Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168296.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_522, whole genome shotgun sequence
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300 TTAAATCATT
310 ATAATT-TTGTTT-ATCATAAA
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330 ATAATTATTTTTCATCATAAA
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351 GTATTATATA
Statistics
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20 9 0.47
21 10 0.53
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ATAATTATTTTTCATCATAAA
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279 GGCTTTGAAT
* * ** * *
289 AATTATCTATTTTAAATCATTATAATTTTGTTTATCATAAAATAATTATTTTTCATCATAAAGTA
1 AATTAT-TATTTTAAATCATTATACTTTTGTTTATCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATAAATTT
* *
354 TTATATAAAATAATACTAATTACTAATATTTAAAATTAATAACT-AGAGATTTAAAAAAT--TGA
64 TTAAATAAAATAATACTAATTACTAATATTTAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAATGA
*
416 TATTTACCAAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAAC
129 TATTTACCAAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTAAAC
* ** *
453 AATTATTATTTCAAATTGTTATACTTTTGTTTATCATAAAACAATTTTTTTGTTCAGTAACTTTT
1 AATTATTATTTTAAATCATTATACTTTTGTTTATCATAAAACAATTTTTTTGTTCA-TAAATTTT
518 TCAAAATAAAA-AA-ACTAATTA-TAATATTTCAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
65 T--AAATAAAATAATACTAATTACTAATATTT--AAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
*
580 TG-TATTT-CCAAA-TTCAAATAATTAAGACTATTTGAAC
126 TGATATTTACCAAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTAAAC
* * **
617 AATTCTTTATTTTAAATCATTATTACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAA
1 AATT-ATTATTTTAAATCATTA-TACTTTTG-TTTATCATAAAAC-AATTTTTTTGTTCATA-AA
* * * *
682 GTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAG-AAGTAAGAGATTTA
61 --TT-TTT-AAATAAAATAATACTAA-TTACTAATA-TTT-AAAATT-AGTAACTAAGAGATTTA
746 AAAAATAA
118 AAAAATAA
754 ATTTGTTTAC
Statistics
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0.81 0.09 0.11
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AATTATTATTTTAAATCATTATACTTTTGTTTATCATAAAACAATTTTTTTGTTCATAAATTTTT
AAATAAAATAATACTAATTACTAATATTTAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAATGATA
TTTACCAAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTAAAC
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1 ATGT
* *
5 ATACATGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATTT-AAAAATT-ATAAGTTA-AG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
64 ATTAAAAAAATAAATCTGTTTATAAA-AAGTTCAAATAATT-TGA-TATTTGAATAATTATCTAT
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * ** *
126 TTAAAATTA-TTATGAAT-TTTT-TTTTATTGT-AAA-AATTGTTTC-ATACATAAAAGCCTATC
131 TTAAAA-TAGTTATG-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
* * * * * * * *
185 CAAAATAAAATAATA-TCACTTATTAATATT-TCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATG
194 CGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAA-ATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
248 AAT-TAGTTTA-TAGAATC-AGTTCAAATAATT-TG-GC-TTTGAATAATTATCTATTTTAAATC
257 AATCT-GTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT
* * * * * ** *
307 ATTAT-A-ATTTT-GTTTATCATAAAATAATT-ATT-T-TTCAT-CATAAAGTA-TTA-TATAAA
319 GTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AACTTATTTAGAATAAA
* * *
363 ATAATACTAA-TTACTAATATT-T-AAAATTAATAACTAGAGATTT-AAAA-AATTGATATTTAC
383 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAATAAAT-ATGTTTAC
* * * * * **
423 -CAA-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTAT-AC-TTTTG-
444 GAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAATTATGACTTTTTGT
* * * * * *
482 TTTATCATAAAACAA-TTTTTTTGTTCAGT--AA-CTTTTTCAAAATAAAA-AA-ACTAA-TTA-
509 TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTTA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
539 TAATATTTCAAAAATTAGTA-ACTAAGAGATTTAAAAAATAATGTATTT--CCAAATTCAAATAA
573 TAATATTCCAAAAATTAATAGA--AA-A-A-TTAAAAAA-AAAGTTTTTGAACACATTCAAATAG
* * * * * *
601 TTAAGACTATTTGAACAATTCTTTATTTTAAATCA-TTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
632 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
*
664 ATGCTTTT-GTTC
696 TTG-TTTTAGTTC
* * *** * ** *
676 ATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
741 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTA
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
806 CTTCAAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTAT
130 TTTAAAATAGTTATGATCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTAT
** * * *
869 TC-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTA-ATGGATTT-AAAAA
193 TCGA-AATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAGA--GATTTAAAAAA
* * * ** *
931 TGAATTTG-TTAGCCTG-AC-AGTGT-AAATAGTTGTGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA
255 TAAATCTGTTTA--CTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * *** * * * *
992 TTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTG-TTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAA
317 TTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAA
* * * * *
1056 GATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATGAATTTTTTTA
382 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTA
* * * **** *
1121 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTTGTTTGAACAATTATCTATATCAAGTTGCCATAACTTTT
443 CGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-TTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAATTATGACTTTT
* * * * *
1186 TGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATACAAATT
506 TGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTTATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATT
*
1250 TTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAAAAAGTTTTTGAACACATTCAAAT-GT
570 TATTAATATTCCAAAAATTAAT-AG-AAAAATTAAAAAAAAAGTTTTTGAACACATTCAAATAGT
*
1314 T-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA-AAAACAATT
633 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-T
1377 TGTTTCTA-TTC
697 TGTTT-TAGTTC
* ** * * * * *
1388 ATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *** * *
1453 ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCGAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTA
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTA
* *
1517 TTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTG
130 TTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC
* *
1582 GGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
195 GAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAA
* * *
1647 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
259 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
* * ** * *
1712 GATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATA
324 GACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATA
* * *
1777 CTAATGTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACGGAAACAGT
389 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTAC-GAAACAGT
* * * * *
1842 TCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGA-TATTTATTTTGTCAT
452 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
1906 AAAATAGTTTGTTTCTT-TTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATT
517 AAAATAATTT-TTT-TTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
1970 CCAAAAATTAATA-AAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAAC-CAATTCAAATAGTTAAT-
580 CCAAAAATTAATAGAAA-AATTAAAAAA-AAA-GT-TTT-T-GAACAC-ATTCAAATAGTT-ATG
* * * * * * * * *
2032 ACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTT
637 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*
2097 CAGTTC
702 TAGTTC
* * * *
2103 ATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGA
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
** *
2167 GA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAAACAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACCATTTGAACAATTATC
* * * * * * * **
2226 TATTTAAAGTCA-TTACGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGTTCAAAGAAACTT
128 TATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTT
* * * * * * * * * * *
2289 ATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAAT
191 ATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAA
* * * *
2354 TAAATCTGTTT-TTCGCACCAA-TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTTAAAA
255 TAAATCTGTTTACT-G-AACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAA
* * * **
2417 TAGTTATGATCC--TTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTTAG-ATA
317 TTGTTATGA-CCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAAT-
* * *
2478 AAAATAATATTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-AATATATGCTTGT
380 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAA-ATATG-TT-T
** * * * * * * * * * *
2542 -CGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTG
442 ACGAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAATTATGACTTTTT
* * * * *
2606 GGTTAGTCATATAATAA-TTGTTTTAGTTTATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTT
507 GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
** * * *
2670 ATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACA-AGTT
571 ATTAATATTCCAAAAATTAAT-AG-AAAA-A-TT-AAAAA--AAA--AGTTT-TTGAACACA-TT
* * *
2734 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCAT
625 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTTTATTTTGTCAT
*
2799 AAAACCATTGTTTTAGTTC
689 AAAACAATTGTTTTAGTTC
* * * * *
2818 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
*** * * ** *
2879 ATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCT
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
2943 ATTTCAAATCGTTATTGCT-TTTTATTTTGTCTTAAAATAATTTTTTTTCAAT-ATACAATTTTA
129 ATTTAAAATAGTTA-TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTA
* * *
3006 TTTGAAATAAAATAAA-ACTAATTTATTAATATT-TTAGTAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAA
192 TTCGAAATAAAA-AAATACTAATTTATTAATATTCTGA-AAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
3066 TAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
255 TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
* * * * * *
3131 TTAT-AGCCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAACTTATTTAGAATAAAA
320 TTATGA-CCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAA
* *
3195 TAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACC
384 TAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTA-C
* ** * * * * * * * ** * * *
3260 TAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTGC
444 GAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAATTATGACTTTTTGT
* * * * * * * * *
3325 TTTATTATAAAATAA-TTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCCA-AAAAAAATAATATTACA-TT
509 TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTTATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTA-ATTT
* * ** * ** *
3387 ATTAATATTTCAAAAGTTAATA-AGGGATTTAAAAGATAAATCAGTTTATCCAA-ATAGTTCAAA
571 ATTAATATTCCAAAAATTAATAGA-AAAATTAAAA-A-AAA--AGTTT-TTGAACACA-TTCAAA
* * * ** * * * * *
3450 TAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTTGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATC-T-TA
629 T-AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA
**
3511 A-AATT-TTTTTTTTC
692 ACAATTGTTTTAGTTC
** * *
3525 A-ACATTAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAA
1 ATAC---AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
3585 GAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTAT
63 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
3650 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTT
127 CTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTT
* * * * * * *
3715 -TTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAGAAA
191 ATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGT-AGAGA-TTTAAAAA
* * * * * * * * * * *
3779 ATAAATCTATTT-TTCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAAT
254 ATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
* * * * * * *
3843 TGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATATAAGCTTA-TTCGAAAT
318 TGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAACTTATTTAG-AAT
* * * * ** * * *
3905 AGAATAAAACTAATTTATTAATTGTTC-AAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTA
380 AAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTA-AAAATAAATATGTTTA
* * * * * * *
3969 CTGAACCAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTACTAAT
443 C-GAAACAGTTCAAATAG-TTATGATTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAATTATGACT-TT
* * * * ***** * * ** *
4033 TTATTAATAT-TTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTA-A-AATG-TAAATCTA-TTTACCAAAC
505 TTGTT--T-TGTCATAAAA-TAAT--TTTTTTTATTTATACAA-GCTTATTC-AGAATA--AAAT
* ** ** * * *** * ** * ** **
4093 CATTTTAAATAGTT-TTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAA-TCATTATAACCTTTTATTT
560 AATACT-AAT--TTATTAA-TATTCCAAAAATTA-ATA-GAAAAATTAAAAAAAAAGTTTT-TGA
*** * * * * * * * * **
4156 TGTCA-TCAAACAATT-GGTTCT-GTTGACACTATT-T-TATTTGAAATAAAATAATAAT-AATT
618 ACACATTCAAATAGTTATG-ACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAAT--AGT--T-ATGACCT
* * **** * *
4215 TAATGATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAATAATCTA
676 T--T--TATTTTG-----TCAT-A--AA-ACAATTGTTTTAGT-TC
* * * *
4261 ATAGCCAAAC-AAGTTCAAATAGTTAAGACTAA-A-TGAATGATTATT--TATTTCAAATCATT-
1 ATA--CAAGCTTA-TTCAAA-A--TAA-AATAATACT-AAT--TTATTAATATTTCAAA-AATTA
** ** * * ** * *
4320 ATGACCTTTTG-GTTTCTCATAAAATAATTATTTTGTTT--GTACAAG--C--TTA-TT-TG--G
55 AT-A-AGTAAGAGATT-T-AAAAAATAA--A-TTTGTTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACC
* * ** ** * * *
4374 A-TT-AA-AATAATACTAATTTAATGATAGTTCAAAAATAAATTTGTTTACAAGACAAGTTTAAA
113 ATTTGAACAATTAT-CT-ATTTAA-AATAGTT--ATGAT-CTTTTGTTT---TGTC-A--TAAAA
* * * ** * ** * ** ** ** *
4436 TAGTTATAACTATTTGAATAGTTA-TTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAA
166 CAATTGTTTCTA-TT-CATA-CAAGTTTATTCGAAAT-A--A-AAA-AATACTAATT-T-AT-TA
* **** * ** * * * * * *
4500 ATAATTGTTTCTATTCATACA--AGTTTATTCGAAATAAA-AGAATACTAATTTA-TTAATATGA
220 AT-ATTCTGAAAATTAATA-AGTAG-AGATT-TAAA-AAATA-AAT-CT-GTTTACTGAACAAGT
* * * * * * * * *
4561 TAAAATTAATGAGTTGGA-GACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCACA
277 TCAAA-TAGTTA--T-GACCATTTGAACAATT-ATCTATTTA--AAAT-TGTT---AT-G----A
* * * * * * *
4625 TCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTTGGTCGTA-AAACAATTATT
326 -CC-TTT-TA-TTTTATC-A--T-AAAACAAT-TG----TTTCTAT--TCATACAAAC--TTATT
** * * * * * * * *** * * *
4689 TTTATTCATACAATA-TTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAA
374 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A--AATTAATAAGAGATTT-AAAAA-TAA
* * * *
4751 CA-AGAGATTTAAAATCTAAATCTGTTAACCAAACTAGTT-TAAATTAGTATAACTATTTGAACA
434 -ATA-TG-TTT---A-CGAAA-CAGTT---CAAA-TAGTTAT-GA-T--------TATTTGAACA
* * * ** * * * * **
4814 GTTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAA
477 ATTATCTATATCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTTATACAA
* ** ** * * * *
4878 GCTTATTCA-AAGTAAAAATATTGGTAAACTAATAATATT-CTAAAATTAGTAAGCAATAGATTT
542 GCTTATTCAGAA-T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AG-AA-A-AATT
* * * **
4941 AAAAAGTAAATGTGTTTGTAGAAC-CAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAAAACAATTATCTATTT
601 AAAAA--AAAAGT-TTT-T-GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
5005 TAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTC
660 CAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * * * * * *
5053 ATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAA
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
5117 AATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
65 GA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
5182 AATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGCTTTATAATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTA
128 TATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
* * * * * * * * * *
5246 TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTCAGAGATTGAAAAAAT
192 TTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
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* * * * * * ** *
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*
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* * * * * * * *
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* ***
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* * * * * * * ** * *
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* *
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* * * *** * * **
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * ** **
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* * * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * ** * *
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* * ** *** * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * * * * * **
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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508 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTTATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
** *
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572 TTAATATTCCAAAAATTAAT-AG-AAAA-A-TTAAAAA-AAAAGT-TTT--TGAACACA-TTCAA
* * * * *
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692 ACAATTGTTT-TAGTTC
* * ** * *
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1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * ** *
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66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CCATTTGAACAATTATCT
* * * * **
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* * * * *
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* ** * * * * ** * * **
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258 ATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTT
* * * * * * *
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Statistics
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *** * *
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* ** * * ***
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** * * * * *
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** * *
2166 AGA-TT-AAAA-AAA-ATGTTTATC-AAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAAACAATTAT
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
2408 ATCTTAAAATAGTTATGATCCTTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTAATC
124 AT-TTCAAATCGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * *
2460 ATACAAGGTT-TTTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATT
1 ATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATT
** * * * *
2523 TAAAAA-AATATATGCTTGT-CGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATT
65 TAAAAATAA-ATATG-TT-TACGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *** * * * *
2586 TCAAATCATTTTGACCTTTGGGTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTT
127 TCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* **
2635 ATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAG
1 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AG
* * *
2700 ATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
62 ATTT-AAAAA-TAAATATGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* *
2765 ATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTC
124 ATTTCAAATCGTTATGA--TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * * * *
2818 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGAGATT
1 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATT
* * * * * * ** *
2882 TAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATT
65 T-AAAAATAAAT-ATGTTTA-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
2946 TCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCTTAAAATAATTTTTTTTCAAT-
127 TCAAATCGTTA-TGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTC
** * * * **
2995 ATACAATTTTATT-TGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAGTAATTAATAAGAGATT
1 ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATT
* * *
3059 TAAAAAATAAATCTATTTACTG-AACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
65 T-AAAAATAAATATGTTTAC-GAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * * * *
3123 TCAAATTGTTATAGCCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTT
127 TCAAATCGTTAT-GATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
3172 ATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAA--ATTAA-TAAGAG
* ** * * * * *
3237 ATTTAAAAATAAATATGTTTACCTAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTAT
62 ATTTAAAAATAAATATGTTTA-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * * * *
3302 TTCAAATTGTTATGACCTTCTGCTTTATTATAAAATAATTATTT-TAGCTC
126 TTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * * * *
3352 ATATAAGCTTATCCCA-AAAAAAATAATATTACA-TTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGGGA
1 ATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGA
* * * * *
3414 TTTAAAAGATAAATCA-GTTTATCCAAATAGTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACC
63 TTTAAAA-ATAAAT-ATGTTTA-CGAAACAGTTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
** * * * * * * *
3476 TATTTTGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATC-T-TAA-AATT-TTTTTTTTC
123 TATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * *
3525 A-ACATTAAGCTTATT-TGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAATAAGA
1 ATAC---AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGA
* * * * * *
3587 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCT
61 GATTTAAAAA-TAAATATGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
3652 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTC
124 ATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * ** * *
3704 CTACAGGCTT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGA
1 ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGA
* * * * *
3768 GATTTTAGAAAATAAATCTAT-TTTTC-AAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTA
61 GA-TTTA-AAAATAAA--TATGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
3831 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-
121 TCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTC
* * * * * **
3886 ATATAAGCTTATTC-GAAATAGAATAAAACTAATTTATTAATTGTTC-AAAATTTTGTAAGAGAT
1 ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGAGAT
* * * * *
3949 TTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
64 TTA-AAAATAAATATGTTTAC-GAAACAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
*
4013 TTCAAATCATTAT
126 TTCAAATCGTTAT
4026 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 3021, Mismatches: 596, Indels: 464
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 12 0.00
162 21 0.01
163 50 0.02
164 60 0.02
165 36 0.01
166 20 0.01
167 37 0.01
168 23 0.01
169 31 0.01
170 17 0.01
171 28 0.01
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173 53 0.02
174 89 0.03
175 218 0.07
176 216 0.07
177 610 0.20
178 206 0.07
179 137 0.05
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181 368 0.12
182 185 0.06
183 98 0.03
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTT
AAAAATAAATATGTTTACGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
Found at i:2381 original size:892 final size:880
Alignment explanation
Indices: 590--3925 Score: 2321
Period size: 892 Copynumber: 3.7 Consensus size: 880
580 TGTATTTCCA
* * * * *
590 AATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTCTTTATTTTAAATCA-TTATTA-CTTTTGTTTTG
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTG
** * * *
653 TCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 TCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-TTGGAATAAAAAAATATTAATTTATTAAT
* * * * *
717 ATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGT
128 ATTCTGAAAATTAA-TAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGT
* * * * * *
782 TATAACTATTTGAACCATTATTTACTTCAAATCGTGATGACTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATT
191 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * * * *
847 GTTTCTATTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAA
255 GTTTCTATTTATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAA
* * *** * *
912 TAAGTAATGGATTTAAAAATGAATTTG-TTAGCCTGACAGTGTAAATAGTTGTGACTGTTTGAAC
320 TAAG-AA--GATTTAAAAATAAATATGTTTA-CGAAACAGT-TAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *** *
976 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTG-TTCTATTCGTACA
380 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTATTTATTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTCTATTCATACA
* *
1040 AGCTTA-TCTAAAATAAGATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
444 AGCTTATTC-AAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATT
* * * * * *
1103 T-AAAAATGAATTTTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTTGTTTGAACAATTATCTATA
503 TAAAAAATAAATTTTTGTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCTATTAGAACAATTATCTATA
* * * * * * **
1167 TCAAGTTGCCATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTA
568 TCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTTATTTCATTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
1232 AATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAAAAAGTTTT
633 AACAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAAAAAGTTTT
** * * * *
1297 TGAACACATTCAAATGTTTGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATT
698 CAAACACATTCAAATGTTTGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTACGACCTTTTATT
* * ** * * * *
1362 TTGTCAAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTA
763 TTGTCAAAAACAATTTGTTTCTATTCAAACAAACCTATCCGAAATAAAATAATACTACTTCACTA
* * *
1427 ATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTGTTTATCGAGC
828 ATATTCCAAAAATTGATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAATCTGTTTATCGACC
* * *
1480 AACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
1 AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
*
1545 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-GGAATAAAAAAATATTAATTTATTAATA
* *
1610 TTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATACTT
129 TTCTGAAAATTAATA-GTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTT
* * * *
1675 ATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
192 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
1740 TTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTTGAAAATTAAT
256 TTTCTATTTATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAAT
* *
1805 AAG-AGATTTAAAAACTAAATATGTTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAAT
321 AAGAAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTAC-GAAACAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
1869 TATTTATCTCAAATAATTATGA-TATTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAG
383 TATCTATTTCAAATAGTTATGACTATTTATTTTGTCATAAAACA--TTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
1933 TTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAT
446 CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
1998 AAATGTGTTTGT-CGAACCAA-TTCAAATAGTTA--ATACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAA
511 AAAT-T-TTTGTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGAT-CTATTAGAACAATTATCTATATCAAA
*** * *
2059 TTGTTTTGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAA-TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAACA
573 TTGCCATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAACA
** * *
2123 AAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTAAAAAAAATGTTTATC
637 AAATAATA-CAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATGAGTAA-AAATTAAAAAAAAAGTTT-TC
**
2187 AAACA-AGTTGTAATAGATTTGACCATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-TTACGACC-TT
699 AAACACA-TTCAAAT-G-TTTGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTACGACCTTT
* * *
2248 TAGTTTTGTCATAAAAC-ATTTGTTTC-AGTTCAAAGAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTAC
759 TA-TTTTGTCA-AAAACAATTTGTTTCTA-TTCAAACAAACCTATCCGAAATAAAATAATACTAC
*** * *
2311 TTCACTAATATTTTGAAAATT-AGTAAGCAAAAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTTTCGCACC
821 TTCACTAATATTCCAAAAATTGA-TAAGCAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTATCG-ACC
* * ** *
2373 AATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCCTTAT-TTTT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTAAAATAGTTATGAT-CTTTTGTTTT
* * * *
2437 -TCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTT-TTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAA
64 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-GTTTATTGGAATAAAAA-AATATTAATTTATTAA
** * * *
2499 TATTCAAAAAATTAATA--AGAGATTTAAAAAAATATATGCT-TGT-C-GAGCCAGTTCAAATAG
127 TATTCTGAAAATTAATAGTAGAGATTT-AAAAAATAAAT-CTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
2559 TTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGGTTAGTCATATAATAAT
190 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
2624 TGTTT-TAGTTTATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATT
254 TGTTTCTA-TTTATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATT
* *
2688 AATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
318 AATAAG---AAGATTT-AAAAA-TAAATATGTTTACGAAAC-AG-TTAAATAGTTATGACTATTT
* * *
2753 GAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTT
376 GAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTATTTATTTTGTCATAAAA-CATTGTTTCTA-TT
* * * * * * * *
2817 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATT
438 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATT
** * * * * * ** *
2882 TAAAAAATAAATCAATT-TACCAAA-ATAGTTCAAATAATTATG-GCCATTTGAACAGCTACCTA
503 TAAAAAATAAAT-TTTTGTACGAAACA-AGTTCAAATAGTTATGATCTATTAGAACAATTATCTA
* * ** ** * * * * * * * **
2944 TTTCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCTTAAAATAATTTTTTTTCAAT-ATACAATTTTATT
566 TATCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAA-TTTATTTCATTCATACAAGCTTATT
** * * * * ** ** * * *
3008 TGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAGTAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAAT
630 CAAAACAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAA-AAA-
* * * * * * *
3071 CTATTTACTGAACTA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-
693 GT-TTT-C-AAAC-ACATTCAAAT-GTT-TGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAC
* * * * * * * * * * **
3134 TAGCCTATTGTTCTATCATAAAATAA-TTATTTCTATTTATACAAACTTAT-TTAGAATAAAATA
752 GA-CCTTTTATTTTGTCA-AAAACAATTTGTTTCTATTCAAACAAACCTATCCGA-AATAAAATA
* * * * * * * *
3197 ATACTAATTTAGTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACC
814 ATACTACTTCACTAATATTCCA-AAAATTGATAAGCAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTATC
* **
3260 TAATT
877 -GACC
* * * * * * * * * * *
3265 AGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTGCTTTAT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * * * *** *
3330 TATAAAATAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAATAATATTACA-TTATTAAT
66 CATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTGGAATAAAAA-AATATTA-ATTTATTAAT
* * * * * **
3393 ATT-TCAAAAGTTAATA--AGGGATTTAAAAGATAAATCAGTTTA-TCCAAATAGTTCAAATAAG
128 ATTCTGAAAA-TTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAAT-AG
* * * ** * * *
3454 -TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTTGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATC-T-TAA-AA
190 TTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
3514 TT-TTT-TTTTTCA-ACATTAAGCTTATT-TGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCA
253 TTGTTTCTATTT-ATACA--AA-CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-A
* * * * * *
3574 AGAATTAATAAG-AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTAC
312 AAAATTAATAAGAAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACGAAAC-AGTT-AAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
3638 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT-TTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTAT
374 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTATTTATTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTCTAT
* * * ** * * * *
3702 TCCTACAGGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAG
437 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-
* * * * * *
3767 AGATTTTAGAAAATAAATCTATTT-TTC-AAACTAGTTCAAACAGTTAAGA-CTA-TATGTACAA
498 AGA-TTTAAAAAATAAAT-T-TTTGTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCTATTA-GAACAA
* * ** * ** * *
3828 TTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAA-TTATTTCAGCTT-ATATA
559 TTATCTATATCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTTATTTCA--TTCATACA
* * * * *
3891 AGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAA
622 AGCTTATTCAAAACAAAATAATACAAATTTATTAA
3926 TTGTTCAAAA
Statistics
Matches: 1942, Mismatches: 392, Indels: 223
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
885 3 0.00
886 195 0.10
887 184 0.09
888 71 0.04
889 62 0.03
890 104 0.05
891 444 0.23
892 611 0.31
893 197 0.10
894 67 0.03
895 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (880 bp):
AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATT
CTGAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTTATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGAA
GATTTAAAAATAAATATGTTTACGAAACAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATAGTTATGACTATTTATTTTGTCATAAAACATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTGT
ACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCTATTAGAACAATTATCTATATCAAATTGCCATAACCTT
TTGTTTCGTCATAAAACAATTTATTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACAAATT
TATTAACATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAAAAAGTTTTCAAACACATTCAAATGTT
TGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTACGACCTTTTATTTTGTCAAAAACAATTTGT
TTCTATTCAAACAAACCTATCCGAAATAAAATAATACTACTTCACTAATATTCCAAAAATTGATA
AGCAAAAGATTTAAAAAATAATCTGTTTATCGACC
Found at i:3685 original size:532 final size:532
Alignment explanation
Indices: 20--4028 Score: 1979
Period size: 534 Copynumber: 7.6 Consensus size: 532
10 TGCTTATCAA
* * *
20 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TT-A-AAAATT-ATAAGTTA-AGATTAAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATC
** * * * * * * * *
80 TGTTTA-TAAAAAGTTCAAATAATT-TGA-TATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGA-
65 TGTTTACTAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * *
141 ATTTT-TTTTT-ATTGTAAA-AATTGTTTCA--TACATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATA-
130 CTTTTGTTTTTCA-T-AAAACAATTATTTTAGCT-CATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAACAC
* * * * * * * *
200 T-CACTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATTAGTTTA-TAGAA
192 TACA-TTATTAATATTTCAAA---AGTTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAA
* * * * * * * *
263 TCAGTTCAAATAA-TTTGG-C-TTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTA-TA-ATTTT-GTTT
252 T-AGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTT
* * * * * *
322 ATCATAAAATAATTATTTTTCATCATA-AAG--TA-TT-ATATAAAATAATACTAA-TTACTAAT
316 ATCTTAAAATAATTTTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
**
381 ATTTAA--AATTAATAACTAGAGATTTAAAAAATTGA--TATTTACC--A-AAGTTCAAATAGTT
381 ATTTAAGTAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
439 AAGACTATTTAAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTAT-A-CTTTTGTT-TATCATAAAACAATT-
443 ATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTA
* * * *
499 TTTTTGTTCAGT--AA-CTT-TTTCAA
508 TTTCTATTTA-TACAAGCTTATTT-AG
* *
522 AATAAAA-AA-ACTAA-TTA-TAATATTTCA-AAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAA-ATAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AAT
* * * * * * * * ** *
581 GTATTT-CCAA--A-TTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTCTTTATTTTAAATCATTATTA
64 CTGTTTACTAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
** * * **** * *
642 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTT-GTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAT
129 CCTTTTGTTTT-TCATAAAAC-AATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAACAC
* *** *
705 TA-ATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
192 TACA-TTATTAATA-TTTCAAAAGTT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA
** * ** * * * ** * * * *
768 CCAGTTC-AATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTCAAATCGTGATGA-CTATTTGTT
251 ATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCT-TTTATT
* * * * * * * * **
831 TTGTCATAAAAGAATTGTTTCT-ATTCATAC-AGTCTTA-TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTA
314 TTATCTTAAAATAATTTTTTTTCA-ACATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAAAACTAATTTA
* * * **
893 TTAACATTCTAA-AAATTAATAAGTAATGGATTT-AAAAATGAAT-T-TGTTAGCCTGAC-AGTG
376 TTAATATT-TAAGTAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CCAAACAAGT-
* ** * * * * ***
953 T-AAATAGTTGTGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGC
433 TCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT
* * ** * *
1017 AAAACAATT-GTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAA
498 AAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTAG
* * * * * *
1051 AATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * ** *
1115 TTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTTGTTTGAACAATTATCTATATCAAGTTGCCATA
65 TGTTTACT-AACTAGTTCAAACAGTTAAGA-CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * *** *
1180 ACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA
128 ACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAA-TTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAACA
* * * * * * * ** *
1244 C-AAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAA-AAAGT---TTT-TGAACA
191 CTACA-TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAA-TCAATTTACCAAAA
* * * * * * * * * *
1303 CA-TTCAAAT--GTTTGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTG
252 TAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTA
* * * * * ** *
1365 TC-AAAAACAA-TTTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAA
317 TCTTAAAATAATTTTTTTTC-A-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
1428 TATTCCAA-AAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCGAGCAACTTCAAATA
380 TATT-TAAGTAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* ** * * * * * * * * * *
1491 GTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
440 GTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAA
* * **
1556 TTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGG
505 TTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTAG
* * * *
1584 AATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTC-TGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
1648 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATACTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
64 CTGTTTACT-AACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * * * ** ** ** ** * *
1713 ATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATA
128 ACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAACA
* * * ** *
1777 CTA-ATGTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAT-ATGTTTACGGAAAC
191 CTACAT-TATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAAAT
*** * * ** * ** *
1839 AGTTCAAAT-AGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGA--TATTTATTTT
253 AGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCT-TTTATTTT
* * * *** * * * * * *
1901 GTCATAAAATAGTTTGTTTCTT-TTTATACAAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTAAT
316 ATCTTAAAATAATTT-TTT-TTCAACATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAAACTAATTTATT
* * * * * * * *
1964 AATATTCCAA-AAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAG
378 AATATT-TAAGTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAG
** * * * *
2027 TTAAT-ACTA-TTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTT-TCGTCATAAAAT
441 TT-ATGACTACTT-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCT-ATCATAAAAT
* * *
2089 AATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAA
503 AATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTAG
* * * * *
2119 AACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGA-AAAATTAATGAGTAAGAGA-TTAAAAA-AAA-
1 AATAAAATAATA-CTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT
* * ** * * * * * * **
2179 -TGTTTATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA
64 CTGTTTA-CTAACTAGTTCAAACAG-TTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAA-TTGTTA
* * * * * * * * * * * *
2241 CGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAGAAACTTATCCGAAATCAAATAAT
126 TGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAAC
* * * * ** *
2306 ACTAC-TTCACTAATATTTTGAAAA-TTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTTTCG
190 ACTACATT-ATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATC-AATTTAC-
** * * * * * * *
2369 CACCA-A-TTCAAAT-AGTTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--
247 CAAAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATCGTTATTA-CCTT
* * * * * * * * *
2429 TTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCT-AATCATACAAGGTT-TTT-AGATAAAAATAATATTAA
309 TTATTTTATCTTAAAATAATTTTTTTTCAA-CATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAAAACTAA
* * ** * * * * *
2491 TTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATATATGCT-TGT--CGAGCCAGTTC
372 TTTATTAATATTTAAGTAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-CTATTTACCAAACAAGTTC
* * ** * * * *
2553 AAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGGT-TAGTCATA
435 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATA
* * * *
2617 TAATAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTAATCAG
499 AAATAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTAG
* * * * *
2651 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-TAAAT
* * * * * * * *
2716 CTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
64 CTGTTTACT-AACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
2781 ACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACA
128 ACC-TTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAACA
**
2846 CTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGT
191 CTACATTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGT
* * * * *
2911 TCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCTT
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* ** *
2976 AAAATAATTTTTTTTCAATATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTT
321 AAAATAATTTTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTA
** * * *
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* * *
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*
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*
3188 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCT
* *
3253 GTTTACCTAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
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* * * *
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* * *
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192 TACATTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-CCAAAATAGT
* ** *
3445 TCAAATAAGTATGGGCATTTGAACAACTACCTATTTTGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTT
256 TCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTATCTT
* *
3510 AAAAT-TTTTTTTTTCAACAT-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC
321 AAAATAATTTTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-
* *
3573 AAG-AATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTA
385 AAGTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* *
3637 CTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTAT
450 CTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTAT
** * *
3702 TCCTACAGGCTT-TTTTG
515 TTATACAAGCTTATTTAG
* *
3719 AAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTC-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAGAAAATAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTA-AAAATAA
* * * *
3783 ATCTATTTTTCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
62 ATCT-GTTTACTAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
* * * * * * *
3848 TGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTCAGCTTATATAAGCTTATTCGAAATAGAATAAA
126 TGACCTTTTG-TTTTTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAAC
* ** * * ** ** **
3913 ACTA-ATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACC
190 ACTACA-TTATTAATAT-TTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAAT
* * * * * * * *
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4029 TAATTTATTA
Statistics
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GTTTACTAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTTTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTACA
TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAAA
TAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTATCTTAAAAT
AATTTTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAGTAA
TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAA
TAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATAC
AAGCTTATTTAG
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4259 TAATAGCCAA
* *
4269 ACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-GT
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* ** * * * *
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* ** *
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* * * *
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4552 TTAATATGAT
Statistics
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ATAGTTCAAAAATAAATTTGTTTACAAG
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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*
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** * * * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * * * *
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* * ** * ** **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * ** *
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** * * * * * **
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* * *
5433 ATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTA
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* * * * *
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1 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
5551 AATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * *
5616 AAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-TAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
131 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * * **
5667 AAAAA-AAAT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAG-TAAAGGCTGTATGAATACTTGCCTATTTC
1 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * ***
5729 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATCCATATAAGTTTGTTTGGAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * **
5794 TAAAATAATATTAACTTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTA
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * * * *
5842 AAATATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTA
1 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * ** ***
5907 AATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAAT
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*
5972 AAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTA
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* * ** * * *
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* * * * **
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** * *
6152 TAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* *** * * * * *
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1 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA-TATCTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
6267 AAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTC-AA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAA
* * * *
6331 TTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTC---AGTTAATAAATCAA-AGATTTA
129 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTA
* ** * * * *
6380 AAAAAT-AA-CTATATTACTGAATAAATTCAAATAGTTGTGA-CTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAATAAATCTGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
6442 CAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATACGA
64 CAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* * ** * * *
6506 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTT
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* *** *** * * *
6560 AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * ** * * * * *
6625 AATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTAATTCAAAA
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAA
* *
6689 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTA
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * ** * * * *
6741 AAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * *
6806 AATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-AAA
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAA
* *
6870 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-A-ATTTTA
130 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTA
* ** * *
6921 AAAAATAAAATATGTTTTATGAATAC--GTTCCAATAGTTATGAT-TATTTGAATAATTATCTAT
1 AAAAAT-AAATCTG-TTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTAT
* *
6983 TTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATT
62 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATT
* * * * *
7046 CAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-
125 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** * * * *
7101 AAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTAT-GCTTGTTTGAACAATTATTTATTTC
1 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATATC-TATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
7165 AAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAA
65 AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
** * *
7229 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTA
129 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** *
7282 AAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATATCTACATGAATAATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTC-
* * * * **
7347 AAAT-GTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
**
7411 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * ** *
7459 AATACTAAATCTATTTACCAAAATAAGTTTAAATAGTTAT-TACTA-TTGAATGATTATCTATCT
1 AAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAT-CTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
7522 CAAATCATTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTT-CTCAG
64 CAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
*
7584 ATTAAAAATAATACTAATT
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7603 ATTCTTTTCA
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
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AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
Found at i:6036 original size:537 final size:536
Alignment explanation
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4394 ATGATAGTTC
* * * * * *
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* * * * * *
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64 AAATCATTATGACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * ** * *
4533 ATAAAAGAATACTAATTTATTAATA-TGATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCT
128 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
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* * * * ** *
4660 ACAC-TTTGTTTGGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATA
255 AC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** ** *
4724 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGAGATTTAAAATCTAAATCTGTTAACCAAACT-AG
319 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAG
* * * * * * *
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* * * * ** *
4851 ATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATT-CAAAGTAAAAATATTGGTAAACTAATAATA
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* * *
4915 TTCT-AAAATTAGTAAGCAATAGATTT
510 TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTT
* * * * * **
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1 AAAAA-TAAATCTGTTAGCA-AACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
5005 TAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTCAA
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* * * * * * *
5069 AATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAAT
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * *
5134 ATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATG
190 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * *
5199 ACCTTTTGCTTTATAATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAT
255 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * ** * * *
5264 TACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTCAGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCGAATC
320 TAATTTATTAATATTTTAAAAATT----ATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATA
* * * * ** * *
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381 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* **
5458 TT-TCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTT
510 TTCT-AAAAATTAATAAGTAACAGATTT
* *
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1 -AAAAATAAATCTGTT-AGCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
5550 AAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
64 AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * *
5615 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTATTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TG
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * ** *
5678 TTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATACTTGCCTATTTCAAATCGTTATGACC
193 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *** *
5743 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATCCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAA
258 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
5808 CTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCA
323 TTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCA
* ** * * * * * *
5872 ATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAA
387 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** **
5937 ACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAA
452 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAA
*
6002 AATTAATAAGTAACGGATTT
517 AATTAATAAGTAACAGATTT
* * * * *
6022 AGAAAATGAATCTGTTGGCTTAACCAA-TGCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTT
1 A-AAAATAAATCTGTTAGC--AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * **
6086 CAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGA
63 CAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
** * * *
6151 ATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAACTAAATCT
128 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
*** * * * * * * * * * ** * *
6215 GTTTATTGAACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAAT
192 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
6280 CTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACA
257 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * **
6344 AATTTATTAATATTCAGTTAATAA--ATCAA-AGATTTAAAAAAT-AA-CTATATTACTGAATAA
321 AATTTATTAATATT---TTAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCAAATAA
* * * *
6404 ATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGT
382 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGT
* * * * **
6469 CATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTA-TACGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
446 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCGAA-TAAAATAATGCTAATTTATTAATA
* * *
6532 TTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTT
510 TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGA-TTT
* *** *** * *
6560 AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATCTG-TTAGCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** ** * * * * *
6625 AATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTAATTCAAAA
65 AATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * *
6689 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTA
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * **
6754 TTTACCAAACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATA
193 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
6819 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TA
258 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-
** * * * * **
6882 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTA-TGAATA
321 AATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATTAA-GAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTACCAAATA
* * * * * *
6946 CGTTCCAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGT
381 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * *
7011 CAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAAT
446 CATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCCGAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT
* *
7073 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
509 ATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTT
* * * * * *
7101 AAAAATAAATCTATTTA-CTGAGCAAGTTCAAATAGTTAT-GCTTGTTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAATAAATCT-GTTAGC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
7164 CAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAA
63 CAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
7228 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
7293 TGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATA-TCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTAT
191 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-AAAGACTATATGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTAT
* * * **
7356 GACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATA
254 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
7421 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCAAAATAAG
319 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAATAAG
* * ** * *
7486 TTTAAATAGTTATTACTA-TTGAATGATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TGTTTATTTTGTC
383 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTC
* *
7548 ATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTT
447 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
7579 CTCAGATTAA
Statistics
Matches: 2078, Mismatches: 482, Indels: 157
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 5 0.00
536 61 0.03
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538 373 0.18
539 141 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
AAAAATAAATCTGTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
ACCAAACAAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTTAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
AATAAGTAACAGATTT
Found at i:6079 original size:718 final size:719
Alignment explanation
Indices: 5--21023 Score: 5239
Period size: 720 Copynumber: 28.9 Consensus size: 719
1 ATGT
* * * *
5 ATACATGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-A-A-TTTAAAAATT-ATAAGTTA-AG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGAG
** * * * * *
64 ATTAAAAAAATAAATCTGTTTA--TAAAAAGTTCAAATAATT-TGA-TATTTGAATAATTATCTA
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
** * * * ** * * * *
125 TTTAAAATTATTATGA-ATTTTTTTTTATTGT-AAA-AATTGTTTC-ATACATAAAAGCCTATCC
129 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * *
186 AAAATAAAATAATA-TCACTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATGA
194 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
249 AT-TAGTTTA-TAGAATC-AGTTCAAATAATT-T-GGC-TTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA
258 ATCT-GTTTACCA-AA-CAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
308 TTAT-A-A-TTTT-GTTTATCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATA-AAG--TATT---ATATAA
320 TTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGA-ATAA
* * ** *
362 AATAATACTAA-TTACTAATATTT--AAAATTAATAACTAGAGATTTAAAAAATTGATAT-TT-A
383 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAA
* * **
422 -CCAA--AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTAAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTAT-A-CTTT
448 GCAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * *
480 TG-TTTATCATAAAACAATT-TTTTTGTTCAGT--AA-CTTTTTCAAAATAAAA-AA-ACTAAT-
512 TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATC
* * * * * *
537 T-ATAATATTTCAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAATGTATTT-C----CAAATTCA
576 TAATAATATTACTAAAATTAATAAC-AA-AGATTTAAAAAAAAATCTATTTACTAAACAAGTTCA
* * * * * * * *
596 AATAATTAAGACTATTTGAACAATTCTTTATTTTAAATCATTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
639 AATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
660 ACAAATGCTTTTGTTC
704 ACAAATGTTTTTATTC
* * *** *
676 ATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-TA-TAAGAG
* * ** * * ** *
741 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTA
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * *
806 CTTCAAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTAT
129 TTTAAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTAT
* * * * * *
869 TCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTT-AAAAAT
192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAAT
* * ** * **
932 GAATTTG-TTAGCCTGAC-AGTGT-AAATAGTTGT-GACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
256 AAATCTGTTTA-CCAAACAAGT-TCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * *** * * **
993 TGTTATGAC-CATTTGTTTTATTGCAAAACAATT-GTTCTATTCGTACAAGCTTA-TCTAAAATA
318 CATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GGAATA
* * * * * *
1055 AGATAATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATGAATTTTT
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * ** * * * ****
1118 TTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTTGTTTGAACAATTATCTATATCAAGTTGCCATAAC
445 TAAGC-AAACTAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * ** *
1182 TTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAA
508 CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * ** * * *
1247 ATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAA-AATTAAAAAAAAA-GT-TTT--TGAACACA-T
573 ATCTAATAATATTACTAAAATTAAT-AACAAAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACTAAACA-AGT
* * * * * *
1306 TCAAAT-GTT-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA-
636 TCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
1368 AAAACAATTTGTTTCTATTC
701 AAAACAA-ATGTTTTTATTC
* ** ** * *** * *
1388 ATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGAG
* * * * * * * * * * *
1453 ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCGAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTA
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
1517 TTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTG
129 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** * * * *
1582 GGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
194 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
** * * *
1647 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATACTTAT-GTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTA
259 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** * ** **
1711 TGA-TCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAA
323 TGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAA
* ** * * * *
1775 TACTAATGTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACGGAA
388 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAAGCAA
* * * * * * * *
1837 AC-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGA--TATTTATT
452 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTT
* * * * * * * * * *
1899 TTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAAT
516 TTGTTATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAAT
* * * * * * *
1964 AATATTCCAAAAATTAAT-A-AAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATA
580 AATATTACTAAAATTAATAACAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTT-ACTAAACAAGTTCAAATA
** * * * * * *
2026 GTTAATACTAT-TAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTCGTCATAAAA-T
643 GTTAAGGCTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
*
2089 AAT-TATTTCAGTTC
707 AATGT-TTTTA-TTC
* ** *
2103 ATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGCAATTTATTAACA-TTTGAAAAATTAATGAGTAAGA
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAAT-A-TAAGA
* * ** * * * *
2167 GA--TT-AAAA-AAA-ATGTTTATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAAACAATTATC
63 GATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * *
2226 TATTTAAAGTCATTACGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGTTCAAAGAAACTTA
127 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * * * * * * ** *
2290 TCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAATT
191 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
2355 AAATCTGTTTTTCGC-ACCAA-TTCAAATAGTTAT-GACCATTTGAACAAATATCAATCTTAAAA
256 AAATCTG-TTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA
* * * * **
2417 T-AGTTATGATC-C--TTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTTAG-A
317 TCA-TTATGA-CACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAA
* * *
2476 TAAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAAATATATG
380 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAGATTT-AAAAAATAAAT-
** * * * *
2537 CTTGTCGAGC---C-AGTTCAAATAGTTA-AGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTT
441 C-TGTTAAGCAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * * *
2597 TGACCTTTGGGTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAA
504 TAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * *
2661 TACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTA
568 TACTAATCTAATAATATTACTAAAATTAATAA-C-AAAGATTT-AAAAA-AAAATCTATTTACTA
* * * * * *
2726 AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTAT
629 AACAAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGT
* *
2791 TTTGTCATAAAACCATTG-TTTTAGTTC
693 TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTC
* * * * * *
2818 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATA-TTTCAAAAGTT-A-ATAAGAGA
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATATAAGAGA
* * * * ** * * ** *
2880 TTTAAAAAATAAATCA-ATTTACC-AAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCT
65 TTTTAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * **
2943 ATTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTGTCTTAAAATAATTTTTTTTCAAT-ATACAATTTTA
128 ATTTAAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
** * **
3006 TTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAGTAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAAT
191 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * **
3067 AAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
256 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * **
3131 TTAT-AGC-CTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAACTTATTTAGAATAAA
320 TTATGA-CACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAA
* * *
3194 ATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTT
384 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTA
* * * * * * * ** *
3257 ACCTAATTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
447 AGCAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * * * * * * *
3321 CTGCTTTATTATAAAATAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAA-AAAATAATATTAC
511 TTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTA-
* * ** * * *
3384 AT-TATTAATATTTC-AAAAGTTAAT-A-AGGGATTTAAAAGATAAATC-AGTTTATCCAAA-TA
573 ATCTAATAATATTACTAAAA-TTAATAACAAAGATTTAAAA-AAAAATCTA-TTTA-CTAAACAA
* * * * ** * *
3443 GTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTTGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTA
634 GTTCAAAT-AGTTA-AGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
3506 TC-T--TA-AAATTTTTTTTTTC
697 TCATAAAACAAATGTTTTTATTC
** * * *
3525 A-ACATTAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAGAATT-A-ATAAG
1 ATAC---AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATATAAG
* * * * * *
3586 AGA-TTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTAT
62 AGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * * *
3650 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTT
126 CTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
** * * * * * *
3715 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAGAAAA
191 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTTAAAAAA
* ** * * * * * * *
3780 TAAATCTATTTTTCAAACTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATT
255 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
3844 GTTATGAC-CTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATATAAGCTTATTCGAAATA
319 ATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA--TTCATACAAGCTTATTCGGAATA
* * * * * * *
3906 GAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTC-AAAATT--T-TGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTAT
382 AAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
3966 TTA-CTGAACCAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTA-
445 TAAGC-AAACTAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * ** * *
4028 CTAATTTATTAATATT-TAGAA-AATT-AATC-A---ATA-AGAG---ATTTAAAATGTAAATCT
508 CT--TTTGTT-TTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCAAAA--TAAA-AT
* * * ** * * * ** ****
4082 ATTTACCAAACCATTTTAAATAGTT-TTAACTATT--TGAATAATTATTT-ATTCCAAATC-ATT
566 A-ATA-CTAATC-TAAT-AATA-TTACTAA-AATTAAT-AACAAAGATTTAAAAAAAAATCTATT
* **** * * * * *
4142 ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATT--GGTTCTGT-TGACACTATT-T-TATTTGAAATAA
624 -T-A-C--TAAACAAGT--TCAAATAGTTAAGG--CTATATGA-ACAATTATCTATTTCAAAT--
** * * ** * * ** * * *
4202 AATAATAATAATTTAATGATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAATAATCTA
677 CGTTATGA-CCTTT--TG---TTTTG--TCATAA-AA-C-A-AATGTT---TTTAT-TC
* * * * *
4261 ATAGCCAAAC-AAGTTCAAATAGTTAAGACTAA-ATGAATGATTATT--TA-TTTCAAATCATT-
1 ATA--CAAGCTTA-TTCAAA-A--TAA-AATAATATTAAT--TTATTAATATTTTGAAA--ATTA
** * *** * ** *
4320 ATGACCTTTTG-G-TTTCTCATAAAATAATTAT-TTTGTTTGTACAAGCTT-ATTTGGATTAAAA
55 AT-A---TAAGAGATTT-T-A-AAAATAAATATGTTT-ACCGAACAAG-TTCAAATAG-TT---A
* * ** * * * * * *
4381 TAATACTAATTT-AATGA-TAGTTCAAAAATAAATTTGTTTACAAGACAAGTTTAAATAGTTATA
107 T-A-ACT-ATTTGAATAATTA--TC-TATTTAAAATCG-TT--ATGAC--CTTT---T-GTTTTG
* ** * * ** * * * * **** *
4444 ACTATTTGAATAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAAT--TG
157 TC-A--T-AA-A-ACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGC---T-TATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** ** *
4507 TTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAA-TAA-AAGAATACTA-ATTTATTAATATGATAAAAT-T
211 ATT-TATT-A-A-TA--TT-TTAAAAATTAATAAG--TAGGAGATTTA--AA-A-AAT-AAATCT
** * **** * * * * * * * *
4568 AATGAGTTGGA-GACTT-AAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAA-ATAGTCACATCCAT
262 GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTT-AT-AG----CC--AT---TTGAACA-A-T--TATCTAT
* * * * * * ** * *
4630 TTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTTGGTCGTAAAACAATTATTTTTATT
311 TTCAA--ATCAT-TA--TGACA-C-TT-T--TA-TTT-TGTCAT--AAAA-CAATTATTTCTATT
** * *
4695 CATACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-CA--AGAG
361 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAG
** * * *
4757 ATTTAAAATCTAAATCTGTTAACCAAACTAGTTTAAATTAG-TATAACTATTTGAACAGTTATCT
426 ATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCAAACTAGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
4821 ATCTCAAATCATTATGATC-ATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATT
490 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * ** * * *
4885 CAAAGTAAAAATATTGGTAAACTAATAATATT-CTAAAATTAGTAAGCAATAGATTTAAAAAGTA
555 CAAAAT-AAAATAATACTAATCTAATAATATTACTAAAATTAATAA-CAA-AGATTTAAAAA-AA
* * * * ** * *
4949 AATGTGTTT-GTAGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATAT-TAAAACAATTATCTATTTTAAATCG
616 AATCTATTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTTAAGGCTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
5012 TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTC
679 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTC
* * * * *** * * *
5053 ATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAA
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGAG
* * * * *
5118 ATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA
64 ATTTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * *
5183 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATAATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATC
128 ATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
5248 CAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTCA-GAGATTGAAAAAATA
193 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATA
** * * * * * **
5312 AATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
257 AATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
5376 TATGA-ACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAA
321 TATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAA
*
5439 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAG
385 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAG
* *
5504 CAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTC
449 CAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * *
5569 TTTTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAA
514 TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAA
* * * * *
5634 TAATATTATTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAAT
579 TAATATTACTAAAATTAATAAC-AA-AGATTTAAAAAAAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * **
5698 AGTAAAGGCTGTATGAATACTTGCCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
642 AGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
*
5763 AATGTTTTTATCC
707 AATGTTTTTATTC
* * * *** *
5776 ATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTTGAAAATT-AT-TAAGAGA-
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATAAGAGAT
* * * * * * *
5838 TTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTAT
66 TTTAAAA-ATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** **
5903 TTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTG
130 TTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
5968 GAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGAA
195 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * *
6032 TCTGTTGGCTTAACCAA-TGCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
259 TCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * **
6096 TGAC-CTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
323 TGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAA
* * * ***
6160 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAACTAAATCTGTTTATTGA
388 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCAA
* * * * ** * * ** *
6224 ACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTT
452 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * * *
6289 TGTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTA
517 TGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATA
* * * * *
6353 ATATT-C---AGTTAATAAATCAAAGATTTAAAAAATAA-CTATATTACTGAATAAATTCAAATA
581 ATATTACTAAAATTAAT-AA-CAAAGATTTAAAAAAAAATCTAT-TTACTAAACAAGTTCAAATA
** * * * * * *
6413 GTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAA-T
643 GTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* *
6477 AATTTTTTTGTTC
707 AATGTTTTTATTC
* * * * *
6490 ATACAAGCTTATACGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGAG
** *** *
6555 ATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTA
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * ** * * * * *
6620 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTAATT
129 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* *
6684 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAA
193 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
6749 ATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTA
258 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
6814 TGATA-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATA
323 TGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATA
* * * *
6877 ATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATA-AAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTA
387 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTG--TTA
* * * * * * * *
6940 TG--AA-TACGTTCCAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTT
447 AGCAAACTA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * *
7002 TTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAG
511 TTGTTTTGTTATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
7064 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTT
574 TCTAATAATATTACTAAAATTAATAA--CAAAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACTAAACAAGTT
* * * * * * *
7129 CAAATAGTT-ATGCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCAT
637 CAAATAGTTAAGGC-TATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
7193 AAAACAATTGTTTCTATTC
701 AAAACAAATGTTTTTATTC
* * * *
7212 ATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA--TAAGAG
* * * * * **
7277 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATATCTACATGAATAATTATCTA
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * **
7342 TTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATT
129 TTT-AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
7406 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAATACTAA
193 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** *
7467 ATCTATTTACCAAAATAAGTTTAAATAGTTATTA-CTA-TTGAATGATTATCTATCTCAAATCAT
258 ATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTA-TAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
7530 TATG--A-TGTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTT-CTCAGATTAAAA
321 TATGACACT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAA
* * * * ***** ** *
7591 ATAATACTAA-TTATT-CT-TTTC--ATACTAATTA-TTTCTTTTTCATAAACCAATTATTTCTA
384 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTT-A-AAA--AA-TAAATCTG
* * * * * * * ** *
7650 TTCATGCAAGCTTATTTGGAAAAAATAAT-ACTAATTT-ATTAAAT-TCTA----AAA--ATTAA
444 TT-AAGCAAAC-TAGTT-CAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-A
* **** * *** * * * * *
7706 TAAGCAAAAG----ATT-TAAAA-AA-TAAATCTTTTCA-CCAAGC-GAGTTC-AAAT--AGTTA
504 TAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
* * * *** * *
7759 TGACT-ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATT-ATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT-
568 T-ACTAATCT-AATAA-TA-TTA-CT-AAA--ATTAAT-AAC-AAAGATTTA--A-AAAAAAATC
* * * ** * * ** ** *
7821 TGTTT-CTATTCATAAAAGTACATTTGGAATAA-AATAATATTTA-ATTTAT-TAATATTCTAAA
620 TATTTACTA---A-ACAAGTTCAAATAG-TTAAGGCT-ATATGAACAATTATCT-AT-TTC-AAA
** ** ** * * * **
7882 -AATTAAT-AAGTTAGAGATTTG--A-AGAATAAAT-TTGTTT-GCC
676 TCGTT-ATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT-TTTATTC
** ** * * * * * *
7922 GA-ACAAG----TTCAAAATAGTCATCTTATTTGAA-CTATCATCTATTTCG-AACTGT--TATG
1 -ATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATA-TT-AATTTATTA-ATATTTTGAAAAT-TAATATA
* ** * * ** **
7978 ACATTTTGTTTTAACATAAA-AT-AATACC-AATTA-TTCAAA-AGAATTGGTATTCATACAAAA
60 AGA-GAT-TTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG---T--TA-T-A-AC----
* * * * ** * ** * ** *
8038 TTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTACTATTTCA-AAAATTAATAAGGATT-T-AAAAAA
111 -TATTT-GAAT--AATTAT-C-TATTTA-AAATCGTT-ATGACCTT--T-TGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * ** * * *
8100 TAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCG
165 -CAAT-TG-TT--T---CTA-TTC--AT-A-CAAGCTTAT-TCAA-AATAAAATAATACTAAT--
* * ** *** * * * *** * *** * * *
8165 TT-CTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAATGTATACATGCT-TATT-CAAAATAA
213 TTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGT-TTACCAAACAA
** * * * ** * ** * *
8227 AAT-AATACTAATTTATTA-ACATTTAGAA-AATTA-ATA-AGCAAGA-AATTAAAAAAATAAAT
275 GTTCAA-A-T-AGTTA-TAGCCATTT-GAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACACT---T
* ** * * * * *
8286 TT-GTTTACCA-AAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAA--TTA-TC-TATTTAAAATT
331 TTATTTTGTCATAAAA---CAATTA-TT-T--CTA-TTCATACAAGCTTATTCGGA-ATAAAA-T
** * * *
8344 ATTATGACCT--TTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTCAATACA-TAAAAGCTTATCCAAAAT
386 A--AT-A-CTAATTTATTAATATT-TCAAA-AA----TT-AATA-AGT-AGAGATT-T----AA-
* * * * *
8406 AAAATAATATTACTTATTAATATCTCAAA-T-TTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAG
432 AAAATAA-A-T-C-TGTT-A-A--GCAAACTAGTTCA-AA--T--AG--TT-----AT-AACTA-
* * *
8469 TTTATAGAATCAATTCAAT-TAATTTTGGCCCTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAA
475 -TT-T-GAA-CAATT--ATCT-A-TTT----C-------AA--ATC-ATTAT-AA-CCTTTTG--
* * * * * ** * ***
8533 TTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTA
514 -TTTTG--TTATAAAACA---ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * ** ** * * **
8598 ATTTACTAATATT-TTAGAAATTAATAATTAGAAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATTA
573 ATCTAATAATATTACTA-AAATTAATAA-CA-AAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTAAACAA
* * * * * * * * *
8662 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATATC
634 GTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
8727 ATAAAACAATTATTTTTGTTC
699 ATAAAACAAATGTTTTTATTC
* * * * * * *
8748 ATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGAG
* * * * * * * * * *
8813 ATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATAAACAATTCTTT
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * ** *
8877 ATTTTAAATCATTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-TTTC-AGTTTTTAGTAA-CTTA
128 ATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTA
* * * * * * * *
8939 TTTAGAGTAAAAAAAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAA
191 TTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
9000 TAATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
255 TAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
9063 CATTATTAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTAGGAATA
318 CATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATA
* ** * *
9126 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * * *
9191 TA-CTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATGA-C
446 AAGC-AAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACC
* * ** * *
9253 TATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCT
509 T-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
9317 AATTTATTAACATT-CTAAAAATTAAAAAGTAATGGATTTAAAAAATGAAT-T-TGTTAGCCT-G
572 AATCTAATAATATTACT-AAAATTAATAA-CAA-AGATTTAAAAAA-AAATCTAT-TTA--CTAA
* * * ** * * *
9378 ACGAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTT
630 ACAAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTT
* *** * *
9442 TTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTC
694 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTC
* * *** *
9468 GTACAAGCTTA-TCTAAAATAAGATAAT-TCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAG
1 ATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAG
* * * * ** * * * *
9531 AGATTTAAAAAATGAATTTTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATC
62 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * ** * * * *
9596 TATATCAAGTTGCCATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTAT
127 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
** * * ** * * *
9660 TTTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTA--AAAATTAAAAAA-A
192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATA
* ***
9722 AA--GGTTT-TTGAACAA-TTC--A-A---AT-G---TTTG-------A-CTATTTCAAAT-AGT
257 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T
* * * *
9764 TATGAC-CTTTTATTTTGTCA-AAAACCAATTTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAA
321 TATGACACTTTTATTTTGTCATAAAA-CAA-TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAA
* * * * * * *
9827 ATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
384 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAA
* * * * * * * * * * * *
9892 TCAAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTT
448 GCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTT
* * * *** *
9956 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAA-AATACTAATTT
512 TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
* ** * * *
10020 ATTAATATT-CTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
577 AATAATATTACT-AAAATTAATA-ACA-AAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTAAACAAGTTC
* * * * * * * * *
10084 AAATACTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAA
638 AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
10149 AACAATTGTTTCTATTT
703 AACAAATGTTTTTATTC
* * ** * * * *
10166 GTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTTGAAAATT-A-ATAAGAGA-
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATAAGAGAT
* * * * * *
10228 TTTAAAAACTAAATATGTTTACGGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTA
66 TTTAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * ** * * * * * *
10292 TCTCAAATAATTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTAT
129 TTTAAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * **
10355 TCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA--A--AGATTTAAAAAATA
192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * **
10416 AATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAATA-CTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTG
257 AATCTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
10479 TTTTGAC-CTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAA
320 TTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAA
* * * *
10542 ATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTT
384 ATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTA
* * ** * * * **
10601 ATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTACGACCT
447 AGCAAACTAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCT
* * ** * * * * * *
10664 TTAGTTTTGTCATAAAACGTTTGTTTC-AGTTCAAAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTAC
510 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
10728 T-TCACTAATATT-TTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTT-TTCACACC
574 TCT-AATAATATTACT-AAAATTAATAA-CAA-AGATTTAAAAA-AAAATCTATTTACT-A-AAC
* * * * * * * *
10790 AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTT
632 AAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTT
* *
10852 TGTCATAAAA-AAATTGTTTCTAATC
695 TGTCATAAAACAAA-TGTTTTTATTC
* * * * ***
10877 ATACAAGGTT-TT-TAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCAAAAAATT-A-ATAAGAGA
1 ATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATAAGAGA
* ** * * * *
10938 -TTTAAAAA-AATATATGCTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTA-AGACTACTAGAATAATTATCT
65 TTTTAAAAATAA-ATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * * *
11000 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGGTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTAA
128 ATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* ** * ** *
11064 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATT
192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAAT
* * * * * *
11129 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTAT-GACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCG
256 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
11193 TTATGAC-CTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
320 TTATGACAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAA
* * * ** *
11256 AATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA--A-AGATTTAAAAAATAAATCAATTTA
383 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAA
* * ** * ** * * ** *
11318 CCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTT
448 GCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * * ** ** * *
11383 ATTTTGTCT-TAAAATAATTTTTTTTCAAT-ATAAAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATT
513 GTTTTGT-TATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATC
* * * * * *
11446 TATTAATATTTC-AGTAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTTA
576 TAATAATATTACTA-AAATTAATAACAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTAAACAAGTTCA
* * * * * * * *
11508 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAA
639 AATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
11573 ATAATTATTTCTATTT
704 ACAAATGTTTTTATTC
* * * * *
11589 ATAC-AGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAG
1 ATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTGAAAATTAAT-A-TAAG
* ** * * * *
11652 AGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATAAACAATTAT
62 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * ** * *
11715 TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTACTT-TAGCTCATATAAGCTT
126 CTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * *
11779 ATCCCAAA-AAAATATTATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT-A--AGG-GATTTAAAAAA
190 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
11839 TAAATCAGTTTATCGAAA-TAGTTCAAACAAG-TATGGGCATTTGAACAACTACCTATTTCGAAT
255 TAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * *
11902 CGTTATTAC-CTTTTGTTTTATCTTAAAA-AATTGTTTTTCA-ACATTCAAGCTTATTCGAAATA
318 CATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATA
* * * * *
11964 AAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTT
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTA
* * * * * * **
12026 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATC-ATTTCAAATTGTTATAACCTTT
447 AGCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * * * * * *
12090 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTT
512 TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
* * * * *
12155 AGTAGTATT-CTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAGAAAATAAATCTATTT-TTCAAACTAGT
577 AATAATATTACT-AAAATTAATAAC-AA-AGA-TTTA-AAAAAAAATCTATTTACT-AAACAAGT
* * * * * *
12218 TCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCAT
636 TCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
12283 AAAGC-AAT-TATTTCAGCTT-
701 AAAACAAATGT-TTTTA--TTC
* * * * * * * * *
12302 ATATAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATT-TTGTAAGAGA-
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATAAGAGAT
* * * * * * * *
12364 TTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACTAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAA
66 TTTA-AAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * * ** *
12428 TTTCAAATCATTATTA-CTAATTTATTAATAT-TTAGAA-AATT-AATC-A---ATA-AGAG-AT
129 TTTAAAATCGTTATGACCT--TTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTT
* * * * * * * * *** *
12483 -TTAAAAAGT-AAAT-CTATTTATAGTT-TTAACTATTTGAATAATTATTTA-TTCCAAATCATT
190 ATTCAAAA-TAAAATAATA-CTA-ATTTATTAA-TATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAT--TT
*** ** * * ** * * *** *
12543 ATAACCTTTTAT-TTTTGTCATCAAACAATTGGTTC-TGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAA
249 A-AAAAATAAATCTGTT-T-ACCAAACAA---GTTCAAATAGTTA-TA-GCCATTTG--A-ACAA
* * * * * *** * * *
12606 TAATAATAATTT-AATGAT-ATTTTGAAAC--TTA-ATAACCA-AGAA-AATTAAAATAATCTAA
303 TTAT-CT-ATTTCAA--ATCATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATT---AT-TTCTAT
** * * * ** * * * *
12664 T-AGCCAAAC-AAGTTC-AAAT-ATTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATT-AT
360 TCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACT-AAT---TTATTA-ATATTTCAAA-AATTAAT
** * * * * * * * * * * *
12724 GACCTTTTG-GTTTCTCGTAAAATAATTATTTTGTT-TGTACAAGCTTATTTGGATTAA-AATAA
418 -A--AGTAGAG-AT-T--TAAAA-AATAAATCTGTTAAG--CAAAC-TAGTT-CA--AATAGTTA
* * ** * **** *** *
12786 T-ACTAATTT-AATAA-TAGTTCAAAAAT-AAATAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACCA
469 TAACT-ATTTGAACAATTA--TC-TATTTCAAAT----CATTATAACCTTTTGTTTTG-TTA-TA
* * * * * ** **
12846 AATCAGCTTAAATGGTTAAGACTATTAGAATA-ATTATC-TATTTCAAATTATTTTGACCTTTTG
524 AA--A-C---AATTGTT---TCTATT--CATACA--AGCTTA-TTCAAA--A---TAAAATAAT-
** * * ** * * ** * *
12909 TTTAGTCATAA-AACAATTGTTATAGTTCATATAAGC--TTATTCAGAACAAATTAATACTAATT
569 ACTAATC-TAATAA-TATTACTAAAATT-A-ATAA-CAAAGATTTA-AA-AAA-AAAT-CT-ATT
* * * ** * * * *
12971 TA-TTAAC-A-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAA
624 TACTAAACAAGTTC-AAATAGT--TAAG---GCTATAT-GAACAAT-TATCTA-TT-TC--A-AA
* * * * **
13033 GTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTTAGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCC
676 --TC-----GTTATGAC--CTT------TTG--T-TTT-G--TC-ATAAAA-C-----AAATG--
*
13098 ATAAAACAATTTTCAGTTA
711 -T-------TTTT-A-TTC
* * * ** *
13117 ATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAAGTTATTAATATTAAGATAATTAATTAGTCAA-
1 ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-TA-T-AAG
* *
13180 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAATAATTAT
62 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * ** * * * * * * * *
13244 TTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATTCAAACTTG
126 CTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * ** * * **
13308 TTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
191 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
13373 AAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-GACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA
256 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
13437 TTATGAC-CTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATT-TGAAGTAA
320 TTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAA
* * * * * * ** *
13499 AATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTT
383 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTA
* * * * * * **
13564 ATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTT
447 AGCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * * * ** * *
13628 TTTTTTTATCT-TAAAACAATTGGTTCTGTTCGTGTAAGCTTATTTC-GAGTAAAATAATA-TAA
511 TTGTTTTGT-TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-A
* * * * * * **
13690 ATTTATTAATATT-TTAGAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTT
573 ATCTAATAATATTACTA-AAATTAATAA--CAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTAAACAA
* * * * * * * *
13753 GTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
634 GTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
13818 AT-AAACTAATTGTTTCTATTC
699 ATAAAAC-AAATGTTTTTATTC
* * * * *
13839 ATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAA-AATTTCAAAAGTTATTAAGTAAAA
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAAT-A-TAAGA
* * * * * * *
13903 TATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAGACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATT
63 GATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
13967 TATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
127 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * ** * * *
14032 TTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAAT
191 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
14096 TAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCACATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCAT
256 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** *
14161 TATGACAC-TTTGTTTGGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAAT
321 TATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAT
* * *
14225 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-CA--AGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCA
386 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCA
* * * * * *
14287 AACTAGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTGT
451 AACTAGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * ** *
14350 TTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAAATATTGGTAAACTAA
515 TTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATCTAA
* * * * *
14415 TAATATT-CTAAAATTAGTAAGCAATAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTTT-GTAGAACCAGTTCA
579 TAATATTACTAAAATTAATAA-CAA-AGATTTAAAAAA--AAATCTATTTACTA-AACAAGTTCA
** * *
14478 AATAGTTAAGAATAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
639 AATAGTTAAGGCTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
14542 AATAATTG-TTTTAGTTC
703 AACAAATGTTTTTA-TTC
* * * * * *** * *
14559 ATATATGCTTATTCGAAATAAAATAATATT-ATGTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAA
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAT-TTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGA
* * * *
14623 AATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
63 GATTTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * *
14688 AATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATAATAAAACATTTGTGTCAATTCATAGAAGCTTAT
127 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
14753 CCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAATTGGAGATTGAAAAAATA
192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATA
** * * * * * **
14818 AATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
257 AATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
14882 TATGA-ACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAA
321 TATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAA
* * *
14945 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAAG
385 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAG
* * *
15010 CAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTC
449 CAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * *
15075 TTTTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAA
514 TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAA
* * * * * *
15140 TAATATTATTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAA
579 TAATATTACTAAAATTAATAAC-AA-AGATTT-AAAAAAAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAA
* * * * * *
15205 TAGTAAAGGTTGTATGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
641 TAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
15270 AAATGTTTTTATTC
706 AAATGTTTTTATTC
* * * *** *
15284 ATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTTGAAAATT-AT-TAAGAGA-
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATAAGAGAT
* * * * * * * *
15346 TTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGATTAATTATTTAT
66 TTTAAAA-ATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** **
15411 TTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTG
130 TTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
15476 GAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGAA
195 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATAAA
** ** * * * * * *
15540 TCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
259 TCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * **
15604 TGAC-CTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
323 TGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAA
* * * * ***
15668 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGA
388 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCAA
* * * * ** * * ** *
15733 ACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTT
452 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * * *
15798 TGTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTA
517 TGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATA
* * * * * * *
15862 ATATTCAGT-TAATAAAT-A-AAAGATTTAAAAAATAA-CTATGATTACTGAATAAATTCAAATA
581 ATATT-ACTAAAATTAATAACAAAGATTTAAAAAAAAATCTAT--TTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * *
15923 G-T-AGTGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAA-
643 GTTAAG-GCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
15985 TAATTTTTTTGTTC
706 AAATGTTTTTATTC
* * * * *
15999 ATAAAAGCTTATAT-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACA
1 ATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGA
** *** *
16063 GATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCT
63 GATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * ** * * * * *
16128 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTAAT
128 ATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* *
16192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATA
192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
16257 AATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATT-TCTATTTCAAATCATT
257 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
16321 ATGATA-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
322 ATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAAT
* * * *
16384 AATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATA-AAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTT
386 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTG--TT
* * * * * * *
16447 ATG--AA-TACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCT
446 AAGCAAACTA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * *
16509 TTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTA
510 TTTGTTTTGTTATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
16571 GTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTA-TCGAGCAAG
573 ATCTAATAATATTACTAAAATTAATAA--CAAAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACT-AAACAAG
* * * * * * * *
16635 TTCAAATAGTT-ATGCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG-TATAATCTTTTGTTTTATC
635 TTCAAATAGTTAAGGC-TATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
16698 ATAAAACAATTGTTTCTATTC
699 ATAAAACAAATGTTTTTATTC
* * * *
16719 ATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA--TAAGAG
* * * * * **
16784 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAAGTTCAAATAGTCATATCTACATGAATAATTATCT
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * * **
16849 ATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGCTTCTATTCATGCAAAATTAT
128 ATTT-AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
16913 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAATACTA
192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * *
16974 AATCTATTTACCAAA-ATAGTTTAAATAGTTATTA-CTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCG
257 AATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTA-TAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
17037 TTATG--A-TGTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTACTCAGATTAAA
320 TTATGACACT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAA
* * * * * *
17099 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTT-TG
384 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAG
* * * * *
17160 TAGAATTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
449 CA-AACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * **
17223 TTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATTGTAAT
511 TTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *** * * *
17287 TTATTAACATTTGAAAAATTGATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTA-TCAAACAA
575 CTAATAATATTACTAAAATTAAT-AACAA-AGATTT-AAAAA-A-AAATCTATTTACT-AAACAA
* * * *
17351 GTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACATTTTGTTTTG
634 GTTCAAATAG-TTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* *
17414 TCATAAAACAATTG-TTTCATTTC
697 TCATAAAACAAATGTTTTTA-TTC
* * * * * * *
17437 ATAAAACCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTTAAAAATT-ATAAACAAACC
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATA-AGA--
* * *** * *
17500 GA-TTTAAAACCTAAAGTTTGTTTTTTGAACTAGTT-AAATAGTTATGAA-TATTTGGAACAA-T
63 GATTTTAAAA-ATAAA-TATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTT-GAATAATT
* * *
17561 ATCAATCTCCAAAATCATTTATGA-C--TT-TTTTGATCAT---ACAA--G---C--TT-ATA-A
124 ATCTAT-T-TAAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * ** *
17610 A--TGGA---ACAAT--AAT-ATACTAATTTAAATAATATTTCCAAAA--AATTAGT-GAGAGAA
185 AGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAG-GAG-A
* * * * ** * * * *
17664 TTT-AAAAAT-TATATATTAACTGAACATGTTCAAAATAGTT-TAG-AATTATTAGATAATTATC
246 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC-AAATAGTTATAGCCATT-TGA-ACAATTATC
* * * * * * * *
17725 TATTTCAAATCATTCT-A-ACTTTTTATTTAGTCCT-ATATAATTGTTTCTTCATTTTTATACTC
308 TATTTCAAATCATTATGACAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC-T-A--TTCATAC-A
* * *
17787 A-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTGTATTAACA-TTC-AAAATTAAATAAGCAAAGAGA
367 AGCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATT-TATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG--TAGAGA
* * * * * * * *
17849 TTCGAAAAGAATAAAATGTTTTTATCGAA-TAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
427 TT-TAAAA-AAT-AAATCTGTTAAGCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
17913 AT-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCCAT--AACAATTGTTT-TAGTTCAATAAAAGC
488 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT-TATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATACAAGC
* * * * * * * * * *
17974 TTA-TCCAAAGAAAACAATACTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAA
550 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTACTAAAATTAATAAC-AA-AGATTTAAAA
* * * * * * * * * * *
18038 AATAAAT-AAGTTGACTAAATAAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAA
613 AA-AAATCTA-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * ***
18102 TTATTATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAA
676 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTC
* * * * * * ** ** *
18145 ATA-GATCTTTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCATAT
1 ATACAAGCTTATT--CAAA--A--TAAAATA-ATATTA--ATTT-ATTAA-TAT-T-TTGAAAAT
** * * *
18209 TGTTATAACATTTTATTCTATAATAAA-ACAAT-TGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAAT
53 TAATATAAGA---GATT-T-TAA-AAATA-AATATG-TT-TA-CCGA-ACAAG----TTC-AAAT
** ** * * ** **
18271 A-AAATAATACTATTTTAGTAAT-ATTATGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAATTAT
102 AGTTAT-A-ACTA-TTT-G-AATAATTAT-CTATTTAA-AA-T-CG----TTATGACCT--TT-T
* * * **** * * ** * *
18334 GTTTGCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGA-ACAA--TTATTTAACTTAAATTGTTAT
151 GTTT--TG--TC-A-TAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA--ATAAT
* * * * * * * * * *
18396 GACCT--TTTGTT-TTGTCATAAAATAATTATTTTAGCTTGTAAAAATTTATTCGAAATAGAGTA
207 -A-CTAATTTATTAATAT-TTTAAA-AATTA-ATAAG-TAG--GAGATTTA----AAA-A-A-TA
* * ** * * * * ** *
18458 AAACTAATTTA-TTAA-TATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAA-AATAATTCTATTTACAAA
257 AATCT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-AGCCATTT-GAACAATTA-TCTATTT-C-AA
* * * * * * ** * * **
18520 ACCAGTT-TAAATAATTATAAGTATT-T-A-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTT
316 ATCA-TTAT-GACACTT-TTA-TTTTGTCATAA-AACAAT-TATTTCTATTCA-TACAAGC---T
* * * ** ** * * *
18580 TATTTTGTAATAAAACAATTTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAACA-AAATAA-TACTA-
371 TA-TTCGGAATAAAATAA--TACTAAT-TT-AT-TAA-TAT-TTCAAAA-ATTAATAAGTA-GAG
* * * * * * * *
18642 ATTT-----ATTAATAT-TT-ATCAAACCAGTTCATATAGTTATGAA-TATTTGAGCATTTATTT
426 ATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * *
18699 ATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTCATTGTGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
490 ATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
*** * * * * * *
18763 TTGGATTAAAATAATACCAATTTAATAATATTTC-AACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACAT
554 TCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTACTAA-AATTAATAAC--AAAGATTTAAAA-AA
* ** * * * * * * *
18827 AAATAT-TCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
615 AAATCTAT-TTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* ***
18891 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATCATTTCGGTTC
679 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTTATTC
* * * *
18932 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGAG
* * * * * * * * *
18997 ATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTA
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
19062 TTTGAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCAT-CAAGCTTAT
129 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
*** * * *
19125 TTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTA-AAGATCT----AA
192 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
19183 TAAA-----TTACCCGACCAAGTTCAAATATTTAT-GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
255 TAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*** * * * * * *
19242 TGCTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAA
318 CATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAA
* * * * * * *
19306 AA-AATATTAATTTATTAATATTTCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
383 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTA
* * * * * * * *
19370 ATCGAACAAGTTCAAAT-GTTCATTAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCT
447 AGCAAACTAGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * **
19433 TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
510 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * * *
19497 TTTATTAAT-TT-CTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTA-TTACCAATCATG
574 TCTAATAATATTACT-AAAATTAAT-AACAA-AGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTAAACAAG
* * * * *
19559 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT-TAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
635 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
19622 TAAAACAATTGGTTCTATTC
700 TAAAACAAATGTTTTTATTC
* *** * *
19642 ATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-A-
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-TAAGAG
* * * * * *
19704 AATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CATTATCTA
64 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * ** * * *
19768 TTTCAAATTGTTATGACCTTTAGCTTTGTCATAAGCCAATTGGTTCCATTCATAAAAGCTTATTC
129 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * **
19833 ATAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
194 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * ** * * *
19898 TTTGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTAT-GACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTT
259 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * ** ***
19962 TGA-TC-TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAATTTTATTTAAAATAAAATA
323 TGACACTTTTA-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATA
* * *
20025 ATACTAATTTATTAATA-TTC-TAAATTAATAAGTTGGAGATTT-AAAAATAAATATGCTT-A-C
387 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAAGC
* * * ** * ** * * *
20085 TGAACAAGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTG
450 -AAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* ** ** * * * *
20149 TTTTGTCATAAAATGATTGTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTA
514 TTTTGTTATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
* * * * * ** * *
20214 TTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAA-ATTTAAGAATTAATCTGTTTA-TCGAACTAA-TTCAAA
578 ATAATATTACTAAAATTAATAACAAAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACT-AAAC-AAGTTCAAA
* * * * ** *
20275 TACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTAATAAAA
641 TAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA
*
20338 CAAATGCTTCTGT-TTC
705 CAAATG-TT-TTTATTC
* * * * ** * * ** *
20354 ATACAAACTTATT-ATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCCAAAATT-A-ATAAGAGC
1 ATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATAAGAGA
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ***
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** ** *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* *** * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * **
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* *** * * ****
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* * * * *** * *
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** * * * * *
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* *
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* * * ** **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *** * *
9953 TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAATAC-TA
129 TTTTATTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTA-TCCAAAAAAAAAAAACATA
* * * * *
10016 ATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAA-CA
193 ACTTATTAATA-TCT-CAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACAGAATCA
* * * * * * * *
10079 AGTTCAAATACTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGT
254 A-TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTAT
* * * ** * *** *
10144 CATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTA-GAATAAAATAATACTAATGTATTAATA
318 CATAAAAAAATTATTTTTA-TCATACAAGCCTA-TTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
10208 TTTTGAAAATT--AATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACGGAAAC-AGTTCAAATAGTTA
381 TTTT-AAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * ** * * * *
10270 TGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGA-TATTTATTTTGTCATAAAATAGTTTG
444 TGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACT-TTT-GTTTATCATAAAACA-ATTG
* * * *
10334 TTTCTT-TTTATACAAGTTTATTCAGATT
506 TTT-TTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAAT
* * * * *
10362 AAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGT
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* * * * * * * ** **
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* ** * * * * * * * * * * *
10486 CTTTT-GTTTCGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC
128 CTTTTATTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAAAAACA-T
* * * * *
10550 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA-T-GTTTATCA-AA-C
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** * * * *
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* ** * * * * * ** * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
10798 TAGTTATGACTATTTGAACAAATATCA-ATCTTAAAATAGTTATGATCCTTAT-TTTGTCATAAA
438 TAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATAT-TTCAAATCGTTATGA--CTTTTGTTTATCATAAA
* * ** * *
10861 AAAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTT-TT--AGAT
499 ACAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGTTTATTCAAAAT
* * * * *
10894 AAAAATAATATTAATTTAATAATATTC-AAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAATATATGC
1 -AAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATG-
* * *** * * * **
10955 T-TGT-CGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
63 TATTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGA
*** * * * * * ** * * *
11017 CC-TTT-GGGTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTAAT-CAGAATAAAATAAT
127 CCTTTTATTTTTA-TCGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTT-ATCCA-AA-AAAAAAAA
* * * * *
11079 AC-TAATTTATTAATAT-TAAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCT-GTTTAC
188 ACATAACTTATTAATATCT---CAAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTAC
* * * * * * *
11141 TA-AA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTT
247 -AGAATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TT
* * ** * * * * * * *
11204 TTATTTTGTCATAAAACCATT-GTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAACACTAT
309 TTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTTTA--TCATACAAGCCTAT-TAGGAATAAAATAATACTAA
* * ** ** *
11267 TTTATTAATATTTCAAAAGTT--AATAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTC
371 TTTATTAATATTTTAAAA-TTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTC
* * ** ** * * *
11330 AAATAGTTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTGTCTTA
435 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTA-TGAC-TTTT-GTTTATCATA
* * ** * **
11394 AAATAATTTTTTTTCAAT-ATAAAATTTTATTTGAAAT
497 AAACAATTGTTTTT-GTTCATAAAAGTTTATTCAAAAT
* * * * *
11431 AAAATAAAACTAATTTATTAATATT-T---CAGTAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTA
* * * * * * * ** **
11491 TTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
65 TTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGACC
* * * * * * * ** * ** * *
11556 TATT-GTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTAT-ACAGACTTATTTAGAATAAAATAATAC-
129 TTTTATTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAG-CTTATCCA-AA-AAAAAAAAACA
* * * **
11618 TAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-TATGTTTACCCAAT
191 TAACTTATTAATA-TC-TCAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACAGAAT
* * * * * * * * * ** * *
11681 TAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTA
252 CAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA
* * * * * *** * * * *
11746 TTATAAAATAATTA-CTTTAGCTCATATAAGCTTA-TCCCAAAAAAATATTATTACTTTATTAAT
317 TCATAAAAAAATTATTTTTA--TCATACAAGCCTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
11809 ATTTCAAAAGTT--AATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-TCGAAATAGTTCAAACAAG-
380 ATTTTAAAA-TTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAA-TAGT
* * ** * * *
11870 TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAA-AAT
442 TAT-GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTG-TTTATCATAAAACAAT
*** ** * *
11933 TGTTTTTCAACATTCAAGCTTATTCGAAAT
504 TGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAAT
* * * * *
11963 AAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTA
** * * * ** **
12023 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACT-TGAATAATTATC-ATTTCAAATTGTTATAAC
65 TTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGAC
* * * * * * * * * * * * *
12086 CTTTT-GTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATAC-
128 CTTTTATTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGC-TTATCCAAA-AAAAAAAAACA
* * * * * * * *
12149 TAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAGAAAATAAATCTATTTTTCA-AA
191 TAACTTATTAATA-TCT-CAAA-TAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACAGAA
* * * * * * * * ** *
12213 -CTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
251 TC-AATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT
* ** * * * * * * * *
12277 TTTCATAAAGCAATTA-TTTCAGCTTATATAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTA
315 TATCATAAAAAAATTATTTTTA--TCATACAAGCCTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *** * * * *
12341 AT-TGTTCAAAATT-TTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACTAGTTCAAAT-GA
378 ATAT-TTTAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAG-
*
12403 TTATGACTATTTGAACAATTATCA-ATTTCAAATCATTAT
441 TTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATCGTTAT
12442 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 3342, Mismatches: 651, Indels: 468
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
514 4 0.00
515 1 0.00
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Consensus pattern (533 bp):
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TTACCAAAAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGACCTT
TTATTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAAAAACATAACT
TATTAATATCTCAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACAGAATCAATTCAAA
TAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAAA
AATTATTTTTATCATACAAGCCTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATT
AAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
CAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAA
GTTTATTCAAAAT
Found at i:9510 original size:362 final size:360
Alignment explanation
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Period size: 358 Copynumber: 12.4 Consensus size: 360
8036 AATTATTTAG
** *
8046 AATAAAATAATACAAATTTATTACTATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * * *
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65 TTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
* * * *
8169 GACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAATGTATACA-TGCTTATTCAAAATAAAATA
129 GACTTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTAAT-TATACAGTACTTATTCAGAATAAAATA
* * * * *
8231 ATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
192 ATACTAATTTATTAACATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCG
* * * *
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256 AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-GTT
** * * *
8361 TTATTGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAA
320 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT-TAA
* ** * *
8403 AATAAAATAATATT-ACTTATTAATA-TCTCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** ** *
8466 TAGTTTA-TAGAATCAATTCAATTAATTTTGGCCCTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT
65 TTGTTTACTA-AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
* * * * * * * *
8530 GAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTCATCATACA--AGCCTATTCGGTATAAAATAA
129 GACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATTATACAGTA-CTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * ** * *
8593 TACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATAA-TTAGAAGATGCAAAAAATTG-ATCTGTTTACT
193 TACTAATTTATTAACA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAA-TGAATTTGTTTACC
* * * * *
8656 GAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGT
255 GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
* * * * *
8721 TATATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAA
319 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT-AA
* * * * *
8764 AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
8829 TATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATAAACAATTCTTTATTTTAAATCATTAGG
66 TGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATG
* * * ** * * *
8893 ACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-TTTC-AGTT-TTTAGTAACTTATTTAGAGTAAAAAAAA
130 ACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATTATACAGT-ACTTATTCAGAAT-AAAATAA
* * * *
8955 AACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGCCG
193 TACTAATTTATTAACATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATT-TGTTTACCG
* * * * *
9015 AATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT
256 AA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
9080 TTGTCATAAAACAAATTCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTAGG
320 TTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTA-A
* * *
9122 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
9187 TGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTTAAATCGTGATGA
66 TGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA
* * * * * *
9252 CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCT-ATTCATACAGT-CTTATTCGGAATAAAGTAATG
131 CTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATT-ATACAGTACTTATTCAGAATAAAATAATA
*
9315 CTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCTG
195 CTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CC-G
* * * * * *
9378 -ACGAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAACTGTTATGACCATTTGTT
256 AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
*** * *
9442 TTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAA
320 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT-TAA
* * * *
9484 AATAAGATAAT-TCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * **** *
9548 TTTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAGTTGCCATA
65 TTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATG
* * * * *
9613 ACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTT-TTATTCATACA--AGCTTATTTTA-AATAAAATA
130 ACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATT-ATACAGTA-CTTA-TTCAGAATAAAATA
* * * * * * * *
9673 ATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA-A-AATTAAAAAA-AAAGGTT-TTT---
192 ATACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTTGTTTACC
* * *
9731 GAACAATTCAAAT-GTT-TGACTATTT---C-A--A---A--T---A--GTTATGACCTTTTATT
255 GAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
* * * *
9778 TTGTCA-AAAACCAATTTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGA
320 TTATCATAAAA-CAA-TTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTAA
** * * * *
9821 AATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
9886 TGTTTA-TCAAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT-AGTTAT
66 TGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCA-TTAT
* * * **
9949 GA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGT--TTATTGGGAATAAAA-
129 GACT-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATT-ATAC-AGTACTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * *
10009 AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
191 AATACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACC
* * * * * ** * *
10074 GAACAAGTTCAAATACTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTAT
255 GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
* ** *
10139 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAA--TTATTTAG
319 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AAAAGCTTA-TTAA
* * * * * *
10182 AATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
10243 TGTTTACGGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATG
66 TGTTTAC-TAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATG
* * * * ** *
10307 A-TATTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGT--TTATTCAGATTAAAATAA
130 ACTTTTTGTTTTATCATAAAATA-ATTGTTTCTAATTATAC-AGTACTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * **
10369 TATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGA
193 TACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGA
* * * * * *
10430 ACCAATTCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTT
257 A-CAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
** * * *
10494 TCGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAA
320 TTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATT-AA
* ** * *
10536 AACAAAATAATAGCAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA-
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * *
10596 -TGTTTA-TCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAAACAATTATCTA-TTTAAAGTCATT
65 TTGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA-TCATT
* * * * *** * * ** *
10657 ACGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACGTTTGTTTC-AGTTCA-AAAAAACTTA-TCCGAAATAAAA
127 ATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATT-ATACAGTACTTATTCAG-AATAAAA
* * * * * * * * *
10719 TAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTAT-TTT
190 TAATACTAATTTATTAACA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-T-TGTTT
* * * * * *
10783 TCAC-ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAAATAGTTATGATCC
252 AC-CGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTA-TTATGA-CC
* * * * * * *
10846 --TTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTTA
313 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTAA
* * * *
10891 GATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTC-AAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA-ATAT
1 AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
10951 ATGCTTGT-C-GAGCCAGTTCAAATAGTTA-AGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
65 TTG-TT-TACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATT
* * ** * * *
11013 TTGAC-CTTTGGGTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTTATACA--AGCTTAATCAGAATAAA
127 ATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTA-ATTATACAGTA-CTTATTCAGAATAAA
* * * * * * *
11074 ATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTT
189 ATAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATTTGTTT
** * * * **
11139 ACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTT
252 ACCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-TT
* * * *
11204 TTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAA
315 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTAT-TAA
* * * *
11251 AATAAAATAACACTATTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*** * ** ** * ** * * *
11311 CAATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATT
65 TTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTA-T
* * * * * * * * *
11376 G-CTTTTTATTTTGTCTTAAAATAATTTTTTTTCAA-TATAAAAT-TTTATT-TGAAATAAAATA
129 GACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-AATTATACAGTACTTATTCAG-AATAAAATA
* * * * * * * **
11437 AAACTAATTTATTAATATTT---CAGTAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTA
192 ATACTAATTTATTAACATTTAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCG
* * * *
11498 AACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTT
256 AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
11563 CTATCATAAAATAATTATTTCTATTTAT-ACAGACTTATTTAG
320 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-CTTA-TTAA
* *
11605 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTC-ATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** ** * * * * * **
11668 ATGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
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* * * * * *
11732 GACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTACTTTAGCTCA-TATA-AG--CTTATCCCA-AA-AAAA
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* * * * * * ** *
11791 TATTATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG---G-GATTTAAAAAATAAATCAGTTTAT
190 TAATACTAATTTATTAACATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAC
* * * * * * ** *
11852 CGAAATAGTTCAAACAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTT
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* * * ** *
11915 TGTTTTATCTTAAAA-AATTGTTTTTCA-ACATTCAAGCTTATTCGA
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* * * *
11960 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
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12020 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATC-ATTTCAAATTGTTATA
65 TTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATG
* * * * * * *
12084 ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCCTACAG-GCTTTTTC-GAAATAAAATAA
130 ACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATT-ATACAGTACTTATTCAG-AATAAAATAA
* ** * * * * * ** *
12146 TACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAGAAAATAAATCTATTTTTCA
193 TACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATGAATTTGTTTACCG
* * * * * *
12211 AACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
256 AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
12276 TTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATATAAGCTTATTCGA
320 TTATCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATAAAAGCTTATT-AA
* * * * * * *
12318 AATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGT-TCAAAATT--T-TGTAAGAGATTTAGAAAATAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
12378 TTATTTACTGAACTAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
65 TTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
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AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
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CTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATTATACAGTACTTATTCAGAATAAAATAATAC
TAATTTATTAACATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTAA
Found at i:10367 original size:177 final size:175
Alignment explanation
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8015 AAAGAATTGG
** * * * **
8025 TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-
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* * * * *
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* * *
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* * * *
8200 TAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAA
1 T-AT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
* * * * * *
8264 GCAAGAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
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* ** * * ** *
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* * * * * * * * * *
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1 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAA--AT--TAA-
* * * * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 T-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AAATTAAT-A
** ** * ** *
8625 TTAGAAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
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* * * * * * * * * *
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124 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * * *
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1 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-T
* * * * *
8808 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATT
62 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
* * * * * * * * *
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** * * * * * * ** *
8923 -AGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGAGTAAAAAAAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTA
1 TA-TTCATA-CAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * *
8986 AGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
63 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
* * * * * * *
9051 TTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTCTTT-
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* * * *
9101 TGTTCATATAAGTTTATT-AGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAG
1 TATTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATT---AA-
* * * * * * *
9165 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCAT
61 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * *
9230 TATTTACTTT-AAATCGTGATGACTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC
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* * * * * * *
9282 TATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAAG
1 TATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* * *** * * * *
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65 --A--GATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
** * * *** *
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* * * * ***
9463 TATTCGTACAAGCTTA-TCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
1 TATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT---
* * * * * * *
9527 CAAGAGATTTAAAAAATGAATTTTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAAT
62 -AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * ** * * * * *
9592 TATCTATATCAAGTTGCCATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTT
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* * * *** *
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1 TATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* * * ** *
9707 TAAAAATT-AAAAA-AAA-AGGTTTTTG-AACAATTCAAAT-GTT-TGACTATTT---C-A--A-
65 --AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
* *
9759 --A--T---A--GTTATGACCTTTTATTTTGTCA-AAAACCAATTTGTTTC
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* * * * ***
9800 TATTCATACAAGCCTATT-TGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAG
1 TATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-
* * * * * * *
9864 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAA
61 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * * * * *
9928 TTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
124 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAT-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* ** *
9981 TATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGT
1 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA---
* * * * * *
10045 AGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AACAAGTTCAAATACTCATGTCCATTTGAACAAT
63 A-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* *
10109 TATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
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** * ** * *
10161 TATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGA
1 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGA
* * *
10226 GATTTAAAAACTAAATATGTTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTT
66 GATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
* ** * *
10291 ATCTCAAATAATTATGATATTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTC
130 ATTTCAAATCGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAATA-ATTGTTTC
* * * * * * *** *
10338 TTTTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAA
1 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGA
* * * * *
10403 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAT-ACTA-TTAGAGCAATTAT
66 GATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACGAAACAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTA-AACAATTAT
* * * * * * *
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128 CTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * *
10515 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACA-TTTGAAAAATTAATG
1 TA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTTG-AAAATT-A--
** *
10577 AGTAAGAGA-TT--AAAA-AAA-ATGTTTATC-AAACAAGTTGTAATAGATT-TGACCATTTAAA
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* * ** ***
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* * * * * * *
10691 -AGTTCAAAAAAACTTA-TCCGAAATAAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAA
1 TA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA
* * * * * *
10754 GCAAGAGATTTAAAAATTAAATCTAT-TTTTC-ACACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
61 -TAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACGA-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * ** *
10817 AAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCCTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC
122 AATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * ***
10872 TAATCATACAAGGTT-TTTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAG
1 TATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* ** * * *
10935 AGATTTAAAAAA-ATATATGCTTGT-CGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-CTAGAATAATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATATG-TT-TACGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTA
* * * *** * *
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127 TCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ***
11046 TAGTTTATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAG
1 TA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* * * *
11111 CAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
65 ----AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* **
11176 TTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-
124 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA--TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * *
11229 TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAA
1 TA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAA
* * * * * * * **
11293 AAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAGCTA
64 GAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
* * * * *
11357 CCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCTTAAAATAATTTTTTT
127 TCTATTTCAAATCGTTA-TGATTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * * * *
11407 TCAAT-ATAAAATTTTATT-TGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAGTAATTAATA
1 T-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AAATTAATA
* * * * *
11469 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
63 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
* * * * * * * *
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* * * *
11584 TATTTATAC-AGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAA
1 TATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTGAAAA-T--TAA
* ** * * *
11647 GTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAA
61 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * ** * * **
11711 TTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTACTT-
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* * * * * * *
11763 TAGCTCATATAAGCTTATCCCA-AA-AAAATATTATTACTTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATA
1 TA-TTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATA
* * * * *
11825 AGGGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAAATAGTTCAAACAAG-TATGGGC-ATTTGAACAA
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* * * * * * * * *
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124 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * *
11939 TCA-ACATTCAAGCTTATTC-GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAGAATTAATA
1 T-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATA
* * * * * * * *
12001 AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTA
63 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-
* * * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * * **
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* * * * *
12358 AAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTG-AACTAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAA
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* *
12421 TTATCAATTTCAAATCATTAT
124 TTATCTATTTCAAATCGTTAT
12442 TACTAATTTA
Statistics
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GATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
Found at i:11172 original size:18 final size:18
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11139 ACTAAACAAG
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* *
11167 TTTAAACAATTAT--CTA
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*
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11200 CTTTTTATTT
Statistics
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TTTAAATAGTTATGACTA
Found at i:11883 original size:356 final size:351
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10746 ATTAGTAAGC
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10756 AAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTTTC-ACACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAA
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10820 TATCAATCTTAAAATAGTTATGATCCT-TAT-TT-TGTCATAAAAAAATTGTTTCT-AATCATAC
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* * * * * *
10881 AAGGTTTTTAGATA-AAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTT-AA
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10943 AA--AAATATATGCTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTAC-TAGAATAATTATCTATTTC
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** * * * * * * ** * * * **
11005 AAATCATTTTGACCTTTGGGT-TAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTAATCAGA
250 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTACTTTAGCTCATATAAGCTT-ATCCCA
* * * * ** *
11069 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAAT
313 AAAAAATATTATTACTTTATTAATATTTCAGAAATTAAT
* * * * * * *
11108 AAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAA
1 AAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * * * *
11173 CAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-T-AGTTCA
61 CAACTACCTATTTCAAATCGTTATAACC-TATTGTTCTATCATAAAA-AATTATTTCTCA--ACA
* * * * * * *
11236 TAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAAAGATTT
122 TACAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * * * ** *
11300 AAAAAATAAATCA-ATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATT
186 AAAAAGTAAAT-ATATTTACCAAACA-AGTTCAAACAGTTAAGACTACTTAAACAATTATC-ATT
* ** * * * * * * ** ** *
11363 TCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCTTAAAATAATT--TTT-TTTCAATATAAAATTTTATT
248 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTACTTTAGCTC-ATAT--AAGCTTATC
** ** * * *
11425 TGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAGTAATTAAT
310 CCAAA-AAAATATTATTACTTTATTAATATTTCAGAAATTAAT
* * * *
11468 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAACT
* * **
11533 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCT-ATTTATAC-AGA
66 ACCTATTTCAAATCGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAA-AATTATTTCTCA-ACATACAAG-
*
11596 CTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
128 CTTA-TTAGAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
* * ** *
11659 AAAA-TAAATATGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTA-TATAAACAATTATTTATTTC
187 AAAAGTAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTAAGACTACT-TAAACAATTA-TCATTTC
* * *
11722 AAATTGTTATGACCTTTTGCTT-TATTATAAAATAATTACTTTAGCTCATATAAGCTTATCCCAA
250 AAATTGTTATAACCTTTTG-TTCTATCATAAAACAATTACTTTAGCTCATATAAGCTTATCCCAA
11786 AAAAATATTATTACTTTATTAATATTTCA-AAAGTTAAT
314 AAAAATATTATTACTTTATTAATATTTCAGAAA-TTAAT
* *
11824 AAGGGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAAA-TAGTTCAAACAAG-TATGGGC-ATTTGAAC
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CGAAACTAGTTCAAA-AAGTTAT-GACTATTTGAAC
* * * * * * * *
11885 AACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAAAATTGTTTTTCAACATTCAA
62 AACTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAAAATTATTTCTCAACATACAA
* * *
11950 GCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAG
127 GCTTATTAGAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAG
* * ** * *
12015 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCATTTCAAATTGT
192 TAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTAAGACTACTTAAACAATTATCATTTCAAATTGT
* * * * * * * *
12080 TATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAAT
257 TATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTACTT-TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAAT
* * * * * *
12144 AATACTAATTTAGTAGTA-TTCTAAAAATTAATAACT
320 ATTATTACTTTATTAATATTTC-AGAAA-T--TAA-T
* * * * * *
12180 AAGAGATTTTAGAAAATAAATCTATTTTTC-AAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAA
1 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTA-TTTACGAAACTAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * * * * * *
12244 TTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTA-TT-TCAGCTTATATA
64 CTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAA-AAATTATTTCTCAAC--ATACA
* * * * **
12307 AGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAA
126 AGCTTATTAGAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTA-AA
* * ** * * * * *
12371 AA-TAATTTTATTTACTGAACTAGTTCAAA-TGATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAA
189 AAGTAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAACAG-TTAAGACTACTTAAACAATTATC-ATTTCAA
12434 AT
252 AT
12436 CATTATTACT
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 203, Indels: 143
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 72 0.07
352 66 0.06
353 11 0.01
354 60 0.06
355 126 0.12
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361 2 0.00
362 6 0.01
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAACT
ACCTATTTCAAATCGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAAAATTATTTCTCAACATACAAGCTT
ATTAGAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAA
TATATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTAAGACTACTTAAACAATTATCATTTCAAATTGTTATA
ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTACTTTAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAATATTATT
ACTTTATTAATATTTCAGAAATTAAT
Found at i:11982 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 9804--12444 Score: 945
Period size: 177 Copynumber: 14.8 Consensus size: 177
9794 TGTTTCTATT
* * ** * * *
9804 CATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAGA
** * * * * * * **
9869 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCA-ACTTCAAATAGTTAT-GATTGTTTGAACAATTGT
61 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA-AATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTAC
* * * * * * * * * *
9932 TTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATT
125 CTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCA-A
* * * * *
9985 CATACAAGTTTATTGGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATA---A-GA
* * * * * * * * *
10049 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATACTCAT-GTCCATTTGAACAATTAT
61 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC-CAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTAC
* * * * * * * * * *
10112 CTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
125 CTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCA-A
** * ** * * * *
10165 TGTGCAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGAT
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGAGAT
* ** * * * * **
10229 TTAAAAACTAAAT-ATGTTTACGGAAACAGTTCAAATAGTTAT-GATTATTTAAACAATTATTTA
64 TTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTACCTA
* ** * * * * * ***
10292 TCTCAAATAATTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAATAGTT-TGTTTCTTTT
128 TTTCAAATCGTTATTACCT-TTTGTTTTATCTTAAAATAATTAT-TTT-TCAA
* * * * * * * *
10342 TATACAAGTTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGAT
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGAGAT
** ** * ** * * * * **
10406 TTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAT--ACTATTAGAGCAATTATTTA
64 TTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTT-ATGGACTATTTGAACAACTACCTA
* ** * *
10469 TTTCAAATTGTT-TTGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTA--TTTCAGTT
128 TTTCAAATCGTTATT-ACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCA--A
* * * * *
10519 CATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AACTAATTTATTAATATTT-CAAAATT-A--A-TAAG
* ** * * *
10583 AGA-TT-AAAAA-AAAT--GTTTATCAAACA-AGTTGTAATAGATT-T-GACCATTTAAACAATT
60 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAA-ATAGTTCAAATAG-TTATGGACTATTTGAACAACT
* * ** * * * *** *
10640 ATCTATTT-AAAGTCATTACGACCTTTAGTTTTGTCATAAAACGTTTGTTTCAGTTCAA
123 ACCTATTTCAAA-TCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTT---TTCAA
* * * * * * * *
10698 -A-A-AAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA-T--TAA-TAAGA
* * * ** *
10760 GATTTAAAAATTAAATCTATTTTTCACACCA-A-TTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAAATA
61 GATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAC-CAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTA
* * * * * * * * * * *
10822 TCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCT-AA
124 CCTAT-TTCAAATCGTTATTA-CCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCAA
* * * * * * *
10875 TCATACAAGGTTTTTAGATA-AAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAGA
1 -CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGAGA
* * ** * *** * * * * * *
10938 TTTAAAAAA-ATAT-ATGCTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTA-AGACTACTAGAATAATTATCT
63 TTTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTACCT
* ** * * * ****
11000 ATTTCAAATCATT-TTGACC-TTTGGGTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTT
127 ATTTCAAATCGTTATT-ACCTTTTGTTTTA-TCTTAAAATAATTATTTTTCAA
* * * **
11051 TATACAAGCTTAATC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAAA
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAG----
* * * * * *
11115 AGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACA-AGTTTAAATAGTTAT-GACTATTTAAACAATT
60 AGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACT
* * * * * * ** * ****
11178 ATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTT
123 ACCTATTTCAAATCGTTATTACC-TTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCAA
* * * * * *
11234 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAAAGATT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGAGATT
* * *
11299 TAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGG-CCATTTGAACAGCTACCTATT
65 TAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTACCTATT
* * * * *
11363 TCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCTTAAAATAATTTTTTTTCAA
130 TCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCAA
* * ** * *
11411 TATAAAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAGTAATTAATAAGAGATT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAGAGATT
* * * * *
11476 TAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTAT
65 TAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTACCTAT
* * * * * * *
11539 TTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCT-ATT
129 TTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCA-A
* * * *
11588 TATAC-AGACTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTA
1 CATACAAG-CTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC--AAAA-T--TAA-TA
* * * * * * *
11650 AGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATAAACAAT
58 AGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAAC
** * * * ** *
11712 TATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTAT-TATAAAATAATTACTTTAGC-T
122 TACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCT-TAAAATAATTA-TTTTTCAA
* * * ** * * *
11768 CATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATATTATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGAGATT
* * * *
11832 TAAAAAATAAATCAGTTTATCGAAATAGTTCAAACAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTAT
65 TAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAATAGTTCAAA-TAGTTATGGACTATTTGAACAACTACCTAT
* *
11895 TTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAA-AATTGTTTTTCAA
129 TTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCAA
*
11943 CATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGAGATT
* * * * * *
12008 TAAAAAGTAAATCTA-TTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTT-TTGACTACTTGAATAATTATC-A
65 TAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTACCTA
* * * * * * *
12069 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT-ATT
128 TTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCA-A
* * * * * * *
12119 CCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAA-T--TAA-TAAGA
* ** * * * * * *
12184 GATTTTAGAAAATAAATCTA-TTTTTCAAACTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATGTACAATTA
61 GA-TTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTA
** * * * * ** *
12247 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTA--TTTCAG
124 CCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCAA
* * **
12299 CTTATATAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAG
1 C--ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT-TTCAAAA-TTAATAAGAG
* * * ** * * *
12363 ATTTAGAAAATAATTTTA-TTTACTGAACTAGTTCAAAT-GATTAT-GACTATTTGAACAATTAT
62 ATTTAAAAAATAA-ATCAGTTTACCAAAATAGTTCAAATAG-TTATGGACTATTTGAACAACTAC
* *
12425 CAATTTCAAATCATTATTAC
125 CTATTTCAAATCGTTATTAC
12445 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 1903, Mismatches: 414, Indels: 290
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
174 21 0.01
175 132 0.07
176 381 0.20
177 506 0.27
178 118 0.06
179 45 0.02
180 283 0.15
181 193 0.10
182 142 0.07
183 71 0.04
184 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAGATTT
AAAAAATAAATCAGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAACTACCTATTT
CAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTATTTTTCAA
Found at i:13580 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 12502--17489 Score: 3528
Period size: 181 Copynumber: 27.7 Consensus size: 181
12492 AAATCTATTT
* * * * * * *
12502 ATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTTTGTCATCAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAA
* * * ** * * * *
12567 ACAATTGGTTCT-GTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATGATATTTTGA
65 ACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* ** * ** *
12631 AACTTAATAACCAAGAAAATT--AAAAT-AATCT-AATAGCCAAACAAGTTCAA
129 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAA
* * ** * * * * *
12681 ATATTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * * * *
12746 TAATTATTTT-GTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTCAAAA
66 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * *
12810 A-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGCTT-AA
131 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAG-TTCAA
* * * * * *
12857 ATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * **
12922 CAATTGTTATAGTTCATATAAGCTTA-TTCAGAACAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
66 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * *
12986 AATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAA
130 AATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * ** * * ** ** *
13039 ATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCATAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
13103 ACAA-T-TTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAAGTTATTAATA--TTA
65 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTA
* * * * * *
13162 AGATAATTAATTAGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAA
128 A-A-AATTAATAAGT-AAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * * * *
13218 ATCA-TTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTATCATAAA
1 AT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * ** *
13282 ATAATTGTTTT-GTTCATTCAAACTT-GTTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGA
65 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * *
13345 CAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAA
129 AAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * *
13398 ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * *
13463 TAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAA
66 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * ** *
13528 ATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAA
131 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * * * * * *
13579 ATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTTTTTTATCTTAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** *
13644 CAATTGGTTCT-GTTCGTGTAAGCTTATTTCG-AGTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTA
66 CAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTA
* * * * ** *
13706 GAAATTAATAAGTTA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTTAACTTGTTTAA
128 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAA
* * * * * *
13759 AAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
13823 CTAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCA
66 C-AATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * *
13886 AAAGTTATTAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAGACAAGTTTAA
128 AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA-ACAAGTTCAA
* * * * * *
13940 ATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAA
* * * * **
14005 ATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATAAT-A
65 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* ** * * * * *
14068 AAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAA
129 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * *
14121 ATAGTCA-CATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTGTTTGGTCGTA
1 ATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATA
* ** *
14183 AAACAATTATTTTTA-TTCATACAATATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
63 AAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
14246 CAAAAATTAACAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACTAGTTTAA
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * *
14298 ATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTGTTTTGTTATAAA
1 A-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** ** * *
14361 ACAATTGTTTCTA-TCCATACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAAATATTGGTAAACTAATAATATTCT
65 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * *
14424 -AAAATTAGTAAGCAATAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTTTGT-AGAACCAGTTCAA
127 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCA-AACAAGTTCAA
* * * * * * *
14479 ATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * **
14544 TAATTGTTTTAGTTCATATATGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TTATGTTAATAACATTCAAAA
66 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAA
* * * * * *
14608 AATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAA
130 AATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * * *
14661 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATAATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *** * *
14726 CATTTGTGTCAATTCATAGAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAA
66 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * ** * * ** *
14791 ATTGAGAAATTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCGAATC-AGTTCAA
131 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAA
* * * * * ** * *
14842 ATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
*** * * * * * * *
14907 CAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
66 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * * * * *
14972 ATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAAGCAAACTAGTTCAA
131 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * * * * *
15023 ATAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * *
15088 CAATT-ATTTATGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATT-A
66 CAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAA
* * * * ** *
15151 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAA
129 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * ** * * * * *
15204 ATAGTAAAGGTTGTATGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
15269 CAAATGTTTTTA-TTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTTGAA
66 CAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * *
15333 AATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAA
130 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* ** * * * * * *
15381 TTAGTTACAACAATTTGATTAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * *
15446 CAATTATTTCTA-TTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAA
66 CAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * ** ** * *
15510 AATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAA
130 AATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATCAAACAAGTTCAA
* * * *
15562 ATAGTTAT-ATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAA
1 ATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * *
15626 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAA
65 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * ** *
15690 AAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTAAA
129 AAATTAATAAGT-AAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * * * ** * * *
15743 ACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
15808 TAATTTTTTCTA-TTCATACAACCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA--TT--C
66 CAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * * *
15868 AGTTAATAAATAA-AAGATTTAAAAAATAACTATGATTACTGAATA-AA-TTCAA
130 AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAA-ACAAGTTCAA
* * *
15920 ATAG-TAGTG-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAA
1 ATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
15983 AATAATT-TTTTTGTTCATAAAAGCTTATATGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA
64 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * * ** ***
16047 CAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTG
129 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * ** * **
16100 ATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * ** *
16165 CAATTATATTAGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
66 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * * * * *
16230 ATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCCA
131 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * ** *
16281 ATTGTTATGGCTATATAAATAATT-TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * **
16345 TAATTATTTCT-GTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAA
66 CAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAA
* * * *
16408 AAATTAATAAATAA-AATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTATGAATAC--GTTCAA
129 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTATCAA-ACAAGTTCAA
* * *
16461 ATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * * **
16525 CTAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCA
66 C-AATTGTTT-TAGTTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * *
16587 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAA
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* * * * * * *
16640 ATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTATAATCTTTTGTTTTATCATAAA
1 ATAGTTATGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** *
16703 ACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
65 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * *
16767 AAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATA-AAGTTCAA
129 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AA-ACAAGTTCAA
* ** * *
16821 ATAGTCAT-ATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAA
1 ATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** ** *
16884 AATAATTGCTTCTA-TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
64 AACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
16948 AAAATTAATAAG--AG--ATTTAAATACTAAATCTATTTACCAAA-ATAGTTTAA
128 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA-AGTTCAA
* * * * *
16998 ATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * **
17061 AGAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTA-CTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
65 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * ** *
17124 AAAATTAATAAG--AG--CTTTGAAAAATAAATGTGTTTGT-AGAATTAGTTTAA
128 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-AACAAGTTCAA
* * * * *
17174 ATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAA
1 ATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** ** * *
17238 ACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATTGTAATTTATTAACATTTGAAA
65 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * * *
17303 AATTGATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAA
130 AATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * *
17357 ATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
1 ATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** *
17420 AACAATTGTTTCATTTCATAAAACCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTTAA
64 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
17484 AAATTA
129 AAATTA
17490 TAAACAAACC
Statistics
Matches: 3800, Mismatches: 844, Indels: 327
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 7 0.00
174 2 0.00
175 17 0.00
176 341 0.09
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184 3 0.00
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ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
Found at i:14533 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 12502--17489 Score: 3643
Period size: 358 Copynumber: 13.9 Consensus size: 356
12492 AAATCTATTT
* * * * * * * *
12502 ATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTTTGTCATCAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAA
* * * * ** ** * * * *
12567 ACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATGATATTTTGAA
65 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* ** * * ** * *
12632 ACTTAATAACCAAGAAAATT--AAAAT-AATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAATATTTAAGACTA
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
** ** * * * * * * *
12694 AATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAAATAATTATTTTGT-
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TA
* ** * * * *
12758 TT-GTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGAGA
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* *
12822 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGCTTAA
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* * * * * * *
12857 ATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
12922 CAATTG-TTATAGTTCATATAAGCTTATTCAGAACAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
66 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAA
* * ** *
12986 AATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACA
129 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTCT-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
** * * ** ** * *
13051 ATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCATAAAACAA---TTTTC
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* *
13112 AGTTAATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAAGTTATTAATA-TT-AAGATAATTAAT
256 A-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA-
* * * *
13173 TAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAA
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* * * * * * * *
13218 ATCA-TTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTATCATAAA
1 AT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * ** * *
13282 ATAATTGTTT-TGTTCATTCAAACTTGTTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGAC
65 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* * * * * * *
13346 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCT-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * *
13411 TTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTG-TTTTAG
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-
** * * *
13475 TTCATATGAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTA
257 TTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TA
* * * ** * * * *
13539 AGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAA
317 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAA
* * * * * * * *
13579 ATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTTTTTTATCTTAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * * *
13644 CAATTGGTTCTGTTCGTGTAAGCTTATTTC-GAGTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAG
66 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA-
* ** * * * *
13707 AAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTTGTTTAAAAATTTATGAC
128 AAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * *
13770 TTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTC
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTT
* * *
13834 TATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTATTAAGT
255 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA---ATTAA-T
* * *
13899 AAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAGACAAGTTTAA
316 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA-ACAAGTTTAA
* * * * * * *
13940 ATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAA
* * * * **
14005 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATAATAAA
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* ** * * * * * * * *
14070 ATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCACA-TCCA
130 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CTAAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTA
* * * * *
14134 TTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTGTTTGGTCGTAAAACAATTATTTTTA
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
** *
14198 TTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGAGA
257 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
* * * *
14263 TTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACTAGTTTAA
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* * * *
14298 ATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTGTTTTGTTATAAA
1 A-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** ** *
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65 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * * * * *
14426 AATTAGTAAGCAATAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTTTGTAGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAAT
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTCTA-AACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * *
14491 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTTA
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * *
14555 GTTCATATATGCTTATTC-GAAATAAAATAATA-TTATGTTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAA
257 -TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * *
14617 GCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAA
318 G----AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAA
* * * * *
14661 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATAATAAAA
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* * * * * * * *
14726 CATTTGTGTCAATTCATAGAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAA
66 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
* * * ** * * * * * ** * *
14791 ATTGAGAAATTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCA
130 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * *
14855 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-A
* * * * *
14920 -TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAG
257 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-
* * * * *
14984 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAAGCAAACTAGTTCAA
318 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAA
* * * * * * *
15023 ATAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
15088 CAATTATTTATGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATTAAA
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* * * * * * * ** *
15153 ATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGTTGT
130 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * * *
15218 ATGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATT
194 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATT
* * * ** * * ** *
15283 CATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAGAGATT
259 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
* * * *
15348 TAAAATATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAA
324 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAA
* ** * ** * * * *
15381 TTAGTTACAACAATTTGATTAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** *** *
15446 CAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAA
66 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
* * * * * * * *
15511 ATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATA-TC
130 ATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TC-TAAACAAGTTCAAATAGTTA-AGAC
* * * * *
15573 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* ** *
15638 ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTG
256 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--G
* * *** *
15703 AAAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTAAA
319 --AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAA
* * * * * ** * * *
15743 ACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
15808 TAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC---A
66 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * * * * * *
15869 GTTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGATTACTGAATAAATTCAAATAG-T-AGTGCTA
130 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTAAG-ACTA
* * * * *
15932 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTG
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * ** *
15996 TTCATAAAAGCTTA-T-ATGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
257 TTCATACAAGCTTATTCA-GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
* *** **
16059 AACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTG
319 ---AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAA
* * * ** * **
16100 ATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
16165 CAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
66 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAA
* * * * * * * *
16229 AATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATTGTTATGGCTA
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * ** * * * * *
16294 TATAAATAATT-TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGT
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * *
16358 TCATATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATA
258 TCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA-G
* ** *
16421 AAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTATGAATAC--GTTCAA
319 AGA-TTTAAAAAAT-AAATATG-TTTACCAA-ACAAGTTTAA
* * * *
16461 ATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
16525 CTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAA
66 C-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTA
* * * * *
16588 AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATG-CT
128 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCT-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC-
* * * * * * *
16651 TGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG-TATAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * **
16715 ATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTA
256 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA---A
* *
16780 GGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATA-AAGTTCAA
318 -GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AA-ACAAGTTTAA
* ** * * *
16821 ATAGTCAT-ATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAA
1 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** *
16884 AATAATTGCTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
64 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A
* * * * **
16949 AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCAAA-ATAGTTTAAATAGTTATTAC
128 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CTAAACA-AGTTCAAATAGTTAAGAC
** * * *
17009 TATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * *
17072 TT-TTCATACAAGCTTACTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
254 TTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ** **
17136 AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTT-GTAGAATTAGTTTAA
319 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA-AACAAGTTTAA
* * * *
17174 ATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAA
1 ATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** *
17238 ACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATTGTAATTTATTAACATT-TGA
65 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--
* * * * * *
17301 AAAATTGATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-T
127 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTATTTCT-AAACAAGTTCAAATAG-TTAA
*
17365 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
17428 TTTCATTTCATAAAACCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-AAAAATTA
252 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
17490 TAAACAAACC
Statistics
Matches: 3661, Mismatches: 791, Indels: 358
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 8 0.00
353 111 0.03
354 91 0.02
355 50 0.01
356 58 0.02
357 335 0.09
358 734 0.20
359 299 0.08
360 320 0.09
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365 3 0.00
366 1 0.00
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
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CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAA
Found at i:14680 original size:902 final size:889
Alignment explanation
Indices: 12669--21036 Score: 4170
Period size: 902 Copynumber: 9.3 Consensus size: 889
12659 TCTAATAGCC
* * * ** * *
12669 AAACAAGTTCAAATATTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGG
1 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-G
* * * ** * * * *
12734 TTT-CTCGTAAAATAATTATTTT-GTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACT-AATTTA
64 TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTA
* * * * *
12796 ATAATAGTTC-AAAAATAAATAAG---AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGCTT
128 TTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAG-TT
* * * * * * *
12855 -AAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATA
190 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
12919 AAACAATTG-TTATAGTTCATATAAGCTTATTCAGAACAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTC
255 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
12982 AAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAA-ACAAGTTCAAATAGTT
319 -AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAGACAAGTTCAAATAGTT
* * ** * * ** *
13045 ATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTA-AAACCTTTTGACTTGCCATAAAACAA-
381 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATAAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* *
13107 T-TTTC-AGTTAATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAAGTTATTAATAT-TAAGATA
444 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATAT-A-A-A
* * * *
13167 ATTAATTAGTCA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATCA-TTATAACT
503 ATTAATGAGT-AGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAAT-AGTCATATCT
* * * * * * *
13230 ATTTGAA-TAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTG
566 ATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTG
* * * ** *
13294 TTCATTCAA-ACTTGTTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
629 TTCATACAAGA-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--
* * *
13358 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
691 --AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
13423 TATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTT
754 TCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGCTT
* * * * * * *
13488 ATTTGAAGTAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAA
817 A-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAG-AAG--ATTTAAAAAA
** * *
13553 GGAATCTGTTTAT
877 TAAATGTGTTTCT
* * * * * *
13566 CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTT
1 -AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTT
* * * * * * *
13631 TTTTA-TCTTAAAACAATTGGTTCT-GTTCGTGTAAGCTTATTTCG-AGTAAAATAATATAAATT
63 GTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATAAATT
* * ** * * * ** ** *
13693 TATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTTAAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTTGTTT
126 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
13757 AAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
191 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
13821 AACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCA
256 AAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
13886 AAAGTTATTAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAGACAAGTTTAAATAGTTATAA
320 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
13950 CTATTTGAATAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
385 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
14015 CTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATAATAAAATTAATGAGT
449 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-ATAAAATTAATGAGT
* * * * * * *
14080 TGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCACATCCATTTGAACTATT
513 AGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTATT
* * * * *
14145 ATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTTGGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATAT
578 ATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGAT
** * *
14210 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGAGATTTAAAAACTAA
641 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
14275 ATCTGTTAACCAAACTAGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATT
706 ATATGTTTACCAAACAAGTTTAAA-TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
14339 ATGATCATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAAATAT
770 ATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTCAAA-T-AAAATAA
** ** * * *
14404 TGGTAAACTAATAATATTCTAAAATTAGTAAGCAATAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTTTGT
832 TACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAA-TAAATGTGTTTCT
* * *
14466 AGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTG
1 A-AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * *
14531 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATATGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TATGTTA
64 TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAAAT-TTA
* * * *
14595 ATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCA
128 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCA
* * * * *
14660 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATAATAAA
192 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
14725 ACATTTGTGTCAATTCATAGAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAA
257 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *** * * * * * *
14790 AATTGAGAAATTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCGAA-TC-AGTTCAAATAATTGTGGC
322 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * *
14853 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
386 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
14918 CA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT
451 -ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAT--AAAATTAATGAGT
* * * * * * * *
14982 AGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAAGCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAT
513 AGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTAT
* * * * * * * * *
15046 TATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATATAAGC
577 TATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGA
* * *
15111 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATT-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
640 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAA
* * * * * * * ** * * *
15175 AAAAAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGTTGTATGAATAATTACCTATTTCAAA
700 AAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * **
15240 TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAATAA
765 TCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATATAAGCTT-ATTCAAATAA
* * * * * * *
15305 AATAATATTAACTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAG-AGATTTAAAATATAAATTTGTTTACC
827 AATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-CT
* * * * ** * * *
15369 AAACTAGTTCAATTAGTTACA-ACAATTTGATTAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTG
1 AAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * ** * * *
15433 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCT-AATTT
64 TTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ATAAATTT
*** * * * ** * * *
15496 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGA-TTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAA-TG
127 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CGAACAAGTT
* * * * *
15559 CAAATAGTTAT-ATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCAC
190 CAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** ** *
15623 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTC
254 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** * * * *
15688 AAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGA-ACAAGTTAAAACAATTACG
319 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
15752 ATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTT
384 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
15817 CTATTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATAT-T-CAGTTAATAAAT
449 CTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATAAAATTAATGAGT
** * * * * * *
15879 AAAAGATTTAAAAAATAACTATGATTACTGAATAAATTCAAATAGT-AGT-GCTATTTGAACAAT
513 AGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCA-TATCTATTTGAACTAT
* * * *
15942 TATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATAAAAGC
577 TATCTATTTCAAATCATTATGAC--CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACAAGA
* * *
16007 TTA-T-ATGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTA
640 TTATTCA-GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAA
*** ** *
16070 AAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
699 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
16135 ATTGTTATGACCTTT-TATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTCATATAGGCTAATTCAAAAT
764 ATCGTTATGACCTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGCTTATTC-AAAT
* * * *
16199 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
825 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAAT-A--AGAAGATTTAAAAAATAAATGTGT
*
16264 TTACC
886 TT-CT
* * * * * * **
16269 AAACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATT-TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-
*
16333 TTTA-TCATAAAATAATTATTTCT-GTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTT
64 TTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATAAATTT
* * * * *
16395 ATTAATATTCCAAAAATTAATAA-ATAAAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTA-TGAATACGTT
127 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAAAT-AAATATG-TTTACCGAACAAGTT
* * * *
16458 CAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
190 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
16522 AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTC
255 AAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
16585 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAG-CAAGTTCAAATAGTTAT
318 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
16648 G-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
383 GAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
16711 TTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-
447 TTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TAT-AAAATTAATG
* **
16775 AGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAAGTTCAAATAGTCATATCTACATGAA
510 A-GTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAA
* * * * *
16840 -TAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGCTTCTATTCAT
573 CT-ATTATCTATTTC-AAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCAT
* * *
16903 GCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAA
634 ACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
16968 ATACTAAATCTATTTACCAAA-ATAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCA
699 AAAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * *
17032 AATCGTTATGATGTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTACTCAGATTA
763 AATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTCA-AATA
* * * * *
17097 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG-AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGT
826 AAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTCT
** *
17161 AGAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
1 A-AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * *
17226 TTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAAT-TGTAATTTA
64 TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-AAATTTA
* * * * * * * * * *
17290 TTAACATT-TGAAAAATTGATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAAACAAGTT
128 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAA-ATAAATATGTTTACCGAACAAGTT
* *
17354 CAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
190 CAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
17417 TAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAACCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
253 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * ** * * * ** *
17481 T-AAAAATT-ATAAACAAACCGATTTAAAACCTAAAGTTTGTTTTTTGA-ACTAGTT-AAATAGT
317 TCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCAAGACAAGTTCAAATAGT
* * * *
17542 TATGAATATTTGGAACAA-TATCAATCTCCAAAATCATT-TATGAC--TT-TTTTGATCAT---A
380 TATGACTATTT-GAACAATTATCTAT-TTC-AAATCATTATA-AACTTTTGTTTTG-TCATAAAA
* * * *
17599 CAA--G---C--TT-AT--AA----A-TGGAACA-ATAAT-ATACTAATTTAAATAATATTTCCA
440 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATAT--A
* * * * * * * *
17647 AAA--AATTAGT-GAGAGAATTT-AAAAAT-TATATATTAACTGAACATGTTCAAAATAGTTTAG
501 AAATTAATGAGTAG-GAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTC-AAATAG-TCA-
* * * * * * *
17707 AAT-TATTAG-A-TAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACTTTTTATTTAGTCCT-ATATAATT
561 TATCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGT-TTT-GTCATAAAATAA-T
* * * * * *
17767 GTTTCTTCATTTTTATACTCA-CTTATTC-GAAATAAAATAATACTAAATTGTATTAACA--TTC
622 -TTT-TT--TGTTCATAC-AAGATTATTCAG-AATAAAATAATACT-AATT-TATTAATATTTTG
* * * * * *
17828 AAAATTAAATAAGCAAAGAGATTCGAAAAGAATAAA-ATGTTTTTATCGAATAAGTTCAAAGAGT
679 AAAATT-AAT-----AAGAGATT-TAAAA-AATAAATATG--TTTACCAAACAAGTTTAAATAGT
* * * * *
17892 TATGACTATTTGAACAATTATAT-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCCAT--AACAAT
734 CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGT-CATAAAACAAT
* * * * * * * *
17954 TGTTTTAGTTCAATAAAAGCTTATCCAAAGAAAACAATACTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTA
797 TGTTTTA-TTC-ATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTA
* ** *
18019 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTGACT
859 ATAA--GA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTT-TCT
* * * * * * * * ** *
18054 AAATAAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* ** * * * * * *
18119 TT-GTCATAAAACAATTGTTTT--TAAAAATAGATCTTTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
65 TTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATA-AGCTTATT--CGAA--A--TAAAATA-ATATA
* * * * * * **** *
18181 ACTATTTGAACAATTATCTATT-TCATATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAA-CAAT-TG
122 A--ATTT-----ATTA-ATATTCTAAAAAT-TAATAAGAAAAAATT-T-TAA-AAAATAAATATG
* * * * **
18243 TTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTATTTTAGTAA-TATTATGAAAATT
175 -TT-TA-CCGA-ACAAG----TTC-AAAT--AGTTATGACTA-TTT-G-AACAATTAT--CTATT
* ** ** * * * ****
18305 AATAACTAAGA-AATTTAAAAAATAATTATGTTTGCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATAT
224 --T--C-AA-ATCA-TTATGACCT--TT-TGTTT--TG--TC-A-TAAAACAATTGTTTCTAT-T
* * ** * ** ** * *
18369 GA-ACAA--TTATTTAACTTAAATTGTTA-TGACCTT-TT-GTTTTGTCATAAAA-TAATTATTT
272 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TCA-AAAATTAA-TA---
* * * * * *
18427 TAGCTTGTAAAA-ATTTATTCGAAATAGAGTAAAACTAATTTAT-TA-A-TATTTCAAAAATTTA
330 -A----GTAAAAGATTTA----AAA-A-A-TAAATCT-ATTTATCAAGACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
18488 TAAGA-GATTTAGAA-AATAATTCTATTTACAAAACCAGTT-TAAA-TAATTATAAGTATT-T-A
382 T--GACTATTT-GAACAATTA-TCTATTT-C-AAATCA-TTATAAACT--TT-T--GTTTTGTCA
** * * * ** * * * ** ** *
18547 -AATAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTTTTTTTTGTT
435 TAA-AACAAT-TGTTTCTATTCA-TACAAGC---TTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
** ** * ** ** * * ** * * * * * * ** *
18610 -A-ATATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATCAAACCAGTTCATAT
493 AATATATAAAATTAATGAGTAGGAGAT-TTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAATAAGTTCAAAT
* * * * ** * * * *
18673 AGTTATGA-ATATTTGAGC-ATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTCATTGTGTTATAAAA
556 AGTCAT-ATCTATTTGAACTA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * * * *
18736 CAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTAATAATA-TTTCAAC
618 TAAT-TTTTTTGTTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA-
* * * * * * *
18800 AATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACT
681 AA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGACT
* ** **
18864 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGG
741 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
* * * *
18929 TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTCTGAAAATTAATAATTAA
804 TTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAA--GA
* *
18994 GAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAAC-
865 -AGATTTAAAAAATAAATGTGTTT--CT
* * * * * * * *
19021 GAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
** * *
19086 TT-GTCATAAAATGATT-TTTT--TTCTATTCATCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAAT
65 TTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTC-A-T-AT-AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATAAAT
* * * *
19146 TTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAGA-TCT----AAT-AA-A---TTACCCGACCAA
125 TTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCGAACAA
* * * *** *
19199 GTTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGCTATGATCTTTTGTTTTGTC
187 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *** * *
19264 ATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATT
252 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
19328 TCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAAGTTCAAAT-GTTC
317 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGACAAGTTCAAATAGTT-
* * * * * * *
19391 ATTAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
381 ATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
19455 GTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTCTAAAAATTAA
445 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAT-AAAATTAA
* * * * * * * *
19519 TGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCT-ATTACC-AATCATGTTCAAATAGTTATGA-CTATCTG
508 TGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTG
* * * * * *
19581 AACAATTATCTATTT-TAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCAT
571 AACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCAT
* * ** * *
19644 GCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAAT
634 ACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGAT
* ** * * * *
19707 TT-AAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CATTATCTATT
695 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * ** ** *
19770 TCAAATTGTTATGACCTTTAGCTTTGTCATAAGCCAATTGGTTCCATTCATAAAAGCTTATTCAT
760 TCAAATCGTTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATATAAGCTTATTCA-
* * *
19835 AATAAAATAATGCTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
822 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATG
19900 TGTTTACT
883 TGTTT-CT
* * * * * * * * * *
19908 GAACGAGTTCAAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGT
1 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-AAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * ** **
19973 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAATTTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTA
65 TTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTA
*** * * *
20036 TTAATATTCT--AAATTAATAAGTTGGAGA-TTT-AAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCA
128 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCA
* * * ** * *
20097 AAT-GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
192 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** ** * * *
20161 ATGATTGTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAA
257 ACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
20226 AAATTAATAAG---AA-ATTT-AAGAATTAATCTGTTTATCGA-ACTAA-TTCAAATACTTATGG
321 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
20284 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTAT-GA-TATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTT
385 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
20347 CTGTTTCATACAAACTTATTATG-AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATAT-TCCAAAATTAAT-
449 CT-ATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAT--AAAATTAATG
* * * * * ** * * * *
20409 A--A-GAGCTGTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGGCTATTAGAA
510 AGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATA-TCTATTTGAA
* * * * **
20469 CAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATA
573 CTATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTT-TGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATA
* ** ***
20533 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAA-TTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATT
635 CAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATT
* * * * * * *
20597 TAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAAAT-TTGACTATTTGAACAATTATCTA
696 T-AA-AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAAT-AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * *
20661 TTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCACAAAAACTTATT
758 TTTCAAA-TCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGCTTA-T
* * * *
20725 TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAA
819 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAA
*
20789 A-GTTATTTTCT
880 ATG-T-GTTTCT
* * * * *
20800 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AA-TATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTT
1 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TT-AAACAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * *
20861 CTTT-CTCATAAAACAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCG-AATAAAAATAATATTAATT
63 GTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATATAAATT
* * * * * * * * *
20923 TAATAATATTCCAAAAATTAGT--G-AAAGA-TTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACTAGTTC
126 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
* * ** * * *
20984 AAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
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21037 ATTAATACTT
Statistics
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AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
TAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTTATTA
ATATTCTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATAAAATTAATGAGTAGGAGATT
TAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTATTATCTATTT
CAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACAAGATTATTCAGAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
CAAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTCTAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTCT
Found at i:18571 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18525--18572 Score: 51
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18515 ACAAAACCAG
*
18525 TTTAAATAATTATAAGTA
1 TTTAAATAATTAT--CTA
18543 TTTAAATAATTATCTA
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*
18559 TTTCAAATCATTAT
1 TTT-AAATAATTAT
18573 TACTTTTTAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATAATTATCTA
Found at i:19652 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19196--21036 Score: 1480
Period size: 177 Copynumber: 10.3 Consensus size: 180
19186 ATTACCCGAC
* * * *** *
19196 CAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGCTATGATCTTTTGTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
19261 GTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAAT
66 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
19325 ATT-TCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA
131 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAA
* * * *
19376 CAAGTTCAAAT-GTTCATTAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTT
1 CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
19439 TTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
64 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
19503 AAT-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCT-ATTACCAA
128 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACGAA
* * *
19554 TCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT-TAA-CATTATGACCTTTTGTTT
1 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* *
19617 TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATT
65 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* *
19680 AATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAA
128 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAA
* ** * *
19731 CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGCTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * * * * *
19795 GTCATAAGCCAATTGGTTCCATTCATAAAAGCTTA-TTCATAATAAAATAATGCTAATTTATTAA
66 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
19859 AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
130 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAA
* * ** * * * * *
19911 CGAGTTCAAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** *
19976 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * *
20041 ATTCT--AAATTAATAAGTTGGAG-ATTTAAAAATAAATATGCTTACTGAA
131 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAA
* * * ** * *
20089 CAAGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** ** * * *
20153 GTCATAAAATGATTGTTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTA
66 GTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
20217 ATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGA-AATTTAAGAATTAATCTGTTTATCGAA
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* * * *
20265 CTAA-TTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTT
1 C-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTT
* * * * * * * * * *
20327 TTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTTTCATACAAACTTATTATG-AGTAAAATATTGCTAAATTAA
64 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
20391 TAATATTC-CAAAA-T--TAA-TAAGAG-CTGTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAA
127 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAAT-TAAAAAATAAATATGTTTA-CGAA
* * * * *
20441 CCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTT
1 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * **
20505 AT-TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATTGTAA-TTAT
65 -TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
20566 TAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAA
127 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AA-AAAATAAATATGTTTA-CGAA
* ** *
20623 CAAGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTT
1 CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
20686 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCACAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATT
64 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
20750 AATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAG-ATTTAAAACTAAAGTTAT-TTT-CTGAA
128 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA--TATGTTTAC-GAA
* * *
20803 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA--TTTT-TCT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGT-T
* * * *
20863 TTCTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCG-AATAAAAATAATATTAATTTAA
64 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
20926 TAATATTCCAAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAA
127 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTT-ACGAA
* * * ** * * *
20977 CTAGTTCAAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
21037 ATTAATACTT
Statistics
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173 5 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACGAA
Found at i:19919 original size:535 final size:537
Alignment explanation
Indices: 18664--23985 Score: 2282
Period size: 535 Copynumber: 10.1 Consensus size: 537
18654 TTATCAAACC
* * * * *
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* * ** * *
18729 TATAAAACAATAGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTAATAATA
63 CATAAAACAATTGTTTC-GATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * * * *
18793 TT-TCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATATT-CTTACCGAACTAGATCAAATAG
127 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * *
18856 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT
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* * * * * * *
18921 CATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTCTGAAAATTA
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* * * * * * * *
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* * * *
19051 ACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCA
384 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCA
* * *
19115 T-CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAG
447 TACAAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA
* ** * * *
19177 ATCT---AAT-AA-A--TTACCCGACCA
510 ATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACT
* * * * *
19198 AGTTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGCTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGCTTTGT
* * ** * * *
19263 CATAAAACAATTATTTATG-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATA
63 CATAAAACAATTGTTT-CGATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * *
19326 TT-TCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAAT-G
127 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAG
* * * *
19388 TTCATTAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA
190 TT-ATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
19452 ATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCTAAAAAT
253 ATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * *
19516 TAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCT-ATTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCT
318 TAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGATTACCAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * *
19580 GAACAATTATCTATTT-TAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCA
382 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* *
19643 TGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAAT
447 TACAAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAT
19707 TTAAAAATAAATATGTTTTCTGAAC-
512 TTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACT
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1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTT-GCTTTGT
** * * * * * * *
19797 CATAAGCCAATTGGTTCCATTCATAAAAGCTTATTCATAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAAT
63 CATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
*
19862 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTA
128 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * * * *
19927 TGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGT
193 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
**
19992 TTCTA-TTCATATAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--AAATTAAT
258 TTC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
** * * * * * * * * *
20054 AAGTTGGAG-ATTTAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTAAAT
322 AAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGATTAC-CAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * **
20117 TATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTTCTATTCATAC
386 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATAC
* ** * *
20182 AAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAATTTA
450 AAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* * *
20244 AGAATTAATCTGTTTATC-GAACT
515 AAAATAAATATGTTT-TCTGAACT
* * * * * * * *
20267 AATTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATATTTGTTTTGTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTGCTTTGTC
* * * * * * * *
20332 ATAAAACAAATGCTTCTGTTTCATACAAACTTATT-ATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA
64 ATAAAACAATTGTTTC-GATTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * * *
20396 TTC-CAAAATTAATAAG----AGCTGTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAGT
127 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
20455 TAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAACAAT
191 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAAT
* * * ** *
20519 TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAA-TTATTAATATTCAAAAAATTA
255 TATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * *
20583 ATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCT-ATTTATCAAACAAGTTCAAATAAATT-TGACTAT
320 ATAAGTAAGAGAATT-AA-AAAATAAATCTGA-TTA-CCAACAAGTTCAAAT-AATTATGACTAT
*
20646 TTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AT
380 TTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * * *
20709 TTCACAAAAACTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
443 TTCATACAAACTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
20772 AAGAGATTTAAAACTAAAGT-TATTTTCTGAACT
506 AA-AAATTTAAAAATAAA-TATGTTTTCTGAACT
* * * * *
20805 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATATC-ATTCTCAAATCT-TTATGATTTTTCTTTCTC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTATCTATT-TCAAAT-TGTTATGACTTTGCTTTGTC
*
20868 ATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATATTAATTTAATAATA
64 ATAAAACAATTGTTTC-GATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * ** *
20931 TTCCAAAAA-T--T-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTT
127 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * ** * * * * * * *
20992 AAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTAAT-ACTTAGAA-AATT
192 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATT
* * * * * ** ** ***
21055 A-ATCAG-T-A-A-GAG---ATTT--AA-AAAGTAAAACT-GTTTACCAA-ACCCT-TTCA--AA
256 ATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
** * * * * * * *
21104 T-AGTTTTGACTATTTGAATAAT-TATCT-ATT--C--CAA-TTCATTATAACCTT-TTA-T-TT
321 TAAG-TAAGA-GAATTAAAAAATAAATCTGATTACCAACAAGTTCA-AATAA--TTATGACTATT
** ** * * * ** **** *** *
21158 TGTCAACAAACAAT-TGGTTCTATTC-ATACT-ATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TA
381 TG--AAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACCTT-TT-GTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-
** * **** * ** * *
21219 ATAATATT-TTGAC--ACTTAATAACCAAGAAAATTAA-A-AAATAAATCAAAT-TGCT-AAATC
438 -TTCTATTCAT-ACAAACTT-ATTTTGAATAAAA-TAATATAAATTTAT-TAATAT-TTCAAA--
* * * * * * *
21277 ATTTCA-AA-TACTAAA-CT--ATATGAATGAT-TATT-T--A-T
495 AATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAATAAAT-ATGTTTTCTGAACT
* ** * *** * * **
21312 --TTCAAATCGTTATGACCT-TTTG--TTTTGTC-ATAAAAAATTGTTTTTTATCATACAGCTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACATTATCTATTTCAAATTG-TTATGA-C-T-TTGCTT-
** * * * * **
21371 T-TCGA-AAAA-AA-TAATACTAATTTAT-TAA---TATTTCA-AA-AATTAATAAGTAAGAGAT
60 TGTC-ATAAAACAATTGTTTC-GATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAA--AATAA-TACTA-AT
* * *** * * * ** ** * *** * * *
21426 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAGT-TCA-A-TT-AATTATGACTATTTGAGCAATTATC
118 TT-AATAAT-ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-A-AATTTGTTTACTGAAC
* * * * * * * *
21487 AA-TCCAAATCGTTAAGA-TCTTTG--T-TTTGTC-A--T-AAA--A-CA--A--TTGT-TTTTG
178 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * **
21535 ATCAT---A-AA-TATTT-AGTTAAAAATAATACTAATTT--AAT--AATATTTC-AA-AAATTA
243 -TCATAAAACAATTATTTCAGTT-CATATAA-GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * ** *** * * * *
21588 ATA-AGTAAGAGATT--T-A--AA-A-AA-T-AAATGTGTTTGCCGA--ACCAGTTCAA-AT-AG
305 ATATTCTAA-AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT-CTGATTACCA--ACAAGTTCAA
* * * * * * * * * * *
21639 TTAA--A-A-CTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAA
366 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * ** * *
21700 TATTTGTTTC-ATATCTTACAATCTTA-TTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTT-GA
431 CAATTGTTTCTAT-TCATACAAACTTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
21762 AAATTAATAAGGAAAAGTTTGAAAAA-ATAATCTGTTTATC-AAACA
494 AAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATA-AATATGTTT-TCTGAACT
* * * * * *
21807 AGTTCAAATAGTGATTACTATTTGAAAAATTATTTATTT-AAAATGATTATGAACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACATTATCTATTTCAAATTG-TTATG-A-C-TTTGCTTT
* * * * * **
21871 GAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTA
61 G-TCATAAAACAATTGTTTCGA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * * * ** * *
21934 ATATT-TCAAAATTAATAAGCAATAG-TTTAAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTTAAAT
124 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * *
21997 AGTTATG-CTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAC
188 AGTTATGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
22060 AATTGTTTCA-ATC-TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
252 AATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA
* * * * * *
22122 ATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTACCAA-ATTAGTTCAAATAATTGTGGCC
316 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCT-GATTACCAACA--AGTTCAAATAATTATGACT
* * * * * * * * *
22185 ATTTCAA-AATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTGTTTGGAT-ATATAGC-ATTTTTTTT
378 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCT
* *** * *
22247 ATT-ATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATAGT-AATTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAG-
442 ATTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * *
22309 --AGATTTAAAAAAATAAATTTAATTACCGAACC
506 AAAAATTT--AAAAATAAATATGTTTTCTGAACT
* * * * * * * *
22341 GGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTG-TTCTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGCTT-TG
* * * *
22405 TCATAAAAAACAATTATTTCTG-TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAA-A
62 TCAT--AAAACAATTGTTTC-GATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * * * * * * * *
22468 CTATTCCAAAACTTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATA
124 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * ***
22533 GTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAATC------A--TTTT-TTTTGTCATAAAACAA
189 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * ** * *
22589 TTTTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATA--CTAAAAA
254 TTATTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAA
* * * * * *
22650 ATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTCT-ATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTA
316 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGA-TTACC-AACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * * *
22714 TTTGAACAATTATCTTTTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
379 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * * * *
22779 TCAT-GTAAGTT-TGCTCG-A-AAAA-AATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--
444 TCATACAAACTTAT-TTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
22836 --GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACT
507 AAAATTT-AAAAATAAATATGTTT-TCTGAACT
* * * *
22866 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG-TTCTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC--TTTGCTT-TG
* * * ** * * *
22930 TTATAAAA-AATAGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAAT
62 TCATAAAACAATTG-TTTCGATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * * * *
22993 ATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTAC-CAACTAGATCAAATAG
126 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
23056 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT
190 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
23121 CATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTA
255 TATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * *
23186 ATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-ATT-----TAAG---AAACAAGTT-T-ACTATTTGA
320 ATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGATTACCAACAAGTTCAAATAA-TTATGACTATTTGA
* * * * * *
23240 ACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTT-TCATAAAATGATTTTTTTCTATTCAT
384 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCAT
* *
23304 ACAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAA
448 ACAAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAA
* * *
23367 TTTAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACA
511 TTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACT
* * * **
23393 AGTTCAAAT-CTTATGACTATTTGCA-ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTGTCA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTGCTTTGTCA
* * * * *
23456 TAAAATAGTT-TTT--TTTCAT--AAGCTTATT---AATGAAAATAATACCAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * *
23513 -TCACAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATG-TTAC-GAACTAGATCAAATAGTCAT
129 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * *
23574 GACTATTTG-A-AATTAT-TATTTCAAATGGTTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAAAAATTATT
194 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * *
23635 TCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TT-TTAATATTAT-AAAATTAATAA
259 TCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * *
23697 -TAAGAG-ATTAAAAAATGAATCT-ATTTGTCGAA-AAGTTTAAATAATT-TGACTATTTTG-AC
324 GTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGA-TT-ACCAACAAGTTCAAATAATTATGACTA-TTTGAAC
* * * * ** * *
23756 AATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATACA
386 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
23819 AGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATT
451 AACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAAA-ATT
* *
23882 TAAAAATAAATCTATTTT-TGAAC-
513 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACT
* ** * * * * *
23905 AATATCAAATCTTTAT-ACTATTTGAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTAT
1 AGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC--TTTGCTTTGT
*
23969 CATAAAATAATTGTTTC
63 CATAAAACAATTGTTTC
23986 TATCAA
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Consensus pattern (537 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTGCTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
AAGAGAATTAAAAAATAAATCTGATTACCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTT
ATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATA
AATATGTTTTCTGAACT
Found at i:21889 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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21024 ATTCTAACCT
* * * * ***
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1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * ** * * * *
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* ** ** *
21162 A-ACAAACAATTGGTTC-TATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
129 ATA-AAACAATTGTTTCATA-TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * ** * * *** * * *
21215 TTTAATAATATTTTGACACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCAAATTGCTAAATC-AT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAG
* * * ** *
21279 TTCAAATA-CTA-AACTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-GATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** *
21341 ATAAAA-AATTGTTTTTTATCAT-ACAGCTTATTCGAAA-AAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTCATATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** **
21391 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * * ** * *
21456 TCAATTAATTATGACTATTTGAGCAATTA-TCAATCCAAATCG-TTAAGATC-TTTGTTTTGTCA
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* *
21518 TAAAACAATTGTTT-TTGATCATAAATA-TTTAGTT----A-AAAATAATACTAA
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* * * * *
21566 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
** * * * * * * * * * *
21631 TCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAG
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
21696 AAAATATTTGTTTCATATCTTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAA
131 AAAACAATTGTTTCATATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
21747 TTTATTAACATTT-GAAAATTAATAAGGAAAAG-TTTGAAAAAAT-AATCTGTTTATCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* *
21809 TTCAAATAGTGATTACTATTTGAAAAATTATTTATTTAAAATGATTATGAACCTTTTGTTTTGAT
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATGATTATG-ACCTTTTGTTTTG-T
* * * *
21874 -ATAAAACAATTGTTTCAGT-TTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAA
128 CATAAAACAATTGTTTCA-TATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
21927 TTTCTTAATATTTC-AAAATTAATAAGCAATAG-TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACAA
* * * * * *
21989 ATTTAAATAGTTA-TGCTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
64 GTTCAAATAGTTATTAC-TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGT
*
22053 CAT-AAACAATTGTTTCA-ATC-TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
128 CATAAAACAATTGTTTCATATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* **
22104 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTACCAAATTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACAAG
* * ** * * * * * * * *
22168 TTCAAATAATTGTGGCCATTTCAA-AATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTGTTTGGAT-
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTG-TC
* * ** * * * *
22231 ATATAGC-ATT-TTTTTTATTATACAAA-TTTATTCAAAATAAAATAATAGTAA
129 ATAAAACAATTGTTTCATATCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * **
22282 TTTATTAATCTCTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTAATTACCGAACCGG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * * *
22343 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTC
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATGA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
22407 ATAAAAAACAATTATTTC-TGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
129 AT--AAAACAATTGTTTCAT-ATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
22462 --TATAAACTATTCCAAAACTTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAG
1 TTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
** * ** * * *
22525 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTT--CA--A--AT--CATTTT-TTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
22581 TAAAACAATTTTTTCA-ATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAA
130 TAAAACAATTGTTTCATA-TCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * * * *
22633 TTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCTAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * *
22697 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTT-TTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCTGTC
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT-TTATTTAAAATGA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * **
22760 ATAAAACAAATGTTT-TTGTTCATGTAAGTTTGCTCG--A-AAAA-AATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTCAT-ATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
22809 TCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * * * *
22869 TCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTG-TTATGACTTTTTGTTCTATTA
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
22933 TAAAA-AATAGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAA
130 TAAAACAATTGTTTCAT-ATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
22984 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACC-AACTAGA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * *
23048 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGGCCTTTTGTTTTGTCA
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-GATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
23112 TAAAAAAATCATTTCAGT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCA-TATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
23164 GTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA--AGA-AA-
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * *
23224 --C--A-AG-T-TTACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTG-CTATAACCTTTTGTTTT-TC
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
23280 ATAAAATGATTTTTTTC-TATTCATACAAA-CTTATTTCG-AATAAAATAATACAAA
129 ATAAAA-CAATTGTTTCATA-TCATA-AAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
23334 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAA
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * *
23394 GTTCAAAT-CTTATGACTATTTG--CAATTATTTATTTCAAATTG-TTATGACCTTTT-TTTTGT
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
23454 CATAAAATAGTT-TTT--TTTCAT--AAGCTTATT---AATGAAAATAATACCAA
128 CATAAAACAATTGTTTCATATCATAAAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * *
23501 TTTATTAATATTTC-ACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATG-TTA-CGAACTAGA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* * * * *
23562 TCAAATAGTCATGACTATTTG-A-AATTA-TTATTTCAAATGGTTATGACATTTT-TTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
23623 AAAAAAATTATTTCA-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
131 AAAACAATTGTTTCATA-TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
23674 -TT-TTAATA-TT-ATAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTAAAAAATGAATCTATTTGTCGAA-AAG
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * *
23732 TTTAAATAATT-TGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATC
65 TTCAAATAGTTATTACTA-TTTGAACAATTATTTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * ** * * *
23794 ATAAAATGATTTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAA
129 ATAAAACAATTGTTTCATATCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * ***
23846 TTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTT-TTGAACAA
1 TTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
** * * * *
23907 -TATCAAATCTTTA-TACTATTTGAA-AATTATTTATTTCAAATTG-GTATGACTTTTTGTTTTA
64 GT-TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATGATTATGACCTTTTGTTTTG
*
23968 TCATAAAATAATTGTTTC-TATCA
127 TCATAAAACAATTGTTTCATATCA
23991 A
Statistics
Matches: 2186, Mismatches: 434, Indels: 317
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 71 0.03
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183 9 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCATATCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
Found at i:23078 original size:351 final size:338
Alignment explanation
Indices: 21303--23975 Score: 910
Period size: 353 Copynumber: 7.6 Consensus size: 338
21293 TATATGAATG
* *
21303 ATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTTT-TATCA-TAC
1 ATTATCTT-TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTTGT-TCATTA-
* *
21365 AGCTTATTCGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
63 AGTTTAAT-G--AAAAA-AATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAGTAAG-GATTTAA
* * * * * * *
21430 AAAATAAATCTGTTTACTGAATTAGTTCAATTAATTATGACTATTTGAGCAATTA-TCAATCCAA
119 AAAATAAATCTGTTTAC-AAACTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGA-CAATTATTTATTTCAA
* * * * * *
21494 ATCGTTAAGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATA-AA---TATTTAG-TT
181 ATTGTTATGACTTTTTGTTTT-T-ATAAAA-AA-TATTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAAT
* * * * *
21552 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
241 -AAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AACAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATG
* * * * * * ** * *
21617 TTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
302 CTTACC-AACAAGATCAAAT-CTCATGACTATTTGAACA
* * * * * *
21656 ATTATATATTTT-AAATCA-TTCTAACCTTTTGTTTAGT--TAGAAAATAT-TTGTTTCATATC-
1 ATTATCT-TTTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAAATGTT-TTT-GT-TCA
* * * * *
21715 TTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTT-GAAAATTAA-TAAGGAAAA
60 TTA-AGT-TTAAT-GAAA-AAAAT-A--CTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGG---A
* * * *
21778 GTTTGAAAAAAT-AATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGATTACTATTTGAAAAATTATTT
114 -TTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATTT
* * * * *
21842 ATTT-AAAATGATTATGAACCTTTTGTTTTGATATAAAACAAT-TGTTTCAGTTTATAAAAGCTT
174 ATTTCAAATTG-TTATG-ACTTTTTGTTTT--TATAAAA-AATAT-TTTTA-TTCATACAAGCTT
**** * * * * * *
21905 ATCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAA-AATTAATAAGCAATAGTTTAAAAAAA
232 ATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AACAATTAATAAGTAAAAATTT--AAAAA
* * * *
21969 TAAAT-TAGTTTACCAAACAA-ATTTAAATAGTTATG-CTTATTTGAACA
294 TAAATAT-GCTTACC-AACAAGA-TCAAAT-CTCATGAC-TATTTGAACA
* * * * * *** *
22016 ATTGTCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTG-TTTCAATC-TAAAA
1 ATTATCTTTTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTTGTTCAT-TAA
*
22078 GCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTA
64 G--T-TT---AATGAAAAAAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAGTAAG-GATTTA
* * * * * * * * *
22142 AAAAATAAAT-TGGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAAAATTATCTATTTTA
118 AAAAATAAATCT-GTTTA-CAAACTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGACAATTATTTATTTCA
** * * * ** * * ** ***
22206 AATCATTATAACATTTTGTTTGGATATATAGCATTTTTTTTATT-ATACAAATTTATTCAAAATA
180 AATTGTTATGACTTTTTGTTT--TTATA-AAAAATATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATA
** * * * * * **
22270 AAATAATAGTAATTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAATAAATTTAAT
242 AAATAATACAAATTTATTAATAT-TTAACAATTAATAAGTAAAAATTT--AAAAATAAATATGCT
** * * * * *
22332 TACCGAACCGGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATA
304 TACC-AACAAGATCAAAT-CTCATGACTATTTGAACA
* * ** * * *
22369 ATTGTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAAAACAAT-TATTTCTGTTTATA
1 ATTATCTTTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAA-AATGT-TTT-TGTTCAT-
* * * * *
22433 CAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA-TATAAACTATTCCAAAACTTAA-TAACTGAGAGA
61 TAAG--T-TT---AATGAAAAAAATACTAATTATTAA-TATTTCAAAAATTAAGT-A---AG-GA
* * * * ** *
22495 TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTAT
114 TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATTTAT
* * * *
22560 TTCAAA---TCAT---TTTTT-TTGTCATAAAACAAT-TTTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTG
176 TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTATAAAA-AATATTTTT--ATTCATAC-AAGCTTATTTG
* ** * * * * * * * *
22616 GAATAAAATAAAATGAATTTATTCATACTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTC
237 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAA-TAAATA
** * * * * *
22681 TATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
300 TGCTTACC-AACAAGATCAAAT-CTCATGACTATTTGAACA
* *
22722 ATTATCTTTTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAA
1 ATTATCTTTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTTGTTCAT-TAA
**
22787 GTTTGCTCGAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGGATTTAAAAAATAAA
64 GTTTAAT-GAAAAAAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGGATTTAAAAAATAAA
*
22851 TCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
127 TCTGTTTA-CAAACTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGA-CAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
* *
22916 GACTTTTTGTTCTATTATAAAAAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
189 GACTTTTTGTT-T-TTATAAAAAATA-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* *
22981 CAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAACTA
251 AAATTTATTAATATTT-AACAATTAATAAGT-AAAAA-TTTAAAAATAAATATGCTTACCAACAA
* *
23046 GATCAAATAGTCATGACTATTTGAATA
313 GATCAAAT-CTCATGACTATTTGAACA
* * * * **
23073 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAA
1 ATTATCTTTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-GTTTTTGTTCAT-TAA
* * *
23138 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
64 GTTTA-ATG--A-AAAA-AATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAAGTAAG-GATTTA
* * * *
23202 AAAAATGAATCTATTTA-AGAA--A--C--A-AGTT-T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAA
118 AAAAATAAATCTGTTTACA-AACTAGTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATTTATTTCAA
* * * * * * *
23257 ATTGCTATAACCTTTTGTTTTTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAATA
181 ATTGTTATGACTTTTTGTTTTT-ATAAAA--AATATTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGGAATA
* * *
23322 AAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATTTGTTTA
242 AAATAATACAAATTTATTAATATTTA-ACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGCTTA
* * *
23387 CGAACAAGTTCAAATCTTATGACTATTTG--CA
306 CCAACAAGATCAAATCTCATGACTATTTGAACA
* * *
23418 ATTAT-TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGTCAT-AAAATA-GTTTTTTTTCA-TAAG
1 ATTATCTT-TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTTGTTCATTAAG
* * **
23478 CTTATTAATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCACAATTAA-TAAGTAAAAATTTAAAAAA
65 --T-TTAATGAAAAAAATACTAA-TTATTAATATTTCA-AA--AATTAAGTAAGGATTTAAAAAA
* * * *
23542 TAAATATG-TTACGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGA-AATTA-TTATTTCAAATGGTT
123 TAAATCTGTTTACAAACTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGACAATTATTTATTTCAAATTGTT
* * *
23604 ATGACATTTTT-TTTGTCATAAAAAA-ATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
187 ATGAC-TTTTTGTTT-TTATAAAAAATATT-TTT--ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA
* * * * * ** * *
23667 ATACTAA-TT-TTAATATTATAA-AATTAATAA-TAAGAGATTAAAAAATGAATCTATTTGTCGA
247 ATACAAATTTATTAATATT-TAACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATAAATATGCTT-ACCA
* * * *
23728 A-AAGTTTAAATAAT-TTGACTATTTTG-ACA
309 ACAAGATCAAAT-CTCATGACTA-TTTGAACA
* * * ** * *
23757 ATTATCTATTTGAAATCA-TTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAATGATTTTTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTTTTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTTGTTCAT-TAA
** * * * *
23820 GCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGGCAATTAA-TAAGTAAAAGATTT-
64 G-TT-TAATG-A-AAAA-AATACTAA-TTATTAATATT---TCAA-AAATTAAGT-AAGGATTTA
* ** * ** *
23883 AAAAATAAATCTATTTTTGAACAATA-TCAAATCTTTAT-ACTATTTGAAAATTATTTATTTCAA
118 AAAAATAAATCT-GTTTACAA-ACTAGTCAAATAGTTATGACTATTTGACAATTATTTATTTCAA
*
23946 ATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAA
181 ATTGTTATGACTTTTTGTTTT-T-ATAAAA
23976 TAATTGTTTC
Statistics
Matches: 1810, Mismatches: 324, Indels: 376
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
334 5 0.00
335 15 0.01
336 10 0.01
337 58 0.03
338 29 0.02
339 46 0.03
340 38 0.02
341 44 0.02
342 21 0.01
343 72 0.04
344 24 0.01
345 46 0.03
346 30 0.02
347 55 0.03
348 85 0.05
349 72 0.04
350 86 0.05
351 173 0.10
352 66 0.04
353 203 0.11
354 84 0.05
355 93 0.05
356 45 0.02
357 110 0.06
358 87 0.05
359 53 0.03
360 109 0.06
361 41 0.02
362 7 0.00
363 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (338 bp):
ATTATCTTTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTTGTTCATTAAGT
TTAATGAAAAAAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACAAACTAGTCAAATAGTTATGACTATTTGACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTT
TGTTTTTATAAAAAATATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTA
ATATTTAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGCTTACCAACAAGATCAAATCTCAT
GACTATTTGAACA
Done.