Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168315.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_54, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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132587 ACTATTCATA
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*
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1 TATA
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TATACATTTAATTAT
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132596 ATATACATTT
* *
132606 AATTATTATACT-ATTTGATTATTATAA
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*
132633 AATTATTAACTAATTTAATTGTAATAA
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*
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1 AATTATTAA
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AATTATTAACTAATTTAATTATAATAA
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133411 CATATGAAGC
* *
133421 AATATTTTAGATATTAAATA
1 AATATTTTAAATAATAAATA
133441 AATA-TTTAAATAATAAAT-
1 AATATTTTAAATAATAAATA
*
133459 ATTATTTATAAATA
1 AATATTT-TAAATA
133473 TAATAGTAAT
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AATATTTTAAATAATAAATA
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133437 AATAAATATT
*
133447 TAAATAATAAATA-TTATTTA
1 TAAATAAT-AATAGTAATTTA
133467 TAAAT-ATAATAGTAATTTA
1 TAAATAATAATAGTAATTTA
133486 T-AATAATAA
1 TAAATAATAA
133495 ATTACTAATA
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TAAATAATAATAGTAATTTA
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133479 TAATTTATAA
133489 TAATAAAT-TACTAATAAAT
1 TAATAAATATACT-ATAAAT
**
133508 TAATATTTATACTATAAAT
1 TAATAAATATACTATAAAT
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1 TAATAA
133533 CAATAATTAA
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TAATAAATATACTATAAAT
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134578 TACATTAGTT
134588 ATTATT-AAATATAA
1 ATTATTAAAATATAA
134602 ATTATTAAAATATAA
1 ATTATTAAAATATAA
134617 A
1 A
134618 CTAAATAAAT
Statistics
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ATTATTAAAATATAA
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134998 TATAAATTGG
* *
135008 ATATTA ATACTTA ATTATTA ATATTT ATATAA ATATT- ATAATTA ATATTA
1 ATATTA ATA-TTA A-TATTA ATATTA ATATTA ATATTA AT-ATTA ATATTA
* * * *
135058 TTA-T- ATATTAA ATATT- -TAATA ATATTT ATAATA ATAATT- ATAGTTA
1 ATATTA ATATT-A ATATTA ATATTA ATATTA ATATTA AT-ATTA ATA-TTA
* *
135104 ATATT- AT-TTGAA ATAATTA ATATTAA ATAATTA TTATAA ATATT- ATATT-
1 ATATTA ATATT--A AT-ATTA ATATT-A AT-ATTA ATATTA ATATTA ATATTA
*
135153 AT-TTT A-ATTA ATATT- ATATT- -TATTA TATATTA
1 ATATTA ATATTA ATATTA ATATTA ATATTA -ATATTA
135185 TAATTATATA
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ATATTA
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135031 TTTATATAAA
135041 TATTATAATTAATAT
1 TATTATAATTAATAT
135056 TATTATATATTAA-A-
1 TATTATA-ATTAATAT
135070 TATT-TAA-TAATA-
1 TATTATAATTAATAT
135082 T-TTATAA-TAATA-
1 TATTATAATTAATAT
*
135094 -ATTATAGTTAATAT
1 TATTATAATTAATAT
* *
135108 TATT-TGAAATAATTAA
1 TATTAT-AATTAA-TAT
135124 TATTA-AA-T-A-AT
1 TATTATAATTAATAT
*
135135 TATTATAAATATTATAT
1 TATTAT-AAT-TAATAT
*
135152 TATTTTAATTAATAT
1 TATTATAATTAATAT
*
135167 TA-TAT--TTATTAT
1 TATTATAATTAATAT
135179 ATATTATAATTATATAT
1 -TATTATAATTA-ATAT
*
135196 AATTATAATTA
1 TATTATAATTA
135207 TTAATTATAA
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TATTATAATTAATAT
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135016 ACTTAATTAT
* *
135026 TAATATTTATATAAATATTATAATTAATATTA-TT-ATAT-ATTAAATATTTAA
1 TAATATTTATATAAATATTATAATTAATATTATTTGAAATAATT-AATATTAAA
*
135077 TAATATTTATA-ATAATAATTATAGTTAATATTATTTGAAATAATTAATATTAAA
1 TAATATTTATATA-AAT-ATTATAATTAATATTATTTGAAATAATTAATATTAAA
*
135131 TAAT-TAT-TATAAATATTATA
1 TAATATTTATATAAATATTATA
135151 TTATTTTAAT
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TAATATTTATATAAATATTATAATTAATATTATTTGAAATAATTAATATTAAA
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135013 AATACTTAAT
*
135023 TATTAATATTTA-TATAAAT-ATTA
1 TATTAATAATTATTATAAATAATTA
* *
135046 TAATTAAT-ATTATTATATATTAAATA
1 T-ATTAATAATTATTATA-AATAATTA
135072 T-TTAATAA-TATTTATAATAATAATTA
1 TATTAATAATTA-TTAT-A-AATAATTA
135098 TAGTTAAT-ATTATT-TGAAATAATTAA
1 TA-TTAATAATTATTAT-AAATAATT-A
135124 TATTAAATAATTATTATAAAT-ATTA
1 TATT-AATAATTATTATAAATAATTA
135149 TATTA
1 TATTA
135154 TTTTAATTAA
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TATTAATAATTATTATAAATAATTA
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135104 ATATTATTTG
135114 AAATAATTAATATT
1 AAATAATTAATATT
*
135128 AAATAATTATTA-T
1 AAATAATTAATATT
135141 AAAT-ATT-ATATT
1 AAATAATTAATATT
**
135153 ATTTTAATTAATATT
1 A-AATAATTAATATT
135168 A
1 A
135169 TATTTATTAT
Statistics
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AAATAATTAATATT
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135030 ATTTATATAA
* * *
135040 ATATTATAATTAATATTATTATATATTAA
1 ATATTTTAATTAATATTA-TAAATATTAT
135069 ATA-TTTAA-TAATATT-TATAATA--AT
1 ATATTTTAATTAATATTATA-AATATTAT
* *
135093 A-ATTATAGTTAATATTATTTGAAATAATTA-
1 ATATTTTAATTAATATTA--T-AAAT-ATTAT
*
135123 ATA--TTAAATAATTATTATAAATATTAT
1 ATATTTTAATTAA-TATTATAAATATTAT
**
135150 ATTATTTTAATTAATATTATATTTATTAT
1 A-TATTTTAATTAATATTATAAATATTAT
*
135179 ATATTATAATTATATAT
1 ATATTTTAATTA-ATAT
135196 AATTATAATT
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ATATTTTAATTAATATTATAAATATTAT
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135137 TTATAAATAT
135147 TATATTAT-TTTAATTA
1 TATATTATATTT-ATTA
135163 -ATATTATATTTATTA
1 TATATTATATTTATTA
*
135178 TATATTATAATTA-TA
1 TATATTATATTTATTA
*
135193 TATAATTATAATTATTA
1 TAT-ATTATATTTATTA
*
135210 -ATTATAATATTTAT
1 TA-TATTATATTTAT
135224 AATAAGTAAA
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TATATTATATTTATTA
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135164 TATTATATTT
135174 ATTATA TATTATA ATTAT- A-TATA ATTATA ATTATTA ATTATA AT
1 ATTATA -ATTATA ATTATA ATTATA ATTATA ATTA-TA ATTATA AT
135218 ATTTATAATA
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ATTATA
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135135 TATTATAAAT
*
135145 ATTATATTATTT-TAATTA-A
1 ATTATAATATTTATAATTATA
*
135164 TATTAT-ATTTATTATATATTATA
1 -ATTATAATAT-TTATA-ATTATA
*
135187 ATTATATATAATTATAATTATTA
1 ATTATA-ATATTTATAATTA-TA
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1 ATTATAATATTTATAAT
135227 AAGTAAAAAT
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ATTATAATATTTATAATTATA
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135120 TTAATATTAA
* * **
135130 ATAATTATTATAAATATTATATTATTTTAA-T
1 ATAATAATTATAATTATTATA-TATAATAATT
* *
135161 -TAAT-ATTATATTTATTATATATTATAATT
1 ATAATAATTATAATTATTATATATAATAATT
*
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1 ATAATAA
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ATAATAATTATAATTATTATATATAATAATT
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135419 TCAATCTTTA
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1 ATTATTATTATAAAGTAATTAAATAAATTTAGATAACTAAATTAAT
* *
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1 ATTATT-ATTATAAAGTAATTAAATAAATTTAGATAACTAAATTAAT
*
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1 ATTATTA
135524 ATGTAGTTTA
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*
135651 ATATTATATTTAATTA
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135667 ATATTATATTTAAATA
1 ATATTATATTTAAATA
135683 AT
1 AT
135685 TGTATAGATT
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ATATTATATTTAAATA
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136168 TAAGTAAGAG
136178 ATTTAAAAAATAAATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTA
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1 ATTTAAAAAATAAATTTA
136214 TCTATCGAAT
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ATTTAAAAAATAAATTTA
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Indices: 136196--138563 Score: 1195
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136186 AATAAATTTA
* * * * * * *
136196 ATTTAAAAAATAAATTTATCTATCGAATC-ATTTCAAACAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAATCAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * *
136259 TACTT-CAAATCATTTTGACCATTT-TTTAGTCATAAAACAGTTGTTTCAATTCA-ACAAGCTTA
64 TATTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA
* * *
136321 TTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAG
128 TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
* * * * *
136371 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* *
136435 ATTTAAAAAT-GTTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAG
65 ATTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTA-
* * ** *
136499 ATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAA
128 TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
* * * * ** * *
136548 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATCTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
** * * *
136612 A-TTGCAAATCATTATAACCTTTTTATTTTGTCA-AAACACAATTGTTTTTAATCATACAAGCTT
65 ATTTAAAAATCGTTATAACC-TTTTATTTTGTCATAAA-ACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTT
* * * * *
136675 ATTCAAAATAAAATTATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAACAA
127 ATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT--TAA-TAAGAG
* * * * * *
136729 ATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAATCTAGTTCAAATAATTCTAACTATTTGAACAATTATCAA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * ** * * * *
136794 TCT-CAAATTGTTA-AAAGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCCTATT
66 TTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATT
* *
136857 CA-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
130 -AGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
* * * * * * * * * *
136905 ATTTAAAAATTAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTAAAAACAATTAGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * *
136970 TTT-CAAATAGTT-TAAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATGTCTTATAAGCTTAT
66 TTTAAAAATCGTTAT-AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTA-
* * * * * **
137033 TTGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGTAAAAG
128 TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AG
* * * * * *
137086 ATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGTTTAAAAAGTTGTGACTATTTGATTAATTAT-T
1 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * *
137150 -TTTATAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA
65 ATTTA-AAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA
* * ** ** *
137214 TCCA-AA-ATAA-AA-A-TAA--T-TTAATAAGT-AGGAGTT--T---A-
128 T-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
** * * * * * *
137249 A---AAA-AATAAATTTGTTTATTGAA-CAAATTCAGATAGTTACAACCATTTGAACAATTGTCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * *
137309 ATTT--AAATCATTATGA-----TGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTT-AGTTCATACAAGCTTA
65 ATTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCA-TTCATACAAGCTTA
* * *
137366 TTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTG
128 TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A--G
* * * * * * * * * * ** * *
137420 ATTTAAAAAGTGAATCTATATGCGAAAT-TAGTTTAAATAATTAT-GGTCATTTCAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAATCAAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAATAATTATC
* * * * * * ** * *
137483 TATTT-CAAATCATTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT-TTTTTTATCATACATGATTA
64 TATTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTA
* * * *
137546 TTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAAAG
128 TTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
* * * * * * * * *
137596 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTCTAT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * *
137660 ACTTT---AATCATTATAACATTTT-TTAATGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
65 A-TTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATT-TTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTT
* * * * * *
137721 ATTCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGG
127 ATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAG
* * * *
137776 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACCAATCAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATC
* ** * * * * *
137839 TATTT-CAAATTATTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTT
64 TATTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT-TC-ATTCATACAAGCTT
* * * *
137902 ATTCGAACTAAAATAA-AATGAATTTATTAATGTTTCAAAAAAAATAAGTAAGAG
127 ATTAGAA-TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC--AAAAATTAA-TAAGAG
* * * * * *
137956 ATTTAAAAAAT-AATTCTGTTCACCTAA-CTAGTTCAAAAAATTAT-ACTATTTGAACAATTATA
1 ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACC-AATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * * *
138018 TATTT-CAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTCGTTCATATAAGTTTA
64 TATTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTA
* * * **
138082 TTCGGAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAATTG
128 TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
* * * * * * * * * ** * *
138132 ATTTAGACAATAAATTTATATATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTGTTTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * **
138197 TTT-CAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
66 TTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATT
* * * ** * * *
138261 TGCATTAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAA
130 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT--CAAAAATTAA-TAAGAG
* * * * * * *
138313 ATTTTAAAAAT--A--TGTTTACCACTCTAGATCAAATAATTATGACAATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
138374 TTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGA-TTTGTCATAAAAGAGTTGTTTCAGTTCATATAAGCTTAT
66 TTTAAAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTAT
* * * *
138437 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATGAAGAG
129 T-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAT-AAGAG
** * * * * * * * ** *
138490 ATTTTTAAAATGACTTTGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTACCTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
*
138555 TTTGAAAAT
66 TTTAAAAAT
138564 AAATCTGTTT
Statistics
Matches: 1683, Mismatches: 380, Indels: 253
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
151 1 0.00
152 34 0.02
153 5 0.00
154 3 0.00
155 2 0.00
157 14 0.01
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160 9 0.01
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168 1 0.00
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183 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
TTTAAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
Found at i:137079 original size:357 final size:352
Alignment explanation
Indices: 136244--137198 Score: 885
Period size: 357 Copynumber: 2.7 Consensus size: 352
136234 AGTTAAGACT
* * ** * *
136244 ATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTTTGACCATTTTTTAGTCATAAAACAGTTGTTTCAAT
1 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTAAACCTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AT
* * *
136309 TCAACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG---AG
65 TCTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * *
136371 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTA
130 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAA
* * * *
136436 TTTAAAAATGTTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAT
194 TCTAAAAATGTTATAAACTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATAATACAAGCCTA-AT
* * ** *
136501 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA
258 GCAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATA
* * *** *
136566 TTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCC
323 TTTACCAAACCAGTTAAAATAATAAAAACA
* *
136596 ATCT-GAATAATTATCTATTGCAAATCA-TTATAACCTTTTTATTTTGTCA-AAACACAATTGTT
1 AT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTA-AACC-TTTT-TTTAGTCATAAA-ACAATTG-T
* * * * * * *
136658 TTTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATTATACTAATTGATTAATATTTCAAAAA-TAATAA
60 TTCATTC-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAA
* * *
136722 GTAACAAATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAATCTAGTTCAAATAATTCTAACTATTTGAACAA
124 GTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
* * * ** * *
136787 TTATCAATCTCAAATTGTTA-AAAGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATAGAA
187 TTATCAATCTAAAAATGTTATAAACTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGATAATACAA
* *
136850 GCCT-ATTCAATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
251 GCCTAATGCAA-T-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAA
* * * * * *
136914 TTAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTAAAAACA
314 ATAAATATATTTACCAAACCAGTTAAAATAATAAAAACA
* *
136953 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTTAAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA
1 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTAAACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
* ** * * * *
137017 TGTCTTATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGTA
64 T-TC-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGTA
* * * **
137082 AAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGTTTAAA-AAGTTGTGACTATTTGATTAAT
127 AAA-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAA-TTATAACTATTTGAACAAT
* * * * ** *
137146 TAT--TTTTATAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCA
188 TATCAATCTA-AAAAT-GTTATAAACTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
137199 ATTCATAAAA
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 93, Indels: 48
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 2 0.00
352 25 0.05
353 7 0.01
354 23 0.05
355 54 0.11
356 63 0.13
357 161 0.33
358 120 0.25
359 28 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (352 bp):
ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTAAACCTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATT
CTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAA
TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATC
TAAAAATGTTATAAACTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATAATACAAGCCTAATGCA
ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTT
ACCAAACCAGTTAAAATAATAAAAACA
Found at i:138201 original size:356 final size:352
Alignment explanation
Indices: 137325--138482 Score: 1060
Period size: 356 Copynumber: 3.3 Consensus size: 352
137315 ATCATTATGA
* * * *
137325 TGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
137389 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATATGCGAAATTAGTTT
66 TATTAATATTCCAAAAATTAATAACT-A-TGATTTAAAAA-TAAATTTATATTC-AAACTAGTTC
* * *
137454 AAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTGGTCATA
127 AAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCATA
* * * *
137518 TAACAATTTTT-TTTATCATACATGATTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTT-T
190 AAACAATTTTTCTAT-TCATACA-GCTTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTAA
* * * * *
137581 AAAAATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTA
253 AAAAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAACT-AGTTCAAATAATTATGACTA
* *
137645 TTTAAACAATTCTATACTTT--AATCATTATAACATTTT
316 TTTGAACAATTATATA-TTTCAAATCATTATAAC-TTTT
** *
137682 T-TAATGTCATAAAAC-AAT-TATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAA
1 TGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
137743 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCAAT
64 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT-A-TGATTT-AAAAATAAATTTATAT-TCAAACTAGT
* * * * * *
137808 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTCTTATCAT
125 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTGTCAT
* * * *
137873 AAAACAATTTTCTCAATTCATACTAGCTTATTCGAACTAAAATAA-AATGAATTTATTAATGTTT
189 AAAACAATTTT-TCTATTCATAC-AGCTTATTAGAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATCTTT
* * *
137937 CAAAAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTCACCTAACTAGTTCAAAAAATTAT-A
251 -AAAAAAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-TCTGTTTACC-AACTAGTTCAAATAATTATGA
*
138001 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTT
313 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACTTTT
* * * ** * *
138041 TGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTC-GTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATA
1 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* *
138105 TATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T-TGATTTAGACAATAAATTTATATATCAAACTAGTTCAA
66 TATTAATATTCCAAAAATTAATAACTATGATTTA-AAAATAAATTTATAT-TCAAACTAGTTCAA
* * * * **
138168 ATAATTATGACTATTTGAGCAATTGTTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAA
129 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAA
* * * * * * *
138233 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGCATTAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTTGACA
193 CAATT-TTTCTATTCATAC-AGCTTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT-CTTT-AAA
** * * * * * *
138298 ATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAAT-A--TGTTTACCACTCTAGATCAAATAATTATGACAATT
254 AAAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATCTGTTTACCA-ACTAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * * *
138360 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
318 TGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACTTTT
* * ** * *
138395 TGATTTGTCATAAAAGAGTTG-TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
*
138459 TATTAATAATCCAAAAATTAATAA
66 TATTAATATTCCAAAAATTAATAA
138483 TGAAGAGATT
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 120, Indels: 63
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 1 0.00
353 26 0.04
354 105 0.16
355 6 0.01
356 274 0.42
357 79 0.12
358 5 0.01
359 34 0.05
360 110 0.17
361 10 0.02
362 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (352 bp):
TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCCAAAAATTAATAACTATGATTTAAAAATAAATTTATATTCAAACTAGTTCAAAT
AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAA
TTTTTCTATTCATACAGCTTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTAAAAAAAATA
AGTAAAAGATTTAAAAAATAATCTGTTTACCAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
TATATATTTCAAATCATTATAACTTTT
Found at i:138890 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 138559--139380 Score: 850
Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 180
138549 TACCTATTTG
* * * ** *
138559 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCTAATCA-TTATGGCTATTTGAGCAATTATTTATTTCA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* ** * * * *
138623 ACAT-GTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAT
65 A-ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-
* * ** *
138687 TAAAATAATATTAATTAATTAATATT-TGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
128 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * * *
138739 AAAATAAATATATTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTCATTAATATTTCAATAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
138804 ATCATTATGACCTTTTCTTTTCTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTA
66 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TA
* * * *
138869 AGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAGA
130 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-A
* * * * * *
138921 AAAA-GAATATTTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-A
* * *
138985 AAT-ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGCTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCGAA
65 AATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAA
* *
139048 TAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAA
128 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* ** * * *
139100 AAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * ** * *
139165 ATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGGTCATAAAAAGCTTTTTTGAAAT
66 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTG-AAT
* * *
139230 AAAATAGTACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
129 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * *
139282 AAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
** ** * *
139347 ATTGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAAT
66 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
139381 ATTTTGTATT
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 96, Indels: 28
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 15 0.03
180 210 0.40
181 202 0.38
182 104 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
Found at i:138965 original size:424 final size:421
Alignment explanation
Indices: 138155--138988 Score: 1003
Period size: 424 Copynumber: 2.0 Consensus size: 421
138145 ATTTATATAT
* *
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** * * * *
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* * * ****
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* * * * * * * *
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* *
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* ** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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** * * *
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* * * * * **
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*
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* * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * ** * *
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* * *
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* ** * *
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* **
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* *
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*
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* *
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1 TA
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* *
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* * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * * * ** *
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* * ** * * *
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** *** * ** * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*** * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * * *
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* *
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* * * * * * *
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*** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TTATGAATAGAAACAATT
* * *
145414 ATTTTATGACAAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
65 GTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
145459 ATTGTTTCAA
Statistics
Matches: 961, Mismatches: 187, Indels: 74
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 76 0.08
177 63 0.07
178 3 0.00
179 186 0.19
180 345 0.36
181 281 0.29
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
Found at i:145431 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 144093--145458 Score: 1240
Period size: 361 Copynumber: 3.8 Consensus size: 358
144083 ATTTCTCAAA
* * * * * *
144093 TTTTGAAATATTAATAAAG-TAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAA-ATGAAACAAT
1 TTTTGGAATA-TAAT-AAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATA-GAAACAAT
* * * *
144156 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *** * * * *
144220 TATTTAAACTTGTTTGGTATACAGATTTATTTTTT-AATTGCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATG
127 TATTTGAACATGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATA
* * * * * *
144283 TTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CATGTATCAAC-TAAACAATTATTTTATAAC
190 TTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGTTA-GTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * *
144346 TAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
253 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTA-AATAGTCATAACTATTTGAACTCG
*** * *
144411 TTCAACAAATACATTTATTTATTAAATCTCTTACTTATTAAT
317 TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * * * *
144453 TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTA
1 TTTTGGAATATAATAAG-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * *
144518 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
144582 TTGAA-TTGATCCAATAAACAGATATAGTTTTTAAA--TCT-CCTATTAATTTTTAAAATATTAA
130 TTGAACATG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * *
144643 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC
194 TAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGTTAGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * **
144708 -AGAGGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAA-TAATTTGAACTCACTC
258 AAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTCGTTC
* * *
144771 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATAT-TTACTTATAAAT
320 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
144809 TTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTG
1 TTTTGGAA-TATAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * ** * * * *
144874 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATGGTCATAATTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-
* * * * * * *
144939 TTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATATATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAG
129 TTTGAACATGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
145004 TAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAA
194 TAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAG-TTAGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * *
145068 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AGACTTGTTT
257 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGA-ACTCGTTC
* * *
145132 GGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
320 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
145171 TTTTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCCTATATGAATTGATATAATTG
1 TTTTGGAATA-TAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
145236 TTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAC-GTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTATTACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*** * *
145300 TTGAAC-TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAA
130 TTGAACATGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
145364 TAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGTTAATATGAACAAAAATAATCATTTTATGACAAAAA
194 TAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGTTAGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAA
*
145429 CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
257 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
145459 ATTGTTTCAA
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 174, Indels: 63
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 5 0.01
356 115 0.14
357 128 0.16
358 33 0.04
359 91 0.11
360 139 0.17
361 197 0.25
362 92 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TTTTGGAATATAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACATGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAATATTATTTTATTTGAATAAGTTAGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGGTAAA
TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
Found at i:146110 original size:660 final size:659
Alignment explanation
Indices: 144847--146118 Score: 1526
Period size: 660 Copynumber: 1.9 Consensus size: 659
144837 TTTATTTTGT
* * *
144847 ATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGA-GATTTGAAATA
* * *
144912 GATAATTGTGCAAATGGTCATAATTATTTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATATATT
65 GATAATTGTGCAAATAGTCATAATTATTTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTCATTTTATAAATT
* * * * * * *
144977 TTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
130 CTCACTTATTAATCTTTAGAATATTAATAAATTTAAATAATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
* * * *
145042 ATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
195 ACAAAAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAA
* * ** ** * *
145107 TAGTCATAACTATTTAGACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
260 TAGTCATAACTATTTAGAATGGTAAGCCAAATAGATACATTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATT
*** * * * * * * ** * *
145172 TTTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCCTATATGAATTGATATAATTGT
325 TTCAAAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATATGACTATATGAACAGAAACAATTGT
* * * *
145237 TTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTATTACTATTT
390 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATTACTAATT
* * * * * *
145302 GAACTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
455 GAACTGTATGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTGAAATAGTAATAA
* ** * * *
145367 ATTAATATTATTTTAATATGAATAAGTTAATATGAACAAAAATAATCATTTTATGACAAAAACAA
520 ATCAATATTATTTTAATACAAAAAACTTAATATGAACAAAAACAATCATTTTATGACAAAAACAA
* *
145432 AAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAAATTGTTTCAATCATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAA
585 AAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAAATTGTTTCAATCATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAA
145497 CAAATTTTAA
650 CAAATTTTAA
* * * *
145507 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAACACAAAAGGTTAT-AGCAATTTGAACT
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAG--ATTTGAAAT
* * * * *
145571 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAAT
64 AGATAATTGTGCAAATAGTCATAATTATTTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTCATTTTATAAAT
*
145635 CTCTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATAATGTTATTATG-AATAAGCTTGT
129 -TCTCACTTATTAATCTTTAGAATATTAATAAATTTA-AATAATGTTATT-TGAAATAAGCTTGT
* **
145698 ATGAACAAAAACAATTGTTTTGTAAG-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAGATAATTGT
191 ATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTGT
* *
145762 TCAAATAGTCATAATTATTT-GCAATGGTCAAGCCAAA-AGGTACATTTTCTAAATC-CATTACT
255 TCAAATAGTCATAACTATTTAG-AATGGT-AAGCCAAATAGATACATTTTCTAAATCTC-TTACT
* * *
145824 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAT-ATTATATGAACAGA
317 CATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAAT-ATGACTATATGAACAGA
* ** * *
145888 AACAATTGTTTTATGATAAAACAATTGGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTGGTT-AAATAGT
381 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-TTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGT
* *
145952 TA-TACTAATTGAATTGGTATGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTTG
444 TATTACTAATTGAACT-GTATGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTG
* * * **
146016 AAATAGTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAACAAACTT-ATATGAACAAAAACATTTGTTTT
508 AAATAGTAATAAATCAATATTATTTTAATACAAA-AAACTTAATATGAACAAAAACAATCATTTT
* *
146080 ATGAC-AAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAA
572 ATGACAAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAA
146119 TTATTCAAAT
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 88, Indels: 28
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
658 1 0.00
659 37 0.07
660 341 0.67
661 125 0.25
662 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (659 bp):
ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAGATTTGAAATAG
ATAATTGTGCAAATAGTCATAATTATTTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTCATTTTATAAATTC
TCACTTATTAATCTTTAGAATATTAATAAATTTAAATAATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA
CAAAAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTAGAATGGTAAGCCAAATAGATACATTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTT
TCAAAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATATGACTATATGAACAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATTACTAATTG
AACTGTATGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTGAAATAGTAATAAA
TCAATATTATTTTAATACAAAAAACTTAATATGAACAAAAACAATCATTTTATGACAAAAACAAA
AAGTAATAACAATTTGAAATAAATAAATTGTTTCAATCATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAAC
AAATTTTAA
Found at i:146130 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 146109--146141 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
146099 TAACAATTTG
146109 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
146125 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
146142 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:146131 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 145505--146145 Score: 636
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
145495 AACAAATTTT
* * * * * * *
145505 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAACACAAAAGGTTATAGCAATTTGAA
1 AAATAAACTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* *
145569 CTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAAT--AAACAGATTCATTTTTTA
65 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTC-ATGCAAACAGATTCATTTTTTA
* * * **
145632 AATCTCTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATAATGTTATTAT
128 AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCC
* * * * * * **
145686 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTAAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
145751 AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGCAA-TGGTCAAGCCAAA-AGGTACATTTTCTAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-AATTGGTCATG-CAAACAGATTCATTTTTTAA
* * *
145814 ATC-CATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCC
129 ATCTC-TTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCC
* * ** *
145867 AAATAATA-TTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAATTGGTCATAACGATTTGAA
1 AAATAA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
145931 ATAAATATTTGGTT-AAATAGTTAT-ACTAATTGAATTGGT-ATGGCAAACAAATTTATTTTTTA
65 ATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTCAT-GCAAACAGATTCATTTTTTA
* * *
145993 AATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATCAATATTATTTTATTCC
128 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTCC
* * *
146047 AAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
1 AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
*
146112 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
146146 ATAGTTTTGT
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 68, Indels: 36
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 11 0.03
180 144 0.39
181 210 0.56
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTCATGCAAACAGATTCATTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCC
Found at i:146149 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 146104--146150 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
146094 GGTAATAACA
146104 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
*
146121 A-TTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
146139 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
146151 TTTGTAAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.32
17 1 0.04
18 7 0.28
19 9 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:146928 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 146167--148886 Score: 1837
Period size: 181 Copynumber: 15.1 Consensus size: 180
146157 AACAGAATTG
* * * *
146167 TTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
146232 AATATTAATTTATTAATATTT-TGACAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTAC
* * * * * *
146296 CAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATAA
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
146348 TTGTGACCTTCTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTAACATAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** * * * *
146412 TAGCT-CTAATTTATTAATCTACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTTGTTT
65 TA-ATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAA--AATTTGTTT
* * * * * *
146476 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACA
127 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
146530 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATACTTAG-TTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * * *
146594 TAATA-TAAATTTATTAAAAGTCCAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTT
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAAAATTTGTTTA
** * * *
146657 TTGAACATA-TTC-AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCG
128 CCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * *
146709 TTATGACAATTTGTTTTTTCATAAACCAATTATTTCTATTCATATAAGCTTACTAGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
*
146774 AATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAAAAAATTTGTTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAAAAATTTGTTTACC
** * * * * *
146839 GAGTAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATGTCAAATCT
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
146890 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
146955 AATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGATATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTAC
* * * * ** * * **
147019 CGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTTATTTATTTTAAATTG
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
147072 TTATGACATTTTGTTTTATTAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * * * **
147135 TAATGCCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTTAAAAATAAATGTGTTTTTC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTGTTTACC
* * * * *
147195 GAAGC-AGTTCCAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATTA
130 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
147246 TTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCGAAATATAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** * * * *
147310 TAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAG---AA-ATTT-TAAAGAAATCTATTTACC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTGTTTACC
* * *
147370 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCG
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** * *
147421 TTATGACCTTTTTATTTTATCGTAAAACAACTGTTT-TAGTACATA-AAAATTTTTTCAAAATAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-GAAATAA
* ** * * *** * *
147484 AATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATTAGTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTT
* * ** * * * *
147549 ATCAAATTA-TTCAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
127 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
147602 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * **
147666 TAATACTAATTTACTAA-ATTTC-AAAA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAAATTTGTTTAC
* ** * **
147726 TGAACCGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTG
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
147778 TTATAACCTTTTGTTATATCATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCGAAATAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAA
* * * *
147843 TAATACTAATATAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAATAA-ATTTAAAAAATAGATTTGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTT
* * * ** * * *
147906 ACTGAACTAGTTCAAATATTTCA-GGGTATATGAACAATTTTTTATTTCAAATCA
127 ACCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * *
147960 TTATGA-CTTTTCGTTTTGTTGTAAAACAATTTTTTC-ATTTCTTAGTAA-CTTATTTGTAATAA
1 TTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * * *
148022 AGTAAAACAAATTTATTAATATTTC-AAAGCTTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAACATTTAAGT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTT--GT
* * * *
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125 TTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * *
148141 TTATGTTCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTACATACAAG-TT-TGTTCAGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAA
* * * * * *
148204 ACAATATTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAAGAAAG-AAAAAATTTAAAAAGTAAAA-CTAT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAA--AAAATTTGT
** * * * *
148266 TTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
125 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
148322 TTATGACCATTAT-TATTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAA
* * * * ** *** **
148385 GTAATACTAATTTATCAATATTT-TGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAATGAATCAATTGGC
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTGTTTAC
* * * *
148449 CTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
148501 TTATGACCTTTT-TTTTATCA-CAAATAATTATTT-T-TGTCTGTACTAGCTTATTTGAAATAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* *
148562 ATAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAATAAATTTGTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAA-AAATTTGTT
* * * * * * * *
148622 TATCGAACAAGTACAATTAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTTTAAATCG
126 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
* * * ** * *
148678 CTATTACAAC-TTTGTTTTGTCCTAAAAACAA-AATTTCTATTCATACAAAGTTTATTT-CAATA
1 TTATGAC--CTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATA
* * * * **
148740 AAATTATAC-AATTTATTAATA-TTCAGAACAACTAATAAG-AAAAGATTTAAAAATAAATCTAC
62 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAAT-TTG
* * * * * **
148802 TTTATC-AATAAGTTTAAATTAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAATTT
124 TTTACCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* *
148860 TTATGACTTTTTGTTTTCTCATGAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAA
148887 ATTTAATATT
Statistics
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AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTGTTTACCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:147339 original size:356 final size:346
Alignment explanation
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Period size: 356 Copynumber: 7.6 Consensus size: 346
146152 TTGTAAACAG
*
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * *
146416 T-CTAATTTATTAATCTACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTTGTTTACCA
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* * * *
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** * * * * * * **
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** * * * *
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*** * *
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* * ** *
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* * *
146779 TAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAAAAAATTTGTTTACCG-AGT
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* *
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* * * *
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**
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* * * * ** * *
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124 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATATATTTTAAATCGTTATGACA
* * ***
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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1 AATT-TTATGATCTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGGAAT
* * * * *
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* * * *
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128 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGA-CATTTT
* * * * * * **
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192 GTTTTAT--TATAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATATTAAT
* * **
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253 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---GGA--TTT-AAAAATAAATT-GTTTATCGAAGAAGTT
* *
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* * * * *
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1 AAT-TTTATGATCTTTTGTTTTGTCA-AAA--AATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * *
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* ** * * * *
147723 TACTGAACCGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTT
125 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGACATT
* * * * ** * *
147788 TTGTTATATCATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGTTTA-TTCGAAATAAAAATAATACTAA
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* * * * ** * **
147852 TATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAATAAATTTAAAAAATAGATTTGTTTA-CTGAACTAG
252 TTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAA-GGATTT-AAAAATA-AATTGTTTATC-GAAGAAG
* ** * * * *
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* *** * * * * *
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1 AAT-TTTATGATCTTTT-GTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCA-TTCATA-CAAGCTTATTTGGA
* * * * ** *
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62 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT-AAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
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122 -A-TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTAT
* * * * * * * * * ** * * *
148145 GTTC-TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTACATACAAGTTTGTTCAGAATAAAACAAT
184 G-ACATTTTGTTTTATTAT-AAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAAT
** * * * * *
148209 ATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAAGAAAAAATTTAAAAAGTAAAACTATTTA-CTAA
247 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAG----GATTTAAAAA-T-AAATTGTTTATCGAA
* * * *
148273 -ACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
305 GA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCA
* * * * * * * *
148317 AATCATTATGACCATTAT-TATTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGA
1 AAT-TTTATGATC-TTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAG-CTTATTTGGA
* * * ** * **
148380 ATAAAGTAATACTAATTTATCAATATTTTGAAATTAATAAGTAATAGATTT-AAAAATGAATCAA
62 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATTTA
** * * * * * * *
148444 TTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
123 TTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGAC
* * * * * * ** *
148508 CTTTT-TTTTATCACAAATAATTATTT-T-TGTCTGTACTAGCTTATTT-GAAATAATATAAT-T
187 ATTTTGTTTTATTATAAACAATTATTTCTAT-TC-ATACAAAATTATTTAG-AATAAAATAATAT
* *
148568 CTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAA
249 -TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-GATTT--AAAAATAAA-TTGTTTATCGAAGAA
* * * * *
148632 GTACAATTAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTTTA
308 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA--TTCA
* * * * *
148673 AATCGCTATTA-CAAC-TTTGTTTTGTCCTAAAAACAAAATT-TCT-ATTCATACAAAGTTTATT
1 AAT---T-TTATGATCTTTTGTTTTGT-C-AAAAA-ATAATTGTTTCATTCATAC-AAGCTTATT
* * * * *
148734 T-CAATAAAATTATAC-AATTTATTAATATTCAGAACAACTAATAAGAAAAGATTT-AAAAATAA
58 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTA-AA-AATTAATAAG--AA-ATTTAAAAAATAA
* * * * * * * **
148796 ATCTACTTTATC-AATAAGTTTAAATTAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAATTT
118 ATTTA-TTTACCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-TAAATCG
*
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180 TTATGACATTTTGTTTT
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ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTT
TATTATAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAAAATAAATTGTTTATCGAAGAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAATAATTATCTATTCA
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147552 AAATTATTCA
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*
149285 AATTATTAATTAAAAATA
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1 AATTATTAATAAAAAATA
*
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Statistics
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* * * *
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*
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*
150697 ATTAGACTAAT-TA-
1 A-TA-ATTAATATAT
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1 ATAATTAATATAT
150720 ATAATTATATATAT
1 ATAATTA-ATATAT
* *
150734 AACACTATTAATA-GT
1 -ATA--ATTAATATAT
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*
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1 ATA--ATTAATATAT
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ATAATTAATATAT
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150644 ACAAAAGGTC
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*
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Statistics
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Consensus pattern (27 bp):
ATAATTATATATATATTAGACTAATTA
Found at i:150725 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 150678--150814 Score: 102
Period size: 37 Copynumber: 3.7 Consensus size: 36
150668 ATTAATCTAA
150678 TATATATAATTAATAGTATATTAGACTAATTAATATT
1 TATATATAATTAATA-TATATTAGACTAATTAATATT
* * *
150715 TATATATAATT-ATATATATAACACT-ATTAATA-G
1 TATATATAATTAATATATATTAGACTAATTAATATT
* * *
150748 TATA-ATTATATATATACTATATATATACTATTTATATATAAT
1 TATATATAAT-TA-ATA-TATAT-TAGACTAATTA-ATAT--T
*
150790 TACATATAATTAATAATATATTAGA
1 TATATATAATTAAT-ATATATTAGA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 11, Indels: 21
0.71 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
32 4 0.05
33 5 0.06
34 7 0.09
35 12 0.16
36 8 0.10
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39 3 0.04
40 3 0.04
41 7 0.09
42 6 0.08
43 4 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (36 bp):
TATATATAATTAATATATATTAGACTAATTAATATT
Found at i:150731 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 150654--150731 Score: 81
Period size: 33 Copynumber: 2.4 Consensus size: 33
150644 ACAAAAGGTC
* *
150654 ATAATTATATA-TATATTAATCTAATATATATA
1 ATAATTATATATTAGACTAATCTAATATATATA
*
150686 ATTAA-TAGTATATTAGACTAAT-TAATATTTATA
1 A-TAATTA-TATATTAGACTAATCTAATATATATA
150719 TATAATTATATAT
1 -ATAATTATATAT
150732 ATAACACTAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 9
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
32 3 0.08
33 25 0.66
34 10 0.26
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (33 bp):
ATAATTATATATTAGACTAATCTAATATATATA
Found at i:150743 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 150723--150789 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 3.8 Consensus size: 17
150713 TTTATATATA
*
150723 ATTATATATATAACACT
1 ATTATATATATAATACT
150740 ATTA-ATAGTATAATTA-T
1 ATTATATA-TATAA-TACT
150757 ATATATACTATATATATACT
1 AT-TATA-TATATA-ATACT
150777 ATT-TATATATAAT
1 ATTATATATATAAT
150790 TACATATAAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 1, Indels: 15
0.72 0.02 0.26
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.12
17 18 0.43
18 5 0.12
19 8 0.19
20 6 0.14
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATTATATATATAATACT
Found at i:150783 original size:9 final size:11
Alignment explanation
Indices: 150754--150785 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 2.9 Consensus size: 11
150744 ATAGTATAAT
150754 TATATATATAC
1 TATATATATAC
150765 TATATATATAC
1 TATATATATAC
*
150776 TATTTATATA
1 TATATATATA
150786 TAATTACATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (11 bp):
TATATATATAC
Done.