTTCTATTGATA-TAGTTTTATTCA-TAATAAAATAATGCTAATTTATTAA
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* * ** * ***
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* * * * * * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * **
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66 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
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* * * *
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1 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * **
22213072 GTCATAAAATAATTATTTTC-GTTCATACAAGCTTCTTTGGATTAAACTAATGTTAATTTATTAA
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* * * * *
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129 TA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC
* * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * *
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** * * * *
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* * * * **
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * **
22213431 TTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * * *
22213495 TTTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATGAATCTTTTTTTTGAAC
130 ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * * *
22213546 ACGTTTTAAA-AGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTT
1 AAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
22213727 AAGTTCAAGTAGTTATGACTTTTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* *
22213792 TCATAAAACAATTATTTT-TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * * * *
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130 ATTCAAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** ** * * *
22213973 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGTAAAATTATTCA-AAATAAAATAATACTGATTTATCAGT
66 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * *
22214037 ACTT-TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTT-TCTGAA-
130 A-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC
* ** * * *
22214084 ACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCGTCTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTT
1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
22214148 GTCATAGAATAATTGTTTT-TTTTCATTCAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTAATA
65 GTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * **
22214211 ATATTCCAAAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAA-
128 ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * * * * *
22214261 ATAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTTTGTTTA
1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
22214326 GTCATAAAACAATTATTTC-AGTTTATACAAGTTTATCCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
22214389 ATATT-AAAAAATTTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAAT-TGTTTATTGAAC
128 ATATTCAAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * *
22214440 AAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAAAAATTATTCTAACTATTTTAAATTGTTATGACCTTTT
1 AAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA---T--CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * *
22214504 GTTTTGTCATAAAGCAATTATTTC-AGTTCATA-AAGATTTATCTA-AAATAAAATAATACTACT
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* * * * * * * *
22214566 TTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTGAAC
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* * * * * * * * *
22214627 CAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTC
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
22214691 TCATAAAACAATTGTTTCTAATCATCCAAGCTTATTCG-GATAAAAATAATAATAATTTAATAAT
66 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
22214755 ATTTC-AAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAGAAAATAAATGTATTT-GCTGAACC
130 A-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-C
* ** *** * * * ****
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTT
**** * * * *
22214858 AAAAACTAAAACTATTTTTTGAACCAGTCCA-A-ATAG-TTATGACTATTTAAATAAATATCAAT
64 TGTCA-TAAAACAATTTTTT---CTA-TTCATACA-AGCTTAT---TA--GAAATAAA-AT-AAT
* * ****** * * **** * * *
22214920 -CTCAAATCATT-ATGA-TCTTTGTTTTCTCATAA--AACA-ATTGTTTCTAAT-CATCCAAGCT
116 ACT-AATTTATTAAT-ATTC-AAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAAT-C-TGTT
22214978 TATTCGGATA-
174 TA-TC-GA-AC
** * * * * ** **
22214988 AAAATAATAATAGTTTAAT-AATATTTCAA-AA--AT-TAATAAAAGAT--TTA-GAAAATAAAT
1 AAGTTCA-AATAG-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCGTTATG-ACCT---T
* * * * *** * *
22215045 TT-ATTTG-C-T-GAACCAGTTTAAATATT--T--AAGAC-TATTAG-AAT--AATTAT-CTATT
58 TTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTAGAAATAAAATAATACTAAT
* * * ****** * * **** *
22215097 TTAAATCATTTTGACTTTTTGTTTAATCATA-TAATAGTTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATT-
122 TT-ATTAATATT--C-AAAAAATTAAT-A-AGTAAGAG--ATTT-AAAAAATA-AATCTGT-TTA
* *
22215159 TGGAAT
176 TCGAAC
** * * * * * *
22215165 AAAAT--AATA-TTA--A-T-TTATTAAC-ATGTGTTTGTTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAAT-TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * ** ** * * * **
22215222 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACCTATTGTTTTGTCATAA
64 ---T-G-T----C-ATA-AAAC-A--ATTT-TTTCTA-TTCATACAAGC--TT-ATTAGAAATAA
* * * ** * * * * *
22215287 AATAATTATTTCAGCTCATACAAGCATATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTA-ATATTTAA
110 AATAA-TA-CT-A-AT-TTATTA--ATA-TT-CAA-AAAAT-TAA-TAA-GTA--AGAGATTTAA
** ***
22215351 AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTC
160 AAAA--TA-AA-T--CTG-TTT---ATCGAA--C
** * * * *
22215385 TATTTATCAAACTAGTTCA--AGTAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCATTA
1 -AAGT-TCAAA-TAGTT-ATGACT-ATT-TGAAC-A--A------TTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * * *
22215447 TTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAC
51 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAA
* * * * ** * * *
22215511 CACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAGGTAAATATGTTTACCAA
115 TACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
22215576 AC
180 AC
* * * * * * * * *
22215578 CATTTCAAATACTTTTGACTATTTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * * *
22215643 TCATCAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCTATTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAAT
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*** * * * * * * ** * *
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130 ATTCAAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC
* * ** ** * *
22215759 CAGTTCAAATAGTTAAGACTAGATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
22215824 TCGTAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
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* * * *
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130 A-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA--C
* * ** *
22215941 AA-TTCAAAT-GATTAAGACTGTTAAAACAATTATCTATTTGAAATCGTTCA-GACCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
22216003 AGTCATTAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTA-AAATAAATTAATACTAATTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * *
22216067 ACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATCAAAC
128 ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
22216186 TCATAAAACAATTATTTC-AGTTAATAGAAGCTTA-GATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
66 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTA-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
22216249 TATTTCCTAAAATAA-TAAGTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATC
129 TA-TT-C-AAAA-AATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-C
* * * * * ** * * *
22216306 -TGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATCATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTGTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * *
22216369 ATCATACAACAATTGTTTT-TAATCATAAAAGCTTATTCA-TAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
22216432 ATATT-TAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TATTTACCGAGC
128 ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATCGAAC
* * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * * * * * *
22216544 ATTATAAAACAATTATTTTTTA-TCATAGAAGTTTATT-CAATTAAAAATAATACTAACTTAATA
65 GTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * **
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128 ATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* ** * * * * * * * * *
22216661 TAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATATTTATATATTTCAAACCATTCTAACCTTTT-TCTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTT
* * * *
22216725 GTCATAAAA-TATTTGTTTC-ATATCTTACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATCCAAATTTATT
65 GTCATAAAACAATTT-TTTCTAT-TCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
22216787 AATATTTAAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAAT-ACTGTTTTTTACCAAAC
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* * * * *
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* * * ** * ** *
22216907 AT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTACATAAAATATTATCCA-AAATAAAATAATACTAATTCCTTG
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* * * * *
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128 ATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATC-GAAC
* ** * ** * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * **
22217087 TCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTAATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
22217256 TCATATAACAATTATTTTCTATT-ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
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** * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
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* *
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129 TA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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** * * * * *
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* * * ** * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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66 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
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130 ATTCAA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * *
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1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
** * **
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* * * * *
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128 ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC
*
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *** *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* ** * ** *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
22219284 ATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTTTCAAAC
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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*** * *
22219463 ATTCAAAAAATTAATAAACGAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
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* * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
22219567 CTGAAATAAA
Statistics
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *** * *
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* * * * * *
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* ** * * * **
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* ** * *
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** * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
22212253 GTT-A--A-TAAGATATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGATCTAGTTTAAATAGTTATGAATAT
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* *** * * ** ** *
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* ** * ** *
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253 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * *
22212439 --AGATTTGAAAAATAAATATGTTCACCAAACTAGTTCAATTAATTATAACAATTTGAACAATTA
317 AAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTTCCAAA-AAGTTTAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATT-
* * * * ** * * *
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378 TTTATTCCAAATCGTTATGA-C-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATTCA-AG-C
*** * * * * ** **
22212565 TTATTCATAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATGTGTAATGGATTTAAAA
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* * ** ** *
22212630 AATGAAT-CGTTCGCCTG-ACCAGTGCAAATA
502 AATAAATATGTT-TACTGAATAAGTTCAAATA
* * * * * * * **
22212660 GTTATGATTGTTTGCATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCACGAAACAA
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * * *
22212855 AACAATTACCTATATCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAT
193 AATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * *
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258 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* *
22212985 TTAAAAAATAACTCTGGTTACCAAATAAGTTCTAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTGTTTAT
323 TTAAAAAATAA-TCTGTTTTCCAAA-AAGTT-TAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTAT
* ** * *
22213049 TCCAAATCGTTATGACTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTTCGTTCATACAAGCTTCTTTGGA
383 TCCAAATCGTTATGACTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATTCAAGCTTATTTGGA
* ** * *
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511 GTTTACTGAATAAGTTCAAATA
* * * *
22213200 GTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTTTGTCATAAAATAAT
1 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** ** * * **
22213265 TGTACTAGTTCATA-TGGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCTAAAATTA
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*
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131 ATGAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** * ** * *
22213394 ATAATTTTCTAGTTCAAATCATTATGA-CAATT-TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATA
194 ATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * *
22213457 CAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATT
259 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * ** * * * * * * *
22213521 TTAAAAATGAATCTTTTTTTTGAACACGTTTTAAAAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTT
324 TAAAAAAT-AATC-TGTTTTCCAAAAAG-TTTAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTC
* * * ** * *
22213586 CAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTATTCATTCAA-TTATATTTGA
385 CAAATCGTTATGAC--TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATTCAAGCT-TATTTGG
* * * * * *
22213650 AATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAGTAAATAAAATATTTAAAAAATAAATT
447 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAAT-AATAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* *
22213715 TGTTTACTGAGTAAGTTCAAGTA
510 TGTTTACTGAATAAGTTCAAATA
* * ** * *
22213738 GTTATGACTTTTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACA
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* ***
22213802 ATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA
64 ATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * * * * *
22213866 CTAAT-AGATAAGAGATTTTAAAAACAAGTCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCAT
128 TTAATGAG-TAAGAGA-TTTAAAAA-AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** *
22213930 TTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT
190 TTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** ** * * * *
22213995 CATGTAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACT-GATTTATCAGTACTT-TGAAAATTAATAAG--
255 CATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTA
* * * * *
22214055 --AGATTTAAAAACTAAATATGTTTTCTGAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
317 AAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTTC-CAAAAAGTTT-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTT
*** * * *
22214118 TCCGTCTCAAATCGTTATGATTTTTATTTTGTCATAGAATAATTGTTTTTTTTCATTCAAGCTTA
379 TTATTC-CAAATCGTTATGA-CTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATTCAAGCTTA
** * * *
22214183 TTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA-AAATAATAAGAGATTTAAAAAATAA
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* * *
22214247 ATGTGTTTGCCGAA-ATAGTTCAAATA
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* * * *
22214273 GTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACA
1 GTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
22214337 ATTATTTCAGTTTATACAAGTTTA-TCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAAA
64 ATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* *
22214400 TTTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAAT-TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATT
128 -TTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATT
* * ** * *
22214463 TGAAAAATTATTCTAACTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTC
191 TGAATAATTA--C---CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** *
22214528 -AGTTCATA-AAGATTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTTATTAATATTTAGAAAATTAATA
251 TA-TTCATACAAG-CTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATA
* * * * * ** ** ** *
22214591 AGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTGAACCAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
313 AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCT-GTTTTCCAAAAAGT-TTAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * * *
22214656 AATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATCCAAG
375 ATTTTTATTC-CAAATCGTTATGA-CTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATTCAAG
* * * * * * *
22214721 CTTATTCGGATAAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAA--ATTAATAAAAGATTTAGAAA
438 CTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAA
* * * * *
22214784 ATAAATGTATTTGCTGAACCAA-TTTAAATA
503 ATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATA
* * * * * ** *
22214814 ATACTACTTTATTAATATTTAGAA-AATTAATAAGCAAGAGATTT-AAA-AACTAAAACTATT-T
1 GT--TA---TA--ACTATTT-GAATAATT-AT---C----TATTTCAAATCATTATGACTTTTGT
* * * * ** * * ** * ** *
22214875 TTTGAACCAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATA-AATATCAATCTC-AAATCATTATGAT-C
50 TTTG--TCA-T-AAAACAATTAT-TTTAGTT-CATACAAGCT-TAT-TCGAAAT-AAAATAATAC
* * * ** **** * ** * *
22214937 T-TTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCA-TCCAAGCTTATTCGGATAAAAATAATAATA
106 TAAT-TTAT-TAAT-ATTCAA-AAAAT-TAATGAGT--AAG-AGATT----TAAAAAAAAT-CTA
* * * * ** * ** * *
22215000 GTTTAAT--AA-TATTTCAAA-AATTAATAAAAGATTTAGAA-AATAAATTTATTTGCTGAACCA
158 -TTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTT-AT-GACTATTT-GAATAAT-TACCTATTT-C-AAATCA
** * ** * * * * * * *
22215060 GTT-T-A-AATAT-TTAAGACTATTAGAATAA-T-TATCTATT-TTA-AATCATTTTGACTTT-T
215 -TTATGACCTTTTGTTTTGTC-A-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC---TT-A-TTTCA
** ** * * * * * * *
22215116 TGTTTAATCATATAATAGTTGT-TTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATATTAA
272 AATAAAATAATATAA-A-TT-TATTAATATTCAGA-AA-ATTA-AT--AAGTAAAA-GAT-TTAA
** * * ** * *
22215178 TTTATTAACATGTGTTTGTTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAA
327 -AAAAT-A-ATCTG-TT-TTCCAAA-----A--A------GTTT-AATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
22215243 CAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACCTATTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAGCTCATA
373 CAATT-TTTATTCCAAATCGTTATGA-CT-TTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATT
* * * * ** * *
22215307 CAAGCATATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAAGAGATT
434 CAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAA-TAAAAGATT
* * * * * *
22215372 TAGAAAATAATTCTATTTA-TCAA-ACTAGTTCAAGTA
497 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAATA--AGTTCAAATA
* * * * *
22215408 ATTATAACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAA
1 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * ** * *
22215473 TTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATACCACTAATTTATTAATATTTAGAAAATT
65 TTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT
* * * * * * * * * *
22215538 AATCAGTAAGAGATTTAAAAGGTAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAATACTTTTGACTATTTG
130 AATGAGTAAGAGATTTAAAA--AAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * *
22215603 AATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TGTTCA
193 AATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCA
* * ** * * * ** *
22215667 TGCTATTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACG-AGGAA
257 TACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAA-GTA--AA
* * ** * * * * * ** ** *
22215731 A-A-TTAGAAAGTAAATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAGATGAATGATTATC
319 AGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTTCCAAA-AAGTT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TT
* * * * * * *
22215794 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTAT
380 TATTCCAAATCGTTATGA-C-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATTCAAGCTTAT
* * * *
22215858 TCT-GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
443 T-TGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
22215922 AAATTTATTTACTAAATTCAA-TTCAAAT-
505 AAATATGTTTACTGAA-T-AAGTTCAAATA
* ** * * * * *
22215950 GATTA-AGACTGTTAAAACAATTATCTATTTGAAATCGTTCA-GACCTTTTGTTTAGTCATTAAA
1 G-TTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * * **
22216013 TAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAA
62 CAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
* * * * * * *
22216078 ATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAACAATTATCACTAT
127 ATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAA--AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * * * * *
22216143 TTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATCATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGT
190 TTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * ** ** **
22216207 TAATAGAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAAGTA
254 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTA
* ** *** * * * * **
22216270 ATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCTGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGA
317 A-AAG--ATTTAAAAAAT-AATCTGTTT-TCCAAAAAGTT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * * * **
22216335 TCATCTATTTCAAATTGTTATAACTGTTTGTTTTATCATACAACAATTGTTTTTAATCATAAAAG
376 T-TTTTATTCCAAATCGTTATGAC--TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATTCAAG
*** * * * *
22216400 CTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAA--ATTAATAAGAGATTTAAAAA
438 CTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAA
* * ***
22216462 ATAAA-ATTATTTACCGAGCCAGTTCAAATA
503 ATAAATA-TGTTTACTGAATAAGTTCAAATA
* * * * * * ** *
22216492 GTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAAT-AGTTAAGA-TGCTTGTTTCATTATAAAACA
1 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
22216555 ATTATTTT-TTATCATAGAAGTTTATTC-AATTAAAAATAATACTAACTTAATAATATTTC-AAA
64 ATTATTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
* * * * * ** * **
22216617 AATCAATAAGTACGAGATTTCAAAAATAAATGTGTTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA
126 AATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * * * *
22216682 TTAGAATATTTATATATTTCAAACCATTCTAACCTTTT-TCTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-A
189 TTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* ** * * *
22216745 TATCTTACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGC
253 T-TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGT
* * *
22216809 AAAA-ATTTTAAAAAATACTGTTTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
316 AAAAGA-TTTAAAAAATAATCTGTTTT-CCAAA-AAGTTT-AATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * * * * * * **
22216873 TATTTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTG-TTTCAGTACATAAAA
377 T-TTTATTCCAAATCGTTATGA-C-TTTATTTTG-TCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATTCAA
** **** * ** * * **
22216936 TATTATCCAAAATAAAATAATACTAATTCCTTGATATTTCAAAAATTAATAA-GCAAGAGTTTAA
437 GCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAATAAAAGA-TTTAA
* * * * *
22217000 AAACAT-AATTTTTTTTCTAAATAAATTCAAATA
500 AAA-ATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATA
* * * ** * *
22217033 GTTACAACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAA
1 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
22217098 TTGTTTCAGTTCATACAAGCTAATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
65 TTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT
* * * * * **
22217163 AATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCAAATTAGTTCAAAT--TT-T--C------
130 AATGAGTAAGAGATTTAAAAA--AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * *
22217217 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATTACC-TTCGGTTGGTCATATAACAATTATTTTCTATT-A
193 AATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCA
* * * ** *
22217280 TACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATATTTAAGA
257 TACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAAA
* * ** * * * * *
22217343 GATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAAAAATTATGACTATTTGAACTATTATCT
320 GATTTAAAAAATAA-TCTGTTTTCC-AAAAAGTT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTT
* * * * * * * * *
22217408 ATTTCAAATTGTTATTACCTTT-TGCTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT-AAGTTTG
381 ATTCCAAATCGTTATGA-CTTTAT--TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCAT-TCAAGCTTA
*** * * * * * *
22217471 TTCAAAATAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAAA--ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
442 TTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAAATAA
* *
22217534 ATTTGTTTA-TCAA-ACCAGTTCAAATA
507 ATATGTTTACTGAATA--AGTTCAAATA
* * * * * ** * * * *
22217560 GTTATGA-TCGTTTCAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATCAAACA
1 GTTATAACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *** *
22217624 A-TAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACA
64 ATTATTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
* * * * * * * * *
22217687 ATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA-CTGAACTAGATCAAATAGTCATAACTT
127 ATTAATGAGTAAGAGA-TTTAAAAA-AAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
22217750 TTTGAATAAATATCTATTTCAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AG
189 TTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * ** * * * *
22217813 CTCATATAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTGTA-AAAATTAATAACT
253 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-CAGAAAATTAATAAGT
* * * * * * **
22217876 AAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAATGATT
316 AAAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTTCC-AAAAAGTTT-AATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * **
22217941 ATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTCTATTCATAGAAGC
378 -TTTATTCCAAATCGTTATGA-C-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TATTCATTCAAGC
** * * * * *
22218005 TTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAACATTTAAA
439 TTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-A-AATTAATAA-TAAAAGATTTAAA
* * ** *
22218069 AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATCA
501 AAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAAT-A
* * * * ** * *
22218102 -TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATAACTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
1 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
22218166 TATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAAA-
66 TATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAAT
* * * * * * * **
22218229 TAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTAAAATCGTCGTGACTATT
129 TAATGAGTAAGAGATTTAA-AAA-AAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
22218293 TGAATACTTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-AGTT
191 TGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * *
22218357 CATATAAGC-TAATTGAAATAAAATAATAGT-AATTTATT-ATATTAAGAAAATTAATGAGTAAG
255 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * * * *
22218419 AGA-ATAAAAAATGAATCTATTTACCGAACATA-TTCAAATAGTTATTATTATCTAAATAATTAT
319 AGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTTCC-AA-AAAGTT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-T
* * * * * *
22218482 CTATTTCAAA-C---AT---TTTGTTTTGTCATAAACA-AATTGATTCTATTCATGCAAGCTTAT
379 TTATTCCAAATCGTTATGACTTTATTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTTTATTCATTCAAGCTTAT
** *
22218539 TTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
443 TTGGATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
22218602 AAATATTTTTTCTAAACACGTTCAAATA
505 AAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATA
* * * *
22218630 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAACC
1 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
22218694 AATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAA
63 AATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
* * * * *** * *
22218757 AATTAATAAGCAA-ATGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAGTGAGTTTAAATAGTTATGATT
126 AATTAATGAGTAAGA-GATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *** ** *
22218821 ATTTAAACAATTGTTTATTTCAAATCACAATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTA
188 ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* *
22218885 TTCATACAA-TTCTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAG
253 TTCATACAAGCT-TATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC-AGAAAATTAATAAG
** * * * * * * * * * * *
22218947 TAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCGTCGAATAAGTTCAAACAGTCATG-TTCATTTGAGCTA
315 TAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTT-TTCCAAAAAGTT-TAATAGTTATGACT-ATTTGAACAA
* ** * * * * ** * * * *
22219011 TTATCTATTTTAAATTGTTATCACATTTTGTTTTATTGTAAAACAATTGTTTTTATTTATACAAA
376 TT-TTTATTCCAAATCGTTATGAC--TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATTCAAG
* *** * * *
22219076 ATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAATAAAAGATTTAAAAA
438 CTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAA
* * *
22219139 CTAAATCTATTTA-TCGAACTAA-TTCAAATA
503 ATAAATATGTTTACT-GAA-TAAGTTCAAATA
* * * * * *
22219169 GTTATGACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGATCTTAAT-TTTT-TCATAAAACA
1 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTT-TTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * *
22219232 ATTATTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAGTCAAACATTGCTAAATTCA-TAATATTCTAAAA
64 ATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAA
* * * * * * *
22219295 ATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTTTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTAT
127 ATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
22219356 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTGGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGT
190 TTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * *
22219420 TCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACG-
254 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAAT-AA-GT
* * * * * *
22219483 AGAAA-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTGAAATATTTATGACTATTTGAATAAT
316 A-AAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTTCC-AAAAAGTT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
22219547 TATTTATT
377 T-TTTATT
22219555 TTAAATAGTT
Statistics
Matches: 5677, Mismatches: 1318, Indels: 856
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
520 5 0.00
521 72 0.01
522 97 0.02
523 83 0.01
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530 270 0.05
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534 147 0.03
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575 6 0.00
576 14 0.00
577 14 0.00
578 7 0.00
579 10 0.00
580 4 0.00
581 7 0.00
582 3 0.00
583 7 0.00
586 5 0.00
587 10 0.00
589 40 0.01
590 57 0.01
591 7 0.00
592 2 0.00
593 7 0.00
594 32 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
ATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
AATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * * *
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** ** * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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883 ATA
* * * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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771 TAATTGT-T-TTGTT-CAT-A-TAAG-CTTATTTG--AAATAAAATAATACTAATTT-A-TT-A-
* ** ** * * * * *** * **
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** *
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* * * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * *
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** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * * ** ** *
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566 ATCGTTATGACATTTT-TT-TGTCATAAAATAAT--TTTTTCGTTCATACAAAATTATTCAAAAT
* * * * * *
22217656 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAA-TAAATATAT
627 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAG-TAAGATTTTAAAAACTAAATATGT
* * * * * *
22217720 TTACTGAACT-AGATCAAATAGTCATAACTTTTTGAATAAATATCTATTTCAAAT-TTTATGACC
690 TTACTGAA-TAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C
* * * * * ** ** *
22217783 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGCTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAA
753 TTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
22217848 GTTATTAATATT-GTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCTAACAAG
817 TTTATTAATATTCCT-AAAA-TAAT-A-TAAGAGATTTGAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
*
22217912 TTTAAATA
878 TTCAAATA
* * * * ** * ** **
22217920 ATTATGACTATTTCAATGATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTG-TTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
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65 TTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAA-AAAA
* * * * **
22218048 TTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTAT
127 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTTCTGAAC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTAT
* * * ** * * * * *
22218112 TTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
189 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTT
* * ** * * * *
22218176 CATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAAA-TAATAAGTAAA
254 CATACAAGCTTA-CTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * ** * *
22218240 AGATTTAAGAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTAAAATCGTCGTGACTATTTGAATACTTAT
317 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
22218304 CTATTTCAAATCATTGTGA-CATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGCT
381 CTA-TTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* ** * * * *
22218367 AATT-GAAATAAAATAATAGTAATTTATT-ATATTAAGAAAATTAATGAGTAAGAGA-ATAAAAA
443 TATTCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
** ** * * * *
22218429 ATGAATCTATTTACCGAACAT-A-TTCAAAT-AGTTAT-TATTATCTAAATAATTATCTATTTCA
508 A--AATCTGGTTA-C-AA-ATAAGTTC-AATCA-TTATGT-CCATTTGAACAATTATATATTTCA
** * * **
22218490 AA-C---AT----TTTGTTTTGTCATAAACA-AATTGATTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAA
565 AATCGTTATGACATTT-TTTTGTCATAAA-ATAATTTTTTC-GTTCATACAAAATTA-TTCAAAA
* * * * *
22218545 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATT
626 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAACTAAATATG
* * * * * * *
22218609 TTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGAC
689 TTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-
** * *
22218673 CTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
752 CTTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *** ***
22218738 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA-AGCAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAGTG
815 AATTTATTAATATTCCTAAAA-TAATATA--AGA-GATTTGAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
*
22218802 AGTTTAAATA
876 AGTTCAAATA
* * * * * ** *
22218812 GTTATGATTATTTAAACAATTGTTTATTTCAAATCACAATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-A
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CAATTTG-TTTGTCATAAAACA
* ** *
22218875 ATTGTTTCTATTCATACAA-TTCTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
64 ATTGTTTCTATT-ATACAAGCT-TATTCCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAAAAA
* * * * * *
22218938 ATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TATTCGTCGAATAAGTTCAAACAGTCATG-TT
126 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTTC-T-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * ** * *
22219000 CATTTGAGCT-ATTATCTATTTTAAATTGTTATCACATTTTGTTTTATTGTAAAACAATTGTTTT
187 -ATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTT
* * ** * *
22219064 TATTTATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-
250 TGTTCATACAAGCTTACT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG
*
22219124 TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
313 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
22219188 TTATCCATCTCAAATCGTTATGATCTTAAT-TTTT-TCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAA
377 TTATCTAT-TCAAATCATTATGATCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * ** *
22219251 GCTTATTTGAAGTCAAACATTGCTAAATTCA-TAATATTCTA-AAAATTAATAAG----AGATTT
440 GCTTATTCGAAATAAAATAAT-AAAAATTTATTAATATTC-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
22219310 AAAAAATAAATGTGTTTTTCAAACT-AGTTCAAGT-AGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
503 -AAAAA-AAATCTG-GTTACAAA-TAAGTTCAA-TCA-TTATGTCCATTTGAACAATTATATATT
* * * *** **
22219373 TCAAATCGTTCTGACATTTGGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGA
562 TCAAATCGTTATGACATTT--TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCGTTCATACAAAATTATTCAA
* * *
22219438 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACG-AGAAATTTTAAAAAATAA
624 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAAT-AA-GTA-AGATTTTAAAAACTAA
* * * * * * * * *
22219501 ATCTGTTTACCGAACAAGTTGAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATAGTTA
684 ATATGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
*** *** * ** * ** * * * * * *
22219566 T--CTGAAATAAATGAT-ATTATTTTATTAATAT-TTCA-AAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAA
749 TGACT-TTTTTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTTGTTCATATAA--GCTTA-TTTGA-A-ATAAA
* * * * **
22219626 A-AATAAGTCAATTTATCGAATCGGTT-C--AAATAAT-TATG-GCCATTTGAGCAAT---TA--
807 ATAAT-ACT-AATTTAT-TAAT--ATTCCTAAAATAATATAAGAG--ATTTGAAAAATAAATATG
* * *
22219680 --T--C-TA-TA--TCAAATT
865 TTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
22219693 GTTAGGAACT-TTTG--T-TTTGTC-A--T--AA--A--AT---AA-TTGTCTT-TCATCATACA
1 GTTATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGT-TTGTCATAAAACA
* ** *
22219740 A--G--CCTATT-TGGAA---TA----A-AAT--AAT-AT-TAATTTATTAATATTC-AAAAATA
64 ATTGTTTCTATTATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCAAAAAATT
* * * * * * *
22219787 AATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC--TATT-T--ACCG---AACTAG--CT-CCTATGTGA
129 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * * * ** * *
22219841 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA
193 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCATA
* * * * *
22219906 CAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAA-A
258 CAAGCTTACT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGA
* * ** * * * * * * *
22219969 TTTAAAAAATAAATCTGTTT-GCTGAAGTATTTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCCA
320 TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* *
22220033 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
384 -TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* ** * *
22220097 TGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAGTTAATAAGT----GATTTAAAAAGTG
447 CGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA--A
* * * * *
22220156 AATCTGTTTACTAAATCAA-TTCAAATAATTATGGT-CATTTCAACACTTATTTATTTCAAATCG
509 AATCTGGTTAC-AAAT-AAGTTC-AATCATTAT-GTCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCG
* * * * * * **
22220219 TTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTGATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
570 TTATGACATTTT-TTT-GTCATAAAATAATT-TTTTCGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
22220284 AATACTAATTTATTAATCTTCCAAAA--ACTAA-TAAGAGTTTTAAAGAA-TAAATCTATTTACC
632 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGA-TTTTAAA-AACTAAATATGTTTACT
* *** * * * * * * * *
22220345 AAACCGGTTTGAATAGTTATGACCA-TTGAAATAACT-GCATACTTCAAATCATTATAACATTTT
695 GAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTG-AATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGAC-TTTT
* * * * ** *
22220408 ATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATGAA-CTTATTTGAAATAAAATACTGTTAATAT
757 TTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATAT-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * * * *
22220472 AATAAAATTCAAAAAATTAATAATTAAAAGATTT-AAAAACTAAATTTATTT-GC-AAAAATGAT
820 ATTAATATTCCTAAAA-TAAT-A-TAAGAGATTTGAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAA-G-T
*
22220534 TCTAATA
879 TCAAATA
* * * * * *
22220541 GTTAAGACTA-ATAAACAATTATTTATTTC-AA--ATTAT----TTTTGTCTTGTCATAAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGT-TTGTCATAAAACAA
* * * **
22220598 TTTTTTCAATTCATACTAGCTTATT-TGGAATAAAATAA-ATTGAATTTATTAATATTTC-AAAA
65 TTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATA-T-AATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * * *
22220660 ATTAACATA-TTAGAGATTCAAAAA-ATAATTTAGTTTACCT-AACTAGTTTAAATAATTATGAC
126 ATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAATA-AATCT-GTTT-TCTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
22220722 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAA-TACTTTT
186 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTT
* * * ** **
22220786 GTTTATATAAG-TTTCTTTGGAAT-AAA-AATACTAAACTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
251 GTTCATACAAGCTTAC--TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG
* * * * *
22220847 ----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAAT
313 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
22220908 TATTTCTT-AAATTC-TAATGAAT-TTTTGTTTTG-CTATAAAATAATAT-TTTTTGTTCATACA
378 TATCTATTCAAA-TCATTATG-ATCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACA
* * * * ** * * *
22220968 AGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-ATAATTAATAAGAAAAAAATTT
439 AGCTTATTCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * * * * * * * * *
22221032 TAAAAATAAATATGTTTACCGAACT-AGATCAAAT-AGTCATGACTATTTGAA-TA-TGTCTATT
502 TAAAAA-AAATCTGGTTA-C-AAATAAGTTC-AATCA-TTATGTCCATTTGAACAATTATATATT
* * * * * *
22221093 TCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTTATA-TAAGTTCATTTA
562 TCAAATCGTTATGA-CATTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCGTTCATACAAAATT-ATTCA
* * * * * * * *
22221155 AAGTAAAAAAATACTAAGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
623 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGA-TTTTAAAAACTAAAT
* * ** * * * * * * * *
22221220 CTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATA
686 ATGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
22221285 ACCTTTTATTTTGTCATAAAATGAATAT-TTTCTATTTATACAAGCTTATTTCATATAAAATAAG
751 A-CTTTTTTTTTGTCATAAAAT-AAT-TGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* ** * * * * *
22221349 ACAAATTTATTAATATT-AGATAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
812 ACTAATTTATTAATATTCCTA-AAATAATA--TAAGAGATTTGAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* *
22221413 TAAGTTCAAATC
874 CAAGTTCAAATA
* * * * ** ** *
22221425 TTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAGAACAA
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTG-TTTGTCATAAAACAA
* * ** *
22221490 TTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-T-C-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA
65 TTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTCCAGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * * *
22221552 A-TAATAAGTAA-AAAATTAAGAAATAAATATGTTTACGGAACTAGTTCAAATAGTGATGACTAG
126 ATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTTCTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * ** * *
22221615 TTGAACAATTATCTAATTAAAATAAATGTGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAT-T
189 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTT-TTGT
* * * * * * **
22221679 TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACCTC-AAAAATTGATAAGTTG
253 TCATACAAGCTTACT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
22221743 GATATTTAAAAAATAAGTC-AGTTTATCGAATAGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTA
316 AAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
22221807 TGTATTTTAAATCATT-TGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCA-CCGTACAAGC
380 TCTA-TTCAAATCATTAT-GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGC
* * * * ** * * * ** *
22221870 CTATTTGGAATCAAATAATACTAATTTATTACTATTTCA-AAAATTAGTACGTACGAGACTTAAA
442 TTATTCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
** * * * *
22221934 AAGTAAATCTATTTATCGAATCAGTTC---C--TA----C--TTGAACAATTATCTATTTCAATT
506 AA--AAATCTGGTTA-CAAATAAGTTCAATCATTATGTCCATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * * * * * ** **
22221988 TGTTATAAGCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAATCTTATTCGGAATAAA
568 CGTTATGA-CATTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTC-GTTCATACAAAATTATTCAAAATAAA
** * * * *
22222053 ATAATACTAATTTAAAAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTG
630 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGA-TTTTAAAAACTAAATATGTTTA
* * * *** * * * * *
22222117 TTGAA-ATA-TTTCAAACAGTCA-AGACTATACAAATAATAATATATCTCAAATCATTATAACCT
693 CTGAATA-AGTTT-AAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CT
* * * * * *
22222179 TTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTAA-ACTAA
754 TTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA-TAATACTAA
* * * * *
22222243 TTTATTAATATTTC-AAAAT-TTATTAAGTGATTT-AAAAAGTTAATATGTTTACCAAATC-AGT
817 TTTATTAATATTCCTAAAATAATA-TAAGAGATTTGAAAAA-TAAATATGTTTACCGAA-CAAGT
22222304 TCAAATA
879 TCAAATA
* * *** * **
22222311 ATTATGGCTATGCCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTT-GTCATAAAACAA
** * * * * * **
22222376 TTGTATT-TGAACATTCAAGCTTATT-CAAAATGAAATAATACTCATTTATTAATCTTTTAAAAA
65 TTGT-TTCT-ATTATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * *
22222439 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTTGTCGAACTAGTTCTAATAGTTATGA-TAT
127 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTTCT-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * * *
22222502 TTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAA-CAATTATTTTTGTT
189 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTT
* * * * * * * *
22222566 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAACAACTACGA
254 CATACAAGCTTACT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTA-AA
* * * * * * * *
22222631 A-A-TTAAAAAATAAAAT-TGTTTGTTGAACTAGTGCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAT
317 AGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * **
22222693 CTATTTCAAGTCATTGTAACCTTTTGTTTTATGATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTTGTACTAA-
381 CTA-TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATAC-AAG
* * * ** * *
22222756 TTTA-TCTAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATTTGCAAGAGATTT
441 CTTATTC-GAAATAAAATAATAA-AAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* ** ** * * * **
22222818 TAAAAAAATTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTC
502 TAAAAAAAATCTGGTTA-C-AAATAAGTTC-AATCATTATGTCCATTTGAACAATTATATATTTC
* * * * * ** * ***
22222882 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACATTTTT-GTCCATATC-AGTTTGTTTGG
564 AAATCGTTATGA-CATTT-TTTTGTCATAAAA-TAA-TTTTTTCGTTCATA-CAAAATTATTCAA
* *
22222945 AATAAAA-AATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAA-AT
624 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAACTAAATA-
* *** * * *
22223005 TATTTACTGAGCCAGTTCAAATAGTTA-AGACTA--TGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATG
687 TGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
22223067 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCATTTCATACT-AGCTTATTCGGAATAAAATAA-
751 AC-TTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT--GTTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * ** *
22223129 AATGAATTTGTTAATATTTCC-AAAATTAATTAGTAACATATTTGAAAAATAATTCTACTTACTG
812 ACT-AATTTATTAATA-TTCCTAAAA-TAA-TA-TAAGAGATTTGAAAAATAAATATGTTTACCG
* **
22223193 AA-ACGGTTTGAATA
872 AACA-AGTTCAAATA
* * * * * *** *
22223207 ATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CAATTTG-TTTGTCATAAAACA
* * * * * ** * * *
22223272 ATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGA-AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTAGAAAA
64 ATTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * ** * * *
22223336 TTAATCAGTAGGAGATTTAAAAGTAAATCTACTTAC-CATACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATT
127 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTTCTGA-AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* *** * * ** * *
22223400 TGAATAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAA-CAATTGGTTCTATT
190 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACCAATTATTTTTGTT
* ** * ** * *** *
22223464 CATACTATTTTATTCTTCAAAATAACATAATTTTAATTTATTAAAATTTTGAAAGTTAATAAGTA
254 CATACAAGCTTA--C-T-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTA
* * * *
22223529 ATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
315 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
22223594 TCTATTTGAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCT
380 TCTA-TTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
22223658 TACTTC-AAATAAAGTAATATAATTTTATTAATATTGA-AATAATTAA-AAATAAAAGATTTTAA
443 TA-TTCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAGAA-AATTAATAAGTAAAAGA-TTT-A
* * * * * * * * *
22223720 AAAATAAATTTGTTTATTAAATCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTA
504 AAAA-AAATCTGGTTA-CAAATAAGTTC-AATCA-TTATGTCCATTTGAACAATTATATA-TTTC
* ** * * * * ** ** * *
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564 AAATCGTTATGA-CATTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCGTTCATACAAAATTATTCAAAA
* * * * * * * *
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626 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGT--AAGATTTTAAAAACT-AAATA
* * * * * * *
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* *** *
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* * * * ** * * * *
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815 AATTTATTAATATTCCT-AAAA-TAAT-A-TAAGAGATTTGAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
*
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876 AGTTCAAATA
* * ** * * *
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* * * * * *
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63 AATTGTTTCTA-TTATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAAAA-
* * * * * *
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125 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TCTGAA-CAGTTCAAATA-GTTATGAC
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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251 GTTCATACAAGCTTA-CTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
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314 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** ** * *
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379 ATCTAT-TCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
** * *** * ** * * *
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443 TATTCGAAAT-AAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * *** * * * *
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507 A-AAATCTGGTTA-C-AA-ATAAGTTC-AATCA-TTATGTCCATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * * * * ** *
22224683 ATCATTTTAACCTTTTGTTTATGCATAAAAT-ATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAAT
566 ATCGTTATGACATTTT-TTTGT-CATAAAATAATTT-TTTCGT-TCATACAAAATTATTCAAAAT
* * * * * * * *
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627 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGT-A-AGATTTTAAAAACTAAATAT
* * * * * * * *
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688 GTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGA
* * * * ***
22224875 CCTTTTATTTTGACATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
752 -CTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *** *
22224940 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAATAGATTTAAAAAACTAAATATATTTTTTGAATA
815 AATTTATTAATATTCCTAAAA-TAAT-A-TAAGAGATTTGAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACA
* *
22225005 AATTTAAATA
876 AGTTCAAATA
** * * * * *
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1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CAATTTG-TTTGTCA-TAAAAC
* ** * * *
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63 AATTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTCCAGAAT-AAAATAATATAATTTATTAATATTCAAAAA
* * * ** * *
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126 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTTCTGAA-CAGTTCAAAT-AGTTATGACT-
* * ** * ** *
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187 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTG
* * * **
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252 T-TCATACAAGCTTACT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTA
* * * *
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315 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * *
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380 TCTA-TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-T
* ** * * *
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443 TATTCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATT-CAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAA
** * ** * * * * * * **
22225505 AATAAATCTATTTGC-TGTAGCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTACCTATTTCAAA
506 AA-AAATCTGGTTACAAATA--AGTTCAATC-ATTATGTCCATTTGAACAATTATATATTTCAAA
* * * ** **
22225569 TCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
567 TCGTTAT-GACATTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTC-GTTCATACAAAATTATTCAAAATAA
* * * * *
22225634 AATAATGCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--GA-TTTAAAAAGT-GA-A----T-
629 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAACTAAATATGTTTA
* * * * * * *
22225689 CT--AT---TTTAAATCGTTATGACCA-TTG-GT--TT-TGCTA--T-AAA-----ATAAATGTT
693 CTGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-CTATTTCAAATCGTTATGACTTTT
* * *
22225736 TTTCT-TCAT---ATAA---CTTTGTT--T-GAA----A--T--AA-A--ATAATACTAATATT-
757 TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTA
* * * * * * * * * *
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821 TTAATAT-TCCTAAAATAATATAAGAGATTTGAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAA
22225841 TA
884 TA
* * ** * ** ** *
22225843 ATCATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTG-TTTGTCATAAAACAA
* ** * *** *
22225908 TTGTTTCTATTCATACAAGCATATT-TGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAT
65 TTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * *
22225972 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
128 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TCTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * ** * *
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190 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTC
** * * ** * *
22226101 ATGTAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAG
255 ATACAAGCTTA-CTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * * * *
22226166 AATTGAAAAAAT--ATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTGTCTAAATAGTTATCT
319 -ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
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383 A-TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-
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445 TTCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
* ** *** * *
22226354 AAATCTGTTTACCGAACGAA-TTCAAAT-AGTTATGAATATTTGAACAATTATTTTTTTTCAAAT
508 AAATCTGGTTA-C-AAATAAGTTC-AATCA-TTATGTCCATTTGAACAATTA-TATATTTCAAAT
* * **
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568 CGTTATGACA-TTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAA
*
22226481 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGA-TTTAAAAACTAAATTTGTTTAC
630 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAACTAAATATGTTTAC
* * * * * * *
22226543 --CATACCAATTCAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTATGA-TCTT
694 TGAATA--AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TT
* * * * * * * * **
22226605 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACT
756 TTTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * ** *
22226670 AATATTATT-CTAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACCAGTTCA
820 ATTAATATTCCTAAAA-TAAT-A-TAAGAGATTTGAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCA
22226734 AATA
882 AATA
* * * ** * ** *
22226738 GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTT-GTCATAAAACAA
* * *
22226803 TTTTTTTCAATTCATAC-A---TA-TCC-GAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTCAAAA
65 -TTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTCCAG-AATAAAATAATA-TAATT-TATTAATATTCAAAA
* * * * * * * * *
22226861 AATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAATTTTAAATAGTCAAGTC
125 AATTAATAAGTAAGAGATT---TAAAAATAAATCTGTTTTCTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
22226926 TATTTAAATAATTATCTATGTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATAATAAAACTATTGTTTT
186 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTT
** * * *
22226991 CAATTCATAAAAGCTTA-TGCAAAATAAAAATAATATTACA-TTATTAATATTTC-AAAATTTGA
250 -TGTTCATACAAGCTTACT--AAAAT-AAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAAATT-A
*** * * * * *
22227053 A-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAATTAA-TTCAAATAATTATGGCCATTT
308 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
22227115 GAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAT-TTTT-TATTTGTCATAAAATAATT-TTTTTCA-
371 GAACAATTATCTA-TTCAAATCATTATG-ATCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AT
* ** * * * * * ** * *
22227176 TCGTTTAAGCCTATTTGGAATAAATTAGTACTAATTT-TTAATATTTCA-AAAATTAATGAGTAG
432 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
22227239 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
496 AAGATTT-AAAAA-AAATCTGGTTA-CAAA-TAAGTTC-AATCATTATGTCCATTTGAACAATTA
* * * *
22227303 TATATTTCAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-GTT-ATGC----
556 TATATTTC-AAATCGTTATGA-CATTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTT-TCGTTCATACAAAA
* ** * *
22227361 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAAAAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGA-TTTAAA
616 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAA-GTA-AGATTTTAAA
* * ** * * *
22227425 AAAT-AA-AT-TTT-C-AAACCAGTTCAAATAGTTA-AGGCTA--TGAATAATTATCT-TTTTAA
678 AACTAAATATGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
22227481 ATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAAATGTTTTTCTTCATTTAAGTTTGTTCGAAATA
742 ATCGTTATGACTTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATA
* * * ** * *
22227546 AAATAATATTAATTTATTAATATT-TTGAAAATTA-ATAAGAGATTAAAAAAATAAATCTCTTTA
805 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCT-AAAATAATATAAGAGATTTGAAAAATAAATATGTTTA
** *
22227609 CTAAACCAA-TTCAATTA
869 CCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * ** *
22227626 GTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTCCCATTTGTTTTGTCA-AAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTG-TTTGTCATAAAACAA
* * ** * * * *
22227690 TTGTTTCTATTGACACAATCTTATT-TGGAGTAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
65 TTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCAAAAAAT
* ** ** * *
22227754 GAATAAGTACTAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGGCATG-ACTAGTGCAAATAATTATGAC-AGT
128 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTTC-TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA-T
** * * * ** *
22227817 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACC-TTT-TCTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTT
189 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTT
* * * * * * *
22227880 CGTACAAGCTTATTAAGAACAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCACAAATTAATAAGGT-AA
254 CATACAAGCTTACTAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-GTAAA
* * * * * *
22227944 ATATTTAAAAACTAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGCTATAACTATTTGAACAATTATC
317 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
*** * * * * *
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382 TA-TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-
* * * * *
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445 TTCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAGAA-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
* * * * * *
22228137 TAAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT
508 -AAATCTGGTTA-CAAATAAGTTC-AATCA-TTATGTCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
* * * * * * *
22228201 GTTATGACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTTGTTCATACAAAATTTTTC-GATTAAA
569 GTTATGACATTTT-TT-TGTCATAAAATAA-T-TTTTTCGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAA
* * * * * *
22228265 ATAATATTATTTTATTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATATTT
630 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGT--AAGATTTTAAAAACTAAATATGTTT
** * * * * * * *
22228329 ACCAAACAAGTTCAAGTGGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTT
692 ACTGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTT
* ** * ** * **
22228394 TCTTTCATCA-AAAAGCAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TCAAT
756 TTTTTTGTCATAAAA-TAATTGT-TTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
22228457 TTATTAATATTTC-AACAATTAATGAGTAAGAGATTT-ATAAAGTGAATCTAG-TTACCAAACAA
818 TTATTAATATTCCTAA-AA-TAAT-A-TAAGAGATTTGA-AAAATAAATAT-GTTTACCGAACAA
*
22228519 GTTCATATA
877 GTTCAAATA
* * * * ** * *
22228528 GTTATAACTATTTGAACAAATT-TATATTTTAAATTGTTATGACATTTTTTTTGTCATAAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
22228592 TTGTTTCTGTTTATACAATCTTATTCCA-AATAAAATAATATAAAGTCATTAATATGCAAAAAAT
65 TTGTTTCT-ATTATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * *
22228656 TAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTGATCATGTTCAAATGGTTATGACTATTT
128 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTTCTGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
22228720 GAACAATTATCTATTTCAAAT-ACTTATGACATTTTATTTTGTCATAAACTAATTATTTCTATTC
191 GAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTC
* * * * *
22228784 ATACAAGCATATTCAAAACAAAA-AATACTACTTTAATAATATTC--AAAATTAATAAGTAAAAG
255 ATACAAGCTTACT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * *
22228846 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTAAAT-ATTGTTTGAATAATTATTT
319 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
22228910 ATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTAT
383 A-TTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* ** * **
22228974 TCGTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
446 TCGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTC-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-
** * * * * * * *
22229038 AAATCTATTTACCAAACATGTTCATATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCAT
508 AAATCTGGTTA-CAAATAAGTTCA-ATCATTATGTCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGT
** * *
22229103 TATGACATTTTATTTTGTCATAAAGCAATTCTTTTTGTTCAT-CCAAATTATTC---A-AAAA-A
571 TATGACA-TTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATA
* * * *
22229162 ATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAACTAAATCTATTTACTGA
633 ATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAACTAAATATGTTTACTGA
* * * * * * *
22229224 A-ACAATTCACATAGTTATAACTATTTGAAAAATAATCCATCTT-AAATCGTTATGA-TCTTTAT
697 ATA-AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACT-TTTTT
* * * * * *
22229286 TTTATCATAAAA-AATTATTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAA
759 TTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
22229349 TAGTATT-TTGAAAATTA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATA
822 TAATATTCCT-AAAATAATATAAGAGATTTGAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * ** * *
22229412 GTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-TTGTTTGACCTTTTTCTTTAGTGATAAAAC
1 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGA-CAATTTGTTT-GTCATAAAAC
* * ** *
22229476 AATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-CATAATAACTTAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
63 AATTGTTTCTA-TT-ATACAAGCTTATTCCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAAAA
* * * * *
22229539 AATTAATGAGCAAAAGATTTTAAAAAACAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGATT-TGA
125 AATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTT-TCTGAAC-AGTTCAAATAG-TTATGA
* * ** * * *
22229602 CTATTTAAATAGTTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
185 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTT
**** * * ** * * * * *
22229666 CAACTAATAAAAATTTATCCAAAGTAAAATATTACTACTTTATTGATATTTC-AAAAATTAATAA
249 TTGTTCATACAAGCTTA-CTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA
* * * * *
22229730 GTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
312 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
22229794 AATATCAATCTCAAACCGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TATCATACA
376 ATTATCTAT-TCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACA
* * ** * *
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22229911 AGATTTAAAA
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* * *
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** *
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* *
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** *
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* **
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** * * * * * *
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* * * * * *
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1 AAATAATA
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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** ** ** * * * *
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*** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * ** *** *
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** * * * * * * * * * *
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190 TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * ** * * * *
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255 GTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * **
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* * * * ** * *
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129 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAATA
* * * * * *
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* * * * *** * * **
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256 TCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
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320 TTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTG
** * * * * *
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1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * *
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* * * * * * * ** * *
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130 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAATAAA
* * * ** *
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194 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
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259 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * *
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**** * * * *
22213536 TTTTTTGAACACGTTTTAAA-AGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA
1 TTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * * ** * *
22213599 CATTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTA-TTCATTCAA-TTATATTTGAAATAAAATAATA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * * * * * *
22213662 CTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAGTAAATAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGT
127 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GTTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAAT
* * * * * *
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191 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
22213791 ATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
255 GTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * * * *
22213856 ATTTTGAAAACTAAT-AGATAAGAGATTTTAAAAACAAGTCTG
319 ATTCCAAAAATTAATAAG-TAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * *
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1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* *
22213963 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGTAAAA--TTATTCAAAATAAAATAATAC
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA--TAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
22214025 TGATTTATCAGTACTTT-GAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAACTAAATATGTTTTCTGAAA-
128 TAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTTTTTTCT-AAAT
* * * ** * * * *
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191 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * * *
22214149 TCATAGAATAATTGTTTTTTTTCATTCAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
256 TCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
22214214 TTCCAAAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
320 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
22214252 TTTGCCGAAA-TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC
1 TTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
22214316 ATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGTTTA-TCCAGAATAAAATAATACT
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* * * * * *
22214380 AATTTATTAATA-TTAAAAAATTTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTGTTTAT-TGAACA
129 AATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAATA
* * * **
22214441 AGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAAAAATTATTCTAACTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTG
192 AATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA---T--CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
22214505 TTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAGTTCATA-AAGATT-TATCTAAAATAAAATAATACTACTTT
251 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTAT-TC-AAAATAAAATAATACTA-ATT
* * * ** *
22214568 TATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTA
312 TATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG
**** * * * * * * *
22214617 TTTTTTGAACCAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** * *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACT
* * * * * * **
22214744 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGA-TTTAGAAAATAAATGTATTTGCTGAACCAA
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAATAAA
* * * * * **** *
22214806 TTTAAATA---AT-ACTACTTT-----ATTA-ATATTT-AGAA-AATTAATAAGCAAGAGATTTA
194 TTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATT-ATGACCTTTTG-TTTT
*** * * * ** * *
22214859 AAAACTAAAACTATTTTTTGAACCAGTCCAAATAG-TTATGACTATTTAAATAAATATCAAT-CT
255 GTCA-TAAAACAATTGTTTCATTCA-T--ACA-AGCTTAT-TC-A---AAATAAA-AT-AATACT
** * * * *
22214922 CAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCA-TCCAAGCTTATTCGGA
308 ---A--ATT-T-A--TTAATATTC-C---AAA-AA-----T-TAATAAGT-AAAG---ATT--TA
* *
22214986 TAAAAATAATAATAG
347 -AAAAATAA-ATTTG
* * * * ** * * * *
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** * * * ** * * ** *** *
22215061 TT-T-AAATATTTAAGACTAT-T-AGAATAATTATCTATTTTAAATCAT-TTTGACTT-TTTGTT
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* * * * ** * * *
22215120 TAATCATATAATAGTTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-A-TTA-A-TTT
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* * *** * * *** * * *
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* *** * * ** * *
22215311 CATATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGA
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** * * * * * *
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323 CAAAAATTAATAA-GTA--AAGATTTAAAAAATAAATTTG
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1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTA
* * * * *
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130 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAA-TAA
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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130 ATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAG---TAAG-AGTTTAAAAAATAAAT-TTTTTTTCTAA
*** * * * * ** * ** *
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* * * * * *
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* * *
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317 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * *
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1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* ** * * ** * * *
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65 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAAAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATA
* * * * * * *
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127 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TTTTTTTCTAAA
* ** * * * * * * *
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190 -TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-T
* * * * * *
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253 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * * *
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317 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAAT-TTG
* * * *
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* ** * *
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** * *
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130 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAA-ATAAATTTTTTTTCTAAATAAA
** * ** *
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194 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
22217090 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTAATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
259 TAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
22217155 CAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTG
323 CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG
* ** * * *
22217193 TTTATCAAATTAGTTCAAAT--TT-T--C------AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATTACC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
** *
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129 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTT-TTT-TCTAAA
** * * * * ** * *
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190 TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * * * * *
22217436 ATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAATACTAATATATTAAT
255 GTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
22217501 ATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTG
319 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * ** * **
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1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
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65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
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128 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTTTTTTCT-AAATA
* * * * * * *
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192 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** * *
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257 CATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * *
22217859 TGTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTG
321 TCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * ** * ** *
22217899 TTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAATGATTATCTATTTGAAATCGCTATAACC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
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129 AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGA-GTTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAAT
* * * ** * *
22218090 AAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT-AACTTTTATTTT
191 AAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * *** * *
22218153 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
255 GTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
22218218 ATTTCGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATG
319 A-TTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * ** * * * *
22218260 TTTACTAAACAAGTTAAAATCGTCGTGACTATTTGAATACTTATCTATTTCAAATCATTGTGACA
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
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131 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAATAAAT
* * * * *
22218452 TCAAATAGTTATTATTATCTAAATAATTATCTATTTCAAA-C------A--TTTTGTTTTGTCAT
195 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
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260 AAAAC-AATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
*
22218570 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATT-
321 TCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTG
* * * *
22218609 TTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGAC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGAC
* *
22218673 CTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
65 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * *
22218738 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAA-ATGATTTAAAAAATAAATCTATTTTT-TGAGT
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-G-TTTAAAAAATAAAT-TTTTTTTCTAAAT
* * * * * * * ** *
22218801 GAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTGTTTATTTCAAATCACAATGATCTTTTGTTTTG
191 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* **
22218866 TCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAA-TTCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
256 TCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
22218929 ATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTA
319 ATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTG
*** * * * * * * * * ** *
22218971 TTCGTCGAATAAGTTCAAACAGTCATG-TTCATTTGAGCTATTATCTATTTTAAATTGTTATCAC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * * *
22219035 ATTTTGTTTTATTGTAAAACAATTGTTTTTA-TTTATACAAA-ATTATTC-ATAATAAAATAATA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATA-AAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA
* * * * *
22219097 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGA-TTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACT
127 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TTTTTTTCTAAAT
* * * * *
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191 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTT
* * ** * * * * * *
22219222 -TCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAGTCAAACATTGCTAAATTCA-TAA
255 GTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* *
22219285 TATTCTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTG
318 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
** * * * * * * * *
22219324 TTTTTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACA
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
22219454 TTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACG-AGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
131 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AA-GTA-AGAGTTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAATA
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192 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA--TGACCT-TTTGTT
* ** ** * *** * * ** *
22219581 AT-T-ATTTTATTAA-TATTTCAAAAATTGATAAG-TTA--GAGATTTAAAA-AATAAGTCAATT
253 TTGTCA-TAAAACAATTGTTTCATTCA-T-ACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAAT-ACT-AATT
* * * * ** * ** *
22219639 TATCGAATCGGTT-CAAATAATT-ATGGCCATTTGAGCAATTATCTATATCAAA-TTG
312 TAT-TAAT--ATTCCAAA-AATTAAT---AAGTAAAG-ATTTA-AAAAAT-AAATTTG
** ** * * * * * * *
22219694 -TTA-GGAACTTTTGTTTTGTCATAA-AATAATTGTCT-TTCATCATACAAGCCTATTTGGA-AT
1 TTTACCAAAC--AAG---T-TCA-AATAGTTA-TGACTATT--TGA-ACAA--TTATCT--ATTT
* * * ** ** * * * *** * * **
22219754 AAAAT-AATATTAATTTATTAATAT-TCA-AAAATAAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT
51 CAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTCAG--TTCATAAA-AGCT-T
* ** ** * ** * * * * ***
22219816 ATTTACCGAACT-AGCTCCTATGTGAA-CAATTATCTATTTC-AAATTGTTATAACCT-TTTGTT
109 A-TT--CGAAATAAAATAATA-CT-AATTTATTA-ATATTTCAAAAAT-TAATAA-GTAAGAGTT
* ** ** * * * ** *
22219877 CTATTATAAAAT-AATTGTTTTAGTTCATACAA-TC--TTA-TT-CGAAATAAAATAATACTAAT
166 -TA--A-AAAATAAATTTTTTTTCTAAATA-AATTCAAATAGTTATG-ACT-ATTTGA-AC-AA-
* * * ** ** * * *
22219936 TTACTAATATTTCAAA-AATTAAT-AAC-TAAGAAATT-T-AAAAAATAAATCTG-TT--TGC-T
221 TTA-T-CTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTCATTCAT
* * * ** * *
22219992 -GAAG--TATTTCAAACAATTAAGACTATATGAATAA-TTATCCAT-TT-CAAATCATT-ATGAC
280 ACAAGCTTA-TTC-AA-AA-TAA-AATA-AT-ACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTAAT-AA
* *** * *
22220050 CTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AA-TTG
336 GTAAAG-ATT-T-AAAAAATAAATTTG
* * * *
22220075 TTT------C-AGTTC--ATA--CAAG-CTTATTTGAAAAAAATAATACTAATTT-ATTAAT-AT
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTG--AACAATTAT-CT-ATTTCA--AATCAT
* **** ** ** * * * ** * * * *
22220126 T-TCAAAAGTTAATAAGTGATTTAAA-AAGTGAATCTGTTTACT-AAATC-AATTC-AAAT--AA
59 TATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TAAAAGCTTATTCGAAATAAAA
* ** * * ** * * **** *** *
22220184 TTATGGTCATTTCAACACTTATTTATTTCAAATCGTT-ATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAA
122 TAATACTAATTT----A-TTA-ATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGTTT-AAAAAAT-A-AA
** * * *
22220248 TTATTTTTGATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTT-----ATTAATC--TTC
177 TT-TTTTT--TC-TA-AA-TAAATTC-AAAT--AGTTATGACT-ATTTGAACAATT-ATCTATTT
* * * * * *** *
22220305 CAAAAACTAATAAGA-GTTTTAAAGAATAAATCTATTTACCAAACCGGTTTGAATAGTTATGACC
231 C-AAATC-ATTATGACCTTTT---G-TTTTGTC-A--TA--AAA-C------AATTGTT-T---C
* * * * * * * *
22220369 ATTGAAATAACTGCATACTTC-AAAT--CATTATAAC-ATTTTATT--T-TGTCATAAAACAATT
274 ATTCATACAA--GCTTA-TTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATAT-TC--CAAA-AATT
* ** * *** *
22220427 ATTTTTGTTCATATGAACTTATTTGAAATAAAATACTG
331 A-ATAAG-T-A-AAG-A-TT-TAAAAAAT-AAAT-TTG
* * * * * * * * *
22220465 TTAATA-TAATA-AAATTCAAAAAATTAATAATTAAAAGATTT-AAAAACTAAATTTATTTGCAA
1 TT--TACCAA-ACAAGTTCAAATAGTT-ATGACT-----ATTTGAACAA-T-TATCTATTT-CAA
* * * ** * * * * * *
22220527 A--A--ATGATTCTAATAGTTAAGAC-TAATAAACAATTATTT-ATTTCA-AATTA-TTTTTGTC
54 ATCATTATGA-CCT-TTTGTTTTGTCAT-A-AAACAATTGTTTCAGTTCATAA-AAGCTTAT-TC
** * ** * * * * *
22220584 TTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAATTGAATTTATTA
113 --GAAATAAAATAA--TACT-AATT--TATTA--ATATTT--CA-AAAATTAA-T-AA-GTA--A
* * *** * *
22220649 -ATATTTCAAAAATTAACATATTAGAGATTC-AAA-AAA-T-AATTTAGTTTACCTAACTAGTTT
161 GA-GTTT-AAAAAATAA-AT-TT--TTTTTCTAAATAAATTCAA-ATAG-TTA--TGACTA-TTT
* * *
22220709 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAA
215 ---GAA---------------CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** ** * * * * *** ** *
22220774 AACAATACTTTTGTTTATATAAGTTTCTTTGGAAT-AAA-AATACTAAACTATTAATATTTCAAA
262 AACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
22220837 AATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTG
327 AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * *
22220867 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT-T-TCTT-AAATTC-TAATGA
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA-TCATTATGA
** * ** * * * * *
22220928 ATTTTTGTTTTG-CTATAAAATAATAT-TTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATA
64 CCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * ** * *
22220991 CTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGAAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
127 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TTTTTTTCTAAA
* * * * *
22221056 TAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TA-TGTCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTT
190 TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
22221117 GTCATAAAA-AATTATTTTAGTTTATATAAG-TTCATTTAAAGTAAAAAAATACTAAGTTATTAA
255 GTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * *
22221180 TATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
318 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * *** *
22221223 TTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
22221288 TTTTATTTTGTCATAAAATGAATAT-TTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTC-ATATAAAATAAGA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * * **
22221350 CAAATTTATTAATA-TT-AGATAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
127 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAA
* ** * * ** *
22221413 TAAGTTCAAATCTTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
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* * * * * *
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** * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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**** * * * * * * * *
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** * * *
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* * *
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** * * * * * ** *
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** ** * * * * **
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * ** *
22219837 G-T-GAAC-AATT-ATC---TATTTC--AAATTGTTAT-AACCTTTTGTTCTATTATAAAATAAT
251 GTTATAACTATTTGAACAATTATTTCTTAAATTCTAATGAA-TTTTTGTTTTGCTATAAAACAAT
* *
22219892 -TGTTT-TAGTTCATACAA-TCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAA-AA
315 AT-TTTCT-GTTCATACAAGT-TTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA
** * * * * * ** * * * *
22219953 ATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTATTTCAAACAATTAAGACTA-
377 A-TAATAAGAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTAG
* * * * * *
22220017 TATGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
440 T-TGAA-AA-TATCTAATTAAAAT-AATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGT
* * ** * *
22220082 TCATACAAGCTT-ATTTGAAA-AAAATAATACTAAT
500 TTATAAAAG-TTCATTCAAAATAAAAAAATACTAAG
* * * * * * *
22220116 TTATTAATA-TTTCAAAAGT--TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTAAATCAA-T
1 TTATTAATACTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAA-CAAGT
** * * * * * * * * *
22220176 TCAAATAATTATGGTCATTTCAACACTTATTTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCAT
* ** ** *** *
22220241 ATAA-CAATTATTTTTGAT-CATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT
130 AAAATCAA-TATTTTCCATCCATACAAGCCTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * ** ** *
22220304 CCAAAAACTA-A--TAAGAGTTTTAAAGAATAAATCTATTTACCAAACCGGTTTGAATAGTTATG
193 TCAAAAATTATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * *
22220366 ACCA-TTGAAATAACTGCA-TACTTCAAA-TCATTAT-AACATTTTATTTTG-TCATAAAACAAT
257 ACTATTTG-AACAA-T-TATTTCTT-AAATTC-TAATGAA-TTTTTGTTTTGCT-ATAAAACAA-
* * * * * ** * * * *
22220426 TATTTT-TGTTCATATGAA-CTTATTTGAAATAAAATACTGTTAATATAATAA-AATTCAAAAAA
314 TATTTTCTGTTCATA-CAAGTTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAA
** * * * * ** * * * *
22220488 TTAATAATTAAAAGATTTAAAAACTAAATTTATTTGCAAAAAT-GATTCTAATAGTTAAGACTA-
378 -TAATAAGAAAAAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTAG
* * * * * * * * * *
22220551 ATAAACAATTATTTATTTCAAAT--TAT----TTTTGTCTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTC
440 TTGAA-AA-TATCTAATTAAAATAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTT
** *** *
22220610 ATACTAGCTT-ATTTGGAATAAAATAAAT--TGAAT
502 ATAAAAG-TTCATTCAAAATAAAA-AAATACT-AAG
* * * * * *
22220643 TTATTAATA-TTTCAAAAATTAACATATT-AGAGATTCAAAAAAT-AATTTAGTTTACCTAACTA
1 TTATTAATACTCT-AAAAATTAATA-ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTTACCAAACAA
* * * * ** * *
22220705 GTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTCTTTTGTC
63 GTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTC
* ** * ** * **
22220770 ATAAAA-CAATACTTTT--GTTTATATAAGTTTCTTTGGAATAAA-AATACTAAACTATTAATAT
128 ATAAAATCAATA-TTTTCCATCCATACAAGCCTATTTGGAATAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
22220831 TTCAAAAATTA-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
192 TTCAAAAATTATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
22220893 GACTATTTGAGCAATTATTTCTTAAATTCTAATGAATTTTTGTTTTGCTATAAAATAATATTTTT
256 AACTATTTGAACAATTATTTCTTAAATTCTAATGAATTTTTGTTTTGCTATAAAACAATATTTTC
* * * *
22220958 TGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGA
321 TGTTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGA
* * *
22221023 AAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATATGT
386 AAAAAA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTAGTTGAAAATAT
* * ** * * *
22221088 CTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTTAGTTTATATAAGTTCATT
450 CTAATTAAAATAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAATTATTTCAGTTTATAAAAGTTCATT
* *
22221153 TAAAGTAAAAAAATACTAAG
515 CAAAATAAAAAAATACTAAG
* *
22221173 TTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTT
1 TTATTAATACTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * *
22221238 TAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATA
66 CAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATA
* * ** * * * *
22221303 AAATGAATATTTTCTATTTATACAAGCTTATTT-CATATAAAATAAGACAAATTTATTAATA-TT
131 AAATCAATATTTTCCATCCATACAAGCCTATTTGGA-AT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * **
22221366 -AGATAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATCTTTAT
194 CA-AAAATT-ATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
22221430 AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG-TCATAGAACAAT-TG
256 AACTATTTGAACAATTATTT-CTT-AAATTCTAATGAATTTTTGTTTTGCT-ATAAAACAATAT-
* **
22221493 TTTCTGTTCATACAAGTTTA-TCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATAAT
317 TTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAATAAT
* * * *
22221557 AAGTAAAAAA-TTAAGAAATAAATATGTTTACGGAACTAGTTCAAATAGTGATGACTAGTTGAAC
382 AAGAAAAAAATTTAA-AAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTAGTTGAA-
* *
22221621 AATTATCTAATTAAAATAAATGTGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA-TTTCATAA
445 AA-TATCTAATTAAAAT-AATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTT-ATAA
* * **
22221685 AAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATATTACT
506 AAG-TTCATTCAAAATAAAAAAATACTAAG
* * * * * *
22221714 TTATTAATAC-CTCAAAAATTGATAAGTT-GGATATTTAAAAAAT-AAGTC-AGTTTATCGAATA
1 TTATTAATACTCT-AAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTA-TTTACCAAACA
* * * * * * *
22221775 GGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATGTATTTTAAA-T-CATTTGGAA-CTTTTGTTT
62 AGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGC-TAT--AACCTTTTATTT
* *
22221837 TGTCATAAAA-CAATTGTTTTCCA-CCGTACAAGCCTATTTGGAATCAAATAATACTAATTTATT
124 TGTCATAAAATCAA-TATTTTCCATCCATACAAGCCTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATT
* * * * *
22221900 ACTATTTCAAAAATTAGTACGTACGAGACTTAAAAAGTAAATCTATTTATCGAATCAGTTC--CT
187 AATATTTCAAAAATTA-TACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
22221963 ACTT-GAAC-AATT-ATC---TATTTC--AATTTGTTAT-AAGCTTTTGTTTTGTTATAAAATAA
250 AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTCTTAAATTCTAATGAA-TTTTTGTTTTGCTATAAAACAA
** **
22222019 T-TGTTTCAATTCATACAA-TCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTCAA-A
314 TAT-TTTCTGTTCATACAAGT-TTATTC-GAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACA
** * * * *** * ** * *
22222080 AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAATATTTCAAACAGTCAAGACTA-
376 AA-TAATAAGAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTAG
* * * * *
22222144 -T-ACAAATAATAATATATCTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTCA
440 TTGA-AAAT-AT-CTA-AT-TAAAAT-AATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTTCA
* * ** * *
22222207 GTTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATTAA-ACTAAT
498 GTTTATAAAAG-TTCATTCAAAATAAAA-AAATACTAAG
* * * * * * *
22222244 TTATTAATA-TTTCAAAATT--T-ATTAAGTGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACCAAATC-AGT
1 TTATTAATACTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAA-CAAGT
* * ** * * *** * * *
22222304 TCAAATAATTATGGCTATGCCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCAT
** * * * *** * *
22222369 AAAA-CAAT-TGTATTTGA-ACATTCAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTCATTTATTAATCT
130 AAAATCAATAT-T-TTCCATCCATACAAGCCTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
22222431 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCGAACTAGTTCTAATAGTTA
192 TTCAAAAATT-ATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTA
* * ** * *
22222496 TGA-TATTTGAACAATTGTAAACTTCAAA-TCATTAT-AACCTTTTG--TT-CTATCATAAACAA
255 TAACTATTTGAACAATTAT-TTCTT-AAATTC-TAATGAA-TTTTTGTTTTGCTAT-A-AAACAA
* * * * * * *
22222555 TTATTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAA-AAA
314 -TATTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAA
* ** ** * *** * * *
22222618 TTAACAACTACGAAATTAAAAAATAAA-ATTGTTTGTTGAACTAG-TGCAAATATTTAAGACTA-
378 -TAATAAGAAAAAAATTTAAAAATAAATA-TGTTTACCGAACTAGAT-CAAATAGTCATGACTAG
* * * * * * *
22222680 TATGAACAATTATCTATTTCAAGTCAT-TGTAACCTTTTGTTTTATGATAAAATAAGTTTTTTTG
440 T-TGAA-AA-TATCTAATTAAAATAATATG--ACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AA--TTATTTC
* * * * *
22222744 AATTTGTACTAA-TTTA-TCTAAAATAAAATAAA-A-TGAAT
497 AGTTTATA-AAAGTTCATTC-AAAATAAAA-AAATACT-AAG
* * *
22222782 TTATTAATA-TTTCAAAAATTAAT--TTGCAAGAGATTTTAAAAAA--ATTCTATTTACCTAACC
1 TTATTAATACTCT-AAAAATTAATAATT--AAGAGA-TTTAAAAAATGAATCTATTTACC-AAAC
* * * * *** * * *
22222842 AA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
61 AAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTG
* ** ** * * *
22222906 TCATAAAA-CAAACATTTT-TGTCCATATC-AGTTTGTTTGGAATAAAAAATACTAATCTATTAA
126 TCATAAAATC-AATATTTTCCATCCATA-CAAGCCTATTTGGAATAAATAATACTAATTTATTAA
**
22222968 TATTTCAAAAATTA-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TATTTA-CTGAGCCAGTTCAAATA
189 TATTTCAAAAATTATACGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATC-GA-ATAGTTCAAATA
* * * *
22223028 GTTA-AGACTA--TGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACA-TTTTGTTTTG-TCATAAAA
251 GTTATA-ACTATTTGAACAATTAT-T-TCTTAAATTCTAATGA-ATTTTTGTTTTGCT-ATAAAA
* * * * *
22223088 CAATTTTTTCAT-TTCATACTAGCTTATTCGGAA-TAAAATAA-AATGAATTTGTTAATATTTCC
311 CAATATTTTC-TGTTCATACAAGTTTATTC-GAATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-C
* * * * * * * ** * * * ** * * *
22223150 AA-AATTAATTAGTAACATATTTGAAAAATAATTCTACTTACTGAAAC-GGTTTGAATAATTATA
372 AACAAATAATAAGAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACCG-AACTAGATCAAATAGTCATG
* * * ** * ** * *
22223213 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
435 ACTAGTTGAA-AA-TATCTAATTAAAAT-AATATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATT
** * * ** ** *
22223278 TTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAA-
495 TCAGTTTATAAAAGTTCATTCAAAATAAAAAAATACTAAG
* * * * * * * * *
22223317 TATATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAGTAGGAGATTT-AAAAGTAAATCTACTTACCATACTAG
1 T-TATTAATACTCTA-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * *
22223380 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCA
64 TTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCA
* * * * * *** ** **
22223445 TCAAA-CAAT-TGGTTCTATTCATACTATTTTATTCTTCAAAATAACATAATTTTAATTTATTAA
129 TAAAATCAATAT-TTTCCATCCATACAAGCCTA-T-TT-GGAATAA-ATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * *
22223508 AATTTTGAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAG
189 TATTTCAAAAATT-ATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AGTTCAAATAG
* ** * *
22223573 TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTGAAATAGTTAT-AACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAC
252 TTATAACTATTTGAACAATTAT-T-TCTT-AAATTCTAATGAA-TTTTTGTTTTGCT-ATAAAAC
* * * * *
22223635 AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTACTTC-AAATAAAGTAATA-TAATTTTATTAATATT
312 AATATTTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTCGAATTAAAATAATACTAA-TTTATTAATATT
22223693 GAAATAATTA
Statistics
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0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
TTATTAATACTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTT
CAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATA
AAATCAATATTTTCCATCCATACAAGCCTATTTGGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAGTTCAAATAGTTATAACTA
TTTGAACAATTATTTCTTAAATTCTAATGAATTTTTGTTTTGCTATAAAACAATATTTTCTGTTC
ATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGAAAAAA
ATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTAGTTGAAAATATCTAATT
AAAATAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAATTATTTCAGTTTATAAAAGTTCATTCAAAAT
AAAAAAATACTAAG
Found at i:22222800 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22222028--22223157 Score: 486
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22222018 ATTGTTTCAA
* ** * * ** *
22222028 TTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAACTAA
* * * * * * * ** * *
22222093 GAG-ATTTAAAAAT-AAATCTGTTTGTTGAAATATTTCAAACAGTCAAGACTATACAAATAATAA
66 GAGAATTAAAAAATAAAAT-TGTTTGTCGAACTAGTGCAAATAGTTAAGA-TATATGAACAATTA
* * * * **
22222156 TATA-TCTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTCAG
129 TAAACT-TCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AAACAATTATTTTTG
** * * *
22222208 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTAA-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT---TATTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAACTA
* * * * * * * * * * ** *
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65 AGAGAATTAAAAAATAAAAT-TGTTTGTCGAACT-AGTGCAAATAGTTAAGATATATG--AACAA
** * * * * *
22222330 TTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT-TGGTCATAAAACAATTGTATTTG
126 TTATAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-ATCAT-AAACAATTATTTTTG
** * * * * * * * * *
22222385 AACATTCAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTCATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAACTAA
* * * * * * * *
22222450 GAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCGAACTAGTTCTAATAGTTATGATATTTGAACAATTGTA
66 GAGAATTAAAAAATAAAATTGTTTGTCGAACTAGTGCAAATAGTTAAGATATATGAACAATTATA
22222515 AACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAACAATTATTTTTG
131 AACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAACAATTATTTTTG
* * * * *
22222564 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAACAACTAC
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAACTAA
* *
22222629 GA-AATTAAAAAATAAAATTGTTTGTTGAACTAGTGCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAT
66 GAGAATTAAAAAATAAAATTGTTTGTCGAACTAGTGCAAATAGTTAAGA-TATATGAACAATTAT
** * * * * * *
22222693 CTATTTCAAGTCATTGTAACCTTTTGTTTTATGATAAAATAAGTT-TTTTTG
130 AAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AAACAA-TTATTTTTG
** * *
22222744 AATTTGTACTAA-TTTA-TCTAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATT
1 --TTCATAC-AAGCTTATTC-AAAATAAAATAACAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-C
** ** * * ** * * * * * * *
22222806 TGC-AAGAG-ATTTTAAAA-AAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAA
60 AACTAAGAGAATTAAAAAATAAAAT-TGTTTGTCGAACTAGTGCAAATAGTTAAGA-TATATGAA
** * * * * * **
22222868 CAATTATCCATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACATTTTTG
123 CAATTATAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AAACAATTATTTTTG
* * * *** * * *
22222926 TCCATATC-AGTTTGTTTGGAATAAAA-AATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TA
1 TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAACTA
* * * * * * * *
22222985 AGAGATTTAAAAAATAAAATTATTT-ACTGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGA-CTATGAATAATTA
65 AGAGAATTAAAAAATAAAATTGTTTGTC-GAACTAGTGCAAATAGTTAAGATATATGAACAATTA
** * * ** * * * *
22223048 TCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAT-
129 TAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AAACAATTATTTT--TG
* ** * *
22223100 TTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTGTTAATATTTCCAAAATTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
22223158 TTAGTAACAT
Statistics
Matches: 732, Mismatches: 175, Indels: 89
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
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183 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAACTAA
GAGAATTAAAAAATAAAATTGTTTGTCGAACTAGTGCAAATAGTTAAGATATATGAACAATTATA
AACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAACAATTATTTTTG
Found at i:22223307 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22219833--22225668 Score: 1576
Period size: 181 Copynumber: 32.7 Consensus size: 178
22219823 GAACTAGCTC
* * * ** * * * *
22219833 CTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * * * * * * * * *
22219898 AGTTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAACT
65 TGTTCATATAGT-TTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTAGT
* ** * ** * *
22219963 AAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTATTTCAAACAATTA-AGA
129 AAGAGATTT-AAAAATAAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATA-A
* * * * ** * *
22220014 CTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * * * *
22220079 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAGTT-A--A-
65 TGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAA-TTAATTAG
* * ** * * * *
22220138 TAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTAT-G
128 TAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAA
* * * * * * *
22220189 GTCATTTCAACACTTATTTATTTCAAATCGTTATTACT-TTTTGTTTGGTCATATAACAATTATT
1 CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * ** * * *
22220253 TTTGATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-CTTCC-AAA--AACTA
63 TTTGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTA
* * * ** * ** * *
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* * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTA-T-C-TATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
** * * ** * * * *
22220429 TTTTGTTCATATGAACTTATTTGAAATAAAATACTGTTAATATAATAA-AATTCAAAAAATTAAT
62 TTTTGTTCATAT-AGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-CAAAATTAAT
* * * * ** * *
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* * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-
** * * * * * *
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65 TGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCCAAAATTAA-TTA
* * * * * * *
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* ** ** * **
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTT
* * * * ** *
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* ** * * * *
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130 AGAGATTT-AAAAATAAATCTACTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATAA
* * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA-TCGTTATGATA-TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAT-T
* * * * *
22220954 TTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAATAATTAA
61 TTTTTGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAA-AATTAA
* * * * * ** * * * * * *
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* * **
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * ** * * * * *
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* * * ** * * *
22221198 TTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGA
127 GTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAA
* * * * * * ** * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TTTT
* * * * * * * * * ** *
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* * * ** **
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* * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
* * * * * * ** *
22221496 CTGTTCATACAAGTTT-ATCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAA
64 TTGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCA-AAATTAATTA
* * * ** * * * * *
22221559 GTAA-AAAATTAAGAAATAAATATGTTTACGGAACTAGTTCAAATAGTGATGA
127 GTAAGAGATTTAA-AAATAAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAA
* * * *** * ** * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-
* * * * ** * * ** * * *
22221676 AT-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACCTCAAAAATTGATAAG
64 TTGTTCAT-ATAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTAG
** * * * * **
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128 TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTA-CTTACT-GAACCA-GTTCAAATAATTATAA
* * * *
22221792 CCATTTGAACAATTATGTATTTTAAATCATT-TGGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
**** * * ** * * * * * * *
22221855 TTCCACCGTACAAGCCTATTTGGAATCAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATT-AGTA
63 TTTGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTA
* * * *
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127 -GTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTACTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATAA
* * * * ** * * *
22221961 CTACTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
** * * * * * * ** * * *
22222026 AATTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTCAAAAATTAATAACT
65 TGTTCATATAGT-TTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTAGT
** ** ** * * * *
22222091 AAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAATATTTCAAACAGTCA-AGA
129 AAGAGATTTAAAAATAAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATA-A
*** * * * * * * ** * * * *
22222141 CTATACAAATAATAATATATCTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * * * * *
22222206 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTAA-ACTAATTTATTAATATTT-CAAAA-T--TTAT
65 TGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAA-TAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTAG
* * * ** ** * **
22222266 TAAGTGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGG
128 TAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAA
*** * * * ** * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
** * * ** * * * * ** *
22222383 TGAACAT-TCAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTCATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAG
65 TGTTCATAT--AGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTAG
** ** * * * *
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128 TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTACTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATAA
* ** * * * ** * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * * ** * * * * ** *
22222562 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATA-TTCCAAAAATTAACAAC
65 TGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCC-AAAATTAATTAG
* * * ** ** * * *
22222626 TACGAAATTAAAAAATAAAAT-TGTTTGTTGAACTAGTGCAAATATTTA-AGA
128 TAAGAGATTTAAAAAT-AAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATA-A
* * * * * ** * * *
22222677 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAGTCATTGTAACCTTTTGTTTTATGATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTT
** * * * * *
22222742 TGAATTTGTACTAATTTATCTAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATT
65 TG--TTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCCAAAATTAATT
* * * * * *
22222806 TGCAAGAGATTTTAAAAA-AATTCTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGA
126 AGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTACTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATAA
* * * **
22222859 CTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTT
* * * * *
22222924 TGTCCATATCAGTTTGTTTGGAATAAAA-AATACTAATCTATTAATATTT-C-AAA--AATTAAT
65 TGTTCATAT-AGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTAGT
* * *
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129 AAGAGATTT-AAAAAT-AAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATA-A
* * * *
22223035 CTA--TGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-
* * * * *
22223098 AT-TTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTGTTAATATTTCCAAAATTAATTA
65 -TGTTCATA-TAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTA
* * * * * **
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* * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
* * * ** *
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64 TTGTTCATAT-AGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTAG
* * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * * * * ** * ** * *
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* ** * ** * *
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* * * **
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-
* * * ** * * ** *
22223644 TATTCATACAAGCTTACTTCAAATAAAGTAAT-ATAATTTTATTAATA-TTGAAATAATTAA-AA
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
* * * * * * * ** * *
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* * * * ** * * * *
22223888 ATAAAATATTTTAAAAATAAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAA
127 GTAAGAGA-TTTAAAAAT-AAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAA
* * * * ** * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
** * * ** *
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* * * * ** *
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* * * * * * **
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* * ** * ** * * **
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* * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * ** * ** * *
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* * * ** * *
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** * * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*** * * ** *
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* * ** ** ** * *
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* * ** * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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Statistics
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GTTCATATAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATTAGTAA
GAGATTTAAAAATAAATCTACTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAA
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22221965 TTGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAATT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CCTGT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATT
* * * ** ** *
22222030 CATACAATCTTA-TTCGGAATAAAATAATACT-AATTTAAAAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
64 CATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * *
22222093 GAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGTTGAAAT-ATTTCAAACAGTCAAGACTAT
127 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
*** * * * ** * * * * *
22222145 ACAAATAATAATATATCTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTC-AGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TGT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-T
* * * *
22222209 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTAA-ACT-AATTTATTAATA-TTTCAAAATTTATTAAGT
63 TCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGT
* * * * * * *
22222271 ----GATTTAAAAAGTTAATATGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTAT
125 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
*** ** * * *
22222322 GCCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTATTT-GA
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTGTT-TTT-GTCATAAAACAATT-T-TTTCTA
* * * * *
22222386 -ACATTCAAGCTTA-TTCAAAATGAAA-TAATACT-CATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAG
62 TTCATACAAGCTTATTTC-AAAT-AAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* * * * * * *
22222447 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCGAACT-AGTTCTAATAGTTATGA-TAT
124 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * ** * * *
22222502 TTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AAACAATTATTTT-TGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTGTT-TT-TGTCATAAAACAATT-TTTTCTAT
* * * * *** * *
22222565 TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAACACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAACAACTA
63 TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
* ** * * * *
22222628 CGAA-A-TTAAAAAATAAAAT-TGTTTGTTGAACT-AGTGCAAATATTTAAGACTAT
126 -AAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * ** * * * * *
22222681 ATGAACAATTATCTATTTCAAGTCATTGTAACCTTTTGTTTTATGATAAAATAAGTTTTTT-TGA
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TGT-TTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCT--
** * * * * * * ** ** *
22222745 ATTTGTACTAA-TTTATCTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTTGC
61 ATTCATAC-AAGCTTATTTCAAATAAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* * * * ** *
22222809 AAGAGATTTTAAAAA-AATTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTAT
125 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * * ** *
22222863 TTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACATTTT-TGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTGT-TTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTAT
* * * ** * * **
22222927 CCATATC-AGTTTGTTTGGAATAAA-AAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--
63 TCATA-CAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
* * *** *
22222987 --AGATTTAAAAAATAAAAT-TATTTACTGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-
126 AAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
22223038 -TGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-ATT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-CTGT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-T
* * * * * * ** *
22223101 TCATACTAGCTTA-TTCGGAATAAAATAAAATGAATTTGTTAATATTTCCAAAATTAATTAGTAA
63 TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** ** ** * *
22223165 CATATTTGAAAAATAATTCTACTTACTGAAA-CGGTTTGAATAATTATAACTAT
127 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *** * * *
22223218 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TG
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TA-ACCTGT-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* * * * * * * * *
22223282 TTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACT-AATATATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTA
62 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
** * ** * * *
22223346 GGAGATTT-AAAAGTAAATCTACTTACCATACT-AGTTCAAATAGTTTTGACTAT
126 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * **
22223399 TTGAATAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TGT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATT
* ** * * * *
22223464 CATACTATTTTATTCTTCAAAATAACA-TAATTTTAATTTATTAAAATTTTGAAAGTTAATAAGT
64 CATACAAGCTTA-T-TTC-AAATAA-AGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* * *
22223528 AATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
125 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
22223583 TTGAACAATTATCTATTTGAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TGT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATT
* * *
22223648 CATACAAGCTTACTTCAAATAAAGTAATATAATTTTATTAATA--TTGAAATAATTAA-AAATAA
64 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTG-AA-AATTAATAAGTAA
* * *
22223710 AAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
127 AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * *** * * *
22223764 TTAAACAATTATTTATTTTAAAATGTTGTGATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTT-TGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTGT-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTAT
* ** * * * * *
22223828 TGATATGATCTTA-TTCGAATTGAAAG-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATA
63 TCATACAAGCTTATTTC-AAAT-AAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
22223891 AAATATTTTAAAAATAAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTAT
126 AAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * * * * * *
22223946 GTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTTTTTTCATAAAATAATTGTATC-ACTTC
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTGTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTC
* * * * * *
22224010 ATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAAAC
65 ATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAG
** ** * *
22224075 ATTTAAAAAATGGATCTGTTTACTGTATAAGTTCAAACAGTTATGATTAT
130 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
22224125 TTGAATAATTATCTATTTCAAGTTGTTATAACCTGTTTTTGATAAT-AAACGAATTTTTTCTAGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTGTTTTTG-TCATAAAAC-AATTTTTTCTATT
* * **
22224189 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTAATAATA-TTAAAACAATTAATAAGTAAA
64 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAAA
* *
22224253 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAAC-AAATAAGTTTAAATAGGTT-TGGCTAT
128 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAATAAGTTCAAATA-GTTATGACTAT
* * * * * * * * *
22224305 TTCAACAATTATTTATTTTAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTT-TGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-CTGT-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTAT
* * * * *
22224369 TCATAAAAGCTTATTT-AGATTGAAA-TAATAT-AATTTATTAATATTTCGACAATTGATAAGTA
63 TCATACAAGCTTATTTCA-AAT-AAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
22224431 AGA-ATTTTAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACT-AGTTCGAATATTTATGACTAT
126 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * ** * *
22224484 TTGAATAATTATCAATCTCAAATTGTTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTT-TA-T
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTGT-TTTTGTCATAAAACAAT-TTTTTCTATT
* ** * * *
22224547 CATATAAGCTTA-TTCAGTTAAA--AATGATCCTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAGTAAGTA
64 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAAT-AT--AAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
* * * * * **
22224609 ACAGAATT-AAAAATAAATGTGTTTATCGAACCT-A-TTCAAATAGTTAAAACTAT
126 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * * * *
22224662 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTATGCATAAAA-TATTTGTTTC-AT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTGTT-TTTGT-CATAAAACAATTT-TTTCTAT
* * * * *** * *
22224725 ATCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATCCT-AATATATTAACATTCAAAAAATTCATAGGT
63 -TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAAT-ATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* * ** * *
22224788 AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
125 AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
22224844 TTGAACAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGACATAAAATAATTGTTTC-AG
1 TTGAATAATTATC-TATTTCAAATTGTTATAACC-TGT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-
* * * ** **
22224907 TTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACC
62 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * **
22224970 AATAGATTTAAAAAACTAAATATATTTTTTGAATAAATTTAAATAGTTACAACTAT
125 AAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * ** * * * * *
22225026 TTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT-ACTAAAACAATTGTTTCAAT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTGT-TTTTGTCA-TAAAACAATTTTTTCTAT
** * ***
22225090 TCATATGAGCTTA-TTCAAAATGAAA--AA-A-AAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-
63 TCATACAAGCTTATTTC-AAAT-AAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
22225149 ---GAGTTAAAAAGTGAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAATAAG-TATG-GTCAT
126 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAAT-AGTTATGACT-AT
* * * * *
22225200 TTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAATTTTT-TA
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTGT-TTTTGTCATAAAACAAT--TTTTTCTA
* * *
22225264 -TCATACAAGCCTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
62 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* * * *
22225326 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC------AG---AACTAG-T-T-CCTAT
125 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * * * *
22225369 TTGAATAATTACCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATATTATAAAATAATTGTTTCTATT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTGTT-TT-TGTCATAAAACAATTTTTTCTATT
* * * * ** * * *
22225434 CATATAAGCTTTTTTCAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TTCCAAAA--AATTACTAAG
64 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
* * * ** * * *
22225495 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGTAGCAA-TTCAAACAATTAAGACTAT
128 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * ** * **
22225547 ATGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTC-AGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TGT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-T
* ** ***
22225611 TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATGCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
63 TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
22225673 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 2731, Mismatches: 606, Indels: 381
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 32 0.01
167 5 0.00
168 16 0.01
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171 3 0.00
172 3 0.00
173 15 0.01
174 147 0.05
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTGTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCA
TACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
Found at i:22226038 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22225758--22229985 Score: 2934
Period size: 181 Copynumber: 23.7 Consensus size: 181
22225748 ACTTTGTTTG
* * * *
22225758 AAATAAAATAATACTAATATT-CTAATATGTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATGAA
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* * * * * * *
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* * **
22225882 TGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTG
129 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
22225935 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
22226000 ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTATTTTG
66 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * ** **
22226065 ACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATGTAAGCTTATTTG
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** ** * *
22226116 ATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTGAAAAAAT--A
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *** *
22226179 TATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTGTCTAAATAGTTATCTATTTCAAAACATAAT
65 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
22226244 GAC-CTTT-TCTTGTCA-AAAACCAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTC-
130 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
** *
22226294 AAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
22226358 CTGTTTACCGAACGAA-TTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTTTTTTTCAAATCGTTA
66 CTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTTA
* * * * **
22226422 TAACATTTTGTTTTGTCGTAAAA-AATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCA
129 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *
22226474 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
22226535 TTGTTTA-CCATACCAA-TTCAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTA
66 CTGTTTATCGA-A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* *
22226598 TGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
129 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * ** * * * **
22226650 AAGTAAAATATTGCTAAACTAATATTATTCT-AAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
22226714 GTATTT-GCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCT
66 CTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * *
22226778 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTCAATTCATAC-A---TATCCG
130 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* ** * *
22226827 AAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAAAAAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATT--TAAAAAAT
* * * * * * * * * **
22226890 AAATCTGTTTA-CTGAACAATTTTAAATAGTCAAGTCTATTTAAATAATTATCTATGTAAAATCA
62 AAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * *
22226954 TTATGACCTTTTTGTTTTATAATAAAACTATTGTTTTCAATTCATAAAAGCTTATGCA
126 TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * ***
22227012 AAATAAAAATAATATTACA-TTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATA
1 AAAT-AAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTTAAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * **
22227075 AAT-TAGTTTATCAAATTAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCA
63 AATCT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * ** * **
22227138 TTATGAATTTTT-TATTTGTCATAAAATAATT-TTTTTCA-TCGTTTAAGCCTATTTG
126 TTATGACTTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
22227193 GAATAAATTAGTACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
22227257 TTGTTTATCAAACTAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAATGTTAT
66 CTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
22227321 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTT-AT----GCTTATTCA
130 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* ** * * * * *
22227368 AAATAAAATAATACTAATCTAAAAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAA-
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
22227432 ---TTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTA--TGAATAATTATCT-TTTTAAATCGTTATG
66 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * ** * * *
22227490 ACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAAATGTTTTTCTTCATTTAAGTTTGTTCG
131 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
22227541 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTAAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * **
22227602 CTCTTTA-CTAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
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** ** * * * **
22227665 TTCCCATTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCTATTGACACAATCTTATTTG
129 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * **
22227717 GAGTAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATGAATAAGTACTAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
22227782 CTGTTGGCAT-G-ACTAGTGCAAATAATTATGAC-AGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
66 CTGTT--TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * *
22227844 TTGAC-CTTT-TCTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTTATT-A
128 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * ** * * *
22227895 AGAACAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCACAAATTAATAAGGT-AAATATTTAAAAACTAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
22227959 ATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGCTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTA
64 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * *
22228024 TAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-
129 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * * *
22228077 AATTAAATTAATACAAATTTATCAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
22228141 TTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
65 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * ** *
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130 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
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* * * * *
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128 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * ***
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1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * **
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65 TCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * *
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* * * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
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66 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
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130 GACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * **
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * **
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66 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * *
22229107 ACATTTTATTTTGTCATAAAGCAATTCTTTTTGTTCATCCAA-ATTATTC-
131 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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* * * *
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* ** * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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** * * ** *
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* ** * * * *
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** * * *
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** * * * * *
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* * ***
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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** * **
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254 AAATCCATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAAT
22230797 CATTATAACC
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TAAAAATTAAATCAATTTACAAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTC
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TAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAGATAAGAGATTTAAAAAATAAATCCA
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** * * * *
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* * ** ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
22230658 TAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAATATTAATCAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA-ATTAATAAGAAAG
* * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * **
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1 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGAAAG
* * ** * * * * * **
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65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * ** * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * *
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1 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-AAATTAATAAGAAAG
* * *
22231266 AGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
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* ** * **
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* * * * * * * * * **
22231446 -AAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGTCCATTTGAATGATTAT
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* ** * * * *
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128 CTATTTCAAA-TATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTGT
* *
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1 TCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTA
22231600 CCGAACCAAT
Statistics
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Consensus pattern (177 bp):
TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT
Found at i:22232420 original size:181 final size:181
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Indices: 22231609--22233258 Score: 1116
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 181
22231599 ACCGAACCAA
* * * * * * * ** * *
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* * * * ** **
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
22231914 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAACAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAG
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* * *
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** * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
22232213 TAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCACAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
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* * * * *
22232278 CAAAAATTAATAAGTTAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAA-TCAG
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* * * * *
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* * *
22232394 TATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT
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*
22232458 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACTAG
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* * * * * * * *
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* * * * *
22232575 TAGAACAATT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-
66 TAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
22232637 TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTT-GTCGAACTAG
129 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTC-AACTAG
** * * * * * * *
22232691 CTT-AAATAGTTAAAAGTGTATGAACAATTATCTAATTTAAATC---A-T---TTTTATTTTATC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTC
** *** * ** *
22232748 ATAAAACAATT-TTTTCAATTCATGTTAGCTTTTTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * *
22232811 TTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTGAAAAATAATTTTCTCTAC-CTAACTAG
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTC-AACTAG
* * * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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*
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
22234725 ATTAAAATAATATTAATTTATAAATATCTTAACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATA
376 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
22234790 TGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATA
439 TGTTTACTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATA
* * * * *
22234854 ACC-TTTATTTTGTAATTAAACACTTGTTTTAG
504 ACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAAAATTGTTTTAA
* * *
22234886 TTCATACAAGCTTATTT-GAAGTAAGATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGT
1 TTCATACAAGCTT-TTTAGAA-TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * * *
22234949 GAG-AGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTGTGATTATCTAAACAA
62 AAGTAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTAC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * *
22235012 TTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGGTTTTGTTTATGTAAGC
125 TTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGT
* * * *
22235077 TTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAA
190 TTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AA
* *
22235140 AAAATAAATATATTT-TCTAAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTC
249 AAAATAAATCTATTTATCTAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * **
22235203 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT-TTTTGAA
313 AAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-A
* * * *
22235267 ATAAAATAACATTAATTTATTAA-ATTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATA
377 TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATA
* *** * * * * **
22235331 TGTTTA-TCGAGTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAGG
439 TGTTTACTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATA
* * *
22235395 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTATCTTTA
504 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGT-T-TTAA
* * * *
22235430 TTCATACAA-TTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTAT-AAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTT-TT-AGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT
** * * * * * *
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62 AAGTAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATG-ACTATTTGAACAA
* * * ** * * * **
22235556 TTATCTATTATAAATCGTAATGATATTTTGTTTTGTTGCA-AAAA-AATTGTTTCTATTCATGCA
125 TTATCTATTTTAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTG-T-CATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATA
** * * * *
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187 AGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * *
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* * * * * * * * *
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315 ATC-GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAT
* * * *
22235807 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTG
378 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * *
22235872 TTTGC-CAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTGTTTTAAC
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* * * *
22235936 ATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAG
506 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTAA
* * * * * * *
22235967 TTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTAACTTATTAACATTTGAAATATTAATGAGTAA
1 TTCATACAAGCTT-TTTAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
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* * * * *** *
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126 TATCTATTTTAAA-TCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAAT-AAATGTTTTTGTTCATATAA
** * * *
22236158 ACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAA
188 GTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAA
* * * * * * *
22236222 AAATTAAAGT-TGTTT-TCTGAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTT
249 AAAATAAA-TCTATTTATCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TT
* * * * *
22236285 -AAATCGTTAT-AATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATTCAAGCTTATTCAG
312 CAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
22236347 ATAAAAATAATACTAATTTA-TATTATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGT
376 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * *
22236408 GTTTGC-CAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTAACTATTTT-AATCATTTTGA
440 GTTTACTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATAA
* * * *
22236471 CCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAA
505 CCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAATTGTTTTAA
* * * *
22236503 TTCATACAAGC---TTATAAT--AAT--ACTAATTTATTGAA-A-TTCAAAAAATTAATAAGCAT
1 TTCATACAAGCTTTTTAGAATAAAATAAAATAATTTATT-AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * *
22236559 G-AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTCAATAATT
64 GTAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * **
22236623 ATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTAGTTTATAAAAGCC
127 ATCTATTTTAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT
* * * * * * *
22236687 TA-TCAAAAATAAAAAAAAAACTATTTTATTAATATTTCAAAAATGAATAAGCAAGAGATTTAGA
191 TATTC-GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT---TAA-TAAGAGATTTAAA
* *** * * * * *
22236751 AAATAAATC-AGTTTA-CTGAA-TCAGTTCAAATAAACATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTT
250 AAATAAATCTA-TTTATCTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
22236813 AAATCATTATTACCTTTTG--TT-T--T-----AATT-TTTTTAGTTTATAAAAGCTTA-TCGAA
313 AAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAGCTTATTC-AG
* * * * *
22236866 AATAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TCAAGAGATTTAGAAAATAAAT
376 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AA-AAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
22236930 -TAGTTTAC-CAAATCAGTTTAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTAGCTA-TTTAAATTGTTA
438 AT-GTTTACTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTA
*
22236992 TTACCATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA
502 TAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTG-TTTT-AA
*
22237029 -T-ATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAA
1 TTCATACAAGCTTTTTAG-AATAAAATAA
22237056 TGGTAATTTT
Statistics
Matches: 2605, Mismatches: 486, Indels: 330
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (535 bp):
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TCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAAAATTGTTTTAA
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* * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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66 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
** * *
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130 TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT-TT
* * ** *
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1 -AGTTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
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* * * * * *
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128 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * *
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1 AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA
* * * * * * * * *
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* * * *
22234289 AGTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTT
128 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
22234343 AGTTCATATAAGTTTACTCACAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-T
1 AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
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* * * * * *
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130 TATCTATTTTAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * ** *
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1 AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA
* * * * * * ** **
22234587 ATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATCGTTATGTTTATTTGAGCAA
64 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * ** ** * * *
22234652 TTATTTATTTCACCTTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCAAAAAACAATTATTTCT
129 TTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * * *
22234705 AG-TCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATCTT-AACAATTAATAAG
1 AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAG
* * *
22234768 T-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATA
65 TAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * *
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* * * *
22234884 AGTTCATACAAGCTTATT-TGAAGTAAGATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGA
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* * * * * * * * * * *
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64 GTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * *
22235011 ATTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGGTTTT
128 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT
* ** ** *
22235065 -GTTTATGTAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
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22235128 TAA-A-ATTTTAAAAAAATAAATATATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAA
65 TAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* ** *
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128 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* ** * *
22235246 A-TTCATAAAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAACATTAATTTATTAA-ATTTCCAAAAATTAATAA
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* * * * * ** *
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* * ** * * *
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** * *
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** * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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22236210 CAAAAGATTTAAAAATTAAAGT-TGTTTTCTGAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
65 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
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*
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* * * * *
22236555 GCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTCAATA
64 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * *
22236620 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTTT
128 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
22236673 AGTTTATAAAAGCCTA-TCAAAAATAAAAAAAAAACTATTTTATTAATATTTCAAAAATGAATAA
1 AGTTCATACAAGCTTATTC-AGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *** * * * *
22236737 GCAAGAGATTTAGAAAATAAATC-AGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAAACATGGCCATTTAAAC
64 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
22236800 AACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTG--TT-T--T-----AATTTTTTT
127 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * *
22236845 AGTTTATAAAAGCTTA-TCGAAAATAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
1 AGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
22236908 TCAAGAGATTTAGAAAATAAAT-TAGTTTACCAAATC-AGTTTAAATAATCATGGCCATTTAAAC
65 T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * ** *
22236971 AACTAGCTA-TTTAAATTGTTATTACCATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
127 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
22237025 TCAATATACA
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AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
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* * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** ** * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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693 TCATAAAACATATGTATTTTA
* * * *
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* * * *
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65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACAT-TTGAA-TAATTAT
* * * *
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* * * * *
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191 ATTCAGAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGA--TTTAAAA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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377 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT
* * * * * * * * * *
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* * * ** * *
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507 TGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTT-ATTCATAAAAG-CTTTTTTGAAATAAAATAATATAAATT
* * * *
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569 TATTAACATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
** ** * ** ** * *
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22234690 AAAACA-AT-TATTTCTA
697 AAAACATATGTATTT-TA
* * * * * *
22234706 GTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATCTTAACAATTAATAAGTAG
1 TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGT-G
* *
22234771 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
64 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCATGAC-ATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
22234836 CTATTTGAAATCATTAT-A-ACCTTTATTTTGTAATTAAACACTTGTTT-TAGTTCATACAAGCT
127 CTATTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * *
22234898 TATT-TGAAGTAAGATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTGAGAGAATTAAAA
190 TATTCAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAA
* * * * * *
22234962 AAAGAATATGTTTACTG-AA-TAAGTTCAAATAGTTGTGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAA
250 ATA-AATATATTTACTGAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAA
* * * * ** **
22235025 AACATTATGACCTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGGTTTTGTTTATGTAAGCTTATTTTGAATAA
313 ATCATTATGACCTTT-ATTTGTCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * * * *
22235090 AATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-A-TTTTAAAAAAATAAATATA
376 AATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAGAGATTT-AAAAAATAAATATA
* * *
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* * *
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* * * * * **
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* ** * *
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630 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
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695 ATAAAACATATGTAT-TTTA
* * *
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1 TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG--T
* * *
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63 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCATG-ACATTTGAA-TAATTA
* * ** * **
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126 TCTATT-TCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
22235623 TATTCAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAGATTTAAAAATGAA
190 TATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAT-AA
* * *
22235688 ATTTATTTA-TCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTT
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* * * * *
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317 TTATGACCTTTATTTGTCATAAAAT--AATTGTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
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379 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTTC
* * * * * * *
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444 TAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * *
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509 TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTA-TTCATA-AAAGCTTTTTTGA-AATAAAATAATATAAATTT
* * * * * *
22236005 ATTAACATTTGAAATATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATATAAATCTATTTAACAAACAAGTTG
570 ATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
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634 AAAT-AATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* **
22236133 AAATCA-ATTGT-TTCAA
697 AAAACATA-TGTATTTTA
* ** * * * **
22236149 TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGCAAA
1 TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG--TG
* * ** * * * * *
22236214 AGATTTAAAAATTAAAGT-TGTTT-TCTGAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATA
64 AGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTCATGAC-ATTTGAATAATTA
* * * * * * *
22236277 TCTATCTT-AAATCGTTAT-A-ATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATTCAAG
126 TCTAT-TTCAAATCATTATGATAT-TTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCTAT-TCATACAAG
* *
22236338 CTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTA-TATTATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
188 CTTATTCAGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAA
* * * * * * * * * * **
22236401 TAAATGTGTTTGC-CAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTA-TTAGAATAATTAACTAT-TTTAAT
251 TAAATATATTTACTGAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATCTCAAAT
* * * * **
22236463 CATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGC---TT----AT--A
315 CATTATGACC-TTTATTT-GTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * * *
22236519 ATAATACTAATTTATTGAA-ATTCAAAAAATTAATAAGC--ATGAGATTTGAAAAAATAAATCTA
377 ATAATACTAATTTAAT-AATATTCCAAAAATTAATAA-CTAAAGAGATTT-AAAAAATAAATATA
* * * * * * * ** *
22236581 TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
439 TTTTCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
* * * * * *** *
22236645 CATTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTAGTTTATAAAAGCCTATCAAAAATAAAA-AA-AAAA
503 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTA-TTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATAA
* * * * * *
22236707 CTATTTTATTAATATTTCAAAAATGAATAAGCAAGAGATTTAGAAAATAAATC-AGTTTACTGAA
566 --A-TTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAC-CAA
* ** * * * * * * *
22236771 TC-AGTTCAAATAAACATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTT
626 ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
22236835 T
691 T
22236836 AATTTTTTTA
Statistics
Matches: 2286, Mismatches: 441, Indels: 262
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (713 bp):
TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTGAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACATTTGAATAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATATT
TACTGAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCT
TTATTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
ATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAACCAATTCA
AATAGTTAAGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTTTTTATTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT
TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATGTATTTTA
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22236654 TGTCATAAAA
*
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**
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*
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* * * *
22236836 AATTTTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCGAAAAT-AAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAA
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* * * * *
22236900 ATTAATAATCAAGAGATTTAGAAAATAAATTAGTTTACCAAATCAGTTTAAATAATCATGGCCAT
66 ATGAATAAGCAAGAGATTTAGAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAATAAACATGGCCAT
**
22236965 TTAAACAACTAGCTATTTAAATTGTTATTACCATTTTTTTT
131 TTAAACAACTAGCTATTTAAATCATTATTACCATTTTTTTT
22237006 GTCATAAAAC
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 15, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ATGAATAAGCAAGAGATTTAGAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAATAAACATGGCCAT
TTAAACAACTAGCTATTTAAATCATTATTACCATTTTTTTT
Found at i:22237457 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 22237059--22237537 Score: 563
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22237049 AAAATAATGG
* * * * * *
22237059 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TATATCAATAGAAAC
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* * * *
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129 AAATAATTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
* *
22237236 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAACAAAAACA
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* * * * *
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* * *
22237364 ACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
130 AATAATTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTAT
* * * * * *
22237415 TAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACATAAATA
1 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACA
* * * * * * *
22237480 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGGTTTGAAATATATAGTTGTTCAAATA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
22237538 ATCATAATTG
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 40, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCTATAA
ATAATTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
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*
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** * * * *
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* * * ** *
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** * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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127 G
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* * **
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** * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATA
* * * * *
22243088 GTCAT-ACTTATTTAAACTGATTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAGTTT
64 GTCATAAC-TATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * ** * * * * * * *
22243148 TCAAAATATTAATAAATTAGTATAACCTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAA
128 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
22243381 AAA-ATTTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGTTTTGAAATAGATAATTGTT-ATTATA
1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATA
* * * * * * * *
22243444 GTCTTAAATATTTGAACTGGTCCGACAAACAAATTTA--TTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * ** * *
22243507 TAGACTATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTCTACAAACAT
129 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
22243560 AAACAATTGTTTTTTGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
22243625 CATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
22243685 GAAAGAATAATAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG-ATCAA
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * * * *
22243737 AAAC-ATT-TTTAAATCAAACCAAATAAAAGG-CAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAA
1 AAACAATTGTTT-TAT--GACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * *
22243799 TGGCCATGATTATTTG-ACATGATTGGATAAATAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAAT
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* * *
22243859 TTTTGAAATATTAATAAATT--TCATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGACTA-
126 TTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAATAG
* * * * * * * * **
22243914 AAACAATTGTTTGATGACAGAACAAAAGGTCATATCAATTTTAAACAAATAATTGTTCATGT-GA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * ** ** * *
22243978 TCTTAACTATTTGAACT-ACTTTGGCAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** * *
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
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22243234 TAACAATTTA
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AAATAGCATAATTATTC
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22243197 AACAAAAACA
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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22243548 TTCTACAAAC
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AATAAATTCATATTATTTTATTCCAAACAAGCCAGTATGAATTGAAAAT
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* * * * * * * * * ** *
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* *
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* * *
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* ** *
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* * *
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* *
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* ** * *
22243351 ATTTTATTCCAAATAAGCCAGTATGAATTGAAAATTTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
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* * * **
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* *
22243481 TTTTAATTCTTTTAG
518 TTTTAAATCTCTTAG
* * *
22243496 TTATTAATTTTTAGACTATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTCTACAAACATA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTCTACAAACAGA
* * *
22243561 AACAATTGTTTT-TTGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGA-AGTATACAA-TTGTTCAAATA
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* * * **
22243623 GTCATAAC-TATTTGAACT-AGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
128 GTCAT-ACTTATTTAAACTGA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA
* ** * * * *
22243686 AAAGAATAATAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCTTGA-ATGATCAAAAACATTT-TTAA
191 AAAGAATAATAAATTAGTATAACCTTATTCCGAACAAACTT-ATATGAACAAAAACATTTGTTAA
* * * * * * *
22243749 ATCAAACCAAATAAAAGG-CAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATGATTATT
255 AT--AACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTAAAATAGATAATTATTAAAATAGCCATAATTATT
*
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* * ** * *
22243874 AAATTTCA-TTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGACT-AAAACAATTGTTTGATGACAGAAC
378 AAA-TTCATTTATTTTATTCCAAATAAGCCAGTATGAACTGAAAA-AATTGTTTGATGACAAAAC
*
22243937 AAAAGGTCATATCAA-TTTT-AAACAAATAATTGTTCATGT-GA-TCTTAACTATTTGAACTACT
441 AAAAGGTCATA--AAGTTTTGAAACAAATAATTGTT-AT-TAGAGTCTTAAATATTTGAACTACT
** * **
22243998 TTGGCAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
502 CCGACAAACAAATTTA--TTTTAAATCTCTTAG
* *
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1 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
22244072 AATAGAACAA
Statistics
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AACAATTGTTTTATAGTAGAACAAAAAGTTATAACGATTTGAGATAAACAATTTGTTAAATAGTC
ATACTTATTTAAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAAGA
ATAATAAATTAGTATAACCTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTAAATAACA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTAAAATAGCCATAATTATTTGAATTGAT
TAGATAATAATTATCTTTTTAAATCACTTATTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTATT
TTATTCCAAATAAGCCAGTATGAACTGAAAAAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGT
TTTGAAACAAATAATTGTTATTAGAGTCTTAAATATTTGAACTACTCCGACAAACAAATTTATTT
TAAATCTCTTAG
Found at i:22244351 original size:309 final size:307
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22243816 CATGATTGGA
*
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1 TAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTCATTATTTTAT
* * * *
22243891 TTCAAATAAGCTTGTATGGACTAAAACAATTGTTTGATGACAGAACAAAAGGTCATATCAATTTT
66 TTCAAATAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTA
* ** * * * *
22243956 AAACAAATAATTGTTCATGTGATCTTAACTATTTGAACTACTTTGGCAAACGGATTTATTTTTTA
131 AAACAAATAATTGTTAAAATGACCATAACTATTTGAACTACTTTGGCAAACAGATTTACTTTTTA
* * * * *
22244021 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATAATAGAACAAAAGG
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261 TTATAACGATTTGAAATAGGTAATTACTCAGATAGAAACTGGTTCAG
* * *
22244133 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTT
1 TAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--TCATTATTTT
** ** * *
22244197 ATTTTGAATAAGCTTGTATGGTGAAAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAAT
64 ATTTCAAATAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTG-TTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * *
22244262 TTAAAATAGATAATTGTTAAAATTACCATAATTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTACTT
128 TTAAAACAAATAATTGTTAAAATGACCATAACTATTTGAAC-TACTTTGGCAAACAGATTTACTT
*
22244326 TTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
192 TTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
22244381 TTCAAAAATC
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 33, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTCATTATTTTAT
TTCAAATAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTA
AAACAAATAATTGTTAAAATGACCATAACTATTTGAACTACTTTGGCAAACAGATTTACTTTTTA
AATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAATAGAACAAAAGG
TTATAACGATTTGAAATAGGTAATTACTCAGATAGAAACTGGTTCAG
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22244122 AACTGGTTCA
22244132 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-C-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
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* * *
22244195 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTGAAAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACA
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-TAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
22244260 ATTTAAAATAGATAATTGTTAAA-A-TTACCATAATTATTTGAACTTATTT
128 ATTTAAAATAGATAA-T-TCAAATAGTT---ATAACTATTAGAACTTATTT
*
22244309 GGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTAT
1 -GTAAATAGATTTA-TTTTTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
22244373 TATTTTA-TTTCAAAAATCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTATAATAAAAC-AAAGGTCATA
61 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * *
22244436 ATGATTTTAAATATATAATTCAAATAGTTGTAACTATTAGAATTTGTTT
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** * * *
22244485 AAAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTAT
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* * * * ** *
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64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
22244615 ATTT
128 ATTT
22244619 GAGCTTATTC
Statistics
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TATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TAAAATAGATAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACTTATTT
Found at i:22244913 original size:175 final size:175
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Indices: 22244710--22245373 Score: 427
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22244700 ATTCTAAATT
* *
22244710 AGCTTGTATGATATGAAACAAATATTTTATAACTAAAAAAAAGTCAGAATGATTTGA-AATAGAT
1 AGCTTGTATGATAT-AAACAATTATTTTATAAC-AAAAAAAAGTCAGAACGATTTGAGAATA-AT
* * * * *
22244774 AATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACACATTTA-TTTTTAAATATCTT
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* * * *
22244838 A-TTAATTTT-TTGAATATTATTCAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATA
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* * * * *
22244885 AGCTTCTATGATGATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATTAATA
1 AGCTTGTATGAT-ATAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAG-TCAGAACGATTTGAGAATAATA
* * * * * *
22244950 ATTTTTCAAATAGTTATAACTATTCGAACTTGTTCAATAAACATACTTATTTTTTACATCTCTTA
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**
22245015 GTTTTTAATTTTCTAGATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATA
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* * * *
22245065 AGCTTGTATGATAAAAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTC-GTAACAATTTGA-AATAA
1 AGCTTGTATGAT-ATAAACAATTATTTTATAAC-AAA-AAAAAGTCAG-AACGATTTGAGAAT-A
* * * ** * *** ** * * *
22245128 ACAATTTTTCAAATGGCCATAATTATTTTTACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
61 ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCGAACTAG-TTCAACAAACACACTTATTTTTTAAATAT
** * * *
22245192 CTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTCC-ATATA
125 CTTA--T-TTAATTTTCTAGATATTAATAAATTAGTACTATTTTATACCGA-ATA
* * * * ** *
22245245 AGCTTGTATTAGCTA-AAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAATAATTTTA-AATAG
1 AGCTTGTA-T-GATATAAACAATTATTTTATAACA-AA-AAAAAGTCAGAACGATTTGAGAATA-
* ** * * * * * * * *
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22245372 TT
126 TT
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Statistics
Matches: 395, Mismatches: 71, Indels: 42
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (175 bp):
AGCTTGTATGATATAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGTCAGAACGATTTGAGAATAATAAT
TATTCAAATAGTTATAACTATTCGAACTAGTTCAACAAACACACTTATTTTTTAAATATCTTATT
TAATTTTCTAGATATTAATAAATTAGTACTATTTTATACCGAATA
Found at i:22245102 original size:180 final size:179
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Indices: 22244609--22246345 Score: 1177
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22244599 ACAAAAGGTC
* * * * * *
22244609 ATAACTATTTGAGCTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * * * * ** *
22244673 TGAATGTTAATATATTCAG-ATTATTTTA-TTCTAAATTAGCTTGTATGATATGAAACAAATATT
63 TAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATT
* * * * * *
22244736 TTATAACTAAAA-AAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTT
126 TTATGAC-AAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
22244790 TTAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACACATTTA-TTTTTAAATATCTTA-TTA--ATTTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * ** * * *
22244851 ATATTATTCAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATGATAAACAATTATTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTAT
* *
22244915 GACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATTA-ATAATTTTTCAAATAGTT
130 GACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTTTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
22244965 ATAACTATTCGAACTTGTTCAATAAACATACTTATTTTTTACATCTCTTAGTTTTTAATTTTCTA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TA
* * * *
22245030 GATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTTTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * **
22245095 AACAAAACAAAAAGTCGTAACAATTTGAAATAAACAATTTTTCAAATGGCC
130 GACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTT
* ** * * * *
22245146 ATAATTATTTTTACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG
1 ATAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T
* * ***
22245210 AAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATTAGCTAAAACAATTATTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTT
* ** * * * **
22245273 ATGACAGAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGGA
128 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTT
* * * * *
22245326 ATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * * * * * ** * *
22245391 GAACATTGATAAAATATTATTAATTTA-TTCTGAATAAGTTTGAATGA-ACTTAAGCAATTGTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTT
* * * *
22245454 TATGACTAAACAAAAGGTTAGT-ATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCT
127 TATGACAAAAC-AAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCA-AATAGT-T
* * * * *
22245509 -TAA-TCATATAAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACT-ATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * * * **
22245572 AAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA-TTCTAAACAAGCTTGTACAAATAAAAAA-AATTATTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA-TGATAAAAAACAATTATTT
* * ** ** *
22245635 TAGGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATTCATAATCGTTCATATAGTCT
127 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGT-T
* * * * * * * * ** *
22245690 -TAACTATTTGAATTGGTTCCACAATTAGATTTATTTTGT-ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTA
* * * ** * * *
22245753 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAG-TAGTATGA-ACGGAATCAATTGTTTG
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTT
* * * * *
22245816 ATAATAAAACCAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTATTT-AAATAGCT
128 ATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTT
* * * ** *
22245869 AAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TA
* * *
22245934 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGA-ACAAAAGCAATTATTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTA
* * * *
22245998 TCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTT-AAATAGTT
129 TGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTT
*** * * * * *
22246050 AT-ACTTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTAAAATTTTG
1 ATAAC-TATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTT
* * * * * ** * * *
22246114 AAATATTAACAAATTAGT-TTTTTTTATTCCAAACAAAG-TTGTATGAGT-TGAAATAATTGTCT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGA-TAAAAAACAATTATTT
* * * * * *
22246176 TATGACAAAACTAAGGTCGTAAAGGTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
127 TATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGT-T
* *
22246230 -TAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
22246293 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA-AAAAAA
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAA
22246346 GGTTATAACA
Statistics
Matches: 1216, Mismatches: 283, Indels: 116
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.00
175 112 0.09
176 18 0.01
177 2 0.00
178 13 0.01
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183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTT
Found at i:22245363 original size:361 final size:358
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Indices: 22244609--22247476 Score: 1840
Period size: 361 Copynumber: 8.0 Consensus size: 358
22244599 ACAAAAGGTC
* * * * *
22244609 ATAACTATTTGAGCTTATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCAT-GCTTATTAATTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAA--TT
* * * * *
22244672 TTG-AATGTTAATATATTCAG-ATTATTTTA-TTCTAAATTAGCTTGTATGATATGAAACAAATA
61 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTG
* * * ***
22244734 TTTTATAACTAAAA-AAAA-GTCAG-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACT
123 TTTTATGAC-AAAACAAAAGGT-AGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
* ** * * *
22244796 ATTTGAACTAGTTTAACAAACACATTTA-TTTTTAAATATCTTA-TTA--ATTTTTTG-AATATT
186 ATTTGAACTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
** * *
22244856 ATTCAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-A-TGATAAACAATTATTTTATGAC
250 ATAAAATTAGTATTATTTTAT-TCC-AATAAGCTTGTATGAACT-A-AAACAATTATTTTATGAC
* * * *
22244918 AAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATTA-ATAATTTTTCAAATAGTT
311 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
22244965 ATAACTATTCGAACTTGTTCAATAAACATACTTATTTTTTACATCTCTTAGTTTTTAATTTTCTA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-GA
* * * ** * *
22245030 GATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTTTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * **
22245095 AACAAAACAAAAAGTCGTAACAATTTGAAATAAACAATTTTTCAAATGGCCATAATTATTTTTAC
129 GACAAAACAAAAGGTAGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC
*
22245160 TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTA-AAAATT
194 T-ATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAATT
* * *
22245224 AGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATTAGCTAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGG
258 AGTATTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * **
22245289 TCATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGGA
322 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * **
22245326 ATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAA--TTTT
* * * * * * * * * *
22245391 G-AACATTGATAAAATATTATTAATTTA-TTCTGAATAAGTTTGAATGAACTTAAGCAATTGTTT
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTT
* * * *
22245454 TATGACTAAACAAAAGGTTAGT-ATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAA-TCAT
126 TATGACAAAACAAAAGG-TAGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGCCATAACT-AT
* * * *
22245516 ATAAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
188 TTGAACTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
* * * * * * * *
22245581 TAAATTTGTATTATTTTATTCTAAACAAGCTTGTA-CAAATAAAAAAAATTATTTTAGGACAAAA
252 AAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * ** * *
22245645 CAAAAGGTCATATCGATTTGAAATTCATAATCGTTCATATAGTCT
315 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-T
* * * * * * *
22245690 -TAACTATTTGAA-TTGGTTCCACAATTAGATTTATTTTGT-ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTG
* ** * * * *
22245752 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAG-TAGTATGAACGGAATCAATTGTTTG
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
22245816 ATAATAAAACCAAAGGTTA-TAACGATTTGAAATATATAATTATTTAAATAGCTAAAACTATTTG
127 ATGACAAAACAAAAGG-TAGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG
* * * * * *
22245880 AAATGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTA-A
191 AACT-ATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTATA
* * * *
22245942 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAAC-AAAAGCAATTATTTTATCACAAAA
253 -AAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTATTTTATGACAAAA
* * *
22246006 CAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTT
315 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
22246050 AT-ACTTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTAAAATTTTG
1 ATAAC-TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-TAATTTTG
* * * * * * *
22246114 AAATATTAACAAATTAGT-TTTTTTTATTCCAAACAAAG-TTGTATGAGTTGAAATAATTGTCTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
22246177 ATGACAAAAC-TAAGGTCGTAAAGGTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGA
127 ATGACAAAACAAAAGGTAGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGA
* * * * * *
22246241 ACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAA
192 ACTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATAAA
*
22246305 ATTAGTATTATTTTATT-C------C----A--AA-T-AAAC-----TTGTATG---AAA-AAAA
255 ATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
*
22246346 GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
320 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * *
22246385 ATAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAATAGATTTGTTTTTTAAATCTC----TTACTAATTCTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TTG
*
22246445 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTGTTTT
* ** * * * * * * *
22246509 ATGAGAAAATGAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTATAATTATTTAA
127 ATGACAAAACAAAAGGTAGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGA
* ** *
22246574 ACTCTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTA-ATAAA
192 ACTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATA-AAA
* * *** * * * * * *
22246634 GTGGTA-TAGTTTTATTTTGGATCAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGTCAAATCAAA
256 TTAGTATTA-TTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * * *
22246698 AGTTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAATC
319 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * **
22246738 GTAAGTATTCGAACTTGTTCGATAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAA-TTTT
* * * * *
22246802 TAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAGACAATTATTTT
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTT
* * * * *** *
22246867 ATGACTAAACAAAATGTTAG-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTGTTAACCATTTG
127 ATGACAAAACAAAA-GGTAGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG
* * * * * * *
22246931 AATTGATTCGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
191 AACT-ATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAA
* ** * * *
22246996 ATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATGTTCAAAAACAATTTTTTTTATAACAAAAC-
255 ATTAGTATTATTTTAT-TC-CAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA-TTATTTTATGACAAAACA
** ** * * * * *
22247059 AAAGAACATAATGATTTGATATTGATATTTATTCAAATAATT
317 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* ** * * * * ** *
22247101 GTAACTATTTGAACTAATTCAAAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAA--TCTTCCTTAATAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTG
* * *** * *
22247163 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTA
* * * *
22247228 TGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGA-TTGTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTG
128 TGACAAAACAAAAGGT-AGTAACGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG
* * * * * * ** *
22247291 AGCTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAGTCTCTTGCTTATTAATTTTTCTAATGTTA-AC
191 AAC-TATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATA-
* * ** * * * * * *
22247355 AAATTAATATT-GTTTATTCCAAATAAGCTACTATGGATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACA
253 AAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-
* * * *
22247419 AAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTT
316 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * *
22247462 TTTACTATTTAAACT
1 ATAACTATTTGAACT
22247477 AGTTTGACAA
Statistics
Matches: 1948, Mismatches: 435, Indels: 253
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
327 2 0.00
328 30 0.02
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330 11 0.01
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336 6 0.00
339 5 0.00
340 1 0.00
342 2 0.00
343 1 0.00
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349 6 0.00
352 3 0.00
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363 229 0.12
364 20 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (358 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTAGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTA
TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAATTAGT
ATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
Found at i:22246415 original size:156 final size:152
Alignment explanation
Indices: 22246201--22246490 Score: 440
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 152
22246191 GTCGTAAAGG
*
22246201 TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTT
* *
22246266 TTTAAATCTCTTAGTTATGAATT-TTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
66 TTTAAATCTCTTA---AT-AATTCTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
22246330 ACTTGTATGAAAAAAAGGTTATAACAA
126 ACTTGTATGAAAAAAAGGTTATAACAA
* *
22246357 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTGTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATT
* * *
22246421 TTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
65 TTTTAAATCTCTTAATAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTT
22246486 GTATG
130 GTATG
22246491 TTGAAAAACA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 8, Indels: 8
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
152 46 0.37
153 4 0.03
155 1 0.01
156 73 0.59
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (152 bp):
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTAATAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
TATGAAAAAAAGGTTATAACAA
Found at i:22246831 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22246356--22247458 Score: 826
Period size: 182 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181
22246346 GGTTATAACA
* * ** * * *
22246356 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAATAGATTTGT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTAT
* * *
22246420 TTTTTAAA--TC-T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
65 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAAT
* * ** * * *
22246480 AAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAGGTAATAACG
129 AAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * ** * * * *
22246533 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTAAACTCT-TT-GGTAAACTA-ATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC-GTAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAAC-AGATTT
* * * *
22246594 ATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTGGTA-TAGTTTTATTTTGG
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* * * *
22246654 ATCAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGTCAAATCAAAAGTTCATAATG
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* * * * * * *
22246709 ATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAATCGTAAGTATTCGAACTTGTTCGATAAACGGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATT
* * **
22246774 TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
66 TTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * *
22246839 AGCTTGTATGAATTGAGACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTT-AGAATG
130 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATG
* * * ** * *
22246891 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT-GTTAACCATTTGAA-TTGATTCGGCAAGCACATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCG-TAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTA
* * *
22246954 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAA
* * * **
22247018 TAAGCTTGTATG--TTCAAAAACAATTTTTTTTATAACAAAAC-AAAGAACATAATG
128 TAAGCTTGTATGAATT--GAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * * * ** * * *
22247072 ATTTGATATTGATATTTATTCAAATAATTGTAACTATTTGAACTAATTCAAAAAACA-ACTTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA-TTTAT
* * * * * *
22247136 TTTTTAAA--TCTTCCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATA
65 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * * * *
22247199 AGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
130 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * * * * * *
22247251 A-TTGTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAGCTTGTTCGGTAAACAGATTTAT
1 ATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-
* ** * * * * **
22247315 TTTTTTAAGTCTCTTGCTTATTAATTTTTCTAATGTTAACAAATTAATATT-GTTTATTCCAAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
** * * * * * *
22247379 AAGCTACTATGGATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTT-AGAATA
129 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAA-GTTCATAATG
* *
22247433 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
22247459 GTTTTTACTA
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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
GCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
Found at i:22247979 original size:180 final size:177
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22247536 ATGAAAAAAA
* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
22247902 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACT-AGTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATA
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
* * * *
22247965 GTTATAACTATTTGAGCTTGCTCAGTAAACAAATTT-GTTTCTTAAGTCTTTCACATATTAATTT
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* * ** * * * * * **
22248029 TTGAAATATTAATAAATTAATAGAAACAATTAATTTTTGGAATAAA-TTAATATTGTTTTATTTT
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* * * ** * ** * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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** * * ** * * * ** *
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* * * * * * * **
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* * * * * ** *
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* * ** * *
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1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
22248833 AATA-AATTGTTCTATAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
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* ** * * *
22248897 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGCTGAACAAATTCA-TATTTTAAATCT--CTTATTAATTTTTT
65 TAATAACTATTTGAACTTG-TT-CAAAACAAATTTAGT-TTTTAAATCTCACATATTAATTTTTA
* * * *
22248959 GAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATAG
127 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-AAG-TTGTATGAATAC
* * * * ** *
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1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * ** *
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* * * * *** * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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65 TAATAACTATTTGAACTTG-TTCA--AAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC--ACATATTAATTTT
* * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * **
22249421 CATAATTATTTCAACTGGTTCAGCAAATAGAA-TTA-TTTATTAAATCTCTTATTGATTAATTTT
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* * * * **
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125 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAGTT-GTATGAATAC
* * * * ** ** * * * *
22249535 AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTAAAAATAAAAGAATTATTCATATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG
*** * * * * * * ** *
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* * * * * *
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126 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAAGTTGTATGAATAC
* * * * *
22249717 AAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTAT-ATGAATTTG--A-A-AT-A-----CATATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
22249771 TAATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
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* * * * * * *
22249835 TGAAATATAAATAAATTAATATTATTTTATTAC-AAAT-AGGCTAGTATG-ATGAA
125 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAAG-TTGTATGAAT-AC
* * * *
22249888 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTCACAACT-ATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATT-ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * ** * * * *
22249951 GCCATAATTATTTTAACTAATTCAATAA-ATTGATTTA-TGTTTTAAATCTTTAACTTATCAATT
64 GTAATAACTATTTGAACTTGTTCAA-AACA--AATTTAGT-TTTTAAATC--TCACATATTAATT
* * * * * * **
22250014 TTTAAAATATTAATAAAGTAATATTGTTTTATT-TGGGAT-AAGTTTTTATGATTTG
123 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAAG-TTGTATGAATAC
* * * * * * *
22250069 AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
22250134 TCATAACTATTTGAACTTGTT
65 TAATAACTATTTGAACTTGTT
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Consensus pattern (177 bp):
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ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAGTTGTATGAATAC
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Period size: 181 Copynumber: 11.9 Consensus size: 180
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* ** * * * *
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* ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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** * * * * ** * *
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* * * * * * * **
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66 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TTGTT
* * * * * * *
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130 CGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATT-TTTAGAATATT
* * ** *
22248608 AATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGA-ATGAGCAGAAACAATTATTTTATGATA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
* * * * * * * *
22248671 AAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTAT
64 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGT
* * * * * * *
22248736 TCGATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATT
129 TCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * * *
22248789 AACAATTTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAATAGAATA-AATTGTTCTATAACAA
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* ** * * *
22248853 AACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTT
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* * * * *
22248918 TGCTGAACAAATTCATATTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTTGAATATT
130 CGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTAGAATATT
*
22248966 AATAAATTAGA-ATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAA
1 AATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAA
* * * * * * * ** ****
22249029 AACAAATGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-CG-AATGGCTAGGCCAA-----T
65 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT
* * *
22249087 AGAT--TC---TT--TTTTTTAAATC-CATTTCTTATTAATTTTTAGAATATT
130 CGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC--TTGTTATTAATTTTTAGAATATT
** * * * * * *
22249132 AATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGAATAAGGC-CATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAA-GCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
22249258 ATT-TAGTAAACAGATT-TTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
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* * * * * * * *
22249312 CATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAA
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* * * * * *
22249377 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCATAATTATTTCAACTGGTTC
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* * * *
22249442 -AGCAAATAGAATT-ATTTATTAAATCTCTTATTGATTAATTTTT-GAAATATT
131 GA-TAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTGTT-ATTAATTTTTAG-AATATT
* * * * *
22249493 AATAAATT--TTTTATTTTA-TTCTAAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAATTATTTTATGATA
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** * ** * * * * * * * * *
22249554 AAACAAAATATCATAACAATTAAAAATAAAAGAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAGTAG
64 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG
* * * * *
22249619 TT-TAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGA-CTATTAGTTATTAATTTTCAGAATATT
128 TTCGA-TAAACAAATTCATTTTTTAA-ATCTCTT-GTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * * * * *
22249673 ATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
* * * *
22249738 ACAAAAGGTTAT-ATGAATTTG--A-A-AT-AC-A-T---ATAGTAATAACTATTTGAA-TTGGT
66 ACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GT
* * ** *
22249791 TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATA
129 TCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCT-CTTGTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * * *
22249844 AATAAATTAATATTATTTTATTACAAATAGGC-TAGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATA
* * * * * * * * * **
22249907 AAACAAAAGTTCACAACTATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAAT
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* *** * * * * *
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129 TCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT--GTTATTAATTTTTAGAATATT
* * *** * * * *
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1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
* * * * * * *
22250090 ATAAAAAGGTTATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
66 A-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT
* * *
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* * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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65 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGC
* *
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130 TAAACAAATTCATATTTTAAAT-TTTTATTAATTAATTTT-AATATTAATAAATTA-ATATTATT
* *
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* * ** **** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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1 AAATTGATATTATTTTATTTC-AAATAAGCCTA-TATGAATAGATACAATTGTTCTATAACAAAA
** ** ** * * * * ** * * *
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64 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *** * * **
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** *** * * * * *
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* * * * * * * * *
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188 TATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCAT
** * * * * * * * *
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252 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAAATT
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AATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAAC
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** *
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* * * * * * * *
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** * * ** * *
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* * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
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66 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAG
* * *
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** * * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
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* * * *
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** ** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
22251313 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTGTTTGAACTTATTC-
65 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCA
* * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* ** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
22251855 AGAAAAGGTCATGACGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTT
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
22252213 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTA-GCTAG
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* *
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* * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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127 CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAA
* * * *** * *
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** * * * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * * * * * *
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* *
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Statistics
Matches: 1966, Mismatches: 427, Indels: 179
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AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCAGT
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
22250364 TATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGCTTTAGGACAAAA-TAAAGATCATA
191 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
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* * *
22250493 AGTTTT-AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTATAATAAT
320 ATTTTTAAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA-AATAAT
* * * * *
22250556 TTTGTATTAATAGAAACAATTG--TTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAA
384 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * ** ** * * *
22250619 TAGTTCAAATGGA-CATGATTATTTGAACTTGTTCCATAAACTGATTAATTTTTTAAAACT-TCA
449 TTGTTCAAAT-AATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
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513 AC-TATTAATTTTTAAAA-GATTAA
* * * *
22250706 TAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
1 TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
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66 AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAG
* * * *
22250836 TAAACAAATTTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAT
130 TAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * **
22250901 TTTATTCCAAATAAGCTTCTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG
194 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* *
22250966 ATTTGAAA-AACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAAATAGTTTTA
259 ATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAG-AAAAGAGATTTA
* *
22251030 CTTTCTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAAT
321 -TTTTTAAAA-TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAAT
* * * * * *
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381 AATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * ** *
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446 TAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCT
* **
22251224 TACACT-TTAACTTTTGGAAGATTAA
511 TA-ACTATTAATTTTTAAAAGATTAA
* * * * * * *
22251249 TCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATTATAAAA
1 TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
22251313 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTGTTTGAACTTATTC-
65 CAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCA
* *
22251377 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-AAATTGTT-GACATATTAATAAATTAATAT
129 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGA-ATATTAATAAATTAATAT
** * * * * * *
22251440 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTTTGAACATAAACAATTGTTTTATGACCAATCAAAAAGTCATA
191 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
22251505 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTT
256 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAAGAGATTT
* * *
22251570 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGA
320 A-TTTTTAAA--ATTT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TA
* ** ** * * ** *
22251633 AATAAGCTTGTATGAATTGTAAA-AATCATTTTATGACAAAGCAAAAAGGTTATAGTGATTTCAA
378 AATAATCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * **
22251697 ATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
441 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
* * *
22251762 TCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAA
506 TCTCTTAACTATTAATTTTTAAAAGATTAA
* * * * *
22251792 TAACTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-AATTGAATTGAAATAATT-TTTTGATGACAAA
1 TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAA
* * * *
22251855 AGAAAAGGTCATGACGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTT
64 ACAAAAGGTCATAACGATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TT
* * * * * * **
22251920 CAATAAACATATTTATTTTTTTATATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGT
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* * * * * * *
22251985 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAACATAAACTATT-GTTTATAATAGAACAAAAGGTCA
189 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * *
22252049 TAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTC-TTA--ATTTGAACCAATT-TGATAAGAGA
254 TAACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAGAAAAGAGA
** * * *
22252109 TTTATTTTTTGAATTTCTTATTAATTTGTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAC
317 TTTATTTTTAAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT
* * * * * *
22252174 AAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
381 AATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
22252239 TAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGCTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTC
446 TAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC-AAATTCATTTTTTAAATCTC
* *
22252303 TT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
510 TTAAC-TATTAATTTTTAAAAGATTAA
* * * *
22252329 TAAATTTAT-TCTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATATTGTTTTATGACAAA
1 TAAATTAATAT-TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * * *
22252392 ACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTGTTCATATAGTCGTAACTATTTGAACTGGTTT
64 ACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTC
* * * * * * *
22252457 GGCAAACAATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATT-ATATT
128 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * ** *
22252521 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAAT--TTTATGATAGAACAAAATATTATAA
192 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * ** * *
22252584 CAATTTGAAGTATACAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTA
257 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGAAAAGAGATTTA
* * * * *
22252649 TTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGC
321 TTTTTAAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAATC
** *
22252714 TTGTATGGTCAAAAACAATTGT
385 TTGTATGAACAGAAACAATTGT
22252736 CATATGACCA
Statistics
Matches: 1651, Mismatches: 309, Indels: 133
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
528 3 0.00
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TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
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AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTT
TATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
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AAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAATCTTGTAT
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AATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAACTATTAA
TTTTTAAAAGATTAA
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22253108 GAATAAGCTT
* * * * * *
22253118 GTATGAACAAAACAATTGTTTTA-CATTAAAAGAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATAATCA
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* ** * * *** * * * ***
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* *
22253247 TTAAGTTTAGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAA-ATA
130 TTAAGTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACATA
* * * *
22253298 GTATGAACAAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAACGA-TTGAAATAAATAATTA
1 GTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTAATAACGATTTGAAATAGATAATCA
* * * ** *
22253362 TTGAAATAGTCAAAACTATTTCAAATGGTTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACATA
65 TTCAAAGAGTCAAAACTATTTCAAATAGTTCAGCAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACATA
* * ** *
22253427 TTTATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTA
130 TTAAGTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACATA
* * *
22253479 -TATTAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACGATTTAAAATAGATAAT
1 GTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTAATAACGATTTGAAATAGATAAT
22253540 TGTTCAAATA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 42, Indels: 8
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 32 0.16
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.40
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GTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTAATAACGATTTGAAATAGATAATCAT
TCAAAGAGTCAAAACTATTTCAAATAGTTCAGCAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACATAT
TAAGTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACATA
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22254019 CTTTATAACC
* * * *
22254029 TTTTGATTTT-TCATAAAATAGTTG-TTTTAGTTAATACAAGCTTAGAT-GAAATAAAATAATAC
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**
22254091 TAATTTACTT-ATATTTCCTAAATTAATAAAAAAA-ATTTTAAAAA-T-AATTCTGCTTACCAAA
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* * *
22254152 TTAGTTAAAATAATTATGGGCATTTG-AATGATTATCTATTTTAAATTGTTATGACA
124 TCAATTAAAATAATTAT-GGC-TTTGCAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACA
* * * *
22254208 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATAATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAA
*** * * * *
22254273 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGGTAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTGCTAAATCAATT
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* * * *
22254338 CAAATAATTATTGCTTTGTCAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACC
130 AAAATAATTATGGCTTTG-CAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACA
* * * * * * * *
22254388 TTTTGTTTGGTCATAAAACAATTCTATCAGTTCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATACAATAAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T---TTTAA-TAATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAAT
22254453 ACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAA
61 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
22254481 TGAGTAAGAG
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 32, Indels: 26
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 14 0.06
179 72 0.32
180 81 0.36
181 3 0.01
184 7 0.03
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATAATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAAAAATATTTAAAAAGTGAATCTGCTTACCAAATCAATTA
AAATAATTATGGCTTTGCAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACA
Found at i:22254590 original size:186 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22254184--22254661 Score: 436
Period size: 186 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
22254174 TTTGAATGAT
* ** * * * *
22254184 TATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATGCAAGT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTTTCAATCATACAAGC
*
22254249 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGGTAGTGATTTAAAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGGTAGAGATTTAAAAA
* * ** * * *
22254314 GTGAATCTGTTTGCTAAATCAATTCAAATAATTATTGCTTTGTCAATAAT
131 GTGAATCTGTTTGATAAAGCAATTCAAATAATTATAACTATGTCAACAAA
* ** * * *
22254364 TATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTCTATCAGTTCAATTCATA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCT-T---TTCAA-TCATA
* * * *
22254429 TAGGCTTATTCAAAATACAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT-AATGAGTAAGAGA
61 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAAAG-GT-AGAGA
* *
22254492 TTTAAAATA-TGAATCTGTTT-ATAAAGCAAGTTCAAATAGTTCTAACTAT-TCAAACAAA
123 TTTAAAA-AGTGAATCTGTTTGATAAAGCAA-TTCAAATAATTATAACTATGTC-AACAAA
* * *
22254550 TATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGCTTTGT---TCATGCA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--CTTT-TCAATCATACA
* * * *
22254612 AGTTTATTTC-GAATAAAATTATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAA
63 AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
22254662 TAAGAAAAAA
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 37, Indels: 34
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
180 46 0.19
181 38 0.16
182 7 0.03
184 11 0.05
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTTTCAATCATACAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAGGTAGAGATTTAAAAA
GTGAATCTGTTTGATAAAGCAATTCAAATAATTATAACTATGTCAACAAA
Found at i:22254992 original size:180 final size:173
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* * * * * * *
22254739 TGTTTACCAAA-TGAATTCAAATAATTATGACCATTTTAGCAATTATCAATTTCAAATCATTATT
1 TGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *
22254803 ACCTTTTGTTTGAAATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTACTAGGAATAAAATAA-AAT
65 ACCTTTTGTTTGAAATAAAACAA-TATTTC-ATTCATA-TAGCTTACTAGGAATAAAATAATACT
22254867 GAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTT
127 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATAA-TT
* * * *
22254919 TTTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
1 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
22254984 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-ATGT--TT--T-T-GC-T-C-A-TAATAAAATAATACTAAT
66 CCTTTTGTTTGA-AATAAAACAATATTTCATTCATATAGCTTACTAGGAATAAAATAATACTAAT
** * *
22255038 CAATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAATTTTAAAAATAAAT
130 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAATT
* * * *
22255081 TGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAAACGTTATG
1 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* ** * * *
22255145 ACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAC
65 ACCTTTTGTT-TGAAATAAAACAATA-TTTC-ATTCATAT-AGCTTACTAGGAATAAAATAATAC
* * *
22255210 TAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAAATTTTCAAAAATAAATA
126 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAA-TTTAAAAAAT-AATT
* * * * * *
22255260 TGTTTAGCGAACTAGATCAATTAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
1 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
22255314 GTTCATATTA
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 53, Indels: 49
0.76 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
162 72 0.23
163 14 0.04
164 3 0.01
165 1 0.00
167 39 0.12
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** * ** **
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* * * * * * * ** *
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* * * **
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* * * ** *
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* * * * * *
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1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATA
* * * * * *
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* * * *
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130 AATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
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1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAAT
* * * * * * *
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*
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* * * ** *
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*
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* ** ** *
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* * * * *
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1 T-TTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAA-TTA
* * ** * * * **
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63 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
22256511 ACT-ATTATTTATTTTAAACCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
128 A-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** ** * * * *
22256564 TTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAACAATGCTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAA
1 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAA
* * * * * * * * *
22256628 T--G--ACACATTTAAAAATTAAATCTCTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA
64 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * ** * * *
22256689 CAATTATATATCTAAAATTGTTATGATCTTTT-TTTTGTCCTAAAACATTTG
129 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * * *
22256740 TTT-ATGTTCACACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATGTTATTAAATTAATAATATTCT--AAA--A
1 TTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTA
* * * * * * * *
22256799 ATTAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTCGAACCAA-TGCAAATAGTTAAGAC-ATTAG
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* * * ** * * *
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* * *
22256915 TTTCTGTTCATACAAGCTTA--T----T--AATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATCAAT
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAAT
* * * * * * * ** *
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65 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
*
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* * * * * * *
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1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAAT
** * * * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAAT
* *
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65 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA
* * * *
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129 TAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * * *
22257448 TTTCTA-TTCATACAATATTATTCG-AATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
1 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTA
* * * * * * *
22257511 ATAAGTAAAACACTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAAACAAATTGAAATAGTCATAACTATTTG
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*
22257575 AATAATTAAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
127 AATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
22257629 TTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TAAT
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAAT
* * * * * *
22257693 GAGTAAGAA-AATTAAAAAATAAAT-TTTTTCA-CTGAACATGTTCAAATAATTATGACTATCTG
65 AAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
22257755 AATAATAATATATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
127 AATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
22257809 GTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATGAGATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTA
1 TTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTA
* * * ***
22257872 ATAAGTAAAAGATTGAAAAAAATTAATCTATTTATCGAGTGAGTTCAAATAGTTATG---A--T-
63 ATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
22257931 --T-A-T-T-TATTTCAAATCAATAAGATCTTTTATTTTGTTAT-AAATATTTG
127 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * ** * *
22257978 TTTCTA-TTCGTACATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAA
1 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAA
*** * * * * * * * * *
22258042 TAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACAAATTCAAATAATCATGTCCATTTGAA
64 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * *
22258107 CT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCCGA-AAAATAATTG
129 -TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTG
* ** * **
22258159 TTTTTA-TTCATACAAAATTA-TTCATAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTTGAAAATT-
1 -TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTA
* * *
22258221 ATAAG----AGATTTAAAAACTAAATATGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
63 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
22258281 AACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
127 AATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * ** *
22258334 TTT-TGTTCAGATAAGCTTATTT-AGAGTAAAATATTGCTAAATTAAGAATATTCTAAAAATTAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAA
* * * *
22258397 TAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTT-TAGACTATTAGA
64 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGA
*
22258457 ACAATTATCTATTTCAAATC
128 ATAATTATCTATTTCAAATC
22258477 GTTCTATTCA
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
Found at i:22255978 original size:361 final size:359
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* * ** * * * *
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* * * ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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*** * *
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** *
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* * *
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* * * * *
22255684 AGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGATAATTAATAAGTAAAATATTTTA
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * *
22256038 AGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAA-ATTTA
1 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* *
22256102 AAAAATAAATATGTTTTAT-GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
65 AAAAATAAATAT-ATTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
* ** ** ** * * *
22256165 CAAATCGTTGCGACCATTTCCTTTT-TCATAAACCAATT-TGTTCTATTCAAACAAACTCATTTG
128 -AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTC-ATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
22256228 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAATTAATTATTAAAAG-ATTTAAAAAATAAA
189 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
22256291 TCTGTTTACCGAACGAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAACTGTTAT
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* * * * *
22256356 GATCTTTTGTTTTGTCATTAAATAGTTGTTTCTATTCAGACA
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* * * * * * **
22256398 AGTTTTTTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTATTATTTAAAAATTTAACAAATTGAAGATTT
1 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * ** *
22256463 -AAAAATTAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCAT-TTTATTTGAACT-ATTATTTATTT
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* * * ** **
22256525 TAAACCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAA
127 TAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * ** * * * * *
22256590 ATAAAACAATGCTAATTTATTACTATTTCAAAAATT--AA-TGACA-CATTTAAAAATTAAATCT
191 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
22256651 CTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATCTAAAATTGTTATGAT
256 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * *
22256716 CTTTT-TTTTGTCCTAAAACATTTGTTTATGTTCACACA
321 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* ** * * *
22256754 AGCTTA-TTCAAAGTAAAATGTTATTAAATTAATAATATTCTAAAAA-T--T-AGT-AAGGATTT
1 AGCTTATTTGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* ** * * * *
22256813 AAAAAATAAATGTGCTTGTCGAACCAA-TGCAAATAGTTA-AGAC-ATTAGAACAATTATCTATT
64 AAAAAATAAATATATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATT
* * ** * * *
22256875 TCGAATCATTTTGGTCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA--T--
127 T-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
22256936 --T--AATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATCAATAAGCAAAA-AATTTTAAAAATAAAT
190 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAAT
* *** * * ** * * * **
22256996 ATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGCCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
254 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
22257061 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGCTTCAATTCATATA
319 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** **
22257102 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TCAAGTGATTT
1 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTT
* * * * * * *
22257166 AAAAAATGAATCTATTTATCGAATAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTG
64 AAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTT-
* * * ** * *
22257231 AAGT--TGATGTAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTCAA
128 AAATCATTATG-A-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAA
* ** *
22257294 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATT
191 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAATT
* *
22257358 TGTTTATCAAACAAGTTC-AATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAATGTTATG
255 TGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
*
22257421 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
319 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * * * * *
22257462 ATATTATTCG-AATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAACACTT
1 AGCTTATTTGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * *
22257526 AAAAAATAAATATGTTTAT-GAAACAAATTGAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTAAT-TATT
64 AAAAAATAAATATATTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATT-ATCTATT
* * * * *
22257589 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGT
127 T-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGA
* *
22257654 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TAATGAGTAAGAA-AA-TTAAAAAATAAA
190 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AAGTAA-AAGAATTTAAAAAATAAA
** * * * * * * * *
22257716 TTT-TTTCACTGAACATGTTCAAATAATTATGACTATCTGAATAATAATATATTTCAAAATATTA
253 TTTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
* * *
22257780 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCA
317 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
22257823 AGCTTATTTTG-AATAAAATGAGATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTG
1 AGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-
* * * *** * *
22257887 AAAAAAATTAATCTATTTATCGAGTGAGTTCAAATAGTTAT---GA-TT--AT--TTA--T-TTC
63 TAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * * * **
22257941 AAATCAATAAGATCTTTTATTTTGTTAT-AAATATTTGTTTCTATTCGTACATGTTTATTCAAAA
128 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *** *
22258005 TAAAATAATACTAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAATAAGTTGGAG-ATTTAAAAAATAAATCT
192 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * **
22258069 ATTCACCAAACAAATTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
256 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * *
22258134 ATTTTGTTTTGCCGA-AAAATAATTGTTTTTATTCATACA
321 CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * ** *
22258173 AAATTA-TTCATAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTTGAAAATT-ATAAG----AGATTT
1 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
22258232 AAAAACTAAATATGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT
64 AAAAAATAAATATATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT-T
* * ** * *
22258296 TAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCAGATAAGCTTATTT-AG
127 TAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGA-
* * * * ** * * * *
22258358 AGTAAAATATTGCTAAATTAAGAATATTCTAAAAATT--AA-TAAGAG-ATTTAAAAAATAAATG
190 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAATT
*** * * *
22258419 TGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTT-TAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
255 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
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AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
AAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAA
TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
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22257182 TATCGAATAA
*
22257192 ATTTAAATAATTATGACT
1 ATTTGAATAATTAT-ACT
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1 ATTTGAATAATTATACT
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1 ATTTGAA
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Statistics
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ATTTGAATAATTATACT
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22259352 AATAAGAGAT
* * * *
22259362 TTTAAAAATAAATCTATTTGCCAAAATAGTTCAAATAGTTAAGAGTATATGGACAATTATCTATT
1 TTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAATTCAAATAATTAAGAGTATATGAACAATTATCTATT
* * ** *
22259427 TCAAATCATTACGACCTTTTGTCTT-CTCATAAAATAATTGTTTTAGCTCATACATGCTTATTCA
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22259491 AAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTAACTAAATGA
130 AAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTAACTAAATGA
* * *
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** ** * * * *
22259594 ATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGAACATTCAAGCTTATT
63 ATTTCAAATCATTACGACCTTTTATTTGCTCATAAAACAATTGTTTTAGAACATACAAGCTTATT
***
22259659 TGGAATAAAATAATACTAATTTATT
128 CAAAATAAAATAATACTAATTTATT
22259684 AATCTTTCAA
Statistics
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TTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAATTCAAATAATTAAGAGTATATGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTACGACCTTTTATTTGCTCATAAAACAATTGTTTTAGAACATACAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTAACTAAATGA
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Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
22259639 TTTGAACATT
** * * * *
22259649 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
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* * * * * *
22259714 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAATTT
66 TAAAAAATAAATCTGTTCACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAAATATAAATTT
22259779 CAAATCATTATAACCTTTTGTTCATA
131 CAAATCATTATAACCTTTTGTTCATA
* *
22259805 CAAGCTTATTCAGAATAATATAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAA
1 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGAA
* ** * * * **
22259869 TTAAAAAATAAATTTGTTCGTCAAACCATTTTAAATA-TTGAAGACTATATGAATAAATATCTAT
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129 TTCAAA
22259939 CCGTTATGAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAAT
TAAAAAATAAATCTGTTCACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAAATATAAATTT
CAAATCATTATAACCTTTTGTTCATA
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Period size: 183 Copynumber: 3.8 Consensus size: 180
22259784 CATTATAACC
* * * * * * *
22259794 TTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAATATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
1 TTTTGATTCATACTAGTTTATT-AGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * ** * * * *
22259858 AACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT-TGTTCGTCAAACCATTTTAAAT-ATTGAAGACTATATGA
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* * * *
22259921 ATAAATATCTATTTCAAACCGTTATGACTTTCTGTTTTGTCATAAAATAAGTTT
128 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT-TGTTTTGTTATAAAATAAGTTT
* *
22259975 TTTTGAATTCATACTAGTTTACTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA
1 TTTTG-ATTCATACTAGTTTA-TTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * *
22260040 TAATTAAGAGATTTAAAAAATATTTCTGTTTACCTAACCACTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
64 TAATTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * *
22260105 TAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATACAACAAGTGT
129 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAATAAGTTT
* * * * * *
22260158 TTTTG-TTCATA-TAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTA
1 TTTTGATTCATACT-AGTTTATT-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * *
22260220 AT-A--AA-AGATTTTAAAAA-AA-TCT-ATTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTA
63 ATAATTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
** * *
22260278 GCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTT-TATTCTGTTATAAAATGA-TTGT
128 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGT-TT-TGTTATAAAATAAGTT-T
* * * * * *
22260332 TTTT-ATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATA-GTAATTTATTAATATATTGACAATTAA
1 TTTTGATTCATACTAGTTTATTAGAA-TAAAATAAAATG-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * * ** * * *
22260395 TAATTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAA
64 TAATTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
22260460 TAATTAT
129 TAATTAT
22260467 TTGTTTAAAG
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 76, Indels: 48
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
TTTTGATTCATACTAGTTTATTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
ATTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTTATAAAATAAGTTT
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22260075 AACCACTTCA
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22260103 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
22260118 CAAATTATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
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Period size: 180 Copynumber: 9.7 Consensus size: 179
22260468 TGTTTAAAGG
* *
22260478 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAA-GAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * ** *
22260541 TTTATCGAATA-AGTTCAATTAATGATGACTATTTGAACAATTAACTATCACAAAACATTATGAC
64 TTT-TCTAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
22260605 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * * *
22260658 AAAATAAT-TTAAAATTCTTGATATTCCAAAAATTAATTAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* * *
22260722 TTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTGAAATCATTA-GTACC
65 TTTCTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACC
* * * * **
22260786 TTTTGTTTTGTCCTAAACCAATCGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAAT
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * *
22260838 AAAATAACACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATCAAT-AAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA-
* ** * * * * * * *
22260902 TTTACTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAAT-AGTTTTGAT
64 TTTTCTAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * * **
22260966 ATTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAGC
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * * *
22261018 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCCAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* ** * * * * *
22261083 TTATC-GAACAAGTTTGAATAGTCATGCCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
65 TT-TCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * **
22261147 TTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTA-TTCAGAAT
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AAT
* * * *
22261199 AAACA-AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTAT
1 AAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * *
22261260 TTAGCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-
65 TT-TCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
22261324 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAGT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * ** * * * *
22261375 AAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA---AG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTA-
* * * * * * **
22261436 TTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTCA-GAC
64 TTTTCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGAC
* * * * *
22261500 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACATGCTTATTTGAAAT
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* * *
22261553 AAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTCAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
22261618 TTTACTAAACAACTTTAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC
64 TTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
22261683 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAA-
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * ** *
22261733 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGA-AATTGTAAATTTAAAAAATCAATC-A
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-A-ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA
** * * *
22261796 GTTTAT-TGAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATG
64 -TTT-TCT-AAACAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
22261859 AACTTTTGATTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA-TCACACAAGCCTA-TTCAAAAT
125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAAT
* *** *
22261914 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAAT--ATATAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * *
22261977 TTAT-TAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATATATTTCAAAT-AGTTAT-AA
65 TT-TCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * * * * * **
22262039 CATTT-TTTTGTAATAAAACAGTTAG-TTATGTTCATACAAGCCTATTTGGAAT
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * *
22262091 AAAATAATATTAATCTAATAATATT--ATAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAG-TAA-AAATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
22262153 GTTTGCTGAACCAATTTC-AATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAGTCAT
63 ATTTTCT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
22262212 AACAATTCTG
Statistics
Matches: 1235, Mismatches: 250, Indels: 140
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 96 0.08
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179 174 0.14
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATT
TTCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
Found at i:22261141 original size:361 final size:362
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Indices: 22260478--22262150 Score: 1450
Period size: 361 Copynumber: 4.7 Consensus size: 362
22260468 TGTTTAAAGG
* * * * * *
22260478 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAAT
* * * * * * * ** * *
22260542 TTATCGAATA--AGTTCAATTAATGATGACTATTTGAACAATTAACTATCACAAAACATTATGAC
66 TTA-CTAA-ACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* *
22260605 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-TTA
129 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATT-
* ** * * * * * * *
22260669 AAATTCTTGATATTCCAAAAATTAAT-TAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTAAACA
192 AATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAACA
* ** * *
22260732 CGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTGAAATCATTAGT-ACCTTTTGTTTTG
256 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGTGACCTTTTGTTTTG
* * * ***
22260796 TCCTAAACCAATCGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAAT
321 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *
22260838 AAAATAACACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATCAAT-AAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAA-
*** * * * *
22260902 TTTACTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAAT-AGTTTTGAT
65 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAT
* ** *
22260966 ATTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAGCAAAATAATACTA
129 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTA
*
22261030 ATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCCA-TTTATCGAACAA
193 ATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAAT-CAGTTTATCAAACAA
** * * * *
22261094 GTTTGAATAGTCATGCCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACATTTTGTTTTGT
257 GTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGTGACCTTTTGTTTTGT
* ** *
22261158 CGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAAT
322 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *
22261199 AAACA-AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTA
1 AAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAA
* * *
22261259 TTTAGC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGAT
65 TTTA-CTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * * * * **
22261323 -CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTA
129 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATATTA
** * * * **
22261387 AACTAATAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA--AGTTTGCCAAACCAA
193 ATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAA-CAA
* * * * ** *
22261449 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTCA--GACCTTTTGTTTAG
257 GTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-AGTGACCTTTTGTTTTG
* * * **
22261511 TCATAAAATAATT-ATTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAAT
321 TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* *
22261553 AAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTCAAAAAATAAATC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * *
22261616 TATTTACTAAACAACTTTAAATAGTTATGACA-ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG
63 AATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-ATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
22261680 ATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAAAAATAATAT
127 ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATAT
* * * * * * **
22261743 TACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAATT-GTAAATTTAAAAAATCAATCAGTTTATTGAA
191 TAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAATTAG-AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAA
** * ** * * *
22261806 TTAGTTCAAATAATTATGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TAATGAACTTTTGATT
254 CAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGTGACCTTTTGTTT
* * *
22261870 TGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA-TCACACAAGCCTATTCAAAAT
319 TGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
*** *
22261914 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAATATAT--AT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAAT
* * * * ** * * *
22261977 TTATTAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATATATTTCAAAT-AGTTATAACA
66 TTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATA
* * * * * *
22262041 -TTT-TTTTGTAATAAAACAGTTAG-TTATGTTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTA
* * ** *
22262103 ATCTAATAATATTAT-AAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
193 ATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAAT
22262151 TTGTTTGCTG
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 208, Indels: 109
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 10 0.01
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355 4 0.00
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360 141 0.13
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362 11 0.01
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (362 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAAT
TTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATAT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATT
TAATAATATTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACAAGTTC
AAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGTGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
Found at i:22261890 original size:715 final size:709
Alignment explanation
Indices: 22260478--22262211 Score: 1846
Period size: 715 Copynumber: 2.4 Consensus size: 709
22260468 TGTTTAAAGG
* *
22260478 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAGAATCTATT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAA-AATCTATT
** * * * * * *
22260543 TATCGAATAAGTTCAATTAATGATGACTATTTGAACAATTAACTATCACAAAACATTATGACATT
61 TATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACA-T
* * *
22260608 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTTAAAAT
125 TTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAAT-ATTT-AAAC
** * * * * *
22260673 TCTTGATATTCCAAAAATTAATTAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTAAA-CACGTT
186 TAATAATATTCTAAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCTAAACCA-ATT
* * * * * * *
22260736 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTGAAATCATTAGTACCTTTTGTTTTGTCCTA
248 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGTACCTTTTGTTTAGTCATA
* *
22260801 AACCAATCGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTTCA
313 AAACAATC-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTTCA
* *** *
22260866 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATCAATAAGTTTACTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGAA
377 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACTAAACAACTTCAAATAGTTATGAA
* * * *
22260931 TATTTAAATAATTATTTATTTTAAATAGTTTTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACATATGTTTCT
442 TATTTAAATAATTATCTATTTAAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACATATGTTTCT
* * * ** *
22260996 ATTCATACAAGTTTATTCGAGCAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATTA
507 ATTCATAAAAGCTTATTCCAAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAGAAATTA
* ** * *
22261061 GAGATTTAAAAAATAAATCCATTTATCGAACAAGTTTGAATAGTCATGCCCATTTGAACTATTAT
572 GAAATTTAAAAAATAAATCCATTTATCGAACAAGTTCAAATAATCATGCCCATTTGAACAATTAT
* * * * * *
22261126 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAAATT
637 CTATTTCAAATCATAATGACATTTTGATTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA-TCACACAAAACT
*
22261190 ATTCAGAAT
701 ATTCAAAAT
*
22261199 AAACA-AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA
1 AAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA--AAATCTATTTA
* *
22261263 GCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTT
63 TCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-CATTT
*
22261327 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAACTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATATT--TAAACTA
* * *
22261392 ATAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-AGTTTGCCAAACCAATTCAAA
188 ATAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTGCTAAACCAATTCAAA
* **
22261455 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTCAG-ACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
252 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-AGTACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
* * * * *
22261519 TAAT-TATTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAA
316 CAATCT-TTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTTC-AA
* *
22261582 AAATTAATAAGTAAGAA-ATTTCAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACAACTTTAAATAGTTATG
378 AAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAAT-AAGTTTACTAAACAACTTCAAATAGTTATG
* *
22261645 ACA-ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACA-ATTG
440 A-ATATTTAAATAATTATCTATTTAAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACATA-TG
* * * *
22261707 TTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGA
502 TTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCCAAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAA
* * ** * **
22261769 GAAATT-GTAAATTTAAAAAATCAAT-CAGTTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATGGTCATTTG
565 GAAATTAG-AAATTTAAAAAATAAATCCA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAATCATGCCCATTTG
22261832 AACAATTATCTATTTCAAATCATAATGA-ACTTTTGATTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCATCA
628 AACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACA-TTTTGATTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCATCA
**
22261896 CACAAGCCTATTCAAAAT
692 CACAAAACTATTCAAAAT
* *
22261914 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAATATATATTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A---GATTTAAAAAAAATCTATTT
** * * * * * *
22261979 ATTAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATATATTTCAAAT-AGTTATAACATT
62 ATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGACATT
* * * * *
22262043 T-TTTTGTAATAAAACAGTTAGTTATGTTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATCT
126 TGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAAT-AT-TTAAACT
* *
22262107 AATAATATTAT-AAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAATTTC
187 AATAATATTCTAAAAATTAATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTGCTAAACCAA-TTC
* * *
22262171 -AATAGTTAAGGCTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAGTCAT
249 AAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCAT
22262212 AACAATTCTG
Statistics
Matches: 851, Mismatches: 118, Indels: 91
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
713 1 0.00
714 16 0.02
715 337 0.40
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717 159 0.19
718 117 0.14
719 15 0.02
720 1 0.00
721 30 0.04
722 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (709 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCG
AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACATTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATATTTAAACTAATAATATT
CTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGA
CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATCTTTTT
ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACTAAACAACTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTA
TCTATTTAAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACATATGTTTCTATTCATAAAAGCTT
ATTCCAAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAGAAATTAGAAATTTAAAAAAT
AAATCCATTTATCGAACAAGTTCAAATAATCATGCCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
AATGACATTTTGATTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCATCACACAAAACTATTCAAAAT
Found at i:22262857 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 22262235--22262866 Score: 589
Period size: 177 Copynumber: 3.6 Consensus size: 177
22262225 ACAAAACTAT
* * * * * *
22262235 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
22262299 TAAAACAAATACTTT-TGTTCATTTAAG-TTCATTTGAAATAAAATAA-CATTAATTTATTAATA
66 TAAAACAATTA-TTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAGTAATGA-TAATTTATTAATA
* * *
22262361 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTATAAAATA-AATTTGTTTGCCAAACCAG
128 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA-AAAAAAGAATTTGTTTGCCGAACAAG
* * * * * *
22262411 TTCAATTAGTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * *
22262476 TAAAACAATTGCTTCTGTTCATA-TAGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAGTAATGATAATTTATTAATATT
* * * * * * * * * * *
22262540 ATGAAAATCAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATCTATTGGCCTGACCAAC
130 -TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAAGAATTTGTTTGCC-GAACAAG
* * * * * * *
22262593 AT-AAACAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
22262657 CAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAACA-TAATTATAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA-AGTAATGATAATTTATTAATATT
* *
22262721 CCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAGAATTTGTTTACCGAACAAG
130 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAGAATTTGTTTGCCGAACAAG
* * * * * *
22262769 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
22262834 TAAAATAATT-TTTACTATTCATACAAGCTTATT
66 TAAAACAATTATTT-CTGTTCATACAAGCTTATT
22262867 TCAAATTTAT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 82, Indels: 29
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 60 0.17
177 150 0.42
178 11 0.03
180 11 0.03
181 120 0.33
182 7 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAGTAATGATAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAGAATTTGTTTGCCGAACAAG
Found at i:22262963 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 22262750--22262986 Score: 278
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
22262740 TTAAAAAAAG
* * * **
22262750 AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
1 AATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
* *
22262815 ATAACCTTTTGTATTGTTATAAAATAATT-TTTACTATTCATACAAGCTTATTTCA
66 ATAACCATTTGTATTCTTATAAAATAATTATTT-CTATTCATACAAGCTTATTTCA
* * * * * * * *
22262870 AATTTATTTACTGAATAATTTCAAATAATTATGATTATTTTAATAATTATTTATTTCAAATCATT
1 AATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
* * * * *
22262935 GTAACCATTTGTTTTCTTATAAAATAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATT
66 ATAACCATTTGTATTCTTATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
22262987 CGGATCAAAA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 20, Indels: 2
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
120 93 0.97
121 3 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (120 bp):
AATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
ATAACCATTTGTATTCTTATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
Found at i:22263537 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22263070--22265129 Score: 1317
Period size: 180 Copynumber: 11.6 Consensus size: 178
22263060 ACCAAACAAG
* ** * * * * * * *
22263070 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTTATATAGGTTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG
* * * *
22263135 AAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAAT
* * * *
22263200 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTAT
129 CTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
22263251 TTTAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGCCATGAAATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCT
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-
* * * *
22263315 G-AATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAATTTTAAACAATAAA
65 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTAAAAAATAAA
** * *
22263378 TCTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTAT
128 TCTATTTACTGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
22263430 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG
* * * * *
22263495 AAATAAAACAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATTT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
22263558 GTTTACTGAA-AGACTTTAAACAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTAT
131 ATTTACTGAACAG--TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
22263607 CTCAAACCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATT
1 TTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATT
** * *
22263670 C-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAACTAAA
64 CGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
22263732 TTTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTAT
128 TCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
22263784 CTCAAATCGA-TATG--ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTATTTCTATCCATACAAA-CTTAT
1 TTCAAATC-ATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTAT
* * * * * * * * *
22263845 TCGGAGTAAATTATTGCTAAATTAATAATATTAT-AAAAATTTATAAGTAAGAGACTT-AAAAAT
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAAT
* * * * ** *
22263908 AAATGTATTTGCCGAACCCA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
125 AAATCTATTTACTGAA--CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
22263963 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTCATTT
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC
* *
22264027 GAAATAAAAT-ATACT-A-TT-TTAATATCATTCAAAAAATTAGTAAGCAAAGAATTTAAAAAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT--TTC-AAAAATTAATAAG-TAA-AATTT-AAAAAA
* * ** * *
22264088 TAAATCAATTTGCCAAACAAGTTCAAATACTTATGAGTATTTGAACAATTATCTAT
124 TAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * *
22264144 TTAAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGATTATTC
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC
* * * * *** * *
22264208 AAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAGAAGTTGGGGATTTAAAACATAT
65 GAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAAATTTAAAAAATAA
* * * *
22264272 ATC-AGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGGCCATCTGAACAATTATCTAT
127 ATCTA-TTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
22264325 TTCAAATCATT-TTAAACTTTTG-TTTGTCATAAGACAATAGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATT
1 TTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATT
* *
22264387 CAAAAT-AAATCAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT-
64 CGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA--AAATTTAAAAAATA
* * * * * *
22264444 -A--TGTTTGCTGAGCCAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATATAT
126 AATCTATTTACTGA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * ** *
22264495 TTCAAGTCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTATGTTCCTGCAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG
* * * * *
22264560 AAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * *
22264624 TTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTAT
128 TCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** ** * * * * * * *
22264676 TTTAAACCATTATGTCCTTTTGTTTCATTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-T
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG
* * * *
22264740 AGAATAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--AAGATTTAAAAAATAAATT
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * *
22264802 TGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTAT
130 TATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * **
22264852 TTCATATCTTTATCACCA-ATTATTTTATCATAAAATAA-TGATTTCTATTGAT-GCAGTCTTAT
1 TTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATAAAAG-CTTAT
* ** **
22264914 TC-AGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACGGGTTTAAAAAA
63 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA--AATTTAAAAAA
* * * ** * * * *
22264977 TGAATTTGTTGGCTTGACCA-AT-AAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTAT
124 TAAATCTATTTAC-TGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
22265031 TTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTACTCG
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG
* * *
22265096 AAATAAGATAGTTCTAATTTATTAATATTTCAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
22265130 CTAAATTTGT
Statistics
Matches: 1470, Mismatches: 317, Indels: 186
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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185 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
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Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
22264277 TTTATTGAAT
* * * * *
22264287 CAGTTCAAATAGTTATGGCCATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAAACTTTTGTTTGT
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* * * *
22264352 CATAAGACAATAGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAATCAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATAGTTTATCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAATCAATACTAATATAATAATAT
* *
22264417 T-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTATATGTTTGCTGAGC
131 TAT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTATATGTTTGCTGAGC
* * * *
22264457 CAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAACCTTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAACAATTATGACCATCTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAACTTTTG-TTTG
* ** * * *
22264522 TCATAAAAGAATTA-TTTATGTTCCTGCAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATATAATAA
65 TCATAAAACAA-TAGTTTATCATCATACAAGCCTATTCAAAAT-AAATCAATACTAATATAATAA
*
22264585 TATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATT
128 TATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATT
22264613 TGAAAAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
CAGTTCAAACAATTATGACCATCTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTGT
CATAAAACAATAGTTTATCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAATCAATACTAATATAATAATAT
TATAAAAATTAATAACTAAGAGATTATATGTTTGCTGAGC
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22265121 TATTTCAAAC
** *
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*** * * * * * * *
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*
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* * * * * *
22265313 TAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATTTATTTCAAATCA
1 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
22265378 TTATGACCTTTTGTTTCGTTATAAAACAATTGTTTTTGGTCGTACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
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** * * * * * *
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* * * * * **
22265494 TAAATATGTTTACTGAACAAGTTGAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
1 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
22265559 TTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT
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* * *
22265624 AATACTAATTTA--TTAATATT--C-TAATGAGTAAGAGATTTAAAAAA
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* * * * * * * * **
22265668 TGAATCTATTAACCAAAAAATTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
22265733 TTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTTATACGAGCTTATTCTAAATAAAA
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* *
22265798 CAATATAAATTT
129 TAATACAAATTT
22265810 GTTAATATTC
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 91, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATA
ATACAAATTTATTTTAATTTGACATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
Found at i:22265565 original size:181 final size:181
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Indices: 22265146--22265878 Score: 607
Period size: 181 Copynumber: 4.1 Consensus size: 181
22265136 TTGTTTATCA
* * ** *
22265146 AACAAGTTCAAAT-AGCTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCCATAACCTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAATC-ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
22265210 TTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCTTACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTAT
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* * * *
22265274 T-TTCACTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTG
128 TAAT-ATTTTGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTG
* * * * * * *
22265328 AATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
22265393 TCGTTATAAAACAATTGTTTTTGGTCGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAGTTTATTA
66 TCGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AATTAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
22265458 ATATTTTGATAGCTAATAAGTAGAAGATTT-TAAAAATAAATATGTTTACTG
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* * *
22265509 AACAAGTTGAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * ** * * *
22265574 TCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
66 TCGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AATTAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * **
22265639 ATA--TT-----CTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTATTAACCA
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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*** * * * * *
22265812 TAATATTCAAAAAATTAATAAGTAACA-ATTT-AAAAACTAAATATGTTTTTCTG
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22265865 AACACA-TTCAAATA
1 AACA-AGTTCAAATA
22265879 GTTATCACCT
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 99, Indels: 30
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
AACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
TCGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAATTAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTTGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTG
Done.