Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168332.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_555, whole genome shotgun sequence
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5299 ATCTTCTGCT
**
5309 GATGGTGGTCGAGGCAAGAGCCCGCACCAAGGG-CCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCGTGTGCC
* * *
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1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
*
5444 GATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGG--C--C--G-G-C
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCGTGTGCC
* * * * *
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1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
*
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1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * * *
5569 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCTCACCAAGGCCGAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* *
5614 GATGGTGGTCGAGGCAACCGGCCGCACCAAGGG-CCGGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCGTGTGCC
*
5659 GATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* *** * *
5704 GATGGTGGTCGAGCCAGGAGCCCGCACCAAGGG-CCGGCTTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCGTGTGCC
* *
5749 GATGGTGTTCGGGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * * * *
5794 GATGGTGCTGGGGGCAAGCGCCCGCCCCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
** * * * *
5839 GATGGTTATCGGGGCAACCGGCCGCACCAGGGCCCAGGGTCTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * * *
5884 GATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCTCAGCATGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * ** * *
5929 GATTGTGATCGAGGCAACAACCCACACCAGGGCCCAGCTTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
*
5974 GATGGCGGTCGAGGCAA
1 GATGGTGGTCGAGGCAA
5991 GTGCCCGTAC
Statistics
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0.83 0.12 0.05
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GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
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Indices: 5448--5525 Score: 113
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5438 TGTGCCGATG
*
5448 GTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCG-GCTT
1 GTGC-CGAGGCAACCGCCCGCACCAA-GGCCGAGCGT
*
5484 GTGCCGAGGCAAGCGCCCGCACCAAGGCCGAGCGT
1 GTGCCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCCGAGCGT
5519 GTGCCGA
1 GTGCCGA
5526 TGGTGGTCGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GTGCCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCCGAGCGT
Found at i:6176 original size:11 final size:11
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Indices: 6160--6191 Score: 57
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6150 CACTCGGGAC
6160 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
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1 AGCATCGCCGG
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6192 TACCGCCGGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1
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10 4 0.19
11 17 0.81
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Consensus pattern (11 bp):
AGCATCGCCGG
Found at i:6757 original size:45 final size:45
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6683 TGCCTAAACC
6693 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
6738 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
6783 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* ** *
6828 CACCAGGGCCGATAGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-TCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
*
6873 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
6918 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* *
6963 CACCAGCGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
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7008 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
*
7053 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
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* *
7098 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
7143 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
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1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
* * *
7233 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
7278 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
*
7323 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* *
7368 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
7413 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
7458 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
7503 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
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* * *
7548 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
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*
7593 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
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*
7638 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
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* *
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*
7863 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
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*
7908 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
*
7953 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* *
7998 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
** **
8043 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTGCCGATGGTGGTCGAGG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-------G-C-CCG
* * * * * ** **
8097 CAACCTGCCGCACCAG-G-G-CCCAACGTGTGC-CGATGG-TGCTCG-AGG
1 C-ACCAG-GGC-CCAGCGTGTGCCGATG-GTGCTCGA-GGCAAC-CGCCCG
** *
8142 CAACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCG
1 C-ACC-AGGGC-CCAG-------CGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAA-CCGCCCG
*
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1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* *
8242 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
8287 CACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
*
8332 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGATGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
8377 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* *
8422 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
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* *
8512 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* *
8557 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
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*
8602 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
8647 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
*
8692 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
** * *
8737 CACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* ** ***
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1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC---GCCCG
* ** * * * ** **
8830 TCGAGGCAACCTGCCGCACCAG-G-GCCCAGCGTGTGC-CGATGG-TGCTCG-AGG
1 -C-A--CCA-GGGCC-CAGC-GTGTGCCGA-TG-GTGCTCGA-GGCAAC-CGCCCG
** *
8881 CAACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCG
1 C-ACC-AGGGC-CCAG-------CGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAA-CCGCCCG
*
8936 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* *
8981 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
9026 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
9071 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
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*
9116 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
9161 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
9206 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
9251 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
9296 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
*
9341 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
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*
9386 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
9431 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
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* * * *
9476 CACCAGGGCCCAGCTTTTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGGCCG
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* ** * *
9521 CTCCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTTATCGGGGCAACCGGCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* *
9566 CACCAGGGCCCAGGGTCTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* * * * * ** *
9611 CACCAAGGCTCAGCATGTGCCGCTGGTGATCGAGGCAACAACCCA
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
9656 CACCAGGGCCCAGCTTGTGCCGATGGCGGTCGAGGCAA
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAA
9694 GTGCCCGTAC
Statistics
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0.88 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
44 16 0.01
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Consensus pattern (45 bp):
CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
Found at i:8084 original size:19 final size:19
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8050 GCCCAGCGTG
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*
8079 TGCCGATGGTGGTCGAGGC
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8098 AACCTGCCGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.24, G:0.45, T:0.21
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TGCCGATGGTGCTCGAGGC
Found at i:8116 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 8015--8142 Score: 222
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8005 GCCCAGCGTG
* *
8015 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
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1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCGCACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
8143 AACCGACCGC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 2, Indels: 2
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
64 60 0.98
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Consensus pattern (64 bp):
TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
Found at i:8161 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 7970--8187 Score: 366
Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 109
7960 GCCCAGCGTG
* *
7970 TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCA
1 TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCGCACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
* *
8035 AGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
66 ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
*
8079 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCGCACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
1 TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GACCGCACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
*
8143 AACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
65 AACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
8188 AAGCTGCCGC
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 6, Indels: 2
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
109 101 0.99
110 1 0.01
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Consensus pattern (109 bp):
TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCGCACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
Found at i:8205 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 7925--8232 Score: 564
Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 154
7915 GCCCAGCGTG
*
7925 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
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*
7990 ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCA
66 ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCA
8055 GCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
131 GCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
8079 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
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*
8144 ACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCGCACCAGGGCCC
66 ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGC-GCCCGCACCAGGGCCC
*
8208 AGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
130 AGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
8233 AACCGCCCGC
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 4, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
154 148 0.99
155 1 0.01
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Consensus pattern (154 bp):
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ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCA
GCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
Found at i:8823 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8799--8836 Score: 76
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8789 GCCCAGCGTG
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8837 AACCTGCCGC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
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Consensus pattern (19 bp):
TGCCGATGGTGGTCGAGGC
Found at i:8855 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 8754--8881 Score: 222
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
8744 GCGGAGCGTG
* *
8754 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
8818 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
8882 AACCGACCGC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 2, Indels: 2
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
64 60 0.98
65 1 0.02
ACGTcount: A:0.14, C:0.30, G:0.41, T:0.15
Consensus pattern (64 bp):
TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
Found at i:8900 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 8709--8926 Score: 348
Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 109
8699 GCCCAGCGTG
** *
8709 TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCGCACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCA
1 TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
* * *
8774 AGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
66 ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
*
8818 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
1 TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACC-GACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
*
8882 AACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
65 AACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
8927 AAGCTGCCGC
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 8, Indels: 2
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
109 99 0.99
110 1 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.40, T:0.13
Consensus pattern (109 bp):
TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
Found at i:8944 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 8664--8971 Score: 582
Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 154
8654 GCCCAGCGTG
8664 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
* *
8729 ACCGACCGCACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCA
66 ACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCA
8794 GCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
131 GCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
8818 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
8883 ACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCGCACCAGGGCCC
66 ACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGC-GCCCGCACCAGGGCCC
8947 AGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
130 AGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
8972 AACCGCCCGC
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 2, Indels: 2
0.97 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
154 150 0.99
155 1 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.40, T:0.13
Consensus pattern (154 bp):
TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
ACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCA
GCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
Found at i:9880 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 9864--9898 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.2 Consensus size: 11
9854 CACTCGGGAC
9864 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
9875 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
* *
9886 AGTACCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
9897 AG
1 AG
9899 AACCTGACCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 22 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.37, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
AGCATCGCCGG
Found at i:10692 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 10652--10704 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
10642 GTTGACTTAG
*
10652 GCATACGGAGTTCATTCCCGATCTAA
1 GCATACGGAGCTCATTCCCGATCTAA
*
10678 GCATACGGAGCTCATTCCCGGTCTAA
1 GCATACGGAGCTCATTCCCGATCTAA
10704 G
1 G
10705 ATCGGACCGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 25 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
GCATACGGAGCTCATTCCCGATCTAA
Found at i:10733 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 10409--11013 Score: 756
Period size: 173 Copynumber: 3.5 Consensus size: 167
10399 AGCACCCGAT
*
10409 CGATCCCCGGCTTGCGCATCCTGCCTCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCC-CTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* * *
10474 TGACTTAGGCATACGGAGCTCATTCCATGTCTAAGCCCCAGTCGGA-CCGAGGGTCGCGG-C-AG
65 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACGTCTAAG---CA-TCGGAGCC-A--GTCCCGGTCAAG
10536 CTGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
123 CTGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
* * * *
10581 CGAT-CCCGGCTTGCGCGTCATGCCCTCCGGTCGACTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGTT
* *
10645 GACTTAGGCATACGGAGTTCATTCC-CGATCTAAGCATACGGAGCTCATTCCCGGTCTAAGATCG
66 GACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACG-TCTAAGCAT-CGGAGC-CAGTCCCGGTC-AAGCT-G
* *
10709 GACCGGCAGCGGGATCGACAGCAGCACGCGGGGGGGACCGGGT
126 GACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGC-GGGGGGACCGGGC
* * *
10752 CGGTCTCCGGCTTGCGCATTATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATG-CCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* * ** * * *
10817 TGACTTAGGCACACGGAGTTCATTCCATGTCTAAGC--CCCAGCCGGACCGAGGGTTGCGACAGC
65 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACGTCTAAGCATCGGAGCCAGTCC--CGG-T-C-A-AGC
10880 TGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
124 TGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
10924 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGTT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGTT
* *
10989 GACTTAGGCATACGCAGTGCATTCC
66 GACTTAGGCATACGGAGTTCATTCC
11014 CGGTCTCGAC
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 37, Indels: 35
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.02
167 7 0.02
168 2 0.01
169 8 0.02
170 100 0.26
171 99 0.26
172 52 0.14
173 101 0.27
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.34, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (167 bp):
CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGTT
GACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACGTCTAAGCATCGGAGCCAGTCCCGGTCAAGCTGGACCG
GCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
Found at i:11126 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 11071--11150 Score: 124
Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
11061 AACGACCGAG
*
11071 GGGGACCAACAGCGGGATCCTTGGCCGGCTCGCGCATCCC
1 GGGGACCAACAGCGGGATCCTGGGCCGGCTCGCGCATCCC
** *
11111 GGGGACCGGCAGCGGGATCCTGGGTCGGCTCGCGCATCCC
1 GGGGACCAACAGCGGGATCCTGGGCCGGCTCGCGCATCCC
11151 CCCCGCGGTC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 36 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.36, G:0.39, T:0.12
Consensus pattern (40 bp):
GGGGACCAACAGCGGGATCCTGGGCCGGCTCGCGCATCCC
Found at i:18672 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 18602--19607 Score: 1428
Period size: 45 Copynumber: 22.4 Consensus size: 45
18592 ATCTTCTGCT
**
18602 GATGGTGGTCGAGGCAAGAGCCCGCACCAAGGG-CCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCGTGTGCC
* * *
18647 CATGGTGCTCGAGGCAACCGTCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
18692 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * *
18737 GATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGG-CCGGCTTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCGTGTGCC
*
18782 GATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
*
18827 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCAGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
18872 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
*
18917 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCA-GGCCGAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
*
18961 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * * *
19006 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCTCACCAAGGCCGAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
19051 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * *
19096 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAAGGCCGAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
*
19141 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * * *
19186 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCTCACCAAGGCCGAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* *
19231 GATGGTGGTCGAGGCAACCGGCCGCACCAAGGG-CCGGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCGTGTGCC
*
19276 GATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* *** * *
19321 GATGGTGGTCGAGCCAGGAGCCCGCACCAAGGG-CCGGCTTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCGTGTGCC
* *
19366 GATGGTGTTCGGGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * * * *
19411 GATGGTGCTGGGGGCAAGCGCCCGCCCCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
** * * * *
19456 GATGGTTATCGGGGCAACCGGCCGCACCAGGGCCCAGGGTCTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * * *
19501 GATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCTCAGCATGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
* * ** * *
19546 GATTGTGATCGAGGCAACAACCCACACCAGGGCCCAGCTTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
*
19591 GATGGCGGTCGAGGCAA
1 GATGGTGGTCGAGGCAA
19608 GTGCCCGTAC
Statistics
Matches: 862, Mismatches: 91, Indels: 16
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
44 58 0.07
45 793 0.92
46 11 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.38, T:0.12
Consensus pattern (45 bp):
GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
Found at i:19794 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19778--19823 Score: 74
Period size: 11 Copynumber: 4.2 Consensus size: 11
19768 CACTCGGGAC
19778 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
19789 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
19800 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
* *
19811 AGTACCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
19822 AG
1 AG
19824 AACCTGACCG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 33 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.37, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
AGCATCGCCGG
Found at i:20382 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 20318--22877 Score: 3161
Period size: 45 Copynumber: 55.8 Consensus size: 45
20308 TGCCTAAACC
*
20318 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
20363 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
20408 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* ** * *
20453 CACCAGGGCCGATAGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-TCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
20498 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
20543 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
20588 CACCAGCGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
20633 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
20678 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
20723 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
20768 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
20813 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
20858 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
20903 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
20948 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
20993 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
21038 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
21083 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
21128 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
21173 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
21218 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
21263 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGAT-G-G-T-G-GTCGAGGCAACCGCCCG
21313 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
21358 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
21403 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
21448 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
21493 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
**
21538 CACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
** ***
21583 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCTGCCGATGGTGG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC---GCCCG
* ** * * * ** **
21631 TCGAGGCAACCTGCCGCACCAG-G-GCCCA-GCGTGTGCCGATGG-TGCTCG-AGG
1 -C-A--CCA-GGGCC-CAGC-GTGTGCCGATG-GTG-GTCGA-GGCAAC-CGCCCG
** * *
21682 CAACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCG
1 C-ACC-AGGGC-CCAG-------CGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAA-CCGCCCG
21737 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
21782 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
21827 CACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
21872 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGATGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
21917 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
21962 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
22007 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
22052 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
22097 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
22142 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
22187 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
22232 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
** *
22277 CACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
** ***
22322 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCTGCCGATGGTGG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC---GCCCG
* ** ** * * ** ***
22370 TCGAGGCAACCTGCCGCA-CCAG-GCCCA-GCGTGTGCCGATGG-TGCTCGAGGG
1 -C-A--CCA-GGGCC-CAGCGTGTGCCGATG-GTG-GTCGA-GGCAAC-CGCCCG
* ** * *
22421 AACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCG
1 CACC-AGGGC-CCA-------GCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAA-CCGCCCG
* * *
22475 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTGGGGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
22520 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGCTCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGC-CCG
*
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1 CACCAGGG-CCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC-AACCGCCCG
* *
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1 CA-CCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * *
22659 CACCAGGGCCCAGCTTTTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCCGGCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAA-CCGCCCG
* ** *
22705 CTCCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTTATCGGGGCAACCGGCCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-G-CCCG
* * *
22752 CACCAGGG-CCAGGGTCTG-CGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * * * ** *
22795 CACCAAGGCTCAGCATGTGCCGCTGGTGATCGAGGCAACAACCCA
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
22840 CACCAGGGCCCAGCTTGTGCCGATGGCGGTCGAGGCAA
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*
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21500 GCCCAGCGTG
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* *
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*
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* *
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*
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GCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
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22339 TGCCGATGGTGGTCGAGGC
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TGCCGATGGTGGTCGAGGC
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22239 GCCCAGCGTG
** *
22249 TGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCGCACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCA
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* * *
22314 AGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
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* *
22358 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCGCACCA-GGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGG
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*
22421 AACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
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22466 AAGCTGCCGC
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Found at i:22483 original size:153 final size:154
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22194 GCCCAGCGTG
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* *
22269 ACCGACCGCACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCA
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*
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22503 CTGGGGGCAA
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GCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
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22149 GCCCAGCGTG
*
22159 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
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* **
22223 AACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCGCACCAGGGCGG
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* *
22288 AGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTC
129 AGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGT-
22353 GA
193 GA
*
22355 GGCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCA-GGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAG
1 ---TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAG
* *
22419 GGAACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCGCACCAGGG
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* * *
22483 CCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTGGGGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGA---TG
126 CCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTG
22545 GTGA
191 GTGA
*
22549 T--CGA----GG-C-A---ACCGCT-CCGCACCAGGGCCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAAC-CTGCCGCACCAGGG-CCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
* * * *
22602 CAAAGCGCCCGCACCCAGTGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGG
64 -AAACCG-CCGCA-CCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGACCGCACCAGGG
* * * *
22667 CCCAGCTTTTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCCGGCCGCTCCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGT
126 CCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAA-CCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGT
22732 --T-A
190 GGTGA
** ** * * * *
22734 T--C---GG-GG-C-AACCGGCC--CCGCACCAGGG-CCAGGGTCTG-CGATGGTGCTCGAGGCA
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGAA
* * * * * * *
22787 ACCGCCCGCACCAAGGCTCAGCATGTGCCGCTGGTGATCGAGGCAA-CAACCCACACCAGGGCCC
66 ACCG-CCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGA-CCGCACCAGGGCCC
* * *
22851 AGCTTGTGCCGATGGCGGTCGAGGCAA
129 AGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAA
22878 GTGCCCGTAC
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 44, Indels: 56
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
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181 71 0.16
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183 25 0.05
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187 1 0.00
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TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGAA
ACCGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGACCGCACCAGGGCCCAG
CGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTGA
Found at i:23064 original size:11 final size:11
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Indices: 23048--23074 Score: 54
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23038 CACTCGGGAC
23048 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
23059 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
23070 AGCAT
1 AGCAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
11 16 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
AGCATCGCCGG
Done.