Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 125 of 125
Found at i:22628146 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 22627615--22629377 Score: 1190
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
22627854 AAAAACAAATT-TAGTTTTAAATCTCTTGCTTAATTAA-TTTTGAAATATTATAAAGTAG-ATTA
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* * * *
22627916 TTTTATTTCGAAATAAGTTTTTTATGAAAATGAAACAATTGTTTTTATGACAAAAC
125 TTTTA-TTCTAAATAAG-CTTGTATGAATA-GAAACAATTG-TTTTATGACAAAAC
* *
22627972 AAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTGTTTG
1 AAAAGGTCATAATAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGTTT-
* *
22628035 ATAAATAGAATTATTTTATTTAAATCTTATGCTCATTAATTTTTGAAAGTTAATAAATTACTATT
63 ATAAATAGAATTA-TTT-TTTAAATCTT-TACTCATTAATTTTTGAAA-TTAATAAATTAGTATT
* *
22628100 ATTTTACTTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAA-
124 ATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
22628153 AAAAGGT-AGGAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCA
1 AAAAGGTCA-TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT-T
* * * * * * * *
22628217 ATTAA-CGCATT-TATTTTCAAAGC--T-CT-ATTAATTTTGGAATATT-ATAATTTAGCA-TAT
63 ATAAATAGAATTAT-TTTTTAAATCTTTACTCATTAATTTTTGAA-ATTAATAAATTAGTATTAT
*
22628274 TTTAATTC--AATAAG-TTGTATGAATAGAAAGCAATTG-TTTATTACAAAAC
126 TTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
22628323 --AAGATCATAATGATTTTGAGATAGATAATTGTTCAATATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTG
1 AAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT
* * * *
22628386 ATAAACA-AATTTAATTCTTAAATC--T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAAGTATT
63 ATAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTTTACTCATTAATTTTTG-AA-ATTAATAAATT-AGTATT
* ** ** *
22628446 ATTTTATTCTTAATAATTTTGTATG-ATAGAAACAATCATTTTACAGAC-AAAC
124 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAAC
* * *** *
22628498 AAAAATGTCATAATGA-TTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACT-TATTC
1 -AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-
* * * * *
22628561 AGTAATTAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
63 A-TAAATAGAATTATTTTTTAAATCT-TTACTCATTAATTTTTGAA-ATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
22628626 TTTTATTC-AAATAA-ATTGTATGAATAGACACAATTATTTTATGAGAAAAC
125 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
22628676 AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-GGTCATAACTATTTG-ACTTGCTTAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTA-
* * * *
22628739 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAATTTTAAT-AATTAGTATTAT
64 TAAATAGAATTATTTTTTAAATC-TTTACTCATTAATTTTTGAAA--TTAATAAATTAGTATTA-
* *
22628803 TTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC
125 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
22628855 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTC
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-
* * * *
22628919 ACAAA-ACATATTTATTTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TA
63 ATAAATAGA-A-TTA-TTTTTTAAATCTTTACTCATTAATTTTTGAAAT-T-AATAAA-TTAGTA
* * * *
22628982 TTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAT
122 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * * *
22629037 AAAAAGTCATAAT-GTTTTCAATAGATAATTATTTAGATAGCCATAACTATTTGAACATGTTT-T
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAT
* * *
22629100 GGTAATAG-ATTAATTTTTAATTCTCTTACTCA-TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
65 --AAATAGAATTATTTTTTAAATCT-TTACTCATTAATTTTT-GAA-ATTAATAAATTAGTATTA
* * *
22629163 TTTTATT-TCAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAA-
125 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
22629213 AAAAGGTCACATTGATTTGAAATA-ATTAATTATTC-AATAGTCATGACCATATTGAAACTTGTT
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTG-AAC-TGTT
* * * * *
22629276 CGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAAATATTAATAAATTAAT
62 -TATAAATAGAATTATTTTTTAAATC-TTTACTCATTAATTT-TTG--AA-ATTAATAAATTAGT
* * **
22629340 ATTTTTTTAATCCCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
121 ATTATTTT-AT-TCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
22629378 TCAAAACTAA
Statistics
Matches: 1265, Mismatches: 206, Indels: 223
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
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AATAGAATTATTTTTTAAATCTTTACTCATTAATTTTTGAAATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:22628795 original size:22 final size:22
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* *
22628748 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
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1 TTATTTTTT-AAACTTTTAATAA
22628793 TTA
1 TTA
22628796 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.45
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Consensus pattern (22 bp):
TTATTTTTTAAACTTTTAATAA
Found at i:22629062 original size:538 final size:524
Alignment explanation
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22627605 GAATATTAAT
* * * * *
22627615 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTAG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAG
* * * * *
22627680 CAAATACATTTATTTTTTAAATC-TTT-C-ACTATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTA-T
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTATTATTTTTTGAAATATTA-T-AATTAATATTATT
* * * ***
22627741 TTTATTCAAATAAGCTTGTATGATTCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAGATCATATTGA
128 TTTATTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-GTTTATAACAAAACAAAGATCATAACAA
* * * *
22627806 TTTGAGATTGATATTTGTTCAAA-AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAAATTTAGTT
191 TTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTC-AAAAACAAATTTATTT
* * * *
22627870 TTAAATCTCTTGCTTAATTAATTTTGAAATATTATAAA-GTAGATTATTTTATTTCGAAATAAGT
254 TTAAAT-T-TTTCTT-ATTAATTTTGAAATATAATAAATTTATATTATTTTA-TTCGAAATAAG-
* * * * **
22627934 TTTTTATGAAAATGAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAACTTTAAATAGAT
314 TTTGTATGAATA-GAAACAATTG-TTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGA-TTTAAATAGAT
* * *
22627999 AATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTGTTTGA-TAAATAGAATTATTTTATTTAAATCT
375 AATTATTCAAATAGACATAA-CTATTTGAACTGTTTCAGT-AATAG-ATTA-TTT-TTTAAATCT
* * *
22628062 -TATGCTCATTAATTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTACTTCTAAATAAGCTTGTAT
435 CTA-ACTCATTAATTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTGTAT
* *
22628125 GAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAA
497 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** ** * * * *
22628153 AAAAGGT-AGGAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCA
1 AAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-A
* * * * * * **
22628217 ATTAAC-GCATTTA-TTTTCAAAGC---T-CTATTA-ATTTTGGAATATTATAATTTAGCA-TAT
64 GTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTATTATTTTTTGAAATATTATAA-TTAATATTAT
* * *
22628274 TTTAATTC-AATAAG-TTGTATGAATAGAAAGCAATTGTTTATTACAAAAC-AAGATCATAATGA
127 TTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTATAACAAAACAAAGATCATAA-CA
* * * *
22628336 TTTTGAGATAGATAATTGTTCAATATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTGATAAACAAATTTAAT
190 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAAAAACAAATTT-AT
* * * ** *
22628401 TCTTAAA--TCTCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTCTTAATAATT
252 TTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTGAAATA-TAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGT
** * * * *
22628464 TTGTATG-ATAGAAACAATCATTTTACAGACAAACAAAAATGTCATAATGATTGAAATAGATAAC
315 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAA-AAAAAAGTCATAATGATTTAAATAGATAAT
*
22628528 AATTCAAATAGACATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAATTAGATTTATTTTTTAAATCTCTAAC
378 TATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGT-TTCAGTAA-TAGA-TTATTTTTTAAATCTCTAAC
* *
22628592 TTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAA-ATTGTATGAA-TAGA
440 TCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-A
* * *
22628654 CACAATTATTTTATGAGAAAA
504 AACAATTGTTTTATGACAAAA
*
22628675 CAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTC-AA-AGGTCATAACTATTTG-ACTTGCTT
1 -AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-TT
* *
22628737 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAATTTTAATAATTAGTATTA
63 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TATTATTTTTTGAAATATT-ATAATTAATATTA
* * *
22628802 TTTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
126 TTTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAA
* * *
22628867 CAATTTGAAATAGATAATTAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCACAAAACATATTT
188 CAATTTGAGATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCA-AAAACAAATTT
22628932 ATTTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAA
250 A--TTTTTAAATTTTT-CTTATTAA-TTTTGAAATAT-AATAAATTTATATTATTTTATTCGAAA
* * * * *
22628997 TAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTCAATAGA
310 TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTAAATAGA
* * * ** * * *
22629062 TAATTATTTAGATAGCCATAACTATTTGAACATGTTTTGGTAATAGATTAATTTTTAATTCTCTT
374 TAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAATAGATTATTTTTTAAATCTCTA
* *
22629127 ACTCA-TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTATATGAACT
438 ACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
*
22629190 AAAACAATTGTTTTATTACAAAA
502 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
22629213 AAAAGGTCACATTGATTTGAAATAATTAATTATTC-AATAGTCATGACCATATTGAAACTTGTTC
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTAT-TTG-AACTTGTTA
* * *
22629277 GATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGAAAATATTAATAAATTAATAT
64 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TATTATTTTTTG-AAATATT-AT-AATTAATAT
* *
22629342 T-TTTTTAATCCCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
124 TATTTTT-AT--TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
22629378 TCAAAACTAA
Statistics
Matches: 1006, Mismatches: 146, Indels: 141
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
521 17 0.02
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AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGT
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTATTATTTTTTGAAATATTATAATTAATATTATTTTT
ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGA
GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAAAAACAAATTTATTTTTAAATT
TTTCTTATTAATTTTGAAATATAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGTTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGAC
ATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAATAGATTATTTTTTAAATCTCTAACTCATTAATTTTAGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAA
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1 ATAATTATTTGATAG
*
22630074 ATAATT-TTTAAATAG
1 ATAATTATTT-GATAG
22630089 ATATATTATTTGA
1 ATA-ATTATTTGA
22630102 ACTAGTTCAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 5
0.77 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.13
15 13 0.57
16 4 0.17
17 3 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.09, T:0.49
Consensus pattern (15 bp):
ATAATTATTTGATAG
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Alignment explanation
Indices: 22630597--22631825 Score: 794
Period size: 173 Copynumber: 7.0 Consensus size: 171
22630587 AATCTCTTAA
* * * * ** ** * * * *
22630597 TTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTTTGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAATGA
* * ** * * *
22630662 AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTC
66 AACAATTGTTTTAT-AACAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTC
* * *
22630727 ATAACTCTTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTTGC
128 -TAACTATTTAAAC-TGTTTAGTAAACACATTTAT-TTTT-AAATC-T-C
* * * *
22630777 TTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-AT-TGAATAAGCGTGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAATGA
* * * * *
22630840 AACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
66 AACAATTGTTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGT
* * * *
22630904 CCTAACTATTTGAACTAGTTGA-CAAATACATTTATTTTTTAAATCT-
127 -CTAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACACATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * * ** * *
22630950 TCACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTGTCCAAATAAGCTTGTATG--ATCA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAATGA
* ** * * * * * *
22631013 AA-ATGATTGCTTTATAGGAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCCAATAGTC
66 AACA--ATTGTTTTATAACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-CAATAGTC
* * *
22631077 TAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAAAAC-TTTAGTTTTAAATCTC
128 TAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACACATTTATTTTTAAATCTC
* * * * * * *
22631121 TTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCTAATAAG-TTTTATGAA
1 ----TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
22631185 ATGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGATCAT-ATGACTTT-AAATAGATAATTGTGTAAAT
62 ATGAAACAATTGTTTTATAAC-AAAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTAT-TCAAT
* * * * *
22631248 AGTCAAATCTATTTGAACATATTT-GATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGC
124 AGTCTAA-CTATTTAAAC-TGTTTAG-TAAACACA-TT-TA-TTTTTAAATC---T-C
* * * * * * * *
22631305 TCATTAATTTTTTGAATCTTAATAAATTACTATTA-TTTATTCTGAATAAGATTGTATGAACTGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAATGA
* ** *
22631369 AA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATT-AATAGTCT
66 AACAATTGTTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTC-
* *
22631432 TAACTATTTAAACTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAAGCTC
128 TAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACACATTTATTTTT-AAATCTC
* * *
22631478 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT-TTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAAAAGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAATGA
* * * * * * *
22631542 AATAATTGTTTTATAACAAAATAAATGTGATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAA
66 AACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGT-C
** *
22631607 TAACTATTTATGCTGTTTAGGTAAACA-ATTTAGTTTTTAAATCTT
128 TAACTATTTAAACTGTTTA-GTAAACACATTTA-TTTTTAAATCTC
** * * ** ** *
22631652 TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTGGTATTA-TTTATTTTG-ATAATTTTGCATG-AATAG
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAT-G
* * * *
22631713 AAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGACA
65 AAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTC-
* * * *
22631777 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
128 TAACTATTTAAAC-TGTTTAGTAAACACATTTA-TTTTTAAATCTC
22631823 TTA
1 TTA
22631826 CATATT
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 169, Indels: 121
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 58 0.07
171 53 0.06
172 62 0.08
173 154 0.19
174 50 0.06
175 116 0.14
176 47 0.06
177 24 0.03
178 88 0.11
179 55 0.07
180 100 0.12
181 14 0.02
183 1 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAATGA
AACAATTGTTTTATAACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCTAA
CTATTTAAACTGTTTAGTAAACACATTTATTTTTAAATCTC
Done.