Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168285.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_512, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24460
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Found at i:840 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 301--1719 Score: 1207
Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 179
291 CAAACACCTA
* * * * * *
301 TATTTTTTAAAT-TTCTTACCTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTG
1 TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
** * *
365 AATAAGTTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAA
65 AATAAACTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
428 TAGATAACTATTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCAATAAATAGATT
129 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAATAGA-T
* * * * * * * *
481 TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAGCACTGTGTTATTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * *
546 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATA
66 ATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * **
611 AATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTT-ATGCTTTCTTGGTAAATAGAT
131 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AC-TTGTTCATAAATAGAT
* * * *
661 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTTATTTTC
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTG
* * * * * * ** *
726 AATAAACTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTAAAGACAAAATAAAAGGTCATAGCTTTTTAAAAT
65 AATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * *
791 AGATAATTTTTCAAATAGTC-TAAACTATTTGAACATGTTCATAAAATAGAT
130 AAATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCAT-AAATAGAT
* * * * *
842 TAATTTTTTAAAT-TTTTACTCGATTAATTTTTGGAATATTAATAATTTTA-TTTTATTTTATTC
1 T-ATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTT
** * * *
905 AAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGTTTTGAA
63 TGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
970 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
128 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAATAGAT
* * * * * * *
1023 TCATTGTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTG
1 T-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * ** * ** *
1088 AATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAATAGGTCATAACGATTTGAAAT
65 AATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
1153 ATATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTAGATAAACATATT
130 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CATAAATAGA-T
* * * * * * * * * ***
1205 TATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATGAAGAAACTAATATTATTTTAATCCAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * *
1270 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTC--AACAATTTGAAATA
66 ATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * *
1333 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTCGTAAACAGAT
131 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCATAAATAGAT
* * * * * **
1383 T-TATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAAATTTGCATTGTTGCA-TTT
1 TAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * ** * * * *
1445 GAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAA-AAATATTTTATGGTAAAATAATAGGTTATAGCGATTTGA
64 G-AATAAACTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * *
1509 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATT
127 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAATAGA-T
* * * *
1564 TATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTTA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
** * * * *
1625 ATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
66 ATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * *
1690 GATCATTATTTAAACAGTTATAACTATTTG
131 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
1720 TACTGGTCAA
Statistics
Matches: 996, Mismatches: 212, Indels: 65
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.01
177 105 0.11
178 82 0.08
179 58 0.06
180 201 0.20
181 491 0.49
182 50 0.05
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
ATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAATAGAT
Found at i:881 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 23--2932 Score: 1411
Period size: 362 Copynumber: 8.2 Consensus size: 360
13 ATGTAAGTTC
** * * * * * * *
23 TTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCAAAAG-AATTTTAAATTGATAATT
1 TTATGAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTC-ATAGCGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
87 GTTCAAATATTCATATCTATTTGAACTTGTTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGC
65 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCA-TAAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTAC
* * * * * *
151 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTT-TGAATAAGTTTGTATGAACTA
128 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * * * * * *
215 AAATACTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGT
192 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGT
* ** *
280 C-T---TA----A--TTATTT--CAAACACCTATATTTTTTAAAT-TTCTTACCTATTAATTTTT
257 CATAACTATTTGATCTTATTTGGTAAACAGAT-TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTT
* * * * * *
332 TGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAAT-AAGTT
319 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
** *
373 TGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAAC
1 T-TATGAACAA-AAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
436 TATTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
64 TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCATA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * * *
500 CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAGCACTGTGTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGA
128 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAA
*
565 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTC
193 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTC
* *
630 ATAATTATTT-ATGCTT-TCTTGGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
258 ATAACTATTTGAT-CTTAT-TTGGTAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-
* * * *
693 GAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTTATTTTCAATAAACTT
320 AAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* * * ** * *
735 TTATGAACAAAAACAATTGGTTAAAGACAAAATAAAAGGTCATAGCTTTTTAAAATAGATAATTT
1 TTATGAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTA
* * *
800 TTCAAATAGTC-TAAACTATTTGAACATGTTCATAAAATAGATTAATTTTTTAAAT-TTTTACTC
66 TTCAAATAGTCAT-AACTATTTAAACTTGTTCATAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-
* * * * * *
863 GATTAATTTTTGGAATATTAATAATTTTA-TTTTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAA
129 TATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * * *
927 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGT-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
193 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-TATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGT
* * * * * * * *
991 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTGTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTCA
257 CATAACTATTTGATCTTATTTGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-T
* * *
1056 AAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAATAAGCCT
320 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* ** * * ** * * *
1097 ATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAATAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTA
1 TTATGAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
1162 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTAGATAAACAT--ATTTATTTTTAAAATCTTTTACT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-CATAAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * * * * *
1225 TATTAATTGTCAAAATATGAAGAAACTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
129 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * *
1290 ACAATTGTTTCATGACAAAACAAAA-AGTC--AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
194 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTC
* * *
1352 ATAACTATTTGAAT-TTATTTCGTAAACAGATT-TATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCT
258 ATAACTATTTG-ATCTTATTTGGTAAACAGATTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTT
* * * ** *
1415 AAATATTAATAAATTTGCATTGTTGCA-TTTGAAATAAGCTT
320 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTT
* * * * ** * * * *
1456 GTATAAATAGAAAAAAATAT-TTT-ATGGTAAAATAATAGGTTATAGCGATTTGAAATAAATAAT
1 TTATGAACA-AAAACAAT-TGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAAT
* *
1519 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGT-AAATAGATTTATTTTTTAAA---TTT-C
64 TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-ATAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
1579 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTTAATAAGTTTGTATGAATAAA
128 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * *
1644 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATCATTATTTAAACAGT
193 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGT
* ** *** ** * * ** * *
1708 TATAACTATTTG-TACTGGTCAAGCCAACAGTTTTATCTTTTAAATC-CATAGTAAATTAGCATT
257 CATAACTATTTGAT-CTTATTTGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTA--ATT
* ** * * * * * * *
1771 ATTT--TTATT-CCAAATAAG-A-TAGTATGA-ATAGAAAACAATTATT
317 -TTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATA-AA--CTT
** * *
1814 TTATG-AC-AAAAC-A------AATG----------A--TCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
1 TTATGAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * *
1858 TTTAAATAGTTATAAGTAATTGAACTAGTTTAGT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCA-TAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * * *
1922 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATCTTATT-TCAAACAATCTTATATGAATAAAA
130 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * *
1986 ACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
194 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCA
* ** ** * * * ** *
2051 TAATTATTTGAAT-TGGTTCAGCAAATAGAATTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTGATTTTTGA
259 TAACTATTTG-ATCTTATTTGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A
* * *
2115 AATATTAAT--ATT-TTTTTATTTTATTTCGAAT-AACTT
321 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* * * * ** * ** * *
2151 AGTAAGAACTGAAAAA-AATTATTTTACAACAAAATAGAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAAAGA
1 -TTATGAAC--AAAAACAATTGTTTAATGACAAAACA-AAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * *** * * *
2214 AATGTTCATATAG-CTTTAACTATTCGAAGTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
62 ATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTTGTTCATAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* ** * * * * * * *
2278 AGTTATTAATTTCCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGGATA
126 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GA-A
* * * * * * * * * *
2343 GAAATATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATG-TTATAA-TAGTTTGAAATATACAATTGTGCAA
189 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACTA-TTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * ** * * * **
2406 ATAGTAATAACTGTTTGAACTGGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCCTACTTATTAA
252 ACAGTCATAACTATTTGATCTTATT-TGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
**
2470 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAGGCTT
315 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* ** * * * * * * *
2516 GTATGATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATGGATAATTG
1 TTATGAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * ** * * * *
2581 CTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTAACTT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-ATAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * ** * ***
2645 ATCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATACTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGAAGTCAA
130 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * * *
2709 ATAATTATTTTATGATGAAATA-AAAAG-TTATAA-TGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAG
194 ACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAG
* * * * * *
2770 TCAAAACTATTTGAACTT-GTTCG-AATACTA-ATTTATTTTTTTAAT-TTCTTCCTTATTAATT
256 TCATAACTATTTGATCTTATTTGGTAA-AC-AGA-TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-T
* * * ** * *
2831 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAGCAT
316 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* *** * * * * * *
2876 GTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTTAGAACGATTTGAAAT
1 TTATGAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAAC-AAAAGGTCATAGCGATTTGAAAT
2933 TTGTTTAGTA
Statistics
Matches: 1985, Mismatches: 439, Indels: 261
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
337 70 0.04
338 6 0.00
339 8 0.00
340 8 0.00
341 153 0.08
342 9 0.00
343 1 0.00
348 3 0.00
349 118 0.06
350 61 0.03
351 31 0.02
353 2 0.00
354 1 0.00
355 85 0.04
356 11 0.01
357 56 0.03
358 35 0.02
359 187 0.09
360 300 0.15
361 114 0.06
362 507 0.26
363 187 0.09
364 25 0.01
365 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TTATGAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCATAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATA
ACTATTTGATCTTATTTGGTAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
Found at i:1911 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 1624--1913 Score: 391
Period size: 160 Copynumber: 1.8 Consensus size: 159
1614 TGTTATTTTT
* * * *
1624 AATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGATAGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
1689 AGATCATTATTTAAACAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAAGCCAACAGTTTTATCTTTTAAATC
66 AAATAATTATTTAAACAGTTATAACTAATTGAACTAGTCAAGCAAACAGATTTATCTTTTAAATC
1754 CATAGTAAATTAGCATTATTTTTATTCCA
131 CATAGTAAATTAGCATTATTTTTATTCCA
*
1783 AATAAGATAGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGATAGTATGAATA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA
* * * ** * * *
1848 TAAATAATTGTTTAAATAGTTATAAGTAATTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
65 TAAATAATTATTTAAACAGTTATAACTAATTGAACTAGTCAAGCAAACAGATTTATCTTTTAAAT
1913 C
130 C
1914 TCTTACTTAT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 20, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
159 16 0.15
160 94 0.85
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (159 bp):
AATAAGATAGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
AAATAATTATTTAAACAGTTATAACTAATTGAACTAGTCAAGCAAACAGATTTATCTTTTAAATC
CATAGTAAATTAGCATTATTTTTATTCCA
Found at i:2654 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 1759--2932 Score: 987
Period size: 179 Copynumber: 6.5 Consensus size: 182
1749 AAATCCATAG
* * * * *
1759 TAAATTAGCATTATTTTTATTCCAAATAAGATAGTATGAAT-AGAAAACAATTATTTTATGACAA
1 TAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA-AAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * *
1823 AACAAATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAAGTAATTGAACTAGTT
64 AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* **
1888 -TAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
129 CGA-TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
1942 TAAATTAATATTATCTTATTTCAAACAATCTTATATGAAT-AAAAACATTTTTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * *
2006 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTC-
66 CAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
* * * * *
2070 AGCAAA-TAGAATTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTGATTTTTGAAATATTAA
131 A-TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * **
2123 T--ATT-TTTTTATTTTATTTCGAATAA-CTTAGTAAGAACTGAAAAA-AATTATTTTACAACAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAA-TGAAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * *
2183 AATAGAAAG-TCATAAAGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAG-CTTTAACTATTCGAAGTAG
64 AACA-AAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG
** * * *** *
2246 TTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCCAAAATATTAT
127 TTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * * *
2302 TACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGGATAGAAATATAATTGTTTTATGATAGA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
2367 ACAAAATGTT-ATAA-TAGTTTGAAATATACAATTGTGCAAATAGTAATAACTGTTTGAACTGGT
65 ACAAAA-GTTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * *
2430 TCTATAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
128 TCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* *
2485 TAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * *
2548 TAAAAGTTCATAACGATTTGAAATGGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCG
66 CAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
* * *
2613 ATAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAA
131 ATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * ** * *
2665 TAAAGTAATACTATTTTATTTTTG-ATAAGCTTTTATGAA-GTCAAATAATTATTTTATGATGAA
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTATTTTATGA-CAA
* * * *
2728 ATA-AAAAGTT-ATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGT
64 A-ACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * *
2790 TCGA-ATACTAATTTATTTTTTTAATTTCTTCCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAA
128 TCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
* * * * *
2844 TAAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATG-GAAACAATTATTTTATGACTAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
*
2908 CAAAAAGGTT-AGAACGATTTGAAAT
66 C-AAAA-GTTCATAACGATTTGAAAT
2933 TTGTTTAGTA
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 168, Indels: 66
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 4 0.01
178 27 0.03
179 188 0.24
180 185 0.23
181 172 0.22
182 89 0.11
183 125 0.16
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
ATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
Found at i:2808 original size:542 final size:536
Alignment explanation
Indices: 1759--10394 Score: 4390
Period size: 542 Copynumber: 16.1 Consensus size: 536
1749 AAATCCATAG
* *** * * *
1759 TAAATTAGCATTATTTTTATTCCAAATAAGATAGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAAA
1 TAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGATAAA
* * * * * *
1824 ACAAATGATCATAAT-GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAAGTAATTGAACTAGTT
64 ACAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAGTT
* * ** *
1888 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAT
127 TA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * *
1953 TATCTTATTTCAAACAATCTTATATGAAT-AAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
191 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
* * ** *
2017 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCAGCAAA-TAGAA
255 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCA-TAAACT--AA
* * * ** * *
2081 TTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTGATTTTTGAAATATTAAT--A-TTTTTTTATTTTATTTCG
317 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * ** * * *
2143 AATAA-CTTAGTAAGAACTGAAAAAAATTATTTTACAACAAAATAGAAAGTCATAAAGATTTGAA
382 -ATAAGCTT-TTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * * *
2207 ATAAAGAAATGTTCATATAG-CTTTAACTATTCGAAGTAGTTCGGCAAAC-AAATTTATTTTTTA
443 ATAGATAATTGTTTAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTA
** *
2270 AATCTCTTAGTTATTAATTTCCAAAATATTAT
505 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * *
2302 TACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGGATAGAAATATAATTGTTTTATGATAGA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AA-ACAATTATTTTATGATAAA
* * * * * * *
2367 ACAAAATGTTATAATAGTTTGAAATATACAATTGTGCAAATAGTAATAACTGTTTGAACTGGTTC
64 ACAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTT-
* *
2432 TATAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
127 TATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
2497 A-TTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAA
192 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
* * * *
2561 CGATTTGAAATGGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTAATTCA
257 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTC-ATAAACTAATT-A
* * * *
2626 TTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATACTATTTTATTTTTGAT
320 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTTTGAT
* * * * * *
2691 AAGCTTTTATGAAGTCAAATAATTATTTTATGATGAAATAAAAAGTTATAATGATTT-AAATAGA
384 AAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAT-AAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
2755 TAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCGAATACTA-ATTTATTTTTTTAATTTCT
448 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAA-ACTAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** ** *
2819 TCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
512 TAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* ** * *
2844 TAAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACT-AAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-TAAAA
* * *
2908 CAAAAAGGTTAGAA-CGATTTG--A-A-AT--TTGTT----TAGTA-AA-TA---G----A--TT
65 C-AAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAGTTT
* * *
2951 -T------A--T-TTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTATG-AATGTTAATAAATTAGTATT
128 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
3005 AATTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
192 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
* * * ** * * *
3068 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCAATTGAACTAATTCATTAACAAATTT
255 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCATAAACTAA-TT
* * * ****
3133 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAA
319 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTTTGA
* ** * *
3198 TAAGCTTATACAAAC-AAAACAATTGCTTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
383 TAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
3262 GATAATCGTTCATAGAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTT
446 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AACTAGATTTATTTTTTAAATCT
* *
3327 CTTAGTTATT-ATGTTTTGAAATATTAT
510 CTTAGTTATTAAT-TTTTAAAATATTAA
** ** * * * * *
3354 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATAAATAG-AACTAATTATTTGATAACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTATTTTATGATAAAA
* ** * * * * * *
3418 TAAAATTTTATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTT
65 CAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAGTTT
* * * *
3482 GATAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AGATATTAATAAATTAGTAT
128 -ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * ** * * *
3546 TATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAGCAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAG-TAAT
191 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCAT
* * * *
3610 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTTGATAAA-TAGAA
255 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AATTCATAAACT--AA
* * * * * * **
3674 TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCC
317 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
* * * ** * * * * **
3738 AAATAGCCTTGTATTAGTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCACAACAATTTGAAA
382 ATA-AG-CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAA
* ** * * *
3803 TAAATAATTGTTCATAAA-A-TTTTAACTGTTGGAAC-TGTTCAGCAAAC-ATATTTATTTTTTA
444 TAGATAATTGTT--TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTA
* * *
3864 AATCTCTTAGTT-TTTATTTTTAGAATATTAC
505 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * *
3895 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTATGATAAAAT
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC
* ** * **
3960 AAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTATGG
66 AAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGT-TTA
* * * * *
4025 TAAACAAAATTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAACTCTTGAAGTATTAGTAAATTAGTATTAT
129 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** * *
4086 TTTATTTCGAACAAGATTTTATGTTGAAAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATAATAATG
194 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACG
* * *
4151 ATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTG----AA--C-T--ACT--TTATTTT
259 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCATAAACTAATTATTTT
* ** *
4205 TTAAATCTCTTA-TCTATTAACTTTCAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAG
324 TTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-GATAAG
* * * * * * * *
4269 CTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTTAAGTTGATAA
387 CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* *
4334 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC-A-ATTTTATTTTTTCAAATCTC-
451 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG--AAACTAGA-TTTATTTTTT-AAATCTCT
* *
4396 ---TTATTAATTTTTCAAATGTTAA
512 TAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* *
4418 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATATGACT-AA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-TAAA
* * * * * * * * *
4481 ACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTCAACTATTTTATCTAGTTC
64 ACAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAT-AACTATTTGAACTAGTTT
** ** * *
4546 AGTAAACACTTTTCCTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
128 A-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * *
4607 ATTTT-TATTCAAATGAA-CTTGTATAATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAA-TATCA
192 ATTTTAT-TTTGAAT-AAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCA
* * * * * * *
4668 TAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAAC-AGC
254 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTC-ATAAACTA--
* * * *
4732 TTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAAGTAG--------TATTTT
316 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
4788 GA-AAGAGTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATG-TCAAAACGAAAGGTCATAATGACTTCAA
381 GATAAG-CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAT-AAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAA
*
4851 ATAGATAATTGTTTAAATA-TCA-AATCTATTTG-A---GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTA
443 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGA-AACTAGATTTA-TTTTTTA
* * ** * *
4910 AATCACTT-GCTCACGAAATTTTT-GAATGTTAA
505 AATCTCTTAG-TTA-TTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * *
4942 TAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGACT-AA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-TAAA
* * * * * * *
5005 ATAAAAGGTCGA-AATAATTTGAACTAGATAATTGTT-ATAATAGTTTTAAGTATTTGAATTGGT
64 ACAAAAGGTC-ATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAG-TATAACTATTTGAACTAGT
**** * * * *
5068 CCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTGATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGT
126 -TTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT
* * * *
5132 ATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATG--GAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGAT
189 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATG-AA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT
* * ** * * * *
5194 CTTAATGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACAA
252 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCA-TAAACTA
* ** * *
5258 ATATAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTT
316 AT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
* * * * * **
5319 TGAATAA--TTTTGCATGAACAAAAATAATTTTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
380 TG-ATAAGCTTTT--ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
5382 AATAGATAGTTATTTAAATGGACATGATTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA
442 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AACTAGATTTATTTTTTAA
* * ** * * *
5447 GTCTCCTACCTATTAGTTTTCAAAATTTTAA
506 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* *
5478 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC
* * * * * * * **
5543 AAAAGATCATAACTA-TTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAATCATAAGTATTTGAACTTGCTCG
66 AAAAGGTCATAA-TAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAG-TTT
* * * *
5607 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
128 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * *
5672 TTTTATTTTAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAA
193 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAA
* * ** *
5736 CTATTTG-AA-CG-----TGTTC-AA-A---A-AA-TA---G-A-T--TT-AT----TTTTTAAT
257 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCATAAACTAATTATT
* * *
5775 TTTT---T-TCTTA-TTAATT--TTT--GAAATATTAATAAATTTA-TATAATTTTATTTGGAAT
322 TTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTG-AT
* * * * * *
5830 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGA
384 AAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
5895 AAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTC
448 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
5959 TTACTCAATAATTTTCAAAATATTAA
511 TTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * * * **
5985 TAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CCTACATGAATTGATACAATTGTTTTAT-ACGAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC
* * * * * * *
6048 AAACA-GTCATAA-CGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACTTATTATTATTTGAACTTGCTT
66 AAA-AGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTATAACTATTTGAACTAG-TT
** * * * * * * *
6111 GGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAAT
127 TATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
6176 ATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAG-TCAT
192 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCAT
* * * * ** *
6239 AAC-AGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAATGATATGAACTTGTTCAATAAA-GAGA
255 AACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTC-ATAAACTA-A
* * * ** *
6302 TTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATTT-TAATATTAATAATTTTA-TTTTATTTTATT
317 -TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAA-AGTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * * *
6365 CAAAATAGGCTTGTATGAA-TAGAAA-ATTTTATTTTATAACAAAAAAAAAG-GAT-ATAGCAAT
379 -TTGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACA-ATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTCATAAT-G--AT
* * * * * * * * * *
6426 TTCAAATAGGTAATTGTTCAAATTGTCATGATTATTTAAACTTGTTCGATAAATA-AATCATTTT
438 TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AACTAGATTTATTTT
* * *
6490 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAA
502 TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * *
6525 TAAATTGGTATTATTTTA-TTTCAATAAACTTATATGAACT-GAAACAATTCTTTAATGATAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAA
* * * * * * * *
6588 CAAAAGGTTATAAT-GATTTGAAATGGATAATTATTTATATAGTCATGACTAATTGATCTAGTTT
65 CAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTT
* * * ** * ****
6652 GGTAAATATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGCAAAAATATTAATAAATTAGTAT
128 -ATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * *
6716 TATTTGA-ATTGAATAAGCTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAG-TCA
191 TATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCA
* * ** *
6779 TAACGATTTGAAATAAATAATTTGTT-AAATAG-CTATAATTATTTAAACTGGTTTGATAAA-TA
254 TAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACT-AATTCATAAACTA
* * ** * *
6841 GATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAGTTTTTGAATTATTAATTGATTAGTATTATCTTATT
316 -A-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
6902 TCGAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTG
379 TTG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * * *
6967 AAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTT--ACATTGGTTAGGTAAA-TA-AATT-TTTT
441 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TT-GTT-CG-AAACTAGATTTATTTT
* *
7027 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAA
502 TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* *** * * * *
7062 TAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTG-AA-AATTTTGTTCTATGACAA
1 TAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT-TT-TATGATAA
* * * * * * *
7124 AACAAAAGATCATAAT-GTTTTGAAATAGATAACTATT-ATTATAGTATAAAATATTTGAATTGG
63 AACAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTAT-AACTATTTGAACTAG
* * ** * *
7187 TTTAACAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTGGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGATTAG
125 TTT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
** * * * * *
7250 TATTATTTTATTTTGGGTGAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT
188 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GT
* * * * * **
7314 T-ATAACAATTTGAAGTATGA-AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAATAAA-
251 TCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTC-ATAAAC
* * *
7376 TAAATTTACTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGATAA-ATTAAAAAATTAGTATCATT
314 T-AA-TTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATT
* ** * * * * * * * * *
7440 TTATTTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTTGTTATATGACCATACAAAAGGTAATAACG
374 TTATTTTG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA-TTGTTTTATGA-TAAAAAAAAAGTCATAATG
* * *
7505 ATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-G--------ATTTG-----G-T--AAAC-AGATTCATTT
436 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAACTAGATTTATTT
* *
7552 TTTAAATCTC----TTACTAATTTTTGAAATATTAA
501 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * *
7584 TAAATTTGTATCATTTT-TTTT-AATATA-CTTGTATGAACT-GAAATGATTGTTTTATGAAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAA
* * * ** *
7645 ACGAAAGGTCATAATAATATGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTCATAACTGTTTGAACT-GTTT
64 ACAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAG-TT
* * * * * *
7709 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAAAATTATTAAATTAGTTT
127 TA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
7774 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATTG--AAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAATGTT-
191 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTC
* ** * * *** * *
7836 ATAACGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAATAG---GACTGGGTTCAA-TAA---ATAGA-T--T
253 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCATAAACTAAT
* * * * **
7891 TATTTTTTGAATCTCCTACTTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
318 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TG
* *
7956 ATAAGCTTGTATGATGAA--AAAACAATTGTTTTATGA-CAACAAAAAGTTCATAATGATTTGAA
382 ATAAGCTT-T-T-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAA
* * * * * *
8018 ATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAAGTATTTGAAC-TGATTCAGTAAA-TAGATTCACTTTTTA
443 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTA
* * *
8081 AAT-TATTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
505 AATCT-CTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* ** * * ** * *
8113 TAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATTGAAGTAATTATTTTAAGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC
* * * * ** * **
8178 AAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACTTATTTGAATTGTATGATTTAGTTATGACTATTTGATT
66 AAAAGGTCATAAT-AGTTTGAA-ATA--GA--T-AATTGT-TCAAATAG-TATAACTATTTGAAC
* * * * *
8243 TAG-TCAT-AACTAAATTGTATGATTTAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGAAAATAGATTTA
122 TAGTTTATAAAC-AAATT-TAT--TTT--T--TAA--ATCT---CTTA-CT------T--ATTAA
* * * * * * *
8306 TTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGGATA
165 TTTTTGAA----ATA-TTAATAA-ATTAGTA-----------------TTATTTTATTTTGAATA
* *** * * *
8371 AGCTTTTATGAATCAAAACAATTGTTTTATGACTAAA-AAAA-TGTCATAACAATTTTAAATA-A
207 AGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * ** * *
8433 GTAATTATACATATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT
271 -TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTC-ATAAACTAA-TTATTTTTT-AAATCT
* * * ** * * * *
8498 TTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATTTATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
332 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTTTATGA
* * * * * * ** *
8563 TA-TGAAACAAATATTTTATGACT-AAAGAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT-
396 -ACTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TA
** * * * *
8625 AATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTA
458 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG--AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
** *
8689 ATTTTTGGAATATTAT
521 ATTTTTAAAATATTAA
* *** * * * * *
8705 TAATTTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATAAGAAACAATTGTTTAACGACAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGATAAA
* * * * * * *
8768 AC-AAAGATCATAA-CGATTTGAGATTGATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTT
64 ACAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTT
* * *
8831 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAGTAT
127 T-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
8896 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGATCAAAAATAATTATTTTATAATAAAAC-AAAGGTCATA
191 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * * * * * ** *
8960 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAACAAATTT
256 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AATTCATAAACTAA-TT
* * * * * **
9025 ATTTTTTAAACCTCTTACTTATTGATTTTTGAAATATCAATAAAATAATATTATTTTATTCCGTA
319 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG-A
* * * * * * ** *
9090 TAAGCTTGTACT-TATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTTAAATA
383 TAAGCTTTTA-TGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
9154 GATAACTGTTCAAATAGTAATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATC
446 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AACTAGATTTATTTTTT-AAATC
** ** * *
9219 TCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAT
509 TCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * *
9247 TAAATTAGTATTAATTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGACT-AA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-TAAA
* * * * * * * * * *
9310 ACAAAA-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAATTTTAACCATATAAACTGGTT
64 ACAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCA-AAT-AGTATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * *
9373 TGTTAGATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTAT
127 T-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** ** * * * * * *
9438 TATTTTAATCTGAATAAGCTAGTACAAACAAAAAAAAATTATTGTATGACAAAACAAATGGTCTT
191 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
* ** * ** * * ** *
9503 AACGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAATTAGATT
255 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCATAAACTA-A-T
* * * * * * * *
9568 TATTTTTT-ATTTTCTTAGTTACTAAGTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATG
318 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
***** * * * * * * *
9631 AATAAAAAAGTATGGAC-AGAACCAACTGTTTGATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAA
382 -ATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
9695 TAGATAATTATTTAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAA-TAGATTTACTTTTTCAA
444 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-AAACTAGATTTATTTTTTAAA
* *
9759 TCACTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAA
507 TCTCTTAGTTATTAATTTT-TAAAATATTAA
* ** * * * * * * *
9789 TAAATTAGTATTCTTTTATTTCAAACTGA-CTTATATGAACAAAAACAGTTGTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAA
* * *
9853 CAAAAAGTAATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATACTTATTTGCACTAGTT
65 CAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATA-AC-TATTTGAACTAGTT
* * * * * * *
9916 TGGTAGATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTGGAAATATTAACAATTTAGTT
127 T-ATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
9976 TTATTTTATTTCGAATAAACTTGTTTGAGCTG--AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTC
190 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA--TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTC
* * * * ** * * *
10039 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGACAAACGAA
253 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AATTCATAAACTAA
* * ** * *
10104 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC
317 -TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-
** * * * * * * * *
10169 AAATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAA-CATTTTTA
380 TGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGTCATAATGA-TTTGA
* * * *
10232 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAAC-AGATTTATTTTTTA
442 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-AAACTAGATTTATTTTTTA
* *
10296 AATCTC----TTACTAATTCTTAAAATATTAA
505 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * **
10324 TAAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-GGTTAGAAAACAATTATTTTATGATAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGATAAAA
10388 CAAAAGG
65 CAAAAGG
10395 AAATAACAAT
Statistics
Matches: 6283, Mismatches: 1305, Indels: 1018
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
505 168 0.03
506 122 0.02
507 205 0.03
508 151 0.02
509 165 0.03
510 98 0.02
511 5 0.00
512 6 0.00
513 9 0.00
514 1 0.00
515 10 0.00
516 1 0.00
517 5 0.00
518 10 0.00
519 11 0.00
520 99 0.02
521 137 0.02
522 93 0.01
523 223 0.04
524 280 0.04
525 130 0.02
526 35 0.01
527 25 0.00
528 124 0.02
529 39 0.01
530 11 0.00
531 54 0.01
532 47 0.01
533 45 0.01
534 35 0.01
535 108 0.02
536 255 0.04
537 390 0.06
538 250 0.04
539 231 0.04
540 211 0.03
541 626 0.10
542 683 0.11
543 583 0.09
544 136 0.02
545 28 0.00
546 10 0.00
549 4 0.00
550 1 0.00
556 1 0.00
558 15 0.00
559 6 0.00
560 2 0.00
562 1 0.00
563 7 0.00
564 13 0.00
566 1 0.00
572 1 0.00
573 4 0.00
576 3 0.00
578 4 0.00
579 1 0.00
580 32 0.01
581 41 0.01
582 4 0.00
583 21 0.00
584 10 0.00
585 7 0.00
586 3 0.00
587 1 0.00
588 3 0.00
589 2 0.00
590 8 0.00
591 16 0.00
592 154 0.02
593 61 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC
AAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAGTTTATA
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCATAAACTAATTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGATAAGCTTT
TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
ATTTTTAAAATATTAA
Found at i:2987 original size:149 final size:147
Alignment explanation
Indices: 2800--3080 Score: 404
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
2790 TCGAATACTA
* * *
2800 ATTTATTTTTTTAATTTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT-ATCTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAAT-TTATT
* *
2864 -TCAAATAAGCATGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTTAGAACGATTT
65 CT-AAATAAGCATGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCAAAACGATTT
2928 GAAATTTGTTTAGTAAATAG
128 GAAATTTGTTTAGTAAATAG
*
2948 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTCCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
* ** * * *
3013 CTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
65 CTAAATAAGCATGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGA
3078 AAT
130 AAT
3081 AGATAATTGT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 12, Indels: 6
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 31 0.26
149 84 0.71
150 3 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (147 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
TAAATAAGCATGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAA
ATTTGTTTAGTAAATAG
Found at i:3254 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2948--5744 Score: 1766
Period size: 181 Copynumber: 15.7 Consensus size: 179
2938 TAGTAAATAG
* *
2948 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTATG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
1 ATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *** * * *
3011 TTCTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTT
63 TTCTAAATAAGCTTGTAT-AAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * * *
3076 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCAATTGAACTAATTCATTAACAA
127 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCATAAACAA
* *
3129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *
3194 AAAATAAGCTTATACAAACAAAACAATTGCTTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* * * * * ** *
3259 ATAGATAATCGTTC-ATAGAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTCGACAATTAG
130 ATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-ATAAACAA
* * *
3310 ATTTATTTTTT-AATTTTCTTAGTTATT-ATGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * ** * **
3373 T-TCAAATAAAATAGTATAAATAGAACTAATTATTTGATAACAAAATAAAATTTTATAACGATTT
64 TCT-AAATAAGCTTGTATAAACAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * * * * * *
3437 GAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TAAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAACAT
127 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAG-TTCATAAACAA
* * * *
3491 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
3555 -TCAAACAAACTTATATTAACAAAAGCAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTG
65 CT-AAATAAGCTTGTATAAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * * *
3619 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTGATTTGATAAATAGA
128 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACT-AGTTCATAAACA-A
* * * * * *
3673 A-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTTTTATTCTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* **** * * * * *
3737 CAAAT-AGCCTTGTATTAGTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCACAACAATTTGA
66 TAAATAAG-CTTGTA-TAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
* * * * * * *
3801 AATAAATAATTGTTCATAA-AATTTTAACTGTTGGAACT-GTTCAGCAAACAT
129 AATAGATAATTGTTC-TAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCA-TAAACAA
* * * *
3852 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-TTTATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * **
3915 TTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTGA
65 CTAAATAAGCTTGTATAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
* * **
3980 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTATGGTAAACAA
129 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGT-TCATAAACAA
* * * * *
4032 AATTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAACTCTTGAAGTATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * ** * ** * *
4092 TCGAACAAGATTTTATGTTGA-AAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATAATAATGATTTG
66 T-AAATAAGCTTGTA--TAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * * * *
4156 AAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTG-A--A---C-T--AC--
128 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCATAAACAA
* * ** * *
4197 -TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TCTATTAACTTTCAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * *
4260 TTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTTA
65 CTAAATAAGCTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
* * * * * *
4325 AGTTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA
129 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCATAAACAA
* * *
4377 TTTTATTTTTTCAAATC---T-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
4438 -TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTG
65 CT-AAATAAGCTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * *
4502 AAATAGATAATTATTCTAATAGT-TTCAACTATTTTATCTAGTTCAGTAAACAC
128 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT-AACTATTTGAACTAGTTCA-TAAACAA
* ** * *
4555 TTTTCCTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * *
4616 C-AAATGAA-CTTGTATAATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATA--TCATAACAATTT
65 CTAAAT-AAGCTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTT
* * * * * * *
4677 GAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAG
127 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-ATAAACAA
* * * *
4731 CTTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAAT-AA--AGTAGTA--TT-TT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * *
4788 GAAA-GAG-TTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGTCAAAACGAAAGGTCATAATGACTTCAA
66 TAAATAAGCTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* * *
4851 ATAGATAATTGTT-TAAATA-TC-AAATCTATTTG----AGTTCGATAAATAG
130 ATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAA-CTATTTGAACTAGTTC-ATAAACAA
** * * ** * *
4897 ATTTATTTTTTTAAATCACTTGCTCACGAAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
4961 TCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCGA-AATAATTT
64 TCTAAATAAGCTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATAATTT
* * * * * * * ** *
5025 GAACTAGATAATTGTTATAATAGTTTTAAGTATTTGAATTGGTCCGGCAAACAT
127 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-ATAAACAA
* *
5079 ATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTGATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * * * *
5142 TT-TGAATAAGCTTATATGGAAA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAATGATT
63 TTCTAAATAAGCTTGTAT--AAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
** * * *
5204 TGTGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACAA
126 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCA-TAAACAA
* * ** * *
5258 ATATAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * * *
5319 TGAATAATTTTGCATGAACAAAAATAATTTTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* * * * * * * * *
5383 ATAGATAGTTATT-TAAATGGACATGATTATTTGAACTTA-TTCAATAAATAG
130 ATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTC-ATAAACAA
* ** * * ** * * *
5434 ATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAGTTTTCAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
5499 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGA
* * * * * * * * *
5563 AATAAATAATTGTT-TAAACAATCATAAGTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAG
129 AATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-ATAAACAA
* *
5615 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
5680 TAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGA
5744 A
129 A
5745 CGTGTTCAAA
Statistics
Matches: 2047, Mismatches: 444, Indels: 250
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 12 0.01
166 17 0.01
167 20 0.01
168 119 0.06
169 12 0.01
170 40 0.02
171 31 0.02
172 5 0.00
173 6 0.00
174 9 0.00
175 102 0.05
176 102 0.05
177 244 0.12
178 160 0.08
179 179 0.09
180 288 0.14
181 642 0.31
182 56 0.03
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TAAATAAGCTTGTATAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCATAAACAA
Found at i:4534 original size:523 final size:519
Alignment explanation
Indices: 2948--10394 Score: 1792
Period size: 541 Copynumber: 13.9 Consensus size: 519
2938 TAGTAAATAG
* * *
2948 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-
1 ATTTATTTTTT-AAA--T-TTTCTTATTAATTTTTA-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
3011 TTCTGAATAAG-TT-TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA-AGGTCAAAATGA
61 TTC-GAA-AAGATTATATGTGAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA--TCATAATGA
* * * * * *
3073 TTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCAATTGAACTAATTCATTAACAAATTTATTTT
119 TTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG----AA--CA-TAAC---TTTAGTTT
* ** * * * ****
3138 TTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAG
174 TTAAATCTCTTATC-TATTAA-TTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGATAAG
* ** ** * *
3202 CTTATACAAAC-AAAACAATTGCTTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
236 -TTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATA
* * * * * * * * * * *
3266 ATCGTTCATAGAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTT
299 ATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTT
* * * * ** * *
3330 AGTTATTATGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTAT-AAAT
364 A-TT-TAAT-TTTT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * ** * * * * *
3394 -AGAACTAATTATTTGATAACAAAATAAAATTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
425 GA-AAC-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
* * * * * *
3458 AGT-TAAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAACAT
488 AGTAT-CAACTATTTGAACTAG-TCGGTAAACAA
* * *
3491 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAG-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAAT-T-TT-CTTATTAATTTT-TAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * **
3555 TC-AAACAAACTTATAT-TAACAAAAGCAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTT
62 TCGAAA-AGA-TTATATGTGA-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-TCATAATGATTT
* * * *
3618 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTTGATAAATAGAATTA-TTTTC
122 GAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-------ATAACT----TTAGTTTT-
* ** * * * * ****
3682 TAAATCTCTTA-CTTATAAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAAT-AGC
175 TAAATCTCTTATC-TATTAA-TTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGATAAG-
* * ** * * * * * * ** * *
3745 CTTGTATTAGTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAA
236 -TTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAA
** * * * * *
3810 TTGTTCATAAA-A-TTTTAACTGTTGGAAC-TGTTC-AGCAAACATATTTATTTTTTAAATCT-C
300 TTGTT--TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCC
* * * *
3870 TTAGTTTTTATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
362 TTA--TTTAATTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
3935 AGAAACAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
424 TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
*
4000 GTCAT-AACTATTTGAACTAGTATGGTAAACAA
489 GT-ATCAACTATTTGAACTAGT-CGGTAAACAA
* * * *
4032 AATTATTTTTTAAA-TTTCTTATTAACTCTT-GAAGTATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
1 ATTTATTTTTTAAATTTTCTTATTAATTTTTAGAA-TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * *
4095 AACAAGATTTTATGTTGAAAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATAATAATGATTTGAAAT
65 AA-AAGATTATATG-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAACATCATAATGATTTGAGAT
* * * * *
4160 AGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-T-ACTTTATTTTTTAAATCTCTTATCTATT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTATCTATT
*
4223 AACTTTCAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAA
192 AA-TTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTATGAACTAAAACAA
* * * * * * *
4288 TTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTTAAGTTGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
254 TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* *
4353 TATTTGAACTTGTTTGATAAACA-ATTTTATTTTTTCAAATCT-CTTA-TTAATTTTTCAAATGT
319 TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTT-AAATCTCCTTATTTAATTTTT-AAATGT
*
4415 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACT-
381 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA-TA
* * * *
4479 AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTCAACTATTTTATCTAGT
445 AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTATCAACTATTTGAACTAG-
* *
4544 TCAGTAAACAC
509 TCGGTAAACAA
* ** * * *
4555 TTTTCCTTTTTAAA-TCTATTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTC-
1 ATTTATTTTTTAAATTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TTCG
* * * * * * **
4617 AAATGAACTTGTATAATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATATCATAACAATTTGAGAT
65 AAAAG-A-TTATAT-GTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACATCATAATGATTTGAGAT
* *
4682 TGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATC
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-A--T------A-A-CTTTAGTTTTTAAATC
* * *
4747 TTTTA-CTTATTAATTTTAAAATATTAATAAAGTAG-------TATTTT-GAAAGAGTTTTATGA
181 TCTTATC-TATTAATTTCAAAATATTAATAAAGTAGATTATTTTATTTTGGATA-AGTTTTATGA
* * *
4803 ACTAAAACAATTTTTTTATGTCAAAACGAAAGGTCATAATGACTTCAAATAGATAATTGTTTAAA
244 ACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAA
* * ***
4868 TA-TCA-AATCTATTTG-A---GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCACTTGCTCACGAA
309 TAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT--C-TCCTTATTTA
* * * *
4927 ATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAAT
369 ATTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * * * * * * *
4991 TGTTTTATGACT-AAATAAAAGGTCGAAATAATTTGAACTAGATAATTGTTATAATAGTTTTAAG
433 TATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTATCAAC
* * * *
5055 TATTTGAATTGGTCCGGCAAACAT
497 TATTTGAACTAGT-CGGTAAACAA
*
5079 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTGATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAA--T-TTTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * *
5144 T-GAATAAGCTTATATG-GAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCTTAATGATTTGT
62 TCGAA-AAGATTATATGTG-AA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACATCATAATGATTTGA
* *
5207 GATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAACAAATATAGTTTTTAAA
124 GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-----CA-T-AAC---TTTAGTTTTTAAA
* * *
5272 --TCTT-T-TATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGC
179 TCTCTTATCTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGATAAGTTTT--
* * * ** * * *
5332 ATGAACAAAAATAATTTTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTATT
240 ATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
5396 TAAATGGACATGATTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTCC-TACCTAT
305 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTA--T-T
* * * * * *
5460 TAGTTTTCAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAC
367 TAATTTT-TAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC
* * * * **
5524 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTT-TAA-ACAATCA
430 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTATC-
* * *
5587 TAAGTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAG
494 -AACTATTTGAACTAG-TCGGTAAACAA
* *
5615 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA--TTTT-CTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
5679 T-TAAATATGCTTGTATG-AACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAACT-AT
62 TCGAAA-A-GATTATATGTGA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA--TCATAA-TGAT
* * * ** *
5740 TTGA-A-CG-----TGTTCAAA-A--AAT-A-GATTT----AT-TTTTTAATTTTT---T-TCTT
120 TTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAACTTTAGTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
5784 AT-TAATT--TTT-GAAATATTAATAAATTTATATAATTTTA-TTTGGAATAAGCTTGTATGAAC
185 ATCT-ATTAATTTCAAAATATTAATAAA-GTAGATTATTTTATTTTGG-ATAAG-TTTTATGAAC
* * * * * * * *
5844 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATA
246 TAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATA
* * *
5909 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCT-CTTACTCAATAATTT
311 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTA-T--TTAATTT
* * * * * ** * * *
5973 TCAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CCTACATGAATTGATACAATTGTT
373 T-TAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATT
** * * * * * * * *
6037 TTAT-ACGAAACAAACA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACTTAT-TATTAT
437 TTATGATAAAACAAA-AGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA-GTATCAACTAT
* * *
6099 TTGAACTTGCTTGGTAAACAT
500 TTGAACTAG-TCGGTAAACAA
* * * * * * *
6120 ATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAA--TTTT-CTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
6184 CCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAA-CAGTTT
62 TCGAA-AAGATTATATG--TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-TCATAATGA-TTT
* * * * *
6247 GAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATATGAACTTGTTCAATAAAGAGATTTA-TTTT
122 GAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA------C-AT--A-A-CTTTAGTTTT
* *** ** ** **** *
6310 TAAAATCTTTTA-CTTATTAATTATTTTAATATTAATAATTTTATTTTATTTTATTCAAAATAGG
175 T-AAATCTCTTATC-TATTAATT-TCAAAATATTAATAA-AGTAGATTATTTTATTTTGGATAAG
* * * * *** *
6374 CTTGTATGAA-TAGAAA-ATTTTATTTTATAACAAAAAAAAAGGAT-ATAGCAATTTCAAATAGG
236 -TTTTATGAACTA-AAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTCAAATAGA
* * * * * * *
6436 TAATTGTTCAAATTGTCATGATTATTTAAACTTGTTCGATAAATA-AATCATTTTTTAAATCT-C
297 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCC
* * * * *
6499 TTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTATATGAA
362 TT-A-T-TTAATTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** * *
6563 CTGAAACAATTCTTTAATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATGGATAATTATT-TATA
423 CTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-A
* * * * * *
6627 TAGTCAT-GACTAATTGATCTAGTTTGGTAAATAT
487 TAGT-ATCAACTATTTGAACTAG-TCGGTAAACAA
** *** * * * *
6661 ATTTATTTTAAAAAATTTTTACTTATTAATTGCAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAATT
1 ATTTATTTT-TTAAA-TTTT-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * * *
6726 -GAATAAGCTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
63 CGAA-AAG-ATTATATG-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-TCATAATGATTTGA
* * * * * *
6790 AATAAATAATTTGTT-AAATAG-CTATAATTATTTAAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT
124 GATAGATAA-TTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC-------AT--A-A-CTTTAGTTTTT
* * * ** * * * * * *
6853 AAATTTCTTAT-TAGTT--TTT-GAATTATTAATTGATTAGTATTATCTTATTTCGAACAAACTT
176 AAATCTCTTATCTA-TTAATTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGA-TAAGTT
* * * *
6914 ATATAAACAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
238 TTATGAACTAAAACAATTT-TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAAT
* * * * * *
6978 TGTTCAAATACTCATAATTATTT--ACATTGGTTAGGTAAATA-AATT-TTTTTTAAATCT-CTT
301 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTT
* * * * * *
7038 AATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAT
364 -A-T-TTAATTTTT-AAATGTTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *** * * * *
7102 TG-AA-AATTTTGTTCTATGACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAACTATTATTA
424 TGAAACAATTAT-TT-TATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
* * * * ****
7165 TAGTATAAAATATTTGAATTGGTTTAACAAACAA
487 TAGTATCAACTATTTGAACTAG-TCGGTAAACAA
* * *
7199 ATTTA-TTTTTAATTCTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAAT-T-TT-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TT
* *** * * * * * * * **
7263 TGGGTGAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAA-AGGTTATAACAATTTG
62 TCGAAAAGATTATATG--TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA--TCATAATGATTTG
* * *
7326 A-AGTATGA-AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAATAAATAAATTTACTTTT
123 AGA-TA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA------C-----ATAACTTTA-GTTT
* * * * * * *
7389 TTAAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGATAA-ATTAAAAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATA
174 TT-AAATCTCTTATC-TATTAA--TTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGATA
** * * * * * * * *
7452 AGCTTGAATGATCAAAAACAATTTGTTATATGACCATACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGA
234 AG-TTTTATGAACTAAAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGA
* * * *
7517 TAA----TT--AT--T--GAA--A--TG-A--T-TT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCT-C
297 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCC
* * * * *
7562 TTA-CTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATCATTTT-TTT-TAATATA-CTTGTATGAACT
362 TTATTTAATTTTT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACT
** * * * * * * *
7623 GAAATGATTGTTTTATGAAAAAACGAAAGGTCATAATAATATGAAATAGATAATTGTTC-ATGTA
425 GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATA
* **
7687 GTCAT-AACTGTTTGAACT-GTTTTAGTAAACAA
489 GT-ATCAACTATTTGAACTAG--TCGGTAAACAA
* * * *
7719 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAAAATTATTAAATTAGTTTTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAA--TTTT-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
7783 CTGAATAAGCTTGTATAAAT-TG--AAACAATTGTTTTATAATAGAACAAA-ATGTTATAACGAT
63 C-GAA-AAG-AT-TAT--ATGTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA--TCATAATGAT
* * ** * * ** * * *
7844 TTGAAATAGGTAATTACTCAAATAG----GACTGGGTTCAATAAATAGA-TTTATTTTTTGAATC
120 TTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT--ATTTGA-ACATA-ACTTTAGTTTTTAAATC
* ** * * ***
7904 TCCTA-CTTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
181 TCTTATC-TATTAA-TTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGATAAG-TT-T-T
* * * *
7968 GATGAA--AAAACAATTGTTTTATGACAACA-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
240 -ATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGT
* * * * * * **
8030 TGAAATGGCCATAAGTATTTGAAC-TGATTC-AGTAAATAGATTCACTTTTTAAAT-TATTTACT
304 TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTA--
* * * * *
8092 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATTGAA
365 T-TTAATTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
** * * * ** * * * *
8157 GTAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACTTATTTGAATTGTATGA
428 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGA--TAATTG--TTCTA--A
* ** *
8222 TTTAGTTAT-GACTATTTGATTTAGTC-AT-AACTAA
487 --TAG-TATCAACTATTTGAACTAGTCGGTAAAC-AA
*** * * *
8256 ATTGTATGATTTAGTCATAACTATTTGAAT-TTATTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAATCTCT
1 ATT-TAT--TTT--T--TAA--ATTT---TCTTA-TTA-ATTTTTAGA-ATA-TTATTAA---AT
* ** * * * * **
8319 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAT
47 TA-GTATT-A-TTTT---AT-TT-CGAAA--A-GATTA---TA-TGT-GAAAAAC-AAT-TG--T
** ** * * * * *
8384 CAAAACAATTGTTTTATGACTAAAA-AAATGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTATACATAT
92 ------------TTTATGAC-AAAACAAACATCATAATGATTTGAGATAGA-TAATTGTTCAAAT
* * *
8447 AGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT-TT-TGCTTATTAA
143 AGTCATAACTATTTGA------AC-AT-AAC---TTTAGTTTTT-AAATCTCTTAT-C-TATTAA
** * * * * *
8510 TTTTTC-AAATATTAATTTATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAA
194 --TTTCAAAATATTAATAAAGTA-GATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTATGA-ACTAAAACAA
* * * * * ** * * **
8573 ATATTTTATGACTAAA-GAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTAA
254 TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAA
* * * * *
8636 CTATTTGAACTAGTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTTATTAATTTTTGGAAT
318 CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTA--T-TTAATTTTT-AAAT
* * * ** * * * * *
8700 ATTATTAATTTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATA-AGAAACAATTGTTTAACG
379 GTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * * *
8763 ACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATTGATAATCGTTCAAATAGTCAT-AACTATTCGAAC
442 ATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATCAACTATTTGAAC
* * * *
8826 TGGTTTGATAAACAG
506 TAG-TCGGTAAACAA
*
8841 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA--TTTT-CTTATTAATTTTTAGA-ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * ** *
8905 TTGAATAAGCTTGTACGATCAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAA
62 TCGAA-AAGATTATATG-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACATCATAATGATTTGAG
* * * * * * *
8970 ATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
125 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--CA-----T-AAC---TTTAGTTTTTAAA
* * ** * * * ** * *
9035 CCTCTTA-CTTATTGATTTTTGAAATATCAATAAAATAATATTATTTTATTCCGTATAAGCTTGT
179 TCTCTTATC-TATT-AATTTCAAAATATTAATAAAGT-AGATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTT
* * * * ** * *
9099 ACT-TATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTTAAATAGATAACTGT
240 A-TGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGT
* * * *
9163 TCAAATAGTAATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTA
304 TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTC---CTTA
* * * * * *
9228 -TTAATTTTTTGAATGTTATTAAATTAGTATTAATTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACTTAAA
365 TTTAA-TTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * *
9292 CAATTGTTTTATGACT-AAACAAAA-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAATTT
429 CAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTAT
* * * * * * * * *
9355 TAACCATATAAACTGGTTTGTTAGATAA
493 CAACTATTTGAACTAG-TCGGTAAACAA
* * *
9383 ATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA-A
1 ATTTATTTTTTAAAT-T-TT-CTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * **** * * * ** * *
9446 TCTGAATAAGCTAGTACAAACAAAAAAAAATTATTGTATGACAAAACAAATGGTCTTAACGATTT
62 TC-GAA-AAG--ATTATATGTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-CATCATAATGATTT
* * ** * ** * * *
9511 GAAATTGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTT
122 GAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-A--T-AAC-TTTAG-----TTTTTA
* * * * * * * * * ***
9576 ATTTTCTTAGT-TACTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAAAAA
177 AATCTCTTA-TCTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGAT-AAGTT
* * * * * * * * *
9640 GTATGGAC-AGAACCAACTGTTTGATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATT
238 TTATGAACTA-AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATT
* * * * * * * * * *
9704 ATTTAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTCAATC-ACTTACT
302 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTA--
* * * * * **
9768 TATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTCAAACTGA-CTTATATGAACAAA
365 T-TTAATTTT-TAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * ** *
9832 AACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
427 AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
* * * *
9896 -T-ATACTTATTTGCACTAGTTTGGTAGATAGA
491 ATCA-AC-TATTTGAACTAG-TCGGTAAACA-A
* * * ** * *
9927 A-TTATTTTTTAAA-TCTCTTA-TAAATTTTGGAAATATTAACAATTTAGTTTTATTTTATTTCG
1 ATTTATTTTTTAAATTTTCTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** * * * * *
9989 AATAA-ACTTGTTTGAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAA-AGGTCATAACGATTTGAA
65 AA-AAGA-TTATATGTG-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA--TCATAATGATTTGAG
* * * * *
10052 ATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGACAAACGAATTTATTTTTTAAA
125 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-------A-TAAC---TTTAGTTTTTAAA
* * * *** * *
10117 TCTCTTAGT-TATCAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT
179 TCTCTTA-TCTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGAT-AAGTTTT
* * * * * * * *
10181 ATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAA-CATTTTTAAATAGATAATTA
240 ATGAACT-AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTCAAATAGATAATTG
* * * * *
10244 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTA-C
303 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTATT
* * * ** **
10306 TAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-G-GTTAGAAAA
367 TAATT-TTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-G-AAA
10369 CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG
429 CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG
10395 AAATAACAAT
Statistics
Matches: 5301, Mismatches: 1076, Indels: 1062
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
505 159 0.03
506 111 0.02
507 193 0.04
508 24 0.00
509 9 0.00
510 17 0.00
512 10 0.00
513 1 0.00
515 3 0.00
516 4 0.00
517 6 0.00
518 1 0.00
519 6 0.00
520 104 0.02
521 119 0.02
522 95 0.02
523 223 0.04
524 293 0.06
525 138 0.03
526 38 0.01
527 17 0.00
528 117 0.02
529 37 0.01
530 16 0.00
531 60 0.01
532 50 0.01
533 46 0.01
534 32 0.01
535 121 0.02
536 232 0.04
537 365 0.07
538 259 0.05
539 235 0.04
540 188 0.04
541 591 0.11
542 407 0.08
543 425 0.08
544 98 0.02
545 5 0.00
546 11 0.00
547 3 0.00
548 6 0.00
551 3 0.00
552 3 0.00
553 2 0.00
554 4 0.00
555 1 0.00
556 1 0.00
557 4 0.00
558 4 0.00
559 6 0.00
560 3 0.00
561 3 0.00
562 3 0.00
563 3 0.00
564 3 0.00
565 5 0.00
566 1 0.00
567 2 0.00
568 4 0.00
569 2 0.00
570 4 0.00
571 3 0.00
574 5 0.00
575 6 0.00
576 5 0.00
577 3 0.00
578 6 0.00
580 28 0.01
581 9 0.00
582 10 0.00
583 15 0.00
584 7 0.00
585 7 0.00
586 3 0.00
587 4 0.00
588 2 0.00
589 5 0.00
590 4 0.00
591 22 0.00
592 163 0.03
593 52 0.01
594 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (519 bp):
ATTTATTTTTTAAATTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
AAAGATTATATGTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACATCATAATGATTTGAGATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTATCTATTAATT
TCAAAATATTAATAAAGTAGATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTATTTAATTTTTAAATGTTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
CAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTATCAACTATTTGAACTAGTCGGTAAACAA
Found at i:5807 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 5613--5889 Score: 432
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
5603 CTCGGTAAAC
*
5613 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATAATTTTA
* * * *
5677 TTTTAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTT
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTT
5742 GAACGTGTTCAAAAAAT
130 GAACGTGTTCAAAAAAT
* * *
5759 AGATTTATTTTTT-AATTTTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATAATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATAATTTTAT
* * *
5823 TTGGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG
66 TTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG
5888 AA
131 AA
5890 ATAGAAAATT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 11, Indels: 3
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 103 0.87
146 16 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (146 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATAATTTTAT
TTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG
AACGTGTTCAAAAAAT
Found at i:6036 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 5725--7521 Score: 1339
Period size: 180 Copynumber: 10.0 Consensus size: 180
5715 TGACAAAACA
* * * * * *
5725 AAAT-GTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTT-AATTTTTTTCTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
5788 ATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATAATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAA
66 ATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAATAGAAACAA
* *
5852 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
5904 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * ** * *
5969 ATTTTCAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTACATGAATTGATACAATT
66 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACTTGTATGAATAGAAACAATT
* * *
6034 GTTTTAT-ACGAAACAAACA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTC
131 GTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * * *
6083 AAATACTTATTATTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
6147 AATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
65 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
6212 TTATTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
6264 AAATAATCATAA-TGATATGAACTTGTTCAATAAAGAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
6328 AATTATTT-TAATATTAATAATTTTA-TTTTATTTTA-TTCAAAATAGGCTTGTATGAATAGAAA
65 AATT-TTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA-ACTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * * *
6390 -ATTTTATTTTATAACAAAAAAAAAGGAT-ATAGCAATTTCAAATAGGTAATTGTTC
126 CA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
6445 AAATTGTCATGATTATTTAAACTTGTTCGATAAATA-AATCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
6509 ATTTTCAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTATATGAACT-GAAACAA
66 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AACTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * * * * * *
6572 TTCTTTAATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATGGATAATTATTT
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * ** *
6624 ATATAGTCATGACTAATTGATCTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATT
*** * * * *
6688 AATTGCAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAATT-GAATAAGCTTTGTATGAACAAAAACA
65 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-C-TTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
6752 ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTGTT-
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTC
* * * *
6805 AAATAG-CTATAATTATTTAAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATT
1 AAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** * * * * * * *
6865 AGTTTTTGAATTATTAATTGATTAGTATTATCTTATTTCGAACAAACTTATATAAACAAAAACAT
65 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAACTTGTATGAATAGAAACAA
*
6930 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
6983 AAATACTCATAATTATTT--ACATTGGTTAGGTAAATA-AATT-TTTTTTAAATCTCTTAATTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
7044 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-
64 TAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * *
7107 ATTTTGTTCTATGACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAACTATT-
127 A-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * * * * **
7161 ATTATAGT-ATAAAATATTTGAA-TTGGTTTAACAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTGGTTA
1 A-AATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * ** * *
7223 TTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGGGTGAGCTTGTATGAATAGAAAT
63 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AACTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
7288 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATGA-AATTGTTT
127 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTC
* *
7342 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAATAAATAAATTTACTTTTTTAAAATCTCTTACTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * *
7406 TTAATTTTTGATAA-ATTAAAAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG-ATCAAAA
63 TTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAAT-AGAA
* * * *
7469 ACAATTTGTTATATGACCATACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT
125 ACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
7522 ATTGAAATGA
Statistics
Matches: 1273, Mismatches: 277, Indels: 131
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 11 0.01
177 71 0.06
178 62 0.05
179 272 0.21
180 397 0.31
181 341 0.27
182 20 0.02
183 59 0.05
184 40 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACTTGTATGAATAGAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
Found at i:6571 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 5782--8152 Score: 1005
Period size: 360 Copynumber: 6.7 Consensus size: 356
5772 AATTTTTTTC
* * * * * **
5782 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATAATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAA
1 TTATTAATTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTG
* * * * * * * *
5846 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * * * * * *
5911 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTCA
129 CATAA-TATATGAACTTGTT-AGTAAATAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-T
** * ** * ** *
5976 AAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CCTACATGAATTGATACAA--TTGTTT
191 AAATATTAATAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA-A-AATTTTGTTT
* * * * * * *
6038 TAT-ACGAAACAAACA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAATTAT-TCAAATA-CTTATTATTAT
252 TATAAC-AAAAAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATT-TGTTAAATAGC-TATAATTAT
* * * * * * * * * *
6099 TTGAACTTGCTT-GGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAT
314 TTAAAC-TGGTTCGATAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * *
6142 TTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
1 TTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT-
* *
6205 GAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAA-CAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
63 GAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
6269 ATCATAATGATATGAACTTGTTCAATAAAGAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTAT
127 ATCATAAT-ATATGAACTTGTT-AGTAAATAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * *
6334 TTTAATATTAATAATTTTATTTTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAATTTTATTT
189 TTAAATATTAATAA-TTTATTTTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATTTTGTTT
* ** * *
6399 TATAACAAAAAAAAAGGAT-ATAGCAATTTCAAATAGGTAA-TTGTTCAAATTG-TCATGATTAT
252 TATAACAAAAAAAAAGG-TCATAACAATTTCAAATAAATAATTTGTT-AAATAGCT-ATAATTAT
*
6461 TTAAACTTGTTCGATAAATA-AATCATTTTTTAAATCTCTTAA
314 TTAAACTGGTTCGATAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTAA
*
6503 TTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTATATGAACTGA
1 TTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGA
* * * * * * * * * *
6567 AACAATTCTTTAAT-GATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATGGATAATTATTTATATAGT
65 AACAATTATTTTATGGCT-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * * * *
6631 CATGACTA-ATTGATCTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGC
129 CAT-AATATA-TGAACTTG-TTAGTAAATAAATTTATTTT-TAAAATCTTTTACTTATTAATT-T
** * * * * * **
6694 AAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAATT-GAATAAGCTTTGTATGAACA-AAAACAATTGT
189 TTAAATATTAATAATTTA-TTTTATTT-TATTCAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAAA-TTTTGT
* * * *
6757 TTTATAATAGAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTGTTAAATAGCTATAATTAT
250 TTTATAACA-AAAAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTTGTTAAATAGCTATAATTAT
* * * *
6821 TTAAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTT-A
314 TTAAACTGGTTCGATAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTAA
* ** * * * **
6863 TTAGT--TTTT-GAATTATTAATTGATTAGTATTATCTTATTTCGAACAAACTTATATAAACAAA
1 TTATTAATTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGA
* * * * *
6925 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACT
65 AACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
** * *
6990 CATAAT-TATTTACATTGGTTAGGTAAATAAATTT-TTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTT
129 CATAATATATGAAC-TT-GTTA-GTAAATAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
7052 GAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAATTTTGTTCT
191 -AAATATTAAT-AATTTATTTTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATTTTGTTTT
* * * *** * * * *
7117 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAACTATTATT--ATAG-TATAAAATATT
253 ATAACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAA-T-TTGTTAAATAGCTAT-AATTATT
* * ** * * * * **
7179 TGAATTGGTTTAACAAACA-AAT-TTATTTTTAATTCTCTTGG
315 TAAACTGGTTCGATAAATAGAATCAT-TTTTTAAATCTCTTAA
* * * ** * * *
7220 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGGGTGAGCTTGTATGAA-TAG
1 TTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT-G
* * * * * ** * *
7284 AAATAATTGTTTTAT-GATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATGA-AATTGTTTAAATA
64 AAACAATTATTTTATGGCTA-AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA
* * * *
7347 GTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAATAAATAAATTTACTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAT
127 ATCATAA-TATATGAACTT-GTT-AGTAAATAAATTTA--TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
7411 TTTTGATAA-ATTAAAAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG-ATCAAAAACAAT
187 TTTT-A-AATATTAATAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-ATT
* * * * * * * * * *
7474 TTGTTATATGACCATACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTAT-TGAAAT-G--AT--
246 TTGTTTTATAACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATT-TGTTAAATAGCTATAA
** * * *** **
7533 TT-GGTAAACAGATTC-ATTTTTTA-AATC-TCTTACT-AAT-T-TT--
310 TTATTTAAACTGGTTCGA-TAAATAGAATCAT-TTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * *
7573 TGA--AATATTA-A-TA--AAT---TT-GTATCATTTT-TTT-TAATATACTTGTATGAACTGAA
1 TTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAA
** * *** * * * * ** *
7626 ATGATTGTTTTATGAAAAAACGAAAGGTCATAATAATATGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTCA
66 ACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * * * * *
7691 TAACTGTTTGAACTGTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAA
131 TAA-TATATGAACT-TGTTAGTAAATAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AA
* * * * * * *
7756 AAATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACA-ATTGTTTTAT
193 ATATTAATAATTTA-TTTTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTAT
* * * * * * * ** * **
7820 AATAGAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGGTAA----TT-ACT--C-A-AA-TA---GGAC
255 AACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTTGTTAAATAGCTATAATTATTTAAAC
* * * * * *
7872 TGGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTGAATCTCCTAC
320 T-GGTTCGATAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTAA
* * *
7910 TTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAA-
1 TTATTAATTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC-T-TAT-ATGAAC
* * * *
7974 -AAAACAATTGTTTTATGAC--AACAAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
62 TGAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
*** * * *
8036 GGCCATAAGTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAGATTCACTTTTT-AAAT-TATTTACTTATTAA
126 AATCATAA-TATATGAACTTG-TT-AGTAAATAAATTTA-TTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAA
* *
8098 TTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAAT
186 TTTTTA-AATATTAATAATTTATT-TTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT
8153 TGAAGTAATT
Statistics
Matches: 1546, Mismatches: 339, Indels: 262
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.00
331 7 0.00
332 10 0.01
333 5 0.00
334 1 0.00
335 1 0.00
337 44 0.03
338 64 0.04
339 9 0.01
340 86 0.06
341 9 0.01
342 12 0.01
343 2 0.00
344 3 0.00
346 2 0.00
347 2 0.00
348 12 0.01
349 17 0.01
350 118 0.08
351 26 0.02
352 2 0.00
353 7 0.00
355 3 0.00
356 34 0.02
357 125 0.08
358 79 0.05
359 128 0.08
360 436 0.28
361 138 0.09
362 58 0.04
363 57 0.04
364 47 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAA
ACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
TAATATATGAACTTGTTAGTAAATAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATA
TTAATAATTTATTTTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATTTTGTTTTATAACAAA
AAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTTGTTAAATAGCTATAATTATTTAAACTGGTTC
GATAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTAA
Found at i:8016 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 7719--8027 Score: 390
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
7709 TAGTAAACAA
** * * *
7719 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAAAATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
7784 TGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAATGTTATAACGATTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATAAA-TAAAACAATTGTTTTAT-AGACAACAAAAAGTTATAACGATTTGAA
*
7849 ATAGGTAATTACTCAAATAGGACTGGGTTCAATAAATAG
129 ATAGATAATTACTCAAATAGGACTGGGTTCAATAAATAG
* * * *
7888 ATTTATTTTTTGAATCTCCTACTTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
*
7952 TCAAATAAGCTTGTATGATGAA-AAAACAATTGTTTTAT-GACAACAAAAAGTTCATAATGATTT
66 T-AAATAAGCTTGTAT-A--AATAAAACAATTGTTTTATAGACAACAAAAAGTT-ATAACGATTT
8015 GAAATAGATAATT
126 GAAATAGATAATT
8028 GTTGAAATGG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 16, Indels: 10
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.10
169 89 0.75
170 16 0.13
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TAAATAAGCTTGTATAAATAAAACAATTGTTTTATAGACAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
AGATAATTACTCAAATAGGACTGGGTTCAATAAATAG
Found at i:8254 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8219--8288 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
8209 TTGAATTGTA
* *
8219 TGATTTAGTTATGACTATT
1 TGATTTAGTCATAACTATT
8238 TGATTTAGTCATAACTAAATTGT
1 TGATTTAGTCATAACT--A-T-T
8261 ATGATTTAGTCATAACTATT
1 -TGATTTAGTCATAACTATT
8281 TGAATTTA
1 TG-ATTTA
8289 TTTAGAAAAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 11
0.77 0.04 0.20
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.37
20 6 0.14
21 2 0.05
22 2 0.05
23 1 0.02
24 16 0.37
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
TGATTTAGTCATAACTATT
Found at i:8291 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 8235--8293 Score: 68
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
8225 AGTTATGACT
*
8235 ATTTGATTTAGTCATAACTAAATTGT
1 ATTT-ATTTAGTCATAACTAAATTGA
* *
8261 A-TGATTTAGTCATAACT-ATTTGA
1 ATTTATTTAGTCATAACTAAATTGA
8284 ATTTATTTAG
1 ATTTATTTAG
8294 AAAATAGATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 4
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.18
24 21 0.75
25 1 0.04
26 1 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (25 bp):
ATTTATTTAGTCATAACTAAATTGA
Found at i:8752 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8267--10394 Score: 1720
Period size: 181 Copynumber: 11.8 Consensus size: 180
8257 TTGTATGATT
* *
8267 TAGTCATAACTATTTGAATTTA-TTTAGA-AAATAGATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAA
1 TAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
8329 TTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATCA-AAACAAT
64 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAACAAT
* * * * * *
8393 TGTTTTATGACTAAAAAAATGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTATACATA
128 TGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAA
* * * * * * *
8446 TAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
8511 TTTTCAAATATTAATT-TATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAAT
65 TTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATT
* * * * * *
8575 ATTTTATGACTAAAGAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
129 GTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** * *
8627 TAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** *
8692 TTTGGAATATTATTAATTTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATAAGAAACAATTG
66 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTG
* * * * * * **
8756 TTTAACGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATAATCGTTCAAA
130 TTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
8807 TAGTCATAACTATTCGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
8872 TTTGACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGATCAA-AAATAATTA
66 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAT-AAGAAACAATTG
* * * * * *
8936 TTTTATAATAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
130 TTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * *
8987 TGGCCATAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTGAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
9051 TTTTGAAATATCAATAAAATAATATTATTTTATTCCGTATAAGCTTGTACTTAT-TGAAACAATT
65 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TGATAAGAAACAATT
* * * *
9115 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTTAAATAGATAACTGTTCAAA
129 GTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** * *
9168 TAGTAATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-
* * * * **
9233 TTTTTG-AATGTTATTAAATTAGTATTAATTTATTTTGATTAAGCTTGTATGA-ACTTAAACAAT
64 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAAT
* * *
9296 TGTTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAA
128 TGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AA
* ** * * * * * * * * *
9349 TAATTTTAACCATATAAACTGGTTTGTTAGATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * * *
9414 TTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTAGTACAAACAAAAAAAAATT
66 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA-TGATAAGAAACAATT
* * * * * * *
9478 ATTGTATGACAAAACAAATGGTCTTAACGATTTGAAATTGATAATCATTCATA
129 GTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** * * ** * * * * *
9531 TAGTTTTAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAATTAGATTTATTTTTT-ATTTTCTTAGTTACTAAG
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
**** * *
9594 TTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAAAAAGTATGGA-CAGAACCAA
65 TTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTAT-GATAAGAAACAA
* * * * * *
9656 CTGTTTGATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAA
127 TTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * *
9711 TAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTCAATCACTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
9776 TTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTCAAACTGA-CTTATATGA-ACAAAAACAGT
66 TT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGATA-AGAAACAAT
* * * *
9838 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
128 TGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
9892 TAGTTAT-ACTTATTTGCACTAGTTTGGTAGATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AAT
1 TAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * * * *** * *
9952 TTTGGAAATATTAACAATTTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTTTGAGCTGAAATAATTA
65 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTG
* *
10017 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
130 TTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
10069 TAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGACAAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** * * *
10133 TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAA-AAATAATT
65 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAACAATT
* * * *
10197 ATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAAC-ATTTTTAAATAGATAATTATTCAAA
129 GTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAA
10250 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * *
10310 TCTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-GGTTAGAAAACAATT
65 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAG-AAACAATT
* *
10374 ATTTTATGATAAAACAAAAGG
129 GTTTTATGACAAAA-AAAAGG
10395 AAATAACAAT
Statistics
Matches: 1555, Mismatches: 338, Indels: 114
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 4 0.00
177 208 0.13
178 4 0.00
179 51 0.03
180 503 0.32
181 633 0.41
182 139 0.09
183 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
Found at i:9713 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9681--9713 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
9671 ACAAAAGATT
9681 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
9698 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
9714 CCAAAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:10838 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10404--11400 Score: 660
Period size: 182 Copynumber: 5.6 Consensus size: 181
10394 GAAATAACAA
* * * ** *
10404 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
1 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * * * **** * *
10467 TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-GACAATAAGTCTTTGAAC-TGATTTGGCAGACTAATT
64 CGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGATTCAATAAACAAATT
* * * *
10530 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAA-AAT-ATTAA-GAGTACTAT
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * *
10580 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGCTTTATGACAAATCAAAA-GTTCATAAT
1 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAAC
* * * * *
10644 GGTTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTGAACATG-TTCAATAAACAAATTTA
65 GATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAATAAACAAATTTA
*
10708 TTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
130 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTT-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
10762 TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTAGGACTAAACAAAAGGTTAGAATG
1 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * * * ** *
10827 ATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCTTAACCATTTGAAC-TGATTCAGCAAACACATTTA-
66 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAATAAACAAATTTAT
* * *
10890 -TTTTAAAACTTTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATAATTAAATTAGTATTAT
131 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAATAT-TAA-TAAATTAGTATTAT
* * * ** * *
10941 TTT-TATCCAAATAAATTTGTATG-ATCAAAAACAACTT-TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATA
1 TTTAT-TTCGAATAAACTTGTATGAAT-TGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * ** * * **
11002 AC-AATTTAAGATTGATAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAACTTGTTTGAA-AAACAGCT
63 ACGATTTTAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAATAAACAAAT
* * * ** *
11065 TTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATCTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAT
127 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTTAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
11121 TTTATTTC-AGATAAA-TT-T-T-TA-T-AAACTAA--AATTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
1 TTTATTTCGA-ATAAACTTGTATGAATTGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * * ** * **
11177 CGATTTTAAATAAATAATTGTTC-AATGGTCATATCTATTTGAGTTTG-TTCAGTAAACAGGTTT
64 CGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAATAAACAAATTT
* * *
11240 ATTTTTTCTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTATAATGTTAATAAATAAGTATTAC
129 A-TTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * ** *
11292 TTTACTCCGCATAAACTTGTATGAATTGAGATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTGGAACA
1 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * * *
11357 ATTTAAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT
66 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
11401 AGTTTGGCAA
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 134, Indels: 87
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 37 0.06
172 6 0.01
173 44 0.07
174 30 0.05
175 15 0.02
176 101 0.16
177 33 0.05
178 107 0.17
179 91 0.14
180 48 0.07
181 10 0.02
182 114 0.18
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAATAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTAT
Found at i:11845 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11425--13858 Score: 2020
Period size: 181 Copynumber: 13.6 Consensus size: 181
11415 CATTTATTTT
* * * * * * *
11425 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTT-GAATAAGCTTATATGAAAAAAAATAGTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * *
11489 ACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
11552 TGGTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTAAAA
130 T-GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * *
11601 TATTAATAAATCAATATTTTTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
11665 ACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
11730 TGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAA
130 TGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* *
11782 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * ** *
11847 CAAAATAAGAGATCATAACTATTTGCAATAAATAATTGTTCAAGCAATCATAACTATTT-AAGCT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT
* * *
11911 TGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
130 TGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
11962 TATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTCTATGAATAGAAAGAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * *
12027 CAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * **
12092 GTTCAGAAAAAAAATTTA-TTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGGAA
131 GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
12141 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * *
12204 ACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTTTTTAAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
12269 TGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAGTCTCTTACGTCTTAA-TTTCAAAA
130 TGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *** * * *
12320 TATTAATAGATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACT-GGTACAATTATTTTGTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATG
** ** * * * * *
12384 ATGAAACAAAAATTCA-AACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * *
12448 TGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTGTCT-AAA
130 TGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT-TTTAAAA
* * * ** * *
12499 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATAT-AGACAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * *
12563 ACAAAATAAAAAGTCATAATGATTT-AATATAAATAATTGTTCAAATA-TCAAAATTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
12626 TTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTT-GAA
129 TTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAA
* * *
12679 TATTAAGAAATTTGTATTATTTTATTT---ATGAA----TA-G----AAAA-AATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
12731 CAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * *
12795 TGTTTAGTGAACAGATTCATTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAA
130 TGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
** * * * * ** * *
12847 TATTAATAAATTAAAATTATGTTATTACAAATAAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
12912 TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTACAACTATTTGCA-TT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * * * *
12976 GGTCATGCCAACAAATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATGTTTAGAA
131 GTTC-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
13028 TATTAATAAATTGGCATTACTTTA-TTCTGAATAAGA-TTGTATTAACAAAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA-ACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
13091 GACAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAATTA-AAAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * *
13155 -TTGGTTTAGTAAGTAGATTTATTTTTTAATTCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAA
128 CTT-GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
13209 TATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
13274 CAAAACAAAAGGTCATAATAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG
66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * ** * *
13339 GTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACAGATTATTTTTTGAAA
131 GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
13390 TATTAATAAATTTGTTTTATTCTA-TTCTGAAT-AAGTTAGTAAGAACTAAAAA-AATTATTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTT-GTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
13452 TGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAA
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *** * * * **
13517 CTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAA
128 CTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
13571 TATTATTACATTAGTA-TATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAATAGAAATAATTGTTTCATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
13635 TAGAACAAAAGGTTATAAGAAATTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTG
66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
13700 GTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTGATTTTTGAAA
131 GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* ** *
13751 TATTAATAAATTAGTATTA--TTATTTCGGATAGGCTAGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTA-T
* * *
13813 G-CAAAACAAAAGCTCATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
13859 GGCCATAGTT
Statistics
Matches: 1795, Mismatches: 397, Indels: 129
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 52 0.03
168 76 0.04
171 3 0.00
173 2 0.00
174 2 0.00
175 5 0.00
176 50 0.03
177 75 0.04
178 125 0.07
179 319 0.18
180 391 0.22
181 679 0.38
182 16 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
Found at i:13933 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 13797--14036 Score: 322
Period size: 132 Copynumber: 1.8 Consensus size: 132
13787 GTATGATGAA
* *
13797 AAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGCTCATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
1 AAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** *
13861 CCATAGTTATTTGAA-TTGATTTGATAAACTAATTTATTATTTTATTACAGACAAGCTTTTATAA
65 CCATAACTATTTGAATTTG-TTTGATAAACAAATTTATTATTTTATTACAGACAAGCTTTTATAA
13925 ACTG
129 ACTG
* * * * ** *
13929 AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
* *
13994 CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTA
66 CATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAAATTTATTATTTTA
14037 AAATTTCTTG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 14, Indels: 4
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
131 2 0.02
132 87 0.95
133 3 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (132 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
CATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAAATTTATTATTTTATTACAGACAAGCTTTTATAAAC
TG
Found at i:14970 original size:354 final size:353
Alignment explanation
Indices: 13928--15382 Score: 1140
Period size: 354 Copynumber: 4.1 Consensus size: 353
13918 TTTATAAACT
* * * * * ** * *
13928 GAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAG
* * *** * *
13993 TCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTAAACTTGTTCATTAAA-TAATTTA-TTCTTT-AAA--TC-T--TT-TTAATTT
* * * ** * ** *
14058 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAAT-ATATGAATTGAAACAATTAT
122 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCT-TGAACAGAAACAATTGT
* * * * ** * *
14122 TTTAT---AACAAAA-GGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAAACTTAAC-ATTT
186 TTTATGACAAAAAAATGGTCACAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTA-TT
* *
14182 TGAACTA-GATTGGCA-AACACA-TTTATTTTTTAAATC--T--TTATTAATTTTTAGAATATT-
249 TGAACTATG-TT--CAGAAAATAGTTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * *
14239 ATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
311 ATAAATTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * * * *
14282 GAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-CAAGATCATAACAATGTGAGATAGCTAATT-TATTTAAAT
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTA--CAAAT
* ** * * *
14345 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAGAGATTTAGTT-TTTAAATTCTTATTAATTTTTGA
64 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCATTAAATA-ATTTA-TTCTTTAAA-TCTTTTTAATTTTTGG
* * * * * *
14409 AATAGTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTAGCATGAATAGTAACAATTGTTTT
126 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-GCTTGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
14472 ATGATGAAACAAAAT-ATCATAA-CATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGATTATTTG
189 ATGA-CAAA-AAAATGGTCACAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * * *
14535 AACTTAT-TT-TGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATAATAAT
251 AAC-TATGTTCAGAAAATAG-TTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
14598 AAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
313 AAATTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
* * * *
14638 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTACAAATAA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAG
* * *
14703 TCATAACTATTTAAACTCGCTCATTAAACTAATTTATTCTTTAAATCTTTTTAA-TTTAGGAATA
66 TCATAACTATTTAAACTTGTTCATTAAA-TAATTTATTCTTTAAATCTTTTTAATTTTTGGAATA
* *
14767 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGACA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCTTGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
*
14832 AAATAAATGGTCACAATGATTTGCAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATG
195 AAA-AAATGGTCACAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATG
* * *
14896 TTCAGAAAATAGCTTTATTTTCTAAAAT-TTTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-
258 TTCAGAAAATAG-TTTATTTT-TTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAG
* * **
14959 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCCATGAATA
321 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
* * * ** *
14992 GAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATCTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAG
* ** * * *
15057 TCATAACTATTTCAACTTGTTCAGTTTGCAT-ATTCATTTTTTTGAATTCTTTTACTCTTTAATT
66 TCATAACTATTTAAACTTGTTCA--TTAAATAATTTA-TTCTTT-AAATC---T--T-TTTAATT
* * * * * * *
15121 TTTTGAATATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCAAATATGGTT-ATATGAACTGAAACAATTG
121 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCT-TGAACAGAAACAATTG
* * *
15185 TTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
185 TTTTATGACAAAA-AAATGGTCACAATGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * *
15250 TTGAACT-TGTTCGAAAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTGACTTATAAATTGTTAAAATATT
248 TTGAACTATGTTC-AGAAA-ATAGTTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * *
15313 AATAAA-TTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA
310 AATAAATTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
* *
15356 GAAACAATTATTTTATGACAAACCAAA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
15383 TATTAATTGT
Statistics
Matches: 886, Mismatches: 159, Indels: 102
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 4 0.00
347 56 0.06
348 1 0.00
349 4 0.00
350 1 0.00
351 53 0.06
352 17 0.02
353 36 0.04
354 255 0.29
355 74 0.08
356 126 0.14
357 27 0.03
358 2 0.00
359 1 0.00
361 1 0.00
362 12 0.01
363 135 0.15
364 78 0.09
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAG
TCATAACTATTTAAACTTGTTCATTAAATAATTTATTCTTTAAATCTTTTTAATTTTTGGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCTTGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AAAAATGGTCACAATGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATGTTC
AGAAAATAGTTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTA
TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
Found at i:15200 original size:183 final size:177
Alignment explanation
Indices: 13894--15382 Score: 805
Period size: 180 Copynumber: 8.3 Consensus size: 177
13884 ATAAACTAAT
* * * * * * * *
13894 TTATTATTTTATTACAGACAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGT
1 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * *
13959 TATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAA
66 CACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG--AATAG
* * * * * *
14024 ATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
129 CTTTA-TTTTCTAAAA-TT-TTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TA
* * ** * * *
14077 GTATTATTTTATTTCGAATAAGAATATATGAATTGAAACAATTATTTTAT-----AACAAAAGGT
1 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** * * *
14137 CAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAAACTTAAC-ATTTTGAACTAGATTGGCA-AAC
66 CACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTG-TT--CAGAAT
* * * * *
14200 A-CATTTATTTT-TTAAATCTT---TATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA
127 AGC-TTTATTTTCTAAAATTTTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-ATA
* * * * * * * * *
14248 GTAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-CAAGA
1 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * * * * * * *
14311 TCATAACAATGTGAGATAGCTAATTTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAG
65 TCACAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG--AAT
* * * *
14376 AGATTTAGTTTT-T-AAA--TT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTA
127 AGCTTTA-TTTTCTAAAATTTTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TA
** * * **
14424 GCATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTAGC-ATGAA-TAGTAACAATTGTTTTATGATGAAACAAA
1 TTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT--CTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * * * * * * * * **
14485 ATATCATAA-CATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGATTATTTGAACTTATTTTGTAA
62 AGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG--A
* * * * * * * *
14549 ACAGATTAATTTT-TTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTA
125 ATAGCTTTATTTTCTAAAAT-TT-TACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TA
* * * * **
14604 GTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA
1 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
14668 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTACAAATAATCATAACTATTTAAACTCGCTCATTAAACT
65 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA--GAA-T
* * *
14733 A-ATTTATTCTT-T-AAATCTT---T-TTAA-TTTAGGAATATTAATAAATTA
127 AGCTTTATT-TTCTAAAATTTTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TA
* * * * * *
14778 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCT-TGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAATGG
1 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-CTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
*
14842 TCACAATGATTTGCAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAAT
65 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAG--AAT
*
14906 AGCTTTATTTTCTAAAATTTTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
127 AGCTTTATTTTCTAAAATTTTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATA
* * *
14957 TATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTCCATGAA-TAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
1 T-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * *
15020 GGTCATAATCTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCAG-TTT
63 GGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAATA
* ** * *
15084 GCATATTCATTTTTTTGAATTCTTTTAC-TCTTTAATTTTTTGAATATTAATAAACTA
128 GC-T-TT-A-TTTTCT-AA-AATTTTACGT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TA
* * * *
15141 TTATTATTTTATTTCAAATATGGTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGT
1 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
15206 CACAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTC-GAAAAACA
66 CACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAATAGC-
* * * * **
15270 TATTTATTTT-TTAAATCTTTGACTTATAAATTGTTAAAATATTAATAAATTA
130 --TTTATTTTCTAAAAT-TTT-ACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TA
* * * * * *
15322 ATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAACCAAA
1 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
15383 TATTAATTGT
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 208, Indels: 152
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 61 0.06
173 6 0.01
174 135 0.13
175 77 0.08
176 115 0.11
177 23 0.02
178 60 0.06
179 14 0.01
180 207 0.20
181 131 0.13
182 13 0.01
183 170 0.17
184 8 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
CACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAATAGCT
TTATTTTCTAAAATTTTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATA
Found at i:15391 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 15298--15471 Score: 217
Period size: 89 Copynumber: 2.0 Consensus size: 89
15288 TTGACTTATA
* *
15298 AATTGT-TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
1 AATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAA
* *
15361 AATTATTTTATGACAAACCAAATATT
64 AATCATTTTATAACAAACCAAATATT
* * ** * *
15387 AATTGTCTTAATATTAATAACTTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAGTAGAAAAAA
1 AATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAA
*
15452 TCATTTTATAACAAAGCAAA
66 TCATTTTATAACAAACCAAA
15472 AGTTTATAGC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 11, Indels: 4
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
88 3 0.04
89 68 0.94
90 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (89 bp):
AATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAA
TCATTTTATAACAAACCAAATATT
Found at i:15506 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15485--15520 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
15475 TTATAGCGAT
15485 TTCAAATAG-ATAATTA
1 TTCAAATAGCATAATTA
15501 TTCAAATAGTCATAATTA
1 TTCAAATAG-CATAATTA
15519 TT
1 TT
15521 TAAACTTGAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGCATAATTA
Found at i:16026 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 15801--16101 Score: 370
Period size: 163 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
15791 TATAAGTTTG
* ** * * * * * *
15801 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGT
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATTGAAAAATATTTAGAAAATTAATAACTAAAAAAATTAAAAAAT
* * * * * *
15866 AAATATATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCAT
66 AAATATAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATAAT
15931 TATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACTATTTTA
131 TATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACTATTTTA
* *
15964 TTTGGAATAAAATAATACTAATTGAAAAATATTCT-GAAACTTAATAACTAAAAAAATTAAAAAA
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATTGAAAAATATT-TAGAAAATTAATAACTAAAAAAATTAAAAAA
* * ** * *
16028 TAAATCTAATTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATAA
65 TAAATATAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATAA
*
16093 TTATGACCT
130 TTATAACCT
16102 ATAGTTCTGT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 24, Indels: 2
0.81 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
163 112 0.99
164 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (163 bp):
TTTGAAATAAAATAATACTAATTGAAAAATATTTAGAAAATTAATAACTAAAAAAATTAAAAAAT
AAATATAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATAAT
TATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACTATTTTA
Found at i:16365 original size:134 final size:133
Alignment explanation
Indices: 16186--16453 Score: 349
Period size: 134 Copynumber: 2.0 Consensus size: 133
16176 TTCAAAAATC
* * **
16186 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAG
1 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAG
* * * * * *
16251 AACAATTATTTACTTCAAATAGTTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA
66 AACAATTATCTACTTAAAATAGTTATAACCTTTTGATTT-GCCATAAAACAATTATTTTAGTTAA
16315 TACA
130 TACA
** * ** *
16319 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAACTAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATTGTTATTACTATTT
1 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTA
* *
16384 GAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTTAGTTAA
65 GAACAATTATCTACTTAAAATAGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTTAGTTAA
16449 TACA
130 TACA
16453 A
1 A
16454 GCTTAGATAG
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 18, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 21 0.18
134 91 0.79
135 3 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (133 bp):
AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAG
AACAATTATCTACTTAAAATAGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTTAGTTAAT
ACA
Found at i:16586 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16380--16712 Score: 445
Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
16370 TGTTATTACT
16380 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTT--
** * * **
16445 TTA-ATACAAGCTTAGATAG-AATCAAATATACTAATTTATTAATATTTCTTAAATTAATAAGTA
64 TTACATACAAGCTTA-ATAGAAAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
16508 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTAAATAATTATGGCC
128 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTAAATAATTATGGCC
** * * * ** *
16559 ATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTTTT
* * * *
16624 ATCATATAAGTTTATTTGAAAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
66 A-CATACAAGCTTAATAGAAAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
*
16689 AAATTTAAGAAATAAATTTGTTTA
130 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
16713 TCAATTAACA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 19, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.02
178 2 0.02
179 127 0.96
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTTTT
ACATACAAGCTTAATAGAAAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTAAATAATTATGGCC
Found at i:17974 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 16800--21565 Score: 1686
Period size: 357 Copynumber: 13.3 Consensus size: 355
16790 TATTCGGTTA
* * * * * *
16800 AAAATAGTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGATATTT-AAAAAATAAATGTGTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATT-T
** * * * * * ** * * *
16864 -TGAACTAGTTCAAATAGTTA-AACCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTT
64 ACAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACATTT
* * * * ** * ** *
16927 TA-TTTAGTCA-AAAATATTTGTTTC-ATATCTTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATTC-AAA
127 TATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAAT
* * * * * *
16988 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGACTTGAAAAAATAAATCTCTTTACTAAA-CAAG
190 TTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC-AG
* * *
17052 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTTTTAC
253 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTA-TTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT-C
* * * * **
17116 ATCAAAGAATTG--TTTCAGTATATAAAAGCTTATCCAAAAT
316 ATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTAAAAT
* * * * * *
17156 AAAATAATACTAATTTCTTAATATTTATGAAATTTA-TAAGCAAGAGTTAAAAAAATAAGTTTAC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTA--AAAATTAGTAAG--AGATTTAAAAAAATAAATCTAT
** * **
17220 TTACTGA-A---C--A-AGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACATTT
62 TTACAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACATTT
* * * * * *** *
17278 TGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
127 TATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAATTT
** * * * *
17343 ATTAATATTAAAAAAATTAAT-AGTAAGTTATTTAAAAACCT-AATTTGTTTATTGAATCAGTTC
192 ATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACTAAATCAGTTC
* * * *
17406 AAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
256 AAATAATTATGACCATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* *** * ** * *
17471 AACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAGAAT
320 AACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
* ** * *
17507 AAAATAAGACTGGTTTATTGACAT-TTTGAAAATTAAAAAGCT-AGAGATTTGAAAAAATAAATC
1 AAAATAATACTAATTTATT-A-ATATTTAAAAATT----AG-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
* * * *
17570 TGTTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTCCATTTAAAATTGTTATGA
59 TATTTACA-AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGA
* * *
17635 -ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACGCT
122 CATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACT
* * *** * *
17699 ACTTTATTATTATTTCTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAA
187 AATTTATTA--ATAT-TAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
* * * * *
17764 TCAGATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTAATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTT
249 TCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATT-ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* *
17829 GTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAAT
313 ATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
17872 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
17937 CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTT
65 -CAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGA-CATTT
* ** * * * **** * *
18002 TATTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTATGTTCATACAAA--TTATTTGGAATAAACTAATACTAAT
127 TATTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAAT
* ** * * *
18064 TTAATAATATTATGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCTAACT-AGT
190 TTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAATCAGT
* * * * * * * * * *
18127 TTAAATAGTTAAGACTATGTGAACAATTAACTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTAT
254 TCAAATAATTATGACCATTTGAACAATT-ATTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * ** * * * * *
18192 AAAGCAATTATTTAAGC-TCGTACAAGTTTATTCAGAAT
318 AAAACAATTGTTT-TTCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
* * * * *
18230 AAAATAAAAATAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTTAAAAAGAAT---TCT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAA----ATTAGTAAGAGATTTAAAAA-AATAAATCT
* * * * * * * * *
18292 ATGTACTGAACCGATTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATTAC
60 ATTTAC-AAACAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGAC
* * * *** * * * * *** *
18356 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTA
123 ATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTA
* ** * * * * *
18421 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCAT
188 ATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAG
* * * * * * * * *
18485 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAATCTTTTGTTTTGTCA
253 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * ** * ** * *
18550 TCAAACAATTGGTTCT-ATTTATACTATTTTATTCAGAAT
317 TAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTAAAAT
* * ** * * *
18589 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAGCTTAATAACCAAGAAACTTAAAAAAATAAATTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAA----AATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
18654 AATTGT-CGAACTAGTTCAAATAGTCAAT-ATTATATGAATGAA-TATCAATTTCAAATCGTTAT
60 -ATT-TACAAAC-AGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAA-CAATTGTCTATTTAAAATTGTTAT
* * * * * * ** ** ** * *
18716 AACCTTTTGTTTTGTCATCAAAA-AATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAAT
120 GACATTTTATTTTATCAT-AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAC
* ** * ** * * ** *
18780 ACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAA-AAATCTAATTACTGAA
184 ACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
* * * * ** * * * * *
18843 -CTAGTTCAAATAGTCAAT-ACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTTAT
249 TC-AGTTCAAATAAT-TATGACCATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGT
* * * * *
18906 TTTGTCATAAAACAAATGTTTTGT--TCATACAAGCTTA-TCAAATT
310 TTTATCATAAAACAATTGTTTT-TCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
* * * *
18950 AAAATAATA-T--TTTGA--AA-A-TT---AATAAGTAAGAGATTT-GAAAAATAAATTTGTTTA
1 AAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * * * * * * * *
19004 CTGAACCAATTCATATGGATAAGACTACTAGAACAATTATCAATTTCATATTGTTCTAACCTTTT
65 C--AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACATTTT
* * * * **** * *
19069 -GTTTAGTCATAAGACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTT
128 ATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAATTT
* ** ** ** *
19133 ATTAACATTCCAAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTACCGAATAAGTTC
192 ATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAGTTC
* * * * ** *
19194 AAATAGTTA-GTACTATTTGAA-TATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
256 AAATAATTATG-ACCATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * ***
19257 AAA-TATTATTTTAGT-TA-ATACAAGCTTATACGAAAT
319 AAACAATTGTTTT--TCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
* * * * * *
19293 AAAACAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTTTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-T-AAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * **
19357 TTTATTAGATCAGTTAAAATAATTATGA-TCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
61 TTTA-CA-AACAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGAC
** * * * * *
19421 ATTTTGCTTTATTATAAAATAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAATAG-TTATGACTAT
123 ATTTTATTTTATCATAAAACAATTG--TTTCA--ATTC-A---TA----AA-AGCTTAT--CCA-
* * * * * * * *
19485 TTGACAATTAAAAAAATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAA
172 ---A-AA-TAAAATAACACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
19550 GAAATATGTTTACCAAATAAGCTCAAAT-GTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAATC
232 TAAATCTGTTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTA-TTATTT-AAAATC
* * * * * * * ***
19614 ATTTTGACTTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTT-ATTCATACAAACTTATTCAGGTT
295 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTAAAAT
** * * * * *
19675 AAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TACAAATAAATATA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-A-AA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
19739 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC
61 TTTA-CAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGA-C
* * * ** * * * *
19804 -TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCAT-ATGGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTA
123 ATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTA
** ** * * * * * * *
19867 ATTGGTTAATATTTCAAATATTATTGAGTAAGAGATTTAAAATAT-GATCTGTTTA-TCGAATAA
188 ATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATCA
* * * * * * * *
19930 GTTCAAAT-GTTATGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
252 GTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
* * *** **
19994 ATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTGAAT
316 ATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
* * * * * *
20034 AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGCAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTT
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAATTAGTAAG--AGATTTAAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * ** * *
20098 TTCTAAATATGTTCAAATAGTTCTGA-TGATTTGAACAATTATTTATTTCAAATACTCATGACCT
63 TAC-AAACA-GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACAT
* * * * * *** * ** * *
20162 TTTGTTCTGTCATAAACCAATTATTTTTGTGT-ATACAAGAATATTCAAAATAAAATAATACTAA
125 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAA
** * * * * * *
20226 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAATAAAT-TG-TTA-TCAAGTAAC
189 TTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATCAG
* * * *
20287 TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCACAT-AGTTATGATCTTTT-TTTTCAT
253 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTA-TTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTT-AT
* * * * ***
20350 CATAAAACAATTGTTTAT-ATTCATACAAGTTTACTCGGAAT
315 CATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTAAAAT
* *
20391 -AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGATAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAA-T--TAG-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
20454 TTTACCAAACAAATTCAAATGGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--GTTATGACC
61 TTTA-CAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACA
* * * * * ** *
20517 TTTTGTTTTGTCAT-AGACTAATTGTTTCTATTAATGCAAAA--TTATCCAGCATAAAATAATAC
124 TTTTATTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCAATTCAT--AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACAC
* *** * * *
20579 TAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAAT-
186 TAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC
* * * * * * * * * *
20639 AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAA-AATTATGTATCTCAAATCAATATGATC-TTTATTTTGT
251 AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
** ** *
20702 CATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATT
315 CATAAAACAATTGTTT-TTCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
** * * * * * * *
20743 AAAATAATACTAATTTAAGAAAATTCCAAAAATTAGTAGTAAGGGTTTTAAAAGAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAA-T--TAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
* * * * * *
20808 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACATTTATCTATTTCAAA-TG-T-T--C--
62 TTA-C-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACAT
* * ** * * ** * *
20866 -TAATCTT-TCATAAAACAATAATTTCATTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
125 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAAT
* * * * * * *
20929 TTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTTAAAAAAAAAATCTATTTACTAAA-CAAG
190 TTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC-AG
* * *
20993 TTCGAATAGATT-TGACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATC
253 TTCAAATA-ATTATGACCATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
* * ** * * *
21056 AAAAAATAATTG-TTTTCGTTCATAAAAACTTATCTAAAAT
316 ATAAAACAATTGTTTTTC-AACATACAAGCTTATTTAAAAT
* * * * *
21096 AAAATAATACTACTCTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAACTAAAGT-T
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAGTAAG----AGATTTAAAAAAATAAA-TCT
* * * * * * * * * * * **
21159 GTTTTCTAAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTTAAACAAATATCAATCTCATATCATTATG--
60 ATTTAC-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGAC
* * * * * * * *
21222 ATCTTTGTTTTCTCATAAAACAACTGTGTCTAA-TCATACAAGCCTATTC-AAATAAAAATAATA
123 AT-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAAATAACA
* ** * * * *
21285 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
185 CTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAT
* * * * * * * * * *
21346 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTCTGACCTTTTGTTTAA
250 CAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * **** * *
21411 TCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
314 TCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
** * ** *
21453 AAAATAATACTAATTTATTACCATTCAAAAAATTAACAAGCATGAGTTTTTAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAGTAAG-A-GA--TTTAAAAAAATAAATCTA
* ** *
21518 TTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTAT
61 TTTAC--AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTAT
21566 AAATCATTAT
Statistics
Matches: 3393, Mismatches: 769, Indels: 494
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
341 12 0.00
342 30 0.01
343 40 0.01
344 49 0.01
345 113 0.03
346 67 0.02
347 10 0.00
348 1 0.00
349 2 0.00
350 19 0.01
351 180 0.05
352 155 0.05
353 276 0.08
354 46 0.01
355 17 0.01
356 188 0.06
357 366 0.11
358 347 0.10
359 300 0.09
360 127 0.04
361 261 0.08
362 185 0.05
363 138 0.04
364 43 0.01
365 137 0.04
368 1 0.00
369 10 0.00
370 2 0.00
371 1 0.00
374 1 0.00
376 2 0.00
377 31 0.01
378 3 0.00
379 14 0.00
380 40 0.01
381 39 0.01
382 138 0.04
383 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAC
AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTATT
TTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTATTA
ATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAGTTCAAATA
ATTATGACCATTTGAACAATTATTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
TGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAAT
Found at i:18505 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16719--21565 Score: 2880
Period size: 180 Copynumber: 27.1 Consensus size: 180
16709 TTTATCAATT
* * * * * * *
16719 AACAATTATCAATCTT-AAATCATTAAGATC-TTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTCTTGATCA
1 AACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * ** * * *
16782 TAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAGTACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAT
65 TACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * * *
16842 ATTTAAAAAATAAATGTGTTGT--TGAACTAGTTCAAATAGTTA-AACCTATTAG
128 ATTTAAAAAATAAATCTATT-TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTG
* * * * * * * * * * *
16894 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCA-AAAATATTTGTTTCAT-ATCT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCA
* * * * * *
16957 TACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATTC-AAATTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAG
65 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
17020 ACTTGAAAAAATAAATCTCTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTG
128 A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * **
17074 AACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTTTTACATCAAAGAATTGTTTCAGTAT-
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTTTGT-TC
* *** * * * *
17137 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTATGAAATTTATAAGCAAGAG
64 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * **
17202 -TTAAAAAAATAAGTTTACTTA-C--TGAA---C--A-AGTTATGACTATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
17245 AATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* **
17310 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAAT-AGTAAGTTAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** * * * * *
17374 TTAAAAACCT-AATTTGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAATCATGTCCATTTG
130 TTAAAAA-ATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
17425 AACAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* ** * * ** * *
17490 GCAAAATTA-TTCAGAATAAAATAAGACTGGTTTATTGACAT-TTTGAAAATTAAAAAGCT-AGA
66 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATATTTAAAAATTAATAAG-TAAGA
* * *
17552 GATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTG
127 GATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *** *
17607 AACAATTGTCCATTTAAAATTGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* *** ** * * *
17671 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACGCTACTTTATTATTATTTCTTTTAAAATTAATAAGTAAGA
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA--A--TATTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
17736 GATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAATC-AGATCAAATAATTATGGCCATTTG
127 GATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ***
17790 AACAATTAT-TAATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACA
1 AACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
17854 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *
17915 TTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
129 TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * ** *
17968 AACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTTATTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTATGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTC
* * * * * * *
18032 ATACAA-ATTATTTGGAATAAACTAATACTAATTTAATAATATTATGAAAATTCATAACTAAGAG
64 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
18096 ATTTAAAAAATAAATCT-GTTAGCTAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATGTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * ** * *
18148 AACAATTAACTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAGCAATTATTTAAGCTCGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* * * * * * * *
18213 ACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAAAAATAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGA
66 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * ** * * * *
18277 TTT-AAAAAGAATTCTATGTACTGAAC-CGATTTAAATAATTATAACTATTTG
129 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
18328 AACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* * * **
18392 ATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATTGGTAAGAGATT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
18457 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
131 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * * * *
18507 AATAATTATCTATTTCAAATTATTATAATCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* ** * * ** ** *
18572 ACTATTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAGCTTAATAACCAAGAA
66 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * * * * *
18636 ACTTAAAAAAATAAATTTAATTGTCGAACTAGTTCAAATAGTCAAT-ATTATATG
128 A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTG
* * * * * *
18690 AATGAA-TATCAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAA-AATTGGTTCTATTC
1 AA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGTTC
* ** * * **
18753 ATACTATTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGA
64 ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * * *
18817 AAATT-AAAAA-AAATCTAATTACTGAACTAGTTCAAATAGTCAAT-ACTATATG
127 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTG
** * * * *
18869 AATGATTATCAATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTTATTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * *
18933 TACAAGCTTA--TCAAAT----T-A-A--AA--TAAT-AT-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAT
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * * * *
18984 TTGAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAA-TTCATATGGATAAGACTACTAG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * **
19035 AACAATTATCAATTTCATATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAGACAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* * * *
19100 ACAAGCTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAAT--G--AGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
19161 TTAAAAAAATAAATCAATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTA-GTACTATTTG
130 TT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTG
* * * * * * * *
19213 AA-TATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTATTTTAGTTAAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
** * * *
19276 ACAAGCTTATACGAAATAAAACAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** * * * *
19341 TTAAAAAATAATTTTGTTTATTAGATC-AGTTAAAATAATTATGA-TCATTTA
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * * * * *
19392 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGCTTTATTATAAAATAATTGTTTTT-TATCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCA
* * * * * * *
19456 TACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTATTTGAC-AATTAAAAAAATACAAATTTATTAATATTT
65 TACAAGCTTATTTGAA-A--TA-AAATA-AT-ACTAATT----TATTA-ATATTTA--AA-AATT
* * * * * * * *
19520 AGACAATTAA-TAAGTAAAAGATTTGAAAAAGAAATATGTTTACCAAATAAGCTCAAAT-GTCAT
116 ----AA-TAAGTAAG-AGA---TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
19583 GACTATTTG
172 GACTATTTG
* * * * * * * * *
19592 AATAATTATTTATTTCAAAATCATTTTGACTTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTTATTCA
1 AACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * ** ** * * *
19657 TACAAACTTA-TTCAGGTTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
65 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
19721 ATTTTACAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * ***
19774 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
** * * ** * * *
19839 A-TGGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTGGTTAATATTTCAAATATTATTGAGTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
19903 TTAAAATAT-GATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTAG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
19952 AATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* *
20017 ACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGCAA-A-A
66 ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
20078 TTTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAATATGTTCAAATAGTTCTGA-TGATTTG
129 -TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * * * *
20131 AACAATTATTTATTTCAAATAC-TCATGACCTTTTGTTCTGTCATAAACCAATTATTTTTGTGT-
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TC
** ** * *
20194 ATACAAGAATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA
64 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * *
20259 ATTT-TAAAATAAAT-T-GTTATCAAGTAACTTCAAATAGTTATGACCATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
20309 AACAATTATTTATTTCACATAGTTATGATCTTTT-TTTTCATCATAAAACAATTGTTTATATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * *
20373 TACAAGTTTACTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGATAGGAG
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-TAAGAG
* * * * * *
20436 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATGGTCATGTCCATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
20489 AACAATTATCTATTTCAAA--GTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AGACTAATTGTTTCTATTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCA
* ** ** * * *
20551 TGCAAAATTA-TCCAGCATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAG
65 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * *
20611 ATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAA-TAGTTTAAATAGTTATTACTATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * *
20663 AA-AATTATGTATCTCAAATCAATATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCA
* * ** * * * * *
20725 TACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAGAAAATTCCAAAAATTAGT-AGTAAGGGT
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
20789 TTTAAAAGAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
129 TTTAAAA-AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * ** *
20842 AACATTTATCTATTTCAAAT-G-T-T---C--TAATCTT-TCATAAAACAATAATTTCAT-TTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCA
* * * * *
20897 TACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAG
65 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
20961 ATTTTAAAAAAAAAATCTATTTACTAAACAAGTTCGAATAGATT-TGACTA-TTG
128 A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG
* * * * *
21014 AACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTTCGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * * * * * *
21078 TAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTCTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
21143 TTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCTAAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTTA
129 TTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * **
21195 AACAAATATCAATCTCATATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAACTGTGTCTAATCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* * * *
21259 ACAAGCCTA-TTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT--G--AGAGA
66 ACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
21319 TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAG
129 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * ** * * *
21371 AATAATTATCTATTTCAAATCCTTCTGACCTTTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* ** * * * *
21436 ACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACCATTCAAAAAATTAACAAGCATGAGT
66 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG-
* * **
21500 TTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAA-AAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
21553 AACAATTATCTAT
1 AACAATTATCTAT
21566 AAATCATTAT
Statistics
Matches: 3633, Mismatches: 805, Indels: 461
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 20 0.01
165 26 0.01
166 63 0.02
167 7 0.00
168 4 0.00
169 2 0.00
170 6 0.00
171 124 0.03
172 95 0.03
173 57 0.02
174 105 0.03
175 97 0.03
176 139 0.04
177 217 0.06
178 427 0.12
179 546 0.15
180 696 0.19
181 333 0.09
182 215 0.06
183 193 0.05
184 97 0.03
185 7 0.00
186 5 0.00
187 2 0.00
189 3 0.00
190 4 0.00
191 7 0.00
192 8 0.00
193 3 0.00
196 5 0.00
197 9 0.00
198 7 0.00
200 27 0.01
201 76 0.02
202 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:18793 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 18046--18917 Score: 616
Period size: 179 Copynumber: 4.8 Consensus size: 179
18036 AAATTATTTG
* * * * * *
18046 GAATAAACTAATACTAATTTAATAATATTATGAAAA-TTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTAAAACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAA-AAA
* * * * * * * * **
18110 TCT-GTTAGCT-AACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATGTGAA-CAATTAACTATTTCAAATTATT
63 TCTAATTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTCAATACTATATGAATGAA-TATCAATTTCAAATCGTT
* * * * * * * *
18172 ATGACCTTTTGTTTTGTTAT-AAAGCAATT-ATT-TAAGCTCGTACAAGTTTATTCA
126 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAA-AAATTGGTTCT-A-TTCATACTATTTTATTCA
* * ** * * * ** * * *
18226 GAATAAAATAAAAATAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTTAAAAAGAATTC
1 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAA-AAATC
* * * * * * *
18291 T-ATGTACTGAAC-CGATTTAAATAAT-TATAACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAAT-GTT
65 TAAT-TACTGAACTAG-TTCAAATAGTCAAT-ACTATATGAATGAA-TATCAATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
18351 ATTACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGTTTATA-TAAGTTTGT-TTGA
126 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAA-AATTGGTTCTATTCATACT-A-TTT-TATTCA
* * **** * *
18406 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAA--AAAT
* ** * * ** * * **
18469 CTATTTACCAAACCATTTCAAATAGT-TTTGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATTATTA
64 CTAATTACTGAACTAGTTCAAATAGTCAAT-ACTATATGAATGAA-TATCAATTTCAAATCGTTA
* * *
18532 TAATCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTCA
127 TAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCA
* *
18585 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAGCTTAATAACCAAGAAACTTAAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT-AAAACTTAATAACCAAGAAAATT--AAAAA-AA
* * *
18650 ATTTAATT-GTCGAACTAGTTCAAATAGTCAATATTATATGAATGAATATCAATTTCAAATCGTT
62 ATCTAATTACT-GAACTAGTTCAAATAGTCAATACTATATGAATGAATATCAATTTCAAATCGTT
*
18714 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTTA
126 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCA
18768 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAATCT
1 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAATCT
* **
18833 AATTACTGAACTAGTTCAAATAGTCAATACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCGTTATGGC
66 AATTACTGAACTAGTTCAAATAGTCAATACTATATGAATGAATATCAATTTCAAATCGTTATAAC
*
18898 CTTTTTATTTTGTCAT-AAAA
131 C-TTTTGTTTTGTCATCAAAA
18918 CAAATGTTTT
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 96, Indels: 59
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 26 0.05
179 195 0.34
180 165 0.29
181 9 0.02
182 36 0.06
183 128 0.23
184 8 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAATCT
AATTACTGAACTAGTTCAAATAGTCAATACTATATGAATGAATATCAATTTCAAATCGTTATAAC
CTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCA
Found at i:19643 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 19292--19668 Score: 472
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 201
19282 TTATACGAAA
* ** * * * *
19292 TAAAACAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG
1 TAAAAAAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATG
** * * * *
19357 TTTATTAGATCAGTTAAAATAATTATGATCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
66 TTTACCAAATAAGCTAAAATAATCATGATCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
* * *
19422 TTTTGCTTTATTATAAAATAATTGTTTTT-TATCATACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTATT
131 TTTTACTTTATCATAAAATAATTGTTTTTAT-TCATACAAACTTATTTGAATAGTTATGACTATT
19486 TGACAAT
195 TGACAAT
* *
19493 TAAAAAAATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAGAAATATG
1 TAAAAAAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATG
* * * * * *
19558 TTTACCAAATAAGCTCAAAT-GTCATGA-CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAATCATTTTGA
66 TTTACCAAATAAGCTAAAATAATCATGATC-ATTTAAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGA
* *
19621 CTTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATT
129 CATTTTACTTTATCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATT
19669 CAGGTTAAAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 26, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
199 1 0.01
200 23 0.16
201 122 0.83
202 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (201 bp):
TAAAAAAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATG
TTTACCAAATAAGCTAAAATAATCATGATCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
TTTTACTTTATCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTGAATAGTTATGACTATTT
GACAAT
Found at i:21804 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 21772--21804 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
21762 ACCCATTTCA
21772 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
21790 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
21805 CAAACTATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:22271 original size:38 final size:34
Alignment explanation
Indices: 22186--22266 Score: 112
Period size: 34 Copynumber: 2.4 Consensus size: 34
22176 TATTACTCTT
* *
22186 TTTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGTTAATACAAG
1 TTTGTTATAAAATAATTGCTTTTGTTAATACAAG
*
22219 TTTGTTATAAAATAATTGCTTTTGTTAATATAAG
1 TTTGTTATAAAATAATTGCTTTTGTTAATACAAG
*
22253 TTTGTT-TGAAATAA
1 TTTGTTATAAAATAA
22267 AATAACACTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 2
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 18 0.42
34 25 0.58
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.12, T:0.48
Consensus pattern (34 bp):
TTTGTTATAAAATAATTGCTTTTGTTAATACAAG
Found at i:23879 original size:176 final size:172
Alignment explanation
Indices: 22538--24086 Score: 525
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 172
22528 ACAATAATCA
* * * * * * * **
22538 ATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTTGTACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATTATTATAACCTTTT-GTTTATCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTT-TT
* * *
22602 CA-AATTCAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTTAAAAATA
64 CAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AT---ATTTAAAAAATA
* * * ** * * *
22666 AAT-TCGTTTATCGAATCAGTTCAAATTGTTAAGACTATTAGAA-ATATTATCT
124 AATAT-ATTTACCGAATC--TTTAAATAATCATGACTATTTGAACA-ATTA-CT
* * ** * * * * * *
22718 ATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGGTTATT
1 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTT-TT
* * * * * *
22783 AAGAATAAATTAATGCTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAAAA
64 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGATATTT----AAAAA
* * * * * * * **
22848 ATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAT-ATTATTTAAACAATTGTTT
121 ATAAATATATTTACCGAATC---TTTAAATA-ATCATGACTATTTGAACAATT-ACT
** * * * * ** * ** *
22903 ATTAAAAATTTGTTATAACCTTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTAATGTAAG-TTTA
1 ATTTCAAA-TTATTATAACC-TTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTTTT
* * * * *
22967 GATGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTAAAAAAT
64 CA--GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C-AAA-AATTAA-TAAGATATTTAAAAAAT
* * * * * *
23032 AAATCTGA-TTATC-AACTCAATTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCT
123 AAATAT-ATTTACCGAA-TC--TTTAAATAATCATGACTATTTGAACAATTA-CT
* * * * * * ** *
23085 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTAT
1 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTG--TTTATCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTT-T
** * * * *
23150 TTGGTTAA-AAAATAATACT-ATTTAAGTAATATTCCTAAAAAATATTAGGTAAGAGATTTAAAA
63 TCAG--AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATT--T-CAAAA-ATTA-ATAAGATATTTAAAA
* * * * ** * * * *
23213 AATAAATGTGTTTGCCAAAATCTTGCTCAAATAGTAT-AACACTATTAGAATAATTTTCA
120 AATAAATATATTTACC-GAATCTT--T-AAATA--ATCATGACTATTTGAACAA-TTACT
* * * * * * *
23272 ATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAA-ATTTGTTTCATAT-CT-TTACAATCTT
1 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTATTT--T-TGCTCATACAAGCTT
* * * * * *
23334 ATTCAGAAT-AAATAATCCAAATTTATTCACA-TTCAAAAATTAATAACAGAAGATTGAAAAAAT
62 -TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AG-ATATTTAAAAAAT
* * * * *
23397 AAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTTAAAAAGAT-ATGACTATTTGGAACAATTATTTTT
123 AAATATATTTACCGAATC---TTTAAATA-ATCATGACTATTT-GAACAATTA---CT
* * * * ***
23453 ATTTAAAATCAATTATGACCTTTTGTTT-TGACAT-AAACAATTGTTTTCATTCATACAAAGCTT
1 ATTTCAAAT-TATTATAACCTTTTGTTTAT--CATAAAACAATTATTTTTGCTCATAC-AAGCTT
* * * * *
23516 ATCCAAAATAAAATAATGACT-ATCTCTAAAT-TTTC-AAAA-TAATAAGCATAGTTTAAAAAAA
62 -TTCAGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-ATA-TTT-AAAAAA
* * * ** * * * * *
23577 TAAATTTGTTTACTGAGCAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCT
122 TAAATATATTTACCGA--ATCTTTAAATAATCATGACTATTTGAACAATTA-CT
* * ** * * *
23631 ATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCGTATC-
1 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTTTTCA
* * * *
23695 GAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TGATTTAAAAAGTGAATCT
66 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAT-ATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
23759 GTTTAGCGAAT-TAGTTCAAATAATTATTG-CTATTTCAACAATTACCT
129 ATTTACCGAATCT--TT-AAATAATCA-TGACTATTTGAACAATTA-CT
* * * * *
23806 ATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTGATCATACAAGCTTTTC
1 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTT-ATCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTTTTC
*
23871 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATATA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATATA
* *
23936 TTTACCGAATCTTTGAATAGTCATGACTATTTGAACAATT-CT
130 TTTACCGAATCTTTAAATAATCATGACTATTTGAACAATTACT
* * * *
23978 AACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTTTGCTCATACAACCTTAT
1 -ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTT-T
* * * *
24043 TTAAAATAAAATAATAC-AA-ATAATAATATTTCAAAAATTAATAA
63 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
24087 CTTGTTAATT
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 230, Indels: 210
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
172 25 0.02
173 56 0.05
174 39 0.04
175 84 0.08
176 111 0.11
177 41 0.04
178 31 0.03
179 22 0.02
180 59 0.06
181 147 0.14
182 118 0.11
183 41 0.04
184 52 0.05
185 65 0.06
186 90 0.09
187 43 0.04
188 8 0.01
189 5 0.00
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTTTTCA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATATAT
TTACCGAATCTTTAAATAATCATGACTATTTGAACAATTACT
Found at i:24033 original size:349 final size:351
Alignment explanation
Indices: 23452--24086 Score: 763
Period size: 349 Copynumber: 1.8 Consensus size: 351
23442 CAATTATTTT
*
23452 TATTTAAAATCAATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAACAATTGTTTTCATTCATACAAAGCTTA
1 TATTTAAAATCAATTATGACCTTTTGTTTGGACATAAACAATTGTTTTCATTCATACAAAGCTTA
23517 TCCAAAATAAAATAATGACTATCTCTAAATTTTCAAAATAATAAGCATAGTTTAAAAAAATAAAT
66 TCCAAAATAAAATAATGACTATCTCTAAATTTTCAAAATAATAAGCATAGTTTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
23582 TTGTTTACTGAGCAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATG
131 ATATTTACCGA-CAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATTATTATA
* * * * *
23647 ACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCGTA-TCGAAATAAAATAATGCT
195 ACCTTTTGTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAACCGTATTCAAAATAAAATAATAC-
* *
23711 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAGCGAATTAGTTC
259 AA-ATAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAGCGAATTAGTTC
23776 AAATAATTATTGCTATTTCAACAATTACC
323 AAATAATTATTGCTATTTCAACAATTACC
* * * * *
23805 TATTTCAAATC-ATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTGA-TCATAC-AAGCT
1 TATTTAAAATCAATTATGACCTTTTGTTTGGACATA-AACAATT-GTTTTCATTCATACAAAGCT
* * * * *
23867 T-TTCAGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG-ATA-TTT-AAAAA
64 TATCCAAAATAAAATAATGACT-ATCT-CTAAATTTTC-AAAA-TAATAAGCATAGTTTAAAAAA
** ** *
23927 ATAAATATATTTACCGA-ATCTTTGAATAGTCATGACTATTTGAACAA-T-TCTAACTTCAAATT
125 ATAAATATATTTACCGACAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCT-ACTTAAAATT
* ** * *
23989 GTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTTTGCTCATACAACCTTATTTAAAATAAAA
189 ATTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAACCGTATTCAAAATAAAA
24054 TAATACAAATAATAATATTTCAAAAATTAATAA
253 TAATACAAATAATAATATTTCAAAAATTAATAA
24087 CTTGTTAATT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 36, Indels: 23
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 3 0.01
348 46 0.19
349 55 0.23
350 17 0.07
351 36 0.15
352 38 0.16
353 30 0.13
354 12 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
TATTTAAAATCAATTATGACCTTTTGTTTGGACATAAACAATTGTTTTCATTCATACAAAGCTTA
TCCAAAATAAAATAATGACTATCTCTAAATTTTCAAAATAATAAGCATAGTTTAAAAAAATAAAT
ATATTTACCGACAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATTATTATAA
CCTTTTGTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAACCGTATTCAAAATAAAATAATACAA
ATAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAGCGAATTAGTTCAAA
TAATTATTGCTATTTCAACAATTACC
Done.