Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168302.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_528, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23888
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Found at i:120 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 89--130 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
79 CACAATTATT
*
89 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
107 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
124 AACTATT
1 AATTATT
131 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:227 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 202--241 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
192 TTCATAATTA
202 ATAAATAATTAAAAATGAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATGAAT
* *
222 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATGAAT
241 A
1 A
242 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATGAAT
Found at i:430 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 390--439 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
380 ATCTATACAG
390 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
405 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
419 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
437 TTA
1 TTA
440 ATAAAAACAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:1807 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1783--1820 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
1773 TGATTTACCA
1783 AACCGGTTTAAATAATTAT
1 AACCGGTTTAAATAATTAT
*
1802 AACCGGTTTAAATAGTTAT
1 AACCGGTTTAAATAATTAT
1821 TACTATTTGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
AACCGGTTTAAATAATTAT
Found at i:2290 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2259--2300 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
2249 CACAATTATT
*
2259 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
2277 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
2294 AACTATT
1 AATTATT
2301 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:2395 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2370--2409 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
2360 TTCATAATTA
*
2370 ATAAATAATTGAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
2390 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
2409 A
1 A
2410 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.62, C:0.03, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:4070 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4045--4084 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
4035 TTCCTAATTA
4045 ATAAATAATTAAAAAGTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAAGTAAT
* *
4065 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAAGTAAT
4084 A
1 A
4085 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAAGTAAT
Found at i:4273 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 4233--4282 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
4223 ATCTATACAG
4233 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
4248 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
4262 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
4280 TTA
1 TTA
4283 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:5661 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5623--5664 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
5613 GAATGTTAAT
*
5623 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
5645 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
5665 ATTATTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:7015 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6984--7024 Score: 64
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
6974 CACAGTTATT
*
6984 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTA-TAATAAAAAATA
7002 AATTATAATAAAAAATA
1 AATTATAATAAAAAATA
7019 AATTAT
1 AATTAT
7025 TTGTTATGTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 17 0.77
18 5 0.23
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
AATTATAATAAAAAATA
Found at i:7950 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7919--7960 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
7909 CACAGTTATT
*
7919 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
7937 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
7954 AACTATT
1 AATTATT
7961 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:8254 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8234--8263 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
8224 TTATAATTAA
*
8234 TTTAATTAAATAATT
1 TTTAATTAAACAATT
8249 TTTAATTAAACAATT
1 TTTAATTAAACAATT
8264 GATTTTCAAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (15 bp):
TTTAATTAAACAATT
Found at i:8340 original size:915 final size:916
Alignment explanation
Indices: 6404--9167 Score: 4536
Period size: 915 Copynumber: 3.0 Consensus size: 916
6394 TTTTGTCATA
* *
6404 AAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTAA
1 AAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCA
* * * * *
6469 AGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATGACCACT
66 AGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCAGT
*
6534 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCATAT
131 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATAT
* * * *
6599 AGATAATAATTATGATTAAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCATT
196 AGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
*
6664 AGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATT
261 CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATT
* * **
6729 TTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAACTTTTAAAAATTT
326 TTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTT
* * *
6794 CAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTAAAACTTAAATTAGAATAATATTTAAA
391 CAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTAAA
* *
6859 TAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAACAATTTTTAATTAGC
456 TAGTTATGAATATTT-AATGCATTAACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGC
6924 TACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTA
520 TACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTA
*
6989 TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAATTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
585 TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAAATATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
7054 TTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAA
650 TTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTC---A-T---AATT-A-ATAAA--TT---A
*
7119 ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTAAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
701 A-T-ATA--TAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
*
7184 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
762 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAA
7249 TAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATA
827 T-AAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATA
7314 ATTAATTTAATTAAATAATTTTAATT
891 ATTAATTTAATTAAATAATTTTAATT
7340 AAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTC
1 -AAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTC
7405 AAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCAG
65 AAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCAG
* *
7470 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
130 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* *
7535 ATAGATAATAATTATAATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAAAAATTCTGGGCTTAAAAACCA
194 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
7600 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGCATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
259 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
7665 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
324 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
7730 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
389 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
*
7795 AATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTATTGTCATAAATAATTTTTAATTAG
454 AATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
* *
7860 CTACTTGATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAATAGCTAAAATTAACACAGTTATTAATT
519 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
* *
7923 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATAATATTACATA
584 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAAATATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
7988 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAA-AAATTAATATATAAATATG
649 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATTAATATATAAATATG
*
8052 TTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTAGT
714 TTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACT
* *
8117 ATTATCTAAATTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAATATATATAACAAT
779 ATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAATATATATAATAAT
8182 AATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAA
844 AATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAA
8247 TTTTTAATT
909 -TTTTAATT
*
8256 AAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCA
1 AAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCA
* *
8321 AGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCTGTTTAAATAATTATAACCGGT
66 AGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCAGT
* *
8386 CCAAATAGTTATTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAATCCATA
131 TCAAATAGTTATT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATA
*
8451 TAGATAATAATTATGATTTAAACCATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
195 TAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
* *
8516 TCGCACAATTATTGCACGATTTT-ATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGC-TTTAGATAAAT
260 TCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAT
*
8579 TTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATT
325 TTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATT
* * *
8644 TCAATTGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAA
390 TCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTAA
*
8709 ATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGC
455 ATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGC
*
8774 TACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATT
520 TACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAAC-AAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
* *
8839 ATTAATTAAAAACAAATTATAATAAAAAATAAAATATTTGTTATGTGATATAATTATATTACGTA
584 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAAATATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
* * * *
8904 ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCCTAATTAATAAA-TAAT-TAAAAAGTAA
649 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATTAATATATAAA-T-A
* ** * * *
8967 TATAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAACCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
712 TGT---T--TACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTAT
*
9032 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATT---ATCT-A--A--T-A-AAATATATA
772 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAATATATA
9087 TAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAAT
837 TAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAAT
9152 TAAATAATTTTAATT
902 TAAATAATTTTAATT
9167 A
1 A
9168 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 1736, Mismatches: 77, Indels: 54
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
911 9 0.01
912 80 0.05
913 216 0.12
914 29 0.02
915 351 0.20
916 283 0.16
917 6 0.00
918 4 0.00
919 4 0.00
920 3 0.00
922 87 0.05
923 2 0.00
925 3 0.00
926 1 0.00
927 1 0.00
928 4 0.00
931 1 0.00
932 1 0.00
935 143 0.08
936 1 0.00
937 217 0.12
938 290 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (916 bp):
AAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCA
AGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCAGT
TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATAT
AGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATT
TTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTT
CAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTAAA
TAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCT
ACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTAT
TAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAAATATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAAT
TATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATTAATATATAAATATGTT
TACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTAT
TATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAATATATATAATAATAA
TTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATT
TTAATT
Found at i:8973 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8948--8987 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
8938 TTCCTAATTA
8948 ATAAATAATTAAAAAGTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAAGTAAT
* *
8968 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAAGTAAT
8987 A
1 A
8988 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAAGTAAT
Found at i:9176 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9136--9185 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
9126 ATCTATACAG
9136 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
9151 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
9165 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
9183 TTA
1 TTA
9186 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:10565 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10527--10568 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
10517 GAATGTTAAT
*
10527 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
10549 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
10569 ATTATTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:11917 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11886--11927 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
11876 CACAGTTATT
*
11886 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
11904 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
11921 AACTATT
1 AATTATT
11928 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:12325 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12286--12325 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
12276 AACAAAATAG
12286 TTATTACTATTTGAACAA
1 TTATTA-TATTTGAACAA
12304 TTA-TATATTT-AA-AA
1 TTATTATATTTGAACAA
12318 TTATTATA
1 TTATTATA
12326 AATAAAAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 5
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.24
15 6 0.29
16 5 0.24
17 2 0.10
18 3 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
TTATTATATTTGAACAA
Found at i:13529 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13498--13539 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
13488 CACAATTATT
*
13498 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
13516 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
13533 AACTATT
1 AATTATT
13540 TGTTACGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:13636 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13611--13650 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
13601 TTCATAATTA
13611 ATAAATAATTAAAAATGAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATGAAT
* *
13631 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATGAAT
13650 A
1 A
13651 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATGAAT
Found at i:13839 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13799--13841 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
13789 ATCTATACAG
13799 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
13814 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
13828 TTATCAATTAATTT
1 TTAT-AATTAATTT
13842 AAAAATTAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.12
14 10 0.42
15 3 0.12
16 2 0.08
17 6 0.25
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:14757 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 14736--14768 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
14726 TATTGATTTC
14736 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
14752 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
14769 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:14934 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 14614--15132 Score: 537
Period size: 176 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
14604 AATAAATTTA
* * * * * *
14614 TTTTTTAAATTTCTTACTTACTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGA
1 TTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATA
*** * * ** * * *
14677 AGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAG
64 AGCTTGTATG--AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * *
14742 ATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCAGTACACAAAATCA-
127 ATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTAAATAAACAAAATAAT
*
14794 TTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAA
1 TTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAA
*
14857 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATA
65 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATA
* * ** *
14922 A-TATTCAAATAGCCATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAAT
130 ATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTAAATAAACAAAATAAT
* * * * *
14971 TTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATG
1 TTTTTTAAACTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATA
* * * * *
15036 AGCTTTTATGAACTGAAACAACTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAA
64 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA
* * * *
15101 TAATTGTTCAAATTGTCACAACTATTTGAACT
128 TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
15133 TGATCGGTAA
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 46, Indels: 18
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 73 0.26
177 58 0.20
178 4 0.01
179 12 0.04
180 72 0.25
181 42 0.15
182 22 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAG
CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
TTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTAAATAAACAAAATAAT
Found at i:15048 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14694--15132 Score: 495
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 177
14684 ATGATAAAAA
* * ** * * * *
14694 AAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * * *
14759 CATAATTATTTGAACTAATTCAGTACACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAT
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
*
14824 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
131 ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
*
14871 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* ** * *
14935 CATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAATTTTTG
* * * *
15000 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTT-GGATGAGCTTTTATGAACTG
127 AAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
15051 AAACAACTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATTG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
15116 TCACAACTATTTGAACT
65 CCATAACTATTTAAACT
15133 TGATCGGTAA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 37, Indels: 9
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 36 0.17
177 53 0.24
178 2 0.01
180 64 0.29
181 41 0.19
182 22 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:15231 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15193--15234 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
15183 GAATGTTAAT
*
15193 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
15215 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
15235 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:17053 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17030--17071 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
17020 CACAGTTATT
17030 AATTATTAATC-AAAAATA
1 AATTATTAA-CAAAAAATA
17048 AATTA-TAACAAAAAATA
1 AATTATTAACAAAAAATA
*
17065 AACTATT
1 AATTATT
17072 TGTTAAGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 4
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.05
17 14 0.67
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.07, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAACAAAAAATA
Found at i:17324 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17293--17333 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
17283 TGAATTATCT
17293 AATAA-AATA-TA
1 AATAAGAATATTA
*
17304 TATAAGAATAATTA
1 AATAAGAAT-ATTA
17318 AATAAGAATATTA
1 AATAAGAATATTA
17331 AAT
1 AAT
17334 TCTTAGTTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.16
12 3 0.12
13 8 0.32
14 10 0.40
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (13 bp):
AATAAGAATATTA
Found at i:18106 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18081--18120 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
18071 TTCCTAATTA
18081 ATAAATAATTAAAAAGTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAAGTAAT
* *
18101 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAAGTAAT
18120 A
1 A
18121 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAAGTAAT
Found at i:18309 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18269--18318 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
18259 ATCTATACAG
18269 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
18284 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
18298 TTATCAATTAATTTGTAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
18316 TTA
1 TTA
18319 ACAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:19143 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19122--19154 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
19112 TATTGATTTC
19122 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
19138 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
19155 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:19320 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19035--19518 Score: 503
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 178
19025 TTTTGAAAGG
* * *** * *
19035 TTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGAAGCTTGTATGATAAAAAAATCAATTATTATATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGA-ACTGAAA-CAATTGTTTTATGAC
** * * * * * *
19098 CGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAA
64 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAA
* * * *
19163 TTCAGTAAACAAAATCA-TTTTTTAAA-TCACTTATTAATTTTTAAAATA
129 TTAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAATTCACTCATTAATTTTTAAAATA
*
19211 TTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * **
19276 AAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCTATAACTATTTAAATTTGT
65 AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAAT
* ** *
19340 TAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTTTTGCTCATTAATTTTTGAAATA
130 TAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAA--TTCACTCATTAATTTTTAAAATA
* * * * * *
19391 TTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTATGAC
* * * *
19456 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTTAACT
64 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA-TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT
19519 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 43, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 56 0.22
177 53 0.21
178 4 0.02
179 13 0.05
180 65 0.26
181 41 0.16
182 22 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
AAATAAACAAAATAATTTTTTTAAATTCACTCATTAATTTTTAAAATA
Found at i:19617 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19579--19620 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
19569 GAATGTTAAT
*
19579 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
19601 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
19621 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:20968 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20937--20978 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
20927 CACAGTTATT
*
20937 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
20955 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
20972 AACTATT
1 AATTATT
20979 GTTATGTGAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:21902 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21871--21912 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
21861 CACAGTTATT
*
21871 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
21889 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
21906 AACTATT
1 AATTATT
21913 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:22334 original size:935 final size:937
Alignment explanation
Indices: 20355--23135 Score: 4818
Period size: 935 Copynumber: 3.0 Consensus size: 937
20345 CTTTTTGTCA
*
20355 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * * * *
20420 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATCGGTTTAAATAATTATGATCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAAACA
* *
20485 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * * *
20550 ACAAATAATAATTATGGTTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
*
20615 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTACTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
*
20680 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGACGGAATTTTTAGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
20745 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
20810 AATAGTTACGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTGTAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTACGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTGTAAATAATTTTTAATTA
20875 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
20940 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTA-TTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
586 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
21004 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
651 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
*
21069 AAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTC
716 AAATTAAAATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTC
21134 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
781 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
21199 AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
846 AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
21264 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
911 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
21291 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* *
21356 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAAACA
*
21421 GTTCAAATAGTTATTTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
*
21486 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTATGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
*
21551 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * *
21616 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATATTGAGAATAAGTAATAATTATCCAATGATGGAATTCTTAGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
*
21681 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
391 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
21746 AATAGTTACGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTGTAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTACGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTGTAAATAATTTTTAATTA
21811 GCTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
21874 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
586 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
*
21939 AATTATATAAATTTATACGCTATCTAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
651 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
* *
22004 AATTTAAAATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAAATTTGTC
716 AAATTAAAATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTC
*
22069 CTGAGATCTTTTATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
781 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
22134 AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
846 AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
* *
22199 TAATTAATTTAATTAAAGAATTTTAGT
911 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
* *
22226 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTATTTTTTTGATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
*
22291 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTAAAATAATTATAAACA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAAACA
22356 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
22421 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTT-GGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
22485 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGT-TTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * *
22549 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTAGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
* *
22614 TTCAAATGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
* * * * * *
22679 AATAGTTATGAATATTT-AATGCATTGACATTACTATATTTATCGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTACGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTGTAAATAATTTTTAATTA
* *
22743 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAAAAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
22808 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAA-TAATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
586 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACT-ATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
* *
22872 TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTA
650 TAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTA
* * ** *
22929 AAAATT--AATAT-AA-ATG-ATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAG-TTTAATTTTGT
715 AAAATTAAAATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGT
*
22988 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCGTAAATAAA--T--TT--AATT--A-TA--
780 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATC
*
23042 TAAT-AAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTT
845 TAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTT
23106 ATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
910 ATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
23134 TA
1 TA
23136 TCATTAATTA
Statistics
Matches: 1771, Mismatches: 70, Indels: 36
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
908 87 0.05
909 4 0.00
911 2 0.00
912 1 0.00
914 4 0.00
916 2 0.00
918 1 0.00
920 52 0.03
921 28 0.02
922 3 0.00
923 2 0.00
924 4 0.00
926 8 0.00
928 2 0.00
929 2 0.00
930 3 0.00
931 2 0.00
932 61 0.03
933 165 0.09
934 275 0.16
935 547 0.31
936 516 0.29
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (937 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAAACA
GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
AATAGTTACGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTGTAAATAATTTTTAATTA
GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
AAATTAAAATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTC
CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
TAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
Found at i:22836 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22805--22842 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
22795 CACAATTATT
*
22805 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
22823 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
22840 AAT
1 AAT
22843 AATTTGTTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.74
18 5 0.26
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:22943 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22918--22957 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
22908 TTCATAATTA
22918 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
22938 ATAAATGATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
22957 A
1 A
22958 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:23049 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 23024--23071 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
23014 TAATTTATCG
*
23024 TAAATAAATTTAATTATATAA-
1 TAAATAAATATAA-TA-ATAAT
*
23045 TAAATATATATAATAATAAT
1 TAAATAAATATAATAATAAT
23065 TAAATAA
1 TAAATAA
23072 GAATATTAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.17
20 8 0.35
21 11 0.48
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
TAAATAAATATAATAATAAT
Found at i:23142 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 23104--23153 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 5.1 Consensus size: 10
23094 ATCTATACAG
23104 TTATAATTAA
1 TTATAATTAA
23114 TT-TAATTAA
1 TTATAATTAA
23123 --ATAATTTTAA
1 TTATAA--TTAA
*
23133 TTATCATTAA
1 TTATAATTAA
23143 TTATAATTAA
1 TTATAATTAA
23153 T
1 T
23154 AAAAACTATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 10
0.73 0.04 0.22
Matches are distributed among these distances:
8 3 0.09
9 7 0.21
10 20 0.61
12 3 0.09
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (10 bp):
TTATAATTAA
Found at i:23500 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 23477--23525 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
23467 AAAAAAGGTC
23477 ATAATTATTTGAAAATAA-
1 ATAATTATTTGAAAATAAT
*
23495 ATAATTA-TT-CAAATAATT
1 ATAATTATTTGAAAATAA-T
23513 ATAATTATTTGAA
1 ATAATTATTTGAA
23526 CTGGTTAGGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 6
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 2 0.08
18 14 0.56
19 2 0.08
20 1 0.04
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
ATAATTATTTGAAAATAAT
Done.