Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22631831
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 123 of 125
Found at i:22424640 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 22424110--22426266 Score: 992
Period size: 181 Copynumber: 12.1 Consensus size: 176
22424100 TAGTTATGAG
* * *
22424110 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATA-TATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTATTT
* * * *
22424174 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAATATTAATAAATTAATATTGTTTAAATTT-GAATAA
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* * * * * **
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126 GCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * * * * * *
22424289 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAATTTATTCGGTAAATAGATTTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTATTT
* * * ** * *
22424354 TTTAAAATCTTGTACTTAATAGTTGT-ACGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATA
66 TTT-AAATCTT-TACTTATTATTTTTGA--AATATTAATAAA-TTAAATTA-TTTATTTGGAATA
* * *
22424418 AGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAGA-A
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* * * * *
22424470 ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTGATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATAGATTCAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT-ATT
*
22424535 TTTTAAATCTCTTACTTATTACTTTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTGGAATC
65 TTTTAAATCT-TTACTTATTA--TTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTAT-TTATTTGGAATA
* * * * ** *
22424600 AGCTTGTACGAACAGAAACGACTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACA
125 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * * *
22424652 ATTTAAAATAGATAATTATTTACAA-AGTTATAACTATCTGTA-TTGGTCAGGCT-AATAGATTC
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC-GG-TAAATAGATT-
* * * *
22424714 ATTTTTTAAATCTGTTACTTATTACTTTTT-ACATTATTAATAAATCATCATTACTTTATTTTGA
62 ATTTTTTAAATCT-TTACTTATTA-TTTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTA-TTTATTTGGA
** * * * **
22424778 ATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATG
122 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * * * * * *
22424833 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTATT
* ** * *
22424898 TGTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAA
65 TTTTAAATCTTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTA-TTTATTTGGAATAAG
* * * * * *
22424960 C---T-TGAACAAAAACATTTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTGTTACT
127 CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
** * ** * * *
22425004 ATTTGAAATAGATAATTATTCATAGA-ACCT-TAATTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACAAATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-A-ATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGA-TT
* * ** * * * * ***
22425066 ATTTTTTAAAT-TGCTCAGTTATTAAATTTCATAATATTATTAGATTATATTATTTTATTCCAAA
62 ATTTTTTAAATCT--TTACTTATTATTTTTGA-AATATTAATAAATTAAATTA-TTTATTTGGAA
* * * * *
22425130 TAAGCTTTTATGAAGATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
123 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * * *
22425184 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGATAAGCATA-TTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAA--ATAGATTA
* * *
22425247 TTTTTTAAAAGTC-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
63 TTTTTT-AAA-TCTTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTA-TTTATTTGGAA
* * * ** * * * **
22425311 CAGGCTTTTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATCATG
123 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACA
* * * * * * *
22425365 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTATAATTATTT-AAATTGTTTTGATAAACT-GATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-TAGA-TTA
** * * * * *
22425428 TTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTCTTTTGAAT
63 TTTTTTAAATCT-TTACTTAT-TATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTA-TTTATTTGGAAT
* * * * * * * *
22425493 AAGCTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTCTTTTGATAAAATAAAAGGTCATAACA
124 AAGCTTGTATGAACAGAAACAA-T-TATT-TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * *
22425549 ATTTTAAAT---TAA-TA---AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGGAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTATT
* * * * *
22425607 TTTTGAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAA
65 TTTT-AAATCT-TTACTTATT-A-TTTTTGAAATATTAAT-AAATTA-AATTA-TTTATTTGGAA
* ** * * **
22425670 TAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATCACTAAATA-AAAAGG-TAGAATG
123 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTTATAACA
* * * * * *
22425724 ATTTGAAATAG------ATT--AATTGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTATT
* * * ** * *
22425781 TTTTAAATCTCTTATTTATTAATTATT-AGAATATTATTAGTTTAGCGA-TATTTTATTTCGAAT
65 TTTTAAATCT-TTACTTATT-ATTTTTGA-AATATTAATAAATTA--AATTA-TTTATTTGGAAT
* * ** * * * *
22425844 TAGTTTGTATGAACA-AAACAA--A----GGGGCATAAC--TA--TT-TGA-A
124 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * * * * * ** * * *
22425884 A-TAGATAATTGTTTAAATAGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACATACTT
1 ATTTGA-AATAG-ATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-TT
* * * * * ***
22425948 ACTTTTTAAAT-TACTACTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAATTTATAAAT-TTTACTCAAAA
62 ATTTTTTAAATCT-TTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAA-TTA-AATTATTTATTTGGAA
* * * * * * *
22426011 TAAACTTGTATGAGCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACA
123 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * ** * *
22426065 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT-ATT
* * * *
22426129 TTTT-AATCTGTTACTCATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
65 TTTTAAATCT-TTACTTATTATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTA-TTTATTTGGAATAA
* ** * * * ** * *
22426192 GCTTATATGAATTGATACAATTGTTTTATAATGAAGCAAAAGGTCATAACA
126 GCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
22426243 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
22426267 AAATAACATA
Statistics
Matches: 1504, Mismatches: 357, Indels: 235
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 5 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 21 0.01
169 28 0.02
170 46 0.03
171 62 0.04
172 17 0.01
173 70 0.05
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175 39 0.03
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTATTT
TTTAAATCTTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTATTTGGAATAAGCTTG
TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
Found at i:22424797 original size:363 final size:355
Alignment explanation
Indices: 22424110--22425354 Score: 887
Period size: 363 Copynumber: 3.5 Consensus size: 355
22424100 TAGTTATGAG
* *
22424110 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATA-TATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACATATTA-TT
* * * *
22424174 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAATATTAATAAATTAATATTGTTTAAATTTGAATAAG
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* * ** *
22424239 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAA
125 CTTGTACGAACAAAAACAACTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAAATAA
* * * *
22424304 TTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAATTTATTCGGTAAATAGATTTTTTTTTAAAATCTTGTAC
190 TTATTTAAATAGTCATAACAATCTGAATTTAGTCGGTAAATAGATTATTTTTTAAAATCTTGTAC
* * * **
22424369 TTAATAGTTGTACGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
255 TTAATAGTTGTACGAATATTAATAAATATGCATTACTTTAATTGAAATAAAATTGTATGAATAGA
22424434 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAGA-A
320 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACA-ATA
* * * *
22424470 ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTGATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATAGATTCAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACATATT-A-T
22424535 TTTTAAATCTCTTACTTATTACTTTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTGGAAT
63 TTTTAAATCT-TTACTTATTA--TTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTAT-TTATTT-GAAT
* * * * * *
22424599 CAGCTTGTACGAACAGAAACGACTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTAAAATAG
122 AAGCTTGTACGAACAAAAACAACTGTTTTATAACAAAACAAAA-AGTAATAACAATTTAAAATAA
* * * *
22424663 ATAATTATTTACAA-AGTTATAACTATCTGTA-TTGGTCAGGCT-AATAGATTCATTTTTT-AAA
186 ATAATTATTTA-AATAGTCATAACAATCTGAATTTAGTC-GG-TAAATAGATT-ATTTTTTAAAA
* * * * *
22424724 TC-TGTTACTTATTACTTTTTAC-ATTATTAATAAATCAT-CATTACTTTATTTTG-AATAAAAT
247 TCTTG-TACTTAATA-GTTGTACGAATATTAATAAAT-ATGCATTACTTTA-ATTGAAATAAAAT
* * * * *
22424785 TGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATG
308 TGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATA
* * * *
22424833 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACATA-TTATT
* * *
22424898 TGTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAA
64 T-TTAAATCTTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTT-GAATAAG
** * * ** * * * *
22424960 C-T-T--GAACAAAAACATTTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTGTTACTATTTGAAATAGATAA
125 CTTGTACGAACAAAAACAACTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAAATAA
* * * ** * ** * * ** * * * * *
22425019 TTATTCATAGAACCTTAATTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTGCTCA
190 TTATTTAAATAGTCATAACAATCTGAATTTAG-TCGGTAAATAGA-TTATTTTTTAAAAT-CT-T
* * * * * ** *
22425083 GTTA-TTAA-A-TT-T-CATAATATTATTAGATTAT--ATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTTTA
251 G-TACTTAATAGTTGTAC-GAATATTAATA-AATATGCATTACTTTAATT-GAAATAAAATTGTA
* * * * **
22425140 TGAAGATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
312 TGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATA
* * * * *
22425184 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGATAAGCATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACATA-TTA-T
* * *
22425249 TTTTAAAAGTC-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACA
63 TTTT-AAA-TCTTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTT-GAATA
* * * ** * *
22425313 GGCTTTTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
123 AGCTTGTACGAACAAAAACAACTGTTTTATAACAAAACAAAA
22425355 GTTCATCATG
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 117, Indels: 101
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
349 2 0.00
350 5 0.01
351 108 0.15
352 72 0.10
353 11 0.02
354 23 0.03
355 52 0.07
356 6 0.01
357 3 0.00
358 36 0.05
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363 246 0.34
364 24 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACATATTATTTT
TAAATCTTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTTGAATAAGCTTGTA
CGAACAAAAACAACTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTT
AAATAGTCATAACAATCTGAATTTAGTCGGTAAATAGATTATTTTTTAAAATCTTGTACTTAATA
GTTGTACGAATATTAATAAATATGCATTACTTTAATTGAAATAAAATTGTATGAATAGAAAAAAT
TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATA
Found at i:22426216 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22426009--22426865 Score: 519
Period size: 178 Copynumber: 4.9 Consensus size: 179
22425999 TTTTACTCAA
* ** * * * * *
22426009 AATAAACTTGTATGAGCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
*
22426074 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTT-TTAATC
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTCTTAATC
22426137 TGTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
131 TGTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * ** *
22426187 AATAAGCTTATATGAATTGATACAATTGTTTTATAATGAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
22426252 AGATAATTATTCAAA-A--AATAAC-ATAT-ATA-TT-TT---T--A-AAA-TC-TTTTACTT-A
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTT-CTTAA
* * *
22426301 T-TAGTTA-TCA-AAATATTAATAA-ATTAATA--TTA-T-TTA----ATTTG
129 TCT-GTTACTCATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * * * * *
22426342 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATCACAATTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * ** ** ** * *
22426407 AAAAAATTGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACTAATTCGGTAAACGGATTTA-TTT-TTAAAC
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTCTTAATC
* * * * *
22426470 TTTTACT-TTTGAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGG
131 TGTTACTCATT-AATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* ***
22426521 AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** * *
22426585 ATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTCCTATAAACAGGTTCATTTTGTAAATC
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTCTTAATC
* * * * * * *
22426650 TCTAACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAGTTAGAATTATGTTGT-TTTG
131 TGTTACTCATTA-ATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TT-TATTTG
** ** * * * * * **
22426701 AATAAATTTGTACCAAGAGAAACAACTTA-TTTGTGATAAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *** * *
22426765 TAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTAGCAC-TGGTCAGCCAACATATTCATTTTCTAAAT
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTCTTAAT
* * * *
22426829 CTATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAG
130 CTGTTACTCATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAG
22426866 CATTGGTTCC
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 117, Indels: 90
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
155 64 0.12
156 5 0.01
158 5 0.01
159 4 0.01
160 5 0.01
161 3 0.01
162 3 0.01
164 11 0.02
165 13 0.03
166 11 0.02
167 10 0.02
168 8 0.02
169 6 0.01
170 8 0.02
172 2 0.00
173 3 0.01
174 6 0.01
175 8 0.02
177 1 0.00
178 142 0.28
179 28 0.05
180 94 0.18
181 72 0.14
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTCTTAATC
TGTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
Found at i:22427317 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22426884--22431633 Score: 1714
Period size: 181 Copynumber: 26.5 Consensus size: 179
22426874 CCACTAACAT
* * **
22426884 ATTTATTTTTAAATTC-T-TACTTATTAA-TTTTAGAATATT-ATTAATTAGCATTATTTTACTT
1 ATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
* * * * * * *
22426945 TGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGA
65 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAA
* * * * * *
22427010 TAGATAACT-GTTCAAATTGTCTTAACTATTTGAAATAGTT-TGATAAAGAG
130 TAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAG
* *
22427060 ATTTAGTTTTT-AAA---TCT-CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * *
22427119 TCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAAGAAAATATCACAATGATTTG
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* * **
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* * *
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**** * ** * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ***
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* *
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** * * * **
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* * * * ** ** * *
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* * * * *
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1 TAACATATATATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAACATTA-T
* * * * * **
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65 TTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATATTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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444 AAGAGAAACAACTT-ATTCACGATAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * * * * * *
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*** *
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TTAAAATAAAAAACTGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACTAATTCGATAAACGGATTTATTTT
TAAACTCTTATTTGAATTGTTTGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGT
ATGAATAGAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAGATAATAGTTC
AAATAGACATAACTATTTGAACATGTCCTATAAACAAATTAATTTTGTAAATCTCTAACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTATGAATAAACTTGTACCAAGAGAAACAAC
TTATTCACGATAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACT
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ACAAATTAGCATTGGTTCCAC
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ****
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* * ** * *
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* **
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* * *
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* * * *
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* *
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*
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* * *
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* * **
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * ** ** *
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** * ** * * * * * * * *
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* ** ** *
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* * * * * * *
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** * * * * **
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* * * * * * *
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* *** * *
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* * * * * * ** * **
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252 -AGCTTGTATGAATATAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAA-CATCACAGATGATTTGAAATAG
* * * **** * * *
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** * * * * ** ** *
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* * * ** * ** ** * * ** * *
22428911 TTGAAAA-GATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAT
440 -T-AAAACAATTGGTTCACAATAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATAATTTAA
* * * **
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* * * * * * * * * * **
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1 AACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* ** * ** * * * * *
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* * ** * * * * *
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* ** * * *
22429191 TTATTCAAATGGCCAC----AATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGAT-TTATGTTTTAAATCT
190 TT-TTTAAATTTCTACTTTTAATT-TTTGAA-T-ATT-AATAAATTTATATTA--TTTT--AT-T
* * *
22429251 CTA-ACTTATCAA-TTTTTAAAAT-ATATATAAAGTAATATTATTTTATTTCGA-ATAAACTTTT
245 C-AGA---AT-AAGCTTGT---ATGA-ATATAAA--CA-ATTATTTTA--T-GACA-AAA-----
** * * *
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* * * * *
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* * * * ** **
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385 TAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAACCA-ACATGAA-TAAAAC
** * * * * * ** * * * *
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446 AATTGGTTCA-CAATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATAATT-TAAATAGT-T
* * *
22429568 -TAACTATTTGA-ATTGGTTTAGCA
508 ATAACTATTTGAGCTT-GCTTAACA
* * * *
22429591 AACACATTTATAATTT-AAATC-----CTTATTAATTTTTAGAATATT-TTAATTTAGCAA-TAT
1 AACATATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-AATTAT
*** * *** * * * * **
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** * * * * * *
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* * * *
22429776 TTTTTAAA---CT-CTTATTAATTTGTGAAATAGTAATAAA-TTAGTATTAGTTTATTCTGAATA
190 TTTTTAAATTTCTACTT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATA
** * * * * * *
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252 AGCTTGTATGAATATAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAACATCA-CA-GATGATTTGAAATAG
* * * * * *
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* * * * * * * ****
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* ** * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * *
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* ** * * ** * *
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438 AATA-AAACAATTGGTTCACAATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATAATTTAA
* * * ** *
22430607 ATAGTCATAACTGTTTAAGCAAGC-TAAGTA
502 ATAGTTATAACTATTTGAGCTTGCTTAA-CA
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* ** * * *
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* * ** *
22431019 ACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT
379 ACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-CCAACATGAA-T
* * * * * * * * * * *
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* * ***
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* * * *
22431175 AACATATTTATTTTAAAAATATTTTACTCT-TT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTA
1 AACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACT-TATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTA
** * * *
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* * * * * *
22431302 GATTTGAAATATATAATTGTTCTAAA-AGTTATAACAATTTGAACTTATTC-GAAAAACAGATTT
126 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTAATAACTATTTGAACATGTTCAG-AAAATAGATTT
* * * * **
22431365 ATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTTTGTTATTTTATTTGGAA
189 A-TTTTTAAAT-TTCTACT-TTTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAA
* * * * * * * **
22431430 TAAGTTTGTATGAATAGAAAAAACTATTTTTTGACAAAACAAA-AGTTATA-CCGATTTGAAATA
250 TAAGCTTGTATGAATATAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAACA-TCACAGATGATTTGAAATA
* * * ** * * *
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313 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTAAATCTC
* * * * * *
22431558 TAATTTATTAATTTTGGAATAGTAATAAGTTAGA-ATTATGTTATTTTGAATAA
377 TTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAA
22431611 ACTTATATGA
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AATTTCTACTTTTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTAT
GAATATAAACAATTATTTTATGACAAAAAAACATCACAGATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAACCAACATGAATAAAACAATTGGTTCA
CAATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAG
CTTGCTTAACA
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* * *
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*** * * * *
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* *
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*
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* * * * *
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AATAGATTCATTTTTTAAATCTATTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTACGT
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TTGAAATAAATAATTGTCCAAACACCACTGGTCAGGCC
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ATTTGAAATAGCATAATT
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* * * * ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
22428717 AGAGTTATTTAAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGA
65 A-AGTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
* * * ** *
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129 TAATTGTTCAAATAG-CTTAA-TATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTT
** ** **
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* * ** * **
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* * *
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* * *
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* *
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ATTGTTCAAATAGCTTAATATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTT
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22429652 CTCCAAATAA
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TTTAGCAATATTTTAA
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* * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * *
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130 -TTTTTTAAATATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAA
* * *
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* *
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322 TTACTTATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * ** *
22431056 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGATACAATTGTTTTATAATTAAACAAAATGCCATAAC
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * ** * *
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66 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTAT
** * * * * *
22431186 TTTAAAAATATT-TTACTCT-TT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-A
131 TTTTTAAATATTCTAACT-TATTAATTT-TTAGAATAGTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCGA
* * **
22431247 AATAAGCTTGTATGAACAAAGATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
193 AATAAGCTTGTATGAACAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
22431312 ATATAATTGTTCTAAAAGTTATAACAATTTGAACTTATTC-GAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT
257 AAATAATTGTTC-AAAAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAACA-ATTTATTTTTT-AAT
* * ** *
22431376 CTT-TTACTAATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTTTGTTA
319 -TTCTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * * *
22431418 TTTTATTTGGAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAACTATTTTTTGACAAAACAAAA-GTTATACC
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * * *
22431482 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTCA-
66 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTAT
* * *
22431546 TTTTTAAAT-CTCTAATTTATTAA-TTTTGGAATAGTAATAA
131 TTTTTAAATATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAGTAATAA
22431586 GTTAGAATTA
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AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTAT
TTTTTAAATATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAAT
AAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAAAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAACAATTTATTTTTTAATTTCTTAC
TTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA
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*
22433050 ATAACTATTTGAACTAGCTCAGTAAGGAGATTTAGTTTTT-AAA-CTCTTATTAATT-TGTGAAA
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*
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65 TAGTAATAAATTAGAATTAGTTTATTTC-AAAAAATTTTGTATG-ATGA-AAACAATTGTTTTAT
*
22433175 GACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATTT
127 AACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATTT
* * * * * * *
22433212 ATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTCTTGCAGT
1 ATAACTATTTGAACTAGCTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAT
* * * *
22433277 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAATTTTGTATGCTGAAAACAATTGTTTTATAACA
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131 AAACAAAA
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Matches are distributed among these distances:
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AGTAATAAATTAGAATTAGTTTATTTCAAAAAATTTTGTATGATGAAAACAATTGTTTTATAACA
AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATTT
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22433523 AAATAGATAG
* * * *
22433533 TTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTTGGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCATG
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* ** *
22433598 CTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA
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* *
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*
22433728 ATTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACACAATTATTTTTT-AAATATC-T-TT-TTAATTTTTA
195 A-TAACTATTTCAACTGGTTTAGCAAACACAATTATTTTTTAAAATATCTTGTTATTAATTTTTA
* * * * * *
22433789 GAATATTATTAAATTACTTTTATTTTTATTC-AAATAAACTTGTATGATCAGAAGCAATTGTTTT
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323 ATGAGAAAGATTGTAACGATTCGAGCTTGTTAT
* * *
22433886 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGGAAAATAGCTTTAGTTTTT-AAATCTC-TC
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTAGGAAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCATC
* * * *
22433949 ATTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGAAATATTATTTTATTTTAGAA-ACA-TTTTTATGA
66 --TTATTAATTTTTTG-AATATCAATAAAGAAATATTATTTTATTCTA-AATA-AGCTTGTATGA
* * * * *
22434011 ATTGAAACAATTGTTTTATG-CTAAATCAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATT-GTTC
126 ACTAAAACAATTATTATATGACTAAA-CAAAAGGTCAAAATGA-TTTGAAATAGATAATTAGTTC
* * * * *
22434073 AAATAGTCA-AATCTATTTCAACCT-GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTGGTTA
189 -AATAG-CATAA-CTATTTCAA-CTGGTTTAGCAAACACAATTATTTTTTAAAATATCTT-GTTA
* * * * * *
22434136 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAAT
249 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTAATTCTAAATAAACTTATATGAACAGAAAC
22434201 AATTGTTTTATGA
314 AATTGTTTTATGA
22434214 CTAAACAAAA
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 40, Indels: 30
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (355 bp):
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTAGGAAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCATC
TTATTAATTTTTTGAATATCAATAAAGAAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAA
AACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAATAGCA
TAACTATTTCAACTGGTTTAGCAAACACAATTATTTTTTAAAATATCTTGTTATTAATTTTTAGA
ATATTAATAAATTACTATTATTTAATTCTAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
AGAAAGATTGTAACGATTCGAGCTTGTTAT
Found at i:22434157 original size:182 final size:179
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22433403 TTTTTTTTTT
* * * *
22433413 AATCTCTTACTTATTAA-GTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-GGATAAGCT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAGAATAA-CT
* * * * * *
22433476 TTTATGAACT-AAACAA-----TTATGAC-AAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAGT
64 TATATGAAATGAAACAATTGTTTTATG-CTAAATCAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAAT
* * * * * * *
22433534 TGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTTGGTAAATAGATTTAATTTTTCA
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* * * * * *
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** * * *
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1 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA
** *
22440468 TTTTGTATGAA-AGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
65 GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
22440531 ATTATTCAAATGGACGTGATTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTAATTTT
129 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTT
** * * * * *
22440584 TTTAAATCTACTACCTATTAATTTCT-AGAATTTTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
1 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * *
22440648 ACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA--ACAAAACAAAAGATCATA
65 GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
22440694 ACTATTTGAA
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* * * * * *
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* * * * ** * ** * *
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* * * * ** * ** *
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* * ** * * * * * **
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* * * ** ** *
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* * * * ** ** * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * ** * * *
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* * * * * ** ** * * *
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* * * * ** * * * * * ** ** *
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129 CAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAGCAA-TTGT
* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * *
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379 AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAAT-AATCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * ** * *
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* ** **
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * ** *
22437597 AAATTTATATTATTTTATTAGAAATATGTTTGCATGGACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACA
317 AAA-TTATATTATTTTATTAGAAATATGTTTGCATGAACAGAACAAATCATTTTATGACAAAAAA
*** * * *
22437662 AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTCGGT
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* * * *
22437727 AAACATATTTATTTTTTAATTCTCTTCCTCT-TTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTCTTAT
446 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * *
22437791 TTTATTTCAAATAAGCTCATAAGAACTG
510 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTG
* * * * * *
22437819 AAACAATTATTTTATTAGAAAACAAAATGTCATAATCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * *
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* * * *
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130 AAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAGCAATTGTTT
* **
22438014 TTAACCAAACAAAACATCATACAATTTGAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCATAAAAGATTTGA
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* *
22438079 ACTTG-TTAGGTAAATA-AT-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTATTTT-AATATTAA
257 ACGTGTTTA-G-AAA-ACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTGATTAA-T-TTTTAAATATTAA
* * *
22438140 TAAA-TATATTATTTTATTTGAAATCA-GCTTT-TATGAACAGAA-AAATCATTTTATGACAAAA
316 AAAATTATATTATTTTATTAGAAAT-ATG-TTTGCATGAACAGAACAAATCATTTTATGACAAAA
* * * * * *
22438201 TAAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGAAAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTT
379 -AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * * * *
22438266 GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATATCTTAATTAATAATTCTTGGAATATTAATAACTTAGTATT
443 GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
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508 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTG
* * * ** * * *
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1 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
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* * * * * * *
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130 AAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAGCAATTGTTTT
* * ** * * **
22438555 ATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATGGTCATTATTATTTGA
195 -TAACAAAACAAAAA-TCAT-ACAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGA
* * * * * *
22438620 AC-TAGTTT-GATAA-ATGGATTTATTTTTAAAATATCTTA-TTATT--TTTTGAAATATTAATA
257 ACGT-GTTTAGAAAACAT--ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTGATTAATTTTTAAATATTAAAA
* * * ** * *** ** * * *
22438679 GATTAGTTTTTTTTTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAGA
318 AATTA---TATTATTTTATTAGAAATATGTTTGCATGAACAGAACA-AATCATTTTATGACAAAA
* * * * * ** * * * * * *
22438743 CAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATTGTGATAATTATTTTAACTGGATAG
379 AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * ** * *
22438808 GTAAACAAAATTATTTTTTTAATCTCTTACATATTAATTTTTTAAATAATAA-AAATTCA-TTTT
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*** *
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* * * * * *
22438902 AAAAAACTTATTTTAAGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
1 AAATAA-TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * *
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* *** * * * * **
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* * * * * * * ** * * **
22439088 TTTATGATAGAACAAAAGGTAATA-ATGATTAGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
192 TTT-TAACAAAACAAAA-ATCATACA--ATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATAAAGAT
* * * * * * *
22439152 TTGAAC-TAGTTT-GATAAATAGATTTATTTCTTACA--TCT-CTTATTACTTTTTGAAATATTA
253 TTGAACGT-GTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTGATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * ** * * * ** * * * *
22439212 ATAAATGAGTATTATTTCACTCCAAATAAGCTTGAATGTTCA-AATACAATTATTATATGAC--C
315 AAAAATTA-TATTATTTTATTAGAAATATGTTTGCATGAACAGAACA-AATCATTTTATGACAAA
* * * * * *** *
22439274 AAACAA--T--TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATT
378 AAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * *
22439334 TGGTAAACA-ATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGAAT
442 TGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
22439394 TATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATAAATTG
507 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTG
* * * *
22439425 AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAGATAGATAA-TAGTTCATATA
1 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA-ATAAATAATTA-TTCAAATA
* * * * * ** *
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64 GTCATGACTATTTGAACTAG-TT-GATAAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* ** * * * ** * * * *
22439551 TTTGAAATATTATTAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAATCTTATATGGACTGAAA-CAATT-
127 ATCAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAT-GAATAAAAGCAATTG
* * * * * * * *
22439614 ATTTTATACTAGAATAAAAGGTTATA-ATGAATTGAAATAGATAATTGTTC----A---A-AAAG
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* * * * * * * *
22439670 ----GAAC-TAG-TTCGATAAATAAATTTATTTTTAAAATCCTCTACTTACTAATTTTTAAAATA
251 ATTTGAACGT-GTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTGATTAATTTTT-AAATA
* * * **
22439729 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TACCAAATGA-GCTTCTATG-GTGAA-A-AAC-AATTGTTTT
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* * * * * *
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*** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * *** * * *
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125 -TTATCAAAATATTAGTAAATTAGTATTATT-TTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAGCA
* * * * * *
22440137 GTT-TTTTCATGACAAAACAAAAAGGTCAGA-ATGATTTGAAATATATAATTGTT-ATAT-GTC-
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* * * * * * * **
22440197 TAAACTATTTGAAC-TAGTTCAGCAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTGG
246 TAAA-GATTTGAACGT-GTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTGATTAATTTTTA
* * * * *** * * * **
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308 AATATTAAAAAATTA-TATTATTTT-AT-TAGAAATATGTTTGCATGAACAGAACAAATCATTTT
* * * * * * * *
22440322 ATGAC-AAAATAAAGATCACAA-GA-TT-ACGATAGATAATTG-ACAAATAGTCATAACTATTTG
370 ATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
* * * ***
22440382 AA-TTGTTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
434 AACTTGTTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * ** * *
22440442 TATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA-AG
498 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTG
* * * * * *
22440481 AAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGA
1 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * ** *
22440545 CGTGATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTTAAATCTACTACCTATTAATT-TC
66 CATGACTATTTGAACTAGTTGA-TAAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATC
* * * * * ** * *
22440609 TAGAATTTTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA-TAATTG-T
130 -AAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAGCAATTGTT
*
22440672 TTTAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
193 TTTAACAAAACAAAA-ATCAT-ACAATTTGAA
22440704 CTTGCTTACT
Statistics
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GTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTGATTAATTTTTAAATATTAAAAAATTATAT
TATTTTATTAGAAATATGTTTGCATGAACAGAACAAATCATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATA
ACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
TAAGCTTATATGAATTG
Found at i:22439747 original size:520 final size:518
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22438836 ACATATTAAT
* * * * * * *
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* *
22438910 TATTTTAAGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAA
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* * * * * *
22438975 ATATTTGAACTGCTT--C-AACAAATTTATTTATTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATAT
125 CTATTTGAACTGCTTCGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
22439037 TATTAGATTAG--TATTATA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGA
190 TATTAAATTAGTATATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAGA
* ** * *
22439099 ACAAAAGGTAATAATGATTAGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
255 ACAAAAGGTAATAATGATTAGAAATAGACAATTGTTC--A-A--CATAAC-A-TGGAACTAGTTC
* * *
22439164 GATAAATAGATTTATTTCTTACATCTCTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATGAGTATTATTT
313 GATAAATAAATTTATTTCTTAAATCTCTTATTACTTTTTAAAATATTAATAAATGAGTATTATTT
* * * * *
22439229 CACT-CCAAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTATTATATG-ACCAAACA-AT-TAACGATTT
378 CA-TACCAAATAAGCTTCAATGGTCAAAAACAATTATTATATGAAACAAA-AGATCTAACAATTT
* * * *** * *
22439290 GAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAAC-AATTCACTTTTT
441 G-AATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACCAATTAGATAAACGAATT-A-TTTTT
22439354 AAA-TC-ACTTATTAAA
503 AAACTCAACTTA-TAAA
* * * * *
22439369 TTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATAAATTGAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAA-AAAGTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATT
*
22439433 ATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAGATAGATAATAGTTCATATAGTCTTAACTA
64 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA-ATAGATAATAGTTCATATAGTCTTAACTA
*
22439498 TTTGAACTGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
128 TTTGAACTGCTTCG-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * **
22439563 TTAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAATCTTATATGGACTGAAACAATTATTTTAT-ACTAGA
192 TTAAATTAGT-ATATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-TAGA
* * *
22439627 ATAAAAGGTTATAATGAATT-GAAATAGATAATTGTTC-A-A-AA-A-GGAACTAGTTCGATAAA
255 ACAAAAGGTAATAATG-ATTAGAAATAGACAATTGTTCAACATAACATGGAACTAGTTCGATAAA
*
22439686 TAAATTTATTT-TTAAAATC-CTCTACTTACTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
319 TAAATTTATTTCTT-AAATCTCT-TA-TTAC---TTTTTAAAATATTAATAAATGAGTATTATTT
* * * * * * *
22439749 TATACCAAATGAGCTTCTATGGTGAAAAACAATTGTTTTATGAAACAAAAGTTTCTAACAATTTG
378 CATACCAAATAAGCTTCAATGGTCAAAAACAATTATTATATGAAACAAAAG-ATCTAACAATTTG
* * *
22439814 AATATATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTTGAACCAATTAGATAAACTGACTTATTTTTAAA
442 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACCAATTAGATAAAC-GAATTATTTTTAAA
*
22439879 TCTCAACTTATAAT
506 -CTCAACTTATAAA
* * * *
22439893 TTTTGAAATATTAAAAAGTAATATTATTTTATTTCATATAAGCTT-TATGAACTGAAACAATTGT
1 TTTTGAAATATTAAAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTAT
* * * * *
22439957 TTTATGACAAAATAAAAAGGTCATACTCTGCTTTAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTC-AAATC
66 TTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATA--ATGATTTAAATAGATAA-TAGTTCATATAGTCTTAA-C
**** *
22440020 TATTTGAACTTG-TTCGCTAAACAGATTTAATTTTTTAAAATCTCTTGCCCATTAATTTTTCAAA
126 TATTTGAAC-TGCTTCGC-AAACAGATTT-ATTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAA
* * *
22440084 TGTTAAT-AATTAGTATTATTATTATTTTAAATAAGCTT
187 TATTATTAAATTAGTA-TATT-TTATTTTGAATAAGCTT
22440122 GTATAAAGTG
Statistics
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0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (518 bp):
TTTTGAAATATTAAAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATAGTTCATATAGTCTTAACTATTT
GAACTGCTTCGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
ATTAGTATATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAA
GGTAATAATGATTAGAAATAGACAATTGTTCAACATAACATGGAACTAGTTCGATAAATAAATTT
ATTTCTTAAATCTCTTATTACTTTTTAAAATATTAATAAATGAGTATTATTTCATACCAAATAAG
CTTCAATGGTCAAAAACAATTATTATATGAAACAAAAGATCTAACAATTTGAATAGATAATTGTT
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* * * * * *
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* ** * * *
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* *** * * ** *
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** * * * * *
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* * *
22439951 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATACTCTGCTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC
63 AATTG-TTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATA--ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
*
22440015 AAATCTATTTGAACTTGTTC-GCTAAACAGATTTAATTTTTTAAAATCTCTTGCCCAT
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* *
22440072 TAATTTTTC-AAATGTTAATAATTAGTATTATTATTATTTTAAATAAGCTTGTAT-AAAGTGAAA
1 TAA-TTTTCAAAATATTAATAATTAGTATTATT-TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAA--GAAA
* * * * * * *
22440135 TAGTTTTTTCATGACAAAACAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATATATAATTGTT-ATAT-GTCT
62 CAATTGTTT-ATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
* * * * *
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125 -AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC---TTCAT
** * * * **
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* * * *
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63 AATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATT-ATTCAAATAGTC-
*
22440372 TAACTATTTGAA-TTGTTTC-GATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT-AT
124 TAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCAT
* **
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1 TAATTTTCAAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAA
* * * *
22440487 TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACGTGATT
65 TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACT
* * *
22440552 ATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTTAAATCTACTACCTAT
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* * * * * *
22440602 TAA-TTTCTAGAATTTTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAT
1 TAATTTTC-AAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAAC
* *
22440666 AATTGTTT-TAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAA
63 AATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAA
22440704 CTTGCTTACT
Statistics
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0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (174 bp):
TAATTTTCAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAAT
TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAACTAT
TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCAT
Found at i:22440632 original size:180 final size:177
Alignment explanation
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22439660 GTTCAAAAAG
* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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*** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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64 T-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAGA-AA-CAATTG-TTTATGACAAAA
* * * *
22440331 -TAAAGATCACAA-GA-TT-ACGATAGATAATTGA--CAAATAGTCATAACTATTT
125 CAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATT-ATTCAAATAGTC-TAACTATTT
* * *
22440381 GAA-TTGTTTCGATAAACAGATTTA-GTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTCAAAATATTAAT
1 GAACTTG-TTCGATAAACAGATTAATTTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTCAGAATATTAAT
* **
22440441 ATATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAA
65 A-ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAA
* * * *
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129 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTT
* *
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1 GAACTTGTTCGA-TAAACAGATTAATTTTTTTAAATCT-CTTA-CTATTAATTTTC-AGAATATT
* * * * *
22440618 AATGAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT-TAACAAAA
62 AAT-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTATGACAAAA
*
22440682 CAAAAGATCATAACT-ATTTGAA
125 CAAAAGGTCATAA-TGATTTGAA
22440704 CTTGCTTACT
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 125, Indels: 139
0.71 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 22 0.03
172 43 0.07
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
GAACTTGTTCGATAAACAGATTAATTTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTCAGAATATTAATA
ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAACTATTT
Found at i:22440792 original size:140 final size:144
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Indices: 22440551--22440810 Score: 368
Period size: 140 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
22440541 TGGACGTGAT
* * *
22440551 TATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTTAAATCTACTACCTATTAATTTCTAGAATT
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* * * * *
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130 ACAAAAGATCATAAC
* *
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1 TATTTGAACTTG-TTCACTAAATAGATTATATTTTTAAATCTACTACCTATTAATTTCTAGAAAT
*
22440756 TTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATACACTTGTATGAATAAAAACAATTG
65 TTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTG
22440811 GCTTATGAAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 11, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
140 53 0.51
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143 12 0.12
145 23 0.22
146 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (144 bp):
TATTTGAACTTGTTCACTAAATAGATTATATTTTTAAATCTACTACCTATTAATTTCTAGAAATT
TAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAACAAAA
CAAAAGATCATAAC
Found at i:22441674 original size:179 final size:180
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Indices: 22440689--22444379 Score: 2438
Period size: 181 Copynumber: 20.8 Consensus size: 180
22440679 AAACAAAAGA
* *
22440689 TCATAACTATTTGAACTTGCTT-ACTAAATAGATTTA-TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * *
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* * * *
22440812 CTTATGA-AAAATAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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*
22440865 TCATAACTA-TTGAA-TGTGTTTAGA-AAACAAGTTTATTTTTTAAA--TTTCACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACT-TGTTT-GATAAACAA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** * * *
22440925 TT-TTA-ATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAAATGT
63 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTG-
* * * * * *
22440986 TTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGA-TTGAAATAGA-AATTGTTTAAATAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
22441039 TCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAATAGATTCATTTTTT-AATCTCTTAC---TGAA-TAT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
22441098 T-GGATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-GATACAATTG-T
64 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTT
** * ** *
22441160 TTATGATGAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
128 TTATGACAAAACAAAAG-GTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
22441213 TTATGACTATTTGAACTTGTTTGCTAAACATATTTA-TTTTT-AA-C--AT-CTTATTAATTATC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *** * *
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* * * *
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* * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-T-AAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * *
22441452 TTA-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTCT
63 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGT
** *
22441515 TTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAG
127 TTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
22441568 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-AACTTTAGTTTTTAAATCTTTTATTTTTTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * ** ** * *
22441632 AGAATATTAATAAACTAGGATTACATTATTTTGAATAAGCTTGTACAAACA-AAAACAATTATTT
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* ** * * *
22441696 TGTGACAAAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCGAGTAG
129 TATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** *** * ** ** *
22441747 TCATAACTATTTGAAATGGTCAGGCCAATAGATTCGTTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTA
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
22441812 AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTT
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* * * * *
22441876 TATGACAAAACAAATGGT-TATAAGGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATTG
129 TATGACAAAACAAAAGGTCT-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
22441928 TTATAAATAATTGAACTAG-TT--T--A-GATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTA
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * ** * *
22441982 AAAAATGAAAAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAATTTTATTTG-A-AGAAAAACATTTGTTT
66 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA-A-TTGTTT
* * * *
22442045 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG--A-A-AT-A---TTCATATAG
129 TATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
22442089 -CCTTACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
22442153 ATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTACGAACATAAATAATTATTTT
65 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTT
* * *
22442218 ATGACAAAACAAAAGGT-TATAACGATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAG
130 ATGACAAAACAAAAGGTCT-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** **
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
22442333 T-GAAAAACTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATG-AT-GTAAAACAATTG
64 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTG
* * * * * **
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* * * * * *** * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
22442514 -GATATATTAATAAAGTTATATATTTTTTTGTTTTTG-ATAAACTTTTATGAACA-AAAACAATT
65 AGA-ATATTAATAAA-TTA-GTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATT
* * * ** * **
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125 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCT-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
22442632 TCATAACTATTTGAATTTGTTTG-GAAACAAATTTATTTTTTTAAT-TTCATACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
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64 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTT
* * * * *
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* * * * ** *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * ** ** *
22442874 AGAATATTATTAGTTTAGTAATATTGTGCTCCGAATAAGTTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTT
65 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTT
* * * * * *
22442938 TATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAACAC
129 TATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
22442989 TCATAACTATTTG-ACTGGTCTGGTAAACAGATTT-TGTTTTTAAA---TGT-CTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-ATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * *
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64 TAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAAA-AATTG
* * * *
22443107 TTTTACGACAAAACAAAATGTCGTAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGATG
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT--A-G
* * * * * *
22443165 T-ATGACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTAATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
22443228 ATAATAATAATAATAAATTAGTATTCTTTTATTTTGAAT-AGACTTGTATGGATGGAAAAAATTA
64 -T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAAAATTG
* * * *
22443292 TTTTATGACAAAATAAAAAGAT-TATAATGATTTGAAATAAATAATTGTGCAAATAG
126 TTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCT-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * *** * * *
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** * *
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* * ** * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-ATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
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64 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGT
* * * *
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* * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * ** * *
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64 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTT
* * ** * * ** *
22444006 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAGTAG
129 TATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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1 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGA-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-
* * *** * * *
22444121 TCTT--ATTATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAACCTTATATGAATAGAAAAAATTA
62 T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTG
* * *
22444184 TTTTATGATAATACAAAA-GT-TT-ATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAAT-G--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
22444239 TCATAATTATTTAAACTTG-TTAATTAAAAAAATTCATTTTTTAAATCTCTT--TTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-T-AAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
22444301 TAGATTATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGACT-GAAACAATT-TTT
64 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTT
*
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * **
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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66 GAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * * *
22445561 TTG-AAACAATAATTTTATAATAGAATAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
65 -TGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
22445625 AG-----------GAACTAGTTCGGTAAACATATTTATCTTTTAAATGTCT
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*
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* * * *
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129 AGTCATAATT-TTTGAACT-AGTTCAGTAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCC
* * * *
22445843 TAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTTTATGA
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* * * * * *
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64 A-TGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAG---A-TA-A-TT
* * * * * *
22445971 ATTTTAAATAG--ATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAA-ATAGATTT
121 -GTTCAAATAGTCATAATT-TT----T-G----AACTAGTT---C-AG--T--AAACATA-ATTA
* * *
22446033 TTTTTTTAATTTCT
166 TTTTTTAAATCTCC
* *
22446047 TA-TATATTAAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGGAATAAGCATGTATG
1 TACT-TATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** *
22446109 AACTG-GAAAAATTAATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATAGTTC
63 AA-TGAAAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
22446173 TAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-GATAGACACATTTATTTTTTAAATCTCT
125 AAATAGTCATAA-TTTTTGAACTAGTTCAG-TAAACATAATTATTTTTTAAATCTCC
* * * * * * * * * * * *
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* * * *
22446293 TTGAAACAAATAGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAT
65 -TGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
22446358 AGTCATAACTATTTGAACGT-GTT-AGGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-T
129 AGTCATAA-TTTTTGAAC-TAGTTCA-GTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCC
22446408 TAACTTATTAATTTTTG-AATATT
1 T-ACTTATTAATTTTTGAAATATT
22446431 GAAACTATTT
Statistics
Matches: 1430, Mismatches: 272, Indels: 248
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Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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GAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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Period size: 675 Copynumber: 1.9 Consensus size: 678
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* * *
22443732 TTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAATTTAGTAGTATTTTACTTCAAA
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* * * * * *
22443797 TAAGCTTATATGAACTAAAAAATTATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
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* * *
22443862 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
131 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATAATTATTTTTTAAATC--T
* * * *
22443927 TACTTATTAATTATCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGAATGAAT
194 TACTTATTAATTATCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATCCGAACAAACCTGAATGAAG
* * * * *
22443992 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAGTA
259 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAAACAATTACTCAAATA
* * * *
22444057 GTCATAATGATTAGAATTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTGACTTCTTAATTGT
324 GTCATAATGATTAGAACTAGTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCATTGACTTATTAATTGT
* *
22444122 CTTATTATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAACCTTATATGAATAGAAAAAATTATTT
389 CTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAACCTGATATGAATAGAAAAAATTATTT
* * * * *
22444187 TATGATAATACAAAAGTTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
454 TATGAAAAAACAAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTA
** *
22444252 AACTT-GTTAATTAAAAAAATTCATTTTTTAAATCTCTT-TTATTAATTTTTAGATTATTGA-TA
518 AA-TTGGTTAAGCAAAAAAATTCATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTT-GA-AATTGATTA
22444314 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGACTGAAACAATTTTTTATGACAAAAAAAAA
580 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGACTGAAACAATTTTTTATGACAAAAAAAAA
22444379 GCTCATAACAATTTGATTTAGTTCAGTAAACATA
645 GCTCATAACAATTTGATTTAGTTCAGTAAACATA
* * * * *
22444413 TTTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAATCAA-TTAGTATTATTTTAATCCAA
1 TTTTTTAAATTCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAAT-AATTTAGTAGTATTTTAATCCAA
* ** * *
22444477 ATAAACTTGTATGATA-TAAACTATT-TTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTA
65 ATAAACTTATATGA-ACTAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
* *
22444540 AATAATTCA-TCAAATAGTCGTAACTATTT-AACTAGTTT-GATAAACATAATTATTTTTTAAAT
129 AATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAACATAATTATTTTTTAAAT
* ** * ** * *
22444602 C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATCAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACCT-ATATG
192 CTTACTTATTAATTATCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATCCGAACAAACCTGA-ATG
* ** ** * **
22444664 AAGAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGACTTGAAATAGACAATTGTTCAA
256 AAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAAACAATTACTCAA
* * *
22444729 ATAGTCATAATGTTTTGAACTAGTT-AGGTAAACATAATTATTTTTTAAATC-TCCT-ACTTATT
321 ATAGTCATAATGATTAGAACTAGTTCA-GTAAACAGAATTATTTTTTAAATCAT--TGACTTATT
* * * *
22444791 AATT-T-TTGAAATATTAATAAAATTT-TTTTATTTTATTCTAAAA-AAGCTGGTATGAATTGAA
383 AATTGTCTT--AATATTAAT-AAATTTGTATTATTTTATTC-AAAATAACCTGATATGAATAG-A
* * * *
22444852 AAAAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTC
443 AAAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
22444916 TTAACTATTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAA
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* *
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TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATAATTATTTTTTAAATCTTA
CTTATTAATTATCAAAATATCAATAAATTAAAATTATTTTAATCCGAACAAACCTGAATGAAGAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAAACAATTACTCAAATAGT
CATAATGATTAGAACTAGTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCATTGACTTATTAATTGTCT
TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAACCTGATATGAATAGAAAAAATTATTTTA
TGAAAAAACAAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAT
TGGTTAAGCAAAAAAATTCATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATTGATTAAATTAG
TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGACTGAAACAATTTTTTATGACAAAAAAAAAGCTCAT
AACAATTTGATTTAGTTCAGTAAACATA
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*
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * **
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* * *
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* * * **
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*
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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385 TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
* * * * *
22445547 AAAGCTTATATGAATTGAAACAATAATTTTATAATAGAATAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA
450 AAAGCTTATATGAAATGAAACAATAACTTTATAACAGAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAA
**
22445612 TAATTATTCA
515 TAATTAAGCA
* * * *
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* * *
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62 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-GCTTGAATG-TAAAAAACAATTGTTTTATG
* *
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* * * *
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* * * * *
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** *
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TAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
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TTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCTTAACTATTGAACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTT
TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAAAAGCT
TATATGAAATGAAACAATAACTTTATAACAGAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTA
AGCA
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Alignment explanation
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*
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* * *
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66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* *
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* * * *
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190 TTATTTTTTAAATCTC-TAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTACTTC
* * * * * *
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*
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* * ** *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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324 AATTAT
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TTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTACTTCAAATAAG
CTTATATGAACTAAAACAATAATTTTATAATAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGGAACTAGTTCG
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1 AT
22445990 TCAAATAGAC
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ATATTTATTTTAAATAGATAATT
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*
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* * *
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22446498 ATT
66 ATT
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ATTGA
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* * * **
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * ** *
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*
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* * *
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Statistics
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TTTAAAACTCTTAATTATTAATATTTAAATATTAATAAATTAGTATT
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* * * **
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* *** ***
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * ** * * * * **
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* *
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* * *
22449568 ACAATTGTTTCTATTCATACAGGCTTA-TTCAAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGA
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* * * * * * * * * *
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* * *
22449695 CTATTTGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCTTAAA
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* * ** * ** * * *
22449750 A-AATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTATGAA
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* * * * * *
22449814 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATAATTTTGACTA
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* * *
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** *
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* * * * * **
22449991 GACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAAATCTTTATGA
64 -A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
22450056 CTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGA-CTTTTTTTTTGTCGTAAA
127 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * * *
22450109 ATAATTATTT-T-TGTCATACATGTTTATTCCG-ATTCACAA-AATATTTATTTTTTAATATTTC
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* * * * * * *
22450170 GACAATTAAT-AGT-AGAACATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAGTTCAACTAGTCAT
62 AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-CGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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1 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAA
** * * * * *
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* * * * *
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** ** * *
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1 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAA
* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * **
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1 ACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-A
** * * * * *
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* *** *
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* * * * * * *
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** * * *** * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * *
22452056 ATTATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAA
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* * * ** * *
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* * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * * *
22453451 AGAATT-TTATCTATTTATAC-AGTTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
22453695 AAATTAATGA-TAAGA-AACTAAAAAA-AGAATCTATTTAT-TAATAAGTTCAAATAGTTAGGAC
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* * * * * * * *
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* * * *
22453809 ACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AGTAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCT
1 ACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-T
*
22453871 AGAAATTAATAAG
62 AAAAATTAATAAG
22453884 AAACAATGTT
Statistics
Matches: 3252, Mismatches: 657, Indels: 453
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Consensus pattern (180 bp):
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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** *
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* * * * * * * **
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* * * * ** * * *
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* ** * * * **
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* * * * * * *
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** * * * *
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*
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* * * *
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190 ATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCGAACA-G
** * * *
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253 TTCAAATAG-TTATGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* *
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316 CATAAAACAATT-TTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
22450527 TCCAGAAATTAATGAGA-AAGAGAATTAAAAAATGAATCTTTTTATCGAACATGTT-AAATAGTT
379 T-TAGAAATTAAT-AAACAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
22450590 ATGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATCTG
442 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAT-TG
* * *
22450655 GTTCTACTCATGCAAGCTTATTTC-AA
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*
22450681 AAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAATTTAAAAATAAATATATTT
1 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAAAATTTAAAAATAAATAT-TTT
* * * * * *
22450746 TTTGAACACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
64 TATAAACACATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * * * *
22450811 TGTTTGGTCATAAACCAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTT
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* ** *
22450876 ATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTC
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* * * * * *
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256 AAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
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**** * * * *
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* * * * * * * *
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* *
22451197 CTATTCATACAAAATTA-TTCAAA
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** * * * * * *
22451220 ATAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATA--AAAGATTTAAAAACTTAATCTGTA
1 A-AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAAAATTTAAAAA-TAAATATTTT
* * * * * * *
22451283 TATAAAC-CAATTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATA-T
64 TATAAACAC-ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * * * *
22451346 TT-TTTTGTCATAAAGCAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAA
128 TTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ATTAAA
* * * * * *
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191 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAGTT
* * * * * * *
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255 CAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * **
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320 AAACAAT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG-
* * * *
22451597 AAATTAATAAACAACA-AATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
383 AAATTAATAAACAAGAGAA--TTAAAAAATAAATCT-TTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
22451661 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATAAATATGACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
445 ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGATT
* * * * *
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508 CTACTCATACAAGATTATTTCA-AA
* * * ** * * *
22451749 TAAAATAATATTACTTTATTAATACTTC-AATTTTGATATATTAGAGATTT--AAA-AAATA---
1 -AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-ATAGTAAAAATTTAAAAATAAATATTT
* * **** * * * * * * **
22451807 -CATCGAATTGGTTCAAATAATTATGCCCT-TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGC
63 TTAT-AAACACATTCAAATAGTCATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* * * * * *
22451870 -TTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATT
125 ATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * *
22451933 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-AAGTAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATC
188 AAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-C
* * * * * *
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251 AGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
** ** * * * *
22452050 TGTAAAATTATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
316 CATAAAACAATT-TTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
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379 T-TAGAAATTAATAAAC-AAGAGAATTAAAAAATAAATCTT-TTTATCGAACA--AGTTCAAATA
* * * * * * *
22452176 GTTAAGACTATATGAATAATTATCT-TTTTGAAATCGTTATGATCATTTGTTTTATCATAAAACA
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* * * *
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* ** * * * * *
22452270 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTACAAGTGAATCTG
1 -AAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAA-AAATTTAAAAATAAATATT
* * * * * * * * ** * *
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* * ** * *
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126 TTTTGTTTTGTCATA-AACAA--TTGTTTCTATTCATAT-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * * * **
22452458 TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAAAT-TGTTTATTGATA
187 TAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGA-A
* * * ** * * *
22452522 TAG--C--A-A--TA--ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTG
250 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * *
22452577 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAACTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
315 TCATAAAACAA-T-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
22452641 TTCAAAAATTAAT-AACTAAGAGAATT-AAAAATAAAT-TTGTTTGTCAAACTCA-TTCAAATAT
378 TTTAGAAATTAATAAAC-AAGAGAATTAAAAAATAAATCTT-TTTATCGAAC-AAGTTCAAATAG
* * * * * * *
22452702 TTAAGACTATTAGAA-TA-TAT-TATATTTCAAATCGTTATGAC-TTTG-TTTGTAATAAAATAA
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** * * * *
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* * * * * *
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1 -AAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATA-GTAA-AAATTTAAAAATAAATAT
* * * * * * * *
22452857 ATTTACT-AACTA-GTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCA-TATGA
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* * * * * *
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124 CATTTTGTTTTGTCAT--AAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
** * * * * *
22452980 T-AATCTATTAATATT-TGAATATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAAC
187 TAAAT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * *
22453039 TAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTA-AGCAATTATTTATTTCAAATCGTTACAACTTTTTGTTCT
251 -AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
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314 GTCATAAAACAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** * * * * * * * *
22453162 TTTCAGCAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAACAAATATGTTTA-CTAAACTAGATCAAATAAT
378 TTT-AGAAATTAATAAACAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
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* * * *
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503 TGATTCTA-CTCATACAAGATTATTTC-AAA
** * * * * *
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1 -AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGT-AA-AAATTTAAAAATA--AATAT
* * * * *
22453382 GTTTACTGAAA-A-AGTTTAAATAATTATGACTATTT---CAA--ATCTATGTT---A-C-----
61 TTTTA-T-AAACACA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTAT
* * * * *
22453431 G-CCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATT-TTATCTATT--TATACAGTTTA-TTCAAATTAAAATA
122 GACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTT-TCTATTCATATA-AGCTTATTTGAAA-TAAAATA
* * * * * *
22453491 ATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAACA-ATTTTTAAAAATAAATATGTTTA-
183 ATATTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
22453554 CAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATT-GAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGATCCTTTT
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * **
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* * * * *
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1 AAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAGTAAAAATTTAAAAATAAATATTTT
* * * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* *
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* *** * * * ** *
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** * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
22454371 TAAAATAAT-ATTAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATA--AGAGATTTAAAAACTAAATCTTTT
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * ** * *
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374 AATATT-TAGAAATTAATAAACAAGAGAA-TT--AAAAAATAAATCTTTTTATCGAACAAGTTCA
* *
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* * *
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* * * ** *
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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1 -AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAAAATT-TAAAAATAAATATT-T
* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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AAAAAATAAATTTATTTACTGAATCGGTTCCTATTTGG
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*
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* * ** * *
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* *
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* *
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* * * *
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22453359 AA
64 AA
22453361 GAAATTTAAA
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180 1 0.00
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Consensus pattern (172 bp):
TTCATATAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAAA
ATTTAAAAAATAAATTTATTTACAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTAT
TTCAAATCATACAACTTTTTGTTCTGTCATAAAAACAATTTG
Found at i:22453682 original size:348 final size:342
Alignment explanation
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Period size: 348 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
22453126 GCTTACTCAG
* *
22453136 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAACAAATATG
1 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAACAAATATG
* * *
22453201 TTTACTAAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
66 TTTACTAAACAAGATCAAATAATCATGATCTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
22453266 TTTTGTTTTATCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAA
131 TTTTCTTTTATAATAAAACAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
22453331 TTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAATAAAGAAATTTAAAAATATGAATCTGTTTACTGAAAAAG
196 TTTATTAATAATCCAAAAATTAATAAT-AAGAAA-CTAAAAA-AAGAATCTATTTA-TGAAAAAG
* *
22453396 TTTAAATAATTATGACTATTTCAAATCTATGTTACGCCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTTTAT
257 TTCAAATAATTAGGACTATTTCAAATCTATGTTACGCCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTTTAT
22453461 CTATTTATACAGTTTATTCAA
322 CTATTTATACAGTTTATTCAA
* * * *
22453482 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAACAATTTTTAAAAATAAAT
1 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT-AA-AA-TTTAAAAAACAAAT
* *
22453547 ATGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAATCATGA-CTATTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATG
63 ATGTTTACTAAACAAGATCAAATAATCATGATCTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
22453610 ATCCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATATTA
128 A-CCTTTTCTTTTATAATAAAACAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * *
22453675 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGATAAGAAACTAAAAAAAGAATCTATTTATTAATAAG
192 CTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAGAAACTAAAAAAAGAATCTATTTATGAAAAAG
*
22453740 TTCAAATAGTTAGGACTAT
257 TTCAAATAATTAGGACTAT
22453759 CTAAACAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAACAAATATG
TTTACTAAACAAGATCAAATAATCATGATCTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTCTTTTATAATAAAACAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAGAAACTAAAAAAAGAATCTATTTATGAAAAAGTTCA
AATAATTAGGACTATTTCAAATCTATGTTACGCCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTTTATCTAT
TTATACAGTTTATTCAA
Found at i:22453813 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22453559--22453880 Score: 395
Period size: 178 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
22453549 GTTTACAAAC
* * * * *
22453559 AAGTTCAAATAATCATGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGATCCTTTTCTTTTG
1 AAGTTCAAATAATCAGGACTATTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCCTTTTCTTTTG
* * * *
22453624 TAATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATATAAGTTTA-TTTGAAGTAAAAT-ATTATTAATTTATTA
66 CAATAAAACAATTGGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTTG-AGTAAAATAATT-TAAATTTATTA
22453686 ATATTCCAAAAATTAATGATAAGAAACTAAAAAAAGAATCTATTTATTAAT
128 ATATTCCAAAAATTAATGATAAGAAACTAAAAAAAGAATCTATTTATTAAT
* *
22453737 AAGTTCAAATAGTTAGGACTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGAT-CTTTTCATT
1 AAGTTCAAATAATCAGGACTAT-TAAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGATCCTTTTC-TT
* * * *
22453800 TTGCCA-CAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAGTAAAATAATTTAAATTTATTA
63 TTGCAATAAAACAATTGGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTTGAGTAAAATAATTTAAATTTATTA
* *
22453864 ATATTCTAGAAATTAAT
128 ATATTCCAAAAATTAAT
22453881 AAGAAACAAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 17, Indels: 12
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 78 0.64
179 37 0.31
180 6 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAGTTCAAATAATCAGGACTATTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCCTTTTCTTTTG
CAATAAAACAATTGGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTTGAGTAAAATAATTTAAATTTATTAATA
TTCCAAAAATTAATGATAAGAAACTAAAAAAAGAATCTATTTATTAAT
Found at i:22454218 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22453896--22455696 Score: 1144
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 181
22453886 ACAATGTTTT
* * * *
22453896 CTGAACACGTTCAAATTGTTATGACTA-TT-AAACAATTATCTATTTCAAAT--TATATGATTTT
1 CTGAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGATCTT
* * * * *
22453957 TTGTTTTGTTAT-AAACTAAATGTTTTTGTTCATAAAAACCTTATTCGAAATAAAAATAATACT-
64 TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCAT-ACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTA
* * *
22454020 AGTTATTAAAATTCTAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAGTAAATCTATTTA
126 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * *
22454074 ATGAGCAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGATCTTT
1 CTGAACAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GATC-TT
* * * *
22454139 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTATATTCGAAATAAAATAATATTAAT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAAT
** * *
22454204 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTG
128 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * ** * * * * ** *
22454258 CCGAAACCAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAA-CTATAATCTATTTCAAATTATTATGAACAT
1 CTG-AACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-T
* ** * ** * * *
22454322 TTTATTTTGTTGTAAAACAATTG-TTTTATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATA-TTAG
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* *
22454385 TTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTTTTTA
128 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * *
22454435 CCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTCAAT-AATTATTTATCTCAAATAG-TATGATC-TT
1 CTGAACAAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
* * * * * **
22454497 TG-TTT-TCATAAAACATTTATTTCTATTCATGCAAGCTTGTTC-AAAGTAAAATAATACTAAAC
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATT
* * * * *
22454559 TAGTAATATTAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTATTTG
129 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * *
22454610 CCGAACCAGTTATAATAGTTAAGACTATTAGAAT-AATTATCTATTTCAAAACAGTTCT-AAC-C
1 CTGAACAAGTTA-AATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGATCTT
* * * *
22454672 TT-TTTTGTCATAAAA-AATGTTTTTTTTCAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAAT-GT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTTT-A-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * *
22454734 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGGAAGAA-ATTTAAAAAAAATAAATCTATTTA
125 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
22454793 -TCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTT
1 CT-GAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTT
* * * * * * *
22454856 TTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTAC
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * ***
22454919 TTTATTACTATTTCAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTT-
127 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
* * * * *
22454974 CTCGAATAAGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAGTCGTTATGAACT
1 CT-GAACAAGTT-AAATAGTTATGA-CTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCT
* *
22455037 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTC-ATAATAAAATAATACTA
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTA
* ** * * *
22455100 ATTTATTAAGATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATAGTTA
126 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
22455156 TTGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAAT-AATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTT
1 CTGAACAAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
* * * * * *
22455220 TAG-TTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCAAACGAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAAT
65 T-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * * * *
22455283 CTAATAATATTATGAAAATCAATAA-CAAAGAGATTTAAACAATAGATTTGTTTG
128 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * ** *
22455337 TTGAACCAAGTCAAATAGTTATGGCTATATGAGT-AATTATCTATTT-TGATCTGTTATGACCTT
1 CTGAA-CAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGATCTT
* * * * * * * ** *
22455400 TTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTTAAATAAAATAATATTAATT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * *
22455465 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAG----AGATTAAAAAAATAAATTTGTTTA
129 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * * *
22455513 CCAAACCAA-TTCAGTAGTTAT-ACAATTTGAAAT-AATTATTTATTTCAAATCATCTATGACCA
1 CTGAA-CAAGTTAAATAGTTATGACTATTTG-AATCAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGATCT
* * * * * * * *
22455575 ATTGTTTTATCA-AAAAAAATTGTTTTCTATTGATACAATCCTTATTTGGGAATAAAAGT-ATGC
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAA-GCTTA-TTCGAAATAAAA-TAATAC
* * **
22455638 TAATTTATTGACTATTCCAAAAAATTAATTAAGTAACGGATTTAAAAAATAAATCTATT
124 TAATTTATT-AATATT-CTAAAAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
22455697 GGCCTGACCA
Statistics
Matches: 1262, Mismatches: 273, Indels: 168
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 13 0.01
172 41 0.03
173 14 0.01
174 9 0.01
175 93 0.07
176 102 0.08
177 50 0.04
178 36 0.03
179 37 0.03
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186 37 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
CTGAACAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
Found at i:22456423 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 22456311--22456447 Score: 179
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
22456301 ATTAGTATTG
** * *
22456311 TTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGTTCAAAAATTATTGTTTTATGACAAAATGAAAAGTACTAAC
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTAAAAAATTATTGTTTTATGACAAAATGAAAAGTAATAAC
22456376 AA
66 AA
* *
22456378 TTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGTTGAAAACAATT-TT-TTTTATGACAAAATGAAAGGTAATA
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTT-AAAA-AATTATTGTTTTATGACAAAATGAAAAGTAATA
*
22456441 ACGA
64 ACAA
22456445 TTT
1 TTT
22456448 GAAATAAATA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 4
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
67 52 0.85
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (67 bp):
TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTAAAAAATTATTGTTTTATGACAAAATGAAAAGTAATAAC
AA
Found at i:22456841 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22456406--22457864 Score: 1077
Period size: 180 Copynumber: 8.2 Consensus size: 179
22456396 TGCATGTTGA
* * * * * * *
22456406 AAACAATTTTTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA-
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
22456470 TCCATAATTATTTAAAC-TGATTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAA--T-ATA-TTGTTAA-TT
64 T-CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *** * * *
22456529 TTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTG
127 TTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTTATAAACTG
* * * * *
22456584 AAACGATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAA
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
22456649 TTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * *
22456714 TTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT-AGCTTTATAAACTG
127 TTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATAAACTG
* * * * * * * *
22456765 AAATAATTATTTTATGGACTAAACAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAAT
1 AAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
22456830 CTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAA-TTTT
65 CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** ** * * * *
22456892 CAAATATTATTAAATTAGTTTTATTTT-TACCCGAT-CGCCTTATATGA-TC
129 CAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATA-AACTG
* * * * *
22456941 AGAACAATTGTTTT-TGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAG
1 A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * **
22457004 TCATAACTACTAGAAC-TGCTTCAGAAAATAACTTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTCGTAATTTT
64 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
22457068 TGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTC-GATAAGTTTTTATTAACTG
128 TCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTTATAAACTG
* * * * * ** * *
22457120 AAACAATTGTTTTGGTGAAAAAATAAAAGGTTAAAACAATTT-AAATAAATAACTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** *
22457184 TCATATCTAATTGAAATTGTTCTGTAAACGGATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
22457248 CAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-
129 CAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATAAACTG
* * * * *
22457299 AGAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
1 A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
22457364 TCTTAACTATTTGAACTAGTTC-G-ACAAGCATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
22457427 TT-AGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTA-ATCAAATAAGCTTATGTGAAA-AG
127 TTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TAT-AAACTG
* * * * *
22457480 AAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTGTAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
22457544 CATAACTATTTGAAACTGGTTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTT
65 CATAACTATTTG-AACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * ** *
22457604 CAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTT-GAATAATTCTGTATGTACAG
129 C-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-GCTTTATAAACTG
* *
22457656 AAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G
1 AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
22457719 AACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTT
64 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
22457783 GCAAAATCTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAG
128 TC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATAAACT-G
*
22457837 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
22457865 ATCACGACTA
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 210, Indels: 118
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 69 0.07
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177 123 0.12
178 109 0.11
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180 269 0.27
181 134 0.13
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183 31 0.03
184 3 0.00
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATAAACTG
Found at i:22457708 original size:356 final size:360
Alignment explanation
Indices: 22457163--22457868 Score: 797
Period size: 356 Copynumber: 2.0 Consensus size: 360
22457153 AAACAATTTA
* * * ** *
22457163 AATAAATAACTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAAATTGTTCTGTAAACGGATTTTTTTTTAAA
1 AATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGGTTCAGTAAACAAATTTGTTTTTAAA
** * *
22457228 TCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
66 -CTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
* * *
22457293 TGAACTAGAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
130 TGAACTAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
22457358 TAAT-AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAGCATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT
195 AAATGA-ACATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATT
** * * * * *
22457422 AATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTA-ATCAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAA
259 AATTTGCAAAATATTAATAAAATAGTATCATTTTATATCAAATAAACTTATATGAAAAGAAACAA
* *
22457486 TTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTGT
324 TTATTGTATGACAAAACAAAAGATCATTACGATTTGT
* * * *
22457522 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGGTTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTA
1 AATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAAA-TGGTTCAGTAAACAAATTT-GTTTTTA
** *
22457587 AA-TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATT-TGAATAA-TTCT
64 AACTCTTGCTTATTAATTTTTC-AAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAGCT-T
* *
22457646 GTATGTAC-AGAA-ACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
127 GTATGAACTAGAATA-A-TTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAA
* * * **
22457708 TTGTTCAAATGAACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
189 TTGTTCAAATGAACATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
* * * * *
22457773 CTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGA
254 CTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAATAGTATCATTTTATATCAAATAAACTTATATGAAAAGA
*
22457838 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
319 AACAATTATTGTATGACAAAACAAAAGATCA
22457869 CGACTATTTG
Statistics
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361 8 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGGTTCAGTAAACAAATTTGTTTTTAAA
CTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
GAACTAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATGAACATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA
TTTGCAAAATATTAATAAAATAGTATCATTTTATATCAAATAAACTTATATGAAAAGAAACAATT
ATTGTATGACAAAACAAAAGATCATTACGATTTGT
Found at i:22457940 original size:537 final size:523
Alignment explanation
Indices: 22456417--22457940 Score: 1485
Period size: 537 Copynumber: 2.8 Consensus size: 523
22456407 AACAATTTTT
* * * * *
22456417 TTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA-TCCATAATTAT
1 TTTATGACAAAAT-AAAGATCATAACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTAT
* * * * *
22456481 TT-AAACTGATTCAGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATATATTGTTAATTTTCAAAATATTAATA
63 TTGAAACTGATTCAGTAAA-TAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
* * *
22456544 AAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTGAAACGATTGTTTTATGACAAAAAAA
127 AAGTAATATTATTTTA-TTT-GAT-AACTTTTATGTACTGAAAC-ATTGTTTTATGAC-AAAAAA
* * * * *
22456609 AAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGT
187 AAAGGTCATAAT-AATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA-CATAGCTATTTGAACTTGTT-TGT
*
22456674 AAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTA
249 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * *
22456738 TTTTCTTTCAAAT-AGCTT-TATAAACT-GAAATAATTATTTTATGGACTAAACAAAAGTCAAAA
312 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAATAATTATTTTAT-GACTAAACAAAAGTCAGAA
* * * * *
22456800 TGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGA-ATTGATTCAGCAAACACATTT
376 TGATTTGAAATAGAAAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGATTTTGAAT-AG-AAATA-A-TT
* * * ** *
22456864 ATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTTACCCGATCG
437 ATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAACCAAATAG
**
22456929 CCTTATATGATCAGAACAATTG
502 CCTTATATGAAAAGAACAATTG
* * * * *
22456951 TTTTTGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTA
1 TTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** **
22457016 G-AACTGCTTCAGAAAATAACTTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTCGTAATTTTTGAAATATTAAT
65 GAAACTGATTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
* * *
22457080 AAAGTACTATTATTTTATTTCGATAAGTTTTTAT-TAACTGAAACAATTGTTTTGGTGA-AAAAA
126 AAAGTAATATTATTTTATTT-GATAA-CTTTTATGT-ACTGAAAC-ATTGTTTT-ATGACAAAAA
* * * * * * * * *
22457143 TAAAAGGTTAAAACAATTTAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAAATTGTTCTG
186 -AAAAGGTCATAATAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATA-ACATAGCTATTTGAACTTGTT-TG
*
22457208 TAAACGGATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAT
248 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAT
* * *
22457272 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAG-AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAT
313 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAGAAT
* * * * *
22457336 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACA-AG-CATATTT
377 GATTTGAAATAGAAAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTG-A-T--TTTGA-ATAGAAATAATT
* * *
22457399 ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCAAAT
437 ATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AATATTATTAAATTAGTATCATTTTAACCAAAT
*
22457464 AAG-CTTATGTGAAAAGAAACAATTG
500 -AGCCTTATATGAAAAG-AACAATTG
*
22457489 TTGTATGACAAAATAAAGATCATTACGATTTGTAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TT-TATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
22457554 TGAAACTGGTTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAA
64 TGAAACTGATTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* *
22457619 -TCAATATTATTTTATTTGAATAA-TTCTGTATGTACAGAAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAA
129 GT-AATATTATTTTATTTG-ATAACTT-T-TATGTACTGAAACA-TTGTTTTA-TGACAAAAAAA
22457681 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAACAT-GACTATTTGAACTTGTTTGGT
188 AAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAAT-AACATAG-CTATTTGAACTTGTTT-GT
* * * * * * *
22457745 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTGCAAAATCTTAATAAAATAGTATTAT
249 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
22457809 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCACGAC
313 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAG-TCA-GAA
* * * * * *
22457873 T-ATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAACAACCATAACTTTATTT-ATTTTATGAATAGAAATAATT
376 TGATTTGAAATAGAAAATTGTTCTAATAATCTTAAC--TATTTGA-TTT-TGAATAGAAATAATT
22457936 ATTTT
437 ATTTT
22457941 ATGAAAAAAC
Statistics
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0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
532 10 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (523 bp):
TTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AAACTGATTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGT
AATATTATTTTATTTGATAACTTTTATGTACTGAAACATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
AATAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAACATAGCTATTTGAACTTGTTTGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGAACTAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGAA
AATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGATTTTGAATAGAAATAATTATTTTTTAATCTCTTACTT
ATTAATTTTCAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAACCAAATAGCCTTATATGAAAAGAACAA
TTG
Found at i:22458899 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22458315--22461673 Score: 2522
Period size: 181 Copynumber: 18.7 Consensus size: 179
22458305 AATAAAATAG
** **
22458315 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTT
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * * ** *
22458379 GAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
22458444 TAGATGATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTT-TGAAAAAAA
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAA
* ** *
22458493 ATTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-ATTATTTTATT-C
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * **
22458555 ATAATAAGCCTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAA
65 A-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
*
22458619 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * *
22458670 ATTCATTCTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-TATTTTA
1 A-T--TTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTA
* * * *** * * *
22458734 TTCCGAATAAGCCTATATGAATTTATACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTT
61 TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * ** * *
22458799 GAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGTAAATAT
126 G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* *
22458854 ATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * ** * * * * *
22458919 AAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGAGTCATGACAAAATAAAAAGTCTTAAAGATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * **
22458984 TA-ACTAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAA
130 TAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * *
22459034 ATTT-TTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATT
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-T-T-TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
** * * ** * *
22459096 TGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTT
63 CCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTT
* * * * * *
22459160 AAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA-T-TTATTATACTTGTTCAATAAATAG
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGA-ACTTGTTCAGTAAACAA
* * * * * **
22459214 ATTCATTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTTAGAATATTAATAAAATAGA-ATTACATTATT-
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTC
* * * * * * * *
22459277 CAAATAAGCTTATACGAATAGGAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * ***
22459342 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAG-TCAG-GGCCAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* ** *
22459391 TAGTTTCATTCTTTAAAT-TTGTTACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTT
1 -A-TTT-ATT-TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * * * *
22459455 ATTCCAAATTAGAC-TATATGAATAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAGATGGTCGTAATGAT
60 ATTCCAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * *
22459518 TTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATGGAACTGGTTTAGTAAACAA
124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* *
22459574 ATTTATTTTTAAAT-TTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
22459638 TAAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATCTGAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * ** * * *
22459702 ATAGATAATTATTCAAATAATCATAGTTGTTTGAACTAGTT-AGGCAAACATA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACA-A
* * * * *
22459754 ATTGT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTCTTGAAATATTAATAAAGTT-GTTTTATTTTATT
1 ATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATT
** * ** * * * *
22459817 CTGAATATGCTACTAAGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGATTTG
63 CCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * ** * * **
22459881 AAATA-AAAAATGTTCATATACCCTTAACTATTTAAACTACTTCAGTAAACAA
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
** * * * ** * *
22459933 ATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * * * * * *
22459998 TGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
22460063 ATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTCAACTGGTTCAATAAACAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* *
22460114 ATTAACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTA-ATAAATTAATATTATTTTATT
*** *** ** * * * * *
22460178 TTGAAGGGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
63 CCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
22460243 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTGA-TAAACTA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAA
* * * * * * * *
22460295 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTAATACTATTTAATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * ** * * * * * * ** * *
22460360 TGACTAAAATTTTAT-ATACTGAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTA
64 CAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
22460424 AATAGATAATTGTTCGAACAGTCATAACTATTAGAACTTATTTAGT-AA-AT
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * * * * *
22460474 ATTTTTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTACTTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTT
1 ATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTA-ATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
22460538 CGAATAAG-TATGTATGCACTA-AAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAA-ATCAAAACAATTTG
64 CAAATAAGCT-TGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* ** * * * * ** * *
22460600 GAATAGATAATCATTCTAACAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAAAAAATAC
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAA
* ** *
22460653 ATTTATTTTTAAATC-----CTTATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCT
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
** * * * * * *
22460713 AAATAATTTTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
** * * *
22460778 TTA-ATAACAGTTCAAAT-G-GATTGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAG
130 -TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * * * * *
22460827 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATTAATTAGTGTTATTTTATTC
1 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * * * * * *
22460892 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAAGATCATAACGATTTGA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
22460957 AATATATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAG
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* **
22461009 ATTTATTATTTAAATATTTTACTTATTAATTTTATAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTC
1 ATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
**
22461074 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * *
22461138 AATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACAT
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * * ** * * *
22461190 AGTTATTTTTTAATTTTTTTCTTATTAATTTTGGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCTA
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
* * * * * * *
22461255 AATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAA
66 AATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * ** * * *
22461319 TAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAATAG
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * * * ** *
22461369 ATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGA-ATTATTTTAT
1 ATT--TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAT
* * * * * *
22461433 TTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTG
62 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
22461497 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * *
22461550 A-TTATTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
* * * * * *
22461614 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTGATAACAATTT
66 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
22461674 TGTTGGCAAA
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** * * * *
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** * * * *
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* * *
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* *
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* *
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**
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1 AATATTAATAAATTAATGATATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATAGAATA-AATTGTTTTA
* * * *
22458772 TGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * * **
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1 AATATTAATAAATTAATGAT-ATTTTATTCCG-AATAAGCCTATATGAATAGAATAAATTGTTTT
* * * * * * *
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64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATACTAT-TTA
* ** * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * ***
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** * * * *
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* * * *
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1 AATATTAATAAATTAATG-A-TATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATAGAATAAATTGTTTT
* * * * * * * **
22459492 ATGACAAAACAGATGGTCGTAATGATTTG-AAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATGG
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTA
* * * * *
22459556 AACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAT-TTCTTACTTCTT-AATTTTCAAAATATTAATA
128 AACTTGTTT-GTAAATAAATTAATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAATTTT-AGAATATTAATA
* * * * * * *
22459619 AATTATTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACTAAACAA
190 AATTA-AATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-AAAACAA
* * * * * ** *
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252 AAGGTCTTAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCA-G
* * * * * * **
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* ** * * *
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* * * * * * *
22459850 TTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGATTTG-AAATA-AAAAATGTTCATATACCCTTA-ACTAT
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** * * * ** * *
22459912 TTAAACTACTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATT-AATTTTCATAATATTA
125 TTAAACTTGTT-TGTAAATAAA-TTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTT-AGAATATTA
* ** * ** * * * *
22459976 TTGCATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGAGATAA
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* * * **
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* * * * * * * **
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312 CAGTAAACAAATTATTCTTTTAAAACCTCTTACTCATTAATTGTCAA
** *** * * *
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1 AATATTA-ATAAATTAATGA-TATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATAG-AATA-AATTGTT
* * * * * ** *
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62 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTATT
* ** * * * * *
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126 TAAACTTGTTTG-TAAA-TAAATTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATT-TTAG-AATATTA
* * * ** * ** * * * * *
22460338 ATAAAGTAATACTATTTAATTTTGACTAAAATTTTAT-ATACTGAAATAGTTGTTTTATGATAAA
187 ATAAATTAA-ATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGA-AAA
* ** * * * * *
22460402 ATAAAATATCATAACA-ATTTTAAATAGATAATTGTTCGAACAGTCATAACTATTAGAACTTATT
248 ACAAAAGGTCTTAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
* * * ** * * * **
22460466 TAGT-AA-ATATT-TT-TTTTTAAATTTCTTACTTATTACTTTTTTA
312 CAGTAAACAAATTATTCTTTTAAAACCTCTTACTCATTAATTGTCAA
* * * * ** * * *
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1 AATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCCGAATAAGCCTATATG-AATAGAATA-AATTGTTT
* * * * * * * ** * *
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*** * * * * *
22460633 TAAA-TTGGTTCAAAAAATACATTTATTTTTAAATC-----CTTATTAATTTTTAAAATAGTAAT
126 TAAACTT-GTT-TGTAAATAAATTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAAT
** ** * * *
22460692 AAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACA
189 AAATT-AAATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-AAAACA
* * ** ** * * *
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251 AAAGGTCTTAAAGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTATTCA
* * * * * * *
22460819 GTAAACAGATTTATT-TTTT-AAATCTCTAACTTATTAATTTTTAG
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* * * * * * * * * *
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1 AATATTAATAAATTAATGATATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATAGAATA-AATTGTTTTA
* * * * * * *
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** * * * * *
22460991 AACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTATTTAAATATTTTACTTATT-AATTTTATAAATATTAATA
128 AACTTG-TTTGTAAATAAATTAATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTA-GAATATTAATA
** *
22461055 AATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAA
190 AATT-AAATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-AAAACAA
** * * * * * *
22461120 ATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAA
252 AAGGTCTTAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTA
* ** * * * ***
22461185 AACATAGTTATT-TTTT--AATTTTTTTCTTATTAATT-TTGG
317 AACA-AATTATTCTTTTAAAACCTCTTACTCATTAATTGTCAA
* * ** * ** * * ** *
22461224 AATTTTAATAAATTTAT-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATAGAATAAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
22461288 TGATAAAACAAATGGTCATAATG-TTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTAATTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTAA
* * * * * * * * * *
22461352 ACTTGTTTGGCAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAA
129 ACTTGTTT-GTAAATAAATT-A-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAA
* * * *
22461417 ATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAAA
191 ATTA-AATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-AAAACAAA
** * * * * * * *
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* ** * *
22461546 ACATATTA-T-TTTT-AAGTCTTTTACTTATTAATTGT-AA
318 ACAAATTATTCTTTTAAAACCTCTTACTCATTAATTGTCAA
* * * * * * *
22461583 AATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTTTTTT
1 AATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATAGAATA-AATTGTTTT
* * * *
22461646 ATAACAAAACAAAAAGTGATAACAATTT
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
22461674 TGTTGGCAAA
Statistics
Matches: 2308, Mismatches: 524, Indels: 266
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
AATATTAATAAATTAATGATATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATAGAATAAATTGTTTTAT
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TTGTTTGTAAATAAATTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAA
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AAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTA
TTCTTTTAAAACCTCTTACTCATTAATTGTCAA
Found at i:22459332 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 22458309--22461659 Score: 2516
Period size: 540 Copynumber: 6.2 Consensus size: 535
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* ** *
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*** * * * ** **
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* * * *
22458437 TTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTTT-GAAAAAAAATTAATT
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*
22458500 TTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTAATTATTTTATTC-ATAATAAG
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* * * * * *
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254 CTTTTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAATAGATA
* * * * * *
22458626 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTCATTCTTTTTAAACCTCT
319 ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTTGTTCAATAAATAGATTCA-T-TTTTTAAATCTCT
* * * * *
22458691 TACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT--AATGATATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGA
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* * * *
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* * * *
22458819 ATAGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGT
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* *
22458848 AAATATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AAATATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
22458913 TAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGAGTCATGACAAAATAAAAAGTCTTAAAGAT
65 TATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGAGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGAT
* * * *
22458978 TTGAAATA-ACTAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATT-TTTT
130 TTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTATTTT
22459041 TAAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATT-TGAAATA
194 T-AAATCTTTTACTTATTAAT-T-T-TGAAATATTAATAAATTTAT-T-ATTTTATTCT-AAATA
* * ** * * **
22459103 AGCTTTTATGAATAGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTTAAAATAGA
252 AGCTTTTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAATAGA
*
22459168 TAATTGTTTAAATAGTCATAATT-TATTATACTTGTTCAATAAATAGATTCA-TTTTTAAATCTC
317 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT-TTA-ACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTC
* * ** *
22459231 TTACTTATTGATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTACATTATT-CAAATAAGCTTATACGAA
380 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA
* * * * * *
22459295 TAGGAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
445 T-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * *
22459360 AGTCATAACTATTTGCACTAG-TCAGGGC
509 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTC--GGT
* * * *
22459388 CAATAGT-TTCATTCTTTAAAT-TTGTTACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTA
1 AAATA-TATTTATT-TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * ** * * *
22459451 CTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAA-TAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAGATGGTCGTAA
62 TTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGAGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
22459514 TGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATGGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTA
126 AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAA-TTA
* * *
22459579 TTTTTAAAT-TTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTAAAC
190 TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAA-T-TTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * *
22459643 AAACTTATATGAACA-AAAACATTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGA-TCTGAAATAG
251 AAGCTTTTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAATAG
* * * * * * *
22459706 ATAATTATTCAAATAATCATAGTTGTTTGAACTAGTTAGGCAA-ACATA-ATT-GTTTTTTAAAT
316 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTTGTT---CAATAAATAGATTCATTTTTTAAAT
* * ** ** *
22459768 CTCTTACTTATTAAGTCTT-GAAATATTAATAAAGTT-GTTTTATTTTATTCTGAATATGC-TAC
377 CTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-
* * * * * * * *
22459830 TAAGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-AAAAATGT
439 TATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* ** * ** *
22459894 TCATATACCCTTAACTATTTAAACTACTTCAGT
503 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGT
* * ** * * * **
22459927 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATT
1 AAATATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * ** * * *
22459992 TTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACA-
64 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGAGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AG
* * * * *
22460056 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTCAACTGGTTCA-ATAAACAAATTAAC
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT-A-
* * *
22460120 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAAG
190 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTA-ATAAATT--TATTATTTTATTCTAAAT
** * ** * * * * *
22460184 GGGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGTTCATAATGA-TTTGAAATA
251 AAGCTTTTATGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAATA
* * ** ** *
22460247 GATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATC
315 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTTGTTCAATAAA-TAGATTCATTTTTTAAATC
* * * * * * * * **
22460311 TCTAACTTATCAATTATT-GAAATATTAATAAAGTA-ATACTATTTAATTTTGACTAA-AATTTT
378 TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTT--TATT-CCAAATAAGCTT
* * * * * ** * * *
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* * * **
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * **** * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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** * * *
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*** * **** * ** * *
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* *
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* ** ** **** *
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* * * * ** ***
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* ** * **
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*
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** * * * * * * *
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* *** *
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*** * * * * ** * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * * * * * * **
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66 T-ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTA
* * * * * * * *
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* * ** * * **
22466171 ATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATCATTT-TGGTTCAAATGAGCTTA-TTCGAAATAAAA
1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* ** * * * *
22466233 TAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAA
63 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
** * * * * * * * *
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127 TAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
22466351 ATAACCTTTTGTTTAT-TTATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAA
1 ATGACCTTTTATTT-TGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* * * *
22466415 TAATA-TAAAGTTATTAATATT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTT
63 TAATACT-AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** ** * * *
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* * * * * * *
22466534 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATATGTTTATACAAGCTTA-TTCAGATTTAAAA-
1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-A-ATAAAAT
* *
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** * * * * * * *
22466661 CGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATT
127 TAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
22466715 GTGACTTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * **
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65 ATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTA
* * * * * *
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129 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
22466896 ATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAAAA
1 ATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * *
22466960 ATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT-AAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTT
65 ATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATT
* * * *
22467023 GAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTT
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* * * * * ** **
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1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * ***
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* * ** * ** ** * * *
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* * * * * * * ** *
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1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* *** * *
22467322 TACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTATC
66 TACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATT
* * * ** * ** **
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** ** * ** * * **
22467440 ATGATATTTTGCTTTATCATAAAATGACTGTTTCTATTAATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATA
1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATA
*** * * *
22467504 ATACTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAATAAG----AGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCG
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* * * * * *
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128 AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
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1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA-ATAAAAT
* * * * **
22467679 ATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTAC
64 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-
** * * *
22467743 CGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
126 TTAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
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1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
* * * * * *
22467860 AATAGTAATTTATTAACT-TTCAAAAAAATAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTT
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* * * *
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* * *
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1 ATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* * * * * *
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63 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTA
* * * * * *
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126 TTAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
22468161 ATGATCTTTT-TTTTCTCATAAAATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAATA
1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATA
* * * * * * * ***
22468224 ATATTAATTTAATAATATTCCAACAA-T--T-AGTGAAAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * ** * * * * *
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128 AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
22468699 ATTACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTA-TTCAAA-ATAAAT
1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATA-AAAT
* ** * * * * **
22468760 AATATTAATTTACAAATATTTCAAAATTTAATAAG---AGGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
64 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATT
* * *
22468822 AAACCAA-ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
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* * * * * * * * *
22468875 ATAACATTTTATTCTATAAT-AAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * * * * ** * *
22468939 TACTAATTTAGTCATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGA
66 TACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TA
* * * * ** * * * **
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* * * ** * ***
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1 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATA-AAA
* * * * * *
22469120 TAGA-AATAATTTATTAATATTTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTT
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* * * *
22469180 ACTGAACCCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
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22469237 ATGAC
1 ATGAC
22469242 ACCAGAAGTG
Statistics
Matches: 5202, Mismatches: 1310, Indels: 880
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 43 0.01
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188 6 0.00
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22462099 TAAAATCATA
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* * * * ** * *
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* * * * * ** *
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* ** * * * * *
22462472 ATAATTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * * * *
22462537 TACTAATCTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAA-AAAT-TAGTTTGCC
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * ** *
22462660 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAATAATATTAAAT
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* * * *** *
22462724 TATTAATATTTTAAAAATT-ATTA--AGAGA-TTT-AAAATATATATGTTTACCAAACCAGTTCA
253 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCA
* * * * * *
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318 AATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTT
* * * * * * * * * *
22462826 ATAACCAATAT-TTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* ** * ** *
22462890 ATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATATATTGGCCT
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* * * * * *
22462955 GACCAGTGCAAACAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT
128 AACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT
* * * * **
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* *
22463084 AATATT-TAAAAAATTAATAAGTACGAGA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTACAA
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* * * * *
22463147 ATAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCT
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* * *
22463188 AT-AGCCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATA
1 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * * * ***
22463251 ATACAAATTTATTAATATTCAGACAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTATTG
65 ATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCA
* * * * * * * * *
22463316 AATAAATTCAAAAAATTGTGATTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
128 AACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT
* * * * *
22463381 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTA
193 TTATCAAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * * * *
22463446 ACATTTTGATAATTAATAAGTAATAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGTTTAAATA
258 ATATTCTAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATA
*
22463511 GTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
322 GTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * *
22463549 ATGACCTTTTGAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATAT-TAGCTCATATAGGCTTATTTGA
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* * * *
22463613 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
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* * * * * * *
22463678 TATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTGTATAAACAATTTTTTATTCCAAATCGTTATGA
119 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * *
22463743 TATTTTGTTTTGT-AATAAAATAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
184 CCTTTTATTTTATCAA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* * *
22463806 TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAGC
247 TTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAT-TGAAC
* * **
22463869 ACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATT
311 AAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* *
22463918 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCGTA-TTCAAA-ATAAATA
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* *
22463981 ATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
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** ** * * * *
22464046 ACAAGTTCAAATAGCTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAATCTTTTATT
129 ACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATT
** * * * * * * *
22464110 TTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCTTGCAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
193 TTATCAAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * * *
22464175 CTATTCTAAAAATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTATTAAACAAGTTCAAATA
258 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAG-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATA
** * * * *
22464240 GTCATGTCCATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
322 GTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * ** ** *
22464278 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATGTAAAATTA-TTCAAAAAAAATAA
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* ** * * * * * * * **
22464342 TGCTAATTTATTAATATTTTAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTACATCTGTTTATCGATG
66 TACTAATTTATTAATATTCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC
* * * * * * * *
22464404 TAGTTTAAATAATTATTAA-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGA--TATTTAATT
131 AAGTTCAAATAATTA-TAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTATTT
* * * * * * * *
22464466 TATCATAAAACAAATGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
194 TATCAAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * * ** * *
22464531 TATTCCAAAAATTAAT-A--AGAGCTTTGAAAAATAAATGTATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGT
259 TATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGT
* * ** *
22464593 TAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
324 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * *
22464629 -TCGACATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTA-TTAAGAATAAAA
1 AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAA
* * * * * *
22464691 TAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
63 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC
* * * * *
22464756 CAAACAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTT
126 CAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * * * * * ** * *
22464819 GTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTT
190 ATTTTATCAAAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
22464883 ATTAATATT-TCAAAAATTAATA
254 ATTAATATTCT-AAAAATTAATA
22464905 GTTAAGACTA
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ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC
AAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTA
TCAAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
TTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
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Period size: 133 Copynumber: 2.0 Consensus size: 133
22464758 AACAAGTTCA
* * * * *
22464768 AATAGTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAA
1 AATAGTTAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAGTCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
* * * * * *
22464833 TAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAA
66 TAATTGTCTCAGTTCATAAAAACTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAA
22464898 ATT
131 ATT
* * * *
22464901 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTCTAACCTTTT-TTTAGTCCTAT
1 AATAGTTAA-ACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * *
22464964 AATAATTGTCTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCA
64 AATAATTGTCTCAGTTCATAAAAACTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCA
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128 AAAATT
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Statistics
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AATAGTTAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAGTCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
TAATTGTCTCAGTTCATAAAAACTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAA
ATT
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22464577 AACTAGTTCA
*
22464587 AATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTCGACATTTTGTTTAGTAATAAA
1 AATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTCAACATTTTGTTTAGTAATAAA
* * *
22464652 ATAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAA
66 ATAATTATCTCAATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
* *
22464717 AATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTAACTAT
131 AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-----AAGTTCAAAAAGTTTAACTAT
* * * * * *
22464782 TTGAATAATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCATTT
191 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
*** *
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256 CATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * ** *
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1 AATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTC-AACATTTTGTTTAGTAATAA
* * * * *
22464964 AATAATTGTCTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAA
65 AATAATTATCTCAATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAA
* ** * * * *
22465029 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGGTAAATTTGTTTAT-TG-TCAAAAAGTTATGACTATTT
130 AAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATAAGTTCAAAAAGTT-TAACTATTT
* *
22465092 GAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAGTTC
193 GAACAATTATCT-ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* * *
22465156 ATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTT
257 ATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
22465209 AATA
1 AATA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (309 bp):
AATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTCAACATTTTGTTTAGTAATAAA
ATAATTATCTCAATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAAGTTCAAAAAGTTTAACTATTTGAA
CAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA
AAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
Found at i:22465401 original size:20 final size:20
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Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
22465366 TAATTTACTA
* *
22465376 ATATTTCAAAAATTAATAGG
1 ATATTTAAAAAATAAATAGG
22465396 ATATTTAAAAAATAAATA
1 ATATTTAAAAAATAAATA
22465414 TGTTTATTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATATTTAAAAAATAAATAGG
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Indices: 22464904--22465826 Score: 870
Period size: 358 Copynumber: 2.6 Consensus size: 355
22464894 AAAAATTAAT
* * * * * *
22464904 AGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTT-TTTAGTCCTATAATA
1 AGTTAAGACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
22464968 ATTGTCTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAA
65 ATTAT-TCA-ATCATACAAGCTTATTCGA-AATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
** *
22465032 TTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGGTAAATTTGTTTATTG--TCA----AAA-AGTTATGACTAT
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* * * * * **
22465090 TTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAGT
187 TTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTTAGT
* * *
22465154 TCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAAGTAAA
251 TCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAA
* * *
22465219 AAATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAATAAGTTCAAAT
316 AAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACAAGTTCAAAC
* * * * * * * *
22465259 AATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
1 AGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
22465324 ATTGTTTTTCAA-CATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAA
65 A---TTATTCAATCATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
*
22465388 TTAATAGGATATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
127 TTAATAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* **
22465453 CAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
192 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA
* **** * * * *
22465517 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAA-TTAAT-AGCTAAGAGA
256 AAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-TCAAAAGTTAATAAG-TAAAAAA
* *
22465580 TTTAAAAAATAAATCCA-TTTGCTGAACCAA-TTCAAGC
319 TTTAAAAAATAAAT-CAGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAC
* * *
22465617 AGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
1 AGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
22465682 ATTATTGCAACTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT
65 ATTATT-CAA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * * * *
22465747 TTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAC
128 TAATAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
*
22465812 AATTATCTCTTTCAA
193 AATTATCTATTTCAA
22465827 TTAATTAATT
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 89, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (355 bp):
AGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTATTCAATCATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
TTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAA
AATAAATCAGTTTACTGAACAAGTTCAAAC
Found at i:22465860 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22465838--22465870 Score: 66
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22465828 TAATTAATTA
22465838 TTTTTATTTTGTCATAC
1 TTTTTATTTTGTCATAC
22465855 TTTTTATTTTGTCATA
1 TTTTTATTTTGTCATA
22465871 AAACAATTGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
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Consensus pattern (17 bp):
TTTTTATTTTGTCATAC
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Indices: 22465948--22469241 Score: 2280
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22465938 AACTAGTAAA
* ** * * * *
22465948 AAAT-GTTATGACTATTTGAGA-AATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTGTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
22466011 AAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGGATTAAATTAATAAC-AATTTATTAACATTT
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
22466074 CAACAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATC
129 CAAAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * *
22466128 AAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * ** *
22466192 AACAAATCATTTTGGTTCAAATGAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTT
66 AAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * * * * * * *
22466256 GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAACAAATTT
129 CAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * *** * *
22466309 AAATAATTATGATTATTT-AACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAT-TTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATA
* * * * * *
22466372 AAATGATTTTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTC--AAATAAAATAATA-TAAAGTTATTAATA
65 AAA-CAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * *
22466434 -TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
126 TTTCAA-A-AA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
** * ** *
22466491 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
22466555 AAACAATTGTATATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
22466619 AACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
130 AA-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * * *
22466672 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTTTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
22466737 AACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCT
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * * * *
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130 AAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * *
22466853 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * *
22466917 AAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-G-AATAAAAAAATA-TAAATTTATTAATATT
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* * * **** *
22466979 TCAAAAATTAATAAAT-AAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
128 TCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * ** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * ** *
22467098 ACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT-TGGAATAAAACGATACTAATTTATTAAAATTTCA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
22467162 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTT
131 AAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* ** ** * * * *
22467214 GAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * ** * *
22467279 AATAATTATTTCTATTCTTGCAATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCT
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
*** * * * *
22467342 AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTATCGAACAAGTTT
130 AAAAA-TAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * ** * ** * *
22467397 AAATAGTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATTATTATGATATTTTGCTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * ** **
22467462 AATGACTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
22467526 TAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAAG-TC
131 AAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTC
* * * * *
22467574 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * *
22467638 AACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AGGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TC
** *
22467702 AAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAA-TTC
130 AAAAATAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTC
* * * * * *
22467754 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
22467819 AACAATTATTTTAGTTCATACAAGATCATTCA-AAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTCA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * *
22467882 AAAAAATAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC
130 -AAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * *
22467937 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCT
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * *
22468000 TAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAATCTTATTCA-AAATAAAATAATACTACTTTATTAACAT
63 TAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * **** *
22468063 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAGTTC
127 TTCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
22468118 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * *
22468182 AATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTC--AAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCC
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
22468245 AACAAT--T-AGTGAAAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTC
130 AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * * * *
22468294 AAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
22468359 AATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
22468422 AAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
131 AAAA-TAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * **
22468475 AAAGAGTTATTACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * *
22468540 AACAATTATTTTAGTTCACAGAAGCTTATTCA-AAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTTG
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTC
** * * * *
22468604 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAAAGAAGTTC
130 AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * ** * *
22468656 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
*** * **
22468720 AACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCA-AAAT-AAATAATATTAATTTACAAATATTTC-
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
22468782 AAAAT-TTAA-TAAGAGGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-ATC
131 AAAATAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTC
** * * * * * *
22468832 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
22468896 AATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAGTCATATTCTG
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TC
* * * ** * * *
22468960 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTC
130 AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAACAAGTTC
* * ** * * * * *
22469012 AAACAATTATGACTATACGAATAATTATTTTATCTCAAAT-ATTTATGACATTTTGTTTTATCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** ** * *** *
22469076 AAAACAATTACTTCAGCTCATACAAGCTTATTTC-GAAATAGTGTTAGA-AATAATTTATTAATA
64 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAAATA-AAATA-ATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
22469139 TTTTCAAAAAT--TTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCCAA-TTC
126 -TTTCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAA-ACAAGTTC
* *
22469194 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
22469242 ACCAGAAGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
Found at i:22467004 original size:15 final size:15
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22466976 ATTTCAAAAA
*
22466986 TTAATAAATAAATAT
1 TTAAAAAATAAATAT
22467001 TTAAAAAATAAATAT
1 TTAAAAAATAAATAT
22467016 GTTTTTTGAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
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TTAAAAAATAAATAT
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22465938 AACTAGTAAA
* * * *
22465948 AAAT-GTTATGACTATTTGAGA-AATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTG-TTCTGTTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTC-GTCAT
* * * * * *
22466010 AAAACAA-TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATAAC-AATTTATTAACATT
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* * * * * ** * * *
22466073 TCAACAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCAT
127 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * **
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* * * ** * **
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257 TCT-ATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
22466267 ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAACAAATTT
320 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
* * * * * *
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* * **
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* * ** * *
22466500 TGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
191 TGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
22466563 GTATATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-T
255 GT-TCTATTCATACAAGCTTATTC-GA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATT
* * *
22466626 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
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* * * * * ** * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
* *
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* * * * * *
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129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
22466865 CTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTT
194 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTT
* *
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258 CTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *** *
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* * *
22467033 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
* * * ** *
22467098 ACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAACGATACTAATTTATTAAAATTTCAA
66 AACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** *
22467163 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTTGAATAGTTATGACC
131 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * **
22467228 CTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
196 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT
* * ** * * *
22467292 ATTCTTGCAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
260 ATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAAT
** * * * *
22467356 TGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTATCGAACAAGTTT
323 AAGAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
* * * ** * ** *
22467397 AAATAGTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATTATTATGATATTTTGCTTT-ATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTCGTCATA
** * * * * *
22467461 AAATGACTGTTTCTATTAATACAAA-ATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 AAACAATTATTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*** * * * * * *
22467524 TGTAAATTAATAAG----AGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAAG-TCAAATACTTAT
128 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
22467584 GACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCT
192 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT
* * * * * *
22467648 TTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAGGTAAAATATTACTAAATTAATAATA-TTCTAAAAAATAAT
257 TCTATTCATACAAGCTTATTCGAA--TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
22467711 AAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATGA-GTTTACCGAACCAA-TTC
319 AA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * ** * * * *
22467754 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
* * * ** * *
22467819 AACAATTATTT-TAGTTCATACAAGATCATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTCA
66 AACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * * *
22467882 AAAAAATAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-TATT
129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TA
* * * * *
22467946 TGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCTTAAAACAATT
191 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
22468010 GTTTC-ATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTA
254 GGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
** * *** *
22468074 ATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAGTTC
317 ATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * ** * *
22468118 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTTTTTTC-TCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
* * * * * * *
22468182 AATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCA
66 AACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
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130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * * *
22468307 TATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATT-GTTTT
195 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT
* * * **
22468371 AGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCA
260 A-TTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATA
* * * **
22468436 AGAAATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
324 AGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
22468475 AAAGAGTTATTACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
* * ** * * * * * **
22468540 AACAATTATTT-TAGTTCACAGAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTTG
66 AACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
22468604 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTAAAGAAGTTCAAATAATTATGG
130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * * * * *
22468668 CCATTTGAACAACTATCTGTTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTGTTTT
194 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTC
* * * **
22468732 TCA-ACATACAAGCTTATTC-AAAATAAATAATATTAATTTACAAATATTTC-AAAATT--T-AA
259 T-ATTCATACAAGCTTATTCGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA
* * * *
22468791 TAAGAGGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-ATC
322 TAAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * *
22468832 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTT-ATTC-T-ATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCAT-A
* * *
22468894 TAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTCATA-TTC
65 -AAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * *
22468958 TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTCAAACAATTAT
129 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * * * * *
22469022 GACTATACGAATAATTATTTTATCTCAAAT-ATTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTA
192 GACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *** *
22469086 CTTC-AGCTCATACAAGCTTATTTCGAAATAGTGTTAGA-AATAATTTATTAATATTTTCAAAAA
255 GTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCG-AATA-AAATA-ATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAA
* * * * *
22469149 TT--T--ATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCCAA-TTC
314 TTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA--CAAGTTC
* * **
22469194 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
22469242 ACCAGAAGTG
Statistics
Matches: 2328, Mismatches: 495, Indels: 219
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 56 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
AACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
TTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
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Indices: 22467408--22467441 Score: 61
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22467398 AATAGTCATG
22467408 TCTATTT-AAATTATTA
1 TCTATTTCAAATTATTA
22467424 TCTATTTCAAATTATTA
1 TCTATTTCAAATTATTA
22467441 T
1 T
22467442 GATATTTTGC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.41
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ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TCTATTTCAAATTATTA
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Indices: 22466143--22469241 Score: 2528
Period size: 721 Copynumber: 4.3 Consensus size: 715
22466133 GTCATGATTG
* * *
22466143 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAAT-CATTTTG
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGC-TTTTA
* ** * * * **
22466206 GTTCAAATGAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATT
65 GTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGA
* * * * * * *
22466270 AAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAACAAATTTAAATAATTATGATTATTT-AACAATT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTT-ACGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
22466334 ATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTATTTATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATAGAAG
192 ATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-CA-ATTATTTCTATTCATAGAAG
* * *
22466399 CTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAAGTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATC
255 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATT
* * *
22466460 TAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGATAATTTGAACAATTATTTATTT
316 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTATGACAATTTGAACAATTATTTATTT
* * * * * *
22466525 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATATGTT-TATACAAGCTTATTCAG
380 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCT-TACAATCTTATT-AG
** * *
22466589 ATTTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
443 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
22466652 TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGT
507 T-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
22466717 GACTTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAA
571 GA--TTTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* *
22466780 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATT-AATCTATTTATCG
632 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAG-ATT-TAAAATTAAATCTATTTATCG
* *
22466844 AA-CATGTTCAAATAGTTATGACTA
691 AACCAAGTTCAAATACTTATGACTA
* * * * * * * *
22466868 TCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTAG
* *
22466932 TTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAAAAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-A
66 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAAA-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGA
* ** *
22466994 TAA-ATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACA
129 -AAGAGATTTAAAAAATAAATA-G-TTTACGAACCA-ATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACA
* * * * *
22467056 ATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAA
189 ATTATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAGAA
*** **
22467121 GCTTATTTGGAATAAAACGATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
254 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * ** ** ** *
22467186 AAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTTGAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAA
319 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAA
* * * * * * * *
22467251 ATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCTTGCAATTTTATTTGAAATA
383 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAATCTTATTAGAAATA
* **
22467316 AAATAATACTAATTTATGAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCT
448 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAAT-T
* * * * * *
22467380 GTCTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATTATTATGAT
509 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * * * **
22467445 ATTTTGCTTTATCATAAAATGACTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTA
574 -TTTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
** *
22467510 ATTTATTAATATTTTGTAAATTAATAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAAG-TC
637 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAA-AATTAAATCTATTTATCGAACCAAGTTC
22467574 AAATACTTATGACTA
701 AAATACTTATGACTA
* *
22467589 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTT-G
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTAG
* * *
22467652 TTCATACAAGCTTA-TTC-AAGGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGA
66 TTCATACAAGCTTATTTCGAA--TAAAATAATACTAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGA
*
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129 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTTA-CGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * *
22467780 ATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGA
192 ATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAGAAGC
* * * * * * *
22467844 TCATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATT-AACTTTCAAAAAAATAATGAGCAAGAGATTTAAA
256 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA
* * *
22467908 TAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATATATTTGACTATTTGAACAATTATTTATTT-A
319 -AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAT-TATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * *
22467972 AAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAATCTTATTCA-
382 AA-TCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCTTACAATCTTATT-AG
* * * *
22468035 AAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAG
443 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* * * * * * * * *
22468099 TTGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG
507 TTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
22468164 ATCTTTTTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAATAATAT
572 AT-TTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATAC
* ** * * * * ** *
22468228 TAATTTAATAATATTCCAACAATTAGTGAA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACC-AG
635 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGAGA-TTTAAAATTAAATCTATTTATCGAACCAAG
*
22468291 TTCAAATAGC-TAAGACTA
698 TTCAAATA-CTTATGACTA
* * * * * * * *
22468309 TTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAAC-CTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTG-TTTTA
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTA
* * * *
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* * * * * * **
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* * * *
22468501 ATCGATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCACAGAAGC
192 ATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAGAAGC
* * * * ** ** * *
22468565 TTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
256 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
22468630 AATAAATC-AGTTTACTAAAGAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCATA
321 AATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * *
22468694 TTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCA-AAAT
384 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCTTACAATCTTATT-AGAAAT
* ** * *
22468756 -AAATAATATTAATTTACAAATATTTCAAAATTTAATAAG--AG-GTTTTAAAAAATAAATTTGT
447 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGT
* * * * * ** *
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511 TTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT--GA
* * * * * *
22468881 TTTTATTCTATAAT-AAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTA
573 TTTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * * * * * *
22468944 ATTTAGTCATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA
637 ATTTATTAATATT-TTAAAA--ATTAA-TAAGAGATTT-AAAATTAAATCTATTTATCGAACCAA
* *
22469009 -TTCAAACAATTATGACTA
697 GTTCAAATACTTATGACTA
** * * * *
22469027 TACGAATAATTATTTTATCTCAAAT-ATTTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTAC-TT
1 TTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCA-TTATGAC-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT
* * *** * * *
22469089 CAGCTCATACAAGCTTATTTCGAAATAGTGTTAGA-AATAATTTATTAATATTTTCAAAAATT--
63 TAGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATA-AAATA-ATACTAAATTATTAATATTCT-AAAAATTAA
* * * *
22469151 T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTA-TTTACTGAACCCAATTCAAATAATTATA-ACTATTT
124 TAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA--ATAGTTTAC-GAA-CCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTT
* **
22469212 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
184 GAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAC
22469242 ACCAGAAGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAA
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ATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAGAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATATTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAATCTTATTAGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATCGAACA
AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTTTTTTATCA
TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATTAAATCTATTTATCGAACCAAGTTCAAATACTTATGACTA
Found at i:22470215 original size:57 final size:57
Alignment explanation
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22470081 TTTTGTGTAG
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* * * * * **
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1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATCTTTTTT-GAAAATTTATTTTTAA
* * * *
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1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATCTTTTTTGAAAATTTATTTTTAA
* * * * * **
22470259 GAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTGGAAACTTTAATTTCGA
1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAT-CTTTTTT-GAAAATTTATTTTTAA
* *
22470318 GGGAAATTGATACTTTCAAC-TTTCCTCAAAAACCTTTTTTGAAAATTTATTTTTAA
1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATCTTTTTTGAAAATTTATTTTTAA
*
22470374 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAACCTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAA
1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATC-TTTTTTGAAAATTTATTTTTAA
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1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATC----TTTTTTGAAAATTTATTTTTAA
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1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATCTTTTTTGAAAATTTATTTT
22470546 ATTTTATNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (57 bp):
GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATCTTTTTTGAAAATTTATTTTTAA
Found at i:22472268 original size:181 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 12.2 Consensus size: 182
22471544 NNNNNNNNNT
* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * *** * * *
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* * * ** ** *
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130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAA-TAAAAAC
* * * ** * ** *
22471908 AATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGA-TTGAAATA-A-AAATGTTCATAAT-CCCTT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCAT
* ** * * * *
22471969 AACTATTTAAACTACTTC-AGTAAAC-AATTTATTTTTTTAAAATCTCATAGTTATT-A--TTTC
65 AACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * *
22472029 ATAATA-TATTGCATTAGTATTA-TTTATTT-GAAT-AACTTGTATGAACAGAAAT
128 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
* * * * * *
22472081 AATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
22472146 ACTATTTCAACTGGTTCAAATAAACAAATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
66 ACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* ****
22472211 TATTAA-AAATTAATATTATTTTATTTCGAAGGGGCTTGTATG-ATGAAAAAC
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-AAAAAC
** * *
22472262 AATTGTTTTA--ACGATAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCC
1 AATTGTTTTATGAC-A-AAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** ** * * * *
22472324 ATAATTATTTGAACTAATT-TGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATTG
63 ATAACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * * *
22472388 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGACTAAAATTTTAT-ACT-GAAAT
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
* * * * * * *
22472441 AGTTGTTTTATGATAAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCGAACAGTCAT
1 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
22472506 AACTATTAGAACTTATT-TAGT-AA-ATA-TT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAA
65 AACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
22472566 ATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAAT-AAGTATGTATGCACT-AAAAC
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACT-TGTATG-AATAAAAAC
* * * * * ** * * *
22472619 AATTATTTT-TTACTAAACAAAA--TCAAAACAATTTGGAATAGATAA-TCATCTAACAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
22472680 ACTATTT-AAATGGTTCAAA-AAATACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTAAAA
66 ACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
22472737 TAGTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTCTAA-ATAATTTGTACGAATAGAAAA-
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AACTTGTATGAATA-AAAAC
* * ** *
22472788 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATTA-ATAACAGTTCAAAT-G-GAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-
* * * *
22472850 TGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-A
64 TAACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
22472913 GAATAATAATTAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAT
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
* * * * * * * *
22472968 AACTATTTTATGACAAAATAAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
22473033 AACTATTTGAACTTGCTC-AGTAAACAGATTTATTATTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAT-A
65 AACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGA
* * * * *
22473096 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
* * *
22473150 AATTAG-TTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAT
1 AATT-GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
22473214 AACTATTTAAACTTGTTCAGA-AAACATAGTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAA-TTTTGGA
65 AACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
22473276 ATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACC
130 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
* * *** * * *
22473329 AATTATTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* **** * * * * * *
22473393 AACTAATTGAACTTGTT-TGGCAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTT-A
65 AACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
22473456 GTATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAAC
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAAC
* * ** * * *
22473511 AATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * * * *
22473575 ATTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACATA-TT-CTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAA-TTGTAAAA
66 ACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
22473636 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
* * *
22473689 AATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTT
22473726 TGTTGGCAAA
Statistics
Matches: 1563, Mismatches: 332, Indels: 200
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (182 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC
Found at i:22473059 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22471554--22473725 Score: 1392
Period size: 179 Copynumber: 12.2 Consensus size: 181
22471544 NNNNNNNNNT
* ** * * * * * *
22471554 AATTGTTTTATGACAAAAC-AATGGTCGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
22471618 ACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACA-ATTTA-TTTTT-AAT-TTCTTACTTCTTAATTTTCA-AA
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* * * * *
22471678 TATT--TAATATTAATA-TATTTTTATTCTAAACAA-CTTATAATGAACAAAAAC
130 TATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATGAACAGAAAC
* * * * * * *
22471729 ATTTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCATAATGATCTGAAATAGATAATTATTC-AATAATCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * * * * * * *
22471793 GTTGTTTGAACTAGTT-AGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTCTT-GAA
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* * ** * ** *
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130 TAT-TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAC
* * * * * * * ** *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCAT
* ** ** * * *
22471969 AACTATTTAAACTACTTCAGTAAACA-ATTTATTTTTTTAAAATCTCATAGTTATT-A-TTTCAT
65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* ** ** *
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* * * * * * * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
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* * * *** ** *
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* * * * *
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1 AATTATTTTATGAC-A-AAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
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63 ATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * *** * ** * * *
22472386 T-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGACTAAAATTTTAT--ACTGAAAT
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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127 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAAC-AGAAAC
* * * * * * * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * *
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* * * * * * *
22472738 AGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTGTACGAATAGAAAA
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTA-TTCAAATAGTCA
* * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
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* ** * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * * * * * * *
22473394 ACTAATTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTA
66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
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* * * * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* ** ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ***
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * *** * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * ** * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
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* * * *
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194 CAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT
* * * *
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* *
22473292 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACC
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* * * * * * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATA
* ** * * * *
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* * * * * *
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128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTAT
* * * * * *
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192 GACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC
* * * * * *
22473586 TTGTTCGGTAAACATATT-CTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTAAAATATTAATAAATTAA
257 TTGTTCAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTTA
*
22473650 TATTATTTTAATCCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
322 TATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * *
22473689 AATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
22473726 TGTTGGCAAA
Statistics
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AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATA
ACTAATTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTCATTATTTAAATATTTCACTCATTAATTTTTAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACA
AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGT
TCAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTTATATT
ATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAC
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*
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*
22473975 AATTATCTATTTCAAATTGTTACGA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTACGA
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AATTATCTATTTCAAATCGTTACGAAC
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* *
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TTATCTATTTCAAATAA
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* *
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Statistics
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* * * *** * *
22474179 ATAAAACAATTA-TTCCAGTACATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATAT
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** * * * * * * ** * * **
22474304 TGGCCATCTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTAC
127 TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
** ** * * *** * *
22474369 TTTTCATCATTTAAACCTATTTGGAATAAAAGTAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAAT
192 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT
* * ** * * * *
22474434 GAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAC
255 AAGTA-GAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* *** *
22474499 AATTATATATTTCAAATTGTTATA-ATTTTTTGTTTTATC
318 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAGACCATTTGTTTTGTC
* * * * * *
22474538 ATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
1 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
22474603 ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAGT-AGTA-
66 -T-AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTAT
* ** * * * *
22474664 AAGGCTATATGAATGACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
128 AA--CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
22474729 TTTTGGTTCATATAAGTTTGTTC-GAATAAAATAATATTAAATTATTAATATTTTAAAAATT-AT
191 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAAT
* * *** * * * *
22474792 TA--AGAGATTT-AAAATATATATGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAA
255 AAGTAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* * * *
22474854 TTATTTATTTTC-AATCGTTATA-ACCAATAT-TTTTGTT
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* * * * * * *
22474891 ATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** ** ** * * *
22474956 CTAAAAACTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATATATTGGCCTGACCAGTGCAAACAATTAT
66 -TAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
* ** * * *
22475021 AACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTAATAAAAAAACAATCGTT
128 AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * **
22475086 TTTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAGCATAAT-TCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
193 TTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * *
22475150 AGTACGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTACAAATAGTTATGATTATTTGAACA
256 AGTA-GAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* *
22475215 ATTACCTATTTCAAATTGCTATAG-CC-TTT-TTTTGTC
319 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAGACCATTTGTTTTGTC
* * * *
22475251 AT-AAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *** * * * *
22475315 TAGACAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTATTGAATAAATTCAAAAAATTGT
66 TA-AAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-TATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * *
22475380 GATTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTGTGTCATAAAACAATTGTT
128 AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
22475445 TTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAA
193 TTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
* * * * * *
22475510 GTAATAGATTTTAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAAT
257 GT-AGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
*
22475575 TATCTATTTCAAATTGTTAT-GACCTTTTGAACCTTTTGTTTCATC
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* * * * * *
22475620 ATAAAACAATTATAT-TAGCTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
22475684 TTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTA
65 TT-AAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA
* * * * * ** * * * *
22475749 TAACTGTATAAACAATTTTTTATTCCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGC
127 TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
22475814 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
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* * *
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** *
22475941 AATTATCTATTTCAAATAATTAT-GACCTTTTGTTTTGTC
318 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAGACCATTTGTTTTGTC
* * *
22475980 ATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCGTA-TTCAAA-ATAAATAATACTAGTTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
22476043 TCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTAT
65 T-TAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
** * * * * * * *
22476108 GCCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTTATTTTATCGTAAAACAATTATT
128 AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
22476173 TCTATTCTTGCAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAG
193 TTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
* * * ** * * *
22476238 GTAGAAGATTTAAAAA-AAAAATTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATATAAACAA
257 GTAG-AGATTTAAAAATAAATA-TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* *
22476302 TTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTC
320 TTATCTATTTCAAATTGTTATAGACCATTTGTTTTGTC
* * * ** * *
22476339 ATAAAAAAAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAAAAAATAATGCTAATTTATTAATAT
1 AT-AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *** *
22476403 TTTAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTACATCTGTTTATCGATGTAGTTTAAATAATTATT
65 TTAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-ATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA-T
* * * * * *
22476465 AA-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGA--TATTTAATTTATCATAAAACAAATGT
128 AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
22476527 TTCTT-TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT
192 TT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT
* * * ** * * ** *
22476591 -A--AGAGCTTTGAAAAATAAATGTATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAAAAT
255 AAGTAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAAC
* * *
22476652 AATTATCTATTTCAAATTGTT-TCGA-CATTTTGTTTAGTA
318 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAGACCA-TTTGTTTTGTC
* * * *
22476691 ATAAAATAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTA-TTAAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACA
1 ATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
22476754 TTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
64 TT-TAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATT
* * * * *
22476819 -TAACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT
126 ATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * *
22476882 GTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA
190 GTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA
22476946 ATA
253 ATA
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Statistics
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Consensus pattern (357 bp):
ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAAC
TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAG
AGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATTGTTATAGACCATTTGTTTTGTC
Found at i:22476977 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22474161--22476948 Score: 1955
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22474151 TAAAATCATA
* * * * * * * ***
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* * * * **
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* * * ** * * * * *
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** * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * **
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* * ** *
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* * * * * *
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * * *
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65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * ***
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** * * * * *
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* ** * * * * * ** **
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * **
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* * * * * *
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* * * *
22475235 AT-AGCC-TTT-TTTTGTCAT-AAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATA
1 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * * * *
22475296 ATACAAATTTATTAATATTT-AGACAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTATT
65 ATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * * * * * * * *
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127 AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
22475413 ATGACCTTTTATTGTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATA
* * ** * * * * **
22475477 ATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAATAGATTT-TAAAATAAATATGTTTATTG
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
* * * * *
22475541 ACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
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1 ATGACCTTTTG----TTTTG-----TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * *
22475657 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * *
22475848 TA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTG
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* * **
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128 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * **
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* * *
22476026 TACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
66 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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65 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* ** * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
22476385 ATGCTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAACTACATCTGTTTATCGAT
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
** * * *
22476447 GTAGTTTAAATAATTATTAA-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTT
130 CAAGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * * *
22476497 GTGA--TATTTAATTTATCATAAAACAAATGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAAT
1 ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * * *
22476559 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AGCTTTGAAAAATAAATGTATTT-GCTA
64 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-A
* ** * *
22476621 AACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
22476673 -TCGACATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTA-TTAAGAATAAAA
1 AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * *
22476735 TAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
63 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--TAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
*
22476799 TCAAACAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTT
125 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTT
* * * *
22476853 ATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
*
22476917 ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
22476949 GTTAAGACTA
Statistics
Matches: 2058, Mismatches: 448, Indels: 207
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.00
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176 126 0.06
177 121 0.06
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184 4 0.00
186 5 0.00
188 1 0.00
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190 70 0.03
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Consensus pattern (179 bp):
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
Found at i:22477050 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 22476812--22477081 Score: 330
Period size: 133 Copynumber: 2.0 Consensus size: 133
22476802 AACAAGTTCA
* * * * *
22476812 AATAGTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAA
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* * * * * *
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22476942 ATT
131 ATT
* * * *
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1 AATAGTTAA-ACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * *
22477008 AATAATTGTCTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCA
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TAATTGTCTCAGTTCATAAAAACTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAA
ATT
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*
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* * *
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* *
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* * * * * *
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*** *
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* * ** *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** ** *
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* * ** * *
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**** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** *
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* * * * * **
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* * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* **
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* **** * * * *
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* *
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* * *
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* * *
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65 ATTATT-CAA-TCATACAAGCTTATTCGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * * * * *
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*
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193 AATTATCTATTTCAA
22477871 TTAATTAATT
Statistics
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TAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
TTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAA
AATAAATTAGTTTACTGAACAAGTTCAAAC
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1 TTTTTATTTTGTCATA
22477915 AAACAATTGT
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* ** *
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130 AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTC
* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * **** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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*** * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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** ** * *** *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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* * *
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* *
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* * * *
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*
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* * * * * * *
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*** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * * * ** **
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* * * * * *
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* * ** * **
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* * * **
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* * ** * * **
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
22480413 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAAAT
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* * ** * * *
22480478 TTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATCGA
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
22480671 ATCAGTTTA-CTAAAGAAGTTCAAATAA
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* * * * * * *
22480698 TTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAAT
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* * *
22480762 TGTTTT-TCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACA-AATATTTCAAAATT
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* ** * * *
22480825 TAATAAG---AGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAATCAAATAGTTATGACTATTTG
128 TAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAG
* ** * * * *
22480887 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTA-TAATAAAATAATTATTTCTA-TTC
193 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATT-TAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTC
* * * *
22480950 ATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAG
256 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
** ** * * * *** * *
22481015 ATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAA-TTCAAACAATTATGACTATACGAATAATTATTT
321 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCT
* * ** *
22481079 ATCTCAAATTTTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTACTTC-AGCTCATACAAGCTTAT
385 ATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* *** * * * * *
22481143 TCGAAATAGTGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATT
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* * *
22481207 TTATTTA-CTGAACCAA-TTCAAATAA
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* **
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Consensus pattern (534 bp):
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TGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAGATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
TAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAAT
AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCA
AATTGTTATGACTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
ACAAGTTCAAATAC
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22477982 AACTAGTAAA
* ** * * *
22477992 AAAT-GTTATGACTATTTGAGA-AATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTA-TTAT
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* ** * * *
22478054 AAAACAA-TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATAAC-AATTTATTAACA-T
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* * * * * ** * * * *
22478116 TTCAACAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTA-C-AAACTAGATCAAATAGTC
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* *
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** * ** * *
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** * * * * *
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* * * *** * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *** *
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* * ** * *
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* * * ** ** * **
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* * * * * ** *
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** ** * * *
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* * * ** * * **
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* * * *
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* * * ** * **
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** * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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**
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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130 --AAAAT--TAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTATCGAAACAAGTTCAAATACT-T
* * * * * * *
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* * * *
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* * * *** * *
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* * * * * **
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * ** *
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* *
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317 GAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTC
** * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATA
* * * * *
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* * * * * *
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** * * ** * *
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* * * * *
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* *
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* ** * * **
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* * *
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*
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*
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* * *
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22482748 ATTTTATTTA
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* * * *
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* *
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* *
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* ** * * **
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* *
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* * *
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62 AAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTA
22482744 TTTTATTTTA
Statistics
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*
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* * *
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* *
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1 AAAAT AAAAT AAA
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**
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* *
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22482846 AGATAAAAGA
Statistics
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Statistics
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*
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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** * *
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* *
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*
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*
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* * *
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* * * *
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22497441 TTAATTAATT
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AAAAT
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*
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*
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1 AAA-ATAAAAAAATA
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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*
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* *
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1 AT
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*
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* * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * *
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*
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* * ** * ** * *
22500080 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAGTTAGCCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAA-TTATT
* * *
22500145 TTTTAAATCTTTTAAC-TATTAATTGTCTT--AGTATTAATAAAGT-A-TATTATTTTATTCAAA
65 TTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATTATT-TTTTATTC-AA
* ** * * *
22500205 ATAAACTTGTATGAATAGAAAA-AATCT-TTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAA
125 ATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC--AAGATAAT-G--ATTTGAAA
* * * * * *
22500268 TAGATAATTGTTCAAATACTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCATTTTTTAAAT
183 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * ** *
22500333 CTCTTAATTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCAAACT-AGCTAAT
247 CTCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTAT
* * * * * * *
22500396 ATGAACTAAAATAATT-TTTTATGATAAAATAAAAGGTCTTAACA
309 GTGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** * * *
22500440 ATTTTCAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTGTTCA-ATAAACATATT-T
1 A-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTAT
* * * * * * *
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64 TTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA--ATTATTTTTTATTC-AA
* * * * ** * *
22500566 ATAAGCTTTTA-CAAGCAGAAATTATTGTTTTGTAATATAACAAAA-AATCATAA-GAATTTGAA
125 ATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTG--TT-T--TATGACAAAACAA-GATAATG-ATTTGAA
* * * * * **
22500628 ATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTGGTTTGATAAACGGATTTATTTTTTTAA
182 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAA
* * * *
22500693 A--TC-TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATG
245 ATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATG
* *
22500755 TGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCG
310 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * *
22500799 ATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACA-AATTATT
*
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65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AA-TTATTTTTTATT-CAAAT
* * *
22500929 AAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAAATGTTTTATGACAAAACAA-A-AATGATTTGAAATAGATAA
127 AAGCTTGTATGAA-T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * ** *
22500992 TTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATACTTTAAATCTCTTAA
190 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-C
* * * * * *
22501057 TTATTAA-TTTTAAGAATAGTT--TCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAC
253 TTATTAATTTTTGA-AATA-TTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGTGAAC
* * * * *
22501119 ATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
315 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * * * *
22501158 ATTTGAAGT-GTACAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAA-AAA--AAT
1 ATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTATT
* * * * *
22501219 TTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATT-ACTATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTATT-TTTTA-TTCAAATA
* * * ** * *
22501283 AACATATATG-ATAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGA
128 AGCTTGTATGAATAAAAA-CAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAA-G--ATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * ** *
22501347 TAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAACTGAATCGATAAATAGATTCACCTTTTAAATCGC
187 TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
22501411 -TC--ATTAA-TTTTCAACATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAA
250 TTCTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGTGAA
*** **
22501472 TTCAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-
314 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** * * * * *
22501511 ATTTTAAGTAGACAATTGCTCAAA-AGGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATT-TA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTATT
* ** * * **
22501574 TTTTAAAACTCTTGGTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT-TT-GGAT
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA--ATTATTTT-TTATTCAAAT
* ** * *
22501637 AAGCTTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATA
127 AAGC-TTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AA-G--ATAATGATTTGAAATA
* * * *
22501701 AATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATC
185 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATC
* *
22501766 AT-TTCCTTACTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTAG-ATTA-TTTATTCTGAATAAGC-T-T
248 -TCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
* * * * * * *
22501825 GT-AAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATG
309 GTGAACA-A--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
22501872 ATTTGAAATAGACATTTATTCTAATAGTTC-TAACTATTT-AAAT-GACT-GGCAAACCATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAATTAT
* * *
22501933 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTTAATCAAA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA--ATTATTTTTTATTCAAA
* * * * *
22501996 TAAGCTTCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAGATTG
126 TAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAGA---TAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
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186 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* *
22502125 TTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TT-TGTATA
250 TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGT-GA
* * * *
22502188 ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
313 A-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * * *
22502230 ATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCGATAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAA-TTAT
* * * * * * ***
22502294 TTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTAGTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCTTC
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAATTATT-TTTTATT-CAAA
* ** * * * *
22502357 TAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTTTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
126 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAA-G--ATAATGATTTGAAATAG
* * * *
22502422 ACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA--T-TTTTTTAGATCTT
186 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
22502484 TGTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATAA
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* * *
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313 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
22502589 ATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAA-TTATT
* * *
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* * * *
22502717 AAGCTTGTATGAAT-AAAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAACAA
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** * * * * * *
22502780 ATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAATTAGGTTTATTTTTTTAATTTT
186 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT
* * *
22502845 CTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAG--TA-GTA
249 CTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTATGT-
* ** * * * * * **
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311 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
22502950 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-ACACTATTTAAAATTGTTTA-GTAAATATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACA-AATTA
* * * * *
22503013 TGTTTTGAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTGAAATATTACTAAATT-AGTATTATTTTATTCCG
63 TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATTATT-TTTTATT-CA
* * * * * * ** *
22503076 AATAAACTTATATGAACATAAAA-AATTGTCTTATGATAGAAAAAAAGGTTATAACAATATGAAA
124 AATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATG--ACAAAACAA-G--ATAATGATTTGAAA
* * * * *
22503140 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTATACAAATTTATTTTTTAAA-
183 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
22503204 -TC-TCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAT-
247 CTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGTG
** ** * * * *
22503266 ATTGAAAAGTAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACA
312 A-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
22503309 ATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-A--TA-GTAAACTAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAAC-AAATTATT
* * * * *
22503370 TTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATT-TT-AGAT
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA--ATTATTTT-TTATTCAAAT
* * * * * * *
22503433 AAGTTTTTGTGAACT-AAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAACGATTTTAAATTG
127 AAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AA-G--ATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
22503496 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCT
186 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * ** * *
22503561 CTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTATTAAATTAGTTTTATGTTATTCCGAATAAGCTTGTATG
249 CTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGTG
*** * * * * * *
22503625 AATTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACA
312 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
22503667 ATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTT
1 ATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
22503715 TATCAAATAT
Statistics
Matches: 2534, Mismatches: 553, Indels: 375
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
350 5 0.00
351 16 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
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TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGTGAACAAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:22501204 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22500080--22503715 Score: 2293
Period size: 181 Copynumber: 20.3 Consensus size: 179
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* * * ***
22500145 TTTTAAATCTTTTAAC-TATTAATTGTCTT-AGTATTAATAAAGTA-TATTATTTTATTCAAAAT
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* * * * * ** * ***
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127 AAGCTTGTATAAACATAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATT
* * * * **
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66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TA
** * * * * * **
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128 AGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * ** * * * * **
22500566 ATAAGCTTTTACAAGCAGAAATTATTGTTTTGTAATATAACAAAAAATCATAA-G
125 ATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * ***
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1 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTA-
* *
22500685 TTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
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* * * * * * **
22500746 AAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCG
127 AAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * *
22500799 ATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATA-AATTTAT
* * *
22500863 TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTT-TTATTCCA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATT-ATAAATT-AGTATTATTTTATT-TT--G
* ** * * *
22500926 AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAAATGTTTTATGACAAAAC--AA----A-AATG
124 AATAAGCTTGTAT-AA-ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
22500977 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATT
* * * * *
22501042 CTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAAGAATAGTT-TCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATA-TTAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * *
22501106 AGCTTGTATAAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
128 AGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
22501158 ATTTGAAGT-GTACAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAA-AAA---AA
1 ATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTAT
* * * * *
22501218 TTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * ** * * *
22501283 AACATATATGATAA-A-AATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACG
128 AGCTTGTAT-A-AACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
22501335 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAACT-GAATCGATAAATAGATTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAATAAATTTA
** * ** * *
22501398 CCTTTTAAATCGC-T-C--ATTAATTTTCAACATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATA-TTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * ** *
22501459 AAGCTTGTATGAA-TTCAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-C
127 AAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
22501511 ATTTTAAGTAGACAATTGCTCAAA-AGGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTAT
* ** * *
22501574 -TTTTAAAACTCTTGGTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * ** *
22501638 AGCTTTTTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATA
128 AGC-TTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
22501691 ATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATT
* * *
22501756 TTTTCAAATCAT-TTCCTTACTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTA-TTTATTCTGAA
66 TTTT-AAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATT-ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * *
22501818 TAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATG
126 TAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** * **
22501872 ATTTGAAATAGACATTTATTCTAATAGTTC-TAACTATTT-AAAT-GACTGGCAAA-CCATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTAT
* * **
22501933 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT
* * * * * * *
22501997 AAGCTTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACG
127 AAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
22502049 ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAGCT-GATTCGGTAAACATATTTAT
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65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* ** * * * **
22502178 AGTTTGTATAATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
128 AGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
22502230 ATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCGATAAACAAATTTAT
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* * * *
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* * * * * ** *
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125 ATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATT
* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * ** * * * **
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTA-T
* * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * * * * **
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126 TAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATT
* * *
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66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* *** * * * * **
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129 GCTTGTATAAACATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-TAAATTTAT
** * *
22503369 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTT-AGAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-AT
* * * * * *
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127 AAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATT
* * * **
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* * * * * * * **
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128 AGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
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Statistics
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* * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *** * * * ** * **
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * * ** * **
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* * * *
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* * * * * *
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** * ** * *** * * * * *
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* ** * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * ** * **
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* ** * * ** *
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* ** * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * * * * *
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* * *
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66 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTTTT-G-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--
* * * * * *
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127 TTAATAAGCTTGTA-TAATTGAAACAA-TTGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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446 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAATAATT
*
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** * * * * ** **
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* ** * *
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65 TTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
22502894 GAATAAAG-TAGTATAACATG-ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGTTATATTGATTTGAA
129 -AAT-AAGCTTGTATAA-TTGAAACAATTGTTT-ATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
22502957 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-CACTATTT-AAAATTGTTTAGTAAATATATTTATGTTTTG
190 ATAGACAATTATTCAAATAGT-AATAACTATTTGAACA-TGTTTAGTAAA-CTAGTTATTTTTTA
* * * *
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252 AATCTCTTACTT-ATTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCT
* * * * * *
22503084 TATATGAACATAAAAAATTGTCTTATGATAGAAAAAAAGGT-TATAACAATATGAAATAGATAAT
314 TATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAGGTCT-TAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
22503148 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTATACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CT
376 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
22503209 TATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAT-ATTGAAA
441 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAA
* * * *
22503273 AGTAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAAT
505 A-TAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCAT
* * * * * * * *
22503305 AACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC--A--TAGTAAACTAATT
1 AACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGCTATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATT
* * * *
22503366 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTAG
66 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-
* * * * * * * * * *
22503431 ATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAACGATTTTAAATTG
130 ATAAGCTTGTAT-AATTGAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * *
22503496 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCT
194 ACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAAC-TAGTTATTTTTT-AAATCT
* * * * *
22503561 CTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTATTAAATTAGTTTTATGTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA
257 CTTACTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTATATGA
22503626 A
321 A
22503627 TTGAAATAAT
Statistics
Matches: 2371, Mismatches: 485, Indels: 314
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
525 4 0.00
526 1 0.00
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545 1 0.00
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Consensus pattern (535 bp):
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TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
TAAGCTTGTATAATTGAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAC
AATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAACTAGTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCTTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
AACTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAATAATTGTTTTATGAT
AAAACAAAAAGTCAT
Found at i:22505545 original size:358 final size:351
Alignment explanation
Indices: 22503931--22509815 Score: 2572
Period size: 359 Copynumber: 16.5 Consensus size: 351
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* * *
22503931 TGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTC-TAACGACTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AAT
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* * * * * *
22503993 ATATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAATTTTT-TAATGT
63 CTATTTAAACTTATTCAGTAAATAGATTTTTTTTAAATCT-TTACTTATT-AATTTTTAGAATAT
* * * *
22504057 TAATAAATTAGTATTACTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATAAAT-TAAAATAATTATTTTATGAC
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAT-ATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
22504120 TAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACATAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTA-TTAGAAC--
189 AAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACTT
* * * * * * *
22504182 --TAGCAAACACTATTTTTTTTT-AGTCTCTTACTTTTTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
252 GTTAGTAAACA-TATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* *
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316 ATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAA-AAAC
** * * * * * *
22504281 AATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTCTTCACATAGTCAAA
1 ---TGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
22504345 ACTATTTAAACTGT-TTCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAAT
62 ACTATTTAAACT-TATTCAGTAAATAGATTT--TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * ** * * *
22504406 ATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGCATGAACA-AAAATAATTGTTTTATT
124 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAT-ATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
22504469 AAAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTTTTTGAACT
187 ACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * ** *
22504534 TGTTTGGTAAACATATTTTATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATA
251 TG-TTAGTAAACATATTTT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
22504599 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
314 ATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATG-A-A-AAA-AAC
* * *
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1 TGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-G--TCAT
*
22504704 AACTATTTAAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAA----T-CTTATTAATTTTTAGAA
61 AACTATTTAAACTTATTCAGTAAATAGA--T-TTTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
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123 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATATTGTTTTAT
* * * * *
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186 GACAAAAC-AAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* ** * * * * *
22504891 CATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TGTTTCTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAA
249 CTTGTT-AGTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
22504955 TTAATATTATTTT-ATTTGGAATAAGGTTGTATGAATAGAAAATT
311 TTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAA-A-AAAA-C
* * ** * *
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1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** *
22505063 ATTCAAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCCATTAATTTTTGGAATATT
65 ATTTAAACTTATTCAGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * **
22505128 AATAAATAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATACA-ATTGTTTTATGATGA
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AAATATTGTTTTATGACAA
* * *
22505192 AACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTATTA
191 AACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTA
* * *
22505257 GGTAAACATATTTGTTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
256 -GTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * * *
22505322 ACTCTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAAC
319 ATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAAC
* *
22505356 TGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
22505421 ATTTGAATTTATTCAATAAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTGTTT-GAACAT
65 ATTTAAACTTATTCAGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATT-TTTAGAATAT
* * *
22505485 TAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTATTTTATGACAA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTGTTTTATGACAA
* * * * ** * * * *
22505550 AACAAAAGGTTATAGTCA--T-AACTATTTGAATTTATT----T-G--ATAAATAGATT-CAGTT
191 AAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AA-TTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAACTT
* * * *
22505604 -TT--TAAATC-T-TTTACTTATT-AAT-TTTTGGA-ATATTAA----T--AA-ATT-A-AAATT
252 GTTAGTAAA-CATATTT-TTTTTTAAATCTCTT--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* ** * * * *** **
22505652 AA-GTTATTCCAAAT-AAGATTGTAG-GAATA-GAAACAATTGC
313 AATATTATT-TTAATCTA-AAT-AAGCTTGTATGAAA-AA-AAC
* * * * * *
22505692 T-TTGTGA-CA-AAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAAAAC
1 TGTT-TTATGACAAA-ACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** ** ** * *
22505753 TGTTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAGTCCATTACTTATTAATTTTTAGAATA
64 TATTTAAACTTATTC-AGTAAATAGATT--TTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * * * *
22505817 TTAATAAATTAACATTACTTTATTCT-AAATAAGATTGTATCAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
22505881 AAAACAAATAGTCATAACGATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAAC-TG
189 AAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG
* * * **
22505945 ATTTGGTAAA-TTAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTA
253 --TTAGTAAACAT-ATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
22506005 ATATTATTTTATTATGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
314 ATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAAC
** * * * * *
22506044 ATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
1 ---TGTTTTA-TGACAAAAC-AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * * * * * *
22506108 TCACTAATTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAT
60 TAACTATTTAAACTT-ATTCAGTAAATAGATTT--TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
22506172 AATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCTG-AATAAGTTTGTATGAACA-TAAATAATTGTTTT
121 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAT-ATTGTTTT
* * ** * ** *
22506235 ATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
184 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * * *
22506300 ACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAA
248 ACTTGTT-AGTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** * * *
22506365 TTAGTACTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATGATGAAAAACAAT
311 TTAATATTATTTTAATCTAAATAAGC-T-TGT-ATGAAAAA-AAC
* ** * * * *
22506410 TGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * ** *
22506475 ATTTAAACTGATT-TGATAAATTGGTTTATTTTTTCAATCTCCAACTTCTTAATTTTT-GAAATA
65 ATTTAAACTTATTCAG-TAAA-TAGATT-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * * * *
22506538 TTAATAAATTAATATTATTTCATTTTG-GATAAGCTTTTATGAATTGAAACA-ATTATGTTATTA
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
22506601 TAAAACAAAATGTCACAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAATTT
188 CAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* * * * *
22506666 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA--
252 GTT-AGTAAACATATTT-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * *
22506728 AAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAAT
313 AA-TATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAA---AAA-AAC
* * * * * * * *
22506772 TGTTTTA--ACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTGACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * *
22506835 ATTTGAA-TTAGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATAT
65 ATTTAAACTTA-TTCAGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* ** * * ** ** * * *
22506898 TATTAGTTTAGCAATATTTTGCTCCAAATATGCTTATATGAATAGAAGCA-ATTGTTTTATGACA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AATATTGTTTTATGACA
* * * * * *
22506962 AAACAAAGATCAGAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTC
190 AAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGT-
* * * * * * *
22507027 TAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAGT-AATGTAGTA
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* *** * *
22507091 TTAATTTT--T-AAAATATTATTTTATGAGCTAAAACAAT
317 TT-ATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGA---AAAA-AAC
** * *
22507128 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTCA-AAT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-
* * ** * * * * *
22507191 TTATTT---GTTCCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAAATTTTCA-AA
63 CTATTTAAACTTATTCAGTAAATAGA--T-TTTTTTTAAATCT-TTACTTATT-AATTTTTAGAA
* * * *
22507252 TGTTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT--AAAATAATTATTTTAT
123 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAT-ATTGTTTTAT
* * * * * * * *
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186 GACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * *
22507379 TTAGTTTGACAAACACATTTATTGTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
250 TT-GTTAG-TAAACATATTT-TT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *
22507444 TTAGTATTGTTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
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* ** * * * *
22507486 AATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATA
1 ---TGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
22507550 ACTATTTGAAA-TGTTTTC-TTGAACAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTCAAAA
62 ACTATTT-AAACT-TATTCAGTAAATAGATTT--TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
22507610 TATTAATATATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA--TT-T-TGAAT-GACCAGT-TTGTTTTAT
123 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AAATATTGTTTTAT
* * * * * * * *
22507668 GACAAAACAAAAGGTCATGACGATTTCAAATAAATAATTTTTCAAACA-TACATGACTATTTGAA
186 GACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTAAA
* * * * * *
22507732 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATCTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAA
249 CTTGTT-AGTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
** * * *
22507796 TTTGTATTATTTTATTCTGAACA-AAACTTATATGAACAAAAAC
311 TTAATATTATTTTAATCT-AA-ATAAGCTTGTATGAA-AAAAAC
* * ** * * *
22507839 ATTTGTTTCATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
1 ---TGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
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62 ACTATTTAAACTTA-TTCAG-TAAA-TAGATT-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG-
* ** * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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1 TGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT-AATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** ** * * *
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* * * * *
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* ** * * **
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* * * *
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312 TAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA---A-A-AAAC
* * ** * * *
22508568 TGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * *
22508632 ATTTGAATTTATTTGGTAAA-AAATTTATTATTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTT-GAAATAT
65 ATTTAAACTTATTCAGTAAATAGATTT-TT-TTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG-AATAT
* * * * ** *
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* * * *
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* * * * **
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*** * * * *
22508885 TTGGATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAA
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* * * * * * * * **
22508929 TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAACAGTTTTAACT
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* ** * * * *
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65 ATTTAAACTTATTCAG-TAAATAGA-TT-TTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAG-AATAT
* *** * * ** *
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* * * ** * *
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189 AAAACAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG
* * * *
22509180 ATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
253 --TTAGTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA
* * * *
22509245 TATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGATAAAAAATAAT
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* * * *
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1 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
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** ** * * *
22509414 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTAGTATTAACT-GAAACA-ATTATTTTATG
124 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-ATATTGTTTTATG
* * * * * * * * * * * *
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187 ACAAAAC-AAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * *
22509541 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTCTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAT
250 TTGTT-AGTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
22509605 TAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAAT
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* * * * * * * * *
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1 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
22509714 ATTTGAACTGATTCAAT-AATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATA
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* * *
22509777 TTATTAAATTATTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTA
125 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTA
22509816 CGCATATAAT
Statistics
Matches: 4269, Mismatches: 921, Indels: 675
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (351 bp):
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TTTAAACTTATTCAGTAAATAGATTTTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTGTTTTATGACAAAACAA
AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGTAAA
CATATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
TCTAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAC
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22505399 AATTGTTTAA
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*** ** * * *
22505474 TGTTTGAACATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTA
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*
22505539 TTTTATGACAAAACAAAAGGTT
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** *
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*
22505624 ATT-TTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAGTT-ATTCCAAATAAGATTGTAGGAATAGAAACA
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* *
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TGTTTGAACATTAATAAATTAAAATTAAGTTAATTCAAATAAGATTGTAGGAATAGAAAATATTA
CTTTATGACAAAACAAAAGGTT
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* * * *
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* *
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* * * * ** *
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** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * *** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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* * * ** *** * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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*
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
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*
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* * *
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* * * *
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* ** * * * **
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* * *
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** * * * * *
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* *
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* *
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*
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* * * * * ** * *
22510517 TAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGAACTTTTGTTTTGTCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
22510582 AAATAACTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTC-GATATAAAATTTTATAATACTAAT
131 AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGA-AT-AAA----A-AATACTAAT
* * * * * * *
22510638 TTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-AGGAGATGTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGA
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGG-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * * **
22510702 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTTGT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
22510767 AGAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAA-AATACTAAT
* * * * * * * *
22510819 GTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGG-TTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAG
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-GGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * * * * *
22510882 TTTAAATAGCTAAGACTATATGAATAATTCTTTCTTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCG
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
22510947 TAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTA-ATAACTTATTCAGAATAAAAAAAACAAAT
129 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAAAATACTAAT
* * *
22510999 TTATTACA-ATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGTTTACCAAACTAGT
1 TTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
* * * * **
22511063 TCAAATAGTTATGACTATTTGGATAATTCTCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTCATCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
22511128 AAAACAAGTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATT-TGAAGTAAAATAATATTAAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAA-AATACTAAT
** ** * * *
22511180 TTATTAATATTTTGAAAA-TAA-AAAAAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTAAACCAA-T
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGT
* * ** * * *
22511242 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTATTGT-AAATTGTGATGACCATTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
22511306 CAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTACT
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAA-AAATACTAAT
* * * * *
22511359 TTATTAACA-TTCTAAAAATTAATATGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGA-C-AAC---
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TACCAAACAAG
* * * * * * * *
22511418 TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTAAGACCTTTTATTGTATTA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
22511482 CAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TCTAAAATAAGATAATTA-TAAT
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAA-A-AAATACTAAT
* * * *
22511535 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
* * ** * * * * * * *
22511600 TAAGTTTTTATGACTATTTGAATAAGTATTTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCGTA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
22511665 AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAAAAATACAAAT
131 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT-AAAAAATACTAAT
* * ** * * *
22511716 TTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA-AAGTTT-TATGAGC--AC-A-T
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGT-TTACCAAACAAGT
* *
22511774 TCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGCCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
22511838 T-AAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATT-TGAAATAAAATAATACTAGT
129 TAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAA-AATACTAAT
* * ** ** * *
22511891 TTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGGAGCAATTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
** * * * * * * *
22511956 CAAATAGTTATGGTTGTTTGAACAATTGTTTACTT-AAAGTAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * **
22512020 AAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGGAATAAAAAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAAATACTAAT
* * * * **
22512071 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGT-AGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGG-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * * *
22512135 TCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAA-TGTTATAACATTTTCTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * * *
22512199 TAAACAATTGTTTCTGTTTGTGA-AA-ATT-TTTAAAATAATATAATACTGAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCAGAATAA-AAAATACTAAT
* ** *
22512249 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--A--GATTT-AAAAATAAATTTGTTTATGGAAAC-GGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGT
* * * * * *
22512308 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTC-AATCGTTATGATCTTT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
22512361 ATCTATGCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAAATACTAAT
Found at i:22511613 original size:536 final size:533
Alignment explanation
Indices: 22510429--22512338 Score: 1359
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22510419 TCATAAAGTG
* * * * * *
22510429 TATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAA
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* * * ** * * * * *
22510493 ATAAATTAGTTTATCAAATTAGTTTAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
65 AT-AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-
* * * ** * *
22510558 ATAATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCGATATAAA
128 GTTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTTGTTCATATAAG---ATT--ATTTAAA
*** * * ** * * *
22510622 ATTTTATAATACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATCT
186 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAA-TAA-AAAAAAGAGAT-TTAAAAATAAATTT
* * * * * * *
22510687 GTTTACTAAACTAGA-TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTA-TTATA
247 GTTTA-T-AACCACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTGATG
* * **** * ** *
22510750 ACCTTTTGTTATGTTGTAGAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
309 ACCATTTGTTTTGCCACA-AACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATA
* * * * ** * * * * * * *
22510814 CTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGTATTT-GCCAAA
373 CTACTTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAG--GAG
* * ** * * * * * * * * ** *
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436 CAACTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAA-T-TATCTACTTAAAGTAGTTAAGACCTTTTATT
* * ** * * * *
22510941 TTGTCGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAATAA-CT
499 GTATCACAAAACAATTGTTTCTA-TTC-AAACAAGCT
* * * * *
22510976 TAT-TCAGAATAAAAAAAACAAATTTATTACA-ATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAA
1 TATCT-AAAATAAAAAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * *
22511039 AATAACTTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGATAATTCTCTATTTCAAAT
64 AATAA-TTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * *
22511104 CGTTATTACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAGTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAA
128 -GTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTTGTTCATATAAGATTATTTAAAATAAA
*
22511169 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAAAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACT
191 ATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATAAAAAAAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTA-T
* * * *
22511234 AAACCA-ATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTATTGT-AAATTGTGATGACCATTT
253 -AACCACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATAGTGATGACCATTT
* * * *
22511297 GTTTTGTCACAAA-AGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTACT
316 GTTTTGCCACAAACA-AATTGTTTCTATTCATACAAG-CATATTTGA-AATAAAATAATACTACT
* * ** *
22511359 TTATTAACATTCTAAAAATTAATATGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTG-TT-GGA-CAACTGC
378 TTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGGAGCAACTGC
* * *
22511421 AAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TA-TTAAGACCTTTTATTGTATTACA
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*
22511484 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
507 AAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCT
* *
22511511 TATCTAAAATAAGATAATTA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TATCTAAAATAA-A-AAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * *
22511575 AATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAGTTTTTATGACTATTTGAATAAGTATTTATATCAAAT
64 AAT-AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-
* * * * * * * *
22511640 TGCTATAACTTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAA
127 TGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTT-TGTTCATATAAGATTATTTAAAATAAA
* * * ** * *
22511705 AAAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAA-AAA-GT-TTTA
191 ATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAA-TAA-AA-AAAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * *
22511765 TGAGCACATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
252 TAACCACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTGATGACCATTTG
* *
22511830 TTTTGCCATAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTAT
317 TTTTGCCACAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTACTTTAT
* * * *
22511895 TAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGGAGCAATTTCAAA
382 TAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-GGAGCAACTGCAAA
** * * * * * * * *
22511960 TAGTTATGGTTGTTTGAACAATTGTTTACTTAAAGTAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
446 TAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTACTTAAAGTAGTTAAGACCTTTTATTGTATCACAAAAC
*
22512025 AATTGTTTCTATTCAAACAAGTT
511 AATTGTTTCTATTCAAACAAGCT
* ** * * *
22512048 TATTTGGAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAA
1 TATCTAAAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
22512113 TAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATGT
66 T-AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGT
* * * * * *
22512178 TATAACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTGTT--TGTGAAAATT-TTTAAAATAATAT
130 TATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTTGTTCATAT-AAGATTATTTAAAATAAAAT
* ** *
22512240 AATACTGATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATGGAA-
193 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAATAAAAAAAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTAT--AAC
* * *
22512303 -ACGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
256 CAC-ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
22512339 CATCTCAATC
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 232, Indels: 115
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
528 2 0.00
529 2 0.00
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531 7 0.01
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548 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
TATCTAAAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGTT
ATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTTTGTTCATATAAGATTATTTAAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTTAAAATAAAAAAAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATAACCACAT
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTGATGACCATTTGTTTTGCCAC
AAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTCC
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGGAGCAACTGCAAATAGTTATGAC
TGTTTGAACAATTATCTACTTAAAGTAGTTAAGACCTTTTATTGTATCACAAAACAATTGTTTCT
ATTCAAACAAGCT
Found at i:22513089 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22513055--22513089 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
22513045 AAAGCATAAG
**
22513055 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
22513073 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
22513090 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:22513365 original size:199 final size:200
Alignment explanation
Indices: 22513031--22513418 Score: 490
Period size: 199 Copynumber: 1.9 Consensus size: 200
22513021 GCTAATGAAT
* * * * * *
22513031 CTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCTTACA
1 CTAACGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACATGTAATTTCATTGTCACATTTGACAATATCTTACA
* * * * * * ** * * *
22513096 ATAATTTGTGACAATAATTGTGTCACCAATATTGTGACAATTTATTTTTTGTCACTAATATATTA
66 ATAATTGGTGACAATAATTATGTCACAAATACTGTAACAATTTATCTTTCATCACAAACATATCA
***
22513161 GATTTTATCATTTATTTTGTGATGGTTATAGCCTTCAATGATGTTTTTCTTCATAAATAACTAAC
131 GATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTCAATGATGTTTTTCTTCATAAATAACTAAC
22513226 AAAAA
196 AAAAA
* ** *
22513231 CTAACGTCATAAAAAAAGCATAAGGTGATGTGTAATTTCATTGTCA-ATTTGACAATATCTTATA
1 CTAACGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACATGTAATTTCATTGTCACATTTGACAATATCTTACA
* ** **
22513295 ATCATTGGTGATGATAATTATGTCACAAATACTGTAATGATTTATCTTTCATCACAAACATATCA
66 ATAATTGGTGACAATAATTATGTCACAAATACTGTAACAATTTATCTTTCATCACAAACATATCA
* *
22513360 GATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTTAATGATGTTTTTCTTTATAAATA
131 GATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTCAATGATGTTTTTCTTCATAAATA
22513419 GTTGATGAAA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 31, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
199 119 0.76
200 38 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (200 bp):
CTAACGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACATGTAATTTCATTGTCACATTTGACAATATCTTACA
ATAATTGGTGACAATAATTATGTCACAAATACTGTAACAATTTATCTTTCATCACAAACATATCA
GATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTCAATGATGTTTTTCTTCATAAATAACTAAC
AAAAA
Found at i:22514564 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 22513868--22516222 Score: 1268
Period size: 357 Copynumber: 6.7 Consensus size: 355
22513858 CTTGTTCCAT
* ** * * *
22513868 AAACAGATTAATTTTTTAAATCTT-TTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
22513932 TTTATTCCGAATAAGCTTTTAAGACATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-CAAAAGGT-TTAAA
65 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCAT-AA
* ** * * * *
22513995 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACA-TT-
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTAGCAAATAAATTTA
* * * * *
22514058 TTTTTT-AATCTCTTATTAATTTTGG-AATATTATTATATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAA
192 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAG
* * * * * * * *
22514120 CTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATTTTAACAATTTTAGATTGATAA
256 CTTGTATCATT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAACGATTTTAAATAGATAA
* * * *
22514185 TTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGT
319 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGC
* * * *
22514222 AAACAGATTTATTGTTTAAATTTCTTACCTATTAATTTTTGAAATGTTAATCAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATT
*
22514287 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATG
66 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGA--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
22514352 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATT
129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTAGCAAATAAATTTATT
* * *
22514417 TTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC-ATTTAAGCT
194 TTTTAAATCTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCT
** *
22514481 TGTATTCATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATT
258 TGTA-TCATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTTAAATAGATAATT
* * *
22514546 GTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTT-AGC
321 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGC
* * * **
22514581 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAAC
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
22514646 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAA-GTCAAAACG
66 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAA--AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATG
* * * *
22514710 ATTT-AAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTTAGTAAA-AAATTTAT
129 ATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTAGCAAATAAATTTAT
* *
22514773 TTTTTAAATCTCTTACTT-A-TTAGTTGAAATATT-ATGAAGTTAGTATTATTTTAATCCGAATA
193 TTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTAG--GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
** * * * * * *
22514835 AGCTTGTA-CAATCAAAATAATTATTTTACGACAAAAGAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
254 AGCTTGTATC-ATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGTTATAACGATTTTAAATAGAT
*** * *
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** * * * * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
22515003 TTATTTCT-AATGAA-ATAGTAT-AAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAAT-AAAAGGTTATA
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* * * * * * *
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126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTAGCAAATAAATTT
* ** **
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191 ATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CGAATA
** * *
22515190 A-C---TAT-ATT--AACAAAACATTGTTA-G--AAAACAAAA-ATATAACGATTTGAAAT-GAT
254 AGCTTGTATCATTGAAAC-AATTATT-TTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGAT
* * * ** *
22515243 AATTG-T--AATAGT--T-ATTATTTGAACTGGTTTTGT
317 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGC
* * * * ** * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATT
* * * *** ** ** * *
22515340 CTATTCCGAAT-AGCTTGTCTGTGCTGAAATTATTGTTTTAATGAACAAAA-CCAAAGTTTATAA
66 TTATTCTGAATAAGCTTG--TATGAAAAAACAATTGTTTT-ATG-ACAAAATAAAAAGGTCATAA
** * * * * * * ** * *
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* * * **
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191 ATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG
* * * * * * * * ** *
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250 AATAAGCTTG-T-ATCATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTTAAAT
* * * *
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313 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGC
** * * * *
22515632 AAATTGATTTGTTTTTTAAATTTC-T--TT-TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * * *
22515693 TTATT-TAGAAAAAGTTTGTACGTTGAAAACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTAATAATG
66 TTATTCT-GAATAAGCTTGTATG-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATG
* * * * *
22515756 ATTTTAAAATAGATAGTTATT-AAAT-GTCCATGATTATTT-AAACTGATTT-GATAAACT-AA-
129 A-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAAA-TGATTTAG-CAAA-TAAAT
* * * * * *
22515815 TT-TTTTTT-AATTTCTTGCTT-A-TT----AAT-TT-TTGAA--A-TATTA-ATT-TT--GGAT
189 TTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
* * *** * * ** * * *
22515863 AAGCTTTTATGAACCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAATGGTCATAATGATTTT---TAAA
253 AAGCTTGTAT-CATTGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGA
* ** *
22515925 TAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGT
316 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGC
* * * * *
22515965 AAACATATTTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
1 AAACAGA-TTTATTTT-TTAAATTTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATT
* * *** * * * * *
22516029 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATTGA-AA-TG-ATTATTA-TATATAAAAAGGTCAAAAT
63 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
22516090 GATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAATACATTTAT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTAGCAAATAAATTTAT
* *
22516155 TTTTTAAATCTCTTATTAATTCTA-G-AATATTATTAAATTA-TATTATTTTTATT-TGAATAAG
193 TTTTTAAATCTCTTATTAATT-TAGGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAG
22516216 CTTGTAT
256 CTTGTAT
22516223 GCTCAAAAAA
Statistics
Matches: 1523, Mismatches: 350, Indels: 260
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
328 1 0.00
329 2 0.00
330 9 0.01
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332 33 0.02
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TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTAGCAAATAAATTTATTTT
TTAAATCTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
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AATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGC
Found at i:22514678 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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22513858 CTTGTTCCAT
* ** * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * *
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66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGA--AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAA
* * * * * * *
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* ** *
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* ** * * ** *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * *
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66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA
* * * * *
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131 TTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTAGC
* * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
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* * * * *
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** * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *** ** * * *
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66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTT-ATG-ACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * * ** *
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* * ** * *
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** * * * * * *
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** *
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127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGC
** * * * *
22515632 AAATTGATTTGTTTTTTAAA----TTTCTTTTTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * *
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* * * * * * *
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130 A-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAATTG-TTTAG-C
* *
22515808 AAACTA-A-TT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTTG----A--AAT--A-T--TA--A-
1 AAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *** *
22515855 -TT-TT--GGATAAGCTTTTATGAACCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAATGGTCATAATG
65 TTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-C-A-----A-AA-G
* * * * * * * ** *
22515916 ATTTTTAAATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTT-TATT-
121 -GTTAT-AATGA-T-TTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATAG--TCAT-AAC-TATTTGAATTG
22515979 TTCT--C
175 TT-TAGC
* * * * ** * *
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1 AAA---CA-G---ATTTATTTTTTAAAT-CT-CT---TTCTTATTA--AT-TTTTGAA-ATA-TT
* * * * *** ** * * *
22516049 GTATGAATTGAAATGATTATTATATATAAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAACTATTCT
49 -AATAAATT--AGT-ATTATTTTAT-TCCGAA--T-AAGCTTG-TATGAAAT-GA-AACAATTGT
** * ** * * * * * * *
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103 TTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AA-TGATTT-G-AAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAA
*
22516170 TTAATTCTAGAATAT-TATTA--
163 CT-ATT-T-GAAT-TGT-TTAGC
** * * * * ** * ** * **
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1 AAACAGATT-TATTT-TTT--A-AATCTCT-T-T-CT-TATTAAT--TTTTGAAATATTAATAAA
* * *** * * ** * * * *
22516252 TCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAG-TAATATTATTTTATTTCAGAGAAGT-TTTTAT
55 T-TAG--TATTA-TTTT--ATTCCGAAT-AAGCT--T-GTA--TGAAATGAAACAATTGTTTTAT
* ** * ** ****
22516315 GAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTT
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* *
22516380 CAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGC
150 CAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGTTTAGC
* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
* * * * * *
22516722 ATTTGAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTAGC
* * ** * * *
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** ** * * * * * * *
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* * * * *
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* *** * *
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129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGC
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** * * * * * * *
22517194 TTTATGTCAAAAAAAGGTTTTA-CAAATAGAAACAATTGGTTTATGGCCAAAA-AAAAGGTCATA
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** * * * * *
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127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGC
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTA
* * *
22517375 TTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAACA-GAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTAT
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
22517739 TTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAAC
65 TTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * *
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129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGTTTAGC
* * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAA-ATTAGTAT
* * ** * * *
22517917 TATTTTATT-TGAAATAAGCTTGGATGAACA--AAA-TTTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTA
62 TATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
** * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * **
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * ** * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-TCTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * * * * *
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* * * ** * * * **
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGC
* * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
22518989 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTATTTTATGATAAAA-AAAA--TCATAACG
66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
*
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130 ATTTGAAATAGATAATT
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* * * * * *
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** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * * *** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *** * * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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193 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAG-TAAACATATT
* ** * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * ** * * * * *
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191 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTAAACATAT
* * * * * *
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255 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCA
* * * *
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* * ** * *
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1 AAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTTG
* *
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* * *
22518987 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATC-ATTATTTTATGATAAAA-AAAA--TCATA
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* * ** *
22519047 ACGATTTG--A-A-AT-A-TA-T---A-A-T--T--GT-TTTGAACCA-CTTCAACAAACAGATT
192 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CATGTTCAGTAAACATATT
* * * * * * *
22519094 TATTTCTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGA
256 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAA
* * * * * *
22519159 ATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTAT-AATAGAGCG
320 ATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACA
* * ** * * * *
22519201 AAAG-GCTATAATAATTTGAAATAGGT-A--ATT---GT--TCA-AAC-A--GGAAC-AAGTTCG
1 AAAGATC-ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTTG
* * * * *
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* * * **
22519317 TTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTAT-GATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTCATA
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* * * * * *
22519380 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCAT-ACTTATTTGAACCAAT-TTGA-CAAAC-TG
192 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAA-C-ATGTTCAGTAAACAT-
* * * * * * *
22519441 ACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
253 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTATTTTATTTTATTT
* ** * * *
22519506 CAAA-AAAGCTTTTATGAATTGGAATAA-TGATTTTATGATAAAACA
317 CAAATAAA-CTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTTTATGAAAAAACA
* * * * * * * * * *
22519551 AAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA
1 AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTTGG
* * * * * *
22519615 TAAACATATTTATTTTTTCAATTTCTTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGCATT
66 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
22519678 ATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTA-AAAAAATTTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAG
129 ATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** * ** * * * *
22519742 AACAATTCAAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTT-TGTCAAACACA
191 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGT-AAACATA
* ** * * *** *
22519805 TTTATATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTA-CTC
254 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTC
* * * * *
22519865 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-
318 -AAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACA
*
22519909 AAAGATCATAATAATTTGAA
1 AAAGATCATAATGATTTGAA
22519929 TTGGTTCAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (361 bp):
AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTTGG
TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTTTATTTTATTTCAAATAAAC
TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACA
Found at i:22518185 original size:540 final size:536
Alignment explanation
Indices: 22516322--22519924 Score: 1786
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22516312 TATGAACTTA
* * *
22516322 AACAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAGGTTATAATGA-TTTCAAATAGATAATTATTCAAACA
* * * * * * * * * * *
22516386 GTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTAATTTTTTAAATGT-ATTGCTCATTACT
64 ATTATAA-CTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATA-TT-ATTTTTT-AATCTCTTTACTTATTAAT
* * ** * * *
22516449 TTTAT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT
125 TTT-TGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATT
* * * * * * * * * * *
22516513 GATTTATGACTAGACAAAAAGTTAAAATGATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAATCTTAATTA
189 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* * * * * * * * *
22516578 CTTG-AACTAGTT-TGAAAAATACATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTACTAACTT-TTGGAAT
254 TTTGAAATTA-TTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAAACTT-TTACTTATTAA-TTGTCGAAAT
* * * * * *
22516639 A-TTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAGTTGGTTTTTG
315 ATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATT-GTTTATA
* * * * *
22516702 ACAAAATAAAGA-TCATAA-AGATTTGAGATAGATAAGTGT-TCAAATAGTCATAAATATTTGAA
377 ACAAAACAAAAAGTCATAACA-A-TTGAAATAAATAA-T-TCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *** *
22516764 TTGTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAATC---T-CTTTTTAATTATAAAAATCTTAAT-AT
438 CT-ATTTAGTAAATAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATCAT
* * ** * *
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500 TTAA--AATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AG
* * * * * **
22516863 AACAATTATTTTATGACAAAAC---AATGTCATTATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGG
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTA-TTCAAA-CA
* * * **
22516924 A-CATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-AAACTTATTAATTT
64 ATTATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATA-TTATTTTTT-AATCTCTTTACTTATTAATTT
* * ** * * *
22516987 TTAGAATACTAATAAATTAGTT-TTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGT
127 TTGGAATATTAATAAATTA-TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGT
* * * * * *
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191 TTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * *
22517115 TT-AAACTTACTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TTT
255 TTGAAA-TTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTT
* * * * * ** **
22517178 AATAAATTTGTATTATTTT-ATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAACAATTGGTTTATGGCC
319 -ATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTAT-AAC
* *
22517242 AAAA-AAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AT
379 AAAACAAAAAGTCATAAC-AATTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT
* * * ** *
22517305 GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATTCATTTA
442 -TT-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAA-TCATTTA
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503 AAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAG
* * * *
22517404 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAA
1 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAA
* * *
22517469 TTATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATGT-TTTATTTAAT-TCTCTTACTCATTAATTT
65 TTATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATAT-TATTT-TTTAATCTCT-TTACTTATTAATTT
* * * * * * *
22517532 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAAGAAGTGTT
127 TTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTT
* *
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192 TTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* * *
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* * * * * *
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321 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TATAACAAAACA
*
22517791 AAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTATTTAG
385 AAAAGTCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TATTTAG
* * *
22517855 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAA-CAATTTTATATT
446 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATC-A-TTTAAAAT
*
22517918 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGGATGAACA-
507 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAG
* * * * ** *
22517947 AA-ATTTTTTTTTTTTACAAAAC-AAAAGGTTATGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAACGA
1 AACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAA
* * * *
22518009 TTATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTGAATCTCTTTA-TTACTAATTT
65 TTATAACTATTTGAAAT-TGTTTGGTAAACATATT-ATTTTTT-AATCTCTTTACTTATTAATTT
* ** *
22518072 TTGGATTATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTCTT
127 TTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTT
* * *
22518137 TTATGACAAAACAAAAAGCCATAATGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTT
192 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * *
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* * *
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* * *
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383 CAAAAAGTCATAACAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAG
* *
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446 -TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATCATTTAAAATAT
*
22518450 ATTACTTT---AT----TT-C--GAACA-
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* * * * * * *
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1 AA-CAA-TTGTTTTA--T-GACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * *** * * * * ** * * * *
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249 GACTATTTGAAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAA-TTGTCGAA
* * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * *
22518914 TTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
438 CTA-TTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATCATT
*** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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191 TTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * ** * * *
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* ** * *
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** * * *
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* * * * * * * * **
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* * * ** **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
22519654 TCT-AAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAAAAATTTA
127 T-TGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAA-TTG
* * * * * ** ** * ** * *
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190 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * * **
22519783 TTG-AATTGGTT-TGTCAAACACATTTATATTTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTTTAAAATA-T
255 TTGAAATT-ATTCAGT-AAATATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATT
* ** * * * * *
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318 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAA
* *
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381 AACAAAAAGTCATAACAATT
22519925 TGAATTGGTT
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TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATCATTTAAAATATTTTATTTGAAAT
AAGCTTGCATGAACAG
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22518906 TATTTGAATT
* * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* ** *
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* *
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* *
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1 AGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
*
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AACAATTTGAAATAGATAATTGTTAGGAACA
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Alignment explanation
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22518906 TATTTGAATT
* * *
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* * *
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* * ** *
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* *** * * * * *
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* * * * * * **
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* **
22519206 CTATAATAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAACAGGAACA
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* *
22519246 AGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTA
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* * *
22519311 GTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTT
66 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA---
22519375 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATACTTATTTGAACCA
127 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-AG------------GAA-CA
* ** * * * * * *
22519428 A-TTTGACAAACTGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
1 AGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *** * *
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66 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA--T
*** * *
22519557 CATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
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22519588 CAATCATAAC
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 84, Indels: 42
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (165 bp):
AGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATCAT
AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAGGAACA
Found at i:22519630 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22519241--22519766 Score: 451
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181
22519231 GTTCAAACAG
* * * *
22519241 GAACAAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATA
1 GAACCAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
22519306 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAGGTGTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
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** * *
22519369 AAATTTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATACTTATTT
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* * * * * *
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* * * *** * *
22519486 AAAGTAATATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTATGAATTGGAATAA-TGATTTTATGATAAAAC
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATGAATAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAAC
*** * * *
22519550 AAAA-GGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAAC-TATTT
128 AAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAACCAT-ACTTATTT
** * * * *
22519603 GAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTCAATTTCTTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAA
1 GAACCAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TACT-TATAAATTTT-TGAAATATTAA
* * * * *
22519666 TAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAAA-AATTTATTTTATGACTAA
63 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATGAA-TAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAA
* * * ** *
22519730 ATAAAA-GGTTAGAACAATTCAAAATAGATAATTGTTC
126 ACAAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
22519767 TGATAGTCTT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 61, Indels: 25
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 3 0.01
181 191 0.70
182 76 0.28
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GAACCAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
ATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAACCATACTTATTT
Found at i:22519980 original size:140 final size:138
Alignment explanation
Indices: 22519811--22520067 Score: 318
Period size: 140 Copynumber: 1.8 Consensus size: 138
22519801 CACATTTATA
* ** *
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*
22519876 GTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATAATTTGAATTGGTTCAATA
66 GTATGAAT--AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAATTGGTTCAATA
22519940 AATAGATTAGT
128 AATAGATTAGT
* * ** * * * * **
22519951 TTTTGAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAATTTT
1 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACCAATATTTTACTCTGAATAAGCTT
* *
22520016 GTATGAATCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
66 GTATGAATAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAA
22520068 ACAAATGATA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 17, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
138 21 0.21
139 17 0.17
140 60 0.61
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (138 bp):
TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACCAATATTTTACTCTGAATAAGCTT
GTATGAATAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAATAAAT
AGATTAGT
Done.