Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22631831
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 124 of 125
Found at i:22520247 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22519961--22523088 Score: 2065
Period size: 180 Copynumber: 17.6 Consensus size: 180
22519951 TTTTGAATCT
* * * * **
22519961 CTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT--
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
22520024 CAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-
* * * **
22520089 T-ATAACTATTTGAACTTATTTGATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
129 TCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** *
22520139 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTAG
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
22520204 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
22520269 CATAACTATTTAAAC-TCTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 CATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
22520320 TTTAATAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
22520385 AAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTCCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
22520450 CATAATTATTTGAACGT-GTT-AGAAA-ATATTTATTTTTTAAAT-TTTTG
130 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
22520497 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT
* * ** * * * * *
22520561 ATAACCAATTAATTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGAT
63 AGAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
22520625 AGTCATAACTATTTGAACATATTCAATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
22520679 CTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACT-
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * * * *
22520743 GAAACAATTGTTTTATTATAAAAC-AAGGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTC-AATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
22520806 TCATGACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
22520858 CTTATT-ATTGTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
22520920 AAACAATTATTTTATGAC-AAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
22520983 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 TCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
22521035 CTTATT-ATTGTCTT-AATATTAATAAACTAGTATGATTTTA-TTCGAAATAAGCTTCTATGAAC
1 CTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAT
* ** * * * * *
22521097 AGAAAAAATCATTTTACGACAAAACAAATGGTTAT-A-GTAGTTTCAAATAAATAAATTGTTGAA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-A-TTTGAAATAAAT-AATTGTTCAA
* * * * * *
22521160 ATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTT-AGTAAAC-AATTCATTTTTCAAATCTCTTA
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
22521215 ATTATT-ATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * *
22521279 GAAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT-TGTTCAAATA
* * * * * * ** ** *
22521342 ATCATGACTGTTTGATC-TAGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAAAATTTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
22521395 GTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * * * * *
22521460 AAACTGTTATTTTATAACAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTGAAATTGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *
22521523 CATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCTTTAAA-C-C-T-
130 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
22521571 CTTATTAATTTTTGAATATTAGTAGATTAGT-TT-TTTT-TTTCCAAACAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
22521633 AAACATTTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
22521698 CATAATTATTTGAAC-TAGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTA
130 CATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA
* ** * * *
22521749 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTAT-GAATAAGATAGTATGAAT
1 CTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
22521812 TGAAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAA-G---T---GATTTGAAATAGATAACTATTCATATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * ** *
22521869 GTCTTAACTATTGGAA-TTAGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
22521922 GTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * * * *
22521986 AAATAATTGTTTTATGACAGAACACAATGTTAGAATGATTTGAAATATACAATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
22522051 TATAATTATTT--ACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCT-TATA
130 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TA
* * * * *
22522100 CTTATTAAAATTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAACTTGTACG-ATA
1 CTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAAT-
* * ** * * * * *
22522163 AAAAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAACGTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA--TTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * * **
22522227 TGGCCATAATTATTTCAACTAATTTGGTAAA-GGATTTA-TTTTTAAA--TC--A
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
22522276 CTTATT-ATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACT-
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * *
22522338 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAC
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
22522403 TCTTAATTGTTTAAAC-TACTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
22522455 GTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATATGCTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * * *
22522519 -GAAA-AATTATTTTATAATAGAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
22522581 G---GAAC----T-AA--TA-TAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * *
22522622 CAAATTACA-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-AT-G
1 CTTATTA-ATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * * * **
22522684 AAAACTAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-A
65 -AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* ** * *** * * *
22522746 GGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGACTTATTTTTTAAATTTCTAA
128 GTC-ATAACTATTTGAACT-TATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
22522800 CTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGAGTAAACTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T
* * *** * * * * *
22522865 -GAAACAATTGTTTATCTGATAAAACAAAAGGT-AT-ATTTTTTTAAACAGATAATTATTCAAAA
63 AGAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * *
22522927 AGTCATAAACTATTTAAACTTACTTCCG-TAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTG
127 AGTCAT-AACTATTTGAACTTA-TT-TGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
22522984 TTGTATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAAGCTTGTATGAA
1 CT-TATTAA--TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAA
* * * * *
22523049 CCTAAAAAAAAGTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA
62 --TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
22523089 ACAATTTATT
Statistics
Matches: 2328, Mismatches: 479, Indels: 275
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 30 0.01
166 46 0.02
167 47 0.02
168 3 0.00
169 1 0.00
170 2 0.00
171 2 0.00
172 23 0.01
173 195 0.08
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175 112 0.05
176 63 0.03
177 141 0.06
178 332 0.14
179 259 0.11
180 430 0.18
181 389 0.17
182 63 0.03
183 19 0.01
184 16 0.01
185 10 0.00
186 32 0.01
187 25 0.01
188 11 0.00
189 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:22521667 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 22520139--22521711 Score: 466
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 176
22520129 CAATCTCCAA
* * * * * * * *
22520139 CTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTA
1 CTTATTAATTATTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAATA
* ** * * * * * ** *
22520203 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
65 AAAACTGTTATTTTATAACAAAA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTCAAATAT
* * ** * *
22520268 TCATAACTATTTAAACTCTTTC-AGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCT
128 TCATAACTATTTGAAGTGGTTCGA-TAAATAAATTTATTTCTTTAAACCT
* * * * * * * * *
22520316 TTTATTTAATAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGA
1 CTTA--T--TAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGA
* *** * ** * *
22520381 ACAAAAAAAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-CTCCA
62 ATAAAAACTGTT-ATTTTATAACAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCT-CA
* * * **
22520444 AATAGTCATAATTATTTGAACGT-GTTAGA-AAAT--ATTTATTT-TTTAAATTTTT
123 AATATTCATAACTATTTGAA-GTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCTTTAAA--CCT
* * * * * * ** *
22520496 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC
1 -CTTATTAATTATTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAAT
* * ** * * * *** * * * *
22520561 ATAACCAATTAATTTATGGAA-AAACAAAAGGTAATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGAT
64 AAAAACTGTTATTTTAT--AACAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTCAAAT
* * * * * *
22520625 AGTCATAACTATTTGAACAT-ATTCAATAAATAAATTCATTT-TTTAATTCTCTT
126 ATTCATAACTATTTGAA-GTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCTTTAA-AC-C-T
* * * * * * * *
22520678 ACTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACT
1 -CTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAA-T
* * ** * * ** * * **
22520743 GAAACAATTGTT-TTATTAT-A-AAACAAGGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTC-AAT
64 -AAA-AACTGTTATT-TTATAACAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTCAAAT
* * * * * * *
22520804 AGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTT-TTTAAATCT
126 ATTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCTTTAAACCT
* * * * * * *
22520854 TTTACTTATTATTGTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
1 CTTA-TTA--ATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAA
* ** * * * *
22520918 -CAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
63 TAAAAACTGTTATTTTATAACAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTCAAATA
* ** * * * * * * *
22520982 ATCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTT-TTTAAATCT
127 TTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCTTTAAACCT
* * * * * * * * * *
22521031 TTTGCTT-ATTATTGTCTTAATATTAATAAACTAGTATGATTTTATTCGAAATAAGCTTCTATGA
1 CTT-ATTAATTATTG---AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGA
* ** * ** * * ** * * * * *
22521095 ACAGAAAA-AATCATTTTACGACAAAACAAATGGTTATAGTAGTTTCAAATAAATAAATTGTTGA
62 ATA-AAAACTGTTATTTTATAACAAAA-AAA-AGTCATAACAATTTGAAAAAAAT-AATTGCTCA
* * * * * * * * *
22521159 AATAGTT-ATAATTATTTAAACTTGTT-TAGTAAA-CAATTCATTT-TTCAAATCT
123 AATA-TTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGA-TAAATAAATTTATTTCTTTAAACCT
* * * * * *** * *
22521211 CTTAATTATTATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA
1 CTT-ATTA--ATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAA
* * * * * **
22521276 CTTGAAATAA-T-TT-TTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGAT-ATGTATTC
63 --T-AAA-AACTGTTATTTTATAACAAAA-AAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAAT-TGCTC
* * * ** * * * ** **
22521337 AAATAATCATGACTGTTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTT-TAAAAAAATTTT
122 AAATATTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCT--TTAAA-CCT
* * * *
22521394 AGTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATA
1 -CTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAATA
*
22521459 AAAACTGTTATTTTATAACAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTGAAAT-TGT
65 AAAACTGTTATTTTATAACAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTCAAATAT-T
22521523 CATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCTTTAAACCT
129 CATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCTTTAAACCT
* * * **
22521571 CTTATTAATTTTTG-AATATTAGTAGATTAGT-TT-TTTTTTTCCAAACAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAATAA
* * * * * * *
22521633 AAACAT-TTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAT
66 AAAC-TGTTATTTTATAACAAAA--AAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTCAAATAT
*
22521697 TCATAATTATTTGAA
128 TCATAACTATTTGAA
22521712 CTAGTTAAGT
Statistics
Matches: 1088, Mismatches: 233, Indels: 152
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 50 0.05
174 14 0.01
175 66 0.06
176 44 0.04
177 121 0.11
178 164 0.15
179 157 0.14
180 155 0.14
181 252 0.23
182 38 0.03
183 18 0.02
184 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
CTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAATAA
AAACTGTTATTTTATAACAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGCTCAAATATTCA
TAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAAATTTATTTCTTTAAACCT
Found at i:22522237 original size:533 final size:516
Alignment explanation
Indices: 22521671--22522710 Score: 1156
Period size: 533 Copynumber: 2.0 Consensus size: 516
22521661 GTCATAACGA
** * *
22521671 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTCAACTAATTAAGTAAA-AAAATTA-TT
* * *
22521736 TTTAAATCCTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAA
64 TTTAAAT-C---ACATATT-ATTTCTAAAATATTAAT-AATT-AGTATTATTTAATTATGAACAA
* *
22521800 GATAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAG-TGATTTGAAATAGATAACTAT
122 GATAGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATGATTTGAAATAGATAACTAT
* * * * * * *
22521862 TCATATAGTCTTAACTATTGGAATTAGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
187 TCATATACTCTTAACTATTGAAACTACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
* * *
22521927 TAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAATA
252 TAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAA-A
* * * * * *
22521991 ATTGTTTTATGACAGAACACAATGTTAGAATGATTTGAAATATACAATTATTCAAATAGTTATAA
316 ATTATTTTATAACAGAACAAAATGTTAGAACGATTTGAAATAGACAA-TATTCAAATAG---GAA
* * **
22522056 TTATTTACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCT-TATACTTATTAAAATTTTAAAGAT
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * **
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* * *
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* * *
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* * *
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** ** * *
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* *
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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AAGAAAATTGATA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * ** *
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** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
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* * ** * * *
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* ** * *
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* *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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** * * ** * *
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* * * ** * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * * * * * ** *
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* *
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* * * * * **
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* * * * * * *
22548776 TAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTAT-GAAACAAGTTC
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* * * * *
22548840 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTGTATATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTTT
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* * * * * *
22548895 TTTGTCACAAAACAATTG-TTTCATTTCATAAAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTACTTTA
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* ** * * * * *
22548958 TTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTGGAA-CTAGTT
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* * * *
22549020 CAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGT
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGT
* * * *
22549075 TTTTTCATAAAACAATCT-TTTTTGA-TCATACAAGGTTA-T-ATGGACAAAATAATACTAATTT
1 TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * * *
22549136 AATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTGAGAGATTTTAAAAATAAATATATTTGTTGAACCAGTTCA
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* * * * *
22549197 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTTAT
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGT
* * * * * * * *
22549251 TTAGTCCTATAATAATTG-TTTCAGTTTATACATGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
22549315 TAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAAT-AAGTTCA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAA-TTCA
* * *
22549379 AAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATG-ACATTTTGT
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGT
* * * * * *
22549433 TTTGTCAT-AAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAGTACTACTTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
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65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATC-GAATCAA-TTC
* * * * * * * * *
22549558 AAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGT
*
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1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
22549636 AAAAATAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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** ** * * *
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* * * * * * * * * *
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192 AACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* *
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* * ** * *
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* ** * * * ** * *
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383 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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575 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATATA-AG-AGATTTAA-AAA
* * * * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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1 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * *
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66 AATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAATTTACCGAATCAATTCAAAT
* * * * *
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131 AGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACA
* * *
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196 ATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* *
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* * * * * *
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322 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * *
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387 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * * *
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451 TTTAAAAAAAAATATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
22546730 TCGAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGG
516 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTCGA
* *
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580 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
22546858 TTCACCAAACTAGTTCAATTAGAT-ATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGAC
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*
22546922 CATTTGT
709 CTTTTGT
* * * ** * * * *
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1 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
22546994 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATC--TGTTAGCTTG-ACCAATGCA
66 AATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAAT-TTA-C-CGAATCAATTCA
** * * * * *
22547056 AATAGTTATATTTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAA
128 AATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAA
** * *
22547121 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAGTTCTAATTTATTAATATTTCAAA
193 ACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
22547186 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAACAATTATGATTA
257 AATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * *
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319 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTAT
* * * * * *
22547316 TCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAATAA
384 TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAA
* * * * * ** *
22547380 AAGATTTAAAAAATAACTATGTTTTTCGAATAAATTCCAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTAT
447 AAGATTTAAAAAA-AAATATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTAT
* * *
22547445 TTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAT-TTTTT-TTCATACAAGCTT
511 CTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGCTT
* * * * **
22547508 ATTCGAATTAAAATAATATTAATTCATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTTAAAA
575 -TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAA
** * * *
22547573 TAAATATGTTTATTGAACAAGTTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
637 TAAATATGTTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATC
*
22547637 GTTATGACCTTTTAT
701 GTTATGACCTTTTGT
** * * * * * *
22547652 TTCATCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
22547716 TAATATTTCAAAAATTAATG-AGTAAGAGATTTAATAAAT---T-TATTTACC-AAACAAGTTCC
65 TAATATTTTAAAAATTAA-GAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAATTTACCGAATCAA-TTCA
* * * * * * * *
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128 AATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTTTTATTTTGTCATAA
* * * * *
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192 AACAATTGTTT-T-TATCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
*
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** * ** * * * *
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* * * * * **
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379 TCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAA
* * * * * * * *
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443 GTAAAAGATTTAAAAAAAAATATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
22548148 TATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAATGCAAG
508 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAG
* * * *
22548212 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAA
572 CTT-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA--TAAGAGATTTAAA
* * * * * *
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634 AAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTA-TTTAAA
22548342 AT-GTTATGACCTTTTGT
698 ATCGTTATGACCTTTTGT
* **
22548359 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * * *
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** *
22548484 TAGTTATTA-CTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATG-A-TGTTTATTTTGTCATAAA
130 TAGTTA-TAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT-TTTATTTTGTCATAAA
* * * * *
22548546 ACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
193 ACAATTGTTT-TTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * ** ** * *
22548611 AATT-A-A-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCGGTTTAAATAGTTAAGACTAT
257 AATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TT-ACGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-
* * *
22548673 TAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTC-AG
319 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTA-
* * ** * * *
22548736 TTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAA
383 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG-AAAATTAATAAGTAA
* * * * ** *
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447 AAGATTT-AAAAA-A-AAATATGTTTGTCG-AACAAGTTCAAATAGT-TAAGATTATTTGAACAA
* * * * * * *
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507 TTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TTGTTCATACA
* * * * ** * *
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570 AGCTT-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT--ATAAGAGATTTA
* *** * * * * *
22548991 AAAACTAAAGT-TGTTTTTTGGAACTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAAATAT-TAAT
632 AAAAATAAA-TATG-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTAAATAATTATCT-AT
* * * *
22549053 CTCAAATCATTATGATC-TTTGT
693 TTAAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * ** *
22549075 TTTTTCATAAAACAATCT-TTTTTGA-TCATACAAGGTTA-T-ATGGACAAAATAATACTAATTT
1 TTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * *** * *
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63 ATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCA-ATTTACCGAATCAATTC
* * * * * *
22549196 AAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTTATTTAGTCCT
127 AAATAGTTATAG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTATTTTGTCAT
* * * * *
22549259 ATAATAATTGTTTCAGTT-T-ATACATGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
190 AAAACAATTGTTT---TTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
22549322 CCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAAGAGTT
252 TCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTG-TTA-CGAACT-AGTTCAAATAGTT
* * * * * *
22549386 ATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTG
312 ATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTA
* * * * * * * *
22549450 TTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAGTACTACTTTATTATTATTTCCAAAGTTAA
377 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAA
* * * * * * * *** *
22549514 TAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAG-TTGACTAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTA
440 TAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATAT-GTTTGTC-GAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTG
* * * * * *
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502 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
22549635 AAAAAATAAA
Statistics
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AGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTACGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAC
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
AAAAAAATATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
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1 AATAATTATACTATTTG
22550558 AA
1 AA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * ** * * ** * * *
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66 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
22550648 A-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AAT-AA-A--TCTACCCAACCA
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* ** * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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130 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* * * * *
22550874 AGTTCAAATGGTCATGAGTATTTAAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
22550938 TAATAAAACAATTGTTTCAATTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
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* * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
22551118 CCATAAAACAATTGGTTCTGTTCGTCCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * *
22551182 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATA
128 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* *
22551234 CGTTCAAATTGTTATGAC
1 AGTTCAAATAGTTATGAC
22551252 CTTTACTTTT
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 143, Indels: 65
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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183 56 0.08
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
Found at i:22551219 original size:537 final size:538
Alignment explanation
Indices: 22550167--22551204 Score: 1391
Period size: 537 Copynumber: 1.9 Consensus size: 538
22550157 GTTCAAATAG
* * *
22550167 TTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTATGTTATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTATGTCATAAAACAAT
* * *
22550232 AGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTA
66 AGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAAGTA
* *
22550297 ATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATATTCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGA
131 ATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATATTCTTACCGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAA
***
22550362 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTTTGGTTCATA
196 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTTCAATTCATA
* * *
22550427 TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTGTAAAAATTAATAATTAAGAGATT
261 TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
22550492 TAAAAAATGAATTTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
326 TAAAAAATGAATCTATTTAACCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
* * * * **
22550557 GAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
391 AAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
22550622 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAATAAATCTAC
456 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAATAAATCTAC
22550687 CCAACCAAGCTCAAATCT
521 CCAACCAAGCTCAAATCT
22550705 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT-TT-TGTCATAAAACA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TATTATGTCATAAAACA
* ** **
22550768 ATTA-TTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAA
64 A-TAGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAA
* * * * * * *
22550831 GTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATATGT-TTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTAT
128 GTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCGAACAAGATCAAATAGTCATGACTAT
* * **
22550895 TTAAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAAT
192 TTAAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTTCAAT
* ** * * *
22550959 TTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAG
256 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
22551024 AGA-TTAAAAAATTAATCTATTT-ACCAATCATGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAACAATTAT
321 AGATTTAAAAAATGAATCTATTTAACCAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTAT
* * * *
22551087 CTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAA-CA-ATTGGTTCTGTTCGTCCAAGC
385 CTATTT-AAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGC
*
22551149 TTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAA
449 TTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAA
22551205 ATTTAAAAAA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 57, Indels: 22
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
534 63 0.15
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540 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTATGTCATAAAACAAT
AGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAAGTA
ATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATATTCTTACCGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAA
ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTTCAATTCATA
TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATGAATCTATTTAACCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
AAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAATAAATCTAC
CCAACCAAGCTCAAATCT
Found at i:22551535 original size:324 final size:324
Alignment explanation
Indices: 22550946--22551566 Score: 797
Period size: 324 Copynumber: 1.9 Consensus size: 324
22550936 TGTAATAAAA
* * * * *
22550946 CAATTGTTTCAATTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
1 CAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTAGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
* * * * **
22551011 ATTAATGAGTAAGAGATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGATTATC
66 ATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCATGTTCAAATAGTTATGACCATC
* * *
22551076 TGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGGTTCTGTTC
131 TAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTAGTTTTGCCATAAAACAATTGGTTCTATTC
* * **
22551141 GTCCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
196 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * *
22551206 TTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATACGTTCAAATTGTTATGACCTTTACTTTTTCATAAGC
261 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATTGTTATGACCTTTACTTTTTCATAAGC
22551270 CAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAG-AACAAAATAATACTAATTTATTACA-ATTCAAA
1 CAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATT-AGAAACAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTCAAA
* * ** *
22551332 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCGA-GTTCGAATAGTTATGAC
64 AAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGC-ATGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
22551396 CATTTAAATAATTATTTATTTC-AAATCATTTTGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
127 CATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTAGTTTTGCCATAAAACAATTGGTTC
*
22551460 TATTCATACAA-CTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAG
191 TATTCATACAAGC-TTATTTAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
** *
22551523 TTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
255 -TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
22551567 AGTCATGTCT
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 37, Indels: 14
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
323 76 0.30
324 176 0.70
325 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (324 bp):
CAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTAGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCATGTTCAAATAGTTATGACCATC
TAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTAGTTTTGCCATAAAACAATTGGTTCTATTC
ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATTGTTATGACCTTTACTTTTTCATAAGC
Found at i:22551598 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22551270--22552478 Score: 925
Period size: 180 Copynumber: 6.8 Consensus size: 179
22551260 TTTCATAAGC
* *
22551270 CAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTATTACA-ATTCAAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTC-AAA
* * * * * *
22551333 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCGAGTTCGAATAGTTATGACCA
63 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
22551398 TTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTTTGTCATAAAA
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
22551450 CAATTGTTTCTATTCATACAACTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAC-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
** * *
22551515 TTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATT
65 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
**
22551580 TGAATTATTATCTATTTCAAATC-TTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAA
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT-TGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
** *
22551630 TGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAAT---A-AA-A-T-A---A-T-AT-TTCAAAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATAC-AACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
* ** * * *
22551682 TTAATAAG--A-A-ATTTAAGAGTTAAATCTGTTTATC-GAACCAA-TTCAAATACTTATGGCTA
65 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
22551741 TTTGAACAATTATCCATCTCAAATTATTATGAT-ATTTGTTTTGTAATAAAA
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
22551792 CAAATGCTTCTGTTCATACAAACTTATT-ATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATAC-AACTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAA
* * * * * *
22551856 AA-T--TAA-TAAGAGCTTCAAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACT
63 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
22551916 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTT-ACCTTTTGTTTAT-TCATGAAA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGATCTTTTGTTT-TGTCATAAAA
* * ** *
22551969 CAATTATTTC-AGTTCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAATATTTGAAA
1 CAATTGTTTCTA-TTCATACAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
* * * * * *
22552033 AATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAAATT-TG
63 AATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
** * * * *
22552096 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAA
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
22552152 CAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA
1 CAATTGTTTCTA-TTCAT-ACAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
* *
22552216 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTAT-TTT-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
63 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
22552278 TATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAATC-TTTATGAT-TTTTGTTTTCTCATAAAA
126 TATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTT-TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
22552331 TAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAA
1 CAATTGTTTCT-ATTCATACAA-CTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAA
* * * * * * * *
22552394 AAATTAGT--G-AA-AGATTT-AAAAATAAATGTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACC
62 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** *
22552454 ATTAAAATAATTATCTATTTCAAAT
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
22552479 TATTCTAACC
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 139, Indels: 135
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 41 0.05
163 59 0.07
164 7 0.01
165 1 0.00
166 1 0.00
167 15 0.02
168 3 0.00
169 2 0.00
170 1 0.00
172 1 0.00
173 7 0.01
174 7 0.01
175 59 0.07
176 77 0.09
177 61 0.07
178 13 0.02
179 77 0.09
180 182 0.22
181 57 0.07
182 11 0.01
183 137 0.17
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
CAATTGTTTCTATTCATACAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
Found at i:22552397 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22551723--22552492 Score: 650
Period size: 183 Copynumber: 4.3 Consensus size: 180
22551713 ATCGAACCAA
* * * *
22551723 TTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCT-TTTGTTTTGTA
* * * * * *
22551786 ATAAAACAAATGCTTCTGTTCATACAAACTTATTATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTATGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * *
22551851 CCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTCAAAAAATAAATGTGTTAAT-TGAACCAA
130 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATGTATT-TTCTGAACTAG
* * * * * *
22551899 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT-TGTA
* * * * * ** *
22551963 ATGAAACAATTATTTCAGTTCATTCAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATTGTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATT-ATGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
** * * * * *
22552027 TTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAG
129 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AAAAATAAATGTATTT-TCTGAACTAG
* * *
22552082 TTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
22552145 AATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCA-AAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
64 AATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAACTTATT-ATGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* *
22552208 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTAAA-GTTATTTTCTGAACTAG
127 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATG-TATTTTCTGAACTAG
* * *
22552262 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAATCT-TTATGA-TTTTTGTTTTCT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAAT-TATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
22552324 CATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAATAATATTAATTTAATAATA
64 AATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTATGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
22552388 TTCCAAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAATAAATGTATTTGCCGAACTAG
128 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTATTTTCTGAACTAG
* * ** * * *
22552437 TTCAAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
22552493 ATTAATATTT
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 88, Indels: 60
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 63 0.13
176 51 0.11
177 64 0.13
178 8 0.02
179 78 0.16
180 53 0.11
181 11 0.02
182 4 0.01
183 140 0.29
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTAA
TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTATGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTATTTTCTGAACTAG
Found at i:22553149 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 22552490--22554016 Score: 1378
Period size: 359 Copynumber: 4.2 Consensus size: 359
22552480 ATTCTAACCT
* * *
22552490 TTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTGTTTACCAAACCTT
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA--TT
* * * * * *
22552554 --TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAATTCATTATAACCATTTATTTTGT
63 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
22552617 CATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTA--TTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTAACAATAT
128 CATAAAACAATTGTTTCTAATCATA-AAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
** * * * * * * * * *
22552680 TTTGACACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCAAATTGCTAAACCATTTCAAATAG-TA
192 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTA
* * *
22552744 AGACTA-TATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
256 A-ACTATTA-GAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
22552808 TTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
319 TTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
22552849 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGT
* * * *
22552914 TCAAATAATTATGACTATTT-AAGCAATTATC-AATCCAATTCGTTA-AGATC-TTTGTTTTGTC
66 TCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTCCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTC
* *
22552975 ATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAGCTTATTTAGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATT
129 ATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAGCTTATTCA-TAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * ** *
22553039 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
193 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTT-A
* * * * * * * *
22553104 AACTATTAAAATAATTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTT
256 AACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * *
22553169 TCATATCTTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAA
321 TTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * **
22553208 TTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAG-TTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAG
* * * * ** *
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* * * * * * **
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* * * *
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** * * * * * * *
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** *
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* * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAATTAG
* * * ** * * *
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65 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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321 T-T-TTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * * * *
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* * *
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TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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* * *
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** *
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* * *
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* * * * * * *
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* **
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* **** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * ** *
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* * * *** *
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* * * *
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Statistics
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AAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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*
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*
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* * * * * * * * ** * *
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* * * **
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****
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * *
22553562 TAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAGTAAAT-TGGTTTA
251 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTA
** *** * * *
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* * * ** **
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* * * *
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* * *
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* *
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* ** * * *
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* ** *
22553975 TTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATTTATTTTAAATCATT
130 TTTGTTT-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATTTATTTAAAATCATT
22554038 TTTGTTTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAAT
TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAGTT
CAAATAATTAAAACTATTAAAACAATTATATATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTTAGA
AAACAATTGTTTCATATCTTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATCTCA
AAAATTAATAAGGAAAAGTTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTATAACT
ATTTGAACAAATATATAC
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22556412 TCAACTTTTC
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1 CTTAAAAATATTATT
*
22556437 CTTAAAAATTTTATT
1 CTTAAAAATATTATT
22556452 TTATATTATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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* *
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22556557 AGACCAAAAA
Statistics
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**
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*
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1 AAAATAAAAAAAAGACAAAAAAAA
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Statistics
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* * * *
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* *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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22559892 TTGCTTTTCT
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 77, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 22559447--22559862 Score: 338
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* * *
22559447 AGAGGCTCAACAACTTTGGAAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAAC
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*
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* * * *
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1 TTTTTTCA
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
22578836 AAGTGATTTAAAAAATAAATC-CTTTACCAAATTAGTTGAAATAATTATGG
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAATTATGA
* * ** * * ** *
22578886 CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTACGTTTTG-TTTGTCATGTAACAATTATT
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** * * * *
22578950 T-TTTATCGTACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTT-AAAAATTTAAT
64 TCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAAT
* * * * *
22579013 AAGTATA-AGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATCAG-T-AAATAATTATAA
127 AACTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * * * * *
22579066 CTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTCTAACATTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
22579131 TGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAC
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* * ** * * * * *
22579194 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAATTCCAATAGTTAAGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAATTATGA
* * * *
22579246 CTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATC------A-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * **
22579303 AATTCATACTAGCTTATTCATAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATG
66 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* * *
22579367 TAA-AGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA-CTTAACTAGTTCAAATAATTATGA
130 TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC-AGTTCAAATAATTATGA
* * * *
22579419 ATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* * * * *** * *
22579484 TA-TTCATATAAGTTTGTTTGGAA-AAAA-AATACTAATCTACTAATA-TTCAAAAA-T--TAA-
65 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* * * **
22579541 TAAGAGGTTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCACTTCAAATGGTTATGA
130 TAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAATTATGA
* * * * ** * * **
22579594 CAATTTCAACAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTTATAAAATAACAGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* * ** * *
22579657 TA-TTCATACAAGCTTGTTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAC
65 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* ** ** * * * *
22579721 TAAAATTTTTTTAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAACAATCATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAATTATGA
* * * *
22579773 TTATTTGAATACA-TATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATT
1 CTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
22579836 TCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
22579901 TTAAGAGATTTGAAAAATGAAT-TGTTTA-CTAAACAAGTTTAAATAATTATAA
129 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC-AGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * ** *
22579953 CTATTTCAACAATTTATTTATTTGAAA-CTACTATAACCATTTGTTTTGTCGTAAAATGATTTTT
1 CTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
22580017 TCTGTTCATAGAAGCTTATTTC-GAATAAAATCATACTAGTTTATTAATA-TT-AAGACAATTAA
64 TCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * * **
22580079 TAAGC-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGA
126 TAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAATTATGA
* * ** *
22580135 TTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * *
22580199 -TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
65 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* * * * * *
22580262 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
22580314 CTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTGTAACCCTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * * * *
22580379 AGTTCATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGT
66 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT
* * * * * * *
22580444 AAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTATTGAATATGTTCAAATAGTTATGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-GTTCAAATAATTATGA
* * * * *
22580495 CTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTT
* ***
22580559 -ATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 CA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
22580622 AGC-AA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAATTATGA
128 A-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA-GTTCAAATAATTATGA
* * * *
22580675 CTATTTGGAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATT-TTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * * * *
22580739 TGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATTATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTATTAAAT
66 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT
* * * * *
22580804 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAAAGAGTTTAAATAGTTATGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G-AACAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * *
22580855 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** ** *
22580920 TA-CTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
66 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* ** * * * * *
22580983 GTTGGAGA-TTGAAAAATAAATCTGTTAATCAAATAAGTTCAAATAGTTAT-A
129 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * *
22581034 TCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAA-CTGTTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAACAATTG-T
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * *
22581097 TGA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAATT--TAA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
22581158 -TAAGAGATTCAAAAACT-AATCTATTTATTGAACCAATTCAAATTATTATGA
129 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAATTATGA
22581209 TCTTTGTTTT
Statistics
Matches: 1994, Mismatches: 408, Indels: 196
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 22 0.01
173 152 0.08
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175 125 0.06
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182 54 0.03
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAGTTCAAATAATTATGA
Found at i:22580238 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 22578025--22581161 Score: 2365
Period size: 541 Copynumber: 5.9 Consensus size: 538
22578015 TTGTCAAAAT
* * * * *
22578025 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATACTTTTTTTTAGTTCATACAATCTTATTTGAA
1 AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAA
*
22578090 ATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATACAC-AAGAA-ATTTTAAAAAATAA
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA-ACTAA-AAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
22578152 ATCTGTTTA-CGGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTGTTTAAAATA-AA
124 ATATGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTA
* * * * *
22578215 TATACCTTTTGTTTTATTAGAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTA-TCTAAAATAAAATA
188 TA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTC-AAAATAAAATA
* * * * * **
22578279 ATACTACTTTATTAATAGTT-CAAAAATTGATAAGTT-AGAAATTTAAAAAATAAGTCAATTTA-
251 ATATTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC
* * ** * * * * ** *
22578341 TCAAATCGA-TTCAAATAACTATTGC-CTTTCAAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTACAAACT
313 T-AAA-CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTC-AACAATTATCTATTTCAAAACTACTATTACCT
* * * ** * * *
22578403 TTCG-TTTGTCATAAAACAATTAGTTTTCATCATATAAGCCTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
375 TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAA
** * * *
22578466 TTTATTAATATTC-AAAATGTAATTTGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-----AC----
438 TTTATTAATATTCAAAAAT-TAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGT
**
22578521 T---AT-ATTAGTTCCTATTTGAAC-ATTATCTATTTC
502 TCAAATAATTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
22578554 AAATCGTTATAACATTTTATTCTATTATAAAATAATT-TTTCAGTTCATATAAGCATA-TTCAGA
1 AAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGA-A
* * *
22578617 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * *
22578682 GTTTGTCGAAGC-AGTTTAAACAATTAAGAGTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
128 GTTTATCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAA
* * * * *
22578746 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTGTTCAAAATTAAATAATACT
191 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATT
* * ** * **
22578811 AA-TTATTAATATT-CTAAAA--AATAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCCTTTACCAAATTAG
256 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAG
* ** * * ** *
22578871 TTGAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTACGTTTTG-TTTGT
321 TTCAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTC-AAAACTACTATTACCTTTTGTTTTGT
** * * * * *
22578935 CATGTAACAATTATTTTT-TATCGTACAAGTTTA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
385 CATAAAATAATT-TTTTTGT-TCATAGAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
22578998 CTTTAAAAATTTAATAAGTATAAGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATC-AG-T-AAATAA
447 ATTCAAAAA-TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAA
* * * * *
22579060 TTATAACTATTTGAATAATTGTATACTTC
510 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
22579089 AAATCATTCTAACATTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAA
1 AAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
22579153 TAAAATAATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* ** * * * * * * *
22579217 ATTTGCCAAACTAATTCCAATAGTTAAGACTATATGAATAGTTATCTATTTC--A-A--ATCA-C
128 GTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATAACC
* * * * *
22579276 TTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACT-AGCTTATTCATAATAAAATAAAATGA
193 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
** * * * *
22579339 ATTTATTAATATTTTAGAAATTAAT-ATGTAA-AGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACT
257 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAT-TAAGA-GATTTAAAAAATAA-ATTGTTTACTAAACA
* * * *
22579402 AGTTCAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT--TATGACCTTTCGTTT
319 AGTTCAAATAATTAT-AACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAC-TACTATTACCTTTTGTTT
* * * * * * * * *
22579464 TGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAA-AAAA-AATACTAATCTACTAA
382 TGTCATAAAA-TAATTTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * **
22579527 TATTCAAAAATTAATAAG----AGGTTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCACTTCAAATGG
446 TATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAA-AAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAA
* * * *
22579588 TTATGACAATTTCAACAATTATTTCTTTC
510 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * * * *
22579617 AAATTGTTATGACTTTT-TTTTGTTATAAAATAACAGTTTTTATTCATACAAGCTTGTTCGGATT
1 AAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* ** **
22579681 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAACTAAAATTTTTTTAAAATAAATATGT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * *
22579746 TTATCGAACTAGATCAAACAATCATGATTATTTGAATACA-TATCTATTTCAAATAGTTATGACC
130 TTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATA-TTATAACC
* *
22579810 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
193 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
* * *
22579875 GTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATGAATTGTTTACTAAACAAGTT
258 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTT
* * * * * *
22579940 TAAATAATTATAACTATTTCAACAATTTATTTATTT-GAAACTACTATAACCATTTGTTTTGTCG
323 CAAATAATTATAACTATTTCAACAA-TTATCTATTTCAAAACTACTATTACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
22580004 TAAAATGATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTCGAATAAAATCATACTAGTTTATTAATATT-
387 TAAAATAATTTTTT-TGTTCATAGAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* **
22580068 AAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTAT
451 AA-A-AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
* *
22580133 GATTATTTGAACAATTATTTATTTC
514 GACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*
22580158 AAATTGTTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
1 AAATCGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
22580223 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * *
22580287 TTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTGTAACCC
130 TTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCT
* * * * ** *
22580352 TTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
194 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAT
* * * * * * * * * *
22580417 TTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTATTGAATATGTT
259 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTACTAAACAAGTT
* * * * *
22580482 CAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAC-ATTATTACCTTTTGTTTT-TCCA
323 CAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAAACTACTATTACCTTTTGTTTTGT-CA
* * *
22580545 TAAAATAATTGGTTATGTTCAT-GCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
387 TAAAATAATT-TTTTTGTTCATAG-AAGCTTATTTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-
* * * *
22580608 TTCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAATTA
448 TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA
* *
22580672 TGACTATTTGGAGAATTATCTATTTC
513 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
22580698 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAA
1 AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
22580762 TAAAATTATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * *
22580827 TTTA-CTGAAAGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATAAT
129 TTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAAC
* * * ** **
22580891 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-CTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATATT
192 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATT
* * * * *
22580955 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-GGAGA-TTGAAAAATAAATCTG-TTAATCAAAT
256 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACT-AAAC
* * * * * * * * ** * *
22581017 AAGTTCAAATAGTTATATCCATTTGAACTATCATTTGTTTC-AAACTGTTATGACATTTTGTTTT
318 AAGTTCAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAAACTACTATTACCTTTTGTTTT
* * * * ** * * *
22581081 TTCATAAAACAA--TTGTTGATTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAAAAATACTAATTTTTTAA
383 GTCATAAAATAATTTTTTTG-TTCATAGAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
22581143 TATTTCAAAATTTAATAAG
446 TA-TTCAAAAATTAATAAG
22581162 AGATTCAAAA
Statistics
Matches: 2104, Mismatches: 395, Indels: 209
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
520 1 0.00
521 36 0.02
522 23 0.01
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524 33 0.02
525 16 0.01
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530 25 0.01
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540 192 0.09
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
AAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
TATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
ATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTTCAA
ATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAAACTACTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ATAATTTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTC
Found at i:22581000 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 22578025--22581161 Score: 2097
Period size: 360 Copynumber: 8.8 Consensus size: 359
22578015 TTGTCAAAAT
* * * * * * *
22578025 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATACTTTTTTTTAGTTCATACAATCTTATTTGAA
1 AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA
* ** *
22578090 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AGAAAATTAATACA-CAAGAAATTTTAAAAAATAAA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATA-AGTTAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * * *
22578153 TCTGTTTACGGAGTA-AGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTGTTTAAAATAAATA
126 T-TATTTTC-TA-AACAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * ** * * *
22578217 T-ACCTTTTGTTTTATTAGAAAA-CAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTA-TCTAAAATAAAATA
188 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATA
* * * * * ***
22578279 ATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATAAGTTAGAA-ATTTAAAAAATAAGTCAATTTA-T
251 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * ** *
22578342 CAAATCGA-TTCAAATAACTATTGCCT-TTCAAATAATTATCTATTTC
315 GAAA--GAGTTCAAATAATTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * **
22578388 AAATCATTACAAACTTTCG-TTTGTCATAAAACAATTAGTTT-TCA-TCATATAAGCCTATTCAA
1 AAATCGTTA-TGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA
** *
22578450 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--AAAATGTAATTTGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT-TAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * *
22578513 CTA--TT-T--AC---T---AT-ATTAGTTCCTATTTGAAC-ATTATCTATTTCAAATCGTTATA
127 -TATTTTCTAAACAGTTCAAATAATTA-TGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * * ** * *
22578565 ACATTTTATTCTATTATAAAAT-AATTTTTCAGTTCATATAAGCATATTCAGAATAAAATAATAC
190 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * *
22578629 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GTCG-AA
255 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAA
* * * * *
22578692 GCAGTTTAAACAATTAAGAGTATATGAACAATTATCTATTTC
319 G-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * **
22578734 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTGTTCAAA
1 AAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA
* * **
22578798 ATTAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAAATAATAAG-T---GATTTAAAAAATAAATCC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTA
* * * * * * ** *
22578858 TTTACCAAATTAGTTGAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTA
129 TTTTCTAAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATAA
* ** * * *
22578923 CGTTTTG-TTTGTCATGTAA-CAATTATTTTT-TATCGTACAAGTTTATTCATAATAAAATAATA
191 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATT-TTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * *
22578985 CTAATTTATTAATCTTT-AAAAATTTAATAAGTATAAGATTTAACAAATAAATCTATTTA-TCAA
254 CTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
* * * * * *
22579048 ATCAG-T-AAATAATTATAACTATTTGAATAATTGTATACTTC
318 A-GAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
22579089 AAATCATTCTAACATTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAA
1 AAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
22579153 TAAAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA-TTA
* * * * * * * * * *
22579218 TTTGCCAAACTAATTCCAATAGTTAAGACTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATC------A-C
129 TTTTCTAAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* *** * * *
22579276 TTTTATTTTGTCATAAAA-CAATTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCATAATAAAATAA-AATGA
193 TTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-A
* * * * * * **
22579339 ATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTAAAGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACTAG
257 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAGAG
*
22579404 TTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
322 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
22579442 AAATCGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAA
1 AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* *
22579507 -AAAA-AATACTAATCTACTAATATTC-AAAAATTAATAAG--AG-G-TTTAAAGAAATAAATCT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAA-AAATAAAT-T
* * * ** * * * ** *
22579565 ATTTATCGAACCACTTCAAATGGTTATGACAATTTCAACAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGA-
128 ATTT-TCTAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* ** * * * *
22579629 CTTTT-TTTTGTTATAAAAT-AACAGTTTTTATTCATACAAGCTTGTTCGGATTAAAATAATACT
192 CTTTTGTTTTGTCATAAAATCAA-TTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * ** ** * **
22579692 AATTTATTAATATTTCAATAATTAATAACTAAAATTTTTTTAAAATAAATATGTTTA-TCGAACT
256 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAAG
* * * * *
22579756 AGATCAAACAATCATGATTATTTGAATACA-TATCTATTTC
320 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTC
* * * * **
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1 AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * *
22579860 ATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTGAAAAATGAATT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
22579924 GTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTTATTTATTTGAAA-CTACTATA
128 ATTTTCTAAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAA-TTATCTATTTCAAATC-ATTATA
* * * * *
22579988 ACCATTTGTTTTGTCGTAAAAT-GATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTC-GAATAAAATCAT
190 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT
* * * *
22580051 ACTAGTTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-C
253 ACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG
* ** * *
22580113 AAACAAGTTCAAATCTTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTC
316 AAA-GAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
22580158 AAATTGTTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * *
22580222 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
* * * * * * *
22580285 ATTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTGTAA
128 ATTTTCT-AAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * ** * * * *
22580349 CCCTTTGTTTTATAATAAAA-CAATTGTTTCAGTTCATATATGTTTATT-TGAAATAAAATAATA
191 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * * * * * * *
22580412 CTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTATTGAAT
254 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-
* * *
22580477 A-TGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTC
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* * * * * * * *
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1 AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGA
* * *
22580581 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-CAAAAATTTAAAAAATAAA
63 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** *
22580643 TATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAATTATGACTATTTGGAGAATTATCTATTTCAAATCATTAT
126 T-TATTTTCTAAACA-GTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
22580708 GACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATTATA
189 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * *
22580772 CTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAA
254 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAA
* * * *
22580837 GAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
319 GAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * **
22580878 AAATCGTTATAATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAATTTTATTTGAAA
1 AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
22580943 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATCTG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
* * * * * * * * * * *
22581007 TTAATC-AAATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAA-CTGTTATG
129 TT-TTCTAAA-CAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATA
* * * ** * *
22581069 ACATTTTGTTTTTTCATAAAA-CAA--TTGTTGATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAAAATA
190 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* *
22581131 CTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAAG
254 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
22581162 AGATTCAAAA
Statistics
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0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
AAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTATT
TTCTAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
TGTTTTGTCATAAAATCAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAGAGTTCA
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
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22581419 CATATATGCT
* * * * * *
22581429 TATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATACA-TAAGAAATTGAAA
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* * * * *** ** *
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** * *
22581556 ATAAATATG-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACTATTATTCCAATTCATA-AAAGCT
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* * * *
22581610 TTTTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTA-GAGATTTACAA
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* *
22581674 AATAAGTCAGTTTGTCAAATTGGTTCAAATAAGTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
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*** * * *** *
22581739 TGTTATGAAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACACACC
130 AAATATGAAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTCCAATCATACAAACC
* *
22581791 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAGTAGGAGATTTAAAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAGGAGATTTAAAAA
22581856 ATAA
66 ATAA
22581860 ATTTGTTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAGGAGATTTAAAAA
ATAAGTCAGTTTGTCAAATTGGTTCAAATAAGTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATA
AATATGAAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTCCAATCATACAAACC
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22581770 ATTGTTTTTA
* * *
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* * * * *
22581844 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTTGTTCCTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATT
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* *
22581909 ATTATAGCCTTTCGCTCTATTATAAAATAATTG-TTTTAGT
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* * * * * *
22581949 TCATATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAG
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* * * * * *
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** *
22582079 ATTTTTTTTATCATAAAATAATGATTTTAGT
131 ATTTGCTCTATCATAAAATAATGATTTTAGT
* * *
22582110 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACG
1 TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* *
22582175 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT
22582206 AATTCAAATA
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 39, Indels: 12
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.01
161 101 0.47
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168 1 0.00
169 84 0.39
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTGGTTTAAAACAATTACATATTTCAAATCATTATG
ATTTGCTCTATCATAAAATAATGATTTTAGT
Found at i:22582155 original size:161 final size:164
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Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 164
22581709 TGGCTATTTG
* * *
22581719 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--TATC
1 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATG--AATTTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGT-TC
* * *
22581782 ATACACA-CCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAGTAGGA
62 ATACA-AGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
22581846 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTTGTTCCTATTTG
126 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTGGTT-CTA--TA
** * ** ** * *
22581888 AACAATTACCTATTTCAAATTATTATAGCCTTTCGCTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-GAATTT-TTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
* * * * * *
22581953 ATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGAGAT
64 ACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
22582018 TTAAGAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTGGTT-TA-A
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTGGTTCTATA
*
22582052 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATG-ATTTTTTTTATCATAAAATAA-TGATTTTAGTTCATA
1 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAATTTTTTTTATCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATA
* * *
22582115 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATT
65 CAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* *
22582180 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT
22582206 AATTCAAATA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 50, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.01
161 101 0.39
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163 1 0.00
164 22 0.08
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170 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (164 bp):
AACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAATTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
AAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTGGTTCTATA
Found at i:22582371 original size:342 final size:344
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Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 344
22581401 AAATAAATTT
* * * ** *
22581411 TTTTAGTTCATATATGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAA
1 TTTTA-TTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA
* * * * * * * *
22581475 TACA-TAAGAAATTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGA
64 TA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** * * * * * * * ** *
22581539 ACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACTATTATTCCAATTCATA
127 ACAATT-TAAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATA
* * * * * * * * * * * * *
22581604 AAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATT
191 CAAGCCTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAAT
* * * * * * * * *
22581669 TACAAAATAAGTCAGTTTGTCAAATTGGTTCAAATAAGTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTT
256 TAAAAAATAAATCTGTTTG-C-----CG-ACAGAT-AGT-T--ATA-TAGAACAATTATATATTT
*
22581734 CAAATTGTTATGAAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
309 CAAATCGTTATG---ATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TG
* * *
22581774 TTTT-TATCATACACA-CCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTA
1 TTTTAT-TCATACA-AGCCTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
22581837 TAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC---T----T-G-T-T-CCTATTTGAAC
64 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
22581891 AA-TTACCTATTTCAAATTATTATAGCCTTTCGCTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAT
129 AATTTA--AATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAC
* * * * *
22581955 AAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGAGATTT
192 AAGCCTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT
* * *
22582020 AAGAAATAAATCTGTTTGCTGA-AG-TGGTT-TA-A-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA
257 AAAAAATAAATCTGTTTGCCGACAGATAGTTATATAGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA
* *
22582080 TTTT-TTTTATCATAAAATAATG
322 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATG
*
22582102 ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
1 -TTTTA-TTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
*
22582167 TAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
64 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
22582232 CAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
128 CAATT-TAAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAC
** *
22582297 AAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAATT
192 AAGCCTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT
* * *
22582362 AAAAAATAAATTTGTTTGCCGAGCCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTC
257 AAAAAATAAATCTGTTTGCCGA--CAG-----ATAGTT---A-TATA-GAACAATTATATATTTC
* *
22582427 AAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAGAGGTTTG
310 AAATCGTTATGA-TTTTGTTTTGTCATAAAACA---ATG
* * * * *
22582466 TTTGAATTCATACTAGCCTATTTGGAATAAAATAAAA-TGAATTTACTAATATTTCAAAAAAATA
1 TTT-TATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * * * *
22582530 ATAAATAAGATATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
63 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* *
22582595 A-AATTTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
127 ACAATTTA-A-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTTGT
22582635 TTACCTAATC
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 110, Indels: 103
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.00
329 19 0.03
330 90 0.13
331 1 0.00
333 25 0.04
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336 2 0.00
338 1 0.00
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AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
TTTAAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGC
CTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAA
AATAAATCTGTTTGCCGACAGATAGTTATATAGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGATTTT
GTTTTGTCATAAAACAATG
Found at i:22582395 original size:181 final size:178
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* * * * * *
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* * * *
22582115 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATT
65 CAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATT
* * *
22582180 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
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* * *
22582230 AACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* * * * *
22582295 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAA
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* * * * * * ** *
22582360 TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAGCCAGTTCAAATATTTAAAACTATATG
128 TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
** * * * *
22582411 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAGAGGTT-TGTTTGAATTC
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTTTG--TTC
* * * * * * *
22582475 ATACTAGCCTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTACTAATATTTCAAAAAAATAATAAATAAGA
62 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAACT-AATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAAATAAGA
* *
22582540 TATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
125 GATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * *
22582594 AA-AATTTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--T-TACCTAATCATCTTGGTT-
1 AACAATTTA-A-ATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTTTGTTC
* * * *
22582654 -T----G----TTCGAAATAAAGT-AA-TAATTGTCTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAG
62 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAACTAA-T-T-TAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAG
* * * *
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124 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * * * *
22582759 AGCAATTATTTATTT-AAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* * * * * * * * *
22582823 ACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTCAA-AAA
64 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAT-AAGAGA
* * * *** ** *
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127 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * **
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1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCA
* ** * * * *
22583003 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATAATCC-AAAATTAGT-AATAAAGAG
63 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAT-AAGAG
* * * * * *
22583066 ATTCAAAAAATGAATCTATTTACTAAACATA-TTTAAATAATTAT-AATCATTTG
126 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC-TAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTG
* ** * ** * ** *
22583119 AAGAATTATCTATTTGAAAT-AGCATAACCTTTTGTTTTGT-A-AAAA-AAAAATTTATGTTCAT
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* * * * ** * *
22583180 CCAATCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAAATTGTTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAA
64 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACT-AATTTAATAATATTCCAA-A-AATTAATAAATAAGA
* * *
22583242 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-TAAGTTCAAATCATTATGACTATTTG
125 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTG
** ** * ** * * * *
22583296 AGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAGAACAATTATTTATGTTCAT
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* * * * * * *** * * *
22583361 ACAAGTTTA-TTCAGATTAAAACAATATTAATTT-GTAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
64 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA-ACTAATTTAAT-AATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * ** * * *
22583424 GTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAA-TAATTTCAAATAGTCATGACTATTTG
126 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * ** *
22583477 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG-CAATAAAACACTTCTTTCAGTTAA
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTTTGTTCA
* * * * * * * *
22583541 TATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA
63 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGA
* * * * * * * *
22583606 ATTAAATAAA-ACATATGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATAATTATCTG
127 TTTAAA-AAATAAATTTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * ** *
22583658 AATAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCA
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
* *** * * * *
22583723 TACAAGCTTATTTCAAATAAAATATTTTAAATGTATTAATAATCCAAAAATTAATAAGTAA-A-A
63 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGA
*** **** *
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127 -TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTA-GTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * ** * * * * * **
22583839 AAGAATTATCTATTTCAATTTGTTATGACCTTTT-TTTTGGCCATAAACCAATTGTTTCTATTTG
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
* * * * * * * * *
22583903 TAAAACCTTTTTTTGACATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
63 TACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * *
22583968 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-GAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
126 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTG
** * * * * * *
22584021 AACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTT-TTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
** * * * * **
22584085 ACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGAT
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* * * * * * * *
22584150 TTAAAAAATAAATATGTATACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTG
128 TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * * *
22584201 AACTATTATCTATTTCAAATCATAATGAC-ATTGTTTTGT-AGTAAAATAATTGTTTTTGTTCTT
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTATTTTTGTTCAT
* ** ** * * * * *** *
22584264 GCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAA-T--TAAA-AAGAGAT
64 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGAT
* * *
22584325 TTAAAAACA-AAATCTATTTACCAAAAC-AATTCAAATATTTATGACTATTTG
128 TTAAAAA-ATAAATTTATTTACC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * * * *
22584376 AACACTTATCTATCTCAAATCTTTATGA-TCTTTATTTTGTCA-AAAACCAACTGTTTCCT-TTC
1 AACAATT-TAAATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTATTT-TTGTTC
* * * * * * *
22584438 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAGTTAGTAAGTAAGAA
62 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAG
* ** * * * *
22584503 ATTTAAAAAATAAATGTATTTTTCAAACTAGTTCAAGTAATTAAGATTATTAG
126 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * ** * * * * **
22584556 AATAATGATCTATTTCAAATCATTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAATCAATTATTTCAGTTCAT
1 AACAAT-TTAAATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
** * * * * ** * *
22584621 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CATAAAAGTAATGAGCAATACA
64 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTCCA-AAAATTAATAAATAAGAGA
* * * * * *
22584685 TTTAAAAAATTCAATTTGTTTGCCAAACAAGTTGAAATGGATT-TGACTATTTG
127 TTTAAAAAA-TAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAAT-AATTATGACTATTTG
** * **
22584738 AACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTC
1 AACAATT-TAAATTTCAAA-TCATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
* * * * * * * * * **
22584802 ATAAAAACTTCTCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAGTAATAAGCAAGAG
62 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAG
* *
22584866 ATTTAAAAACTAAAGTTATTT
126 ATTTAAAAAATAAATTTATTT
22584887 TTTGAGCCAT
Statistics
Matches: 2062, Mismatches: 480, Indels: 227
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 21 0.01
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Consensus pattern (178 bp):
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AAGCTTATTTGAAATAAAATAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA
AAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
Found at i:22584188 original size:180 final size:181
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Indices: 22582679--22587080 Score: 1777
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* * *
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* * * *
22582739 TAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTT-AAATCGTTATGA-CTTTTTGTTCTGTT-A
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* * *
22582801 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATT
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* * * * * *** * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
22582982 TAAAAGAATTTTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATT
128 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
22583036 TATTAATAATC-CAAAATTAGTAA-TAAAGAGATTCAAAAAATGAATCTATTTACTAAACATA-T
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* * * * * ** *
22583098 TTAAATAATTAT-AATCATTTGAAGAATTATCTATTTGAAAT-AGCATAACC-TTTTGTTTTGT-
64 TCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT-TC
*** * * * * * *
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127 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * *
22583212 TGTTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGT
1 TATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGT
** * * ** * *
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64 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT-TC
* * * * * * * * *
22583338 ATAGAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTA-TTCAGATTAAAACAATATTAATT
127 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * ** * *
22583393 TGTAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAATTTC
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTC
* * * *
22583458 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTCTTTTGCAATA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTTC-ATA
* * * * * * *
22583522 AAACACTTCTTTC-AGTTAATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATATTAATT
130 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
22583574 TATTAACATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAATAAA-ACATATGTTTACCAAATAAGTT
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATATATTTACCAAACAAGTT
* * * * * *
22583638 CAAATAGTTATAATTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTTGTTTTGTCAT
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT-TCAT
* * * ** *
22583703 AAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT-ATTTTAAATG
129 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATT
* * ** **** *
22583756 TATTAATAATCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATACGTTTTGTGAACATGTT
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTT
* * ** **
22583819 CAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAATTTGTTATGACCTTTTT-TTTGGCCAT
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTT-TTCAT
* ** * * * * *
22583883 AAACCAATTGTTTCTATTTGTAAAACCTTTTTTTGACATAAAATAATACAAATT
129 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * ** *
22583937 TATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGTAAGTTT
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTC
* * * *
22584002 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTT-TTTTTCATAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTTCATAA
** *
22584066 AACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATT
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* ** * *
22584117 TATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATATGTATACCAAACAAGTTC
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
22584182 AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATAATGA-C--ATTGTTTTGT-AGT
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT-TCA-T
* * * * * ** ** * *
22584243 AAAATAATTGTTTTTGTTCTTGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTTATA
129 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
22584296 TATTAAGATTTTGATAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTACCAAAACAA-T
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATATATTTACC-AAACAAGT
* * * * * * *
22584355 TCAAATATTTATGACTATTTGAACACTTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTTAT-TTTGTCA-
64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTTCAT
* * *
22584418 AAAACCAACTGTTTCCT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATT
129 AAAA-CAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * ** *
22584472 AAATAATATTCCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTTTCAAACTAGTTC
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * * * *
22584537 AAGTAATTAAGATTATTAGAATAATGATCTATTTCAAATCATT-TTAACTTTTTGTTTAGTCATA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTT-TTCATA
* * **
22584601 AATCAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
130 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * * *
22584653 TATTAACATTC-ATAAAAGTAATGAGCAATACATTTAAAAAATTCAATTTGTTTGCCAAACAAGT
1 TATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATATATTTACCAAACAAGT
* *
22584717 TGAAATGGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGT
64 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTTGTTTT-T
* * * * * * *
22584780 CATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATAAAAACTTCTCTGAAATAAAATAATATTACTT
126 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
22584836 TATTAATATT-TCAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTATTTTTTGAGCCATACA
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TA-TATTT-A-CCAAACA
* * * * * ** **
22584900 AGCTTATTCAAATAAAAATAAT-ACTAATTT-AATAA-TATTCTAGAATTAATAAGAGATTTAAA
61 AG----TTCAAAT---AGTTATGACT-ATTTGAACAATTA-TCT--ATTTCA-AA-TCA-TTATG
** *** * * * * * * *
22584962 AAATAAATGTATTTGCCA-AATCAGTTCAAATAGTTACGACTATT-AGA-ATAGTTATCTATTTC
112 ACCTTTTTGT-TTT-TCATAA--A--AC-AATTGTT---TCTATTCATACA-AG--CT-TATTTG
* ** *
22585024 AAAT--CATTTTGACCT-TTT
163 AAATAAAATAAT-A-CTAATT
** * * * *
22585042 TAGTT-ATATAATAATCATTTCAATTCA-TACA-AGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
1 TA-TTAATATTCTAA-AAATT-AA-TAAGTA-AGAG-AT-TT---AA-AAAATAA-A-T-A--TA
* * ** * * * *
22585104 TTAACATTCAAA-AAATT--AATAGGCATGA-GATTTGAGAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAA
50 TTTAC---CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAAT-TATCTATTT--CAAATC-A
* *** * * * ** * ** * * *
22585164 GTTCA-AATAGTTATGACTATTTC----AACAATTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTAT
107 -TT-ATGACCTTTTTG--TTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGC--TTATTTGA-
* * *
22585224 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCT
164 AATAAAATAA------TA---C-T--AA-TT
* * * * *
22585255 TATCCAAAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAA
1 TAT---TAA-T-AT-TCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACCAA
* * * * * * * * * *
22585319 ATC-AGTTTAAATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAAATCATTATTACC-TTTTG
58 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTTG
* * * * * *
22585382 TTTTATCATAAAATAATTGTTT-TCA-ACGTACAAACTT-TTTCTAAATAAAATAATGCTAATT
121 TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATT
* * ***
22585443 TATTAATATT-TCAAGAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAACAAATCA-ATTTGTTAAACCAA-
1 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAA-CAAG
* * **
22585501 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTTTTATGACC--TTTGTTCTATT
63 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTT-T-TT
* ** ** *
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* * * * **
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1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATAT-ATTTA--CCAAACAA
* * * * ** * *
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62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT-T
** ** * * * * *
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126 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
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1 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTT
* * * * *
22585863 CAAATAATTATAACTATTT-ATACAA-TATCTATTTCAAATCGTTATTA-TTTTTTGTTTTGTCA
65 CAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT-TCA
* * * * * ** * *
22585925 T-AAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGCTCGAGATAAAATAATACTAATT
128 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
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1 TATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGT
* * * * *
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64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TGTTTTTCA
* * * * * * * *
22586105 TCAAACAATTGGTTCTATTTATACTA-TTTCATTAGAAATAAAATAATGCAAATT
128 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * * * * * * *
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1 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CAAACAAGT
* * *** * * *
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64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTTGTTTTTCA
* * * * * *
22586286 TAAAATAATTATTT-TGATT-GTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAACTT
128 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TT
* * * * * * *
22586340 CA-TAATATT-T--CAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTAAATC-ATTT
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTT
* * * * ** * *
22586399 CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTT-AAATTGTTTTGA-CTTTTTGTTTAGTCA
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTT-TTCA
* **
22586462 TAAAACAATTGTTTC-ATTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAGTTAATACTAATT
128 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
22586516 TATTAACATT-TAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAGCAAGTT
1 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTT
* * * * * ** *
22586580 CAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCATA
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTTCATA
* * ** ** * *
22586645 AAATAATTGTTTCAATGAATACAAGCTTAAATGGAATAAAATAATATTAATT
130 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
*
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1 TATTAATA-TT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAG
* * * * * * *
22586755 TTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTC
63 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT-TC
* **
22586820 ATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
127 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * *
22586875 GATTAACATT-TCAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAACAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-T
1 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CAAACAAGT
* * * * * ** ** *
22586938 TCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATCAATCTAAAATTGTTAAAATC-TTTTGTTTTTTCA
64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTG-TTTTTCA
* * * * **
22587002 TAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGTTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATT
128 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATT
* * *
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1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
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AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
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* * ** * *
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* * ** * * ** *
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* * * ** * ** **
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*
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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196 AAAAT
**
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1 AAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAAATAAATCATCACAATATTGGTGACACAATTAT
** * * **
22588032 TGTCACAAATTATTGTAAGATAATGTCAAATGTCACAATAAAATCAAATGTCACCTTATGCTTTT
66 CATCACAAATGATTATAAGATAATGTCAAATGTCACAATAAAATCAAACATCACCTTATGCTTTT
* * ** * * * * * *
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131 TTTATGACATTAGTTTTTGTTAGTTATTTATAAAGAAAAACA-TCATTAAAGGCTATAACCATC-
*
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194 ACAAAAT
* ** ** * *
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22588225 ACATTATTAA
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AAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAAATAAATCATCACAATATTGGTGACACAATTAT
CATCACAAATGATTATAAGATAATGTCAAATGTCACAATAAAATCAAACATCACCTTATGCTTTT
TTTATGACATTAGTTTTTGTTAGTTATTTATAAAGAAAAACATCATTAAAGGCTATAACCATCAC
AAAAT
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*
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22588488 ATTTAGGTCA
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TTGTGTTGAAGGTGA
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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** * ** * * **
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* *
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* * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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130 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * ** *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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127 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAA
* * * * * * * ** * * * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
22590299 TTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
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* * ** * * *
22590364 TAGAAATAATTGTTCTACAACATAACAAAAGGTTATAA-TAATTTGAAATAT
131 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAA
* * * * *
22590415 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTACATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * ***
22590480 CTATTTATTAATTTTTTAAATATTAGTAAATTAGTATTATAAAATTTTATATCAAATGGGCTTGT
66 CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-T-T---ATTTTATTTCAAATAAACTTGT
* * * * *
22590545 ATG-AT-GAAAAATAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGTAATAG
126 ATGAATAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAA
* * * * * * **
22590601 ATAATTATTCAAATGGCCATAAGTTTTTGAACTAAT-TTGA-TAAACTTATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
22590664 T-CTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTT
64 TCCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
22590712 TGGATACGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAA
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Period size: 357 Copynumber: 5.3 Consensus size: 358
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* * * * ** *
22588804 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-CGTTTCCATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T
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* * * * ** * * **
22588866 C-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATATTATTTTGAA-AAATTTTTCACA
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* * * * * *
22588928 AACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAAGAAAATGTTATAAC-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
129 AATAGAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGATCAA
* * * *
22588992 ATGGACATAACTATTTGAAC--TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCC-TACCTATT
193 ATAGTCATAACTATTTGAACTGTTG-TCA-TACA-A-A-TTATTTTTTAAATC-CCTTACTTATT
* * * *
22589054 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTTTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAA
252 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAA
* * * *
22589118 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACTACTTT-AAGTAA
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* * * * * * *
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* * ** * * **
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*
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**
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** * *
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* * * *
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* * * *
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** * * * *
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*
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* * * *
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* * * * ** *
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* ** ** *
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** * ** *
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1 ATAATTATTCAAATAGTCATAAC-AATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
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64 TCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG
* * * ** * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * **
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* ** ** *
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1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
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66 TTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
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GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAA
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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*** ** * * *
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* * * * * * *
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*
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*
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* * * * ** * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* ** *
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* * * *
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1 TTGAACTTGTTCGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TA
* * * ** * * * * * **
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* * * * * * ** * * *
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* * * * ** *
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251 CATTATCTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTT-TATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
22590396 TTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
315 TCATAACAATTTAAAATAAATAATGGATCAAATAGTCATAACTAATTGAA
22590446 CTAGTTTAGT
Statistics
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AAATTAGTATTTCTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAA
AAGATCATAACTACTTTAAATAAACAATTATTCAACAACCATAACTATTTGAATATTGCTCCAAA
CAAATTCATTTTTTAAATCCGTTACATATCAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTATCTTT
ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TAAAATAAATAATGGATCAAATAGTCATAACTAATTGAATGTGCTCATAAAAATTTTTTTTAAAT
CTCTTTTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTACTTAAAATAAACTTATATG
AACAAAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAAGAATTATCCAA
ATAGTCATAAAAAC
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*
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* * * *
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* * **
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* ** *
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* * * *
22591230 TATTTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTT
126 AACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
22591260 ATTATAACAA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 17, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
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TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAA
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22591255 TTGTTATTAT
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCA
* * * ** * *
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64 TACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
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128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * **
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCAT
* *
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* * *
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** * * * * *
22591988 AACAATTATAAATCTT-AAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTGGTC
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* * * ** *
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* * * * * * ** *
22592111 ATTTAAAACATAATTGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGG
127 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
22592164 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCAT
* * ** * * *
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*
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* * * * * * *
22592346 AATAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCGGTTCA-
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCAT
* * * * *
22592410 A-AATCCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGT
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* * * * * *
22592474 TTTAAACAAT-AATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTTTGACTATTTG
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22592525 AATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTCTTTGGTCATAAAACATTTGTATCAATTCAC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCAT
* ** *
22592590 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATGTAA-ATGA
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* * * * * * * * *
22592654 TTTAAAAAGTGAATATGTTTACCGAATC-AGCTCAAATAATTATGGCCATTTC
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** * * * * **
22592706 AGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTTG-TTTGATCATATAACATTTGTTTTTTATCA
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* * * * * *
22592770 TACAAGTTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGA
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* * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* ** * * * * * *
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* * **
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* * ** * *
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* *
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* * * **
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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** *
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* * * * *
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1 AACAATTATCTA-TTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCATTC
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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*
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCAT
* ** * * *
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* * * * * *
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127 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * ** *
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1 AACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCA
* * * * *
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127 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCAT
* * *
22597313 ACAAGCTTATTTAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTTAATGAGTAAAGAG
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* *
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127 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG
* * * *
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** * * * * *
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64 TAC-AAGCTTAT-TAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
22597545 AAAGCATGTT
Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
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CAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
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22591255 TTGTTATTAT
* * * * * * * * * * *
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22591329 ACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
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* * * * * * *
22591394 CTAAAAAATAAATTTGATTATCGAA-TCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT-AATTCAAATAGTTATGACTATT-GAACAATTATCTAT
** * * * * * *
22591458 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTT-TA-GTTCATACATGCTTATT
192 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTGTATG-TCATACAAGCTTATT
* * * *
22591521 CAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAGAAATA
256 CA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * ** * * **
22591585 AATCTATTTATCGAACAAATTCAAATGGTTATTACTATGTGAACAATTGTCTA-TTTAGAAAAGT
318 AATTTGTTTACCGAACAAATTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTA-AATCGT
* * * * ** * *
22591649 TATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAA-TTGTTTTAGTTAATACTAGCTTAGATGGAATAAAAT
381 TATGACATTTTG-TTT-T-ATAAAACAATTTG-TTCA-TTAA-A--AGCTTATCT-TAATTAAAT
* * * * *
22591713 AATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTAC
437 AATATTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAG----AGA-TTAAAAAATAAATCA-ATTTAC
* * ** * * ** * * *
22591777 CAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
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* ** * **
22591842 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
560 TTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTTATCATAAAAACTTATTCAGAAT-AAATAATGTTAATTTAT
***
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684 TAGTTATGACTATTTG
** ** * * * * ** *
22591988 AACAATTATAAATCTT-AAATTGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGGTCTT
1 AACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
22592052 AGAAGCTTATTTGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA
65 ACAAGCATATTTGGAAT-AAAATAATTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAATA
* * * * ** * * ** *
22592112 TTTAAAACATAATTGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATCTAT
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATT-GAACAATTATCTAT
* * * * * * *
22592177 TTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-ATTTGTTT-CATATCTTACAAGCTTA-T
192 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTT-TTTGTATGTCATACAAGCTTATT
* * * *
22592239 CTAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAGCT-TTAAAAAATTAATAAG-CAAAAGATTTGAAAAAA
256 C-A-AATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATT-AAAAATTAATAAGTAAAAAGATTT---AAAA
* * * * * * * *
22592302 AATAAATATGTTTATC-AAGCAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAAT
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* * * * * * *
22592366 CATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAA-TTGTTTCGGTTCAAAATCCTTATCTAAAATAAA
378 CGTTATGACATTTTGTTTT---ATAAAACAATTTG-TTC-ATT-AAAA-GCTTATCT-TAATTAA
* * * ***
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494 CCAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTT
* * ** * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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377 TCGTTATGACATTTTGTTTT---ATAAAACAAT-TTGTTC-A-TTA-A-AAGCTTATCTT--AAT
* * *
22593150 TAAATTAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAATTTC-
432 TAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAAAATAA-ATCA
* * * ** * **
22593214 GTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATTGTTATG-
489 ATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGA
* *** * *
22593277 ACCTTATGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT-TCATATAAGTTTTGTTCGGAATAAAATAAT
553 ACATT-TGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTT-TATCATA-AAAACTTATTCAGAAT-AAATAAT
** * *
22593341 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-TGA
612 GTTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTTG-
* * *
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673 ACCAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTG
* * * * * * *
22593432 AAAAATTATCTATTTGAAATCGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACTG-GTC-ATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCA
* * * * * ** *
22593495 -A-AA--TTATTTAGAATAAAACAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGA
64 TACAAGCATATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAATA
* * ** * *
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128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA-ACTAATT-CAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
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190 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTGTATGTCATACAAGCTTAT
* * * * *
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255 TCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAAGATTTAAAA-AA
* * * * * * * * ** *
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316 TAAATTTGTTTA-CCGAAC-AAATTCAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATC
* * * * * *
22593806 ATTCTGACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTTAGTTCA-TACAAGCTTAT-TTAAAATAA
379 GTTATGACATTTTGTTT---TATAAAAC-A--A-TTT-GTTCATTAAAAGCTTATCTT--AATTA
* * * ***
22593869 AATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTT
434 AATAATATTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAAT----AAGAGA-TT-AAAAAATAAATCAATT
** ** * ** * ** *
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* * * **
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555 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA--TCATAAAAACTTATTCAG-AAT-AAATAATGTTA
* * * * **
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616 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTTGACCAG
*
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678 TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* ** * * *
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* ** * *
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* * * *
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* *
22594400 AAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAA-ATTTTAAAAAATAA
257 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAAGA-TTTAAAAAATAA
* * *
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319 ATTTGTTTACCGAACAAATTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTA
* * ** *
22594529 CGACATTTTGTTTTATAATAACATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATGAAATAAT
383 TGACATTTTGTTTTATAA-AACA-ATTTG-TTCA--T--TAAAAGCTTAT-CTTAATTAAATAAT
* * * *
22594594 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTGAAAAATAAATCAATTTATCGAAC
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* ** ** *
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500 CAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTG
* * * *
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565 TCATAAAACAATT-TTTTT-ATCATAAAAACTTATTCAGAATAAATAATGT--TAATTTATTAAT
* * * * * *
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* ** * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA
* * * * * * * * *
22594929 TATAAGCCTATTCGGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGAAGA
64 TACAAGCATATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAATA
* * *
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128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTAT
* * *
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192 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTGTATG-TCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
22595315 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAAT
437 AATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGAGA-TTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAC
* * * * *
22595380 CAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCTAATCATTAT-AACTATTTGTTTT
500 CAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-ATTTGTTTT
* * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
22595716 TTAAAAACTGAATCTGTTTATCGAA-TAAATTCACATAGTTATGACTATTGAGCGATTACCTATT
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* * *
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* *
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255 TCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA-ATATT-AAA-AATTAATAAGTAAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
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316 TAAA-TT-TGTTTACCGAACAAATTCAATAGTTAAGACTA-TTTGAACAATTATCTA-TTTTA-A
* * * * * *
22595974 ATCGTT-TGACTTTTTGTTTTCATGAAACAATTTGTTCATTAGAAGCTTATTTTGGATTAGAGTA
376 ATCGTTATGACATTTTGTTTT-ATAAAACAATTTGTTCATTAAAAGCTTATCTT-AATTA-AATA
* * * * *
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438 ATATTAATTTATTAATATTTCAA-A-AT--TAA-T-AAGA-GA-TTAAAAAATAAATCA-ATTTA
* * ** * * * * * * *
22596101 GCTAATAAGTTTCAATAGTCATT-TAACTATTTGAATAA-TATCTATTTCAAA-CGTTATGACCT
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** * * * ** ** *
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556 TTT-GTT-TTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TCATAA-AAACTTA-TTCAGAATAAATAATGT--
* * * * *
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614 TA-ATTTATTAATATT-TAAAAATTAA-TAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTTG-
* * * *
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* * * * * *
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1 AACAA-TTATCTATTTC--AAATCATTATGAAC-T-TTGTTTT-GTCAT-AAAACAAT-TGTTTC
* * *** * * *
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* *
22596446 GAAAAAAATTTTAAAAAATAAAATCTGATTT-TCTAAAAC-ATATTCAAAATAGTTATGAACATA
120 GTAAAATA-TTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTATC--AAACTA-ATTC-AAATAGTTATG-AC-TA
* * * *
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176 ---TTGAACAATTATCTATTTCA-AATTGTTATAACCTTTT-GTT-T-TGTC--ATAA-AAT-AA
* * * * * *
22596574 TTGGTTCTCTCTCTCTC-TA-AAGGCGATAATTCGGAAATAAAAATAATACTAGTTTTACTCAAT
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* * * ** ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
22596760 ACAATTAT-TTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGA
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* * * * **
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* * * * * * * * * *
22596887 CCATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTATTTT
518 CAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * * ** * *
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582 T-ATCAT-AAAAACTTATTCAGAAT-AAATAATGTTAATT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAA
* * * * ** * * *
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* * * ** *
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1 AACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * * * * *
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* ** ** * * * * * *
22597200 TT-AAAAA-AAA-GTGTTTGCCAAACTCGTTCTAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTATGTT
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATT-GAACAATTATCTATT
** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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Statistics
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Consensus pattern (699 bp):
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AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTGTATGTCATACAAGCTTATTCAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
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ATAAAAACTTATTCAGAATAAATAATGTTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGGATT
TAAAAAATAAATCTATTACTTGACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
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Indices: 22596727--22597533 Score: 465
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22596717 ATTATTTTTT
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*
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65 AAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTATGAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAATAAAAT
* * *
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* * * *
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* *
22596971 AAAATAAAATAATACTGTTATATTAATATTATGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACT-AAATTT
64 AAAATAAAATAATACTATT-TATTAATATTATGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAAATAT
* * * ** * *
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127 GTTTACCA-AACA-AGTTCAAAAAGTCATGACCATGTGAATAA-TTATATATC
* * * * *
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1 TCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTTTTCATAGAAAATTATTCAA
* * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 TCAAATCATTATGATCTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTATTTCT-TTTCATAGAAAATTATTC
* * *
22597325 AGAATAAAGTAATACTAATTTATTAACATTCA--AAAATTTAATGAGTAAAGAGATTT--AAA-A
64 AAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATT-ATGAAAA-TT-A--A-T-AAGAGATTTAAAAATA
* * * * * * * * *
22597385 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGAT-TTGACTATTTGAACAATTATTTAT-
121 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAG-TCATGACCATGTGAATAATTATATATC
* * * ** *
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*
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AATAAAATAATACTATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAAATATGTTT
ACCAAACAAGTTCAAAAAGTCATGACCATGTGAATAATTATATATC
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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*** * * ** * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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** * *
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* * *
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*
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TCTAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAAAACTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
CTATTAGAACAATTTTATATTTCAAATCATTTAGACCTTTTATTTAGA
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * ****
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* * * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * * *
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* ** * * *
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* ** * * * *
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* ** * * * ** * *
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** * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * ** **
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* * * * * **
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * *
22599203 TCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
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* * * *
22599267 ATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC-
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACA
* * * * *
22599320 AGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAGA--TATTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * ** * *
22599382 GTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATT-TGATTAAAAATAATACTAATTTAATA
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* * * * **
22599445 ATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGTCA
127 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAAACA
* * * * * * *
22599501 A-TTTAAATAGTTA-GAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
22599564 TCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTTA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * *
22599627 TA-TTCAAAAAACTAATAAGGAA-ATGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * * * ** * **
22599682 AGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTAA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
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66 CATAAAACAATTGTTTTAATTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** *
22599812 ATTCAAAAATTAATAACCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTA-TCGAACA
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACA
* * ** * *
22599861 AATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
22599925 CATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTACTAT
66 CATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * ** * * * * ***
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131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTG
** * * * * *
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* * ** *
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129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTAAACA
* * ** * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * * * * *
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129 AT--TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
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* *
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* * * ** *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * *
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*** *
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* ** * ** * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** ** * * * * *
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* * * * * * * *
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129 A-TTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
** * * * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** ** ** * * *
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65 TCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
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130 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * * * * * * *
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* * * * *** *
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* * *
22601240 A-CT-AAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
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** * * *
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CATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
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* * * * *
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* * ** * * * *
22597812 CTAATTTAATAACATTCAAAAAATTACTAAGTAAGAGATTTGAAAAAACAACTTTGTTTA-CTAA
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* * * * * * * * * *
22597876 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
127 CCAA-TTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
* * * * * * *
22597941 TGTCAT-AAACAATTGTT-TTAATTCACAAAAAC-TTATCCAAAATAAAATAATACTACTGTATT
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* ** * * * ** * *
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22598066 ATAATTATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTCTCACAAAA
316 ATAGTTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * *
22598131 CAATTGCTTTTCAAT-ATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAG
381 CAATTG-TTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
22598195 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTATACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
444 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
22598260 ATCAATTATCTATTTCATATTGTTATA
509 ATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * * * * * *
22598287 ACCTTTTGTTCTATTATAAGACAATTTTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * **
22598352 TAATTTAGTAATATTTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAACGTAAATCTATTTACTAAA
66 TAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAA--TAAATCTGTTTACCGAA
* *
22598416 CCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTT
127 CCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
* * * *
22598481 TTCATCAAACAATTGGTCCTATTCATACTA-CTTTATTCAAACTAAAATAATACTAATTTAATAA
192 GTCATCAAACAATTGTTCCTATT-ATACAAGCTTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * **
22598545 AATTTC-AAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAACTAAATCTAATTATTGAATCAGTTCAAAT
255 AATTTCAAAAAC-TAATAAGCAAGAAAATTAAAAAA-TAAATCTATTTATCAAATCAGTTCAAAT
* * * *
22598609 AGTTAAGACTATATGAATGATTATCTGTTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTATCATAAAAC
318 AGTTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAAC
** * * *
22598674 AA-TGTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
382 AATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * ** * * * * *
22598738 TAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGATTATTA
447 TAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
22598803 GAAT-AGTTATCTATTTGAAATCGTTTTG
508 G-ATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * * * *
22598831 ACATTTTG-TTTAGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATA
1 ACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * *
22598895 CTAATTTATTAACA-TTCAAAATATTAATAAGAAAGAGATCTAAAA-AAATCCGTTTACGGAA-C
65 CTAATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATAAATCTGTTTACCGAACC
* * * *
22598957 AAGTTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTT
129 AA-TTTAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
* * * ****
22599021 GTCA-CAAAACAATTGTTTC-AGTTAAAACAAGCTTAAAAGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
192 GTCATC-AAACAATTGTTCCTA-TT-ATACAAGCTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
22599084 ATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATTAGTTAAAAT
254 A-AATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTCAAAT
* * * * * *
22599148 AATTATAG-CCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
318 AGTTA-AGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * *
22599212 AATTATTTT-TCATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAA
382 AATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *
22599276 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGATTGT
445 A-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* *
22599341 TTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCGTTA-A
506 TTGATCAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATA
* * * * * *
22599370 GA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATT-TGATTAAAAATAA
1 -ACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAA
* * * * *
22599432 TACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGA
63 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAATAAATCTGTTTACCGA
** * * * * *
22599497 GTCAATTTAAATAG-TTAGAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATT
126 ACCAATTTAAATAGTTTTG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT
* * * * * * *
22599561 TAGTCATAAAATATTTGTTTCATATTTTACAAGC-TTATTCAGAATAAAATAAT-TTAAATTTAT
190 TTGTCATCAAACAATTG-TTCCTATTATACAAGCTTTATTCA-AATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * *
22599624 TAATA-TTCAAAAAACTAATAAGGAA-ATGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTT
252 TAAAATTTC-AAAAACTAATAAGCAAGA-AAATT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAATC-AGTT
* * * * * *
22599686 CAAATAG-TAATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTAACAT
313 CAAATAGTTAA-GACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * *
22599750 AAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATT
377 AAAACAATTGTTTTA-TTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
22599815 CAAAAATTAATAACCAAGAGTTT--AAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGA
440 CAAAAATTAATAA--GAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * *
22599878 CCATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATG
502 CTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * * * * * *
22599911 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATGC
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * *
22599976 TAATTTATTACTATTTTGAAAATT-A-AAG-AACA-ATTTAAAAGGTGAATCTATTTACC-AATT
66 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA--TAAATCTGTTTACCGAA-C
* * * * * * * * * * ** * *
22600036 TAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTGCCTTTTGTTTGG
128 CAATTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTG
** ** * * * * *
22600101 TCATGTAACAATTGATTTTTATCATATATG-TTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAT
193 TCATCAAACAATTG-TTCCTATTATACAAGCTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
* * * * * * * *
22600165 CTTTCAAAAAATAATAAG--AG--ATTTAAAAAAAAAATCTTTTTACCGAA-CTAGTTTAAATAG
256 ATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC-AGTTCAAATAG
*** * * * * * **
22600225 TTATA-ACTATTTGAGCAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAA
320 TTA-AGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * *
22600289 TTATTTATGTTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATATGA-AAATATGCTT-AAAA
384 TTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATAT--TTCAAAA
* * * * * * * * * * *
22600352 TTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTA
445 --ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT
*
22600417 TGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT-
507 TGATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * * * * * *
22600442 ---TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAAAACAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TT-CAGAATAAAATAA
* * * * *
22600504 -ATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCT
63 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * *
22600568 AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTT
125 AACCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT
* * * ** * * * * *
22600633 TGGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACT-TAAG-TTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATCTAT
190 TTGTCATCAAACAATTGTTCCTATT-A-TACAAGCTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
22600696 TAATATTTCAAAAATTAATAA--TAG--ATTTAAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAGTTCAA
252 TAAAATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAAAATT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTCAA
* * *** * * ** * * *
22600757 AAAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTCTTATGATTTTTTGTTATATTACAAAA
316 ATAGTTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* ** * * * * * *
22600822 TAATAATTTCTGCTT-GTAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAA
381 CAATTGTTT-T-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAA
* * * ** ** * * *
22600886 CAATTAATAAGTAAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGAATAAAATCAAATAGTCATAAC
443 AAATTAATAAG-----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * *
22600950 TATTTGAAT-AAGTATTTATTTGAAAATTGTTA-A
503 TATTTG-ATCAATTATCTATTT-CAAATCGTTATA
* * ** * *
22600983 GACCTTTTATTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATTAGCTGGT-TTGA-AATAAAATAT
1 -ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT--TATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * * *
22601045 TACTAAGTCATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACC-A
63 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * * * ** *
22601109 AACAAGTTTAAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTT
126 ACCAA-TTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT
* * * ** *
22601174 TTGTCACCAAA-AGATTTTTTCTATTCATACAAG-TTTATTTTGAATAAAATAATA-TACTTTAT
190 TTGTCATCAAACA-ATTGTTCCTATT-ATACAAGCTTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
22601236 TAA
252 TAA
22601239 TACTAAGACA
Statistics
Matches: 2308, Mismatches: 505, Indels: 277
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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529 20 0.01
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545 20 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
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TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAA
TTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCA
TCAAACAATTGTTCCTATTATACAAGCTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC
AAAAACTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGA
CTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATA
Found at i:22599594 original size:720 final size:718
Alignment explanation
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22597721 ATAATTTTTA
* * * * * * * *
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** * * * * ** * *
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64 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATCTC-AAAAATTAATAACCAAGAAAATT-AAAAAA
* * ** * * * * * * * * *
22597860 C-AACTTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCAATTTAAAAT
127 CTAAATATAATTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAAT
* * * * * * * * ** *
22597923 CGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAATTCACAAAAACTTATCCAAAATAA
191 CATTAAGA-CTATTTCTTTTATCATAAAACAA-TGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCTGATTAA
* * * * *
22597986 AATAATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGTTAGTAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAAT-TAGT
253 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATGT-GT
* * * * * * * * **
22598049 TTA-CTATGTTAGA-TCAAATAATTATGGCCATTTA-AATAACTATCTATTTCAAATTGTTATT-
316 TTACCGA-ATCA-ATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATT-TTG
* * ** * * * *
22598110 ACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGCTTTTCA--ATATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
377 ACATTTTATTTAGTCATAAAACAATTG-TTTT-AGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
22598173 ATTAATTTACTAATATTTC-AAGAATTAATAA-G---AGATTTAAAAAATAAAT--ATGTATACC
440 CTAAATTTATTAACA-TTCAAAAAACTAATAAGGAAAAGATCT-AAAAATAAATCCAT-T-TACC
* * * * **
22598231 AAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-GATCAATTATCTATTTCATATTGTTATAACCTTTT
501 AAA-CAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAAT-AATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTT
* ** * * * * * * *
22598294 -GTTCTATTATAAGACAATTTTTTCTGTTCAT-ATAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAAT
564 AATT-TAACACAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTA--CAAAAATAAAATAATACTAAT
* * * ** * * * * * *
22598356 TTAGTAATATTTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAACGTAAATCTATTTA-CTAAACCAT
626 TTATTAATAATTCA-AAAATTAAT-AACCA-AGACTTAAAA-ATAAATTTGTTTATC-AAACAAA
* * * *
22598420 TTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCT
686 TTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCT
** * * * * ** *
22598453 ATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTTTCATCAAACAATTGGTCCTATTCATAC-TACTTTAT
1 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAAC-TTAT
* * * *
22598517 TCAAACTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAACT
64 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATCTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAACT
* ** ** * *
22598582 AAATCTAATTATTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTGTTTCAAATCAT
129 AAATATAATTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCAT
* *
22598647 TATGACCTTTTTCTTTTATCATAAAACAATGTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAA
194 TAAGA-CTATTTCTTTTATCATAAAACAATGTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAA
* * *
22598712 TGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
258 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGA
* * * * ** * * *
22598777 ATTAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTGAAATCGTTTTGACATTTTGTTT
323 ATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACATTTTATTT
* *
22598842 AGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACT-AATTTATTA
388 AGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTA
* * * **
22598906 ACATTCAAAATATTAATAA-GAAAGAGATCT-AAAA-AAATCCGTTTACGGAACAAGTTCAAATA
452 ACATTCAAAAAACTAATAAGGAAA-AGATCTAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * **
22598968 GTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAA
516 GTAATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTAACACAAAACAA
* *
22599033 TTGTTTCAGTT-A-AAACAAGCTTA-AAAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAA
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** ** *
22599095 AA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCC
642 AATTAATAACCAAG--ACTT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAATTAAAATAATTATGA-CC
*
22599158 ATTTGAATGATTATCT
703 ATTTGAATAATTATCT
* *
22599174 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-TCATCATACAAACTTAT
1 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAACTTAT
* ** * *
22599238 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-T
64 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATCTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAACT
** * * * * *
22599302 AAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCG
129 AAATATAATTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCT-ATCTCAAATCA
* * *
22599366 TTAAGA-TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATT-TGATTAAAA
193 TTAAGACTATTTCTTTTATCATAAAACAA-TGTTT-T-ATTCATACAAGCTTATTCTGATT-AAA
*
22599428 ATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTT
254 ATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATGTGTTT
* * * *
22599492 GCCGAGTCAATTTAAATAGTT-AGAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTT
318 ACCGAATCAATTCAAATAGTTAAG-ACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACATT
* * *
22599556 TTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATA-TTT-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTTAAA
382 TTATTTAGTCATAAAACAATTGTTT--TAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCTAAA
* * * *
22599619 TTTATTAATATTCAAAAAACTAATAAGGAAATGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
445 TTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGGAAAAGATCT--AAAAATAAATCCATTTACCAAACAAG
* * * *
22599684 TTCAAATAGTAATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTAACA
508 TTCAAATAGTAATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTAACA
* * *
22599749 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAAT
573 CAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTA-CAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
* * * * *
22599814 TCAAAAATTAATAACCAAGAGTTTAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGAC
637 TCAAAAATTAATAACCAAGACTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAATTAAAATAATTATGAC
** *
22599879 CATTTGAGCAATTGTCT
702 CATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
22599896 ATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGT
1 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATT
*
22599960 CAAAATAAAATAATGCTAATTTATTA
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
22599986 CTATTTTGAA
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 231, Indels: 127
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
718 19 0.02
719 21 0.02
720 281 0.23
721 539 0.44
722 206 0.17
723 24 0.02
724 95 0.08
725 49 0.04
726 3 0.00
727 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (718 bp):
ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAACTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATCTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAACTAA
ATATAATTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTA
AGACTATTTCTTTTATCATAAAACAATGTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATAC
TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAATC
AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACATTTTATTTAGT
CATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCTAAATTTATTAACAT
TCAAAAAACTAATAAGGAAAAGATCTAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAT
GACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTAACACAAAACAATTGTT
TCAGTTCATAAAAAGCTTACAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAA
CCAAGACTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAATTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTA
TCT
Found at i:22600712 original size:358 final size:351
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 10.0 Consensus size: 351
22597721 ATAATTTTTA
* * * * * ***
22597731 ATTTCAAATTATTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
** * * * *
22597796 TCGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTACTAAGTAAGAGATTTGAAAAAA
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAA-AGATTT-AAAAAA
* * * * * * * * * * *
22597860 CAACTTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCAATTTAAAATCG
126 TAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-
* * * *
22597925 TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAATTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAAT
190 -TAT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TCA-TAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
22597989 AATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-C
248 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACC
* *** * * * * * * * *
22598053 TATGTTAGATCAAATAATTATGGCCATTTAAATAACTATCT
312 GA-ACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * *** *
22598094 ATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGCTTTTCAAT-ATAGAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
22598158 TCAAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAAATAAA
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
22598221 TATGTATACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCATATTGTTAT
130 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AAT-CTAT
* * * * * ** * *
22598286 AACCTTTTGTTCTATTATAAGACAATTTTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATA
193 ----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * ** * * **
22598351 CTAATTTAGTAATATTTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAACGTAAATCTATTTACTAA
252 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGA
* * *
22598415 ACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCT
314 ACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * ** * *
22598453 ATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTTTCATCAAACAATTGGTCCTATTCATACTA-CTTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC-TTAT
* * * * * * *
22598517 TCAAACTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAACT
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAA-AGATTTAAAAAA-T
* *** * * ** *
22598582 AAATCTAATTATTGAA-TCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTGTTTCAAATCA
127 AAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-
* * * * ** *
22598646 TTATGACCTTTTTCTTTTATCATAAAACAA-TGTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAAT
190 ---T-A--TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
22598710 AATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
248 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACC
** * * * * * * *
22598775 GAATTAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCT
312 GAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
22598815 ATTTGAAATCGTTTTGACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * ** **
22598880 CAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAATATTAATAAGAAAGAGATCTAAAA-AAA
66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAATAAAGATTTAAAAAATAAA
** ** * * * * *
22598943 TCCGTTTACGGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTAT
130 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TAT
** * * * * *
22599008 AACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTAAAACAAGCTTA--AAAGGAATAAAATAA
193 ----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATCATA-AAGCTTATTCAA--AATAAAATAA
* * * * * *
22599071 TACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA
250 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCG
** * * * **
22599135 AATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAATGATTATCT
313 AACCAGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT
** * * * ** *
22599174 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCATCATACAAACTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
*
22599239 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAA-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
22599304 ATATGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCGT
129 ATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATC--
* * ** *
22599367 TAAGATATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATT-TGATTAAAAATA
190 T---ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATCATA-AAGCTTATTCAAAAT-AAAATA
* * * *
22599431 ATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC
249 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACC
** * * * *
22599495 GAGTCAATTTAAATAGTTA-GAACTATTAGAATAAATATCT
312 GAACCAGTTTAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
22599535 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
22599599 TCAGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA-TTCAAAAAACTAATAAGGAAATGATTTAAAAAA
65 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAA-GATTT-AAAAA
* * * * * *
22599662 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATT
125 ATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T
* * ** * *
22599727 ATTATGACCTTTTATTTTAACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAA
189 -CTAT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATCAT--AAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * *
22599792 ATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAACCAAGAG-TTTAAAATA-AATTTGTTTAT
246 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTAC
* * * * * *
22599855 CGAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCT
311 CGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *** *
22599896 ATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * ** * ** *
22599960 CAAAATAAAATAATGCTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAA-AGA-ACA-ATTTAAAAGGTGAA
66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-ATAAAGATTTAAAAAATAAA
** * * * *
22600022 TCTATTTACCAATTTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
130 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TA-
* ** ** * *
22600087 TGCCTTTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTTTTATCATATATGTTTATTCAAAATAAAATAATA
192 T---TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * *
22600152 GTAATTTATTAATCTTTC-AAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTT-TTTACCGAA
252 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAT-TTGTTTACCGAA
* * * * *
22600212 CTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTGTAT
315 CCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
22600249 ACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTATGTTCATAGAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
22600314 CAAAATAAAACAATACTAATATGA-AAATATGCTT--AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATA
66 CAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATAT--TTCAAAAATTAATAA-TAA-AGATTTAAAAAA
* * * * *
22600376 TAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATC-
126 TAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT
* * * *
22600440 ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAAAACAAAATAA-
191 ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAA-TCATA-AAGCTTA-TT-CAAAATAAAATAAT
* * *
22600504 ATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTA
251 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TGTTTACCGA
*
22600569 ACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
314 ACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
22600607 ATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACT-TAAGTTTGT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA-TACAAGCTTAT
* *
22600671 TCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT--AGATTTAAAAAAATAA
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * *
22600734 ATCCATTTATCAAACCAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTCTTA
129 ATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TC---
* * * * * ** ** ** * * *
22600799 TGATTTTTTGTTATATTACAAAATAATAATTTCTGCTTGTAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAAT
190 T-A-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATCAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * **
22600864 ACTAATTTATTAATATTTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTATTG
251 ACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCG
** ** * * * * * *
22600928 AATAAAATCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAGTATTT
313 AACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * ** ** **
22600967 ATTTGAAAATTGTTAAGACCTTTTATTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATTAGCTGGT
1 ATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
** * * * *
22601031 TTGAAATAAAATATTACTAAGTCATTAATA-TTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAA-AGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
22601095 GAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGC
127 AAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT--C
* * * * * ***
22601160 TATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAA-GATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAAT
190 TAT----TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTC-AATCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
22601224 AATA-TACTTTATTAATA-CT-AAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
248 AATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTT
* * * ** * * * *
22601285 ACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGGCTAATTGAATAATTATTT
309 ACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
22601328 ATTTCAAAT
1 ATTTCAAAT
22601337 TGTTGGGTAG
Statistics
Matches: 2504, Mismatches: 594, Indels: 293
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 5 0.00
351 30 0.01
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355 145 0.06
356 17 0.01
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358 313 0.12
359 357 0.14
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365 25 0.01
366 1 0.00
367 1 0.00
369 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTATTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATCATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTACCGAACCAGTTTAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
Found at i:22603757 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 22603222--22604077 Score: 537
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 174
22603212 AGTCATAATG
* * * * *
22603222 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTTATAATTATTTGAACTGGCTCGGTAAATAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAAATTTATT
* * * *
22603287 TTCTAAATCTCTT-ATAAAGGTTTAAAATATTAATAAATT-ATTTCTACTTTATTTTGAATAAGC
66 TTTTAAATCTCTTGATAAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATAT-TATTTTATTTTGAATAAGC
* * *
22603350 TTGTATGAGTTG-AAGTAATTGTTTTATGATCGAACAAAAGGTCATGAA-A
129 TTGTAT--GTTGAAAATAATTGTTTTATTA-CGAACAAAA-GTAAT-AACA
* * * * * ** **
22603399 ATTTGAGATAAATAATTATTCATATAGTCATAATTGTTTGAATTGGTTCGACAAATGGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAAATTTATT
* * * * *
22603464 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAA
66 TTTTAAATCTCTT-G--ATAAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * *
22603529 GCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATTATGGTATAAAATGTTATAACA
127 GCTTGTATG-TTGA-AAATAATTGTTTTATTA-CGAACAAAA-GTAATAACA
* * *
22603580 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAAATTTATT
* * * ** *
22603645 TTTTAAACCTCTTGCTAAATTTTGAAATATTTGTAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTGATAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
22603710 ATATGTTGAAAACCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGCTAATAACA
131 GTATGTTGAAAA-TAATTGTTTTATTAC-GAACAAAAG-TAATAACA
* * * * * * ** *
22603757 ATGTGAAACAGATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTT-ATTTAGTAAACT-GATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA-TAAATTTA
** * * ** * * *
22603820 TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGCACTGTTTTCTTTTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTGA--TA--AA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * *
22603884 TAAGCTTTTGTGAACT-AAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACG
124 TAAGCTTGTATG--TTGAAAATAATTGTTTTATTAC-GAACAAAA-GTAATAACA
* * * * * * ** *
22603938 ATTTTAAATTGATAATTGTTTAAATAATAATAACTCA-TTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAATAAATTTA
* * ** * * ***
22604001 TATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
64 T-TTTTTAAATCTCTTG---A-TAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
22604066 TAAGCTTGTATG
124 TAAGCTTGTATG
22604078 AACTAAACAA
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 123, Indels: 57
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.01
177 189 0.36
178 11 0.02
179 1 0.00
180 9 0.02
181 245 0.47
182 59 0.11
183 2 0.00
185 3 0.01
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTGATAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
GTATGTTGAAAATAATTGTTTTATTACGAACAAAAGTAATAACA
Found at i:22604546 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22604082--22606472 Score: 1694
Period size: 181 Copynumber: 13.3 Consensus size: 181
22604072 TGTATGAACT
* * * * * **
22604082 AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAGCTATTTGAA-TTGG
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTT-G
* ** * * * * * * *
22604146 TTTGGCAAATATATTTATTTTTAAAATCT-TT-C--ACTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGT
65 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
22604207 ATTATTTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAATAATTATGTTATAAGA
130 ATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * * * * *
22604259 AAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGAT-ATCTGTTCAAATAGTTATAACTATGTGAACTAG
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT-TATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTG
* * * *
22604322 TTCAGA-AAACA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTA
65 TTC-GATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
22604384 GTATTATTTTATTTTGAATAAGATTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACA
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** *
22604438 AAATAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTT
1 AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-ATATTTGAACTT
* * * * *
22604501 GTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAAT
64 GTTCGATAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
22604565 TACTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACT
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * **
22604621 AAATAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAGCTATTTGAA-TTGG
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTT-G
* * ** * * * *
22604685 TTTGGTAAACTCATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTTAGAATATTATTAATTTAG
65 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* *
22604749 TAATATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAACA--AAAGCAATTGTTTTATTACA
129 TATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAA-CAATTGTTTTATGACA
* * * * *
22604802 AAAC-AAAGATCATAATGATTCGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGG
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTT-G
* ** ***
22604865 TTCGATAAACATATTTAACTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGT
65 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * * ** *
22604926 ATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTAT-TAGTAGAAACAATCATTTTATGATA
130 ATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
22604978 AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTCTTTAAACTTGT
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGT
* * ** *
22605043 CCGATAGACAGATTTATTTTTTCAAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTTATAAATTA
66 TCGATAAACAGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* **
22605107 GTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACA
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * * * *
22605161 AAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATCAATAATTATTTGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGC
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGT
* * * * *
22605226 TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTA
66 TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * **
22605291 TCATTTTATTCCAAATAAACTTTTATGAACA-GAAACAATTGGTTTATGATG
131 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * * *
22605342 AAACAAAAGCTGC-TAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATG
1 AAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTG
* * * * * *
22605406 TTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTA-
65 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
* * *
22605469 TATTATTTTA-TTCGAATATAAGCTTGCATG-AATAGAACCAATTGTTTTATAACA
129 TATTATTTTATTTCG-A-ATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * **
22605523 AAACAAACA-ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAACTATTTGAAGATG
1 AAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTG
* * * * *
22605587 TTCGATAAATAGATTAATTTTTTTATTCTCTTACGTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
65 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
22605651 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACA
129 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * **
22605704 AAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGT
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGT
* * *
22605769 TCGATAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAAATAA
66 TCGATAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAG
* *
22605832 TATTTTTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACA
129 TATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
22605885 AAACAAAA---C---A--ATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTA-TCATAAAGATTTGAACTTG
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAAATATTTGAACTTG
* * * * * * * **
22605941 TTTGGTAAATAGATTTATTTCTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTTT-TAATATTAATGACTTTA
65 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAAT-AAATTA
* * * ** * *
22606005 -TATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTCTATG-AATAGAAAAAAAATCATTTTATAACT
128 GTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAAT-G--AAACAATTGTTTTATGACA
* *** * * ** * * * *
22606060 AAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATGGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGT
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGT
* * * * ** *
22606125 TTGTTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTA
66 TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * *
22606190 TTATTTTATTTCGAATAAGCTCATTTG-AGTCAAA-ATGATTTTTTTATGACA
131 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACA--ATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
22606241 AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGATCTAGT
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGT
* * * * * * * * * *
22606306 TTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTCATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTA
66 TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
22606371 TTACTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACTATTGTTTTATAACA
131 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** ***
22606422 GAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCCCAAATAGTCATAA
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
22606473 CATTTTTTAC
Statistics
Matches: 1756, Mismatches: 363, Indels: 186
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Matches are distributed among these distances:
171 4 0.00
172 4 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGT
TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACA
Found at i:22605201 original size:17 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
22605157 GACAAAACAA
*
22605167 AAGATCAA-AATGATTTG
1 AAGATCAATAATTATTTG
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1 AAGATCAATAATTATTTG
*
22605201 AAGAGTC-ATAACTATTTG
1 AAGA-TCAATAATTATTTG
22605219 AA
1 AA
22605221 CTCGCTCGGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.13, T:0.33
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AAGATCAATAATTATTTG
Found at i:22606244 original size:537 final size:534
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Period size: 537 Copynumber: 3.7 Consensus size: 534
22604438 AAATAAAAGG
* * * * * ** *
22604448 TCATAACAACTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTTGATAAA
1 TCATAACAA-TTTCAAATAGATAATGGTTCAAATAATCATAA-CTATTTAAAGATGTTCGATAAA
* * ** * * *
22604511 TAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATT
64 CAGA-TTAATTT-TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * * *
22604575 TTATTTTGAATAATCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGT-AAGAATG
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* * * * * * * * * *
22604639 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TTAGCTATTTGAATTGGTTTGGTAAAC-TCATTTA
189 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATGA-CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAT-GTTTA
* * * * * **
22604702 TTTTTTAAATCTCTTT-CTTATT-ATTT-TTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTTTG
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* *
22604764 AATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAGATCATAATGATTCGAGAT
315 AATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-A-C--AAT--TTC-AAAT
* * * * * * *
22604828 AGATAATTATTCAAATAGTCAT-AAGTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACATATTTAACTTTT-AA
372 AAATAACTATTCAAATAGTCATAAAG-ATTTGAACAT-GTTCAAAAAACAGATTT-ATTTTTAAA
* * **
22604890 A--TCT-CTTATTAA-TTTACAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-A-ATAATTT
434 ATTTTTACTTATTAAGTTT--TAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC-GAATATAAACT
* * * * * * *
22604948 TGTATTAGTAGAAACAATCATTTTATGATAAAACAAA-ATG
495 TGCATGAATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAACA-A
** * ** * * ** * *
22604988 TCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGA-CATGACTCTTTAAACTTGTCCGATAGAC
1 TCATAACAATTTCAAATAGATAATGGTTCAAATA-ATCATAACTATTTAAAGATGTTCGATAAAC
* * *
22605052 AGATTTATTTTTTCAAAATCTC-CAACTTATTAATTTTTAGAATATTTATAAATTAGTATTATTT
65 AGATTAATTTTTT--AAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** *
22605116 TATTTCAAATAAAATTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCAAAATG
127 TATTTCAAATAAGCTTATATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAAAATG
* ** * * * * * *
22605179 ATTTGAAATCAATAATTATTTGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTAAATA-GATTTAT
189 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATG-TTTAT
* * *
22605243 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTT-ATTCCAAA
253 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAA
* * **
22605306 TAAACTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATGAAACAAAAGCTGCTAACAATTTCAAATAA
317 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTT-T-ATG--ACAAAA-C--AAAACAATTTCAAATAA
* * ** *
22605371 ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATTTT
374 ATAACTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACATGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAAATTTT
*
22605436 TACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAATATAAGCTTGCATGAA
439 TACTTATTAAGTTTT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAATATAAACTTGCATGAA
** **
22605501 TAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAACAA
503 TAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAACAA
*** * * * * * *
22605533 TCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAACTATTTGAAGATGTTCGATAAATA
1 TCATAACAATTTCAAATAGATAATGGTTCAAATAATCATAACTATTTAAAGATGTTCGATAAACA
* * **
22605598 GATTAATTTTTTTATTCTCTTACGTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
66 GATTAATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
22605663 TCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGA
131 TCAAATAAGCTTATATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGA
* * * * *
22605728 AATAAATAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAACATGTTTATTTTTTAA
195 AATAAATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATGTTTATTTTTTAA
* * * **
22605793 ATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTTTTTTAATTTGAATAAGCTTG
260 ATCTTTTACTTATTAATTTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
* * * *
22605857 TATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTA
325 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACAATTTCAAATAAATAACTATTCAAA-TA
* **** * *
22605922 -TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTCTT-AGATCTTTTACTTATTAATTG
389 GTCATAAAGATTTGAACATGTTCAAAAAACAGATTTATTT-TTAAAAT-TTTTACTTATTAA--G
* *
22605985 TTTT-AATATTAATGACTTTATATTATTTTATTCGAA-ATAAACTT-CTATGAATAGAAAAAAAA
450 TTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAATATAAACTTGC-ATGAATAG--AAAAAA
* *
22606047 TCATTTTATAACTAAACAAA-AGG
512 TCATTTTATAACAAAACAAACA-A
* * * ** * *
22606070 TTATAGCAATTTCAAATAGATAATGGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTTTGTTAAACA
1 TCATAACAATTTCAAATAGATAATGGTTCAAATAATCATAACTATTTAAAGATGTTCGATAAACA
* * * *
22606135 GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT
66 GATTAATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * *
22606200 TCGAATAAGCTCATTTGAGTCAAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
131 TCAAATAAGCTTATATGA-TCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGA
* * * * * *
22606265 AATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAA
195 AATAAATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATGTTTATTTTTTAA
* * * * *
22606330 ATTTTTTACTTATTCA-TTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTACTTTAATCCAAATAAGCTTG
260 ATCTTTTACTTATTAATTTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
* * *
22606394 TATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAA
325 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
22606430 AGTTATAACA
Statistics
Matches: 1169, Mismatches: 216, Indels: 117
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
534 1 0.00
535 72 0.06
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538 16 0.01
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540 239 0.20
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547 1 0.00
548 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TCATAACAATTTCAAATAGATAATGGTTCAAATAATCATAACTATTTAAAGATGTTCGATAAACA
GATTAATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCAAATAAGCTTATATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAA
ATAAATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATGTTTATTTTTTAAA
TCTTTTACTTATTAATTTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT
ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACAATTTCAAATAAATAACTATTCAAATAGT
CATAAAGATTTGAACATGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAAGTTTTAA
ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAATATAAACTTGCATGAATAGAAAAAATCATTTTAT
AACAAAACAAACAA
Found at i:22606911 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22606492--22607687 Score: 912
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
22606482 CTGGCTTGAT
* * * * * * * *
22606492 AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * * * *
22606557 TGACAAAATAAAAAATAATAATGATTTGAAAGAGATACTTGTTCAAATAAT-TATAATTATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGA
* * * * * *
22606621 ACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTC--A-TGTA-AAATTTTT
130 ATTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTC
* * * * * *
22606669 AAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAAAAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
22606734 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAGATAAATAATTGGTCATATAGTCTTAACTGTTTGCA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA
* *
22606799 TTGGTTCAGCAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTC
131 TTGGTTCAGTAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* *
22606849 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
22606914 ATTATAGAACAAAATGTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGA
* * * * *
22606979 ACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTG
130 ATTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * * * *
22607027 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGTTTATATG-TTGAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * * *
22607091 GTGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGA
* * *
22607156 ACTT-ATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTG
130 A-TTGGTTCAGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTC
* * * *** *
22607208 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
22607272 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGA
* * * *
22607337 ACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTG
130 A-TTGGTTCAGTAAA-TAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTC
* * * * * *
22607390 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
22607453 TAGGACTAAA-AAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTG
** ** * * * *
22607517 AGCTGGTTTGGCAAATACATATATATTTTTAAATCTC--AC-TA--ATTTTTG
129 AATTGGTTCAGTAAATA-ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * *
22607565 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-CTCCAAATAAGCTTTTATG-ATAAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * ** * *
22607627 ATGAGAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
65 ATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATT
22607688 AAATTTTGAA
Statistics
Matches: 814, Mismatches: 177, Indels: 60
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 1 0.00
173 67 0.08
174 8 0.01
175 25 0.03
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183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA
TTGGTTCAGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
Found at i:22607178 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 22606498--22609554 Score: 1160
Period size: 362 Copynumber: 8.6 Consensus size: 355
22606488 TGATAAATTT
* * * *
22606498 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
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* * * * * * *
22606563 AATAAAAAATAATAATGATTTGAAAGAGATACTTGTTCAAATAATTATAATTATTTGAACTGGTT
65 AACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * * *
22606628 TAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCATGTAAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTACT
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* * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* ** * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * ** * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** *
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AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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22609258 GTATCTAATT
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ACTAATTGAACTGGTTTGGCAAACAAATATATTTTAAATCTCTTAATAATTTCAAAATATTAATA
ATTTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
AAGATCATAACGATTTGAAATAGATAGTCATTCATATAGCCTTT
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Alignment explanation
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22610727 TTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACT
1 TTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
22610792 TTTTTTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTA
66 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTA
* * * * * * * * **
22610855 ATTTATTAACATACTAAAAATTAATGAGTGAGAGAATTAAAAAAATGAATCTGTTTGCCAAACAA
129 ATTTATTAATAT-TTGAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACAA
* * * * * * *
22610920 GTTCAATTAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGAC-TATTTGTTTTGT
191 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT-TTTGTTTTGT
* * * * ** * * *
22610984 CATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAA-AA
255 CATAAAACAATT-ATTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT-A-ATAAATTTATTAATAT
** * * * * * * * *
22611048 TTCCAAAATTAATAAGAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAC-GTTTAAATAGTTA
317 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTCAAAACAGTTCAAATAGTTA
* * *
22611112 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGT
382 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
22611177 TTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAAT
447 TTCTGTTCATA-TAGCTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TGAAAA-GAAT
*
22611241 AAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTA
509 AAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
22611268 TTTACC-GAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAGTTATATATTTTAAATCGTTATGAT
1 TTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
22611332 CTTTTATTTTATCATAAAATAGTTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTA
65 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTA
* * * * * * * **
22611397 ATTTATTATTACTCTAAAAATTAATAGGTTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
129 ATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACAAG
* * * * * *
22611462 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-GTTAT-TAATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
192 TTCAAATAATTATGACTATTTGAA-TAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGT
* * * * * *
22611525 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTA
255 CATAAAACAATT-ATTCTATTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA--AATTTATTAATA
* * * ** * * *
22611589 TTTTGAAAATTACTAAG---G--ATTTAAAAATAAATGTATTT-TTTGAACCAATTTAAATAGTT
316 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTCAAAACAGTTCAAATAGTT
* * * ** * ** * * * * * *
22611648 AAGACTGTTAGAATGATTATCTATTCCAAATTGTTTTGATC-TTTGTTTAGT-AAAAAATAATTG
381 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * ** *
22611711 TTTCAGTTCATACATA-CTTATTTGAAATATAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAA
446 TTTCTGTTCAT--ATAGCTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-GAA
*
22611775 TAAGTAAGAAATTT-TAAAA-AAAT-TA
508 TAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * ** * * **
22611800 TTTA-TTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAATTGTTCAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGA
1 TTTACCT-AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * * ** * *
22611863 TATTTTATTTAATCATAAAACAACTATTTC-AGTAT-ATA-AAGGTTTATTCAAAATTAAACAAT
64 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-T-TCATACAA-GCTTATT-TGAATAAAATAAT
* * * * *
22611925 ATTACTTTATTAATA-TTGCAATAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TC
125 ACTAATTTATTAATATTTG-AA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTA-TTTACTG
* * * *
22611987 AA-ATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTT
186 AACA--AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTT
* * * * * *
22612050 -TTTT-TACGTAAAACAATTGTT-T-TTCATCATACAAGCCTCTT-GAAAT-AAA-AATAAATTA
248 GTTTTGT-CATAAAACAATTATTCTATTCAT-A-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAATTT
** * * * * * *
22612108 ATTATTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTGTTTACT-GAACCAGT
309 ATTA--ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATTTATTTACTCAAAACAGT
* ** * * * ** *
22612172 TCAAATAGTTATGACTA-TTGAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTCATCTCA
371 TCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCA
* * * * ** ** *
22612236 TAAAACAATTATTTCTGTTCACCACAAG-TTATTTCAAATAAAATAATACT-ATGCAATAATATT
435 TAAAACAATTGTTTCTGTTCA-TA-TAGCTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * * * *
22612299 ATG-AATTATTAAACTAAGAGATTTAAAAAATAGAT-TG
498 TTGAAAAGAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * *
22612336 TTTA-CTGAACTAGTTTAAATAGTTAAGGGTATATGAAT-ATTTTTTATTTCAAATCATTATAAC
1 TTTACCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** * * * * * *
22612399 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTATCATGTTCAGAATAAAATAAAACA
65 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACT
* *
22612463 AATTTATTAATATTTTAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAT-TATGTTTGCCT-AAC
128 AATTTATTAATATTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTA--TTT-ACTGAAC
* * * * * *
22612526 CAGTTCAAACAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTAG
189 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTG
* * * * * *
22612591 TCATAAAACAAATGT-TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
254 TCATAAAAC-AAT-TATTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-A-AATTTATTAAT
* *
22612655 ATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACT-AAAACAGTTCAATTAGT
315 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTCAAAACAGTTCAAATAGT
* * * * *
22612719 TATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCATTACGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT
380 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
22612784 -ATTCTGTTCGTATAGTCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACGGA
445 GTTTCTGTTCATATAG-CTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-GAA
*
22612848 TAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAA-CTA
508 TAAGTAA-AAATTTAAAAAAT-AAATCTA
* * *
22612876 TTGACCTAACTAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * ** * *
22612941 TTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTATTCGTATAAGTTTATTTGAATAACGTAATTCTATT
66 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAAT
* *
22613006 TTATTAATATTCTGAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTA
131 TTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACAAGT-
* * * * *
22613071 T-AAATAATTATCACTATTTGAACAATTAT-TATTTTAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCGT
193 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAT
* * *
22613134 AAAACAAAATATTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATTACATAAATTTATTAATATTTA
258 AAAAC-AATTATTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA-TA-ATAAATTTATTAATATTTT
* *
22613199 GACACA-TAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA-AAATTTGTTTA-TCAAATA-AGTTCAAATAGTTA
320 GA-AAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAATAAATTTATTTACTCAAA-ACAGTTCAAATAGTTA
* ** * * *
22613259 TGACTATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTAAGACTTTTTATTTTGTAATGACACAATTG
382 TGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
22613323 TTTTTCTTCATACAAGCCT-ATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT-AAAAGTGA
446 TTTCTGTTCATA-TAG-CTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA--GA
* *
22613386 ATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATA
507 ATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
22613414 TTTACCAAACAAGTTTAAAGAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
1 TTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
22613479 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAATAAAAT-ATCATTAA
66 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT-ACTAA
* * *
22613543 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATATAAAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAA
130 TTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-TAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACAA
* * ** *
22613608 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
191 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTC
* * * * *
22613673 ATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAGGCTTATTTC-GAATAAAATAATTAAATTTATTAATA-T
256 ATAAAACAATTA-TTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA-TAAATTTATTAATATT
** * * *
22613736 TCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATTAATTT-TTT-TTCGAACACA-TTCAAATAGTT
318 TTGAAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTC-AAAACAGTTCAAATAGTT
* * * * ** *
22613797 TTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAACCAATT
381 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *** * *** *
22613861 GTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCCAAAAATTAA
445 GTTTCTGTTCATA-TAGCTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-GAA
*
22613926 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
508 TAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * * ** *
22613954 TTTA-CTGAGTAAGCTCAAATAGCTATGACTGTTTGAGTAATTTTTTATTTGAAATAATCGTGAT
1 TTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
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* * * * * **
22614083 TTTTATT-ATGATTTTGCAAATTAAT-AGTTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
129 ATTTATTAAT-A-TTTGAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACA
* * * * * *
22614146 AGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
190 AGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTG
* * * * *
22614210 T-AGTAAAATAATTGTTTCTGTACATACAGAA--TTATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTA
254 TCA-TAAAACAATT-ATTCTATTCATA-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA--AATTTATTA
* *
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313 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATTTATTTACTCAAAACAGTTCAAAT
** * * *
22614332 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCGCAAATCATAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACA
377 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
22614396 ATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTT-GATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTCTG-AAA-
442 ATTGTTTCTGTTCATAT-AGCTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAG
* * *
22614458 ATTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATG
506 AATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * ** * * * *
22614487 CTT-GTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATGAGAACAATTATATATTTTCAAATCATTCTAA
1 TTTACCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA
* * *
22614551 CCTTTTG-TTGAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATG
64 CCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATA
* * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
22614742 TGTCACAAAACAATTGTT-TCAGTTAATAAAAACTTA-TCAAAATAAAATAATGCTACTTTATTA
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** * * * ** ** * * *
22614805 ATATTTCAAAAATTATTAAGGAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAAGAA-A-TTCCAG
313 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATTTATTTACTCAA-AACAGTTCAAA
* * * * *
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* * * * **
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441 AATTGTTTCTGTTCATAT-AGCTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA
* * * *
22614996 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
505 -GAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
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1 TTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
22615091 CTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGC-TATTTGAAAGAAAATAATAC
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** * *
22615153 TAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
127 TAATTTATTAA-TATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATCTATTTACTGAA
** * *
22615217 CAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAC-TTTTGTTT
188 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTT
* * * * *
22615281 TGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
252 TGTCATAAAACAATTATTCT-A-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA--AATTTATTA
* * * * *
22615345 ATATTTTGAAAATT-A-AA--AAGAAATTTAAAAAATAAAATTAGTTTACT-GAATCAATTTAAA
313 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTA-TTTACTCAAAACAGTTCAAA
* * * * * * *
22615405 TAATTGTGGA-TATTTAAACCATTATTTATTTCAAATCGTTATTACC-TTTCATTTTGTCATAAA
376 TAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT-ATTTTGTCATAAA
*
22615468 AAAATTGTT
439 ACAATTGTT
22615477 AGTACTTTTC
Statistics
Matches: 3342, Mismatches: 668, Indels: 401
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Matches are distributed among these distances:
526 8 0.00
528 25 0.01
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530 10 0.00
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Consensus pattern (534 bp):
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ACAATTATTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAATTTATTAATATTTTGAAAAT
TAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
TATAGCTAATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAGAATAAGTAAAAATTT
AAAAAATAAATCTA
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22610706 TATTTGGATT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
22610843 AAAATAATT-CTAATTTATTAACATACTAAAAATTAATGAGTGAGAGAATTAAAAAAATGAATCT
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* * * * * * * * * *
22610907 GTTTGCCAA-ACAAGTTCAATTAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGA
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* * * *
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* ** * * *
22611034 -TAAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGAAAAAAATTT-A
315 CT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
22611075 AAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
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66 ATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * *
22611205 AAATAA-CACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTAT
130 AAATAATTAC-AATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAA-AATAAAT-TTT
** ** * * * * * * * *
22611269 TTACCGAGTA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAGTTATATATTTTAAATCGTTATGATC
190 TTTTCGAACACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
* * * * * * ** *
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254 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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** * * * **
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* **
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* ** *
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128 TAAAATAATTA-CAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAAT-T-T
* * * * ** * * *
22611625 TTTTT-GAAC-CAATTTAAATAGTTA-AGACTGTTAGAATGATTATCTATTCCAAATTGTTTTGA
189 TTTTTCGAACACAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGA
* * * * * *
22611687 TC-TTTGTTTAGT-AAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATA-CTTATT-TGAAATATAATAAT
252 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTCAG-AATAAAATAAT
* * * *
22611747 ACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-T
314 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * ** *
22611790 AAAA-AAAT-TATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATAATTGTTCAAACAATTATCTATTTAAA
1 AAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * ** * * * **
22611853 ATTGTTATGATATTTTATTTAATCATAAAACAACTATTTC-AGTAT-ATA-AAGGTTTATTCAAA
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* * *
22611915 ATTAAACA-ATATTAC--TTTATTAATATTGCAATAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA
127 A-TAAA-ATA-ATTACAATTTATTAATATTCCAA-AATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAATAAA
* * * * ** * *
22611977 TTAGTTTATC-AA-ATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
186 TT-TTTTTTCGAACA-CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATT
* * * * * *
22612040 ATGAACTTTT-TTTT-TACGTAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTCTTGA-AATAAAAA
248 ATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAA
* *
22612101 TAA-ATTAA-TTATT-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
310 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
22612146 AAAGTTAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAAACAATTATATATTTCA
1 AAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCA
** * ** * * * * *
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* ** * * * * *
22612274 TAAAATAA-TACTATGCAATAATATT--ATGAATTATTAAACTAAGAGATTTAAAAAATAGA-TT
128 TAAAATAATTACAATTTATTAATATTCCA-AAATTAAT-AAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATTT
* * * * ** * * * * *
22612335 GTTTACTGAAC-TAGTTTAAATAGTTA-AGGGTATATGAA-TATTTTTTATTTCAAATCATTATA
189 TTTTTC-GAACACAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATG
* * ** * * * *
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251 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* *
22612461 CAAATTTATTAATATTTTAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAA
315 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
22612504 AAAATAATTATGTTTGCCT-AACCAGTTCAAACAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCA
1 AAAATAAATATGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
22612568 AATCATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCAGA
65 AATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTGA-A
* * ** * * *
22612631 ATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTA
127 ATAAAATAATTACAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAATAAATTTT
* * * * * * *
22612696 TTTACTAAAACAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCATTACGACC
190 TTTTCGAACACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
* * * * * * ** * *
22612761 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCTGTTCGTA-TAGTCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTA
254 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* *** * *
22612824 ATTTATTAATATTTTGAAAACGGATAAGTAACAAATTTAA
318 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
22612864 AGAATGAAACTA--TTGACCT-AACTAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 AAAAT-AAA-TATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
22612926 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTATTCGTATAAGTTTATTTG-A
63 CAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
** * * * *
22612990 ATAACGTAATT-CTATTTTATTAATATTCTGAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
127 ATAAAATAATTAC-AATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAAT-
* * * * *
22613054 TATTTATT-GAACA-AGTAT-AAATAATTATCACTATTTGAACAATTAT-TATTTTAAATCACTA
187 T-TTTTTTCGAACACAGT-TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTA
* * * * * * * *
22613115 TAACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAAAAT-ATTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAAT--
249 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* *
22613177 TACATAAATTTATTAATA-TTTAGACACA-TAATAAGTAAAAGATTT-A
313 TAC-T-AATTTATTAATATTTTA-A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
22613223 AAAA-AAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAGT-TATTTC
1 AAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTC
* * * * * * * * * *
22613285 AAATCATTAAGACTTTTTATTTTGTAATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTGGAT
64 AAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * * * *
22613350 TAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTTTAAAAGTGAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATATA
128 TAAAATAATTA-CAATTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAAGT-AAAGATTTAAAAATAAATTTT
* * * * * * *
22613414 TTTACCAA-ACAAGTTTAAAGAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
190 TTTTCGAACAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAC
* * * * * *
22613478 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTC-GAATAAAAT-ATCATT
253 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-ACT
* * *
22613541 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATATAAAA
317 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-TAA
* *
22613584 AAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
22613649 ATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAGGCTTATTTCG-AAT
66 ATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAAT
* *
22613713 AAAATAATTA-AATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAATTAATTTTTTT
129 AAAATAATTACAATTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATTTTTTT
*
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** * * * *
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257 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
** *
22613906 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
322 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * * * ** * * *
22613942 AAAATAAATCTGTTTACTGAGTAAGCTCAAATAGCTATGACTGTTTGAGTAATTTTTTATTTGAA
1 AAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** *
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66 ATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * *
22614072 AAATAA-TACTATTTTATTATGATTTTGC-AAATTAAT-AGTTAGGAGATTTAAAAAATAAATTT
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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** * ** *
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* * *
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* * * * * * *
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1 AAAATAA-ATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * * * **
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* * *
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128 TAAAATAAT--TACAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA-TAAA--
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AAAATAAATA-T-GTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * * ** * *
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349 GAGATTTAA
* ** * * *
22615763 AAAATAAATTTGTTT-CTTGAA-ATAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTAT
1 AAAATAAATATGTTTAC-TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA--T-CTAT
** * * * * * * *
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* * *
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** * * * * * * *
22615949 TATTACTTATCGAAC-CGGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTT
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* * * * *
22616013 ATAACCTTTTGATTTT-TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTATAATAAAATA
248 ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * ** *
22616077 ATACTAATCTAATAATATTTTGACTATTAATAACTAAGAGATTTAA
312 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
*
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1 AAAATAAATATGTTTA
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* *
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* * ** *
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* * * *
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* * * ** * * * * *
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*
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* * * *
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* **
22614986 ATTTTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATGTGTTTACCGAATGAATTCAAATA
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* * * * * * *
22615049 GTTAAGATTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
22615244 ATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTT
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1 GTCATAAAACAATTGTTTCAG
22615303 TTCACAAAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (360 bp):
GTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAGCTAATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTAAAAAC
ATTTGAATAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATATATGTTTACCGAAACAATTCAAATAGA
TAAGACTATTAGAATAATTTTCTATTTAAAATCATTTTAACTTTTATTTAGTCACAAAACAATTA
TTTCAGTTAATAAAAACTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAAAAATTAATA
AGCAAGAGATTTGAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGCTATAACTATTAGAAC
AAATATCAATCTAAAATCATTATGAACTTTATTTT
Found at i:22615928 original size:184 final size:177
Alignment explanation
Indices: 22615518--22616137 Score: 598
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22615508 TTTTGAACAC
* * * * *
22615518 ACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCCAGAATTAGTAC--GAGATTC
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* * * *
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65 AAAAAATAAATTTGTTTCT-GAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-TATATTT
* * * *
22615645 -AAATTGTTATAACTTTTTATTCTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCAT
128 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCAT
* * * *
22615694 ATAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAATAACA-TTCAAAAAATTCATAACTAAGAGA
1 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT-AT-ACT-AGAGA
* *
22615758 TTTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAAATAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTAT
62 TTTAAAAAATAAATTTGTTTC-TGAAA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA-TTA-
* * *
22615823 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAGCTCAT
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* * * * * *
22615878 CCAAGTTTACTTGTAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-TA-TAGAGATTTA
1 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATACTAGAGATTTA
** ** * * *
22615941 AAAAATAATATTACTTATC-GAACCGGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA-TATATTT
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*
22616004 CAATTTGTTATAACCTTTTGATTTT-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCAT
128 CAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCAT
* * ** **
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1 ACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AT-ACT-AGAGA
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62 TTTAAAAAATAAATTTGTTT
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AAAAATAAATTTGTTTCTGAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTATATTTCAA
ATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCAT
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAGTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * ** *
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* * * ** *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGAGTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * **
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65 AACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAA--TC-TACTTATTAATTTTCAA
* * * * *
22617102 AATGTTAATAAAATT-ATATTATTTTATTTCA-AATTAGCTTGTATGAACTAAAAAA
126 AATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTT-AGAATAAACTTATATGAAC-AAAAAT
* * * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAGTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
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* ** * * * ** * *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAGTTT-AAATAGATAATTATT-CAAATAGTCA
* * * * * * * *
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* *
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* ** * ** * * * * *
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** ** * * *
22617564 TGGCTATTTGAACTT-GTTC-AGCAATATATTTA-TTTTT-AAATCTTCAACTTATTAATTTTTA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * ** **
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* * * * * **
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAGTTT-AAATAGATAATTATTCA-AATAGTCA
* ** * * *
22618083 TAAAATAGAT-AATT-GTTCAGATAGTCATA-ACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCT-T
64 T-AACTATTTGAATTGGTTC-GATA---A-ACA-GATTT--A-TT-TT---TTAA-A-A-TCTAC
* * * * * * *
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112 TTATTAATT-T-TCA--AAAT------------ATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAGAAT
** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGAGTTTAAATAGATAATT--ATTCAAATAGTC
* * * * * * *
22618472 ATAACAATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACATTTTTAACTGT
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** * * * *
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123 CAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTAG-AATAA-ACTTATATGAACA-AAAAT
* * * * * *
22618592 AATTCTTTTATGACAAAAGAAAAAGTTAT-A-GCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-AGTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
22618655 TAATTATTTAAATTTTTTCCG-TAAATAGATTCATATTTTTAAATTTCTTTA-TTATTAATTTTT
64 TAACTATTTGAATTGGTT-CGATAAACAGATTTAT-TTTTTAAA-ATC--TACTTATTAATTTTC
** * * * ** * ** *
22618718 GGATTACTAATAAATCAGCATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAACTGAAAC
124 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
* * * *
22618774 AATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAGTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
22618838 GATTATTTG-ATCTAGTTC-AGT-AACATATTTGTTTTTTAAATTTTACTTATCAATTGTT-GAA
65 AACTATTTGAAT-TGGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTACTTATTAATT-TTCAAA
* * * *
22618899 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCATATATGAAC------
127 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
* * * * * ** * *
22618946 AATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAGTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
22619010 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTT-AAATCT-CTTATTAATATTCAAAATA
65 AACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTACTTATTAATTTTCAAAATA
22619073 TTA
130 TTA
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TAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
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* * * * * * * *
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*
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* *
22616885 TTATTTTTTAAATCTCCAACTT-CTCAAATTTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
1 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATCAAATTTTAAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
* * * * * * * *
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66 GAATAACTTATATTGAAC--AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAATGAGTTGAA
22617014 ATAGATAATTGTTCAAAT
129 ATAGATAATTGTTCAAAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
TTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATCAAATTTTAAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
GAATAACTTATATTGAACAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAATGAGTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATGGCTATATTTATTTGAACTGATTCGAGAAACTGAT
Found at i:22617050 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22616255--22617751 Score: 505
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22616245 CAATAGAAAC
* * * * * * * *
22616255 AATTGTTTTTTGACAAAACTAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATA
1 AATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * ** ** * * *
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1 AATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAA-TGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * ** ** * *
22616499 ACTATTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTGTTTTTTAAATTTCTTACTT-AT-TGATGTTCATA
64 ACTATTTGAACTGATTCGA-AAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATCAAAT-TTTAAA
* * * * *** * * **
22616562 ATATTATTAGAGTAGTA-TA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAT
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* * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
22616678 TATTTTAAACT-AGTCGATAACT-ATATTATTTTTTAATTCTCCTACTTAATTAATTTTTAAAAT
66 TA-TTTGAACTGATTCGAAAACTGAT-TTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATCAAATTTTAAAAT
* * * * *
22616741 ATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATGAAAAAC
129 AGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATG-AAAAT
* * * *
22616792 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGAGTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTAT
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** * *
22616856 ATTTATTTGAACTGATTCGAGAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-CTCAAATTTTGAA
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* * *
22616920 ATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT-AAGTTTTATTGAACTG-AAAT
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*
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* * * *** *
22617038 AACTAATTGAACTTG-TTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTT-AT-TAATTTT
63 AACTATTTGAAC-TGATTCGA-AAACT-GATTTATTTTTT-AAATCTCCAACTTAATCAAATTTT
** * * ** * * * * *
22617099 CTGAAT-GTTAATAAAATTATATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGAACTAAAAAA
124 -AAAATAG-TAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG-A-TGAAAAT
* * * * * * * * * * *
22617157 AATTTTTTTATGACAAA-AAAAGGTTAAAACGTTTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAA
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* ** * * *
22617221 CTATTAT-AACTGGTTCAGCAAATAC--ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAT
65 CTATT-TGAACTGATTC-G-AAA-ACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATCAAATTTTAA
* * *** * * * * **
22617281 AATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTTGAACAAGCTTGCATGAAT-AGAAAT
126 AATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG-ATGA-AAAT
* * * * * *
22617335 AA-TGTTTTATG-AAAA-AAAAGATCATACT-ATTTGAGATAAATAATTATTGAAAACAGTCATA
1 AATTGTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATA
* * * * * * *
22617396 ACTA-TTAAACTCGTTTGGTAAAA--GATTTA-GTTTTAAATCT----GTT-ATTAATTTTTAAA
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* * * * * *
22617452 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT-AA-TTTTGTAAT-AAATAA
127 ATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATGAAA-AT
* ** * * * * * * *
22617502 AATTATTTTACAAACAAAATAAAATATCATAAT-ATTTTGAATAGATTATAGTT-AAATGGACAT
1 AATTGTTTTA-TGA-AAAACAAAAGATCATAATGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * *
22617565 GGCTATTTGAACTTG-TTCAGCAATA-T-ATTTA-TTTTTAAATCTTCAACTT-ATTAATTTTTA
63 AACTATTTGAAC-TGATTC-G-AAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATCAAATTTTA
* * * * * * *
22617625 GAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTGAATAAAATT-GATGAAT-AGAAC
125 AAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG-ATGAAAAT
* * * *
22617677 AATT-ATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAT-
1 AATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
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64 ACTATTTGAACT
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AATTGTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTGATTCGAAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATCAAATTTTAAAATAG
TAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATGAAAAT
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22616711 TAATTCTCCT
* * *
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* * * * * * * * *
22616786 -A-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGAGTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
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* * * * * *
22616849 T-GGCTATATTTATTTGAAC-TGATTCGA-GAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCA
125 TAGAC-ATA-CTATTTGAACTTG-CTC-ATGAAACAGATTTA-CTTTTAAATCTTCA
* * * * * *
22616903 ACTTCTCAAATTTT-GAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGTTTT-ATTGAA
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGA-TGAA
* * * ** * * * * * * *
22616966 CTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
63 -TAAAAAAATT-ATTTAAAACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATAGTTTAAA
* * * * * * *
22617031 TAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGAT-AAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTT
125 TAGACAT-ACTATTTGAACTTG-CTCATGAAACAGATTTA-CTTTT-AAATCTTC-A
* * ** * **
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* ** * * * * *
22617149 CTAAAAAAAATTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAAAACGTTTTGAAATATATAATTA-TTCT-
63 -T-AAAAAAA-TTATTTAAAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAA-TAGTT-TA
* * * * * * * *
22617210 AATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCA-GCAAATACATTTATTTTTAAATC-TCTT
123 AATAGACAT-ACTATT-TGAACTTGCTCATG-AAACAGATTTACTTTTAAATCTTC-A
* * ** * * * **
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1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTG-ATGAATA
* ** * * * *
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65 -AAAAAAT-TATTTAAAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAA-TAGTT-TAAAT
* * * * *
22617389 AGTCATAACTA-TTAAACTCG-T-TTGGTAAA-AGATTTAGTTTTAAATC-T--
126 AGACAT-ACTATTTGAACTTGCTCAT-G-AAACAGATTTACTTTTAAATCTTCA
* *
22617436 -GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTG-T-AATAA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGATGAATAA
* * * * * *
22617498 ATAAAATTATTTTACAAACAAAATAAAATATCATAA-TATTTTG-AATAGATTATAG-TTAAATG
66 A-AAAATTA-TTTA-AAACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAAATAATAGTTTAAATA
* * * * * *
22617560 GACATGGCTATTTGAACTTGTTCA-GCAATATATTTATTTTTAAATCTTCA
127 GACAT-ACTATTTGAACTTGCTCATGAAACAGATTTACTTTTAAATCTTCA
** *
22617610 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTGAATAAAATTGATGAATAG
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGATGAATAA
* ** * *
22617674 AACAATTATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCA
66 AAAAATTATTTAAAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATAGTTTAAATAGACA
* **
22617739 TACTATTTGAACTTGCTCATTAAACAGATTTACTTTTAAATCTTTT
131 TACTATTTGAACTTGCTCATGAAACAGATTTACTTTTAAATCTTCA
* * * * *
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1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTTGAATAA-TTTTGATGAAT
*
22617850 AAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAA
64 AAAAA-AATTA-TTTAAAACAAAACAAAA
22617879 AATCTTATAA
Statistics
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Consensus pattern (176 bp):
ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGATGAATAA
AAAAATTATTTAAAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATAGTTTAAATAGACA
TACTATTTGAACTTGCTCATGAAACAGATTTACTTTTAAATCTTCA
Found at i:22617912 original size:16 final size:18
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22617878 AAATCTTATA
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22617923 ATT
1 ATT
22617926 AGAACGTGTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
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ATTTAAAATAGCATAATT
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1 TCATAATATTTTAAAATAGATAATTGT
22618072 TCATAATATTTTAAAATAGATAATTGT
1 TCATAATATTTTAAAATAGATAATTGT
22618099 TCA
1 TCA
22618102 GATAGTCATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCATAATATTTTAAAATAGATAATTGT
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22618748 TCAAATAAGC
** *
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* * * *
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* * * * *
22618888 CAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCATATATGAACAATTGTT
131 CAATTGTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCATATATAAAAAATTATT
* *
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* *
22619018 GAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTCAAAATA
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* * *
22619073 TTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
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* *
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66 TATTCAAAAAATCATAATTATTTGAACTAGTTCA-GTAACAT--AATTATTTTTTAAAT-T-TTA
* *
22619201 -TGTATTAATT-TCTGAAATATTAAAAAATTCAT-TTCATTTT-ATTCCAAATAAGCTATTATGA
126 CT-TATCAATTGT-TGAAATATTAAAAAATTAATATT-ATTTTAATT-CAAATAAGC-A-TAT--
* * * *
22619262 ATTTAAAAAAACTTATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
183 A--T-AAAAAA-TTATTTGATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCA
* ** * *
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244 AATAG-CCAAAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
22619384 GTTATTAATT
Statistics
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Consensus pattern (315 bp):
TTATATGAACAAAAACAATTCTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
TATTCAAAAAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAACATAATTATTTTTTAAATTTTACTTAT
CAATTGTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCATATATAAAAAATTATT
TGATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCAAAACTATTT
GAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTCAAAATA
Found at i:22619563 original size:180 final size:179
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
22619204 ATTAATTTCTGAAATATTAAAAAATTCA-T-TTCATTTTATTCCAAATAAGCTAT-
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* * * * * *
22619257 TATGAATTTAAAAA-AACTTATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
1 TATGAA--CAAAAACAA-TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAGTAGATAAT
* * * ** * * *
22619321 TGTTCATATAGTCT-TAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAG
62 TGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA-TTGGATCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
* *
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125 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * ** *
22619440 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATTATAACAATCTGAAGTTTACAATTGTT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTT
**
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* * * **
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* ** * * * * *
22619616 AATGTTCAAACACAAATGTTATATAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAGTAGATAATTGT
* * ** * * * * ** *
22619681 TGACATAGCCATAATTATTTGAATT-GATTCGATAAACAGATTCACTTGTTT-AATAACTTACTT
65 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGA-TCG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTT
* * *
22619744 GTTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTC
127 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
22619796 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAG-AGATAATTA
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTAATAACAATTT-GAAGTAGATAATTG
* * ** * * *
22619860 TTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTGCTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
64 TTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTG-GATCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
* * * * *
22619924 ATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** *** ** * * *
22619977 TATGAACTGAAACAATAAATTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAA-TTGAAAATAGATAATTG
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTAATAACAATTTG-AAGTAGATAATTG
* * * * *
22620041 TCCAAATAG---GAAC----CG-ATT-CA--GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTA
64 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGATCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTAGTTA
* * * *
22620094 TTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTG
128 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
**
22620146 TATGATGAAAAACAA
1 TATGAACAAAAACAA
22620161 AAGCTTGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTT
CAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGATCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
Found at i:22620681 original size:21 final size:20
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Indices: 22620651--22620691 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
22620641 CTCCAAATAA
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22620673 GCTT-TATGACAAAACAAAT
1 GCTTGTATGACAAAACAAAT
22620692 ATCATAATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.49, C:0.15, G:0.12, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
GCTTGTATGACAAAACAAAT
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Period size: 181 Copynumber: 41.2 Consensus size: 180
22620217 AATTTGAATG
* * ** * *
22620227 TATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAATTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTCT-
1 TATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * *
22620289 AGCTAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-G-CATATTTATTTTAAA
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* * **
22620352 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAAAAACAAATT
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* * ** * ** *
22620405 TATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
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* * * * * **
22620470 AATAAGCATGTATGAACTA-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACAATTTGAA
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* * * * * *
22620532 ATAAATAATTGTT-ATAATATTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACATT
127 ATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATT
* ** * * **
22620586 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTA-TCAATATTTTACTCCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTG
* * * * *
22620646 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGA
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
22620709 TAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAATTTGTTTGATATACAGATT
128 TAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * *
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** ** * ** * *
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* * * **
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** *
22620940 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * * * * *
22621004 AATAACCTTCTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAGAAGATTATAATGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * *
22621069 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAATAGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * * *
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* * * * * **
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* ** **** * *
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129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * **
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* * * * * * *
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* * * *
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128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA-ATT
* * * * * * * *
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1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * * *
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** * * *
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128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA-ATT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * * * * * *
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1 TATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCT
* * ** * * * * *** *
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* * ** * * * *
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128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* *
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1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT
* * ** * * *
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63 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAA
* * * ** * *
22622140 ATAGATAATTG-TCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAATAGATT
127 ATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * * *
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1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* ** * * * ** * *
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64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
22622322 AGATAATTATTCCTAATAGTCATGACTGTTTGATCTAGTTCAGTAAACATATT
129 AGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *** *
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1 TATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * **
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63 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
22622502 TAAATAATTGCTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATATATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAG-T----C-A--T-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *
22622564 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAGATATTAATATATTAATATTACTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * * * *
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65 ATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
22622689 AGATAATTGTTCAAATAATCATAATTACTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAA-T
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATT
*
22622741 TGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TT-TTTTATT-TC
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-
* * * ** * *
22622802 AAATAACCTAGTATGAATTCAAAAAACCTT-ATTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TTGA
63 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
22622864 AATATATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATT
126 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * * * *
22622920 TACTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGCATTATTTTATTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * * * * * * *
22622985 ATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAGAAGGTTATAACGATTTGAAGT-
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
22623049 TACAATTATTCAAATAGTCCAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGTAAAC-AATT
130 GATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *
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1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * * * * * * *
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64 AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-G-A
* * * * * * ** * * **
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126 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATT
* ** * ** * * **
22623276 TATTTTTTTGAATCTCTTTGTTATCAATTTTCAAAGTAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA
1 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * *
22623341 AATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
64 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
** *
22623405 TAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC----T--A---GTTCAATAAACAAAAT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * * *
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1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * ** **
22623510 ATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *** * * ** *
22623573 AGATAATTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGACT
129 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
** * * *
22623625 TATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TC
1 TATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * *
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64 A-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGA
* * * * * * * * ** *
22623751 AATAGATAATTGTTTAAACAATTATGACAATTTGAAATTATTCAATAAACAGATT
126 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* ** * ** *
22623806 TATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGCGTTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * * * *
22623871 ATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGAACGATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * *
22623935 AGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGTAAACAAATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATT
* ** * * * * * *
22623987 TATTTTTTAAATCTCTTTC-T-TT--TTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATAGTTTACTCTGAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
* * ** * * * * ** *
22624048 TAAGTTTGTATCAATAGAAGTAGTTGTTTTATTACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAGATAG
66 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
22624113 ATAATTGCTCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATA
131 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *
22624163 TAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
** * ** *
22624224 ATAATTTTGTATAAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATA
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
** * *
22624289 GATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
** * * * *
22624340 TATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
*** * *
22624405 ATAAAAATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC---A----A-AATGATTTAAAATA
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* ** * * * * * * *
22624462 AATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTAAACTCGCTCAGTAAATAGATA
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * *
22624513 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCT-A
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * **
22624577 TATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAT
65 -ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
22624642 AGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGGTT-AGAAAACATATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *
22624694 TATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TC
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-
* * ** * * ** * *
22624756 AAATAAACTTGCGTGAACA-AAACCAATTTTTTTACAATAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTTGA
63 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA
* * * *
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126 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *
22624873 TATTTTTTAATTCTCATTACTCATTAATTTTTATAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATT-TC
1 TATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * *
22624936 AA-ATAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTA-AAAA-AAAA-GTCACAATGATTTCAA
64 AATA-AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
22624996 ATA-ATTAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATT
127 ATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * ** * * **
22625050 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* **
22625113 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAAAAATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* ** * *
22625178 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * *
22625230 TA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTATT-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT
* * * ** * * * *** *
22625292 AAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTAT-AAAAAAAAAAAGGTAATAGCAATTTCAA
63 GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * ** * *
22625356 ATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCATTAAATAGATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *
22625410 TATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TCG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* ** *
22625474 AATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
64 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
22625537 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGTTAAGCATATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
** * ** * * *
22625590 TATTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATCGTTGAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTAATC-GA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * * * * **
22625653 ATAAGCGTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
22625717 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTGATGAACAGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATT
* *
22625769 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * * * * * *
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65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAAT
* * *
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129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATT
* * * * * * * *
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1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTG
* * *
22626010 AATAAG-TTAGTGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATG-----ACAAAA----A-AATGATTTGAA
64 AATAAGCTT-GTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * * * ** *
22626063 ATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACAAATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * ** * * *
22626117 TATTTTTTTAAATCTCTCAGTTATAAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTA
1 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * *
22626182 AATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATTATTTGAAGT
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * ** * *
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129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * *
22626298 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * **
22626363 ATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGG-CTAGTAACAATTTGAA
65 ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-A-TAATGATTTGAA
* * * * * * *
22626426 ATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTT-AAGC-TGATTCAGTAAACTAATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTG-TTCGGTAAACAAATT
* * * *
22626480 TACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * *
22626545 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTAGATA
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* ** * **
22626610 GACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAATTAATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * *
22626661 TATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * *
22626725 GATAAGCTT-TATGAACT-GAAATAATTGTTTTAT-ATC-AAACAAAAGGTTATAATGATTT-AA
64 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
22626785 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * * * * *
22626838 TAATTTTTTCAAATCTTTCTCCTTATTAATTTTTCAATGTTAATAAATTTGGATTA-TTTATTCC
1 T-ATTTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * * *
22626902 GAAT-AGATTGTAAGATTCATGCCAAACAGAATATTTTCTAACTAAACAAAAGG-CAAAATGAAT
63 GAATAAGCTTGTATGAAT-A-G--AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-AT
* * * * * * *
22626965 TTAAAATA-TTAATTATTCTAATAGTTTTTAAAACTATTT-AACTGGTTCGGTACAA-ACAATT
122 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA-AACA-AATT
* * * **
22627026 TATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTGAATCTTTTGGAATATTATTAAATTAGTCAGTAATTTAAC
1 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-AAT-TTTT-GAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATT
** ** * * * *
22627091 CAAAATAAGC-TCCATG-ACAG-AACAATTG-TTTATGACAAAAAAAAAGATCTTAATGATTTCG
61 CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-G
* ** * ** * **
22627152 AGATTTATAACTACTCAAATAGTCATAAATCTATCTTGAACTGGTTCGGCTAAACTGATT
125 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AA-CTAT-TTGAACTTGTTCGG-TAAACAAATT
*
22627212 TATTTTTT-AATCTTCTTACTTATTAATTTTTGAACTATTAATAAAATTGGATATTA-TTTATTT
1 TATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAAT-AAATTAG-TATTATTTTA-TT
* *
22627275 CCGAAT-AGCATGTATG-ATCCA-AAACAATTTGTTTTATGACCAAAA-AAAAGGCTCATAATGA
61 CTGAATAAGCTTGTATGAAT--AGAAACAA-TTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG-TCATAATGA
* ** * * * ** ** *
22627336 -TTGAAATAGAT-ATCGTTCATGTAGTC-TTACTATTTGAAATGGTTCGACAATTAGATT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * ** **
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* * * * ** * *
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1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-AGAAAACAGAAGATTATAATGATTTAAAATAAATAATT
* * * * ** * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * **
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* * ** * * * * *
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** * * * ** * *
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* * * * **
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* * * * * * * ** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * ** ** * *
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1 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATAAGAAAACAGAAGATTA-TAATGATTTAAAATAAATAATT
* * * * ** * * * * **
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64 GTTCAAATAGTCATAACCATTTGAA-CTCG-CTCAATAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * * *
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126 CTCATTAATTTTAGAAAAT-TTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACT
* * * * ** * * * **
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** ** * * * * * *
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* *** *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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*
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AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTC
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* * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * *** *
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* * * * *
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** * * ** * ** * * **
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* **
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** * * * * * *
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** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
22620694 CATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAATTTGTTTGATATACA
188 CATAATGATTTGAAATA-ATAATTATTC-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
* * * * *
22620759 GATTAAGTTTTTAAATCTTTTA-TTAATT-TTTG--AAATACTAATAAATTAG-AGTTATTTTAT
251 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTATTTGTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTAT
** ** * *
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* * * * * * ** * * *
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*** * *
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* * * * * * * ** * *
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** * * * * *
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* * * * * * * **
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* ** **
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691 CTA-AAACAAT-TTTTTACAAC
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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250 AA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * *
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313 TTCT-GAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-TAA--AT
* ** * * *
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* *
22621664 TTTTTTAATTCTCTTT-CTCATTAATTTTTGGAATATTAAT--A-TTATTTTA---T-TTC-AAA
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* ** * * * * * * * ** *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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623 ATCT-TAATTATTAACTATTAG-AATATTAATAACTTAGTATTATT-TTATTTCA-AATAAACTT
** * * *
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* * * * * * ** * *
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1 AAAATAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * *
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* ** *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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558 TAGATAATTACTCAAATAG-T----C-A--T-AACTATTTAAAC-TGATTCAGA-AAACAGATTT
* * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * * * * * * * *
22623222 ACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGTTTTAGCAAATAGGTTTATTTTTTTGA
557 ATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* ** * * * * * * *
22623287 ATCTCTTTGTTATCAA-TTTTCA-AAGTAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
621 ATATCTTAATTATTAACTATT-AGAA-TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT
* * *
22623350 ATATGAACTAAAATAATTATTTTATAAC
684 ACATGAACTAAAACAATT-TTTTACAAC
* * * * * *
22623378 AGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AACTAGTTCAA-TA-
1 AAAATAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
** * *
22623438 -----A-ACAA-A-ATTATTTTTTAAACCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
65 TTCTGATA-AATAGATTATTTTTTAATTCTCTTA-CTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAG
* ** * *** * * * **
22623495 TATTGTTTTATTTTAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTTTGT
127 TATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAG-TCAT
** * * * * * *** * ** *
22623560 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGAC
191 AATGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAG-TCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAT
* * * * *
22623624 TTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-T
254 TTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-ATTTGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * *
22623687 CAGATAAGCTTTTATGAACTA-AGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-
317 GA-ATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-TA--AATT-TG
* * * * * * * ** *
22623750 AAATAGATAATTGTTTAAACAATTATGACA-ATTTGAAATTATTCA-ATAAACAGATTTATTTTT
376 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAATATTTGAACTCGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTT
** * ** ***
22623813 TAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAA-TTAGCGTTATTTTATTTTGAATAAG
439 T-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTT-AATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCAAAATAAG
* * * * * ** * * * * *
22623876 CATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGAACGATTTGAAATAGATA
500 CTTTTATGAA-TAGAAAAAATCAGTTTATGAAAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATA
** * * * * * * *
22623940 ATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
564 ATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTT
** * * * * * * * * ** ** *
22624004 TCTT-TT---T-TTAAAATATTATTAATTTAGCAATAGTTTA-CTCTGAATAAGTTTGTATCAA-
628 AATTATTAACTATTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTACATGAAC
** * **
22624062 TAGAAGTAGTTGTTTTATTAC
692 TA-AAACAATT-TTTTACAAC
* * * * *
22624083 AAAATAAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTAG
1 AAAATAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * *
22624148 TTC-GATAAATAGATATAATTCTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
65 TTCTGATAAATAGAT-TATTTTTTAATTCTCTTACTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGT
** * ** *
22624209 ATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTAT-AAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTC
128 ATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAA-GTC
* * *
22624273 ATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
189 ATAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAA
** * * * *
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253 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT-TGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * *
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316 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTAAATTTGAAATA
** * * * * *
22624462 AATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTAAACTCGCTCA-GTAAATAGATATATTTTTTAAATC
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* * *
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* ** * * * * * *
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507 GAATAGAAAAAATCAGTTTATGAAAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATAATTACTCA
* * * * * *
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* * *
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*
22624781 ATTTTTTTACAAT
699 A-TTTTTTACAAC
*
22624794 AAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AT
1 AAAATAAAAGGTCATAACA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-
22624858 GTTCTG-TAAATAGATTATTTTTTAATTCTCATTACTCATTAATTTTTATAATATTAAT-AATTA
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*
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* * * *
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* * * * * **
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254 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTGT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
*
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* * * *
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*
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445 TTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAAATAAGCTTT-TAT
* * *
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507 GAATAG-AAAAAATCAGTTTATGAAAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATAATTACTC
* * ** *
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* * * * * * **
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**
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* * * *
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1 AAAATAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * ** * * *
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* * * * * * *
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** ** * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ***
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* * * * ** * * * * **
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* * * * ** * * **
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* **
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* * * * * * * * * * *
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1 AAAATAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * ** *
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187 TC-A-TAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-CTTG-TTCGA-T
* * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * ****
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* * ** * * **
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* ** * * *
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622 T
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Statistics
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TTAAATCTCTTACTTATTATTTGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACT
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AGTTTATGAAAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTA
TTTAAACTGATTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAACTATTAGAATATTA
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*
22627725 ATTAAA
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22627731 TTAATATTAT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 15, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
113 16 0.16
115 5 0.05
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Consensus pattern (115 bp):
AATAAAAGGTTAGAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATCGTT
TAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTATTTTGGAATATT
Done.