Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168325.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_549, whole genome shotgun sequence
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1 AAG
** * * * *
4 GTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAATCA-AGACTGTTTGATCTAGTTCGATAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACT-GTTCG-TAA
* ** * * *
67 ACATATTTATTTTAAAAAT-TTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
62 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
131 AATCCGAACAAGCTTGTATGAA-TAAAAACTATTATTTTAT-A-ACAA-AAAAA
127 ATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
** * * * * * * *
181 GTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTGAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCG-TAAAC
* *
246 AGATTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAA-TTTTG-AATATTAGTAGATTAG--TT-TTTT-
64 AGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
301 TTCCAAACAAACTTATATGAA-TAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
128 TTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
** * * *
353 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT-CGTAAAC
* * * * * *
418 AAAATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT
64 AGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT
** * * * * * *
481 ATTATGAATAAGCTAGTATG-ATTGAAA-ATTTGTTTTATGA-TAAA-ATAAA
127 ATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * *
530 G------TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTGGAATTAGTTGGCAAA-A
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGTAAACA
* * * *
588 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTAT
65 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
652 T-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAG
129 TCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * * * * * *
702 GTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCG-TAAAC
* *
767 AGATTTATTTGTTAAATCT-TATACTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
64 AGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** *
830 ATTCCGAATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAAC
127 ATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* ** * * * * *
882 GTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAA
1 GTCATAATGA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG--TTCGTAA
** *
947 ATGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTT
62 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * *
1010 AATTTTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
126 TATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * **
1064 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTAAACTGCTTCCCAAACA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGTAAACA
* *
1129 GATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
65 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * *
1194 CTGAATATGCTTATATGAACTGAAA-AATTATTTTATAATAGAATAAAAG
130 CCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * *
1243 GTTATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG---GAAC----T-AA-T-ATAGTAAATAG
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGTAAACAG
* ** *
1297 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
66 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
1361 TGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAA
131 CGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
** * ** * ** *
1408 GTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-AGGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATA
1 G-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-G-TTCG-TA
** * * * * * *
1471 AATTGACTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTT
61 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
1536 TATTTC-AGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
126 TATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * *
1590 GT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACT-TACTCCGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT--T-CGTAAA
** *
1653 CAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTTTTGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATT
63 CAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
1715 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAG
125 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * *
1771 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTC-GTAAAC
* * * * *
1836 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA
64 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
1900 CTCCAAATGAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
128 TTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* *
1952 -TCTTAACGATTTGAA
1 GTCATAATGATTTGAA
1967 CTGGTTCGAT
Statistics
Matches: 1414, Mismatches: 281, Indels: 179
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 8 0.01
166 68 0.05
167 52 0.04
168 16 0.01
169 90 0.06
170 25 0.02
171 56 0.04
172 70 0.05
173 15 0.01
174 6 0.00
175 19 0.01
176 4 0.00
177 74 0.05
178 62 0.04
179 141 0.10
180 306 0.22
181 196 0.14
182 197 0.14
183 7 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGTAAACAG
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
Found at i:1423 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1128--1433 Score: 431
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
1118 CTTCCCAAAC
* *** *
1128 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
1193 TCTGAATATGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGA
66 TCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
1258 AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
131 AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
*
1295 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
1359 TCTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGTTTGTAATGATT
66 TCTGAATAGGCTTATATGAACTG-AAA--AATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATT
1421 TGAAATAGATAAT
128 TGAAATAGATAAT
1434 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 14, Indels: 7
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.02
165 4 0.03
166 72 0.59
167 44 0.36
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
Found at i:1521 original size:707 final size:696
Alignment explanation
Indices: 92--5347 Score: 1846
Period size: 713 Copynumber: 7.4 Consensus size: 696
82 AAATTTTTAG
* * * * *
92 TTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAAA
1 TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATG-ATAAA
* * * * * * *
157 AACT-ATTATTTTATAACAAA-AAAAGTCATAACAA-TTTGAAAGAAATAATTGCTGAAATTGTC
65 AAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGT-ATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTC
* * *
219 ATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTTAAAC-C-TCTTATTAA-TTTTGAA
129 ATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTT-TTTAAACACTTCTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
281 TATTAGTAGATTAGT-TT-TTT-TTCCAAACAAACTTATATGAA-TAAAAACATTTGTTTTATGA
193 TATTAATA-ATTAGTATTATTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAACTAAAAACAATTGTTTTATGA
** * * *
342 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTA
257 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAATTATTTGAACT-
* * * * * *
407 GTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTC
321 GTT-CGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT-TTAAATATTATTAAATT-
* * * * *
471 A-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGATTGAAAATTTGTTTTATGATAAAATAAAGTGAT
382 AGTATTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGACTGAAAAATTATTTTATAATAAAATAAAGTGAT
* * *
535 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTGGAATTAGTTGGCAAAAAATTTATTTTTT
447 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TGAACTAAT-G-ATTAGTT-G-AAAAAATTTATTTTTT
* *** * * *
600 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTG
506 AAATCTCCTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTA
* * *
665 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTAT
571 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGACAATTAT
** *
730 TCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATAC
636 TCAAATAGCAATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGACTTATTTGTTAAATCTTATAC
*
791 TTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGATAAA
1 TTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGATAAA
** *
855 AAATAATTGTTACATGACAAACAAAACGTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
65 AAATAATTGTTTTATGACAAACAAAA-GT-ATAACAA-TTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
* * * *
920 CCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT
127 TCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CACTT-CTTATTAATTTTT
** *
985 AGAATATTAATAATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT
190 -GAATATTAATAATTAGTATTATTT-ATTTCAAACAAGCTTGTATGAACTAAAAACAATTGTTTT
* * *
1049 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTAA
253 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAATTATTTGA
* * *
1114 ACTGCTTCCCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
318 ACTG-TTCGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAAT
* * *
1179 TAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTA-TATGAACTGAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAAG
381 TAGTATTATTTTATTATGAATAAGC-TAGTATG-ACTGAAAAATTATTTTATAATAAAAT-AAA-
*
1243 GTTATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG-GAACTAAT-A-TAG-T-AAATAGATTTA
442 G---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGAACTAATGATTAGTTGAAA-AAATTTA
*
1302 TTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
500 TTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT
** ** * *
1366 AGGCTTATATGATGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACA-AAAGTTTGTAATGATTTGAAATAG
564 AAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAAGTTAG-AATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
1429 ATAATTATTTGAAA-GGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGACTTATTTTTTAAAT-
628 ACAATTA-TTCAAATAGCAATAATTATTTAAACT-GATTTGATAAATAGACTTATTTGTTAAATC
*
1491 TTCTAAC
691 TTAT-AC
* * * * * *
1498 TTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAACTTTTATGA-ACT
1 TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAACTTGTATGATA-A
* * * *** * * *
1561 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTATATTTATTTT-AAATAGATAATTATTCAAAAAG
64 AAAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAAA-GTATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
* * * * * * *
1625 TCATAACTATTTAAACTTACTCCGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-ATTTTTTTGTATTAATTTT
127 TCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACA--CTTCT-TATTAA-TTT
* * * *
1689 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTATT
188 TTGAATATTAAT-AATTAGTATTA-TTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAACTAAAAACAATTGTT
* * * *
1754 TTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTC-TAATAATCTTAACTATT
251 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAT-ATAATCTTAATTATT
* *
1818 TGAATTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATT
315 TGAACT-GTTC-GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTATT
* * * * *** * * ** * * * *
1883 AATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
377 AAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATG-ACTGAAA-AATTATTTTATAATAAAATA
* * * * * *
1948 AA--AATCTT--AA-CGAT--TTG---AACT-G-G---T--TCGA-TA----AATAGATTTAGTT
440 AAGTGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGAACTAAT-GATTAGTTGAAAAAATTTATTT
* * * **
1991 TTTAAATCT-CT---TATTAATTTTT-GAAATATTAAAAAATTAGCATTATTTTATTCTTCATAA
503 TTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAA
** * * * * * * * **
2051 TTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA
566 ACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAAGT-T-AGAATGATTTGAAATAGA
** * * ** * * * * * * *
2114 TGA-TAGTTCAAAT-GAACATGACCATTTGAACTTG-TTCGATCAACAAATTTATTTTTTAAATC
629 CAATTA-TTCAAATAGCA-ATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAATAGACTTATTTGTTAAATC
* *
2176 TCAAAC
691 TTATAC
* * * * * *
2182 TTATTAATTTTT-AGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAAATTGTATGA-ATA
1 TTATAAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGATAAA
* * * * *
2245 GAACAATTGTTTTA-AACAAAACAAAAGATAATAACAA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
65 AAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAG-T-ATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
* * * ** * *
2308 TCATAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTT
127 TCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CACTT-CTTATTAATTTT
* * * * * * * *
2372 TGGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTTATTCCAAATAGGCTTTTTATGAA-TAGAAACAATTA
189 T-GAATATTAAT-AATTAGTATTA--TTTATTTCAAACAAGC-TTGTATGAACTAAAAACAATTG
* * * * * *
2436 ATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT-TATAACT
249 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCT-TAATT
* * * * * * *
2500 ATTCGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTGAAT-TTTTACTTA-TAA-TTTGAAATATTA
312 ATTTGAAC-TG-TTCGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATT-
* * * * * ** *
2562 AATAAATTTA-TATTATTTTTATTTTTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAAATTGTTTTATCA
374 ATTAAA-TTAGTATTA-TTTTA-TTATGAATAAGCTAGTATG-ACTGAA--AAATTATTTTAT-A
* * * *
2626 CA-AAAACAAAAGTTCATAATATTTTTG-AATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTTGA
432 -ATAAAA-TAAAG----T--GA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT--GAACTA--ATGA
** * * * * * ** * *
2688 ACACGTTCAGTAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAAT
483 TTA-GTT--G-AAAAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * **
2753 TCGTTATTATTTATAATTTTGAATAAAAC-TATATAAACCGAAAA-AATCATTTTATTG-CA-AA
544 TAG-TATTATTT-T-A-TTTGAAT-AAACTTATATGAA-CAAAAATAATTGTTTTA-TGACAGAA
* * * * * ** * * *
2814 CAAAAAGTCCACAAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTC-ATGACTATTTGAACTTG-
602 CACAAAGT-TA-GAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAG-CAATAATTATTTAAAC-TGA
* *** * * *
2877 TTCAGA-AGGCATATTTATTTTTTAAATCTT-TGAC
663 TT-TGATAAATAGACTTATTTGTTAAATCTTAT-AC
* * * * *
2911 GTAT--ATTTATTGAAAT-TTAAT-AATTACATATTATTTTAAT-CTATATAAGC-T-TAT-ATA
1 TTATAAATTT-TTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCCGA-ATAAACTTGTATGATA
* * * * *
2968 ATAAAA-CATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAA-TTTAAAATTA-AAAATTGTTCAA
63 A-AAAATAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGT-ATAACAATTTTGAAA-TAGATAATTGTTGAA
* ** * * * *
3030 ATCGTCATAAAGATTTGAATTTG-TTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAA-A-TT-TT-TTACTT
123 ATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACACTTCTTATTAATT
* ** * * * * **
3089 ATT-AAT-TGT-A-AATTTTTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT-AAATATAAAAAAATCA
187 TTTGAATAT-TAATAATTAGTATTA-TTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAACTA-AAAACAATTG
* * * ** * * * * *
3149 TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATTGATAATTGTTGAAATAGT-TATAATTA
249 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCT-TAATTA
* * * * * * *
3213 TTT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAA-CTCTTAATTATTAATTTTCAAAACATT
313 TTTGA-AC-TGTTC-GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATT
* * ** ** * * * * *
3276 AATAACA-TAGTATTACTTTATT-TCGAATAATTTTTTATGAATTGAAATGTATTTTTTTATGAC
374 ATTAA-ATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTAGTATG-ACTGAAA--AATTATTTTATAAT
* * * * * * *
3339 AAAAGAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCAAG
434 AAAA-TAAAG----T--GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGA--ACTA-ATGAT-TAG
* ** * ** ** * * *
3404 TTTGGTAAATATATTTA-TTTAAAAATAGTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAG
487 -TT-G-AAA-AAATTTATTTTTTAAAT-CTCCTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
*** * * * * * * *
3468 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACT-ATTATTTTATGATAGAA-AAAAAGT
547 TATTATTTT-ATTTGAATAAACTTATATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAAGT
* * ** * * * ** * * * *
3531 CATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAA
610 TAGAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGCAATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAG
* *
3596 ATTTATTTTTTAAATC---T-C
675 ACTTATTTGTTAAATCTTATAC
* * * * *** * * *
3614 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTTTTATTTATTTTAAACAAACTTATAT-AAAT
1 TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTAT-TTTATTCCGAATAAACTTGTATGATA-
* * * ** *
3678 AAAAATATTTATTTTA-CAGCAAAACAAAATGTCATAAGGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
63 AAAAATAATTGTTTTATGA-C-AAACAAAA-GT-ATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
* * * * * * * * *
3741 TAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATT
124 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CACTT-CTTATTAATT
* * * *
3806 TTTGAAATATTAATAAATTCACT-TTATTT-TATTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAA-AA
187 TTTG-AATATTAAT-AATT-AGTATTATTTAT-TTC-AAACAAGCT-TGTATGAACTAAAAACAA
* * * * * *
3867 TTGTTTTATGGCAAAAGAAAA----A-CA--ATTTAAAATTGATAATTGTTCATATAATCTTAAC
246 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAT
* * * *
3925 TATTTGAACTAGTTTGGCAGA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
311 TATTTGAACT-G-TTCGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATAT
* * * * * * ** *
3989 TATTATATTAGTGTTATTTTATT-TCACA-ACAACTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC
373 TATTAAATTAGTATTATTTTATTATGA-ATA-AGCTAGTATG-ACTGAAA-AATTATTTTAT---
* * * * * * * *
4052 AGAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTA
431 --AATAAAA---TA-AAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT--GAACTA--ATGA-TT
* ** * * ** *
4116 ATTTGGTAAATGGAGTTATTTTGTAAATC-CCTTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATT
485 AGTT-G-AAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCC-TACAAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
* * * * *
4179 AGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATA-CAATC-AAAACAATTATTATAGGACCA-AACA-AA
545 AGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTATATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGA-CAGAACACAA
* * * * * * * * * * *
4240 AGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATTGCCATAATTATTTGAACTAACTTGGTAA
607 A-GTTAGAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGCAATAATTATTTAAACTGATTTGATAA
*
4305 ACAGA-TTGACTTT-TTAAATCACTTA-A-
671 ATAGACTT-A-TTTGTTAAAT--CTTATAC
* * ** ** * **
4331 TTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGAATGA-ACTG
1 TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGATA-AA
* * * * * * *
4395 AAACAATTGTTTTGTGACAAAACGAAAGGTCAGAACGATTTTTG--ATAGACAATTGTTTAAATA
65 AAATAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGT-ATAAC-AATTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATA
* * * * * *
4458 GTCATAACTATTTGAATTTG-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGTTTATTAATTT
126 GTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAACACTT-CTTATTAATTT
* *** * * *
4522 TTGACATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTCAT-TATGAACT-GAAACAATTG
188 TTGA-ATATTAA-TAATTAGTATTA-TTTATTTCAAACAAG-CTTGTATGAACTAAAAACAATTG
* * * * * * *
4585 TTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTCATAACTA
249 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCATATAATCTTAATTA
* * * * *
4649 TTTGAA-TTTGTC-CAATA-AATGGATTTATCTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAAT
313 TTTGAACTGT-TCGCAA-ACAA---ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * *** * * *
4711 TTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGC-ATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATG
371 ATTATTAAATT-AGTATTATTTTATTATGAATAAGCTA-GTATGA-CTGAAA-AATTATTTTAT-
* * * * * * *
4774 ACTAAACA-AAAGGTTAGAATGATTTACAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAC
431 AATAAA-ATAAA-G-T-G-AT--TTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAG--TGAACTA-ATG-AT
* * *
4838 TGGTTCAGCAAATAAATTTCTTTTTTAAATCT-CT-C--ATTAATTTTT-GAAATATTATTAAAT
484 TAGTT--G-AAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT
* *** * * * * * *
4898 TAATATTATTTTTAACCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTCTTATGACA-AA-ATAAA
544 TAGTATTA-TTTTATTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAA
* ** * * * * * * *
4961 GATCT-TAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGGTTTGAT
608 G-T-TAGAATGATTTGA-AATAGACAATTATTCAAATAG-CAATAATTATTTAAACTGATTTGAT
* * * *
5023 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TAC
669 AAATAGACTTATTTGTTAAATCT-TATAC
* * ** * * *
5051 TTACT-AATTTTTGAAATA-T--T-AA-TACTATTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAA
1 TTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGATAAA
* * *
5110 AAACAATTATTTTATGACAAA-AGAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G
65 AAATAATTGTTTTATGACAAACA-AAA-GT-ATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
* * * * * ***
5172 ACAATAATTACTTT-AATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTCTTATT-ATTTT
127 TC-ATAACTA-TTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CACTTCTTATTAATTTT
* * * * *
5235 AAGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AACTAAGCTTGTATTAACT-TAAACAATTA
189 -TGA-ATATTAAT-AATTAGTATTA-TTTATTTCAAAC-AAGCTTGTATGAACTAAAAACAATTG
* * * * ** * *
5298 TTTTATAACAAATCAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGAAAATTGTTCA
249 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
5348 AATGGTAAAC
Statistics
Matches: 3497, Mismatches: 722, Indels: 662
0.72 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
681 7 0.00
682 40 0.01
683 183 0.05
684 170 0.05
685 92 0.03
686 27 0.01
687 7 0.00
689 4 0.00
692 2 0.00
693 3 0.00
695 1 0.00
696 4 0.00
697 6 0.00
698 13 0.00
699 59 0.02
700 16 0.00
701 9 0.00
702 8 0.00
703 61 0.02
704 9 0.00
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706 81 0.02
707 307 0.09
708 183 0.05
709 67 0.02
710 151 0.04
711 188 0.05
712 192 0.05
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729 77 0.02
730 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (696 bp):
TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGATAAAA
AATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACACTTCTTATTAATTTTTGAATAT
TAATAATTAGTATTATTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAACTAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAATTATTTGAACTGTTCG
CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATT
TTATTATGAATAAGCTAGTATGACTGAAAAATTATTTTATAATAAAATAAAGTGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTGAACTAATGATTAGTTGAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAA
TTGTTTTATGACAGAACACAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGCAATAAT
TATTTAAACTGATTTGATAAATAGACTTATTTGTTAAATCTTATAC
Found at i:1609 original size:346 final size:345
Alignment explanation
Indices: 589--1613 Score: 822
Period size: 346 Copynumber: 2.9 Consensus size: 345
579 TTGGCAAAAA
* * *** * *
589 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-
1 ATTTATTTTTTAAATCACCTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTAATTC
* * * ** * * * * * *
653 TGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAA
65 TGAACAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * ** * * * * * *
718 GTATACAATTATTCA-AATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAA
130 ATAGATAATTATT-ATAA-AGGCATAATTATTTAAACTG-CTTCACAAACAGACTTATTTTTTAA
* * * *
782 ATCT-TATACTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTT
192 ATCTCTA-ACTTA-TCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCAGAATAAACTT
* * * * * * *
845 GTATG-A-TAAAAAATAATTGTTA-CATGACAAACAAAACGTAATAACAATTTTTGAAATAGATA
255 ATATGAACTGAAAAATTATT-TTATAAT-A-AAACAAAAGGTTATAACGA--TTTGAAATAGATA
* * * * *
907 ATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATGG
315 A-TG-T----T---CA-AA-TA--GGAACTAATATAGTAAATAG
* ** *
951 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTAATTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCACCTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTAATTCT
*
1016 GAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
66 GAACAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * *
1081 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTAAACTGCTTCCCAAACAGATTTATTTTTTAAATC
131 TAGATAATTATT-ATAAAGGCATAATTATTTAAACTGCTTCACAAACAGACTTATTTTTTAAATC
* * * * * * **
1146 TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATG
195 TCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCAGAATAAACTTATATG
* *
1211 AACTGAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATGTTCAAAT
260 AACTGAAAAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATGTTCAAAT
1276 AGGAACTAATATAGTAAATAG
325 AGGAACTAATATAGTAAATAG
* * *
1297 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCACCTACAAATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTC
* * **
1361 TGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGTTTGTAATGATTT
65 TGAACAAGCTTATATGAACTG-AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTT
* * * * * **
1422 GAAATAGATAATTATT-TGAAAGGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGACTTATTTT
127 GAAATAGATAATTATTAT-AAAGGC-ATAATTATTTAAACT-G-CTTCACAAACAGACTTATTTT
* *
1485 TTAAATTTCTAACTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAA
188 TTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAA
* * * *** *
1549 CTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TATATTTATTTTAAATAGATAA
252 CTTATATGAACTGAAA-AATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
1613 T
316 T
1614 TATTCAAAAA
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 93, Indels: 50
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
343 1 0.00
344 12 0.02
345 55 0.10
346 185 0.33
347 25 0.05
348 2 0.00
349 2 0.00
350 2 0.00
353 1 0.00
357 1 0.00
358 2 0.00
359 14 0.03
360 8 0.01
361 97 0.18
362 133 0.24
363 13 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (345 bp):
ATTTATTTTTTAAATCACCTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTAATTCT
GAACAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTATTATAAAGGCATAATTATTTAAACTGCTTCACAAACAGACTTATTTTTTAAATCT
CTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCAGAATAAACTTATATGA
ACTGAAAAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATGTTCAAATA
GGAACTAATATAGTAAATAG
Found at i:1846 original size:362 final size:347
Alignment explanation
Indices: 950--1966 Score: 923
Period size: 346 Copynumber: 2.9 Consensus size: 347
940 TTGGTAAATG
* * * * *
950 GATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
1014 TTGAACAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
66 TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
1078 AAATAGATAATTGTTC-ATATAGTCTTAATTATTTAAACTGCTTC-CCAAACAGATTTATTTTTT
130 AAATAGATAATTGATCTA-ATAGTCTTAATTATTTGAATTGATTCGACAAACATATTTATTTTTT
* * *
1141 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTT
194 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCAG-ATAAGCTT
* * * * *
1206 ATATGAACTGAAA-AATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATGT
257 ATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATAT
* *
1270 TCAAATAGGAACTAATATAGTAAATA
322 TCAAAAAGGAACTAATATAGTAAACA
* *
1296 GATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATT-ACTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
1 GATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * **
1359 TCTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTTTGTAATGATTT
66 TC-GAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * * *
1422 GAAATAGATAATT-ATTTGAA-AGGCAATAGTTATTTGAATCGATTTGATAAA-TTGACTTATTT
129 GAAATAGATAATTGATCT-AATAGTC-TTAATTATTTGAATTGATTCGACAAACAT-ATTTATTT
* * * * * *
1484 TTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAA
191 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAG
* *** *
1549 CTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TATATTTATTTTAAATAGATAA
254 CTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
* *
1613 TTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCGTAAACA
319 -TATTCAAAAAG---GAAC----T-AA--TA-T-AGTAAACA
** *** *
1655 GATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTTGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTT-AAATCTCCTACATATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* *
1719 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTT
65 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * *
1784 AAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTT
129 GAAATAGATAATTGATCTAATAGTCTTAATTATTTGAATTGATTCGACAAACATATTTATTTTTT
* * * * * *
1849 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTT
194 AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAGCTT
* ** * *
1914 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCT-TAACGATTTGAA
257 ATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TATAACGATTTGAA
1967 CTGGTTCGAT
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 110, Indels: 58
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
344 5 0.01
345 65 0.12
346 159 0.30
347 34 0.06
350 3 0.01
354 1 0.00
355 2 0.00
357 2 0.00
358 1 0.00
359 23 0.04
360 48 0.09
361 21 0.04
362 151 0.29
363 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (347 bp):
GATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAGATAATTGATCTAATAGTCTTAATTATTTGAATTGATTCGACAAACATATTTATTTTTTAA
ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCAGATAAGCTTATAT
GAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATATTCAA
AAAGGAACTAATATAGTAAACA
Found at i:1994 original size:145 final size:141
Alignment explanation
Indices: 1805--2108 Score: 340
Period size: 141 Copynumber: 2.1 Consensus size: 141
1795 TTGCTCTAAT
* * * * *
1805 AATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 AATCTTAACAATTTGAACTGGTTCGACAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
** * * *
1870 TT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
62 TTGA-AATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGT
1934 TTTATGACAAAACAAA
126 TTTATGACAAAACAAA
* * *
1950 AATCTTAACGATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
1 AATCTTAACAATTTGAACTGGTTCGACAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
* * *** ** * *
2015 AATATTAAAAAATTAGCATTATTTTATTCTTCATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTAT
66 AATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAT
2080 GACAAAACAAA
131 GACAAAACAAA
*
2091 ATATCATAACAATTTGAA
1 A-ATCTTAACAATTTGAA
2109 ATAGATGATA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 23, Indels: 7
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 76 0.57
142 16 0.12
143 2 0.01
145 40 0.30
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (141 bp):
AATCTTAACAATTTGAACTGGTTCGACAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
AATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAA
Found at i:3499 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3256--3603 Score: 430
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
3246 AAACTCTTAA
* * * * ** * *
3256 TTATTAATTTTCAAAACATTAATAACATAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTTTATGAATTGA
1 TTATTAATTGTCAAAACATTAATAACATAGTATTACTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
3321 AATGTATTTTTTTATGACA-AAAGAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
66 AA-CTATTATTTTATGACAGAAA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * *
3385 TCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTAAAAATAGTTTTAC
128 TCATAACTATTTGAACAAGTTTGATAAATAAATTTATTTAAAAATAGTTTTAC
* *
3438 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
1 TTATTAATTGTCAAAACATTAATAACA-TAGTATTACTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
3502 AAACTATTATTTTATGATAGAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTT
65 AAACTATTATTTTATGACAGAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
**
3567 ATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTT
130 ATAACTATTTGAACAAGTTTGATAAATAAATTTATTT
3604 TTTAAATCTC
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 24, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 63 0.45
181 19 0.14
182 58 0.41
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTGTCAAAACATTAATAACATAGTATTACTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACTATTATTTTATGACAGAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACAAGTTTGATAAATAAATTTATTTAAAAATAGTTTTAC
Found at i:4044 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 3717--4194 Score: 389
Period size: 173 Copynumber: 2.7 Consensus size: 173
3707 TGTCATAAGG
* * * *
3717 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTACT
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGG-AAACATAATTACT
*
3782 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCACTTTATTTTATTCTAAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCACTTTATTTTATTCTAAACAA
* **
3847 GCTATTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAGAAAAACA
130 GCTATGATGAATCAAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAGAAAAACA
* * * * * * *
3891 ATTTAAAATTGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGG-CAGATAATTTATT
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAACATAA-TTACT
** * * *
3955 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATT-AGTGTTATTTTATT-TCACAA
65 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCACT-TTATTTTATTCT-A-AA
* * **
4018 CAA-CT-TGGATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATG
127 CAAGCTAT-GATGAATCAAAAA-AATTGTTTTATG---G--CAAAA-G-AAAAACA
* * * * * * * * * *
4071 ATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAATTTGGTAA-ATGGAGTTA-
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAACAT--AATTAC
* * * *
4134 TTTTGTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT
64 TTTT-TAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCACT-TTATTTTATTCT
4195 GAATAAACTT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 42, Indels: 28
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 13 0.05
173 73 0.30
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176 1 0.00
178 5 0.02
179 1 0.00
180 50 0.20
181 52 0.21
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (173 bp):
ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAACATAATTACTT
TTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCACTTTATTTTATTCTAAACAAG
CTATGATGAATCAAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAGAAAAACA
Found at i:4165 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3149--5350 Score: 1123
Period size: 181 Copynumber: 12.3 Consensus size: 180
3139 AAAAAAATCA
* * * ** * * * * * *
3149 TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATTGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * ** *
3214 TT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCA-TTTTTTAAA-CTCTTAATTATTAATTTTCAAAACATT
66 TTGA-ACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * *** *
3276 AATAACA-TAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTTTATGAATTGAAATGTATTT
130 AATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--ACTTATGAACT-AAAACAATTG
* * * * * * *
3330 TTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAA-CAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * **
3394 TTTGATC-AAGTTTGGTAAATATATTTA--TTTAAAAATAGTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
65 TTTGAACTAA-TTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAAT-CTCTTAATTATTAATTTTTGAAATA
* *** * * *
3456 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTATTA
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-T-TATGAACTA-AAACAATTG
* ** * * * *
3511 TTTTATGATAGAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTTATAACTA
1 TTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** *
3574 TTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * *
3634 AATAGATTAGCATTTTTATTTATTTTAAACAAACTTATATAAATAAAA-ATATTTA
130 AATAAATTAGTA-TTAT-TTTATTTTGAATAAACTTAT-GAACTAAAACA-A-TTG
* * * * *
3689 TTTTA-CAGCAAAACAAAATGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * *
3753 TTTGAACTGGTTAGGTAAACATAA-TTAC-TTTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTGAAATA
65 TTTGAACTAATTTGGTAAATA-AATTTACTTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
3815 TTAATAAATTCACT-TTATTTTATTCTAAATAAGCTATTATGAATTGAAAA-AATTG
128 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAAC--TTATGAACT-AAAACAATTG
* * * * * * * * *
3870 TTTTATGGCAAAAGAAAA----A-CA--ATTTAAAATTGATAATTGTTCATATAATCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
3928 TTGAACTAGTTTGGCAGAT-AATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTA
66 TTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * *
3991 TTATATTAGTGTTATTTTA-TTTCACA-ACAACTTGGATGAACAAAAATAATTG
131 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATA-AACTT--ATGAACTAAAACAATTG
* * * *
4043 TTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * *
4108 TTTAACTAATTTGGTAAATGGAGTTA-TTTTGTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTA
66 TTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
4172 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTAT-ACAATCAAAACAATTA
131 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGA-ACT-AAAACAATTG
* * * * * * * * * * *
4223 TTATAGGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATTGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * **
4288 TTGAACTAACTTGGTAAACAGATTGAC-TTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCAAAATATTA
66 TTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
*
4352 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGAATGAACTGAAACAATTG
131 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT--ATGAACTAAAACAATTG
* * * * *** *
4404 TTTTGTGACAAAACGAAAGGTCAGAACGATTTTTGATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * ** *
4469 TTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTGACATATTA
66 TTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
4533 AGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTCATTATGAACTGAAACAATTG
131 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-AC-TTATGAACTAAAACAATTG
* * * *
4585 TTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-CAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** **** ** * * * ** * *
4649 TTTGAATTTGTCCAATAAATGGATTTA-TCTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTT
65 TTTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACT-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATAT
*** * * * * *
4713 TAATAAATTGAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGATA-TGAAACAAATA
129 TAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-T-TATGA-ACTAAAACAATTG
* * * * * * **
4767 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT-ACAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** ** * *
4831 TTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTT-CTTTTTTAAATCTC----TCATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
* * *** * * *
4891 ATTAAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATC-AGAAATAATTG
130 AATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAAC-T-TATGAACTA-AAACAATTG
* * * * ** * *
4944 TCTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * *
5007 TTTGAATTGGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATA-T
65 TTTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
* * * ** * *
5070 --T-AA-TACTATTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTA
130 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-T-TATGAACTAAAACAATTG
* ** * * *
5119 TTTTATGACAAAA-GAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACAATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA
* * * * * ** * *
5182 CTTT-AATTGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTTCTTATT-ATTTTAAGAGATA
65 -TTTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGAAATA
* * * * * *
5243 TTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAACTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTA
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAAC-T-TATGAACTAAAACAATTG
* * * * ** * *
5298 TTTTATAACAAATCAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGAAAATTGTTCAAAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAAT
5351 GGTAAACAAA
Statistics
Matches: 1589, Mismatches: 338, Indels: 189
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 12 0.01
173 84 0.05
174 63 0.04
175 112 0.07
176 104 0.07
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGAACTAAAACAATTG
Found at i:6061 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 5884--6077 Score: 219
Period size: 101 Copynumber: 1.9 Consensus size: 101
5874 TTTCTAAATA
** * * * * * *
5884 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAAATTATCTTAACCAAAACAATTGTTTTATGCCA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTATATGAAACAAAACAATTATTATATGCAA
* **
5949 AAATAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTG
66 AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTG
** * *
5985 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTATTATATG-AA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTATATGAAACAAAACAATTATTATATGCAA
* *
6049 TAAACAATAGGTCAAAACGATTTGAAATA
66 -AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATA
6078 GTTAATTATT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 17, Indels: 2
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
100 1 0.01
101 74 0.99
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Consensus pattern (101 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTATATGAAACAAAACAATTATTATATGCAA
AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTG
Found at i:7341 original size:138 final size:139
Alignment explanation
Indices: 7102--7356 Score: 329
Period size: 138 Copynumber: 1.8 Consensus size: 139
7092 TTGTATTAAT
* * *
7102 AGAAACAATTGTTTTATGAACAAACAAAAGATCATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGAACAAACAAAAGATCATAACGATCTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* ** *
7167 GTTATAACTATTCGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTATTCCAAATAAGTT
66 GTCATAACTATTCGAACTCGCTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTCCAAATAAGTT
7231 GTTATAAAC
131 GTTATAAAC
* * *
7240 AGAAACAATTGGTTTT-TG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATCTAAAATATATAATTGTTCAAA
1 AGAAACAATT-GTTTTATGAAC-AAACAAAAGATCATAACGATCTAAAATAAATAATTATTCAAA
* * * *
7303 TAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTA
64 TAGTCATAACTATTCGAAC-TCGCTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTA
7357 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 14, Indels: 7
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
137 2 0.02
138 78 0.79
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (139 bp):
AGAAACAATTGTTTTATGAACAAACAAAAGATCATAACGATCTAAAATAAATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTCGAACTCGCTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTCCAAATAAGTT
GTTATAAAC
Found at i:7528 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7214--8435 Score: 989
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 181
7204 TTTTTAAATC
* * *
7214 TTTATTCCAAATAAG-TTGTTATAAACAGAAACAATTGGTTTT-TGACAAAACAAAAGGTCATAA
1 TTTATTCTAAATAAGCTTG-TATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
7277 CGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACATATTTA
* * * *
7342 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAAAATTAATAAATTTATATTGT
129 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTTATATTAT
* * * *
7394 TTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATG
1 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
7459 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAGATTCT-T
66 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACATATT-TAT
* * * * *
7523 TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCACAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
130 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTTA-TATTAT
* * * * * *
7575 TTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAAT-GAAAAAAATTATTTTATTACAAAACAAAATGTCACAA
1 TTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
7638 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACATATTT
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGA-TAAACATATTT
* * * *
7702 ATTTTTTAAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTAGAAATATTAATCAAGTAATATTAT
128 ATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAGTTATATTAT
* * * * * * **
7757 TTTAATCTGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
1 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * *
7822 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-ATTATTCGATAAAAATATTTAT
66 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TGTTCGATAAACATATTTAT
* *
7886 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATATATTTATATTAT
130 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAAGTTATATTAT
* * * * ** * * **
7938 TTTAATCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-AAATCATTTATTGACAAAACAAAAGGTTAGAGC
1 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * *
8001 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCAT
65 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACATATTTAT
* * *
8066 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AGGTTAGTATTAT
130 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTTA-TATTAT
* * ** * * * * *
8118 TTTATTTTGAATAATTTTATATTAACT-GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
1 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
8182 GATTTGAAATAGATATTTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGATC-TAGTTTCG-TAAACATATTT
65 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-G-TTCGATAAACATATTT
* * * * * * *
8245 ATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATT-GAAATTTTAATAAA-TTAGTATAAT
128 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAGTTA-TATTAT
* * * * * * * * * * * **
8299 TTTAATCCAAATGAGCTTATATGAACATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACA
1 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * ** *
8364 ATTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTC--AACTATTTAAAC-TGGTTTAATAAACA-ATTTAA
66 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACATATTTAT
8425 TTTTTAAATCT
130 TTTTTAAATCT
8436 CATATTAATT
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 182, Indels: 68
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 18 0.02
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180 240 0.29
181 377 0.46
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183 6 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACATATTTATT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTTATATTAT
Found at i:8247 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 7255--8435 Score: 1135
Period size: 361 Copynumber: 3.3 Consensus size: 362
7245 CAATTGGTTT
* * *
7255 TTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
1 TTGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
7320 ACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAAAATTAATAAA
66 ACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * ** * * * *
7384 TTTATATTGTTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAA
131 GTTATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
7449 GGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAA
196 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATC-TATTTCGTAAA
* * * * * *
7514 TAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCACAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
260 AATATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCACAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
7578 ATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAAAAATTATTTTA
324 ATATCAAATAAGCTTATATGAATCAAAAAAATCATTTTA
* * * * *
7617 TT-ACAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
1 TTGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
7681 ACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTAGAAATATTAATC
66 ACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * * *
7745 AAGTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGT-TTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATA
129 AAGTTATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * **
7809 AAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAAT-TA-TTCG
193 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG--ATCTATTTCG
** *
7872 ATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATATATTTA-TATT
256 -TAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCACAATATTAATA-AATTAGTATT
*
7936 ATTTTA-ATCGAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAAAATCA-TTTA
319 ATTTTATATC-AAATAAGCTTATATGAATCAAAAAAATCATTTTA
* * * * * * *
7978 TTGACAAAACAAAAGGTTAGAGCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAA
1 TTGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
8043 ACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AG
66 ACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* ** * * *
8107 GTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAACT-GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAA
131 GTTA-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
8171 AATGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGATCTAGTTTCGTA
194 AAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTA-TTTCGTA
* * * * * * *
8236 AACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTAT-TGA-AATTTTAATAAATTAGTATAAT
258 AAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-TGTCACAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** **
8299 TTTA-ATCCAAATGAGCTTATATGAA-CATAAACTATTGTTTTA
321 TTTATAT-CAAATAAGCTTATATGAATCA-AAAAAATCATTTTA
* * * * * * * *** *
8341 -TAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTC--AACTATTTAA
1 TTGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
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8436 CATATTAATT
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GTTATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTATTTCGTAAAA
ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
ATCAAATAAGCTTATATGAATCAAAAAAATCATTTTA
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8465 TGACAAAACA
8475 AAATAACATAATGATTTG
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*
8493 AAATAA-ATAATTATTT
1 AAATAACATAATGATTT
8509 ATATAGCCTT
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AAATAACATAATGATTTG
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9016 GAATGATTTT
9026 AAATAG-ATAATTATTC
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Statistics
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AAATAGCATAATTATTC
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8734 TCTACTTATT
* * ***
8744 AATTTTTAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATTGGCTTGTATGACAA-AAAACAA
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* * * * * * * *
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* * *** *
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* * * *
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* * *
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* ** **
9055 TATTCGAACTTATTCGGTAAAC-AAATTTATTTTTGTAAAT-TCCTTGCTTACTA
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* * * * ** *
9108 AATTTCTAAATGTTAACAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAA-TATGTATGAACTAAAACAA
1 AATTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACT-TGTATGAAATAAAACAA
* * * * *
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128 ACTATT
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AATTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAATAAAACAAT
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ATTCGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTA
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9250 TAGCAAATAC
* * ** * * * *
9260 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTTATAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TA-AA
* * *** * * *
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* * **
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* * ** * * * *
9440 ATT-TTTTTTAAGTAAA-AAAA-GTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATAATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAG--TAA
* ** *
9501 ACTATTTGAACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-
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* * * * * *
9565 ATTATTAAATTAG-ATCATTTTA-ATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACA
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* * * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-A-AA
* ** *
9679 CTATATGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTT-AAT-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAAT
64 CTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * *
9739 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAACAGAAATA
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* *
9791 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGATAAGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAA-A
* * * * * *
9856 CTATGTGAAGTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * *
9921 TTAATAAAGTAGTATTACTTTA-TTCTTAATAAACTTGTACGAATAGAAACA
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* * * * * *
9972 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA-A
* ** * * * **
10036 CCTATTTGAGCTTACTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATATTT-GGAA
64 -CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAA
* * *
10100 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACA
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* * * *
10153 ATTGGTTTATCAC-AAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TA-A
** * * * * * **
10216 ACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGA
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* *
10278 ATATTAATAAATT--TAATTGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACA
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* * *** *
10329 ATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-A-AA
*** * * **
10394 CTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAAAAT
64 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * *
10459 ATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACA
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* * * *
10511 ATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TA-AA
** * * * *
10575 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * *
10639 TTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAGGTTTGTATGAAGAAAAACA
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* * *
10690 ATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AAA
* * * * * * * *
10754 CTGTTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTACAT
64 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAAT
10818 ATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-A
128 ATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * ***
10869 TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
1 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT--AA
* * * * * *
10934 ATTATTT-ATACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
63 ACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * * * * *
10998 TATTAATAAAATAGAATTATGTTA-TTCAAATAAGCTTGTACGAATAGAATCA
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
11050 ATTGTTTTGTGATAAAACAGAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-A-AA
* * ** * * * **
11115 CTATTTGCACTGGTCAAGCT-AACAG-TTTCATTCTTCAAATC-CGTTACTTATTAGCTTTCAAA
64 CTATTTGAACTTGT-TTGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTCAAA
* * * * * * *
11177 ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCTAATAAGAC-TATATAAACAGAAATA
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
11231 ATTGTTTTATCACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TA-AA
* * * * * * *
11296 CTAATTAAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACAAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * * * *
11361 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * *
11412 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-A-A
* * * * * * * * * *
11477 ATTATTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTGAGA-TTT-GAA
63 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTTCAAA
* * * * * * *
11540 ATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAA
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACA
*** * * * * * * * * *
11593 AGAAATCTTACGACAAAATAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTA
1 A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TAA
* * * * *
11658 ACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAAT
63 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * * *
11723 ATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
** * * * ** * * *
11775 ATCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAAGAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-A-AA
* * * * *
11840 CTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTCTGAAAT
64 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-AAAAT
* * * *
11904 ATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATG-ATGAAAAACA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * *
11956 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TA-AA
* * ** * * * * **
12021 TTATTTAAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * * * * *
12086 TTAATAAAGTAATATTATTTTATATCGGATAAACTTTTGTGTACTA-AAATA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACA
* * * * * * * * *
12137 GTTATTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATGT--AATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAG--TAA
* * * * * **
12200 ACTATTTGAACTTATTCGATAAATA-A--T-TTTTTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTTCTTAAT
63 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * *
12258 GTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * ** * * * * *
12310 ATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A-GTAAA
* * * * *
12375 CTATTTGAAATGGTTTGG-AAAGCACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTTATTTTCAAAAT
64 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * **
12433 AGTAATAATAGTGGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGATAA-A
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* * * * * ** *
12486 ATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTAAAATAGATAACAGTTCAAAT-GGACATG
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA-A--
* * * * * * * *
12550 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACTAATTTTTAGAAT
63 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * *
12615 AATAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
12667 ATTTTTTTATGATAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAG------
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAACT
* * * * * * * *
12726 -TTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTATTTAAAGCTTTTATTTATTAATTTT-AGAAATAT
66 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAATAT
* *
12789 TAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
130 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * ** ** * *
12839 ATT-TGTTTATAACTAAATAAATTGTTTTAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 ATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-A-A
* * * * * * * *
12903 ACTATTTGAACGTATTTAG-AAA-ATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTA--ACTGTT-AGA
63 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAA
* * *
12962 ATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCA
126 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CA
* * * * *
13016 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGGAATAGATAATT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
13065 ATTTTGATAG
Statistics
Matches: 2850, Mismatches: 625, Indels: 303
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 143 0.05
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175 77 0.03
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179 183 0.06
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAACT
ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
Found at i:12895 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 12554--12898 Score: 435
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
12544 GACATGACTA
* * *
12554 TTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACTAATTTTTAGAATAATA
1 TTTGAACTTGCTCGATAAATAAATTTATTATTTAAAGCTCTAACTTACTAATTTTTAGAATAATA
* * * *
12619 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGATAAAA
66 ATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTATAATAAAA
* * *
12684 TAAAAGATCATAATGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAG
131 TAAAAGATCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAG
* * * * * *
12726 TTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTATTTAAAGCTTTTATTTATTAA-TTTTAGAAATATT
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* *
12790 AATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTATAACT-A
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* ** * *
12854 AATAAATTG-TTTTAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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12898 T
1 T
12899 CATAACTATT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 23, Indels: 6
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.04
172 139 0.95
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TTTGAACTTGCTCGATAAATAAATTTATTATTTAAAGCTCTAACTTACTAATTTTTAGAATAATA
ATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTATAATAAAA
TAAAAGATCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAG
Found at i:13403 original size:19 final size:18
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Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
13369 TGTTTGCAAA
13379 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
* *
13397 GACTATTT-GAACAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
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1 ACTATTTCAAAT
13426 CGTTATTACC
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ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:13987 original size:177 final size:176
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Indices: 13384--14018 Score: 566
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13374 GCAAAACTAT
* * * *
13384 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCCTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
13449 TAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTT
* * * * **
13514 CAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAATATAAATCTGCTTGCCAAATCAG
131 -AAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCAG
* * * * * * * * *
13565 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-TTTCTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTTTATC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
13629 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTCA-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATA-
* * ** *
13692 TTTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAGAAAATGTATCTGTTGGCCTG-ACCAG
128 TTTAAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATGAATCTGTT-TACTGAATCAG
* * *
13745 TGT-AAATAATTATGATTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAA-T-CATAATGACCTTTTGTTTTG
1 T-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGC-T-ATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
13807 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGGATAACATTAGT-CGAATTTATTAAT
63 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAA-AATAGTACTAATTTATTAAT
* *
13871 ATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAATAAG
127 ATT-TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCAG
* * * * *
13922 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
13987 TAAAACAGTTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
14019 CTCAAATCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTT
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCAG
Found at i:14128 original size:120 final size:119
Alignment explanation
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13893 TTAAAAAATG
* * * * *
13903 AATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCT
1 AATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
*
13968 ATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAGTTTTTTCTATTCATAC-AAGCTTATCTCA
66 ATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACTAA-CTTAT-TCA
* * * * *
14023 AATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTT
1 AATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
* * * *
14088 ATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTATTTT-TGTTCATACTAACTTATTCA
66 ATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACTAACTTATTCA
14142 AAT
1 AAT
14145 TAAAATAATA
Statistics
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0.84 0.12 0.04
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AATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
ATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACTAACTTATTCA
Found at i:14457 original size:180 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 21.2 Consensus size: 181
14012 AGCTTATCTC
* * * * * * * * **
14022 AAATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
14087 TATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTATTTTTG-TTCATACTAA-CTTA-TTCAAATTAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCGATTCATAC-AAGCTTATTTGAAA-TAAA
* ** *
14149 ATAATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGAGA-TAAAAAAAT
128 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
14204 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
14269 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCGATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
14334 ATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
131 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
14385 GAATCTGTTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
14449 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAAATGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-GATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAA
* * * * * * * *
14512 TAATATGAATTTACTAATATTCCAAAGATTCATAACTAA-AAATATAAAAAAT
129 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * ** *
14564 AAATATATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** * ** * * **
14629 GATGACTTTTTGTTTTACCATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGTTTA-TCAAAATAAAAT-
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *
14692 A-A-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAT
131 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *** * * * * * *
14740 AATTTTGTTTAACT-AGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCG
1 AAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
14804 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * ** * *
14868 TAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--T-AGAAAGAGATTTAAAAACT
129 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
14917 AAATCTGTTTA-TAAGACAA-TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTA
1 AAATCTGTTTACTAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
14980 GTATGA--TATTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTA-TCTATACAAACTTATTTGGAGTAAA
65 TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* ** ** * * * *
15042 ATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAATAT
128 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
15096 AAATATATTTGTCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCG
1 AAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
15160 TTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
15224 TAATATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACAT
129 TAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA-AT
** * * * * **
15278 AAATCTGTGAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATTG
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
* * * * ***
15342 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
** * * ** * *
15406 TAATATTACCTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AATTTGGGAAATTTAAAACAT
129 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA-GTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * *
15460 AAATCAATTTATTCAATCAA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
15524 TTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTATTT-AGAATAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCGATTCATACAAGCTTATTTGA-AAT-A
* * *
15586 AAATAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGTGA-TT-----AT
126 AAAT-AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
15637 ---T-TGTTTACTGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCAT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15698 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTATG-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * *
15762 AATATTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAAT
130 AATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
15813 AAAATTTTTTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATA
1 -AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
15877 ATTATGTA-CTTTTGTTTTGTCGTAAAACAA-TGCTTTTG-TTCATATAAGTTTGTTT-AGAATA
64 ATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCGATTCATACAAGCTTATTTGA-AATA
* * **
15938 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAGTT
126 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * **
15990 AAGTTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATTGT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
16055 TATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCGATTGATAC-AGTTTTATTT-AGAATAAAG
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAA
* * * *
16118 CAATGTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAAT
129 TAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * *
16171 GAATCTGTTGGCCT-GACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAAAAACTATCTATATCAAATCA
1 AAATCTGTT-TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
16235 TTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAACA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* *
16299 TAAT-TCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATGAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATAT-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * **
16352 GAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * * * *
16416 CCATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATT-TTTACTATTCTTATAAGCTTATTTCAATTAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
** * * * * *
16480 TAATACAAAGTTATT-ATCATTT--AGAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAT
129 TAATATTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
16531 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
16596 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* ** * * * * *
16660 AATATTAGTTTATTAATATTTTGACAGTTAGTAAGTATA-AGATTTTAAAACT
130 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * ***
16712 AAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTGC
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * * *
16777 TATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
16841 ATACTAATTTATTAATA-CTCTAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAAT
131 ATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** *
16892 GAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTATCTATTTCAAATTA
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCA
* *
16956 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATATTG-AATAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCGATTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAA
* * *
17019 ATAATATTAATTTATTAAT-TTCCAAAAATTAATAAATAA-AAATATT-AAAAAT
128 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAAT
* * * * * **
17071 AAATTTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
17135 TCATGAACTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTG-TTCAAACAAGCGTATTTGAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
17199 TAATATTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
***** * * *
17252 AAATCTGTTTACCGTGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTC--A--A-
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
17312 T-TG---TTTTG---T-T-ATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAAGTTTATTCGAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *
17368 ATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
131 ATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * **
17419 AAATTTGCTTA-TCGAACAAGTTCAAAGAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
17483 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAG-TTATTCAAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * ** *
17547 TAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT
129 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
17596 AAATCTATTTACTGAAA-TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATC
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* ** * *
17659 ATTATG--CTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACTAGCTTA-TTCAAATTAA
64 ATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAA
* *
17721 AATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
127 AATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
17776 AAATGTGTTTGCCAAACTAGCTCAAATAGTTAAGACTATTT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
17817 TGTCATAAAA
Statistics
Matches: 2865, Mismatches: 601, Indels: 296
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.00
167 117 0.04
168 1 0.00
169 2 0.00
171 36 0.01
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174 5 0.00
175 84 0.03
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184 32 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:16628 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 14022--17816 Score: 2933
Period size: 360 Copynumber: 10.6 Consensus size: 359
14012 AGCTTATCTC
** * * * * **
14022 AAATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
14087 TATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAA-CTTATTCA-AATTAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCAGAA-TAAAA
* * * * * *
14150 TAATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGAGA-TAAAAAAATAAATATGTTT
129 TAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * **
14214 ACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
192 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * * * * * *
14279 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCGATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTT
257 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTT
* *
14344 ATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
322 ATTA-TATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT
* * * * * *
14385 GAATCTGTTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCAT
1 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
14449 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAAATGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT
* * * * * * * * * * * *
14513 AATATGAATTTACTAATATTCCAAAGATTCATAACTAA-AAATATAAAAAATAAATATATTTTTT
130 AATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* ** * * *
14577 GAACATGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATGACTTTTTGT
195 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
14642 TTTACCATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAG-TT-TATCAAAATAAAAT-A-A-TAATTTAT
260 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
14702 TAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAT
324 T-ATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAT
* * * * * * * * * * * *
14740 AATTTTGTTTAACTAGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGT
1 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** *
14805 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * * * *
14870 ATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--TAGA-AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAT-A
131 ATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG
* * *
14930 AGACAA-TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTAG-TATGA--TATTT
196 A-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-GTTATGACCT-TTT
* * * * ** * * * *
14991 GTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTA-TCTATACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACT
258 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATT
* * * *
15055 AATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAATAT
321 TATTATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AT
* ** * * * * * *
15096 AAATATATTTGTCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
1 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15161 TCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTC-GAAATAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCAG-AATAAAA
* * * ** * **
15224 TAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACATAAATCTGTGA
129 TAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAG-AGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTT
* * * * *
15288 ACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATTGTTATGACCTT
192 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * * *
15352 TTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAACCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTAC
256 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * **
15415 CTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AATTTGGGAA-ATTTAAAACAT
319 TTTATT-ATATTT-AAAAATT-AATAA-GT-AAAAGATTTAAAA-AT
* * * * * *
15460 AAATCAATTTATTC-AATCAA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
1 AAATCTATTTA-CCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
15523 ATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTAGAATAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AA
* * * *
15587 AATAAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-AG-G---T----GAT-TATTTGT
127 AAT-AATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * ** *
15641 TTA-CTGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAACC
190 TTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * *
15705 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTA
254 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTA
* * * * ** *
15769 ATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTATGAGATTTGAAAAT
318 AT-TTATTATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAT
* * *** ** * * * *
15813 AAAATTTTTTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATA
1 -AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
15877 ATTATGTA-CTTTTGTTTTGTCGTAAAACAA-TGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAA
64 ATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * ** *
15939 AATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-AATAAGACATTTAAAAGTTAAGTTTGTTT
127 AATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * * *
16000 ACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATTGTTATGACCATT
192 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * * * * * * ** **
16065 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCGATTGATA-CAGTTTTATTT-AGAATAAAGCAATGTTAAT
257 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAG-CTTATTTCA-AATAAAATAATACTAAT
*
16128 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAAT
320 TTATT-ATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAT
* * ** ** ** * * * * *
16171 GAATCTGTTGGCCTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAAAAACTATCTATATCAAATCAT
1 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
16236 TATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAACATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* *
16301 AT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATGAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATC
131 ATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * ** * *
16365 GAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATTGCCATAACCTTTTAT
195 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
16430 TTTATCATAAAATAATT-TTTACTATTCTTATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAAGTTAT
260 TTTATCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
16494 TATCATTT-AGAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAT
324 TAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT
* * *
16531 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
16596 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * * * * * *
16661 ATATTAGTTTATTAATATTTTGACAGTTAGTAAGTATA-AGATTTTAAAACTAAATATGTTTA-C
131 ATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * * *
16724 TGAACAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTG
195 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * *
16789 TTTCATCAT-AAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
259 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
16853 TAATACTCTAAAAATTAATGAG-AAAGAGATTTAAAAAAT
324 T-ATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAT
* * * *
16892 GAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTATCTATTTCAAATTA
1 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCA
* * * *
16956 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATAT-TGAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAA
* * *
17020 TAATATTAATTTATTAAT-TTCCAAAAATTAATAAATAA-AAATATT-AAAAATAAATTTATTT-
129 TAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * *
17081 TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTCATGAACTT
193 TC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * * * * * *
17145 TTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCAAACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATATTATTT
256 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
*
17210 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
321 TATT-ATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT
* *** * * * *
17252 AAATCTGTTTACCGTGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTC--A--A-
1 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
17312 T-TG---TTTTG---T-T-ATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAAGTTTATTC-GAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAAT
* ** * *
17367 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTATC
130 AATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * * * * *
17432 GAACAAGTTCAAAGAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
195 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* *
17497 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCA-AAG-TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCT
260 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--ATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* *
17559 ACTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACT
322 A-TTATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-T
* *
17596 AAATCTATTTACTGAAAT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATC
1 AAATCTATTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATC
* * *
17659 ATTATG--CTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACTAGCTTATTCA-AATTAA
64 ATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAA
* * * *
17721 AATAATAGTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
127 AATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * * * *
17785 TGCCAAACTAGCTCAAATAGTTAAGACTATTT
191 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
17817 TGTCATAAAA
Statistics
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AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
ATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
TATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAT
Found at i:17079 original size:15 final size:16
Alignment explanation
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Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
17032 ATTAATTTCC
17042 AAAA-ATTAATAAATA
1 AAAATATTAATAAATA
17057 AAAATATTAA-AAATA
1 AAAATATTAATAAATA
17072 AA
1 AA
17074 TTTATTTTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATATTAATAAATA
Found at i:17878 original size:17 final size:17
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Indices: 17831--17878 Score: 53
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17821 ATAAAACACA
17831 TTCAAATAGTTA-TTAT
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* *
17847 TAGTCAAACAATTATTTAT
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1 TTCAAATAGTTAT
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Statistics
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TTCAAATAGTTATTTAT
Found at i:18151 original size:183 final size:179
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17815 TTTGTCATAA
* * ** *
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* * * * * * * * * *
17890 TTGTCATAAACCAATTGTTTATGTTCAAACATGTGTATTCTAAATAAAATAATGCTAGTTTATTC
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* *
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** * * * *
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* *
18073 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTCTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTA
65 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * *
18138 ATATTCTAAAAATTAA-AAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TA
129 ATATTCTAAAAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * * * *
18188 AACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTG-T
1 AACAA-TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
18252 TTGTTAT-AAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAAT-TATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATT
65 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTCTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * **
18315 AATATTTTGAAAA-T--TAA-T-AAAGATTT-AAAACTAAATCTATTTTTTG
128 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * * *
18361 AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TT
1 AACAATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT-TGTT
* ** *
18425 CTT-T-ATAAAACAATTGTTTCT-TCTAATA-AAACCTTATTTAAATTAAAATAATACTAATTTA
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* * *
18486 ATAATATTAC-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
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** * * *
18539 AACCAATTCAAATAGTTAACACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGT
1 AA-CAATTCAAATAGTTATGACTAGTT-GAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
** * * * * * *
18603 TTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTATT
64 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
18668 AAACATTCAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTCAAAAGATAAATCTGTTTATTG
128 -AATATTC-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * * * *
18723 AACTAGTTTAAAATAGATT-GGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTTAAAGTCA-TTATGA-
1 AAC-A-ATTCAAATAG-TTATGACTAGTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-T-AGTTATGAC
* *** * * * * * *
18785 CTTTTCTTCCATTATAAAATAA-TGTTT-TAGCTCAATAGAA-ACTTATCTGAAATAAAATAATA
57 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATACAAGTC-TATTTG-AATAAAATAATA
* * * * * *
18847 CTACATTTACT-ATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAACTAAAACTATTT-TTCG
118 CTA-ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-G
* * * * *
18908 AATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCA-TTATGATC-TTTG
1 AA-CAATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATT-TCAAAT-AGTTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
18970 TTTTCTCTTAAAATAATTGTTTCTGA-TCATGC---T-TATTTGGATAAAATAATAATAATTAAA
63 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTCTATTTGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
19030 TAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
127 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * * * * * * *
19079 AACCAGTTCGAATAATTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTAATCATTTG
1 AA-CAATTCAAATAGTTATGACTAGTT-GAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTG
* ** * * * *
19142 ATTAATCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAA-ACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
63 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTC-TATTTG-AATAAAATAATACTAATTT
19205 ATTAA
125 ATTAA
19210 CATTTATTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
170 9 0.01
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190 11 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
AACAATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
Found at i:19045 original size:19 final size:20
Alignment explanation
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19013 AAATAATAAT
* *
19023 AATTAAATAATA-TTTTAAA
1 AATTAAATAAGAGATTTAAA
19042 AATT-AATAAGAGATTTAAA
1 AATTAAATAAGAGATTTAAA
*
19061 AAATAAATA
1 AATTAAATA
19070 TGTTTGCTGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.26
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Consensus pattern (20 bp):
AATTAAATAAGAGATTTAAA
Found at i:20572 original size:182 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
20253 TAATAAGAGA
* *
20263 TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACAAGTTTAAATAGTTAAGACGATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
20328 TTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCATACATGCTTATTTG
66 TTAAAACAAATATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTTG
*
20393 AAATAAAATGATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAAT
131 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAAT
*
20445 TTTAAAAAATAAAT-CTATTTATCA-AACAAGTTTAAATAG-TAATGACGATTTA-AACAATTAT
1 TTTAAAAAATAAATAC-ACTTAT-AGAACAAGTTTAAATAGTTAA-GACGA-TTAGAACAATTAT
* * *
20506 CTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTTGA-AAAAGCT
62 CTATTTAAAACAAATATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG-CTCATAAAAGCT
* * *
20569 TATTTGAGATAAAATAATATTATTTTATTAA
125 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
20600 AATTTCAAAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 12
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
181 4 0.03
182 116 0.89
183 10 0.08
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACAAGTTTAAATAGTTAAGACGATTAGAACAATTATCTAT
TTAAAACAAATATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAAT
Found at i:20812 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19320--21938 Score: 1427
Period size: 179 Copynumber: 14.7 Consensus size: 179
19310 CAAGCGTTCG
* * * * *
19320 GAATAGAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
19383 C-TATTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-A
66 CAT-TTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * * *
19446 TAC-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCA
129 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* * * *
19495 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
19559 TCTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTA-CTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TC-ATTTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * **
19623 AACCTTTATGTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATAAAAGCTTATTTG
128 AA-----A--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* ** *
19682 GAATAAAATAATACTAATTTCTTAA-A-ACCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
** * * **** * * **
19745 TTGTTTACCTAGGGGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATTTATTTCGAATTGTTATG
65 TCATTTATCAAACAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
* * ** * * **
19809 ATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCCA-TAATACAAATTTATTCA
128 AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* * ** *
19859 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAACTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
19923 -TTGTTCA-CAAAACAAGTTCAAATGGTCATATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAAT-AGT
66 CAT-TT-ATC-AAACAA-TTCAAATAGTTATAGCTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCA-T
* * * * * *
19984 TATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAC-TATTCA
125 TAT-AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-TAAGCTTATTCA
20039 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAA
* * * *
20099 TCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGAG-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTA
65 TC-ATTTATC-AAACAATTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** * * * **
20163 TGATC-TTCATTTGGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCACACT-AGCTTATTTG
127 TAAACTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTATTCATA-TAAGCTTATTCA
* * * * * * *
20216 GAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTC-TAAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
20277 ACACTTAT-AGAACCAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTC
66 -CATTTATCA-AA-CAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
20340 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGCTCATACATGCTTATT-T
127 TAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCA
* * * * * ** *
20392 GAAATAAAATGATACTAATTTATTAACATGT-AGAACATCAA-AACACAAGAAATTTTAAAAAAT
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-GTAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * * * * * *
20455 AAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTAAT-GACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAA
62 AAATC-ATTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
20519 ATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTTGA-AAAAGCTTATT-T
124 TTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TTCATATAAGCTTATTCA
* * * * * * * * *
20574 GAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAG
1 GA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * *
20639 TCAGTTTATCAAATTGATTCAAATAATTGTAGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TCA-TTTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
20704 AAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAGGCCTATTCG
128 AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATATAAGCTTATTCA
* * *
20756 GGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* *
20821 TCATTTA-C-TA-AA-TC----AGTT-T--CTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTGC--TATA
65 TCATTTATCAAACAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CATTATA
* * * * * * *
20873 ACCTGTTGTTATGTTATAAAATAA-TG-TTTTAGTTTATATAAGCATATTCA
129 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCA
* * * *
20923 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * ** * * * * * * * ** *
20987 TTTGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAGTTA-GGACTATATGAACAATTATCTGTTTTGAATCGTTA
65 -TCATTT-ATCAAACAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
21051 TGACCTTTGGTTTTGTCATAGAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATT-T
127 TAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCA
* * * **
21103 GAA-ATAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAGGTGAA
1 GAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
* ** * * * * * * * *
21166 TTTTTTTGTCGAATCTATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
64 ATCATTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * *
21231 TACCTTTTGCTTCATCATATAA-AATT-TTATTTGAAAGTTCA-AT---CTTATTTA
128 AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTT---A-TTCATATAAGCTTATTCA
* *
21282 GAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *** * * * ** * *
21347 CTGTTTACTGATTTAGTTC-AATAGTT-TTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCATTAT
66 C-ATTTA-TCAAACAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * **
21410 -AACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTG
128 AAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* * * * * * *
21462 GAATAAAATAACACTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA-AAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* * * * * **
21526 TTC-TTTGTCGAACCAATTCAAATATTTAAAACTA-TAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 -TCATTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
21589 -GACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTAATTCATACT-AGATTATTTA
128 AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTTT-ATTCATA-TAAGCTTATTCA
*
21643 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
21706 TTATGTT-TACGTAACCAGTTCAAATAATTAT-GACTAATTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCGT
65 TCAT-TTAT-C--AAACAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
21768 TATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATG-TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCA
125 TATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
* * *
21822 GAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAATTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** *
21883 CTATTTATCAAACTAATTCAAATAGTTTTACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
66 C-ATTTATCAAAC-AATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
21939 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 1885, Mismatches: 413, Indels: 291
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 7 0.00
167 74 0.04
168 22 0.01
169 25 0.01
170 1 0.00
171 2 0.00
172 5 0.00
174 3 0.00
175 46 0.02
176 70 0.04
177 310 0.16
178 144 0.08
179 337 0.18
180 215 0.11
181 265 0.14
182 185 0.10
183 33 0.02
184 12 0.01
185 65 0.03
186 7 0.00
187 56 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CATTTATCAAACAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAA
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCA
Found at i:21786 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 20924--21864 Score: 933
Period size: 359 Copynumber: 2.6 Consensus size: 359
20914 GCATATTCAA
* *
20924 AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT
* * * * * **
20988 TTGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAGTTAGGACT-ATATGAACAATTATCTGTTTTGAATCGTTAT
64 TTGTTTACTGAACTAGTTC-AATAGTTATGACTAAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * ** * * * * * *
21052 GACCTTTGGTTTTGTCATAGAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAAA
127 TAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAA
* * * * * *** *
21115 ACTAATTTATTAATATTTC-AAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAGGTGAATTTTTTTGTCGAA
191 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAGAAAAATTTCTTTGTCGAA
* * *** ** *
21179 TCTATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGCTTC
256 CCAATTCAAATAATTAAAACCATGAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTC
* *
21244 ATCATATAAAATTTTATTTGAAAGTTCAATCTTATTTAG
321 ATCATAAAAAATTTTATTTGAAAGTTCAATATTATTTAG
* * *
21283 AATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATT
** * * ** * * *
21348 TGTTTACTGATTTAGTTCAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCATTA-TAA
65 TGTTTACTGAACTAGTTCAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAA
*
21412 CATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACT
130 C-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACT
* * * *
21477 GATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAA-AAAAATTTCTTTGTCGAACCA
194 AATATATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAGAAAAATTTCTTTGTCGAACCA
* * * **
21541 ATTCAAATATTTAAAACTAT-AAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTC
259 ATTCAAATAATTAAAACCATGAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATC
**
21604 ATAAAATAAGTTTT-TTTTTAA-TTCATACTAGATTATTTAG
324 ATAAAA-AA-TTTTATTTGAAAGTTCA-A-T--ATTATTTAG
* *
21644 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
* * *
21708 ATGTTTAC-GTAACCAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 -TGTTTACTG-AACTAGTTC-AATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * ** * *
21771 TAACTTTTCTTTTGTCATAAAATAA--ATGTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAAT
127 TAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTAT-TTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAA
21834 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA
191 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA
21865 GTGATTTAAA
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 87, Indels: 35
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 21 0.04
358 104 0.22
359 134 0.28
360 86 0.18
361 111 0.23
362 21 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTT
GTTTACTGAACTAGTTCAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAAC
TTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAA
TATATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAGAAAAATTTCTTTGTCGAACCAAT
TCAAATAATTAAAACCATGAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATCAT
AAAAAATTTTATTTGAAAGTTCAATATTATTTAG
Found at i:22061 original size:132 final size:133
Alignment explanation
Indices: 21823--22070 Score: 358
Period size: 132 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
21813 GTTTGTTCAG
* ** *
21823 AATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTATT
1 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATT
* * *
21888 TATCAAACTAATTCAAATAGTTTTACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATACAAGCTTTTT
66 TATCAAACTAATTCAAATAGTTTGACCTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTTT
21953 TGA
131 TGA
* *
21956 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-AGACATTTAAAAAATAAATCTATT
1 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATT
* *
22020 T-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
66 TATC-AAACTAATTCAAATAGTT-TGACCTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
22071 ATTGTTATAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 11, Indels: 5
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
131 1 0.01
132 62 0.61
133 39 0.38
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (133 bp):
AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATT
TATCAAACTAATTCAAATAGTTTGACCTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTTT
TGA
Done.