Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168304.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_53, whole genome shotgun sequence
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1022 AATGTTTATC
1032 ATTATAACATATTTAATTTATTTA
1 ATTATAA-ATA-TTAATTTATTTA
*
1056 ATTATATAATATTAA-ATATTT-
1 ATTATA-AATATTAATTTATTTA
* *
1077 ATTATAATATAATAAATATTATATA
1 ATTATAA-AT-ATTAAT-TTATTTA
* *
1102 ATTAT-ATTATTAATTTAATTA
1 ATTATAAATATTAATTTATTTA
*
1123 TATAAT-AATATTAATTT
1 -ATTATAAATATTAATTT
1140 TATTAAACAA
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ATTATAAATATTAATTTATTTA
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1090 AAATATTATA
*
1100 TAATTATATTATTAAT-T
1 TAATTATATTAATAATAT
1117 TAATTATA-TAATAATAT
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*
1134 TAATTTTATTAA
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TAATTATATTAATAATAT
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1171 TTTATCAAAC
1181 TAATATTTAGATTAATTAA
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1220 GAATTTATTT
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TAATATTTAGATTAATTAA
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1446 CTAAACAAGA
1456 TTTAGTATTAAATATT
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1 TTTAGTATTAAAATT
1487 TT
1 TT
1489 AATTAAATTT
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TTTAGTATTAAAATT
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1791 ATATTATTAC
*
1801 TAATTAGTAGTT
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1 TAATTAATAGTT
1837 TAAT
1 TAAT
1841 GAGTAACAAT
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TAATTAATAGTT
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1860 TAAATAACTT
*
1870 ATTTAATAATAATTTTA
1 ATTTAATAATAATATTA
* *
1887 ATCTTTAT-TTAA-ATTA
1 AT-TTAATAATAATATTA
1903 ATTTAAATAATAATATT-
1 ATTT-AATAATAATATTA
1920 ATTTAATAATAAT-TTA
1 ATTTAATAATAATATTA
1936 A
1 A
1937 GTATAATATA
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ATTTAATAATAATATTA
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1858 AATAAATAAC
* *
1868 TTATTTAATAATAATTTTA-AT-CT-
1 TTATTTAATAATAATTTAATATAATA
*
1891 TTATTTAA-ATTAATTTAAATAATAATA
1 TTATTTAATAATAATTT-AAT-ATAATA
1918 TTATTTAATAATAATTTAAGTATAATA
1 TTATTTAATAATAATTTAA-TATAATA
*
1945 -TAATTAATAA-AATT
1 TTATTTAATAATAATT
1959 ATATTATATT
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TTATTTAATAATAATTTAATATAATA
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1928 ATAATTTAAG
1938 TATAATATAATTA-ATAAAAT
1 TATAATAT-ATTAGATAAAAT
* *
1958 TATATTATATTAGATAATAT
1 TATAATATATTAGATAAAAT
1978 TAT
1 TAT
1981 TATCTATTTC
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TATAATATATTAGATAAAAT
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1928 ATAATTTAAG
* * * *
1938 TATAA-TATAATTAATAAAATTATATTATATTAGATAATATTATTATCTATT
1 TATAATTATAATT-ATAAAATTATATAATATTAAATAATATTATTATATAAT
* *
1989 TCTAATTTTAATTATAAAATTAATATAATATTCAAATAATATTA-TA-ATAAT
1 TATAATTATAATTATAAAATT-ATATAATATT-AAATAATATTATTATATAAT
*
2040 TATAATTATAATAATAA
1 TATAATTATAATTATAA
2057 TTAAATAACA
Statistics
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TATAATTATAATTATAAAATTATATAATATTAAATAATATTATTATATAAT
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2292 GAAACAATTA
2302 TAATTCTATATTAAATTA-TATTATAAAC
1 TAATTC-ATATTAAATTATTATTAT-AAC
*
2330 TAATTACATATTAAATTATTATTAT-TC
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1 TAATTCATATTAAATTATTATTATAA
2380 TTTATAATAA
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TAATTCATATTAAATTATTATTATAAC
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2511 ATTAACACTA
2521 AATTTAATAATTAAAT
1 AATTTAATAATTAAAT
*
2537 AATTTAATTATTAAAT
1 AATTTAATAATTAAAT
2553 CTTATAAATT
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AATTTAATAATTAAAT
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2558 AAATTCATTA
2568 TAATTATAAAT
1 TAATTATAAAT
*
2579 AAATTATAAAT
1 TAATTATAAAT
*
2590 TTATTATAAAT
1 TAATTATAAAT
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1 T-AATTAT
2609 TATATAATAA
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TAATTATAAAT
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2544 TTATTAAATC
**
2554 TTATAAATTCATTATAA
1 TTATAAATAAATTATAA
2571 TTATAAATAAATTATAAA
1 TTATAAATAAATTAT-AA
*
2589 TT-TATTATAAATTA-AA
1 TTATA-AATAAATTATAA
2605 TTAT
1 TTAT
2609 TATATAATAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 6
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16 4 0.12
17 16 0.50
18 12 0.38
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TTATAAATAAATTATAA
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3303 CATTGGATTT
* * * *
3313 AAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTTGACTCCA
1 AAGATACTAATTTCCATCTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCA
* * *
3378 ACCGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACAAAAAAGCTTCAAAAATATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATA
66 ACAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAAAAAAGCTTCAAAAATATGGAGCTTTGAGTTTATGCATA
* * * *
3443 ATGTATAAAAATAAATTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAATGATTTCACAAATGAC
131 ATGTATAAAAACAAATTAGCAAACAATTAATCACATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGA-
* *
3508 ACATCCAAATATCAACAGCATCAGACAAATTACCTGGTGCACTCGTGAATCCTCCTAAAAATACA
195 ACATCCAAATATCAACAGCATCACACAAATTACCTGGTGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATACA
** * * * *
3573 TCTAAAGCAAATAGGTATGGAAAATTAAAATTGTGCATATGGTTTTTATATCAGAATTTGAAATT
260 TCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATT
* *
3638 GTACAGATGGTTTTTATACACATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAAT
325 GTACAGATGGTTTTTAAACACATAATTGTTCAGAAATCAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAAT
* *** * *
3703 CCATCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAGTTAAAATCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGT
390 CCATCATAACTTACACTTAACACTGAGAAAAACGAAAACCAATGCAAGTTATAATGTTCCTGTGT
3768 TTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATATAAAAACTTGTTTGAATTC
455 TTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATATAAAAACTTGTTTGAATTC
* * * *
3831 AAGATACTAATTTCCATTTAGAAACTTCCTAAAACAATATTTCGTACTTTTAAAGCTCGACTTCA
1 AAGATACTAATTTCCATCTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCA
* * * * *
3896 GCATAAATGGTTTTCAAAGCAAAATATAAAAGCTTCAAAAATATGGATCTTTGAGTTTATGCATA
66 ACAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAAAAAAGCTTCAAAAATATGGAGCTTTGAGTTTATGCATA
* * * *
3961 ATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCACATCAAGGGCTGATAACGATTTCACAAATG-A
131 ATGTATAAAAACAAATTAGCAAACAATTAATCACATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGAA
* * *
4025 CATCCAAATATCAACAGCATGC-CACGAATTACCT-GTAGCACTCATGAATCCTTCTAAAAATGC
196 CATCCAAATATCAACAGCAT-CACACAAATTACCTGGT-GCACTCATGAATCCTCCTAAAAATAC
4088 ATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATC-CAATTTGAAAT
259 ATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAAT
* *
4152 TGTGCAGATGGTTTTTAAACCCATAATTGTTCAGAAA-CATAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAA
324 TGTACAGATGGTTTTTAAACACATAATTGTTCAGAAATCA-AATTTTGATATTTTAAGCTCCAAA
** * *
4216 ATCTTTCATAACTTACACTTAACACTGAGAAAAACGAAAACCAATTCAAGTTATAATGTTTCTGT
388 ATCCATCATAACTTACACTTAACACTGAGAAAAACGAAAACCAATGCAAGTTATAATGTTCCTGT
* * *
4281 GTTTGAGCTAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCGATTTAAAAA
453 GTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATATAAAAA
4333 GACTTGCTAA
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 52, Indels: 9
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
514 1 0.00
515 174 0.39
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517 1 0.00
518 169 0.38
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (517 bp):
AAGATACTAATTTCCATCTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCA
ACAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAAAAAAGCTTCAAAAATATGGAGCTTTGAGTTTATGCATA
ATGTATAAAAACAAATTAGCAAACAATTAATCACATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGAA
CATCCAAATATCAACAGCATCACACAAATTACCTGGTGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATACAT
CTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTG
TACAGATGGTTTTTAAACACATAATTGTTCAGAAATCAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATC
CATCATAACTTACACTTAACACTGAGAAAAACGAAAACCAATGCAAGTTATAATGTTCCTGTGTT
TGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATATAAAAACTTGTTTGAATTC
Found at i:5792 original size:957 final size:956
Alignment explanation
Indices: 3827--12591 Score: 11300
Period size: 957 Copynumber: 9.2 Consensus size: 956
3817 ACTTGTTTGA
* * *
3827 ATTCAAGATACTAATTTCCATTTAGAAACTTCCTAAAACAATATTTCGTACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * *
3892 TTCAGCATAAATGGTTTTCAAAGCAAAATATAAAAGCTTCAAAAATATGGATCTTTGAGTTTATG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
* * * * *
3957 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCACATCAAGGGCTGATAACGATTTCACAAA
131 CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAA
* * * * *
4022 TGACATCCAAATATCAACAGCATGCCACGAATTACCTGTAGCACTCATGAATCCTTCTAAAAATG
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATG
*
4087 CATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATC-CAATTTGAAA
261 CATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
**
4151 TTGTGCAGATGGTTTTTAAACCCATAATTGTTCAGAAAC-ATAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
326 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGA-AATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * ** * * *
4215 AATCTTTCATAACTTACACTTAACACTGAGAAAAACGAAAACCAATTCAAGTTATAATGTTTCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
* *
4280 TGTTTGAGCTAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCGATTTAAAAAGACTTGCTAAAA
455 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTT-AAAA-ACTTGCTAAAA
* * * * *
4345 CAATATTTCATACTTTTAAGGCTGGACTTCAGTA-AAATTGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGC
518 CAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAA-TGGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAAGC
* * * * *
4409 CTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATA-AGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATT
581 TTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATA-AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* ** * *
4473 GCATCAAGCGCTGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATTGCATCCCTCAAATTCCT
645 GCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
*** * ** *
4538 TGGAGTGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCACATATTTATGAAAAATTAAAATCAT
710 TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATC-G
* * * * **
4603 TG-AAATGGTTTTTGTATCACATTTTTGAAAATGTGTAGATGGTTTTTATGTTCATAATTGTTCA
774 TGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCA
* *
4667 GAAATGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAA
838 GAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCC-TTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAA
* * * * *
4732 ATGAAAACCGATGCAAGTTATCATGTTGCTATGTTTAAGCGAGTTTAAAACATTGG
902 AT-AAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
4788 ATTC-AGGTATTCATTTCCACTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * * *
4852 ACCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTCTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
* * * *
4917 CATAATATATGAAAACATGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGCGCCGATAACTATTTCACAAA
131 CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAA
** *
4982 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGA-CTGTTCATGAATCCTCCTAAAATT
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGC-ACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * ** *
5046 GCATCTACAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATTGTTTTTATATTACTTTTTTAA
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCAC-AATTTGA
*
5111 AATTGTGCAGATGGTTTTCATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCA
324 AATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCA
* * * * *
5176 AAATCCTTCATAACTTACATTTAA-ACCTGTGAAAAATGAAAACTAATTCAAGTTATCATGTTGC
389 AAATCCTTCATAACTTACACTTAACA-CTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
* * *** * *
5240 TATGTTTGAGCAAGTTCAAAACATT-GATTTTGGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTTCTAAAA
453 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA
* * * * *
5304 CAATATTTCATACTTTTAAAGCTTGACACCAGCAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAGCAT-AACCTT
518 CAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAGCTT
* * ** * * * *
5368 CGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGAACATAATATATGAAAACAAGTAAGCACACAGTTAATTGCA
583 CAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCA
* * * * *
5433 TCAAGCGCCAATAATGATTTCATAAATGGCATCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTCCCTGG
648 TCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGG
* * * * *
5498 AGCACCCGTGAATCCTCCTAAAAAAGCATCTACAGCAAATAAAGTATGAAAAATTAAAATCATGC
713 AGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAA-TATGAAAAATTAAAATCGTGC
* *** * ** * * *
5563 AAATTGTTTTTGGGTCATAATTTGAAATTGTAAAGATAGTTTTTATGCTCATAATTGTTCATAAA
777 AAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAA
* * *
5628 CGAATTTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATACTTCATAACTTACAATTAACATTGTGAAAAACTAA
842 CGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAA-TAA
* *
5693 AAACAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
906 AACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
5744 ATTCAAGATATTGATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATA-TTTTAAGGCTCAAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
*
5808 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAATATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
** * * * *
5873 CATAACGTATAAAAACAAGTTAGCACACTGTTAAACACATCAAGCGCCGGTAACGATTTCACAAA
131 CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAA
* ** * *
5938 TGACATCCAAATATCAATAGCATCCTTCAAATTCCCTGGACCATTCATGAATCCTCCTAAAAATG
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATG
* * * * *
6003 CATCTAAAGTAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATAGTTTTTGTATCACATTTTTGAA
261 CATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTGAA
** * * * *
6068 ATTGTGCAGATTCTTTTTATGCCCATAATTATACAGAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCACCAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* *
6133 AATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTTATCATGTTCCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
** *
6198 TGTTTGAATAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCC-TTCTAAAAACTTGCAAAAAC
455 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATT-TAAAAACTTGCTAAAAC
* * * * *
6262 AATATTTCATACTTTTAAAGCTTGACTCTAGTAGGAATGGTTTGCAAAGCAAAACATAAAAGCTT
519 AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAAGCTT
* *
6327 CAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATG--TACAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACA
583 CAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCA
* * * * * *
6390 TCAAGCGTCGATAGCAATTTCACAAATGACTTCCAAATATAAACAGCATCCCACAAATTCCTTGG
648 TCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGG
* * * * *
6455 AGCACTCATGACTCCTCCTAAAAATGAATCTAAAGCAAAAATAAGTATGAAAAATTAAAAACATG
713 AGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGC--AAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTG
* *
6520 CAAATGGTTTTTATATCAAAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAA
776 CAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAA
* * * * *
6585 ACCAAAATTTGATATTTCAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAACTGTGAAAAATAA
841 ACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAAT-A
* * ** *
6650 AAACCAATGCAAGTTACCCTGTTGATGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTTG
905 AAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * *
6702 ATTCAAGATATTCATTTACATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * * * * * *
6767 TCCAGTAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAGCTTAAAAGCTT-GAAAACATTGAGCTTAGAGTCTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
* * ** *
6831 CATAATATATGAAAACAAGTAAGCACACAGTTAATTGCATCAAGCACCGATAACAATTTCACAAA
131 CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAA
* **
6896 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGACCGTTCATGAATCCTCCTAAAATAT
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAA-AT
*
6961 -CATCTAAAGCAAATAAGTATTAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCA-AATTTGAA
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
* * * *
7024 ATTATGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATATTAAACTCTAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * * *
7089 AATCCTTCATAACTTACACTTAAAACTATGAAAAATTTAAACCAATGCAAGTTATCACGTTCCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
* * * * * * *
7154 TGTTTCAGCGAGTTTAAAACATTTGATTCAAGTTATTCATTTACATATAAAAAACTTGCTAAAAG
455 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCAT-TTAAAAACTTGCTAAAAC
* *
7219 AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAACAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTT
519 AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAAGCTT
* * *
7284 CAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATGATGTATAAAAATAAGTTAGCACACAGTTAATCGCA
583 CAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCA
* * **
7349 TCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATGTCAACAGCATCCTGCAAATTCCCTGG
648 TCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGG
* * *
7414 AGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCAACAAAAGCAAATAAATATG-AAAATTGAAAATCATGC
713 AGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATT-AAAATCGTGC
* * * **
7478 AAATGATTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTACGCCCATAATTATTTTGAAA
777 AAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAA
* * *
7543 CAAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCATCATAAGTTACACTTAACATTGTGAAAAACTAA
842 CGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAA-TAA
* * *
7608 AACCAATGCAACTTATCATGTTCCTGTGTTTGCGCAAGTTTAAAATATTGG
906 AACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
7659 ATTTAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAATAATATTTCGTACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * ** * * *
7724 TCAAGCAGATATGGAATTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTACAAACACGGATCTTTGAGTTTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
** * * * * * * *
7789 CATAACGTATGAAAACAACTTAGCACACAATTAATCGCATCAATG-TCCAATAACGATTTCACAA
131 CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAA-GCGCCGATAACAATTTCACAA
* ** * * *
7853 ATGACATCCAAATATCAACAGCATTCCATGAATTACCAGTAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
195 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * *
7918 GCATTTAAAGCAAATAAGTATGAAAATTTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTAAA
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
* *
7983 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAAATTTGATATTTTAAACTCCAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * *
8048 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAACTAAAACCAGTGCAGGTTATCATGTTCCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
* * *
8113 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGTTATTCATTTCCATGTAAAAACTTGCTAAAGCA
455 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACA
* * * *
8178 ATATTTCATTCTTTTAAAGGTCAACTCCAGC-GAGAATGGTTTTCAAAGCAAAACAGAAAAGCTT
520 ATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGA-AATGGTTTTCAAAGCAAAACA-TAAAGCTT
* *
8242 CAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGAATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACATAGTTAATCGCA
583 CAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCA
*
8307 TCAAGCGCCGATAACGATTTCA-AAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGC
648 TCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGG
** * *
8371 AGCACTTGTGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATTGTGCA
713 AGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCA
* * ** * *
8436 AACGGTTTTTGTGCCATAATTTGAAATTGTGCAGATGG-TTTTATGCCCATAATTGTTCATAAAC
778 AATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAAC
* *
8500 GAAAATTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTGCACTTAACATTGTGAAAAAAATAA
843 GAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTG--AAAAATAA
* *
8565 AACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGCGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
906 AACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
8616 ATTCATGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAGGCACGAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
*
8681 TCCAGAAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTTTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTT
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGC----TTCAAAAACATGGATCTTTGAGTT
* * * *
8746 TGTGCATAACGTATGAAAAAAAACAAGTTAGCACACTGTTAATCACATCAAGCACCGATAACGAT
127 TGTGCATAA--TAT--ATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAAT
* * *
8811 TTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATGCCACAAATTTCCTAGAGCACTCATGAATCCTCC
188 TTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCC
* *
8876 TAAAAATGCATCTTAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA
253 TAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA
*
8941 ATTTGGAATTGTGC-----------A-G---ATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAA
318 ATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAA
* * *
8991 GCTCCAAAATCCTTCATAACATACACTTAACATTGTGAAAAATCAAAACCAATGCAAGTTATCAA
383 GCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATC-A
* * * *
9056 T-TTCCTATGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTTATTTCCATATAAAAACTTG
447 TGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTG
* * * *
9120 CTAAAACAATATTTCAT-TTCTTTAAAGCTTGACTCTAGCCAG-AATGGCTTTCAAAGCAAAACA
512 CTAAAACAATATTTCATACT-TTTAAAGCTCGACTCCAG-CAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACA
* *
9183 GAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATACAAACAAGTTAGCACACAG
575 -TAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAG
* * * **
9248 TTAATCGCATGAA--G-C-AT--CGATTTGACAAATGACATCCAAATATCAACAGCAACAAACAA
639 TTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAA
* ** * *
9307 ATTCCCAGGAGCACTTGTGAATCCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAA
704 ATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAA
* * * * *
9372 AATCGTGCAGATGGTTTTT-TCGTCATAACTTGAAATTGTGCATATGGTTTTTATG-CCATAATT
769 AATCGTGCAAATGGTTTTTAT-ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATT
9435 GTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTG
833 GTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTG
* *
9500 AAAAACTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTCTTTGAGCAAGTTTAAAACAATGG
898 AAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* *
9560 ATTCAAGATATTTATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* *
9625 TGCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTTTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
* *
9690 CATAATGTATAAAAACAAGTTAACACACTA-TTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAA
131 CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACAC-AGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAA
* ** * * * *
9754 ATGACATCCAAATACCAACAGCATAACACAAGTTTCCTAGAGCACTCATGAATCCTTCTAAAAAT
195 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * * **
9819 GCATCTTAAGCAAATAAATGTGAAAAATTAAAATCCTGCAAATGG-TTTTATATCACAATTTGGC
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
* * *
9883 GTTGTGCAGATGGTTTTCATGCCCATAATTGTTCAGAAAAGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * *
9948 AATCCTTCATAACATACACTTAACACTGTGAAAAGTTAAAACCATTGCAAGTTATCATGTTCCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
* * * * *
10013 TTTTTGAGCAAGTTTAAAACAGT-GATTTAAGATATTCATTTCCATTTAAAAGCTTGCTAAAATA
455 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACA
* * * * *
10077 ATATTTCATACTTTTACAGCTCGACTTCAGCTGCAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAACTTC
520 ATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAAGCTTC
* * *
10142 AAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATCACGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTAAATCGCAT
584 AAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCAT
* * * * * * *
10207 CAAGCACCGGTAATGATTTTACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCTCACAAATTCCTTGGA
649 CAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGA
* * * * *
10272 GCACTCATGAATACTCCAAAAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATAAAAAATTACAATCGTAC
714 GCACTCATGAATCCTCC--TAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGC
* * *
10337 AAATGGTTTTTATATCACAATTTG-AATTGTGCTA-TTGGTTTTTTTGCCCATAATTGTTTAGAA
777 AAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGC-AGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAA
* * * *
10400 ACGAAATTTTGATTTTTTAAGCTCCTAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTG-GGAAAATGA
841 ACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAAT-A
*
10464 AAACCAATGCAAGTTATCATGTTGCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
905 AAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* *
10516 ATTCAGGATACTT-ATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAATAATATTTCATACTTTTAAA-C-C-A
1 ATTCAAGATA-TTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGA
* * * *
10577 -TTCAGGATTCAGGAATGGTTTGCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGT
65 CTCCA-G---CAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGT
*
10641 TTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCACC-ATTAACAATTT
126 TTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGA-TAACAATTT
* * *** **
10705 CAGAAATGACAACCAAATATCAACAGCATCCCTTGAATTCCCTATAGCACTCATGAATCCTCCTA
190 CACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTA
** * ** *
10770 AAAATTTATCTAAAGCAAAAAAGTATGAAAAATTAAAATTTTGCAAATGGTTTTTATACCACAAT
255 AAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAAT
* *
10835 TTGAAATTGTGGAGATGGTTTTTATGCCAATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGC
320 TTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGC
* * * * * * *
10900 TCCAAAAATACTTCATAACTTGCACTTAACAGTGTGAAAAGTTAACATCGATGCAAGTTATCATG
385 TCC-AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATG
* *
10965 TTCCTGTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCT
449 TTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCT
* *
11030 AAAACAATATTTCATAATTTTAAAGCTCCACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAA
514 AAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAT-AA
* * * * *
11095 AGCTTCAAAAACATGGAGGTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACATGTTGGCACACAGTTAA
578 AGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * * * * * *
11160 TCTCATCAAGCGCTGATAAGGATTTCACAAATGACACCCAAATATCAACACCAACCCACAAATTG
643 TCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
** **** * * * *
11225 CCTACAATGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATTAATGTGAAAAACTAAAATC
708 CCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATC
* * *
11290 GTGTAAATGGTTTTTATATCACATTTTTTAAATTGTGC-GCATGGTTTTTATGCCCATAATTGTT
773 GTGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTGAAATTGTGCAG-ATGGTTTTTATGCCCATAATTGTT
*
11354 CAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGAGAAA
836 CAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAA
* * * * * *
11419 AATTTAAACAAATGCAAGTTATAATGTTTCTATGTTTGAGCCAGTTTAAAACATTGG
901 AA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * * * * *
11476 ATTCAAGATATTCATTTCGATTTAAAGACTTGCTAAAATAATATTTCATACTTTTAAGGCTGGAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
** * * ** *
11541 TCCAGCA-AAATTGGTTTTCAAAGCGGAGCATAAAAGCCTCAAAAACATTCAGCTTTGAGTTTGT
66 TCCAGCAGAAA-TGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGT
* * * * *
11605 GCATAATATA-AGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATAAAGAGCTGATAACAATTTTACA
130 GCATAATATATA-AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACA
* * * * * *
11669 AATGACACCCAAATATCAACTGCATCCCTCAAATTCCTTGGAG-AATGCATGAATCCTCCTAATA
194 AATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACT-CATGAATCCTCCTAAAA
* * * * * * *
11733 ATGCATCTAAAGCACATATGTATGAAAAATTAAAATCATTCAACTGGTTTTTGTATCACATTTTT
258 ATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTT
* * **
11798 GAAATTTTCCAGATGGTTTTTATGGTCATAATTGTTCAGAAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCT
322 GAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAG-AAACGAAATTTTGATATTTTAAGCT
* * * *
11863 CCAAATTCCTTCATAAGTTACACTTAACACTGTGAAAACTTAAAAACAAATGCAAGTTATCATGT
386 CCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATT-AAAACCAATGCAAGTTATCATGT
* * *
11928 TCCTGT-TTTTAGCAA-TTTAAAACAGTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGTTA
450 TCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
* * ** * *
11991 AAATAATATTTCATACTTTTACAGCTCGACTTTAGCTGAAATGGTTTTCAAGGCAAAACATAAAT
515 AAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAA-
* * *
12056 GTTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGCTAGCACACAGTTAAT
579 GCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* * * *
12121 CGCATCAAGTGCCGGTAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATGCCACAAATTCC
644 CGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * *
12186 CTGGAGCGCTCATGAATCCTCCTAAAAATACATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTACAATCG
709 CTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCG
* *
12251 TGCAAATGGTTTCTATATCACAATTTGAAATTGTGCTA-TTGGTTGTTT-TGCCCATAATTGTTC
774 TGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGC-AGATGGTT-TTTATGCCCATAATTGTTC
* * *
12314 AGAAACGAAATTTTGATTTTTTAAGCTCCTAAATCCTTCATAACTTACACTTAACA--CTGAAAA
837 AGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAA
* * *
12377 ATTCAAACCAATGCAAGTTATCAAGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAACACATTGG
902 A-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
12433 ATTCAGGATATTTATTTCAATTTAAAAACTTCCTAAAATAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * *
12498 TCTAGTAGGAATTGTTTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGCA-CTTTGAGTTTGT
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGG-ATCTTTGAGTTTGT
*
12562 GCATAATATATAAAAATAAGTTAGCACACA
130 GCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACA
12592 TAATATATAA
Statistics
Matches: 6810, Mismatches: 872, Indels: 248
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
935 24 0.00
936 153 0.02
938 2 0.00
940 32 0.00
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952 5 0.00
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962 193 0.03
963 4 0.00
964 4 0.00
965 169 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (956 bp):
ATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAA
TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATG
CATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAA
ATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGT
GTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAA
TATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAGCTTCAA
AAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCA
AGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGC
ACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAAT
GGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAA
ATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAATAAAACCA
ATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
Found at i:6097 original size:479 final size:478
Alignment explanation
Indices: 3827--12591 Score: 11259
Period size: 480 Copynumber: 18.3 Consensus size: 478
3817 ACTTGTTTGA
* * * * *
3827 ATTCAAGATACTAATTTCCATTTAGAAACTTCCTAAAACAATATTTCGTACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * * *
3892 TTCAGCATAAATGGTTTTCAAAGCAAAATATAAAAGCTTCAAAAATATGGATCTTTGAGTTTATG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * *
3957 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCACATCAAGGGCTGATAACGATTTCACAAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
* * * * *
4022 TGACATCCAAATATCAACAGCATGCCACGAATTACCTGTAGCACTCATGAATCCTTCTAAAAATG
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATG
*
4087 CATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATC-CAATTTGAAA
261 CATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
**
4151 TTGTGCAGATGGTTTTTAAACCCATAATTGTTCAGAAAC-ATAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
326 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGA-AATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * * * * *
4215 AATCTTTCATAACTTACACTTAACACTGAGAAAAACGAAAACCAATTCAAGTTATAATGTTTCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
*
4280 TGTTTGAGCTAGTTTAAAACATTGG
454 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * *
4305 ATTCAAGATATTCATTTCGATTTAAAAAGACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAGGCTGG
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTT-AAAA-ACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCG
* * * * * *
4370 ACTTCAGTA-AAATTGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCCTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTT
64 ACTCCAGCAGAAA-TGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTT
* * *
4434 GTGCATAATATA-AGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATTGCATCAAGCGCTGATAACGATTTCA
128 GTGCATAATGTATA-AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCA
** * * ***
4498 CAAATGACATCCAAATATCAATTGCATCCCTCAAATTCCTTGGAGTGTTCATGAATCCTCCTAAA
192 CAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAA
* ** * * *
4563 AATGCATCTAAAGCACATATTTATGAAAAATTAAAATCATTG-AAATGGTTTTTGTATCACATTT
257 AATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATC-GTGCAAATGGTTTTTATATCACA-AT
* * ** *
4627 TTGAAAATGTGTAGATGGTTTTTATGTTCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTAAGC
320 TTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGC
*
4692 TCCAAAATCCTTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCGATGCAAGTTATCATG
385 TCCAAAATCC-TTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAAT-AAAACCAATGCAAGTTATCATG
* * * *
4757 TTGCTATGTTTAAGCGAGTTTAAAACATTGG
448 TTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
4788 ATTC-AGGTATTCATTTCCACTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * *
4852 ACCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTCTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * * *
4917 CATAATATATGAAAACATGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGCGCCGATAACTATTTCACAAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
** *
4982 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGA-CTGTTCATGAATCCTCCTAAAATT
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGC-ACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * ** *
5046 GCATCTACAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATTGTTTTTATATTACTTTTTTAA
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCAC-AATTTGA
*
5111 AATTGTGCAGATGGTTTTCATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCA
324 AATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCA
* * * *
5176 AAATCCTTCATAACTTACATTTAA-ACCTGTGAAAAATGAAAACTAATTCAAGTTATCATGTTGC
389 AAATCCTTCATAACTTACACTTAACA-CTGTGAAAAAT-AAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
* *
5240 TATGTTTGAGCAAGTTCAAAACATT-G
452 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
*** * * *
5266 ATTTTGGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTTCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTTGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * * * **
5331 ACCAGCAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAGCAT--AACCTTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGAA
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * * * * *
5394 CATAATATATGAAAACAAGTAAGCACACAGTTAATTGCATCAAGCGCCAATAATGATTTCATAAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
* * * * *
5459 TGGCATCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCGTGAATCCTCCTAAAAAAG
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATG
* * * *** *
5524 CATCTACAGCAAATAAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATTGTTTTTGGGTCATAATTTGAA
261 CATCTAAAGCAAAT-AAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
** * * * *
5589 ATTGTAAAGATAGTTTTTATGCTCATAATTGTTCATAAACGAATTTTTGATATTTTAAGCTCCAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * * * *
5654 AATACTTCATAACTTACAATTAACATTGTGAAAAACTAAAAACAATGCAAGTTATCATGTTCTTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
5719 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
454 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * *
5744 ATTCAAGATATTGATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATA-TTTTAAGGCTCAAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* *
5808 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAATATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * * *
5873 CATAACGTATAAAAACAAGTTAGCACACTGTTAAACACATCAAGCGCCGGTAACGATTTCACAAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
* ** * *
5938 TGACATCCAAATATCAATAGCATCCTTCAAATTCCCTGGACCATTCATGAATCCTCCTAAAAATG
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATG
* * * * *
6003 CATCTAAAGTAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATAGTTTTTGTATCACATTTTTGAA
261 CATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTGAA
** * * * *
6068 ATTGTGCAGATTCTTTTTATGCCCATAATTATACAGAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCACCAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* *
6133 AATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTTATCATGTTCCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
**
6198 TGTTTGAATAAGTTTAAAACATTGG
454 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* *
6223 ATTCAAGATATTCATTTCC-TTCTAAAAACTTGCAAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTTGA
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATT-TAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGA
* * * *
6287 CTCTAGTAGGAATGGTTTGCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGT
65 CTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGT
* * * * *
6352 GCATAATG--TACAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGTCGATAGCAATTTCACAA
130 GCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAA
* * * *
6415 ATGACTTCCAAATATAAACAGCATCCCACAAATTCCTTGGAGCACTCATGACTCCTCCTAAAAAT
195 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * *
6480 GAATCTAAAGCAAAAATAAGTATGAAAAATTAAAAACATGCAAATGGTTTTTATATCAAAATTTG
260 GCATCTAAAGC--AAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTG
* * * *
6545 AAATTGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACCAAAATTTGATATTTCAAGCTCC
323 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * **
6610 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAACTGTGAAAAATAAAAACCAATGCAAGTTACCCTGTTGA
388 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAAT-AAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
*
6675 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTTG
452 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * *
6702 ATTCAAGATATTCATTTACATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * * * * *
6767 TCCAGTAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAGCTTAAAAGCTT-GAAAACATTGAGCTTAGAGTCTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * * * *
6831 CATAATATATGAAAACAAGTAAGCACACAGTTAATTGCATCAAGCACCGATAACAATTTCACAAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
* **
6896 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGACCGTTCATGAATCCTCCTAAAATAT
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAA-AT
*
6961 -CATCTAAAGCAAATAAGTATTAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCA-AATTTGAA
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
* * * *
7024 ATTATGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATATTAAACTCTAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * * *
7089 AATCCTTCATAACTTACACTTAAAACTATGAAAAATTTAAACCAATGCAAGTTATCACGTTCCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
* * *
7154 TGTTTCAGCGAGTTTAAAACATTTG
454 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
7179 ATTCAAGTTATTCATTTACATATAAAAAACTTGCTAAAAGAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGA
1 ATTCAAGATATTCATTTCCAT-TTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGA
* * *
7244 CTCCAACAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGT
65 CTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGT
* * *
7309 GCATGATGTATAAAAATAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAA
130 GCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAA
* **
7374 ATGACATCCAAATGTCAACAGCATCCTGCAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
195 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * * *
7439 GCAACAAAAGCAAATAAATATG-AAAATTGAAAATCATGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGA
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATT-AAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGA
* * ** *
7503 AATTGTGCAGATGGTTTTTACGCCCATAATTATTTTGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCTCCA
324 AATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCA
* * * *
7568 AAATCCATCATAAGTTACACTTAACATTGTGAAAAACTAAAACCAATGCAACTTATCATGTTCCT
389 AAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCT
* *
7633 GTGTTTGCGCAAGTTTAAAATATTGG
453 GTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
7659 ATTTAAGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAATAATATTTCGTACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * ** * * * *
7724 TCAAGCAGATATGGAATTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTACAAACACGGATCTTTGAGTTTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * * * *
7789 CATAACGTATGAAAACAACTTAGCACACAATTAATCGCATCAATG-TCCAATAACGATTTCACAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAA-GCGCCGATAACGATTTCACAA
* ** * * *
7853 ATGACATCCAAATATCAACAGCATTCCATGAATTACCAGTAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
195 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * *
7918 GCATTTAAAGCAAATAAGTATGAAAATTTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTAAA
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
* *
7983 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAAATTTGATATTTTAAACTCCAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* *
8048 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAACTAAAACCAGTGCAGGTTATCATGTTCCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
8113 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
454 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * * * *
8138 ATTCAAGTTATTCATTTCCATGTAAAAACTTGCTAAAGCAATATTTCATTCTTTTAAAGGTCAAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
*
8203 TCCAGC-GAGAATGGTTTTCAAAGCAAAACAGAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGT
66 TCCAGCAGA-AATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGT
* *
8267 GAATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACATAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCA-AA
130 GCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAA
* **
8331 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGCAGCACTTGTGAATCCTCCTAAAAAT
195 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * ** *
8396 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATTGTGCAAACGGTTTTTGTGCCATAATTTGAA
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
* *
8461 ATTGTGCAGATGG-TTTTATGCCCATAATTGTTCATAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCTCCAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * *
8525 AATCCTTCATAACTTGCACTTAACATTGTGAAAAAAATAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTT
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTG--AAAAATAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCT
*
8590 GCGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
453 GTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
8616 ATTCATGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAGGCACGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* *
8681 TCCAGAAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTTTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTT
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGC----TTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTT
* * * *
8746 TGTGCATAACGTATGAAAAAAAACAAGTTAGCACACTGTTAATCACATCAAGCACCGATAACGAT
127 TGTGCATAATGTAT----AAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGAT
* * *
8811 TTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATGCCACAAATTTCCTAGAGCACTCATGAATCCTCC
188 TTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCC
* *
8876 TAAAAATGCATCTTAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA
253 TAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA
*
8941 ATTTGGAATTGTGC-----------A-G---ATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAA
318 ATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAA
* *
8991 GCTCCAAAATCCTTCATAACATACACTTAACATTGTGAAAAATCAAAACCAATGCAAGTTATCAA
383 GCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAAT-AAAACCAATGCAAGTTATC-A
* *
9056 T-TTCCTATGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGG
446 TGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
9088 ATTCAAGATATTTATTTCCATATAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCAT-TTCTTTAAAGCTTGA
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACT-TTTAAAGCTCGA
* * *
9152 CTCTAGCCAG-AATGGCTTTCAAAGCAAAACAGAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTG
65 CTCCAG-CAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTG
* * *
9216 TGCATAATGTATACAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATGAA--G-C-AT--CGATTTGACA
129 TGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACA
* ** * ** *
9275 AATGACATCCAAATATCAACAGCAACAAACAAATTCCCAGGAGCACTTGTGAATCCTCTTAAAAA
194 AATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAA
* * * *
9340 TGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAGATGGTTTTT-TCGTCATAACTTG
259 TGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTAT-ATCACAATTTG
*
9404 AAATTGTGCATATGGTTTTTATG-CCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
323 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
*
9468 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAACTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
388 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
* *
9533 TGTCTTTGAGCAAGTTTAAAACAATGG
452 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
*
9560 ATTCAAGATATTTATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * *
9625 TGCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTTTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * *
9690 CATAATGTATAAAAACAAGTTAACACACTA-TTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACAC-AGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAA
* ** * * * *
9754 ATGACATCCAAATACCAACAGCATAACACAAGTTTCCTAGAGCACTCATGAATCCTTCTAAAAAT
195 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAAT
* * * * **
9819 GCATCTTAAGCAAATAAATGTGAAAAATTAAAATCCTGCAAATGG-TTTTATATCACAATTTGGC
260 GCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
* * *
9883 GTTGTGCAGATGGTTTTCATGCCCATAATTGTTCAGAAAAGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
325 ATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAA
* * *
9948 AATCCTTCATAACATACACTTAACACTGTGAAAAGTTAAAACCATTGCAAGTTATCATGTTCCTG
390 AATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAA-ATAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTG
* *
10013 TTTTTGAGCAAGTTTAAAACAGT-G
454 TGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
10037 ATTTAAGATATTCATTTCCATTTAAAAGCTTGCTAAAATAATATTTCATACTTTTACAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * *
10102 TTCAGCTGCAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAACTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * * * * *
10167 CATCACGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTAAATCGCATCAAGCACCGGTAATGATTTTACAAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
* * * * *
10232 TGACATCCAAATATCAATAGCATCTCACAAATTCCTTGGAGCACTCATGAATACTCCAAAAAAAA
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCC--TAAAAA
* * * *
10297 TGCATCTAAAGCAAATAAATATAAAAAATTACAATCGTACAAATGGTTTTTATATCACAATTTG-
259 TGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGA
* * * *
10361 AATTGTGCTA-TTGGTTTTTTTGCCCATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATTTTTTAAGCTCC
324 AATTGTGC-AGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * *
10425 TAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTG-GGAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTGC
388 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAAT-AAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
10489 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
452 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * *
10516 ATTCAGGATACTT-ATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAATAATATTTCATACTTTTAAA-C-C-A
1 ATTCAAGATA-TTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGA
* * *
10577 -TTCAGGATTCAGGAATGGTTTGCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGT
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* * * *
10641 TTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCACC-ATTAACAATTT
126 TTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGA-TAACGATTT
* * *** **
10705 CAGAAATGACAACCAAATATCAACAGCATCCCTTGAATTCCCTATAGCACTCATGAATCCTCCTA
190 CACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTA
** * ** *
10770 AAAATTTATCTAAAGCAAAAAAGTATGAAAAATTAAAATTTTGCAAATGGTTTTTATACCACAAT
255 AAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAAT
* *
10835 TTGAAATTGTGGAGATGGTTTTTATGCCAATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGC
320 TTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGC
* * * * * * *
10900 TCCAAAAATACTTCATAACTTGCACTTAACAGTGTGAAAAGTTAACATCGATGCAAGTTATCATG
385 TCC-AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAA-ATAAAACCAATGCAAGTTATCATG
*
10965 TTCCTGTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGG
448 TTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * *
10996 ATTCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATAATTTTAAAGCTCCAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
*
11061 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGGTTTGAGTTTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * * * * *
11126 CATAATATATGAAAACATGTTGGCACACAGTTAATCTCATCAAGCGCTGATAAGGATTTCACAAA
131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
* * * * ** ****
11191 TGACACCCAAATATCAACACCAACCCACAAATTGCCTACAATGTTCATGAATCCTCCTAAAAATG
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATG
* * * * * *
11256 CATCTAAAGCAGATTAA-TGTGAAAAACTAAAATCGTGTAAATGGTTTTTATATCACATTTTTTA
261 CATCTAAAGCA-AATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTGA
11320 AATTGTGC-GCATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
324 AATTGTGCAG-ATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * * * *
11384 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGAGAAAAATTTAAACAAATGCAAGTTATAATGTTTC
388 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
* *
11449 TATGTTTGAGCCAGTTTAAAACATTGG
452 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * * *
11476 ATTCAAGATATTCATTTCGATTTAAAGACTTGCTAAAATAATATTTCATACTTTTAAGGCTGGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
** * * **
11541 TCCAGCA-AAATTGGTTTTCAAAGCGGAGCATAAAAGCCTCAAAAACATTCAGCTTTGAGTTTGT
66 TCCAGCAGAAA-TGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGT
* * * * * *
11605 GCATAATATA-AGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATAAAGAGCTGATAACAATTTTACA
130 GCATAATGTATA-AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACA
* * * * * *
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194 AATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACT-CATGAATCCTCCTAAAA
* * * * * * *
11733 ATGCATCTAAAGCACATATGTATGAAAAATTAAAATCATTCAACTGGTTTTTGTATCACATTTTT
258 ATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTT
* * **
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322 GAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAG-AAACGAAATTTTGATATTTTAAGCT
* * * *
11863 CCAAATTCCTTCATAAGTTACACTTAACACTGTGAAAACTTAAAAACAAATGCAAGTTATCATGT
386 CCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAA-AT-AAAACCAATGCAAGTTATCATGT
* *
11928 TCCTGT-TTTTAGCAA-TTTAAAACAGTGG
449 TCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * *
11956 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGTTAAAATAATATTTCATACTTTTACAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
** * * * * *
12021 TTTAGCTGAAATGGTTTTCAAGGCAAAACATAAATGTTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTG
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * *
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131 CATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
* * * *
12151 TGACATCCAAATATCAATAGCATGCCACAAATTCCCTGGAGCGCTCATGAATCCTCCTAAAAATA
196 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATG
* * *
12216 CATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTACAATCGTGCAAATGGTTTCTATATCACAATTTGAAA
261 CATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * *
12281 TTGTGCTA-TTGGTTGTTT-TGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATTTTTTAAGCTCCT
326 TTGTGC-AGATGGTT-TTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCA
* *
12344 AAATCCTTCATAACTTACACTTAACAC--TGAAAAATTCAAACCAATGCAAGTTATCAAGTTCCT
389 AAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA-TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCT
*
12407 GTGTTTGAGCAAGTTTAACACATTGG
453 GTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * * *
12433 ATTCAGGATATTTATTTCAATTTAAAAACTTCCTAAAATAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
1 ATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGAC
* * * * *
12498 TCTAGTAGGAATTGTTTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGCA-CTTTGAGTTTGT
66 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGG-AGCTTTGAGTTTGT
* *
12562 GCATAATATATAAAAATAAGTTAGCACACA
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12592 TAATATATAA
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TTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
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6495 ATAAGTATGA
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* ***
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AAAATTTAAAAACATGCAAATGGTTTTTATATC
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*
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* *
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12589 ACATAATATA
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*
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*
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* ** * *
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* * * ** * *
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* *
13531 CCTCTAAAGCAGATAAGTATGAAAATT
454 CATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAAT
* **
13558 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCCCATATTTT-AAATTGTGCAGATTCTTTTTACT-CCCA
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* ** * * *
13621 TAACTGCACAGAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCACCAACATCCTTCATAACTTACACTTAACA
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* *
13686 CTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAACAAGTTTAAAACATTGG
129 CTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * * *
13751 ATTCAAGATATTCATTTCC-TCTAAAACCTTGCAAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTGGAC
194 ATTCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATAATTTTAAAGCTCGAC
* * * *
13815 TCCAGCAGGAATGGTTTGCAAAACAAAACAAAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
259 TCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
* * * ** *** * * * ** *
13880 CGT-A-ATGTACAAACAAGTTCCCTGGCGATGTGCATAATCACATCAAGTGCCAATGGCGATCTC
324 CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACAC-A-GT---TAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTC
* * ** * *
13943 ACAAATGACATCCAAATATAAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGACTCCGCCTAA
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* * *
14008 AAATGAATCTAAGGC-GAACAAGTATGAAAAAT
449 AAATGCATCTAAAGCAG-ATAAGTATGAAAAAT
** * *
14040 TAAAATCATAAAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTGAAATTGTGC-GAATGATTTTTATGCCCAT
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* * * *
14103 AATTGTTCAGAAAGGAAATTTTGATATTTCAAGCTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAAAAC
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* * * * ** *
14168 TGTGAGAAATGAAAACCAGTGCAAGTTACCATGTTGATGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACATTGGA
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* * * * * * *
14233 TTTAAGATATTAATTTCGATTTAGAGACTTGCTAAAACAATATTTCGTAATTTTAAAGCTCGACT
195 TTCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATAATTTTAAAGCTCGACT
* * * * * * * *
14298 CCACCAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAGCTTAAAAGCTTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTCTGAGC
260 CCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGC
* * *
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* * * * ** *
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* *
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* **
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* * * * *
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* * * * * ** *
14648 TGAGAAACATGAAAACCAATGCAAGTTATAACGTT-TCTGCATTTGAGCTAGTTTAAAAACATTG
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* * * * * * *
14712 GATTCAAGATATTCATTTCGATTTAAAGACTTGCTAAAACAATATTTCATACTCTTAAGGCTAGA
193 GATTCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATAATTTTAAAGCTCGA
* * * ** *
14777 CTCCAGCAGAATTGGTTTTCAAGGCAAAAGCATAAAAGCCTGGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTG
258 CTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAA-CATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTG
* * * * * *
14842 TGCATAATATA-AGAAAACGAGTTAGCACGCAGTTAATCGCATCAAACGCTGATAACAAATTCAC
322 TGCATAATATATA-AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCAC
* * * * ** *
14906 AAAAGACGTCCAAATATCATCTGCATCCCTTAAATTCCTTGGAGA-GTTCATGAATCCTCCTAAA
386 AAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGA-ACGTTCATGAATCCTCCTAAA
* * * *
14970 AATGCATCAAAAGCACATATGCATGAAAAAT
450 AATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAAT
*** * * * **
15001 TAAAATCATTTGAATGGTTTTTGTATCACATTTTTGAAATTATGCATATGGTTTTTATGGTCATA
1 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATA
* * * **
15066 ATTGTCCAAAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCTCCAAAATATTTCATAACTTACACTTAACACT
66 ATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACT
* * * * * *
15131 GTAAAAAATTAAAACCAATGCAATTTATCATGTTCTTGTTTTTAAGCAACTTTAAAAGAGTT-GA
131 GTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACA-TTGGA
* * * * *
15195 TTCCAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAATAATATTTCATACTTTTACAGCTCGACT
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* * * * *
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* * * * **
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323 GCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCC-GATAACGATTTCACA
* * **
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* *
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** ** * *
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** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
15801 AGCATAATATATAAAAACTAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCACCAATAACAATTTCACA
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* * ** * * * *
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* *
15928 AACTGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAAT
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* * * *
15960 TAAAACCTTGCAAATGGTTTTTATACCACA-ATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATA
1 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATA
* * * *
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* * * * ** * *
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*
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* *
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* * *
16266 CATAATATATAAAAACATGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCTGATAACGATTTCACAAA
324 CATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAA
* * * * *
16331 TGACATCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTCCCTGCAAAGTTCATCAATCCTCCAAAAAATG
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*
16396 CATCTAAAGCAGGTAAGTATGAAAAAT
454 CATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAAT
* * * * * *
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1 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATA
* * *
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* * * **
16553 GTG-AAAATTAAAACCAATGAAAGTTATCATGTT-TCTGTGTTTGAGTAAGTTTAAAACGTTATA
131 GTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCT-TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGA
* * * * *
16616 TTCAAGATATTCATCTCCATCTAAACACATGCTAAAACAATATTTCATAATATTAAAGCTCCACT
195 TTCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATAATTTTAAAGCTCGACT
* *
16681 CCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGCAGCCTTGAGTTTGTGC
260 CCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGC
* * * *
16746 ATAATATATAGAAACAAGTT-GACACACAGTTAATCGAATCAAGTGCCGATAACAATTTCACAAA
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** * ** * *
16810 ATGACATTGAAATATCAATAGCATCCTTCAAATTCCCTGGACCGTTAATGAATCCTCCTAAAAAT
388 ATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAACGTTCATGAATCCTCCTAAAAAT
*
16875 GCATCTAAAGCAGATAAGTAGGAAAAAT
453 GCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAAT
** * * * ** *
16903 TAAAATTGTGCAAATGGTTTTTATATCCCATTTTTGAAATTGCGCAAATTATTTTTATGGCCATA
1 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATA
* * * * *
16968 AATGTACAG--A--AAATTTTGATATTTTAAGCACCAAAATCCTTTATAACTTACAATTAACACT
66 ATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACT
* ** * *
17029 GTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGCTCTTGTGTTTGAAAAAGTTTAAAATATTCGAT
131 GTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGAT
* * * *
17094 TCAAGATAGTCATTT-CATTCTAAAACCTTGCAAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACT
196 TCAAGATATTCATTTCCA-TCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATAATTTTAAAGCTCGACT
* * * *
17158 CCAGAAGGAATGGATTGCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGC
260 CCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGC
* * * *
17223 AT-A-ATGTACAAACAAGCTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCC-AAAACGATTTCACAAAT
325 ATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAAT
* * * * * ** ** *
17285 GATATCCAAATATAAACAGCATCCCACAAATCCCCTAGAGCACTCATGACCCCTCCTAAAAATGA
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* *
17350 ATCAAAAGCAAATAAGTATGAAAAAT
455 ATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAAT
* *
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1 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTAT
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Statistics
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ACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAACGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCA
TCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAAT
Found at i:14629 original size:961 final size:957
Alignment explanation
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Period size: 961 Copynumber: 5.7 Consensus size: 957
12589 ACATAATATA
* * * * *
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*
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* * * * *
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* *
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** *
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* * * **
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* * * * * * * *
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387 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCTCAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATG
* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* *
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*
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** * * * * * ** *
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839 TCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGA
* * * *
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* **
13558 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCCCATATTTT-AAATTGTGCAGATTCTTTTTACT-CCCA
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* ** * * *
13621 TAACTGCACAGAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCACCAACATCCTTCATAACTTACACTTAACA
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* *
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129 CTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGG
* * *
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* * *
13815 TCCAGCAGGAATGGTTTGCAAAACAAAACAAAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTG
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* * * ** *** * * ** * *
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324 CATAATATAAAAACAAGTTAGCACAC-A-GT---TAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCAC
* * * * *
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384 AAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCTCAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAA
* * * ** *
14010 ATGAATCTAAGGCGAACAAGTATGAAAAATTAAAATCATAAAAATGGTTTTTATATCACA-ATTT
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* * *
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* * * * * *
14139 CAAAATCATTCATAACTTACACTTAAAACTGTGAGAAATGAAAACCAGTGCAAGTTACCATGTTG
577 CAAAATCATTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTC
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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772 TTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCG
* * * * *
14399 CATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACACCCAAATATCAACACCATCCCCCAAATTGCCT
837 CATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCT
* * * *
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* **
14519 TAAAATCACG-AATATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTATAGATGGTTTTTATGCCCAT
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* * * * *
14583 AATTGTTCAGAAATGAAATTTTGTTATTTTAAACTCTAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACAC
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* * * * * ** *
14648 TGAGAAACATGAAAACCAATGCAAGTTATAACGTT-TCTGCATTTGAGCTAGTTTAAAAACATTG
130 TGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCT-TGTGTTTGAGCAAGTTT-AAAACATTG
* * * * * *
14712 GATTCAAGATATTCATTTCGATTTAAAGACTTGCTAAAACAATATTTCATACTCTTAAGGCTAGA
193 GATTCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGA
* * ** *
14777 CTCCAGCA-GAATTGGTTTTCAAGGCAAAAGCATAAAAGCCTGGAAAACATTGAGCTTTGAGTTT
258 CTCCAGCAGGAA-TGGTTTTCAAAGCAAAA-CATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTT
* * * * * *
14841 GTGCATAATATAAGAAAACGAGTTAGCACGCAGTTAATCGCATCAAACGCTGATAACAAATTCAC
321 GTGCATAATAT-A-AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCAC
* * * * * *
14906 AAAAGACGTCCAAATATCATCTGCATCCCTTAAATTCCTTGGAG-AGTTCATGAATCCTCCTAAA
384 AAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCTCAAATTCCCTGGAGCA-TTCATGAATCCTCCTAAA
* * * *** *
14970 AATGCATCAAAAGCACATATGCATGAAAAATTAAAATCATTTGAATGGTTTTTGTATCACATTTT
448 AATGCATCTAAAGCA-ATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTT
* ** * * *
15035 TGAAATTATGCATATGGTTTTTATGGTCATAATTGTCCAAAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCT
512 TGAAATTGTGCA-ATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCT
* *
15100 CCAAAAT-ATTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTAAAACCAATGCAATTTATCATGT
576 CCAAAATCA-TTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGT
* * * * * *
15164 TCTTGTTTTTAAGCAACTTTAAAAGAGTT-GATTCCAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCT
640 TCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACA-TTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCT
* * * * *
15228 AAAATAATATTTCATACTTTTACAGCTCGACTTCAG--GTAAATTGGTTTTCAAAGCAAAACATC
704 AAAACAATATTTCATAATTTTAAAGCTCGACTCCAGCAG-AAA-TGGTTTTCAAAGCAAAACATA
* * * * * *
15291 AAAGCTTCGAAAACATTGAGCTTCGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAACACATAGTT
767 AAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTT
* ** * *
15356 AATCGCATCAAGCGCCAGA-AACGATTTTATGAATGACATTCAAATATCAATAGCATCCCACAAA
832 AATCGCATCAAGCGCC-GATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAA
* ** * *
15420 TTCCCTGGAACACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCA-AATAAATATGAAAAAT
896 TTCCCTGAAACGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATTAAGTATGAAAAAT
** ** * *
15481 TGCAATTGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTT-AAATTGTGCTA-TTGGTTCTTT-TGCCCA
1 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGC-AGATGGTT-TTTATGCCCA
** * *
15543 TAATTGTTCAGAAACGAAAAATTGATTTTTTAAGCTCCTAAATCCTTCATAACTTACACTTAACA
64 TAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACA
* * * *
15608 CTGTGAAAAATGAAACCCAATGCAAGTTATCATGTTGC-TGTATTTCAGCAAGTTTAAAACATTG
129 CTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTT-CTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTG
* * * * *
15672 GATT-AAGGATATTTATTTCCATTTAAAAACTTCCTAAAATAATATTTCATACTTTTAAAGCTTG
193 GATTCAA-GATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCG
*
15736 ACTCCAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGACTTTG
257 ACTCCAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTG
* * * *
15801 AGCATAATATATAAAAACTAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCACCAATAACAATTTCACA
322 TGCAT-A-ATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACA
* * ** * * ** * * * *
15866 AATGACAACTAAATATCTGCAGCATCCCTCGAATACCCTTTAGGACTCATTAATCCTCCTAAAAC
385 AATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCTCAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAA
* * * *
15931 TGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACCTTGCAAATGGTTTTTATACCACA-ATTTG
450 TGCATCTAAAGC-AATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* *
15995 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGTTCC
514 AAATTGTGCA-ATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * * * **
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* *
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* *
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* *
16240 G---C-AAAACATGGAGGTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACATGTTAGCACACAGTTAAT
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* * *
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835 CGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * **
16553 GTG-AAAATTAAAACCAATGAAAGTTATCATGTT-TCTGTGTTTGAGTAAGTTTAAAACGTTATA
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* * * * * *
16616 TTCAAGATATTCATCTCCATCTAAACACATGCTAAAACAATATTTCATAATATTAAAGCTCCACT
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*
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** * * * * *
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** * * * * *
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837 CATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCT
* ** * * *
17321 AGAGCAC--TCATGACCCCTCCTAAAAATGAATCAAAAGCA-AATAAGTATGAAAAAT
902 -GA-AACGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATTAAGTATGAAAAAT
17376 T-AAA--AT-C-----G--------TC-C---------A------A-ATGGTTTTTATGCCCATA
1 TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATA
* * ** * *
17407 ATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTCAAGCTTGAAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAAAT
66 ATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACT
* ** * * * **
17472 GTGAGAAACGAAAACCAATGCAGGTTACCAGGTTGATGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGAT
131 GTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGAT
17537 TCAAGATATTCA--T---T-T-----C--G-----------------A--TTTAAA----GACTC
196 TCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTC
* * * * * * *
17566 CACCAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAGCTTAAAAGCTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTCTGTGCA
261 CAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCA
* * * *
17631 TAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATTC-TGCGTCGATAACGATTTCGCAAAT
326 TAATATA--AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACA-TCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAAT
* * * * ** ***
17695 GACACCCAAATATCAACACCATCCCCCAAATTGCCTACAATGTTCATGAAT-CTCCTAAAAATGC
388 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCTCAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGC
* *
17759 ATCTAAAGCAGATTAA-TGTGAAAAA-TAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAA
453 ATCTAAAGCA-A-TAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAA
17822 ATTGTGCACATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAAATTTCT-ATATTTTAAGCTCC
516 ATTGTGCA-ATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACG-AAATTT-TGATATTTTAAGCTCC
* * * * * *
17886 AAAATCCTTCATAACTTGCAATTAACACTGAGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATAATGTTTC
578 AAAATCATTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
17951 TGTGTTT
643 TGTGTTT
17958 CAAAACATTG
Statistics
Matches: 3689, Mismatches: 607, Indels: 281
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
880 1 0.00
881 64 0.02
882 32 0.01
883 47 0.01
884 106 0.03
885 4 0.00
886 84 0.02
887 1 0.00
888 5 0.00
890 1 0.00
907 1 0.00
909 1 0.00
914 1 0.00
915 1 0.00
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919 76 0.02
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926 1 0.00
935 1 0.00
936 1 0.00
939 25 0.01
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942 393 0.11
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945 1 0.00
946 4 0.00
949 3 0.00
950 1 0.00
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953 90 0.02
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965 2 0.00
966 11 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (957 bp):
TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATA
ATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACT
GTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGAT
TCAAGATATTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTC
CAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCA
TAATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAATGAC
ATCCAAATATCAACAGCATCCCTCAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATC
TAAAGCAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGT
GCAATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCAT
TCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTG
AGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTT
CATAATTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAAC
ATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCG
CCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGAAACGTTC
ATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATTAAGTATGAAAAAT
Found at i:18284 original size:355 final size:354
Alignment explanation
Indices: 17605--18298 Score: 988
Period size: 354 Copynumber: 2.0 Consensus size: 354
17595 AAAAGCTTCA
*
17605 AAAACATTGAGCTTTGAGTCTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATT
1 AAAACATTGAGCTTTGAGTCTGTGCATAATATAAGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATT
* * * * *
17670 CTGCGTCGATAACGATTTCGCAAATGACACCCAAATATCAACACCATCCCCCAAATTGCCTACAA
66 CAGAGTCGATAACAATTTCACAAACGACACCCAAATATCAACACCATCCCCCAAATTGCCTACAA
* *
17735 TGTTCATGAATCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATTAATGTGAAAAATAAAATCGTGCAAATG
131 CGTTCATGAATCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCACATTAATGTGAAAAATAAAATCGTGCAAATG
*
17800 GTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCACATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAA
196 GTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCACATGGTTTTTATGCCCATAATCGTTCAGAAACGAA
*
17865 AATTTCTATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTGCAATTAACACTGAGAAAAATTAAAAC
261 AATTTCTATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACAATTAACACTGAGAAAAATTAAAAC
*
17930 CAATGCAAGTTATAATGTTTCTGTGTTTC
326 AAATGCAAGTTATAATGTTTCTGTGTTTC
* **
17959 AAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATAAGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATTGCA-T
1 AAAACATTGAGCTTTGAGTCTGTGCATAATATAAGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATT
* * *** * *
18023 CAAGAG-CTGATAATAATTTCACAAACGACAGCCAAATATCAAGTGCATCCCTCAAATT-CCTTG
66 C-AGAGTC-GATAACAATTTCACAAACGACACCCAAATATCAACACCATCCCCCAAATTGCC-TA
* * * *
18086 GAGCGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCACATATATATG-GAAAATTAAAATCGTT
128 CAACGTTCATGAAT-CTCCTAAAAATGCATCTAAAGCACAT-TA-ATGTGAAAAATAAAATCGTG
* * * **
18150 CAAATGGTTTTTGTATCACATTTTTGAAATTTTGCAGATGGTTTTTATGGTCATAATCGTTCAGA
190 CAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCACATGGTTTTTATGCCCATAATCGTTCAGA
*
18215 AACGAAAATTTCT-TATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACCAT-A-AAAA
255 AACGAAAATTTCTATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACAATTAACA-C-TGAGAAAA
18277 ATTAAAACAAATGCAAGTTATA
318 ATTAAAACAAATGCAAGTTATA
18299 TTGATCCTGT
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 31, Indels: 15
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
353 5 0.02
354 114 0.38
355 88 0.29
356 90 0.30
357 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (354 bp):
AAAACATTGAGCTTTGAGTCTGTGCATAATATAAGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATT
CAGAGTCGATAACAATTTCACAAACGACACCCAAATATCAACACCATCCCCCAAATTGCCTACAA
CGTTCATGAATCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCACATTAATGTGAAAAATAAAATCGTGCAAATG
GTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCACATGGTTTTTATGCCCATAATCGTTCAGAAACGAA
AATTTCTATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACAATTAACACTGAGAAAAATTAAAAC
AAATGCAAGTTATAATGTTTCTGTGTTTC
Found at i:18856 original size:479 final size:478
Alignment explanation
Indices: 17954--18860 Score: 1320
Period size: 479 Copynumber: 1.9 Consensus size: 478
17944 ATGTTTCTGT
* * *
17954 GTTTCAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATAAGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATT
1 GTTTCAAAACATTGAGCTTTGAGTTTATGCATAATATAAGAAAACAAGCTAGCACACAGTTAATC
* * * *
18019 GCATCAAGAGCTGATAATAATTTCACAAACGACAGCCAAATATCAAGTGCATCCCTCAAATTCCT
66 ACATCAAGAGCTGATAACAATTTCACAAACGACAGCCAAATATCAAGTGCACCCCACAAATTCCT
** * * * * *
18084 TGGAGCGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCACATATATATGGAAAATTAAAATCGT
131 TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATAAGAAAAATTAAAATCAT
* * ** * * **
18149 TCAAATGGTTTTTGTATCACATTTTTGAAATTTTGCAGATGGTTTTTATGGTCATAATCGTTCAG
196 GCAAATGGTTTTTATATCACAAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATCGTTCAG
*
18214 AAACGAAAATTTCTTATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACCATAAAAAAT
261 AAACGAAAATTTCATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACCATAAAAAAT
* *
18279 TAAAACAAATGCAAGTTATATTGATCCTGTTTTTAGCAAGTTTAAAACAGTGGATTCAAGATATT
326 TAAAACAAATGCAAGTTATATTGATCCTGTTTTGAGCAAGCTTAAAACAGTGGATTCAAGATATT
* * * *
18344 CATTTCCATTTAAAAACTTGCTAGAATAATATTTCATACTTTTACAGCTCAACTTCAGCTGAAAT
391 AATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTACAGCTCAACTTCAGCTGAAAT
18409 GGTTTTTAAAGCAAAATATAAAA
456 GGTTTTTAAAGCAAAATATAAAA
* *
18432 GTTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTATGCATAATGTATA-AAAACAAGCTAGCACACGGTTAA
1 GTTTC-AAAACATTGAGCTTTGAGTTTATGCATAATATA-AGAAAACAAGCTAGCACACAGTTAA
* * * * *
18496 TCACATCAAGCGCTGGTAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAA-TAGCACCCCACAAATT
64 TCACATCAAGAGCTGATAACAATTTCACAAACGACAGCCAAATATCAAGT-GCACCCCACAAATT
18560 CCTTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATAAGAAAAATTAAAAT
128 CCTTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATAAGAAAAATTAAAAT
*
18625 CATGCAAATGGTTTTTATATCA-AAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATTGTT
193 CATGCAAATGGTTTTTATATCACAAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATCGTT
* * * *
18689 CAGAAACG-AAATTGTCATGTTTTAATCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTATGAA
258 CAGAAACGAAAATT-TCATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACCATAAA
* * *
18753 AAATTAAAACAAATGCAAGTTCTCA-TGTTCCTGTATTTGAGCAAGCTTAAAACATTGGATTCAA
322 AAATTAAAACAAATGCAAGTTAT-ATTGATCCTGT-TTTGAGCAAGCTTAAAACAGTGGATTCAA
*
18817 GATATTAATTTCCATCTAAAAACTTTCTAAAACAATATTTCATA
385 GATATTAATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATA
18861 ATGGTTTTCA
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 45, Indels: 11
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
477 5 0.01
478 124 0.33
479 248 0.66
480 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (478 bp):
GTTTCAAAACATTGAGCTTTGAGTTTATGCATAATATAAGAAAACAAGCTAGCACACAGTTAATC
ACATCAAGAGCTGATAACAATTTCACAAACGACAGCCAAATATCAAGTGCACCCCACAAATTCCT
TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATAAGAAAAATTAAAATCAT
GCAAATGGTTTTTATATCACAAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATCGTTCAG
AAACGAAAATTTCATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACCATAAAAAAT
TAAAACAAATGCAAGTTATATTGATCCTGTTTTGAGCAAGCTTAAAACAGTGGATTCAAGATATT
AATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTACAGCTCAACTTCAGCTGAAAT
GGTTTTTAAAGCAAAATATAAAA
Found at i:20501 original size:447 final size:445
Alignment explanation
Indices: 19682--20501 Score: 1150
Period size: 447 Copynumber: 1.8 Consensus size: 445
19672 TTATGCCCAT
* *
19682 AATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAC
1 AATTGTTTAGAAACGAAATTTTAATATTTTAAGCTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAACAC
* *
19747 TGAGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATAGTGTTTCTGTGTTTGAGCCAGCTTAAAACATTGGA
66 TGAGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATAGTGTTGCTGTGTTTAAGCCAGCTTAAAACATTGGA
* * * * **
19812 TTTAAGATGTCATTTCGATTTAAAGACTTGCTGAAACAATATTTCATACTTTTGAGGCTGCACTC
131 TTTAAGATGTCATTTCAATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAACTGCACTC
* * *
19877 TAGCAGAATTGGTTTTCAAAGCAAAGGATAAAAGCCTTGAAAACATTGAGCTTTGAATTTGTGCA
196 TAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCCTTCAAAACATTGAGCTTTGAATTTGTGCA
* ** *
19942 TAATATAAGAAAACAAGTTGCCACACAATTAATCACTTCAAGTGCTGATAACGATTTCACAAATG
261 TAATATAAGAAAACAAGTTGCCACACAATTAATCACATCAAGCACCGATAACGATTTCACAAATG
* * * * *
20007 ACATCAAAATATCAACTGCATCCCTCAAATTCCTTGGAGCGTTCATGAGTACTCCTAAAAAATGC
326 ACATCAAAATATCAACTGCATCCCACAAATTCCCTAGACCATTCATGAGTACTCCTAAAAAATGC
20072 TTGTAAAGCACAAATGTATAAAAAATTAAAATTGTTCAAATGGTTTTTGAATCAC
391 TTGTAAAGCACAAATGTATAAAAAATTAAAATTGTTCAAATGGTTTTTGAATCAC
*
20127 AATTGTTTAGAAAACGAAATTTTAATATTTTAAGCTCTAAAATCATTCATAACTTACACTTAACA
1 AATTGTTTAG-AAACGAAATTTTAATATTTTAAGCTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAACA
* ** * *
20192 CTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCA-TGTTGCTGTGTTTAAGTGAGTTTAAGACATTG
65 CTGAGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTAT-AGTGTTGCTGTGTTTAAGCCAGCTTAAAACATTG
* * * * *
20256 GATTTAGGATATTCGTTTCAATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCCTTCTTTTAAAACTTGA
129 GATTTAAGAT-GTCATTTCAATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAAC-TG-
** * *
20321 CAC-C-AGCAGAAATGGTTTTTGAAGCAATGCATAAAAG-CTTCAAAAGCATTGAGCTTTGAGTT
191 CACTCTAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCCTTCAAAA-CATTGAGCTTTGAATT
* *
20383 TGTGCATAATATATGAAAACATGTTAG-CACACAATTAATTC-CATCAAGCACCGATAACGATTT
255 TGTGCATAATATAAGAAAACAAGTT-GCCACACAATTAA-TCACATCAAGCACCGATAACGATTT
*
20446 CACAAATGACATCCAAATATCAA-TAGCATCCCACAAATTCCCTAGACCATTCATGA
318 CACAAATGACATCAAAATATCAACT-GCATCCCACAAATTCCCTAGACCATTCATGA
20502 AAAATTGCGT
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 40, Indels: 16
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
445 10 0.03
446 123 0.38
447 184 0.56
448 6 0.02
449 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (445 bp):
AATTGTTTAGAAACGAAATTTTAATATTTTAAGCTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAACAC
TGAGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATAGTGTTGCTGTGTTTAAGCCAGCTTAAAACATTGGA
TTTAAGATGTCATTTCAATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAACTGCACTC
TAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCCTTCAAAACATTGAGCTTTGAATTTGTGCA
TAATATAAGAAAACAAGTTGCCACACAATTAATCACATCAAGCACCGATAACGATTTCACAAATG
ACATCAAAATATCAACTGCATCCCACAAATTCCCTAGACCATTCATGAGTACTCCTAAAAAATGC
TTGTAAAGCACAAATGTATAAAAAATTAAAATTGTTCAAATGGTTTTTGAATCAC
Found at i:20862 original size:401 final size:404
Alignment explanation
Indices: 20127--20903 Score: 1177
Period size: 401 Copynumber: 1.9 Consensus size: 404
20117 TTTGAATCAC
* *
20127 AATTGTTTAGAAAACGAAATTTTAATATTTTAAGCTCTAAAATCATTCATAACTTACACTTAACA
1 AATTGTTCAGAAAACGAAATTTTAATATTTTAAGCTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAACA
* * ** * *
20192 CTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTGCTGTGTTTAAGTGAGTTTAAGACATTGG
66 CTGTGAAAAATGAAAACCAATGAAAGTTATCATGTCGCTGACTTTAAGCGAGTTTAAAACATTGG
* * * * **
20257 ATTTAGGATATTCGTTTCAATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCCTTCTTTTAAAACTTGAC
131 ATTCAGGATATTCATTTCAATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAACTCAAC
**
20322 ACCAGCAGAAATGGTTTTTGAAGCAATGCATAAAAGCTTCAAAAGCATTGAGCTTTGAGTTTGTG
196 ACCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAATGCATAAAAGCTTCAAAAGCATTGAGCTTTGAGTTTGTG
* * *
20387 CATAATATATGAAAACATGTTAGCACACAATTAATTCCATCAAGCACCGATAACGATTTCACAAA
261 CATAATACATGAAAACAAGTAAGCACACAATTAATTCCATCAAGCACCGATAACGATTTCACAAA
*
20452 TGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTAGACCATTCATGAAAAATTGCGTAGATG
326 TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTAGACCATTCATGAAAAATTGCGTAGATG
20517 GTTTTTATGCCTAT
391 GTTTTTATGCCTAT
* * *
20531 AATTGTTCAG-AAACGCAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAA-A
1 AATTGTTCAGAAAACGAAATTTTAATATTTTAAGCTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAACA
* *
20594 GCTGTGAAAAATGAAAACTAATGAAAGTTATCATGTCGCT-ACTTTGAGCGAGTTTAAAACATTG
66 -CTGTGAAAAATGAAAACCAATGAAAGTTATCATGTCGCTGACTTTAAGCGAGTTTAAAACATTG
* * *
20658 GATTCAGGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTCCTGAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCAA
130 GATTCAGGATATTCATTTCAATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAACTCAA
* *
20723 CACCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGC-ATGCATATAGGCTTCGAAAA-CATTGAGCTTTGAGTTTG
195 CACCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAATGCATAAAAGCTTC-AAAAGCATTGAGCTTTGAGTTTG
* * *
20786 TGCATAATACATGAAAACAAGTAAGCACACAGTTAATTGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACA
259 TGCATAATACATGAAAACAAGTAAGCACACAATTAATTCCATCAAGCACCGATAACGATTTCACA
* * *
20851 AATGGCATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCTTGGACCATTCATGAA
324 AATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTAGACCATTCATGAA
20904 TCCTCCTAAA
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 36, Indels: 7
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
401 139 0.41
402 103 0.31
403 84 0.25
404 9 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (404 bp):
AATTGTTCAGAAAACGAAATTTTAATATTTTAAGCTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAACA
CTGTGAAAAATGAAAACCAATGAAAGTTATCATGTCGCTGACTTTAAGCGAGTTTAAAACATTGG
ATTCAGGATATTCATTTCAATTTAAAGACTTCCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAACTCAAC
ACCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAATGCATAAAAGCTTCAAAAGCATTGAGCTTTGAGTTTGTG
CATAATACATGAAAACAAGTAAGCACACAATTAATTCCATCAAGCACCGATAACGATTTCACAAA
TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTAGACCATTCATGAAAAATTGCGTAGATG
GTTTTTATGCCTAT
Found at i:21769 original size:479 final size:477
Alignment explanation
Indices: 20503--22490 Score: 2560
Period size: 479 Copynumber: 4.2 Consensus size: 477
20493 CATTCATGAA
* * * * *
20503 AAATTGCGTAGATGGTTTTTATGCCTATAATTGTTCAGAAACGCAATTTTGATATTTTCAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * * *
20568 AAAATCATTCATAACTTACACTTAAAGCTGTGAAAAATGAAAACTAATGAAAGTTATCATG-TCG
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAAA-ATGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTC-
** * * * *
20632 CT-ACTTTGAGCGAGTTTAAAACATTGGATTCAGGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTCCTGAA
129 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCA-GATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAA
* * ** * *
20696 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCAACACCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGC-ATGCATATAGGC
193 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGC
* * *
20760 TTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAA--TACATGAAAACAAGTAAGCACACAGTTAAT
258 TTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTACA--AAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* * * *
20823 TGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGGCATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
321 CGCATCAAGCACCGATAAAGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * * ** **
20888 TTGGACCATTCATGAATCCTCCTAAAATAT-CATCTAAAGCCGATATGTATGAAAAATTAAAATC
386 CTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAA-ATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATC
*
20952 GCGCAAATGGTTTTTATATC-CGATTTG
450 GCGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTG
* * * *
20979 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATACTCATAAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATAATGTTAAACT
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCAT-AATTGTTCAGAAACGAAATTTTGAT-ATTTTAAGCT
* *
21044 CTAAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTACCATGTT
64 CCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAA-TGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTT
* * * *
21109 CCTGTGTTTCAGCAAGTTTAAAACAATGGATTCCAGTTATTCATTTCCATATAAAAACTTGCTAA
128 CCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATT-CAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * *
21174 AACAATATTTCATAGTTTTAAAGCTCGAATCCAGCAGGACTGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
192 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
* * * * *
21239 CTTAAAAAACATGGAGCTTTGACTTTGTGCATGATGTATAAAAAAAAGTTAGCACACAGTTAATC
257 CTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTACAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* *
21304 GCATCAAGCGCCGATAAAGATTCCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
322 GCATCAAGCACCGATAAAGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
* * *
21369 TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAATTTAAAATCGT
387 TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGC
21434 GCAAATGGTTTTTATATCACAATTTG
452 GCAAATGGTTTTTATATCACAATTTG
* * * *
21460 AAATTGTGAAGATGGCTTTTATCCCCATAATTATTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
** * * *
21525 AAAATCGGTCATAACTTGCACTTAACAATGTTAAAAACTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAA-AATGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
*
21590 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCATGATATTAATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA
130 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCA-GATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA
* * * * * *
21655 TAATATTTCATACTTTTAAGGTTCCACTTCAGCAGAGATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCT
194 CAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCT
* * * *
21720 TCAAAAACATGGATCTTTGAGTTTGTGCATAATTTACAAAAACAAGTTAGCACACCGTTAATCAC
259 TCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTACAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGC
* ** * * *
21785 ATCAAGCACCGATAACA-ATTTCACAAATGAGATCCAAATATCAGTAGCA-CATCACAAATTTCG
324 ATCAAGCACCGATAA-AGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATC-CCACAAATTCCC
* * * * * *
21848 TAGAGCACTCACGAATCTTCCTAAAAATGCATCTTAAGCAATTAAATATGAAAAGTTAAAATCGC
387 TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGC
21913 GCAAATGGTTTTTATATCACAATTTG
452 GCAAATGGTTTTTATATCACAATTTG
* * * *
21939 GAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCTCATAATTGTTCAGAAACGAAGTTTTGATATTTTAGGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * *
22004 AAAATCCTTCATAACATACACTTAACACTCTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAA-AATGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCC
* * * * * * *
22069 TGTTTTTGAGCAAGTTTAAAAAAGTGGATTCAAGATATTTATTTCCATTTTAAAACCTACTAAAA
130 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTC-AGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA
* *** * * *
22134 TAATATTTCATACTTTTTCCTGGTCGACTTCAGCTGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAA-C
194 CAATATTTCATAC-TTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGC
* *
22198 TTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACAAAGTTAATCG
258 TTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTACAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCG
* * * *
22263 CATCAAGCACC-AGTAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCTTTCCACAAATTCCC
323 CATCAAGCACCGA-TAAAGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
* * * *
22327 TGGAGCACTCATGAATCCTGCTAAAAATGCGTCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTACAATCAT
387 TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATC-G
22392 C-CAAATGGTTTTTATATCACAATTTG
451 CGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTG
* * * *
22418 AAATTGTGCTGATGGTTTTTTTGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGCTTTTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
*
22483 TAAATCCT
66 AAAATCCT
22491 GTGTTAAGCA
Statistics
Matches: 1317, Mismatches: 174, Indels: 39
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
476 23 0.02
477 24 0.02
478 68 0.05
479 904 0.69
480 265 0.20
481 30 0.02
482 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (477 bp):
AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
AAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAATGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCT
GTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACA
ATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTC
AAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTACAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCAT
CAAGCACCGATAAAGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGA
GCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCGCGCAA
ATGGTTTTTATATCACAATTTG
Found at i:26583 original size:478 final size:479
Alignment explanation
Indices: 25239--27152 Score: 2371
Period size: 479 Copynumber: 4.0 Consensus size: 479
25229 GGGTTCAGCG
* * * *
25239 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACACCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATATAAC
1 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
** * * * * *
25304 CTTTGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAGGTAAGCACACAATTAATT
66 CTTAAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATC
* * * * *
25369 GCAACAAACGCTGATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCGACAAATTC-C
131 GCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCTC
* *
25433 TTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTAAATAAGTATGAAAATTTAAAATCG
196 -TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCG
* * *
25498 TGCAAATGGTTTTTATGTTACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATACCCATAATTGTTCAG
260 TGCAAATGGTTTTTATGTCACAATTTGAAATTGGGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAG
* * *
25563 AAACGAAAATTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCATCATAACTTACACTTAACA-TGGCGAAAAA
325 AAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACT-GTGAAAAA
* * * * *
25627 CTAAAACCAAAGCAAATTATCATGTTCCTGTGTTTAAGTAAGTTTAAAACATTAGATTCAAGGTA
389 CTAAAACCAATGCAAATTATCATGTTCCTGTGTTTAAGCAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGATA
*
25692 TTCATTTACATTTAAAAACTTAG-TAA
454 TTCATTTCCATTTAAAAACTT-GCTAA
* * * **
25718 AACAATTTTTCGTACTTTCAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGAATTCAAAGCAAAACATAAAAG
1 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
* * * * * *
25783 CTTCAAAAACATGGATCTTTGAATTTGTGCATAATGTTTAAAAACAAGTTAGCATACAATTAATC
66 CTTAAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATC
* * * ** *
25848 GCATCAAGGGCCAATAACGGTTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATTTCACGAATTACC
131 GCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATT--C
* *
25913 TCT--AGCACTCATTAATCCGCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATG-AAAATTCAAAAT
194 TCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATT-AAAAT
* * * * *
25975 CGTGCAAATGGTTTTTATATCACAGTTTGAAATTGCGCAGATAGTTTTTTTGCCCATAATTGTTC
258 CGTGCAAATGGTTTTTATGTCACAATTTGAAATTGGGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTC
* * * *
26040 AGAAAGGAAATTTTGATATTTTAAACTCCAAAATCATTCATAACTTACACTTAACACTATGAAAA
323 AGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAA
*
26105 ATTAAAACCAATG-AAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTAAGCAAGCTTAAAACATTGGATTCAAG-
388 ACTAAAACCAATGCAAA-TTATCATGTTCCTGTGTTTAAGCAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGA
**
26168 TCATTCATTTCCATACAAAAACTTGCTAA
452 T-ATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* ** * * * * *
26197 AACAATATTTCATTCTTTTAAAGCTCCCCTCCAGCCGGAATGGTTTTCAAAGCAAAAAAGAAAAA
1 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
* * * *
26262 CTTAAAAAACAAGGAGCTTGGAGTTTGTG-AGTAATGTATAAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
66 CTTAAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCA-TAATATAT-AAAAACAAGTTAGCACACAATTAA
* * * *
26326 TCGCATCAAGCACCGATAACAATTTCACAAATGATATCCAAATATCAGCAGCATCCCACAAATTC
129 TCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
* * * * *
26391 TCTAGAGCAC-C-TGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAACATATAAGTATGAAAAACTAAAGTC
194 TCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATC
* * * *
26454 GTGCAAATGGTTTTTTTGTCATAATTTGAAATTGGGCAGATGGTTTTTATGCCTATAATTGTTTA
259 GTGCAAATGGTTTTTATGTCACAATTTGAAATTGGGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCA
*
26519 GAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAAAA
324 GAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAA
* * * * * * *
26584 CTAAAACCGATGCAAGTTATCATGTTACTATGTTTGAGCAAGTTTAAAGCATTGGATTCAAGATA
389 CTAAAACCAATGCAAATTATCATGTTCCTGTGTTTAAGCAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGATA
* * *
26649 TTTATTTCCATTTGAAAACTTGCCAA
454 TTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * *
26675 AACAATATTTCATACTTTTAAGGCTCGACTCTAGTAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
1 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
* * * * *
26740 CTTGAAAAACATGTAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTGGCAAACAGTTAATC
66 CTTAAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATC
* * * * ** *
26805 GCATCAAGTC-CCGGTAACGATTTCACAAATGACAACCAAATATCGATAGCATCCTTCAAATTCC
131 GCATCAAG-CGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCT
* ** * * *
26869 CTGGATCGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAGGTATGAAAAATTAAAATCA
195 CTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCG
* * * ** * ***
26934 TACAAATGGTTTTTATATCACATTTTTTGAAATTGGGCAGATTCTTTTTATGCCCATAACTGCAG
260 TGCAAATGGTTTTTATGTCACA--ATTTGAAATTGGGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTC
* * *
26999 AGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCACCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACGCTGTGAAAA
323 AGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAA
** * * *
27064 GTTAAAACCAATGCAAATAATCATATTCCTTTGTTTGAA-CAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGA
388 ACTAAAACCAATGCAAATTATCATGTTCCTGTGTTT-AAGCAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGA
*
27128 TATTCATTTCC-TTCTAAAACCTTGC
452 TATTCATTTCCATT-TAAAAACTTGC
27153 AAAGCAAAAC
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 190, Indels: 44
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
477 81 0.07
478 332 0.27
479 557 0.46
480 84 0.07
481 166 0.14
482 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (479 bp):
AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
CTTAAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATC
GCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCTC
TGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGT
GCAAATGGTTTTTATGTCACAATTTGAAATTGGGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGA
AACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAACT
AAAACCAATGCAAATTATCATGTTCCTGTGTTTAAGCAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGATATT
CATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
Found at i:27845 original size:913 final size:909
Alignment explanation
Indices: 26257--28049 Score: 2325
Period size: 913 Copynumber: 2.0 Consensus size: 909
26247 AGCAAAAAAG
26257 AAAAACTTAAAAAACAAGGAGCTTGGAGTTTGTGAGTAATGTATAAAAAACAAGTTAGCACACAG
1 AAAAACTTAAAAAACAAGGAGCTTGGAGTTTGTGAGTAATGTAT---AAACAAGTTAGCACACAG
* * *
26322 TTAATCGCATCAAGCACCGATAACAATTTCACAAATGATATCCAAATATCAGCAGCATCCCACAA
63 TTAATCGCATCAAGCACCGATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATAAACAGCATCCCACAA
* * * * *
26387 ATTCTCTAGAGCACCTGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAACATATAAGTATGAAAAACTAAAG
128 ATTCCCTAGAGCACCTGAATACTCCTAAAAATGAATCTAAAACAAATAAGTATGAAAAACTAAAA
* * * *
26452 TCGTGCAAATGGTTTTTTTGTCATAATTTGAAATTGGGCAGATGGTTTTTATGCCTATAATTGTT
193 TCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGGGCAAATGGTTTTTATGCCTATAATTGTT
* * * *
26517 TAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACATTGTGAAA
258 TAGAAACAAAATTTTGATATTTCAAGCTCCAAAATACTTCATAACTTACACTTAAAATTGTGAAA
* * *
26582 AACTAAAACCGATGCAAGTTATCATGTTACTATGTTTGAGCAAGTTTAAAGCATTGGATTCAAGA
323 AACTAAAACCAATGCAAGTTACCATGTTACTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGA
* * * * * *
26647 TATTTATTTCCATTTGAAAACTTGCCAAAACAATATTTCATACTTTTAAGGCTCGACTCTAGTAG
388 TATTCATTTACATTTGAAAACTTGCCAAAACAATAATTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAG
*
26712 AAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTGAAAAACATGTAGCTTTGAGTTTGTGCATAATAT
453 AAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTGAAAAACATGTAGCTTTGAGTCTGTGCATAATAT
* * * *
26777 ATAAAAACAAGTTGGCAAACAGTTAATCGCATCAAGTCCCGGTAACGATTTCACAAATGACAACC
518 ATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCACATCAAGTCCCGATAACAATTTCACAAATGACAACC
* * * * ** *
26842 AAATATCGATAGCATCCTTCAAATTCCCTGGATCGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAA
583 AAATACCAACACCATCCCACAAATTCCCTGAATCGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAA
* * *
26907 GCAGATAGGTATGAAAAATTAAAATCATACAAATGGTTTTTATATCACATTTTTTGAAATTGGGC
648 GCAGATAAGTATGAAAAACTAAAATCATACAAATGGTTTTTATATCACA-TTTTTCAAATTGGGC
* *
26972 AGATTCTTTTTATGCCCATAACTGCAGAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCACCAAAATCCTT
712 AGATGCTTTTTATGCCCATAACTGCACAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCACCAAAATCCTT
* * * * * * * * ***
27037 CATAACTTACACTTAACGCTGTGAAAAGTTAAAACCAATGCAAATAATCATATTCCTTTGTTTGA
777 CATAACCTACACCTAACACTGAGAAAAATAAAAACAAATGCAAATAATAATATTCCTGCATTTGA
27102 ACAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCTTCTAAAACCTTGCAAAGCAAAACAAAA
842 ACAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCTTCTAAAACCTTGCAAAGCAAAACAAAA
27167 CAT
907 CAT
* * * * *
27170 AAAAGCTTAAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTTTGCA-TAATGTACT-AACAAGTTAGCACATAGT
1 AAAAACTTAAAAAACAAGGAGCTTGGAGTTTGTG-AGTAATGTA-TAAACAAGTTAGCACACAGT
* * * **
27233 TAATCGCATGAAGCGCTGATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATAAACAGCATCCCACAAA
64 TAATCGCATCAAGCACCGATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATAAACAGCATCCCACAAA
* * * * * * * *
27298 TTCCCTGGAGCACTCATGACTACTCCTAAAAGTTAATCTAAAGCAAATAATTTTGAAAAATTAAA
129 TTCCCTAGAGCAC-C-TGAATACTCCTAAAAATGAATCTAAAACAAATAAGTATGAAAAACTAAA
* * **
27363 ATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGGAATTGTGCAAATATTTTTTTATGTCC-ATAATT
192 ATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGGGCAAAT-GGTTTTTATG-CCTATAATT
* **
27427 -TTTCAGAAACAAAATTTTGATATTTCAAGCTCCAAAATATTTCATAACTTATGCTTAAAATTGT
255 GTTT-AGAAACAAAATTTTGATATTTCAAGCTCCAAAATACTTCATAACTTACACTTAAAATTGT
* * * * **
27491 TAGAAA-TGAAACCCAATGCAAGTTACCATGTTGAC-GTGTTTGAGTGAGTTTAAAACATTGGAT
319 GAAAAACT-AAAACCAATGCAAGTTACCATGTT-ACTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGAT
*
27554 TCAAGATATTCATTTACATTT-AAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATACTTTTAAAGCTCGACT
382 TCAAGATATTCATTTACATTTGAAA-ACTTGCCAAAACAATAATTCATACTTTTAAAGCTCGACT
* * *
27618 CCAGCAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAGCTTAAAAAGCTT-AGAAAACAT-TGAGCTTTGAGTCTG
446 CCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAAAGCTTGA-AAAACATGT-AGCTTTGAGTCTG
* * *
27681 TGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAG-CGCCGATAACAATTTCAT
508 TGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCACATCAAGTC-CCGATAACAATTTCAC
27745 AAATGAC-ACCAAAATACCAACACCATCCCACAAATTCCCTGCAAT-GTTCATGAATCCTCCTAA
572 AAATGACAACC-AAATACCAACACCATCCCACAAATTCCCTG-AATCGTTCATGAATCCTCCTAA
* *
27808 AAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATG-AAAACTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACATTT
635 AAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAACTAAAATCATACAAATGGTTTTTATATCACATTT
* * * * * ** * *
27872 TTCCATTTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAAGAAAATTTTGATATTTTATGC
700 TTCAAATTGGGCAGATGCTTTTTATGCCCATAACTGCACAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGC
* * * *
27937 TCCAAAATCCTTCATAACCTACACCTAACACTGAGAAAAATAAAAACAAATGCAAGTTATAATGT
765 ACCAAAATCCTTCATAACCTACACCTAACACTGAGAAAAATAAAAACAAATGCAAATAATAATAT
* * * *
28002 TTCTGCATTTGAACCAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGATTTC
830 TCCTGCATTTGAACAAGCTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTC
28050 TATTTAAAGA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 110, Indels: 33
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
910 85 0.11
911 1 0.00
912 233 0.31
913 271 0.36
914 162 0.21
915 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (909 bp):
AAAAACTTAAAAAACAAGGAGCTTGGAGTTTGTGAGTAATGTATAAACAAGTTAGCACACAGTTA
ATCGCATCAAGCACCGATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATAAACAGCATCCCACAAATT
CCCTAGAGCACCTGAATACTCCTAAAAATGAATCTAAAACAAATAAGTATGAAAAACTAAAATCG
TGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGGGCAAATGGTTTTTATGCCTATAATTGTTTAG
AAACAAAATTTTGATATTTCAAGCTCCAAAATACTTCATAACTTACACTTAAAATTGTGAAAAAC
TAAAACCAATGCAAGTTACCATGTTACTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATAT
TCATTTACATTTGAAAACTTGCCAAAACAATAATTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAA
TGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTGAAAAACATGTAGCTTTGAGTCTGTGCATAATATATA
AAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCACATCAAGTCCCGATAACAATTTCACAAATGACAACCAAA
TACCAACACCATCCCACAAATTCCCTGAATCGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCA
GATAAGTATGAAAAACTAAAATCATACAAATGGTTTTTATATCACATTTTTCAAATTGGGCAGAT
GCTTTTTATGCCCATAACTGCACAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCACCAAAATCCTTCATA
ACCTACACCTAACACTGAGAAAAATAAAAACAAATGCAAATAATAATATTCCTGCATTTGAACAA
GCTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCTTCTAAAACCTTGCAAAGCAAAACAAAACAT
Found at i:28412 original size:479 final size:479
Alignment explanation
Indices: 27157--28445 Score: 1564
Period size: 480 Copynumber: 2.7 Consensus size: 479
27147 CCTTGCAAAG
* * * * * * *
27157 CAAAACAAAACAT-AAAAGCTTAAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTTTGCATAATGTA-CT-AACA
1 CAAAGCAAAGCATAAAAAGCTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAACA
* * * * ** *
27219 AGTTAGCACATAGTTAATCGCATGAAGCGCTGATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATAAA
66 AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAA
** * * **
27284 CAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCA-CTCATGACTACTCCTAAAAGTTAATCTAAAGCAAATAA
131 CAGCATCCCACAAATTCCCTGGAATATC-CATGAATACTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAA
* * * * **
27348 TTTTGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGGAATTGTGCAAATATTTTT
195 GTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGAT-GGTTT
* * ** *
27413 TTATGTCCATAATT-TTTCAGAAACAAAATTTTGATATTTCAAGCTCCAAAATATTTCATAACTT
259 TTATGCCCATAATTGTTT-AGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACAT
** * * ** * * * * * ***
27477 ATGCTTAAAATTGTTAGAAATGAAACCCAATGCAAGTTACCATGTTGACGTGTTTGAGTGAGTTT
323 ACACTTAACACTGAGAAAAATAAAAACAAATGCAAGTTACAATGTTGACGTGTTTGAACCAGTTT
27542 AAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTACATTTAAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATACTTTT
388 AAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTACATTTAAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATACTTTT
27607 AAAGCTCGACTCCAGCAGAAATTGTTTT
453 AAAGCTC-ACTCCAGCAGAAATTGTTTT
* * *
27635 CAAAGCAAAGCTTAAAAAGCTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTCTGTGCATAATATATGAAAACA
1 CAAAGCAAAGCATAAAAAGCTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAACA
* *
27700 AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCATAAATGACA-CCAAAATACCA
66 AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAATGACATCC-AAATATCA
* * * * * *
27764 ACACCATCCCACAAATTCCCTGCAATGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAA
130 ACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAATATCCATGAATACTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAA
* * ** *
27829 GTATG-AAAACTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTCCATTTGTGCAGATGGTTT
195 GTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTGAAATTGTGCAGATGGTTT
* * * *
27893 TTATGCCCATAATTGTTCAGAAAGAAAATTTTGATATTTTATGCTCCAAAATCCTTCATAACCTA
259 TTATGCCCATAATTGTTTAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACATA
* * *
27958 CACCTAACACTGAGAAAAATAAAAACAAATGCAAGTTATAATGTT-TC-TGCATTTGAACCAGTT
324 CACTTAACACTGAGAAAAATAAAAACAAATGCAAGTTACAATGTTGACGTG--TTTGAACCAGTT
* *
28021 TAAAACATTGGATTCAAGATATTGATTT-CTATTTAAAGACTTGCTAAAACAATATTTCATACTT
387 TAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTAC-ATTTAAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATACTT
* *
28085 TTAAGGCT-ACCTCCAGTAG-AATTGTTTTT
451 TTAAAGCTCA-CTCCAGCAGAAATTG-TTTT
* *
28114 CAAAGCAATGCAT-AAAAGCCTT-GAAAAGATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAAC
1 CAAAGCAAAGCATAAAAAG-CTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAAC
* * *
28177 ATGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAAATGACATACGAATATC
65 AAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCAC-AAATGACATCCAAATATC
* * *
28242 AACAGCATCCCATAAATTCCCTGGAATATCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATTTAAAGCAAATA
129 AACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAATATCCATGAATACTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATA
** * * *
28307 AGTATGAAAAATTAAAATTTTGTAAATAGTTTTTATATCATAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTT
194 AGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTT
* *
28372 TAAAGCCCATAATTGTTTAGAAACAAAATTTT-AGTATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACAT
259 TTATGCCCATAATTGTTTAGAAACAAAATTTTGA-TATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACAT
28436 ACACTTAACA
323 ACACTTAACA
28446 TCGTAAAAAA
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 105, Indels: 33
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
478 106 0.15
479 226 0.33
480 231 0.34
481 126 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (479 bp):
CAAAGCAAAGCATAAAAAGCTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAACA
AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAA
CAGCATCCCACAAATTCCCTGGAATATCCATGAATACTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAG
TATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTT
ATGCCCATAATTGTTTAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACATACA
CTTAACACTGAGAAAAATAAAAACAAATGCAAGTTACAATGTTGACGTGTTTGAACCAGTTTAAA
ACATTGGATTCAAGATATTCATTTACATTTAAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATACTTTTAAA
GCTCACTCCAGCAGAAATTGTTTT
Found at i:28473 original size:479 final size:479
Alignment explanation
Indices: 27157--28473 Score: 1572
Period size: 479 Copynumber: 2.8 Consensus size: 479
27147 CCTTGCAAAG
* * * * * * *
27157 CAAAACAAAACAT-AAAAGCTTAAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTTTGCATAATGTA-CT-AACA
1 CAAAGCAAAGCATAAAAAGCTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAACA
* * * * ** *
27219 AGTTAGCACATAGTTAATCGCATGAAGCGCTGATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATAAA
66 AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAA
** * * **
27284 CAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCA-CTCATGACTACTCCTAAAAGTTAATCTAAAGCAAATAA
131 CAGCATCCCACAAATTCCCTGGAATATC-CATGAATACTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAA
* * * * **
27348 TTTTGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGGAATTGTGCAAATATTTTT
195 GTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGAT-GGTTT
* * ** *
27413 TTATGTCCATAATT-TTTCAGAAACAAAATTTTGATATTTCAAGCTCCAAAATATTTCATAACTT
259 TTATGCCCATAATTGTTT-AGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACAT
** * * * * * * * * ***
27477 ATGCTTAAAATTGTTAGAAATGAAACCCAATGCAAGTTACCATGTTGACGTGTTTGAGTGAGTTT
323 ACACTTAACATCGTAAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTTACAATGTTGACGTGTTTGAACCAGTTT
27542 AAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTACATTTAAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATACTTTT
388 AAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTACATTTAAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATACTTTT
27607 AAAGCTCGACTCCAGCAGAAATTGTTTT
453 AAAGCTC-ACTCCAGCAGAAATTGTTTT
* * *
27635 CAAAGCAAAGCTTAAAAAGCTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTCTGTGCATAATATATGAAAACA
1 CAAAGCAAAGCATAAAAAGCTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAACA
* *
27700 AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCATAAATGACA-CCAAAATACCA
66 AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAATGACATCC-AAATATCA
* * * * * *
27764 ACACCATCCCACAAATTCCCTGCAATGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAA
130 ACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAATATCCATGAATACTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAA
* * ** *
27829 GTATG-AAAACTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTCCATTTGTGCAGATGGTTT
195 GTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTGAAATTGTGCAGATGGTTT
* * * *
27893 TTATGCCCATAATTGTTCAGAAAGAAAATTTTGATATTTTATGCTCCAAAATCCTTCATAACCTA
259 TTATGCCCATAATTGTTTAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACATA
* * * *
27958 CACCTAACA-C-TGAGAAAAA-TAAAAACAAATGCAAGTTATAATGTT-TC-TGCATTTGAACCA
324 CACTTAACATCGT-A-AAAAATTAAAACCAAA-GCAAGTTACAATGTTGACGTG--TTTGAACCA
* *
28018 GTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGATTT-CTATTTAAAGACTTGCTAAAACAATATTTCATA
384 GTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTAC-ATTTAAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATA
* *
28082 CTTTTAAGGCT-ACCTCCAGTAG-AATTGTTTTT
448 CTTTTAAAGCTCA-CTCCAGCAGAAATTG-TTTT
* *
28114 CAAAGCAATGCAT-AAAAGCCTT-GAAAAGATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAAC
1 CAAAGCAAAGCATAAAAAG-CTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAAC
* * *
28177 ATGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAAATGACATACGAATATC
65 AAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCAC-AAATGACATCCAAATATC
* * *
28242 AACAGCATCCCATAAATTCCCTGGAATATCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATTTAAAGCAAATA
129 AACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAATATCCATGAATACTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATA
** * * *
28307 AGTATGAAAAATTAAAATTTTGTAAATAGTTTTTATATCATAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTT
194 AGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTT
* *
28372 TAAAGCCCATAATTGTTTAGAAACAAAATTTT-AGTATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACAT
259 TTATGCCCATAATTGTTTAGAAACAAAATTTTGA-TATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACAT
28436 ACACTTAACATCGTAAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTT
323 ACACTTAACATCGTAAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTT
28474 TAAAACATTA
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 106, Indels: 45
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
478 107 0.15
479 244 0.34
480 232 0.33
481 127 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (479 bp):
CAAAGCAAAGCATAAAAAGCTTAGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGTAAACA
AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAA
CAGCATCCCACAAATTCCCTGGAATATCCATGAATACTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAG
TATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTT
ATGCCCATAATTGTTTAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACATACA
CTTAACATCGTAAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTTACAATGTTGACGTGTTTGAACCAGTTTAAA
ACATTGGATTCAAGATATTCATTTACATTTAAAGACTTGCTAAAACAATAATTCATACTTTTAAA
GCTCACTCCAGCAGAAATTGTTTT
Found at i:30529 original size:478 final size:477
Alignment explanation
Indices: 29567--30556 Score: 1422
Period size: 478 Copynumber: 2.1 Consensus size: 477
29557 ATTTAAATAA
*
29567 TTTTCAAAGCAAAACATAAGAGCTTCAAAAGA-ATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAA
1 TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAA-ACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAA
* * * *
29631 AACAAGTTAACACATAGTTAATCGCACCATGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACTTCCAAATA
65 AACAAGTTAACACACAGTTAATCGCACCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATA
** * *
29696 TCAATTGCATCACACAACTTTCCTAGAGCATTCATCAATCCACCTAAAATGCATCTAAAGCAAAT
130 TCAACAGCATCACACAAATTCCCTAGAGCATTCATCAATCCACCTAAAATGCATCTAAAGCAAAT
*
29761 AAGTATGAAAAATGAAAATACTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGCTGGTT
195 AAGTATGAAAAATGAAAATACTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGCTAGTT
* *
29826 TTTATGCCCATAATTGTCCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATACTTA
260 TTTATGCCCATAATTGTCCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAACCTCCAAAATCCTTCAGACTTA
** *
29891 CACTTAACATTGAGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATAATGCTTCTATATTTAAGCAAGCTTA
325 CACTTAACACAGAGAAAAATTAAAACCAATCCAAGTTATAATGCTTCTATATTTAAGCAAGCTTA
* * * *
29956 AAACATTAGATTCAAGATATTTATTTGGTTTTAAAATCTTGCTAATAAAATATTTCAAACTTTTA
390 AAACATTAGATTCAAGATATTCAGTTCGATTTAAAATCTTGCTAATAAAATATTTCAAACTTTTA
*
30021 AAACTCGACTCTAGCAGAAATGG
455 AAACTCGACTCCAGCAGAAATGG
* *
30044 TTTTCAAAGCATACCATAAAAGCTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAA
1 TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAA
* **
30109 ACAAGTTAGCACACAGTTAATCGC-CTCAAGCACGGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATA
66 ACAAGTTAACACACAGTTAATCGCAC-CAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATA
* ** *
30173 TCAACAGCATCCCACAAATTCCCT-GAAGCATTCATGTATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAA
130 TCAACAGCATCACACAAATTCCCTAG-AGCATTCATCAATCCACCT-AAAATGCATCTAAAGCAA
* *
30237 ATAAGTATGAAAAATTAAAAT-C-GCACAAATGGTTTTTATATCACAATTTG-AATTGTGCAGGT
193 ATAAGTATGAAAAATGAAAATACTG--CAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGCT
* * *
30299 AGTTTTTATGCCCATAATTGTCTAGAAACGAAAATTTT-CTATTTTAACCTCCGAAATCCTTCAA
256 AGTTTTTATGCCCATAATTGTCCAGAAACG-AAATTTTGATATTTTAACCTCCAAAATCCTTC-A
* * * * *
30363 GACTTATACTTAACACAGTGAAAAATTAAAACCAATCCAAGTTATCATG-TTCCTATGTTTGAGC
319 GACTTACACTTAACACAGAGAAAAATTAAAACCAATCCAAGTTATAATGCTT-CTATATTTAAGC
* * * *
30427 AAGTTTAAAACATTGGATTTAAGATATTCAGTTCGATTTAAAATGTTGCTAA-AACAATATTTCA
383 AAGCTTAAAACATTAGATTCAAGATATTCAGTTCGATTTAAAATCTTGCTAATAA-AATATTTCA
*
30491 TACTTTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATGG
447 AACTTTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATGG
*
30522 TTTTCAAATCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATT
1 TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATT
30557 AGCACGCAGT
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 47, Indels: 19
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
476 4 0.01
477 215 0.47
478 237 0.52
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (477 bp):
TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAA
ACAAGTTAACACACAGTTAATCGCACCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATAT
CAACAGCATCACACAAATTCCCTAGAGCATTCATCAATCCACCTAAAATGCATCTAAAGCAAATA
AGTATGAAAAATGAAAATACTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGCTAGTTT
TTATGCCCATAATTGTCCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAACCTCCAAAATCCTTCAGACTTAC
ACTTAACACAGAGAAAAATTAAAACCAATCCAAGTTATAATGCTTCTATATTTAAGCAAGCTTAA
AACATTAGATTCAAGATATTCAGTTCGATTTAAAATCTTGCTAATAAAATATTTCAAACTTTTAA
AACTCGACTCCAGCAGAAATGG
Found at i:30959 original size:435 final size:434
Alignment explanation
Indices: 30150--30991 Score: 1193
Period size: 435 Copynumber: 1.9 Consensus size: 434
30140 ACGGATAACG
* ** *
30150 ATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGAAGCATTCATGTATCCT
1 ATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCAAAAATTCCCTGAAGCATTCATCAAGCCT
* *
30215 CCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGCACAAATGGTTTTTATATCA
66 CCTAAAAATGCATCTAAAGCAAAGAAGCATGAAAAATTAAAATCGCACAAATGGTTTTTATATCA
* * * * * * * ** *
30280 CAATTTGAATTGTGCAGGTAGTTTTTATGCCCATAATTGTCTAGAAACGAAAATTTTCTATTTTA
131 CAATTTGAATTGGGCAGATAGTTTTTATGCACACAACTGTCCAGAAACAAAAATTTGATATTATA
* * *
30345 ACCTCCGAAATCCTTCAAGACTTATACTTAACACAGTGAAAAATTAAAACCAATCCAAGTTATCA
196 ACCTCCAAAATCCTTCAAGACTTACACTTAACACAGTGAAAAATTAAAACCAATACAAGTTATCA
* * * **
30410 TGTTCCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTTAAGATATTCAGTTCGATTTAAAATGTTG
261 TGTTCCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTAAGTTCGATCTAAAAACTTG
* *
30475 CTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAATCAAAACATA
326 CTAAAACAATATTTCATACTCTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATA
30540 AAAGCTTCAAAAACATTAGCACGCAGTTAATCGAATGAAGCACA
391 AAAGCTTCAAAAACATTAGCACGCAGTTAATCGAATGAAGCACA
* * * *
30584 ATTTCACAAATGACATCCATATATCAATAGCATCCCAAAAATTCCCTGGAGCATTCTTCAAGCCT
1 ATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCAAAAATTCCCTGAAGCATTCATCAAGCCT
* * * * ** *
30649 CCTAAAAATGGATCTAAAGCTAGGCAGCATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATGTCA
66 CCTAAAAATGCATCTAAAGCAAAGAAGCATGAAAAATTAAAATCGCACAAATGGTTTTTATATCA
* *
30714 CCATTTGAAATTGGGCATATAGTTTTTATGCACACAACTGTCCAGAAACAAAAATTTGATATTAT
131 CAATTTG-AATTGGGCAGATAGTTTTTATGCACACAACTGTCCAGAAACAAAAATTTGATATTAT
* * * * *
30779 AAGCTCCAAAATCCTTCATA-ACTTACACTTTACACTGTGTAAAATTGAAACCAATACAAGTTAT
195 AACCTCCAAAATCCTTCA-AGACTTACACTTAACACAGTGAAAAATTAAAACCAATACAAGTTAT
* * *
30843 CATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGTATTCAAGATATTAA-TTTGCATCTAAAAAC
259 CATGTTCCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTAAGTTCG-ATCTAAAAAC
* * *
30907 TTGCTAAAACAATATTTCATACTCTTAAAGCTTGACTCCAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAAC
323 TTGCTAAAACAATATTTCATACTCTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAAC
30972 ATAAAAGCTTCAAAAACATT
388 ATAAAAGCTTCAAAAACATT
30992 GAGCTTTGAG
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 50, Indels: 5
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
434 122 0.34
435 232 0.65
436 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (434 bp):
ATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCAAAAATTCCCTGAAGCATTCATCAAGCCT
CCTAAAAATGCATCTAAAGCAAAGAAGCATGAAAAATTAAAATCGCACAAATGGTTTTTATATCA
CAATTTGAATTGGGCAGATAGTTTTTATGCACACAACTGTCCAGAAACAAAAATTTGATATTATA
ACCTCCAAAATCCTTCAAGACTTACACTTAACACAGTGAAAAATTAAAACCAATACAAGTTATCA
TGTTCCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTAAGTTCGATCTAAAAACTTG
CTAAAACAATATTTCATACTCTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATA
AAAGCTTCAAAAACATTAGCACGCAGTTAATCGAATGAAGCACA
Found at i:31334 original size:482 final size:478
Alignment explanation
Indices: 30548--31597 Score: 1665
Period size: 482 Copynumber: 2.2 Consensus size: 478
30538 TAAAAGCTTC
* *
30548 AAAAAC-A-TTAGCACGCAGTTAATCGAATGAAGCA-C----A-ATTTCACAAATGACATCCATA
1 AAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGAATGAAGCACCGATAACATTTCACAAATGACATCCAAA
*
30605 TATCAATAGCATCCCAAAAATTCCCTGGAGCATTCTTCAAGCCTCCTAAAAATGGATCTAAAGCT
66 TATCAACAGCATCCCAAAAATTCCCTGGAGCATTCTTCAAGCCTCCTAAAAATGGATCTAAAGCT
* * *
30670 AGGCAGCATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATGTCACCATTTGAAATTGGGCATATA
131 AGGAAGCACGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACCATTTGAAATTGGGCATATA
30735 GTTTTTATGCACACAACTGTCCAGAAACAAAAATTTGATATTATAAGCTCCAAAATCCTTCATAA
196 GTTTTTATGCACACAACTGTCCAGAAACAAAAATTTGATATTATAAGCTCCAAAATCCTTCATAA
30800 CTTACACTTTACACTGTGTAAAATTGAAACCAATACAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAG
261 CTTACACTTTACACTGTGTAAAATTGAAACCAATACAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAG
* *
30865 TTTAAAACATTGTATTCAAGATATTAATTTGCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACT
326 TTTAAAACATTGGATTCAAGATATTAATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACT
* *
30930 CTTAAAGCTTGACTCCAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACATTGAG
391 CTTAAAGCTTGACTCCAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTAAAAAACATGGAG
* *
30995 CTTTGAGTTTTTGTATAATGTAT
456 CTTTGAGTTTGTGCATAATGTAT
31018 AAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGAATGAAGCACCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAA
1 AAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGAATGAAGCACCGATAAC-ATTTCACAAATGACATCCAA
* *
31083 ATATCAACAGCATCCCAAAATTTCTCC-GGGGCATTCTTCAAGCCTCCTAAAAATGCG-TCTAAA
65 ATATCAACAGCATCCCAAAAATTC-CCTGGAGCATTCTTCAAGCCTCCTAAAAATG-GATCTAAA
*
31146 GCTAGGAAGCACGAAAAATTAAAAATCGTGCAAATGGTTTTTTTATATCACCATTTGAAATTGTG
128 GCTAGGAAGCACGAAAAATT-AAAATCGTGCAAATGG--TTTTTATATCACCATTTGAAATTGGG
* * * *
31211 C-TGATAGTTTTTATGCACACAATTGTCCAGAAACGAAATTTTGATATTATAAGCTTCAAAATCC
190 CAT-ATAGTTTTTATGCACACAACTGTCCAGAAACAAAAATTTGATATTATAAGCTCCAAAATCC
*
31275 TTCATAACTTACACTTTACACTGTGTAAAATTGAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTT
254 TTCATAACTTACACTTTACACTGTGTAAAATTGAAACCAATACAAGTTATCATGTTCCTGTGTTT
* *
31340 GAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATTTTCATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATT
319 GAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTAATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATT
*
31405 TCATACTCTTAAAGCTTGACTCCAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCCAAACATAAAAGCTTAAAAAA
384 TCATACTCTTAAAGCTTGACTCCAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTAAAAAA
31470 CATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTAT
449 CATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTAT
* * *
31500 AAAAATAAGTTAGCACACGGTTAATC-ACATCAAGCACCGATAACAATTTCACAAATGACATCCA
1 AAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGA-ATGAAGCACCGATAAC-ATTTCACAAATGACATCCA
** * *
31564 AATATCAACAGCATCAGACAAATTCCATGGAGCA
64 AATATCAACAGCATCCCAAAAATTCCCTGGAGCA
31598 CACATGACTC
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 33, Indels: 22
0.91 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
470 6 0.01
471 1 0.00
472 26 0.05
473 1 0.00
477 1 0.00
479 92 0.17
480 19 0.04
481 3 0.01
482 381 0.72
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.14, T:0.29
Consensus pattern (478 bp):
AAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGAATGAAGCACCGATAACATTTCACAAATGACATCCAAA
TATCAACAGCATCCCAAAAATTCCCTGGAGCATTCTTCAAGCCTCCTAAAAATGGATCTAAAGCT
AGGAAGCACGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCACCATTTGAAATTGGGCATATA
GTTTTTATGCACACAACTGTCCAGAAACAAAAATTTGATATTATAAGCTCCAAAATCCTTCATAA
CTTACACTTTACACTGTGTAAAATTGAAACCAATACAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAG
TTTAAAACATTGGATTCAAGATATTAATTTCCATCTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACT
CTTAAAGCTTGACTCCAGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTAAAAAACATGGAG
CTTTGAGTTTGTGCATAATGTAT
Found at i:33877 original size:446 final size:445
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33034 GTCCAGATGA
** *
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1 TTTTTATGTGCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAAC
* * * * * * * * *
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* * * * *
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131 TTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTT
* * * *
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196 TTA-AAGCTCGACTCC-ATCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTC-AAAACATTGA
** * * *
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258 GCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGAT
* ** * * *
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* * *
33432 TCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATAAAAATCGGGCAAATGT
388 TCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGG
* *
33490 TTTTTATGTGCATAATTGTTCAGAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCTCCAAAATGCTTCATAAC
1 TTTTTATGTGCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAAC
* * *
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66 TTACACTTAACACTGTGAAAAAATAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGT
* * * * *
33620 TTAAAACACTGGATTCAAGCTATTCATTTCCACTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCAAAATT
131 TTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTT
* * *
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196 TTAAAGCTCGACTCCATCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAA-CATTGAGC
** * * **
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260 TTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT-CGCATCAAGCGCCGATA
* * * * * * * * *
33814 ACAATTTCATAACTGACATCCGACTATCAACAGCATCCCACAAACTCCCTGCAACGTTCATGAAT
324 ACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAAT
* * * **
33879 CCCCCTAAAAATGTATCTAAAGCAAATTAGGGTGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGG
389 CCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGG
* * * * **
33936 TTTTTAT-TGCA-CATTTTTCA-AATTGCGCAGATGGTTTTTTTGCCCATAATTGTTTAGAAAT-
1 TTTTTATGTGCATAATTGTTCAGAA--ACG-A-A-----ATTTTG---AT-A-T-TTTA-AGCTC
* * * *
33997 CAAAAT-TTTGATAACTTACACTTAATACTGAG-AAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTT
50 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAAAT-AAAACCAATGCAAGTTATCATGTT
* * *
34060 -TCTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTTCTA
114 CT-TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
* * * * *
34124 AAACATTATTTCATACGTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAATTGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAA
178 AAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCATCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAA
** *
34189 GCTTTCAAAACATTGAGCTTTGAGTTTTGTGCATAATATATGAAAACTTGTTAGCACATAGTTAA
243 GC-TTCAAAACATTGAGCTTTGAG-TTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * *
34254 TCTCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAAAAGTATCCCACAAATTC
306 TCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
* * * * * * *
34319 CATGGAGCGTTAATGAATCCTCCTAAAAATGGATCTAAAGTAGATAAGTAT-AAAAATTTAAATC
371 CCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATC
*
34383 GTTCAAATGG
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* *
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1 TTTTTATGT-GCA-----T-AA---T-T-G-----------T-TC-AGAAACGAAATTTTGATAT
* *
34458 TTTAAGCTCTC-AAATCCTTCATAACTTACACTTGACACTGT-AAAAAATTAAAACCAAAGCAAG
41 TTTAAGCTC-CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAAA-TAAAACCAATGCAAG
* * * *
34521 TTATTATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTGTAGAACATTGGATTCAAGATA-TCAATTTCC-TTCAA
104 TTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTC-ATTTCCATTTAA
* *
34584 AAACTTGCTAAAA-ATATATTTCATACTTTTAAAAGCTCGACTCC-TGCAGGAATGGTTTTTAAA
168 AAACTTGCTAAAACA-ATATTTCATACTTTT-AAAGCTCGACTCCAT-CAGAAATGGTTTTCAAA
* *
34647 GCAAAACATAAAAGCTACAAAAAACA-TGAAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTAT--AAACAAGT
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* ** * * * *
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292 TAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAG
* * * **** *
34774 CATCCCACAAATTCCTTGGAGCACTTC-TGAATTCTCC-AAATAATGCA---AATGGTTTTTA-T
357 CATCCCACAAATTCCCTGGAGCA-TTCATGAATCCTCCTAAA-AATGCATCTAAAGCAAATAAGT
* * * * * *
34833 ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGG
420 ATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGG
* * * * **
34859 GTTTTATG-GCCATAATTGGTCAGAAACCAAATTTTGATAATTTAAGCTCCAAAATCCTTCACGA
1 TTTTTATGTG-CATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAA
* * * *
34923 CTTACACTTAAAACTGTG-AAAAATGAAAAGCAATGCAAGTTATCATGTTGC-TGTGTTTGTGCG
65 CTTACACTTAACACTGTGAAAAAAT-AAAACCAATGCAAGTTATCATGTT-CTTGTGTTTGAGCA
* * * *
34986 ACTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACATT-CCAAAACAATATTTCGT
128 AGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAAC-TTGCTAAAACAATATTTCAT
* * *
35050 ACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAAGCTTCGAAAACAT
192 ACTTTTAAAGCTCGACTCCATCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAAAGCTTC-AAAACAT
* *
35115 TGAGCTTTGAGTTTGCGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACC
255 TGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCC
* * ** * * * * * *
35180 GATAATGATCTCACAAATGATTTCCAATTATCAACAGCATGCCAGAGATTACCTGGAGCACT-AT
320 GATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCA-
* * *
35244 TGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATAAAAAATTAGAACCGTGCAAATGG
384 TGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGG
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TTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTT
TTAAAGCTCGACTCCATCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAACATTGAGCT
TTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAAC
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TCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGG
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1 TTG
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TTGTCTAGAAACAAAATT
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37535 TCACAATTTG
* * * * *
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* * * * *
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** * * * **
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* * * * * ** *
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* * *
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261 TCAAAAACGATGAGCTTTGAGTTTGCGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTC
* * * * * * *
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*
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* *
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* * * *
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*
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* ** * *
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* * **
38247 TTCAAAAAC-ATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATGATATATGAAAACTTGTTAGCACACAGTTAATC
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*
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* * * * *
38374 CATGGAGCATTAATGCATCCTCTTAAAAATGCATCTAAAGTAGATAAGTATGAAAAATTA
388 C-TGGAGCACTAATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTA
38434 AAATCCGGTG--AATGGTTTTTATG
1 AAAT-C-GTGCAAATGGTTTTTATG
38457 TCACATTTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (446 bp):
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TCAAAAACGATGAGCTTTGAGTTTGCGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTC
ATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGAATTCCAAAAATCAAAAGCATCCCACAAATTACCTG
GAGCACTAATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTA
Found at i:40290 original size:480 final size:480
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37981 TGAAAAATTA
* * * * *
37991 AAATCGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAGTTGTTTAGAAACGAAATTCTGATATTTTAAGCTCC
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* * * * * * * *
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** *
38119 ACTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA
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* * * ** * * *
38184 C-ATATTTCAAAATTTTAAAGCTCAACTCCAGTGGAAATGGTTTTTAAAGCAAAACCTAAAAGCT
196 CAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCT
* **
38248 TCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATGATATATGAAAACTTGTTAGCACACAGTTAATCTC
261 TC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTC
* * * * * *
38313 ATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATTCAAAAATCAAAAGTATCCCACAAATTCCATG
325 ATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTG
* * * **
38378 GAGCATTAATGCATCCTCTTAAAAATGCATCTAAAGT-AGATAAGTATGAAAAATTAAAATCCGG
390 GAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCATG
** * *
38442 TGAATGGTTTTTATGTCACATTTTTT
455 CAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * * * *
38468 AAATTGGGCTGATGGTTTTTGTGCCCATAATTGTTGAGAAAC-AAAATTTGATATTTTAAGCTCC
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* * * *
38532 CAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTTATCATG-TTC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTC
* * * *
38596 TTGTGTTTGAACAAGTTTAAAA-ATTGGATTCAAGATATCCATTT-CTTTCTAAAAACTTGCTAA
131 -TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATT-TAAAGACTTGCTAA
* * * * * * * *
38659 AA-ATATATTTCATACTTTTAAAACTTGACTTCTGTAGGAATGATTTTCAAAACAATA-CATAAA
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* * *
38722 AG-TGACAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTAT--AAACAAGTTTGCACACAGTTA
257 AGCT-TC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTA
* *** * *
38784 ATCACATCAAGCGCTGGTAACGATTTCACAAATGGCATCCAAATATCAACAGCATCACACAAATT
320 ATCTCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATT
* * * * * *
38849 ACCTGGAGCACTCATGAATTCTTCTAAAAATGCATCTAAAGTAAAAATAAGTATGAAAAATTAAA
385 CCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGT-CAGATAAGTATGAAAAATTAAA
*
38914 ATCATGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTG
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* * *
38945 AAATTGGGCAGATGGGTTTTATGCCCATAATTGTTCATAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * *
39010 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAACTGTGAAAAATGAAGACTAATGCAAGTTATCATGTTGC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTC
* *
39075 TGTGTTTGTGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTTGCCAAA
131 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGAC-TTGCTAAA
*
39140 ACAATATTTCATACTTTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAAGCAAAGCATAAAAA
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTC-AAAGCAAAGCAT-AAAA
* **
39205 GCTTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGCT-CATAATATATGAAAACAAGTTAGCACATTGTTAA
258 GCTTC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTG-TGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * ** ** * *
39269 TCACATCAAGTGCGGATAACGATTTCACAAATGATTTCCAAATATCAACAGCATGCCACAAATTA
321 TCTCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
* * * * *
39334 CATGGAGCACTCATGAATCCTTCTAAAAATGCATCTAAA-CCAAATAAGTATGAAAAATTAAAAT
386 CCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAAT
* * *
39398 CGTGCAAATGTTTTTTATATCACA-ATTTG
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* * ** *
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1 AAATTGT-GCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
* ** * *
39491 CAAAATACTTCATAACTTACACCCAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTC
65 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTT
* * *
39556 CTGTATTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTTTTATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATA--TTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTA
* * * * * * * *
39621 AAAGAATATTTGAAAATTTTAAAGCTCAACTCCAGAAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAT
193 AAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAA
* **
39686 GCCTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACTTGTTAGCACACAGTTAAT
258 GCTTC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* * * * *
39751 CTCATCAAGTGTCAATAACAATTTCACAATTGACATCCAAATA-CAAACAGCAACCCACAAATTC
322 CTCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATC-AACAGCATCCCACAAATTC
* * * *
39815 CCTGCAACGTTCATGAATCCCCCTAAAAATGCATCTAAA-TCAGATAAGTATG-AAAATTAAAAT
386 CCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAAT
* ** *
39878 CATGCAAATGGTTTTTATAGCGTATTTTTT
451 CATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
*** * * * *
39908 AAATTACACATATGGTTTTTTTGCCCATAATTGTTCAGAAAATGAAATTTTGATAGTTTAAGC-C
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAG-AAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
* *
39972 CAAACTCCTTCATAACTTACACTTAACACTGAGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTT
65 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTT
* * * * *
40037 CTGTGTTTAAGCGAGTTTAAAACATTGGATTCAACATATACATTTCCATTTAAAGACTTTGCCAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGAC-TTGCTAA
* *
40102 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCTAGCAGAATTGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
194 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
* ** *
40167 CTTCAAAAGCATGGAGCTTTGAGTTTGTACATAATATATGAAAACTTGTTAGCACAAAGTTAATC
259 CTTCAAAA-CATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* * *
40232 TCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATGAAAAGCATCCCACAAATTCCA
323 TCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
* * * * *
40297 TGGACCATTAATAAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGT-AGATAAGTAAGGAAAATTAAAATCA
388 TGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCA
* * *
40361 TGCGAATGGCTTTTATGTCACATTTTTG
453 TGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * * * *
40389 AAATTGTGTAGATGGTTTTAATGCCCATAAGTGTTCAGAAACAAAATTTTGATATTTTAAGCGCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * * *
40454 CAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAGTGTAAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTTATCATG-TTC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTC
* * * * *
40518 TTGTGTTTGAACAAGTTTAAAACATCGGATTCATGATATCCATTTCC-TTCTAAAAACTTGCTAA
131 -TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATT-TAAAGACTTGCTAA
* * * *
40582 AA-ATATATTTTATACTTTTAAAGCTCGACTCCTGCAGGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAA
194 AACA-ATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAA
* *
40646 GCTACAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTAT--AAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
258 GCTTC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* ** * ** * * * * * *
40709 CGCATCAAATGTCAGCAATGATTTCATAAATGGCATCCAAATATTAACAGCATCCCACAAGTTTC
322 CTCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * *
40774 CTGGAGCACTCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTAAG-TAAGTATGAAAAATTAAAATC
387 CTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATC
* *
40838 ATGCAAATGGTTTTCATATCACA-ATTTG
452 ATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * *
40866 AAATTGTGCAGATGGGTTTTATGACCATAATTGTTCAGAAACGAAATATTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * *
40931 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAACTTTGAAAAATGAAAACTAATGCAAGTTATCATGTTGT
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTT-T
* * * * *
40996 -TGTGTTTGTGCAAGTTTAAAACATTTGATTCAAGATATTCGTTTCCATTTAAAGACTAGCCAAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
* *
41060 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAATTGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGG
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGC
* ** *
41125 TTCAAAAAGATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACTTGTTAGCACAAAGTTAATCT
260 TTC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCT
** * * *
41190 CATCAAGCGCTGATAACAATTTCACAAATGGCATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCAT
324 CATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCT
* * * * * **
41255 GGAGCGTTAATG-A-CCTCTTAAAAACGCATCTAAAGT-AGATAGGTATGAAAAATTAAAATCGG
389 GGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCAT
** *
41317 GTGAATGGTTTTTATGTCACATTTTTG
454 GCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
**
41344 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCTTATAATTGTTCAGAAAC-AAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * *
41408 CAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTAAAACCAAAGCAAGTTATCATG-TTC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTC
* * * * *
41472 TTGTGTTTAAACAAGTTTAAAACATTGTATTCAAGATATCCATTTTCC-TTCTAAAAACTTGCTA
131 -TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCA-TTTCCATT-TAAAGACTTGCTA
* * *
41536 AAA-ATATATTTCAT-CTTTTAAAGCTCGACTCCTGTAGGAATGGTTTT-----CAAAG----AA
193 AAACA-ATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAA
* *
41590 A---T----ACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTAT--AAACAAGTTAGTACACAGTTAAT
257 AGCTTCAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
*** * *
41646 -TGCATCAAGCGCTGGTAACGATTTCACAAATGGCATCCAATATATCAACAGCATCTCACAAATT
322 CT-CATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAA-ATATCAACAGCATCCCACAAATT
* * *** *
41710 CCCTGGAGCACTCATGAATTCTCCTAAAAGCACATCTAAAGT-AAATAAGTATGAAAAATTAAAA
385 CCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAA
* * * *
41774 TTACGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATCTG
450 TCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * * *
41804 AAATTGTGCAGATGG-TTTTATGCCCATAATTATTCATAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* *
41868 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAAAACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTGC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTC
* *
41933 TGTGTTTGTGCGAA-TTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGC-CAA
131 TGTGTTTGAGC-AAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
* *
41996 ACAATATTTCATACTTTTAAAACTTGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGC
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGC
* * *
42061 TTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGCGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCG
260 TTC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCT
* * ** * * * *
42126 CATCAAACGCCAATAACAATTTCACAAATGATTTCCAAATATTAACAGCATGCCATAAATTACCT
324 CATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCT
* * * *
42191 AGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGT-AAATAAGTACGAAAAATTAAAATCAT
389 GGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCAT
* *
42255 GCAAATGGTTTTTGTATCACA-ATTTG
454 GCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * * * *
42281 AAATT-TAGCAAATCGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAACGAATTTTTTATATTTTAAGCTC
1 AAATTGT-GCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
* * ** * *
42345 CAAAATACTTCATAACTTATACCCAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTC
65 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTT
* *
42410 CTGCGTTTGAGCAAATTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
* * * *
42475 ACAATATTTGATACTTTTAAATCTCGACTCCAGTAGAAATGATTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGC
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGC
* * * * * *
42540 TTTGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATTAAAACAGGTTTGCACACGGTTAATCT
260 -TTCAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCT
* * *
42605 AATCAAGTGCCCATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCC
324 CATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATT-CCC
* * * *
42670 T-AAGCGTTCATGAATCCTCCTAATAATGCATCTAAAG-CAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCG
388 TGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCA
* *
42733 TGCAAATGGTTTTTACATCACATTTTTT
453 TGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * *
42761 TAATTGTGCACATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * *
42826 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAATGAAAATCAATGCAAGTTATCACGTTGC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTC
** *
42891 TGTGTTTGAGTGAGCTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAAA
131 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAAA
* * *
42956 CAATATTTCATACTTTTAAATCTCGACTCCAACAGAAATGATTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGC-
196 CAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCT
* * *
43020 T-----C-T--A------AATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCATATAGTTAATCTCA
261 TCAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCA
* * * * **
43071 TCTAGCACCGATAACAATTTCACAAATGATGTCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGG
326 TCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGG
* * * *
43136 AGCGTTCATGAATCC-CCTTAAAAATGCATCTAAAG-CGGACAAGTATGAAAAATTAAAATCAGG
391 AGCATTCATGAATCCTCC-TAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCATG
*
43199 CAAATGGTTTTTATATCATATTTTTG
455 CAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* *
43225 AAATTGTGCAG-TGGCTTCTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAAATTTT-ATATTTTAAGCTC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACG-AAATTTTGATATTTTAAGCTC
* * * ** *
43288 CAAAATCCTTCATAATTTACACTTAAAACTGTAAAAAATGAAAACCAATGCATTTTATCATGTTC
65 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTT
* *
43353 CTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCA-TTCTGATTTCAAA-ACTTGCTA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTC-CATTT-AAAGACTTGCTA
* * * *
43416 AAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCAACTGCAGTC-GAATTGGTTTTCAAAGCTAAGCATAAA
193 AAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAG-CAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAA
* * * * * *
43480 AGCTTCGGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGTATAATATATGAGAATAAGTTAGCACATAGTTAA
257 AGCTTC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * * * **
43545 T-TGCATCAAGCACCGATAATGATTTTACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCTTAAATT
321 TCT-CATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATT
* *
43609 CCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCGTCTAAAG-CTA-AGAAGTATGAAAAATTAAA
385 CCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTC-AGATAAGTATGAAAAATTAAA
**
43672 ATTGTGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
449 ATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * *
43704 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTATAAATC-AAATTTTGATATTTTAAGCTA
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAA-CGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
* * * *
43768 CAAAATCCTTCATAACTTGCTCTTAACACTGCGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
65 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTT
* * *
43833 CTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCTTTTAAGGACTTGCTAAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
* * *
43898 ACAATATTTCATACTTTTAAATCTCAACTCCAGCA-AATATGATTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAA-ATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
* * * * *
43962 CTTCGAAAAAATTGACCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAGACAAGTTAGCACACAGCTAATC
259 CTTC-AAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* * * *
44027 TCATCAAGTGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAAAAGCATCCCACAAATTCCA
323 TCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
** *
44092 TTAAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAG-CAGATAAGTATGAAAAATTAAAACCA
388 TGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCA
* *
44156 TGCAAATAGTTTTTATAACACATTTTTG
453 TGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
*
44184 AATTTGTGCAGATGGTTTCTT-TGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
1 AAATTGTGCAGATGGTTT-TTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
* * *
44248 CAAAATCCTTCATAACTTTACACTTAACACAGTGAAAAAAGAAAACCAATGCATGTTATCAT
65 CAAAATCCTTCATAAC-TTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCAT
44310 ATTTATTTGA
Statistics
Matches: 5029, Mismatches: 682, Indels: 258
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
457 1 0.00
458 67 0.01
459 100 0.02
460 159 0.03
461 62 0.01
462 3 0.00
463 213 0.04
464 195 0.04
465 1 0.00
468 6 0.00
470 2 0.00
471 2 0.00
472 6 0.00
473 2 0.00
475 1 0.00
476 171 0.03
477 686 0.14
478 700 0.14
479 576 0.11
480 1123 0.22
481 508 0.10
482 266 0.05
483 49 0.01
484 130 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (480 bp):
AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTC
TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAAA
CAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCT
TCAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCA
TCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGG
AGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGC
AAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
Found at i:43256 original size:943 final size:946
Alignment explanation
Indices: 37991--48949 Score: 8792
Period size: 943 Copynumber: 11.4 Consensus size: 946
37981 TGAAAAATTA
* * * * *
37991 AAATCGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAGTTGTTTAGAAACGAAATTCTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * * * * * * *
38056 AAAATACTTCAT-A-TTACACCTAACACTATGAATAATTAGAACCAACGCAAGTTATCATGTTCC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTGC
** *
38119 ACTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA
131 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAAA
* * * ** * * *
38184 C-ATATTTCAAAATTTTAAAGCTCAACTCCAGTGGAAATGGTTTTTAAAGCAAAACCTAAAAGCT
196 CAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG--
* * * **
38248 TCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATGATATATGAAAACTTGTTAGCACACAGTTAATCTC
259 -C---ATCAT--A-C----AATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTC
* * * * * *
38313 ATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATTCAAAAATCAAAAGTATCCCACAAATTCCATG
313 ATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCATG
* * * * * *
38378 GAGCATTAATGCATCCTCTTAAAAATGCATCTAAAGTAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCCGGT
378 GAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCAGGC
* * * * * * *
38443 GAATGGTTTTTATGTCACATTTTTTAAATTGGGCTGATGGTTTTTGTGCCCATAATTGTTGAGAA
443 AAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAA
* *
38508 AC-AAAATTTGATATTTTAAGCTCCCAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTA
508 ACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTA
* * *
38572 AAACCAAAGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAACAAGTTTAAAA-ATTGGATTCAAGATATCC
573 AAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATCC
* * * * * *
38636 ATTT-CTTTCTAAAAACTTGCTAAAAATATATTTCATACTTTTAAAACTTGACTTCTGTAGGAAT
638 ATTTCCATT-TAAAAACTTGCTAAAAA-ATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGTAGAAAT
* * * *
38700 GATTTTCAAAACAATA-CATAAAAG-TGACAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTA-
701 GGTTTTCAAAGCAA-AGCATAAAAGCT-TCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATAT
* * * * * *
38762 T-AAACAAGTTTGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCTGGTAACGATTTCACAAATGGCATCCAA
764 TAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAA
* * * * *
38826 ATATCAACAGCATCACACAAATTACCTGGAGCACTCATGAATTCTTCTAAAAATGCATCTAAAGT
829 ATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAG-
* *
38891 AAAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATTTG
893 -CAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * *
38945 AAATTGGGCAGATGGGTTTTATGCCCATAATTGTTCATAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* *
39010 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAA-AACTGTGAAAAATGAAGACTAATGCAAGTTATCATGTTG
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAA-TGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
* *
39074 CTGTGTTTGTGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTTGCCAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGAC-TTGCTAA
*
39139 AACAATATTTCATACTTTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAAGCAAAGCATAAAA
194 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTC-AAAGCAAAGCAT-AAA
* * **
39204 AGCTTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGCTCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACATTGTTAA
257 AGCATC--ATACA---A--TTT--G--TG--CATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * ** * ** * *
39269 TCACATCAAGTGCGGATAACGATTTCACAAATGATTTCCAAATATCAACAGCATGCCACAAATTA
309 TCTCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
* * * *
39334 CATGGAGCACTCATGAATCCTTCTAAAAATGCATCTAAACCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATC
374 CATGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATC
* * * *
39399 -GTGCAAATGTTTTTTATATCACA-ATTTGAAATT-TAGCAAATGGTTTTTATGCCCACAATTGT
439 AG-GCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGT-GCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGT
** * * ** *
39461 TCAGAATTGACATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATACTTCATAACTTACACCCAACACTGTGAA
502 TCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAA
*
39526 AAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTATTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAG
567 AAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAG
** * * * *
39591 ATATTTTTATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAAGAATATTTGAAAATTTTAAAGCTCAACTCCAG
632 ATA--TCCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA-AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAG
* * * *
39656 AAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAATGCCTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAA
694 TAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAA
* ** * * * *
39721 TATATGAAAACTTGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGTCAATAACAATTTCACAATTGACA
759 TATATTAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACA
* * * * *
39786 TCCAAATA-CAAACAGCAACCCACAAATTCCCTGCAACGTTCATGAATCCCCCTAAAAATGCATC
824 TCCAAATATC-AACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATC
* * * ** *
39850 TAAATCAGATAAGTATG-AAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATAGCGTATTTTTT
888 TAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
*** * * * *
39908 AAATTACACATATGGTTTTTTTGCCCATAATTGTTCAGAAAATGAAATTTTGATAGTTTAAGC-C
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAG-AAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
* * * *
39972 CAAACTCCTTCATAACTTACACTTAACACTGAGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTT
65 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
* * * * *
40037 CTGTGTTTAAGCGAGTTTAAAACATTGGATTCAACATATACATTTCCATTTAAAGACTTTGCCAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGAC-TTGCTAA
* *
40102 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCTAGCAGAATTGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
194 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
* * ** *
40167 CTTCAAAAGCATGGAGCTTTGAGTTTGTACATAATATATGAAAACTTGTTAGCACAAAGTTAATC
259 CATC-ATA-CA---A--TTT--G--TG--CATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* * *
40232 TCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATGAAAAGCATCCCACAAATTCCA
311 TCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCA
* * * * * * *
40297 TGGACCATTAATAAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTAGATAAGTAAGGAAAATTAAAATCAT
376 TGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCAG
* * * * * *
40362 GCGAATGGCTTTTATGTCACATTTTTGAAATTGTGTAGATGGTTTTAATGCCCATAAGTGTTCAG
441 GCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAG
* * * *
40427 AAACAAAATTTTGATATTTTAAGCGCCCAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAGTGTAAAAAAT
506 AAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAAT
* * * * *
40492 TAAAACCAAAGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAACAAGTTTAAAACATCGGATTCATGATAT
571 TAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATAT
* * * *
40557 CCATTTCC-TTCTAAAAACTTGCTAAAAATATATTTTATACTTTTAAAGCTCGACTCCTGCAGGA
636 CCATTTCCATT-TAAAAACTTGCTAAAAA-ATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGTAGAA
* * *
40621 ATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTACAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTA-
699 ATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATAT
* * * * * * *
40685 T-AAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAATGTC-AGCAATGATTTCATAAATGGCATCCA
764 TAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGCCGA-TAACGATTTCACAAATGACATCCA
* * * * *
40748 AATATTAACAGCATCCCACAAGTTTCCTGGAGCACTCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAG
828 AATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAG
* * * *
40813 TAAGTAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTCATATCACA-ATTTG
893 CAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * *
40866 AAATTGTGCAGATGGGTTTTATGACCATAATTGTTCAGAAACGAAATATTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* *
40931 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAA-AACTTTGAAAAATGAAAACTAATGCAAGTTATCATGTTG
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAA-TGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
* * * * * *
40995 TTGTGTTTGTGCAAGTTTAAAACATTTGATTCAAGATATTCGTTTCCATTTAAAGACTAGCCAAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
*
41060 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAATTGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGG
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAA-G
** * ** *
41125 TTCAAAAAGATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACTTGTTAGCACAAAGTTAATCT
259 --C---ATCAT--A-C----AATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCT
** *
41190 CATCAAGCGCTGATAACAATTTCACAAATGGCATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCAT
312 CATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCAT
* * * * * * *
41255 GGAGCGTTAATG-A-CCTCTTAAAAACGCATCTAAAGTAGATAGGTATGAAAAATTAAAATCGGG
377 GGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCAGG
** * **
41318 TGAATGGTTTTTATGTCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCTTATAATTGTTCAGA
442 CAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGA
*
41383 AAC-AAATTTTGATATTTTAAGCTCCCAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATT
507 AACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATT
* * * * *
41447 AAAACCAAAGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTAAACAAGTTTAAAACATTGTATTCAAGATATC
572 AAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATC
* *
41512 CATTTTCC-TTCTAAAAACTTGCTAAAAATATATTTCAT-CTTTTAAAGCTCGACTCCTGTAGGA
637 CA-TTTCCATT-TAAAAACTTGCTAAAAA-ATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGTAGAA
*
41575 ATGGTTTT-----CAAAG----AAA---T-----ACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTA-
699 ATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATAT
* * * * *
41622 T-AAACAAGTTAGTACACAGTTAAT-TGCATCAAGCGCTGGTAACGATTTCACAAATGGCATCCA
764 TAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCT-CATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCA
* * * ***
41685 ATATATCAACAGCATCTCACAAATTCCCTGGAGCACTCATGAATTCTCCTAAAAGCACATCTAAA
828 A-ATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAA
* * * * *
41750 GTAAATAAGTATGAAAAATTAAAATTACGCAAATGGTTTTTATATCACA-ATCTG
892 GCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * * *
41804 AAATTGTGCAGATGG-TTTTATGCCCATAATTATTCATAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
41868 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAA-AACTGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAA-TGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
* *
41932 CTGTGTTTGTGCGAA-TTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGC-CA
130 CTGTGTTTGAGC-AAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAA
* *
41995 AACAATATTTCATACTTTTAAAACTTGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
194 AACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
* *
42060 CTTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGCGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
259 CATC--ATACA---A--TTT--G--T--GCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* * ** * * *
42125 GCATCAAACGCCAATAACAATTTCACAAATGATTTCCAAATATTAACAGCATGCCATAAATTACC
311 TCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATT-CC
* * * * *
42190 -TAGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTAAATAAGTACGAAAAATTAAAATCA
375 ATGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCA
* * * * * *
42254 TGCAAATGGTTTTTGTATCACA-ATTTGAAATT-TAGCAAATCGTTTTTATGCCCATAATTGTTT
440 GGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGT-GCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTC
* * * * ** *
42317 AGAAACGAATTTTTTATATTTTAAGCTCCAAAATACTTCATAACTTATACCCAACACTGTGAAAA
504 AGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAA
* *
42382 ATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGCGTTTGAGCAAATTTAAAACATTGGATTCAAGAT
569 ATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGAT
* * * *
42447 ATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAAACAATATTTGATACTTTTAAATCTCGACTCCAGTAGA
634 ATCCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA-AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGTAGA
* ** *
42512 AATGATTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTTGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATA
698 AATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATA
* * * * *
42577 TTAAAACAGGTTTGCACACGGTTAATCTAATCAAGTGCCCATAACGATTTCACAAATGACATCCA
763 TTAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCA
* * *
42642 AATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCCT-AAGCGTTCATGAATCCTCCTAATAATGCATCTAAA
828 AATATCAACAGCATCCCACAAATT-CCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAA
* * * *
42706 GCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTACATCACATTTTTT
892 GCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * *
42761 TAATTGTGCACATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* *
42826 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAATGAAAATCAATGCAAGTTATCACGTTGC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTGC
** *
42891 TGTGTTTGAGTGAGCTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAAA
131 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAAA
* * *
42956 CAATATTTCATACTTTTAAATCTCGACTCCAACAGAAATGATTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGC-
196 CAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCA
* * * * *
43020 TC-TA-AATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCATATAGTTAATCTCATCTAGCACCGAT
261 TCATACAATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGCGCCAAT
** * *
43083 AACAATTTCACAAATGATGTCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCGTTCATGAA
326 AACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCATGGAGCATTCATGAA
* *
43148 TCC-CCTTAAAAATGCATCTAAAGCGGACAAGTATGAAAAATTAAAATCAGGCAAATGGTTTTTA
391 TCCTCC-TAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCAGGCAAATGGTTTTTA
* * *
43212 TATCATATTTTTGAAATTGTGCAG-TGGCTTCTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAAATTTT-
455 TATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACG-AAATTTTG
* * *
43275 ATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAATTTACACTTAAAACTGTAAAAAATGAAAACCAATGCA
519 ATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTAAAACCAATGCA
** * * *
43340 TTTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCA-TTCTGATTT
584 AGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATCCATTTC-CATTT
* * * * *
43404 CAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCAACTGCAGTCGAATTGGTTTTCAAAG
648 AAAAACTTGCTAAAA-AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGTAGAAATGGTTTTCAAAG
* ** * * * * *
43469 CTAAGCATAAAAGCTTCGGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGTATAATATATGAGAATAAGTTAG
712 CAAAGCATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATTAAAACAAGTTAG
* ** * *
43534 CACATAGTTAAT-TGCATCAAGCACCGATAATGATTTTACAAATGACATCCAAATATCAACAGCA
777 CACACAGTTAATCT-CATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCA
** * * *
43598 TCCCTTAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCGTCTAAAGCTAAGAAGTATGA
841 TCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGA
**
43663 AAAATTAAAATTGTGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
906 AAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * *
43704 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTATAAATC-AAATTTTGATATTTTAAGCTA
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAA-CGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
* * * *
43768 CAAAATCCTTCATAACTTGCTCTTAACACTGCGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
65 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
* * *
43833 CTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCTTTTAAGGACTTGCTAAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
* * *
43898 ACAATATTTCATACTTTTAAATCTCAACTCCAGCA-AATATGATTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAA-ATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
* * * *
43962 CTTCGAAAAAATTGACCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAGACAAGTTAGCACACAGCTAATC
259 CATC------A-T-A-C----AATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* *
44027 TCATCAAGTGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAAAAGCATCCCACAAATTCCA
311 TCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCA
** * *
44092 TTAAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAACCAT
376 TGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCAG
* * *
44157 GCAAATAGTTTTTATAACACATTTTTGAATTTGTGCAGATGGTTTCTT-TGCCCATAATTGTTCA
441 GCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTT-TTATGCCCATAATTGTTCA
*
44221 GAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTTACACTTAACACAGTGAAAA
505 GAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAAC-TTACACTTAACACTGT-AAAA
* * * * * *
44286 AA-GAAAACCAATGCATGTTATCAT-AT--T-TATTT--G--A-TTTAAAA-ACTT--ACT-AAA
568 AATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACA-TTGGATTCAAG
* * * * * *
44337 ACAAT--ATTTCTTACTTTTAAAGCTCAAC-TGC-AGTAGAAATGATTTTCAAAGCAAATAATAA
632 A-TATCCATTTC---CATTTAAA----AACTTGCTA--AAAAAT-A-TTTCATA-C---T-TTTA
*** * *** * ** *
44398 AAGCTTCGAAAACATTGAGCTTTGGGTTTGTGCATAATATATGAAAAAAAATAGCACACAGTTAA
680 AAGC-TCGACTCCAGT-AGAAAT-GGTTT-T-C---A-A-A-G-CAAAGCATA--A-A-AGCT--
* * * * * *** ** *** * * *
44463 TCACATACCGAT-AACGATTTCACAAAT-AACATCCAAATATCATCATCCCACAAATTTGCTGCA
727 TCA-AAAAC-ATGGA-GCTTTGA-GTTTGTGCAT---AATAT-AT--TAAAACAAGTTAGC-ACA
* * * * * * * *
44526 GC-GTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTA-AAGCAAATTGGTACGAAAAATTAAAATCGTGC
781 -CAG-T--T-AAT-CTCAT-CAAGTGC--CGATAA-C-GATT--T-C-ACAAA-TGACATC---C
* * ***** * * * ** * * *
44589 AAATTGTTTTTATATCA-CATTTTTGAAATT--GTGCAGAAGGTT--TTTATGC-CC-ATAATTG
827 AAA----TATCA-A-CAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCA--TTCATGAATCCTCCTAAAAATG
* * * * ** ** * * ** *
44647 -TTCAAAAACGAAATTATGATATCTTAAGCTCCT-AAATCCTTCATAAATTACTCTTTA-A-CAC
884 CATCTAAAGC-AAA-TAAG-TAT-GAAAAAT--TAAAATCATGC--AAA-TGGTTTTTATATCAC
* **
44708 -TGTGAAAAATAA
940 AT-T-----TTTG
*** * * *** * * * **
44720 AAACCAATGCAAGTCATCACGTTTCTATGTTTGAGCAA--GTTTA-AAACATTAAATTCAGGATA
1 AAA-TTGTGC-AG--AT--GGTTTTTATG-CCCA-TAATTGTTCAGAAAC--GAAATT-TTGATA
* ** * * * * * * ** *
44782 TTCATTTA-CATTTAAAA-ACTTGC-TAAAATAATATTTCAA-ACT-TTTAAAAT-AAAAGC--T
55 TT--TTAAGC-TCCAAAATCCTT-CAT-AACTTACACTT-AACAATGTGAAAAATGAAAACCAAT
* * ** * * *
44839 TCAAG--AACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACGCAATT-AAT
114 GCAAGTTATCATGTTGC--TGTGTTTGAGC--AA-GT-TTAAAAC-A-TT-G---G--ATTCAA-
* * * * * * * ** * *
44901 CGCATCAAGTGCCGATATCAATTTCACAAATGACATCCAAATATCCACAACATCCCACAAATTCC
164 -G-AT--A-T-TC-ATTTCCATTT---AAA-GACTTGCTAA-A---ACAATATTTCA-TACTT--
* * * ** * * ** * * **
44966 CTGAAGCACTCATGAATCCTCCAAAAATTG-CATCTAAAGCAAA-TA-AATAAGGAAAATTA-AA
211 TTAAAG--CTC--GACTCCAGCAGAAATGGTTTTC-AAAGCAAAGCATAA-AAGCATCA-TACAA
*** * * * * * * * * ** *
45027 AACGTGCA-AATGGTTTTTACATCACAA-TTTGAAAATTTGCAGATAAT-T--TTTA-CGCCCAT
269 TTTGTGCATAAT--ATATGA-A-AACAAGTTAGCACA----CAGTTAATCTCATCAAGCGCCAAT
* * * **** ** * *
45086 ---AATTTTACTGAAACGAAATTTTGATATTTTA-AGC-T-CCA-AAATCTTTCAT--AAC-TTA
326 AACAATTTCAC--AAATGACATCCAAATA-TCAACAGCATCCCACAAA--TTCCATGGAGCATT-
* * * * * * * *
45141 CACTTAA-CACT-ATCAAAAATTAAAACCAATGCAAATTATCATGTTCCTATGTTTGAGCAAGTT
385 CA-TGAATC-CTCCT-AAAAA-T----GC-AT-CTAA--AGCA-G---ATAAGTATGA--AA---
* * * ** *
45204 TAATTAAAAAC-GTGCAAATGGTTTTTACATCACA-ATTTGAAAATT-TGCAGATAATTTTTACG
429 -AATTAAAATCAG-GCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG-AAATTGTGCAGATGGTTTTTATG
* *
45266 CCCATAATT-TTACTGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCTTTCATAACTTACACT
491 CCCATAATTGTT-CAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACT
* * * *
45330 TAACACTATCAAAAATTAAAACCAATGCAAATTATCATGTTCCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAAC
555 TAACACTGTAAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAAC
* * * * * *
45395 ATTGAATTTAGGATATTCATTTCCATTTTAAAACTTGCTAAAATAATATTTCAAACTTTTAAAGC
620 ATTGGATTCAAGATATCCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA-AATATTTCATACTTTTAAAGC
* * * *
45460 TCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACGTAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGT
684 TCGACTCCAGTAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGT
* * * * * * * *
45525 TTGTGCATAATGTATTAAAACAAGTTAACACACAATGAATCGCATCAAGCGCCAATAATGATTTC
749 TTGTGCATAATATATTAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGCCGATAACGATTTC
* * * *
45590 ACAAATGACATCTAAATATCAACAGTATCCCACGAATTCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAA
814 ACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAA
* * * * * * * *
45655 AACTACATCTAAAGCAAATAAATAAG-AAATTTAAAATCGTGTAAAT-GTTTTTATATCACA-AT
879 AAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTT
45717 TTG
944 TTG
* * * * *
45720 AAGTTGTGCAGATGATTTTTATGCCAATAATTGTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * * * * * *
45785 AAAATACTT--T---GTA-GCTT-ACACTGTGAAAAATTAAAATCAATGCAAGTTATCATGTTCC
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTGC
* * * * * * * ***
45843 TATGTTTGAGCAAG-TT-CAA-A----A-T-AATAT-TTCA--TACTTTTGAAG-CTCGACTCTG
131 TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTG-CTAAA
* ** * * * * * **
45895 GC-ATGA----ATGGTTTTCAAAG--C-A---AAACA-TAA-GAG-CTTC-AA--AAA-TAT-GG
195 ACAAT-ATTTCATACTTTT-AAAGCTCGACTCCAGCAGAAATG-GTTTTCAAAGCAAAGCATAAA
* * * * * * * *
45941 AGC-T-TTA-AGTTTGTGTATAATGTATCAAACCAAGTTAGCACACAGTTAATCGCTTCAAGCGC
257 AGCATCATACAATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGCGC
* * * * *
46003 CGATAACGATTTCACAAATGACATCTAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCC-TAGAGCACTC
322 CAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAA-TTCCATGGAGCATTC
* * * * * *
46067 ATGAATCCTCCCAAAAATGCTTTTAAAGCA-AGTAAATATGAAAAATTAAAATC-GTACAAATGA
386 ATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGA-TAAGTATGAAAAATTAAAATCAG-GCAAATGG
* * * * **
46130 TTTTTATATCACA-ATTTGAAATTGTGCA-ATGATTTTTATGCCCATAATTGTTTAAAAATTAAA
449 TTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAA
* * * * * *
46193 ATTTGATATTTTAAGCTCCAAATATACTTCATAACTGACACTTAATACTGTGAAAAATTAAAAGC
514 TTTTGATATTTTAAGCTCCAAA-ATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTAAAACC
* * *
46258 AATGCAAGTTATCATGTTCCTATG-TTGCAGCAAGTTCAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTT
578 AATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTG-AGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATCCATTT
* * * *
46322 CC-TTCTAAAAACTCGCTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTTGACTCTAGTAGAAATTGTT
642 CCATT-TAAAAACTTGCTAAAA-AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGTAGAAATGGTT
* * * * *
46386 TTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAAAAACATGGAGCTTTGAGTTGGTGCATAATGTATAAAAAC
705 TTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATTAAAAC
* * * * *
46451 AATTTAGCACACAGTAAATCGCATCAAGTACCGATAACGATTTCACAAATGACATCTAAATTATC
770 AAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAA-TATC
* * * * *
46516 AACAGCATCCTACAAATTCCATGGAGCACTCATGAATCCTCCTTAAAATGCATCTACAGCAAATA
834 AACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATA
* * * * *
46581 AATATGAAAAATTAAAAACGTGCAAATGATTTTTATATCACA-ATTTG
899 AGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * *
46628 AAATTTTGCAGATAGTTTTTATGCCCATAATT-TTACCGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTT-CAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTC
* * * * * * *
46692 CAAAATCTTTCATAACTTACACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAATTATCAGGTTC
65 CAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
* * * *
46757 CTATGTTTGAACAAGTTTAAAACATTGGATTCAGGATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
* * * *
46822 ACAATATTTCAAACTTTTAAAGCTTGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAACCAAAATGTAAAAGC
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTT-----C-AAA-G-CAAAGC
* * * * * * * * * *
46887 TTAAAAAACATGGAGCTTTCAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACAAAATTAATCG
252 AT-AAAAGCAT----CATACAATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCT
** ** * * * *
46952 CATCAAGAACTGATAACGATTTTCACAAATAACATCTAAATTATCAACAGCATCCCACGAATTCC
312 CATCAAGCGCCAATAAC-AATTTCACAAATGACATCCAAA-TATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * * * *
47017 CTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCATATAAATAAGAAAAATTAAAATC-
375 ATGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCA
* * * * *
47081 GTGCAAATGATTTTTATATCACA-ATTTGAATTTGTGCAGATAGTTTTTATGCCCATAATTATTC
440 G-GCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTC
* * * * *
47145 AGAAATGAAATTTTGATAATTT-AGACTCCAAAATACTTCATAACTGACACTTAACACTGTCAAA
504 AGAAACGAAATTTTGATATTTTAAG-CTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTAAAA
* *
47209 AATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTCAAAACATTGGATTCAAGA
568 AATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGA
* * **
47274 TATTCATTTCC-TTCTAAAATCTTGCTAAAACAATATTTC--A----T----CTCGACTCCAACA
633 TATCCATTTCCATT-TAAAAACTTGCTAAAA-AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGTA
* * * * *
47328 GAAATGATTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCGAAAATATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATT
696 GAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATA
* * ** * * **
47393 TATAAAAACAAGTTAGCACATAACTAATCACATCAAGCGTTGATAACGATTTCACAAATGACATC
761 TATTAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGACATC
* * * * *
47458 CAAATATCAATAGCATTCCTCAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCAAAAAATGGATCTAA
826 CAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAA
* * * * * *
47523 AGCAGATAAGTTTAAAAAATTAAAATCGTGCAAATGATTTTTGTATCACATTTTTG
891 AGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* *
47579 AAATTGTGCAGATGATTTTTATGCCCATAATTGTTCAAAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* * *
47644 AAAATCCTTTATATAACTTACACTTAACATTGT-AAAAAGTGAAAACTAATGCAAGTTATCATGT
66 AAAATCC-TT-CATAACTTACACTTAACAATGTGAAAAA-TGAAAACCAATGCAAGTTATCATGT
* * * * *
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128 TGC-TGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCT
* * **
47772 AAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGATTCCAGCAAAAATGACTTTCAAAGCAAAGCATAAA
192 AAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAA
* * * * *
47837 AGCTTTGAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATGAAAACAAGATA-CTACATAATT
257 AGC-------ATCA-T-A-C----AATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGC-ACACAGTT
* * * * * *
47901 AATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTAACAAATGACATCCAAATATCAACATCATCCCTCAAAT
307 AATCTCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAT
* * * *
47966 TCCCTGGAGCGTTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAACCAGAT-ATTATGAAAAATTAAAA
372 TCCATGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAA
** * * ** * *
48030 TCATCCAAAAGGTTTTTATA-CAAAATTTTAAAAATTGTGCAGA-GGATTTTTATACCCGTAATT
437 TCAGGCAAATGGTTTTTATATC-ACATTTTTGAAATTGTGCAGATGG-TTTTTATGCCCATAATT
* * * ** *
48093 GTTAAGAAACGAAAATTTGATTTTTTAAGCTTTAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAATGTA
500 GTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACTTAACACTGTA
* ** * *
48158 AAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCACATTACTGTGTTTGAG--A-TTTAAAACAGTGGATTCA
565 AAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCA
* * * * *
48220 AGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGTTAAAATAATATTTCATACTTTTAAATCTCGTCTCCAG
630 AGATATCCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA-AATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAG
* * * * * * * *
48285 CAGAAAAGATTTCCAAAGCAAAGCATAAAAAGTTTCAGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
694 TAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCAT-AAAAGCTTCAAAAACATGGAGCTTTGAGTTTGTGCATA
* * * * *** * * * *
48350 ATATATGAAAACAAGTTCGCACACAGTTAATCGCATTAAACACGGATAAAGATTTCAAAAATAAC
758 ATATATTAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGTGCCGATAACGATTTCACAAATGAC
* * * ** *** * *
48415 ATCCAAATATCAATAGCATCCCTCAAATTCCTTACAATGTTCTTGAATACTCCTAAAAATGCATC
823 ATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATC
* * * * *
48480 TAAAGCAGATAAATATGAAAAATTAAAATCATGCAAATAGTTTTTATATTACATTTTTT
888 TAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
* * **
48539 AAATTGTGCAGATGATTTTTATG-CCATAATTGTTCAAAAATAAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
* *
48603 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAA-AACTGTGAAAAATGAAAACTAATGCAAGTTATAATGTTG
66 AAAATCCTTCATAACTTACACTTAACAA-TGTGAAAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTG
* * * * * *
48667 CTGTGTTTGAACAACTTTAAAACATTAGATTCAAGATATTCATTTTCGTTTAAAGGCTTGCTAAA
130 CTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAGACTTGCTAAA
* * * *
48732 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCTTA-CAAAAATAGTTTTCAAAACAAAGCATAAAAG
195 ACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTC-CAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAGCATAAAAG
* * * *
48796 CTTCGAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTACATAATATATAAAAACAAATTAGCACACAGTTAATC
259 CATC--ATACA---A--TTT--G--TG--CATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* * * * *
48861 TCATCAAGCACCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAAAAGCATCACACAAATTCCA
311 TCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCA
* * *
48926 TTGAGCGTTCATGAATCCTACTAA
376 TGGAGCATTCATGAATCCTCCTAA
48950 TTGTTCAAAA
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TCATACAATTTGTGCATAATATATGAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCTCATCAAGCGCCAAT
AACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCATGGAGCATTCATGAA
TCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAGTATGAAAAATTAAAATCAGGCAAATGGTTTTTAT
ATCACATTTTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGAT
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TTATCATGTTCCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATCCATTTCCATTTAAA
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TAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCACATTTTTG
Found at i:45332 original size:185 final size:185
Alignment explanation
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Period size: 185 Copynumber: 2.0 Consensus size: 185
45010 AAATAAGGAA
45020 AATTAAAAACGTGCAAATGGTTTTTACATCACAATTTGAAAATTTGCAGATAATTTTTACGCCCA
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1 AATTAAAAACGTGCAAATGGTTTTTACATCACAATTTGAAAATTTGCAGATAATTTTTACGCCCA
45270 TAATTTTACTGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCTTTCATAACTTACACTTAACA
66 TAATTTTACTGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCTTTCATAACTTACACTTAACA
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131 CTATCAAAAATTAAAACCAATGCAAATTATCATGTTCCTATGTTTGAGCAAGTTT
45390 AA
1 AA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (185 bp):
AATTAAAAACGTGCAAATGGTTTTTACATCACAATTTGAAAATTTGCAGATAATTTTTACGCCCA
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CTATCAAAAATTAAAACCAATGCAAATTATCATGTTCCTATGTTTGAGCAAGTTT
Found at i:47127 original size:481 final size:479
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Period size: 480 Copynumber: 6.5 Consensus size: 479
45850 GAGCAAGTTC
* * ** ** *
45860 AAAATAATATTTCATACTTTTGAAGCTCGACTCTGGCATGAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAG
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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196 CCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGA-TAAATATGAAAAATTAAAAT
* *
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260 CGTGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGATTTTTATGCCCATAATTGTTC
** * * *
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325 AAAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAA-ATACTTCATAACTTACACTTAACACTGTGAAA
* * * * *
46248 AATTAAAAGCAATGCAAGTTATCATGTTCCTATG-TTGCAGCAAGTTCAAAACATTGGATTCAAG
389 AATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTG-AACAAGTTTAAAACATTGGATTCAAG
*
46312 ATATTCATTTCC-TTCTAAAAACTCGCT
453 ATATTCATTTCCATT-TAAAAACTTGCT
* * * * *
46339 AAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTTGACTCTAGTAGAAATTGTTTTCAAAGCAAAACATAAA
1 AAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAA
* * * * * *
46404 AGCTTTAAAAACATGGAGCTTTGAGTTGGTGCATAATGTATAAAAACAATTTAGCACACAGTAAA
66 AGCTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * *
46469 TCGCATCAAGTACCGATAACGATTTCACAAATGACATCTAAATTATCAACAGCATCCTACAAATT
131 TCGCATCAAGCACCGATAACGATTTCACAAATGACATCCAAA-TATCAACAGCATCCCACAAATT
* * * * * *
46534 CCATGGAGCACTCATGAATCCTCCTTAAAATGCATCTACAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAAA
195 CCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAATATGAAAAATTAAAAT
*
46599 CGTGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAATTTTGCAGAT-AGTTTTTATGCCCATAATT-TT
260 CGTGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGA-TTTTTATGCCCATAATTGTT
** *
46662 ACCGAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAAT-CTTTCATAACTTACACTTAACACTATGA
324 -CAAAAACGAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATAC-TTCATAACTTACACTTAACACTGTGA
* * * * *
46726 AAAATTAAAACCAATGCAAATTATCAGGTTCCTATGTTTGAACAAGTTTAAAACATTGGATTCAG
387 AAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAACAAGTTTAAAACATTGGATTCAA
46791 GATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCT
452 GATATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCT
* * * **
46819 AAAACAATATTTCAAACTTTTAAAGCTTGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAACCAAAATGTAAA
1 AAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAA
* * * * * *
46884 AGCTTAAAAAACATGGAGCTTTCAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACAAAATTAA
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* * * * *
46949 TCGCATCAAGAACTGATAACGATTTTCACAAATAACATCTAAATTATCAACAGCATCCCACGAAT
131 TCGCATCAAGCACCGATAACGA-TTTCACAAATGACATCCAAA-TATCAACAGCATCCCACAAAT
* * *
47014 TCCCTGGAGCACTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCATATAAATAAGAAAAATTAAAA
194 TCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAATATGAAAAATTAAAA
* *
47079 TCGTGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAATTTGTGCAGAT-AGTTTTTATGCCCATAATTAT
259 TCGTGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGA-TTTTTATGCCCATAATTGT
* * * * *
47143 TCAGAAATGAAATTTTGATAATTT-AGACTCCAAAATACTTCATAACTGACACTTAACACTGTCA
323 TCAAAAACGAAATTTTGATATTTTAAG-CTCCAAAATACTTCATAACTTACACTTAACACTGTGA
* * * *
47207 AAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCTTGTGTTTGAGCAAGTTCAAAACATTGGATTCAA
387 AAAATGAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTCCTGTGTTTGAACAAGTTTAAAACATTGGATTCAA
*
47272 GATATTCATTTCC-TTCTAAAATCTTGCT
452 GATATTCATTTCCATT-TAAAAACTTGCT
* * * *
47300 AAAACAATATTTC--A----T----CTCGACTCCAACAGAAATGATTTTCAAAGCAAAGCATAAA
1 AAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAA
* * * * **
47355 AGCTTCGAAAATATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATTTATAAAAACAAGTTAGCACATAACTAA
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* *** * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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** *
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* ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ** *** * *
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194 TCCCTGGAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAGATAAATATGAAAAATTAAAA
* * * *
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** * *
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* * * * *
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* * **
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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TA
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*
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* *
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* *
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* * * * *
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* *
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*
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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*
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* *
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* *
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** * * * * * *
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*
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* *
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* * * * * ** *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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319 TTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTC-GAAATA
* * ** * * * * *
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382 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAAGTCTA
* * * * * * *
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* * * *
79815 ACTTTTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTT
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* *
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*** * * *
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61 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
* * * * * * * *
79963 TATCTATTTTAATTCTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAGCT
126 TATTTATTTTAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTT
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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318 ATTATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATA
* * ** ** * * *
80220 AAATAAAACTAATTTACTAATATTTTGAATTTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGAA-TCTGT
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAGTCTAT
* * * * * *
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* * *
80349 TTTGTTTGGCCATATAATAATTGTATTT
512 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTT
* * * * *** *
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1 --TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAGTA
* * *
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* ** * ** * * * * * * * *
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127 ATTTA-TTTTAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTT
* * * * * * *
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* * * * * *
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255 AATAAATATGTTTATC-GAACTAG-TTCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * *
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318 ATTATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTATTTT-AGTTCATA-TAAGCTTATTCGAA
* * *
80759 ATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-ATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT
379 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT-TAAGAGATTTAAAAAATGAAG
* * * * * *
80821 TCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTTT
442 TCTATTTATCAAACTAATTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
*
80886 AACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGT
507 AACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAT-AAT-TGTTT-T
* * * * ** *
80922 TCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AA-ATTAATCTATTAATATTTCAAAAA--AA-A-TAAGA
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAA-A
* * * * **
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65 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATT
* * * * * *
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130 TATTT-TAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
* * ** * * *
81110 TC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTTGATAATTAATAAGTAAAAAAAATTAAAAAA
194 TCGA-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAA
** * * * *
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257 TAAATATGTTTATC-GAACTAGT-TCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
81237 TGTTATGACCTTTTGTTATGTTATAAAAAAATTATTTCAGTTTATATAAGCTTA-TCAAAATAAA
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* * * *
81301 ATAATACTAAGTTATTAAGATTCCAAAAATTATTAAATTAA
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Statistics
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TATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
GACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAGTCTATTTATCAAAC
TAATTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
TCATAAAATAATTGTTTT
Found at i:79555 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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78227 TGATTTTTGA
* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * * *
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66 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * *
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128 ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAT
* * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * *
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* * *** * * * * *
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* * * ** *
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1 TCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTA
* * * *** * * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT--ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
79912 GGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAG---------TT-T--CTTTTTGAATAATTA
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
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65 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
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* * * ** **
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
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66 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * * *
80328 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGCCATATAATAATTGTATTTGA-
131 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTTTAT
* * * * * * *
80379 ACATTCAAGCTTATTCGGAATGAAATAATACTT-TTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATTAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
80443 GAGATTTAAAAAATAAATCCT-TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTG
65 GAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
** ** * * * * * *
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129 TCTA-TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAT
* * * * * * *
80560 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAAT-A-A-TAATCTAATAATATTTAAAAAATTAACAACTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
80622 AAAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACCAGTTTC-AATATTTACGACTATATGAACAATTA
66 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACTAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* *
80685 TCTATTTCAAATTGTTATGACGTTTTGTTTTGTCCTAAAATAAGTT-TTTTTGAAT
129 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTTT--AT
* * * * *
80740 TCATACTAA-CTTATTCGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATGTAA
1 TCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
80804 GAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
80868 TCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGT
129 TCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAT
* * * * *
80922 TCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AA-ATTAATCTATTAATATTTC-AAAA--AA-AA-TAAG
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
80980 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATTATTTCAAATAGTTATGATTATTT-AAGCAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTAT
* ** * * * *
81044 TTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTCATTATAAAATAATAGTTTCTGT
130 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAT
* * * ** *
81096 TCATATAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTTGATAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-A
* * * * *** * * * *
81160 AAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTA-TATCAAATAGCCATGGCTATTTAAATAAA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACTAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
81223 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTATGTTATAAAAAAATT-ATTTCAGT
127 TATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-T
* * * * * * *
81278 TTATATAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAGATTCCAAAAATTA
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
81333 TTAAATTAAT
Statistics
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TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
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TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAT
Found at i:79638 original size:359 final size:361
Alignment explanation
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79048 CAACTAGCAT
*
79058 GACTATTTGAATAAATATCTATTTTAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCAGTAAAAAATTATT
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* *
79123 TTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTGATTAATATTTCAAAAATTAATAA
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* * * * * * ** *
79188 TTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATAATTGTGACTATTTCAACAA
131 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATGGAACAAATTCAAATAATTACGACTATTGCAACAA
* * *** * * * *
79253 CTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTT-A-TTCATACAGG
196 CTATCTAATTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTT-ACATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAG
* *
79315 CTTATTTCAAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATACGTAAAAGATTTAGA
260 CTTATCTAAAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATACGTAAAAGATTTAGA
79380 AAATAAATTTTTTTATTGAACAAGTTAAAATTTTTAG
325 AAATAAATTTTTTTATTGAACAAGTTAAAATTTTTAG
* * * *
79417 GACTATTTAAATAATTATTTATTTCT-AATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCA-TAATATAATT
1 GACTATTTAAATAAATATCTATTT-TAAATTATTATGATC-TTTTGTTTTGTCAGTAA-AAAATT
* * * * * *
79479 GTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATA-TTAGTTTATTAATATTTTAACAAA-
63 ATTT-TAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAG-TGATTAATATTTCAA-AAAT
* * * * * *
79541 TAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATATTTATGGAATAAGTTCAAATAGTTACGATTGTTG
125 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATGGAACAAATTCAAATAATTACGACTATTG
* * * *
79606 GAATAATTATCTAATTAAAATAAATGTAACCTTTTGTTTTACATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
190 CAACAACTATCTAATTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTACATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
* ** *
79671 AAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTAA
255 AAAAGCTTATCTAAAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTAA
79715 AAAAATTGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
GACTATTTAAATAAATATCTATTTTAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCAGTAAAAAATTATT
TTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTGATTAATATTTCAAAAATTAATAA
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CTATCTAATTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTACATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC
TTATCTAAAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATACGTAAAAGATTTAGAA
AATAAATTTTTTTATTGAACAAGTTAAAATTTTTAG
Found at i:82083 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 12.2 Consensus size: 181
81511 ATTGTTTATA
** * * **
81521 TTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATTG
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
81586 GAGATTT---AAATAACT-TTATTTAACGAACAAGTTCAAATAATCATG-TTCATGTGAACTATT
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* * *
81646 ATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAG
** * * *
81699 TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--T-A-TAG
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
81760 GAGATTTAAAAACTAAAT-TTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAAATGTT-TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * *
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* * * * * ** * *
81875 TTCATACAAGCTTATTTAAAGTAAAATATTGCAAAACTAATAATGTTATAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
81940 GAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTAT
66 GAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
82005 CTATTTTAAATCATTTTGACAATTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG
131 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * * * *
82056 TTCATACATA-TTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCA-AAAAATTAATCAGC
1 TTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
82119 AAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
64 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATGTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
82184 TATATATTTAAAATCGTTATGACCTTTT-TGTT--T-ATAAAACAATTGTTTCAG
128 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGT-TTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * * * * * *
82235 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTT
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
82299 GGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTTTA-GAATC-AGTTAAAATAATTATTG-CCATTTGAACAG
65 AGAGATTTAAAAAATAAA-T-GTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAA
* ** *
82361 TTATCTATTTTAAATTGTTATGA-AGTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTCA-
127 TTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTG--TTTCAG
* *
82417 -TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTA
* * ** * * *
82480 GGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTACTTCAACTAGTTATGATTATTTGAACAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
82545 TATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTA-TCATAGAATAGTTATTT-ATC
130 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-G
* * * * * * * *
82597 TTCATACAATCTTATTTAGAATAAAAAAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
* **** * * * * * *
82662 AAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTGTTGAACAAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAAATGTT-TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
82726 TTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACGAA-TGTTT---
130 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTAGTCATAAAA-TAATTGTTTCAG
* * * * *
82775 TT-GTTC-A---TATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T--TAATTAAT-A-T--
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
82828 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAGTAGTTAT-AATAATTT-AA-ATACT
66 GAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA-ATT
* * * *
82890 ATTTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCTTAACATAATTGTTTCTA-
129 ATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AG
* ** * * * *
82943 TTGATA-AAGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATACGTA
1 TTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
83006 ACGA-ATTTAAAAAAGGAATATGTTGGCTTGACC--A--AGAT-AAAT-GTTA-GAACTGTGTGT
65 A-GAGATTTAAAAAA-TAA-ATGTT---TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGA
** * * * * * * * * **
83063 ACAATTATCTATTTTTAAGCATTGTGACCTTTTATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTT
123 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * * * *
83122 TTCATACAAGCTAATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAAGTAAT-A--A
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * *** * *
83183 A-AGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * **
83247 CCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTG
130 TCTATTTCAAATCATTATGAC-ATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * * * *
83300 CTT-ATATAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA-AACAACT-ATAAG
1 -TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATAAG
* * * * * ** *
83361 TAAAAGAGTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
63 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * **
83425 TTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTG
127 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * * * * * * * *
83480 TTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATTATATTAATTTATTAAT-TTTTGACAATTGATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
83544 -AGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG---TCA-TATTTGAATAATTCT
66 GAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
83604 CTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTATTTCA-TCATGAAATAATTGTATCAG
131 CTATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTT-AGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * * * ** *
83655 TTCATATAGGTTTTTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATT
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
83696 TGAAATGAAT
Statistics
Matches: 1566, Mismatches: 331, Indels: 203
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 6 0.00
165 40 0.03
166 38 0.02
167 1 0.00
168 3 0.00
169 3 0.00
170 7 0.00
171 3 0.00
172 12 0.01
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174 12 0.01
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180 188 0.12
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182 80 0.05
183 5 0.00
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG
Found at i:82763 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 81510--83586 Score: 1515
Period size: 360 Copynumber: 5.8 Consensus size: 356
81500 TTATTTGAAC
* ** * * *
81510 AATTGTTTATATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
1 AATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTATAAAAA
* *** * * *** * * * *
81575 TTAATAAATTGGAGATTT---AAATAACTTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAATCATG-TTCAT
65 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT-AT
* * * * *
81636 GTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATT
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * *
81701 CATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--T-ATAGGAG
193 CATAC-AAGTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATA-GAG
* * * * * * *
81763 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
256 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
** *
81828 TCCCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTGTCATAAAGT
321 TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA-T
* * * * * *
81864 AATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTAAAGTAAAATATTGC-AAAACTAATAATGTTATAAA
1 AATTGTTT-ATCTTCATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATA-TATTAATATTATAAA
* *** * *
81927 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTT-TTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATT
63 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * * *
81991 ATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACAATTTG-TTTAGTCATAAAATAATTG-TTTC
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTT
* * * *
82054 AGTTCATACATATTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATCAG
191 A--TCATACA-AGTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A-
* * * * *
82118 CA-AAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
250 -ATAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
82182 ATTATATATTTAAAATCGTTATGACCTTTT-TGTT-T-ATAAAAC
313 ATTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAAT
* * ** * * *
82224 AATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATT-TCAAA
1 AATTGTTT-ATCTTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTAT-AAA
* * *** * * * *
82287 AATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTT-TTAGAATC-AGTTAAAATAATTATTG-
63 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTA-AGA
* * * **
82349 CCATTTGAACAGTTATCTATTTTAAATTGTTATGA-AGTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
125 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
*
82413 TTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
189 TT-ATCATACAAG-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
* * * * *
82478 TAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTACTTCAACTAGTTATGATTATTTGAACAAT
251 TA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
*
82543 TATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAGAAT
315 TATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA-AAT
* * * * * *
82586 AGTTATTTATCTTCATACAATCTTATTTAGAATAAAAAAATACTAATATAATAATATTATGAAAA
1 AATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATATATTAATATTATAAAAA
* * * *
82651 TTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACAAATTCAAATAGTTAAGGCTATA
65 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * *
82716 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACGAA-TGTTTTTGT-
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTTTATC
* *
82779 -T-C-A--TATTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT---TAATTAAT-AT-GAGAT
194 ATACAAGTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGAGAT
** * * * *
82833 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAGTAGTTAT-AATAATTT-AA-ATACTATTTA
258 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA-ATTATATA
*
82895 TTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCTTAACAT
321 TTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAA-AT
* * * * * *
82932 AATTGTTTCTATTGATA-AAGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAAT-TATTAATATTCTAAAA
1 AATTGTTTATCTTCATACAAG-CTTATTT-AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTATAAAA
* * ** * * * *
82995 ATTAATACGT-AACGAATTTAAAAAAGGAATATGTTGGCTTGACCAAGAT-AAAT-GTT-AGAAC
64 ATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTG-TTGAACAAGTTCAAATAGTTAAG-AC
* * * ** * * * * * * *
83056 TGTGTGTACAATTATCTATTTTTAAGCATTGTGACCTTTTATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCT
126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * *
83121 TTTCATACAAGCTAATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAA-A-
190 TATCATACAAG-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAG
* * * *** * **
83184 AGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTACC
254 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
** * *
83249 TATTTCAAATCGCTATAACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
319 TATTTCAAATCATTATGAC-ATTTTGTTTTGTCAT-AAAT
* * * * * * *
83289 AATTTTTTTTGCTT-ATATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA-AAC
1 AATTGTTTAT-CTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATATATTAATATT-ATAAA
* * * * * *
83352 AACT-ATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
63 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * ** * * * * *
83416 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGT
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-A
* * * ** * * *
83481 TCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATTATATTAATTTATTAAT-TTTTGACAATTGATAAGTAAA
192 TCATACAAG-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAGA
* *
83545 GATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
255 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
83587 CATATTTGAA
Statistics
Matches: 1359, Mismatches: 272, Indels: 178
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
343 4 0.00
344 53 0.04
345 50 0.04
346 81 0.06
347 51 0.04
348 1 0.00
349 2 0.00
350 1 0.00
351 7 0.01
352 30 0.02
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363 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTATAAAAAT
TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATCAT
ACAAGTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGAGATTTA
AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
AATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAT
Found at i:83947 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 83756--84042 Score: 316
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
83746 CATTATCTAT
* * ** * *
83756 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGGTTTCT-GTCATACAAGC-TATTCT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAAAATTCATTTCTAGTCAGACAAGCATATTCG
* * *
83819 AAAT-GAATAATATACAACTTTATCTAACATTCCAAAAATTAATTAAGTAAATAA-TTAAAAAAT
66 AAATAAAATAATA-ACAA-TTTAT-TAACATTCCAAAAATTAA-TAAGCAAAAAATTTAAAAAAT
*
83882 AAATCTATTTTTTGAACATG
127 AAATCTATTTATTGAACATG
* *
83902 TTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAACCAA-TCATTTCTATTCAGACAAGCATATT
1 TTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAA-AAATTCATTTCTAGTCAGACAAGCATATT
* * * * *
83965 CGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAGTAA
64 CGAAATAAAATAATAACAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAA
*
84030 ATCTGTTTATTGA
129 ATCTATTTATTGA
84043 GTAAATTCAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 18, Indels: 12
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
145 9 0.08
146 72 0.62
147 17 0.15
148 12 0.10
149 7 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (146 bp):
TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAAAATTCATTTCTAGTCAGACAAGCATATTCG
AAATAAAATAATAACAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAAT
CTATTTATTGAACATG
Found at i:84835 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 84583--85039 Score: 448
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
84573 ATGAGAGTTG
* * * * * *
84583 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTA
1 AAAAAATAAACCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTA
* * ***
84648 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATATAACAATTATTTTAGTTCATAA-AAGCTTATCCAAA
66 AAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTACAACA-AACAAGCTTATCCAAA
* * *
84712 ATACAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTT
** * *
84764 AAAAAATAAACCAATTTACTGAATTAGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTT
1 AAAAAATAAACCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTA
* * * * * * * *
84829 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTTTCAACAAACAAGCTTTTTCGAAA
66 AAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTACAACAAACAAGCTTATCCAAAA
*
84894 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTT
131 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * * ** * * * * * *
84941 AAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAACCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTA
* * * * *
85006 AAATTATTATAACCTTTTGTTCTACCATAAAACA
66 AAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACA
85040 GTTGTTTTTG
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 48, Indels: 6
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
177 90 0.40
178 1 0.00
180 3 0.01
181 133 0.59
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAAAAATAAACCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTA
AAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTACAACAAACAAGCTTATCCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
Found at i:85023 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 84163--85184 Score: 640
Period size: 177 Copynumber: 5.8 Consensus size: 177
84153 AAAATAAAAT
* * * * *
84163 CTTTTTTGAAATAAAATAATACTACTTTTTTAATATTTAAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAA
1 CTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * * * *
84228 AACTAAAGCTGTTT-TTCAAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAA
62 AAATAAATCTATTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
84292 ATCATTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAG
126 ATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCAAACAAG
* ** * **
84343 CTTGTTTGGGTA-AAAATAAAACTAATTTGA-TAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
1 CTT-TTTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
** * * *
84406 ATAGTTGC-ACTTGT-C-GAACTAGTTCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAATAATTATCTATTTCA
64 ATAAAT-CTA-TT-TACTGAACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
84467 AATCGTTTTGACTTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTG--TTTCAGTTTATACAAG
125 AATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCAAACAAG
* ** * * * * *
84520 CTTATTT-GGAATAAGGTAATATTGATTTATTGACA-TTCAAAGAATTAATGAGCATGAGAGTTG
1 CTT-TTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAAT-A--A-GAGA-TTT
* * * *
84583 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTA
59 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ***
84648 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATATAACAATTATTTTAGTTCATAA-AAG
124 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCA-AACAAG
* * * * * *
84702 CTTATCCAAAATACAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAA
1 CTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAA
* * ** * * * * * * *
84767 AAATAAACCAATTTACTGAATTAGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAA
62 AAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
84832 TCATTATTACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTTTCAACAAACAAG
127 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCAAACAAG
*
84883 CTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
1 CTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
84948 AAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
66 AAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** * *
85013 TATAACCTTTTGTTCTACCATAAAACAGTTGTTTTTGTTCATACAAA
131 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCAAACAAG
* * * * * *
85060 CTTATTT-GAAATAAAAT-AT--T--TTGA--AA-A-TT-AGAGAGTAA-GAGA-ATTAAAAAAA
1 CTT-TTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT-TAAAAA
* * * * * *
85112 AAAAGATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAA
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128 CATTATGA
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CTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
AAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCAAACAAG
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85175 AACATTATGA
* * * * *
85185 TGTCATAAAATAATTGGTTCTGTTTGTGCAAGTTTATTTCAAATAAGATAATATAAATTTATTAA
1 TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAA
* *
85250 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAAGCAAACTCAAATAG
66 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAACTCAAATAG
85315 TTATGATCTTTTATTT
131 TTATGATCTTTTATTT
*
85331 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
1 TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATACAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATT
* * * *
85394 AATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGA-TTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAA
64 AATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
85448 TAAGTTCAAA
Statistics
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TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAA
TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAACTCAAATAG
TTATGATCTTTTATTT
Found at i:85532 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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85297 CCAAGCAAAC
* * * * *
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*
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* * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TCAAATCGTTATGACATTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCAA
* * * * * * *
85726 AGTAAAA-AATTGCTAAATTAATGATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTCAAAAAAATAAAT
65 AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAAGATT-TAAAAAATAAAT
* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * **
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* * * ** * * * * * *
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1 TCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* * ** * * * * *
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65 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGA-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
86150 TAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATT
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* * *
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1 TCAAATCGTTATGACA-TTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC
* *
86265 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAA-ATTTAAAGAATA
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* * ** *
86328 AATCTATTTACTAAGCCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATT
125 AATCTGTTTACCAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
86382 TCAAAT
1 TCAAAT
86388 TATTTTAACC
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 152, Indels: 72
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Consensus pattern (179 bp):
TCAAATCGTTATGACATTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
Found at i:86455 original size:161 final size:162
Alignment explanation
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Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
86239 TTGTTTTTCA
* * * * *
86249 TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGG
1 TCATACAAGCCTAATCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * *
86314 AAATTTA-AAGAATAAATCTATTTA-C-TAAGCCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
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*
86376 AT-TATTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTTCTGT
128 ATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTCTGT
* * *
86410 TCATACAAGCTTAATC-GAAGTAAAATAATGCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAA
1 TCATACAAGCCTAATCAGAA-TAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* * * *
86474 GAGATTTACAAAATAAATGTGCTTATCGTACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
65 GAAATTTACAAAATAAATCTACTTATCGTACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
* * * *
86539 CTATTTTAGATTGTTCTAATCTTTTGTTT
130 CTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTT
86568 AGTCATAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (162 bp):
TCATACAAGCCTAATCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
AAATTTACAAAATAAATCTACTTATCGTACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
TATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTCTGT
Found at i:86743 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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86097 ATTGCTTTAT
* * * * * **
86107 TAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTACAACATAAATTAGTTTATCAAATTAGTTCAAA
1 TAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTACAAAATAAATTAGCTTATCAAACCAGTTCAAA
* * *
86172 TAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAAC
66 TAATTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAAC
*** * *
86237 AATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
131 AATTGTTCAACATCATACAAGCCTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAA
** ** * * *
86302 TTAATAAGTAGGAAATTTAAAGAATAAATCTATTTACTAAGCCAATTCAAATAGTTATGACTATT
196 TTAATAAACAACAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTAA-CCAATTCAAATAGTTATAACTATT
* * *
86367 TGAACAATTATTATTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATCGAAGTA
260 TGAACAATTATTATTTCAAATAAATATAACCTTTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATCGAAGTA
86432 AAATAATGCTAAATTAA
325 AAATAATGCTAAATTAA
**
86449 TAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTACAAAATAAATGT-GCTTATCGTACCAGTTCAA
1 TAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTACAAAATAAAT-TAGCTTATCAAACCAGTTCAA
* * * * * * *
86513 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAGATTGTTCTAATCTTTTG-TTTAGTCATAAA
65 ATAATTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTTTA-TCATAAA
* * * * *
86577 ATAATT-TTCAAC-TCATACATGCTTATTAATATTAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAA
129 ACAATTGTTCAACATCATACAAGCCTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AA
* *
86639 AAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAATTATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAA
193 AAATTAATAAACAACAAA-TTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACCAA-TTCAAATAGTTATAA
** *
86703 CTATTTGAGTAATTATATATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTT
255 CTATTTGAACAATTAT-TATTTCA-AATAAATATAACCTTTTGTTT
86748 TATCATAAAA
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 44, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
TAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTACAAAATAAATTAGCTTATCAAACCAGTTCAAA
TAATTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAAC
AATTGTTCAACATCATACAAGCCTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAA
TTAATAAACAACAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTT
GAACAATTATTATTTCAAATAAATATAACCTTTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATCGAAGTAA
AATAATGCTAAATTAA
Found at i:86850 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 86408--90603 Score: 1939
Period size: 181 Copynumber: 23.8 Consensus size: 178
86398 TTTTGTTTCT
* * * * * * *
86408 GTTCATACAAGCTTAATCGAAGTAAAATAATGCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATA
1 GTTCATACAAGCTT-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGA
* * * * * * *
86473 AGAGATTTACAAAATAAATGTGCTTA-TCGTACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAAT
64 A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAAT
* * ** * * * * *
86536 TATCTATTTTAGATTGTTCTAATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA--TTTTCA
126 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA
** * *
86587 ACTCATACATGCTTATT-AATATTAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAA
1 GTTCATACAAGCTTATTGAA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AA
* * * * **
86650 CAACAAATTTTAAAAAATAATTATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGTAA
62 GAA-AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
* * * *
86715 TTATATATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTA
125 TTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA
* * * * * *
86769 GTTCATAAAAGTTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTT
1 GTTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--
* * * ** *
86834 AAAGATTTTAAAAAATAAGTCA-GTTTATTGAATCAA-TTCAAATAAATAT-GGTCATCTGAACA
63 AAAGA-TTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATAACT-ATTTGAACA
* * * **
86896 ATTATCTATTTTAAATCATTA-GAAACTTTTGTTTTGTCATTAAGCAATTATTTTTCA
124 ATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTT-A
* * * * *
86953 -TT-ATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAG-A
1 GTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * *
87015 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAGC-AGTTC------------CTATTTGAACAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
87067 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-TTCTATTATAAAATAATTGTTTTA
129 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA
* * * *
87116 GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA-AATTC------CAATAAG--
1 GTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * * ** * * *
87172 AGATTTGAAAAATAAATCTATTTGTTGATA-TAGTTCAAATAATTA-AGATTATATGAACAATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTA
* * * * *
87235 TCTATTTACTGAAA--ATTAT-AGCCTTTTGTTTGGTTATATAACAATTATTTTTT
128 TCTATTT-C--AAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTA
* * * *
87288 G-TCATTCAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATT-ATAAG--
1 GTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * * * *
87349 ATATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAGCCAGCTT-AAAT-A-TATGACTATTTGAACAATTG
65 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAG-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
** * * * * * *
87410 TAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTT-
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTA
* * * * *
87461 GCTCATATAAACTTATTCAGAAA-AAAATACATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAAC
1 GTTCATACAAGCTTATT--GAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
* * * * * ** * * * *
87525 TAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCTA-TTTAAATATTTA-AGACTATATGAA-A
62 GAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACA
* * *
87587 ACTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTATAAACTAAGTTTTTTTTGA
124 A-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTTTTTT-A
* * * *
87646 ATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
1 GTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * *
87709 -AGATTT-TAAAATAATTATGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
64 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * *
87771 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTA
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTTA
* * * * * * *
87823 -TTCATATAAGTTTGTTCATAATAAAGTAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
1 GTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * * * **
87886 A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACGAGTTCAAATAATTATGACACTATTTGAGTAATT
65 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTAT-A-ACTATTTGAACAATT
* * * * * *
87949 ATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCT-
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTA
* * ** *
88001 GTTCATACAAGCTTATTTAAATTAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--
* * * * * * * * *
88066 AAAAATTTTAAAAATAAATAAGTTTATTGAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTG-ATAATT
63 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
88129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTTATTTTA
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTT-TTTTA
* * * * * *
88181 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAGTTATTAATATTACAAAAATTAATAATTA
1 GTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GA
* * * * * * *
88246 AGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACGGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAATAATTA
64 A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* ** * * *
88311 TCTATTTGAAATTGTTGTAACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAACTTTTTTCTA
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTT-TA
* * *
88364 -TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAATATAATACAAAATTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAA
1 GTTCATACAAGCTTA-TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA
* * * * * ** * * *
88425 GTAAAAGATTTGAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTAAAATCTTTGTGATTATTTGAACAA
62 G--AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
* * * * * *
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125 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTTTTTTA
* * * * * * * *
88535 -TT--T-GAA--TTATT-AGATTAAAT-ATA-TTATTTATCAATATTTCGATAATTAATAATAAA
1 GTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAA
* * * * * *
88591 ATATTTTTATAAAA-AAATATG-TTATTTAAAACAATGATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAAT
65 AGA--TTTAAAAAATAAATATGTTTA-CT-GAACAA-G-TTCAAATAAT-TATAACTATTTGAAC
* * * * *
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123 AATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-TA-ATTTTTTT-A
* * ** * * * * *
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1 GTTCATACAAGCTTA-TTG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * * * * * * *
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* ** * *
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128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTTTA
* *
88879 GATGAT---AG-TT-TT-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * * * *
88937 AAAATTTGAAAAATAAATATGTTTTA-TGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
64 AAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * ** * *
89001 TTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAACTAATTGTTTCT-
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTA
* * * * * *
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1 GTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--
* * *** * *
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* ** ** *
89180 ATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTTATA
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TTTTTTA
* * *
89233 -TTCTTACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGG
1 GTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-G
* * * * * * ** * *
89296 TAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTAT
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* * ** * *
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** * * * * *
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1 GTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * * * * * * *
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* * * ** * *
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128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTA
*** * * * * *
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* ** * * * * * *
89637 AGATTTAAAAAATAGAGGTGTTT-GTCGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGATTCTTAGAACAATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
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* * * *
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* * * ** *** * *
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* * * * * *
89880 TATCTATTTAAAATAAATATAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTGA
126 TATCTA-TT----TCAA-ATCAT---TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA
* * * * * *
89942 GTTCATA-ATAGCTTATCTAAAATAAAATAACA-TTATCTTATTAATATTTTAAAAAGTGATAAG
1 GTTCATACA-AGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** * *
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* * * * * *
90067 AATTATTTATTTCAAATTATTACGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
123 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTT-A
* * * * *
90125 --TCATACAAACCTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
1 GTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
** * * * * * * *
90188 GGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA
64 -AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
90253 TTTATTTAAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCA
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA
* ** * ** **
90304 GTTTATA-AAGCTTATCCAAA-ATAA-AATACT-ATCCA--AA-A-TT----AA-TAAGCA-AAA
1 GTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAA
* * * * *
90355 G-TTTAAAAACATAAATTTGTTTACTGAATAAATTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATC
66 GATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
90418 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTCAGTTATAAAACAATTATTTCA
130 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA
*
90467 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--
1 GTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * * ** * *
90530 TGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTA-TCGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTTCAACAATT
65 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAATTATAACTA-TTTGAACAATT
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Statistics
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158 6 0.00
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* **
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* * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** *
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251 TACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
* * *
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315 ATTTTAAAAATAAATAAGTTTA-TTGAACCAGTT-AAAT-A-TATGA
*
87756 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
* * * * *
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* * *
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* * *
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192 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAACTTTTTTCTGTTCATACAAG
* *
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*
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321 AAAATAAATAAGTTTATTGAACCAG-TTAAATA-T-ATGA
* *
88116 CTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-AAATTTATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAT-TT
* *
88178 TTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAGTTATTAATATTACAAAAATTAATAA
65 TTA-TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA
* * * * * *
88243 TTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACGGAACAAGTTTAAATAATTATG-ACTATTTCAATA
127 CTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-AAACAAGTTTAAATAATTATGAACTATTT-GATA
* * * * * * *
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190 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAACTTTTTTCTGTTCATACA
* * * * ** *
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255 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTT
* * * *
88437 AAAAATAAATCTA-TTTATTGAACAAGTTAAAATCTTTGTGA
320 AAAAATAAAT-AAGTTTATTGAACCAGTT-AAA--TATATGA
* * * * * *
88478 TTATTTGAACAATTAT-T-TATCAAAT-GTTATGA--TTTT-TGTTGT-AT--TAC-AAT-TGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
* * * * * * * *
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* *
88588 AA-AATATTTTTATAAAAA-AATATGTTATTTA-AAACAATGATTCAAATAGTCT-T-AACTATT
129 AAGAA-A--TTTA-AAAAATAA-AT-TTATTTACAAACAA-G-TTTAAATAAT-TATGAACTATT
* ** * * * * *
88648 TGAATAAATAT-TA-TTCAAATTATTATTGACCATTTAGTTTTG-AATAAAACAATATTTTTTTC
185 TG-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACC-TTTTGTTCTGTTATAAAA-TA-ACTTTTTTC
** * * ** * * * *
88710 AATTCATA-TAGCTTATTTGAAAATATTATAATATTATTTTATT-ATAATTCT-AAAATTAATAA
245 TGTTCATACAAGCTTATTT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTTGACAATTAATAA
* * * *
88772 GT--ATGA--ATAAAAAT-AATCTA-TTCTA---AA-CTGTTTAAAATAGTTATGA
308 GTAAAAGATTTTAAAAATAAAT-AAGTT-TATTGAACCAG-TT-AAATA--TATGA
* * ** * * *
88818 CTATCT---C-ATTATCTATTTCAAA-AATTATGATATTTTGTTTT-TCAAAAAACAATTA-GTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
*
88876 T-TTGATGAT-AG-TT-TT--AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
66 TATTCAT-ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA
* * ** * * *
88934 GTAA-AAATTTGAAAAATAAATATGT-TTTATGAACACGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAAT
127 CTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-T-TATTTACAAACAAGTTTAAATAATTATGAACTATTTG-AT
* * * * * * * *
88996 AATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAACTAA-TTGTTTCTGTTCATAA
189 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAACTTTTTTCTGTTCATAC
** * * * * *
89059 AAGCTTATTTGGAACAAAATAATTCTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
254 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
* ** ** ***
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* ** ** *
89167 -TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
* * * ** *
89230 ATATTCTTACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
66 -TATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATT-ATAA
* * * * * * *
89294 GGT-AGAGATTTAAAAAAT-AATTATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTGA-
127 -CTAAGAAATTTAAAAAATAAATT-TATTTA-CAAACAAGTTTAAATAATTATGAACTATTTGAT
* * * * * * * *
89355 ACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATTGTAAAACAA-TTGTTTCTATTC-T
189 A--ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAACTTTTTTCTGTTCAT
** * * * * * *
89418 ACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAAAAATATTTTATTAATA-TTT--CAAATATTAA-TAAGAGA
252 ACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA
** * * *
89478 -TTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAATCGGTTTAAATAGTTATGA
316 TTTTAAAAA-TAAATAAGTTTATTGAACCAG-TTAAATA--TATGA
* * * * * ** * * *
89523 TTAATTGAACAATTATCCATCTCACATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
* * * * * *
89587 TGTTTGCACA-AA-CTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAA--ATT-A-A--T----AA--GTAA--
66 T-ATT-CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTATAACT
* ** * * * * * * * * * * *
89636 AAG--ATTTAAAAAATAGAGGTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAG-ATTCTTAGAACAAT
129 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTT-ACAAACAAGTTTAAATAATTATGAACTATTTG-ATAAT
* * * * * * * *
89698 TATTTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTATT-TAGTCATAAAATAA-TTTTTT-TAGTTTATACA
192 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCT-GTTATAAAATAACTTTTTTCT-GTTCATACA
* * * *** * **
89760 TGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAACAA-ATTT
255 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAGATTT
** * *** * *
89824 TAAAAAATAAATTTGCTTACCAAACAAGTTCAAATTGCTATGA
319 T-AAAAATAAATAAGTTTATTGAACCAGTT-AAA-T-ATATGA
* * * *
89867 TTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
1 CTATTTGAACAATTATCTA-TT----TCAA-ATCAT---TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
89932 -AAT-TGTTTGAGTTCATA-ATAGCTTA-TCTAAAATAAAATAACATTATCTTATTAATATTTTA
57 AAATAT-TTTTA-TTCATATA-AGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTCA
* * * * * *** *
89993 AAAAGTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AAGTTAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATG-
117 AAAA-TTATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTA-TTTA-CAAACAAGTTTAAATAATTATGA
* * * ** * * * * * *
90056 GCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTACGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT
179 ACTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAACTT-TT
** * * * * * *
90120 TT-TCATCATACAAACCTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
242 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA
*** * * *
90184 AGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
307 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT-AAGTTTATTGAACCAGTT-AAATA--TATGA
* * * * * *
90238 TTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGACATAAAAC-AAT-TGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAT-TT
* * * * *
90301 TCAGTTTATA-AAGCTTATCCAAAAT--AA-AATACT-ATCCA--AA-A-TT----AA-TA-AGC
65 TTA-TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTATAAC
* * * * * * * *
90351 -AA-AAGTTTAAAAACATAAATTTGTTTACTGAATAAATTCAAATAGTTA-G-ACTATTTGAACA
128 TAAGAAATTTAAAAA-ATAAATTTATTTAC-AAACAAGTTTAAATAATTATGAACTATTTG-ATA
* * * * * *
90412 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTCAGTTATAAAACAA-TTATTTCAGTTCATACA
190 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAACTTTTTTCTGTTCATACA
* ** *
90476 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
255 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
90531 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 2434, Mismatches: 468, Indels: 468
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
336 5 0.00
337 4 0.00
338 91 0.04
339 32 0.01
340 60 0.02
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342 26 0.01
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344 244 0.10
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Consensus pattern (357 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
TATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAA
GAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACAAACAAGTTTAAATAATTATGAACTATTTGATAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAACTTTTTTCTGTTCATACAAGCTTA
TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
AAATAAGTTTATTGAACCAGTTAAATATATGA
Found at i:88317 original size:16 final size:17
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88275 AACAAGTTTA
88285 AATAATTATGACTATTTC
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AATAATTATACTATTTC
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* * * * *
90193 TTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTAT
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** * *
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* * *
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* ** **
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65 TTTAAAATCATTATGACCCTTTGTTCAGACATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATCC
90485 AAAATAAAATA
130 AAAATAAAATA
90496 ATACTAATTT
Statistics
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TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTAAAATCATTATGACCCTTTGTTCAGACATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATCCA
AAATAAAATACTATCCAAAATTAATAAGCAAAAG
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90444 TCAGTTATAA
** * * * * * * *
90454 AACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
1 AACAATTATTTTTGTTCGTATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTTCAA
** * * *
90519 AAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTT
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*
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1 AACAATTATTTTTGTTCGTATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTTCAA
* * *
90667 AAATTAAAAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CTAATTCAAATAGTTA-AG-
66 AAATT---AA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATC-AATTCAAATAATTATAGC
*
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90753 AA
1 AA
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AACAATTATTTTTGTTCGTATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTTCAA
AAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAATTCAAATAATTATAGCATTTT
CAACAATTATCTATTTC
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90617 TCGTATAAGT
* * * * * *
90627 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAAAATTTCAAAAATTAAAAATTAAAAGGTTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAAAATGAATCTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAA
* * *
90692 AATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
62 AATAAATTTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* *
90757 CATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTCAATTCATAGT-AGC
127 CATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTT--ATTCATA-TAAAC
** *
90808 TTATTCGGAATAAAATAAAATGAAT-TGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAGAAT
1 TTATTCAAAATAAAATAAAATGAATCT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
90872 AAATTTATTTACCTAACCAATT-AACATAATTATGATTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCG
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* *
90936 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAAT
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* * * *
90985 TTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTGATATTTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
1 TTATTCAAAATAAAATAAAATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
91049 AAT
66 AAT
91052 CGTTTATCAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
TTATTCAAAATAAAATAAAATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
AATTTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
ATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAAC
Found at i:91176 original size:175 final size:173
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90610 TTTTTGTTCG
* * * * * *
90620 TATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAAAATTTCAAAAATTAAAAATTAAAAGG
1 TATAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAAT-T-ATTATATTTC-AAAATT---AA-TAAGAGA
** * * * * * *
90685 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCAA-ATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTA
58 TTTAAAAAATAAATTCATTTACCAAACCAATT-AACATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTA
* * ** *
90749 TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCA
122 ATTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCA
* *
90801 TAGT-AGCTTATTCGGAATAAAATAAAATGAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
1 TA-TAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATT-ATT-ATATTTC-AAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * *
90865 AAAGAATAAATTTATTTACCTAACCAATTAACATAATTATGATTATTTGCACAATTATCTATTTC
61 AAAAAATAAATTCATTTACCAAACCAATTAACATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTAATTC
* * *
90930 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAA-ATGTTTTTGTTCA
126 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATA-GTTTCTATTCA
** * *
90978 TATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTGATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAA
1 TATAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAAT-TATT-ATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * * *
91043 AAAATAAA-TCGTTTATCAAATCAGTTCAA-GTAGTTATGAATATTT-AATCAATTAGT-TAATT
63 AAAATAAATTCATTTACCAAACCAATT-AACATAATTATGAATATTTGAA-CAATTA-TCTAATT
* * * * *
91104 CTAATTGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCA
125 CAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCA
* * * * * *
91153 TCTAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTACTAGTATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAA
1 TATAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATATTAA-TTATTA-TATTTCAA-AATTAATAAG-----AG
* * * * * * *
91218 ATTT-TAAAATAAATATAATTTTACCAAACTAGATTAA-ATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
57 ATTTAAAAAATAAAT-TCA-TTTACCAAACCA-ATTAACATAATTATGAATATTTGAACAATTAT
* * *
91281 CT-ATTACAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-A-AAAA-AA-AATTT-TAGTTGA
119 CTAATT-CAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA-TTCA
*
91332 TATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 TATAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA
91359 CTAAGTTGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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184 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
TATAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTATTATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
ATAAATTCATTTACCAAACCAATTAACATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTAATTCAAATC
GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCA
Found at i:91819 original size:181 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
91492 TTATTCCAAA
*
91502 TAAAATAATATAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATATAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATA
* ** ** *
91567 TTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGATAATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACT
66 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGCCATGATAATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACC
* *
91632 TTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTGGTACAAACTTATTCGGAT
131 TTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTTTGTTGGTACAAACTTATTCGGAT
* * ** * * *
91683 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATG
1 TAAAATAATATAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * * *
91747 TTTATCGAATAAGTTCAAATAGCCATGACT-ATTTCAATAATTATCTT-TTTTCAAATCATTGTG
66 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGCCATGA-TAATTTAAACAATTAT-TTATTTT-AAATCATTATG
*
91810 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
128 ACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTT
91841 AGTTCATATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAAAATAATATAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATA
TTTACCGAACAAGTTCAAATAGCCATGATAATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTTTGTTGGTACAAACTTATTCGGAT
Found at i:91995 original size:19 final size:19
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Indices: 91971--92007 Score: 65
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91961 ATTAAACTAA
*
91971 ATAAAATATTAATTATTTT
1 ATAAAATATTAAATATTTT
91990 ATAAAATATTAAATATTT
1 ATAAAATATTAAATATTT
92008 AATTTATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAAATATTAAATATTTT
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92311 AAAATAAATC
92321 TATTTAATTTATAATCT--T
1 TATTTAA-TTATAAT-TAAT
*
92339 TAATTAATTATAATTAAT
1 TATTTAATTATAATTAAT
*
92357 TATTTAATT-TCAATAAAT
1 TATTTAATTAT-AATTAAT
92375 TATT
1 TATT
92379 GCTATAAATA
Statistics
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TATTTAATTATAATTAAT
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Period size: 15 Copynumber: 3.9 Consensus size: 15
92631 TAATATTATT
92641 TATTATTTAATTTAA
1 TATTATTTAATTTAA
*
92656 -ATTATTTTAAATTAA
1 TATTA-TTTAATTTAA
*
92671 TATTA-TTAATTATAT
1 TATTATTTAATT-TAA
92686 TA-TATTTAATTT
1 TATTATTTAATTT
92698 TGAATGTTGT
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TATTATTTAATTTAA
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Indices: 92621--92677 Score: 55
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92611 AACATAAATC
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1 ATATTATT-TTAA-ATTA
* *
92639 TTTATTA-TTTAATTTA
1 -ATATTATTTTAAATTA
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1 ATATTATTTTAAATTA
92670 ATATTATT
1 ATATTATT
92678 AATTATATTA
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Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ATATTATTTTAAATTA
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Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
93138 ATCTCTTTCA
* * * **
93148 TATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAATAT
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGT
* *
93212 CA-AAGTGATATGAAATAGATAATTATTCTAATA-A-TTTTAACCATTT-GAACTGATTCAGTA-
64 CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATT-T-ATAGAGTCTTAACCATTTAG-ACTGATT-AG-AC
*
93272 AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAG
123 AATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAG
* * *
93329 TATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACGATTGTTTTAT-ATTAAAAGAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
93393 ATAACGATTTGAAATAGATAATCATTTATAGAGTCTTAACTATTTAGACTGGTTTGACAATTAGA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATAGAGTCTTAACCATTTAGACTGATTAGACAATCAAA
* * **
93458 TTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAG
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAG
** * * * * * *
93509 TATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATTAACAGAACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
*
93574 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
93600 GAAATAGTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATAGAGTCTTAACCATTTAGACTGATTAGACAATCAAAT
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAG
Found at i:93679 original size:181 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
93267 CAGTAAACAA
*
93277 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * *
93342 TAAATAAGCTTGTATGAACAAAACGATTGTTTTATATTAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
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* * * ** * **
93407 TAGATAATCATTTATAGAGTCTTAACTATTTAGACTGGTTTGACAATTAG
131 TAAATAATCATTGAAAGAGTCAAAACTATTTAGAATGGTTTGACAAGCAG
* * ** *
93457 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
93522 TAAATAAAATAGTATTAACAGAACCAATTGTTTGATGA-TAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGA
66 TAAATAAAATAGTATGAACA-AAACAATTGTTTGAT-ATTAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * ** *
93586 AATAAATAATTATTGAAATAGTCAAAACTATTT-GAAATGGTTTGGGAAGCAT
129 AATAAATAATCATTGAAAGAGTCAAAACTATTTAG-AATGGTTTGACAAGCAG
* * * * * ** *
93638 ATTT-TCTTTTTAAATCTCATACATATTTATTTTCTAAATATTAATAAAACAATATTATTTTATT
1 ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
93702 TCAAACAAAC
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 42, Indels: 7
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 77 0.39
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Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
TAAATAAAATAGTATGAACAAAACAATTGTTTGATATTAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
TAAATAATCATTGAAAGAGTCAAAACTATTTAGAATGGTTTGACAAGCAG
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97669 ATTAATTATAATATATA
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*
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97704 TAAATTGTTA
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ATTAATTATAATATATA
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97648 TAATTAAAAT
*
97658 TAATTATAAATA
1 TAATTATATATA
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1 -TAATTAT-ATATA
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1 TAATTATATATA
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1 TAATT
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TAATTATATATA
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*
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AATTATATTATATATAATT
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98303 AATGAAGTAT
*
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*
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ATTATATATA
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*
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AATTATAAATTATAAAATTGAAT
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98465 TAAATTATAA
* * * * ** * * *
98475 TATCTATCTCCAATTATTATGA-TTTTTGTTTTGTCCCAAAACATTTAATTTTTGTTCA-ACAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTCTTCATACAAG
* * * * * * * *
98538 CTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAA-G-GATTTAA
65 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGGAGATTTAA
* * * * *
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128 AAAATAAATTAGTTTAT-C-GAATCAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAT
* * * * *** *
98653 TATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAAC-TCATACATG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTCTTCATACAAG
* ** * * *
98717 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTATTAAGTAA-GA-AATTAG
65 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAA-TAAGGAGATTTA-
* * * **
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127 AAAAATAAA-TTAGTTTATC-GAATCAA-TTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAT
* ** * * * ** *
98833 TAT-TATTTAAAATTGTTATGACCTTATATTTTATCA-AAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGT
* ** * * *
98895 GTTA-TCTGAAATAAAATAATTTTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTA-GAGATTTA
66 -TTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGGAGATTTA
* * * * * *
98958 AAACATAAATTAGTTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTAAACAAT
127 AAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAT
* * * * *
99012 TAGCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTATTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGT
* *
99077 CTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAA-ATAGGAGATTTAAA
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*
99141 AAATAAATCT-GTTTATCGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
129 AAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAT
* * ** *
99193 TATATATTTCTAATCATTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAATTATCTTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAG
* * * * *
99257 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAACTAATG-GATTTAA
65 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGGAGATTTAA
* * * * *
99321 AAAATAAATTTA-TTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAAT
128 AAAATAAA-TTAGTTTATCGAATCAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAT
* * * * * *
99374 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAGCAAATGTTTTTGTTCATATAAGT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGT
* * * *
99439 TTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATT--TAATAA-GAGATTTAATAA
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131 ATAAAT
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TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGT
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ATAAATTAGTTTATCGAATCAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAT
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98480 ATCTCCAATT
* * * * * *
98490 ATTATGA-TTTTTGTTTTGTCCCAAAACATTTAATTTTTGTTCA-ACAAGCTTATTCAGAGTAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGT-CAAAAACAATTAA-TTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * * *
98553 ATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGT-TTT-G
64 ATAATACT-AATTAATAATATTATAAA-ATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATTTATTTAT
* * *
98616 CTGAATCAATTCAATTAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
127 C-GAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
98681 ATTTAGTCATAAAATAATTG--CTTCAACTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
190 GTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
98744 TATTAACATTTAGAAAATTATTAAGTAAGA-AATTAGAAAAA-AAATTTATTTACTGAACAAGTT
252 TATTAATATTTA-AAAATTA-TAAATAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT
* * * *
98807 CAAATATTTTTTACTATTTGAACAATTATTATTTAAAATT
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* * * * * * *
98847 GTTATGACCTTATATTTTATCAAAAACAATT-GTTTTAGTTCATA-AAATGTTA-TCTGAAATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAACAATTAATTTT-GTTCATACAAGT-TTATTC-AAAATAA
** * * * * *
98909 AATAATTTTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAA-TTAGTT
63 AATAATACTA-ATTAATAATATTAT-AAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATTTA-TT
* * * * * * * * *
98973 TATCAAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGAACTT
124 TATCGAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* *
99038 TTGTATTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
188 TTGT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* *
99103 TATTAATATTTGAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAATCAA-T
252 TATTAATATTT-AAAAATT-ATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAAGT
* **
99166 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCTAATC
313 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATC
* *
99208 ATTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAATTATCTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
1 ATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTAATTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * *
99272 ATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAACTAATGGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
64 ATAATACTAAT-TAATAATATTAT-AAAATTAATAAGTAA-GGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * *
99337 TCGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
126 TCGAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** * * * *
99402 GTTTTGTCGTAAAGCAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
190 G-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
99467 TTAATATTTCAAAATT-T-AATAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTAC-CATACTAG-TCAAT
254 TTAATATTTAAAAATTATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA-ACAAGTTCAAA
* * * *
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99565 GTACTAAATT
Statistics
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ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAACAATTAATTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTAATAATATTATAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAA
TCAATTCAAATAGTTAAGGCTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGT
CATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTAAAAATTATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATTATTTAAAATC
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99954 TGACTATTTC
* * * * * * *
99964 AATAATTATTTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTA-TCATCAAACGATTG-GTTAGGTT
1 AATAATTA-TCTATTTCAAATCATTGTAATCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTT
* ** *
100027 CATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTTAAAACTTAATAACTAAG
63 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTTAAAA-TTAATAAGTAA-
* * *
100091 AA-AATTAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTCTA-T-G
126 AAGATTTAAAAAATAAATCTAATTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAA-AAT-TATTAG
* * * * *
100146 AATGATTATCTATTTCAAATCGTTGTAA-CTTTTTCTTTTAGT-GTAAAACAATTGTTTT-GTTT
1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAATC-TTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * *
100208 GTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAAAG
64 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAAAG
** * *
100273 ATTTAAAAAATAAAT-TGGTT-TACTAAATCAGTTCAAATGGTTAAAATTATTAG
129 ATTTAAAAAATAAATCTAATTGT-C-AAACCAGTTCAAATAGTTAAAATTATTAG
* * *
100326 AATAATTATCTATTTCATATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * * * * ** *
100391 ACAAGCTTATTCATAATAAATTAATTCTAATTT-ATCAACATTTGGAAAATTAATATG-AAAGAG
66 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTTTAAAATTAATAAGTAAA-AG
100454 ATTTAAAAA
129 ATTTAAAAA
100463 TATTTATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 15 0.06
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AATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTAATTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAATTATTAG
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102050 ATAATAAAAA
102060 TTAAATATTTTAAT
1 TTAAATATTTTAAT
*
102074 TTAAATATTTAAAAT
1 TTAAATATTT-TAAT
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1 TTAAATA-TTTTAAT
102103 T
1 T
102104 ATTAACATTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
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TTAAATATTTTAAT
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102036 ATATCAGTAA
*
102046 TTAAATA-ATAAAAATTAAATATTTTAAT
1 TTAAATATTTAAAAATTAAATATTTTAAT
*
102074 TTAAATATTTAAAATTTAAA-ATTTTTAAT
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* *
102103 TATTAACATTTAAAAAATTAA
1 T-TAAATATTT-AAAAATTAA
102124 TAAGCAAAAG
Statistics
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TTAAATATTTAAAAATTAAATATTTTAAT
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1 TTTAAATATTTAAAATTTAAAATT
* *
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TTTAAATATTTAAAATTTAAAATT
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*
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Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
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ATAATATTATAATTC
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1 ATATATAATATT
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1 A-TATATAAT
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Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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ATATATAATATT
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102629 TATATATAAA
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* *
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*
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102702 TATGTACTTA
Statistics
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*
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Statistics
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Consensus pattern (9 bp):
ATTATAATT
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Alignment explanation
Indices: 103615--103662 Score: 53
Period size: 5 Copynumber: 9.4 Consensus size: 5
103605 ACATTATAAT
* *
103615 TATTA TATTA TATTA TATATT TATTA TATT- TATTA TAATA TAATTA TA
1 TATTA TATTA TATTA TAT-TA TATTA TATTA TATTA TATTA T-ATTA TA
103663 AAAACTATAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 6
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Consensus pattern (5 bp):
TATTA
Found at i:103655 original size:21 final size:21
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Indices: 103609--103651 Score: 70
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103599 ATTAAAACAT
*
103609 TATAATTATTATATTATATTA
1 TATATTTATTATATTATATTA
103630 TATATTTATTATATT-TATTA
1 TATATTTATTATATTATATTA
103650 TA
1 TA
103652 ATATAATTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
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Consensus pattern (21 bp):
TATATTTATTATATTATATTA
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104201 ATAAATCTAT
*
104211 TTAATT-TATAATCTTTAATTAATTATAA
1 TTAATTATATAAT-TTTAATAAATTATAA
*
104239 TTAATTATTTAATTTTAATAAATTAT
1 TTAATTATATAATTTTAATAAATTAT
104265 TGCTATAAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
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TTAATTATATAATTTTAATAAATTATAA
Found at i:104250 original size:18 final size:18
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Indices: 104208--104265 Score: 57
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104198 AAAATAAATC
104208 TATTTAATTTATAATCT--T
1 TATTTAA-TTATAAT-TAAT
*
104226 TAATTAATTATAATTAAT
1 TATTTAATTATAATTAAT
* *
104244 TATTTAATTTTAATAAAT
1 TATTTAATTATAATTAAT
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1 TATT
104266 GCTATAAATA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 4
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Consensus pattern (18 bp):
TATTTAATTATAATTAAT
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Indices: 104507--104560 Score: 58
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104497 AACGTAAATC
*
104507 ATATTATTGTTA
1 ATATTATTATTA
104519 ATATTATTATTA
1 ATATTATTATTA
* *
104531 AT-TTA-AATCA
1 ATATTATTATTA
104541 ATATTATTAATTA
1 ATATTATT-ATTA
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1 ATATTAT
104561 ATTTAAAATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 5
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ATATTATTATTA
Found at i:104538 original size:33 final size:35
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Indices: 104492--104560 Score: 97
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104482 GATATTAATT
*
104492 TTATTAACGTAAATC-ATATTATT-GTTAATATTA
1 TTATTAACGTAAATCAATATTATTAATTAATATTA
**
104525 TTATTAATTTAAATCAATATTATTAATTAATATTA
1 TTATTAACGTAAATCAATATTATTAATTAATATTA
104560 T
1 T
104561 ATTTAAAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 2
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TTATTAACGTAAATCAATATTATTAATTAATATTA
Found at i:104562 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 104507--104563 Score: 50
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104497 AACGTAAATC
*
104507 ATATTATT-GTTAATA-T
1 ATATTATTAATTAATATT
*
104523 -TATTATTAATTTAA-ATCA
1 ATATTATTAA-TTAATAT-T
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1 ATATT
104564 TAAAATTTGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 10
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ATATTATTAATTAATATT
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Indices: 105015--105047 Score: 50
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105005 ATATTAAAAC
105015 AAATAATGATTTGAAAT
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*
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1 AAATAATGATTTGAAAT
105048 TGTAAAAACT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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AAATAATGATTTGAAAT
Done.