Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168309.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_534, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:629 original size:176 final size:175
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Indices: 61--683 Score: 452
Period size: 176 Copynumber: 3.5 Consensus size: 175
51 TTATTTGGAA
* * * * *
61 TAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAACTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAA--AATTAA-TAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
125 TTTA-CGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATC
62 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAA-CGTTATGATC
** * ** *
189 TTTTGTTTGTTC--AAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTCAAAA
126 -TTTGTTTCCTCATAAAAAAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAAAT
* **
238 TAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAA----GACATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * *
303 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCACATCATTATGAC
62 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAA-TAATTATCTATCTCA-AACGTTATGA-
* ** * * * *
367 TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATGCAAAATTATTCATAT
124 TCTTTGTTTCCTCATAAAAAAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAAAT
* * * * *** * *
419 TAAAATATTATTGATCTATTAAT-TTTTGAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATCTGTTTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCT-ATTT
*** *
483 TTGAAA-TAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAGAACGTTATGATCTTT
65 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCA-AACGTTATGATCTTT
* * * * ** *
547 ATTTCCTCATAAAAAAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTCAGAT
129 GTTTCCTCATAAAAAAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAAAT
* * * *
594 TAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAA--AATTAA-TAAGACATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
658 GTTTGCCGAGCTAGTTCAAATAGTTA
61 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
684 AGACTGTTAG
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 80, Indels: 37
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 61 0.18
176 67 0.19
177 29 0.08
178 24 0.07
179 59 0.17
180 53 0.15
181 48 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAACGTTATGATCTTTGT
TTCCTCATAAAAAAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAAAT
Found at i:805 original size:356 final size:360
Alignment explanation
Indices: 1--855 Score: 795
Period size: 356 Copynumber: 2.4 Consensus size: 360
* * * * * ***
1 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTC--TTCATA-ACAACTTATTTGGAATA
1 TCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA-AAATTATTCAAAATA
* * * * * * * * * *
63 AAATAATAGTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAACTAT
65 AAATAATACTAATCTATTAACATTTGAAACATTAA-GAGTAAGACATTTAAAAAAATAAATCTGT
* *** * * *
126 TTA-CGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCT
129 TTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCT
* ** * * ** *
190 TTTGTTTGTTCAAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTT
194 TTTATTTCCTCAAAAAAATTGTTCCTATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAACTT
* ** *
255 ATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
259 AATAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
* * * * *
320 AATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCACA
324 AATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * * *
357 TCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATGCAAAATTATTCATATTAA
1 TCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAA
* * * ** *
422 AATATTATTGATCTATTAATTTTTGAAA-ATT-A-A-TAAGACATTT-AAAAACTAAATCTGTTT
66 AATAATACTAATCTATTAACATTTGAAACATTAAGAGTAAGACATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
* *
482 TTTGAAATAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAGAA-CGTTATGATC-T
131 ATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCA-AATCGTTATGATCTT
* * * * *
545 TTATTTCCTCATAAAAAAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACCAATT
195 TTATTTCCTC--AAAAAAATTGTTCCTATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAACT
** * * * * * *
610 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGCTAGTTC
258 TAATAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* ** *
675 AAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATTTATTTCAAA
323 AAATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
* * **
713 TCATTCTAACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAGCAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
1 TCATTATAACCTTTTGTTTAG-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAAAAT
* *
776 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAACATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTG
64 AAAATAATACTAATCTATTAACATTTGAAACATTAA-GAGTAAGACATTTAAAAAAATAAATCTG
841 TTTATTGAAAAAGTT
128 TTTATTGAAAAAGTT
856 GAAAAAAGAT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 87, Indels: 26
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
354 30 0.08
355 52 0.13
356 233 0.59
357 5 0.01
358 34 0.09
359 6 0.02
360 1 0.00
361 9 0.02
362 26 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAA
AATAATACTAATCTATTAACATTTGAAACATTAAGAGTAAGACATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
ATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTT
TATTTCCTCAAAAAAATTGTTCCTATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAACTTAA
TAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
TAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
Found at i:1967 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 1372--5282 Score: 968
Period size: 181 Copynumber: 22.1 Consensus size: 177
1362 ATGACCTTTT
* * * * * * * ** * * *
1372 GTTCAAACAATTAAGATTATATGAACAATTATTTATATCAAATTTTTAAGACCTTTTGTTTTGGC
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* ** *
1437 ATAAAACAATTGTTTTGGTTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
66 ATAAAACAATTGTTTT-GTT-TGATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
**
1501 TTAGAAAATTAATTCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACTAAATCA
129 TTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTACTAAAT-A
** ** * *
1553 -TTCCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGT
1 GTT-CAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
* * * * * * * *
1617 AATCAAACAATTGGTTCTGTTTCAAACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATGCTAATTTGATAAT
65 CATAAAACAATT-GTTTTGTTTGATA--AGTTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * ** * * * **
1681 ATTCTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTTTAAAAAAATCTAA-TTG-T-CGAACCA
126 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGA-TTT-AAAAAAT-AAATTTGTTACTAAATA
* * * *
1734 GTTCAAATAGTTAAGACTATATA-AATGATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATA-AGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
* * * *
1798 CGTAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
65 CATAAAACAATTGTTTTGTTTG-ATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
*
1863 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACTAAATTG
129 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACTAAA-TA
* * * * *
1913 GTTTAAATGGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTATTTAGTC
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* ** * * ** * * * **
1978 ATAAAATAATTGTTCCAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCAT
66 ATAAAACAATTGTT-TTGTT--TGATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
** * * * * * *
2042 TCAAAAAATTAATAAGAAAAATATTTTAAAAAATAAGTATGTT--TACCAT-
128 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTACTA-AATA
* * ** ** * * * * ** * *
2091 -TTGAACA-A-TT--GTCTATTTAA-AATTGTTATAACT-TTTTGATTTGTCATAAAATAATTGT
1 GTTCAA-ATAGTTAAGACTA--TAAGAATAATTAT--CTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTAT
* * * * * * *
2149 TTAAG-C-TAATACAA--GCTTAG-TTGA-AA---TA----AAATAATATTAAT--TTA-TTAAT
60 TT-TGTCATAAAACAATTGTTTTGTTTGATAAGTTTATTCTGAATAA-AATAATACTAATTTAAT
* * * *
2198 -A---TTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACCA
123 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACT-AAA-TA
* * ** * * * * *
2251 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
* * * * * * *
2314 CATAAAACAATTATTTCTGATCAT-AGAAGCTTATTC-GATTGAAAATAATATTAATTTGATAAT
65 CATAAAACAATTGTTT-TG-T-TTGATAAGTTTATTCTGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * *
2377 A-TTTAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTGCCAAACCA
126 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTACTAAA-TA
* * * * * * * *
2426 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTC
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * * * * *
2491 ATAAAATATTTGTTTCATATCTT-ACATGCTTATT-TGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAA-
66 ATAAAACAATTGTTT--TGT-TTGATAAGTTTATTCT-GAATAAAATAATACT-AATTTAATAAT
* * *** ** *
2552 AATTTGAAAA--AAT-A--AATCCATTTATCAAACAAA----TT-C-AAATA
126 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACTAAATA
** * * ** * *
2593 GTT---AT-G--ACCA-TTTGAAGAATTAATTATTTAAAATCATTAT-G-----ACCTTTTGTTT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTAT-AAGAA-TAATTATCT-ATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTATTT
* * * * * ** **
2645 TGACATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTA
62 TGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTTGAT-A-AGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATA
* ** * * * *
2709 ATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAA
124 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA-ATTTGTTACTAAA-TA
* * * * * *** * *
2765 ATTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTACCTATCGAAAATCATTCA-GACCTTTCATTTTG
1 GTTCAAATAGTTAAGACTA-TAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTATTTTG
* * * * ** * *
2828 TTACAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTT-TGTT--TGATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * * * * *
2892 ATTTTGAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTGTTTACCAAGTCA
126 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACTAAAT-A
* * * * * *** * * * *
2946 ATTCAAATAATTATGCCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTC
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * * * * *
3011 ATATAATAATTGTTTTGATTGTATAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATCTTT
66 ATAAAACAATTGTTTTGTTTG-ATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * *
3076 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTATAAAATAAATTCGTTTACCAAATTA
130 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACTAAA-TA
* * ** * * * * * * * *
3126 GTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTC
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * *
3191 ATAAAACAATTATTTT-TGTTCATCGAAGCTGT-TT-TGAAATAAAATAATACTAATATAATAAT
66 ATAAAACAATTGTTTTGT-TTGAT--AAG-TTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAAT
** * * * *
3253 ATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTA
126 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT-TACTAAA-TA
* * * * * *
3307 GTTCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAA----T-TG--TTTTTGTTTTG-C
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* ** * * * *
3364 TATGAAACAATT-TTTTCAATTCATAATAGCTTATT-TAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
66 -ATAAAACAATTGTTTT-GTTTGAT-A-AGTTTATTCT-GAATAAAATAATACT-AATTTAATAA
* * * * **
3426 TATTTCAAAATTTAATACGTAAGAGATTTAAAAAGT-AATTATGTTGACCTAACCA
125 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTT-A-CTAAATA
* * ** * * *
3481 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * * * * * ** * * *
3546 GTAAAATAAATATTTTTTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTT
66 ATAAAACAATTGTTTTGTTT-GATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* *
3611 CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACTA
130 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTACT-AAA-TA
* ** * * * * * *
3657 GTTCAAATAGTTATA-AATATTTGAGA-AATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTA-TCTA
1 GTTCAAATAGTTA-AGACTATAAGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
* * * * * * *
3719 TCATAAAATAATAGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATT-TGGATTAAAATAATACTAATTTATTAA
64 TCATAAAACAATTGTTT-TGTT--TGATAAGTTTATTCT-GAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * ** * *
3782 TATTTTGACAATTAATAAGTAA-AGATTTTTTAAAATAAATATAT-TTACCAAACTT
125 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-T-TGTTACTAAA-TA
* * * * *
3837 GATCAAATAG-T----C-ATAACAATAAATATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTCTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* ** ** * *
3896 ATAAAA-AAGTATATTTCAATTCAT-ATAAAATTATTC-GAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTA
66 ATAAAACAA-T-TGTTT-TGTT--TGATAAGTTTATTCTG-AATAAAATAATACTAAT-TTAATA
* * * *
3957 ATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATAT-TTA-TCAAACAA
124 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATTTGTTACT-AAA-TA
* *** * * * * *
4013 G-TCTAAATAATTATA-ACTATTTTAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTG
1 GTTC-AAATAGTTA-AGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
** * * * ** **
4076 TCATAAAATGA-T-TTTT-TTT-AT-A-TTTATAC-AAAGCTTATTTCAA-A-TAAAATAATACA
64 TCATAAAACAATTGTTTTGTTTGATAAGTTTATTCTGAA--TAAAAT-AATACTAATTTAATA-A
* * * * *
4132 -AATTT-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-A
125 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA-CTAA-ATA
* ** * * * * ** * *
4185 ATTCAAATCTTTATGACTATTTA-AATAATTTTTTA-TTCTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTG
1 GTTCAAATAGTTAAGACTA-TAAGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
* * * * * *
4248 TCATAAAACAATTGTTTTTGATTAT-ATAGGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAA
64 TCATAAAACAATTG-TTTTG-TT-TGATAAGTTTAT-TCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * *
4311 TATTTCAATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAATAA
125 TATTTTAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACTAAAT-A
* * * * * * *
4366 GTTCAAATAGTCATGACTATTCA-AATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTG-
1 GTTCAAATAGTTAAGACTA-TAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
* * * ** * *
4429 CAATAAAACGATTGTTTCAGTTTATATAAGTTTATT-AAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 C-ATAAAACAATTGTTT-TGTTT-GATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * * * * *
4493 TTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACAT-
127 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA-CTAA-ATA
* * * * * *
4546 GTTCAAATAGTTATGACTATCTA-AACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTG
1 GTTCAAATAGTTAAGACTAT-AAGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
* ** * *
4609 TGATAAAACAATTGGTTTTGTTCATG-CCAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
64 TCATAAAACAATT-GTTTTGTT--TGATAAGTTTATTCTG-AATAAAATAATACT-AATTTAATA
* * * * * *
4671 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACA
124 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACTAAATA
** ** * * * * *
4725 CGTTTGAATAGTTATA-ACTATTCGAAGAATTATCTATTCCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTT
1 -GTTCAAATAGTTA-AGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTATTTT
* ** * * * ** *
4789 GCCATAAATTAATTATTTCTATTCAT-AAAAGCCTATT-TAGAATAAAAATAATACTAATTTATT
63 GTCATAAAACAATTGTTT-TGTT--TGATAAGTTTATTCT-GAAT-AAAATAATACTAATTTAAT
* ** * * * * * *
4852 AAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCA-A
123 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTA-CTA-AATA
* * ** * * * * * *
4909 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTGTTATTATCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTATTTTGT
* * * * * * *
4974 CATAAAACAATTGTTCTATTCAT-ACAATTTTATTC-GAAACAAAATAATACTAATATAGTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTTGTT--TGATAAGTTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* **
5037 TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGACTGAACA-A
127 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-ACT-AA-ATA
* * * ** * * *
5090 GTTCAAATAGTCACG-TTCATTTGAACT-ATCATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
1 GTTCAAATAGTTAAGACT-ATAAGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
* * ** ** **
5153 TCATAAAACAATTGTTTCTATTAAT-ACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTT-TGTT--TGATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * *
5217 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACTA
126 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA-CTAAATA
*
5267 GTTCAAATTGTTAAGA
1 GTTCAAATAGTTAAGA
5283 TTTTTGCTTT
Statistics
Matches: 2803, Mismatches: 657, Indels: 543
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
156 17 0.01
157 20 0.01
158 54 0.02
159 11 0.00
160 11 0.00
161 25 0.01
162 23 0.01
163 22 0.01
164 23 0.01
166 1 0.00
167 9 0.00
168 3 0.00
169 3 0.00
170 11 0.00
171 8 0.00
172 84 0.03
173 45 0.02
174 175 0.06
175 117 0.04
176 300 0.11
177 88 0.03
178 30 0.01
179 159 0.06
180 538 0.19
181 745 0.27
182 170 0.06
183 84 0.03
184 15 0.01
185 8 0.00
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
GTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTGTTTGATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACTAAATA
Found at i:2148 original size:158 final size:156
Alignment explanation
Indices: 1939--2242 Score: 378
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
1929 CTATAAGAAT
* * * * * *
1939 AATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTCCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTCAAGCTAATACA
* * *
2004 AGCTTA-TTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAAAATATTT
66 AGCTTAGTT-AAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAGAAAAAGA-TT
*
2068 TAAAAAATAAGTATGTTTACCATTTGAAC
128 TAAAAAATAAATATGTTTACCATTTGAAC
* * * *
2097 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTAAGCTAATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTCAAGCTAATAC
* * * * * *
2161 AAGCTTAGTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTA
65 AAGCTTAGTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTA
2226 AAAAATAAATATGTTTA
130 AAAAATAAATATGTTTA
2243 TCAAACCAAT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 20, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
156 20 0.16
157 16 0.13
158 82 0.66
159 6 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (156 bp):
AATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTCAAGCTAATACA
AGCTTAGTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAA
AAAATAAATATGTTTACCATTTGAAC
Found at i:2387 original size:337 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1765--2395 Score: 720
Period size: 337 Copynumber: 1.9 Consensus size: 337
1755 TAAATGATTA
* * * * * * ** *
1765 TCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTA
1 TCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTCATTTGTCATAAAATAATTGTTTAGCTAATACAAGCTTA
* * *
1830 TTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
66 GTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* **** * * * *
1895 AAATTTGTTACTAAATTGGTTTAAATGGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTT
131 AAATATGTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATCTCAAATCGTT
** * * * *
1960 TTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTCCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAA
196 AAGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
*
2025 TAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAAAATATTTTAAAAAATAAGTATGTTTACCA
261 TAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAATATTTTAAAAAATAAGTATGTTTACCA
2090 TTTGAACAATTG
326 TTTGAACAATTG
* *
2102 TCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGCTAATACAAGCTT
1 TCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTCATTTGTCATAAAATAATTGTTT-AGCTAATACAAGCTT
* * *
2167 AGT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAA
65 AGTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* **
2230 ATAAATATGTTTA-TCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAA
129 ATAAATATG-TTACT-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTA-TCTCAAA
* * * * * * *
2293 TTGTTAAGATCTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGCTTATTC-GATTG
191 TCGTTAAGACCTTT-TATTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGATCATACAAGCTTATTCAAAAT-
* * *
2355 AAAATAATATTAATTTGA-TAATATTTAAAAAATTAATAAGA
254 AAAATAATAATAATTT-ATTAACATTCAAAAAATTAATAAGA
2396 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 46, Indels: 16
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.01
337 151 0.63
338 86 0.36
339 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (337 bp):
TCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTCATTTGTCATAAAATAATTGTTTAGCTAATACAAGCTTA
GTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
AAATATGTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATCTCAAATCGTT
AAGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
TAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAATATTTTAAAAAATAAGTATGTTTACCA
TTTGAACAATTG
Found at i:2537 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 2110--2564 Score: 422
Period size: 176 Copynumber: 2.5 Consensus size: 174
2100 TGTCTATTTA
* * *
2110 AAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTT-A-AGCTAATACAAGCTTAGTTGA
1 AAATTG-T-TAACATTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATCT--TACAAGCTTA-TTGG
* *
2173 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
60 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * ** *
2238 GTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTAGTCTC
123 ATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTAGTCTC
* * * * * * *
2290 AAATTGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-TGATCATAGAAGCTTATTCGATT
1 AAATTGTTAACAT-TTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTGGAAT
*
2354 GAAAATAATATTAATTTGA-TAATATTTAAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATT
63 -AAAATAATATTAATTT-ATTAATATTTAAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * * *
2416 TGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTA-TTTT
126 TACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TAGTCTC
* * *
2465 AAATCAT-TCTAACCTTTTGTTTGGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACATGCTTATTTGGA
1 AAAT--TGT-TAACATTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTCATATCTTACAAGCTTA-TTGGA
* * *
2529 ATAAAATAATCTCAATTTATTAAAATTTGAAAAAAT
61 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAAAT
2565 AAATCCATTT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 36, Indels: 33
0.76 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 53 0.24
176 71 0.32
177 22 0.10
178 8 0.04
179 61 0.27
180 7 0.03
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
AAATTGTTAACATTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTGGAATAAA
ATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCA
AACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTAGTCTC
Found at i:2623 original size:513 final size:516
Alignment explanation
Indices: 1729--3120 Score: 1176
Period size: 513 Copynumber: 2.7 Consensus size: 516
1719 CTAATTGTCG
* * * * * * *
1729 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTCTT
1 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATTGTTAAGACCTTTTCTT
* * * * ** *
1794 TTGTCGTAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
66 TTGTCATAAAACAATTATTTTGATCATAGAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
* *** * *
1859 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACTAAATTGGTTTAAATGGT
131 TATTTTAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACCAAACCAGTTCAAATAGT
* * * *
1924 TAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATT
195 TAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATT
* **
1989 GTTCCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAA
260 GTTCCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCAAAAAA-TAA
* * * **
2054 TAAGAAAAATATTTTAAAAAATAAGTATGTTTACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTA
324 TAAGAAAAATATTTCAAAAAATAAATATGTTTACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * **
2119 TAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGCTAATACA-AGCTTAGT-TGAAATAAAATA
389 TAACCTTTTGATTTGACATAAAACAATTGTTTAAGCTAATA-ATAGCTTA-TCCAAAATAAAATA
* * ** *
2182 ATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATC
452 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAATAAATATGTTTACC
2245 A
516 A
* * *
2246 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGT
1 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA-TCTCAAATTGTTAAGACCTTTTCT
* *
2309 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGCTTATTC-GATTGAAAATAATATTAATTTGA
65 TTTGTCATAAAACAATTATTT-TGATCATAGAAGCTTATTCTGATT-AAAATAATACTAATTTAA
* * *
2373 TAATA-TTTAAAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAAT
128 TAATATTTTAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTACCAAACCAGTTCAAAT
* * * *
2434 AGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTCATAAAATA
192 AGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATA
* * * * *** * **
2499 TTTGTTTCA-TATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATT-TGAAA
257 ATTGTTCCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAAAATTCAAAAA
*** *
2561 A-AATAA-ATCCAT-TTATCAAACAAATTCAAATA-GTTATGACCATTTGAAGAATTAAT-TATT
320 ATAATAAGAAAAATATT-TCAAA-AAA-T-AAATATGTT-T-ACCATTTGAACAATT-ATCTATT
* * * * *
2621 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTATCCAA
378 TAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGACATAAAACAATTGTTTAAGCTAATAATAGCTTATCCAA
* * *
2686 AATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAAAAAATAATTT
443 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAAAAAATAAATA
*
2751 TTTTTACCA
508 TGTTTACCA
* * * ** ** *
2760 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATCGAAAATCATTCAGACC-TTTCAT
1 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATTGTTAAGACCTTTTC-T
* * * * * * * ** * * *
2824 TTTGTTACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTATTT-TGATCATAGAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAAT
* * * * * * ** *
2889 AATATTTTGAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTGTTTACCAAGTCAATTCAAAT
129 AATATTTT-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCAAACCAGTTCAAAT
* *** * *** * * * * * *
2954 AATTATGCCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATA
192 AGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATA
** * * * * * * **
3019 ATTGTT-TTGATT-GTATAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA
257 ATTGTTCCAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAA-AATTCAAAAA
* * * * *
3082 TTAATAAGTAAGAGATTT-ATAAAATAAAT-TCGTTTACCA
320 ATAATAAGAAAAATATTTCAAAAAATAAATAT-GTTTACCA
3121 AATTAGTTAA
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 144, Indels: 71
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 7 0.01
510 8 0.01
511 4 0.01
512 19 0.03
513 221 0.32
514 89 0.13
515 56 0.08
516 41 0.06
517 86 0.12
518 8 0.01
519 49 0.07
520 87 0.13
521 7 0.01
522 7 0.01
523 2 0.00
524 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (516 bp):
AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATTGTTAAGACCTTTTCTT
TTGTCATAAAACAATTATTTTGATCATAGAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
TATTTTAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT
AAAACTATAAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTG
TTCCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCAAAAAATAATA
AGAAAAATATTTCAAAAAATAAATATGTTTACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
ACCTTTTGATTTGACATAAAACAATTGTTTAAGCTAATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAAAAAATAAATATGTTTACCA
Found at i:2690 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 2427--2720 Score: 344
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
2417 GCCAAACCAG
* * * * *
2427 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTCA
1 TTCAAATAGTTAAAACCATTAGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGACA
* * * ****
2492 TAAAATATTTGTTTCATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATT
66 TAAAACAATTGTTTCATATCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATT
*
2556 TGAAAAAATAAATCCATTTATCAAACAAA
130 TCAAAAAATAAATCCATTTATCAAACAAA
** * * *
2585 TTCAAATAGTTATGACCATTTGAAGAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAC
1 TTCAAATAGTTAAAACCATTAGAAGAATT-ATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGAC
* *
2649 ATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCA-TATCATACAT-GCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
2712 TTTCAAAAA
128 TTTCAAAAA
2721 TTAATAAACA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 20, Indels: 8
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 2 0.02
158 105 0.94
159 5 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (158 bp):
TTCAAATAGTTAAAACCATTAGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGACA
TAAAACAATTGTTTCATATCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
CAAAAAATAAATCCATTTATCAAACAAA
Found at i:2870 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2553--5279 Score: 1786
Period size: 181 Copynumber: 15.2 Consensus size: 180
2543 ATTTATTAAA
*** * * * * *
2553 ATTTGAAAAAATAAATCCATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAAGAATTAAT-
1 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATC
* *
2617 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTAT
64 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA-AGTTTAT
* * *
2682 CCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAG
128 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * *
2735 -TTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCT
1 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** ** * *
2799 ATCGAAAATCATTCA-GACCTTTCATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTAT
65 ATTTAAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAGTTTAT
* ** * * *
2863 TCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTTGAAAACTAATAATTAAGTG
128 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * * * * * *
2916 ATTTAAAAAGTCAATCTGTTTACC-AAGTCAATTCAAATAATTATGCCCATTTCAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
2980 ATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGATT-GTATAAGTTTAT
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATA-AAGTTTAT
* * * *
3043 TCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
128 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * *
3096 ATTTATAAAATAAATTCGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** *
3161 CTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATCGAAGCTGTT-T
66 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AAAG-T-TTAT
* * * * *
3225 T-GAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
128 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * *
3277 ATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTAGTTCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
3342 TTT-TAA--A-T-TG--TTTTTGTTTTG-CTATGAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATT
66 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA-AGTTTATT
* * * * **
3399 TAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATACGTAAGAG
129 CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * *
3451 ATTTAAAAAGT-AATTATGTTGACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * ** * *
3515 ATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTT-TTTTTATATAAGTTTGTT
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAGTTTATT
* *
3579 CAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAG
129 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * *
3627 ATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAGA-AATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCT
* ** * * * * *
3691 ATTTTAAATTGTTATGA-CTTTT-TATCTATCATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAGTTTA
*** * ** * *
3753 TTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AG
127 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
** * * * * * * *
3806 ATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATAAC-A-AT--A-AA-TATCT
1 A-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * **
3865 ATTTCAAATCGTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAA-AAGTATATTTCAATTCATATAAAATTA
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATA-AAGTTTA
* * ** *
3929 TTCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAG
127 TTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * * * * *
3983 ATTTAAAAAATGAATATATTTATCAAACAAG-TCTAAATAATTATAACTATTTTAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * * * * *
4047 ATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATGATTTTTTTTATATTTATACAAAGCTT
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCA-GTTCAT--AAAGTTT
* *
4112 ATTTC-AAATAAAATAATAC-AA---ATT--TA---C---AATTAATAAGTAAAAG
126 A-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * ** * * * *
4155 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATCTTTATGACTATTTAAATAATTTTTTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * *
4220 TTCT-AAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATT-ATATAGGCTTAT
66 TT-TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATA-AAGTTTAT
* * * * *
4283 AT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAGTAAAAG
128 -TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAATAAGAG
* * ** * ** *
4336 ATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
4400 ATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTG-CAATAAAACGATTGTTTCAGTTTATATAAGTTTAT
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAGTTTAT
* * * *
4464 T-AAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAG
128 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * *
4516 AATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** *
4580 ATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCCAGCTTA
65 ATTT-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCAT-AAAGTTTA
** * *
4643 TTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AA
127 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * ** * * *
4696 ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-ACGTTTGAATAGTTATAACTATTCGAAGAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * ** * **
4760 ATTCCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGCCATAAATTAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCCTA
65 ATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCAT-AAAGTTTA
* * * * * *
4824 TTTAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAG
127 TTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * *
4879 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * *
4944 TTTCAAATTTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTA-TTCATACAATTTTAT
66 TTT-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAGTTTAT
* * * * * **
5007 TCGAAACAAAATAATACTAATATAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAG
128 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAG
* ** * * * * * *
5060 ATTTAAAAAATAAATTTGTTGACTGAACAAGTTCAAATAGTCACG-TTCATTTGAACTATCATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCT
* * * * **
5124 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAAAATTAT
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAGTTTAT
*
5188 T-AAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAG
128 TCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * *
5237 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAATTGTTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA
5280 AGATTTTTGC
Statistics
Matches: 2007, Mismatches: 431, Indels: 219
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 18 0.01
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185 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAGTTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
Found at i:2871 original size:334 final size:329
Alignment explanation
Indices: 2221--2871 Score: 688
Period size: 339 Copynumber: 2.0 Consensus size: 329
2211 TAAGTAAGAG
** * * *
2221 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTAG
1 ATTTAAAAAATAAATACATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAAGAATTATTAG
* ** * * * * *
2286 TCTCAAATTGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGCTTATTCG
66 TCTAAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAGATCATAGAAGCTTATCCA
* * *
2351 ATTGAAAATAATATTAATTTGATAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATT
131 AATGAAAATAATACTAATTTGATAATATTTAAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAAAATTTATT
* * * * * ***
2416 TGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTT
196 TACCAAACAAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTACCTATCGAAAATCATTCTAACCTT
** * * * * * *
2481 TTGTTTGGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAATCTCAATT
261 TCATTTGGTCACAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTT---ACAAAATAATCTCAATT
2546 TATTAAA
323 TATTAAA
*
2553 ATTTGAAAAAATAAATCCATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAAGAATTAATT
1 ATTT-AAAAAATAAATACATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAAGAATT-ATT
* * * *
2618 A-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-ATAGCTTA
64 AGTCTAAAATCATTAAGACC-TTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAGATCATAGA-AGCTTA
** *
2681 TCCAAAAT-AAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAAAAAA
127 TCC-AAATGAAAATAATACTAATTTGATAATATTTAAAAAATTAAT-AA-AAGA-TTTAAAAAAA
* **
2745 TAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTACCTATCGAAAATC
188 -AA-TTTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAACAATTACCTATCGAAAATC
* * *
2809 ATTC-AGACCTTTCATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGTTTA-TT-CAAAAT
250 ATTCTA-ACCTTTCATTTGGTCACAAAACAATTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTTACAAAAT
2870 AA
313 AA
2872 AATAATACTA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 46, Indels: 24
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 4 0.02
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340 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (329 bp):
ATTTAAAAAATAAATACATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAAGAATTATTAG
TCTAAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAGATCATAGAAGCTTATCCA
AATGAAAATAATACTAATTTGATAATATTTAAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAAAATTTATT
TACCAAACAAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTACCTATCGAAAATCATTCTAACCTT
TCATTTGGTCACAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTTACAAAATAATCTCAATTTAT
TAAA
Found at i:3518 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3486--3518 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
3476 AACCAGTTCA
3486 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
3504 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
3519 CAAATCCTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
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18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:4050 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4018--4050 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
4008 AACAAGTCTA
4018 AATAATTATAACTATTTT
1 AATAATTAT-ACTATTTT
4036 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
4051 GAAATCGCTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTT
Found at i:4607 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 2578--5279 Score: 1905
Period size: 361 Copynumber: 7.5 Consensus size: 359
2568 TCCATTTATC
* * ** * *
2578 AAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAAGAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
1 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** *
2642 TTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTT
65 TTTTG-CATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAA-AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * *
2707 TAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAA
127 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * ** * *
2771 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTA--TCGAAAATCATTCA-GACCTTTCATTTTGTTACA
191 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC-AAAATCATT-ATGAACTTTTGTTTTGTCATA
** * *
2833 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTT
254 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * * * * * *
2897 GAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTGTTTACC
317 CAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * *
2940 AAGTCAA-TTCAAATAATTATGCCCATTTC-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT
1 AA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
3003 GTTTGGTCATATAATAATTGTTTTGATT-GTATAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTA
64 GTTTTG-CATAAAACAATTG-TTTCATTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
3067 TTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTATAAAATAAAT-TCGTTTACCAAATTAGTTAA
126 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCGAACAAGTTCA
* * * * *
3131 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTC-AAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTGTCATA
190 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
3194 AAACAATTATTTTTGTTCAT-CGAAGCTGT-TTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTC
254 AAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCT-TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
3257 CAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCC
317 CAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * * *
3301 AAACTAGTTCAAATACTTAAGACTATAT-GAACAATTATCTATTT-TAA--A-T-TG--TTTTTG
1 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
3358 TTTTGCTATGAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTA
65 TTTTGC-ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATAA-AGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * * * *
3422 TTAATATTTCAAAATTTAATACGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTGACCTAACCAGTTCAA
126 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * * * * **
3487 ATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAA
191 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
3551 ATAAATATTTTT-TTTATATAAGTTTGTTCA-AAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAA
256 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* *
3614 AAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-T
320 AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * * * ** *
3650 CAAACTAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAGA-AATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTT
1 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * ** *
3714 ATCTAT-CATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTA
64 GT-TTTGCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * ** * * ** *
3778 TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AGATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCA
126 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCA
* * * * * *
3842 AATAGTCATAAC-A---ATA-AA-TATCTATTTC-AAATCGTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAA
190 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* *** * ** * *
3900 AA-AAGTATATTTCAATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTT
255 AACAA-T-TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA-TT
* * * * *
3963 TGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTA-T
316 TCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * ** * ** *
4006 CAAACAAG-TCTAAATAATTATAACTATTTTAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTT
1 -AAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
4070 GTTCTGTCATAAAATGATTTTTTTTATATTTATACAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AA-
64 GTTTTG-CATAAAA-CA-ATTGTTT-CATTCAT--AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
4133 --ATT--TA---C---AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATT
123 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTT
** * * * * *
4188 CAAATCTTTATGACTATTTAAATAATTTTTTA-TTCTAAATTATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCA
188 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCA
* * * *
4251 TAAAACAATTGTTTTTGATT-ATATAGGCTTATATAG-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
252 TAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
4314 TTCAATAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACT
315 TTCAA-AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * *
4360 GAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
4425 TTTGCAATAAAACGATTGTTTCAGTTTATATAAGTTTA-TTAAAAAAAAATAATACTAATTTATT
66 TTTGC-ATAAAACAATTGTTTCA-TTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
4489 AATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACATGTTCAAAT
128 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* *
4554 AGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAAC
193 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
4618 AATTGGTTTTGTTCATGCCAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAA
258 AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* * *
4682 ATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCT
322 A-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* ** * * * * *
4720 AAACACGTTTGAATAGTTATAACTATTCGAAGAATTATCTATTCCAAGTCATTATGACCTTTTTG
1 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG
** * * *
4785 TTTTGCCATAAATTAATTATTTCTATTCATAAAAGCCTATTTAGAATAAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTG-CATAAAACAATTGTTTC-ATTCAT-AAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * *
4850 TTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTTAA
126 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * * ** * *
4915 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAA
191 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * *
4980 ACAATTG-TTCTATTCATACAATTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATAGTAATA-TTCTAA
256 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
** * *
5043 AAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGACT
320 AAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * * * * *
5084 GAACAAGTTCAAATAGTCACG-TTCATTTGAACT-ATCATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
1 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-A-TTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* **
5147 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAAATTA-TTAAGAATAAAATAATACTAATTT
64 GTTTTG-CATAAAACAATTGTTTC-ATTCATA-AAGCTTATTTAA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
5211 TTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCA
125 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCA
*
5272 AATTGTTA
190 AATAGTTA
5280 AGATTTTTGC
Statistics
Matches: 1850, Mismatches: 379, Indels: 226
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 45 0.02
349 22 0.01
350 105 0.06
351 26 0.01
352 42 0.02
353 147 0.08
354 108 0.06
355 160 0.09
356 177 0.10
357 18 0.01
358 45 0.02
359 14 0.01
360 113 0.06
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362 122 0.07
363 205 0.11
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365 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGCATAAAACAATTGTTTCATTCATAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAA
TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
Found at i:6294 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 5967--8598 Score: 1881
Period size: 180 Copynumber: 14.7 Consensus size: 178
5957 TTATTCTATT
* * * * *
5967 ATAAAATAATT-TTTTAGTTCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * * *
6031 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAAGCAGTTTAAACAATTAA
65 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTCAAATAATTAT
* * *
6096 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTC
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
6147 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTGTTCAAAATTAAATAATACTAA-TTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** *
6211 CTAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTAT
65 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTCAAATAATTAT
* * * ** * *
6276 -AGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTACGTTTTG-TTTGTC
128 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
6328 ATGTAACAATTATT-TTTTA-TCAAACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
1 A--TAA-AATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
6390 CTTAAAAATTTAATAAGTGTA-AGATTTAACAAATAAATCTATTTA-TCAAATCAGTTTAAATAA
63 TTTAAAAA-TTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CAATTCAAATAA
* * * * * * * * * * *
6453 TTATAACTATTAGAATAATTGTATACTTCAAATCATTCTAACCTTCTATTCTGTC
124 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * * *
6508 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAAAAATACTAATATAATAATA-T
1 ATAAAATAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
6571 TAGTATTATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAATTCCAATAGTTA
65 TA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AATTCAAATAATTA
* * * *
6636 AGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC------A-CTTTTATTTTGTC
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
6681 ATAAAA-AAAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTC-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATA
1 ATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * *
6742 TTTTAGAAATTAATATGTAA-AGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACTAGTTCAAATAAT
63 -TTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AATTCAAATAAT
* *
6806 TATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
125 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * *
6860 ATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAA-AAAA-AATACTAATCTACTAATATT
1 ATAAAATAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
6923 CAAAAATTAATAAG--AG-G-TTTAAAGAAATAAATATATTTA-TCGAACCACTTCAAATAGTTA
65 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTACT-GAA-CAATTCAAATAATTA
* * * * * ** *
6983 TGACAATTTGAGCAGTTATTTCTTTCAAATTGTTATGA-C-TTT-TTTTGTT
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
7032 ATAAAATAATAGTTTTTATTCATACAAGCTCGTTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * **
7097 TCAATAATTAATAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACTAAATCAAACAATCG
65 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAAC-AATTCAAATAATTA
* * * *
7161 TGATTATTTGAATACA-TATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATC
127 TGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
7213 ATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTC-AAAGTAAAATAATATTAAGTTATTAGTAT
1 ATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
7277 TCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTA
64 T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA-TTCAAATAATTA
* * * * * * *
7341 TAACTATTTCAATAATTTATCTATTTGAAA-CTACTATAACCATTTGTTTTGTC
127 TGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
7394 GTAAAATGATTTTTTCTATTCATAGAAACTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
1 ATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * **
7457 TTAAGACAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATCTTT
64 TTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA-TTCAAATAATT
* ** *
7522 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTCTGTC
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTC
* ** * * *
7575 ATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATGATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
7640 TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
65 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA-TTCAAATAATTAT
* * * * * * *
7704 GACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCAGTGTAACCTTTTGTTTTATA
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
7755 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * * *
7820 CCAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTATTTA-TCGAATAGGTTCAAATAGTTA
65 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACA-ATTCAAATAATTA
* * *
7884 TGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTT-TCC
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-C
* * * *
7936 ATAAAATAATTGGTTATC-TTCATGCAAGCTTTTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAGTA
1 ATAAAATAATT-GTT-TCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
*** * * *
7998 TTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTTTTAAA-AAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAAT
63 TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-ATTCAAATAAT
*
8060 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
125 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * *
8114 AT-AAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATTATACTAATTTATTAAAAT
1 ATAAAAT-AATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * * * *
8178 TCCAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGAGAGTTTAAATAGTTAT
64 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA-ACAATTCAAATAATTAT
* * * *
8243 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTC
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** *
8294 ATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
8359 CTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATCTG-TTAATCGAATAAGTTCAAATAGTCA
65 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAA-TTCAAATAATTA
* * * * * ** *
8422 T-ATCCATTTGAACCATCATTTGTTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
127 TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
8474 ATAAAAAAATTG-TTGATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTT
1 ATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
8538 CAAAATT--TAA-TAAGAGATTCAAAAACT-AATATGTTTATTGAACCAATTCAAATTATTATGA
66 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTCAAATAATTATGA
8599 TCTTAGTTTT
Statistics
Matches: 1947, Mismatches: 396, Indels: 223
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
ATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTCAAATAATTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
Found at i:6459 original size:506 final size:502
Alignment explanation
Indices: 5430--6459 Score: 1125
Period size: 506 Copynumber: 2.0 Consensus size: 502
5420 AATTATCTAT
** * * *
5430 TTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTTAAATAATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAA-TTTTTTTAGTTCATACAAGCATATTC
* * *
5495 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAGAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAGAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
5560 ATCTATTTATGGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATTTATTTAAAATAAATA
130 ATATATTTATGAAGTAAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAAATA
* *
5625 TACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTTAAAATAAAATAATA
195 TACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
5690 CTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAGTTAATTTATCAAAT
260 CTACATTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAAT
* *
5755 CAATTCAAATAACTATTGCCTTTCAAATAATTATCTATTACAAATCATTACAAACTTTTGTTTGT
325 CAATTCAAATAACTATAGCCTTTCAAATAATTATCTATTAAAAATCATTACAAACTTTTGTTTGT
* *
5820 CATAAAACAATTAGTTTTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
390 CATAAAACAATTAGTTTTCATCAAACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * *
5885 TCAAAAAGTAATTTGTAGGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTATA
455 TCAAAAAGTAATAAGTAGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACAATA
* * *
5933 TTATAAACAGATTGTTATAACCTTTTATTCTA-TTATAAAATAA-TTTTTTAGTTCATATAAGCA
1 TT-TAAATA-A---TTATAACCTTTTATT-TAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCA
* *
5996 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATA-ACTAAGAGA-TTTAA
60 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACA-TTCAGAAAATTAATACAC-AAGAAATTTTAA
* * * *
6058 AAAATAAATATGTTTGTTGAAG-CAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCA
123 AAAATAAATATATTT-ATGAAGTAAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAA
* * * * * * *
6122 AATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTGTTCAAAAT
187 AATAAATAT-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT
* * ** **
6187 TAAATAATACTA-ATTATTAATA-TTCTAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCCG
251 AAAATAATACTACATTATTAATAGTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAA
* **
6250 TTTA-CTAAATCAATTCAAATAATTATAGCCATTTC-AATAATTATCTATTTCAAAAATTGTTA-
315 TTTATC-AAATCAATTCAAATAACTATAGCC-TTTCAAATAATTATCTA-TT-AAAAATCATTAC
** ** * * **
6312 TTACGTTTTGTTTGTCATGTAACAATTATTTTTTATCAAACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAAT
376 AAAC-TTTTGTTTGTCATAAAACAATTAGTTTTCATCAAACAAGCCTATTCAG-AATAAAATAAT
* * * *
6376 ACTAATTTATTAATCTT-AAAAATTTAATAAGT-GTAAGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAA
439 ACTAATTTATTAATATTCAAAAA-GTAATAAGTAGGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C-A
6439 ATCA
500 AT-A
6443 GTTTAAATAATTATAAC
1 -TTTAAATAATTATAAC
6460 TATTAGAATA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 70, Indels: 43
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
503 2 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (502 bp):
TTTAAATAATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCATATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAGAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAAA
TATATTTATGAAGTAAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAAATAT
ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
TACATTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATC
AATTCAAATAACTATAGCCTTTCAAATAATTATCTATTAAAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTC
ATAAAACAATTAGTTTTCATCAAACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CAAAAAGTAATAAGTAGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACAATA
Found at i:7366 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7333--7366 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
7323 AACAAGTTTA
7333 AATAATTATAACTATTTC
1 AATAATTATAACTATTTC
*
7351 AATAATT-TATCTATTT
1 AATAATTATAACTATTT
7367 GAAACTACTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.53
18 7 0.47
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATAACTATTTC
Found at i:7941 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 5967--8551 Score: 1981
Period size: 361 Copynumber: 7.2 Consensus size: 359
5957 TTATTCTATT
* * * * * *
5967 ATAAAATAATT-TTTTAGTTCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** * * *
6031 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAAGCAGTTTAAACAATTAA
65 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCAAATAGTTCAAATAATTAT
* * *
6096 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
129 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * *
6161 TC-AGTTCATACAAGCTTGTTCAAAATTAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCTAAAATTTAAT
194 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* ** * * * * *
6223 AAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAATCAA-TTCAAATAATTAT-AGCCATTTCA
257 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGA
* * *
6286 ATAATTATCTATTTCAAAAAT-TGTTATTACGTTTTG-TTTGTC
320 ACAATTATCTATTTC--AAATCAGTTA--ACCTTTTGTTTTGTC
** * ** * * *
6328 ATGTAACAATTATTTTTTATCAAACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-CT
1 ATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * *
6392 T-AAAAATTTAATAAGTGTAAGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTA
65 TCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAT-AGTTCAAATAATTA
* * * * * * * * * * *
6456 TAACTATTAGAATAATTGTATACTTCAAATCATTCTAACCTTCTATTCTGTCATAAAACAATTAT
128 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *** **
6521 TTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAAAAATACTAATATAATAATATTAGTATTATTAATA
193 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *** * * * *
6585 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAA-TTCCAATAGTTAAGATTATATGAAC
258 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
*
6649 AATTATCTATTTCAAATC-----A-CTTTTATTTTGTC
322 AATTATCTATTTCAAATCAGTTAACCTTTTGTTTTGTC
* * *
6681 ATAAAA-AAAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTC-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * * * *
6742 TTTTAGAAATTAATATGTAAAGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACTAGTTCAAATAATT
63 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAATAGTTCAAATAATT
* * * *
6807 ATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
127 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
6872 TTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAA-AAAA-AATACTAATCTACTAATA-TTCAAAAATTAAT
192 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
6934 AAG--AG-G-TTTAAAGAAATAAATATATTTATCGAACCACTTCAAATAGTTATGACAATTTGAG
257 AAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
6995 CAGTTATTTCTTTCAAAT-TGTTATGA-C-TTT-TTTTGTT
321 CAATTATCTATTTCAAATCAGTTA--ACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
7032 ATAAAATAATAGTTTTTATTCATACAAGCTCGTTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** * **
7097 TCAATAATTAATAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAAATCAAACAATCGT
65 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-TAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * *
7162 GATTATTTGAATACA-TATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTAT
129 GACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
7226 TTCAATTCATATAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATAATATTAAGTTATTAGTATTCCAAAAATTAAT
193 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * *
7290 AATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTCAAT
257 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
7354 AATTTATCTATTTGAAA-CTACTATAACCATTTGTTTTGTC
322 AA-TTATCTATTTCAAATC-AGT-TAACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
7394 GTAAAATGATTTTTTCTATTCATAGAAACTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
1 ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
7457 TT-AAGACAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATCT
64 TTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAA-TAGTTCAAATAA
* ** * * *
7520 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTCTGTCATAAAATAA
125 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
7584 TTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATGATATTAATTTATTAATATTTCAACAATT
189 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
7649 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
254 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
7713 AATAATTATGTATTTCAAATCAGTGTAACCTTTTGTTTTATA
319 AACAATTATCTATTTCAAATCAGT-TAACCTTTTGTTTTGTC
* ** * *
7755 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
7820 CCAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTATTTATCGAATAGGTTCAAATAGTTAT
65 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATA-GTTCAAATAATTAT
* * * * *
7885 GACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGG
129 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGT
* * * * *
7949 TTATCTTCATGCAAGCTTTTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAAT
193 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
*** * * *
8012 AAGTAA-A-ATTTTTTTAAA-AAATATGTTT-TCTGAACACGTTTAAATAATTATGACTATTTGA
257 AAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
*
8073 AGAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
320 ACAATTATCTATTTCAAATCAGTTA--ACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
8114 ATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATTATACTAATTTATTAA-AAT
1 ATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
8178 TCCAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGAGAGTTTAAATAGTTAT
65 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAATAGTTCAAATAATTAT
* * *
8243 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
129 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* **
8308 TCTACTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
194 TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
** * * * * * * *
8372 AGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATCTGTTAATCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAAC
258 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAAC
* * * * * *
8435 CATCATTTGTTTCAAAT-TGTTATGACATTTTGTTTTGTC
322 AATTATCTATTTCAAATCAGTTA--ACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
8474 ATAAAAAAATTG-TTGATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTT
1 ATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
8538 CAAAATTTAATAAG
66 CAAAAATTAATAAG
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1 AA
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* * * *
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* * ** * *
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*** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * **
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
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* * ** * * *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
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* * * **
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128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* ** ** * * * * *
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** * * * * ** *
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*** * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * ** ***
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* * *** *
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* ** ** ** * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * **
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* * ** *
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* * * ** * * *
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* * * * ** * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * ** *
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65 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACTCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATACAA
* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * **
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* * * * * *
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312 ATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTCCAAAA-ATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * ** *
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374 TATGTTT-ACAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-
* *** * * ** ***
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ***** * * * * *
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*
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685 TTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGC
* * * * * * **
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1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
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** * * * * *
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* * *** *** * * * *
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* * * *
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251 AATCTTTATGAC-T-TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *
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314 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * **
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378 TTTAC-AAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAA
* * * *** **
10532 CCTTTTGTTTTGTTA-AAAAAAAAAATTTTATGTTCATCCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
440 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* *
10595 -TAAATTTGTTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAA
503 CT-AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * ** **
10658 ATAAGTTCAAAT-CATTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTT
565 ACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * * *
10722 TTGTTATAGAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTGTAA
628 TTGTCATAAAACAATTGTTTA-ATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
10787 ATATTTTTACAATTAATAAGT
692 ATA-TTTCAAAATTAATAAGC
* * * * * * *
10808 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAA-TAATTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
*
10872 TATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTCTTT-TGCAATAAAACACTTG-TTTCAGTTCATACA
65 TATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTT-TTTGT-C-ATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATACA
* * * * * *
10934 AGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTATGAGAATTA
126 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAAT-A--A-GAG-ATTT
* * * * * * *
10999 AATAAAATATATG--GTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTT
185 AA-AAAATAAATGTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * ** **
11062 CAAAA-CATTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTC-TGTTCATGTAAGCTTATTT
249 -AAAATCTTTATGA-C--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAT-TTCATACAAGCTTA-TT
** *
11125 C-AAATAAAAT-ATTTTAAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAAT
308 CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
*** * *
11186 AAATATGTTTTTTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTG
371 AAATATG-TTTACAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** * * ** *
11250 TTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTTGTAAAACCTTTTTTTGACATAA
434 TT-TTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGC-TTATTCAAAATAA
* * * * * *
11313 AATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAATTTTATT
496 AATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTT
** * * * *
11378 TACTGAGCAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTTAAATCATTATGATCT
559 TACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCT
* * * * *
11442 TTTGTTTTTTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAAT
622 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
11507 TTATTATTATACTAAAAATTAATAAGT
686 TTATTAATAT-TTCAAAATTAATAAGC
** * * * * * * *
11534 TTGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
11598 TATCTATTTCAAATCATAATGACATATTGTTTTGTCGTAAAATAATTG-TTTCTGTTCATGCAAA
65 TATCTATTTCAAATCATTATGAC-TCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATACAAG
* * * * * * * * *
11662 ATTATTCAAAATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAATTAAAAAGAGATTTAAAAACA
128 CTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-A
* * * * *
11727 -AAATCTATTTACCAAAACAATTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCT
191 TAAATGTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCT
* * * * *** *
11791 TTATGATCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATA
256 TTATGA-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * *
11856 ATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCA
320 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACA
* * * *
11921 AACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTTTGTT
384 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTTTGTT
* * * *
11986 TAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
449 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
12051 ACATTCGAAAAAGTAATGAGCAATACATTTTAAAAAAATAAATCCGTTTGCCAAACAAGTTGAAA
514 ATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA
* * *
12116 TAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTGTTTAAAGTTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
576 TAGATTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** * *
12181 AATTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAG
640 AATTGTTTAA-TTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAT
12246 TAATAAGC
704 TAATAAGC
* * * * * * * *
12254 AAGAGATTTAAAAACTGAAGCTGTTTTTTGAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
12319 ATCAATCTCAAATCATTATGATCTCTCTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTCGATCATACAAGC
66 ATCTATTTCAAATCATTATGA-CTCT-TTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGTTCATACAAGC
*
12384 TTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTACTGATATTCT-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
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* * * * * * *
12448 AATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACCATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATT
193 AATGTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC-TT
* * * * * * * * *
12513 T-TGACCTT-TTTAGTTATAGAATAATCATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAT
257 TATGACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * *
12576 ACTAATCTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTGAGAAAATAAATATGTTTACCAA
322 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-CAA
* * * * * * **
12641 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTT
385 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTTTGTTT
* * * * *
12706 TATGATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
450 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
12771 TATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAA-TTCAAAT
515 TA-TTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAAT
* * * * ** * *
12834 A-ATCATGGCCATTTAAATAGCTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
577 AGAT-TTGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
12898 AATTATTTTCAA-T-GTACAAGCTTT-TTTTATATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAG
640 AATT-GTTT-AATTCATACAA-ATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-
12960 AATTAATAAG-
701 AATTAATAAGC
* * * *
12970 -A-A-ATTTAAAAAACAAATCAATTTGTTAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * *
13032 ATCTATTTCGAATTTTTATAAC-CTTTGTTCTATCATAAAACAAATT-TTTT-GCTGATACAAGC
66 ATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTT-TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTCGTTCATACAAGC
* * * *
13094 TTATTCGAAATAAAATAATAATAGTTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTATAAGATTTAAAA
129 TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAA
** * * * * * * *
13159 AATAAAT-TCATTTGTC-GATCCAGTTCAAACAGTGAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAA
189 AATAAATGT-ATTTACCAAAT-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * ** *
13222 AT-TGTTATAAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTACTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAAAT
252 ATCT-TTAT-GAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * ** * * * * *
13286 AGAATAAAATTAAATTATTAATATTTCAAAAATTTTTAAGTAAGGGATTTAGAAAATAATTCTAT
314 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * *
13351 TTACAAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ATT
379 TTAC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTAACT
* * * * * *
13415 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-ACTATAAGTTTGTTCGAAATAAAACAATACTA
442 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** *
13479 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCATTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTACCAAACAAT
506 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
13544 TTCAAATAGTTTTTACTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTATTTTGTCA
570 TTCAAATAGATTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
13609 TCAAACAATTGGTTCT-ATT--TACACTATTTCATTTGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATA
634 TAAAACAATT-GTT-TAATTCATACA-AATTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
13671 TTTCAAAACTTAATAA-C
695 TTTCAAAA-TTAATAAGC
* * * *** * * ***
13688 ATAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAGTGAT
1 A-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** **
13753 TATCTATTTTAAATCGTTATGACCTCTTTTTTTGTCGTAAAACAATAATTTT-GTTTGTACAAGC
65 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CTCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGTTCATACAAGC
* *
13817 TTATTCGAATTAAAATAATACTAATTT-CATAATATT-TCAACTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAA
129 TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAC-TAATATTCT-AA-AAATTAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * * * *
13879 AATAAATTTCTTTACTAAATCATTTCAAATAGTTAAGAATAATAGAATAATGATATACTTCAAAT
189 AATAAATGTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
* * * * *
13944 -TGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
254 CT-TTATGAC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * ** * *
14008 ATTAACACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
316 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * * * *
14073 GCTGAGCAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATA
381 AC-AAACTAGTTCAAATAG------TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTA
* ** * * * * * * * **
14138 ACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATA
439 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATA
* ** * *
14202 TTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAATTATGTTTACCAAAT
503 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-
* * * * *
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* ** * ** * * *
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* *
14389 TATTTCAAAAATTAATAGGT
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* * * * * *** * * *
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Statistics
Matches: 3908, Mismatches: 914, Indels: 500
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GTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATG
ACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAACTAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATTTGAC
TATTTGAATAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAAT
TCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGC
Found at i:13186 original size:536 final size:538
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10036 GTTTGTTTGG
* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** * * *
10107 TA-TTTATCAAACTAGTTTAAATAGCTATGACTATTTGAGTAATTATTTAT-TTAAATCGTTATG
66 -AGTTTATCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG
* * * **
10170 A-CTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAT-TAAAATAA
129 ACCTTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTTC-AATCATACAAGCTT-TTTTTATATAAAATAA
* * * * * ****
10232 TACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
190 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG----AAATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAA
* ** * * * * * * * *
10297 ACTAAACCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTGTTGTTT
251 ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCT-TTGTTT
* * *** * * *
10362 TGTCATAAAA-GAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
315 AGTCATAAAACAAATTATTTCTGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTA
* * * * * * *
10426 ATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTT-AAAAAATGAA-TCTGTTTACTAAACATA-TTTA
380 ACATTCTAAAAATTAATAACTATA-AGATTTAAAAAAATAAATTC-GTTTACCAAACA-AGTTCA
* * * * * ** * *
10487 AATAATTATGA-TCGTTTAAATAATTATCTATTTGAAAT-AGCATAACCTTTTGTTTTGTTA-AA
442 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *** **
10549 AAAAAAAATTTTATGTTCATCCAAGCTTATTTC-A
506 AACAATTGTTTTA-GTTCATAAAAGCTTA-TTCAA
* *
10583 AATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-AAAGAAATTTAAAAAATA
* * * * ** * * * **
10644 AATCTGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAACTTG
62 AATCAGTTTATC-GAACAA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCA
** * * * ** *
10707 TTATGATTTTTTGTTTTGTTATAGAACAATTATTTAT-GTTCATACAAG-TTTATTTGGAT-TAA
124 TTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCAATCATACAAGCTTT-TTT-TATATAA
* * * *** * *
10769 AATAATATTAATTTGTAAATATTTTTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT
185 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATGTATTT
**** * * * * * * *
10834 ATTGAA-TAATTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
246 GCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACC-T
* * * * * * * * * *
10898 TTCTTTTG-CAATAAAAC-ACTTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAA
309 TTGTTTAGTC-ATAAAACAAATTATTTCTGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAA
* * * * * * * * * *
10961 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTATGAGAATTAAATAAAATATA-T-GGTTACCGAATAA
373 TTTATTAACATTCTAAAAATTAATAACTATAAGATTTAAA-AAAATAAATTCGTTTACCAAACAA
* * * *
11024 GTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATAACCTTTTTGTTTTG
437 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTG
* **
11088 TCATAAAACAATTGGTTCT-GTTCATGTAAGCTTATTTC-A
500 TCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAA
** * * * *
11127 AATAAAAT-ATTTTAAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAAGTAA-AATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * **
11190 -ATGTTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTA
65 CA-GTTTATCGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAATTATCTATCTCAAATCATTA
* * ** * * *
11253 TGACCTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTG-TTTCTATTTGTAAAACCTTTTTTTGACATAAAATA
127 TGACC-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-AATCATACAAGCTTTTTTT-ATATAAAATA
* * * * * *
11317 ATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAATTTTATTT-AC
189 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--A-AGAA-ATTT-AAAAAATAAATGTATTTGCC
** * * * * * *
11381 TGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTT-AAATCATTATGATCTTTT
249 AAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATT-TTAACCTTT
** * ** ** *
11445 GTTTTTTCATAAAA-AAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAA-AACTAATT
311 GTTTAGTCATAAAACAAATTATTTCTGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAA-TAATT
** * * * * * *
11508 TATTATTATACTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTT
375 TATTAACATTCTAAAAATTAATAACTATAAGATTTAAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACAAGTT
* * * * * * * * *
11572 CAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATAATGACATATTGTTTTGTCGTA
440 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
*
11637 AAATAATTGTTTCT-GTTCATGCAAAA--TTATTCAA
505 AAACAATTGTTT-TAGTTCAT--AAAAGCTTATTCAA
* * * ** * *
11671 AATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAA-T--TAA-AAAGAGATTTAAAAACA-AAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAA-ATAAAT
* * * * * *
11731 CTA-TTTACCAAAACAATTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCTTTAT
65 C-AGTTTATC-GAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
* * * * ** **
11795 GATCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATTTGGAT-TAAAATAATA
128 GACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCTT-TTTTTATATAAAATAATA
* * *
11859 CTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAC
192 CTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAAC
* * * * * * *
11924 TAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTTTGTTTAG
253 CAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAAC-CTTTGTTTAG
* * * *
11989 TCATAAAAC-AATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
317 TCATAAAACAAATTATTTCTGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAC
* * * * * * * *
12053 ATTCGAAAAAGTAATGAGCAATACA-TTTTAAAAAAATAAATCCGTTTGCCAAACAAGTTGAAAT
382 ATTCTAAAAATTAAT-AACTATA-AGATTTAAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * *
12117 AGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTGTTTAAAGTTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
445 AG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
12181 AATTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCCGA
509 AATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * * * * *
12211 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAAGC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
12275 TGTTTTTTGAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA
66 AGTTTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA
* * * * * *
12340 TCTCTCTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTCGATCATACAAGC-TTATTCAAATAAAAATAATA
130 -C-CTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCTTTTTTTATAT-AAAATAATA
* * * * * * *
12404 CTAATTTACTGATATT-CTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCAGT
192 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAAT
* * * * *
12468 TCAAATAGTTATGACCATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACC-TT-TTTAGTTATA
257 TCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTGTTTAGTCATA
* * * *** * * *
12531 GAA-TAATCATTTCAATTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTC
322 AAACAAATTATTTCTGCTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAACATTC
* * * * *
12594 AAAAAATTAATAGGC-ATGAGATTTGAGAAAATAAATAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
386 TAAAAATTAATA-ACTATAAGATTTAAAAAAATAAAT-TCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
12657 ATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATGATAAAACAATTG
449 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
12722 TTTTAGTTCATAAAATCTTATCCAA
514 TTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAA
*
12747 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** * * *
12812 AGTTTATCGAATCAATTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAGCTATCTATTTTAAATCATTATTA
66 AGTTTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA
* * * *
12877 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTCAAT-GTACAAGCTTTTTTTATATAAAACAATACT
130 CCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCTTTTTTTATATAAAATAATACT
* * * ** ** *
12941 AATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAAATTTAAAAAACAAATCAATTTGTTAAACCAATTT
194 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAATTC
* * *
13006 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCGAAT-TTTTATAACCTTTGTTCTA-TCATA
259 AAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT-TAACCTTTGTT-TAGTCATA
* * * *
13069 AAACAAATT-TTT-TGCTGATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAGTTTAGTAATATTCT
322 AAACAAATTATTTCTGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCT
* ** * * * * * *
13132 AAAAATTAATAACTATAAGATTT-AAAAAATAAATTCATTTGTCGATCCAGTTCAAACAGTGAAG
387 AAAAATTAATAACTATAAGATTTAAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * * **
13196 ACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTACTT
452 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
13261 CAGCTCATACAAGCTTATTCGA
517 TAGTTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * * ** * ** * *
13283 AATAGAATAAAATTAAATTATTAATATTTCAAAAATTTTTAAGTAAGGGATTTAGAAAATAATTC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * ** * **
13348 TA-TTTA-CAAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
66 -AGTTTATC-GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
* ** ** * * ** * *
13411 TATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTACTATAAG-TTTGTTCGAAATAAAACAA
128 GACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAATCA-TACAAGCTTT-TTTTATATAAAATAA
** * * * * *
13474 TACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCATTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTACCAA
190 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-A--A-TAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAA
* * * * * *
13539 A-CAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTATT
251 ACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACC-TTTGTT
* * ** ** * * * * * *
13603 TTGTCATCAAAC-AATTGGTTCTATTTACACTA-TTTCATTTGAAATAAAATAATGCA-AATTTA
314 TAGTCATAAAACAAATTATTTCTGCTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAAT-AATAATTTA
* * * * * *
13665 ATAATATT-TCAAAACTTAATAAC-ATAGAAAATT-AAAAAATAAA-TC-TAATTGCCAAACCAA
377 TTAACATTCT-AAAAATTAATAACTATA-AGATTTAAAAAAATAAATTCGT--TTACCAAA-CAA
* * *** * *
13725 -TTCAAATAGTTAAGACTATATGAGTGATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTCTTT-TTTTGT
437 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGT
* ** ** * *
13788 CGTAAAACAATAATTTT-GTTTGTACAAGCTTATTCGA
501 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * *
13825 ATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTC---AACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAAT
*** * * * * * * * * **
13886 TTCTTTA-CTAAATCATTTCAAATAGTTAAGAATA-ATAGAATAATGATATA-CTTCAAATTGTT
65 CAGTTTATC-GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATC-TCAAATCATT
* * * *
13948 TTGA-CTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTT-AATTTCATACAAGC-TTATTCAGAATAAA
126 ATGACCTTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTCAA--TCATACAAGCTTTTTTTA-TATAAA
* * * ** * *
14009 TTAACACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
186 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATGTATTTG
** * * * * * *
14074 -CTGAGCAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATA
247 CCAAACCAA-TTCAAATAG---TTATGACTATTA---GAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTA
* * * *** * * *
14138 ACATTT-TAATTTGTCATAAAA-TAATTATTTCAATTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAA
305 ACCTTTGT--TTAGTCATAAAACAAATTATTTCTGCTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAA
* * * *
14200 TATTAATTTATTAATATTTCCT--AAATTAAT-A--AGAA-ATTT-AAAAAAT-AATTATGTTTA
367 TAATAATTTATTAACA-TT-CTAAAAATTAATAACTATAAGATTTAAAAAAATAAATT-CGTTTA
* * * * * * *
14257 CCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTT
429 CCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
* * * **
14321 TATTTTGTCACAAAACAATT-TTTT-TTATCATGCAAGCTTATT-AA
493 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAAAAGCTTATTCAA
* * * * * * *
14365 AAAAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAATAAATTTAAACAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * **
14430 TGTTTACCGAACCAATTAAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATAAATCTCAA
66 AGTTTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAA
14485 TTTGTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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547 1 0.00
548 1 0.00
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATC
AGTTTATCGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAC
CTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCTTTTTTTATATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAATTCAA
ATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTGTTTAGTCATAAAAC
AAATTATTTCTGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCTAAAA
ATTAATAACTATAAGATTTAAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
TCATAAAAGCTTATTCAA
Found at i:15281 original size:177 final size:179
Alignment explanation
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15076 TATTATTATT
* * * *
15086 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTCTAACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCACAAAACAATTATTT--A
** * * **
15151 TTA-ATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATT-A-A-TA
64 TTACATACAAGCTT-AATCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGTA
*
15211 AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTACGGCC
128 ACAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTACGGCC
* * * * * * * *
15263 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCACAAAACAATTATTTATT
*
15328 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAA
66 A-CATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAA
* *
15393 CAAATTTAAACAATAAATCTGTTTACC
129 CAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
15420 GAACCAATTC
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 22, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCACAAAACAATTATTTATT
ACATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAACA
AATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTACGGCC
Found at i:15880 original size:488 final size:488
Alignment explanation
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14042 TAAGAAAGAG
*
14052 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTATTTGAGCAA
1 ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAG---TTATTATTATTATTTGAACAA
*
14116 TTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTAATACAAG
63 TTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTAATACAAG
14181 CTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAAT
128 CTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAAT
14246 -AATTATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
193 AAATT-TGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* *
14310 TTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATT-TTTTTTATCATGCAAGCTTATT-AAAAAAAAAT
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* *
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*
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1 ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAG---TTATTATTATTATTTGAACAA
*
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128 CTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAAT
14735 -AATTATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
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257 TTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
14864 AATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAAATTTAAACAATAAATCTATTTATC
322 AATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAAATTTAAACAATAAATCTGTTTACC
* * *
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387 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATAAATCTCAATTTGTTAAAATCTTTGTT
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452 TTGTCATAAAATCATTATTCGGTTAAAAATAATACTA
15031 ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTATTTGAACAA
1 ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAG---TTATTATTATTATTTGAACAA
*
15096 TTATCTATTTAAAATCGTTCTAACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTAATACAAG
63 TTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTAATACAAG
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* *
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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*
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* * * * *
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*
16766 GACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
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*
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390 CCAATTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATAAATCTCAATTTGTTAAAATCTTTGTTTTG
*
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* *
16995 ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGTAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTTGAACAATTA
1 ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTTGAACAATTA
*
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66 TCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTAATACAAGCTT
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*
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196 TTTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
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**
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* * *
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390 CCAATTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATAAATCTCAATTTGTTAAAATCTTTGTTTTG
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*
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*
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* *
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* *
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*
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*
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* * *
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*
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*
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*
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*
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* * *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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* * *
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*
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*
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* * * *
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* *
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*
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* *
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* *
16995 ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGTAAGTTCAAATAG-TTATTATTATTATTTGAACAATT
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*
17059 ATCTATTTAAAATTGTTATAACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTAATACAAGCT
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* *
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196 ATATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTA
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261 TGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAA
**
17319 TACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAAATTTAAACAATAAATCTGTTTACTAA
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* * *
17384 ACTAATTCTAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATAAATCTCAATTTGATAAAATCTTTGTTTT
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17449 GTCATAAAA-CAATTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAA
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Statistics
Matches: 2368, Mismatches: 68, Indels: 52
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
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973 31 0.01
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981 21 0.01
982 216 0.09
983 2 0.00
984 79 0.03
985 569 0.24
986 144 0.06
988 1 0.00
989 143 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (973 bp):
ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGTTTATTATTATTATTTGAACAATT
ATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTAATACAAGCT
TAAATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAA
ATATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTA
TGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
ACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAAATTTAAACAATAAATCTGTTTACCGAA
CCAATTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATAAATCTCAATTTGTTAAAATCTTTGTTTTG
TCATAAAATCATTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAA
GTTCAAATAGTTATTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACATTTTAATTT
GTCATAAAATAATTATTTCAATTAATGCTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
CCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTA
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAC
AAATTTAAACAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATA
AATCTCAATTTTTTAAAATCTTTATTTTGTCATAAAATCATTATTCGGTTAAAAATAATACTA
Found at i:18474 original size:201 final size:200
Alignment explanation
Indices: 18048--18591 Score: 554
Period size: 201 Copynumber: 2.7 Consensus size: 200
18038 TATCGCTATC
* * *
18048 AATGATTGTAAGATAATGTCTATTATGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGCGTTAATTTTTG
1 AATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGC-TT--TTTTTG
* ***
18113 TGACATTAGTTTTCATCAACTATTTATAAACAAAAACGTCATTAAAGGCTATAATTGTCACAAAA
63 TGACATTAGTTTTCATCAACTATTTATAAACAAAAACATCATTAAAGGCTATAACCATCACAAAA
* * * * ** * * * *
18178 TAAATGATAAAATTTGATATGTTTGGGATGAAAGGTAAATCATTACAATATTTGTGACATAATTA
128 TAAATGATAAAATCTAATATATTAGGGACAAAAGATAAATCATCACAATATTGGTGACACAATTA
*
18243 TCATCACC
193 TCATCACA
* * * * * *
18251 AATGATTATAAGATATTGTCAAATGTGACAATAAAATTACACATCACCTTATGCTTTTTTTATGA
1 AATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTTGTGA
* ** * ** * * * *
18316 CGTTAGTTTTTGTTAGTTATTTATGAAGAAAAACATCATTGAAGGCTATAACCATCACAACATAA
66 CATTAGTTTTCATCAACTATTTATAAACAAAAACATCATTAAAGGCTATAACCATCACAAAAT-A
* * *
18381 AATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAGATAAATCGTCACAATATTGGTGACACAATTATT
130 AATGATAAAATCTAATATATTAGGGACAAAAGATAAATCATCACAATATTGGTGACACAATTATC
*
18446 GTCACA
195 ATCACA
* * * *
18452 AATTATTGTAAGATAATGTCAAATGTCATAATAAAATCAAATGTCACCTTATGCTTTTTTTGTGA
1 AATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTTGTGA
* * * * * * * *
18517 CATTAG-ATTCATTAGCTATATATATAAA-AAAAA-AGTCATTAAATGATTTAATCATCACTAAA
66 CATTAGTTTTCATCAACTAT-T-TATAAACAAAAACA-TCATTAAAGGCTATAACCATCACAAAA
18579 TAAATGATAAAAT
128 TAAATGATAAAAT
18592 TATATTAGTA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 61, Indels: 11
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
200 79 0.29
201 144 0.52
202 7 0.03
203 46 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (200 bp):
AATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTTGTGA
CATTAGTTTTCATCAACTATTTATAAACAAAAACATCATTAAAGGCTATAACCATCACAAAATAA
ATGATAAAATCTAATATATTAGGGACAAAAGATAAATCATCACAATATTGGTGACACAATTATCA
TCACA
Found at i:18893 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18873--18902 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
18863 AATCCAAATC
18873 TTGTGTTGAAGGTGA
1 TTGTGTTGAAGGTGA
*
18888 TTGTGTTGATGGTGA
1 TTGTGTTGAAGGTGA
18903 ATTTGGGTCA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.40, T:0.43
Consensus pattern (15 bp):
TTGTGTTGAAGGTGA
Found at i:19991 original size:356 final size:348
Alignment explanation
Indices: 19219--20852 Score: 1185
Period size: 356 Copynumber: 4.6 Consensus size: 348
19209 TTTGAGATGG
* ** ** *
19219 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCG-TTTCCATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTT-GGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATCT
* * * ** * * **
19281 C-T-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAA-AA-TTTTTCACA
64 CTTACTTATTAATTTTTGGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATG
* * ** * * * * *
19341 AACA-AAACCTATTGTTTAATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCA
127 AATAGAAA-CAATTGTTT-ATGGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGATCA
* * * * * * * *
19405 AATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTC-CTACCTATT
190 AATAGTCATAATTATTTGAA-TTG-TC---CAACA-AATTA-TTTTTAAAATC-CGTTACTTATT
* * * * *
19469 AATTTTTAAAATAATAATAAATTAGCATT-TTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAA
247 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
19533 TTGTTTTATGACAAA-ACAAAAG-AT-C-A--TAAATAA
311 TTGTTTTATGACAAACA-AAAAGTATACAATTTAAATAA
* *
19566 ATAATTGTTCAACA-A-TCATAACTATTTGAACTTGC-TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATC
* * *
19628 T-TTACTTATCAATTTTTGGAAAGTTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATG
63 TCTTACTTATTAATTTTTGGAAA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* *
19692 GATAGAAACAAATTGTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGATCA
127 AATAGAAAC-AATTGTTTATGGTAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGATCA
* **
19756 AATAGTCCATAATTTTTTGAA-TGTGCTCAGA-AAACTT-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAT
190 AATAGT-CATAATTATTTGAATTGT-C-CA-ACAAA-TTATTTTTAAAATCCGTTACTTATTAAT
* * * *
19817 TTTTGGAAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATT
250 TTTT-GAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* *
19882 GTTTTATGACAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAG
313 GTTTTATGACAAACAAAAAG-TATA-CAATTT-AAATAA
* * *
19921 ATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTTGGTAAATAAATTCATTTTTAAATCTCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTTGGTAAATAAATTTATTTTTAAATCTCT
* * * *
19986 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAAT
66 TACTTATTAATTTTTGGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
20051 AGAAACAATTGTTT-TGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAA
130 AGAAACAATTGTTTATG-G-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAA
* * * *
20114 CAGTCATAACTATTTGCACTTGTCCAACAAATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTT-
192 TAGTCATAATTATTTG-AATTGTCCAACAAATT-ATTTTTAAAATCCGTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
20178 AGAATGTTAATAAAGTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTCTTT
255 A-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
**
20242 TATGACAAAACAAATGGTCATCACAATTTAAAAGTAA
317 TATGAC-AAACAAAAAGT-AT-ACAATTT-AAA-TAA
* * * * * *
20279 ATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTTGGTAAATAAATTTAT-TTTTAAATCTC
* * * ** * * * *
20344 TTATTTTTTTA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAA
65 TTACTTATTAATTTTTGGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
20408 CAAAAACAGTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
129 TAGAAACAATTG-TTTATGGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGATCAAAT
** * *
20473 AGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCCCG-TACTTACTAATT
193 AGTCATAATTATTTGAATT-G--T--CCAACAAA-TTATTTTTAAAAT-CCGTTACTTATTAATT
* * * * * * *
20537 TTTGAAATATTAACAAATTTTGCTTTATTTTATTCTGAATAAG-TTACTACGAACTA-AAAAAAT
251 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTTATT-TAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAAT
* ** * *
20600 TATTTTACAACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAA
312 TGTTTTATGAC-AAACAAAAAGT-AT-ACAATTT-AAATAA
* * * * * * * * * *
20641 AGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTAAACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAACCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTC
* ** * * * *
20706 TTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
65 TTACTTATTAATTTTTGGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *** * * * * *
20771 CAAAAATAATTGTTCTATAACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
129 TAGAAACAATTGTT-TATGGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGATCAAAT
*
20836 AGTCATAACTATTTGAA
193 AGTCATAATTATTTGAA
20853 CTAGTTTAGT
Statistics
Matches: 1043, Mismatches: 172, Indels: 128
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
345 14 0.01
346 59 0.06
347 65 0.06
348 9 0.01
349 17 0.02
350 29 0.03
351 48 0.05
352 27 0.03
354 7 0.01
355 57 0.05
356 199 0.19
357 43 0.04
358 154 0.15
359 22 0.02
360 3 0.00
362 104 0.10
363 184 0.18
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (348 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTTGGTAAATAAATTTATTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTGGAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTTATGGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGT
CATAATTATTTGAATTGTCCAACAAATTATTTTTAAAATCCGTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGCATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
CAAAAAGTATACAATTTAAATAA
Found at i:20761 original size:363 final size:357
Alignment explanation
Indices: 19219--21117 Score: 1357
Period size: 363 Copynumber: 5.3 Consensus size: 357
19209 TTTGAGATGG
* * ** ** * *
19219 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CCGTTTCCATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * * **
19281 C-T-CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATCAATATTATTTTATTT-TGA-AAATTTTTCACA
65 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT-ATG
* * * * * * * *
19341 AACAAAACCTATTGTTTAATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
129 AACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
19406 ATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA
194 ATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-T-GGTAAACA-AATTA-TTTTTTAAATC-CGTACTTATTAA
* * * * * ** * * * *
19471 TTTTTAAAATAATAATAAATTAGCATT-TTTTATTCCAAATAAACTT-GTTTGAATAGAAACAAT
253 TTTTTGAAATATTAACAAATTTGCTTTATTTTATTCTGAAT-AAGTTACTATGAATAGAAAAAAT
*
19534 TGTTTTATGACAAAACAAAA-G--AT--C-A--T-AAATAA
317 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAA
* * * *
19566 ATAATTGTTCAACA-A-TCATAACTATTTGAACTT-GCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAA-ATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * **
19628 T-TTACTTATCAATTTTTGGAA-AGTTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTAT
64 TCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
* * * ** *
19691 GGATAGAAACAAATTG-TTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGAT
128 GAACAAAAAC-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * ***
19754 CAAATAGTCCATAATTTTTTGAA-TGTGCTCAGAA-AACTT-TTTTTAAAATTTTTACTTATTAA
191 CAAATAGT-CATAACTATTTGAATTGTGGT-A-AACAAATTATTTTTTAAATCCGTACTTATTAA
* *
19816 TTTTTGGAAATATTAACAAATTTG-TATTATTTTATT-TAAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAAA
253 TTTTT-GAAATATTAACAAATTTGCT-TTATTTTATTCT-GAATAAG-TTACTATGAATAGAAAA
* * * * * * *
19878 AATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAG
314 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAA
* * ** *
19921 ATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTTGGTAAATAAATTCA-TTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
19985 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAA
66 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * * *
20050 TAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAC
131 CAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* **
20115 AGTCATAACTATTTGCACTTGT--CCAACAAATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTT
196 AGTCATAACTATTTG-AATTGTGGTAAACAAATT-ATTTTTTAAATCCG-TACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
20178 -AGAATGTTAATAAAGTAGCATTACTTTATTCTGAATAAG--ACTGTATGAATAGAAACAATTCT
258 GA-AATATTAACAAATTTGCTTTATTTTATTCTGAATAAGTTAC--TATGAATAGAAAAAATTAT
* * *
20240 TTTATGACAAAACAAATGGTCATCACAATTTAAAAGTAA
320 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAA-TAA
* * * * *
20279 ATAATGGTTCAAATAGT-TATAACTAATTGAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
20343 CTTATTTTTTTA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGA
65 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
* * *
20407 ACAAAAACAGTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
130 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
20472 TAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCCCGTACTTACTAATT
195 TAGTCATAACTATTTGAATT-G--TGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAAT-CCGTACTTATTAATT
*
20537 TTTGAAATATTAACAAATTTTGCTTTATTTTATTCTGAATAAGTTACTACGAACTA-AAAAAATT
255 TTTGAAATATTAACAAA-TTTGCTTTATTTTATTCTGAATAAGTTACTATGAA-TAGAAAAAATT
** *
20601 ATTTTACAACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAA
318 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAA
* * * * * * * *
20641 AGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTAAACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAACCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
20706 TTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
66 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * * * * * *
20771 CAAAAATAATTGTTCTATAACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
131 CAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
20836 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTACATCTCCTACTTATTAATTT
196 AGTCATAACTATTTGAA-T--TGTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATC-CGTACTTATTAATTT
* ** * * *
20901 TTAAAATATTAGTAAATTAGCATTATATAAAATTTTATATC-GAATAGGCTT-GTATG-AT-GAA
256 TTGAAATATTAACAAATTTGC--T-T-T---ATTTTAT-TCTGAATAAG-TTACTATGAATAG-A
* * ** * *
20962 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAG
311 AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAA
* * * * ** *
21010 ATAATTATTC-AATAGCCATAA-T-TTTGAACT-AATTGATAAACT-AATTTATTTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAA-TAAATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * *
21070 TCTAACTTATCAAATTTT-GAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTT
64 TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
21118 TGGATACGCT
Statistics
Matches: 1232, Mismatches: 233, Indels: 156
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
345 14 0.01
346 68 0.06
347 54 0.04
348 7 0.01
349 18 0.01
350 28 0.02
351 52 0.04
352 22 0.02
353 2 0.00
354 6 0.00
355 46 0.04
356 199 0.16
357 42 0.03
358 159 0.13
359 19 0.02
360 1 0.00
362 107 0.09
363 232 0.19
364 5 0.00
365 31 0.03
366 41 0.03
367 2 0.00
368 12 0.01
369 61 0.05
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
CAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAATTGTGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCCGTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAACAAATTTGCTTTATTTTATTCTGAATAAGTTACTATGAATAGAAAAAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAA
Found at i:20875 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19202--21117 Score: 1419
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
19192 AATAAAGATC
* * * * *
19202 ATAAGGATTTGAGATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-CGTTTCCA-TAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT--AGTAAACA
* * *
19265 AATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATCAATATTATTTTATT
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * * *
19325 TTG-A-AAATTTTTCACAAACAAAACCTATTGTTTAATGACAAAAGAAAATGTT
129 TCGAATAAACTTGT-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * *
19377 ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * * * *
19442 TTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGCATT-TTTTATTC
66 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
19506 CAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G--
130 CGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * ** * *
19555 ---ATCA--T-AAATAAATAATTGTTCAACA-A-TCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAA
* * *
19612 ATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATCAATTTTTGGAA-AGTTAATAAACTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * *
19675 TCAAATATGCTTGTATGGATAGAAACAAATTG-TTTATGGCAAAACAAAAGGTC
129 TCGAATAAACTTGTATGAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * *
19728 ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCCATAATTTTTTGAA-T-G--T-GCTCAGA
1 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTAGTTTAG-T-AAA
* * * * * *
19787 -AAACTT-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAAATATTAACAAATTTGTATTATTTT
62 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * *
19849 ATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTT
126 ATTTCGAATAAACTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
*** * * * ** * *
19904 ATAGCAATTTGATATAGATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTTGGTAAATAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * *
19969 TTCA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTT-
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
20032 TAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTC
131 GA-ATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * *
20084 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTG--C-A-CTT-GTCCAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AAACAA
* * * * *
20144 ATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAAGTAGCATTACTTTA-T
65 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
20207 TCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTC
129 TC-GAATAA-ACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* ** * * * * * * *
20261 ATCACAATTTAAAAGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTAGTAAACAA
1 ATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAA
* * * * * * *
20326 ATTTATATTTTAAATCTCTTATTTTTTTA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** *
20390 CAAATAAACTTATATGAACAAAAACAGTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTA
130 CGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * *
20442 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * * * *
20507 GTTATTTTTTAAATCCCGTACTTACTAATTTTT-GAAATATTAACAAATTTTGCT-TTATTTTA-
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAG-TATTATTTTAT
* * * * ** *
20569 TTCTGAAT-AAGTTACTACGAACTAAAAA-AATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTA
128 TTC-GAATAAACTT-GTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * * * * * * *
20624 ATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTAAACTGGTTTGGCAAATACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * * *
20689 TTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
20754 GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTCTATAACATAACAAAAGGTT
131 GAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * *
20805 ATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * *
20870 TTTATTTTTTACATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAGCATTATATAAAATT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG---TAT-T---ATT
* ** ** *
20935 TTATATCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTT
124 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * *
20992 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGCCATAA-T-TTTGAACTAATTGA-TAAACTA
1 -ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAA
* * * * *
21053 ATTTATTTTTTTAAATCTCTAACTTATCAAATTTT-GAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTAT
65 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
21116 TT
128 TT
21118 TGGATACGCT
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 267, Indels: 164
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 28 0.02
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173 2 0.00
174 1 0.00
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178 44 0.03
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Consensus pattern (181 bp):
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
Found at i:21621 original size:179 final size:184
Alignment explanation
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21277 TGTTCTGACC
* * * * **
21287 TTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATTATATGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAATATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
* *
21352 ATTTATTAAACATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTGAAAAAATAAATTTATTTACCGAACA
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* * *
21417 AGTTCAAATGTTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAATAACT
131 AGTTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCGTT-ATAACT
* * * *
21472 TTTTGTTT-GCCATAAAATAATTGTTT-AGTTTATAATA-GCTTATCCAAAATAAAATAATGCTG
1 TTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAATATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * *
21534 CTTTATT-AATTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAA-TCAGTTTATCAAAT
66 ATTTATTAAACATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTGAAAAAATAAATTCA-TTTACCAAA-
** * * *
21595 CAA-TTCAAATGATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTATT
129 CAAGTTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCGTTATAACT
21650 TTTTGTTT
1 TTTTGTTT
21658 TGTCATATAA
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 26, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
178 14 0.09
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Consensus pattern (184 bp):
TTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAATATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAAACATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTGAAAAAATAAATTCATTTACCAAACA
AGTTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCGTTATAACT
Found at i:21716 original size:46 final size:46
Alignment explanation
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21610 TGGCCATTTG
* * * * * * *
21620 AACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAT
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*
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21712 AACAATTAT
1 AACAATTAT
21721 TATGTACGCA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
46 47 1.00
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AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTTGTTTTATCACAA
Found at i:22489 original size:365 final size:366
Alignment explanation
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Period size: 365 Copynumber: 2.1 Consensus size: 366
21736 TTATTCAGAT
* * * *
21746 TAAAATAA-TAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TCTGAAAAATAAAT
1 TAAAATAACTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTTTAAAAATAAAT
* * * * * ** * * * ** * * *
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* * * * *
21872 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATCCAGAATAAATTAATA
130 GACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATCCAGAATAAAATAATA
* *
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* ** *
22002 CAAAATTTAAAATGGTTATTACTATGTGAACAATCTGCAATTTAGAATCGTTATAATCTTTGATT
260 CAAAAGTTAAAATAATTATGACTATGTGAACAATCTGCAATTTAGAATCGTTATAATCTTTGATT
* * *
22067 TGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACCTACTTAGATGAA
325 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGGTAATACCAACTTAGATGAA
* **
22109 TAAAATAACTACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAATTTTTTAAAAATAAATA
1 TAAAATAACTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTTTAAAAATAAATA
22174 TGTTTACCGAATCAATTAAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCGATTTCAAATCATTATG
66 TGTTTACCGAATCAATTAAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCGATTTCAAATCATTATG
* * * *
22239 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTATTTT-TTATCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAA
131 ACATTTTGTTTAGTCATAAAA-CAATTATTTTAGT-TCATACAAGCTTATCCAG-AATAAAATAA
* *
22302 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTAAAAAAATAAATCTATTTA-C
193 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGATGATTAAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * *
22364 GAA-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT-T-AATCATCTTA-AATTGTTA-AGAT
257 GAACAA-AAGTTAAAATAATTATGACTATGTGAACAATCTGCA--AT-TTAGAATCGTTATA-AT
* ** ** * ** **
22424 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTCTTA-GAAGCTTATTTGGT
317 CTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGGTAATACCAA-CTTAGATGAA
22474 TAAAAATAA-TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
1 T-AAAATAACTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
22512 CAAGAGATTT
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 60, Indels: 28
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
363 11 0.03
364 37 0.11
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368 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (366 bp):
TAAAATAACTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTTTAAAAATAAATA
TGTTTACCGAATCAATTAAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCGATTTCAAATCATTATG
ACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATCCAGAATAAAATAATAC
TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATGATTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
AAAAGTTAAAATAATTATGACTATGTGAACAATCTGCAATTTAGAATCGTTATAATCTTTGATTT
GTCATAAAACAATTGTTTCAGGTAATACCAACTTAGATGAA
Found at i:22503 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21666--23719 Score: 1207
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 181
21656 TTTGTCATAT
* * ** * *
21666 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTCTTTGTTTTATCGCAAAACAATT-ATTATG-TAC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAT-C
** * * *
21728 GCACAAGCTTA-TTC-AGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
64 TTACAAGCTTATTTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * **
21791 AGATCTGAAAAATAAATTTGATTATCG-AATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAA
128 AGAT-TAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * *
21846 AACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCTT
* * * * * *
21911 ACATGCTTA--TCCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTACTAAGAAAGA
66 ACAAGCTTATTTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * * * * *
21973 TGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAAATTTAAAATGGTTATTACTATGTG
129 -GA-TTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * ** *
22030 AACAATCT-GCAATTT-AGAATCGTTATA-ATC-TTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
1 AACAAT-TATCTATTTCA-AATCGTTA-AGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAT
** * ** **
22091 AATACCTA-CTTAGAT-G-AATAAAATAACTACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTA
63 CTTA-CAAGCTTATTTCGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
22153 A-AAATTTTTTAAAAATAAATATGTTTACCG-AATCAATTAAAAATAATTATGGCCATTTG
126 AGAGA---TTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAACCAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
22212 AACGATTATCGATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTATTTTTTATCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTGATCT
*
22277 TACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
65 TACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
22341 ATTAAAAAAATAAATCTATTTACGAAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
130 ATT-AAAAAATAAATATGTTTACG-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
22395 AACAATTAATC-ATCTT-AAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTC
1 AACAATT-ATCTAT-TTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATC
* * ** * *
22457 TTAGAAGCTTATTTGGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-CAAGA
64 TTACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * ** *
22517 GATTTAAAAATAATTGTGTTTTGTCG-AACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGG
129 GATTAAAAAATAAATATG-TTT-ACGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
22571 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TTGATC
* * * * **
22635 TTACAAGCTTATCTAG-AATAAAATAATCCAAATTTATT-AGCTTT-AAAAATTAATAAGTAA-A
64 TTACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
22696 GAATTGAAAAAAAAAATATGTTTAGGCAAGCAAGTT-AAATAGTTATGAACTATTTG
129 G-ATT-AAAAAATAAATATGTTTACG-AAACCAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTG
* * * * ** *
22752 AACAATTTATTTATTTCAAATTCATTATA-ACCTTTTGTTTAGACCAT-AAAC-ATTGTTTCGGT
1 AACAA-TTATCTATTTCAAA-TCGTTA-AGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTGA
* * * * * * *
22814 TCATAAAATCTTA-TCCAAAATAAAATAATACTAA-TTCTTAATATTTCAAAAATTAAATAAGGA
62 TCTTACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTA
* * * * ** * *
22877 AGAG-TTTAAACATAAAT-TTTTTACCAAATAAATTCAAATAGGTT-TCACTATTTG
126 AGAGATTAAAAAATAAATATGTTTACGAAACCAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTG
* * * * * * * * ** *
22931 AACAATTATCTA-TTAATAATTGTCATGACCTTTTCTTTGGTCATAAAACATTTGTTATCAATTT
1 AACAATTATCTATTTCA-AATCGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCT
* *
22995 ATACTAGCTT-TATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAAATTAATAAAGTA
65 -TACAAGCTTAT-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAAT-AAGTA
* * * * * * * *
23058 A-ATGATTTAAAACTGAATATGTTTACCG-AATCAGCTCAAAATAATTATG-GTCATTTC
126 AGA-GATTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAACCAGTTC-AAATAGTTATGACT-ATTTG
** * ** * * * *
23115 AGTAGTTATGCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTTATC
1 AACAATTAT-CTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTGATC
* * * * *
23180 ATACAAGTTTA-ATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAG
64 TTACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
23244 AGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTA
128 AGA-TT-AAAAAATAAATATGTTTACGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
23300 AACAATTGTATACTTGAAATCGTTATA-A-CTTTTGGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-AGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATC
* * * * * * * *
23363 ATACTAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGA
64 TTACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
23427 GATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCG-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
129 GA-TTAAAAAATAAATATGTTT-ACGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * ** *
23481 ACCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATT-TTTTCAATTTA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCT-
* * * *
23545 TACTAGCTTATTT-GGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGA
65 TACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * *
23608 GATTTAAAAATTAATTTCGTTTACCTAA-CAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
129 GATTAAAAAATAAATAT-GTTTACGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
23661 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
23720 T
Statistics
Matches: 1441, Mismatches: 330, Indels: 205
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.00
176 60 0.04
177 45 0.03
178 66 0.05
179 49 0.03
180 184 0.13
181 332 0.23
182 159 0.11
183 239 0.17
184 159 0.11
185 113 0.08
186 30 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCTT
ACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTAAAAAATAAATATGTTTACGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Done.