Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168308.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_533, whole genome shotgun sequence
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*
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* ** * * * * *
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65 -AAA-TCT-CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* *
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126 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTG
* * * ** * ** *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* ***
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* * ** ** * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTT
* *
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* * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* ** * * *
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* * * * * * * * *
2508 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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126 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
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* * * *
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128 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTT-
* * *
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* * * * * * * *
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123 CTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * * * *
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64 TAAATCTCTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTG
* * * * *
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127 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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**
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* **
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5162 CTTGTATGAACTA-AAACAATTATTCTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTG
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* * * * * * * * *
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* * * * *
5280 TAAGTCTCTTACTAGTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGT
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* * * *
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* * * ** ***
5453 TATATTTT--AT-T-TTGGA-TAAGTTTTT-ATGAAT-TGAA-ACAATT-GTTTTATGATA-AAA
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5508 CAA-AAGGCTAATGACTTTAAATAG--ATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTCGAACTTGTTC
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*
5570 GA--TA
172 GATTTG
** * * ** * * * * *
5574 AAATAGATTTTTTTTTAAATCTCTTCTCATTAATTTTTTGAA-T-GTT-AATAAATTAG---TAC
1 AAATAGATAATTGTTCAAA----TAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAA-CAGATTTAT
* * * ** * * * * *** ****
5633 TATTT-CAT-TCTGAAGAAGCTTGTATGAATTA-AAAT-AATT-GTTTTATAAGA-AAACAAT-A
60 TTTTTAAATCTCTTATTAA--TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* *** ** * * * * ** *** * * * *
5691 GGTCAAAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTATTTGAAC-TGA--TTTAG
122 GCTTGTATGAA-TAG-AA---ACAATTGTT-TTAT-GACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * * * * * **
5752 TAAATACATTTATTCTTTAAAT-CTCTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATT-ATTAATTAG---TATT
1 -AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC--A-TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATT
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5810 ATTT-AATC-C-GAATAAGCTTATATGAAA-A-GAA-ACATT-G---T-TTTTATGATGAAATAA
61 TTTTAAATCTCTTATTAA--TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT-A
* ** * * * ** ** * *
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121 AGCTTGT-ATGA-AT-AGA-A-ACAATTGTTTTATGACA-AAACA-AAAGATCAT-AACGA-TT-
5924 TG
176 TG
* ** * * **
5926 TAAATA-A-ATTTAGTTTTAA-A-TC-T--CT-TATT-AA-T-TTTC---AAA-A-TTTTAATAC
1 -AAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTT-ATTT
***
5975 GAAAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTTGAATA
62 TTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATA
* * * * * * *
6038 AACTTATATAAAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACTATTTG
121 AGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
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6096 AAATAAAATAATTGTTCAAATAGGCATAATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTT
1 AAAT-AGATAATTGTTCAAATA-G--TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
6161 TTTAAA-ATCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTAGAATATGCTTG
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* ** * * * *
6224 TATGAATAGAAACAAGTGGCTTATGGC-AAACAAAAGCTCATTACTATTTG
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* * *
6274 AAATAGATAATTGTTCAAAATAGTCATAAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTT
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6338 TAAAATTTTTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAATC
63 TTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
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6402 TTATATGAATAGAAATAATT-ATTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTG
124 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTG
* ** * ** * *
6455 AAAATA-AAAATT-TTCAAACTAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTT
1 -AAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* *
6518 TAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCC
64 TAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * *
6583 TATATTAACAGATATAATTGTTTTATGA-ATGAAACAAAATG-TCATAACGATTTG
125 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA--AAACAAAA-GATCATAACGATTTG
* * * ** * * * **
6637 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTCTACGGTAAACATA-TTA-TTTAAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *** *
6700 AATCTTTTACTCATTAATTGTAGAAATATTAATAAA-TA--ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTC
66 AATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * ** * * *
6762 TATGAA-ACAAAAAAATAATTTTTTGACAAAATAGAAAG-TCATAATGATTTG
127 TATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAACGATTTG
* * * ** * * * *
6813 AAATAAATAATTGTTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTTATTCAATAAATAGAGTT-GTTTTT
1 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * **
6877 AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTA-TATTTTTTTAATTAAAATAAGC
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* * * * * * * *
6940 TTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACCAAATG-TTATAGCAATTTA
124 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAACGATTTG
* ** ** * * *
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1 AAATAGATAAT-TGTT-C--AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAG-ATTTATT
* * * **
7058 TTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTATTCCGAATAAGCT
61 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * **
7121 TATAGGAATAGAAACAATTG--TTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTG
125 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * * ** * *
7172 AAATAGATAATTGTTCAAACAATGAAAACTATTTGCATTGG-TCAGGCCAACAAATTCA-TTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * ***
7235 AAATTTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC
65 AAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-C
* * * * * * *
7299 -TGTATTAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTG
124 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * * * * * *
7352 CAATAAATACTTGTCCGAATTGTTATAACTAATTGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* ** * * * * *
7417 AATCTCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACTTATATG
66 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
7482 AAGAAAAACATTTTTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTG
131 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * ** * ** * * * *
7529 AAATAGATAATTATTCATATAACCTTAACTATTTGAACTCATTCGGCAAACAAACTTA-TTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
7593 AATCTCTTAGATACTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCT
66 AATCTCTT--AT--TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * *
7657 TGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTG
125 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * *
7710 AAATATATAATAGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT
* *** *
7774 AAATCTCCTACTCATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAGGCT
65 AAATCT-CT--T-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * *
7839 T-TAT-AATGAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGTTCATAACGATTTG
125 TGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * * **
7891 AAATAGATAATTGTTTAAATTGCCATAATTATTTGAACTGATT-TGATAAATTGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
7955 AAATCTCCAACTT-TTGAATTTTTGAAATACTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACT
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* ** * * * *
8019 TTTAAAAACT-GAAACAATTG-TTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACAAGTTT-
125 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTG
* * ** *
8071 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-
* * * * **
8136 AAATTTCTTGCTTCTTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCT
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* * ** * * * *
8200 TGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGATTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTG
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* * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * * * ***
8318 AATCTCTTACTT-ATTAATTTG-ACTATTATTAGTTTAGGAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGT
66 AATCTCTTA-TTAATT--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * *
8381 ATGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAATGATTTG
128 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * *
8430 AGATAGATAATTATTTAAA-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACAGATTTAGTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT
* * *
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65 AAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * *
8558 TTATGAACTA-AAACAATTATTTTTTGAGAAAACAAAAGTTCGTAATG-TCTTT
126 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGAT-TTG
* * * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTT
* * * *
8674 TAAATCTCTTGCTCATTAAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT
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* * * * * * *
8739 TGCATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTG
125 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* ** * ** ** *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTT
* * * * *
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* * * *
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126 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
** * * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * * * * * *
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65 AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
9097 -AAT-G-AACAGATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTC
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* * * * * **
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
** * * ** * * *
9207 AATCTCCTAGCTATTAATTTTCAAAATGTAAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
66 AATCT-CT---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
9271 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTT
127 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * *
9322 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAGTAGTTAAGTAAATAGAATTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* *
9387 AATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTA
66 AATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
9451 GTATGAATTGAAA-AAGTTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
126 GTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * * *
9503 AAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-GATAAAAAAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
9567 AAATCTTTTAGTTATTAATTTTAGGAATATTATTAGATTAGTATTATTATTTTTTTGAATAAGCT
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* * * * * * * *
9632 AGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATTACGAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
125 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * * ** **
9685 AAGTATACAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATGGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* *
9750 AATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTCATAAATTAGTATTA
66 AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
9795 AGGATTTAAA
Statistics
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161 1 0.00
162 2 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
Found at i:1116 original size:532 final size:533
Alignment explanation
Indices: 1--9794 Score: 4991
Period size: 539 Copynumber: 18.3 Consensus size: 533
* * ** *
1 TATTTTATTTCACATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATCATTTTATGA-TAAA-AAAAGGTCAT-
1 TATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
63 AC-TTCTTATAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
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* **
127 TTATTTTTTAAAAT-TTTTGTTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
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* * * * * * *
191 AAATAAGCATGTATGAACT--AAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAATATTAGAACGATTTGAA
191 AAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * *
253 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TT-GGCTAGCAAACACATTTATTTTTTAA
255 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCGG-T---AAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
316 ATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTG
316 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG---TATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * *
380 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGT
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* * * * * *
444 TGAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAA--TCT-CTTATT
442 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATT
*
506 AACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
506 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * *
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* * * * * * *
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** *
664 ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAAT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * *
729 AAAATTGCATAAATAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA-AAA
195 AAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAA
* * * *
793 TAATTGTTCAAAGAGTCATAACTACTTGAACTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAATCTTTT
260 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT--AAATCTTTT
* *
858 ACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAA
323 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* ** * *
923 ACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGA
388 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
987 CAAATATTTGAAC-GTGTTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
453 TAACTATTTGAACTG-GTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
1051 TATTAATAAATTTA-TAT
517 TATTAATAAA-TTAGTAT
* * *
1068 TATTTTA-TTCAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TTCATAA
1 TATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
1131 TGTTTTGAAATAGATAATTA-TCCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC-AGTAAAC--ATT
66 CGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATT
* * * *
1192 AATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
1257 ATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTA-TAAACAAAAGGTC--AATGATTTGAAAT
193 ATAAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
* *
1318 AAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA-
257 AAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAC-T--TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* ** * * *
1381 ATTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTTATATATTAA-TATTATTTTAATATGAATAAGCTTGT
318 CTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATA-TTA-ATA--AATTAGTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * *
1444 ATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACTAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
378 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * * *
1508 TCAATTAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTAT
442 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
1573 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-GTAT
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* ** ** *
1601 TATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGAACAGAAA-AGATCATTTGGTGACAAAACAAAAGGTTA
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* * * * * * *
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* * * * *
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128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * *
1793 AATAGGC-TGATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
192 AATAAGCTTG-TAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * * * * *
1856 ATAAATACTTATACAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
255 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA---ACTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
1921 TTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGATTATTTTAATCTGAATAAGTTTTTAT
317 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG--TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* ** * * * ** * * *
1986 GAACATAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCA
380 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
2051 AATAGTCATAACTTTTTGAACTGGTTTGAT-AA-ATATTTATTTTTTAAA--TCTA-TTATTAAT
445 AATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
* *
2111 TTTTGAAATATT-A-AGATTAGTTT
509 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
2134 TATTTTATTTTGAACAAACTTATATGGACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * ** *
2199 GTGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACA-AATT
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* * *
2263 ATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCGA
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAA
* * * *
2326 ATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTG-TTTATGACAAAACAAAA-A-C---A--ATTTGAAATA
193 ATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
2383 GATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCT
258 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** * * *
2448 CTTAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA
320 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG---TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** * * *
2513 ACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTTTAGTATG-CAATTATTCAA
382 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAA
* * * *
2577 ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCG-TAAACAAATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
446 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
* *
2641 TTTT-AAAGATTAATAAATTACTAT
509 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
2665 TATTTTATTTCAAATAAACATATAT-AATAAAAAACAATTG-TATATGAC----C-AAA---CA-
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * *
2846 GACTAAGCTTGTATGAATTCAGATAACTATTTTATCACAAAATAAAAGGTCATAACGATTT-AAA
191 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * *
2910 TAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTTGTTTAGTAAACAAATTTA--TTTTAAA
256 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCG----GTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
2972 -CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
317 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG---TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
** * ** * *
3036 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTC
379 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
3101 AAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTCCAAATCATTTCCTTATT
444 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTT-TAAAT-TTTTACTTATT
*
3166 AATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-AT
506 AA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * * *
3194 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTACACAAAAGGTCAA
1 TATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
3258 AACGATTCGAAATTA-ATAATTA-TTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTAGCTC-AGTAAAC
64 AACGATTTGAAA-TAGATAA-TAGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAAC
* * *
3318 ACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTT---TA-T--TAAATTAGTATTATTTT-TA
124 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
** * * * * * * *
3375 ACCAAATAAGCTTCTAT-GATAAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAAC-AAATATCTTAACGACTT
188 TTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT
* * ** **
3438 GAGATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATTTTTATTTTTT
252 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
* *
3503 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGCTT
314 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTAT-TTTGA-ATAAGCTT
* * * ** * **
3568 GTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATCA
376 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * *
3633 TTCAAA-CG-CTATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTT
441 TTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTT
* *
3696 ATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTAT
503 ATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
3727 TATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATA
1 TATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** *
3792 ACGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCCTTAAACAAATTT
65 ACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * *
3857 ATTCTTTTAAA-CTTCTTTCTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTA
130 ATT-TTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * * * *
3920 AATAGGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TTAGAATGATTTCAA
192 AATAAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
3983 ATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAA-TT-GATTCAACAAAAAAATTATTTTTTAA
255 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCG-GT--A-AACAAATTTATTTTTTAA
* * * ** * * * ** *
4046 ATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTA-ATAAAAAAAGCTTGT
316 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TT--AGTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * *
4110 ATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGT
378 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * **
4174 TCATACAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAATTAGAATTATTTTTTAATTTTCTTGGTTAT
442 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTAT
* **
4239 TAAGTTTT-AGAATATTCTTAAATTAGTAT
505 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * *
4268 TATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGGACCAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTAT
1 TATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCAT
* * * * * * * *
4332 AATGATTAGAAATAGATAGTTA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTT-TAGTAAATAGA
64 AACGATTTGAAATAGATA-ATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGA
* * *
4395 TTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
4460 CGAATAAACTTATATTAA-CGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
190 CAAATAAGCTTGTATAAATAGAA-ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
** * * *
4524 AATAAATAATTGTTC----A-T--TAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAA
254 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
4582 AT-TTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTT
316 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG---TATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
4645 ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTG
376 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * *
4709 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-GTTAT
441 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* *
4771 TAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
505 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * * * *
4800 TATTTTATTTTGAATAGGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAAAGTAA
1 TATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
4863 TAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA-----T---T-----GAT
63 TAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* *
4915 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTC
** * * * * * * *
4975 GGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTG-TTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
191 AAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
** * * * *
5038 ATTGATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTA-TTCAAATTTGTTCAATAACAAATTTATTTTTTCA
255 ATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTCGGT--A-AACAAATTTATTTTTT-A
* * * *
5101 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCCAAGTAAGCT
315 AATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTATT-TT-GAA-TAAGCT
* * * * * * ** *
5164 TGTATGAACTAAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATTA-AAAAT
375 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAAT
* * * * * * * * * * *
5228 TATT-TAATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTTAA-GTCT-CTT
439 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
* * *
5290 ACTAGTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
503 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
5320 TATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATA
1 TA-TTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
5384 ATGATTT-AAGATTGATATTTA-TTCAAATAGTCATAACTTGCTTTTTAA-TT-TTTGA-AAATT
65 ACGATTTGAA-ATAGATA-ATAGTTCAAATAGTCATAAC-T--ATTTGAACTTGTTCGATAAA-C
** ** * * * *
5444 A-A--TAAGTAGTATAT-T-TTA-TTTTGGATAAGTTTTTATGAAT-TGAA-ACAATT-GTTTTA
124 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT---TAA--TTTT-TGAATATTAATA-AATTAGTATTA
** *** * * ** * * ***
5500 TGATAAAACAAA-AGGCTAATGACTTTAAATAG--ATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTCGA
182 TTTTATTTCAAATAAGCT--TG--TATAAATAGAAATAATTGTT-TTAT-GACAAAAC-AAAAGA
* * ** * * ** * * ** * * *
5562 ACTTGTTCGA--TAAAATAGATTTTTTTTTAAATCTCTTCTCATTAATTTTTTGAA--T--GTTA
240 TCAT-AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA----TAGTCA-TAACTATTTGAACTTCGGTAA
* * ** ** * * ** * * *
5621 ATAAA-TTA-GTACTATTTC-ATT-CTGAAGAAGCTTGTATGAATTA-AAAT-AATT-G--TTTT
299 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTT
** ** ** *** * ** * *
5677 A-TAAGAA-AA-C-AATA-GGTC-AAAACAATT-TGAAATGGATAATTGTTCTAATA-GTCCTAA
361 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-GACAA---AAC-AAAAGGTCATAA
* * * * **
5734 CTATTTGAACT-GAT--TTAG-T-AAATA--CAT--TTA-TT---CT--TT-A-AATCTCTTATT
421 CAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTGATAA--ACAGATT
* * * * * ** **
5782 AATTTTTGAAATATTATTAATTAGT-ATTATTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAT
483 TATTTTTTAAAT-TT-TTACTTATTAATT-TTTGA----AAT-A--TTA-AT--AAATTAGTAT
* ** * ** * * * *
5845 TGTTTTTATGATGAAATAAAGATCATAATGATTTA-AGATAGATAATTGTTCACATAT-TCATAA
1 T-ATTTTAT--TTCAAT-AAGCTTGT-ATGA---ACAGA-A-ACAATTGTT---TTATGACAAAA
* * * * * * **
5908 C--TA-TTTA-AACTATTTCTGTAAATAAAT-TTAGTTTTAA-A-TC-T--CT-TATT-AA-TT-
53 CAAAAGGTCATAACGA-TT-TG-AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTG
* ***** * *
5959 TTC---AAA-A-TTTTAATACGAAAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
114 TTCGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG
** * * * *
6019 TATTA-TTTATTTTTGAATAAACTTATATAAAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGA
177 TATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* * *
6083 TCATAACTATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGGCATAATAACTATTTAAACTTGCTCGGTA
240 TCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATA-G--TCATAACTATTTGAAC-T--TCGGTA
* *
6148 AACAGATTTATTTTTTAAAATC--TTA-TTA--AA-TTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATT
298 AACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-T-TT
* * * * * ** * * * *
6207 TATTTAGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAAGTGGCTTATGGC-AAACAAAAGCTCATTACTAT
360 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
*
6271 TTGAAATAGATAATTGTTCAAAATAGTCATAAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATAGATTTA
425 TTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCAT-AACTATTTGAACTG-G-TT-GATAAACAGATTTA
* * *
6334 TTTTTAAAATTTTTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAT
485 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * * *
6383 TATTTTATTTGGAATAATCTTATATGAATAGAAATAATT-ATTTATGACAAAACAAAATGTCATA
1 TATTTTATTT-CAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** * * *
6447 ATGATTTGAAAATA-AAAAT-TTTCAAACTAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTGGTAAATAGAT
65 ACGATTTG-AAATAGATAATAGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * **
6510 TCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * *
6575 AATAAGCCTATATTAACAGATATAATTGTTTTATGA-ATGAAACAAAATG-TCATAACGATTTGA
192 AATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACA--AAACAAAA-GATCATAACGATTTGA
* * * * * **
6638 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTCTACGGTAAACATA-TTA-TTTAAAA
254 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-T-CGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * *** *
6701 ATCTTTTACTCATTAATTGTAGAAATATTAATAAATAATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATG
316 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
** * * ** *
6766 AAACAAAAA-AATAATTTTTTGACAAAATAGAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTT
381 -AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TT
* * ** * * * *
6829 CAAATAGTCATAACTGTTTGAATTTATTCAATAAATAGAGTT-GTTTTTAAATCTTTTACTTATT
443 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
*
6893 AATTGTCTG-AATATTAATAAATTTA-TAT
506 AATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* ** ** * * * * *
6921 TTTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACCAAATGTTATA
1 TATTTT-ATTTCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
6986 GCAATTTAAAATAGGTAATCACTTACTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAAC-G
65 ACGATTTGAAATAGATAAT-AGTT-C--AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * * *
7050 AATTCAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTATT
126 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * **
7110 CCGAATAAGCTTATAGGAATAGAAACAATTG--TTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGA
189 TCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * * * * * ** *
7173 AATAGATAATTGTTCAAACAATGAAAACTATTTGCATTGGTCAGGCCAACAAATTCA-TTTTTAA
254 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * ***
7237 AT-TTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-
316 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG---TATTTTATTTTGAATAAG-CT
* * * * * ** * * *
7299 TGTATTAATAGAAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGCAATAAATACT
375 TGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
7363 TGTCCGAATTGTTATAACTAATTGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTC
439 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
** *
7425 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAT
503 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
7456 TATTTTATTATGAACAAACTTATATGAAGAAAAACATTTTTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATA
1 TATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * ** ** * *
7521 ATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCATATAACCTTAACTATTTGAACTCATTCGGCAAACAAACT
65 ACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
** * * *
7585 TA-TTTTTAAATCTCTTAGATACTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTC
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTC
* * * * * * *
7648 GAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
191 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * * *
7713 TATATAATAGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
256 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
** * *** *
7778 CTCCTACTCATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAGGCTT-TA
318 CTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAG---TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
7842 T-AATGAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
379 TGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * ** ***
7906 TAAATTGCCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-TT
443 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
* *
7970 GAATTTTTGAAATACTAATAAATTAATAT
506 -AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * ** * * *
7999 TATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTGAAACAATTG-TTTATTATAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
8063 ACAAGTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATAGATT
65 ACGA-TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * * * * *
8127 TATTTTTTAAAATTTCTTGCTTCTTAATTTTCTAAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAGTTCA
129 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * ** * * * *
8192 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGATTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA
192 AATAAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
8256 TAGATAATTGTTCTAATGGTCTTAACTATTTGAACGGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
256 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * ** * ***
8321 CTCTTACTTATTAA--TTTG-ACTATTATTAGTTTAGGAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTAT
318 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-G--TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * ** * * *
8383 GGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTTA
380 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
8447 AA-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA
445 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA
* *
8511 TTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTAT
508 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
8537 TATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTTTGAGAAAACAAAAGTTCGT
1 TATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
8601 AATG-TCTTTAAATAGAAAACTA-TTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTC-AGTAAATA
64 AACGAT-TTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACA
* * * ** *
8662 GGTTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
125 GATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
8727 TTTAAATAAGCTTGCATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAAGGTTAGAATGATT
188 TTCAAATAAGCTTGTATAAA-TAGAAATAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAACGATT
* * ** * *** * *
8790 TGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAATTCAACAAACACTTATTTTTT
251 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCGGTAAAC-AA-ATTTA-TTTTT
* * * * * *
8854 TTAATCTATTATTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCT
313 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG---TATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * **
8919 TGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCGTAACAATTTGGGATAGATAAT
375 TGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
8982 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGCTGTCG-TGAACAAATTTAGTTTTTAAA--TCT-CT
439 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG--GTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACT
* * * * * * *
9043 TATGAGTTTCTAAAATATTAATAGATCAATAT
502 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
9075 TATTTTAGTCTAAATAA-ATT-T-T-AA-TG-AACAGATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTAT
1 TATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
9134 AACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAG-TT
64 AACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * *
9198 TATTTTTTAAATCTCCTAGC-TATTAA-TTTTCAAAATGTAA-ATAATTAGTATTATTTTATTTC
129 TATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAATAT-TAATA-AATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * * * * *
9260 AAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAA
191 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * ** *
9325 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAGTAGTTAAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAA
256 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-A--ACTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAA
* * * *
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** * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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* *
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** ** * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * ** * *
1975 TAAGTTTTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATAA
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * *
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** *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
2835 TATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAGATAACTATTTTATCACAAAATAAAAGGTCATA
1 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
2900 ACGATTT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTT
65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* ***
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130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAA
* * * ** * *
3026 TAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAA
192 TAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* *
3091 ATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTCCAAATCA
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* * *
3156 T-TTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAG-AT
320 TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * * *
3194 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTACACAAAAGGTCAA
1 TATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
3258 AACGATTCGAAATTA-ATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTAGCTCAGTAAACAC
64 AACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAG
* * **
3320 ATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTT--TA-T--TAAATTAGTATTATTTTTAACCA
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* * * * *
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* * * **
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*
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* * * * *
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* *
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** * * * * * * * *
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* * * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * **
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* *
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** ** * * *
5441 -ATTAATAAGTAGTATAT-T-TTA-TTTTGGATAAGTTTTT-ATGAATTGAA-ACAATT-GTTTT
125 GATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTAT---TAA-TTTTTAAT--ATT-AATA-AATTAGTATT
* * ** * ** * ** * *
5499 ATGATAAAACAAA-AGGC-TA-ATG-ACTTTAAATAGATAATTGT-T--C---A-AATA-GTCA-
180 AT-TTTATTCAAATAAGCTTATATGAAC-AGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *** * * * *
5551 AATCTATTCGAACTTG-T--TCGATAAAATAG--ATTTTTTTTTAAATCTCT-TCTC-ATTAA-T
242 AA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT-TGT-TCGATAAACA
** ** ** * ** ** * * *
5608 TTTTTGAATGTTAATAAAT-TAGTAC-TATTTCATTCTGAAGAAGCTTGTATGAATTAAAATAAT
303 GATTT--AT-TTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATT-TTTAGAATATT-AATAAATT--AGT-AT
* ** * * * * * **
5671 TGTTTTATAAGAA-AA-CAATAGGTCA-AAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTCCTA
1 TATTTTATTTGAATAAGC--T-TGT-ATGAAC----T-AAA---ACAATTGTT-TTAT-GACAAA
* * * * * * * *
5733 AC--TA--T-TTGAACTGATTTAGTAAATACATTTATTCTTTAAAT-CTCTTATTAA-TTTTTGA
52 ACAAAAGGTCAT-AAC-GATTT-G-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC--A-TAACTATTTGA
* * * ** * * ** *
5791 A-AT-ATTATTAATTAG---TATTATTT-AATC-C-GA---A-TAA-GCTT-ATATGAA-AAGA-
109 ACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAA-AT
** * * * * * *
5840 -AACATTGTTTTTATGATGAAATAAAGATCATAATGATTTA-AGATAGATAATTGTTCACATAT-
173 TAGTATT-ATTTTAT--TCAAAT-AAGCTTAT-ATGA---ACAGA-A-ACAATTGTT---TTATG
* * * * * * * **
5902 TCATAAC--TA-TTTA-AACTATTTCTGTAAATA-A-ATTTAGTTTTAA-A-TC-T--CT-TATT
225 ACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATT-TG-AAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTAT-TT
* ***** * *
5955 -AA-TT-TTC---AAA-A-TTTTAATACGAAAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAAT
285 GAACTTGTTCGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
6012 AAATTAGTAT
349 AAATTAGTAT
* * * * * * * * *
6022 TATTTATTTTTGAATAAACTTATATAAAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGATCAT
1 TATTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * **
6087 AACTATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGGCATAATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACA
64 AACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA-G--TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * * *
6152 GATTTATTTTTTAAA-ATCTTA-TTA--AATTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTT
125 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * ** * * * *
6212 AGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAAGTGGCTTATGGC-AAACAAAAGCTCATTACTATTTGAA
189 A-AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* *
6276 ATAGATAATTGTTCAAAATAGTCATAAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTT
253 ATAGATAATTGTTC-AAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTT
* * * *
6339 AAAAT-TTTTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAT
314 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * *
6383 TATTTTATTTGGAATAATCTTATATGAA-TAGAAATAATT-ATTTATGACAAAACAAAATGTCAT
1 TATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * *
6446 AATGATTTGAAAATA-AAAATT-TTCAAACTAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTGGTAAATAGA
64 AACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * *
6509 TTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * * * * *
6574 GAATAAGCCTATATTAACAGATATAATTGTTTTATGA-ATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGA
189 AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA--AAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * **
6638 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTCTACGGTAAACATA-TTA-TTTAAAA
252 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
6701 ATCTTTTACTCATTAA-TTGTAGAAATATTAATAAA-TA--AT
317 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
*** * * ** * *
6740 TATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAAAC-AAAAAAATAATTTTTTGACAAAATAGAAA-GTCA
1 TATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCA
* * * * * * * *
6803 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTTATTCAATAAATAGA
63 TAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * * *
6868 GTT-GTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTA-TATTTTTTTAATT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATT
* * ** * * * * * * *
6931 AAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACCAAATGTTATAGCAATTTAAA
188 CAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* ** * * * *
6996 ATAGGTAATCACTTACTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAAC-GAATTCAGTTT
253 ATAGATAAT-TGTT-C--AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG-ATTTATTTT
* *
7060 TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAAT
313 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
7102 TA-TGTATTCCGAATAAGCTTATAGGAA-TAGAAACAATTG--TTGTGACAAAACAAAAGGTCAT
1 TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * ** *
7163 AATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATGAAAACTATTTGCA-TTGGTCAGGCCAACAAAT
64 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGAT
* * * * * *
7227 TCA-TTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCCA
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CA
* * * * * ** *
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190 AATAAG-CT-TATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * *
7354 ATAAATACTTGTCCGAATTGTTATAACTAATTGAA-TTGGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTA
253 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
7417 AATCTC-T-C--ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAT
316 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * * *
7456 TATTTTATTATGAACAAACTTATATGAAGAAAAACATTTTTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATA
1 TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** * ** ** * * *
7521 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAACCTTAACTATTTGAACTCATTCGGCAAACAAACTT
65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
** * * * *
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130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA-TTCAA
* * * * * * **
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191 ATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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1 TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * **
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63 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAAACAG
** * * *
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*** * * ** * * *
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187 TCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTG
* * * *
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* * * * *
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** * * ** * *
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1 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * * *
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65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* * * ** * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * **
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* ** * ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* * **
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130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCAA
** * *
9443 ATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-AAGTTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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64 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAGAT
* * *
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Found at i:5461 original size:134 final size:137
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* * *
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* * * * * *
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Found at i:5656 original size:489 final size:493
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * **
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* *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (493 bp):
TTAACTTTTGAAATATTAATACAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAC
AATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATCATCATAA
CTATTCAAACTTGTTCAATAAAAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATG
TTAATAAATTAGTACTATTTCATTCCAAGTAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCTATAACA
AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATGAAAAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTAAACTGAT
TTAGCAAACACATTTATTCTTTAAATCTCTTACTAATTTTAGAAATATTATAAATTAGTATTATT
TAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAAAATTGATTTTATGATGAAACAAAGATCATAATGATT
TAAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTTGCTTT
Found at i:6438 original size:181 final size:180
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5968 TTAATACGAA
* * * *
5978 AAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTTGAATAAAC
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* * * *
6041 TTATATAAAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAATA
64 TTATAT-GAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT-AGATA
* * * ** * *
6106 ATTGTTCAAATAGGCATAATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
126 ATTGTTCAAATA-G--TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * * *
6164 AAA-ATCTTA-TTA--AA-TTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTAGAATATGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * *** * * *
6223 GTATGAATAGAAACAAGTGGCTTATGGC-AAACAAAAGCTCATTACTATTTGAAATAGATAATTG
66 ATATGAATAGAAATAA-TTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTG
*
6287 TTCAAAATAGTCATAAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTA
130 TTC-AAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
6340 AAAT-TTTTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAATCT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * *
6403 TATATGAATAGAAATAATTATTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAAATA-AAAAT
65 TATATGAATAGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTG-AAATAGATAAT
** * * *
6466 T-TTCAAACTAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTT
128 TGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
6519 AAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * *
6584 ATATTAACAGATATAATTGTTTTATGA-ATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
66 ATATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACA--AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
* * * * *** * * * **
6648 TATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTCTACGGTAAACATA-TTA-TTTAA
128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * *
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1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * *
6761 CTATGAA-ACAAAAAAATAATTTTT-TGACAAAATAGAAA-GTCATAA-TGATTTGAAATAAATA
66 ATATGAATA-GAAATAAT--TTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * *
6822 ATTGTTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTTATTCA-ATAAATAGAGTT-GTTTTT
126 ATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTT
* * * * **
6877 AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTA-TATTTTTTTAATTAAAATAAGC
1 AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * * * * * *
6940 TTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACCAAATGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAAT
64 TTATATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
** * * * * *
7005 CACTTACTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAA-CGAATTCAGTTTTT
128 -TGTT-C--AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAATAG-ATTTATTTTTT
* * * *
7062 AAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTATTCCGAATAAGCT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * *
7121 TATAGGAATAGAAACAA-TTGTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTG
65 TATATGAATAGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * ** * * *
7185 TTCAAACAATGAAAACTATTTGCA-TTGGTCAGGCCAACAAATTCA-TTTTT
130 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GAAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * *
7235 AAATTTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-C
* * * * *
7299 TGTAT-T-AATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGCAATAAATA
64 T-TATATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
7361 CTTGTCCGAATTGTTATAACTAATTGAA-TTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT
126 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
** * * *
7416 AAATCTC-T-C--ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-GAACAAACT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCT
* * * * *
7476 TATATGAAGAAAAACATTTTTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAAT
65 TATATGAATAGAAATA-ATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAAT
* * ** * ** ** * * * *
7540 TATTCATATAACCTTAACTATTTGAACTCATTCGGCAAACAAACTTA-TTTTT
128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
** * * * *
7592 AAATCTCTTAGATACTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGC
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGC
* * * * *
7656 TTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATATATAA
64 TTATATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA
* * * * *
7720 TAGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT
127 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTT
* * * * * *
7774 AAATCTCCTACTCATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAGGCT
1 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * * *
7839 T-TAT-AATGAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
65 TATATGAAT-AGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
7902 TGTTTAAATTGCCATAATTATTTGAAC-TGATTT-GATAAATTGATTTATTTTTT
128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGA-AAATAGATTTATTTTTT
** * * * * * *
7955 AAATCTCCAACTT-TTGAATTTTTGAAATACTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACT
1 AAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* ** * * * * *
8019 TTTAAAAACT-GAAACAATTGTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACAAGTTT-AAATAGATAAT
65 TATATGAA-TAGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTA-TTTGAAATAGATAAT
* * *
8082 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT
128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * *
8135 AAAATTTCTTGCTTCTTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGC
1 -AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* ** * * *
8199 TTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGATTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAA
64 TTATATGAA-TAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAA
* * * ** * * * *
8263 TTGTTCTAATGGTCTTAACTATTTGAACGGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTT
127 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * ** * * * * *
8317 AAATCTCTTACTTATTAA--TTTG-ACTATTATTAGTTTAGGAATATTTTACTCCAAATAAGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * *
8379 GTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAGATAGATAATT
66 ATATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
8442 ATTTAAA-AGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTT
129 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
8493 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * * * * * *
8558 TTATGAACTA-AAACAATTATTTTTTGAGAAAACAAAAGTTCGTAA-TGTCTTTAAATAGAAAAC
66 ATATGAA-TAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAT-TTGAAATAGATAAT
* * * * *
8621 TATTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGGTTTATGTTTTT
128 TGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTAT-TTTTT
* * * * * **
8675 AAATCTCTTGCTCATTAAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
** * * *
8740 GCATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAAGGTTAGAA-TGATTTGAAATAGATAA
66 ATATGAA-TAGAAATAATT-TTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA
* ** * ** * * * *
8802 TTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCA-ACAA-ACACTTATTTTTTT
127 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTT
* * * * *
8855 TAATCTATTATTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCT
* * * * * * * **
8919 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCGTAACAATTTGGGATAGATAATT
65 TATATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
8983 GTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGCTGTCGTGAACAAATTTAGTTTTT
129 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * * * * *
9035 AAA--TC-T-CTTATGAGTTTCTAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTA-GTCTAAATAA-AT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT
* * * * *
9094 T-T-T-AAT-GAACA-GATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAATAGATAAT
65 TATATGAATAGAA-ATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
9154 TGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAG-TTTATTTTTT
128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* ** * * * * *
9206 AAATCTCCTAGC-TATTAATTTTCAAAATGTAAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACT
1 AAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * * * *
9269 TATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATT
65 TATATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
9334 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAGTAGTTAAGTAAATAGAATTATTTTTT
129 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * *
9386 AAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGC-
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * *
9449 TAGTATGAATTGAAA-AAGTTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
65 TA-TATGAATAGAAATAA-TT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
9513 TTATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAAAAAATTTATTTTTT
127 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * * *
9567 AAATCTTTTAGTTATTAATTTTAGGAATATTATTAGATTAGTATTATTATTTTTTTGAATAAGC-
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCT
* * * * * * * * *
9631 TAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATTACGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAAT
65 TA-TATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
9696 TGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATGGATTTATTTTTT
128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
* * *
9749 AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTCATAAATTAGTATTA
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
9795 AGGATTTAAA
Statistics
Matches: 2839, Mismatches: 634, Indels: 320
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 30 0.01
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186 3 0.00
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AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
ATATGAATAGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTT
Found at i:7595 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 6932--7902 Score: 823
Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 354
6922 TTTTTAATTA
* * * * *** *
6932 AAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACCAAATGTTATAGCAATTTAAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
** * * * * * * *
6997 TAGGTAATCACTTACTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAAC-GAATTCAGTTT
66 TAAATAAT-A-GT-C-CAAATATTCATAACTAATTGAAC-TAGTTCGATAAACAG-ATTTATTTT
* * * * *
7060 TTAAATCTCTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTATTCCGAATAAGCTTAT
125 TTAAATCTCTCATTAATTTTAA-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTACGAACAAACTTAT
* * * * *
7124 AGGAATAGAAACAATTGTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCA
188 AGGAAGAAAAACAATTGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
** * ** * * * * *
7189 AACAATGAAAACTATTTGCATTGGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
253 AACAACCAAAACTATTTGAATCAGTCAGGCAAACAAATTCATTTTTAAATCTCTTACATACTAAT
*
7254 TTTTAGAATATTAATTA-ATTAGCATTA-CTTTATTCC
318 TTTCAGAATATT-ATTAGATTAGCATTATCTTTATTCC
* * * *
7290 AAATAAGAC-TGTATTAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGCA
1 AAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
7354 ATAAATACTTGTCCGAAT-TGTTATAACTAATTGAATTGGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTA
65 ATAAATAATAGTCCAAATAT-TCATAACTAATTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* *
7417 AATCTCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACTTATATG
128 AATCTCTCATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTACGAACAAACTTATAGG
* * * *
7482 AAGAAAAACATTTTTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT
191 AAGAAAAACA--ATTGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** * *
7547 ATAACCTTAACTATTTGAACTCATTC-GGCAAACAAACTT-ATTTTTAAATCTCTTAGATACTAA
254 ACAACCAAAACTATTTGAA-TCAGTCAGGCAAACAAA-TTCATTTTTAAATCTCTTACATACTAA
* * * *
7610 TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTC
317 TTTTCAGAATATTATTAGATTAGCATTATCTTTATTCC
* * * * * *
7648 GAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * *
7713 TATATAATAGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
66 TAAATAATAGTCCAAATATTCATAACTAATTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-
* * * * * **
7778 CTCCTACTCATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAGGCTTTAT
130 -T-CT-CTCATTAA--TTTTAAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTACGAACAAAC-TTAT
* * * * * * *
7843 A--ATGAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
188 AGGAAGAAAAACAATTG--TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
7903 GTTTAAATTG
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 101, Indels: 50
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 3 0.01
354 68 0.14
355 29 0.06
356 5 0.01
357 108 0.22
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359 3 0.01
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361 2 0.00
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364 9 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (354 bp):
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAAATAATAGTCCAAATATTCATAACTAATTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
CTCTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTACGAACAAACTTATAGGAAGAA
AAACAATTGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAACCA
AAACTATTTGAATCAGTCAGGCAAACAAATTCATTTTTAAATCTCTTACATACTAATTTTCAGAA
TATTATTAGATTAGCATTATCTTTATTCC
Found at i:10464 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 9837--12637 Score: 2175
Period size: 181 Copynumber: 15.6 Consensus size: 181
9827 ATTCAAATAA
* * * * * *
9837 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCA
* * ** * * * * *
9901 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTGTTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAAA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** *
9966 TTAAAAAAATAAATCTATGTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
130 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * **
10018 AACAATTATCTACTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * **
10083 A-ATAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAG
66 ACA-AGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * * *
10146 ATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAATTAGTTCAGATAATTATGGCCATTCG
129 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
10199 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TTTATCT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCA
* * * * * * * *
10263 TACAATCCTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATCAATATGTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
10328 TTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATGGTTATGACTATTTG
130 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * *
10379 AATAATTTTATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * *
10444 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTTTC-AAAATTAATAACTAAGAGA
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* * * ** *
10508 TTTAAACAATAAATTTA-TT--TGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGGTATATG
130 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * ** * *
10557 AACAATTCTTTATTTCAAATCATTACGACCTTTTATTTTATTGTAAAACAATT-TTTTTAGTTCT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCA
* * * * * *
10621 TAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA--AATTAGTAAGAG
65 TA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
10683 ATTTAAAAAATAATTCCATTCACTGAACCAGCTT-AAATACTTATGACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
10736 AGCAATTATCGATTTTAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAAT-TTT-T-TTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTGTTCA
* * ** * * * ** *
10798 AATAAATTTGTTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAATAAGAG
65 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * ** * *
10862 AGTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATC-AGCACAATTAGTT-TAACTATTTG
129 A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * *
10915 AACAATTATTTATTTCAAATTATTATGA-CTAGTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTAG-TC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTC
* * * * * * * *
10978 ATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAACTTATTATTA-TTCTAAAATTTAATAACTAATG
64 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-G
* * * * * * *
11042 A-ATTTAAAAAATGAATCT-GTTAGCCTG-CCTAA-TGCAAATATTTATGATTGTTTG
127 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA--CTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
11096 AACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTGTTATCACAAATCAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * * ** *
11161 ATAGGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCTTATTAATA-TTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
11222 TTAAAAAAAAGAATCTGTTTACTGAACAAGTTAAAATGGTTATGACTATTTG
131 TTAAAAAATA-AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
11274 AATAATTATCTATCTCAAATTGCTAT-ATCTTTTTTATTTTGGT-ATAAAACAATTTTTTCTATT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C-CTTTTATTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * *
11337 CATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAACACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAAAAAATAA
63 CATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * *
11400 AATATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
126 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
11456 AACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTCAT-AAACAATTATTTTTGTTCAC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * *
11520 ACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATACTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAG
66 ACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
11583 ATTTTAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * ** *
11636 AATAATTATCTATTTCAAGTCGTTATGACCTTTT-GTTTGATTTTAAAACAATTGTATT-AGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG-TCATAAAACAATTGT-TTCTGTTC
* * * * * *
11699 ATATAGGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGTAAAATTAATGAGTAAGA
64 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
11763 GATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGCTT-AAATAGTCATTG-CTATTTG
128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTTA-TGACTATTTG
* * * *
11817 AGCAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
*
11882 ACAAGCTTATTTC-AAATAGAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTCAA-A
66 ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGA
* * * * * *
11944 -ATTTTAAAAATAAATATATTTTCTAAACACA-TTCAAACAGTTATAACTATTTG
128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
11997 AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * * *
12062 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTATTAAGTAAAAGA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
12127 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTG
130 TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * ** * * * *
12179 AATAATTATTTATTTTGAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * **
12244 ACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT-GGTTGGAGA
66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
12306 TTTAAAAAATAAATCTATTTAAC-AAACAAATTCAAATAGTCATGTCGATTTG
130 TTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
12358 AATAATTATCTAATTCAAATC-TTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
** * * * * ** *
12422 ACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATATTGATTTACTAATATTTTGAAAATTAAT---CAA-AGA
66 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * ** * *
12482 TTTAAAAACTAGATATGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTACTTA
130 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * *
12534 AACAATTATCTAGCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTTTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * *
12598 ACAAGCTTATTC-ATATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
66 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
12638 AAATTAAATG
Statistics
Matches: 2071, Mismatches: 453, Indels: 197
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 149 0.07
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183 16 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:11401 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11383--11416 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
11373 ATTAATATTC
11383 AAAA-AATTAAAAAAT
1 AAAATAATTAAAAAAT
*
11398 AAAATATTTAAAAAAT
1 AAAATAATTAAAAAAT
11414 AAA
1 AAA
11417 TCTGTTTATC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.24
16 13 0.76
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
AAAATAATTAAAAAAT
Found at i:12166 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 9837--12637 Score: 1994
Period size: 361 Copynumber: 7.8 Consensus size: 358
9827 ATTCAAATAA
* * * * * * *
9837 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCA
* ** ** * ** * *
9901 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTGTTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAA-
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAG
* * * *
9965 ATTAAAAAAATAAATCTATGTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
129 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
10030 CTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-ATAGCTTATC
193 TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATT
* * * * * *
10094 TAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAA
257 TCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAAATTTAAAAAATAA
* * ** * * * ** * *
10159 ATCAATTTATCGAATTAGTTCAGATAATTATGGCCATTCG
320 ATCTATTTA-CTAAACAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * *
10199 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TTTATC
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TC
* * * * * * **
10262 TTACAATCCTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATCAATATGT-CAAAAATTAATAAGTAGGA
64 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * *
10326 GATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTTTAT
128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * * * * *
10390 ATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCGTACAAGCTTA-T
192 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
10454 TCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTTTC-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAAT
257 TC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAAT
* * * ** *
10518 AAATTTATTT--GAACCAATTCAAATAGTTA-AGGGTATATG
318 AAATCTATTTACTAAACAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTG
* * * * * ** *
10557 AACAATTCTTTATTTCAAATCA-TTACGACCTTTTATTTTATTGTAAAACAATT-TTTTTAGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTC
* * ** * * * * * *
10620 TTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA--AATTAGTAAGA
64 ATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * *
10682 GATTTAAAAAATAATTCCATTCACTGAACCAGCTT-AAATACTTATGACTATTTGAGCAATTATC
128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
10746 GATTTTAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAAT-TTT-T-TTCAAATAA-ATT-
191 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* ** * *
10806 TGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGAGTTAAAAA
255 T-TTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-A-TTTAAAA
* * *** *
10871 AATAAATTTGTTTACTAAATCAGCACAATTAGTT-TAACTATTTG
315 AATAAATCTATTTACTAAA-CAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * *
10915 AACAATTATTTATTTCAAATTA-TTATGA-CTAGTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTAG-T
1 AACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCT-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTT
* * * * * * * * * * *
10977 CATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAACTTATTATTATTCTAAAATTTAATAACT-AAT
63 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * *
11041 GAATTTAAAAAATGAATCT-GTTAGCCTG-CCTAA-TGCAAATATTTATGATTGTTTGAACAATT
128 G-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA--C-GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * *
11103 ATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTGTTATCACAAATCAATTGTTTCTATTCATATAGGTT
188 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * ** *
11168 TATTTGAAATAACATAAT-TCTAGCTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAA
253 TATTTCAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAA
* * * * * *
11229 AAAGAATCTGTTTACTGAACAAGTTAAAATGGTTATGACTATTTG
316 ATA-AATCTATTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * *
11274 AATAATTATCTATCTCAAATTGCTAT-ATCTTTTTTATTTTGGT-ATAAAACAATTTTTTCTATT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CCTTTTT-TTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * * * *
11337 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAATAAAA
63 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * *
11402 TATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
11467 ATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTCAT-AAACAATTATTTTTGTTCACACAAGCTTA-T
192 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
11530 TCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATACTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
257 TCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAAT
* *
11594 AAATCTATTTACTGAAA-AAGTCCAAATAGTCATAACTATTTG
318 AAATCTATTTACT-AAACAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * ** *
11636 AATAATTATCTATTTCAAGTCGTTATGACC-TTTTGTTTGATTTTAAAACAATTGTATT-AGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTG-TCATAAAACAATTGT-TTCTGTTC
* * * ** * *
11699 ATATAGGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGTAAAATTAATGAGTAAGAG
64 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * *
11764 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGCTT-AAATAGTCATTG-CTATTTGAGCAATTATC
129 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAACAAG-TTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATC
* * *
11827 TATTTCAAATCATTTTGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
191 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
11892 TTCAAATAGAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTCAAAATTTTAAAAATAA
256 TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAATTTAAAAAATAA
* * *
11957 ATATATTTTCTAAACACATTCAAACAGTTATAACTATTTG
320 ATCTATTTACTAAACA-ATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* *
11997 AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* *
12062 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTATTAAGTAAAAGA
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
12127 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTAT
130 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** ** * * * *
12192 TTTGAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TT
194 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
12255 CGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT-GGTTGGAGATTTAAAAAATA
258 C-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-T-AAAATTTAAAAAATA
* ** *
12317 AATCTATTTAAC-AAACAAATTCAAATAGTCATGTCGATTTG
319 AATCTATTT-ACTAAAC-AATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * *
12358 AATAATTATCTAATTCAAAT-CTTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
** * * * *** *
12422 ACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATATTGATTTACTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TCAAAGA
66 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * ** * * *
12482 TTTAAAAACTAGATATGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTATCTAG
130 TTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
12547 CTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTC
194 TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * * *
12610 ATATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
259 A-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA
12638 AAATTAAATG
Statistics
Matches: 1918, Mismatches: 427, Indels: 195
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 61 0.03
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACTAAACAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
Found at i:12212 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 12161--12213 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
12151 AGCAAGCTCA
*
12161 AATAGTTATGACT-GTTTG
1 AATAGTTATGA-TATTTTG
* *
12179 AATAATTAT-TTATTTTG
1 AATAGTTATGATATTTTG
12196 AATAGTTATGATATTTTG
1 AATAGTTATGATATTTTG
12214 TTTTATCATA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 4
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.04
17 12 0.43
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ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.15, T:0.51
Consensus pattern (18 bp):
AATAGTTATGATATTTTG
Found at i:13320 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12661--15228 Score: 1823
Period size: 181 Copynumber: 14.2 Consensus size: 180
12651 TTTGCCAATC
* * * *
12661 CAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAAATT-TCTATTTCAAATCATTCTAA-CTTTTGTTTA
1 CAGTTCAAATAGTT-AGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
* *
12724 GTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
12788 TA-TTCAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAACAATTAA-CATGTTTACCT-AA-
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATC-TATTTA-TTGAAT
* * * *
12841 CAAGTTCAAATAGATATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTT
1 C-AGTTCAAATAG-T-TAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * ** * *
12905 TGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTTCATTA
63 AGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTA
* * * * * *
12969 ATATTTCAACAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTT-TCTGAA-
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TGAAT
* * * * * * * * *
13022 CTAGTTCAAATAGTTCTGACCATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATTACTATGATC-TTTGTTT
1 C-AGTTCAAATAGTT-AGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * *
13085 TGTTATAAAAAAATTGTTTCT--TATCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAAT
63 AGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
13148 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTATTTGTTGAAT
126 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* * * *
13203 CATTTCAAACAGTTCAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAG
1 CAGTTCAAATAGTT-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAG
* * * *
13268 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
65 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
13333 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAA
130 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* * * * ** ** * *
13384 CAAGCTCAAATAGTTATTATTATTTGAAAAATTATCTATTGAAAATTGTTATGAACTTTTTTTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
13449 TGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
63 AGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
13514 ATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAAT
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAAT
* * * * * * * *
13564 CAGTTCAAATAATTATGGCCATTCGAATAATTATATTTTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTA
* **** *
13629 -TCATAAAACAATTCTTTTTCAACATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
13692 TATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAAAT
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG-AAT
* * * * **
13741 -AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTA
* * * * * *
13805 -TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTAATAA
64 GTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** **
13868 TATTAT-AAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTGCTGAAT
128 TATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* * * * * *
13921 CAATTCCAACAGTTAAGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTA
1 CAGTTCAAATAGTT-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TA
* * * * * *
13986 -TCATAAAACAATTATTTCA-TCTTATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAAAACTAATTTGTTA
64 GTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ***
14048 ATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAAT
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* * * * * *
14102 CAGTTCAAATAATTATAAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTTA-
1 CAGTTC-----------AAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * *
14166 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTA
54 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * ** *** *
14230 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGGTTTACCAAAC
119 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* ** * * * * *
14292 CATTTCATGTAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTGG
1 CAGTTCAAATAG-TTAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAG
* * * ** * * ** * *
14357 TCATCAAACGATTGGTTCGGTTTATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * * *
14421 ATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTATTGAA-
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* * * * * *
14472 CGAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTT
1 C-AGTTCAAATAGTT-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
* * * ** * * *
14537 CTCATAAAACAATT-TTTTAGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
14601 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTATTGAA-
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* * * ** * * *
14650 CTAGTTTATAT-GATTAATACTATCAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTT
1 C-AGTTCAAATAG-TT-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * *
14714 AGTCATAAAGCAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAA
63 AGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
14779 CA-TTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAGTCTATTTATCGAA-
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTATTGAAT
* * * * * *
14832 CAAGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCACTAT-ACCTTTTGCTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTT
* * * * * *
14896 -TTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACGAGTTTA-T-ATGATATAAAATAATACAAATTTATT
63 AGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-GA-ATAAAATAATACTAATTTATT
* * * **
14958 AATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAT
126 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* * * * * ** * * *
15013 CAATT-AAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTCCAAAT-AGCGATAACCATTTATTTT
1 CAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTA
* * * * *
15076 GTTATCAAACAATTATTTT-TTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
15140 TATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAC
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
* ***
15189 CAGTTCAAATAGTTAAAACTATAAAAATAATTATCTATTT
1 CAGTTCAAATAGTT-AGACTATTTGAATAATTATCTATTT
15229 TGTTAGCCTT
Statistics
Matches: 1896, Mismatches: 398, Indels: 191
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 164 0.09
177 90 0.05
178 104 0.05
179 193 0.10
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184 39 0.02
185 3 0.00
190 89 0.05
191 22 0.01
192 35 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CAGTTCAAATAGTTAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGT
CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAT
Found at i:13536 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 12662--15203 Score: 1883
Period size: 361 Copynumber: 7.0 Consensus size: 358
12652 TTGCCAATCC
* * * * *
12662 AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAAATT-TCTATTTCAAATCATTCTAAC-TTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * ** *
12725 TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * ** * * *
12790 -TTCAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAACAATTAACATGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATA
130 TTTC-AAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATGTGTTTATCGAATC-ATTTCAAATA
* * * * * *
12853 GATATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
189 G-T-TAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACA
* * * * *
12917 ATTATTTCAATTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTTCATTAATATTTCAACAA
252 ATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
12981 TTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTT-TCTGAACT
316 TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACA
* * * * * * *
13024 AGTTCAAATAGTTCTGACCATTTGAACAAA-TAT-TAATCTCAAATTACTATGA-TCTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTT
* * * * *
13086 GTTATAAAAAAATTGTTTC-TTATCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * *
13150 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTATTTGTTGAATCATTTCAAACAG
128 TATTTCAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATCATTTCAAATAG
* *
13215 TTCAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT
190 TT-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
* * * * *
13280 TGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATT
254 TATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * *
13344 AATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
318 AATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* * * ** ** *
13386 AGCTCAAATAGTTATTATTATTTGAAAAATTATCTATTGAAAATTGTTATGAACTTTTTTTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTTGTTTTG
* * * * * *
13451 TCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
** * *
13516 ATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTAT
129 ATTTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATCATTTCAAATAGTTA-
* * * * * * *
13580 GGCCATTCGAATAATTATATTTTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTCT
193 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAA-T-T
* * * *
13644 TTTTCAA--CATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-
255 ATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
*
13704 -T-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAA-A
319 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* * * * * ** * *
13740 TAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * *
13805 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* ** * * * *
13869 ATTAT-AAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTT-GCTGAATCAATTCCAACA
129 ATT-TCAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC-GAATCATTTCAAATA
* * * *
13932 GTTAAGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTA-TCATAAAACA
189 GTT-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACA
* * *
13996 ATTATTTC-ATCTTATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAA
252 ATTATTTCAAT-TCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
14059 TTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAATCAGTTCAAATA
315 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-----ATC-G----AACA
* * * * * * * *
14113 ATTATAAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTTAC-TTTTGTTTTG
1 AGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
** * * * *
14177 TCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * **
14241 TTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCG-GTTTACCAAACCATTTCATGTAGT
130 TTTCAAAAATT-A--AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-GTGTTTATCGAATCATTTCAAATAG-
* * * * * *
14305 TTTGACTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTGGTCATCAAACGAT
190 TTAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
** ** * * * * * * *
14369 TGGTTCGGTTTATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTT
254 TATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
14433 AATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTATTGAACG
318 AATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* * ** * * ** *
14474 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTCT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGT
* * * *** * *
14539 CATAAAACAATT-TTTTAGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-
* * * * * *
14603 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTATTGAA-CTAGTTT-ATAT-GA
130 TTTCAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATC-A-TTTCAAATAG-
* * * * * *
14663 TTAATACTATCAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAGCAAT
190 TT-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
* * * * *
14728 TGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATT
254 TATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * *
14792 AAAAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAGTCTATTTATCGAACA
318 AATAAGCAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTATCGAACA
* * * * * * *
14834 AGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCACTAT-ACCTTTTGCTTTT-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTG-TTTTG
* * * * * * *
14897 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACGAGTTTATAT-GATATAAAATAATACAAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * *
14961 ATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATCAATT-AAATAAT
129 ATTTC-AAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATCATTTCAAATAGT
* * * * ** * * * * *
15025 TATGGCAATTTGAATAATTATCTATTCCAAAT-AGCGATAACCATTTATTTTGTTATCAAACAAT
191 TA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
** * *
15089 TATTT-TTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
254 TATTTCAAT-TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
15153 AAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACC
318 AATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
15190 AGTTCAAATAGTTA
1 AGTTCAAATAGTTA
15204 AAACTATAAA
Statistics
Matches: 1742, Mismatches: 347, Indels: 188
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 39 0.02
354 36 0.02
355 65 0.04
356 39 0.02
357 155 0.09
358 10 0.01
359 144 0.08
360 183 0.11
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362 231 0.13
363 14 0.01
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366 2 0.00
367 3 0.00
368 2 0.00
369 1 0.00
370 4 0.00
371 208 0.12
372 29 0.02
373 40 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
TTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATCATTTCAAATAGTTAGAC
TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
ATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
Found at i:14241 original size:190 final size:192
Alignment explanation
Indices: 13938--14290 Score: 471
Period size: 190 Copynumber: 1.8 Consensus size: 192
13928 AACAGTTAAG
* * *
13938 ACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTT
* * * *
14003 CATCTTATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTAAT-AT
66 CATCTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCA-
* *
14067 GTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAAAATAATTATA
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAAAATAATTATA
* * * * * *
14130 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTT
* * * * *
14193 -TTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCA
66 CATCTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCA
*
14257 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGGTTTACCAAA
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAAA
14291 CCATTTCATG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 21, Indels: 6
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
189 3 0.02
190 83 0.60
191 22 0.16
192 30 0.22
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (192 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTT
CATCTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAAAATAATTATA
Found at i:15112 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 15069--15105 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
15059 CGATAACCAT
15069 TTATTTTGTTATCAAACAA
1 TTATTTTGTTATCAAACAA
*
15088 TTATTTT-TTATCATACAA
1 TTATTTTGTTATCAAACAA
15106 GCTTATTCAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.59
19 7 0.41
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (19 bp):
TTATTTTGTTATCAAACAA
Found at i:17912 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17604--18532 Score: 472
Period size: 182 Copynumber: 5.2 Consensus size: 178
17594 GCTTATTCAG
* * * * * *
17604 AATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
17669 TGTTTACCAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAATTATTTAAAATCATTATGA
66 TGTTTAACAAAT-A--TCAAATAGTTACGACTATATAAACAATTAATTATTTAAAATCATTATGA
** *
17734 CT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-AGTTCATAAAAGATTAACCAA
128 -TATTTTGTTTCATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGACTAACCAA
* *
17785 AATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * *
17850 ACATTTTTTTAACAAAT-TCAAATAGTTGCGACTATATGAACAATT-GTATATTTAAAATCATTA
65 -C---TGTTTAACAAATATCAAATAGTTACGACTATATAAACAATTAAT-TATTTAAAATCATTA
* * ** ****
17913 TGATATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATTAAATCCTATTTGA
125 TGATATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGACTAACCAA
* * * * *
17967 AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
18028 TGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATG
66 TGTTTAACAAAT--A-TCAAATAGTTACGACTATATAAACAATTAAT-TATTTAAAATCATTATG
* * * * * ******
18092 AACATTAT-TTT-GTCATAAGACAATTGTTTTTCA-TT-ATACAAG-CTTGTTTGG
127 -ATATTTTGTTTCATCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATAAAAGAC-TAACCAA
* * * **
18143 AATAAAAT-ATACCAATTTATAAATTTTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** * * **
18207 T-ATT------TATCAAAGTAGTT-C--TTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACC
66 TGTTTAACAAATATCAAA-TAGTTACGACTATATAAACAATTAATTATTTAAAATCATTATGATA
* * * **
18262 TTTT-CTTCTATTATAAATA-AA-TGTTTCAGTTCATACAAG-CTTATTCAA
130 TTTTGTTTC-ATCATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGAC-TAACCAA
* * * *
18310 AATAAAATAATAATAATTTAATAATA-TTATGAAAATTAA-GAACTAA-AGGATTTAAAAAATAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAAC-AAGA-GATTTAAAAAATAA
* * * * ** * *
18372 ATCTGTTTGTTGAAGC-AGT-TTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTACCTATTTCAAATCGT
63 ATCTG--T-TT-AA-CAAATATCAAATAGTTACGACTATATAAACAATTAATTATTTAAAATCAT
* * * * ****
18435 TATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATAAAAG-CTTATTTGA
123 TATGATATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGAC-TAACCAA
* *
18491 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAA
18533 GTGATTTAAA
Statistics
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186 10 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTAACAAATATCAAATAGTTACGACTATATAAACAATTAATTATTTAAAATCATTATGATAT
TTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGACTAACCAA
Found at i:18079 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
18037 AATCAATTCA
18047 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
18065 AATAATTAT-CTATTTC
1 AATAATTATGCTATTTC
18081 AA
1 AA
18083 ATCATTATGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
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18 9 0.50
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:18710 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 18235--20341 Score: 545
Period size: 180 Copynumber: 11.8 Consensus size: 177
18225 TTATTTGAAT
* * * * * * * *
18235 AATTACCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTCTTCTATTATAAATA-AAT-GTTTCAGTTCATA
1 AATTACCTATTTCAAATCGTCATGAA-ATTTTGTTATATCATAAA-ACAATCGTTTTAGATCATA
* * *
18297 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTATGAAAATTAAGAACTAAAG-GAT
64 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATT---AA-T-AAGTGAT
** * *
18361 TTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAAC
124 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAGCAGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
* * * *
18415 AATTACCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATAAA
1 AATTACCTATTTCAAATCGTCATGAAATTTTGTTATATCATAAAACAATCGTTTTAGATCATACA
* * *
18480 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTGATTTAAAA
66 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTGATTTAAAA
* * * * * * *
18544 AGTGAATCTGTTTACTGAATCATTTTAAATAATTATGGCTATTTCAAC
130 AATAAATCTGTTTACTGAAGCAGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
* * * ** * * * *
18592 ATTTATCTATTTCAAATCGTCATTACCTTTTG-TATGTCATATAACAAATGGTTTT-GATCATTC
1 AATTACCTATTTCAAATCGTCATGAAATTTTGTTATATCATAAAAC-AATCGTTTTAGATCATAC
* * * * *
18655 AAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAATTTAAAA
65 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTGATTT-AAA
* * * * *
18720 AAATAAAATCTGTTTA-TCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAAC
129 AAAT-AAATCTGTTTACT-GAAGCAGTTTAAATAATTA-AGACTATATCAAC
*** * * * * * * ** *
18770 AATTGTATACTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTATTGTT-GTTCATA
1 AATTACCTATTTCAAATCGTCATGAA-ATTTTGTTATATCATAAAACAATCGTT-TTAGATCATA
** * * * * * * *
18833 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAGTACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAAT
64 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAA-T--TAA-TAAGTGATT
* * * * *
18898 T-AAAAATAAATTTGTTTGA-TGAATCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAAC
125 TAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAAGCAGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
* * ** * ** *
18950 AATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTT-TGTCATAAAACAA-AATTTCA-ATTCAT
1 AATTACCTATTTC-AAATCGTCATGAAATTTTG-TTATATCATAAAACAATCGTTTTAGA-TCAT
* * *
19011 ACTAG-TTGATT-GGAATAAAATAA-A-TGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGA
63 ACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGT--G-
** * * * * * * * *
19071 TATTTTAAAAAAATATTTTTGTTGACCT-AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAAC
122 -A-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAGCAGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
* * * * * * *
19130 AATTATCTATTT-AGAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTTGTTCAT
1 AATTACCTATTTCA-AATCGTCATGAA-ATTTTGTTATATCATAAAAC-AATCGTTTTAGATCAT
* * * * * * * *
19192 ATAAGTTTGTTC-GAAATAAAGTAATACTCATCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAGATTT
63 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTGATTT
* * * * * * * *
19255 AAAAAATAAATAT-ATTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGC-A-
126 AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAGCAGTTTAAATAATTAAGACTATAT--CAAC
** * ** ** ** * * ** * **
19306 AATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAGTTATTTCTA-TTTGTAC
1 AATTACCTATTTCAAATCGTCATGAAATTTTGTTATATCATAAAACAATCGTTT-TAGATCATAC
* * * * ** *
19370 ATGCTTATTCAGATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGGTAATTAATAAGTAAAAATTTT
65 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGT---GA-TTT
* * ** * ** * * * * * *
19435 AAAAAATAAATATATTTACCAAACCAG-ACAAATAGTCATGATTATTTCAAT
126 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAGCAGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
* * * *** * * * * * ** * *
19486 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCATATA
1 AATTACCTATTTCAAATCGTCATGAAATTTTGTTATATCATAAAACAATCGTTTTAGATCATACA
* * *** *
19551 AGTTTATTC-GAAATAAAATAATAC-CA---ATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT
66 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAA-T--TAA-TAAGTGATTT
** * * *
19611 --AAAA-AAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAC
126 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAGCAGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
** * * * * * *
19660 AATTATTTATTTGAAATC-ACTAT-AACATTTTGTTTTGA-CATAAAATAAAT-TTTTTTG-T--
1 AATTACCTATTTCAAATCGTC-ATGAA-ATTTTGTTAT-ATCATAAAA-CAATCGTTTTAGATCA
* ** * * * *
19718 T-CAAAC-TATTTTGAATAAAATAATACAAAATTATTAATACTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGA
62 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGT----GA
* * * * *
19781 TTT-AAAAATAAATTTGTTTA-TCGAA-CAAGTTCAAAT-GTTATGACTATATGAAC
123 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAGC-AGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
** * * * * * * *
19834 AATTATTTATTTCGAATTG-CTATG-ACTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCAT
1 AATTACCTATTTCAAATCGTC-ATGAAAT-TTTGTTATATCATAAAACAATCGTTT-TAGATCAT
* * * * * *
19896 ACAAGGC-TATTCGGATTAAAA-ATATATTAA-TTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAT
63 ACAA-GCTTATTCAGAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGT----G
* * * * * * * * *
19958 ATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAAT
122 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAGC-AGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
* * * ** * * * * * *
20015 AATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTGTAATAAGACAA-C-TATTTCA-ATTCAA
1 AATTACCTATTTCAAATCGTCATGAAATTTTGTTATATCATAAAACAATCGT-TTT-AGA-TCAT
* * * * *
20077 ATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGA
63 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATT-A--A-TAAGTGA
* * * * * * * *
20141 CTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGCTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
123 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAGC-AGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
* * * ** * * * * *
20196 AATTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATG
1 AATTACCTATTTCAAATCGTCATGA-AATTTTGTTATATCATAAAACAA-TCGTTTTAGATCATA
* ** * * ** *
20260 TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAACTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAATT
64 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGT---GATT
*
20324 TTAAAAATAAATCTGTTT
125 TAAAAAATAAATCTGTTT
20342 TCTAAACACG
Statistics
Matches: 1488, Mismatches: 309, Indels: 259
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.01
170 7 0.00
171 1 0.00
172 1 0.00
173 41 0.03
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185 2 0.00
186 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATTACCTATTTCAAATCGTCATGAAATTTTGTTATATCATAAAACAATCGTTTTAGATCATACA
AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACTGAAGCAGTTTAAATAATTAAGACTATATCAAC
Found at i:18840 original size:355 final size:352
Alignment explanation
Indices: 17586--21068 Score: 1275
Period size: 356 Copynumber: 9.9 Consensus size: 352
17576 TTGTTTCATA
* * * * ** *
17586 TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TA-
* * ** * * * *
17651 AGATTT-GAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAA
63 AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT-A
* * * * * * *
17715 T-TATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTAGTTCATAAAAGATT
127 TCTA-TTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATAAAAGCTT
**** * * *
17779 AACCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAA
190 ATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTT--AAAA
* * * * ** * * *
17844 ATAAATACAT-TTT-TTTAA-CAAATTCAAATAGTTGCGACTATATGAACAATTGTATATTT-AA
249 ATAAAT-C-TGTTTGATGAATC-AGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAA
* * ** * * ** *
17905 AATCATTATGATATTTTG-TTTCATCATAAAACAATTGTTTCATT
311 AAT-GTCATGACCTTTTGCTAT-GTCATAAAACAA-AATTTCAAT
* * * *
17949 TCATTA-AATCCTATT-TGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
1 TCA-TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * ** * *
18011 -GATTT-AAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTAT
63 AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * *
18074 CTATTTCAAATCATTATGAACA--TTATTTTGTCATAAGACAATTG-TTT-TTCATTATACAAGC
128 CTA-TTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTGTTCA-TA-A-AAGC
* * * * * *
18135 TTGTTTGGAATAAAAT-ATACCAATTTATAAAT-TTTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
188 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCT-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AA
* * * ** * * *
18198 AAATAAATCTATTT-ATCAA--AG-T--AGTTCTT---A-T-T-TGAATAATTACCTATTTCAAA
247 AAATAAATCTGTTTGATGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAA
* * ** *
18251 TCAT-T-ATAACCTTTTCTTCTAT-T-ATAAATA-AATGTTTCAGT
312 --ATGTCATGACC-TTT-TGCTATGTCATAAA-ACAAAATTTCAAT
* * * * * *
18292 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTATGAAAATTAAGAACTAAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AA
* ** * * * *
18357 GGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGCAGTTTAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTA
64 -GATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTA
* *
18420 CCTATTTCAAATCGTTATGAA-ATTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATAAAAGCT
127 TCTA-TTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATAAAAGCT
* * * * *
18484 TATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGA
189 TATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAA
* * * * * *
18549 ATCTGTTT-ACTGAATCATTTTAAATAATTATGGCTATTTCAACATTTATCTATTTC-AAATCGT
253 ATCTGTTTGA-TGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAAAT-GT
* * * **
18612 CATTACCTTTTG-TATGTCATATAACAAATGGTTTTGA-
316 CATGACCTTTTGCTATGTCATAAAACAAA--ATTTCAAT
* * *
18649 TCATTCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGT-A-
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* *
18712 ATTTAAAAAAATAAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTA
65 ATTTAAAAAAAT-AAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
18777 TACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTATTGTTGTTCATACAAGCTTAT
129 TA-TTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-TTGTTCATAAAAGCTTAT
* * * *
18842 TTGGAATAAAATAGTACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAA
192 TTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATAA
* * * *
18907 ATTTGTTTGATGAATCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTA
253 ATCTGTTTGATGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAAATGTCA
*
18972 TGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAAATTTCAAT
318 TGACCTTTTGCTATGTCATAAAACAAAATTTCAAT
* * *
19007 TCATACTAG-TTGATT-GGAATAAAATAA-ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
** * * * * * * *
19069 GATATTTTAAAAAAATATTTTTGTTGACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATT
64 G--A-TTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* * * * * *
19134 ATCTATTTAGAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT
126 ATCTATTCA-AATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATAAAAGCT
* * * * *
19199 TGTTCGAAATAAAGTAATACTCATCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
189 TATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATA
* * * * * * * * *
19263 AATAT-ATT-ATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGC-A-AATTATTTATTTCAAATT
252 AATCTGTTTGAT-GAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATAT--CAACAATTATCTATTTCAAAAT
** * ** *
19324 GTTTTGACTTTTTGTCCTAT-T-ATAAAACAGTTATTTCTAT
314 GTCATGACCTTTTG--CTATGTCATAAAACA-AAATTTCAAT
** * * * ***
19364 TTGTACATGCTTATTCAGATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGGTAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AA
* * * * * * * * * * * *
19429 AATTTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAG-ACAAATAGTCATGATTATTTCAATAATTATC
64 GATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * * * *
19493 TATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCATATAAGTTTAT
129 TA-TTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTAT
* * *
19558 TCGAAATAAAATAATAC---CA-ATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAA-AA
192 TTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATAA
* * * * * * * **
19617 ATCTGTTT-ACTGAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-GAAATCAC
253 ATCTGTTTGA-TGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAAATGTC
* * * * * * *
19680 TATAACATTTTGTTTTGACATAAAA-TAAATTT--TT
317 -ATGACCTTTTGCTATGTCATAAAACAAAATTTCAAT
** * * ** * * * *
19714 TTGTTCAAAC-TATTTTGAATAAAATAATACAAAATTATTAATA-CTAAGAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGT--
* * * * * *
19777 AAGATTT--AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATATGAACAATTA
62 AAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
19839 TTTATTTCGAATTGCTATGAC-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGGC
127 TCTA-TTCAAATCGTTATAACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATA-AAAGC
* * * * * * * *
19903 -TATTCGGATTAAAA-ATATATTAAT-TATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAATATTTAAA
188 TTATTTGAAATAAAATA-ATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTT--A
* * * * * * * * * *
19965 AAAATAAATATGTTT-ACTGAA-CAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTC
246 AAAATAAATCTGTTTGA-TGAATC-AGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
20028 AAATCAT-T-ATGACCTTCTGTTTTGTAATAAGACAACTATTTCAAT
309 AAA--ATGTCATGACCTTTTGCTATGTCATAAAACAA-AATTTCAAT
* * * * *
20073 TCAAATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-A
* * * * * * *
20137 GAGACTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
63 -AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAG-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* * * * * * * **
20200 ATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGTAAGC
126 ATCTA-TTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATAAAAGC
*
20265 TTATTTTG-AATAAAATAATA-TAA-ACTGATTAATATTAC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTT
188 TTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATA-T-ATTAATATT-CTAAAAATTAATAAG---AGA-TTT
** * * * * * * *
20326 AAAAATAAATCTGTTTTCT-AAACACGTTGAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCCATTT
245 AAAAATAAATCTGTTTGATGAATCA-GTTCAAATAATTA-AGACTATATCAACAATTATCTATTT
* * * *
20389 CAAATTGTTATGATC-TTT--TA--T--T---------TTT--GT
308 CAAAATGTCATGACCTTTTGCTATGTCATAAAACAAAATTTCAAT
* * * **
20416 TCATAAAAGCTTATTCAGTATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT--A
* * *** * * *
20481 AGATTTAAAAAAATAAAATCTATTTA-CTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATT
63 AGATTTAAAAAAAT-AAATCTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
20545 ATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCTACTT-ATACAAG
126 ATCTA-TTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-T-GTTCATAAAAG
* * *
20608 TTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAA
187 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAAT-A---AGAGATTT-AA
* * * * * * * * *
20673 AAATAAATCT-ATTCACT-AAACAAATTTAAATAGTCAAGTCTAT-TCAA-ATTATTAACTATTT
247 AAATAAATCTGTTTGA-TGAATC-AGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACA--ATTATCTATTT
* * * * * *
20734 C-AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAA-ATAA-TT--GT
308 CAAAAT-GTCATGACCTTTTGCTATGTCATAAAACAAAATTTCAAT
* * * * * *
20774 T--T------TTATTCATACA-AAATTATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAATAAG--AG
1 TCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * *
20828 ATTT-AAAAACTAAATCTATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
65 ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** * *
20892 ATCTAAAATCGTTAT--GATCTTT-TTTTCTCATAAAGTAATTGTTTCTGCTCATACAAG-TT-T
130 AT-TCAAATCGTTATAACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTAT
* * * * *
20952 GTTCAGAGTAAAATATTGCTAA-ATTAATAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAC
192 -TTGA-AATAAAATAATACTAATA-TATTAATATTCTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAA-
* * * * *
21016 ATAAATGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAGTA-GAACAATTAT
249 ATAAATCTGTTTGATGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTA-TATCAACAATTAT
21069 TTTTTTTGTC
Statistics
Matches: 2431, Mismatches: 478, Indels: 444
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
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340 10 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (352 bp):
TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
TTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTA
TTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTT
GATGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAAATGTCATGACCTTT
TGCTATGTCATAAAACAAAATTTCAAT
Found at i:19322 original size:536 final size:531
Alignment explanation
Indices: 17586--21068 Score: 2241
Period size: 524 Copynumber: 6.6 Consensus size: 531
17576 TTGTTTCATA
* * * * *
17586 TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAG
1 TCATATAAG-TTTTTC-GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A-
* * * ** * *
17651 AGATTTGAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAAT
61 AGATTTAAAAAATAAATCT-ATTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-AT
* ** * * * * * * * *
17716 -TATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-AGTTCATAAAAGATT
124 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT-ATTTCTGTTCATACAAGCTT
** * ** * *
17779 AACCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAAC-AAGAGATTTAAAAA
188 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAAT-AACTAA-AGAATT-AAAA
** ** * * *** * * *
17843 AATAAATACATTTTTTTAACAAATTCAAATAGTTGCGACTATATGAACAATTGTATATTTAAAAT
250 AATAAATATGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
** ** * * * * * *
17908 CATTATGATATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATTA-AATCCTATTTGAAATAA
314 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTCAATTCATAATAAGCTTATTTGAAATAA
*
17972 AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G-ATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA
379 AAT-A-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAAT-AATCTGTTTA
* * *
18034 CCAAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA--T
441 CCTAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTT
* * * *
18097 TATTTTGTCATAAGACAATTGTTTTTCAT
504 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-GT
* * * * * *
18126 T-ATACAAGCTTGTTTGGAATAAAAT-ATACCAATTTATAAATTTTTAAAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATATAAG-TT-TTTCGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A-
* * *
18189 AGATTTAAAAAATAAATCTATT-T------A--TCAAAGTAGTTCT---TATTTGAATAATTACC
61 AGATTTAAAAAATAAATCTATTATCAAACCAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *
18242 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTCTATTATAAATA-AA-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
125 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAA-ACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
18305 TTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTATGAAAATTAAGAACTAAAGGATTTAAAAAAT
189 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAA-GAATTAAAAAAT
* ** * * * *
18370 AAATCTGTTTGTTGAAGCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTACCTATTTCAAATCGT
253 AAATATGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * *
18435 TATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATCGT-TTT-AGTTCATAA-AAGCTTATTTGAAATAAA
317 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-C-TATTTCAATTCATAATAAGCTTATTTGAAATAAA
* * *
18497 ATAATACAAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAGT--G-ATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA
380 ATAA-A-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAAT-AATCTGTTTA
* * * * * * * *
18558 -CTGAATCATTTTAAATAATTATGGCTATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCGTCATTACCTTT
441 CCT-AA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTT
* * * *
18622 TG-TATGTCATATAACAAATGGTTTTGA
504 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
* * * * * *
18649 TCAT-TCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTA-
1 TCATAT-AAG-TTTTTC-GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAG
* * * * *
18712 ATTTAAAAAAATAAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTA
63 ATTT-AAAAAAT-AAATCT-ATTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
18777 TACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTATTGT-TGTTCATACAAGCTTA
125 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATT-TCTGTTCATACAAGCTTA
** * * * *
18841 TTTGGAATAAAATAGTACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAAT
189 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAA-AGAATTAAAAAAT
* * *
18905 AAATTTGTTTGA-TGAATCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-
253 AAATATGTTT-ACTGAA-CAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AAATC
* * * * *
18968 GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-AATTTCAATTCATACT-AG-TTGA-TTGGAATAA
315 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTCAATTCATAATAAGCTT-ATTTGAAATAA
* *
19029 AATAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTTAAAAAAATATTTTTGTT
379 AATAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-A-TTT-AAAAAATA-ATCTGTT
* *
19094 GACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATCATTATAACAT
439 TACCTAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATAACAT
19158 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
502 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
* * *
19188 TCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTCATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGA
1 TCATATAAGTTT-TTCG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGA
* * *
19252 TTTAAAAAATAAATATATTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-GCAAATTATTTAT
64 TTTAAAAAATAAATCTATTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTAT
* * * * * * * ** *
19316 TTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAGTTATTTCTATTTGTACATGCTTATTCA
128 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * ** *
19381 GATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGGTAATTAATAAGTAAA-AATTTTAAAAAATAAA
193 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAGAA--TTAAAAAATAAA
* ** * * * * * *
19445 TATATTTACCAAACCAG-ACAAATAGTCATGATTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
256 TATGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** * ** * *
19509 GACCCTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCAT-ATAAGTTTATTCGAAATAAAAT-AA
320 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTCAATTCATAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAA
*** * * *
19572 T-ACCAATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAA-AATCTGTTTA-CTGAATA
385 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAATCTGTTTACCT-AACA
* * * * * *
19633 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCACTATAACATTTTGTTTTGA
448 A-TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGT
* *
19698 CATAAAATAAATTTTTTTGT
512 CATAAAACAAATGTTTTTGT
* * *
19718 TC--A-AACTATTTT-GAATAAAATAATACAAAAT-TATTAATA-CTAAGAAAATTAATAAGTAA
1 TCATATAAGT-TTTTCGAATAAAATAATAC-TAATCTATTAATATTTAA-AAAATTAATAAG---
* * * * *
19777 AAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATATGAACAATTAT
60 AAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
19840 TTATTTCGAATTGCTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGGC-
124 CTATTTCAAATTGTTATAACCT-TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAA-GCT
* * * * * *
19903 TATTCGGATTAAAA-ATATATTAA-TTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAA-ATATTTAAA
187 TATTCAGAATAAAATA-ATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAGA-A-TT-AA
* * * * * *
19965 AAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAA
248 AAAATAAATATGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
20030 ATCATTATGACCTTCTGTTTTGTAATAAGACAACTATTTCAATTCA-AATAAGCTTATTTGAAAT
312 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTCAATTCATAATAAGCTTATTTGAAAT
* *
20094 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTG
377 AAAATAA-A-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATCTG
* * * * * * *
20158 TTTACCGAACAAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATCATGAC
437 TTTACCTAACAA--TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AA
* * * * * *
20222 CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTAT
499 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
* * *
20255 TCATGTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAACTGATTAATA-TTACAAAAATTAATAAGTA
1 TCATATAAG-TT-TTTCGAATAAAATAATACTAATCT-ATTAATATTTA-AAAAATTAATAAG--
* * * * *
20318 AAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTTCTAAA-CACGTTGAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATT
60 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTATC-AAACCA-GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
* * * *
20381 ATCCATTTCAAATTG-T-T-A-----TG----ATC-T------TTTATTTTTGTTCATAAAAGCT
122 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCT
* * * *** * *
20427 TATTCAGTATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
187 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACT-AAAGAATT-AAAA
* * ** * * * * *
20492 AATAAAATCTATTTACTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA
250 AAT-AAATATGTTTACTGA-ACAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * *
20557 TCATTATGATCTTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCTACTT-AT-ACAAGTTTATTTGAAAT
313 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTC-AATTCATAATAAGCTTATTTGAAAT
* *
20620 AAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
377 AAAATAA-A-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATCTG
* * * * * * * * *
20684 TTCA-CTAAACAAATTTAAATAGTCAAGTCTA-TTCAA-ATTATTAACTATTTCAAATCGTTATG
437 TTTACCT-AAC-AATTCAAATAATTATGACTATTTCAACA--ATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * *
20746 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAT
498 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
* * * ** *
20780 TC--AT-A------C----AAAATTATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAATAAG-AGATT
1 TCATATAAGTTTTTCGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATT
* * ** *
20831 TAAAAACTAAATCTATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT
66 TAAAAAATAAATCTA-TTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** * * * *
20896 AAAATCGTTATGATCTTTT-TT-TCTCATAAAGTAATTGTTTCTGCTCATACAAGTTTGTTCAGA
130 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * * * ** * * *
20959 GTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAACATAAATGT
195 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAA-AGAATTAAAAAATAAATAT
* *
21024 GTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAGTA-GAACAATTAT
259 GTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTCAAGACTA-TATGAACAATTAT
21069 TTTTTTTGTC
Statistics
Matches: 2365, Mismatches: 421, Indels: 332
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
507 56 0.02
508 7 0.00
509 1 0.00
510 26 0.01
511 6 0.00
515 1 0.00
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518 1 0.00
521 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (531 bp):
TCATATAAGTTTTTCGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATT
TAAAAAATAAATCTATTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAGAATTAAAAAATAAATATGT
TTACTGAACAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTCAATTCATAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAATAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATCTGTTTACCTAACAATTCAAAT
AATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
AATGTTTTTGT
Found at i:20422 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 18226--23776 Score: 2007
Period size: 181 Copynumber: 31.3 Consensus size: 180
18216 AAGTAGTTCT
* * * * * * *
18226 TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTCTATTATAAATA-AA-TGTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTC
* *** * * ** * *
18289 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTATGAAAATTAAGAAC
65 TA-TTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAG
* ** * *
18353 TAAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGC-AGTTTAAATAGTTAAGAC
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
18406 TATATGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTT-T
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
18470 AGTTCATAAAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CTGAAAATTAATAA
66 A-TTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATAAA-TTATTAATATTAC-AAAAATTAATAA
* * * * * *
18533 GT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATC-ATTTTAAATAATTATGGC
127 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
18583 TATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCGTCATTACCTTTTG-TATGTCATATAACAAATGGTTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC
** * * * **
18646 TGA-TCAT-TCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAA
65 T-ATTCATAT-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAA
* * * * *
18709 GT---A-ATTTAAAAAAATAAAATCTGTTTA-TCAAACCAGTTCAAATAATTATAAC
127 GTAAAAGATTT-AAAAAAT-AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * * *
18761 TATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTATTGT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TC
* * * * *
18825 TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAGTACT-AATATAATAATATT-CTAAAAATTAATAA
65 TATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAAT-TATTAATATTAC-AAAAATTAATAA
* * * * * * *
18888 CTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGA-TGAATC-AGTTCAAATATTTAAGAC
127 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAA-CAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * **
18941 TATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-AATTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
19004 AATTCATACT-AG-TTGA-TTGGAATAAAATAA-ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
65 TATTCATA-TAAGCTT-ATTTTGAATAAAATAATAT-AAATTATTAATATTACAAAAATTAATAA
* * ** * * * *
19065 GTAAGATATTTTAAAAAAATATTTTTGTTGACCT-AACCAA-TTCAAATAATTATGAC
127 GTAAAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * *
19121 TATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
19185 TGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAGTAATACT-CATCTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TATTCATATAAGCTTAT-TTTG-AATAAAATAATA-TAAAT-TATTAATATTACAAAAATTAATA
* * * * *
19247 AG----AGATTTAAAAAATAAATAT-ATTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
126 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * ** * * ** * * * *
19297 TATTTG-GCAAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAGTTATTTC
1 TATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * ** * * * *****
19361 TATTTGTACATGCTTATTCAGATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGGTAATTAATAAGT
65 TATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAGT
* * ** * ** * *
19426 AAAA-ATTTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAG-ACAAATAGTCATGAT
129 AAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * *
19477 TATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCG
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * ** * *
19542 GTTCATATAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATA-CCA--ATTAATATTCCAAAAATTAATAATTA
66 ATTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTA
* * * *
19603 AGAGATTT--AAAA-AAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAATTATGAC
130 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
19651 TATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCACTATAACATTTTGTTTTGACATAAAATAAATT-TTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTC
* * *
19715 TGTTC--A-AA-C-TATTTTGAATAAAATAATACAAAATTATTAATACTA-AGAAAATTAATAAG
65 TATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTACA-AAAATTAATAAG
* *
19774 TAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGAC
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * ***
19825 TATATGAACAATTATTTATTTCGAATTGCTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * * *** *
19889 TGTTCATACAAGGC-TATTCGGATTAAAA-ATATATTAATTATTAATATTTTGATAATTAATAAG
65 TATTCATATAA-GCTTATTTTGAATAAAATA-ATATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAG
* * * *
19952 TAAAATATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTCATGAT
128 TAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
20006 TATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTGTAATAAGACAACTATTTCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
20071 ATTCAAATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATGAG
66 ATTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTAC-AAAAATTAATAAG
* * *
20134 TAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGCTT-AAATAGTTATGAC
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG-TTGAAATAGTTATGAC
* * * * *
20187 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
20252 TATTCATGTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAACTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGT
65 TATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAA-TTATTAATATTACAAAAATTAATAAGT
* * * *
20317 AAAA-ATTTTAAAAATAAATCTGTTTTCTAAACACGTTGAAATAGTTAT-ATC
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGA-C
* ** * * *
20368 TATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTTGTTCAT--AA-AA--G-CT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTG-TCATAAAACAATTGTTT
* ** * ** * ** **
20427 -TATTCAGTATAA---AATAAT-ACTAATTTATTA-AAATT-CCAA-A--A-ATTAA----TAAG
64 CTATTCA-TATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAG
* *** *
20477 TAAAAGATTTAAAAAAATAAAATCTATTTACTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGAC
128 TAAAAGATTT-AAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
20532 TATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
20597 ACTT-ATACAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAA
66 A-TTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTAC-AAAAATTAATAA
* * * * * * * * * *
20659 GTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTAAACAAATTTAAATAGTCAAGTC
127 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
** ** * * * * *
20713 TATTCAAATTATTAACTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * * *
20778 ATTCATACAAAATTATTCT-AAT----T--TATTAA-TA-T--T-TT--GAAAA-T-A-AA-TAA
66 ATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** *
20825 GAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-TCGAATTAGTTCAAATAGTTATGAC
131 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * **
20875 TATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCGTTATGATC-TTT-TTTTCTCATAAAGTAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * * * ** * * * * *
20938 GCTCATACAAGTTTGTTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATT-CTAAAAATTAATATGT
66 ATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAAATTATTAATATTAC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
21002 AAGAGATTTAAAACATAAATGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * * *
21054 TAGTAGAACAATTATTTTTTTTGTCAAA-CAATT-GGTTCTATTCATACTATTTTATTCAGAATA
1 TATTTGAACAATTA--TCTATT-TCAAATC-ATTATG-AC-CTT--T--TGTTTT-GTCATAA-A
** * * * *
21117 A-AA-TAATACTATTTA-ATAA---TATTTTGAAACTTAATAACCAAGA-AAATTA--AA-A--A
54 ACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTG-AA--TAA-AA-TAATATAAATTATTAATATTA
* * * * ** * * * * * * *
21170 -ACAAATCTAAT-TGTCGAACTAG-TTCAAATAGTTAAGATAT-ATGAATGATTATCTATTTCAA
114 CAAAAAT-TAATAAGT--AA-AAGATTTAAA-AAATAA-ATCTGTTTACTGA--A-CAAGTTGAA
* *
21231 ATTGTTATAACC
170 ATAGTTATGA-C
* * * * * ** * **
21243 T-TTTG--C-TTTGTC-A--T-AAAACAAT-TG---TTTTG---T-TCATACAA-GTTTATTTGG
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
21291 ATTTAAATAA--T-A--CT-AAT----TCA-AT-AA-TA-T--T-TT--AAAAATTAATATGTAA
66 ATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
21337 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATGGTTAAGAC
131 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
21387 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGGCCTTTCATTTAGTTATAAAACAATTGTTTC-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *** * * *
21451 AGCTCATACAAGCTTAATCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT-CAAAAAATTAATTAC
66 A-TTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTAC-AAAAATTAA-TA-
* * *
21515 A-AAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATTG-C
126 AGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTA-TGAC
* * * * * * *
21571 TATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTATTT-T
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ***** * *
21635 AGGT-AGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-TAAAATTAATAA
66 A-TTCA-TATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATA-TTACAAAAATTAATAA
* * * ** * *
21698 ATAAAAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATC-AGTAAAAATAATTATGGC
127 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTGAAATAGTTATGAC
* ** * * * *
21752 CATTTGAATGATTATCTATTTGAAATCATTAT-AGGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *** * ** *
21816 TGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTGAAAATTTAATAAG
65 T-ATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
21880 TAAGAGATTTAAACAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGGTATGAA
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
21933 TATTTGAACAATT-TACAATCTCAAATCGTTAAGA-TTTTTGTTTTGTCGTTAAACAATTATTT-
1 TATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * * * *
21995 TTTATCATAGAAGCTT-CTTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTACTAA
65 TAT-TCATATAAGCTTATTTTGAAT-AAAATAATA-TAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAA
** * * * * * **
22059 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGC-GAA-ATCAGTTCAAATAATTAAAAC
127 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * ** * * * *
22113 CATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAATATTTTGTTTAGTTA-AAAAAATATTTATTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-A-TTGTTT
* * * * ** * ** ***
22177 C-ATATCTTACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATCCAAATTTAGTAGCATTTGGAAAATTAATAA
64 CTAT-TCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAA-TTATTAATATTACAAAAATTAATAA
* * * * * *
22241 GCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGAT
127 GTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * *
22296 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTC-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * **** * * ** *
22360 ATTGCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGC
66 ATT-CATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAGT
* * * * **
22425 AAGAG-TTTAAAAAAGTAAATTTGTTTA-TCGAACAAATT-TAATAGTTACAAC
129 AAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * *
22476 TATTTAAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC
* * * *
22540 TGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
65 TATTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAG
* * ** ** * * *
22604 T----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATCGTC
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTAT-GAC
* * * * ** * *
22654 -ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTTACCTTTTGTTTAATCGTATAACAATTGTTT-T
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
22717 ATATCATACAAGCATATTTGGAATAAAATAATACTAATTTCA-TAATCTTTC-AAAATTAATAAG
66 AT-TCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATT-ATTAATATTACAAAAATTAATAAG
* * *
22780 TAAGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTACTGAACCAA-TTGAAATAGTTATGAC
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
22831 TATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATGAATTATTTACAAAATAAACATTTTGTTCTATTATAAAA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTA-TGAC--------C-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
22896 TAATTATTTATGTTCATA-ACATGTTTA-TTTGAAACAAAATAATACT-AATCTAATAATATTTC
55 CAATTGTTTCTATTCATATA-A-GCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAAT-TATTAATATTAC
* * *** * * * * * * * *
22958 AAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AATTTTAAATTTGTTT-GTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAG
115 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTGAAATAGTTATG
23021 AC
179 AC
* * ** ** * *
23023 TATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTTTTTC-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
23087 ATTTCAAACT-AGCTTA-TTTGAAATAAAATAAAATGAATT-TATAGATATTTCAAAAATTAATA
66 A-TTCATA-TAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTAT-TA-ATATTACAAAAATTAATA
* * * * **
23149 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACTAGTTCTAAT-GATTATGAC
126 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTGAAATAG-TTATGAC
* ** * * *
23204 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATG-TT-T
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
23267 -TT-GT-T---C--A---T-AATAAAATAA-AAAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--
66 ATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAAT-TATTAATATTACAAAAATTAATAAGTA
** * * *
23317 --AGATTTAAAAAATAAATCT-TTTTGTCAATCTAGTTCAAATAG-T-TGAC
130 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
23364 TATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAAATCATTTTGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTC
1 TATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
23428 TATTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTATTATTGCAACAATTAATAAA
65 TATTCATATAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATA-TAAATTATTAATATTACAAAAATTAAT-AA
* * * * * * *
23492 TTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGAC
127 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * ** * *
23545 TATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
23607 AGTTCATATAAGCTTA-TTTGCAATAAAATAATACCAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAT
66 A-TTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAG
* * * *
23671 TAAGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTA-TAGAACAAGTTTAAATAATTATGAC
128 TAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
* * * * *
23724 TATTTAAATAATTATTTATTT-AAA-AATGCTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
23777 AGACTTCATC
Statistics
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ATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
Found at i:20442 original size:161 final size:164
Alignment explanation
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20264 CTTATTTTGA
* *
20274 ATAAAATAATA-TAAACTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-TAAAAAT-AAA
1 ATAAAATAATACT-AACTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAA
* * * * **
20335 TCTGTTTTCT-AAACACGTTGAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTT
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* * *
20435 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAAT
1 ATAAAATAATACTAACTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAAT
*** **
20500 CTATTTACTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATG
66 CTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCCATTTCAAATCATTATG
20565 ATCTTTT
131 ATCTTTT
20572 GTCTTCTCAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 16, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
161 41 0.36
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ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (164 bp):
ATAAAATAATACTAACTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAAT
CTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCCATTTCAAATCATTATG
ATCTTTTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAGT
Found at i:20736 original size:345 final size:343
Alignment explanation
Indices: 20092--21021 Score: 944
Period size: 345 Copynumber: 2.7 Consensus size: 343
20082 CTTATTTGAA
* *
20092 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
20157 GTTTACCGAACAAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATCATGA
66 ATTTACTGAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** *
20221 CCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT
130 TC-TTTTG-TTTCTCATAAAATAATTGTTTCTACTT-ATACAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAAT
* * * * * **
20284 A-TAAACTGATTAATATTAC-AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTTCTA
191 ATTAAA-TTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTA
** * ** * * *
20346 AACACGTTGAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTAT
254 AACAAATTGAAATAGTCATATCTATTCAAACAATTAACCATTTCAAATCGTTATGA-CATTTT-G
20410 TTTTGTTCAT-AA-AA-G-CTTATTCAGT
317 TTTTG-TCATAAATAATGTCTTATTCA-T
* * *
20435 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AAAT
* * *
20500 CTATTTACTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATG
64 CTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
*
20565 ATCTTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCTACTTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAT
129 ATCTTTTGT-TTCTCATAAAATAATTGTTTCTACTTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAT
*
20630 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTAAACA
193 TAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTAAACA
* ** *
20695 AATTTAAATAGTCA-AGTCTATTCAAATTATTAACTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
258 AATTGAAATAGTCATA-TCTATTCAAACAATTAACCATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
*
20759 TCATAAAATAATTGTTTTTATTCAT
322 TCAT-AAATAA-TG-TCTTATTCAT
* * * * * *
20784 ACAAAATTATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
20845 ATTTA-TCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCGTTATGA
66 ATTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * **
20909 TCTTTT-TTTCTCATAAAGTAATTGTTTCTGCTCATACAAGTTT-GTTCAGAGTAAAATATTGCT
130 TCTTTTGTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTACTTATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATATT
* * * *
20972 AAATTAATAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAACATAAAT
194 AAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
21022 GTGTTTGCTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (343 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
CTTTTGTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTACTTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAA
ATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTAAACAAAT
TGAAATAGTCATATCTATTCAAACAATTAACCATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
AAATAATGTCTTATTCAT
Found at i:22675 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22641--22676 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
22631 AATTAGTTCA
22641 AATAATTATCGTCATTTC
1 AATAATTATCGTCATTTC
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1 AATAATTATCGTCATTTC
22675 AA
1 AA
22677 ATCATTGTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATCGTCATTTC
Found at i:23418 original size:160 final size:166
Alignment explanation
Indices: 23108--23420 Score: 374
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
23098 GCTTATTTGA
* * *
23108 AATAAAATAAAATGAATTTATAGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTC
1 AATAAAATAAAATAAATCTATAGATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * **
23173 TATTTACCTAACTAGTTCTAATGATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
65 TATTTACCTAACTAGTTCAAATGAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
*
23238 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
130 CCTTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
23275 AATAAAATAAAA-AAATCTATTA-ATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAAAATAAATCTA-TAGATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * *
23335 TTTTTGTC-AATCTAGTTCAAAT-AGT-TGACTATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAAATCATTTT
65 TATTTACCTAA-CTAGTTCAAATGAGTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
23396 GACTTTTTGTTCTATTATAAAACAA
128 AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAA
23421 TAGTTTCTAT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 17, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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AATAAAATAAAATAAATCTATAGATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCTAACTAGTTCAAATGAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
CTTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
Found at i:23622 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 23430--23777 Score: 402
Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
23420 ATAGTTTCTA
** * * * *
23430 TTCATACAAGCTTATTCG-AATTAAAATAATATTAATTTATTATTATTGCAACAATTAATAAATT
1 TTCATACAAGCTTATTCGCAA-TAAAATAATACCAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATT
* * * *
23494 AA-AAATTTTAAAAAT-AAA-TATGTT-TACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATATGAATA
64 AAGAAATTTAAAAAATGAAACTAT-TTATA--GAACAAGATCAAATAATCATGACTATATAAATA
* * * *
23555 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAG
126 ATTATCTATTTAAAAATGCTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAG
* * *
23609 TTCATATAAGCTTATTTGCAATAAAATAATACCAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGCAATAAAATAATACCAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA
* * * * *
23674 GAGATTTAAAAAATGAAACTATTTATAGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTAT
66 GAAATTTAAAAAATGAAACTATTTATAGAACAAGATCAAATAATCATGACTATATAAATAATTAT
*
23739 TTATTTAAAAATGCTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAAA
131 CTATTTAAAAATGCTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAAA
23778 GACTTCATCT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 23, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCATACAAGCTTATTCGCAATAAAATAATACCAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA
GAAATTTAAAAAATGAAACTATTTATAGAACAAGATCAAATAATCATGACTATATAAATAATTAT
CTATTTAAAAATGCTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAG
Done.