Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22631831
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 33 of 125
Found at i:6498123 original size:632 final size:630
Alignment explanation
Indices: 6497099--6498236 Score: 1449
Period size: 632 Copynumber: 1.8 Consensus size: 630
6497089 TGTATGAATA
* ** *
6497099 GAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAG
* *
6497164 TCAAACTATTCGAAAGAGTTAAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA
66 TAAAACTATTCGAAAGAGTTAAGAAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * *
6497229 AATATTCATAAATTTTTATTATTTTATTCAAAATAAGCTCGCATAAATAGAACCAATTGTTTTAA
131 AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCAAAATAAGCTCGCATAAATAGAAACAAATGTTTTAA
* * * * *
6497294 GATAACACAGAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTGAAC
196 GATAACACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAACCATTTGAAC
* * *
6497359 TTGTTCAGTAAATAGATTTTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
261 TTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * ** *
6497424 GTTTTATTTTACTTCAAATAGGCTCATATGAATTGAAACAACTATTTTATTACAAAAGAAAAGGT
326 GTATTATTTTAATTCAAATAAGCTCATATGAATCAAAACAACTATTTTATGACAAAAGAAAAGGT
* * *
6497489 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTAAGCAAACAT
391 CATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGCAAACAG
*
6497554 ATTTATTTTTTAAATTTT-TT-ACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTGCTTTA
456 ATTTATTTGTT-AATTTTCTTGA-TTATTAAGTT-TCAAAATATTAATAAATTAAAATTGCTTTA
6497616 ATCCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAAGTT
518 ATCCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAAGTT
6497681 TAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATGATTTGAACTTATTAATT
583 TAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATGATTTGAACTTATTAATT
* *
6497729 GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATA
1 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT-TGAAATAGACAATTGTTCAAATA
* *** * * *
6497793 GTAATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATT
65 GTAA-AACTATTCGAAAGAGTTAAGAAAACAGATTTA-TTTTTAAAAT-T-TTTACTTATTAA-T
* ** * *
6497856 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCAT-GTATGAATAGAAACAAAT
125 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCAAAATAAGC-TCGCATAAATAGAAACAAAT
* *
6497919 GTTTTATGACTAA-ACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATCATTATTCTA-ATAGTCT-TAA
189 GTTTTAAGA-TAACACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAGATAGT-TATAA
* * *
6497981 CCATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAACT
251 CCATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** * *
6498045 ATTATTAAATTAGTATTATTTTAA-TCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGA
314 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTCATATGAATCAAAACAACTATTTTATGA
* * * * *
6498108 CAAAATAATAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTT
378 CAAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** ** * *
6498173 GTTTGGCAATTAGATTTATTTGTTAATTTTCTTGATTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTA
443 GTTAAGCAAACAGATTTATTTGTTAATTTTCTTGATTATTAAGTTTCAAAATATTAATAAATTA
6498237 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 65, Indels: 30
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
630 67 0.16
631 35 0.08
632 241 0.56
633 84 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (630 bp):
GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAG
TAAAACTATTCGAAAGAGTTAAGAAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCAAAATAAGCTCGCATAAATAGAAACAAATGTTTTAA
GATAACACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAACCATTTGAAC
TTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTAATTCAAATAAGCTCATATGAATCAAAACAACTATTTTATGACAAAAGAAAAGGT
CATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGCAAACAG
ATTTATTTGTTAATTTTCTTGATTATTAAGTTTCAAAATATTAATAAATTAAAATTGCTTTAATC
CGAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAAGTTTAA
ATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATGATTTGAACTTATTAATT
Found at i:6498397 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 6497730--6500124 Score: 1787
Period size: 361 Copynumber: 6.6 Consensus size: 360
6497720 TTATTAATTG
* * *
6497730 AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
6497794 TAATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAA--TT
* * * * *
6497858 TTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCAT-GTATGAATAGAAACAAATGT
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGAATAGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * ** * * * * *
6497921 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACCATT
192 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
6497986 TGAATTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTTATTAATTTT-TGAACTATTA
257 TGAACTGGTTCGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTAT-AAATATTA
* *
6498049 TTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACA
319 ATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
6498091 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAATAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
6498156 CTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAATTAGATTTATTTGTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTC
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTT-ACTTATTAA-TTTT
* * *
6498220 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-AATAGTGTGAACAGAACCAATTGTTT
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * ** *
6498284 GATGACAAAATAAATGGTTATAACAATTTGAAGTAGATAATTACTCAAATAGTCAAAACTATTTG
194 TATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
6498349 CAA-TGGTTTGGTAAATTGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATA
259 -AACTGGTTCGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTATAAATATTAATA
* * * * * *
6498413 AATTAGTATTATTTT-ATATCAACAAACTTATATTAACTA
322 AATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * *
6498452 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAGTTGTTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
6498517 -TTGAACTGTATGAACTAGTTTAGCAAATAGA-TT-TTTTTT-AATTTCTTAGTTATTAATTTTT
66 CAT-AACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTG
* * * ** * * *
6498578 AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCCTA-TATGAATAGAAATAATTATTT
130 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
6498642 TATGATAGAATAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
194 TATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * *
6498707 AATTGGTTTAGTAAATATATTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATGCTT-TAAATATTAATG
259 AACTGGTTCGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAAT-TTTATAAATATTAATA
* * * * **
6498767 AATTAATAATATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGTTCA
322 AATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * ** * *
6498806 AAAGCAATTATTTTAAGAAAAAACAAAAAGTAAAAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
6498871 CCATAATTATTTGAACTAT-TTTGGTAAACTA-ATCTATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAACTT
65 TCATAACTATTTGAACT-TGTTTAG-AAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TT
* * *
6498930 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTGGATAAGCTTGTATGAGCT-TGTATA-AGCT
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA----GAAT-AG-TATG-A-ACAG--
* * * * * * *
6498992 AAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-ATAATAAATAATTGTTTATATA
182 -AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
6499056 GTCTTAATTATTT-AAATAGGTTTC-ACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
245 GTCATAACTATTTGAACT-GG-TTCGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
* * *
6499119 TT-TAAAATATTATTAAATTCGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
307 TTAT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
6499173 GAAACAATTGTTTTCATTATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
1 -AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
6499238 GTCATAACTATTTGATCTTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTATATCTAC-TACCTATTAATT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT
* ** * ** *
6499301 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTTTATGAATAGAAACAATTG
127 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGAATAGTATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * *
6499365 TTTAATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTAT
191 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * **
6499430 TTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATCAATTTTAGGAATATTA
256 TTGAACTGGTTCGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTATAAATATTA
* * * *
6499494 ATAAACTAGTATTATTATT--TTTGAATACGCTTGTATGAATA
319 ATAAATTAGTATTATT-TTAATTTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
6499535 GAAATAATTGGTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
6499600 TCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAACT-TATTTATTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGAAAA-TAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TT
* * *
6499662 TTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTC-GAA-AA-AAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
127 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGAA--TAGTATGAACAGAAACAAT
* * * * *
6499723 TGTTTTATGACCAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAAC
189 TGTTTTATGA-CAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** *
6499788 TATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGTTTCATTTTTTAAAACTCTTACTCATTAATTTTCAT-AATA
253 TATTTGAACTGGTTCGGTAAATAATTT-ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-ATAAATA
* * * * * *
6499852 TTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCCTATATGAACTG
316 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * ** ** * * ** * *
6499898 ATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTACTCATATATT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
6499963 TATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTT-TTTCTTATTAATTGTC
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-TT
* * * * * * * * *
6500027 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TAAATAAG-CTTGTATGGAGAAAAACAATTATT
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGAATAGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * *
6500090 TTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAAT
193 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
6500125 TATATAGTAA
Statistics
Matches: 1626, Mismatches: 318, Indels: 179
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 6 0.00
354 66 0.04
355 85 0.05
356 10 0.01
357 16 0.01
358 149 0.09
359 11 0.01
360 100 0.06
361 531 0.33
362 188 0.12
363 257 0.16
364 15 0.01
365 5 0.00
366 12 0.01
367 59 0.04
368 72 0.04
371 7 0.00
372 31 0.02
373 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGGTTCGGTAAATAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTATAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAACA
Found at i:6500179 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 6499967--6500269 Score: 351
Period size: 145 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
6499957 TATATTTATG
* * * **
6499967 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTGTCAAAAT
1 ACTATTTGAAATTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTCACTTATTAATTGTCAAAAT
* * * *
6500032 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGGAGA-AAAACAATTATTTTATAA
66 ATTAATAAATTAATATAATTTTAATTTAAATAAACTTGTAAGAAGAGAAAA-AATTATTTTATAA
6500096 CAAAACAAAAAGTCATA
130 CAAAACAAAAAGTCATA
* * **
6500113 ACTATTTGAAATTATAT-AGTAAATAGATTTATTTTT-TAATCTTTCACTTATTAATTGTCTGAA
1 ACTATTTGAAATTAT-TCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTCACTTATTAATTGTCAAAA
** * * * * *
6500176 TATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTTACATAAATTTGTAAGAATAGAAAAAATTATTTTATGA
65 TATTAATAAATTAATATAATTTTAATTTAAATAAACTTGTAAGAAGAGAAAAAATTATTTTATAA
* *
6500241 CAAAACAAAAGGTTATA
130 CAAAACAAAAAGTCATA
* *
6500258 GCGATTTGAAAT
1 ACTATTTGAAAT
6500270 AAATAATTAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 24, Indels: 5
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 96 0.73
146 34 0.26
147 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (146 bp):
ACTATTTGAAATTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTCACTTATTAATTGTCAAAAT
ATTAATAAATTAATATAATTTTAATTTAAATAAACTTGTAAGAAGAGAAAAAATTATTTTATAAC
AAAACAAAAAGTCATA
Found at i:6500434 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6500101--6503107 Score: 2031
Period size: 181 Copynumber: 16.8 Consensus size: 181
6500091 TATAACAAAA
* * * * *
6500101 CAAAAAGTCATAACTATTTGAAATTATAT-AGTAAATAGATTTATTTTTT-AATCT-TTCACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTA
* ** * * * ** *
6500163 TTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTTACATAAATTTGTAAGAATAGAAA
64 TTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
6500227 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAAATAATTATT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* *
6500281 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** **
6500346 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTCGGATAAGCTTGTACAAATAGAAACAA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
6500411 TTGTTTTGTGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTT
131 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * ** * * *
6500462 CAAATAGTCATAACTATTTGCAC-TGATCAGGCCAACAAATTCATTTCTTAAATC-CATTACTAA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
* * * * * *
6500525 CTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGATTATATGAATAGAAA
64 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
6500589 CAATTCTTTTATGACAAAATAAAATTGTCATCACGATTTGAAATAAATAATTATT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * *
6500644 CAAATAGTTATAACTAATTAAACTAGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTC-T--TT-TT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
** * * * * *
6500704 AATTTTCAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAAACA-AAAGCA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CA
* * * * *
6500768 TTTTTTTTATGACAAGACAAAAGGT-ATTAATGATTTGAAATAGAA-AGTTGTT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATA-AATAATTGTT
* * ** *
6500820 CAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TGATTTGGCAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
6500883 TTAGTTTTTGAAATA-T--T-AA-TAA-ATTA---T-TCT-AAATAAG-TTACTAAGAACTA-AA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAA
* * *
6500935 AAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * * * *
6500990 CATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTC-GACAAATAAATTTATTTTTCAAAT-TTTTAGTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
6501053 TAATTTTTAAAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAATA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* ** * * * **
6501118 ATTTTTTTATGACTTAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTACT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * *
6501170 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTATATCTCCTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** * *
6501234 AATTTTTGAAATATTAGTAAATTACTATTATTTTATACCGAATAGGCTTGTAT-AAT-GAAAACA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACA
* * * *
6501297 ATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * ** * *
6501349 CAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTC-GATAAACTGATTTAATTTTTAAATCTCTAACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
6501413 GAATTTTTGAAATATCAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATG-CTCTGAAAC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAC
* * * ** * *
6501476 AATTGTTTTATAATAAAAATAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTT
129 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * *
6501530 CAAATAGTGATAACTATTTGAACTTATTCAATAAAC-AATTT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** *
6501592 AATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-GAAAC
66 AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* ** * ** *
6501655 AATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
** * * * * *
6501708 CTCATAGGCTTAACTATTTGAA-TGGTTCGAG-AAACACATTTACTTTTTTGAA--TC---CTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * **
6501766 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTGGTATTA-TTTAATTCTAAATAATTTTGTATGAATACCAA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG------AA
* * * * * * **
6501830 TTATTTTGAATAACTAGTATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATGATGATTTGAAATAGATGG
122 -TA----G-A-AAC-A--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
*
6501895 TAGTT
177 TTGTT
* * ** ** *
6501900 CAAATGGACATGGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * **
6501965 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACCTT-TACAAATAGAAAAC
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAG-AAAC
* * * ** ** * *
6502029 AACTGCTTTATGAAAAAACAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAAGTATT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * *
6502082 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAGTCTTTTAATTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * **
6502146 TAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGT
65 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
** * * *
6502210 AATTAG-TTTATGACAAAACAATTGGTCAT-ACTTATTGGAAATAGATAATTGTT
129 AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * * *
6502263 TAAATAGTCATATCTATTT-AAATGTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATAT-TTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
6502326 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAGGCATGGATGAACAGAACC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * *
6502390 AATTGTTTTCTAACAAAATAAAAGGTCAT-A--A--TG---T---T--TTG--
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * **
6502428 -AAATAGTGATAAATATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTGTTTT--TTCTCCTTACTCC
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCT-CTTACTTA
* * * * * *
6502490 CTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAGCTTATATTAATTGAAA-
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *** *
6502553 AA-TGTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAACGGATAATTATT
129 AATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * *
6502606 CAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTC-GATATACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
6502670 TAATTATTGCAATATTAATAAATTAATATTGTTTTAATTT-GAATAGGCTTGTATGAACAGAAAC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * *
6502734 AATTATTTTATGACCAAACAAAA----AT-TC-A--T-AAA-AATTTATTGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* ** * * *
6502777 CAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTAAAAT-TGTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTAT
** * *
6502841 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGCATGAATAGATG
65 TAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA-A
* * * *
6502903 A-AATCT-TTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTT
127 ACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * *
6502957 TAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-GATAAA-TAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * ** * *
6503020 CTATTTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-TAAA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* *
6503084 TAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
6503108 TTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 2210, Mismatches: 466, Indels: 301
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 24 0.01
164 43 0.02
165 47 0.02
166 4 0.00
167 3 0.00
168 2 0.00
169 28 0.01
170 133 0.06
171 95 0.04
172 7 0.00
173 4 0.00
174 6 0.00
175 25 0.01
176 96 0.04
177 94 0.04
178 91 0.04
179 265 0.12
180 440 0.20
181 456 0.21
182 193 0.09
183 5 0.00
184 1 0.00
185 3 0.00
186 3 0.00
187 1 0.00
188 1 0.00
189 3 0.00
190 3 0.00
191 2 0.00
192 67 0.03
193 14 0.01
194 2 0.00
197 37 0.02
198 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
Found at i:6501444 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6500932--6501729 Score: 729
Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
6500922 ACTAAGAACT
* * * ** * *
6500932 AAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCATATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * *
6500997 TCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAATAAATTTATTTTTCAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
6501061 AAAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTTTGAAT-
130 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATG
* * ** * * * **
6501111 AGAAATAATTTTTTTATGACTTAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTACTCAAATA
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
6501176 GTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTATATCTCCTACTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGA-TAAATAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * *
6501239 TTGAAATATTAGTAAATTACTATTATTTTATACCGAATAGGCTTGTAT-AATG
128 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATG
* * * *
6501291 AAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
6501356 CCATAATTATTTGAACTTATTCGATAAACT-GATTTAATTTTTAAATCTCTAACTTATGAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAA-TAAATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * **
6501420 TGAAATATCAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGCTCTG
129 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AATG
* * * * * *
6501472 -AAACAATTGTTTTATAATAAAAATAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
6501536 GTGATAACTATTTGAACTTATTCAATAAA-CAATTT-TTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * ** *
6501599 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTG
129 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TG
** * * **
6501651 -AAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* *
6501715 GCTTAACTATTTGAA
66 TCATAACTATTTGAA
6501730 TGGTTCGAGA
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 104, Indels: 33
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 77 0.15
179 163 0.33
180 193 0.39
181 66 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATG
Found at i:6501452 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 6500101--6503107 Score: 1645
Period size: 358 Copynumber: 8.4 Consensus size: 360
6500091 TATAACAAAA
* * * * *
6500101 CAAAAAGTCATAACTATTTGAAATTA-TATAGTAAATAGATTTATTTTTTAATCT-TTCACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTT-ACTTAT
* * * ** ** *
6500164 TAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATAATTTTAT-TTTACATAAATTTGTAAGAATAGAAA
64 TAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGA-ATAAGCTTGT-ATAAT-GAAA
* * *
6500227 A-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAGCGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
125 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
6500290 ATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
189 ATAACTATTTGAACTTATTCGAGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * *
6500354 AAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTCGGATAAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTG
253 AAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
6500419 TGA-TAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTT
317 TGACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * * *
6500462 CAAATAGTCATAACTATTTGCACT-GATCAGGCCAACAAATTCATTTCTTAAATC-CATTACTAA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GTAAACAGATTTATTT-TTAAATCTC-TTACTTA
* * * * *
6500525 CTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGATTATATGAAT-AGAA
63 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTGTAT-AATGA-AA
* * * * * *
6500588 ACAATTCTTTTATGACAAAATAAAATTGTCATCACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTT
125 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
6500653 ATAACTAATTAAAC-TAGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTTTCA
189 ATAACTATTTGAACTTA-TTCGAGTAAATAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
6500712 AAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAAACA-AAAGCATTTTTTTT
253 AAATATTAATAA-TTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAA-CAATTGTTTT
* **
6500776 ATGAC-AAGACAAAAGGT-ATTAATGATTTGAAATAGA-AAGTTGTT
316 ATGACTAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTT
* * * * *
6500820 CAAATAGTCATAATTATTTAAACT-GATTTGGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
6500884 TAGTTTTTGAAATATTAATAAATTA-T-TCTA----A-AT--AAGTTA-CTAAG-A-ACT-AAAA
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATATCGAA-TAAGCT-TGTATAATGAAAA
* * * * * * *
6500936 AAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCATATAGTCTT
126 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * *
6501001 AATTATTTGAACTGGTTCGA-CAAATAAATTTATTTTTCAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTAAA
191 AACTATTTGAACTTATTCGAGTAAATAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * *
6501064 ATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTTTTTTATG
255 ATATTAATA-ATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * **
6501129 ACT-TAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTACT
319 ACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
6501170 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTATATCTCCTACTTATTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
6501235 ATTTTTGAAATATTAGTAAATTACTATTATTTTATACCGAATAGGCTTGTATAATGAAAACAATT
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTGTATAATGAAAACAATT
* * * * *
6501300 ATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA
131 ATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
6501365 TTTGAACTTATTCGA-TAAACT-GATTTAATTTTTAAATCTCTAACTTATGAATTTTTGAAATAT
196 TTTGAACTTATTCGAGTAAA-TAAATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * ** * *
6501428 CAATAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTAT-GCTCTGAAACAATTGTTTTAT-AATA
259 TAATAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACT-
* * *
6501491 AAAATAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTT
322 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
6501530 CAAATAGTGATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACA-ATTT-TTTTTTAATTTCTTGCTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
6501592 AATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTG-AAAC
65 AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTGTAT-AA-TGAAAAC
** * * ** * ** * *
6501655 AATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTA
127 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * *
6501720 ACTATTTGAA-TGGTTCGAG-AAACACATTTACTTTTTTGAA--TC---CTTATTAATTTTTGAA
192 ACTATTTGAACTTATTCGAGTAAATAAATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* ** * **
6501778 ATAGTAATAAGTTGGTATTA-TTTAATTCTAAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTTTGAATA
255 ATATTAATAA-TTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTG--T--ATA--AA-TA----G-A-A
* * * * ** ** *
6501842 ACTAGTATTATTTTACGAC-AAAACAAAATGTCATGATGATTTGAAATAGATGGTAGTT
305 AC-A--ATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * *
6501900 CAAATGGACATGGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
6501965 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCCAAATAAACCTT-TACAAATAGAAAA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAT-CGAAT-AAGCTTGTA-TAAT-GAAAA
* ** * ** ** * * *
6502028 CAACTGCTTTATGAAAAAACAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAAGTATTTAAATAGTCAT
126 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
6502093 AACTATTTGAACTTGCTT-G-GTAAACATATTTATTTTTTAAGTCTTTTAATTATTAATTTTTAG
191 AACTATTTGAACTT-ATTCGAGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * * * * **
6502156 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGTAATTAG-TTTA
254 AATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATT-GTTTTA
** * *
6502220 TGAC-AAAACAATTGGTCAT-ACTTATTGGAAATAGATAATTGTT
317 TGACTAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
6502263 TAAATAGTCATATCTATTT-AAATGTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATAT-TTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
6502326 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT-TCAAAATAGGCATGGATGAA-CAGAA
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATATC-GAATAAGCTTGTAT-AATGA-AA
* * * * * * *
6502388 CCAATTGTTTTCTAACAAAATAAAAGGTCAT-A--A--TG---T---T--TTG---AAATAGTGA
125 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * ** *** *
6502437 TAAATATTTGAACTTGTTC-AATAAACATATTCATTGTTT-TTTCTCCTTACTCCCTAATTTTTG
190 TAACTATTTGAACTTATTCGAGTAAATAAATTTATT-TTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
6502500 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAGCTTATATTAATTGAAA-AA-TGTTTTT
253 AAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTG-TTTT
* * ** ** *
6502562 ATTAC-AAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAACGGATAATTATT
316 ATGACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
6502606 CAAATAGTCATGACTATTTGAAATTG-TTCGATATACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
6502670 TAATTATTGCAATATTAATAAATTAATATTGTTTTA-ATTTGAATAGGCTTGTATGAA-CAGAAA
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATA-TCGAATAAGCTTGTAT-AATGA-AAA
* * *
6502733 CAATTATTTTATGACCAAACAAAAATTCAT-A--A----AAAT---TTATTGTTCAAATAGTCAT
126 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
6502788 AACGATTTGAACTTGTTTG-GTGAACAAATTTATTTTTAAAAT-TGTTTACTTATTAATTGTCTT
191 AACTATTTGAACTTATTCGAGTAAATAAATTTATTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAATT-T-TT
** * * * *
6502851 --AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGCATGAATAGATGA-AATCT-TT
252 AAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGA-AACAAT-TGTT
* * * *
6502911 TTATAAC-AAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTT
314 TTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
6502957 TAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTCGATAAATAG-TTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACAGATTT-A-TTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * *
6503020 CTATTTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-TAAA
63 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTGTAT-AA-TGAAAA
* *
6503084 TAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
126 CAATTATTTTATGACAAAACAAAA
6503108 TTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 2065, Mismatches: 430, Indels: 312
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 4 0.00
343 72 0.03
344 112 0.05
345 81 0.04
346 60 0.03
347 32 0.02
348 4 0.00
349 49 0.02
350 224 0.11
351 177 0.09
352 3 0.00
353 3 0.00
354 31 0.02
355 15 0.01
356 5 0.00
357 20 0.01
358 227 0.11
359 225 0.11
360 98 0.05
361 68 0.03
362 138 0.07
363 136 0.07
365 1 0.00
366 2 0.00
367 2 0.00
368 4 0.00
369 2 0.00
370 58 0.03
371 12 0.01
372 10 0.00
373 54 0.03
374 75 0.04
375 14 0.01
376 3 0.00
377 1 0.00
379 35 0.02
380 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTGTATAATGAAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTATTCGAGTAAATAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
ATAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAAA
CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
Found at i:6504143 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 6503136--6507114 Score: 2565
Period size: 180 Copynumber: 22.1 Consensus size: 179
6503126 TTAAAATCTT
* * * * ** * * * * **
6503136 TTATTAATTTTGGAAGTATTAATAGATTTGTATTATTTTATGCTAAACAAACTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
*** ** * * *
6503201 AATGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAA-TAGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATATT
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
6503265 CATAATTATTAGAA-TTGGTTAGGTAAATAGAATT-CTTTTTAAATCTCTTAC
129 CATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * * * *
6503316 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGCATGAATTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * *
6503380 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGT-AGTAA-GAATTTTAAATTGATATTTGCTCATATA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCA-TAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
6503443 GTCTTAACAATTTGAAC-TAGTTCGACAAACA-ATTTAATTTTTAAATCTCTTAT
127 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * * * ** *
6503496 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTTGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAT-
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TG
* * * * * * * * * *
6503560 AAATAATTATTTTCTAACATAACAAAAGGTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-----A----GT-CATAA-CGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
6503625 CTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTACTTTTTAAATCTCTTAC
118 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * * *
6503688 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTCTATGATAAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG------
*** * * * * * * *
6503753 AAAAAAAAACATTTGTTGTATGACTAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTGA
60 -AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
6503818 AAT-GGCAATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATC---AC
123 AATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
* ** *
6503872 CTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACT-
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
6503935 AAAGCAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
65 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
6504000 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTCCAAATCTTTCGC
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTT-AC
* *
6504053 TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-T
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * * * *
6504116 GAAATAAATATTTTATGA-ATTAACAAAA-T-ATTAGATCGATTTAAAATAGATAATTATTCTAA
64 GAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGTCA-TA-A-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** **** * *
6504178 TGGTTTTAACTATTTGAA-TTGATTCCACAAGCACATTTTATTTTTTAAATCTCTTAC
125 TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* *** * * * **
6504235 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTATAAGATCAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * *
6504299 AAACAATTGTTTGATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGAAAATTGTTTAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *
6504363 CATAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTCAAAAT-TTTAC
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTTAC
* * **
6504414 TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTG
* * * ** *
6504478 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATAATAACGATTTCAAATAGATAATCATTCAAATGGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
6504543 CATAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTAC
129 CATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* ** * * * *
6504594 ATATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTATACT-AACT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTA-TGAACT
* * * * * *
6504657 GAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * **
6504722 TAATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATGGA-TT-TTTTTTACATCTTTTTTTG
128 TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TTTAC
* * *
6504775 TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAACT-
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
6504838 AAAGCAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
65 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** *
6504902 GTCTTAACCATTTGAA-TTGATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
127 GTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * ** * * ** *
6504956 TTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGTTTGCACAAACAAC
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC--T
* ** * * * *
6505021 AAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCGTAAC-AATTGAAAATAGATAATGGTTCATATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * ** * * * **
6505085 GTCTTTACTATTTGAAC-TAGTTCAGCAATTAGATTTATTTGTTAATTTTCTTGG
127 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * * * ** *
6505139 TTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAT-TATGAACAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACTG
* * * * * * *
6505202 AACCAATTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAG
* * * ** * * *
6505267 TCAAAAATATTTGAA-ATAGTTTGGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATATCATAC
128 TCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * * * ** * * * * **
6505320 TAATTAATTTTCT-ACATATTAATAAATTAGTATTGTTTTCTTTCAAACAAACTTATATTAACAA
1 TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * *
6505384 AAACAA-TATTTTATGACAAAACATAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** ** * * *
6505448 TATAATTATTTGAA-TGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCATTTAC
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTAC
* * * * * * * *
6505499 TTATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTATTTTTATTCTATTCTAAATAAGCTTGTATGAGCTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * * * *
6505563 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCATATCA-T
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGT
** * * ** *
6505627 TTTAACTGTTTGAAC-TAGTTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
129 CATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* ** * * * *
6505679 TTATTAATATTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTATATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * * * *
6505744 AACAATTGTTTTATTATAGAACAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCA
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
6505809 TAACTATTTGAA-TTAGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTCAA--TGT-C
131 TAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
* * * ** *
6505855 TTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTAAAATAAGCTTGTATG--TTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG-
* * * * *
6505918 AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGG
65 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
6505983 CCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
128 TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTAC
* * * * *
6506036 TTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTTGGATAAGATT-TATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * ** * * *
6506099 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAATTGTAATAAATATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTT
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
6506164 AGAATTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATC-TCACGC
130 ATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTA--C
* * **
6506216 TTATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
1 TTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * *
6506280 AAACAATTATTGTATGACTAAATAAAAGGTCA-AGCGATTTGAAATAGATAATT-ATCTAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** *
6506343 CTTAACAATTTGAA-TTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATC--T-C
129 CATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
* * * * * * *
6506391 CTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTATATGATCAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
** * * ** * * *
6506455 AAACAATTAATTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGTTTGATATTTGTTCGAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*** * * * *
6506519 CATAACTATTTGAACTGGCTTAGAAAACA-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGC
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * * ** * *
6506571 TTATTAATTTCTGAAATATTAAAAAAGTACAATTATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTATGAACTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTG
*
6506635 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
6506699 TCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
128 TCATAA-CTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * * * * *
6506752 TCATTAATTTTTTG-AATGTTTATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * * * * *
6506816 AAATAAATGTTTTATGACCAAACAAATGGTTAGAACTATTTGCAATAGATAATTATTCTAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * ** * * *
6506881 TTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACACATGTATTTTTTAAATC--T-C
129 CATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
* * * * * ** **
6506929 TTACTAATTTTTGGAATATT-ATTAATTAGTTTTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAGAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * *
6506993 AACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
6507057 CTAACTATTTGAA-TTGTTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC--T-C
130 ATAACTATTTGAACTTATTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
6507104 TTATTAATTTT
1 TTATTAATTTT
6507115 CACACTATTG
Statistics
Matches: 2956, Mismatches: 682, Indels: 327
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 18 0.01
175 155 0.05
176 235 0.08
177 106 0.04
178 48 0.02
179 302 0.10
180 733 0.25
181 719 0.24
182 244 0.08
183 127 0.04
184 55 0.02
185 6 0.00
186 1 0.00
187 3 0.00
188 57 0.02
189 7 0.00
190 5 0.00
191 42 0.01
192 71 0.02
193 1 0.00
198 3 0.00
199 17 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
Found at i:6504631 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6503607--6507106 Score: 2432
Period size: 181 Copynumber: 19.4 Consensus size: 180
6503597 GTAAATAATT
* * * * * * *
6503607 GATTTGAAGTATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACT-GATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAA-TAGATTTA
* * * * *
6503671 CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTGTTTTGAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * *
6503736 AAGCTTCTATGATAAAAAAAAAAAAACATTTGTTGTATGACTAAACAAAAGGTAACAAC
130 AAGCTTGTATG--------AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * *
6503795 GATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GGCAATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTA
* *
6503859 TTTTTTAAA--TC--ACCTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
6503919 TAAGTTTGTATGAACTAAAGCAATTGTTTTATAACAGAACAAAAG-TCATAAT
129 TAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * *
6503971 GATTTCAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTA
* * * *
6504035 TTTTTCCAAATCT-TTCGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTG
65 TTTTT-TAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG
* ** * * * * * * * *
6504098 AATAAGCTTGTAAGATATGAAATAAATATTTTATGA-ATTAACAAAATATTAGATC
127 AATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAAC
* * * * ** **** ** *
6504153 GATTTAAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAACTATTTGAATTGATTCCACAAGCACATTTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGA-TTTA
* **
6504218 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAA
* * * * * *
6504282 TAAGCTTATAAGATCAAAAACAATTGTTTGATGACAAAAC-AAAGATCTTAAT
129 TAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * * * * *
6504334 GATTTGAGATTGAAAATTGTTTAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTAT
* *
6504399 TTTTCAAAAT-T-TTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
66 TTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* *
6504462 AAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATAATAAC
130 AAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* ** * * *
6504514 GATTTCAAATAGATAATCATTCAAATGGTCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATAGATTTA-
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTAT
* * ** * * *
6504578 TTTTTAAATTTCTTACATATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTATCT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-AT
* ** * * * *
6504642 AAGCTTATACT-AACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAAC
130 AAGCTTGTA-TGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * *
6504694 GATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATGGA-TT-
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTA
* * ** * * *
6504756 TTTTTTACATCTTTTTTTGTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTG
65 TTTTTTAAATC--TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
6504820 AATAAGGTTGTATGAACTAAAGCAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCA-AAGC
127 AATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-C
* * * * * *** * *
6504875 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTTAACAAACAAATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTAT
* * *
6504940 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * ** ** *
6505005 AGTTTGCACAAACAACAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAA-AGTCGTAAC
131 AGCTTGTA-TGA-AA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAAC
* * * * * * ** * *
6505058 -AATTGAAAATAGATAATGGTTCATATAGTCTTTACTATTTGAACT-AGTTCAGCAATTAGATTT
1 GATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTGGTAAATAGATTT
* * * ** * * *
6505121 ATTTGTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTA-TTCTAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
** * * * * * * *
6505184 ATAAAATAT-TATGAACAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAATG-TTATAAT
128 ATAAGCT-TGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAAC
* * * * *
6505238 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAATAGTCAAAAATATTTGAAAT-AGTTTGGTAAGTAGATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTGGTAAATAGATTT
* * * * * * * *
6505302 ACTTTTTAAATATCATACTAATTAATTTTCT-ACATATTAATAAATTAGTATTGTTTTCTTTCAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * * *
6505366 ACAAACTTATATTAACAAAAACAA-TATTTTATGACAAAACATAAAG-TAATAAT
128 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAAC
* * * ** *
6505419 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TGGTTCAGTAAATAGAATTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTAT
* * * * * *
6505483 TTTCTAAATCAT-TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTATTTTTATTCTA-TTCTAAA
66 TTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
** * *
6505545 TAAGCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAAC
129 TAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * ** * * * *
6505598 AATTTCAAATAAATAATTATTCATATCA-TTTTAACTGTTTGAACT-AGTTTGGCAAATGGATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTGGTAAATAGATTT
* * ** * * * *
6505661 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATATTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTATATTTTGAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
6505726 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATTATAGAACAAAAG-TTATAAC
129 TAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * *
6505778 AATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAATT-AGTTTGATAAAAAAATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTGGTAAATAGATTTA
* * * * * **
6505842 TTTTTTCAA--T-GT-CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTAAAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
** * * *
6505903 AAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
130 AAGCTTGTATG-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * * *
6505955 AATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACT-GATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAA-TAGATTTA
* * * *
6506019 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * *
6506083 AAGATT-TATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATTG-TAATAAA
130 AAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAAC
* * * * * *
6506134 TATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTAGAATTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTA
*** * * *
6506198 TTTTTTCAAATCTCACGCTTATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA
65 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
** * * * * * *
6506262 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTGTATGACTAAATAAAAGGTCA-AGC
128 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * * ** * *
6506315 GATTTGAAATAGATAATT-ATCTAATAGTCTTAACAATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTAT
* * *
6506379 TTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTT-GAAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAAT
* * * ** * *
6506439 AAGCTTATATGATCAGAAACAATTAATTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAAT
130 AAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
** * * * * ** * * *
6506490 GATTTGAGTTTGATATTTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTTAGAAAACA-ATTTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGA-TTTA
* * * * * ** *
6506554 GTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTCTGAAATATTAAAAAAGTACAATTATTTTATTT-TAGA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-A
* * ** *
6506618 TAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
129 TAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * *
6506671 AACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACATATT
1 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATT
* * * * * *
6506733 TATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTTTG-AATGTTTATAAATTGGTATTATTTTATTTTG
63 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * * *
6506797 AATAAACTTGTATGAACTAAAATAAATGTTTTATGACCAAACAAATGGTTAGAAC
127 AATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * ** * ** * * * *
6506852 TATTTGCAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAACACATGTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTAT
* * * * *
6506917 TTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGGAATATT-ATTAATTAGTTTTATTTTAATCCGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* *
6506977 AGCTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAC
131 AGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * *
6507027 AATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAATTG-TTTCGATAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTT-GGTAAATAGATTTA
*
6507091 GTTTTTAAATCTCTTA
65 TTTTTTAAATCTCTTA
6507107 TTAATTTTCA
Statistics
Matches: 2598, Mismatches: 595, Indels: 251
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 15 0.01
175 143 0.06
176 247 0.10
177 106 0.04
178 42 0.02
179 308 0.12
180 529 0.20
181 720 0.28
182 240 0.09
183 134 0.05
184 48 0.02
185 6 0.00
186 2 0.00
187 2 0.00
188 56 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
AGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
Found at i:6504781 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 6503136--6507106 Score: 2489
Period size: 361 Copynumber: 11.0 Consensus size: 359
6503126 TTAAAATCTT
* * * * * * *
6503136 TTATTAATTTTGGAAGTATTAATAGATTTGTATTATTTTATGCTAAACAAACTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTATAT-AACAAA
*** * * * *
6503201 AATGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAA-TAGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATATT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
6503265 CATAATTATTAGAA-TTGGTTAGGTAAATAGAATTCTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTT
127 CATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTACATCTTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** * *
6503328 AAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGCATGA-ATTGAAATAATTGTT
191 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATT
* * * * * * ** * * * *
6503391 TTATAACAAAACAAAATGTAGTAA-GAATTTTAAATTGATATTTGCTCATATAGTCTTAACAATT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATT
* * ** * * *
6503455 TGAACT-AGTTCGACAAACA-ATTTAATTTTTAAATCTCTTAT
318 TGAATTGA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
6503496 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTTGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACATA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTATAT-AACAAA
* * * * * * * * * *
6503561 AATAATTATTTTCTAACATAACAAAAGGTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G-------T-T--ATAA-CGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
6503626 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACT-GATTTACTTTTTAAATC-TCTTACT
117 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTACATCTTTTTACT
* * * * *
6503689 TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTCTATGATAAAAA
180 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAT-----
* * * *
6503754 AAAAAAAACATT-TGTTGTATGACTAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTGA
240 AAAAAACA-ATTAT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * *
6503818 AATGG-CAATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA--TC--AC
302 AATGGTC-ATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
6503872 CTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTA
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTATAT-AACAA
* * * * * * *
6503936 AAGCAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGACAATTGTTCAAATAGTC
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * **
6504001 ATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTCCAAATC-TTTCGCTTATTAATTTTT
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTT--ACATCTTTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * *
6504065 TAAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAATAAATATTT
191 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTT
* * * * **
6504129 TATGA-ATTAACAAAA--TATTAGATCGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAACTAT
255 TATGACA-AAACAAAAGGTAATA-A-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTAT
**** ** *
6504191 TTGAATTGATTCCACAAGCACATTTTATTTTTTAAATCTCTTAC
317 TTGAATTGATTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** *
6504235 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGCTTATA-AGATCAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAATAAGCTTATATA-A-CAA
* * * * * *
6504299 AAACAATTGTTTGATGACAAAAC-AAAGATCT-TAATGATTTGAGATTGAAAATTGTTTAAATAG
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-T-TATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * *** *
6504362 TCATAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT-CAAAATTTTACTTATTAAATTTT
126 TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTACATCTTTTTACTTATTAATTTTT
*
6504426 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTT
* * * * * *
6504491 ATGACAAAATAAAAGATAATAACGATTTCAAATAGATAATCATTCAAATGGTCATAATTATTTTA
256 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGA
*
6504556 ATTGATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTAC
321 ATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** * * **
6504594 ATATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTATCTAAGCTTATACTAACTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-ATAAGCTTATA-TAACAAA
* * * * * *
6504659 AACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTA
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * **
6504724 ATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATGGATTT-TTTTTACATCTTTTTTTGTTATTAATTTTTT
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTACATC-TTTTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * * *
6504788 G-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGGTTGTATGA-ACTAAAGCAATTATTT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTT
* * * * * * * *
6504851 TATAACTAAACAAAAGGTCAA-AGCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTT
255 TATGACAAAACAAAAGGT-AATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTT
*** * *
6504915 GAATTGATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
319 GAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
6504956 TTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGTTTGCACA-AACAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGCTT--ATATAAC-A
** ** * * *
6505020 CAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCGTAAC-AATTGAAAATAGATAATGGTTCATAT
62 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * **
6505084 AGTCTTTACTATTTGAAC-TAGTTCAGCAATTAGATTTATTTGTTA-AT-TTTCTTGGTTATTAA
124 AGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTT-TTACATCTTT-TTACTTATTAA
* * * ** * *
6505146 GTTTTGAAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAT-TATGA-ACAGAACCA
186 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT-TGTATGATA-AAAAACA
* * * * * * *
6505207 ATTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAATAGTCAAA
248 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATGGTCATA
* * * * * *
6505272 AATATTTGAAAT-AGTTTGGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATATCATAC
312 ACTATTTGAATTGA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
6505320 TAATTAATTTTCT-ACATATTAATAAATTAGTATTGTTTTCTTTCAAACAAACTTATATTAACAA
1 TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGCTTATA-TAACAA
* * *
6505384 AAACAA-TATTTTATGACAAAACATAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * * *
6505448 TATAATTATTTGAA-TGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATC-ATTTACTTATAAATTTTT
127 CATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTT-TACATCTTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *** * *
6505511 GAAATATTAA-AAATTATTTTTATTCTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTT
* * * * * * * ** ** *
6505574 TATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCATATCATTTTAACTGTTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTG
* * * *
6505639 AACT-AGTTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
320 AATTGA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** * * * * * *
6505679 TTATTAATATTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTATATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTATAT-AACAAA
* * * * * *
6505744 AACAATTGTTTTATTATAGAACAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCA
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * * *
6505809 TAACTATTTGAA-TTAGTTTGATAAAAAAATTTATTTTT---TCAATGT-CTTATTAATTCTTAA
129 TAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTACATCTTTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * *
6505869 AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTTTTTTAT
193 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
6505934 GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC
258 GACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAAT
* *
6505999 TGATTCGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
323 TGATTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
6506036 TTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TGGATAAGATT-TATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTATAT-AACAAA
* * * * ** * * *
6506099 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAATTGTAATAAATATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * **** *
6506164 AGAATTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATC-TCACGCTTATTACTTTTT
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTT-ACATCTTTTTACTTATTA-ATTTT
* * **
6506228 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATT
190 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATT
* * * * * * * * *
6506291 GTATGACTAAATAAAAGGTCA-AGCGATTTGAAATAGATAATTA-TCTAATAGTCTTAACAATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTT
* * ** * *
6506354 GAATTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC---C
319 GAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
6506392 -TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATT-TGAATAAGCTTATATGATCAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-AATAAGCTTATAT-AACAA
** * * * ** * * *
6506455 AAACAATTAATTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGTTTGATATTTGTTCGAATAGT
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * *
6506519 CATAACTATTTGAACTGGCTT-AGAAAACA-ATTTTAGTTTTTAAATC-TCTTGCTTATTAATTT
127 CATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAATAGA-TTTA-TTTTTACATCTTTTTACTTATTAATTT
* * * ** * * * ** *
6506581 CTGAAATATTAAAAAAGTACAATTATTTTATTT-TAGATAAGTTTTTATGA-ACTGAAACAATTG
189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTA
* * * *
6506644 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCT
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAA-CT
* * *
6506707 ATTTGAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
315 ATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
6506752 TCATTAATTTTTTG-AATGTTTATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTATAT-AACAA
* * * * * * * * *
6506816 AAATAAATGTTTTATGACCAAACAAATGGTTAGAACTATTTGCAATAGATAATTATTCTAATAGT
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * * * *
6506881 TTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACACATGTATTTTTTAAATC----T-CTTACTAATTTT
127 CATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTACATCTTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
6506940 TGGAATATT-ATTAATTAGTTTTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGA-AGAGAAACAATTGTT
190 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATT
* * * * * * * *
6507003 TTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTT
* *
6507067 GAATTG-TTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
319 GAATTGATTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
6507107 TTAATTTTCA
Statistics
Matches: 2832, Mismatches: 634, Indels: 294
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 6 0.00
355 150 0.05
356 249 0.09
357 291 0.10
358 96 0.03
359 288 0.10
360 316 0.11
361 449 0.16
362 163 0.06
363 225 0.08
364 236 0.08
365 73 0.03
366 7 0.00
367 1 0.00
368 2 0.00
370 3 0.00
371 46 0.02
372 69 0.02
375 1 0.00
376 71 0.03
377 11 0.00
378 9 0.00
379 56 0.02
380 14 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGCTTATATAACAAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTACATCTTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTGA
TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:6505657 original size:904 final size:898
Alignment explanation
Indices: 6503626--6507114 Score: 2469
Period size: 904 Copynumber: 3.9 Consensus size: 898
6503616 TATACAATTC
* * * * *
6503626 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTC-GATAAACT-GATTTACTTTTTAAATCTCTTACT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTCAG-TAAA-TAGAATTA-TTTTTAAATATCTTACA
* ** * * * * *
6503689 TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTCTATGA-TAAAA
63 TATAAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCTAAATAAGC-T-TAT-ACT---A
** * * * * * * * * * *
6503753 AAAAAAAAACATT-TGTTGTATGACTAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTG
122 ACTAAAACA-ATTAT-TT-TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAACAATTATTC
* * * * ** * **
6503817 AAATGGCAATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA--TC--ACCTATT
184 AAATAGTAATAACTATTTGAACTT-ATTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
* ** *
6503877 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTAAAGCAA
248 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAGCAA
* *
6503942 TTGTTTTATAAC-AGAACAAAAGTCATAATG--ATTTCAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATA
313 TTGTTTTATAACTAGAACAAAAGTCATAA-GCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
6504004 ACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTCCAAATCTTTCGCTTATTAATTTTTTAAA
377 ACTATTTGAA-TTATTTGATAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTTT--CTTATTAATTTTTAAAA
* ** * * *
6504069 TATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAATAAATATTTTATG
438 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTAAGATAAAAAACAATTATTTTA-C
** * * * * *
6504133 AA-TTAACAAAATATTAG-ATCGATTTAAAATAGATAATTATTC-TAATGGT-TTTAACTATTTG
501 AACAAAACAAAA-AGTAGTAACAATTGAAAATAGATAATTGTTCAT-ATGGTCTTT-ACTATTTG
* * * * *
6504194 AATTGATTCCA-CAAGC-ACATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
563 AACTGATT-CAGCAA-CTAGA-TTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAT
* * * * * *
6504257 TAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTATAAGATCAAAAACAATTGTTTGATGACAAAA
625 TAAAGTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGATT-TATGAAC-AAAACAATTGTTTGATGACAAAA
* * * * * * ** * * *
6504321 CAAAGAT-CT-TAATGATTTGAGATTGAAAATTGTTTAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTC
687 TAAA-ATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAAATATTTGAAATAGTTT
* ** *
6504384 GGTAAACAGATTTATTTTTCAAA-ATTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
751 GGTAAATAGATTTATTTTTCAAATATCATACTTATT-AATTTT-TAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
6504448 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATAATAA
814 ATTTTATTTCAAACAAACTTATATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAA
6504513 CGATTTCAAATAGATAATCA
879 CGATTTCAAATAGATAATCA
* * ** * *
6504533 TTCAAATGGTCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTCTTACATAT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAATAGAATTATTTTTAAATATCTTACATAT
* * ** *
6504598 TAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTATCTAAGCTTATACTAACTGAAACA
66 AAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCTAAATAAGCTTATACTAACTAAAACA
* * * * * *
6504663 ATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAA
131 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAACAATTATTCAAATAGTAATAA
* * * **
6504728 CTATTTGAACTTATTTGGTAAATGGA-TT-TTTTTTACATCTTTTTTTGTTATTAATTTTTTGAA
196 CTATTTGAACTTATTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATC--TCTTAATTATTAATTTTTTGAA
* * *
6504791 TGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAACTAAAGCAATTATTTTATAA
259 TATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAGCAATTGTTTTATAA
* * * *
6504856 CTA-AACAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAT
324 CTAGAACAAAA-GTCATAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * *
6504919 TGATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATT
388 T-ATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* ** * * * * *
6504984 AGTATTATTTTAATCCGAATAAGTTTGCACAAACAACAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAA
450 AGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTA-AGATAA-AAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAA
* * *
6505049 AGTCGTAACAATTGAAAATAGATAATGGTTCATATAGTCTTTACTATTTGAACT-AGTTCAGCAA
513 AGTAGTAACAATTGAAAATAGATAATTGTTCATATGGTCTTTACTATTTGAACTGA-TTCAGCAA
* * **
6505113 TTAGATTTATTTGTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAA-TAGTATTATTTT
577 CTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTT
* * * *
6505177 ATTCTAAATAAAATATTATGAACAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATT
642 ATTCTGAATAAGAT-TTATGAACA-AAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATT
* * *
6505242 TGAAATAGATAATTATTCAAAATAGTCAAAAATATTTGAAATAGTTTGGTAAGTAGATTTACTTT
705 TGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCAAAAATATTTGAAATAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTT
* * *
6505307 TT-AAATATCATACTAATTAATTTTCTACATATTAATAAATTAGTATTGTTTTCTTTCAAACAAA
768 TTCAAATATCATACTTATTAATTTT-TA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAA
* * *
6505371 CTTATATTA-ACAAAAACAA-TATTTTATGACAAAACATAAAG-TAATAATGATTTGAAATAGAT
831 CTTATATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGATAATAACGATTTCAAATAGAT
**
6505433 AATTG
894 AATCA
* * *
6505438 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCAT-TTACTT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAATAGAATTATTTT-TAAAT-ATCTTACAT
** *** * *
6505501 ATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTATTTTTATTCTATTCTAAATAAGCTTGTA-TGAGCTAAA
64 ATAAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCTAAATAAGCTTATACT-AACTAAA
* * * * * *
6505564 ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCATATCA-TT
128 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAACAATTATTCAAAT-AGTA
* * * **
6505628 TTAACTGTTTGAAC-TAGTTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATATTCA
192 ATAACTATTTGAACTTA-TTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTT
* * * *
6505692 AAATATTACTAAATTATTATT-ATTATATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTT
256 GAATATTAATAAATTAGTATTAATT-TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAGCAATTGTTT
* * * *
6505755 TATTA-TAGAACAAAAGTTATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTT
319 TATAACTAGAACAAAAGTCATAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
6505818 GAATTAGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTCAA--TGTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAA
384 GAATTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * **
6505881 TTAGTATTGTTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
448 TTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTAAGATAAAAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAA
* * * * * * * * * *
6505946 GGTAATAACAATTTG-AAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAA
513 AGTAGTAACAA-TTGAAAATAGATAATTGTTCATATGGTCTTTACTATTTGAACTGATTCAG-CA
* *
6506010 ACT-GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATT
576 ACTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAAGTAGTATTATT
* * * * *
6506073 TTATT-TGGATAAGATTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATTGTAATAAAT-A
640 TTATTCTGAATAAGATTTATGAAC-AAAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTAT-AATGA
* * * * *
6506136 TTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTAGAATTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATT
703 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAAATATTTGAA-ATAGTTTGGTAAATAGATTTA-T
* ** * * * * *
6506200 TTTTCAAATCTCACGCTTATTACTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
766 TTTTCAAATATCATACTTATTA-ATTTTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACA
* * ** * * * * * * *
6506265 AGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTGTATGACTAAATAAAAGGTCA-AGCGATTTGAAATAGA
829 AACTTATATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTCAAATAGA
*
6506328 TAATTA
893 TAATCA
* * ** * * * * * * *
6506334 -TCTAATAGTCTTAACAATTTGAATTGGTTC-GACAAACACATTTATTTTTTAA-ATC-T-CCTA
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTCAG-TAAATAGAATTATTTTTAAATATCTTACATA
* *** * ** * * *
6506394 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATT-TGAATAAGCTTATA-TGA-TCAGA
65 TAAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTA-TTCTATTCTAAATAAGCTTATACTAACT-A-A
* * ** * ** ** * * * * *
6506456 AACAATTAATTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGTTTGATATTTGTTCGAATAGTC
127 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAACAATTATTCAAATAGTA
*** * *** * ** *
6506520 ATAACTATTTGAACTGGCTTAG-AAAACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTCT
192 ATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAATGGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTT
* * ** * * *
6506583 GAAATATTAAAAAAGTACAATTATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTATGAACTGAAA-CAATTGTT
256 G-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACT-AAAGCAATTGTT
* *
6506646 TTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAA-CAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCT
318 TTATAACTAGAACAAAA-GTCATAAGCAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CT
* * * * * ** *
6506707 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTTTGAATGTT
380 ATTTGAA-TTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TT-CTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * ** *
6506772 TATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATA-AA-TGTTTTATGACC
442 AATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTAAG-A-TAAAAAACAATTATTTTACAACA
** * * * * *
6506835 AAACAAATGGTTAG-AACTATTTG-CAATAGATAATTATTC-TAATAGT-TTTAACTATTTGAAT
505 AAACAAAAAG-TAGTAAC-AATTGAAAATAGATAATTGTTCAT-ATGGTCTTT-ACTATTTGAAC
* * * * * * * *
6506896 TGGTTCAGCAAAC-ACATGTATTTTTTAA--ATC-T-CTTACTAATTTTTGGAATATTATT-AAT
566 TGATTCAGC-AACTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAAG
* * * * * *
6506955 TAGTTTTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAA-
630 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGATT-TATGAACA-AAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAAT
* ** * * ** * * *
6507018 GATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTG-AATTGTTTCGATAA
693 G-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAAATATTTGAAATAGTTT-GGTAA
6507082 ATAGATTTAGTTTTT--AA-ATC-T-CTTATTAATTTT
756 ATAGATTTA-TTTTTCAAATATCATACTTATTAATTTT
6507115 CACACTATTG
Statistics
Matches: 2070, Mismatches: 409, Indels: 226
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
887 4 0.00
888 7 0.00
890 2 0.00
891 13 0.01
892 168 0.08
893 197 0.10
894 42 0.02
895 62 0.03
896 158 0.08
897 263 0.13
898 34 0.02
899 120 0.06
900 8 0.00
901 9 0.00
902 9 0.00
903 261 0.13
904 344 0.17
905 194 0.09
906 138 0.07
907 36 0.02
908 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (898 bp):
TTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAATAGAATTATTTTTAAATATCTTACATAT
AAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCTAAATAAGCTTATACTAACTAAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAACAATTATTCAAATAGTAATAA
CTATTTGAACTTATTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTTGAATA
TTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAGCAATTGTTTTATAACT
AGAACAAAAGTCATAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAT
TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTAGAATAAGCTTGTAAGATAAAAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGTAGTAA
CAATTGAAAATAGATAATTGTTCATATGGTCTTTACTATTTGAACTGATTCAGCAACTAGATTTA
TTTTTTAATTTTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAAT
AAGATTTATGAACAAAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATA
ATTGTTTAAATAGTCAAAAATATTTGAAATAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATATCATA
CTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGATAAAAA
ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTCAAATAGATAATCA
Found at i:6506119 original size:19 final size:22
Alignment explanation
Indices: 6506087--6506127 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
6506077 TTGGATAAGA
6506087 TTTATGAACTAAAAT-AATTGT
1 TTTATGAACTAAAATAAATTGT
6506108 TTTATG-AC-AAAATAAATTGT
1 TTTATGAACTAAAATAAATTGT
6506128 AATAAATATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.26
20 8 0.42
21 6 0.32
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (22 bp):
TTTATGAACTAAAATAAATTGT
Found at i:6506650 original size:537 final size:533
Alignment explanation
Indices: 6503122--6521246 Score: 3540
Period size: 540 Copynumber: 33.6 Consensus size: 533
6503112 AAAGAGTTTA
* ** * * * * *
6503122 ATTTTTAAAATCTTTTATTAA-TTTTGGAAGTATTAATAGATTTGTATTA-TTTTATGCTAAACA
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATA
* *** * * **
6503185 AACTTATATGAACAAAAATGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAAT-AGTTTGAAATAGA
64 AGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGA
* * * * * * *
6503249 TAATTATTCAAATATTCATAATTATTAGAATTGGTT-AGGTAAATAGAA-TTCTTTTTAAATCTC
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-G-AAA-ACAATTTATTTTTAAATCTC
* * * * * *
6503312 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGCATGA
189 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTAG-ATAAGTTTGTATGA
* * * * * * * * * *
6503376 ATTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGT-AGTAAGAATTTTAAATTGATATTTGCTCAT
251 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCA-TAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * * *
6503440 ATAGTCTTAACAATTTGAAC-TAGTTCGACAAACA-ATTTAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
314 ATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * ** * *
6503503 TTTTTGAAATATTATTAGATTTGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAT-AAATAAT
378 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAAT
* * * * * * *
6503567 TATTTTCTAAC-ATAACAAAAGGTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAA
442 TATTTTATGACTA-AACAAAAGG-------T-T--ATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * **
6503631 ATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTT
495 ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * *
6503670 ACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTGT-TTTGA
1 ATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCGA
* * * * * * * *
6503734 ATAAGCTTCTATGATAAAAAAAAAAAAACATT-TGTTGTATGACTAAACAAAAGGTAACAACGAT
61 ATAAGC-T-TAT-AT--GAACAAAAACA-ATTAT-TT-TATGACAAAAC-AAAGATCATAATGAT
* * * * * * ** * *
6503798 TTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GGCAATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCATTT
117 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTA-TT
* * *
6503862 TTTAAATCACCTA-TTAATT--TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
179 TTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGATAAG
* * * ** *
6503923 TTTGTATGAACTAAAGCAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGACAAT
242 TTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTCAAATAGATAAT
* * * *
6503988 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTCCAAATCT-TTCG
307 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTT-TAAATCTCTT-A
*
6504052 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-
370 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-AC
* * * * ** * * * * *
6504115 TGAAATAAATATTTTATGAATTAACAAAATATTAGATCGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATG
433 TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
6504180 GTTTTAACTATTTGAATTGATTCCACAAGCACATTTT
498 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACA-TTT
* * **
6504217 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAA
1 ATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAA
* * * * * * *
6504282 TAAGCTTATAAGATCAAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGA
62 TAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
6504347 AAATTGTTTAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTCAAAAT-T-
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTATTTTT--AAATCTC
* *
6504410 TTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAT
189 TTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-ATAAGTTTGTATGA-
* * * * **
6504475 A-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATAATAACGATTTCAAATAGATAATCATTCAAA
251 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
6504539 TGGTCATAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTACATATTAAT
315 TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** * * * *
6504602 TTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTATACT-AACTGAAACAAT
379 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTA-TGAACTGAAACAAT
* * * * **
6504665 TATTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAAC
442 TATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAAC
* * ** ***
6504729 TATTTGAACTT-ATTTGGTAAATGGA-TT
506 TATTTGAA-TTGGTTCGACAAACACATTT
* ** * *
6504756 -TTTTTTACATCTTTTTTTGTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TT
1 ATTTTTTAAATC------TCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTT-TTATT
* * * * * * *
6504819 -GAATAAGGTTGTATGAACTAAAGCAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCA-AA-GCAATTTG
58 CGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATG--ATTTG
* * * * * * *
6504881 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTTA-ACAAACAAATTTATTTTTT
120 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAAC-AATTTA-TTTTT
* * **
6504945 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGTTT
182 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-ATAAGTTT
* ** * ** * **
6505010 GCACAAACAACAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCGTAACAATTGAAAATAGATAAT
245 GTATGAAC--TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTCAAATAGATAAT
* * * * ** * * * * * **
6505075 GGTTCATATAGTCTTTACTATTTGAAC-TAGTTCAGCAATTAGATTTATTTGTTAATTTTCTTGG
307 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * ** *
6505139 TTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAT-TATGAACAG
371 TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACTG
* * * * * *
6505202 AACCAATTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAATAG
435 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAG
** * * * * ** ** *
6505267 TCAAAAATATTTGAAATAGTTTGGTAAGTAGATTT
499 TCTTAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * *
6505302 ACTTTTTAAATATCATACTAATTAATTTTCT--ACATATTAATAAATTAGTATTGTTTTCT-TTC
1 A-TTTTTTAA-ATC-TCCT-ATTAATTTT-TGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTC
* * * * *
6505364 AAACAAACTTATATTAACAAAAACAA-TATTTTATGACAAAACATAA-AGTAATAATGATTTGAA
59 GAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAGA-TCATAATGATTTGAA
* * *
6505427 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TGGTTCAGTAAATAGAA-TTATTTTCTAA
122 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-AAA-ACAATTTATTTT-TAA
* * * * * *
6505490 ATCAT-TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTATTTTTATTCTATTCTAAATAAGCTTG
184 ATC-TCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGATAAGTTTG
* * * * *
6505553 TATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTAT
246 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGT
* ** * * * *
6505618 TCATATCA-TTTTAACTGTTTGAAC-TAGTTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATT
310 TCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** * * * *
6505681 ATTAATATTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTATATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
373 ATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * ** * *
6505746 CAATTGTTTTATTA-TAGAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCA
438 CAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
* * * * *
6505809 TAACTATTTGAATTAGTTTGATAAAAAAATTT
502 TAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * ** * **
6505841 ATTTTTTCAATGTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-GTTTTATTTAAAATAA
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAA
* *** * * * **
6505905 GCTTGTATGTTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATA
65 GCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
6505970 GTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAAC-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
* * *
6506035 CTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATAAGATT-TATGAACTAA
192 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGATAAGTTTGTATGAACTAA
* * * * * *
6506099 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAATTGTAATAA-ATATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
256 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACA-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *** *
6506163 TAGAATTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCACGCTTATTACTTTTT
319 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** *
6506228 TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTGT
383 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * *
6506293 ATGACTAAATAAAAGGTCA-AGCGATTTGAAATAGATAATTA-TCTAATAGTCTTAACAATTTGA
448 ATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGA
6506356 ATTGGTTCGACAAACACATTT
513 ATTGGTTCGACAAACACATTT
* * *
6506377 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTTGAATAAG
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAG
* * * * ** * *
6506442 CTTATATGATCAGAAACAATTAATTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGTTTGATATT
66 CTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* *
6506507 TGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTT-AGAAAACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGC
131 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCAGAAAACAA-TTTA-TTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * *
6506571 TTATTAATTTCTGAAATATTAAAAAAGTACAATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTGA
193 TTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAGATAAGTTTGTATGAACTAA
6506636 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT
256 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAA-TTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
6506700 CA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTT
319 CATAA-CTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
6506764 TGAATGTTTATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAAATGTTTT
383 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * * * *
6506829 ATGACCAAACAAATGGTTAGAACTATTTGCAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGA
448 ATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGA
*
6506894 ATTGGTTC-AGCAAACACATGT
513 ATTGGTTCGA-CAAACACATTT
* * * * * *
6506915 ATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGGAATATT-ATTAATTAGTTTTATTTTAATCCGAATAAG
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAG
* * * * * ** *
6506979 CTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAAT
66 CTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
6507044 TGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAATTGTTTC-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-C
131 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * * *
6507104 TTATTAATTTTCACACTATTGATAGATCAATATTATTTTATTCT-GAATAATTTTGCATTAA-TA
193 TTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAG-ATAAGTTTGTATGAACTA
** * * ** * * * * * ** * * * * *
6507167 GGGACAACTATTCAAATAGACATATC--TATTTA-AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
255 -AAACAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAGTCATAAC-AATTT--CAAATAGA-TAATTGTTCA
* * * ** ** **
6507229 AAT-CTCCTATCTATTACATTTTAGAATATTAATAAAATAGTATATT-TTATTATGACTAAA-CT
313 AATAGTCATAACTATTTGAACTT---AT-TTGGT-AAATAG-AT-TTATT-TT-T---TAAATC-
* *** * * * * * * ** *
6507291 TGTATGAAGAGAAATAAGTTTTTATGACAAAATGAA-AGATCA-TAATTATTTGA-AATAAATAA
365 TCT-T--A-CTTATTAA-TTTTT-T-A-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * ** * * ** * *
6507353 --TTGTTCAAGCAATCATAATAAC-ATGAACTTGCTCG-GTAAACATATTTATTTTTTAA-AATT
421 GCTTG-T-ATG-AA-C-TGA-AACAAT-TATTTTAT-GACTAAACA-A--AAGGTTATAACGA--
* * * * * **
6507413 TTTTCCTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTAT-
473 -TTT--GA--AA----TAGATA-ATTATTCAAATAGTCTTA-ACTA-TTTGAAT-TG---GT-TC
* *
6507476 GAACAAAAACAATTG
521 G-ACAAACAC-ATTT
* ** * *** * * * ** * * ***
6507491 GTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACT
1 ATTT-T-TTAAATCTCCTA--T--TAA-TTTTTGGAATA-TTAATAAATT--AGTA-TTATTTTT
* * * * * * ***** * *
6507554 ATTTGAA-CA--TT-T-TCAA-AAAATAGATTTATTTT-TTA-AATTTTTA-CTTATTAAT--TT
55 ATTCGAATAAGCTTATATGAACAAAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCA-TAATGATT
* * * * * * ** * *
6507608 CTGGAATA-TTAA----T-AAAT--TTAT-ATTATTT-TA-T--TT--G-AAATAAGCT-TGTAT
118 -TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAATTTATTTTT
* ** * * * ** * ** ** *
6507656 GAA-CAT-AAAC-AATTATTTTATGAAACAACAA-AAAGTCA-TAACGATTCGAAATT-GATAA-
182 AAATC-TCTTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGT-ATTATT-TTATTTAGATAAG
* * * ** * *
6507714 -TTGT-TGAAGTAGTCATAACCAATTGAACTTGTCT-AGTAAAC-AAATTCATATTTTA-AATCT
242 TTTGTATGAACTA---A-AA-CAATTG---TTTTATGACAAAACAAAAGTCATA----ACAATTT
** ** * ** * * * * *
6507774 CTTATTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTG--TTTCATTT--TGAATAAGCCTAT
295 CAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTA-T-TTGAACTT-ATTTGGTAAAT-AG---AT
* ** ** * * ***** * * * *
6507835 ATGAACTAATACAAT-TGTT--TTATGAA-GAAACAAA-AGGTCATAACGATTTTA-AATAAATA
351 -TTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATA-TTAATAA--A--TTAGTAT-TAT-
* * * ** * * * *
6507894 ATTATTCT-AAT-AG--T-TATGAGACTTGAAATAGGTA-ATTAT---TCAAC--TA-GTTATGA
407 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-AC-TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAA
* * * *** ** * ** * * * * ** * *
6507947 CTATTT-AAATTTGTTTGGTAAACATATTTTTTTGAA-AATCTGTTATTAATT-GTCAAA-ATAT
470 CGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCTT-AACTATTTG-AATTGGTTCGACAAACACAT
*
6508008 TA
532 TT
*** * * **** ** ** ** * *
6508010 ATAAATT-AATAT--TATTTAATATGAACAAGCTTATATGAACAAAACAATTGCTTTATGATAAA
1 ATTTTTTAAATCTCCTA-TTAATTTTTGGAATATTA-AT-AA-ATTAGTATT-ATTT-T--T-AT
* * * ** * * * * *
6508072 AC-AAAAAG-TCACTATGATTTGAAATA-AATAATTGT-T--CAAATACTTATAACTAT-TTAAA
57 TCGAATAAGCTTA-TATGA--ACAAAAACAATTATTTTATGACAAA-AC--A-AA-GATCAT-AA
** * * * * ***
6508130 CTTTTTTGGTAAATAGAT-TTATGTTTTAAATA-T-TTTACT-TATT--A---GTT--GTCTA-A
113 -TGATTT-G-AAATAGATAAT-TG-TTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGGTTCAGAAAACA
** * * * ** **
6508183 A--TATTAATAAA--T-TT--GTATT-ATTTT---A-ATT-A-AAATGAGCTTTTA-TGAATGGA
172 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTA
* * * * ** * **** * * **
6508233 AAAAATTATTTTATG-AC-AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA-AATAG--GTAATTA-TTCAA
236 GATAAGT-TTGTATGAACTAAAAC-AATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTCAA
* * * ** *
6508292 ATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTCGATAAAC-A---G-A-TTCATTTCTTAAAT--CTCTTA
298 ATAG--ATAA-T-TGTTCAAATAG-TC-AT-AACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGAT-TTA
* ** * *
6508348 ----TT-AAT-T-TTT-------------GGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTTGTAA
354 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AA
* ** * * * * * *
6508392 TCAGCTTGTATGAA-TAGAATGAGTTGTTTTGTGA-TAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
418 TAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
6508455 AAATAATTGTTTAAATAGT-TATAACTATTTGTACTGGTTAGGCCAATAGATTCT
481 AGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATT-T
* * * * * * *
6508509 -TTTTTTAAATCTGTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAACAAATTACT-TTA----T-TCCTAA
1 ATTTTTTAAATC---T-CCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAA
* * * * * * * * * * * ** *
6508567 TATGATTGTGTTAATAGAAACAATTGTTTTATGGC-AAACAAATGGTAATAACAACTTGAAAT-G
62 TAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** * *
6508630 AATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATCGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTACTAAATCT
126 -ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAAC-AATTTATTT-TTAAATCT
* * * * * *
6508695 CTTA-TTA--ATTTTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAG-TTATATAA
188 CTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-AT-AAGTTTGTATGA
* * ** * *** * * * *
6508756 ACAAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCAGAGTGATTTGAAATAGGTAATTCTTCTAA
251 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** * * * * *
6508821 TAATCTTAACAATTTGAAATGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTATTACTTACTAATT
315 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * * * *** * ** *
6508886 CTTGGAATATTATTAAGTTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTGTGAAAAGAAACAATTGT
380 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
* * * * * * *
6508951 TTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTAT
445 TTTATGACTAAACA-AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTAT
** * ** * *
6509014 TTGAACAGTTTCGGTAAATAAATTT
509 TTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * *** * *
6509039 AGTTTTTAAATCACTTATTACTTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAA
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAA
** ** * * * * * *
6509103 TTTTGCATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTCAAATAAATA
65 GCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
6509168 ATTGTTCAAATGGAT-ATGATTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTCGAAATCTCCT
129 ATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTATTTT-TAAATCTCTT
* * * ** *
6509232 ACCTATTAATTTT-AGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATTAA-T
191 ACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-ATAAGTTTGTATGAACT
* * * * *
6509295 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACA
254 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
6509360 ATCATAA-TAATATGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTTTTTACTTATTAATT
317 GTCATAACT-ATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT
*** * * * *
6509423 TTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTGAATATGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTG
380 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTA
* * * * * * *
6509487 GTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATATCTATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
444 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTAT
* * * *
6509551 TTGAAATT-GTTCAAAAAATAGATTT
509 TTG-AATTGGTTCGACAAACACATTT
** * * *
6509576 ATTTCGTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATTCAGA
1 ATTTTTTAAA--TCT-CCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTATTC-GA
* * * *
6509639 ATAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
61 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * ** * * *
6509704 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTTTTTAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCT
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAAC-AATTTAT-TTTTAAATCT
* * * * * * **
6509769 CTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAGCTCATATGA
188 CTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAGATAAGTTTGTATGA
* * * * *
6509834 ACTAATACAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATACCAATTTGAAATAGATAATTATCCAAT
251 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAG------AT---A-
* * *
6509899 AGTTATGAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATGACTATTTGAACTTATTCT-ATAAAC
305 A--T-T--G--TTCAAATAG--------TC----A-TA--ACTATTTGAACTTATT-TGGTAAAT
* * * * * * *
6509963 ATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAACTTAATATTATTTTA-
347 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * * *
6510027 ATCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATATG
412 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * *
6510092 AAATAAATAATTCTTAAAATAGTCTTAATTATTTGAAATT-ATTCGATAAACAGATTT
477 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTG-AATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * *
6510149 ATTTTTTAAATCTTTTACTTTTAAGTTGTCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATT-G
1 ATTTTTTAAATC---TCCTATTAA-TT-TTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTATTCG
* * * ** * * * *
6510211 AAATAAGCTTGTATGAATACAAA-AATTATTTTATGACAAATATTATGA--ATTA-GCTTGTAGG
60 -AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA-ACAAAGATCATAATGATT-T-GA
* * * * *
6510272 AACAGAATCAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
121 AATAG-AT-AATTG---T-T--C---A-AATA-GTCATAACTATTTGAACT-G------GTT---
*
6510337 ACAGTTATAACTATTTGCACTAGTTAGGCCAATAGATTTCTTTTTTAAATCTGTTACTTATTAAG
163 -CAG--A-AA--A----CA--A-TT-------T--ATTT-----TTAAATCTCTTACTTATTAA-
* * *
6510402 TTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAGAATAAGATTGTATTAA-TAGAAACAAT
200 TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-ATAAGTTTGTATGAACTA-AAACAAT
* * * * * *
6510465 TATTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGAA-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAA
262 TGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-CAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAA
* * * * *
6510528 CTAATTGAAC-GATTTGGTAAACAGATTTATTTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATA
324 CTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATA
* * * * * * ** * * * *
6510588 TTAATAAATTAATTTTATCTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACA
389 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * ** *
6510653 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAACCTTAACTATTTGAATTAGT
454 AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
* * * *
6510718 TAGGCAACCAAATTT
519 TCGACAAACACATTT
* * *** * * * *
6510733 ACTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAATTTTCATAATATTAGTAAATTAATATT-TATTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATCTCCTA----TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGA
** * * * * * *
6510797 ATAAGCTTGCATGAAGATAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATA
61 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATA
** * **
6510862 TG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAAATC
125 -GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTA-TTTTTAAATC
* * * * * *
6510926 TCCTACTTATTAATGTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTCTTCT-GAATAGGCTTGTTT
187 TCTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAG-ATAAGTTTGTAT
** * *
6510990 G-A-TGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
249 GAACT-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
6511053 CAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTTGATAAACTA-ATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTAT
311 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
6511113 TAA-CTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
375 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * * *
6511177 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATA
440 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCTTA
* * * * * *
6511241 ACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAGCAAATTA
504 ACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * * * *
6511271 ATTTTTTCAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAAGAAATTAGAATTA-TTTAATTCCA
1 ATTTTTT-AAATCTC---C-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-CG
* ** * * * * * **
6511335 AATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTATATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGAAAT
60 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * * *
6511399 ATATAATTGGTCTAATAGTTTTATCTATTTGAACTGGTTTA-ACAAACTCATTTATTTTTTAAA-
124 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAAC-AATTTA-TTTTTAAAT
* *
6511462 -TCTT--TTATAAATTTTTGAAATA-TATTTAAATTAG---TA--TTA--T-GA-AA------A-
186 CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTAGATAAGTTTGTAT
* * * *
6511507 GAA--AAAAC---TGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-AGATTTGAGATAAATAATTGTTC
249 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACA-ATTTCAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
6511565 AAATAGTCATACCTATTT-AAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TT-TT
312 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** * **
6511627 CA------AAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACA
376 AATTTTTTAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * * * * * * * * *
6511686 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGAATTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGA
440 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAA
* * * *
6511751 TTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTT
505 CTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACACATTT
* *
6511780 ATTTTTTAAATCTCCTACCT-A---TT---A-ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATA
1 ATTTTTTAAATCTCCTA-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATA
* ** * * * * * * *
6511836 AACTGGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAA
64 AGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAAATAG
* * * *
6511900 ATATTTGCTT-AAACAAG-CATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
126 ATAATTG-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGAAAAC-AATTTA-TTTTTAAAT
* * * * * * * **
6511962 TTTTTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCGAAAACACTTGTAT
186 CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGATAA-GTTTGTAT
* * ** *
6512026 GAA-TAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTTTTTAAAATAGATAATTGTTC
249 GAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
6512090 AAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAATAGATGTA-TGTTTAAA-CTTTTACTTATTA
312 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
6512153 ATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACA
377 ATTTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACA
* ** * * * * *
6512216 ATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCGTAA
440 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAA
* * *** *
6512281 CTATTTGAACTT-GTTCAATAAATTGATTC
505 CTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACACATTT
* * * *
6512310 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTCT-TTTGA
1 ATTTTTTAAATCTC---CT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCGA
** * * * ** * **
6512374 ATAAGC--ATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
61 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATA
* ** * * * * * *
6512437 GATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTT
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTATTTTT-AAATCT
* * ** * * * *
6512502 TTTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGA
188 CTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-ATAAGTTTGTATGA
* * ** * *
6512567 ACAAAAACAA---TTTTATGACAAAAGAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
251 ACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * * * * *
6512629 ATTGTCCTAATTATTTGAATTTATTTGATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATATTTTACATATTGA
314 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
6512694 TTATTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAAA
378 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAA
* * * *
6512757 TTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAA
441 TTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAA
* * * * * *
6512821 CCATTTAAACTT-GTTCAATAAACAAATTC
505 CTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACACATTT
* ** *
6512850 AATTTTTAAATCTTTTATTAATTTTT-GACATATTAATAAATTAG-A--A---TTA-T-G-CT-A
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAA
* * * ** *
6512904 ---T-TATG----AATA-AATTATTTTATGGCAAAACAAATTATCATAACAATTTGAAATAAATA
65 GCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
6512960 ATTGTTCAAATAGTTATAACT-TATTGAACTGTTTTAGTACACTGATTTATTTATTAAATCTCTT
129 ATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGGTTCAGAAAAC-AATTTATTT-TTAAATCTCTT
* * * * ** *
6513024 --TT-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAAC-
191 ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGATAAGTTTGTATGAACT
* * * ** * * * * * *
6513085 AAAGACATTTGTTATATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATACATAATTATCCATATT
254 AAA-ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** **** * *
6513150 GTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTT
317 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
6513214 TCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGTTTGTATGAAGAT-AAATAATTG
382 TTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTA
* * * * *
6513277 TTTTATGA-TAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGT-TATGACT
444 TTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACT
* * * *
6513340 GTTTGAACTGGTTCGATAAACATATTT
507 ATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * *
6513367 ATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATGA-TTTTATTTCAA
1 ATTTTTT-AA-AT-CT-CCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGA
* ** * * * * *
6513431 AT-AG-TCTAGCATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTAAAA
61 ATAAGCT-TA-TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
6513494 TAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGATCTGATT-TGATAAACTAATTTATTTTTTAAA
123 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAAC-AATTTA-TTTTTAAA
** * * * *
6513558 TCTCCAACTT-TTCAATTTTTGAAATATTAACAAAGTAATATTATTTTATTTGGATAAGCTTT-T
185 TCTCTTACTTATT-AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGATAAG-TTTGT
* * * ** * *
6513621 ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATT
247 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
6513686 CAAATAGTCATAACCACTTGAACTTGTTCGGTAAACAGACTTATTTTTTAAAATTTCTTGCCTAT
311 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
6513751 TAATTTTTTGAATGTTAATAAAAT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATTGAAAC
375 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * *
6513815 AATTATTTTATTACTAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATATT
439 AATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTT
* * * **
6513880 CACTATTTTAACTGGTTC-AGCAAATGCATTT
503 AACTATTTGAATTGGTTCGA-CAAACACATTT
* * ** * * *
6513911 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATA-TTTTACTTCAA
1 ATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGA
* * * * * *
6513975 ATAAGATTGTATGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAATCATAATGATATGAGATA
61 ATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
6514039 GATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTAATTTTTAAATGT
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTT-ATTTTTAAATCT
* * *
6514104 CTTA-TTAGT--TTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTAGTATGA
188 CTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGATAAGTTT-GTATGA
* *
6514165 A-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAA
251 ACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
6514229 ATTA-ACATGATTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTA
314 A-TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTA
** *
6514292 A-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACA
377 ATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACA
* ** * * * * * * * * * *
6514355 ATTGTTTTACAACAAAATAGAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAA
440 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAA
* * *** ** *
6514420 CTATTTAAACTCACTCGGTAAACAAATTT
505 CTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * *
6514449 -TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTTTTGAATTTTCATAAATTAGTATTA-TTTT
1 ATTTTTTAAATC---T-CCTATTAATTTTT---G----GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* * * * * * **
6514512 ATTTTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
55 A-TTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGAT
* * *
6514576 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAGAAC-------A-T-GTTCAGAAAAAAATTTTATTTT
117 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAA-TTTA-TTT
* * * * * * *
6514632 TTAAGT-TTTTACTTCTTAATTTATGGAATATTAATAAATT--TAAATATTTGTATTCAAAATAA
180 TTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTT-TATT-TAGATAA
* * * * * * *** * *
6514694 GCTTGCAT-AA-GAAAAGCCAATTTTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGTTTTGAAAGAGA
241 GTTTGTATGAACTAAAA--CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTCAAATAGA
* * * * * ** * * * *
6514757 TAATTACTT-AGACAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAACAGAATCT-TTTTTTAATTAT
303 TAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCT
* ** * **
6514820 CTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGC-T-TATCG
366 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-G
* * * * * * * *
6514882 AATTGAAACATTTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
430 AACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** **
6514947 ATAGTCATGACTATTTGAAGTT-GCTCGGTAAACATGTTT
495 ATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACACATTT
* ** *** * * * *
6514986 ATTTTTTAAGTCTTTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAA
1 ATTTTTTAAATC---T-CCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAA
* * * * * **
6515051 TAAACTTATATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAGTAAAAAG-TCAAAACAATTT--AA-
62 TAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAA--ACAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * * *
6515111 A-ATAA--G-T--AATTG-CTTAACAATTTGAACTTATTTAGCAACCAACTGAAATAATTGTTT-
124 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-AA--AAC--AATTTATT-TTTA
* ** ** * * * ** * *
6515168 TATGACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAAAAGTTAATCGTTCATATAGTCTTAATTT-TTT-GAA
183 AATCTC-TTA-CTTATTAAT--TTTGAAATA-TTAA---TAAAT-TAGTATTATTTTATTTAG-A
* ** ** * *** ** ***
6515230 CAACATTG---G--C--AAACAGATT-TATTT-T-TTAAATCTCCTAGT--TATTAATTTTTGA-
238 TAAGTTTGTATGAACTAAAACA-ATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTCAAAT
* ** * **** * *
6515282 A-AT-ATTATT-AAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAGTGGACTATATAAACTAAA-ACAATTATT
300 AGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ACTATT-----TGAACT-TATTTGGTAAATAGATTTATT
* *** ** * * * * * * * ** * **
6515342 TTATAATAGAACAAAAGGTTA-TAATGATTTGAAATAGATAATTACTCGAGTAAGAATTGGTTCT
356 TTTTAA-ATCTC-TTA-CTTATTAAT-TTTTTAAATA-TTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT-T
* * * * * * * * *
6515406 ATAAAT-AGTTTTCTTTTTTAAATCTCTTATTTACTAATTTTTTTAAAT-ATTAATA-AATTA-G
414 -TGAATAAG----CTTGTATGAA---CTGA--AAC-AATTATTTT--ATGACTAA-ACAA-AAGG
*** ** * * * *** ** **
6515467 -TATGATTTTATTCCAAATAGGCT--TGTATGATGAAAAACAATT-ACT-TTATGACAAAGGAAA
464 TTAT-A-ACGATTTGAAATA-GATAAT-TAT--TCAAATAGTCTTAACTATT-TGA-ATTGG-TT
* * *
6515527 AGTTCATAAC-GATTT
520 CG-ACA-AACACATTT
** * * *
6515542 GAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTA-TAATTATTT-GAACTGATTTGATAAACT-G-ATTTTT
1 ---AT---T--TT-TT-AAATCTCCTATTAATT-TTTGGAA-T-A-TTAATAAATTAGTA-TTAT
* ** * * * *
6515602 TTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTTTGAAATATTAATAAAGTAA-TATTATTTTATTTTGGATAA
51 TTTT--AT-TCGAA----T-AAGCTT---ATATGAACAAA--AACAATTATTTTA---T-GACAA
*** * * * * * ** ** * **
6515666 GATTTTAAGAATTGGAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAAT-GATTTTAAATAGA
99 -A-ACAAAG-A-T--CATAATGATTTGA-AATAG-A-TAATTGTTCA-AATAG-TCATAACTATT
* * * ** ** ** * *
6515729 T-AA-TTGTTCAAATATTCATAACTATTTAAACTTTTTCGATAAGCAAAGTTATT--TTTTAAAA
153 TGAACTGGTTC--AGA---A-AACAATTT--A-TTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * * * * * *
6515790 TTTTTTATTAATT--TTTTGAATGTTAATAAAATAA-TATTTTATTTCGAA-T-AAGC-A-TGTA
208 -TATTAATAAATTAGTATT--ATTTTATTTAGATAAGT-TTGTA--T-GAACTAAAACAATTGT-
** * * * ** * * *
6515848 TAAATTAAAACAACTATTTTATGAGT--TAACCAAAAGGTTAGAAGATTTGA-AATAG--CTAAT
265 TTTATGACAA-AAC-A----A-AAGTCATAA-C--AA--TTTCAA-A-TAGATAATTGTTCAAAT
* * * *** * *
6515908 TGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCT-TTACTTATT-ATT
316 AGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * * * * ** *
6515971 TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGTTTTTTTTGTACAAAAATAATT
380 TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACTGAAACAATT
** * * * * * * * * *
6516036 GGTTTATGTCAAAACCAAAGATCATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGTTTAAAGAGT-TATAAC
443 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCT-TAAC
* * * * *
6516099 TCTTTGAAAATGTTTAGA-AAACATATTT
506 TATTTG-AATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * * *
6516127 ATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTA-TTTTATTTGAA
1 ATTTTTTAAA--TCT-CCTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTTATTCG-A
** * * * * * * * *
6516190 ATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAGTGTTTTGAAATA
61 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
6516255 GATAATTATTTAAATAGT-ATAACTATTTTAGCTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCT
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCT
* * * * * *
6516319 CTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGA
188 CTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGATAAGTTTGTATGA
* * * * ** * * ** *
6516384 ATTGAAACAGTTGTTTTATTACAAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTACTGA
251 ACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAC-AAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * * * * *
6516449 AATAAACATGACTATTTCAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAA
313 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * * * * *
6516514 TTGTCAAAATATTCAT-AATTAATTTTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATT
378 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * * * * *
6516578 GTTTTATGAC-AAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TA
443 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTA
* *
6516641 TTTGAACTGGTTCGACAAACAGATTT
508 TTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * *
6516667 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT--AATATTAATAATTTTGTATTA-TTTTATTTG
1 ATTTTTTAAATC---T-CCTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCG
* * * * * ** **
6516729 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCTA
60 -AATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAA
* * * * * ** * * *
6516793 ATAGATAATTATTTAAATAATTATAATTATTCAAACTTGTTCGGTAAACATATTT-TTTTTGAAA
122 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTATTTTT-AAA
* * * * * * * ** *
6516857 TCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATAAATGAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATA
185 TCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGATAAGTTTGTA
* * * * ** * * *
6516922 TGAACTAAAACAAATCTTTTATGACAAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTATTC
248 TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTC
* * *** * * *
6516987 AAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
312 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* ** * * *** * * * *
6517050 TAATTGTAGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTGTA-CAAATAGAAAA
375 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC
* * * * * * * * *
6517114 AATTGTTTTAT-AATAGGACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCAT
439 AATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTT
* * * * * *
6517178 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTT
503 AACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * *** * *
6517209 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATT-GCTATTACTTTATT-TT-GAAC
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-TATTA-TTT-TTATTCGAAT
* * * * *
6517271 AAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGA
63 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
6517336 TAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAAAAATAGTT-TTTTTAAAT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-G--AA-AACAAT--TTATTTTTAAAT
* * * * * *
6517399 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTAT
186 CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGATAAGTTTGTAT
* ** * * * * * * *
6517464 -AAATTGAA-ATTTCGTTTTTTGCCAAATCAAAAGGTCATAAC-ATTGTGAAATAGACAATTATT
249 GAACTAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATT-TCAAATAGATAATTGTT
* ** * * * * * * *
6517526 CATATAGTTTTAAATATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAATTATCTTAGTTAT
311 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * * * *
6517589 TAATGTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTAGAATAATCTTGTATGAACAGAAATA
375 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * * * * * * * * * * ** *
6517654 CTTGTATTGTGGC-AGAA-AAAAGTTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTAAAATAACCATA
440 ATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTA
* * * * * *
6517717 ATTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTT
504 ACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * * *
6517747 ATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA-GTTTATT-GTAAATG
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCG--AATA
* * * * * **
6517810 AGCTTAAATGATA-AAAGA-AATT-TGTTATATGACCAAACAAACGGTAATAACAATTTGAAATA
64 AGCTTATATGA-ACAAAAACAATTAT-TT-TATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * ** * * * **
6517872 GATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTAGAA-TGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTAAA-CAG
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTATTTTTAAATCTC
* ** * * * * * * *
6517935 TTACTTAATAATTTTTGCGATATCAATATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAC
189 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGATAAGTTTGTATGAA
* ** * * *
6518000 CTGAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
252 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * *
6518065 AGCCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTT
316 AGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** * *
6518130 TTGAAATATTAATAAATTATTATTGTTTTATTTCAAATAAG-TTTTGATGAACTGAAACAATTGT
381 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAACTGAAACAATTAT
* * * * * * * * *
6518194 TTTATGA-TAAA-ACAAAGTGTCATAAGGATTTTAAATATACAATTGTTTAAATAATCGTAACTA
445 TTTATGACTAAACA-AAAG-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTA
* * * *
6518257 TTTAAATTTGTTCAAAAAACACATTT
508 TTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * * *
6518283 -TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGG
1 ATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGA
* ** * * * *
6518346 ATAAGCTTTTATGAACTGAAGCAATTATTTTATAACAAAATAAA-ATCTCATAATGATTTTAAAT
61 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * *
6518410 AGTTAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAAT
124 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAAC-AATTTA-TTTTT-AAAT
* * * * * * *
6518475 CTCTTGCTTGTTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAAG-ATTATTCTATTTGGAATAAGCTTGT
186 CTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTAG-ATAAGTTTGT
* * ** * *** * * *
6518538 ATGATA-TGAAACAAATAATTTATGACTAAAA-AAAGGTTGGAACGATTTGAAATAGATAATTAT
247 ATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGT
** ** * ** * *
6518601 TCTTATAGTTTTAACTATTTGAACTGGA-TT-GCCAA-ACA--T-TTTTTTAAATCTCTTGCTTA
310 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** **
6518660 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAA
374 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAA
* * ** * * * * * * *
6518723 GAATT-TTTTATAAAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCA
438 CAATTATTTTAT-GACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
* * * * *
6518787 TAATTATTT-AACTGATTCGATAAACAAATTT
502 TAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * *
6518818 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAT
1 ATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGA-
* * * ** * * * * ** * *
6518882 ATAAACTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAATAAAAGGTCATAGCGATTTTAAAA
61 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATG-ACAAAA-CAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * *
6518947 AGACAATTGTTCAAATA-ACAATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAA
124 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAA-CAATTTA-TTTTT-AA
* * ** * * * *
6519010 ATCTCTTTCTTATTATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTA
184 ATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGATAAGTTTGTA
** * * * *
6519075 TGAA-TTGAACAATTGCTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
248 TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
6519139 TAATAGT-ATTAA-TCATATGAACTGT-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTA
312 AAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACT-TATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *** * ** * *
6519201 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTACAAAC-AAAAA
374 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * ** *
6519265 AATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTA
439 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTA
* * ** *
6519330 ACTATTTGAACTGGTTCAACAATTAGATTT
504 ACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * * * * * * *
6519360 ATCTTTTAATTTTCTTGCTTATAAAATTTTGAAATA-AAATTAAATTAATATATATTTTT-TT-G
1 ATTTTTTAA--ATC-T-CCTATTAATTTTTGGAATATTAA-TAAATTAGTAT-TATTTTTATTCG
* * * * * * * * *
6519422 AATTAA--ATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACT-ATTTAA
60 AA-TAAGCTTA-TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAA-TGATTTGA
* ** * ** * * *
6519484 AATAGATAATTATTCATGTAGTCA-AATCTATTTGAAATGGTTTGGTACATAGATTTACTTTTTA
121 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTA-TTTTTA
* * * * ** *
6519548 AATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAACTTA
183 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-ATAAGTTTG
* * * * * ** *
6519613 TATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
246 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGT
* * * * * *
6519678 TCAAATAGTTATAATTATTAGAA-TTGGTTTGGTAAGTAGAATTATTTTTTAAA--TC-TACTTA
310 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * * * *
6519739 TAAAATTTTGAAATATTAACAATTTTA-TTTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAGCTTAAA
374 TTAATTTTTTAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * * *
6519803 TAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT
438 CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTT
* ** *
6519868 AATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTT
503 AACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
** *** ** *
6519899 ATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAA
1 ATTTTTTAAATCTCCTA--T-T-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-GA
* * * * * * * * *
6519962 ATAAACTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAT
61 ATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * ** *
6520026 AGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTAAACTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAAT
124 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTA--TTTTTAAAT
* * * * *
6520091 -TGCTTACTTATTAATGTTTTG-AATGTTAATAAATTAGCATTATTTAATTTTAAATAAGCTTGT
186 CT-CTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAGATAAGTTTGT
* * * * *
6520154 AT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGT
247 ATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGT
* ** *
6520217 TCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGA-TTGGT-AA-AGCA--TA---TTT--A----TT--TT
310 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * **
6520266 -TT-A-----T---TA-T--TAAATTAGTATTATCTTAATATGAATAAGCTTATATGAAAAGAAA
373 ATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * *
6520318 CAATTGTTCTATGAC-AAA-ATAAAGATAATAATGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAGTAGTC
438 CAATTATTTTATGACTAAACA-AAAGGTTATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * ** * *
6520380 ATAATTATTTAAACTAATT--A-AAATAAATTT
501 TTAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTT
* * ** * *
6520410 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTA-TTTTATTCTAAATAA
1 ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAA
* * * * * * **
6520474 -TTCTGTATGAACAGAAACAAGTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
65 GCT-TATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * ** * * * **
6520538 AATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTTGTACATAGATTTATTTTTTAAATCTCCA
128 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTT
* * *
6520603 AC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAACAAATTTGTATGAA-
191 ACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAG-ATAAGTTTGTATGAAC
* * * * * * *
6520665 TAGAAATAATTATTTTTCTAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
253 TA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * *
6520730 TAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATT
315 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * ***
6520794 TTTGGAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAACAATTA
380 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTA
* * * * * ** *
6520857 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTAT
444 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTAT
* * * ** *
6520922 TTGAACTTGTTTAG-TAAACTGATTC
509 TTGAA-TTGGTTCGACAAACACATTT
* * *
6520947 ATTTTGTAAATCTCTTACTCTTTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTGT-TTCGA
1 ATTTTTTAAATCTC---CT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCGA
* ** ** ** * * **
6521011 ATAAGCCTATATGAACTGATTCAATT-TTTTAAAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
61 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * ** * *
6521075 GATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAAA-TATTTACTTTTAAAATCT
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-AAAACAATTTA-TTTTTAAATCT
* * * * * *
6521139 TTTACTTATT-ATCTGTCAAAGT-TTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTAT
188 CTTACTTATTAAT-TTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAG-ATAAGTTTGTAT
* * * * *
6521201 GAACAAAAATAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAAGTCACAACTATTT
249 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTT
6521247 GAACTTATTT
Statistics
Matches: 13065, Mismatches: 3200, Indels: 2635
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
484 7 0.00
485 9 0.00
486 9 0.00
487 5 0.00
488 14 0.00
489 11 0.00
490 14 0.00
491 18 0.00
492 16 0.00
493 6 0.00
494 2 0.00
495 2 0.00
496 9 0.00
497 62 0.00
498 31 0.00
499 66 0.01
500 10 0.00
501 14 0.00
502 7 0.00
503 27 0.00
504 21 0.00
505 11 0.00
506 57 0.00
507 49 0.00
508 214 0.02
509 144 0.01
510 15 0.00
511 102 0.01
512 37 0.00
513 16 0.00
514 59 0.00
515 57 0.00
516 70 0.01
517 155 0.01
518 84 0.01
519 116 0.01
520 14 0.00
521 53 0.00
522 16 0.00
523 14 0.00
524 38 0.00
525 73 0.01
526 28 0.00
527 46 0.00
528 27 0.00
529 19 0.00
530 135 0.01
531 171 0.01
532 91 0.01
533 214 0.02
534 278 0.02
535 361 0.03
536 791 0.06
537 1055 0.08
538 1093 0.08
539 1081 0.08
540 1180 0.09
541 953 0.07
542 550 0.04
543 398 0.03
544 470 0.04
545 185 0.01
546 57 0.00
547 82 0.01
548 36 0.00
549 41 0.00
550 48 0.00
551 31 0.00
552 61 0.00
553 43 0.00
554 31 0.00
555 72 0.01
556 89 0.01
557 103 0.01
558 28 0.00
559 78 0.01
560 39 0.00
561 37 0.00
562 29 0.00
563 21 0.00
564 24 0.00
565 12 0.00
566 25 0.00
567 10 0.00
568 20 0.00
569 9 0.00
570 21 0.00
571 10 0.00
572 42 0.00
573 195 0.01
574 69 0.01
575 23 0.00
576 7 0.00
577 20 0.00
578 27 0.00
579 16 0.00
580 14 0.00
581 18 0.00
582 12 0.00
583 61 0.00
584 158 0.01
585 47 0.00
586 15 0.00
587 36 0.00
588 25 0.00
589 17 0.00
590 13 0.00
591 20 0.00
592 4 0.00
593 1 0.00
594 16 0.00
595 9 0.00
596 11 0.00
597 23 0.00
598 10 0.00
599 12 0.00
600 6 0.00
601 10 0.00
602 9 0.00
603 13 0.00
604 5 0.00
605 13 0.00
606 12 0.00
607 10 0.00
608 3 0.00
610 3 0.00
611 6 0.00
612 5 0.00
613 3 0.00
614 5 0.00
615 2 0.00
616 2 0.00
619 7 0.00
620 88 0.01
621 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
ATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAG
CTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGATAAGTTTGTATGAACTAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAA
ACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTC
GACAAACACATTT
Found at i:6507621 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6507177--6509891 Score: 1674
Period size: 180 Copynumber: 15.0 Consensus size: 180
6507167 GGGACAACTA
* * * * **
6507177 TTCAAATAGACATATCTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-T
* * * * * * *
6507241 ATTACA-TTTTAGAATATTAATAAAATAGTA-TATTTTATTATGACTAAACTTGTATGAAGAGAA
64 ATTA-ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * ** * *
6507304 ATAAGT-TTTTATGACAAAATGAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTG
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
** * ** * * * *
6507356 TTCAAGCAATCATAA-TAACATGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTCC
1 TTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT
* *
6507419 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAA
63 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* *
6507484 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTG
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
*** *
6507537 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATTTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
6507601 TTAATTTCTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACATAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * **
6507664 ACAATTATTTTATGA-AACAACAAAAAGTCATAACGATTCGAAATTGATAATTG
128 ACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * * * * *
6507717 TTGAAGTAGTCATAACCAATTGAACTTGTCTAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTA-TTC
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-
* * * * * *
6507781 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTCATTTTGAATAAGCCTATATGAACTAATA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * *
6507846 CAATTGTTTTATGA-AGAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTA
129 CAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * ** * * * *
6507898 TTCTAATAGTTATGA-GACTTGAAATAGGTAATT-ATTCAACTAG-TTATGACTATTTAAATTTG
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT---T--TTCGGTAAAC-AGATT-T-ATTTTTTAAA--TC
* * * * * ** * * * *
6507960 TTTGGTAAACATATT--TTTTTGAAAATCTGTTATTAATT-GTCAAAATATTA--ATAAATTAAT
56 TTT--T--ACTTATTAATTTTTG-GAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAA-TAAG
* * * * ** * * * *
6508020 ATTAT-TTAATATGAACAA--GCTTATATGAACAAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAAGTC
113 CTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTTATG-ACAAAACAA-------AAGGT----C----A-TA
**
6508082 ACTATGATTTGAA-ATAAATAATTG
160 ACTAT--TTGAAATA--AATAATTG
* * * * * * *
6508106 TTCAAATACTTATAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAATAGATTTATGTTTTAAATATTTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * ** * * **
6508171 TTAGTTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATGAGCTTTTATGAATGGAAA
65 TTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAA
* * ** *
6508235 A-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGGTAATTA
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTG
* * *
6508287 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTCTTAAATC---T-CTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
6508348 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTTGTAATCAGCTTGTATGAATAGAAT
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * *
6508412 GAGTTGTTTTGTGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * ** * *
6508464 TTTAAATAGTTATAACTATTTGTACTGGTTAGGCCAATAGATTCT-TTTTTTAAATCTGTTACTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * * * * *
6508528 ATTAAATTTTAGAATATTAACAAATTACT-TTATTCCTAATATG-AT-TG--TGT-T-AATAGAA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * *
6508586 ACAATTGTTTTATGGC-AAACAAATGGTAATAACAACTTGAAATGAATAATTG
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * **
6508638 TTCAAATTGTTATAACTAATCGAACTAGTTT-GGTAAACAAATTTATTTACTAAATC---T-CTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
6508698 ATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAG-TTATATAAACAAAA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACAAAA
* ** * * ** *
6508762 ACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA-GAGTGATTTGAAATAGGTAATTC
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * * *
6508815 TTCTAATAATCTTAACAATTTGAAATGGTTT-GGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTATTACTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * *** *
6508879 ACTAATTCTTGGAATATTATTAAGTTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTGTGAA-AAGAA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AA
* * * * *
6508943 ACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTG
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
* * * * *
6508995 TTCGAATAGTCATAACTATTTGAACAGTTTCGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATC----ACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *** * ** * * *
6509056 TTACTTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAAT
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
** *
6509121 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-TGATTTCAAATAAATAATTG
130 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * ** ** *
6509172 TTCAAATGGAT-ATGATTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTCGAAATCTCCTACCT
1 TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * *
6509236 ATTAA-TTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATTAATAGAAA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* *
6509300 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
* * *
6509352 TTCAAACAATCATAA-TAATATGAACTTGCTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTTTTTAC
1 TTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT--TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTAC
* * * *
6509414 TTATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTGAATATGCTTGTATGAATAGA
62 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-A
* * * *
6509479 AAA-AATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATATCTATTTGAAAGAGATAATTG
126 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
* *** * **
6509532 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAAAAAATAGATTTATTTCGTAAAT-TTTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** *
6509596 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGGACAAAAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * *
6509660 CAATTATGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATATATAATTG
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTG
* ** * * * * *
6509712 TTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTTTTTAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * ** * *
6509777 TTAATTTTTGGAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAGCTCATATGAACTAATAC
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
6509842 AATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATACCAATTTGAAATAGATAATT
130 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT
6509892 ATCCAATAGT
Statistics
Matches: 1945, Mismatches: 456, Indels: 268
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 31 0.02
171 8 0.00
173 2 0.00
174 71 0.04
175 21 0.01
176 93 0.05
177 265 0.14
178 8 0.00
179 156 0.08
180 562 0.29
181 496 0.26
182 18 0.01
183 10 0.01
184 5 0.00
185 9 0.00
187 4 0.00
188 6 0.00
189 24 0.01
190 13 0.01
191 15 0.01
192 1 0.00
193 3 0.00
196 3 0.00
198 19 0.01
199 12 0.01
200 21 0.01
201 10 0.01
202 4 0.00
204 8 0.00
205 10 0.01
206 6 0.00
207 6 0.00
208 19 0.01
209 5 0.00
210 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
Found at i:6509076 original size:357 final size:352
Alignment explanation
Indices: 6507916--6509891 Score: 1336
Period size: 357 Copynumber: 5.5 Consensus size: 352
6507906 GTTATGAGAC
* * * * * * * * *
6507916 TTGAAATAGGTAATTATTCAACTAGTTATGACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACATATTT-TTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTT
* ** * * * * * *
6507980 GAAAATCTGTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATATGAACAA-GCTTA
66 -TAAATCACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TTG
* * * * *
6508043 TATGAACAAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAAGTCACTATGATTTGAAATAAATAATTGTT
128 TATAAACAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
6508108 CAAATACTTATAACTATTT-AAACTTTTTTGGTAAATAGATTTATGTTT-TAAATATTTTACTTA
191 CAAATAATCATAACTATTTGAAA-TTGTTCGGAAAACACATTTAT-TTTCTAAATCTATTACTTA
* * * * * * **
6508171 TTAGTTGTCT-AAATATTA-ATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATGAGCTTTTATGAATGGAA
254 TTAATT-T-TGGAATATTATA-AAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAA
* * * * **
6508234 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
316 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * *
6508271 TTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTC
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTT-
* ** * * *
6508336 TTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTTGTAATCA-GCTT
65 TTAAATCACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAATG-TT
* ** * * * * ** *
6508399 GTATGAATAGAATGAGTTGTTTTGTGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
127 GTAT-AA-ACAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * ** * * * *
6508464 TTTAAATAGTTATAACTATTTGTACTGGTTAGGCCAATAGATTCT-TTTTTTAAATCTGTTACTT
189 TTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTGTTCGGAAAACACATT-TATTTTCTAAATCTATTACTT
* * * * * * *
6508528 ATTAAATTTTAGAATATTA-ACAAATTACT-TTATTCCTAA-T---AT--GATTGTGTTAATAGA
253 ATT-AATTTTGGAATATTATA-AAATTAGTATTATT-TTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGA
* * * * *
6508585 AACAATTGTTTTATGGC-AAACAAATGGTAATAACAAC
315 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * *
6508622 TTGAAAT-GAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATCGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTT
* * * * * * *
6508686 ACTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAGTTA
65 -TTAAATCACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATGTTG
** * * *
6508751 TATAAACAAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCAGAGTGATTTGAAATAGGTAATTCT
128 TATAAACAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
6508816 TCTAATAATCTTAACAATTTGAAATGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTATTACTTAC
190 TCAAATAATCATAACTATTTGAAATTGTTCGGAAAACACATTTATTTTCTAAATCTATTACTTAT
* * * *
6508881 TAATTCTTGGAATATTATTAAGTTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTGTGAAAAGAAACA
255 TAATT-TTGGAATATTATAAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACA
*
6508946 ATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAAT
319 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * *
6508979 TTGAGATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGTTTCGGTAAATAAATTTAGTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GGTAAACAAATTTA-TT
* * *
6509043 TTTAAATCACTTATTACTTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTG
64 TTTAAATCACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATGTTG
* * ** * *
6509108 CATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTCAAATAAATAATTGT
128 TATAAACA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * ** * * * ** *
6509173 TCAAATGGAT-ATGATTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTCGAAATCTCCTACCTA
190 TCAAAT-AATCATAACTATTTGAAATTGTTCGGAAAACACATTTATTTTCTAAATCTATTACTTA
* * ** * * * *
6509237 TTAATTTTAGAATATTA-ACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATTAATAGAAAT
254 TTAATTTTGGAATATTATA-AAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
*
6509301 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
318 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * *
6509336 TTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAA-TAATATGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TT
* * *
6509400 TTTAAACTTTTTACTTATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTGAAT-AT
64 TTTAAA----TCACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT
* * * *
6509464 GCTTGTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATATCTATTTGAAAGAGATA
124 G-TTGTAT-AA-ACAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAT-GATTTGAAATAGATA
* ** * * *
6509528 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTCGTAAAT-TTTT
185 ATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTGTTCGGAAAACACATTTATTTTC-TAAATCTATT
* *
6509591 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCAGAATAAGCTTGTATGGA
249 ACTTATTAA-TTTTGGAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTAATTCA-AATAAGCTTGTAT-GA
* * * * **
6509654 CAA-AAACAATTATGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
310 AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * ** * *
6509696 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTTTTTAGTAAACAAATTCATATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAT-TT
* ** * * *
6509761 TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTT-AAAAAAG
65 TTAAA--TC--ACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATG
** * * * * **
6509825 CTCATATGAACTAATACAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATACCAATTTGAAATAGATAA
125 -TTGTATAAAC-AA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-TGATTTGAAATAGATAA
6509890 TT
186 TT
6509892 ATCCAATAGT
Statistics
Matches: 1279, Mismatches: 273, Indels: 132
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 4 0.00
350 9 0.01
351 224 0.18
352 34 0.03
354 2 0.00
355 53 0.04
356 112 0.09
357 322 0.25
358 129 0.10
359 34 0.03
360 244 0.19
361 105 0.08
362 5 0.00
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTT
TAAATCACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATGTTGTAT
AAACAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AATCATAACTATTTGAAATTGTTCGGAAAACACATTTATTTTCTAAATCTATTACTTATTAATTT
TGGAATATTATAAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
Found at i:6509917 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 6509875--6509948 Score: 107
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34
6509865 GGTCATACCA
*
6509875 ATTTGAAATAGATAATTA-TCCAATAGTTATGA-G
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATGACG
*
6509908 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATGACT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATGACG
6509942 ATTTGAA
1 ATTTGAA
6509949 CTTATTCTAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 3
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 23 0.62
34 14 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATGACG
Found at i:6510827 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 6510257--6511407 Score: 849
Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 177
6510247 CAAATATTAT
* * * * * * * * *
6510257 GAATTAGCTTGTAGGAACAGAATCAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
1 GAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* *** * * ** * *
6510322 TAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGCACTAGTTAGGCCAATAGATTT-CTTTTTTAAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAC-TTTTTAAA
* *
6510386 TCTGTTACTTATTAAGTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTA
130 TCTCTTA-TT-TTAA-TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTC
* * * * * * * * *
6510438 GAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGAATTGAAA
1 GAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * ** * * *
6510503 TAAATAATTGTTCAAATTATTATAACTAATTGAACGA-TTTGGTAAACAGATTTA-TTTATTAAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTACTTT-TTAAA
* * * *
6510566 TCTCTTA--TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATTTTATCTTATTTT
130 TCTCTTATTTTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTTC
* * * * * * *
6510614 GAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
1 GAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
6510679 TAGATAATTATTCATATAACCTTAACTATTTGAATTAGTTAGGCAACCAAATTTACTTTTTAAAT
66 TAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAAT
* * *
6510744 CTCTTAGTTTTTAATTTTCATAATATTAGTAAATTAATATTTATTTATTTC
131 CTCTTA--TTTTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTATTTC
* * * * * * *
6510795 AAATAAGCTTGCATGAAGATAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAA
1 GAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
** * ** * *
6510860 TATG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAAA
66 TA-GATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAA
* *
6510924 TCTCCTACTTATTAATGTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTT-TCTTC
130 TCTCTTA-TT-TTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTC
* * * * *
6510975 TGAATAGGCTTGTTTGATGA-AAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
1 -GAATAAGCTTGTATGAAGATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* ** * * * * * * *
6511039 AATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTTGATAAACTAATTCATTTTTTAA
64 AATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAA
* * * *
6511104 ATCTCTTA--TTAACTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
129 ATCTCTTATTTTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTC
* * *
6511152 GGATAAGCTTTTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
1 GAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
** * * * * *
6511216 ATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAGCAAATTAATTTTTTCA
65 AT-AGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTT-A
* * * * * *
6511280 GATCTCTTGCTTATTAATTTTTCG-AATGTTAAGAAATTAGAATTATTTAATTCC
128 AATCTCTT-ATT-TTAA-TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTTC
* * * * * * * * *
6511334 AAATAAGCTTGTATG-A-ATGAAACAATTATTATATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGAA
1 GAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
*
6511397 ATATATAATTG
65 ATAGATAATTG
6511408 GTCTAATAGT
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 166, Indels: 66
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 230 0.30
177 46 0.06
178 4 0.01
179 4 0.01
180 44 0.06
181 395 0.51
182 43 0.06
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
GAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAAT
CTCTTATTTTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTC
Found at i:6510970 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 6510271--6514430 Score: 1727
Period size: 357 Copynumber: 11.7 Consensus size: 353
6510261 TAGCTTGTAG
* * * * * * *
6510271 GAACAGAATCAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
** * * * *
6510336 A-ACAGTTATAACTATTTGCACTAGTTAGGCCAATAGATTT-CTTTTTTAAATCTGTTACTTATT
66 ATA-ACCT-TAACTATTTGAACTAGTTAGG-CAACAAATTTAC-TTTTTAAATCTCTTA-TT-TT
* * * *
6510399 AAGTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAGAATAAGATTGTATTAATAGAAACAA
125 AA-TTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTA-AATAAGCTTGTATGAA-ATAAACAA
* * * *
6510464 TTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAA
186 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAA-TAGTCATAA
* * * * * *
6510528 CTAATTGAAC-GATTTGGTAAACAGATTTATTTATTAAA--T-CTCTTATTAATTTTTAAAATAT
249 CTATTTGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTATTAATGTTTAAAATAT
*
6510589 TAATAAATTAATTTTATCTTA-T-TT-TGAACAAACTTATAT
314 TAATAAATTAA-TGTA-CTTATTCTTCTGAACAAACTTATAT
* *
6510628 GAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
*
6510693 TATAACCTTAACTATTTGAATTAGTTAGGCAACCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAA
66 -ATAACCTTAACTATTTGAACTAGTTAGGCAA-CAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA--TTTTAA
* * * *
6510758 TTTTCATAATATTAGTAAATTAATATTTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAAGATAAATAAT
127 TTTT-A-AATATTAATAAATTAGTA-TTACTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-ATAAACAAT
* * *
6510822 TGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATATGTAATTGTTCAAATAGTCATAACT
187 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
6510887 ATTTGAACTGGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATGTTTGAAATATT
251 ATTTGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTATTAATGTTTAAAATATT
* * ** * *
6510952 AATCAATT-A-GTA-TTATTTTCTTCTGAATAGGCTTGTTT
315 AATAAATTAATGTACTTA--TTCTTCTGAACAAACTTATAT
** * * *
6510990 GATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
** * * * * * ** * * *
6511055 AATGGCCATAATTATTTAAACTAATTTGATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTA--TTAACT
65 AATAACCTTAACTATTTGAACTAGTTAG-GCAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTTTAA-T
* * * * ** * *
6511118 TTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTT
128 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAAT-AAACAATTGTT
* *
6511183 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
191 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * ** * *
6511248 GAACTTGTTTAGTAAGCAAATTAATTTTTTCAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAAG
255 GAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTT-AAATCTCCT-CTTATTAATGTTTAAAATATTAAT
* * * * *
6511313 AAATTAGAAT-TATTTAATTC--C-AAATAAGCTTGTAT
318 AAATT--AATGTACTT-ATTCTTCTGAACAAACTTATAT
** * * * * * * * * * **
6511348 GAA-TGAAACAATTATTATATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGAAATATATAATTGGTCT
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
*** * * * ** * * *
6511412 AATAGTTTTATCTATTTGAACTGGTTTA-ACAAACTCATTTATTTTTTAAATCT-TT-TATAAAT
65 AATAACCTTAACTATTTGAACTAG-TTAGGC-AACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTTTAA-
* *
6511474 TTTTGAAATA-TATTTAAATTAG---TA--TTA--T-GA-AA------A-GAAA-AAAC---TGT
127 TTTT-AAATATTA-ATAAATTAGTATTACTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAATAAACAATTGT
* * * *
6511518 TTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATACCTATT
190 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
6511582 TAAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--T-CTCTTA-T--T-TTCAAAATATTAATA
254 TGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTATTAATGTTTAAAATATTAATA
* * * ** **
6511640 AA--AGTAGTA-TTATTTTATTCTGAATAATTTTGCAT
319 AATTAAT-GTACTTA--TTCTTCTGAACAAACTTATAT
* * * *
6511675 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGAATTAAAATAGATAATTGTTCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
* * * * * * ** * * **
6511740 AATGGA-CATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CCT-A-
65 AAT-AACCTTAACTATTTGAACTAGTTAG-GCAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTTTAAT
* * * * *
6511801 -TT--A-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTGGTAT-AAATAGAAATAATTGT
128 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAAT--AAACAATTGT
* * *
6511861 TTTACGACAAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATATTTGCTT-AAACAAG-CATAAC
190 TTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAAT-AATAATTG-TTCAAA-TAGTCATAAC
* * * * * ** * * **
6511923 TATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTTTTGGAATAT
250 TATTTGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTATTAATGTTTAAAATAT
* * *
6511988 TAATAAACT-A-GTA-TTATT-TATTTCGAA-AACACTTGTAT
314 TAATAAATTAATGTACTTATTCT-TCT-GAACAA-ACTTATAT
* * * * ** * *
6512026 GAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTTTTTAAAATAGATAATTGTTCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
** * ** * * * * *
6512091 AATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTTAGAAAATAGATGTA-TGTTTAAA-CTTTTACTTATTA
65 AATAACCTTAACTATTTGAACTA-G-TTAGGCAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TT-TTA
* * * *
6512153 ATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
126 A-TTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTACTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-ATAAACAA
* * ** * *
6512217 TTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCGTAAC
186 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *** **** * * * *
6512282 TATTTGAACTTGTTCAATAAATTGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-GTTTTGAAATA
250 TATTTGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTATTAATG-TTTAAAATA
* * *
6512346 TTAATAAATT-AT-TA-TTATTTTCTTTTGAATAAGC--ATAT
313 TTAATAAATTAATGTACTTA--TTCTTCTGAACAAACTTATAT
** * * ** *
6512384 GAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
*** * * * ** * * *
6512449 AATAGTTTTGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTTTATTTATTA
65 AATAACCTTAACTATTTGAACTAG-TTAGGCAACAAATTTACTTTTT-AAATCTCTTA-TT-TTA
* * * ** *
6512513 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA-
126 ATT-T-TAAATATTAATAAATTAGTATTACTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAA-ATAAACAAT
* * * * *
6512577 --TTTTATGACAAAAGAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCCTAAT
187 TGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * ** * * **
6512640 TATTTGAATTTATTTGATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATATTTTACATATTGAT-TATTTGAAT
250 TATTTGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTT-AAATCTCCT-CTTATTAATGT-TTAAAAT
* *
6512704 ATTAATAAATT--TGTA-TTATT-TTAATTGAA-ATAAGCTTGTAT
312 ATTAATAAATTAATGTACTTATTCTT--CTGAACA-AA-CTTATAT
* * * * * * * *
6512745 GAATAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
** * * * * *** * * *
6512810 AATAGTCATAACCATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATCT-TT-TATTAATT
65 AATAACCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGGCAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTTTAA-T
* *
6512873 TTTGACATATTAATAAATTAG----A----A-TT--AT--GCTAT-TATG-AAT--A-AATTATT
128 TTT-AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAAATAAGCT-TGTATGAAATAAACAATTGTT
* ** ** *
6512920 TTATGGCAAAACAAATTATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TAT
191 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-T
* * ** * * *
6512984 TGAACTGTTTTAGTACA-CTGATTTATTTATTAAATCT-CT-TTTTTAATTTTTAAAATATTAAT
254 TGAACTGGTTTGGTA-AGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTATTAATGTTTAAAATATTAAT
* * *
6513046 AAATTAA--TA-TTATTTTATTTCAAACAAACTTATAT
318 AAATTAATGTACTTATTCT-TCT-GAACAAACTTATAT
* * * * * * * *
6513081 GAACAAAGACATTTGTTATATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATACATAATTATCCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
*** * * * * *
6513146 TATTGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCA-ACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
66 -ATAACCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGGC-AACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TT-TTA
* * * * * *
6513210 ATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAAT
126 ATTTT-A-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-ATAAACAAT
* * * * * *
6513275 TGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTTATAACGATTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATGAC
187 TGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
6513339 TGTTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTGAAATAT
250 TATTTGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTATTAATGTTTAAAATAT
* * * * *
6513404 TAATAAATTAGTATG-A-TT-TTATT-TCAA-ATAGTCTAGCAT
314 TAATAAATTA--ATGTACTTATTCTTCTGAACAAACT-TA-TAT
** * * * * *
6513443 GATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
** * * * * ** * * **
6513508 AATGGCCATAATTATTTGATCT-GATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTTTCA
65 AATAACCTTAACTATTTGAACTAG-TTAG-GCAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTTT-A
* * * * ** * *
6513572 ATTTTTGAAATATTAACAAAGTAATATTATTTTATTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATT
126 A-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAAT-AAACAATT
* * * * *
6513637 GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCA
188 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * * * ** *
6513702 CTTGAACTTGTTCGGTAAACAGACTTATTTTTTAAAATTTCTTGCCTATTAATTTTTTGAATGTT
252 TTTGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTT-AAATCTCCT-CTTATTAATGTTTAAAATATT
* * * * * * *
6513767 AATAAAATGATAT-TA-TT-TTATTTTGAATAAGCATGTAT
315 AAT-AAATTA-ATGTACTTATTCTTCTGAACAAACTTATAT
* *** * * * *
6513805 AAATTGAAACAATTATTTTATTACTAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
** * * * * *
6513870 TAATAATATTCACTATTTTAACTGGTTCA-GCAA-ATGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
65 -AATAACCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGGCAACA--AATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TT-T
* ** * * * * * * *
6513933 TAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGATTGTATGAACAGAAAAA
124 TAA-TTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-ATAAACA
* * * * *
6513998 ATTATTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAATGATATGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAA
185 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** * * * * * * *
6514062 ATATTTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--T-GTCTTATTAGTTTTTGAAATAC
249 CTATTTGAACTGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTATTAATGTTTAAAATAT
* *
6514124 TAATAAATT-A-GTA-TTATTTTATTCT-AA-ATAATTTAGTAT
314 TAATAAATTAATGTACTTA--TTCTTCTGAACA-AACTTA-TAT
* * *
6514163 GAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTC
1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTC
* * * * ** * *
6514227 AAATTAA-CATGATTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTA
65 -AA-TAACCTTAACTATTTGAAC-TAGTTAG-GCAACAAATTTACTTTTTAAATCTCT-TA-TT-
* * *
6514289 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
123 TTAA-TTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-ATAAAC
** * * * * *
6514354 AATTGTTTTACAACAAAATAGAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATA
184 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
6514419 ACTATTTAAACT
248 ACTATTTGAACT
6514431 CACTCGGTAA
Statistics
Matches: 2943, Mismatches: 623, Indels: 473
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
321 9 0.00
322 6 0.00
323 2 0.00
324 6 0.00
325 2 0.00
326 16 0.01
327 16 0.01
328 82 0.03
329 3 0.00
330 5 0.00
331 3 0.00
332 1 0.00
334 2 0.00
335 69 0.02
336 143 0.05
337 12 0.00
338 5 0.00
339 17 0.01
340 78 0.03
341 21 0.01
342 2 0.00
343 17 0.01
344 6 0.00
345 67 0.02
346 4 0.00
347 2 0.00
348 5 0.00
349 13 0.00
350 15 0.01
351 90 0.03
352 13 0.00
353 20 0.01
354 6 0.00
355 8 0.00
356 28 0.01
357 603 0.20
358 372 0.13
359 245 0.08
360 121 0.04
361 228 0.08
362 356 0.12
363 175 0.06
364 46 0.02
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
ATAACCTTAACTATTTGAACTAGTTAGGCAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTTTAATTTT
AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAATAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
GTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTATTAATGTTTAAAATATTAATAAATTAAT
GTACTTATTCTTCTGAACAAACTTATAT
Found at i:6511328 original size:538 final size:533
Alignment explanation
Indices: 6510281--6527921 Score: 5875
Period size: 538 Copynumber: 32.6 Consensus size: 533
6510271 GAACAGAATC
* * * * * *
6510281 AATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * *
6510346 ACTATTTGCACTAG-TTAGGCCAATAGATTTCTTTTTTAAATCTGTTACTTATTAAGTTTTAGAA
66 ACTATTTGAACTGGTTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * * *
6510410 A-ATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAGAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATG
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTA-TGATA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
6510474 ACAAAACAAATGATCATAATGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAATTGAAC
190 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
6510538 -GATTTGGTAAACAGATTTATTTATTAAATCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT
254 TGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
6510601 TTTATCTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAA-ATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * *
6510665 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAACCTTAACTATTTGAA-TTAG-TTAGGCAACCA
381 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTA-GTAAACA
* * * *
6510728 AATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAATTTTCAT-AATATTAGTAAATTA-ATATT-TATTT
444 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGA-ATTAT-TTT
*
6510790 ATTTCAAATAAGCTTGCATGAAGATAAAT
505 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * **
6510819 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATATG-TAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
6510883 AACTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATGTTTGAAA
65 AACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
6510948 TATTAATCAATTAGTATTATTTTCTTCTGAATAGGCTTGTTTGATGAAAAGCAATTGTTTTATGA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAT-AAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * * *
6511013 CAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTA
191 CAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * *
6511078 ATTTGATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCT-CTTATTAACTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAT
256 ATTTGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *
6511141 TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
320 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
*
6511206 ACGATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAGCAAATT
384 ACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATT
* * * * * * *
6511270 AATTTTTTCAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAAGAAATTAGAATTATTTAATTCCA
448 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCA
*
6511335 AATAAGCTTGTATG-A-ATGAAAC
511 AATAAGCTTGTATGAAGAT-AAAT
* * * * * * * * * **
6511357 AATTATTATATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGAAATATATAATTGGTCTAATAGTTTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * *
6511422 TCTATTTGAACTGGTTTAACAAACT-CATTTATTTTTTAAATCT-T--TTATAAATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAAT
*
6511483 A-TATTTAAATTAG---TA--TTA--TGAA-AA----G-A--A-AAAAC---TGTTTTATGACAA
130 ATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * * *
6511528 AA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATACCTATTTAAATTGTTT
194 AACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * ** *
6511592 TGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCT-CTTA-T--TTTCAAAATATTAATAAAAGTAGTATTAT
259 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT
* ** * * *
6511653 TTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACG
323 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
6511718 AATTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTAT
387 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTAT
* * * **
6511782 TTTTTAAATCTCCTAC---CT-A---TT--A-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
451 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * *
6511837 ACTGGTATAAATAGAAAT
516 GCTTGTATGAAGATAAAT
* * * * *
6511855 AATTGTTTTACGACAAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATATTTGCTT-AAACAAG-C
1 AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAA-TAGTC
* * * * * * * *
6511918 ATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTTTTGG
63 ATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
6511983 AATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCGAA-AACACTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTA
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAA-GCTTGTATG-ATA-AAACAATTGTTTTA
* * * *
6512046 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-TTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
188 TGACAAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
6512110 ACATG-TTTAGA-AAATAGATGTA-TGTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
252 AC-TGATTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAA
* * *
6512172 ATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
312 A-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * * *
6512236 AATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGTTCAATA
375 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA
*** * * * **
6512301 AATTGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTT
440 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTT
* ** *
6512366 TCTTTTGAATAAGC--ATATGAACTGAT--AT
504 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAA--GATAAAT
** * * ** *
6512394 AATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * * **
6512459 ACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTGTCAAAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
6512524 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA---TTTTATGAC
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
6512586 AAAAGAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCCTAATTATTTGAATT
192 -AAA-ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
6512650 TATTTGATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATATTTTACATATTGATTATTTG-AATATTAATAAAT
255 GATTTGATAAACAGATTTATTTTTT--AA-A-TCTACTTATT-AAT-TTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
6512714 TTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAA
314 TAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
6512778 GGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTTGTTCAATAAA
377 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* *
6512843 CAAATTCAATTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAG-A--A--TTA
442 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
*
6512899 -TGC---T-A---T-TATG-A-AT--A-
506 TTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * ** * *
6512913 AATTATTTTATGGCAAAACAAATTATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
6512978 ACT-TATTGAACTGTTTTAGTACACT-GATTTATTTATTAAATCTCT--TTTTTAATTTTTAAAA
66 ACTAT-TTGAACTGGTTTAGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
6513039 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAGACATTTGTTATATGA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-ATAAA-ACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
6513104 CAAAACAAAAAGTT-ATAATGATTTGAAATACATAATTATCCATATTGTCTTAACTATTTAAACT
191 CAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * * * *
6513168 GGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTA
255 GATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * *
6513233 GTATTATTTTATTTCT-AATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG
316 GTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
6513297 TTATAACGATTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAC-TGGTTCGATAAAC
379 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAAC
* * * * *
6513361 ATATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATGATTTTAT
443 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
* * * * *
6513426 TTCAAAT-AGTCTAGCATGATGAAAAAC
507 TTCAAATAAG-CTTGTATGAAGATAAAT
* * * ** * * * *
6513453 AATTGTTTTATAACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
6513518 ATTATTTGATCTGATTT-GATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTGA
66 ACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATT-AATTTTTGA
* * * * * *
6513580 AATATTAACAAAGTAATATTATTTTATTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
6513645 ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCACTTGAACT
190 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
* * * * * *
6513710 TG-TTCGGTAAACAGACTTATTTTTTAAAATTTCTTGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
254 TGATTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TC-TACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * *
6513773 AT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATTTTATTACTAAACAAA
313 TTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
* * * * * * * * *
6513837 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAT-ATTCACTATTTTAACTGGTTCAGC
375 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTAGT
*** * **
6513901 AAATGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAA-TAT
439 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG-AATTAT
* * * * *
6513965 TTTACTTCAAATAAGATTGTATGAACAGAAAA
502 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * ** * * *
6513997 AATTATTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAATGATATGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
6514061 AATATTTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--TGT-CTTATTAGTTTTTGAAATA
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
6514123 CTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAC
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTT-GTATG-AT-AAAACAATTGTTTTATGAC
** * * *
6514187 AAAACAAAA-TGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATTA-ACATGATTATTTGAAC
192 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
6514249 TTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
254 TGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T--ACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATT
** * ** * * *
6514314 AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAATAGAAGA
315 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *** **
6514379 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAACA
379 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * * * *
6514444 AATTT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTTTTGAATTTTCATAAATTAGTATTA
444 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA----T----TTTTGAATATTAATAAATTAGAATTA
** * * * * *
6514508 TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAAC
501 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * *
6514541 AATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAGA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
6514606 AC-------A-T-GTTCAG-AAAAAAATTTTATTTTTTAAGTTTTTACTTCTTAATTTATGGAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** * * * *
6514661 ATTAATAAATT--TAAATATTTGTATTCAAAATAAGCTTGCATAAGAAAAGCCAATTTTTTTATG
130 ATTAATAAATTAGT-ATTATTT-TATT-TGAATAAGCTTGTATGATAAAA--CAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
6514724 ACAAAATAAATGGTCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTACTT-AGACAGTCATAACTATTTAAAC
190 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
6514788 T-AATTCAGTAAACAGAATCT-TTTTTTAATTATCTTACTCATTAATTTTGGAATATTAATAAAT
254 TGATTTGA-TAAACAG-ATTTATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAAT
* ** * * * *
6514851 TAGTATTATTTTACTTCAAATAAGC-T-TATCGAATTGAAACATTTGTTTTATTACAAAAGAAAA
314 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * **
6514914 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAGTTGCTCGGTAAA
377 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
** * * * **
6514979 CATGTTTATTTTTTAAGTCTTTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTT
442 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTT
* * * * * * *
6515043 AATCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAA
505 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* *
6515072 AATTGTTTTATGACAAAGTA-AAAAG-TCAAAACAATTTAAAATA-AGTAATTGCTT-AACA-A-
1 AATTGTTTTATGACAAA--ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTG-TTCAA-ATAG
* **** * * ****
6515131 T-TTGAACTTATTTAGCAAC-CAACT-G-AAATA-ATTGT-TTTATGACAAAAGGT-C--A-TAA
61 TCAT-AAC-TATTT-G-AACTGGTTTAGTAAATAGATT-TATTTTTTA-AATCTCTACTTATTAA
* * ** * * * *
6515186 TGATTTGAAAAAGTTAATCGTTCATATAGTCTTAATTT-TTTGAACAA-CATTG---G--CAAAC
120 T-TTTTGAAATA-TTAA---TAAAT-TAGTATTATTTTATTTGAATAAGC-TTGTATGATAAAAC
** * *** *
6515244 AGATT-TATTT-T-TTAAATCTCCTAGTT-ATTAAT-TTTTG--A-A-AT-ATTATT-AAATTAG
178 A-ATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAAGTTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAG
** ** * * *
6515298 T-ATTATTTTATTCCAAGTGGACTATATAAACTAAAACA-A-TTATTTTATAATAGAA-CAAAAG
238 TCA-TA-ACTATTTGAACT-GA-T-T-T-GA-T-AAACAGATTTATTTT-T--TA-AATC--TA-
* * * * * ** * ** * *
6515359 GTTA-TAATGATTTGAAATAGATAATTACTCGAGTAAGAATTGGTTCTATAAAT-AGTTTTCTTT
287 CTTATTAAT--TTTGAAATA-TTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT-T-TGAATAAG----CTTG
* * ** * * * * * *** **
6515422 TTTAAATCTCTTATTTACTAATTTTTTTA-AATATTAATAAATTA-GT-ATGATTTTATTCCAAA
342 TATGAA-----TA-AAAC-AATTGTTTTATGACA-AAACAAA--AGGTCAT-A-ACGATTTGAAA
* ** * * * * *** *** *
6515484 TAGGCTTGTATGATGAAA-A-ACAATTACT-TTATGACAAAGGAAAAGTTCATAAC-GATTTGA-
395 TA-GATAAT-TGTTCAAATAGTC-ATAACTATT-TGA-ACTTGTTTAG-T-A-AACAAATTT-AT
** ** * * * *
6515544 AATAGATAAT-TGTTCAAATGGCTA-TAATTATTTGAACTGATTTGATAAACT-G-ATT-TTTT-
451 TTTTTA-AATCTCTT--ACT---TATTAATT-TTTGAA-T-A-TTAATAAATTAGAATTATTTTA
*
6515603 TTT-AAATCTCTAA-CTTCTCAATTTTGAA-ATATTAAT
506 TTTCAAA----TAAGCTTGT--A---TGAAGATA--AAT
* * ****** * ** * * * * * **
6515639 AA-AGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTAAGAATTGGAATAATTATTTTATGATAGAAC
1 AATTGT--T-TTA--TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG-A-AA-TA---GATAATTGTTC
* * * * * *
6515703 AAA-AGGTTATAA-TGATTTTAAATAGATAATT-GTTCAAAT--ATTCATAACTATTTAAACTTT
55 AAATA-GTCATAACT-ATTTGAACT-GGT--TTAG-T-AAATAGATT--T-ATTTTTTAAA---T
* ** * * ***
6515763 TTCGATAAGCAAAGTTATTTTTTAAAATTTTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATT
107 CTC--T-A-CTTA-TTAATTTTTGAAA-----TATTAATAAATT--A-G----T---AT--TATT
* * * * ** * *
6515828 TTATTTCGAATAAGCATGTATAAATTAAAACAACTATTTTATGAGTTAACCAAAAGGTT-AGAA-
150 TTATTT-GAATAAGCTTGTAT-GA-TAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAA-GTTCATAAT
* * * ** *
6515891 GATTTGAAATAGCT-A--A-T----T-GTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACATATTTAT
210 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAGATTTA-
* * * * **
6515947 TTTTTTAAATCTTTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCAAATA
274 TTTTTTAAATC--TACTTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * * *
6516012 AGTTTTTTTTGTACA-AAAATAATTGGTTTATGTCAAAACCAAAGATCATAACAATTTGAAAT-G
336 AG-CTTGTATG-A-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * ** * * *
6516075 AATAATTGTTTAAAGAGTTATAACTCTTTGAAAATGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-T
398 -ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
6516139 TTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATG
462 CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT-AAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * **
6516203 AATAGAACC
525 AAGATAAAT
* * * * **** * *
6516212 AATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAGTGTTTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT-ATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * * *
6516276 ACTATTTTAGCTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
6516341 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTGTTTTATTAC
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * *
6516406 AAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTACTGAAATAAACATGACTATTTCAACT
192 -AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * ** *
6516471 TATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATTCAT-AATTA
255 GATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
6516535 ATTTTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAA-G
316 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGG
* * * * *
6516598 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAAC-TGGTTCGACAAAC
379 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAAC
* * * * * *
6516661 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT-AATATTAATAATTTTGTATTATTTTA
443 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * * *
6516725 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
506 TTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * * * * ** * * * *
6516753 AATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCTAATAGATAATTATTTAAATAATTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * ** * * * * * *
6516818 ATTATTCAAACTTGTTCGGTAAACATATTT-TTTTTGAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * ** * * *
6516882 ATAAATGAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAACTAAAACAAATCTTTTATGAC
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
6516947 AAAAAAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCT-
192 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
** * * * *
6517010 AGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATAA
256 A-TTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TCTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTA
* *** * ** * * * ** *
6517075 GTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTGTACAAATAGAAAAAATTGTTTTATAATAGGACAAAAAGT
316 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
6517140 CATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATA
380 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACA
* * ** * * *
6517204 GATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATT-GCTATTACTTTAT
444 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAG-AATTATTTTAT
** * * * * * *
6517264 TTTGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
507 TTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * *
6517291 ATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * **
6517356 ATTATTTGAATTGG-TTAGGTAAACAAAAATAGTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
66 ACTATTTGAACTGGTTTA-GTAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGA
* * ** * * ** * *
6517420 AATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAA-ATTTCGTTTTTT
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTAT-GATAAAACAATT-GTTTTAT
* * * * * * ** *
6517484 GCCAAATCAAAAGGTCATAA-CATTGTGAAATAGACAATTATTCATATAGTTTTAAATATTTGAA
189 GACAAAACAAAAGTTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * ** * *
6517548 TTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAATTATCTTAGTTATTAATGTTCAAAATATTATTATAT
253 CTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
6517612 TAGTATTATTTTATTTAGAATAATCTTGTATGAACAGAAATACTTGTATTGTGGCAGAA-AAAAG
314 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * ** * *
6517676 TTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTAAAATAACCATAATTATTTGAACTAGTTT-GATAAA
378 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAA
* * *
6517740 CAAATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAGTTTA
442 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* **
6517801 TTGT-AAATGAGCTTAAATGATA-A-AAGA-
506 TT-TCAAATAAGCTTGTATGA-AGATAA-AT
* * * * * * * *
6517828 AATTTGTTATATGACCAAACAAACGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCAT
1 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * **
6517893 AATTATTAGAA-TGATTTGGTAAACAGATTCA-CTTTTAAA-CAGT-TACTTAATAATTTTTGCG
65 AACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC--TCTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** * **
6517954 ATATCAATATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGACCTGAAATGATTGTTTTATG
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA--TAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
6518019 ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAATTATTTGAACT
190 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
6518084 GA-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
255 GATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
* * ** * * *
6518148 ATTATTGTTTTATTTCAAATAAG-TTTTGATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAG
315 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * **
6518211 TGTCATAAGGATTTTAAATATACAATTGTTTAAATAATCGTAACTATTTAAATTTGTTCAAAAAA
378 -GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * * *
6518276 CACATTT-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTA
442 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
*** * * **
6518340 TTTTGGATAAGCTTTTATGAA-CTGAAGC
506 TTTCAAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAAT
* * * ** ** * * *
6518368 AATTATTTTATAACAAAATAAAATCTCATAATGATTTTAAATAGTTAATTGTTAAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** ** * * * *
6518433 ACTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTTG-A
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTC-TACTTATTAA-TTTTTGAA
* * * * **
6518497 ATGTTAATATATTAAG-ATTATTCTATTTGGAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAATAATTTAT
128 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGATA--AAACAATTGTTTTAT
* ** * ** **
6518561 GACTAAAA-AAAGGTT-GGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAA
189 GAC-AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** *
6518624 CTGGA-TTGCCAAAC--A--T-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAAT
253 CT-GATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAAT
* ** * * * * *
6518683 TAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAGAATT-TTTTATAAAAAAAATAAAA
314 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAA
* * * * * *
6518747 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AAC-TGATTCGATAA
377 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAA
* *
6518810 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
441 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTT
* * * * * *
6518875 ATTCCATATAAACTTGTATTAA-CTGAAAC
505 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAAT
* * * * * * * * *
6518904 AATTGTTTTATGAAAAAAATAAAAGGTCATAGCGATTTTAAAAAGACAATTGTTCAAATA-ACAA
1 AATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * * *
6518968 TAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTT
64 TAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTC-TACTTATTAATTTTTG
* * * * ** *
6519031 TAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAACAATTGCTTTAT
126 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-ATAAAACAATTGTTTTAT
* * ** * * *
6519096 GACTAAACAAAA-TGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATATG
189 GACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTG
* * * *
6519158 AACTG-TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
251 AACTGATTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATA
* * *** * ** * * *
6519222 AATTTGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTACAAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
311 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * **
6519287 TGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAA
376 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA
** * * * * * * * *
6519352 TTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGCTTATAAAATTTTGAA-ATAAAATTAAATTA-ATATATAT
441 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATAT-TAA-TAAATTAGA-AT-TAT
* * * * * * **
6519415 TTT-TTTGAATTAA-ATAGTATGAATAGAACC
502 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * * * **
6519445 AATTGTTTGATGACAAAACAAAA-AGTTATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCATGTAGTCA-
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
6519508 AATCTATTTGAAATGGTTTGGTACATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAA
65 AA-CTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
6519573 ATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGCTTTATG
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * *
6519638 ACAAAACAAAAAATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTAGAATT
190 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * * *
6519703 GGTTTGGTAAGTAGAATTATTTTTTAAATCTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAATTTTA-T
255 GATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTAT-TAATTTTGAAATATTAATAA-ATTAGT
* * * * * * * * *
6519767 TTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAGCTTAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCA
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * ** *
6519832 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAGA
382 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAA
* * * ** ** *
6519896 TTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTA-TTC
446 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTC
* * * *
6519959 TAAATAAACTTGTATGAATAGAAAA
510 -AAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * * *
6519984 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
6520049 TCTATTTAAACTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAAT-TGCTTACTTATTAATGTTTTG-
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-C-TACTTATTAAT-TTTTGA
* * * * * * *
6520112 AATGTTAATAAATTAGCATTATTTAATTTTAAATAAGCTTGTATAAGCTGAAATAATTGTTTTAT
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT--GATAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * **
6520177 GAC-TAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAC
189 GACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
6520241 TGGA-TTGGT-AA-AGCA--TA---TTT--AT-T--TT-TT-A---T----TA-T--TAAATTAG
254 T-GATTTGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
6520281 TATTATCTTAATATGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATA
317 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** *
6520345 ATAATGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTTAAAC-TAATTA--AAATAA
381 ATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAA
* * * *
6520406 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTA-TT
445 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
* * * *
6520466 CTAAATAA-TTCTGTATGAACAGAAAC
509 C-AAATAAGCT-TGTATGAAGATAAAT
* * * * * * * *
6520492 AAGTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
6520557 ACTATTTGAACTTGTTTTGTACATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-TATTAATTTTT-AGAA
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTGA-AA
* ** * * * *
6520620 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAATTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTTCTA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATG-ATA-AAACAATT-GTTTTATG
* * *
6520685 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
190 ACAAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
6520749 GTG-TTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATT
254 -TGATT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAT
*** * *
6520812 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
314 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
6520876 GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
378 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
** * * * * *
6520941 TGATTCATTTTGTAAATCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTG
443 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * * * * *
6521005 TTTCGAATAAGCCTATATGAA-CTGATT
506 TTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
** * * * *
6521032 CAATT-TTTTAAAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * * *
6521096 GACTATTTGGACTTGTTTGGTAAA-ATATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATCTGTCAAA
65 AACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
6521159 GT-TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT-
129 -TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
6521222 AAAAAACAAAAAG-TCACAACT-ATTTGAACT---TATTTAGT-AAATAG--AGTTA-TTTTTTA
190 ACAAAAC-AAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGA
* * * * * ** * *
6521278 ATTG-TTTGAATATTAATAAATATGTGCTATTTT--AT-T-CGAAATAAGCTTGTATG-AATA-G
252 ACTGATTTG-ATA--AACAGAT-T-T-ATTTTTTAAATCTACTTATTAA--TT-T-TGAAATATT
* * *** ** ** *** * * * *
6521336 AAAAAATT-GTTTTATAACAAAATAAAATGATATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAGTA
307 AATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTGAAT-A-AGCTTG-TATGAATA-AAACAATTGTTTTA-T-
* * *** ** * * * * * * * *
6521399 GTCATAACTATTTGAACTTATTC-A-AT-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTATTAA-TTT
365 GACAAAAC-AAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC--A-TAACTAT
* * * * * * * * **
6521459 TTGGAA--T-ATTAATAAGCAAGAATTATGTTATTTCCAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATT
424 TT-GAACTTGTTTAGTAAACAA-ATTTAT-TT-TTT---A-AATC-TCT-T-ACT--TATTAATT
* * * * * * ** * * *
6521521 GATTTGTGATAATACAAAAGATTATAATGATTTGAAAT-AGATAA--TTGT-TCAA-ATAGTCAT
476 --TTTG-AATATTA-ATAA-ATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATA--AAT
* * * *** * * ** * * * * *
6521581 AACTATTTGTACTAGTC-GGGCAACAGTTTCATTTCTTAAATT-CATTACTGATTAATTTTTAGA
1 AATTGTTT-TA-T-GACAAAACAAAAG-ATCATAAC--AATTTGAAATA--GA-TAATTGTT-CA
* * * * * * * *
6521644 ATATTAAGAAATTAGCATTACTTTTTTTTGGACT-GTATCAATAGAA-ACAATTATTTTATGACA
56 A-A-T-AG----T--CATAAC---TATTTGAACTGGT-TTAGTA-AATAGATTTATTTT-TTA-A
** * * * * * *
6521707 A-AACAAATGGTCA-TAATAATTTGAAATA--AAT-AATT-GT-TCAAATAGTTATACT-AATTA
105 ATCTCTACT--T-ATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT--TAT-TTTAT-TTGAA-TA
* * * * * ** ** *** * *
6521764 AACTGGT-TTAGT-AATCAAATT-TATT-TGTTAACTCTTTTACTT-ATTAAT--TTT-CAA-A-
161 AGCTTGTATGA-TAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCA-TAATGATTTGAAATAG
* * * ** * ** * * ** *
6521819 AT-ATTAATAAAATAAT-ATTATTTTATTCCAAGCAAACTTTTTTGAAAAAAACTTTTGTTTGAT
222 ATAATTATTCAAATAGTCA-TA-ACTATT---TG--AACTGATTTGATAAACAGATTTATTT--T
** * * * * * * * *
6521882 GACAAAACTTAAGGTCATAACAATTTGAAATCAATAATTACTCAAATAGTCA-TA-ATTA-TTTG
278 -TTAAATC-T-A-CTTATTA-ATTTTGAAAT-ATTAA-TA---AATTAGT-ATTATTTTATTTTG
* ** ** ** *
6521944 AACT-AG-TTCGTA--AACAAAATTATT-TTTTAAATCTCTTATTAATTAATTTTTGAA-AT-AT
332 AA-TAAGCTT-GTATGAATAAAACAATTGTTTT--ATGAC--A--AAACAA------AAGGTCA-
* *** ** * * * ** *
6522002 TAACAAATTTGCTTTATTTTATT-TT-GAATAAGTTACTAAGAACTA-AAGAAATTGTTTTACGA
382 TAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG-T-C--ATAACTATTTGAACTTG-TTTA-G-
* ** * * *
6522064 CAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAAAGAAT-TGTT-CATATAGCCTTAACTATTTAAAC
438 -TAAAC-AAA--T--T--T-ATTT----TTTA-AATCTCTTAC-T-TA---TTAA-TTTTTGAA-
* * * * ** * *
6522127 TGCTTCGATAAA-TA-AATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAAT-AATATTAC
482 T-ATT-AATAAATTAGAA-TTA-T-TTT--AT-T-TCA---AATAAGCTT-GT-ATGAAGA-TA-
*
6522189 ATT
531 AAT
* * * * * * ** * * * **
6522192 AGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGATAGAACCAAAAA
1 A--ATTGTTTTATGA-CAA-AA-C----A-AAAGAT-CATAACAATTTGA-AATAG-A--TAATT
* * * * * * * * *
6522257 GTT-ATAATAAGTTGAAATCTATAA-TTTTTCAAATAGTCATAACATTTGAATTGGTTCTGTAAA
51 GTTCA-AAT-A---G---TC-ATAACTATTTGAACTGGT--T--TA-GT-AAATAGAT-T-T---
* * * ** *
6522320 CAGATTTATTTTTAA-ATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCT
96 ---A-TT-TTTTAAATCTCTACTTA-TTAAT--TTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** ** * * **
6522383 ATTCCAAATAAAATTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTCACAACAATT
152 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATT
* * * * *
6522448 TGAAATAGATAATTATTCAAATAAG-CCTAATTATTTGAACTAATGTGATAGAATA-ATTTATTT
214 TGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATA-AACAGATTTATTT
* * * * *
6522511 TTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAG
277 TTTAAA--TCT-ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * *
6522576 CTTCTATGAACTGAAAGAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAA
338 CTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* ** * *
6522641 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCCGTAAAC-AATTT-TTTTTT-AATTTCTTGC
402 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * * *
6522703 TTTTTAATTTTT-TATGTTAATAAAATACCATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAA-CTGA
467 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGAT-A
*
6522766 AAC
531 AAT
* * ** * * * * * *
6522769 AATTATTTTATGACTAAGTAAAAGGTTAAAATC-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * *
6522833 AACTATTTGAACT-GTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--CTTATTAATTTTT-AGAA
65 AACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * ** * * * * *
6522892 TACTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTTTGAACAAAAATAAATGTTTTAGGA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
6522957 TAAAAC-AAAGATCATACTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTG
191 CAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * *
6523021 ATTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCT-CATATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTAT
256 ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * ** **
6523085 TATTTT-TTATGAATAATTTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATATCATA
320 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *** *
6523149 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACACCGCTATTTAAACTTGTTT-GATAAACAAATT
384 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATT
* * * * * * *
6523213 AATTTTCTAAATCT-TTAACTTATTAATTCTTAGAACATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCG
448 TATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCA
** * *
6523277 AATAAGCTTGTACAAATAGAAAT
511 AATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * * *
6523300 AATTGTTTTATGATATAAC-AAA-A-C-T----ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAGTAGTCACT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-T
* * * *
6523357 -A-TAATTTGAACTCGCTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-AC
65 AACT-ATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGA-
* ** * * * *
6523417 AATATTAATAAGTTAGTATTA-TTTATTTTGAATAATATTGTTTGAATAGAAATAATTGGTTTAA
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-ATA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * *
6523481 GACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
189 GACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
6523546 --ATATT-A-AAAAAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
254 TGAT-TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-T
* *** * * * *
6523607 TA-TATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATAAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT
314 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** *
6523671 GTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTAATCAGTAAA
378 GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* ** * * * * * *
6523735 TAGGTTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCT-TTAATTTTTGGAATACTAATCAATTAGTATTATTT
442 CAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* *
6523799 TA-TTCAAATAAGC-TGTTATGAA-CTAAAAC
504 TATTTCAAATAAGCTTG-TATGAAGAT-AAAT
* * ** * * *
6523828 AATTGTTTTTATTACAAAA-AAAAGATCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCGT
1 AATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * * * *
6523892 GAA-TATTTGAACTTCTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTACTAATTGTTGAA
65 -AACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
6523956 ATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-ATA-AAACAATTGTTTTATG
* * * ** * * * *
6524021 ACAAAATAAAAATGTGATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTAAAC
190 ACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * ** * **
6524086 TTATTTGGTAAATAGA-TT-TTTTAAAAATCTTTTACTTCTTAATTGTTTCAATATTAATAAATT
254 TGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATT
* * * ** *
6524149 TGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAG
315 AGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
6524213 GTTATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC
378 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
* * * * * * *
6524278 AGATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTACTTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
443 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
** * * * *
6524343 TTTGAATCAGTTTATATGAA-CTGAAAT
507 TTCAAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAAT
* * * *
6524370 AATTTTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATCAC-ATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * ** * * * * * *
6524433 TGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTCAA
64 TAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
6524497 ATATTAATAACTTAGTATTATTTTAATCTGCATAAGCTTATATGA-ACAAAAATTATTGTTTTAT
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAACA--ATTGTTTTAT
* * * *
6524561 AACAAAGCAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTAATT-AATTAGTCATAACTATTTGA
189 GACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
6524624 AATGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTACTTTTTGAAATATTAATAGATTA
252 ACTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * **
6524688 GTACTATTTTATTTCGAACAAACTTGTATGAACT-AAACGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-
316 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
6524751 CTATAACCATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAATTACTTGAACTAG-TTAGGTAAAC
380 C-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAAC
* * * **
6524815 AAAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTCA-TTTTATTTTA
443 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGAATTATTTTA
* **
6524879 -TTCTAAATAATCTAATATGAATTGA-AAA-
506 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAA--GATAAAT
* * * * * **
6524907 AATTGTTTCATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
6524972 AGTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
6525037 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTAATGAC
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-ATA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
6525102 AGAACAAAAGGTT-ATAA-CAATT-AAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTAAATT
192 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
6525164 GGTTCTG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA-T
255 GATT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * *
6525227 AATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGACAACACAAAAGG
315 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * ** *
6525292 TAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGGCTTAATTATTTGAACTAATTCTA-TAGAC
379 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAAC
* * *
6525356 AAATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAT
443 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
* * *
6525417 TTCAAATAAGCGTGTATGAA-TTGAAAC
507 TTCAAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAAT
* * * **
6525444 AATTATTTTATGACAAAACCAAAA-AGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTG
1 AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
6525508 TAATTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAA-CTTTTGCTTATTAGTTTTTGAA
64 TAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
6525572 ATATTAATAAATTAGTATTTTTTTAATTTGGATAAGCTT-TGATGAATTGAAACAATTGTTTTAT
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGT-ATG-A-TAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
6525636 GTCAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAAC
189 GACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
6525701 TTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCATTTGCTTATTATTTTTTTG-AATGTTAATAAA
254 TGATTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC---TACTTATTA--ATTTTGAAATATTAATAAA
* * *** * * * * *
6525765 TTTGGGATTATTTTACTTCCAAATAAACCTTGTCA-GATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC
313 -TTAGTATTATTTTA-TTTTGAAT-AAGCTTGT-ATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * ** *
6525829 AAAAGGTCAAAACAAATTTGAAATAGATAA-CATTCTAACAGTTTTTAACTA-TTGAACTGGTTT
373 AAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
6525892 CGACAAACCGACATTTA-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAG
436 AG-TAAA-C-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-GAATATTAATAAATTAG
* ** * * ** * *
6525956 TATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATTAGAAAC
496 AATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * ** ** * * * *
6525994 AATTTTTTTATGAC-AAA-ATAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
6526057 ACTATTGGAATTGG-TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTTGTTACTTATTAATTTTTGAA
66 ACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T-CTACTTATTAATTTTTGAA
* *
6526120 ATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGACTTGTACGATCAAAAACAATTGTTTTAT
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAG-CTTGTATGAT--AAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
6526185 GACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATTATTTTA
189 GACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGA
* * * * * * *
6526249 AATAATTCAGA-AAACA-AGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTAGGAAAGAATAATA
252 ACTGATT-TGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTT-TGAAATATTAATA
* ** * * * **
6526312 AATTATTATTATTTTATTTTGTTTAAGCTTGTATTAATTGAAACACTTGTTTTATGACAAATGAA
311 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** * * * * * * *
6526377 AAGGTTAAAATGATTTTAAACAGGCAATTATT-AAACTAATTATAACTATTTAAACGTGTTCAAT
375 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * * * * * *
6526441 AAACATATTTGTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAAT-GTAATAATTTAGTATTAAT
439 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATT
* *
6526505 TTA-TTCTAAATAAGGC-TGTAT-AA-ACTGAGAC
503 TTATTTC-AAATAA-GCTTGTATGAAGA-T-AAAT
* ** * * * * * *
6526536 AATTGTTTAATGACTCAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATAGTC-TC
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-
* * * ** * * * *
6526600 AACCATTTAAACTGATTCGGTACACAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
65 AACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
6526665 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAATCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTACGAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * * *
6526730 AAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTTAACTATTTGAATTGG
192 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *** ** * * * **
6526795 TTGGGTAATTTGATTTA-TTTTTAAATTTTCTTGGTTATTAAGTGTCAGAATATTGTTAAATTAG
257 TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA---TC-TACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* ** * * * * *
6526859 TATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATTAACAAAACCAATTGTTTGT-TAACAAAATAAAAGGT
317 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGG-
* * * * * * * * *
6526923 TC-TAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCAAAATTATTTGAAATAGTTT-GATAGAC
379 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAAC
* * * * *
6526986 AAATTTACTTTTTAAATCTCATACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
443 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
** * * * * * * *
6527051 TTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAC
507 TTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * ** *
6527078 AATTGTTTTATGATAAAAGAAACAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** ** * * * * * *
6527142 AGTTATTTGAACTAATTTAGTAAATGGAATTAGTTTCTAAA--TCT-CTTATAAAATTTTGAAAT
65 AACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * *
6527204 AGTAATAAATAAATGTTATTCTATTTTTAATAAGCTTGTATGCACTGAAATAATT-ATTTATGAC
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
6527268 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATAACTGTTTGAACT-A
192 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * **
6527332 GTTTGACAAAC-GAAATCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTTCTAAATTAGT
257 -TTTGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATC-TACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGT
*** * * * *
6527396 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGGTT
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTC
* * * * *
6527461 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACAT
381 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAA
* * *
6527525 ATTTATTTTTTAAAT-GC---CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
445 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TT
* ** * *
6527586 TGAAA-AAGCTTGTATGTTGAAAAAC
508 TCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAT
* * * * * *
6527611 AATTGTTTTATAATAGAAAAAAAAG-TCATAACAATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
6527675 AACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAAATTTATTTTTTACA--TC-ACCTATTAATTTTTGAAT
65 AACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAA-
* * * * * * * *
6527736 AGATTAAT--ATTACT-TTA---T-TCTG-ATCAAACATATATGAACAAAAGCATTTGTTTTATG
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAT-AAGCTTGTATG-ATAAAA-CAATTGTTTTATG
* * * * *
6527793 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
190 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
6527858 -AGTTAGGTAAATATAATTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT
255 GA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
6527922 TATTTCATTT
Statistics
Matches: 12828, Mismatches: 3098, Indels: 2363
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
497 32 0.00
498 15 0.00
499 68 0.01
500 5 0.00
501 3 0.00
503 22 0.00
504 4 0.00
505 8 0.00
506 51 0.00
507 23 0.00
508 212 0.02
509 135 0.01
510 10 0.00
511 94 0.01
512 15 0.00
513 3 0.00
514 50 0.00
515 56 0.00
516 67 0.01
517 132 0.01
518 77 0.01
519 97 0.01
520 5 0.00
521 34 0.00
522 6 0.00
523 44 0.00
524 58 0.00
525 75 0.01
526 168 0.01
527 249 0.02
528 134 0.01
529 102 0.01
530 167 0.01
531 257 0.02
532 97 0.01
533 329 0.03
534 220 0.02
535 203 0.02
536 567 0.04
537 895 0.07
538 1497 0.12
539 1107 0.09
540 974 0.08
541 1115 0.09
542 741 0.06
543 389 0.03
544 421 0.03
545 101 0.01
546 58 0.00
547 85 0.01
548 72 0.01
549 77 0.01
550 162 0.01
551 23 0.00
552 21 0.00
553 16 0.00
554 20 0.00
555 12 0.00
556 16 0.00
557 15 0.00
558 10 0.00
559 4 0.00
560 17 0.00
561 14 0.00
562 22 0.00
563 19 0.00
564 3 0.00
565 6 0.00
566 20 0.00
567 14 0.00
568 15 0.00
569 41 0.00
570 25 0.00
571 30 0.00
572 21 0.00
573 12 0.00
574 17 0.00
575 15 0.00
576 9 0.00
577 28 0.00
578 26 0.00
579 26 0.00
580 21 0.00
581 13 0.00
582 12 0.00
583 8 0.00
584 18 0.00
585 18 0.00
586 7 0.00
587 25 0.00
588 23 0.00
589 22 0.00
590 4 0.00
591 19 0.00
592 6 0.00
593 6 0.00
594 11 0.00
595 12 0.00
596 11 0.00
597 19 0.00
598 19 0.00
599 7 0.00
600 10 0.00
601 12 0.00
602 10 0.00
603 15 0.00
604 13 0.00
605 3 0.00
606 15 0.00
607 7 0.00
608 11 0.00
609 2 0.00
610 5 0.00
611 12 0.00
612 12 0.00
613 15 0.00
614 9 0.00
615 17 0.00
616 16 0.00
617 21 0.00
618 24 0.00
619 21 0.00
620 7 0.00
621 1 0.00
623 2 0.00
624 13 0.00
625 7 0.00
626 16 0.00
627 12 0.00
628 12 0.00
629 36 0.00
630 18 0.00
631 7 0.00
632 26 0.00
633 9 0.00
634 4 0.00
635 2 0.00
636 1 0.00
637 7 0.00
638 11 0.00
639 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTG
ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
TATGAAGATAAAT
Found at i:6511946 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6511515--6511961 Score: 411
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
6511505 AAGAAAAAAC
* * * * * * * * *
6511515 TGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATACCT
1 TGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGAATTAAAATAAATAATTGTTCAAAAAGACATAACT
* * * * * * ** **
6511579 ATTT-AAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTTCAAAATATTAATAAAA
66 ATTTGAACTTG-TTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CCT-ATTA-ATTAATAAAA
** * *
6511643 GTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAAT
127 GTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTGGCATAAACAAAAACAAT
* * * ** * *
6511688 TGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGAATTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATT
1 TGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGAATTAAAATAAATAATTGTTCAAAAAGACATAACT
* *
6511753 ATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTAAT-AAATTAG
66 ATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTAATAAAAGTAG
* * * * *
6511817 TATTATTTTATTTTGAATAAACTGGTATAAATAGAAATAAT
131 TATTATTTTATTCTGAATAAACTGGCATAAACAAAAACAAT
* * * *
6511858 TGTTTTACGACAAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATATTTGCTT-AAACAAG-CATA
1 TGTTTTACGAC-AAAACAAAAGATCATAACGAATTAAAATAAATAATTG-TTCAAA-AAGACATA
6511921 ACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT
63 ACTATTTGAACTTG-TTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
6511962 TTTTTACTTA
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 43, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 48 0.21
171 78 0.35
172 8 0.04
173 16 0.07
174 70 0.31
175 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGAATTAAAATAAATAATTGTTCAAAAAGACATAACT
ATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTAATAAAAGTAG
TATTATTTTATTCTGAATAAACTGGCATAAACAAAAACAAT
Found at i:6512104 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 6511804--6520268 Score: 2519
Period size: 180 Copynumber: 46.8 Consensus size: 179
6511794 CTACCTATTA
* * * * *
6511804 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTGGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
6511869 AAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATATTTGCTT-AAACAAG-CATAACTATTTGAAC
65 -AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
6511932 TTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTTTTGGAAT
126 TTGATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * *
6511986 ATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCGAAAACACTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
6512050 AAAACAAAAGGTCATAACTTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG
65 AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
6512115 TTTAGAAAATAGATGTA-TGTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
129 ATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * *
6512164 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * *
6512228 CAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *** * * * * *
6512293 G-TTCAATAAATTGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGAAAT
128 GATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * *
6512345 ATTAATAAATTATTATTATTTTCTTTTGAATAAGC--ATATGAACT-GATATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * ** * *
6512407 TGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * ***
6512472 GTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTGTCAAAAT
128 GATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * *
6512524 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA---TTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
6512586 AAAAGAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCCTAATTATTTGAA-TT
65 AAAA-CAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
6512650 TATTTGATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATATTTTACATATTGATTATTT-GAAT
128 GATTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGGAAT
* * * * *
6512704 ATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
6512768 TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
6512833 G-TTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTT-GACAT
128 GATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA-AT
* *
6512881 ATTAATAAATTAG-A--A--TTA--T-G-----CTAT-TATGAAT----A-AATTATTTTATGGC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAACT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
*** * * *
6512927 AAAACAAATTATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TATTGAAC-T
65 AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTT
* * ** * * **
6512990 GTTTTAGTACACTGATTTATTTATTAAATCTCTT--TT-TTAATTTTTAAAAT
128 G-ATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * *
6513040 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACA-AAGACATTTGTTATATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
6513104 CAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATACATAATTATCCATATTGTCTTAACTATTTAAAC-T
64 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * ***
6513168 GGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAAT
128 GATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * ** * * * *
6513221 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
6513286 AAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAC-TG
65 AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * ** *
6513350 GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTGAAAT
129 ATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * *
6513402 ATTAATAAATTAGTATGATTTTATTTC-AAATAGTCTAGCATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-A-ACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
6513465 ACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGATC-
63 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *** *
6513529 TGATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTGAAAT
127 TGATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGGAAT
* * * * * * * * *
6513583 ATTAACAAAGTAATATTATTTTATTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
6513648 AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCACTTGAACTTG-
66 AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGA
* * * * * *
6513712 TTCGGTAAACAGACTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGCCTATTAATTTTTTGAAT
130 TT-AGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * * * *
6513764 GTTAATAAAAT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATTTTATTA
1 ATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
6513828 CTAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAT-ATTCACTATTTTAAC
64 CAAAAC-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * *** * *
6513892 -TGGTTCAGCAAATGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
126 TTGATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* ** * * * * * * *
6513946 ATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTC-AAATAAGATTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
6514010 CAAAATAAAA-ATCATAATGATATGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTG
64 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
6514074 GTTTAGTAAATAGATTTAATTTTTAAA---TGT-CTTATTAGTTTTTGAAAT
128 GATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * *
6514122 ACTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AACTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
6514186 CAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATTA-ACATGATTATTTGAACT
64 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACT
* ** *
6514250 T-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAAT
127 TGATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* **
6514303 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
6514368 AAAATAGAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAAC-TC
65 AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** *
6514432 ACTCGGTAAACAAATTT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTTTTGAAT
129 A-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT---G----GAAT
* * * * * * *
6514490 TTTCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGATTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
6514555 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAGAAC-ATGTT---C-A
65 AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTT
* * * *
6514615 GA--A--AAA-AATTTTATTTTTTAAGT-TTTTACTTCTTAATTTATGGAAT
128 GATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * *
6514661 ATTAATAAATT--TAAATATTTGTA-TTCAAAATAAGCTTGCAT-AAGA-AAAGCCAATTTTTTT
1 ATTAATAAATTAGT-ATTATTT-TATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAA--CAATTGTTTT
* * * * * * * *
6514721 ATGACAAAATAAATGGTCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTACTT-AGACAGTCATAACTATTTA
60 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
6514785 AAC-TAATTCAGTAAACAGAATCT-TTTTTTAATTATCTTACTCATTAA-TTTTGGAAT
123 AACTTGATT-AGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * *
6514841 ATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAGC-T-TATCGAATTGAAACATTTGTTTTATT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
6514903 ACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAGT
63 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** ** * * ***
6514968 TGCTCGGTAAACATGTTTATTTTTTAAGTCTTTTAGTTATTAATTTTCAAAAT
127 TGATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * *
6515021 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * * *
6515086 AAAGTAAAAAGTCAAAACAATTT--AA-A-ATAA--G-T--AATTG-CTTAACAATTTGAACTT-
65 AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *** * * * * *
6515140 ATTTAGCAACCAACTGAAA-TAATTGTTTTATGA-C-AAAAGGTCA-TAATGATTTGAAAA
129 A-TTAG-TA--AAC--AAATTTATT-TTTTA-AATCTTTTA-CTTATTAAT-TTTTGGAAT
** * * * * * * * *
6515197 AGTTAATCGTTCATATAGTCTTAATTT-TTT-GAACAACATTG---GCA-A-ACAGATTTATTTT
1 A-TTAA---TAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAAAAAC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *** * * * **
6515255 -T--TAAATCTCCTA-GTTATTAATTTTTG--A-A-AT-ATTATT-AAATTAGT-ATTATTTTAT
60 ATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ACTAT
** * * * *** * *
6515309 TCCAAGTGGACTATA-TAAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAA-C-AAAAGGTTA-TAATGAT
120 TTGAACTTGA-T-TAGTAAAC---AA-ATTTATTTT-T--TA-AATCTTTTA-CTTATTAAT-TT
*
6515370 TTGAAAT
173 TTGGAAT
* * * * ** * ** * * * * ***
6515377 AGATAATTACTCGAGTAAGA-ATTGGTTCTATAAATAGTTTTCTTTTTTAAATCTCTTATTTACT
1 A-TTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGA-AAA-A-----CTTGTATGAA-----TAGAAAC-
* * * * * * * ** ** * ** * *
6515441 AATTTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAA-A-
51 AATTGTTTTATGACA-AAACAAA--AG-GTCATAATATTTGAAATA-GATAAT-TGTTCAAATAG
* * *** ** * * *** * * ** *
6515503 ACAATTACT-TTATGACAAAGGAAAAGTTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
110 TC-ATAACTATT-TGA-ACTTGATTAG-T-A-AACAAATTT--ATTTTTTAAATCTTTTACT---
6515566 TA-TAATTATTT-GAACT
164 TATTAATT-TTTGGAA-T
* * * * * * ** *
6515582 GATTTGATAAACT-GATTTTTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTTTGAAATATTAATA-AAGTA
1 -A-TTAATAAATTAG-TATTATTTT--ATTTCGAA------AAACTTG---TATGAATAGAA--A
* * ** * * **
6515645 -ATATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTAAGAATTGG-AATAATTATTT--TAT-GAT-A--GAA
50 CA-ATTGTTTTA---T-GACAA-A--ACAA-AA--GGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *** *
6515702 CAAA-AGGTTATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTAAA-CTTTT
103 CAAATA-GTCATAACT-ATTTGAACTTGATTAGTAAACAAAT-TT-AT---TTTTTAAATCTTTT
* * **
6515764 TCGATAAGCAAAGTTATTT----T
161 AC--TTA-TTAA-TT-TTTGGAAT
* ** * * * **
6515784 -TTAA-AATTTTTTATTAATTT-TTT-G---AA--TGT-T-AATA-AAATAA-TATTTTATTTCG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-
* ** * ** ** * * * * *
6515836 AATA-AGCATGT-ATAA-ATTAAAACAACTATTTTATGAGTTAACCAAA-AGGTTAGAA-GATTT
65 AAAACAAAAGGTCATAATATT-TGA-AA-TAGATAAT-TGTT---CAAATA-GTCATAACTATTT
* * * * *** * ** * * * ** * * **
6515896 GAAATAG-CTAATTGTCATAA-CTATTTGAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTTAA-
122 GAACTTGATTAGTAAACA-AATTTATTT--TTTAAATC-TTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * ** *
6515955 ATCT--TTACTTATTATT-TTTTGGAATTT-TAATAAA-TTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGT
1 AT-TAATAAATTAGTATTATTTT---ATTTCGAA-AAACTT-GTATGA----A-TAGAAACAA-T
* * * *** * * * *
6516015 T-TTTTTTGTACAAAA-ATAATTGGTTTATGTCAA-A-ACCAAAGATCATAACAAT-TTGAAAT-
54 TGTTTTATG-ACAAAACA-AA-AGG-TCA--T-AATATTTGAAATA-GAT-A-ATTGTTCAAATA
* * * * ** ** * *
6516074 G-AATAATTGTTT-AA--AGAGTTA-T-AAC-TCTTTGAAAATGTTTAGAAAACATATTTA-TTT
109 GTCATAACTATTTGAACTTGA-TTAGTAAACAAATTT----AT-TTTTTAAATC-T-TTTACTTA
*
6516131 TTAAAATTTTT--ACTT
166 TT--AATTTTTGGA-AT
* *
6516146 ATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAA
1 ATTAA------TAA-ATTAGT--A-TT-----ATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAA
* * * * * * * *
6516210 CCAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAGTGTTTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT-A
49 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
6516274 TAACTATTTTAGCTTG-TTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGG
113 TAACTATTTGAACTTGATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
6516338 AAT
177 AAT
* * * * *
6516341 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTGTTTTATTA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * ** * *
6516405 CAAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTACTGAAATAAACATGACTATTTCAAC
64 C-AAAAC-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * ***
6516470 TT-ATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTCAAAAT
126 TTGATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * *
6516524 ATTCAT-AATTAATTTTATTTTAATTT-GAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
6516587 CAAATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAAC-
64 CAAA-ACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
6516648 TGGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT--AAT
127 TGATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAAT
* * * * *
6516702 ATTAATAATTTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** ** * * * * * **
6516766 CAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCTAATAGATAATTATTTAAATAATTATAATTATTCAAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
6516831 G-TTCGGTAAACATATTT-TTTTTGAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAAT
128 GATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * * *
6516882 ATAAATGAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAACTA-AAACAAATCTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
6516946 CAAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTA
64 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
6517011 G-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTAGAAAT
128 GATT-AGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * ** * *
6517063 ATTAATAAATAAGTATTATTTTA-ATCCAAATAAGGTTGTACAAATAGAAAAAATTGTTTTATAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * *
6517127 TAGGACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
64 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * ***
6517192 G-TTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAAT
128 GATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * *
6517240 ATTAATAGATT-GCTATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
6517304 TAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAA-TT
64 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * *
6517368 GGTTAGGTAAACAAAAATAGTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
128 GATTA-GTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * * *
6517423 ATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TTCCAAATAAGCTAGTATAAATTG-AA-ATTTCGTTTTTTG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATG
* * * * * * ** *
6517485 CCAAATCAAAAGGTCATAACATTGTGAAATAGACAATTATTCATATAGTTTTAAATATTTGAA-T
63 ACAAAACAAAAGGTCATAATATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * ***
6517549 TGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAATTATCTTAGTTATTAATGTTCAAAAT
127 T-GATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * * * * *
6517602 ATTATTATATTAGTATTATTTTATTTAGAATAATCTTGTATGAACAGAAATACTTGTATTGTGGC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * ** * *
6517667 AGAA-AAAAGTTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTAAAATAACCATAATTATTTGAACTAG
65 AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
6517731 -TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAAG
129 ATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * ** * *
6517778 ATTAATAAATTAGTATTAGTTTA-TT-GTAAATGAGCTTAAATG-ATA-AAAGAAATTTGTTATA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AAA--AACTTGTATGAATAGAAA-CAA-TTGTTTTA
* * * * * * * * *
6517839 TGACCAAACAAACGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTAGAA
61 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** *
6517904 --TGATTTGGTAAACAGATTCA-CTTTTAAA-CAGTTACTTAATAATTTTTGCG-AT
125 CTTGA-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-GAAT
* * * * * **
6517956 ATCAATATATTTGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGACCT-GAAATGATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
6518019 ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAATTATTTGAAC-
63 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** *
6518083 TGATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAT
127 TGATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * *
6518137 ATTAATAAATTATTATTGTTTTATTTC-AAATAAGTTTTGATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AACTTGT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * *
6518200 ATAAAAC-AAAGTGTCATAAGGATTTTAAATATACAATTGTTTAAATAATCGTAACTATTTAAAT
63 ACAAAACAAAAG-GTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * * *
6518264 TTG-TTCAAAAAACACATTT-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTGAAAT
126 TTGATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * * *
6518317 ACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAGCAATTATTTTATAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAAAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * *
6518381 CAAAATAAAATCTCATAATGATTTTAAATAGTTAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
6518446 -ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTTGAAT
128 GATT-AGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * **
6518499 GTTAATATATTAAG-ATTATTCTATTTGGAATAAGCTTGTATG-ATATGAAACAAATAATTTATG
1 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATG
* *** * * ** **
6518562 ACTAAA-AAAAGGTTGGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAACT
63 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
6518626 GGATT-GCCAAAC--A--T-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAAT
127 TGATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * *
6518673 ATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAAGAATT-TTTTATA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT-
* * * * * *
6518735 AAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AAC
62 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
6518799 -TGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAAT
126 TTGATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* *
6518853 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAACTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-A-AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
6518916 AAAAAAATAAAAGGTCATAGCGATTTTAAAAAGACAATTGTTCAAATA-ACAATAACTATTTGAA
63 -ACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA
* * **
6518980 CTTG-TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATT-ATTTTTTTAAT
125 CTTGATTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * *
6519035 GTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAATTGCTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
6519098 CTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATATGAAC
64 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAAC
* * * * *
6519161 -TGTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAT
126 TTGATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * ** * * *
6519215 ATTATTAAATTTGTATTATTTTA-ATCCAAACAAGCTTGTACAAACA-AAAAAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
6519278 CAAAACAAATGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-T
64 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** ** * * * * * * *
6519342 GGTTCAACAATTAGATTTATCTTTT-AATTTTCTTGCTTATAAAATTTTGAAAT
128 GATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * *
6519395 A-AAATTAAATTAATATATATTTT-TTT-GAATTAAA-TAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGAT
1 ATTAA-TAAATTAGTAT-TATTTTATTTCGAA--AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * **
6519456 GACAAAACAAAAAGTTATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCATGTAGTCA-AATCTATTTGAA
62 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA
* * * * * * * * * * **
6519520 ATGGTTTGGTACATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAAT
125 CTTGATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * *
6519575 ATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGCTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * *
6519640 AAAACAAAAAATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTAGAA-TTG
65 AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * ** * * *
6519704 GTTTGGTAAGTAGAA-TTATTTTTTAAATC---TACTTATAAAATTTTGAAAT
128 GATTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * * *
6519753 ATTAACAATTTTA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAGCT-TAAATAATTATTTTAT
1 ATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTC-GAA-AAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
6519815 GACAAAACGAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAA-
62 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * ***
6519879 TTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATGAATTTTCAAAAT
126 TTGATT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
** * *
6519933 ATTTTTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
6519997 TAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTAAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
6520062 GTTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAAT-TGCTTACTTATTAATGTTTT-GAAT
128 GATTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAAT-TTTTGGAAT
* * * * *
6520115 GTTAATAAATTAGCATTATTTAATTT-TAAATAAGCTTGTAT-AAGCT-GAAATAATTGTTTTAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * **
6520177 GAC-TAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAC
62 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
6520241 TGGATTGGTAAAGCATATTTATTTTTTA
126 TTGATTAGTAAA-CAAATTTATTTTTTA
6520269 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 6191, Mismatches: 1506, Indels: 1173
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
157 3 0.00
158 81 0.01
159 26 0.00
160 6 0.00
162 1 0.00
163 12 0.00
164 4 0.00
165 5 0.00
166 1 0.00
167 2 0.00
168 5 0.00
169 9 0.00
170 19 0.00
171 108 0.02
172 32 0.01
173 29 0.00
174 83 0.01
175 116 0.02
176 188 0.03
177 287 0.05
178 502 0.08
179 725 0.12
180 1337 0.22
181 1317 0.21
182 573 0.09
183 215 0.03
184 8 0.00
185 4 0.00
186 4 0.00
187 109 0.02
188 7 0.00
189 23 0.00
190 18 0.00
191 15 0.00
192 1 0.00
193 3 0.00
194 14 0.00
195 22 0.00
196 15 0.00
197 22 0.00
198 23 0.00
199 11 0.00
200 16 0.00
201 19 0.00
202 14 0.00
203 10 0.00
204 23 0.00
205 46 0.01
206 29 0.00
207 9 0.00
208 16 0.00
210 10 0.00
211 3 0.00
212 7 0.00
213 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGAT
TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
Found at i:6512246 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6511804--6515122 Score: 1742
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 181
6511794 CTACCTATTA
* * * * * *
6511804 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTGGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
* * * *
6511869 AAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATATTTGCTT-AAACAAG-CATAACTATTTGAAC
66 -AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
6511932 TTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTTTTGGAAT
128 TTGTTTAGAAAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * **
6511986 ATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCGAA-AACACTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
* ** * *
6512049 CAAAACAAAAGGTCATAACTTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
65 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
6512114 GTTTAGAAAATAGATGTA-TGTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
130 GTTTAGAAAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
6512164 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
* * *
6512228 CAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTT
65 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * *
6512293 GTTCA-ATAAATTGAT-TCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGAAAT
130 GTTTAGA-AAACAGATGT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
6512345 ATTAATAAATTATTATTATTTTCTTTTGAATAAGC--ATATGAACT-GATATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGA
** * * ** * *
6512407 TGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACTT
65 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * **
6512472 GTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTGTCAAAAT
130 GTTTAGAAAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
6512524 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-ACA--ATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATA-ATTATTTTATGA
* * ** * * * * *
6512585 CAAAAGAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCCTAATTATTTGAATT
65 CAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
6512650 TATTT-GATAAACA-AAGTTATTTTTTAAAATATTTTACATATTGATTATTTG-AAT
129 TGTTTAGA-AAACAGATG-TATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAAT
* * * *
6512704 ATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
* * * * * *
6512768 TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTT
65 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
6512833 GTTCA-ATAAACAAAT-TCAATTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGACAT
130 GTTTAGA-AAACAGATGT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** * * ** * * * **
6512881 ATTAATAAATTAGAATTATGCTATTAT-GAATAA-ATTAT-TTTATGGCAA-AA-CAAATTAT--
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
* ** * * * * * * **
6512939 CATAACAATTTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTTATTGAACT-GTTTTAGTAC-A
65 CAAAACAA-AAGATCAT-AACAA-T-TTGAAATAG--ATAA-TTGTTCAAATAGTCATA--ACTA
* * * ** * *
6513001 -CTG-ATTTATTT--ATTA-A-ATCTCTTTTTT-AA---TTT--TTA--A--------AAT
121 TTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * * *
6513040 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACA-AAGACATTTGTTATATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ATAATTATTTTATGA
* ** * * * * * * *
6513104 CAAAACAAAA-AGTTATAATGATTTGAAATACATAATTATCCATATTGTCTTAACTATTTAAACT
65 CAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * *
6513168 GGTTCA-ACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAAT
129 TGTTTAGA-AAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * * * * * *
6513221 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
6513286 AAAACAAAA-AGTTATAACGATTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAC-T
66 AAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * **
6513349 GGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTGAAAT
130 GTTTAGA-AAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * *
6513402 ATTAATAAATTAGTATGATTTTATTTCAAAT-AGTCTAGCATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATG
* * ** * * * * * *
6513465 ACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGATC-
64 ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ***
6513529 TGATTT-GATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTGAAAT
129 TG-TTTAGA-AAAC-AGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAAAT
* * * * * * * * *
6513583 ATTAACAAAGTAATATTATTTTATTT-GGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
* ** * * * *
6513647 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCACTTGAACTTG
66 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * *
6513712 TTCGGTAAACAGACT-TATTTTTTAAAAT-TTCTTGCCTATTAATTTTTTG-AAT
131 TTTAGAAAACAGA-TGTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAAT
* * * * * * * *
6513764 GTTAATAAAAT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATTTTATTA
1 ATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
* * * * * * *
6513828 CTAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAT-ATTCACTATTTTAAC
65 CAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * * * * *
6513892 TGGTTCAGCAAA-TGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAAT
128 TTGTTTAGAAAACAG-ATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* ** * * * * * * *
6513946 ATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGATTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
* ** * * * * * *
6514011 AAAATAAAA-ATCATAATGATATGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTGG
66 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
6514075 TTTAGTAAATAGATTTAATTTTTAAA---TGT-CTTATTAGTTTTTGAAAT
131 TTTAGAAAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
6514122 ACTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT-GTATGAATAGAAATAATTATTTTATG
* * * *
6514185 ACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATTA-ACATGATTATTTGAA
64 ACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAA
* * * * **
6514248 CTT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAAT
127 CTTGTTTAGA-AAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * * **
6514303 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
* * ** * * * * * **
6514368 AAAATAGAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAACTCA
66 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* ** * *
6514433 CTCGGTAAACAAAT-T-TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTTTTGAAT
131 TTTAGAAAACAGATGTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GA------AAT
* * * * * *
6514490 TTTCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGA-TTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT-ATTTTATGA
* * *
6514554 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG---T--C-A---GAACAT
65 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
6514610 GTTCAGAAAA-AAATTTTATTTTTTAAGT-TTTTACTTCTTAATTTATGGAAT
130 GTTTAGAAAACAGA-TGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
6514661 ATTAATAAATT--TAAATATTTGTA-TTCAAAATAAGCTTGCAT-AAGA-AAAGCCAATTTTTTT
1 ATTAATAAATTAGT-ATTATTT-TATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA--TAATTATTTT
* * * *** * * * * *
6514721 ATGACAAAATAAATGGTCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTACTT-AGACAGTCATAACTATTTA
61 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * * * *
6514785 AACTAATTCAGTAAACAGAATCT-TTTTTTAATTATCTTACTCATTAA-TTTTGGAAT
125 AACTTGTTTAGAAAACAG-ATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * *
6514841 ATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGC-T-TATCGAATTGAAACATTTGTTTTATTA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAATAATTATTTTATGA
* * ** * * *
6514904 CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAGTT
65 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * * **
6514969 GCTCGGTAAACATG-TTTATTTTTTAAGTCTTTTAGTTATTAATTTTCAAAAT
130 GTTTAGAAAACA-GATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * *
6515021 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
* *
6515086 AAAGTA-AAAAG-TCAAAACAATTTAAAATA-AGTAATTG
66 AAA--ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTG
6515123 CTTAACAATT
Statistics
Matches: 2430, Mismatches: 535, Indels: 345
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.00
159 34 0.01
160 15 0.01
161 7 0.00
162 9 0.00
163 6 0.00
164 5 0.00
165 18 0.01
166 2 0.00
167 1 0.00
169 11 0.00
170 13 0.01
171 89 0.04
172 9 0.00
173 8 0.00
174 12 0.00
175 15 0.01
176 89 0.04
177 105 0.04
178 92 0.04
179 424 0.17
180 426 0.18
181 641 0.26
182 215 0.09
183 85 0.03
184 1 0.00
187 95 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTTAGAAAACAGATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
Found at i:6512612 original size:358 final size:354
Alignment explanation
Indices: 6511804--6515099 Score: 2117
Period size: 358 Copynumber: 9.2 Consensus size: 354
6511794 CTACCTATTA
* * ** * * * * * *
6511804 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTGGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGAC
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAA---TTTTATGAC
* * *
6511869 AAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATA-AATATTTGCTT-AAACAAG-CATAACTATTTGA
63 AAAAAAAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGAA-AATTG-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
6511930 ACTTGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAA
123 ACTTG-TTCAGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATATCTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * *
6511994 ACTAGTATTA-TTTATTTCGAAA-ACA-CTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACA
185 ATTAGTATTATTTTATTT-TAAATA-AGC--ATATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * * *
6512056 AAAGGTCATAACTTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGA
245 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * *
6512121 AAATAGATGTA-TGTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
310 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * ** * *
6512164 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC-A--ATTTTATGAC
* ** *
6512229 AAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTT
63 AAAA-AAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * *
6512293 GTTCAATAAATTGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAT
127 GTTCAGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATATCTTACT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * **
6512358 TATTATTTTCTTTTGAATAAGCATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCAT
190 TATTATTTTATTTTAAATAAGCATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * *
6512423 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATT
254 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT
* * * * *
6512488 TATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTGTCAAAAT
319 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* *
6512524 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTATGACAAA
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTTTATGACAAA
* * * * *
6512589 AGAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATTGTCCTAATTATTTGAATTTAT
66 A-AAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * *
6512653 T-TGATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATATTTTACATATTGATTATTTG-AATATTAATAAATTT
129 TCAG-TAAACAGA-TTATTTTTT-AAATATCTTAC-TATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
6512716 GTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
189 GTATTATTTTATTTTAAATAAGC--ATATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
6512781 TATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTTGTTCAATAAACAA
251 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * *
6512846 ATTCAATTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGACAT
316 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * ** *
6512881 ATTAATAAATT-AGA--A--TT-ATGC---T-A---T-TATGAAT--AAATTATTTTATGGCAAA
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTTTATGACAAA
** ** *
6512930 ACAAATTA-TCATAACAATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TATTGAAC-TG
66 A-AAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTG
* * * * * * * *
6512991 TTTTAGTACACTGATTTATTTATTAAATCTCTT--TTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT
128 -TTCAGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATATCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * ** * * * *
6513054 ATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAGACATTTGTTATATGACAAAACAAAAAGTTA
191 ATTATTTTATTTTAAATAAGC--ATATGAATGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * * ** *
6513119 TAATGATTTGAAATACATAATTATCCATATTGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAATAAAT
253 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAAT
* * * *
6513184 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAAT
318 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *** *
6513221 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG-A-ATAAA-AACAATTTTATGAC
* * * * * * * * *
6513286 AAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACTGG
63 AAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* *
6513351 TTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
128 TTCAG-TAAACAGA-TTATTTTTTAAATATCTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
6513415 TATGATTTTATTTCAAATAGTCTAGCATGATGAA--AAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGT
190 TATTATTTTATTTTAAATA----AGCAT-ATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * * *
6513478 TCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGATC-TGATT-TGATAAA
250 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAA
* *** *
6513541 CTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTGAAAT
313 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTAAAAT
* * *** * ** *
6513583 ATTAACAAAGTAATATTATTTT-ATTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAA---TTTTATGAC
* * * * * * *
6513647 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCACTTGAACTTG
63 AAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
6513712 TTCGGTAAACAGACTTATTTTTTAAAATTTCTTGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAAT-
128 TTCAGTAAACAGA-TTATTTTTT-AAATATCTT-ACTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
6513775 GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATTTTATTACTAAACAAAAAG
189 G-TATTATTTTATTTTAAATAAGCA--TATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * * * * *
6513840 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAT-ATTCACTATTTTAACTGGTTCAGCAAA
249 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA
*** * *
6513904 TGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
313 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* ** ** * * * * *
6513946 ATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGATTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACA--ATTTTATGAC
* * * * * * * *
6514011 AAAATAAAAA-TCATAATGATATGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTGG
63 AAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
6514075 TTTAGTAAATAGATTTAATTTTTAAATGTC-T--TATTAGTTTTTGAAATACTAATAAATTAGTA
128 TTCAGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATATCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* ** * *
6514137 TTATTTTATTCTAAATAATTTAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
192 TTATTTTATTTTAAATAA-GCA-TATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
6514202 AACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATTA-ACATGATTATTTGAACTTATTC-GATAAACAA
254 AACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAA
** *
6514264 ATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAAT
316 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * *
6514303 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TTACAA
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-TTATGACAA
* * * * *
6514367 CAAAATAGAAGATCATAATGATTTGAAATA-AATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAACT
65 -AAAA-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*** * * * *
6514431 CACTCGGTAAACAAATT-TTTTTTAAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTTTTGAATTTTC
126 TGTTCAGTAAACAGATTATTTTTTAAATATC--TTAC-TATTAATTTTT-GA------AATATTA
* * * *
6514494 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAA
181 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC--ATATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
6514559 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG---T--C-A---GAACATGTTCA
243 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * **
6514615 G-AAAAAAATTTTATTTTTTAAGT-TTTTACTTCTTAATTTATGGAAT
308 GTAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * *
6514661 ATTAATAAATTTAA-A-TATTTGT-ATTCAAAATAAGCTTGCAT-AAGAAAAGCCAATTTTTTTA
1 ATTAATAAA-TTAATATTATTT-TAATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAA-ACAA---TTTTA
* ** * * * * * * *
6514722 TGACAAAATAAATGGTCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTACTT-AGACAGTCATAACTATTTAA
59 TGACAAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * *
6514786 ACTAATTCAGTAAACAGAATCT-TTTTTTAATTATCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAA
123 ACTTGTTCAGTAAACAG-AT-TATTTTTTAAATATCTTACT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * *
6514849 ATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATCGAATTGAAACATTTGTTTTATTACAAAAGAAAA
185 ATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCATAT-GAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * *
6514914 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAGTTGCTCGGTAAA
248 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA
** * * *
6514979 CATGTTTATTTTTTAAGTCTTTTAGTTATTAATTTTCAAAAT
313 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * *
6515021 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAA---TTTTATGA
**
6515085 CAAAGTAAAAAGTCA
62 CAAAAAAAAAAGTCA
6515100 AAACAATTTA
Statistics
Matches: 2301, Mismatches: 477, Indels: 316
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
335 6 0.00
336 134 0.06
338 2 0.00
339 9 0.00
340 79 0.03
341 22 0.01
343 7 0.00
344 1 0.00
345 2 0.00
346 2 0.00
347 1 0.00
348 1 0.00
349 5 0.00
350 60 0.03
351 37 0.02
352 2 0.00
353 2 0.00
354 13 0.01
355 9 0.00
356 23 0.01
357 192 0.08
358 387 0.17
359 307 0.13
360 222 0.10
361 233 0.10
362 231 0.10
363 166 0.07
364 37 0.02
365 10 0.00
366 2 0.00
367 3 0.00
368 93 0.04
369 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTTTATGACAAA
AAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
AGTAAACAGATTATTTTTTAAATATCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTAAATAAGCATATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT
TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
Found at i:6512834 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 6511517--6527922 Score: 3708
Period size: 541 Copynumber: 30.3 Consensus size: 535
6511507 GAAAAAACTG
* * * * * * *
6511517 TTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAAAGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATACCTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTAT
* * * * * * *
6511581 TT-AAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TT-TTCAA------AATATTA
66 TTGAACTTG-TTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAATATTA
* * ** * * * * *
6511637 ATAAAAGTAGTATTATTTTATTCTG-AATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
129 AT-AAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAA
* * * * * * * *
6511701 AACAAAAGCTCATAACGAA-TTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGT
192 AACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGT
** * * * *
6511765 TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC---CT-A---TT---A-ATTAATAAATTAGTA
256 TCAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
6511819 TTATTTTATTTTGAATAAACTGGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAAACAAAAGATCA
321 TTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATAT-GA-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCA
* * * * * *
6511884 TAACTATTTGAAATAAATATTTGCTT-AAACAAG-CATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAA
381 TAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT
* * * * * *
6511947 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTT
444 ATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
* *
6512011 CGAA-AACACTTGTATGAATAGAAATAAT
508 CGAATAA-ACTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * *
6512039 TGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-TTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 T--TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAAC
* * * * *
6512103 TATTTGAACATGTT-TAGAAA-ATAGATGTA-TGTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
63 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAG-T-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* * * *
6512164 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
125 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAT
** * * * *
6512229 AAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTG
190 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGG
* * * * *
6512294 TTCAATAAATTGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATT
255 TTCAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * ** *
6512359 ATTATTTTCTTTTGAATAAGCATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATA
320 ATTATTTTCTTTTAAATAAGCATATGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* ** * *
6512424 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTT
383 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTT
* **
6512489 ATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAA
448 ATTTTT-AAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAA
* *
6512554 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAA-
512 TAAACTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * *
6512577 TTTTATGACAAAAGAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCCTAATTA
1 TTTTATGACAAAA-CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* * * * * *
6512642 TTTGAATTTATTTGATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATATTTTACATATTGATTATTTGAATATT
65 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATT
* * *
6512707 AATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGATAAA
128 AATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAA
* * * *
6512772 ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTTGTTC
193 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTC
* * * *
6512837 AATAAACAAATTCAATTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAGAATT
258 AATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * **
6512898 A--TGC---T--AT-----TATG-A-ATA-AATTATTTTATGGCAAAACAAATTATCATAACAAT
323 ATTTTCTTTTAAATAAGCATATGAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * *
6512948 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TATTGAAC-TGTTTTAGTACAC-TGATTTAT
388 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTG-TTTAGTAAACAT-ATTTAT
* * * * * *
6513010 TTATTAAA-TCTCT-TTT-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACA
450 TT-TTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATA
* * * *
6513072 AACTTATATGAACAAAGACATT
514 AACTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * * * *
6513094 TGTTATATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATACATAATTATCCATATTGTCTTAACT
1 T-TT-TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
* * * * * * * *
6513159 ATTTAAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAT-AATAT
64 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TGAATAT
* * * ** * * * * *
6513223 TATTAGATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTATGATAA
127 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAA
* * * * * * * * *
6513288 AACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACTGGTT
192 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
* * * *
6513353 CGATAAAC-ATATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
257 CAATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
6513417 TGATTTTATTTCAAATAGTCTAGCATGATGAA-AAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGTTCA
321 TTATTTTCTTTTAAATA----AGCAT-ATGAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
** * * * * * *
6513481 TAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGATC-TGATTT-GATAAAC-T
381 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAAACAT
* *** * * *
6513543 AATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTT-TCAATTTTTGAAATATTAACAAAGTAATATTATTTT-A
444 -ATTTA-TTTTTAAATTTTTTA-TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * * * **
6513606 TTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATT
506 TTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAA-T
* * * * * *
6513637 GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* * * * * * *
6513702 CTTGAACTTGTTCGGTAAACAGACTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGCCTATTAATTTTTTGAATGT
65 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATAT
* * * * *
6513766 TAATAAA-ATGATATTATTTTATTTTG-AATAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATTTTATTAC
127 TAATAAATTTG-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-
* * * * *
6513829 T-AAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAT-ATTCACTATTTTAAC
189 TAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTAAAC
** * * * **
6513892 TGGTTCAGCAAA-TGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGT
252 TGGTTCAATAAACT-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * * *
6513955 TTAGCAATATTTTAC-TTCAAATAAG-ATTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAA
315 TTAGTATTATTTT-CTTTTAAATAAGCA---TATG-A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * * * *
6514018 AA-ATCATAATGATATGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTGGTTTAGTA
374 AAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA
* * * * * * *
6514082 AATAGATTTAATTTTTAAA---TGT-CTTATTAGTTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTT
439 AACATATTT-ATTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* *
6514143 T-ATTCTAA-ATAATTTAGTATGAATAAAAACAATT
503 TAATTCGAATA-AACTT-GTATGAATAAAAACAA-T
* ** * ** * *
6514177 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATTAACATGATTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* * **
6514242 TTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTA
65 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTA
* * * * ** *
6514307 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAA
129 ATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAA
* * * ** * * * * *** *
6514372 TAGAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAACTCACTCG
194 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCA
* * * * *
6514437 GTAAACAAATT--TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTTTTGAATTTTCATAAAT
259 ATAAACTAATTCATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GA------AATATTAATAAAT
* * * * *
6514500 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAG
316 TAGTATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATAT-GA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
6514565 GTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG---T--C-A---GAACATGTTCAG-AAAA
377 ATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
* * * * * * *
6514620 AAATTTTATTTTTTAAGTTTTTACTTCTTAATTTATGGAATATTAATAAATTTAA-A-TATTTGT
442 ATA-TTTATTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTT-T
* * * * *
6514683 -ATTCAAAATAAGCTTGCAT-AAGAAAAGCCAATTT
504 AATTC-GAATAAACTTGTATGAATAAAA-ACAA--T
* ** * * * * **
6514717 TTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTACTT-AGACAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATTGTCATAACTA
* ** * * * * *
6514781 TTTAAACTAATTC-AGTAAACAGAA-TCT-TTTTTTAATTATCTTACTCATTAATTTTGGAATAT
65 TTTGAACTTGTTCGA-TAAACA-AAGT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATAT
* * * * * * * *
6514843 TAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGC-T-TATCGAATTGAAACATTTGTTTTATTACA
127 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTATTTTATGATA
* ** * * * * * *
6514906 AAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAGTTGC
191 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGT
** * * * * * ** *
6514971 TCGGTAAAC-ATGTTTATTTTTTAAGTCTTTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT
256 TCAATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** ** * *
6515035 ATTATTTTAATCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAGTA-AAAAG-T
320 ATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATG-A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAAGAT
* * * * * * *
6515098 CAAAACAATTT--AA-A-ATAA--G-T--AATTG-CTTAACAATTTGAACTTATTTAGCAACCA-
379 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT
* * ** ** * * ** *
6515152 ACTGA--AAT-AATTGTTTTATGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAGTTAAT-CGTTCATA-
444 ATTTATTTTTAAATT-TTTTAT----TTA--T--TAAT-TTTTGAAATA-TTAATAAATTAATAT
* * * *
6515212 TAGTCTTAATTTTTTGAA-CAACATTG---G----CAAACAGAT
498 TA-TTTTAA---TTCGAATAAAC-TTGTATGAATAAAAACA-AT
*** * **** * * * * ** *
6515248 TTATT-TTTTAAATCTCCTAGTTATTAAT-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 TT-TTATGACAAAACAAAAAGTCA-TAATGATTTGAAATA-GA-T-AATT-GT-TCAAATT-GT-
* * * ** *
6515311 CAAGTGGACTATATAAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
57 C-A-T-AACTAT-T----T-GAAC---T-TGTT-CGATA-AAC-AAA-GTTAT--T--TTTTAAA
* * * * ** * ** * ** * *
6515376 TAGATAATTACTCGAGTAAGAATTGGTTCTATAAATAGTTTTCTTTTTTAAATCTCTTATTT--A
101 T--CT-TTTACT-TATTAA-TTTTTG-AATATTAATA-AATT-TGTATT--AT-T-TTATTTGAA
* * * * * * * * ** *** *** *
6515439 CTAA-TTTTTTTAAATATTAATA-AATTAGTATGATTTTATTCCAAATAGG-C-T-TGTATGATG
154 ATAAGCTTGTATGAATA-GAA-ACAATTA-TTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAACAAT-TTG
* * * * * * * *
6515499 AAA-A-ACAATTACTTTATGACAAAG-GA-AA--AGTTCATAAC-GATT---TGAAA-TAGA-TA
214 AAATAGATAATT-GTTCA--A-ATAGTCATAACTA-TTTA-AACTGGTTCAAT-AAACTA-ATTC
* * ** * * * *** * *
6515552 ATTGTTCAAATGGCTATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTGATT-TTTTTTTAAATCTCTAA
271 ATTTTTTAAATCTCT-TACTTA-TT-AA-T-TTTTG--AAA-T-ATTAATAAATT-AGTAT-T-A
* ** * ** * * ****
6515616 CTTCTCAATTTTGAAAT-ATTA-ATAAAGTAATATTATT-TTATTTTGGATAAGATTTTAAGAAT
324 -TTTTC--TTTT-AAATAAGCATATGAAG-AA-ACAATTGTT-TTAT-GACAA-AACAAAAG-A-
* ** * * * ** ** * **
6515678 TGGAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAAT-GATTTTAAATAGAT-AA-TTGTTCA
378 T--CATAACAATTTGA-AATAG-A-TAATTGTTCA-AATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTT--
*
6515739 AATATTCATAAC-TATTTAAACTTTTTCGATAAGCAAAGTTATTTTTTAAAATTTTTTATTAATT
434 --TAGT-A-AACATATTT--A--TTTT---T-----AA---ATTTTTT---A---TTTATTAA-T
* * * * * * *
6515803 TTTTG-AATGTTAAT-AA--AATAATATTTTATTTCGAATAAGCATGTATAAATTAAAACAACT
473 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAA-T
** * * * * *
6515863 ATTTTATGAGTTAACCAAAAGGTTAGAA-GATTTG--A-A-AT-A--G--CTAATTGTCATAACT
1 -TTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
*** * * * * *
6515918 ATTTGAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATC-TTTACTTATTATTTTTTGGAATTT
64 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAT
* * * * * * * * * * **
6515982 TAATAAATTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGTTTTTTTTGTACAAAAATAATTGGTTTATG-TC
127 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAT-
* * * * * * *
6516046 AAAACCAAAGATCATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGTTTAAAGAGTTATAACTCTTTGAAAAT
190 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACT
* * * * * *
6516110 -GTTTAGA-AAAC-ATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAAT
253 GGTTCA-ATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAA
* * * * * * *
6516171 TTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATAACAAAATAAAA
315 TTAGTATTATTTTCTTTTAAATAAGCAT--ATG-A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* **** * * * * *
6516235 GGTCATAGTGTTTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT-ATAACTATTTTAGCTTGTTCAGTAAA
376 GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * * * *
6516299 CATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
441 CATATTTATTTTTAAATT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * ** *
6516364 TTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTT
505 ATTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACA-AT
* * ** * *** *
6516396 GTTTTATTACAAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTACTGAAATAAACATGAC
1 -TTTTATGAC-AAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAAC
* * * * * * ***
6516461 TATTTCAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTCAAAATAT
63 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATAT
* ** * * * * *
6516526 TCAT-AATTAATTTTATTTTAATTTG-AATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
127 TAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATA
* *
6516589 AATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGG
191 AA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGG
* * * * * *
6516651 TTCGACAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT--AATATTAATAATTT
255 TTCAATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
6516713 TGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGG
317 AGTATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATG-A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* * * ** * * * * * ** **
6516778 TTATAGCGATTTCTAATAGATAATTATTTAAATAATTATAATTATTCAAACTTGTTCGGTAAACA
378 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * * * * ** *
6516843 TATTT-TTTTTGAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATAAATGAATTGGTATTATTTTATT
443 TATTTATTTTT-AAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * *
6516907 TCAAATAAAATTATATGAACT-AAAACAAAT
507 TCGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAAC-AAT
* * * * *
6516937 CTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATGACT
1 -TTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
* * * * * * *
6517001 ATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTAGAAATAT
64 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
** * ** * ** * * * *
6517065 TAATAAATAAGTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTGTACAAATAGAAAAAATTGTTTTATAATAG
127 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAA
* * * * * *
6517130 GACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
192 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
** * * ** *
6517195 TGATAAA-TAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATT-GCT
257 CAATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-T
* * * * * * * *
6517254 ATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCA
320 ATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATG-A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * *
6517319 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAAA
381 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAAC---
* * * * ** *
6517383 AATAGTT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTT-A
442 -ATATTTATTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * * * ** *
6517446 TTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAATTTC-GT
506 TT-CGAATAAACTTGTATGAA-T-AAA-AACAAT
* * * * * * * * ** *
6517479 TTTT-TGCCAAATCAAAAGGTCATAA-CATTGTGAAATAGACAATTATTCATATAGTTTTAAATA
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* * * * * * * ***
6517542 TTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAATTATCTTAGTTATTAATGTTCAAAATATT
65 TTTGAACTT-GTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTGAATATT
* * * * * * * * * * ** *
6517605 ATTATATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAATCTTGTATGAACAGAAATACTTGTATTGTGGCAG
128 AATAAATTTGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAA
* * * * * * ** * * *
6517669 AA-AAAAGTTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTAAAATAACCATAATTATTTGAACTAGTT
192 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
** * * *
6517733 TGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT
257 CAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * * *
6517794 TAGTTTATTGTAAATGAGCTTAAATGATA-AAAGAAATTTGTTATATGACCAAACAAACGGTAAT
322 TATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATGA-AGAAA-CAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * *
6517858 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTAGAA--TGATTTGGTAAACAGAT
382 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACATAT
* * *** * * ** * * ** *
6517921 TCACTTTTAAA-CAGTTACTTAATAATTTTTGCGATATCAATATATTTGTATTATTTT-ATTCCA
446 TTATTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CG
* * * ** *
6517984 AATAAGCTTGTATGACCTGAAATGATT
510 AATAAACTTGTATGA-ATAAAAACAAT
* * * * *
6518011 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAATT
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
**
6518075 ATTTGAAC-TGATTC-AGTAAACAAA-TTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAT
64 ATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAAAGTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* * * *
6518137 ATTAATAAATTAT-TATTGTTTTATTTCAAATAAG-TTTTGATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT
125 ATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGT-ATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT
** * * * * * *
6518199 GATAAAAC-AAAGTGTCATAAGGATTTTAAATATACAATTGTTTAAATAATCGTAACTATTTAAA
187 GATAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * *
6518263 TTTGTTCAAAAAAC-ACATT--TTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTGAAATACTAATAA
251 CTGGTTCAATAAACTA-ATTCATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * * * * *
6518325 ATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAGCAATTATTTTATAACAAAATAAA
314 ATTAGTATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** ** * * * * * **
6518390 ATCTCATAATGATTTTAAATAGTTAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCGGTAA
375 AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA
* * * ** * * * *
6518455 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAAGATTATT
440 ACATATTTA-TTTTT-AAATTTTTTATTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * *
6518519 CTATTTGGAATAAGCTTGTATG-ATATGAAACAAAT
502 TTAATTCGAATAAACTTGTATGAATA-AAAAC-AAT
* * * *** * * ** * **
6518554 AATTTATGACTAAA-AAAAGGTTGGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* ** * *
6518618 TTTGAACTGGATT-GCCAAAC--A--T-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATT
65 TTTGAACTTG-TTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * * * * *
6518676 AATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAAGAATT-TTTTATAAAAA
128 AATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTAT-GATA
* ** * * * *
6518739 AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AACTGAT
191 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGT
* * * *
6518803 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
256 TCAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * * * * *
6518868 TTATTTTATTCCATATAAACTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAATAAAAGGTCA
321 TTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATGAA--GAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGATCA
* * * * * * * * *
6518933 TAGCGATTTTAAAAAGACAATTGTTCAAATA-ACAATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAA
381 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAT
* * ** * * * *
6518996 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATT-ATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
444 ATTTA-TTTTT-AAAT-TTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * **
6519059 TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAACAAT
506 TTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * ** * *
6519088 TGCTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-
1 T--TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCA-TAAC
* * * * *
6519151 TCATATGAAC-TGTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAT
63 T-ATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* * ** * ** * * *
6519215 ATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTACAAACA-AAAAAATTATTTTATGAC
125 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAT
* ** * * * * *
6519279 AAAACAAATGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
190 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGG
* * * * * * * * * *
6519344 TTCAA-CAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGCTTATAAAATTTTGAAATA-AAATTAAATTA
255 TTCAATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTA
* * * ** * *
6519407 ATATATATTTT-TTTGAATTAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAA-AG
318 GTAT-TATTTTCTTTTAAATAAGCA-TATG-A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-
* * * * ** * * * * *
6519470 TTATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCATGTAGTCA-AATCTATTTGAAATGGTTTGGTACAT
378 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
* * * * * * * * *
6519534 AGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTAT
442 ATATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * * *
6519599 TTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAAT
506 TTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * * * *
6519629 TGCTTTATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATT
1 T--TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
* * * ** * *
6519694 ATTAGAA-TTGGTTTGGTAAGTAGAA-TTATTTTTTAAATC---TACTTATAAAATTTTGAAATA
64 ATTTGAACTT-GTTCGATAAACA-AAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * * * * * * *
6519754 TTAACAATTTTATTTTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAGCT-TAAATAATTATTTTATGA
126 TTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
6519817 CAAAACGAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAATTG
189 TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
** * * * * ** **
6519882 GTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTTTTAAATTA
254 GTTCAATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
6519945 GTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT
318 GTATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATG-A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * * *
6520010 TATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTAAACTTGTTTGGCAAACAT
379 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT
** * * **
6520075 ATTTATTTTTTTAAATTGCTTACTTATTAATGTTTTG-AATGTTAATAAATTAGCATTA-TTTAA
444 ATTTA--TTTTTAAATTTTTTATTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
** * * *
6520138 TTTTAAATAAGCTTGTAT-AAGCTGAAATA-ATT
506 -TTCGAATAAACTTGTATGAA--T-AAAAACAAT
* * * * * * **
6520170 GTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* *
6520234 TTTGAACTGGATT-GGTAAAGC--A--TA---TTT--A--TTTT--TTATT-A---TT-AA-A-T
65 TTTGAACTTG-TTCGATAAA-CAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATT
* * * * * * *
6520278 --T--A---GTATTATCTTAATATG-AATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAA
128 AATAAATTTGTATTAT-TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAA
* * * ** * * * **
6520335 AA-TAAAGATAATAATGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTTAAACTAAT
192 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGT
* * * *
6520398 T--A-AAA-TAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGT
256 TCAATAAACT-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
6520455 ATTATTTTATTCTAAATAATTCTGTATGAACAGAAACAAGTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
320 ATTATTTTCTTTTAAATAA-GC-ATATG-A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * * * * * *
6520520 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTTGTACATAGAT
381 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATAT
* ** ** *
6520585 TTATTTTTTAAA-TCTCCAACTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTC
446 TTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC
* *
6520647 TGAACAAATTTGTATGAATAGAAATA-ATTAT
509 -GAATAAACTTGTATGAATA-AAA-ACA--AT
* * * *
6520678 TTTTCTAACAAAAC-AAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
* * * * *
6520741 ATTTGAACGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGGAATAT
64 ATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAT
* ** * *
6520804 TAAT-AATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACAA
127 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAA
* * * * *
6520868 AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTT
192 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
* * * * * *
6520933 TAGTAAACTGATTCATTTTGTAAATCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTA
257 CAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* ** ** ** * *
6520997 TTATTTTGTTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATTCAATT-TTTTAAAACTAAACAAAAGGTCAT
321 TTATTTTCTTTTAAATAAG-C-ATATGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * *
6521061 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAA-ATATT
382 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATT
* * * * * *
6521125 TACTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATCTGTCAAAGT-TTAATAAATTAATATTATTTTAA-TCT
447 TA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-
* * *
6521187 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATT
509 GAATAAACTTGTATGAATAAAAACAA-T
* * * * * *
6521215 GTTTTAT-AAAAAACAAAAAGTCACAACT-ATTTGAACT---TATTTAG-T-AAATAG--AGTTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATTGTCA-TAA
* * * * *
6521271 -TTTTTTAA-TTGTTTGAATATTAATAAATATGTGCTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAAT
62 CTATTTGAACTTGTTCG-ATA--AA-CAA-A-GT--TATTTT-TT--AAAT---CTT-T-T-ACT
* ** * ** * * * ** *
6521334 AGAAAAAATTGTTT-TATAACAAAATAAA-ATG-A-TATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TT
110 --TATTAATT-TTTGAAT-A-TTAATAAATTTGTATTAT-TTTATTTGAAATA-A-GCTTGTATG
* * *** ** * **
6521394 AAGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
167 AA-TAG--A-AAC-AATT--A-TT-TT--AT-GATA-A---A---ACAAAAGGTCATAACAA--T
* * * * ** * * * *
6521459 TTGGAATA-TTAATAAG--CAAGAATTATGTTATTTCCA-ATAAACTTGTATGAATAAAAAC-AA
211 TTGAAATAGATAAT-TGTTC-A-AA-TA-GTCATAACTATTTAAACTGGT-TCAAT--AAACTAA
* * * *** * * *
6521519 TTGATTTGTGATAATAC-AAAAGATTA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCAT
268 TTCATTTTTTA-AAT-CTCTTA-CTTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAA----T-AAATTAGT-AT
* * * * * * * * * * * ** ** * * *
6521581 AACTAT-TTGT-ACT-AG--T-CG-GGCAACAGTT-TCATTTCTTA-AATTCATTA-CTGATTA-
322 TATTTTCTTTTAAATAAGCATATGAAGAAACAATTGT--TTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * *
6521635 ATTTTTAGAATA-TTAA--G---AAATTAG-CATTACTTTTTTTTGGAC-TGTATCAATAG-AAA
385 AATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAAC---TATTTGAACTTGT-T---TAGTAAA
***** * * *
6521691 CA-A-TTATTTTATGACAA-AACAAATGGTCA-TAATAATTTGAAATA--AATAATTGTTCAA-A
441 CATATTTATTTT-T-A-AATTTTTTAT--TTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAA--ATT-AATA
* * * * * * ***
6521749 -TA-GTT-ATACTAATTAAACTGGTTTAGTAATCAAATTTAT
497 TTATTTTAATTCGAA-TAAACTTGTAT-G-AATAAAAACAAT
*** *** *** * * * *
6521788 TTGTTAACTCTTTTACTTATTAATTTTCAAAAT-ATTAATAAAATA-ATATTATTTTATTCCAA-
1 TT-TTATGAC-AAAAC--A--AAAAGTCATAATGATT--TGAAATAGATA--A--TTGTTCAAAT
* * * * * ** * **
6521850 -G-CA-AACTTTTTTGAAAAAAACTTTTGTTTGAT-GACAAAACTTAAGGTCATAACAAT-TTGA
54 TGTCATAAC-TATTTG-----AAC--TTGTTCGATAAAC-AAAGTT-A-TTTTTTA-AATCTTTT
* * * * ** * * * * * **** * * * *
6521910 AATCAATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGTAAACAAAATTA--TTTTTTA
107 ACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAA--ATTTGTATTA-TT-TTATTTGAAATAAGCTTGTATG
*** ** * * * * *** *
6521973 AATCTCTTATTAATTAATTTT-TGAAATATTAACAAATTTGCTTTATTTTATTTTG-AATAAGTT
167 AA--TAGAAACAATT-ATTTTATG--ATA-AAACAAA--AG-GTCATAACAATTTGAAAT-AG--
* **** * ** * *** * * ***
6522036 ACTAAGAACTAAAGAAATTGTTTTACGACAAAACAAA-AGG-TCATAGTGATTTGAAATAAAGAA
220 A-T---AATTGTTCAAATAGTCATA--ACTATTTAAACTGGTTCA-A-T-A----AACTAATTCA
* * * * * * ** * *
6522099 TTGTTCATATAGC-CTTAAC-TATTTAAACTGCTTCGATAA-ATAAATTTATT-GT-TTAAATCT
272 TT-TT-TTAAATCTCTT-ACTTA-TT-AA-T-TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTT
*** * * * * * *
6522159 CTTAGTTATTAATTTTCATAAT-AATATTACATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATG
328 CTT--TTA--AATAAGCAT-ATGAAGA--A-A-CA--ATTGTTTTATGA-CAA-AA-C----A-A
* * ** * * * ** *
6522223 AACATAAATAATTATTTTATGATAGAACCAAAAAGTT-ATAATAAGTTGA-AATCTA--T-AA-T
374 AAGAT-CATAACAATTTGA-AATAG-A--TAATTGTTCA-AAT-AG-TCATAA-CTATTTGAACT
* * * * *
6522282 TTTTCAAATAGTCATAACAT-TTGAATTGGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTT
430 TGTT----TAGT-A-AACATATT-TA-T--TT-T-T--A-A-A--T-TTTTT--ATTTATTAATT
** * * * *
6522346 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCT-ATTCCAAATAAAATTGTATG-ATGAAA
474 -TTTG------AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAACTTGTATGAAT-AAA
6522409 AACAATT
530 AACAA-T
* * ** * * * *
6522416 GTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAG-CCTAAT
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-TGTCATAAC
* * * * * *
6522479 TATTTGAACTAATG-T-GATAGAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAA
63 TATTTGAACT--TGTTCGATA-AACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAA
* ** * * * *
6522541 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTCTATGAACT-GAAAGAATTTTTTTAT
124 TATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT
* * * *
6522604 GATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
187 GATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
** ** * * * * * * *
6522669 TTATTCCGTAAAC-AATT--TTTTTTTAATTTCTTGCTTTTTAATTTTT--TATGTTAATAAAAT
252 TGGTTCAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * * * ** *
6522729 ACCATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAGTAAAAGG
317 AGTATTATTTTCTTTTAAATAAGCA--TATGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* * * * * * **
6522794 TTAAAATC-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGTTCAACAAAC
378 TCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
* ** * * * ** *
6522857 ACATTTATTTTTTAAA-----TCCTTATTAATTTTT-AGAATACTATTAATTTAGCAATATTTTA
442 ATATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * *
6522916 CTCCGAATAAGCTTGTTTGAACAAAAATAAAT
505 ATTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAA-CAAT
* * * * * * *
6522948 GTTTTAGGATAAAACAAAGA-TCATACTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* * * * * *
6523012 TTTGAA-TTGATTTGGTAAA-AAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CATATTAATTTTTGAAATAG
65 TTTGAACTTG-TTCGATAAACAA-AGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* ** * * * ** *
6523071 TAATAAATTAGTATTATTTT-TTATG-AATAATTTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTACAACA
127 TAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATA
** ** * * * *** *
6523134 AAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACACCGCTATTTAAACTTGT
191 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGT
** * * * * *
6523199 TTGATAAACAAATTAATTTTCTAAATCT-TTAACTTATTAATTCTT-AGAACATTAATAAATTAG
256 TCAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * ** * ** * * *
6523262 TATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTACAAATAGAAATAATTGTTTTATGATATAAC-AAA-A-C
319 TATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATA-TGA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * * * *
6523324 -T----ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAGTAGTCACT-A-TAATTTGAACTCGCTTAGTAAACA
380 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * * * * *
6523382 GATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-ACAATATTAATAAGTTAGTATTA-TTTATT
443 TATTTATTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * * *
6523444 TTGAATAATA-TTGTTTGAATAGAAATAAT
507 TCGAATAA-ACTTGTATGAATAAAAACAAT
* ** * * *
6523473 TGGTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
1 T--TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
* * * *
6523538 ATTTGAACATATT--A-AAAAAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
64 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * ** * * * * *
6523599 AATAAATTTATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATAAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAA
128 AATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGATAA
* * * * ***
6523663 AACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTAAT
192 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
* * * * * * *
6523728 CAGTAAA-TAGGTTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCT-TTAATTTTTGGAATACTAATCAATTAG
257 CAATAAACTA-ATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
6523791 TATTATTTT-ATTCAAATAAGCTGTTATGAACTAAAACAATTGTTTTTATTACAAAA-AAAAGAT
319 TATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATGAA--GAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGAT
* ** * * * * * *
6523854 CACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCGTGAA-TATTTGAACTTCTTCAATAAACA
379 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
** * * * *
6523918 TATTTATTTTTTAAATCATTTACTTACTAATTGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAA-
443 TATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * *
6523982 TCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
507 TC-GAATAAACTTGTATGAATAAAAACAA-T
* * ** * * *
6524013 GTTTTATGACAAAATAAAAATGTGATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
* * * * * * ** * *
6524078 ATTTAAACTTATTTGGTAAATAGA-TT-TTTTAAAAATCTTTTACTTCTTAATTGTTTCAATATT
64 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATT
* * * * *
6524141 AATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATAACAAA
128 AATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAA
* * * * * * *
6524206 ACAAAAGGTTATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTC
193 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTC
* * * * *
6524271 AGTAAAC-AGATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTACTTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTA
258 AATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
6524334 TTATTTTATTTTGAATCAGTTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATG-TCA
321 TTATTTTCTTTTAAATAAG--CATATGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCA
* * * * * * **
6524398 TCAC-ATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCAATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATA
381 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATA
* * * *
6524462 TTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAA-TC
445 TTTATTTTT-AAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC
* * * * * *
6524525 TGCATAAGCTTATATGAACAAAAATTATT
509 -GAATAAACTTGTATGAATAAAAA-CAAT
* * * *
6524554 GTTTTATAACAAAGCAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAATT--AATTAGTCATAAC
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATT-GTCATAAC
* * * * * *
6524617 TATTTGAAATGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTACTTTTTGAAATAT
63 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* * * ** *
6524678 TAATAGATTAGTACTATTTTATTTCGAACA-AA-CTTGTATGAACT--AAACGTTTGTTTTATGA
127 TAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * * *
6524739 CAAAACAAAAGG-CTATAACCATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAATTACTTGAACT
189 TAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * *
6524803 AGTT-AGGTAAACAAAATT-ATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAT
253 GGTTCA-ATAAAC-TAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
6524866 TCA-TTTTATTTTATTCTAAATAATCTAATATGAATTGAAAAAATTGTTTCATGACAAGACAAAA
316 T-AGTATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * ** * * * *
6524930 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAGTATTTGAACTAGTTTGGCAAA
376 GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * * * * * *
6524995 CAAAATTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA
441 CATATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* ** * * * *
6525060 TTTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAAT
505 ATTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * * * * * * * *
6525091 TGTTTAATGACAGAACAAAAGGTTATAA-CAATT-AAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAAAAA
1 T-TTT-ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATTGTCATAAC
* * * *
6525154 TATTT-AAATTGGTTCTG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAAT
63 TATTTGAACTT-GTTC-GATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* ** * * *
6525217 ATTAGTAAA-TAATATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATG
125 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATG
* * * ** * * * * * * *
6525279 ACAACACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGGCTTAATTATTTGAACT
188 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
** * * * *
6525344 AATTCTATAGACAAATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
253 GGTTCAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
6525405 GCATTACTTTATTTCAAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAA-A
318 GTATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATATGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGA
* * ** * * *
6525469 GTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTGAATTTGTTCAGTAAAC
378 -TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
* * * ** * * *
6525534 AAATTTATTTTTTTAA-CTTTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTAA
442 ATATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * * **
6525598 TTTGGATAAGCTT-TGATGAATTGAAACAATT
506 TTCGAATAAACTTGT-ATGAATAAAAACAA-T
* * * * * * * *
6525629 GTTTTATGTCAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* * * * * * * * *
6525694 TTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCATTTGCTTATTATTTTTTTGAATGTT
65 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTA-ATTTTTGAATATT
* ** * *
6525759 AATAAATTTGGGATTATTTTACTTCCAAATAAACCTTGTCA-G-ATATGAAACAAATATTTTATG
128 AATAAATTT-GTATTATTTTA-TTTGAAAT-AAGCTTGT-ATGAATA-GAAACAATTATTTTATG
* ** * * ** *
6525822 ACT-AAACAAAAGGTCAAAACAAATTTGAAATAGATAA-CATTCTAACAGTTTTTAACTA-TTGA
188 A-TAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAA
* * * * * * *
6525884 ACTGGTTTCGACAAACCGACATTTA-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAT
250 ACTGG-TTCAATAAA-CTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
**** * *
6525948 TAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTTTTTTATGAC-AAA
311 TAAATTAGTATTATTTTCT-TTTAAATAAGC--ATATGA--AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** ** * * * * * * *
6526011 -ATAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTTATGACTATTGGAA-TTGGTTC
371 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
* * * * * * *
6526074 GATAAATAAATTTATTTTTTAAACTTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATT
436 G-TAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * *
6526139 ATTTTATTTTGAATAAGACTTGTACG-ATCAAAAACAATT
499 ATTTTAATTCGAATAA-ACTTGTATGAAT-AAAAACAA-T
** * *
6526178 GTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAA-TGACCATAAT
1 -TTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTG-TCATAAC
* * ** * **
6526242 TATTTTAAATAATTCAGA-AAAC-AAGTTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTACTAATTTAGGAAA
63 TATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAAG-TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AA
* * ** * * * *
6526304 GAATAATAAATTAT-TATTATTTTATTTTG-TTTAAGCTTGTATTAATTGAAACACTTGTTTTAT
124 TATTAATAAATT-TGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* ** * * ** * * ** * * *
6526367 GACAAATGAAAAGGTTAAAATGATTTTAAACAGGCAATTATT-AAACTAATTATAACTATTTAAA
187 GATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAA
** * *
6526431 C-GTGTTCAATAAAC-ATATTTGTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AAT-GTAATA
251 CTG-GTTCAATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * * * **
6526492 ATTTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGGCTGTATAAACTGAGACAATTGTTTAATGACTCAACAA
313 AATTAGTATTATTTTCTTTTAAATAA-GC-ATATGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * **
6526557 AAGGTCAAAACGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATAGTC-TCAACCATTTAAAC-TGATTCGG
374 AAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-TTTAG
* * * * * * *
6526620 TACACAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
437 TAAACATATTTAT-TTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * *
6526685 TTTAATTTGAATAATCTTGTACGAA-CAAAACAATT
501 TTTAATTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAA-T
* * ** * * * ** *
6526720 GTTTTACGACAAAA-GAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTTAACT
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
* * **** * * ** * **
6526784 ATTTGAA-TTGGTTGGGTAATTTGATTTA-TTTTTAAATTTTCTTGGTTATTAAGTGTCAGAATA
64 ATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATA
** * ** * * * * *
6526847 TTGTTAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAAATAGTATTAACA-AAACCAATTGTTTGT-TA
126 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTT-TATG
* * *** * * * *
6526909 ACAAAATAAAAGGTTC-TAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCAAAATTATTTGAAA
188 ATAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAA
* ** * * * * * *
6526973 -TAGTTTGATAGACAAATTTACTTTTTAAATCTCATACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
251 CTGGTTCAATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
6527036 TTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAC
315 TTAGTATTATTTTCTTTTAAATAAGC--ATA-TGA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-
* ** * ** **
6527101 AG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAGTTATTTGAACTAATTTAGTAA
375 AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA
*** * * * * * * * * *
6527165 ATGGAATTAGTTTCTAAATCTCTTA--TA--AAATTTTGAAATAGTAATAAATAAATGTTATTCT
440 ACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * * *
6527226 ATTTTTAATAAGCTTGTATGCACT-GAAATAAT
504 AATTCGAATAAACTTGTATG-AATAAAAACAAT
* ** * * * * *
6527258 TATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATAACTG
1 T-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* * * * *
6527323 TTTGAACTAGTTTGACAAACGAAA-TCATTTTTTAAATC--TTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
65 TTTGAACTTGTTCGATAAAC-AAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
** * ** * *
6527385 TCTAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
128 AATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAA
* * * * *
6527450 ATAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT
193 ACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
** * * *
6527515 CAGCAAAC-ATATTTATTTTTTAAAT-GC---CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTA
257 CAATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
6527575 TTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATGTTGAA-AAACAATTGTTTTATAATAGAAAAAAAAG-T
321 TTATTTTCTTTT-AAATAAGC----AT-ATGAAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGAT
* * * * *
6527637 CATAACAATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATA
379 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACA
* * * ** * *
6527701 AATTTATTTTTTACA----TCACCTATTAATTTTTG-------AATAGATTAATATTACTTT-AT
443 TATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * * * *
6527754 TCTG-ATCAAACATATATGAACAAAAGCATTT
507 TC-GAAT-AAACTTGTATGAATAAAAACA-AT
* * * * *
6527785 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
* * * * * * *
6527850 TTTGAACTAGTTAGGTAAATATAA-TTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATT
65 TTTGAACTTGTTCGATAAACA-AAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATT
6527914 AATAAATTT
128 AATAAATTT
6527923 ATTTCATTTT
Statistics
Matches: 11787, Mismatches: 2927, Indels: 2333
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
505 9 0.00
506 41 0.00
507 27 0.00
508 188 0.02
509 5 0.00
510 1 0.00
511 18 0.00
512 1 0.00
513 2 0.00
514 49 0.00
515 38 0.00
516 66 0.01
517 154 0.01
518 77 0.01
519 100 0.01
520 6 0.00
521 32 0.00
522 7 0.00
523 53 0.00
524 70 0.01
525 62 0.01
526 164 0.01
527 243 0.02
528 127 0.01
529 118 0.01
530 179 0.02
531 224 0.02
532 77 0.01
533 321 0.03
534 154 0.01
535 169 0.01
536 536 0.05
537 861 0.07
538 1083 0.09
539 1006 0.09
540 941 0.08
541 1101 0.09
542 788 0.07
543 358 0.03
544 437 0.04
545 74 0.01
546 59 0.01
547 70 0.01
548 70 0.01
549 78 0.01
550 143 0.01
551 17 0.00
552 11 0.00
553 13 0.00
554 13 0.00
555 15 0.00
556 7 0.00
557 16 0.00
558 4 0.00
559 14 0.00
560 10 0.00
561 11 0.00
562 21 0.00
563 20 0.00
564 12 0.00
565 23 0.00
566 36 0.00
567 24 0.00
568 23 0.00
569 45 0.00
570 56 0.00
571 65 0.01
572 90 0.01
573 57 0.00
574 50 0.00
575 54 0.00
576 38 0.00
577 40 0.00
578 34 0.00
579 31 0.00
580 25 0.00
581 17 0.00
582 22 0.00
583 19 0.00
584 6 0.00
585 11 0.00
586 25 0.00
587 9 0.00
588 9 0.00
589 6 0.00
590 10 0.00
591 5 0.00
592 3 0.00
593 3 0.00
594 13 0.00
595 11 0.00
596 8 0.00
597 19 0.00
598 4 0.00
599 5 0.00
600 14 0.00
601 2 0.00
602 3 0.00
603 8 0.00
604 7 0.00
605 9 0.00
606 7 0.00
607 4 0.00
608 19 0.00
609 20 0.00
610 7 0.00
611 22 0.00
612 6 0.00
613 30 0.00
614 7 0.00
615 27 0.00
616 12 0.00
617 19 0.00
618 3 0.00
619 9 0.00
620 1 0.00
621 6 0.00
622 17 0.00
623 11 0.00
624 3 0.00
626 3 0.00
627 14 0.00
628 8 0.00
629 18 0.00
630 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTCGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT
AAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACA
AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAAT
AAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTCTTTTAAATAAGCATATGAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAA
ATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGT
ATGAATAAAAACAAT
Found at i:6513017 original size:158 final size:159
Alignment explanation
Indices: 6512754--6513051 Score: 361
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
6512744 TGAATAAAAA
* * * **
6512754 AAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
6512819 AACCATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATCT-TTTATTAATTTTTGACATAT
66 AACCATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTAAAATAT
6512883 TAATAAATTAGAATTATGCTATTATGAAT
131 TAATAAATTAGAATTATGCTATTATGAAT
* ** *
6512912 AAATTATTTTATGGCAAAACAAATTATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * ** * *
6512977 AA-CTTATTGAAC-TGTTTTAGTACACTGATT-TATTTATTAAATCTCTTTTTTAATTTTTAAAA
66 AACCAT-TTAAACTTG-TTCAATAAACAAATTCAATTT-TTAAATCTCTTTATTAATTTTTAAAA
6513039 TATTAATAAATTA
128 TATTAATAAATTA
6513052 ATATTATTTT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 20, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
157 8 0.07
158 81 0.70
159 27 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (159 bp):
AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACCATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTAAAATAT
TAATAAATTAGAATTATGCTATTATGAAT
Found at i:6514424 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6514378--6514428 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
6514368 AAAATAGAAG
6514378 ATCATAATGATTTGAAATA
1 ATCATAAT-ATTT-AAATA
6514397 A--ATAATTATTTAAATA
1 ATCATAA-TATTTAAATA
6514413 ATCATAACTATTTAAA
1 ATCATAA-TATTTAAA
6514429 CTCACTCGGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 7
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 8 0.29
18 13 0.46
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.04, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATCATAATATTTAAATA
Found at i:6516271 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6516250--6516282 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
6516240 TAGTGTTTTG
*
6516250 AAATAG-ATAATTATTT
1 AAATAGTATAACTATTT
6516266 AAATAGTATAACTATTT
1 AAATAGTATAACTATTT
6516283 TAGCTTGTTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAACTATTT
Found at i:6516337 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 6515419--6520268 Score: 2320
Period size: 361 Copynumber: 13.5 Consensus size: 357
6515409 AATAGTTTTC
* * * * * * * **
6515419 TTTTTTAAATCTCTTATTTACTAATTTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTCCAAA
1 TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTGAAA
** * * ** * *
6515484 TAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTACTTTATGACAAAGGAAAAGTTCATAACGATTTGAAATA
64 TAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
6515548 GATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGA-TAAAC-TGATTT-TTTTTTAAA
128 GATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *** *
6515609 TCTCTAACTTCTCAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGATT-TT
190 TCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATT
* ** * * * * * * *
6515672 AAGAATTGGAATAATTATTTTATGAT-AGAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGT
254 -TGAA-TAAAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * *
6515736 TCAAAT-ATTCATAACTATTTAAACTTTTTCGATAAGCAAAGTTA
316 TTAAATAATT-ATAACT-TTTAAAATGTTTAGA-AAACATATTTA
* *
6515780 TTTTTTAAAA--TTTT--TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAA--AATAATATTTTATTTCG-A
1 -TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAATTAATATTATTTTATTT-GAA
* * * * ** ** * *
6515837 ATAAGCATGTATAAATTA-AAACAACTATTTTATGAGTTAACCAAAAGGTTAGAA-GATTTGAAA
63 ATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * *
6515900 TAGCT-A--A-T----T-GTCATAACTATTTGAACTCA-CTCAATAAACATATTTATTTTTTTAA
126 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAA
* * * * *
6515955 ATCTTTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGTTTTTT
189 ATCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTAT
* * * * * * *
6516020 TTGTACAAAAATAATTGGTTTATGTCAAAACCAAAGATCATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGT
253 TTGAATAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTAT
* *
6516084 TTAAAGAGTTATAACTCTTTGAAAATGTTTAGAAAACATATTTA
316 TTAAATAATTATAACT-TTT-AAAATGTTTAGAAAACATATTTA
* * *
6516128 TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTTGAAAT
1 TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTGAAAT
* * * * * *
6516192 AAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAGTGTTTTGAAATAGA
65 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
6516257 TAATTATTTAAATAGT-ATAACTATTTTAGCTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCT
130 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-T
*
6516321 TACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAAT
194 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAA-
* * * * * * *
6516386 TGAAACAGTTGTTTTAT-TACAAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTACTGAA
258 TAAAAAAATTGTTTTATGT-C-AAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAA
** * * * *
6516450 ATAAACATGACTATTTCAACT-TATTCGATAAACATATTTA
320 ATAATTATAACT-TTTAAAATGT-TTAGA-AAACATATTTA
* * ** * *
6516490 TTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATTCATAATTAATTTTATTTTAATTTG-AAT
1 TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAATATTATTTT-ATTTGAAAT
* * * * ** *
6516554 AACCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA
65 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
6516618 TAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGGTTC-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
130 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATC-T
* * * * * *
6516681 TTACTTATTGATTGTCTT--AATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
193 TTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTG
* * * **
6516744 AATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCTAATAGATAATTATTTAA
256 AATA-AAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAA
* ** *
6516809 ATAATTATAA-TTATTCAAACTTGTTCGGTAAACATATTT-
320 ATAATTATAACTT-TT-AAA-ATGTTTAGAAAACATATTTA
* * * ** *
6516848 TTTTTGAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATAAATGAATTGGTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTGAAAT
* * * * * *
6516913 AAAATTATATGAACTA-AAACAAATCTTTTATGACAAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
65 AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
6516977 ACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATTT
129 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * * * * * ***
6517042 TTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTGTACAAA
193 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAA
* ** * * *
6517107 TAGAAAAAATTGTTTTATAAT-AGGACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TTTCAA
258 TA-AAAAAATTGTTTTAT-GTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTT-AA
* * * * * *
6517170 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAGATTTA
320 ATAATTATAACT-TTTAAAAT-GTTTAGA-AAACATATTTA
* ** ** *
6517210 GTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTGCTATTACTTTATTTTG-A
1 -TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAATATTATTTTA-TTTGAA
* * * * * * * * * *
6517269 ACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATA
63 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * **
6517334 GATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAAAAATAGTTTTTTTAAA
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACATATTTA--TTTTTTAAA
* * * *
6517398 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGT
190 TCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-T
* * ** * * * * *
6517462 ATAAAT-TGAAATTTCGTTTTTTGCCAAATCAAAAGGTCATAAC-ATTGTGAAATAGACAATTAT
253 TTGAATAAAAAAATT-GTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * * *
6517525 TCATATAGTTTTAAATATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTA
316 TTAAATAATTATAACT-TTTAAAAT-GTTTAGAAAACATATTTA
* * * ** * *
6517569 TTTTTAATTATC--TTAGTTATTAATGTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT-AGA
1 TTTTTAA-AATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAATATTATTTTATTTGA-A
* * * * * * * * * * * ** *
6517631 ATAATCTTGTATGAACAGAAATACTTGTATTGTGGCAGAA-AAAAGTTTATAACAATTTGAAGTA
63 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** * * *
6517695 TACAATTGTTAAAATAACCATAATTATTTGAACTAGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * * **
6517759 ---ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTGT-AAATGAGCTTAAATG
192 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATTTG
* * * * * * * *
6517820 -ATAAAAGAAATTTGTTATATGACCAAACAAACGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAA
256 AATAAAA-AAA-TTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTA
**** * * * * *
6517884 AATGGCCATAA-TTATTAGAATGATTTGGTAAACAGATTCA
319 AATAATTATAACTT-TTAAAATG-TTTAGAAAACATATTTA
* ** * * ** * ** **
6517924 CTTTT-AAA-CAGTTACTTAATAATTTTTGCGATATCAATATATTTGTATTATTTTATTCCAAAT
1 TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAATATTATTTTATTTGAAAT
* * ** * * * *
6517987 AAGCTTGTATGACCT-GAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAG
65 AAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
6518051 ATAATTGTTTAAATAGCCATAATTATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCA
129 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-
* * * *
6518115 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTGTTTTATTTCAAATAAG-TT-TTGAT
192 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATT--T
* * * * * * *
6518178 GAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAAC-AAAGTGTCATAAGGATTTTAAATATACAATTGTT
255 GAA-TAAAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
** * * * *
6518241 TAAATAATCGTAACTATTTAAATTTGTTCAAAAAACACATTT-
317 TAAATAATTATAACT-TTTAAA-ATGTTTAGAAAACATATTTA
* ** * * * *
6518283 TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-GA
1 TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTA-TTTGAAA
* * * * ** *
6518347 TAAGCTTTTATGAACT-GAAGCAATTATTTTATAACAAAATAAAATCTCATAATGATTTTAAATA
64 TAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
6518411 GTTAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAAT
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT-AAAT
* * * * * * ** * *
6518475 CTCTTGCTTGTTAATTTTTTGAATGTTAATATATTAAG-ATTATTCTATTTGGAATAAGCTTGTA
191 CT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATT
* ** * * ***
6518539 TGATATGAAACAAA-TAATTTATGACTAAA-AAAAGGTTGGAACGATTTGAAATAGATAATTATT
254 TGA-AT-AAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
6518602 CT-TATAGTTTTAACTATTTGAACTGGATT-GCCAAAC--A-TT-
317 -TAAATAATTATAACT-TTTAAAAT-GTTTAG-AAAACATATTTA
* ** * * *
6518641 TTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAAT
1 TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTGAAAT
* * * * *
6518704 AAGCTTGTATG-ATAAAAAAGAATT-TTTTATAAAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
65 AAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTAT-GACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
6518767 GATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AACT-GATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
6518829 CTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAACTTGTAT
191 CT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT-T
* * ** * * * * * *
6518894 T-AACTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAATAAAAGGTCATAGCGATTTTAAAAAGACAATTGTT
254 TGAA-TAAAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * * * * *
6518958 CAAATAACAATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAATAAATTTA
317 TAAATAATTATAACT-TTTAAAATGT-TTAGA-AAACATATTTA
* ** * * * *
6519001 TTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATT-ATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAA
1 -TTTTTAAAATCT-TTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTGAA
* * ** * * * * **
6519064 ATAAGCTTGTATGAATTG-AACAATTGCTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATA
63 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
6519128 GATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATATGAACT-GTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
128 GATAATTATTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTAG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * * *
6519190 TCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTA
190 TCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATT
** * * * * * * ** *
6519255 CAAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCGTTCA
254 TGAATAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTA
* * * * * ** *
6519320 TATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCA-ACAATTAGATTTA
319 AATAAT-TATAACT-TTTAAAAT-GTTTAGA-AAACATATTTA
* ** * * *
6519361 TCTTTT--AATTTTCTTGCTTATAAAATTTTGAAATA-AAATTAAATTAATATATATTTT-TTTG
1 T-TTTTAAAATCTT-TTAATTATTAATTTTTGAAATATTAA-T-AATTAATAT-TATTTTATTTG
* * * * * * * * *
6519422 AATTAAA-TAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACT-ATTTAAA
61 AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAA
** * * ** * * * *
6519485 ATAGATAATTATTCATGTAGTCA-AATCTATTTGAAATGGTTTGGTACATAGATTTACTTTTTAA
125 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAA
* ** * ** *
6519549 ATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAACTTAT
189 ATCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT
* * * * ** * * * *
6519614 ATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
253 TTGAATAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * ** * *
6519679 CAAATAGTTATAA-TTATTAGAATTGGTTTGGTAAGTAGAATTA
317 TAAATAATTATAACTT-TTA-AAAT-GTTTAGAAAACATATTTA
* * * * * * *
6519722 TTTTTTAAATC---TACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAATTTTATTTTATTTTATTCT-AAA
1 TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTAATATTATTTTATT-TGAAA
* * * ** **
6519783 TAAACTTGTATGAGCT-TAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
64 TAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
6519847 GATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTT
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * *** ** * * *
6519912 TTAGTTATGAATTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGA
193 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATTTGA
* * ** * *
6519976 ATAGAAAAAATTGTTTTATGAT-AGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
257 ATA-AAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAA
* * * * * *
6520040 ATAGTCATATCTATTTAAACTTGTTTGGCAAACATATTTA
320 ATAATTATAACT-TTTAAA-ATGTTTAGAAAACATATTTA
* * * * ** * *
6520080 TTTTTTTAAAT-TGCTTACTTATTAATGTTTTG-AATGTTAATAAATTAGCATTATTTAATTTTA
1 -TTTTTAAAATCT-TTTAATTATTAAT-TTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTGA
* * * * * * *
6520143 AATAAGCTTGTAT-AAGCT-GAAATAATTGTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATAATTTAAA
62 AATAAACTTGTATGAA--TAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * ** * *
6520205 ATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGATT-GGTAAAGCATATTTATTTTTTA
125 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAA-CATATTTATTTTTTA
6520269 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 3508, Mismatches: 758, Indels: 444
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
344 2 0.00
345 24 0.01
346 11 0.00
347 60 0.02
348 68 0.02
349 19 0.01
350 16 0.00
351 2 0.00
352 15 0.00
353 61 0.02
354 187 0.05
355 203 0.06
356 199 0.06
357 47 0.01
358 363 0.10
359 415 0.12
360 422 0.12
361 840 0.24
362 496 0.14
363 57 0.02
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAATATTATTTTATTTGAAATA
AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTA
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATAA
AAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATT
ATAACTTTTAAAATGTTTAGAAAACATATTTA
Found at i:6518208 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 6515909--6527921 Score: 4989
Period size: 180 Copynumber: 66.5 Consensus size: 182
6515899 ATAGCTAATT
* * * * *
6515909 GTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCT-TTACTTATTATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * ** * *
6515973 TTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGTTTTTTTTGTACAAAAATAATTGG
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * *
6516038 TTTATGTCAAAACCAAAGATCATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGTTTAAAGA
130 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
6516091 GTTATAACTCTTTGAAAATG-TTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTG-AACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
6516154 TTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGCATGAA-TAGAACCAATT
65 TTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * * ** * * *
6516216 ATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAGTGTTTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
6516271 GT-ATAACTATTTTAGCTTG-TTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
6516334 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTATTTGAATTGAAACAGTTGT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * ** *
6516398 TTTATTACAAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTACTGAAATA
130 TTTATGAC-AAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * * * * *
6516453 AACATGACTATTTCAACTTATTC-GATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTG
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * *
6516517 TCAAAATATTCAT-AATTAATTTTATTTTAATTT-GAATAA-CCTTGTATGAACAGAAACAATTG
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* *
6516579 TTTTATGACAAATA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
129 TTTTATGACAAA-ACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
6516632 GTCATAA-TATTTGAACTGGTTC-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTG
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * *
6516695 TCTT--AATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGTATGAA-TAGAAAAAAT
64 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAAT
* * * ** * *
6516756 TATTTTATGTCAAAACAAAAGGTT-ATAGCGATTTCTAATAGATAATTATTTAAATA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * * *
6516812 ATTATAATTATTCAAACTTG-TTCGGTAAACATATTT-TTTTTGAAATCTTTTAATTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** * * * *
6516875 TTGGAATATAAATGAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATTATATGAACTAAAACAAATCT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * *
6516939 TTTATGACAAAAAAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATA
130 TTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
6516992 GTCATGACTATTTGATCT-AGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * * *
6517055 GTAGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTAATCCAAATAAG-GTTGTA-CAAATAGAAAAAATT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * ** * * *
6517118 GTTTTATAATAGGACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATA
128 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
6517173 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * ** * * * ** *
6517233 TCAAAATATTAATAGATT-GCTATTACTTTATTTTGAACAA-ACTTATATGAACAAAAACATTTG
65 TTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * ** *
6517296 TTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
129 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * **
6517350 GTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAAAAATAGTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCA-GTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
6517414 TTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAG-CTAGTATAAATTG-AA-ATTT
63 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * * * *
6517476 CGTTTTTTGCCAAATCAAAAGGTCATAAC-ATTGTGAAATAGACAATTATTCATATA
128 -GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * ** * * * *
6517532 GTTTTAAATATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAATTATCTTAGTTATTAATGTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * *
6517596 CAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAA-TCTTGTATGAACAGAAATACTTGT
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * * * * *
6517659 ATTGTGGCAGAA-AAAAGTTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTAAAATA
130 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * *
6517711 ACCATAATTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** * *
6517771 TTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTGT-AAATGAG-CTTAAATG-A-TAAAAGAAATT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAA-CAA-T
* * * * * * * *
6517832 TGTTATATGACCAAACAAACGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATG
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * ** *
6517888 GCCATAATTATTAGAA-TGATTTGGTAAACAGATTCA-CTTTTAAA-CAGTTACTTAATAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * **
6517950 TGCGATATCAATATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGACCTGAAATGATTGTT
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
*
6518014 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
131 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
6518066 GCCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
6518131 TGAAATATTAATAAATTATTATTGTTTTATTTCAAATAAGTTTTG-ATGAACTGAAACAATTGTT
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * * *
6518195 TTATGATAAAAC-AAAGTGTCATAAGGATTTTAAATATACAATTGTTTAAATA
131 TTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * * *
6518247 ATCGTAACTATTTAAATTTG-TTCAAAAAACACATTT-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAATT
1 GTCATAACTATTTGAA-CTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *** * * *
6518310 TTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-CTTTTATGAACTGAAGCAATTAT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * *
6518374 TTTATAACAAAATAAAA-TCTCATAATGATTTTAAATAGTTAATTGTTAAAATA
130 TTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
6518427 GTCATAACTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTGTTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * ** *
6518492 TTTG-AATGTTAATATATTAAG-ATTATTCTATTTGGAATAAG-CTTGTATGATA-TGAAACAAA
64 TTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGA-ACTGAAACAAT
** * ** * **
6518553 TAATTTATGACTAAAA-AAAGGTT-GGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATA
127 TGTTTTATGAC-AAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * *
6518608 GTTTTAACTATTTGAACTGGATT--GCCAAAC--A--T-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-T
1 GTCATAACTATTTGAACT-GATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** *
6518665 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGATA-AAAAAGAATT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGA-ACTGAAACAATT
* * * * * *
6518728 -TTTTATAAAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
128 GTTTTAT-GACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
6518783 GCCATAATTATTT-AACTGATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
6518846 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAA-ACTTGTATTAACTGAAACAATTGT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * *
6518910 TTTATGAAAAAAATAAAAGGTCATAGCGATTTTAAAAAGACAATTGTTCAAATA
130 TTTATG-ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
6518964 -ACAATAACTATTTGAACTTG-TTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATT-A
1 GTC-ATAACTATTTGAAC-TGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
** * * *
6519025 TTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATTG-AACAAT
62 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * * *
6519088 TGCTTTATGACTAAACAAAA-TGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
6519144 GT-ATTAA-TCATATGAACTGTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATT
1 GTCA-TAACT-ATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * ** * * *
6519207 TTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAACAAG-CTTGTACAAAC-AAAAAAATTA
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * * *
6519270 TTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCGTTCATATA
129 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** ** * * * * * * *
6519324 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGCTTATAAAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
6519389 TGAAATA-AAATTAAATTAATATATATTTT-TTTGAATTAA--ATAGTATGAA-TAGAACCAATT
66 TGAAATATTAA-TAAATTAGTAT-TATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * * **
6519449 GTTTGATGACAAAACAAAAAGTT-ATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCATGTA
128 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * * * *
6519504 GTCA-AATCTATTTGAAATGGTTTGGTACATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTT
1 GTCATAA-CTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * ** * *
6519568 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAA-ACTTATATGAACAAAAATAATTGC
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
** * * *
6519632 TTTATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
130 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * ** ** * *
6519685 GTTATAATTATTAGAATTGGTTTGGTAAGTAGAA-TTATTTTTTAAA--TC-TACTTATAAAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
6519746 TTGAAATATTAACAATTTTA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAA-ACTTGTATGAGCTTAAATAATT
65 TTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * *
6519808 ATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
6519863 GTCTTAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATGAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** ** * *
6519927 CAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA-ACTTGTATGAA-TAGAAAAAATTG
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAATTG
* * **
6519989 TTTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
129 TTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
6520043 GTCATATCTATTTAAACTTG-TTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAAT-TGCTTACTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAAT
* * * * *
6520106 GTTTTG-AATGTTAATAAATTAGCATTATTTAATTTTAAATAAG-CTTGTAT-AAGCTGAAATAA
63 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAA-CTGAAACAA
* * ** * *
6520168 TTGTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATA
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * *
6520224 GTTTTAACTATTTGAACTGGATT-GGTAAAGCATATTTATTTTTT--AT-TATTAAATTAGT-AT
1 GTCATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT
* * * *** * * * * * *
6520284 TATCTT--AATATGAATAAGCTTA-TATGA----A-AAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAA
63 T-T-TTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATG---AACTGAA
* * * * * * ** * *
6520341 GATAATAATGATTTAAGATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTTAAACTAATTAAAATAA
122 -ACAAT--TGTTTTATGACA-A-AA-CA--AAAGT--TCATAACGATTT-GA--AA-T-AGAT-A
*
6520406 ATTTAGTTTTTAAAT-
171 A-TT-G--TTCAAATA
* * * * * * *
6520421 CTCTTATTAA-TTTTTAAAAT-ATT-AATAAATC-AGTATTATTTTATTCTAAATAATTCTGTAT
1 GTC--A-TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAA-CAAAT-TTA-TTT-TT-T--A-AA-TCTCT-T
** ** * * * * * ** * *
6520482 GAACAGAAACAAGTATTTT-ATAACA-AAACAAA--AGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATT
53 --AC-TTATTAA-T-TTTTGA-AATATTAATAAATTA-GT-AT---TATTTTATTTCAAATAAGT
* ** * ** * * *** * ** **
6520542 ATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTTGT-ACATAGA-TTTATTTTTTAA--ATCTCCA
107 CTT-GTATGAAC-TGA--A--ACAA-TTGTTTTATGACA-AAACAAAAGTTCATAACGAT-TTGA
* * *
6520603 ACTA-TTAATT-TTTAGAATA
163 AATAGATAATTGTTCA-AATA
* * * ** * * * * * *** * *
6520622 TTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTC--TGAACAAA--T-TTGTATGAA--TAGAAATAATT-AT
1 GTCAT-AACTA-T-TTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** * * * * ** * * * * *
6520678 TTTTCTAACA-AAACAAA--AG-ATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATA
63 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGT-CTTGTATGAACT-G--A-A
* * * ** * ** * ** * * *
6520738 ACTATTTGAACGTGTTCA-GA-AAATAGATTTATTTTTTAA--ATTTCTACTTA-TTAATTTTTG
122 AC-AATT----GT-TTTATGACAAA-ACA-AAAGTTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTC
*
6520798 GAATA
178 AAATA
* * * ** * * * ** ** ** * *
6520803 TTAATAATTTATATT-ATTTTATTCA--AAATAAGCTTGTATGAATGGAAA-CAATTATTTTATG
1 GTCATAA-CTAT-TTGAACTGATTCAGTAAACAA-ATT-TAT-TTTTTAAATCTCTTA-CTTATT
***** ** * * * * * ** * * * * *
6520864 ACA-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAAC
60 A-ATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-T-TTCAAATA--AGT-CTTGTATGAAC
* * * * * *** * * **
6520928 TTGTTTAGTA-AACTGATTCATTTTG-TAAATCTCTTA-CTCTTTAA-TTTTTGGAATATTA-AT
118 -TG---A-AACAATTG-TT--TTATGACAAAAC-AAAAGTTC-ATAACGATTT-GAA-A-TAGAT
* * ** *
6520988 AAAATAGTATTATTTT
170 --AATTGT-TCAAATA
* * *** * ** *
6521004 GTTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATTCAATTTTTTAAAACTAAACAAAAGGTCATAACAAT-T
1 G--TC--ATAA--CTATTTGAACTGATTC-A----GT-AAAC-AAA-TTTA-TTTTTTA-AATCT
* ** * * * * * * * ** * **
6521068 -TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGGACTT-GTTT-GGTAAAATATTTACT
50 CTTACTTA-TTAATTTTTGAAATA-TTAAT-A-AATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGT-CT
* * *** * * * * ** * * ** * *
6521129 TTTA-AAATCTTTTAC--TTATTATCTGTCAAAGTTTAATAAATTAAT-ATTATTT-TAATCTGA
109 TGTATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAA-AAGTTCATAACGATTTGAAAT-AG-
*
6521189 ATAAGCTTGTATGAACA-A
168 ATAA--TTGT-TCAA-ATA
** * * * ** ** ** ***
6521207 -AAATAATTGTTTTATA-AAAAACAAAAAGTCACAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGAGTT
1 GTCATAACTATTTGA-ACTGATTCAGTAA---ACAA--ATTT--A-TT-TTT--TAAAT-CTCTT
* * **
6521270 ATTTTTTAATTGTTTG-AATATTAATAAA-TATGTGCTATTTTA-TTCGAAATAAG-CTTGTATG
53 ACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATG
* * * * * *
6521331 AA-TAGAAAAAATTGTTTTATAACAAAATAAAATGAT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTT
115 AACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
*
6521394 AAGTA
178 AAATA
* * * *
6521399 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* *** * * * * * *
6521460 TGGAATATTAATAAGCAAGAATTATGTTATTTCCAATAA-ACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGA
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * *
6521523 TTTGTGATAATACAAAAGATT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
130 TTTATGACAAAACAAAAG-TTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
6521576 GTCATAACTATTTGTACT-AGTCGGGCAAC-AGTTTCATTTCTTAAAT-TCATTACTGATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT
* * * * *
6521638 TTT-AGAATATTAAGAAATTAGCATTACTTTT-TTT----T-GGAC-TGTATCAA-TAGAAACAA
64 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAA
* * * ** *
6521694 TTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
6521751 GTTAT-ACTAATTAAACTGGTTTAGTAATCAAATTTATTTGTTAACTCTTTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * ** * * * ** **
6521815 CAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTCCAAGCAA-ACTTTTTTGAA-AAAAACTTTTGTT
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* ** * * **
6521878 TGATGACAAAACTTAAGGTCATAACAATTTGAAATCA-ATAATTACTCAAATA
131 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA
* *
6521930 GTCATAATTATTTGAACT-AGTTC-GTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATT
* * ** ** * *
6521992 TTTGAAATATTAACAAATTTGCT-TTATTTTATTTTGAATAAGT-TACTAAGAACT-AAAGAAAT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAA-CAAT
* * ** * * *
6522054 TGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
6522110 GCCTTAACTATTTAAACTGCTTC-GATAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
6522173 TTCATAATAATATTACATTAGTATTATTTTATTAT-AAATAAG-CTTGTATGAACAT-AAATAAT
65 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGTCTTGTATGAAC-TGAAACAAT
* * * ** * ** *
6522235 TATTTTATGATAGAACCAAAAAGTT-ATAATAAGTTGAAATCTATAATTTTTCAAATA
127 TGTTTTATGACA-AAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
6522292 GTCATAAC-ATTTGAATTGGTTCTGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * **
6522355 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAA-AATTGTATG-A-TGAAAAACAATTG
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTG--AAACAATTG
* * * *
6522417 TTTTATGACAAAACAAAGGTTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
129 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* * * * * * *
6522472 G-CCTAATTATTTGAACTAATGTGA-TAGAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGAT-TCAGTA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *** * * *
6522534 TTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAG-CTTCTATGAACTGAAAGAATTT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * *
6522598 TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
129 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
6522652 GTCATAACTATTTGAACTTATTCCGTAAAC-AATTT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTTTTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * *
6522714 T--TATGTTAATAAAATACCATTATTTTATTTTAAATAAG-CATGTATGAACTGAAACAATTATT
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* ** * * *
6522776 TTATGACTAAGTAAAAGGTT-AAAATC-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
131 TTATGACAAAACAAAA-GTTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** *
6522828 GTCTTAACTATTTGAACTG-TTCAACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * ** * *
6522887 T-AGAATACTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAG-CTTGTTTGAACAAAAATAAATGT
66 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * *
6522950 TTTAGGATAAAAC-AAAGATCAT-ACTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
130 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** *
6523002 GTCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAA-AAGATTTAGTTTTTAAATCTC--A--TATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
6523062 TTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTAT-GAATAA-TTTTATATGAA-TAGAAATAATT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAATT
** * * *
6523123 GTTTTACAACAAAACAAAA-TATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *** * * * * *
6523178 GACACCGCTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAAATTAATTTTCTAAATCT-TTAACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT
* * * * * * *
6523241 CTT-AGAACATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAG-CTTGTA-CAAATAGAAATAAT
64 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAAT
* * * * *
6523303 TGTTTTATGATATAACAAAA---C-T----ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAGTA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
6523351 GTCACT-A-TAATTTGAACTCGCTT-AGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-
1 GTCA-TAACT-ATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * *
6523411 TTTT-ACAATATTAATAAGTTAGTATTA-TTTATTTTGAATAA-TATTGTTTGAA-TAGAAATAA
63 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAA
* * * * *
6523472 TTGGTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
6523529 GTCATAACTATTTGAACAT-ATT-A--AAAAAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
6523589 TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-ATCAAAATAAG-CTTGCATAAAC-AAAACCAAT
65 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATGAACTGAAA-CAAT
*
6523650 TGTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * *
6523706 GTCATAACTATTTTAACTTAATCAGTAAATAGGTTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCT-TTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATT
* * * *
6523770 TTTGGAATACTAATCAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAG-C-TGTTATGAACTAAAACAATT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTG-TATGAACTGAAACAATT
* * * * * *
6523832 GTTTTTATTACAAAA-AAAAGATCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
128 G-TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * *
6523887 GTCGTGAA-TATTTGAACTTCTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTACTAATT
1 GTCAT-AACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT
* * * * * *
6523950 GTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * *
6524013 GTTTTATGACAAAATAAAAATGTGATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * ** * *
6524069 GTCATAACAATTTAAACTTATTTGGTAAATAGA-TT-TTTTAAAAATCTTTTACTTCTTAATTGT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * * * * **
6524132 TT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAAAAATCAT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * *
6524195 TTTATAACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTTAAATA
130 TTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
6524248 GTTATAATTATTTAAACTTG-TTCAGTAAACAGATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTACTTT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * * * *
6524312 TT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATCAGT-TTATATGAACTGAAATAATTT
65 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * *
6524375 TTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATCAC-ATTTGAAATGGATAATTATTCAAATA
129 TTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
6524428 GTCAATGACTATTTGATCT-AGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-T
1 GTC-ATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * ** **
6524491 TTTCAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAATCTGC--ATAAG-CTTATATGAACAAAAATTAT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT-TTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * * * *
6524553 TGTTTTATAACAAAGCAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTAATT-AATTA
127 TGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATA
* * * * *
6524609 GTCATAACTATTTGAAATGGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTACTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * **
6524669 TTGAAATATTAATAGATTAGTACTATTTTATTTCGAACAA-ACTTGTATGAACT-AAACGTTTGT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * *
6524732 TTTATGACAAAACAAAAG-GCTATAACCATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACA
130 TTTATGACAAAACAAAAGTTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
6524785 GTCATAATTACTTGAACT-AGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGA-TTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** * *
6524848 TTTGAAATATTAAAAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAA-TCTAATATGAATTGAAAAAAT
64 TTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * * * *
6524910 TGTTTCATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * ** * * * *
6524966 GTTTTAAGTATTTGAACT-AGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
6525030 TTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTATATGAA-TAGAAATAATTG
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAATTG
* * * * *
6525093 TTTAATGACAGAACAAAAGGTT-ATAAC-AATT-AAAGTATACAATTGTTCAAATA
129 TTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
6525146 GTCAAAAATATTTAAATTGGTTCTGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
6525211 TGAAATATTAGTAAA-TAATATTATTTTA-TTCTGAATAAG-CTTGTATGATA-AAAAATAATTG
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATGA-ACTGAAACAATTG
* * * * * * *
6525272 TTTTATGACAACACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATG
129 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
6525326 GGCTTAATTATTTGAACTAATTCTA-TAGACAAATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
6525386 TTGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAG-CGTGTATGAATTGAAACAATTAT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * *
6525450 TTTATGACAAAACCAAAAAG-TCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
130 TTTATGACAAAA-C-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * * *
6525504 GTTGTAATTATTTGAATTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAA-CTTTTGCTTATTAGTTT
1 GTCATAACTATTTGAA-CTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** *
6525567 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTAATTT-GGATAAG-CTT-TGATGAATTGAAACAATT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTCTTGT-ATGAACTGAAACAATT
* * * * *
6525629 GTTTTATGTCAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
6525684 GTCATAAATATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCAT-TTGCTTATTATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTA-AT
* * * * **
6525748 TTTTG-AATGTTAATAAATTTGGGATTATTTTACTTCCAAATAAACCTTGTCA-GATA-TGAAAC
63 TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGTCTTGT-ATGA-ACTGAAAC
* * * * * * ** * *
6525810 AAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAAATTTGAAATAGATAA-CATTCTAACA
124 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * *
6525869 GTTTTTAACTA-TTGAACTGGTTTC-GACAAACCGACATTTA-TTTTTAAATATCTTACTTATTA
1 G-TCATAACTATTTGAACT-GATTCAG-TAAA-C-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * * *
6525931 ATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAG-CTTCTATG-ATTAGAAA
61 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAA
* * * * * * *
6525993 CAATTTTTTTATGACAAAA-TAAGGTT-TTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATA
123 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
6526051 GTTATGACTATTGGAATTGGTTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTTGTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT
* ** * * * **
6526114 TTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGACTTGTACGATCAAAAACAATTG
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * **
6526179 TTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-
129 TTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
6526233 GACCATAATTATTTTAAATAATTCAGAAAACAAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTT
1 G-TCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * **** * * *
6526298 AGGAAAGAATAATAAATTATTATTATTTTATTTTGTTTAAG-CTTGTATTAATTGAAACACTTGT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
** * * * * ** *
6526362 TTTATGACAAATGAAAAGGTT-AAAATGATTTTAAACAGGCAATTATT-AAACTA
130 TTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TA
* * * * * * *
6526415 ATTATAACTATTTAAACGTG-TTCAATAAACATATTTGTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * * *
6526479 TTTG-AAT-GTAATAATTTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGGC-TGTATAAACTGAGACAATT
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATT
* ** * * * * *
6526540 GTTTAATGACTCAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
6526595 GTC-TCAACCATTTAAACTGATTCGGTACACAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 GTCAT-AACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
6526659 TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAA-TCTTGTACGAAC-AAAACAATTG
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * * * *
6526721 TTTTACGACAAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATA
129 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** **** * ** *
6526775 ATCTTAACTATTTGAATTGGTTGGGTAATTTGATTTA-TTTTTAAATTTTCTTGGTTATTAA-GT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * ** * * *
6526838 GTCAGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-AATAGTATTAAC-AAAACCAATT
65 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAA-CAATT
* * * * * *
6526901 GTTTGT-TAACAAAATAAAAGGTTC-TAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAAGA
128 GTTT-TATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
6526956 GTCAAAATTATTTGAAATAGTTTGA-TAGACAAATTTACTTTTTAAATCTCATACTAATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * **
6527020 TCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATATTAACAAAAACAATTG
65 T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * *
6527083 TTTTATGATAAAAGAAACAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
129 TTTTATGACAAAACAAA-AGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * ** * * *
6527137 GTTATAGTTATTTGAACTAATTTAGTAAATGGAA-TTAGTTTCTAAATCTCTTA--TA--AAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** * * *
6527197 TTGAAATAGTAATAAATAAATGTTATTCTATTTTTAATAAG-CTTGTATGCACTGAAATAATT-A
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * *
6527260 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATA
130 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
6527313 GTCATAACTGTTTGAACTAGTTTGA-CAAACGAAA-TCATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** *
6527374 TTT-AGAATATTTCTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAG-CTTGTGTGAA-TAGAAACAA
64 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTCTTGTATGAACT-GAAACAA
* * * *
6527435 TTGTTTTATGATAAAATAAAAGGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATA
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAA--GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
6527493 GTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAAT-GC---CTTATTAATTCT
1 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* *
6527554 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAG-CTTGTATG--TTGAAAAACAATT
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTG--AAACAATT
* * * * * * *
6527615 GTTTTATAATAGAAAAAAAAG-TCATAACAATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATA
128 GTTTTATGACA-AAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
6527670 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAAATTTATTTTTTACA--TC--ACCTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
6527730 TTGAATAGATTAAT--ATTACT-TTATTCTGA--TC--A-AA--CATATATGAAC-AAAAGCATT
65 TTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAA-CAAT
* *
6527784 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
6527840 GTCATAATTATTTGAACT-AGTT-AGGTAAATATAA-TTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTGA-TTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
*
6527902 TTTTTAAATATTAATAAATT
63 TTTTGAAATATTAATAAATT
6527922 TATTTCATTT
Statistics
Matches: 8980, Mismatches: 2158, Indels: 1393
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 13 0.00
170 124 0.01
171 29 0.00
172 25 0.00
173 95 0.01
174 148 0.02
175 333 0.04
176 548 0.06
177 626 0.07
178 614 0.07
179 749 0.08
180 2193 0.24
181 1841 0.21
182 701 0.08
183 289 0.03
184 39 0.00
185 63 0.01
186 64 0.01
187 18 0.00
188 25 0.00
189 4 0.00
190 8 0.00
191 6 0.00
192 8 0.00
193 29 0.00
194 9 0.00
195 30 0.00
196 38 0.00
197 37 0.00
198 40 0.00
199 31 0.00
200 19 0.00
201 16 0.00
202 9 0.00
203 14 0.00
204 10 0.00
205 10 0.00
206 11 0.00
207 4 0.00
208 2 0.00
209 6 0.00
210 10 0.00
211 5 0.00
212 18 0.00
213 7 0.00
214 15 0.00
215 16 0.00
216 1 0.00
217 1 0.00
218 3 0.00
219 12 0.00
220 10 0.00
221 2 0.00
222 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
Found at i:6522365 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 6521275--6527921 Score: 3785
Period size: 361 Copynumber: 18.6 Consensus size: 357
6521265 GAGTTATTTT
** *
6521275 TTAATTGTTTG-AATATTAATAAA-TATGTGCTATTTTA-TTCGAAATAAGCTT-GTATGAA-TA
1 TTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTTG-AATAAG-TTAGTATGAACT-
* * * * *
6521335 GAAAAAATTGTTTTATAACAAAATAAAATGAT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTA
61 -AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
6521399 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
124 GTCTTAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* *** * * * * * * * *
6521460 TGGAATATTAATAAGCAAGAATTATGTTATTTCCAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGATT
188 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTT
* * * * **
6521525 TGTGATAATAC-AAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
252 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTT
* * * * ** * *
6521589 GTACTAG-TCGGGCAACAG-TTTCATTTCTTAAAT-TCATTACTGA
315 GAATTGGTTCTGTAAACAGATTT-ATTT-TTAAATCT-TTTACTTA
* * * * *
6521632 TTAATTTTT-AGAATATTAAGAAATTAGCATTACTTTT-TTTTG---GA-CT-GTATCAA-TAGA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGAACTA-A
* * * *
6521689 AACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG--
63 AA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
6521752 TTATACTAATTAAACTGGTT-TAGTAATCAAATTTATTTGTTAACTCTTTTACTTATTAATTTTC
127 TTA-ACTATTTGAACT-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * * * * *
6521816 AAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTCCAAGCAAACTTTTTTGAA-AAAAACT-TTTGTTT
189 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATGAACATAAA-TAATTGTTT
* ** * ** *
6521879 GATGACAAAACTTAAGGTCATAACAATTTGAAATCA-ATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTT
252 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTT
* * * * *
6521943 GAACTAGTTC-GTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAA
315 GAATTGGTTCTGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTT-A
* * * *
6521986 TTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTGCT-TTATTTTATTTTGAATAAGTTACTAAGAACTAAAG
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGAACTAAA-
* * * * * *
6522050 AAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTT
64 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * * * *
6522115 AACTATTTAAACTGCTTCGATAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAA
129 AACTATTTGAACTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * *
6522180 TAATATTACATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGA
193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * ** *
6522245 TAGAACCAAAAAGTTATAATAAGTTGAAATCTATAATTTTTCAAATAGTCATAACATTTGAATTG
257 CA-AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTGAATTG
*
6522310 GTTCTGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTA
321 GTTCTGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
* *** * ***
6522347 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAAATT-GTATGATGAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTAGTATGAACTAAAA
* ** *
6522411 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAG-C
65 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTC
* * * * * *
6522474 CTAATTATTTGAACTAATGT-GATAGAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT
127 TTAACTATTTGAACT-GT-TCGATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
6522537 AAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTCTATGAAC-TGAAAGAATTTTTT
189 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTT
* * * * *
6522601 TATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
252 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTG
* * * * *
6522666 AACTT-ATTCCGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAT-TTCTTGCTTT
316 AA-TTGGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTA
* * * ** * *
6522706 TTAATTTTT--TATGTTAATAAAATACCATTATTTTATTTTAAATAAG-CATGTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTA-GTATGAACT-AAA
* * * ** * * * * *
6522768 CAATTATTTTATGACTAAGTAAAAGGTTAAAATCATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
64 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * *
6522833 AACTATTTGAACTGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTAGAAT
129 AACTATTTGAACTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * ** * * * * *
6522893 ACTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTTTGAACAAAAATAAATGTTTTAGGAT
194 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGAC
* * * *
6522958 AAAACAAAGA-TCAT-ACTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTG
258 AAAACAAAAAGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTTGAATTG
* * *
6523021 ATT-TGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CATA
321 GTTCT-GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
6523055 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTATGAATAATTTTA-TATGAA-TAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GTTAGTATGAACTA-AA
** ** * * * *
6523117 ATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACA
64 A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
*** * * * * *
6523182 CCGCTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTAATTTTCTAAATCT-TTAACTTATTAATTCTTAG
128 TAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAG
* * ** * *
6523246 AACATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTACAAATAGAAATAATTGTTTTAT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
* * * * *
6523311 GATATAAC-AAAA--C-T----ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAGTAGTCACTATA-ATTTGAA
255 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TA-ACATTTGAA
* * *
6523367 CTCGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
318 -TTGGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
6523407 TTAA-TTTT-ACAATATTAATAAGTTAGTATTA-TTTATTTTGAATAA-TATTGTTTGAA-TAGA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGT-TAGTATGAACTA-A
* * * * *
6523467 AATAATTGGTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
63 AA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
6523532 ATAACTATTTGAACATATT--A-AAAAAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGG
127 TTAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
*** * * *
6523593 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATAAACA-AAACCAATTGTTTT
191 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-TAATTGTTTT
* * * *
6523656 ATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTA
253 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGA
** * * * * *
6523721 ACTT-AATCAGTAAATAGGTTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCT-
317 A-TTGGTTCTGTAAACAGATT--TATTTTTAAATCTTTTACT-TA
* * * ** *
6523764 TTAATTTTTGGAATACTAATCAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCT-GTTATGAACTAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAG-TATGAACTAAAA
* * * * *
6523827 CAATTGTTTTTATTACAAAA-AAAAGATCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCG
65 -AATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-
* * * * * *
6523891 TGAA-TATTTGAACTTCTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTACTAATTGTT-
127 TTAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
6523953 GAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
190 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTT
* * * *
6524018 ATGACAAAATAAAAATGTGATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTA
253 ATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTG
* * ** *
6524083 AACTT-ATT-TGGTAAATAGATTT-TTTAAAAATCTTTTACTTC
316 AA-TTGGTTCT-GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
6524124 TTAATTGTTT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTT-GTATGAACAGA
1 TTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAG-TTAGTATGAAC-TA
** * * * * *
6524186 AAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT-
62 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
6524250 TATAATTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACAGATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTACTTTTT
127 T-TAACTATTTGAAC-TGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
6524314 AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATCAGTTTATATGAAC-TGAAATAATTTTTT
189 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTT
* * * * *
6524378 TATGACAAAACAAAATGTCATCAC-ATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCAATGACTATTT
252 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAC-ATTT
* * * *
6524442 G-ATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTA
315 GAAT-TGGTTCTGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTA
* * * * *
6524486 TTAA-TTTTCAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAATCTGCATAAGCTTA-TATGAAC-AAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGAACTAAAA
* * * * * *
6524548 ATTATTGTTTTATAACAAAGCAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAATT-AATTAGTC
65 A--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTC
* * * * * *
6524612 ATAACTATTTGAAATGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTACT--TTTTGA-
127 TTAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * ***
6524673 AATATTAATAGATTAGTACTATTTTATTTCGAACAAACTTGTATGAAC-TAAACGTTTGTTTTAT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
6524737 GACAAAAC-AAAAGGCTATAACCATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAATTACTTGAA
255 GACAAAACAAAAAGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTTGAA
* * ** * * * *
6524801 CTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTA
318 TTGGTTCTGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
6524842 TTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAA-TCTAATATGAATTGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGT-TAGTATGAACT-AA
* * ** * * *
6524905 AAAATTGTTTCATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTT
63 AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * ** * * *
6524970 TAAGTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GA
128 TAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-
* * * * * * *
6525034 AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTAAT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
6525099 GACAGAACAAAAGGTTATAACAA-TT-AAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTAAA
255 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACATTTGAA
* * *
6525162 TTGGTTCTGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTA
318 TTGGTTCTGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
6525203 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAA-TAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGATA-AAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGA-ACTAAA
* * * * * *
6525265 ATAATTGTTTTATGACAACACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGGCT
64 A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * *
6525330 TAATTATTTGAACTAATTCTATAGACAAATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGA
128 TAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * * *
6525391 ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGCGTGTATGAA-TTGAAACAATTATTTTAT
192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTAT
* * ** *
6525455 GACAAAACCAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTGAA
255 GACAAAA-CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTTGAA
* * * * *
6525520 TTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAA-CTTTTGCTTA
318 TTGGTTCTGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
6525560 TTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTAATTTGGATAAGCTTTG-ATGAATTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGAACT-AAA
* * * * * * *
6525624 CAATTGTTTTATGTCAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
64 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * * * * * *
6525689 AAATATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCAT-TTGCTTATTATTTTTTTG
129 AACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** * * * * *
6525753 AATGTTAATAAATTTGGGATTATTTTACTTCCAAATAAACCTTGTCA-G-ATATGAAACAAATAT
191 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TT-TGAAT-AAGCTTGT-ATGAACAT-AAATAATTGT
* * * ** * * **
6525816 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAAATTTGAAATAGATAA-CATTCTAACAGTTTTTAAC-T
250 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACAT
* * * * *
6525879 ATTGAACTGGTT-TCGACAAACCGACATTTATTTTTAAATATCTTACTTA
313 -TTGAATTGGTTCT-G-TAAA-C-AGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *** * *
6525928 TTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTT-CTATG-ATTAG
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAG-TTAGTATGAACTA-
* * ** * *
6525990 AAACAATTTTTTTATGAC-AAA-ATAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGT
62 AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
6526053 -TATGACTATTGGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTTGTTACTTATTAATTTT
126 CT-TAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
6526116 T-GAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGACTTGTACGATCAAAAACAATTGT
188 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAG-CTTGTATGAACATAAATAATTGT
** ** * *
6526180 TTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATTA
250 TTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAA-CA
* * ** * *
6526244 TTTTAAATAATTCAGAAAACA-AGTTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTA
312 TTTGAATTGGTTCTGTAAACAGA-TTTA-TTTTTAAATCTT-TTACTTA
* ** * * * ** * *
6526291 CTAATTTAGGAAAGAATAATAAATTATTATTATTTTATTTTGTTTAAGCTT-GTATTAATTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGAACT-AAA
* * ** * * * * ** * *
6526355 CACTTGTTTTATGACAAATGAAAAGGTTAAAATGATTTTAAACAGGCAATTATT-AAACTAAT-T
64 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCT
* * * * * *
6526418 ATAACTATTTAAACGTGTTCAATAAACATATTTGTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG
128 -TAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * * *
6526483 AAT-GTAATAATTTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGGC-TGTATAAAC-TGAGACAATTGTTTA
191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAA-GCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTT
** * * * * * * *
6526545 ATGACTCAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATAGTC-TCAACCATTTA
253 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AA-CATTTG
* * * * * *
6526609 AACTGATTCGGTACACAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTTA
316 AATTGGTTCTGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
6526652 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA-TCTTGTACGAAC-AAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGT-TAGTATGAACTAAAA
* * * ** * * * *
6526715 CAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTT
65 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * **** * ** * * *
6526780 AACTATTTGAATTGGTTGGGTAATTTGATTTA-TTTTTAAATTTTCTTGGTTATTAAGTGTCAGA
129 AACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
** ** * * *
6526844 ATATTGTTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATTAACA-AAACCAATTGTTTGT-
192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACATAAA-TAATTGTTT-TA
* * * *** * * * *
6526907 TAACAAAATAAAAGGTTC-TAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCAAAATTATTTGA
254 TGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTTGA
* * * * ** *
6526971 AATAGTT-TGATAGACAAATTTACTTTTTAAATCTCATACTAA
317 ATTGGTTCTG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
6527013 TTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTA-TATTAACAAAA
1 TTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGTTAGTATGAACTAAA
* * *
6527076 ACAATTGTTTTATGATAAAAGAAACA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-
64 A-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * * ** * * *
6527139 TATAGTTATTTGAACTAATT-TAGTAAATGGAA-TTAGTTTCTAAATCTCTTA--TA-AAATTTT
127 T-TAACTATTTGAACT-GTTCGA-TAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
6527199 GA-AATAGTAATAAATAAATGTTATTCTATTTTTAATAAGCTTGTATGCAC-TGAAATAATT-AT
188 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTT
* * * * *
6527261 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATAACTGTTT
251 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTT
* * * * * *
6527326 GAACTAGTT-TGACAAAC-GAAATCATTTTTTAAATC--TTAGTTA
315 GAATTGGTTCTG-TAAACAG-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
** *** *
6527368 TTAATTTTT-AGAATATTTCTAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-GTGTGAA-TAGA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGAACTA-A
* * * ** *
6527430 AACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGT
63 AA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
6527495 CATAACTATTTGAATTGGTTC-AGCAAACATATTTATTTTTTAAAT-GC---CTTATTAATTCTT
126 CTTAACTATTTGAACT-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *** * *
6527555 -GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTT
189 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTT
* * * * *
6527619 TATAATAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT
252 TATGACA-AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTT
* * * * * *
6527683 GAACTAGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTACATC----ACCTA
315 GAATTGGTTCTG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
6527723 TTAATTTTTGAATAGATTAAT--ATTACT-TTATTCTGA---TCAA-ACA--TA-TATGAAC-AA
1 TTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTGAATA-AGTTAGTATGAACTAA
* * *
6527777 AAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATAGT
63 AA--AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
6527842 CATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATATAA-TTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTT
126 CTTAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
6527906 TA-AATATTAATAAATT
188 TAGAATATTAATAAATT
6527922 TATTTCATTT
Statistics
Matches: 4904, Mismatches: 1059, Indels: 660
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
346 3 0.00
347 136 0.03
348 69 0.01
349 65 0.01
350 140 0.03
351 282 0.06
352 68 0.01
353 22 0.00
354 134 0.03
355 209 0.04
356 345 0.07
357 531 0.11
358 325 0.07
359 180 0.04
360 442 0.09
361 960 0.20
362 377 0.08
363 161 0.03
364 149 0.03
365 78 0.02
366 80 0.02
367 72 0.01
368 23 0.00
369 53 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGAACTAAAAA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAA
CTATTTGAACTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTGAATTGGTTCT
GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
Found at i:6522417 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 6522394--6522432 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
6522384 TTCCAAATAA
6522394 AATTGTATGATGA-AAAAC
1 AATTGTATGATGACAAAAC
* *
6522412 AATTGTTTTATGACAAAAC
1 AATTGTATGATGACAAAAC
6522431 AA
1 AA
6522433 AGGTTCACAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (19 bp):
AATTGTATGATGACAAAAC
Found at i:6522813 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 6521275--6527919 Score: 2340
Period size: 181 Copynumber: 37.1 Consensus size: 176
6521265 GAGTTATTTT
* * ** *
6521275 TTAATTGTTTGAATATTAAT-AAAT-ATGTGCTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
1 TTAATT-TTTAAATATTAATAAAATAATAT--TATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACT-GA
* * * * * * ** * * *
6521337 AAAAATTGTTTTATAACAAAATAAAATGATATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTAGTC
62 AACAATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
6521402 ATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA-ATC-T-CTTA
126 ATAACTATTTGAACTTATTC-GTAAACA-ATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
* * * ** * * *
6521452 TTAATTTTTGGAATATTAATAAGCAA-GA-ATTATGTTATTTCCAATAAACTTGTATGAA-TAAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAA--AATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACT-GA
* * * ** *
6521514 AACAATTGA-TTTGTGATAATACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
62 AACAATT-ATTTTATGATAA-ATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * *
6521578 CATAACTATTTGTAC-TAGTCGGGCAACAGTTTCATTTCTTAAAT-TCATTACTGA
125 CATAACTATTTGAACTTATTC-GTAAACAATTT-ATTT-TTTAATCTC-TTACTTA
* * ** * * *
6521632 TTAATTTTTAGAATATTAAGAAATTAGCATTACTTT-TTTT---T--GGACTGTATCAA-TAGAA
1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCA-TGTATGAACT-GAA
* * * * * *
6521690 ACAATTATTTTATGACAAA-ACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
63 ACAATTATTTTATGATAAATA-AAA-GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
6521754 AT-ACTAATTAAACTGGT-TTAGTAATCAAATTTATTTGTTAACTCTTTTACTTA
126 ATAACTATTTGAACT--TATTCGTAAAC-AATTTATTTTTTAA-TCTCTTACTTA
* ** ** * * * * **
6521807 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTCCAAGCAAACTTTTTTGAA-AAAAAC
1 TTAATTTT-TAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
** * * * * * *
6521871 TTTTGTTTGATGACAAA-ACTTAAGGTCATAACAATTTGAAATCA-ATAATTACTCAAATAGTCA
65 AATTATTTTATGATAAATA--AAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCA
* *
6521934 TAATTATTTGAAC-TAGTTCGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAA
127 TAACTATTTGAACTTA-TTCGTAAAC-AATTTATTTTTT-AATCTCTTACTT-A
* * ** * * * *
6521986 TTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTGCT-TTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAACT-AA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAA-ATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCAT-GTATGAACTGAA
* * * * * * *** * * * * *
6522048 AGAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCC
63 A-CAATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** * * *
6522113 TTAACTATTTAAACTGCTTCGATAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTA
126 ATAACTATTTGAACTTATTCG-TAAA-CAATTTATT-TTTTAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
6522167 TTAATTTTCATAATAATATTACATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAA
1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAAC-TGAAA
* * * * * ** *
6522231 TAATTATTTTATGATAGAACCAAAAAGTTATAATAAGTTGAAATCTATAATTTTTCAAATAGTCA
64 CAATTATTTTATGATA-AA-TAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* *
6522296 TAAC-ATTTGAA-TTGGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTA
127 TAACTATTTGAACTT-ATTC-GTAAACA-ATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
* * * ** *
6522347 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAA-AATTGTATG-A-TGAAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCA-TGTATGAACTG--A
* * *
6522409 AACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAG
62 AACAATTATTTTATGATAAATA-AAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AG
* * * * *
6522473 -CCTAATTATTTGAACTAATGT-GATAGAATAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTA
124 TCATAACTATTTGAACTTAT-TCG-TA-AACAATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
* * ** * * *
6522528 TCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTCTATGAACTGAAAG
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * *
6522593 AATTTTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
65 AATTATTTTATGAT-AAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *
6522658 ACTATTTGAACTTATTCCGTAAACAATTT-TTTTTTAATTTCTTGCTTT
129 ACTATTTGAACTTATT-CGTAAACAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
* * **
6522706 TTAATTTTT-TATGTTAATAAAATACCATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAACA
1 TTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAACA
* * * *
6522770 ATTATTTTATGACTAAGTAAAAGGTTAAAATC-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
66 ATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** *
6522834 ACTATTTGAAC-TGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAA-ATC---CTTA
129 ACTATTTGAACTTATTC-GTAAACA-ATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
* * ** ** * * *** * * ** *
6522879 TTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTTTGAACAAAAAT
1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * * * * *
6522944 AAATGTTTTAGGATAAA-ACAAAGATCAT-ACTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 AATTATTTTATGATAAATA-AAAGGTTATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
6523007 AATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTC--A--TA
128 AACTATTTGAACTT-A-TTCGTAAACA-ATTTA-TTTTTTAATCTCTTACTTA
* * * * * *** *
6523055 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTATGAATAATTTTATATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACT-GAAA
* * ** * * ** * ** * *
6523118 TAATTGTTTTACAACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACA
64 CAATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCA
*** * * * * *
6523182 CCGCTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTAATTTTCTAAATCT-TTAACTTA
127 TAACTATTTGAACTTATTCG-TAAAC-AATTTATTTT-TTAATCTCTT-ACTTA
* * * * * ** * * *
6523235 TTAATTCTTAGAACATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-CAAATAGAAA
1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACT-GAAA
* * * * * * * *
6523299 TAATTGTTTTATGAT--ATAACA----A-AACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAGTAGTCACT
64 CAATTATTTTATGATAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-T
** * * *
6523357 -A-TAATTTGAACTCGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
128 AACT-ATTTGAACT-TATTCGTAAACA-ATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
** * * * *
6523407 TTAA-TTTTACAATATTAATAAGTTAGTATTA-TTTATTTTGAATAA-TATTGTTTGAA-TAGAA
1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCA-TGTATGAACT-GAA
* ** * * * * * *
6523468 ATAATTGGTTTAAGACAAA-ACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
63 ACAATTATTTTATGATAAATA-AAA-GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** * *
6523532 ATAACTATTTGAACATATT-AAAAAAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTA
126 ATAACTATTTGAACTTATTCGTAAACAATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
* * * * ** * * * *
6523582 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATAAAC-AAAAC
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAA-
* * * * * * * *
6523646 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
64 CAATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
6523711 AACTATTTTAACTTAATCAGTAAATAGGTTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCT-
128 AACTATTTGAACTTATTC-GTAAACA-ATTTA-TTTTTTAA-TCTCTTACT-TA
* * * * * * *
6523764 TTAATTTTTGGAATACTAATCAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGC-TGTTATGAACTAAAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATG-TATGAACTGAAA
* * * * * * * ** * *
6523827 CAATTGTTTTTATTACAAAAAAAAGATCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCGT
64 CAATT-ATTTTATGATAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *
6523892 GAA-TATTTGAACTTCTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTA
128 -AACTATTTGAACTTATTC-GTAAACA-ATTTATTTTTT-AATC-TCTTACTTA
* * * * * * * * *
6523944 CTAATTGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
1 TTAATT-TTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * * *
6524009 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAATGTGATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 AATTATTTTATGA-TAAAT-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *** * *
6524074 AACAATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTT-TTTAAAAATCTTTTACTTC
128 AACTATTTGAACTTA-TTCGTAAACA-ATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
* * ** * * * *
6524124 TTAATTGTTTCAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA
1 TTAATT-TTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * * * * * *
6524189 AATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATA
65 AATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
6524254 ATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTA
129 ACTATTTGAACTTATTC-GTAAACA-ATTTATTTTT-TAATCTCTTACTTA
* ** * * * ** * *
6524305 TTACTTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATCAGTTTATATGAACTGAAAT
1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * * * *
6524370 AATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATCAC-ATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCAAT
65 AATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AT
* * * * *
6524434 GACTATTTGATC-TAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTA
128 AACTATTTGAACTTA-TTC-GTAAACA-ATTTATTTTT-TAATCTCTTACTTA
* ** * * * ** * * ** **
6524486 TTAATTTTCAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAATCTGCATAAGCTTATATGAACAAAAATT
1 TTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAACA
* * * * * * ** * *
6524551 ATTGTTTTATAACAAAGCAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAATT-AATTAGTCATA
66 ATTATTTTATGATAAA-TAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATA
* ** *
6524615 ACTATTTGAAATGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
129 ACTATTTGAACTTATTCG-TAAACA-ATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
* * * * * * ** * * * *
6524665 CT--TTTTGAAATATTAATAGATTAGTACTATTTTATTTCGAACAAACTTGTATGAACT-AAACG
1 TTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAACA
* * * * * * * * *
6524727 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAACCATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAA
66 ATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * *
6524792 TTACTTGAAC-TAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTA
130 CTATTTGAACTTA-TT-CGTAAAC-AATTTA-TTTTTTAATCTCTTACTTA
* * * * * *
6524842 TTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATTCATTTTATTTTATTCTAAATAATC-TAATATGAATTGAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAA-TAATATTATTTTATTTTAAATAAGCAT-GTATGAACTGAA
* * * * * * * * * **
6524905 AAAATTGTTTCATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTT
63 ACAATTATTTTATGATAA-ATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
6524970 TAAGTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTGAATCTCTTAGTTA
127 TAACTATTTGAACTTA--TTCGTAAAC-AATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
* * * * * *
6525023 TTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACT-GAAA
* * * * * * * *
6525087 TAATTGTTTAATGACAGAACAAAAGGTTATAACAA-TT-AAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCA
64 CAATTATTTTATGATA-AATAAAAGGTTATAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
6525150 AAAATATTT-AAATTGGTTCTGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTA
127 TAACTATTTGAACTT-ATTC-GTAAA-CAATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
* * * * **
6525203 TTAATTTTTGAAATATTAGT-AAATAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGA-ACTGAAA
* * * * * ** * * * * * *
6525266 TAATTGTTTTATGACAACACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGGCTT
64 CAATTATTTTATGATAA-ATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
6525331 AATTATTTGAACTAATTC-TATAGACAAATTCATTTTTTAA-ATC--ACTTA
128 AACTATTTGAACTTATTCGTA-A-AC-AATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
* * ** * * * *
6525379 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGCGTGTATGAATTGAAAC
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * * * * **
6525444 AATTATTTTATGACAAAACCAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGT
65 AATTATTTTATGA-TAAA-TAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
6525509 AATTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAA-CTTTTGCTTA
128 AACTATTTGAACTTATTC-GTAAAC-AATTTA-TTTTTTAATCTCTTACTTA
* * * * * ** * *
6525560 TTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTAATTTGGATAAGC-TTTGATGAATTGAAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGT-ATGAACTGAAA
* * * * * * *
6525624 CAATTGTTTTATG-TCAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
64 CAATTATTTTATGAT-AAA-TAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
6525688 TAAATATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCAT-TTGCTTA
127 TAACTATTTGAACTTA-TTCGTAAAC-AATTTATTTTTT--AATC-TCTTACTTA
* * * * *** ** * *
6525742 TTATTTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGGATTATTTTACTTCCAAATAAACCTTGTCA-GATA-T
1 TTA-ATTTTTAAATATTAATAAA-ATAATATTATTTTA-TTTTAAAT-AAGCATGT-ATGA-ACT
* * * * * * *
6525805 GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAAATTTGAAATAGATAA-CATTCTAACA
60 GAAACAATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * *
6525869 GTTTTTAACTA-TTGAACTGGT-TTCGACAAACCGACATTTATTTTTAAATATCTTACTTA
123 G-TCATAACTATTTGAACT--TATTCG-TAAA-C-A-ATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
* * * * **** * * *
6525928 TTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATTAGA
1 TTAA-TTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTAT-TTTAAATAAGCATGTATGAACT-GA
* * * * ** * * * *
6525991 AACAATTTTTTTATGACAAA-ATAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTTA
62 AACAATTATTTTATGATAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
6526055 TGACTATTGGAA-TTGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAACTTGTTACTTA
127 TAACTATTTGAACTT-ATTCG-TAAA-CAATTTATTTTTTAATC-TCTTACTTA
* * * * * * * **
6526108 TTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGACTTGTACGATCAAAAA
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAG-CATGTATGAACTGAAA
* * * * ** * *
6526173 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACC
64 CAATTATTTTATGA-TAAA-TAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TC
* * * * * *
6526237 ATAATTATTTTAAATAATTCAGAAAACAAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA
126 ATAACTATTTGAACTTATTC-GTAAACAA-TTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
* ** * * * * *** * * *
6526291 CTAATTTAGGAAAGAATAATAAATTATTATTATTTTATTTTGTTTAAGCTTGTATTAATTGAAAC
1 TTAATTT-TTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * ** * * ** * *
6526356 ACTTGTTTTATGACAAATGAAAAGGTTAAAATGATTTTAAACAGGCAATTATT-AAACTAATTAT
65 AATTATTTTATGATAAAT-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCAT
* * * * * *
6526420 AACTATTTAAACGTGTTCAATAAACATATTTGTTTTTTAAATCTCTTTCTTA
128 AACTATTTGAACTTATTC-GTAAACA-ATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
* * ** * * * * *
6526472 TTAATTTTTTGAAT-GTAATAATTTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGGC-TGTATAAACTGAGA
1 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAA-GCATGTATGAACTGAAA
* * * * * * * * *
6526535 CAATTGTTTAATGACTCAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATAGTC-T
64 CAATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
6526599 CAACCATTTAAACTGATTCGGTACACAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTTA
128 -AACTATTTGAACTTATTC-GTAAAC-AATTTAT-TTTTTAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * *
6526652 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAATCTTGTACGAAC-AAAAC
1 TTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * * * * * * *
6526716 AATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTTA
65 AATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *** * * **
6526781 ACTATTTGAA-TTGGTTGGGTAATTTGATTTATTTTTAAATTTTCTTGGTTA
129 ACTATTTGAACTT-ATT-CGTAA-ACAATTTATTTTTTAA-TCTCTTACTTA
* * * ** * * ** * * *
6526832 TTAAGTGTCAGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-AATAGTATTAAC-AAAA
1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCAT-GTATGAACTGAAA
* * * * *** *
6526895 CCAATTGTTTGT-TAACAAAATAAAAGGTTCTAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTC
64 -CAATTATTT-TATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
6526959 AAAATTATTTGAA-ATAGTTTGATAGACAAATTTACTTTTTAAATCTCATACTAA
126 ATAACTATTTGAACTTA-TTCG-TAAAC-AATTTA-TTTTTTAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * **
6527013 TTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAC
1 TTAATTTT-TAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * ** * *
6527078 AATTGTTTTATGATAAA-AGAAACAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
65 AATTATTTTATGATAAATA-AAA-GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
** * * * * *
6527142 AGTTATTTGAACTAATTTAGTAAATGGAA-TTAGTTTCTAAATCTCTTA--TA
128 AACTATTTGAACTTA-TTCGTAAA--CAATTTA-TTTTTTAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * *
6527192 -AAATTTTGAAATAGTAAT-AAATAAATGTTATTCTATTTTTAATAAGCTTGTATGCACTGAAAT
1 TTAATTTTTAAATATTAATAAAAT-AATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAAC
* * * * *
6527255 AATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATA
65 AATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
6527319 ACTGTTTGAAC-TAGTTTGACAAACGAAATCATTTTTTAA-ATCTTAGTTA
129 ACTATTTGAACTTA-TTCG-TAAAC-AATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
** * * ** * *
6527368 TTAATTTTTAGAATATTTCTAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACT-GAAA
* **
6527432 CAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCA
64 CAATTATTTTATGAT-AAATAAAA-GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
6527497 TAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAAT-GC---CTTA
127 TAACTATTTGAACTT-ATTC-GTAAACA-ATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
* * * * *
6527546 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATG--TTGAAA
1 TTAATT-TTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTT-AAATAAGCATGTATGAACTG--A
* * * * * * * **
6527608 AACAATTGTTTTATAATAGAAAAAAAAGTCATAACAATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
62 AACAATTATTTTATGATA-AATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
6527673 ATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTT-A-CATC--ACCTA
126 ATAACTATTTGAACTTA-TTCG-TAAA-CAATTTATTTTTTAATC-TCTTACTTA
* * * * * * * *
6527723 TTAATTTTTGAATA--GAT----TAATATTACTTTATTCT-GATCAAACATATATGAAC-AAAAG
1 TTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAAT-AAGCATGTATGAACTGAAA-
* * * * * * * *
6527780 CATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
64 CAATTATTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
6527845 AATTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAATATAATTATTTTTTAAACCTCTTACTTA
128 AACTATTTGAACTTA-TT-CGTAAACA-ATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTA
6527897 TTAATTTTTTAAATATTAATAAA
1 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAA
6527920 TTTATTTCAT
Statistics
Matches: 4964, Mismatches: 1147, Indels: 711
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 4 0.00
170 139 0.03
171 27 0.01
172 25 0.01
173 63 0.01
174 84 0.02
175 254 0.05
176 437 0.09
177 448 0.09
178 260 0.05
179 426 0.09
180 1107 0.22
181 1118 0.23
182 271 0.05
183 131 0.03
184 31 0.01
185 56 0.01
186 57 0.01
187 15 0.00
188 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAACTGAAACA
ATTATTTTATGATAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTATTCGTAAACAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTA
Found at i:6527945 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 6527786--6528047 Score: 409
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 143
6527776 AAAGCATTTG
* *
6527786 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAT
*
6527851 TTGAACTAGTTAGGTAAATATAA-TTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTA
66 TTGAACTAGTTAGATAAATA-AATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTA
6527915 ATAAATTTATTTCA
130 ATAAATTTATTTCA
* * *
6527929 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAT
* ** * *
6527994 TTGAACTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTT
66 TTGAACTAGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTT
6528048 GGAATATTAC
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 11, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
142 2 0.02
143 105 0.98
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (143 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAT
TTGAACTAGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAA
TAAATTTATTTCA
Found at i:6528682 original size:180 final size:166
Alignment explanation
Indices: 6528542--6528863 Score: 425
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
6528532 CAGCTTTGGC
*
6528542 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA-T
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
6528606 TTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTCTTTTATAACATAACAATAAGTTATAACAA
65 TTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAA-AAGTTATAACAA
* *
6528671 TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGAAACCAGTTCAAT
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAACCAGTTCAAT
* * *
6528710 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * **
6528775 TTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTCATAAC
65 TTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAA-CAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTT-ATAAC
6528838 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
126 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
6528864 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 14, Indels: 9
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.01
168 70 0.52
169 64 0.47
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTATAACAATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAACCAGTTCAAT
Found at i:6528900 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6528554--6528863 Score: 403
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
6528544 ACAAATTTAT
* * * * **
6528554 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTACTTTGAATAA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTACTTCAAATAA
* *
6528619 GCTTGTATGAACTAAAACAATTCTTTTATAACATAACAATAAGTTATAACAATTTAAAATAGATA
66 GCTTGTATGAACTAAAACAATTCTTTTACAACAAAACAATAAGTTATAACAATTTAAAATAGATA
* * *
6528684 ATTATTCAAATAGAAACCAGTTCAATAAACAGATTTAT
131 ATTATTCAAATAGAAACCAATTCAATAAACAGATTCAA
6528722 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTA-TTTACTT-CAAAT
* * * *
6528786 AGGCTTGTATG-A-TGAAAAGCAATTGTTTTACGACAAAACAA-AAGTTCATAACAATTTGAAAT
64 AAGCTTGTATGAACT-AAAA-CAATTCTTTTACAACAAAACAATAAGTT-ATAACAATTTAAAAT
*
6528848 AGATAATTGTTCAAAT
126 AGATAATTATTCAAAT
6528864 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 13, Indels: 9
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.01
168 59 0.48
169 64 0.52
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTACTTCAAATAA
GCTTGTATGAACTAAAACAATTCTTTTACAACAAAACAATAAGTTATAACAATTTAAAATAGATA
ATTATTCAAATAGAAACCAATTCAATAAACAGATTCAA
Found at i:6529664 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6528985--6529885 Score: 735
Period size: 180 Copynumber: 5.0 Consensus size: 181
6528975 AGCTTTTATG
* ** **
6528985 ACTATTTGGACTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * * * * *
6529050 ATTGATAAAATAATATTATTTTATTTTGTATACGCTTGTATGAACAAAAATACTTGGTTTATGA-
66 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
6529114 AAGAACAAAAGATCCTAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTA
131 AA-AACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * ***
6529166 ACTATTTGAACATGTTTAG-AAACATG-TTTA-TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * ** * *
6529227 TATTAATAAATTTATATTGTTTT-ATTCCAAATTAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATG
65 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* ** * * *
6529291 ACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATACTCATA
129 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
6529344 AGTATTTAAACTTGTTC-GATAAATAGATTCATTTTTT-TA-C-TCT-CTTACTCA---TCAGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * * * * * ** *
6529401 TATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTTAAATATGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGA
65 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * *
6529466 TGAAATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAGTAGTTATG
130 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
6529518 ACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCAAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * *
6529583 ATTAATAAACTAATATTATTTTAATTTGAACAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAT
66 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
6529648 AAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAAA-AAAT-ATAAGTTCAAATAGTCATA
131 AAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATA
** * * *
6529699 ACTATTTGAACTT-TTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
** * * * * *
6529762 TGA-TAATAAATTTGTATTATTTTTATTGGAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAA-AAATATTTTAT
65 T-ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTAT
* **** * * * *
6529825 GACAAAACAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGGTAACTGTTCAAATAGTCATA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
6529879 ACTATTT
1 ACTATTT
6529886 AATCATATAG
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 129, Indels: 49
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 124 0.22
175 4 0.01
176 1 0.00
177 11 0.02
178 128 0.23
179 25 0.04
180 135 0.24
181 132 0.23
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
Found at i:6529885 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6529004--6529839 Score: 458
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 181
6528994 ACTTACTCAG
* * * ** * *
6529004 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAAATAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAAATATTAATAAACTAATATTAT
* * * * * * ** ** * *
6529069 TTTATTTTGTATACGCTTGTATGAACAAAAATACTTGGTTTATGA-AAGAACAAAAGATCCTAAC
66 TTTAATTGGAACAAGCTTGTAGGAACAAAAATAAATATTTTATGACAA-AACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
6529133 TATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAACATGTTTAGA
130 AATTTGAAAAAAATATA-AGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTTTTGA
* * * *** * * *
6529186 -AACAT-G-TTTA-TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTG
1 TAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAAATATTAATAAACTAATATTA
** ** * * * *
6529246 TTTT-ATTCCAA-ATTAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAA
65 TTTTAATTGGAACA--AGCTTGTAGGAACAAAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * * *
6529309 ATGATTTGAAATAGATAATTA-TTAAAATACTCATAAGTATTTAAACTTGTTCGA
128 ACAATTTGAAAAAAAT-ATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGA
* * * * * * * *
6529363 TAAATAGATTCATTTTTT-TA-C-TCT-C-T-T-ACTCATCAGAATATTAGTAAATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAAATATTAATAAACTAATATTAT
* ** * * * * * ** * * * * ** *
6529421 TTTATTTTAAATATGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACA
66 TTTAATTGGAACAAGCTTGTAGGAACAAAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * *
6529486 ATTT-AAAATAGATAATTA-TTTAAGTAGTTATGACTATTTAAAC-TTGTTCA
131 ATTTGAAAA-AAAT-ATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGA
* * *
6529536 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTA
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAAATATTAATAAACTAATATTA
* * * * * *
6529601 TTTTAATTTGAACAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAAC
65 TTTTAATTGGAACAAGCTTGTAGGAACAAAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
*
6529666 AATTTTAAAAAAATATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGA
130 AATTTGAAAAAAATATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGA
* * * **
6529718 TAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTAAATGA-TAATAAATTTGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAAAT-ATTAATAAACTAATATTA
* *
6529781 TTTTTATTGGAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGT
65 TTTTAATTGGAACAAGCTTGTAGGAACA-AAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGT
6529840 TATGGTGATT
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 119, Indels: 56
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.01
174 112 0.22
175 6 0.01
176 4 0.01
177 13 0.03
178 116 0.23
179 17 0.03
180 102 0.20
181 122 0.24
182 10 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAAATATTAATAAACTAATATTAT
TTTAATTGGAACAAGCTTGTAGGAACAAAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
ATTTGAAAAAAATATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGA
Found at i:6530524 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 6529921--6531706 Score: 1080
Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 178
6529911 TTGGTTCAAC
* * * * * *
6529921 AAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATTATTAGATTTGTATTA-T
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * * * * *
6529985 TTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACATAAATAATTCTTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAATAA
64 TTATTT-GAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * * * * * *
6530050 CTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATTATTATTTGAAC-TGGTTCGAT
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-T
* * ** * * *
6530101 AAACAAA-TAATCTCCT--A--TTTATTTATTTATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
6530161 TATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTCAAAATG
65 TA-TTTGAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATG
* * * **
6530223 ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAACT-GCCATAACTATTTGAACTAATTT-GAT
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-T
** * * * * * * *
6530275 AAACTTATATATGTTTTAAATCTCTAGCTTCTCAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTA-CTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * **
6530340 TTATTTTATATATGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAAAA
64 TTATTTGA-ATAAGCTTTTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * *
6530404 ATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTTGAACTTGTTTTGT
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * * * *
6530455 AAATAGATTTATTTTTTAAAATTCTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTT-AAA-TCTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * **** *
6530520 TTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAAAAG-GTTA-GA-ATGATTTGAA-ATAGATA
63 TTTATTT-GAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGAT-CATA
* * * * * * *
6530580 ATTATTCT--AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAATACATTT--A-TT-TTT--T
124 ATGATT-TGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATAG-TC-ATAACT--ATTTGAACTTGTTTAGT
* * * * * * * * * **
6530635 AGAC--TTCTTA-CTTATAAATTTTTA--AAAT-ATTATTG-GT-TT-A-GCA--A-TAT---TT
1 AAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * **
6530684 TACTTCGAATATG-TTTGTATGGATAGAAACAATTTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACCG
65 TA-TTTGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * *
6530747 ATTTGAGATAAATAATTATTCAAATCA-TCATAACTATTTAAACTAGTTTGGT
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * **
6530799 AAACAAATTTAGTTTTTAAAAC--T-CTTATTAATTTTCAAGATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
6530861 TATTTCGAATAA-TTTTGTGTGAATAGAAACACTTGTTTTATGACTAAACAAAAGATCATACTGA
65 TATTT-GAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * * * *
6530925 TTTGAAATAAATAATTATAT-AAATAGTCATAATTATTTGAACTCGCTAAGT
128 TTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * *
6530976 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTGGAAAATTTAATAAATTAG-AGTTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTA-TTAT
* * * *
6531040 TTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCATAAT
63 TTTATT-TGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAAT
* * *
6531105 -AGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGA
126 GA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * * * **
6531158 AAACAAATTTATTGTTTAAATTTTTACTTGTTAATCTTTGGAATATTGGTAAATTTA-TATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* *
6531222 TTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAATGA
64 TTATTTG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* *
6531287 TTTGAAATAGACAATTGTTC-AA-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * * * * *
6531336 AAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * ** *
6531401 TTATTTTAAATAAGCCTATGTAAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGA
64 TTA-TTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * *
6531466 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTTGGT
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* ** *
6531517 AAACATAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATACGTTAATATTAT
1 AAACA-AATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * * *
6531581 TTTGA-TGGAATAAGGTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTTATAAC
63 TTT-ATTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAAT
* * * * *
6531644 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTTGGT
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
6531697 AAACAAATTT
1 AAACAAATTT
6531707 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 1237, Mismatches: 265, Indels: 208
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.00
160 5 0.00
161 6 0.00
162 28 0.02
163 9 0.01
164 16 0.01
165 16 0.01
166 13 0.01
168 2 0.00
169 3 0.00
170 3 0.00
171 2 0.00
172 5 0.00
173 2 0.00
174 102 0.08
175 30 0.02
176 25 0.02
177 103 0.08
178 58 0.05
179 130 0.11
180 244 0.20
181 303 0.24
182 114 0.09
183 5 0.00
184 5 0.00
186 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
Found at i:6531482 original size:541 final size:536
Alignment explanation
Indices: 6530698--6531686 Score: 1217
Period size: 541 Copynumber: 1.8 Consensus size: 536
6530688 TCGAATATGT
* * * * *
6530698 TTGTATGGATAGAAACAATTTTTTTTATGACAAAACAAAGATCATACCGATTTGAGATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAAACAAT
* *
6530763 TATTCAAATCATCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAACTCTTATT
66 TATTCAAA-CATCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAAATTCAGTTTTTAAAACTCTTATT
* * *** * * *
6530828 AATTTTCAAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTGTGTGAATAGAAACAC
130 AATTTTCAAGATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATGTAAATAGAAACAA
*
6530893 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAAATAATTATAT-AAATAGTCATAA
195 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAA
* *
6530957 TTATTTGAACTCGCTAAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATT-TTGGAAA
259 CTATTTGAACTCGCTAAGTAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTT-GAAA
* ** * *
6531020 -ATTTAATAAATTAGA-GTTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTA
322 TA-TTAATAAATTA-ATATTATTTTGA-T-CGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTGGTTTA
* * * *
6531082 TGGCAAAACAAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
383 TGACAAAACAAAAA-GTCATAA-AGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG
6531146 AACATGTTTAGAAAACAAATTTATTGTTTAAATTTTTACTTGTTAATCTTTGGAATATTGGTAAA
446 AACATGTTTAGAAAACAAATTTATTGTTTAAATTTTTACTTGTTAATCTTTGGAATATTGGTAAA
6531211 TTTATATTATTTTATTTGAAATAAGC
511 TTTATATTATTTTATTTGAAATAAGC
* * *
6531237 TTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGACAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAAACAA
* * * * * * *
6531301 TTGTTCAAA-GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACT
65 TTATTCAAACATCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAAATTCAGTTTTTAAAACTCTTA-T
* * * *
6531365 CATCAATTTTTGAA-ATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATGTAAATTGA
129 --T-AA-TTTTCAAGATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATGTAAATAGA
* * *
6531429 TACAATTGTTTTATGA-TGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
190 AACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * ** *
6531493 TATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTG
254 CATAACTATTTGAACTCGCTAAGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTG
** * * * *
6531558 AAATATTAATACGTTAATATTATTTTGATGGAATAAGGTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
319 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTGATCGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTGGTTTAT
* *
6531623 GACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA
384 GACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA
6531687 ATTATTTGGT
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 59, Indels: 28
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
537 45 0.12
538 17 0.05
539 92 0.24
540 44 0.12
541 167 0.44
542 12 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAAACAAT
TATTCAAACATCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAAATTCAGTTTTTAAAACTCTTATTA
ATTTTCAAGATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATGTAAATAGAAACAAT
TGTTTTATGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTCGCTAAGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTGAAATATT
AATAAATTAATATTATTTTGATCGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAA
CAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTTA
GAAAACAAATTTATTGTTTAAATTTTTACTTGTTAATCTTTGGAATATTGGTAAATTTATATTAT
TTTATTTGAAATAAGC
Found at i:6531650 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 6530706--6531705 Score: 1071
Period size: 359 Copynumber: 2.8 Consensus size: 360
6530696 GTTTGTATGG
* * ** * *
6530706 ATAGAAACAATTTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACCGATTTGAGATAAATAATTATTCAA
1 ATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * *
6530770 ATCA-TCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAAC---T-CTTATTAA
65 AT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * ** * *
6530830 TT-TTCAAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTGTGTGAATAGAAACACT
129 TTCTTGAA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
6530894 TGTTTTATGACTAAACAAAAGATCAT-ACTGATTTGAAATAAATAATTATATAAATAGTCATAAT
192 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-GATTTGAAATAAATAATTAT-TCAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
6530958 TATTTGAACTCGCTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTGGAAAATT
255 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTGGAAAATG
* * * *
6531023 TAATAAATTAGAGTTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGA
320 TAATAAATTAGAGTTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATAA
* * *
6531064 ATAGAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCATAAT-AGTTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
6531128 AATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACAAATTTATTGTTTAAAT-TTTTACTTGTTAA
64 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* ** * *
6531192 -TCTTTGGAATATTGGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
129 TTC-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * *
6531256 TGTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAA-AGTCATAACTA
192 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAATAGTCATAACTA
* *
6531320 TTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTTG-AAATAGT
257 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTGGAAAAT-GT
* ** *
6531384 AATAAGTTAGTA-TTATTTTATTTTAAATAAGCCTATGTAA
321 AATAAATTAG-AGTTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATAA
* * **
6531424 ATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
1 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* *
6531489 TAGTTATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
66 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
** * * * * *
6531553 TCTTGAAATATTAATACGTTAATATTATTTTGA-TGGAATAAGGTAGTATGAACAAAAATAATTG
130 TCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* *
6531617 TTTTATGACAAAACAAAA-AGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTA
194 TTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTA
* * *
6531681 TTTGAAATTATTTGGTAAACAAATT
257 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATT
6531706 TGAAATAAGC
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 93, Indels: 39
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 14 0.03
358 13 0.02
359 213 0.40
360 150 0.28
361 40 0.08
362 94 0.18
363 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
CTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTG
AACTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTGGAAAATGTAATAA
ATTAGAGTTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATAA
Found at i:6534151 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 6534123--6534167 Score: 81
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
6534113 AAAGTTATAA
6534123 ACTAGTACCTCTCCTTTTCTTG
1 ACTAGTACCTCTCCTTTTCTTG
*
6534145 ACTAGTACCTCTCTTTTTCTTG
1 ACTAGTACCTCTCCTTTTCTTG
6534167 A
1 A
6534168 GAACCAAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
ACTAGTACCTCTCCTTTTCTTG
Found at i:6540664 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 6540400--6540834 Score: 572
Period size: 146 Copynumber: 3.0 Consensus size: 146
6540390 GTTTGTTAAT
* * * * * *
6540400 AACAAACGCCTTTAATAA-TTTCCTTATAAAAAATTTTAGGATTATTAAAGGTGTTTTCTACTAA
1 AACAAACACCTTTAGTAATTTTCC-TCTAAAACATTTTGGGATTATTAAAGGTGTCTTCTACTAA
* * * * *
6540464 CAAATGCCTTCAGTAATTTCTTTTAAATTTCCTACATAAATGTT-AAAAGCATTTATTGATAATA
65 CAAATGCCTTCAATAATTCCTTTTAAATTTTCTACATAAATATTGAAGA-CATTTATTGATAATA
*
6540528 AATGCCTTCAATAATTTC
129 AACGCCTTCAATAATTTC
* * *
6540546 AACAAACACCTTCAGTAATTTTCCTCTAAAACATTTTGGGATTATTAAAGGTGTCTTCTATTCAC
1 AACAAACACCTTTAGTAATTTTCCTCTAAAACATTTTGGGATTATTAAAGGTGTCTTCTACTAAC
** *
6540611 AAACACCTTCAATAATTCCTTTTTAATTTTCTACATAAATATTGAAGACATTTATTGATAATAAA
66 AAATGCCTTCAATAATTCCTTTTAAATTTTCTACATAAATATTGAAGACATTTATTGATAATAAA
6540676 CGCCTTCAATAATTTC
131 CGCCTTCAATAATTTC
* * ** *
6540692 AACAAACTCCTTTAGTAATTTCCCTCTAAAACATTTTGGGATTATTAAAGGCATCTTCTACTGAC
1 AACAAACACCTTTAGTAATTTTCCTCTAAAACATTTTGGGATTATTAAAGGTGTCTTCTACTAAC
* * * * *
6540757 AAATGCCTTTAATAATTCCTCTTAAATTGTCTACATAAATATTGAAGGCGTTTATT--TAATAAA
66 AAATGCCTTCAATAATTCCTTTTAAATTTTCTACATAAATATTGAAGACATTTATTGATAATAAA
6540820 CGCCTTCAATAATTT
131 CGCCTTCAATAATTT
6540835 TCTTCTAAAA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 33, Indels: 6
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
144 22 0.09
146 224 0.88
147 8 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (146 bp):
AACAAACACCTTTAGTAATTTTCCTCTAAAACATTTTGGGATTATTAAAGGTGTCTTCTACTAAC
AAATGCCTTCAATAATTCCTTTTAAATTTTCTACATAAATATTGAAGACATTTATTGATAATAAA
CGCCTTCAATAATTTC
Found at i:6541897 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 6541753--6541925 Score: 213
Period size: 80 Copynumber: 2.2 Consensus size: 80
6541743 CTTAAATATT
* * * *
6541753 ATGGTTTGCTAAACCTTGTTGTCAGAGTGTTGTTTTGCTAAATAGTATTGTATGATATTAGGGGC
1 ATGGTTTGCTGAACCTTATTGTCAGAGTATTATTTTGCTAAATAGTATTGTATGATATTAGGGGC
*
6541818 CGAATCGTATGCTGA
66 CGAATCATATGCTGA
* * * * * *
6541833 ATGGTTTGCTGAACCTTATTGTCTGA-TATTATTTTGTTGAATGGTTTTGTATGATATTGGGGGG
1 ATGGTTTGCTGAACCTTATTGTCAGAGTATTATTTTGCTAAATAGTATTGTATGATATT-AGGGG
*
6541897 CTGAATCATATGCTGA
65 CCGAATCATATGCTGA
*
6541913 ATGATTTGCTGAA
1 ATGGTTTGCTGAA
6541926 TGGTGTTTCT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 13, Indels: 2
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
79 26 0.33
80 53 0.67
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.26, T:0.41
Consensus pattern (80 bp):
ATGGTTTGCTGAACCTTATTGTCAGAGTATTATTTTGCTAAATAGTATTGTATGATATTAGGGGC
CGAATCATATGCTGA
Found at i:6541945 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 6541917--6541964 Score: 78
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
6541907 TGCTGAATGA
* *
6541917 TTTGCTGAATGGTGTTTCTGAGTGG
1 TTTGCTGAAGGGTGTGTCTGAGTGG
6541942 TTTGCTGAAGGGTGTGTCTGAGT
1 TTTGCTGAAGGGTGTGTCTGAGT
6541965 ACATTGTTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 21 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.08, G:0.38, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
TTTGCTGAAGGGTGTGTCTGAGTGG
Found at i:6547391 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6547103--6547435 Score: 445
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
6547093 TTGGTTCGGC
*** * * * * *
6547103 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAAAAACCTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAACATTATT
* * * * *
6547168 TTATTTCGAATACGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAAACAAAGGTT-ATAACA
66 TTATTCCAAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGTTCATAACA
*
6547232 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGT
* * *
6547284 AAACATATTTATTTTTTAAAAAACCTACTTATTAATTATTGA-AATATTAATAAATTAGCATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAAAAACCTACTTATTAATT-TTCATAATATTAATAAATTAACATTAT
* ** *
6547348 TTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATA
65 TTTATTCCAAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACA
6547413 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
6547436 GTGACCATAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 21, Indels: 4
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 11 0.09
181 115 0.89
182 3 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAAAAACCTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAACATTATT
TTATTCCAAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGT
Found at i:6547477 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6547103--6547480 Score: 440
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
6547093 TTGGTTCGGC
*** * * * * *
6547103 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAAAAACCTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAACATTATT
* * * * *
6547168 TTATTTCGAATACGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAAACAAAGGTTATAACAA
66 TTATTCCAAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTATAACAA
* *
6547233 TTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTAAACTAGTTCAGT
* * *
6547284 AAACATATTTATTTTTTAAAAAACCTACTTATTAATTATTGA-AATATTAATAAATTAGCATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAAAAACCTACTTATTAATT-TTCATAATATTAATAAATTAACATTAT
* ** *
6547348 TTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGTTCATAAT
65 TTTATTCCAAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGTT-ATAAC
*** * *
6547412 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGACCATAATTATTTGAACT-GATTC-GAT
129 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTAAACTAG-TTCAG-T
*
6547465 AAACAGATTTATTTTT
1 AAACAAATTTATTTTT
6547481 AAATCTCCAA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 28, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 13 0.08
181 149 0.90
182 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAAAAACCTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAACATTATT
TTATTCCAAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTAAACTAGTTCAGT
Found at i:6547736 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 6547516--6549383 Score: 967
Period size: 181 Copynumber: 10.3 Consensus size: 176
6547506 TAGAAAATAG
*
6547516 ATTTATTTTTTAATT-TTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAAGAAAATTAAATTATTTTATTCG
1 ATTTATTTTTTAATTCTTTACTAATTAATTTTT-GAATATTAA-TAAATTAAATTATTTTATTC-
* ** **
6547580 AAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGTGA
63 AAATAAGCTTGCATGAACAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAA
* * *
6547645 TAGTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCAATAAATAA
127 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAA
* * *
6547695 ATTCT-TTTTTTAATTCTCTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACT
1 ATT-TATTTTTTAATTCT-TTACTAATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-AATTATTTTA-T
* * * * * * *
6547759 TTAAATAAGCTT-CTACGAACTGAAACAAGTATTTTATTACAAAA-GAAATGGTTATAATAATTT
61 TCAAATAAGCTTGC-ATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATAATTT
* * * * * * * *
6547822 GAAATAGAAAATTATTCAAATAGCCATGACTATTTGAACTTGTTCATTAAGCAT
123 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAA
* * *
6547876 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAATTC-TTTACTAATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAA-ATTATTTT-ATT
* * * * * *
6547941 CAAATAAACTTGTATGAATAGCAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
62 CAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAA
* * ** *
6548006 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGA-TCGGTAAACAG
126 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAATAAACAA
* * * *
6548057 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTATATTAGTTTATT
1 ATTTATTTTTTAATTC-TTTACTAATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTA-T
* ** * * * * ** *
6548121 TCAAA-AA-ATTTTATGAATAGAAA-ATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTC
61 TCAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTG
* * * * * * * * *
6548183 AAATAGATAATTTTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAAGAG
124 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAA
* * * * * *
6548236 ATTCATTTTTAAATCTCTTT-GTTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAATATTTTTTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAT-TCTTTACTAATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAA-A-TTATTTTA-T
* * * * * * ** *
6548300 TCGAATAAGCTTACATAAACTAAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAACGAA-TTG
61 TCAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TAATTTG
* * * * * *
6548364 AAATATATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTTAGTTCAGTAAACAT
124 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAA
** ** ** * * * * *
6548417 ATTTATTTTAAAAAACTTTTTGTTATTACTTGTTGATATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAATTC-TTTACTAATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTA-AATTATTTT-ATT
** ** * * * **
6548482 GGAATAAGCTTGTTTGAACATAAACAATCATTTTA-GAATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
62 CAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACAATTATTTTATG-ACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGA
* * * ** * *
6548546 AATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAG
125 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAA
* * *** * * * * * *
6548598 ATTT-TTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAGATTAGTAGTACTTTATTTT
1 ATTTATTTTTTAATTCTTTACTAATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTA-TTC
* ** * ** * * * *
6548659 GAGCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
63 AAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAA
* * * * **
6548724 TAGATAACTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTT-AGATAAACAA
127 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAACAA
* * * * ** ** *
6548774 AATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATTTTACTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAATTC-TTTACTAATTAATTTT-TGAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATT-
* * * * * *
6548839 CAAATAAACTAGTATGGATTCAGAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
62 CAAATAAGCTTGCAT-GA-ACA-AAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTT
* * * * * * * * ** ***
6548903 GAAATAAATATTTATTCATATAGTCGTAAATATTTAAAATGGTTCGGCAAACAA
123 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAA
* * * * *
6548957 ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAATTCT-TTACTAATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTA-TT
* * * * * * * ***
6549022 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAGTAATAAATTTAT-ATTAAAA-AAAAGGTTTATAGCCATTTG
62 CAAATAAGCTTGCATGAACAAAA-CAATTATTTTATGA-CAAAACAAAATG-TCATAATAATTTG
* * * * * ** *** * *
6549085 AAGTTTG-CAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTGAACCAATTTGGTAAATAG
124 AA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAA
* * * *
6549138 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAATTCT-TTACTAATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATT-
* * * * ** * *
6549203 CAAATAAGCTTGAATGTTAAAAAAACAATTGTTATATGACCTAACAAAA-GATAATAATGATTTG
62 CAAATAAGCTTGCATG--AACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTG
* * * * *** *
6549267 AAATAGATAATTCTTGACATAGCCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAT
124 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAA
* * * *
6549320 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAATTC-TTTACTAATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATT
6549384 AATAGAAACA
Statistics
Matches: 1321, Mismatches: 289, Indels: 155
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 120 0.09
177 19 0.01
178 22 0.02
179 126 0.10
180 52 0.04
181 660 0.50
182 168 0.13
183 151 0.11
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTATTTTTTAATTCTTTACTAATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCAAA
TAAGCTTGCATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAA
Found at i:6549030 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 6547592--6549383 Score: 1469
Period size: 541 Copynumber: 3.3 Consensus size: 538
6547582 ATAAGCTTGC
* * * * * ** * *
6547592 ATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGTGATAGTTAATTGTT
1 ATGAA-AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
** * * * * ** *
6547657 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCA-ATAAA-TAAATTCTTTTTTTAATTCTCTTGCTCA
65 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTT-AGATAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTTTTAATTA
* * * * *
6547720 TTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTACTT-TAAATAAGCTT-C-TACGAACTG
128 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCCAAATAAACTTACATA--AACTA
* * * * ** * * *
6547781 AAACAAGTATTTTATTACAAAAGAAATGGTTATAA-TAATTTGAAATAGAA-AATTATTCAAATA
189 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAA-TTGAAATA-AATAATTTTTCAAATA
* * * * * * ** * * *
6547844 GCCATGACTATTTGAACTTGTTCATTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
252 GTCATAAATATTTAAAATAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTGT
* * * * *
6547909 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGCAACAATTATTT
317 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATAATTT
* * *
6547974 TATG-ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTT
381 TA-GAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTT
* * * * ** *
6548038 GAACTTGATCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTAATATTAATA
445 GAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTATCAAAATGTTAATA
* * *
6548103 AATTTA-TATTAGTTTATTTCAAAAAA-TTTT
508 AA-TTAGTATTACTTTATTTTAAAAAACTTAT
* * * *** * *
6548133 ATGAATAGAAAA-TTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTTT
1 ATGAA-A-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
6548197 TCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAG-TAAA-GAGATTCA-TTTTTAAATCTCTTT-GT
64 TCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGCTTAGATAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCT-TTTAAT
* * * * *
6548258 TATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAATATTTT-TTTTATTTCGAATAAGCTTACATAAACTA
126 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT--TATTTTATTTTATTCCAAATAAACTTACATAAACTA
* * ** *
6548322 AAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAACGAATTGAAATATATAATTTTTCAAATAGT
189 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGT
* * ** * * ** * * *
6548387 CATAATTATTTGATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAAACTTTTTGTTATTACTTGTTG
254 CATAAATATTTAAAATAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTGTTG
* * ** * *
6548452 ATATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATTGGAATAAGCTTGTTTGAACATAAACAATCATTTTA
319 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATAATTTTA
* *
6548517 GAATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAACTATTTGAA
383 GAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
6548582 CTAGTTTGATAAATAGATTT-TTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAGATTA
448 CTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTATCAAAATGTTAATAAATTA
* **
6548644 GTAGTACTTTATTTTGAGCAAACTTAT
513 GTATTACTTTATTTT-AAAAAACTTAT
* *
6548671 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATT
1 ATGAA-AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* *
6548736 CAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATT
65 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATT
* * * ** *
6548801 AATTTTCAAAATATTAATAAATTTATTTTACTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATGGATTCAGAAA
130 AATTTTTAAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCAAATAAACTTA-CATAAACT-A-AAA
* * *
6548865 -AACTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT-ATTTATTCATATAGTC
192 TAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAAATAATTT-TTCAAATAGTC
* * * * * *
6548928 GTAAATATTTAAAATGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGA
255 ATAAATATTTAAAATAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTGTTGA
* * * * * *
6548993 AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAGTAATAAATTTAT
320 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATAATTTTAG
* * * * * * **** * *
6549058 ATTAAAA-AAAAGGTTTATAGCCATTTGAAGTTTGCAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTGAA
384 AATAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * **
6549122 CCAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-GATTAATAAA
448 CTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTATCAAAATG-TTAATAAA
* ** *
6549186 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-
510 TTAGTATTACTTTATTTTAAA-AAACTT-AT
* * ** * *
6549216 ATGTTAAAAAAACAATTGTTATATGACCTAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATAATTCT
1 ATG--AAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * *
6549281 TGACATAGCCATAACTATTTGAACTCGCTCA-ATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
64 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GCTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTA
* * * *
6549345 TTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATT
128 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATT
6549384 AATAGAAACA
Statistics
Matches: 1007, Mismatches: 204, Indels: 75
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 3 0.00
536 33 0.03
537 23 0.02
538 98 0.10
539 55 0.05
540 259 0.26
541 334 0.33
542 12 0.01
543 6 0.01
544 3 0.00
545 43 0.04
546 133 0.13
547 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
ATGAAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTA
ATTTTTAAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCAAATAAACTTACATAAACTAAAATAAT
TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAT
ATTTAAAATAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTGTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATAATTTTAGAATAAAA
CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTATCAAAATGTTAATAAATTAGTATTACT
TTATTTTAAAAAACTTAT
Found at i:6549686 original size:166 final size:163
Alignment explanation
Indices: 6549485--6549788 Score: 400
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
6549475 TGGCAAATAG
* *
6549485 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT-ATTTTATTCCGAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCAAA
* * * *
6549549 TAAG-TT-TATG-TGAACTAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
66 TAAGCTTGTACGATG-A--AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAT
6549611 AGATAATTGTTTAAATTGGAATTGGTTCAGTACACA
128 AGATAATTGTTTAAATTGGAATTGGTTCAGTACACA
* *
6549647 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTC
* * * *
6549712 CAAATAGGCTTGTACGATGAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATAATTTGAAA
62 CAAATAAGCTTGTACGATGAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAA
*
6549777 TGGATAATTGTT
127 TAGATAATTGTT
6549789 CTAATAGCCA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 13, Indels: 11
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 14 0.12
164 1 0.01
165 2 0.02
166 32 0.26
167 64 0.53
168 2 0.02
169 4 0.03
170 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (163 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCAAA
TAAGCTTGTACGATGAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGA
TAATTGTTTAAATTGGAATTGGTTCAGTACACA
Found at i:6550013 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6549647--6550015 Score: 390
Period size: 178 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
6549637 TCAGTACACA
* * * * *
6549647 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATAATTTTATTC
* * * *
6549712 CAAATAGGCTTGTACGATGAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATAATTTGAAA
66 CAAATAAGCTTGTACGATGAAAATAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
* * * *
6549777 TGGATAATTGTTCTAATAGCCATAATTATTTGAACCGATTTGATAAACTG
131 TAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCGAACCGATTTGATAAACTG
* *
6549827 ACTTATTTTTTAAATCT-CAACTTATCAATTTTTGAAATATTAA-AAAGTAATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATAATTTTATTC
* * * * * * * * *
6549890 CATATAAGCTTTTATGAATTG-AAATAGTT-GTTTATGATAAAACAAATGGTCATATTTATTTTA
66 CAAATAAGCTTGTACG-A-TGAAAATAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
* *** * *
6549953 AATAGATAGTTGTTCAAATAGTTGTAACTATTCGAACTTG-TTTGGTAAA-TAG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCGAAC-CGATTTGATAAACT-G
6550005 ATTTATTTTTT
1 ATTTATTTTTT
6550016 TAAAATTTCT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 31, Indels: 10
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.01
178 102 0.66
179 33 0.21
180 18 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATAATTTTATTC
CAAATAAGCTTGTACGATGAAAATAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCGAACCGATTTGATAAACTG
Found at i:6550651 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 6550282--6550682 Score: 439
Period size: 182 Copynumber: 2.3 Consensus size: 176
6550272 TTTGAGATAA
* * * * *
6550282 ATAA-TATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTATCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCA
1 ATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCA
* * **
6550346 AAATATTAATAAATTAATATTATTTAAGTAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
66 AAATATTAATAAATTAATATTATTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAA
* *
6550411 AATAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAACAATTATTCAAATAGTC
131 AATAAAAAGTCACAACAATTTCAAACAAACAATTATTCAAATAGTC
* * * *
6550457 ATAATGATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTTTAATATTTTACTTATTAATTGTCT
1 ATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCA
** * * *
6550522 TGATATTAATAAATTTGTATTATTTTGTTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTA
66 AAATATTAATAAA--T-TA--ATATTATTT-AAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATCATTTTA
* * *** * * * *
6550587 TGACAAAATAAAAGGTTACAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
125 TGACAAAATAAAAAGTCACAACAATTTCAAACAAACAATTATTCAAATAGTC
* *
6550639 TTAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTCA-TTTTTTAAAT
1 ATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAATT-ATTTTTTTAAAT
6550683 CTCTTAGTCA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 33, Indels: 10
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.02
176 62 0.34
178 1 0.01
179 2 0.01
181 19 0.10
182 97 0.52
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
ATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCA
AAATATTAATAAATTAATATTATTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAA
AATAAAAAGTCACAACAATTTCAAACAAACAATTATTCAAATAGTC
Found at i:6552158 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 6551133--6552812 Score: 1006
Period size: 180 Copynumber: 9.4 Consensus size: 177
6551123 CTATGTTTTT
* * * * * * * *
6551133 CAATTTGAAATAGATAATTGCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAATT
1 CAATTTGAAATTGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTT
* * * * *
6551198 ATTTTTAAAATC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTTATTCTGAG
65 ATTTTTTAAATCTTTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTAT-TTC-GAA
* ** * * * * * *
6551260 TAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTGAT-TCCAAACAAATGGTAATAA
127 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAA
* * * * * * * * * *
6551311 CAATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACATATTCA
1 CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTA
* * * * * *
6551376 CTTTTTAAATC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTTTTAAATCTTTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAA
* *
6551439 ACTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAA
130 GCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA
*** * * * * * * * * * * **
6551488 TGGTTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTCGTAAGTA-TT--A-GAATTTGTTCAATAAAAAAT
1 CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAAT-AGATTT
* * * * * *
6551549 ATTTTCTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGA
65 ATTTT-TTAAA-TCTTTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAA
* * * *
6551614 TAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCCAAACAAAAGGTCATAA
127 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA
* ** * * * ** ** * * * * *
6551666 CAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATGGTAATAACTATTTTAGGTTGTTCGATAGACAGAGTTA
1 CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTA
* * * * * *
6551731 TTTTTTTTAACCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTAATTTATTTCGA
66 -TTTTTTAAATC-TTT-CTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTTCGA
* * * * * * * *
6551795 ATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTCATGACTAAATAAGAGGTCAAAA
126 ATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAA
** * * * * ** * ** * * *
6551848 TGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TGGGTTTGGCAAACACATTT
1 CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AATTTGGTAAATAGATTT
* * *
6551912 ATTTTTTAAATC--TCTTAATAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT-TTAACTGAAT
65 ATTTTTTAAATCTTTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATT-TC-GAAT
** * * * * **
6551974 AAGCTTCAATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAATGATTTTAA
128 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA
* *
6552024 CAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTA
1 CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTA
* * *
6552089 TTTTTTAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTAATTTCAAAT
66 TTTTTTAAATCT-TT-CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTTCGAAT
* *
6552154 AAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
128 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAA
* * * ** * * * * ** * *
6552204 CGATTTGTAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAACAGATTCA
1 CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTA
* * * ** * **
6552269 TTTTTTAATTTCTTACATAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTA
66 TTTTTTAA-ATCTTTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATA
* * * * *
6552334 AGCTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAA
129 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA
** * * * * * * ** *
6552384 TTATTTTAAATTGACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA
1 CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTA
** * * *
6552449 TTTTTTAAAATCTCTTTCTTTTTAA-TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCGAA
66 TTTTTT-AAA--TCTTTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTTCGAA
* * *
6552513 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTC-TAAA
127 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCAT-AA
* * * * * ** *
6552565 CAATTTGAAATATG-TATTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTCCG-ACAATCA-CT
1 CAATTTGAAAT-TGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTA-AAT-AGAT
* *
6552626 TTATTTTTTAAATC--TCTTACA-AATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTT-TAATCTG
63 TTATTTTTTAAATCTTTCTTA-ATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTC-G
* * * * **
6552686 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAAATGTTTTATAACAAAATAAATATCATAA
125 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA
** * * * ** ** *
6552739 TGATTTGAGATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGAAAAATAGATTGA
1 CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTA
6552804 TTTTTTAAA
66 TTTTTTAAA
6552813 ATGTTTATAC
Statistics
Matches: 1153, Mismatches: 293, Indels: 115
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 9 0.01
174 57 0.05
175 84 0.07
176 108 0.09
177 177 0.15
178 141 0.12
179 76 0.07
180 219 0.19
181 136 0.12
182 139 0.12
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTA
TTTTTTAAATCTTTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCGAATAAG
CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA
Found at i:6552292 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 6551135--6557437 Score: 3593
Period size: 361 Copynumber: 17.5 Consensus size: 356
6551125 ATGTTTTTCA
* * *
6551135 ATTTGAAATAGATAATTGCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAAATTA
1 ATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA-GTAAAC-AATTTA
** * * * *
6551199 -TTTTTAAAATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTTATTCTGAG
62 TTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTAAT-TGAA
* ** * * * * * * * * *
6551260 TAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTGAT-TCCAAACAAATGGTAATAACAATTTGAAATTG
124 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTG
* * * * * * * *
6551324 ATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAATC-
189 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
6551387 --ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
253 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAT
* *
6551450 CTAAAACAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAATG
318 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * * * *
6551490 GTTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTCGTAAGTATTAGAATTTGTTCAATAAA-AA-ATATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAGTAAACAATTTATTT
* * * * *
6551553 TCTTAAACTCTTGCTTATTAA-TTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
65 T-TTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAA
* * * * * * * **
6551617 GCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCCAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATA
127 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGATA
* * * ** * * * * * *
6551682 ATTGTTCAAATGGTAATAACTATTTTAGGTTGTTCGATAGACAGAGTTATTTTTTTTAACCTTTT
192 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC-TTT
* * * * *
6551747 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTAATTT-ATTTCGAATAAGCTTGTAAGAT
255 GCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAT
* * * * * * * *
6551810 -ATGAAACAAATATTTCATGACTAAATAAGAGGTCAAAATG
318 CA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** ** *
6551850 ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TGGGTTTGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--GTTCAGTAAACA-ATTTAT
* *
6551914 TTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACTGAATA
63 TTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTGAATA
** * * * ** * *
6551975 AGCTTCAATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGATTTTAACAATTTGAGATTGAT
126 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGAT
* * ** *
6552039 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTGTT
191 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TT
*
6552104 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGATCA
255 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGATCA
*
6552169 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACG
320 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6552206 ATTTGTAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAACAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA-ATTTATT
* * * * * **
6552271 TTTTAATTTCTTACATAATAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAA
64 TTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAA
* * * * * * * * *
6552335 GCTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATTATTTTAAATTGACA
127 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGATA
* * *
6552400 ATTGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTT
192 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-TT
* * * * * * *
6552465 TCTTTTTAA-TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC
255 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGATC
* * * *
6552528 TGAAACAATTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTC-TAAACA
319 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACG
* * * * * *
6552567 ATTTGAAATATG-TATTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TCCG-ACAATCACTTTA
1 ATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTA-AA-CAATTTA
*
6552629 TTTTTTAAATCTCTTAC--A--AATTTTT-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT
62 TTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAAT
* * * * * * * *
6552689 AAGCTTGTATGAAAAGAAACAAATGTTTTATAACAAAA-TAAATATCATAATGATTTGAGATAGA
125 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGA
* * ** * *
6552753 TATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGAAAAATAGATTGATTTTTTAAAATGTT
190 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT--AA----
* ** *
6552818 TATACAAATTTGTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTAT
249 -AT-C---TTTG--CTT---A----TTA---ATT--TTTGAAA--TATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
6552883 TTTATTTCAAATACA-CTTGTATGATTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
293 TTAATTTCAAATA-AGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
*
6552947 T
356 G
* * * * *
6552948 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGTTTAGGAAATAAATTTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAA-CAATTTA-TT
* *
6553013 TTTTAAT-TTTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCGAAATA
64 TTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATT-G-AATA
* * * * * * *
6553075 AGCTTGTATGAATATAACCACTTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTAAAATTGA
126 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATAATTTGAAATTGA
* * * * * * *
6553139 TATTTCTTCAAATAGCCA-AACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCT
190 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-T
* * * * *
6553203 T-ATTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTATATTTCGAATGAGCCTATATGA
254 TGCTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTA-ATTTCAAATAAGCTTGTATG-
** * * **
6553266 ATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACG
316 ATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
6553307 ATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATCACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA-ATTTATT
* * * * * * *
6553372 TTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAAA
64 TTT-TAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-GAATA
* * * * *
6553436 AGCTTGTATAAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTG-AA---AT
126 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGAT
* * * * *
6553497 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACATA-TTATTTTTAAAATTTTTT
191 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTT
* * * * *
6553561 ACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGAATTACTTTAA-TTGAAATAAGCTTGTATGAA
255 GCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTTCAAATAAGCTTGTATG-A
* * * * **
6553624 TAGAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTG
317 T-CAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6553666 ATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTCTTCATTAAATAGATTCA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAGTAAACA-ATTTATT
* * * *
6553730 TTTTAAGTCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCTGAATCA
64 TTTTAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAA
* * ** * * *
6553794 GCATATACAAACAGAAACAATT-TTTTGTGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAATAGATA
127 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGATA
* * * * ** * * * * *
6553856 ATTGTTCATACAGTTATAACTATTTGTA-TTAGTCAAGCT-AATAGA--TACTATTTAAATCCGT
192 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GT-TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTT
* * * * * * ** * * *
6553917 TACGTAGTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGGATTACTTT-ATTTTGAATAATAC-AGTATCA
254 TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTTCAAATAA-GCTTGTAT-G
* *
6553980 AT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAATGGTCATAACT
316 ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
6554020 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTT-TGCTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG-TAAAC-AATTTAT
* * ** * * *
6554084 TTTTTAA-AT-AT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAA
63 TTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAA
* * * * * * *
6554146 ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATA
127 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGATA
* * * * * ** * * *
6554211 ATTATTCATATAGCCCTAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTT
192 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TT
* * * * * ** * * *
6554275 AG-TTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAA
255 -GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAT
* * *
6554338 CATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
318 CA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
6554378 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA-ATTTATT
* * * *
6554443 TTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATA
64 TTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT--GAATA
* * * * * * ** *
6554507 GGCTTATATGATA-A-AAA-AATTGCTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATGTTTTGAAATAGA
126 AGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGA
* * * ***
6554569 TAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTCAA-TTGATTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCA
190 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATC-
**** * * * * * * * *** *
6554632 CCAACTTCTCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTCTATGA
252 TTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * *
6554697 TCTAAAATAATTATTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAATG
317 TC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * **
6554738 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC--TTTA-TT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAATTTATTT
* * * * * *
6554800 TTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG
65 TTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAAG
*** * * * * * * * *
6554863 CACCTATAAACTGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA
128 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGATAA
* * * * * *
6554928 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTT-G-ACAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTA
193 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTG
* ** ** * * * *
6554991 CTTATT-ATTTTTTAGAATATTTTTAGTTTAGCAATATTT--TGCTCTGAATAAGCTTGTATGAA
256 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTAAT-TTC-AAATAAGCTTGTATG-A
*
6555053 T-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA-G--AT--C-
317 TCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * * *
6555086 A--T--AATA-AT--TTGA---GAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA-ATTTAT
* * * * *
6555141 TTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATCATTTTATTCTGAATAA
63 TTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAA
** * * * * * * *
6555203 TTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATATCATAACAAATTGAAATAGATA
127 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGATA
* * * * * * ***
6555268 ATTGTTCGAATGGACA-ACACTATTAGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAA
192 ATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTG
* ** * * * *
6555332 CTTATTAAATTTT-AGAATATTACCAAATTAGTATAATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT-
256 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATC
* *
6555395 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACG
319 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
6555434 ATTT-AAACTAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTC-GATAAATAGATTTA
1 ATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG-TAAACA-ATTTA
* * ** *
6555497 TTTTTCAATTCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAA
62 TTTTTTAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT--GAA
* * * * * * * * **
6555561 TATGCTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAC
124 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTG
* * * **** * * * *
6555626 ATAATTGTTCAAATATTCATAACTACTTGAACATGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATATTTT
189 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* ** * * * * * *
6555691 TACTTATTAATTTTTTCCAATATTAACAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGA
254 TGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
6555755 ACAGAACCAATTGTTTTTTGATAAAACCAAAGGTCA-AATG
317 TCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
6555795 TTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTTATTCAGTAAAAAGATTCT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACA-ATT-TAT
* * * * * *
6555859 TTTTTAAT-TTTGTGACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTGTTTTACTTTAAAT
63 TTTTTAATCTCT-T-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAAT
* * * * * *
6555923 AAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGA
125 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGA
* * * ** *
6555988 TAATTATTCAAATAGCCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTT
190 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-T
* * * * *
6556053 TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-TCCAAATAAACTTGTATAA
253 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTTCAAATAAGCTTGTAT-G
* * *
6556117 AT-AGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAACA
316 ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6556158 AGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATATCTATTTAAACTTTTTCGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACA-ATTTATT
** * *
6556223 TTTTAAAATCT-TTACTTATTAACTACCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAA
64 TTTT--AATCTCTTACTTATTAA-T-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTG-AA
* * * * * * * * *
6556285 TAAGCTTGTGTGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA-AAGCAATTTTAAATG
124 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TAATTTGAAATT
* * * * *** *
6556349 GATAATTGTTAAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
188 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * *
6556414 CTTTATTATTGATTTTT-AGATTATTACCA-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATA
253 -TTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTA--ATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * *
6556477 TAAACTGAAACAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAATG
314 TGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACG
* * * * * * * *
6556521 ATCTGAAATATATAATTATTCAAATACTCATAATTACTTGATCTACTT-GGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA-ATTTATT
* * * *** *
6556585 TTTAAAAT-TTTCTACTTATTAATTGTCAAAACA-TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT-
64 TTT-TAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATA
* * * * ** * * * **
6556647 AGCTTTTATGGATAGAAACAATTATTTTAAAATAGAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAA
126 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATAATTTGAAATTGA
* * * * * *
6556711 TAATTGCTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAAGAGATTTTATTTTTTAAATC--
190 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTT
** * * * * *
6556774 TG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGTTTAGTATTACCTTATTTTGAACA-AA-CATATATGA
254 TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTTCAA-ATAAGCTTGTATGA
* * *
6556836 ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
317 TC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * *
6556877 ATTTGAAATAGATAATTGCT-ACAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAGAATTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA-GTAAACA-ATTTA
* * * * * *
6556940 TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTT-ATTCCAAA
62 TTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT--GAA
* * * * *
6557004 TAAG-TTAGTATAAATTCATAAA-AACTTATTTTATGACAAAA-AAAAGGGTCATAATGATTTGA
124 TAAGCTT-GTATGAA--CAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATAATTTGA
* * * * * * * * *
6557066 AATAGATAATTGTTCATAT-GTCTTAAATATTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
184 AATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* ** * ** * * *
6557130 TTCTCTTAG-TTATTAATTTTTGGCATATTATTTGATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTT
249 ATCT-TT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTC-AAATAAGCTT
* * * * *
6557193 GTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC-
311 GTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * * * ** *
6557239 ATTTTGAAGTTTACAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTAT
1 A-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA-ATTTAT
* * * *
6557304 TTTTCAAAT-TACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA-TCATTATTTTTATTCTGA
63 TTTT-TAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-ATTA-TTTTAAT-TGA
* * ** * * * * * * *
6557367 ATAAGGTTGAATGTTCA-AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACATTTTGAAATA
123 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATT
6557431 GATAATT
188 GATAATT
6557438 ATTGATAGAG
Statistics
Matches: 4653, Mismatches: 990, Indels: 604
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 28 0.01
340 21 0.00
341 163 0.04
342 37 0.01
343 10 0.00
344 4 0.00
345 2 0.00
346 1 0.00
347 1 0.00
348 2 0.00
350 1 0.00
351 37 0.01
352 33 0.01
353 29 0.01
354 177 0.04
355 367 0.08
356 353 0.08
357 401 0.09
358 275 0.06
359 331 0.07
360 605 0.13
361 685 0.15
362 292 0.06
363 471 0.10
364 20 0.00
365 10 0.00
366 7 0.00
370 1 0.00
372 2 0.00
373 3 0.00
374 1 0.00
375 2 0.00
376 1 0.00
377 2 0.00
378 2 0.00
379 5 0.00
380 11 0.00
381 112 0.02
382 10 0.00
383 3 0.00
384 9 0.00
385 86 0.02
386 39 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAACAATTTATTTT
TTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAGCTT
GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATTGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTGCTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:6552545 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6551135--6555103 Score: 2456
Period size: 181 Copynumber: 22.1 Consensus size: 181
6551125 ATGTTTTTCA
* * * * *
6551135 ATTTGAAATAGATAATTGCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAATTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * *
6551199 TTTTTAAA-ATC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTTATTCTGAG
65 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTTGAA
* * * * * * * * * **
6551260 TAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTGAT-TCCAAACAAATGGTAATAACA
128 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
6551313 ATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACATATTCAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTAT
* * * **
6551377 TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * *
6551438 AACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAATG
130 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *** *
6551490 GTTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTCGTAAGTATTAGAATTTGTTCAATAAA-A-A-ATATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * *
6551552 TTCTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATA
66 TT-TTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * **
6551616 AGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCCAAACAAAAGGTCATAACA
130 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** * * * *
6551668 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATGGTAATAACTATTTTAGGTTGTTCGATAGACAGAGTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-T
* * * * * * *
6551733 TTTTTTAACCT-TTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTAATTTATTTCGAA
65 TTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * *
6551796 TAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTCATGACTAAATAAGAGGTCAAAATG
128 TAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * *
6551850 ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TGGGTTTGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * **
6551914 TTTTTAAA--TC--TCTTAATAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT
** * * * * * ** **
6551974 AAGCTTCAATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGATTTTAACA
129 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** *
6552026 ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * **
6552091 TTTTAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTAATTTCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * *
6552156 GCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACG
131 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * ** ** *
6552206 ATTTGTAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAACAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * ** **
6552271 TTTT-AATTTCTTACATAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAA
66 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * *
6552335 GCTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATT
131 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
6552386 ATTTTAAATTGACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * **
6552451 TTTTAAAATCTCTTTCTTTTTAA-TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCGAATA
66 TTTT-AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * **
6552515 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTC-TAAACA
130 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATG
* * * * ** ** * *
6552567 ATTTGAAATATG-TATTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTCCGACAATCA-CTTTAT
1 ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * *
6552630 TTTTTAAATCTCTTAC--A--AATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * *
6552690 AGCTTGTATGAAAAGAAACAAATGTTTTATAACAAAATAAATA--TCATAATG
130 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATG
* * * ** * *
6552741 ATTTGAGATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGAAAAATAGATTGATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* ** ** ** * * * * *
6552806 TTTTAAAATGT-TTATACAAATTTGTTTTT-AAA-ATTTTTTACTTATTAATT-TTTAAAATATT
66 TTTT-AAATCTCTT-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTT--TATTTT
** * * * * * * * * * **
6552867 -AATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACACTTGTATGATTA-GAAACAATTGGTTTATGACA
125 GAATAAGCTTGTATGA----A-CT-GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG----T--C-
* *
6552930 AAACAAAAG
176 --A-TAATG
* * * * * *
6552939 GTCAT-AAATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGG-AA
1 AT-TTGAAATA--GATAATTG-------TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAA
* * * * *
6553001 ATAAATTTATTTTTTTAAT-T-TTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATT
55 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* * * *
6553063 TTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-T-ATAACCACTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
118 TTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
6553125 TG
180 TG
* * * * * * * * *
6553127 ATTTAAAATTGATATTTCTTCAAATAGCCA-AACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTCATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * *
6553191 TTTTAAATCTCTTAT-TCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATG
66 TTTTAAATCTCTT-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * ** *
6553255 AGCCTATATGAATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACG
130 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * ** *
6553307 ATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATCACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * * *
6553372 TTTAAAATCT-TTTCCTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAA
66 TTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* ** * **
6553435 AAGCTTGTATAAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATG
129 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
6553488 ATTTG--A-A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACATA-TTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * * * *
6553548 TTTAAAAT-TTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGAATTACTTTA-ATTGAAA
66 TTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AA
* * * *
6553610 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTG
128 TAAGCTTGTATGAACT-G-AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *** * *
6553666 ATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTCTTCATTAAATAGATTCA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * * * *
6553730 TTTTAAGTCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCTGAATCA
66 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * * *
6553794 GCATATACAAACAGAAACAATT-TTTTGTGACAAAAC-AAAGATCATAATG
131 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** * *
6553843 ATTT-AAATAGATAATTGTTCATACAGTTATAACTATTTGTA-TTAGTCAAGCT-AATAGA--TA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GT-TTGGTAAACAGATTTA
* * * * * * * * *
6553903 CTATTTAAATC-CGTTACGTAGTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGGATTACTTTATTTTGAA
64 TTTTTTAAATCTC-TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * *
6553967 TAATAC-AGTATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAATGGTCATAACT-
128 TAA-GCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * * * * * * *
6554020 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGCTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * *
6554085 TTTTAAA----TATCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAA
66 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * **
6554146 ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATG
131 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** * *
6554197 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCCTAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAATAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTAT
* ** * * * *
6554261 ATTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
6554325 AAACTTGCATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
129 AAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
6554378 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * *** *
6554443 TTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAG
66 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * *
6554508 GCTTATATG-A-TAAAAAAATTGCTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATG
131 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ***
6554557 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTCAA-TTGATTCAATAAACTA-ATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAAC-AGATTTA
* *** * * * * * * *
6554620 TTTTTTAAATCACCAACTTCTCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT
64 TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * *
6554685 AAGCTTCTATGATCTAAAATAATTATTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
6554738 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC---TTTA--
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * *
6554798 TTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATA
66 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
*** * * * *
6554861 AGCACCTATAAACTGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATG
130 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
6554913 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTT-G-ACAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA-AACAGATTTAT
* * * ** ** * * ** *
6554976 TTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTTTTAGAATATTTTTAGTTTAGCAATATTTTGCTCTGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * *
6555040 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATA
129 AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
6555092 ATTTGAGAATAG
1 ATTTGA-AATAG
6555104 CCATAACTAT
Statistics
Matches: 2921, Mismatches: 706, Indels: 326
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 59 0.02
175 244 0.08
176 340 0.12
177 338 0.12
178 266 0.09
179 317 0.11
180 396 0.14
181 557 0.19
182 230 0.08
183 11 0.00
185 1 0.00
186 3 0.00
187 8 0.00
188 18 0.01
189 1 0.00
192 2 0.00
194 2 0.00
196 2 0.00
197 12 0.00
198 16 0.01
199 1 0.00
200 5 0.00
202 1 0.00
203 11 0.00
204 19 0.01
205 12 0.00
206 23 0.01
207 24 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:6553411 original size:921 final size:921
Alignment explanation
Indices: 6552036--6553707 Score: 2029
Period size: 921 Copynumber: 1.8 Consensus size: 921
6552026 ATTTGAGATT
* *
6552036 GATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
1 GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* *
6552101 GTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGA
66 GTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * **
6552166 TCAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGTAATAGATAATCATTCAAAT
131 TCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATCATTCAAAT
* * * * * *
6552231 GGCCATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAATTTCTTACATAATAATTTA
196 AGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCATTTTTAAATCTCTTACAT-ATAATTTA
* * ** * * *
6552296 GGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTATTT
260 GGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGAAACAATTATTT
* ** ** * *
6552361 TATGACAAATCAAAAGGTTATAATTATTTTAAATTGACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTTG
325 TATGACAAATCAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAATAAAAACTATTTA
* ** * * *
6552426 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTCAAATGTTAATAA
390 AACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTGTCAAATATTAATAA
* * * ** * *
6552491 ATTAGTATTAATTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAGCAA
455 ATTAATATTAATTTAATT-CGAAAAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * *
6552555 AAGGTC-TAAACAATTTGAAATATGTATTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTCCGA
519 AAAATCAT-AACAATTTGAAATA---A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TCCGA
* * * * * *
6552618 CAATCACT-TTATTTTTTAAATCTCTTAC-A-AATT-TTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
578 CAAACA-TATTATTTTTAAAATCTCTTACTATAATTGTCTGAATATTAATAAATTAGAATTACTT
* * *
6552679 TAATCTG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAAA-TGTTTTATAACAAAATAAATA-TCATAATG
642 TAAT-TGAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAA-AGTCATAATG
* *
6552741 ATTTGAGATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGAAAAATAGATTGATT
705 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGAAAAATAGATTGATT
6552806 TTTTAAAATGTTTATACAAATTTGTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
770 TTTTAAAATGTTTATACAAATTTGTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
6552871 AAATAGTATTATTTTATTTCAAATACACTTGTATGATTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAA
835 AAATAGTATTATTTTATTTCAAATACACTTGTATGATTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAA
6552936 AAGGTCATAAATATTTAAAATA
900 AAGGTCATAAATATTTAAAATA
* * *
6552958 GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-GTTTAGG-AAATAAATTTATTTTTTTAAT-
1 GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * *
6553020 TTTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTA
65 TGTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTAATTTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * *
6553083 TGAAT-ATAACCACTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATTGATATTTC-T
128 TG-ATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATA-ATCAT
** **
6553146 TCAAATAGCCA-AACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTATTCAT
190 TCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCAT-TTTTAAATCTCTTA--CAT
** * * * *
6553210 -TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATGAGCCTATATGAATTGATAG
252 ATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGAAAC
* * * * * *
6553274 AATTGTTTTATGATGAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTAT
317 AATTATTTTATGA-CAAATCAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAATAAA
* *
6553338 CACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATCT-TTTCCTTATTAATTGTCTA
381 AACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTGTC-A
* *
6553401 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAAAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTTTTTTAT
444 AATATTAATAAATTAATATTAATTTAATTCGAAAAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAT
**
6553466 GACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
509 GACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
** * * * *
6553531 TTGATAAACATATTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGAAT
574 CCGACAAACATATTATTTTTAAAATCTCTTAC-TA-TAATTGTCTGAATATTAATAAATTAGAAT
* * *
6553596 TACTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
637 TACTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAAAAA-TTATTTTATAACAAAACAAAA-GTCA
* *
6553661 TAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
700 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
6553708 TTTCTTCATT
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 102, Indels: 49
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
916 1 0.00
917 50 0.08
918 3 0.00
919 7 0.01
920 102 0.16
921 300 0.48
922 94 0.15
923 4 0.01
924 16 0.03
925 45 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (921 bp):
GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
GTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGA
TCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATCATTCAAAT
AGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCATTTTTAAATCTCTTACATATAATTTAG
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGAAACAATTATTTT
ATGACAAATCAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAATAAAAACTATTTAA
ACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTGTCAAATATTAATAAA
TTAATATTAATTTAATTCGAAAAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
AATCATAACAATTTGAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATCCGACAAACATA
TTATTTTTAAAATCTCTTACTATAATTGTCTGAATATTAATAAATTAGAATTACTTTAATTGAAA
TAAGCTTGTATGAAAAGAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGAAAAATAGATTGATTTTTTAAAATGT
TTATACAAATTTGTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTA
TTTTATTTCAAATACACTTGTATGATTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
TATTTAAAATA
Found at i:6553901 original size:176 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6552823--6557370 Score: 1924
Period size: 181 Copynumber: 25.4 Consensus size: 180
6552813 ATGTTTATAC
* * * * * *
6552823 AAATTTGTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
** * * * ** ** * *
6552888 TTCAAATACACTTGTATGATTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTT
65 TTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTT
* * * * **
6552952 AAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-GTTTAGGAAAT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCTAAT
* * * * *
6553003 AAATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTA
* * * * ** * * * * *
6553066 -TTCGAAATAAGCTTGTATGAATATAACCACTTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGAT
64 TTTTG-AATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGAT
* * * * * * * * *
6553129 TTAAAATTGATATTTCTTCAAATAGCCA-AACTATTTGAACTTGTTTTG-TAAAC
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCT-AAT
* * *
6553182 AAATTCATATTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATA
1 AAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * * * ** ** * * ** * *
6553246 TTTCGAATGAGCCTATATGAATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTT
64 TTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
* * * * * *
6553311 TAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATCACTATTTAAACTAGT-TCAG-TAA-
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCT-AGCTAAT
* * *
6553361 ACATATTTATTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTA-ATATTATT
1 A-A-ATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATT
* * * * * * * *
6553424 TTAATTCGAA-AAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATG
61 TTATTTTGAATAAA-CATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* *
6553488 ATTTG--A-A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-T-TTGATAA-
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTCTAGCTAAT
* * * * * *
6553538 ACATATTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGAATTACTTT
1 AAAT-TTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT
* * * * ** * * * * * *
6553602 A-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTG
63 ATTTTG-AATAAACATATACAAACAG-AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * *
6553666 ATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT-TTCTTCA-TTAAAT
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTC-T-AGCT-AAT
* * * * *
6553722 AGATTCATTTTTAAGTCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATT
1 AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT
* * * *
6553786 CTGAATCAGCATATACAAACAGAAACAATT-TTTTGTGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-A
66 TTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * * *
6553848 AATAGATAATTGTTCATACAGTTATAACTATTTGTATTAGTCAAGCTAAT
131 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCTAAT
* * * * * * * *
6553898 AGA--TACTATTTAAATC-CGTTACGTAGTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGGATTACTTTA
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * *
6553960 TTTTGAATAATACAGTAT-C-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAATGGTCATAACT-A
64 TTTTGAATAA-ACA-TATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGA
* * * * * * * *
6554021 TTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGT-TTGCTAAAC
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCT-AAT
* *
6554076 AAATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTA
* * ** * * *
6554136 TTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTT
64 TTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
* * * * * * * *
6554201 GAAATAGATAATTATTCATATAGCCCTAACTATTTGAATTGGT-TCGACAAAT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAG-CTAAT
* * * * * *
6554253 AAATTTATATTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTA
1 AAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * * * *
6554317 TTTTGAATAAAC-T-TGCATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
64 TTTTGAATAAACATATACA--AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
* * * *
6554380 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGTTTAG-TAAGC
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCTAA-T
* * * *
6554434 ATATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
*** ** * * * * * * * *
6554499 TCCAAATAGGCTTATATGATA-A-AAA-AATTGCTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATGTTTT
65 TTTGAATAAACATATA-CAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
* * * * * *
6554561 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTCAATTGATTC-A-ATAA-
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTCTAGCTAAT
* ** * * * * *
6554611 ACTAATTTATTTTTTAAATCACCAACTTCTCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTT
1 A--AATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTT
* * * * ** * * * * *
6554675 TATTTTGGATAAGCTTCTATGATCTA-AAATAATTATTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
62 TATTTTGAATAAACATATACAAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * * * *
6554739 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGT-TTGGT-A-
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCTAAT
* * * * **
6554791 AACTTTA-TTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAAATTA-TTTTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGAATTATTTTAT
* ** * * * * * *
6554853 TTTGAATAAGCACCTATAAACTGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
65 TTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
* * * * * *
6554918 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGT-TTGAC-AAC
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAG-CTAAT
* * * ** **
6554968 ACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTTTTAGAATATTTTTAGTTTAGCAA-TATTTT
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-AATTATTTT
** * * * * ** * * *
6555031 GCTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATAATT
63 ATTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATT
* * * * * **
6555095 TGAGAATAGCCATAACTATT----T-G----AACTAGTTTGGCAAATAGATTTAGTTTTT
128 TGA-AATAG--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTT-G-AACTAG-TCTAGCTAAT
* * * ** * * * *
6555146 AAATCTCTTATT-AA--T-TT--TT-GGAA-TATT--AATA------AACTAGCATCATTTTATT
1 AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT
* *** * ** * * * * ** *
6555195 CTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATATCATAACAAATTGA
66 TTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * * * *
6555260 AATAGATAATTGTTCGAATGGACA-ACACTATTAGAACTTGTTTAG-TAAAC
131 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTAGTCTAGCT-AAT
* * ** * *
6555310 AAATTTATTTTTTAAATCTC-AACTTATTAAATTTT-AGAATATTACCAAATTAGTATAATTTTA
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
** * ** * * *
6555373 TTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACGATTT
64 TTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
* * * * * *
6555438 -AAACTAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGT-TCGATAAAT
129 GAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCT-AAT
* * * * * *
6555490 AGATTTATTTTTCAATTCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
** ** * * *** * * * *
6555555 TCCGAATATGCTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
65 TTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
* * * ***
6555620 AAATACATAATTGTTCAAATATTCATAACTACTTGAAC-ATGT-TCAAAAAAT
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTCT-AGCTAAT
* * * ** *
6555671 ATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATTTTTTCCAATATTAACAAATTTA-AATTATTTT
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTT
* * * * * *
6555734 A-TTTGAAATAAAC-T-TGCATGAACAGAACCAATTGTTTTTTGATAAAACCAAAGGTCA-AATG
63 ATTTTG-AATAAACATATACA--AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * * * *
6555795 TTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTTATTC-AG-TAAA
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTCTAGCTAAT
* * * * * * * *
6555850 AAGATTCTTTTTTTAATTTTGTGACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-ATATTGTTTT
1 AA-ATT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTT
* * * * ** * * * *
6555914 ACTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATT
63 ATTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATT
* * * * *
6555979 TGAAATTGATAATTATTCAAATAGCCATGACTATTTGAACTTGT-TCAG-TAA-
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCT-AGCTAAT
* * *
6556030 ACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 A-A-ATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* *** * * * * * **
6556095 TAATCCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAA-AGTCATAACAA
62 TATTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGA
* * ** * * * * * *
6556159 GTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATATCTATTTAAACT-TTTTCGGTAAAT
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCT-AAT
* ** * *
6556214 AGATTTATTTTTTAAAATCT-TTACTTATTAACTACCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTT
1 AAATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-T-TTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* * * *** * * * * *
6556276 TA-TTTGAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAAAGC
62 TATTTTG-AATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG-
* * * * * * * ** *
6556338 AATTTTAAATGGATAATTGTTAAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGT-TAAATAAAC
125 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCT-AAT
* * *
6556395 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTGATTTTT-AGATTATTACCA-AAATTAGTATTATT
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA--ATAAATTAGAATTATT
** *** * * * *
6556457 TTATTTCAAATAAGTTTATATAAACTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAGGATCATAATGA
61 TTATTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * * * * * * * *
6556522 TCTGAAATATATAATTATTCAAATACTCATAATTACTTGATCTA--CTTGGTAA-
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCTAAT
* * ** * *
6556574 ACATATTTATTTTTAAAAT-TTTCTACTTATTAATTGTCAAAACA-TAATAAATTAGTATTATTT
1 A-A-ATTTATTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* * * * * *** * * ** * * **
6556637 TAATCTGAAT-AGCTTTTATGGATAGAAACAATTATTTTAAAATAGAACAAAA-AGTCATAACAA
62 TATTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGA
* * * * * *
6556700 TTTGAAATAAATAATTGCTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT-TTGATAA-
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCTAAT
* ** * **
6556753 AGAGATTTTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGTTTAGTATTACCT
1 A-A-A-TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* ** * * *
6556814 TATTTTGAACAAACATATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
62 TATTTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
* * * * *
6556879 TTGAAATAGATAATTGCT-ACAATAGTCATAATTATTTGAATTGGT-TAGGTAA-
127 TTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCTAAT
* * * * **
6556931 ACAGAATTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTT
1 A-A-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT
*** ** * * * *
6556996 ATTCCAAATAAGTTAGTATA-AATTCATAAA-AACTTATTTTATGACAAAA-AAAAGGGTCATAA
63 ATTTTGAATAA-ACA-TATACAA-ACAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAA
* * * * * * * *
6557058 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT-GTCTTAAATATTTAAACTGGT-TCGATAAAC
123 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCT-AAT
* * ** * ** **
6557115 AAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGCATATTATTTGATTAGTTTTATTTTAT
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
* * * * ** * * * * * * * *
6557180 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA-CATTTT
65 TTTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTT
* ** * * * * *
6557244 GAAGTTTACAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGT-TTGGTAAAT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCT-AAT
* * **
6557296 AGATTTATTTTTCAAAT-TACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATCATTATTTTT
1 AAATTTATTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTT
*
6557360 ATTCTGAATAA
63 ATTTTGAATAA
6557371 GGTTGAATGT
Statistics
Matches: 3383, Mismatches: 754, Indels: 460
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 7 0.00
160 1 0.00
161 54 0.02
162 16 0.00
163 2 0.00
164 11 0.00
165 8 0.00
166 3 0.00
167 7 0.00
168 5 0.00
170 5 0.00
171 5 0.00
172 3 0.00
173 7 0.00
174 13 0.00
175 159 0.05
176 240 0.07
177 203 0.06
178 287 0.08
179 373 0.11
180 533 0.16
181 913 0.27
182 442 0.13
183 75 0.02
184 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT
TTGAATAAACATATACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTAGCTAAT
Found at i:6554123 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 6554082--6554123 Score: 50
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
6554072 AAACAAATTT
* * *
6554082 ATTTTTTAAATATCTTATTA
1 ATTTTTAAAATATCTAATAA
6554102 ATTTTTAAAATAT-TAATAA
1 ATTTTTAAAATATCTAATAA
6554121 ATT
1 ATT
6554124 AATATTATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.37
20 12 0.63
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTAAAATATCTAATAA
Found at i:6555031 original size:175 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6554705--6555031 Score: 388
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
6554695 GATCTAAAAT
* * *
6554705 AATTATTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
1 AATTATTTTAGGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
** * *
6554770 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTTTATTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAATGTTAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGACAAACTTTATTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATT-AT
* ***
6554835 AAAATTATTTTATTTTATTTTGAATAAGCACCTATAAACTGAAAC
130 ---ATTAGTTTACAATATTTTGAATAAGCACCTATAAACTGAAAC
* * * * * *
6554880 AATTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
1 AATTATTTTAGGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
*
6554945 ACTATTTGAACTTGTTTGACAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTATTTTTTAGAATA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGACAA-AC-TTTA--TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
6555010 TT-T-TTAGTTTAGCAATATTTTG
126 TTATATTAGTTTA-CAATATTTTG
6555032 CTCTGAATAA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 18, Indels: 12
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.05
175 83 0.65
176 2 0.02
177 4 0.03
178 1 0.01
179 25 0.20
180 6 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (171 bp):
AATTATTTTAGGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
ACTATTTGAACTTGTTTGACAAACTTTATTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTATA
TTAGTTTACAATATTTTGAATAAGCACCTATAAACTGAAAC
Found at i:6555172 original size:161 final size:163
Alignment explanation
Indices: 6554943--6555264 Score: 375
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
6554933 CTAATAGTCT
* * *
6554943 TAACTATTTGAACTTGTTTGACAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTATTTTTTAGAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTTGACAACACATTTAGTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
** *** * *
6555008 TATTTTTAGTTTAGCAAT-ATTTTGCTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
65 TATTAATAAACTAGC-ATCATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATG
* * *
6555072 AC-AAAACAAAGATCATAATAATTTGAGAATAGCCA
129 ACAAAAAAAAAGATCATAACAAATTGA-AATAGCCA
* * * *
6555107 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGGAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTTGAC-AACACATTTAGTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* ** *
6555169 TATTAATAAACTAGCATCATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
65 TATTAATAAACTAGCATCATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGA
*
6555234 CAAAAAAAAATATCATAACAAATTGAAATAG
130 CAAAAAAAAAGATCATAACAAATTGAAATAG
6555265 ATAATTGTTC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 22, Indels: 9
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.02
161 72 0.54
162 21 0.16
163 2 0.02
164 20 0.15
165 16 0.12
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (163 bp):
TAACTATTTGAACTAGTTTGACAACACATTTAGTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
ATTAATAAACTAGCATCATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC
AAAAAAAAAGATCATAACAAATTGAAATAGCCA
Found at i:6555698 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 6555099--6562556 Score: 3832
Period size: 363 Copynumber: 20.9 Consensus size: 360
6555089 ATAATTTGAG
* * *
6555099 AATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TC---T-CTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATTA
* * * * * *
6555159 ATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATCATTTTATTCTGAATAA-TTTTGTATGAATAAAAACAA
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAA
* * ** ** * * * *
6555223 TTGTTTTATGACAAAAAAAAATATCATAACAAATTGAAATAGATAATTGTTCGAATGGACA-ACA
129 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-A
* ** * **
6555287 CTA-TTAGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAACTTATTAAATTTTAGAATA
193 CTATTTA-AACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTAGAATA
* *
6555351 TTACCAAATTAGTATAATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
257 TTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
6555416 AAGCAAAAGATCATAACGATTTAAACTAAATAATTGTTTA
322 AAACAAAAGATCATAACGATTTAAA-TAAATAATTATTCA
* * * *
6555456 AATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAATAGATTTATTTTTCAATTCTTTTACTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATTCTTTTACTTATTAA
* * * * *
6555521 TTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATATGCTTTTATGCATAGAAACAATT
66 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATT
** * * *
6555586 GGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATATTCATAACTA
131 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * **
6555651 CTTGAACATGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATATTTTTACTTATTAATTTTTTCCAATATTA
196 TTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA-ATTTTAGAATATTA
* * ** * * * *
6555716 ACAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTTTGATAAA
260 ACAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
6555780 ACCAAAGGTCA-AATGTTTTGAAATAAATAATTATTCA
324 ACAAAAGATCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
* * * * * * *
6555817 AATAGTCATAGCTATTTAAACTTA-TTCAGTAAAAAGATTCT-TTTTTTAATT-TTGTGACTCAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAATAGATT-TATTTTTAAATTCTT-TTACTTAT
* * * * *
6555879 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTGTTTTACTT-TAAATAAGCTTATATGAACT-GAAA
63 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAA
* * * * * *
6555942 CAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGCCAT
126 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** *
6556007 GACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-AATTGTT-G
191 AACTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAAATT-TTAG
* * * * *
6556070 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTA
253 -AATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
6556135 TGTCAAAACAAAA-AGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCA
317 TGACAAAACAAAAGA-TCATAACGA-TTTAAATAAATAATTATTCA
* * ** *
6556180 AATAGTCATATCTATTTAAACTTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATC-TTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATTA
** * * * *
6556244 ACTACCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAA
65 A-T-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAAC
* * * * *
6556306 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAAAGCAATTTTAAATGGATAATTGTTAAAACAGTCA
127 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
6556369 TAATTATTTAAACTTGTT-AAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTGATTTTTA
190 TAACTATTTAAACTTGTTCAAA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAAATTTTA
* * ** * *
6556432 GATTATTACCAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATAAACT-GAAACAATTCTTT
252 GAATATTAAC-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * *
6556496 TATGACAAAACAAAGGATCATAATGATCTGAAATATATAATTATTCA
315 TATGACAAAACAAAAGATCATAACGAT-TTAAATAAATAATTATTCA
* * * * * * * *
6556543 AATACTCATAATTACTTGATCTACTT-GGTAAACATATTTATTTTTAAAATT-TTCTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT-AAATTCTTTTACTTATTA
* ** * * *
6556606 ATTGTCAAAACA-TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT-AGCTTTTATGGATAGAAACAAT
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAAT
** * * * ** * * *
6556669 TATTTTAAAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCGAATAGTCATAACT
130 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * * *
6556734 ATTTAAACTAGTTTGATAAAGAGATTTTATTTTTTAAA--TCT-GTTATT-AATTTTTGAAATAT
195 ATTTAAACTTGTTCAAAAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTAG-AATAT
* ** ** ** * * * * *
6556795 TAATAGTTTAGTATTACCTTATTTTGAACAAACATATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
258 TAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * **
6556860 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCT-A
323 AACAAAAGATCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
* * * * * * **
6556898 CAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA-TCTCCTACTTATT
1 -AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATT
* * * ** * * *
6556962 AATTTTTGAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTATAAATTCATAAA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-TTATGAA-T-AGAAA
*
6557026 -AACTTATTTTATGACAAAA-AAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT-GTC
126 CAA-TTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
6557088 TTAAATATTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTG
189 ATAACTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAAATTTTA
* **** * * * * * *
6557152 GCATATTATTTGATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTT
252 GAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * ** * * *
6557216 ATGATAGAACAAAAGGTTATAAC-ATTTTGAAGTTTACAATTGTTTA
316 ATGACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTT-AAATAAATAATTATTCA
* *
6557262 AATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATTAC--TTACTTATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT-AAATT-CTTTTACTTATT
* * ** *
6557325 AATTTTTGAAAGATTAATAAATTA-TCATTATTTTTATTCTGAATAAGGTTGAATG-TTCA-AAA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAA
* * * * * * * * * *
6557387 CAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTGATAGAGCCA
126 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** ** * * * * * *
6557451 TAATTGTTTGAGCTAATTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAA---TCACTT-TGT-AATTTTCAT
190 TAACTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT-TAAATTTT-AG
* * * ** * *
6557511 AATATTAATAAATTAGTATCATTTTACTTT-GAATAAGGTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
253 AATATTAACAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
*
6557575 T------------GA-CATAACG------------AATTGTTCA
317 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAATAAATAATTATTCA
* *
6557594 AATAGTCATAATTATTTTAACTAGTTCGAG-AAATAGATTTAGTTTTTAAA-TC---T-CTTATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG-GTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATT
* * * *
6557653 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTGTTTTGAATAA-TTTTATATGAATAGAAACA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACA
** * * * * *
6557717 ATTATTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATCATAGCTCAAATA-T-ATAT
128 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-
* **** * * * *** * * *
6557780 GACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACCAATTTATTTTGTACATCTCCAACTCATTAATTTTTAAAA
192 -ACTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTAGAA
* * * *
6557845 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA--T-GAATAGA---A-ATG--T--------TTGGTTTATGA
255 TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * **
6557893 CAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAA-AATTGCTCA
320 CAAAACAAAAGATCATAACGATTT-AAATA-AATAATTATTCA
* * * * * * *
6557935 AATTGTCATAATTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA--ATTTTACTTATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATT
* * ***
6557997 AATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTGTT-TGAAATAAGCTAGCATGAATAGAAA-
64 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAAC
* * *
6558059 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
127 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * * *
6558124 ACTATTTGAACATGTTTAGTAAACAAATTCATTTCTT-AATTCTCTCACTCATT-AATTTTTGAA
192 ACTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAAATTTTAG-A
* * * *
6558187 ATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGC---T-T--AT-------ATTG-TTTATT
254 ATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** *
6558238 ACAAAATAAAA-AGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA
319 ACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
* * * *** * * *
6558281 AATAGTCATGACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAA-TCATTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTT-TTAAATTCTTTTACTTATTA
** * * ** ** *
6558345 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTCATATAAATAGAAACAAT
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAAT
* * * ** ** * * * * **
6558410 TGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTGAAATACATAATTCTTCAAATATTCCTAAAG
130 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ***** *
6558475 ATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCT-TAAT
195 ATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAAATT-T-TAGAAT
* * * ** * * * * **
6558538 ATTAATAATTTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTTTATGATTAGAAAAAATCATTTTATGAC
256 ATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
6558603 AAAACAAAAGGTTC-TACCGATTTCAAATAAATAATTGTTAA
321 AAAACAAAA-GATCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
* * * * * * *
6558644 AATAGTCATAATTATTTAAACTTA-TTCGATAAACAGATTGATTTTTTAAA-TCTGTTAATTATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATT
* * ** * * * * *
6558707 AATTTTTGGAATAATAATAACGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAA-CA
* * * * * * *
6558772 ATT-TTTTATGACGAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATACATATTTATTCAAATAGTCATGA
128 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * ** * * * *
6558836 CTTTTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTGAATTTTTTTACTTATT-AATTATT-GAAA
193 CTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAA-ATTTTTACTTATTAAATT-TTAG-AA
* * * * * * *
6558899 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACTATTGTCTTATAA
255 TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * **
6558964 TAGAACAAAA-AGTCATAACAATTTAAAATAATTAATTGCTCA
320 CAAAACAAAAGA-TCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
* * * *
6559006 AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGCTTTATTTTTTAAA----TTT-CTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATTA
* * * * * * * * *
6559066 ATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTGTTTATT-TCAAACAAACTTATATAAACAAAAACA
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCT-GAATAAGCTTTTATGAATAGAAACA
* * * *
6559130 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAA
128 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * **** * * * * *
6559195 TTATTTGAA-TAGGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCATATT-AATTTTTGAAA
193 CTATTTAAACT-TGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTAG-AA
* * * * * *
6559258 TATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTAT
255 TATTAACAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
6559321 GACAAAACAAAA-ATGAT----A-TGAAATAGATAATTGTT-A
318 GACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAATAAATAATTATTCA
* * * * ** * * * * *
6559357 ATATAGTCTTAATTATTAGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTAGTCATT
1 A-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATT
* * * * * *
6559421 AATTTTTGGAATATTATTATACTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTTATGAATAGAAACA
* * * * * * * * * * *
6559485 ATTGTTTTATGATAGAACATAATGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAA
128 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *** * * *
6559550 CTATTTAAACTAGTTCGGTAAAC------A-----T---CTTTTACTTATT-AATTTTTGAAAGA
193 CTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTAG-AATA
* * * * *
6559600 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGATTA-AAAGCAATTGTTGTATGAC
257 TTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC
* * * * *
6559664 CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGA
321 AAAACAAAAGATCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
* * * * * * *
6559705 AATGGCCATAATTTTTTGAACT-GATTTGGTAAAGAGATTCACTTTTTAAA-TC----ACTTATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATT
* * * * * * *
6559764 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCCTGTATGAACT-TAAATA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACA
* * * * * ** * *
6559828 ATTGTTTTATAACAAAACAACAGGTTATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAATCATAA
128 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *** ** *
6559893 CTATTTAGATTTGTTTGGTAAAA-AAA-TTATCTTTTT---TTACT-CTTATT-AATTTTTGAAA
193 CTATTTAAACTTG-TTCAAAAAACAAATTTAT-TTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTAG-AA
* * *** * * *
6559951 TGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATG
255 TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
6560015 TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCA
319 ACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTAAATAAATAATTATTCA
* * * * * *
6560058 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAATTTCTTTTTTCAAATT-TTTTGCTTGTT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTT-ATTTTT-AAATTCTTTTACTTATT
* * * * * *
6560121 AATTTTTTAAATGTTAATAAAATT-GGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATA-AAAC
64 AATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGA-ATAGAAAC
* * * * * * * **
6560184 AAATATTTTATGACTACAA-AAAAGGCCAGAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTT
127 AATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
6560248 AACTA-TTGAACTGGTACAATAAAC--ATTTATATTTTAAATCTTTACTTATT-AATTGTTGGAA
191 AACTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATT-TTAGAA
** ** * * * * * *
6560309 TATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAACAACCTTCTATG-ATCAGAAATAATTATTTTAT
255 TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * ** *
6560372 GACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTGAGATTGATAATTGTTCA
318 GACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAATAAATAATTATTCA
* * **
6560414 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCGGTAAAAAAAAAT-TTTTTAAA-TC--TT--TTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATTCTTTTACTTATTA
* * * *
6560472 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CATCTAAGCTTGTATTAACTA-AAACA
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACA
* * * * * * *
6560535 ATTGTTTTATGACAAATCAAACA-GTTATAATGATTTTAAATAGAGAATTATTCAAATAGTAATA
128 ATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** *** * *
6560599 ATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATGCATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGA
192 ACTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAAATTTTAGA
* * * * * * ** * *
6560663 ATGTTAATAAATTAGAAATAATTTA-TTCTGAATAATTTTATACGAATTA-AAACAATTATTTTA
254 ATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
6560726 TGACTAAACAAAAGGGT-AAAACGA-TTACATATAGATAATTATTCT
317 TGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTA-A-ATAAATAATTATTCA
* ** * * * **
6560771 AATAGTCTTAACTGGTTGAACTAATTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATTCTTTTACTTATTAA
* * * * * *
6560836 TTGTTGAATATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTACGAACA-AAA-AA
66 TTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
* * * ** * *
6560898 GTTCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAA
129 -TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* **** ** * * * * **
6560963 CTATTTGAA-TTGGTTTGGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTGAGTTTTTTAA
193 CTATTTAAACTT-GTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATTT-TT-ACTTATTAAATTTTAGAA
** * * * * * *
6561026 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAA-ATAGTATGAAAAAAAATCAATTGTTTGAT
255 TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTAT
* * * * *
6561090 GACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
318 GACAAAACAAAAGATCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
* * * * * ** * * *
6561134 AATAGTCAAAACTATTTAAAAATTGGTTTGGTAAACGGATTCATTTTTAAA-TCTCTCA-TTGAT
1 AATAGTCATAACTATTT--GAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATTCTTTTACTT-AT
* * * * * * * * *
6561197 TCATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAC
63 TAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAAC
* * * *
6561261 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
127 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * * * * *
6561326 ATTATTTGTACTAGTCTGATAAATA-AAA-TTATTTTCTAAATCTCTTAATTA-TAAATTTTTGA
192 ACTATTTAAACTTGT-TCA-AAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTAG-
* * * * ** * * * * *
6561388 AATTTTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATATGCTTGTATGAGTTGAAACAAATATTTTAT
253 AATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** *
6561453 GAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCA
318 GACAAAACAAAAGATCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
** *** * *
6561496 AATAGTCATAACTATTTGAACTAAATCAAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTTACTTATTA
** * * *
6561560 ATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAG-TTTTATGAATTGAAACAA
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
* * * * *
6561623 TTGTTTTATAACAAAACAAGAGGCCATAATGACTTTAAATAGTCAGATCAATTGTTCAAATAGTC
129 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAA-A-T-AGAT-AATTGTTCAAATAGT-
* * *** * * ** * *
6561688 CA-ATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCATGC-TATTAATTTT
188 CATAACTATTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTA--TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-ATT
* * * * * * * * *
6561751 TTA-AATGTTAATAAATTAGTATTACTTTA-CTCTAAGTAAGCTTTTATGAATTA-AAATAAATG
249 TTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * *
6561813 TTTTTATGACTAAACAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTC-
312 -TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT-AAATAAATAATT-ATTCA
* * * * *
6561864 AATAGTCTTAACTATTTGAA-TCGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTTAAA-TCTCTTACTTAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAATAGATTTA--TTTTTAAATTCTTTTACTTAT
* * * * * * * * *
6561927 TAATTTTTGGAATAGTATTAAATTAGTATTACTTTAATTC-AAATAAGCGTGTATGAAAAGAAAT
63 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAAC
* * * * * *
6561991 AATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCATA
127 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * *
6562055 ACTATTTGAAC-TGTTTCGAAAAATAGGTTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAAAAT
192 ACTATTTAAACTTG-TTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTAGAAT
* * * ** ** ** * *
6562116 ATTAATAAATAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAA-TGTTTTATGAT
256 ATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
6562180 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGCAATAGATAATTATTCA
321 AAAACAAAAGATCATAACGATTT-AAATAAATAATTATTCA
* * * * ** **
6562221 AATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAA-TCTCCTACCCATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA--TTTTTAAATTCTTTTACTTATT
* *
6562285 AATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAG-AACA
64 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACA
* * * * ** *
6562348 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAACCAATCATA
128 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * *
6562412 ACTATTTGAACTTGCT-AGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
192 ACTATTTAAACTTGTTCA-AAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTAGAA
* * * * ** * * * *
6562476 TATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATACGCATGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
255 TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
*
6562541 CAAAACAAAAGGTCAT
320 CAAAACAAAAGATCAT
6562557 TACTATTTCG
Statistics
Matches: 5527, Mismatches: 1215, Indels: 713
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
315 8 0.00
323 1 0.00
325 3 0.00
326 5 0.00
327 18 0.00
328 111 0.02
329 9 0.00
330 1 0.00
331 1 0.00
332 76 0.01
333 12 0.00
339 4 0.00
340 78 0.01
341 53 0.01
342 8 0.00
343 235 0.04
344 63 0.01
345 19 0.00
346 89 0.02
347 111 0.02
348 86 0.02
349 54 0.01
350 104 0.02
351 20 0.00
352 63 0.01
353 134 0.02
354 30 0.01
355 177 0.03
356 234 0.04
357 452 0.08
358 225 0.04
359 249 0.05
360 176 0.03
361 614 0.11
362 548 0.10
363 873 0.16
364 268 0.05
365 77 0.01
366 48 0.01
367 31 0.01
368 59 0.01
369 65 0.01
370 35 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATTCTTTTACTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTAAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAA
CAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGATCATAACGATTTAAATAAATAATTATTCA
Found at i:6558376 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6558060--6558396 Score: 428
Period size: 167 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
6558050 GAATAGAAAA
* ** *
6558060 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** * **
6558125 CTATTTGAACATGTTTAGTAAACAAATTCATTTCTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTGAAATA
66 CTAGTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTCATTTCTTAAATCTCTCACTCATTAATTTTCAAAATA
* * *
6558190 TTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT
131 TTAATAAATTAGAATTATTTTAATCCAAATAAGCTCAT
* * * *
6558228 ATTG-TTTATTACAAAATAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
6558292 CTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTCAAAAT
66 CTAGTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTCATTTCTTAAATC-TCTCACTCATTAATTTTCAAAAT
6558356 ATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTCAT
130 ATTAATAAATTAGA-ATTATTTTAATCCAAATAAGCTCAT
6558395 AT
1 AT
6558397 AAATAGAAAC
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 23, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.01
167 138 0.96
168 5 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTAGTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTCATTTCTTAAATCTCTCACTCATTAATTTTCAAAATA
TTAATAAATTAGAATTATTTTAATCCAAATAAGCTCAT
Found at i:6558504 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6558228--6562556 Score: 2299
Period size: 181 Copynumber: 24.2 Consensus size: 180
6558218 ATAAGCTTAT
* * ** * * * *
6558228 ATTG-TTTATTACAAAATAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* **** * * **
6558292 CTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCATTTACTTATTAATTTTCAAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * *
6558357 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTCATATAAATAGAAACA
130 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
* ** * * * *
6558408 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTGAAATACATAATTCTTCAAATATTCCTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
** *
6558473 AGATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--A
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTGAA
* ** ** * * *
6558536 ATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTTTATGATTAGAAAAA
127 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
** * * * * * *
6558590 ATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTC-TACCGATTTCAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
6558654 ATTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTGATTTTTTAAATCTGTTAATTATTAATTTTTGGAAT
65 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** ** * *
6558719 AATAATAACGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
129 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAA-AA
* * * * * * *
6558772 ATT-TTTTATGACGAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATACATATTTATTCAAATAGTCATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
6558836 CTTTTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTGAATTTTTTTACTTATTAATTATTGAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA-ATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * **
6558901 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACT
130 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
* * * * *
6558952 ATTGTCTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA-ATTAATTGC-TCAAATAGTCAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACA-TAATT-CTTCAAATAGTCAT
* **
6559015 AACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGCTTTATTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTTGAAA
64 AACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
6559076 TATTAATAGATTAGTATTTTGTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACA-AAAACA
128 TATTAATAAATTAATATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAA-A
* * * * * *
6559130 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
6559195 TTATTTGAA-TAGGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAAT
66 CTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
6559259 ATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAA
129 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATAAATAGAAAAA
* * * * *
6559311 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA---AT---GATATGAAATAGATAATTGTT-AATATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAA-ATAGTCATA
* * * ** * * *
6559368 ATTATTAGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAAT
65 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * *
6559433 ATTATTATACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATA
129 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
* * * * * * * * * * * *
6559485 ATTGTTTTATGATAGAACATAATGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
6559550 CTATTTAAACTAGTTCGGTAAAC------A-----T--CT-TTTACTTATTAATTTTTGAAAGAT
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
6559601 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGATTA-AAAGCA
131 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAA-AA
* * * * * * * * * *
6559651 ATTGTTGTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATGGCCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
6559716 TTTTTTGAAC-TGATTTGGTAAAGAGATTCACTTTTTAAATC---ACTTATTAATTTTTGGAATA
66 CTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * * * * *
6559777 TTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCCTGTATGAACT-TAAATA
130 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-AAATAGAAAAA
* * * * ** * * * *
6559828 ATTGTTTTATAACAAAACAACAGGTTATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAATCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * **
6559893 CTATTT-AGATTTGTTTGGTAAA-AAAATTATCTTTTTTTA-C--T-CTTATTAATTTTTGAAAT
66 CTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *** * *
6559952 GTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAACA
129 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAA-TAGAAAAA
* * * * * *
6560004 ATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
6560069 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAATTTCTTTTTTCAAATTTTTTGCTTGTTAATTTTTTAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA-TCTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** ** * * *
6560133 GTTAATAAAATT-GGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-AGATATAAAACA
129 ATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAA-A
* * * * * * * * * * * **
6560185 AATATTTTATGACTACAA-AAAAGGCCAGAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTA
1 ATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATA
* **** * * *
6560249 ACTA-TTGAACTGGTACAATAAAC--ATTTATATTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTTGGAATA
65 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * * * * * *
6560311 TTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAACAACCTTCTAT-GATCAGAAATA
130 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATAAAT-AGAAAAA
* * * * * * ** *
6560362 ATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCTTAAC-AATTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
**
6560425 CTATTTGAAC-TGTTTCGGTAAA-AAA-AAATTTTTTAAATC-TT--TTATTAATTTTTGAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * * *
6560484 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTA-AAACA
130 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA-TAAATAGAAAAA
* * * * * * * * *
6560535 ATTGTTTTATGACAAATCAAACAGTTATAATGATTTTAAATAGAGAATTATTCAAATAGTAATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* ** *** *
6560600 TTATTTGAACTTGTTCAGTAAATGCATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AA
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAA
* * * * ** * * *
6560664 TGTTAATAAATTAGA-AATAATTTA-TTCTGAATAATTTTATACGAATTA-AAACA
128 TATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATA-TAAATAGAAAAA
* * * * * * * * *
6560717 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGGT-AAAACGA-TTACATATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTA-AAATACATAATTCTTCAAATAGTCAT
** ** * * * * *
6560780 AACTGGTTGAACTAATTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTATTAATTGTTGAAT
64 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAA-
* * * * ** *
6560845 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTACGAACA-AAAAA
127 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
* * * * * * * *
6560898 GTTCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TCATTCATATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTC-TTCAAATAGTCATA
** * * * * *
6560962 ACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTGAGTTTTT-T
65 ACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA--ATCTTTACTTATT-AATTTTTGA
* * * * **
6561024 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAA-AATAGTATGAAA-A-AAAATCA
126 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TAT-AAATAGAAAA--A
* * * * * * * * *
6561080 ATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *
6561145 CTATTTAAAAATTGGTTTGGTAAACGGATTCA-TTTTTAAATCTCT-CATTGATTCATTTTCT-A
66 CTATTT-GAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAC-TT-ATTAATTTT-TGA
** ** * * * *
6561207 AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA-AAAACA
126 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAA-A
* * * * * *
6561262 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * * * *
6561327 TTATTTGTACTAGTCTGATAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTAATTATAAATTTTTGAAATT
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * *
6561392 TTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATATGCTTGTATGAGTTGAAACAA
130 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAA-AA
* * * * * * ** * *
6561444 A-TATTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
*** **** * ** * **
6561507 CTATTTGAACTAAATCAAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * *
6561572 TTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTATGAATTGAAACA
130 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
* * * * * * *
6561622 ATTGTTTTATAACAAAACAAGAGGCCATAATGACTTTAAATAGTCAGATCAATTGTTCAAATAGT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTAAA-A-T-ACAT-AATTCTTCAAATAGT
* * * * * *
6561687 CCA-ATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCATGC-TATTAATTT
61 -CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
6561750 TTTAAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTA-CTCTAAGTAAGCTTTTATGAATTA-AAATAA
122 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATAT-AAATAGAAA-AA
* ** * * * *
6561810 A-TGTTTTTATGACTAAACAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTC-AATAGTCTT
1 ATTG-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATT-CTTCAAATAGTCAT
* * * *
6561873 AACTATTTGAA-TCGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
64 AACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
6561937 AATAGTATTAAATTAGTATTACTTTAATTCAAATAAGCGTGTATGAAA-AGAAATA
126 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-AAATAGAAAAA
* * * * * * *
6561992 ATTGTTTTATAACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGC-TCAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATT-CTTCAAATAGTCATA
* * *
6562055 ACTATTTGAAC-TGTTTCG-AAA-AATAGGTTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAA
65 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA-A--TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** ** ** * * *
6562114 ATATTAATAAATAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACA
127 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
* * * ** * * * *
6562168 A-TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGCAATAGATAATTATTCAAATAGACATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
* * * * * **
6562232 CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCCATTAATTTTT-AGAA
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * *
6562296 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAATAG-AACA
128 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
* * * * ** *
6562348 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAACCAATCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATA
* * * *
6562412 ACTATTTGAACTTGCTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
65 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * * *
6562477 ATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATACGCATGTATGAACAGAAACA
129 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
* *
6562529 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
6562557 TACTATTTCG
Statistics
Matches: 3229, Mismatches: 742, Indels: 355
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 120 0.04
167 1 0.00
168 1 0.00
170 1 0.00
172 1 0.00
173 69 0.02
174 143 0.04
175 104 0.03
176 281 0.09
177 242 0.07
178 144 0.04
179 48 0.01
180 308 0.10
181 915 0.28
182 520 0.16
183 157 0.05
184 32 0.01
185 40 0.01
186 41 0.01
187 31 0.01
188 26 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAAA
Found at i:6558585 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6558560--6558601 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
6558550 GTATTATTTT
*
6558560 ATTAGAAATAAGC-TTTTATG
1 ATTAGAAAAAAGCATTTTATG
*
6558580 ATTAGAAAAAATCATTTTATG
1 ATTAGAAAAAAGCATTTTATG
6558601 A
1 A
6558602 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.58
21 8 0.42
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
ATTAGAAAAAAGCATTTTATG
Found at i:6559009 original size:544 final size:532
Alignment explanation
Indices: 6558245--6562545 Score: 1653
Period size: 544 Copynumber: 8.0 Consensus size: 532
6558235 ATTACAAAAT
* * ** * **
6558245 AAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAGTTGAACTTGTTCAA
1 AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGAACTAGTTTGA
* * *
6558310 AAAACATATTTATTTCTTAAATCATTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
66 AAAACATATTTATTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * **
6558375 TTTAATCCAAATAAGCTCATATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAACA
129 TTTAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACA
* * * *
6558440 ATTTGAAATACATAATTCTTCAAATATTCCTAAAGATTTGAACTT-GTTTGGTGAACAAATTTAT
194 ATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTAT
* *
6558504 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATA-ATTTTGTATTAT-TTTATTAGA
258 TTTTT-AAA---TTT-CTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAGA-TTAGTATTATGTTTATTACA
* * * * * * *
6558566 AATAAGCTTTTATGATTAGAAAAA-A-TCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTC-TACCGATTTCA
315 AACAAACTTATAT-A-AACAAAAACATTCATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTAA
*
6558628 AATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTA-TTCGATAAAC-AGATTGATTTTTT
377 AATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAA--TAGTTCGATAAACAAAATT-ATTTTTT
* * * ***
6558691 AAATCTGTT-AATTATTAATTTTTGGAATAATAATAACGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
439 AAATCTCTTGAA-TATTAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGC-
6558755 TA-TATGAACAGAAATAAATT-TTTTATGACGAAA
502 TAGTATGAACAGAAA-AAATTGTTTTATGAC---A
* * *
6558788 CAAAAAGTAATAATGATTTGAAATACATATTTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGATCTAGTTTG
1 -AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGAACTAGTTTG
* * *
6558853 ATAAACATATTTATTTTTGAATTTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
65 AAAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*
6558918 TTTTAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACTATTGTCTTATAATAGAACAAAAAGTCATAAC
128 TTTTAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAAC
** * **
6558983 AATTTAAAATA-ATTAATTGC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGCTTT
193 AATTTAAAATACA-TAATT-CTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTT
* *
6559046 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTGTTTATTTCAAACAA
256 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAGATTAGTATTATGTTTATTACAAACAA
** * *
6559111 ACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATA
320 ACTTATATAAACAAAAACATTCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATA
* * * * *
6559176 ATTGTTCAAATAGTCGTAATTATTTGAATAGGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTG
385 ATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAATA-GTTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * * **
6559241 CATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTG
449 AATATTAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACAG
6559306 AAAAAATTGTTTTATGACA
514 AAAAAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
6559325 AAACA--AA-AATGATATGAAATAGATAATTGTT-AATATAGTC-TTAATTATTAGAACTAGTTT
1 AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATGACTT-TTTGAACTAGTTT
* * * * * * * * *
6559385 GACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTATTATACTAGTATT
64 GAAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
6559450 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGATAGAACATAATGTTATA
127 ATTTTAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACT-ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATA
** * * * * * * ** * * * *
6559514 ATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAAC------
191 ACAATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTT
* * * * *
6559573 ATCTTTT--A---CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCCAAATAA
256 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAGATTAGTATTATGTTTATTACAAACAA
* * ** * * * * * *
6559632 ACTTGTATGATTAAAAGCAATT-GTTGTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
320 ACTTATATAAACAAAAAC-ATTCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
6559696 AATTGTTGAAATGGCCATAATTTTTTGAACT-GATTTGGTAAA-GAGATTCACTTTTTAAATCAC
384 AATTGTTAAAATAGTCATAATTATTT-AAATAG-TTCGATAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTC
* * * * * ***
6559759 -T---TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCCT-GTATGA
446 TTGAATATTAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAG-CTAGTATGA
** * *
6559819 ACTTAAATAATTGTTTTATAACAA
510 ACAGAAAAAATTGTTTTATGAC-A
* * ** * * * * * * *
6559843 AACAACAGGTTATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT-AGATTTGT
1 AA-AA-A-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGA-ACTAGT
* * *
6559907 TTGGTAAAAA-A-A-TTA-TCTT---T-TTTTACTCTTATTAATTTTTGAAATGTTAAGAAATTA
62 TT-G-AAAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTA--CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA
* *** * * * * *
6559964 GTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTAT-GTCAAAACAAAAG
122 GTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATAAA-TAGAAACTATTGTTTTATAAT-AGAACAAAAA
** * * * **
6560027 GTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA
185 GTCATAACAATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TTGGTTTGGTAAA
* * * * *
6560091 -AAATTTCTTTTTTCAAATTTTTTGCTTGTTAATTTTTTAAATGTTAATAAAATT-GGATTAT-T
249 CAAATTTATTTTTT-AAA---TTT-CTTATTAA-TTTTTAAATATTAAT-AGATTAGTATTATGT
*** * * * * * * * * *
6560153 TTATTTTGAATAAGCTTGTA-AGATATAAAACAAAT-ATTTTATGACTACAA-AAAAGGCCAGAA
307 TTATTACAAACAAACTTATATAAACA-AAAAC-ATTCATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** ** * * * * * * *
6560215 AGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTGAACTGGTACAATAAAC--ATTTAT
369 CGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAATAGTTCGATAAACAAAATTAT
* * * * * * * * * **
6560278 ATTTTAAATCT-TT-ACTTATTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAA
434 TTTTTAAATCTCTTGA-ATATTAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTATTTTAT-TCCAAA
* * ** * * *
6560340 CAACCTTCTATGATCAGAAATAATTATTTTATGACAA
497 TAAGCTAGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGAC-A
** * * * * * * *
6560377 AACAAAGATCTTAA-CAATTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT
1 AA-AAAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGAACTAGTTT
** *
6560440 CGGTAAAAA-A-AAAT-TTTTTAAATCTTTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
64 --G-AAAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * * *
6560499 TATTTT-ATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACA-AATCAAACAGTT
126 TATTTTAATT-CAAATAAGCTTATA-TAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAA-CAAAAAGTC
** * * * * * ** ** ***
6560561 ATAATGATTTTAAATAGAGAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATGC
188 ATAACAATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAA
* * * * * *
6560625 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGAAATA-ATTTAT
252 ATTTA-TTTTTTAAA----TTTCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATGTTTAT
* * ** ** ** * *
6560689 T-CTGAATAATTTTATACGAATTAAAACAATT-ATTTTATGACTAAACAAAAGGGT-AAAACGA-
311 TAC-AAACAAACTTATATAAACAAAAAC-ATTCATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGAT
* * * ** * ** * * * * * *
6560750 TTACATATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTGGTTGAACTAATTCGGTAAATAAATTTATTT
373 TTA-AAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAA-TTATTTAAATAGTTCGATAAACAAAATTATTT
* * * * * * * *
6560815 TTAAAATCTCCT-ACTTATTAATTGTTGAATATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT--AGAA
436 TTTAAATCTCTTGA-ATATTAATTTTTGAA-ATAATAATAAAGTAATATTATTTT-ATTCCA-AA
* * * *
6560877 TAAGCTTGTACGAACA-AAAAAGTTCTTTTATGACAAA
497 TAAGCTAGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGAC--A
* * * * * * * * *
6560914 AGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTT
1 A-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGAACTAGTTT
** ** * * * * ** *
6560979 GGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTGAGTTTTTTAATATTATTAAATTAGTAT
64 GAAAAACATATTTATTTTTAAATCTT-TT-ACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * * * *
6561043 TATTTT-ATTCCAAGTAA-AATAGTATGAAA-AAAAATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGT
126 TATTTTAATT-CAAATAAGCTTA-TAT-AAATAGAAA-CTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGT
* ** * * * * *
6561105 TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AAACTATTTAAAAATTGGTTTGGTAAA
187 CATAACAATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAAA-GATTT--GAATTGGTTTGGTAAA
** * * * *
6561169 CGGATTCA-TTTTTAAATCTCTCATTGATTCATTTTCTAAATATTAATAAATTAGCATTAT-TTT
249 CAAATTTATTTTTTAAAT-T-TC-TT-ATTAATTTT-TAAATATTAATAGATTAGTATTATGTTT
*** * * * * *
6561232 ATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGAT
309 ATTACAAACAAACTTATATAAACAAAAAC-ATTCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * *
6561296 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGTACTAG-TCTGATAAATAAAATTATTT
373 TTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTT-AAATAGTTC-GATAAACAAAATTATTT
* * ** * * * *
6561360 TCTAAATCTCTT-AATTATAAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAT
436 TTTAAATCTCTTGAA-TATTAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAA
* *** * *
6561424 GCTTGTATGAGTTGAAACAAA-TATTTTATGAGAA
500 GCTAGTATGAACAGAAA-AAATTGTTTTATGA-CA
* * * * * * **
6561458 AACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-AAT
1 AA-AAAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGAACTAGTTT
* * * * *
6561522 CAAAAA-ATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTA
64 GAAAAACATA--TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * * * *
6561586 TTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAGAGGCCAT
125 TTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCAT
* * * * *** *
6561650 AATGACTTTAAATAGTCAGATCAATTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATTTGAACTT-GTTCGGTAA
190 AA-CAATTTAAA-A-T-ACAT-AATTCTTCAAATAGT-CATAAAGATTTGAA-TTGGTTTGGTAA
* * * * * *
6561713 ATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCATGCTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA-CT
248 ACAAATTTA--TTTTTTAAATTTC-T--TATTAA-TTTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATGT
* ** * * ** * * *
6561777 TTACT-CTAAGTAAGCTTTTATGAATTAAAATAAATGT--TTTTATGACTAAACAAATGGTCATA
307 TTATTAC-AAACAAACTTATAT-AAACAAAA-ACAT-TCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * * * * *
6561839 ACAATTTAAAATAGATAATTGTTTCAATAGTCTTAACTATTTGAATCGGTTCGGTAAACACATTT
368 ACGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAAT-AGTTCGATAAACAAAATT
* * * * * * *
6561904 ATTTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGGAATAGTATTAAATTAGTATTACTTTAATT-C
432 A-TTTTTTAAATCTCTTGA-ATATTAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTA-TTTTATTCC
* * *
6561967 AAATAAGCGT-GTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAA
494 AAATAAGC-TAGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGAC-A
* * ** * *
6562007 AATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT
1 AA-AAAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGAACTAGTTT
* ** * * *
6562071 CGAAAAATAGGTTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAATAT
64 -GAAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** ** ** * * * * * *
6562132 TATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAAC-AATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
126 TATTTTAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATA
** * * * * ** * * * *
6562196 ACAATTTGCAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATT
191 ACAATTTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATT
** *
6562260 TATTTTTTTAAATCTCCTACCCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATT-C
255 TA-TTTTTTAAAT-T--T-CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAGATTAGTATTATGTTTATTAC
* * * * * * * * * *
6562323 TGAATAAACTTGTATGAA-TAGAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGA
314 -AAACAAACTTATATAAACAAAAAC-ATTCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
* * ** * * * * * * * * *
6562386 AATAAATAATTATTCAACCAATCATAACTATTTGAACTTGCTAGGTAAACATATTTATTTTTTAA
377 AATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTT-AAATAGTTCGATAAACAAAATTATTTTTTAA
* * * * * * * *
6562451 ATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAAT-ATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATACGC-A
441 ATCTCTTGA-ATATTAATTTTTGAAATAAT-AATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTA
* *
6562513 TGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACA
504 -GTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACA
6562543 AAA
1 AAA
6562546 CAAAAGGTCA
Statistics
Matches: 2958, Mismatches: 596, Indels: 415
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
517 70 0.02
518 7 0.00
519 125 0.04
520 9 0.00
521 106 0.04
522 39 0.01
523 5 0.00
524 38 0.01
525 8 0.00
526 4 0.00
527 7 0.00
530 4 0.00
531 140 0.05
532 160 0.05
533 230 0.08
534 175 0.06
535 28 0.01
536 51 0.02
537 135 0.05
538 122 0.04
539 76 0.03
540 252 0.09
541 14 0.00
542 33 0.01
543 40 0.01
544 407 0.14
545 313 0.11
546 35 0.01
547 75 0.03
548 92 0.03
549 145 0.05
550 12 0.00
551 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGAACTAGTTTGA
AAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TAATTCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAAT
TTAAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTT
TTAAATTTCTTATTAATTTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATGTTTATTACAAACAAACTTAT
ATAAACAAAAACATTCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTT
AAAATAGTCATAATTATTTAAATAGTTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGAATATTA
ATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACAGAAAAAAT
TGTTTTATGACA
Found at i:6559517 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 6559476--6559518 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
6559466 GCTTGTATGA
*
6559476 ATAGAAATAATTGTTTTATG
1 ATAGAAATAATTGTTTAATG
6559496 ATAGAACATAA-TGTTATAATG
1 ATAGAA-ATAATTGTT-TAATG
6559517 AT
1 AT
6559519 TTGAAGTATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.50
21 10 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
ATAGAAATAATTGTTTAATG
Found at i:6562577 original size:62 final size:61
Alignment explanation
Indices: 6562498--6562631 Score: 214
Period size: 62 Copynumber: 2.2 Consensus size: 61
6562488 AGTATTATTT
* * *
6562498 TATTTCGAATACGCATGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTAC
1 TATTTCGAATACACATGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAAC
*
6562560 TATTTCGAATACACATGTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAACAAAAGGTCATAAC
1 TATTTCGAATACACATGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAACAAAAGGTCATAAC
*
6562621 TATTTCAAATA
1 TATTTCGAATA
6562632 AATAATTATT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 5, Indels: 1
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
61 26 0.39
62 41 0.61
ACGTcount: A:0.44, C:0.13, G:0.13, T:0.29
Consensus pattern (61 bp):
TATTTCGAATACACATGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAACAAAAGGTCATAAC
Found at i:6563229 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6562678--6564784 Score: 1431
Period size: 180 Copynumber: 11.8 Consensus size: 181
6562668 TTTTATAACA
* * * * *
6562678 AAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 AAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATT
* * * ** *
6562742 AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGCTTAAGCTTGTATGAA-AAGAAA-
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAATAAACTTGTATGAATAA-AAAT
* ** * *
6562804 AATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTC
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
6562857 AAATAGTTATAACTATTTAAAC-TGTTTC-AGTAAATAGATTTAGTTTTT-AA-AT-CT-CTTAT
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTAT
* * ** * * * ** *
6562916 TAA-TTTCA-ATTATTAATAGGTTAGTATAATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAATA
64 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAATA
* * *
6562979 ATTG-TTTATGACAAAACAGAACG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * *
6563031 AAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCGATAAGCAGATTTATTTTTTAAATATCCTACCTATTA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTA
* * *
6563096 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAAT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAAT
**
6563161 TACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATTA-ATAATTGTTC
131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAA-TAGATAATTGTTC
* * * * * **
6563212 AAACAATTATAACTATTTGAACTTAG-TCGATAAATAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATT
* * * ** * *
6563276 AATTTTTGGAATATTGATAAAATAATATTATTTTATT-TTTATACACTTGTATGAACAAAAATAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAA
* *
6563340 TTGGTTTT-TGACAAAAC-AAAGATCCTAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTGC
130 TT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * **
6563391 AAATAGTCCTAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTATACTTAT
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACT-TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTAT
* * * * * * *
6563453 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTGTTTTATT-TAGAATAAGCTTGAATAAATAAAAAC
64 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAATAAAAAT
* * * * * *
6563517 AATTGGTTTATGATAAAACAAACGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
6563571 AAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTT-AA-CT-CT-CTTACTC
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTA
* * * * * **
6563632 A---TCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACCTGTATAAACT-AGTATAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAA
* ** * **
6563693 TAGTTTTATGATGAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTACTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
6563745 AAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTA
* * * * * * * * * * *
6563810 A-CTATCGAAATATTAATAAACTAATATTGTTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAA
66 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAA
* * **** *
6563874 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
6563926 AAATAGTTATAACTATTT-AAATTTTTTGATAAACAAATTCAGTTTTTAAAT-CCCTTATTTACT
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCC-TACTTATT
* * * * *
6563989 AATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATTCTG-A-AAGCTTGTATGAACAAAAAC
65 AATTTTT-AGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAT
* * * * * *
6564051 AATTATTTTGTGACAAAATAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTC
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * ** * *
6564105 AAACAATCATAACTATTTGTA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTTAA-ATCCATTACTTA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCC--TACTTA
* ** * * ** *
6564168 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TACATCAATAAAAA
63 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTGTATGAATAAAAA
* ** * * * *
6564232 TAATTATTTTATGATGAAACAAATAG-CCATAAAG-TTATGAAATAAATAATTGTTT
127 TAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTC
* * **
6564287 AAATTA-TTATAACTAATTGAACTGGTTTTATGAGAA-A-ATTTATTTTTT-AA-AT-CT-CTTA
1 AAA-TAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGAT-A-AACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTA
* * * *
6564345 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAAT
63 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAT
* * *
6564410 ATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGA-CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
6564464 ATATAGCCT-TAACTTTTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGC-TA
1 AAATAG-TTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTA-CTTA
* * * * * * * * * *
6564526 TTAATTTTCATAATATTATTATATTGATATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAACATAAAT
63 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAT
* * * * * * *
6564590 AATTCTTTTATGACAAAATAGAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTC
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
6564644 AAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTC-AGTAAACAG----A-----T-AATCTCTTAATTATT
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATT
* * ** *
6564698 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAAC
65 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAAT-AAAAAT
6564761 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
6564785 TTTTATGACA
Statistics
Matches: 1521, Mismatches: 322, Indels: 178
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 37 0.02
171 46 0.03
172 3 0.00
173 48 0.03
174 198 0.13
175 23 0.02
176 14 0.01
177 135 0.09
178 77 0.05
179 226 0.15
180 322 0.21
181 300 0.20
182 82 0.05
183 8 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
Found at i:6563884 original size:355 final size:353
Alignment explanation
Indices: 6562678--6566314 Score: 1622
Period size: 353 Copynumber: 10.1 Consensus size: 353
6562668 TTTTATAACA
* * * *
6562678 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATT
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATT
* * * * *** *
6562742 AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGCTTAAGCTTGTATGAAA-AGAAA-A
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAACA
* *
6562805 ATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA
* * * * *
6562869 CTATTTAAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTCA-ATTATTAA
194 CTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTAA-TTCAGAATATTAA
** * ** * *
6562932 TAGGTTAGTATAATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-TAAAAATAATTG-TTTATGACAAAA
256 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-AAAATAATAGTTTTATGACAAAA
*
6562995 CAGAACGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTTC
320 CA-AAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTC-TC
* * * * * * * * *
6563031 AAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCGATAAGCAGATTTATTTTTTAAATATCCTACCTATTA
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
* * * * * *
6563096 ATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAA
66 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAA
** * * * *
6563160 TTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAACAATTATAA
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTTATAA
* * **
6563224 CTATTTGAACTTAG-TCGATAAATAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
194 CTATTTGAACTT-GTTCAATAAATAGAT-TATTTTTTAAATC---T-CTTACTAA--TTCAGAAT
* * * * * * *
6563288 ATTGATAAAATAATATTATTTTATTTT-TATACACTTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTT-TGA
251 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAA-TAGTTTTATGA
* *
6563351 CAAAAC-AAAGATCCTAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTGC
315 CAAAACAAAAG-TCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTCT-C
* * *
6563391 AAATAGTCCTAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTATACTTAT
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACT-TGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTAT
* * * * *
6563453 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTGTTTT-ATTTAGAATAAGCTTGAATAAATAAAAAC
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTA-AATAAGCTTGTATAAATAAAAAC
* * * * * ** *
6563517 AATTGGTTTATGATAAAACAAACGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATA
* * *
6563582 ACTATTTGAGCTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAACTCTCTTACTCA-TCAGAATATTAAT
193 ACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCAGAATATTAAT
* * ** **
6563646 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACCTGTATAAACTAGTATAATAGTTTTATGATGAAACA
257 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGACAAAACA
6563711 AAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTACTC
322 AAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-CTC
* * *
6563745 AAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTA
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
* * * * * *
6563810 ACTATCGAAATATTAATAAACTAATATTGTTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAAT
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAAT
* * ** * *
6563875 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAACT
131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACT
* * ** * * * * * *
6563940 ATTT-AAATTTTTTGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCCCTTATTTACTAATTTTTGAAAATAT
196 ATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATT-ATTTTTTAAAT--C-T-CTTACTAA---TTCAGAATAT
* * * * * * *
6564004 TAATAAATTAGAATTATCTTATTCTG-A-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA-TTTTGTGACA
253 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAA-TAGTTTTATGACA
* * * * *
6564066 AAATAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTC
317 AAACAAA-AGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-CTC
* * * * * ** ** * * *
6564105 AAACAATCATAACTATTTGTA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTTAAATCCAT-TACTTA
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTA-TTTTTTAAAT-CTTCTACTTA
* ** * * * * ** *
6564168 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TACATCAATAAAAA
63 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAG-CTTGTATAAATAAAAA
* * ** * * * * *
6564232 TAATTATTTTATGATGAAACAAATAG-CCATAA-AGTTATGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-T
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAACAATT-TGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGT
* * ** * * *
6564294 TATAACTAATTGAACTGGTTTTATGAGAA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA
189 TATAACTATTTGAACTTGTTCAAT-A-AATAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTAA--TTCAGA
* * * * * * *
6564357 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATG
249 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATG
* * * *
6564422 AAAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
314 ACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-CTC
* * * * * ** * * *
6564464 ATATAGCCTTAACTTTTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATC-TCTTAGC-TA
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTC-TA-CTTA
* * * * * * * * * * *
6564526 TTAA-TTTTCATAATATTATTATATTGATATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAACATAAA
63 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAATAAAAA
* * * * * * ** * * * *
6564589 TAATTCTTTTATGACAAAATAGAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * * ** *
6564654 AATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATAATCTCTT-AAT-TATTAATTTTTGA-AATATTAAT
192 AACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCAGAATATTAAT
** *
6564716 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
257 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTG--T-ATG---AAC----------T---AAAATA
* * * * *
6564781 AAAGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTC
303 ATAGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATT-CTC
* * * * * * * *
6564834 AAATGGCCATAACTA-TTGAA-TTGATTCGGAATAAAC-TGATATA-TGTTTAAATCTCCCAACT
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TT-TG-ATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCT-TCTACT
* * * ** ** * ** *
6564895 TCTCAATTTTTGAAAGTTTTAATAACGTAA-ATTATTTTGTTTTGGATACA-CTTTTATGAAA-A
61 TATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATA-AGCTTGTAT-AAATA
* * * * * * * * **
6564957 TGAAACAATTGGTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAAAATTTAAAACAGATCATTGCTC-AA
123 -AAAACAATT-G-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * *** * *
6565021 TAGTCA-AAGTTATTTGAACATGGTTTTGGTACCAATATATTATTTTTTAAAATTCTTTCTTAAT
185 TAGTTATAA-CTATTTGAAC-TTG-TTCAATA--AATAGATTATTTTTT-AAA-TC--TCTT-AC
** * * * * *
6565085 TGAATTTTTTGAATGTTTAATAAAATACGTAATTATTTTATTTCGAATAAGCAGTGTATGAACTG
240 T-AA--TTCAGAAT-ATTAATAAATTA-GT-ATTATTTTATTTTGAATAAAC-TTGTATGAACT-
* * * *
6565150 AAACA-AATTA-TTTTATCACTAAACAAAAGGT--TAGATGATTTGAAATAGATAATTATTC
297 AAA-ATAA-TAGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA-ATAATTTGAAATAGATAATT-CTC
* * * * *
6565208 TAAATAGTCTTAATCTATTTGAACTGGTTT-ACAAA-ATACATTTATTTTTTAAAGCTCTT-AAC
1 -AAATAGTCATGA-CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAT--ATTTATTTTTTAAA--TCTTCTAC
* * *** ** * * * * * *
6565270 -TA-TAATTTCAT-ATAATAGTTATTGGTTTAGCAATA-TTTACTCCAAATAAAGTTTAATATGA
60 TTATTAATTT-TTGA-AATA-TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAAT-AAGCTT-GTATAA
* * * * * *
6565331 ATATAAACAATTGTTTTATGA-AAAAC-AAAGATCATACCAATTTGGGAGTAACCATAATTGTTC
120 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT-GAAAT-A-GATAATTATTC
* * * * *
6565394 AAATAG---CAACTATTTGAACTGGTTCGTAATTAAA-GGATAATTTAGTTTTAAACTCTCTTAT
182 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC--AA-TAAATAGATTA-TT--TTTTAAA-TCTCTTAC
* * ** * * *
6565455 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAA-TGGAAAC
240 TAA--TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-AAAAT
* * * * * *
6565519 ACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
302 AATAGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTC
* *** **
6565572 AAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACA-ATTT-TATTTTTAAA---TCT-CTTATT
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTCTACTTATT
* * * * * * * *
6565631 AATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACA
65 AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAATAAAAACA
* * * * * *
6565696 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAACTATTGAAATAGTCATAA
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA
* * * * * * ** * ***
6565761 CCATTTGAACGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTGTTTACAT-TTTTACTTGTT---AATCTTTGG
194 CTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCAGAATATTAAT
* *** * *
6565821 AATTTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGACAAA
257 AA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAATAA-TAGTTTTATGACAAA
* * * *
6565883 ACAACAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTC
319 ACAA-AAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-CTC
* * * **
6565920 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCAGTAAACATATTCATTTTTTTAAATC-TCTTGTTCA
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTCTACTT-A
* * * * * * * * ** *
6565983 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCCTATGTGAATTGATA
63 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATAAATAAAAA
* ** * * * *
6566047 CAATTATTTTATGATGAAACAAAATATCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATTAT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
* *** * * * *
6566112 TACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA-T-TTTTTTAAA--TCTTATTAATTCTCAAAATATTA
192 AACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTAA-T-TCAGAATATTA
* * * * *
6566173 ATAAATTAATATTATTTTGA-TTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTA-TTTTATAACAA
255 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAA-TAGTTTTATGACAA
* * *
6566236 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
318 AAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-CTC
* * * * * *
6566274 AAATAATCATAACTATTTGAAATTATTTGGTAAACAAATTT
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTT
6566315 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 2513, Mismatches: 563, Indels: 415
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
347 79 0.03
348 35 0.01
349 8 0.00
350 18 0.01
351 38 0.02
352 49 0.02
353 250 0.10
354 242 0.10
355 227 0.09
356 54 0.02
357 158 0.06
358 102 0.04
359 247 0.10
360 171 0.07
361 163 0.06
362 71 0.03
363 22 0.01
364 26 0.01
365 26 0.01
366 20 0.01
367 2 0.00
368 10 0.00
369 19 0.01
370 71 0.03
371 29 0.01
372 51 0.02
373 33 0.01
374 69 0.03
375 101 0.04
376 42 0.02
377 12 0.00
378 15 0.01
380 2 0.00
381 1 0.00
384 3 0.00
385 2 0.00
387 3 0.00
388 2 0.00
389 3 0.00
390 13 0.01
391 3 0.00
392 19 0.01
393 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCAGAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGACAAAACAAAAG
TCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTC
Found at i:6564090 original size:714 final size:712
Alignment explanation
Indices: 6562678--6564469 Score: 1653
Period size: 714 Copynumber: 2.5 Consensus size: 712
6562668 TTTTATAACA
*
6562678 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTG-GTTT-GATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACACATTTATTTTTTAAAT-T-TATACTTA
* ** * *
6562740 TTAATTTTTGGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAATTTGCTTAAGCTTGTATGAAAAGAAA
62 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGAATGAAAAAAAA
* * * *
6562804 AATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA
127 AATTGGTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * *
6562869 CTATTTAAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTCAATTATTAATA
192 CTATTTAAACTGTTTCAATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAA-TTCAAATATTAATA
** *** * * *
6562934 GGTTAGTATAATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAATAATTGTTTATGACAAAACAGA
256 AATTAGTATAATTTTATTTTGAATAAACCTGCATAAATAAAAATAATAGTTTATGACAAAACAAA
*
6562999 ACGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCGATAA
321 ACGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTCGATAA
* * * ** *
6563064 GCAGATTTATTTTTTAAATATCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
386 ACAGATTTATTTTTAAAATATCCTACCTATTAATATCGAGAATATTAATAAACTAATATTATTTT
* * * * * * *
6563129 ATTCTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATT
451 AATCTAAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATT
* * * *
6563194 TGAAATTAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGAACTTAGTCGATAAATAGATATATTTTT
516 TGAAATTAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGAAATTAGTCGATAAACAAATATAGTTTT
** * * * * * *
6563259 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAAATAATATTATTTTATTTTTATACACTT
581 TAAATCCCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATCTTATTCTGATACACTT
* * *
6563324 GTATGAACAAAAATAATTGGTTTTTGACAAAACAAAGATCCTAACTATTTGAAATAGATAATTGT
646 GTATGAACAAAAACAATTGATTTTTGACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT
6563389 GC
711 GC
* *
6563391 AAATAGTCCTAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTATACTTATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAACACATTTATTTTTTAAATTTATACTTATTAA
*
6563456 TTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTT-ATTTAGAATAAGCTTGAAT-AAATAAAAACA
66 TTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGAATGAAA-AAAAA-A
* * * **
6563518 ATTGGTTTATGATAAAACAAACGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
128 ATTGGTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
6563583 CTATTTGAGCT-TGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAACTCTCTTACTCA-TCAGAATATTAAT
192 CTATTTAAACTGT-TTCAATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAATTCA-AATATTAAT
* * ** **
6563646 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACCTGTATAAACT-AGTATAATAGTTTTATGATGAAAC
255 AAATTAGTATAATTTTATTTTGAATAAACCTGCATAAA-TAAAAATAATAG-TTTATGACAAAAC
* ** * *
6563710 AAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAC-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTG
318 AAAACGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-CTTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTCG
* * * * *
6563774 GTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAACTATCGA-AATATTAATAAACTAATATT
382 ATAAACAGATTTATTTTTAAAATATCCTACCTATTAA-TATCGAGAATATTAATAAACTAATATT
* * ** * * **
6563838 GTTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGG
446 ATTTTAATCTAAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * ** *
6563903 CAATTTGAAA-TAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AAATTTTTTGATAAACAAAT-T
511 CAATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGAAATTAGTCGATAAACAAATAT
* *
6563965 CAGTTTTTAAATCCCTTATTTACTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATTCT
575 -AGTTTTTAAATCCCTTACTTACTAATTTTTG-AAATATTAATAAAATA-ATATTATCTTATTCT
* *
6564029 GA-A-AGCTTGTATGAACAAAAACAATT-ATTTTGTGACAAAATAAAGGGTCATAA-TGATTTGA
637 GATACA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTT-TGACAAAACAAA-GATCATAACT-ATTTGA
* *
6564090 AATAGCTAATTGTTC
698 AATAGATAATTGTGC
* * * ** ** * * **
6564105 AAACAATCATAACTATTTGTAT-TGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTTAAATCCATTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATGT-GTTTAGAAAACACATTTA-TTTTTTAAATTTA-TACTTAT
** * * * *
6564169 TAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-T-ACATCAATAAAA
63 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTAATTTGAATAAG-CTTGA-ATGAA-AAAA
* ** ** * * * * * *
6564231 ATAATTATTTTATGATGAAACAAATAGCCATAA-AGTTATGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-T
125 AAAATTGGTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATT-TGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGT
* * * * * * * *
6564294 TATAACTAATTGAACTGGTTT-TATGAGAA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAA
187 CATAACTATTTAAACT-GTTTCAAT-A-AATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAA---TTCA
* * * * * ** * * * *
6564356 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTAT
246 AATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTTGAATAAACCTGCATAAATAAAAATAATAG-TTTAT
* * * * * *
6564421 GAAAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
310 GACAAAACAAAACGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
6564470 CCTTAACTTT
Statistics
Matches: 878, Mismatches: 157, Indels: 82
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
711 8 0.01
712 63 0.07
713 188 0.21
714 360 0.41
715 22 0.03
716 121 0.14
717 16 0.02
718 4 0.00
719 94 0.11
720 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (712 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAACACATTTATTTTTTAAATTTATACTTATTAA
TTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGAATGAAAAAAAAAATT
GGTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTAAACTGTTTCAATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAATTCAAATATTAATAAATTA
GTATAATTTTATTTTGAATAAACCTGCATAAATAAAAATAATAGTTTATGACAAAACAAAACGTC
ATAATAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGA
TTTATTTTTAAAATATCCTACCTATTAATATCGAGAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCT
AAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA
TTAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGAAATTAGTCGATAAACAAATATAGTTTTTAAAT
CCCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATCTTATTCTGATACACTTGTATG
AACAAAAACAATTGATTTTTGACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTGC
Found at i:6564780 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 6564752--6564805 Score: 83
Period size: 19 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
6564742 GGCTTGTATG
**
6564752 ATGA-AAAACAATTGTTTT
1 ATGACAAAACAAAAGTTTT
6564770 ATGACAAAACAAAAGTTTT
1 ATGACAAAACAAAAGTTTT
6564789 ATGACAAAACAAAAGTT
1 ATGACAAAACAAAAGTT
6564806 CAAAATGATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 1
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.12
19 29 0.88
ACGTcount: A:0.52, C:0.09, G:0.11, T:0.28
Consensus pattern (19 bp):
ATGACAAAACAAAAGTTTT
Found at i:6566277 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 6565439--6566314 Score: 618
Period size: 172 Copynumber: 5.0 Consensus size: 174
6565429 GATAATTTAG
* * ** * **
6565439 TTTTAAACTCTCTT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAATT
1 TTTTAAACTCT-TTCATTAATTCTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * *
6565503 TTGTAAGAATGGAAACACTTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAA
65 TAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * ** *** *
6565567 TTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAATTTTAT
129 TTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-TTTTGGTAAAC-ATATT-T
* *** ** * * *
6565615 TTTTAAA-TCTCTT-ATTAATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
1 TTTTAAACTCT-TTCATTAA-TTCTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAG
** ** * ** *
6565678 CTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAA
64 CTAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * * *
6565743 CTATTGAAATAGTCATAACCATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTT
129 TTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-TTTTTGGTAAACATATTT
* * * * * ** * * * * *
6565790 ATTGTT-TAC-ATTT--TTACTTGTTAATCTTTGGAAT---TTTATATTATTTTATTCCAAATAA
1 -TT-TTAAACTCTTTCATTAATTCTCAA-AATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
* * * *
6565848 GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAACAGGTCATAATGATTTGAAATAGACA
63 GCTAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* *
6565913 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACATATTCATTT
128 ATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTTTT-GGTAAAC--A-T-ATTT
* ** *
6565965 TTTTAAATCTCTTGTTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
1 TTTTAAA-CTC-T-TTCATTAATTCTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
* * * ** * *
6566030 GCCTA-TGTGAATTGATACAATTATTTTATGATGAAACAAAATA-TCATAACGATTTCAAATAGA
63 G-CTAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
6566093 TAATTATTCAAATAATTATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTT
126 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-TTTGGTAAACATATTT
*
6566143 TTTTAAA-TC-TT-ATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGATTT-GAATAAGC
1 TTTTAAACTCTTTCATTAATTCTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCGAATAAGC
* * * * *
6566204 TAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
65 TAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* *
6566269 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTTGGTAAACAAATTT
130 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-TTTGGTAAACATATTT
6566315 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 110, Indels: 62
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 113 0.20
172 127 0.23
173 13 0.02
174 11 0.02
175 19 0.03
176 104 0.19
177 33 0.06
178 14 0.02
179 6 0.01
180 9 0.02
182 103 0.18
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
TTTTAAACTCTTTCATTAATTCTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT
AGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTTTTGGTAAACATATTT
Found at i:6566309 original size:354 final size:351
Alignment explanation
Indices: 6562678--6566310 Score: 1015
Period size: 354 Copynumber: 10.1 Consensus size: 351
6562668 TTTTATAACA
* **
6562678 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAACACA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-TAAACA-ATTTTA-TTTTTAAATCTCTTA-TTA-
* * * * * * * * *
6562741 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGC--TTAAGCTTGTATGAAAAGAAA
61 -ATTTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-A-TTCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAA
* * * * * *
6562804 -AATT-GTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTA
123 CAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAATCA
* * * * *
6562866 TAACTATTTAAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTT-TTTAAATCTCTTATTAATT-TC-AATT
187 TAACCATTTGAACGTGTTT-AGAAAACAGATTTA-TTGTTTAAA--TCTTATTAATTCTCAAAAT
** * ** * * * *
6562927 ATTAAT-AGGTTAGTATAATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAATAATT-GTTTATGA
248 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * *
6562990 CAAAACAGAACGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTTC
311 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * * * *
6563031 AAATGGACATGACTATTTAAACTT-GTTCGATAAGCAGA-TTTATTTTTTAAATATCCTACCTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-TAAACA-ATTTTA-TTTTT-AA-AT-CT-CTTAT
* * * ** * * * *
6563094 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAAC
59 TAATTTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAAC
* * * * * * *
6563158 AATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAACAATTAT
124 AATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAA-TAGATAACTATTCAAATAATCAT
* * * * * * * ***
6563222 AACTATTTGAAC-T-TAGTCGATAAATAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
188 AACCATTTGAACGTGT-TTAGA-AAACAGATTTATTGTTTAAA-----T-CTTATTAATTCTCAA
* * * ** * * * *
6563285 AATATTGATAAAATAATATTATTTTATTTTTATACA-CTTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTT-
245 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTA
* * * *
6563348 TGACAAAACAAAGA-TCCTAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTGC
308 TGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * *
6563391 AAATAGTCCTAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAAC-ATATTTATTTTTTAAATTTATACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTAGTAAACAAT-TTTA-TTTTTAAA--TCT-CTTATT
* * * * * * *
6563454 AA-TTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTATT-TAGAATAAGCTTGA-ATAAATAAAA
60 AATTTTTTGAAATAGTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCCT-ATATGAATAGAA
* * * * * ** * * *
6563515 ACAATTGGTTTATGATAAAACAAACGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
122 ACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAATCA
* * * * * * * * * * *
6563580 TAACTATTTGAGCTTGTTCA-ATAAATAGATTCATTTTTTAACTC-TCTT-ACTCATCAGAATAT
187 TAACCATTTGAACGTGTTTAGA-AAACAGATTTATTGTTTAAATCTTATTAATTC-TCAAAATAT
* * * * *
6563642 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACCTGTATAAACTAG-TATAA-TAGTTTTATGA
250 TAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGA
** * * * **
6563704 TGAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTACTC
311 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * *
6563745 AAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-ATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAT-TTTATTTTT-AAA---TCT-CTTATT
* * * * * * * * * * * * * *
6563809 AA-CTATCGAAATATTAATAAACTAATATTGTTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACA
60 AATTTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACA
* * ** * * * * * *
6563873 ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATA
125 ATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAATCATA
* * * * * * * *
6563937 ACTATTT-AA-ATTTTTTGATAAACAAATTCAGTT-TTTAAATCCCTTATTTACTAATTTTTGAA
189 ACCATTTGAACGTGTTTAGA-AAACAGATTTA-TTGTTTAAAT--CTTA--T--TAA-TTCTCAA
* * * * *
6563999 AATATTAATAAA-TTAGAATTATCTTATTCTG-A-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTG
245 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* ** **
6564061 TGACAAAATAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTC
308 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * ** **
6564105 AAACAATCATAACTATTTGTA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCATT-TTTTTAAATCCATTACTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTAGTAAACA-ATT--TTATTTTTAAAT-C--T-CTTA
* * * * *** * * * *
6564168 TTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGACTACATCAATAAAAA
58 TTAATTTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAA
* * ** * * * * * * * * *
6564232 TAATTATTTTATGATGAAACAAATAG-CCATAA-AGTTATGAAATAAATAATTGTTTAAATTATT
123 CAATTAGTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAACAATT-TCAAATAGATAACTATTCAAATAATC
* * * * * *
6564295 ATAACTAATTGAAC-TGGTTTTATGAGAA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA
186 ATAACCATTTGAACGT-G-TTTA-GAAAACAGATTTATTGTTTAAA--TCTTATTAATTCTCAAA
* * * * * * * * *
6564357 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATG
246 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * *
6564422 AAAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
310 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * * ** * *
6564464 ATATAGCCTTAACTTTTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGCT-AT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTAGTAAACAATTTTATTTTT-AAATCTCTTA-TTAAT
* * * * *** * ** * * *
6564527 TAATTTTCATAATATTATTATATT-GATATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAACATAAAT
63 T--TTTTGA-AATAGTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAAC
** * * * * ** * * * * * *
6564590 AATTCTTTTATGACAAAATAGAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATA
124 AATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAATCATA
** * * * * * **
6564655 ATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAGA-TAATCT-CTT-AA--TTATTAATTTTTGAAATATTA
189 ACCATTTGAACGT-GTTTAGAAAACAGATTTAT-TGTTTAAATCTTATTAATTCTCAAAATATTA
* * *
6564714 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAA
252 ATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATG----
*
6564777 AACAAAAGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAA-AAGATAATTGTTC
310 -AC--AA-----A--AC---A-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTGTTC
* * * * * * *
6564834 AAATGGCCATAACTA-TTGAA-TTGATTCGGAATAAACTGA-TATATGTTTAAATCTCCCAACTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATT--TAGTAAAC-AATTTTATTTTTAAATCT-----CTT
* * ** ** * * **** * * *
6564896 CTCAA-TTTTTGAAAGTTTTAATAACGTA-AATTATTTTGTTTTGGATACA-CTTTTATGAAAAT
57 ATTAATTTTTTGAAA-TAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCCTATATGAATA-
* * * * * * * * * **
6564958 GAAACAATTGGTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAAAATTTAAAACAGATCATTGCTC-AAT
119 GAAACAATTAG--TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAAT
* ** * * ** * * *
6565022 AGTCA-AAGTTATTTGAACATGGTTTTGGTACCAATATATTATTTTTTAAAATTCTTTCTTAATT
182 AATCATAA-CCATTTGAACGT-GTTTAGAAAAC-AGAT-TTATTGTTT-AAA-----TCTT-ATT
* *** * * *
6565086 GAATTTTTTGAATGTTTAATAAA-ATACGTAATTATTTTATTTCGAATAAGCAGTGTATGAACT-
236 -AATTCTCAAAAT-ATTAATAAATTTA--T-ATTATTTTATTT-GAATAAGC-TTGTATGAA-TA
* * * * *
6565149 GAAACAAATTATTTTATCACTAAACAAAAGGT--TAGATGATTTGAAATAGATAATTATTC
293 GAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* ** ** * *
6565208 TAAATAGTCTTAATCTATTTGAACTGGTTTACAAAATACA-TTTATTTTTTAAAGCTCTTAACTA
1 -AAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTATTTAGTAAACA-ATTTTA-TTTTTAAATCTCTT-A-T-
** * *** * * * ** *
6565272 TAATTTCAT-ATAATAGTTATTGGTTTAGCAATA-TTTACTCCAAATAAAGTTTAATATGAATAT
59 TAATTTTTTGA-AATAG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCCT-ATATGAATAG
* ** * * * *
6565335 AAACAATT-GTTTTATGA-AAAAC-AAAGATCATACCAATTTGGGAGTAACCATAATTGTTCAAA
120 AAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT-CAAAT-A-GATAACTATTCAAA
* * * * *
6565397 T-AGC--AACTATTTGAAC-TGGTTCGTAATTAA-AGGATAATT-TAGTTTTAAACTCTCTTATT
181 TAATCATAACCATTTGAACGTGTTTAG-AA--AACA-GAT--TTATTG-TTTAAA---TCTTATT
* * ** * * *
6565456 AATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATGGAAACAC
236 AATTCTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* *
6565521 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-
300 TTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * *
6565572 AAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAATTTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAATTTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
* ** * * *
6565637 TTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGT
66 TTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTAGT
* * * * *
6565702 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAACTATTGAAATAGTCATAACCATTT
131 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACCATTT
* * * * * * *** *
6565767 GAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTGTTTACAT-TT-TTACTTGT--TAATCTTTGGAATTTTA
196 GAACGTGTTTAGAAAACAGATTTATTGTTTAAATCTTATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTTA
** * *
6565828 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAACAGGTC
261 TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* *
6565893 ATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTC
325 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
6565920 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCAGTAAACATATTCATT-TTTTTAAATCTCTTGTTCA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-AGTAAACA-ATT--TTATTTTTAAATCTC---TT-A
* * * * *
6565983 TTAA-TTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATGTGAATTGATA
58 TTAATTTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAA
* ** * * * *
6566047 CAATTATTTTATGATGAAACAAAATATCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATTAT
123 CAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAATCAT
* * * * * *
6566112 TACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA-TT-TT-TTTAAATCTTATTAATTCTCAAAATATTAA
188 AACCATTTGAACGTGTTTAGAAAACAGATTTATTGTTTAAATCTTATTAATTCTCAAAATATTAA
* * * * * *
6566174 TAAATTAATATTATTTTGATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAAC
253 TAAATTTATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
6566239 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
317 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * *
6566274 AAATAATCATAACTATTTGAAATTATTTGGTAAACAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAA
6566311 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 2497, Mismatches: 553, Indels: 460
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.00
347 82 0.03
348 33 0.01
349 9 0.00
350 23 0.01
351 76 0.03
352 45 0.02
353 240 0.10
354 245 0.10
355 216 0.09
356 53 0.02
357 155 0.06
358 93 0.04
359 239 0.10
360 163 0.07
361 161 0.06
362 82 0.03
363 20 0.01
364 23 0.01
365 38 0.02
366 17 0.01
367 4 0.00
368 9 0.00
369 25 0.01
370 43 0.02
371 32 0.01
372 48 0.02
373 33 0.01
374 61 0.02
375 94 0.04
376 35 0.01
377 16 0.01
378 6 0.00
380 4 0.00
382 1 0.00
387 3 0.00
388 3 0.00
389 12 0.00
390 10 0.00
391 5 0.00
392 16 0.01
393 10 0.00
394 11 0.00
395 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (351 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAATTTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
TTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTAGT
TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAACCATTT
GAACGTGTTTAGAAAACAGATTTATTGTTTAAATCTTATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTTA
TATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
Found at i:6566346 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 6566192--6566429 Score: 289
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
6566182 TATTATTTTG
**
6566192 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
1 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
* * *
6566257 GAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTTGGTAAACAA
66 GAAATAAATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAA
* * * * * * * *
6566311 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGTAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAT
1 ATTTG-AATAAGCTAGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * * *
6566375 TTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
64 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACA
6566430 GATTCATTTT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 18, Indels: 3
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 5 0.05
120 91 0.92
121 3 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (119 bp):
ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
GAAATAAATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAA
Found at i:6566618 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 6566339--6566951 Score: 547
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176
6566329 TGAATAGTAA
* * * * * **
6566339 AAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGCCAT
1 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* *
6566404 AATTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGATTCATTTTTTAAA-TCTT-TTATTAATTTTTAGAAT
66 AATTATTTGAA-TTGGTTAGGCAAACAGATT-ATTTTTTAAATTCTTATTATTAATTTTTAGAAT
* ** * * **
6566466 ATTAATAAATTAGGATTAGGTTATTCTAAATAAGTTTGTACAAACAAAAT
129 ATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTAAATAA--TTATATGAACAAAAT
* * **
6566516 CAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
1 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * * *
6566581 AATCATTTGCATTGGTTAGGCCAACAGATATATTTTTTAAATTCGTTACTTATTAATTTTCAGAA
66 AATTATTTGAATTGGTTAGGCAAACAGAT-TATTTTTTAAATTC-TTA-TTATTAATTTTTAGAA
* * * *
6566646 TATTAAAAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAA-AACTATGAACATAAT
128 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTAAATAATTA-TATGAACAAAAT
* * * * * * * * *
6566695 GAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGACATAACAATTTGAAATAAATAATTGATCATATAGTTAT
1 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * * * * * *
6566760 -ACTAATTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA
66 AATTATTTGAATTGGTTAGGCAAACAGA-TTATTTTTTAAAT-TCTTA-TTATTAATTTTTAG-A
** * * *
6566823 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAA
127 ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTAAA-TAA-TTATATGAACAAAAT
* * * *
6566875 AATATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGT-ATTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAATC
1 AA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
*
6566939 ACAATTATTTGAA
64 ATAATTATTTGAA
6566952 ATAGTTCTGC
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 76, Indels: 27
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.02
177 82 0.24
178 75 0.22
179 69 0.20
180 12 0.03
181 92 0.27
182 8 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
AATTATTTGAATTGGTTAGGCAAACAGATTATTTTTTAAATTCTTATTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAATTAGCATTACTTTATTTTAAATAATTATATGAACAAAAT
Found at i:6567315 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6567008--6567413 Score: 458
Period size: 182 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
6566998 CATATAGCCT
* * * * *
6567008 TAACTATTTAAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATA
1 TAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTAGTTATTAATTTTCATA
* * * * * *
6567073 ATATTATTAGATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACATAAATAATTGTTTTTTT
66 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTG-TTTTAT
** * **
6567138 GACAAAAACAAAGGTT-ATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAACAATTA
130 GA-AAAAACAAAAATTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAACCA
* * *
6567190 TAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTATTTATTAATTTTTGA-
1 TAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTAGTTATTAA-TTTTCAT
* * * **
6567254 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * ***
6567319 GATAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCA
130 GAAAAAACAAAAATTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAACCA
* * * *
6567371 TAATTATTTGAATTGATTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAATC
1 TAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
6567414 TCCAACTCTT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 35, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 20 0.11
181 63 0.34
182 99 0.53
183 5 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTAGTTATTAATTTTCATA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
AAAAAACAAAAATTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAACCA
Found at i:6567774 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 6567449--6568945 Score: 854
Period size: 181 Copynumber: 8.5 Consensus size: 177
6567439 AATAGATTTA
* * * *
6567449 TTTTTAAAT-T-TTCACTAATTAATTTTTGGAATATTAAGAAAATTA-AATTATTTTATTTGAAA
1 TTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTG-AA
** * * * * * ** ** *
6567511 TAAGCTTGCATGAGCAAAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGCTTTGTGATAT
63 TAAGCTTATATGAACAAAA--AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAA
* ** * *
6567576 TTAATTGTTTGAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCGA-TAAACAGATTCT
126 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATT-GAGTAAACAGATTAT
* * *
6567628 TTTTTAAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTCTACTTTAAAT
1 TTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
* * * * * * *
6567693 AAGCTTCTATGGACTGAAAAAATTATTTTATAATAAAAGAAATGGTTATAATAATTTGAAATAGA
64 AAGCTTATATGAAC--AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAA
* * * * * * *
6567758 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCATTAAACATATTTAT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTGAGTAAACAGA-TTAT
* * * * * * *
6567810 TTTTTAAATCTTTTACGTATTACTTGTCA-AATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAT
* * *
6567874 AAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG-----ACAAAA----A-AA-AA-TTGAAATAAA
64 AAGCTTATATGAACA-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAA
* ** *
6567927 TAATTGTTCAAATAGTCAAAACGATTTGAACTTGATTG-GTAAATAGATTTAT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-ATTGAGTAAACAGA-TTAT
* * *
6567979 TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTATTTGAA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAA
* ** * * * *
6568041 -AA----A-A-CAA-AAAATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGAT
63 TAAGCTTATATGAACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAAT
* * * *
6568098 AATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTATTTAGTAAAGAGATTCA-
128 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTGAGTAAACAGATT-AT
* * * **
6568148 TTTTTAAATCTCTTTA-TTGTTAA-TTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATGTCAAAT
1 TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAAT
* * * * *
6568211 AAGCTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAACAATTTCAAATATA
64 AAGCTTATATGAAC-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAA
* * * * *
6568276 TAATTTTTCAAATAGTCATGATTATTTGATC-TAGTTCAGTAAACATATTTAT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA-TTGAGTAAACAGA-TTAT
* * * ** *
6568328 TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTGAT-GATATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAT
* * * * * **
6568392 AAGCTTATTTGAACAAAACCAATCATTTT-TGA-ATAGAACAAAAAGTCATAACAATTAAAAATA
64 AAGCTTATATGAACAAAA--AATTATTTTATGACA-A-AACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAT-
* * * * *
6568455 AAATAATTGCTAAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTTGA-TAAATA-ATT-T
124 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA--TTGAGTAAACAGATTAT
* * * * * *
6568507 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTGATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA
* * * * * * *
6568568 AACCTATATGAGCAAAAACATTTTTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATATAT
65 AGCTTATATGAACAAAAA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAAT
* * * *
6568632 AATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAAGTAAACAAAATTAT
128 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-ATTGAGTAAAC-AGATTAT
* * * **
6568683 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAAT
* * * * * *
6568747 AAAC-TAGTATGAATTCAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAGT
64 AAGCTTA-TATGAA--C-AAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAT
* * * * * * * * *
6568811 AAATATTTATTCACATAGTCTTAGA-TAGTTAAAATGGT-TTGA-CAAACA-AAT-T
124 AAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATTATTTGAACT--TATTGAGTAAACAGATTAT
* * * *
6568863 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
*
6568927 AAGCTTGA-ATTAACAAAAA
64 AAGCTT-ATATGAACAAAAA
6568946 TAATAAATTT
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 198, Indels: 182
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
158 9 0.01
159 3 0.00
160 1 0.00
161 2 0.00
162 1 0.00
163 6 0.01
166 2 0.00
167 7 0.01
168 29 0.03
169 114 0.11
170 59 0.06
171 3 0.00
172 4 0.00
173 33 0.03
174 22 0.02
175 60 0.06
176 21 0.02
177 7 0.01
178 9 0.01
179 102 0.10
180 147 0.14
181 251 0.24
182 71 0.07
183 61 0.06
184 5 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAA
GCTTATATGAACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAAT
TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTGAGTAAACAGATTAT
Found at i:6568719 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6568054--6568928 Score: 667
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
6568044 ACAAAAAATT
* * * * *
6568054 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAAT
1 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * * *
6568119 TATTTAAACTTATTTAGTAAA-GAGATTCA-TTTTTAAATCTCTTTATTGTTAA-TTTTGGATTA
66 TATTTGAA-TTAGTTAGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATA
* * * *
6568181 TTAATAAATTAGTATTATTTTATGTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAACAAAAACAA
* ** ** * * *
6568233 TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAACAATTTCAAATATATAATTTTTCAAATAGTCATGAT
1 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAT
* * * * * ** *
6568298 TATTTG-ATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTGATGATATA
66 TATTTGAAT-TAGTT-AGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
6568362 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATTTGAACAAAACCAA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAACAAAAACAA
* * ** ** ** * *
6568414 TCATTTT-TGA-ATAGAACAAAAAGTCATAACAATTAAAAATAAAATAATTGCTAAAATAGTTAT
1 TTATTTTATGACA-A-AACAAAAGGTCATAATGATTTCAAAT-AAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * **
6568477 AACTATTTGAACTAGTTTG-ATAA-ATAATT-TTTTTTAAATCTC----TTATTGATTTTCAAAA
63 AATTATTTGAATTAGTTAGTA-AACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * *
6568535 TATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACCTATATGAGCAAAAACAT
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAACAAAAACAA
* * *
6568589 TTTTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAAT
1 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAT
* *
6568653 TATTTGAATTGGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATAT
66 TATTTGAATTAGTT-AGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATAT
* *
6568718 TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAA-CTAGTATGAATTCAAAAA-AA
130 TAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTA-TATGAA--CAAAAACAA
* * * * * * *
6568770 CTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAGTAAATATTTATTCACATAGTCTTAG
1 -TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA-
* * * * * * * *
6568835 A-TAGTTAAAATGGTTTGACAAAC-AAA-T-TTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAT
64 ATTATTTGAATTAGTTAG-TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAAT
* * *
6568896 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
6568929 GCTTGAATTA
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 116, Indels: 57
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 31 0.06
174 21 0.04
175 66 0.12
176 17 0.03
177 2 0.00
178 5 0.01
179 84 0.15
180 132 0.24
181 83 0.15
182 54 0.10
183 55 0.10
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAT
TATTTGAATTAGTTAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAACAAAAACAA
Found at i:6569476 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6568990--6569512 Score: 525
Period size: 169 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
6568980 TCAAATAGTT
* * *
6568990 ATAACTATGTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATG--AACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
6569055 AAGATTAAT-AATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAGGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTAT
* ** *
6569119 GACCAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCC
129 GACAAAACAAAAG-TTTTAATGATTTGAAATAGAT-A--ATTG---T--TC
* * * * * *
6569170 ATAACTATGTGAACTTGCTCAATAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTA--TGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
6569235 AAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCCTT-TATGAACAAAAACAATTGGTTT
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT-AGGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTT
6569299 ATGACAAAACAAAATGTTTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
127 ATGACAAAACAAAA-GTTTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
*
6569344 A-AACTA-GAA-TTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAA
1 ATAACTATGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
6569406 ATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTTAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTTTAGG
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAGGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATG
** *
6569471 ACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTC
130 ACAAAACAAAAGTTT-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
6569513 TAATAGCCAT
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 49, Indels: 29
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.03
169 106 0.37
170 23 0.08
173 5 0.02
174 2 0.01
176 1 0.00
179 4 0.01
180 29 0.10
181 31 0.11
182 70 0.25
183 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
ATAACTATGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAGGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGTTTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
Found at i:6569556 original size:351 final size:346
Alignment explanation
Indices: 6569006--6569689 Score: 789
Period size: 351 Copynumber: 2.0 Consensus size: 346
6568996 ATGTAAACTA
* * *
6569006 GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAATTAGT
1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAATTAGT
** * * * *
6569071 ATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGATAA
66 ATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGATAA
** * ***
6569136 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAACTATGTGAACTTGCTCAATAAACATAT
131 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACATAGCCATAACTATGTGAACCAACTCAATAAACATAT
* ** * * * * *
6569201 TTATTTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCT
196 TTATTTTT-AAAA-TCTCAACCTATCAATTTTTG-AATATTAATAAAGTAATATTAGTTTATTCT
**
6569266 -GAATAAGCCTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTTTTAATGATTTGAA
258 AG-ATAAGCCTTTATGAACAAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
6569330 ATAGATAATTGTTCAAACTAGAATTG
321 ATAGATAATTGTTCAAACTAGAATTG
*
6569356 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT-AATTAG
* * * * * * * *
6569421 TATAATTTTATTTTAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTTTAGGACAAAACAAAAGTTT
65 TATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGATA
* * * * * * **
6569486 ATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCTA-ATAGCCATAATTATTTGAACCAATTTGATAAAC-T
130 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-GACATAGCCATAACTATGTGAACCAACTCAATAAACAT
* *
6569549 GATTTATTTTTTAAATCTCAACCTATCAATTTTTGTATATTAATAAAGTAATATTAGTTTATTCT
194 -ATTTATTTTTAAAATCTCAACCTATCAATTTTTGAATATTAATAAAGTAATATTAGTTTATTCT
* ** * * * * * *
6569614 AGATAAGCTTTTATGAACTGAAATAGTTGTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAAT
258 AGATAAGCCTTTATGAACAAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
*
6569679 AGATAGTTGTT
323 AGATAATTGTT
6569690 TAAATAGTTG
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 54, Indels: 11
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
347 41 0.15
348 47 0.17
349 16 0.06
350 58 0.21
351 113 0.41
352 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (346 bp):
GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAATTAGT
ATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGATAA
TAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACATAGCCATAACTATGTGAACCAACTCAATAAACATAT
TTATTTTTAAAATCTCAACCTATCAATTTTTGAATATTAATAAAGTAATATTAGTTTATTCTAGA
TAAGCCTTTATGAACAAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAACTAGAATTG
Found at i:6570348 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6570036--6571878 Score: 1666
Period size: 181 Copynumber: 10.2 Consensus size: 181
6570026 ATCATAACTA
* * * * *
6570036 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACATGTATGAATAGAAACAGTTGTT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
6570101 TTATAATAAAACAAAAGATCTTATCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTT
66 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*** *
6570166 GAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
131 GAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
6570217 TTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACCTT-TATGAAAAGAAACAATTGG
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * *
6570281 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGTCATAACTATT
65 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
6570346 TG-ACTGTCTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
130 TGAACT-T-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
6570397 TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCACGAACAGAACCAATTGT
1 TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * *
6570461 TTTATGATAAAACCAAAGGACATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATT
65 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
6570526 TGAACATGTTTGGTGAATAGATTCATTTTGT-AAT-TTCTTACTCATTAATTT
130 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTT
* * * * * *
6570577 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTATTTGAATTGGAACAATTGT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *
6570641 TTTATTACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTTATGACTA
65 TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
6570705 TTTCAACTTGTTTC-ATAAGCATATATA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTG
128 TTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * ** *
6570758 TCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTC-AAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *
6570822 TTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAA-TGAT
65 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-AT
* * *
6570885 TTGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-GTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
129 TTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * * * * *
6570938 CTT--AATACTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT-TTAGATAGAAAAAATTA
1 -TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTG
* * * * * *
6571000 TTCTATGACAAAACAAAAAGGTTATATCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTA
64 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
6571065 TTTAAATTTATTTGATAAACATATTCA-TTTTAAAATCTTTTAATTGTTAATTT
128 TTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * *
6571118 TTAGAATATTAATACATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTA-AAGCAATTCT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT
* * * * * * *
6571182 TTTATGACAAAACAAAATGTGATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAGCTGTT
65 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
6571247 TGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTG
130 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * *
6571299 TT-GAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAA----
1 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* ** * * *
6571359 TTT-T-ACTAAACAAAAGACCAAAACGATTCT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATGACTAT
65 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
6571421 TTAAACTTGTTC-AGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTA
129 TTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
6571474 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
6571539 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAACTATTTAAATAGTCATAA-TGATT
66 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT
* * *
6571603 TGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT
130 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * * **
6571656 CTT-G-ATA-TAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCA
1 -TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
6571717 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCCTAATTAT
64 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
6571782 TTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTT
129 TTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * *
6571835 TTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
6571879 ATACGAACTA
Statistics
Matches: 1352, Mismatches: 255, Indels: 110
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 140 0.10
176 2 0.00
177 3 0.00
178 12 0.01
179 151 0.11
180 435 0.32
181 592 0.44
182 16 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
Found at i:6570514 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6570493--6570525 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
6570483 TAATGTTTTG
6570493 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
6570509 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
6570526 TGAACATGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:6571878 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 6570036--6571874 Score: 1746
Period size: 361 Copynumber: 5.1 Consensus size: 361
6570026 ATCATAACTA
* *
6570036 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACATGTATGAATAGAAACAGTTGTT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
6570101 TTATAATAAAAC-AAAAGATCTTATCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACT-AT
66 TTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TGAT
*** *** * *
6570164 TTGAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGGAATTTTA
129 TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT-G-ATATTA
* * * * * **
6570228 ATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACCTT-TATGAAAAGAAACAATTGGTTTATGACAAA
192 ATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
** * * * * *
6570292 ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGTCATAACTATTT-GACTGTCTT
256 ACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTT
* * *
6570356 TAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
320 CAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* *** * * * *
6570397 TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCACGAACAGAACCAATTGT
1 TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *** * *
6570461 TTTATGATAAAACCAAAGGACATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATT
65 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATGATT
* * * * * * ***
6570526 TGAACATGTTTGGTGAATAGATTCATTTTGT-AAT-TTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAA
130 TGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTCTTGATATTAA
* * ** * * * *
6570589 TAAA-TTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTATTTGAATTGGAACAATTGTTTTATTACAAA
193 TAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
* * * * * *
6570652 ACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTCAACTTGT
256 AC-AAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-
* * *
6570716 TTCA-TAAGCATA-T-ATATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTG
318 TTCAGTAAACATATTCAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * ** * ** *
6570758 TCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTCAAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
6570823 TTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAATGATTT
66 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATGATTT
* * * * * *
6570887 GAACTTGTTCGATAAATAGATTT-GTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATACTAATA
131 GAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTTGATATTAATA
* * * *
6570951 AATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT-TTAGATAGAAAAAATTATTCTATGACAAAACA
195 AATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-
* * * * *
6571015 AAAAGGTTAT-ATCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTATT-T
258 AAAAGGTTATAAT-GATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCA
* * *
6571078 GATAAACATATTCA-TTTTAAAATCTTTTAATTGTTAATTT
322 G-TAAACATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
6571118 TTAGAATATTAATACATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTA-AAGCAATTCT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT
* * * * * * *
6571182 TTTATGACAAAACAAAATGTGATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAGCTG-T
65 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA-ATGAT
* * * * * *
6571246 TTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATATTA
129 TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTTG--ATATTA
* * ** * * *
6571310 ATAAA-TTAGTAGTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACA-TAAACA--A-TTT-T-ACTAA
192 ATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
*** * * * *
6571368 ACAAAAGACCAAAACGA-TTCTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTT
256 ACAAAAGGTTATAATGATTTC-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT
* * *
6571432 CAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTA
320 CAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
6571474 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
6571539 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAACTATTTAAATAGTCATAATGATTT
66 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATGATTT
*
6571604 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTGATA-TAATA
131 GAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTTGATATTAATA
*
6571668 AATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAA
195 AATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
6571733 AAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCCTAATTATTTAAACTTGTTCGGTA
260 AAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTA
* * * *
6571798 AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTT
325 AACATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
*
6571835 TTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
1 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
6571875 GCTTATACGA
Statistics
Matches: 1182, Mismatches: 244, Indels: 104
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.00
355 95 0.08
356 185 0.16
357 2 0.00
358 7 0.01
359 30 0.03
360 342 0.29
361 442 0.37
362 74 0.06
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATGATTT
GAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTTGATATTAATAA
ATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAA
ACATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
Found at i:6572168 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 6572127--6572169 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
6572117 AAACGATTTT
* * *
6572127 ATTTTTTAAATCTCTTATTA
1 ATTTTTTAAATATCTAATAA
6572147 ATTTTTTAAATAT-TAATAA
1 ATTTTTTAAATATCTAATAA
6572166 ATTT
1 ATTT
6572170 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.40
20 12 0.60
ACGTcount: A:0.37, C:0.05, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTTAAATATCTAATAA
Found at i:6572205 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 6571963--6572283 Score: 448
Period size: 177 Copynumber: 1.8 Consensus size: 177
6571953 AAATTTTTTA
* *
6571963 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAGATTATATGAACAA
* * **
6572028 AAAC-TATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAG
66 AAACAT-TTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAG
6572092 TCACAATTATTTGAACTGATTTCATAAACGATTTTATTTTTTAAATCT
130 TCACAATTATTTGAACTGATTTCATAAACGATTTTATTTTTTAAATCT
* ** ** * *
6572140 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAACAA-ATGTATATGAACA
1 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAGAT-TATATGAACA
* * * *
6572204 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAG
65 AAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAG
*
6572269 TCATAATTATTTGAA
130 TCACAATTATTTGAA
6572284 TTAGTTAGGT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.01
177 122 0.98
178 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAGATTATATGAACAA
AAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGT
CACAATTATTTGAACTGATTTCATAAACGATTTTATTTTTTAAATCT
Found at i:6572308 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 6571889--6572821 Score: 667
Period size: 180 Copynumber: 5.2 Consensus size: 178
6571879 ATACGAACTA
* * * * * * * *
6571889 AAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATC-TAGTTCACTAAACATATTTATTTTTG
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA-TTCAGT-AACAAAATTATTTTTT
* ** * ** * * * *
6571953 AAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
64 AAA-CTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATT
* * * * * ** *
6572018 ATATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTG
127 ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
* * * * **
6572070 AAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCACAATTATTTGAACTGATTTCA-TAAACGATTTTATTTTT
1 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA-TTCAGT-AACAAAATTATTTTT
* * *
6572133 TAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAACAAATGT
63 TAAACTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAT-T
*
6572195 ATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
127 ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
* *
6572247 AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTAGTT-AGGTACACAAAATTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA-TTCA-GTA-ACAAAATTATTTTT
* * * * * * *
6572310 CAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAGTAAG
63 TAAA-CTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAA
* ** * * * * ** *
6572373 CTAGTATGAATTGAAAA-AATTATTTGAT-TCCAAACAAAAGGAAATAACAATTTG
125 TTA-TATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
* * * * * * ** *
6572427 AAATTGATAATTATTGAAAT-GACCTTAATTATTTGAACTAATTCAGTAA-ATATTTTCACTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAACA-AAATT-ATTTTT
** * * *
6572490 TAAA-TCAATTACTTATTTTTTTTTGGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAAC
63 TAAACTC-A-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-
* * **
6572554 TTGTACGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
125 TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
* * * * * * *
6572608 AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAAGTATTAGAATTTATTCAATAAAAAAATTATTTTTTAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAACAAAATTATTTTTTAA
* * * * * *
6572673 ACTC-TGGCTTATTTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTT
66 ACTCAT-ACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTA
** * * *
6572737 TATGAATTAAAACAATTGTTATATGTA-AAAAAAAAAAGTCATAACAATTTT
128 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
* * *
6572788 AAATAGATAATTGTTCAAATGGTAATAACTATTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
6572822 TAGGTTGTTT
Statistics
Matches: 589, Mismatches: 129, Indels: 69
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 8 0.01
177 135 0.23
178 5 0.01
179 16 0.03
180 242 0.41
181 169 0.29
182 13 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAACAAAATTATTTTTTAA
ACTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTATAT
GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
Found at i:6572521 original size:677 final size:673
Alignment explanation
Indices: 6571212--6572564 Score: 1532
Period size: 677 Copynumber: 2.0 Consensus size: 673
6571202 GATAACGATT
* * ***
6571212 TAAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAGCTGTTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTT
1 TAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGATCTAGTTCACTAAACATATTTATTTTT
** * **
6571277 AAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTAATCTGAATAAGCT
66 AAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTAATCCAAATAAGCT
* * * *
6571342 TGTATGAACATAAACAATTTTACTAAACAAAAGACCAAAACGATTCTAAATAGATAATTGTTCAA
131 TATATGAACAAAAACAATTTTAATAAACAAAAGACCAAAACGATTCTAAATAAATAATTGTTCAA
* ** *
6571407 ATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
196 ATAGTCACAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAGATATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAAT
* ** * * *
6571472 TATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
259 TATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTCAATAAAATTATATGAACAAAAACAATTA
6571537 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAACTATTTAAATAGTCATAATGAT
324 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAACTATTTAAATAGTCATAATGAT
* * * *
6571602 TTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTGATATAAT
389 TTGAACTTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTATCTTGATATAAT
* * *
6571667 AAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACA
454 AAATTCATATTATTTTATTCAAAATAAGCTAGTATGAACAGAAAAAATCATTTGATGACAAAACA
** ** * * ** *
6571732 AAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCCTAATTATTTAAACTTGTTCGGT
519 AAAGGAAATAACAATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGACCTAATTATTTAAACTAATTCAGT
* ** * ** *
6571797 AAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATT
584 AAACAAATTCACTTTTTAAATCAATTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTATT
** *
6571862 TTATTTTGAATAAGCTTATACGAAC
649 TTATTTCAAATAAACTTATACGAAC
* *
6571887 TAAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCAT-GATTATTTGATCTAGTTCACTAAACATATTTATTTT
1 TAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAG-CTATTTGATCTAGTTCACTAAACATATTTATTTT
* *
6571951 TGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC
65 TAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTAATCCAAATAAGC
* * * *
6572016 TTATATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAA-AGTCATAATGATT-TGAAATAAATA
130 TTATATGAACAAAAAC-A---ATTT-TAATA-AACAAAAGA-CCAAAACGATTCT-AAATAAATA
* *
6572079 ATTGCTT-AAATAGTCACAATTATTTGAAC-TGATTTCA-TAAACGAT-TTTATTTTTTAAATC-
187 ATTG-TTCAAATAGTCACAACTATTTAAACTTG--TTCAGTAAA-GATATTTATTTTTTAAATCT
* ** ** *
6572139 T-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTCAA-ACAAATGTATATGA
248 TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTCAATA-AAAT-TATATGA
* * * * * * *
6572201 ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTTAAA
311 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAACTATTTAAA
* *
6572266 TAGTCATAATTATTTGAA-TTAGTTAGGTACACAAAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAT
376 TAGTCATAATGATTTGAACTT-GTTAGGTAAACAAAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** * **
6572330 T-T-TTGAAATATTAATAGATTCATTTTATTTTATTCTGAGTAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAT
440 TATCTTG--ATA-TAATAAATTCATATTATTTTATTCAAAATAAGCTAGTATGAACAGAAAAAAT
* * * * *
6572393 TATTTGAT-TCCAAACAAAAGGAAATAACAATTTGAAATTGATAATTATTGAAAT-GACCTTAAT
502 CATTTGATGACAAAACAAAAGGAAATAACAATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGACC-TAAT
* * ** * ** *
6572456 TATTTGAACTAATTCAGTAAATATTTTCACTTTTTAAATCAATTACTTATTTTTTTTTGGAATAT
566 TATTTAAACTAATTCAGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCAATTACTCATTAATTTTTAGAATAT
*
6572521 TAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAAC
631 TAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTATACGAAC
6572564 T
1 T
6572565 GAAACAATTG
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 96, Indels: 38
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
674 1 0.00
675 131 0.23
676 14 0.02
677 284 0.51
678 50 0.09
679 3 0.01
680 8 0.01
681 63 0.11
682 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (673 bp):
TAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGATCTAGTTCACTAAACATATTTATTTTT
AAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTAATCCAAATAAGCT
TATATGAACAAAAACAATTTTAATAAACAAAAGACCAAAACGATTCTAAATAAATAATTGTTCAA
ATAGTCACAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAGATATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTA
TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTCAATAAAATTATATGAACAAAAACAATTATT
TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAACTATTTAAATAGTCATAATGATTT
GAACTTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTATCTTGATATAATAA
ATTCATATTATTTTATTCAAAATAAGCTAGTATGAACAGAAAAAATCATTTGATGACAAAACAAA
AGGAAATAACAATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGACCTAATTATTTAAACTAATTCAGTAA
ACAAATTCACTTTTTAAATCAATTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTT
ATTTCAAATAAACTTATACGAAC
Found at i:6572783 original size:361 final size:353
Alignment explanation
Indices: 6571944--6572808 Score: 856
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 353
6571934 CTAAACATAT
* * * * * ** * *
6571944 TTATTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
1 TTATTTTTCAAATCTCTGACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCTA
* ** * **
6572009 AATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTTT-TATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
65 GATAAGCTTATATGAATTAAAACAATTGTTTAT-TAA-A-AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
6572073 TAAATAATTGCTTAAATAGTCACAATTATTTGAACTGATTTCATAAACGATTTTATTTTTTAAAT
127 TAGATAATT-ATTAAAT-GACACAATTATTTGAACTGAATTCATAAACGATTTTACTTTTTAAAT
* * * *
6572138 CTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAACAAATGTATATGAAC
190 CTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAACAAATGTATACGAAC
* * *
6572203 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATA
255 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATA
* * * *
6572268 GTCATAATTATTTGAATTAGTTAGGTACACAAAA
320 GTCATAAGTATTAGAATTAGTTAGATACAAAAAA
* * * *
6572302 TTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATTTTATTTTATTCT-
1 TTATTTTTCAAATCTCTGACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCTA
* ** * **
6572366 GAGTAAGC-TAGTATGAATTGAAAA-AATTATTTGATTCCAAACAAAAGGAAATAACAATTTGAA
65 GA-TAAGCTTA-TATGAATT-AAAACAATTGTTT-ATTAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* *
6572429 ATTGATAATTATTGAAATGAC-CTTAATTATTTGAACT-AATTCAGTAAA-TATTTTCACTTTTT
126 ATAGATAATTATT-AAATGACAC--AATTATTTGAACTGAATTCA-TAAACGATTTT-ACTTTTT
* * *
6572491 AAATCAATTACTTATT-TTTTTTTGGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACT
186 AAATC---T-CTTATTAATTTTTT-AAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAACAAA-T
* ** *
6572555 -TGTACGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAAT
245 GTATACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAAT
*
6572619 TGTTCAAATAGTCGTAAGTATTAGAATTTA-TTCA-ATA-AAAAAA
310 TGTTCAAATAGTCATAAGTATTAGAA-TTAGTT-AGATACAAAAAA
* * *
6572662 TTATTTTTTAAA-CTCTGGCTTATTTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTATTTTTCAAATCTCTGACTTA-TTAATTTTGGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCT
* * *
6572726 AGATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATTGTTATATGTAAAAAAAAAAAGTCATAACAATTTTAAA
64 AGATAAGCTTATATGAATTAAAACAATTGTT-TAT-TAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
*
6572791 TAGATAATTGTTCAAATG
127 TAGATAATTATT-AAATG
6572809 GTAATAACTA
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 68, Indels: 47
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 14 0.03
357 62 0.15
358 71 0.17
359 18 0.04
360 80 0.19
361 163 0.39
362 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
TTATTTTTCAAATCTCTGACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCTAG
ATAAGCTTATATGAATTAAAACAATTGTTTATTAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA
TAATTATTAAATGACACAATTATTTGAACTGAATTCATAAACGATTTTACTTTTTAAATCTCTTA
TTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAACAAATGTATACGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATA
AGTATTAGAATTAGTTAGATACAAAAAA
Found at i:6573122 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 6572902--6573156 Score: 456
Period size: 124 Copynumber: 2.1 Consensus size: 124
6572892 TTTGGATTAC
* *
6572902 TTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAGAAGTCAGAACG
1 TTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAGAAGTCAGAACA
* *
6572967 ATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGATTCGGCAAACACA
66 ATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACACA
6573026 TTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAGAAGTCAGAACA
1 TTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAGAAGTCAGAACA
* *
6573091 ATTTGAAATAGGTAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAATACA
66 ATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACACA
6573150 TTTATTT
1 TTTATTT
6573157 TTTAAATCTC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 6, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
124 125 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (124 bp):
TTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAGAAGTCAGAACA
ATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACACA
Found at i:6573339 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 6573026--6589043 Score: 5976
Period size: 181 Copynumber: 88.6 Consensus size: 179
6573016 GGCAAACACA
* * * * *
6573026 TTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGAT-ATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAGAA-GTCAGAA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAA
* * * * * ** * * * * *
6573089 CAATTTGAAATAGGTAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAATACATTTA
62 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTA
* *
6573154 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-AT
** ** * * ** *
6573208 TTTAACCGAATAAGCTTCAATGATCAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGATTTTAACAA
1 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * *
6573272 TTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAGATTTATTT
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
6573337 TTTAAATCTGTTGCTTACTAA-TTTTGAAATATTAATAAAATAGTATCAT
130 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6573386 TTTATTTCAAATAAGCTTGTCTAATTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* ** * * *
6573451 TTTGTAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAA-TAATTTTAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* * ** *
6573515 TTTTAAATTTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATCAGTATTAT
129 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * * *
6573566 TTTATTCTATCTAAGCTTGTGTTAATTGAAACAAATGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATG
1 TTTATTCGA-ATAAGCTTGT-ATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * * * *
6573631 ATTTTTAATTGACAATTGTTCCAATAATAAAAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
6573695 TTTTTAAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTACTAA
128 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
6573748 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTCATAACA
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** ** ** * * *
6573813 ATTTGAAATATG-TAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACT-AGTCCAACAATCACA-ATA
64 ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAGATTTA
** * *
6573875 TTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTTAATTATTAATAAATTAGTATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6573928 TTTATTTCAAATACA-CTTGTGTGAACAAAAACTATTGGTTTATGACAAAAC-AAAGTTCATAAC
1 TTTA-TTCGAATA-AGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
6573991 TATTTAAAATAGATAATTATTCAAGTAGCCATAACTATTTGAACTG-TTTAGAAAACATATTTAT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * *
6574055 TTTTTTAAT-TTTTACTTATTAA-ATTTGGAATATTAATAAATTTA-TACTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * *
6574105 TTTATTCAAACTAAGCTTGTATGAAT-AGAACCAATTATTTTATG----------A--T-A-AA-
1 TTTATTCGAA-TAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
6574154 TATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGT--TGAACTATTTGAACTTG-TTTTGTAAACAAATTC
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTT
* * * * *
6574216 ATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATAAT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * * ** *
6574270 TGTATTTTGAATGAGCCTATATGAATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * ** * * *
6574335 ATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATCACAATTTGAACTAATTCGGTAAGCATATCTATT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* * * * * ** *
6574400 TTTAAAATCTTTTTCTTTTTAATTGTCCAAATATTAATAAATTAATATTAT
129 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
6574451 TTTAATCCAAAAAGCTTGTACGAACAAAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAATGA
1 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * *
6574516 TTTG--A-A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTT-GATAAACATATTTACT
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAGATTTATT
* * * * * *
6574576 TTTTAAATTTTTTACTTAATAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGAATTAT
129 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6574627 TTTAATT-GAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAG
1 TTT-ATTCG-AATAAGCTTGTAT-GAT-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
6574691 TGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT-TTCTTCGATAAATAGATT
62 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TTAG-TAAACAGATT
* * **
6574754 CAGTTTTT-AAT-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAT
125 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
6574805 GTTATTTCAAATCAA-CTTATACGAACAAAAACAATTATTTTGTGACAAAA-TAAAGATCATAAT
1 TTTA-TTCGAAT-AAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * * * * ** ** * *
6574868 C-ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTATAACTATCTGTACTGGTCAAGCCAATAGATTCA
62 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTA
** * * * * *
6574932 TTTTTTAAATCAATTACTTAGTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGCATTAC
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * * * *
6574985 TTTATTTTGAATAATAATGTATCAAT-AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCACAAC
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-GATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * * * * *
6575049 TATTTGAAATAAATTATTGTTTAAATTGTTATAACAAATTGAATTGTTTTGGTAAACAAATTTAT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTAT
** *
6575114 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
6575162 TTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * * * *
6575227 ATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTAGCTATTTGAA-TTATTTCGGCAAAAAAATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTT-AGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
6575291 TTTTTAAATCTATTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6575343 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
6575408 ATTTGAAAAATATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTAGTAAGCATATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * **
6575472 TTCTTAAATCACCTACATATTGGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6575524 TTTATTCTGAATAGGCTTATATGAT-AAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATGT
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * *
6575588 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTTATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACTA-ATTTAT
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAAC-AGATTTAT
* * ** * * * * *
6575651 TTTTTATATCACCAACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
6575703 TTTATTTTGAAAAAGCTTTTATGATCTGAAATAATTTTTTTAGGATAAAACAAAAGGTAATAACG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* **
6575768 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC--A--T-T
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
6575827 TTTTAAACATTTTTTTGCTTATTAATATTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTAT
128 TTTTTAA-A-TCTCTTACTTATT-A-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
6575882 TTTATTTTGAATAAGCATGTATGATCTGAAACAATAT-TTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAAT
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * ** ** *
6575946 GATTTGATATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-TGCATTT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAG-ATTT
* ** ** *
6576009 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAACAATAT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** *
6576063 TTTGCTCCAATTAAGCTTGAATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAAC
1 TTTATTCGAA-TAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * *
6576126 GATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATTCTCATAACTATTTGAACT-AGTTT-GACAAACAAATTT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAG-TAAACAGATTT
* * *
6576189 AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTAGTATCAT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** *
6576239 TTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACA
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-ATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * **
6576304 AATTGAAATAGATAATTGTGT-GAATGGACA-AGACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTT
64 ATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTT
** * * *
6576366 ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAAATTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATAAT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
6576420 TTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * **
6576484 GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTCG--TTCGATAAATGGATTT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTAG-TAAACAGATTT
* *
6576547 A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTAT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
6576600 TATATTTTGAATATGCTTTTATCCA-CATAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-GATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
6576664 GATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACAACTTGAATGTGTTTTA-AAAATAGATTAA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTTAGTAAACAGATTTA
* * * *
6576728 TTTTTTATAT-TTTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTA-AATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * *
6576780 TTTATTCAAAATAAACTTGCATGAAT-AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAT
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * *
6576844 GTTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAATAAATTCT-
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATT-TA
* * * * *
6576908 TTTTTTAACTTTGTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6576961 TTTACTTCAAATATGC-TGATACGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAAT
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTG-TATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * ** *
6577025 GATTTGAAATTGGTAATTATTAAAATAGTCATGACTATTTGAGCTTG-TTCAAAAAACATATTTA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTA
* * * ** *
6577089 TTTTTTTAAATCTTTTAATTA-TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
127 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6577142 TTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAAC
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * *
6577206 AAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGAATTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTA
* * * * *
6577270 GTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGCCTT--AATATTAATAAATTTGTATTAT
127 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * **
6577324 TTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAAT-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGT
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
6577388 GATTTTAAATAGATAATTGTTAAAACAATCATAATTATTTAAACTTG-TTAAATAAACAGATTTA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTA
* *
6577452 TTTTTTAAATATCTTTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTAT
127 TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
6577505 TTTATTTTGAATAAGCTTATATAAAAT-GAAACAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT--GATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA
* * * * * ** *
6577568 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTACTTGATCT-ACTTCGGTAAACATATTT
62 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAGATTT
* * * * ** *
6577632 ATTTTTTAAAT-TTTCTACTCACTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTAT
126 ATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * ** *
6577686 TTTAATCTGAAT-AGCTTGTATGGAT-AGAAACAATTATTTTAAAATATAACAAAAAATCATAAT
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTAT-GATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
6577749 GATTTGAAATAAATAATTGCTCGAGTAATCATAACTATTTGAACT-AGTTT-GATAAATAGATTT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAG-TAAACAGA-TT
* *
6577812 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTAC
125 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6577863 CTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACG
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
6577928 ATTTGAAATAGATAATTGCT-ACAATAGTCATAATTATTTGAATTG-GTTAGGTAAATAGAATTA
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTA-GTAAACAGATTTA
* * * * * *
6577991 TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAACACTAATAAATTTGTTTTGT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
6578044 TCTATTCCAAATAAG-TTAGTATGAATTCCAAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCCT
1 TTTATT-CGAATAAGCTT-GTATG-A-T-CAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** * * * *
6578107 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAT-GTCTTAAATATTAAAACTGGTTCAATAAACAAATT
60 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATT
* * * * * * *
6578171 TATTTTTTAATTCTCTTAGC-TATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTTGTTTTAT
125 TATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
6578226 TTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTAATGATAGAACAAAAGGTTATAATG
1 TTTATT-CGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** * * *
6578291 ATCTCAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATAGATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAGATTTAT
* * *
6578355 TTTTCAAATCAC-TACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA-TCATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTAT
* * * * * * *
6578406 TTTATTTTGAATAAGGTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAC-
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6578470 ATTTTGAAATAGATAATTATTGACAA-AGCCATAATTATTTGAGCTAATTCAATAAACAGATTTA
64 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTA
* * * *
6578534 CTTTTTAAATCAC---CTT-GTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
6578583 TTTACTTC-AAGTAAGGTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT-ATAAC
1 TTTA-TTCGAA-TAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * * *
6578646 GATTTGAAATAGACAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGCTTCAGCAAACATATTTAT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * *
6578711 TTTTTATATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * *
6578763 TTTATTCCAATTAAGCTTATATGAACTGAAATAATTAG-TATATAACATAATAAAAAGTTATAAT
1 TTTATTCGAA-TAAGCTTGTATGATC-AAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
6578827 AATTTAAAATAGATAATTGTTC--A-A---AT-A--A---GAACTGGTTCAATAAATAGATTTAT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTAT
* * *
6578880 TTTTTAAA--TC-T-CTTAGTAATTTTAGAAATATTACTAAATTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * *
6578928 TTTATTTCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGTTCATAATG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** * * * * * * * *
6578993 ATTTCAAAAACATAATTACCTAAAATGGGCATAATTATTTGAACCGATTCAATAAACTA-ACTTA
64 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAAC-AGATTTA
* * * ** ** *
6579057 CTTTTTAAATCTCTAACTTATCAAAATTTGAAATATTAATAAAGCAATATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * ***
6579110 TTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAGAAGGTCATATTT
1 TTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6579175 ATTTTAAATTGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGCAAACATAATTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTA-
* * * * *
6579239 TTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAGTTAGTATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
6579292 TTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** *
6579357 ATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCACCAACACA-TTTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAA-ACAGATTTAT
* * * * *
6579421 TTTTTAAA-CTTCTTACTTA-GAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGAAATAT
128 TTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6579472 TTTACTTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAAGGCAAAAC-AAAGATCATAACG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
*
6579536 ATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AGTTTAAG-AAACAGATTT
64 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTT-AGTAAACAGATTT
*
6579598 AGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * *
6579648 TTTGTTTTGAATAATTTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA-CACCAAAACAAAATGTCATAA
1 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * **
6579711 CGATTTGAAATAGATCATAGCTT-AAATGGACACGACTATTTGAACTTG-TTT-GATAAACAGAT
62 CGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAG-TAAACAGAT
* ** *
6579773 CTATTTTTTAAATCTCCAACTTA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
124 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** *
6579828 TTTATTTCGAATAAACTTGTATAAATGGAAACAATTATTTTTATGACAAAACAAAA--T-ATAAC
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-GATCAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** *
6579890 AACTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCGA-TAAATTA-ATT
63 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTAGTAAA-CAGATT
* * * * * *
6579953 TATTTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTAT
125 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
6580008 TTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAA
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
6580072 CGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATAAACATG-TTTGGAAAACATATTT
62 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTT
* * * * * * * * *
6580136 ATTTTTAAAAT-TTTTACTTCTGAATTTTAGGAATGTTAGA-AAATTTA-TACTGT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-ATAAA-TTAGTATTAT
** *** * * * * *
6580189 TTTATTTAAAATAAGCTCACATGAACAGAACCAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
6580254 -TTTCGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-T-ATGTTCGGTAAACAAATTC
64 ATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TT-AGTAAACAGATTT
* * *
6580316 ATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTAT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6580370 TTTCTTTCAAATAAGCTTATTTGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGGTCACAATG
1 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
6580434 ATTTG-AATAAATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TTTCA-TAAGCATATAT
64 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTT-AGTAAACAGATTT
* * * * *
6580495 ATTTTTTAAATATTTTACTTCTTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
126 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
6580549 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAATA-GTCATAAC
1 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAAC
* * * * ** * * *
6580613 AATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCATAAAGATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTA
* * *
6580677 TTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** * *
6580730 TTTAATCAAACAAGATTGTATGAATAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATACCG
1 TTTATTCGAATAAGCTTGTATG-AT-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
6580795 ATTTCAAATAGATAAATT-TTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACT--TGTTCGATAAACAAACTC
64 ATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TTAG-TAAACAGATTT
* * *
6580857 AGTTTTTAAATCTTTTGA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
126 ATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
6580911 TTAATTTGAAATAAGCTTGCATCAAT-AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTAT
1 TTTATTCG-AATAAGCTTGTAT-GATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** *
6580975 GTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCA-AACTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTCT-
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATT-TA
* * * * * *
6581038 TCTTTTAATTCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTGT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** * * * **
6581091 TTTACATCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATTTCAAAAGAAATGGTCAAAATA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * * *
6581156 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATCGTCATGACTATTT-AACT-AGTTCGATAAAAATATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAGATTTA-
* * *
6581219 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** * * *
6581272 TTTAATCCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTACAACAAATCAAAAAGTCATAACA
1 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
6581337 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAACTATTT-ACATTTTTTTTA-TATACAGATTTA
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-A-CTGATTTAGTAAACAGATTTA
* * ** * *
6581400 TTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTTACATATTAGCAGATTAGCATTAT
127 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * * *
6581450 TTTATTCTGAACAAACTTATATGAAGAAAAACATTTGCTTTACGACAAAACAAATGGTCATAACA
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-ATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** * * * * *
6581515 ATTTAAAATAAATAATTATTCATATAACCTTAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* * * * **
6581580 TTTTAAATCTTTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTGGATTAGTATTAT
129 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
6581631 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTTTAAT
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAC
* * * ** * * *
6581696 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAAATTCAT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTAT
*
6581761 TTTTTAAATCTCCTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * * * **
6581812 TTTATTCCAAATAGGCTTATACAATGAAAAACAATTGTTTTAAGAGAAAATAAAAGTTCATAATT
1 TTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAT-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * **
6581877 ATTTGAAAAAGATAATTGTCCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCAATAAATTGATTTA-T
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* ** * * *
6581941 TTTAAACATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
129 TTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * * * * * *
6581993 TTTATTTTCATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGCCATAATGA
1 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * *
6582058 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGACTTAACTA--T----T--TTTGGTAAACAGATTTATTT
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATTT
* * * ** *
6582115 TTTCAAATTTCTTGCTTATTAACTTTCTG-AATGCTAATAGAA-TAGTACTAT
130 TTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
6582166 TTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
6582231 ATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTATTTTGGCAAA-AGCATTTA
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAG-ATTTA
* * * **
6582294 TTTTTAAAATCTCTTACTTATTCA-TTTT-ACAATATTATTAGTTTAGCTA-TAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-TATTAT
* * * * * * * * *
6582346 TTTGCTCCAAATAAACCTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATG
1 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * **
6582410 ATTT----TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTGGTCTA-AAAATAGATTTAGC
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* *
6582470 TTTTAAATCTC---C-TATTAA-TTTTGAAATATTTATAAATTATTATTAT
129 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * ** *
6582516 TTTATTTTGAATAATTTTGTATAAAT-AAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAACA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-GATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
6582580 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTCG-TTTGGTAAATAG----A-
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * *
6582639 --TTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATAAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * ** *
6582689 TTTATTCAAAATAAGCTTGCATCAAT-AGAAGTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAAC
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTAT-GATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
6582752 GATTTGAAATAAATAATTCCTT---A-ACTCATTAA-TTTTTGGAA-T-A-TTAATAAATTAG-T
63 GATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-TAACTATTT-GAACTGATTTAGTAAA-CAGAT
* * ** * *
6582808 ATTATTTTAAATCAAATAAGCTTCTATGAATTGACACAACTGTTTTACTACGAAAGA--AA-AAG
124 -TTATTTT---TTAAAT---C-TCT-T-ACTT-A-TTAA---TTTT--T--GAAATATTAATAAA
* ** **
6582870 TCAAAACAAT
170 TTAGTATTAT
* * * * *** ** * ** * *** * **
6582880 TTGAAATAG-ATAATTACTCAAAT-AGTCATGACTATTAGAACTTGTTTGATAAACATATTTATT
1 TT-TATTCGAATAA--GCTTGTATGA-TCAAAACAATT-G-TTTTATGACA-AAACA-A--AAGG
** *** * ** * * * * * *
6582943 TTTTAAATCTTTTACTTA-TTAATT-ATCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATATGAAT
56 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC--AA-A-TAGT-CA-T-A-ACTATTTGAA-CTG-AT
* * ** * * ** **
6583006 ATACTTATACGAGCAGAAGCTATTATTTTATAA-C-ATAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
111 TTA-GTA-A--A-CAG-ATTTATT-TTTTA-AATCTCTTAC--TTA-T--TAA-TTTTTGAAAT-
* *
6583069 AATAATTACTCAAATAGTCA-TA-
161 ATTAA-TA---AATTAGT-ATTAT
** * ** * * * ** * ** * *
6583091 ACTAGTT-GAA-ATG-TT-T-TGAT-AAATGATTTATTTT-TTA-AATCTCTTATTAATTTTAGA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAA-AAC--A-AAAGGTCATA
** * * * * * *
6583148 AATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCAA-A--CA-AACTTATATGAAC--A---A--AAAC
61 ACGATTTG-A-AATAG-A-TA-ATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTGATTTAGTAAAC
* * *** ** ** ** *
6583202 --TTTTATTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCGTAACGATTTGAAATACATAATTGTTCAAA-TAGT
120 AGATTTATTTT-T--TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATA-TTAA----T-AAATTAGT
6583263 CA-TA-
175 -ATTAT
* * ** * * * * * * *** * *
6583267 ATTATTTG-ATTTG-GT-TA-GGT-AAACAAAATTATTTT-T--TAAATCTCTTA-CTTATTAA-
1 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGATCAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAAC
** * * ** * * ** * * ** * *
6583322 TTTTTGAAATA-TTAATTAATTCATTTTATTTTATTCCTA-ATAAACTAGTATGAATTGAAA-AA
63 GATTTGAAATAGATAATT-GTTCA-AATA-GTCATAACTATTTGAACT-G-ATTTAGT-AAACAG
** * *** * * * * ** *
6583384 ATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCA-TATAAT
122 ATT-TATTT-T-TTAAATCTCTTA-CTTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAATAAATT-AGTATTAT
* * ** * *** *
6583444 CTTAACTATTTGAAT----TGGT-TCGAT-AAATA-AATT-TATTT-T-TTAAATCTCTTA-GTT
1 -TT---TATTCGAATAAGCTTGTAT-GATCAAA-ACAATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAAGGTC
** * * ** * *
6583498 ATTAA-TTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACAAAA
58 A-TAACGATTTGAAATA-GA-TA-ATT-GT-TCA-AATA-GTC--ATAA-CTATT-TGAAC----
* ** * * * * **** ** * * * * *
6583562 ATAATTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAATGACTTGA--TATACAATTGTTCAAATAATCA
107 -TGA-TTTAGTA-AACAGATTTATTTTTTA-AATCTCTT-ACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAA
* **
6583625 TAACTATTA-AACTGGT
166 TAA--ATTAGTA-TTAT
* * * ** * * *** * * * *
6583641 TCGGTAAAT-GAATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTATTAATTTT-TGAAAGATTAATAAATTAG
1 T---TTATTCGAA-TAAGCTTGTATGATC-AAAACAATT-GTTTTATGACA-A--AACAAA--AG
* * ***** * ** * *** * ** ***
6583703 CATTATTTTTTTTTG-AATAAGCTTGTATGATCAAA-A--CAATTGTTATATG-ACAAACAAAAG
55 -GTCATAACGATTTGAAAT-AGATAAT-TGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGA-TTTA-
* ** * * * *
6583763 GTAATA-ACGATTTGA-ATTAGATAAT-TATTGAAATGGTCA-TAATTATTTGAACTGATTCGAT
114 GTAA-ACA-GATTT-ATTTTTTA-AATCTCTT--ACT--T-ATTAATT-TTTGAAAT-ATT-AAT
6583824 AAA-TAG-ATTCACTT
167 AAATTAGTATT-A--T
* * ** * * * *** ****
6583838 TTTAAATTTCTTACTTATTAATTGTTTAAAT-ATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTT--A-TTC-GA---A-TAA--GCTTGTATGATCAAAACAATT-GTTTTATGACA-AAACAA-A
* * * * * * * * * *
6583901 AGCTTGT-ATGAAC--TATAACAATTG-T-TTTATAACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTTAAA
53 AG---GTCAT-AACGATTTGA-AATAGATAATTGT-TC-AAAT---A-GTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * * * * * *
6583961 TAGACAATT-GTTCTAATAGTAGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAA
107 T-G--ATTTAG-T-AAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACT---T--ATTAATTTTTGAAA
* * * * *
6584025 TTCATGCTTATTAATTTTTGAAATAT
160 -T-A---TTAATAA-ATTAGTATTAT
* * * * ** ** *
6584051 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGT-AAAACAATTTTTTTATGA-AAAA-AAACAATTTGTGA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-A-TCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
* * * * * * * *
6584113 CAATTTTG-AATAAATAATTGTGCAAATACTC--AACTATTTAAATTTG-TTTTGTAAATAGATT
62 CGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTTAGTAAACAGATT
* * *
6584174 TATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTGAACT-TTAATAAATCT-GGATTAT
125 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAT-TAGTATTAT
* * * * * * * * *
6584230 TTTATTCCTAATAAGCTTGTAAGAT-ATGAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAATGTCAAAAA
1 TTTATT-CGAATAAGCTTGTATGATCA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
** * * * * ** * * * ** *
6584294 GATGAGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTTTTTACTATTTGAACTGGTTCAGCGAACACATTTAT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTAT
* *
6584359 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATACTATTAAATTAGTATTAGT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-T
** * * *
6584412 TTTAACCAAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA
1 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
** * * * * ** * * *
6584477 TTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACT-AAGTCGATACACAAATTTA-T
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAGATTTATT
* * * *
6584540 TTTTAAATTTTTTTACTTAATAA-TTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
129 TTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * ** * **
6584592 TTTATTCTGTCTAAGCTTTTATTAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAATTAAAAGGTTATAATA
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
6584657 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAA-T-TTCTTCGATAAACATATTTA
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TTAG-TAAACAGATTTA
* * *
6584720 TTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAA
127 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6584774 TTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTAAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTTAAAACG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6584839 ATTTAAAATAGATAATTTTTC-TATTGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACA-ATTTATT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
*
6584902 TTTTAAATCTC--A--TATTAATTTTTGAAATA-TATTAAATTCA-TATTAT
129 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * * * * * **
6584948 TTTAATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAACAATTG-TTTATGACAAAAGAAAAGATTATATTGA
1 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * ** *
6585012 TTTGAAATAGATTATTGTT-AATATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGCAATTAGACTTAT
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * * ** * *
6585075 TTTTTAATTTTTTTAGTTATTAAGTTTCAAAAGATTATTAAATTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** ** * * * * * * *
6585127 TTTATTTCAAATAAAATAATATGAGCAGAATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * ** * *
6585192 ATTTGAAATTGTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGGAAATTTACT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* * *
6585257 TTTTCAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTGATAAATTAGTATTAT
129 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
6585308 TTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAAC-AAAGAGTAATAAT
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAAC
* * * * *
6585372 GATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATTATAATTATAATTATAATTATTTGAACT-AGTTTGG
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTC----------AA--ATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAG
* * * * * * *
6585436 TAAATAGAATTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTTTTAT
115 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6585500 TCTATTCTGAAGAAGATTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
6585565 ATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTTAACTGTTTGAACT-AGTTTGGCAAA-TGAATTTA
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAG-ATTTA
* * * *
6585628 TTTTTTAAA-CTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATTTTACTAACTTAGTATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6585680 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAGAGCAAAAGGTTATAACA
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6585745 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAAATATTTGTAA-TGATTCAATAGATAGATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * *
6585809 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTCAAATAATAATAAATTAGGATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
6585857 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAT-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
6585922 ATTTGAAATAGATAGTTGCTCAAATGGCCATAATTATTTAAATTGATTCAATAAACTA-ATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAAC-AGATTTAT
* *
6585986 TTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAATTATTAATAAAGTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
6586034 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** * *
6586099 ATTTTAACTTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAGACACATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * *
6586163 TTTTTCAAATCT-TATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTAT
128 TTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6586216 TTTATTTC-AAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAAT
1 TTTA-TTCGAA-TAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * *
6586280 GATTT-CAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTCAACCGATTT-GACAAACACATTTA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAGATTTA
* *
6586343 TTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
6586392 TTTATTTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAACTGTTTTATGAGAAGAC-AAAGATCATAACGA
1 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * * * * *
6586456 TTTGATATTGATATTTGTTTAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTT-GAAAAATAGCTTTAGT
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAGATTTA-T
***
6586520 TTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGGTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
6586567 TTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-C
* * * * *
6586632 GCTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTG-CTTGGTAAATAGATTT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTT
* * * *
6586694 ATTTGTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAT
126 ATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
6586749 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTTAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAACG
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
6586814 ATTTGAAATAGATAATTGCTT-TAATAGTCTTAAGTATTCGAAATGGTTTAGTAAACACATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
6586878 TTTTCAAATCTCTTACTAACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * *
6586930 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGCTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACG
1 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
6586994 ATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTTGGTAAATAGATTTAG
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAGATTTAT
* * * *
6587058 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTATATCA-TAATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTAT
* ** * * *
6587106 TTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** * *
6587171 ATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAAATATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTAT
* *
6587235 TTTTTAAATCTCCTAGC-TATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTTT
128 TTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6587287 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGCTCATAAT
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
6587351 TATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-CTTAGTAAA-TGATTTA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTA
* * *
6587414 TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6587467 TTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATAATAAAACAAAAGGTCATGAC
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * * *
6587531 TATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACATG-TTCAGAAAATAAATTTA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTA
** *
6587595 TTTTAAAAAT-T-TT-TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * ** *
6587645 TTTCTTCGAAATAAGCTTGTAT--T-AATACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGA
1 TTTATTCG-AATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * *
6587707 TTTGACATAGATAACTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATAT
65 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
6587772 TTTAAATCTCTTA-TGCAATAATTTTTGAAAAATTATTCAATTAGTATTAT
130 TTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
6587822 TTTATTTCGAATAAGGC-TATATGAACTGATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAAGTCATAAC
1 TTTA-TTCGAATAA-GCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * ** *
6587885 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTA
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTA
* * * * * ** *
6587949 TTTTTAAAATATTTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
6588002 TTTAATTCGAATAAGCCTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTCATAATG
1 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
6588067 ATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGA-TT-TT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* * * *
6588130 TTATAAATAAT-TTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTT
129 TTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA--T
* * * * * ** *
6588183 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTTTGATAAACATATT-TATTT-T-TTAAATC
1 T--TTATTC-GA-A-T-A-AGC--TT-GTA-T-G-ATCA-AAACA-ATTGT-TTTATGACAAAAC
*** ** * ** * * * ** * *
6588245 TCTTACCT-ATTACTTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCA-AA-TAAGCTTGA
50 -AAAAGGTCATAACGATTTGAAATA--GAT-AA-TTGT-TCA-AATA-GTCATAACT-A-TTTGA
* * * *** ** * **
6588307 A-TGA--TCGAAAACA-ATTT-TTTTATAATAAAACAAAATGTCA-TAACGATTTGAAATAGAAA
105 ACTGATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACT-T-ATTAA-TTTTTGAAAT----A
* *
6588366 TTATTCAAA-TGGCCATAATTAT
162 TTAAT-AAATTAG---T-ATTAT
* ** * * * * *
6588388 TTTATTCTAAATAAAATAGTATGAAT-AGAACCAATTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTTGA-AA
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA
* * * * * * *
6588451 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACAATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTA
62 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTA
* ** *
6588516 TTTTTGAAATCTCTTACTGCTTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGTTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * ** * *
6588569 TTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATAATAATG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * *
6588634 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAGTTATTTGAACT-ATTTTGGCAAATAGAATTT-
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAG-ATTTA
** * * * ** * *
6588697 TTTTAAAAATCTCTTTCTTATAAAATTTTGAAATATTAGCAAATTAATTTTAT
127 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * *
6588750 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACG
1 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGA-TCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
6588815 ATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTT-GATAAACGGATTTAT
64 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAGATTTAT
* * * *
6588879 TTTTTAAATCTCTTAGTTATGAA-TTTTCAAACTATTATTAAATTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * * * *
6588931 TTTAATCTAAATAAATTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGG-CTATAAT
1 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAAC
* * *
6588995 AATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGATT
63 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
6589044 ATAACTATTT
Statistics
Matches: 11926, Mismatches: 2967, Indels: 1887
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 12 0.00
163 46 0.00
164 20 0.00
165 130 0.01
166 14 0.00
167 8 0.00
168 17 0.00
169 54 0.00
170 63 0.01
171 19 0.00
172 69 0.01
173 149 0.01
174 306 0.03
175 197 0.02
176 562 0.05
177 947 0.08
178 489 0.04
179 965 0.08
180 2357 0.20
181 3207 0.27
182 1247 0.10
183 123 0.01
184 19 0.00
185 26 0.00
186 15 0.00
187 13 0.00
188 10 0.00
189 12 0.00
190 35 0.00
191 48 0.00
192 131 0.01
193 85 0.01
194 40 0.00
195 45 0.00
196 53 0.00
197 26 0.00
198 33 0.00
199 25 0.00
200 29 0.00
201 21 0.00
202 32 0.00
203 32 0.00
204 27 0.00
205 12 0.00
206 28 0.00
207 25 0.00
208 18 0.00
209 22 0.00
210 13 0.00
211 15 0.00
212 5 0.00
213 9 0.00
214 4 0.00
215 8 0.00
216 6 0.00
217 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTATTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
Found at i:6575687 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 6574155--6582769 Score: 4904
Period size: 360 Copynumber: 24.0 Consensus size: 358
6574145 TATGATAAAT
* * *** * *
6574155 ATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGT--TGAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * * * * ** *
6574218 ATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATAATTGTATTTTGAATG
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * ** * * ** * * *
6574283 AGCCTATATGAATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAAT
129 AACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * ** * * **
6574348 AATTATTCAAATAGTTATCACAATTTGAACTAATTCGGTAAGCATATCTATTTTTAAAATCTTTT
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTT-AAATCTCCT
* * * ** * * * * * * *
6574413 TCTTTTTAATTGTCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC-CAAAAAGCTTGTACGAACA
258 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG-ATA
* * *
6574477 AAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAATG
322 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * *
6574515 ATTTG--A-A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTTGATAAACATATTTACT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATTTATT
* * * * * * * * *
6574576 TTTTAAATTTTTTACTTAATAATTGTCT-GAATATTAATAAATTTGAATTATTTTAATTGAAATA
65 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * ** *
6574640 AGCTTGTATAAATAGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGG
129 AACTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
6574705 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT-TTCTTCGATAAATAGATTCAGTTTTT-AAT-T
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTAG-TAAACATATTTA-TTTTTAAATCT
** * * *
6574766 -CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATT-TCAAATCAA-CTTATAC
255 CCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAAT-AAGCTTATAT
* * * * * *
6574827 GAACAAAAACAATTATTTTGTGACAAAA-TAAAGATCATAATC
318 G-ATAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * ** * *
6574869 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTATAACTATCTGTACTGGTCAAGCCAATAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAA-TAAACAGATTTATT
** * * * * * * **
6574934 TTTTAAATCAATTACTTAGTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAA
65 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * * *
6574999 TA-ATGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCACAACTATTTGAAATAAAT
130 -ACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * *
6575063 TATTGTTTAAATTGTTATAACAAATTGAA-TTGTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-C
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCC
** * * * *
6575124 T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGA-A
257 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATA
* * **
6575187 CAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACA
322 -AAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *** * *
6575227 ATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTAGCTATTTGAATTATTTCGGCAAAAAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACAGATTTATT
* * * * * * * *
6575292 TTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCAAATAA
65 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * *
6575357 ACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAAATATA
130 ACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * *
6575422 ATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCATATTTATTTCTTAAATCACCTA
195 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTT-TTAAATCTCCTA
* ** *
6575487 CATATTGGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATGATAAA
259 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATAAA
* * *
6575552 AAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATG
324 AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
6575587 TTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTTATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACTA-ATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAATAAAC-AGATTTAT
* * * * * * * * *
6575651 TTTTTATATCACCAACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAAA-
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAAT
* * * * * * * * * *
6575715 AAGCTTTTATGATCTGAAATAATTTTTTTAGGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTTAAATAGA
128 AAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* ** * * *
6575780 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC--A-TT-TTTTAAACATTTTT
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAA-A-TCTC
* * * * * * * *
6575841 TTGCTTATTAATATTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG
256 CTACTTATT-A-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG
* * * * *
6575905 ATCTGAAACAATAT-TTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAATG
319 A--TAAAAAAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** ** *
6575947 ATTTGATATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TGCATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAG-ATTTAT
* * ** ** * ** * *
6576011 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAACAATATTTTGCTCCAATTA
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * ** * *
6576076 AGCTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAACGATTTGAGATAGAT
129 AACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* ** * *
6576140 AATTGTCCAAATTCTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GACAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T-C
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCC
* * ** *
6576201 T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTAGTATCATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAA
257 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG-A
** **
6576264 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACA
320 TAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * **
6576304 AATTGAAATAGATAATTGTGT-GAATGGACA-AGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATTTA
* * * *
6576367 TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAAATTTTAGAATATTACTAAATTAGTATAATTTTATTTCAAAT
63 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
6576432 AAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
128 AAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *** **
6576497 TAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTCG-TTCGATAAATGGATTTATTTTTAAATCTTT
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTAAATCTCC
* * * * * * *
6576561 TACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATATGCTTTTATCCAC
257 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAT-GAT
* * * *
6576626 ATAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACG
321 A-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
6576665 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACAACTTGAATGTGTTTTAA-AAATAGATTAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTG-TTCAATAAACAGATTTAT
* * * * *
6576729 TTTTTATAT-TTTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAA
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * * * * * *
6576791 TAAACTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAA
127 TAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
6576856 ATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTA-TTCAGTAAATAAATTCTTTTTTTAACTTT
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACATATT-TATTTTTAAATCT
** * * * * * *
6576920 GTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC-AAATATGCTGATACG
255 CCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATG
* * * *
6576984 AACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATG
319 -A-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
6577026 ATTTGAAATTGGTAATTATTAAAATAGTCATGACTATTTGAGCTTGTTCAAAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATTTA-T
* * * * * *
6577091 TTTTTAAATCTTTTAA-TTA-TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAA
64 TTTTTAAATC-TCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * * * * * *
6577153 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAA
127 TAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
6577218 ATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGAATTAAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAAT
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTT-AAAT
** * * * ** *
6577281 CTTTTGCTTATTAATTGCCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
253 CTCCTACTTATTAATT--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTAT
* * * *
6577344 GTGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTG
316 ATG-ATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
6577389 ATTTTAAATAGATAATTGTTAAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTAAATAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATTTATT
* * * **
6577454 TTTTAAATATCTTTA-TTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTAAATCTC-TAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
6577518 AGCTTATAT-AAAATGAAACAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTTGAAATAG
129 AACTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * ** * *
6577581 ATAATTATTCAAATAGTCATGATTACTTGATCTACTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTT
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * ** * * *
6577646 CTACTCACTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT-AGCTTGTATGGA
256 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAT-GA
* * ** * * **
6577710 TAGAAACAATTATTTTAAAATATAACAAAAAATCATAATG
320 TA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** *
6577750 ATTTGAAATAAATAATTGCTCGAGTAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACAGA-TTTAT
* ** *
6577815 TTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTACCTTA-TTCTGAA
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * * * * *
6577874 CAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAG
127 TAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
6577939 ATAATTGCT-ACAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC
192 ATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GTAAACATATTTA-TTTTTAAATC
* * * * * * **
6578002 TCCTACTTATTAATTTTTGAAACACTAATAAATTTGTTTTGTTCTATTCCAAATAAG-TTAGTAT
254 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA-TAT
* * * *
6578066 GAATTCCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCCTAACG
318 G-A-T--AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** *
6578111 ATTTGAAATAGATAATTATTCATAT-GTCTTAAATATTAAAACTGGTTCAATAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACAGATTTATT
* * * * * * * * *
6578175 TTTTAATTCTCTTAGC-TATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTTGTTTTATTTTATTAT-GAAT
65 TTTTAAATCTC-TAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
* * * * * * * * * * * * **
6578238 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTAATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATCTCAAGTTTA
128 AAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
6578303 CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATC-AC
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTT-AAATCTCC
* * * *
6578367 TACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA-TCATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGA-ATGT
257 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-ATATGA
* * * *
6578430 TCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA-C
320 T-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
6578470 ATTTTGAAATAGATAATTATTGACAA-AGCCATAATTATTTGAGCTAATTCAATAAACAGATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACAGATTTA
* * * * * *
6578534 CTTTTTAAA--TC-ACCTT-GTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAGT
63 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * *
6578595 AAGGTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT-ATAACGATTTGAAATAGA
128 AAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
6578659 CAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACT-GCTTCAGCAAACATATTTATTTTTTATATCTC
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * * *
6578723 TTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATTAAGCTTATATGA
256 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTATATG-
* * * * * * * * *
6578787 ACTGAAATAATTAG-TATATAACATAATAAAAAGTTATAATA
319 A-TAAAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
6578828 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA---AGAAC----TG----GTTCAATAAATAGATTTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAATAAACAGATTTATTT
* * * *
6578882 TTTAAA--TCT--CTTAGTAA-TTTTAGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAG
66 TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* ** ** * * * * *
6578942 GCTTGTATGATGA-AAAGCAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGTTCATAATGATTTCAAAAACAT
130 ACTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * * * * * *
6579006 AATTACCTAAAATGGGCATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAAC-TAACTTACTTTTTAAATCT
194 AATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAACAT-ATTTA-TTTTTAAATCT
* ** ** * * *
6579069 -CTAACTTATCAAAATTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATT-TTAGATAAGCTTTTAT
255 CCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTATAT
* * * * * * *
6579132 GAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAGAAGGTCATATTT
318 G-A-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * **** * *
6579175 ATTTTAAATTGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACATAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATTTA-T
* * ** * * * *
6579240 TTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAACA
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * * *
6579305 AGCATATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAA
129 AACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * **
6579369 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCACCAACACAT-TTTATTTTTTAAA-CTT
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAA-ACATATTTA-TTTTTAAATC-T
* * * * * * *
6579432 CTTACTTA-GAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGAAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTAT
255 CCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATAT
* * * * * *
6579494 AAACAAAAACAATTGTTTTAAGGCAAAAC-AAAGATCATAACG
318 -GATAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
6579536 ATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTAAGAAACAGATTTAG
1 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACAGATTTAT
* **
6579600 TTTTTAAATCT-T---TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAAT
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * * *
6579660 AATTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA-CACCAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAG
128 AAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * ** * * *
6579724 ATCATAGCTT-AAATGGACACGACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGATCTATTTTTTAAATC
192 ATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACATATTTA-TTTTTAAATC
* * * *
6579787 TCCAACTTA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTAT
254 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATAT
* * * * **
6579850 AAATGGAAACAATTATTTTTATGACAAAACAAAA--T-ATAACA
318 -GAT-AAAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
6579891 ACTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCGATAAATTA-ATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAA-CAGATTTA
* * ** * * *
6579955 TTTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAAAA
63 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * * * *
6580019 TAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATG
127 TAAACTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * *
6580084 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATAAAC-ATGTTTGGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-
191 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTAGTAAACATATTTATTTTT-AAATC
** * * * * * * * * * *
6580147 TTTTACTTCTGAATTTTAGGAATGTTAGA-AAATTTA-TACTGTTTTATT-TAAAATAAGCTCAC
254 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-ATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTAT
* * *
6580209 ATGA-ACAGAACCAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATG
316 ATGATA-A-AA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * *
6580254 -TTTCGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCGGTAAACAAATTCAT
1 ATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * *
6580318 TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTCTTTCAAAT
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
6580382 AAGCTTATTTGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGGTCACAATGATTTG-AATAA
128 AAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
6580444 ATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAGCATATATATTTTTTAAATA
192 ATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGTAAACATATTTA-TTTTTAAATC
** * * * * ** *
6580507 TTTTACTTCTTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG
254 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG
* * * **
6580572 AACAAAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAATA-GTCATAACA
319 -ATAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATG
* * * ** *
6580614 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATTTATT
* * * * * *
6580679 TTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATCAAAC
65 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** * * *
6580741 AAGA-TTGTATGAATAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATACCGATTTCAAATA
128 AA-ACTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
6580805 GATAAATT-TTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAACTCAGTTTTTAAAT
191 GAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACATATTTA-TTTTTAAAT
** * * **
6580868 CTTTTGA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TGAAATAAGCTTGC
253 CTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTAT
* ** *
6580931 ATCAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTATG
316 AT-GATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** *
6580976 TTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCA-AACTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTCT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATT-TAT
* * * * * * * **
6581039 CTTTTAATTCTTTTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTATTATTGTTTTACATCAAAT
64 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * ** * * * **
6581103 AAACTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATTTCAAAAGAAATGGTCAAAATAATTTGAAATAG
128 AAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
** * * * *
6581167 ATAATTACTCAAATCGTCATGACTATTT-AACTAG-TTCGATAAAAATATTTATTTTTTTAAATC
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACATATTTA--TTTTTAAATC
** * * * ** * *
6581230 TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATG
254 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG
* * ** * * **
6581295 A-ACAGAAACTATTATTTTACAACAAATCAAAAAGTCATAACA
319 ATA-A-AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** *
6581337 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAACTATTT-ACATTTTTTTTATATACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-A-CTGTTCAATAAACAGATTTA-
* ** * * *
6581401 TTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTTA-CATATTAGCAGATTAGCATTATTTTA-TTCTGA
63 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * * * * * * *
6581460 ACAAACTTATATGAAGAAAAACATTTGCTTTACGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTAAAATA
126 ATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** * * * * *
6581525 AATAATTATTCATATAACCTTAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
191 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCT
** * * * ** * *
6581590 TTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTGGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
255 CCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG
* **
6581654 A-ACATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTTTAATG
319 ATA-A-AAA-AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATG
* * ** * * *
6581697 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAAATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACAGATTTATT
*
6581762 TTTTAAATCTCCT-ACTCT-TTAATTTTT-GAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
65 TTTTAAATCT-CTAACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
** * * * * * * * * ** *
6581823 TAGGCTTATA-CAATGAAAAACAATTGTTTTAAGAGAAAATAAAAGTTCATAATTATTTGAAAAA
127 TAAACTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
6581887 GATAATTGTCCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAA-TTGATTTATTTTAAACAT
191 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAACAT-ATTTATTTTTAA-AT
* * * * ** * *
6581950 CTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TTCATAAGTTTTTAT
253 CTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAT
* * * * *
6582014 GAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGCCATAATG
318 G-A-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * **
6582057 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGACTTAACTA-TT----T-TT-GGTAAACAGATTTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAATAAACAGATTTATTT
* ** * ** * ***
6582115 TTTCAAATTTCTTGCTTATTAACTTTCT-GAATGCTAATAGAA-TAGTACTATTTTATTTTGGAT
66 TTT-AAATCTCTAACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
6582178 AAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGA
128 AAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
6582243 TAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTATTTTGGCAAA-AGCATTTATTTTTAAAATCTC
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACA-TATTTATTTTT-AAATCTC
* * * ** ** ** *
6582307 TTACTTATTCA-TTTT-ACAATATTATTAGTTTAGCTA-TATTTTGCTCCAAATAAACCTGTATA
256 CTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAAT-AAGCT-TATA
* * *
6582369 -AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATG
317 TGATAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * **
6582410 ATTT----TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTGGTCTAA-AAATAGATTTAGC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTC-AATAAACAGATTTATT
* * * **
6582470 TTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTGA-AATATTTATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAA
65 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
** * * * * ** * *
6582530 TTTTGTATAAATA-AAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATA
130 ACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * **
6582594 ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTCGTTTGGT-AA-ATA--GA--TTTAAATCTTTTAC
195 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCCTAC
* * * ** ** *
6582653 TTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATAATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATCAATAG
260 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAT-GATA-
** * *
6582717 AAGTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACG
322 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
*
6582753 ATTTGAAATAAATAATT
1 ATTTGAAATAGATAATT
6582770 CCTTAACTCA
Statistics
Matches: 6395, Mismatches: 1511, Indels: 711
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 25 0.00
343 58 0.01
344 16 0.00
345 94 0.01
346 20 0.00
347 147 0.02
348 4 0.00
349 97 0.02
350 45 0.01
351 6 0.00
352 22 0.00
353 59 0.01
354 196 0.03
355 74 0.01
356 365 0.06
357 654 0.10
358 666 0.10
359 390 0.06
360 1029 0.16
361 960 0.15
362 865 0.14
363 476 0.07
364 112 0.02
365 13 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAATAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA
CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCCTACT
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATAAAAA
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:6578440 original size:721 final size:719
Alignment explanation
Indices: 6577119--6578441 Score: 1470
Period size: 721 Copynumber: 1.8 Consensus size: 719
6577109 ATAATTGTCA
** * * * *
6577119 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAATATTACCTTAATCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
* *
6577184 TGTCAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATGAATTAAA
66 TGACAAAACAAAAAGTAATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATGAATTAAA
* ** * * *
6577249 CTTATTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGCCTTAATATTAATAAA
131 CTTATTAGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAATCTCCTACTTATTAATT-CCTTAACACTAATAAA
* * *
6577314 TTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA
195 TTTGTATTATTCTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * * *
6577379 GGTTATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTAAATAAA
260 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAACAATCATAAATATTAAAACTGGTTAAATAAA
* * *
6577444 CAGATTTATTTTTTAAATATCTTTATTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTA
325 CAAATTTATTTTTTAAATATCTTTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
6577509 TTTTGAATAAGCTTATATAAAATGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAGGATCATAACGATTT
390 TTATGAATAAGCTTATATAAAA-GAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAGGATCATAACGATCT
* * * * * * *
6577574 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTACTTGATCTACTTCGGTAAACATATTTATTTTTT
454 CAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTACTTCGGTAAACAGATTTATTTTTC
**
6577639 AAATTTTCTACTCACTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAGCTTG
519 AAATTCACTACTCACTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAGCTTG
* *
6577704 TATGGATAGAAACAATTATTTTAAAATATAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGC
584 AATGGATAAAAACAATTATTTTAAAATATAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGC
6577769 TCGAGTAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
649 TCGAGTAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
6577834 TTTTTG
714 TTTTTG
* * * * * *
6577840 AAATATTAATAGATTAGTATTACCTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAATATTACCTTAATCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * * *
6577905 TGACAAAAC-AAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGCT-ACAATAGTCATAATTATTTG
66 TGACAAAACAAAAAG-TAATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCA-AATAGTCATAATGAATTA
* * * *
6577968 AA-TTGGTTAGGTAAATAGAA-TTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATT-TTTGAAACACTA
129 AACTT-ATTAGGTAAACA-AATTTAGTTTTTAAAATCTCCTACTTATTAATTCCTT--AACACTA
* * * *
6578029 ATAAATTTGTTTTGTTCTATTCCAAATAAG-TTAGTATGAATTCCAAAAAACTTATTTTATGACA
190 ATAAATTTGTATTATTCTATTCAAAATAAGCTT-GTATGAA-TACAAAAAA-TTATTTTATGACA
* * * ** *
6578093 AAACAAAAGGTCCTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATA-TGTCTTAAATATTAAAACTGGT
252 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAACAATCATAAATATTAAAACTGGT
* * * * * *
6578157 TCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAT-TCTCTTAGCTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTTG
317 TAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCT-TTA-CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
6578220 TTTTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAATAATTATTTAATGATAGAACAAAAGG-
380 TATTATTTTATTATGAATAAGCTTATAT-AA-AAGAAACAATTATTTAATGACAAAAC-AAAGGA
* * * ** * * * * *
6578283 TTATAATGATCTCAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATA
442 TCATAACGATCTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTACTTCGGTAAACA
* * * ** * *
6578348 GATTTATTTTTCAAA-TCACTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA-TCATTATTTTAT
507 GATTTATTTTTCAAATTCACTACTCACTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAA
* * *
6578411 TTTGAATAAGGTTGAAT-GTTCAAAAACAATT
571 TCTGAAT-AGCTTGAATGGAT-AAAAACAATT
6578442 GTTATATGAC
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 100, Indels: 34
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
718 2 0.00
719 6 0.01
720 118 0.24
721 301 0.62
722 56 0.12
723 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (719 bp):
AAATATTAATAAATTAATATTACCTTAATCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAAGTAATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATGAATTAAA
CTTATTAGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAATCTCCTACTTATTAATTCCTTAACACTAATAAAT
TTGTATTATTCTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAACAATCATAAATATTAAAACTGGTTAAATAAAC
AAATTTATTTTTTAAATATCTTTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TATGAATAAGCTTATATAAAAGAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAGGATCATAACGATCTCA
AATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTACTTCGGTAAACAGATTTATTTTTCAA
ATTCACTACTCACTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAGCTTGAA
TGGATAAAAACAATTATTTTAAAATATAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTC
GAGTAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT
TTTG
Found at i:6580420 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 6574155--6589039 Score: 5331
Period size: 541 Copynumber: 27.4 Consensus size: 538
6574145 TATGATAAAT
* * * * *
6574155 ATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGT--TGAACTATTTGAACTTGTTTTG--TAAACAAATTC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATTATTTGAACTTG-TTTGAATAAACAGATTT
* * * * * **
6574216 ATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATAATTGTATTTTGAA
64 AT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAA
* * ** * * ** ** * *
6574281 TGAGCCTATATGAATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAA
127 TAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * * * * *
6574346 ATAATTATTCAAATAGTTATCACAATTTGAACTAATTCGGTAAGCATATCTATTTTTAAAATCTT
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** * * * * *
6574411 TTTCTTTTTAATTGTCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAA-AAGCTTGTACGAA
257 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * * **
6574475 CAAAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG----AAATAATTGTTCAAAT
322 -TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
6574536 AGTCATAGCTATTTGAACTTA-TTTGATAAACATATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATT
385 AGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAA-TATCTACTTATTAATT
* * * * *
6574600 GTCTG-AATATTAATAAATTTGAATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAAT
447 -TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAAT
* * **
6574663 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTG
509 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6574693 ATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTCTTCG-ATAAATAGATTCAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA-
* * * *
6574757 TTTTT-AA--TTCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTTCAAATC
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAAT-
* * * * * * * *
6574818 AA-CTTATACGAACAAAAACAATTATTTTGTGACAAAA-TAAAGATCATAATCATTTGAAATAAA
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * ** * * * **
6574881 TAATTGTTCATATAGTTATAACTATCTGTAC-TGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCAA
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * ** *** * *
6574945 TTACTTAGTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAATAATGTATCAA
257 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * * * * * *
6575010 TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCACAACTATTTGAAATAAATTATTGTTTAAAT
322 TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
6575075 TGTTATAACAAATTGAA-TTGTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AA-ATCT-CTTATTAATTT
385 AGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAATTT
** * * * * * * *
6575136 TCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGT
448 TTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * *
6575200 TTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACA
512 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** *
6575227 ATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTAGCTATTTGAA-TTATTTCGGCAA-AAA-A-ATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTT--G-AATAAACAGATT
* * *** * * *
6575288 TATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCAA
63 TA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTATATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
6575353 ATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAAA
126 ATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** * * * *
6575418 TATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCATATTTATTTCTTAAATCA
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * *
6575483 CCTACATATTGGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTATATG
256 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATG
* * * *** * *
6575547 -ATAAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
320 AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
6575611 TGGTTATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAACTAATTTATTTTTTATATCACCAACTTCTCAAT
384 TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAAT-ATCTACTTATTAAT
* * * * ** *
6575675 TTTTAAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTTTATG-ATCTGAAATAA
446 TTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAA
* * * *
6575737 TTTTTTTAGGATAAAACAAAAGGTAATAACG
508 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
6575768 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAAC--A-TT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTAT
* * * * * * **
6575828 TTTAAACATTTTTTTGCTTATTAATATTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAA
66 TTTTAA-A-TCTTTTACTTATTAAT-TTTTGGAATATTAAT-AAATTATATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * *
6575893 TAAGCATGTATGATCTGAAACAATAT-TTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTGATATA
127 TAAGCTTATATGAACAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* ** ***
6575957 GATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATGCATTTATTTTTTAAATCT
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* ** ** * ** * *
6576022 CTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAACAATATTTTGCTCCAATTAAGCTTGA-AT
256 CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATAT
** * * * *
6576085 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTCCA
319 GAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
** * * * *
6576149 AATTCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTAGTTTTT-AA-ATCT-CTTATTAAT
382 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAAT
* * * * **
6576211 TTTT-AGAATATTAATAAACTAGTATCATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATT
446 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
** *
6576275 GTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACA
510 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
6576304 AATTGAAATAGATAATTGTGT-GAATGGACA-AGACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAACAGATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATA-ATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTT
*** * * * *
6576366 ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAAATTTTAGAATATTACTAAATTAGTATAATTTTATTTCAAA
64 A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAA
* * * *
6576431 TAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
127 TAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *** *
6576496 ATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAATGGATTTA-TTTTTAAATCTT
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * * *
6576560 TTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATATGCTTTTATCCA
257 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-GA
* * * *
6576625 CAT-AAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATACATAATTGTTCAAA
321 -ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * ** * * * * * *
6576689 TAGTCATAACAACTTGAA-TGTGTTTTAAAAATAGATTAATTTTTTATATTTTTATTTATTAATT
384 TAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAATT
* * * * *
6576753 TTT-AGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAATAGAACCAATT
447 TTTGA-AATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
* *
6576816 GTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAATG
510 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * * * * *
6576845 TTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTT-ATTCAGTAAATAAATTCTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATT-TA
* * * *
6576909 TTTTTAACT-TTGTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAAT
65 TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
6576973 ATGCTGATACGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGG
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *** * *
6577038 TAATTATTAAAATAGTCATGACTATTTGAGCTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTTAAATCTT
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * ** * * * *
6577103 TTAATTA-TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAACTTGTATGA
257 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGA
* * * *
6577166 ATAGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
321 ATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
6577231 TAGTCATAA-TGAATTAAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA-ATCTTTTGCTTATT
384 TAGTCATAACT-ATTTGAAC-TAGTTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAATATC---TACTTATT
* * * * *
6577293 AATTGCCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAA
443 AATT--TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAA
* * **
6577356 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTG
505 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
6577389 ATTTTAAATAGATAATTGTTAAAACAATCATAATTATTTAAACTTG-TTAAATAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA-
* * * **
6577453 TTTTTAAATATCTTTA-TTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
* * *
6577517 AAGCTTATAT-AAAATGAAACAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTTGAAATA
128 AAGCTTATATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** *
6577580 GATAATTATTCAAATAGTCATGATTACTTGATCTACTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-T
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * ** * * * *
6577644 TTCTACTCACTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAAT-AGCTTGTAT
256 CT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATAT
* * ** * * * ** * *
6577707 GGATAGAAACAATTATTTTAAAATATAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCG
319 GAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * *
6577772 AGTAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTT-AA-ATCT-CTTATTAA
382 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-A-TTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAA
* * ** * * * * * *
6577834 TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACCTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTT
445 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
* *
6577899 GTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACG
510 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
6577928 ATTTGAAATAGATAATTGCT-ACAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTT-AGGTAAATAGAATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGA-ATAAACAGATTT
** * * * * * *
6577990 ATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAACACTAATAAATT-TGTTTTGTTCTATTCCAA
64 A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTAT-TT-TATTTCAA
* * *
6578054 ATAAG-TTAGTATGAATTCCA-AAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCCTAACGATTTG
126 ATAAGCTTA-TATGAA---CAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ** * **
6578116 AAATAGATAATTATTCATAT-GTCTTAAATATTAAAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTA
186 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
6578180 ATTCTCTTAGC-TATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTTGTTTTATTTTATTAT-GAATAAGCT
251 AATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCT
* * * * * * * * ** * * * ** *
6578243 TGTATGAACAAAAATAATTATTTAATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATCTCAAGTTTACAATT
314 TATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * *
6578308 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCA-CTACTT
377 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAAT-ATCTACTT
* ** * * * * *
6578372 ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATCATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGAATG-TTCAAAA
440 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAA
* * *
6578436 ACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAC-
504 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
6578470 ATTTTGAAATAGATAATTATTGACAA-AGCCATAATTATTTGAGC-TAATTCAATAAACAGATTT
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTT
* *
6578533 ACTTTTTAAATC----ACCTT-GTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAA
64 A-TTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
6578593 GTAAGGTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT-ATAACGATTTGAAATA
126 ATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * * * *
6578657 GACAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAAC-TGCTTCAGCAAACATATTTATTTTTTATATC
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
6578721 TCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAATTAAGCTTATATG
255 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
* * * * * * * *
6578786 AACTGAAATAATTAG-TATATAACATAATA-AAAAGTTATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTC
320 AA-TAAAACAATT-GTTTTATGACA-AA-ACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * *
6578849 --A-A---AT-A--A---GAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AA-ATCT-CTTAGTAA
381 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAA
* * * * * *
6578899 TTTTAGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAGCAA
445 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAA
** * *
6578962 TTGTTTTATGATGAAACAAAAGTTCATAATG
508 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** * * * * * * *
6578993 ATTTCAAAAACATAATTACCTAAAATGGGCATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAACTA-ACTT
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAAC-AGATTT
* * * ** * ** * *
6579056 ACTTTTTAAATCTCTAACTTATCAAAATTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTAGA
64 A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * * *
6579121 TAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAGAAGGTCATATTTATTTTAAATTG
127 TAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
6579186 ATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACATAA-TTATTTTTTTTAATT
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * *
6579250 TCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCATATAT
255 TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
* * * * *
6579314 GAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCT
319 GAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * *
6579379 AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-ACCAACACATTTTATTTTTTAAACT-TCTTACTTA-G
382 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAA-ATAATTTATTTTTTAAA-TATC-TACTTATT
* * * * * *
6579441 AATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGAAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATAAACAAAAAC
443 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC
* * *
6579504 AATTGTTTTAAGGCAAAAC-AAAGATCATAACG
506 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* *
6579536 ATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTT-AAGAAACAGATTTA
1 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA
* * **
6579599 GTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAAT
65 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
** * * * *
6579660 AATTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA-CACCAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAG
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * * * *
6579724 ATCA-TAGCTT-AAATGGACACGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATCTATTTTTTAAATC
192 ATAATTA--TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
** * * * * *
6579787 TCCAACTTA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATA
255 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
* *
6579851 AATGGAAACAATTATTTTTATGACAAAACAAAA-T-ATAACAACTTTGAAATAAATAATTGTTCA
320 AAT-AAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAA-TTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * *
6579914 AATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCGATAAATTAATTTATTTTTTAAATATTTTGCTTATTAA
382 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAATA-TCTACTTATTAA
* * * * *
6579979 TTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATT
445 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
*
6580044 GGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACG
510 -GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
6580074 ATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATAAACATGTTTGGA-AAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTAT
* * * * * * *
6580138 TTTTAAAAT-TTTTACTTCTGAATTTTAGGAATGTTAGA-AAATTTATACTGTTTTATTTAAAAT
66 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA-ATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
6580201 AAGCTCACATGAACAGAACCAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATG-TTTCGAAATAG
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAG
* * * *
6580265 ATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCT
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
6580329 CTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTATTTGA
256 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
* * * **
6580394 ACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAGGTCACAATGATTTG-AATAAATAATTAG-TCAAA
321 A-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAA
* * * * *
6580457 TAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTC-ATAAGCAT-ATATATTTTTTAAATATTTTACTTCTTAA
384 TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAA--ATAATTTATTTTTTAAATA-TCTACTTATTAA
* * * *
6580520 TTGTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
445 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAT
* * *
6580584 TGTTTTATAACTAAACAAATA-GTCATAACA
509 TGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACG
* * * ** * *
6580614 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCATAAAGATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTAT
* *
6580678 TTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATCAAA
66 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * ** * ** *
6580740 CAAGATTGTATGAATAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATACCGATTTCAAATA
127 TAAGCTTATATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
6580805 GATAAATT-TTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAACTCAGTTTTTAAATC
191 GAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * **
6580869 TTTTGA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTGAAATAAGCTTGCAT
255 TCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
* * * *** * *
6580933 CAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTA
319 GAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * * * * *
6580998 GATAGTCA-AACTATTTGAGCTTA-TTCGGTAAACAAATTCTTCTTTTAATTCTTTTACTCATTA
382 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAATAATTTATT-TTTTAAAT-ATCTACTTATTA
** * * * *
6581061 ATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTGTTTTACATC-AAATAAACTTATATGAACT-AAAACA
444 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACA
* ** * * * **
6581124 ATTATTTTATTTCAAAAGAAATGGTCAAAATA
507 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * * * *
6581156 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATCGTCATGACTATTT-AACTAGTTCG-ATAAAAATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA-
* * * *
6581219 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
65 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** * * ** *
6581284 ATGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTACAACAAATCAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
** * * * *** * *
6581349 TAATTGCTCAAATACTCATAACTATTT-ACATTTTTTTTATATACAGATTTATTTTTTTAAA--T
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* * ** * * *
6581411 C-T-CTTATTAATTTTTTACATATTAGCAGATTAGCATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATAT
256 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTATAT
* * * * * * *
6581472 GAAGAAAAACATTTGCTTTACGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCA
319 GAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* ** * * * * * * * * *
6581537 TATAACCTTAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAA
382 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAAT-ATCTACTTATTAA
* * ** * * * * * *
6581602 -TTTTCATAATATTATTGGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAAT
445 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAT
* ** *
6581666 TGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTTTAATG
509 TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
6581697 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCG-GTAAATAAATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA-
** * *
6581761 TTTTTAAATCTCCTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * * * *
6581824 AGGCTTATA-CAATGAAAAACAATTGTTTTAAGAGAAAATAAAAGTTCATAATTATTTGAAAAAG
128 AAGCTTATATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** *** *
6581888 ATAATTGTCCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAATTGATTTA-TTTTAAACATC
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA-ATC
** * * * * *
6581951 TCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTC--ATAAGTTTTTAT
255 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTATAT
* * * ** * *
6582014 GAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
319 GAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * *
6582079 AATTGACTTAACTA-TT----T--TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTA
382 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTT-AAATATC-TACTTATTA
* ** * * * ** * *
6582136 ACTTTCTG-AATGCTAATAGAA-TAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACT-GAAAC
444 A-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAC
* * * * *
6582198 AATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACA
506 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * **
6582231 ATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTATTTTG-GCAAA-AGCATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTTGAATAAACAG-ATTT
* * ** * ** ** *
6582293 ATTTTTAAAATCTCTTACTTATTCA-TTTTACAATATTATTAGTTTAGCTA-TATTTTGCTCCAA
64 ATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA--TATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
6582356 ATAAACCTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT----TA
126 ATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * **
6582416 GATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAAC-TGGTC--TAAAAATAGATTTAGCTTTTAAAT
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-A-ATTTATTTTTTAAAT
* * ** ** *
6582478 CTC---C-TATTAA-TTTTGAAATATTTATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT
254 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
* * * *
6582538 AAATAAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
319 GAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
6582603 ATAGTCATAATTATTTGAACTCGTTTGGTAAAT-A--GA---TTTAAATCTTTTACTTGTTAATT
383 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAATTTATTTTTTAAAT-ATCTACTTATTAATT
* * * * * * * **
6582662 TTTGGAATATTAATAAATTTA-TATAATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATCAATAGAAGTAATTG
447 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
*
6582726 TTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACG
511 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
6582753 ATTTGAAATAAATAATTCCTT---A-ACTCATTAATT-TTTGGAA--T-ATT-AATAAATTAG-T
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-TAATTATTT-GAACTTGTTTGAATAAA-CAGAT
* ** * *
6582808 ATTATTTTAAATCAAATAAGCTTCTATGAATTGACACAACTGTTTTACTACGAAAGAAAAAGTCA
62 -TTATTTT---T-AAAT---CTT-T-T-ACTT-A-TTAA---TTTT--T--G---G-AATA-TTA
* * * * * * ** *
6582873 AAACAATTTGAAATAGATAATTA-CTCAAAT-AG-TCATGACT-ATTAG-AAC--TTGTTTGAT-
102 ATA-AA-TT-ATAT-TAT-TTTATTTCAAATAAGCTTAT-A-TGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** ** ** * * ** * * *
6582930 A-AACATATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTA-TTAATTA-TCAAAATATTAGTAAATTAATAT
160 ACAAAACA-AAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTC--AA-A-TAGT-CA-T-A-AC
* * * **** * *
6582991 TATTTTAA-TATGAATATAC-TTATACGAGCAGAAGCTATTATTTTATAACATAACAAAAAGTCA
215 TATTTGAACT-TG--T-T-CGGTA-A--A-CA-AA--T-TTATTTTTTAA-AT--CTCTTACTTA
** * * ** * *
6583054 -TAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCA-TA-ACTAGTTGAAAT--G-TT-T-TG-A
264 TTAA-TTTTTGAAAT-ATTAA-TA---AATTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
** * * * * * ** *
6583110 TAAATGATTTATTTT-T--TAAATC-----TCTTATTAATTTTAGAAATATTAGTAGATTAGTAT
322 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAA-TTT-GAAATA--AATA-ATT-GT-T
* ** * *
6583167 TATTTTATTCCA-AAC-A----AACTTA-TAT-GA-ACAAAAACTTTTATTTTATGATAAA-A-C
380 CA-AATAGT-CATAACTATTTGAAC-TAGT-TCGATA-AATAA--TTTATTTT-T--TAAATATC
* ** ** ** * ** * * ** *
6583221 AAAAGGTCGTAACGATTTGAAATACATAAT-TGTTCA-AATAGTCATAATTATT-T-GATTTG-G
435 --TACTTATTAA-TTTTTGAAATA-TTAATAAATT-AGAAT--T-AT-TTTATTCTAAATAAGCT
* * * * *** * * *
6583281 T-TA-G-GTAAACAA-AATTATTTT-T--TAAATCTCTTA-CTTATTAA-T
491 TGTATGAATAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAACG
* * * ** * * * * * * * *
6583323 TTTTGAAATA-TTAATTAATTCATTTTA-T-TTTATTCCTAATAAACTAGTATGAATTGAAA-AA
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCA-AATAGTCATAATT-AT-TTGAACTTGTTTGAA-T-AAACAG
* * *** * * * * * ** *
6583384 ATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCATATAATC
60 ATT-TATTT-T--TAAATCTTTTA-CTTATTAAT-TTTTGGAATA-TTAATAAATT-ATATTAT-
* * * ** * * * * * *** *
6583445 TTAACTATTT-GAAT-TGGTTCGAT-AA-A-TAA-ATTTATTTT-T--TAAATCTCTTA-GTTAT
116 TT---TATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-
* * ** **
6583500 TAAT-TTTTG--A-A-AT-ATTATT-AGATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TTATG-
176 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCA-TA-ACTATTT-G---AA-CTTGTTCGGT
* * * * * *
6583555 AACAAAAATAATTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAATGACTTGATATACAATTGTTCAAAT
233 AA-ACAAAT--TTATTTT-T--TA-AAT------CTCT--T-ACTT-AT-T--AATTTTTGAAAT
* * * * ** *** * *** * *
6583620 AATCATAACTATTA-AACT-GGTTCGGT-AAATGAA-TTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTATTAA
278 ATTAATAA--ATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTATATGAATAAA------ACAATT-G
* * **** * ** *
6583680 TTTT-TGAAAGATTAATAAATTAG-CATTATTTTTTTTTG-AATAAGCTTGTATGATCAAA-A--
333 TTTTATGACA-A--AACAAA--AGTCA-TA--ACAATTTGAAATAA-ATAAT-TGTTCAAATAGT
*** * * * * ** *** * *
6583739 CAATTGTTATATGACAAACAAAAGGT-AAT-AACGATTTGAATTAGATAATTAT-TGAAATGGTC
388 C-ATAACTATTTG---AAC--TAGTTCGATAAATAATTT--ATTTTTTAAATATCT--ACT--T-
* * * *
6583801 A-TAATTATTTGAACTGATTCGATAAA-TAG-ATTCACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTGT
440 ATTAATT-TTTGAAAT-ATT-AATAAATTAGAATT-A--TTTT--A-TTC-TA---AATAA--GC
* * * ** * * ** * ** *
6583863 TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTATAACA
490 TT--GTATGAATAAA-AACAATTGTTTTA---TGACA-AAAC--AAAAGGTC-ATAACG
* * * ** * * * * * * *
6583921 ATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGT--AATA-ACA-ATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGTA
1 A---TTTGA-AA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATT-ATTTGA-ACTTGTT-TGA-A-TA
* * *** * * ** * * *
6583982 GTAAC-TATTTGAATTTGTTCAAT-AAATA--AATTTATTTTTTAAATTCATGCTTATTAATTTT
55 --AACAGATTT--ATTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA-T-A---TTAATAAATTA
* *** * * * *
6584043 TGAAATATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGTA-AAACAATTTTTTTATGA-AAAAAAACAA
110 T--ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AA
* * * * * * * * * **
6584106 TTTGTGACAAT--TTTG-AATAAATAATTGTGCAAATACTC--AACTATTTAAATTTGTTTTGTA
171 --GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * * *
6584166 AATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTGAACT-TTAATAAATCT-GGATTA
234 AACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * * * * * * * * *
6584229 TTTTATTCCTAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAATGTCA-AAA
296 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
** * * * ** * * ** *
6584293 AGATGAGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTTTTTACTATTTGAACTGGTTCAGCGAACA-CATTT
359 A-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GATAA-ATAATTT
* * * * * *
6584357 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATACTATTAAATTAGTATTAGTTTTA-ACCA
421 ATTTTTTAAATATC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTA-TTTTATTCTA
* * *
6584420 AATAAGCTTCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
483 AATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * * * *
6584476 ATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAAG-TCG-ATACACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-TGTTTGAATAAACAGATTTA
* * * * **
6584539 TTTTTAAATTTTTTTACTTAATAA-TTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGT
65 TTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTG-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTC-AA
* * * * ** * * *
6584602 CTAAGCTTTTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAATTAAAAGGTTATAATAATTTTAAAT
126 ATAAGCTTATATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
6584666 AGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAATTTCTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAAT
190 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT
* * * ** *
6584731 CTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTCTAT
254 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
* * * * * * * * *
6584796 GAACTAAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTTTTC-
319 GAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * * * *
6584860 TATTGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAATTTATTTTTT-AA-ATCT-CATATTAATT
382 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAATT
* * * * *
6584922 TTTGAAATA-TATTAAATTCA-TATTATTTTAATT-TGAATAAACTTGTATGAA-CAAAACAATT
447 TTTGAAATATTAATAAATT-AGAATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
* * * **
6584983 G-TTTATGACAAAAGAAAAGATTATATTG
510 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** ** *
6585011 ATTTGAAATAGATTATTGTT-AATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTG-GCAATTAGACTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA
* * * * *** * *
6585074 TTTTTTAATTTTTTTAGTTATTAAGTTTCAAAAGATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
65 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
** * * * * * * * ** * *
6585139 AAAATAATATGAGCAGAATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAATTGT
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
6585204 TAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGGAAATTTACTTTTTCAATCTCT
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *
6585269 TACTAATTAATTTTCT-AAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAA
258 TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * * * ** *
6585333 CAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAGAGTAATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAAT
322 -TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC----
* * * * * * * **
6585398 AATTATAATTATAATTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAACCTCTT
381 ------AA--ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATATC-T
* * ** * * * * *
6585463 ACTTATAAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTTTTATTCTATTCTGAAGAAGATTGTATGAGCT
436 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-AT
* * * *
6585527 -GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
500 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * ** *
6585565 ATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTTAACTGTTTGAACTAGTTTG-GCAAA-TGAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAG-ATTTA
* * * * * * *
6585628 TTTTTTAAA-CTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTACTAACTTAGTATTATTTTATTTCGAAT
65 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * ** *
6585692 AAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAGAGCAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAA
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * ** * * *
6585757 TAATTATTCAAATTGTCATAAATATTTGTAA--TGATTCAATAGATAGATTTATTTTTTAAA--T
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
6585818 C-T-CTTATTAATTCTTCAAATAATAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-
256 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
* * * * * *
6585880 TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGCTCAA
321 AT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * *
6585945 ATGGCCATAATTATTT-AAATTGATTCAATAAACTAATTTATTTTTT-AA-ATCT-TTTATTAAT
383 ATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAAT
* * * * ** *
6586006 TTTTGAATTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATT
446 TTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATT
* * *
6586070 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
510 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6586099 ATTTTAACTTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-GTAGACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA-
* * ** * *
6586163 TTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAGT
65 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
6586228 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT-CAATAGA
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** *
6586292 TAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTCAAC-CGATTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
6586354 --ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-A
257 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * * * * ** * *
6586415 TCAGAAACAACTGTTTTATGAGAAGAC-AAAGATCATAACGATTTGATATTGATATTTGTTTAAA
322 T-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * *
6586479 TATTTATAACTATTTGAACTGGTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTT--A-ATCT-CTTATTAATT
384 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-ATTTA-TTTTTTAAATATCTACTTATTAATT
*** * * * * * *
6586540 TTTGAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTG
447 TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTG
* *
6586604 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGG
511 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CG
* * * * *
6586633 CTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGCTTG-GTAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA
* * * *
6586695 TTTGTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAA
65 -TT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTC-AA
* ** * * * * *
6586759 ATAAGCTTGTATGAACTTAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATA
126 ATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * ** * *
6586824 GATAATTGCTT-TAATAGTCTTAAGTATTCGAAATGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTCAAATC
191 GATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
6586888 TCTTACTAACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG
255 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
* * * * * * *
6586953 AAAAGAAACAATTGCTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAA
320 AATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * *
6587017 ATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTT-AA-ATCT-CTTATTAATT
383 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAATT
* * * * * ** * *
6587079 TTTAAAATATTATTATATCATAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGT
447 TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
*
6587144 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
512 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * * *
6587171 ATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAAAATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA-
** * * **
6587235 TTTTTAAATCTCCTAGC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
6587299 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGCTCATAATTATTTGAAATAAA
128 AAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * ** * *
6587364 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTT-AGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATTTT
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * *
6587427 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAA
257 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * * * * *
6587492 CAAAAACAATTAG-TTTATAATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAA
322 -TAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * **
6587556 TAGTTATAATTATTTAAAC-ATGTTCAGA-AAATAAATTTA--TTTTAAAAATTTTTTTATTAAT
384 TAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTC-GATAAAT-AATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAAT
* * * *
6587617 TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTCTTCGAAATAAGCTTGTAT---T-AATACAATT
446 TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
* ** *
6587677 ATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATG
510 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
6587706 ATTTGACATAGATAACTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAGATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTAT
* * * * * * * *
6587770 ATTTTAAATCTCTTA-TGCAATAATTTTTGAAAAATTATTCAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
66 -TTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
* * ** * * *
6587834 AAGGC-TATATGAACTGATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
128 AA-GCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
6587897 ATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATATT
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * * * * *
6587962 TTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCCTGTATGAA
257 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * ** * *
6588027 CAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAGAT
322 -TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * *
6588092 AGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGA-TT-TTTTATAAATAATTTACTTATTAATT
385 AGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAAT-ATCTACTTATTAATT
* * * * **
6588154 GTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTCGAACTGG
447 -TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT-ATT-CT-AAATAAG-C-T-TGTA-T-GAA----
* ** * *** ** * *
6588217 TTTGATAAACATATT-TATTT-T-TTAAATCTCTTACCT-ATTACT
499 --T-AAAAACA-ATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
6588259 TTTTGAAATA-TTAA----T-AAAGTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATCGAAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ATTATTTGAACT-TGTTTG-A--AT---AA
* * ** * ** * *
6588317 ACA-ATTTTTTTATAATAAAAC--AAAATGTCA-TAACGATTTGAAATAGAAATTATTCAAATGG
56 ACAGATTTATTT-T--TAAATCTTTTACT-T-ATTAA-TTTTTGGAAT----ATTAAT-AAAT--
* ** * * * *
6588378 CCATAATTATTTTA-TTCTAAATAA-AATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATAACAAAACAA
108 -TAT-ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTA-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
6588441 AAGGTTGA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACAATTTGAA-ATGATTTGG
169 AAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGG
* ** *
6588504 TAAACAAATTTATTTTTGAAATCTCTTACTGCTTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGTTA
232 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
6588568 TTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATAATAAT
296 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAAC
* * * ** * * **
6588633 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAGTTATTTGAACTATTTTGGCAAATAGAATTT-
359 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAT--AATTTA
** * * * * ** *
6588697 TTTTAAAAATCTCTTTCTTATAAAATTTTGAAATATTAGCAAATTA-ATTTTATTTTATT-TCAA
422 TTTTTTAAATATC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCT-AA
* * ** * * *
6588760 ATAAACTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACG
484 ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
6588815 ATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTG-ATAAACGGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTA-
* * * ** * *
6588879 TTTTTAAATCTCTTAGTTATGAA-TTTTCAAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTC-AAA
** * * * * * * *
6588942 TAAATTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGG-CTATAATAATTTGAAATA
127 TAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATA
* *
6589006 GATAATTCTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
6589040 GATTATAACT
Statistics
Matches: 10780, Mismatches: 2661, Indels: 1806
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
517 6 0.00
518 7 0.00
519 9 0.00
520 8 0.00
521 6 0.00
522 142 0.01
523 191 0.02
524 31 0.00
525 27 0.00
526 8 0.00
527 78 0.01
528 72 0.01
529 138 0.01
530 9 0.00
531 9 0.00
532 8 0.00
533 361 0.03
534 733 0.07
535 889 0.08
536 437 0.04
537 552 0.05
538 786 0.07
539 998 0.09
540 501 0.05
541 1230 0.11
542 669 0.06
543 536 0.05
544 528 0.05
545 42 0.00
546 22 0.00
547 57 0.01
548 29 0.00
549 119 0.01
550 22 0.00
551 36 0.00
552 77 0.01
553 185 0.02
554 115 0.01
555 33 0.00
556 32 0.00
557 23 0.00
558 22 0.00
559 11 0.00
560 16 0.00
561 25 0.00
562 25 0.00
563 21 0.00
564 15 0.00
565 14 0.00
566 51 0.00
567 218 0.02
568 19 0.00
569 72 0.01
570 31 0.00
571 24 0.00
572 46 0.00
573 25 0.00
574 28 0.00
575 19 0.00
576 24 0.00
577 17 0.00
578 11 0.00
579 13 0.00
580 4 0.00
581 11 0.00
582 6 0.00
583 15 0.00
584 1 0.00
585 7 0.00
586 2 0.00
587 6 0.00
588 11 0.00
589 10 0.00
590 3 0.00
591 14 0.00
592 10 0.00
593 2 0.00
594 6 0.00
595 7 0.00
596 3 0.00
597 3 0.00
598 3 0.00
600 3 0.00
601 17 0.00
602 9 0.00
603 11 0.00
604 20 0.00
605 10 0.00
606 11 0.00
607 9 0.00
608 5 0.00
609 17 0.00
610 3 0.00
611 4 0.00
612 4 0.00
613 9 0.00
614 5 0.00
615 2 0.00
616 8 0.00
617 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGAATAAACAGATTTAT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAG
CTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAATTTATTTTTTAAATATCTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:6584091 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6584067--6584108 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
6584057 TTGGATAAGC
**
6584067 TTTTATGAAGTAAAACAATTT
1 TTTTATGAAAAAAAACAATTT
6584088 TTTTATGAAAAAAAACAATTT
1 TTTTATGAAAAAAAACAATTT
6584109 GTGACAATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TTTTATGAAAAAAAACAATTT
Found at i:6585407 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 6585396--6585421 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 4.3 Consensus size: 6
6585386 AATTGTTCAA
6585396 ATAATT ATAATT ATAATT ATAATT AT
1 ATAATT ATAATT ATAATT ATAATT AT
6585422 TTGAACTAGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 20 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (6 bp):
ATAATT
Found at i:6586377 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 6586342--6586380 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
6586332 AAACACATTT
*
6586342 ATTTTTTAAATCACTTATTA
1 ATTTTTGAAATCACTTATTA
6586362 ATTTTTGAAAT-A-TTATTA
1 ATTTTTGAAATCACTTATTA
6586380 A
1 A
6586381 CTTAGTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.39
19 1 0.06
20 10 0.56
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTGAAATCACTTATTA
Found at i:6586746 original size:715 final size:708
Alignment explanation
Indices: 6582779--6588184 Score: 3569
Period size: 715 Copynumber: 7.6 Consensus size: 708
6582769 TCCTTAACTC
* * * ** * ** *
6582779 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAATCAAATAAGCTTCTATGAATTGACA
1 ATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * *
6582844 CAACTGTTTTACT-ACGAAAGAAAAAG-TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTC
64 CAATTGTTTTA-TGA-G-AAGACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTT
* * * *
6582907 ATGACTATTAGAACTTGTTTGATAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCA
126 ATAACTATTTGAACTTGTTTGA-AAA-ATAGTTTATTTTTT-AATC---T-CTTATTAATTTTTA
* * * * * * * * * *
6582971 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATATA-CTTATACGAGCAGAAGCTATTATTT
184 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * *
6583034 TATAACATAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTAGTT
247 TATGACAAAAC-AAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
6583098 GAA-ATGTTTTGATAAAT-GATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAG
311 GAACTTG-CTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAA
* *** * * * * ** * *
6583156 TAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACTTTTATTTTATGATAAAAC
374 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAT
* * * * * *
6583221 AAAAGGTCGTAACGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTTGGTTAG
439 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * *
6583285 GTAAACAAAATTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTCA-TTT
503 GTAAACACATTTATTTTTTCAAATCT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* * * * * * *
6583348 TATTTTATTCCTAATAAACTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
565 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
6583413 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATATAATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAAAT
630 ACGATTT-AAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACCT-ATTTGGTAAA-CAAT
6583476 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
691 TTATTTTTTAAATCTC----TT
* *
6583498 ATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTATTA-ATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * * * * * *
6583563 TAATTTTTTTATGATAGAATA-AAAGGTTATAATGACTTG--ATATACAATTGTTCAAATAATCA
64 CAATTGTTTTATG--AGAAGACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTTA
* * * ** * *
6583625 TAACTA-TTAAACTGGTTCGGTAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAA
127 TAACTATTTGAACTTGTTTGAAAAAT-AGTTTATTTTTT-AATCTC-T--TATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
6583689 GATTAATAAATTAGCATTATTTTTTTTTGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTATATGA
187 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
6583753 C-AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAATTAGATAATTATTGAAATGGTCATAATTATTTGAAC-T
252 CAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
6583816 GATTCGATAAATAGATTCACTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTGTTTAAATATTAATAAATT
317 GCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATT
* * *
6583880 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTATAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGG
380 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGG
* ** * * * * ** *
6583945 TAATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGT-AGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAAT
445 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
6584009 AAATTTATTTTTT-AAATTCATGCTTATTAATTTTTG----A--AAT--A-T--T-TTA---T-T
509 ACATTTATTTTTTCAAA-TCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * ** ** * *
6584057 TT-GGATAAGCTTTTATGAAGTAAAACAATTTTTTTATGA-AAAA-AAACAATTTGTGACAATTT
573 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGA-TT
* * * * * * * ** * * *
6584119 TGAATAAATAATTGTGCAAATA--CTCAACTATTTAAATTTGTTTTGTAAATAGATTTATTTTTT
636 TAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCTATTTGGTAAACA-ATTTATTTTTT
6584182 AAAATCTTTTACTT
700 -AAATC---T-CTT
* * * * *
6584196 ATTAATTTTCTGAACT-TTAATAAATCT-GGATTATTTTATTCCT-AATAAGCTTGTAAGATA-T
1 ATTAATTTT-TGAAATATT-ATTAAT-TAGTATTATTTTATT--TGAATAAGCTTGTATGA-ACA
* * * * * * ** * * *
6584257 GAAACAAATATTTTATAACTAA-ACAAA-ATGTCAAAAAGATGAGAAATAAAAAATTATTCTAAT
60 GAAACAATTGTTTTATGA-GAAGACAAAGA--TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
6584320 AGTTT-TTACTATTTGAACTGGTTCAGCGAACACA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
122 A-TTTATAACTATTTGAACTTGTT-TG-AAAAATAGTTTATTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAAT
* * * ** * * * *
6584383 TTTTAGAATACTATTAAATTAGTATTAGTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATT
179 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * *
6584447 GTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATT
243 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * * ****
6584511 ATTTTAACTAAG-TCGATACACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTAATAATTTAGAAAATA
307 ATTTGAACT-TGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATA
* ** * * * *
6584574 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTTTATTAACTAAAACAATTGTTTTATAACA
370 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * * * *
6584639 AATTAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAATTTCT
435 AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
6584704 TCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGT
500 TCGGTAAACACATTTATTTTTTCAAA--TCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** * * * * * * *
6584769 ATTAATTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTAAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTTA
563 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
6584834 AAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCT-ATTGTCTTAACCATTTGAA-CTAATTTGGTAAACAAT
628 TAACGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCT-ATTTGGTAAACAAT
*
6584897 TTATTTTTTAAATCTCAT
691 TTATTTTTTAAATCTCTT
*
6584915 ATTAATTTTTGAAATA-TATTAAATTCA-TATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAACA-AA
1 ATTAATTTTTGAAATATTATT-AATT-AGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * ** * *
6584977 ACAATTG-TTTATGACAAAAGA-AAAGATTATATTGATTTGAAATAGATTATTGTT-AATATAGT
63 ACAATTGTTTTATG--AGAAGACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATA-T
* * ** * * * *
6585039 CT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAATTAGACTTATTTTTTAATTTTTTTAGTT-ATTAAGTTT
124 TTATAACTATTTGAACTTGTTTGAAAAATAG-TTTATTTTTTAA-TCTCTTA-TTAATT---TTT
* * * ** ** * * *
6585102 CAAAAGATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAGCAGAATCAATTGTTT
183 -AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
6585167 GATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAATTGTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTG
247 TATGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * ** * * * * * * * *
6585232 AAATGGTTTGGTAAGGAAATTTACTTTTTCAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTGATAA
312 AACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAA
** * * * * * * *
6585297 ATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAA-CAA
377 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAA
* * * * *
6585361 AGAGTAATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATTATAATTATAATTATAATTATTTGA
442 AG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC----------AA--ATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * *
6585426 ACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCT-AAACCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAAT-A
494 ACTTGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTCAAA--TCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * *
6585489 ATTAGTTTTATTCTA-TTCTGAAGAAGATTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
557 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
6585553 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC-ATATAATCTTAACTGTTTGAA-CTAGTTTGG
621 AAGGTCATAACGATTT-AAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACCTA-TTTGG
* * *
6585616 CAAATGAATTTATTTTTTAAACTCTTAGTT
683 TAAA-CAATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTT
* * *
6585646 ATTAATTTTT-AGAATTTTACTAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACAGAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTATTAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * *
6585710 ACAATTGTTTTGTGA-TAGAGCAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-TGT
63 ACAATTGTTTTATGAGAAGA-C-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAT-T
* * * * * * *
6585773 CATAAATATTTGTAA--TGATTCAATAGATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTCAA
125 TATAACTATTTG-AACTTGTTTGAA-AAATAG-TTTATTTTTT-AATCTCTTATTAATTTTTAAA
* * * *
6585836 ATAATAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTA
186 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTA
* * * * ** * * *
6585899 TGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGCTCAAATGGCCATAATTATTT-AA
249 TGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * **
6585963 ATTGATTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATC--TT--TTATTAA-TTTTTGAATTATTAATA
314 CTTGCTT-GGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA-TATTAATA
* * *
6586022 AAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAA
376 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAA
* * *
6586087 AAGGTCATAATGATTTTAACTTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
441 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * *
6586152 GACACATTTATTTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATT
506 AACACATTTATTTTTTCAAATCTT-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
6586217 TTATTTCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGA
569 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * **
6586282 TTTCAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTCAACCGATTTGACAAACACATTTATTTT
634 TTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCTATTTGGTAAACA-ATTTATTTT
*
6586347 TTAAATCACTT
698 TTAAATCTCTT
*
6586358 ATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAAC
1 ATTAATTTTTGAAATATTATTAA-TTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * *
6586423 AACTGTTTTATGAGAAGACAAAGATCATAACGATTTGATATTGATATTTGTTTAAATATTTATAA
65 AATTGTTTTATGAGAAGACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTTATAA
* *
6586488 CTATTTGAACTGGTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
130 CTATTTGAACTTGTTTGAAAAATAG-TTTA-TTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAA
*** * * *
6586553 TAGGGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
193 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
6586618 AAAAGGTTATAATGGCTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGCTT
258 AAAAGCTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGCTT
* * *
6586681 GGTAAATAGATTTATTTGTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTAT
321 GGTAAATAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
6586746 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTTAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGA
385 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
* * * * * * * **
6586811 ACGATTTGAAATAGATAATTGCTT-TAATAGTCTTAAGTATTCGAAATGGTTTAGTAAACACATT
450 ATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATT
* * * * * * *
6586875 TA-TTTTTCAAATCTCTTACTAACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
514 TATTTTTTCAAATCT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** ** * * * *
6586939 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGCTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGAT
577 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAAT
* * * * *
6587003 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAAT
641 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCTA-TTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAAT
6587067 CTCTT
704 CTCTT
* * * ** * *
6587072 ATTAATTTTTAAAATATTATTATATCA-TAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTATTA-ATTAGT-ATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * ****
6587136 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGACA
63 ACAATTGTTTTATGAGAAGAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTTA
* * *
6587201 TGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAATA-TTTATTTTTTAAATCTCCTAGCTATTAATTTTTAG
127 TAACTATTTGAACTTGTT-TG-AAAAATAGTTTATTTTTT-AATCT-CT---TATTAATTTTTAA
* * * *
6587265 AATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
185 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTA
* * * *
6587329 TCACAAAACAAAAGCTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
249 TGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
6587394 CTTGCTTAGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
314 CTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
* * * * * *
6587458 TAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAATAAAACAAAAG
379 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAG
* * * * * * * * *
6587523 GTCATGACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACATGTTCAGAAAA
444 GTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
* * ** *
6587587 TAAATTTA-TTTTAAAAAT-TTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-
508 CACATTTATTTTTTCAAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * ** *
6587648 CTTCGAAATAAGCTTGTATTAA-T---ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATT
572 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * ** * *
6587709 TGACATAGATAACTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATATT
636 T-AAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACCTATTTGGTAAACA-ATTTATTTT
6587773 TTAAATCTCTT
698 TTAAATCTCTT
* *
6587784 ATGCAATAATTTTTGAAAAATTATTCAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGC-TATATGAAC
1 AT----TAATTTTTGAAATATTATT-AATTAGTATTATTTTATTT-GAATAA-GCTTGTATGAAC
* * * *
6587848 TGATACAATTG-TTTATGATGAA-ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
59 AGAAACAATTGTTTTATGA-GAAGACAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
6587911 AGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-TTTATTTTTAAAATATTTTACTTACTAATT
122 ATTTATAACTATTTGAACTTGTT-TG-AAAAATAGTTTATTTTT----TAATCT-CTTATTAATT
* * * * * **
6587975 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCCTGTATGAACAAAAACAATTGT
180 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * *
6588040 TTTAAGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTAT
245 TTTATGACAAAAC-AAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * ** * *
6588104 TTGAACTTATTTGGTAAATAGA-TT-TTTTATAAATAATTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAA
309 TTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAA
*
6588167 TAAATTTGTATTATTTTA
374 TAAATTAGTATTATTTTA
6588185 ATTATTCAAA
Statistics
Matches: 3710, Mismatches: 752, Indels: 455
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
696 3 0.00
697 35 0.01
698 69 0.02
699 35 0.01
700 53 0.01
701 27 0.01
702 48 0.01
703 34 0.01
704 214 0.06
705 16 0.00
706 18 0.00
708 1 0.00
709 7 0.00
710 175 0.05
711 85 0.02
712 136 0.04
713 85 0.02
714 304 0.08
715 571 0.15
716 482 0.13
717 75 0.02
718 337 0.09
719 105 0.03
720 130 0.04
721 4 0.00
722 3 0.00
723 41 0.01
724 33 0.01
725 31 0.01
726 170 0.05
727 59 0.02
728 53 0.01
729 9 0.00
730 118 0.03
731 27 0.01
732 33 0.01
733 14 0.00
734 64 0.02
735 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (708 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTATTAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
ATTGTTTTATGAGAAGACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTTATAAC
TATTTGAACTTGTTTGAAAAATAGTTTATTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAA
ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATTTTT
TCAAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
GTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAATAGATAATTAT
TCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCTATTTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:6587827 original size:535 final size:532
Alignment explanation
Indices: 6582779--6588184 Score: 3142
Period size: 535 Copynumber: 10.1 Consensus size: 532
6582769 TCCTTAACTC
* ** * * *
6582779 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAATCAAATAAGCTTCTATGAATTGACA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAA---A-A
* * * * * * ** * **
6582844 CAACTGTTTTACT-ACGAAAGAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCA
61 CAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * **
6582908 TGACTATTAGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TT-TACTTATTAATTATCA
125 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGC-TATTAATTTTTG
* * * * * * * * * *
6582971 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATATGAATATA-CTTATACGAGCAGAAGCTATTATTTT
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * *
6583035 ATAACATAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTAGTTGA
253 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTA
* * * * * * *
6583100 AA--TGTTTTGATAAATGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTAGAAATATTAGTAGA
317 AACTTGATTAG-TAAATCATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * ** * * *
6583160 TTAGTATTATTTT-ATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACTTTTATTTTATGATAAAACAAA
381 TTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA
* * * * ** *
6583224 AGGTCGTAACGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTTGGTT-AGGT
445 AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCA-GA
* * *
6583287 AAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTT
508 AAATAGATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTT
* * * * * *
6583317 ATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTCATTTTATTTTATTCCTAATAAACTAGTATGAATTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCGAATAAGC---T-TGTATT-AAA
* * * * *
6583382 A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCT
60 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
* * * *
6583446 TAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-GTTATTAATTTTTG
125 TAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGCTATTAATTTTTG
* * * * ** * *
6583509 AAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTTTTTTA
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTA
* * * * * * * * * *
6583574 TGATAGAATAAAAGGTTATAATGACTTG--ATATACAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTAAA
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * *
6583636 C-TGGTTCGGTAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA
319 CTTGATT-AGTAAAT-CATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * * *
6583699 TTAGCATTATTTTTTTTTGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTATATGAC-AAACAAAA
381 TTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
* * * * * * * *
6583762 GGTAATAACGATTTGAATTAGATAATTATTGAAATGGTCATAATTATTTGAAC-TGATTC-GATA
446 GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAGA-A
*
6583825 AATAGATTCACTTTTTAAATTTCTTACTT
509 AATAGATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTT
* *
6583854 ATTAATTGTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTATA
1 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT----TAAA
* * * * ** * * * *
6583918 ACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGT-A
60 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
* ** * *
6583982 GTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TC--ATGCTTATTAATTTTT
125 -TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGC-TATTAATTTTT
* * * * *
6584044 G------------A--A--A-TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGTAAAACAATTTTTTT
188 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
** ** * * * * *
6584092 ATGA-AAAA-AAACAATTTGTGACAATTTTG-AATAAATAATTGTGCAAATACTC--AACTATTT
253 ATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
6584152 AAATTTGTTTTGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTGAACT-TTAA
316 AAACTTGATTAGTAAAT-CATTTATTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAA
* * * ** * * *
6584216 TAAATCT-GGATTATTTT-ATTCCTAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATAACTA
377 TAAAT-TAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATAACAA
* * ** * * * ** *
6584278 AACAAAATG-TCAAAAAGATGAGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTTTTTACTATTTGAAC-TGG
439 AACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-G
** * *
6584341 TTCAGCGAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
502 TTCAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTT
* * ** * *
6584377 ATTAATTTTT-AGAATACTATTAAATTAGTATTAGTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATGATCAGA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT--T-A-A
* * * * * *
6584440 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TCATTCAAATGGC
59 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACT-GTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
6584504 CATAATTATTTTAACTAAG-TCGATACACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTTTACTTAATAA-TT
123 CATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGC-TATTAATTT
* * ** * * * *
6584565 TAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTTTATTAACTAAAACAATTGT
186 TTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
* ** * ** * * * * * *
6584630 TTTATAACAAATTAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATT
250 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
6584695 TGAA-TTTCTTCGATAAA-CATATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTAAATAT
315 TAAACTTGATTAG-TAAATC--ATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
6584757 TAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTAAAATAATTGTTTTATAACTA
374 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAA
* * * * * * * * * *
6584822 AACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTTTTC-TATTGTCTTAACCATTTGAACTAAT-
439 AACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--ATG
* * * *
6584885 TT-GGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCAT
502 TTCAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT
* * *
6584915 ATTAATTTTTGAAATA-TATTAAATTCATATTATTTTAATTT-GAATAAACTTGTATGAACAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTAT---TAAAA
* * * * * * * *
6584978 CAATT-GTTTATGACAAAAGAAAAGATTATATTGATTTGAAATAGATTATTGTT-AATATAGTCT
61 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAA-ATAGTCA
* * * ** * * * * * * **
6585041 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAATTAGACTTATTTTTTAATTTTTTTA-GTTATTAAGTTTCAA
125 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGCTATTAATTTTTGA
* * ** ** ** * * * * *
6585105 AAGATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAGCAGAATCAATTGTTTGAT
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
* * * * *** *
6585170 GACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAATTGTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA
255 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAA
* * * * * * * * *
6585235 -TGGTTTGGTAAGGA-AATTTACTTTTTCAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTGATAA
319 CTTGATTAGTAA--ATCATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAA
* * * * * * * **
6585297 ATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAAC-AA
380 ATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA
* * * * * *
6585361 AGAGTAATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATTATAATTATAATTATAATTATTTGA
445 AGA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC----------AA--ATAGTCATAACTATTTGA
** * *
6585426 AC-TAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAACCTCTTACTT
497 ACAT-GTTCAGAAAATAGATTTATTTT-TAAA--TC-T-CTT
* * * * * * *
6585467 ATAAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTTTTATTCTA-TTCTGAAGAAGATTGTATGAGCTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT----TAAA
* ** * * * * * *
6585530 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCT
60 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
6585595 TAACTGTTTGAACTAGTTTGGCAAA-TGAATTTATTTTTTAAA-CTCTTA-GTTATTAATTTTT-
125 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATGCTATTAATTTTTG
* * * * * * *
6585656 AGAATTTTACTAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTT
189 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * * * * * *
6585721 GTGATAGAGCAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAAATATTTGT
253 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-A
* * * * * * *
6585786 AA--TGATTCAATAGATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTCTTCAAATAATAATAA
317 AACTTGATT-AGTAAAT-CATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * *** *
6585846 ATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
380 ATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA
* * * * * * *
6585911 AGATAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGCTCAAATGGCCATAATTATTT-AA-ATTGATTCA-A
445 AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TG-TTCAGA
*
6585973 TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
508 -AAA-TAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT
* * * * *
6586000 ATTAATTTTTGAATTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT----TAAAA
* * * * *
6586065 CAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAACTTGATAATTGTTCAAATAGTCAT
61 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCAT
* * *
6586130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAGACACATTTATTTTTTCAAA--TCTTATGCTTATTAATTTTTC
126 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTATGC-TATTAATTTTTG
* * * *
6586193 AAATGTTAATAAATTACTATTATTTTA-TTTCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTAT
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * * * * * * *
6586257 ATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT-CAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTCA
253 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * * * *
6586321 AC-CGATTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAC
318 ACTTGATTAG-TAAA-TCATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * *
6586382 TTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAACTGTTTTATGAGAAGAC-AAA
381 TTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
* ** * * * * *
6586445 GATCATAACGATTTGATATTGATATTTGTTTAAATATTTATAACTATTTGAAC-TGGTT-TGAAA
446 GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAG-AA
* *
6586508 AATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTT
509 AATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT
*** * * * *
6586533 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT----TAAAA
* * * *
6586598 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGGCTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
61 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
* *
6586662 -AATCTATTTCAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTGTTTAAATCT-TT-TGCTCATTAATTT
125 TAA-CTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTATGCT-ATTAA-TT
* * * * * *
6586723 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTTAAATAATTGT
185 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
* * * * * * * *
6586787 TTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGCTT-TAATAGTCTTAAGTAT
250 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * * *
6586851 TCGAAA-TGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTCAAATCTCTTACTAACTAATTTTTGGAATTTTA
314 T-TAAACTTGATTAGTAAA-TCATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
6586915 TTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGCTTTATAACAAA
376 ATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATAACAAA
* * *
6586979 A-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TT
440 ACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTT
** *
6587042 TGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT
504 CAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * **
6587072 ATTAATTTTTAAAATATTATTATATCATAATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-ATTATTTTATTTC-GAATAA----GCTTGTATTAAA
* ** * * *
6587136 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGACA
60 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
* * * *
6587201 TGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCCTA-GCTATTAATTTTT-A
125 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGCTATTAATTTTTGA
* *
6587264 GAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
190 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTT
* * **
6587328 ATCACAAAACAAAAGCTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAA
253 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * *
6587393 ACTTGCTTAGTAAATGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
318 ACTTGATTAGTAAATCATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * *
6587458 TAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATAATAAAACAAAA
382 TAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATAACAAAACAAAA
* * * * * * *
6587522 GGTCATGACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACATGTTCAGAAAA
446 GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAA
* * * *
6587587 TAAATTTATTTTAAAAATTTTTTT
511 TAGATTTATTTT-TAAA-TCTCTT
* *
6587611 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-CTTCGAAATAAGCTTGTATTAATACAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATTAAAACAA
** * *
6587675 TTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGACATAGATAACTGTTTAAATAGTCATAAC
64 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
6587740 TATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTATGC-AATAATTTTTGAAAAA
129 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGCTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
6587804 TTATTCAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGC-TATATGAACTGATACAATT-GTTTATGAT
194 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
6587867 GAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTG
258 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG
* * * * **
6587932 -TTCGGTAAA-CATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
323 ATT-AGTAAATC--ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
6587995 ATATTATTTTAATTCGAATAAGCCTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-AGACAAAACAAAA-A
384 GTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATA-ACAAAACAAAAGA
* * * * * ** *
6588058 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAAT
448 -TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAAT
* *
6588123 AGATTT-TTTATAAATAATTTACTT
512 AGATTTATTT-T-TA-AATCT-CTT
* *
6588147 ATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
1 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTA
6588185 ATTATTCAAA
Statistics
Matches: 3835, Mismatches: 796, Indels: 475
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
517 3 0.00
518 14 0.00
519 68 0.02
520 35 0.01
521 43 0.01
522 36 0.01
523 189 0.05
524 19 0.00
532 5 0.00
533 320 0.08
534 416 0.11
535 600 0.16
536 212 0.06
537 379 0.10
538 486 0.13
539 325 0.08
540 12 0.00
541 46 0.01
542 45 0.01
543 41 0.01
544 116 0.03
545 11 0.00
546 3 0.00
547 25 0.01
548 9 0.00
549 97 0.03
550 10 0.00
551 4 0.00
552 42 0.01
553 144 0.04
554 79 0.02
555 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGCTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGATT
AGTAAATCATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACG
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAATAGATTTATT
TTTAAATCTCTT
Found at i:6588287 original size:106 final size:104
Alignment explanation
Indices: 6588079--6588290 Score: 248
Period size: 106 Copynumber: 2.0 Consensus size: 104
6588069 TTGAAATAAA
* * * * *
6588079 TAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTTTTATAAATAATTTA
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGATTTGATAAACAGATTTTTTATAAATAATTTA
* * *
6588144 CTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATTATTT
66 CCTATTAATTGTCTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
* * * *
6588183 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-CTC
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGATTTGATAAACAGA-TT-TTTTATAAATAAT-
* *
6588247 TTACCTATTACTT-TTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
63 TTACCTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTT
6588289 TA
1 TA
6588291 TTTCAAATAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 14, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
104 40 0.44
105 6 0.07
106 44 0.49
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (104 bp):
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGATTTGATAAACAGATTTTTTATAAATAATTTA
CCTATTAATTGTCTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
Found at i:6588400 original size:101 final size:102
Alignment explanation
Indices: 6588282--6588477 Score: 229
Period size: 101 Copynumber: 1.9 Consensus size: 102
6588272 ATAAAGTAGT
** * * * * * *
6588282 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATG-ATCGAAAACAATTTTTTTATAATAAAACAAAATG-T
1 ATTATTTTATTTCAAATAAAATAGAATGAATAG-AAACAATTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTT
6588345 CATAACGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATGGCCATA
65 CA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATA
* *
6588383 ATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTT
1 ATTATTTTATTTC-AAATAAAATAGAATGAATAGAAACAATTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTT
* *
6588447 GAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
65 CAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
6588478 AGTCAAAACA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 12, Indels: 7
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
100 3 0.04
101 59 0.75
102 17 0.22
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (102 bp):
ATTATTTTATTTCAAATAAAATAGAATGAATAGAAACAATTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTTC
AAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATA
Found at i:6589227 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 6589141--6589263 Score: 194
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
6589131 TATTTCAAAT
*
6589141 AAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTTTTGACCAAACGAAAGATAATAATGATTTTATTTAA
1 AAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTG-TTTTATGACCAAACGAAAGATAATAATGATTTTATTTAA
6589206 C
65 C
* *
6589207 AAGCTTGTATGTT-AGAAAACAATTGTTTTATGACGAAACGAAAGGTAATAATGATTT
1 AAGCTTGTATGTTGA-AAAACAATTGTTTTATGACCAAACGAAAGATAATAATGATTT
6589264 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 3, Indels: 3
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
65 30 0.57
66 23 0.43
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (65 bp):
AAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACCAAACGAAAGATAATAATGATTTTATTTAAC
Found at i:6591090 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 6591042--6591583 Score: 303
Period size: 45 Copynumber: 12.1 Consensus size: 45
6591032 TATGTGCTCG
*
6591042 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTG
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTA
* * * * *
6591087 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCTATGGTGTTTGAGGTAGATGCCTG
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTA
* * * * * *
6591132 CACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGTAACTGCCAA
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTA
* * * * * * *
6591177 CACCAAGGGCCAGCATGCGCCAATAGTGGTCAAGGCATATGCCCA
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTA
* *** * ** *
6591222 CACCAAAGG-TCAGCATACACCAATGGTGATCGAGGCATGTGCCTG
1 CACCAAGGGCT-AGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTA
* * * * *
6591267 CACTAAGGG-TCAGCATGTGCCAATGGTGGTCAAGGTAACTGCAC-A
1 CACCAAGGGCT-AGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGC-CTA
* * * ** *
6591312 CACCAAGGGCCAGCTTGTACCAATGGTGGTT-GAGGCATGTGCCCA
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGT-GTTCGAGGCAAATGCCTA
* * * * * * *
6591357 CACCAAAGCCTAGCATGCGTCGATGGTGGTT-GAGGCAACTGTC-A
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGT-GTTCGAGGCAAATGCCTA
* * ** * *
6591401 CACCAAGTGCCAGCATGCACCAATGGTGATT-AAGGCAAGTG-CTCA
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTG-TTCGAGGCAAATGCCT-A
* *** * * * **
6591446 CACCAAGGCCTAGCATACACCGATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCG
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTA
* * * *
6591491 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGGTCAAGGTAGATG-CTCA
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCT-A
* *** * *
6591536 CACCAAGGGCCAGCATACACCAATGGTGGTT-GAGGCAAGTGCCGA
1 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGT-GTTCGAGGCAAATGCCTA
6591581 CAC
1 CAC
6591584 GAAAGCCCAG
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 100, Indels: 26
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 2 0.01
44 34 0.09
45 341 0.89
46 7 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (45 bp):
CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTA
Found at i:6591135 original size:90 final size:88
Alignment explanation
Indices: 6591042--6591583 Score: 376
Period size: 90 Copynumber: 6.0 Consensus size: 88
6591032 TATGTGCTCG
* * * * *
6591042 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTGCACCAAGGGCTAGCATGTGC
1 CACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGTTCGAGGCAAGTGCCTACACCAAGGGCTAGCATGCGC
* * ** * *
6591107 CTATGGTGTTTGAGGTAGATGCCTG
66 CAATGGTGGTCAAGGCA-ATGCC-A
* * * * * * *
6591132 CACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGTAACTGCCAACACCAAGGGCCAGCATGCGC
1 CACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGTTCGAGGCAAGTGCCTACACCAAGGGCTAGCATGCGC
*
6591197 CAATAGTGGTCAAGGCATATGCCCA
66 CAATGGTGGTCAAGGCA-ATG-CCA
* * ** * * * * *
6591222 CACCAAAGGTCAGCATACACCAATGGTGATCGAGGCATGTGCCTGCACTAAGGG-TCAGCATGTG
1 CACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGTTCGAGGCAAGTGCCTACACCAAGGGCT-AGCATGCG
*
6591286 CCAATGGTGGTCAAGGTAACTGCACA
65 CCAATGGTGGTCAAGGCAA-TGC-CA
* * * * *
6591312 CACCAAGGGCCAGCTTGTACCAATGGTGGTT-GAGGCATGTGCCCACACCAAAGCCTAGCATGCG
1 CACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGT-GTTCGAGGCAAGTGCCTACACCAAGGGCTAGCATGCG
* * ** *
6591376 TCGATGGTGGTTGAGGCAACTGTCA
65 CCAATGGTGGTCAAGGCAA-TGCCA
* * * * *
6591401 CACCAAGTGCCAGCATGCACCAATGGTGATT-AAGGCAAGTG-CTCACACCAAGGCCTAGCATAC
1 CACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTG-TTCGAGGCAAGTGCCT-ACACCAAGGGCTAGCATGC
* * *
6591464 ACCGATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCG
64 GCCAATGGTGGTCAAGGC-AATG-CCA
* * * * * * *
6591491 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGGTCAAGG-TAGATG-CTCACACCAAGGGCCAGCATAC
1 CACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGTTCGAGGCAAG-TGCCT-ACACCAAGGGCTAGCATGC
* **
6591554 ACCAATGGTGGTTGAGGCAAGTGCCGA
64 GCCAATGGTGGTCAAGGCAA-TGCC-A
6591581 CAC
1 CAC
6591584 GAAAGCCCAG
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 79, Indels: 28
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
88 2 0.01
89 78 0.22
90 274 0.76
91 5 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (88 bp):
CACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGTTCGAGGCAAGTGCCTACACCAAGGGCTAGCATGCGC
CAATGGTGGTCAAGGCAATGCCA
Found at i:6591219 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 6591042--6591551 Score: 435
Period size: 135 Copynumber: 3.8 Consensus size: 135
6591032 TATGTGCTCG
* ** * * ** * *
6591042 CACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCGAGGCAAATGCCTGCACCAAGGGCTAGCATGTGC
1 CACCAAGGGCCAGCATGCACCAATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCACACCAAAGGCTAGCATGCGC
* * * * * * * *
6591107 CTATGGTGTTTGAGGTAGATGCCTGCACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGTAACT
66 CAATGGTGGTCGAGGCAGATGCCTACACCAAGGGCCAGCATGTGCCAATGGTGTTCAAGGTAACT
6591172 GCCAA
131 GCCAA
* * * * *
6591177 CACCAAGGGCCAGCATGCGCCAATAGTGGTCAAGGCATATGCCCACACCAAAGG-TCAGCATACA
1 CACCAAGGGCCAGCATGCACCAATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCACACCAAAGGCT-AGCATGCG
* * * * *
6591241 CCAATGGTGATCGAGGCATG-TGCCTGCACTAAGGGTCAGCATGTGCCAATGGTGGTCAAGGTAA
65 CCAATGGTGGTCGAGGCA-GATGCCTACACCAAGGGCCAGCATGTGCCAATGGTGTTCAAGGTAA
6591305 CTG-CACA
129 CTGCCA-A
* * ** ** * *
6591312 CACCAAGGGCCAGCTTGTACCAATGGTGGTTGAGGCATGTGCCCACACCAAAGCCTAGCATGCGT
1 CACCAAGGGCCAGCATGCACCAATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCACACCAAAGGCTAGCATGCGC
* * * * ** *
6591377 CGATGGTGGTTGAGGCA-ACTGTC-ACACCAAGTGCCAGCATGCACCAATGGTGATT-AAGGCAA
66 CAATGGTGGTCGAGGCAGA-TGCCTACACCAAGGGCCAGCATGTGCCAATGGTG-TTCAAGGTAA
*
6591439 GTGCTC-A
129 CTGC-CAA
* * * * *
6591446 CACCAA-GGCCTAGCATACACCGATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCGCACCAAGGGCTAGCATGTG
1 CACCAAGGGCC-AGCATGCACCAATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCACACCAAAGGCTAGCATGCG
* *
6591510 CCAATGGTGGTCAAGGTAGATG-CTCACACCAAGGGCCAGCAT
65 CCAATGGTGGTCGAGGCAGATGCCT-ACACCAAGGGCCAGCAT
6591552 ACACCAATGG
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 64, Indels: 26
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
133 5 0.02
134 97 0.33
135 193 0.65
136 3 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (135 bp):
CACCAAGGGCCAGCATGCACCAATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCACACCAAAGGCTAGCATGCGC
CAATGGTGGTCGAGGCAGATGCCTACACCAAGGGCCAGCATGTGCCAATGGTGTTCAAGGTAACT
GCCAA
Found at i:6591448 original size:89 final size:90
Alignment explanation
Indices: 6591310--6591583 Score: 302
Period size: 89 Copynumber: 3.1 Consensus size: 90
6591300 GGTAACTGCA
* * * * * *
6591310 CACACCAAGGGCCAGCTTGTACCAATGGTGGTTGAGGCATGTGCCCACACCAAAGCCTAGCATGC
1 CACACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGGTTAAGGCAAGTGCTCACACCAAGGCCTAGCATAC
** * *
6591375 GTCGATGGTGGTTGAGGCAACTG-T
66 ACCGATGGTGGTTGAGGCAAATGCC
* * *
6591399 CACACCAAGTGCCAGCATGCACCAATGGTGATTAAGGCAAGTGCTCACACCAAGGCCTAGCATAC
1 CACACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGGTTAAGGCAAGTGCTCACACCAAGGCCTAGCATAC
**
6591464 ACCGATGGTGGTCAAGGCAAATGCC
66 ACCGATGGTGGTTGAGGCAAATGCC
* * * * *
6591489 CGCACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGGTCAAGG-TAGATGCTCACACCAAGGGCC-AGCAT
1 CACACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGGTTAAGGCAAG-TGCTCACACCAA-GGCCTAGCAT
* *
6591552 ACACCAATGGTGGTTGAGGCAAGTGCC
64 ACACCGATGGTGGTTGAGGCAAATGCC
*
6591579 GACAC
1 CACAC
6591584 GAAAGCCCAG
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 29, Indels: 5
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
89 76 0.50
90 73 0.48
91 4 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.27, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (90 bp):
CACACCAAGGGCCAGCATGTACCAATGGTGGTTAAGGCAAGTGCTCACACCAAGGCCTAGCATAC
ACCGATGGTGGTTGAGGCAAATGCC
Found at i:6591607 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 6591440--6591611 Score: 204
Period size: 90 Copynumber: 1.9 Consensus size: 90
6591430 TTAAGGCAAG
* * * *
6591440 TGCTCACACCAAGGCCTAGCATACACCGATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCGCACCAAGGGCTAGC
1 TGCTCACACCAAGGCCTAGCATACACCAATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCGCACCAAAGCCCAGC
*
6591505 ATGTGCCAATGGTGGTCAAGGTAGA
66 ATGGGCCAATGGTGGTCAAGGTAGA
** * *
6591530 TGCTCACACCAAGGGCC-AGCATACACCAATGGTGGTTGAGGCAAGTG-CCGACACGAAAGCCCA
1 TGCTCACACCAA-GGCCTAGCATACACCAATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCG-CACCAAAGCCCA
* * *
6591593 GGATGGGTCGATGGTGGTC
64 GCATGGGCCAATGGTGGTC
6591612 GAGACAACTA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 12, Indels: 4
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
89 3 0.04
90 61 0.90
91 4 0.06
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.31, T:0.16
Consensus pattern (90 bp):
TGCTCACACCAAGGCCTAGCATACACCAATGGTGGTCAAGGCAAATGCCCGCACCAAAGCCCAGC
ATGGGCCAATGGTGGTCAAGGTAGA
Found at i:6591766 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 6591716--6591814 Score: 105
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 45
6591706 TGGCATTCAC
*
6591716 CAATGGTGGTCAAGG--AGATACCCGAACTGAGGCTC-AGCATGTGT
1 CAATGGTGGTCAAGGTAAG-TACCCGAACTAAGGCTCGA-CATGTGT
* ** * *
6591760 CGATGGTATTCAAGGTAAGTGCCCGTACTAAGGCTCGACATGTGT
1 CAATGGTGGTCAAGGTAAGTACCCGAACTAAGGCTCGACATGTGT
6591805 CAATGGTGGT
1 CAATGGTGGT
6591815 TAACACTTTG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 9, Indels: 5
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
44 12 0.28
45 28 0.65
46 3 0.07
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.31, T:0.24
Consensus pattern (45 bp):
CAATGGTGGTCAAGGTAAGTACCCGAACTAAGGCTCGACATGTGT
Found at i:6596425 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 6596409--6596435 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 2.5 Consensus size: 11
6596399 CGCCAGAGTT
6596409 GGAAGAGTTAA
1 GGAAGAGTTAA
6596420 GGAAGAGTTAA
1 GGAAGAGTTAA
6596431 GGAAG
1 GGAAG
6596436 CAACTCAAAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 16 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.41, T:0.15
Consensus pattern (11 bp):
GGAAGAGTTAA
Found at i:6599555 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 6599506--6599696 Score: 129
Period size: 45 Copynumber: 4.2 Consensus size: 45
6599496 TTGGCATATA
* * * *
6599506 CCGATAGTGCTTGAAGCATGTGCCCATACCAAGGGCCAGCTTGTG
1 CCGATAGTGGTTGAAGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAGCTTGTG
** * * *
6599551 CCGATTA-TGGTTG-AGGTAGATGCCTACATCAAGGCCCAGCATGTG
1 CCGA-TAGTGGTTGAAGCAAG-TGCCCACACCAAGGCCCAGCTTGTG
* * * * * * *
6599596 CCAATAG-AGTTCAAAGTAAGTACCCATACCAAGGCCCAG-TATATG
1 CCGATAGTGGTT-GAAGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAGCT-TGTG
* * * *
6599641 CCGATAGTGGTTGAGGCAAGTGCCCGCACCAGGGGCCAGCTTGTG
1 CCGATAGTGGTTGAAGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAGCTTGTG
*
6599686 CCGATGGTGGT
1 CCGATAGTGGT
6599697 CGAGGCCTTG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 32, Indels: 16
0.69 0.21 0.10
Matches are distributed among these distances:
44 8 0.08
45 88 0.83
46 10 0.09
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (45 bp):
CCGATAGTGGTTGAAGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAGCTTGTG
Found at i:6608467 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 6608413--6608500 Score: 124
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
6608403 ATTGAGGCAT
* *
6608413 ATGCTCGTACCAAAG-CTAGCATGTACCGATGGTGTTCGAGGTAG
1 ATGCTCGTACCAAAGTCCAACATGTACCGATGGTGTTCGAGGTAG
* * *
6608457 ATGCTTGTACCAAGGTCCAACATGTACTGATGGTGTTCGAGGTA
1 ATGCTCGTACCAAAGTCCAACATGTACCGATGGTGTTCGAGGTA
6608501 ACTGCCCATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 1
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
44 13 0.34
45 25 0.66
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (45 bp):
ATGCTCGTACCAAAGTCCAACATGTACCGATGGTGTTCGAGGTAG
Found at i:6608534 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 6608439--6608623 Score: 137
Period size: 45 Copynumber: 4.1 Consensus size: 44
6608429 TAGCATGTAC
*** * * *
6608439 CGATGGTGTTCGAGGTAGATGCTTGTACCAAGGTCCAACATGTACT
1 CGATGGTGTTCGAGGTA-ATGCCCATACCAAGGGCCAGCATG-AGT
*
6608485 -GATGGTGTTCGAGGTAACTGCCCATACCAAAGGCCAGCATGAGT
1 CGATGGTGTTCGAGGTAA-TGCCCATACCAAGGGCCAGCATGAGT
**
6608529 CGATGGT-TATCGAGGTAAGTG-CTTTCACCAAGGGCCAGCAT-AGGT
1 CGATGGTGT-TCGAGGTAA-TGCCCAT-ACCAAGGGCCAGCATGA-GT
* * **
6608574 CGATGGTGGTCGAGGCATATGCCCGCACCAAGGGCCAGCATGCA-T
1 CGATGGTGTTCGAGGTA-ATGCCCATACCAAGGGCCAGCATG-AGT
6608619 CGATG
1 CGATG
6608624 ATGGTAAAAG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 16, Indels: 21
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
44 7 0.06
45 103 0.91
46 2 0.02
47 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (44 bp):
CGATGGTGTTCGAGGTAATGCCCATACCAAGGGCCAGCATGAGT
Found at i:6608693 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 6608644--6608771 Score: 148
Period size: 45 Copynumber: 2.8 Consensus size: 44
6608634 TGTGTGCTCG
* * *
6608644 CACCAAGGCCTAACATGCATCAATTGTGGTCGAGGCAACTGCCTA
1 CACCAAGGCCTAGCATGCATCAATGGTGGT-GAGGCAACTGCCCA
* * * *
6608689 CACCAAGGTCTAGCATGAATCGATGGTGGTTGAGGCAAGTGCCCA
1 CACCAAGGCCTAGCATGCATCAATGGTGG-TGAGGCAACTGCCCA
* *
6608734 CACCAAGGCCCAGCATGCACCAATGGTGGATGAGGCAA
1 CACCAAGGCCTAGCATGCATCAATGGTGG-TGAGGCAA
6608772 ATACTCGTGT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 13, Indels: 2
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 68 0.99
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.27, T:0.17
Consensus pattern (44 bp):
CACCAAGGCCTAGCATGCATCAATGGTGGTGAGGCAACTGCCCA
Found at i:6615051 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 6614948--6615058 Score: 123
Period size: 45 Copynumber: 2.5 Consensus size: 45
6614938 GGTAACTGCT
** *
6614948 CACACCAAGGGTCAACATATGCTGATGGTGGTCAAAATAACTACC
1 CACACCAAGGGTCGGCATATGCTGATGGTGGTCAAAACAACTACC
* * * ** **
6614993 CGCACTAAGGGTCGGCATGTGCTGATGGTGGTCAAGGCATGTACC
1 CACACCAAGGGTCGGCATATGCTGATGGTGGTCAAAACAACTACC
*
6615038 CACACCAAGGGTCGGTATATG
1 CACACCAAGGGTCGGCATATG
6615059 TCAATGGTGA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 14, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 52 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (45 bp):
CACACCAAGGGTCGGCATATGCTGATGGTGGTCAAAACAACTACC
Found at i:6635590 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 6635573--6635603 Score: 62
Period size: 12 Copynumber: 2.6 Consensus size: 12
6635563 TGCACATCAG
6635573 GTGCACCAGCAC
1 GTGCACCAGCAC
6635585 GTGCACCAGCAC
1 GTGCACCAGCAC
6635597 GTGCACC
1 GTGCACC
6635604 TAAGGTTGAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 19 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.42, G:0.26, T:0.10
Consensus pattern (12 bp):
GTGCACCAGCAC
Found at i:6636287 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 6636236--6636372 Score: 127
Period size: 45 Copynumber: 3.0 Consensus size: 44
6636226 GTCTCGACCA
* *
6636236 CCCTTGGCTCGAGCACTTGCCTCGACCACCCTCAGCACATGCTAG
1 CCCTTGGCTCGGGCACTTGCCTCGACCACCATC-GCACATGCTAG
* * * *
6636281 CCCTTGG-TGCGGGCACATACCTCGACCACCATCGGCATAAGCT-G
1 CCCTTGGCT-CGGGCACTTGCCTCGACCACCATC-GCACATGCTAG
* *
6636325 ACTCTTGGCAT-GGGCACTTGCCTCGACCACCATCGACACATGTTAG
1 -CCCTTGGC-TCGGGCACTTGCCTCGACCACCATCG-CACATGCTAG
6636371 CC
1 CC
6636373 TTTGATGCAT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 14, Indels: 12
0.73 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
44 3 0.04
45 67 0.93
46 1 0.01
47 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.38, G:0.22, T:0.20
Consensus pattern (44 bp):
CCCTTGGCTCGGGCACTTGCCTCGACCACCATCGCACATGCTAG
Found at i:6636297 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 6636174--6636310 Score: 166
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 73
6636164 CCATGACATA
** * * * * **
6636174 AGCACTTGCCTCGATTACCATCGGCTCATGCTGGCCTTTGGTGAAAGCACATGTCTCGACCACCC
1 AGCACTTGCCTCGACCACCATCAGCACATGCTAGCCCTTGGTGAAAGCACATACCTCGACCACCC
6636239 TTGGCTCG
66 TTGGCTCG
* ***
6636247 AGCACTTGCCTCGACCACCCTCAGCACATGCTAGCCCTTGGTGCGGGCACATACCTCGACCACC
1 AGCACTTGCCTCGACCACCATCAGCACATGCTAGCCCTTGGTGAAAGCACATACCTCGACCACC
6636311 ATCGGCATAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 12, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
73 52 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.37, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (73 bp):
AGCACTTGCCTCGACCACCATCAGCACATGCTAGCCCTTGGTGAAAGCACATACCTCGACCACCC
TTGGCTCG
Found at i:6638411 original size:122 final size:118
Alignment explanation
Indices: 6638271--6638721 Score: 564
Period size: 118 Copynumber: 3.7 Consensus size: 118
6638261 TTTTTAAGGA
* *
6638271 TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTGTTTTGGAAATTTTGATTTTCAGGGAAAATTGATACTTTC
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTTTGGAAATTTT-ATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTC
* * * *
6638336 AACTTTTCCTCAAAAAAACCTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATACT
65 AACTTTTCCCCAAAAATA---TTTTTTGAAATTTGATTTTCAAGGAAAATTGATACT
6638393 TTCAACTTTTCCCCAAAAATA-TTTTTTTTGGAAATTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATAC-TTC
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTTTGGAAATTTT-ATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTC
* ** * *
6638456 AACTTGTCTTCAAAAATATTTTTGGAAACTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATCCT
65 AACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTGAAA-TTTGATTTTCAAGGAAAATTGATACT
* * * * *
6638511 TTCAACTTTTCCTCAAAAACCCTTTTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATATT
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAA----TATTTTTTTTTGGAAATTTTATTTTCAAGGAAAATTGATACT
* * *
6638576 TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTGGACTTTGATTTTCAATGAAAATTGATACT
62 TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTGAAATTTGATTTTCAAGGAAAATTGATACT
* ** * * *
6638633 TTCAACTTTTCCTCAAAAACCTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGAAAAATTGATACTTTCA
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTTTGGAAATTTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCA
6638698 ACTTTTTCCCCAAAAATATTTTTT
66 AC-TTTTCCCCAAAAATATTTTTT
6638722 TTATTTTTAT
Statistics
Matches: 295, Mismatches: 26, Indels: 19
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
117 9 0.03
118 85 0.29
119 21 0.07
120 18 0.06
121 37 0.13
122 84 0.28
123 41 0.14
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (118 bp):
TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTTTGGAAATTTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCA
ACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTGAAATTTGATTTTCAAGGAAAATTGATACT
Found at i:6638722 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6638271--6638729 Score: 581
Period size: 183 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
6638261 TTTTTAAGGA
* *
6638271 TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTGTTTTGGAAATTTTGATTTTCAGGGAAAATTGATACTTTC
1 TTCAACTTTTCCTCAAAAAT-TTTT-TTTTGGAAATTTT-ATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTC
***
6638336 AACTTTTCCTCAAAAAA---ACCTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAA
63 AACTTTTCCTCAAAAAATTTTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAA
*
6638398 CTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTTGGAAATTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATAC
128 CTTTTCCCCAAAAATA-TTTTTTTGG-AACTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATAC
* * * * *
6638453 TTCAACTTGTCTTCAAAAA--TATTTTTGGAAACTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATCCTTTCAA
1 TTCAACTTTTCCTCAAAAATTTTTTTTTGGAAA-TTTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCAA
* *
6638516 CTTTTCCTCAAAAACCCTTTTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATATTTTCAA
65 CTTTTCCTCAAAAA--ATTTTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAA
*
6638581 CTTTTCCCCAAAAATA-TTTTTTGG-ACTTTGATTTTCAATGAAAATTGATAC
128 CTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTGGAACTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATAC
* * *
6638632 TTTCAACTTTTCCTCAAAAACCTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGAAAAATTGATACTTTC
1 -TTCAACTTTTCCTCAAAAA--TTTTTTTTTGGAAATTTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTC
*
6638697 AACTTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTTATTTTT
63 AAC-TTTTCCTCAAAAA-ATTTTTTTT-TTTTT
6638730 ATTTAAAGAA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 25, Indels: 24
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 48 0.20
179 30 0.13
180 17 0.07
181 8 0.03
182 16 0.07
183 93 0.39
184 27 0.11
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (180 bp):
TTCAACTTTTCCTCAAAAATTTTTTTTTGGAAATTTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCAAC
TTTTCCTCAAAAAATTTTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAACTT
TTCCCCAAAAATATTTTTTTGGAACTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATAC
Found at i:6638746 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 6638738--6638822 Score: 58
Period size: 5 Copynumber: 17.6 Consensus size: 5
6638728 TTATTTAAAG
*
6638738 AAAAT AAAAT --AAT AAAAC AAAAT AAAAGT GAAAAT -AAA- AAAAT AAAAT
1 AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAA-T -AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT
* *
6638786 AAAGA- AAAGT AAAAC AAAA- ATAAA- AAAAT AAAAT AAA
1 AAA-AT AAAAT AAAAT AAAAT A-AAAT AAAAT AAAAT AAA
6638823 GGTAAAAAGA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 5, Indels: 20
0.72 0.06 0.22
Matches are distributed among these distances:
3 3 0.05
4 10 0.15
5 45 0.69
6 3 0.05
7 4 0.06
ACGTcount: A:0.79, C:0.02, G:0.05, T:0.14
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:6638747 original size:61 final size:59
Alignment explanation
Indices: 6638271--6638741 Score: 381
Period size: 60 Copynumber: 7.8 Consensus size: 59
6638261 TTTTTAAGGA
* * *
6638271 TTCAACTTTTCCCCAAAAA-TATTTTGTTTTGGAAATTTTGATTTTCAGGGAAAATTGATACT
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAACTATTTT-TTTT--AAATTTT-ATTTTAAAGAAAAATTGATACT
* * * * *
6638333 TTCAACTTTTCCTCAAAAAAAC-CTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATACT
1 TTCAACTTTTCC-C-CAAAAACTATTTTTTTTAAATTTTATTTTAAAGAAAAATTGATACT
* *
6638393 TTCAACTTTTCCCCAAAAA-TATTTTTTTTGGAAATTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATAC-
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAACTATTTTTTTT--AAATTTT-ATTTTAAAGAAAAATTGATACT
* ** ** * * * *
6638453 TTCAACTTGTCTTCAAAAA-TA-TTTTTGGAAACTTTGATTTTCAAGGAAAATTGATCCT
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAACTATTTTTTTTAAA-TTTTATTTTAAAGAAAAATTGATACT
* * * * *
6638511 TTCAACTTTTCCTCAAAAACCCTTTTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGATATT
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAA--C---TATTTTTTTT-AAATTTTATTTTAAAGAAAAATTGATACT
** * * *
6638576 TTCAACTTTTCCCCAAAAA-TA-TTTTTTGGACTTTGATTTTCAATG-AAAATTGATACT
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAACTATTTTTTTTAAATTTTATTTT-AAAGAAAAATTGATACT
* * *
6638633 TTCAACTTTTCCTCAAAAACCTTTTTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGAAAAATTGATACT
1 TTCAACTTTTCCCCAAAAA-CTATTTTTTTT-AAATTTTATTTTAAAGAAAAATTGATACT
*
6638694 TTCAACTTTTTCCCCAAAAA-TATTTTTTTT-ATTTTTA-TTTAAAGAAAA
1 TTCAAC-TTTTCCCCAAAAACTATTTTTTTTAAATTTTATTTTAAAGAAAA
6638742 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 46, Indels: 53
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
57 71 0.21
58 46 0.14
59 8 0.02
60 74 0.22
61 54 0.16
62 24 0.07
63 4 0.01
64 10 0.03
65 45 0.13
66 3 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (59 bp):
TTCAACTTTTCCCCAAAAACTATTTTTTTTAAATTTTATTTTAAAGAAAAATTGATACT
Found at i:6638759 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6638738--6638894 Score: 65
Period size: 13 Copynumber: 11.7 Consensus size: 13
6638728 TTATTTAAAG
6638738 AAAATAAAATAAT
1 AAAATAAAATAAT
*
6638751 AAAACAAAATAAAAGT
1 AAAATAAAAT--AA-T
*
6638767 GAAAATAAAAAAAT
1 -AAAATAAAATAAT
*
6638781 AAAATAAAGAAAAGT
1 AAAATAAA-ATAA-T
* *
6638796 AAAACAAAAATAAA
1 AAAA-TAAAATAAT
6638810 AAAATAAAATAAAGGT
1 AAAATAAAAT-AA--T
* *
6638826 AAAA-AGAATACT
1 AAAATAAAATAAT
*
6638838 -AAATAAACCTAAT
1 AAAATAAA-ATAAT
** *
6638851 CTAAT-AAATAAA
1 AAAATAAAATAAT
6638863 AAAAT-AAATAAT
1 AAAATAAAATAAT
*
6638875 -AAATAATA-AAT
1 AAAATAAAATAAT
6638886 AAAATAAAA
1 AAAATAAAA
6638895 AAATTCAAAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 21, Indels: 31
0.68 0.13 0.19
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.09
12 24 0.22
13 27 0.25
14 15 0.14
15 16 0.15
16 8 0.07
17 8 0.07
ACGTcount: A:0.74, C:0.04, G:0.04, T:0.18
Consensus pattern (13 bp):
AAAATAAAATAAT
Found at i:6638772 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 6638737--6638822 Score: 93
Period size: 30 Copynumber: 2.9 Consensus size: 29
6638727 TTTATTTAAA
6638737 GAAAATAAAATAATAAAACAAAATAAAAGT
1 GAAAATAAAATAATAAAA-AAAATAAAAGT
* * *
6638767 GAAAATAAAAAAATAAAATAAAGAAAAGT
1 GAAAATAAAATAATAAAAAAAATAAAAGT
* *
6638796 -AAAACAAAAATAAAAAAATAAAATAAA
1 GAAAA-TAAAATAATAAAA-AAAATAAA
6638823 GGTAAAAAGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 4
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.09
29 19 0.41
30 23 0.50
ACGTcount: A:0.78, C:0.02, G:0.06, T:0.14
Consensus pattern (29 bp):
GAAAATAAAATAATAAAAAAAATAAAAGT
Done.