Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 64 of 125
Found at i:12807607 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 12807599--12807633 Score: 61
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12807589 TTTATGGTAT
*
12807599 TTA TTA TTA TTA TTA TTG TTA TTA TTA TTA TTA TT
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
12807634 TAAATTATAT
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TTA
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12809416 CTTAAAAATT
* * * * * *
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63 TA
* * * * * * * *
12809489 --GGATTATTGAAGGTATTTTTTGCCATAAACGATTTGAATAACCCCATTAAATTTTT-T-GTA
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* * * * *
12809549 AGGGATTATTCAAAGCATTTCTGGCCAAAAACGCCTTCAATAATCTCATTCAATTTTTATATTA
1 AGGGATTATTCAAAGCATTTCTGGCCAAAAACGACTTCAATAACCCCATTAAATTTTTATAGTA
* *
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12809633 TTGTCTAGAA
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AGGGATTATTCAAAGCATTTCTGGCCAAAAACGACTTCAATAACCCCATTAAATTTTTATAGTA
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12809401 TCAAAGACCT
* * *
12809411 TAAACCTTAAAAATTAGGGATTATTCAAGGCATTTTTGGCAAAAATGCCTTGAATAATCACCTCA
1 TAAACCCTAAAAATTA-GGATTATTCAAGGCATTTTTGGCAAAAACGCCTTGAATAATCATCTCA
* * * * **
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* * *
12809540 TTTTTTGTAAGGGATTATTCAAAGCATTTCTGGCCAAAAACGCCTTCAATAATCTCATTCAATTT
129 TTTTTTGTAAGGGATTATTC-AAGCATTTCTAGCCAAAAACGCCTTGAATAATCTCCTTCAATTT
* * * * *
12809605 TTATATTAGGGGATTATTCAAGGCATTTTT-GTCTAGAAAACACATTGAATAAT-TCTTTAAACC
193 TTTTACTAGGGGATTATTCAAGGTATTTTTAG-CCA-AAAAC-CA-TAAATAATCTC-TTAAACC
12809668 CTAAACGCTAAAC
253 CTAAAC-C----C
* * * *
12809681 ATTGAACCCTAAAAATTAGAGATTATTCAAGGCGTTTTTGACAAAAACACCTTGAATAATCATCT
1 --TAAACCCTAAAAATTAG-GATTATTCAAGGCATTTTTGGCAAAAACGCCTTGAATAATCATCT
* * * * *
12809746 CATAAAAATTAAAGTGGATTAGTAAAAGTGTTTTTAGTCATAAACACCTTGAATAA-CTCATTAA
63 CATAAAAATTAAAGTGGATTATTGAAAGTTTTTTTAGTCATAAACGCCTTGAATAACCCCATTAA
*
12809810 ATTTTTTGTAAGGGATTATTCAAGTCATTTCTAGCCAAAAACGCCTTGAATAATCCCCTTCAATT
128 ATTTTTTGTAAGGGATTATTCAAG-CATTTCTAGCCAAAAACGCCTTGAATAATCTCCTTCAATT
* * * *
12809875 TTTTTACTACGAGATTATTTAAGGTATTTTTAGCCAAAAATGCCATAAATAATCTCTTAAACCTT
192 TTTTTACTAGGGGATTATTCAAGGTATTTTTAGCCAAAAA--CCATAAATAATCTCTTAAACCCT
12809940 AAACCC
255 AAACCC
*
12809946 TAAACCCTAAAAATTGAGGATTATTCAAGGCATTTTTGGCAAAAACGCTTTGAATAATCATCTCA
1 TAAACCCTAAAAATT-AGGATTATTCAAGGCATTTTTGGCAAAAACGCCTTGAATAATCATCTCA
* * * *
12810011 TAAAAGTTGAAGTAGATTATTGAATGTTTTTTTAGTCATAAACGCCTTGAATAACCCCATTAAAT
65 TAAAAATTAAAGTGGATTATTGAAAGTTTTTTTAGTCATAAACGCCTTGAATAACCCCATTAAAT
* * * * *
12810076 TTTTTGTAAAGGATCATTCAAGACGTTTCTAGCCAAAAACTCCTTGAATAATCTCCTTTAATTTT
130 TTTTTGTAAGGGATTATTCAAG-CATTTCTAGCCAAAAACGCCTTGAATAATCTCCTTCAATTTT
* * * *
12810141 TTTACTAGGGGATTATTCATA-GTATTTTTTTATCAAAAACACCTTAAATAATCCCTTAAACCCT
194 TTTACTAGGGGATTATTCA-AGGTA--TTTTTAGCCAAAA-ACCATAAATAATCTCTTAAACCCT
*
12810205 AAATCC
255 AAACCC
*
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1 TAAACCCTAAA
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Consensus pattern (260 bp):
TAAACCCTAAAAATTAGGATTATTCAAGGCATTTTTGGCAAAAACGCCTTGAATAATCATCTCAT
AAAAATTAAAGTGGATTATTGAAAGTTTTTTTAGTCATAAACGCCTTGAATAACCCCATTAAATT
TTTTGTAAGGGATTATTCAAGCATTTCTAGCCAAAAACGCCTTGAATAATCTCCTTCAATTTTTT
TACTAGGGGATTATTCAAGGTATTTTTAGCCAAAAACCATAAATAATCTCTTAAACCCTAAACCC
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12811462 GTAATAATGC
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1 ATAAATTAAAATTTTAAATTT-AAAAAA
*
12811500 ATAATTTAATAATTTT-AATTTAAAAAA
1 ATAAATTAA-AATTTTAAATTTAAAAAA
12811527 TCAACTTAAA
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Consensus pattern (27 bp):
ATAAATTAAAATTTTAAATTTAAAAAA
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12812437 GTTTTAATTT
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1 TATTATTATAATAATAAATC
*
12812467 TCATTATTATAATAATTAAT-
1 T-ATTATTATAATAATAAATC
12812487 T-TTATTATAAT
1 TATTATTATAAT
12812498 CAAAACGAAT
Statistics
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TATTATTATAATAATAAATC
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12812798 TAATTTTTTT
*
12812808 AAATTTA-TTTTAATTAAA
1 AAATTTATTTTTAAATAAA
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1 AAAT-TTATTTTTAAATAAA
12812846 AA
1 AA
12812848 TGATTATTAT
Statistics
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AAATTTATTTTTAAATAAA
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12812805 TTTAAATTTA
*
12812815 TTTTAATTAAAAA-A-TATTAT
1 TTTTAAATAAAAAGATTATTAT
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1 TTTTAAATAAAAA-GATTATTAT
12812858 TTTT
1 TTTT
12812862 TACATTATTG
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TTTTAAATAAAAAGATTATTAT
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12813590 TTATAATTTT
12813600 ATTATATATAATTA
1 ATTATATATAATTA
12813614 ATTATATATAAAATT-
1 ATTATATAT--AATTA
* *
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1 ATTATAT
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ATTATATATAATTA
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12832365 GTTTTTGATA
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1 ATTCTTGAAG
12832385 ATTCTTGAAG
1 ATTCTTGAAG
*
12832395 TTTCTTGATA-
1 ATTCTTGA-AG
*
12832405 ATTCTTGGATG
1 ATTCTT-GAAG
12832416 ATTCTTGA
1 ATTCTTGA
12832424 TCATACTATG
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ATTCTTGAAG
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12832355 GAAAAGAATG
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*
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12832424 TCATACTATG
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12838648 TTATTTTTAT
* * *
12838658 TTTTATTTTTCATTTCTAAATTTTTCACCATTTTGATCAGTTTAGAAA
1 TTTT-TTTTTGATTTTTAAATTTTTCACCATTTAGATCAGTTTAGAAA
* *
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1 TTTT-TTTTTGATTTTTAAATTTTTCACCATTT-AGATC-AGTTTAGAAA
*
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1 TT-TTTTTTTGATTTTT
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* *
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1 AAAAATAAATAAATAAAAATAAA
**
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1 AAAAATAAATAAATAAAAATAAA
12839105 AAAAATAA
1 AAAAATAA
12839113 CCAAAAAACT
Statistics
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12840380 TTTACTTATGAAATTATCTAA
1 TTTACTTATGAAATTATCTAA
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1 TTTACTTATGAAATTATCTAA
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1 TT
12840420 GGTGTCATCC
Statistics
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TTTACTTATGAAATTATCTAA
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12840981 TAATTTAAAA
12840991 TTTTTAAAATCC-T-TT
1 TTTTTAAAATCCATATT
*
12841006 TTTTTAAATTCCATATT
1 TTTTTAAAATCCATATT
*
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1 TTTTTAAAAT
12841033 TTGAAATAAA
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TTTTTAAAATCCATATT
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12842057 TTTTTTTAGA
*
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1 ATTATAAATATTTAT
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1 ATT
12842101 TTACAATTAA
Statistics
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ATTATAAATATTTAT
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Indices: 12842315--12842360 Score: 92
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12842305 TATTTTATTA
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1 TAAAATAAATAAAAATATTACT
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1 TA
12842361 TATTTTAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAAATAAAAATATTACT
Found at i:12843130 original size:20 final size:21
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Indices: 12843092--12843141 Score: 57
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12843082 AGTGACATAT
12843092 TTAATTAATCATAAAATT-AA
1 TTAATTAATCATAAAATTAAA
* **
12843112 TTAATTAATTATATGATTAAA
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*
12843133 TTAAATAAT
1 TTAATTAAT
12843142 GTCATTAATC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
20 15 0.60
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Indices: 12845848--12846069 Score: 259
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12845838 ACAAATATGT
* * * * *
12845848 AAAGAATTCAAGTTAG-AGATAAGAATTTGATTTTCAAGCAAAATAAAGATCTTGAGACTTGTGT
1 AAAGAATTCAAGTT-GTAGATAAGAACTTGATTTCCAAGC-AAATGAAGATCCTGAGACATGTGT
* **
12845912 CAATGAGTCTTACCGTGATGC
64 CAATGAGTCTCACAATGATGC
* * *
12845933 AAAGAATTCAAGTTGTAGATAAGAACCTGGTTTCCGAGCACAATGAAGATCCTGAGACATGTGTC
1 AAAGAATTCAAGTTGTAGATAAGAACTTGATTTCCAAGCA-AATGAAGATCCTGAGACATGTGTC
* *
12845998 AATGAGTCTCGCAATGATGT
65 AATGAGTCTCACAATGATGC
* *
12846018 AAAGAATTCAAGCTGTAAAT-AGAACTTGATTTCCAAGCAAATGAAAGATCCT
1 AAAGAATTCAAGTTGTAGATAAGAACTTGATTTCCAAGCAAATG-AAGATCCT
12846070 TGCACTAGCT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 4 0.03
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Consensus pattern (84 bp):
AAAGAATTCAAGTTGTAGATAAGAACTTGATTTCCAAGCAAATGAAGATCCTGAGACATGTGTCA
ATGAGTCTCACAATGATGC
Found at i:12846115 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 12846069--12846199 Score: 131
Period size: 42 Copynumber: 3.1 Consensus size: 41
12846059 TGAAAGATCC
*
12846069 TTGCACTAGCTAATCCCTTGAGGAGCATGATGGAAGATTACT
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* * * * *
12846111 TTGCA-TAACTTAATCCATTTAAGAGCATAAGGGAAGATTATT
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* *
12846153 TTGCACAAGTTAATCCATCTAGGAGCATGAT-GAAGGATTACT
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Statistics
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* *
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* * * * *
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AGGAGCATGATGAAGATTACTTTGCATAAGTTAATCCATCT
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* * * * * *
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* ** *
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*
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64 AGCAATATA
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CAATATA
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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AATAAAATCAAAAAATAAAA
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*
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1 AAATACAAAAT
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1 AAA
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*
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1 AA
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* *
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* *
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1 TATAA TATAA TATAA TA
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TATAA
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* *
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* *
12864479 ATAATACAATGTAATACACTATAATATA
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*
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AAT
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* *
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* * *
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* * * * **
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* *
12871207 TGAGGTACTGCTATG
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* * *
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* * * * *
12871287 CAAGA-TCTAAAAGGTCAAATTACCAAAAA-ACCCTTATAAAGGTAGTTTGGTAATTTTACACTT
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* *
12871350 TTTGGGGTACAGCTGTA
128 TTTGAGGTACAGCTATA
* * * * *
12871367 ATTTTAAATGCACAAAAAATTATGAAATATTATGAAATTAAGATCTGAAAATTTTTATAAAAATA
1 ATTTTAAATACACCAAAAATCATGAAATATTAT-AAATTAAGATCTGAAAATTTTCATAAAAATC
* * * *
12871432 TAAACTCGAGAAGGTCAAATTATAAAAATATCCTTTATAGGGGTATTTTGGTAATTTTA
65 TAAACTCAAAAAGGTCAAATTACAAAAATA-CCTTTATAAGGGTATTTTGGTAATTTTA
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* * * * *
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* *
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* * *
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Indices: 12871993--12872143 Score: 137
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* * *
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* * * *
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* *
12872066 AAAATGGCTCCCCCCAAATAGAGGCTTTGAAACTTTTG
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** * * *
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*
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* *
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* * * * * *
12872778 ATGCAAGTGATGCAAATGTGAATGTCTTTTTTATGAGGTAGATATAAGTGATGTAAATGCAAATA
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* * * *
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* *
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66 T--CTTTTTTTGATGCAG
* * *
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1 ATGCAAGTAATGCAAATGTAAATGT-CTTTTTTAT
12872978 AAAGTAAATG
Statistics
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TCTTTTTTTGATGCAG
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TGATGCAAATGCAAG
Found at i:12872924 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 12872776--12872977 Score: 174
Period size: 41 Copynumber: 4.9 Consensus size: 41
12872766 ATACAAGTGT
** * *
12872776 AAATGCAAGTGATGCAAATGTGAATGTCTTTTTTATGAGGT
1 AAATGCAAGTGATGCAAATGCAAATGTCTTTTTTATGATGC
* ** * * *
12872817 AGATATAAGTGATGTAAATGCAAATAT-TTTTCTTGTGATGC
1 AAATGCAAGTGATGCAAATGCAAATGTCTTTT-TTATGATGC
* * * *
12872858 AGATGCAAGTAATGCAAATGTAAATGTCTTTTTCATGATGC
1 AAATGCAAGTGATGCAAATGCAAATGTCTTTTTTATGATGC
* *
12872899 AAATGCAAGTGATGCAAATGCAAATGTCCCTTTTTT-TTATGT
1 AAATGCAAGTGATGCAAATGCAAATGT--CTTTTTTATGATGC
* ** *
12872941 AGATGCAAGCAATACAAATGCAAATGTCCTTTTTTAT
1 AAATGCAAGTGATGCAAATGCAAATGT-CTTTTTTAT
12872978 AAAGTAAATG
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 28, Indels: 9
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.03
41 86 0.67
42 32 0.25
43 6 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (41 bp):
AAATGCAAGTGATGCAAATGCAAATGTCTTTTTTATGATGC
Found at i:12873251 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 12873204--12874010 Score: 342
Period size: 34 Copynumber: 23.7 Consensus size: 34
12873194 TGTGAATTAA
* *
12873204 TAAACTAGACTTAAAATCTTCATTAAGTGCCAAG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * * * * *
12873238 TAAACTAGGCTTAAATTTTTAAT-AGGAGCCGAC
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * * *
12873271 TAAGCTAGCCTTTAAAGTCTTCATCGAGTGCCAGG
1 TAAACTAGGC-TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * * * *
12873306 TAAACTGGGCTT-CAATTTTCATTAAGAGCCAAC
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* ** * * *
12873339 TAATCTAAGTTTTTAAATCTTCATCAAATGCCATG
1 TAAACT-AGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * *
12873374 TAAACTGGGTTTAAAATTTTCATGAAGTG-CAAG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * * *
12873407 TAAACTGGGTTTAAAATCTTCATCAAATGTCAGG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * ** *
12873441 TAAACTGGGATT-AAATTTTCATTGAGAGCC-AG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * *
12873473 CTAAGCTGGGCTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAGG
1 -TAAACTAGGC-TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * * *
12873509 TAAATTAAGCTT-AAATTTTCA-CTAGGGAGCC-AG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATC-A-AGTGCCAAG
* * *
12873542 CTAAGCTAGGCTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAGG
1 -TAAACTAGGC-TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * *
12873578 TAAACCAAGCTTAAAATTTTCATCAAGTGCCAAG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * *
12873612 AAAACTAGGTTTAAAATCTTCATCAAGTGCTAGG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * * *
12873646 TAAACTGGGTTTAAAATCTTTATCAAGTGCTAGG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * * *
12873680 TAAA-TTGAACTT-AAATTTTCA-CTAGGAGCC-AG
1 TAAACTAG-GCTTAAAATCTTCATC-AAGTGCCAAG
* * * *
12873712 CTAAGCTAGGCTTTAAAATCTCCATCAGGTGCTAAG
1 -TAAACTAGGC-TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * *
12873748 AAAACTAGGCTTAAAATTTTCATCAGAG-GCCAAA
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCA-AGTGCCAAG
* * *
12873782 TAAACTAGGCTTAAAATTTTTATCAAAG-GCCAAA
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATC-AAGTGCCAAG
* * * * **
12873816 TAAATTGGGCTT-AAATTTTCA-CTAGCAACC-AG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAG-TGCCAAG
** * *
12873848 CTAAGTTAGGCTTTAAAATCTTCATTAGGTGCCAAG
1 -TAAACTAGGC-TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * * * *
12873884 AAAACTAGGCTTAAAGTTTTTATCAAGGGCC-AG
1 TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
* * *
12873917 ATAAACTAGGCTT-AAATTTTCA-CTAGGAGCC-AG
1 -TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATC-AAGTGCCAAG
* *** *
12873950 TTAAGCTAGGCTTTAAAATCTTCATTGGGTGCCAGG
1 -TAAACTAGGC-TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
12873986 TAAACTAGGCTTAAAATTCTTCATC
1 TAAACTAGGCTTAAAA-TCTTCATC
12874011 GATGCCAGAT
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 160, Indels: 79
0.71 0.20 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.00
32 7 0.01
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37 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (34 bp):
TAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAAG
Found at i:12873497 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 12873453--12873566 Score: 90
Period size: 35 Copynumber: 3.3 Consensus size: 35
12873443 AACTGGGATT
* *
12873453 AAATTTTCATTGAGAGCCAGCTAAGCTGGGCTTTA
1 AAATCTTCATTGAGAGCCAGCTAAGCTAGGCTTTA
* * * ** *
12873488 AAATCTTCA-TCAGGTGCCAGGTAAATTAAGC-TT-
1 AAATCTTCATTGA-GAGCCAGCTAAGCTAGGCTTTA
* * *
12873521 AAATTTTCACTAGGGAGCCAGCTAAGCTAGGCTTTA
1 AAATCTTCA-TTGAGAGCCAGCTAAGCTAGGCTTTA
12873557 AAATCTTCAT
1 AAATCTTCAT
12873567 CAGGTGCCAG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 18, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
33 8 0.14
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Consensus pattern (35 bp):
AAATCTTCATTGAGAGCCAGCTAAGCTAGGCTTTA
Found at i:12873567 original size:69 final size:67
Alignment explanation
Indices: 12873214--12873660 Score: 391
Period size: 68 Copynumber: 6.6 Consensus size: 67
12873204 TAAACTAGAC
* * * *
12873214 TTAAAATCTTCATTAAGTGCCAAGTAAACTAGGCTTAAATTTTTAATAGGAGCC-GACTAAGCTA
1 TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAACTAGGCTTAAA-TTTTCATAAGAGCCAG-CTAAGCTA
*
12873278 GCCT
64 GGCT
* * * * * * *
12873282 TTAAAGTCTTCATCGAGTGCCAGGTAAACTGGGCTTCAATTTTCATTAAGAGCCAACTAATCTAA
1 TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAACTAGGCTTAAATTTTCA-TAAGAGCCAGCTAAGCTAG
*
12873347 GTT
65 GCT
* * * * * * * *
12873350 TTTAAATCTTCATCAAATGCCATGTAAACTGGGTTTAAAATTTTCATGAAGTGCAAG-TAAACT-
1 TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAACTAGGCTT-AAATTTTCAT-AAGAGCCAGCTAAGCTA
*
12873413 GGGT
64 GGCT
* * * * * *
12873417 TTAAAATCTTCATCAAATGTCAGGTAAACTGGGATTAAATTTTCATTGAGAGCCAGCTAAGCTGG
1 TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAACTAGGCTTAAATTTTCA-TAAGAGCCAGCTAAGCTAG
12873482 GCT
65 GCT
* * * *
12873485 TTAAAATCTTCATCAGGTGCCAGGTAAATTAAGCTTAAATTTTCACTAGGGAGCCAGCTAAGCTA
1 TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAACTAGGCTTAAATTTTCA-TA-AGAGCCAGCTAAGCTA
12873550 GGCT
64 GGCT
* * * * * *
12873554 TTAAAATCTTCATCAGGTGCCAGGTAAACCAAGCTTAAAATTTTCATCAAGTGCCAAG-AAAACT
1 TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAACTAGGCTT-AAATTTTCAT-AAGAGCC-AGCTAAGCT
12873618 AGG-T
63 AGGCT
* * *
12873622 TTAAAATCTTCATCAAGTGCTAGGTAAACTGGGTTTAAA
1 TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAACTAGGCTTAAA
12873661 ATCTTTATCA
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 58, Indels: 23
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
66 15 0.05
67 48 0.15
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70 12 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (67 bp):
TTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAACTAGGCTTAAATTTTCATAAGAGCCAGCTAAGCTAGG
CT
Found at i:12873755 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 12873588--12873932 Score: 417
Period size: 136 Copynumber: 2.5 Consensus size: 136
12873578 TAAACCAAGC
* * * * **
12873588 TTAAAATTTTCATCAAGTGCCAAGAAAACTAGGTTTAAAATCTTCATCA-AGTGCTAGGTAAACT
1 TTAAAATCTTCATCAGGTGCCAAGAAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAGAG-GCCAAATAAACT
* * * ** * *
12873652 GGGTTTAAAATCTTTATC-AAGTGCTAGGTAAATTGAACTTAAATTTTCACTAGGAGCCAGCTAA
65 AGGCTTAAAATCTTTATCAAAG-GCCAAATAAATTGAACTTAAATTTTCACTAGCAACCAGCTAA
12873716 GCTAGGCT
129 GCTAGGCT
* * *
12873724 TTAAAATCTCCATCAGGTGCTAAGAAAACTAGGCTTAAAATTTTCATCAGAGGCCAAATAAACTA
1 TTAAAATCTTCATCAGGTGCCAAGAAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAGAGGCCAAATAAACTA
* ** *
12873789 GGCTTAAAATTTTTATCAAAGGCCAAATAAATTGGGCTTAAATTTTCACTAGCAACCAGCTAAGT
66 GGCTTAAAATCTTTATCAAAGGCCAAATAAATTGAACTTAAATTTTCACTAGCAACCAGCTAAGC
12873854 TAGGCT
131 TAGGCT
* * * * *
12873860 TTAAAATCTTCATTAGGTGCCAAGAAAACTAGGCTTAAAGTTTTTATCA-AGGGCCAGATAAACT
1 TTAAAATCTTCATCAGGTGCCAAGAAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAGA-GGCCAAATAAACT
12873924 AGGCTTAAA
65 AGGCTTAAA
12873933 TTTTCACTAG
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 26, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
135 1 0.01
136 174 0.97
137 5 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (136 bp):
TTAAAATCTTCATCAGGTGCCAAGAAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAGAGGCCAAATAAACTA
GGCTTAAAATCTTTATCAAAGGCCAAATAAATTGAACTTAAATTTTCACTAGCAACCAGCTAAGC
TAGGCT
Found at i:12873765 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 12873478--12873807 Score: 490
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
12873468 GCCAGCTAAG
*
12873478 CTGGGCTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAGGTAAATTAAGCTTAAATTTTCACTAGGGAGCCAGC
1 CTGGGCTTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAATTAAGCTTAAATTTTCACTAGGGAGCCAGC
* * *
12873543 TAAGCTAGGCTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAGGTAAACCAAGCTTAAAATTTTCATCA-AGTG
66 TAAGCTAGGCTTTAAAATCTCCATCAGGTGCCAAGAAAACCAAGCTTAAAATTTTCATCAGAG-G
*
12873607 CCAAGA-AAACTAGGTTTAAAATCTTCATCAAGTGCTAGGTAAA
130 CCAA-ATAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCTAGGTAAA
* *
12873650 CTGGG-TTTAAAATCTTTATCAAGTGCTAGGTAAATTGAA-CTTAAATTTTCACTA-GGAGCCAG
1 CTGGGCTTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAATT-AAGCTTAAATTTTCACTAGGGAGCCAG
* * *
12873712 CTAAGCTAGGCTTTAAAATCTCCATCAGGTGCTAAGAAAACTAGGCTTAAAATTTTCATCAGAGG
65 CTAAGCTAGGCTTTAAAATCTCCATCAGGTGCCAAGAAAACCAAGCTTAAAATTTTCATCAGAGG
* *
12873777 CCAAATAAACTAGGCTTAAAATTTTTATCAA
130 CCAAATAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAA
12873808 AGGCCAAATA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 12, Indels: 8
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 90 0.63
171 45 0.31
172 7 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (172 bp):
CTGGGCTTTAAAATCTTCATCAAGTGCCAGGTAAATTAAGCTTAAATTTTCACTAGGGAGCCAGC
TAAGCTAGGCTTTAAAATCTCCATCAGGTGCCAAGAAAACCAAGCTTAAAATTTTCATCAGAGGC
CAAATAAACTAGGCTTAAAATCTTCATCAAGTGCTAGGTAAA
Found at i:12874000 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 12873485--12874010 Score: 408
Period size: 136 Copynumber: 3.9 Consensus size: 136
12873475 AAGCTGGGCT
* * * * * *
12873485 TTAAAATCTTCATC-AGGTGCCAGGTAAATTAAGCTT-AAATTTTCACTAGGGAGCCAGCTAAGC
1 TTAAAATTTTCATCAAGG-GCCAGATAAACTAGGCTTAAAATTTTCACTA-AGAGCCAGATAAGC
* * * * * *
12873548 TAGGCTTTAAAATCTTCA-TCAGGTGCCAGGTAAACCAAGC-TTAAAATTTTCATCAAGTGCCAA
64 TAGGC-TT-AAATCTTCACT-AGGAGCCAGCTAAACTAGGCTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAA
*
12873611 GAAAACTAGGT
126 GAAAACTAGGC
* * * * * * * * * *
12873622 TTAAAATCTTCATCAAGTGCTAGGTAAACTGGGTTTAAAATCTTT-A-TCAAGTGCTAGGTAA-A
1 TTAAAATTTTCATCAAGGGCCAGATAAACTAGGCTTAAAAT-TTTCACT-AAGAGCCAGATAAGC
* * * * * *
12873684 TTGAACTTAAATTTTCACTAGGAGCCAGCTAAGCTAGGCTTTAAAATCTCCATCAGGTGCTAAGA
64 TAG-GCTTAAATCTTCACTAGGAGCCAGCTAAACTAGGCTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAAGA
12873749 AAACTAGGC
128 AAACTAGGC
* * * * **
12873758 TTAAAATTTTCATC-AGAGGCCAAATAAACTAGGCTTAAAATTTTTATCAAAG-GCCAAATAAAT
1 TTAAAATTTTCATCAAG-GGCCAGATAAACTAGGCTTAAAATTTTCA-CTAAGAGCCAGATAAGC
* * * * ** *
12873821 TGGGCTTAAATTTTCACTAGCAACCAGCTAAGTTAGGCTTTAAAATCTTCATTAGGTGCCAAGAA
64 TAGGCTTAAATCTTCACTAGGAGCCAGCTAAACTAGGCTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAAGAA
12873886 AACTAGGC
129 AACTAGGC
* * * *
12873894 TTAAAGTTTTTATCAAGGGCCAGATAAACTAGGCTT-AAATTTTCACTAGGAGCCAGTTAAGCTA
1 TTAAAATTTTCATCAAGGGCCAGATAAACTAGGCTTAAAATTTTCACTAAGAGCCAGATAAGCTA
* * * *
12873958 GGCTTTAAAATCTTCATTGGGTGCCAGGTAAACTAGGC-TTAAAATTCTTCATC
66 GGC-TT-AAATCTTCACTAGGAGCCAGCTAAACTAGGCTTTAAAA-TCTTCATC
12874011 GATGCCAGAT
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 65, Indels: 34
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
134 3 0.01
135 47 0.15
136 173 0.56
137 73 0.24
138 8 0.03
139 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (136 bp):
TTAAAATTTTCATCAAGGGCCAGATAAACTAGGCTTAAAATTTTCACTAAGAGCCAGATAAGCTA
GGCTTAAATCTTCACTAGGAGCCAGCTAAACTAGGCTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAAGAAAA
CTAGGC
Found at i:12874113 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 12874034--12874115 Score: 85
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
12874024 CTGGGTTTAC
*
12874034 ATGCCAGTTACACAT-GGCTTAAATTTCATTA
1 ATGCCAGTTAAAC-TGGGCTTAAATTTCATTA
* * ** * *
12874065 ATGTCAGATAATTTGGGCTTAATTTTCATTT
1 ATGCCAGTTAAACTGGGCTTAAATTTCATTA
12874096 ATGCCAGTTAAACTGGGCTT
1 ATGCCAGTTAAACTGGGCTT
12874116 GCATGCTTAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 11, Indels: 2
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.03
31 38 0.97
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (31 bp):
ATGCCAGTTAAACTGGGCTTAAATTTCATTA
Found at i:12874992 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 12874976--12875015 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
12874966 ATTCATTTCA
12874976 TTTCATTTTCTTT
1 TTTCATTTTCTTT
*
12874989 TTTCATTAT-TTT
1 TTTCATTTTCTTT
12875001 TTTC-TTTTCTTT
1 TTTCATTTTCTTT
12875013 TTT
1 TTT
12875016 TTCCATTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.12
12 13 0.54
13 8 0.33
ACGTcount: A:0.07, C:0.12, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (13 bp):
TTTCATTTTCTTT
Found at i:12875016 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 12874972--12875046 Score: 82
Period size: 27 Copynumber: 2.6 Consensus size: 28
12874962 ACCCATTCAT
*
12874972 TTCATTTCATTTTCTTTTTTCATTATTTT-T
1 TTCATTTCA-TTT-TTTTTTCATT-TTTTCC
* *
12875002 TTCTTTTC-TTTTTTTTCCATTTTTTCC
1 TTCATTTCATTTTTTTTTCATTTTTTCC
12875029 TTCATTTCATTTTTTTTT
1 TTCATTTCATTTTTTTTT
12875047 TCCTTTTTCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 6
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 4 0.11
27 16 0.42
28 11 0.29
30 7 0.18
ACGTcount: A:0.09, C:0.16, G:0.00, T:0.75
Consensus pattern (28 bp):
TTCATTTCATTTTTTTTTCATTTTTTCC
Found at i:12877905 original size:62 final size:61
Alignment explanation
Indices: 12877647--12877906 Score: 172
Period size: 62 Copynumber: 4.2 Consensus size: 61
12877637 GTGTTTCAAA
* * *
12877647 AAATATCTTAAATAATCCCTAATAAAAATT-AGAGGGGATTATTCAAGGTGTTTTTGGCCAG
1 AAATACCTTAAATAATCCCTAATAAAAATTGA-AGGAGATTATTCAAGGCGTTTTTGGCCAG
* * * ** *** * * ** * *
12877708 AAATGCCTTGAATAAT-CATTTTCAATTTTTTGTAA-GAGATTATTTAAGGCGTTTCTAACAAA
1 AAATACCTTAAATAATCCCTAAT-AA-AAATTG-AAGGAGATTATTCAAGGCGTTTTTGGCCAG
* * * * * *
12877770 AAATGCCTTAAATAAT-CCAAATAAAAATAGCAGGATATTATTCAAGGCATTTTTGGCCA-
1 AAATACCTTAAATAATCCCTAATAAAAATTGAAGGAGATTATTCAAGGCGTTTTTGGCCAG
* * * *
12877829 AAA-CCGCTTGAAATAATCCTCTCATAAAAATTGAAGAAGATTATTCAAGGTGTTTTTGGCCAG
1 AAATAC-CTT-AAATAATCC-CTAATAAAAATTGAAGGAGATTATTCAAGGCGTTTTTGGCCAG
12877892 AAATACCTTAAATAA
1 AAATACCTTAAATAA
12877907 CCCCATTTAA
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 44, Indels: 21
0.69 0.21 0.10
Matches are distributed among these distances:
58 1 0.01
59 7 0.05
60 31 0.22
61 18 0.12
62 78 0.54
63 7 0.05
64 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (61 bp):
AAATACCTTAAATAATCCCTAATAAAAATTGAAGGAGATTATTCAAGGCGTTTTTGGCCAG
Found at i:12878116 original size:161 final size:162
Alignment explanation
Indices: 12877835--12878132 Score: 413
Period size: 161 Copynumber: 1.8 Consensus size: 162
12877825 GCCAAAACCG
*
12877835 CTTGAAATAATCCTCTCATAAAAATTGAAGAAGATTATTCAAGGTGTTTTTGGCCAGAAATACCT
1 CTTGAAATAATCCTCTCATAAAAATTGAAGAAGATTATTCAAGGTATTTTTGGCCAGAAATACCT
* * * *
12877900 TAAATAACCCCATTTAATTTTTTATAAGGGATTATCCAAGGTATTTCTAGCCAAAAATACCTTGA
66 TAAATAACCCCATTCAATTTTTTATAAAGGATTATCCAAGGCATTTCTAGCCAAAAATACATTGA
12877965 ATAATCCAAAAAAAAAAAAGGGGGATTTTGGC
131 ATAATCCAAAAAAAAAAAAGGGGGATTTTGGC
* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *** * * * * *
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** *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * **
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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12887951 AGATACATAG
* *
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*
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* **
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*
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TAT
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * **
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66 CAAATTACAAAAATACCCTTATAGG-GTATTTTGGTAATTTCATATTTCTTGGGGTAC-GCTGTG
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129 ATTTCAAATGCACC
* * * * * * *
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* *
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*
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* *
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*
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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AAAGATTCACATTCGAAAAATTTT
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* *
12908652 ATTCACAATTGAAAATTTTTAAAG
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*
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*
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ATTCACAATTGAAAAATTTTAAAC
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TCATTTTT
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*
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AAACATCAATAAATTTTTTTT
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*
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12918712 CTTTATTTAA
*
12918722 AT AT AC AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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AT
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* *
12923466 GTATTTGTATATCTAGAATTAA
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*
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12926035 CATTTTTTAG
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*
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1 AAAATAA
****
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*
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1 AAAATAA
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1 AAAATAA
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1 AAA
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AAAATAA
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1 TTCT
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TTCTCACATAGAAAA
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12933737 TTCTTCCCTC
* * * ** *
12933747 TTCCTTCTTCACATGTTTGGCTTTTTTCTTTTCCCTTTAGCCTCCTTCTTTGGTTGAACTTCCTA
1 TTCCTTCTTCACATGTTTGGCTTTTTTCTTTTCCCTTCAGCATCCTTCTTTGATCAAACTTCCCA
** ** * * * * *
12933812 GTTAGTCAACTCCTTTTTTCTTTTTTCTTTTTCCTTTCTCTTTCACCTATTCTATTTGGCTAGCT
66 GCCAACCAACTCCTCTCTTCTTTTTTCTTTTGCCTTTCTCTTTCACCTATTCTATTCGACTAGCT
12933877 CTTCTCTTTTTTATTTTCAACAACTTACTTTCCT
131 -TT-T-TTTTTTATTTTCAACAACTTACTTTCCT
* **
12933911 TTCCTTCTTCACGTGTTTGGCTCTTTTTCTTTTCCCTTCAGCATTTTTCTTTGATCAAACTTCCC
1 TTCCTTCTTCACATGTTTGGCT-TTTTTCTTTTCCCTTCAGCATCCTTCTTTGATCAAACTTCCC
12933976 AGCCAACCAACTCCTCTCTTCTTTTTTCTTCTTGCC-TTCTCTTTCACCTATTCTATTCGACTAG
65 AGCCAACCAACTCCTCTCTTCTTTTTTCTT-TTGCCTTTCTCTTTCACCTATTCTATTCGACTAG
*
12934040 CTTTTTTTTTTTTTTTCA
129 CTTTTTTTTTTATTTTCA
12934058 GTGACTTTTT
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TTCCTTCTTCACATGTTTGGCTTTTTTCTTTTCCCTTCAGCATCCTTCTTTGATCAAACTTCCCA
GCCAACCAACTCCTCTCTTCTTTTTTCTTTTGCCTTTCTCTTTCACCTATTCTATTCGACTAGCT
TTTTTTTTTATTTTCAACAACTTACTTTCCT
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12934450 TTTTTGGGAT
* ** *
12934460 TTTAAAAT--ACCAAAAATCATGAAATATTATAAATTTCAGATCTGAAAGGTTTCATGAAAATCC
1 TTTAAAATGCACCAAAAATCATGAAATATTATAAA-TTAAGATCTGAAAAATTTCATGAAAAT-T
* * * * *
12934523 G-AGCTCAGAAAGGTCAAATTATGAAAATACCCTTATAAGGGATATTTTAGTAATTTCATACTTT
64 GAAGCTTAGAAAGGTCAAATTATGAAAATACCTTTAT-AGGGGTATTTTGGTAATTTCACACTTT
* *
12934587 TGGGGTACTACTATGA
128 CGGGGTACGACTATGA
* *
12934603 TTTAAAATGCACCAAAAATCATGGAATATTATGAAATTAAGATCTGAAAAATTTCATGACAATTG
1 TTTAAAATGCACCAAAAATCATGAAATATTAT-AAATTAAGATCTGAAAAATTTCATGAAAATTG
* * * *
12934668 AAGCTTAGAAAGGCCAAATTATGAAAATACATTTATAGGGGCATTTTGGTACTTTCACACTTCTC
65 AAGCTTAGAAAGGTCAAATTATGAAAATACCTTTATAGGGGTATTTTGGTAATTTCACACTT-TC
* *
12934733 GGGGTACGGCTGTGA
129 GGGGTACGACTATGA
* ** * * * *
12934748 TTTCAAATGCATTAAAAGTCATGAAATATTATAAAATTAAGATCTAAAAAATTTCATAAAAATTC
1 TTTAAAATGCACCAAAAATCATGAAATATTAT-AAATTAAGATCTGAAAAATTTCATGAAAATTG
* * *
12934813 AAGCTT-GAAGACGTCAAATTACGAAAATATCCTTTATAAGGGTATTTTGGTAATTT
65 AAGCTTAGAA-AGGTCAAATTATGAAAATA-CCTTTATAGGGGTATTTTGGTAATTT
12934869 TATACTTCCC
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TTTAAAATGCACCAAAAATCATGAAATATTATAAATTAAGATCTGAAAAATTTCATGAAAATTGA
AGCTTAGAAAGGTCAAATTATGAAAATACCTTTATAGGGGTATTTTGGTAATTTCACACTTTCGG
GGTACGACTATGA
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12935335 TTTTGAGAGA
12935345 GTTTTTCTTTTT-TTTTTG
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*
12935363 GTTTTTGTTTTTGTTTTT
1 GTTTTTCTTTTTGTTTTT
12935381 TGAAAATGAC
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Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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GTTTTTCTTTTTGTTTTTG
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12935986 TGCTTTTCCA
*
12935996 TTTTTTTT-ATTTTGATT
1 TTTTTTTTGTTTTTGATT
* * *
12936013 ATTTTTGTGTTTTTCATT
1 TTTTTTTTGTTTTTGATT
12936031 TTTTTTTTGTTTTTG-TT
1 TTTTTTTTGTTTTTGATT
12936048 TTT
1 TTT
12936051 AATCTCATTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 7, Indels: 2
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17 11 0.37
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TTTTTTTTGTTTTTGATT
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Indices: 12936140--12938496 Score: 3403
Period size: 479 Copynumber: 5.0 Consensus size: 477
12936130 CATGATTAAT
* *
12936140 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAGGGATGTTGAGGAATTATGTATTAATG
1 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACGTATTAATG
* *
12936205 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATATGATTAATTATGTTCTA
66 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTA
*
12936270 AATTGTTTTCGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
131 AATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
* * * * *
12936335 TTTAAAAATAATTTTCACTAGTG-TCAAGCTTTAAGATATGAAGGCATTGTTTTAGCAGGTTTTT
196 TTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTT
* * * *
12936399 AAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTGAACTCGCTCAAAAAAAGAAATATGG
261 AAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGG
* * *
12936464 TAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAATGTTTGTTATGAAGGATTTTGGAGCTT
326 TAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTT
* *
12936529 AAAACATTAGACCTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCATGA
391 AAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGA
*
12936594 TTTTTATTTTTCAG-TGTTTTTC
456 TTTTTATTTTTC-GTTGTTATTC
* *
12936616 ATACTTATTTGCTTTTACATACATTTTTAGGTGCTCTAA-GATGTTGAGGAATTAGGTATTAATG
1 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACGTATTAATG
**
12936680 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATCAGTGCTTGATGTGATTAATTAATTATGT
66 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTG----ATTAATTATGT
* *
12936745 GCTAAATTGTTTTAGTAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTAAAATTTTATGTT
127 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTT
*
12936810 TTGCTTTGAAAATGATTTTCATTGGTG-TCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGT
192 TTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGT
12936874 TTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAAC
257 TTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAAC
*
12936939 ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAATGATTTTGGA
322 ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGA
*
12937004 GCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCTCAATTATTGC
387 GCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGC
12937069 ACGATTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
452 ACGATTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
* * *
12937095 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTATGTATTGATG
1 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACGTATTAATG
12937160 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTA
66 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTA
*
12937225 AATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCAATCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
131 AATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
* *
12937290 TTTGAAAATAATTTTCACTGGTGTTC-AGCTTTAAGATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTT
196 TTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTT
* * * *
12937354 AAATGGAAATGAATTGGAAAAGCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACGAAGAAACATGG
261 AAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGG
* * * *
12937419 TAAAACTTGCATTGGTTTTAAATTTTCTTAGTGTTAAGTGTATGTTATAAATGATTTTGGAGCGT
326 TAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTT
* *
12937484 AAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATTGGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCAC-A
391 AAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGA
*
12937548 -----A---TT--AT-TT-TTC
456 TTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
* *
12937558 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGAGCTCTAAGTATGTTG-GAGAATTACGTATTAAT
1 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAG-GAATTACGTATTAAT
12937622 GATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTAATTATG
65 GATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTG----ATTAATTATG
* * *
12937687 TGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCAAAGCCTAATGGTTCTGAAATTTTATGT
126 TGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGT
* *
12937752 TTTGCTTTTAAAATGATTTTCACCGGTG-TCAAGCTTTAAAATAT-AAGAGCATTGTTTTAGCAG
191 TTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTTCAAGCTTTAAAATATGAA-AGCATTGTTTTAGCAG
* * * *
12937815 GTTTTTAAACGCAAATGAAGTTAAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAA
255 GTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAA
12937880 ACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTG
320 ACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTG
12937945 GAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATT
385 GAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATT
12938010 GCACGATTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
450 GCACGATTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
* *
12938038 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACGTATTGATG
1 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACGTATTAATG
* * *
12938103 ATCTTCATATTTGGATAATATTTGT---GTTGCTATTGGTGCTTGATGTAATTAATTATGTGCTA
66 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTA
* ** * * * * * ** *
12938165 AATTGTTATT-G--GTGCT-T--GATGTG-A-T-TAA--TTATTGGTGCTTGATGTGATTAAT-T
131 AATTGTT-TTAGCAGT-TTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGT-TTTGAAAT--TTTATGT
* *
12938218 ATGTGC--T-AAAATGATTTGT-ACCGGTG-TCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCA
191 -TTTGCTTTGAAAATGATTT-TCACTGGTGTTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCA
* * * * *
12938278 GGTTTTGAAATGGAAATGATTTTGAATATCTTGAATCAAATATTTTAAAGTTGCTCAAACAAAGA
254 GGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGA
* * * *
12938343 AACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATTTTAAGTGTAAGTTATAAAGGGTTTT
319 AACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTT
* * * * * * *
12938408 AGAACTTAAAACATCAGACTTTGCTTCTGAACAATTATGGGCGT-AAAACTCGTTCGCACAGTTA
384 GGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAAC-CATTCGCACAATTA
* * *
12938472 TCGCACGACTTTGATTTTTCGTTGT
448 TTGCACGATTTTTATTTTTCGTTGT
12938497 GTTAAGTGTA
Statistics
Matches: 1721, Mismatches: 123, Indels: 86
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
462 1 0.00
463 116 0.07
464 246 0.14
465 9 0.01
466 7 0.00
467 320 0.19
468 2 0.00
469 3 0.00
470 1 0.00
471 3 0.00
472 1 0.00
473 23 0.01
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AATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
TTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTT
AAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGG
TAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTT
AAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGA
TTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
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* * *
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* *
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*
12936270 AATTGTTTTCGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
131 AATTGTTTT-GCAGTTTATAGGGGGAGCAATCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
* *
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195 TTT-AAAATAATTTTCACTGGTGTCAAGCTTTAAGATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTA
* * * *
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* * *
12936465 AAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAATGTTTGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTA
324 AAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTA
* * *
12936530 AAACATTAGACCTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCATGAT
389 AAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCATCA-
*
12936595 TTTTATTTTTCAGTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTACATACATTTTTAGGTGCTCTAAGATGT
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*
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* * *
12936725 ATGTGATTAATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGTAGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAA
576 ATGTGATTAATTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCAAAGCCTAA
* **
12936790 TGGTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCATTGGTGTCAAGCTTTAAAATATGA
641 TGGTTCTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACCGGTGTCAAGCTTTAAAATATGA
* * * *
12936855 AAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAA
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771 CTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTA
*
12936985 TGTTATAAATGATTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAA
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*
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901 CCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
12937095 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTATGTATTGATG
1 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTATGTATTGATG
12937160 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTA
66 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTA
12937225 AATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCAATCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
131 AATTGTTTT-GCAGTTTATAGGGGGAGCAATCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC
12937290 TTTGAAAATAATTTTCACTGGTGTTC-AGCTTTAAGATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTT
195 TTT-AAAATAATTTTCACTGGTG-TCAAGCTTTAAGATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTT
* * * *
12937354 AAATGGAAATGAATTGGAAAAGCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACGAAGAAACATGG
258 AAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGG
* * * *
12937419 TAAAACTTGCATTGGTTTTAAATTTTCTTAGTGTTAAGTGTATGTTATAAATGATTTTGGAGCGT
323 TAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTT
*
12937484 AAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATTGGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCA-CA
388 AAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCATCA
*
12937548 -A-TT-A-TTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGAGCTCTAAGTATGTTG-GAG
453 TATTTCAGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTACATACATTTTTAGGAGCTCTAAG-ATGTTGAG-G
**
12937608 AATTACGTATTAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTG
516 AATTACGTATTAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATCAGTGCTTGATGTG
12937673 ATTAATTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCAAAGCCTAATGGTT
581 ATTAATTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCAAAGCCTAATGGTT
* *
12937738 CTGAAATTTTATGTTTTGCTTTTAAAATGATTTTCACCGGTGTCAAGCTTTAAAATAT-AAGAGC
646 CTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACCGGTGTCAAGCTTTAAAATATGAA-AGC
12937802 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAACGCAAATGAAGTTAAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
710 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAACGCAAATGAAGTTAAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
12937867 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
775 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
12937932 ATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCAT
840 ATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCAT
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905 TCGCACAATTATTGCACGATTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
*
12938038 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACGTATTGATG
1 ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTATGTATTGATG
* * *
12938103 ATCTTCATATTTGGATAATATTTGT---GTTGCTATTGGTGCTTGATGTAATTAATTATGTGCTA
66 ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTA
** * *** *** * ** * * *
12938165 AATTGTTATTGGTGCTTGAT-GTGATTAATTATTGGTGCTTGAT-GTGATT--AA--TTATG---
131 AATTGTT-TTGCAG-TTTATAG-GGGGAGCAATCGAAGCCTAATGGT-TTTGAAATTTTATGTTT
* * *
12938221 TGC--TAAAATGATTTGT-ACCGGTGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
192 TGCTTTAAAATAATTT-TCACTGGTGTCAAGCTTTAAGATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
* * * * *
12938283 TGAAATGGAAATGATTTTGAATATCTTGAATCAAATATTTTAAAGTTGCTCAAACAAAGAAACAT
256 TTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACAT
* * * * * *
12938348 GGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATTTTAAGTGTAAGTTATAAAGGGTTTTAGAAC
321 GGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGC
* * *
12938413 TTAAAACATCAGACTTTGCTTCTGAACAATTATGGGCGTAAAA
386 TTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAA
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Statistics
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ATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTA
AATTGTTTTGCAGTTTATAGGGGGAGCAATCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCT
TTAAAATAATTTTCACTGGTGTCAAGCTTTAAGATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
TGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
ACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCATCATAT
TTCAGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTACATACATTTTTAGGAGCTCTAAGATGTTGAGGAATTA
CGTATTAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATCAGTGCTTGATGTGATTAA
TTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTCAAAGCCTAATGGTTCTAAA
ATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACCGGTGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTT
TTAGCAGGTTTTTAAACGCAAATGAAGTTAAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA
CAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAG
GATTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCAC
AATTATTGCACGATTTTTATTTTTCGTTGTTATTC
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12938160 TGCTAAATTG
12938170 TTATTGGTGCTTGATGTGATTAA
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12938193 TTATTGGTGCTTGATGTGATTAA
1 TTATTGGTGCTTGATGTGATTAA
12938216 TTAT
1 TTAT
12938220 GTGCTAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTGGTGCTTGATGTGATTAA
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12938373 TTTCATAATT
*
12938383 TTAAGTGTAAGTTATAAAGGGTTTTAGAACTTAAAACATCAGACTTTGCTTCTGAACAATTATGG
1 TTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTAGAACTTAAAACATCAGACTTTGCTTCTGAACAATTATGG
* *
12938448 GCGTAAAACTCGTTCGCAC-AGTTATCGCACGACTTTGATTTTTCGTTGTG
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* * *
12938498 TTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTT-CTTTCTGAACAATTTTG
1 TTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTAGAACTTAAAACATCAGACTTTGC-TTCTGAACAATTATG
* * * *
12938562 GGCATAAAAGTCTTTCGCACGATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTG
65 GGCATAAAACTCGTTCGCACGATTATCGCACGACTTTAATTTTTCGTTGTG
12938613 TT
1 TT
12938615 TCATACTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTAGAACTTAAAACATCAGACTTTGCTTCTGAACAATTATGG
GCATAAAACTCGTTCGCACGATTATCGCACGACTTTAATTTTTCGTTGTG
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12937896 ATTGGTTTTA
* * * * *
12937906 ATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTC
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* *
12937971 TGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTTATTTTTCGTTGTTAT
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* * *
12938036 TCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACGTATTGA
131 TCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGCGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATTGA
*
12938101 TGATCTTCATATTTGGATAATATTTGTGTTGCTATTGGTGCTTGATGTAATTAATTATGTGCTAA
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* * * * * **
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261 ATTGTTATTAGTGCTTGATGAGATGAACTAATGGTGCTTGAAAT-ATTAATTATGTGCTAAAATG
*
12938231 ATTTGTACCGGTGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTGAAATGGAAATG
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* *
12938296 ATTTTGAATATCTTGAATCAAATATTTTAAAGTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCA
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* *
12938361 TTGGTTTTAATTTTTCATAATTTTAAGTGTAAGTTATAAAGGGTTTTAGAACTTAAAACATCAGA
455 TTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTAGAACTTAAAACATCAGA
* *
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* ** * *
12938550 TGAACAATTTTGGGCATAAAAGTCTTTCGCACGATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGT-
66 TGAACAATTATGGGCATAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGT-TA
*
12938614 TTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGCGCTCTAAGGGA-GTTGAGGAATTACATA-T
130 TTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGCGCTCTAA-GGATGTTGAGGAATTACATATT
* * ** * *
12938677 GAACGATCTTCATATTTGGATATTGTTTGTGAAGTTTTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTTTG
194 G-ACGATCTTCATATTTGGATAATATTTGT---GTTGCTATTGGTGCTTGATGTAATTAATTATG
* * * *
12938742 TGCTAAATTGTT-TTAGTAGTTTTATAAGGACAGCACTCGAAGCCTAATGGT-TTTGAAAT-TTT
255 TGCTAAATTGTTATTAGT-GCTTGAT---G--AG-A-T-GAA--CTAATGGTGCTTGAAATATTA
* * *
12938804 ATGT-TTTGCTTTGAAAATGATTT-TCACTGGTGTCAAGCTTTAAGATATGAAAGCATTGTCTTA
309 AT-TATGTGC--T-AAAATGATTTGT-ACCGGTGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTCTTA
* * *
12938867 GCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAA
369 GCAGGTTTTGAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCAAATATTTTAAACTTGCTCAAACAA
* * * *
12938932 AGAAATATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTTATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGAT
434 AGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGAT
* * * * *
12938997 TTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAA
499 TTTAGAACTTAAAACATCAGACTTTGTCTTCTGAACAATTATGGGCGTAAAAACCATTCGCACAA
* * *
12939062 TTATTGCACGATTTTT
564 TTATCGCACGACTTTG
*
12939078 AATTTTCGTTGT
1 ATTTTTCGTTGT
12939090 TTTTCATACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGAACAATTATGGGCATAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTTAT
TCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGCGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATTGA
CGATCTTCATATTTGGATAATATTTGTGTTGCTATTGGTGCTTGATGTAATTAATTATGTGCTAA
ATTGTTATTAGTGCTTGATGAGATGAACTAATGGTGCTTGAAATATTAATTATGTGCTAAAATGA
TTTGTACCGGTGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTCTTAGCAGGTTTTGAAATGGAAATGA
ATTTGAATATCTTGAATCAAATATTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCAT
TGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTAGAACTTAAAACATCAGAC
TTTGTCTTCTGAACAATTATGGGCGTAAAAACCATTCGCACAATTATCGCACGACTTTG
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12938475 CACGACTTTG
* * * * *
12938485 ATTTTTCGTTGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTCTTTC
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* * ** * * *
12938550 TGAACAATTTTGGGCATAAAAGTCTTTCGCACGATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGT-
66 TGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTTATTTTTCGTTGT-TA
* * * *
12938614 TTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGCGCTCTAAGGGA-GTTGAGGAATTACATATG
130 TTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA-GGATGTTGAGGAATTACGTATT
* * * *
12938678 AACGATCTTCATATTTGGATATTGTTTGTGAAGTTTTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTTTGT
194 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* **
12938743 GCTAAATTGTTTTAGTAGTTTTATAAGGACAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGT
259 GCTAAATTGTTTTAGCAG-TTTAT-AGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGT
* *
12938808 TTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTCAAGCTTTAAGATATGAAAGCATTGTCTTAGCAGGT
322 TTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGT
* *
12938873 TTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAAT
387 TTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAAC
*
12938938 ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTT
452 ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTA
12938962 ATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTT
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* *
12939027 CTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTTAATTTTCGTTGTTT
65 CTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTTATTTTTCGTTGTTA
* * *
12939092 TTCATACTTATTTGCTTTTAGAAACATTTTTAGGTGCACTAAGGATGTTGAGGAATTAGGTATTA
130 TTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACGTATTA
* * * * *
12939157 GTGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTAGTGTTTGATTTGATTAATTATGTT
195 ATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTG
* *
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260 CTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTT
* ** *
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* *
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** *
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* * *
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* *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* *
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* * *
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* * * * **
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*
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* * *
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* *
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*
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* **** ** * * **
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** * * ** ** *
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* * * ** * * * *
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* ** * * * * ** * ** * *
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** * ***** *** * * ** ** * ***
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* * * ** * * * * * * **
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*** *** * * * *
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ATAATAATATAATT
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12945235 ATATTTATAA
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* * * *
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* *
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*
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TAATTAATTATTTATTTTATATT
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ATTATTATCTTTATATT
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*
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*
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ATAATTAATT
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12946144 CAATGTTAAC
* *
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*
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*
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* * *
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TATTAATAATTATTAT
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12946163 TTAATAATAA
*
12946173 TAATAATTATTATTAT-TA-ATTTTTGTT-T
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TAATAATTATTATTATAAATATTTTTGTTAT
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12946201 GTAATAATTA
*
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*
12946999 ATAT-TATTACTATTTA
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ATATATATTAATATTTAA
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12947005 TTACTATTTA
*
12947015 TTATAATAACTTAAT
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*
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1 -TTATT-ATAAT
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TTATTATAATTAAT
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12947033 TTAATACATT
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1 A
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AATTATTATAATA
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12947105 TATTAGAATA
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1 TGTATATATAAT
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1 T
12947140 ATACAATTTA
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12947226 TTAATAAAAT
12947236 ATTATAA-T-TA
1 ATTATAATTATA
12947246 ATTATAAGTTATA
1 ATTATAA-TTATA
* *
12947259 ATTAAAATTATTG
1 ATTATAATTA-TA
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1 ATTATAATTATA
* *
12947283 ATTTTAATTTTA
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1 ATTATAATTAT
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ATTATAATTATA
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12947226 TTAATAAAAT
* *
12947236 ATTATA A-T-TA ATTATA AGTTATA ATTAAA ATTATTG ATTATA ATTAT-
1 ATTATA ATTATA ATTATA A-TTATA ATTATA ATTA-TA ATTATA ATTATA
* *
12947283 ATTTTA ATTTTA ATT-TA ATTAT
1 ATTATA ATTATA ATTATA ATTAT
12947305 TAATAGTAAT
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ATTATA
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12947263 AAATTATTGA
* * * *
12947273 TTATAATTATATTTTAATTTTAATT-TAA
1 TTATAATAATAATTTAATATT-ATTATAG
* *
12947301 TTATTAATAGTAA-TTAAGTATTTTGTATAAG
1 TTA-TAATAATAATTTAA-TATTAT-TAT-AG
12947332 TTATAATAATAATTTAATATTATTATAG
1 TTATAATAATAATTTAATATTATTATAG
12947360 TTATAA
1 TTATAA
12947366 ATTATGAATT
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TTATAATAATAATTTAATATTATTATAG
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12948253 AGTTATATAG
* ** * * * * ** * *
12948263 TATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTTAATTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
1 TATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATT-TT
* * * *** * *
12948328 AAATTTGTATTAATTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC
65 AAATTAGTATT-ATTT-TTTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * * * *
12948392 AAAAAGGTCAAAACGATTTGGAATATATAATAGTTCTAACAATTTTAACCATTTGAACCGATT-C
128 -AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGTTTGC
* *
12948456 GATAAATTTATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
192 -A-AAA--CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA-TAAATTAGTATT
* * * * ** * ** * *
12948517 ATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGTTTGAACAAAAGAATTGATTTACAACAAAACAAAATGTCATAA
252 ATTTTATTTC-AAATAAGATTATAT-AATGAAACAATT-ATTTATGAC-AAACAAAAGGTCAAAA
* * * * * *
12948581 CAATTTAAAATAAATAATAGTTT-AAATGGACATGAC
313 CAATTT-GAATAGATAAT--TTTCTAATAGTCATAAC
* * * * * **
12948617 TATGTGAACTTGTTCAATAAATAACTTTATTTTTTAAATCTCCAACTCGTTAATTTTATAATAAT
1 TATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTT-TAA-AAT
* *
12948682 A--ATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACA
60 ATTTTAAATTAGTATTATTTT-TTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACA
*
12948745 AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTCG
124 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-G
* * * * *
12948809 CTTTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA-AATAAATTAATA
187 -TTTGCAAA-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATAAATTAGTA
12948873 TTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAA
250 TTATTTTATTTCAAATAAGATTATAT-AA-TGAAACAATTATT-TATGAC-AAACAAAAGGTCAA
*
12948938 AACAATTTCGAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
311 AACAATTT-GAATAGATAATT-TTCTAATAGTCATAAC
* *
12948976 TATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTTTA
1 TATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTTTA
* * * * * * *
12949041 ACATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-T
66 A-ATTAGTATTATTTTT-TCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * ** * * ** ** *
12949105 GAAGATCACAATGATTTGCGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGGTAGTTTGGA
129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-GTTTGCA
* * * * *
12949170 AAACATTTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTTATAAAGTAGTGTTATT
193 AAACA--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA-TTATAAATTAGTATTATT
* * * * * * **
12949234 TTATTTCGAATAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTACGACAAAGCAAAAAGTCATAATGA
255 TTATTTCAAATAAGATTATAT-AA-TGAAACAATT-ATTTATGACAAA-CAAAAGGTCA-AAACA
* * * *
12949299 CTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AAAATC
315 ATTTGAATAGATAATT-TTCTAATAGTCATAA-C
* * * * *
12949332 TATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTCAAATG
1 TATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC--T-T-ATTAATTTTTAAAATA
* * * * * * * * *
12949397 TTAATAAATAAGTGTTATTTTTT-TGAATAAGCTTGTGTGAACTAAAATAATTATTTTATGACTA
61 TT-TTAAATTAGTATTATTTTTTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *
12949461 AACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
125 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-GTT
12949526 TGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATAAAATTAGTAT
189 T-GCAAA-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT-AAATTAGTAT
* * * * * * *
12949591 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGA-A-AA-GAAACAATTGCTTTATGACAATA-TAAAGAT-AATA
251 TATTTTATTTCAAATAAGATT-ATATAATGAAACAATT-ATTTATGACAA-ACAAAAGGTCAAAA
* *
12949651 CTGATTTGAGATAGATAATTTTTTAAATAGTCATAAC
313 C-AATTTGA-ATAGATAATTTTCT-AATAGTCATAAC
* * * * * *
12949688 TATTTGAAC-CGATACAGTAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAA
1 TATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATT-T
* * * * * * * * *
12949752 TAGATTAGTAATATTTTATTCTGAATAAATTTGCATGAACAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAAT
64 TAAATTAGTATTATTTT-TTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * *
12949817 AGAAGGTTGTAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACT-TGTT-C
128 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGT-TTGC
* * * * * *
12949880 AGTGAACGGATTTAATTTTTAAATCTCCTACCTATTTATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TCAT
192 A--AAAC--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT-ATAAATTAGT-AT
12949944 TATTTTAT
251 TATTTTAT
12949952 AATTTTTAGA
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 220, Indels: 125
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 34 0.03
352 7 0.01
353 138 0.13
354 52 0.05
355 110 0.10
356 263 0.25
357 95 0.09
358 52 0.05
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361 68 0.06
362 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (346 bp):
TATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTTTA
AATTAGTATTATTTTTTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGTTTGCAAAA
CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGATTATATAATGAAACAATTATTTATGACAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAATAGA
TAATTTTCTAATAGTCATAAC
Found at i:12949489 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12948301--12949951 Score: 1065
Period size: 179 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
12948291 GTTTTTTTAA
* * *
12948301 TTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
1 TTTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * *
12948365 ATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAAAACGATTTGGAATATATAATAGTTCTA
64 ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * **
12948430 ACAATTTTAACCATTTGAAC-CGATTCGATAAATTTATTTATTTTTTAAA--TC
128 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* *** *
12948481 --TCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTTTGAA
1 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * * * * *
12948544 C-AAAAGAATTGA-TTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATAGTTTAAA
65 CTAAAACAATT-ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
12948607 TGGACATGACTATGTGAACTTGTTCAATAAATA-ACTTTATTTTTTAAATCTC
129 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTC
*** ** * * * *
12948659 CAACTCGTTAA-TTTT-ATAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTAGTATGA
1 TTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
12948722 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAA
64 ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAA
* ** * *
12948786 ATAGTCTTAACTATTTGAACTCGCTT-TGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-
128 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
12948838 TTTACTTATTAATTTTTGGAATA--AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGA
1 TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
12948901 ATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTCG-AATAGATAATTATTCTA
64 ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAA
*
12948965 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TC
128 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* ***
12949016 --TCTTATTAATTTTTGAAATATT-TTAACATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGA
1 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * ** * *
12949078 TCAAAAATAATTGTTTTATGA-GAAA-ATGAAGATCACAATGATTTGCGATTGATATTTGTTCAA
64 ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** ** ** * *
12949141 ATAGTCAAAACTATTTGAGGTAGTTTGGA-AAACATTTTTAGTTTTTAAATCTC
128 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
12949194 TTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTTATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATAAA
1 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
12949258 CTGAAACAATTGTTTTACGAC-AAAGCAAAAAGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAA
65 CTAAAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * *
12949321 ATAGT-AAAATCTATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTC
128 ATAGTCTTAA-CTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * * *
12949375 TTTCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATAAGTGTTATTTT-TTTGAATAAGCTTGTGTGAAC
1 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
12949439 TAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
66 TAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* **** *
12949504 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
131 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * ***
12949554 TTACTTATTAATTTTTGGAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG-A--A
1 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGA
** * * * * * *
12949615 A--AGAAACAATTGCTTTATGAC-AATA-TAAAGATAAT-ACTGATTTGAGATAGATAATTTTTT
64 ACTA-AAACAATTATTTTATGACTAA-ACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
12949675 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-CGATACAGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC
126 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** *
12949728 --TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTAATATTTTATTCTGAATAAATTTGCATGAA
1 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * ** *
12949791 C-AGAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGGTTGTAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
65 CTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * ** *
12949855 TGGACATGATTATTTGAACTTGTTCAGTGAACGGATTTAATTTTTAAATCTC
129 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
12949907 CTACCTATTTATTTTT-AGAATATTAATAAATTA-TCATTATTTTAT
1 TTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAT
12949952 AATTTTTAGA
Statistics
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TAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
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* * * **
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*
12948343 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAAAACGA
65 T-TTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCAAAACGA
* * * * * * * * **
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128 TTT-GAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATT
* *
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191 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGC--
* * ** * * * * * *
12948537 GTTTGAACAAAAGAATTGATTTACAACAAAACAAA-ATGTCATAAC-AATTTAAAATAAATAATA
254 --TTGAAAAAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAGA--TCAT-ACTGATTTGAGATAGATAATT
* * * * * * * * **
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* * *
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377 CATTAATTTTATAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTAGTATAAACAAAAA
* * **
12948729 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAACTAATTGTTCAAATAGTCTT
442 CAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAACTAATTGTTCAAATAGTCAA
* **
12948794 AACTATTTGAACTCGCTTTGT
507 AACTATTTAAACTCGCTTAAT
* * * *
12948815 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA--TAAATAAATTAA-TATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAA-TAAGTATTAT
* * * * *
12948877 TTTATTTCAAATAAGATTATATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACA
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* *
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127 ATTT-GAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATT
* * *
12949007 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTTTAACATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTT
191 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
* * * * * * * *
12949072 GTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAATGAAGATCACAATGATTTGCGATTGAT-ATTTG
256 G-A--A--AAAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAGATCATACTGATTTGAGATAGATAATTT-
* * * ** * * * * *
12949136 TTCAAATAGTCAAAACTATTTG-A-GGTAGTTTGGAAAACATTTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCT
315 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCG-A-TTCAGTAAATA-ATTTAATTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * ** ** **
12949199 TATTAATTTTGA-AATATTTATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATAAACTGAA
377 CATTAATTTT-ATAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTAGTATAAACAAAA
* *
12949263 ACAATTGTTTTACGACAAAGCAAAAAGTCATAATGACTTT-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGT
441 ACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAGT
*
12949326 -AAAATCTATTTAAACTTG-TTCAAT
504 CAAAA-CTATTTAAACTCGCTT-AAT
* * *
12949350 AAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATAAGTGTTAT
1 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATAAGTATTAT
* * * * *
12949415 TTTTTTGAATAAGCTTGTGTGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGAT
64 TTTTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGAT
* * *
12949480 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTT
129 TTG-AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTT
*
12949545 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGC
193 TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGC
* * *
12949610 TTGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAATATAAAGATAATACTGATTTGAGATAGATAATTTTTT
254 TTGAAAA-AAACAATTGATTTATGACAAAATAAAGATCATACTGATTTGAGATAGATAATTTTTT
*
12949675 AAATAGTCATAACTATTTGAACCGATACAGTAAATAGATTTAATTTTTAAATCTC-T--T-ATTA
318 AAATAGTCATAACTATTTGAACCGATTCAGTAAATA-ATTTAATTTTTAAATCTCTTACTCATTA
* * * * * * * * * * * *
12949736 ATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTAATATTTTATTCTGAATAAATTTGCATGAACAGAAGCAAT
382 A-TTTTATAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTAGTATAAACAAAAACAAT
* * * * * ** *
12949801 TGTTTTATGACAAAATAGAAGGTTGTAAAGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
446 TATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAAT
12949856 GGACATGATT
Statistics
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Consensus pattern (527 bp):
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TTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTT
GAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTA
AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGAAAA
AAACAATTGATTTATGACAAAATAAAGATCATACTGATTTGAGATAGATAATTTTTTAAATAGTC
ATAACTATTTGAACCGATTCAGTAAATAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTATAA
TAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTAGTATAAACAAAAACAATTATTTTACGA
CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAACTAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTC
GCTTAAT
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12949980 AAATAAAAGA
* * * ** * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
12950119 TATGACAAAACAAAAGGCCATAACTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAG
131 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
12950171 TCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAATAAATCTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATCTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * *
12950235 TGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATGTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTT
66 TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * * *
12950299 TATTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAGATATAATTGTTCAAATAG
131 TA-TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * *
12950352 TCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGAT-TCATATTGT-AAATCTCTTACTCATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATCT-AT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTT
* ** * *** *
12950415 TTTAAAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTTAATAATCCAATATGAACT-GATACAA
64 TTT--GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * *
12950478 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAAATAGATAATTATTTAAATAG
125 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * * *
12950537 TTATGACTATTAGAGCTTATTCCGTAAACATATTTATTTTTTAAAAGCTTTTACTAATTAA-TTG
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATCTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* **** * * * *
12950601 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACCCGAATATGCTTGTGTGTGAAAAAAAAACAATT
65 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAGC-T-TGTATG-AATAGAAACAATT
* *
12950666 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
127 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
12950722 TCATAACTA-TTGAAGTTATTCGGTAAATAGATTTATTTCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATCTATTT-TTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
12950786 TT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGCATGAATACAAA-AATTAT
65 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT
* * * * * *
12950848 TTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATGGGTAATTGTTCAAATAG
129 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
12950902 TCATAACTATTTGAAATTGGTCAATAAACAGATTCAATTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATA-AATCTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
12950966 TT-AAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTTCA-AATAAGCTTATACGAATAGA
65 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAATAGA
12951020 TATAACAATT
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 139, Indels: 53
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 142 0.21
181 193 0.28
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATCTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:12950453 original size:494 final size:485
Alignment explanation
Indices: 12949536--12950448 Score: 1027
Period size: 494 Copynumber: 1.9 Consensus size: 485
12949526 TGGCAAACAC
*
12949536 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATAAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATAAAATTACTATTATTTTAATC
* * * *
12949601 CAAATAAGCTTGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAATATAAAGATAATACTGATTTGAGATAGA
66 CAAATAAGCTTGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAAGACAATACTGATTTGAAATAGA
* * * *
12949666 TAATTTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCGATACAGTAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCT
131 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCGATACAGAAAATAAATCTAATTTTTAAATCTCT
* * *
12949731 TATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTAATATTTTATTCTGAATAAATTTGCATGAACAGAA
196 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTCAGAATAAACTTGCATGAACAGAA
* * * ** * *
12949796 GCAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGGTTGTAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
261 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGACA
* * * * * * * * *
12949861 TGATTATTTGAACTTGTTCAGTGAACGGATTTAATTTTTAAATCTCCTACCTATTTATTTTTAGA
326 TAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCAATTTGTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAA
12949926 ATATTAATAAATTATCATTATTTTATAATTTTTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGAT
391 ATATTAATAAATTATCATTATTTTATAATTTTTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGAT
12949991 CATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAGTGG
456 CATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAGTGG
* * * **
12950021 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA-ATAAATTTCTATTATTTTGTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATA-AAATTACTATTATTTTAAT
*** * * * * * *
12950085 TTGAATATGTTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACT-ATTTT
65 CCAAATAAGCTTG---AAA-AGAAACAATTGCTTTATGACAAAA-AAAAGACAAT-ACTGATTTG
* **
12950149 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTTAGAAAATAAATCT-ATTTTT
124 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-CGATACAGAAAATAAATCTAATTTTT
* ** * *
12950212 AAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATGT-AGAATAAG
188 -AAA--TCT-CTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTAATATTTTAT-TCAGAATAAA
* * * *
12950275 CTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAGATATA
246 CTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAGAGATA
* ** * *
12950339 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTC-ATATTGTAAATCTCTT
310 ATTGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCAAT-TTGTAAATCTCCT
12950403 A-CTCATTAATTTTTTAAAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAT
374 ACCT-ATTAA-TTTTT--AAAATATTAATAAATTA-TCATTATTTTAT
12950449 TTTTAATAAT
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 59, Indels: 32
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
484 1 0.00
485 64 0.18
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491 4 0.01
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498 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (485 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATAAAATTACTATTATTTTAATC
CAAATAAGCTTGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAAGACAATACTGATTTGAAATAGA
TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCGATACAGAAAATAAATCTAATTTTTAAATCTCT
TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTCAGAATAAACTTGCATGAACAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGACA
TAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCAATTTGTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAA
ATATTAATAAATTATCATTATTTTATAATTTTTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGAT
CATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAGTGG
Found at i:12950700 original size:370 final size:362
Alignment explanation
Indices: 12950117--12950814 Score: 862
Period size: 370 Copynumber: 1.9 Consensus size: 362
12950107 AAACAATTGG
* ** * *
12950117 TTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGCCATAAAGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
12950182 TGAACATGTTTAGAAAATAAATCTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAAT
66 AGAACATATTCAGAAAACAAATCTATTTTTAAAACTTTTACTAATTAATTTGTTGAAATATTAAT
* *** * *
12950247 AAATTTATATTATTTTATGTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATTGACAAAACA
131 AAATTAATATTATTTTAACCAGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTATTGACAAAACA
* * * * *
12950312 AAAGGTCATAATGATTTGAAAGATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGT
196 AAAAGTCATAACGATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTTATTCGGT
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260 AAATAGATTCATATCTGTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTT---AAATATTAATAAATTAGTAT
12950441 TATTTTATTTTTAATAATCCAATATGAACTGATACAATTAT
322 TATTTTATTTTTAATAATCCAATATGAACTGATACAATTAT
* * *
12950482 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGCCATAAAGATTT-AAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
12950547 TAGAGCTTATTCCGTAAACATATTTATTTTTTAAAAGCTTTTACTAATTAA-TTGTTGAAATATT
65 TAGAACATATTCAGAAAACAAATCTA-TTTTTAAAA-CTTTTACTAATTAATTTGTTGAAATATT
* * *
12950611 AATAAATTAATATTATTTTAACCCGAATATGCTTGTGTGTGAAAAAAAAACAATTGTTT-TATGA
128 AATAAATTAATATTATTTTAACCAGAATAAGC-T-TGTATG-AAAAAAAACAATTGTTTAT-TGA
* * *
12950675 CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAGTTA
189 CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTA
* * * * * * *
12950740 TTCGGTAAATAGATTTATTTCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTTG
254 TTCGGTAAATAGATTCATATCTGTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAG
12950805 TATTATTTTA
319 TATTATTTTA
12950815 ATTGAAATAA
Statistics
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Consensus pattern (362 bp):
TTTATGACAAAACAAAAAGCCATAAAGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATT
AGAACATATTCAGAAAACAAATCTATTTTTAAAACTTTTACTAATTAATTTGTTGAAATATTAAT
AAATTAATATTATTTTAACCAGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTATTGACAAAACA
AAAAGTCATAACGATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTATTCGGTA
AATAGATTCATATCTGTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTTAATAATCCAATATGAACTGATACAATTAT
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Alignment explanation
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12951011 ACGAATAGAT
* * * * * * * * * * *
12951021 ATAACAATTTGAAATGAATAATTTTTCAAACAATAATAACTATTTGCACTAATCAGGCT-AATAG
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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1 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTAGTAAACAGA
* * * * * *
12951267 TTTATTTTTTTTAATTCTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTGTTATTTTATTT
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* * * * *
12951332 CAAATAAGA-ATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTC
128 CGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
12951384 AGAACAACTTGAAATAGATAATTGTT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAATTAGTTCAGCAAACAC
1 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTAGTT-AGTAAACAG
* * * ** * *
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64 ATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * *** * * * *
12951512 TTGGATATGTTTGTATGAATAGAAATAGTTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGATC
127 TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
12951564 -TTATCAATTTGAGATAGATAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAG
1 ATAAT-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTAGTAAACAG
* * * *
12951628 ATTCAGTTTTTAAATC-TGA--TATTAATTTGT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
64 ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ****
12951689 CGAACAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATTACC
128 CGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ***
12951741 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCGCCTAATAGGTAGA
1 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTAGTAAACAGA
* *
12951806 TTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTTC
65 TTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * ** *
12951871 -AGATAAGCTTTTATTAATAGATAGAATTGGTTTATGACGAAACAAAAGGTC
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* * *
12951922 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGT-GATCAGAAAACAG
1 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAG-TTAGTAAACAG
* * * * *
12951986 ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTGTTAATTTTTGGAATATTTATAAATTTA-TATTATATTATTT
64 ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * *
12952050 -GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
128 CG-AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
12952102 ATAA-CATTCGAAATAGATAATT
1 ATAATAATTTGAAATAAATAATT
12952124 ATTCGATAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTAGTAAACAGAT
TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
ATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
Found at i:12953003 original size:19 final size:20
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12952952 AAATAGATTT
* *
12952962 ATTTTTTAAATATCATATTA
1 ATTTTTAAAATATCATATAA
*
12952982 ATTTTTAAAATATTA-ATAA
1 ATTTTTAAAATATCATATAA
12953001 ATT
1 ATT
12953004 AATATTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTTTAAAATATCATATAA
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12953304 TATGCAAACA
* *
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1 TATTAATTTTTGAAA-CTAT
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1 TATTAA
12953358 ATTATTGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTAATTTTTGAAACTAT
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * *
12953105 CATAATTATTTGAATTGATTCA-GTAAACAAAATTATTTTTTTAAATCTCTT
129 CATAACTATTTGAATTGATT-ATGTAAACAAATTTAGTTTTTTAAA--TC-T
* * * * * *
12953156 GCTTATTAAATTTTAAAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTATGAACT
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* *
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65 AAAATAATTGTTTTATGACAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
12953285 CTTTACTATTTGAATT-AGTTATGCAAACATATTTA-TTTTTGAAATCT
129 CATAACTATTTGAATTGA-TTATGTAAACAAATTTAGTTTTTTAAATCT
* * * * * * *
12953332 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTATTGTTATTTTAATCCGAATACGCTAATATGAA-AA
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* * * * * *
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66 -AAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
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128 TCATAACTATTTGAATTGATTAT-GTAAACAAATTTAGTTTTTTAAATCT
* * ** ** * * *
12953508 CCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * *
12953573 AAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATGGA
66 AAATAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
12953637 CATGACTATTTTAGCTTG-TT-TGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATACCCT
129 CATAACTATTTGA-ATTGATTAT-GTAAACAAATTTAGTTTTTTAAAT---CT
* ** * * * * *
12953687 ACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATA
1 -CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACA
* *
12953752 GAAATAATTGTTTTATGGCAAA
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAA
12953774 CTTACTTGGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (176 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAA
AAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAATTGATTATGTAAACAAATTTAGTTTTTTAAATCT
Found at i:12953728 original size:356 final size:353
Alignment explanation
Indices: 12952802--12953741 Score: 929
Period size: 356 Copynumber: 2.6 Consensus size: 353
12952792 AAATCCGTTA
* * * * *
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* * * * * * *
12952867 AAACAATTGTTTTATG-ACAA-AAATGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-AGTT
65 AAATAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGTAATTGTTCAAATAGTC
** * *
12952929 ATAACTAATAAAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATA-TCATATTAATTTTTAAAAT
129 ATAACT-ATTTAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATACTCATATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * * *
12952993 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGAC
193 ATTAATAAATT-ATAGTATTTTATTCTGAATAAACTAATATGAACAAAAACAATTATTCTATGAC
* * * * * *
12953058 AAAACAAAGGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGA
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*
12953123 TTCAGTAAACAAAATTATTTTTTTAAATCTCTT
322 TTCAGTAAACAAAATTATGTTTTTAAATCTC-T
* * * *
12953156 GCTTATTAAATTTT-AAAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAGTTGTATGAACT
1 -CTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTGTATGAA-T
* * * *
12953220 A-AAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
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* * * * * * *
12953284 TCTTTACTATTTGAA-TTAGTTAT-GCAAACATATTTATTTTTGAAAT-CTCTTATTAATTTTTG
127 TCATAACTATTT-AACTT-GTT-TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATACTCATATTAATTTTTA
* * * * **
12953346 AAATATTATTAAATTATTGTTATTTTAATCCGAATACGCTAATATGAA-AAGAAACAATTATTCT
189 AAATATTAATAAATTATAG-TATTTTATTCTGAATAAACTAATATGAACAA-AAACAATTATTCT
* * *
12953410 ATGACAAAATAAA-GATCATAACGATTT-AAGATAGATAATTGATCAAATAGCCATAACTATTTA
252 ATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTGAA-ATAAATAATTGATCAAATAGCCATAACTATTTA
* ** * * *
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316 AATTGATTCAGTAAACAAAATTATGTTTTTAAATCTCT
* * *
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* * *
12953573 AAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATGGAC
65 AAATAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGTC
* * * **
12953638 ATGACTATTTTAGCTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTTGCAA
129 ATAACTA-TTTAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATA--CT-CATATTAATTTTTAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (353 bp):
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTGTATGAATAGA
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AACTATTTAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATACTCATATTAATTTTTAAAATATT
AATAAATTATAGTATTTTATTCTGAATAAACTAATATGAACAAAAACAATTATTCTATGACAAAA
CAAAGGATAATAACGATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGCCATAACTATTTAAATTGATTCA
GTAAACAAAATTATGTTTTTAAATCTCT
Found at i:12954017 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 12953790--12954353 Score: 690
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12953780 TGGTAAATAG
* * *
12953790 ATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTT
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* * *
12953855 TGAATAAGTTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACTATTTGA
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* *
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*
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* * *
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* *
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* * * * * *
12954151 A-TCAGTTTTTTAAATCTTGTACTCATTAATTATTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATT
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* ** * * * * *
12954215 TTGAATAAAGCTAAATGAATTGATACAATTGTTTTATGA-AGAAGCAAAAGGTCATAACGATTTC
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* * * * **
12954279 AAATAGACAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAATAAACAT
12954332 ATTTA-TTTTAAAATCTTTTACT
1 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACT
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Statistics
Matches: 329, Mismatches: 44, Indels: 20
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ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
GAATAAGTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAATAAACAT
Found at i:12954066 original size:303 final size:299
Alignment explanation
Indices: 12953480--12954076 Score: 734
Period size: 303 Copynumber: 2.0 Consensus size: 299
12953470 TTAAATTGCT
12953480 TTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
12953545 TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAACG
66 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ****
12953610 ATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTTAGCTTGTTTGGTAAACAGATTTATTT
131 ATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAGATTGTTCAAAAAACAGATTTATTT
* *
12953675 TTTAAATACCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCTGAATAAA
196 TTAAAATACCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCAGAATAAA
* * * *
12953740 CTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAACTTAC
261 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAACTTAC
* * * ***
12953779 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
1 TTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* *
12953844 TTGTTTTATTTTGAATAAGTTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCA
62 TTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTACGACAAAAC-AAAAGGTCA
* * * *
12953909 TAACTATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATATGTTCAAAAAACATA
126 TAACGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAGAT-TGTTCAAAAAACAGA
*** **** *
12953973 TTTATTTTTAAAAT-TTTTA-CTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC
189 TTTATTTTTAAAATACCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAA-TTAGTAGTATTTTATTC
*
12954035 AGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
253 AGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
12954077 ACAAAAGGTC
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 40, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
299 25 0.10
302 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (299 bp):
TTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGTTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAGATTGTTCAAAAAACAGATTTATTT
TTAAAATACCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCAGAATAAA
CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAACTTAC
Found at i:12954247 original size:484 final size:478
Alignment explanation
Indices: 12953332--12954252 Score: 1063
Period size: 484 Copynumber: 1.9 Consensus size: 478
12953322 TTTGAAATCT
* * * *
12953332 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTATTGTTATTTTAATCCGAATACGCTAATATGAAAAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTAATATGAAAAG
*
12953397 AAACAATTATTCTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTGATCAAATAGCC
66 AAACAATTATTCTATGACAAAAAAAAGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTGATCAAATAGCC
**** * *
12953462 ATAACTATTTAAATTGCTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTCAAAATA
131 ATAACTATTTAAATTGCTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTACTATTAATTTTCAAAATA
** ** * * * *
12953527 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATA
196 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACA
* * * * * *
12953592 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTTAGCTTGTT
261 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACATGTT
** * *
12953657 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTAG
326 CAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTTG-AAAATATTAAAAAATTAGTAG
** *
12953722 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAACTTACTTGGTAAA
390 TATTTTATTCTGAATAAACTTAAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAACTTACTTGGTAAA
12953787 TAGATTTATTTTTTAGATCTTTTA
455 TAGATTTATTTTTTAGATCTTTTA
* * * ** * **
12953811 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGTTTGTAT-AAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTAATATGAAA-A
* * * *
12953875 GAAACAATTGGTT-TATGACAAAACAAAAAGGTCATAACTATTTGAAG-TAGATAATTGTTCAAA
65 GAAACAATT-ATTCTATGAC-AAA-AAAAAGATCATAACGATTT-AAGATAGATAATTGATCAAA
* * * *
12953938 TAGTCATAACTATTTGAATATG-TTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTTACTATTAATT
126 TAGCCATAACTATTTAAAT-TGCTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTT-AAA--TCTACTATTAATT
***
12954001 TTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
187 TTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* *
12954065 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
251 TTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATAGACATAACTAT
* **
12954130 TTGAACATGTTCAGTAAACATA-TCAGTTTTTTAAAT-CTTGTA-CTCATTAATTATTG-AAATA
315 TTGAACATGTTCAGTAAACAGATTCA-TTTTTTAAATAC-CCTACCT-ATTAA-T-TTGAAAATA
* * * *
12954191 TTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGC-TAAATGAATTGATACAATTGTTTTATG
375 TTAAAAAATTAGTAGTATTTTATTCTGAATAAA-CTTAAATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
12954253 AAGAAGCAAA
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 60, Indels: 29
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
478 3 0.01
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485 2 0.01
486 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (478 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTAATATGAAAAG
AAACAATTATTCTATGACAAAAAAAAGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTGATCAAATAGCC
ATAACTATTTAAATTGCTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTACTATTAATTTTCAAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACATGTT
CAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTTGAAAATATTAAAAAATTAGTAGT
ATTTTATTCTGAATAAACTTAAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAACTTACTTGGTAAAT
AGATTTATTTTTTAGATCTTTTA
Found at i:12955440 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12954928--12955527 Score: 429
Period size: 181 Copynumber: 3.3 Consensus size: 180
12954918 GTTTGTTTGA
* ** * * *
12954928 AATAAAATAATATTGTTTTATTAATATTTAGAAAATAAATCTA-TAAGAGATTTAAAAAGA-AAA
1 AATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTTTGAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAA
* ** * * ** *
12954991 TCTACTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTG-A-CTACTTCAATAACTAT-TATTTCAAATCGA-
63 TCTAATTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGAATCTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATC-AT
* * ** * * * * * ** *
12955052 TATAACCTTTTATTTTATCATTAAACAATTGGTT-CTGTTCATACTATTTTATTTAG
125 TATGACATTTTCGTTTAACATAAAACAATT-ATTGCAGTTCATACAAGCTTAGTTAG
* * *
12955108 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAAT-AGCTAAGAAAATTAAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTT-ATAATATTTTGAAAATTAATAAG-TAAG-AGATTTAAAAAATAAA
* * *
12955172 TCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTCTATTAATGATTATCTATTTCAAATCATTAT
63 TCTAATTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGAATCTATTAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** ** *
12955237 GACCTTTTCTTTTAACGTAAAACAATTGTTTTA-TTTGTACAAGCTTAGTTGG
128 GACATTTTCGTTTAACATAAAACAATTATTGCAGTTCATACAAGCTTAGTTAG
* *
12955289 ATTAAAATAATATTAATTTGATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTT-ATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * *
12955353 TTGTT-TACTGAATCAATTCAAATGGTTAA-AAT-TATTAGAATAATTATCTATTTCATATCATT
65 TAATTGT-C-GAACCAATTCAAATAGTTAAGAATCTATT--AATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
12955415 TTGATATTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTATTGCAGTTCATACAAGCTTATTTAG
126 ATGACATTTTCGTTTA-ACATAAAACAATTATTGCAGTTCATACAAGCTTAGTTAG
* * * *
12955470 AATAAATTAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATATGAAAGAGATTTTAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
12955528 TATTTATTTT
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 65, Indels: 37
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 6 0.02
179 10 0.03
180 117 0.35
181 160 0.48
182 40 0.12
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
AATTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGAATCTATTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
ATTTTCGTTTAACATAAAACAATTATTGCAGTTCATACAAGCTTAGTTAG
Found at i:12956294 original size:175 final size:174
Alignment explanation
Indices: 12955982--12956302 Score: 493
Period size: 175 Copynumber: 1.8 Consensus size: 174
12955972 TATTATGATT
* *
12955982 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * *
12956047 TTAATACAAGCATTTACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAA
66 TTAATACAAGCATTTACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAA
12956112 GAGATTTAAAAAATAATATCGAATCAATTAAAATAATTATAGCC
131 GAGATTTAAAAAATAATATCGAATCAATTAAAATAATTATAGCC
* * ** *
12956156 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* *
12956220 TTATCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAAAAAG
66 TTA--ATACAAGCATT-TACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAG
12956284 CAAGAGATTTAAAAAATAA
128 CAAGAGATTTAAAAAATAA
12956303 ATTTGTTTAC
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 12, Indels: 5
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.02
174 59 0.45
175 70 0.53
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAG
TTAATACAAGCATTTACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAA
GAGATTTAAAAAATAATATCGAATCAATTAAAATAATTATAGCC
Found at i:12956734 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 12955973--12958379 Score: 1174
Period size: 181 Copynumber: 13.3 Consensus size: 179
12955963 ATATTATAGT
* *
12955973 ATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATAA
*
12956038 TTGTTTTAGTTAATACAAGC--ATTTACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAA
65 TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT--AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAA
* * *
12956100 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-TA--T--CGAATCAATTAAAATA
127 ATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAATTATTTACCGAATCAATTTAAATA
* * * ** *
12956147 ATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACA
1 ATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATA
** * *
12956211 ATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCA-AAA
64 ATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCATAAA
* * * * *
12956275 ATTAAAAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACTAGTTTAAATA
127 ATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAA-TTATTTACCGAATC-AATTTAAATA
* * * * * * *
12956329 ATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATGTCATTGTTTTA-TCATAGAACAAT
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAATAAT
** * ** * * *
12956393 TGTTTCTA-TTCATGTAAGCTTATTCT-AAATAAAATATTGTTAGA-CTAATAATATT-TTAAAA
66 TGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-TAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCAT-AAA
* * * * * *
12956454 ATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAAATCAAATA
127 ATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAAT-TATTTACCGAATCAATTTAAATA
* * ** * * ** *
12956508 GTTAAGACTATTACAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAA
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATAA
* * * * *
12956573 TTCTTTTAGTTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACACTCATAAAAT
65 TTGTTTTAGTTCATACA-AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAAT
* *
12956637 TAATAAGCAAGAAATTAAGAAAAATAAATCTATTTACCGAAT-AAGTTTCAATA
129 TAATAAGCAAGAGATTAA-AAAAATAAAT-TATTTACCGAATCAA-TTTAAATA
* * ** *
12956690 GTT-TGACTATTTGAACAATTATCTACTGAAAATCATTATGACCTTGTGTTTTA-ACATAAAATA
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-T-TTTTAGTCATAAAATA
* * * * ** * * *
12956753 ATTGTTTCAAATT-ATAAAAGCTTGTCCAATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA-AAA
64 ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAA
* *** *** * * * * * *
12956816 TTTGGGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCACTTTATC-AAACAAACTCAAATA
127 ATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAATTA-TTTACCGAATC-AATTTAAATA
* * * ** * * *
12956870 ACTATGGCCATTCAAATAATTTACCTATTTCAAAATCATTATGGAACTTTGTTTT-GTCATAAAA
1 ATTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTC-AAATCATTAT-GACCTTT-TTTTAGTCATAAAA
** * *
12956934 TAATTGTTTTACATCATGAACAAAGGCCTATTCAAAAT--AA-AATAC-AATTTATTAATATTTC
62 TAATTGTTTTAGTTCAT--AC-AA-GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * *
12956995 A-AATTTTAA-TAATATAGGGAA-AGAATTTAAAAAATTAAA-TATGTTAACCGAAAACCAATTC
122 ATAA----AATTAATA-A-GCAAGAG-A-TTAAAAAAATAAATTAT-TT-ACCG--AATCAATTT
* *
12957056 CAATT
175 AAATA
* * * * * *
12957061 ATTATTGACTAATTTGAACGATTTATATGTTTTAAATCTTTTAT-AGCCTTATATTT-GTCA-AT
1 ATTA-TGACT-ATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATC-ATTATGA-CCTT-TTTTTAGTCATA-
* ** * ** *
12957123 AAACAATTAATTTATGTTCATAACAAGCTTATTCCGAAAATAAAAATAATAAAAATCTA-TAA-A
59 AAATAATTGTTTTA-GTTCAT-ACAAGCTTATT--TAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
12957186 TTTAGGAAAA-TAATAACCAACAGA--AAATTGAAAATTAAATTGTTTTGGCCAAACCAGTTCAA
119 TTCA-TAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAA---AAAA-TAAATT-ATTT-ACCGAATCAATTTAA
12957248 ATA
177 ATA
* * * *
12957251 GTTAATG-CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATCTT-GTCGTAAAA-
1 ATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-T-TTAGTCATAAAAT
* * * ** * * * * * * *
12957313 CATATGTTTTTGTTCATGCAAATTTGTTTGAAATAAATTAATATTAATTTATAAATATT-TTGGA
63 AAT-TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AA
* * * * * * * * * *
12957377 AATT-AT---TAAGACATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAATTA
126 AATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAAT-TATTTACCGAATCAATTTAAATA
* * * * * * *
12957428 GTTATAACAATTTGAACAATTAT-TCATTTCAAATCGTTATGGCCATTTGTTTT-GTTATAAGAT
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTAGTCATAAAAT
* * * * * * *
12957491 GATTGTTTCTA-TTGATACAACCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTTATATTC-TAAA
63 AATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AA
* * * * * * * **
12957554 AATTAACAAGTAACAGATTTAAAAATTAAATT-TGTTGACCTGACT-AGTACAAATA
126 AATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAATTAT-TT-ACC-GAATCAATTTAAATA
* * * *
12957609 ATTATGATTTTTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCT-GTCATAAAACA
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TT-TAGTCATAAAATA
* * * * * *
12957673 ATTGCTTTGGTTCGTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATTCTAATTTTTTAATATTCCA-AAAA
64 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAA
* * * * * * *
12957737 TTAATAAGTAGGACATTTAAAAACTAAATCTATTTATC-AAACAAGTTTAAATA
128 TTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAAT-TATTTACCGAATCAA-TTTAAATA
* * ** *
12957790 GTTATGACTATTT-AACAATTACCTATTTCAAATCCCTATAACCTTTATTTT-GTCATAAAATAA
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTAGTCATAAAATAA
* * * * ** * *
12957853 TT-TTTCT-CTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATTATAAAAATTTATTAATATTCATACACT
65 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAAT
* * * *
12957916 TAATAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AAGTTTAAATA
129 TAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAAT-TATTTACCGAATCAA-TTTAAATA
* * * ** *
12957967 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTT-GTCATAAAAAA
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTAGTCATAAAATA
* * ** * * *
12958031 ATTATTTTAATTCATTTAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATTCTAATTTATTAATATTC-TAAAAA
64 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAA
* * * *
12958095 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAGTA
128 TTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAAT-TATTTACCGAATCAA-TTTAAATA
* ** ** ** * *
12958148 GTTATTG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGGTAAAACCTTTTGATATGTCATTAAACA
1 ATTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTA-GTCATAAAATA
* * * * * *
12958212 ATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATGCAAAATTTATTAATATTCAGATA
64 ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCATAAA
* * * * * * *
12958276 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTGAATCATTTACCGAAT-AAGTTCAAATA
127 ATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAATTATTTACCGAATCAA-TTTAAATA
* * *
12958329 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCATTACGACCTTTTTTT
1 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTT
12958380 TTTGTCAAAT
Statistics
Matches: 1705, Mismatches: 386, Indels: 277
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 63 0.04
175 66 0.04
176 5 0.00
177 147 0.09
178 102 0.06
179 159 0.09
180 158 0.09
181 510 0.30
182 168 0.10
183 66 0.04
184 13 0.01
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186 21 0.01
187 44 0.03
188 12 0.01
189 15 0.01
190 27 0.02
191 22 0.01
192 52 0.03
193 22 0.01
194 4 0.00
195 3 0.00
196 9 0.01
197 5 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAATAAT
TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTA
ATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAATTATTTACCGAATCAATTTAAATA
Found at i:12957993 original size:358 final size:361
Alignment explanation
Indices: 12955981--12958376 Score: 1068
Period size: 358 Copynumber: 6.6 Consensus size: 361
12955971 GTATTATGAT
* * ** ** * * * *
12955981 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-T
1 TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCCTAAAACCTTTTATAT-GTCATAAAACAATTTTTTCT
* **
12956045 AGTTAATACAAGC--ATTTACAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCTA-A-AATTAA
65 A-TTCATACAAGCTTATTT-C-AAATAAAATAATGAAAAATTTATTAATA-TTC-AGACAATTAA
* * * * * * *
12956105 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-A--T--CGAATCAA-TTAAAATAATTAT-AGCCATTTGA
125 TAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCATTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTCATGA-CTATTTGA
* * ** * ** **
12956162 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTTTATCAT
188 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTACTTTAAT-TCAT
** * * * * * *
12956227 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAGAT
252 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGACAT
* * * * *
12956292 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAATTA-TGAC
317 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTG-C
* * * ** *** * * * *
12956337 TATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATGTCATTGTT-T-TATCATAGAACAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCCTAAAACCTT-TTATATGTCATAAAACAATTTTTTCT
** * ** * * * * *
12956400 ATTCATGTAAGCTTA-TTCTAAATAAAATATTGTTAGA-CTAATAATATTTTA-AAAATTAATAA
65 ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATGAAAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAA
* * * ** * ** * * * ** *
12956462 GTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAA-ATCAAATAGTTAAGACTATTACAATA
128 GTAAAAGATTTAAAAAGTAAAT-CATTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
12956526 GTTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTATT-TAGTCATAAAATAATT-CTTTTAGTTCATAC
191 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCT-GTCATAAAAAAATTAC-TTTAATTCATAC
* * * * * *
12956589 ATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACACT-CATAAAATTAATAAGCAAGAAAT
254 A-AGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGACAT
* * *
12956652 TAAGAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTTC-AATAG-T-TTGAC
317 TTA-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATTG-C
* * ** ** ** * ** * *
12956697 TATTTGAACAATTATCTACTGAAAATCATTATGACCTTGTGT-TTTAACATAAAATAATTGTTTC
1 TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCCTAAAACCTT-T-TATATGTCATAAAACAATTTTTTC
* * * * ** * **
12956761 AAATT-ATAAAAGCTT-GTCCAATATAAAATAAT-ATTACTTTATTAATATTTCA-A-AATTTGG
64 -TATTCATACAAGCTTATTTCAA-ATAAAATAATGAAAAATTTATTAATA-TTCAGACAA-TTAA
* *** * * * ** * * * **
12956821 GAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCACTTTATCAAACAAACTCAAATA-ACTATGGCCATTCAA
125 TAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCA-TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTC-ATGACTATTTGA
* * * * * **
12956885 ATAATTTACCTATTTCAAAATCATTATGGAAC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTACA-T
188 ACAA-TTATCTATTTC-AAATCATTAT-GACCTTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTACTTTA-ATT
* ** *
12956948 CATGAACAAAGGCCTATTCAAAATAAAAT-A--C-AATTTATTAATATTTCAAATTTTAA-TAAT
249 CAT--AC-AA-GCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAA----AATTAAT
* * * * *
12957008 ATAGGGAAAGA-ATTTAAAAAATTAAATATGTTAACCGAAAACCAA-TTCCAATTA-TTATTGAC
306 A-A--GTAAGACATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACC--AAA-CAAGTT-CAAATAGTTATTG-C
* ** * * ** * * * * *
12957070 TAATTTGAACGATTTATATGTTTTAAATCTTTTATAGCCTTATATTTGTCA-ATAAACAATTAAT
1 T-ATTTGAAC-AATTACCTATTTCAAATC-CCTAAAACCTTTTATATGTCATA-AAACAATT-TT
* * * * *
12957134 TTATGTTCATAACAAGCTTATTCCGAAAATAAAAATAAT-AAAAATCTA-TAA-ATTTAGGA-AA
61 TTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTC--AAAT-AAAATAATGAAAAATTTATTAATATTCA-GACAA
* ** * * * * ** * ** *
12957195 ATAATAACCAACAGAAAATTGAAAATTAAATTGTTTTGGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAATG-C
121 TTAATAAGTAA-A-AGATTTAAAAAGTAAA-TCATTT-ACCAAATAAGTTCAAATAG-TCATGAC
* * * * *
12957259 TATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATCTTGTCGTAAAACATATGT--T
181 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTC-TGTCATAAAA-AAAT-TACT
** * ** * * * ****
12957321 TTTGTTCATGCAAATTTGTTTGAAATAAATTAATAT-TAATTTATAAATATTTTGGAAATT-AT-
243 TTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * **
12957383 --TAAGACATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAATTAGTTATAAC
307 AGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTGC
* * ** *** * * * ** *
12957436 AATTTGAACAATTA-TTCATTTCAAATCGTTATGGCCATTTGT-TTTGTTATAAGATGATTGTTT
1 TATTTGAACAATTACCT-ATTTCAAATCCCTAAAACC-TTT-TATATGTCATAAAACAATTTTTT
* * * ** * * *
12957499 CTATTGATACAACCTTATTT-AGAATAAAGTAATG-CTAATTTATTTATATTCTA-AAAATTAAC
63 CTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATGAAAAATTTATTAATATTC-AGACAATTAAT
* * * * * * * * * *
12957561 AAGTAACAGATTTAAAAATTAAAT-TTGTTGACCTGACT-AGTACAAATAATTATGATTTTTTGA
126 AAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCAT-TT-ACC-AAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
* * * ** *
12957624 ACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGCTTTGGTTCGTA
188 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTACTTTAATTCATA
* *
12957689 CAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATTCTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGGACAT
253 CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGACAT
* * *
12957753 TTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTA-TGAC
317 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTG-C
* * *
12957798 TATTT-AACAATTACCTATTTCAAATCCCTATAACC-TTTATTTTGTCATAAAATAA-TTTTTCT
1 TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCCTAAAACCTTTTA-TATGTCATAAAACAATTTTTTCT
* * * * *
12957860 CTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATTAT-AAAAATTTATTAATATTCATACACTTAATAAGT
65 ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATGAAAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGT
* *
12957924 AAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT
130 AAAAGATTTAAAAAGTAAATC-ATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATT
** * * * **
12957988 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAATTCATTTAAGCT
194 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTACTTTAATTCATACAAGCT
* * *
12958053 TATTTGAAATAAAGTAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
259 TATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAA
* *
12958118 ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAGTAGTTATTGC
324 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTGC
* ** *
12958156 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGGTAAAACCTTTTGATATGTCATTAAACAATTTTTTCT
1 TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCCTAAAACCTTTT-ATATGTCATAAAACAATTTTTTCT
* *
12958221 ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATGCAAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAGT
65 ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATGAAAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGT
* * *
12958286 AAAAGATTTAAAAAGTGAATCATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
130 AAAAGATTTAAAAAGTAAATCATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTA
* *
12958351 TCTGTTTCAAATCATTACGACCTTTT
195 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
12958377 TTTTTTGTCA
Statistics
Matches: 1556, Mismatches: 352, Indels: 258
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 71 0.05
355 9 0.01
356 36 0.02
357 14 0.01
358 283 0.18
359 133 0.09
360 132 0.08
361 171 0.11
362 260 0.17
363 34 0.02
364 72 0.05
365 17 0.01
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367 16 0.01
368 22 0.01
369 30 0.02
370 17 0.01
371 3 0.00
372 6 0.00
373 6 0.00
374 10 0.01
375 41 0.03
376 17 0.01
377 11 0.01
378 11 0.01
379 52 0.03
380 42 0.03
381 23 0.01
382 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (361 bp):
TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCCTAAAACCTTTTATATGTCATAAAACAATTTTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATGAAAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAGTAAATCATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTACTTTAATTCATACAAGCTTA
TTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAAT
AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTGC
Found at i:12958330 original size:539 final size:541
Alignment explanation
Indices: 12957389--12958363 Score: 1234
Period size: 539 Copynumber: 1.8 Consensus size: 541
12957379 TTATTAAGAC
* * * * *
12957389 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTCA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACAATTATTCA
* * * ** * *
12957454 TTTCAAATCGTTATGGCCATTTGTTTTGTTATAAGATGATTGTTTCTATTGATACAACCTTATTT
66 TTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAACCTTATTT
* *
12957519 AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTTATATTCTAAAAATTAACAAGTAACAGATTTAAAAATTAAA
131 AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTAACAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
12957584 TTTGTTGACCTGACTAGTACAAATAATTATGATTTTTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAT
196 TCTATTGACCTGACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCAGTAA
* * * * * *
12957649 GACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGCTTTGGTTCGTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATT
261 AACCTTTTGATATGTCATAAAACAATTGCTTTGATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATG
* * ** *
12957714 CTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGGACATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAAC
326 CAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAAC
*
12957779 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTACCTATTTCAAATCCCTATAACCTTTATTTTGT
391 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCCTATAACCTTTATTTTGT
12957843 CATAAAATAATTTTTCTCTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATTATAAAAATTTATTAATATT
456 CATAAAATAATTTTTCTCTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATTATAAAAATTTATTAATATT
12957908 CATACACTTAATAAGTAAAAG
521 CATACACTTAATAAGTAAAAG
* * * * *
12957929 ATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA-TCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACAATTATTC-
* ** *
12957992 ATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAATTCATTTAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCT-ATTCATACAACCTTAT
* * *
12958056 TT-GAAATAAAGTAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 TTAG-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTAACAGATTTAAAAAAT
* * * * *
12958120 AAATCTATTTACC-GAACAAGTTCAAGTAGTTATTG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
193 AAATCTATTGACCTG-ACAAGTACAAATAATTA-TGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATC
* * * *
12958183 GGTAAAACCTTTTGATATGTCATTAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAA
256 AGTAAAACCTTTTGATATGTCATAAAACAATTGCTTT-GATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAA
* * * *
12958246 AATAATGCAAAATTTATTAATATT-CAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTGAATC-AT
319 AATAATGC-AAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAACTAAATCTAT
* * * *
12958309 TTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATC
382 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATC
12958364 ATTACGACCT
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 62, Indels: 20
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
538 8 0.02
539 288 0.79
540 67 0.18
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (541 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACAATTATTCA
TTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAACCTTATTT
AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTAACAGATTTAAAAAATAAA
TCTATTGACCTGACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCAGTAA
AACCTTTTGATATGTCATAAAACAATTGCTTTGATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATG
CAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCCTATAACCTTTATTTTGT
CATAAAATAATTTTTCTCTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATTATAAAAATTTATTAATATT
CATACACTTAATAAGTAAAAG
Done.