Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168324.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_548, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:438 original size:180 final size:177
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Indices: 210--535 Score: 395
Period size: 180 Copynumber: 1.8 Consensus size: 177
200 ATATTAATTG
* * * *
210 AAACAATTGCTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAACTATTCAAATAAT
1 AAACAATTGCTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGACAACTATTCAAATAAT
* * * *
275 AATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAATATCTTTCTTA-TAATTTTTC
66 AATAACTATTTGAAATGATTCAATAAAAAAATTTA-TTTTTTAA-ATC--TCTTATTAATTTTTC
*
339 AAATGTTAATAAATTAGTATCAATTTTTTCTAAATAAGCTGGCATGAACTA
127 AAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTTTCTAAATAAGCTGGCATGAACTA
* * * * * *
390 AAACAATTGTTTTATGACTAAAT-AAAATGTCAAAACGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 AAACAATTGCTTTATGAC-AAATCAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGACAACTATTCAAATAA
** *** *
454 TCTTAACTATTTGAAATGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
65 TAATAACTATTTGAAATGATTCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAA
*
519 TATTATTAAATTAGTAT
130 TATTAATAAATTAGTAT
536 TATTTTAATT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 22, Indels: 7
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.04
177 26 0.21
178 3 0.02
179 8 0.07
180 76 0.62
181 4 0.03
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Consensus pattern (177 bp):
AAACAATTGCTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGACAACTATTCAAATAAT
AATAACTATTTGAAATGATTCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAAT
ATTAATAAATTAGTATCAATTTTTTCTAAATAAGCTGGCATGAACTA
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Indices: 210--644 Score: 429
Period size: 176 Copynumber: 2.4 Consensus size: 179
200 ATATTAATTG
* * * * * * * *
210 AAACAATTGCTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAACTATTCAAATAA
1 AAACAATTGTTTTACGACTAAA-GAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCATATAA
** * * * *
274 TAATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAATATCTTTCTTATAATTTTTC
65 TCTTAACTATTTGAAATGATTCAATAAAAAAATTTATTTTTTTAATATC-TTCTTATAATTTTTC
* **
339 AAATGTTAATAAATTAGTATCAATTTTTTCTAAATAAGCTGGCATGAACTA
129 AAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTTTCTAAATAAGCTGGCACAAACTA
* * * * * *
390 AAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAATGTCAAAACGATTTCAAATAGATAATTATTC-TAATAG
1 AAACAATTGTTTTACGACTAAAGAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAT-ATAA
*** *
454 TCTTAACTATTTGAAATGATTTGGTAAAAAAATTTA-TTTTTTAA-ATC-TCTTATTAATTTTTG
65 TCTTAACTATTTGAAATGATTCAATAAAAAAATTTATTTTTTTAATATCTTCTTA-TAATTTTTC
* * * * *
516 AAATATTATTAAATTAGTAT-TATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTACAAAC-A
129 AAATATTAATAAATTAGTATCAATTTT--TTCTAAATAAGCTGGCACAAACTA
* * *
566 AAATAATTGTTTTACGA-TACAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAA
1 AAACAATTGTTTTACGACTA-AAGAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCATATAA
630 TCTTAACTATTTGAA
65 TCTTAACTATTTGAA
645 CTAGTTCAAC
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 38, Indels: 18
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 76 0.36
177 40 0.19
178 6 0.03
179 8 0.04
180 75 0.36
181 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTGTTTTACGACTAAAGAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCATATAAT
CTTAACTATTTGAAATGATTCAATAAAAAAATTTATTTTTTTAATATCTTCTTATAATTTTTCAA
ATATTAATAAATTAGTATCAATTTTTTCTAAATAAGCTGGCACAAACTA
Found at i:652 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 620--697 Score: 66
Period size: 28 Copynumber: 3.1 Consensus size: 28
610 ATAGATAATT
620 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
1 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
*
648 GTTCA-ACAA--TT-A-TA--T-AA-TA
1 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
* *
667 TTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTA
1 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
695 GTT
1 GTT
698 AGGCAATTAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 18
0.61 0.08 0.31
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.17
20 4 0.11
21 1 0.03
22 2 0.06
23 3 0.08
24 3 0.08
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27 5 0.14
28 9 0.25
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Consensus pattern (28 bp):
GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
Found at i:1173 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 732--3465 Score: 2043
Period size: 181 Copynumber: 15.2 Consensus size: 181
722 TTTTTGGCCT
* * * * ** *
732 TTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA--AAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAA-AA
* * * * * * * *
795 CCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTCATTATTCAAATAGTCA
65 -CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
860 AAACTATTTGAAAT-AGTTTGGTAAGCA-TTTTACTTTTTAAATCTCTTACTAA
129 TAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * ** * *
912 TAAATTCTTGAAATATAAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAA
* * * * * * *
975 GCAATTGTTTTATGACAAAACGATAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAA-AGCCC
65 -CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TC
* *
1039 ATAATTATTTGAACCGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
128 ATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
1093 TTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTACGAACTAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * * *
1158 AATTATTTGATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAGTGGATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
1223 ACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCGTGCTTA
131 ACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
1275 TTAATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTACTATATTATTTCGAATAAGCTTGTGTAAACTGAAA
1 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * * * * *
1339 CAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * *
1403 TAACTATTTGAA-TGGTTTGGCAAGCACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
129 TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** *
1451 TTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGACCATAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TAA
* * * * * * * *
1514 AA-AATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTT
63 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * * * * * *
1577 ACAACTATTTGAATTGGTTTGGAAAATAGCTTTAGTTTATAAATCTCTTGCTTG
128 ATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * ** * * *
1631 TTAGTTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTA-TTTCAA-AATTTTTTTATGAATTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAACTAAAA
* * * *
1694 CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCA
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
1757 -AATATATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTATTGCTCA
129 TAA-CTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
1811 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * * * * ** *
1875 TAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCGA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
1939 TAACGATTTGAATTGGTTC-GACAAACACA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
129 TAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
1990 CTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGA-TTCGAATAGGCTTGTATGAA-AAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AA
* * * * *
2053 ACAATTGTTTTGTGA-AAAA-AAAAGGATCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGCC
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** *
2116 ATAACTATTTAAACT-ATTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTA
128 ATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * * ** * *
2166 TTAATTTTCAAAATTTTAATAGATCAATATTATTTTATTATGAATAATTTTGCATGAA-TGGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAA
* * * * ** * * * *
2230 TAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGACATGAAGTAGATAGTTGTTGAAATGGAT-A
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCA
* * * * * *
2294 TGAGTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
129 TAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * ** * * *
2347 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTGTTCCGAAAAAACTTTTATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA
* ** * * * *
2411 TAATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
2476 AACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAAAAAATTTA-CTTTTAAGAT-TTTTACTTA
130 AACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTA
* * * * *
2527 TTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTATATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA
* * *
2591 CAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACTATTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAG-C-
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * *
2653 CGACTATTTGAA-TGTATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTA
129 TAACTATTTGAACTG-ATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
2705 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-CAAGTAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AA
* * *
2768 ACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
2833 TAACTATTTGAACTTG-TTCGGTCAAGAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCA
129 TAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
2886 TTAATTTTTGGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAACTGATAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * * * * * * * *
2951 AATTGTTTTGTGACGAAATAAAAAGTTATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTGGTCATG
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
3016 ACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTAA
131 ACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * *** *
3067 TTAATTACTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * *
3132 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTCATA
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * *
3196 ACTCTTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA
131 ACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** *
3246 TTAGTTGTCG-AATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AA
* * *
3308 A-AATATATTTTATG-CTGAAACAAAAGGTTATAGA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 ACAAT-TATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
3370 TGATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTT
126 TCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
3427 TTAATTTTTAAAATACTAATAAATTAGAATTATGTTATT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
3466 CCTAGTTAAC
Statistics
Matches: 2014, Mismatches: 448, Indels: 181
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 46 0.02
176 152 0.08
177 87 0.04
178 292 0.14
179 217 0.11
180 409 0.20
181 596 0.30
182 211 0.10
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:1888 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1858--1896 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
1848 TTCTGAATAA
1858 GTTTGTATGAACTGAAATAATT
1 GTTTGTATG-ACT-AAATAATT
1880 GTTT-TATGACTAAATAA
1 GTTTGTATGACTAAATAA
1897 AAGGTCGAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 3
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
20 3 0.18
21 4 0.24
22 4 0.24
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
GTTTGTATGACTAAATAATT
Found at i:2906 original size:539 final size:541
Alignment explanation
Indices: 732--3467 Score: 2196
Period size: 539 Copynumber: 5.1 Consensus size: 541
722 TTTTTGGCCT
* * * * ** ** ** *
732 TTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAAA-TAGTATGAAAAGAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA-AAAACTTTTATGAACTGAAA
* * * * * * * *
796 CAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGGTCATTATTCAAATAGTCA
65 CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
860 AAACTATTTGAAATAGTTTGGT--AAGCATTTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATAAATTCTTGA
129 TAACTATTTG-AATTG-TTGGTAAAAACA-TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
923 AATATAAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAAGCAATT-GTTT
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTAG-TT
* * * * * * * * * *
985 TATGACAAAACGATAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAA-AGCCCATAATTATTT
252 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCC--AACTATTT
* * * * *
1049 GAACCG-ATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
315 GAACTGTATTCGGTAAAC-AGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * * *
1112 TAAA-GTATTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTACGAACTA-AAACAATTATTTGATGACAAA
379 TAAATGTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
1175 ACAAATGGTCATAATGATTTTAAGTGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTC
442 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * *
1240 GGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCGTGCTTA
507 GGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCA
* * * * * * * * * *
1275 TTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTACTATATTATTTCGAATAAGCTTGTGTAAACTGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAAAAACTTTTATGAACTGAAAC
* * * * *
1340 AATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
66 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * **
1404 AACTATTTGAATGGTTTGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-AGAA
130 AACTATTTGAATTG-TTGGTAAAAACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* *
1464 TATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGACCATA-AAA-AATTATTTTA
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTGTATGA--ATAGAAACAATTAGTTTA
* * * * * * *
1526 TGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTTACAACTATTTGAA
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCCAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
1590 TTGGT-TT-GGAAAATAGCTTTAGTTTATAAATCTCTTGCTTGTTAGTTTTTGAAATATTAA-AA
318 CT-GTATTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * ** * * *
1652 AAGTAGTATTATTTTATTTCAAA-ATTTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AA
382 ATGTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
1715 AATGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTTGA
446 AAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
1778 TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTATTGCTCA
509 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCA
* * * * *
1811 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGTTTGTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAAAAACTTT-TATGAACTGAAA
* * * * * **
1875 TAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCGA-AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTC
65 CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATC-ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
1938 TTAACGATTTGAATTGGTTCG-ACAAACACATTT-TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGA
128 ATAACTATTTGAATT-GTTGGTA-AAA-ACATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
2001 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTGATT-CGAATAGGCTTGTATGAAAAGAAACAATT-GTTTT
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTT
* * * *
2064 GTGA-AAAA-AAAAGGATCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAG-CCATAACTATTT
253 ATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCC--AACTATTT
* * * ** *
2126 AAACTAT-TTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATTTTAAT
315 GAACTGTATTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * * * * * * *
2186 AGATCAATATTATTTTATTATGAATAATTTTGCATGAATGGAAATAATTGTTTTATAACAAAACA
380 AAATGTATATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
** * * * * * * *
2251 AAAGGTCATAATGACATGAAGTAGATAGTTGTTGAAATGGAT-ATGAGTATTTGAACTTGTTTAG
445 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* *
2315 TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTAC-CTA
509 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTC-A
* * * *
2347 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTGTTCCGAAAAAACTTTTATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAAAAACTTTTATGAACT-GAAA
* * * * * * *
2411 TAATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAT
65 CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
2476 AACTATTTGAACTTGCTTGGTAAAAAAATTTACTTTTAAGAT-TTTTACTTATTAGTTTTTGGAA
130 AACTATTTGAA-TTG-TTGGTAAAAACATTTATTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * *
2540 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
* * * * *
2605 CAAAACAAAAGGTCACAACTATTTAGAATAGATAATTGTTCAAATAG-CCGACTATTTGAA-TGT
257 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCAACTATTTGAACTGT
* * * * *
2668 ATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
322 ATTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATGTA
* * *
2732 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGT
387 TATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
2796 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTCAAGAG
451 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAG
* *
2861 ATTCA-TATTTTAAATCTCTTACTCA
516 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCA
* * ** * * * * *
2886 TTAATTTTTGGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAACTGATAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAAAAACTTTTATGAACTGAAAC
* * * * * * * *
2951 AATTGTTTTGTGACGAAATAAAA-AGTTATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTGGTCAT
66 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * **
3015 GACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTAATTAATTACTGAAA
130 AACTATTTGAA-TTGTT-GGTAAAAACATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
3080 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
* * *
3145 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACT-
257 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-CAACTATTTGAACTG
* * * * * *
3208 TATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCG-AATATTAATAAATTT
321 TATTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATGT
* * * * *
3271 TTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATATATTTTATG-CTGAAACAAAAG
386 ATATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAAT-TATTTTATGAC-AAAACAAAAG
* * * *
3334 GTTATAGA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA
449 GTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA
* **
3398 ACAGATTTA-GTTTTTAAATCTCTTACTTT
512 ACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCA
* * * *
3427 TTAATTTTTAAAATACTAATAAATTAGAATTATGTTATTCC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
3468 TAGTTAACTT
Statistics
Matches: 1766, Mismatches: 342, Indels: 172
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
535 55 0.03
536 391 0.22
537 199 0.11
538 163 0.09
539 487 0.28
540 233 0.13
541 104 0.06
542 13 0.01
543 119 0.07
544 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAAAAACTTTTATGAACTGAAAC
AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAATTGTTGGTAAAAACATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCAACTATTTGAACTGTATTC
GGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATGTATATT
ATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA
TTTTTTTAAATCTCTTACTCA
Found at i:4226 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3812--4574 Score: 578
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 180
3802 TGTTTTTATC
** *** * *
3812 AAACAAAAGTTATAAT-ATTAT-AATATAGATAATTATTCTTATAGGCCCTTAACTATTTGAATT
1 AAACAAAAGTTATAATGATT-TGAA-ATAGATAATTATTCAAATA-G-TAATAACTATTTAAACT
* * * * * * *
3875 GGTTTGGCAAACAAAATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATTAA-TTTTCATAA-ATT-ATTAAT
62 GGTTCGGTAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * *
3937 TAGTATTGA-TTTATTTCAAATAGTTTGTATGAC-CATAAATAATTATTTTAT---A
125 TAGTATT-ATTTTATTTCAAATAGCTTGTATGACTGAAAAACAATTATTTTATAACA
* * *
3989 AAA-AAAAGTTATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAAGTGGTT
1 AAACAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGGTT
* *
4053 CGGTAAGCATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
66 CGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*
4118 TATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGA-TGAAAAACAATTATTTTATAACA
131 TATTTTATTTCAAATA-GCTTGTATGACTGAAAAACAATTATTTTATAACA
* * ** * * *
4168 AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAATTGAT
1 AAACAAAAGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGGT
* * * * * * * *
4233 TCGATAAAC-TAATTTACTTTTTAAATCTCCAACCTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAAT
65 TCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *** * * * *
4297 ACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATTAACTG--AAACAATTGTTTTA-AGATA
129 ATTATTTTATTTCAAAT-AGCTTGTA-TGACTGAAAAACAATTATTTTATA-ACA
* * * * * * * * *
4349 AAACAAAAGGTCAT-ATCAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTG
1 AAACAAAA-GTTATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGG
* * *
4413 TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATT
64 TTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATT
* ** **
4477 -GTATTATTTTATTTCAAATTACCTTGTATGAACT-AAAAA-AAAAATTTTATGGCA
126 AGTATTATTTTATTTCAAA-TAGCTTGTATG-ACTGAAAAACAATTATTTTATAACA
* * * *
4531 AAAAAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
1 AAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
4575 ACATAGTATT
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 97, Indels: 55
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 29 0.06
174 30 0.07
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179 4 0.01
180 11 0.02
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182 90 0.20
183 18 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAACAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGGTT
CGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTCAAATAGCTTGTATGACTGAAAAACAATTATTTTATAACA
Found at i:4966 original size:175 final size:177
Alignment explanation
Indices: 4629--5198 Score: 408
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 177
4619 TTTATGATAA
* * * * * * ** ** * *
4629 AACAAAGGTCATAAGGATTTGATATAGATAATTAGTCAAATAGTCATGACTGTTTGATTTAGTTC
1 AACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTT
* * * *
4694 GATAAACATATTTATTTCTTAAATTTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTAAT
66 GATAAATAGATTTATTTCTTAAA---TCT-CTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTAAT
* * * *
4759 ATTTTAATTTGAATAAACTTGTGTGGACAAAAACTA-TTGTCTTATAACAGAAC
127 ATTTTAATTTGAACAAACTTATATGAACAAAAA-TATTTGTCTTATAAC--AAC
* *
4812 AA-AAA-GTC-TTA-GATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTT
1 AACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTT
* * ** *
4873 GATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTT
66 GATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTAATATTT
* * *
4938 T-ATTCTTAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAC
131 TAATT-TGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTCTTATAACAAC
* * * * * ** *
4985 AACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTA
1 AACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTT
* * * * * * ** * **
5050 GGTAAACAAAATTATTTTTTAATATCTTACCTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTT
66 GATAAATAGATTTATTTCTTAA-ATC-T-CTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATT-AGTAAT
* * * * *
5114 ATTTT-ATTTCGAA-TAACCTAGTATCAACTGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAA-
127 ATTTTAATTT-GAACAAACTTA-TATGAAC--AAAAATATTTGTCTTATAACAAC
*
5164 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
1 AAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
5199 TTCATATAGT
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 55, Indels: 33
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.02
174 8 0.03
175 66 0.21
176 4 0.01
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178 3 0.01
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180 89 0.28
181 5 0.02
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183 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTT
GATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTAATATTT
TAATTTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTCTTATAACAAC
Found at i:5027 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5001--5042 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
4991 GGTCATAACG
5001 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
5018 ATTT-AAATAGTTATAATT
1 ATTTGAAATAG-TATAATT
5036 ATTTGAA
1 ATTTGAA
5043 CTTGTTAGGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
17 4 0.18
18 10 0.45
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:5119 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4970--5303 Score: 435
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
4960 ACAAAAATAT
*
4970 TTGTTTTATGACAACAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT-TATA
1 TTGTTTTATGACAA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGT-TA
* * * ** *
5033 ATTATTTGAACTTGTT-AGGTAAACAAAATTAT-TTTTTAATATCTTACCTATTAATTGTTGAAA
64 ACTATTTAAACTGGTTCA-ACAAACAAAATTATATTTTAAATATCTTACCTATTAATTGTTGAAA
*
5096 TATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCGAATAACCTAGTATCAACTGAAAAAA
128 TATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCGAAAAACCTAGTATCAAC-GAAAAAA
*
5150 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTGTTAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAAC
* * ** *
5215 TATTTAAACTGGTTCAACAAACAAATTTATATTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
66 TATTTAAACTGGTTCAACAAACAAAATTATATTTTAAATATCTTACCTATTAATTGTTGAAATAT
* * *
5280 TATTAGATT-AGTATTATTTTATTT
131 TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTT
5304 GAGCTTGCTC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 16, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.02
180 80 0.60
181 50 0.38
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAAC
TATTTAAACTGGTTCAACAAACAAAATTATATTTTAAATATCTTACCTATTAATTGTTGAAATAT
TAATAAATTCATTTTATTTTATTTCGAAAAACCTAGTATCAACGAAAAAA
Found at i:5782 original size:623 final size:619
Alignment explanation
Indices: 4692--5922 Score: 1408
Period size: 623 Copynumber: 2.0 Consensus size: 619
4682 TTGATTTAGT
* * *
4692 TCGATAAACATATTTATTTCTTAAATTTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTA
1 TCGATAAACAGATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTA
* * * *
4757 ATATTTTAATTTGAATAAACTTGTGTGGACAAAAACTATTGTCTTATAACAGAACAAAAAGTCTT
66 ATATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTCTTATAACAGAACAAAAAGTCAT
* * ** * * *
4822 AGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTTGATAAATAGATTTA
131 AGATGTGAAAGAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTCAAAAAACAAATTTA
* **
4887 TTTCTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCTTAACAAAC
196 TTTCTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCAAAACAAAC
* *
4952 TTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAACAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
261 TTATATGAACAAAAATATTTGTTTCATAACAACAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * *
5017 TATTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAATATCTTACCT
326 TATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAAATCATTTTTTAATATCTTACCT
* *
5082 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCGAATAACCTAGTATCAACTGAAA
391 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAACCTAGTATCAACTGAAA
* * *
5147 AAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTGT
456 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTC-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACT-T
* * *
5211 -TAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACAA-ATTTATATTTTAAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTT
519 ATAACTATTTAAACTGGTTCAACAAA-AATATTTAT-TTTAAAATCTT-TTAGTTATTAATTGTC
* * * *
5273 GAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTGAGCTTGC
581 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAGCTTGC
* * * ** *
5312 TCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
1 TCGATAAACAGATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTA
* * * *
5377 TTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAACAATTAGT-TTATGACA-AA-AAAAAGGT
66 ATATTTTAATTT-GAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT-GTCTTATAACAGAACAAAAA-GT
* *
5437 CATAGCTATGTGAAAGAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AAGTTCAAAAAAC
128 CATAG--ATGTGAAAGAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTACTTGAACTAA-TTCAAAAAAC
* * *** *
5500 AAATTTATTT-TTAAAATTTGTACTTATTACTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
189 AAATTTATTTCTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAGTTAGTATTATTTTA
* * * * *
5563 TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-A-TTGTTTCATAACAA-AATAATA-GTCATAACGAT
249 TTCAAAACAAACTTATATGAACAAAA-ATATTTGTTTCATAACAACAACAA-AGGTCATAACGAT
* * * *
5624 TTGAAATAGATAA-TATTTTACATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGACTCATTT
312 TTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAAATCA-TT
* * *
5688 TTTTAA-ATCACTTA-CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
375 TTTTAATAT--CTTACCT-ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * *
5751 AAGCCTA-TA-CGAATTGACACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCTAATAATTTGAAATA
437 AA-CCTAGTATC-AACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCTAACAATTTGAAATA
* * ** *
5814 GATAATTATTCAAATACTTATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAAAATATTTATTTTAAAATCTT
500 GATAATTATTCAAATACTTATAACTATTTAAACTGGTTCAACAAAAATATTTATTTTAAAATCTT
*
5879 TTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
565 TTAGTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
5923 ATCTAAATAA
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 74, Indels: 48
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
617 5 0.01
618 8 0.02
619 24 0.05
620 135 0.26
621 68 0.13
622 73 0.14
623 182 0.36
624 17 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (619 bp):
TCGATAAACAGATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTA
ATATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTCTTATAACAGAACAAAAAGTCAT
AGATGTGAAAGAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTCAAAAAACAAATTTA
TTTCTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCAAAACAAAC
TTATATGAACAAAAATATTTGTTTCATAACAACAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
TATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAAATCATTTTTTAATATCTTACCT
ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAACCTAGTATCAACTGAAA
AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTTAT
AACTATTTAAACTGGTTCAACAAAAATATTTATTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTGTCAAAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAGCTTGC
Found at i:5891 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 5299--6894 Score: 1153
Period size: 181 Copynumber: 8.9 Consensus size: 182
5289 AGTATTATTT
* * * *
5299 TATTTGAGCTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
5364 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG-AACAATTAG-TTTATGAC-
66 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACA
* * * *
5426 AAA-AAAAAGGTCATAGCT-ATGTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
130 AAACAAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
** * * * * * * *
5478 TATTTGAACAAG-TTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTGTACTTATTACTTTTTGGAATA
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* *** * *
5541 TTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTCATAACA
65 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
5605 AAA-TAATA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTTTACATAGTCATAAC
130 AAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAAC
* * * * * ** * *
5656 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGACTCATTTTTTTAAATCACTTACTCATTAATTTTTGGAATA
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
5721 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATACGAATTGACACAATTGTTTTATGACA
65 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
5786 AAACAAAAAGGTC-TAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTTATGAC
130 AAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * **
5838 TATTTAAACTTGTTTGATAAAAATATTTA-TTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTCAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * *
5902 TAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTTTTAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAA
66 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
5967 AAC-AAAATGTCATAATGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
131 AACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* *
6018 TATTTGAACTTATTT-AGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTTG-AA
1 TATTTGAACTTGTTTGA-TAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAA
* * ** * * * * * * *
6080 TGTTAAAAAATTTGTATAATTTTA-ATTGCAAGAACCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATG
63 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** *
6144 ACAAAATAAAATGCT-ATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
127 ACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
6199 TATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTACAT-TCCTTACTTATTACTTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
6263 TTAATAAATTGGA-ATTATGTTATTTCGAACAAGCTTGTATGAATAGAAA-TATTGTTTTGTGAT
65 TTAATAAATT-AATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
6326 AAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAACAATCATAAC
129 AAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * ** *** * * * *
6379 TATTTGCACTCGTCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAAT-TTGTTATTTATTAA-TTTTCAGAA-
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGA-AAT
** * *** * * * *
6441 ATTAA-AAATTAGCATTAGTTTATTTCCTATAATAC-TGTATAAACAAAAACAATT-TTTTATGA
64 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
6503 CAAAAC-AAATGGTCAAAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
128 CAAAACAAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * **
6557 TAGTTGAACTGGTTT-AGTAAACAGATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTTCTTCATTTTCAAAATA
1 TATTTGAACTTGTTTGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * *
6621 TTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAATGAA-CTTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGAC
65 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
6685 AAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAT
129 AAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * ** * * *
6738 TATTTTAACTAGTTTGACAAACCGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TGTATTAATTTTTGAAATG
1 TATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATA
* ** * ** * * * **
6802 CTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTACTAAGAATTA-AAAAAATAATTTTATGA
65 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
6865 GAAAACAAAAA-GCCATAACGATTTGAAATA
128 CAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
6895 AAGAGCTGTT
Statistics
Matches: 1105, Mismatches: 264, Indels: 94
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.00
178 243 0.22
179 82 0.07
180 327 0.30
181 379 0.34
182 67 0.06
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TATTTGAACTTGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
Found at i:5958 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 5935--5971 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
5925 CTAAATAAGC
5935 TTGTTTTAAGA-AAAACAA
1 TTGTTTTAAGATAAAACAA
*
5953 TTGTTTTATGATAAAACAA
1 TTGTTTTAAGATAAAACAA
5972 AATGTCATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.59
19 7 0.41
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTAAGATAAAACAA
Found at i:6797 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 5321--6811 Score: 1490
Period size: 539 Copynumber: 2.8 Consensus size: 537
5311 CTCGATAAAT
* *
5321 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * *
5385 TTTCGAATAA-GCTTGTATGAAC-AGAACAATTAGTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAGCTATG
65 TTTCCTATAATACTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACTATT
* * * * **
5447 TGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAGTTCAAAAAACAAATTTATTTTT
130 TGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTT
* * *
5512 AAAATTTGTACTTATTACTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAT-AAGCT
195 TAAATTT-TACTTATTA--TTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-AAAATGAACCT
* * * *
5576 TGTATGAATAAAACAATTGTTTCATAACAAAATAATAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAT-
256 TGTATGAATAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TG
* * * * *
5640 TTTACATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGACTCATTTTTTTAAATCACTTACTC
319 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
5705 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATACGAATTGACA
383 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTCGAACAAGCCTATACGAATAGACA
* * * *
5770 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCTAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTTAT
448 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCTAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCAT
* * ** *
5835 GACTATTTAAACTTGTTTGATAAAA
513 AACTATTTAAACTCGTCAGACAAAA
* * * * *
5860 ATATTTA-TTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
5923 AT-CTA-AATAAGCTTGTTTTAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAT-GTCATAA-TG
66 TTCCTATAAT-A-CTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACT-
5984 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAAATTTAT
127 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAAATTTAT
* * * * * **
6048 TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTTGAATGTTAAAAAATTTGTATAATTTTAATTGCAA-G
191 TTTTT-AA-ATTTTACTTATT-ATT-TTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTAAAATG
* *
6112 AACCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAA-TGCTATAGCGATTTGAAATAG
251 AACCTTGTATGAAT--AAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGT-C-ATAACGATTTGAAATAG
* * *
6176 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAG-ATTCATTTTTTACAT-T
312 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCT
* * * * *
6239 CCTTACTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTGGA-ATTATGTTATTTCGAACAAGCTTGTAT
376 -CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AATATTATGTTATTTCGAACAAGCCTATAC
* * * *
6303 GAATAGA-A-ATATTGTTTTGTGATAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATCGATAATTATT
439 GAATAGACACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATC-TAATAATTTGAAATAGATAATTATT
** * * *
6365 CAAACAATCATAACTATTTGCACTCGTCAGGCCAAC
502 CAAACAATCATAACTATTTAAACTCGTCAGACAAAA
* * *
6401 AGATTCATTTTTTAAAT-TTGTTATTTATTAATTTTCAGAA-ATTAA-AAATTAGCATTAGTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*
6463 TTTCCTATAATAC-TGTATAAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAATGGTCAAAACTATT
65 TTTCCTATAATACTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACTATT
* * * * * *
6526 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAGTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTCTTTTT
130 TGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTT
* * * *
6591 TAAATCTCTTATTTCTTCATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAATGAA-C
195 TAAAT-T-TTACTTATT-ATTTT-AGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTA-AAATGAACC
* * * *
6655 TTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAAT
255 TTGTATGAATAAAAA-A-TTATTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** *
6720 TGTTTAAATAGTCATAATTATTTTAACTAGTTTGACAAACCGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-T
317 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
**
6784 GTATTAATTTTTGAAATGCTAATAAATT
382 -TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
6812 TGTTTTATTT
Statistics
Matches: 778, Mismatches: 129, Indels: 90
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
535 2 0.00
536 1 0.00
537 8 0.01
538 72 0.09
539 257 0.33
540 114 0.15
541 131 0.17
542 126 0.16
543 67 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTCCTATAATACTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACTATTT
GAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
AAATTTTACTTATTATTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTAAAATGAACCTTGTAT
GAATAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTCGAACAAGCCTATACGAATAGACACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAAGATCTAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTT
AAACTCGTCAGACAAAA
Found at i:7840 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7420--9319 Score: 1141
Period size: 179 Copynumber: 10.6 Consensus size: 181
7410 CTTATTAATT
* * * *
7420 TTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTATTG--AAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * *** * *
7483 TAAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTA
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT-AACTT
* * * * *
7548 ATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAA-TTTTTGGAATA
128 ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATA
* * * * * * * *
7597 TTAATAAACTATTAATATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGGCA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTATTGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
7662 AAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAATATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAATTTTT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAACTTATT
* * *
7727 CAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAATA
131 C-GATAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATA
* * * * * * *
7779 TTAATAAATTAGTACTATTTTAATTCAAATAGGCTTTTATGTATTGAAACAGTTATTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTATTGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
7844 AAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAGCTTA
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGA-TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAA-CTTA
* * * * *
7908 TTGGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAA--TC-T-CTTATGAATTTTTTG-AATA
129 TTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATA
* * * * * *
7957 TTAATATATTA-TGATTATTTT-ATTCCAATAAACTTGTATG-ATATGAAAGAAGTAG-TTTACG
1 TTAATAAATTAGT-ATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTAT-TGAAACAA-TTGTTTTATG
* * * * * ** *
8018 ACTAAA-AAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAACTA
63 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAACTT
* ** *
8082 ACTCGATAAACGCATCTATTTTTTAAATCT-TATACTTATTAATTTTTT-AAATA
128 ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTTGAAATA
* * * * *** * *
8135 TTAATAAATTAATACTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAGCAAATGTTTTATAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATG-TATTGAAA-CAATTGTTTTATGA
** * * * * *
8200 CAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-AGCTATAATTATTTTAAC
64 CAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATC-ATAACTA-TTTAAC
* * *
8264 TGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATA
126 TTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATA
* * *
8319 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ACTCTGTATAAGCTTGTAT-TAATTGAAACAATTGTTTTATGC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGT-ATTGAAACAATTGTTTTATGA
** * * *
8382 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAATTAGACAATTGTTCAAAT-A--ATAACTATTTAAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT-AACTT
* * * * * * *
8444 GTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTTAAATGTC-TATCTTATTAATTTTTT-AAATG
128 ATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTTGAAATA
* * * * * *
8498 TTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTATTGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * ** * * **
8563 AAAGAAAAGGTTAGAACGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTGTTAACCATATGAACTGGT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAT-TTAACTTAT
**
8628 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATA
130 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATA
* * * * ** * *
8679 TTATTAAATTTGTATTATTTTAA-TCTAAACAAGCTTGTATG-A-ACAAAAAAATG-TTT-T-AC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGTATTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
8738 AACAACAAAAGTTCATAACGATTTGACATTGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-GT
65 AA-AACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT-AACTT
* **** * * ** * * **
8802 AGTTTGATAATTGGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATCAA-GTTTCAAAATA
128 A-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATA
* * * * * * * * * *
8856 TTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATAGTATG-AATCAACCAATTGTTCAATATG-
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTATTGAAACAATTGTT--TTATGA
* ** * * * * * * *
8918 -AGAAC-AAATTTTATAAAAATTTGAAATATATAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAA-A
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATT-CAAATAATCATAACTATTT-AACT
* * * ** *
8980 TAGTTTGGTAAACATATTTACCTTTTAAATCGCTTA-TTGATTAATTTTTT-AAATA
127 TA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTTGAAATA
* * * * * * *** * *
9035 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTATTGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * * * **
9100 AAATAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT-AACTTAT
* * * **
9165 TCTG-TAAATAGACTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTA-TAAAATTTTGAAATA
130 TC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATA
* * * * * *
9215 TTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-AGTTGAAATAATTGTTTTACGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTA-TTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
9279 AACACAAAAGGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAA
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAA
9320 CAAATGGATT
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 310, Indels: 144
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 19 0.01
176 77 0.06
177 254 0.19
178 114 0.09
179 267 0.20
180 104 0.08
181 169 0.13
182 184 0.14
183 69 0.05
184 79 0.06
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGTATTGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAACTTATT
CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATA
Found at i:8671 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 7420--9319 Score: 1155
Period size: 359 Copynumber: 5.3 Consensus size: 354
7410 CTTATTAATT
* * ** *
7420 TTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGAT
* * * * *
7484 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAA
64 -AAA-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA
* * * * * * *
7549 TTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTATT
127 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
7610 AATATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCA
192 ATTATTTTATCT-GAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
7675 TAACAATTTTCAATATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAA-TTTTTCAGAAAACATAT
256 TAACAATTTT-AATAGACAATTATTCAAAT-A--ATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAA-AGA-
** *
7739 TTATTTTTAAAAATCTCT-TGCTTATTAATTTTTTGAAATA
315 TTATTTTTTTAAATCTCTATACTTATTAATTTTTT-AAATA
* * * * * *
7779 TTAATAAATTAGTACTATTTTAATTCAAATAGGCTTTTATGTATTGAAACAGTTATTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AATGAAACAATTGTTTTATGAT-
* * * *
7844 AAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAGCTT
64 AAA-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTG
* * * * * *
7907 ATTGGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTA-TGAATT--TTTT-G-AATATTAATATATT
126 ATTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
7967 A-TGATTATTTTAT-TCCAATAAACTTGTA-TGATATGAAAGAAGTAG-TTTACGACTAAA-AAA
189 AGT-ATTATTTTATCT-GAATAAGCTTGTATTAAT-TGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * *
8027 AGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT-AACTAACTCGATAA
250 AGGTCATAACAATTT-TAATAGACAATTATTC-AA-A-TAATAACTATTTAAACTTATTCGGTAA
*
8091 ACGCATCTA-TTTTTTAAATCT-TATACTTATTAATTTTTTAAATA
311 AAG-AT-TATTTTTTTAAATCTCTATACTTATTAATTTTTTAAATA
* ** ** *
8135 TTAATAAATTAATACTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAGCAAATGTTTTATAA
1 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--AATGAAA-CAATTGTTTTAT--
* * * * * *
8200 CAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG-CTATAATTATTTTAAC
61 GATAA-AAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAAC
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124 TGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
* *
8329 AGTATTATTTTACTCTGTATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAAGG
189 AGTATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * *
8394 TCATAATGATTTTAATTAGACAATTGTTCAAATAATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAT
253 TCATAACAATTTTAA-TAGACAATTATTCAAATAATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAA-AGAT
* *
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316 T-ATTTTTTTAAATCTCTATACTTATTAATTTTTTAAATA
* *
8498 TTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACT
1 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGA-T
* * * * * ** ** * *
8563 AAAGAAAAGGTTAGAACGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTGTTAACCATATGAACTGGT
64 AAA-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGAT
* * *
8628 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTATTAAATTTGT
128 TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
8692 ATTATTTTAATCTAAACAAGCTTGTATGAA--CAAAAAAATG-TTT-T-ACAACAACAAAAGTTC
192 ATTATTTT-ATCTGAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGGTC
* * * * * ** * * * * **
8752 ATAACGATTTGACATTGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-GTAGTTTGATAATTGG
255 ATAACAATTTTA-ATAGACAATTATTCA-A-A-TAATAACTATTTAAACTTA-TTCGGTAA-AAG
* * ** * * **
8816 ATT-TATTTTTTAATTTTCT-TGGTTATCAAGTTTCAAAATA
314 ATTAT-TTTTTTAAATCTCTATACTTATTAATTTTTTAAATA
* * * * * * * *
8856 TTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATAGTATGAATCAACCAATTGTTCAATATGA-
1 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTT--TTATGAT
* * ** * ** * * * * *
8919 GAACAAATTTTATAAAAATTTGAAATATATAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT-AG
64 AAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-
* * ** * **
8983 TTTGGTAAACATATTTACCTTTTAAATCGCTTA-TTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAG
127 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *** * * * * *
9047 TATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAATAAAAAGTA
191 TATTATTTTATCT-GAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * ** *
9112 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCTGTAAATAGA
255 ATAACAATTT-TAATAGACAATTATTCAAATA---ATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAA-AGA
* * *
9177 CTTA-TTTTTTAAA-CTCT-TACTTATAAAATTTTGAAATA
315 -TTATTTTTTTAAATCTCTATACTTATTAATTTTTTAAATA
* ** * * * * * *
9215 TTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTACGACA
1 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGATA
* * * *
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9320 CAAATGGATT
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AAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTG
ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATCTGAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
ATTTTAATAGACAATTATTCAAATAATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAAAGATTATTTTTTTA
AATCTCTATACTTATTAATTTTTTAAATA
Found at i:9386 original size:152 final size:152
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9168 GTAAATAGAC
* *
9178 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGA
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* *** *
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* ** ** *
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1 TTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATAAAATTTTCAAA-TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
9393 GAATAAACTTGGATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAA
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TTATTTTTTAAACTCTTACTTATAAAATTTTCAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
ATAAACTTGGATGAACAGAAATAATTATTTTACGACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
GATAATTGTTCAACAAATGGAT
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* *
9560 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
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* ** * *
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ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTCGAAAAACAATTATTTTACGACAAAATGAAAGGTAATAA
TG
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9747 AACTAATTTA
* *
9757 TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTAATATTTTATTTTGGAT
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* * * * * * * * * *
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9887 TAATTGTTCAAATAATAACAATTAT
131 TAATTGTTCAAATAATAACAATTAT
* * * * *
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**
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10039 A
128 A
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TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTAATAATTTATTCTGGAT
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TAATTGTTCAAATAATAACAATTAT
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * ** ** *
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*
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1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT--TCAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
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* * * * *
10390 CGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATATCTATTTGAGCTTGTTCAGTA
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
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* * * ** * * * *
10510 TTATTTT-GAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATGACTTAATAAAAGGTCAAAATG
65 TTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
* * * * * * *
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129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TA
* * * * *
10628 AACACATTGAT-TTTTT--AT-TATTACATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTATGTGAAA
1 AACATATT-ATATTTTTAAATCTCTTAC-TTA-T-TAAT-TT--TTCAAAT-A--TTA-AT-AAA
* * *** * * *
10689 --AGATCATAACTATTTGAATTGGTTCA-ATGAATAGATT-TA-GTTTTTAAATTTCTTATTAAT
54 TTAG-T-AT---TATTT-TATT--TT-AGAT--A-AGCTTGTATG-AACTAAA--AC-AATT-GT
** ** * ** * * *
10749 TTT-TGA-AATATTAATAAA-TCA-ATATTATTTTATTCTAAATAATTCTGT-ATAA-A--CAAA
102 TTTATGACAA-AACAA-AAAGTCATA-ACGATTTGA-AATAGATAATTGT-TCA-AATAGTC-AT
*
10806 AAC-AATTG---TT-TT-ATGATAA
160 AACTATTTGAACTTGTTCA-G-T-A
* * *** *
10825 AACAAAATGTCATAATAATTTGAAAT-AGATACCTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
1 AAC-ATAT-T-AT-AT--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGT
** * **
10888 ATTATTTTATTTT-GAATAAATTTGTACGAA-TAAAAGCAATTGTTTTATGAC-AAACTGAAAGA
59 ATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-
* * * * * * * *
10950 TCTTAACTATTCGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTATTTAGTA
121 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * *
11011 AACAAATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATCAT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** * *
11074 TTTATTTCAAATGCA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGGCAAAATGAAAGGTCAAAAC
64 TTTATTTTAGAT-AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * *
11138 TATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC-GGTTTAG-A
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * **
11190 AA-ATTGATT-TATTTTTTAAATTTC-CACTGATTAATATTTGGAATATTAATAAATTTA-TATT
1 AACA-T-ATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * **
11251 ATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGAATTG-TTTATGACAAAACAAACGGTCA-A
62 ATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
** * * * ** *
11313 AAAAATTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAAATAGCCTT
126 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC----AG--TA
* * * **
11375 AAC-TATT-TAAGCTTGTTCGGTAAA-CGAAT-TTATTTTTTAAATCTCTT-ATTTATTAATTTT
1 AACATATTAT-A--TT-TT---TAAATC---TCTTACTTATT-AAT-TTTTCAAATATTAA---T
* * ** * ** * * ** * ** ***
11435 CAAAATA-TCAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAAT-AAGCCTATATGAATTGATACAATTG
51 -AAATTAGT-ATTATTTTA-TTTTAGATAAGCTT-GTATGAA--CTAAAACAATTG-TTTTA-TG
* * * * * * *
11497 TTTTATAATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACAAT
108 ----A-CA--AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
11562 TTGGACTTGTCCGGTA
166 TTGAACTTGTTCAGTA
* * * ** * *
11578 AACATATT-TATTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTGTTGTAGTATTAATAAATTAATATTATT
1 AACATATTATATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * *
11642 TTAATACAAATAATCTTGTATGAAC-AAAAGCAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAC
65 TTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAAC
* * * *
11705 GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCTA-TA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTA
* * *
11759 AACATATT-TATTTATTAAATCTTTTACTTATTAATTATTT-GAATATTAATAAATTTGTATTAT
1 AACATATTATATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
11822 TCTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAG
64 TTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * *
11886 TGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTA
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * ** * *
11941 AATAGATTCAT-TTTTTAAATCCCTTACTCGTTAA-GTTTCGAAATATTAATAAGTTAG-ACTTA
1 AACATATT-ATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTA-TTA
* * * * *
12003 TGTTATTTT-GAATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAAGGTTAT
63 TTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCAT
* * * * * * * * * *
12066 AATGATGTGAAGTACATAATTGTTTAAACAGTCATAACTGTTTGCA-TTGATCAGGA
125 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * *
12122 CAACAAATTCAT-TTTTGAAATTTGTTACTTAATAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTA
1 -AACATATT-ATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * **
12185 ATTTATTCCAAATAAGATTGCATGAA-TAGAAAAAATTGTTTGAGGACAAAA-AAATGGTCATAA
63 TTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * *
12248 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AATTAATTAAACTGGTTTAGTA
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * *
12302 AACAGATT-TATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAAATTTTAAAATATGAATAAATTAATATTATT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
12366 TTATTTCAAACAAACTTATTTGAACAAAAAGATTTG-TTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACG
65 TTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACG
** ** *
12429 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAAC-TGATTTGGCA
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTA
* * * * * * * * *
12482 AATAGAATTAT-TTTTTAGATCTCTCACTGATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTTGTTTTATT
1 AACA-TATTATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
12546 TTATATT-GAATAAG-TTAGTAAGAACTAAAA-AGATTGTTTAAT-ACAAAGCAAAACGTCATAA
65 TTATTTTAG-ATAAGCTT-GTATGAACTAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * * * *
12607 CAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAATTATTTGAACTGGTTTAGCA
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * * *
12662 AACAAATT-TATTTTTTAAATTTGTTAGTTCTTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTATTAT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * *
12725 TTTATTACAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAGAACAAAAGGTTAT-ACA
64 TTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-
* * * * * *
12789 AATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAGCTATTTTAACTAT-TACAGTA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTA
* * *
12843 AACATATT-TATTTTTTAAATCTCCTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * *** * *
12907 TTACTCCAAATAGGCTTGCATGATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTCATAACA
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* * * **** *
12971 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGCT-TTTATGAACTAAAACAA-TTGTTTGATGATA
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-TTCA-G-TA
* * * * *
13027 AA-ATAAAAGGTCACATTGATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAA-TTTTCAAATTAG
1 AACAT---A--TTATA-T--TTTTAAAT--CT-CTTACT----TA-T--TAATTTTTCAAA-TAT
* * ** * * * *
13090 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA-TAGAAAGAGTTGTTTTACGATA
47 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * ** *
13154 AAATAGAATGTCATAATGATTTGAAATATATAATAGTTAAAACAAACATGACTAGTTT-AACTTG
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175 TTCAG-TA
* * * * *
13225 AATAGATTA-ATTTTTTAAATCT-TCAGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT
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* *
13288 TTTATTTT-GAATAAACTTATATGAAC-ACAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATA
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** * *
13350 GTGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTA
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* * * * * **
13406 AATATATCTATTTTTTTAAATATTTTGCTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
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* * * * * ** *
13470 TTA-TTTCGAATAAGTTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACATATGGTCATAAA
65 TTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * *
13533 GATTAGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCATAAATATTTGGACATGTTCAGAA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * ** *
13587 AACATATCTAT-TTTTTCAAT-TTTTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAATAT
1 AACATAT-TATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * *
13649 TTTATTTGA-ATTAAG-TTGCATGAAC-AAAACCGATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTAATAA
64 TTTATTTTAGA-TAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * *
13711 TGTTTTTGGAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC-GATA
127 CG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TA
* * * * *
13767 AACAGATTCAT-TTTTCCAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCAGAACATTAATAAATT-GT-TTG
1 AACATATT-ATATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATT-
* * * * * * * ** * *
13828 ATAAACATATTTTTTTA-AAAATCTTTTACT-TATTAATTATCAA-AATTTAAT-A-AATTAATA
62 AT-----T-TTATTTTAGATAAGCTTGTA-TGAACTAA--AACAATTGTTTTATGACAA--AACA
* * * * * *
13888 TTATTTTAA-TCCAAATAA-GCTTGAAGAAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTC
116 --A---AAAGT-C--ATAACGATT--TG-AA-ATAGATAATTG-----T--TCAAAT----AGTC
* *** * *
13951 ATAA-TAATTTGAAATAAATAATTGTTC
158 ATAACT-ATTTGAACTTGTTCA--G-TA
* * *** * * * * * * * *
13978 AA-ATGGTCATAACGAGTTAAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTGTTT-AAATCTT--TTACTT
1 AACAT-ATTAT-A-TTTTTAAA-T-CTCT--T-ACT-TATTAATT-TTTCAAATATTAATAAATT
* * * * ** * * **
14039 ATTAATTGTCTTAATATTA-ATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATA-AACTTGTATGAATAGA
56 AGT-ATTAT-TTTATTTTAGATAAGCTTGTATGA----A-CT-AAA-ACAA-TTGT-TTTAT-GA
** * * * * *** ** *
14102 -ATAAAGCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGGGATTTCAAATAGATAATTTTCAAATAGTC
109 CA-AAA-CA--AAAAGTCATAACGATTTGAAATA--GA--T--AATTG------TTCAAATAGTC
* * * *
14166 ATAATTATTTAAAATTGTTCTGTA
158 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * ** *
14190 AACAGATTGAT-TTTTTAAATTTCTTAAC-TATTAATTTTTGGAATATTAATAACA-TGGTATTA
1 AACATATT-ATATTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAA-ATTAGTATTA
* * * *
14252 TTTTATTTT-GAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATA
63 TTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATA
* * * * * * *
14315 ATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATA
126 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * *
14371 AATATATT-TATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATACTAATAAATTAGTAATAT
1 AACATATTATATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
14434 TTTAATTT-GTATAAGCTTGTGTGAA-TAAAAACTATTGTTTTAT-AGC-AGA-AAAAAGTCATA
64 TTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATA
* * ** *
14494 A-GATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACTAATT-TG-A
126 ACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * *** *
14547 TAGA-ATTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATATGCTATTATTATT
1 AACATATTATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
14605 TTATTTCAGACAAACTTATATGAA-TAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
65 TTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
* *
14669 ATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTA
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTA
* * * * * *
14721 AATATAATTAT-TTTTT-AATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTTGTTTTATT
1 AACAT-ATTATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * ** * **
14784 TTATTCCA-ATTAAGCTAGTATGAGTTGAAAA-AATTGTTTTATGGCAAAACAAAGGGTCATAAC
65 TTATTTTAGA-TAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * ** *
14847 GGTTTGAAATAGATCATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * *
14901 AACAAATT-TATTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATAAGTATTATTT
1 AACATATTATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
14965 TA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAT
66 TATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * * *
15028 GATTTGAAGTATACAATTGTTGAAATAGTCATTACTGTTTGAA-TTGGTTCGGTA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTA
* * * * *
15082 AATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
15146 TTATTTT-GAATAAGCTTAAATGATA-AAAAAAAATTTGTTATATGATC-AAACAAAAGGTGATA
65 TTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAA-TTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * **
15208 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCCA-TA
126 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CAGTA
* * * * * ** *
15264 AACAGATTCAT-TTTGTAAATCACTTACTTAATACTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATA
1 AACATATT-ATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
15328 TTATTTT-GAATAAGCATGTGTAAATTGAAACAATTATTTGATGACAAAAC-AAAAGATCATAAT
65 TTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAAC
* * * * * * * **
15391 GATTTTAAATAGACAATTGTTAAAATAGTCGTAACTATCTAAATTTGTTTGGTA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * *
15445 AACAAATT-TATTCTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATT
1 AACATATTATATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
15508 TT-TTTT--ATAAGCTTTTATAAACTATAACAATTG-TTTATGTC-AAAC-AACAGTTCATAATG
65 TTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACG
* * * *
15567 AATTT-AAATAAATAATTATT-AAATAATTCAT-ACTATTTGGAACTTATTTC--TA
129 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTT-GAACTT-GTTCAGTA
* * * ** * ** * *
15619 AATA-ATT-TATTTTTCAAAATCTTTTGCCCATT-ATTTTT-GAACGTTAATAAAATTTGGATTA
1 AACATATTATATTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * *** * * * * *
15680 TTTTA-TTCA-ATAGGCCTT-TAAGAA-TAAATTTGGATTATTTTAT-TC--CACAATAGGCTTC
63 TTTTATTTTAGATAAG-CTTGTATGAACTAAA--ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG--TC
* * * * * * ** * * *
15738 -TAA-GATATGAAACAAACT-ATT-TT--AAT-GACCTAA-AAGGTTAAAACAAT-TT-GGAA
123 ATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA--TTTGAAC-TTGTTCAGTA
* * * * * ** * * * *
15791 AATAGATAACTATTCTAAAAGT-T-TTAAC-TATTCAAACTGGTTC-GACA--AACACATT--TA
1 AACATATTA-TATTTTTAAA-TCTCTT-ACTTATT--AA-TTTTTCAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * ** * **** *
15848 TT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTATTA-AATTATTAATTATTTTTAACC
60 TTATTTT--AT-T-TTA--GA-TAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTT--TTATGACAAAAC
* * * * * * *
15910 GAATAAAG-C-TTA-TA-TT-AAGA-A-ATAATTGTT-TAAT-GACAAAACAAAGATTTTAAAC-
115 -AA-AAAGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC---TA-TTTGAACT
* *
15965 -G--CATTT
173 TGTTCAGTA
* * * ** * * * * **
15971 GAGA-ATTGATATTTGTTCAAT-TAGT-CATAACTAATATTTTGAACTAGTTTGGTAAA-TAG-A
1 AACATATT-ATATTT-TTAAATCTCTTAC-TTATTAAT-TTTTCAAATA--TTAATAAATTAGTA
* * * *
16031 TTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAA--TT-TTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTAT
60 -TTA-T-TTT--AT-T-TTA--GA-TAAGCTTGTATGAACTA--AAACAATT-G-----TTTTA-
* * ** * * * *** * **
16093 TTTGA-ATAAGCTTGTATGAG-CAAAAAGAATTGTTTTATGACAA---AACAAA-AGGTCATAA-
106 --TGACA-AAAC---AAAAAGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA-GTCATAAC
* * *
16151 TGATTTGAAATGGATAATCATTCA
163 T-ATTTGAACTTG-T--TCAGT-A
* * * * **
16175 AATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAA-CAGCTCTATTTTTTAAATTTCTT-ACTTATT
1 AA----CAT-ATTA---T-A-T--TT--TTAAATC-TCT-TACTTATT-AATTT-TTCAAATATT
* * * ** ** ** * * * *
16238 AATTTAGGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAT-TCCATCTAAGTTTATATTAATTGAAACA
48 AA--TA--AATTAGT-AT-TATT-TTATT-TTAGATAAGCTTGT-A--TGA-ACT-A---AAACA
* * * * * * * * * * *
16302 ATTGCTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAACTATTCAAATAATAATAA
97 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
16367 CTATTTGAACTTATTCAATA
162 CTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * *
16387 AATAGATTTATTTTTTTAATATCT-TT-CTTA-TAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATCAA
1 AACATA-TTATATTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTAT-TA
* * * * * * * *
16449 TTTT-TTCTAAATAAGCTGGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAATGTCAAAAT
63 TTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * **
16513 GATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-ATGATTTGGTA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTA
* * * *
16567 AAAAAATT-TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * * * *
16627 TTA-ATTCGAATAAGCTTGTACAAAC-AAAATAATTGTTTTACGA-AACAAGAAAAGGTCATAAT
65 TTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAAGTCATAAC
* * * * **
16689 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
** * * * * * * * *** *
16743 ATTATATAATA-TTTCATATAGTCTTA---ACT-A--TTTGAACTAGTTAGGCAATTAGTTTTAT
1 AACATATTATATTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTCAAATA-TTAATAAATTAGTATTA-
* * * * * ** *** *
16801 TTTTTAATTTTTTGGCCTTTAAGTTTTGGAATAT-TATTAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATA
63 -TTTT-A--TTTTAG---ATAAG-CTT-G--TATGAACTAAA--ACAATTGTTTTA-TGACAAAA
* * ** ** * *
16865 -AAATAGT-ATGAA--A--AGAACCA-ATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA-TGATTTG
114 CAAAAAGTCAT-AACGATTTGAAATAGA-TAATTG-T-TC-AAAT---A-GTCATAACT-ATTTG
*
16922 AAATAGGTCATTATTCAAATAGTCA
169 --A-A---C-TTGTTC----AGT-A
* * * * **
16947 AA-ACTATTTGAAATAGTTTGGTAAGCAT-T-TTACTTTTTAAATCTCTTACTAATAAATTCTTG
1 AACA-TA-TT---ATA-TTT-TTAA--ATCTCTTACTTATT-AAT-T-TTTC-AA-ATATTAAT-
* ** * ** * * ** **
17009 AAA-TA-TAAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTT
51 AAATTAGT-ATTATTTTA-TTTTAGATAAGCTTGTATGAA-C---T------AAAA-CAATTGTT
* * * * * * * *
17071 TTATGACAAAACGATAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAA-AGCCCATAATTATT
103 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA-T
*
17135 TTGAAC-CGATTCAGTA
166 TTGAACTTG-TTCAGTA
* * *
17151 AAC-TAATT-TATTTTTTAAATCTC-TACTTATTATTATTTTTAAAATATTAATAAAGTATTATT
1 AACAT-ATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTA--ATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * **
17213 ATTTTATTTTGGATAAGTTTTTACGAACTAAAACAATTATTTGATGACAAAACAAATGGTCATAA
62 ATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * **
17278 TGATTTTAACTGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTA
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * *
17333 AACAAATT-TATTGTTTTAAATCTCGTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTACTAT
1 AACATATTATA-T-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * *
17397 ATTA-TTTCGAATAAGCTTGTGTAAATTGAAACAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCAAAAC
64 TTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * ** *
17461 -AGTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGGA-TGGTTTGGCA
128 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
** *
17514 AGCACAT-TTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 A--ACATATTATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
17573 TTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGACCATAAAA-AATTATTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAA
64 TTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * * *
17635 CAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTTACAACTATTTGAA-TTGGTT-TGGA
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTA
* * * * * * *
17689 AA-ATAGCTT-TAGTTTATAAATCTCTTGCTTGTTAGTTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTA
1 AACATA--TTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * *
17752 TTTTATTTCA-A-AATTTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATA-TCATA
63 TTTTATTTTAGATAA-GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATA
* * * *
17813 ATGACTTT-AAATAGATAACTGTTAAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTC-GATA
126 ACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-TA
* * * * * ** *
17869 AACAAATTTATTTTTTTAAATCTATTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
1 AACATA-TTATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
17934 TTATTCT-GAATAAGTTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATG
65 TTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
** * * * *
17998 ATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACGATTTGAA-TTGGTTCGGCA
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTA
* ** * * *
18051 AACACATT-T-TTTAAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 AACATATTATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
18114 TA-ATTCGAATAGGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTGTG--AAAA-AAAAGGATCATAAC
66 TATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAAC
* * * * **
18174 GATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTAAACTAT-TTTGGTA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTA
* * * * *
18228 AATAGATT-TAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAGATGAATATTAT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * *
18287 TTTATTAT-GAATAATTTTGCAT-AAATGGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
64 TTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* ** * * * * * * *
18350 TGACATGAAGTAGATAGTTGTTGAAATGGAT-ATGAGTATTTGAACTTGTTTAGTA
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * *
18405 AATAGATT-TATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTAT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * *
18468 TTT-GTTCCGAAAAAACTTTTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAACA-TCATA
64 TTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATA
* * * * *
18530 ACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTA
126 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTA
* * * * * **
18586 AAAAAATT-TACTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
18649 TTATTTT-GAATATGTTTATATGAA-TAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAA
65 TTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* ** * *
18711 CTATTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAG-C-CGACTATTTGAA-TGTATTCAGAA
127 CGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTA
*
18764 AACATATT-TATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTA
1 AACATATTATA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * *
18825 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAA
63 TTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * *
18889 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTC
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * ** *
18944 AAGAGATTCATA-TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTAGTATTATT
1 AACATATT-ATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
19008 TTA-TTTAGAATAAGC-CGATATGAACTGATACAATTGTTTTGTGACGAAATAAAAAGTTATAAC
65 TTATTTTAG-ATAAGCTTG-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * *
19071 CATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTGGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * ** * *
19125 AACATATT-TGTTTTTAAAATCTTTTACTAATTAATTACTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AACATATTATATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * *
19189 TTAATCCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
65 TTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA
* * * * * **
19254 TTTAAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTATTTGGTA
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * * **
19305 AATAGATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATT-AGTTGTCGAATATTAATAAATTTTTATTATTT
1 AACATATTATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
19368 TAATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATATATTTTATG-CTGAAACAAAAGGTTATAGA
66 TATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAAT-TGTTTTATGAC-AAAACAAAAAGTCATA-A
* *
19430 -AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAA
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-T-A
* * * * * *
19485 AACAGATT-TAGTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATACTAATAAATTAGAATTATG
1 AACATATTATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
19549 TTATTCCTAGTTAA-CTTATA-CAAATAGAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAAATCATAAC
65 TTATT-TTAGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
19612 TCTTTGTACT
Statistics
Matches: 6958, Mismatches: 1777, Indels: 1586
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Consensus pattern (181 bp):
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TATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
Found at i:16739 original size:28 final size:28
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Period size: 28 Copynumber: 3.1 Consensus size: 28
16697 ATAGATAATT
16707 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
1 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
*
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1 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
* *
16754 TTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTA
1 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
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1 GTT
16785 AGGCAATTAG
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GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTA
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16809 TTTTTGGCCT
* * * * * ** * ** *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *** * *
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* * * * * * * * * * *
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255 ACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCACAACTA-TTTGAA
** * * * * *
17140 CCGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAA-TCTCTACTTATTATTATTTTTAAAATATTAATA
317 TTG-TT-TGGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATTCT-TACTTATTA--ATTTTTAAAATATTAAAA
* * * * * *
17203 AAGTATTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTACGAACTAAAACAATTATTTGATGACAAAACAA
377 AAGTA-TATTATTTTA-TTT-GAAAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
17268 ATGGTCATAATGATTTTAACTGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTA
439 AAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCGATA
* * *
17333 AACAAATTTATTGTTTTAAATCTCGTGCTTA
504 AACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTCA
* * * * * * *
17364 TTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTACTATATTATTTCGAATAAGCTTGTGTAAATTGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * *
17429 AATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCAAAACAGTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
66 AATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACA-TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATA
* * * * *
17494 ACTATTTGGA-TGGTTTGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTA
130 ACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
17558 TTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGACCATAAAA-AATTATTTTATGAGAAA
195 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * *
17622 ACAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTTACAACTATTTGAATTGGTTTG
260 ACAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAATT-GTTTG
* * * * * *
17687 GAAAATAGCTTTAGTTTATAAATCTCTTGCTTGTTAGTTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTA
324 GAAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAAGTA-TATTA
* * * * **
17752 TTTTATTTCAAAATTTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATATCATAATG
387 TTTTATTTGAAAA-GTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
17816 ACTTTAAATAGATAACTGTTAAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT
451 ACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-ATATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-
* *
17880 TTTTTTAAATCTATTGCTCA
514 TTTTTTAAATCTCTTACTCA
* * *
17900 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * *
17964 TAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTT
65 CAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAA-CATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCAT
* * *
18029 AACGATTTGAATTGGTTCGGCAAACACA-TT-TTTTAAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAA
129 AACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTA--T--TAATTTTTGAAA
* * * * *
18092 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAGGCTTGTATGAA-A-AGAAACAATTGTTTTGT
190 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACATA-AAACAATTATTTTAT
* * * * * *
18155 GA-AAAA-AAAGGATCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTAAAC
254 GACAAAACAAA-GATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAA-
* * * *
18218 TAT-TTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATG
317 T-TGTTTGGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-AAAAG
* * * * * * * *
18279 AATATTATTTTATTATGAATAATTTTGCATAAATGGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
380 TATATTATTTTATT-TGAA-AAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
18344 TCATAATGACATGAAGTAGATAGTTGTTGAAATGGAT-ATGAGTATTTGAACTTGTT-TAGTAAA
443 TCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAAATATTTGAACTTGTTCGA-TAAA
* * *
18407 TAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-CTA
506 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC-A
* * * * * * * *
18435 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTGTTCCGAAAAAACTTTTATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAA
* * * ** * * * * * *
18499 TAATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAT
65 CAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCAT
* * * * * * * *
18564 AACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAAAAAATTTACTTTTAAAATTTTTACTTATTAGTTTTTGGAA
129 AACTATTTGAAC-TGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * * *
18628 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTATATG-A-ATAGAAACAATTAGTTTAT
190 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACATA-AAACAATTATTTTAT
* * * * * *
18691 GACAAAACAAAAGGTCACAACTATTTAGAATAGATAATTGTTCAAATAG-C-CGACTATTTGAA-
254 GACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAT
* * * * * *
18753 TGTATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAATT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
318 TGT-TT-GGAAAATAGATTTAGTTTTT-AAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-AAAA
* * * * * *
18817 TTATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAA
379 GTATATTATTTTA-TTTGAA-AAGTTTGTATGAA-TTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
18881 GGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTCA
441 GGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCGATAA
* * * *
18945 AGAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCA
505 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCA
* * * * *
18974 TTAATTTTTGGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGC-CGATATGAACTGATA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAACTGAAA
* * * * * * *
19038 CAATTGTTTTGTGACGAAATAAAAAGTTATAACCATTTGAAATAGATAATTATTC-AAGTGGTCA
65 CAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCA-AAACATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TAGTCA
* * * * * * * *
19102 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTGTTTTTAAAATCTTTTACTAATTAATTACTGAA
128 TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATT--TT--TGAA
* * *
19167 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGAATGAACA-AAAACAATTATTTTAT
189 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTATTTTAT
* * * *
19231 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTCATAACTCTTTGAAC
254 GACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAA-
* * * * * ** **
19295 TTATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT-AGTTGTCGAATATTAATAAATT
317 TTGTTTGGAAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-AAAAG
* * * * *
19358 TTTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATATATTTTATG-CTGAAACAAAA
380 TATATTATTTTATTTG-AA-AAGTTTGTATGAATTGAAACAAT-TATTTTATGAC-AAAACAAAA
* * * *
19421 GGTTAT-A-GAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
441 GGTCATAATG-ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCGAT-
* * **
19484 AAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTT
503 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCA
* * * * * * * * * *
19515 TTAATTTTTAAAATACTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCTAGTTAA-CTTATA-CAAATAGAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACT-GAA
* * * * * ** * * * * * ** * *
19578 ACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAAATCATAACTCTTTG---TA-CTAGTCAGCCCAACAG--A
64 ACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCA
* *
19637 T--CTATTT----T--TT----AAA-TC-TCTTA--TTT---AT-TC--A-T--TTTTAG-AATA
128 TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACAT-TTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * * * * *
19676 TTAATAAATTAGCATTACTTTTATTTTGAATAAGATTGTATCAACA-GAAATAATTGTTTTATGA
192 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTATTTTATGA
* * ** * * * * * *
19740 CAAAATAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTACTTGAATTG
256 CAAAACAAA-GATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAATT-
* * * * * * *
19805 GTTTGGTAAACAGA-TT--TTTTTAAAATC-T-CTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT
319 GTTTGGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAAGT-AT
*** ** * *** * * * *
19865 ATTATTTTAGTCAAAACAAACTTATATGAACAAAAAACATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTT
383 ATTATTTTA-TTTGAA-AAGTTTGTATGAA-TTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * **
19930 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAAC
445 ATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAAATATTTGAACTT-GTTCGATAAAC
* * *
19993 -AATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTA
507 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCA
* * * * * *
20019 TTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAT-AAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAA
* * * * * *
20083 TAATTATTTTAT-A--AAA-AAAA-GTTATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAAT
65 CAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCAT
* * * * **
20143 AACTATTT-AAATGGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
129 AACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTA-TTTTTAA-AAT-CT-CTTATTAATTTTTG-AA
* * * ** *
20207 ATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGA-AAAACATTTATTTTAT
189 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTATTTTAT
* * ** * * * * * * *
20270 AAC-AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAAT
254 GACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAT
* * * ** * * * * *
20334 TGATTCGATAAACTA-ATTTACTTTTTAAATCTCCAACCTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAG
318 TGTTTGGA-AAA-TAGATTTAGTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAAG
* * * * * * * *
20398 TAATACTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TATTAACTGAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAG
380 T-ATATTATTTTA-TTT-GAAAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
20462 GTCAT-ATCAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
442 GTCATAAT-GACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCGATAAA
* * *
20526 CATATTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTA
506 CAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTCA
* * * *
20555 TTAATTTTT-GAATGTTAATAAAATT-GTATTA-TTTATTTCAAATTACCGTTGTATGAACT-AA
1 TTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAACTGAA
** * * * ** *
20616 A-AAAAATTTTATGGC-AAAAAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
64 ACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCA-AAACATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
20675 ACATAGTATT
Statistics
Matches: 2586, Mismatches: 561, Indels: 336
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
499 10 0.00
500 4 0.00
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Consensus pattern (533 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
AATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTATTTTATGACAAAA
CAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAATTGTTTGGA
AAATAGATTTAGTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAAGTATATTATTTT
ATTTGAAAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTCA
Found at i:17977 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 17947--17985 Score: 53
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17937 TTCTGAATAA
17947 GTTTGTATGAACTGAAATAATT
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17986 AAGGTCAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
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GTTTGTATGACTAAATAATT
Found at i:18962 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 16819--19617 Score: 2114
Period size: 539 Copynumber: 5.2 Consensus size: 539
16809 TTTTTGGCCT
* * * * ** * * *
16819 TTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAA-ATAGTATGAAAAGAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTA-TATG-AATGAAA
* * * * * *
16883 CAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGGTCATTATTCAAATAGTCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
16947 AAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAGCA-TTTTACTTTTT-AAATCTCTTACTAATAAATTCTTGA
128 TAACTATTTG-AATTGTTCGGCAAACACATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
17010 AATATAAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAAGCAATT-GTTT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAATAG-AAA-CAATTAG-TT
* * * * * * * * * *
17072 TATGACAAAACGATAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAA-AGCCCATAATTATTT
253 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCC--AACTA-TT
* * * * *
17136 TGAACCG-ATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTATTATTTTTAAAATATT
315 TGAACTGTATTCGGTAAA-TAGATTTAGTTTTTAAAT-TTTACTTATTA--ATTTTTGAAATATT
** * *
17199 AATAAA-GTATTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTACGAACTA-AAACAATTATTTGATGACA
376 AATAAATGTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTAC-AA-TAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * *
17262 AAACAAATGGTCATAATGATTTTAACTGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAT
438 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * *
17327 TTGGTAAACAAATTTATTGTTTTAAATCTCGTGCTTA
503 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACCTA
* * * * * * * * *
17364 TTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTACTATATTATTTCGAATAAGCTTGTGTAAATTGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA-TGAAAC
* * * * * * * *
17429 AATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCAAAAC-AGTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
17493 AACTATTTGGATGGTTTGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGGAAT
129 AACTATTTGAATTGTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
17554 ATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGACCATA-AAA-AATTATTTTATG
194 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGA--ATAGAAACAATTAGTTTATG
* * * * * * * *
17617 AGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTTACAACTATTTGAATT
257 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCCAACTATTTGAACT
* * * * * * *
17681 GGT-TT-GGAAAATAGCTTTAGTTTATAAATCTCTTGCTTGTTAGTTTTTGAAATATTAA-AAAA
321 -GTATTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* ** * * * *
17743 GTAGTATTATTTTATTTCAAA-ATTTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA
383 GTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTA-CAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
** * * * *
17806 TATCATAATGACTTT-AAATAGATAACTGTTAAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTCGATA
446 GGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * *
17869 AACAAATTTATTTTTTTAAATCTATT-GCTCA
509 AACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACCT-A
* * * ** * *
17900 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA-TGAAAC
* * * * * ** *
17965 AATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
18029 AACGATTTGAATTGGTTCGGCAAACACA-TT-TTTTAAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAA
129 AACTATTTGAATT-GTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
18092 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAGGCTTGTATGAAAAGAAACAATT-GTTT-TGT
193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
* * * * *
18155 GAAAA-AAAAGGATCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAG-CCATAACTATTTAAAC
258 CAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCC--AACTATTTGAAC
* * * ** * *
18218 TAT-TTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATGA
320 TGTATTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATGT
* * * * * * *
18280 ATATTATTTTATTATGAATAATTTTGCATA-AATGGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
385 ATATTATTTTATTTTAAATAAGTTTG--TACAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * * * ** *
18344 TCATAATGACATGAAGTAGATAGTTGTTGAAATGGAT-ATGAGTATTTGAACTTGTTTAGTAAAT
448 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
*
18408 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTA
512 AGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACCTA
* * * * * * *
18435 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTGTTCCGAAAAAACTTTTATGAATAGAAAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAAT-GAAAC
* * * * * *
18500 AATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
18565 ACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAAAAAATTTACTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAGTTTTTGGAA
130 ACTATTTGAA-TTG-TTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** * *
18628 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
* * * * *
18693 CAAAACAAAAGGTCACAACTATTTAGAATAGATAATTGTTCAAATAG-CCGACTATTTGAA-TGT
258 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCAACTATTTGAACTGT
* * * * * *
18756 ATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAT
323 ATTCGGTAAATAGATTTAGTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATGTAT
* *
18821 ATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTACAAGTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCA
387 ATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTACAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
18886 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTCAAGAGAT
451 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* *
18951 TCA-TATTTTAAATCTCTTA-CTCA
516 TTATTTTTTTAAATCTCTTACCT-A
* * ** * ** *
18974 TTAATTTTTGGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCGATATGAACTGATAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA-TGAAAC
* * * * *
19039 AATTGTTTTGTGACGAAATA-AAAAG-TTATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTGGTCA
65 AATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * **
19102 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTGTTTTTAAAATCTTTTACTAATTAATTACTGAA
128 TAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
19167 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAACAATTATTTTAT
192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTT-ATATGAATAGAAACAATTAGTTTAT
* * * *
19231 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTCATAACTCTTTGAAC
256 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-CAACTATTTGAAC
* * * *
19295 T-TATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCG-AATATTAATAAAT
320 TGTATTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
19357 TTTTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATATATTTTATG-CTGAAACAAA
383 GTATATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTA-CAATAGAAACAAT-TATTTTATGAC-AAAACAAA
* * * *
19420 AGGTTATAGA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
445 AGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-
* * *
19484 AAACAGATTTA-GTTTTTAAATCTCTTACTTT
508 AAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACCTA
* * * * * * * **
19515 TTAATTTTTAAAATACTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCTAGTTAACTTATACAAATAGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAAT-GAAAC
* * * *
19580 AATTGTTTTGTAACAAAACAAAAAATCATAACTCTTTG
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTG
19618 TACTAGTCAG
Statistics
Matches: 1803, Mismatches: 368, Indels: 170
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
534 34 0.02
535 183 0.10
536 354 0.20
537 85 0.05
538 147 0.08
539 378 0.21
540 279 0.15
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542 4 0.00
543 3 0.00
544 21 0.01
545 113 0.06
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAATGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAATTGTTCGGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCAACTATTTGAACTGTATT
CGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATGTATATTA
TTTTATTTTAAATAAGTTTGTACAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATT
TTTTTAAATCTCTTACCTA
Found at i:19086 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 16819--19553 Score: 1880
Period size: 359 Copynumber: 7.6 Consensus size: 356
16809 TTTTTGGCCT
* * * ** * **
16819 TTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAAAAGAACC
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCT-GTATGAATAGAAAA
* * * * ** * * * **
16884 AATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTCATTATTCAAATAGTCAAA
64 AATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TG
* * ** * * * * * * *
16949 ACTATTTGAAATAGTTTGGTAAGCA-TTTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATAAATTCTTGAAAT
128 ACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
17013 ATAAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAAGCAATTGTTTTATG
193 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTATTTTATG
* * * * * * * * *
17076 ACAAAACGATAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAA-AGCCCATAATTATTTTGAA
256 ACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTA-TTTGAA
* ** *
17140 C-CGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTA
318 CTTG-TTTGGTAAA-GAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC-TA
** * * * * * *
17180 TTATTATTTTTAAAATATTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTACGAACTA-A
1 TTA--ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAG-CTGTATGAA-TAGA
* * * * * ** * * *
17244 AACAATTATTTGATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAACTGGATAATTGTTCAAATAGTC
61 AAAAATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * * * *
17309 ATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTGTTTTAAATCTCGTGCTTATTAATTTTTC
126 -TGACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTAGT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * * * * * * *
17374 G-AATGTTAATAAATTAGTACTATATTATTTCGAATAAGCTTGTGTAAATTGAAACAATTATTAT
188 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* ** * *
17438 ATGACTAAAGAAAAGGTCA-AAACAGTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG
253 ATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
17502 GA-TGGTTTGG-CAAGCACATTTATTTTTTAAATCTC-T--TA
316 AACTTGTTTGGTAAAG-AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTA
* ** ** *
17540 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGACCATAAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGC-TGTATGAATAGAAAA
* * * * * *
17605 AATTATTTTATGA-GAAA-ACAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGT-TA
64 AATTGTTTTATGACGAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-
* ** * * * * * *
17667 CAACTATTTGAA-TTGGTTTGGAAAATAGCTTTAGTTTATAAATCTCTTGCTTGTTAGTTTTTGA
127 -GACTATTTGAACTT-GTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *** * * *
17731 AATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAA-ATTTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
** * * * *
17795 GACAAAAAAAATATCATAATGACTTT-AAATAGATAACTGTTAAAATAGTCA-AATATATTTGAA
255 GACAAAAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA
* * * * * *
17858 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTATTGCTCA
318 CTTGTTTGGTAAAGAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACT-A
* * *
17900 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACT-GAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAG-CTGTATGAA-TAGAAA
* * * * ** **
17964 TAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTT
63 AAATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-T
* * * * * ** *
18029 AACGATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACACATTT--TTTAAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAA
127 GACTATTTGAACTT-GTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
18091 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAGGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTGTG
191 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
18156 --AAAAAAAAGGATCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTAAACT
256 ACAAAAAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*
18219 AT-TTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TA
320 -TGTTTGGTAAAGAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTA
*** * * * ** * * * *
18254 TTAATTTTCAAAATATTAATAGATGAATATTATTTTATTATGAATAATTTTGCATAAATGGAAAT
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAA-GCTGTATGAATAGAAAA
* * ** ** * * * * *
18319 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGACATGAAGTAGATAGTTGTTGAAATGGATATG
64 AATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTG
* * * * * * * **
18384 AGTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAAT
128 ACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
18449 ATTAATAAATTATTATTATTTTGTTCCGAAA-AAACTTTTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
193 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
** * * * *
18513 CAAAACAAAACATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACT
257 CAAAA-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
18577 TGCTTGGTAAAAAAATTTACTTTTAAAAT-TTTTACTTA
320 TGTTTGGTAAAGAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC-TA
* * * * *
18615 TTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTATATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAG-CTGTATGAATAGAAAA
* * * *
18680 AATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACTATTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAG-CC
64 AATT-GTTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * *
18742 GACTATTTGAA-TGTATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGA
127 GACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* *
18804 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTATTTT
190 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
* *
18867 ATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
253 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
18932 ACTTGTTCGGTCAAGAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCA
317 ACTTGTTTGGTAAAGAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACT-A
* * *
18974 TTAATTTTTGGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCGATATGAACT-GATA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTG-TATGAA-TAGAAA
* * * * * * * * *
19038 CAATTGTTTTGTGACGAAATAAAAAGTTATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTGGTCAT
63 AAATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-T
* * * * **
19103 GACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT-GTTTTTAAAATCTTTTACTAATTAATTACTGAA
127 GACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
19167 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTATTTTATG
191 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* ** * * *
19232 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACT
256 ACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
19296 TATTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
320 TGTTTGGTAAAGAGATTTATTTTTAAATCTCTTAC-TA
* * * ** *
19334 TT-AGTTGTCGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGC-TGTATGAATAGAAAA
* *
19397 AATATATTTTATG-CTGAAACAAAAGGTTATAGA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTG
64 AAT-TGTTTTATGAC-GAAACAAAAGGTCATA-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-
* * * * *
19460 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTA
125 CTGACTATTTGAACTTGTTC-AGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
19525 AAATACTAATAAATTAGAATTATGTTATT
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
19554 CCTAGTTAAC
Statistics
Matches: 1877, Mismatches: 402, Indels: 191
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 3 0.00
354 159 0.08
355 49 0.03
356 140 0.07
357 72 0.04
358 293 0.16
359 366 0.19
360 181 0.10
361 238 0.13
362 103 0.05
363 143 0.08
364 16 0.01
365 102 0.05
366 9 0.00
367 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTGTATGAATAGAAAAAA
TTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTGACT
ATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
GTAAAGAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTA
Found at i:20390 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19639--20665 Score: 626
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 176
19629 CCAACAGATC
** * * * **
19639 TATTTTTTAAATCTCTTATTTATTCATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTTATTTT
1 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AATTAGTATTA-TTTTATTCC
* * * * * * * * *
19703 GAATAAGATTGTATCAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAA-ATAAATGGTCATAATGATTTGAA
63 AAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACATTTATTTTAT-ACAAACA-AAA--GTTATAATGATTTGAA
* * ** * * *
19767 ATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTACTTGAATTGGTTTGGTAAACAGA-T
124 ATAGATAATTATTCAAATGGCCATAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAACA-ATT
* * ** * * *
19820 T-TTTTTAAAATCT----CTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAGTCAAA
1 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * *
19880 ACAAACTTATATGAACAAAAAACATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAAACATTTATTTTAT-AC-AAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAAT
** * * * *
19945 AGATAATTATTCTTATAGGCCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAATT
126 AGATAATTATTCAAAT-GGCCATAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAACAATT
* * * *
19997 TATTTTTTAAATCT-CATAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTC
1 TATTTTTTAAATCTCCA-ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * *
20060 AAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATA-AAA-AAAAGTTATAACGATTTGAAATAT
63 AAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACATTTATTTTATACAAACAAAAGTTATAATGATTTGAAATAG
* ** *
20123 ATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAA-TGGTTCGGTAAGCATATT
128 ATAATTATTCAAATGGCCATAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAACA-ATT
* *
20172 TATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* **
20237 ATAGGCTTGTATGATGAAAAACATTTATTTTATAACAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAG
65 ATAAGCTTGTATGAAAAAAAACATTTATTTTAT-ACAAACAAAAGTT-ATAATGATTTGAAATAG
* * * *
20302 ATAACTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAATTGATTCGATAAACTAATT
128 ATAATTATTCAAATGGCCATAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAAC-AATT
* * * * * * * ****
20352 TACTTTTTAAATCTCCAACCTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATACTATTTTATTTTGG
1 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAA
* *** * * * * *
20417 ATAAGCTT-TATTAACTGAAACAATTGTTTTAAGATA-AAACAAAAGGTCAT-ATCAATTTTAAA
65 ATAAGCTTGTATGAAAAAAAACATTTATTTT---ATACAAACAAAA-GTTATAAT-GATTTGAAA
* * * ** * *
20479 TAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATATT
125 TAGATAATTATTCAAATGGCCATAACTATTT-AAATTGGTTCGGTAAACA-ATT
* ** * *
20532 TATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAAATT-GTATTA-TTTATTTC
1 TATTTTTT-AAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT--AATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * *
20594 AAATTACCGTTGTATGAACTAAAAAA-A---ATTTTATGGCAAAAAAAAGGTTAGAATGATTTGA
63 AAATAAGC-TTGTATGAA--AAAAAACATTTATTTTAT-ACAAACAAAA-GTTATAATGATTTGA
20655 AATAGATAATT
123 AATAGATAATT
20666 GTTCTAATAA
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 148, Indels: 83
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 11 0.02
175 99 0.15
176 123 0.19
177 43 0.07
178 49 0.07
179 86 0.13
180 145 0.22
181 54 0.08
182 45 0.07
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
TAAGCTTGTATGAAAAAAAACATTTATTTTATACAAACAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATGGCCATAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAACAATT
Found at i:21125 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21099--21140 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
21089 GGTCATAACG
21099 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
21116 ATTT-AAATAGTTATAATT
1 ATTTGAAATAG-TATAATT
21134 ATTTGAA
1 ATTTGAA
21141 CTTGTTAGGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
17 4 0.18
18 10 0.45
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:21181 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 20701--21294 Score: 474
Period size: 176 Copynumber: 3.4 Consensus size: 173
20691 TTTAAAATAG
** * * * *
20701 ATATGAACTGAAATAATT-TTTTATGATAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGATATAGATAATTAG
1 ATATGAACAAAAAT-ATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** * * * * * * **
20765 TCAAATAGTCATGACTGTTTG-ATTAGTTCGATAAACATA-TT-TTTCTTAAATTTTTATTTATT
65 TTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTAGATAAATAGATTTATTTCTTAAA--TCT-CCTATT
* * *
20827 AATTGTCAAAATATCAATAAATTAGTAATATTTTAATTTGAATAAACTT
127 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAA-AAACTT
* * * * * * * * *
20876 GTGTGGACAAAAACTATTGTCTTATAACAGAACAAAAAGTCTTAA-GATTTGAAATAAATAATTG
1 ATATGAACAAAAA-TATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * *
20940 CTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTTATTAA
64 TTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTAGATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCCTATTAA
** *
21005 TTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCTTAACAAACTT
129 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA-AAACTT
*
21052 ATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAACACCAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
1 ATATGAACAAAAATA-TTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * ** *
21117 TTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAACA-A-A-TTATTT-TTAATATCTACCTAT
64 TTTAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTAGATAA-ATAGATTTATTTCTTAA-ATCT-CCTAT
* * * *
21178 TAATTATT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAACCT
126 TAATT-TTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-GAAAAACTT
*
21227 AGTATCAAACTGAAAAA-ATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
1 A-TAT-GAAC--AAAAATATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
21291 TATT
62 TATT
21295 CATATAGTGT
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 60, Indels: 39
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.01
175 33 0.10
176 190 0.56
177 94 0.28
178 4 0.01
179 14 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
ATATGAACAAAAATATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
TAAATAGTCATAACTACTTGAACTAATTAGATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCCTATTAATT
TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAACTT
Found at i:21807 original size:441 final size:440
Alignment explanation
Indices: 20997--21833 Score: 912
Period size: 441 Copynumber: 1.9 Consensus size: 440
20987 TCTTAAATCT
** *
20997 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCTTAACAAACTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAA
* * ** * * *
21062 AAATATTTGTTTTATGACAACACCAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
66 AAAAATTAGTTTTATGACAACAAAAAAGGTCATAACGATGTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ***
21127 TATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAACAAATTATTTTTAATATCTACCTATTAATTATTGAAATA
131 CATAACTATTTGAACTAGTTAAAAAACAAATTATTTTTAATATCTACCTATTAATTATTGAAATA
* * * * *
21192 TTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCGAATAACCTAGTATCAAACTGAAAAAATTGTTTTATGAC
196 TTAATAAATTCATATTATTTTATTTCAAATAACCTAGTATCAAACTAAAAAAATTGTTTCATAAC
** *
21257 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTGTTAACTATTTAAACTGGT
261 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGAT
* * * * *
21322 TCAACAAACAAATTTATATTTTAAATTTCTTAGTTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGA-TAGT
326 TCAACAAACAAATTTATATTTTAAATTTCTTAGCTCACTAATTTTT--AA-ATTAATAAATTAGT
21386 ATTATTTTATTTGAGCTTGCTCGATACATTAGATTTATTTTTAAATCTTTTTA
388 ATTATTTTATTTGAGCTTGCTCGATACATTAGATTTATTTTTAAATCTTTTTA
* * * *
21439 CTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAACAAACTTATATGAACA
* * * *
21502 GAAACAAATTAG-TTTATGAC-ACAAAAAAGGTCATAGCTATGTGAAAGATATAATTGTTCAAAT
65 -AAA-AAATTAGTTTTATGACAACAAAAAAGGTCATAACGATGTGAAAGAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
21565 AGTCATAACTATTTGAAC-AGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTGTACTTATTACTTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AAAAAACAAA-TTATTTTT--AATATCTACCTATTA-ATTA
* * * * *
21629 TTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAT-GAA-TAAAAACAATT
188 TTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTC-AAATAACCTAGTATCAAACTAAAAA-AATT
*
21691 GTTTCATAACAAA-ATAATA-GTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACT
251 GTTTCATAACAAACA-AA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACT
* * *** * * **
21753 ATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTCT-T-TTTTAGTTTTCTTA-CTCACTAATTTTTAAATTA
314 ATTTAAACTGATTCAACAAACAAATT-TATATTTTAAATTTCTTAGCTCACTAATTTTTAAATTA
21815 ATAAATTAGTATTATTTTA
378 ATAAATTAGTATTATTTTA
21834 CTTCAAATAA
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 57, Indels: 31
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
438 7 0.02
439 15 0.05
440 4 0.01
441 109 0.34
442 43 0.13
443 40 0.12
444 65 0.20
445 41 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (440 bp):
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAA
AAAAATTAGTTTTATGACAACAAAAAAGGTCATAACGATGTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAGTTAAAAAACAAATTATTTTTAATATCTACCTATTAATTATTGAAATA
TTAATAAATTCATATTATTTTATTTCAAATAACCTAGTATCAAACTAAAAAAATTGTTTCATAAC
AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGAT
TCAACAAACAAATTTATATTTTAAATTTCTTAGCTCACTAATTTTTAAATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTGAGCTTGCTCGATACATTAGATTTATTTTTAAATCTTTTTA
Found at i:22120 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 21418--22160 Score: 644
Period size: 177 Copynumber: 4.2 Consensus size: 177
21408 GATACATTAG
* *
21418 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
* * * * * * *
21481 TCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATTAGTTTATGACACAAAAAAGGTCATAGC-TATGTG
65 TCAAATAAACTTGTATGAATA-AAAC-AATTATTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACGT-T-TG
* * ***
21545 AAAGATATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--AGTTCAAAAAACAA
126 AAATAGATAATTAG-T-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAA
* * * * *
21597 ATTTATTTTTAAAAT-TTGTACTTATTACTTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-AT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA--ATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * * * * *
21660 -TCAAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTCATAACAAAATAATAGTCATAACGTTTTG
64 CTC-AAATAAACTTGTATGAAT-AAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACG-TTTG
* * * *
21724 AAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAG
126 AAATAGATAATTAGTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAA
* * * * * * * *
21776 A-TTCTTTTTT-AGTTTTCTTACTCACTAATTTT-TAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTACT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
* * * *
21836 TCAAATAAACTTAG-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTG
65 TCAAATAAACTT-GTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACG-TTTG
* * * * *
21900 AAATAGATAATTATTTAAATAATCATGACTATTTTAACTTATTCGGTAAACAT
126 AAATAGATAATTA-GTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAA
21953 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
* *
22018 T-GAATAAACTTGTTTGAATATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-A-G-TTGAA
65 TCAAATAAACTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGTTTGAA
* * *
22079 ATAAATAATTACGTAAATAGTTATAA-TGATTTAAACTTATTCGGTAAACAA
128 ATAGATAATTA-GTAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTATTCGGTAAACAA
* * *
22130 ATTTACTTTTTAACTCTTTTACTTGTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
22161 GTCTTGAAAT
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 76, Indels: 54
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 55 0.12
176 35 0.08
177 114 0.25
178 60 0.13
179 64 0.14
180 66 0.14
181 67 0.15
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT
CAAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACGTTTGAAATA
GATAATTAGTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAA
Found at i:22994 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22268--23236 Score: 706
Period size: 180 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
22258 AAATAGATTC
* * * * * *
22268 ATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TCG
1 ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCT-G
*** * * * * * *
22331 AATAAGCTTATATGAATTGAAACATTTCTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
22396 AGATAATTATTTAAAAAATCATGATTATTTGATCT-AGTTGAGTAAATATATTT
129 A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTTGA-TAAACAAATTT
** **** * * *
22449 ATTTTAAAAATCT-TTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAA
* * * * * * * * * * * * * * * *
22513 TAAGCATGTATAAATAGAAACAATTGTTTCATAATAGAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
66 TAAGCTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAT-A
** * *
22578 ATAATTGCTT-AAATAGTTGT-AACATTT-AACT-AGTTTGATAAATAAATTT
130 ATAATTG-TTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTT
*
22627 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAA
* * * * *
22688 CAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCCTAATA--ATTTGAAAT
66 TAAGCTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAAAACGATTTGAAAT
* * * *
22751 AGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGAA-TT
129 A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTTGATAAACA-AATTT
* * * **
22804 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATT-AGTATTATTTTATTCTGA
*
22868 ATAAGC-TATTATGAATTCAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGACTTGA
65 ATAAGCTTA-TATGAA--CAAAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGA
* * *
22932 AATAATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGATTTGACAAACAAATTT
126 AATAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTT
* * * * *
22987 ATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGG
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * *
23051 ATAAGCTTGTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATT
65 ATAAGCTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA-T
* * * * * * * *
23116 TACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAT-AGTTCAGTAAACAGA-TT
129 AATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTTGA-TAAACAAATTT
** * * ** * *
23167 A-AATTTAATTCTCTTATTTATT-ATTTTT-AAAGGGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGA
23229 ATAAGCTT
65 ATAAGCTT
23237 GAAT
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 125, Indels: 67
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 95 0.15
176 7 0.01
177 29 0.05
178 64 0.10
179 32 0.05
180 143 0.23
181 106 0.17
182 9 0.01
183 109 0.17
184 34 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAA
TAAGCTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAA
TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTT
Done.