Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168313.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_538, whole genome shotgun sequence
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32 CAATTATATC
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*
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* * *
162 GTTT-CCAAACCAGTTAAATAGTTACTATTGAATAATTATATATTTT
126 GTTTACCAAACAAGTTAAATAGTTACTATTGAACAATTATATATTTA
* * * * *
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* * *
271 AAAATAATCCAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGTTTAAAAAATAAATCTGTT
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* * *
336 TATCAAACAAGTTCATAAT-G-TACTATTTAACAATTATTTATTTA
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* * *
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* *
441 ATAAAAGAATACTAATTTCTT-A-ATTTCAAAAATTAATAA-G--AGTTTAAAAAATAAATTAGT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGTTTAAAAAATAAATT-GT
* *
501 TTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGCTATTTGAACAA-T-TGTATTTA
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* *
548 AAAT--TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATA-TCTTAAAAGCTTATTCAAA
**
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64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAG-TTTAAAAAATAAATT-G
* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
768 ATAAAATAATAGTAATTTA-T--TCTCT-AAAAATTAAATAA-GAGA-TTT-AAAAATAAATTTA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGGAAAGTTTAAAAAATAAA-TTG
* * * * * *
826 TTTATCTAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAAT-TATACTTC
127 TTTACCAAACAAG-TTAAATAG-T-T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* * * *
875 AAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-TTT--TGT-TTATACAAGCTTATTCA
1 AAATCA-TTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATATCTTA-A-AAGCTTATTCA
*
935 AAATAAAATAATACTAA--TA-TAATA-TTCAAAAATTAATAA-GAGA-TTTAAAAAATAAATTG
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGTTTAAAAAATAAATTG
* * * * * *
994 TTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAGACTATTG-AGAATTATTTATTTC
127 -TTTACCAAACAAGTT-AAATAGTT--ACTATTGAACAATTATATATTTA
** * * *
1043 AAATTGTTATGA--TTTT-TTGTT-CTATAAAACAAAGTTTTTTTCATA-C-T--AA-CTTATTT
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTT-TTGTTATAAAAC-AA--TTGTTTCATATCTTAAAAGCTTATTC
** * * *
1099 GGAATAAAATAATA--AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAGATTTAAAAAGT-A
61 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--GAAAG-TTTAAAAAATAA
* * * * * * *
1161 A-TATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTCTCT-TTTC
123 ATTGTTTACCAAACAAG-TTAAAT-AGT-T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* * * **
1214 AAATGC--TATGACC-----TTTTGTCATAAAAAAATTTTGTTCATA---T--AAGCTT-TTTGA
1 AAAT-CATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT-TTCATATCTTAAAAGCTTATTCAA
* ** *
1266 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAATAATTAAGGATTTAAAAAA-AAATGA
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAG-TTTAAAAAATAAAT--
* * * * *
1329 TCTATTA-GAAA-TAGTT---TA-TTA-T-TTGAAGCAATTATTTATTTG
125 TGT-TTACCAAACAAGTTAAATAGTTACTATTGAA-CAATTATATATTTA
** * * * * ** * * ***
1371 AAATTGTTATGACTTTTTG-TTT-ATATAAAATAGTT-TTTTGT-TCATACAAGCTTATT-TGGA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATATCTTAAAAGCTTATTCAAAA
* * *
1431 TAAAATAATAC-AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--GAAAGTTTAAAAAATAAAT-TG
* * * * * *
1494 CTT--CGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTC
127 TTTACCAAACAAG-TTAAATAGT--T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* * * * *
1542 AAATCGTTATG-GCTTTT-TTTTG-TATAAAA-ATATT-TTT--T-TCATATAAGCTTATTC-AG
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACA-ATTGTTTCATATCTTAAAAGCTTATTCAAA
**
1598 ATAAAATAATAC-AATTTATTAATA-TTC-AAAATTAATAATTAAAGATTTAAAAAAT-AATATG
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAG-TTTAAAAAATAAAT-TG
* ** * * * *
1659 CTTA-TGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
127 TTTACCAAACAAG-TTAAATAGT--T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* * * * **
1709 AAATGC--TATGA-CATTT-TTTTGTCAT-AAA-AATT-TTTC-TATTCATACAA-CTTATT-TG
1 AAAT-CATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATA-TCTTAAAAGCTTATTCAA
* * * * *
1764 AATAAAATAATGCAAATTTATTAATA-TT-AGAAAATTAATAAGTAAAGATTAAAAAAATGAA-T
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGGAAAG-TTTAAAAAATAAATT
** * * *
1826 GTTTGTCGAA-AAGTTTAAATATTTATGACTATTTTG-AC-A--AT-TATTTG
126 GTTTACCAAACAAG-TTAAATA-GT-T-ACTA--TTGAACAATTATATATTTA
* * ** * ** * * **
1873 AAATTA-TA-ACCTTTT-TTTTGTCATAAAATGATTTTTTTGT-TCATACAAGCTTATT-TGAAT
1 AAATCATTAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATATCTTAAAAGCTTATTCAAAAT
* * * *
1933 -AAATAATAC-AATTTATTAATA-TT-AACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATT
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-GAAAGTTTAAAAAATAAAT-TGTT
*** ** * * *
1994 TATTGAACAA-TATCAAATCTTTATAACTATTTGAAAAATTATTTATTTC
129 TACCAAACAAGT-T-AAAT-AGT-T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
*** * * * * * * * * * *
2043 AAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCAATAAAATAATTGTTT-TTGTCATACATGTTTATTTC-A
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGT-TATAAAACAATTGTTTCATATCTTAAAAGCTTA-TTCAA
* * * * *
2106 ATTAAACAAAATATTAATTTATGTAATAGTTT-GACAATTAATAAGTAGAATA-TTTAAAAAAAT
63 AATAAA-ATAATACTAATTTAT-TAATA-TTTCAAAAATTAATAAG--GAA-AGTTT-AAAAAAT
*** * * * * *
2169 AAATAT-TTT-TTGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTC
121 AAAT-TGTTTACCAAACAAGTT-AAATAGT--T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* * * ** * * **
2225 AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAACAATTGTTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAA
1 AAATCATT-AGACCTTTTGTTTTGTTAT-AAAACAATTGTTTCATATCTTAAAAGCTTATTCAAA
* * ** * **
2290 ATAAAATAAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAACGAGAAAGAGAATAAAAAA-AAATCT
64 ATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAA-AGTTTAAAAAATAAAT-T
* * * ** * *
2354 -TGTTACCTAACATGTTCAAATAGTTATGGCTATCTAAATTATTATCTATTTC
126 GT-TTACCAAACAAGTT-AAATAGTTA---CTAT-TGAACAATTATATATTTA
* * * * **
2406 AAATCATGT-GA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATATAAGCTTATTTGAA
1 AAATCAT-TAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCA-TATCTTAAAAGCTTATTCAAA
* * * *
2468 ATAAAATAATACTAATTTATTAAATATTTTCTAGAAATTAATTAGAAAAGAGAATTAAAAAATAA
64 ATAAAATAATACTAATTTATT-AATA-TTTC-AAAAATTAATAAG-GAA-AG-TTTAAAAAATAA
* * *
2533 ATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTA
123 AT-TGT-TTACCAAACAAGTT-AAATAG-T-T-ACTA-TTGAACAATTATATA-TTTA
* * * * * * * * * *
2590 AAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAACACATTTGGTTC-TATCAT-ACAGCATATTTC-GA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATATCTTAAAAGCTTA-TTCAAA
** * * * *
2651 ATAAAATAA-AAAAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAATTT-AAAAATAAATATAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGTTTAAAAAATAAAT-TGT
* * ** * **
2713 TTTCTAAACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTAA-ATAGTTATCGATTTA
128 TTACCAAACAAGTT-AAATAG-T-T-ACTATTGAACA-A-TTATATATTTA
** * * * * **
2763 AAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTC-TATTCATAAAAGCTTATTTTAA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATA-TCTTAAAAGCTTATTCAAA
* * * * * * *
2827 AT-GAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTAAAAAATAATTTGTT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGTTTAAAAAATAAATTGTT
* * * * *
2891 TATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAACAATTATTTATTTC
129 TACCAAACAAGTT-AAATAG-T-T-ACTA-TTG-AACAATTATATATTTA
* * * * *
2941 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGTTTATTCAAA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATA-TCTTAAAAGCTTATTCAAA
* * *
3005 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTTAAAAATAAATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--GAAAGTTTAAAAAATAAA-TT
* * * * * *
3070 GTTCACCAAACAAGCTTAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCTATATC
126 GTTTACCAAACAAG-TTAAATAGTTA---CTA-TTGAACAATTATATATTTA
** * ** * * * *
3122 AAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TATTCATACAAA-ATTATTCAA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATA-TCTTA-AAAGCTTATTCAA
*
3185 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAACTAAATCT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAG-TTTAAAAAATAAAT-T
** * * * * *
3247 -TTATATTGAACCAA-TTCAAATAATTA-TGATTTTTTGAACAATTATCTATCTC
126 GTT-TA-CCAAACAAGTT-AAATAGTTACT-A----TTGAACAATTATATATTTA
* * * * * * * ***
3299 AAATCGTTATGA--TATTT-TTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGG
1 AAATCATTA-GACCT-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-ATCTTAAAAGCTTATTCAA
* * * * * *
3360 AGTAAAGTATTGA-TAAATTAATAATA-TTC--TAA-TAA-AA-G--A-TTTAAAAAATAAATCT
63 AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGTTTAAAAAATAAAT-T
* * * ** * *
3415 ATTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGATAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTC
126 GTTTACCAAAC-AAGTT-AAATAG-T--TACTATT-GAACAATTATATATTTA
* * * * * * ** *
3467 AAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTATT-TTT-AGT-TCATGCATGCTTATTCA
1 AAATC-ATTAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACA--ATTGTTTCA-TATCTTAAAAGCTTATTCA
** ** * *
3528 AAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA-TTCAGAAAATTAATAAACAAGAATTTTAAAAATAAAT
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGGAA-AGTTTAAAAAATAAA-
* * *
3592 TTGTTTA-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTA
124 TTGTTTACCAAACAAGTT-AAATAG-T-T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* * * * * * *
3645 AAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCA-AT-TTATAAAGCTTA-CCTG
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-TTGTTTCATATCTTA-AAAGCTTATTC-A
* * * * ** * *
3707 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTC-AAAATTGATATATTAGAGATTTAAAAAATACA-
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGGAAAG-TTTAAAAAATAAAT
* * * * *
3770 ----T--CGAACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTC
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* * * * * * * ***
3817 AAATCATTACAAAC-TTTGTTTT-TTCATAAAATAATTGTTT-TTCATCATACAAGCCTATTTGG
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTT-ATAAAACAATTGTTTCAT-ATCTTAAAAGCTTATTCAA
* * * * *
3879 AATAAAATAGTATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTT-AAAAATATAT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAA--AG-TTTAAAAAATAAAT
* * * ** * *
3942 CTATTTACTGAATC-AGTT-CCTA-TT--TA---AACAATTATCTATTTT
125 -TGTTTAC-CAAACAAGTTAAATAGTTACTATTGAACAATTATATATTTA
** * * ** * * * ***
3984 AAATTGTT-GTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCA-ATTCATATAAGCTTATTTGG
1 AAATCATTAG--ACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATA-TCTTAAAAGCTTATTCAA
* * * **
4047 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAA-AG-TTTAAAAAATAAA-T
* ** ** * * *
4112 TGTTTGCTGAAGTAGCTTAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTG
125 TGTTTACCAAACAAG-TTAAATAGTT---ACTAT-TGAACAATTATATATTTA
* * * * * * ** **
4165 AAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATATAACAATTGTATT--TGAGCATT-CAATTTTATTTG
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT-TTCAT-ATC-TTAAAAGCTTATTCA
* * * * * * *
4227 GAATACAATAATACT--TTTTTTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAAT
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAA-AG-TTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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** * * * * * * * * * *
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1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-ATCTTAAAAGCTTATTCAAA
* * * * *
4408 ATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAATTTAA-AAGCTAAGAGAATTT-AAAAATAAA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-GAA-AG--TTTAAAAAATAAA
* * * * * * ** *
4470 TTTATTTGCCGAATC-AGTTCCAATATTTAAGACTATATGAACAGTTATCGATTTC
124 -TTGTTTACC-AAACAAGTT-AAATAGTT---ACTAT-TGAACAATTATATATTTA
* * * * * * * *
4525 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGA-ATTCATAATAGTTTACTT-
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAA--TTGTTTCATA-TCTTAAAAGCTTA-TTC
** * * * * *
4588 GGAATAAAAGAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATGAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAT
61 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAG-TTTAAAAAATAAA
* * * * * * * **
4652 TCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCC
124 T-TGTTTACCAAACAAGTT-AAAT-AGT-T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* * ** * * * **
4707 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGT-TCATATAAA-TTTGTTCGG
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-TTTCATATCTTA-AAAGCTTATTCAA
* *
4770 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATCT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAG-TTTAAAAAATAAAT-T
* * * * * *
4832 ATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTT
126 GTTTACCAAACAAGTT-AAATAG--TT-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* * * * * * * * ***
4884 AAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTC-TGTTCATACATGCCTATTTGGA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-ATCTTAAAAGCTTATTCAAA
* * * * ** *
4947 CTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTGATAAATAAAATTTAAAAAATAAATATGT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGTTTAAAAAATAAAT-TGT
* * * * * * * * *
5012 TTACTAAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTC
128 TTACCAAACAAG-TTAAATAGT--T-A-CTATTGAACAATTATATATTTA
* * * * * *
5062 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGT-TCATATAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCA-TATCTTAAAAGCTTATTCAAA
* * * * *
5126 ATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAATTTCATAATAAAGAAA-TTTAAAAAGATGAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-AT--TAATAAGGAAAGTTTAAAAA-ATAAAT
* * * *
5190 CTGTTTACTGAAA-AAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGA
125 -TGTTTAC-CAAACAAG-TTAAAT-AGT-T-ACT-ATTGAACAATTATATATTT-A
* ** * * * * * *
5245 AATTGC-TATA-ACCTAGTGTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATC-TATTCATACAATCTTATTTC
1 AAAT-CAT-TAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT-TCATA-TCTTAAAAGCTTA-TTC
* * * * *
5306 -AAATAATATAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAAT
61 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-G-GAAAG-TTTAAAAAAT
* *** * *
5368 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTC
121 AAA-TTGTTTACCAAACAAGTT-AAATAG-T-T-ACTA-TTGAACAATTATATATTTA
* ** * * * * * * * *
5426 AACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-T-GCTTATACAAGTTTATTTAA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATATCTTA-A-AAGCTTATTCAA
* * * * *
5489 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-GAAAG-TTT-AAAAAATAAAT
* * * * *
5554 ATGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAA-ATATTTATCTATTTC
125 -TGTTTACCAAACAAGTT-AAATAGT--T-ACTATTGAACA-A-TTATATATTTA
* * * * * * **
5608 AAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATATAAGTTTATTTGAA
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATA-TCTTAAAAGCTTATTCAAA
* * * *** *
5672 GTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGAACAAAAAA-AAATCC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGGAA-AGTTTAAAAAATAAAT-T
* * *
5735 ATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTA
126 GTTTACCAAACAAGTT-AAATAG-T-T-ACTAT-TGAACAATTATATA-TTTA
5788 AAA-CATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAATCATTA-GACCTTTTGTTTTG
5811 CCCCAAAATA
Statistics
Matches: 4361, Mismatches: 779, Indels: 913
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Matches are distributed among these distances:
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181 404 0.09
182 568 0.13
183 175 0.04
184 43 0.01
185 23 0.01
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
AAATCATTAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATATCTTAAAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGTTTAAAAAATAAATTGTTTA
CCAAACAAGTTAAATAGTTACTATTGAACAATTATATATTTA
Found at i:860 original size:327 final size:325
Alignment explanation
Indices: 408--1015 Score: 813
Period size: 327 Copynumber: 1.9 Consensus size: 325
398 TTTTGATATA
* *
408 AAACAATTGTTTTTATTATAAAAGCTTATCCAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATTTCAAAAA
1 AAACAATTGTTTTTATTATAAAAGCTTATCCAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATCTCAAAAA
*
473 TTAATAAGAGTTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGCTATTTGAACA
66 TTAATAAGAGTTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGCTATTTGAAAA
* * * * *
538 ATTGTA-TTTAAA-ATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGC
131 ATTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-TTT-AATTCATAAAAGC
601 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGCGATTT-AAAAAT
194 TTATTCAAAATAAAATAATACTAA--TATAATA-TTCAAAAATTAATAAGA--GATTTAAAAAAT
665 AAATTGGTTTACCAAA-TAGTTCAAATAATTGGCCATATAACTTATCTATTTTAAATCATATTTT
254 AAATTGGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTGGCCATATAACTTATCTATTTTAAATCATATTTT
729 TTTGGAT
319 TTTGGAT
* ** * * *
736 AAACAATT-TTTTTATTATACAAAGTTTAT-TGAATAAAATAATAGTAATTTATT-CTCT-AAAA
1 AAACAATTGTTTTTATTATA-AAAGCTTATCCAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATCTCAAAA
* * * *
797 ATTAAATAAGAGATTT-AAAAATAAATTTA-TTTATCTAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
65 ATT-AATAAGAG-TTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATG-CTATTT
** * *
860 GAAAAATTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTTTTTGTTTATACA
126 GAAAAATTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTTTTAATTCATAAA
925 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
191 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
990 ATTGTTTTGCTAAACTAGTTCAAATA
256 ATTGGTTTACCAAACTAGTTCAAATA
1016 GTTAGACTAT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 25, Indels: 22
0.84 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
322 5 0.02
323 19 0.08
324 28 0.11
325 14 0.06
326 42 0.17
327 84 0.34
328 24 0.10
329 30 0.12
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (325 bp):
AAACAATTGTTTTTATTATAAAAGCTTATCCAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATCTCAAAAA
TTAATAAGAGTTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGCTATTTGAAAA
ATTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTTTTAATTCATAAAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTGG
TTTACCAAACTAGTTCAAATAATTGGCCATATAACTTATCTATTTTAAATCATATTTTTTTGGAT
Found at i:2265 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 1442--3066 Score: 527
Period size: 178 Copynumber: 9.3 Consensus size: 178
1432 AAAATAATAC
* * *
1442 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAA-TATGCT-TCGAACTA
1 AATTTATTAATA-TT-AACAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAACTAT-TTATTGAACAA
* * * * *
1504 GATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATC-GTTATG-GCTTTT-TTTTGT
62 TATCAAATAGTCATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCAG-TATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * *
1565 --AT-AAA-AATAT-TTTTT-TCATATAAGCTTA-TTCAGA-TAAA-ATAATA-C
126 CAATAAAACAAT-TGTTTTTGTCATACATGTTTATTTCA-ATTAAACAAAATATT
* * * *
1610 AATTTATTAATATTCAA-AATTAATAATTAAAGATTTAAAAAAT-AA-TATGCTTA-TGAACTAG
1 AATTTATTAATATT-AACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACTAT--TTATTGAACAAT
* * * *
1671 ATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT--GCTATGA-CATTT-TTTTGTC
63 ATCAAATAGTCATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCAG-TATGACCTTTTGTTTTATC
** * * ***
1732 -AT-AAA-AATT-TTTCTAT-TCATACA-ACTTATTTGAA-TAAA-ATAATGCA
127 AATAAAACAATTGTTT-T-TGTCATACATGTTTATTTCAATTAAACAAAATATT
* * * * * * *
1778 AATTTATTAATATTAGAAAATTAATAAGTAAAGATTAAAAAAATGAA-TGTTTGTCGAA-AAGT-
1 AATTTATTAATATTA-ACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACTATTTATTGAACAA-TA
* * * * * * * *
1840 TTAAATATTTATGACTATTTTG--ACA--AT-TATTTGAAAT---TATAACCTTTT-TTTTGTC-
64 TCAAATAGTCATAACTA-TTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATCA
** * * * * *
1895 ATAAAATGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAA-T-AA-ATAATA-C
128 ATAAAACAATTGTTTTTG-TCATACATGTTTATTTCAATTAAACAAAATATT
1942 AATTTATTAATATTAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATAT
1 AATTTATTAATATTAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-CTATTTATTGAACAATAT
** * * ** *
2007 CAAATCTTTATAACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCAAT
65 CAAATAGTCATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATCAAT
*
2072 AAAATAATTGTTTTTGTCATACATGTTTATTTCAATTAAACAAAATATT
130 AAAACAATTGTTTTTGTCATACATGTTTATTTCAATTAAACAAAATATT
* * *
2121 AATTTATGTAATAGTTTGACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAAATAAA-TATTTTTTGAACA
1 AATTTAT-TAATA--TTAACAATTAATAAGTA-AAAATTT-AAAAAATAAACTATTTATTGAACA
* * * * * *
2185 AGT-TCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
61 A-TATCAAATAGTCATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *
2249 T-AATAAAAACAATTGTTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAAATACT
125 TCAAT-AAAACAATTGTTTTTG-TCATACATGTTTATTTCAATTAAACA-AAATATT
* * ** * *
2304 AATTTTTTAATATTCCAAAAATTAACGAG-AAAGAGA-ATAAAAAA-AAATCT-TGTTACCT-AA
1 AATTTATTAATATT--AACAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAA-CTAT-TTA-TTGAA
* * ** * * *
2364 C-ATGTTCAAATAGTTATGGCTATCT-AAATTATTATCTATTTCAAATCA-TGTGA-CTTTTGTT
59 CAAT-ATCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
2425 TTGT-AATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAATACT
122 TTATCAATAAAACAATTGTTTTTG-TCATACATGTTTATTTCAATTAAACAAAATATT
* * * **
2481 AATTTATTAAATATTTTCTAGA-AATTAATTAGAAAAGAGAATTAAAAAATAAATCT-TGTTACC
1 AATTTATT-AATA---T-TA-ACAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAA-CTAT-TTATT
* * * * * * *
2544 AAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTT
56 GAACAAT-ATCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-AATTATCTA-TTTCAAATCAGTATGACCTTT
* * * * * * ** * *
2606 TGTTTTCTC-ATAACACATTTGGTTCTATCATACA-GCATATTTCGAATAAAATAAAA-A--
118 TGTTTTATCAATAAAACAATTGTTTTTGTCATACATGTTTATTTC-AATTAAACAAAATATT
* * * *
2663 AATTTAATAATATTTCAA-AATTAATAAGT-AAAATTT-AAAAATAAA-TATATTTTCTAAACAT
1 AATTTATTAATA-TT-AACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACTAT-TTAT-TGAACAA
* * * * * * * * *
2724 TTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAGTTATCGATTTAAAAT-TGTTATGACATTTTGTTTTG
62 TATCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCAG-TATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * * *
2787 TC-ATAAACCAATTGTTTCTAT-TCATAAAAGCTTATTTTAAAT-GA-ATAATACT
125 TCAATAAAACAATTGTTT-T-TGTCATACATGTTTATTTCAATTAAACAAAATATT
* * * * ** * * *
2839 AACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTAAAAAATAATTTGTTTATCGAGCAAGT
1 AATTTATTAATATT--AACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACTATTTATTGAACAA-T
* * * * * *
2903 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTC
63 ATCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * *
2967 -ATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAA-ATAATACT
127 AATAAAACAATTGTTT-T-TGTCATACATGTTTATTTC-AATTAAACAAAATATT
* * *
3018 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTTAAAAATAAA
1 AATTTATTAATA--TTAACAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAA
3067 TTTGTTCACC
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 179, Indels: 191
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
163 41 0.03
164 28 0.02
165 47 0.04
166 100 0.09
167 42 0.04
168 54 0.05
169 33 0.03
170 13 0.01
172 1 0.00
173 23 0.02
174 81 0.07
175 40 0.03
176 28 0.02
177 55 0.05
178 142 0.12
179 63 0.05
180 37 0.03
181 68 0.06
182 125 0.11
183 93 0.08
184 33 0.03
185 25 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTTATTAATATTAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACTATTTATTGAACAATATC
AAATAGTCATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATCAATA
AAACAATTGTTTTTGTCATACATGTTTATTTCAATTAAACAAAATATT
Found at i:3161 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1348--7215 Score: 3323
Period size: 182 Copynumber: 33.2 Consensus size: 179
1338 AATAGTTTAT
* * * * * * *
1348 TATTTGAAGCAATTATTTATTTGAAATTGTTATGACTTTTTG-TTTAT-ATAAAATAGTT-TTT-
1 TATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
1409 TGTTCATACAAGCTTATTTG-GATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT
65 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
1472 AAAAAATTT-AAAAATAAATATGCTT--CGAACTAGATCAAATAGTCATGAC
130 --AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
1521 TATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATG-GCTTTT-TTTTGT-AT-AAA-AATAT-TTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC
* * *
1578 T-TTCATATAAGCTTATTC-AGATAAAATAATAC-AATTTATTAATA-TTC-AAAATTAATAATT
65 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * *
1638 AAAGATTTAAAAAAT-AATATGCTTA-TGAACTAGATCAAATAGTCATGAC
130 AAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
1687 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GCTATGA-CATTT-TTTTGTCAT-AAA-AATT-TTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
1746 ATTCATACAA-CTTATTTG-AATAAAATAATGCAAATTTATTAATA-TT-AGAAAATTAATAAGT
66 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT
* * ** * * *
1807 AAAGATTAAAAAAATGAA--TGTTTGTCGAA-AAGTTTAAATATTTATGAC
130 AAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** *
1855 TATTTTG-AC-A--AT-TATTTGAAA---TTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAATGATT-TTTT
1 TA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
1910 TGTTCATACAAGCTTATTTG-AAT-AAATAATAC-AATTTATTAATA-TT-AACAATTAATAAGT
65 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *** ** *
1970 AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TATCAAATCTTTATAAC
130 -AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
2021 TATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCAATAAAATAATTGTTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
2085 T-TGTCATACATGTTTATTTC-AATTAAACAAAATATTAATTTATGTAATAGTTT-GACAATTAA
65 TAT-TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA-ATAATACTAATTTAT-TAATA-TTTCAAAAATTAA
** * * * *
2147 TAAGTAGAATATTTAAAAAAATAAATATT-TTT--TGAACAAGTTCAACTAGTCATAAT
125 TAAGTA-AA-ATTT-AAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
2203 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAACAATTGTTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTC
* * * * * **
2267 TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAACGA
65 TA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * *
2332 G-AAAGAGAATAAAAAA-AAATCTTG-TTACCTAACATGTTCAAATAGTTATGGC
128 GTAAA-A-TTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * *
2384 TATCTAAATTATTATCTATTTCAAATC-ATGTGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-T
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
2446 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATATTTTCTAGAAATTAATT
66 A-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATA-TTTC-AAAAATTAATA
* * *
2511 AGAAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGAC
127 AG-TAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
2567 TATTTAAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAACACATTTGGTTC
1 TATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** *
2631 TA-TCATAC-AGCATATTTCG-AATAAAATAA-AAAAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAG
65 TATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * **
2691 TAAAATTT-AAAAATAAATATATTTTCTAAACATTTTCAAATAGTTATGAC
129 TAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
2741 TATTTAAATAGTTATCGATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * * * *
2806 ATTCATAAAAGCTTATTTTAAAT-GAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTA
66 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
2870 AAGA-TTAAAAAAT-AATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGAC
131 AA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
2918 TATTTGAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 TATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
2983 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
65 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
* * *
3048 TGAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTTATGTC
129 T-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** *
3100 CATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** *
3165 ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--A
66 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** * * *
3228 AGATTTAAAAACTAAATCTT-TATATTGAACCAA-TTCAAATAATTATGAT
131 AAATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
3277 TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TATTT-TTTTGTCATAAAGCAATTGTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
3339 TGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAGTATTGA-TAAATTAATAATA-TTC------TAATAA-
65 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
3395 -AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGATAAGAA
129 TAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
3445 AATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC
* * * **
3507 TAGTTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA-TTCAGAAAATTAATAA
65 TA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA
** * *
3571 ACAAGAATTTTAAAAATAAATTTGTTTA-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
128 GTAA-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *** * *
3623 TATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC
* * * * * * *
3688 AATTTATA-AAGCTTA-CCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTC-AAAATTGATATA
65 TATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-A
* * * * * * *
3750 TTAGAGATTTAAAAAATACA------T--CGAACTAGTTCAAATAATTATGGC
128 GTA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * *
3795 CATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTACAAAC-TTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * *
3859 CA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAGTATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAAT-AGG
66 -ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * ** *
3922 AAGGAGATTT-AAAAATATATCTATTTA-C--TGAA--TC----AG-T-T-CC
130 AA--A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * * *
3962 TATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * *
4027 ATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTA
66 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* ** ** * *
4092 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGCTT-AAACAGTTAAGAC
131 A-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
4143 TATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATATAACAATTGTATT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTC
* * ** * * * * * *
4207 TGA-GCATTCAATTTTATTTGGAATACAATAATACT--TTTTTTAATCTTTTAAAAATTAATAAG
65 T-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * **
4269 TAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAACAGCAATGAC
129 TAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
** * * * * * * *
4322 TATTTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAATTATTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
4387 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAATTTAA-AAGC
66 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-
* * * * * *
4450 TAAGAGAATTT-AAAAATAAATTTATTTGCCGAATC-AGTTCCAATATTTAAGAC
129 T-A-A-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
4503 TATATGAACAGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC
* * * * *
4567 TGAATTCATA-ATAGTTTACTT-GGAATAAAAGAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATGAA
65 T--ATTCATACA-AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
4629 TAAGTAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTATGAT
125 TAAGTAAA-ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
4685 TATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC
* * ** * * * *
4749 TGTTCATATAAATTTGTTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAATAA--
65 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
4812 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGAC
130 AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
4862 TATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * * * *
4926 GTTCATACATGCCTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTGATAAATA
66 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
4991 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAATCATGAT
131 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
5040 TTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTC-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
5104 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAATTTCATAA-T
66 A-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
5168 AAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTTAAATAATTATGAC
130 --A-AAATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** * *
5222 TGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTAGTGTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TC
* * * * *
5286 TATTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAA
65 TATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATA
*
5348 ATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGAC
127 A-GT-AAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
*** * * * * * * *
5404 TATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
5469 GCTT-ATACAAGTTTATT-TAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAG
66 -ATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
5532 TAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATGAC
129 T-AAA-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
5586 TATTTAAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
5651 ATTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGT
66 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
** *** *
5715 AAGAGA-ACAAAAAA-AAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
130 AA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** *
5765 TATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCCCAAAATAATTGGTTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC
* * * * *
5829 TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
65 TATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** * * *
5892 GAAAAAAATGTTTTCTGAACACATTCAAA-TAG-TTA--TGACTATTTGAACA-A-TTAT--C
128 G--TAAAA----TT-T-AA-AAAAT-AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAA-ATAGTTATGAC
* * *** * * * * * *
5947 TATTTCAAATCATATGATCT-TTT-GTTTCATCATAAACTAATTGTTTTTGCTCATAAAA-ACTT
1 TATTT-GAA-CA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTG-TTTTG-TCATAAAACAATT
* * ** * * * * * ** * * ** **
6009 -ATAC-A-GAATAGAA-ATGATAC-TAATTTATTAAATTCTAA-AAATTAATAAGT-AAAAGA-T
60 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATT
* * * * * *
6066 --T---TAAAA-TTAAAT-----ATGT-TTTAACGAGCGAGTTC-AATAGTTATGAC
123 AATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * **
6110 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
6174 TATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG
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* * * * * *
6238 TTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTCAT-ATC
129 -T-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-C
* * * * * **
6291 CATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-T
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
6355 ATTCATACAA-ATTATTC-AGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG-
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* ** * * * * *
6417 -ACATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATTGTTTATGAC
130 AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGAC
* * * *
6467 TA--TGCAACAATTACCTATCTCAAATAG-TATGA--TCTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTT
1 TATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT
* * * ** * *
6527 CTATTCATGCAAGCTTATTCTAAATAAAATAATGCTAAACTAATAA-A-TTCTAAATATTAATAA
64 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * *
6590 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAA-TT-ATAATAGTTAAGAC
128 GTAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCA-AATAGTTATGAC
* * * * * * **** *
6644 TATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAGAAATTTTTTTTTTC-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* *
6708 AGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAA
66 A-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA
* * * ** * *
6771 GCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGAT
128 G-TA-AAA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
6826 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-T
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * *
6890 AGTTTAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAG
66 A--TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** * * ** * * *
6954 TTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATGGC
129 -T-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * * *
7007 CATTCAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
7072 TAATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGT
65 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* ** * ** * * *
7137 AGGAGAA-TTAAAAAATAAATATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTAC
130 A--A-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
7189 TATTTGAATAATTATATATTTCAAATC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
7216 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 4431, Mismatches: 943, Indels: 633
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 4 0.00
160 15 0.00
161 25 0.01
162 16 0.00
163 48 0.01
164 44 0.01
165 67 0.02
166 107 0.02
167 75 0.02
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169 113 0.03
170 34 0.01
171 74 0.02
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176 126 0.03
177 193 0.04
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ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
Found at i:4455 original size:360 final size:353
Alignment explanation
Indices: 3961--7590 Score: 1455
Period size: 360 Copynumber: 10.2 Consensus size: 353
3951 GAATCAGTTC
* * ** * * * * *
3961 CTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTG-TTCTATCGTAAAATAATTGTTT
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* * * * * *
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* *
4090 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGCTT-AAACAGTTAAGACTATATGAACAA
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* * * * *
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* * * * *
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* *
4283 AATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAACAGCAATGA
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** * ** * * *
4321 CTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAATGTTTC
* * *
4386 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAATTTAAAAGCT
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* * * *
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* *
4515 TATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGA-ATTCATAAT
192 TATCTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTTGACATTC--AAT
* * * *
4579 AGTTTACTTGGAATAAAAGAAAATGA-ATTTATTAATATTTCAAAAATGAATAAGTAAAGATTTA
253 -GTTTATTTGGAAT-AAA-ATAAT-ACTTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* * * * * **
4643 AAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTATGA
314 AAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAA-AAACATGA
* * * * *
4684 TTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAATG-TTT
* ** * * * *
4749 -TGTTCATATAAATTTGTTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATT--AA-T
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAT-TTAAAACT
* * * * ** * *
4810 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAAT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCT-GAA-TAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAAT
* * * * * * * *
4874 TATTTATTTTAAATCTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAC-ATGC
192 TATCTATTTCAAATCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TG-ACATTCAATGT
* * * * * *
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255 TTATTTGGAATAAAATAATACT--TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA
* * * *
5002 ATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAATCATGA
318 ATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAA-AAACATGA
* * * * * *
5039 TTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAATGTTTC
* * * * * *
5104 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAATTTCATAA-T
66 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTC-AAATTT-AAAACT
* * * * * * * * * * *
5168 AAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAA
129 -AAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTATTTGCTG-AATAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAA
* * ** * * *
5233 TTATCTATTTGAAAT-TGCTATAACCTAGTGTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCT-ATTCATAC
191 TTATCTATTTCAAATCT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-T-TGA--CATTC
* ** * ** *
5295 AAT-CTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAG
250 AATGTTTATTTGGAATAAAATAA-T-ACTTTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-GT-AAAG
* * * ****
5357 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGA
309 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAA-AAACATGA
*** * * ** ** * ** * * *
5403 CTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAATGTTTC
* * * * * * *
5468 TGCTT-ATACAAGTTTATT-TAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAA-TTAATA
66 AG-TTCATATAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATATAATAATATTTC-A-AATTTAA-A
* * * * ** * * * * *
5530 AGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAAT
126 ACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTGCTGAAT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAC
* * * * * *
5595 ATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCA-ATTCATA
189 AATTATCTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGACATTCA-A
*
5658 TAAGTTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGA
252 T--GTTTATTTGGAA-TAAAATAATACT--TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGA
** ** ***
5721 -ACAAAAAA-AAATCCATTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGA
310 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTTCAAA-AAACATGA
* * * * * * ** * *
5764 CTATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCCCAAAATAATTGGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAAT-GTTT
* ** * * * * *
5829 -TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA-TTC-CA---AAAA-
65 CAGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATATAATAATATTTCAAATTTAAAAC
* * * * * *
5885 T--TA-A--TAAGAAAA-AAATGT-TTT-CTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
128 TAAGAGATTTAA-AAAATAAATTTATTTGCTGAATA-GTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAA
* * ** * * * **
5942 TTATCTATTTCAAATCATATGATCTTTTGTTTCATCATAAACTAATTGTTTTTGCTCA-TAAAAA
191 TTATCTATTTCAAATCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTG-ACATTCAATG
* *** *
6006 CTTATACAGAATAGAAATGATACTAATTTATTAA-A-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-
254 TTTATTTGGAATA-AAATAATACT--TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTA
* * * * * * * ***
6068 AAAATTAAATATGTTTTAACGAGCGAGTTCAATAGTTATGA
314 AAAAATAAATAT-ATTTACCAAACTAGTTCAAAAAACATGA
* * ** * * *
6109 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTCGTCATAAAAGAAATGTTT
* * * * * * *
6173 CTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
65 C-AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT-TCAAATTTAA-AA
* ** * * ** * * * * * * *
6237 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTCATA-TCCATTTGAACT
127 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAA-TAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACA
* * ** * *
6301 ATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAA
190 ATTATCTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGA--CATTCAA
* ** * * * *
6365 --ATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG---ACATTTAA
252 TGTTTATTTGGAATAAAATAATACT--TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
** * * * ****
6425 AAGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATTGTTTATGA
315 AAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAA--AAACATGA
* * * * * * *
6466 CTA--TGCAACAATTACCTATCTCAAAT-AGTATGA--TCTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTT
1 CTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAA-TGTT
** * *
6526 TCTA-TTCATGCAAGCTTATTCTAAATAAAATAATGCTAA-ACTAATAA-A-TTCTAAATATTAA
64 TC-AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATA-TAATAATATTTC-AAAT-TTAA
* * ** ** * *
6587 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAATT-ATAATAGTTAAGACTAT-TAG
125 -AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAA-TAGTTCA-AATAGTTAAGACTATAT-G
* * * * ** * *
6650 AATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCA-GAAATTTTTTTTTTCAGTTCA
186 AACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT--G-ACA
* * * * * *
6714 TACAA-GCTAATTTGAAATAAAATAATATAATTTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGA
247 TTCAATGTTTATTTGGAATAAAAT-A-ATACTTTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA-A
* * ** ***
6777 AATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGA
308 GA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTTCAAA-AAACATGA
* * ** * ** * * * *
6825 TTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAATGTTTC
* * * * * * * * * * *
6890 AGTTTA-ATAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAG
66 AGTTCATAT-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTC--AAATTTAAAAC
** * * * * * * * *
6954 TTGGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTT-ATCGAATTAGTTTAAATAATTATGGCCAT-TCAAAC
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTGCT-GAA-TAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAAC
* * * * * *
7016 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTAATCATAC
189 AATTATCTATTTCAAATC-TTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTGA-CATTC
* * * *
7081 AA-GTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAAT
250 AATGTTTATTTGGAATAAAATAATACT--TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATT
* * ** * *** *
7145 TAAAAAATAAATATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTA
312 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAA-AAACATGA
* * * ** *
7188 CTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA-TA-AA-ATAAT-TAT--T--T-------ATG-TTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAATGTTTC
* * * * * *
7237 A---C--ATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTTATCTAATAATATTATGAAAATCAATAACT
66 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT-TCAAATTTAA-AACT
* * * *
7297 AAGAGATTTAAAAAGTAAATTTTTTTG-TCGAACTAATTCAAATAGTTAAGGA-TATATGAATAA
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCT-GAA-TAGTTCAAATAGTTAA-GACTATATGAACAA
* * * * * *
7360 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATATTTCTGTTCATAT-AA
191 TTATCTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TG-ACAT-TCAA
* * * * * **
7424 -GTTTGTTTTGAATAAAATAACATTTATTTTTTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTTA
252 TGTTTATTTGGAATAAAATAATA-CT-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTA
* * * * *** *
7485 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAGTAGTTATAA
314 AAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAA-AAAACATGA
* * * * * *
7526 CAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGAAATGTTTC
7591 TATTGATATA
Statistics
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AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAATTTAAAACTAA
GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAATAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
TATTTCAAATCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGACATTCAATGTTTATTT
GGAATAAAATAATACTTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT
ATTTACCAAACTAGTTCAAAAAACATGA
Found at i:5873 original size:543 final size:531
Alignment explanation
Indices: 3961--7217 Score: 2096
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3951 GAATCAGTTC
* * ** * * * * * * *
3961 CTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
4026 AATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACT
66 AATTCATATAAGTTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
4091 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGT-AGCTT-AAACAGTTAAGACTATATGAACAA
129 AA-AGATATAAAAAATAAATCTATTTACTCAAATAAG-TTCAAATAATTATGACTATATGAACAA
* * * * ** *
4154 TTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATATAACAATTGTATTTGAGCATTCAAT
192 TTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGT-TTTGTTCATACAAT
* * ** * * * * * *
4219 TTTATTTGGAATACAATAA--TACTTTTTTTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAA
256 CTTATTTGGAATAAAATAATTTAAATTTATTAA--TATT-ACAATTAA-AAATAAAAGATTTAAA
* * ** ** *
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317 AAATAAAT-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * *
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381 -TCTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAA
* * * * * * *
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444 AATAATACTAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAG-TAAAAG-ATTTAAAAATAAATATGT
* * * * * *
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506 TTACCAAAT-AGTTCAAATAGTCATGA
* * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTT
* * * * *
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64 TCAATTCATATA-AGTTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* * * * * *
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125 AAGTAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACTCAAAT-AAGTTCAAATAATTATGACTATATGAA
** * *
4693 CAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATAT
189 CAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTG-TTTTGTTCATA-
* * * * * * * **
4758 AAAT-TTGTTCGGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAATATTAATAAAAGATTTAA
252 CAATCTTATTTGGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTACAATTAAAAATAAAAGATTTAA
* * * * *
4821 AAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAA
316 AAAATAAAT-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
* * * * * * * *
4886 ATCTTATGACTTTTTG-TTCTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACATGCCTATTTGGACTA
380 ATCTTATGACTTTTTGTTTC-ATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AAATA
* * *
4950 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTGATAAAT-AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTT
443 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTT
* * *
5013 TACTAAACTAGATCAAATAATCATGA
507 TACCAAA-TAGTTCAAATAGTCATGA
* * * * * *
5039 TTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * * *
5104 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAATTTCATAA-T
66 AATTCATATAAGTTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
5168 AAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACA
129 AAAG--ATATAAAAA-ATAAATCTATTTACTCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAACA
*** * ** * *
5232 ATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTAGTGTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACA
191 ATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTT-T-TGTTCATACA
** * *
5296 ATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTT
254 ATCTTATTTGGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATT---ACAATTAAAAA--TAAAAGATTT
* * ***
5361 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTC
314 AAAAAATAAA-TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * *
5426 AACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGCTT-ATACAAGTTTATTTAAA
378 AA-ATCTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTAAA
* *
5490 TTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATA
441 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATA
*
5555 TGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATGA
503 TGTTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTCATGA
* * * * *
5585 CTATTTAAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
*
5650 AATTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGT
66 AATTCATATAAGTTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT
* * *
5715 AAGAGA-ACAAAAAA-AAATCCATTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAAT
129 AA-AGATATAAAAAATAAATCTATTTACTCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAAT
* * * * * * *
5777 TATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCCCAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGC
193 TATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAATC
* * *
5842 TTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATT-CCA--AAAATTAATAAGA---AAAAAAT
257 TTATTTGGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTACAATTAAAAATAA-AAGATTTAAAAAAT
* ** * *
5901 ---GT-TTT-CTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
321 AAATTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCTT
* * * * * **
5960 ATGA-TCTTTTGTTTCATCAT-AAACTAATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTATACAGAATAGAAA
385 ATGACT-TTTTGTTTCATCATAAAAC-AATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA-AATA-AAA
* * *
6023 TGATACTAATTTATTAA-A-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATTAAATATGTTTTA
446 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATG-TTT-
* *** *
6086 ACGAGCGAGTTC-AATAGTTATGA
508 ACCAAATAGTTCAAATAGTCATGA
*
6109 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
6172 TCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
64 TCAATTCATATAAGTTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
** * * * * * * * * * *
6237 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGC-CAAACAAATTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAAC
127 G-TAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACTCAAATAAGTTCAAATAATTATGA-CTATATGAAC
* * * * *** *
6300 TATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTATTCATACAA
190 AATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTGTTCATACAA
* ** * * * * * * *
6365 -ATTATTCAGAATCAAGTAATACT-AATTTATTAATATTTCAA--AAGTTAATAAGACATTTAAA
255 TCTTATTTGGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTACAATTAA--AAATAAAAGATTTAAA
** * * * ** *
6426 AGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATTGTTTATGACTA--TGCAACAATTACCTATCTCA
317 AAATAAAT-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG-AACAATTATTTATTTCA
** * ** * * *
6489 AATAGTATGA--TCTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCTAAAT
379 AATCTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAAC-AATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TAAAT
* ** * * *
6552 AAAATAATGCTAAACTAATAA-A-TTCTAA-ATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
442 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AACA-ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATAT
* * * * * *
6614 GCTTGCCAAACCAATT-ATAATAGTTAAGA
504 GTTTACCAAA-TAGTTCA-AATAGTCATGA
* * * * * * **** *
6643 CTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAGAAATTTTTTTTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
6708 AGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAG
66 AATTCATATAAGTTTATTTG-AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAG
* * * * * * *
6772 CAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACA
128 TAA-AGA-TATAAAAAATAAATCTATTTACTCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAACA
* ** * * * * * *
6836 ATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTTAATA-A
191 ATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTT-G-TTCATACA
* **** * * * * ***
6900 AACTTATCCAAAATAAAATAATATT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTT
254 ATCTTATTTGGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA-TT--ACAATT-AAAAATAAAAGATTT
* * * ** * * * * ** *
6964 AAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTCAAACAATTATCTATTTC
314 AAAAAATAAATTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* ** * * * ** * *
7029 AAATCGTTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGTTTATTTGGA
378 AAATC-TTATG-ACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AA
* * * ** *
7094 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATAT
440 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAATAAATAT
** ** * * * *
7159 ACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTA
504 GTTTA-CCAAATAGTTCAAATAGTCATGA
* *
7188 CTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
7218 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 2135, Mismatches: 456, Indels: 246
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
523 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (531 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
AATTCATATAAGTTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
AGATATAAAAAATAAATCTATTTACTCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTAT
CTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTGTTCATACAATCTTAT
TTGGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTACAATTAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT
ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCTTATGACT
TTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATAGTTCA
AATAGTCATGA
Found at i:6036 original size:166 final size:165
Alignment explanation
Indices: 5749--6062 Score: 393
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
5739 ACCAAATAAG
* *
5749 TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCC
1 TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCAC
* ** * *** *
5814 CAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTC
66 CAAAATAATTGGTTTTGCTCATAAAAACTTATACAGAATAAAATAATCTAAATTTATTAA-ATTC
5879 CAAAAATTAATAAGAAAAAAATGTTTTCTGAACACA
130 CAAAAATTAATAAGAAAAAAATGTTTTCTGAACACA
* * * *
5915 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGATCTTTTG-TTT-CAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCAC
* *
5977 CATAAACTAATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTATACAGAATAGAAATGATACT-AATTTATTAAA
66 CA-AAA-TAATTGGTTTTGCTCATAAAAACTTATACAGAATA-AAATAAT-CTAAATTTATTAAA
* *
6041 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAA
127 TTCCAAAAATTAATAAGAAAAA
6063 GATTTAAAAT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 18, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.02
164 6 0.05
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (165 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCAC
CAAAATAATTGGTTTTGCTCATAAAAACTTATACAGAATAAAATAATCTAAATTTATTAAATTCC
AAAAATTAATAAGAAAAAAATGTTTTCTGAACACA
Found at i:7261 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 7085--7375 Score: 354
Period size: 160 Copynumber: 1.8 Consensus size: 160
7075 TCATACAAGT
* * * * *
7085 TTATTTGGAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATT-TCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAA
1 TTATTCGGAATAAAATAATACTT-ATCTAATAATATTATCAAAAAC-AATAACTAAGAGAATTAA
* * * ** *
7148 AAAATAAATATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTT-ATTACTATTTGAATAATTATATATTTCA
64 AAAATAAATATACTTATCGAACTAATTCAAATAGTTAAGGA-TATATGAATAATTATATATTTCA
7212 AATCATAAAATAATTATTTATGTTCACATAAGC
128 AATCATAAAATAATTATTTATGTTCACATAAGC
* * *
7245 TTATTCGGAATAAAATAATACTTATCTAATAATATTATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCGGAATAAAATAATACTTATCTAATAATATTATCAAAAACAATAACTAAGAGAATTAAAA
* * ** * *
7310 AGTAAATTTTTTTGTCGAACTAATTCAAATAGTTAAGGATATATGAATAATTATCTATTTCAAAT
66 AATAAATATACTTATCGAACTAATTCAAATAGTTAAGGATATATGAATAATTATATATTTCAAAT
7375 C
131 C
7376 GTTATAACCT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 20, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTCGGAATAAAATAATACTTATCTAATAATATTATCAAAAACAATAACTAAGAGAATTAAAA
AATAAATATACTTATCGAACTAATTCAAATAGTTAAGGATATATGAATAATTATATATTTCAAAT
CATAAAATAATTATTTATGTTCACATAAGC
Found at i:8001 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 7701--8372 Score: 609
Period size: 177 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
7691 TACAAATAGT
* * * * *
7701 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
7766 TTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGAATAGACATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAAC
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* * *
7830 AAATTAAAATATATAGTTGTTCAAATAAGT-ATAATTATTTGAAGTGGTTCCA
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*
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* * * * *
7943 TTTATTATGAATAAACTTGGATAG-GTTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAAT
65 TTTATT-TGAATAAACTT-GATAGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * *
8007 GATTTAAAATAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGA
128 AATTTAAAAT-AT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGG-TTCA
* * * * * *
8062 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
8127 TTTATTCGAAATAAA-TTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAAGGTTGTAA
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* * * **
8191 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGAACTAATTCA
127 CAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCA
* * * *
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1 -TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
8305 TCTATTTCAAATAAACTTG-TATG-TTCA-AAATTATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TACTA
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126 ACAATTT
8373 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 69, Indels: 51
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 16 0.04
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179 10 0.03
180 52 0.13
181 31 0.08
182 56 0.14
183 8 0.02
184 56 0.14
185 19 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTGAATAAACTTGATAGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
TTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCA
Found at i:8174 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8122--8176 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
8112 TTAATTTAGT
*
8122 ATTATTTTAT-TC-GAAATA
1 ATTATTTTATGACAGAAATA
8140 A--ATTTATATGAACAGAAATA
1 ATTATTT-TATG-ACAGAAATA
8160 ATTATTTTATGACAGAA
1 ATTATTTTATGACAGAA
8177 CAAAAAGGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 10
0.73 0.02 0.24
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.13
17 3 0.10
18 1 0.03
19 1 0.03
20 13 0.43
21 4 0.13
22 4 0.13
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
ATTATTTTATGACAGAAATA
Found at i:8219 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8198--8230 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
8188 TAACAATTTG
8198 AAATAG-ATAATTGTTC
1 AAATAGCATAATTGTTC
8214 AAATAGTCATAATTGTT
1 AAATAG-CATAATTGTT
8231 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTGTTC
Found at i:8750 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8433--10047 Score: 1190
Period size: 181 Copynumber: 9.0 Consensus size: 180
8423 AAAGGTAATA
* * * * * * *
8433 AAATAGATAATTATTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAATTGATTTAGTAAACTGATTTA-TTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
8496 TAAA--TC-TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTGGATAAACTTT
64 TAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATAAGCTTG
* * *
8558 TGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATATCGATTTT
129 TATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATATCGATTTG
* * * *
8609 AAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTC
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-
*
8674 AAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCGAATAAGCTT
65 AAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAATAAGCTT
* * * * * *
8738 GTTTAAACTA-AAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAT-GATTTG
128 GTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATATCGATTTG
* * * * * *
8789 AAATAGATAACTATTCTAATAATCT-TAACTATTT-AAATTGATTCAGCAAACATATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * *
8852 TTAAT-T-AT-TTATTAA-TTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATTAA-C
64 TAAATCTCTTCTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-GAA-TAAGC
* *
8912 TTGTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAT-GATTTG
126 TTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ATCGATTTG
* * * * ** * * * * *
8965 AGATTGATATTTGTCCAAATAGTCGTAACTATTAG-AATTACTTTAGAAAACA-ACTTTAGTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATT-GTTCAGTAAACAGA-TTTATTTTT
* * * * * *
9028 TAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTAGTTTATTTCGGAT-A-CG
64 TAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTTTTCGAATAAGCT
* * * * * * * *
9091 T-TATTAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAA-AGTTAAAACTATTTT
127 TGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATATCGATTTG
* * * *
9143 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTT
* * * *
9208 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTT
65 AAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-GAATAAGCT
* * * * * * *
9272 TGTATGAACTA-AAATAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTG
127 TGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATATCGATTTG
* * *
9325 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTT-AAATTGGTTC-GACAAACATATTTATTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAAATT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTT
* * **
9387 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATAATTTTAATCGAATAAGC
63 TTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATAAGC
* * * * * *
9451 TTATGTGAA-AAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCAT-TACAATTTG
126 TTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAT-CGATTTG
* * * * *
9504 AGATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTG-AATTGGTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
** * * *
9568 AAA--TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTAT
65 AAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAATAAGCT-T
*** * * *
9629 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACCTCAAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTA
128 GTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ATCGATTTG
* ** * *
9681 AAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTT-AAACTTGTTC-GATAAACATATATATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAA-TTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * ** * *
9744 TAAATCTCCTACGTATTAACTTGTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAGTCTAAATAAACT
64 TAAATCT-CTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-GAATAAGCT
* * **
9809 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTAACTTTTTG
127 TGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATATCGATTTG
* * * ** * *
9862 AAATAAAAAATTGCTCAAATAGTCT-TAA-TAATTTGAGCTTACTT-AGTAAACAGATTCATTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACT-ATTTGAAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * * * *
9924 ATAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
63 TTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAATAAGC
* * * * * * *
9989 TTGTATGGAC-ATAAACAATT-TGTTTATCACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTG
126 TTGTATGAACTAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGATCATATCGATTTG
10043 AAATA
1 AAATA
10048 AATAGCAAAT
Statistics
Matches: 1139, Mismatches: 223, Indels: 149
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 66 0.06
176 171 0.15
177 119 0.10
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180 176 0.15
181 323 0.28
182 88 0.08
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATAAGCTTGTA
TGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATATCGATTTG
Found at i:9690 original size:356 final size:356
Alignment explanation
Indices: 8433--10047 Score: 1335
Period size: 356 Copynumber: 4.5 Consensus size: 356
8423 AAAGGTAATA
* * *
8433 AAATAGATAATTATTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAATTGATTTAGTAAACTGATTTA-TTTT
1 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCCATAACTATTT-AAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
8496 TAAATCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTGGATAAACTTT-T
65 TAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTCTGAAT-AACTTTGT
* * *
8559 GTGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT-ATCGATTTTAAATAGATAATTAT
129 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
8623 TTAAATAGT-TATAGCTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTCCT
193 TCAAATAGTCT-TAACTATTT-AAATTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * * * **
8686 TATTAATTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTTTAAACTAAA
254 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTATTGAAAAGAAA
* * * **
8750 AAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCAAAATGATTTG
318 CAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGATCAAAACAATTTG
* * * * *
8789 AAATAGATAACTATTCT-AATAAT-CTTAACTATTTAAATTGATTCAGCAAACATATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTATT-TAAATAGTCCATAACTATTTAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * *
8852 TTAAT-TATTTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATTAAC-TTG
65 TAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT-TCTGAA-TAACTTTG
* * * * * * *
8915 TATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTG
128 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
8978 TCCAAATAGTCGTAACTA-TTAGAATTACTTTAGA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGC
192 TTCAAATAGTCTTAACTATTTA-AATT--GTTCGATAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * **
9040 TTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTAGTTTATTTCGGATACG-TTATT-AATTGAA
253 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATTGAAAAGAA
* * *
9103 ACAATTGTTTTATGACAAGACAAAAAG-TTAAAACTATTTT
317 ACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAAGATCAAAACAATTTG
* * * *
9143 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATATCTAATTAAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCCATAACT-ATTTAAATTGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTT
* ** * * *
9206 TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGT
64 TTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTGAATAACT
* * * * * *
9271 TTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAAT
125 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
*
9336 TATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
190 TATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAATT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
9401 TATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATAATTTTAATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAA
254 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTAT-TGAAAAGAAA
* * **
9466 CAATTGTTGTATGACAAA-ATAAAGATCATTACAATTTG
318 CAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGATCAAAACAATTTG
* * * * * * * *
9504 AGATAGATAATTGTTTAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTT
1 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCCATAACTATTTAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * *
9568 AAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTATGT
66 AAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTGAATAACTT-TGT
*** * * *
9631 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACCTCAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGT
129 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
9695 TCAAATGGACATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATATATTTTTTAAATCTCCTACGTAT
193 TCAAATAGTCTTAACTATTTAAA-TTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
9760 TAACTTGTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAGTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
257 TAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTAT-TGAAAAGAAACA
** **
9825 ATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGATCCTAACTTTTTG
320 ATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGATCAAAACAATTTG
* * ** * * ** *
9862 AAATAAAAAATTGCTCAAATAGT-CTTAA-TAATTTGAGCTT-ACTT-AGTAAACAGATTCATTT
1 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCCATAACT-ATTT-AAATTGA-TTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
9923 TATAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA
63 TTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCT-GAATAA
* * *
9987 GC-TTGTATGGAC-ATAAACAATT-TGTTTATCACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATA
123 -CTTTGTATGAACTA-AAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATA
10048 AATAGCAAAT
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 187, Indels: 106
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 68 0.07
355 81 0.08
356 334 0.33
357 81 0.08
358 67 0.07
359 83 0.08
360 128 0.13
361 58 0.06
362 112 0.11
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
AAATAGATAATTATTTAAATAGTCCATAACTATTTAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
AAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTCTGAATAACTTTGTAT
GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATAGTCTTAACTATTTAAATTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
TTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATTGAAAAGAAACAATTGTT
TTATGACAAACAAAAAGATCAAAACAATTTG
Found at i:16789 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 16759--16821 Score: 72
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
16749 CATCATTAGC
* *
16759 ATATGGTACAGGCACATGTCGGT
1 ATATGGTACAGGCACATGCCGAT
** *
16782 ATATGGTATGGGCATATGCCGAT
1 ATATGGTACAGGCACATGCCGAT
*
16805 ATATGGTACAAGCACAT
1 ATATGGTACAGGCACAT
16822 ACCTTGACCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 9, Indels: 0
0.77 0.22 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 31 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
ATATGGTACAGGCACATGCCGAT
Found at i:17057 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 17006--17105 Score: 128
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44
16996 AGTTACCTCA
* * *
17006 AACACCATCGGCATATGCTGGCCCTTGCTACGAGCACTTGCCTT
1 AACACCATCAGCATATGCTGGCCCTTGATACGAGCACATGCCTT
* * *
17050 GAACACCATCAGCATATGCTGGGCCTTGATATGGGCACATGCCTT
1 -AACACCATCAGCATATGCTGGCCCTTGATACGAGCACATGCCTT
17095 AACCACCATCA
1 AA-CACCATCA
17106 ACACCTATAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 2
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.04
45 46 0.96
ACGTcount: A:0.25, C:0.32, G:0.20, T:0.23
Consensus pattern (44 bp):
AACACCATCAGCATATGCTGGCCCTTGATACGAGCACATGCCTT
Done.