genome.fa.s492.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168317.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_541, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23606

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75--125	21	2.4	22	80	9	61	43	3	1	50	1.31
75--131	21	2.7	20	76	10	51	43	5	1	49	1.35
314--403	35	2.7	34	79	8	105	40	4	2	53	1.33
353--441	11	8.0	11	68	20	51	39	2	2	56	1.24
390--446	28	2.0	28	83	6	71	42	0	5	52	1.24
720--775	15	3.6	15	71	15	51	44	0	1	53	1.11
1509--1563	28	2.0	28	86	10	78	47	0	0	52	1.00
2635--2671	19	1.9	20	88	5	58	56	2	0	40	1.13
2734--2811	11	7.0	12	69	15	60	44	0	1	53	1.08
3796--3840	22	2.0	22	86	0	63	48	4	2	44	1.35
4546--4575	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
5093--5134	12	3.2	13	76	10	50	61	2	0	35	1.09
5730--5767	20	1.9	20	89	10	60	52	0	5	42	1.24
6620--6644	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
6670--6724	21	2.6	22	77	16	62	45	3	9	41	1.53
6661--6742	21	4.0	19	72	17	58	43	2	7	46	1.44
7037--7084	18	2.7	18	78	12	55	54	0	0	45	0.99
7032--7090	31	1.9	30	86	10	84	52	0	0	47	1.00
7032--7124	27	3.3	27	75	15	66	52	0	1	46	1.07
7099--7164	21	3.5	20	78	12	68	43	0	3	53	1.16
7552--7576	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7821--7874	14	3.8	14	79	11	56	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7815--7866	16	2.9	17	83	13	61	61	0	0	38	0.96
7815--7857	19	2.3	19	88	8	61	62	0	0	37	0.95
7971--8028	20	2.9	19	78	16	64	44	3	1	50	1.29
7971--8054	20	4.3	19	72	20	59	46	2	3	47	1.32
8454--8525	36	2.0	37	82	12	89	34	0	4	61	1.16
8534--8595	21	3.1	20	80	13	65	43	1	4	50	1.33
8972--9033	27	2.3	27	86	2	81	48	1	0	50	1.10
8993--9050	23	2.5	22	81	10	62	50	1	0	48	1.11
8954--9041	17	5.7	15	70	17	56	50	3	1	45	1.26
9391--9442	18	2.8	18	77	13	52	44	1	1	51	1.23
10061--10090	12	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
10061--10147	15	5.9	15	72	18	51	51	0	0	48	1.00
10061--10124	26	2.4	26	84	7	76	54	0	0	45	0.99
10079--10138	26	2.6	23	85	15	79	51	0	0	48	1.00
10075--10158	20	4.0	21	76	20	77	50	0	0	50	1.00
10075--10167	46	2.0	45	84	10	118	50	1	0	48	1.07
10080--10155	22	3.3	22	71	14	64	47	0	0	52	1.00
10476--10511	18	2.0	18	89	10	56	44	0	2	52	1.15
10571--10605	16	2.1	18	89	10	56	48	5	0	45	1.26
10785--10835	24	2.1	25	85	3	68	43	1	0	54	1.11
10909--10984	40	1.9	40	81	10	93	51	2	0	46	1.15
10915--10983	17	4.1	16	71	23	52	52	1	0	46	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10902--10975	20	3.9	20	72	18	68	51	2	0	45	1.15
10878--10991	20	5.9	18	68	26	58	49	2	0	47	1.21
11093--11142	22	2.3	22	82	6	57	52	6	0	42	1.26
11317--11397	25	3.3	25	72	17	71	49	2	0	48	1.14
11332--11403	25	2.9	25	76	12	76	48	2	1	47	1.25
11427--11465	20	2.0	20	85	10	53	35	0	5	58	1.20
12372--12416	23	2.0	23	81	0	54	55	2	8	33	1.43
12458--12505	26	1.9	26	83	8	64	50	4	6	39	1.47
12987--13033	19	2.5	18	80	16	51	53	6	0	40	1.27
13022--13061	19	2.1	19	86	9	55	47	0	0	52	1.00
13317--13395	15	5.1	15	73	19	65	48	5	0	46	1.24
13512--13579	17	4.4	17	72	27	71	41	1	8	48	1.43
13503--13569	27	2.5	26	81	15	75	43	1	8	46	1.44
13559--13600	11	4.0	11	75	12	52	38	0	9	52	1.34
13798--14146	182	1.9	180	86	4	488	43	10	7	38	1.66
14398--14923	180	2.9	179	77	8	530	42	9	8	40	1.68
15047--15114	26	2.7	24	75	6	64	50	0	4	45	1.22
15144--15192	22	2.3	21	82	3	62	48	2	0	48	1.12
15257--15299	22	2.0	22	86	9	61	39	0	6	53	1.28
15824--15853	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
16108--16147	15	2.6	16	84	15	57	45	2	0	52	1.14
16368--16403	15	2.4	15	95	0	63	55	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16442--16483	11	3.7	12	81	12	52	47	0	0	52	1.00
16468--16527	14	3.9	16	80	16	56	58	3	0	38	1.15
16815--17440	181	3.5	179	82	5	679	40	8	9	41	1.67
17850--17889	16	2.7	16	81	18	59	50	0	0	50	1.00
17852--17908	18	3.6	16	75	22	50	47	0	0	52	1.00
17865--17908	19	2.4	18	88	3	61	47	0	0	52	1.00
18392--18451	21	2.9	21	69	16	52	35	1	6	56	1.35
18622--18682	20	3.0	21	86	11	74	40	0	4	54	1.22
18965--19010	18	2.5	19	79	10	51	39	2	0	58	1.10
18984--19031	18	2.5	18	86	10	60	45	0	0	54	0.99
19046--20325	183	7.1	179	73	8	823	40	8	10	41	1.69
19104--20345	541	2.3	539	81	3	1390	40	8	10	41	1.68
20688--20733	22	2.1	22	83	0	56	39	2	0	58	1.10
20760--20801	15	2.9	14	86	13	50	45	2	2	50	1.27
20868--20962	13	7.0	14	73	17	60	44	0	2	53	1.12
21011--21073	20	3.2	20	72	25	53	49	1	0	49	1.10
21011--21084	25	2.8	26	77	8	69	48	1	1	48	1.18
21289--21355	23	2.9	23	69	10	55	61	2	4	31	1.31
21476--21524	18	2.5	20	77	19	57	40	4	0	55	1.19
21701--21789	28	3.2	29	72	13	80	47	0	4	48	1.22
21876--21919	9	4.5	10	83	10	56	56	0	0	43	0.99
21878--21921	20	2.2	20	84	8	54	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21937--22021	14	6.3	13	72	18	59	44	0	2	52	1.13
21937--22021	26	3.2	25	79	17	82	44	0	2	52	1.13
21962--22054	21	4.5	21	69	18	63	50	0	2	47	1.13
22278--22340	16	3.9	16	78	17	60	50	1	4	42	1.32
22475--22570	27	3.4	27	76	13	88	47	4	3	44	1.37
22496--22564	28	2.4	29	80	11	79	44	4	2	47	1.37
22644--22677	11	3.3	11	88	12	54	52	0	0	47	1.00
22590--22687	9	10.6	9	70	20	60	51	1	1	46	1.14
23356--23405	11	4.4	11	80	9	55	50	2	0	48	1.12
23301--23538	113	2.1	116	88	6	387	41	4	5	48	1.48
23311--23536	114	2.0	114	93	3	395	41	4	6	47	1.50

Tables:   1

The End!