genome.fa.s490.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168315.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_54, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150814

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55221--55261	20	2.0	20	90	0	64	53	0	0	46	1.00
55505--55544	10	4.2	10	81	12	57	42	0	0	57	0.98
55588--55646	22	2.5	23	81	15	68	49	1	3	45	1.28
55780--55832	17	2.8	20	77	16	67	50	0	1	47	1.12
55779--55841	20	3.3	20	73	10	60	50	0	1	47	1.10
55940--55994	21	2.8	19	77	20	60	45	1	5	47	1.36
56155--56228	21	3.3	22	77	12	62	58	1	1	39	1.15
56335--56370	18	2.0	18	89	10	56	41	0	2	55	1.14
56378--56451	30	2.4	29	82	10	78	45	0	2	51	1.15
57011--57501	177	2.7	179	80	8	495	41	10	7	39	1.69
58638--58700	23	2.8	23	76	4	67	44	3	0	52	1.17
59567--59622	19	2.8	19	81	5	58	46	3	1	48	1.30
59692--59762	22	3.2	23	72	20	69	54	0	0	45	0.99
59694--59780	45	2.0	44	84	6	113	56	0	0	43	0.99
60072--60122	18	2.9	18	85	11	70	47	1	9	41	1.48
60242--60281	20	1.9	20	85	10	53	50	2	2	45	1.28
60767--60797	12	2.6	12	89	0	53	45	0	0	54	0.99
60857--60952	26	3.7	26	77	12	83	55	1	1	42	1.13
60877--60932	21	2.8	19	75	19	60	53	1	0	44	1.11
61571--61617	19	2.5	20	83	13	64	44	0	4	51	1.21
61893--62176	143	2.0	143	80	5	315	44	4	8	41	1.56
62040--64230	181	12.2	175	73	8	615	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62068--63886	538	3.4	527	79	6	1588	39	7	10	42	1.69
62040--64230	537	4.1	526	76	8	1576	39	8	10	41	1.69
64095--64375	145	1.9	146	84	5	381	41	7	8	42	1.63
63975--64721	326	2.3	320	79	6	752	41	8	9	40	1.68
64414--64665	132	1.9	134	83	10	336	36	8	10	44	1.69
64810--65235	181	2.3	181	82	4	491	42	10	10	37	1.74
65405--65452	23	2.1	23	84	0	60	35	4	6	54	1.45
65515--65555	22	1.9	21	90	5	64	39	2	2	56	1.26
65662--65696	6	5.7	6	86	6	52	51	0	0	48	1.00
65693--65758	15	4.5	14	78	16	71	43	0	0	56	0.99
66486--66537	22	2.4	20	76	17	50	40	1	3	53	1.30
66665--66706	13	3.2	13	90	6	59	42	2	0	54	1.13
66669--66751	19	4.5	19	74	14	68	51	1	1	45	1.16
67616--67740	19	6.4	21	70	21	87	45	2	0	51	1.20
67627--67694	15	5.1	15	70	24	53	48	2	0	48	1.16
67614--67746	38	3.5	38	90	5	189	45	2	0	51	1.19
67611--67722	19	5.9	19	73	18	99	44	2	0	52	1.15
67766--67803	16	2.2	18	90	9	62	36	0	2	60	1.11
68041--68095	29	1.9	28	82	10	67	47	0	5	47	1.25
68939--68980	16	2.7	15	79	13	50	57	9	0	33	1.31
70071--70111	12	3.3	12	83	6	55	53	2	0	43	1.13
70461--70517	28	2.0	28	83	6	71	43	0	1	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70632--70694	27	2.3	27	84	10	76	42	4	4	47	1.45
71345--71411	16	4.1	17	71	19	61	50	0	1	47	1.10
71323--71413	27	3.6	26	77	13	77	49	1	1	48	1.15
72007--72055	13	3.6	14	77	17	50	48	0	2	48	1.12
72103--72144	17	2.5	17	80	7	50	54	0	2	42	1.13
72127--72183	28	1.9	31	82	10	75	49	1	1	47	1.22
72151--72192	21	2.0	21	85	0	57	52	2	0	45	1.13
72119--72212	17	5.2	17	68	18	57	52	2	1	44	1.20
72460--73029	181	3.2	179	80	7	571	41	9	8	41	1.67
73172--73216	22	2.1	21	83	4	54	51	8	2	37	1.46
73263--73295	16	2.1	15	94	5	57	57	0	0	42	0.98
73897--73958	31	2.0	31	81	12	74	43	6	0	50	1.28
75098--75127	14	2.1	14	100	0	60	50	0	0	50	1.00
75307--75340	13	2.5	13	90	4	50	47	0	2	50	1.16
75587--75911	181	1.8	180	79	4	377	41	7	11	40	1.68
76278--77179	181	5.0	179	76	6	637	39	7	9	42	1.67
76363--77179	362	2.3	359	79	6	808	39	7	9	42	1.67
77848--77950	16	6.4	16	70	17	63	51	0	1	45	1.19
77856--77920	32	2.1	31	88	8	96	52	0	3	44	1.16
78065--78140	13	6.1	13	70	14	61	44	0	2	52	1.14
78417--78442	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
78624--78696	21	3.5	22	71	21	59	46	0	1	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78646--78701	21	2.8	19	75	19	60	44	0	1	53	1.11
78628--78721	26	3.7	26	78	12	81	42	1	1	55	1.14
78781--78811	12	2.6	12	89	0	53	54	0	0	45	0.99
79458--79508	18	2.9	18	85	11	70	41	9	1	47	1.48
79800--79886	45	2.0	44	84	6	113	43	0	0	56	0.99
79915--79964	8	6.4	8	75	13	50	36	4	2	58	1.29
79955--80011	19	2.9	19	78	5	60	49	1	3	45	1.29
80052--80106	29	1.9	28	82	10	67	47	0	5	47	1.25
81776--81804	15	1.9	15	100	0	58	20	0	3	75	0.94
83210--83245	18	2.0	18	89	10	56	55	2	0	41	1.14
83348--83396	15	3.2	16	80	11	59	42	0	0	57	0.99
83769--83831	20	3.3	20	73	13	60	47	1	0	50	1.10
83791--83826	17	2.1	17	89	0	54	44	2	0	52	1.15
83963--84022	22	2.5	23	79	17	61	45	3	1	50	1.28
84393--84675	142	2.0	143	82	6	342	43	5	8	41	1.59
84539--86734	181	12.2	177	73	9	948	39	8	10	41	1.69
84800--86434	538	3.0	529	80	5	1568	39	7	10	42	1.69
86599--86879	145	1.9	146	87	5	408	40	6	9	43	1.64
86918--87175	138	1.9	138	85	7	364	36	8	9	44	1.69
86473--87253	318	2.4	319	79	7	807	41	8	9	40	1.68
87320--87726	181	2.2	181	82	2	485	42	10	10	36	1.74
87999--88039	22	1.9	21	90	5	64	39	2	2	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88146--88180	6	5.7	6	86	6	52	51	0	0	48	1.00
88177--88244	15	4.5	14	74	20	57	44	0	1	54	1.09
88918--88969	22	2.4	20	76	17	50	40	1	3	53	1.30
89097--89138	13	3.2	13	90	6	59	42	2	0	54	1.13
89101--89183	19	4.5	19	71	16	68	49	2	1	46	1.22
90515--90570	14	3.8	15	77	17	55	46	0	1	51	1.11
90531--90591	18	3.1	19	76	11	61	45	0	0	54	1.00
90598--90652	25	2.2	25	84	12	69	52	0	1	45	1.11
90627--90673	16	3.1	17	82	17	59	46	0	4	48	1.21
90772--90846	20	3.7	20	73	7	71	46	2	1	49	1.24
90861--90898	16	2.2	18	90	9	62	36	0	2	60	1.11
90957--91000	22	2.1	21	88	12	65	40	0	2	56	1.11
91315--91377	27	2.3	27	84	10	76	47	4	4	42	1.45
91492--91548	28	2.0	28	83	6	71	54	1	0	43	1.10
91979--92024	24	2.0	23	82	4	56	50	4	2	43	1.34
92653--92699	16	3.1	15	79	17	53	51	4	0	44	1.21
92942--93001	23	2.5	24	82	15	72	43	3	1	51	1.28
93052--93107	25	2.2	25	77	3	58	42	7	3	46	1.48
93268--93311	24	1.9	24	90	9	74	54	4	4	36	1.41
93449--93486	18	2.0	20	85	10	53	28	5	2	63	1.30
93550--93603	21	2.6	21	80	8	65	44	1	0	53	1.11
93550--93594	22	2.1	21	87	4	63	42	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93694--93755	21	2.7	21	79	16	61	46	0	0	53	1.00
93711--93750	16	2.5	16	84	11	55	50	0	0	50	1.00
93918--93987	36	1.9	36	82	5	88	47	2	1	48	1.25
94063--94123	27	2.2	29	80	11	74	50	0	0	49	1.00
95023--95079	17	3.4	17	78	4	53	47	0	0	52	1.00
95047--95108	9	7.1	9	74	20	51	45	0	1	53	1.10
95201--95261	17	3.0	21	75	22	58	44	0	3	52	1.17
95193--95232	19	2.1	19	85	0	53	47	0	2	50	1.14
95195--95272	26	2.9	26	70	18	63	46	0	2	51	1.14
95675--95742	27	2.6	28	84	9	81	47	1	0	51	1.09

Tables:   1   2   3   4