Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168320.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_544, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23571
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.19, T:0.31
Found at i:453 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 417--455 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
407 AATATATGGT
* *
417 AAATTAATAATATTTTA
1 AAATTAATAAGAATTTA
434 AAATTAATAAGAGATTTA
1 AAATTAATAAGA-ATTTA
452 AAAT
1 AAAT
456 ATAAATGTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.58
18 8 0.42
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
AAATTAATAAGAATTTA
Found at i:1257 original size:165 final size:163
Alignment explanation
Indices: 1031--1338 Score: 411
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
1021 ATTCTTGTTT
* * * * **
1031 GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
1 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
* * * *
1096 TATAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATGT-AATAATATTCCAAAAAATTAGTAACTAAGA
66 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-ACTAAT-TCAATAATATTCC-AAAAATTAATAACTAAGA
*
1160 GATTTAAGAAATAAATCTTTTTGCTGAAGTGGTTCA
128 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTGCTGAAGTGGTTCA
* * * *
1196 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
1 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
* * * *
1261 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACTAATTCATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
1326 TTAAAAAATAAAT
131 TTAAAAAATAAAT
1339 TTATTTACCA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 19, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
163 32 0.26
164 14 0.11
165 77 0.63
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (163 bp):
GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTTTTTGCTGAAGTGGTTCA
Found at i:1521 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1196--2227 Score: 455
Period size: 182 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
1186 AAGTGGTTCA
* * * *
1196 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
1 GAACAATTATAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
* * * *
1261 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACTAATTCATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA
1326 TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAATTAAAATAGTTATGACTATTT
131 TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAATTAAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
1376 GAACAATTATAAACTTT-AAATTGTTATAACCTTTTGGTTTGTCAATAAAAACAATTATTT-TGT
1 GAACAATTATAAA-TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTTTATC-AT-AAAACAATCATTTCAGT
* ** *
1439 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAA-TCTAATAATATTCCAAAAGTTAAT-AGCTA
63 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-ACTAATTC-AATAATATTCCAAAAATTAATAAG-TA
* * * * * * * * * ** *
1502 ATAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCCAGTTCAAATATTTAAAACTATAT
125 AGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAATTAAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * * * * ** * *
1558 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAAGAGGTTTGTTTGAATT
1 GAACAATTATAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTTTATCATAAAACA--ATCATTTCAGTT
* ** * * * * *
1621 CATACTAGCTTATT-TGAATAAAATAAAATGAATTTACTAATATTTCAAAAAATAATGAA-TAAG
64 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACT-AATTCAATAATATTCCAAAAATTAAT-AAGTAAG
* * * * * *
1684 A-TATTTAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
127 AGAATTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACTAATTAAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * ** * ** *
1737 GAAGAATTATATATTTCAAATCCTTATGA-CTTTTTGTTT-T-GTTTACCTAATCATTTTGGTTT
1 GAACAATTATAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTTTATCATAAAAC-AATCATTTCAGTTC
* * * ** *
1799 GTTCGAA----A-T-AAAGTAATAATAGCCT-ATT-AAT-AT-TT-CAAAAATT--TAA-TAAGT
65 ATAC-AAGCTTATTCAAAATAA-AATAAACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
1850 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTTAAAATAGTTATGACTATTT
128 GAATTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTA-ATTAAAATAGTTATGACTATTT
** * * * *
1904 -AAGCAATTATTTTATTT--AATCGTTATGA-CTTTT-GTTCTATTATAAAAAAATTATTTCTA-
1 GAA-CAATTA-TAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTT-TATCATAAAACAATCATTTC-AG
*** * * * *** *
1963 TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTACTATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAAG
62 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-ACTA--ATTCAATAATATTCCAAAAATTAAT-AAG
* * * ** ** * *
2028 TCAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACTAGA-CCAAATAATCATGACTATTT
123 T-AAGAGA-ATTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTA-ATTAAAATAGTTATGACTATTT
* * *** * * * * * * * *
2086 AAATAAATTATCTGTTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAATTC
1 GAA-CAATTATAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTC
* * * *
2151 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAG
65 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-A-AACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAG
*
2215 AGATTTAAAAAAT
127 AGAATTAAAAAAT
2228 GATCTGTTTA
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 153, Indels: 113
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
165 9 0.01
166 40 0.06
167 39 0.06
168 15 0.02
169 2 0.00
170 3 0.00
171 7 0.01
172 9 0.01
173 5 0.01
174 6 0.01
175 3 0.00
176 2 0.00
177 10 0.02
178 14 0.02
179 78 0.12
180 80 0.12
181 60 0.09
182 127 0.20
183 47 0.07
184 34 0.05
185 43 0.07
186 7 0.01
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GAACAATTATAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA
TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAATTAAAATAGTTATGACTATTT
Found at i:1664 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1200--1771 Score: 402
Period size: 179 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
1190 GGTTCAGAAC
* * * * ** * *
1200 AATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACA--ATCATTTCAGTTCATA
1 AATTATATATTTCAAATCCTTATGAC-TTTT-TTTTGTCATAAAAGAGGTTTGTTTGAATTCATA
** * * * * * *
1263 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-ACTAAT-TCATTAATCTTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGA
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAACAATAATCT-AATAATATTCCAAAAAATAATGAA-TAAGATA
* * * * * ** * *
1325 TTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACTAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAAC
127 -TTAAAAAAT-AATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAAG
* ** * * **
1380 AATTATAAACTTT-AAATTGTTATAACCTTTTGGTTTGTCAATAAAA-ACAATTAT-TTTG--TT
1 AATTATATA-TTTCAAATCCTTATGA-CTTTT-TTTTGTC-ATAAAAGA-GGTT-TGTTTGAATT
* * **
1440 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAGCTAAT-
60 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACAATAATCTAATAATATTCCAAAAAATAAT-G--AATA
* * * * *
1504 AGA-ATTAAAAAATAAATT-TGTTTATCGAGCCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAAT
122 AGATATTAAAAAAT-AATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAAG
* * *
1562 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAAGAGGTTTGTTTGAATTCATACT
1 AATTATATATTTCAAATCCTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAAGAGGTTTGTTTGAATTCATACA
* * * *
1627 AGCTTATTTG-AATAAAATAA-AATGAATTTACTAATATTTCAAAAAATAATGAATAAGATATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAACAAT-AATCTAATAATATTCCAAAAAATAATGAATAAGATATTA
* * ** *
1690 AAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAG
130 AAAAATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAAG
1741 AATTATATATTTCAAATCCTTATGACTTTTT
1 AATTATATATTTCAAATCCTTATGACTTTTT
1772 GTTTTGTTTA
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 55, Indels: 45
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.01
178 8 0.03
179 83 0.26
180 67 0.21
181 60 0.19
182 82 0.26
183 6 0.02
184 3 0.01
185 1 0.00
186 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATTATATATTTCAAATCCTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAAGAGGTTTGTTTGAATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAACAATAATCTAATAATATTCCAAAAAATAATGAATAAGATATTAA
AAAATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAAG
Found at i:2717 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2474--3248 Score: 690
Period size: 179 Copynumber: 4.3 Consensus size: 181
2464 CTTGCTCGAT
* *
2474 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATT
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
2539 TTATTTCAAAATAAGTTTATATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAGCT
66 TTATTTCGAAATAAGTTTATATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
*
2603 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTATTCAG
131 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATT-AG
* *
2654 AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * *
2717 TTTA-TTCGAAATAAGCTTGGA-ATGACA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
65 TTTATTTCGAAATAAG-TT-TATAT-AAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
2778 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACTGG
127 AACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTATTAG
* * * * * *
2834 TAAATATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTCCATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATT
1 -AAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
2899 ATTTTATTTTGAAATAAGTTTATAATGAATTGATACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCAT
63 ATTTTATTTCGAAATAAGTTTAT-ATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
2964 AACAATTTGAAATAAATAATTACTC-AATAGTTGTGACTATTTGAACTTGT-TTGG
127 AACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTATTAG
* * * * * ** * * * * *
3018 TAACATATTTAATCTAAAAAT-TTTTTCTTATTAATTGTCGAAATAGTAATAAATTAATATTATT
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
3082 TAATTT-G-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTATATGA-GAAACTAAAA-GTCATAA
66 TTATTTCGAAATAAGTTTATATAAATAGAAACAATTGGTT-TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA
* * * *** * *
3142 CGATTT-AAATAAATAAGTTGTTAAAATAAACATAACTATTTAAACT-TATTCGATA
129 CTATTTGAAATAAATAA-TTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATT--A-G
* *
3197 AAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTT-AAATATTAATA
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATA
3249 GGTTTCAAGC
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 82, Indels: 58
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.02
176 24 0.05
177 35 0.07
178 41 0.08
179 111 0.23
180 86 0.18
181 20 0.04
182 16 0.03
183 18 0.04
184 37 0.08
185 34 0.07
186 51 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCGAAATAAGTTTATATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTAG
Found at i:2917 original size:363 final size:358
Alignment explanation
Indices: 2441--3217 Score: 893
Period size: 364 Copynumber: 2.2 Consensus size: 358
2431 TTTTGTTTTG
* * * **
2441 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTATCCAT
* *
2506 TAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGTTTAT-ATAAATAGAAA
66 TAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGTTTATAATAAATAGAAA
* * * *
2570 CAATTGGTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
131 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTC-AATAGTTAT
* * * ** * *
2634 AACTATTTGAA-TGTATTCAGAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAGTAATTTTTGAAAT
195 AACTATTTGAACTGT-TT-AGAAACAGATTTAATCTAAAAATTTTTACTTAGTAATTGTCGAAAT
* * * *
2698 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGGAATG-ACAAAAACAATTGTTTTATGA
258 AGTAATAAATTAATATTATTTAATTCG-AATAAGCTT-GAATGAACAAAAACAATTGTTATATGA
* *
2762 CAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGT
321 -AAAACTAAAA-GTCATAACGATTT-AAATAAATAAGTTGT
* * * *
2801 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTG-TACTGGTAAATATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCT-C-GATAAATAAATTCA-TTTTTTAAATCTCTTA-T
* ** * *
2865 CCATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAATAAGTTTATAATGAATT
62 CCATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGTTTATAATAAATA
* * *
2930 GATACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAATAGT
127 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAATAGT
* * * * * * *
2995 TGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAACATATTTAATCTAAAAATTTTTTCTTATTAATTGTCGAA
192 TATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAACAGATTTAATCTAAAAATTTTTACTTAGTAATTGTCGAA
* *
3060 ATAGTAATAAATTAATATTATTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGA
256 ATAGTAATAAATTAATATTATTTAATTCGAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGA
*
3125 GAAACTAAAAGTCATAACGATTTAAATAAATAAGTTGT
321 AAAACTAAAAGTCATAACGATTTAAATAAATAAGTTGT
* ** * ** * *
3163 TAAAATAAACATAACTATTTAAACTTATTCGATAAAACAAATTTATTTTTTAAAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGAT-AAATAAATTCATTTTTTAAAT
3218 ATTTTACTTA
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 57, Indels: 25
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 1 0.00
360 25 0.07
361 32 0.09
362 68 0.20
363 85 0.24
364 100 0.29
365 33 0.10
366 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTATCCAT
TAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGTTTATAATAAATAGAAA
CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAATAGTTATA
ACTATTTGAACTGTTTAGAAACAGATTTAATCTAAAAATTTTTACTTAGTAATTGTCGAAATAGT
AATAAATTAATATTATTTAATTCGAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGAAAAAC
TAAAAGTCATAACGATTTAAATAAATAAGTTGT
Found at i:11337 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11311--11351 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
11301 GGTTGGTGTG
*
11311 AAGCGAGGGAGGGATGAATCA
1 AAGCGAGGAAGGGATGAATCA
* *
11332 AAGCGATGAAGGGCTGAATC
1 AAGCGAGGAAGGGATGAATC
11352 TTAGTGGATC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.39, T:0.12
Consensus pattern (21 bp):
AAGCGAGGAAGGGATGAATCA
Done.