Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22631831
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 114000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 99 of 125
Found at i:19117451 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19117420--19117456 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
19117410 TATCAGCAGC
*
19117420 CTACCTTCATAGAATGGAG
1 CTACCTTCATAGAAAGGAG
19117439 CTACCTT-ATAGAAAGGAG
1 CTACCTTCATAGAAAGGAG
19117457 ATGAGTTTGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.59
19 7 0.41
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (19 bp):
CTACCTTCATAGAAAGGAG
Found at i:19124561 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 19124376--19124590 Score: 403
Period size: 106 Copynumber: 2.0 Consensus size: 106
19124366 TAATAACATT
*
19124376 GATACTCTAGTAATCGACTTTATTATTCTTTGATTCGTTATGATTAGGAATGTTTTAATTATGCC
1 GATACTCTAGTAATCGACTTTATTATTCTTTGATTCGTTATGATTAAGAATGTTTTAATTATGCC
19124441 TATATAACTAAGAAAGTCTGTTTTGTTTCACTATCACAATC
66 TATATAACTAAGAAAGTCTGTTTTGTTTCACTATCACAATC
19124482 GATACTCTAGTAATCGACTTTATTATTCTTTGATTCGTTATGATTAAGAATGTTTTAATTATGCC
1 GATACTCTAGTAATCGACTTTATTATTCTTTGATTCGTTATGATTAAGAATGTTTTAATTATGCC
* *
19124547 TATATAACTAAGAAAGTTTGTTTTGTTTCACTATTACAATC
66 TATATAACTAAGAAAGTCTGTTTTGTTTCACTATCACAATC
19124588 GAT
1 GAT
19124591 CAAGTTGAAA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
106 106 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (106 bp):
GATACTCTAGTAATCGACTTTATTATTCTTTGATTCGTTATGATTAAGAATGTTTTAATTATGCC
TATATAACTAAGAAAGTCTGTTTTGTTTCACTATCACAATC
Found at i:19133424 original size:55 final size:53
Alignment explanation
Indices: 19133336--19133455 Score: 145
Period size: 55 Copynumber: 2.2 Consensus size: 53
19133326 AAATTAAAAA
19133336 TTTTTTTTTTTGAATTTCTAAATTCTCCACCATTT-AGGTCTATTTACAAATTCT
1 TTTTTTTTTTTGAATTTCTAAATTCTCCACCATTTGA-GTCTATTTACAAATT-T
* * * *
19133390 TTTTTTTTTGTTGGATTTCTAAATTTTTTC-CCATTTGAGTCTATTTAGAAATTT
1 TTTTTTTTT-TTGAATTTCTAAA-TTCTCCACCATTTGAGTCTATTTACAAATTT
19133444 TTTTTTCTTTTT
1 TTTTTT-TTTTT
19133456 TTGTTTTCAG
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 4, Indels: 8
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
54 18 0.31
55 35 0.60
56 5 0.09
ACGTcount: A:0.20, C:0.12, G:0.07, T:0.60
Consensus pattern (53 bp):
TTTTTTTTTTTGAATTTCTAAATTCTCCACCATTTGAGTCTATTTACAAATTT
Found at i:19134376 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19134342--19134380 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
19134332 TCTTTTCCTC
19134342 TTTCTCTCTCTTCTTTCTT
1 TTTCTCTCTCTTCTTTCTT
19134361 TTTC-CTCTCTTCCTTTCTT
1 TTTCTCTCTCTT-CTTTCTT
19134380 T
1 T
19134381 ACAAACCCAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.37
19 12 0.63
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (19 bp):
TTTCTCTCTCTTCTTTCTT
Found at i:19134519 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19134493--19134532 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
19134483 AAATTTTCCA
19134493 GAAAAAAATTGCC-AAAATTTT
1 GAAAAAAATT-CCTAAAATTTT
19134514 GAAAAAAATTCCTAAAATT
1 GAAAAAAATTCCTAAAATT
19134533 CTAAGATTGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.11
21 16 0.89
ACGTcount: A:0.55, C:0.10, G:0.07, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
GAAAAAAATTCCTAAAATTTT
Found at i:19134773 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19134748--19134782 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
19134738 GGTTTTTCTC
*
19134748 TTTTTTTTCCTTTTTTAT
1 TTTTTTTTCATTTTTTAT
19134766 TTTTTTTTCATTTTTTA
1 TTTTTTTTCATTTTTTA
19134783 ATTAATAGAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.09, G:0.00, T:0.83
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTTCATTTTTTAT
Found at i:19135031 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 19134950--19135202 Score: 310
Period size: 41 Copynumber: 6.1 Consensus size: 41
19134940 AGTAAACAAA
* * * *
19134950 GCTCTTCTAAACATAGGCTCAACAACTTTTGAAAAATAAAAT
1 GCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAAC-TTTGAAAAATAAAAT
*
19134992 GCTCCTCTAAACAGAGGCACCAGAACTTTGAAAAATAAAAT
1 GCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAACTTTGAAAAATAAAAT
* * *
19135033 GCTCCTCTAAACAAAGGCTCCACAATTTTGAAAAAT-AAAT
1 GCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAACTTTGAAAAATAAAAT
* * * *
19135073 GCTTCTCTAAACAAAGGCTCCACAACTTTGAACAATAAAAT
1 GCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAACTTTGAAAAATAAAAT
* * * * *
19135114 GCTCCTATAAACAGAGGAACTATAACTTTTGAGAAATAAAAT
1 GCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAAC-TTTGAAAAATAAAAT
* *
19135156 GCTCCTCCAAACAGAGGCACCACAACTTTAAAAAATAAAAT
1 GCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAACTTTGAAAAATAAAAT
19135197 GCTCCT
1 GCTCCT
19135203 TGACAATCAT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 28, Indels: 5
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
40 37 0.20
41 89 0.49
42 55 0.30
ACGTcount: A:0.43, C:0.22, G:0.11, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
GCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAACTTTGAAAAATAAAAT
Found at i:19135179 original size:123 final size:124
Alignment explanation
Indices: 19134955--19135199 Score: 350
Period size: 123 Copynumber: 2.0 Consensus size: 124
19134945 ACAAAGCTCT
* * *
19134955 TCTAAACATAGGCTCAACAACTTTTGAAAAATAAAATGCTCCTCTAAACAGAGGCACCAGAACTT
1 TCTAAACAAAGGCTCAACAACTTTTGAAAAATAAAATGCTCCTATAAACAGAGGAACCAGAACTT
* * * *
19135020 TGAAAAATAAAATGCTCCTCTAAACAAAGGCTCCACAATTTTGAAAAAT-AAATGCTTC
66 TGAAAAATAAAATGCTCCTCCAAACAAAGGCACCACAACTTTAAAAAATAAAATGCTTC
* * * *
19135078 TCTAAACAAAGGCTCCACAAC-TTTGAACAATAAAATGCTCCTATAAACAGAGGAACTATAACTT
1 TCTAAACAAAGGCTCAACAACTTTTGAAAAATAAAATGCTCCTATAAACAGAGGAACCAGAAC-T
* *
19135142 TTGAGAAATAAAATGCTCCTCCAAACAGAGGCACCACAACTTTAAAAAATAAAATGCT
65 TTGAAAAATAAAATGCTCCTCCAAACAAAGGCACCACAACTTTAAAAAATAAAATGCT
19135200 CCTTGACAAT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 13, Indels: 3
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
122 36 0.34
123 64 0.60
124 7 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.21, G:0.11, T:0.23
Consensus pattern (124 bp):
TCTAAACAAAGGCTCAACAACTTTTGAAAAATAAAATGCTCCTATAAACAGAGGAACCAGAACTT
TGAAAAATAAAATGCTCCTCCAAACAAAGGCACCACAACTTTAAAAAATAAAATGCTTC
Found at i:19147816 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19147782--19147825 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
19147772 GCTTTTATCA
19147782 AAAACTGAGAAAAATA-CATC
1 AAAACTGAGAAAAATATCATC
19147802 GAAAACTG-G-AAAATATCATC
1 -AAAACTGAGAAAAATATCATC
19147822 AAAA
1 AAAA
19147826 ATTTCAAGTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.45
20 5 0.23
21 7 0.32
ACGTcount: A:0.59, C:0.14, G:0.11, T:0.16
Consensus pattern (21 bp):
AAAACTGAGAAAAATATCATC
Found at i:19147826 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19147778--19147826 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
19147768 TGAAGCTTTT
19147778 ATCAAAAACTGAGAAAAATAC
1 ATCAAAAACTGAGAAAAATAC
*
19147799 ATCGAAAACTG-G-AAAATATC
1 ATCAAAAACTGAGAAAAATA-C
19147819 ATCAAAAA
1 ATCAAAAA
19147827 TTTCAAGTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.24
20 9 0.36
21 10 0.40
ACGTcount: A:0.59, C:0.14, G:0.10, T:0.16
Consensus pattern (21 bp):
ATCAAAAACTGAGAAAAATAC
Found at i:19147913 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19147878--19147922 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
19147868 TTCAAAAATT
19147878 TTTCAAAAAACAATTACCAAAA
1 TTTCAAAAAACAATTACCAAAA
* *
19147900 TTTCAAAAAA-AATTTCTAAAA
1 TTTCAAAAAACAATTACCAAAA
19147921 TT
1 TT
19147923 CTAGAATTGC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.52
22 10 0.48
ACGTcount: A:0.56, C:0.13, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
TTTCAAAAAACAATTACCAAAA
Found at i:19148672 original size:20 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19148628--19148677 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
19148618 GTTTAACTCT
*
19148628 TTTATATATTTTTTATT
1 TTTATATATTTTTTATA
*
19148645 TTTTTATATTATTGTTAATA
1 TTTATATATT-TT-TT-ATA
19148665 TTTATATATTTTT
1 TTTATATATTTTT
19148678 ATAAATCTAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 5
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.33
18 3 0.11
19 4 0.15
20 11 0.41
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.02, T:0.72
Consensus pattern (17 bp):
TTTATATATTTTTTATA
Found at i:19156072 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19156022--19156072 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
19156012 ATCAATTTTT
19156022 TAAAATATGCAATTTTAAACA
1 TAAAATATGCAATTTTAAACA
* * * *
19156043 CAAAATATGTATTTTTAAATGA
1 TAAAATATGCAATTTTAAA-CA
19156065 TAAAATAT
1 TAAAATAT
19156073 ATGAATATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 1
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.67
22 8 0.33
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.06, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
TAAAATATGCAATTTTAAACA
Found at i:19159140 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19159102--19159140 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
19159092 TTTATTATAA
* *
19159102 TTTAAATTAATTTCTTAAAT
1 TTTAAATTAATTTATAAAAT
19159122 TTTAAA-TAATTTATAAAAT
1 TTTAAATTAATTTATAAAAT
19159141 AAAAAAATTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.65
20 6 0.35
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
TTTAAATTAATTTATAAAAT
Found at i:19160445 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19160421--19160472 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
19160411 TTTATTTGAG
19160421 AGTTTTTTTTTTTTATCTTTT
1 AGTTTTTTTTTTTT-TCTTTT
*
19160442 AGTTTTCTTTTCTTTTCTTTT
1 AGTTTT-TTTTTTTTTCTTTT
*
19160463 -CTTTTTTTTT
1 AGTTTTTTTTT
19160473 AAGTTTAGAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 4
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.15
20 4 0.15
21 12 0.44
22 7 0.26
ACGTcount: A:0.06, C:0.10, G:0.04, T:0.81
Consensus pattern (20 bp):
AGTTTTTTTTTTTTTCTTTT
Found at i:19160591 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19160586--19160613 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
19160576 GGGAAAAAAA
19160586 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
19160614 TCTCTGCAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:19161953 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19161910--19161964 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
19161900 AGTATTTTTG
*
19161910 AATTTTTTAAATA-AAATCAC
1 AATTTTTTAAATATTAATCAC
*
19161930 AATTTTTTAAATATTAATC-T
1 AATTTTTTAAATATTAATCAC
*
19161950 AATTTTTTATATATT
1 AATTTTTTAAATATT
19161965 TGAAATTTCT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 27 0.87
21 4 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (21 bp):
AATTTTTTAAATATTAATCAC
Found at i:19163053 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19163018--19163063 Score: 74
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
19163008 CACGTTGTTA
*
19163018 AGATTGGATCTATAATCAATAGT
1 AGATTGGAACTATAATCAATAGT
*
19163041 AGATTTGAACTATAATCAATAGT
1 AGATTGGAACTATAATCAATAGT
19163064 CTACGTTATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
AGATTGGAACTATAATCAATAGT
Found at i:19168240 original size:31 final size:33
Alignment explanation
Indices: 19168178--19168240 Score: 78
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
19168168 TAATTTGAGT
*
19168178 TTGAATCTAAACTTTTATTTAATCCGAATCAAA
1 TTGAATCTAAACTTTTATTTAATCAGAATCAAA
*
19168211 TTGAATC-AAA-TTTTA-TTAATTCAGTATCAA
1 TTGAATCTAAACTTTTATTTAA-TCAGAATCAA
19168241 TTTTTATTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
30 4 0.15
31 13 0.48
32 3 0.11
33 7 0.26
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (33 bp):
TTGAATCTAAACTTTTATTTAATCAGAATCAAA
Found at i:19168259 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 19168240--19168272 Score: 59
Period size: 8 Copynumber: 4.2 Consensus size: 8
19168230 TTCAGTATCA
19168240 ATTTTTAT
1 ATTTTTAT
19168248 -TTTTTAT
1 ATTTTTAT
19168255 ATTTTTAT
1 ATTTTTAT
19168263 ATTTTTAT
1 ATTTTTAT
19168271 AT
1 AT
19168273 ATTATTTTGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
7 7 0.29
8 17 0.71
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (8 bp):
ATTTTTAT
Found at i:19169659 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19169624--19169670 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
19169614 CATTACAACT
* *
19169624 ATCCCTAAACCCAAATCGAAA
1 ATCCCTAAAACCAAATAGAAA
19169645 ATCCC-AAAACCAAATAGAAA
1 ATCCCTAAAACCAAATAGAAA
19169665 ATCCCT
1 ATCCCT
19169671 TATCCTAAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 18 0.78
21 5 0.22
ACGTcount: A:0.49, C:0.32, G:0.04, T:0.15
Consensus pattern (21 bp):
ATCCCTAAAACCAAATAGAAA
Found at i:19174231 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19174196--19174232 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
19174186 AATTTTAAAC
19174196 TAAACTCAAAATTTCCA
1 TAAACTCAAAATTTCCA
19174213 -AAAC-CAAAA-TTCCA
1 TAAACTCAAAATTTCCA
19174227 TAAACT
1 TAAACT
19174233 TAACTTCTAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 5
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.28
15 9 0.50
16 4 0.22
ACGTcount: A:0.51, C:0.24, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (17 bp):
TAAACTCAAAATTTCCA
Found at i:19174750 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19174722--19174775 Score: 90
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
19174712 TAATATGCTT
19174722 TATTTTATTTTTTTAAAAGAAA
1 TATTTTATTTTTTTAAAAGAAA
*
19174744 TATTTTATCTTTTTAAAAGAAA
1 TATTTTATTTTTTTAAAAGAAA
19174766 TATTATTATT
1 TATT-TTATT
19174776 GATGTAAATA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 25 0.86
23 4 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.04, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
TATTTTATTTTTTTAAAAGAAA
Found at i:19174783 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19174735--19174783 Score: 55
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
19174725 TTTATTTTTT
* *
19174735 TAAAAGAAATATTTTATCTTTT
1 TAAAAGAAATATTTTATCTATG
19174757 TAAAAGAAATATTATTAT-TGATG
1 TAAAAGAAATATT-TTATCT-ATG
19174780 TAAA
1 TAAA
19174784 TAATAGACTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.61
23 9 0.39
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
TAAAAGAAATATTTTATCTATG
Found at i:19176515 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19176482--19176521 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
19176472 TATTTATAAA
19176482 AAAAATAAATGTGAAAAAT
1 AAAAATAAATGT-AAAAAT
19176501 AAAAATAAA-GT-AAAAT
1 AAAAATAAATGTAAAAAT
19176517 AAAAA
1 AAAAA
19176522 CTTTGGTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.48
18 2 0.10
19 9 0.43
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.07, T:0.17
Consensus pattern (18 bp):
AAAAATAAATGTAAAAAT
Found at i:19182199 original size:21 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19182151--19182198 Score: 82
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
19182141 ATTCAATGAA
19182151 TTTATTATTCAAATTTTAATATTT
1 TTTATTATTCAAATTTTAATATTT
19182175 TTTATT-TTCAAATTTTAAT-TTT
1 TTTATTATTCAAATTTTAATATTT
19182197 TT
1 TT
19182199 AATAAAAAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.21
23 13 0.54
24 6 0.25
ACGTcount: A:0.29, C:0.04, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (24 bp):
TTTATTATTCAAATTTTAATATTT
Found at i:19182597 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 19182583--19182615 Score: 57
Period size: 9 Copynumber: 3.7 Consensus size: 9
19182573 AACTAGGCTG
19182583 AAAAAAATT
1 AAAAAAATT
19182592 AAAAAAATT
1 AAAAAAATT
*
19182601 AAAAAAAAT
1 AAAAAAATT
19182610 AAAAAA
1 AAAAAA
19182616 TTGATTTGAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 23 1.00
ACGTcount: A:0.85, C:0.00, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (9 bp):
AAAAAAATT
Found at i:19182784 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19182759--19182798 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
19182749 TTAAATTGAA
*
19182759 TTATATATTTTTATTAATTT
1 TTATATAATTTT-TTAATTT
19182779 TTATATAATTTTTTAATTT
1 TTATATAATTTTTTAATTT
19182798 T
1 T
19182799 AATAAAATGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.42
20 11 0.58
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (19 bp):
TTATATAATTTTTTAATTT
Found at i:19182787 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19182759--19182791 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 3.2 Consensus size: 11
19182749 TTAAATTGAA
19182759 TTATAT-ATTT
1 TTATATAATTT
19182769 TTAT-TAATTT
1 TTATATAATTT
19182779 TTATATAATTT
1 TTATATAATTT
19182790 TT
1 TT
19182792 TAATTTTAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 1 0.05
10 12 0.57
11 8 0.38
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (11 bp):
TTATATAATTT
Found at i:19182837 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19182812--19182856 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
19182802 AAAATGTTAT
19182812 ATTATATCT-AAAT-ATATTAAAA
1 ATTATAT-TAAAATAATATTAAAA
19182834 ATTATATTAAAATAATATTAAAA
1 ATTATATTAAAATAATATTAAAA
19182857 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.05
22 11 0.52
23 9 0.43
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
ATTATATTAAAATAATATTAAAA
Found at i:19182845 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19182812--19182858 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 4.3 Consensus size: 11
19182802 AAAATGTTAT
19182812 ATTATATCT-AA
1 ATTATAT-TAAA
19182823 A-TATATTAAAA
1 ATTATATT-AAA
19182834 ATTATATTAAA
1 ATTATATTAAA
*
19182845 ATAATATTAAA
1 ATTATATTAAA
19182856 ATT
1 ATT
19182859 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
9 1 0.03
10 5 0.16
11 19 0.61
12 6 0.19
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (11 bp):
ATTATATTAAA
Found at i:19190385 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 19190350--19190409 Score: 77
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
19190340 ACTATCAATA
*
19190350 AATAAGATAATATC-ATATTATTAATGAAATG
1 AATAAAATAATA-CAATATTATTAAT-AAATG
*
19190381 AATAAAATAATACAATCTTATTAATAAAT
1 AATAAAATAATACAATATTATTAATAAAT
19190410 TAACTTTTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.19
31 21 0.81
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
AATAAAATAATACAATATTATTAATAAATG
Found at i:19196399 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19196380--19196412 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
19196370 TGGTTTATTA
19196380 CTTTT-ATG-TGAATTTT
1 CTTTTAATGATGAATTTT
19196396 CTTTTAATGATGAATTT
1 CTTTTAATGATGAATTT
19196413 ATTTTTTAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
17 3 0.20
18 7 0.47
ACGTcount: A:0.24, C:0.06, G:0.12, T:0.58
Consensus pattern (18 bp):
CTTTTAATGATGAATTTT
Found at i:19197285 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 19197268--19197322 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 9.7 Consensus size: 6
19197258 TTTAATTAAT
19197268 TATTTA -ATTTA TATTTA TA--TA TATTTA TATATT- TATTTA -ATTTTA
1 TATTTA TATTTA TATTTA TATTTA TATTTA TAT-TTA TATTTA TA-TTTA
19197313 TATTTA TATT
1 TATTTA TATT
19197323 AACAAAATAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 14
0.75 0.00 0.25
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.10
5 8 0.19
6 27 0.64
7 3 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (6 bp):
TATTTA
Found at i:19197288 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 19197274--19197321 Score: 55
Period size: 8 Copynumber: 6.0 Consensus size: 8
19197264 TAATTATTTA
19197274 ATTTATAT
1 ATTTATAT
19197282 -TTATATAT
1 ATT-TATAT
19197290 ATTTATAT
1 ATTTATAT
*
19197298 ATTTATTT
1 ATTTATAT
19197306 AATTT-TAT
1 -ATTTATAT
19197314 ATTTATAT
1 ATTTATAT
19197322 TAACAAAATA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 8
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
7 6 0.18
8 22 0.65
9 6 0.18
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (8 bp):
ATTTATAT
Found at i:19197300 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19197275--19197321 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
19197265 AATTATTTAA
19197275 TTTATATTTATATATAT
1 TTTATATTTATATA-AT
*
19197292 TTATATATTTATTTAAT
1 TT-TATATTTATATAAT
19197309 TTTATATTTATAT
1 TTTATATTTATAT
19197322 TAACAAAATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.37
17 6 0.22
18 11 0.41
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (16 bp):
TTTATATTTATATAAT
Found at i:19197322 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19197268--19197322 Score: 69
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
19197258 TTTAATTAAT
19197268 TATTTAATTTATATTTA
1 TATTTAATTTATATTTA
*
19197285 TATAT-ATTTATATATT-
1 TATTTAATTTATAT-TTA
19197301 TATTTAATTTTATATTTA
1 TATTTAA-TTTATATTTA
19197319 TATT
1 TATT
19197323 AACAAAATAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 7
0.78 0.05 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.38
17 9 0.28
18 11 0.34
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (17 bp):
TATTTAATTTATATTTA
Found at i:19197337 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19197312--19197363 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
19197302 ATTTAATTTT
19197312 ATATTTATATTAACAAAATA
1 ATATTT-TATTAA-AAAATA
19197332 ATATTTTTATTTAAAAAATA
1 ATA-TTTTA-TTAAAAAATA
19197352 ATATTTTATTAA
1 ATATTTTATTAA
19197364 TTTTTGGTTG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 6
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.13
19 5 0.17
20 14 0.47
21 7 0.23
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATATTTTATTAAAAAATA
Found at i:19197361 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19197315--19197358 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
19197305 TAATTTTATA
19197315 TTTATATTAACAAAATAATATT
1 TTTAT-TTAACAAAATAATATT
19197337 TTTATTTAA-AAAATAATATT
1 TTTATTTAACAAAATAATATT
19197357 TT
1 TT
19197359 ATTAATTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 13 0.59
21 4 0.18
22 5 0.23
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
TTTATTTAACAAAATAATATT
Found at i:19200277 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 19200235--19200290 Score: 103
Period size: 29 Copynumber: 1.9 Consensus size: 29
19200225 TACTGTACGC
*
19200235 AGTTCCCTATTACAGCATCTTTCTTTTCT
1 AGTTCCCTATTACAGCATCTTTATTTTCT
19200264 AGTTCCCTATTACAGCATCTTTATTTT
1 AGTTCCCTATTACAGCATCTTTATTTT
19200291 ATCAAAGGTG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 26 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (29 bp):
AGTTCCCTATTACAGCATCTTTATTTTCT
Found at i:19202221 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19202214--19202241 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
19202204 AAATAAATAA
19202214 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
19202242 CTTTATTGGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:19204428 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19204421--19204450 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
19204411 ATTATTATCT
19204421 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
19204451 AAAGATCCAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:19204612 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19204605--19204632 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
19204595 TAAATGAACC
19204605 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
19204633 AGGGATCAAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:19207279 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19207273--19207312 Score: 57
Period size: 3 Copynumber: 14.0 Consensus size: 3
19207263 TTATTACCAG
*
19207273 TAA TAA T-A TAA -AA TAA CAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
19207313 CATAAAAATC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.12
3 29 0.88
ACGTcount: A:0.68, C:0.03, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:19207705 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19207680--19207717 Score: 76
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
19207670 CAGATTTTGA
19207680 TCACCGAAAAATTCAAATGG
1 TCACCGAAAAATTCAAATGG
19207700 TCACCGAAAAATTCAAAT
1 TCACCGAAAAATTCAAAT
19207718 TTTTCCAGAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.21, G:0.11, T:0.21
Consensus pattern (20 bp):
TCACCGAAAAATTCAAATGG
Found at i:19208163 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19208155--19208183 Score: 58
Period size: 3 Copynumber: 9.7 Consensus size: 3
19208145 TTTTAAAGAT
19208155 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
19208184 TAAACAAAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 26 1.00
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:19208445 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 19208397--19208725 Score: 228
Period size: 39 Copynumber: 8.5 Consensus size: 39
19208387 AGAGGCTATA
* * *
19208397 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTTTTCTCACTAGAGGTAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTTCTCTCACTAAAGGCAAC
* * * * * *
19208436 AAACTTTAAATT-TAAAAGCCTT-TTTTACCAAAAGCAAT
1 AAACTTTAAATTCAAAAAG-CTTCTCTCACTAAAGGCAAC
* * * * *
19208474 GAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTCCCACCAAAGGTAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTTCTCTCACTAAAGGCAAC
* *
19208513 AAACTCTAAATTC-AAAAGAC-TCATCTC-GTCAAAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAG-CTTC-TCTCACT-AAAGGCAAC
* * * *
19208552 AAACTTTAAATGTTAAAAAGCTCCTCTCACTAGAGCCAAC
1 AAACTTTAAAT-TCAAAAAGCTTCTCTCACTAAAGGCAAC
* * * *
19208592 AAACTTTAAATTCAAAAA-ATTCCTTTAACAAAAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTT-CTCTCACTAAAGGCAAC
* * * * *
19208631 ATACTTTAAATTCCAAAAGC-TCATTTAACCAAAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTTC-TCTCACTAAAGGCAAC
* *
19208670 AAACTTTAAATT-AAAAAGGC-TCATCTGACCAAAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAA-GCTTC-TCTCACTAAAGGCAAC
19208709 AAACTTTAAATT-AAAAA
1 AAACTTTAAATTCAAAAA
19208726 TCTGAGAAAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 46, Indels: 28
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
38 40 0.17
39 159 0.69
40 24 0.10
41 7 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.21, G:0.09, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
AAACTTTAAATTCAAAAAGCTTCTCTCACTAAAGGCAAC
Found at i:19208695 original size:157 final size:155
Alignment explanation
Indices: 19208397--19208725 Score: 382
Period size: 157 Copynumber: 2.1 Consensus size: 155
19208387 AGAGGCTATA
** ** * ** *
19208397 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTTTTCTCACTAGAGGTAACAAACTTTAAATTTAAAAGCCTTTTTT
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTCTCACTAGAGCCAACAAACTTTAAATTCAAAAGAATTCTTT
* * * * *
19208462 ACCAAAAGCAATGAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTCCCACCAAAGGTAACAAACTCTAAATTCA
66 AACAAAAGCAATCAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTCCAACCAAAGGCAACAAACTCTAAATTAA
*
19208527 AAAGACTCATCTCG-TCAAAGGCAAC
131 AAAGACTCATCT-GACCAAAGGCAAC
*
19208552 AAACTTTAAATGTTAAAAAGCTCCTCTCACTAGAGCCAACAAACTTTAAATTCAAAA-AATTCCT
1 AAACTTTAAAT-TCAAAAAGCTCCTCTCACTAGAGCCAACAAACTTTAAATTCAAAAGAATT-CT
** *
19208616 TTAACAAAAGGCAA-CATACTTTAAATTCCAAAA-GC-TCATTTAACCAAAGGCAACAAACTTTA
64 TTAACAAAA-GCAATCA-ACTTTAAATT-CAAAAGGCTTC-TCCAACCAAAGGCAACAAACTCTA
*
19208678 AATTAAAAAGGCTCATCTGACCAAAGGCAAC
125 AATTAAAAAGACTCATCTGACCAAAGGCAAC
19208709 AAACTTTAAATT-AAAAA
1 AAACTTTAAATTCAAAAA
19208726 TCTGAGAAAA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 19, Indels: 14
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
155 18 0.12
156 53 0.36
157 72 0.49
158 5 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.21, G:0.09, T:0.26
Consensus pattern (155 bp):
AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTCTCACTAGAGCCAACAAACTTTAAATTCAAAAGAATTCTTT
AACAAAAGCAATCAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTCCAACCAAAGGCAACAAACTCTAAATTAA
AAAGACTCATCTGACCAAAGGCAAC
Found at i:19208704 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 19208397--19208725 Score: 263
Period size: 78 Copynumber: 4.2 Consensus size: 78
19208387 AGAGGCTATA
** * * * * * * * *
19208397 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTTTTCTCACTAGAGGTAACAAACTTTAAATTTAAAAGCCT-TTTT
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCATCTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTAAAAAGACTCATCT
* * *
19208461 TACCAAAAGCAAT
66 GACCAAAGGCAAC
* * ** * * *
19208474 GAACTTTAAATTCAAAAGGCTTC-TCCCACCAAAGGTAACAAACTCTAAATTCAAAAGACTCATC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGC-TCATCTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTAAAAAGACTCATC
*
19208538 TCG-TCAAAGGCAAC
65 T-GACCAAAGGCAAC
* * * * * * * *
19208552 AAACTTTAAATGTTAAAAAGCTCCTCTCACTAGAGCCAACAAACTTTAAATTCAAAAA-ATTCCT
1 AAACTTTAAAT-TCAAAAAGCTCATCTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATT-AAAAAGACTCAT
* * *
19208616 TTAACAAAAGGCAAC
64 CTGACCAAAGGCAAC
* * * *
19208631 ATACTTTAAATTCCAAAAGCTCATTTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTAAAAAGGCTCATCT
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCATCTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTAAAAAGACTCATCT
19208696 GACCAAAGGCAAC
66 GACCAAAGGCAAC
19208709 AAACTTTAAATT-AAAAA
1 AAACTTTAAATTCAAAAA
19208726 TCTGAGAAAA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 48, Indels: 16
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
77 58 0.30
78 81 0.41
79 53 0.27
80 4 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.21, G:0.09, T:0.26
Consensus pattern (78 bp):
AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCATCTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTAAAAAGACTCATCT
GACCAAAGGCAAC
Found at i:19213121 original size:184 final size:185
Alignment explanation
Indices: 19212787--19213151 Score: 556
Period size: 184 Copynumber: 2.0 Consensus size: 185
19212777 GTCAATAACG
*
19212787 TAACCTTACTTATTTAACAAAACTTATATGCATTACAAATTTAAGATTTAATGTCTCAAATGACT
1 TAACCTTACTTATTTAACAAAACTTATATGCATTACAAATTTAAGACTTAATGTCTCAAATGACT
* * * *
19212852 TTAAACTATATTGAACTATTCAACGTGAAAACTTGAATTTTAAAAAATCTCTAATATAATGCTGA
66 TTAAACTATATTAAAATATTCAACGTGAAAACTTGAACTTTAAAAAATCTCTAATATAATACTGA
* *
19212917 ACTGTGAATCTGTTATCTAATAAAATATTTGTAAGGTTGTTTGTTAACCATAAAA
131 ACTATGAATCTGTTATCTAATAAAATATTTGTAAGGTTATTTGTTAACCATAAAA
* * *
19212972 TAACCTTGACTTATTTAACAAAACTTATATGCATTACAAA-TTAAGGCTTAATGTCTCGAATGAT
1 TAACCTT-ACTTATTTAACAAAACTTATATGCATTACAAATTTAAGACTTAATGTCTCAAATGAC
* * * *
19213036 TTTAAATTATATTAAAATATTTAACGTG-AAACTTGAACTTT-AAAAATTTTTAATATAATACTT
65 TTTAAACTATATTAAAATATTCAACGTGAAAACTTGAACTTTAAAAAATCTCTAATATAATAC-T
*
19213099 GAACTATGAATCTGTTATCTAATGAAATATTTGTAAGGTTATTTGTTAACCAT
129 GAACTATGAATCTGTTATCTAATAAAATATTTGTAAGGTTATTTGTTAACCAT
19213152 GTGTCATTAT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 15, Indels: 5
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
183 17 0.10
184 63 0.39
185 51 0.31
186 32 0.20
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (185 bp):
TAACCTTACTTATTTAACAAAACTTATATGCATTACAAATTTAAGACTTAATGTCTCAAATGACT
TTAAACTATATTAAAATATTCAACGTGAAAACTTGAACTTTAAAAAATCTCTAATATAATACTGA
ACTATGAATCTGTTATCTAATAAAATATTTGTAAGGTTATTTGTTAACCATAAAA
Found at i:19215575 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 19215554--19215596 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 3.3 Consensus size: 13
19215544 GTTCAATGAA
19215554 TTTATTATTCAAAT
1 TTTA-TATTCAAAT
*
19215568 TTTATATT-AATT
1 TTTATATTCAAAT
*
19215580 TTTATTTTCAAAT
1 TTTATATTCAAAT
19215593 TTTA
1 TTTA
19215597 ATTTTTAATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
12 10 0.40
13 11 0.44
14 4 0.16
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (13 bp):
TTTATATTCAAAT
Found at i:19216002 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 19215987--19216019 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 3.5 Consensus size: 10
19215977 ACTAGGCTGA
19215987 AAAAAAAATT
1 AAAAAAAATT
19215997 --AAAAAATT
1 AAAAAAAATT
19216005 AAAAAAAATT
1 AAAAAAAATT
19216015 AAAAA
1 AAAAA
19216020 TTGATTTGAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.38
10 13 0.62
ACGTcount: A:0.82, C:0.00, G:0.00, T:0.18
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAAAATT
Found at i:19216190 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19216165--19216204 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
19216155 TTAAATTGAA
*
19216165 TTATATATTTTTATTAATTT
1 TTATATAATTTT-TTAATTT
19216185 TTATATAATTTTTTAATTT
1 TTATATAATTTTTTAATTT
19216204 T
1 T
19216205 AATAAAATGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.42
20 11 0.58
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (19 bp):
TTATATAATTTTTTAATTT
Found at i:19216193 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19216165--19216197 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 3.2 Consensus size: 11
19216155 TTAAATTGAA
19216165 TTATAT-ATTT
1 TTATATAATTT
19216175 TTAT-TAATTT
1 TTATATAATTT
19216185 TTATATAATTT
1 TTATATAATTT
19216196 TT
1 TT
19216198 TAATTTTAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 1 0.05
10 12 0.57
11 8 0.38
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (11 bp):
TTATATAATTT
Found at i:19216243 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19216218--19216262 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
19216208 AAAATGTTAT
19216218 ATTATATCT-AAAT-ATATTAAAA
1 ATTATAT-TAAAATAATATTAAAA
19216240 ATTATATTAAAATAATATTAAAA
1 ATTATATTAAAATAATATTAAAA
19216263 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.05
22 11 0.52
23 9 0.43
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
ATTATATTAAAATAATATTAAAA
Found at i:19216251 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19216218--19216264 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 4.3 Consensus size: 11
19216208 AAAATGTTAT
19216218 ATTATATCT-AA
1 ATTATAT-TAAA
19216229 A-TATATTAAAA
1 ATTATATT-AAA
19216240 ATTATATTAAA
1 ATTATATTAAA
*
19216251 ATAATATTAAA
1 ATTATATTAAA
19216262 ATT
1 ATT
19216265 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
9 1 0.03
10 5 0.16
11 19 0.61
12 6 0.19
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (11 bp):
ATTATATTAAA
Found at i:19220260 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19220252--19220277 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
19220242 CTAAATAGAA
19220252 AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AA
1 AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AA
19220278 ACTAAGCCTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.31, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
AAC
Found at i:19229793 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19229774--19229806 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
19229764 TGGTTTATTA
19229774 CTTTT-ATG-TGAATTTT
1 CTTTTAATGATGAATTTT
19229790 CTTTTAATGATGAATTT
1 CTTTTAATGATGAATTT
19229807 ATTTTTAAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
17 3 0.20
18 7 0.47
ACGTcount: A:0.24, C:0.06, G:0.12, T:0.58
Consensus pattern (18 bp):
CTTTTAATGATGAATTTT
Found at i:19230698 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19230654--19230699 Score: 76
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
19230644 TTTTAATTAA
*
19230654 TTATTTAATTTATATTTTTATAT
1 TTATTTAATTTATATATTTATAT
19230677 TTATTTAATTT-TATATTTATAT
1 TTATTTAATTTATATATTTATAT
19230699 T
1 T
19230700 AATAAAATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 11 0.50
23 11 0.50
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (23 bp):
TTATTTAATTTATATATTTATAT
Found at i:19232452 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 19232419--19232454 Score: 54
Period size: 9 Copynumber: 4.0 Consensus size: 9
19232409 TTAATCTATC
*
19232419 AAAAAAGAA
1 AAAAAACAA
*
19232428 AAAAAAAAA
1 AAAAAACAA
19232437 AAAAAACAA
1 AAAAAACAA
19232446 AAAAAACAA
1 AAAAAACAA
19232455 TGTTTAACCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 25 1.00
ACGTcount: A:0.92, C:0.06, G:0.03, T:0.00
Consensus pattern (9 bp):
AAAAAACAA
Found at i:19232620 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19232601--19232643 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
19232591 GAAAATCTAA
19232601 TAAATTTAAAATT-ATT
1 TAAATTTAAAATTAATT
*
19232617 TAAAATT-AAATTAATT
1 TAAATTTAAAATTAATT
*
19232633 TAACTTTAAAA
1 TAAATTTAAAA
19232644 CTCAGCAATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.23
16 14 0.64
17 3 0.14
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TAAATTTAAAATTAATT
Found at i:19233344 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19233337--19233365 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 14.5 Consensus size: 2
19233327 GCATATGTAC
19233337 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
19233366 CAAAGTTCAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:19235538 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 19235529--19235557 Score: 58
Period size: 4 Copynumber: 7.2 Consensus size: 4
19235519 TTGCTCTACC
19235529 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT A
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT A
19235558 TATATATATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 25 1.00
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (4 bp):
AAAT
Found at i:19239265 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 19239029--19239389 Score: 411
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
19239019 ATAATTTTAA
* * * * *
19239029 ATTAATATTTT--AAATTAGTAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATGTTTTCGAAACAAGTTCAA
1 ATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAAAAATTGAAAAAAATAAATGTTTACGAAACAAGTTCAA
* * * *
19239091 ATAGTCATGACTATT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAAT
66 ATAGTCATGACTATTAAACAATTA--TATTTCAAAACATTATGACCTTTT-GTTT-T-ATAAAAC
* * * * *
19239155 AATTGTTTTAGTTCA-TATGCTTATTT-GAAGTAAAATAATATTATTTT
126 AATTGGTTCA-TTCAGTAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATATTA-TTT
*
19239202 ATT-A-ATTTTAAAAATTAATGAGTAAAAAATTGAAAAAAATATATGTTTAC-AAA-AA-TTCAA
1 ATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAAAAATTGAAAAAAATAAATGTTTACGAAACAAGTTCAA
* *
19239262 ATAGTTATGACTATTAAACAATTATATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTATAAAACAATTG
66 ATAGTCATGACTATTAAACAATTATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATAAAACAATTG
19239327 GTTCATTCATGTAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATATTATTT
131 GTTCATTCA-GTAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATATTATTT
*
19239370 ATTAATATTTTAGAAATTAA
1 ATTAATATTTTAAAAATTAA
19239390 ATTAATTTAA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 18, Indels: 21
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.02
167 14 0.09
168 17 0.11
169 19 0.12
170 35 0.22
171 24 0.15
172 10 0.06
173 23 0.14
174 15 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (172 bp):
ATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAAAAATTGAAAAAAATAAATGTTTACGAAACAAGTTCAA
ATAGTCATGACTATTAAACAATTATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATAAAACAATTG
GTTCATTCAGTAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATATTATTT
Found at i:19240690 original size:528 final size:521
Alignment explanation
Indices: 19238409--19241631 Score: 1522
Period size: 528 Copynumber: 6.2 Consensus size: 521
19238399 GCCAAACAAG
* ** * * * *
19238409 TTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
19238474 TAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTT
64 TAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTATTC-GAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TT
* * *** * *
19238538 C--AAA--AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGCTCAAAT-GGT-T
126 CTAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAA-TTGTTTATTGAA-CAAG-TTAAATAGTTAT
* * * *
19238596 AACTATTAGAATAATTATCTATTTC-AA-A-TTAT-A-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTT
187 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCA-AAAACAATTGTT
* * *
19238655 AC-ATTCATATAAGCTTATTCGAA-ATAAA-AATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT-
251 TCTATTCATACAAGCTTATTC-AATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * * * * *
19238715 GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTT---ATTATTTGAACAA
313 GTAGGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAAGTT-AAACAATTACGACTATAT-AACAA
* * ** * ** * *** *
19238776 TTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCATAAAACAA-T-TTT-T-TT-ATACAA
375 TTACCTATTTCA-AATCACTATAATATTTTG-TTTTATATAAAATAATTATTTCTATTCATACAA
* * * * *
19238835 --TTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT--AAGATAAATTAACAAAGA-TTT-AA
438 CCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAA-ATTAATAAATAAA-ATTTTAAA
* ** *
19238894 AAAATAAATATGTTTACCAAATAAG
501 AAAAT-AA-CT-TTTA-TGAATAAA
** * *
19238919 TTCAAATCA-TTAT-ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTGTTTAT-T-
1 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTA-TTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTT-TGTC
* * * **
19238980 AT-AAA-AATTGTTTCTA-TCATACAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAA---ATTAATATT-
63 ATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTATTC-GAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
19239038 TTAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TGTTT-TCGAAACAAGTTCAAATAGTCATGA
127 TAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATTGTTTATTG-AACAAGTT-AAATAGTTATAA
* * * * *
19239101 CTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTT
189 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTATCA-AAAACAATTGTTT
* * * *
19239163 -TAGTTCAT--ATGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTATTTTATTAAT-TTT-AAAAATTAATGA
252 CTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A
** * * * * * *
19239223 GTAAAAAATTGAAAAA-AATATATGTTTA-C-AAAAA-TTCAAATAGTTATGACTAT-TAAACAA
313 GTAGGAGATTTAAAAATAA-ATCTGTTTACCAAAAAAGTT-AAACAATTACGACTATAT-AACAA
* * **** * ** ** *
19239283 TTA--TATTTCAAAACATTATGGCCTTTTG-TTT-TATAAAACAATTGGTTC-ATTCATGTAAGC
375 TTACCTATTTCAAATCACTATAATATTTTGTTTTATATAAAATAATTATTTCTATTCATACAACC
** ** * *
19239343 TTATTTCAAAATAAAATAATA-TTATTTATTAATATTTTAGAA--ATTAAAT-TAA-TTT-AAAA
440 TTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCA-AATTAATAAATAAAATTTTAAAAA
* * **
19239402 AATAAATCTTTTCTTAACT-TG
503 AAT-AA-CTTTTATGAA-TAAA
* * * **
19239423 TTTAAA-AATT-TGACT-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTT-TTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** *
19239483 -AAACAATTGTTTCTA-TCATATAAGCTTATTCATAAT-AAATAATATTAATTTATTAAAATT-T
65 AAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTATTC-GAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCT
* *
19239544 CAAAATTAATAAGT-A-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-AGCAAACTAGTTTAAATAGTTAT
128 -AAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAA-TTGTTTATTG--AACAAG-TTAAATAGTTAT
* * * * *
19239605 AACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCA-TTATAAACTTTT-TTTTGTCATATAAA-ATATT
187 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTATCA-A-AAACA-ATT
* * *
19239667 -TATGT-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAATAATACTAA-TTA-TAATA-TT-ATAAAATT
248 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTC--AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT
* * * * * * * * *
19239726 AATAACTA-GAGACTTAAAAAAAAAT-TGTTTGCC--AAAAGTTCAAA-TAGTA-AACTGTATGA
309 AAT-AGTAGGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAAGTT-AAACAATTACGACTATATAA
* * * * * * * * * * * *
19239785 TACTT-GCTATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTTGT-CATAAAACAAATGTTTTTATTCATAC
372 CAATTACCTATTTCAAATCACTATAATATTTTGTTT-TATATAAAATAATTATTTCTATTCATAC
* ** ** * * *
19239848 AA--TT-TTT-GAATAAAATAATATTAA-TTATTAATATTTTGAAAATT-ATTAA-GAGA-TTTA
436 AACCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTCCAAATTAATAAATAAAATTTTA
* * ** *
19239905 AAAATA-AATTTGTTACCAA-ACTAG
499 AAAAAATAACTT-TTATGAATA--AA
** * *
19239929 TTCAAATTAGTTACAAC-ATTTGAATAATTATTA-TTCAAATCATTATGACATTTGTTTTGTTAT
1 TTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
19239992 AAAACAATTATTTCTATCCATACAATTTTATTTGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTA
65 AAAATAATTATTTCTATTCATACAA-GTTATTCGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTA
* * ** * *
19240057 AAATTAATAAGTAACGGATTTAGAAAATGAATTGTTGGCTT-AACCAA-TGCAAATAGTTATATC
129 AAATTAATAAGTAACAGATTTA-AAAATAAATTGTT-TATTGAA-CAAGT-TAAATAGTTATAAC
* *
19240120 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT
190 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCA-AAAACAATTGTTTCT
** *
19240184 ATTCATACAAGCTTATTCGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTA
254 ATTCATACAAGCTTATTC-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-TA
* ** * *
19240249 -GAGATTTAAAACTAAATCTGTTTATTGAAAAAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTA
316 GGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAAAAAGTT-AAACAATTACGACTATAT-AACAATTA
* * * * *
19240313 CCTATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGT-TATAATAATTTTTTCTATTCAT-CAACCTTA
378 CCTATTTCAAATCACTATAATATTTTGTTTTATATAAAATAATTATTTCTATTCATACAACCTTA
* * *
19240376 TTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-C-AGTTAATAAATCAAGA-TTT-AAAAAATA
443 TTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAATTAATAAAT-AAAATTTTAAAAAAATA
19240437 ACTTATTACTGAATAAA
507 ACTT-TTA-TGAATAAA
* *
19240454 TTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTATTTCAAATCATTATGAC--TTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
19240519 TAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATACGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
64 TAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAA-TAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC
* * ** *
19240583 TGACATTAATAA-TAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTGATAGTCATAAC
127 TAAAATTAATAAGTAACAGA-TTTAAAAATAAAT-TGTTTATTGAACAAGTTAAATAGTTATAAC
* * * * *
19240647 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAA-TATAT-T
190 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCA-AAAACAATTGTTTCT
* *
19240710 AGTTCATATAGGC-TATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT
254 A-TTCATACAAGCTTATTC--AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGT
* * * *** * * * **
19240773 AGGAGATTTAAAAAAAAAT-T-TATTACCAAACAAGTTCAATTGTTATGGCTATATAATAATTTT
315 AGGAGATTTAAAAATAAATCTGT-TTACCAAAAAAGTTAAACAATTACGACTATATAACAATTAC
* * * * *
19240836 CTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTA
379 CTATTTCAAATCACTATAATATTTTGTTTTAT-ATAAAATAATTATTTCTATTCATACAACCTTA
*
19240901 TTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAATTTTAAAAAAAT
443 TTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCC--AAATTAATAAATAAAATTTTAAAAAAAT
** **
19240966 ATGTTTTATGAATACG
506 AACTTTTATGAATAAA
* * * *
19240982 TTCCAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * *
19241046 TAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTATTC-AA-AATAAGTAATGCTAGTTTATTAATATT
64 TAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGT-TATTCGAATAA-AA-TAATGCTAATTTATTAATATT
* * * * *
19241109 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTAT-
126 -CTAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAAT-TGTTTATTGAACAAGTT-AAATAGTTATA
* * * * *
19241173 GCTTGTTTGAACAATTAT-TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACAATTGTTT
188 AC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCAAAAACAATTGTTT
* * * **
19241237 CTATTCATGCAAGTTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTA
252 CTATTCATACAAGCTTATTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTA
* * * * * * * *
19241302 GGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCA-TATCTACATGAATAATT
316 GGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAAGTT-AAACAATTACGA-CTATAT-AACAATT
* ** * ** ** * * **
19241366 ATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAA
377 ACCTATTTC-AAATCACTATAATATTTTGTTTTAT-ATAAAATAATTATTTCTATTCATACAACC
* ** * *
19241430 TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AA-GAGA-TTTAAAT
440 TTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTCCAAATTAATAAATAAAATTTTAAA-
**
19241491 ACTAAAT--CTATTTACCAA-AATA
501 A--AAATAACT-TTTATGAATAA-A
* * * * * *
19241513 GTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TGTTTATTTTGTC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTC
* * * * * * *
19241577 ATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTACTCAGATTAAAATAATACTAATT
63 ATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTATTC-GAATAAAATAATGCTAATT
19241632 ATTTCTTTTC
Statistics
Matches: 2127, Mismatches: 384, Indels: 381
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
499 1 0.00
500 9 0.00
501 46 0.02
502 74 0.03
503 59 0.03
504 60 0.03
505 83 0.04
506 153 0.07
507 100 0.05
508 148 0.07
509 84 0.04
510 29 0.01
511 67 0.03
512 65 0.03
513 29 0.01
514 24 0.01
515 17 0.01
516 5 0.00
519 10 0.00
520 3 0.00
521 7 0.00
522 58 0.03
523 39 0.02
524 45 0.02
525 93 0.04
526 77 0.04
527 167 0.08
528 248 0.12
529 80 0.04
530 30 0.01
531 26 0.01
532 170 0.08
533 14 0.01
534 5 0.00
535 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (521 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATA
AAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTATTCGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAA
ATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATTGTTTATTGAACAAGTTAAATAGTTATAACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCAAAAACAATTGTTTCTATTCATA
CAAGCTTATTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAGGAGATTTAA
AAATAAATCTGTTTACCAAAAAAGTTAAACAATTACGACTATATAACAATTACCTATTTCAAATC
ACTATAATATTTTGTTTTATATAAAATAATTATTTCTATTCATACAACCTTATTTCAAATAAAAT
AATACAAATTTATTAATATTCCAAATTAATAAATAAAATTTTAAAAAAATAACTTTTATGAATAA
A
Found at i:19240915 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19238281--19241631 Score: 2026
Period size: 177 Copynumber: 19.4 Consensus size: 176
19238271 NNNNNNNNTA
* * * * * * ** * *
19238281 ACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC
* ** * ** **
19238346 TAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCA-AGA---AAATTAAAAAATCTAATAGCCAAACA
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAA--AAAAAAT-TTTTA-CCAAACA
* ** * *
19238407 AGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATG
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** * *
19238458 ACCTTTTGGTTTCTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAC
* * *
19238522 TAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAA-AAA-TT-TTTACCAAA-CA
* * *
19238583 AGCTCAAATGGTTA--ACTATTAGAATAATTATCTATTTC-AA--ATTAT-
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
19238628 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTAC-ATTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAA-AATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAC
* *
19238688 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAA--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCAAAC
65 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAGAGATTTAAAAAA-AAAT-T-TTTACCAAAC
* ** * * **
19238749 AAGTTCAAATAGTTAT---TATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAA
125 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATG
** * *
19238798 ACCTTTTGACTTGCCATAAAACAA-T-TTT-T-TT-ATACAA--TTATTTCGAATAAAATAATA-
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC
* *
19238855 TAAATTTATTAATA-TTAAGATAAATTAA-CA--A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
65 T-AATTTATTAATATTTCA-A-AAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAA-AAAT-T-TTTACCAAA
* ** * * *
19238915 TAAGTTCAAATCA-TTAT-ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATG
124 CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
19238967 A-CTTTTGTTTAT-T-AT-AAA-AATTGTTTCTA-TCATACAA-CTTATTCAGATTAAAATAATT
1 ACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA
* * * * *
19239025 TTAA---ATTAATATTT--TAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTTTT-CGAAACA
64 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAA-AAAT-TTTTACCAAACA
*
19239084 AGTTCAAATAGTCATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
19239133 ACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCAT--ATGCTTATTTGAAGTAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * * * * * *
19239195 TTATTTTATTAAT-TTT-AAAAATTAATGAGTAAAAAATTGAAAAAAATATATGTTTA-CAAA-A
64 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAAA-A-ATTTTTACCAAACA
* * *
19239256 A-TTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTA--TATTTCAAAACATTATG
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * **
19239303 GCCTTTTG-TTT-T-ATAAAACAATTGGTTC-ATTCATGTAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC-AAATAAAATAATA
* * * * ** **
19239364 -TTATTTATTAATATTTTAGAAATT-A-AA-T-TA-ATTTAAAAAATAAATCTTTT-CTTAACTT
64 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TTTTACCAAACAA
* * * * **
19239422 GTTTAAA-AATT-TGACT-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
19239469 A-C-TTT-TTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TCATATAAGCTTATTCATAAT-AAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATAC
* * *
19239528 TAATTTATTAAAATTTC-AAAATTAATAAGTA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAAGCAAACT
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAA-AAA-TT-TTT-ACCAAACA
* * * * * *
19239590 AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCATTATA
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
19239641 AACTTTT-TTTTGTCATATAAA-ATATT-TATGT-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAT-AAAATAA
* * *
19239702 TACTAA-TTA-TAATA-TT-ATAAAATTAATAACTAGAGACTTAAAAAAAAATTGTTTGCC-AA-
62 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAAAAATT-TTTACCAAAC
* * * * *
19239761 AAGTTCAAATAG-TA-AACTGTATG-ATACTT-GCTATTTCAAATCATTATG
125 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** *
19239809 ACAC-TTTG-TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAA--TT-TTTGAATAAAATAATAT
1 AC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATAC
** * * *
19239869 TAA-TTATTAATATTTTGAAAATT-ATTA--AGAGATTTAAAAATAAATTTGTTACCAAACTAGT
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAAAAATTT-TTACCAAACAAGT
**
19239930 TCAAATTAGTTACAAC-ATTTGAATAATTAT-TA-TTCAAATCATTATG
129 TCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * ** ** *
19239976 A-CATTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATCCATACAATTTTATTTGAATAAAATAATGCT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT
* ** ** * *
19240040 AATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTA-ACGGATTTAGAAAATGAATTGTTGGCTTAACCA
66 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA--GATTTA-AAAAAAAATT-TTTAC-CAAACA
* * *
19240103 A-TGCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
126 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** *
19240153 ACC-TTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAGCATAATTCT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT
** ** *
19240217 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAACTAAATCTGTTTATTGAAAAAA
66 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAAAAAT-T-TTTA-CCAAACAA
* * * * * * * ** *
19240282 GTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATA
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
19240332 ATCTTTTGTTTTGT--TATAATAATTTTTTCTATTCAT-CAACCTTATTTCAATTAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC
* * * * * ** * *
19240394 AAATTTATTAATA-TTC---AGTTAATAAATCA-AGATTTAAAAAATAACTTATTACTGAATAAA
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAA-AAATTTTTACCAAACAAG
* *
19240454 TTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATG
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
19240502 ACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATACGAATTAAAATAATA
1 AC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* ** * * * ***
19240566 TTAATTTATTAATATTT-TGACATTAATAA-TAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAAC
64 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGA-TTTAAAAA-AAA-ATTTTTACCAAAC
** * * **
19240629 AAGTT-TGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
125 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * * *
19240680 ACCTTTTATTTCATCATAAAACAA-TATAT-TAGTTCATATAGGC-TATTCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
*
19240742 CTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAAAAATTTATTACCAAACAA
64 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAAAAATTT-TTACCAAACAA
* * * *
19240806 GTTC-AATTGTTATGGCTATAT-AATAATTTTCTATTTCAAATCATTATG
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * * *
19240854 ATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC
* * * * **
19240918 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATA-AAATTTTAAAAAAATATGTTTTATGAATAC-
65 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTAAAAAAAAAT-TTTTACCAA-ACA
* * * *
19240981 -GTTCCAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATG
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
*
19241031 ACCTTTT-TTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAA-ATAAGTAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAATA-AAATAAT
* * * * * ** *
19241092 GCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAGC
63 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAAAAAT-T-TTTACCAAAC
* *
19241157 AAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTAT-TATTTCAAAT-AGTTATG
125 AAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * * *
19241208 ATCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAA-AAAATAATACT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT
** * * *
19241271 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAA
66 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAA-AAAT-T-TTTACCAAACAA
* ** *
19241336 GTTCAAATAGTCAT-ATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATG
127 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATG
* * * **
19241386 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAC
** **
19241451 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCAAA-AT
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAA-AAAAAAT-T-TTTACCAAACA-
* * * * *
19241512 AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATG
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
19241563 A--TGTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTACTCAGATTAAAATAATA
1 ACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA
19241626 CTAATT
64 CTAATT
19241632 ATTTCTTTTC
Statistics
Matches: 2531, Mismatches: 424, Indels: 439
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 37 0.01
164 80 0.03
165 59 0.02
166 160 0.06
167 164 0.06
168 155 0.06
169 130 0.05
170 124 0.05
171 106 0.04
172 68 0.03
173 97 0.04
174 113 0.04
175 186 0.07
176 329 0.13
177 425 0.17
178 171 0.07
179 75 0.03
180 14 0.01
181 37 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAAAAATTTTTACCAAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
Found at i:19240992 original size:878 final size:876
Alignment explanation
Indices: 19239856--19241479 Score: 1932
Period size: 878 Copynumber: 1.8 Consensus size: 876
19239846 ACAATTTTTG
* ** * *
19239856 AATAAAATAATATTAATTATTAATATTTTGAAAATTATTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTAC
1 AATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTAC
* *
19239921 CAAACTAGTTCAAATTAGTTACAACATTTGAATAATTATTATTCAAATCATTATGACATTTGTTT
66 CAAACAAGTTCAAATTAGTTACAACATATGAATAATTATTATTCAAATCATTATGACATTTGTTT
* * ** * *
19239986 TGTTATAAAACAATTATTTCTATCCATACAATTTTATTTGAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT
131 TATCATAAAACAATTATTTCTATCCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATGATAATTTATTAAT
* * * * * *
19240051 ATTCTAAAATTAATAAGTAACGGATTTAGAAAATGAATTGTTGGCTTAACCAATGCAAATAGTTA
196 ATTCAAAAATTAATAAATAAC-AATTTAGAAAA-GAATTGTTGGATGAAACAATGCAAATAGTTA
**
19240116 T-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTATTTTGTCACAAAAC-AATTG
259 TGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTATTTTGTCA-AAAACTAATTG
* * *
19240179 TTTCTATTCATACAAGCT-TATTC-GAAT-AGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
322 TTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAATAAG--TAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * *
19240241 ATAAGTTAGAGATTTAAAACTAAATCTGTTTATTGAAAAAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGA
384 ATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTG-AAAAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGA
* * * * *
19240306 ACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTTAT-AATAATTTTTTCTATTCAT-C
448 ACAATTA-CTATTTCAAATAGCTATAATCTTTTGTTTTATCATAAACAATTGTTTCTATTCATGC
* * *
19240369 AACCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-CAGTTAATAAATCA-AGATTTAA
512 AACCTTA-TTCAA-AAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAATTAATAAAT-AGAGATTTAA
* ** **
19240431 AAAAT-AA-CT-TATTACTGAATAAATTCAAATAGTTGTGA-CTATTTGAACAATTAT-TATTTC
574 AAAATAAATCTGT-TTACCGAATAAATTCAAATAGTCAT-ATCTACATGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** *
19240491 -AAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATACGA
637 AAAAT-ATTATGAC-CTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATACAA
* * *
19240554 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG-ACATTAATAATAACAGATTTTAAAAATAAATAT
700 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATAACAGATTTTAAAAATAAATAT
19240618 GTTTATTGAACAAGTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
765 GTTTATTGAACAAGTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
19240683 TTTTATTTCATCATAAAACAATATATTAGTTCATATAGGCTATTCAA
830 TTTTATTTCATCATAAAACAATATATTAGTTCATATAGGCTATTCAA
*
19240730 AATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAAAAATTTA
1 AATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAAAAAATTTA
*** * *
19240795 TTACCAAACAAGTTC-AATT-GTTATGGCTATAT-AATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATA
62 TTACCAAACAAGTTCAAATTAGTTACAAC-ATATGAATAATTAT-TA-TTCAAATCATTATGACA
* * * *
19240857 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-ATAA
124 -TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATCCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATGAT-A
** *
19240921 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-AATTTTA-AAAA-AATATGTTTTATGAATAC-G
186 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAATAACAA-TTTAGAAAAGAAT-TGTTGGATGAA-ACAA
* * * * * *
19240982 TTCCAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTTTTTGTCAT
247 TGCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTATTTTGTCAA
*
19241047 AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTATTCAAAATAAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCA
312 AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTATTCAAAATAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCCA
** * * * * *
19241112 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGCTT
377 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAAGTTAAAACAATTACGATT
* * * *
19241177 GTTTGAACAATTATTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACAATTGTTTCTATT
442 ATTTGAACAATTACTATTTCAAATAGCTATAATCTTTTGTTTTATCATAAACAATTGTTTCTATT
** * **
19241242 CATGCAAGTTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGA
507 CATGCAACCTTATTCAAAAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTT-AAAATTAATAAATA-GAGA
* *
19241307 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATATCTACATGAATAATTATCTAT
569 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTCATATCTACATGAACAATTATCTAT
* * *
19241372 TTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCA
634 TTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATACA
19241437 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
699 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
19241480 GAGATTTAAA
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 93, Indels: 59
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
874 33 0.05
875 2 0.00
876 64 0.10
877 67 0.11
878 203 0.33
879 51 0.08
880 39 0.06
881 28 0.05
882 3 0.00
883 58 0.09
884 61 0.10
885 13 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (876 bp):
AATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTAC
CAAACAAGTTCAAATTAGTTACAACATATGAATAATTATTATTCAAATCATTATGACATTTGTTT
TATCATAAAACAATTATTTCTATCCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATGATAATTTATTAAT
ATTCAAAAATTAATAAATAACAATTTAGAAAAGAATTGTTGGATGAAACAATGCAAATAGTTATG
ATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTATTTTGTCAAAAACTAATTGTTTC
TATTCATACAAGTGTATTCAAAATAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTAC
TATTTCAAATAGCTATAATCTTTTGTTTTATCATAAACAATTGTTTCTATTCATGCAACCTTATT
CAAAAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAATTAATAAATAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACCGAATAAATTCAAATAGTCATATCTACATGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
TTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATACAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTT
TGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAA
AACAATATATTAGTTCATATAGGCTATTCAA
Found at i:19241647 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19241623--19241663 Score: 82
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
19241613 GATTAAAATA
19241623 ATACTAATTATTTCTTTTC
1 ATACTAATTATTTCTTTTC
19241642 ATACTAATTATTTCTTTTC
1 ATACTAATTATTTCTTTTC
19241661 ATA
1 ATA
19241664 AACCAATTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 22 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
ATACTAATTATTTCTTTTC
Found at i:19241673 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19241623--19241675 Score: 70
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
19241613 GATTAAAATA
*
19241623 ATACTAATTATTTCTTTTC
1 ATACCAATTATTTCTTTTC
*
19241642 ATACTAATTATTTCTTTTC
1 ATACCAATTATTTCTTTTC
19241661 ATAAACCAATTATTT
1 AT--ACCAATTATTT
19241676 TTATTCATGC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 21 0.68
21 10 0.32
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
ATACCAATTATTTCTTTTC
Found at i:19241961 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19241659--19246472 Score: 2983
Period size: 181 Copynumber: 26.9 Consensus size: 179
19241649 TTATTTCTTT
* * * * ** *
19241659 TCATAAACCAATTATTTTTATTCATGCAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAAAA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
19241723 TTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTCACC-AAGCGAGTTCAAATAG
65 TTCTAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * *
19241786 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTA
127 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* ** *
19241839 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
19241904 TTCTAAAAATTAATAAGTAGGGATTTAAAGAATAAATTTGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTCA
65 TTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
19241969 TGTCTATTTGAACTATCATCTATTTCGAA-CTGTTATGACATTTTGTTTTA
130 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTA
* ** * *
19242019 ACATAAAATAATACCAATTATTCAAAAGAATTGGTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAA
1 TCAT---A-AA-A-C-A--ATT-----G--TTTCTATTCATAC-AAGTTATTTAAAATAAAATAA
* * * *
19242084 TACAAATTTATTACTATT-TCAAAAATTAAT-A--AG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGA
49 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * ** * *
19242144 ACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTT-ATT
113 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
19242208 TA
178 TA
* * *
19242210 GTCATAAAATAATTGTTT-TAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 -TCATAAAACAATTGTTTCT-AT-TCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
19242273 ACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAAAAGTTCAAAT
62 ATATTCTA-AAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* ** *
19242336 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTTA
125 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTA
** * * * * ** * *
19242392 TTGTAAAAAAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TCACTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * **
19242456 TT-TCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTATAGAATCAA-TTCAAATA
65 TTCT-AAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * ** * * * **
19242518 ATTTTGGCCCTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTA
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * **** * *
19242572 TCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTCATTTACTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** ** * **
19242636 ATTTTAGAAATTAATAATTAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGT
64 ATTCTAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
19242701 TATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATA
128 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *
19242753 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * **
19242818 TTCTAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTA
65 TTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
19242883 AGACTATATCAACAATTCTTTATTTTAAATCATTA-GTACTTTTTGTTTTA
130 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTA
* * ** * * * * * * *
19242933 TCGTAAAAC-ATT-TTTTTGAGTTTTTAGTAACTTATTTAGAGTAAAAAAAAACAAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATTGTTTCT-A-TTCATA-CAAGTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
19242996 TATT-TCAAAAATTAGT-A--AGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCAAATCAA-TTCAAATA
63 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * *
19243056 ATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTTG
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** *
19243110 TCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * *
19243174 ATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGT
64 ATTCTAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
19243239 TATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTG
128 TATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTA
* * *** * * *
19243291 TCATAAAAGAATTGTTTCTATTTATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAAC
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG--TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
19243355 ATTCTAAAAATTAAAAAGTA-ATGGATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCTG-ACGAGTGCAAAT
64 ATTCTAAAAATTAATAAGTAGA--GATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-GAACAAGTTCAAAT
* * *
19243417 AGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTTTTA
125 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTA
*** * * * *
19243472 TTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * **
19243537 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
65 TTCTAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * ** * * *
19243602 ATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAGTTGCCATAACTTTTTGTTTTG
129 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
19243653 TTATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
19243717 TTCCAAAAATTAATGAGTA-AAAATTAAAAAA-AAAGT-T-TTT---GAACACA-TTCAAAT-GT
65 TTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGT
* * * *
19243773 T-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTG
128 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
19243824 TCA-AAAACCAATTTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAA
1 TCATAAAA-CAA-TTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
19243888 TATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAACTTCAAATA
63 TATTCTAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
19243952 GTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* *** *
19244006 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
19244071 TTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATACTT
65 TTCTAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
19244136 ATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTATTTTG
129 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
** * * * *
19244187 TCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
19244252 TTTTGAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACGGAA-ACAGTTCAAATAGTT
65 TTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTT
* * * * ** * *
19244313 ATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGA--TATTTATTTTG
129 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTA
* * * * * * * * *
19244363 TCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAAT
1 TCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** *
19244428 ATTCCAAAAATTAATAA--A-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGT
64 ATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
19244489 TAAT-ACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTCA
128 T-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
19244541 TCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAA
* * * * **
19244604 CATT-TGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT--AAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGTAATA
63 TATTCT-AAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
19244662 GATT-TGACCATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTACGACCTTTAGTTTTG
126 G-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *** * * * *
19244716 TCATAAAACATTTGTTTC-AGTTCAAAGAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** *
19244780 ATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTTTCGCACCAA-TTCAAATAG
64 ATTCTAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
19244844 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTG
127 TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTA
* * * *
19244897 TCAT-AAA-AATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTT-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * *
19244958 ATTC-AAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAA-ATATATGCTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTT
64 ATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
19245018 AAGACTACTAGAATAATTATCTATTTC-AATCATTTTGACC-TTTG-GTTA
129 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
19245066 GTCATATAATAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTA-ATCAGA-AAAATAATACTAATTTATTAA
1 -TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** *
19245128 TATT-AAAAAATTAAT-AGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTG-TTACTAAAC-AGTT-TAATA
63 TATTCTAAAAATTAATAAG-TAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * *
19245188 GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTG
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTA
* * ** * *
19245243 TCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * *
19245307 ATT-TCAAAAGTTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACC-AAAATAGTTCAAATAA
64 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAG
* * ** * * * *
19245367 TTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTG
127 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *
19245420 TCTTAAAATATATT-TTTTTCAAT-ATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
1 TCATAAAACA-ATTGTTTCT-ATTCATACAA-GTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * *
19245483 TATTTTAGTAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGT
63 TATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * *
19245545 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AGCCTATTGTTCTA
128 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTA
* * * * * *
19245597 TCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
19245662 TTC-ATAAAACTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGT
65 TTCTA-AAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
19245725 TAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTGCTTTA
128 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * ** *
19245777 TTATAAAATAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAA-AAAATAATATTACA-TTATTA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTAT-TTAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTA
* * *
19245839 ATATT-TCAAAAGTTAATAAG--G-GATTTAAAAGATAAATCAGTTTATCC-AA-ATAGTTCAAA
62 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCGAACA-AGTTCAAA
* * * ** *
19245898 TAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTTGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTA
124 T-AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * *
19245954 TCTTAAAA-AATT-TTT-T-TTCA-ACATTAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC---AAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
19246014 ATATT-TCAAGAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
62 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * *
19246075 GTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTA
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *
19246129 TCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * *
19246194 TTCT-AAAATTAATAACTAAGAGATTTTAGAAAATAAATCTATTTTTCAAACTAGTTCAAACAGT
65 TTCTAAAAATTAATAAGT-AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
19246258 TAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTT
128 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** * *
19246310 TCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATATAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
19246373 T-TGT-TCAAAATT--T-TGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAGTTCAAAT-
63 TAT-TCTAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* *
19246432 GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
126 G-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
19246473 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 3650, Mismatches: 760, Indels: 451
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 18 0.00
171 88 0.02
172 63 0.02
173 118 0.03
174 44 0.01
175 266 0.07
176 166 0.05
177 758 0.21
178 157 0.04
179 53 0.01
180 602 0.16
181 1065 0.29
182 84 0.02
183 14 0.00
184 2 0.00
185 2 0.00
186 1 0.00
187 2 0.00
188 2 0.00
189 4 0.00
191 4 0.00
192 73 0.02
193 3 0.00
194 1 0.00
195 2 0.00
196 51 0.01
197 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
Found at i:19242219 original size:192 final size:195
Alignment explanation
Indices: 19241857--19242222 Score: 431
Period size: 192 Copynumber: 1.9 Consensus size: 195
19241847 CAATTGTTTC
* * **
19241857 TATTCATAAAAGTATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
1 TATTCATAAAAATATATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-
* * * * * * ** *
19241922 AGGGATTTAAAGAATAAATTTGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATCA
65 AGGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGCCTATGAGAACAATCA
* *
19241987 TCTATTTCGAACTGTTATGACATTTTGTTTTAACATAAAATAATACCAATTATTCAAAAGAATTG
130 TCTATTTCAAACTGTTATGACATTTTGATTTAACATAAAATAATACCAATTATTCAAAAGAATTG
19242052 G
195 G
*
19242053 TATTCATACAAAAT-TATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTACTATT-TCAAAAATTAAT-A
1 TATTCATA-AAAATATATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA
* * * *
19242115 -A-GGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATT
64 GAGGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGCCTATGAGAACAATC
* * *
19242178 ATCTATTTCAAA-TCGTTCTGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAAT
129 ATCTATTTCAAACT-GTTATGACATTTTGATTTA-ACATAAAATAAT
19242223 TGTTTTAATG
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 23, Indels: 12
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
191 5 0.03
192 82 0.57
193 1 0.01
195 2 0.01
196 49 0.34
197 4 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (195 bp):
TATTCATAAAAATATATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGA
GGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGCCTATGAGAACAATCAT
CTATTTCAAACTGTTATGACATTTTGATTTAACATAAAATAATACCAATTATTCAAAAGAATTGG
Found at i:19243952 original size:534 final size:537
Alignment explanation
Indices: 19242053--19246233 Score: 2003
Period size: 534 Copynumber: 7.8 Consensus size: 537
19242043 AAAGAATTGG
* * *
19242053 TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-
1 TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA
* * * * * * * * ** *
19242117 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTG-AACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATC
66 AAATT-AAAAACAAATATGTTTACGGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
* * * * * *
19242181 TATTTCAAATCGTTCTGACCT-TTTATTTAGTCATAAAATAA-TTGTTT-TAATGTATACATGCT
129 TATTTCAAATAGTTATGA-CTATTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCT-ATTTATACAAGCT
** * * * * *
19242243 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAA
192 TATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCA-AAAATT-ATAAGTAA-AAGATTTAAA
* * * * * *
19242306 AAATAAATCTGTTTACCAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA
254 AAATAAATTTGTTTATCAAGCAA-TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * ** * * * * * *
19242369 ATTATTATGACCTTTTATTTTTATTGTAAAAAAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAAT
318 A-TGTTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * ** * *
19242434 AAAATAATA-TCACTTATTAATATTTC-AAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAAT-TA
381 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-
* * * * * * * **
19242496 GTTTA-TAGAATCAA-TTCAAATAATTTTGGCCCTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATG
444 GTTTACTA-AA-CAAGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATATAAAATCACCAT-
* * * * *
19242559 AAT-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTT
506 AATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
*** ** * ** * * ** *
19242590 TCA-TCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTCATTTACTAATATTTTAGAAATTAATAAT
1 T-ATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A-
* * * * * * ** *
19242654 TAGGAGATGCAAAAA-ATTGATCTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
63 -AGAAAAT-TAAAAACA--AATATGTTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * *
19242718 TTATATATTTCAAATTGTTATAAGCT-TTTGTTATATCATAAAACAATTAT-TTT-TGTTCATAA
124 TTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTATTTATTTTGTCATAAAACAATT-TGTTTCTATTTATAC
* ** * * * * *
19242780 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT-AAAGATTT
187 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTT
* * * * ** * * * * * *
19242844 AAAAAATAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAACAATTCTTTATTT-
251 AAAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * ** *
19242908 TAAATCATTA-GTACTTTTTGTTTTATCGTAAAAC-ATT-TTTTTGAGTTTTTAGTAA-CTTATT
315 AAAAT-GTTATG-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCT-A-TTCATA-CAAGCTTATT
* * * * * *
19242969 TAGAGTAAAAAAAAACAAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAT-
375 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATG
* * * * * * * *
19243028 AATTATGTTTGCCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAA-C
439 AA-TCTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATAT-AAAATC
** * * * *
19243091 ATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-
501 ACCATAATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC
* * ** * ** * *** *
19243128 TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGT
1 TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-
* * * * * * *
19243193 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-TAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCAT
65 AA-A-A-TT-AAAAACAAATATGTTTACGGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
19243257 TATTTACTTT-AAATCGTGATGACTATTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TTGTTTCTATTTATAC-A
125 TATTTA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTTATACAA
* * * * * * **
19243319 GTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAAGTAATGGATTTA
189 G-CTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTA
* * ** * * *
19243384 AAAAATGAATTTG-TTAGCCTGACGAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTC
252 AAAAATAAATTTGTTTATCAAG-C-AATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTC
* * *** * *
19243448 AAACTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTA-TCTAAA
315 AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAA
* * * *
19243512 ATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTT
379 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* * ** * * **
19243577 TTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGAT-TGTTTGAACAATTATCTATATCAAGTTGCCATAA
444 GTTTACTAAACAAGTTCAAATACTTATG-TCCATTTGAACAATTATCTATATAAAATCACCATAA
* * *
19243641 -CTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTT
508 TC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * *
19243670 TATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAG
1 TATTCATACAAAATTA-TTTAGAATAAAATAATACAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
** *
19243734 TAAAAATTAAAAA-AAA-A-GTTT-TTGAACACA-TTCAAAT-GTT-TGACTATTTGATCAATTA
65 --AAAATTAAAAACAAATATGTTTACGGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *
19243792 TCTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTATTTTGTCA-AAAACCAATTTGTTTCTATTCATACAAG
127 TTTATTTCAAATAGTTATGA-CTATTTATTTTGTCATAAAA-CAATTTGTTTCTATTTATACAAG
* *
19243855 CCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAA
190 CTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAA
*
19243920 AAATAAATTTGTTTATCAAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTT-AAA
254 AAATAAATTTGTTTATCAAGCAA-TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * ***
19243984 ATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATA
318 AT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * *
19244049 AAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTT
* * ** *
19244114 TACTGAACAAGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTT
447 TACTAAACAAGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATATAAAATCACCATAATCTT
19244179 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
512 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * ***
19244205 TATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGA
1 TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA
* * * *
19244270 GATTTAAAAACTAAATATGTTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTT
66 AAATTAAAAAC-AAATATGTTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * * *
19244335 ATCTCAAATAATTATGA-TATTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTA-
130 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTTATACAAGCTTAT
* * ** *
19244398 TTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T-TAA-TAAAAGATTTAAAAAATA
195 TTGA-AATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
19244460 AATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGT
259 AATTTGTTTATC-AAGCAATTCAAATAGTT-ATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAATGT
* * * *
19244524 TTTGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAAT
322 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* ** *
19244588 AATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA--AA--TGTTTA-
386 AATA-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAC
** * * * * * ** ** *
19244645 TCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTACGA-CCTT
450 T-AAACAAGTTCAAATA-CTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATATAAAATCACCATAATCTTT
*
19244708 TAGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC
513 TA-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * * * * *** *
19244734 -AGTTCAAAGAAACTTA-TCCGAAATCAAATAATACTACT-TCACTAATATTTTGAAAATTAGTA
1 TA-TTCATACAAAATTATTTAG-AATAAAATAATACAAATGT-ATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * *
19244796 AGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTTTC-GCACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
63 AG-AA-A-A-TTAAAAA-CAAATATG-TTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * ** * *
19244860 AAATATCAATCTTAAAATAGTTATGA-TCCTTATTTTGTCAT-AAA-AA-TTGTTTCTAATCATA
122 AATTATTTAT-TTCAAATAGTTATGACTATTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTTATA
* * ** * *
19244921 CAAGGTT-TTT-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATT-CAAAAA-T-TAA-TAAGAGATT
186 CAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * * ** * * *
19244980 TAAAAAA-ATATATGCTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTT
250 TAAAAAATAAATTTGTTTATCAAG-CAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTT
* * * * * * *
19245044 CAATCAT-TT-TGACC-TTTG-GTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTAATC
314 CAA-AATGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
19245104 -AGA-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAAT-AGCAAAAGATTTGAAAAATTAA
376 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGA
* * * * * * ***
19245165 ATCTG-TTACTAAAC-AGTT-TAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTA
440 ATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATATAAAATCACCA
* * *
19245227 TGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-
505 TAATC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * * * * *
19245260 TAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
1 TA-TTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAATAATACAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * ** * * * * **
19245324 GAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTA
64 GAAAATT-AAAAACAAAT-ATGTTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * * * *
19245388 CCTATTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTGTCTTAAAATATATTTTTTTC-A-ATATACAAT
127 TTTATTTCAAATAGTTA-TGACTATTTATTTTGTCATAAAACA-ATTTGTTTCTATTTATACAAG
* ** ** ** *
19245450 TTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAGTAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAA
190 CTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
19245512 AATAAATCTATTTACTGAA-CTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
255 AATAAATTTGTTTA-TCAAGC-AATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * *
19245576 TTGTTAT-AGCCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATAC-AGACTTATTTAGAAT
318 ATGTTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAAT
* * * * *
19245639 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAACTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGT
381 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
** ** * * * * * * * * * * **** * *
19245703 TTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT
446 TTACTAAACAAGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATATAAAATCACCATAATCT
* ** * * * *
19245768 TCTGCTTTATTATAAAATAATTATTT-
511 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** ** * * * * *
19245794 TAGCTCATATAAGCTTATCCCA-AAAAAAATAATATTACAT-TATTAATATTTCAAAAGTTAATA
1 TA-TTCATACAAAATTAT-TTAGAATAAAATAATA-CAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATA
** * * * * *
19245857 AGGGATTTAAAAGATAAATCA-GTTTATC-CAAATAGTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACA
63 AGAAAATTAAAA-ACAAAT-ATGTTTA-CGGAAACAGTTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACA
* ** ** * * * * * ** *
19245918 ACTACCTATTTTGAATCGTTATTACCT-TTTGTTTTATCTTAAAA-AATTT-TTT-T-TCAACAT
123 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTATTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTTATA-
* ** * * *
19245978 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-TAA-TAAGAGATTT
186 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * ** * *
19246040 AAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTC
251 AAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCAA-TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * * * **
19246105 AAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTTTTTGAAA
315 AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * *
19246170 TAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTC-TAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAGAAAATAAATCT
380 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATGAATCT
19246234 ATTTTTCAAA
Statistics
Matches: 2905, Mismatches: 563, Indels: 356
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 21 0.01
523 64 0.02
524 30 0.01
525 20 0.01
526 106 0.04
527 112 0.04
528 116 0.04
529 156 0.05
530 59 0.02
531 54 0.02
532 236 0.08
533 144 0.05
534 483 0.17
535 269 0.09
536 26 0.01
537 69 0.02
538 280 0.10
539 194 0.07
540 57 0.02
541 69 0.02
542 242 0.08
543 95 0.03
544 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA
AAATTAAAAACAAATATGTTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
TTTCAAATAGTTATGACTATTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTTATACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
TTTGTTTATCAAGCAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAATGTTATG
ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACA
AGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATATAAAATCACCATAATCTTTTATTTTGT
CATAAAACAATTGTTTC
Found at i:19246933 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19246901--19246935 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
19246891 GACAAGTTTA
19246901 AATAGTTATACTATTTG
1 AATAGTTATACTATTTG
*
19246918 AATAGTTAT-TTATTTG
1 AATAGTTATACTATTTG
19246934 AA
1 AA
19246936 ATCATTATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.47
17 9 0.53
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.11, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
AATAGTTATACTATTTG
Found at i:19247086 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19246473--19250063 Score: 2452
Period size: 181 Copynumber: 20.0 Consensus size: 180
19246463 AAATCATTAT
** *
19246473 TACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAATGTAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * *
19246536 AAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTAT-AACCTTTTA
64 AAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTG
* * * * * * ** *
19246600 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGACACTATTTTATTTGAAATAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * ** * * **
19246654 TAATAATTTAATGATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATT--AAAAT-AATCT-AATAGCCA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCA
* ** * * * *
19246715 AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGT
65 AACAAGTTCAAATAGTT-ATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
* * * * ** * * *
19246780 TTCTCATAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
19246831 TACTAATTTAATGATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
19246891 GACAAGTTTAAATAGTTATACTATTTGAATAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTT
66 -ACAAGTTCAAATAGTTATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG-TT
* * *
19246956 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
** * ** * *
19247008 TACTAATTTATTAATATGAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * *
19247072 ATAAGTTCAAATAGTCACATCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTG-
66 ACAAGTTCAAATAGTTATA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGT
* * * **
19247134 TTTGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATATTATTC-AGAATAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * ** *
19247187 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAATCTAAATCTGTTAACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * *
19247248 ACTAGTTTAAATTAG-TATAACTATTTGAACAGTTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTGTT
66 ACAAGTTCAAA-TAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
* * *
19247311 TT-TTATAAAA-AATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAAATAT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-T-AAAATAA
** ** * * * * * * * **
19247362 TGGTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAGTAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTT-GTAG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-
* * * ** * * * * *
19247425 AACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAAAACAATTATCTATTTTAAAGT-GTTCTGACCTTTTGT
65 AACAAGTTCAAATAGTT-ATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAACTTTTGT
* * * * *
19247489 TTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * ** * * * * **
19247542 TATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * *
19247607 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCT
65 AACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
* * * * * * * *
19247672 TTATAATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * ** * ** *
19247724 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAATTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCA
* * * * * * ** *
19247789 ATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATT
65 AACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
* * * * *
19247853 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
19247905 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * *
19247969 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTCTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTT
* * * * * *
19248033 TTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
19248085 TACTAATCTAATAATATTATT-AAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAA-AAAT-TGTTTGCCA
1 TACTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * ** *
19248146 AACCAGTTCAAATAG-TAAAGGCTGTATGAATACTTGCCTATTTCAAATCGTTATG-AC-TTT-T
65 AACAAGTTCAAATAGTTATA--CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGT
* * * * * * * *
19248207 TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATCCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
19248260 TATTAACTTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * **
19248321 ACTAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAAATCGTTATG-ACCATTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTA-TACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
* * ** * *
19248385 TTGTCATAAAA-ACATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * ** **
19248437 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * *
19248501 ACCAA-TGC-AATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
* * **
19248564 TTGTCA-CAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * ***
19248615 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTATTTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACCA
* * * * * * * **
19248679 AACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAACTTACCTATTTCACAATCGCTAT-AATCTTTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTA-TACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCA-AATCATTATGAA-CTTTT
* * * *
19248743 GTTTTGTTATACAAATAATT-TTTCATATTCCATACAACCTTATTTC-AATTAAATATAA
126 GTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTC-TATT-CATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA-ATAA
* * * * * *
19248801 TACAAATTTATTTAACCTATCAGTTCAATAA--AATCA--AAGA-ATTTAAAAAA-ATA-CTATT
1 TACTAATTTA-TTAA--TAT---TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * * *
19248859 TACTGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-ACTT
60 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC--
* * * *
19248923 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATACGAATTAAAATAA
122 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * ***
19248980 TATTAATTTATTAATATTTT-GACATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
*** * ** * *
19249044 ACAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT
** * * * * * *
19249109 CATCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
19249160 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
19249225 ACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATT-T-TATTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTT
* * * * *
19249287 TTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
** * *
19249339 TA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-A-ATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTA
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTA
** * * * * *
19249401 TGAATAC--GTTCCAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTT
62 CCAA-ACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
* *
19249464 TGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAA
125 TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAA
* * ** * * *
19249519 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * *
19249583 GCAAGTTCAAATAGTTATGCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTT
* * * *
19249647 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
19249699 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * ** * *
19249764 ATAAGTTCAAATAGTCATATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATA-CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAACTTTTGTT
* * * ** *
19249828 TCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
19249880 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
19249941 A-ATAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATG-A-TGTTTAT
66 ACA-AGTTCAAATAGTTA-TACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGT
* * * * *
19250003 TTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTACTC-AGATTAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
19250056 TACTAATT
1 TACTAATT
19250064 ATTTCTTTTC
Statistics
Matches: 2683, Mismatches: 582, Indels: 295
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 10 0.00
172 5 0.00
173 15 0.01
174 72 0.03
175 157 0.06
176 184 0.07
177 255 0.10
178 317 0.12
179 400 0.15
180 402 0.15
181 539 0.20
182 185 0.07
183 17 0.01
184 35 0.01
185 39 0.01
186 20 0.01
187 10 0.00
188 7 0.00
189 3 0.00
190 4 0.00
192 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
Found at i:19249477 original size:360 final size:349
Alignment explanation
Indices: 19246712--19250063 Score: 1623
Period size: 360 Copynumber: 9.3 Consensus size: 349
19246702 AATCTAATAG
* ** * *
19246712 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAAT-AAT-TTTATTTCAAATCATTATGA-TTTTT
* * * ** *** *
19246777 GGTTTCTCATAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTA
62 GTTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTA
* * * * * * * * *
19246841 ATGATAGTTCAAAAATAAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-AAGACAAGTTTAA
125 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA-ATAAGTTCAA
* * * * * * * *
19246902 ATAGTTATACTATTTGAATAGTTATTTATTTGAAATCA-TTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAA
188 ATAGTCATATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTG-TTTCGTCATAAA
* * * * *
19246966 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATA--TGATA
251 ACAATTGTTTCTATTCATA-AAG-GTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A
* * * *
19247029 AAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTA
313 AAATTAAT-AG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * **
19247068 CCAAATAAGTTCAAATAGTCACAT-CTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACACT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGT--TATGCTATTTGAA-TAATT-T-TATTTCAAATCATTATGA-TTT
* * * * * ** *
19247131 TTG-TTTGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
60 TTGTTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATT
* * ** * * ** *
19247195 TATTAATATTTCAAAAATTAACAAG--AGA-TTTAAAATCTAAATCTGTTAACCAAACT-AGTTT
123 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTC
* * * * * * * *
19247256 AAATTAGT-ATAACTATTTGAACAGTTATCTATCTCAAATCA-TTATGATC-ATTGTTT-TTTAT
186 AAA-TAGTCAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTCGTCAT
* * * * ** ** *
19247317 AAAA-AATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAAATATTGGTAAACTAATAATA-TT
248 AAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAG-GTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
19247380 CTAAAATTAGTAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTT-
310 CAAAAATTAAT-AG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * ** * * * * *
19247421 GTAGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAAAACAATTATCTATTTTAAAGT-GTTCTGACCTT
1 CCA-AACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAATAATT-T-TATTTCAAA-TCATTATGA-TTT
* * *
19247485 TTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAT
60 TTGTTTTA-TCATAAAA-AATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * *
19247548 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAA
121 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG--TAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAG
* * * * * *
19247613 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGCTTT-AT
183 TTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTG-TTTCGT
* * * * * * * *
19247676 AATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
245 CATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAG-GTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
19247741 TTTAAAAATTGAGAAATTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTA
308 TTCAAAAATT-A-ATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * ** *
19247785 TCGAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTT
1 -CCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTGAATAATT-T-TATTTCAAATCATTATG-ATTTT
* * * ** * * ** *
19247849 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATACTAATTT
61 TGTTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTT
* * * * * *
19247914 ATTAATATTTCAAAATTAATGAGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTAAGC-AAACT-AGTT
124 ATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA--AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAA-TAAGTT
* * * * * * * *
19247976 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTCTTTTGTTAT
185 CAAATAGTCAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTCGTCAT
* * * * * * *
19248040 ATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT
248 AAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAG-GTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * *
19248105 -TAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAA-AAAT-TGTTTG
310 CAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * *
19248143 CCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATACTTGCCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTT-
1 CCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGCTATTTGAATAATT--TTATTTCAAATCATTATGATTTTTG
* * * * * * * * *** *
19248206 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATCCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAACTTAT
63 TTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTAT
* * * * * ** *
19248271 TAATATTTTGAAAATTATTAAG--AGA-TTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAT
126 TAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAA
** * * * * *
19248332 TAGTTACA-ACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAAATCGTTATGACC-ATTGTTTTGTCATAAA
189 TAG-T-CATATTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAA
* * ** *** *
19248395 A-ACATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTA
251 ACA-ATTGTTTCTATTCATA-AA-GGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * **
19248458 AAAATTAATAAGTA-ACGGATTTAGAAAATGAATCTGTTGG
312 AAAATTAAT-AGTAGA--GATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * * *
19248498 CTTACCAA-TGC-AATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTGAATAATT-T-TATTTCAAATCATTATGA-TTTTT
* * * * * ** ** *
19248561 ATTTTGTCACAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAATTCTAATTTAT
62 GTTTTATCATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TATAATTTAT
* * * * * * *
19248626 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGA-TTT-AAAACTAAATCT-ATTATTTGAAACAAGTTA
126 TAATATTT-AAAAATTAATAAG-TA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTG-AATAAGTTC
* * * * * * * * * * * *
19248688 AAACAATTACGATTATTTGAACAACTTACCTATTTCACAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTTAT
186 AAATAGTCA-TATTATTTGAATAA-TTATCTATTTCA-AATAGTTATGACCTTTTGTTTCGTCAT
* ** * *
19248753 ACAAATAATT-TTTCATATTCCATACAACCTTATTTC-AATTAAATATAATACAAATTTATTTAA
248 A-AAACAATTGTTTC-TATT-CATA-AA-GGTA-TTCAAAATAAA-ATAATACTAATTTA-TTAA
* * *
19248816 CCTATCAGTTCAATAA--AATCA-AAGA-ATTTAAAAAA-ATA-CTATTTA
305 --TAT---TTCAAAAATTAAT-AGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * *
19248861 CTGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAATAA-T-TTTATTTCAAATCATTATGA--TTTT
* * * * *
19248926 TGTTTTGTCATAAAAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATACGAATTAAAATAATATTAATTTA
61 TGTTTTATCATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTA
** * * * ***
19248990 TTAATATTTTGACATTAATAAGTAACAGATTTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTG
125 TTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAA
* * * *
19249054 ATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAA
188 ATAGTCAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAA
* * *
19249119 CAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
252 CAATTGTTTCTA-TTCATAAAGG-T-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
*
19249183 AATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
314 AATTAAT-AGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
19249221 CCAAACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATTTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTGAATAATTTTATTTCAAATCATTATGAT-TTTTGT
* *
19249286 TTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTAT
64 TTTATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAT-AATTTAT
* * * *
19249350 TAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTA-TGAATACGTTCCA
126 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAAT-AAATATG-TTTACTGAATAAGTTCAA
* * * *
19249414 ATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
188 ATAGTCAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAA
* * * *
19249478 CTAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAA
252 C-AATTGTTTCTATTCATA-AAG-GTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
*
19249542 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA
314 AATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
19249579 CCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGC-TATTTGAATAA-T-TTTATTTCAAATCA-TTATGAT-TTT
* * *
19249643 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
61 TGTTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTT
* * * * *
19249708 ATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTC
124 ATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTA--AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTC
**
19249772 AAATAGTCATATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAA-ATGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATA
186 AAATAGTCATAT-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTCGTCATA
* ** **
19249836 AAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
249 AAACAATTGTTTCTATTCAT--AAAGGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* *
19249901 AAAATTAATA--AGAGATTTAAATACTAAATCTATTTA
312 AAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
19249937 CCAAA-ATAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGATGTTT
1 CCAAACA-AGTTCAAATAGTTA-TGCTATTTGAATAATT-T-TATTTCAAATCATTATGATTTTT
* * * * * * *
19250001 ATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTACTCAGATTAAAATAATACTAATT
62 GTTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATT
19250064 ATTTCTTTTC
Statistics
Matches: 2339, Mismatches: 494, Indels: 325
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 4 0.00
352 129 0.06
353 90 0.04
354 110 0.05
355 220 0.09
356 165 0.07
357 135 0.06
358 191 0.08
359 171 0.07
360 422 0.18
361 223 0.10
362 79 0.03
363 185 0.08
364 63 0.03
365 111 0.05
366 23 0.01
367 4 0.00
368 5 0.00
370 4 0.00
371 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGCTATTTGAATAATTTTATTTCAAATCATTATGATTTTTGTTT
TATCATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATA
TTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCAT
ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATAAAGGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
Found at i:19249569 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 19246473--19272147 Score: 5187
Period size: 536 Copynumber: 47.1 Consensus size: 536
19246463 AAATCATTAT
** *
19246473 TACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAATGTAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * * * *
19246536 AAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTAT
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * ** * *
19246601 TTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGACACTATTTTATTTGAAATAAAATAATA-ATAATTTAA
128 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATA-AATTTAT
* * * * * * *** *
19246665 TGATATTTTGAAACTTAAT-AACCAAGAAAATTAAAATAATCTAATAGCCA--AACA-AGTTCAA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAATC-A-AAATTTAAAA-AAT-AAATATTTATGAATACAGTTCAA
* ** ** * * *
19246726 ATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCATAAAA
253 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * * * *
19246791 TAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATGATAGTT-CAAA
318 -AATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAA
* * * *
19246854 AA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAGACAAGTTTAAATAGTTAT-ACT
380 AATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * * * * *
19246913 ATTTGAATAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
443 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-ATTTTATCATAAAACAATTGTTT-T
* * *
19246978 A-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAA
506 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * *
19247008 TACTAATTTATTAATA--TGATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * *
19247071 AATAAGTTCAAATAGTCA-CATCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATATGAA-TAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTT
* * * * **
19247133 G-TTTGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATATTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATT
126 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATT
* * * * ** * ** *
19247195 TATTAATATTTCAAAAATTAA-CAA--GAGATTTAAAATCTAAATCTGTTAACCAA-ACTAGTTT
189 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAATAT-TT-ATGAATAC-AGTTC
* * * * * *
19247256 AAATTAG-TATAACTATTTGAACAGTTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTGTTTT-TTATA
251 AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** ** *
19247318 AAAAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAAATATTGGTAAACTAATAATATT-C
315 AAAAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAA-T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * * *
19247381 TAAAATTAGTAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTAGAACCAGTTCAAATAGTTA-AG
377 AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-
* ** * * * *
19247445 AATATTAAAACAATTATCTATTTTAAAGT-GTTCTGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGT
440 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGT
* *
19247508 TTTAGTTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAA
503 TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
19247542 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACT
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * * *
19247606 GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGC
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * * *
19247671 TTTATAATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
128 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTAT
* * ** * *
19247735 TAATATTTTAAAAATTGAGAAATTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCGAAT-CAGTTCAA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAA-TCAAAATTTAAAAAATAAAT--ATTTAT-GAATACAGTTCAA
* * * * ** * *
19247799 ATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAA
253 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
19247864 CAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
318 -AATTGTTTCT-ATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* ** * * * *
19247927 AATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTA
380 AATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * * * *
19247992 TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATT-ATTTATG
444 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-G
19248056 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
508 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
19248085 TACTAATCTAATAATATTAT-TAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAA-AAAT-TGTTTGCCA
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * **
19248146 AACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATACTTGCCTATTTCAAATCGTTATGA-C-TTT-TT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATT-ATTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * ** * *
19248208 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTATCCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAACTTATTA
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTA
* * * * * * ** *
19248273 ATATTTTGAAAATT-ATTAA--GAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAA-ACTAGTTCAATTA
194 ATATTTTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAA--TATTTATGAATAC-AGTTCAAATA
** * * * * * *
19248334 GTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAAATCGTTATGACC-ATTGTTTTGTCATAAAAAC
256 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA-
* * * * * * *
19248398 ATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
319 ATTGTTTCTATTCATACAA-GTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * ** * * * *
19248463 TAATAAGTAACGGATTTAGAAAATGAATCTG-TTGGCTTACCAA-TGC-AATAGTTATATCTATT
383 TAATAAGTAACAGATTTA-AAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * *
19248525 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCA-CAAACAATTGTTTCTA-TT
446 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTT
** **
19248588 CATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
510 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * ***
19248615 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTATTTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACCA
* * * * * * * * * * *
19248679 AACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAACTTACCTATTTCACAATCGCTATAATCTTTTG
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAA-TTA-TTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTG
* * * *
19248744 TTTTGTTATACAAATAATT-TTTCATATTCCATACAACCTTATTTCAATTAAATATAATACAAAT
127 TTTTGTCATA-AAATAATTGTTTC-TATT-CATACAAGCTTATTTCAAATAAA-ATAATATAAAT
*** ** * *
19248808 TTATT--TAACCTATCAGTTCAATAAAATCAAAGAATTTAAAAAA-ATACTATTTACTGAATA-A
188 TTATTAATATTTTAAAAATT-AAT-AAATC-AA-AATTTAAAAAATA-AATATTTA-TGAATACA
* * * *
19248869 ATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGT
247 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGT
* * * * *
19248934 CATAAAAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATACGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
311 CATAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * *** *
19248998 -TTGACATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTGATAGTCAT
375 CCAAAAATTAATAAGTAACAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
19249062 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATA
439 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTT
* * *
19249127 TTAGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
504 TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
19249160 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * **
19249225 ACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATT-TTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTATTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
19249289 ATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
131 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
** *
19249354 ATTCCAAAAATTAATAAAT-AAAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTATGAATAC-GTTCCAATA
196 ATTTTAAAAATTAATAAATCAAAA-TTTAAAAAAT-AAATA---TTTATGAATACAGTTCAAATA
* * * * *
19249417 GTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAA
256 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AAA
* * * *
19249482 TTGTTTCTATTCATACAAGTGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATT
320 TTGTTTCTATTCATACAAGT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * *
19249546 AATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTAT-GCTTGTTTG
384 AATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTG
* * * *
19249610 AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
448 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCA
* *
19249674 TGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
512 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** * * *
19249699 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * *
19249764 ATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATATGAATAATTAT-TATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGT
* * **
19249827 TTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
128 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTA
* * * * * ** * * *
19249890 TTAATATTTTGAAAATTAAT-AA--GAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCAAAATAGTTTAAA
191 TTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAA--TATTTATGAATACAGTTCAAA
* ** * * *
19249952 TAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAAA
254 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * *
19250015 GAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTACTC-AGATTAAAATAATACTAA-TTATTTCTTTTCATAA
318 -AATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAA
* * ** * *
19250078 ACCAATTATTTTTATTCATGCAAGCTTATTTGGAAAAA-ATAATACTAATTTAT-TAA-AA-TTC
379 A--AATTA-----A-T-AAGTAA-CAGATTT--AAAAATA-AAT-CT-GTTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * * * ** *
19250139 TAAA-AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTCACCAAGCGAGT-TCAAATAGTT
429 -AAATAGTT-ATAA-C----TATTTGAACAAT-TATCTATTTCA--AATCG-TTATGACCT-TTT
** ** * * * * *** *
19250201 ATGACTAT--TTGAATAATT-ATTTATTTCAAATCATTATGATCTT-TGT-TTTATCATAA-AA
482 AT-TTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-CA--A-G--CTTAT-TCAAAAT-AAAATAA
* * * * ** ** **
19250259 -AC-AATTGT-TT-CTATCATCATAAAAGTAAT-ATTTGGA-ATAAAAAAAATAAAT-TAATTA-
1 TACTAATT-TATTAATAT-TTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * *
19250316 -AAATAA--TAATAATA-TTAATTTATTAATATTCTAA-AATTAATAAGTT-AGAGAT--TTAAA
63 CAAACAAGTTCA-AATAGTT-A-TGACT-ATA-T-GAATAATT-ATTATTTCA-A-ATCGTT-AT
* * * * * ** * * * *
19250373 GA-ATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGA-ACTATCATCTATTTCG
118 GACCT---TTTGTTT--TG-TC-A--TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC-T-TATTTC-
* *** * *** * ** ** * *
19250436 AACTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATTATTCAAA--ATAATTGGTATTCA
170 AAATAAAAT-A-ATATAAATTTAT--TAATATTTTAAAAATTAAT-AAATCAAAATT--TA---A
* * * * * * * **
19250499 TACAA-AATTATTTA-GAATAAAATAATACAAAT--TTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGGAT
225 -AAAATAAATATTTATGAATACAGT--T-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-AT--CTAT
* * * * ** * *
19250560 TTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATT
283 TT--CAAAT-CA-----TTA-TGACCT--TT----T-GTTTTGTC-AT-A-AA-AA--AT-TGTT
* *** * ** ** * * *
19250625 TCAAATCGTTC-TGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAAT--TGTTTTAATGTATACATGCTTATT
325 TC---T-ATTCAT-ACAAGTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTT-AT-TA-ATATTC-CA--
* * * ** * * * * *
19250687 CAAAATAA-AA-TAATACTA-ATTTATTAACATTTAGAA--AATTAATAAGCAAGAAATTAAAAA
378 AAAATTAATAAGT-A-AC-AGATTTA--AA-A-ATA-AATCTGTTTAT-CG-AACAAGTT---CA
* ** * * * ** * ***
19250747 AATAAATCTGTTTACCAAAAAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
430 AAT--A---G-TTA-TAACTATTTGAACA-A-TTAT--CTATTT-CA-AATCGT-TA-TGACCT-
* * * * * *
19250811 TATTATGACCTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAATAA
479 --TT-T-A--TTTTA---TCA---TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
19250876 AATAA
532 AATAA
* * ** * * *
19250881 TA-TTACTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCA
* * * * * * * **
19250943 GAATCAA-TTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTG
65 -AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * **
19251007 TTTTATCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCGGTATAAAATAATACT-AATT
127 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATT
* * * * ** ** * *
19251069 TACTAATATTTTAGAAATTAATAAGT-AGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAAT-TAGT
189 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCA--AAATTTAAAAAA-T-AAATATTTA-TGAATACAGT
* ** * * * *
19251132 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATATCAT
249 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
19251197 AAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATT-C
314 AAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * * **
19251261 TAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTA-AG
377 AAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-
* * * * * * * * *
19251325 ACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCATTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-TTT
440 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
** * * * * *
19251389 TCAGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGAGTAAAAAAA
505 T-AGTTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
19251422 AACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-A
* * * * * *
19251483 ATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-TT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * ** *
19251546 TTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATCTGGAATAAAATAATATTAATTTATT
129 TTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATT
* * * * *
19251610 AATATTTTGAAAATTAAGAAGT-AAGAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AA-ACCAGTTGA
193 AATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAAA--TATTTA-TGAATA-CAGTTCA
* * * * * *
19251671 ATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATA
252 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * *
19251734 AAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCT
315 AAA-AATTGTTTCTATTCATACAAG--TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* ** * * * * * *
19251798 AAAAATTAAAAAGTAATGGATTTAAAAATGAATTTG-TTAGCCTG-ACGAGTGCAAATAGTTATG
377 AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATA
* * * ***
19251861 ATTGTTTGAACAATTATCGTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTTGTTTTATTGCAAAACAATTG
440 ACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATC-GTTATGACC-TTTTATTTTATCATAAAACAATTG
* *
19251925 TTTCTA-TTCGTAC-AGCTTA-TCTAAAATAAGATAA
502 TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAA
* * * * * *
19251959 TTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATGAATTTTTTTACTA
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * ** * *
19252022 AACAAGTTCAAATAGTTATATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAGTTGCCATAACTTTTTG
65 AACAAGTTCAAATAG-T-TATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * *
19252087 TTTTGTTATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGGCTTATTTTAAAATAAAATAATACAAATTT
127 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTA-TTTCAAATAAAATAATATAAATTT
* ** * * * * * ** *
19252151 TTTAATATTCCAAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAAAAAAAGGTTTTTG-A-ACA-TATC--
190 ATTAATATT-TTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAATATTTATGAATACAGT-TCAA
* *
19252211 A-A---ATG----TTTG-------ATCTATTTC-AAT-AGTTATG----TTTATTTTGTCAAAAA
253 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
19252255 ACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTA-TAATATTCCAA
317 A-AA-TTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * *
19252319 AAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAACTTCAAATAGTTATGAT
379 AAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * * * *
19252383 TGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
442 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-T
* *** *
19252448 A-TTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAA
506 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * **
19252478 TACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * *
19252542 AACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* ** * ** *
19252607 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATCTAT
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTAT
* * * *
19252670 TAATATTTTGAAAATTAAT-AA--GAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATGGAA-ACAGTTCAAA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAATA--TTTAT-GAATACAGTTCAAA
* * * * * * *
19252731 TAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAAT
254 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-
* * * * * *
19252795 AGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAA
318 A-ATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * *
19252859 AATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TCCAAATAGTTA-ATAC
380 AATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-AC
* * * * * * * * * *
19252918 TATTAGAGCAATTATTTATTT-AAATTGTTTTTGACC-TTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTC
442 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTT
*
19252981 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAAT-A
506 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * *
19253011 TAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTATC
1 TA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C
* ** * * * * * *
19253070 AAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCAT-TTAACAATTATCTATTTAAAAGTCATTACGACCTTT
63 CAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAA-TCGTTATGACCTTT
* * * * * * * * *
19253133 AGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGTTCAAAAAAACTTA-TCCGAAATCAAATAATACT-AC
125 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAA
* * * * * * * *
19253195 TTCACTAATATTTTGAAAATTAGT-AAGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTTTTGCACTA-
187 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAAA--TA-TTTATG-AATAC
* * * * *
19253258 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAAT-AGTTATGATCC--GTATTT
246 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCA-TTATGA-CCTTTTGTTT
* * * * * *
19253319 TGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTTTTAGATA-AAAATAATATTAATTTAATAA
308 TGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAA-GTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
19253383 TATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATATATATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAG
371 TATTCCAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * ** * *
19253444 TTA-AGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTT-GGTTAGTCATATAATA
435 TTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTA-TCATAAAACA
* * * * *
19253506 ATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCCAAATTAAAATAA
498 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAA
* * * *
19253546 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACT
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * *
19253610 AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTA
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTG
** * * * * *
19253675 TTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTA-TCCAAAATAAAATAACACT-ATTT
127 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATT
* * * * ** * *
19253737 TATTAATATTTCAAAAGTTAAT-AA--GAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCA
189 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAAT--ATTTATGAATACAGTTCA
* * ** * * * *
19253799 AATAATTATG-GTCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG--CTTTT-TTTTCTCTTA
252 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * * *
19253860 AAATAAATT-TTTTTCAAT-ATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
314 AAA-AAATTGTTTCT-ATTCATACAA-GTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * *
19253923 CACTAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACTAGCTT-AAATAGTTA
376 CAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAG-TTCAAATAGTTA
* * * * * * *
19253982 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTATTGTTCTATCATAAAATAATTA
438 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTATTTTATCATAAAACAATTG
* * ** *
19254046 TTTCTA-TTTATAC-AGACTTATTTAGTATAGAATAA
502 TTT-TAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAA
* * *
19254081 TACTAATTTAGTAATA-CTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
** * * * * * *
19254144 AATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * ** * *
19254209 TTATTATAAAATAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAATATTACTTTATT
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATT
* * *** *
19254272 AATATTTCAAAAGTTAAT-AA--GGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAA-ATAGTTCAAAT
193 AATATTTTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAAT-A-TTTAT-GAATACAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
19254333 AAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAAA
255 -AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA
* * * * * *
19254397 ATTGTTTTTCA-ACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA
319 ATTGTTTCT-ATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * *
19254461 TTAATAAG----AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACT
382 TTAATAAGTAACAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * * *
19254522 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTA-TT
446 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT-GTTTTAGTT
* * * *
19254586 CCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAA
510 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
19254613 TACTAATTTAGTAGTA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTTCC
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
19254677 AAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* ** * * *
19254742 TTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTA-TTCGAAATAGAATAAAACT-AATT
128 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATT
* * ** * * *
19254803 TATTAAT-TGTTCAAAATT--T-TGT-AAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAA-CCAGT
189 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAA--ATATTTA-TGAATACAGT
* * * * * * *
19254862 TTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTATTATTA-CTAATTTATTAATA
249 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT--TTTGTT-TTG
* * ** * * * * * ** ** **
19254925 T-TTAGAAAATT-AATCAATAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTTAAATA
310 TCATAAAAAATTGTTTC--T-----ATTCATACAAGTTATTCGAAATA--AAATAATACT-AAT-
** * * * * * *** ** *
19254987 GTT-TTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAA-ATCATTATAACCTTTTAT-T-TTGTCATCAA
364 -TTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAAGT--AACA-GATT-TAAAAATAAATCTGTT-T-ATCGA
** * * ** * * * * * *
19255048 ACAATTGGTTC-TGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATAAT-ATTTTG
421 ACAA---GTTCAAATAGTTA-TA-ACTATTTG--A-ACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCGTTATG
* * * * * **** * * * *
19255111 AAAC--TTA-ATAACCA-AGAA-AATTAAAAATAATCTAATAGCCAAAC-AAGTTCAAATAGTTA
475 -ACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT-GTTTTAGT-TCATA--CAAGCTTA-TTCAAA-A--TA
*
19255170 AGACTAA
531 A-AATAA
* ** ** * * *
19255177 -A-TGAATGATTATT--TATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTG-GTTTCTCGTAAAATAATTATT
1 TACT-AAT--TTATTAATATTTCAAA-AATTAAT-A-AGTAAGAG-AT-T--TAAAA-AATAAAT
* * * * * * * * **
19255236 TTGTTTGTA-CAAGCTTATTTGGATTAA-AATAAT-ACTA-ATTTAATAA-TAGTTCAAAAAT-A
55 CTG-TT-TACCAAAC-AAGTT-CA--AATAGTTATGACTATA-TGAATAATTA-TT---ATTTCA
* ** ** ** * * * *
19255295 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACCA-AATCAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAA
109 AAT---CG--TTATGACCT---TTTGTTTTGTCATAA--A-AT--AATTGTT---TCTATT--CA
* *** * ** * * * *
19255358 TA-ATTATC-TATTTCAAATTATTTTGACCT-TTTATTTAGTCATAAAACAATTGTT-ACAGTTC
156 TACA--AGCTTATTTCAAA-TAAAAT-A-ATATAAATTTA-T--T--AA-TATT-TTAAAAATTA
* ** * * * * * * * *
19255419 ATATAAGC-TTATTTAAAATAAATTAATACTAATTTATTA-ACATTCAAAAAATTAATAAGAAAG
209 ATA-AATCAAAATTT-AAA-AAATAAATATTTA-TGAATACA-GTTCAAATAGTTA-T--G--A-
** * * * * *** * * * *
19255482 AGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CA--A-GTTCAAATAGTTATT-ACAATTTGAACA
263 CTATTT-GAACAAT-TATCTA-TT-TCAAATCATTATG-ACCTTTTGTT-TTGTC-A--TAAAAA
** * * * ** * * * * * *
19255542 ATTGCCTATT-TAGAAGCTTTAAAACCTT-TTGACTTGCCATAAAACAAAATTTCAGTTAATACA
319 ATTG--T-TTCT--ATTC-ATACAA-GTTATT--C--GAAATAAAATAATA-CT-AATTTAT-TA
* * * * **
19255605 ATCTTATTTCGAATAAAATAAT-A-TAA-AGTTATTAATATTAAGATAAT-TAATTAGTC--A-A
370 A---TA-TTCCAA-AAATTAATAAGTAACAGAT-TTAA-A--AATA-AATCTGTTTA-TCGAACA
* * * * ** * * ** * **
19255663 AGATTTAAAAAATAAATATGT-TTACTGAATAAGT-TC-AAATCATTAT-GTTTATTTGGGCAAT
424 AG-TTCAAATAGT-TATAACTATT--TGAACAATTATCTATTTCA-AATCG-TTA--T--G-ACC
* * ** ** * *
19255724 TATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTA--TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAA
478 T-TTTATTT-TA-TCA-TAAAAC-AATTGTTTTAGTTCAT---ACAA--G---C--TT-ATTCAA
*
19255787 ACTTATTCAAATTAAAA
527 A---A-TAAAA-T--AA
* ** * * * *
19255804 TAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
1 T-A--CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
19255869 CGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTC
63 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* ** * * *
19255934 TTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACT-GATTT
127 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTT
* * ** * * *
19255997 ATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAA-GAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAAATA-AGTT
190 ATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AATCAAAATTTAAAAAATAA-ATATTTAT-GAATACAGTT
* * * * * * * *
19256060 CAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTATTTTATCTTA
250 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * *
19256125 AAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCG-AATAAAACAATA-TAAATTTATTAATATTT
315 AAA-AATTGTTTCTATTCATACAAG-TTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
* * * ** * * *
19256188 TAGAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTTAACTTGTTTAAAAATTTA
376 CAAAAATTAATAAG-TAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
19256250 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGT
438 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
*
19256315 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAA
503 TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * *
19256349 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * *
19256414 ACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TT
*
19256479 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTAT
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAT
** ** ** * * * * **
19256542 TAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATA-AGTTCAA
192 TAATATTTTAAAAATTAAT-AAATCAAAATTTAAAAAA-TAA-ATATTTA-TGAATACAGTTCAA
* * * * * *
19256605 ATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTGTTTGGTCGTAA
253 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
19256668 AACAATTGTTTTTATTCATACAATATTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
316 AA-AATTGTTTCTATTCATACAA-GTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * *
19256732 AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACTAGTTTAAATTA-TTATGA
378 AAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATAA
* * * * * *
19256792 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
441 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-
* * * *
19256856 TA-TCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAT
505 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* ** * * * * * * ** *
19256887 TGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
19256951 ACCAGTTCAAATAGTTAAGAATAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
19257015 TAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTATTTTAT
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTAT
* ** * * *
19257078 TAACATTCAAAAAATTAAT-AAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-AATTC
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAATC-A-AAA-TTTAAAAAATAAATA--TTTA-TGAATACAGTTC
* * * *
19257141 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAA
251 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * **
19257206 AACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAA
316 AA-AATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * *** * ** * * **
19257271 AAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATGAATCAATTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTGTGGC
379 AAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
19257335 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
442 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
** * * ** *
19257400 CATCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAA
507 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ***
19257430 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * *
19257495 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
19257560 TGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATCTAAT
130 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATT
* * *
19257623 AATATTATGAAAATTAATAACT-AAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTT-TGCCAA-ACCAGTTCA
193 AATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAAATAT-TTATG--AATA-CAGTTCA
* * * * * * *
19257683 AATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
252 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * ***
19257748 ACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAA
317 A-AATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * *
19257813 AATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAA
380 AATTAATAAGTAACAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * * * *
19257874 TTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-
444 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAG
* ** ***
19257938 TTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAA
508 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * **
19257967 TGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCT
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-
** * * * * * *
19258030 TGACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCT
63 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * ** *
19258093 ATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAGCATAAT-TCTAATT
126 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAT-AAATT
* * * * *
19258156 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACA-AGT
189 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAAA--TATTTAT-GAATACAGT
* * * * * ** * * *
19258219 TCAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTTTTTTGTCAT
249 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
19258284 AAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-
314 AAAA-AATTGTTTCTATTCATACAA-GTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * * *
19258347 CAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTGT
376 CA-AAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
19258412 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-T
439 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
* * *
19258476 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
503 TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* ** * * * * ***
19258510 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
*** * * * * *
19258575 ACAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
** * * * * * *
19258640 CATCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGC-TAATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAT
130 TGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAT
* * * ** *
19258702 TAATATTTCAAAAATTAATGAGT-AATAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA-ACAAGTTCC
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAAA--TATTTATGAATAC-AGTTCA
* * * * * ** *
19258765 AATAGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAA
252 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
19258830 ATAATTATTTCTGTTCATATAAACTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAGTAATATTCCA
317 A-AATTGTTTCTATTCATA-CAAGTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
* * * *
19258893 AAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAATACGTTCAAATAGTTATG
378 AAAATTAATAAGTAACAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATA
* * * ** * * *
19258955 ATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTT
440 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * *
19259020 CTA-TTCATGCAAGCGTATTCAAAAT-AAGTAA
505 -TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
19259051 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * *
19259115 GCAAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTG-T
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
19259178 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAT
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAT
* * *** * * **
19259241 TACTATTTTGAAAATTAATCGGT-AGGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAATA-AGTTCA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAATCA--AAATTTAAAAAATAAAT--ATTTA-TGAATACAGTTCA
* * * * * *
19259304 AATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
252 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ***
19259368 AATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
316 AA-AATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * *
19259433 AAATTAATAAG----AGATTTAAATACTAAATCTATTTA-CCAAAACAGTTTAAATAGTTATTAC
379 AAATTAATAAGTAACAGATTTAAA-AATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAAC
** * * *
19259493 TATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC
442 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-
* * *
19259556 T-TTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
505 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * ****
19259587 TACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * *
19259648 ACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
19259712 TAGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTA-TTCAGAATAAAATAAT-TGTAATTTA
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAT-AAATTTA
* * * * *
19259774 TTAACATTTGAAAAATTAAT-GAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAA-ACAAGT
191 TTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTT-AAAAA-ATAAA--TATTTATGAATAC-AGT
*
19259837 TCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTT
249 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG-T
* * * *
19259899 CATAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
311 CATAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** ** * * * * *
19259963 TAAAAAATTAATAAACAAAAAGATTTAAAACTAAAAGT-TGTTTTTTTGAACTAGTTCAAATA--
375 CCAAAAATTAAT-AAGTAACAGATTTAAAAAT-AAA-TCTG-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * **
19260025 TATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTT-GTTTACTCATAAAACTCT
436 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTA-TCATAAAACAAT
* * *** *
19260088 T-TTTTTGATCATACAAGCTTATT---TGGACAATAA
500 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * **
19260121 TACTAATTTAATAATA-TTCCAAAATTAGT-AG--AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * *
19260182 ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAAAATCATTCTAACCTTTTA
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAATAATTAT-TATTTC--AAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * *
19260246 TTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATACATGCTTA-TTCGAAATAAAAATAATACT-AAT
127 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAAT-AAAATAATA-TAAAT
* ** * * *
19260308 TTATTAACATTCCAAAAATTAAT-AAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTATCGAATA-A
188 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAA-ATAAA--TATTTAT-GAATACA
* * * *
19260371 GTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
247 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
19260436 ATAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATT
312 ATAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * * * *
19260500 TCGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGA-CTAAATAAATTCAAATAATTA
375 CCAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * * ** * * *
19260564 TGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGT
438 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
** * * * * *
19260628 TTT--TAAAAATAATCTTTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
503 TTTAGTTCATACAAGCTTATT--CAAA--A--T-AAA-A-TAA
* * * * * ****
19260669 TAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC-ATATTGTTATAA-CATTTTATTCTATAATAAA-ACAA
1 T-ACTAATTT-----ATTA-ATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATT-TA-AA-AAATA-AA
* * * * * * * **
19260730 T-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTATTTTAGTAA-TATTA-TGAA
54 TCTG-TT-TA-CCAAACAAG----TTC-AAAT--AGTTATGACTATATGAATAATTATTATTTCA
* * ** ** * ** * *
19260791 AAT--TAAT-AAC-TAAGAAATT-T-AAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAACAGTTA
109 AATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAAT-AAT-TGTTT-CT-ATTC-ATACAAGC--TTA
*** * * ** *
19260850 AGACTATATGAACAATTATTTAACTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTA
166 TTTC-AAAT-AA-AA-TA-AT-A--TAAA-T-TTAT----TAAT-ATTT-T-A-AAAATTAA-TA
* * * * * *
19260914 TTTTAGCTTGTAGAAATTTATTCAAAATAGAGTAAAACTAATTTATTAAT--ATTTCAAAAATTT
212 ----A--AT-CA-AAA--T-TT-AAAA-A-A-T-AAA-T-ATTTATGAATACAGTTCAAATAGTT
* * * ** * * ** * *
19260977 ATAAGA-GATTTAGAA-AATAATTCTATTTACAAAACCAGTT-T-AAATAATTATAACTAT-TTA
259 AT--GACTATTT-GAACAATTA-TCTATTT-C-AAATCA-TTATGACCT-TTTGT-TTTGTCATA
* *** * * * * **
19261037 AATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATTACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATATTTTTTTTGTT
315 AA-AA--AT-TGTTTC---T-ATTCA-TACAAGTTA-TTCGAAATAAAATAATA---CTAAT-TT
* * * * * * *
19261101 AATATAAGTTTGTTC-AAAATAAAATAA-T-ACTA-ATTT----ATTAA--TATTTATCAAACCA
366 -AT-TAA-TAT-TCCAAAAAT-TAATAAGTAAC-AGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * * * * *
19261156 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTGTGTT
425 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATC
* *** *
19261221 ATAAAACAATAGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
490 ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
19261268 TACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCA
* * * *
19261332 AACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* ** ** * * * *
19261397 TTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATC
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATT
* * * * * *
19261461 AATATTCTGAAAATTAAT-AATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAATGAATA-AGTTTAA
193 AATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAAT-AA-ATATTT-ATGAATACAGTTCAA
* * * * *
19261524 ATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
253 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
19261589 TGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--A
318 --A-ATTGTTTCTATTCATACAAG-TTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * ** ** *
19261651 AGACAATTAATAAGTAAAAGATCT-AATAT-AATC----TA-C-CCCAAGTTCAAATCTTTATGA
378 A-A-AATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * *
19261708 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
441 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-
*** *
19261773 TA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AA
505 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
19261803 TATTAATTTATTAATATTTCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * *
19261868 ACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAATTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATT-ATTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
19261933 TGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
130 TGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
* * * * * **
19261996 AATATTCTAAAAATTAATGAGT-AAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAAT-CATGTTCAA
193 AATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAA-TAA-ATATTTATGAATACA-GTTCAA
* *
19262059 ATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
253 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
19262124 CAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-CAA
318 -AATTGTTTCTATTCATACAAG-TTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAA
* *
19262186 AAATT-A-AA--AA-A-A--T--AAAT--A--TGTTT-TCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACT
379 AAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * ** *
19262236 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCA
443 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA-TTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
* *
19262300 -TTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
507 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * **
19262329 TACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * *
19262393 ACGAGTTCGAATAGTTATGACCAT-TCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* ** *
19262457 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
* * ** * *
19262521 AATATTCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACA-AGTTCAAA
193 AATATTTTAAAAATTAATAA-ATCAAAATTTAAAAAATAAATAT--TTA-TGAATACAGTTCAAA
* * * ** * *
19262584 T-GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT
254 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-
* * * * * *
19262648 GATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTC-AGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAA
318 AATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * * **
19262712 ATTAGTAAG--A-A-ATTTAAGAATTAAATCTGTTTATTGAACTAA-TTCAAATACTTATGGCTA
381 ATTAATAAGTAACAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATAACTA
* ** * * * *
19262772 TTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTTT-
444 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTATTTTATCATAAAACAATTG-TTTTA
* * * *
19262834 GTTCATACAAACTTATT-ATGAGTAAAATAT
507 GTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAA
* * * * * * * * **
19262864 TGCTAAATTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCA
* * * * * * *
19262925 ACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * *
19262988 TTAT-TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT-TGTAATT
128 TT-TGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAT-AAATT
** * * *
19263049 TATTAATATTCAAAAAATTAAT-GAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAA-ACAA
189 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTT-AA-AAAATAAA--TATTTATGAATAC-A
* ** *
19263112 GTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTG
247 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19263175 TCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCACAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
310 TCATAAAA-AATTGTTTCTA-TTCA-TACAAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
19263239 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTAAAGT-TATTT-TCTGAACTAGTTCAAATAG
372 ATTCCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAA-TCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
19263302 TTATGACTATTTGAAAAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAA
435 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAA
* *
19263365 TTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAA
499 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAA
* * * * * * *
19263403 TATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * *
19263464 ACTAGTTCAAATAGTTAAGACCAT-TAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
** * * * *** * * *****
19263528 AATACTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATT-TAAAAAGTA-AAACTGT-TTACCAAACCCTTTCA
129 --TTGTCATAAAA-TAAT---T----GTTTCTATTCA-TACAAGCT-TATT-TCAAATAAAAT-A
* * * * * * * * * * ** **
19263590 A-AT-AGTTT-TGACTATTTGAATAATT-ATCTATTCCAATTCATTATAACCT-TTTATTT-TGT
180 ATATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAATCAAAAT--TTAAAAAATAAATATTTATG-
* ** * * * * * *
19263649 CA-ACA-AACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
241 AATACAGTTCAAATAG-T-TA-T--GACTATTTGA---ACAAT----T-AT-CT-ATTTCA-AAT
* ****** ** *** * * *
19263712 -ATTTTGACACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA-TAAATCAAATTGC-TA-AA-TCATTTCAA
290 CATTATGAC-CTT--TTGTTTTG-TCA-TAAAAAATTGTTTC-TATT-CATACAAGTTA-TTCGA
* ** ** *** *
19263772 ATACTAAAACT-ATA-TGAATGATTATT--TATTTCAAATCGTT-ATGACCT-TTTGTTTTGTCA
347 A-A-TAAAA-TAATACT-AAT--TTATTAATATTCCAAA-AATTAAT-AAGTAACAG-ATT-T-A
*** * **
19263831 TAAAA-AAAT-TGTTTTTTATC-ATACAAGCTTATTCGAAA-AAAAATAA-TA-CT-AATTTATT
401 -AAAATAAATCTG---TTTATCGA-ACAAG----TTC-AAATAGTTATAACTATTTGAA-CAATT
* ** ** *** * * *
19263889 A-ATATTTCAAA-AATTAAT-AAGTAAGAGATTTA--A-AAAATAAATCTG-TTTA---C-T-GA
455 ATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTA-TTTTATCATAAAA-CAAT-TGTTTTAGTTCATACA
*
19263942 A--TTAGTTC--AAT--AATTA
516 AGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
** * *** **** * * * * *
19263958 TGACT-ATTTGAGCAAT-TATCAATCCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
1 T-ACTAATTT-ATTAATATTTCAA---AAATTAATAAG-TAAGAG-ATT-T-AAAAAATAAATCT
* * * * * * * **
19264021 TTTTGATCATAAATATTTAGTT-AAA-AATAAT-ACTA-AT--TTAA-TAATATTTCAAA-AATT
57 GTTT-A-C-CAAACA---AGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTATTATTTCAAATCGTT
** ** ** * * ** * * * *
19264078 AAT-A-AGTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAA--ATAGTTAAAAC
116 -ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAAT-AAT-TGTTT--CTATTCA-TACAAGCTTATTTCAAA-
* * * *** ** * **
19264137 TATTAGAATAATTATATATTT-TAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTTC
173 TA--A-AATAA-TATAAATTTATTAAT-ATTTTAA-AAATT-AATA--AATCAAA-A----TTT-
* *** * * * * * *
19264201 ATATCTTACAAT-CTTATTCGAAATAAAATAATCCAAAT--TTATTAAC-ATTTGAAAAATTA-A
223 AAAAAATA-AATATTTA-T-G-AATACAGT--T-CAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATC
**** ** ** * * * *
19264261 TAAGGAAAAGT--TTGAAAAAATAAATCTG-TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGATTACTATT-
280 TATTTCAAA-TCATT-ATGACCT---TTTGTTTTGTCATA-AA----AAAT--TG-TTTCTATTC
* * * ** * * * * ** *
19264322 -TGAAAAATTATT-TATTTAAAATGATTATGACCT-TTTGTTTTGATA-T-AAAACAATTGTTTC
332 AT-ACAAGTTATTCGAAATAAAAT-A--AT-A-CTAATT-TATTAATATTCCAAA-AATT-AATA
* * * * ** * * * *
19264382 AGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATT-TCTTAA-TATTTCAAA-AATTAATA
388 AG-TAACAGAT--TTA---AAAAT---A-AAT-CTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTT-ATA
* * * * ** * *
19264444 AGCAATAGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAAATT-T-AAATAGTTATGCTTAT--T
440 A-C--TA-TTT-GAACAAT-TATCTA-TTT--CAAATC--GTTATGACCT-TTTAT-TTTATCAT
** ** ** * **** ***
19264503 TGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTT-TT-GTTTTGTCATAA
492 AAAACAATTG--T-TTT-AGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * ** * * * * *
19264551 AAC-AATTGT-TTCA-A-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAA-A-ATAATACTAATTTATTAATA
1 TACTAATT-TATTAATATTTCA-AAAA--TTAAT--AAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAAT-CTG
* * * * * * *
19264610 TTT--CAAA-AA-TT--AATAAG-TAAG-CGATTTAAAAAATAAATTGGTTTACCAAATCAGTTC
58 TTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATATGAATAAT-TATT-ATTT--CAAATC-GTT-
* * * * * * * * * ***
19264667 AAAT-A-ATTGTGGCTATT-TCA-ACAATTATCTATTT-TAAATCATTATAA-CATTTTGTTTGG
116 --ATGACCTT-TTG-TTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCT-ATTCA-TACAAGC-TTAT-TTCAA
** ** * * * * *
19264726 AT---AT-ATAGCAATTGT-TTTTTATTATACAAAGTT--T-ATTCAGAA--TAAAATAAT-AGT
172 ATAAAATAATATAAATT-TATTAATATTTTA-AAAATTAATAAATCAAAATTTAAAA-AATAAAT
* * * * * * * * *
19264780 AATTTATTAAT-C--TCTCAAA-AATTAATAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACC
234 -ATTTATGAATACAGT-TCAAATAGTT-AT--GACTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATC
* ** * * * * * *** *
19264840 GGTT-T-A--AATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATAGTT-ATAACCTTTTGT
291 -ATTATGACCTTTTGTTTTGTC-A--TAAAAAATTG--T--TTC---TA-TTCAT-ACAAGTTAT
** * * * * * * *
19264900 TCTGTCATAAAACAATTATTTCT-GTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAA
343 TC-GAAATAAAATAA-TA---CTAATTTAT-TAA---TATTC-CAA-AAATTAATA--AGTA-AC
* * *** *
19264964 AAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAA
394 AGAT-TT--AAAAA-TAA-ATCT----G-TTTATCGAA-CAA---G-TT-C-AAA-TAG-T----
* ** *
19265029 TAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAATC---AT-A---TTT-TTTTGTCATAAAAC
436 TA--T-A-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAC
* * * ***
19265086 AGTT-TTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA
497 AATTGTTTT-AGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * * * *
19265126 -AATGAATTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCT
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * *
19265189 AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATGGCTATGACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * ** * * *
19265254 CTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAG-TT-TGCTCGAAACAAAATAATACT-AATCTA
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTA
* *** * *
19265316 TTAATATTTCAAAAATTAAT-AA--GGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA-ACTAGTTCAA
191 TTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAA--TATTTATGAATAC-AGTTCAA
* * * ** * * * *
19265377 ATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAA
253 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
19265442 TAATAGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAC
318 -AATTG-TTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * * * * * *
19265506 AATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTA
380 AATTAATAAGTAACAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * ** **
19265571 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGT
444 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGT
* **
19265636 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
509 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** * * *
19265664 TACTAACCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA--A
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * *
19265726 GA-AA---C--A-AG-T-T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGT
* * * * * *
19265781 TTTATCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTAT
128 TTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAT
* * * * * *
19265846 TAATA--TCAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA-AGTTC
192 TAATATTTTAA-A-AATTAATAAAT-CAAAATTTAAAAAATAAA--TATTTAT-GAATACAGTTC
* ** * ** * *
19265908 AAATCGTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTATAA
251 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
19265973 GACAATAGTTTTTTTTCATATAAGCTTATTC-AAATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCA
316 -AAAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * *
19266037 ACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CTGAACTAGATCAAATAGTCATGA
378 AAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * ** * * *
19266100 CTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGTCATAAAAAAATTATTCT
441 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTT-T
* * **
19266165 CAACTTCATACAAGCCTTATTTTAAATAAAATAA
505 -TAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAA
* * * ** *
19266199 TACTAAGTTATTAATATAT-GAAAATTAATAAGGT-AGAGGATAAAAAAAATAAATCTGTTTGTC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTT-AC
* * * * * * * ** *
19266262 GAAACAAGTTTAAATTAATTTTTGACTATTTG-ACAATTATTTATTTGAAATCCACTATAACCTT
63 CAAACAAGTTCAAA-T-AGTTATGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAAT-CGTTATGACCTT
** * * * *
19266326 TTGTTTTGTCATAAAATGTTTTTTTCTGTTCAATGACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAA
124 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC-AT-ACAAGCTTA-TTTCAAATAAAATAATATAA
* * * *
19266391 ATTTATTAATA--TTAAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTGGA-
186 ATTTATTAATATTTTAA--AAATTAATAAATCAAA-ATTTAAAAAAT-AAA--TATTTA-TGAAT
* ** * * *
19266453 ACAATAT-AAATCTTTATGACTATTTGAAAACATTTCATTTATTTCAAATCGGTTATGA-CTTTT
244 ACAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTG--AACAATT-ATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTT
* * * * * *
19266516 CTGTTTATCAATCAAAACTACATT-CTTCTA--CATACCATGTTACTTTTG-ATTAACCAA-AAT
304 GT-TTTGTC-AT-AAAA--A-ATTGTTTCTATTCATA-CAAGTTA--TTCGAAATAA--AATAAT
* * *** * * * * *
19266576 ATTAATTTATTTATATTTTGACAATTAATAAGTAGA-ATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGA
358 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-ACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * * *
19266640 ACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTT
421 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTT
* * * * **
19266705 TGTAATAAAACAATTGTTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
486 TATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
19266756 TACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGT-TTACC
* * * * * * * *
19266819 TAACATGTTCAAATAGTTATGGCTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGT
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * *
19266884 TTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTA
128 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTA
* * ** * * * *
19266947 TTTATATTTTCTAGAAATTAATTAGAAAGAGAA-TTAAAAAATAAA-ATCTTGTTACCAAACATG
191 TTAATA-TTT-TAAAAATTAA-TA-AATCAAAATTTAAAAAATAAATAT-TTATGA--ATACA-G
* * * *
19267010 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTT
248 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * *
19267074 ATAAAACATTTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTCG-AATAAAATAAAAAAAAATTAATAATAT
312 ATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAG-TTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * **
19267138 TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATAAATATATTT-TCTAAACATTTTCAAATAGTTA
374 TCCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
19267201 TGACTATTTAAACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCATAAACCAATTGT
438 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
* ** *
19267265 TTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTTAAATTAAATAA
503 TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
19267299 TACTAACTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
19267363 GCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* *
19267428 TGTCATAAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AA-TTAT
130 TGTCAT-AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAT
* * * ** *
19267489 TAATATTTTAAAAATTAATAAAGTTGAAAATTTAAAAGATAAATTTGTTCACCAACA-AGCTT-A
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAA--TCAAAATTTAAAAAATAAATAT-TT-ATGAATACAG-TTCA
* * * * * ** * **
19267552 AATAGTCATGTCCATTTGAACTATTA--TATATCAAAATTGTTAATTATATTTTGTTTTGTCATA
252 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
19267615 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTAATTC-AAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTT
315 AAA-AATTGTTTCTATTCATAC-AAGTT-ATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
* *
19267679 CAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAACCAA-TTCAAATAATTA
376 CAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAA-TAAATCTGTT-TATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
19267738 TGA-TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTTATGA--TATTT-TTTTGTCATAAAGCAATT
438 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCT-TTTATTTTATCATAAAACAATT
* *** * *
19267799 GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAT
501 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
19267835 TGA-TAAATTAATAATA-TTC------T-ATAA--AAGA-TTTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCCA
1 T-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * *
19267887 AACTAA-TTCAAATAGATAAGA-AAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC-TTTG
65 AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * *
19267948 -CTTGTCATAAAATAGTATT-TTT-TAGCTCATGCATGCTTA-TTCAAAAATAAAATAATACT-A
127 TTTTGTCATAAAATA--ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC--AAATAAAATAATA-TAA
** * * * * *
19268008 ATTTATTAGCA-TTCAGAAATTAATAAA-CAAGAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAA-ACA
186 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATC-A-AAATTTAAAAAATAAA--TATTTATGAATAC-
* * * * *
19268070 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTA
246 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
19268135 TCATAAAACAATTTTTTTCAATTTATAAAAGCTTA-CCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
310 TCATAAAA-AA-TTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
19268199 TATT-C-AAAATTGATATA-TTAGAGATTT-AAAA-AAATAC-----ATCGAACTAGTTCAAATA
371 TATTCCAAAAATTAATA-AGTAACAGATTTAAAAATAAAT-CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* ** * * * ** * * * *
19268254 ATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAATTACAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATA
434 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACA
* * *** *
19268319 ATTGTTTT-TTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAG
498 ATTGTTTTAGT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * *
19268359 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTT-AAAAATATATCTATTTACTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-C
* * * * * * *
19268422 AATC-AGTTC------TTAT---T-TA--AACAATTATCTATTTTAGATTGTTGTAACCTTTTGT
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * ** *
19268474 TCTATCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTAA
128 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTAT
*** * * *
19268538 TAATATTCCCAAAATTAATAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGT--AGCTT
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAAA--TATTT-ATGAA-TACAG-TT
* * * * * * * *
19268600 C-AACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATG
250 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * * * * *
19268664 TAACAATTGTATT-TGA-GCATTCAATTTTATTC-ACAATACAATAATACT-TTTTATTAATCTT
314 AAAAAATTGT-TTCT-ATTCATACAA-GTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * * * * * **
19268725 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTTAAACAGCAAT
375 CCAAAAATTAATAAGTAACAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * ** * * * * ** * *
19268790 GACTATCTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAATTATT
439 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTT
* *
19268855 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
504 TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * *
19268888 TACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCC
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
19268951 GAATC-AGTTCCAATATTTAAGACTATATGAATAGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
64 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * ** * * *
19269015 TTCTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATA-ATAGTTTACTTGGAATAAAAGAAAATGAAT
127 TTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCT--ATTCATACA-AGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAAT
* * * * * * *** *
19269078 TTATTACTATTTCAAAAATGAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGTT
188 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATCAAA-ATTTAAAAAATAA--ATATTTATGAATACAGTT
* * *
19269143 CAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
250 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * * *
19269208 AAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAATTTTTTGGACTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCA
315 AAA-AATTG-TTTCTATTCATACAAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * *
19269272 AATATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGAC
378 AAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * * * *
19269333 TATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCT
442 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-T
* *** *
19269397 -GTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAA
506 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
19269427 TACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * *
19269490 ACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * *
19269555 TGTCATAAAAGAAATGTTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAT
130 TGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAT
* * * * * * * * * *
19269617 TAGTAATTCAAAATTTCAT-AATAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAA-AAAGTTT
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAAT-CA-AAATTTAAAAA-AT-AA-ATATTTA-TGAATACAGTTC
* * * * * **
19269680 AAATAATTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGC-TCACCTAACCTAGTGTTTTGT
251 AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTA--TGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
19269744 CACAAAAGAATT-TATCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATTAATTCAAATTTATTAAT
311 CATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAA-GTTA-TTCGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
19269807 ATT--AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAAT
372 ATTCCAA-A-AATTAATAA-GTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * *** * * * *
19269869 TGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATG-CCTTTTTGTTTTATCATAAAAC
433 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTATTTTATCATAAAAC
* * * *
19269933 AATTATTTCT-GCTT-ATACAAGTTTATTTAAATTAAAATAA
497 AATTGTTT-TAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
19269973 TATTAATTTATTAATATTTC-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT-TTTGCCA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * *
19270036 AATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
19270101 TTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTA-TTGAAGTAAAATAATACT-AATTTAT
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTAT
** * * ** **
19270163 TAATATTCCAAAAATTAATGAGT-AAGAGA-ACAAAAAA-AAATCCATTTACCAAATA-AGTTCA
192 TAATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAAAT--ATTTA-TGAATACAGTTCA
* * * * *
19270224 AATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAA
252 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
19270289 ATATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCA
317 AAATT-GTTTCTATTCATACAAG-TTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
* * *
19270351 AAAATTAATAAG--A-A-A---AAAAAT--GT-T-TTTCT-GAACACA-TTCAAATAGTTATGAC
378 AAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAAC
* * * *
19270403 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATATGATCTTTTGTTTCATCAT-AAACTAATTGTTTT
442 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAC-AATTGTTTT
* * * * * *
19270466 TGCTCATAAAAACTTATTCAGAATAGAAATGA
506 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATAA
* * * * *
19270498 TACTAA-TTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTAACG
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * **
19270560 AGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * *
19270625 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
129 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
* * ** * *
19270689 AATATTCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TGCCAA-ACAAATTCAA
193 AATATTTTAAAAATTAATAA-ATCAAAATTTAAAAAATAAATAT-TTATG--AATAC-AGTTCAA
* * * * * **
19270751 ATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAA
253 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
19270815 ACAATTGTTT-TATTCATACAAAATTATTC-AGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAA
317 A-AATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * * *
19270878 AAGTTAATAAG--AC--ATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACT
379 AAATTAATAAGTAACAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * **
19270939 A--TGCAACAATTACCTATCTCAAATAG-TATGA--TCTTGTTTCGTCATAAAACAAATTGTTTC
443 ATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAC-AATTGTTT-
* **
19270999 TA-TTCATGCAAGCTTATTCTGAATAAAATAA
505 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * * * * *
19271030 TGCCAAACTAATAA-A-TTCTAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCA
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * *
19271093 AACCAGTT-ATAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG
65 AACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATAT-GAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * ** * * * *
19271156 TTTTGTCAGAAATTTTTTTTTTC-AGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATATAATTTTA
127 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTA
*
19271220 TTAATA-TTTAGAAAATTAAT-AAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATA-AGT
191 TTAATATTTTA-AAAATTAATAAATC-A-AAA-TTTAAAAAATAAA--TATTTA-TGAATACAGT
* * ** * * *
19271282 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCAT
249 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
19271347 AAAATAATTATTT-TAGTTTAATAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
314 AAAA-AATTGTTTCTA--TTCATACAAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *** * ** * * *
19271411 CAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATG
376 CAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATA
* * ** * * * * *
19271476 GCCATTCAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTT
440 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTG-T
* * ***
19271541 TTTA-ATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAA
503 TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * ** **
19271574 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * *
19271639 ACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTC--A-----A--A----------
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
19271685 --TCATAAAATAATTATTTATGTTCACACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-TATCTAAT
130 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATT
* * * * * *
19271746 AATATTATGAAAATCAATAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTA-A-TTCA
193 AATATTTTAAAAATTAATAAATCAA-A-ATTTAAAAAATAAA--TATTTAT-GAA-TACAGTTCA
* * * * * * *
19271808 AATAGTTAAGGA-TATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCGTAA
252 AATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * * ***
19271872 AACAAATATTTCTGTTCATATAAGTTTGTTTTG-AATAAAATAACATTTATTTTTTAATATTTTG
316 AA-AATTGTTTCTATTCATACAAG-TT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * *
19271936 AAAATTAATAAG----AGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAGTAGTTATA
378 AAAATTAATAAGTAACAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * *
19271996 ACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
440 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * *
19272061 CTA-TTGATA-TAGTCTTATTCAGAATAAAGT-A
505 -TAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
19272092 TGCTAATTTATTGATA-TTCTAAAAATTAATAAATAACG-GATTTAAAAAATGAATCT
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCT
19272148 ACTGGCCTGA
Statistics
Matches: 18728, Mismatches: 4396, Indels: 4049
0.69 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
513 12 0.00
515 5 0.00
516 11 0.00
517 36 0.00
518 133 0.01
519 172 0.01
520 196 0.01
521 38 0.00
522 42 0.00
523 361 0.02
524 494 0.03
525 468 0.02
526 291 0.02
527 62 0.00
528 26 0.00
529 156 0.01
530 294 0.02
531 268 0.01
532 719 0.04
533 865 0.05
534 810 0.04
535 1177 0.06
536 1252 0.07
537 1018 0.05
538 702 0.04
539 1234 0.07
540 492 0.03
541 523 0.03
542 744 0.04
543 936 0.05
544 631 0.03
545 343 0.02
546 220 0.01
547 146 0.01
548 79 0.00
549 100 0.01
550 55 0.00
551 133 0.01
552 76 0.00
553 70 0.00
554 98 0.01
555 89 0.00
556 97 0.01
557 111 0.01
558 103 0.01
559 101 0.01
560 186 0.01
561 62 0.00
562 43 0.00
563 47 0.00
564 68 0.00
565 70 0.00
566 65 0.00
567 60 0.00
568 67 0.00
569 64 0.00
570 39 0.00
571 59 0.00
572 64 0.00
573 62 0.00
574 78 0.00
575 72 0.00
576 74 0.00
577 41 0.00
578 60 0.00
579 48 0.00
580 47 0.00
581 26 0.00
582 30 0.00
583 42 0.00
584 22 0.00
585 17 0.00
586 19 0.00
587 30 0.00
588 48 0.00
589 34 0.00
590 60 0.00
591 39 0.00
592 18 0.00
593 23 0.00
594 27 0.00
595 18 0.00
596 27 0.00
597 36 0.00
598 35 0.00
599 39 0.00
600 22 0.00
601 15 0.00
602 14 0.00
603 13 0.00
604 19 0.00
605 77 0.00
606 73 0.00
607 27 0.00
608 36 0.00
609 50 0.00
610 40 0.00
611 28 0.00
612 34 0.00
613 27 0.00
614 25 0.00
615 22 0.00
616 16 0.00
617 18 0.00
618 7 0.00
619 4 0.00
620 5 0.00
621 16 0.00
622 23 0.00
623 29 0.00
624 36 0.00
625 27 0.00
626 22 0.00
627 12 0.00
628 7 0.00
629 12 0.00
630 5 0.00
631 11 0.00
632 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTATTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
ATTTTAAAAATTAATAAATCAAAATTTAAAAAATAAATATTTATGAATACAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTT
CTATTCATACAAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AACAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAA
Found at i:19250657 original size:192 final size:195
Alignment explanation
Indices: 19250306--19250662 Score: 429
Period size: 192 Copynumber: 1.8 Consensus size: 195
19250296 TAAAAAAAAT
** *
19250306 AAATTAATTAAAATAATAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTTAGAGATTTA
1 AAATTAATTAAAATAATAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA--TAGAGATTTA
* * * * * ** * *
19250371 AAGAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATCATCTATTTCG
64 AAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGCCTATGAGAACAATCATCTATTTCA
*
19250436 AACTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATA
129 AACTGTTATGACATTTTGATTTATCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATA
19250501 CA
194 CA
* * *
19250503 AAATTATTTAGAATAA-AATAATACAAATTTATTACTATTTCAAAAATTAAT-A-AG-GATTTAA
1 AAATTAATTAAAATAATAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATAGAGATTTAA
* * * *
19250564 AAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAA
65 AAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGCCTATGAGAACAATCATCTATTTCAA
* *
19250629 A-TCGTTCTGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAAT
130 ACT-GTTATGACATTTTGATTTA-TCATAAAATAAT
19250663 TGTTTTAATG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 22, Indels: 11
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
191 5 0.04
192 83 0.61
193 2 0.01
196 19 0.14
197 26 0.19
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (195 bp):
AAATTAATTAAAATAATAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAATAGAGATTTAAA
AAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGCCTATGAGAACAATCATCTATTTCAAA
CTGTTATGACATTTTGATTTATCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATACA
Found at i:19250822 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19250493--19252178 Score: 1112
Period size: 180 Copynumber: 9.4 Consensus size: 177
19250483 AAATAATTGG
** * * * *
19250493 TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-T
1 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT
* * ** * * * **
19250554 AAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATT
65 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
19250618 ATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTT
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT
* *
19250668 TAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAA
1 T-AT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAA
* * * *
19250732 GCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
63 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * **
19250797 TATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTT
128 TATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * ** *
19250849 CAATACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAG
1 -TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
19250913 TTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-TAGAATCAA-TTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATA
64 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA-AA--AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * *
19250976 ATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT
126 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT
* *** * *
19251029 T-TCATCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATAA
1 TAT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
* ** ** * * **
19251093 GTAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
63 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * *
19251158 TTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTT
127 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATT-GTTT
* * * * * *
19251211 TGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCT-AAAATTAATAACT
1 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * ** * *
19251275 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
65 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
19251340 CTTTATTTTAAATCATTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-TTT
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * * *
19251389 TCAGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGAGTAAAAAAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-
1 T-A-TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* * *
19251449 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAA
62 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACC-AA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
19251512 CAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT
124 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTATCATAAAACAATTG-TTT
* * * ** * * *
19251567 TGTTCATATAAGTTTA-TCTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAG
1 TATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
19251631 TAAGAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCAT
64 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
19251695 TATTTACTTT-AAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT
128 TATCTA-TTTCAAATCATTATGACCT-TTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT
** * * * *
19251746 CTATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAA
1 -TATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
* * ** * * *
19251810 GTAATG-GATTT-AAAAATGAATTTG-TTAGCCTGACGAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAAC
63 GTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CC-AAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ***
19251872 AATTATCGTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTT
125 AATTATC-TATTTCAAATC-ATTATGACC-TTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * *
19251928 CTATTCGTAC-AGCTTA-TCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
1 -TATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
* * * * * *
19251991 GCAAGAGATTT-AAAAATGAATTTTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATATGATTGTTTGAAC
63 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAG-T-TATGACTATTTGAAC
* * **** * * * * *
19252055 AATTATCTATATCAAGTTGCCATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTT
125 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
19252109 TATTCATACAAGGCTTATTTTAAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAAATTAATG
1 TATTCATACAA-GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--TAAAAATTAATA
19252174 AGTAA
62 AGTAA
19252179 AAATTAAAAA
Statistics
Matches: 1180, Mismatches: 255, Indels: 143
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
176 94 0.08
177 78 0.07
178 17 0.01
179 74 0.06
180 410 0.35
181 364 0.31
182 69 0.06
183 51 0.04
184 17 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTT
Found at i:19251058 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 19250514--19254891 Score: 2285
Period size: 361 Copynumber: 12.3 Consensus size: 357
19250504 AATTATTTAG
** * *
19250514 AATAAAATAATACAAATTTATTACTATTTCAAAA--ATTAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATGT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
* * * * * ** * * * *
19250575 -GTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGA
64 AGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGA
* * * * * * ***
19250639 CCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATA
129 CTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTTTTTTCAT-TCATACAAGCTTATTCGGTATAAAATAATA
* * *
19250702 CTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAA
192 CTAATTTATTAACATTTA-AAAATTAATAAGTAAG-GATT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* *
19250766 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTT
254 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-GTTTT
** * *
19250831 ATTGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAA
318 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAA
* * * *
19250871 AATAAAATAATATT-ACTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
19250935 AGTTTA-TAGAATCAATTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATG
64 AGTTTACTA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATG
* * *
19250999 AATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATA
128 ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGGTATAAAATAATA
* * * * * ** * *
19251063 CTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAAT
192 CTAATTTATTAACA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG-GAT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * *
19251128 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATA
254 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
19251193 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAA
319 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAA
* * * *
19251232 AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
* * * * * *
19251297 A-TTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCATTAGGA
64 AGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGA
* ** * *
19251361 CTTTTTGTTTTATCGTAAAACAA-TTTTTTCAGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGAGTA-AAAA-AA
129 CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCA-TTCATA-CAAGCTTA-TTCG-GTATAAAATAA
* * * * * * *
19251422 AACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAG--A-GATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAA
190 TACTAATTTATTAACATTT-AAAAATTAATAAGTAAGGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * *
19251484 TCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-TTT
253 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ***
19251547 TGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATCTGG
317 TATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAA
* *
19251588 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA--TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
19251652 TGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTTAAATCGTGATGA
64 AGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGA
* * * * * * *
19251717 CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATG
129 CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTC-ATTCATACAAG-CTTATTCGGTATAAAATAATA
* * * *
19251780 CTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAAGTAATGGATTTAAAAATGAATTTG-TTAGCCTG-A
192 CTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GGATTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-GAA
* * * * * *
19251843 CGAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCGTATTTCAAACTGTTATGACCATTTTGTT
253 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTT
*** * * *
19251908 TTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGT-ACAGCTTATCTAA
316 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAA
* * *
19251949 AATAAGATAAT-TCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATGAAT
1 AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * ****
19252012 TTTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAGTTGCCA
63 TAGTTTACTAAACCAGTTCAAATAG-T-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTA
* * * ****
19252077 TAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTT-ATTCATACAAGGCTTATTTTAAAATAAAATA
126 TGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCATTCATACAA-GCTTA-TTCGGTATAAAATA
* * * * * ** *** **
19252141 ATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAA-AAAAAGGTTT-TTGA
189 ATACTAATTTATTAACATT--TAAAAATTAATAAGTAAGGATTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
*
19252204 AC-A-TATC--A-A---ATG----TTTG-------ATCTATTTC-AA-TAGTTATG----TTTAT
252 ACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGT
* * * * ***
19252244 TTTGTCAAAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGA
315 TTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAA
** * * *
19252288 AATAAAATAATGCTAGTTTA-TAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-C-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
19252352 TGTTTA-TCAAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT-AGTTAT
64 AGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCA-TTAT
* * * * * *
19252415 GA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAA
127 GACT-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGGTATAAAATAA
* * * *
19252478 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
190 TACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-GA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * ** *
19252543 ACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTT
252 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT
* ** ** *
19252608 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAA--TTATTTAG
317 TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AAAAGCTTATCCAA
* * * *
19252649 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA-T
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA--TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
19252709 ATGTTTA-TGGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTA
64 A-GTTTACT--AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTA
* * * * * * * * * *
19252772 TGA-TCTTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTCAG-ATTAAAATA
126 TGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGGTA-TAAAATA
* * * * * **
19252835 ATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA--AA-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGA
189 ATACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * *
19252897 ACCAA-TCCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAGCAATTATTTATTT-AAATTGTTTTTGACC-TTTG
252 A-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-ATTATGACCTTTTG
* * * * *
19252958 TTTCATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAA
314 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATCCAA
* ** * * *
19253002 AACAAAAT-ATAGCAATTTATTAACATTTGAAAAATTAAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA-
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT-CAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * *
19253062 T-GTTTATCAAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTT-AACAATTATCTATTTAAAAGTCATT
63 TAGTTTA-CTAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAA-TCATT
* * * * * * * * * ** *
19253124 ACGACCTTTAGTTTTGTCATAAAAC-ATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATA
125 ATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGGTATAAAATA
* * * * * * * * * ***
19253188 ATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTTTTG
189 ATACTAATTTATTAACA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG-GA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * *
19253253 CACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAAATAGTTATGATCC--G
251 AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTA-TTATGA-CCTTT
* * * * * **
19253314 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-T-TTA
312 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAA
* * * *
19253358 GATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATATA-T
1 AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
19253419 ATGTTT-GTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTT
64 A-GTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTAT
* * * * ** * * ***
19253483 GAC-CTTTG-GTTAGTCATATAATAA-TTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCCAAATTAAAATA
127 GACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGGTA-TAAAATA
* * * * * *
19253545 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACT
189 ATACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAG-TAAGGA-TT-AAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * ** *
19253610 AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTA
250 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTG
* * *
19253675 TTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATCCAA
314 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATCCAA
* * * * *
19253719 AATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA
* * ** * * ** ** * *
19253781 ATTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG
65 GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTA-TG
* * * * ** * ** *
19253845 -C-TTTT-TTTTCTCTTAAAATAAATTTTTTTCAAT-ATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAA
128 ACTTTTTGTTTTATCATAAAA-CAATTTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGGTATAAAATAATA
* ** * * *
19253906 CTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT
192 CTAATTTATTAACATTT-AAAAATTAATAAGTAAGGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * *
19253968 AGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTATTGTTCT
255 AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTT-TTGTTTT
* * * * ** *
19254031 ATCATAAAATAATTATTTCTATTTAT-ACAGACTTATTTAG
318 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-CTTATCCAA
* * * * *
19254071 TATAGAATAATACTAATTTAGTAATACTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
** ** * * * * * **
19254135 T-GTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
63 TAGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATG
* * * * * * * *** *
19254199 ACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTTT-AGCTCATATAAGCTTA-TCCCAAAAAAATAATA
128 ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGGTATAAAATAATA
* * * * * *
19254262 TTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG---GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAA-A
192 CTAATTTATTAACATTT-AAAAATTAATAAGTAAGGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * ** *
19254323 TAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTT
255 -AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * *
19254387 ATCTTAAAA-AATTGTTTTTCA-ACATTCAAGCTTATTCGA
318 ATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATCCAA
* * *
19254426 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * * ** *
19254487 TA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
63 TAGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATG
* * * * * **
19254551 ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTT-ATTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATA
128 ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGGTATAAAATAATA
* ** * * * *
19254615 CTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAA
192 CTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-GA--TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * * *
19254680 CTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
253 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
19254745 TTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTATTCGA
318 ATCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATAAAAGCTTATCCAA
* * * * * * *
19254785 AATAGAATAAAACTAATTTATTAATTGTTCAAAATT--T-TGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATT
* *
19254847 A-TTTACTGAACCAGTTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTAT
64 AGTTTACTAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
19254892 CAATTTCAAA
Statistics
Matches: 3118, Mismatches: 681, Indels: 442
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
335 14 0.00
336 34 0.01
337 77 0.02
338 59 0.02
339 59 0.02
340 3 0.00
341 2 0.00
342 8 0.00
343 7 0.00
344 3 0.00
346 3 0.00
350 4 0.00
351 26 0.01
352 189 0.06
353 236 0.08
354 103 0.03
355 131 0.04
356 387 0.12
357 299 0.10
358 392 0.13
359 222 0.07
360 130 0.04
361 461 0.15
362 150 0.05
363 61 0.02
364 43 0.01
365 15 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAG
TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACT
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGGTATAAAATAATACTAA
TTTATTAACATTTAAAAATTAATAAGTAAGGATTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAA
Found at i:19252875 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19252868--19254902 Score: 835
Period size: 176 Copynumber: 11.4 Consensus size: 176
19252858 AAATTAATAA
* * * * * *
19252868 AAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TCCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAGCAATT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATT
* * * * * ** * * *
19252931 ATTTATTT-AAATTGTTTTTGACCTTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGC
64 ATCTATTTAAAATCG-TTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGT
* * * **
19252994 TTATTCAAAACAAAAT-ATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAAATGAGTA
127 TTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AAT-A--A
* ** *
19253047 AGAGA-TT--AAAA-AAA-ATGTTTATCAAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTT-AACAAT
1 A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
19253105 TATCTATTTAAAAGTCATTACGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGTTCAAAAAA
63 TATCTATTTAAAA-TCGTTATGATCTTTA-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
** * * * * * *** *
19253169 ACTTA-TCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCA
125 GTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--A
* * *
19253224 AGAGATTTAAAAATTAAATCTAT-TTTTTG-CACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
1 A-AGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTATGAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * ** *
19253286 ATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCCGTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAG
62 TTATCTAT-TTAAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-
* *
19253351 GTTT-TT-AG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
125 GTTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
19253401 GAGATTTAAAAAATATATATGTTTGTCG-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** * * * * *
19253465 TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTTTATACAAGCTT
65 TCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TT
* * *
19253529 AATCCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAA
128 TATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT----AA
* * *
19253582 AAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 AAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-TGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
19253646 ATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAA
64 ATCTATTTAAAATCGTTATGA--TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * * * *
19253710 CTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
126 TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * ** * * **
19253761 GAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAGC
1 AAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATGAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAAT
* * * * * * * *
19253823 TACCTATTTCAAATCGTTAT--TGCTTTTTTTTCTCTTAAAATAAATT-TTTTTCAAT-ATACAA
63 TATCTATTTAAAATCGTTATGAT-CTTTATTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCT-ATTCATACAA
* * * * **
19253884 TTTTATT-TGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAA
125 GTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * *
19253936 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AACTAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TGAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
19253999 ATCTATTTCAAATTGTTAT-AAC-TTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATAC-AG
64 ATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTA-T-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * *
19254061 ACTTATTTAGTATAGAATAATACTAATTTAGTAATACT-CATAAAATTAATAAGTA
126 -TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT-A--A
* *** ** * * * *
19254116 AGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTA
1 A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * * *
19254180 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGCTTTATTATAAAATAATTATTT-TAGCTCATATAAGC
65 TCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTAT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGT
* * * * *
19254243 TTATCCCA-AA-AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
127 TTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
** * * * *
19254292 GGGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAAA-TAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAAC
1 AAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAT-GAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * * * * * * *
19254354 TACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAA-AATTGTTTTTCA-ACATTCAAG
63 TATCTATTTAAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG
* * * *
19254417 CTTATTC-GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAA
126 TTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * ** * * *
19254468 GAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTAT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
19254533 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCCTACAGGCTT
66 CTATTTAAAATCGTTATGATCTTTAT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TT
* * *
19254597 T-TTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTA
128 TATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--A
* * * * * * * *
19254648 AGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTT-TCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAAT
1 A-AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
19254712 TATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATACAA
63 TATCTATTTAAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAA
* * * * * **
19254775 GCTTATTC-GAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAA
125 GTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
19254827 GAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTG-AACCAGTTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TGAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* *
19254890 ATCAATTTCAAAT
64 ATCTATTTAAAAT
19254903 TATTATTACT
Statistics
Matches: 1425, Mismatches: 316, Indels: 232
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 10 0.01
175 235 0.16
176 267 0.19
177 262 0.18
178 91 0.06
179 48 0.03
180 130 0.09
181 78 0.05
182 214 0.15
183 57 0.04
184 33 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTAAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
Found at i:19253600 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 19252240--19254908 Score: 1559
Period size: 358 Copynumber: 7.5 Consensus size: 353
19252230 ATAGTTATGT
* * * ** * *
19252240 TTATTTTGTCAAAAAACAATTTGTTTCTA-TTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAG
1 TTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
19252304 TTTA-TAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAAC
65 TTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTATCGAA-CCAG
* * * * * * *
19252367 TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
124 TTCAAATAGTTATGA--CTATAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CCTTTGTTTTGTC
* * * * * *** *
19252431 ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTGGGAA-TAAAAAAATACTAATTTATTAATA
185 ATAAAATATTTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTA-TCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * **
19252494 TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
248 TTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
19252559 ATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTT
313 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA-C-C
* ** * * * *
19252602 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
1 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * *
19252666 CTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATGGAAACAGTTCAAA
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTATCGAACCAGTTCAAA
* * * * * *
19252731 TAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAATA
130 TAGTTATGACTA--TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAATA
** * * * * * *
19252796 GTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA
193 -TTTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * *
19252861 TTAAT----AAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGAACCAA-TCCAAATAGTTAAT-ACT
257 TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACT
* * * * *
19252919 ATTAGAGCAATTATTTATTT-AAATTGTTTTTGACC
319 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCG-TTATGACC
* * * * *
19252954 TT-TGTTTCATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAAT-ATAGC-
1 TTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATA-CT
* * * *
19253015 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AA-ATGTTTATCAAAACA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATT--A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAATATGTTTATC-GAACC
** * * * *
19253076 AGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAACAATTATCTATTTAAAAGTCATTACGACCTTTAGTTTTG
122 AGTTCAAATAG-TTATGACTA-TAAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTT-GTTTTG
* * * * * * * * *
19253140 TCATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCGAAA-TCAAATAATACTACTTCACTAAT
183 TCATAAAATATTTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATCC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * ** *
19253204 ATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTTTTGCACTAA-TTCAAATAG
247 ATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAG
* * *
19253268 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC
311 TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAATCGTTATGA-CC
* * ** * * *
19253313 GTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGGTT-TT-TAGATAAAAATAATATTAA
1 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * *
19253375 TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTGTCGAACCAGTTCAA
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA-ATATGTTTATCGAACCAGTTCAA
* * * * * *
19253440 ATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTAGTCATATAAT
129 ATAGTTATGACTA-TA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * *
19253505 AATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
192 ATTTGTTTCAGTTTATACAAGCTT-ATCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * *
19253570 ATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA
256 ATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
19253635 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
320 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * *
19253669 TTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAACACT
1 ---TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * **
19253733 ATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCAATTTACCAAAATAGTT
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATAT--GTTTATCGAACCAGTT
* * * * ** * * * * *
19253797 CAAATAATTATGGTCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG--CTTTTTTTTCTCTTA
126 CAAATAGTTAT-GAC-TATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTGTTTTGTCATA
* * ** ** *
19253860 AAATAAATTTTTTTCA--ATATACAATTTTATTTGAAA-TAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
188 AAAT--ATTTGTTTCAGTTTATACAAGCTTA-TCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * *
19253922 -TCACTAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGCTT-AAATAGTT
250 CT-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTT
* * *
19253981 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAC
313 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * * * * ** *
19254021 TTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAGACTTATTTAGTATAGAATAATACT
1 TTA-T-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * **
19254085 AATTTAGTAATA-CTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCCAATT
63 AATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTATCGAACC
* * * ** * *
19254148 AGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTAT
122 AGTTCAAATAGTTATGAC--TATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
19254213 TATAAAATAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCCAAA--AAAATAATATTACTTTATTAATA
184 CATAAAATATTTGTTTCAGTTTATACAAGCTTAT-CCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
19254276 TT-TCAAAAGTTAATAAG----GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-TCGAA-ATAGTTCAAATA
248 TTCT-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACA-AGTTCAAAT-
* * * * ** *
19254334 AG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACC
309 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * * * * * * *
19254378 TTTTGTTTTATCTTAAAA-AATTGTTTTTCA--ACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACT
1 --TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
19254440 AATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTATCGAACCAGTTC
* * * ** * * *
19254505 AAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
127 AAATAGTTATGACTA--TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * * *
19254570 AACAATTAT-TTTTA-TTCCTACAGGCTTTTTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTC
189 AA-TATT-TGTTTCAGTTTATACAAGC-TTATCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * ** * *
19254632 TAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTA
251 TAAAAATTAATAAGC-AAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
19254696 AGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
314 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * * * * * *
19254736 TTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACT
1 --TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAG-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT
* ** * * *
19254799 AATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTA-CTGAACCAGT
63 AATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA-TATGTTTATC-GAACCAGT
* * * *
19254862 TTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTATTAT
125 TCAAATAG-TTATGACTA--TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
19254909 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 1800, Mismatches: 387, Indels: 243
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 3 0.00
350 3 0.00
351 16 0.01
352 199 0.11
353 237 0.13
354 96 0.05
355 120 0.07
356 170 0.09
357 213 0.12
358 373 0.21
359 200 0.11
360 88 0.05
361 53 0.03
362 29 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAAT
AGTTATGACTATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAATATTT
GTTTCAGTTTATACAAGCTTATCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
TAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
CAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
Found at i:19253918 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19253362--19254902 Score: 870
Period size: 176 Copynumber: 8.7 Consensus size: 176
19253352 TTTTTAGATA
* * * * * * * **
19253362 AAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTGT
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * * * * * * *
19253427 CGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGACCTTT
65 CAAAATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTG-CTTTT
* * * ** * * *
19253490 G-GTTAGTCATATAATAA-TTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCCAAATT
129 GTTTTA-TCTTAAAATAATTTTTTTCAG-ATATACAAGCTTATTCGAAA-T
* *
19253539 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCT
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * * * * *
19253603 GTTTACTAAACA-AGTTTAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTA-T
59 ATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATT
* * * ** * * * * * *
19253665 GACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTT-AGTTCATAAAAACTTATCCAAAAT
123 G--C-TTTTGTTTTATCTTAAAATAATTTTTTTCAGAT-ATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
19253722 AAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAC
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* *
19253787 CAAAATAGTTCAAATAATTATGGTC-ATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTT-
65 CAAAATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTG
* ** *
19253850 TTTTCTCTTAAAATAAATTTTTTTCA-ATATACAATTTTATTTGAAAT
130 TTTTATCTTAAAAT-AATTTTTTTCAGATATACAAGCTTATTCGAAAT
*
19253897 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * * **
19253962 TGAACTAGCTT-AAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTAT
65 CAAAATAG-TTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTT-T
* * * ** * *
19254025 TGTTCTATCATAAAATAA-TTATTTCTATTTATAC-AGACTTATT-TAGTAT
128 TGTTTTATCTTAAAATAATTTTTTTC-AGATATACAAG-CTTATTCGA-AAT
* * * * *
19254074 AGAATAATACTAATTTAGTAATA-CTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTG
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC--AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * ** *
19254137 TTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA-TGA
60 TTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTG-
* * * * * *
19254200 CCTTTTGCTTTAT-TATAAAATAATTATTTT-AGCTCATATAAGCTTATCCCAAA-
124 -CTTTTGTTTTATCT-TAAAATAATTTTTTTCAGAT-ATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
19254253 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
* * * * * *
19254317 TCGAAATAGTTCAAATAAGTATGG-CCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTT
64 CCAAAATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATT-GCTTT
* *
19254381 TGTTTTATCTTAAAA-AATTGTTTTTCA-ACATTCAAGCTTATTCGAAAT
128 TGTTTTATCTTAAAATAATT-TTTTTCAGATATACAAGCTTATTCGAAAT
*
19254429 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTAC
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * **
19254494 CAAACA-AGTTCAAATAGTT-TTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
65 CAAA-ATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTAT-TGCTTT
* * * * * * *
19254557 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTTT-A-TTCCTACAGGCTTTTTCGAAAT
128 TGTTTTATCTTAAAATAATT-TTTTTCAGAT-ATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
19254606 AAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * ** *
19254671 TTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTA-TGA
60 TTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTG-
* * ** * *
19254734 CCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAA-TTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCGAAAT
124 -CTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTTTTTTCAG-ATATACAAGCTTATTCGAAAT
* ** * * *
19254788 AGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTA
1 AAAATAAAACTAATTTATTAATAT-TTCAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** ** * * * * *
19254852 CTGAACCAGTTTAAATGATTAT-GACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
64 CCAAAATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAAT
19254903 TATTATTACT
Statistics
Matches: 1075, Mismatches: 212, Indels: 154
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 161 0.15
176 217 0.20
177 194 0.18
178 76 0.07
179 34 0.03
180 97 0.09
181 43 0.04
182 182 0.17
183 35 0.03
184 29 0.03
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
AAAATAGTTCAAATAATTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTGT
TTTATCTTAAAATAATTTTTTTCAGATATACAAGCTTATTCGAAAT
Found at i:19254381 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 19252367--19254911 Score: 1085
Period size: 177 Copynumber: 14.3 Consensus size: 173
19252357 ATCAAGCAAC
* * * * * * * * *
19252367 TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTT-TGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTATCT-
* * * * ** *
19252431 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAA-AAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAATAATTATTT-TACTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAA-ACTAATTTATTAATAT
* * *
19252495 TCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AG
128 T-TCAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTAC-CAA-ATAG
* * * * * *
19252548 TTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTT-TGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTATCT-
* * * ** ** ** ** * *
19252612 ATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTAT-TTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
65 ATAAAATAATTATTT-TACTCATATAAGCTTATCCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-
* * ** *
19252676 TTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAT-ATGTTTATGGAAACAG
127 TTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA--TTTA-CCAAATAG
* * * * ** * * *
19252725 TTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATCTTTAT-TTTGTC-
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTT-TGTTTATCT
* * ** * * * * * * * *
19252788 ATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTAATAATA
65 ATAAAATA-ATTATTT-TACTCATATAAGCTTATCCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * ** * * ** *
19252852 TTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA
127 TTTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CATTT-ACCAAATAG
* * * * * *
19252902 TCCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAGCAATTATTTATTT-AAATTGTTTTTGACC-TTTGTTTCAT
1 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATT-ACCTTTTGTTT-AT
* * * * * * * * *
19252964 C-ATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATATAGC-AATTTATTAACA
63 CTATAAAATAATTATTTTA-CTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * *
19253027 TTTGAAAAATTAAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAAT-GTTTATCAAAACAAG
127 TTT-CAAAATT--A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTA-CCAAA-TAG
** * * * ** * *
19253078 TTGTAATAGATT-TGACCATTT-AACAATTATCTATTTAAAAGTCATTACGACCTTTAGTTT-TG
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATTACCTTTTGTTTATC
* * * * * * * * * * * * *
19253140 TCATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATA
64 T-ATAAAATAATTATTTTA-CTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * ** * *
19253205 TTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTTTTGC-ACTAA
127 -TTTCAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A--TTTACCAAATAG
* * * * * * * *
19253259 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCCGTAT-TTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATTA-CCTTTTGTTTATC
* * * * * * ** * * * *
19253323 -ATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTTTTAGATA-AAAATAATATTAATTTAATAATAT
64 TATAAAATAATTATTT-TACTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
* * * * **
19253386 TCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATATATAT-GTTTGTCGAACCAG
128 TTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA-A-ATCATTT-ACCAAATAG
* * * * * *
19253435 TTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGACC-TTTGGTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATT-ACCTTTTGTTTA-TC
* ** * * * * *
19253498 -ATATAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
64 TATAAAATAATTATTTTA-CTCATATAAGCTT-ATCCGAAA-TAAAATAAAACTAATTTATTAAT
* * * *
19253561 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAG
126 ATTTC--AAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATC-ATTTACCAAA-TAG
* * * * *
19253617 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTT-TATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGT-TTATCT
** * * * * * * *
19253681 CATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATAT
65 -ATAAAATAATTATTTTA-CTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
19253746 TTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAG
128 TTCAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTACC-AAATAG
* * ** * * * *
19253795 TTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATT-GCTTTTTTTTCTCT
1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTATCT
* * * ** **
19253858 -TAAAATAAATTTTTTTCAAT-ATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAAT-AATTATTTT-ACTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
* * *
19253921 TTCACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAG
128 TTCA-AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTAC-CAAATAG
* *
19253970 CTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TAACTTATTGTTCTAT
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTT-TTGTT-TAT
* ** * * * *
19254033 C-ATAAAATAATTATTTCTA-T-TTATACAGACTTAT-TTAGTATAGAATAATACTAATTTAGTA
63 CTATAAAATAATTATTT-TACTCATATA-AG-CTTATCCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTA
* * *
19254094 ATA-CTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCCAATTAG
124 ATATTTC--AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTA-CCAAATAG
* * * * * * *
19254150 TTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTAT-T
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTG-TTTATCT
* * * *
19254214 ATAAAATAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATATT
65 ATAAAATAATTATTTTA-CTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
* *
19254278 TCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAAATAG
129 TCAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-TTTA-CCAAATAG
* * * * *
19254326 TTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATC
1 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTG-TTTATC
* * * *
19254390 T-TAAAA-AATTGTTTTTCAACAT-TCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
64 TATAAAATAATTATTTTAC-TCATAT-AAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* *
19254452 TTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAG
127 TTTCAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTACCAAA-TAG
* * * * *
19254502 TTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATC-
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTT-TATCT
* * * * * * * * * *
19254566 ATAAAACAATTATTTTTATTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATT
65 ATAAAATAATTA-TTTTACTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
* *
19254631 CTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAG
129 -TCAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC-ATTTACCAAA-TAG
* * * * * * * *
19254684 TTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TTTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTATCT-
** * * * * *
19254748 ATAAAGCAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TG
65 ATAAAATAATTATTTTA-CTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT-
** * * * * **
19254812 TTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAG
128 TTCAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCATTTAC-CAAATAG
* * **
19254861 TTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTATTATTAC
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAC
19254912 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 1833, Mismatches: 386, Indels: 294
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 12 0.01
175 241 0.13
176 334 0.18
177 449 0.24
178 109 0.06
179 48 0.03
180 132 0.07
181 210 0.11
182 214 0.12
183 50 0.03
184 32 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTATCTA
TAAAATAATTATTTTACTCATATAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTACCAAATAG
Found at i:19254534 original size:532 final size:531
Alignment explanation
Indices: 19252271--19254842 Score: 1874
Period size: 535 Copynumber: 4.8 Consensus size: 531
19252261 TGTTTCTATT
* * ** * * *
19252271 CATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTA-TAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
* * * * * ** * * *
19252335 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTT
62 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATC
* * * * * * * *
19252399 TATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA-AGTTTA
126 TATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGA-CTTA
** * * * *
19252463 TTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAA
189 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
** * * * * * * * * *
19252527 TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCG
253 TAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTG
* * * ** ** *
19252592 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTGTGCAAAA--TTATTTAGAATAA
318 TTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTT-TAGCTCAT--AAAAGCTTATCCAAAATAA
* * * * * *
19252654 AATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAT-ATGTTTAT
379 AATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTAC
** * *** * * ** * **
19252717 GGAAACAGTTCAAAT-AGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGAT-CTTT
442 CAAAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTAT--TCCTTT
* * * * ***
19252780 ATTTTGTCATAAAAT-AGTTTGTTTCTTTT
504 TTTTTATCTTAAAATAAATTT-TTT-TCAA
* * * * * * * *
19252809 TATACAAGTTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGAT
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* * ** * ** *
19252873 TTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TCCAAATAGTTAAT-ACTA-TTAGAGCAATTATTT
65 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTACTT-GAATAATTATCT
* * * *
19252935 ATTT-AAATTGTTTTTGACCTTTGTT-TCATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACA-AGCTT
127 ATTTCAAATTG-TTATAACTTTTGTTCT-ATCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAGA-CTT
* * * * * * *
19252996 ATTCAAAACAAAAT-ATAGC-AATTTATTAACATTTGA-AAAATTAAATGAGTAAGAGA-TT-AA
188 ATTTAGAATAAAATAATA-CTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAA
* * ** * * * * * *
19253056 AAA-AAA--TGTTTATCAAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCAT-TTAACAATTATCTATTTAA
250 AAATAAATCTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAACAG-TTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCA
** * * * * * * * * *
19253116 AAGTCATTACGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCGAAA
313 AA-TTGTTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAA
* * * * * * * * * *
19253181 TCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTA
376 TAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAA
***** * * * * * * * * *
19253246 TTTTTTGCACTAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGA
437 TTTACCAAAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATCGTTAT--
* * * * * *
19253310 TCC-GTATTTTGTCATAAAA-CAA-TTGTTTCTAA
498 TCCTTTTTTTTATCTTAAAATAAATTTTTTTC-AA
* * * * * * * *
19253342 TCATACAAGGTTTTTAGATA-AAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAT
1 -CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* * * ** * * *
19253406 TTAAAAAATATATATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATT
65 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATT
** * * * * * ** *
19253471 TCAAATCATTTTGACCTTTGGT-TAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTTTATACA-AGCTTAATC
130 TCAAATTGTTATAACTTTTGTTCTA-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAGA-CTT-ATT
* * * * * *
19253533 CA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATT
191 TAGAA-TAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * * * * * *
19253597 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGT
254 AAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
* * * * *
19253662 TATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAAT
319 TATGACC-TTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
* *
19253727 AACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAA
382 AAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAA
* * * * *
19253792 TAGTTCAAATAATTATGGTCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTTTTCTC
447 TAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTCCTTTTTTTTATC
19253857 TTAAAATAAATTTTTTTCAA
512 TTAAAATAAATTTTTTTCAA
* ** * **
19253877 TATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAAGAGATT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
* * * *
19253942 TAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
66 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATT
19254006 TCAAATTGTTATAACTTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACTTATTTAG
130 TCAAATTGTTATAACTT-TTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACTTATTTAG
* * *
19254071 TATAGAATAATACTAATTTAGTAATACTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATC
194 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
19254135 TGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
259 TGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
19254200 CCTTTTGCTTTATT-ATAAAATAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAATAT
324 CCTTTTG-TTT-TTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAAC
* * * * *
19254263 TACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAAATAGTT
387 TAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTT
*
19254328 CAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTT-
452 CAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATT-CCTTTT-TTTTATCTTA
19254392 AAA-AAATTGTTTTTCAA
515 AAATAAATT-TTTTTCAA
* *
19254409 CATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
* * *
19254474 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTT
66 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTT
* * ** * *
19254539 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCCTACAGGCTT-TTTCGA
131 CAAATTGTTATAA-CTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACTTATTTAG-
* *
19254603 AATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTC-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAA
194 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * *
19254667 TCTATTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
257 TCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * *
19254732 GACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAA
322 GACCTTTTG-TTTTTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAA
* ** *
19254797 CTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAA
386 CTAATTTATTAATAT-TTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
19254843 TTTTATTTAC
Statistics
Matches: 1677, Mismatches: 284, Indels: 149
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
528 4 0.00
529 27 0.02
530 89 0.05
531 129 0.08
532 267 0.16
533 254 0.15
534 301 0.18
535 317 0.19
536 102 0.06
537 13 0.01
538 33 0.02
539 52 0.03
540 89 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (531 bp):
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTT
CAAATTGTTATAACTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACTTATTTAGAA
TAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTTTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAAA
TAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTCCTTTTTTTTATCTTAAAATAA
ATTTTTTTCAA
Found at i:19255805 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19254912--19260629 Score: 4050
Period size: 181 Copynumber: 31.8 Consensus size: 176
19254902 TTATTATTAC
* * ** *
19254912 TAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAAC
1 TAATTTATTAATA-TTA-AAAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * * * * * *
19254976 CATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTTG
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** *
19255041 TCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-A
* * * ** * * ** ** *
19255093 TAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAAT-AATCT-AATAGCCAAAC
1 TAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAT
* ** ** * * *
19255155 AAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTC
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** ** *
19255220 TCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * * ** *
19255270 CTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
1 -TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * * * * * * * *
19255332 AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTATTTAGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
19255397 CATAAAACAATTGTTAC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAATTAATA
128 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * * *
19255447 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAA
1 -TAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GA
* * * ** * * ** **
19255511 ACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGAC
60 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTT
* ** * * *
19255575 TTGCCATAAAACAA-AATTTC-AGTTAATACAATCTTATTTCGAATAAAATAATA
124 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * *
19255628 TAAAGTTATTAATATTAAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAT
1 T-AATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
** ** * * * * *
19255693 AAGTTCAAATCA-TTATGTTTATTTGGGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTT
62 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
19255757 ATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAAACTTATTCAAATTAAAATAATTT
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAA-TA
* * * *
19255810 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAAC
1 TAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAT
* * *
19255874 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * *
19255939 TAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * * * * ** *
19255990 CTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTA-TCAAA
1 -TAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA
* * * * * *
19256054 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTATTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** * *
19256119 ATCTTAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAACAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * *
19256171 TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTTAAC
1 T-AATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-
* * * * * * *
19256235 T-TGTTTAAAAATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
*
19256299 GTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA
* * * * *
19256351 TTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAGA
1 -TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-A
* * * * * * * *
19256415 CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTT
* *
19256480 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
125 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * ** * * **
19256533 CTAATTTATTAATATAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATA
1 -TAATTTATTAATATTA-AAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * * * *
19256598 AGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTGTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTT
* * **
19256661 GTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA
* * **
19256713 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACT
1 -TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-T
* * *
19256775 -AGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTT
62 AAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
19256837 GTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGC
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-A
** * * * * * * **
19256890 TAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTT-GTCGAACC
1 TAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATA
* * * * * *
19256954 AGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
19257019 CATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATA
128 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * * *
19257069 TTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA
1 -TAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * *
19257134 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
19257199 ATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * ** * **
19257251 TTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATGAATCAATTTA-TCGAA
1 -TAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA
* * * * ** *
19257315 TCAA-TTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTT
61 T-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
19257379 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATA
125 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * *
19257432 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGTGAAC
1 -TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-
* * * *
19257497 T-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
19257561 GTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * * ** *
19257613 CTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCAAAC
1 -TAATTTATTAATATTA--AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * * * *
19257676 CAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * **
19257741 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATA
* * * **
19257792 TTAATTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAG---AGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAACT
1 -TAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-T
* * * * * * ** *
19257854 -AGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTTTTG
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** ** *
19257918 TCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGC
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-A
* * ** **
19257970 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACC
1 TAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-TGAAT
* * * * *
19258035 AA-TGCAAATAGTTAT-ATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTT
62 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** *
19258098 GTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAATTC
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA-TA
* *
19258151 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TCGAAC
1 TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAT
* * * * * ** * * *
19258215 AAGTTCAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTTTTTTG
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
19258280 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTCAATTAAAATAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * * * * *
19258331 CAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAAT
1 -TAATTTATTAATATT-A-AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * *
19258396 AAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTT
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTT
* * * *
19258461 GTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * * * *
19258512 TTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAAC
1 -TAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
*** * * * ** * **
19258577 AAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCA
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19258642 TCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * ** *
19258693 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
1 -TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * * ** *
19258758 AAGTTCCAATAGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTA
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19258823 TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAACTTATTTCAAATAAAATAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * *
19258874 TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAT
1 T-AATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * *
19258938 ACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTG
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19259003 TCATAAATCAATTGTTTCTATTCATGCAAGCGTATTCAAA-ATAAGTAATGC
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATA-AAATAAT-A
* * **
19259054 TAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAGCA
1 TAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * *
19259118 AGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTG-TTT
63 AGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTT
* * *
19259180 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * ** * * **
19259232 CTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATCGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAAT
1 -TAATTTATTA--ATATTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * *
19259297 AAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACTTTTTGTTTT
62 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * **
19259361 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * * * *
19259413 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAATACTAAATCTATTTAC-CAAAA
1 -TAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * ** * * *
19259474 CAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTT
63 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTT
* * *
19259537 GTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA
* * * * ** **
19259589 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACC
1 -TAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * * *
19259651 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAG
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
19259715 TTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATTG
127 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA-TA
* * * * * *
19259767 TAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTA-TCAA
1 TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTACT-GA
* *
19259831 ACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGA-CTTTTGT
60 ATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGT
**
19259893 TTTGTTCAT-AAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAAATTATTCGAAATAAAATAATA
123 TTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* ** * **
19259947 CTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAAGATTTAAAACTAA-AAGT-TGTTTTTTT
1 -TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAAT-AA-GTAAAGATTTAAAA--AATAAATCTG-TTTACT
* * * *
19260010 GAACT-AGTTCAAATA--TATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTG
58 GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** ** * *** *
19260071 TTTACTCATAAAACTCTT-TTTTTGA-TCATACAAGCTTATT--TGGACAATAATA
122 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATA
* * * * * * * **
19260123 CTAATTTAATAATATTCCAAAATTAGT-AG-AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCA
1 -TAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAA
* * * * * * *
19260186 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAATCATTCTAACCTTTTATTTAG
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19260251 TCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATACATGCTTATTCGAAATAAAAATAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAAT-AAAATAATA
* * * *
19260303 CTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTA-TCGA
1 -TAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACT-GA
* * *
19260367 ATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
60 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
19260432 TATCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATA
125 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * * * * * *
19260484 CTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGACTAAAT
1 -TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * * * * *
19260549 AAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTG
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
19260613 TCATAAAACAATTGTTT
127 TCATAAAACAATTGTTT
19260630 TTAAAAATAA
Statistics
Matches: 4424, Mismatches: 895, Indels: 437
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 20 0.00
171 12 0.00
172 22 0.00
173 1 0.00
174 18 0.00
175 59 0.01
176 317 0.07
177 386 0.09
178 113 0.03
179 475 0.11
180 681 0.15
181 1747 0.39
182 418 0.09
183 91 0.02
184 15 0.00
185 47 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATA
Found at i:19255932 original size:543 final size:541
Alignment explanation
Indices: 19254909--19272141 Score: 7993
Period size: 543 Copynumber: 31.8 Consensus size: 541
19254899 AAATTATTAT
* * * * * *
19254909 TACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * * * * * * *
19254973 AACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * ** *
19255038 TTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTT-GAAATAAAATAATA-ATAATTTAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATATA-AATTTAT
** * ** * * * ** ** *
19255101 TAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAAT-AATCT-AATAGCCAAACAAGTTCAA
193 TAATATTAAGAAA-TTAATTAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAATAAGTTCAA
* ** ** * * * * *
19255163 ATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** *** * * *
19255228 TAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTCAAAA
320 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * * * * *
19255292 A-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGCTCAAATGGTTAAGACTA
385 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
19255352 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTACAGT
449 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
* * *
19255417 TCATATAAGCTTATTTAAAATAAATTAA
514 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* *
19255445 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCA
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * ** * * ** *
19255510 AACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGA
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * * *
19255574 CTTGCCATAAAACAA-AATTTCAGTTAATACAATCTTATTTCGAATAAAATAATATAAAGTTATT
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATT
19255638 AATATTAAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAAT
194 AATATTAAGA-AATTAATTAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAAT
** ** * * * * * *
19255703 CA-TTATGTTTATTTGGGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAAT
257 -AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** * *
19255767 AATTGTTTCTGTTCATTCAAACTTATTCAAATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAA
321 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
*
19255832 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
386 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
19255897 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTC
451 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
** ** *
19255962 ATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAA
516 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * * * * **
19255988 TACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAA
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* * * * * * *
19256053 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTATTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * ** * *
19256118 TATCTTAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
* * * * * * * *
19256183 TATTTTAGAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTTAACT-TGTTTAAAAA
196 TA-TTAAGAAATTAATTAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATA
* * * ** *
19256246 TTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCAA
258 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
19256311 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAA-TAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGT
323 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * *
19256375 TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAGACAAGTTTAAATAGTTATAACTATT
387 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
19256439 TGAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-T
451 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGT
* *
19256503 TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAA
514 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * * *
19256531 TACTAATTTATTAATA-T-AATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCA
1 TACTAATTTATTAACATTCAA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * *
19256594 AATAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTG
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG
* * *
19256657 TTTGGTCGTAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAATA-TTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AAT
128 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAA-ACTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAAT
* * * * **
19256718 TTATTAATATTTCAA-AAATTAA-TA--AGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACT-AGT
189 TTATTAATA-TT-AAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGT
* * * *
19256778 TTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTTA
251 TCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** * *
19256841 TAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTC
315 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
19256906 T-AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAG
380 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
19256970 AATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT
445 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
19257035 TAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAA
510 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
19257067 TATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CT
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-
* * * *
19257131 GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
19257196 TTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAGCTTA-TCCGAAATAAAATAATATTACTTTA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAA-CTTATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTA
* ** ** * *
19257259 TTAATATTTTAA-AAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATGAATCA-ATTTA-TCGAATCAA-T
192 TTAATA--TTAAGAAATTAATTAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACT-GAAT-AAGT
* * * * **
19257320 TCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCA
251 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
19257384 TAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAA-TGAAATAATACTAATTTATTAATAT
315 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * *
19257447 TTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGT-GAACTAGTTCAAATAGTT
378 TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
19257511 ATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATTA
442 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTG
19257576 TTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
507 TTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * **
19257611 TACTAATCTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCA
1 TACTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * * * * *
19257673 AACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* ** * ** * * *
19257738 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTA
** * * * ** *
19257803 ATATTTTGAAAATT-ATTA--AGAGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAATTA
195 ATATTAAG-AAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATA
* * * * * ** **
19257864 GTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA
258 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** ** * *
19257929 TTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAA-TAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
323 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
** * * ** * * * *
19257993 TAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTGT
387 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT
* * * *
19258056 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-T
450 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGT
** **
19258120 TCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
514 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
19258148 TTCTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * * ** * * *
19258212 AACAAGTTCAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTTTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
19258277 TTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTAT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTTCGAA-TAAAATAATATAAATTTAT
* * * * * *
19258340 TAATATTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAA
193 TAATATTAAGA-AATTAATTAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAA
* *
19258405 TAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAA
256 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
19258470 TAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACA
320 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * *** * *
19258534 ATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTGATAGTCATAACTAT
385 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * *
19258599 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCA-TCATAAAACAATTATATCAGT
450 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT-AGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
* * *
19258663 TCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
514 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * *
19258691 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATGAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * * * **
19258755 AACAAGTTCCAATAGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
19258820 TTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAACTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAGTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTA
* * *
19258885 ATATTCCAA-AAATTAATAAGTAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATACGTTCAAAT
195 ATATT--AAGAAATTAATTAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAAT
* * * * * *
19258948 AGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCA
257 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * **
19259013 ATTGTTTCTATTCATGCAAGCGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAAT
322 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * *
19259077 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTT
387 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATT
* * *
19259140 TGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-T
451 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGT
* *
19259202 TCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
514 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
*** ** * * *
19259230 TACTAATTTATT-ACTATTTTGAAAATTAATCGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCA
1 TACTAATTTATTAAC-ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * * * *
19259294 AATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACTTTTTGT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
19259358 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTT
** * * * * * * * *
19259420 ATTAATATTTTGAAAATTAA-TA--AGAGATTTAAATACTAAATCTATTTAC-CAAAACAGTTTA
191 ATTAATATTAAG-AAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATA-AGTTCA
* ** * * * *
19259481 AATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TGTTTATTTTGTCATAAA
254 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * **
19259545 AGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
319 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * * * * *
19259610 AATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTA
384 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
19259671 TTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTCAG
449 TT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* *
19259735 TTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
513 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** ** * * * *
19259764 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATC
*
19259829 AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGA-CTTTT
64 AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * *
19259891 GTTTTGTTCAT-AAACAATTGTTTCATTTCATA-AAAATTA-TTCGAAATAAAATAATACT-ACT
127 GTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAAT
* * ** * **
19259952 TTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAAGATTT-AAAACTAAA-AGTTGTTTTTTTGAACT
189 TTATTAATA-TTAAGAAATTAAT-TA-GTAAAGATTTAAAAAATAAATA--TG-TTTACTGAA-T
* * * * **
19260015 -AGTTCAAATA--TATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTAC
247 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
** * * * *
19260076 TCATAAAACTCTT-TTTTTGA-TCATACAAGCTTATT----TGGACAATAATACTAATTTAATAA
312 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAT-TAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * *
19260135 TA-TTCCAAAATTAGT-AG--AGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-GCTGAACCAGTTCAAATA
375 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
19260195 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTATAAT
439 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAAC
* * *
19260260 AATTGTTTCAGTTTATACATGCTTATTCGAAATAAAAATAA
502 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAA
* * * * *
19260301 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATCA
* * * *
19260366 AATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
19260431 TTATCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTA-TCCAAAAGAAAATAATACT-ACTTTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAA-CTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTA
* ** * * * * *
19260492 TTATTATTTCGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTGACTAAATAAATTCA
192 TTAATATTAAGAAA-TTAATTAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAATAAGTTCA
* * * * * * * * *
19260556 AATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGTCATAAA
254 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * * * **
19260620 ACAATTGTTT-T-TAAAAATAATCTTTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAAC
319 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT--C-AA--A-TT-AAA-A-TAAT-ACTAATTT-ATT
** * * * **
19260682 AATTATCTATTTCATATT-GTTA-TAACATTTTATTCTATAATAAA-ACAAT-TGTTTCTATTC-
373 AA-TAT-T-TTAAAAATTAATAAGTAA-A--AGATT-TA-AA-AAATA-AATATG-TT-TA-TCG
* * * ** * * *
19260742 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTATTTTAGTAA-TATTATGAAAATT--AATAACTA
425 A-ACAAG----TTC-AAAT--AGTTATGACTA-TTT-G-AACAATTAT-CTATTTCAAATCATTA
* ** ** * * **** * *
19260803 AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGC-TGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATT
478 TGACCTTT------TATTTA-G--T-CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-A-A-G--C--TT
* ** * *
19260867 ATTTAACTTAAATTGTTA
526 ATTCAAAATAAA--ATAA
* * ** * * * *
19260885 TGACCT-TTTGTTTTGTCA-T-AAAATAATTATTTTAGCTTGTAGAAATTTATTCAAAATAGAGT
1 T-A-CTAATT-TATTAACATTCAAAA-AATTA-ATAAG--T-AAGAGATTT----AAAA-A-A-T
* * * * * * * * *
19260947 AAAACTAATTTAT-TAA-TATTTCAAAAATTTATAAGA-GATTTAGAA-AATAATTCTATTTACA
51 AAATCT-GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT--GACTATTT-GAACAATTA-TCTATTT-C-
* * ** * ** * ** **
19261008 AAACCAGTTTAAAT-A-ATTATAACTATT-T-A-AATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TTACT
109 AAATCA--TT--ATGACCTT-T-TGTTTTGTCATAA-AACAAT-TGTTTCAGTTCA-TACAAAC-
* * *** * *** * *
19261067 TTTTATTTTGTAATAAAACAATATTTTTTTTGTTAATA-TAAGTTTGTTCAA--AATAAA-ATAA
164 --TTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAAG-AAATT-AATTAGTAAAGAT-T
** * * * * * * * *
19261128 TACTAATTTATTAATATTTA-TCAA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTA
222 TAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * * *
19261191 TTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTGTGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
284 TTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** * * * * * *
19261256 GGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAA
349 AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
19261321 TAT-TCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
414 TATGT-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * ** * *
19261385 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
478 TGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * ** * * * *
19261449 TATTAAGTTATCAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAAT-G
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCA
* * * * * * *
19261513 AATAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
19261578 TTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTA
130 TTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTA
* * * * ***
19261642 TTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AAT--ATA-ATCTAC--CCCAAGTTCAA
192 TTAATATTAAGA-AATTAATTAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAA
** * **
19261698 ATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAA
*** * ** *
19261762 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCGAC
319 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * *
19261826 AAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTA
384 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
19261891 TTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAG
449 TTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * **
19261955 TTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
513 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * *
19261984 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* * * *
19262049 TCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
19262114 TGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
* * * *
19262179 TATT--CAAA--AA-T--T----A---AAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTT
196 TATTAAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTT
** * * **
19262230 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTG
261 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
19262295 TTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAA
326 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * **
19262357 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACGAGTTCGAATAGTTATGACCATTCAA
390 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
19262421 ATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATC-TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
454 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
** *
19262484 TACAATTTTATTTAAAATAAAATAA
517 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * * *
19262509 TACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CTG
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-A
* * * ** * *
19262572 AACAAGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * *
19262636 TTGTCATAAAATGATTGTTTCTA-TTTATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATATTAGTTTAT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTAT
** * * * * *
19262699 TAATATT-TCAAA--AATTAGTAAGAAATTTAAGAATTAAATCTGTTTATTGAACTAA-TTCAAA
193 TAATATTAAGAAATTAATTAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAA
* * * * * *
19262760 TACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TATTTGTTTTGTAATAAAAC
256 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * * * **
19262824 AAATGCTTT-TGTTCATACAAACTTATT-ATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAA
321 AATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * * * *
19262887 AATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCT
384 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
19262947 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTATTCATAAAACAATTATTTCAG
448 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG
*
19263012 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
513 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** * * * *
19263041 TTGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATC
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTATC
* ** *
19263106 AAACAAGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTT
64 AAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * * *
19263169 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCACAAAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-ACTT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATT
* * *
19263232 TATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTAT-TTT-CTGAACT-A
190 TATTAATA-TT-AAGAAATTAATTAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAA-TAA
* * * *
19263292 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTCT
249 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * *
19263355 CATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATATTAATTTAATAATA
313 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * ** * *
19263419 TTCCAAAAA-T--T-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTT
377 TTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * ** * * * * * *
19263480 AAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTA-TTAATACTTAGAA-AATT
442 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGT-CATAAAACAATT
** * * *
19263543 -AATCAG-T-A-A-GAG-AT-TTAAAAAGTAAAACTGTTTACCA
506 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-TAAAA-----TA--A
* * ** * * * *** **** *
19263580 AACCCTTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATT-ATCTATTCCAATTCATTATAACCTTTTA
1 TA--C--T--AAT--TTATTAAC-ATTCAAAAAATTAAT-AAGT--AAGAGATT-TAAAAAATAA
* * * * * *
19263643 TTTTG-TCAACAAACAATTGGTTC---TA-TTCAT-ACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
53 ATCTGTTTATCAAACAA---GTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGA---ACAAT----T-AT-CT-
* * ****** ** *** *
19263702 ATTTAATAAT-ATTTTGACACTTAATAACCAAGAAAATTAAAA-AA-TAAATCAAATTGC-T--A
104 ATTTCA-AATCATTATGAC-CTT--TTGTTTTG-TCA-TAAAACAATTGTTTC-AGTT-CATACA
* * * ** * * * **
19263761 AA-TCATTTCAAATACTAAA-ACTATATGAATGATTATT--TATT-TCAAATCGTTATGACCTTT
161 AACTTATTTCGAATA--AAATA--ATATAAAT--TTATTAATATTAAGAAAT--TAATTA-GTAA
* * * * * * * *
19263821 TGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TGTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAAT-ACTA
217 AG-ATT-T-AAAAAATAAATATG---TTTACTGA-ATAAG----TTC---AAATAGTTATGACT-
* * * * **** * * *
19263882 ATTT-----ATTA-ATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAG-ATT-T-AAAAAATAAATCTGTTT
267 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT
* ** * * * * * **
19263937 ACTGAATT-AGTTCAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCAATCCAAATCGTTAAGATCTTTG
329 -CT--ATTCA-TACAA-GCTTAT-TCAAATT-A--AA--AT-AATACTAAT--TT---A--TTAA
* ** ** * *
19264001 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAAATATTTAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAAT
375 TATT-T--T-AAA-AATT-AATAAG-T-A-AAAGATTTA---AAAAATAA-A-T-ATGT--T--T
* * * * * * * * * *
19264066 ATTTC-AA-AAATT--AATAAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCA
421 A--TCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATCA-TT--
* ** * * * ** *
19264125 AAT-A-GTTAAAACTATTAG-AATAATTATATATT-TTAAATCA-TTC-TAACCTTTTGTTTAGT
477 -ATGACCTT-TTA-T-TTAGTCATAA-AACA-ATTGTT---TCAGTTCAT-A-C--AAGCTTA-T
* *** *
19264184 TAGAAAATATTTGTTTCA
528 T-CAAAATA---AAATAA
* ** *
19264202 TATCTTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGA
1 TA-C-T--AAT-TTA-T-----TAACAT--T-CAAA-AAATT-A-A--T--AAG-----TAA-G-
* * * *
19264267 AAAGTTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGATTACTATTTGAAAAATTA
38 AGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
19264332 TTTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTTATA-AAAGC
101 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAA-C
* * * * * *
19264395 TTA-TCCAAAATAAAAGAATACT-AATTTCTTAATATTTCAA-AAATTAATAAGCAATAG-TTTA
164 TTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGAAATTAATTAGTAA-AGATTT-
** * * * *
19264456 AAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATG-CTTATTTGAACAATTGTCTATT
223 AAAAAATAAATAT-GTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
19264519 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAA
286 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* * **
19264584 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAAT-
351 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
19264648 TGGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCTATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
416 T-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * *
19264712 AACATTTTGTTTGGAT-ATATAGCAATTGTTTTTTA-TT-ATACAAAGTTTATTCAGAATAAAAT
479 GACCTTTTATTTAG-TCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAAT
19264774 AA
540 AA
* * * *
19264776 TAGTAATTTATTAATC-TCTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
1 TACTAATTTATTAA-CAT-TCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* ** * * * * * *
19264835 GAACCGGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTG
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG
* * * * * * *
19264899 TTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATAT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTT
** * * * * * *
19264962 AAAAATATTCCAA-AAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACT-AGTT
191 ATTAATATT--AAGAAATTAATTAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTT
* * **
19265025 CAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAATC---AT-A---TTT-TTTTGTCATA
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * * *
19265082 AAACAGTTTTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAA-TAAAATAA-AATGAATTTATTCATA-C
317 AAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * * * * * * * * *
19265143 TAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTAT
379 TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *** * *
19265208 GACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATGGCTATGACCTTTTGTTCT-GTCATAAAACAAATGT
444 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAATTGT
** ** * ** * *
19265272 TTTTGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAACAAAATAA
508 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* *
19265306 TACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---G-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
1 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * ** *
19265366 AACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * * **
19265431 CTATTATAAAATAATAGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATT
130 TTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATT
* * * * * ** *
19265495 AATATTTCAA-CAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATGCTTACCAAACT-AGATCAA
194 AATA-TT-AAGAAATTAATTAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAA
* * * * *
19265558 ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** ** * * ** *
19265623 AAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAACCTATTAATATTCTAAA
320 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * * *
19265687 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-AG-A-AA---C--A-AG-T-T-ACTA
384 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* *** * * * * *
19265740 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTA-TCATAAAATGATTTTTTTC
449 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTT-ATTTAGTCATAAAA-CAATTGTTTC
* *
19265804 TA-TTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAA
511 -AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
19265835 TACAAATTTATTAATA-TCAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAACATTCAA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* ** * ** *
19265899 AACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *** * * * **
19265964 TTGTTATAAGACAATAGTTTTTTTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGAAAATAATACCAATTTATT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAAT-AAAATAATATAAATTTATT
* * * * *
19266028 AATATTCCAA-CAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACT-AGATCAAA
194 AATATT--AAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAA
* * ** * ** *
19266091 TAGTCATGACTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGTCATAAAAA
256 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
19266156 AATTATTCTCAACTTCATACAAGCCTTATTTTAAA-TAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TATG
321 AATTGTT-TCTA-TTCATACAAG-CTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * ** * * * * *
19266219 AAAATTAATAAGGTAGAGGATAAAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAAACAAGTTTAAATTAATTTT
382 AAAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG-AACAAGTTCAAA-T-AGTTA
* * * * * * *** *
19266284 TGACTATTTG-ACAATTATTTATTTGAAATCCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGTTTT
443 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTG
* **
19266348 TTTCTGTTCAATGACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAA
507 TTTCAGTTC-AT-ACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
* * ** * *
19266386 TACAAATTTATTAATATT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATT
1 TACTAATTTATTAACATTCAA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA-T
** ** * * *
19266450 GGAACAA-TAT-AAATCTTTATGACTATTTGAAAACATTTCATTTATTTCAAATCGGTTATGA-C
63 CAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTG--AACAATT-ATCTATTTCAAATC-ATTATGACC
* * * * * ** * *
19266512 TTTTCTGTTTATCAATCAAAACTACATT-CTTC--TACATACCATGTTACTTTTGATTAACCAA-
123 TTTTGT-TTTGTC-AT-AAAAC-A-ATTGTTTCAGTTCATACAAACTTA-TTTCGAATAA--AAT
* * ** * * **
19266573 AATATTAATTTATTTATATTTTGACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTT
180 AATATAAATTTATTAATATTAAGA-AATTAATTAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * * * * *
19266638 GAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGT
243 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGT
* * * * *
19266703 TTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTT
308 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * *
19266766 TTAATATTCCAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCTAACATGTT
371 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATA-AATATGT-TTATCGAACAAGTT
* * ** * * * * *
19266828 CAAATAGTTATGGCTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGTAATA
433 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATA
* * * * **
19266893 AAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAA
498 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** * * * * *
19266937 TACTAATTTATTTATATTTTCTAGAAATTAATTAGAAAGAGAATTAAAAAATAAAATCT-TGTTA
1 TACTAATTTA-TTA-ACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGT-TTA
* * * *
19267001 CCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTT
62 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * * *
19267065 TGTTTTCTTATAAAACATTTGGTTCTA-TTCATACAAGCATATTTCGAATAAAATAAAAAAAAAT
126 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATT
* * * * * * * **
19267129 TAATAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTTCTAAACATTTTC
190 TATTAATA-TT-AAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTC
* * * ** *
19267192 AAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCATAA
253 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * **
19267256 ACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTAAATT-AAATAATACTAACTTATTAAAATTCCA
318 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * *
19267320 AAAGTTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGAC
382 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
19267384 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTG-TTC
447 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCAT-AAAACAATTGTTTC
* *
19267448 TA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAA
511 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* ** * * *
19267479 TACTAA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAGTTGAA-A-ATTTAAAAGATAAATTTGTTCA-
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT-AAG-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * ** * **
19267540 CCAACAAGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTA--TATATCAAAATTGTTAATTATATT
63 CAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATT-ATGACCTT
* * * *
19267602 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTAATTCAAATAAAATAATACTAAA
125 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAA
* * * *
19267666 TTTATTAATATTTCAA-AAATTAA-TA--AAAGATTTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAACCAA
188 TTTATTAATA-TT-AAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TACTGAA-TAA
* * * * *
19267726 -TTCAAATAATTATGA-TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTTATGA-TATTT-TTTTGT
249 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * *** * *
19267787 CATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAA---ATT-A-A
313 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAAT-ACTAATTTATTAATA
* * ** *
19267846 ---T-AATATT-CT-A-TAAAAGATTTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAG
377 TTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
19267902 ATAAGA-AATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC-TTTGCTT-GTCATAAAATAGT
440 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACA--
* * * *
19267964 ATT-TTTTAGCTCATGCATGCTTATTCAAAAATAAAATAA
503 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAA
* * ** * * *
19268003 TACTAATTTATTAGCATTC-AGAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAA
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* * * *
19268067 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAATAAATATGACCTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** * *
19268132 TTATCATAAAACAATTTTTTTCAATTTATA-AAAGCTTACCT-GAAATAAAATAATATTACTTTA
130 TTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAA-CTTATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTA
* * * * **
19268195 TTAATATTCA-AAATTGATATATTAGAGATTT--AAAA-AAATA--CAT-C-GAACT-AGTTCAA
192 TTAATATTAAGAAATTAAT-TAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAA
* * * * ** *
19268251 ATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAATTACAAAC-TTTTGTTTTTTCATAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTA-TGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * *
19268315 AATAATTGTTT-TTTCATCATACAAGCCTATTTGGAA-TAAAATAGTATTAATTTATTAAAATTT
318 AACAATTGTTTCTAT--TCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
19268378 CAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTT-AAAAATATATCTATTTA-CTG---AA--TC----AGTTC
380 TAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * ** * * * * *
19268431 T---TATTTAAACAATTATCTATTTTAGATTGTTGTAACCTTTTGTTCTA-TCGTAAAATAATTG
443 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAATTG
* * ***
19268492 TTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
507 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * * * *
19268527 TACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTG
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-A
** * * * * * * *
19268591 AAGTAGCTTC-AACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATGACCATTTGT
65 AACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** * * ** * * *
19268655 TTTATCATGTAACAATTGTATTTGAG--CATTCAATTTTA-TTCACAATACAATAATACT--TTT
129 TTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATT
* * * * **
19268715 TATTAATCTTTTAA-AAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGT
190 TATTAA--TATTAAGAAATTAATTAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGT
* * ** * ** * ** * * *
19268778 TTAAACAGCAATGACTATCTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCGTCAT
251 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
19268843 AAAAGAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATATAATAATATTA
316 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** * *
19268907 TGAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAATC-AGTTCCAATATTTA
380 TAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
19268970 AGACTATATGAATAGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCT-GTCATAAAATAAGTT
443 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAA--T
* * * * ** *
19269034 TTTTTGAATTCATA-ATAGTTTACTT-GGAATAAAAGAA
505 TGTTTCAGTTCATACA-AGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
* * * * * *
19269071 -AATGAATTTATT-ACTATTTC-AAAAATGAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
1 TACT-AATTTATTAAC-A-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * *
19269133 CTATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTG
63 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
19269198 TTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAA-TTTTTTGGACTAAAATAATACT-AATCT
128 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTT
* * * *
19269260 ATTAATATTTCAA-ATATTAA-TA--AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAA-ACTAGTT
191 ATTAATA-TT-AAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATA--AGTT
* * * * * *
19269319 CAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATA
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * *** * *
19269383 AAATAATTGTTTCTGTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
317 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * * *
19269448 ACAATTGATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTAGATCAAATAATCATGA
382 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
19269510 TTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTC
446 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTC
*
19269575 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
511 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
19269606 TACTAATTTATTAGTA-ATTC-AAAATTTCATAA-TAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTA
1 TACTAATTTATTA--ACATTCAAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTA
* * * * * * *
19269668 CTGAAA-AAGTTTAAATAATTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGC-TCACCTAA
62 -TCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTA--TGA
** * * * * * *
19269731 CCTAGTGTTTTGTCACAAAAGAATT-TATCTA-TTCATACAATCTTATTTCAAATAATATTAAT-
121 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTTCGAATAA-AATAATA
** * *
19269793 TCAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CA
184 T-AAATTTATTAATATTAAGA-AATTAATTA-GT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA
* *** * * ** *
19269857 A-ACAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGCCTTTTTGTT
245 ATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
* * * * * *
19269921 TTATCATAAAACAATTATTTCTGCTT-ATACAAGTTTATTTAAATTAAAATAATATTAATTTATT
309 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * *
19269985 AATA-TTTCACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT-TTTGCCAAATAAGTTCAAA
373 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAA
* * * * * * * *
19270048 TAGTCATGACTATTTAAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAAC
437 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAAC
* * * *
19270113 AATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATT-GAAGTAAAATAA
502 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * ** ** *
19270152 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ACAAAAAA-AAATCCATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* * * *
19270215 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
19270280 TGCCACAAAA-TATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTA
131 TGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTA
** * * * *
19270343 ATATT-CCAAA--AATTAAT-AAG-----AAAAA-AAATGT-TTTTCTGAACACA-TTCAAATAG
195 ATATTAAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATA-AGTTCAAATAG
**
19270396 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGA-TCTTTTGTTTCATCAT-AAACTA
259 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-A
* ** * * * * *
19270458 ATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTATTCAGAA-TAGAAATGATACTAA-TTATTAAAATTCTAAAA
322 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATTA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * *
19270521 ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTAT
385 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * *
19270585 TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
450 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGT
* **
19270649 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
514 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * **
19270677 TACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAA
1 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* * * * * *
19270741 ACAAATTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * *
19270805 TTGTTGTAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAAATTA-TTCAGAATCAAGTAATACT-AATTTAT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTAT
* * * ** * * ** ** *
19270867 TAATATTTCAA-AAGTTAA-TA--AGACATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAA
193 TAATA-TT-AAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAA
* * * * *
19270928 TAGTTATGACTA--TGCAACAATTACCTATCTCAAAT-AGTATGA--TCTTGTTTCGTCATAAAA
256 TAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * *
19270988 CAAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCTGAA-TAAAATAATGCCAAACTAATAA-ATTCTAA
320 C-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * ** * * *
19271051 ATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAGTT-ATAATAGTTAAGAC
383 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCA-AATAGTTATGAC
* * * * * * **** *
19271115 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAGAAATTTTTTTTTTCA
447 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
* **
19271180 GTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAA
512 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * *
19271210 TA-TAATTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-C
1 TACTAA-TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * ** * *
19271273 TGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTG
64 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
19271338 TTTTATCATAAAATAATTATTTTAGTTTAATA-AAACTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTT
* ** ** *
19271401 ATTAATATTTCAA-AAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTA-TCGAATTAGT
191 ATTAATA-TT-AAGAAATTAATTAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACT-GAATAAGT
* * * * ** * * *
19271463 TTAAATAATTATGGCCATTCAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTA
251 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
19271528 TAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGTTTATTTGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATT
315 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * ** * * * *
19271592 TCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGGACTAGTTTAAATAGTTAT
379 TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
19271657 TACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATC---AT-A------A---A---AT-----AATTATT
444 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTT
*
19271701 T-ATGTTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
509 TCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * * * *
19271734 TACTTATCTAATAATATT-ATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCG
1 TACTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * *
19271798 AACTAA-TTCAAATAGTTAAGGA-TATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
65 AAC-AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * ** * * * ** *
19271861 TTTTATCGTAAAACAAATATTTCTGTTCATATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAACATTTATTTTT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTAT
** * * * ** *
19271926 TAATATTTTGAAAATTAA-TA--AGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAA
193 TAATATTAAG-AAATTAATTAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAA
* * * * * **
19271987 GTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
19272052 CAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCAGAA-TAAAGT-ATGCTAATTTATTGATATTCTAA
320 CAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* **
19272114 AAATTAATAAATAACGGATTTAAAAAAT
383 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
19272142 GAATCTACTG
Statistics
Matches: 12854, Mismatches: 2833, Indels: 2038
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
518 44 0.00
519 47 0.00
520 77 0.01
521 37 0.00
522 33 0.00
523 336 0.03
524 514 0.04
525 466 0.04
526 276 0.02
527 62 0.00
528 23 0.00
529 114 0.01
530 291 0.02
531 167 0.01
532 357 0.03
533 495 0.04
534 311 0.02
535 747 0.06
536 850 0.07
537 824 0.06
538 549 0.04
539 872 0.07
540 445 0.03
541 251 0.02
542 824 0.06
543 905 0.07
544 483 0.04
545 196 0.02
546 188 0.01
547 149 0.01
548 65 0.01
549 67 0.01
550 45 0.00
551 107 0.01
552 64 0.00
553 85 0.01
554 53 0.00
555 41 0.00
556 34 0.00
557 75 0.01
558 42 0.00
559 60 0.00
560 124 0.01
561 12 0.00
562 17 0.00
563 16 0.00
564 18 0.00
565 9 0.00
566 29 0.00
567 23 0.00
568 8 0.00
569 16 0.00
570 14 0.00
571 12 0.00
572 15 0.00
573 17 0.00
574 7 0.00
575 1 0.00
576 19 0.00
577 13 0.00
578 2 0.00
579 8 0.00
580 6 0.00
581 8 0.00
582 29 0.00
583 15 0.00
584 20 0.00
585 14 0.00
586 13 0.00
587 4 0.00
588 12 0.00
589 14 0.00
590 17 0.00
591 16 0.00
592 5 0.00
593 8 0.00
594 20 0.00
595 28 0.00
596 20 0.00
597 14 0.00
598 16 0.00
599 8 0.00
600 16 0.00
601 13 0.00
602 21 0.00
603 12 0.00
604 21 0.00
605 72 0.01
606 37 0.00
607 25 0.00
608 14 0.00
609 4 0.00
610 2 0.00
611 3 0.00
612 3 0.00
613 4 0.00
614 10 0.00
615 2 0.00
617 6 0.00
618 12 0.00
619 5 0.00
620 8 0.00
621 8 0.00
622 8 0.00
623 5 0.00
624 15 0.00
625 20 0.00
626 17 0.00
627 21 0.00
628 8 0.00
629 24 0.00
630 15 0.00
631 7 0.00
632 14 0.00
633 13 0.00
634 2 0.00
635 3 0.00
636 1 0.00
638 2 0.00
639 4 0.00
640 8 0.00
641 9 0.00
642 13 0.00
643 9 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (541 bp):
TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
TATTAAGAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAATAA
Found at i:19255975 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 19254912--19272147 Score: 5734
Period size: 362 Copynumber: 47.6 Consensus size: 357
19254902 TTATTATTAC
* * * ** *
19254912 TAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAAC
1 TAATTTATTAATATTCA-AAAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * * * * * *
19254976 CATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * * *
19255041 TCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATA
128 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * ** * *
19255106 TTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATT-AAAAAT-AATCT-AATAGCCAAACAAGTTCAAATAG
192 TTTTGAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAG
* ** ** * * * * *
19255167 TTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAAATAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * *
19255232 TATTTT-GTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
320 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * ** *
19255270 CTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * * * * * * * *
19255332 AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTATTTAGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
19255397 CATAAAACAATTGTTAC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA
129 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** * *
19255461 TTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG
192 TTTTGAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * ** * * ** ** *
19255525 TTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCATAAAACAA
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * *
19255589 -AATTTCAGTTAATACAATCTTATTTCGAATAAAATAATA
319 TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * *
19255628 TAAAGTTATTAATATT-AAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA
1 T-AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
** ** * * * * *
19255692 TAAGTTCAAATCA-TTATGTTTATTTGGGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTT
62 TAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * **
19255756 TATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAAACTTATTCAAATTAAAATAATTTTAATTTATTAA
126 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
19255821 TATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
190 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
19255886 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** *
19255951 TGTTTTAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATA
320 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATA
* * * * * * ** *
19255990 CTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTA-TCAAA
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA
* * * * * *
19256054 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTATTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** * *
19256119 ATCTTAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAACAATA-TAAATTTATTAA
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * ** * *
19256183 TATTTT-AGAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTTAACTTGTTTAAAA
190 TATTTTGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAAT
* * * * *
19256245 ATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCA
253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
*
19256310 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATA
318 ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * * * *
19256351 TTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAGA
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-A
* * * * * * * *
19256415 CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTT
* *
19256480 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
126 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * *** * * * * *
19256545 TATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAG
190 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
19256609 TCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTGTTTGGTCGTAAAACA
255 TTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACA
**
19256672 ATTGTTTTTA-TTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATA
318 ATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * **
19256713 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACT
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-T
* * *
19256775 -AGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTT
63 AAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * ** *
19256837 GTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
19256902 ATTCT-AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGT
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
19256966 TAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT
256 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
19257031 GTTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATA
321 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA
* * * * *
19257069 TTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA
1 -TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * *
19257134 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
19257199 ATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *** * ** *
19257264 ATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATGAATCAATTTATCGAATCAA-TTCAAATAA
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * ** *
19257328 TTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*** * * *
19257393 TGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATA
320 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * *
19257432 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGTGAAC
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-
* * * *
19257497 T-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
19257561 GTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * *
19257626 ATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGT
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
19257689 AAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
256 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
19257754 GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATA
321 GTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATA
** * * **
19257792 TTAATTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAG---AGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAACT
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-T
* * * * * * ** *
19257854 -AGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** ** *
19257918 TCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA
128 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** * ** * * *
19257983 TTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGT
192 TTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
19258047 TAT-ATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAAT
256 TATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** *
19258111 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAATTC
320 TGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA-TA
* *
19258151 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TCGAAC
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAT
* * * * * ** * * *
19258215 AAGTTCAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTTTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19258280 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
128 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
19258345 TTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTT
192 TTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
19258410 GTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
257 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
19258475 -TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATA
321 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATA
** * * * * *
19258512 TTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAAC
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
*** * * * ** * **
19258577 AAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCA
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19258642 TCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
128 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * * *
19258706 ATTTCAAAAATTAATGAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATAGT
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** * *
19258771 TATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATT
256 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
19258836 ATTTCT-GTTCATATAAACTTATTTCAAATAAAATAATA
321 GTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * *
19258874 TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAT
1 T-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * *
19258938 ACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
19259003 TCATAAATCAATTGTTTCTATTCATGCAAGCGTATTCAAA-ATAAGTAATGCTAGTTTATTAATA
128 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATA
*** * *
19259067 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTT
192 TTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
19259131 ATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTG-TTTATCATAAAACAAT
257 ATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
19259193 TGTTTCTA-TTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
320 TGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* ** ** * * **
19259232 CTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATCGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAAT
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * *
19259297 AAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACTTTTTGTTTT
63 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * **
19259361 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
19259426 ATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAATACTAAATCTATTTA-CCAAAACAGTTTAAATAG
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAG
* ** * * * *
19259486 TTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAAAGAA
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* *
19259549 TTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATA
319 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * * * ** **
19259589 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACC
1 -TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * * *
19259651 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAG
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
19259715 TTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAAC
128 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
19259779 A-TTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAAT
191 ATTTTG-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
*
19259843 AGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTCAT-AA
253 AG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAA
* * **
19259904 ACAATTGTTTCATTTCATA-AAAATTATTCGAAATAAAATAATA
315 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA
* * ** * **
19259947 CTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAAGATTTAAAACTAA-AAGT-TGTTTTTTT
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AA-GTAAAGATTTAAAA--AATAAATCTG-TTTACT
* * * *
19260010 GAACT-AGTTCAAATA--TATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTG
59 GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** ** * *** * *
19260071 TTTACTCATAAAACTCTT-TTTTTGA-TCATACAAGCTTATT--TGGACAATAATACTAATTTAA
123 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * * *
19260132 TAATA-TTCCAAAATTAGT-AG--AGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-GCTGAACCAGTTCAA
187 TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAA
* * * * * * * * *
19260192 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTAT
251 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
19260257 AATAATTGTTTCAGTTTATACATGCTTATTCGAAATAAAAATAATA
314 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG-AAT-AAAATAATA
* * * *
19260303 CTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTA-TCGA
1 -TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACT-GA
* * *
19260367 ATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
61 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
19260432 TATCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTA
126 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * * *
19260495 TTATTTCGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGA-CTAAATAAATTCAAAT
189 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
19260559 AATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAACA
253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** * * * * * **
19260623 ATTGTTTT--TAAAAATAATCTTTTTACCAA-ACCAGTTCAA-A
318 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-CGAATA--AAAT-AATA
* * * * *
19260663 T-AGTTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAA
1 TAATTTATTAA-TA-TTCAA-AA--AT-TA----ATA-AG-TA-AAGA-TTTA----A-AA-AAT
* * * * * * **
19260726 ACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTATTTTAGTAA-TAT-TA
46 A-AATCTG-TT-TACTGA-ATAAG----TTC-AAAT--AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** ** * * ** * *
19260787 --TGAAA--ATTAAT-AAC-TAAGAAATT-T-AAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAA
100 TTTCAAATCATT-ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT-CT-ATTC-ATACAAG
* * ** * * ** *** *
19260844 C--AGTT-AAGACT-ATATGA-AC-AA-TTATT--TAACTT-AAATTGTTATGACCT-TTTGTTT
158 CTTA-TTCAA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT-TAAT-AAGTAAAAG-AT
* * * * * * **
19260898 TGTCATAAAATAATTAT-TTTAGCTTGTAGA-AATTTATTCAAAATAGAGTAAAACTAATTT---
217 T-T-AAAAAATAAATCTGTTTA--TCG-A-ACAA---GTTC-AAATAG-TTATGACT-ATTTGAA
* * ** ** * * *
19260958 --ATTA-ATATTTCAAA-AATT-T-A---TAAGAGATT-T-AGAAAATAATTCTATTTA---CA-
270 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCAT
* ** *
19261008 A-AA-C-CAGTTTAAATAATTATAACTA
333 ACAAGCTTA-TTCGAATAA-AATAA-TA
* * * * * ** ** ** * * *
19261033 TTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATATTTTTTTT
1 --TAATTTATTA-ATA-TTCAAA-AATTAATA-AGTAAAGATT-TAA-AAAATAA-A-TCTGTTT
** * * * * * * * *
19261098 GTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTATCAAACCAGTTCAA
56 ACTGA-ATAA----GTTC-AAAT--AGTTATGACT-A-TT-TGAACAATTAT----CTATTTCAA
* *** * * ***
19261162 AT-AGTTATGA-CTATTTGAGCATTTAT-TTATTTCA-AATTGTTATGACTTTTTAT-TGTG-TT
106 ATCA-TTATGACCT-TTT--G--TTT-TGTCATAAAACAATTGTT-T--CTATTCATACAAGCTT
* * * * * * * * * *
19261221 A-T-AAA-ACAATAGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAA
161 ATTCAAATAAAATA-ATACTAATTTAT-TAA---TATTTTGA--AAATTAAT---AA-GTA-AAA
* * * * **** ** ** * * ** *
19261282 TATTTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAA-AACAT-AAATATTCTTACCGAACTAGATCAA-A
214 GATTT-AAAAAATAA-ATCT-GTTTATCGAACAAGTTCAAATA--GTTA-TG-ACTATTTGAACA
* * *
19261344 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA
272 -A-TTAT--CTA-TT---TCA--A---A--TC--A---TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
** ** * *
19261409 AATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
317 AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * * * * * *
19261451 TTAAGTTATCAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAATGAAT
1 -TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * *
19261516 AAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
19261581 TCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA
128 TCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * ** **
19261646 TATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT--AATAT-AATC----TA-C-CCCAAGTTCAAATCT
190 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* ** *
19261702 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* *
19261767 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATA
320 TGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * *
19261805 TTAATTTATTAATATTTCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAA
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA
* * * * * *
19261869 CAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
19261933 TGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
126 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
19261997 ATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTA-CCAATCATGTTCAAAT
189 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAAT
* *
19262061 AGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
19262126 ATTGGTTCT-GTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
318 ATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * *
19262167 TAAATTTATTAATATTCAAAAATT-A-AA--AAA-A--T---AAAT--A--TGTTTTCTGAACAC
1 T-AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAA
** *
19262218 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * *
19262283 ATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AAT
130 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * *
19262346 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACGAGTTCGAATAGTTA
194 TTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * * * *
19262410 TGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGT
258 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** **
19262475 TTCTA-TTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATA
323 TT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* ** * * *
19262511 CTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACA
1 -TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * * ** * *
19262576 AGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * ** * *
19262640 CATAAAATGATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATAT
129 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
19262705 TTCAAAAATTAGTAAG---AA-ATTTAAGAATTAAATCTGTTTATTGAACTAA-TTCAAATACTT
193 TTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTT
* * * * *
19262765 ATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTAATAAAACAAAT
257 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
19262828 GCTTTT-GTTCATACAAACTTATTATGAGTAAAATATTGC
321 G-TTTTAGTTCATACAAGCTTATT-CGAATAAAATAAT-A
* * * * * * * *
19262867 TAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCA
1 TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TA
* * * * *
19262929 A-TTCAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TG
* **
19262992 TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAAT
128 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * * * *
19263056 ATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-
* ** *
19263121 AATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
19263184 AATTGTTTCATTTCACAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATA
317 AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * * * *
19263226 CTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TATTTTCTGAA
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACTGAA
* * * *
19263289 CT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTT
62 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
19263351 TTCTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATATTAATTTAAT
125 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATT
** * * * * ** * *
19263415 AATA--TTCCAAA--AATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACTAGTTCAAAT
188 AATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * ** * * * * ** * *
19263476 AGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTAATACTTAGAAAA
253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT--TTGTCATAAAA
* * *** * * * ** **
19263541 TTAATCAGTAAGAGATTTA-AAAAG-TAAAACTGTTTACCAAACCCTTTCAA-A
316 -CAAT-TGTTTTAG-TTCATACAAGCTTATTC-GAATA--AAA-----T-AATA
* * * * * * * ** **** * * * ** *
19263592 TAGTTT-TGACTATTTGAATAATT-ATCTATTCCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCAAC-A
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGT--AA-AGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * *
19263654 AACAATTGGTTC---TA-TTCAT-ACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-A
60 AATAA---GTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGA---ACAAT----T-AT-CT-ATTTCA-AATCA
* ****** ** *** * * *
19263713 TTTTGACACTTAATAACCAAGAAAATTAAAA-AA-TAAATCAAATTGC-TA-AATCAT-TTCAAA
110 TTATGAC-CTT--TTGTTTTG-TCA-TAAAACAATTGTTTC-TATT-CATACAAGCTTATTCAAA
* * ** * * ** * ** *** * *
19263773 T--ACTAAAACTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAA
168 TAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TT-TTGAAAAT--TAAT-AAGTAAAAG-ATT-T-AAAAA
* * *
19263835 A-AAAT-TGTTTTTTATC-ATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAAT-ACTAATTT-----ATTA-
224 ATAAATCTG---TTTATCGA-ACAAG----TTC---AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* * ** ** ** * * *
19263890 ATATTTCAAA-AATTAAT-A-AGTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATCTG-TTTA---C-T-GAA-
277 CTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTTAGTTCATACAAG
*
19263943 -TTAGTTC-AAT--AATTATGA
338 CTTA-TTCGAATAAAATAAT-A
** *** *** * * * * * *
19263961 CT-ATTTGAGCAAT-TATCAATCCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 -TAATTT-ATTAATAT-TCAA---AAATTAATAAG-T-AAAG-ATT-T-AAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
19264024 TGATCATAAATATTTAGTT-AAA-AATAAT-ACTAATTT----AA-TA-ATATTTCAAA-AATTA
55 T-A-C-TGAATA---AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-
** ** ** * * * ** * * *
19264079 AT-A-AGTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAA--ATAGTTAAAACT
112 ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT--CTATTCA-TACAAGCTTA-TTCAAA-T
* * ** ** * *
19264138 ATTAGAATAATTA-TATATTT-TAAATCATTCT-AACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTT
169 A--A-AATAA-TACTA-ATTTATTAAT-ATTTTGAA--AATTAATAAG-T--AAAAGA----TTT
* *** * * * * *
19264200 CATATCTTACAATCT-TAT-TCGAAATAAAATAATCCAAAT--TTATTAAC-ATTTGAAAAATTA
219 -AAAAAATA-AATCTGTTTATCG-AA-CAAGT--T-CAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTA
* **** ** ** * * *
19264260 -ATAAGGAAAAGT--TTGAAAAAATAAATCTG-TTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTGATTACTA
276 TCTATTTCAAA-TCATT-ATGACCT---TTTGTTTTGTCATAA-AA---C-AAT--TG-TT-TTA
* * * * * *
19264320 TTTGA-A-AA-ATTATT-TATTTAAAATGATTA
327 GTTCATACAAGCTTATTCGA-ATAAAAT-AATA
* ** * ** * * *
19264349 TGACCTTT-TGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAA
1 T-A-ATTTAT-TAAT-AT-TCAAA-AATT-AATAAG----T-AAAGATT-T--AAAA-AATA-AA
* * * * * * * *
19264413 TACTAATTT-CTTAAT-ATTTCAAA-AATTAATAAGCAATAGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTA
49 T-CT-GTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTT-AT--G-ACTA-TTT-GAACAAT-TATCTA-TTT-
** * * * ** * * ** *
19264474 CCAAA-CAAATT-T-A--AATAGTTATGCTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGAC
103 -CAAATC--ATTATGACCTTTTGTTTTG-TCA-TAAAACAATTGT-T-TCT--ATTCA-TACAAG
**** *** * ** * * *
19264534 CTT-TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-TTCAAT-TCAT-AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
158 CTTATTCAAATAAAATAATACTAATT-TATT-AATATTTTGAAAA--TTAAT--AAGTAAAA-GA
* *** * * * * * * * *
19264594 TACTAATTTATTAA--T-ATT-TC-AA-AAATT--AATAAG-TAAG-CGATTTAAAAAATAAAT-
216 T-TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT-TATC
* * * * * ** * **
19264648 TGGTTTACCAAATCAGTTCAAAT-A-ATTGTGGCTATT-TCA-ACAATTATCTATTTTAAATCAT
278 T-ATTT--CAAATCA-TT---ATGACCTT-TTG-TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTAGTTCA-
* * * * *
19264709 TATAA-CATTTTGTTTGGAT-ATATAGCA-A
332 TACAAGC---TTATTCGAATAAAATA--ATA
** * * * ** * * *** * * ** *
19264737 TTGTTTTTTATTATACAAAGTTTATTCAGAATAAA-ATAATAGTAATTTATTAATCTCTCAAAAA
1 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT-A-AGTAAAGAT--T--TAAAAAATAAATCTGT--TTAC
* * ** * * * * * **
19264801 TTAATAAGAGATTTAAA-AAATA-AATTTATTT-ACCGA--ACCGGTTT-AAAT-AGTTATGA-C
58 TGAAT-A-AG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC
* *** * * * * *** *
19264858 TATTTGAATAATTGT-ATACTTCAAATAG-TTATA-ACCT-TTTG-TTCTGTCATAA-AACAATT
118 T-TTTG--T-TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCA-AATAA-AA-T
* * * * ** * * * *
19264917 ATTTCT-GTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTA
174 AATACTAATTTAT-TAATATT-TTGAAAAT----TAATA--AGTA-AAAGAT-TT--AAAAAATA
* *** ** ** * * * *
19264981 ATAACTGAGAGATTTAA-AAAAT-AAATTTGTT-TGCTAAACTAGTTCAA-ATAGTTAAGACTAT
227 A-ATCTG-TTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATG----ACTATTTGAACA-A-TT-A-TCTAT
* * * * * * *
19265042 ATGAACCTTTATCTATT-TCAAATCATATTT-TTTTGTCATAAAACAGTT-TTTTCAATTCACAC
281 TTCAA-----ATC-ATTAT--GA-CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAC
* *
19265104 TAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAA
335 -AAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * * * * * * *
19265128 TGAATTTATTCATACTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCT-AAC
1 T-AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAT
* * * * *** *
19265192 CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATGGCTATGACCTTTTGTTCTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * ** * *
19265257 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAACAAAATAATACTAATCTATTAATA
128 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * *
19265322 TTTCAAAAATTAATAAG----GGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTT
192 TTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * ** * * * * * *
19265383 ATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAG
257 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
19265448 CTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
322 -TTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * * * * **
19265485 CCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATGCTTACCAAAC
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-
* * * * *
19265550 T-AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** ** * * **
19265614 GTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACCTATTAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
19265679 ATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-AG-A-AA---C--A-AG-
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* *** * * * *
19265734 T-T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTATCATAAAATGAT
256 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-CAA
* *
19265797 TTTTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATA
319 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * *
19265837 CAAATTTATTAATA-TCAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTA-TCGA
1 -TAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GA
* * ** * ** *
19265900 ACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTT
61 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
19265965 TGTTATAAGACAATAGTTTTTTTTCATATAAGCTTATTCAAATGAAAATAATACCAATTTATTAA
126 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * *
19266030 TA-TTCCAACAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CTGAACTAGATCAAAT
190 TATTTTGAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAAT
* * ** * ** *
19266092 AGTCATGACTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGTCATAAAAAA
253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * **
19266157 ATTATTCTCAACTTCATACAAGCCTTATTTTAAATAAAATAATA
318 ATTGTT-T-TAGTTCATACAAG-CTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * ** *
19266201 CTAAGTTATTAATATAT-GAAAATTAATAAGGTAGAGGATAAAAAAAATAAATCTGTTT-GTCGA
1 -TAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAA-GTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-G-
* * * * * * * *
19266264 AACAAGTTTAAATTAATTTTTGACTATTTG-ACAATTATTTATTTGAAATCCACTATAACCTTTT
60 AATAAGTTCAAA-T-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTT
*** * * * *
19266328 GTTTTGTCATAAAATGTTTTTTTCTGTTCAATGACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAAT
122 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-AT-ACAAGCTTA--TTCAAATAAAATAATACTAAT
** ** * *
19266393 TTATTAATATTAAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTGGAACAA-
183 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA-TCGAACAAG
** * * * *
19266457 TAT-AAATCTTTATGACTATTTGAAAACATTTCATTTATTTCAAATCGGTTATGA-CTTTTCTGT
246 T-TCAAATAGTTATGACTATTTG--AACAATT-ATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGT-T
* * * * * *
19266520 TTATCAATCAAAACTACATTCTTCTA---CATACCATG-TTACTTTTGATTAACCAA-AATA
305 TTGTC-AT-AAAAC-A-ATTGTTTTAGTTCATA-CAAGCTTA--TTCGAATAA--AATAATA
* ** * * * ** *
19266577 TTAATTTATTTATATTTTGACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAC
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * * * * * *
19266642 AAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19266707 TAATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAT
128 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * * * *
19266771 ATTCCAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCTAACATGTTCAAAT
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATA-AATCTGT-TTATCGAACAAGTTCAAAT
* * ** * * * *
19266833 AGTTATGGCTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGTAATAAAATA
253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
19266898 ATTGTTTTAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATA
318 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA
* * * * * *
19266939 CTAATTTATTTATATTTTCTAGAAATTAATTAGAAAGAGAATTAAAAAATAAAATCT-TGTTACC
1 -TAATTTA-TTA-ATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT-AAATCTGT-TTACT
* * * * *
19267003 AAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTG
59 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * ** * *
19267067 TTTTCTTATAAAACATTTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTCGAATAAAATAAAAAAAAATTAA
123 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * **
19267132 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATATATTT-TCTAAACATTTTCAA
187 TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAA
* * * ** * *
19267194 ATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAC
251 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** *
19267258 CAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTTAAATTAAATAATA
316 CAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * * *
19267301 CTAACTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-TCGAG
1 -TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA
* * *
19267364 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
*
19267429 GTCATAAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAA
127 GTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
19267492 TATTTTAAAAATTAATAAAGTTGAAA-ATTTAAAAGATAAATTTGTTCA-CCAACAAGCTT-AAA
190 TATTTTGAAAATTAAT-AAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG-TTCAAA
* * * * * ** * **
19267554 TAGTCATGTCCATTTGAACTATTA--TATATCAAAATTGTTAATTATATTTTGTTTTGTCATAAA
252 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
19267617 ATAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTAATTCAAATAAAATAATA
315 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATA
* *
19267661 CTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAA
1 -T-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAA
* * * * *
19267722 CCAA-TTCAAATAATTATGA-TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTTATGA--TATTT-T
62 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCT-TTTGT
* * * ** * *
19267782 TTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAA---AT
124 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-ACTAATTTAT
* * ** *
19267843 T-A-A---T-AATATT-CT-A-TAAAAGATTTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCCAAACTAA-TTCA
187 TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCA
* * * * * * *
19267897 AATAGATAAGA-AATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC-TTTG-CTTGTCATAAA
250 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
19267959 ATAGTATT-TTTTAGCTCATGCATGCTTATTCAAAAATAAAATAATA
315 ACA--ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC--GAATAAAATAATA
** * ** * * * * *
19268005 CTAATTTATTAGCATTCAGAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAAC
1 -TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAT
* * * *
19268069 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAATAAATATGACCTTTTGTTTT
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * *
19268134 ATCATAAAACAATTTTTTTCAATTTATAAAAGCTTACCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
127 GTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
19268199 TA--TTCAAAATTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAA-ATA-C-----ATCGAACTAGTTCAAATA
190 TATTTTGAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * ** * * *
19268254 ATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAATTACAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATA
254 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
19268319 ATTGTTTT-TTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAGTA
318 ATTGTTTTAGT--TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * *
19268361 TTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTT-AAAAATATATCTATTTACTG--
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * * ** * * *
19268422 -AA--TC----AGTTCT---TATTTAAACAATTATCTATTTTAGATTGTTGTAACCTTTTGTTCT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * ** *
19268477 ATCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * * * ** *
19268542 ATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAAGTAGCTTC-AACA
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAG-TTCAAATA
* * * * * * * **
19268605 GTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATGTAACAA
254 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * *
19268670 TTGTATTTGAG--CATTCAATTTTATTCACAATACAATAATA
319 TTGT-TTT-AGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * * * * * **
19268710 CT-TTTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC
1 -TAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-
* * ** * ** * ** * *
19268774 T-AGTTTAAACAGCAATGACTATCTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTC
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
19268838 GTCATAAAAGAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** *
19268903 ATTATGAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAATC-AGTTCCAATA
191 ATTTTGAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
19268966 TTTAAGACTATATGAATAGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAA
254 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
19269031 GTTTTTTTGAATTCATA-ATAGTTTACTTGGAATAAAAGAAAA
319 -TTGTTTT-AGTTCATACA-AGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * *
19269073 TGAATTTATTACTATTTCAAAAATGAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT--A
1 T-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA
* * * *
19269136 TCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
62 T-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * ** * *
19269201 TGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAATTTTTTGGACTAAAATAATACTAATCTATTAA
126 TGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
19269265 TA-TTT-CAAA-TATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAG
190 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
19269326 TTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
19269390 TGTTTCT-GTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATA
320 TGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * *
19269429 CTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGTAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-T
* * * * * * * *
19269493 -AGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
19269557 TCATAAAAGAAATGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGT
128 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
19269621 A-ATTCAAAATTTCATAA-TAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTA-CTGAAAAAGTTTAAA
191 ATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAA
* * * * * ** *
19269683 TAATTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGC-TCACCTAACCTAGTGTTTTGTCAC
252 T-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTA--TGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
19269747 AAAAGAATT-TATCTA-TTCATACAATCTTATTTCAAATAATATTAAT-
312 AAAACAATTGT-TTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAA-AATAATA
* * *
19269793 TCAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-C
1 T--AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAA-GT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* *** * * **
19269856 AA-ACAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATG-CCTTTTTG
60 AATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG
* * * * * *
19269919 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTGCTT-ATACAAGTTTATTTAAATTAAAATAATATTAATTTA
123 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTA
* * * ** * *
19269983 TTAATA-TTTCACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT-TTTGCCAAATAAGTTCA
186 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * * *
19270046 AATAGTCATGACTATTTAAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAA
250 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
19270111 ACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATT-GAAGTAAAATAATA
315 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATA
* ** ** **
19270154 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ACAAAAAA-AAATCCATTTACCAAAT
1 -TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
* * *
19270217 AAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** *
19270282 CCACAAAA-TATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAA
128 TCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
*** * *
19270344 TATTCCAAAAATTAATAAG----A-A---AAAAAAT--GT-T-TTTCT-GAACACA-TTCAAATA
190 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATA
* **
19270395 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGATCTTTTGTTTCATCAT-AAACTA
254 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A
* * * * *
19270458 ATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTATTCAGAATAGAAATGATA
318 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATA-AAATAATA
* * *
19270500 CTAA-TTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTAAC-GAG
1 -TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAA
** * **
19270562 CGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* *
19270627 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *** * ** * *
19270692 ATTCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGT
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * **
19270756 CAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAAT
256 TATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * *
19270820 TGTTTTA-TTCATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATA
320 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * ** * ** **
19270858 CTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG---ACATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACC
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
* * * * * *
19270920 AGTTTAAATAGTTATGACTA--TGCAACAATTACCTATCTCAAAT-AGTATGA--TCTTGTTTCG
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** *
19270980 TCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCCAAACTAATAA-
128 TCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * *
19271044 ATTCT-AAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAGTT-ATAATA
191 ATTTTGAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA-AATA
* * * * * ***
19271107 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCA-GAAATTT
254 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
19271171 TTTTTTTCAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA
319 TTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA
* * * *
19271212 TAATTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
1 TAA-TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * ** * *
19271277 TAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
19271342 ATCATAAAATAATTATTT-TAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTA
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * *** * ** *
19271405 ATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTTAAATA
189 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * ** * * * *
19271470 ATTATGGCCATTCAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACA
254 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
19271535 ATTGTTTTTA-ATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATA
318 ATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
* * * * ** * *
19271576 TTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGGAC
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA
* * * *
19271641 T-AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATA-TT----TCA--A--A-----------
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
19271685 -TCATAAAATAATTATTTATGTTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTTATCTAATAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
19271749 ATTATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAA-TTCAAATAG
191 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAG
* * * * * * *
19271813 TTAAGGA-TATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAA
255 TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * *
19271877 ATATTTCT-GTTCATATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAACA
319 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATA
* * ** * **
19271917 TTTATTTTTTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
1 -TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-
* * * * * * *
19271979 CAA-TTCAAGTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTT
62 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
19272043 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCAGAATAAAGT-ATGCTAATTTATTGA
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
19272106 TATTCTAAAAATTAATAAATAACGGATTTAAAAAATGAATCT
190 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
19272148 ACTGGCCTGA
Statistics
Matches: 12628, Mismatches: 3032, Indels: 2435
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
337 5 0.00
338 46 0.00
339 3 0.00
340 3 0.00
341 76 0.01
342 196 0.02
343 71 0.01
344 274 0.02
345 160 0.01
346 229 0.02
347 81 0.01
348 42 0.00
349 64 0.01
350 100 0.01
351 137 0.01
352 346 0.03
353 440 0.03
354 352 0.03
355 392 0.03
356 759 0.06
357 468 0.04
358 1018 0.08
359 744 0.06
360 586 0.05
361 1006 0.08
362 1587 0.13
363 620 0.05
364 394 0.03
365 302 0.02
366 104 0.01
367 197 0.02
368 71 0.01
369 72 0.01
370 129 0.01
371 63 0.00
372 63 0.00
373 112 0.01
374 85 0.01
375 76 0.01
376 103 0.01
377 73 0.01
378 52 0.00
379 47 0.00
380 34 0.00
381 33 0.00
382 43 0.00
383 39 0.00
384 30 0.00
385 47 0.00
386 56 0.00
387 37 0.00
388 69 0.01
389 40 0.00
390 43 0.00
391 27 0.00
392 43 0.00
393 51 0.00
394 19 0.00
395 24 0.00
396 16 0.00
397 25 0.00
398 9 0.00
399 9 0.00
400 7 0.00
401 20 0.00
402 10 0.00
403 17 0.00
404 5 0.00
405 15 0.00
406 9 0.00
407 14 0.00
408 2 0.00
409 2 0.00
410 5 0.00
411 8 0.00
412 3 0.00
413 10 0.00
414 14 0.00
415 12 0.00
416 6 0.00
417 9 0.00
418 4 0.00
419 7 0.00
420 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
AGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATA
Found at i:19261061 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19261015--19261062 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
19261005 ACAAAACCAG
19261015 TTTAAATAATTATAACTA
1 TTTAAATAATTAT--CTA
19261033 TTTAAATAATTATCTA
1 TTTAAATAATTATCTA
*
19261049 TTTCAAATCATTAT
1 TTT-AAATAATTAT
19261063 TACTTTTTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 9 0.32
18 13 0.46
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATAATTATCTA
Found at i:19261478 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19261155--19263511 Score: 1709
Period size: 181 Copynumber: 13.2 Consensus size: 180
19261145 TTATCAAACC
* * * * * * *
19261155 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTGTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
19261220 TATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
19261285 T-TCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATATTCTTACCGAACT
131 TCTGAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATT-TTACCGAACT
* * *
19261336 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *** * * *
19261401 CATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * **
19261466 TCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAATGAA-T
131 TCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * * * *
19261516 AAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
19261581 TCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA
65 TCATAAAA-CA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * *
19261646 TATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AAT--ATAATCTACC--CCA
128 TATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTACCGAACT
** * * *
19261691 AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
19261756 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
19261820 T-TCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
131 TCT-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * * * * *
19261871 AGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19261935 TAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
19262000 TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACC-AA-T
130 TTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * *
19262050 CATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTT
1 -A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
19262115 GTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * ** * * ** *
19262179 TATTC-AAAAATTAAAAAAATAAATATG-TTT----TCTGAACACGTT--C-AAAT
128 TATTCTGAAAATT-AATAAGTAAA-A-GATTTAAAAAATAAATATTTTACCGAACT
* * * * * *
19262226 AGTT-ATGACTA-TT-TGAAC-AATT-ATC---TATTT----CAAATTGTTATGACCTTTAGTTT
1 AGTTCA--AATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
** * * **
19262279 TGTCATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
63 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
19262343 AATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACG
128 TATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * ** * * * * * *
19262396 AGTTCGAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** **
19262461 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * *
19262526 TCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACA
131 TCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * * ** * *
19262576 AGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * ** ** * *
19262640 CATAAAATGATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * **
19262705 T-T-CAAA--AATTAGTAAGAA-ATTTAAGAATTAAATCTGTTTATTGAACT
131 TCTGAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * * * **
19262752 AATTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTG
* * * * * * * *
19262815 TAATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATACAAACTTATTAT-GAGTAAAATATTGCTAAATTAATAA
65 TCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * ** *
19262878 TATTCCAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACC
128 TATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * * * * * *
19262928 AATTCAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TG
* * ** **
19262992 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
19263057 TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACA
130 TTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * *
19263111 AGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *** *
19263174 GTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCACAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
19263238 TATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTATTTT-CTGAACT
128 TATTCT-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TATTTTACCGAACT
* * * * *
19263291 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
19263354 TCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAAATAATATTAATTTAATAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
19263418 ATTC--CAAA--AATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACT
129 ATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACCGAACT
* * ** *
19263467 AGTTCAAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
19263512 ATTCTAACCT
Statistics
Matches: 1729, Mismatches: 355, Indels: 189
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 4 0.00
163 8 0.00
164 48 0.03
165 37 0.02
166 3 0.00
167 2 0.00
169 7 0.00
170 10 0.01
171 43 0.02
172 35 0.02
173 6 0.00
174 72 0.04
175 32 0.02
176 215 0.12
177 120 0.07
178 21 0.01
179 206 0.12
180 248 0.14
181 387 0.22
182 16 0.01
183 205 0.12
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTACCGAACT
Found at i:19262702 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19262192--19263511 Score: 1202
Period size: 179 Copynumber: 7.4 Consensus size: 179
19262182 TCAAAAATTA
* * *
19262192 AAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* **
19262257 AAAT-TGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATA-AAAGCTTATTCAG
66 AAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTCAG
* *
19262319 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTT
* * * * * * *
19262371 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACGAGTTCGAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* * ** * *
19262436 AAATCATTT-TGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTAAA
66 AAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGA
* **
19262500 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTT
* * * **
19262551 AAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* ** * *
19262615 AAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAGAA
66 AAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGAA
* * *
19262680 TAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAG-A-A-ATTT
131 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTT
* * * * * * * *
19262727 AAGAATTAAATCTGTTTATTGAACTAA-TTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCT
1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
* * *
19262791 CAAAT-TATTATGA--TATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATACAAACTTATT-
65 CAAATCT-TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATTC
* * * * * *
19262851 ATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAAT---AAGAGCTTT
127 A-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGAAGAGATTT
* * * * * *
19262903 GAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTA-TTAGAACAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATT
* * * * *
19262966 TCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC
64 TCAAATCTTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTC
** *
19263029 AGAATAAAATAATTGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTT
127 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTT
* * * * *
19263084 AAATAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTA
1 -AA-AAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA
* * *
19263147 TTT-AAAGT-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCACAAAAACTTA
62 TTTCAAA-TCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTA
* *
19263209 TTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
124 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTT
* * *
19263267 -AAAACTAAAGTTAT-TTT-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AAATATC-AT
1 AAAAAATAAA--TATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAATTATCTAT
* * *
19263327 TCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATT
63 T-TCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATT
* * *
19263390 C-GAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGT--GAA-AGATTT
126 CAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGAAGAGATTT
* * * ** * * * * *
19263442 AAAAAATAAATGTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
19263507 AAATC
66 AAATC
19263512 ATTCTAACCT
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 147, Indels: 117
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 19 0.02
176 209 0.22
177 110 0.12
178 11 0.01
179 262 0.28
180 147 0.16
181 23 0.02
182 11 0.01
183 134 0.14
184 8 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
AAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTT
Found at i:19263241 original size:715 final size:699
Alignment explanation
Indices: 19255151--19263476 Score: 2362
Period size: 718 Copynumber: 11.5 Consensus size: 699
19255141 TCTAATAGCC
* * ** ** ** * *
19255151 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGG
1 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
* * * * * ** * ** * *
19255216 TTTCTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** *
19255280 AATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGCTCAAA
131 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACTGAA-CAAGTTCAAA
* * * * * * *
19255340 TGGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-TATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAA
194 TAGTCATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * * *
19255403 ACAATTGTTAC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAA
257 ACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * *
19255466 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA-AGTTCAAATAGTTATT
319 AAAATTAGTAAG--AGA-A-TT-AAAAAATTAATCTATTTACCAATCATA-TTCAAATACTTATG
* * ** * * * ** ** **
19255530 ACAATTTGAACAATTGCCTAT-TTAGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCATAAAACAAAAT--
378 ACTATCTGAACAATTATCTATCTCA-AAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAAC-AAATGC
* * *
19255592 TTCAGTTAATACAATCTTATT-TCGAATAAAATAATATAAAGTTATTAATATTAAGATAATTAAT
440 TTCTGTTCATACAAACTTATTAT-GAATAAAAT-A-AT--A--TA--AAT-TT-A-ATAA-T-A-
* * * * * ** * *
19255656 TAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATA-AGTTCAAATCA-TTATGTTTATTTGG
490 T--TCAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAAT-AGTTAAGACTATTAGA
* * * * * * * * *
19255719 GCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTA-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCAT
551 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCA-
* ** * ** * *
19255783 TCAAA-CTTATTCA-AATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
613 TAAAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGCAAAAG
* *
19255846 ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-T
676 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * ** * *
19255869 CGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTC
1 -AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG
* * ** * * * *
19255934 TTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTGATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** * * *
19255998 TTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTA-TCAAATAAGTTCA
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACT-GAACAAGTTCA
* * * * * * * * * * *
19256062 AATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTATTTTATCTTAAA
192 AATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * * * *
19256127 ACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAATATTTTAGA
257 ACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * * * * *
19256192 AATTAATAAGTTAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTTAA-CTTGTTTAAAAATTTATGACTA
321 AATTAGTAAG--AGAA-TTAAAAAATTAATCTATTTAC-CAATCATATTCAAATACTTATGACTA
* * * * * * * * * * *
19256256 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAT
382 TCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGT
* * *
19256321 TCATACAAGCTTATTCAT-AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAA
446 TCATACAAACTTATT-ATGAAT---A-AA-A-TAA--TA-T-AAATTT---AA--TAAT-ATTCA
* * * * * * * *
19256385 AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAGACA-AGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAGT
494 AAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGA-ACACA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAAT
* * * * * * *
19256447 TATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
556 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAG-TTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATAAAAG
* * * * **** *
19256512 TTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAA
619 CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA-AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAA
* * *
19256575 AAAATTAATCTGTTTACC
682 AAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * * ** *
19256593 AAATAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CACTTT
1 AAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTT
* * * * *
19256656 GTTTGGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAATA-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * *
19256720 ATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACTAGTTTA
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT-ACTGAACAAGTTCA
* * * * * *
19256781 AATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG--ATCTTTGTTTTGTTATA
192 AA-TAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
** * ** ** * *
19256843 AAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCT
255 AAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * * * * * *
19256907 AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAACCA-GTTCAAATAGTTAAGA
319 AAAATTAGTAAG----AGAATTAAAAAATTAATCTATTT-ACCAATCATATTCAAATACTTATGA
* * * * * * * * *
19256971 ATAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TT
379 CTATCT-GAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTT
* ** * *
19257034 TTAGTTCATACATGCTTATT-CGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
442 CT-GTTCATACAAACTTATTATG-AAT--AA-AATA--A---TA-TAA-ATT----TAA-TAATA
** * * * * *
19257098 AGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
490 TTCAA-AAA-TTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * * * *
19257163 AATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAA
553 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATAAA
* * * * * * * ****
19257228 AGCTTA-TCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTT
617 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
* * *
19257292 AAAAAATGAATCAATTTATCG
680 AAAAAATAAATCTATTTA-CT
* * * * * *
19257313 AATCAA-TTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
* * * * *** *
19257377 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATACTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
19257441 TAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGTGAACTAGTTCAAA
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACTGAACAAGTTCAAA
* * * * * * * * * * *
19257506 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAAC
194 TAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * * *
19257571 AATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAA
259 AATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T-CAAA
* * * * * * * * * * * * *
19257636 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCAAACCA-GTTCAAATAGTAAAGGCTGT
321 --AATTAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACC-AATCATATTCAAATACTTATGACTAT
* * * * * * * *
19257698 ATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTT
383 CTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTT
* ** * * * *
19257763 CATATAAGTTTGTT-TGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAGAGAT
447 CATACAAACTTATTAT-GAATAAAATAATATAAATTTAATAATA--TTCAAAA--ATT---A-A-
* * * * * * * *
19257827 TTAAAATATAAATCTGTTTAC-CAA-ACTAGTTCAATTAGTTATA-ACAATTTGAATAATTATTT
502 --AAAA-ATAAATATGTTTTCTGAACAC-A-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCT
* ** * * **
19257889 ATTTTAAATTGTTATGACCATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTAT
561 ATTTCAAATCATTATGACC-TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTAT
** * * * ** *
19257953 TTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATG
624 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATA
* **
19258018 AATCTGTTGGCTT
688 AATCTATTTAC-T
* * * * * * * * * *
19258031 GACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTA
1 AAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG
* * *** ** *
19258094 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAATTCTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
19258159 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAA
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACT-GAACAAGTTCAA
* * * * * * * * ** * * *
19258223 ACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTTTTTTGTCATAAAA
193 ATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * **
19258288 TAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAGA
258 CAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTCGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC--A
* * * * * * *
19258351 TAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA-TAA-CTATGTTTACCGAAT-AAATTCAAATAGTTGTG
319 -AA--AATTAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTA--TTTACC-AATCATATTCAAATACTTATG
* * * * * * **
19258413 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTT
378 ACTATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGAC--TTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCT
* * * * *
19258477 TTTGTTCATACAAGCTTATT-CGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA
441 TCTGTTCATACAAACTTATTATGAA-TAAAATAATATAAATTTAATAATA--TT--C-A--AA-A
* *** * *
19258541 AGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAT-TGAACA-AGTTTTGATAGTCATA-ACTATTTGA
497 A-T--TA-A----AAAAATAAATATGTTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGA
* ** ** *
19258603 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA-TTTCATCATAAAACAATTATATCAGTTCAT
551 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-TTCAT
* * * * * * * *
19258667 ATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAATAGAT
614 AAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAT
* *
19258732 TTAAAAAATAAATTTATTTACC
678 TTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * ** *
19258754 AAACAAGTTCCAATAGTTATGGCTATATAAATAATT-TTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTG
1 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG
* * * * * *
19258818 TTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAACTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * *
19258882 GTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATACGTTCA
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATG-TTACTGAACAAGTTCA
* * * * ** *
19258945 AATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
192 AATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * *
19259010 TCAATTGTTTCTATTCATGCAAGCGTATTC-AA-AATAAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAA
257 ACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAATAA-AA-TAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
19259073 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCA-AGTTCAAATAGTTATG-CT
320 AAATTAGTAAG--AGA-ATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATA-TTCAAATACTTATGAC-
* * * * * * * * *
19259136 TGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATA-GTTATGATCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTC
380 TATCTGAACAATTATCTATCTCAAA-ACATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTC
* * ** * * *
19259199 TATTCATGCAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATT-AATCG
443 TGTTCATACAAACTTATT-ATGAATAAAATAATA-TAA---ATT--TA--AT-AATATTCAA---
* ** * ** * * *
19259262 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTCATA-TCTA-TATGAA
495 --A--A-ATTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTA-GAA
* * * * * * *
19259324 TAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGC
552 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCAT--
* * **
19259389 AAAA--TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGAT
614 AAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAT
* * *
19259448 TTAAATACTAAATCTATTTACC
678 TTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * ** * * * * *
19259470 AAA-ACAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGAT-GTTTA
1 AAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG
* * * * * * *
19259533 TTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * ** * *
19259598 TAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAA
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACTGAACAAGTTCAAA
* * * * * * *
19259659 TAGTTAAGACTA-TTATAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAA
194 TAGTCATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
19259723 CAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAAT-TGTAATTTATTAACATTTGAA
258 CAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
19259786 AAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAAACA-AGTTCAAATAGATT-T
320 AAA-T--T-AGTAAGAGAATTAAAAAAT-T-AATCTATTTACCAATCATA-TTCAAATA-CTTAT
* * * * * * *
19259849 GACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAGTCGTTATGACTTTTGTTTTGTTCAT-AAACAATTGT
377 GACTATCTGAACAATTATCTATCTCAAA-ACATTATGACTTTTGTTTTG-TAATAAAACAAATGC
* * * * *
19259912 TTCAT-TTCATA-AAAATTATT-CGAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTAAAAAATTA
440 TTC-TGTTCATACAAACTTATTATG-AATAAAATAATA-TAAATTTAATAATA-TTCAAAAA-T-
* * *
19259973 ATAAACAAAAAGATTTAAAACTAAAAGTTGTTTTTTTGAACTA-GTTCAAATA--TATGACTATT
499 -T--A-AAAAA-A--T-AAA-T---A--TG-TTTTCTGAAC-ACATTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * * ** ** * *
19260035 TGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTT-GTTTACTCATAAAACTCTTTTTTTGA-TC
548 AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCATTC
* * * * * * * * *
19260098 ATACAAGCTTATT-TG--GACAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTAGT-AG--AGAGA
612 ATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
* *
19260157 TTTAAAAAATAAATATATTTGCT
677 TTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * * ** * * *
19260180 GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAATCATTCTAACCTTTT
1 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC--AAATTGTTATGATCTTTT
* * * * * * ** **
19260245 ATTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATACATGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * * *
19260309 TATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTA-TCGAATAAGT
127 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATATG-TTACT-GAACAAGT
* * * * * * * * *
19260373 TCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
189 TCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
19260438 -AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTT
254 AAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
19260501 CGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTGACTAAAT-AAATTCAAATAATTA
317 C-AAA---AATTAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTA-TTTAC-CAATCATATTCAAATACTTA
* * * * * * * ** * * *
19260564 TGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTG-
376 TGACTATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGC
* * ** ** * * *
19260627 TT-T-TT-AAAAATAATCTT-TT-T-ACCAAACCAGT-TCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACAA
440 TTCTGTTCATACA-AA-CTTATTATGAATAAAATAATAT-AAAT--TTAATAA-TA-TTCAAAAA
*** * ** * * * ** * * *
19260684 TT-ATCTATTTCATAT-TGTTAT--A-ACATT---TTA-TT-CTA-TAATAAAACAATTGTTTCT
498 TTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA-T-TATCT
* * ** * * * * **
19260738 A-TTCATA-CA--A-G--C-TTA--TTCGAAATAAAATAATACTATTTTAGTAATATTATGAAAA
561 ATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAAT--TATTTCATTCATA--A--AAGC
* * * * * *
19260793 TTAATAACTAAGAAATTTAAAA-AATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTAT
620 TT-AT---TCAG-AA--TAAAATAAT-ACTA-ATTT-ATTAA--AATTCAAA-AATT-A-A-TA-
* ** *
19260857 ATG-AACAATTATTT--AACTTAAAT-TGTTATGACCTTT
668 A-GCAA-AA-GATTTAAAAAATAAATCTATT-T-A-C--T
****** * ** * * * * * * *
19260893 TGTTTTGTCATAAAATAATTAT-TTTAGCTTGTAGAA--ATTTA-TTCAAAATAGAGTA-AAACT
1 AAACAAGT--TCAAATAATTATGACTA-TTTGAACAATTATTTATTTC-AAATTG-TTATGATCT
* * * * ** * *
19260953 AATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAAC-CAGTT
61 --TTTGTT--T-TGTCATAAA---ACAATTG-TTT-----CT-ATTC-A--TAC-AAACTTA-TT
* * * * *
19261017 T-AAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTAAT
106 TAAAATAA-AATAA-TA-CTAATTTATTA-ATATTTC--A--A--A--A------A---T-TAAT
* * * *
19261081 AAAACAATATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTA-TTAATA
149 ------A-A--------G-T-A-A-GAG-AT-TT---AA-AAAATAA-A-T-ATGTTACTGAACA
** * * ** * *
19261144 TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAAT-TGTTATGAC
186 AGT-TC-AA--A--T---A--GTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGAC
* * * * * * * * * **
19261208 TTTTTATTGTGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCA
239 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTA
* * * * * * *
19261273 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCGAA-C-
303 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAGT-A--AGAGAA-TTAAAAAATTAATCTAT-TTACC-AATCA
* * * * * * * *
19261335 TAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
362 TA-TTCAAATACTTATGACTATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTG
* * * * * * *
19261400 TCATAAAA-AAAT-CATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATATTAAGTT-ATC
425 TAATAAAACAAATGC--TTCTGTTCATACAAACTTATT-ATGAATAAAATAATATAAATTTAAT-
* ** * *
19261461 AATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAATGAATA-AGTTTAAA
486 AATATTC-AAAAATT-A-AA--AA-A-A--T---AAAT--A--TGTTTTCTGAACACA-TTCAAA
* * * * * * * *
19261525 TAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
534 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAA-
* * * * ** * *
19261590 GATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGA
598 CA-ATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAA-A
* * *
19261654 CAATTAATAAGTAAAAGATCT--AATAT-AATC----TAC-
660 -AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
** **
19261687 -CCCAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
* ** * *
19261751 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
19261815 AATATTTCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAA
131 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACT-GAACAAGTTCAAA
* * * * * * *
19261879 TGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA
194 TAGTCATGACTATTTAAATAATT-ATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
19261943 CAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAA
258 CAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AA
* *
19262006 AAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACT
320 AAA-T--T-AGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATATTCAAATACTTATGACT
* * * *
19262071 ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTG
381 ATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTG
* * * *
19262136 TTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAATTAAAAAAATAA
445 TTCATACAAACTTATTATGAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTCAAAAATTAAAAAAATAA
* * * **
19262201 ATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
510 ATATGTTTTCTGAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** *
19262266 TGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
575 TGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * *
19262331 CTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
640 CTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * ** * ** * *
19262391 GAACGAGTTCGAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGT
1 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
**
19262456 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* **
19262521 AATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAAT
131 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACTGAACAAGTTCAAAT
* * **
19262585 -GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATG
195 AGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
** *
19262649 ATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAAT
260 ATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * ** * *
19262714 TAGTAAGA-AATTTAAGAATTAAATCTGTTTATTGAA-C-TAATTCAAATACTTATGGCTATTTG
324 TAGTAAGAGAATTAAAAAATT-AATCTATTTA-CCAATCAT-ATTCAAATACTTATGACTATCTG
** *
19262776 AACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTTTGTTCAT
386 AACAATTATCTATCTCAAAACATTATGACT-TTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTTCAT
* * *
19262840 ACAAACTTATTATGAGTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGCTTTG
450 ACAAACTTATTATGAATAAAATAAT-ATAAATTTAATAATATT-CAAAAATTAA-AA-A------
*
19262904 AA-AAATAAATGTGTTAAT-TGAAC-CAATTCAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATT
505 AATAAAT--ATGT-TT--TCTGAACAC-ATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * *
19262966 TCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
564 TCAAATCATTATGACCTTTAGTTT-TGTCATAAAACAATTATTTCA-TTCATAAAAGCTTATTCA
** * * *
19263030 GAATAAAATAATTGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAA
627 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AA-AAAATAA
19263095 ATCTATTTA-T
689 ATCTATTTACT
* * *
19263105 CAAACAAGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTT
1 -AAACAAGTTCAAAT-AATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TTGTTATGATCTTT
* * * *
19263168 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCACAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTT
63 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
19263232 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTAT-TTTCTGAACTAGTT
127 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTACTGAACAAGTT
* * * *
19263295 CAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTCTCA
190 CAAATAGTCATGACTATTT-AAATAATTATCTATT-TCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* *
19263357 TAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATT
253 TAAAACAATTGTTTCT-ATTTATACAAGCTTATTCGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * *
19263421 CCAAAAATTAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAAC-TAGTTCAAATA
316 TCAAAAATTAGT-AAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATA-TTCAAATA
19263477 GTTAAGACCA
Statistics
Matches: 5817, Mismatches: 1229, Indels: 1126
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 8 0.00
682 7 0.00
683 5 0.00
685 1 0.00
686 1 0.00
687 4 0.00
688 12 0.00
689 7 0.00
690 5 0.00
691 2 0.00
692 3 0.00
693 1 0.00
695 4 0.00
696 22 0.00
697 51 0.01
698 16 0.00
699 78 0.01
700 147 0.03
701 13 0.00
702 6 0.00
703 10 0.00
704 106 0.02
705 152 0.03
706 26 0.00
707 13 0.00
708 15 0.00
709 30 0.01
710 89 0.02
711 103 0.02
712 175 0.03
713 117 0.02
714 93 0.02
715 422 0.07
716 486 0.08
717 113 0.02
718 740 0.13
719 472 0.08
720 344 0.06
721 92 0.02
722 111 0.02
723 520 0.09
724 541 0.09
725 44 0.01
726 23 0.00
727 27 0.00
728 9 0.00
729 25 0.00
730 6 0.00
731 10 0.00
732 5 0.00
733 3 0.00
734 2 0.00
735 1 0.00
736 2 0.00
737 1 0.00
738 1 0.00
740 1 0.00
745 1 0.00
746 2 0.00
749 1 0.00
750 4 0.00
752 4 0.00
756 2 0.00
757 1 0.00
762 1 0.00
765 1 0.00
766 1 0.00
767 1 0.00
768 1 0.00
769 2 0.00
770 7 0.00
771 10 0.00
772 2 0.00
773 2 0.00
774 18 0.00
775 18 0.00
776 3 0.00
777 2 0.00
778 5 0.00
779 1 0.00
782 5 0.00
783 2 0.00
784 3 0.00
785 57 0.01
786 114 0.02
787 14 0.00
788 9 0.00
789 6 0.00
790 16 0.00
791 25 0.00
792 12 0.00
793 17 0.00
794 3 0.00
796 1 0.00
797 1 0.00
798 1 0.00
799 2 0.00
802 2 0.00
803 3 0.00
804 7 0.00
805 3 0.00
806 4 0.00
807 6 0.00
808 1 0.00
809 5 0.00
810 11 0.00
812 3 0.00
813 5 0.00
814 14 0.00
815 9 0.00
816 10 0.00
817 2 0.00
818 1 0.00
820 2 0.00
821 5 0.00
822 2 0.00
824 13 0.00
825 6 0.00
826 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (699 bp):
AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTACTGAACAAGTTCAAATA
GTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
GTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATATTCAAATACTTATGACTATCTGAACAA
TTATCTATCTCAAAACATTATGACTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTTCATACAAAC
TTATTATGAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTCAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTCT
GAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGT
TTTGTCATAAAACAATTATTTCATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
AAATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
Found at i:19265402 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19263522--19271686 Score: 4677
Period size: 181 Copynumber: 45.6 Consensus size: 178
19263512 ATTCTAACCT
* * * * ***
19263522 TTTATTAATACTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTGTTTACCAAACCCT
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * * * * * *
19263586 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCA
62 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
19263651 -ACAAACAATTGGTTCTATTCATACT-ATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
127 TA-AAACAATTGTTTTTGTTCATA-TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * *** * * *
19263703 TTTAATAATATTTTGACACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCAAATTGCTAAA-TCAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AG
* ** * ** *
19263767 TTCAAATA-CTAAAACTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
62 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
19263831 TAAAAAAATTGTTTTT-TATCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAA
127 TAAAACAATTGTTTTTGT-TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** *
19263883 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * *
19263948 TC-AATAATTATGACTATTTGAGCAATTATC-AATCCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * **
19264010 AAAACAATTGTTTTTGATCATA-AA-TAT-TTAGTTA-AAAATAATACTAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
19264057 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
** * * * * * * * * * *
19264122 TCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAG
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
19264187 AAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAA-TCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAA
128 AAAACAATTGTTT-TTGTTCATATAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
19264238 TTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGTTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * * *
19264303 TCAAATAGTGATTACTATTTGAAAAATTATTTATTTAAAAT-GATTATGACCTTTTGTTTTGAT-
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTG-TC
** * * * * * *
19264366 ATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAA
126 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
19264419 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGA-TTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACTAG
* * * *
19264483 TTTAAATAGTTATG-CTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
62 TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
*** * * *
19264547 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
126 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
19264600 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTACCAAA-TCA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA--GATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACT-A
* * * * * * * * *
19264663 GTTCAAATAATTGTGGCTATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTGTTTGGAT
61 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-T
* * * * *
19264728 -ATATAGCAATTGTTTTT-TATTATACAAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATAGTAA
125 CATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATA-TAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* * * * * ** *
19264782 TTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACCGGTTTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
* * * * * * *
19264846 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAA
66 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
19264911 ACAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
131 ACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * *
19264959 TATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * **
19265024 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAATC---AT-A---TTT-TTTTGTCAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * * *
19265081 AAAACAGTT-TTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAA
128 AAAACAATTGTTTT-TGTTCATA-TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * * * *
19265132 TTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCTAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * *
19265196 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATGGCTATGACCTTTTGTTCTGTCAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** *
19265261 AAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAACAAAATAATACTAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
19265312 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-GGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
* * * * * * * *
19265376 AATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAA
66 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
19265441 ATAATAGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAA
131 ACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
19265489 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * *
19265554 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** ** * *
19265619 AAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * *
19265670 CCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA--AGAA--A
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACTA
* * * * *
19265730 ---C--A-AG-T-T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTAT
61 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGT
** * * * ** *
19265786 CATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATACAAA
125 CATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATATAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
19265841 TTTATTAATA--TCAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAA
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
* ** * * * *
19265904 GTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTT
61 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
19265969 ATAAGACAATAGTTTTTTTTCATATAAGCTTATTC-AAATGAAAATAATACCAA
126 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * ** *
19266022 TTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACTAGAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTT
* * * * **
19266087 CAAATAGTCATGACTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGTCATA
64 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *** * * **
19266152 AAAAAATTATTCTCAACTTCATACAAGCCTTATTTTAAATAAAATAATACTAA
129 AAACAATTGTT-T-TTGTTCATATAAG-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * * *
19266205 GTTATTAATATAT-GAAAATTAATAAGGTAGAGGATAAAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-G-A-A-GATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAACTA
* * * * * ** *
19266269 GTTTAAATTAATTTTTGACTATTTG-ACAATTATTTATTTGAAATCCACTATAACCTTTTGTTTT
61 GTTCAAA-T-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CGTTATGACCTTTTGTTTT
** * * * * *
19266333 GTCATAAAA-TGTTTTTTTCTGTTCAATGACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAA
123 GTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTC-AT-ATAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * ***
19266392 TTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTGGAAC
1 TTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA-CCAAAC
* ** * * *
19266455 -AATAT-AAATCTTTATGACTATTTGAAAACATTTCATTTATTTCAAATCGGTTATGA-CTTTTC
59 TAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTG--AACAATT-ATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTG
* * ** * * * ** * * *
19266517 TGTTTATCAATCAAAACTA-CATTCTTCTACATACCA-TGTTACTTTTG-ATTAACCAA-AATAT
119 T-TTTGTC-AT-AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGT-TTA--TTCGAAATAA--AATAATAC
19266578 TAA
176 TAA
* ** * * * **** *
19266581 TTTATTTATATTTTGACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * * * *
19266646 TCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTAAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
19266711 AAAACAATTGTTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
19266762 TTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCTAAC-A
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AGA-AGATTTAAAAAATA-AATCTGT-TTACCAAACTA
* * ** * * *
19266824 TGTTCAAATAGTTATGGCTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGT
61 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
19266889 AATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAA
125 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
19266943 TTTATTTATATTTTCTAGAAATTAATTAGAAAGAGAATTAAAAAATAAAATCT-TGTTACCAAAC
1 TTTATTAATA-TTTC-AAAAATTAA-TA-AGA-AGATTTAAAAAAT-AAATCTGT-TTACCAAAC
* * *
19267007 -ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTT
59 TA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * ** * **
19267070 TCTTATAAAACATTTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTCG-AATAAAATAAAAAAAA
122 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
19267127 ATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTTCTAAAC-ATTT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA-GT
* * * * *
19267190 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** *
19267254 AAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTAAATTAAATAATACTAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
19267305 CTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * *
19267369 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
19267434 AAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
128 -AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
19267485 -TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAGTTGAAAATTTAAAAGATAAATTTGTTCACC-AACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA---GAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * * * * * * **
19267548 CTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTA--TATATCAAAATTGTTAATTATATTTTGTTTTG
62 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
19267610 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTAATTC-AAATAAAATAATACTAAA
124 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AA
* *** * *
19267666 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAGATTTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAACCAATTC
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACCAAACTAGTTC
* * *
19267729 AAATAATTATGA-TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTTATGA--TATTT-TTTTGTCAT
65 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
19267790 AAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAA
* * * *
19267841 ATTAATAATA-TTC------T-ATAA-AAGATTTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCCAAACTAATTC
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTC
* * * * * *
19267896 AAATAGATAAGA-AATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC-TTTG-CTTGTCATAA
65 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * *
19267958 AATAGTATT-TTTTAGCTCATGCATGCTTATTCAAAAATAAAATAATACTAA
130 AACA--ATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAA
** * * * * * *
19268009 TTTATTAGCA-TTCAGAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAAG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * *** *
19268073 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCA
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
19268138 TAAAACAATT-TTTTTCAATTTATAAAAGCTTA-CCTGAAATAAAATAATATTAC
127 TAAAACAATTGTTTTT--GTTCATATAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAA
*
19268191 TTTATTAATA-TTC-AAAATTGATATATTAG-AGATTTAAAAAAATACATC-G-------AACTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATT-A-ATA--AGAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
* * * * * ** * *
19268245 GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAATTACAAACTTTTGTTTTTT
61 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * * *
19268310 CATAAAATAATTGTTTTT-TCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAGTATTAA
125 CATAAAACAATTGTTTTTGT--TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
19268365 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAGGAAGGAGATTT-AAAAATATATCTATTT-----ACT-G-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---AAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * * * * *
19268422 ---AATCAGTTCT---TATTTAAACAATTATCTATTTTAGATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATCG
63 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *** * * *
19268481 TAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
127 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
19268533 TTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGC
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG-
* * * * * ** * *
19268598 TTC-AACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCA
62 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * ** * * *
19268662 TGTAACAATTGTATTTGAGCAT-TCAATTTTATTC-ACAATACAATAATACT-T
127 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATAT-AAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* * * * *
19268713 TTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * ** * ** * * * *
19268778 TTAAACAGCAATGACTATCTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCGTCAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
19268843 AAAAGAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
19268894 TATAATAATATTAT-GAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAA-TC
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG---A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-
* * * * * * * *
19268956 AGTTCCAATATTTAAGACTATATGAATAGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGT
60 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
19269021 CATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATA-ATAGTTTACTT-GGAATAAAAGAA-AATGAA
125 CATAAAACAA-TTGTTTTTG--TTCATATA-AGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * *
19269077 TTTATTACTATTTCAAAAATGAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * *
19269142 TCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
19269207 AAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAATTT-TTTGGACTAAAATAATACTAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
19269257 TCTATTAATATTTCAAATATTAATAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
* * * * * * *
19269321 AATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAA
66 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
19269385 ATAATTGTTTCTGTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAA
131 ACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
19269433 TTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATC
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTC
* * * * * *
19269498 AAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
65 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
19269563 AAGAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
130 AACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
19269612 TTTATTAGTAATTCAAAATTTCATAATAAAGAA-ATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAA-A
1 TTTATTAATATTTCAAAA-AT--TAAT-AAGAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTAC-CAAACT
* * * * * * * **
19269675 AGTTTAAATAATTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTCACCTAACCTAGTGTT
60 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTA--TGACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
19269740 TTGTCACAAAAGAATT-TATCTATTCATACAA-TCTTATTTC-AAATAATATTAATTCAAA
121 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGT-TTA-TTCGAAATAA-AATAATACTAA
* *
19269798 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-G---AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
* *** * * * *
19269860 AGTTCAAATTGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATG-CCTTTTTGTTTTA
60 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * * *
19269924 TCATAAAACAATTATTTCTGCTT-ATACAAGTTTATT-TAAATTAAAATAATATTAA
124 TCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATATAAGTTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAA
* * *
19269979 TTTATTAATATTTC-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT-TTTGCCAAA-TAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-A
* * * * * * * *
19270041 GTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTA
61 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** *
19270106 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATT-GAAGTAAAATAATACTAA
126 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * ** * **
19270158 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGA-GAACAAAAAAAAATCCATTTACCAAA-TAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGT
* * * * * *
19270221 TCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCAC
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * *
19270286 AAAA-TATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAA
128 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AA
* * *
19270336 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-A-A---AAAAAAT--GT-T-TTT-CTGAACAC-A-TT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAA-ACTAGTT
* * **
19270389 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATATGATCTTTTGTTTCATCAT-
64 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** *
19270452 AAACTAATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTATTC-AGAATAGAAATGATACTAA
129 AAAC-AATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA-AATA-AAATAATACTAA
* * * * * *
19270504 -TTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTAACGAGCGAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * **
19270566 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCA
62 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
19270631 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
127 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
19270683 TTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * **
19270747 TCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTG
63 TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * *
19270811 TAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAAATTATTC-AGAATCAAGTAATACTAA
127 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* * ** * * *
19270862 TTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG-ACATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
* * * * *
19270926 AATAGTTATGACTA--TGCAACAATTACCTATCTCAAATAG-TATGA--TCTTGTTTCGTCATAA
66 AATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * *
19270986 AACAAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATGCCAA
130 AAC-AATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAA
** * * * * * *
19271036 ACTAATAA-A-TTCTAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * * * *
19271099 TT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTC
62 TTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * * *
19271163 A-GAAA-TTTTTTTTTTCAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAA
126 ATAAAACAATTGTTTTT--GTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* **
19271215 TTTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-T
1 -TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AAG--A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
* * * * * *
19271278 AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTA
60 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * * *
19271343 TCATAAAATAATTATTTTAGTTTA-ATAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTAC
124 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAT-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
19271398 TTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * * ** * * * * *
19271463 TTAAATAATTATGGCCATTCAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTA
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * *
19271528 TAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAA
127 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * ** **
19271580 TTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGGACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * *
19271645 TTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATC
63 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
19271687 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 6219, Mismatches: 1361, Indels: 807
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 5 0.00
166 40 0.01
167 154 0.02
168 110 0.02
169 78 0.01
170 50 0.01
171 64 0.01
172 114 0.02
173 71 0.01
174 242 0.04
175 116 0.02
176 218 0.04
177 334 0.05
178 452 0.07
179 482 0.08
180 936 0.15
181 1320 0.21
182 493 0.08
183 317 0.05
184 186 0.03
185 93 0.01
186 92 0.01
187 97 0.02
188 69 0.01
189 65 0.01
190 10 0.00
191 8 0.00
192 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
Found at i:19265463 original size:530 final size:528
Alignment explanation
Indices: 19263792--19271627 Score: 2885
Period size: 524 Copynumber: 14.6 Consensus size: 528
19263782 TATATGAATG
* * * * * * *
19263792 ATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TTTATCATACA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTGT-TCATACA
* * * * *
19263856 AGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
65 AGCTTATTC-AAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTT
* * ** * * * * * * *
19263920 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAGTTC-AATAATTATGACTATTTGAGCAATTATC-AATCC
129 AAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * **
19263983 AAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTGATCATAA--ATATTT-AGT
194 AAATC--TATGA--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCAT-ATAAGCTTATTTGAAA
* * * *
19264042 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TG
254 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATCT-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTC
* * * * ** * * * ** *
19264106 TGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTAA
317 TATTTACCTAA-CAGTT-AAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGCTATAA
* * * * * * * ** * *
19264171 CCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTTCATATCTTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCA
378 CCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAAGTTTTTCGAAATAAAATAATACA
* *
19264236 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGTTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA
441 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-G-AAA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA
* * *
19264301 GTTCAAATAGTGATTACTATTTGAAAA
502 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
19264328 ATTATTTATTT-AAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGA-TATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAA
1 ATTATTTATTTCAAATTG-TTATGACCTTTTGTTCT-ATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATAC
* * * * * * *
19264391 AAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGC--AATAGTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAAAAAATT
* * * * *
19264454 TAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAAC-AAATTTAAATAGTTATG-CTTATTTGAACAATTGTCT
128 T-AAAAAATAAATAT-GCTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGAC-TATTTGAACAATTATCT
* * *
19264516 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATT
189 ATTTCAAATC--TATGA---TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT
** * * *
19264581 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAA
249 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCT-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * **
19264646 ATT-GGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTGTGGCTATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATT
313 ATTCTATTTACCTAA-CAGTT-AAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGCT
* * * *
19264710 ATAACATTTTGTTTGGAT-ATATAGCAATTGTTTTTTATTATACAAAGTTTATTC-AGAATAAAA
374 ATAACCTTTTGTTT-G-TCATAAAACAATTGTTTTTT-TCATACAAAGTTT-TTCGA-AATAAAA
** * * * * * * *
19264773 TAATAGTAATTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
434 TAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA
** * *
19264838 CCGGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATA
499 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
19264868 ATTGTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTTATACA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTTTCTGTTCATACA
* * ** * * *
19264932 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTA
* * * * * * * * **
19264997 AAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCA
130 AAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
19265062 AATC-AT-ATTT-TTTTGTCATAAAACAGTTTTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAA
195 AATCTATGATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
19265123 TAA-AATGAATTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGT-AATTCTATTT
259 TAATACT-AATTTATTAATATCT-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTT
* *
19265185 ACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATGGCTATGACCTTT
322 ACCTAA-CAG-TTAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTTTTT-AAATCGCTATAACCTTT
* ** * * * *
19265250 TGTTCTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT-GTAAGTTTGCTCGAAACAAAATAATACTAATC
383 TGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAAGTTT-TTCGAAATAAAATAATACAAATT
** *
19265314 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT
445 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
* *
19265379 AGTTATGATTATTTGAGCA
510 AGTTATGACTATTTGAACA
* *
19265398 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGCTTT-TGTTCATACA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAG-TTTCTGTTCATACA
*** * * * * *
19265462 AGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTA
*
19265527 AAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
130 AAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * **
19265592 AATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT
195 AATC--TAT-G--ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAAT
** *
19265657 AAAATAATACTAACCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAT-TAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCT
255 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TCTAAAAATTAAT-ATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCT
* * * *
19265720 A-TT---T-A-AG--AAACAAGTT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTT
318 ATTTACCTAACAGTTAAATAATTTGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGCTATAACC-T
* ** * *
19265776 TTTGTTTTATCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATACAA
381 TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T-TTCATACAAAGTT-TTTCGAAATAAAATAATACAA
* * *
19265840 ATTTATTAATA--TCAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA
442 ATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG----AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
* **
19265903 AGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCA
501 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
19265931 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTATAAGACAATAGTTTTTTTTCATATAA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAA
* *
19265996 GCTTATTC-AAATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGT-AAAAATTTA
66 GCTTATTCAAAAT-AAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTA
** *
19266059 AAAAATAAATATGCTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGACCAATTATCTATTTCA
130 AAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
19266124 AATGGTTATGACATTT-TCCTTTGTCATAAAAAAATTATTCTCAACTTCATACAAGCCTTATTTT
195 AAT--CTATG--ATTTGT--TTTGTCATAAAACAATTATT-TCAA-TTCATATAAG-CTTATTTG
* * * * **
19266188 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATATGAAAATTAATAAGGT-AGAGGATAAAAAAAATAAA
251 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTAAAAATTAAT-ATGTAAGA-GATTTAAAAAATAAA
* * **
19266252 -TCTGTTTGTCGAAACAAGTTTAAATTAATTTTTGACTATTTG-ACAATTAT-TTATTTGAAATC
314 TTCTATTT-ACCTAAC-AG-TTAAA-TAA--TTTGACTATTTGAACAATTATCTT-TTT-AAAT-
* ** * *
19266314 CACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TGTTTTTTTCTGTTCAATGAC-AAGCTTATTTTGAA
370 CGCTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T-TTC-AT-ACAAAG-TT-TTTCGAA
*
19266377 ATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAA
428 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAAT-AAA
* ** **
19266440 TCTATTTATTGGAACAA-TAT-AAATCTTTATGACTATTTGAAAACA
486 TCTGTTTA-TCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTG--AACA
* * * * **
19266485 TTTCATTTATTTCAAATCGGTTATGACTTTTCTGTT-TATCAATCAAAAC--TACATTCT-TCTA
1 ATT-ATTTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTT-TGTTCTAT-TAT-AAAACAATAGTTTCTGT-T-
* *** * ** * *** * *
19266546 CATACCATG-TTACTTTTGATTAACCAA-AATATTAATTTATTTATATTTTGACAATTAATAAGT
59 CATA-CAAGCTTA-TTCAAAATAA--AATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT
* * * **** * * * * * *
19266609 AGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATT
120 AAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATT
* * * **
19266674 ATCTATTTCAAATC-ATTGTAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGCTCATATAAGC
185 ATCTATTTCAAATCTA-TG--A---TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGC
* * * *
19266738 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGA-GAAAGAGAATTAAA
244 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCTAAAAATTAAT-ATGTAAGAGATTTAAA
* * * ** *
19266802 AAA-AGAA-TCT-TGTTACCTAACATGTTCAAATAGTTATGGCTATCTGAATTATTATCTATTTC
307 AAATA-AATTCTAT-TTACCTAACA-GTT-AAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCT-TTTT
** * * * * * *
19266864 AAATCATTGTGAA-CTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA-TAAGCCTATTT-G
366 AAATCGCTAT-AACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTTCATACAAAG--TTTTTCG
* * *
19266926 AAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTTCTAGAAATTAATTAGAAAGAGAA-TTAAAAAATA
426 AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTTC-AAAAATTAA-T---AAGA-AATTTAAAAAAT-
* *
19266990 AAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
483 AAATCTGT-TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * * *
19267036 ATTATCTATTTTAAAATATTATGACATTTTGTTTTCTTATAAAACATTTGGTTCTATTCATACAA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAA
* * * ** * * * *
19267101 GCATATTTC-GAATAAAATAAAAAAAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTT-
66 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTA
** * * ** * * * *
19267163 AAAAATAAATATATTTTCTAAAC-ATTTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTTA
130 AAAAATAAATATGCTTACCAAACTA-GATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
19267227 AAATTGTTATGACATTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTAAAT
194 AAA-T-CTATG--ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * * * *
19267292 TAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATT-TG
255 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTA
* * * * ** * *
19267355 TTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCATTATGAT
319 TTTACCTAAC-AGTT-AAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTT-TTT-AAATCGCTATAAC
* * *
19267419 CTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTCTATTCATAC-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
379 CTTTTG-TTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTTTCATACAAAGTTT-TTCGAAATAAAATAATACA
* * * * *
19267483 AA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAGTTGAAAATTTAAAAGATAAATTTGTTCA-CCAACA
441 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA---G-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
* * * *
19267546 AGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACT
501 AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * * * *
19267574 ATTA--TATATCAAAATTGTTAATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
1 ATTATTTATTTC-AAATTGTT-ATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATAC
** * * *
19267637 AAAATTAATTC-AAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGAT
64 AAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATAC-CAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAAT
* * * *** * * * *
19267697 TTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAACCA-ATTCAAATAATTATGA-TTTTTGAACAATTATCTA
127 TTAAAAAATAAATATGCT-TACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *** *
19267759 TCTCAAATCGTTTATGATATTTTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
190 TTTCAAATC---TATGAT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTG
* * * * * *
19267824 GAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCT----A-T-A-A---AAGA-TTTTAAAAAATAAA
251 AAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATA-TCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * * * * *
19267877 -T-TGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGATAAGA-AATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTT
314 TTCTATTTACCTAAC-AGTT-AAATA-ATTTGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGCTA
* * * ** * * * *
19267939 TGACC-TTTGCTTGTCATAAAATAGTATT-TTTTAGCTCATGC-ATGCTTATTCAAAAATAAAAT
375 TAACCTTTTGTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTT-TTTCATACAAAG-TTTTTC-GAAATAAAAT
* ** * * *
19268001 AATACTAATTTATTAGCA-TTCAGAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATC
435 AATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
*
19268065 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
496 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *** * * ** ** * *
19268098 ATTATCTATTTGAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCAATTTATAA
1 ATTATTTATTT-CAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTTTCTGTTCATAC
* * ** * * * * *
19268163 AAGCTTA-CCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-C-AAAATTGATATA-TTAGAGAT
64 AAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-ACTAAAAAAT
* * * * * * * *
19268224 TT--AAAA-AAATA--C--ATCGAACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATT
127 TTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * *
19268282 TCAAATCAATTACAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTTC-A-TCATACAAGCCTAT
192 TCAAATC---TA-TGA--TTTGTTTTGTCATAAAACAA---TTATTTCAATTCATATAAGCTTAT
* * * * * *
19268345 TTGGAATAAAATAGTATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA-GGAAGGAGATTT-AAAAAT
248 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCT-AAAAATTAATATGTAA-GAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
19268408 ATA-TCTATTTA-CT----G---AATCAGTT--CTTATTTAAACAATTATCTATTTTAGATTGTT
311 AAATTCTATTTACCTAACAGTTAAATAATTTGAC-TATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGCT
* * * * ** * *
19268462 GTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATA-TAAGCTTATTT-GGAATAAAAT
374 ATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAAG-TT-TTTCGAAATAAAAT
* * * * * * *
19268525 AATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GC
435 AATACAAATTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* ** * * * *
19268589 TGAAGTAGCTTC-AACAGTTAAGACTATATGAATA
496 -AAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *** * * * ** * ** *
19268623 ATTATCTATTTGAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATGTAACAATTGTATT-TGAGCATTCA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGT-TTCTGTTCATACA
** * * ** * ** * * * *
19268687 ATTTTATTCACAATACAATAATA-CTTTTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTA
** * * * * ** *
19268751 AAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTTAAACAG-CAATGACTATCTGAACAATTATAAACTTC
130 AAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTC-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *** * *
19268815 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
194 AAA-T-CTATGA---TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAA
* * * *
19268880 TAAAATAATACTAATATAATAATAT-TATGAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATCTA--AAAATTAATATG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
19268943 -TATTTGCCGAATCAGTTCCAAT-ATTTAAGACTATATGAATAGTTATCGATTTCAAATCGTTAT
316 CTATTTACCTAA-CAGTT-AAATAATTT--GACTATTTGAACAATTATC-TTTTTAAATCGCTAT
* * * *
19269006 GACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATA-ATAGTTTACTT-GGAATAAAA
376 AACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAA-TTGTTTTT---TTCATACAAAGTTT--TTCGAAATAAAA
* * ** * * * * *
19269068 GAAAATGAATTTATTACTATTTCAAAAATGAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
434 TAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * *
19269133 CTATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACA
495 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * *
19269167 ATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATGCTTT-TGTTCATAT
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATA-G-TTTCTGTTCATAC
* * *** * * * * * *
19269230 AA-ATTTTTTGGACTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAAAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTT
* ** * * ** * * *
19269290 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTT
129 AAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** * * * *
19269355 AAATCTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACATGCTTATTTGGACT
194 AAATC-TATGA---TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * *
19269420 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAA-TATG
255 AAAATAATACTAATTTATTAATATCT-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTA
* * * * * * * *
19269482 TTTA-CTAAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
319 TTTACCT-AAC-AG-TTAAATAAT-TTGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGCTATAAC
* * * ** * * * *
19269546 ATTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
379 CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAAG-TTTTTCGAAATAAAATAATACA
* * * * *
19269610 AATTTATTAGTAATTCAAAATTTCATAATAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAA-
441 AATTTATTAATATTTCAAAA-AT--TAAT-AAGAAATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTA-TCAAAC
* * *
19269674 AAGTTTAAATAATTTATGACTGTTTGAACA
500 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ** * * * * * *
19269704 ATTATCTATTTGAAATTGCTCACCTAACCTAGTGTTTTGTCACAAAAGAAT--TTATCTATTCAT
1 ATTATTTATTTCAAATTG-TTA--TGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTT-TCTGTTCAT
* * * * * *
19269767 ACAATCTTATTTC-AAATAATATTAATTCAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAAAAATGTAA
62 ACAAGCTTA-TTCAAAATAA-AATAATACCAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAA-CTAA
* * * * * * ***
19269829 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATTGTTATGACTATTTGTGTAATTAT
122 AAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** * *
19269893 TTATTTCAACTTGTTATGCCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGCTT-ATACAAGTTT
187 CTATTTCAA-AT-CTATG---ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AATTCATATAAGCTT
* * * * * *
19269957 ATTT-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
246 ATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATCTAAAAATTAATATGTAAGAGA-TTTAAAAA
* * * * * * * * * *
19270021 ATAAA-TAT-TTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATATTTATCTATTTCAAAT
309 ATAAATTCTATTTACCTAA-CAGTT-AAATAAT-TTGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAAT
** * * * * ** * *
19270084 CATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-TAAGTTTATT-GAAGTAA
370 CGCTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAAGTTT-TTCGAAATAA
* * * ** * **
19270147 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGA-GAACAAAAAAAAATCCATTTA
432 AATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-ATTTA-AAAAATAAATCTGTTTA
* * *
19270211 CCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACA
494 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *** * *** * * * * *
19270246 ATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATATTGGTTT-TGTTCATGCAA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAA
*** *** *
19270310 GCTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-AAGAA---AA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAA
* * ** * *
19270367 AAAAT--GT-T--TTTCTGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
131 AAAATAAATATGCTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* **** * * *
19270426 AATCATATGATCTT-TTGTT-TCATCATAAACTAATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTA-TTCAGA
195 AATC-TATGAT-TTGTT-TTGTCAT-A-AAAC-AATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGA-A
* * * *
19270488 ATAGAAATGATACTAA-TTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA-T
253 ATA-AAATAATACTAATTTATTAATA-TCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * **
19270550 ATGTTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCATTAT
316 CTATTTACCTAAC-AGTT-AAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTT-TTT-AAATCGCTAT
* ** * *
19270614 GATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
376 AACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAAGTTT-TTCGAAATAAAATAAT
* * * * **
19270678 ACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAA
438 ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA----GAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA
* * * *
19270742 CAAATTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACT
499 CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACA
* ** * * * * * * *
19270772 ATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-TATTCATACAA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAA
** * * * * * * * *
19270836 AATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGACATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAA
** * ** * * * * * *
19270897 AAGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTA--TGCAACAATTACCTATCTCA
131 AAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCA
* * * * **
19270960 AATAGTATGATCTTGTTTCGTCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCTG-AATA
195 AAT-CTATGAT-TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-TGAAATA
* * ** * * * * **
19271024 AAATAATGCCAAACTAATAA-ATTCTAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TGTGC
256 AAATAATACTAATTTATTAATA-TCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTAT
* * * * * * * ** * *
19271087 TTGCCAAACCAGTTATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCT
320 TTACCTAA-CAGTTA-AATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGCTATAACCT
* ** * * *
19271152 TTTGTTTTGTCA-GAAA-TTTTTTTTTTCAGTTCATAC-AAGCTAATTT-GAAATAAAATAATAT
381 TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTT---TTCATACAAAG-T-TTTTCGAAATAAAATAATAC
* * *
19271213 AATTTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGA
440 AAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT----AAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AA
* *
19271276 ATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACA
498 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
19271307 ATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTA-TTT-TAGTTTAATA
1 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTTTCT-G-TTCATA
* * ** * * * * * *** *
19271370 -AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATT
63 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATT
* * * * * * * * * * ** *
19271434 TAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTCAAACAGTTATCTATT
128 TAAAAAATAAAT-ATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
19271498 TCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTAA-TCATACAAGTTTATTT
192 TCAAATC--TATG-A---TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAATTCATATAAGCTTATTT
* * * * * * *
19271562 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAA
250 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCT-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
19271627 T
314 T
19271628 ATACTTACCG
Statistics
Matches: 5667, Mismatches: 1173, Indels: 910
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
520 20 0.00
521 38 0.01
522 28 0.00
523 106 0.02
524 372 0.07
525 249 0.04
526 209 0.04
527 62 0.01
528 33 0.01
529 113 0.02
530 310 0.05
531 159 0.03
532 204 0.04
533 300 0.05
534 92 0.02
535 234 0.04
536 283 0.05
537 191 0.03
538 189 0.03
539 236 0.04
540 352 0.06
541 84 0.01
542 191 0.03
543 302 0.05
544 273 0.05
545 112 0.02
546 165 0.03
547 106 0.02
548 46 0.01
549 53 0.01
550 40 0.01
551 80 0.01
552 43 0.01
553 59 0.01
554 40 0.01
555 39 0.01
556 32 0.01
557 65 0.01
558 35 0.01
559 34 0.01
560 84 0.01
561 3 0.00
562 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (528 bp):
ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAA
AAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCTATGATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCT
AACAGTTAAATAATTTGACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTTTTCATACAAAGTTTTTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACA
Found at i:19265756 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19265728--19265761 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
19265718 CTATTTAAGA
19265728 AACAAGTTACTATTTG
1 AACAAGTTACTATTTG
19265744 AACAA-TTATCTATTTG
1 AACAAGTTA-CTATTTG
19265760 AA
1 AA
19265762 ATTGCTATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.18
16 14 0.82
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AACAAGTTACTATTTG
Found at i:19265864 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 19265567--19265884 Score: 372
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
19265557 AATAGTCATG
* * ** *
19265567 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATCATTT
* * * * *
19265632 CGGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAT
66 CGATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACAAACCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* *
19265697 TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAACAAGTT
131 TAAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAACAAGTT
* * * * **
19265736 ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTATCATAAAATGATTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACC-TTTTGTTTTATCATAAAA-AAATCAT
* **
19265801 TTCTATTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TC-AAGACAATTA
64 TTCGATTCATACAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACAAACCTATTAATATTCTAA-A-AATTA
*
19265863 ATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
126 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT
19265885 AAATTTGTTT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 22, Indels: 8
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 34 0.28
170 20 0.16
171 67 0.55
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATCATTT
CGATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACAAACCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
TAAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAACAAGTT
Found at i:19265943 original size:352 final size:348
Alignment explanation
Indices: 19264403--19270709 Score: 916
Period size: 358 Copynumber: 17.6 Consensus size: 348
19264393 GCTTATCCAA
* * * * * * **
19264403 AATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGTTTAAAAAAATAAAT-
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATA
* * * * * *
19264467 TAGTTTACCAAACAA-ATTTAAATAGTTATG-CTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTA
65 T-GCTTACCAAACAAGA-TCAAATAGTCATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** *
19264530 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTC-AAATGAAAATAA
* ** * ** * *
19264594 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTACCA
191 TACCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATGAATCT-ATTT----
* ** * * *** *
19264658 AATCAGTTCAAATAATTGTGGCTATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTGTT
250 -A--AG---AAACAA--GTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTT
* ** * * *
19264723 -TGGAT-ATATAGCAATTGTTTTTTATT-ATACAAAGTT-TATTCAG
307 CT--ATCATAAAATAATAG-CTTTTATTCATACAAACTTAT-TTC-G
** * * * * *
19264766 AATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATAT-TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATA
** * ** * * * * * * * * *
19264827 TATTTACCGAACCGGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATAGTTATAA
65 TGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * *
19264892 CCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTC-AAATGAAAATAATA
* ** ** * * * * * *
19264955 CTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAAC
193 CCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATGAATCT-ATT--T--A-
* * **
19265020 TAGTTCAAA-TAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAA-T-C-AT-A--TTTT-TT-T
251 -AG---AAACAAGTT---ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTCT
* * * * * * *
19265076 GTCATAAAACAGT--TTTTTCAATTCACACTAACTTATTTGG
309 ATCATAAAATAATAGCTTTT--ATTCATACAAACTTATTTCG
* ** * * * * * * * * * * * *
19265116 AATAAAATAAAATGAATTTATTCATACTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCT
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATAT
** * * * * * * * * *
19265181 ATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATGGCTATGAC
66 GCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** * * ** *
19265246 CTTTTGTTCTGTCATAAAACAAAT-GTTTTTGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAA-CAAAATAATAC
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTC-AAATGAAAATAATAC
* * * ** * *
19265309 TAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---GGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-AACT
194 CAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTA--AGAA--
* * * * *
19265370 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTAT
255 A---C--A-AG-T-T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTCTAT
* * * *
19265435 TATAAAATAATAGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGG
311 CATAAAATAATAGCTTTTATTCATACAAACTTATTTCG
* *
19265473 ATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATA
* * *
19265538 TGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGG
65 TGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
*
19265603 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCA-TTTCGGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-AGTTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGAAAATAATA
* * * *
19265666 CTAACCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAAC
193 CCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAAC
* * *
19265731 AAGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTATCATAAAATGA
257 AAGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAA-CTTTTTGTTCTATCATAAAATAA
***
19265796 TTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCG
321 TAGCTTT-TATTCATACAAACTTATTTCG
**
19265825 AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TCAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-A-ACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * ** * *
19265889 TTGTTTATCGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
64 ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * ***
19265954 ACCTTTTTTTTTGTTATAAGACAATAGTTTTTTTTCATATAAGCTTATTCAAATGAAAATAATAC
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAATGAAAATAATAC
** * * **
19266019 CAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACTA
194 CAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT-GA-AT-C-TA-TTTA--A
* * * * ** *
19266084 GATCAA-ATAGTCATGACTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTT-TG
252 GA--AACA-AGT--T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAAC-TTTTTGTTCTA
* * * **
19266147 TCATAAAAAAATTA--TTCTCAACTTCATACAAGCCTTATTTTA
310 TCATAAAATAA-TAGCTT-T-TA-TTCATACAA-ACTTATTTCG
* * * * ** *
19266189 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATATGAA-AATTAATAAGGTAGAGGATAAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATAT-TCAACAATTAATAA-GTAAAAAATTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * ** * * **
19266253 CTGTTTGTCGAAACAAGTTTAAATTAATTTTTGACTATTTG-ACAATTATTTATTTGAAATCCAC
64 ATGCTT-ACCAAACAAGATCAAA-T-AGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CGT
* *** ** * * *
19266317 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGTTTTTTTCTGTTCAATGACAAGCTTATTTTGAAAT-AA
125 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTC-AT-ATAAGCTTA--TTCAAATGAA
* ** * *
19266381 AATAATACAAATTTATTAATATT--AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTA
186 AATAATACCAACCTATTAATATTCCAA--AAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT-GAATCTA
* * * * * * *
19266444 TTTATTGGAACAATATAAATCTTTATGACTATTTGAAAACATTTCATTTATTTCAAATCGGTTAT
247 --T-TT--AAGAA-A-CAA---GT-T-ACTATTTG--AACAATT-ATCTATTTCAAAT-TGCTAT
* * * * ** *
19266509 GACTTTTCTGTT-TATCAATCAAAACTACAT-TCTTCTA--CATACCATGTTACTTTTG
296 AACTTTT-TGTTCTATC-AT-AAAA-TA-ATAGCTTTTATTCATACAAACTTA-TTTCG
* ** * ** * * *
19266564 ATTAACCAA-AATATTAATTTATTTATATTTTGACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAA
1 AATAA--AATAATACAAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAA
* **** * * * * * * *
19266628 TATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGT
63 TATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * ** * *
19266693 AACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAAT
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGAAAATAAT
* ** * * * * *
19266757 ACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTTGTTACCTA
192 ACCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATGAATC-TATT---T-
* * ** *** *
19266821 ACATGTTCAAA-TAGTTATGGCTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGAAC-TTTTGT
250 A-A-G---AAACAAGTTA---CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-AACTTTTTGT
* * * * * * *
19266884 TTTGTAATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCCTATTT-G
306 TCTATCATAAAATAATAGCTTTTA-TTCATACAAACTTATTTCG
* * *
19266926 AAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTTCTAGA-AATTAATTAG-AAAGAGAATT-AAAAAA
1 -AATAAAATAATACAAATTTA-TTA-ATATTC-A-ACAATTAATAAGTAAA-A-AATTAAAAAAA
* * * * *
19266988 TAAAATCTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAA
59 T-AAAT-ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAA
* * * * * * * * ** * * *
19267052 T-ATTATGACATTTTGTTTTCTTATAAAACATTTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTCGAAT-A
121 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGA
* ** ** * * * *
19267115 AAATAAAAAAAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATATTT
185 AAATAATACCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATGAATCTA--T
* * * * * *
19267179 TCTAA-ACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATT
248 T-TAAGA-A-----ACA-AG-T-T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAAC-TT
* ** * **
19267243 TTT-TT-TGTCATAAACCAATTG-TTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTTA
301 TTTGTTCTATCATAAAATAATAGCTTT-TATTCATACAAA-CTTATTTCG
* * * * * *
19267289 AATTAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAA-AAGTTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAACAA-TTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
19267352 TTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
64 ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * ** * *
19267417 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAAT
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA-AATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTC-AAATGAAAATAAT
* * ** * * * * **
19267480 ACTAA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAGTTGAAAATTTAAAAGATAAAT-T-TGTTCACC
192 ACCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAG-TAAAAATTTAAAAAATGAATCTAT-TTAAGA
* * * *
19267542 AACAAGCTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTA--TATATCAAAATTGTTAATTA-TATTTT
254 AACAAG--T---TA--C---T--ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGCT-ATAACT-TTTT
* * * * * *
19267604 GTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAAATTAATTCA
304 GTTCTATCATAAAATAATAGCTTT-TATTCATACAAACTTATTTCG
* * * *
19267649 AATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTCAA-AA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAAT
1 AATAAAATAATAC-AAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * *
19267710 CT-TTATATTGAACCAA-TTCAAATAATTATGA-TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTT
64 ATGCT-TA-CCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TT
** * ** * ***
19267772 ATGA--TATTT-TTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGA-GTAAAAT
126 ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAATG-AAAAT
* * ** * * * * ** ** *
19267833 ATTGA-TAAATTAATAATATTCTATAAAAGATTTTAAAAAATAAATTGTTTGCCAAACT-AAT-T
189 AAT-ACCAACCTATTAATATTC--CAAAA-A--TTAATAAGTAAA-AATTT-AAAAAATGAATCT
* * * * * * * * * * * *
19267895 CA---AATAGATAAG--A-AATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAC-CTTTGCT-TG
246 -ATTTAAGAAACAAGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTCTA
* ** * * ** *
19267952 TCATAAAATAGTATTTTTTAGCTCATGCATGCTTA-TTCAAA
310 TCATAAAATAATAGCTTTTA-TTCATACAAACTTATTTC--G
* ** ** * ** *
19267993 AATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAGA-AATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA-ACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATA
* * * * * * ***
19268057 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAATAAATATG
65 TGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATG
* * ** ** * * * *
19268122 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCAATTTATAAAAGCTTACCTGAAAT-AAAATAAT
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGAAAATAAT
** * * * * * * **
19268186 A-TTACTTTATTAATATT-C-AAAATTGATATATTAGAGATTTAAAAAAAT-ACATCGAACT-AG
192 ACCAAC-CTATTAATATTCCAAAAATTAATA-AGTAAAAATTT-AAAAAATGA-ATCTATTTAAG
* * * *** * * *
19268246 TTCAAATAA-TTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAATTACAAAC-TTTTGTTTTT
253 ---AAACAAGTTA---CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGCTA-TAACTTTTTGTTCTA
* * * * *
19268309 TCATAAAATAATTG-TTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGG
310 TCATAAAATAATAGCTTTTAT--TCATACAAACTTATTTCG
* ** * * * * * *
19268349 AATAAAATAGTATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATT-TAAAAAT--AT
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAAATAAAT
*** * * * * * * *
19268410 AT-C-TA-TTTAC-TGAATC-AGT--TC-T---TATTTAAACAATTATCTATTTTAGATTGTTGT
64 ATGCTTACCAAACAAG-ATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * ** **
19268464 AACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAAT
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGAAAATAAT
* ** * * * * * * *
19268528 ACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAA
192 ACCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATGAATCT-ATT--T-AA
* * * ** * ** *
19268593 GTAGCTTCAAC-AGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATGACCATTTGTTT
252 G-A-----AACAAGTT---ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTC
** * * * * ** *
19268657 TATCATGTAACAATTG-TATTTGA-GCATTCAATTTTA-TTCAC
308 TATCATAAAATAATAGCT-TTT-ATTCATACAAACTTATTTC-G
* ** * * * * *
19268698 AATACAATAATAC-TTTTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGACTT-AAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAAT-ATTCAACAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAAATAAAT
** * * * * * ** * *
19268761 ATATTTACCAAACTAGTTTAAACAG-CAATGACTATCTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTAT
64 ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTC-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** *
19268825 AACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAATTA-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTC-AAATGAAAATAA
* ** * *** * * **
19268888 TACTAATATAATAATATTATGAAAATTAA-AAGCTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTATTTGCC
191 TACCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAA-A-AATTTAAAAAATGAATCTATTT-AA
* * * * * * * * *
19268951 GAATCAGTTCCAATATTTAAGACTATATGAATAGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
252 GAA--A----C-A-AGTT---ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGT
* ** ** * *
19269016 TCTGTCATAAAATAAGT-TTTTTTGAATTCATA-ATAGTTTACTTGG
306 TCTATCATAAAATAA-TAGCTTTT--ATTCATACA-AACTTATTTCG
* * ** * * * * * * *
19269061 AATAAAAGAAAATGAATTTATTACTATTTCAAAAATGAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTC
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATA
** * * * * * * * * *
19269126 TATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGA
65 TGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* ** * ** *
19269191 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GCTTT-TGTTCATATAAATTTTTTGGACT-AAAATAATA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATAG-TTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAATGAAAATAATA
* * * * * *
19269253 CTAATCTATTAATATTTCAAATATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AAC
193 CCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTA--AGAA-
* * * *
19269314 TAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAA-T-CTTATGACTTTTTGTTCT
255 -A---C--A-AG--TT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGC-TATAACTTTTTGTTCT
* * * * ** *
19269377 GTTATAAAATAATTG-TTTCTGTTCATACATGCTTATTTGG
309 ATCATAAAATAATAGCTTT-TATTCATACAAACTTATTTCG
* * * *
19269417 ACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGT--AAAATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATA
* * * * * * *
19269480 TGTTTACTAAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
65 TGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* *
19269545 CATTTTGTTTTGTCATAAAAGAAAT-GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTC-AAATGAAAATAATA
* ** * * * *
19269608 CTAATTTATTAGTAATT-CAAAATTTCATAA-TAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTG
193 CCAACCTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGT-AA-AAATTTAAAAA-ATGAATCT-ATT--T-
* * * * * **
19269671 AAAAAGTTTAAATAATTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTCACCTAACCTAG
250 ---AAG---AAACAA-GT-T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT-A--TAACTTTT
* * * * * *
19269736 TGTTTTGTCACAAAAGAAT---TTATCTATTCATACAATCTTATTTCA
303 TGTTCTATCATAAAATAATAGCTT-T-TATTCATACAAACTTATTTCG
* * * * * *
19269781 AATAATATTAATTCAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AATAA-AATAATACAAATTTATTAATATTCA-ACAATTAATAA-GTAAAAAATTAAAAAAATAAA
* * * * * *** * * *
19269846 TTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATTGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTAT
63 TATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
19269910 G-CCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA-TTTCTGCTT-ATACAAGTTTATTTAAATTAAAATA
128 GACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATAGTTTC-GGTTCATATAAGCTTATTCAAATGAAAATA
** ** * * * *
19269972 ATATTAATTTATTAATATTTC-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT-TTTGCC
190 ATACCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATGAATCTATTT---
* * * *** * *
19270035 AA-ATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTC
250 AAGA-AA---C--A-AGT--T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTG
* * * * * * * **
19270099 TTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATATAAGTTTA-TT-G
305 TTCTATCATAAAATAATAGCTTTTA-TTCATACAAACTTATTTCG
* * * * *
19270141 AAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA--CAAAAAA-AAA
1 AA-TAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAACAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAAATAAA
* * * * * * *
19270203 TCCAT--TTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATT
63 T--ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * ** **
19270266 ATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTGAAT-AAAATA
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGAAAATA
*** ** * **** * *
19270329 ATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAAAATGTT--TTTCTGAA-CACATTCA
190 ATACCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--TAAAAAT-TTAAAAAATGAATC-TATTTA
*** * *
19270391 A-ATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATATGA-TCTTTTGTT-TCATC
251 AGA-AACAAGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGC-TATAACT-TTTTGTTCT-ATC
* * * ** *
19270450 ATAAACTAATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTA-TTCAG
312 ATAAAATAATAGCTTTTATTCATACAAACTTATTTC-G
* * * * * *
19270487 AATAGAAATGATACTAA-TTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAAT
1 AATA-AAATAATACAAATTTATTAATATTC-AACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
19270550 ATGTTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
64 ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * * ** * * *
19270615 ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAAT-AAAATAATA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGAAAATAATA
* ** *
19270679 CTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGT
193 CCAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
19270710 TGGAGATTTA
Statistics
Matches: 4506, Mismatches: 1016, Indels: 863
0.71 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
342 68 0.02
343 83 0.02
344 110 0.02
345 77 0.02
346 151 0.03
347 67 0.01
348 40 0.01
349 108 0.02
350 125 0.03
351 105 0.02
352 212 0.05
353 163 0.04
354 142 0.03
355 53 0.01
356 155 0.03
357 237 0.05
358 430 0.10
359 320 0.07
360 137 0.03
361 278 0.06
362 135 0.03
363 211 0.05
364 271 0.06
365 196 0.04
366 74 0.02
367 154 0.03
368 39 0.01
369 27 0.01
370 99 0.02
371 30 0.01
372 16 0.00
373 45 0.01
374 27 0.01
375 41 0.01
376 54 0.01
377 14 0.00
378 5 0.00
379 2 0.00
380 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (348 bp):
AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATAT
GCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAATGAAAATAATACCA
ACCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAACAAGT
TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAATAATAGCT
TTTATTCATACAAACTTATTTCG
Found at i:19267557 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19265736--19271686 Score: 2945
Period size: 180 Copynumber: 33.2 Consensus size: 177
19265726 GAAACAAGTT
* * * * * * * *
19265736 ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTATCATAAAATGATTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTG
* *
19265801 TTCTATTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA--TCAAGACAATTA
62 TTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTA
* *
19265863 ATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATCGTTATG
124 ATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * * *
19265919 ACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTATAAGACAATAGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * * *
19265984 TTTTTCATATAAGCTTA-TTCAAATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAA
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
19266048 GTAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATG
128 GAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
19266099 ACTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGTCATAAAAAAATTATTC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTC
* * * *
19266164 TCAACTTCATACAAGCCTTATTTTAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATAT-GAAAATTAAT
65 T--A-TTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* ** ** * * * * *
19266228 AAGGTAGAGGATAAAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAAACAAGTTTAAATTAATTTTTG
126 AA-G-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACG-AACAAGTTCAAA-T-AGTTATG
* * ** * *** *
19266286 ACTATTTG-ACAATTATTTATTTGAAATCCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGTTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGT
* * *
19266350 TCTGTTCAATGACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATT
63 TCTATTC-AT-ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA--AAATT
* * * * **
19266413 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTGGAACAA-TAT-AAATCTTTATG
123 AATAAG-AAAAAATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTA--CGAACAAGT-TCAAATAGTTATG
* * * *
19266471 ACTATTTGAAAACATTTCATTTATTTCAAATCGGTTATGACTTTTCTGTTTATCAATCAAAACTA
1 ACTATTTG--AACAATT-ATCTATTTCAAATC-GTTATGACTTTTGT-TTTGTC-AT-AAAAC-A
* * * * * **
19266536 CATTCTTCTA--CATACCATG-TTACTTTTG-ATTAACCAA-AATATTAATTTATTTATATTTTG
58 -ATTGTTCTATTCATA-CAAGCTTA--TTTGAAATAA--AATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * ** * * *
19266596 ACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATA
117 AAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
19266659 ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTC
* * * * *
19266724 TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAG
65 TA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
19266789 AAAGAGAA-TTAAAAAA-AGAATCTTG-TTACCTAACATGTTCAAATAGTTATG
129 AAA-A-AATTTAAAAAATA-AAT-TTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * * *
19266840 GCTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTC
* * * * *
19266905 TAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTTCTAGAAATTAATT
65 TA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTC-AAAAATTAATA
* *
19266970 AGAAAGAGAA-TTAAAAAATAAAATCTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
127 AGAAA-A-AATTTAAAAAAT-AAAT-TTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
19267024 ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTTATAAAACATTTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * ** * *
19267088 TCTATTCATACAAGCATATTTCG-AATAAAATAAAAAAAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATA
63 TCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * **
19267152 AGTAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTTCTAAACATTTTCAAATAGTTATG
127 AGAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
19267203 ACTATTTAAACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCATAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * * *
19267267 CTATTCATAAAAGCTTATTTTAAATTAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAG
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
19267332 TAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATG
129 -AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
19267382 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTT
* * *
19267447 CTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAA
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA
** * * * *
19267511 GTTGAAAATTTAAAAGATAAATTTGTTCACCAACAAGCTT-AAATAGTCATG
128 G-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAACAAG-TTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
19267562 TCCATTTGAACTATTA--TATATCAAAATTGTTAATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTT-ATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-
** * *
19267625 TTCTATTCATACAAAATTAATTCAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
62 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
19267690 ---AAAAGATTTAAAAACTAAATCTT-TATATTGAACCAA-TTCAAATAATTATG
126 AAGAAAAAATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
19267740 A-TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTTATGA-TATTT-TTTTGTCATAAAGCAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
* * * * * * *
19267802 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTC------T-AT-
63 TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
19267857 A-AAAGATTTTAAAAAATAAA-TTGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGATAAG
127 AGAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACGAAC-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
19267907 A-AATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTG-CTTGTCATAAAATAGTATT-TT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTT
* * * * ** ** *
19267969 TTAGCTCATGCATGCTTATTCAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA-TTCAGAAATTAATA
64 CTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* *
19268033 A-ACAAGAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
127 AGA-AA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *** * *
19268086 ACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTG
* * * ** * * *
19268151 TTCAATTTATAAAAGCTTACCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA-TTC-AAAATTGATA
62 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * * * *
19268214 TATTAGAGATTTAAAAAAATACA------T-CGAACTAGTTCAAATAATTATG
127 -AGAAAAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * *
19268260 GCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAATTACAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTA-TGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
19268325 TTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAGTATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA
64 CTAT--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
19268390 GGAAGGAGATTT-AAAAATATATCTATTTACTG---AA--TC----AGTTCT-
127 AGAA-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
19268432 --TATTTAAACAATTATCTATTTTAGATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * *
19268495 CAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAAC
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
* * * * ** * *
19268560 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGCTTC-AACAGTTAAG
128 GAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACAAG-TTCAAATAGTTATG
* * * ** * * **
19268611 ACTATATGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATGTAACAATTGTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* * * ** * * * * *
19268676 TTGA-GCATTCAATTTTA-TTCACAATACAATAATACT-TTTTATTAATCTTTTAAAAATTAATA
64 CT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * **
19268738 AGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTTAAACAGCAATG
127 AG-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
19268791 ACTATCTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * * * *
19268856 TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAA-AA
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA
* * * * * *
19268919 GCTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAATC-AGTTCCAATATTTAAG
128 G--AA-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
19268972 ACTATATGAATAGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAAGTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT
* * * * * * * *
19269037 TTGAATTCATA-ATAGTTTACTTGGAATAAAAGAA-AATGAATTTATTACTATTTCAAAAATGAA
64 CT--ATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
19269100 TAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTATG
125 TAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
19269155 ATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * * * * *
19269220 TTGTTCATATAA-ATTTTTTGGACTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAAT---
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
19269281 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTG
129 AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
19269331 ACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * *
19269395 CTGTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAG
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
19269460 -TAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAATCATG
129 AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
19269509 ATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTT-
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTC
* ** * * * *
19269573 TCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAATTTCATAA
65 T-A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
19269638 TAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTTATG
128 GAAA-AAATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
* * * * * ** * *
19269692 ACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTCACCTAACCTAGTGTTTTGTCACAAAAGAATT-
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTA--TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
19269756 TATCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAATATTAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATT
62 T-TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATT
* * * *
19269819 AAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-ACAGTTCAAATTGTTATG
123 AATAA-G-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAACA-AGTTCAAATAGTTATG
*** * * * * * *
19269876 ACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGCCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * *
19269941 CTGCTT-ATACAAGTTTATTT-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-ACAATTAATA
64 CT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* ** * * *
19270003 AGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATT-TTGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATG
127 AG-AAAA-AATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
19270056 ACTATTTAAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTT-
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTC
* * * * *
19270120 TCAGTTCATATAAGTTTA-TTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA
65 T-A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *** * *
19270184 GTAAGAGAA--CAAAAAA-AAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATG
128 G-AA-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
19270234 ACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAA-TATTGGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * * *
19270298 TTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
64 CTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
19270361 AGAAAAAAAATGTTTTTCTGAACACATTCAAA-TAG-TTATG-ACTATTTGAACA-A-TTAT-
127 AG--AAAAAA-----TT-T-AA-AAAAT-AAATTTGTTTACGAACAAGTTCAA-ATAGTTATG
* * *** * * * *
19270418 -CTATTTCAAATCATATGATCT-TTT-GTTTCATCATAAACTAATTGTTTTTGCTCAT-AAA-AA
1 ACTATTT-GAA-CA-ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACT-TTTG-TTTTG-TCATAAAACAA
* * * * * ** **
19270478 ---CT-TATTC--AGAA---TA---GAAATGATACTAAT--T-A-TTA-AAATTCTAAA--AATT
59 TTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
19270524 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATG
123 AATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
19270580 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* *
19270645 CTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAG
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*** * * * * * *
19270709 TTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTCAT-
129 -AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
19270759 ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTT
1 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * * *
19270824 TTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
64 CTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * * * *
19270888 G---ACATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATG
128 GAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
19270936 ACTA--TGCAACAATTACCTATCTCAAATAG-TATGA-TCTTGTTTCGTCATAAAACAAATTGTT
1 ACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG-T
* * * ** * *
19270997 TCTATTCATGCAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATGCCAAACTAATAA-A-TTCTAAATATTAAT
63 TCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * ** * * *
19271059 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAGTT-ATAATAGTTAAG
126 AAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACGAACAAGTTCA-AATAGTTATG
* * * * * *** * *
19271113 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCA-GAAATTTTTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTC
*
19271177 TCAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTT-AGAAAATTAAT
65 T-A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT
* * * *
19271240 AAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
126 AAG-AA-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
19271295 ATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTC
* * *** * * * *
19271360 TAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAA
65 TA--TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
*** * ** ** * *
19271424 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATG
128 G-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
19271476 GCCATTCAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-AC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
* * * * * *
19271541 TTTAATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAA
63 TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * * * *
19271606 GTAGGAGAA-TTAAAAAATAAATATACTTACCGGACTAGTTTAAATAGTTATT
128 G-A-AAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
19271658 ACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
19271687 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 4424, Mismatches: 1002, Indels: 685
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
156 3 0.00
157 4 0.00
158 3 0.00
159 7 0.00
160 21 0.00
161 17 0.00
162 9 0.00
163 6 0.00
165 1 0.00
166 36 0.01
167 68 0.02
168 103 0.02
169 47 0.01
170 27 0.01
171 3 0.00
172 25 0.01
173 35 0.01
174 158 0.04
175 75 0.02
176 213 0.05
177 108 0.02
178 331 0.07
179 398 0.09
180 691 0.16
181 600 0.14
182 429 0.10
183 319 0.07
184 188 0.04
185 106 0.02
186 111 0.03
187 107 0.02
188 78 0.02
189 76 0.02
190 10 0.00
191 5 0.00
192 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCT
ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATG
Found at i:19272088 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19271684--19272088 Score: 408
Period size: 178 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
19271674 TATATTTCAA
* * * * * * * *
19271684 ATCATAAAATAATTATTTATGTTCACACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTTATCTAATAA
1 ATCATAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGTCTTATTCAGAATAAAATAACACTTATCTAATAA
* * ** * *
19271748 TATTATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAATTCAAATAG
66 TATTATGAAAAT--ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAG
** * * *
19271813 TTAAGGATATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
129 TTAAACATATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTT
* * * ** * * **
19271865 ATCGTAAAACAAATATTTCTGTTCATATAAGT-TTGTTTTGAATAAAATAACATTTATTTTTTAA
1 ATCATAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGTCTTATTCAGAATAAAATAACACTTATCTAATAA
* *
19271929 TATTTTGAAAAT-TAA-TAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAGTAGT
66 TATTATGAAAATATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGT
* *
19271992 TATAACA-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTT
130 TA-AACATATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTT
* * * *
19272043 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATAT-AGTCTTATTCAGAATAAA
1 ATCATAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGTCTTATTCAGAATAAA
19272089 GTATGCTAAT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 39, Indels: 11
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 10 0.06
178 110 0.61
179 2 0.01
181 59 0.33
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATCATAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGTCTTATTCAGAATAAAATAACACTTATCTAATAA
TATTATGAAAATATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTT
AAACATATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTT
Found at i:19273750 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 19272902--19274522 Score: 1111
Period size: 357 Copynumber: 4.5 Consensus size: 353
19272892 TGAAAGGTAA
* * * * * * *
19272902 TAAAATAGATAATTATTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAATTGATTTAGTAAACTGATTTATTT
1 TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CAT-ACTAATTAAAATTG-TTCAATAAACAGATTTATTT
** * * * **
19272966 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTTTTTTTGGATAA
63 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAAT-A
* * * * *
19273027 ACTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT-ATCGATTTTAAATAGA
126 ACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATCAC-AAA-AAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGA
* * * * * * *
19273090 TAATTATTTAAATAGTTATAGCTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCT
187 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTCGA-CAAACATATTTA-TTTTT-AAATCT
* ** * * * * * *
19273154 CTTCCTTATTAATTTTTGGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTGTTTG
248 CTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATATG-TT-ATT-
* * * **
19273218 AATTA-AAA-AATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCAAAATGATT
309 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGATCATAACAATT
* * * * * * * ** *
19273262 TGAAATAGATAACTATTCTAATAATCTTAACT-ATTTAAATTGATTCAGCAAACATATTTATTTT
1 TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTAATTAAAATTG-TTCAATAAACAGATTTATTTT
* * *** *
19273326 TTTAA----TTATTTATTAATTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATTAA
64 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAA-TAA
* * * * * *
19273386 CTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATT
127 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATCACAAAA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
19273451 TGTCCAAATAGTCATAACTA-TGAA-TTGCGTTAGA-AAACATCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGC
191 TGTTCAAATAGTCATAACTATTGAACTT--GTTCGACAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
19273513 TTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGGATATGTTATTATTTGAAAC
253 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATATGTTATTAATAGAAAC
* *
19273578 AATTGTTTTATGACAAGACAAAAAG-TTAAAACAATT
318 AATTGTTTTATGACAA-ACAAAAAGATCATAACAATT
*
19273614 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTAAAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTT
1 TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-CTAATTAAAATTGTTCAATAAACAGATTTA-TTTT
* * *
19273679 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGT
64 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-C
* * * * *
19273744 TTGTATGAACTA-AAATAATAGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAA
128 TTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATCAC-AA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* *
19273808 TTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTTGTTCGACAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTA
190 TTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTCGACAAACATATTTA--TTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
19273873 CTTATTGATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATC-GAATAAGCTTATGTGAAAAG
252 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATATG-TTAT-T-AATAG
* * * *
19273937 AAACAATTGTTGTATGACAAA-ATAAAGATCATTACGATT
314 AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGATCATAACAATT
* * * * * ** * * * *
19273976 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCTAGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTT
1 TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTAATTAAAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTT
* ** * * * *
19274041 TAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAATTC
65 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAACT-
* * *
19274102 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATT
129 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATCAC-AAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
19274167 GTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATATTTTTAAATCTCCTACGTA
192 GTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTCGACAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** *
19274232 TTAACTTGCAAAATATTAATAAGGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACT-TGTATGAATAGAAA
256 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAAT--A-TGT-TATTAATAGAAA
* *
19274296 CAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGATCCTAACTATT
317 CAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGATCATAACAATT
* * * * * ** * **
19274333 TAAAATAAAAAATTGCTCAAACAGTCATAATAATTTGAGTT-TAATCAATAAACAGATTCGTTTT
1 TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATACTAATTAAAATTGT--TCAATAAACAGATTTATTTT
* * * *
19274397 ATAAATCTTTTATTTAATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCAAATA
64 TTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA
* *
19274460 AGCTTGTAT-AGACATAAACAATT-TGTTTATCACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTTGAAAT
126 A-CTTGTATGA-ACAGAAACAATTGT-TTTATCAC-AAA-AAAAGGTCATAA-TGA-TTTGAAAT
19274522 A
184 A
19274523 AATAGCAAAT
Statistics
Matches: 1007, Mismatches: 193, Indels: 119
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
351 7 0.01
352 63 0.06
353 31 0.03
354 46 0.05
355 66 0.07
356 45 0.04
357 301 0.30
358 89 0.09
359 72 0.07
360 43 0.04
361 79 0.08
362 132 0.13
363 32 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATACTAATTAAAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAACTTG
TATGAACAGAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCATAACTATTGAACTTGTTCGACAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
TTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATATGTTATTAATAGAAACAATTGTTT
TATGACAAACAAAAAGATCATAACAATT
Found at i:19274288 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19272904--19274522 Score: 1252
Period size: 182 Copynumber: 9.0 Consensus size: 180
19272894 AAAGGTAATA
* * * * * *
19272904 AAATAGATAATTATTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAATTGATTTAGTAAAC-TGATTTATTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTAAACTTG-TTCA-TAAACAT-ATTTAGTTT
* * * *
19272967 TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTTTTTTTGGATAAA
62 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAA
* * * *
19273028 CTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT-ATCGATTTT
126 CTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTG
* * * * * *
19273083 AAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAGCTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTC
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCA-TAAACATATTTAGTTTTT-
* * * * * *
19273148 AAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCT
64 AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACT
* * * * *
19273212 TGTTTGAATTA-AAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
128 TGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
19273264 AAATAGATAACTATTCTAATAATCTTAACTATTTAAA-TTGATTCAGCAAACATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCA-TAAACATATTTAGTTTTT
* * * * * *
19273328 TAA----TTATTTATTAATTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATTAACT
64 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAACT
* * *
19273388 TGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTG
128 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
19273440 AGATTGATATTTGTCCAAATAGTCATAACTA--TGAA-TTGCGTT-AGAAAACATCTTTAGTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT--GTTCA-TAAACATATTTAGTTTT
* * * *
19273501 TAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGGAT--A--
63 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACT
* *** * * * * ** *
19273562 TGTTATTATTTGAAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAAAGTTAAAACAATTTT
128 TG-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
19273616 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTAAAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-ATAAACATATTTA-GTTTTT
** * **
19273681 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTT
64 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTT
* * * * *
19273746 GTATGAACTA-AAATAATAGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTTATAATGATTTG
129 GTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
19273798 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTTGTTCGACAAACATATTTATTTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-ATAAACATATTTA-GTTTTT
* * * * * * *
19273863 AAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATC-GAATAAGCTT
64 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTT
* * * * * * * *
19273927 ATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTG
129 GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
19273978 AGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCTAGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCA-TAAACATATTTAGTTTTTA
* * * *
19274043 AA--TC-T-CTTGTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAAT-AATTCT
65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACT-T
** * *
19274103 GTATGAACAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTA
129 GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
19274155 AAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATA-TTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-ATAAACATATTTAGTTTTTA
* * * ** **
19274219 AATCTCCTACGTATTAACTTGCAAAATATTAATAAGGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
* * * *
19274284 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTAACT-ATTTA
130 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG
* * * * * ** ** * *
19274335 AAATAAAAAATTGCTCAAACAGTCATAA-TAATTTGAGTTTAATCAATAAACAGA-TTCGTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTTGTTC-ATAAACATATTTAGTTTT-
* * * * * *
19274398 TAAATCTTTTATTTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAG
63 TAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAA
* * *
19274462 CTTGTAT-AGACATAAACAATT-TGTTTATCACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTTG
126 CTTGTATGA-ACAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA-TTTG
19274518 AAATA
1 AAATA
19274523 AATAGCAAAT
Statistics
Matches: 1153, Mismatches: 232, Indels: 106
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 26 0.02
175 71 0.06
176 167 0.14
177 81 0.07
178 77 0.07
179 111 0.10
180 198 0.17
181 131 0.11
182 249 0.22
183 39 0.03
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCATAAACATATTTAGTTTTTAA
ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGT
ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
Found at i:19301743 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19301717--19301772 Score: 76
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
19301707 GCCCTTGGTC
*
19301717 TCGACACATGCTTCGACCACCA
1 TCGACACATGCTTCGAACACCA
* *
19301739 TCGACACATGCTTTGAATACCA
1 TCGACACATGCTTCGAACACCA
*
19301761 TCGGCACATGCT
1 TCGACACATGCT
19301773 AGTCCCTGGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 30 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.34, G:0.16, T:0.23
Consensus pattern (22 bp):
TCGACACATGCTTCGAACACCA
Found at i:19309582 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19309554--19309597 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
19309544 GGTGTGCACT
*
19309554 CATTTGGGTCTAATTATACACC
1 CATTTGGATCTAATTATACACC
*
19309576 CATTTGGATCTAATTATGCACC
1 CATTTGGATCTAATTATACACC
19309598 TATAACTTAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.23, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
CATTTGGATCTAATTATACACC
Found at i:19311215 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19311164--19311253 Score: 108
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
19311154 CACTGCTCGT
* ** *
19311164 ATGTCATGAGTCAACCTTATAGAGGGCCATAACCAGGCATAGG
1 ATGTCATGAGCCAACCAAATAGAGGGCCATAACCAGGCATAAG
* * * *
19311207 ATGTCATGAGCCACCCAAATATAGGGCCATGACTAGGCATAAG
1 ATGTCATGAGCCAACCAAATAGAGGGCCATAACCAGGCATAAG
19311250 ATGT
1 ATGT
19311254 GCCAAGGAGG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 39 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
ATGTCATGAGCCAACCAAATAGAGGGCCATAACCAGGCATAAG
Found at i:19320968 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 19320930--19320968 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
19320920 TTGAGGCAAT
19320930 AAAAATTGTATTTA
1 AAAAATT-TATTTA
* *
19320944 AAATATTCATTTA
1 AAAAATTTATTTA
19320957 AAAAATTTATTT
1 AAAAATTTATTT
19320969 TTTTATTTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 1
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
13 15 0.71
14 6 0.29
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (13 bp):
AAAAATTTATTTA
Found at i:19321151 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19321101--19321173 Score: 78
Period size: 22 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21
19321091 TTATTATTAA
19321101 ATTTTTTATTTATATTTT-TTT
1 ATTTTTTATTT-TATTTTATTT
*
19321122 AGGTTTTTATTTTATTTTAGTTT
1 A-TTTTTTATTTTATTTTA-TTT
*
19321145 CATTTTTTATTCTA-TTTATTT
1 -ATTTTTTATTTTATTTTATTT
19321166 ATTTTTTA
1 ATTTTTTA
19321174 AAAAAAATTA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 9
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.18
21 10 0.22
22 13 0.29
23 13 0.29
24 1 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.03, G:0.04, T:0.74
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTTTATTTTATTTTATTT
Found at i:19321246 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 19321194--19321275 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 13.5 Consensus size: 6
19321184 TTACCAGTAT
* * * * *
19321194 AAAATA ACAATA ATAATA AAAA-A AACATAAA AAAATC AAAATC AAAATA
1 AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AA-A-ATA AAAATA AAAATA AAAATA
** *
19321243 AAAATCA AAACGA AAAATA AAAAGA AAAA-A AAA
1 AAAAT-A AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAA
19321276 GGAAAAACCT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 11, Indels: 9
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
5 7 0.11
6 45 0.74
7 6 0.10
8 3 0.05
ACGTcount: A:0.78, C:0.07, G:0.02, T:0.12
Consensus pattern (6 bp):
AAAATA
Found at i:19321577 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 19321539--19321628 Score: 87
Period size: 32 Copynumber: 2.7 Consensus size: 33
19321529 AAAAGATCGT
*
19321539 CAGATTTCGATGGCCAAAAAATTTAAA-CTTTT
1 CAGATTTCGATGGCCAAAAAATTTAAACCTTTA
* *
19321571 CTAGA-TTCTGGT-GCCAAAAAATTCAAACCTTTA
1 C-AGATTTC-GATGGCCAAAAAATTTAAACCTTTA
* *
19321604 CAGTTTTCGATGACCCAAAAAATTT
1 CAGATTTCGATG-GCCAAAAAATTT
19321629 TTCAAAAATT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 10
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
32 22 0.49
33 13 0.29
34 10 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (33 bp):
CAGATTTCGATGGCCAAAAAATTTAAACCTTTA
Found at i:19322089 original size:32 final size:30
Alignment explanation
Indices: 19322044--19322108 Score: 103
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
19322034 TGTTTTAAAG
*
19322044 ATTAATAATAATAATAATAATAAAGAACAAA
1 ATTAATAATAATAATAA-AAAAAAGAACAAA
19322075 ATTATATAATAATAATAAAAAAAAGAACAAA
1 ATTA-ATAATAATAATAAAAAAAAGAACAAA
19322106 ATT
1 ATT
19322109 GGTGCCTATA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 19 0.59
32 13 0.41
ACGTcount: A:0.68, C:0.03, G:0.03, T:0.26
Consensus pattern (30 bp):
ATTAATAATAATAATAAAAAAAAGAACAAA
Found at i:19322323 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 19322272--19322630 Score: 352
Period size: 39 Copynumber: 9.3 Consensus size: 39
19322262 AGAGGCTATA
* * * *
19322272 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCATTTCACTAGAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
* * *
19322311 GAACTTTAAATTC-AAAAGCTCTTTTAACCGAAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
* * * * * *
19322349 GAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTCTCATCAAAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
* * * **
19322388 AAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTTTCACCTGAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
* * * *
19322427 AAATTTTAAA-TCCAAAAGCTCATTTAACCAAAGGCAAT
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
*
19322465 GAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
* * * * * ** *
19322504 AAAGTTTAAATGTTAAAAGGCTCCTCTCATTAGAGGCAAC
1 AAACTTTAAAT-TCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
* *
19322544 AAAATTTAAATTC-AAAAGCTCTTTTAACCAAAGGCAAC
1 AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
19322582 -AACTTTAAATTTC--AAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
1 AAACTTTAAA-TTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
*
19322619 CAACTTTAAATT
1 AAACTTTAAATT
19322631 AAAGATCTAA
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 52, Indels: 12
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
37 33 0.13
38 91 0.35
39 108 0.41
40 31 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.21, G:0.11, T:0.27
Consensus pattern (39 bp):
AAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
Found at i:19322400 original size:77 final size:76
Alignment explanation
Indices: 19322272--19322630 Score: 350
Period size: 77 Copynumber: 4.7 Consensus size: 76
19322262 AGAGGCTATA
* * *
19322272 AAACTTTAAATTCAAAAAGC-TCATTTCACTAGAGGCAACGAACTTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
1 AAACTTTAAATTC-AAAAGCTTC-TTTCACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
*
19322336 AACCGAAGGCAAC
64 AACCAAAGGCAAC
* * *
19322349 GAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTCTCATCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGGCT-TCTT
1 AAACTTTAAATTCAAAA-GCTTCTTTCACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAA-GCTCT-TT
* **
19322413 TCACCTGAGGCAAC
63 TAACCAAAGGCAAC
* * * ** *
19322427 AAATTTTAAATCCAAAAGC-TCATTTAACCAAAGGCAATGAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTT
1 AAACTTTAAATTCAAAAGCTTC-TTTCACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTC-AAAAGCTCTTTT
19322491 AACCAAAGGCAAC
64 AACCAAAGGCAAC
* * * * ** * *
19322504 AAAGTTTAAATGTTAAAAGGCTCCTCTCATTAGAGGCAACAAAATTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
1 AAACTTTAAAT-TCAAAA-GCTTCTTTCACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
19322569 AACCAAAGGCAAC
64 AACCAAAGGCAAC
* * *
19322582 -AACTTTAAATTTC-AAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACCAACTTTAAATT
1 AAACTTTAAA-TTCAAAAGCTTCTTTCACCAAAGGCAACAAACTTTAAATT
19322631 AAAGATCTAA
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 43, Indels: 24
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
75 26 0.11
76 9 0.04
77 104 0.46
78 65 0.29
79 23 0.10
80 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.21, G:0.11, T:0.27
Consensus pattern (76 bp):
AAACTTTAAATTCAAAAGCTTCTTTCACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGCTCTTTTAA
CCAAAGGCAAC
Found at i:19322476 original size:116 final size:114
Alignment explanation
Indices: 19322272--19322630 Score: 463
Period size: 116 Copynumber: 3.1 Consensus size: 114
19322262 AGAGGCTATA
* * *
19322272 AAACTTTAAATTCAAAAAGC-TCATTTCACTAGAGGCAACGAACTTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
1 AAACTTTAAATTCAAAAGGCTTC-TTTCACTAGAGGCAACAAAATTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
* * * * *
19322336 AACCGAAGGCAACGAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTCTCATCAAAGGCAAC
65 AACCAAAGGCAA-GAACTTTAAATTCAAAA-GCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
* * *
19322388 AAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTTTCACCT-GAGGCAACAAATTTTAAATCCAAAAGCTCATTT
1 AAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTTTCA-CTAGAGGCAACAAAATTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
19322452 AACCAAAGGCAATGAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
65 AACCAAAGGCAA-GAACTTTAAATTC-AAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
* * * * *
19322504 AAAGTTTAAATGTTAAAAGGCTCCTCTCATTAGAGGCAACAAAATTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
1 AAACTTTAAAT-TCAAAAGGCTTCTTTCACTAGAGGCAACAAAATTTAAATTCAAAAGCTCTTTT
*
19322569 AACCAAAGGCAACAACTTTAAATTTC-AAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
65 AACCAAAGGCAAGAACTTTAAA-TTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
*
19322619 CAACTTTAAATT
1 AAACTTTAAATT
19322631 AAAGATCTAA
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 22, Indels: 14
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
114 1 0.00
115 33 0.15
116 114 0.53
117 67 0.31
ACGTcount: A:0.42, C:0.21, G:0.11, T:0.27
Consensus pattern (114 bp):
AAACTTTAAATTCAAAAGGCTTCTTTCACTAGAGGCAACAAAATTTAAATTCAAAAGCTCTTTTA
ACCAAAGGCAAGAACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAAC
Found at i:19325243 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 19325199--19325279 Score: 162
Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
19325189 CTGGAGATAT
19325199 CAAAACTACTCTAATACCATGCCTCAAAGCATTTGATGCA
1 CAAAACTACTCTAATACCATGCCTCAAAGCATTTGATGCA
19325239 CAAAACTACTCTAATACCATGCCTCAAAGCATTTGATGCA
1 CAAAACTACTCTAATACCATGCCTCAAAGCATTTGATGCA
19325279 C
1 C
19325280 CATCAAAATA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 41 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.28, G:0.10, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CAAAACTACTCTAATACCATGCCTCAAAGCATTTGATGCA
Found at i:19334672 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19334648--19334689 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
19334638 AAAATATCAA
*
19334648 TTATTATTATTTT-CATTTT
1 TTATTATTATTTTACATTGT
*
19334667 TTATTATTGTTTTACATTGT
1 TTATTATTATTTTACATTGT
19334687 TTA
1 TTA
19334690 AATCAATCTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.60
20 8 0.40
ACGTcount: A:0.21, C:0.05, G:0.05, T:0.69
Consensus pattern (20 bp):
TTATTATTATTTTACATTGT
Found at i:19335030 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19334977--19335043 Score: 62
Period size: 23 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
19334967 ATTATTATTA
19334977 AATTTTTTATTTATATTTTTTT
1 AATTTTTTATTT-TATTTTTTT
* *
19334999 AAGTCTTTATTTTATTTTAGTTT
1 AATTTTTTATTTTATTTT--TTT
* * *
19335022 CATTTTTTATTCTATTTATTT
1 AATTTTTTATTTTATTTTTTT
19335043 A
1 A
19335044 TTTATTTTTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 8, Indels: 5
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.26
22 10 0.29
23 16 0.46
ACGTcount: A:0.22, C:0.04, G:0.03, T:0.70
Consensus pattern (21 bp):
AATTTTTTATTTTATTTTTTT
Found at i:19335047 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19335004--19335049 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
19334994 TTTTTAAGTC
*
19335004 TTTATTTTATTTTAGTTTCA
1 TTTA-TTTATTCTAGTTTCA
19335024 TTT-TTTATTCTA-TTT-A
1 TTTATTTATTCTAGTTTCA
19335040 TTTATTTATT
1 TTTATTTATT
19335050 TTTAAAAACA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 5
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.38
18 8 0.33
20 3 0.12
ACGTcount: A:0.20, C:0.04, G:0.02, T:0.74
Consensus pattern (19 bp):
TTTATTTATTCTAGTTTCA
Found at i:19335094 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19335070--19335105 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
19335060 TTATTACCAG
*
19335070 TAATAATATAAAATAACAA
1 TAATAATA-AAAAAAACAA
19335089 TAATAATAAAAAAAACA
1 TAATAATAAAAAAAACA
19335106 TAAAAATCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.50
19 8 0.50
ACGTcount: A:0.72, C:0.06, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
TAATAATAAAAAAAACAA
Found at i:19335142 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19335106--19335161 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
19335096 AAAAAAAACA
*
19335106 TAAAAATCAACATAAAAAT
1 TAAAAATCAAAATAAAAAT
*
19335125 TAAAAATCAAAATCAAAA-
1 TAAAAATCAAAATAAAAAT
* *
19335143 TAGAAAATAAAAAGAAAAA
1 TA-AAAATCAAAATAAAAA
19335162 GAAAAGGAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 2
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.06
19 29 0.94
ACGTcount: A:0.73, C:0.07, G:0.04, T:0.16
Consensus pattern (19 bp):
TAAAAATCAAAATAAAAAT
Found at i:19335153 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19335108--19335155 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
19335098 AAAAAACATA
*
19335108 AAAATCAACATAAAAATTAAAAATC
1 AAAATCAAAATAAAAATTAAAAATC
19335133 AAAATCAAAATAGAAAA-TAAAAA
1 AAAATCAAAATA-AAAATTAAAAA
19335156 GAAAAAGAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.81
26 4 0.19
ACGTcount: A:0.73, C:0.08, G:0.02, T:0.17
Consensus pattern (25 bp):
AAAATCAAAATAAAAATTAAAAATC
Found at i:19335155 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 19335074--19335166 Score: 71
Period size: 6 Copynumber: 15.2 Consensus size: 6
19335064 TACCAGTAAT
* * * * *
19335074 AATATAA AATAAC AATAAT AATAAA AA-AAA CATAAA AATCAA CATAAA
1 AATA-AA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA
* * * *
19335122 AATTAAA AATCAA AATCAA AATAGAA AATAAA AAGAAA AAGAAA A
1 AA-TAAA AATAAA AATAAA AATA-AA AATAAA AATAAA AATAAA A
19335167 GGAAAAACCT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 12, Indels: 7
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.06
6 51 0.72
7 16 0.23
ACGTcount: A:0.74, C:0.06, G:0.03, T:0.16
Consensus pattern (6 bp):
AATAAA
Found at i:19335161 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19335107--19335161 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
19335097 AAAAAAACAT
* *
19335107 AAAAATCAACATAAAAATTAAAAAT
1 AAAAATCAAAATAAAAATTAAAAAG
*
19335132 CAAAATCAAAATAGAAAA-TAAAAAG
1 AAAAATCAAAATA-AAAATTAAAAAG
19335157 AAAAA
1 AAAAA
19335162 GAAAAGGAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 21 0.84
26 4 0.16
ACGTcount: A:0.75, C:0.07, G:0.04, T:0.15
Consensus pattern (25 bp):
AAAAATCAAAATAAAAATTAAAAAG
Done.